Pecora DUPLICATION Pecora ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00950000182959.a.a ENSGT00950000182959.a.b.b.a ENSGT00940000159215 ENSGT00940000168324 ENSGT00940000160698 ENSGT00940000156120.a ENSGT00390000000406 ENSGT00940000155394 ENSGT01100000263748 ENSGT00940000158014 ENSGT00940000157713 ENSGT00940000154980.cb ENSGT00530000063074.b.b ENSGT00940000156622 ENSGT00390000002417 ENSGT00940000153362.a.cb #22 ENSGT00440000039564.b #23 ENSGT00390000018775 #24 ENSGT00940000160727 #25 ENSGT00940000162357 #26 ENSGT00940000162547 #27 ENSGT00940000159670 #28 ENSGT00940000157371 ENSGT00940000162576 ENSGT00940000155878 ENSGT00950000182885.A.b ENSGT00940000156429 ENSGT00940000156786 ENSGT00390000017998 ENSGT00940000161088 ENSGT00390000001116 Percora_a ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00950000182959.a.a ENSGT00950000182959.a.b.b.a ENSGT00940000159215 ENSGT00940000168324 ENSGT00940000160698 ENSGT00940000156120.a ENSGT00390000000406 ENSGT00940000155394 ENSGT01100000263748 ENSGT00940000158014 ENSGT00940000157713 ENSGT00940000154980.cb ENSGT00530000063074.b.b ENSGT00940000156622 ENSGT00390000002417 ENSGT00940000153362.a.cb #22 ENSGT00440000039564.b #23 ENSGT00390000018775 #24 ENSGT00940000160727 #25 ENSGT00940000162357 #26 ENSGT00940000162547 #27 ENSGT00940000159670 #28 ENSGT00940000157371 ENSGT00940000162576 ENSGT00940000155878 ENSGT00950000182885.A.b ENSGT00940000156429 ENSGT00940000156786 ENSGT00390000017998 ENSGT00940000161088 ENSGT00390000001116 Bovidae DUPLICATION Bovidae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00950000182959.a.b.b.a ENSGT00940000159215 ENSGT00940000168324 ENSGT00940000160698 ENSGT00940000156120.a ENSGT00390000000406 ENSGT00940000155394 ENSGT01100000263748 ENSGT00940000158014 ENSGT00390000012446.o.b ENSGT00940000157713 ENSGT00940000154980.cb ENSGT00530000063074.b.b ENSGT00940000156622 ENSGT00390000002417 ENSGT00940000153362.a.cb.b #22 ENSGT00440000039564.b #23 ENSGT00390000018775 #24 ENSGT00940000160727 #25 ENSGT00940000162357 #26 ENSGT00940000162547 #27 ENSGT00940000159670 #28 ENSGT00940000157371 ENSGT00940000162576 ENSGT00940000155878 ENSGT00950000182885.A.b ENSGT00940000156429 ENSGT00940000156786 ENSGT00390000017998 ENSGT00940000161088 ENSGT00390000001116 Bovinae DUPLICATION Bovinae ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00950000182959.a.b.b.a ENSGT00940000159215 ENSGT00940000168324 ENSGT00940000160698 ENSGT00940000156120.a ENSGT00390000000406 ENSGT00940000155394 ENSGT01100000263748 ENSGT00940000158014 ENSGT00390000012446.o.b ENSGT00940000157713 ENSGT00940000154980.cb ENSGT00530000063074.b.b ENSGT00940000156622 ENSGT00390000002417 ENSGT00940000153362.a.cb.b.b #22 ENSGT00440000039564.b #23 ENSGT00390000018775 #24 ENSGT00940000160727 #25 ENSGT00940000162357 #26 ENSGT00940000162547 #27 ENSGT00940000159670 #28 ENSGT00940000157371 ENSGT00940000162576 ENSGT00940000155878 ENSGT00950000182885.A.b ENSGT00940000156429 ENSGT00940000156786 ENSGT00390000017998 ENSGT00940000161088 ENSGT00390000001116 Bos ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000159215 ENSGT00940000168324 ENSGT00940000160698 ENSGT00940000156120.a ENSGT00390000000406 ENSGT00940000155394 ENSGT01100000263748 ENSGT00940000158014 ENSGT00390000012446.o.b ENSGT00940000157713 ENSGT00940000154980.cb ENSGT00530000063074.b.b ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.a.b ENSGT00940000156622 ENSGT00390000002417 ENSGT00940000153362.a.cb.b.b #22 ENSGT00440000039564.b #23 ENSGT00390000018775 #24 ENSGT00940000160727 #25 ENSGT00940000162357 #26 ENSGT00940000162547 #27 ENSGT00940000159670 #28 ENSGT00940000157371 ENSGT00940000162576 ENSGT00940000155878 ENSGT00950000182885.A.b ENSGT00940000156429 ENSGT00940000156786 ENSGT00390000017998 ENSGT00940000161088 ENSGT00390000001116 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00950000182959.a.b.b.a ENSGT00940000159215 ENSGT00940000168324 ENSGT00940000160698 ENSGT00940000156120.a ENSGT00390000000406 ENSGT00940000155394 ENSGT00940000158014 ENSGT00390000012446.o.b ENSGT00940000157713 ENSGT00940000154980.cb ENSGT00530000063074.b.b ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.a.b ENSGT00940000156622 ENSGT00390000002417 ENSGT00940000153362.a.cb.b.b #22 ENSGT00440000039564.b #23 ENSGT00390000018775 #24 ENSGT00940000160727 #25 ENSGT00940000162357 #26 ENSGT00940000162547 #27 ENSGT00940000159670 #28 ENSGT00940000157371 ENSGT00940000162576 ENSGT00940000155878 ENSGT00950000182885.A.b ENSGT00940000156429 ENSGT00940000156786 ENSGT00390000017998 ENSGT00940000161088 ENSGT00390000001116 Wild yak MODERN SPECIES 2471 NAP1L1 (ENSBMUG00000024122) #22 ENSBMUG00000024163 #23 KRR1 (ENSBMUG00000024174) #24 GLIPR1 (ENSBMUG00000024185) #25 ENSBMUG00000024208 #26 GLIPR1L1 (ENSBMUG00000024253) #27 CAPS2 (ENSBMUG00000024285) #28 Domestic yak DUPLICATION Domestic yak DUPLICATION Domestic yak MODERN SPECIES 24 PPP1R12A (ENSBGRG00000006560) ENSBGRG00000007448 PAWR (ENSBGRG00000007479) ENSBGRG00000007603 SYT1 (ENSBGRG00000007621) NAV3 (ENSBGRG00000007767) ENSBGRG00000009036 ENSBGRG00000009079 ENSBGRG00000009095 E2F7 (ENSBGRG00000009145) ENSBGRG00000009376 ZDHHC17 (ENSBGRG00000009471) ENSBGRG00000009858 OSBPL8 (ENSBGRG00000009892) BBS10 (ENSBGRG00000010078) ENSBGRG00000010174 #22 PHLDA1 (ENSBGRG00000010374) #23 ENSBGRG00000010394 KRR1 (ENSBGRG00000010440) #24 GLIPR1 (ENSBGRG00000010721) #25 GLIPR1L2 (ENSBGRG00000010806) #26 ENSBGRG00000011010 #27 CAPS2 (ENSBGRG00000011068) #28 KCNC2 (ENSBGRG00000011149) ENSBGRG00000011407 ATXN7L3B (ENSBGRG00000011433) TRHDE (ENSBGRG00000011474) TPH2 (ENSBGRG00000011814) TBC1D15 (ENSBGRG00000012147) TMEM19 (ENSBGRG00000012941) THAP2 (ENSBGRG00000013015) Domestic yak MODERN SPECIES 22 KPRP (ENSBGRG00000003208) ENSBGRG00000003211 LCE1A (ENSBGRG00000003227) ENSBGRG00000004507 ENSBGRG00000004519 ENSBGRG00000004601 ENSBGRG00000004647 SPRR2F (ENSBGRG00000004668) ENSBGRG00000004711 ENSBGRG00000004742 SPRR2G (ENSBGRG00000004765) PRR9 (ENSBGRG00000004801) ENSBGRG00000004816 PGLYRP3 (ENSBGRG00000004868) PGLYRP4 (ENSBGRG00000004934) ENSBGRG00000004975 #22 S100A9 (ENSBGRG00000004994) S100A12 (ENSBGRG00000005016) S100A8 (ENSBGRG00000005058) ENSBGRG00000005077 PTBP2 (ENSBGRG00000005149) DPYD (ENSBGRG00000005648) ENSBGRG00000006033 ENSBGRG00000006046 ENSBGRG00000006069 SNX7 (ENSBGRG00000006091) PLPPR5 (ENSBGRG00000006168) PLPPR4 (ENSBGRG00000006225) PALMD (ENSBGRG00000006265) FRRS1 (ENSBGRG00000006372) AGL (ENSBGRG00000006495) Domestic yak MODERN SPECIES 16 MYMX (ENSBGRG00000008830) SLC29A1 (ENSBGRG00000007719) SLC35B2 (ENSBGRG00000007502) NFKBIE (ENSBGRG00000007378) ENSBGRG00000007091 TCTE1 (ENSBGRG00000007036) TMEM151B (ENSBGRG00000006948) AARS2 (ENSBGRG00000025693) SPATS1 (ENSBGRG00000025671) CDC5L (ENSBGRG00000025587) SUPT3H (ENSBGRG00000025521) RUNX2 (ENSBGRG00000025453) CLIC5 (ENSBGRG00000025358) ENPP4 (ENSBGRG00000025340) ENPP5 (ENSBGRG00000025336) ENSBGRG00000025324 #22 ENSBGRG00000025310 RCAN2 (ENSBGRG00000025293) CYP39A1 (ENSBGRG00000025184) SLC25A27 (ENSBGRG00000025100) TDRD6 (ENSBGRG00000025033) PLA2G7 (ENSBGRG00000025010) ANKRD66 (ENSBGRG00000024998) MEP1A (ENSBGRG00000024947) ADGRF5 (ENSBGRG00000024816) ENSBGRG00000024786 TNFRSF21 (ENSBGRG00000024761) ENSBGRG00000024745 CD2AP (ENSBGRG00000024637) ENSBGRG00000024509 OPN5 (ENSBGRG00000024436) Domestic yak MODERN SPECIES 5 NMNAT2 (ENSBGRG00000012459) LAMC2 (ENSBGRG00000012337) LAMC1 (ENSBGRG00000011557) SHCBP1L (ENSBGRG00000011416) DHX9 (ENSBGRG00000011274) ENSBGRG00000011243 NPL (ENSBGRG00000010902) RGS8 (ENSBGRG00000010657) RGS16 (ENSBGRG00000015227) RNASEL (ENSBGRG00000015168) RGSL1 (ENSBGRG00000014841) ENSBGRG00000014780 TEDDM1 (ENSBGRG00000014753) GLUL (ENSBGRG00000014687) ENSBGRG00000014672 ENSBGRG00000014650 #22 ZNF648 (ENSBGRG00000014628) CACNA1E (ENSBGRG00000012423) IER5 (ENSBGRG00000012291) MR1 (ENSBGRG00000012122) STX6 (ENSBGRG00000011900) KIAA1614 (ENSBGRG00000011597) XPR1 (ENSBGRG00000011164) ENSBGRG00000011090 LHX4 (ENSBGRG00000010947) QSOX1 (ENSBGRG00000010745) CEP350 (ENSBGRG00000010338) TOR1AIP1 (ENSBGRG00000009663) TOR1AIP2 (ENSBGRG00000009586) FAM163A (ENSBGRG00000009534) TDRD5 (ENSBGRG00000009089) Bos_b DUPLICATION Bos_b DUPLICATION Bos_b DUPLICATION Bos_b ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00530000063555.A.a.a ENSGT00940000155527 ENSGT00950000182886.a.b ENSGT01090000260919 ENSGT00940000156266 ENSGT00390000016737 ENSGT00530000063841.a ENSGT00940000158826 ENSGT01050000244841.A.a.a ENSGT00940000163237 ENSGT00940000161719 ENSGT00940000161698 ENSGT00940000163094 ENSGT00940000161680 ENSGT00940000163621 ENSGT00940000153362.a.cb.b.b.f.a.a #22 ENSGT00940000161786 ENSGT00940000155803 ENSGT00940000153212.h.m.b.b ENSGT00940000153212.h.m.b.a ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.b.a.a.b.b.b.b.a.b.a.b ENSGT00940000153212.h.m.a.a.b.b ENSGT00940000153212.h.m.a.a.a.b ENSGT00940000153212.h.m.a.a.a.a ENSGT00940000153212.h.m.a.b.e ENSGT00940000164288.d.a.a ENSGT00940000164288.d.a.b.a ENSGT00940000164288.d.a.b.b ENSGT00940000164288.d.b ENSGT00940000164288.c ENSGT00940000162432 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 25 TECRL (ENSBIXG00005001707) EPHA5 (ENSBIXG00005029155) ENSBIXG00005001983 ENSBIXG00005002006 CENPC 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METAP1 (ENSBTAG00000016004) ADH5 (ENSBTAG00000016007) ENSBTAG00000055127 ADH4 (ENSBTAG00000034139) ENSBTAG00000052318 ADH6 (ENSBTAG00000006991) ADH6 (ENSBTAG00000006986) ADH1C (ENSBTAG00000034189) ADH7 (ENSBTAG00000015729) C6H4orf17 (ENSBTAG00000019429) TRMT10A (ENSBTAG00000000197) MTTP (ENSBTAG00000011944) C6H4orf54 (ENSBTAG00000046333) Cow MODERN SPECIES 7 SMG7 (ENSBTAG00000008003) NMNAT2 (ENSBTAG00000000795) ENSBTAG00000049987 LAMC2 (ENSBTAG00000000793) LAMC1 (ENSBTAG00000011966) SHCBP1L (ENSBTAG00000031238) DHX9 (ENSBTAG00000019821) NPL (ENSBTAG00000002266) RGS8 (ENSBTAG00000026481) RGS16 (ENSBTAG00000004305) RNASEL (ENSBTAG00000009091) RGSL1 (ENSBTAG00000018220) ENSBTAG00000000772 TEDDM1 (ENSBTAG00000021432) GLUL (ENSBTAG00000013631) ENSBTAG00000027426 #22 ENSBTAG00000052482 ZNF648 (ENSBTAG00000046243) CACNA1E (ENSBTAG00000020887) ENSBTAG00000052226 MR1 (ENSBTAG00000009924) STX6 (ENSBTAG00000020458) KIAA1614 (ENSBTAG00000006260) XPR1 (ENSBTAG00000009169) ACBD6 (ENSBTAG00000046502) 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(ENSBBBG00000022984) KIZ (ENSBBBG00000022908) XRN2 (ENSBBBG00000022814) ENSBBBG00000022786 ENSBBBG00000022780 ##22 PAX1 (ENSBBBG00000022763) FOXA2 (ENSBBBG00000022700) THBD (ENSBBBG00000022684) CD93 (ENSBBBG00000005967) GZF1 (ENSBBBG00000022655) NAPB (ENSBBBG00000022632) CSTL1 (ENSBBBG00000022543) ENSBBBG00000022535 ENSBBBG00000022528 ENSBBBG00000005942 CST8 (ENSBBBG00000022516) ENSBBBG00000022506 ENSBBBG00000022502 CST3 (ENSBBBG00000005938) SYNDIG1 (ENSBBBG00000022490) Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.cb.b.a.b ##22 American bison MODERN SPECIES 3179 SMARCAD1 (ENSBBBG00000021403) HPGDS (ENSBBBG00000005710) PDLIM5 (ENSBBBG00000021614) ENSBBBG00000021647 BMPR1B (ENSBBBG00000021707) UNC5C (ENSBBBG00000021798) PDHA2 (ENSBBBG00000021816) ENSBBBG00000021827 ENSBBBG00000021839 ENSBBBG00000021848 RAP1GDS1 (ENSBBBG00000022062) TSPAN5 (ENSBBBG00000005833) ENSBBBG00000022107 ##22 ENSBBBG00000022115 EIF4E (ENSBBBG00000005843) ENSBBBG00000022134 METAP1 (ENSBBBG00000022151) ADH5 (ENSBBBG00000022169) ENSBBBG00000022176 ADH4 (ENSBBBG00000022206) ENSBBBG00000022216 ADH6 (ENSBBBG00000007283) ENSBBBG00000005881 ENSBBBG00000022361 ADH7 (ENSBBBG00000005915) C4orf17 (ENSBBBG00000022450) TRMT10A (ENSBBBG00000022485) MTTP (ENSBBBG00000022532) Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153222.a.a ENSGT00950000182959.a.a ENSGT00950000182959.a.b.b.a.n ENSGT00940000159215 ENSGT00940000160698 ENSGT00940000156120.a ENSGT00390000000406 ENSGT00940000155394 ENSGT01100000263748 ENSGT00940000158014 ENSGT00940000157713 ENSGT00940000154980.cb ENSGT00530000063074.b.b ENSGT00940000156622 ENSGT00390000002417 ENSGT00940000153362.a.cb.b #22 ENSGT00440000039564.b #23 ENSGT00390000018775 #24 ENSGT00940000160727 #25 ENSGT00940000162357 #26 ENSGT00940000162547 #27 ENSGT00940000159670 #28 ENSGT00940000157371 ENSGT00940000162576 ENSGT00940000155878 ENSGT00950000182885.A.b ENSGT00940000156429 ENSGT00940000156786 ENSGT00390000017998 ENSGT00940000161088 ENSGT00390000001116 Rambouillet Sheep DUPLICATION Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 22 ABRAXAS1 (ENSOARG00020014754) MRPS18C (ENSOARG00020014621) HELQ (ENSOARG00020014284) HPSE (ENSOARG00020013610) COQ2 (ENSOARG00020013352) ENSOARG00020013289 PLAC8 (ENSOARG00020013230) COPS4 (ENSOARG00020013112) LIN54 (ENSOARG00020012720) THAP9 (ENSOARG00020012606) SEC31A (ENSOARG00020010858) SCD5 (ENSOARG00020010678) TMEM150C (ENSOARG00020010556) ENOPH1 (ENSOARG00020010424) HNRNPDL (ENSOARG00020010186) ENSOARG00020010101 #22 HNRNPD (ENSOARG00020009917) RASGEF1B (ENSOARG00020009096) PRKG2 (ENSOARG00020008731) ENSOARG00020008692 FGF5 (ENSOARG00020008615) PRDM8 (ENSOARG00020008584) ANTXR2 (ENSOARG00020008268) ENSOARG00020008183 BMP3 (ENSOARG00020008128) GK2 (ENSOARG00020008089) NAA11 (ENSOARG00020008072) PAQR3 (ENSOARG00020008001) BMP2K (ENSOARG00020007544) ANXA3 (ENSOARG00020007381) FRAS1 (ENSOARG00020006780) Rambouillet Sheep DUPLICATION Rambouillet Sheep DUPLICATION Rambouillet Sheep MODERN SPECIES AKAP8L (ENSOARG00020003575) WIZ 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(ENSOARG00020001682) ENSOARG00020002186 C2orf74 (ENSOARG00020002212) ENSOARG00020002228 ENSOARG00020002231 LRRTM4 (ENSOARG00020002254) ENSOARG00020002275 #22 ENSOARG00020002288 ENSOARG00020002295 ENSOARG00020002303 ENSOARG00020002315 ENSOARG00020002346 ENSOARG00020002369 ##22 CTNNA2 (ENSOARG00020002405) LRRTM1 (ENSOARG00020002530) ENSOARG00020002555 ENSOARG00020002597 SUCLG1 (ENSOARG00020002604) DNAH6 (ENSOARG00020002647) TMSB10 (ENSOARG00020002756) KCMF1 (ENSOARG00020002774) TCF7L1 (ENSOARG00020002813) Rambouillet Sheep MODERN SPECIES PLCXD2 (ENSOARG00020005631) ENSOARG00020006053 ABHD10 (ENSOARG00020006068) TAGLN3 (ENSOARG00020006108) TMPRSS7 (ENSOARG00020006147) ENSOARG00020006308 GCSAM (ENSOARG00020000173) SLC9C1 (ENSOARG00020000247) CD200 (ENSOARG00020000423) BTLA (ENSOARG00020000440) ATG3 (ENSOARG00020000487) SLC35A5 (ENSOARG00020000518) CCDC80 (ENSOARG00020000563) ENSOARG00020000587 ENSOARG00020000602 ENSOARG00020000626 #22 GTPBP8 (ENSOARG00020000643) BOC (ENSOARG00020000752) SIDT1 (ENSOARG00020000920) USF3 (ENSOARG00020001164) ENSOARG00020001188 ATP6V1A (ENSOARG00020001247) GRAMD1C (ENSOARG00020001279) ZDHHC23 (ENSOARG00020001306) QTRT2 (ENSOARG00020001329) DRD3 (ENSOARG00020001358) TIGIT (ENSOARG00020001397) ZBTB20 (ENSOARG00020001417) GAP43 (ENSOARG00020001439) ENSOARG00020001450 LSAMP (ENSOARG00020001493) Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 19 LIN7A (ENSOARG00020009053) MYF5 (ENSOARG00020009026) MYF6 (ENSOARG00020008989) MYF6 (ENSOARG00020008943) PTPRQ (ENSOARG00020008080) PPP1R12A (ENSOARG00020005817) PAWR (ENSOARG00020005665) SYT1 (ENSOARG00020005626) NAV3 (ENSOARG00020003813) E2F7 (ENSOARG00020003529) CSRP2 (ENSOARG00020003468) ZDHHC17 (ENSOARG00020003403) ENSOARG00020003381 BBS10 (ENSOARG00020003354) OSBPL8 (ENSOARG00020003030) ENSOARG00020002933 #22 PHLDA1 (ENSOARG00020002913) #23 KRR1 (ENSOARG00020002893) #24 GLIPR1 (ENSOARG00020002870) #25 ENSOARG00020002828 GLIPR1L1 (ENSOARG00020002811) #27 CAPS2 (ENSOARG00020002788) #28 KCNC2 (ENSOARG00020002747) ATXN7L3B (ENSOARG00020002735) ENSOARG00020002731 KDM8 (ENSOARG00020002713) NSMCE1 (ENSOARG00020002686) ENSOARG00020002666 TRHDE (ENSOARG00020002645) ENSOARG00020002632 TPH2 (ENSOARG00020002610) Bovidae DUPLICATION Bovidae DUPLICATION Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.a ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.a ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000153912.B ENSGT00530000064550.A ENSGT00940000155192 ENSGT00940000160064.b ENSGT00910000144252 ENSGT00940000160278 ENSGT00940000155292 ENSGT00940000155919 ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a ENSGT00530000063174.a.j ENSGT00940000161841.i.b.a ENSGT00390000018596.B.b ENSGT00390000001063 ENSGT00390000014293.a ENSGT00940000161376 ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.a ##22 ENSGT00950000183183.b.a.q.a.c.b.b ENSGT00940000154194 ENSGT00950000182891.a.a.b.a.b.a.m.a.b ENSGT00940000158205 ENSGT00940000155196 ENSGT00960000190398 ENSGT00940000162645 ENSGT00390000016927.i.a.a.b ENSGT00940000163645 ENSGT00940000162845 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ENSGT00530000063174.a.j ENSGT00940000161841.i.b.a ENSGT00390000018596.B.b ENSGT00390000014293.a ENSGT00940000161376 ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.a ##22 ENSGT00950000183183.b.a.q.a.c.b.b ENSGT00940000154194 ENSGT00950000182891.a.a.b.a.b.a.m.a.b ENSGT00940000158205 ENSGT00940000155196 ENSGT00940000162645 ENSGT00940000163645 ENSGT00940000162845 ENSGT00940000155234.b ENSGT00940000162708 ENSGT00510000048844 ENSGT00530000063169.a ENSGT00390000011412 ENSGT00730000111645 ENSGT00910000144274 Domestic yak MODERN SPECIES 25 GRID2 (ENSBGRG00000023510) ATOH1 (ENSBGRG00000023717) SMARCAD1 (ENSBGRG00000023737) HPGDS (ENSBGRG00000000303) PDLIM5 (ENSBGRG00000000397) ENSBGRG00000000612 ENSBGRG00000000618 BMPR1B (ENSBGRG00000000658) UNC5C (ENSBGRG00000000763) PDHA2 (ENSBGRG00000000876) ENSBGRG00000000891 STPG2 (ENSBGRG00000000913) ENSBGRG00000000988 RAP1GDS1 (ENSBGRG00000001075) TSPAN5 (ENSBGRG00000001483) ENSBGRG00000001534 ##22 ENSBGRG00000001557 EIF4E (ENSBGRG00000001581) ENSBGRG00000001626 METAP1 (ENSBGRG00000001645) ADH5 (ENSBGRG00000001695) ADH4 (ENSBGRG00000001793) ADH6 (ENSBGRG00000001847) ENSBGRG00000001962 ENSBGRG00000001971 ENSBGRG00000002006 C4orf17 (ENSBGRG00000002084) ADH7 (ENSBGRG00000002104) TRMT10A (ENSBGRG00000002151) MTTP (ENSBGRG00000002196) DAPP1 (ENSBGRG00000002376) Wild yak MODERN SPECIES 1996 ENSBMUG00000002702 ##22 ENSBMUG00000002713 ZNF648 (ENSBMUG00000002721) American bison MODERN SPECIES 3358 TMEM218 (ENSBBBG00000011319) PKNOX2 (ENSBBBG00000011302) ENSBBBG00000011294 ENSBBBG00000011285 EI24 (ENSBBBG00000002039) STT3A (ENSBBBG00000008543) CHEK1 (ENSBBBG00000002011) ACRV1 (ENSBBBG00000011061) ENSBBBG00000011050 ENSBBBG00000011040 ENSBBBG00000011034 ENSBBBG00000011030 PATE1 (ENSBBBG00000011028) PATE2 (ENSBBBG00000001983) PATE3 (ENSBBBG00000011015) ENSBBBG00000011011 ##22 PUS3 (ENSBBBG00000011000) HYLS1 (ENSBBBG00000010989) DDX25 (ENSBBBG00000010985) VSIG10L2 (ENSBBBG00000010972) CDON (ENSBBBG00000010959) RPUSD4 (ENSBBBG00000010938) FAM118B (ENSBBBG00000010923) SRPRA (ENSBBBG00000010892) FOXRED1 (ENSBBBG00000010861) TIRAP (ENSBBBG00000010837) DCPS (ENSBBBG00000007302) ST3GAL4 (ENSBBBG00000010815) KIRREL3 (ENSBBBG00000010758) ENSBBBG00000010718 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.a ##22 Rambouillet Sheep DUPLICATION Rambouillet Sheep MODERN SPECIES PKN2 (ENSOARG00020006149) LMO4 (ENSOARG00020006088) ENSOARG00020006050 HS2ST1 (ENSOARG00020005954) SELENOF (ENSOARG00020005902) SH3GLB1 (ENSOARG00020005783) ENSOARG00020003537 ENSOARG00020002384 CLCA4 (ENSOARG00020002227) CLCA1 (ENSOARG00020002201) CLCA2 (ENSOARG00020002169) ODF2L (ENSOARG00020002095) COL24A1 (ENSOARG00020002041) CCN1 (ENSOARG00020001971) DDAH1 (ENSOARG00020001916) ENSOARG00020001899 ##22 BCL10 (ENSOARG00020001886) C1orf52 (ENSOARG00020001875) SYDE2 (ENSOARG00020001859) DNAI3 (ENSOARG00020001533) ENSOARG00020001462 MCOLN3 (ENSOARG00020001362) MCOLN2 (ENSOARG00020001324) LPAR3 (ENSOARG00020001315) SSX2IP (ENSOARG00020001297) CTBS (ENSOARG00020001255) SPATA1 (ENSOARG00020001225) GNG5 (ENSOARG00020001205) RPF1 (ENSOARG00020001191) DNASE2B (ENSOARG00020001163) ENSOARG00020001133 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 19 MAT2A (ENSOARG00020002979) SH2D6 (ENSOARG00020002951) CAPG (ENSOARG00020002936) ELMOD3 (ENSOARG00020002916) GGCX (ENSOARG00020002878) ENSOARG00020002845 TCF7L1 (ENSOARG00020002813) KCMF1 (ENSOARG00020002774) TMSB10 (ENSOARG00020002756) DNAH6 (ENSOARG00020002647) SUCLG1 (ENSOARG00020002604) ENSOARG00020002597 ENSOARG00020002555 LRRTM1 (ENSOARG00020002530) CTNNA2 (ENSOARG00020002405) ENSOARG00020002369 ##22 ENSOARG00020002346 ENSOARG00020002315 ENSOARG00020002303 ENSOARG00020002295 ENSOARG00020002288 ENSOARG00020002275 #22 LRRTM4 (ENSOARG00020002254) ENSOARG00020002231 ENSOARG00020002228 C2orf74 (ENSOARG00020002212) ENSOARG00020002186 USP34 (ENSOARG00020001682) XPO1 (ENSOARG00020001587) ENSOARG00020001558 ENSOARG00020001550 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.b ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000159175 ENSGT00940000160249.f ENSGT00940000159418 ENSGT01060000248556.C ENSGT00940000153052.c.b.a.b.l.c.b.a ENSGT00390000010221 ENSGT00940000156016 ENSGT00940000154983.c.b ENSGT01030000234595.B.c.b ENSGT00940000156681 ENSGT00940000158203 ENSGT00940000158437 ENSGT00620000087961.a.b.a.a.a.a ENSGT00940000155209 ENSGT00940000156019 ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.b ##22 ENSGT01100000263506.a.f.a.a.a.a.b ENSGT00940000159379 ENSGT00940000153372.A.f.s.b ENSGT00940000153372.A.f.t ENSGT00940000153372.A.f.s.a ENSGT00940000161422 ENSGT00940000180978.a ENSGT00940000154774.eb ENSGT00940000153567.b.a.b ENSGT00940000155057 ENSGT00390000011648.a ENSGT00390000007283.m.a ENSGT00390000001969.b ENSGT00910000148391 ENSGT00940000156909 American bison MODERN SPECIES 3176 NRM (ENSBBBG00000011208) ENSBBBG00000011214 ENSBBBG00000002041 FLOT1 (ENSBBBG00000011231) IER3 (ENSBBBG00000011237) ENSBBBG00000011244 SEMA3D (ENSBBBG00000002038) SEMA3A (ENSBBBG00000011305) SEMA3E (ENSBBBG00000011353) ENSBBBG00000011358 ENSBBBG00000002065 ENSBBBG00000011368 ENSBBBG00000002074 CACNA2D1 (ENSBBBG00000002105) HGF (ENSBBBG00000011544) ENSBBBG00000011575 ##22 ENSBBBG00000011581 SEMA3C (ENSBBBG00000011614) ENSBBBG00000007398 ENSBBBG00000011738 ENSBBBG00000008026 GNAT3 (ENSBBBG00000011909) GNAI1 (ENSBBBG00000002242) MAGI2 (ENSBBBG00000008731) PHTF2 (ENSBBBG00000012434) ENSBBBG00000012452 RSBN1L (ENSBBBG00000012459) ENSBBBG00000012463 PTPN12 (ENSBBBG00000012512) GSAP (ENSBBBG00000002435) FGL2 (ENSBBBG00000012668) Bos ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000160249.e ENSGT00940000159175 ENSGT00940000159418 ENSGT01060000248556.C ENSGT00940000153052.c.b.a.b.l.c.b.a ENSGT00390000010221 ENSGT00940000156016 ENSGT00940000154983.c.b ENSGT01030000234595.B.c.b ENSGT00940000156681 ENSGT00940000158203 ENSGT00940000158437 ENSGT00620000087961.a.b.a.a.a.a ENSGT00940000155209 ENSGT00940000156019 ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.b ##22 ENSGT01100000263506.a.f.a.a.a.a.b ENSGT00940000159379 ENSGT00940000153372.A.f.s.b ENSGT00940000153372.A.f.t ENSGT00940000153372.A.f.s.a ENSGT00940000161422 ENSGT00940000180978.a ENSGT00940000154774.eb ENSGT00940000153567.b.a.b ENSGT00940000155057 ENSGT00390000011648.a ENSGT00390000007283.m.a ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.b.a.a.a.b.a.b.a ENSGT00390000007283.m.b ENSGT00390000001969.b Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 23 TMEM243 (ENSBIXG00005021654) DMTF1 (ENSBIXG00005021807) ENSBIXG00005021826 ENSBIXG00005021856 ELAPOR2 (ENSBIXG00005022210) ENSBIXG00005006832 GRM3 (ENSBIXG00005022303) SEMA3D (ENSBIXG00005003818) SEMA3A (ENSBIXG00005022440) SEMA3E (ENSBIXG00005022548) PCLO (ENSBIXG00005022768) ENSBIXG00005022835 ENSBIXG00005022862 CACNA2D1 (ENSBIXG00005023176) HGF (ENSBIXG00005007384) ENSBIXG00005023358 ##22 ENSBIXG00005023386 SEMA3C (ENSBIXG00005023456) CD36 (ENSBIXG00005023737) GNAT3 (ENSBIXG00005023815) ENSBIXG00005023840 ENSBIXG00005023851 GNAI1 (ENSBIXG00005024057) ENSBIXG00005024153 MAGI2 (ENSBIXG00005025017) PHTF2 (ENSBIXG00005025460) TMEM60 (ENSBIXG00005025518) ENSBIXG00005004345 RSBN1L (ENSBIXG00005025565) ENSBIXG00005025590 PTPN12 (ENSBIXG00005025692) Bos_a ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00530000063909.b ENSGT00940000160249.f ENSGT00940000159418 ENSGT01060000248556.C ENSGT00940000153052.c.b.a.b.l.c.b.a ENSGT00390000010221 ENSGT00940000156016 ENSGT00940000154983.c.b ENSGT01030000234595.B.c.b ENSGT00940000156681 ENSGT00940000158203 ENSGT00940000158437 ENSGT00620000087961.a.b.a.a.a.a ENSGT00940000155209 ENSGT00940000156019 ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.b ##22 ENSGT01100000263506.a.f.a.a.a.a.b ENSGT00940000159379 ENSGT00940000153372.A.f.s.b ENSGT00940000153372.A.f.t ENSGT00940000153372.A.f.s.a ENSGT00940000161422 ENSGT00940000180978.a ENSGT00940000154774.eb ENSGT00940000153567.b.a.b ENSGT00940000155057 ENSGT00390000011648.a ENSGT00390000007283.m.a ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.b.a.a.a.b.a.b.a ENSGT00390000007283.m.b ENSGT00390000001969.b Domestic yak MODERN SPECIES 23 ENSBGRG00000023524 TMEM243 (ENSBGRG00000023481) DMTF1 (ENSBGRG00000023340) ENSBGRG00000023265 ELAPOR2 (ENSBGRG00000022852) GRM3 (ENSBGRG00000022796) ENSBGRG00000022739 ENSBGRG00000022712 SEMA3D (ENSBGRG00000022561) ENSBGRG00000022512 SEMA3A (ENSBGRG00000022242) SEMA3E (ENSBGRG00000021923) PCLO (ENSBGRG00000021472) CACNA2D1 (ENSBGRG00000020514) HGF (ENSBGRG00000020419) ENSBGRG00000020372 ##22 ENSBGRG00000020345 SEMA3C (ENSBGRG00000020231) CD36 (ENSBGRG00000019844) GNAT3 (ENSBGRG00000019625) ENSBGRG00000019597 GNAI1 (ENSBGRG00000019449) ENSBGRG00000019428 ENSBGRG00000019379 ENSBGRG00000019359 ENSBGRG00000019329 MAGI2 (ENSBGRG00000016288) PHTF2 (ENSBGRG00000015566) TMEM60 (ENSBGRG00000015510) ENSBGRG00000015493 RSBN1L (ENSBGRG00000015320) Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.b ##22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES FXR1 (ENSOARG00020005863) TTC14 (ENSOARG00020006723) CCDC39 (ENSOARG00020006964) PEX5L (ENSOARG00020007531) USP13 (ENSOARG00020008860) NDUFB5 (ENSOARG00020009071) MRPL47 (ENSOARG00020009272) ACTL6A (ENSOARG00020009394) GNB4 (ENSOARG00020009587) MFN1 (ENSOARG00020009679) ZNF639 (ENSOARG00020009893) ENSOARG00020009952 PIK3CA (ENSOARG00020010030) ZMAT3 (ENSOARG00020000075) KCNMB2 (ENSOARG00020000078) ENSOARG00020000133 ##22 TBL1XR1 (ENSOARG00020000203) ENSOARG00020000331 NAALADL2 (ENSOARG00020000356) NLGN1 (ENSOARG00020000438) ENSOARG00020000457 SPATA16 (ENSOARG00020000484) ECT2 (ENSOARG00020000567) NCEH1 (ENSOARG00020000787) FNDC3B (ENSOARG00020000887) TNFSF10 (ENSOARG00020001008) GHSR (ENSOARG00020001032) TMEM212 (ENSOARG00020001050) PLD1 (ENSOARG00020001072) TNIK (ENSOARG00020001197) SLC2A2 (ENSOARG00020001524) Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.cb.a.b ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00940000161074.a ENSGT00390000015700.a ENSGT00390000010065 ENSGT00940000159395 ENSGT00940000155756 ENSGT00530000063872.B ENSGT00390000017860.a.b ENSGT01100000263512.a.a.a.b ENSGT00940000162154 ENSGT00390000013512 ENSGT00510000046929.a ENSGT00390000012721.b ENSGT00950000183055.a.a ENSGT00950000183183.b.b.n ENSGT00950000183375 ENSGT00940000153362.a.cb.a.b ##22 ENSGT00940000159810 ENSGT00940000160718 ENSGT00390000009902.o ENSGT00940000158453.a ENSGT01050000244955.a.a ENSGT01050000244897.a.b.b.a.b ENSGT01050000244897.a.b.b.b ENSGT00940000155186.t.d ENSGT00940000156856 ENSGT00940000159196 ENSGT00940000153981.A ENSGT00940000162795 ENSGT00940000153931.a.a ENSGT00940000153931.a.b.a.a.b.a.b ENSGT00940000153931.a.b.a.a.a.a Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000158973.b ENSGT00390000015164.s ENSGT00950000182787.E.d.e.b ENSGT00940000161682 ENSGT00390000006780 ENSGT00940000158323 ENSGT00940000158490 ENSGT00390000011072.c.a ENSGT00440000033985 ENSGT00940000154014.a ENSGT00940000158294 ENSGT01100000263600 ENSGT00390000014996 ENSGT00550000074870.b ENSGT00390000014722 ENSGT00940000153362.a.cb.a.b.a ##22 ENSGT00940000155925 ENSGT00940000157116 ENSGT00940000157866 ENSGT00390000002582 ENSGT00940000157852 ENSGT00940000159695.h ENSGT00940000155142 ENSGT00390000011176 ENSGT00940000156175 ENSGT00390000000481 ENSGT00950000182882.A.b.a ENSGT00940000153143.a.b.b.a.b.d.b.a.b.a.a ENSGT00940000156821.p.b ENSGT00940000153143.a.b.b.a.b.d.b.a.b.b ENSGT00940000153143.a.a.f.e.a.b Bos_b ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000158444 ENSGT00940000158973.b ENSGT00390000015164.s.a ENSGT00950000182787.E.d.e.b ENSGT00940000161682 ENSGT00390000006780 ENSGT00940000158323 ENSGT00940000158490 ENSGT00390000011072.c.a ENSGT00440000033985 ENSGT00940000154014.a ENSGT00940000158294 ENSGT00390000014996 ENSGT00550000074870.b ENSGT00390000014722 ENSGT00940000153362.a.cb.a.b.a ##22 ENSGT00940000155925 ENSGT00940000157116 ENSGT00940000157866 ENSGT00390000002582 ENSGT00940000157852 ENSGT00940000159695.h ENSGT00940000155142 ENSGT00390000011176 ENSGT00940000156175 ENSGT00390000000481 ENSGT00950000182882.A.b.a ENSGT00940000153143.a.b.b.a.b.d.b.a.b.b ENSGT00940000153143.a.a.f.e.a.b ENSGT00940000153143.a.a.f.e.a.a.a ENSGT00940000153143.a.a.f.e.a.a.b.b Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 23 NUDCD3 (ENSBIXG00005018870) CAMK2B (ENSBIXG00005019061) ENSBIXG00005003122 ENSBIXG00005003126 GCK (ENSBIXG00005019239) MYL7 (ENSBIXG00005019279) AEBP1 (ENSBIXG00005019312) POLD2 (ENSBIXG00005019352) POLM (ENSBIXG00005005521) BLVRA (ENSBIXG00005003157) ENSBIXG00005006146 HECW1 (ENSBIXG00005019608) MRPL32 (ENSBIXG00005019681) PSMA2 (ENSBIXG00005007827) C7orf25 (ENSBIXG00005019735) ENSBIXG00005006253 ##22 GLI3 (ENSBIXG00005019847) INHBA (ENSBIXG00005019918) ENSBIXG00005019940 SUGCT (ENSBIXG00005003265) MPLKIP (ENSBIXG00005020016) CDK13 (ENSBIXG00005020092) ENSBIXG00005020109 ENSBIXG00005020124 RALA (ENSBIXG00005020138) YAE1 (ENSBIXG00005005866) POU6F2 (ENSBIXG00005020231) VPS41 (ENSBIXG00005020347) ENSBIXG00005020415 AMPH (ENSBIXG00005020476) ENSBIXG00005006259 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000158973.b ENSGT00390000015164.s ENSGT00950000182787.E.d.e.b ENSGT00940000161682 ENSGT00390000006780 ENSGT00940000158323 ENSGT00940000158490 ENSGT00390000011072.c.a ENSGT00440000033985 ENSGT00940000154014.a ENSGT00940000158294 ENSGT01100000263600 ENSGT00390000014996 ENSGT00550000074870.b ENSGT00390000014722 ENSGT00940000153362.a.cb.a.b.a ##22 ENSGT00940000155925 ENSGT00940000157116 ENSGT00940000157866 ENSGT00390000002582 ENSGT00940000157852 ENSGT00940000159695.h ENSGT00940000155142 ENSGT00390000011176 ENSGT00940000156175 ENSGT00390000000481 ENSGT00950000182882.A.b.a ENSGT00940000153143.a.b.b.a.b.d.b.a.b.a.a ENSGT00940000156821.p.b ENSGT00940000153143.a.b.b.a.b.d.b.a.b.b ENSGT00940000153143.a.a.f.e.a.b Domestic yak MODERN SPECIES 23 CAMK2B (ENSBGRG00000012404) YKT6 (ENSBGRG00000012169) GCK (ENSBGRG00000011827) ENSBGRG00000011683 POLD2 (ENSBGRG00000011507) AEBP1 (ENSBGRG00000011094) POLM (ENSBGRG00000010989) BLVRA (ENSBGRG00000010875) ENSBGRG00000010681 STK17A (ENSBGRG00000010569) ENSBGRG00000010541 HECW1 (ENSBGRG00000010187) MRPL32 (ENSBGRG00000010055) ENSBGRG00000009970 C7orf25 (ENSBGRG00000009953) ENSBGRG00000009871 ##22 GLI3 (ENSBGRG00000009720) INHBA (ENSBGRG00000009678) ENSBGRG00000009661 SUGCT (ENSBGRG00000009489) MPLKIP (ENSBGRG00000009446) CDK13 (ENSBGRG00000009206) ENSBGRG00000009155 RALA (ENSBGRG00000009084) YAE1 (ENSBGRG00000009045) POU6F2 (ENSBGRG00000008844) VPS41 (ENSBGRG00000008270) AMPH (ENSBGRG00000007825) ENSBGRG00000007791 ENSBGRG00000007724 ENSBGRG00000007684 Bos ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00390000003420.a.b.v.a ENSGT00390000015700.a ENSGT00390000010065 ENSGT00940000159395 ENSGT00940000155756 ENSGT00530000063872.B ENSGT00390000017860.a.b ENSGT01100000263512.a.a.a.b ENSGT00940000162154 ENSGT00390000013512 ENSGT00510000046929.a ENSGT00390000012721.b ENSGT00950000183055.a.a ENSGT00950000183183.b.b.n ENSGT00950000183375 ENSGT00940000153362.a.cb.a.b.b ##22 ENSGT00940000159810 ENSGT00940000160718 ENSGT00390000009902.o ENSGT00940000158453.a ENSGT01050000244955.a.a ENSGT01050000244897.a.b.b.a.b ENSGT01050000244897.a.b.b.b ENSGT00940000155186.t.d ENSGT00940000156856 ENSGT00940000159196 ENSGT00940000153981.A ENSGT00940000162795 ENSGT00940000153931.a.a ENSGT00940000153931.a.b.a.a.a.a.c.a ENSGT00940000153931.a.b.a.b.a.b.b.b.b Bos_b ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00390000003420.a.b.v.a ENSGT00390000015700.a ENSGT00390000010065 ENSGT00940000159395 ENSGT00940000155756 ENSGT00530000063872.B ENSGT00390000017860.a.b ENSGT01100000263512.a.a.a.b ENSGT00940000162154 ENSGT00390000013512 ENSGT00510000046929.a ENSGT00390000012721.b ENSGT00950000183055.a.a ENSGT00950000183183.b.b.n ENSGT00950000183375 ENSGT00940000153362.a.cb.a.b.b ##22 ENSGT00940000159810 ENSGT00940000160718 ENSGT00390000009902.o ENSGT00940000158453.a ENSGT00940000157437.cb ENSGT01050000244955.a.a ENSGT01050000244897.a.b.b.a.b ENSGT01050000244897.a.b.b.b ENSGT00940000155186.t.d ENSGT00940000156856 ENSGT00940000159196 ENSGT00940000153981.A ENSGT00940000162795 ENSGT00940000153931.a.a ENSGT00940000153931.a.b.a.a.a.b Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 3 ENSBIXG00005030621 ACOD1 (ENSBIXG00005030632) CLN5 (ENSBIXG00005030640) FBXL3 (ENSBIXG00005030647) MYCBP2 (ENSBIXG00005030675) SCEL (ENSBIXG00005030770) SLAIN1 (ENSBIXG00005030824) EDNRB (ENSBIXG00005030835) POU4F1 (ENSBIXG00005030848) OBI1 (ENSBIXG00005030850) RBM26 (ENSBIXG00005030874) NDFIP2 (ENSBIXG00005030900) SPRY2 (ENSBIXG00005030925) ENSBIXG00005030943 ENSBIXG00005030951 ENSBIXG00005030959 ##22 SLITRK1 (ENSBIXG00005030962) ENSBIXG00005030973 SLITRK6 (ENSBIXG00005029231) ENSBIXG00005001608 SLITRK5 (ENSBIXG00005001645) ENSBIXG00005029197 GPC5 (ENSBIXG00005001799) GPC6 (ENSBIXG00005001836) ENSBIXG00005005175 ENSBIXG00005005171 DCT (ENSBIXG00005029117) ENSBIXG00005001900 TGDS (ENSBIXG00005001934) GPR180 (ENSBIXG00005002008) SOX21 (ENSBIXG00005029041) American bison MODERN SPECIES 3261 ENSBBBG00000007476 ##22 SLITRK1 (ENSBBBG00000022398) SLITRK6 (ENSBBBG00000008789) SLITRK5 (ENSBBBG00000022422) ENSBBBG00000022428 GPC5 (ENSBBBG00000005931) Siberian musk deer MODERN SPECIES 198 CLGN (ENSMMSG00000001862) SCOC (ENSMMSG00000001826) MAML3 (ENSMMSG00000001791) ENSMMSG00000001780 MGST2 (ENSMMSG00000001761) SETD7 (ENSMMSG00000001737) RAB33B (ENSMMSG00000001721) NAA15 (ENSMMSG00000001555) ENSMMSG00000001503 MGARP (ENSMMSG00000001480) ELF2 (ENSMMSG00000001389) NOCT (ENSMMSG00000001359) ENSMMSG00000001349 SLC7A11 (ENSMMSG00000001334) PCDH18 (ENSMMSG00000001298) ENSMMSG00000001278 #22 ENSMMSG00000001260 ENSMMSG00000001248 PABPC4L (ENSMMSG00000001234) PCDH10 (ENSMMSG00000001214) Yarkand deer MODERN SPECIES 9 ENSCHYG00000025207 FAM180A (ENSCHYG00000025190) SLC13A4 (ENSCHYG00000025174) STMP1 (ENSCHYG00000025155) NUP205 (ENSCHYG00000025018) CNOT4 (ENSCHYG00000024863) ENSCHYG00000024840 ENSCHYG00000024804 STRA8 (ENSCHYG00000024771) WDR91 (ENSCHYG00000024656) CYREN (ENSCHYG00000024621) TMEM140 (ENSCHYG00000024615) AGBL3 (ENSCHYG00000024562) CALD1 (ENSCHYG00000024195) BPGM (ENSCHYG00000024151) ENSCHYG00000024119 #22 ENSCHYG00000024043 ENSCHYG00000024001 SLC35B4 (ENSCHYG00000023964) LRGUK (ENSCHYG00000023792) EXOC4 (ENSCHYG00000023677) CHCHD3 (ENSCHYG00000023548) PLXNA4 (ENSCHYG00000023427) ENSCHYG00000023404 ENSCHYG00000023373 MKLN1 (ENSCHYG00000023221) ENSCHYG00000023197 ENSCHYG00000023181 KLF14 (ENSCHYG00000023121) TSGA13 (ENSCHYG00000023089) COPG2 (ENSCHYG00000022977) Pecora DUPLICATION Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.a ##22 Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 22 MYF6 (ENSCHYG00000017934) PTPRQ (ENSCHYG00000015685) OTOGL (ENSCHYG00000013254) PPP1R12A (ENSCHYG00000011940) ENSCHYG00000011841 PAWR (ENSCHYG00000011616) SYT1 (ENSCHYG00000011518) ENSCHYG00000011512 NAV3 (ENSCHYG00000010069) ENSCHYG00000009932 E2F7 (ENSCHYG00000009596) ENSCHYG00000009520 CSRP2 (ENSCHYG00000009422) ZDHHC17 (ENSCHYG00000009052) OSBPL8 (ENSCHYG00000008637) ENSCHYG00000008327 ##22 PHLDA1 (ENSCHYG00000008287) #23 KRR1 (ENSCHYG00000008210) #24 GLIPR1 (ENSCHYG00000008170) #25 GLIPR1L2 (ENSCHYG00000008064) #26 GLIPR1L1 (ENSCHYG00000008035) #27 CAPS2 (ENSCHYG00000007943) #28 KCNC2 (ENSCHYG00000007653) ATXN7L3B (ENSCHYG00000007602) ENSCHYG00000007590 TRHDE (ENSCHYG00000007528) TPH2 (ENSCHYG00000007450) TBC1D15 (ENSCHYG00000007317) RAB21 (ENSCHYG00000007294) TMEM19 (ENSCHYG00000007214) ZFC3H1 (ENSCHYG00000006953) Yarkand deer MODERN SPECIES 10 NDUFB5 (ENSCHYG00000019479) USP13 (ENSCHYG00000018967) PEX5L (ENSCHYG00000017068) ENSCHYG00000016977 TTC14 (ENSCHYG00000016786) CCDC39 (ENSCHYG00000016666) FXR1 (ENSCHYG00000015742) DNAJC19 (ENSCHYG00000015489) ATP11B (ENSCHYG00000013977) ENSCHYG00000013883 DCUN1D1 (ENSCHYG00000013798) ENSCHYG00000013773 MCCC1 (ENSCHYG00000013336) LAMP3 (ENSCHYG00000013102) MCF2L2 (ENSCHYG00000013028) ENSCHYG00000012973 ##22 ENSCHYG00000012825 KLHL24 (ENSCHYG00000012697) ENSCHYG00000012636 YEATS2 (ENSCHYG00000011810) PARL (ENSCHYG00000011557) ABCC5 (ENSCHYG00000011061) ENSCHYG00000010955 ENSCHYG00000010728 HTR3E (ENSCHYG00000010491) EIF2B5 (ENSCHYG00000010374) DVL3 (ENSCHYG00000010004) ENSCHYG00000009683 ABCF3 (ENSCHYG00000009398) VWA5B2 (ENSCHYG00000009135) ALG3 (ENSCHYG00000009074) Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.a ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.a ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.a ##22 Goat MODERN SPECIES 22 REG4 (ENSCHIG00000015183) HMGCS2 (ENSCHIG00000025654) PHGDH (ENSCHIG00000018423) ZNF697 (ENSCHIG00000014100) 3BHSD (ENSCHIG00000020217) HAO2 (ENSCHIG00000026466) WARS2 (ENSCHIG00000013499) TBX15 (ENSCHIG00000014427) ENSCHIG00000014484 SPAG17 (ENSCHIG00000014664) WDR3 (ENSCHIG00000010490) GDAP2 (ENSCHIG00000019563) TENT5C (ENSCHIG00000005579) MAN1A2 (ENSCHIG00000013056) VTCN1 (ENSCHIG00000019630) ENSCHIG00000007372 ##22 TRIM45 (ENSCHIG00000018385) TTF2 (ENSCHIG00000020785) CD101 (ENSCHIG00000025123) PTGFRN (ENSCHIG00000017906) CD2 (ENSCHIG00000023355) IGSF3 (ENSCHIG00000003902) ENSCHIG00000022779 ATP1A1 (ENSCHIG00000017191) ENSCHIG00000005925 MAB21L3 (ENSCHIG00000019025) SLC22A15 (ENSCHIG00000022810) ENSCHIG00000008508 NHLH2 (ENSCHIG00000007315) ENSCHIG00000017520 CASQ2 (ENSCHIG00000014376) Siberian musk deer MODERN SPECIES 161 ENSMMSG00000008018 E2F7 (ENSMMSG00000007800) ENSMMSG00000007753 ZDHHC17 (ENSMMSG00000007709) OSBPL8 (ENSMMSG00000007416) ENSMMSG00000007025 ##22 PHLDA1 (ENSMMSG00000006968) #23 ENSMMSG00000006950 KRR1 (ENSMMSG00000006803) #24 GLIPR1 (ENSMMSG00000006761) #25 GLIPR1L2 (ENSMMSG00000006598) #26 GLIPR1L1 (ENSMMSG00000006495) #27 CAPS2 (ENSMMSG00000006455) #28 KCNC2 (ENSMMSG00000006316) ATXN7L3B (ENSMMSG00000006291) ENSMMSG00000006282 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.b ##22 Percora_a DUPLICATION Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.b.a ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.b.a ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.b.a ##22 Goat DUPLICATION Goat MODERN SPECIES ENSCHIG00000023045 ENSCHIG00000012604 KRTAP27-1 (ENSCHIG00000023347) KRTAP24-1 (ENSCHIG00000010288) CLDN8 (ENSCHIG00000026887) CLDN17 (ENSCHIG00000008873) GRIK1 (ENSCHIG00000016810) BACH1 (ENSCHIG00000019566) MAP3K7CL (ENSCHIG00000012652) ENSCHIG00000016193 CCT8 (ENSCHIG00000017860) USP16 (ENSCHIG00000025641) RWDD2B (ENSCHIG00000018379) LTN1 (ENSCHIG00000017704) N6AMT1 (ENSCHIG00000016325) ENSCHIG00000024574 ##22 ADAMTS5 (ENSCHIG00000018986) ADAMTS1 (ENSCHIG00000006622) CYYR1 (ENSCHIG00000025461) APP (ENSCHIG00000026432) GABPA (ENSCHIG00000012998) ENSCHIG00000022046 JAM2 (ENSCHIG00000015291) MRPL39 (ENSCHIG00000018095) ENSCHIG00000021256 NCAM2 (ENSCHIG00000016827) TMPRSS15 (ENSCHIG00000012944) CHODL (ENSCHIG00000024133) C21orf91 (ENSCHIG00000010676) BTG3 (ENSCHIG00000008206) CXADR (ENSCHIG00000022557) Goat MODERN SPECIES 11 FSIP2 (ENSCHIG00000016003) ZNF804A (ENSCHIG00000013519) ENSCHIG00000010879 NUP35 (ENSCHIG00000023148) DUSP19 (ENSCHIG00000011127) NCKAP1 (ENSCHIG00000009748) FRZB (ENSCHIG00000021563) DNAJC10 (ENSCHIG00000003443) PDE1A (ENSCHIG00000024041) ENSCHIG00000012129 PPP1R1C (ENSCHIG00000022279) ITPRID2 (ENSCHIG00000012758) NEUROD1 (ENSCHIG00000013471) CERKL (ENSCHIG00000025973) ITGA4 (ENSCHIG00000019338) ENSCHIG00000023381 ##22 UBE2E3 (ENSCHIG00000009564) CWC22 (ENSCHIG00000017150) ZNF385B (ENSCHIG00000024559) SESTD1 (ENSCHIG00000018999) ENSCHIG00000016292 ENSCHIG00000016308 ENSCHIG00000027063 ENSCHIG00000018472 PLEKHA3 (ENSCHIG00000019515) FKBP7 (ENSCHIG00000017480) PJVK (ENSCHIG00000013011) PRKRA (ENSCHIG00000015333) OSBPL6 (ENSCHIG00000008898) ENSCHIG00000017164 RBM45 (ENSCHIG00000010687) Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.b.a ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.b.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000153431.b ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.b ENSGT00940000154327.b.e.b ENSGT01030000234532.A.a.a.b ENSGT00390000001138.a.g.b ENSGT00940000154866.B.d ENSGT00550000075046 ENSGT00550000074931 ENSGT00390000004987 ENSGT00940000162552 ENSGT00950000183139.A ENSGT00390000010121 ENSGT00670000098098 ENSGT00940000162247 ENSGT00940000159727 ENSGT00940000153362.a.bb.b.a ##22 ENSGT00940000159137.d ENSGT00940000155999 ENSGT00940000163276 ENSGT00940000156996 ENSGT00940000162041 ENSGT00870000136554.jb ENSGT00390000005826.a.b ENSGT00900000141212 ENSGT00910000144356 ENSGT00940000162636.B ENSGT00940000165454 ENSGT00940000162294 ENSGT00940000163249 ENSGT00940000161877.j ENSGT00940000154755 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 4 SMIM26 (ENSBIXG00005000771) ENSBIXG00005010061 DTD1 (ENSBIXG00005010081) SCP2D1 (ENSBIXG00005000779) SLC24A3 (ENSBIXG00005010121) ENSBIXG00005010143 RIN2 (ENSBIXG00005010179) NAA20 (ENSBIXG00005010224) CRNKL1 (ENSBIXG00005010247) CFAP61 (ENSBIXG00005010280) INSM1 (ENSBIXG00005010299) RALGAPA2 (ENSBIXG00005010322) ENSBIXG00005010385 XRN2 (ENSBIXG00005006105) ENSBIXG00005000714 ENSBIXG00005000694 ##22 PAX1 (ENSBIXG00005010606) FOXA2 (ENSBIXG00005000913) THBD (ENSBIXG00005010640) ENSBIXG00005000916 CD93 (ENSBIXG00005010666) NXT1 (ENSBIXG00005010690) GZF1 (ENSBIXG00005010698) NAPB (ENSBIXG00005000942) ENSBIXG00005000943 ENSBIXG00005010800 ENSBIXG00005000950 ENSBIXG00005010816 CST8 (ENSBIXG00005006779) ENSBIXG00005000954 ENSBIXG00005010849 Cow MODERN SPECIES 4 SMIM26 (ENSBTAG00000051249) DTD1 (ENSBTAG00000008964) ENSBTAG00000012276 SCP2D1 (ENSBTAG00000005202) SLC24A3 (ENSBTAG00000011882) ENSBTAG00000032893 RIN2 (ENSBTAG00000020382) NAA20 (ENSBTAG00000001144) CRNKL1 (ENSBTAG00000008472) CFAP61 (ENSBTAG00000009291) RALGAPA2 (ENSBTAG00000014178) KIZ (ENSBTAG00000020988) XRN2 (ENSBTAG00000011304) NKX2-4 (ENSBTAG00000011312) NKX2-2 (ENSBTAG00000010277) ENSBTAG00000035643 ##22 PAX1 (ENSBTAG00000006742) FOXA2 (ENSBTAG00000012407) THBD (ENSBTAG00000048591) CD93 (ENSBTAG00000004207) NXT1 (ENSBTAG00000004993) GZF1 (ENSBTAG00000008908) NAPB (ENSBTAG00000032704) ENSBTAG00000027420 MGC133636 (ENSBTAG00000013416) CST8 (ENSBTAG00000032694) ENSBTAG00000015949 ENSBTAG00000032687 CST3 (ENSBTAG00000000598) SYNDIG1 (ENSBTAG00000040147) CST7 (ENSBTAG00000004273) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.b.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 3 DTD1 (ENSBGRG00000005731) ENSBGRG00000005768 SLC24A3 (ENSBGRG00000005785) ENSBGRG00000005832 ENSBGRG00000005870 NAA20 (ENSBGRG00000005893) CRNKL1 (ENSBGRG00000006006) CFAP61 (ENSBGRG00000006111) INSM1 (ENSBGRG00000006219) ENSBGRG00000006247 ENSBGRG00000006333 KIZ (ENSBGRG00000006486) XRN2 (ENSBGRG00000006633) NKX2-4 (ENSBGRG00000006760) NKX2-2 (ENSBGRG00000006790) ENSBGRG00000006808 ##22 ENSBGRG00000006824 PAX1 (ENSBGRG00000006855) FOXA2 (ENSBGRG00000006927) THBD (ENSBGRG00000006963) CD93 (ENSBGRG00000006986) ENSBGRG00000007043 NXT1 (ENSBGRG00000007076) ENSBGRG00000007097 ENSBGRG00000007150 NAPB (ENSBGRG00000007201) CSTL1 (ENSBGRG00000007456) ENSBGRG00000007520 ENSBGRG00000007612 ENSBGRG00000007655 CST8 (ENSBGRG00000007704) Siberian musk deer MODERN SPECIES 58 AHI1 (ENSMMSG00000021831) MYB (ENSMMSG00000021565) HBS1L (ENSMMSG00000021341) ALDH8A1 (ENSMMSG00000021125) ENSMMSG00000021091 SGK1 (ENSMMSG00000020868) SLC2A12 (ENSMMSG00000020794) TBPL1 (ENSMMSG00000020735) TCF21 (ENSMMSG00000020711) ENSMMSG00000020638 ##22 ENSMMSG00000020624 EYA4 (ENSMMSG00000019255) RPS12 (ENSMMSG00000019108) SLC18B1 (ENSMMSG00000019044) VNN2 (ENSMMSG00000018976) VNN1 (ENSMMSG00000018799) TAAR1 (ENSMMSG00000018786) TAAR2 (ENSMMSG00000018770) ENSMMSG00000018760 ENSMMSG00000018755 TAAR5 (ENSMMSG00000018747) ENSMMSG00000018696 ENSMMSG00000018682 ENSMMSG00000018595 ENSMMSG00000018569 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.b.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.b.b ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.b.b ##22 Goat MODERN SPECIES 3 AKAP11 (ENSCHIG00000013636) DGKH (ENSCHIG00000006200) VWA8 (ENSCHIG00000014923) RGCC (ENSCHIG00000021125) NAA16 (ENSCHIG00000020957) MTRF1 (ENSCHIG00000011810) KBTBD7 (ENSCHIG00000008970) KBTBD6 (ENSCHIG00000008480) WBP4 (ENSCHIG00000013146) ELF1 (ENSCHIG00000022154) SUGT1 (ENSCHIG00000016538) CNMD (ENSCHIG00000011842) ENSCHIG00000018869 PCDH8 (ENSCHIG00000007364) OLFM4 (ENSCHIG00000012620) ENSCHIG00000017455 ##22 ENSCHIG00000020046 ENSCHIG00000007273 PCDH17 (ENSCHIG00000011906) ENSCHIG00000018989 ENSCHIG00000021621 DIAPH3 (ENSCHIG00000020803) ENSCHIG00000020620 ENSCHIG00000004079 TDRD3 (ENSCHIG00000020019) ENSCHIG00000021721 PCDH20 (ENSCHIG00000004923) Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.b.b ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.b.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.b.b ##22 Cow MODERN SPECIES 6 PPFIBP2 (ENSBTAG00000016140) OLFML1 (ENSBTAG00000021483) SYT9 (ENSBTAG00000032079) RBMXL2 (ENSBTAG00000047652) NLRP14 (ENSBTAG00000002289) ZNF214 (ENSBTAG00000020289) ZNF215 (ENSBTAG00000003638) OR2D3 (ENSBTAG00000054848) OR2D2 (ENSBTAG00000018490) OR10A4 (ENSBTAG00000052067) OR10A5 (ENSBTAG00000049124) OR10A5L (ENSBTAG00000052456) OR10A5G (ENSBTAG00000050050) OR6A2 (ENSBTAG00000019144) OR6B18 (ENSBTAG00000051921) ENSBTAG00000027525 ##22 OR6B17 (ENSBTAG00000049727) ENSBTAG00000037603 OR2D4 (ENSBTAG00000036031) OR2D3G (ENSBTAG00000055066) OR2AG1E (ENSBTAG00000035675) OR2AG1G (ENSBTAG00000054851) OR2AG1 (ENSBTAG00000054261) OR2AG2 (ENSBTAG00000047025) OR2D37 (ENSBTAG00000021147) ENSBTAG00000051394 ENSBTAG00000037937 ENSBTAG00000049294 ENSBTAG00000052878 MRPL17 (ENSBTAG00000024781) DCHS1 (ENSBTAG00000015405) Yarkand deer MODERN SPECIES 28 PGRMC2 (ENSCHYG00000003351) JADE1 (ENSCHYG00000003379) SCLT1 (ENSCHYG00000003454) C4orf33 (ENSCHYG00000003546) ENSCHYG00000003561 ENSCHYG00000003572 PCDH10 (ENSCHYG00000003589) ENSCHYG00000003606 PABPC4L (ENSCHYG00000003623) ENSCHYG00000003641 ENSCHYG00000003650 ENSCHYG00000003660 PCDH18 (ENSCHYG00000003685) ENSCHYG00000003723 SLC7A11 (ENSCHYG00000003749) ENSCHYG00000003775 ##22 ENSCHYG00000003782 NOCT (ENSCHYG00000003790) ELF2 (ENSCHYG00000003820) ENSCHYG00000003881 ENSCHYG00000003891 ENSCHYG00000003904 NAA15 (ENSCHYG00000003925) RAB33B (ENSCHYG00000003973) SETD7 (ENSCHYG00000003984) ENSCHYG00000004005 MGST2 (ENSCHYG00000000058) MAML3 (ENSCHYG00000000075) ENSCHYG00000000146 CLGN (ENSCHYG00000000178) MGAT4D (ENSCHYG00000000222)