Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	175									ENSGT00390000006465	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153709.B	ENSGT01020000230359.E	ENSGT00940000154276	ENSGT00940000155330	ENSGT00390000003267	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000154756.B ##22	ENSGT00940000167421	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT00390000005590	ENSGT00950000183080.a.b.a.b #20	ENSGT00940000160510	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00940000161305	ENSGT00940000164845	ENSGT00940000158574	ENSGT01030000234570.d.b.a.b.b.b
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	253														ENSGT00390000006465	ENSGT00390000003267	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000154756.B ##22	ENSGT00940000167421	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT00390000005590	ENSGT00950000183080.a.b.a.b #20	ENSGT00940000160510	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00940000161305	ENSGT00940000164845	ENSGT00940000158574	ENSGT01030000234570.d.b.a.b.b.b
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	322															ENSGT00940000166913	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000154756.B ##22	ENSGT00940000167421
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	167															ENSGT00940000177473	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000154756.B ##22	ENSGT00940000167421
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000160773	ENSGT00390000014069.b	ENSGT00940000158253	ENSGT00940000161141	ENSGT00940000157423	ENSGT00940000158922	ENSGT00960000190528	ENSGT00940000156382	ENSGT00470000042293.a.b	ENSGT00950000183184.b	ENSGT00940000160724	ENSGT00940000159523	ENSGT00960000189914	ENSGT00940000161812	ENSGT00390000003267	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000154756.B ##22	ENSGT00940000166913	ENSGT00390000015009	ENSGT00530000063909.a	ENSGT00940000159790	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.b	ENSGT00940000161778	ENSGT00940000155685	ENSGT00390000004038	ENSGT00530000063991.a	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000161200	ENSGT00940000162478	ENSGT00550000075038	ENSGT00390000017837.a
Theria	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000160773	ENSGT00390000014069.b	ENSGT00940000158253	ENSGT00940000161141	ENSGT00940000157423	ENSGT00940000158922	ENSGT00960000190528	ENSGT00940000156382	ENSGT00470000042293.a.b	ENSGT00950000183184.b	ENSGT00940000160724	ENSGT00940000159523	ENSGT00960000189914	ENSGT00940000161812	ENSGT00390000003267	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000154756.B ##22	ENSGT00940000166913	ENSGT00390000015009	ENSGT00530000063909.a	ENSGT00940000159790	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.b	ENSGT00940000161778	ENSGT00940000155685	ENSGT00390000004038	ENSGT00530000063991.a	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000161200	ENSGT00940000162478	ENSGT00550000075038	ENSGT00390000017837.a
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	46						ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00390000016274
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b #16	ENSGT01100000263548.b.a.a.a.a.a	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b #16	ENSGT01100000263548.b.a.a.a.a.a	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a.b ##26	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b #16	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997
Glires	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a.b ##26	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b #16	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.a.a ##16	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b #16	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	46	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.a.a ##16	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b #16	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997	ENSGT00940000160177	ENSGT00940000162246	ENSGT01090000260018.A.a.a.b.b	ENSGT01090000259995.a.a.b.a.b.b	ENSGT01090000259995.a.a.a	ENSGT00390000010671	ENSGT00730000111648
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	346										ENSDORG00000027626 #16	Nlrp3 (ENSDORG00000010673) #17	Zkscan17 (ENSDORG00000028040) #18	Wnt9a (ENSDORG00000005390) #19	ENSDORG00000027855 #20	Guk1 (ENSDORG00000007614) #21	Obscn (ENSDORG00000016208) #22	Trim11 (ENSDORG00000029829) #23	H2ac25 (ENSDORG00000026130) #24	H2bc26-ps (ENSDORG00000024270) #25	ENSDORG00000005512 #26	Sh3bp5l (ENSDORG00000007183) #27	Fasl (ENSDORG00000011897) #28	Suco (ENSDORG00000011895) #29	Pigc (ENSDORG00000030248) #30	Dnm3 (ENSDORG00000002505) #31	Mettl13 (ENSDORG00000011976) #32	Prrc2c (ENSDORG00000001422) #33	Fmo1 (ENSDORG00000029306) #34	Fmo2 (ENSDORG00000004731) #35	Fmo3 (ENSDORG00000006804) #36	ENSDORG00000003154 #37
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b #16	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00950000182755.b.a.a.a.a.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997	ENSGT00940000160177	ENSGT00390000006224	ENSGT01090000260018.C.b.a.a	ENSGT01090000260018.C.a	ENSGT01090000259995.b.b.a.b	ENSGT01100000263486.a.b.a.b.b.a.a #26	ENSGT00940000162246
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	63	Or2b11 (ENSJJAG00000004515) #16	Nlrp3 (ENSJJAG00000007323) #17	Zkscan17 (ENSJJAG00000022828) #18	Zfp867 (ENSJJAG00000008459)	Jmjd4 (ENSJJAG00000012776)	Snap47 (ENSJJAG00000023009)	Prss38 (ENSJJAG00000022512)	Wnt9a (ENSJJAG00000020971) #19	Wnt3a (ENSJJAG00000020598)	ENSJJAG00000020245 #20	2310033P09Rik (ENSJJAG00000001888)	Mrpl55 (ENSJJAG00000021164)	Guk1 (ENSJJAG00000021658) #21	Gjc2 (ENSJJAG00000011405)	Iba57 (ENSJJAG00000023432)	Obscn (ENSJJAG00000023196) #22	Trim11 (ENSJJAG00000019654) #23	Trim17 (ENSJJAG00000017850)	ENSJJAG00000017460	H2ac25 (ENSJJAG00000004184) #24	H2bc26-ps (ENSJJAG00000003959) #25	ENSJJAG00000011864	Btnl10 (ENSJJAG00000023413)	Zfp39 (ENSJJAG00000018925)	ENSJJAG00000000550	Fam183b (ENSJJAG00000018849)	Or2t44 (ENSJJAG00000018515)	ENSJJAG00000003913 #26	Trim58 (ENSJJAG00000016816)	Or11l3 (ENSJJAG00000002201)	ENSJJAG00000012885
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b #16	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00950000182755.b.a.a.a.a.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997	ENSGT00940000160177	ENSGT00390000006224	ENSGT01090000260018.C.b.a.a	ENSGT01090000260018.C.a	ENSGT01090000259995.b.b.a.b	ENSGT01100000263486.a.b.a.b.b.a.a #26	ENSGT00940000162246
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	540													Guk1 (ENSNGAG00000022722) #21	Gjc2 (ENSNGAG00000022035)	Iba57 (ENSNGAG00000021761)	Obscn (ENSNGAG00000023799) #22	Trim11 (ENSNGAG00000023375) #23	Trim17 (ENSNGAG00000023965)	ENSNGAG00000011099	H2ac25 (ENSNGAG00000012071) #24	H2bc26-ps (ENSNGAG00000012301) #25	H2bc27 (ENSNGAG00000010344) ##25	ENSNGAG00000019603	Btnl10 (ENSNGAG00000011467)	Zfp39 (ENSNGAG00000019853)	ENSNGAG00000012548	2810021J22Rik (ENSNGAG00000011744)	ENSNGAG00000024130	Fam183b (ENSNGAG00000019487)	ENSNGAG00000003871	ENSNGAG00000011228
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00900000143207	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00950000182755.b.a.a.a.a.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997	ENSGT00940000160177	ENSGT00940000159981.e.a	ENSGT00940000159981.e.b	ENSGT01060000248581.C.a.b.a.a	ENSGT00390000006224	ENSGT01090000260018.C.b.a.a	ENSGT01090000260018.C.a
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00900000143207	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00950000182755.b.a.a.a.a.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00950000183522	ENSGT00940000163997	ENSGT00940000160177	ENSGT00940000159981.e.a	ENSGT00940000159981.e.b	ENSGT01060000248581.C.a.b.a.a	ENSGT00390000006224	ENSGT01090000260018.C.b.a.a	ENSGT01090000260018.C.a
Mus	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00900000143207	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00950000182755.b.a.a.a.a.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00950000183522	ENSGT00940000163997	ENSGT00940000160177	ENSGT00940000159981.e.a	ENSGT00940000159981.e.b	ENSGT00390000006224	ENSGT01090000260018.C.b.a.a	ENSGT01090000260018.C.a	ENSGT01090000259995.b.b.a.b.i
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00900000143207	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00950000182755.b.a.a.a.a.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b.g.a #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00950000183522	ENSGT00940000163997	ENSGT00940000160177	ENSGT00940000159981.e.a	ENSGT00940000159981.e.b	ENSGT00390000006224	ENSGT01090000260018.C.b.a.a	ENSGT01090000260018.C.a	ENSGT01090000259995.b.b.a.b.i.c.b
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	2	Nlrp3 (MGP_CAROLIEiJ_G0016439) #17	Zkscan17 (MGP_CAROLIEiJ_G0016438) #18	Zfp867 (MGP_CAROLIEiJ_G0016437)	Jmjd4 (MGP_CAROLIEiJ_G0016436)	MGP_CAROLIEiJ_G0016435	Prss38 (MGP_CAROLIEiJ_G0016434)	Wnt9a (MGP_CAROLIEiJ_G0016433) #19	Wnt3a (MGP_CAROLIEiJ_G0016432)	MGP_CAROLIEiJ_G0016431 #20	MGP_CAROLIEiJ_G0016430 #20	2310033P09Rik (MGP_CAROLIEiJ_G0016429)	Mrpl55 (MGP_CAROLIEiJ_G0016428)	Guk1 (MGP_CAROLIEiJ_G0016427) #21	Gjc2 (MGP_CAROLIEiJ_G0016426)	Iba57 (MGP_CAROLIEiJ_G0016425)	MGP_CAROLIEiJ_G0016424 #22	Trim11 (MGP_CAROLIEiJ_G0016423) #23	Trim17 (MGP_CAROLIEiJ_G0016421)	H2ac25 (MGP_CAROLIEiJ_G0016422) #24	H2bc27 (MGP_CAROLIEiJ_G0016420) ##25	MGP_CAROLIEiJ_G0016419	Btnl10 (MGP_CAROLIEiJ_G0016418)	Zfp39 (MGP_CAROLIEiJ_G0016417)	2810021J22Rik (MGP_CAROLIEiJ_G0016416)	Gm12258 (MGP_CAROLIEiJ_G0016415)	Fam183b (MGP_CAROLIEiJ_G0016414)	Or2t44 (MGP_CAROLIEiJ_G0016413)	Or2t45 (MGP_CAROLIEiJ_G0016412)	MGP_CAROLIEiJ_G0016411	MGP_CAROLIEiJ_G0016410	MGP_CAROLIEiJ_G0016409
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00900000143207	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00950000182755.b.a.a.a.a.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b.g.a #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00950000183522	ENSGT00940000163997	ENSGT00940000160177	ENSGT00940000159981.e.a	ENSGT00940000159981.e.b	ENSGT01060000248581.C.a.b.a.a.l	ENSGT00390000006224	ENSGT01090000260018.C.b.a.a	ENSGT01090000260018.C.a
Mouse	MODERN SPECIES	2	Or2b11 (ENSMUSG00000059610) #16	Nlrp3 (ENSMUSG00000032691) #17	Zkscan17 (ENSMUSG00000020472) #18	Zfp867 (ENSMUSG00000054519)	Jmjd4 (ENSMUSG00000036819)	Snap47 (ENSMUSG00000009894)	Prss38 (ENSMUSG00000049291)	Wnt9a (ENSMUSG00000000126) #19	Wnt3a (ENSMUSG00000009900)	Arf1 (ENSMUSG00000048076) #20	2310033P09Rik (ENSMUSG00000020441)	Mrpl55 (ENSMUSG00000036860)	Guk1 (ENSMUSG00000020444) #21	Gjc2 (ENSMUSG00000043448)	Iba57 (ENSMUSG00000049287)	Obscn (ENSMUSG00000061462) #22	Trim11 (ENSMUSG00000020455) #23	H3f4 (ENSMUSG00000080152)	Trim17 (ENSMUSG00000036964)	H2ac25 (ENSMUSG00000078851) #24	H2bc26-ps (ENSMUSG00000080712) #25	H2bc27 (ENSMUSG00000056895) ##25	Rnf187 (ENSMUSG00000020496)	Btnl10 (ENSMUSG00000020490)	Zfp39 (ENSMUSG00000037001)	2810021J22Rik (ENSMUSG00000020491)	Gm12258 (ENSMUSG00000072915)	Or9e1 (ENSMUSG00000094805)	Or5af1 (ENSMUSG00000096806)	Or5af2 (ENSMUSG00000070438)	Fam183b (ENSMUSG00000049154)
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00900000143207	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00950000182755.b.a.a.a.a.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b.g.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00950000183522	ENSGT00940000163997	ENSGT00940000160177	ENSGT00940000159981.e.a	ENSGT00940000159981.e.b	ENSGT01060000248581.C.a.b.a.a.l	ENSGT00390000006224	ENSGT01090000260018.C.b.a.a	ENSGT01090000260018.C.a
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3105	Zkscan17 (ENSMSIG00000020997) #18	ENSMSIG00000021018	Zfp867 (ENSMSIG00000021023)	Jmjd4 (ENSMSIG00000021041)	Snap47 (ENSMSIG00000021067)	Prss38 (ENSMSIG00000021101)	Wnt9a (ENSMSIG00000021113) #19	Wnt3a (ENSMSIG00000021119)	ENSMSIG00000021128 #20	2310033P09Rik (ENSMSIG00000021149)	Mrpl55 (ENSMSIG00000021173)	Guk1 (ENSMSIG00000021189) #21	Gjc2 (ENSMSIG00000021219)	Iba57 (ENSMSIG00000021231)	ENSMSIG00000021247	Obscn (ENSMSIG00000021262) #22	ENSMSIG00000021680	Trim11 (ENSMSIG00000021692) #23	Trim17 (ENSMSIG00000021747)	H3f4 (ENSMSIG00000021760)	H2ac25 (ENSMSIG00000021773) #24	H2bc26-ps (ENSMSIG00000021777) #25	H2bc27 (ENSMSIG00000021813) ##25	ENSMSIG00000021818	Btnl10 (ENSMSIG00000021827)	Zfp39 (ENSMSIG00000021841)	2810021J22Rik (ENSMSIG00000021856)	Gm12258 (ENSMSIG00000021863)	Or5af2 (ENSMSIG00000021882)	ENSMSIG00000021888	Or2t44 (ENSMSIG00000021908)
spretus	MODERN SPECIES	2	MGP_SPRETEiJ_G0017276 ##16	Or2b11 (MGP_SPRETEiJ_G0017275) #16	Nlrp3 (MGP_SPRETEiJ_G0017274) #17	Zkscan17 (MGP_SPRETEiJ_G0017273) #18	Zfp867 (MGP_SPRETEiJ_G0017272)	Jmjd4 (MGP_SPRETEiJ_G0017271)	Snap47 (MGP_SPRETEiJ_G0017270)	Prss38 (MGP_SPRETEiJ_G0017269)	Wnt9a (MGP_SPRETEiJ_G0017268) #19	Wnt3a (MGP_SPRETEiJ_G0017267)	2310033P09Rik (MGP_SPRETEiJ_G0017266)	Mrpl55 (MGP_SPRETEiJ_G0017265)	Guk1 (MGP_SPRETEiJ_G0017264) #21	Gjc2 (MGP_SPRETEiJ_G0017263)	Iba57 (MGP_SPRETEiJ_G0017262)	Obscn (MGP_SPRETEiJ_G0017261) #22	Trim11 (MGP_SPRETEiJ_G0017260) #23	Trim17 (MGP_SPRETEiJ_G0017259)	H2ac25 (MGP_SPRETEiJ_G0017258) #24	H2bc27 (MGP_SPRETEiJ_G0017257) ##25	MGP_SPRETEiJ_G0017256	Btnl10 (MGP_SPRETEiJ_G0017255)	Zfp39 (MGP_SPRETEiJ_G0017254)	2810021J22Rik (MGP_SPRETEiJ_G0017253)	Gm12258 (MGP_SPRETEiJ_G0017252)	Fam183b (MGP_SPRETEiJ_G0017251)	Or2t44 (MGP_SPRETEiJ_G0017250)	Or2t45 (MGP_SPRETEiJ_G0017249)	MGP_SPRETEiJ_G0017248 #26	MGP_SPRETEiJ_G0017247 #26	Or11l3 (MGP_SPRETEiJ_G0017246)
Shrew mouse	MODERN SPECIES	5	Or2b11 (MGP_PahariEiJ_G0017570) #16	MGP_PahariEiJ_G0017569 #17	Zkscan17 (MGP_PahariEiJ_G0017568) #18	Zfp867 (MGP_PahariEiJ_G0017567)	Jmjd4 (MGP_PahariEiJ_G0017566)	MGP_PahariEiJ_G0017565	Prss38 (MGP_PahariEiJ_G0017564)	Wnt9a (MGP_PahariEiJ_G0017563) #19	Wnt3a (MGP_PahariEiJ_G0017562)	Arf1 (MGP_PahariEiJ_G0017561) #20	2310033P09Rik (MGP_PahariEiJ_G0017560)	Mrpl55 (MGP_PahariEiJ_G0017559)	Guk1 (MGP_PahariEiJ_G0017558) #21	Gjc2 (MGP_PahariEiJ_G0017557)	Iba57 (MGP_PahariEiJ_G0017556)	Obscn (MGP_PahariEiJ_G0017555) #22	Trim11 (MGP_PahariEiJ_G0017554) #23	Trim17 (MGP_PahariEiJ_G0017553)	H2ac25 (MGP_PahariEiJ_G0017552) #24	H2bc27 (MGP_PahariEiJ_G0017551) ##25	MGP_PahariEiJ_G0017550	Btnl10 (MGP_PahariEiJ_G0017549)	Zfp39 (MGP_PahariEiJ_G0017548)	2810021J22Rik (MGP_PahariEiJ_G0017547)	Gm12258 (MGP_PahariEiJ_G0017546)	Fam183b (MGP_PahariEiJ_G0017545)	Or2t44 (MGP_PahariEiJ_G0017544)	Or2t45 (MGP_PahariEiJ_G0017543)	Trim58 (MGP_PahariEiJ_G0017542)	Or11l3 (MGP_PahariEiJ_G0017541)	MGP_PahariEiJ_G0017540
Rat	MODERN SPECIES	1	Nlrp3 (ENSRNOG00000003170) #17	Zfp496 (ENSRNOG00000003129) #18	Ftl1 (ENSRNOG00000020843)	Zfp867 (ENSRNOG00000022431)	Jmjd4 (ENSRNOG00000022438)	Snap47 (ENSRNOG00000022472)	Prss38 (ENSRNOG00000022548)	Wnt9a (ENSRNOG00000003066) #19	Wnt3a (ENSRNOG00000003039)	Arf1 (ENSRNOG00000060229) #20	C10h1orf35 (ENSRNOG00000002944)	Mrpl55 (ENSRNOG00000002943)	Guk1 (ENSRNOG00000002928) #21	Gjc2 (ENSRNOG00000038328)	Iba57 (ENSRNOG00000068756)	Obscn (ENSRNOG00000058068) #22	Trim11 (ENSRNOG00000002915) #23	H2ac25 (ENSRNOG00000022983)	H2ac25 (ENSRNOG00000064520) #24	H2bu1 (ENSRNOG00000066919) #25	Hist3h2ba (ENSRNOG00000043419) ##25	Rnf187 (ENSRNOG00000049219)	Btnl10 (ENSRNOG00000043019)	Zfp39 (ENSRNOG00000014712)	LOC102555635 (ENSRNOG00000023431)	RGD1561277 (ENSRNOG00000051868)	Or9e1b (ENSRNOG00000062948)	Or5af1c (ENSRNOG00000069086)	Or5af1 (ENSRNOG00000069128)	Or5af1b (ENSRNOG00000065010)	Cfap144 (ENSRNOG00000002873)
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00900000143207	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00950000182755.b.a.a.a.a.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997	ENSGT00940000160177	ENSGT00940000159981.e.a	ENSGT00940000159981.e.b	ENSGT01060000248581.C.a.b.a.a	ENSGT00390000006224	ENSGT01090000260018.C.b.a.a	ENSGT01090000260018.C.a
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00900000143207	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00950000182755.b.a.a.a.a.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997	ENSGT00940000160177	ENSGT00940000159981.e.a	ENSGT00940000159981.e.b	ENSGT01060000248581.C.a.b.a.a	ENSGT00390000006224	ENSGT01090000260018.C.b.a.a	ENSGT01090000260018.C.a
Golden Hamster	MODERN SPECIES	627	Nlrp3 (ENSMAUG00000020051) #17	ENSMAUG00000006329	ENSMAUG00000017910	Zkscan17 (ENSMAUG00000016630) #18	ENSMAUG00000019046	Jmjd4 (ENSMAUG00000017265)	Snap47 (ENSMAUG00000020014)	Prss38 (ENSMAUG00000019978)	Wnt9a (ENSMAUG00000021643) #19	Wnt3a (ENSMAUG00000021475)	ENSMAUG00000022253 #20	2310033P09Rik (ENSMAUG00000019958)	Guk1 (ENSMAUG00000022283) #21	Gjc2 (ENSMAUG00000020150)	Iba57 (ENSMAUG00000020575)	Obscn (ENSMAUG00000022279) #22	Trim11 (ENSMAUG00000001510) #23	Trim17 (ENSMAUG00000004817)	H3f4 (ENSMAUG00000010700)	ENSMAUG00000010470	H2ac25 (ENSMAUG00000010628) #24	H2bc26-ps (ENSMAUG00000010794) #25	H2bc27 (ENSMAUG00000010540) ##25	ENSMAUG00000021471	ENSMAUG00000020727	Btnl10 (ENSMAUG00000021399)	Zfp39 (ENSMAUG00000001536)	ENSMAUG00000002461	ENSMAUG00000002837	Fam183b (ENSMAUG00000021857)	ENSMAUG00000010641
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	229	Nlrp3 (ENSCGRG00001021138) #17	ENSCGRG00001021260	Zkscan17 (ENSCGRG00001020767) #18	Zfp867 (ENSCGRG00001016010)	Jmjd4 (ENSCGRG00001013252)	Snap47 (ENSCGRG00001004500)	Prss38 (ENSCGRG00001019522)	Wnt9a (ENSCGRG00001016816) #19	Wnt3a (ENSCGRG00001015217)	Arf1 (ENSCGRG00001013922) #20	2310033P09Rik (ENSCGRG00001021154)	Mrpl55 (ENSCGRG00001020506)	ENSCGRG00001016847 #21	Gjc2 (ENSCGRG00001008796)	Iba57 (ENSCGRG00001007484)	Obscn (ENSCGRG00001023809) #22	Trim11 (ENSCGRG00001016227) #23	Trim17 (ENSCGRG00001017038)	ENSCGRG00001009610	H2bc27 (ENSCGRG00001005703) ##25	H2bc26-ps (ENSCGRG00001013795) #25	H2ac25 (ENSCGRG00001008750) #24	ENSCGRG00001017170	ENSCGRG00001015992	Zfp39 (ENSCGRG00001002406)	2810021J22Rik (ENSCGRG00001001041)	ENSCGRG00001012941	ENSCGRG00001007292	ENSCGRG00001008023	Fam183b (ENSCGRG00001024113)	Or2t44 (ENSCGRG00001022873)
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b #16	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00950000182755.b.a.a.a.a.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997	ENSGT00940000160177	ENSGT00940000159981.e.a	ENSGT00940000159981.e.b	ENSGT01060000248581.C.a.b.a.a	ENSGT00390000006224	ENSGT01090000260018.C.b.a.a	ENSGT01090000260018.C.a
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	21	Nlrp3 (ENSPEMG00000018349) #17	Zkscan17 (ENSPEMG00000028678) #18	Zfp867 (ENSPEMG00000015201)	Jmjd4 (ENSPEMG00000025158)	Snap47 (ENSPEMG00000003186)	Prss38 (ENSPEMG00000000315)	ENSPEMG00000026476	Wnt9a (ENSPEMG00000008917) #19	Wnt3a (ENSPEMG00000014970)	Arf1 (ENSPEMG00000024884) #20	2310033P09Rik (ENSPEMG00000016726)	Mrpl55 (ENSPEMG00000010381)	Guk1 (ENSPEMG00000007733) #21	Gjc2 (ENSPEMG00000015748)	Iba57 (ENSPEMG00000029448)	Obscn (ENSPEMG00000017360) #22	Trim11 (ENSPEMG00000013300) #23	Trim17 (ENSPEMG00000012957)	H3f4 (ENSPEMG00000028465)	H2ac25 (ENSPEMG00000025825) #24	H2bc26-ps (ENSPEMG00000029564) #25	H2bc27 (ENSPEMG00000029370) ##25	ENSPEMG00000024885	Btnl10 (ENSPEMG00000010544)	Zfp39 (ENSPEMG00000009428)	2810021J22Rik (ENSPEMG00000028205)	Gm12258 (ENSPEMG00000029020)	ENSPEMG00000027643	ENSPEMG00000025827	Fam183b (ENSPEMG00000020878)	Or2t44 (ENSPEMG00000022635)
Prairie vole	MODERN SPECIES	15	ENSMOCG00000004021	ENSMOCG00000007500	Zkscan17 (ENSMOCG00000021773) #18	Zfp867 (ENSMOCG00000017475)	Jmjd4 (ENSMOCG00000019517)	Snap47 (ENSMOCG00000021698)	Prss38 (ENSMOCG00000020492)	Wnt9a (ENSMOCG00000022972) #19	Wnt3a (ENSMOCG00000022805)	Arf1 (ENSMOCG00000005344) #20	2310033P09Rik (ENSMOCG00000020633)	Mrpl55 (ENSMOCG00000022355)	Guk1 (ENSMOCG00000020868) #21	Gjc2 (ENSMOCG00000015445)	Iba57 (ENSMOCG00000019048)	Obscn (ENSMOCG00000009245) #22	Trim11 (ENSMOCG00000021941) #23	Trim17 (ENSMOCG00000016644)	H3f4 (ENSMOCG00000002973)	H2ac25 (ENSMOCG00000002942) #24	H2bc26-ps (ENSMOCG00000003080) #25	H2bc27 (ENSMOCG00000002061) ##25	Rnf187 (ENSMOCG00000021645)	Btnl10 (ENSMOCG00000005486)	Zfp39 (ENSMOCG00000017961)	ENSMOCG00000003250	ENSMOCG00000006893	Fam183b (ENSMOCG00000013813)	ENSMOCG00000011805	ENSMOCG00000002169 #26	Trim58 (ENSMOCG00000019086)
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.a.a ##16	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b #16	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	63	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.a.a.c ##16	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b #16	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES		ENSHGLG00000000671 #16	ENSHGLG00000043542 #17	ENSHGLG00000001102 #18	ENSHGLG00000047340	JMJD4 (ENSHGLG00000001365)	ENSHGLG00000001357	PRSS38 (ENSHGLG00000043627)	WNT9A (ENSHGLG00000038418) #19	WNT3A (ENSHGLG00000001502)	ARF1 (ENSHGLG00000038119) #20	ENSHGLG00000001640	MRPL55 (ENSHGLG00000048301)	GUK1 (ENSHGLG00000000309) #21	GJC2 (ENSHGLG00000033969)	IBA57 (ENSHGLG00000002132)	OBSCN (ENSHGLG00000047806) #22	TRIM11 (ENSHGLG00000002253) #23	TRIM17 (ENSHGLG00000006970)	H3-4 (ENSHGLG00000020558)	H2AC25 (ENSHGLG00000037975) #24	H2BC26 (ENSHGLG00000044541) #25	ENSHGLG00000035981 ##25	ENSHGLG00000000597	ENSHGLG00000038457	ENSHGLG00000049243	ENSHGLG00000033964	ENSHGLG00000032928	ENSHGLG00000046686	ENSHGLG00000047273	ENSHGLG00000019679	ENSHGLG00000019790
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	79	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a.b ##26	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b #16	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	106	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##26	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a.b ##26	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b #16	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997	ENSGT00940000160177
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	288	OR9H1P (ENSCLAG00000017416)	OR2G3 (ENSCLAG00000017414) ##26	ENSCLAG00000000375 ##26	OR2B11 (ENSCLAG00000017578) #16	NLRP3 (ENSCLAG00000000708) #17	ZNF496 (ENSCLAG00000000579) #18	JMJD4 (ENSCLAG00000000501)	SNAP47 (ENSCLAG00000000744)	WNT9A (ENSCLAG00000000535) #19	WNT3A (ENSCLAG00000000529)	ARF1 (ENSCLAG00000000520) #20	C1orf35 (ENSCLAG00000001077)	MRPL55 (ENSCLAG00000000917)	GUK1 (ENSCLAG00000000853) #21	IBA57 (ENSCLAG00000000741)	ENSCLAG00000000505 #22	TRIM11 (ENSCLAG00000000197) #23	TRIM17 (ENSCLAG00000000538)	H2BC26 (ENSCLAG00000017444) #25	ENSCLAG00000017452 ##25	RNF187 (ENSCLAG00000001629)	ENSCLAG00000001526	ENSCLAG00000001377
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	55	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a.b ##26	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b #16	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	15	OR2C3 (ENSSVLG00005004659) ##26	NLRP3 (ENSSVLG00005004506) #17	JMJD4 (ENSSVLG00005004411)	SNAP47 (ENSSVLG00005004391)	PRSS38 (ENSSVLG00005004365)	WNT9A (ENSSVLG00005004346) #19	WNT3A (ENSSVLG00005004327)	ENSSVLG00005004310 #20	C1orf35 (ENSSVLG00005004286)	MRPL55 (ENSSVLG00005004258)	ENSSVLG00005004242	GUK1 (ENSSVLG00005004220) #21	ENSSVLG00005004192	GJC2 (ENSSVLG00005004174)	IBA57 (ENSSVLG00005004163)	OBSCN (ENSSVLG00005004022) #22	TRIM11 (ENSSVLG00005003920) #23	TRIM17 (ENSSVLG00005003894)	H3-4 (ENSSVLG00005003884)	H2AC25 (ENSSVLG00005003875) #24	H2BC26 (ENSSVLG00005003865) #25	ENSSVLG00005003856 ##25	RNF187 (ENSSVLG00005003848)	ENSSVLG00005003828	ENSSVLG00005003818	ZNF496 (ENSSVLG00005003801) #18
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	100	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##26	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b #16	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997
Alpin marmot	MODERN SPECIES	56	OR2B11 (ENSMMMG00000017357) #16	NLRP3 (ENSMMMG00000017362) #17	ZNF496 (ENSMMMG00000017364) #18	ENSMMMG00000017372	ENSMMMG00000017378	JMJD4 (ENSMMMG00000017399)	SNAP47 (ENSMMMG00000017415)	PRSS38 (ENSMMMG00000017421)	WNT9A (ENSMMMG00000017429) #19	WNT3A (ENSMMMG00000017437)	ENSMMMG00000017464 #20	MRPL55 (ENSMMMG00000017475)	GUK1 (ENSMMMG00000017488) #21	GJC2 (ENSMMMG00000017501)	IBA57 (ENSMMMG00000017504)	OBSCN (ENSMMMG00000017510) #22	TRIM11 (ENSMMMG00000017547) #23	TRIM17 (ENSMMMG00000017550)	H3-4 (ENSMMMG00000017555)	H2AC25 (ENSMMMG00000017567) #24	H2BC26 (ENSMMMG00000017570) #25	ENSMMMG00000017596 ##25	RNF187 (ENSMMMG00000017598)	ENSMMMG00000017603	ENSMMMG00000017616
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	245									ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b
Pika	MODERN SPECIES	1849													ENSOPRG00000006266 #21	GJC2 (ENSOPRG00000006277)	IBA57 (ENSOPRG00000006282)	ENSOPRG00000006299 #22	ENSOPRG00000006380	TRIM11 (ENSOPRG00000006293) #23
Rabbit	MODERN SPECIES	793																ENSOCUG00000011505 #22	TRIM11 (ENSOCUG00000038242) #23	TRIM17 (ENSOCUG00000014636)	H2BC26 (ENSOCUG00000033562) ##25	ENSOCUG00000022340
Tree shrew	DUPLICATION
Tree shrew	DUPLICATION
Tree shrew	MODERN SPECIES	3043																ENSTBEG00000011028 #22	ENSTBEG00000011545	ENSTBEG00000011639 #22
Tree shrew	MODERN SPECIES	3043														ENSTBEG00000011028 #22	ENSTBEG00000011545	ENSTBEG00000011639 #22
Tree shrew	MODERN SPECIES	9772																ENSTBEG00000003110 #22
Primates	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b #16	ENSGT01100000263548.b.a.a.a.a.a	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	52		ENSGT00940000164205	ENSGT01100000263507.D.a.a.b.b.b.b.b	ENSGT00940000153165.a.a.d.j	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997
Bushbaby	MODERN SPECIES	400			ENSOGAG00000028076	ENSOGAG00000003566	JMJD4 (ENSOGAG00000004942)	SNAP47 (ENSOGAG00000004945)	PRSS38 (ENSOGAG00000026355)	WNT9A (ENSOGAG00000013474) #19	WNT3A (ENSOGAG00000013493)	ARF1 (ENSOGAG00000010974) #20	C1orf35 (ENSOGAG00000010978)	MRPL55 (ENSOGAG00000010981)	GUK1 (ENSOGAG00000029450) #21	GJC2 (ENSOGAG00000033132)	IBA57 (ENSOGAG00000009178)	ENSOGAG00000030331 #22	TRIM11 (ENSOGAG00000009216) #23	TRIM17 (ENSOGAG00000009217)	H3-4 (ENSOGAG00000031879)	H2AC25 (ENSOGAG00000009219) #24	H2BC26 (ENSOGAG00000009221) #25	ENSOGAG00000031086 ##25	RNF187 (ENSOGAG00000011214)	ENSOGAG00000030822
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000160555	ENSGT00530000063927.a.b	ENSGT00940000157559	ENSGT00940000159259.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	88	ENSGT00940000160555	ENSGT00530000063927.a.b	ENSGT00940000157559	ENSGT00940000159259.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997
Greater bamboo lemur	DUPLICATION
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	769									ENSPSMG00000013201	ARF1 (ENSPSMG00000013226) #20	C1orf35 (ENSPSMG00000013245)	MRPL55 (ENSPSMG00000013256)	GUK1 (ENSPSMG00000013269) #21	GJC2 (ENSPSMG00000013273)	IBA57 (ENSPSMG00000013279)	ENSPSMG00000013283 #22	ENSPSMG00000013289 #22	TRIM11 (ENSPSMG00000013308) #23	TRIM17 (ENSPSMG00000013322)	ENSPSMG00000013327	ENSPSMG00000013337 ##24	H2BC26 (ENSPSMG00000013352) #25	ENSPSMG00000013365 ##25
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	769								ENSPSMG00000013201	ARF1 (ENSPSMG00000013226) #20	C1orf35 (ENSPSMG00000013245)	MRPL55 (ENSPSMG00000013256)	GUK1 (ENSPSMG00000013269) #21	GJC2 (ENSPSMG00000013273)	IBA57 (ENSPSMG00000013279)	ENSPSMG00000013283 #22	ENSPSMG00000013289 #22	TRIM11 (ENSPSMG00000013308) #23	TRIM17 (ENSPSMG00000013322)	ENSPSMG00000013327	ENSPSMG00000013337 ##24	H2BC26 (ENSPSMG00000013352) #25	ENSPSMG00000013365 ##25
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	234	PARP4 (ENSPCOG00000022852)	CENPJ (ENSPCOG00000016218)	RNF17 (ENSPCOG00000020211)	ATP12A (ENSPCOG00000025271)	ENSPCOG00000024700	JMJD4 (ENSPCOG00000019446)	SNAP47 (ENSPCOG00000012484)	PRSS38 (ENSPCOG00000019582)	WNT9A (ENSPCOG00000015468) #19	WNT3A (ENSPCOG00000024931)	ARF1 (ENSPCOG00000026770) #20	C1orf35 (ENSPCOG00000025028)	MRPL55 (ENSPCOG00000013827)	GUK1 (ENSPCOG00000009766) #21	IBA57 (ENSPCOG00000028589)	OBSCN (ENSPCOG00000028285) #22	TRIM11 (ENSPCOG00000016532) #23	TRIM17 (ENSPCOG00000026287)	H3-4 (ENSPCOG00000026493)	H2AC25 (ENSPCOG00000013826) #24	H2BC26 (ENSPCOG00000003934) #25	ENSPCOG00000005164 ##25	RNF187 (ENSPCOG00000002810)	ENSPCOG00000024361	ENSPCOG00000026534
Mouse lemur	MODERN SPECIES	4	PARP4 (ENSMICG00000028028)	CENPJ (ENSMICG00000010400)	RNF17 (ENSMICG00000010364)	ATP12A (ENSMICG00000007697)	ENSMICG00000042765	JMJD4 (ENSMICG00000036474)	SNAP47 (ENSMICG00000029011)	PRSS38 (ENSMICG00000042943)	WNT9A (ENSMICG00000047095) #19	WNT3A (ENSMICG00000010671)	ARF1 (ENSMICG00000047362) #20	C1orf35 (ENSMICG00000027688)	MRPL55 (ENSMICG00000031760)	GUK1 (ENSMICG00000003322) #21	IBA57 (ENSMICG00000041871)	OBSCN (ENSMICG00000000557) #22	TRIM11 (ENSMICG00000029090) #23	TRIM17 (ENSMICG00000013315)	H3-4 (ENSMICG00000045112)	H2AC25 (ENSMICG00000044054) #24	H2BC26 (ENSMICG00000041996) #25	ENSMICG00000048090 ##25	ENSMICG00000038421	ENSMICG00000046509	ENSMICG00000045969	ENSMICG00000026371	ENSMICG00000026956	ENSMICG00000047302	MCF2L (ENSMICG00000033069)	F7 (ENSMICG00000032148)	F10 (ENSMICG00000028391)
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	46	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b #16	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00390000016274	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997
Tarsier	MODERN SPECIES	5065	ZNF669 (ENSTSYG00000003204)	ENSTSYG00000034800	ENSTSYG00000002726	ENSTSYG00000028507	JMJD4 (ENSTSYG00000000484)	SNAP47 (ENSTSYG00000034505)	PRSS38 (ENSTSYG00000011299)	WNT9A (ENSTSYG00000025543) #19	WNT3A (ENSTSYG00000027346)	ARF1 (ENSTSYG00000027538) #20	CUNH1orf35 (ENSTSYG00000031003)	MRPL55 (ENSTSYG00000002932)	GUK1 (ENSTSYG00000001325) #21	IBA57 (ENSTSYG00000014591)	ENSTSYG00000006833	OBSCN (ENSTSYG00000031392) #22	TRIM11 (ENSTSYG00000029832) #23	TRIM17 (ENSTSYG00000008473)	H3-4 (ENSTSYG00000037257)	H2AC25 (ENSTSYG00000026130) #24	H2BC26 (ENSTSYG00000029005) #25	ENSTSYG00000036415 ##25
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00910000148176	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00390000016274	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00910000148176	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00860000136121	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00390000017697.a.n	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00390000016274	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000153165.a.a.d.i.a	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00860000136121	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00390000017697.a.n	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00390000016274	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT01090000260030.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00860000136121	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00390000017697.a.n	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00390000016274	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	17	COQ8A (ENSCSAG00000016382)	CDC42BPA (ENSCSAG00000016402)	ENSCSAG00000016411	JMJD4 (ENSCSAG00000016420)	SNAP47 (ENSCSAG00000016423)	PRSS38 (ENSCSAG00000016434)	WNT9A (ENSCSAG00000016440) #19	WNT3A (ENSCSAG00000016455)	ARF1 (ENSCSAG00000016460) #20	C1orf35 (ENSCSAG00000016465)	MRPL55 (ENSCSAG00000016477)	GUK1 (ENSCSAG00000016494) #21	GJC2 (ENSCSAG00000000269)	IBA57 (ENSCSAG00000016503)	ENSCSAG00000000270	OBSCN (ENSCSAG00000016528) #22	TRIM11 (ENSCSAG00000016542) #23	TRIM17 (ENSCSAG00000016546)	H2AC25 (ENSCSAG00000000271) #24	H2BC26 (ENSCSAG00000000272) #25	ENSCSAG00000000273 ##25	RNF187 (ENSCSAG00000016553)
Cercopithecinae_a	DUPLICATION
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.uc #22
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.uc #22
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.uc #22
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	269	SNAP47 (ENSCATG00000017110)	ENSCATG00000032383	PRSS38 (ENSCATG00000028007)	WNT9A (ENSCATG00000037437) #19	WNT3A (ENSCATG00000024249)	ENSCATG00000026444	ENSCATG00000034162 #20	C1orf35 (ENSCATG00000036828)	MRPL55 (ENSCATG00000001114)	ENSCATG00000030372 #21	GJC2 (ENSCATG00000043427)	IBA57 (ENSCATG00000033547)	ENSCATG00000033121	ENSCATG00000015518 #22	ENSCATG00000018563	ENSCATG00000028342 #22	TRIM11 (ENSCATG00000037992) #23	TRIM17 (ENSCATG00000004723)	H3-4 (ENSCATG00000015110)	H2AC25 (ENSCATG00000019930) #24	H2BC26 (ENSCATG00000043414) #25	ENSCATG00000016310 ##25	ENSCATG00000036222
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00910000148086	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00860000136121	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b.`b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00390000017697.a.n	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00390000016274	ENSGT00940000154756.A.vc #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00390000013340	ENSGT00550000076417	ENSGT00940000154842.a.b	ENSGT00940000153464.A.b.a	ENSGT00940000157769	ENSGT00940000168189	ENSGT00940000163577	ENSGT00510000046975.b.t
Macaca	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00910000148086	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00860000136121	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b.`b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00390000017697.a.n	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00390000016274	ENSGT00940000154756.A.vc #22	ENSGT00440000034918.q.a.a.a.d.l.a.b	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00390000013340	ENSGT00940000154842.a.b	ENSGT00940000153464.A.b.a	ENSGT00940000157769	ENSGT00940000163577	ENSGT00510000046975.b.t	ENSGT00390000007598
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	288					WNT9A (ENSMNEG00000028905) #19	WNT3A (ENSMNEG00000037152)	ENSMNEG00000038219	ARF1 (ENSMNEG00000037278) #20	C1orf35 (ENSMNEG00000029724)	MRPL55 (ENSMNEG00000036387)	ENSMNEG00000035833	ENSMNEG00000028444 #21	GJC2 (ENSMNEG00000000224)	IBA57 (ENSMNEG00000037320)	ENSMNEG00000033684	OBSCN (ENSMNEG00000039875) #22	ENSMNEG00000022017	TRIM11 (ENSMNEG00000029145) #23	TRIM17 (ENSMNEG00000033783)	H3-4 (ENSMNEG00000018662)	H2AC25 (ENSMNEG00000011405) #24	H2BC26 (ENSMNEG00000007106) #25	ENSMNEG00000023271 ##25	RNF187 (ENSMNEG00000041115)
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00910000148086	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00860000136121	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b.`b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00440000034918.q.a.a.a.d.l.a.b	ENSGT00390000016274	ENSGT00940000154756.A.vc #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510.a	ENSGT00390000013340	ENSGT00550000076417	ENSGT00940000154842.a.b	ENSGT00940000153464.A.b.a	ENSGT00940000157769	ENSGT00940000168189	ENSGT00940000163577	ENSGT00510000046975.b.t
Olive baboon	MODERN SPECIES		CDC42BPA (ENSPANG00000007777)	ENSPANG00000048983	ENSPANG00000048924	JMJD4 (ENSPANG00000031507)	SNAP47 (ENSPANG00000017951)	PRSS38 (ENSPANG00000024006)	WNT9A (ENSPANG00000048565) #19	WNT3A (ENSPANG00000019711)	ENSPANG00000004523 #20	C1orf35 (ENSPANG00000009889)	MRPL55 (ENSPANG00000017717)	ENSPANG00000020945 #21	GJC2 (ENSPANG00000035104)	IBA57 (ENSPANG00000021033)	ENSPANG00000030630	ENSPANG00000035184 #22	TRIM11 (ENSPANG00000004478) #23	TRIM17 (ENSPANG00000014849)	H3-4 (ENSPANG00000032788)	H2AC25 (ENSPANG00000039633) #24	H2BC26 (ENSPANG00000042066) #25	ENSPANG00000050063 ##25	HSD17B7 (ENSPANG00000026079)	ENSPANG00000045838	DDR2 (ENSPANG00000011453)	ENSPANG00000046218	UAP1 (ENSPANG00000001322)	UHMK1 (ENSPANG00000001321)	SH2D1B (ENSPANG00000041929)	SPATA46 (ENSPANG00000004524)	ENSPANG00000023226
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	160	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00910000148086	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00860000136121	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b.`b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00440000034918.q.a.a.a.d.l.a.b	ENSGT00390000016274	ENSGT00940000154756.A.vc #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510.a
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	269	ENSCATG00000028870	JMJD4 (ENSCATG00000030697)	SNAP47 (ENSCATG00000017110)	ENSCATG00000032383	PRSS38 (ENSCATG00000028007)	WNT9A (ENSCATG00000037437) #19	WNT3A (ENSCATG00000024249)	ENSCATG00000026444	ENSCATG00000034162 #20	C1orf35 (ENSCATG00000036828)	MRPL55 (ENSCATG00000001114)	ENSCATG00000030372 #21	GJC2 (ENSCATG00000043427)	IBA57 (ENSCATG00000033547)	ENSCATG00000033121	ENSCATG00000015518 #22	ENSCATG00000018563	ENSCATG00000028342 #22	TRIM11 (ENSCATG00000037992) #23	TRIM17 (ENSCATG00000004723)	H3-4 (ENSCATG00000015110)	H2AC25 (ENSCATG00000019930) #24	H2BC26 (ENSCATG00000043414) #25	ENSCATG00000016310 ##25	ENSCATG00000036222
Drill	MODERN SPECIES	1468		ZNF678 (ENSMLEG00000030111)	ENSMLEG00000029152	JMJD4 (ENSMLEG00000038450)	SNAP47 (ENSMLEG00000028118)	PRSS38 (ENSMLEG00000031236)	WNT9A (ENSMLEG00000041830) #19	WNT3A (ENSMLEG00000034108)	ENSMLEG00000010724	ARF1 (ENSMLEG00000040308) #20	C1orf35 (ENSMLEG00000044367)	MRPL55 (ENSMLEG00000043407)	ENSMLEG00000033820 #21	IBA57 (ENSMLEG00000035651)	ENSMLEG00000000202	OBSCN (ENSMLEG00000039921) #22	TRIM11 (ENSMLEG00000035665) #23	TRIM17 (ENSMLEG00000036683)	H3-4 (ENSMLEG00000027834)	H2AC25 (ENSMLEG00000019082) #24	H2BC26 (ENSMLEG00000011931) #25	ENSMLEG00000027649 ##25
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	247	ENSGT00390000012563.m.b.b	ENSGT00910000147389	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00860000136121	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00390000016274	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	736						WNT9A (ENSRBIG00000036258) #19	WNT3A (ENSRBIG00000039877)	ENSRBIG00000040413	ARF1 (ENSRBIG00000043809) #20	C1orf35 (ENSRBIG00000032408)	MRPL55 (ENSRBIG00000038180)	ENSRBIG00000030901 #21	GJC2 (ENSRBIG00000039202)	IBA57 (ENSRBIG00000042111)	ENSRBIG00000031054	OBSCN (ENSRBIG00000044496) #22	TRIM11 (ENSRBIG00000027735) #23	TRIM17 (ENSRBIG00000017974)	H3-4 (ENSRBIG00000029468)	H2AC25 (ENSRBIG00000024183) #24	H2BC26 (ENSRBIG00000013451) #25	ENSRBIG00000029298 ##25
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1428																OBSCN (ENSRROG00000044144) #22	TRIM11 (ENSRROG00000036560) #23	TRIM17 (ENSRROG00000035878)	H3-4 (ENSRROG00000010623)	H2AC25 (ENSRROG00000007919) #24	H2BC26 (ENSRROG00000024891) #25	ENSRROG00000023607 ##25	RNF187 (ENSRROG00000024808)
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00910000147389	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00860000136121	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00390000017697.a.n	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00390000016274	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997	ENSGT00940000156644	ENSGT00910000146652	ENSGT00940000157464	ENSGT00500000045533	ENSGT00390000003512	ENSGT00940000156048.b	ENSGT00390000011529
Gibbon	MODERN SPECIES	20	CDC42BPA (ENSNLEG00000013980)	ZNF678 (ENSNLEG00000008917)	ENSNLEG00000031801	JMJD4 (ENSNLEG00000032639)	SNAP47 (ENSNLEG00000014097)	PRSS38 (ENSNLEG00000014112)	WNT9A (ENSNLEG00000014116) #19	WNT3A (ENSNLEG00000014118)	ENSNLEG00000029254	ARF1 (ENSNLEG00000014137) #20	ENSNLEG00000033210	ENSNLEG00000014215	ENSNLEG00000014235 #21	IBA57 (ENSNLEG00000014263)	ENSNLEG00000033321	ENSNLEG00000014265 #22	TRIM11 (ENSNLEG00000014315) #23	TRIM17 (ENSNLEG00000014332)	H3-4 (ENSNLEG00000031785)	H2AC25 (ENSNLEG00000033352) #24	H2BC26 (ENSNLEG00000033656) #25	ENSNLEG00000029943 ##25	RHOU (ENSNLEG00000027920)	ENSNLEG00000027599	RAB4A (ENSNLEG00000014339)	ENSNLEG00000032941	ENSNLEG00000014345	ACTA1 (ENSNLEG00000014347)	NUP133 (ENSNLEG00000014372)	ABCB10 (ENSNLEG00000014442)	TAF5L (ENSNLEG00000014446)
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000154251.A.a.a.a	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00860000136121	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00390000017697.a.n	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00390000016274	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997	ENSGT00940000156644	ENSGT00940000157464	ENSGT00390000003512	ENSGT00940000156048.b	ENSGT00390000011529	ENSGT00910000148069	ENSGT00940000157680
Orangutan	MODERN SPECIES		COQ8A (ENSPPYG00000000159)	CDC42BPA (ENSPPYG00000000158)	ENSPPYG00000000155	JMJD4 (ENSPPYG00000000154)	SNAP47 (ENSPPYG00000000153)	PRSS38 (ENSPPYG00000000152)	WNT9A (ENSPPYG00000000151) #19	WNT3A (ENSPPYG00000000150)	ENSPPYG00000000149	ARF1 (ENSPPYG00000000148) #20	C1orf35 (ENSPPYG00000000147)	ENSPPYG00000000146	ENSPPYG00000000145 #21	GJC2 (ENSPPYG00000000144)	IBA57 (ENSPPYG00000039751)	ENSPPYG00000000139 #22	ENSPPYG00000000138 #23	TRIM17 (ENSPPYG00000000137)	H3-4 (ENSPPYG00000000136)	H2AC25 (ENSPPYG00000030037) #24	H2BC26 (ENSPPYG00000039326) #25	ENSPPYG00000040985 ##25	RNF187 (ENSPPYG00000041257)	ENSPPYG00000000133	ENSPPYG00000000131	RHOU (ENSPPYG00000000130)	RAB4A (ENSPPYG00000000128)	CCSAP (ENSPPYG00000039997)	ACTA1 (ENSPPYG00000000127)	NUP133 (ENSPPYG00000000126)	ABCB10 (ENSPPYG00000000125)
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000159380	ENSGT00910000147389	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00860000136121	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00390000017697.a.n	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00390000016274	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000156644	ENSGT00940000157464	ENSGT00390000003512	ENSGT00940000156048.b	ENSGT00390000011529	ENSGT00910000148069	ENSGT00940000157680	ENSGT00940000153342.b.w
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Pan	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000159380	ENSGT00910000147389	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00860000136121	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00390000017697.a.n	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00390000016274	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000156644	ENSGT00940000157464	ENSGT00390000003512	ENSGT00940000156048.b	ENSGT00390000011529	ENSGT00910000148069	ENSGT00940000157680	ENSGT00940000153342.b.w
Bonobo	MODERN SPECIES		ENSPPAG00000042694	JMJD4 (ENSPPAG00000041921)	ENSPPAG00000043934	SNAP47 (ENSPPAG00000030087)	PRSS38 (ENSPPAG00000029608)	WNT9A (ENSPPAG00000040433) #19	WNT3A (ENSPPAG00000033514)	ENSPPAG00000003062	ARF1 (ENSPPAG00000029612) #20	ENSPPAG00000031412	ENSPPAG00000030545	ENSPPAG00000030143	ENSPPAG00000031110 #21	ENSPPAG00000034125	ENSPPAG00000037707	OBSCN (ENSPPAG00000039604) #22	TRIM11 (ENSPPAG00000018913) #23	TRIM17 (ENSPPAG00000018691)	H3-4 (ENSPPAG00000020018)	H2AC25 (ENSPPAG00000013459) #24	H2BC26 (ENSPPAG00000025721) #25	ENSPPAG00000001893 ##25	ENSPPAG00000034335	RAB4A (ENSPPAG00000036595)	ACTA1 (ENSPPAG00000033916)	NUP133 (ENSPPAG00000035148)	ENSPPAG00000025609	ABCB10 (ENSPPAG00000012448)	TAF5L (ENSPPAG00000034307)	URB2 (ENSPPAG00000040629)	ENSPPAG00000004114
Chimpanzee	MODERN SPECIES		JMJD4 (ENSPTRG00000002059)	ENSPTRG00000048948	SNAP47 (ENSPTRG00000002060)	PRSS38 (ENSPTRG00000002061)	WNT9A (ENSPTRG00000002062) #19	WNT3A (ENSPTRG00000002064)	ENSPTRG00000046943	ARF1 (ENSPTRG00000002066) #20	C1H1orf35 (ENSPTRG00000002067)	MRPL55 (ENSPTRG00000002068)	ENSPTRG00000051540	GUK1 (ENSPTRG00000002069) #21	GJC2 (ENSPTRG00000002070)	IBA57 (ENSPTRG00000002072)	ENSPTRG00000002073	OBSCN (ENSPTRG00000046375) #22	TRIM11 (ENSPTRG00000002071) #23	TRIM17 (ENSPTRG00000002076)	H3-4 (ENSPTRG00000052362)	H2AC25 (ENSPTRG00000047640) #24	H2BC26 (ENSPTRG00000050958) #25	ENSPTRG00000048372	H2BC27 (ENSPTRG00000049906) ##25	RNF187 (ENSPTRG00000002079)	RHOU (ENSPTRG00000045909)	RAB4A (ENSPTRG00000002083)	CCSAP (ENSPTRG00000002085)	ACTA1 (ENSPTRG00000002086)	NUP133 (ENSPTRG00000002088)	ABCB10 (ENSPTRG00000002090)	TAF5L (ENSPTRG00000002091)
Human	MODERN SPECIES		PSEN2 (ENSG00000143801)	COQ8A (ENSG00000163050)	CDC42BPA (ENSG00000143776)	ZNF678 (ENSG00000181450)	SNAP47 (ENSG00000143740)	JMJD4 (ENSG00000081692)	PRSS38 (ENSG00000185888)	WNT9A (ENSG00000143816) #19	WNT3A (ENSG00000154342)	ARF1 (ENSG00000143761) #20	C1orf35 (ENSG00000143793)	MRPL55 (ENSG00000162910)	GUK1 (ENSG00000143774) #21	GJC2 (ENSG00000198835)	IBA57 (ENSG00000181873)	OBSCN (ENSG00000154358) #22	TRIM11 (ENSG00000154370) #23	TRIM17 (ENSG00000162931)	H3-4 (ENSG00000168148)	H2AC25 (ENSG00000181218) #24	H2BC26 (ENSG00000196890) #25	RNF187 (ENSG00000168159)	RHOU (ENSG00000116574)	RAB4A (ENSG00000168118)	CCSAP (ENSG00000154429)	ACTA1 (ENSG00000143632)	NUP133 (ENSG00000069248)	ABCB10 (ENSG00000135776)	TAF5L (ENSG00000135801)	URB2 (ENSG00000135763)	GALNT2 (ENSG00000143641)
Gorilla	MODERN SPECIES		ENSGGOG00000037683	SNAP47 (ENSGGOG00000008442)	PRSS38 (ENSGGOG00000012849)	WNT9A (ENSGGOG00000004569) #19	ENSGGOG00000037788	WNT3A (ENSGGOG00000006562)	ENSGGOG00000023449	ARF1 (ENSGGOG00000011263) #20	C1orf35 (ENSGGOG00000015702)	ENSGGOG00000015709	ENSGGOG00000039931	ENSGGOG00000013567 #21	ENSGGOG00000027354	IBA57 (ENSGGOG00000013646)	ENSGGOG00000012820	ENSGGOG00000012717 #22	TRIM11 (ENSGGOG00000016890) #23	TRIM17 (ENSGGOG00000016899)	ENSGGOG00000027960	H2AC25 (ENSGGOG00000037094) #24	H2BC26 (ENSGGOG00000039267) #25	ENSGGOG00000037971 ##25	ENSGGOG00000026023	ENSGGOG00000011409	ENSGGOG00000007918	ENSGGOG00000040773	RAB4A (ENSGGOG00000015714)	CCSAP (ENSGGOG00000014931)	ACTA1 (ENSGGOG00000011599)	NUP133 (ENSGGOG00000000930)	ABCB10 (ENSGGOG00000008699)
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	55	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00910000148176	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b.bb.a #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00390000016274	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b #16	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b.bb.a #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00390000016274	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997	ENSGT00390000018900	ENSGT00390000004799	ENSGT00390000005861	ENSGT00950000183142.a.b.a.b	ENSGT00940000156766	ENSGT00940000156992	ENSGT00940000160590
Marmoset	MODERN SPECIES	10	ENSCJAG00000066453	ENSCJAG00000082577	ZNF124 (ENSCJAG00000011765)	ZNF670 (ENSCJAG00000011738)	ZNF669 (ENSCJAG00000048657)	JMJD4 (ENSCJAG00000011727)	SNAP47 (ENSCJAG00000039821)	WNT9A (ENSCJAG00000080517) #19	WNT3A (ENSCJAG00000016650)	ARF1 (ENSCJAG00000041786) #20	C1orf35 (ENSCJAG00000016721)	MRPL55 (ENSCJAG00000016730)	ENSCJAG00000016738 #21	GJC2 (ENSCJAG00000016746)	IBA57 (ENSCJAG00000016749)	OBSCN (ENSCJAG00000054288) #22	TRIM11 (ENSCJAG00000016757) #23	TRIM17 (ENSCJAG00000016765)	H2AC25 (ENSCJAG00000083637) #24	H2BC26 (ENSCJAG00000077602) #25	ENSCJAG00000071519 ##25	RNF187 (ENSCJAG00000016779)	ENSCJAG00000059253	ENSCJAG00000082135	AHCTF1 (ENSCJAG00000016790)	SCCPDH (ENSCJAG00000016806)	CNST (ENSCJAG00000016834)	TFB2M (ENSCJAG00000016845)	ENSCJAG00000055715	SMYD3 (ENSCJAG00000016856)	ENSCJAG00000079381
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b #16	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b.bb.a #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00390000016274	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263504.a.b.b.b.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997	ENSGT00390000018900	ENSGT00390000004799	ENSGT00390000005861	ENSGT00950000183142.a.b.a.b	ENSGT00940000156766	ENSGT00940000156992	ENSGT00940000160590
Capuchin	MODERN SPECIES	75	ZNF670 (ENSCCAG00000027449)	ENSCCAG00000031402	ENSCCAG00000021671	JMJD4 (ENSCCAG00000035807)	SNAP47 (ENSCCAG00000027134)	PRSS38 (ENSCCAG00000020907)	WNT9A (ENSCCAG00000030978) #19	WNT3A (ENSCCAG00000009359)	ENSCCAG00000023374 #20	C1orf35 (ENSCCAG00000020266)	MRPL55 (ENSCCAG00000031724)	GUK1 (ENSCCAG00000035707) #21	GJC2 (ENSCCAG00000020287)	IBA57 (ENSCCAG00000019844)	ENSCCAG00000023630	OBSCN (ENSCCAG00000032571) #22	ENSCCAG00000016195	TRIM11 (ENSCCAG00000036943) #23	TRIM17 (ENSCCAG00000025121)	ENSCCAG00000036407	H2AW (ENSCCAG00000012315) #24	H2BU1 (ENSCCAG00000015023) #25	ENSCCAG00000012567 ##25	RNF187 (ENSCCAG00000028705)	ENSCCAG00000025344	ENSCCAG00000018435	AHCTF1 (ENSCCAG00000023436)	SCCPDH (ENSCCAG00000022176)	ENSCCAG00000020404	CNST (ENSCCAG00000038009)	TFB2M (ENSCCAG00000028811)
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	114	OR2C3 (ENSSBOG00000028292) ##26	OR2B11 (ENSSBOG00000031196) #16	NLRP3 (ENSSBOG00000030084) #17	ZNF496 (ENSSBOG00000005783) #18	ENSSBOG00000021324	JMJD4 (ENSSBOG00000026344)	ENSSBOG00000025438	PRSS38 (ENSSBOG00000025229)	WNT9A (ENSSBOG00000025218) #19	WNT3A (ENSSBOG00000020846)	ENSSBOG00000030557 #20	C1orf35 (ENSSBOG00000023673)	MRPL55 (ENSSBOG00000035388)	GUK1 (ENSSBOG00000026897) #21	IBA57 (ENSSBOG00000022497)	OBSCN (ENSSBOG00000032380) #22	TRIM11 (ENSSBOG00000005125) #23	TRIM17 (ENSSBOG00000030344)	H2AC25 (ENSSBOG00000019953) #24	H2BC26 (ENSSBOG00000008375) #25	ENSSBOG00000019925 ##25	AHCTF1 (ENSSBOG00000004404)	SCCPDH (ENSSBOG00000021995)	CNST (ENSSBOG00000028424)	TFB2M (ENSSBOG00000033950)	ENSSBOG00000035160	SMYD3 (ENSSBOG00000026164)	KIF26B (ENSSBOG00000034697)	EFCAB2 (ENSSBOG00000034755)	HNRNPU (ENSSBOG00000026500)	COX20 (ENSSBOG00000029804)
Mas night monkey	DUPLICATION
Mas night monkey	MODERN SPECIES	1116	ZNF496 (ENSANAG00000022228) #18	ZNF124 (ENSANAG00000029658)	ZNF670 (ENSANAG00000033492)	ZNF669 (ENSANAG00000013317)	ENSANAG00000022916	JMJD4 (ENSANAG00000028105)	SNAP47 (ENSANAG00000035151)	WNT9A (ENSANAG00000032624) #19	WNT3A (ENSANAG00000021377)	ENSANAG00000036021 #20	C1orf35 (ENSANAG00000020714)	MRPL55 (ENSANAG00000036592)	GUK1 (ENSANAG00000027172) #21	IBA57 (ENSANAG00000022164)	ENSANAG00000029250	OBSCN (ENSANAG00000024031) #22	TRIM11 (ENSANAG00000034240) #23	ENSANAG00000028749	ENSANAG00000022375	H2AC25 (ENSANAG00000031714) #24	H2BC26 (ENSANAG00000010772) #25	ENSANAG00000031738 ##25	ENSANAG00000026087
Mas night monkey	MODERN SPECIES	119																ENSANAG00000024508 #22
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b #16	ENSGT01100000263548.b.a.a.a.a.a	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES	2563																ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00390000016274
Common shrew	DUPLICATION
Common shrew	MODERN SPECIES	3800															ENSSARG00000009329 #22	ENSSARG00000009473 #22
Common shrew	MODERN SPECIES	3800																ENSSARG00000009329 #22	ENSSARG00000009473 #22
Hedgehog	MODERN SPECIES	5498																ENSEEUG00000012792 #22	ENSEEUG00000013297
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b #16	ENSGT01100000263548.b.a.a.a.a.a	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b #16	ENSGT01100000263548.b.a.a.a.a.a	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	28					ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.a	ENSGT01090000259995.a.a.b.a.b.a	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT01100000263548.b.a.a.a.a.a	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b #16
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT01090000260018.A.a.b.a	ENSGT00940000160338	ENSGT00940000162750	ENSGT00530000063632.B	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000158017.d	ENSGT01090000259995.a.a.b.a.b.a	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT01100000263548.b.a.a.a.a.a	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b #16	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.a.a ##16	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.b ##26	ENSGT01100000263548.a.b.b
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT01090000260018.A.a.b.a	ENSGT00940000160338	ENSGT00940000162750	ENSGT00530000063632.B	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT01100000263548.b.a.a.a.a.a	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b #16	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.a.a ##16	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.b ##26	ENSGT01100000263548.a.b.b	ENSGT01100000263486.a.b.b ##26	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a.b ##26	ENSGT00940000158134.A
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01090000260018.A.a.b.a	ENSGT00940000160338	ENSGT00940000162750	ENSGT00530000063632.B	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT01100000263548.b.a.a.a.a.a	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b #16	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.a.a ##16	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.b ##26	ENSGT01100000263548.a.b.b	ENSGT01100000263486.a.b.b ##26	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a.b ##26	ENSGT00940000158134.A
lion	DUPLICATION
lion	MODERN SPECIES		ENSPLOG00000002906	ZFP62 (ENSPLOG00000002927)	MGAT1 (ENSPLOG00000002940)	JMJD4 (ENSPLOG00000002956)	SNAP47 (ENSPLOG00000002987)	ENSPLOG00000003011	PRSS38 (ENSPLOG00000003023)	WNT9A (ENSPLOG00000000004) #19	WNT3A (ENSPLOG00000000013)	ARF1 (ENSPLOG00000000016) #20	C1orf35 (ENSPLOG00000000019)	MRPL55 (ENSPLOG00000000024)	GUK1 (ENSPLOG00000000033) #21	GJC2 (ENSPLOG00000000039)	IBA57 (ENSPLOG00000000043)	ENSPLOG00000000051 #22	ENSPLOG00000000078 #22	TRIM11 (ENSPLOG00000000094) #23	TRIM17 (ENSPLOG00000000102)	H2AC25 (ENSPLOG00000000118) #24	H2BC26 (ENSPLOG00000000122) #25	RNF187 (ENSPLOG00000000130)	ENSPLOG00000000153	ENSPLOG00000000167	ENSPLOG00000000176	ZNF496 (ENSPLOG00000000182) #18	NLRP3 (ENSPLOG00000000198) #17	ENSPLOG00000000215 ##16	OR2B11 (ENSPLOG00000000220) #16	ENSPLOG00000000228 ##26	OR2C3 (ENSPLOG00000000232) ##26
lion	MODERN SPECIES		ZFP62 (ENSPLOG00000002927)	MGAT1 (ENSPLOG00000002940)	JMJD4 (ENSPLOG00000002956)	SNAP47 (ENSPLOG00000002987)	ENSPLOG00000003011	PRSS38 (ENSPLOG00000003023)	WNT9A (ENSPLOG00000000004) #19	WNT3A (ENSPLOG00000000013)	ARF1 (ENSPLOG00000000016) #20	C1orf35 (ENSPLOG00000000019)	MRPL55 (ENSPLOG00000000024)	GUK1 (ENSPLOG00000000033) #21	GJC2 (ENSPLOG00000000039)	IBA57 (ENSPLOG00000000043)	ENSPLOG00000000051 #22	ENSPLOG00000000078 #22	TRIM11 (ENSPLOG00000000094) #23	TRIM17 (ENSPLOG00000000102)	H2AC25 (ENSPLOG00000000118) #24	H2BC26 (ENSPLOG00000000122) #25	RNF187 (ENSPLOG00000000130)	ENSPLOG00000000153	ENSPLOG00000000167	ENSPLOG00000000176	ZNF496 (ENSPLOG00000000182) #18	NLRP3 (ENSPLOG00000000198) #17	ENSPLOG00000000215 ##16	OR2B11 (ENSPLOG00000000220) #16	ENSPLOG00000000228 ##26	OR2C3 (ENSPLOG00000000232) ##26	GCSAML (ENSPLOG00000000252)
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	34					ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.a
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	64	ENSGT01090000259995.b.b.a.a.b.i.a.a.a.b	ENSGT01090000259995.b.b.a.a.b.j.b	ENSGT00940000162666	ENSGT01090000260086.E.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815.c #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997
Canis_lupus	DUPLICATION
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Dog	DUPLICATION
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Caniformia_b	DUPLICATION
Caniformia_b	DUPLICATION
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.gd.a #22
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.gd.a #22
Ferret	MODERN SPECIES	525					JMJD4 (ENSMPUG00000000927)	SNAP47 (ENSMPUG00000000929)	PRSS38 (ENSMPUG00000000932)	WNT9A (ENSMPUG00000000947) #19	WNT3A (ENSMPUG00000000960)	ARF1 (ENSMPUG00000000962) #20	C1orf35 (ENSMPUG00000000996)	MRPL55 (ENSMPUG00000001004)	GUK1 (ENSMPUG00000001011) #21	IBA57 (ENSMPUG00000001035)	ENSMPUG00000001039 #22	ENSMPUG00000001077 #22	ENSMPUG00000001079	TRIM11 (ENSMPUG00000001081) #23	H3-4 (ENSMPUG00000018529)	H2AC25 (ENSMPUG00000018534) #24	H2BC26 (ENSMPUG00000018539) #25	ENSMPUG00000001083 ##25	ENSMPUG00000001085	ENSMPUG00000001088	ENSMPUG00000018546	ENSMPUG00000001090	ENSMPUG00000001091
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	41					ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A.gd.b #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.a.d
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	159					ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A.gd.b #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.a.d
American mink	DUPLICATION
American mink	MODERN SPECIES	522					JMJD4 (ENSNVIG00000023741)	SNAP47 (ENSNVIG00000023746)	PRSS38 (ENSNVIG00000023749)	WNT9A (ENSNVIG00000023751) #19	WNT3A (ENSNVIG00000023755)	ARF1 (ENSNVIG00000000852) #20	C1orf35 (ENSNVIG00000000876)	MRPL55 (ENSNVIG00000000896)	GUK1 (ENSNVIG00000000938) #21	GJC2 (ENSNVIG00000001001)	IBA57 (ENSNVIG00000001008)	ENSNVIG00000001052 #22	ENSNVIG00000001101 #22	TRIM11 (ENSNVIG00000001136) #23	TRIM17 (ENSNVIG00000001165)	H3-4 (ENSNVIG00000001199)	H2AC25 (ENSNVIG00000001203) #24	H2BC26 (ENSNVIG00000001207) #25	ENSNVIG00000001218 ##25
American mink	MODERN SPECIES	522				JMJD4 (ENSNVIG00000023741)	SNAP47 (ENSNVIG00000023746)	PRSS38 (ENSNVIG00000023749)	WNT9A (ENSNVIG00000023751) #19	WNT3A (ENSNVIG00000023755)	ARF1 (ENSNVIG00000000852) #20	C1orf35 (ENSNVIG00000000876)	MRPL55 (ENSNVIG00000000896)	GUK1 (ENSNVIG00000000938) #21	GJC2 (ENSNVIG00000001001)	IBA57 (ENSNVIG00000001008)	ENSNVIG00000001052 #22	ENSNVIG00000001101 #22	TRIM11 (ENSNVIG00000001136) #23	TRIM17 (ENSNVIG00000001165)	H3-4 (ENSNVIG00000001199)	H2AC25 (ENSNVIG00000001203) #24	H2BC26 (ENSNVIG00000001207) #25	ENSNVIG00000001218 ##25
Ferret	MODERN SPECIES	525						JMJD4 (ENSMPUG00000000927)	SNAP47 (ENSMPUG00000000929)	PRSS38 (ENSMPUG00000000932)	WNT9A (ENSMPUG00000000947) #19	WNT3A (ENSMPUG00000000960)	ARF1 (ENSMPUG00000000962) #20	C1orf35 (ENSMPUG00000000996)	MRPL55 (ENSMPUG00000001004)	GUK1 (ENSMPUG00000001011) #21	IBA57 (ENSMPUG00000001035)	ENSMPUG00000001039 #22	ENSMPUG00000001077 #22	ENSMPUG00000001079	TRIM11 (ENSMPUG00000001081) #23	H3-4 (ENSMPUG00000018529)	H2AC25 (ENSMPUG00000018534) #24	H2BC26 (ENSMPUG00000018539) #25	ENSMPUG00000001083 ##25	ENSMPUG00000001085	ENSMPUG00000001088	ENSMPUG00000018546	ENSMPUG00000001090	ENSMPUG00000001091
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	59					ENSGT01030000234553.b.b.d.c.a.d	ENSGT00940000163997	ENSGT00390000009510	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000162155	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000154756.A.hd #22	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A.gd.b #22	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT00390000010309.a	ENSGT00390000005590	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00940000160510	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380
Ursus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.gd.b #22
Polar bear	DUPLICATION
Polar bear	MODERN SPECIES	314						JMJD4 (ENSUMAG00000001003)	ENSUMAG00000000990	SNAP47 (ENSUMAG00000000986)	PRSS38 (ENSUMAG00000000967)	WNT9A (ENSUMAG00000000953) #19	WNT3A (ENSUMAG00000000923)	ARF1 (ENSUMAG00000000918) #20	MRPL55 (ENSUMAG00000000905)	GUK1 (ENSUMAG00000000901) #21	ENSUMAG00000000883 #22	ENSUMAG00000000847 #22	TRIM17 (ENSUMAG00000000819)	ENSUMAG00000000803	ENSUMAG00000000792	H2BC26 (ENSUMAG00000000733) #25	ENSUMAG00000000715 ##25	ENSUMAG00000000704	ENSUMAG00000000672	ENSUMAG00000000653	ENSUMAG00000000615
Polar bear	MODERN SPECIES	314							JMJD4 (ENSUMAG00000001003)	ENSUMAG00000000990	SNAP47 (ENSUMAG00000000986)	PRSS38 (ENSUMAG00000000967)	WNT9A (ENSUMAG00000000953) #19	WNT3A (ENSUMAG00000000923)	ARF1 (ENSUMAG00000000918) #20	MRPL55 (ENSUMAG00000000905)	GUK1 (ENSUMAG00000000901) #21	ENSUMAG00000000883 #22	ENSUMAG00000000847 #22	TRIM17 (ENSUMAG00000000819)	ENSUMAG00000000803	ENSUMAG00000000792	H2BC26 (ENSUMAG00000000733) #25	ENSUMAG00000000715 ##25	ENSUMAG00000000704	ENSUMAG00000000672	ENSUMAG00000000653	ENSUMAG00000000615
Giant Panda	MODERN SPECIES	13							ENSAMEG00000014310	ENSAMEG00000024010	ENSAMEG00000028006 ##25	H2BC26 (ENSAMEG00000026668) #25	H2AW (ENSAMEG00000025465) #24	H3-4 (ENSAMEG00000031491)	TRIM17 (ENSAMEG00000014312)	ENSAMEG00000023964 #23	ENSAMEG00000023921	ENSAMEG00000016258 #22	ENSAMEG00000016280 #21	ENSAMEG00000016292	C1orf35 (ENSAMEG00000016295)	ARF1 (ENSAMEG00000030995) #20	WNT3A (ENSAMEG00000004256)	WNT9A (ENSAMEG00000027387) #19	PRSS38 (ENSAMEG00000007189)	SNAP47 (ENSAMEG00000009252)	JMJD4 (ENSAMEG00000018153)	ENSAMEG00000029442	ENSAMEG00000030449	ENSAMEG00000029726	OR14C36 (ENSAMEG00000013199)	ENSAMEG00000028922	ENSAMEG00000019418
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.hd #22
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	59					ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309.a	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT00940000154756.A.gd.b #22	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A.hd #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.a.d
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	192					ENSGT00940000159380	ENSGT00940000169575	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309.a	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A.hd #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.f	ENSGT01020000230360.c.b.a.b.b.d	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.a.d
American black bear	MODERN SPECIES	2400																ENSUAMG00000013620 #22	TRIM11 (ENSUAMG00000013614) #23	TRIM17 (ENSUAMG00000013611)	ENSUAMG00000013599	H2AC25 (ENSUAMG00000013568) #24	H2BC26 (ENSUAMG00000013549) #25	ENSUAMG00000013542 ##25	ENSUAMG00000013539
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.b ##26	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b #16	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.a
Equus	ANCESTRAL SPECIES	6					ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.b ##25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997.m	ENSGT01030000234553.b.b.d.d	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b #16	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.b ##26	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a.b.c.a ##26	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a.b.c.b ##26	ENSGT00940000158134.A	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##26	ENSGT01060000248581.C.a.b.a.a
Horse	MODERN SPECIES	5						JMJD4 (ENSECAG00000021407)	SNAP47 (ENSECAG00000020954)	PRSS38 (ENSECAG00000020942)	WNT9A (ENSECAG00000020178) #19	WNT3A (ENSECAG00000028812)	ARF1 (ENSECAG00000032327) #20	GUK1 (ENSECAG00000019280) #21	ENSECAG00000059239	GJC2 (ENSECAG00000037673)	IBA57 (ENSECAG00000006335)	OBSCN (ENSECAG00000016720) #22	TRIM11 (ENSECAG00000016373) #23	TRIM17 (ENSECAG00000039891)	ENSECAG00000059949 ##25	H2BC26 (ENSECAG00000048080) #25	RNF187 (ENSECAG00000016200)	ENSECAG00000040368	ENSECAG00000032464	ENSECAG00000033206	ZNF496 (ENSECAG00000015844) #18	NLRP3 (ENSECAG00000015382) #17	OR2B11 (ENSECAG00000002900) #16	OR2W29 (ENSECAG00000001770) ##26	OR2C3F (ENSECAG00000031551) ##26	OR2C3 (ENSECAG00000036826) ##26	OR2C3D (ENSECAG00000028047) ##26
Donkey	MODERN SPECIES	29				JMJD4 (ENSEASG00005017516)	SNAP47 (ENSEASG00005017519)	ENSEASG00005023983	PRSS38 (ENSEASG00005017526)	WNT9A (ENSEASG00005017530) #19	WNT3A (ENSEASG00005010564)	ENSEASG00005036953	C1orf35 (ENSEASG00005017537)	MRPL55 (ENSEASG00005024877)	GUK1 (ENSEASG00005017539) #21	GJC2 (ENSEASG00005017541)	ENSEASG00005033564	OBSCN (ENSEASG00005017625) #22	TRIM11 (ENSEASG00005017954) #23	TRIM17 (ENSEASG00005017955)	ENSEASG00005035131	H2BC26 (ENSEASG00005026831) #25	ENSEASG00005029469	ENSEASG00005017961	ENSEASG00005024868	ENSEASG00005035367	ENSEASG00005017951	ENSEASG00005017964 #18	NLRP3 (ENSEASG00005017967) #17	OR2B11 (ENSEASG00005017975) #16	ENSEASG00005017978 ##26	ENSEASG00005038196 ##26	ENSEASG00005028368
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	75	ENSGT00940000158134.A	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b #16	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.a
Megabat	MODERN SPECIES	1486																OBSCN (ENSPVAG00000009411) #22
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	63	ENSGT00940000158134.A	ENSGT01090000260044.A.b.a.a.a.b #16	ENSGT00940000162415 #17	ENSGT00940000161967 #18	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997	ENSGT01030000234553.b.b.d.c.a
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	16	GRM6 (ENSRFEG00010020725)	ZNF454 (ENSRFEG00010020708)	ZFP2 (ENSRFEG00010020696)	ENSRFEG00010020667	JMJD4 (ENSRFEG00010020639)	SNAP47 (ENSRFEG00010020620)	PRSS38 (ENSRFEG00010020586)	WNT9A (ENSRFEG00010020564) #19	WNT3A (ENSRFEG00010020529)	ENSRFEG00010020502 #20	ENSRFEG00010020459	MRPL55 (ENSRFEG00010020427)	ENSRFEG00010020344 #21	GJC2 (ENSRFEG00010020305)	IBA57 (ENSRFEG00010020284)	OBSCN (ENSRFEG00010012968) #22	TRIM11 (ENSRFEG00010012738) #23	TRIM17 (ENSRFEG00010012551)	H3-4 (ENSRFEG00010012529)	H2AC25 (ENSRFEG00010012511) #24	RNF187 (ENSRFEG00010012412)	ENSRFEG00010012392	ENSRFEG00010012356	ZNF496 (ENSRFEG00010012279) #18	ENSRFEG00010012199	NLRP3 (ENSRFEG00010011921) #17	OR2B11 (ENSRFEG00010011877) #16	GCSAML (ENSRFEG00010011703)	OR2G2 (ENSRFEG00010011520) ##26	OR2G3 (ENSRFEG00010011480) ##26	OR14K1 (ENSRFEG00010011310)
Microbat	DUPLICATION
Microbat	DUPLICATION
Microbat	MODERN SPECIES	1239		OR2B11 (ENSMLUG00000014384) #16	NLRP3 (ENSMLUG00000014375) #17	ZNF496 (ENSMLUG00000026878) #18	ENSMLUG00000024170	ENSMLUG00000009770	SNAP47 (ENSMLUG00000013515)	PRSS38 (ENSMLUG00000012972)	WNT9A (ENSMLUG00000013086) #19	ENSMLUG00000026050	ENSMLUG00000007020 #20	MRPL55 (ENSMLUG00000007037)	GUK1 (ENSMLUG00000013049) #21	GJC2 (ENSMLUG00000006940)	IBA57 (ENSMLUG00000008724)	ENSMLUG00000025341 #22	ENSMLUG00000013117 #22	ENSMLUG00000027104 #22	TRIM11 (ENSMLUG00000009420) #23	RNF187 (ENSMLUG00000002610)	TRIM58 (ENSMLUG00000004402)	OR2W3 (ENSMLUG00000005916) #26	ENSMLUG00000027552	SH3BP5L (ENSMLUG00000002392) #27	ZNF692 (ENSMLUG00000002398)
Microbat	MODERN SPECIES	1239	OR2B11 (ENSMLUG00000014384) #16	NLRP3 (ENSMLUG00000014375) #17	ZNF496 (ENSMLUG00000026878) #18	ENSMLUG00000024170	ENSMLUG00000009770	SNAP47 (ENSMLUG00000013515)	PRSS38 (ENSMLUG00000012972)	WNT9A (ENSMLUG00000013086) #19	ENSMLUG00000026050	ENSMLUG00000007020 #20	MRPL55 (ENSMLUG00000007037)	GUK1 (ENSMLUG00000013049) #21	GJC2 (ENSMLUG00000006940)	IBA57 (ENSMLUG00000008724)	ENSMLUG00000025341 #22	ENSMLUG00000013117 #22	ENSMLUG00000027104 #22	TRIM11 (ENSMLUG00000009420) #23	RNF187 (ENSMLUG00000002610)	TRIM58 (ENSMLUG00000004402)	OR2W3 (ENSMLUG00000005916) #26	ENSMLUG00000027552	SH3BP5L (ENSMLUG00000002392) #27	ZNF692 (ENSMLUG00000002398)
Microbat	MODERN SPECIES	1239	NLRP3 (ENSMLUG00000014375) #17	ZNF496 (ENSMLUG00000026878) #18	ENSMLUG00000024170	ENSMLUG00000009770	SNAP47 (ENSMLUG00000013515)	PRSS38 (ENSMLUG00000012972)	WNT9A (ENSMLUG00000013086) #19	ENSMLUG00000026050	ENSMLUG00000007020 #20	MRPL55 (ENSMLUG00000007037)	GUK1 (ENSMLUG00000013049) #21	GJC2 (ENSMLUG00000006940)	IBA57 (ENSMLUG00000008724)	ENSMLUG00000025341 #22	ENSMLUG00000013117 #22	ENSMLUG00000027104 #22	TRIM11 (ENSMLUG00000009420) #23	RNF187 (ENSMLUG00000002610)	TRIM58 (ENSMLUG00000004402)	OR2W3 (ENSMLUG00000005916) #26	ENSMLUG00000027552	SH3BP5L (ENSMLUG00000002392) #27	ZNF692 (ENSMLUG00000002398)
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	31					ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a.b	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997
Suina	ANCESTRAL SPECIES	56	ENSGT01090000260018.A.a.a.a.b.a	ENSGT01090000260018.A.a.a.a.b.b	ENSGT01090000260018.A.a.a.b.b.s.a.a	ENSGT01090000260018.A.a.a.b.a	ENSGT01090000260018.A.a.a.b.b.s.a.b	ENSGT01090000259995.a.a.a	ENSGT00390000010671	ENSGT00730000111648	ENSGT00570000079564	ENSGT00390000018500.a #27	ENSGT01100000263521.a.a.b.a.b.b	ENSGT00940000161175	ENSGT00940000163610	ENSGT00940000162327	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000163997	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT00390000010309	ENSGT00390000005590	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00940000160510	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000154494.a.b	ENSGT00950000182843.b
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	953	SHANK3 (ENSCWAG00000020472)	ENSCWAG00000020508	ENSCWAG00000020519	OR4A16 (ENSCWAG00000020533)	JMJD4 (ENSCWAG00000020541)	SNAP47 (ENSCWAG00000020551)	PRSS38 (ENSCWAG00000020558)	WNT9A (ENSCWAG00000020570) #19	WNT3A (ENSCWAG00000020576)	ARF1 (ENSCWAG00000020582) #20	C1orf35 (ENSCWAG00000020590)	MRPL55 (ENSCWAG00000020597)	GUK1 (ENSCWAG00000020604) #21	GJC2 (ENSCWAG00000020627)	IBA57 (ENSCWAG00000020636)	OBSCN (ENSCWAG00000020667) #22	TRIM11 (ENSCWAG00000020837) #23	TRIM17 (ENSCWAG00000020852)	H2AC25 (ENSCWAG00000020876) #24	H2BC26 (ENSCWAG00000020885) #25	RNF187 (ENSCWAG00000020893)	ENSCWAG00000020902	ENSCWAG00000020908	PGBD2 (ENSCWAG00000008376)	ENSCWAG00000008433	ZNF692 (ENSCWAG00000008595)	ENSCWAG00000008779	SH3BP5L (ENSCWAG00000008801) #27	LYPD8 (ENSCWAG00000008831)	ENSCWAG00000008871	ENSCWAG00000008915
Pig	MODERN SPECIES	10	ENSSSCG00000032924	ENSSSCG00000040165	ENSSSCG00000014467	ENSSSCG00000036276	JMJD4 (ENSSSCG00000013983)	SNAP47 (ENSSSCG00000013984)	ENSSSCG00000057198	ENSSSCG00000048546	WNT9A (ENSSSCG00000024671) #19	WNT3A (ENSSSCG00000029870)	ARF1 (ENSSSCG00000013992) #20	C1orf35 (ENSSSCG00000013991)	MRPL55 (ENSSSCG00000029050)	ENSSSCG00000013990 #21	GJC2 (ENSSSCG00000013989)	OBSCN (ENSSSCG00000034569) #22	RNF187 (ENSSSCG00000032994)	H2BC26 (ENSSSCG00000061158) #25	H2AC25 (ENSSSCG00000047900) #24	TRIM17 (ENSSSCG00000014000)	TRIM11 (ENSSSCG00000035985) #23	ENSSSCG00000059454	ENSSSCG00000026598	ENSSSCG00000013980	ENSSSCG00000039611	PGBD2 (ENSSSCG00000033305)	ENSSSCG00000013976	ZNF692 (ENSSSCG00000030672)	ZNF672 (ENSSSCG00000013978)	SH3BP5L (ENSSSCG00000025900) #27	LYPD8 (ENSSSCG00000013973)
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT01030000234648.a.b.a.b	ENSGT00940000162181	ENSGT00940000162743	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a.b	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT00390000009510
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	109						ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a.b	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00940000163657.j	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT00390000009510
Arabian camel	MODERN SPECIES	22	ENSCDRG00005007599	LYPD8 (ENSCDRG00005007575)	SH3BP5L (ENSCDRG00005007520) #27	ENSCDRG00005007493	ENSCDRG00005007466	JMJD4 (ENSCDRG00005007427)	SNAP47 (ENSCDRG00005007395)	PRSS38 (ENSCDRG00005007311)	WNT9A (ENSCDRG00005007206) #19	WNT3A (ENSCDRG00005007136)	ENSCDRG00005007080	MRPL55 (ENSCDRG00005007045)	GUK1 (ENSCDRG00005006904) #21	GJC2 (ENSCDRG00005006871)	IBA57 (ENSCDRG00005006837)	ENSCDRG00005006705 #22	TRIM11 (ENSCDRG00005006600) #23	TRIM17 (ENSCDRG00005006573)	H3-4 (ENSCDRG00005006553)	H2AC25 (ENSCDRG00005006540) #24	H2BC26 (ENSCDRG00005006528) #25	ENSCDRG00005006516	ENSCDRG00005006493	ENSCDRG00005006375
Artiodactyla_b	DUPLICATION
Artiodactyla_b	DUPLICATION
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	8																ENSGT00940000154756.A.kd.a #22	ENSGT00390000009510	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000162155	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000154756.A.ld #22	ENSGT00390000006465	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT00390000010309	ENSGT00390000005590	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00940000160510	ENSGT00940000159618 #19
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.kd.a #22
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.kd.a #22
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.kd.a #22
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.kd.a #22
Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.kd.a #22
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.kd.a #22
Wild yak	MODERN SPECIES	610		ZNF354B (ENSBMUG00000013110)	JMJD4 (ENSBMUG00000013129)	SNAP47 (ENSBMUG00000013160)	PRSS38 (ENSBMUG00000013170)	WNT9A (ENSBMUG00000013188) #19	WNT3A (ENSBMUG00000013208)	ARF1 (ENSBMUG00000013231) #20	C1orf35 (ENSBMUG00000013244)	MRPL55 (ENSBMUG00000013341)	GUK1 (ENSBMUG00000013370) #21	GJC2 (ENSBMUG00000013389)	IBA57 (ENSBMUG00000013400)	ENSBMUG00000013430 #22	ENSBMUG00000013541 #22	ENSBMUG00000013557 #22
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234648.a.b.a.b	ENSGT00940000162181	ENSGT00940000162743	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a.b	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b.rb.a #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A.kd.a #22	ENSGT00390000009510	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT00940000162155	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT01090000259995.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000162327	ENSGT00940000161175	ENSGT01100000263552.g.b.a.a	ENSGT00390000018500.a #27	ENSGT00570000079564	ENSGT00730000111648	ENSGT01090000259995.a.a.a	ENSGT00940000162246	ENSGT01090000260045.C.e.a.b	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##26
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.kd.a #22
Sperm whale	MODERN SPECIES	11	JMJD4 (ENSPCTG00005001672)	SNAP47 (ENSPCTG00005001687)	PRSS38 (ENSPCTG00005001709)	WNT9A (ENSPCTG00005001728) #19	WNT3A (ENSPCTG00005001738)	ARF1 (ENSPCTG00005001753) #20	C1orf35 (ENSPCTG00005001766)	ENSPCTG00005001780	GUK1 (ENSPCTG00005001793) #21	GJC2 (ENSPCTG00005001808)	IBA57 (ENSPCTG00005001814)	ENSPCTG00005001819	ENSPCTG00005001826	ENSPCTG00005001837 #22	ENSPCTG00005001845 #22	ENSPCTG00005001857 #22	RNF187 (ENSPCTG00005001868)	H2BC26 (ENSPCTG00005001875) #25	H2AC25 (ENSPCTG00005001884) #24	ENSPCTG00005001893	TRIM11 (ENSPCTG00005001906) #23	ENSPCTG00005001917	PGBD2 (ENSPCTG00005001930)	ZNF692 (ENSPCTG00005001942)	ZNF672 (ENSPCTG00005001950)	SH3BP5L (ENSPCTG00005001958) #27	LYPD8 (ENSPCTG00005001972)	ENSPCTG00005001987	TRIM58 (ENSPCTG00005002006)	ENSPCTG00005002014	OR2G2 (ENSPCTG00005002019) ##26
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.kd.b #22
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.kd.b #22
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.kd.b #22
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183110.a	ENSGT00550000075064	ENSGT00730000111029.e.a	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a.b	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A.kd.b #22	ENSGT00940000154756.A.ld #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT00390000009510	ENSGT00390000008694.b.b.c.b.cb.b	ENSGT00940000162743	ENSGT00940000162181	ENSGT01030000234648.a.b.a.b	ENSGT00940000162816	ENSGT00940000162715	ENSGT00940000156647	ENSGT00940000158334
Bovinae	DUPLICATION
Bovinae	DUPLICATION
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00950000183110.a	ENSGT00550000075064	ENSGT00730000111029.e.a	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a.b	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A.kd.b.a.a #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT00390000009510	ENSGT00390000008694.b.b.c.b.cb.b	ENSGT00940000162743	ENSGT00940000162181	ENSGT01030000234648.a.b.a.b	ENSGT00940000162816	ENSGT00940000162715	ENSGT00940000156647	ENSGT00940000158334	ENSGT00940000153503.a.a
Bos	DUPLICATION
Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.kd.b.a.a.a #22
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.kd.b.a.a.a #22
Cow	DUPLICATION
Cow	MODERN SPECIES	26	ENSBTAG00000052161	ZNF354B (ENSBTAG00000017123)	JMJD4 (ENSBTAG00000004191)	SNAP47 (ENSBTAG00000004188)	PRSS38 (ENSBTAG00000013977)	WNT9A (ENSBTAG00000020267) #19	WNT3A (ENSBTAG00000039397)	ARF1 (ENSBTAG00000007725) #20	C7H1orf35 (ENSBTAG00000020720)	MRPL55 (ENSBTAG00000020721)	GUK1 (ENSBTAG00000014775) #21	GJC2 (ENSBTAG00000014916)	IBA57 (ENSBTAG00000014918)	ENSBTAG00000049190 #22	ENSBTAG00000051744 #22	ENSBTAG00000040028 #22	ENSBTAG00000007820	TRIM11 (ENSBTAG00000039246) #23	TRIM17 (ENSBTAG00000018673)	H3-4 (ENSBTAG00000055153)	H2AC25 (ENSBTAG00000037964) #24	H2BC26 (ENSBTAG00000053467) #25	RNF187 (ENSBTAG00000019667)	ENSBTAG00000052690	ZFP2 (ENSBTAG00000007122)	ZNF454 (ENSBTAG00000004262)	GRM6 (ENSBTAG00000016187)	ENSBTAG00000034973	ZNF879 (ENSBTAG00000038541)	ENSBTAG00000055301	ZNF354C (ENSBTAG00000002281)
Cow	MODERN SPECIES	26	ATP13A1 (ENSBTAG00000007128)	ENSBTAG00000052161	ZNF354B (ENSBTAG00000017123)	JMJD4 (ENSBTAG00000004191)	SNAP47 (ENSBTAG00000004188)	PRSS38 (ENSBTAG00000013977)	WNT9A (ENSBTAG00000020267) #19	WNT3A (ENSBTAG00000039397)	ARF1 (ENSBTAG00000007725) #20	C7H1orf35 (ENSBTAG00000020720)	MRPL55 (ENSBTAG00000020721)	GUK1 (ENSBTAG00000014775) #21	GJC2 (ENSBTAG00000014916)	IBA57 (ENSBTAG00000014918)	ENSBTAG00000049190 #22	ENSBTAG00000051744 #22	ENSBTAG00000040028 #22	ENSBTAG00000007820	TRIM11 (ENSBTAG00000039246) #23	TRIM17 (ENSBTAG00000018673)	H3-4 (ENSBTAG00000055153)	H2AC25 (ENSBTAG00000037964) #24	H2BC26 (ENSBTAG00000053467) #25	RNF187 (ENSBTAG00000019667)	ENSBTAG00000052690	ZFP2 (ENSBTAG00000007122)	ZNF454 (ENSBTAG00000004262)	GRM6 (ENSBTAG00000016187)	ENSBTAG00000034973	ZNF879 (ENSBTAG00000038541)	ENSBTAG00000055301
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT01050000244941.B.c	ENSGT00950000183110.a	ENSGT00550000075064	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a.b	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A.kd.b.a.a.a #22	ENSGT00390000009312.n.b	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT00390000009510	ENSGT00390000008694.b.b.c.b.cb.b	ENSGT00940000162743	ENSGT00940000162181	ENSGT01030000234648.a.b.a.b	ENSGT00940000162816	ENSGT00940000162715	ENSGT00940000156647	ENSGT00940000158334
Wild yak	MODERN SPECIES	610				ZNF354B (ENSBMUG00000013110)	JMJD4 (ENSBMUG00000013129)	SNAP47 (ENSBMUG00000013160)	PRSS38 (ENSBMUG00000013170)	WNT9A (ENSBMUG00000013188) #19	WNT3A (ENSBMUG00000013208)	ARF1 (ENSBMUG00000013231) #20	C1orf35 (ENSBMUG00000013244)	MRPL55 (ENSBMUG00000013341)	GUK1 (ENSBMUG00000013370) #21	GJC2 (ENSBMUG00000013389)	IBA57 (ENSBMUG00000013400)	ENSBMUG00000013430 #22	ENSBMUG00000013541 #22	ENSBMUG00000013557 #22
Bos	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00950000183110.a	ENSGT00550000075064	ENSGT00730000111029.e.a	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a.b	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A.kd.b.a.a.b #22	ENSGT00390000009312.n.b	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT00390000009510	ENSGT00390000008694.b.b.c.b.cb.b	ENSGT00940000162743	ENSGT00940000162181	ENSGT01030000234648.a.b.a.b	ENSGT00940000162816	ENSGT00940000162715	ENSGT00940000156647	ENSGT00940000158334
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00950000183110.a	ENSGT00550000075064	ENSGT00730000111029.e.a	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a.b	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A.kd.b.a.a.b #22	ENSGT00390000009312.n.b	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000162743	ENSGT00940000162181	ENSGT01030000234648.a.b.a.b	ENSGT00940000162715	ENSGT00940000156647	ENSGT00940000158334	ENSGT00940000153503.a.a	ENSGT00940000153137.a.b.a
Cow	MODERN SPECIES	26	GMIP (ENSBTAG00000015144)	ATP13A1 (ENSBTAG00000007128)	ENSBTAG00000052161	ZNF354B (ENSBTAG00000017123)	JMJD4 (ENSBTAG00000004191)	SNAP47 (ENSBTAG00000004188)	PRSS38 (ENSBTAG00000013977)	WNT9A (ENSBTAG00000020267) #19	WNT3A (ENSBTAG00000039397)	ARF1 (ENSBTAG00000007725) #20	C7H1orf35 (ENSBTAG00000020720)	MRPL55 (ENSBTAG00000020721)	GUK1 (ENSBTAG00000014775) #21	GJC2 (ENSBTAG00000014916)	IBA57 (ENSBTAG00000014918)	ENSBTAG00000049190 #22	ENSBTAG00000051744 #22	ENSBTAG00000040028 #22	ENSBTAG00000007820	TRIM11 (ENSBTAG00000039246) #23	TRIM17 (ENSBTAG00000018673)	H3-4 (ENSBTAG00000055153)	H2AC25 (ENSBTAG00000037964) #24	H2BC26 (ENSBTAG00000053467) #25	RNF187 (ENSBTAG00000019667)	ENSBTAG00000052690	ZFP2 (ENSBTAG00000007122)	ZNF454 (ENSBTAG00000004262)	GRM6 (ENSBTAG00000016187)	ENSBTAG00000034973	ZNF879 (ENSBTAG00000038541)
American bison	DUPLICATION
American bison	MODERN SPECIES	3165	JMJD4 (ENSBBBG00000016083)	SNAP47 (ENSBBBG00000007139)	PRSS38 (ENSBBBG00000016108)	WNT9A (ENSBBBG00000016116) #19	WNT3A (ENSBBBG00000016145)	ARF1 (ENSBBBG00000016170) #20	C1orf35 (ENSBBBG00000016183)	MRPL55 (ENSBBBG00000004037)	GUK1 (ENSBBBG00000004041) #21	IBA57 (ENSBBBG00000016303)	ENSBBBG00000016321	ENSBBBG00000016327 #22	ENSBBBG00000016344 #22	ENSBBBG00000016350 #22	ENSBBBG00000016357 #22	ENSBBBG00000016369 #22	TRIM11 (ENSBBBG00000016378) #23	TRIM17 (ENSBBBG00000016399)	H3-4 (ENSBBBG00000004059)
American bison	MODERN SPECIES	3165	ZNF354B (ENSBBBG00000016063)	JMJD4 (ENSBBBG00000016083)	SNAP47 (ENSBBBG00000007139)	PRSS38 (ENSBBBG00000016108)	WNT9A (ENSBBBG00000016116) #19	WNT3A (ENSBBBG00000016145)	ARF1 (ENSBBBG00000016170) #20	C1orf35 (ENSBBBG00000016183)	MRPL55 (ENSBBBG00000004037)	GUK1 (ENSBBBG00000004041) #21	IBA57 (ENSBBBG00000016303)	ENSBBBG00000016321	ENSBBBG00000016327 #22	ENSBBBG00000016344 #22	ENSBBBG00000016350 #22	ENSBBBG00000016357 #22	ENSBBBG00000016369 #22	TRIM11 (ENSBBBG00000016378) #23	TRIM17 (ENSBBBG00000016399)	H3-4 (ENSBBBG00000004059)
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.kd.b.a.b #22
Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.kd.b.a.b #22
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.kd.b.a.b #22
Wild yak	MODERN SPECIES	610			ZNF354B (ENSBMUG00000013110)	JMJD4 (ENSBMUG00000013129)	SNAP47 (ENSBMUG00000013160)	PRSS38 (ENSBMUG00000013170)	WNT9A (ENSBMUG00000013188) #19	WNT3A (ENSBMUG00000013208)	ARF1 (ENSBMUG00000013231) #20	C1orf35 (ENSBMUG00000013244)	MRPL55 (ENSBMUG00000013341)	GUK1 (ENSBMUG00000013370) #21	GJC2 (ENSBMUG00000013389)	IBA57 (ENSBMUG00000013400)	ENSBMUG00000013430 #22	ENSBMUG00000013541 #22	ENSBMUG00000013557 #22
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.kd.b.b #22
American bison	MODERN SPECIES	3165	ENSBBBG00000016056	ZNF354B (ENSBBBG00000016063)	JMJD4 (ENSBBBG00000016083)	SNAP47 (ENSBBBG00000007139)	PRSS38 (ENSBBBG00000016108)	WNT9A (ENSBBBG00000016116) #19	WNT3A (ENSBBBG00000016145)	ARF1 (ENSBBBG00000016170) #20	C1orf35 (ENSBBBG00000016183)	MRPL55 (ENSBBBG00000004037)	GUK1 (ENSBBBG00000004041) #21	IBA57 (ENSBBBG00000016303)	ENSBBBG00000016321	ENSBBBG00000016327 #22	ENSBBBG00000016344 #22	ENSBBBG00000016350 #22	ENSBBBG00000016357 #22	ENSBBBG00000016369 #22	TRIM11 (ENSBBBG00000016378) #23	TRIM17 (ENSBBBG00000016399)	H3-4 (ENSBBBG00000004059)
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT01030000234648.a.b.a.b	ENSGT00940000162181	ENSGT00940000162743	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a.b	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A.ld #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000154756.A.kd.a #22
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	113															ENSGT00550000074800.x	ENSGT00940000154756.A.ld #22
Blue whale	DUPLICATION
Blue whale	MODERN SPECIES	14	ZFP2 (ENSBMSG00010008682)	ZNF354B (ENSBMSG00010008689)	JMJD4 (ENSBMSG00010008694)	SNAP47 (ENSBMSG00010008703)	PRSS38 (ENSBMSG00010008714)	WNT9A (ENSBMSG00010008726) #19	WNT3A (ENSBMSG00010008734)	ENSBMSG00010008747 #20	C1orf35 (ENSBMSG00010008763)	ENSBMSG00010008778	GUK1 (ENSBMSG00010008805) #21	GJC2 (ENSBMSG00010008838)	IBA57 (ENSBMSG00010008847)	ENSBMSG00010008859	ENSBMSG00010008882 #22	ENSBMSG00010000077 #22	RNF187 (ENSBMSG00010000103)	H2BC26 (ENSBMSG00010000114) #25	H2AC25 (ENSBMSG00010000131) #24	TRIM11 (ENSBMSG00010000144) #23	ENSBMSG00010000168	ENSBMSG00010000187	ENSBMSG00010000207	PGBD2 (ENSBMSG00010000226)	ZNF692 (ENSBMSG00010000267)	ENSBMSG00010000289	SH3BP5L (ENSBMSG00010000308) #27	LYPD8 (ENSBMSG00010000338)	ENSBMSG00010000371	ENSBMSG00010000389	ENSBMSG00010000428
Blue whale	MODERN SPECIES	14	ZNF454 (ENSBMSG00010008671)	ZFP2 (ENSBMSG00010008682)	ZNF354B (ENSBMSG00010008689)	JMJD4 (ENSBMSG00010008694)	SNAP47 (ENSBMSG00010008703)	PRSS38 (ENSBMSG00010008714)	WNT9A (ENSBMSG00010008726) #19	WNT3A (ENSBMSG00010008734)	ENSBMSG00010008747 #20	C1orf35 (ENSBMSG00010008763)	ENSBMSG00010008778	GUK1 (ENSBMSG00010008805) #21	GJC2 (ENSBMSG00010008838)	IBA57 (ENSBMSG00010008847)	ENSBMSG00010008859	ENSBMSG00010008882 #22	ENSBMSG00010000077 #22	RNF187 (ENSBMSG00010000103)	H2BC26 (ENSBMSG00010000114) #25	H2AC25 (ENSBMSG00010000131) #24	TRIM11 (ENSBMSG00010000144) #23	ENSBMSG00010000168	ENSBMSG00010000187	ENSBMSG00010000207	PGBD2 (ENSBMSG00010000226)	ZNF692 (ENSBMSG00010000267)	ENSBMSG00010000289	SH3BP5L (ENSBMSG00010000308) #27	LYPD8 (ENSBMSG00010000338)	ENSBMSG00010000371	ENSBMSG00010000389
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000162743	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a.b	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b.rb.a #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00990000211596	ENSGT00550000074800.x	ENSGT00940000154756.A.ld #22	ENSGT00390000009510	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263514.A.e.a.a.u.b	ENSGT00940000162155	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT01090000259995.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000162327	ENSGT00940000161175	ENSGT01100000263552.g.b.a.a	ENSGT00390000018500.a #27	ENSGT00570000079564	ENSGT00730000111648	ENSGT00940000162246	ENSGT01090000260045.C.e.a.b
Sperm whale	DUPLICATION
Sperm whale	MODERN SPECIES	11	ZFP2 (ENSPCTG00005001642)	ZNF354B (ENSPCTG00005001661)	JMJD4 (ENSPCTG00005001672)	SNAP47 (ENSPCTG00005001687)	PRSS38 (ENSPCTG00005001709)	WNT9A (ENSPCTG00005001728) #19	WNT3A (ENSPCTG00005001738)	ARF1 (ENSPCTG00005001753) #20	C1orf35 (ENSPCTG00005001766)	ENSPCTG00005001780	GUK1 (ENSPCTG00005001793) #21	GJC2 (ENSPCTG00005001808)	IBA57 (ENSPCTG00005001814)	ENSPCTG00005001819	ENSPCTG00005001826	ENSPCTG00005001837 #22	ENSPCTG00005001845 #22	ENSPCTG00005001857 #22	RNF187 (ENSPCTG00005001868)	H2BC26 (ENSPCTG00005001875) #25	H2AC25 (ENSPCTG00005001884) #24	ENSPCTG00005001893	TRIM11 (ENSPCTG00005001906) #23	ENSPCTG00005001917	PGBD2 (ENSPCTG00005001930)	ZNF692 (ENSPCTG00005001942)	ZNF672 (ENSPCTG00005001950)	SH3BP5L (ENSPCTG00005001958) #27	LYPD8 (ENSPCTG00005001972)	ENSPCTG00005001987	TRIM58 (ENSPCTG00005002006)
Sperm whale	MODERN SPECIES	11	ZNF354B (ENSPCTG00005001661)	JMJD4 (ENSPCTG00005001672)	SNAP47 (ENSPCTG00005001687)	PRSS38 (ENSPCTG00005001709)	WNT9A (ENSPCTG00005001728) #19	WNT3A (ENSPCTG00005001738)	ARF1 (ENSPCTG00005001753) #20	C1orf35 (ENSPCTG00005001766)	ENSPCTG00005001780	GUK1 (ENSPCTG00005001793) #21	GJC2 (ENSPCTG00005001808)	IBA57 (ENSPCTG00005001814)	ENSPCTG00005001819	ENSPCTG00005001826	ENSPCTG00005001837 #22	ENSPCTG00005001845 #22	ENSPCTG00005001857 #22	RNF187 (ENSPCTG00005001868)	H2BC26 (ENSPCTG00005001875) #25	H2AC25 (ENSPCTG00005001884) #24	ENSPCTG00005001893	TRIM11 (ENSPCTG00005001906) #23	ENSPCTG00005001917	PGBD2 (ENSPCTG00005001930)	ZNF692 (ENSPCTG00005001942)	ZNF672 (ENSPCTG00005001950)	SH3BP5L (ENSPCTG00005001958) #27	LYPD8 (ENSPCTG00005001972)	ENSPCTG00005001987	TRIM58 (ENSPCTG00005002006)	ENSPCTG00005002014
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000162743	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a.b	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b.rb.a #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00990000211596	ENSGT00550000074800.x	ENSGT00940000154756.A.ld #22	ENSGT00390000009510	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263514.A.e.a.a.u.b	ENSGT00940000162155	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT01090000259995.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000162327	ENSGT00940000161175	ENSGT01100000263552.g.b.a.a	ENSGT00390000018500.a #27	ENSGT00570000079564	ENSGT00730000111648	ENSGT00940000162246	ENSGT01090000260045.C.e.a.b
Dolphin	MODERN SPECIES	1162																OBSCN (ENSTTRG00000014296) #22
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000162743	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a.b	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b.rb.a #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00990000211596	ENSGT00550000074800.x	ENSGT00940000154756.A.ld #22	ENSGT00390000009510	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263514.A.e.a.a.u.b	ENSGT00940000162155	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT01090000259995.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000162327	ENSGT00940000161175	ENSGT01100000263552.g.b.a.a	ENSGT00390000018500.a #27	ENSGT00570000079564	ENSGT00730000111648	ENSGT00940000162246	ENSGT01090000260045.C.e.a.b
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.ld #22
Narwhal	MODERN SPECIES	150																ENSMMNG00015002347 #22
Vaquita	DUPLICATION
Vaquita	MODERN SPECIES	14	ZFP2 (ENSPSNG00000007917)	ZNF354B (ENSPSNG00000007886)	JMJD4 (ENSPSNG00000007858)	SNAP47 (ENSPSNG00000007830)	PRSS38 (ENSPSNG00000007771)	WNT9A (ENSPSNG00000007743) #19	WNT3A (ENSPSNG00000007708)	ENSPSNG00000007683 #20	C1orf35 (ENSPSNG00000007656)	MRPL55 (ENSPSNG00000007632)	GUK1 (ENSPSNG00000007583) #21	GJC2 (ENSPSNG00000007534)	IBA57 (ENSPSNG00000007499)	ENSPSNG00000003866	ENSPSNG00000003825 #22	ENSPSNG00000003780 #22	RNF187 (ENSPSNG00000003755)	H2BC26 (ENSPSNG00000003742) #25	H2AC25 (ENSPSNG00000003735) #24	ENSPSNG00000003725	TRIM17 (ENSPSNG00000003706)	TRIM11 (ENSPSNG00000003681) #23	ENSPSNG00000003658	PGBD2 (ENSPSNG00000003638)	ZNF692 (ENSPSNG00000003614)	ENSPSNG00000003603	SH3BP5L (ENSPSNG00000003579) #27	ENSPSNG00000003568	LYPD8 (ENSPSNG00000003552)	ENSPSNG00000003536	TRIM58 (ENSPSNG00000003501)
Vaquita	MODERN SPECIES	14	ZNF454 (ENSPSNG00000007949)	ZFP2 (ENSPSNG00000007917)	ZNF354B (ENSPSNG00000007886)	JMJD4 (ENSPSNG00000007858)	SNAP47 (ENSPSNG00000007830)	PRSS38 (ENSPSNG00000007771)	WNT9A (ENSPSNG00000007743) #19	WNT3A (ENSPSNG00000007708)	ENSPSNG00000007683 #20	C1orf35 (ENSPSNG00000007656)	MRPL55 (ENSPSNG00000007632)	GUK1 (ENSPSNG00000007583) #21	GJC2 (ENSPSNG00000007534)	IBA57 (ENSPSNG00000007499)	ENSPSNG00000003866	ENSPSNG00000003825 #22	ENSPSNG00000003780 #22	RNF187 (ENSPSNG00000003755)	H2BC26 (ENSPSNG00000003742) #25	H2AC25 (ENSPSNG00000003735) #24	ENSPSNG00000003725	TRIM17 (ENSPSNG00000003706)	TRIM11 (ENSPSNG00000003681) #23	ENSPSNG00000003658	PGBD2 (ENSPSNG00000003638)	ZNF692 (ENSPSNG00000003614)	ENSPSNG00000003603	SH3BP5L (ENSPSNG00000003579) #27	ENSPSNG00000003568	LYPD8 (ENSPSNG00000003552)	ENSPSNG00000003536
Pecora	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183110.a	ENSGT00550000075064	ENSGT00730000111029.e.a	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a.b	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A.ld #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT00390000009510	ENSGT00390000008694.b.b.c.b.cb.b	ENSGT00940000162181	ENSGT01030000234648.a.b.a.b	ENSGT00940000162816	ENSGT00940000162715	ENSGT00940000156647	ENSGT00940000158334	ENSGT00940000153503.a.a	ENSGT00940000153137.a.b.a
Yarkand deer	DUPLICATION
Yarkand deer	MODERN SPECIES	32	ZNF354B (ENSCHYG00000010723)	ENSCHYG00000010707	JMJD4 (ENSCHYG00000010663)	SNAP47 (ENSCHYG00000010619)	PRSS38 (ENSCHYG00000010560)	WNT9A (ENSCHYG00000010511) #19	WNT3A (ENSCHYG00000010445)	ENSCHYG00000010399 #20	C1orf35 (ENSCHYG00000010289)	MRPL55 (ENSCHYG00000010212)	GUK1 (ENSCHYG00000010059) #21	GJC2 (ENSCHYG00000010036)	IBA57 (ENSCHYG00000010014)	ENSCHYG00000009985	ENSCHYG00000009774 #22	ENSCHYG00000009620 #22	TRIM11 (ENSCHYG00000009542) #23	TRIM17 (ENSCHYG00000009461)	H3-4 (ENSCHYG00000009438)	H2AC25 (ENSCHYG00000009419) #24	ENSCHYG00000009390 ##25	RNF187 (ENSCHYG00000009353)	ENSCHYG00000009333	ENSCHYG00000009280	ZFP2 (ENSCHYG00000009266)	ZNF454 (ENSCHYG00000009231)	GRM6 (ENSCHYG00000025499)	ZNF879 (ENSCHYG00000025473)	ZNF354C (ENSCHYG00000025442)	ENSCHYG00000025422	ADAMTS2 (ENSCHYG00000025226)
Yarkand deer	MODERN SPECIES	32	ENSCHYG00000010766	ZNF354B (ENSCHYG00000010723)	ENSCHYG00000010707	JMJD4 (ENSCHYG00000010663)	SNAP47 (ENSCHYG00000010619)	PRSS38 (ENSCHYG00000010560)	WNT9A (ENSCHYG00000010511) #19	WNT3A (ENSCHYG00000010445)	ENSCHYG00000010399 #20	C1orf35 (ENSCHYG00000010289)	MRPL55 (ENSCHYG00000010212)	GUK1 (ENSCHYG00000010059) #21	GJC2 (ENSCHYG00000010036)	IBA57 (ENSCHYG00000010014)	ENSCHYG00000009985	ENSCHYG00000009774 #22	ENSCHYG00000009620 #22	TRIM11 (ENSCHYG00000009542) #23	TRIM17 (ENSCHYG00000009461)	H3-4 (ENSCHYG00000009438)	H2AC25 (ENSCHYG00000009419) #24	ENSCHYG00000009390 ##25	RNF187 (ENSCHYG00000009353)	ENSCHYG00000009333	ENSCHYG00000009280	ZFP2 (ENSCHYG00000009266)	ZNF454 (ENSCHYG00000009231)	GRM6 (ENSCHYG00000025499)	ZNF879 (ENSCHYG00000025473)	ZNF354C (ENSCHYG00000025442)	ENSCHYG00000025422
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183110.a	ENSGT00550000075064	ENSGT00730000111029.e.a	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a.b	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A.ld #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT00390000009510	ENSGT00390000008694.b.b.c.b.cb.b	ENSGT00940000162181	ENSGT01030000234648.a.b.a.b	ENSGT00940000162816	ENSGT00940000162715	ENSGT00940000156647	ENSGT00940000158334	ENSGT00940000153503.a.a	ENSGT00940000153137.a.b.a
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	1213		ENSMMSG00000022637	ZNF354B (ENSMMSG00000022631)	JMJD4 (ENSMMSG00000022617)	SNAP47 (ENSMMSG00000022600)	ENSMMSG00000022591	PRSS38 (ENSMMSG00000022575)	WNT9A (ENSMMSG00000022550) #19	WNT3A (ENSMMSG00000022541)	ARF1 (ENSMMSG00000022533) #20	C1orf35 (ENSMMSG00000022529)	MRPL55 (ENSMMSG00000022520)	GUK1 (ENSMMSG00000022498) #21	GJC2 (ENSMMSG00000022491)	IBA57 (ENSMMSG00000022482)	OBSCN (ENSMMSG00000020369) #22	TRIM11 (ENSMMSG00000020106) #23	TRIM17 (ENSMMSG00000020070)	H3-4 (ENSMMSG00000020062)	H2AC25 (ENSMMSG00000020054) #24	H2BC26 (ENSMMSG00000020045) #25	RNF187 (ENSMMSG00000020017)	ZNF454 (ENSMMSG00000019980)	GRM6 (ENSMMSG00000019933)	ZNF879 (ENSMMSG00000019906)	ZNF354C (ENSMMSG00000024233)	FLT4 (ENSMMSG00000024202)
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00550000075064	ENSGT00730000111029.e.a	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a.b	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A.kd.b #22	ENSGT00940000154756.A.ld #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT00390000009510	ENSGT00390000008694.b.b.c.b.cb.b	ENSGT00940000162743	ENSGT00940000162181	ENSGT01030000234648.a.b.a.b	ENSGT00940000162816	ENSGT00940000162715	ENSGT00940000156647	ENSGT00940000158334	ENSGT00940000153503.a.a
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00950000183110.a	ENSGT00550000075064	ENSGT00730000111029.e.a	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a.b	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A.ld #22	ENSGT00940000160371 #23	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b #24	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a #25	ENSGT00390000009510	ENSGT00390000008694.b.b.c.b.cb.b	ENSGT00940000162743	ENSGT00940000162181	ENSGT01030000234648.a.b.a.b	ENSGT00940000162816	ENSGT00940000162715	ENSGT00940000156647	ENSGT00940000158334.a	ENSGT00940000153503.a.a
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	21	C1orf35 (ENSOARG00020018506)	MRPL55 (ENSOARG00020018459)	GUK1 (ENSOARG00020018354) #21	GJC2 (ENSOARG00020018337)	IBA57 (ENSOARG00020018299)	TRIM11 (ENSOARG00020017090) #23	TRIM17 (ENSOARG00020017007)	H3-4 (ENSOARG00020016979)	H2AC25 (ENSOARG00020016951) #24	HIST3H2BB (ENSOARG00020016921) #25	RNF187 (ENSOARG00020016886)	ZFP2 (ENSOARG00020016872)	ZNF454 (ENSOARG00020016811)	GRM6 (ENSOARG00020016554)	ZNF354C (ENSOARG00020016338)	ENSOARG00020016295 #22	ADAMTS2 (ENSOARG00020015867)	ENSOARG00020015796	ENSOARG00020015427	HNRNPH1 (ENSOARG00020015212)	ENSOARG00020015166	CANX (ENSOARG00020014950)	MAML1 (ENSOARG00020014863)	LTC4S (ENSOARG00020014721)	MGAT4B (ENSOARG00020014516)	ENSOARG00020014482	SQSTM1 (ENSOARG00020014013)	ENSOARG00020013856	ENSOARG00020013782	ENSOARG00020013747	ENSOARG00020013692
Goat	MODERN SPECIES	26	GMIP (ENSCHIG00000006935)	ATP13A1 (ENSCHIG00000027146)	ENSCHIG00000027175	ZNF354B (ENSCHIG00000024384)	JMJD4 (ENSCHIG00000001908)	SNAP47 (ENSCHIG00000025042)	ENSCHIG00000004906	WNT9A (ENSCHIG00000009523) #19	WNT3A (ENSCHIG00000016159)	ARF1 (ENSCHIG00000010924) #20	C1orf35 (ENSCHIG00000020666)	MRPL55 (ENSCHIG00000024153)	GUK1 (ENSCHIG00000020301) #21	GJC2 (ENSCHIG00000012045)	IBA57 (ENSCHIG00000025813)	OBSCN (ENSCHIG00000026141) #22	TRIM11 (ENSCHIG00000010660) #23	TRIM17 (ENSCHIG00000017072)	H3-4 (ENSCHIG00000008243)	H2AC25 (ENSCHIG00000006649) #24	H2BC26 (ENSCHIG00000009284) #25	RNF187 (ENSCHIG00000012732)	ENSCHIG00000025835	ZFP2 (ENSCHIG00000010314)	ZNF454 (ENSCHIG00000013008)	GRM6 (ENSCHIG00000024892)	ZNF879 (ENSCHIG00000020873)	ZNF354C (ENSCHIG00000014371)	ADAMTS2 (ENSCHIG00000027055)	RUFY1 (ENSCHIG00000025380)	HNRNPH1 (ENSCHIG00000021285)
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.ld #22
Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.ld #22
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.ld #22
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	26	ENSBIXG00005000504	JMJD4 (ENSBIXG00005005916)	SNAP47 (ENSBIXG00005011285)	ENSBIXG00005011259	ENSBIXG00005001061	ENSBIXG00005011249	PRSS38 (ENSBIXG00005011238)	WNT9A (ENSBIXG00005006783) #19	WNT3A (ENSBIXG00005011222)	ARF1 (ENSBIXG00005011212) #20	C1orf35 (ENSBIXG00005001035)	MRPL55 (ENSBIXG00005011160)	GUK1 (ENSBIXG00005011045) #21	IBA57 (ENSBIXG00005010975)	ENSBIXG00005010951	OBSCN (ENSBIXG00005010529) #22	ENSBIXG00005029278	TRIM11 (ENSBIXG00005029289) #23	TRIM17 (ENSBIXG00005029306)	H3-4 (ENSBIXG00005029320)	ENSBIXG00005029327	H2AC25 (ENSBIXG00005029330) #24	H2BC26 (ENSBIXG00005029334) #25	RNF187 (ENSBIXG00005029336)	ZNF454 (ENSBIXG00005029356)	GRM6 (ENSBIXG00005029370)	ZNF354C (ENSBIXG00005029390)	ADAMTS2 (ENSBIXG00005029444)	RUFY1 (ENSBIXG00005029537)	HNRNPH1 (ENSBIXG00005029588)	ENSBIXG00005029650
American bison	DUPLICATION
American bison	MODERN SPECIES	3165	GMIP (ENSBBBG00000016022)	ATP13A1 (ENSBBBG00000003990)	ENSBBBG00000016056	ZNF354B (ENSBBBG00000016063)	JMJD4 (ENSBBBG00000016083)	SNAP47 (ENSBBBG00000007139)	PRSS38 (ENSBBBG00000016108)	WNT9A (ENSBBBG00000016116) #19	WNT3A (ENSBBBG00000016145)	ARF1 (ENSBBBG00000016170) #20	C1orf35 (ENSBBBG00000016183)	MRPL55 (ENSBBBG00000004037)	GUK1 (ENSBBBG00000004041) #21	IBA57 (ENSBBBG00000016303)	ENSBBBG00000016321	ENSBBBG00000016327 #22	ENSBBBG00000016344 #22	ENSBBBG00000016350 #22	ENSBBBG00000016357 #22	ENSBBBG00000016369 #22	TRIM11 (ENSBBBG00000016378) #23	TRIM17 (ENSBBBG00000016399)	H3-4 (ENSBBBG00000004059)
American bison	MODERN SPECIES	3165	ATP13A1 (ENSBBBG00000003990)	ENSBBBG00000016056	ZNF354B (ENSBBBG00000016063)	JMJD4 (ENSBBBG00000016083)	SNAP47 (ENSBBBG00000007139)	PRSS38 (ENSBBBG00000016108)	WNT9A (ENSBBBG00000016116) #19	WNT3A (ENSBBBG00000016145)	ARF1 (ENSBBBG00000016170) #20	C1orf35 (ENSBBBG00000016183)	MRPL55 (ENSBBBG00000004037)	GUK1 (ENSBBBG00000004041) #21	IBA57 (ENSBBBG00000016303)	ENSBBBG00000016321	ENSBBBG00000016327 #22	ENSBBBG00000016344 #22	ENSBBBG00000016350 #22	ENSBBBG00000016357 #22	ENSBBBG00000016369 #22	TRIM11 (ENSBBBG00000016378) #23	TRIM17 (ENSBBBG00000016399)	H3-4 (ENSBBBG00000004059)
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	148				ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000155138.f	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00390000016274
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	186				ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000155138.f	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00390000016274
Tenrec	MODERN SPECIES	4743																ENSETEG00000006375 #22
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	187				ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000154494.a	ENSGT00940000155138.f	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00390000016274
Elephant	MODERN SPECIES	27	H3-4 (ENSLAFG00000031137)	TRIM11 (ENSLAFG00000017039) #23	ENSLAFG00000032186	JMJD4 (ENSLAFG00000022162)	SNAP47 (ENSLAFG00000028954)	PRSS38 (ENSLAFG00000005934)	ENSLAFG00000031393	WNT9A (ENSLAFG00000017352) #19	ENSLAFG00000031881	ARF1 (ENSLAFG00000006987) #20	C1orf35 (ENSLAFG00000003007)	MRPL55 (ENSLAFG00000003008)	GUK1 (ENSLAFG00000026666) #21	GJC2 (ENSLAFG00000010220)	IBA57 (ENSLAFG00000010222)	ENSLAFG00000022315 #22	ENSLAFG00000030495	PRMT2 (ENSLAFG00000009604)	S100B (ENSLAFG00000014935)
Hyrax	MODERN SPECIES	4537																OBSCN (ENSPCAG00000005964) #22	ENSPCAG00000006677
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	596									ENSGT00940000155138.f	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00390000010309	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22
Armadillo	DUPLICATION
Armadillo	MODERN SPECIES	904																ENSDNOG00000044665 #22	ENSDNOG00000040332	ENSDNOG00000049210	TRIM11 (ENSDNOG00000046467) #23	TRIM17 (ENSDNOG00000001170)	H3-4 (ENSDNOG00000047581)	ENSDNOG00000041071 #24	H2BC26 (ENSDNOG00000043947) #25	ENSDNOG00000044676 ##25	ENSDNOG00000012828	ENSDNOG00000044824 #24	ENSDNOG00000045637	NABP1 (ENSDNOG00000023585)
Armadillo	DUPLICATION
Armadillo	MODERN SPECIES	2365						ENSDNOG00000039640	ENSDNOG00000049106	ENSDNOG00000047752	WNT9A (ENSDNOG00000007791) #19	WNT3A (ENSDNOG00000037172)	ENSDNOG00000049038 #20	C1orf35 (ENSDNOG00000040335)	MRPL55 (ENSDNOG00000024342)	ENSDNOG00000023608	ENSDNOG00000040893 #22	ENSDNOG00000035986 #22
Armadillo	MODERN SPECIES	2365							ENSDNOG00000039640	ENSDNOG00000049106	ENSDNOG00000047752	WNT9A (ENSDNOG00000007791) #19	WNT3A (ENSDNOG00000037172)	ENSDNOG00000049038 #20	C1orf35 (ENSDNOG00000040335)	MRPL55 (ENSDNOG00000024342)	ENSDNOG00000023608	ENSDNOG00000040893 #22	ENSDNOG00000035986 #22
Armadillo	MODERN SPECIES	2121																ENSDNOG00000037026 #22
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000160534	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000160773	ENSGT00390000014069.b	ENSGT00940000158253	ENSGT00940000161141	ENSGT00940000157423	ENSGT00940000158922	ENSGT00940000156382	ENSGT00470000042293.a.b	ENSGT00950000183184.b	ENSGT00940000160724	ENSGT00940000159523	ENSGT00940000161812	ENSGT00390000003267	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000154756.B ##22	ENSGT00940000166913	ENSGT00390000015009	ENSGT00530000063909.a	ENSGT00940000159790	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.b	ENSGT00940000161778	ENSGT00940000155685	ENSGT00390000004038	ENSGT00530000063991.a	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000161200	ENSGT00940000162478	ENSGT00550000075038	ENSGT00390000017837.a
Opossum	MODERN SPECIES	5	ENSMODG00000013871	ALS2CL (ENSMODG00000013867)	JMJD4 (ENSMODG00000013850)	SNAP47 (ENSMODG00000013844)	ENSMODG00000027354	ENSMODG00000013841	ENSMODG00000022963	WNT9A (ENSMODG00000013820) #19	WNT3A (ENSMODG00000013810)	ENSMODG00000013804	MRPL55 (ENSMODG00000013793)	ENSMODG00000013790 #21	GJC2 (ENSMODG00000013779)	IBA57 (ENSMODG00000051147)	ENSMODG00000027446	OBSCN (ENSMODG00000013764) #22	ENSMODG00000028809	ENSMODG00000041391	ENSMODG00000013724	ENSMODG00000013677	ENSMODG00000013671	ENSMODG00000027869	ENSMODG00000038496	ENSMODG00000013644	ENSMODG00000028520	ACKR2 (ENSMODG00000013607)	CCDC13 (ENSMODG00000013599)	HHATL (ENSMODG00000013592)	KLHL40 (ENSMODG00000013585)	ZBTB47 (ENSMODG00000013582)	NKTR (ENSMODG00000013574)
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000160534	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000160773	ENSGT00390000014069.b	ENSGT00940000158253	ENSGT00940000161141	ENSGT00940000157423	ENSGT00940000158922	ENSGT00940000156382	ENSGT00470000042293.a.b	ENSGT00950000183184.b	ENSGT00940000160724	ENSGT00940000159523	ENSGT00940000161812	ENSGT00390000003267	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000154756.B ##22	ENSGT00940000166913	ENSGT00390000015009	ENSGT00530000063909.a	ENSGT00940000159790	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.b	ENSGT00940000161778	ENSGT00940000155685	ENSGT00390000004038	ENSGT00530000063991.a	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000161200	ENSGT00940000162478	ENSGT00550000075038	ENSGT00390000017837.a
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000160534	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000160773	ENSGT00390000014069.b	ENSGT00940000158253	ENSGT00940000161141	ENSGT00940000157423	ENSGT00940000158922	ENSGT00940000156382	ENSGT00470000042293.a.b	ENSGT00950000183184.b	ENSGT00940000160724	ENSGT00940000159523	ENSGT00940000161812	ENSGT00390000003267	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000154756.B ##22	ENSGT00940000166913	ENSGT00390000015009	ENSGT00530000063909.a	ENSGT00940000159790	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.b	ENSGT00940000161778	ENSGT00940000155685	ENSGT00390000004038	ENSGT00530000063991.a	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000161200	ENSGT00940000162478	ENSGT00550000075038	ENSGT00390000017837.a
Wallaby	MODERN SPECIES	6704																OBSCN (ENSMEUG00000007256) #22	ENSMEUG00000007434
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000160534	ENSGT00400000022305	ENSGT00940000160773	ENSGT00390000014069.b	ENSGT00940000158253	ENSGT00940000161141	ENSGT00940000157423	ENSGT00940000158922	ENSGT00940000156382	ENSGT00470000042293.a.b	ENSGT00950000183184.b	ENSGT00940000160724	ENSGT00940000159523	ENSGT00940000161812	ENSGT00390000003267	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000154756.B ##22	ENSGT00940000166913	ENSGT00390000015009	ENSGT00530000063909.a	ENSGT00940000159790	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.b	ENSGT00940000161778	ENSGT00940000155685	ENSGT00390000004038	ENSGT00530000063991.a	ENSGT00940000159539	ENSGT00940000161200	ENSGT00940000162478	ENSGT00550000075038	ENSGT00390000017837.a
koala	MODERN SPECIES	75	JMJD4 (ENSPCIG00000025913)	SNAP47 (ENSPCIG00000025912)	ENSPCIG00000001277	ENSPCIG00000001298	ENSPCIG00000031488	ENSPCIG00000027274	WNT9A (ENSPCIG00000030182) #19	WNT3A (ENSPCIG00000021855)	ARF1 (ENSPCIG00000021851) #20	C1orf35 (ENSPCIG00000021849)	ENSPCIG00000021848	ENSPCIG00000021846 #21	GJC2 (ENSPCIG00000021844)	ENSPCIG00000021842	ENSPCIG00000021839	OBSCN (ENSPCIG00000021795) #22	ENSPCIG00000021838	ENSPCIG00000015990	ENSPCIG00000017091	ENSPCIG00000015992	ENSPCIG00000031791	ENSPCIG00000001531	ENSPCIG00000017089	ENSPCIG00000017087	ENSPCIG00000017084	ENSPCIG00000017083	ENSPCIG00000031674	ACKR2 (ENSPCIG00000017081)	ENSPCIG00000017079	CCDC13 (ENSPCIG00000017073)	HHATL (ENSPCIG00000017067)
Common wonbat	DUPLICATION
Common wonbat	DUPLICATION
Common wonbat	MODERN SPECIES	1091	ALS2CL (ENSVURG00010011135)	JMJD4 (ENSVURG00010011120)	SNAP47 (ENSVURG00010011117)	ENSVURG00010011097	ENSVURG00010011084	ENSVURG00010011076	WNT9A (ENSVURG00010011070) #19	WNT3A (ENSVURG00010011060)	ARF1 (ENSVURG00010011047) #20	C1orf35 (ENSVURG00010011035)	ENSVURG00010011028	GUK1 (ENSVURG00010011021) #21	ENSVURG00010011010	ENSVURG00010011004	ENSVURG00010010994	ENSVURG00010010975 #22
Common wonbat	MODERN SPECIES	1056	ENSVURG00010013621	NINJ1 (ENSVURG00010013614)	WNK2 (ENSVURG00010013564)	FAM120A (ENSVURG00010013533)	PHF2 (ENSVURG00010013498)	BARX1 (ENSVURG00010013478)	PTPDC1 (ENSVURG00010013465)	ENSVURG00010013425	WNT7A (ENSVURG00010013416)	FBLN2 (ENSVURG00010013331)	HDAC11 (ENSVURG00010013309)	NUP210 (ENSVURG00010013289)	ENSVURG00010013253	ENSVURG00010013211	ENSVURG00010013197	ENSVURG00010013190 #22
Common wonbat	MODERN SPECIES	1056															ENSVURG00010001383	ENSVURG00010001359 #22	ENSVURG00010001333 ##22	ENSVURG00010001285	ENSVURG00010001274	ENSVURG00010001263	ENSVURG00010001241	ENSVURG00010001219	ENSVURG00010001200	ENSVURG00010001187	ENSVURG00010001146	ENSVURG00010001134	ENSVURG00010001131	ENSVURG00010001124	ENSVURG00010001114	ENSVURG00010001100	ACKR2 (ENSVURG00010001092)
Tasmanian devil	MODERN SPECIES		ENSSHAG00000008746	JMJD4 (ENSSHAG00000009023)	SNAP47 (ENSSHAG00000009204)	ENSSHAG00000029686	ENSSHAG00000023996	ENSSHAG00000023350	WNT9A (ENSSHAG00000012600) #19	WNT3A (ENSSHAG00000023523)	ENSSHAG00000021122 #20	C1orf35 (ENSSHAG00000014645)	MRPL55 (ENSSHAG00000027608)	GUK1 (ENSSHAG00000014798) #21	GJC2 (ENSSHAG00000022939)	IBA57 (ENSSHAG00000026953)	ENSSHAG00000015166	ENSSHAG00000027621 #22	ENSSHAG00000001725	ENSSHAG00000001927	ENSSHAG00000031960	ENSSHAG00000005659	ENSSHAG00000001445	ENSSHAG00000006552	ENSSHAG00000007146	ENSSHAG00000022645	ENSSHAG00000024915	ENSSHAG00000022961	ENSSHAG00000030270	ENSSHAG00000021704	ENSSHAG00000005111	CCDC13 (ENSSHAG00000020658)	KLHL40 (ENSSHAG00000007480)
Platypus	MODERN SPECIES	4	ENSOANG00000004262	ENSOANG00000050324	CCDC12 (ENSOANG00000044446)	PTH1R (ENSOANG00000039996)	MYL3 (ENSOANG00000005484)	ENSOANG00000046262	ENSOANG00000037642	ENSOANG00000042376	WNT9A (ENSOANG00000046921) #19	ARF1 (ENSOANG00000048039) #20	ENSOANG00000038636	ENSOANG00000046224	GUK1 (ENSOANG00000036937) #21	IBA57 (ENSOANG00000049649)	ENSOANG00000047271	ENSOANG00000042737 #22	ENSOANG00000050228	ENSOANG00000050342	HIGD1A (ENSOANG00000038143)	HHATL (ENSOANG00000004353)	KLHL40 (ENSOANG00000037937)	ZBTB47 (ENSOANG00000010793)	ENSOANG00000008946	ENSOANG00000048058	ENSOANG00000040878	SEC22C (ENSOANG00000036395)	ENSOANG00000020679	AQP1 (ENSOANG00000036888)	ENSOANG00000043586	ADCYAP1R1 (ENSOANG00000006558)	INMT (ENSOANG00000047781)
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000011619	ENSGT00940000158574	ENSGT01030000234570.d.b.a.b.b.b	ENSGT00940000164845	ENSGT00940000161305	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00940000165232	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000153709.B	ENSGT01020000230359.E	ENSGT00940000154276	ENSGT00390000000596	ENSGT00530000063629.b	ENSGT00940000156360	ENSGT00940000160089	ENSGT00940000173926	ENSGT00940000158548	ENSGT00940000159338	ENSGT00940000156402.B	ENSGT00940000166678	ENSGT00940000157362	ENSGT00940000159858	ENSGT00940000157015
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000164845	ENSGT00940000161305	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00940000165232	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000166913	ENSGT00940000177473	ENSGT00940000154756.B ##22	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000153709.B	ENSGT01020000230359.E	ENSGT00940000154276	ENSGT00390000000596	ENSGT00530000063629.b	ENSGT00940000156360	ENSGT00940000160089	ENSGT00940000173926	ENSGT00940000158548	ENSGT00940000159338	ENSGT00940000156402.B	ENSGT00940000166678	ENSGT00940000157362	ENSGT00940000159858	ENSGT00940000157015
tuatara	MODERN SPECIES	423												ENSSPUG00000000527	GJC2 (ENSSPUG00000000550)	IBA57 (ENSSPUG00000000563)	ENSSPUG00000000569	OBSCN (ENSSPUG00000000581) #22	CYP8B1 (ENSSPUG00000000754)	ACKR2 (ENSSPUG00000000782)	HIGD1A (ENSSPUG00000000788)	CCDC13 (ENSSPUG00000000798)	HHATL (ENSSPUG00000000906)	KLHL40 (ENSSPUG00000001118)	ENSSPUG00000001186	ENSSPUG00000001197	SEC22C (ENSSPUG00000001233)	VIPR1 (ENSSPUG00000001247)	ENSSPUG00000001315	ADCYAP1R1 (ENSSPUG00000001377)	GHRHR (ENSSPUG00000001441)	AQP1 (ENSSPUG00000001522)	MINDY4 (ENSSPUG00000001569)
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	67														ENSGT00940000177473	ENSGT00940000154756.B ##22	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000153709.B.i	ENSGT00940000153709.B.j
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000158574	ENSGT01030000234570.d.b.a.b.b.b	ENSGT00940000164845	ENSGT00940000161305	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00940000165232	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000166913	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000153709.B.i	ENSGT00940000153709.B.j	ENSGT00940000154276	ENSGT00390000000596	ENSGT00530000063629.b	ENSGT00940000156360	ENSGT00940000160089	ENSGT00940000158548	ENSGT00940000159338	ENSGT00940000156402.B	ENSGT00940000166678	ENSGT00940000157362	ENSGT00940000159858	ENSGT00940000157015	ENSGT00940000159600
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	5	JMJD4 (ENSSMRG00000016957)	SNAP47 (ENSSMRG00000016956)	ENSSMRG00000016954	WNT9A (ENSSMRG00000016952) #19	WNT3A (ENSSMRG00000016949)	ENSSMRG00000016936 ##20	C1orf35 (ENSSMRG00000016934)	KIAA1143 (ENSSMRG00000016933)	KIF15 (ENSSMRG00000016931)	TMEM42 (ENSSMRG00000016928)	ENSSMRG00000016927	GUK1 (ENSSMRG00000016925) #21	GJC2 (ENSSMRG00000016916)	IBA57 (ENSSMRG00000016914)	ENSSMRG00000016912	OBSCN (ENSSMRG00000016892) #22	ENSSMRG00000016874	ENSSMRG00000016872	ENSSMRG00000016871	HIGD1A (ENSSMRG00000016870)	CCDC13 (ENSSMRG00000016861)	HHATL (ENSSMRG00000016857)	KLHL40 (ENSSMRG00000016855)	ZBTB47 (ENSSMRG00000016854)	ENSSMRG00000016851	ENSSMRG00000016849	SEC22C (ENSSMRG00000016845)	VIPR1 (ENSSMRG00000016842)	ENSSMRG00000016822	ADCYAP1R1 (ENSSMRG00000016818)	ENSSMRG00000016814
Common wall lizard	MODERN SPECIES	3	MYL3 (ENSPMRG00000017241)	ENSPMRG00000017254	ALS2CL (ENSPMRG00000017261)	JMJD4 (ENSPMRG00000017270)	SNAP47 (ENSPMRG00000017275)	WNT9A (ENSPMRG00000017281) #19	WNT3A (ENSPMRG00000017286)	ARF1 (ENSPMRG00000017293) #20	C1orf35 (ENSPMRG00000017303)	ENSPMRG00000017319	GUK1 (ENSPMRG00000017329) #21	ENSPMRG00000017341	GJC2 (ENSPMRG00000017345)	IBA57 (ENSPMRG00000017347)	ENSPMRG00000017354	ENSPMRG00000017361 #22	ENSPMRG00000017370	ENSPMRG00000017824	ENSPMRG00000017827	ENSPMRG00000017835	ENSPMRG00000017843	HHATL (ENSPMRG00000017849)	KLHL40 (ENSPMRG00000017856)	ENSPMRG00000017859	ENSPMRG00000017866	NKTR (ENSPMRG00000017873)	SEC22C (ENSPMRG00000017882)	VIPR1 (ENSPMRG00000017889)	ENSPMRG00000017897	ENSPMRG00000010142	ADCYAP1R1 (ENSPMRG00000010148)
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000158454	ENSGT00390000011619	ENSGT00940000158574	ENSGT01030000234570.d.b.a.b.b.b	ENSGT00940000164845	ENSGT00940000161305	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00940000165232	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000153709.B.i	ENSGT00940000153709.B.j	ENSGT00390000000596	ENSGT00530000063629.b	ENSGT00940000156360	ENSGT00940000160089	ENSGT00940000173926	ENSGT00940000158548	ENSGT00940000159338	ENSGT00940000156402.B	ENSGT00940000166678	ENSGT00940000157362	ENSGT00940000159858	ENSGT00940000157015	ENSGT00940000159600
Lizard	MODERN SPECIES	5	CRYGN (ENSACAG00000002251)	WDR86 (ENSACAG00000002245)	ENSACAG00000036256	NUB1 (ENSACAG00000012076)	ENSACAG00000034573	ENSACAG00000012183	WNT3A (ENSACAG00000040979)	ARF1 (ENSACAG00000006923) #20	C1orf35 (ENSACAG00000006899)	ENSACAG00000040651	ENSACAG00000006897	GUK1 (ENSACAG00000006879) #21	GJC2 (ENSACAG00000006876)	IBA57 (ENSACAG00000006874)	ENSACAG00000006871	OBSCN (ENSACAG00000006816) #22	ENSACAG00000038024	ENSACAG00000039408	ENSACAG00000038888	ENSACAG00000043949	ENSACAG00000006787	HHATL (ENSACAG00000006760)	ENSACAG00000006735	ZBTB47 (ENSACAG00000006705)	ENSACAG00000006683	ENSACAG00000035754	SEC22C (ENSACAG00000006664)	VIPR1 (ENSACAG00000006506)	ENSACAG00000006375	ADCYAP1R1 (ENSACAG00000006137)	ENSACAG00000042375
Elapidae	DUPLICATION
Elapidae	DUPLICATION
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000018786	ENSGT00940000158454	ENSGT00390000011619	ENSGT00940000158574	ENSGT01030000234570.d.b.a.b.b.b	ENSGT00940000164845	ENSGT00940000161305	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.a.a ##20	ENSGT00390000005590	ENSGT00940000165232	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A.md.a #22	ENSGT00940000154756.A.md.b #22	ENSGT00940000168428	ENSGT00940000177473	ENSGT00940000154756.B ##22	ENSGT00940000154756.A.nd #22	ENSGT00940000153709.B.i	ENSGT00940000153709.B.j	ENSGT00390000000596	ENSGT00530000063629.b	ENSGT00940000156360	ENSGT00940000160089	ENSGT00940000173926	ENSGT00940000158548	ENSGT00940000159338	ENSGT00940000156402.B
Indian cobra	DUPLICATION
Indian cobra	DUPLICATION
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Eastern brown snake	DUPLICATION
Eastern brown snake	DUPLICATION
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Eastern brown snake	DUPLICATION
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Australian saltwater crocodile	DUPLICATION
Australian saltwater crocodile	DUPLICATION
Australian saltwater crocodile	DUPLICATION
Australian saltwater crocodile	DUPLICATION
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Zebra finch	DUPLICATION
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Common canary	DUPLICATION
Common canary	DUPLICATION
Common canary	MODERN SPECIES	5	ENSSCAG00000006038	ALS2CL (ENSSCAG00000006041)	JMJD4 (ENSSCAG00000006051)	SNAP47 (ENSSCAG00000006057)	ENSSCAG00000006067 #19	WNT3A (ENSSCAG00000006073)	ARF1 (ENSSCAG00000006081) #20	C1orf35 (ENSSCAG00000006089)	ENSSCAG00000006094	GUK1 (ENSSCAG00000006099) #21	ENSSCAG00000006103	ENSSCAG00000006107	GJC2 (ENSSCAG00000006108)	IBA57 (ENSSCAG00000006110)	ENSSCAG00000006113	ENSSCAG00000006118 #22	ENSSCAG00000006120 #22	ENSSCAG00000006128 ##22	ENSSCAG00000006129 ##22	ENSSCAG00000006133 ##22	ENSSCAG00000006137 #22	ENSSCAG00000006143	ENSSCAG00000006150	ACKR2 (ENSSCAG00000006154)	HIGD1A (ENSSCAG00000006158)	ENSSCAG00000006162	HHATL (ENSSCAG00000006167)	KLHL40 (ENSSCAG00000006171)	ZBTB47 (ENSSCAG00000006174)	ENSSCAG00000006177	NKTR (ENSSCAG00000006183)
Common canary	MODERN SPECIES	5	ALS2CL (ENSSCAG00000006041)	JMJD4 (ENSSCAG00000006051)	SNAP47 (ENSSCAG00000006057)	ENSSCAG00000006067 #19	WNT3A (ENSSCAG00000006073)	ARF1 (ENSSCAG00000006081) #20	C1orf35 (ENSSCAG00000006089)	ENSSCAG00000006094	GUK1 (ENSSCAG00000006099) #21	ENSSCAG00000006103	ENSSCAG00000006107	GJC2 (ENSSCAG00000006108)	IBA57 (ENSSCAG00000006110)	ENSSCAG00000006113	ENSSCAG00000006118 #22	ENSSCAG00000006120 #22	ENSSCAG00000006128 ##22	ENSSCAG00000006129 ##22	ENSSCAG00000006133 ##22	ENSSCAG00000006137 #22	ENSSCAG00000006143	ENSSCAG00000006150	ACKR2 (ENSSCAG00000006154)	HIGD1A (ENSSCAG00000006158)	ENSSCAG00000006162	HHATL (ENSSCAG00000006167)	KLHL40 (ENSSCAG00000006171)	ZBTB47 (ENSSCAG00000006174)	ENSSCAG00000006177	NKTR (ENSSCAG00000006183)	SEC22C (ENSSCAG00000006192)
Common canary	MODERN SPECIES	5	WNT3A (ENSSCAG00000006073)	ARF1 (ENSSCAG00000006081) #20	C1orf35 (ENSSCAG00000006089)	ENSSCAG00000006094	GUK1 (ENSSCAG00000006099) #21	ENSSCAG00000006103	ENSSCAG00000006107	GJC2 (ENSSCAG00000006108)	IBA57 (ENSSCAG00000006110)	ENSSCAG00000006113	ENSSCAG00000006118 #22	ENSSCAG00000006120 #22	ENSSCAG00000006128 ##22	ENSSCAG00000006129 ##22	ENSSCAG00000006133 ##22	ENSSCAG00000006137 #22	ENSSCAG00000006143	ENSSCAG00000006150	ACKR2 (ENSSCAG00000006154)	HIGD1A (ENSSCAG00000006158)	ENSSCAG00000006162	HHATL (ENSSCAG00000006167)	KLHL40 (ENSSCAG00000006171)	ZBTB47 (ENSSCAG00000006174)	ENSSCAG00000006177	NKTR (ENSSCAG00000006183)	SEC22C (ENSSCAG00000006192)	ENSSCAG00000006202	ENSSCAG00000006210	ADCYAP1R1 (ENSSCAG00000006221)	GHRHR (ENSSCAG00000006246)
Medium ground finch	DUPLICATION
Medium ground finch	MODERN SPECIES	177								WNT3A (ENSGFOG00000010955)	ARF1 (ENSGFOG00000010950) #20	C1orf35 (ENSGFOG00000010942)	ENSGFOG00000010938	GUK1 (ENSGFOG00000010932) #21	GJC2 (ENSGFOG00000010930)	IBA57 (ENSGFOG00000010927)	ENSGFOG00000010923	ENSGFOG00000010890 #22	ENSGFOG00000010884 #22	ENSGFOG00000010877 #22	ENSGFOG00000010871 #22	CYP8B1 (ENSGFOG00000010868)	ACKR2 (ENSGFOG00000010862)	HIGD1A (ENSGFOG00000010858)	CCDC13 (ENSGFOG00000010846)	HHATL (ENSGFOG00000010830)	KLHL40 (ENSGFOG00000010820)	ZBTB47 (ENSGFOG00000010814)	ENSGFOG00000010809	ENSGFOG00000010804	SEC22C (ENSGFOG00000010796)	VIPR1 (ENSGFOG00000010579)	ENSGFOG00000010570
Medium ground finch	MODERN SPECIES	177							WNT3A (ENSGFOG00000010955)	ARF1 (ENSGFOG00000010950) #20	C1orf35 (ENSGFOG00000010942)	ENSGFOG00000010938	GUK1 (ENSGFOG00000010932) #21	GJC2 (ENSGFOG00000010930)	IBA57 (ENSGFOG00000010927)	ENSGFOG00000010923	ENSGFOG00000010890 #22	ENSGFOG00000010884 #22	ENSGFOG00000010877 #22	ENSGFOG00000010871 #22	CYP8B1 (ENSGFOG00000010868)	ACKR2 (ENSGFOG00000010862)	HIGD1A (ENSGFOG00000010858)	CCDC13 (ENSGFOG00000010846)	HHATL (ENSGFOG00000010830)	KLHL40 (ENSGFOG00000010820)	ZBTB47 (ENSGFOG00000010814)	ENSGFOG00000010809	ENSGFOG00000010804	SEC22C (ENSGFOG00000010796)	VIPR1 (ENSGFOG00000010579)	ENSGFOG00000010570	ADCYAP1R1 (ENSGFOG00000010452)
Medium ground finch	DUPLICATION
Medium ground finch	MODERN SPECIES	177						WNT3A (ENSGFOG00000010955)	ARF1 (ENSGFOG00000010950) #20	C1orf35 (ENSGFOG00000010942)	ENSGFOG00000010938	GUK1 (ENSGFOG00000010932) #21	GJC2 (ENSGFOG00000010930)	IBA57 (ENSGFOG00000010927)	ENSGFOG00000010923	ENSGFOG00000010890 #22	ENSGFOG00000010884 #22	ENSGFOG00000010877 #22	ENSGFOG00000010871 #22	CYP8B1 (ENSGFOG00000010868)	ACKR2 (ENSGFOG00000010862)	HIGD1A (ENSGFOG00000010858)	CCDC13 (ENSGFOG00000010846)	HHATL (ENSGFOG00000010830)	KLHL40 (ENSGFOG00000010820)	ZBTB47 (ENSGFOG00000010814)	ENSGFOG00000010809	ENSGFOG00000010804	SEC22C (ENSGFOG00000010796)	VIPR1 (ENSGFOG00000010579)	ENSGFOG00000010570	ADCYAP1R1 (ENSGFOG00000010452)
Medium ground finch	MODERN SPECIES	177					WNT3A (ENSGFOG00000010955)	ARF1 (ENSGFOG00000010950) #20	C1orf35 (ENSGFOG00000010942)	ENSGFOG00000010938	GUK1 (ENSGFOG00000010932) #21	GJC2 (ENSGFOG00000010930)	IBA57 (ENSGFOG00000010927)	ENSGFOG00000010923	ENSGFOG00000010890 #22	ENSGFOG00000010884 #22	ENSGFOG00000010877 #22	ENSGFOG00000010871 #22	CYP8B1 (ENSGFOG00000010868)	ACKR2 (ENSGFOG00000010862)	HIGD1A (ENSGFOG00000010858)	CCDC13 (ENSGFOG00000010846)	HHATL (ENSGFOG00000010830)	KLHL40 (ENSGFOG00000010820)	ZBTB47 (ENSGFOG00000010814)	ENSGFOG00000010809	ENSGFOG00000010804	SEC22C (ENSGFOG00000010796)	VIPR1 (ENSGFOG00000010579)	ENSGFOG00000010570	ADCYAP1R1 (ENSGFOG00000010452)
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000158574	ENSGT01030000234570.d.b.a.b.b.b	ENSGT00940000164845	ENSGT00940000161305	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00940000165232	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000168031	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000153709.B	ENSGT01020000230359.E	ENSGT00940000154276	ENSGT00390000000596	ENSGT00530000063629.b	ENSGT00940000156360	ENSGT00940000160089	ENSGT00940000173926	ENSGT00940000158548	ENSGT00940000159338	ENSGT00940000156402.B	ENSGT00940000166678	ENSGT00940000157362	ENSGT00940000159858	ENSGT00940000157015
Golden eagle	MODERN SPECIES	19	ENSACCG00020014254	MYL3 (ENSACCG00020014220)	ENSACCG00020014178	ALS2CL (ENSACCG00020014088)	JMJD4 (ENSACCG00020014040)	SNAP47 (ENSACCG00020014024)	WNT9A (ENSACCG00020014006) #19	WNT3A (ENSACCG00020013989)	ARF1 (ENSACCG00020013970) #20	C1orf35 (ENSACCG00020013955)	ENSACCG00020013934	GUK1 (ENSACCG00020013918) #21	GJC2 (ENSACCG00020013898)	IBA57 (ENSACCG00020013879)	ENSACCG00020013855	OBSCN (ENSACCG00020013522) #22	CYP8B1 (ENSACCG00020013113)	ACKR2 (ENSACCG00020013098)	HIGD1A (ENSACCG00020013074)	CCDC13 (ENSACCG00020013054)	HHATL (ENSACCG00020013024)	KLHL40 (ENSACCG00020012966)	ZBTB47 (ENSACCG00020012943)	ENSACCG00020012929	ENSACCG00020012910	SEC22C (ENSACCG00020012895)	VIPR1 (ENSACCG00020012826)	ENSACCG00020012748	ADCYAP1R1 (ENSACCG00020012657)	GHRHR (ENSACCG00020012555)	AQP1 (ENSACCG00020012492)
Kakapo	DUPLICATION
Kakapo	MODERN SPECIES		MYL3 (ENSSHBG00005003389)	ENSSHBG00005003404	ALS2CL (ENSSHBG00005003439)	JMJD4 (ENSSHBG00005003484)	SNAP47 (ENSSHBG00005003498)	WNT9A (ENSSHBG00005003511) #19	WNT3A (ENSSHBG00005003522)	ARF1 (ENSSHBG00005003540) #20	C1orf35 (ENSSHBG00005003549)	ENSSHBG00005003555	GUK1 (ENSSHBG00005003565) #21	GJC2 (ENSSHBG00005003575)	IBA57 (ENSSHBG00005003583)	ENSSHBG00005003593	ENSSHBG00005003632 #22	ENSSHBG00005003697 #22	CYP8B1 (ENSSHBG00005003705)	ACKR2 (ENSSHBG00005003711)	HIGD1A (ENSSHBG00005003716)	CCDC13 (ENSSHBG00005003724)	HHATL (ENSSHBG00005003739)	KLHL40 (ENSSHBG00005003760)	ZBTB47 (ENSSHBG00005003771)	NKTR (ENSSHBG00005003779)	SEC22C (ENSSHBG00005003787)	VIPR1 (ENSSHBG00005003800)	ENSSHBG00005003818	ADCYAP1R1 (ENSSHBG00005003844)	ENSSHBG00005003859	GHRHR (ENSSHBG00005003880)	AQP1 (ENSSHBG00005003936)
Kakapo	MODERN SPECIES		PTH1R (ENSSHBG00005003364)	MYL3 (ENSSHBG00005003389)	ENSSHBG00005003404	ALS2CL (ENSSHBG00005003439)	JMJD4 (ENSSHBG00005003484)	SNAP47 (ENSSHBG00005003498)	WNT9A (ENSSHBG00005003511) #19	WNT3A (ENSSHBG00005003522)	ARF1 (ENSSHBG00005003540) #20	C1orf35 (ENSSHBG00005003549)	ENSSHBG00005003555	GUK1 (ENSSHBG00005003565) #21	GJC2 (ENSSHBG00005003575)	IBA57 (ENSSHBG00005003583)	ENSSHBG00005003593	ENSSHBG00005003632 #22	ENSSHBG00005003697 #22	CYP8B1 (ENSSHBG00005003705)	ACKR2 (ENSSHBG00005003711)	HIGD1A (ENSSHBG00005003716)	CCDC13 (ENSSHBG00005003724)	HHATL (ENSSHBG00005003739)	KLHL40 (ENSSHBG00005003760)	ZBTB47 (ENSSHBG00005003771)	NKTR (ENSSHBG00005003779)	SEC22C (ENSSHBG00005003787)	VIPR1 (ENSSHBG00005003800)	ENSSHBG00005003818	ADCYAP1R1 (ENSSHBG00005003844)	ENSSHBG00005003859	GHRHR (ENSSHBG00005003880)
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	157																ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000154756.B ##22
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	216																ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000154756.B ##22
Duck	DUPLICATION
Duck	MODERN SPECIES	10	SMARCC1 (ENSAPLG00000014937)	DHX30 (ENSAPLG00000015682)	ENSAPLG00000028437	ENSAPLG00000028085	CDC25A (ENSAPLG00000008300)	WNT3A (ENSAPLG00000004673)	ARF1 (ENSAPLG00000022202) #20	C1orf35 (ENSAPLG00000004460)	ENSAPLG00000027242	GUK1 (ENSAPLG00000004222) #21	GJC2 (ENSAPLG00000000708)	ENSAPLG00000030118	ENSAPLG00000020914 #22	ENSAPLG00000017812 #22	ENSAPLG00000026129 #22	ENSAPLG00000031005 #22	ENSAPLG00000024143	ENSAPLG00000019155 ##22	ACKR2 (ENSAPLG00000000705)	CCDC13 (ENSAPLG00000013331)	HHATL (ENSAPLG00000013163)	NKTR (ENSAPLG00000012358)	KLHL40 (ENSAPLG00000012893)	ZBTB47 (ENSAPLG00000022037)	SEC22C (ENSAPLG00000012311)	ENSAPLG00000010054	ADCYAP1R1 (ENSAPLG00000009120)	GHRHR (ENSAPLG00000011541)	AQP1 (ENSAPLG00000011792)	MINDY4 (ENSAPLG00000011415)	CRHR2 (ENSAPLG00000011160)
Duck	DUPLICATION
Duck	DUPLICATION
Duck	MODERN SPECIES	10	SCAP (ENSAPLG00000014099)	SMARCC1 (ENSAPLG00000014937)	DHX30 (ENSAPLG00000015682)	ENSAPLG00000028437	ENSAPLG00000028085	CDC25A (ENSAPLG00000008300)	WNT3A (ENSAPLG00000004673)	ARF1 (ENSAPLG00000022202) #20	C1orf35 (ENSAPLG00000004460)	ENSAPLG00000027242	GUK1 (ENSAPLG00000004222) #21	GJC2 (ENSAPLG00000000708)	ENSAPLG00000030118	ENSAPLG00000020914 #22	ENSAPLG00000017812 #22	ENSAPLG00000026129 #22	ENSAPLG00000031005 #22	ENSAPLG00000024143	ENSAPLG00000019155 ##22	ACKR2 (ENSAPLG00000000705)	CCDC13 (ENSAPLG00000013331)	HHATL (ENSAPLG00000013163)	NKTR (ENSAPLG00000012358)	KLHL40 (ENSAPLG00000012893)	ZBTB47 (ENSAPLG00000022037)	SEC22C (ENSAPLG00000012311)	ENSAPLG00000010054	ADCYAP1R1 (ENSAPLG00000009120)	GHRHR (ENSAPLG00000011541)	AQP1 (ENSAPLG00000011792)	MINDY4 (ENSAPLG00000011415)
Duck	MODERN SPECIES	10	ENSAPLG00000030207	ENSAPLG00000020733	SCAP (ENSAPLG00000014099)	SMARCC1 (ENSAPLG00000014937)	DHX30 (ENSAPLG00000015682)	ENSAPLG00000028437	ENSAPLG00000028085	CDC25A (ENSAPLG00000008300)	WNT3A (ENSAPLG00000004673)	ARF1 (ENSAPLG00000022202) #20	C1orf35 (ENSAPLG00000004460)	ENSAPLG00000027242	GUK1 (ENSAPLG00000004222) #21	GJC2 (ENSAPLG00000000708)	ENSAPLG00000030118	ENSAPLG00000020914 #22	ENSAPLG00000017812 #22	ENSAPLG00000026129 #22	ENSAPLG00000031005 #22	ENSAPLG00000024143	ENSAPLG00000019155 ##22	ACKR2 (ENSAPLG00000000705)	CCDC13 (ENSAPLG00000013331)	HHATL (ENSAPLG00000013163)	NKTR (ENSAPLG00000012358)	KLHL40 (ENSAPLG00000012893)	ZBTB47 (ENSAPLG00000022037)	SEC22C (ENSAPLG00000012311)	ENSAPLG00000010054	ADCYAP1R1 (ENSAPLG00000009120)	GHRHR (ENSAPLG00000011541)
Duck	MODERN SPECIES	10	ENSAPLG00000020733	SCAP (ENSAPLG00000014099)	SMARCC1 (ENSAPLG00000014937)	DHX30 (ENSAPLG00000015682)	ENSAPLG00000028437	ENSAPLG00000028085	CDC25A (ENSAPLG00000008300)	WNT3A (ENSAPLG00000004673)	ARF1 (ENSAPLG00000022202) #20	C1orf35 (ENSAPLG00000004460)	ENSAPLG00000027242	GUK1 (ENSAPLG00000004222) #21	GJC2 (ENSAPLG00000000708)	ENSAPLG00000030118	ENSAPLG00000020914 #22	ENSAPLG00000017812 #22	ENSAPLG00000026129 #22	ENSAPLG00000031005 #22	ENSAPLG00000024143	ENSAPLG00000019155 ##22	ACKR2 (ENSAPLG00000000705)	CCDC13 (ENSAPLG00000013331)	HHATL (ENSAPLG00000013163)	NKTR (ENSAPLG00000012358)	KLHL40 (ENSAPLG00000012893)	ZBTB47 (ENSAPLG00000022037)	SEC22C (ENSAPLG00000012311)	ENSAPLG00000010054	ADCYAP1R1 (ENSAPLG00000009120)	GHRHR (ENSAPLG00000011541)	AQP1 (ENSAPLG00000011792)
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Turkey	MODERN SPECIES	369																ENSMGAG00000020027 #22
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Testudinoidea	DUPLICATION
Testudinoidea	DUPLICATION
Testudinoidea	DUPLICATION
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	46	ENSGT00940000166534	ENSGT00940000159417	ENSGT00940000154363.B	ENSGT00950000182818.D	ENSGT00390000018397	ENSGT00530000063282	ENSGT00940000155111	ENSGT00950000182860.a.a.a	ENSGT00390000012062	ENSGT00470000042293.a.b	ENSGT00950000183184.b	ENSGT00940000160724	ENSGT00940000159523	ENSGT00940000161812	ENSGT00390000003267	ENSGT00940000154756.A.ce.a.a #22	ENSGT00940000166913	ENSGT00390000015009	ENSGT00530000063909.a	ENSGT00940000159790	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.b	ENSGT00940000161778	ENSGT00940000155685	ENSGT00390000004038	ENSGT00530000063991.a	ENSGT00940000159539.d	ENSGT00940000161200	ENSGT00940000156913.a	ENSGT00550000075038	ENSGT00390000017837.a	ENSGT00940000156993
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Three-toed box turtle	DUPLICATION
Three-toed box turtle	DUPLICATION
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Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	48	ENSTMTG00000007651	ALS2CL (ENSTMTG00000007679)	JMJD4 (ENSTMTG00000007818)	SNAP47 (ENSTMTG00000007837)	ENSTMTG00000007845	WNT9A (ENSTMTG00000007852) #19	WNT3A (ENSTMTG00000007868)	ARF1 (ENSTMTG00000007905) #20	C1orf35 (ENSTMTG00000007919)	ENSTMTG00000007926	GUK1 (ENSTMTG00000007938) #21	GJC2 (ENSTMTG00000007955)	IBA57 (ENSTMTG00000007959)	ENSTMTG00000007970	ENSTMTG00000008021 #22	ENSTMTG00000008161 #22	ENSTMTG00000008168	ENSTMTG00000008188 #22	ENSTMTG00000008223	HIGD1A (ENSTMTG00000008234)	CCDC13 (ENSTMTG00000008247)	HHATL (ENSTMTG00000008279)	KLHL40 (ENSTMTG00000008321)	ZBTB47 (ENSTMTG00000008346)	ENSTMTG00000008368	ENSTMTG00000008384	NKTR (ENSTMTG00000008400)	SEC22C (ENSTMTG00000008427)	VIPR1 (ENSTMTG00000008453)	ENSTMTG00000008513	ADCYAP1R1 (ENSTMTG00000008568)
painted turtle	MODERN SPECIES	749	MYL3 (ENSCPBG00000001514)	ENSCPBG00000001521	ALS2CL (ENSCPBG00000001553)	JMJD4 (ENSCPBG00000001622)	SNAP47 (ENSCPBG00000001637)	ENSCPBG00000001655	WNT9A (ENSCPBG00000001669) #19	WNT3A (ENSCPBG00000001683)	ARF1 (ENSCPBG00000001732) #20	C1orf35 (ENSCPBG00000001754)	ENSCPBG00000001771	GUK1 (ENSCPBG00000001789) #21	GJC2 (ENSCPBG00000001821)	IBA57 (ENSCPBG00000001832)	ENSCPBG00000001843	OBSCN (ENSCPBG00000002168) #22	CYP8B1 (ENSCPBG00000003980)	ACKR2 (ENSCPBG00000003986)	HIGD1A (ENSCPBG00000003994)	CCDC13 (ENSCPBG00000004012)	HHATL (ENSCPBG00000004042)	KLHL40 (ENSCPBG00000004071)	ZBTB47 (ENSCPBG00000004296)	ENSCPBG00000004311	ENSCPBG00000004337	ENSCPBG00000004344	ENSCPBG00000004348	VIPR1 (ENSCPBG00000004358)	ENSCPBG00000004379	ENSCPBG00000004383	ADCYAP1R1 (ENSCPBG00000004400)
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.ce.a.a #22
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	163						ARF1 (ENSCABG00000014823) #20	C1orf35 (ENSCABG00000014826)	ENSCABG00000014828	GUK1 (ENSCABG00000014832) #21	GJC2 (ENSCABG00000014839)	IBA57 (ENSCABG00000014842)	ENSCABG00000014846	ENSCABG00000014848 #22	ENSCABG00000014851 #22	ENSCABG00000014855 #22	ENSCABG00000014858 #22	ENSCABG00000014859 #22	ENSCABG00000014861	ENSCABG00000014867	ENSCABG00000014869	ENSCABG00000014871	ENSCABG00000014876	ELAC2 (ENSCABG00000014881)	MYOCD (ENSCABG00000014911)	MAP2K4 (ENSCABG00000014914)	TMEM220 (ENSCABG00000015041)	ADPRM (ENSCABG00000015043)	SCO1 (ENSCABG00000015044)
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000011619	ENSGT00940000158574	ENSGT01030000234570.d.b.a.b.b.b	ENSGT00940000164845	ENSGT00940000161305	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00940000165232	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00940000154756.A.ce.a.b #22	ENSGT00940000153709.B	ENSGT01020000230359.E	ENSGT00940000154276	ENSGT00390000000596	ENSGT00530000063629.b	ENSGT00940000156360	ENSGT00940000160089	ENSGT00940000173926	ENSGT00940000158548	ENSGT00940000159338.c	ENSGT00940000156402.B	ENSGT00940000166678	ENSGT00940000157362	ENSGT00940000159858	ENSGT00940000157015
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158574	ENSGT01030000234570.d.b.a.b.b.b	ENSGT00940000164845	ENSGT00940000161305	ENSGT00940000159380	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00940000160510	ENSGT00950000183080.a.b.a.b.b #20	ENSGT00390000005590	ENSGT00940000165232	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00390000006465	ENSGT00390000003267	ENSGT00940000154756.A.ce.a.b #22	ENSGT00940000153709.B	ENSGT01020000230359.E	ENSGT00940000154276	ENSGT00390000000596	ENSGT00530000063629.b	ENSGT00940000156360	ENSGT00940000160089	ENSGT00940000158548	ENSGT00940000159338.c	ENSGT00940000156402.B	ENSGT00940000166678	ENSGT00940000157362	ENSGT00940000159858	ENSGT00940000157015	ENSGT00940000159600
Abingdon island giant tortoise	DUPLICATION
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	163					ARF1 (ENSCABG00000014823) #20	C1orf35 (ENSCABG00000014826)	ENSCABG00000014828	GUK1 (ENSCABG00000014832) #21	GJC2 (ENSCABG00000014839)	IBA57 (ENSCABG00000014842)	ENSCABG00000014846	ENSCABG00000014848 #22	ENSCABG00000014851 #22	ENSCABG00000014855 #22	ENSCABG00000014858 #22	ENSCABG00000014859 #22	ENSCABG00000014861	ENSCABG00000014867	ENSCABG00000014869	ENSCABG00000014871	ENSCABG00000014876	ELAC2 (ENSCABG00000014881)	MYOCD (ENSCABG00000014911)	MAP2K4 (ENSCABG00000014914)	TMEM220 (ENSCABG00000015041)	ADPRM (ENSCABG00000015043)	SCO1 (ENSCABG00000015044)
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	163								ARF1 (ENSCABG00000014823) #20	C1orf35 (ENSCABG00000014826)	ENSCABG00000014828	GUK1 (ENSCABG00000014832) #21	GJC2 (ENSCABG00000014839)	IBA57 (ENSCABG00000014842)	ENSCABG00000014846	ENSCABG00000014848 #22	ENSCABG00000014851 #22	ENSCABG00000014855 #22	ENSCABG00000014858 #22	ENSCABG00000014859 #22	ENSCABG00000014861	ENSCABG00000014867	ENSCABG00000014869	ENSCABG00000014871	ENSCABG00000014876	ELAC2 (ENSCABG00000014881)	MYOCD (ENSCABG00000014911)	MAP2K4 (ENSCABG00000014914)	TMEM220 (ENSCABG00000015041)	ADPRM (ENSCABG00000015043)	SCO1 (ENSCABG00000015044)
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	11	MYL3 (ENSGEVG00005011154)	ENSGEVG00005011228	ALS2CL (ENSGEVG00005011324)	JMJD4 (ENSGEVG00005011871)	SNAP47 (ENSGEVG00005011922)	ENSGEVG00005011986	WNT9A (ENSGEVG00005012041) #19	WNT3A (ENSGEVG00005012137)	ARF1 (ENSGEVG00005012184) #20	C1orf35 (ENSGEVG00005012210)	ENSGEVG00005012238	GUK1 (ENSGEVG00005012265) #21	GJC2 (ENSGEVG00005012284)	IBA57 (ENSGEVG00005012316)	ENSGEVG00005012335	OBSCN (ENSGEVG00005012558) #22	CYP8B1 (ENSGEVG00005014888)	ACKR2 (ENSGEVG00005014904)	HIGD1A (ENSGEVG00005014926)	CCDC13 (ENSGEVG00005014944)	HHATL (ENSGEVG00005014986)	KLHL40 (ENSGEVG00005015018)	ZBTB47 (ENSGEVG00005015102)	NKTR (ENSGEVG00005015149)	SEC22C (ENSGEVG00005015191)	VIPR1 (ENSGEVG00005015274)	ENSGEVG00005015453	ENSGEVG00005015484	ADCYAP1R1 (ENSGEVG00005015612)	GHRHR (ENSGEVG00005015776)	AQP1 (ENSGEVG00005015849)
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.ce.a.b #22
Three-toed box turtle	DUPLICATION
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	2794																ENSTMTG00000019332 #22
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	2750																ENSTMTG00000018694 #22
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.ce.b #22
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.ce.b #22
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	163							ARF1 (ENSCABG00000014823) #20	C1orf35 (ENSCABG00000014826)	ENSCABG00000014828	GUK1 (ENSCABG00000014832) #21	GJC2 (ENSCABG00000014839)	IBA57 (ENSCABG00000014842)	ENSCABG00000014846	ENSCABG00000014848 #22	ENSCABG00000014851 #22	ENSCABG00000014855 #22	ENSCABG00000014858 #22	ENSCABG00000014859 #22	ENSCABG00000014861	ENSCABG00000014867	ENSCABG00000014869	ENSCABG00000014871	ENSCABG00000014876	ELAC2 (ENSCABG00000014881)	MYOCD (ENSCABG00000014911)	MAP2K4 (ENSCABG00000014914)	TMEM220 (ENSCABG00000015041)	ADPRM (ENSCABG00000015043)	SCO1 (ENSCABG00000015044)
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A.de #22
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	257															ENSGT00940000166913	ENSGT00940000154756.A.de #22
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	163									ARF1 (ENSCABG00000014823) #20	C1orf35 (ENSCABG00000014826)	ENSCABG00000014828	GUK1 (ENSCABG00000014832) #21	GJC2 (ENSCABG00000014839)	IBA57 (ENSCABG00000014842)	ENSCABG00000014846	ENSCABG00000014848 #22	ENSCABG00000014851 #22	ENSCABG00000014855 #22	ENSCABG00000014858 #22	ENSCABG00000014859 #22	ENSCABG00000014861	ENSCABG00000014867	ENSCABG00000014869	ENSCABG00000014871	ENSCABG00000014876	ELAC2 (ENSCABG00000014881)	MYOCD (ENSCABG00000014911)	MAP2K4 (ENSCABG00000014914)	TMEM220 (ENSCABG00000015041)	ADPRM (ENSCABG00000015043)	SCO1 (ENSCABG00000015044)
Anura	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A #22
Leishan spiny toad	DUPLICATION
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	8	ENSLLEG00000028228	WNT3A (ENSLLEG00000028256)	CCDC13 (ENSLLEG00000028404)	HHATL (ENSLLEG00000028559)	ZBTB47 (ENSLLEG00000028615)	KLHL40 (ENSLLEG00000028663)	ENSLLEG00000028684	ENSLLEG00000028696	ENSLLEG00000028703	ENSLLEG00000028711	GJC2 (ENSLLEG00000028718)	ENSLLEG00000028732	IBA57 (ENSLLEG00000028744)	ENSLLEG00000028761	ENSLLEG00000028787	ENSLLEG00000028841 #22	ENSLLEG00000029212 #22	ENSLLEG00000029250	GUK1 (ENSLLEG00000029271) #21	ENSLLEG00000029304	ENSLLEG00000029322	ENSLLEG00000029341	ENSLLEG00000029349	ENSLLEG00000029358	ENSLLEG00000029371	WNT9A (ENSLLEG00000029394) #19	ENSLLEG00000029422	ENSLLEG00000029434	ENSLLEG00000029440	SNAP47 (ENSLLEG00000029454)	ENSLLEG00000029466
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	8	WNT3A (ENSLLEG00000028256)	CCDC13 (ENSLLEG00000028404)	HHATL (ENSLLEG00000028559)	ZBTB47 (ENSLLEG00000028615)	KLHL40 (ENSLLEG00000028663)	ENSLLEG00000028684	ENSLLEG00000028696	ENSLLEG00000028703	ENSLLEG00000028711	GJC2 (ENSLLEG00000028718)	ENSLLEG00000028732	IBA57 (ENSLLEG00000028744)	ENSLLEG00000028761	ENSLLEG00000028787	ENSLLEG00000028841 #22	ENSLLEG00000029212 #22	ENSLLEG00000029250	GUK1 (ENSLLEG00000029271) #21	ENSLLEG00000029304	ENSLLEG00000029322	ENSLLEG00000029341	ENSLLEG00000029349	ENSLLEG00000029358	ENSLLEG00000029371	WNT9A (ENSLLEG00000029394) #19	ENSLLEG00000029422	ENSLLEG00000029434	ENSLLEG00000029440	SNAP47 (ENSLLEG00000029454)	ENSLLEG00000029466	ENSLLEG00000006669
Frog	MODERN SPECIES	6	vipr1 (ENSXETG00000048294)	sec22c (ENSXETG00000040312)	nktr (ENSXETG00000038719)	ENSXETG00000042930	zbtb47 (ENSXETG00000006162)	klhl40 (ENSXETG00000006168)	hhatl (ENSXETG00000006167)	ccdc13 (ENSXETG00000006170)	higd1a (ENSXETG00000041403)	cyp8b1.1 (ENSXETG00000006173)	cyp8b1.2 (ENSXETG00000039690)	ENSXETG00000038405	gjc2 (ENSXETG00000006175)	iba57 (ENSXETG00000048247)	ENSXETG00000036804	obscn (ENSXETG00000041307) #22	ENSXETG00000041635	ENSXETG00000044508	guk1 (ENSXETG00000013914) #21	mrpl55 (ENSXETG00000036559)	c1orf35 (ENSXETG00000035070)	arf5 (ENSXETG00000013916) #20	wnt3a (ENSXETG00000034546)	ENSXETG00000047482	ENSXETG00000035178	ENSXETG00000043411	wnt9a (ENSXETG00000043746) #19	ENSXETG00000040131	ENSXETG00000045282	ENSXETG00000049480	snap47 (ENSXETG00000047672)
Coelacanth	DUPLICATION
Coelacanth	MODERN SPECIES	1530														GJC2 (ENSLACG00000001220)	IBA57 (ENSLACG00000001868)	ENSLACG00000005313 #22	ENSLACG00000009108 #22	ENSLACG00000010690	GUK1 (ENSLACG00000010908) #21
Coelacanth	MODERN SPECIES	1530													GJC2 (ENSLACG00000001220)	IBA57 (ENSLACG00000001868)	ENSLACG00000005313 #22	ENSLACG00000009108 #22	ENSLACG00000010690	GUK1 (ENSLACG00000010908) #21
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	313															ENSGT00390000003267	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000154756.B ##22	ENSGT00940000168428	ENSGT00940000167421	ENSGT00940000155815 #21	ENSGT00390000005590	ENSGT00950000183080.a.b.a.b #20	ENSGT00940000160510	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380
Reedfish	MODERN SPECIES	14	gbx1 (ENSECRG00000006476)	asb10 (ENSECRG00000006485)	zgc:153738 (ENSECRG00000006521)	zgc:92591 (ENSECRG00000006640)	ENSECRG00000006643	ENSECRG00000006647	ENSECRG00000006651	ENSECRG00000006656	ENSECRG00000006661	ENSECRG00000006665	asic1c (ENSECRG00000006684)	iba57 (ENSECRG00000006840)	gjc2 (ENSECRG00000000803)	cdk5 (ENSECRG00000000869)	ENSECRG00000000899	ENSECRG00000001067 #22	ENSECRG00000001284 ##22	ENSECRG00000001304	guk1b (ENSECRG00000001335) #21	snap47 (ENSECRG00000001376)	jmjd4 (ENSECRG00000001405)	ENSECRG00000001447	wnt9a (ENSECRG00000001487) #19	ENSECRG00000001561	ENSECRG00000001637	ENSECRG00000001648	RAMP3 (ENSECRG00000001661)	abcb8 (ENSECRG00000001688)	pigm (ENSECRG00000001709)	pdcd6 (ENSECRG00000001725)	ENSECRG00000001738
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	275															ENSGT00390000003267	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000154756.B ##22	ENSGT00940000168428	ENSGT00940000155815.p #21	ENSGT00940000167421	ENSGT00940000155815.q #21	ENSGT00390000005590	ENSGT00950000183080.a.b.a.b #20	ENSGT00940000160510	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380
Spotted gar	MODERN SPECIES	675	ENSLOCG00000008947	PPP1R16A (ENSLOCG00000008960)	ENSLOCG00000018125	gpt (ENSLOCG00000008969)	ENSLOCG00000008988	ENSLOCG00000009009	faim2a (ENSLOCG00000009020)	ENSLOCG00000009030	abcf2b (ENSLOCG00000009041)	CHPF2 (ENSLOCG00000009059)	smarcd3b (ENSLOCG00000009069)	ENSLOCG00000009092	ENSLOCG00000009102	ENSLOCG00000009117	ENSLOCG00000009126	ENSLOCG00000009134 #22	ENSLOCG00000009158 ##22	ENSLOCG00000009140 ##22	guk1b (ENSLOCG00000009170) #21	zgc:63882 (ENSLOCG00000009188)	ARF1 (ENSLOCG00000009197) #20	wnt3a (ENSLOCG00000009208)	wnt9a (ENSLOCG00000009215) #19	snap47 (ENSLOCG00000009233)	jmjd4 (ENSLOCG00000009240)	ENSLOCG00000009256	atg9b (ENSLOCG00000009263)	abcb8 (ENSLOCG00000009275)	cdk5 (ENSLOCG00000009292)	ENSLOCG00000009298	ENSLOCG00000009314
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	478														ENSGT00940000177473	ENSGT00940000177117	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000154756.B ##22	ENSGT00940000168428
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Asian bonytongue	DUPLICATION
Asian bonytongue	DUPLICATION
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P. kingsleyae	DUPLICATION
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Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	318						ENSGT00390000018244	ENSGT00390000017311	ENSGT00940000158538	ENSGT00530000063484.b.b.d.a	ENSGT00940000159499	ENSGT00730000111176	ENSGT00940000159600	ENSGT00940000159969.a	ENSGT00940000177473	ENSGT00940000177117	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000154756.B ##22	ENSGT00940000167421	ENSGT00940000155815.p #21	ENSGT00390000016573.c.a	ENSGT00390000016466
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000015871	ENSGT00940000159586	ENSGT00940000154365.a.a	ENSGT00940000158974	ENSGT01100000263569.a.a	ENSGT01030000234528.B.b.a.a.a.c.b	ENSGT00940000165535	ENSGT00940000168601	ENSGT00940000164727	ENSGT00940000160805	ENSGT00940000159126	ENSGT00390000014839.a	ENSGT00970000196942	ENSGT00940000177473	ENSGT00940000177117	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000168428.b.b.a	ENSGT00940000154756.B ##22	ENSGT00940000155815.q #21	ENSGT00390000005590	ENSGT00940000165468	ENSGT00940000160510	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00390000006465	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153709.B	ENSGT01020000230359.E	ENSGT00940000154276	ENSGT00390000000596
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	54	ENSGT00390000011058.b	ENSGT00940000155387.d	ENSGT00940000159593	ENSGT00390000018244	ENSGT00390000017311	ENSGT00940000158538	ENSGT00530000063484.b.b.d.a	ENSGT00940000159499	ENSGT00730000111176	ENSGT00940000159600	ENSGT00940000159969.a	ENSGT00940000154067.c	ENSGT00940000177273	ENSGT00940000177473	ENSGT00940000177117	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000168428.b.b.a	ENSGT00940000154756.B ##22	ENSGT00940000168428.b.a	ENSGT00940000167421	ENSGT00940000155815.p #21	ENSGT00390000016573.c.a	ENSGT00390000016466	ENSGT00940000166922	ENSGT00510000047220	ENSGT01050000244838.B.a	ENSGT00940000159218.b	ENSGT00940000173451	ENSGT00940000154482.b.a	ENSGT00950000183049.B	ENSGT00940000156460.B
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000011058.b	ENSGT00940000155387.d	ENSGT00940000159593	ENSGT00390000018244	ENSGT00390000017311	ENSGT00940000158538	ENSGT00530000063484.b.b.d.a	ENSGT00940000159499	ENSGT00730000111176	ENSGT00940000159600	ENSGT00940000159969.a	ENSGT00940000154067.c	ENSGT00940000177273	ENSGT00940000177473	ENSGT00940000177117	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000168428.b.b.a	ENSGT00940000178390	ENSGT00940000154756.B.u.a ##22	ENSGT00940000168428.b.b.b	ENSGT00940000154756.B.v ##22	ENSGT00940000168428.b.a	ENSGT00940000167421	ENSGT00940000155815.p #21	ENSGT00390000016573.c.a	ENSGT00390000016466	ENSGT00940000166922	ENSGT00510000047220	ENSGT01050000244838.B.b	ENSGT00940000159218.b	ENSGT00940000173451
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	8	gbx1 (ENSMMDG00005018886)	asb10 (ENSMMDG00005018888)	zgc:92591 (ENSMMDG00005018891)	ENSMMDG00005018893	ENSMMDG00005018896	cdk5 (ENSMMDG00005018899)	abcb8 (ENSMMDG00005018903)	atg9b (ENSMMDG00005018926)	ENSMMDG00005018927	ENSMMDG00005018928	ENSMMDG00005018930	ENSMMDG00005018931	ENSMMDG00005018933	ENSMMDG00005018935	ENSMMDG00005018940	ENSMMDG00005018946 #22	ENSMMDG00005018948	ENSMMDG00005018949 ##22	ENSMMDG00005018950 ##22	guk1a (ENSMMDG00005018952) #21	zgc:63882 (ENSMMDG00005018953)	ENSMMDG00005018955 ##20	wnt3a (ENSMMDG00005018957)	wnt9a (ENSMMDG00005018960) #19	snap47 (ENSMMDG00005018967)	jmjd4 (ENSMMDG00005018968)	iba57 (ENSMMDG00005018970)	gjc2 (ENSMMDG00005018971)	HIGD1A (ENSMMDG00005018974)	ENSMMDG00005018976	tmie (ENSMMDG00005018978)
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Tiger tail seahorse	DUPLICATION
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Tiger tail seahorse	DUPLICATION
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Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000011058.b	ENSGT00940000155387.d	ENSGT00940000159593	ENSGT00390000018244	ENSGT00390000017311	ENSGT00940000158538	ENSGT00530000063484.b.b.d.a	ENSGT00940000159499	ENSGT00730000111176	ENSGT00940000159600	ENSGT00940000159969.a	ENSGT00940000168181	ENSGT00940000154067.c	ENSGT00940000168428.b.a	ENSGT00940000177117	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000168428.b.b.a	ENSGT00940000177473	ENSGT00940000154756.B.v ##22	ENSGT00940000168428.a	ENSGT00940000178390	ENSGT00940000154756.B.u.a ##22	ENSGT00940000168428.b.b.b	ENSGT00940000177273	ENSGT00940000167421	ENSGT00940000155815.p #21	ENSGT00390000016573.c.a	ENSGT00390000016466	ENSGT00940000154595	ENSGT00390000000051.a	ENSGT00940000154412.C.c.b
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT01030000238439	ENSGT00390000015871	ENSGT00940000159586	ENSGT00940000154365.a.a	ENSGT00940000158974	ENSGT01100000263569.a.a	ENSGT00940000165535	ENSGT00940000164727	ENSGT00940000160805	ENSGT00940000159126	ENSGT00390000014839.a	ENSGT00940000177473	ENSGT00940000154756.B.v ##22	ENSGT00940000168428.b.a	ENSGT00940000177117	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000155815.q #21	ENSGT00390000005590	ENSGT00950000183080.a.b.b.a.a ##20	ENSGT00940000160510	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00390000006465	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153709.B	ENSGT00940000154276	ENSGT00390000000596	ENSGT00940000164845	ENSGT00940000158574	ENSGT01030000234570.d.b.a.b.b.b
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00740000115534.a.b	ENSGT00940000154681.a.e	ENSGT00950000182863.B.a	ENSGT00950000183032.A.b.b.a	ENSGT00940000159905	ENSGT01030000238439	ENSGT00390000015871	ENSGT00940000159586	ENSGT00940000154365.a.a	ENSGT00940000158974	ENSGT01100000263569.a.a	ENSGT00940000164727	ENSGT00940000160805	ENSGT00940000159126	ENSGT00390000014839.a	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000168428.b.b.a	ENSGT00940000177117	ENSGT00940000154756.B.v ##22	ENSGT00940000155815.q #21	ENSGT00390000005590	ENSGT00950000183080.a.b.b.a.a ##20	ENSGT00940000160510	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00390000006465	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153709.B	ENSGT00940000154276	ENSGT00390000000596
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000154756.A #22
Tetraodon	MODERN SPECIES	7	ube2v2 (ENSTNIG00000008505)	snai2 (ENSTNIG00000008504)	SNTG1 (ENSTNIG00000008503)	pcmtd1 (ENSTNIG00000008502)	ST18 (ENSTNIG00000008501)	RB1CC1 (ENSTNIG00000008500)	AGAP3 (ENSTNIG00000008499)	gbx1 (ENSTNIG00000008498)	asb10 (ENSTNIG00000008497)	zgc:92591 (ENSTNIG00000008496)	asic1c (ENSTNIG00000008495)	ENSTNIG00000001162	ENSTNIG00000008494	abcb8 (ENSTNIG00000008493)	atg9b (ENSTNIG00000008492)	ENSTNIG00000008490 #22	guk1a (ENSTNIG00000008491) #21	guk1a (ENSTNIG00000008489) #21	zgc:63882 (ENSTNIG00000008488)	wnt3a (ENSTNIG00000008487)	wnt9a (ENSTNIG00000008486) #19	snap47 (ENSTNIG00000008485)	jmjd4 (ENSTNIG00000008484)	iba57 (ENSTNIG00000008483)	gjc2 (ENSTNIG00000008482)	ENSTNIG00000008481	CYP8B1 (ENSTNIG00000008480)	HIGD1A (ENSTNIG00000001241)	ENSTNIG00000008479	tmie (ENSTNIG00000008478)	pth1r (ENSTNIG00000008477)
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00740000115534.a.b	ENSGT00940000154681.a.e	ENSGT00950000182863.B.a	ENSGT00950000183032.A.b.b.a	ENSGT00940000159905	ENSGT01030000238439	ENSGT00390000015871	ENSGT00940000159586	ENSGT00940000154365.a.a	ENSGT00940000158974	ENSGT01100000263569.a.a	ENSGT00940000164727	ENSGT00940000160805	ENSGT00940000159126	ENSGT00390000014839.a	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000168428.b.b.a	ENSGT00940000177117	ENSGT00940000154756.B.v ##22	ENSGT00940000155815.q #21	ENSGT00390000005590	ENSGT00950000183080.a.b.b.a.a ##20	ENSGT00940000160510	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00390000006465	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153709.B	ENSGT00940000154276	ENSGT00390000000596
Ballan wrasse	DUPLICATION
Ballan wrasse	DUPLICATION
Ballan wrasse	DUPLICATION
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Ballan wrasse	MODERN SPECIES	336	SNTG1 (ENSLBEG00000000987)	pcmtd1 (ENSLBEG00000001073)	ST18 (ENSLBEG00000001117)	RB1CC1 (ENSLBEG00000001203)	AGAP3 (ENSLBEG00000001302)	gbx1 (ENSLBEG00000001309)	asb10 (ENSLBEG00000001325)	zgc:92591 (ENSLBEG00000001382)	ENSLBEG00000001405	ENSLBEG00000001420	cdk5 (ENSLBEG00000001455)	abcb8 (ENSLBEG00000001537)	ENSLBEG00000001624	ENSLBEG00000001649 #22	ENSLBEG00000001687 #22	ENSLBEG00000001714 #22	ENSLBEG00000001816	ENSLBEG00000001837	ENSLBEG00000001872 #22	guk1a (ENSLBEG00000001931) #21	zgc:63882 (ENSLBEG00000001982)	arf1 (ENSLBEG00000001998)	wnt3a (ENSLBEG00000002020)
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	336	RB1CC1 (ENSLBEG00000001203)	AGAP3 (ENSLBEG00000001302)	gbx1 (ENSLBEG00000001309)	asb10 (ENSLBEG00000001325)	zgc:92591 (ENSLBEG00000001382)	ENSLBEG00000001405	ENSLBEG00000001420	cdk5 (ENSLBEG00000001455)	abcb8 (ENSLBEG00000001537)	ENSLBEG00000001624	ENSLBEG00000001649 #22	ENSLBEG00000001687 #22	ENSLBEG00000001714 #22	ENSLBEG00000001816	ENSLBEG00000001837	ENSLBEG00000001872 #22	guk1a (ENSLBEG00000001931) #21	zgc:63882 (ENSLBEG00000001982)	arf1 (ENSLBEG00000001998)	wnt3a (ENSLBEG00000002020)
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00740000115534.a.b	ENSGT00940000154681.a.e	ENSGT00950000182863.B.a	ENSGT00950000183032.A.b.b.a	ENSGT00940000159905	ENSGT01030000238439	ENSGT00390000015871	ENSGT00940000159586	ENSGT00940000154365.a.a	ENSGT00940000158974	ENSGT01100000263569.a.a	ENSGT00940000164727	ENSGT00940000160805	ENSGT00940000159126	ENSGT00390000014839.a	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000154756.B.v ##22	ENSGT00940000155815.q #21	ENSGT00390000005590	ENSGT00950000183080.a.b.b.a.a ##20	ENSGT00940000160510	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00390000006465	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153709.B	ENSGT00940000154276	ENSGT00390000000596	ENSGT00940000164845	ENSGT00940000158574
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00740000115534.a.b	ENSGT00940000154681.a.e	ENSGT00940000154511.b	ENSGT00950000182863.B.a	ENSGT00950000183032.A.b.b.a	ENSGT00940000159905	ENSGT00390000015871	ENSGT00940000159586	ENSGT00940000154365.a.a	ENSGT00940000158974	ENSGT01100000263569.a.a	ENSGT00940000164727	ENSGT00940000160805	ENSGT00940000159126	ENSGT00390000014839.a	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000155815.q #21	ENSGT00390000005590	ENSGT00950000183080.a.b.b.a.a ##20	ENSGT00940000160510	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00390000006465	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153709.B	ENSGT00940000154276	ENSGT00390000000596	ENSGT00940000164845	ENSGT00940000158574	ENSGT01030000234570.d.b.a.b.b.b
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European seabass	MODERN SPECIES		cebpd (ENSDLAG00005025803)	ube2v2 (ENSDLAG00005025878)	SNAI2 (ENSDLAG00005025886)	SNTG1 (ENSDLAG00005025887)	pcmtd1 (ENSDLAG00005025888)	ST18 (ENSDLAG00005025891)	RB1CC1 (ENSDLAG00005025897)	AGAP3 (ENSDLAG00005025915)	gbx1 (ENSDLAG00005026693)	asb10 (ENSDLAG00005025956)	zgc:92591 (ENSDLAG00005021322)	asic1c (ENSDLAG00005025961)	cdk5 (ENSDLAG00005025973)	ENSDLAG00005025991	atg9b (ENSDLAG00005026009)	ENSDLAG00005026018 #22	GUK1 (ENSDLAG00005026026) #21	C1orf35 (ENSDLAG00005030355)	ENSDLAG00005033446 ##20	wnt3a (ENSDLAG00005026033)	wnt9a (ENSDLAG00005026035) #19	snap47 (ENSDLAG00005026038)	jmjd4 (ENSDLAG00005026039)	pth1r (ENSDLAG00005028827)	ENSDLAG00005030746	ENSDLAG00005002661	tmie (ENSDLAG00005002754)	myl13 (ENSDLAG00005003140)	ENSDLAG00005030068	ENSDLAG00005026637	aqp1a.1 (ENSDLAG00005005353)
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	13	mcm4 (ENSSAUG00010006897)	ube2v2 (ENSSAUG00010006759)	snai2 (ENSSAUG00010006755)	SNTG1 (ENSSAUG00010006754)	pcmtd1 (ENSSAUG00010006752)	ENSSAUG00010006749	RB1CC1 (ENSSAUG00010006685)	AGAP3 (ENSSAUG00010003720)	gbx1 (ENSSAUG00010003647)	asb10 (ENSSAUG00010003644)	zgc:92591 (ENSSAUG00010003641)	asic1c (ENSSAUG00010003193)	cdk5 (ENSSAUG00010003127)	abcb8 (ENSSAUG00010002978)	atg9b (ENSSAUG00010002962)	ENSSAUG00010002946 #22	zgc:63882 (ENSSAUG00010002941)	guk1a (ENSSAUG00010002929) #21	wnt3a (ENSSAUG00010002897)	wnt9a (ENSSAUG00010002844) #19	snap47 (ENSSAUG00010002815)	jmjd4 (ENSSAUG00010002799)	iba57 (ENSSAUG00010023536)	gjc2 (ENSSAUG00010023535)	cyp8b1.2 (ENSSAUG00010023534)	HIGD1A (ENSSAUG00010023533)	ENSSAUG00010023531	tmie (ENSSAUG00010023529)	pth1r (ENSSAUG00010023506)	myl13 (ENSSAUG00010023495)	CRHR2 (ENSSAUG00010023148)
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00740000115534.a.b	ENSGT00940000154681.a.e	ENSGT00950000182863.B.a	ENSGT00950000183032.A.b.b.a	ENSGT00940000159905	ENSGT01030000238439	ENSGT00390000015871	ENSGT00940000159586	ENSGT00940000154365.a.a	ENSGT00940000158974	ENSGT01100000263569.a.a	ENSGT00940000164727	ENSGT00940000160805	ENSGT00940000159126	ENSGT00390000014839.a	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000154756.B.v ##22	ENSGT00940000155815.q #21	ENSGT00390000005590	ENSGT00950000183080.a.b.b.a.a ##20	ENSGT00940000160510	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00390000006465	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153709.B	ENSGT00940000154276	ENSGT00390000000596	ENSGT00940000164845	ENSGT00940000158574
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT01050000244824.A	ENSGT00740000115534.a.b	ENSGT00940000154681.a.e	ENSGT00950000182863.B.a	ENSGT00950000183032.A.b.b.a	ENSGT00940000159905	ENSGT00390000015871	ENSGT00940000159586	ENSGT00940000154365.a.a	ENSGT00940000158974	ENSGT01100000263569.a.a	ENSGT00940000164727	ENSGT00940000160805	ENSGT00940000159126	ENSGT00390000014839.a	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000154756.B.v ##22	ENSGT00940000155815.q #21	ENSGT00390000005590	ENSGT00950000183080.a.b.b.a.a ##20	ENSGT00940000160510	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00390000006465	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153709.B	ENSGT00940000154276	ENSGT00390000000596	ENSGT00940000158574	ENSGT01030000234570.d.b.a.b.b.b
Lumpfish	DUPLICATION
Lumpfish	DUPLICATION
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Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000159905	ENSGT01030000238439	ENSGT00390000015871	ENSGT00940000159586	ENSGT00940000154365.a.a	ENSGT00940000158974	ENSGT01100000263569.a.a	ENSGT00940000165535	ENSGT00940000164727	ENSGT00940000160805	ENSGT00940000159126	ENSGT00390000014839.a	ENSGT00940000177473	ENSGT00940000154756.B.v ##22	ENSGT00940000177117	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000155815.q #21	ENSGT00390000005590	ENSGT00950000183080.a.b.b.a.a ##20	ENSGT00940000160510	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00390000006465	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153709.B	ENSGT00940000154276	ENSGT00390000000596	ENSGT00940000164845	ENSGT00940000158574	ENSGT01030000234570.d.b.a.b.b.b
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Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT01050000244824.A	ENSGT00740000115534.a.b	ENSGT00940000154681.a.e	ENSGT00950000182863.B.a	ENSGT00950000183032.A.b.b.a	ENSGT00940000159905	ENSGT00390000015871	ENSGT00940000159586	ENSGT00940000154365.a.a	ENSGT00940000158974	ENSGT01100000263569.a.a	ENSGT00940000164727	ENSGT00940000160805	ENSGT00940000159126	ENSGT00390000014839.a	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000155815.q #21	ENSGT00390000005590	ENSGT00950000183080.a.b.b.a.a ##20	ENSGT00940000160510	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00390000006465	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153709.B	ENSGT00940000154276	ENSGT00390000000596	ENSGT00940000164845	ENSGT00940000158574	ENSGT01030000234570.d.b.a.b.b.b
Siamese fighting fish	DUPLICATION
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Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	8	pcmtd1 (ENSBSLG00000022260)	ST18 (ENSBSLG00000022269)	RB1CC1 (ENSBSLG00000022306)	AGAP3 (ENSBSLG00000022486)	gbx1 (ENSBSLG00000022901)	asb10 (ENSBSLG00000022907)	zgc:92591 (ENSBSLG00000022917)	asic1c (ENSBSLG00000022942)	cdk5 (ENSBSLG00000023063)	ENSBSLG00000023102	ENSBSLG00000023120	abcb8 (ENSBSLG00000023174)	atg9b (ENSBSLG00000023448)	ENSBSLG00000023479 #22	ENSBSLG00000023505	ENSBSLG00000023512 #22	guk1a (ENSBSLG00000023536) #21	zgc:63882 (ENSBSLG00000023546)	ENSBSLG00000023555 ##20	wnt3a (ENSBSLG00000023563)	wnt9a (ENSBSLG00000023589) #19	snap47 (ENSBSLG00000023611)	jmjd4 (ENSBSLG00000023617)	iba57 (ENSBSLG00000023623)	gjc2 (ENSBSLG00000023626)	ENSBSLG00000023632	ENSBSLG00000023633	ENSBSLG00000023644	ENSBSLG00000023645	ENSBSLG00000023653	tmie (ENSBSLG00000023661)
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00740000115534.a.b	ENSGT00940000154681.a.e	ENSGT00950000182863.B.a	ENSGT00950000183032.A.b.b.a	ENSGT00940000159905	ENSGT00390000015871	ENSGT00940000159586	ENSGT00940000154365.a.a	ENSGT00940000158974	ENSGT01100000263569.a.a	ENSGT00940000165535	ENSGT00940000164727	ENSGT00940000160805	ENSGT00940000159126	ENSGT00390000014839.a	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000155815.q #21	ENSGT00390000005590	ENSGT00950000183080.a.b.b.a.a ##20	ENSGT00940000160510	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00390000006465	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153709.B	ENSGT00940000154276	ENSGT00390000000596	ENSGT00940000164845	ENSGT00940000158574	ENSGT01030000234570.d.b.a.b.b.b
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00740000115534.a.b	ENSGT00940000154681.a.e	ENSGT00950000182863.B.a	ENSGT00950000183032.A.b.b.a	ENSGT00940000159905	ENSGT00390000015871	ENSGT00940000159586	ENSGT00940000154365.a.a	ENSGT00940000158974	ENSGT01100000263569.a.a	ENSGT00940000165535	ENSGT00940000164727	ENSGT00940000160805	ENSGT00940000159126	ENSGT00390000014839.a	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000168428.b.b.a	ENSGT00940000155815.q #21	ENSGT00390000005590	ENSGT00950000183080.a.b.b.a.a ##20	ENSGT00940000160510	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00390000006465	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153709.B	ENSGT00940000154276	ENSGT00390000000596	ENSGT00940000164845	ENSGT00940000158574
Tongue sole	MODERN SPECIES	12	ENSCSEG00000010883	ENSCSEG00000010891	exosc4 (ENSCSEG00000010906)	GPAA1 (ENSCSEG00000010913)	pcmtd1 (ENSCSEG00000010930)	ST18 (ENSCSEG00000010940)	RB1CC1 (ENSCSEG00000010957)	AGAP3 (ENSCSEG00000011034)	gbx1 (ENSCSEG00000011077)	asb10 (ENSCSEG00000011081)	zgc:92591 (ENSCSEG00000011088)	asic1c (ENSCSEG00000011093)	cdk5 (ENSCSEG00000011124)	abcb8 (ENSCSEG00000011141)	atg9b (ENSCSEG00000011173)	ENSCSEG00000011191 #22	ENSCSEG00000011207	ENSCSEG00000011215 ##22	ENSCSEG00000011222	ENSCSEG00000011234 ##22	ENSCSEG00000011248 ##22	ENSCSEG00000011262	dsc2l (ENSCSEG00000011279)	CDH2 (ENSCSEG00000011290)	AQP4 (ENSCSEG00000011309)	KCTD1 (ENSCSEG00000011319)	psma8 (ENSCSEG00000011339)	ss18 (ENSCSEG00000011353)	ZNF521 (ENSCSEG00000011386)	ENSCSEG00000011401	OSBPL1A (ENSCSEG00000011405)
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Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000182863.B.a	ENSGT00950000183032.A.b.b.a	ENSGT00940000159905	ENSGT00390000015871	ENSGT00940000159586	ENSGT00940000154365.a.a	ENSGT00940000158974	ENSGT01100000263569.a.a	ENSGT01030000234528.B.b.a.a.a.c.a	ENSGT01030000234528.B.b.a.a.a.c.b	ENSGT00940000165535	ENSGT00940000164727	ENSGT00940000160805	ENSGT00940000159126	ENSGT00390000014839.a	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000155815.q #21	ENSGT00390000005590	ENSGT00950000183080.a.b.b.a.a ##20	ENSGT00940000160510	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00390000006465	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153709.B	ENSGT00940000154276	ENSGT00390000000596	ENSGT00940000164845	ENSGT00940000158574	ENSGT01030000234570.d.b.a.b.b.b
Barramundi perch	MODERN SPECIES	69	SNTG1 (ENSLCAG00010005205)	pcmtd1 (ENSLCAG00010005197)	ST18 (ENSLCAG00010005184)	RB1CC1 (ENSLCAG00010005128)	ENSLCAG00010005091	AGAP3 (ENSLCAG00010004970)	gbx1 (ENSLCAG00010004902)	asb10 (ENSLCAG00010004897)	zgc:92591 (ENSLCAG00010004894)	ENSLCAG00010004878	ENSLCAG00010004858	cdk5 (ENSLCAG00010004830)	abcb8 (ENSLCAG00010004603)	atg9b (ENSLCAG00010004522)	ENSLCAG00010004515	ENSLCAG00010004502 #22	zgc:63882 (ENSLCAG00010004493)	ENSLCAG00010004471 ##20	guk1a (ENSLCAG00010004457) #21	wnt3a (ENSLCAG00010004433)	wnt9a (ENSLCAG00010004419) #19	snap47 (ENSLCAG00010004413)	iba57 (ENSLCAG00010004408)	jmjd4 (ENSLCAG00010004400)	gjc2 (ENSLCAG00010004391)	CYP8B1 (ENSLCAG00010004385)	HIGD1A (ENSLCAG00010004378)	ENSLCAG00010004376	tmie (ENSLCAG00010004361)	pth1r (ENSLCAG00010004183)	myl13 (ENSLCAG00010004118)
Seriola	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183032.A.b.b.a	ENSGT00940000159905	ENSGT00390000015871	ENSGT00940000159586	ENSGT00940000154365.a.a	ENSGT00940000158974	ENSGT01100000263569.a.a	ENSGT00940000165535	ENSGT00940000164727	ENSGT00940000160805	ENSGT00940000159126	ENSGT00390000014839.a	ENSGT00940000168428.b.b.a	ENSGT00940000154756.B.v ##22	ENSGT00940000177117	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000155815.q #21	ENSGT00390000005590	ENSGT00950000183080.a.b.b.a.a ##20	ENSGT00940000160510	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00390000006465	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00940000154276	ENSGT00390000000596	ENSGT00940000164845	ENSGT00940000158574	ENSGT01030000234570.d.b.a.b.b.b	ENSGT00940000156795
Yellowtail amberjack	DUPLICATION
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Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	1284																ENSSLDG00000008881 #22
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	1077																ENSSLDG00000004286 #22
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	980																ENSSLDG00000000075 #22
Greater amberjack	DUPLICATION
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Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00740000115534.a.b	ENSGT00940000154681.a.e	ENSGT00950000182863.B.a	ENSGT00950000183032.A.b.b.a	ENSGT00940000159905	ENSGT00390000015871	ENSGT00940000159586	ENSGT00940000154365.a.a	ENSGT00940000158974	ENSGT01100000263569.a.a	ENSGT00940000165535	ENSGT00940000164727	ENSGT00940000160805	ENSGT00940000159126	ENSGT00390000014839.a	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000168428.b.b.a	ENSGT00940000177117	ENSGT00940000155815.q #21	ENSGT00390000005590	ENSGT00950000183080.a.b.b.a.a ##20	ENSGT00940000160510	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00390000006465	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153709.B.wb	ENSGT00940000154276.d	ENSGT00940000153709.B.vb	ENSGT00940000154276.c.b
P. nyererei	DUPLICATION
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P. nyererei	DUPLICATION
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Midas cichlid	DUPLICATION
Midas cichlid	DUPLICATION
Midas cichlid	DUPLICATION
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Clown anemonefish	DUPLICATION
Clown anemonefish	DUPLICATION
Clown anemonefish	DUPLICATION
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Orange clownfish	MODERN SPECIES	1	snai2 (ENSAPEG00000002983)	ENSAPEG00000002976	SNTG1 (ENSAPEG00000002923)	pcmtd1 (ENSAPEG00000002901)	ENSAPEG00000002880	ENSAPEG00000002856	RB1CC1 (ENSAPEG00000002710)	AGAP3 (ENSAPEG00000002642)	gbx1 (ENSAPEG00000002607)	asb10 (ENSAPEG00000002599)	zgc:92591 (ENSAPEG00000002594)	ENSAPEG00000002526	cdk5 (ENSAPEG00000002446)	abcb8 (ENSAPEG00000002379)	atg9b (ENSAPEG00000002365)	ENSAPEG00000002326 #22	ENSAPEG00000002320 #22	ENSAPEG00000002309 #22	ENSAPEG00000002295 #22	ENSAPEG00000002271 #22	ENSAPEG00000002250 ##22	ENSAPEG00000002230	ENSAPEG00000002168 ##22	guk1a (ENSAPEG00000002141) #21	zgc:63882 (ENSAPEG00000002128)	ENSAPEG00000002101 ##20	wnt3a (ENSAPEG00000002089)	wnt9a (ENSAPEG00000002075) #19	snap47 (ENSAPEG00000002042)	jmjd4 (ENSAPEG00000002030)	iba57 (ENSAPEG00000002017)
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000154681.a.e	ENSGT00950000182863.B.a	ENSGT00950000183032.A.b.b.a	ENSGT00940000159905	ENSGT01030000238439	ENSGT00390000015871	ENSGT00940000159586	ENSGT00940000154365.a.a	ENSGT00940000158974	ENSGT01100000263569.a.a	ENSGT00940000165535	ENSGT00940000164727	ENSGT00940000160805	ENSGT00940000159126	ENSGT00390000014839.a	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000154756.B.u.a ##22	ENSGT00940000177473	ENSGT00940000168428.b.a	ENSGT00940000154756.B.v ##22	ENSGT00940000155815.q #21	ENSGT00390000005590	ENSGT00950000183080.a.b.b.a.a ##20	ENSGT00940000160510	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00390000006465	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153709.B	ENSGT00940000154276
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT01050000244824.A	ENSGT00740000115534.a.b	ENSGT00940000154681.a.e	ENSGT00950000182863.B.a	ENSGT00950000183032.A.b.b.a	ENSGT00940000159905	ENSGT01030000238439	ENSGT00390000015871	ENSGT00940000159586	ENSGT00940000154365.a.a	ENSGT00940000158974	ENSGT00940000164727	ENSGT00940000160805	ENSGT00940000159126	ENSGT00390000014839.a	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000154756.B.u.a ##22	ENSGT00940000177473	ENSGT00940000168428.b.b.a	ENSGT00940000154756.B.v ##22	ENSGT00940000155815.q #21	ENSGT00390000005590	ENSGT00950000183080.a.b.b.a.a ##20	ENSGT00940000160510	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00390000006465	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153709.B	ENSGT00940000154276
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT01050000244824.A	ENSGT00740000115534.a.b	ENSGT00940000154681.a.e	ENSGT00950000182863.B.a	ENSGT00950000183032.A.b.b.a	ENSGT00940000159905	ENSGT01030000238439	ENSGT00390000015871	ENSGT00940000159586	ENSGT00940000154365.a.a	ENSGT00940000158974	ENSGT00940000164727	ENSGT00940000160805	ENSGT00940000159126	ENSGT00390000014839.a.a	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000168428.b.b.a	ENSGT00940000154756.B.v ##22	ENSGT00940000155815.q #21	ENSGT00390000005590	ENSGT00950000183080.a.b.b.a.a ##20	ENSGT00940000160510	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00390000006465	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153709.B	ENSGT00940000154276	ENSGT00390000000596	ENSGT00940000164845
Indian medaka	MODERN SPECIES	10	SPIDR (ENSOMEG00000000152)	mcm4 (ENSOMEG00000006568)	ube2v2 (ENSOMEG00000006578)	snai2 (ENSOMEG00000006591)	SNTG1 (ENSOMEG00000006675)	pcmtd1 (ENSOMEG00000006710)	ENSOMEG00000000159	RB1CC1 (ENSOMEG00000006857)	AGAP3 (ENSOMEG00000006957)	gbx1 (ENSOMEG00000007015)	asb10 (ENSOMEG00000007076)	asic1c (ENSOMEG00000007204)	cdk5 (ENSOMEG00000007307)	ENSOMEG00000000177	atg9b (ENSOMEG00000007421)	ENSOMEG00000007455 #22	ENSOMEG00000007470	ENSOMEG00000007479 ##22	ENSOMEG00000007491 ##22	ENSOMEG00000007519 ##22	guk1a (ENSOMEG00000007565) #21	ENSOMEG00000007598 ##20	wnt3a (ENSOMEG00000007627)	wnt9a (ENSOMEG00000007660) #19	snap47 (ENSOMEG00000007681)	jmjd4 (ENSOMEG00000007735)	iba57 (ENSOMEG00000007759)	gjc2 (ENSOMEG00000007766)	cyp8b1.2 (ENSOMEG00000007776)	HIGD1A (ENSOMEG00000007820)	ENSOMEG00000007854
Javanese ricefish	DUPLICATION
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	8	SNTG1 (ENSOJAG00000021958)	pcmtd1 (ENSOJAG00000021979)	ENSOJAG00000021990	ST18 (ENSOJAG00000022005)	ENSOJAG00000022018	RB1CC1 (ENSOJAG00000022033)	AGAP3 (ENSOJAG00000022147)	gbx1 (ENSOJAG00000022627)	asb10 (ENSOJAG00000022629)	asic1c (ENSOJAG00000022638)	ENSOJAG00000022672	abcb8 (ENSOJAG00000022678)	ENSOJAG00000022726	atg9b (ENSOJAG00000022732)	ENSOJAG00000022738 #22	ENSOJAG00000022768 #22	guk1a (ENSOJAG00000022785) #21	zgc:63882 (ENSOJAG00000022794)	arf2b (ENSOJAG00000022804) ##20	wnt3a (ENSOJAG00000022812)	wnt9a (ENSOJAG00000022824) #19	snap47 (ENSOJAG00000022836)	jmjd4 (ENSOJAG00000022839)	iba57 (ENSOJAG00000022843)	gjc2 (ENSOJAG00000022848)	cyp8b1.2 (ENSOJAG00000022853)	HIGD1A (ENSOJAG00000022856)	ENSOJAG00000022860	tmie (ENSOJAG00000009593)	pth1r (ENSOJAG00000009615)	myl13 (ENSOJAG00000009786)
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	8	snai2 (ENSOJAG00000021947)	SNTG1 (ENSOJAG00000021958)	pcmtd1 (ENSOJAG00000021979)	ENSOJAG00000021990	ST18 (ENSOJAG00000022005)	ENSOJAG00000022018	RB1CC1 (ENSOJAG00000022033)	AGAP3 (ENSOJAG00000022147)	gbx1 (ENSOJAG00000022627)	asb10 (ENSOJAG00000022629)	asic1c (ENSOJAG00000022638)	ENSOJAG00000022672	abcb8 (ENSOJAG00000022678)	ENSOJAG00000022726	atg9b (ENSOJAG00000022732)	ENSOJAG00000022738 #22	ENSOJAG00000022768 #22	guk1a (ENSOJAG00000022785) #21	zgc:63882 (ENSOJAG00000022794)	arf2b (ENSOJAG00000022804) ##20	wnt3a (ENSOJAG00000022812)	wnt9a (ENSOJAG00000022824) #19	snap47 (ENSOJAG00000022836)	jmjd4 (ENSOJAG00000022839)	iba57 (ENSOJAG00000022843)	gjc2 (ENSOJAG00000022848)	cyp8b1.2 (ENSOJAG00000022853)	HIGD1A (ENSOJAG00000022856)	ENSOJAG00000022860	tmie (ENSOJAG00000009593)	pth1r (ENSOJAG00000009615)
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00740000115534.a.b	ENSGT00940000154681.a.e	ENSGT00950000182863.B.a	ENSGT00950000183032.A.b.b.a	ENSGT00940000159905	ENSGT00390000015871	ENSGT00940000159586	ENSGT00940000154365.a.a	ENSGT00940000158974	ENSGT00940000164727	ENSGT00940000160805	ENSGT00940000159126	ENSGT00390000014839.a	ENSGT00940000154756.B.u.a ##22	ENSGT00940000177473	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000155815.q #21	ENSGT00390000005590	ENSGT00950000183080.a.b.b.a.a ##20	ENSGT00940000160510	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00390000006465	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153709.B	ENSGT00940000154276	ENSGT00390000000596	ENSGT00940000164845	ENSGT00940000158574	ENSGT01030000234570.d.b.a.b.b.b.f
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	8	cebpd (ENSORLG00000022254)	mcm4 (ENSORLG00000017467)	ube2v2 (ENSORLG00000026484)	snai2 (ENSORLG00000017475)	SNTG1 (ENSORLG00000017486)	pcmtd1 (ENSORLG00000017490)	ENSORLG00000017500	RB1CC1 (ENSORLG00000017508)	AGAP3 (ENSORLG00000017516)	gbx1 (ENSORLG00000017521)	asb10 (ENSORLG00000017524)	asic1c (ENSORLG00000017530)	cdk5 (ENSORLG00000017539)	abcb8 (ENSORLG00000017547)	atg9b (ENSORLG00000017550)	ENSORLG00000022942 #22	ENSORLG00000028404 ##22	ENSORLG00000030589 ##22	ENSORLG00000029183	ENSORLG00000026200	ENSORLG00000024770	ENSORLG00000028027 ##22	ENSORLG00000025989 ##22	guk1a (ENSORLG00000017581) #21	zgc:63882 (ENSORLG00000017592)	ENSORLG00000017594 ##20	wnt3a (ENSORLG00000017597)	wnt9a (ENSORLG00000017600) #19	snap47 (ENSORLG00000017602)	jmjd4 (ENSORLG00000017605)	iba57 (ENSORLG00000017609)
Chinese medaka	MODERN SPECIES	770	mcm4 (ENSOSIG00000015948)	ube2v2 (ENSOSIG00000015928)	snai2 (ENSOSIG00000015927)	SNTG1 (ENSOSIG00000015925)	pcmtd1 (ENSOSIG00000015923)	ENSOSIG00000015922	RB1CC1 (ENSOSIG00000015917)	AGAP3 (ENSOSIG00000015672)	gbx1 (ENSOSIG00000015657)	asb10 (ENSOSIG00000015654)	asic1c (ENSOSIG00000015648)	cdk5 (ENSOSIG00000015647)	abcb8 (ENSOSIG00000015397)	atg9b (ENSOSIG00000015312)	ENSOSIG00000015309	ENSOSIG00000015306 #22	guk1a (ENSOSIG00000015302) #21	zgc:63882 (ENSOSIG00000015300)	ENSOSIG00000015298 ##20	wnt3a (ENSOSIG00000015255)	wnt9a (ENSOSIG00000015254) #19	snap47 (ENSOSIG00000015251)	jmjd4 (ENSOSIG00000015249)	iba57 (ENSOSIG00000015248)	gjc2 (ENSOSIG00000015247)	cyp8b1.2 (ENSOSIG00000015245)	HIGD1A (ENSOSIG00000015244)	ENSOSIG00000015243	tmie (ENSOSIG00000015242)	myl13 (ENSOSIG00000015238)	pth1r (ENSOSIG00000015179)
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00740000115534.a.b	ENSGT00940000154681.a.e	ENSGT00950000182863.B.a	ENSGT00950000183032.A.b.b.a	ENSGT00940000159905	ENSGT00390000015871	ENSGT00940000159586	ENSGT00940000154365.a.a	ENSGT00940000158974	ENSGT01100000263569.a.a	ENSGT00940000165535	ENSGT00940000164727	ENSGT00940000160805	ENSGT00940000159126	ENSGT00390000014839.a	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000154756.B.u.b ##22	ENSGT00940000155815.q #21	ENSGT00390000005590	ENSGT00950000183080.a.b.b.a.a ##20	ENSGT00940000160510	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00390000006465	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153709.B	ENSGT00940000154276	ENSGT00390000000596	ENSGT00940000164845	ENSGT00940000158574
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00740000115534.a.b	ENSGT00940000154681.a.e	ENSGT00950000182863.B.a	ENSGT00950000183032.A.b.b.a	ENSGT00940000159905	ENSGT00390000015871	ENSGT00940000159586	ENSGT00940000154365.a.a	ENSGT00940000158974	ENSGT01100000263569.a.a	ENSGT00940000165535	ENSGT00940000164727	ENSGT00940000160805	ENSGT00940000159126	ENSGT00390000014839.a	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000154756.B.u.b ##22	ENSGT00940000155815.q #21	ENSGT00390000005590	ENSGT00950000183080.a.b.b.a.a ##20	ENSGT00940000160510	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00390000006465	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153709.B	ENSGT00940000154276	ENSGT00390000000596	ENSGT00940000164845	ENSGT00940000158574
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	88	mcm4 (ENSKMAG00000005201)	ube2v2 (ENSKMAG00000005178)	snai2 (ENSKMAG00000005164)	SNTG1 (ENSKMAG00000005086)	pcmtd1 (ENSKMAG00000005024)	ST18 (ENSKMAG00000004969)	RB1CC1 (ENSKMAG00000004862)	AGAP3 (ENSKMAG00000004760)	gbx1 (ENSKMAG00000004719)	asb10 (ENSKMAG00000004706)	zgc:92591 (ENSKMAG00000004698)	asic1c (ENSKMAG00000004633)	cdk5 (ENSKMAG00000004590)	abcb8 (ENSKMAG00000004537)	atg9b (ENSKMAG00000004505)	ENSKMAG00000004461 #22	ENSKMAG00000004430 ##22	ENSKMAG00000004409 ##22	ENSKMAG00000004392 ##22	guk1a (ENSKMAG00000004364) #21	zgc:63882 (ENSKMAG00000004347)	ENSKMAG00000004334 ##20	wnt3a (ENSKMAG00000004304)	wnt9a (ENSKMAG00000004277) #19	snap47 (ENSKMAG00000004252)	jmjd4 (ENSKMAG00000004220)	iba57 (ENSKMAG00000004213)	gjc2 (ENSKMAG00000004197)	CYP8B1 (ENSKMAG00000004185)	CYP8B1 (ENSKMAG00000004172)	ENSKMAG00000004148
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Mummichog	DUPLICATION
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Mummichog	MODERN SPECIES	314	snai2 (ENSFHEG00000012561)	SNTG1 (ENSFHEG00000012554)	pcmtd1 (ENSFHEG00000012507)	ENSFHEG00000012494	ENSFHEG00000012480	RB1CC1 (ENSFHEG00000012463)	ENSFHEG00000012330	asb10 (ENSFHEG00000012165)	gbx1 (ENSFHEG00000012128)	zgc:92591 (ENSFHEG00000012118)	ENSFHEG00000012108	asic1c (ENSFHEG00000012088)	cdk5 (ENSFHEG00000012060)	abcb8 (ENSFHEG00000011986)	atg9b (ENSFHEG00000011940)	ENSFHEG00000000698 #22	ENSFHEG00000011900 #22	ENSFHEG00000011884 #22	ENSFHEG00000011846 #22	ENSFHEG00000011803 #22	guk1a (ENSFHEG00000011764) #21	zgc:63882 (ENSFHEG00000011733)	ENSFHEG00000011714 ##20	wnt3a (ENSFHEG00000011672)	wnt9a (ENSFHEG00000011658) #19	snap47 (ENSFHEG00000011639)	jmjd4 (ENSFHEG00000011607)	iba57 (ENSFHEG00000011625)	gjc2 (ENSFHEG00000011554)	cyp8b1.2 (ENSFHEG00000011533)	ENSFHEG00000011234
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Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT01050000244824.A	ENSGT00740000115534.a.b	ENSGT00940000154681.a.e	ENSGT00950000182863.B.a	ENSGT00950000183032.A.b.b.a	ENSGT00940000159905	ENSGT00390000015871	ENSGT00940000159586	ENSGT00940000154365.a.a	ENSGT00940000158974	ENSGT01100000263569.a.a	ENSGT00940000164727	ENSGT00940000160805	ENSGT00940000159126	ENSGT00390000014839.a	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000155815.q #21	ENSGT00390000005590	ENSGT00950000183080.a.b.b.a.a.e ##20	ENSGT00950000183080.a.b.b.a.a.f ##20	ENSGT00940000160510	ENSGT00940000159618 #19	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00390000006465	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a	ENSGT00940000153709.B	ENSGT00940000154276	ENSGT00390000000596	ENSGT00940000164845	ENSGT00940000158574
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Rainbow trout	DUPLICATION
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River trout	DUPLICATION
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Huchen	DUPLICATION
Huchen	DUPLICATION
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River trout	MODERN SPECIES	24	ube2v2 (ENSSTUG00000050333)	SNAI2 (ENSSTUG00000050330)	SNTG1 (ENSSTUG00000050297)	pcmtd1 (ENSSTUG00000050292)	ST18 (ENSSTUG00000050253)	RB1CC1 (ENSSTUG00000050194)	AGAP3 (ENSSTUG00000050108)	gbx1 (ENSSTUG00000050089)	asb10 (ENSSTUG00000050086)	asic1c (ENSSTUG00000050075)	cdk5 (ENSSTUG00000050067)	atg9b (ENSSTUG00000050065)	ENSSTUG00000050060	ENSSTUG00000050046 #22	ENSSTUG00000050038	ENSSTUG00000050032 #22	guk1a (ENSSTUG00000050025) #21	zgc:63882 (ENSSTUG00000050024)	arf1 (ENSSTUG00000050022)	wnt3a (ENSSTUG00000050020)	wnt9a (ENSSTUG00000050016) #19	ENSSTUG00000050014	snap47 (ENSSTUG00000050010)	jmjd4 (ENSSTUG00000050009)	ENSSTUG00000050006	CYP8B1 (ENSSTUG00000050004)	CYP8B1 (ENSSTUG00000050003)	ENSSTUG00000050002	CCDC13 (ENSSTUG00000049997)	tmie (ENSSTUG00000049989)	pth1r (ENSSTUG00000049940)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000163032.o	ENSGT01050000244824.A.s.a	ENSGT00740000115534.a.b.o.b	ENSGT00940000154511.b.a	ENSGT00950000182863.B.a.b	ENSGT00950000183032.A.b.b.a.f	ENSGT00940000159905.w	ENSGT00390000015871.i	ENSGT00940000159586.db	ENSGT00940000154365.a.a.d	ENSGT00940000158974	ENSGT00940000164727.eb.b	ENSGT00940000160805.s.a	ENSGT00390000014839.a.c	ENSGT00970000196942.b	ENSGT00940000154756.A.cc #22	ENSGT00940000155815.q.c #21	ENSGT00390000005590.d	ENSGT00940000165468.h.b	ENSGT00940000160510.e.b	ENSGT00940000159618.e #19	ENSGT00950000182843.b.j	ENSGT00940000159380.d	ENSGT00990000212116	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a.f	ENSGT00940000153709.B.`c.b	ENSGT00940000153709.B.`c.a	ENSGT01000000221856	ENSGT00390000000596	ENSGT00940000164845.i.a	ENSGT00940000158574.a
Rainbow trout	MODERN SPECIES		ENSOMYG00000008289	ENSOMYG00000008342	ENSOMYG00000008725	cpox (ENSOMYG00000009531)	ENSOMYG00000073484	tmem47 (ENSOMYG00000068480)	ENSOMYG00000059511	tab3 (ENSOMYG00000009616)	ENSOMYG00000059319	nexn (ENSOMYG00000009810)	ENSOMYG00000009906	ENSOMYG00000057480	ENSOMYG00000009953	ENSOMYG00000009983	ENSOMYG00000075220	ENSOMYG00000053352 #22	guk1b (ENSOMYG00000010037) #21	ENSOMYG00000077593	ENSOMYG00000010068	dmap1 (ENSOMYG00000010176)	ENSOMYG00000010269	ENSOMYG00000010381	ENSOMYG00000010401	ssbp3b (ENSOMYG00000010485)	acot11b (ENSOMYG00000010810)	ENSOMYG00000011638	tnni3k (ENSOMYG00000003140)	ENSOMYG00000003219	ENSOMYG00000003237	ENSOMYG00000003280	st6galnac5b (ENSOMYG00000064563)
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000163032.o	ENSGT01050000244824.A.s.a	ENSGT00740000115534.a.b.o.b	ENSGT00940000154511.b.a	ENSGT00950000182863.B.a.b	ENSGT00950000183032.A.b.b.a.f	ENSGT00940000159905.w	ENSGT00390000015871.i	ENSGT00940000159586.db	ENSGT00940000154365.a.a.d	ENSGT00940000158974	ENSGT00940000164727.eb.b	ENSGT00940000160805.s.a	ENSGT00390000014839.a.c	ENSGT00970000196942.b	ENSGT00940000154756.A.cc #22	ENSGT00940000155815.q.c #21	ENSGT00390000005590.d	ENSGT00940000165468.h.b	ENSGT00940000160510.e.b	ENSGT00940000159618.e #19	ENSGT00950000182843.b.j	ENSGT00940000159380.d	ENSGT00990000212116	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.a.f	ENSGT00940000153709.B.`c.b	ENSGT00940000153709.B.`c.a	ENSGT01000000221856	ENSGT00390000000596	ENSGT00940000164845.i.a	ENSGT00940000158574.a
Chinook salmon	DUPLICATION
Chinook salmon	MODERN SPECIES	20	mcm4 (ENSOTSG00005030148)	ube2v2 (ENSOTSG00005030094)	SNAI2 (ENSOTSG00005030091)	SNTG1 (ENSOTSG00005030084)	pcmtd1 (ENSOTSG00005030078)	ST18 (ENSOTSG00005030071)	RB1CC1 (ENSOTSG00005029998)	AGAP3 (ENSOTSG00005025446)	gbx1 (ENSOTSG00005025423)	asb10 (ENSOTSG00005025421)	ENSOTSG00005025419	asic1c (ENSOTSG00005025284)	ENSOTSG00005025276	atg9b (ENSOTSG00005025274)	ENSOTSG00005025265	ENSOTSG00005025264 #22	ENSOTSG00005025260 #22	guk1a (ENSOTSG00005025253) #21	zgc:63882 (ENSOTSG00005025248)	arf1 (ENSOTSG00005045028)	wnt3a (ENSOTSG00005045026)	wnt9a (ENSOTSG00005045024) #19	snap47 (ENSOTSG00005045023)	jmjd4 (ENSOTSG00005045021)	ENSOTSG00005045020	gjc2 (ENSOTSG00005045019)	CYP8B1 (ENSOTSG00005045018)	ENSOTSG00005045017	CCDC13 (ENSOTSG00005045016)	tmie (ENSOTSG00005045014)	pth1r (ENSOTSG00005045013)
Chinook salmon	MODERN SPECIES	20	ube2v2 (ENSOTSG00005030094)	SNAI2 (ENSOTSG00005030091)	SNTG1 (ENSOTSG00005030084)	pcmtd1 (ENSOTSG00005030078)	ST18 (ENSOTSG00005030071)	RB1CC1 (ENSOTSG00005029998)	AGAP3 (ENSOTSG00005025446)	gbx1 (ENSOTSG00005025423)	asb10 (ENSOTSG00005025421)	ENSOTSG00005025419	asic1c (ENSOTSG00005025284)	ENSOTSG00005025276	atg9b (ENSOTSG00005025274)	ENSOTSG00005025265	ENSOTSG00005025264 #22	ENSOTSG00005025260 #22	guk1a (ENSOTSG00005025253) #21	zgc:63882 (ENSOTSG00005025248)	arf1 (ENSOTSG00005045028)	wnt3a (ENSOTSG00005045026)	wnt9a (ENSOTSG00005045024) #19	snap47 (ENSOTSG00005045023)	jmjd4 (ENSOTSG00005045021)	ENSOTSG00005045020	gjc2 (ENSOTSG00005045019)	CYP8B1 (ENSOTSG00005045018)	ENSOTSG00005045017	CCDC13 (ENSOTSG00005045016)	tmie (ENSOTSG00005045014)	pth1r (ENSOTSG00005045013)	myl13 (ENSOTSG00005045012)
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	693																ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000154756.B ##22	ENSGT00940000167421
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	740																ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000154756.B ##22	ENSGT00940000168428.b.a
Atlantic herring	MODERN SPECIES	14	ARMC6 (ENSCHAG00000019291)	slc25a42 (ENSCHAG00000019242)	ENSCHAG00000019124	tm6sf2a (ENSCHAG00000019117)	tspan5b (ENSCHAG00000019024)	ENSCHAG00000018980	saraf (ENSCHAG00000018975)	slc24a2 (ENSCHAG00000018945)	ENSCHAG00000018888	glmna (ENSCHAG00000018726)	cdc7 (ENSCHAG00000018418)	atg9b (ENSCHAG00000018398)	tyw3 (ENSCHAG00000018394)	lhx8a (ENSCHAG00000018344)	ENSCHAG00000018332	ENSCHAG00000018058 #22	ENSCHAG00000018042 ##22	ENSCHAG00000018022 ##22	ENSCHAG00000018013 ##22	ATR (ENSCHAG00000017869)	GNAL (ENSCHAG00000017386)	ttpa (ENSCHAG00000017270)	ENSCHAG00000017212	CHD7 (ENSCHAG00000014841)	rab2a (ENSCHAG00000014728)	ca8 (ENSCHAG00000014697)	tox (ENSCHAG00000014688)	cyp7a1 (ENSCHAG00000014668)	fam110b (ENSCHAG00000014657)	ENSCHAG00000014652	ENSCHAG00000014638
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	84	ENSGT00940000159170.c	ENSGT00940000164939.a.a	ENSGT00940000154737.c.h	ENSGT00940000160191	ENSGT00530000063841.b.a	ENSGT00940000159440	ENSGT00390000018244	ENSGT00390000017311	ENSGT00940000158538	ENSGT00530000063484.b.b.c	ENSGT00940000159499	ENSGT00730000111176	ENSGT00940000159600	ENSGT00940000159969.a	ENSGT00940000154756.B.o.a ##22	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000154756.B.p ##22	ENSGT00940000167421	ENSGT00390000016466	ENSGT00390000016573.c.a	ENSGT00940000155815.p #21	ENSGT00940000166922	ENSGT00510000047220	ENSGT00390000012433.b.c.a	ENSGT00940000159218.b	ENSGT00940000173451	ENSGT00940000154482.b.a	ENSGT00390000004404	ENSGT00780000122095	ENSGT00940000159131	ENSGT00530000064485
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000155854.a.a	ENSGT00940000159170.c	ENSGT00940000164939.a.a	ENSGT00940000154737.c.h	ENSGT00940000160191	ENSGT00530000063841.b.a	ENSGT00940000159440	ENSGT00390000018244	ENSGT00390000017311	ENSGT00940000158538	ENSGT00530000063484.b.b.c	ENSGT00940000159499	ENSGT00730000111176.c.b	ENSGT00940000159600	ENSGT00940000159969.a	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000177473	ENSGT00940000154756.B.p ##22	ENSGT00940000167421	ENSGT00390000016466	ENSGT00390000016573.c.a	ENSGT00940000155815.p #21	ENSGT00940000166922	ENSGT00510000047220	ENSGT00390000012433.b.c.a	ENSGT00940000159218.b	ENSGT00940000154482.b.a	ENSGT00390000004404	ENSGT00780000122095	ENSGT00940000159131	ENSGT00530000064485.bb.a
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Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	137	ENSGT00940000159905	ENSGT00950000183032.A.b.b.a	ENSGT00950000182863.B.a	ENSGT00940000154681.a	ENSGT00740000115534.a.b	ENSGT01050000244824.A	ENSGT00940000163032	ENSGT00390000014654	ENSGT00490000043329.a.a.b	ENSGT00940000153897.a	ENSGT00940000166855	ENSGT00940000171212	ENSGT00940000159556	ENSGT00950000182955.a.a.b	ENSGT00940000154756.B.o.a ##22	ENSGT00940000154756.A #22	ENSGT00940000154772.a.a	ENSGT00390000001263	ENSGT00390000001912.e	ENSGT00950000183098.b.a.a
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	60	ENSGT00940000159905	ENSGT00950000183032.A.b.b.a	ENSGT00950000182863.B.a	ENSGT00940000154681.a	ENSGT00740000115534.a.b	ENSGT01050000244824.A	ENSGT00940000163032	ENSGT00390000014654	ENSGT00490000043329.a.a.b	ENSGT00940000153897.a	ENSGT00940000166855	ENSGT00940000171212	ENSGT00940000159556	ENSGT00950000182955.a.a.b	ENSGT00940000154756.B.o.a ##22	ENSGT00940000154756.A #22
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	25	RB1CC1 (ENSAMXG00000004228)	ENSAMXG00000041785	ENSAMXG00000035774	pcmtd1 (ENSAMXG00000004269)	SNTG1 (ENSAMXG00000032073)	snai2 (ENSAMXG00000038235)	ube2v2 (ENSAMXG00000041649)	mcm4 (ENSAMXG00000004298)	cebpd (ENSAMXG00000037523)	SPIDR (ENSAMXG00000034318)	mapre2 (ENSAMXG00000033250)	dtna (ENSAMXG00000004333)	ENSAMXG00000044115	KLHL14 (ENSAMXG00000043692)	abcd4 (ENSAMXG00000004384)	OBSCN (ENSAMXG00000004421) #22	ENSAMXG00000039627 ##22	ENSAMXG00000035374	ENSAMXG00000006218	pak1ip1 (ENSAMXG00000004470)	pck2 (ENSAMXG00000004486)	psme1 (ENSAMXG00000039644)	ENSAMXG00000030381	tgif1 (ENSAMXG00000038592)	DLGAP1 (ENSAMXG00000031066)	pdcd6 (ENSAMXG00000038741)	rec8b (ENSAMXG00000032839)	si:ch211-196f5.2 (ENSAMXG00000015420)	IPO4 (ENSAMXG00000037878)	nanog (ENSAMXG00000032305)	tm9sf1 (ENSAMXG00000015479)
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	323	phex (ENSPNAG00000012478)	PTCHD1 (ENSPNAG00000012408)	ENSPNAG00000002240	ENSPNAG00000012377	ube2v2 (ENSPNAG00000012343)	mcm4 (ENSPNAG00000012318)	ENSPNAG00000012251	cebpd (ENSPNAG00000012227)	mapre2 (ENSPNAG00000012207)	dtna (ENSPNAG00000002134)	ENSPNAG00000004810	ENSPNAG00000002092	KLHL14 (ENSPNAG00000002088)	abcd4 (ENSPNAG00000012057)	ENSPNAG00000011962 ##22	ENSPNAG00000002022 #22	ENSPNAG00000011940 ##22	ENSPNAG00000011923 ##22	ENSPNAG00000011913 ##22	ENSPNAG00000001994
Electric eel	MODERN SPECIES	271			RB1CC1 (ENSEEEG00000010917)	ST18 (ENSEEEG00000010915)	pcmtd1 (ENSEEEG00000010913)	SNTG1 (ENSEEEG00000010912)	snai2 (ENSEEEG00000010911)	ube2v2 (ENSEEEG00000010905)	mcm4 (ENSEEEG00000010819)	cebpd (ENSEEEG00000010813)	ENSEEEG00000010811	mapre2 (ENSEEEG00000010810)	dtna (ENSEEEG00000010794)	KLHL14 (ENSEEEG00000010786)	abcd4 (ENSEEEG00000010660)	ENSEEEG00000010642 #22	ENSEEEG00000010634 ##22	ENSEEEG00000010448	ENSEEEG00000010443	TMEM132C (ENSEEEG00000010439)