Percora_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183110.a #7	ENSGT00550000075064 #8	ENSGT00730000111029.e.a #9	ENSGT00940000162570 #10	ENSGT00940000159380 #11	ENSGT00950000182843.b #12	ENSGT00940000154494.a.b	ENSGT00940000159618 #14	ENSGT00940000160510 #15	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #16	ENSGT00390000005590 #17	ENSGT00390000010309 #18	ENSGT00940000155815 #19	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a #20	ENSGT00390000006465 #21	ENSGT00940000154756.A.ld #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155 #24	ENSGT01100000263514.A.e.b #25	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #26	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #27	ENSGT00390000009510 #28	ENSGT00390000008694.b.b.c.b.cb.b #29	ENSGT00940000162181 #31	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #32	ENSGT00940000162816 #33	ENSGT00940000162715 #34	ENSGT00940000156647 #35	ENSGT00940000158334 #36	ENSGT00940000153503.a.a #37	ENSGT00940000153137.a.b.a
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00550000075064 #8	ENSGT00730000111029.e.a #9	ENSGT00940000162570 #10	ENSGT00940000159380 #11	ENSGT00950000182843.b #12	ENSGT00940000154494.a.b	ENSGT00940000159618 #14	ENSGT00940000160510 #15	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #16	ENSGT00390000005590 #17	ENSGT00390000010309 #18	ENSGT00940000155815 #19	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a #20	ENSGT00390000006465 #21	ENSGT00940000154756.A.kd.b ##22	ENSGT00940000154756.A.ld #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155 #24	ENSGT01100000263514.A.e.b #25	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #26	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #27	ENSGT00390000009510 #28	ENSGT00390000008694.b.b.c.b.cb.b #29	ENSGT00940000162743 #30	ENSGT00940000162181 #31	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #32	ENSGT00940000162816 #33	ENSGT00940000162715 #34	ENSGT00940000156647 #35	ENSGT00940000158334 #36	ENSGT00940000153503.a.a #37
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00950000183110.a #7	ENSGT00550000075064 #8	ENSGT00730000111029.e.a #9	ENSGT00940000162570 #10	ENSGT00940000159380 #11	ENSGT00950000182843.b #12	ENSGT00940000154494.a.b	ENSGT00940000159618 #14	ENSGT00940000160510 #15	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #16	ENSGT00390000005590 #17	ENSGT00390000010309 #18	ENSGT00940000155815 #19	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a #20	ENSGT00390000006465 #21	ENSGT00940000154756.A.ld #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155 #24	ENSGT01100000263514.A.e.b #25	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #26	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #27	ENSGT00390000009510 #28	ENSGT00390000008694.b.b.c.b.cb.b #29	ENSGT00940000162743 #30	ENSGT00940000162181 #31	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #32	ENSGT00940000162816 #33	ENSGT00940000162715 #34	ENSGT00940000156647 #35	ENSGT00940000158334.a #36	ENSGT00940000153503.a.a #37
Goat	MODERN SPECIES	26	GMIP (ENSCHIG00000006935) #7	ATP13A1 (ENSCHIG00000027146) #8	ENSCHIG00000027175 #9	ZNF354B (ENSCHIG00000024384) #10	JMJD4 (ENSCHIG00000001908) #11	SNAP47 (ENSCHIG00000025042) #12	ENSCHIG00000004906 #13	WNT9A (ENSCHIG00000009523) #14	WNT3A (ENSCHIG00000016159) #15	ARF1 (ENSCHIG00000010924) #16	C1orf35 (ENSCHIG00000020666) #17	MRPL55 (ENSCHIG00000024153) #18	GUK1 (ENSCHIG00000020301) #19	GJC2 (ENSCHIG00000012045) #20	IBA57 (ENSCHIG00000025813) #21	OBSCN (ENSCHIG00000026141) #22	TRIM11 (ENSCHIG00000010660) #23	TRIM17 (ENSCHIG00000017072) #24	H3-4 (ENSCHIG00000008243) #25	H2AC25 (ENSCHIG00000006649) #26	H2BC26 (ENSCHIG00000009284) #27	RNF187 (ENSCHIG00000012732) #28	ENSCHIG00000025835 #29	ZFP2 (ENSCHIG00000010314) #30	ZNF454 (ENSCHIG00000013008) #31	GRM6 (ENSCHIG00000024892) #32	ZNF879 (ENSCHIG00000020873) #33	ZNF354C (ENSCHIG00000014371) #34	ADAMTS2 (ENSCHIG00000027055) #35	RUFY1 (ENSCHIG00000025380) #36	HNRNPH1 (ENSCHIG00000021285) #37
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	21	C1orf35 (ENSOARG00020018506) #17	MRPL55 (ENSOARG00020018459) #18	GUK1 (ENSOARG00020018354) #19	GJC2 (ENSOARG00020018337) #20	IBA57 (ENSOARG00020018299) #21	TRIM11 (ENSOARG00020017090) #23	TRIM17 (ENSOARG00020017007) #24	H3-4 (ENSOARG00020016979) #25	H2AC25 (ENSOARG00020016951) #26	HIST3H2BB (ENSOARG00020016921) #27	RNF187 (ENSOARG00020016886) #28	ZFP2 (ENSOARG00020016872) #30	ZNF454 (ENSOARG00020016811) #31	GRM6 (ENSOARG00020016554) #32	ZNF354C (ENSOARG00020016338) #34	ENSOARG00020016295 #22	ADAMTS2 (ENSOARG00020015867) #35	ENSOARG00020015796	ENSOARG00020015427 ##36	HNRNPH1 (ENSOARG00020015212) #37	ENSOARG00020015166	CANX (ENSOARG00020014950)	MAML1 (ENSOARG00020014863)	LTC4S (ENSOARG00020014721)	MGAT4B (ENSOARG00020014516)	ENSOARG00020014482	SQSTM1 (ENSOARG00020014013)	ENSOARG00020013856	ENSOARG00020013782	ENSOARG00020013747	ENSOARG00020013692
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.ld #22
Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.ld #22
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.ld #22
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	26	ENSBIXG00005000504	JMJD4 (ENSBIXG00005005916) #11	SNAP47 (ENSBIXG00005011285) #12	ENSBIXG00005011259	ENSBIXG00005001061	ENSBIXG00005011249	PRSS38 (ENSBIXG00005011238)	WNT9A (ENSBIXG00005006783) #14	WNT3A (ENSBIXG00005011222) #15	ARF1 (ENSBIXG00005011212) #16	C1orf35 (ENSBIXG00005001035) #17	MRPL55 (ENSBIXG00005011160) #18	GUK1 (ENSBIXG00005011045) #19	IBA57 (ENSBIXG00005010975) #21	ENSBIXG00005010951	OBSCN (ENSBIXG00005010529) #22	ENSBIXG00005029278	TRIM11 (ENSBIXG00005029289) #23	TRIM17 (ENSBIXG00005029306) #24	H3-4 (ENSBIXG00005029320) #25	ENSBIXG00005029327	H2AC25 (ENSBIXG00005029330) #26	H2BC26 (ENSBIXG00005029334) #27	RNF187 (ENSBIXG00005029336) #28	ZNF454 (ENSBIXG00005029356) #31	GRM6 (ENSBIXG00005029370) #32	ZNF354C (ENSBIXG00005029390) #34	ADAMTS2 (ENSBIXG00005029444) #35	RUFY1 (ENSBIXG00005029537) #36	HNRNPH1 (ENSBIXG00005029588) #37	ENSBIXG00005029650
American bison	DUPLICATION
American bison	MODERN SPECIES	3165	GMIP (ENSBBBG00000016022) #7	ATP13A1 (ENSBBBG00000003990) #8	ENSBBBG00000016056 #9	ZNF354B (ENSBBBG00000016063) #10	JMJD4 (ENSBBBG00000016083) #11	SNAP47 (ENSBBBG00000007139) #12	PRSS38 (ENSBBBG00000016108)	WNT9A (ENSBBBG00000016116) #14	WNT3A (ENSBBBG00000016145) #15	ARF1 (ENSBBBG00000016170) #16	C1orf35 (ENSBBBG00000016183) #17	MRPL55 (ENSBBBG00000004037) #18	GUK1 (ENSBBBG00000004041) #19	IBA57 (ENSBBBG00000016303) #21	ENSBBBG00000016321	ENSBBBG00000016327 #22	ENSBBBG00000016344 #22	ENSBBBG00000016350 ##22	ENSBBBG00000016357 ##22	ENSBBBG00000016369 ##22	TRIM11 (ENSBBBG00000016378) #23	TRIM17 (ENSBBBG00000016399) #24	H3-4 (ENSBBBG00000004059) #25
American bison	MODERN SPECIES	3165	ATP13A1 (ENSBBBG00000003990) #8	ENSBBBG00000016056 #9	ZNF354B (ENSBBBG00000016063) #10	JMJD4 (ENSBBBG00000016083) #11	SNAP47 (ENSBBBG00000007139) #12	PRSS38 (ENSBBBG00000016108)	WNT9A (ENSBBBG00000016116) #14	WNT3A (ENSBBBG00000016145) #15	ARF1 (ENSBBBG00000016170) #16	C1orf35 (ENSBBBG00000016183) #17	MRPL55 (ENSBBBG00000004037) #18	GUK1 (ENSBBBG00000004041) #19	IBA57 (ENSBBBG00000016303) #21	ENSBBBG00000016321	ENSBBBG00000016327 #22	ENSBBBG00000016344 #22	ENSBBBG00000016350 ##22	ENSBBBG00000016357 ##22	ENSBBBG00000016369 ##22	TRIM11 (ENSBBBG00000016378) #23	TRIM17 (ENSBBBG00000016399) #24	H3-4 (ENSBBBG00000004059) #25
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	1213		ENSMMSG00000022637 #9	ZNF354B (ENSMMSG00000022631) #10	JMJD4 (ENSMMSG00000022617) #11	SNAP47 (ENSMMSG00000022600) #12	ENSMMSG00000022591	PRSS38 (ENSMMSG00000022575)	WNT9A (ENSMMSG00000022550) #14	WNT3A (ENSMMSG00000022541) #15	ARF1 (ENSMMSG00000022533) #16	C1orf35 (ENSMMSG00000022529) #17	MRPL55 (ENSMMSG00000022520) #18	GUK1 (ENSMMSG00000022498) #19	GJC2 (ENSMMSG00000022491) #20	IBA57 (ENSMMSG00000022482) #21	OBSCN (ENSMMSG00000020369) #22	TRIM11 (ENSMMSG00000020106) #23	TRIM17 (ENSMMSG00000020070) #24	H3-4 (ENSMMSG00000020062) #25	H2AC25 (ENSMMSG00000020054) #26	H2BC26 (ENSMMSG00000020045) #27	RNF187 (ENSMMSG00000020017) #28	ZNF454 (ENSMMSG00000019980) #31	GRM6 (ENSMMSG00000019933) #32	ZNF879 (ENSMMSG00000019906) #33	ZNF354C (ENSMMSG00000024233) #34	FLT4 (ENSMMSG00000024202)