Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES	159								ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000166459.A	ENSGT00940000165853	ENSGT00940000171110	ENSGT00940000159670 #28
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00960000187527	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000166459.A	ENSGT00940000165853	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00960000187527	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000166459.A	ENSGT00940000165853	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00960000187527	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000166459.A	ENSGT00940000165853	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00960000187527	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000190133	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000166459.A	ENSGT00940000165853	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000168324	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000190133	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116	ENSGT00940000160214	ENSGT00940000158153
Theria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000168324	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000190133	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116	ENSGT00940000160214
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000168324	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000190133	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000168324	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000190133	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00910000147024	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000168324	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000190133	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00910000147024	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000168324	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000190133	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00910000147024	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000168324	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00910000147024	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000168324	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00910000147024	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000168324	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Pecora	DUPLICATION
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000168324	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a.cb #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000168324	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a.cb #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Bovidae	DUPLICATION
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000168324	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00390000012446.o.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a.cb.b #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Bovinae	DUPLICATION
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000168324	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00390000012446.o.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a.cb.b.b #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Bos	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000168324	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00390000012446.o.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.a.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a.cb.b.b #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000168324	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00390000012446.o.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.a.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a.cb.b.b #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Wild yak	MODERN SPECIES	2471																NAP1L1 (ENSBMUG00000024122) #22	ENSBMUG00000024163 #23	KRR1 (ENSBMUG00000024174) #24	GLIPR1 (ENSBMUG00000024185) #25	ENSBMUG00000024208 #26	GLIPR1L1 (ENSBMUG00000024253) #27	CAPS2 (ENSBMUG00000024285) #28
Domestic yak	DUPLICATION
Domestic yak	DUPLICATION
Domestic yak	MODERN SPECIES	24	PPP1R12A (ENSBGRG00000006560)	ENSBGRG00000007448	PAWR (ENSBGRG00000007479)	ENSBGRG00000007603	SYT1 (ENSBGRG00000007621)	NAV3 (ENSBGRG00000007767)	ENSBGRG00000009036	ENSBGRG00000009079	ENSBGRG00000009095	E2F7 (ENSBGRG00000009145)	ENSBGRG00000009376	ZDHHC17 (ENSBGRG00000009471)	ENSBGRG00000009858	OSBPL8 (ENSBGRG00000009892)	BBS10 (ENSBGRG00000010078)	ENSBGRG00000010174 #22	PHLDA1 (ENSBGRG00000010374) #23	ENSBGRG00000010394	KRR1 (ENSBGRG00000010440) #24	GLIPR1 (ENSBGRG00000010721) #25	GLIPR1L2 (ENSBGRG00000010806) #26	ENSBGRG00000011010 #27	CAPS2 (ENSBGRG00000011068) #28	KCNC2 (ENSBGRG00000011149)	ENSBGRG00000011407	ATXN7L3B (ENSBGRG00000011433)	TRHDE (ENSBGRG00000011474)	TPH2 (ENSBGRG00000011814)	TBC1D15 (ENSBGRG00000012147)	TMEM19 (ENSBGRG00000012941)	THAP2 (ENSBGRG00000013015)
Domestic yak	MODERN SPECIES	22	KPRP (ENSBGRG00000003208)	ENSBGRG00000003211	LCE1A (ENSBGRG00000003227)	ENSBGRG00000004507	ENSBGRG00000004519	ENSBGRG00000004601	ENSBGRG00000004647	SPRR2F (ENSBGRG00000004668)	ENSBGRG00000004711	ENSBGRG00000004742	SPRR2G (ENSBGRG00000004765)	PRR9 (ENSBGRG00000004801)	ENSBGRG00000004816	PGLYRP3 (ENSBGRG00000004868)	PGLYRP4 (ENSBGRG00000004934)	ENSBGRG00000004975 #22	S100A9 (ENSBGRG00000004994)	S100A12 (ENSBGRG00000005016)	S100A8 (ENSBGRG00000005058)	ENSBGRG00000005077	PTBP2 (ENSBGRG00000005149)	DPYD (ENSBGRG00000005648)	ENSBGRG00000006033	ENSBGRG00000006046	ENSBGRG00000006069	SNX7 (ENSBGRG00000006091)	PLPPR5 (ENSBGRG00000006168)	PLPPR4 (ENSBGRG00000006225)	PALMD (ENSBGRG00000006265)	FRRS1 (ENSBGRG00000006372)	AGL (ENSBGRG00000006495)
Domestic yak	MODERN SPECIES	16	MYMX (ENSBGRG00000008830)	SLC29A1 (ENSBGRG00000007719)	SLC35B2 (ENSBGRG00000007502)	NFKBIE (ENSBGRG00000007378)	ENSBGRG00000007091	TCTE1 (ENSBGRG00000007036)	TMEM151B (ENSBGRG00000006948)	AARS2 (ENSBGRG00000025693)	SPATS1 (ENSBGRG00000025671)	CDC5L (ENSBGRG00000025587)	SUPT3H (ENSBGRG00000025521)	RUNX2 (ENSBGRG00000025453)	CLIC5 (ENSBGRG00000025358)	ENPP4 (ENSBGRG00000025340)	ENPP5 (ENSBGRG00000025336)	ENSBGRG00000025324 #22	ENSBGRG00000025310	RCAN2 (ENSBGRG00000025293)	CYP39A1 (ENSBGRG00000025184)	SLC25A27 (ENSBGRG00000025100)	TDRD6 (ENSBGRG00000025033)	PLA2G7 (ENSBGRG00000025010)	ANKRD66 (ENSBGRG00000024998)	MEP1A (ENSBGRG00000024947)	ADGRF5 (ENSBGRG00000024816)	ENSBGRG00000024786	TNFRSF21 (ENSBGRG00000024761)	ENSBGRG00000024745	CD2AP (ENSBGRG00000024637)	ENSBGRG00000024509	OPN5 (ENSBGRG00000024436)
Domestic yak	MODERN SPECIES	5	NMNAT2 (ENSBGRG00000012459)	LAMC2 (ENSBGRG00000012337)	LAMC1 (ENSBGRG00000011557)	SHCBP1L (ENSBGRG00000011416)	DHX9 (ENSBGRG00000011274)	ENSBGRG00000011243	NPL (ENSBGRG00000010902)	RGS8 (ENSBGRG00000010657)	RGS16 (ENSBGRG00000015227)	RNASEL (ENSBGRG00000015168)	RGSL1 (ENSBGRG00000014841)	ENSBGRG00000014780	TEDDM1 (ENSBGRG00000014753)	GLUL (ENSBGRG00000014687)	ENSBGRG00000014672	ENSBGRG00000014650 #22	ZNF648 (ENSBGRG00000014628)	CACNA1E (ENSBGRG00000012423)	IER5 (ENSBGRG00000012291)	MR1 (ENSBGRG00000012122)	STX6 (ENSBGRG00000011900)	KIAA1614 (ENSBGRG00000011597)	XPR1 (ENSBGRG00000011164)	ENSBGRG00000011090	LHX4 (ENSBGRG00000010947)	QSOX1 (ENSBGRG00000010745)	CEP350 (ENSBGRG00000010338)	TOR1AIP1 (ENSBGRG00000009663)	TOR1AIP2 (ENSBGRG00000009586)	FAM163A (ENSBGRG00000009534)	TDRD5 (ENSBGRG00000009089)
Bos_b	DUPLICATION
Bos_b	DUPLICATION
Bos_b	DUPLICATION
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00530000063555.A.a.a	ENSGT00940000155527	ENSGT00950000182886.a.b	ENSGT01090000260919	ENSGT00940000156266	ENSGT00390000016737	ENSGT00530000063841.a	ENSGT00940000158826	ENSGT01050000244841.A.a.a	ENSGT00940000163237	ENSGT00940000161719	ENSGT00940000161698	ENSGT00940000163094	ENSGT00940000161680	ENSGT00940000163621	ENSGT00940000153362.a.cb.b.b.f.a.a #22	ENSGT00940000161786	ENSGT00940000155803	ENSGT00940000153212.h.m.b.b	ENSGT00940000153212.h.m.b.a	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.b.a.a.b.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00940000153212.h.m.a.a.b.b	ENSGT00940000153212.h.m.a.a.a.b	ENSGT00940000153212.h.m.a.a.a.a	ENSGT00940000153212.h.m.a.b.e	ENSGT00940000164288.d.a.a	ENSGT00940000164288.d.a.b.a	ENSGT00940000164288.d.a.b.b	ENSGT00940000164288.d.b	ENSGT00940000164288.c	ENSGT00940000162432
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	25	TECRL (ENSBIXG00005001707)	EPHA5 (ENSBIXG00005029155)	ENSBIXG00005001983	ENSBIXG00005002006	CENPC (ENSBIXG00005002020)	ENSBIXG00005002083	STAP1 (ENSBIXG00005002107)	UBA6 (ENSBIXG00005028961)	GNRHR (ENSBIXG00005005075)	ENSBIXG00005002215	TMPRSS11D (ENSBIXG00005028894)	TMPRSS11A (ENSBIXG00005005025)	ENSBIXG00005028837	TMPRSS11F (ENSBIXG00005028799)	ENSBIXG00005007602	ENSBIXG00005028740 #22	TMPRSS11E (ENSBIXG00005028657)	YTHDC1 (ENSBIXG00005028621)	ENSBIXG00005004925	ENSBIXG00005028487	ENSBIXG00005028398	ENSBIXG00005004881	SULT1B1 (ENSBIXG00005028302)	SULT1E1 (ENSBIXG00005004863)	ENSBIXG00005028192	ENSBIXG00005028141	ENSBIXG00005028102	ENSBIXG00005028086	ENSBIXG00005028072	ENSBIXG00005028054	ODAM (ENSBIXG00005004819)
Cow	MODERN SPECIES	25	TECRL (ENSBTAG00000024826)	ENSBTAG00000050977	EPHA5 (ENSBTAG00000009438)	ENSBTAG00000053125	ENSBTAG00000052362	CENPC (ENSBTAG00000001323)	STAP1 (ENSBTAG00000000962)	UBA6 (ENSBTAG00000006837)	GNRHR (ENSBTAG00000000438)	ENSBTAG00000038648	TMPRSS11D (ENSBTAG00000001925)	TMPRSS11A (ENSBTAG00000020298)	ENSBTAG00000025920	TMPRSS11F (ENSBTAG00000004412)	TMPRSS11BNL (ENSBTAG00000048377)	NAP1L1 (ENSBTAG00000032360) #22	TMPRSS11E (ENSBTAG00000038520)	YTHDC1 (ENSBTAG00000015572)	ENSBTAG00000035726	ENSBTAG00000048013	ENSBTAG00000051713	ENSBTAG00000054846	ENSBTAG00000053068	ENSBTAG00000055078	UGT2B10 (ENSBTAG00000039991)	ENSBTAG00000049291	ENSBTAG00000003523	MGC152010 (ENSBTAG00000039647)	ENSBTAG00000052023	ENSBTAG00000053282	ENSBTAG00000053565
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.cb.b.b.f.a.b #22
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	15	MYMX (ENSBIXG00005029092)	SLC29A1 (ENSBIXG00005029077)	ENSBIXG00005005101	SLC35B2 (ENSBIXG00005028950)	TMEM151B (ENSBIXG00005005053)	TCTE1 (ENSBIXG00005028882)	AARS2 (ENSBIXG00005002270)	SPATS1 (ENSBIXG00005005004)	CDC5L (ENSBIXG00005028783)	SUPT3H (ENSBIXG00005002363)	RUNX2 (ENSBIXG00005028546)	CLIC5 (ENSBIXG00005004883)	ENPP4 (ENSBIXG00005004865)	ENPP5 (ENSBIXG00005028257)	RCAN2 (ENSBIXG00005028228)	ENSBIXG00005028148 #22	CYP39A1 (ENSBIXG00005028098)	SLC25A27 (ENSBIXG00005004811)	TDRD6 (ENSBIXG00005027935)	PLA2G7 (ENSBIXG00005027887)	ANKRD66 (ENSBIXG00005004789)	ENSBIXG00005027818	ADGRF5 (ENSBIXG00005027719)	ADGRF1 (ENSBIXG00005027562)	TNFRSF21 (ENSBIXG00005004727)	ENSBIXG00005027452	CD2AP (ENSBIXG00005004724)	ENSBIXG00005027376	ADGRF4 (ENSBIXG00005027323)	OPN5 (ENSBIXG00005027293)	PTCHD4 (ENSBIXG00005027231)
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT01030000234758.a.a.b.a.a.b.b.a.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00390000012446.o.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.a.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a.cb.b.b.f.b #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786.k	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	24	PTPRQ (ENSBIXG00005009087)	OTOGL (ENSBIXG00005008900)	PPP1R12A (ENSBIXG00005000226)	ENSBIXG00005000182	PAWR (ENSBIXG00005000179)	SYT1 (ENSBIXG00005008356)	ENSBIXG00005008283	NAV3 (ENSBIXG00005000135)	ENSBIXG00005008045	E2F7 (ENSBIXG00005008016)	CSRP2 (ENSBIXG00005007979)	ZDHHC17 (ENSBIXG00005000041)	OSBPL8 (ENSBIXG00005007884)	ENSBIXG00005029293	BBS10 (ENSBIXG00005029298)	ENSBIXG00005029325 #22	PHLDA1 (ENSBIXG00005029359) #23	ENSBIXG00005029389	KRR1 (ENSBIXG00005029408) #24	GLIPR1 (ENSBIXG00005029431) #25	ENSBIXG00005029442 #26	GLIPR1L1 (ENSBIXG00005029466) #27	CAPS2 (ENSBIXG00005029482) #28	KCNC2 (ENSBIXG00005029515)	ENSBIXG00005029561	ATXN7L3B (ENSBIXG00005029601)	TRHDE (ENSBIXG00005029642)	ENSBIXG00005029683	TPH2 (ENSBIXG00005029698)	TBC1D15 (ENSBIXG00005029740)	ENSBIXG00005029792
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000158333	ENSGT00950000183179.a	ENSGT00910000147592	ENSGT00940000160470	ENSGT00940000158069	ENSGT00940000161173	ENSGT00940000155924.b	ENSGT00530000063604.B	ENSGT00940000154304.A	ENSGT00940000154304.B	ENSGT00940000161114	ENSGT00660000095605	ENSGT00940000164414	ENSGT00940000161715	ENSGT00390000010047.b.jb	ENSGT00940000153362.a.cb.b.b.g #22	ENSGT00390000003316.d.h	ENSGT00940000163676	ENSGT00940000155601	ENSGT00900000141021.a	ENSGT01100000263517.b.d.m.b.b	ENSGT00940000157639	ENSGT00390000013003	ENSGT00500000044895	ENSGT00940000157458.d	ENSGT00940000157906	ENSGT00940000159504	ENSGT00940000155130	ENSGT00390000012166.p	ENSGT00430000032886	ENSGT00390000012166.o
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	7	NCF2 (ENSBIXG00005027338)	SMG7 (ENSBIXG00005027479)	NMNAT2 (ENSBIXG00005027618)	LAMC2 (ENSBIXG00005027722)	LAMC1 (ENSBIXG00005004790)	SHCBP1L (ENSBIXG00005006959)	DHX9 (ENSBIXG00005027970)	NPL (ENSBIXG00005028073)	RGS8 (ENSBIXG00005028123)	ENSBIXG00005006973	RGS16 (ENSBIXG00005028151)	RNASEL (ENSBIXG00005028181)	RGSL1 (ENSBIXG00005028387)	TEDDM1 (ENSBIXG00005028477)	ENSBIXG00005028507	ENSBIXG00005028539 #22	ENSBIXG00005028552	ZNF648 (ENSBIXG00005005342)	CACNA1E (ENSBIXG00005001875)	MR1 (ENSBIXG00005001710)	STX6 (ENSBIXG00005029212)	KIAA1614 (ENSBIXG00005001597)	XPR1 (ENSBIXG00005030435)	ENSBIXG00005030417	LHX4 (ENSBIXG00005030406)	QSOX1 (ENSBIXG00005030393)	CEP350 (ENSBIXG00005030338)	TOR1AIP1 (ENSBIXG00005030292)	ENSBIXG00005030268	TOR1AIP2 (ENSBIXG00005030252)	TDRD5 (ENSBIXG00005030203)
Cow	DUPLICATION
Cow	MODERN SPECIES	25	ENSBTAG00000053441	GRID2 (ENSBTAG00000046413)	ATOH1 (ENSBTAG00000002895)	SMARCAD1 (ENSBTAG00000017061)	HPGDS (ENSBTAG00000017073)	PDLIM5 (ENSBTAG00000012818)	BMPR1B (ENSBTAG00000002081)	ENSBTAG00000050287	UNC5C (ENSBTAG00000002084)	PDHA2 (ENSBTAG00000026250)	ENSBTAG00000015464	ENSBTAG00000023000	STPG2 (ENSBTAG00000049465)	RAP1GDS1 (ENSBTAG00000007522)	TSPAN5 (ENSBTAG00000012343)	ENSBTAG00000024578 #22	EIF4E (ENSBTAG00000009522)	ENSBTAG00000024125	METAP1 (ENSBTAG00000016004)	ADH5 (ENSBTAG00000016007)	ENSBTAG00000055127	ADH4 (ENSBTAG00000034139)	ENSBTAG00000052318	ADH6 (ENSBTAG00000006991)	ADH6 (ENSBTAG00000006986)	ADH1C (ENSBTAG00000034189)	ADH7 (ENSBTAG00000015729)	C6H4orf17 (ENSBTAG00000019429)	TRMT10A (ENSBTAG00000000197)	MTTP (ENSBTAG00000011944)	C6H4orf54 (ENSBTAG00000046333)
Cow	MODERN SPECIES	7	SMG7 (ENSBTAG00000008003)	NMNAT2 (ENSBTAG00000000795)	ENSBTAG00000049987	LAMC2 (ENSBTAG00000000793)	LAMC1 (ENSBTAG00000011966)	SHCBP1L (ENSBTAG00000031238)	DHX9 (ENSBTAG00000019821)	NPL (ENSBTAG00000002266)	RGS8 (ENSBTAG00000026481)	RGS16 (ENSBTAG00000004305)	RNASEL (ENSBTAG00000009091)	RGSL1 (ENSBTAG00000018220)	ENSBTAG00000000772	TEDDM1 (ENSBTAG00000021432)	GLUL (ENSBTAG00000013631)	ENSBTAG00000027426 #22	ENSBTAG00000052482	ZNF648 (ENSBTAG00000046243)	CACNA1E (ENSBTAG00000020887)	ENSBTAG00000052226	MR1 (ENSBTAG00000009924)	STX6 (ENSBTAG00000020458)	KIAA1614 (ENSBTAG00000006260)	XPR1 (ENSBTAG00000009169)	ACBD6 (ENSBTAG00000046502)	LHX4 (ENSBTAG00000003992)	QSOX1 (ENSBTAG00000014191)	CEP350 (ENSBTAG00000008082)	TOR1AIP1 (ENSBTAG00000035226)	TOR1AIP2 (ENSBTAG00000035230)	FAM163A (ENSBTAG00000049599)
American bison	DUPLICATION
American bison	MODERN SPECIES	2940									ENSBBBG00000021397	NAV3 (ENSBBBG00000021636)	E2F7 (ENSBBBG00000021699)	CSRP2 (ENSBBBG00000021745)	ZDHHC17 (ENSBBBG00000007523)	OSBPL8 (ENSBBBG00000021874)	BBS10 (ENSBBBG00000021881)	NAP1L1 (ENSBBBG00000022264) #22	PHLDA1 (ENSBBBG00000022301) #23
American bison	MODERN SPECIES	3236	SMG7 (ENSBBBG00000022738)	NMNAT2 (ENSBBBG00000022479)	ENSBBBG00000005913	LAMC2 (ENSBBBG00000022403)	LAMC1 (ENSBBBG00000008530)	SHCBP1L (ENSBBBG00000007157)	DHX9 (ENSBBBG00000022215)	NPL (ENSBBBG00000022171)	RGS8 (ENSBBBG00000022106)	RGS16 (ENSBBBG00000007524)	RNASEL (ENSBBBG00000005821)	RGSL1 (ENSBBBG00000005819)	ENSBBBG00000022020	TEDDM1 (ENSBBBG00000022011)	GLUL (ENSBBBG00000021994)	ENSBBBG00000021962 #22	ENSBBBG00000005807	CACNA1E (ENSBBBG00000021895)
Bovinae	DUPLICATION
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00860000134050	ENSGT00940000153431.b	ENSGT00940000154327.b.e.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.b	ENSGT00390000001138.a.g.b	ENSGT00940000154866.B	ENSGT00550000075046	ENSGT00550000074931	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000162552	ENSGT00950000183139.A	ENSGT00390000010121	ENSGT00670000098098	ENSGT00940000162247	ENSGT00940000159727	ENSGT00940000153362.a.cb.b.a.a ##22	ENSGT00940000159137	ENSGT00940000155999	ENSGT00940000163276	ENSGT00940000156996	ENSGT00940000162041	ENSGT00870000136554	ENSGT00390000005826.a.b	ENSGT00900000141212	ENSGT00910000144356	ENSGT00940000162636.B	ENSGT00940000165454	ENSGT00940000162294	ENSGT00940000163249	ENSGT00940000161877.j	ENSGT00940000154755
Bos	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00860000134050	ENSGT00940000153431.b	ENSGT00940000154327.b.e.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.b	ENSGT00390000001138.a.g.b	ENSGT00940000154866.B.d	ENSGT00550000075046	ENSGT00550000074931	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000162552	ENSGT00950000183139.A	ENSGT00390000010121	ENSGT00670000098098	ENSGT00940000162247	ENSGT00940000159727	ENSGT00940000153362.a.cb.b.a.a ##22	ENSGT00940000159137.d	ENSGT00940000155999	ENSGT00940000163276	ENSGT00940000156996	ENSGT00940000162041	ENSGT00870000136554.jb	ENSGT00390000005826.a.b	ENSGT00900000141212	ENSGT00910000144356	ENSGT00940000162636.B	ENSGT00940000165454	ENSGT00940000162294	ENSGT00940000163249	ENSGT00940000161877.j	ENSGT00940000154755
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000153431.b	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.b	ENSGT00940000154327.b.e.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.b	ENSGT00960000190537	ENSGT00940000154866.B.d	ENSGT00550000075046	ENSGT00550000074931	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000162552	ENSGT00950000183139.A	ENSGT00390000010121	ENSGT00670000098098	ENSGT00940000162247	ENSGT00940000159727	ENSGT00940000153362.a.cb.b.a.a ##22	ENSGT00940000159137.d	ENSGT00940000155999	ENSGT00940000163276	ENSGT00940000156996	ENSGT00940000162041	ENSGT00870000136554.jb	ENSGT00390000005826.a.b	ENSGT00900000141212	ENSGT00910000144356	ENSGT00940000162636.B	ENSGT00940000165454	ENSGT00940000162294	ENSGT00940000163249	ENSGT00940000161877.j	ENSGT00940000154755
Wild yak	MODERN SPECIES	194	SEC23B (ENSBMUG00000004165)	SMIM26 (ENSBMUG00000004015)	DTD1 (ENSBMUG00000004000)	ENSBMUG00000003967	SCP2D1 (ENSBMUG00000003945)	SLC24A3 (ENSBMUG00000003930)	ENSBMUG00000003910	RIN2 (ENSBMUG00000003883)	NAA20 (ENSBMUG00000003835)	CRNKL1 (ENSBMUG00000003809)	CFAP61 (ENSBMUG00000003762)	RALGAPA2 (ENSBMUG00000003599)	KIZ (ENSBMUG00000003411)	XRN2 (ENSBMUG00000003295)	NKX2-2 (ENSBMUG00000003181)	ENSBMUG00000003171 ##22	PAX1 (ENSBMUG00000003140)	FOXA2 (ENSBMUG00000003127)	ENSBMUG00000003102	CD93 (ENSBMUG00000003082)
American bison	MODERN SPECIES	2997	SEC23B (ENSBBBG00000023236)	SMIM26 (ENSBBBG00000000399)	DTD1 (ENSBBBG00000000410)	SCP2D1 (ENSBBBG00000000425)	SLC24A3 (ENSBBBG00000000461)	ENSBBBG00000023147	RIN2 (ENSBBBG00000023140)	NAA20 (ENSBBBG00000023097)	CRNKL1 (ENSBBBG00000008793)	CFAP61 (ENSBBBG00000006046)	ENSBBBG00000022996	RALGAPA2 (ENSBBBG00000022984)	KIZ (ENSBBBG00000022908)	XRN2 (ENSBBBG00000022814)	ENSBBBG00000022786	ENSBBBG00000022780 ##22	PAX1 (ENSBBBG00000022763)	FOXA2 (ENSBBBG00000022700)	THBD (ENSBBBG00000022684)	CD93 (ENSBBBG00000005967)	GZF1 (ENSBBBG00000022655)	NAPB (ENSBBBG00000022632)	CSTL1 (ENSBBBG00000022543)	ENSBBBG00000022535	ENSBBBG00000022528	ENSBBBG00000005942	CST8 (ENSBBBG00000022516)	ENSBBBG00000022506	ENSBBBG00000022502	CST3 (ENSBBBG00000005938)	SYNDIG1 (ENSBBBG00000022490)
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.cb.b.a.b ##22
American bison	MODERN SPECIES	3179				SMARCAD1 (ENSBBBG00000021403)	HPGDS (ENSBBBG00000005710)	PDLIM5 (ENSBBBG00000021614)	ENSBBBG00000021647	BMPR1B (ENSBBBG00000021707)	UNC5C (ENSBBBG00000021798)	PDHA2 (ENSBBBG00000021816)	ENSBBBG00000021827	ENSBBBG00000021839	ENSBBBG00000021848	RAP1GDS1 (ENSBBBG00000022062)	TSPAN5 (ENSBBBG00000005833)	ENSBBBG00000022107 ##22	ENSBBBG00000022115	EIF4E (ENSBBBG00000005843)	ENSBBBG00000022134	METAP1 (ENSBBBG00000022151)	ADH5 (ENSBBBG00000022169)	ENSBBBG00000022176	ADH4 (ENSBBBG00000022206)	ENSBBBG00000022216	ADH6 (ENSBBBG00000007283)	ENSBBBG00000005881	ENSBBBG00000022361	ADH7 (ENSBBBG00000005915)	C4orf17 (ENSBBBG00000022450)	TRMT10A (ENSBBBG00000022485)	MTTP (ENSBBBG00000022532)
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a.n	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a.cb.b #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Rambouillet Sheep	DUPLICATION
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	22	ABRAXAS1 (ENSOARG00020014754)	MRPS18C (ENSOARG00020014621)	HELQ (ENSOARG00020014284)	HPSE (ENSOARG00020013610)	COQ2 (ENSOARG00020013352)	ENSOARG00020013289	PLAC8 (ENSOARG00020013230)	COPS4 (ENSOARG00020013112)	LIN54 (ENSOARG00020012720)	THAP9 (ENSOARG00020012606)	SEC31A (ENSOARG00020010858)	SCD5 (ENSOARG00020010678)	TMEM150C (ENSOARG00020010556)	ENOPH1 (ENSOARG00020010424)	HNRNPDL (ENSOARG00020010186)	ENSOARG00020010101 #22	HNRNPD (ENSOARG00020009917)	RASGEF1B (ENSOARG00020009096)	PRKG2 (ENSOARG00020008731)	ENSOARG00020008692	FGF5 (ENSOARG00020008615)	PRDM8 (ENSOARG00020008584)	ANTXR2 (ENSOARG00020008268)	ENSOARG00020008183	BMP3 (ENSOARG00020008128)	GK2 (ENSOARG00020008089)	NAA11 (ENSOARG00020008072)	PAQR3 (ENSOARG00020008001)	BMP2K (ENSOARG00020007544)	ANXA3 (ENSOARG00020007381)	FRAS1 (ENSOARG00020006780)
Rambouillet Sheep	DUPLICATION
Rambouillet Sheep	DUPLICATION
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES		AKAP8L (ENSOARG00020003575)	WIZ (ENSOARG00020003398)	RASAL3 (ENSOARG00020003296)	PGLYRP2 (ENSOARG00020003263)	CYP4F22 (ENSOARG00020003197)	CYP4F8 (ENSOARG00020003149)	ENSOARG00020003101	ENSOARG00020003031	ENSOARG00020002976	ENSOARG00020002924	CYP4F21 (ENSOARG00020002888)	ENSOARG00020002873	ENSOARG00020002865	ENSOARG00020002856	ENSOARG00020002852	ENSOARG00020002843 #22	NSUN3 (ENSOARG00020002833)	STX19 (ENSOARG00020002829)	ARL13B (ENSOARG00020002758)	PROS1 (ENSOARG00020002698)	EPHA3 (ENSOARG00020002625)	ENSOARG00020002616	C3orf38 (ENSOARG00020002608)	ZNF654 (ENSOARG00020002568)	CGGBP1 (ENSOARG00020002537)	HTR1F (ENSOARG00020002525)	ENSOARG00020002512	POU1F1 (ENSOARG00020002444)	CHMP2B (ENSOARG00020002422)	VGLL3 (ENSOARG00020002402)	ENSOARG00020002390
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	19	EHBP1 (ENSOARG00020001291)	TMEM17 (ENSOARG00020001441)	B3GNT2 (ENSOARG00020001451)	COMMD1 (ENSOARG00020001461)	ENSOARG00020001479	FAM161A (ENSOARG00020001502)	ENSOARG00020001550	ENSOARG00020001558	XPO1 (ENSOARG00020001587)	USP34 (ENSOARG00020001682)	ENSOARG00020002186	C2orf74 (ENSOARG00020002212)	ENSOARG00020002228	ENSOARG00020002231	LRRTM4 (ENSOARG00020002254)	ENSOARG00020002275 #22	ENSOARG00020002288	ENSOARG00020002295	ENSOARG00020002303	ENSOARG00020002315	ENSOARG00020002346	ENSOARG00020002369 ##22	CTNNA2 (ENSOARG00020002405)	LRRTM1 (ENSOARG00020002530)	ENSOARG00020002555	ENSOARG00020002597	SUCLG1 (ENSOARG00020002604)	DNAH6 (ENSOARG00020002647)	TMSB10 (ENSOARG00020002756)	KCMF1 (ENSOARG00020002774)	TCF7L1 (ENSOARG00020002813)
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES		PLCXD2 (ENSOARG00020005631)	ENSOARG00020006053	ABHD10 (ENSOARG00020006068)	TAGLN3 (ENSOARG00020006108)	TMPRSS7 (ENSOARG00020006147)	ENSOARG00020006308	GCSAM (ENSOARG00020000173)	SLC9C1 (ENSOARG00020000247)	CD200 (ENSOARG00020000423)	BTLA (ENSOARG00020000440)	ATG3 (ENSOARG00020000487)	SLC35A5 (ENSOARG00020000518)	CCDC80 (ENSOARG00020000563)	ENSOARG00020000587	ENSOARG00020000602	ENSOARG00020000626 #22	GTPBP8 (ENSOARG00020000643)	BOC (ENSOARG00020000752)	SIDT1 (ENSOARG00020000920)	USF3 (ENSOARG00020001164)	ENSOARG00020001188	ATP6V1A (ENSOARG00020001247)	GRAMD1C (ENSOARG00020001279)	ZDHHC23 (ENSOARG00020001306)	QTRT2 (ENSOARG00020001329)	DRD3 (ENSOARG00020001358)	TIGIT (ENSOARG00020001397)	ZBTB20 (ENSOARG00020001417)	GAP43 (ENSOARG00020001439)	ENSOARG00020001450	LSAMP (ENSOARG00020001493)
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	19	LIN7A (ENSOARG00020009053)	MYF5 (ENSOARG00020009026)	MYF6 (ENSOARG00020008989)	MYF6 (ENSOARG00020008943)	PTPRQ (ENSOARG00020008080)	PPP1R12A (ENSOARG00020005817)	PAWR (ENSOARG00020005665)	SYT1 (ENSOARG00020005626)	NAV3 (ENSOARG00020003813)	E2F7 (ENSOARG00020003529)	CSRP2 (ENSOARG00020003468)	ZDHHC17 (ENSOARG00020003403)	ENSOARG00020003381	BBS10 (ENSOARG00020003354)	OSBPL8 (ENSOARG00020003030)	ENSOARG00020002933 #22	PHLDA1 (ENSOARG00020002913) #23	KRR1 (ENSOARG00020002893) #24	GLIPR1 (ENSOARG00020002870) #25	ENSOARG00020002828	GLIPR1L1 (ENSOARG00020002811) #27	CAPS2 (ENSOARG00020002788) #28	KCNC2 (ENSOARG00020002747)	ATXN7L3B (ENSOARG00020002735)	ENSOARG00020002731	KDM8 (ENSOARG00020002713)	NSMCE1 (ENSOARG00020002686)	ENSOARG00020002666	TRHDE (ENSOARG00020002645)	ENSOARG00020002632	TPH2 (ENSOARG00020002610)
Bovidae	DUPLICATION
Bovidae	DUPLICATION
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.a ##22
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.a ##22
Bos	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000153912.B	ENSGT00530000064550.A	ENSGT00940000155192	ENSGT00940000160064.b	ENSGT00910000144252	ENSGT00940000160278	ENSGT00940000155292	ENSGT00940000155919	ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a	ENSGT00530000063174.a.j	ENSGT00940000161841.i.b.a	ENSGT00390000018596.B.b	ENSGT00390000001063	ENSGT00390000014293.a	ENSGT00940000161376	ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.a ##22	ENSGT00950000183183.b.a.q.a.c.b.b	ENSGT00940000154194	ENSGT00950000182891.a.a.b.a.b.a.m.a.b	ENSGT00940000158205	ENSGT00940000155196	ENSGT00960000190398	ENSGT00940000162645	ENSGT00390000016927.i.a.a.b	ENSGT00940000163645	ENSGT00940000162845	ENSGT00940000155234.b	ENSGT00940000162708	ENSGT00510000048844	ENSGT00530000063169.a	ENSGT00390000011412
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00530000064550.A	ENSGT00940000155192	ENSGT00940000160064.b	ENSGT00910000144252	ENSGT00940000160278	ENSGT00940000155292	ENSGT00940000155919	ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.b.b.a.a.b.b.b.b.b.b.a.b.a.a.b.a.a.a	ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a	ENSGT00530000063174.a.j	ENSGT00940000161841.i.b.a	ENSGT00390000018596.B.b	ENSGT00390000001063	ENSGT00390000014293.a	ENSGT00940000161376	ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.a ##22	ENSGT00950000183183.b.a.q.a.c.b.a	ENSGT00940000154194	ENSGT00950000182891.a.a.b.a.b.a.m.a.b	ENSGT00940000158205	ENSGT00940000155196	ENSGT00960000190398	ENSGT00940000162645	ENSGT00390000016927.i.a.a.b	ENSGT00940000163645	ENSGT00940000162845	ENSGT00940000155234.b	ENSGT00940000162708	ENSGT00510000048844	ENSGT00530000063169.a	ENSGT00390000011412
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	25	ATOH1 (ENSBIXG00005019073)	SMARCAD1 (ENSBIXG00005019129)	HPGDS (ENSBIXG00005019143)	PDLIM5 (ENSBIXG00005019427)	ENSBIXG00005019501	ENSBIXG00005019512	BMPR1B (ENSBIXG00005019716)	ENSBIXG00005005526	UNC5C (ENSBIXG00005019951)	PDHA2 (ENSBIXG00005006818)	ENSBIXG00005020010	ENSBIXG00005020038	ENSBIXG00005003297	STPG2 (ENSBIXG00005020087)	RAP1GDS1 (ENSBIXG00005020210)	ENSBIXG00005003369 ##22	TSPAN5 (ENSBIXG00005020262)	ENSBIXG00005020276	EIF4E (ENSBIXG00005020322)	ENSBIXG00005005594	ADH5 (ENSBIXG00005020398)	ENSBIXG00005020447	ADH6 (ENSBIXG00005020520)	METAP1 (ENSBIXG00005020582)	ENSBIXG00005003522	ADH7 (ENSBIXG00005005993)	C4orf17 (ENSBIXG00005021093)	TRMT10A (ENSBIXG00005021122)	MTTP (ENSBIXG00005021189)	C4orf54 (ENSBIXG00005005747)	DAPP1 (ENSBIXG00005021282)
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00950000183175.B.b	ENSGT01030000234633.C.b	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.b.a.a.b.b.b.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000155192	ENSGT00940000160064.b	ENSGT00910000144252	ENSGT00940000160278	ENSGT00940000155292	ENSGT00940000155919	ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a	ENSGT00530000063174.a.j	ENSGT00940000161841.i.b.a	ENSGT00390000018596.B.b	ENSGT00390000014293.a	ENSGT00940000161376	ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.a ##22	ENSGT00950000183183.b.a.q.a.c.b.b	ENSGT00940000154194	ENSGT00950000182891.a.a.b.a.b.a.m.a.b	ENSGT00940000158205	ENSGT00940000155196	ENSGT00940000162645	ENSGT00940000163645	ENSGT00940000162845	ENSGT00940000155234.b	ENSGT00940000162708	ENSGT00510000048844	ENSGT00530000063169.a	ENSGT00390000011412	ENSGT00730000111645	ENSGT00910000144274
Domestic yak	MODERN SPECIES	25	GRID2 (ENSBGRG00000023510)	ATOH1 (ENSBGRG00000023717)	SMARCAD1 (ENSBGRG00000023737)	HPGDS (ENSBGRG00000000303)	PDLIM5 (ENSBGRG00000000397)	ENSBGRG00000000612	ENSBGRG00000000618	BMPR1B (ENSBGRG00000000658)	UNC5C (ENSBGRG00000000763)	PDHA2 (ENSBGRG00000000876)	ENSBGRG00000000891	STPG2 (ENSBGRG00000000913)	ENSBGRG00000000988	RAP1GDS1 (ENSBGRG00000001075)	TSPAN5 (ENSBGRG00000001483)	ENSBGRG00000001534 ##22	ENSBGRG00000001557	EIF4E (ENSBGRG00000001581)	ENSBGRG00000001626	METAP1 (ENSBGRG00000001645)	ADH5 (ENSBGRG00000001695)	ADH4 (ENSBGRG00000001793)	ADH6 (ENSBGRG00000001847)	ENSBGRG00000001962	ENSBGRG00000001971	ENSBGRG00000002006	C4orf17 (ENSBGRG00000002084)	ADH7 (ENSBGRG00000002104)	TRMT10A (ENSBGRG00000002151)	MTTP (ENSBGRG00000002196)	DAPP1 (ENSBGRG00000002376)
Wild yak	MODERN SPECIES	1996																ENSBMUG00000002702 ##22	ENSBMUG00000002713	ZNF648 (ENSBMUG00000002721)
American bison	MODERN SPECIES	3358	TMEM218 (ENSBBBG00000011319)	PKNOX2 (ENSBBBG00000011302)	ENSBBBG00000011294	ENSBBBG00000011285	EI24 (ENSBBBG00000002039)	STT3A (ENSBBBG00000008543)	CHEK1 (ENSBBBG00000002011)	ACRV1 (ENSBBBG00000011061)	ENSBBBG00000011050	ENSBBBG00000011040	ENSBBBG00000011034	ENSBBBG00000011030	PATE1 (ENSBBBG00000011028)	PATE2 (ENSBBBG00000001983)	PATE3 (ENSBBBG00000011015)	ENSBBBG00000011011 ##22	PUS3 (ENSBBBG00000011000)	HYLS1 (ENSBBBG00000010989)	DDX25 (ENSBBBG00000010985)	VSIG10L2 (ENSBBBG00000010972)	CDON (ENSBBBG00000010959)	RPUSD4 (ENSBBBG00000010938)	FAM118B (ENSBBBG00000010923)	SRPRA (ENSBBBG00000010892)	FOXRED1 (ENSBBBG00000010861)	TIRAP (ENSBBBG00000010837)	DCPS (ENSBBBG00000007302)	ST3GAL4 (ENSBBBG00000010815)	KIRREL3 (ENSBBBG00000010758)	ENSBBBG00000010718
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.a ##22
Rambouillet Sheep	DUPLICATION
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES		PKN2 (ENSOARG00020006149)	LMO4 (ENSOARG00020006088)	ENSOARG00020006050	HS2ST1 (ENSOARG00020005954)	SELENOF (ENSOARG00020005902)	SH3GLB1 (ENSOARG00020005783)	ENSOARG00020003537	ENSOARG00020002384	CLCA4 (ENSOARG00020002227)	CLCA1 (ENSOARG00020002201)	CLCA2 (ENSOARG00020002169)	ODF2L (ENSOARG00020002095)	COL24A1 (ENSOARG00020002041)	CCN1 (ENSOARG00020001971)	DDAH1 (ENSOARG00020001916)	ENSOARG00020001899 ##22	BCL10 (ENSOARG00020001886)	C1orf52 (ENSOARG00020001875)	SYDE2 (ENSOARG00020001859)	DNAI3 (ENSOARG00020001533)	ENSOARG00020001462	MCOLN3 (ENSOARG00020001362)	MCOLN2 (ENSOARG00020001324)	LPAR3 (ENSOARG00020001315)	SSX2IP (ENSOARG00020001297)	CTBS (ENSOARG00020001255)	SPATA1 (ENSOARG00020001225)	GNG5 (ENSOARG00020001205)	RPF1 (ENSOARG00020001191)	DNASE2B (ENSOARG00020001163)	ENSOARG00020001133
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	19	MAT2A (ENSOARG00020002979)	SH2D6 (ENSOARG00020002951)	CAPG (ENSOARG00020002936)	ELMOD3 (ENSOARG00020002916)	GGCX (ENSOARG00020002878)	ENSOARG00020002845	TCF7L1 (ENSOARG00020002813)	KCMF1 (ENSOARG00020002774)	TMSB10 (ENSOARG00020002756)	DNAH6 (ENSOARG00020002647)	SUCLG1 (ENSOARG00020002604)	ENSOARG00020002597	ENSOARG00020002555	LRRTM1 (ENSOARG00020002530)	CTNNA2 (ENSOARG00020002405)	ENSOARG00020002369 ##22	ENSOARG00020002346	ENSOARG00020002315	ENSOARG00020002303	ENSOARG00020002295	ENSOARG00020002288	ENSOARG00020002275 #22	LRRTM4 (ENSOARG00020002254)	ENSOARG00020002231	ENSOARG00020002228	C2orf74 (ENSOARG00020002212)	ENSOARG00020002186	USP34 (ENSOARG00020001682)	XPO1 (ENSOARG00020001587)	ENSOARG00020001558	ENSOARG00020001550
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.b ##22
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000159175	ENSGT00940000160249.f	ENSGT00940000159418	ENSGT01060000248556.C	ENSGT00940000153052.c.b.a.b.l.c.b.a	ENSGT00390000010221	ENSGT00940000156016	ENSGT00940000154983.c.b	ENSGT01030000234595.B.c.b	ENSGT00940000156681	ENSGT00940000158203	ENSGT00940000158437	ENSGT00620000087961.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000155209	ENSGT00940000156019	ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.b ##22	ENSGT01100000263506.a.f.a.a.a.a.b	ENSGT00940000159379	ENSGT00940000153372.A.f.s.b	ENSGT00940000153372.A.f.t	ENSGT00940000153372.A.f.s.a	ENSGT00940000161422	ENSGT00940000180978.a	ENSGT00940000154774.eb	ENSGT00940000153567.b.a.b	ENSGT00940000155057	ENSGT00390000011648.a	ENSGT00390000007283.m.a	ENSGT00390000001969.b	ENSGT00910000148391	ENSGT00940000156909
American bison	MODERN SPECIES	3176	NRM (ENSBBBG00000011208)	ENSBBBG00000011214	ENSBBBG00000002041	FLOT1 (ENSBBBG00000011231)	IER3 (ENSBBBG00000011237)	ENSBBBG00000011244	SEMA3D (ENSBBBG00000002038)	SEMA3A (ENSBBBG00000011305)	SEMA3E (ENSBBBG00000011353)	ENSBBBG00000011358	ENSBBBG00000002065	ENSBBBG00000011368	ENSBBBG00000002074	CACNA2D1 (ENSBBBG00000002105)	HGF (ENSBBBG00000011544)	ENSBBBG00000011575 ##22	ENSBBBG00000011581	SEMA3C (ENSBBBG00000011614)	ENSBBBG00000007398	ENSBBBG00000011738	ENSBBBG00000008026	GNAT3 (ENSBBBG00000011909)	GNAI1 (ENSBBBG00000002242)	MAGI2 (ENSBBBG00000008731)	PHTF2 (ENSBBBG00000012434)	ENSBBBG00000012452	RSBN1L (ENSBBBG00000012459)	ENSBBBG00000012463	PTPN12 (ENSBBBG00000012512)	GSAP (ENSBBBG00000002435)	FGL2 (ENSBBBG00000012668)
Bos	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000160249.e	ENSGT00940000159175	ENSGT00940000159418	ENSGT01060000248556.C	ENSGT00940000153052.c.b.a.b.l.c.b.a	ENSGT00390000010221	ENSGT00940000156016	ENSGT00940000154983.c.b	ENSGT01030000234595.B.c.b	ENSGT00940000156681	ENSGT00940000158203	ENSGT00940000158437	ENSGT00620000087961.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000155209	ENSGT00940000156019	ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.b ##22	ENSGT01100000263506.a.f.a.a.a.a.b	ENSGT00940000159379	ENSGT00940000153372.A.f.s.b	ENSGT00940000153372.A.f.t	ENSGT00940000153372.A.f.s.a	ENSGT00940000161422	ENSGT00940000180978.a	ENSGT00940000154774.eb	ENSGT00940000153567.b.a.b	ENSGT00940000155057	ENSGT00390000011648.a	ENSGT00390000007283.m.a	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.b.a.a.a.b.a.b.a	ENSGT00390000007283.m.b	ENSGT00390000001969.b
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.b ##22
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	23	TMEM243 (ENSBIXG00005021654)	DMTF1 (ENSBIXG00005021807)	ENSBIXG00005021826	ENSBIXG00005021856	ELAPOR2 (ENSBIXG00005022210)	ENSBIXG00005006832	GRM3 (ENSBIXG00005022303)	SEMA3D (ENSBIXG00005003818)	SEMA3A (ENSBIXG00005022440)	SEMA3E (ENSBIXG00005022548)	PCLO (ENSBIXG00005022768)	ENSBIXG00005022835	ENSBIXG00005022862	CACNA2D1 (ENSBIXG00005023176)	HGF (ENSBIXG00005007384)	ENSBIXG00005023358 ##22	ENSBIXG00005023386	SEMA3C (ENSBIXG00005023456)	CD36 (ENSBIXG00005023737)	GNAT3 (ENSBIXG00005023815)	ENSBIXG00005023840	ENSBIXG00005023851	GNAI1 (ENSBIXG00005024057)	ENSBIXG00005024153	MAGI2 (ENSBIXG00005025017)	PHTF2 (ENSBIXG00005025460)	TMEM60 (ENSBIXG00005025518)	ENSBIXG00005004345	RSBN1L (ENSBIXG00005025565)	ENSBIXG00005025590	PTPN12 (ENSBIXG00005025692)
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00530000063909.b	ENSGT00940000160249.f	ENSGT00940000159418	ENSGT01060000248556.C	ENSGT00940000153052.c.b.a.b.l.c.b.a	ENSGT00390000010221	ENSGT00940000156016	ENSGT00940000154983.c.b	ENSGT01030000234595.B.c.b	ENSGT00940000156681	ENSGT00940000158203	ENSGT00940000158437	ENSGT00620000087961.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000155209	ENSGT00940000156019	ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.b ##22	ENSGT01100000263506.a.f.a.a.a.a.b	ENSGT00940000159379	ENSGT00940000153372.A.f.s.b	ENSGT00940000153372.A.f.t	ENSGT00940000153372.A.f.s.a	ENSGT00940000161422	ENSGT00940000180978.a	ENSGT00940000154774.eb	ENSGT00940000153567.b.a.b	ENSGT00940000155057	ENSGT00390000011648.a	ENSGT00390000007283.m.a	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.b.a.a.a.b.a.b.a	ENSGT00390000007283.m.b	ENSGT00390000001969.b
Domestic yak	MODERN SPECIES	23	ENSBGRG00000023524	TMEM243 (ENSBGRG00000023481)	DMTF1 (ENSBGRG00000023340)	ENSBGRG00000023265	ELAPOR2 (ENSBGRG00000022852)	GRM3 (ENSBGRG00000022796)	ENSBGRG00000022739	ENSBGRG00000022712	SEMA3D (ENSBGRG00000022561)	ENSBGRG00000022512	SEMA3A (ENSBGRG00000022242)	SEMA3E (ENSBGRG00000021923)	PCLO (ENSBGRG00000021472)	CACNA2D1 (ENSBGRG00000020514)	HGF (ENSBGRG00000020419)	ENSBGRG00000020372 ##22	ENSBGRG00000020345	SEMA3C (ENSBGRG00000020231)	CD36 (ENSBGRG00000019844)	GNAT3 (ENSBGRG00000019625)	ENSBGRG00000019597	GNAI1 (ENSBGRG00000019449)	ENSBGRG00000019428	ENSBGRG00000019379	ENSBGRG00000019359	ENSBGRG00000019329	MAGI2 (ENSBGRG00000016288)	PHTF2 (ENSBGRG00000015566)	TMEM60 (ENSBGRG00000015510)	ENSBGRG00000015493	RSBN1L (ENSBGRG00000015320)
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.b ##22
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES		FXR1 (ENSOARG00020005863)	TTC14 (ENSOARG00020006723)	CCDC39 (ENSOARG00020006964)	PEX5L (ENSOARG00020007531)	USP13 (ENSOARG00020008860)	NDUFB5 (ENSOARG00020009071)	MRPL47 (ENSOARG00020009272)	ACTL6A (ENSOARG00020009394)	GNB4 (ENSOARG00020009587)	MFN1 (ENSOARG00020009679)	ZNF639 (ENSOARG00020009893)	ENSOARG00020009952	PIK3CA (ENSOARG00020010030)	ZMAT3 (ENSOARG00020000075)	KCNMB2 (ENSOARG00020000078)	ENSOARG00020000133 ##22	TBL1XR1 (ENSOARG00020000203)	ENSOARG00020000331	NAALADL2 (ENSOARG00020000356)	NLGN1 (ENSOARG00020000438)	ENSOARG00020000457	SPATA16 (ENSOARG00020000484)	ECT2 (ENSOARG00020000567)	NCEH1 (ENSOARG00020000787)	FNDC3B (ENSOARG00020000887)	TNFSF10 (ENSOARG00020001008)	GHSR (ENSOARG00020001032)	TMEM212 (ENSOARG00020001050)	PLD1 (ENSOARG00020001072)	TNIK (ENSOARG00020001197)	SLC2A2 (ENSOARG00020001524)
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.cb.a.b ##22
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b	ENSGT01100000263512.a.a.a.b	ENSGT00940000162154	ENSGT00390000013512	ENSGT00510000046929.a	ENSGT00390000012721.b	ENSGT00950000183055.a.a	ENSGT00950000183183.b.b.n	ENSGT00950000183375	ENSGT00940000153362.a.cb.a.b ##22	ENSGT00940000159810	ENSGT00940000160718	ENSGT00390000009902.o	ENSGT00940000158453.a	ENSGT01050000244955.a.a	ENSGT01050000244897.a.b.b.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.b.b	ENSGT00940000155186.t.d	ENSGT00940000156856	ENSGT00940000159196	ENSGT00940000153981.A	ENSGT00940000162795	ENSGT00940000153931.a.a	ENSGT00940000153931.a.b.a.a.b.a.b	ENSGT00940000153931.a.b.a.a.a.a
Bos	DUPLICATION
Bos	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000158973.b	ENSGT00390000015164.s	ENSGT00950000182787.E.d.e.b	ENSGT00940000161682	ENSGT00390000006780	ENSGT00940000158323	ENSGT00940000158490	ENSGT00390000011072.c.a	ENSGT00440000033985	ENSGT00940000154014.a	ENSGT00940000158294	ENSGT01100000263600	ENSGT00390000014996	ENSGT00550000074870.b	ENSGT00390000014722	ENSGT00940000153362.a.cb.a.b.a ##22	ENSGT00940000155925	ENSGT00940000157116	ENSGT00940000157866	ENSGT00390000002582	ENSGT00940000157852	ENSGT00940000159695.h	ENSGT00940000155142	ENSGT00390000011176	ENSGT00940000156175	ENSGT00390000000481	ENSGT00950000182882.A.b.a	ENSGT00940000153143.a.b.b.a.b.d.b.a.b.a.a	ENSGT00940000156821.p.b	ENSGT00940000153143.a.b.b.a.b.d.b.a.b.b	ENSGT00940000153143.a.a.f.e.a.b
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000158444	ENSGT00940000158973.b	ENSGT00390000015164.s.a	ENSGT00950000182787.E.d.e.b	ENSGT00940000161682	ENSGT00390000006780	ENSGT00940000158323	ENSGT00940000158490	ENSGT00390000011072.c.a	ENSGT00440000033985	ENSGT00940000154014.a	ENSGT00940000158294	ENSGT00390000014996	ENSGT00550000074870.b	ENSGT00390000014722	ENSGT00940000153362.a.cb.a.b.a ##22	ENSGT00940000155925	ENSGT00940000157116	ENSGT00940000157866	ENSGT00390000002582	ENSGT00940000157852	ENSGT00940000159695.h	ENSGT00940000155142	ENSGT00390000011176	ENSGT00940000156175	ENSGT00390000000481	ENSGT00950000182882.A.b.a	ENSGT00940000153143.a.b.b.a.b.d.b.a.b.b	ENSGT00940000153143.a.a.f.e.a.b	ENSGT00940000153143.a.a.f.e.a.a.a	ENSGT00940000153143.a.a.f.e.a.a.b.b
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	23	NUDCD3 (ENSBIXG00005018870)	CAMK2B (ENSBIXG00005019061)	ENSBIXG00005003122	ENSBIXG00005003126	GCK (ENSBIXG00005019239)	MYL7 (ENSBIXG00005019279)	AEBP1 (ENSBIXG00005019312)	POLD2 (ENSBIXG00005019352)	POLM (ENSBIXG00005005521)	BLVRA (ENSBIXG00005003157)	ENSBIXG00005006146	HECW1 (ENSBIXG00005019608)	MRPL32 (ENSBIXG00005019681)	PSMA2 (ENSBIXG00005007827)	C7orf25 (ENSBIXG00005019735)	ENSBIXG00005006253 ##22	GLI3 (ENSBIXG00005019847)	INHBA (ENSBIXG00005019918)	ENSBIXG00005019940	SUGCT (ENSBIXG00005003265)	MPLKIP (ENSBIXG00005020016)	CDK13 (ENSBIXG00005020092)	ENSBIXG00005020109	ENSBIXG00005020124	RALA (ENSBIXG00005020138)	YAE1 (ENSBIXG00005005866)	POU6F2 (ENSBIXG00005020231)	VPS41 (ENSBIXG00005020347)	ENSBIXG00005020415	AMPH (ENSBIXG00005020476)	ENSBIXG00005006259
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000158973.b	ENSGT00390000015164.s	ENSGT00950000182787.E.d.e.b	ENSGT00940000161682	ENSGT00390000006780	ENSGT00940000158323	ENSGT00940000158490	ENSGT00390000011072.c.a	ENSGT00440000033985	ENSGT00940000154014.a	ENSGT00940000158294	ENSGT01100000263600	ENSGT00390000014996	ENSGT00550000074870.b	ENSGT00390000014722	ENSGT00940000153362.a.cb.a.b.a ##22	ENSGT00940000155925	ENSGT00940000157116	ENSGT00940000157866	ENSGT00390000002582	ENSGT00940000157852	ENSGT00940000159695.h	ENSGT00940000155142	ENSGT00390000011176	ENSGT00940000156175	ENSGT00390000000481	ENSGT00950000182882.A.b.a	ENSGT00940000153143.a.b.b.a.b.d.b.a.b.a.a	ENSGT00940000156821.p.b	ENSGT00940000153143.a.b.b.a.b.d.b.a.b.b	ENSGT00940000153143.a.a.f.e.a.b
Domestic yak	MODERN SPECIES	23	CAMK2B (ENSBGRG00000012404)	YKT6 (ENSBGRG00000012169)	GCK (ENSBGRG00000011827)	ENSBGRG00000011683	POLD2 (ENSBGRG00000011507)	AEBP1 (ENSBGRG00000011094)	POLM (ENSBGRG00000010989)	BLVRA (ENSBGRG00000010875)	ENSBGRG00000010681	STK17A (ENSBGRG00000010569)	ENSBGRG00000010541	HECW1 (ENSBGRG00000010187)	MRPL32 (ENSBGRG00000010055)	ENSBGRG00000009970	C7orf25 (ENSBGRG00000009953)	ENSBGRG00000009871 ##22	GLI3 (ENSBGRG00000009720)	INHBA (ENSBGRG00000009678)	ENSBGRG00000009661	SUGCT (ENSBGRG00000009489)	MPLKIP (ENSBGRG00000009446)	CDK13 (ENSBGRG00000009206)	ENSBGRG00000009155	RALA (ENSBGRG00000009084)	YAE1 (ENSBGRG00000009045)	POU6F2 (ENSBGRG00000008844)	VPS41 (ENSBGRG00000008270)	AMPH (ENSBGRG00000007825)	ENSBGRG00000007791	ENSBGRG00000007724	ENSBGRG00000007684
Bos	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00390000003420.a.b.v.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b	ENSGT01100000263512.a.a.a.b	ENSGT00940000162154	ENSGT00390000013512	ENSGT00510000046929.a	ENSGT00390000012721.b	ENSGT00950000183055.a.a	ENSGT00950000183183.b.b.n	ENSGT00950000183375	ENSGT00940000153362.a.cb.a.b.b ##22	ENSGT00940000159810	ENSGT00940000160718	ENSGT00390000009902.o	ENSGT00940000158453.a	ENSGT01050000244955.a.a	ENSGT01050000244897.a.b.b.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.b.b	ENSGT00940000155186.t.d	ENSGT00940000156856	ENSGT00940000159196	ENSGT00940000153981.A	ENSGT00940000162795	ENSGT00940000153931.a.a	ENSGT00940000153931.a.b.a.a.a.a.c.a	ENSGT00940000153931.a.b.a.b.a.b.b.b.b
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00390000003420.a.b.v.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b	ENSGT01100000263512.a.a.a.b	ENSGT00940000162154	ENSGT00390000013512	ENSGT00510000046929.a	ENSGT00390000012721.b	ENSGT00950000183055.a.a	ENSGT00950000183183.b.b.n	ENSGT00950000183375	ENSGT00940000153362.a.cb.a.b.b ##22	ENSGT00940000159810	ENSGT00940000160718	ENSGT00390000009902.o	ENSGT00940000158453.a	ENSGT00940000157437.cb	ENSGT01050000244955.a.a	ENSGT01050000244897.a.b.b.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.b.b	ENSGT00940000155186.t.d	ENSGT00940000156856	ENSGT00940000159196	ENSGT00940000153981.A	ENSGT00940000162795	ENSGT00940000153931.a.a	ENSGT00940000153931.a.b.a.a.a.b
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	3	ENSBIXG00005030621	ACOD1 (ENSBIXG00005030632)	CLN5 (ENSBIXG00005030640)	FBXL3 (ENSBIXG00005030647)	MYCBP2 (ENSBIXG00005030675)	SCEL (ENSBIXG00005030770)	SLAIN1 (ENSBIXG00005030824)	EDNRB (ENSBIXG00005030835)	POU4F1 (ENSBIXG00005030848)	OBI1 (ENSBIXG00005030850)	RBM26 (ENSBIXG00005030874)	NDFIP2 (ENSBIXG00005030900)	SPRY2 (ENSBIXG00005030925)	ENSBIXG00005030943	ENSBIXG00005030951	ENSBIXG00005030959 ##22	SLITRK1 (ENSBIXG00005030962)	ENSBIXG00005030973	SLITRK6 (ENSBIXG00005029231)	ENSBIXG00005001608	SLITRK5 (ENSBIXG00005001645)	ENSBIXG00005029197	GPC5 (ENSBIXG00005001799)	GPC6 (ENSBIXG00005001836)	ENSBIXG00005005175	ENSBIXG00005005171	DCT (ENSBIXG00005029117)	ENSBIXG00005001900	TGDS (ENSBIXG00005001934)	GPR180 (ENSBIXG00005002008)	SOX21 (ENSBIXG00005029041)
American bison	MODERN SPECIES	3261																ENSBBBG00000007476 ##22	SLITRK1 (ENSBBBG00000022398)	SLITRK6 (ENSBBBG00000008789)	SLITRK5 (ENSBBBG00000022422)	ENSBBBG00000022428	GPC5 (ENSBBBG00000005931)
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	198	CLGN (ENSMMSG00000001862)	SCOC (ENSMMSG00000001826)	MAML3 (ENSMMSG00000001791)	ENSMMSG00000001780	MGST2 (ENSMMSG00000001761)	SETD7 (ENSMMSG00000001737)	RAB33B (ENSMMSG00000001721)	NAA15 (ENSMMSG00000001555)	ENSMMSG00000001503	MGARP (ENSMMSG00000001480)	ELF2 (ENSMMSG00000001389)	NOCT (ENSMMSG00000001359)	ENSMMSG00000001349	SLC7A11 (ENSMMSG00000001334)	PCDH18 (ENSMMSG00000001298)	ENSMMSG00000001278 #22	ENSMMSG00000001260	ENSMMSG00000001248	PABPC4L (ENSMMSG00000001234)	PCDH10 (ENSMMSG00000001214)
Yarkand deer	MODERN SPECIES	9	ENSCHYG00000025207	FAM180A (ENSCHYG00000025190)	SLC13A4 (ENSCHYG00000025174)	STMP1 (ENSCHYG00000025155)	NUP205 (ENSCHYG00000025018)	CNOT4 (ENSCHYG00000024863)	ENSCHYG00000024840	ENSCHYG00000024804	STRA8 (ENSCHYG00000024771)	WDR91 (ENSCHYG00000024656)	CYREN (ENSCHYG00000024621)	TMEM140 (ENSCHYG00000024615)	AGBL3 (ENSCHYG00000024562)	CALD1 (ENSCHYG00000024195)	BPGM (ENSCHYG00000024151)	ENSCHYG00000024119 #22	ENSCHYG00000024043	ENSCHYG00000024001	SLC35B4 (ENSCHYG00000023964)	LRGUK (ENSCHYG00000023792)	EXOC4 (ENSCHYG00000023677)	CHCHD3 (ENSCHYG00000023548)	PLXNA4 (ENSCHYG00000023427)	ENSCHYG00000023404	ENSCHYG00000023373	MKLN1 (ENSCHYG00000023221)	ENSCHYG00000023197	ENSCHYG00000023181	KLF14 (ENSCHYG00000023121)	TSGA13 (ENSCHYG00000023089)	COPG2 (ENSCHYG00000022977)
Pecora	DUPLICATION
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.bb.a ##22
Yarkand deer	DUPLICATION
Yarkand deer	MODERN SPECIES	22	MYF6 (ENSCHYG00000017934)	PTPRQ (ENSCHYG00000015685)	OTOGL (ENSCHYG00000013254)	PPP1R12A (ENSCHYG00000011940)	ENSCHYG00000011841	PAWR (ENSCHYG00000011616)	SYT1 (ENSCHYG00000011518)	ENSCHYG00000011512	NAV3 (ENSCHYG00000010069)	ENSCHYG00000009932	E2F7 (ENSCHYG00000009596)	ENSCHYG00000009520	CSRP2 (ENSCHYG00000009422)	ZDHHC17 (ENSCHYG00000009052)	OSBPL8 (ENSCHYG00000008637)	ENSCHYG00000008327 ##22	PHLDA1 (ENSCHYG00000008287) #23	KRR1 (ENSCHYG00000008210) #24	GLIPR1 (ENSCHYG00000008170) #25	GLIPR1L2 (ENSCHYG00000008064) #26	GLIPR1L1 (ENSCHYG00000008035) #27	CAPS2 (ENSCHYG00000007943) #28	KCNC2 (ENSCHYG00000007653)	ATXN7L3B (ENSCHYG00000007602)	ENSCHYG00000007590	TRHDE (ENSCHYG00000007528)	TPH2 (ENSCHYG00000007450)	TBC1D15 (ENSCHYG00000007317)	RAB21 (ENSCHYG00000007294)	TMEM19 (ENSCHYG00000007214)	ZFC3H1 (ENSCHYG00000006953)
Yarkand deer	MODERN SPECIES	10	NDUFB5 (ENSCHYG00000019479)	USP13 (ENSCHYG00000018967)	PEX5L (ENSCHYG00000017068)	ENSCHYG00000016977	TTC14 (ENSCHYG00000016786)	CCDC39 (ENSCHYG00000016666)	FXR1 (ENSCHYG00000015742)	DNAJC19 (ENSCHYG00000015489)	ATP11B (ENSCHYG00000013977)	ENSCHYG00000013883	DCUN1D1 (ENSCHYG00000013798)	ENSCHYG00000013773	MCCC1 (ENSCHYG00000013336)	LAMP3 (ENSCHYG00000013102)	MCF2L2 (ENSCHYG00000013028)	ENSCHYG00000012973 ##22	ENSCHYG00000012825	KLHL24 (ENSCHYG00000012697)	ENSCHYG00000012636	YEATS2 (ENSCHYG00000011810)	PARL (ENSCHYG00000011557)	ABCC5 (ENSCHYG00000011061)	ENSCHYG00000010955	ENSCHYG00000010728	HTR3E (ENSCHYG00000010491)	EIF2B5 (ENSCHYG00000010374)	DVL3 (ENSCHYG00000010004)	ENSCHYG00000009683	ABCF3 (ENSCHYG00000009398)	VWA5B2 (ENSCHYG00000009135)	ALG3 (ENSCHYG00000009074)
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.bb.a ##22
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.bb.a ##22
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.bb.a ##22
Goat	MODERN SPECIES	22	REG4 (ENSCHIG00000015183)	HMGCS2 (ENSCHIG00000025654)	PHGDH (ENSCHIG00000018423)	ZNF697 (ENSCHIG00000014100)	3BHSD (ENSCHIG00000020217)	HAO2 (ENSCHIG00000026466)	WARS2 (ENSCHIG00000013499)	TBX15 (ENSCHIG00000014427)	ENSCHIG00000014484	SPAG17 (ENSCHIG00000014664)	WDR3 (ENSCHIG00000010490)	GDAP2 (ENSCHIG00000019563)	TENT5C (ENSCHIG00000005579)	MAN1A2 (ENSCHIG00000013056)	VTCN1 (ENSCHIG00000019630)	ENSCHIG00000007372 ##22	TRIM45 (ENSCHIG00000018385)	TTF2 (ENSCHIG00000020785)	CD101 (ENSCHIG00000025123)	PTGFRN (ENSCHIG00000017906)	CD2 (ENSCHIG00000023355)	IGSF3 (ENSCHIG00000003902)	ENSCHIG00000022779	ATP1A1 (ENSCHIG00000017191)	ENSCHIG00000005925	MAB21L3 (ENSCHIG00000019025)	SLC22A15 (ENSCHIG00000022810)	ENSCHIG00000008508	NHLH2 (ENSCHIG00000007315)	ENSCHIG00000017520	CASQ2 (ENSCHIG00000014376)
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	161											ENSMMSG00000008018	E2F7 (ENSMMSG00000007800)	ENSMMSG00000007753	ZDHHC17 (ENSMMSG00000007709)	OSBPL8 (ENSMMSG00000007416)	ENSMMSG00000007025 ##22	PHLDA1 (ENSMMSG00000006968) #23	ENSMMSG00000006950	KRR1 (ENSMMSG00000006803) #24	GLIPR1 (ENSMMSG00000006761) #25	GLIPR1L2 (ENSMMSG00000006598) #26	GLIPR1L1 (ENSMMSG00000006495) #27	CAPS2 (ENSMMSG00000006455) #28	KCNC2 (ENSMMSG00000006316)	ATXN7L3B (ENSMMSG00000006291)	ENSMMSG00000006282
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.bb.b ##22
Percora_a	DUPLICATION
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.bb.b.a ##22
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.bb.b.a ##22
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.bb.b.a ##22
Goat	DUPLICATION
Goat	MODERN SPECIES		ENSCHIG00000023045	ENSCHIG00000012604	KRTAP27-1 (ENSCHIG00000023347)	KRTAP24-1 (ENSCHIG00000010288)	CLDN8 (ENSCHIG00000026887)	CLDN17 (ENSCHIG00000008873)	GRIK1 (ENSCHIG00000016810)	BACH1 (ENSCHIG00000019566)	MAP3K7CL (ENSCHIG00000012652)	ENSCHIG00000016193	CCT8 (ENSCHIG00000017860)	USP16 (ENSCHIG00000025641)	RWDD2B (ENSCHIG00000018379)	LTN1 (ENSCHIG00000017704)	N6AMT1 (ENSCHIG00000016325)	ENSCHIG00000024574 ##22	ADAMTS5 (ENSCHIG00000018986)	ADAMTS1 (ENSCHIG00000006622)	CYYR1 (ENSCHIG00000025461)	APP (ENSCHIG00000026432)	GABPA (ENSCHIG00000012998)	ENSCHIG00000022046	JAM2 (ENSCHIG00000015291)	MRPL39 (ENSCHIG00000018095)	ENSCHIG00000021256	NCAM2 (ENSCHIG00000016827)	TMPRSS15 (ENSCHIG00000012944)	CHODL (ENSCHIG00000024133)	C21orf91 (ENSCHIG00000010676)	BTG3 (ENSCHIG00000008206)	CXADR (ENSCHIG00000022557)
Goat	MODERN SPECIES	11	FSIP2 (ENSCHIG00000016003)	ZNF804A (ENSCHIG00000013519)	ENSCHIG00000010879	NUP35 (ENSCHIG00000023148)	DUSP19 (ENSCHIG00000011127)	NCKAP1 (ENSCHIG00000009748)	FRZB (ENSCHIG00000021563)	DNAJC10 (ENSCHIG00000003443)	PDE1A (ENSCHIG00000024041)	ENSCHIG00000012129	PPP1R1C (ENSCHIG00000022279)	ITPRID2 (ENSCHIG00000012758)	NEUROD1 (ENSCHIG00000013471)	CERKL (ENSCHIG00000025973)	ITGA4 (ENSCHIG00000019338)	ENSCHIG00000023381 ##22	UBE2E3 (ENSCHIG00000009564)	CWC22 (ENSCHIG00000017150)	ZNF385B (ENSCHIG00000024559)	SESTD1 (ENSCHIG00000018999)	ENSCHIG00000016292	ENSCHIG00000016308	ENSCHIG00000027063	ENSCHIG00000018472	PLEKHA3 (ENSCHIG00000019515)	FKBP7 (ENSCHIG00000017480)	PJVK (ENSCHIG00000013011)	PRKRA (ENSCHIG00000015333)	OSBPL6 (ENSCHIG00000008898)	ENSCHIG00000017164	RBM45 (ENSCHIG00000010687)
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.bb.b.a ##22
Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.bb.b.a ##22
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000153431.b	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.b	ENSGT00940000154327.b.e.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.b	ENSGT00390000001138.a.g.b	ENSGT00940000154866.B.d	ENSGT00550000075046	ENSGT00550000074931	ENSGT00390000004987	ENSGT00940000162552	ENSGT00950000183139.A	ENSGT00390000010121	ENSGT00670000098098	ENSGT00940000162247	ENSGT00940000159727	ENSGT00940000153362.a.bb.b.a ##22	ENSGT00940000159137.d	ENSGT00940000155999	ENSGT00940000163276	ENSGT00940000156996	ENSGT00940000162041	ENSGT00870000136554.jb	ENSGT00390000005826.a.b	ENSGT00900000141212	ENSGT00910000144356	ENSGT00940000162636.B	ENSGT00940000165454	ENSGT00940000162294	ENSGT00940000163249	ENSGT00940000161877.j	ENSGT00940000154755
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	4	SMIM26 (ENSBIXG00005000771)	ENSBIXG00005010061	DTD1 (ENSBIXG00005010081)	SCP2D1 (ENSBIXG00005000779)	SLC24A3 (ENSBIXG00005010121)	ENSBIXG00005010143	RIN2 (ENSBIXG00005010179)	NAA20 (ENSBIXG00005010224)	CRNKL1 (ENSBIXG00005010247)	CFAP61 (ENSBIXG00005010280)	INSM1 (ENSBIXG00005010299)	RALGAPA2 (ENSBIXG00005010322)	ENSBIXG00005010385	XRN2 (ENSBIXG00005006105)	ENSBIXG00005000714	ENSBIXG00005000694 ##22	PAX1 (ENSBIXG00005010606)	FOXA2 (ENSBIXG00005000913)	THBD (ENSBIXG00005010640)	ENSBIXG00005000916	CD93 (ENSBIXG00005010666)	NXT1 (ENSBIXG00005010690)	GZF1 (ENSBIXG00005010698)	NAPB (ENSBIXG00005000942)	ENSBIXG00005000943	ENSBIXG00005010800	ENSBIXG00005000950	ENSBIXG00005010816	CST8 (ENSBIXG00005006779)	ENSBIXG00005000954	ENSBIXG00005010849
Cow	MODERN SPECIES	4	SMIM26 (ENSBTAG00000051249)	DTD1 (ENSBTAG00000008964)	ENSBTAG00000012276	SCP2D1 (ENSBTAG00000005202)	SLC24A3 (ENSBTAG00000011882)	ENSBTAG00000032893	RIN2 (ENSBTAG00000020382)	NAA20 (ENSBTAG00000001144)	CRNKL1 (ENSBTAG00000008472)	CFAP61 (ENSBTAG00000009291)	RALGAPA2 (ENSBTAG00000014178)	KIZ (ENSBTAG00000020988)	XRN2 (ENSBTAG00000011304)	NKX2-4 (ENSBTAG00000011312)	NKX2-2 (ENSBTAG00000010277)	ENSBTAG00000035643 ##22	PAX1 (ENSBTAG00000006742)	FOXA2 (ENSBTAG00000012407)	THBD (ENSBTAG00000048591)	CD93 (ENSBTAG00000004207)	NXT1 (ENSBTAG00000004993)	GZF1 (ENSBTAG00000008908)	NAPB (ENSBTAG00000032704)	ENSBTAG00000027420	MGC133636 (ENSBTAG00000013416)	CST8 (ENSBTAG00000032694)	ENSBTAG00000015949	ENSBTAG00000032687	CST3 (ENSBTAG00000000598)	SYNDIG1 (ENSBTAG00000040147)	CST7 (ENSBTAG00000004273)
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.bb.b.a ##22
Domestic yak	MODERN SPECIES	3	DTD1 (ENSBGRG00000005731)	ENSBGRG00000005768	SLC24A3 (ENSBGRG00000005785)	ENSBGRG00000005832	ENSBGRG00000005870	NAA20 (ENSBGRG00000005893)	CRNKL1 (ENSBGRG00000006006)	CFAP61 (ENSBGRG00000006111)	INSM1 (ENSBGRG00000006219)	ENSBGRG00000006247	ENSBGRG00000006333	KIZ (ENSBGRG00000006486)	XRN2 (ENSBGRG00000006633)	NKX2-4 (ENSBGRG00000006760)	NKX2-2 (ENSBGRG00000006790)	ENSBGRG00000006808 ##22	ENSBGRG00000006824	PAX1 (ENSBGRG00000006855)	FOXA2 (ENSBGRG00000006927)	THBD (ENSBGRG00000006963)	CD93 (ENSBGRG00000006986)	ENSBGRG00000007043	NXT1 (ENSBGRG00000007076)	ENSBGRG00000007097	ENSBGRG00000007150	NAPB (ENSBGRG00000007201)	CSTL1 (ENSBGRG00000007456)	ENSBGRG00000007520	ENSBGRG00000007612	ENSBGRG00000007655	CST8 (ENSBGRG00000007704)
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	58							AHI1 (ENSMMSG00000021831)	MYB (ENSMMSG00000021565)	HBS1L (ENSMMSG00000021341)	ALDH8A1 (ENSMMSG00000021125)	ENSMMSG00000021091	SGK1 (ENSMMSG00000020868)	SLC2A12 (ENSMMSG00000020794)	TBPL1 (ENSMMSG00000020735)	TCF21 (ENSMMSG00000020711)	ENSMMSG00000020638 ##22	ENSMMSG00000020624	EYA4 (ENSMMSG00000019255)	RPS12 (ENSMMSG00000019108)	SLC18B1 (ENSMMSG00000019044)	VNN2 (ENSMMSG00000018976)	VNN1 (ENSMMSG00000018799)	TAAR1 (ENSMMSG00000018786)	TAAR2 (ENSMMSG00000018770)	ENSMMSG00000018760	ENSMMSG00000018755	TAAR5 (ENSMMSG00000018747)	ENSMMSG00000018696	ENSMMSG00000018682	ENSMMSG00000018595	ENSMMSG00000018569
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.bb.b.b ##22
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.bb.b.b ##22
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.bb.b.b ##22
Goat	MODERN SPECIES	3	AKAP11 (ENSCHIG00000013636)	DGKH (ENSCHIG00000006200)	VWA8 (ENSCHIG00000014923)	RGCC (ENSCHIG00000021125)	NAA16 (ENSCHIG00000020957)	MTRF1 (ENSCHIG00000011810)	KBTBD7 (ENSCHIG00000008970)	KBTBD6 (ENSCHIG00000008480)	WBP4 (ENSCHIG00000013146)	ELF1 (ENSCHIG00000022154)	SUGT1 (ENSCHIG00000016538)	CNMD (ENSCHIG00000011842)	ENSCHIG00000018869	PCDH8 (ENSCHIG00000007364)	OLFM4 (ENSCHIG00000012620)	ENSCHIG00000017455 ##22	ENSCHIG00000020046	ENSCHIG00000007273	PCDH17 (ENSCHIG00000011906)	ENSCHIG00000018989	ENSCHIG00000021621	DIAPH3 (ENSCHIG00000020803)	ENSCHIG00000020620	ENSCHIG00000004079	TDRD3 (ENSCHIG00000020019)	ENSCHIG00000021721	PCDH20 (ENSCHIG00000004923)
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.bb.b.b ##22
Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.bb.b.b ##22
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.bb.b.b ##22
Cow	MODERN SPECIES	6	PPFIBP2 (ENSBTAG00000016140)	OLFML1 (ENSBTAG00000021483)	SYT9 (ENSBTAG00000032079)	RBMXL2 (ENSBTAG00000047652)	NLRP14 (ENSBTAG00000002289)	ZNF214 (ENSBTAG00000020289)	ZNF215 (ENSBTAG00000003638)	OR2D3 (ENSBTAG00000054848)	OR2D2 (ENSBTAG00000018490)	OR10A4 (ENSBTAG00000052067)	OR10A5 (ENSBTAG00000049124)	OR10A5L (ENSBTAG00000052456)	OR10A5G (ENSBTAG00000050050)	OR6A2 (ENSBTAG00000019144)	OR6B18 (ENSBTAG00000051921)	ENSBTAG00000027525 ##22	OR6B17 (ENSBTAG00000049727)	ENSBTAG00000037603	OR2D4 (ENSBTAG00000036031)	OR2D3G (ENSBTAG00000055066)	OR2AG1E (ENSBTAG00000035675)	OR2AG1G (ENSBTAG00000054851)	OR2AG1 (ENSBTAG00000054261)	OR2AG2 (ENSBTAG00000047025)	OR2D37 (ENSBTAG00000021147)	ENSBTAG00000051394	ENSBTAG00000037937	ENSBTAG00000049294	ENSBTAG00000052878	MRPL17 (ENSBTAG00000024781)	DCHS1 (ENSBTAG00000015405)
Yarkand deer	MODERN SPECIES	28	PGRMC2 (ENSCHYG00000003351)	JADE1 (ENSCHYG00000003379)	SCLT1 (ENSCHYG00000003454)	C4orf33 (ENSCHYG00000003546)	ENSCHYG00000003561	ENSCHYG00000003572	PCDH10 (ENSCHYG00000003589)	ENSCHYG00000003606	PABPC4L (ENSCHYG00000003623)	ENSCHYG00000003641	ENSCHYG00000003650	ENSCHYG00000003660	PCDH18 (ENSCHYG00000003685)	ENSCHYG00000003723	SLC7A11 (ENSCHYG00000003749)	ENSCHYG00000003775 ##22	ENSCHYG00000003782	NOCT (ENSCHYG00000003790)	ELF2 (ENSCHYG00000003820)	ENSCHYG00000003881	ENSCHYG00000003891	ENSCHYG00000003904	NAA15 (ENSCHYG00000003925)	RAB33B (ENSCHYG00000003973)	SETD7 (ENSCHYG00000003984)	ENSCHYG00000004005	MGST2 (ENSCHYG00000000058)	MAML3 (ENSCHYG00000000075)	ENSCHYG00000000146	CLGN (ENSCHYG00000000178)	MGAT4D (ENSCHYG00000000222)
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000154172.ab.b	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000014572.eb.b	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Blue whale	DUPLICATION
Blue whale	MODERN SPECIES	1	MYF5 (ENSBMSG00010007571)	MYF6 (ENSBMSG00010007564)	PTPRQ (ENSBMSG00010007468)	OTOGL (ENSBMSG00010021255)	ENSBMSG00010021208	PPP1R12A (ENSBMSG00010021198)	PAWR (ENSBMSG00010021183)	SYT1 (ENSBMSG00010021177)	ENSBMSG00010021165	NAV3 (ENSBMSG00010021020)	E2F7 (ENSBMSG00010020948)	CSRP2 (ENSBMSG00010020929)	ZDHHC17 (ENSBMSG00010020913)	OSBPL8 (ENSBMSG00010020883)	BBS10 (ENSBMSG00010020864)	NAP1L1 (ENSBMSG00010020766) #22	PHLDA1 (ENSBMSG00010020734) #23	ENSBMSG00010020727	KRR1 (ENSBMSG00010020702) #24	GLIPR1 (ENSBMSG00010020669) #25	GLIPR1L2 (ENSBMSG00010020577) #26	GLIPR1L1 (ENSBMSG00010020548) #27	CAPS2 (ENSBMSG00010020525) #28	KCNC2 (ENSBMSG00010020489)	TRHDE (ENSBMSG00010020456)	TPH2 (ENSBMSG00010020429)	ENSBMSG00010020411	TBC1D15 (ENSBMSG00010020359)	RAB21 (ENSBMSG00010020336)	TMEM19 (ENSBMSG00010020316)	ZFC3H1 (ENSBMSG00010019991)
Blue whale	MODERN SPECIES	20	PCLO (ENSBMSG00010008015)	SEMA3E (ENSBMSG00010007954)	SEMA3A (ENSBMSG00010007929)	SEMA3D (ENSBMSG00010007900)	GRM3 (ENSBMSG00010007877)	ELAPOR2 (ENSBMSG00010007850)	DMTF1 (ENSBMSG00010007755)	TMEM243 (ENSBMSG00010007709)	CROT (ENSBMSG00010007691)	ABCB4 (ENSBMSG00010007670)	ABCB1 (ENSBMSG00010007607)	RUNDC3B (ENSBMSG00010007504)	SLC25A40 (ENSBMSG00010007467)	DBF4 (ENSBMSG00010007457)	CCDC126 (ENSBMSG00010007449)	ENSBMSG00010007439 #22	ENSBMSG00010007425	ENSBMSG00010007410	IGF2BP3 (ENSBMSG00010007379)	MALSU1 (ENSBMSG00010007370)	GPNMB (ENSBMSG00010007358)	NUP42 (ENSBMSG00010007347)	KLHL7 (ENSBMSG00010007329)	HYCC1 (ENSBMSG00010007306)	ENSBMSG00010007284	IL6 (ENSBMSG00010007260)	RAPGEF5 (ENSBMSG00010007194)	CDCA7L (ENSBMSG00010007132)	DNAH11 (ENSBMSG00010006886)	ENSBMSG00010006798	SP4 (ENSBMSG00010006784)
Blue whale	MODERN SPECIES	15	ZBTB11 (ENSBMSG00010011902)	ENSBMSG00010011916	ENSBMSG00010011947	SENP7 (ENSBMSG00010012031)	IMPG2 (ENSBMSG00010012464)	ABI3BP (ENSBMSG00010012526)	TFG (ENSBMSG00010012586)	ADGRG7 (ENSBMSG00010012630)	TMEM45A (ENSBMSG00010012681)	LNP1 (ENSBMSG00010012698)	TOMM70 (ENSBMSG00010012722)	NIT2 (ENSBMSG00010012746)	TBC1D23 (ENSBMSG00010012780)	ENSBMSG00010012839	CMSS1 (ENSBMSG00010012868)	ENSBMSG00010012904 #22	FILIP1L (ENSBMSG00010012915)	COL8A1 (ENSBMSG00010012935)	DCBLD2 (ENSBMSG00010012956)	ST3GAL6 (ENSBMSG00010013016)	CPOX (ENSBMSG00010013060)	GPR15 (ENSBMSG00010013083)	ENSBMSG00010013098	ENSBMSG00010013130	ENSBMSG00010013142	ENSBMSG00010013151	ENSBMSG00010013162	ENSBMSG00010013178	OR5AC2 (ENSBMSG00010013206)	GABRR3 (ENSBMSG00010013229)	RIOX2 (ENSBMSG00010013267)
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000154172.ab.b	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000014572.eb.b	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Sperm whale	DUPLICATION
Sperm whale	MODERN SPECIES	17	MYF6 (ENSPCTG00005016374)	PTPRQ (ENSPCTG00005015293)	OTOGL (ENSPCTG00005013033)	ENSPCTG00005012953	PPP1R12A (ENSPCTG00005012575)	PAWR (ENSPCTG00005012474)	SYT1 (ENSPCTG00005012311)	NAV3 (ENSPCTG00005010415)	E2F7 (ENSPCTG00005009995)	CSRP2 (ENSPCTG00005009938)	ZDHHC17 (ENSPCTG00005009874)	OSBPL8 (ENSPCTG00005009709)	BBS10 (ENSPCTG00005009666)	ENSPCTG00005009647	ENSPCTG00005009623	NAP1L1 (ENSPCTG00005009406) #22	PHLDA1 (ENSPCTG00005009371) #23	ENSPCTG00005009342	KRR1 (ENSPCTG00005009253) #24	GLIPR1 (ENSPCTG00005009154) #25	GLIPR1L2 (ENSPCTG00005008930) #26	GLIPR1L1 (ENSPCTG00005008822) #27	CAPS2 (ENSPCTG00005008725) #28	KCNC2 (ENSPCTG00005008582)	ATXN7L3B (ENSPCTG00005008533)	ENSPCTG00005008488	ENSPCTG00005008475	TRHDE (ENSPCTG00005008394)	TPH2 (ENSPCTG00005008326)	TBC1D15 (ENSPCTG00005008091)	ENSPCTG00005008056
Sperm whale	MODERN SPECIES	16	SEMA3E (ENSPCTG00005004045)	SEMA3A (ENSPCTG00005004017)	SEMA3D (ENSPCTG00005003987)	GRM3 (ENSPCTG00005003962)	KIAA1324L (ENSPCTG00005003874)	DMTF1 (ENSPCTG00005003809)	TMEM243 (ENSPCTG00005003771)	CROT (ENSPCTG00005003742)	ABCB4 (ENSPCTG00005003687)	ABCB1 (ENSPCTG00005003552)	ENSPCTG00005003512	RUNDC3B (ENSPCTG00005003383)	SLC25A40 (ENSPCTG00005003323)	DBF4 (ENSPCTG00005003288)	CCDC126 (ENSPCTG00005003268)	ENSPCTG00005003253 #22	ENSPCTG00005003240	TRA2A (ENSPCTG00005003229)	IGF2BP3 (ENSPCTG00005003193)	MALSU1 (ENSPCTG00005003177)	ENSPCTG00005003167	GPNMB (ENSPCTG00005003153)	NUPL2 (ENSPCTG00005003130)	KLHL7 (ENSPCTG00005003098)	FAM126A (ENSPCTG00005003061)	ENSPCTG00005003031	IL6 (ENSPCTG00005003017)	RAPGEF5 (ENSPCTG00005002875)	CDCA7L (ENSPCTG00005002828)	DNAH11 (ENSPCTG00005002062)	ENSPCTG00005001827
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000154172.ab.b	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000014572.eb.b	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Dolphin	MODERN SPECIES	3867																NAP1L1 (ENSTTRG00000017062) #22	PHLDA1 (ENSTTRG00000017061)
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000154172.ab.b	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000014572.eb.b	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Vaquita	DUPLICATION
Vaquita	MODERN SPECIES	17	ENSPSNG00000014013	PTPN3 (ENSPSNG00000014076)	EPB41L4B (ENSPSNG00000014333)	ENSPSNG00000014959	ENSPSNG00000015018	FRRS1L (ENSPSNG00000015057)	TMEM245 (ENSPSNG00000015113)	CTNNAL1 (ENSPSNG00000015319)	ENSPSNG00000015464	ENSPSNG00000015561	ENSPSNG00000015579	ENSPSNG00000015628	ENSPSNG00000015717	ENSPSNG00000015757	ACTL7B (ENSPSNG00000015822)	ENSPSNG00000015847 #22	ENSPSNG00000015883	KLF4 (ENSPSNG00000006134)	RAD23B (ENSPSNG00000006231)	ENSPSNG00000006277	ZNF462 (ENSPSNG00000006317)	ENSPSNG00000006389	ENSPSNG00000006434	TMEM38B (ENSPSNG00000006475)	ENSPSNG00000006506	FKTN (ENSPSNG00000006535)	ENSPSNG00000006583	FSD1L (ENSPSNG00000006672)	SLC44A1 (ENSPSNG00000006764)	ENSPSNG00000006827	ABCA1 (ENSPSNG00000006908)
Vaquita	MODERN SPECIES	17	ENSPSNG00000020509	PLGRKT (ENSPSNG00000020541)	ENSPSNG00000020589	RIC1 (ENSPSNG00000020684)	ERMP1 (ENSPSNG00000020793)	MLANA (ENSPSNG00000020843)	KIAA2026 (ENSPSNG00000020897)	RANBP6 (ENSPSNG00000020980)	IL33 (ENSPSNG00000021022)	TPD52L3 (ENSPSNG00000021045)	UHRF2 (ENSPSNG00000021087)	GLDC (ENSPSNG00000021229)	KDM4C (ENSPSNG00000021418)	DMAC1 (ENSPSNG00000021465)	PTPRD (ENSPSNG00000021753)	ENSPSNG00000022254 #22	ENSPSNG00000022260	TYRP1 (ENSPSNG00000022265)	LURAP1L (ENSPSNG00000022271)	MPDZ (ENSPSNG00000022311)	NFIB (ENSPSNG00000022385)	ZDHHC21 (ENSPSNG00000022435)	CER1 (ENSPSNG00000022441)	FREM1 (ENSPSNG00000022456)	ENSPSNG00000022475	TTC39B (ENSPSNG00000022479)	SNAPC3 (ENSPSNG00000022494)	ENSPSNG00000022504	CCDC171 (ENSPSNG00000022518)	BNC2 (ENSPSNG00000022532)	CNTLN (ENSPSNG00000022536)
Vaquita	MODERN SPECIES	1	PTPRQ (ENSPSNG00000006652)	OTOGL (ENSPSNG00000007188)	PPP1R12A (ENSPSNG00000008207)	ENSPSNG00000008403	PAWR (ENSPSNG00000008439)	SYT1 (ENSPSNG00000008513)	ENSPSNG00000008562	NAV3 (ENSPSNG00000009074)	E2F7 (ENSPSNG00000010547)	CSRP2 (ENSPSNG00000010823)	ZDHHC17 (ENSPSNG00000010872)	ENSPSNG00000010920	ENSPSNG00000010941	OSBPL8 (ENSPSNG00000010975)	BBS10 (ENSPSNG00000011255)	ENSPSNG00000011336 #22	ENSPSNG00000011534	ENSPSNG00000011566	KRR1 (ENSPSNG00000011619) #24	GLIPR1 (ENSPSNG00000011694) #25	ENSPSNG00000011741 #26	ENSPSNG00000011783 #28	KCNC2 (ENSPSNG00000011897)	ENSPSNG00000012078	TRHDE (ENSPSNG00000012118)	TBC1D15 (ENSPSNG00000012340)	RAB21 (ENSPSNG00000012506)	TMEM19 (ENSPSNG00000012528)	THAP2 (ENSPSNG00000012584)	ZFC3H1 (ENSPSNG00000012685)	LGR5 (ENSPSNG00000012776)
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000154172.ab.b	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00940000154980.bb.a	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000014572.eb.b	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116	ENSGT00940000160214
Narwhal	DUPLICATION
Narwhal	MODERN SPECIES	313	MYF6 (ENSMMNG00015019715)	PTPRQ (ENSMMNG00015019359)	OTOGL (ENSMMNG00015018567)	ENSMMNG00015018420	PPP1R12A (ENSMMNG00015018194)	ENSMMNG00015018085	PAWR (ENSMMNG00015018035)	SYT1 (ENSMMNG00015017994)	NAV3 (ENSMMNG00015017728)	E2F7 (ENSMMNG00015017553)	CSRP2 (ENSMMNG00015017494)	ENSMMNG00015017474	ZDHHC17 (ENSMMNG00015017285)	OSBPL8 (ENSMMNG00015017163)	BBS10 (ENSMMNG00015017120)	NAP1L1 (ENSMMNG00015016626) #22	PHLDA1 (ENSMMNG00015016497) #23	ENSMMNG00015016472	KRR1 (ENSMMNG00015016424) #24	GLIPR1 (ENSMMNG00015016368) #25	GLIPR1L2 (ENSMMNG00015016289) #26	KCNC2 (ENSMMNG00015016164)	ATXN7L3B (ENSMMNG00015016119)	ENSMMNG00015016102	TRHDE (ENSMMNG00015016061)	TPH2 (ENSMMNG00015016006)	TBC1D15 (ENSMMNG00015015845)	RAB21 (ENSMMNG00015021878)	TMEM19 (ENSMMNG00015021870)	THAP2 (ENSMMNG00015021865)	ZFC3H1 (ENSMMNG00015021858)
Narwhal	MODERN SPECIES	312	PLGRKT (ENSMMNG00015020757)	CD274 (ENSMMNG00015020739)	PDCD1LG2 (ENSMMNG00015020694)	RIC1 (ENSMMNG00015020565)	ERMP1 (ENSMMNG00015020481)	MLANA (ENSMMNG00015020456)	KIAA2026 (ENSMMNG00015020402)	ENSMMNG00015020366	IL33 (ENSMMNG00015020337)	TPD52L3 (ENSMMNG00015020325)	UHRF2 (ENSMMNG00015020267)	GLDC (ENSMMNG00015020203)	KDM4C (ENSMMNG00015020148)	ENSMMNG00015020117	PTPRD (ENSMMNG00015019797)	ENSMMNG00015019678 #22	ENSMMNG00015019665	TYRP1 (ENSMMNG00015019643)	LURAP1L (ENSMMNG00015019625)	MPDZ (ENSMMNG00015019518)	NFIB (ENSMMNG00015018858)	ZDHHC21 (ENSMMNG00015018625)	CER1 (ENSMMNG00015018604)	FREM1 (ENSMMNG00015018425)	TTC39B (ENSMMNG00015017960)	SNAPC3 (ENSMMNG00015017842)	ENSMMNG00015017788	CCDC171 (ENSMMNG00015017724)	BNC2 (ENSMMNG00015017606)	CNTLN (ENSMMNG00015017488)	SH3GL2 (ENSMMNG00015017433)
Narwhal	MODERN SPECIES	306	ENSMMNG00015008950	SEMA3A (ENSMMNG00015008960)	SEMA3D (ENSMMNG00015008990)	GRM3 (ENSMMNG00015009031)	ELAPOR2 (ENSMMNG00015009063)	DMTF1 (ENSMMNG00015009124)	TMEM243 (ENSMMNG00015009191)	CROT (ENSMMNG00015009220)	ABCB4 (ENSMMNG00015009645)	ABCB1 (ENSMMNG00015011895)	ENSMMNG00015013462	RUNDC3B (ENSMMNG00015013486)	SLC25A40 (ENSMMNG00015013512)	DBF4 (ENSMMNG00015013532)	CCDC126 (ENSMMNG00015013548)	ENSMMNG00015013557 #22	ENSMMNG00015013578	ENSMMNG00015013599	IGF2BP3 (ENSMMNG00015013611)	MALSU1 (ENSMMNG00015013639)	GPNMB (ENSMMNG00015013654)	NUP42 (ENSMMNG00015013671)	KLHL7 (ENSMMNG00015013694)	HYCC1 (ENSMMNG00015013717)	ENSMMNG00015013758	IL6 (ENSMMNG00015013785)	RAPGEF5 (ENSMMNG00015013835)	CDCA7L (ENSMMNG00015013916)	DNAH11 (ENSMMNG00015014124)	SP4 (ENSMMNG00015014456)	ENSMMNG00015014468
Beluga whale	DUPLICATION
Beluga whale	MODERN SPECIES	50	CD274 (ENSDLEG00000019715)	PDCD1LG2 (ENSDLEG00000019719)	RIC1 (ENSDLEG00000019725)	ERMP1 (ENSDLEG00000019731)	MLANA (ENSDLEG00000019742)	KIAA2026 (ENSDLEG00000019748)	RANBP6 (ENSDLEG00000019757)	IL33 (ENSDLEG00000019759)	TPD52L3 (ENSDLEG00000019764)	UHRF2 (ENSDLEG00000019777)	GLDC (ENSDLEG00000019814)	KDM4C (ENSDLEG00000014058)	ENSDLEG00000014119	ENSDLEG00000014144	PTPRD (ENSDLEG00000014171)	ENSDLEG00000014285 #22	TYRP1 (ENSDLEG00000014303)	LURAP1L (ENSDLEG00000014337)	MPDZ (ENSDLEG00000014917)	NFIB (ENSDLEG00000020159)	ZDHHC21 (ENSDLEG00000020168)	CER1 (ENSDLEG00000020173)	FREM1 (ENSDLEG00000020177)	TTC39B (ENSDLEG00000020187)	SNAPC3 (ENSDLEG00000020200)	ENSDLEG00000020201	ENSDLEG00000020205	CCDC171 (ENSDLEG00000020209)	ENSDLEG00000020244	BNC2 (ENSDLEG00000020245)	CNTLN (ENSDLEG00000020249)
Beluga whale	MODERN SPECIES	72				GRM3 (ENSDLEG00000021232)	KIAA1324L (ENSDLEG00000021230)	DMTF1 (ENSDLEG00000021214)	TMEM243 (ENSDLEG00000021203)	CROT (ENSDLEG00000021200)	ABCB4 (ENSDLEG00000020916)	ABCB1 (ENSDLEG00000016643)	ENSDLEG00000016122	RUNDC3B (ENSDLEG00000016083)	SLC25A40 (ENSDLEG00000016041)	DBF4 (ENSDLEG00000015923)	CCDC126 (ENSDLEG00000015911)	ENSDLEG00000021741 #22	ENSDLEG00000021739	ENSDLEG00000021737	IGF2BP3 (ENSDLEG00000021731)	MALSU1 (ENSDLEG00000021728)	GPNMB (ENSDLEG00000021726)	KLHL7 (ENSDLEG00000021717)	FAM126A (ENSDLEG00000021707)	ENSDLEG00000021700	IL6 (ENSDLEG00000021697)	RAPGEF5 (ENSDLEG00000021689)	CDCA7L (ENSDLEG00000021687)	DNAH11 (ENSDLEG00000021082)	ENSDLEG00000020902	SP4 (ENSDLEG00000020894)	ENSDLEG00000020889
Beluga whale	MODERN SPECIES	39	PTPRQ (ENSDLEG00000006066)	OTOGL (ENSDLEG00000006234)	PPP1R12A (ENSDLEG00000006433)	ENSDLEG00000006442	PAWR (ENSDLEG00000006445)	ENSDLEG00000006452	SYT1 (ENSDLEG00000006456)	NAV3 (ENSDLEG00000006608)	ENSDLEG00000007322	ENSDLEG00000007329	CSRP2 (ENSDLEG00000007353)	ZDHHC17 (ENSDLEG00000007362)	ENSDLEG00000007371	OSBPL8 (ENSDLEG00000007401)	BBS10 (ENSDLEG00000007426)	ENSDLEG00000007438 #22	PHLDA1 (ENSDLEG00000007521) #23	ENSDLEG00000007528	KRR1 (ENSDLEG00000007544) #24	GLIPR1 (ENSDLEG00000007560) #25	GLIPR1L2 (ENSDLEG00000000224) #26	KCNC2 (ENSDLEG00000000278)	ATXN7L3B (ENSDLEG00000000389)	ENSDLEG00000000403	TRHDE (ENSDLEG00000000423)	TPH2 (ENSDLEG00000000459)	TBC1D15 (ENSDLEG00000000511)	RAB21 (ENSDLEG00000000571)	TMEM19 (ENSDLEG00000000605)	THAP2 (ENSDLEG00000000632)	ZFC3H1 (ENSDLEG00000000767)
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00910000147024	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Arabian camel	MODERN SPECIES	3	ACSS3 (ENSCDRG00005008842)	LIN7A (ENSCDRG00005009181)	MYF5 (ENSCDRG00005009235)	MYF6 (ENSCDRG00005009281)	PTPRQ (ENSCDRG00005009356)	OTOGL (ENSCDRG00005010509)	PPP1R12A (ENSCDRG00005012542)	PAWR (ENSCDRG00005014596)	SYT1 (ENSCDRG00005014660)	NAV3 (ENSCDRG00005014880)	E2F7 (ENSCDRG00005015968)	CSRP2 (ENSCDRG00005016043)	ZDHHC17 (ENSCDRG00005016120)	OSBPL8 (ENSCDRG00005016392)	BBS10 (ENSCDRG00005016659)	NAP1L1 (ENSCDRG00005016698) #22	PHLDA1 (ENSCDRG00005016995) #23	ENSCDRG00005017029 #24	ENSCDRG00005017128 #25	ENSCDRG00005017149 #26	ENSCDRG00005017179	GLIPR1L1 (ENSCDRG00005017244) #27	CAPS2 (ENSCDRG00005017344) #28	KCNC2 (ENSCDRG00005017383)	ENSCDRG00005017473	ATXN7L3B (ENSCDRG00005017489)	TRHDE (ENSCDRG00005017523)	TPH2 (ENSCDRG00005017639)	TBC1D15 (ENSCDRG00005017700)	RAB21 (ENSCDRG00005017792)	TMEM19 (ENSCDRG00005017823)
Alpaca	MODERN SPECIES	725												ENSVPAG00000007294	ZDHHC17 (ENSVPAG00000007293)	OSBPL8 (ENSVPAG00000007292)	BBS10 (ENSVPAG00000007291)	NAP1L1 (ENSVPAG00000007290) #22
Suina	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Pig	MODERN SPECIES	13	ENSSSCG00000033766	AMN1 (ENSSSCG00000034407)	ENSSSCG00000036980	RESF1 (ENSSSCG00000030616)	BICD1 (ENSSSCG00000000531)	FGD4 (ENSSSCG00000000530)	DNM1L (ENSSSCG00000060628)	YARS2 (ENSSSCG00000027429)	PKP2 (ENSSSCG00000000528)	ENSSSCG00000045848	SYT10 (ENSSSCG00000000527)	ENSSSCG00000038998	ENSSSCG00000026719	OSBPL8 (ENSSSCG00000027503)	BBS10 (ENSSSCG00000000523)	NAP1L1 (ENSSSCG00000000522) #22	PHLDA1 (ENSSSCG00000044141) #23	KRR1 (ENSSSCG00000033524) #24	GLIPR1 (ENSSSCG00000000519) #25	ENSSSCG00000033294	GLIPR1L2 (ENSSSCG00000025915) #26	GLIPR1L1 (ENSSSCG00000022055) #27	CAPS2 (ENSSSCG00000000517) #28	KCNC2 (ENSSSCG00000000516)	ATXN7L3B (ENSSSCG00000054160)	TRHDE (ENSSSCG00000000515)	TPH2 (ENSSSCG00000021122)	TBC1D15 (ENSSSCG00000000512)	RAB21 (ENSSSCG00000059025)	TMEM19 (ENSSSCG00000000510)	THAP2 (ENSSSCG00000021270)
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	871	ACSS3 (ENSCWAG00000010300)	LIN7A (ENSCWAG00000010238)	MYF5 (ENSCWAG00000010199)	MYF6 (ENSCWAG00000010168)	PTPRQ (ENSCWAG00000009402)	OTOGL (ENSCWAG00000007720)	PPP1R12A (ENSCWAG00000007564)	PAWR (ENSCWAG00000007454)	SYT1 (ENSCWAG00000007382)	NAV3 (ENSCWAG00000006671)	E2F7 (ENSCWAG00000006403)	CSRP2 (ENSCWAG00000006361)	ZDHHC17 (ENSCWAG00000006304)	OSBPL8 (ENSCWAG00000006143)	BBS10 (ENSCWAG00000006105)	NAP1L1 (ENSCWAG00000005937) #22	PHLDA1 (ENSCWAG00000005900) #23	ENSCWAG00000005880	KRR1 (ENSCWAG00000005721) #24	GLIPR1 (ENSCWAG00000005686) #25	GLIPR1L2 (ENSCWAG00000005529) #26	GLIPR1L1 (ENSCWAG00000005477) #27	CAPS2 (ENSCWAG00000005425) #28	KCNC2 (ENSCWAG00000005315)	ATXN7L3B (ENSCWAG00000005294)	ENSCWAG00000005273	ENSCWAG00000005255	TRHDE (ENSCWAG00000005179)	TPH2 (ENSCWAG00000005114)	ENSCWAG00000005084	TBC1D15 (ENSCWAG00000004952)
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000190133	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00910000147024	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000190133	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00910000147024	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576.g	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Panthera	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576.g	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Tiger	MODERN SPECIES	285	ACSS3 (ENSPTIG00000013083)	LIN7A (ENSPTIG00000013465)	MYF5 (ENSPTIG00000013849)	MYF6 (ENSPTIG00000014009)	PTPRQ (ENSPTIG00000014182)	OTOGL (ENSPTIG00000017536)	PPP1R12A (ENSPTIG00000003820)	PAWR (ENSPTIG00000012722)	SYT1 (ENSPTIG00000013094)	NAV3 (ENSPTIG00000013673)	E2F7 (ENSPTIG00000016920)	CSRP2 (ENSPTIG00000019308)	ZDHHC17 (ENSPTIG00000019755)	OSBPL8 (ENSPTIG00000019983)	BBS10 (ENSPTIG00000020383)	NAP1L1 (ENSPTIG00000003186) #22	KRR1 (ENSPTIG00000009202) #24	GLIPR1 (ENSPTIG00000010519) #25	GLIPR1L2 (ENSPTIG00000011160) #26	GLIPR1L1 (ENSPTIG00000011807) #27	CAPS2 (ENSPTIG00000012593) #28	ENSPTIG00000013059	ATXN7L3B (ENSPTIG00000004593)
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576.g	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
lion	MODERN SPECIES	7	LIN7A (ENSPLOG00000003686)	MYF5 (ENSPLOG00000003675)	MYF6 (ENSPLOG00000003667)	PTPRQ (ENSPLOG00000003543)	OTOGL (ENSPLOG00000003151)	PPP1R12A (ENSPLOG00000002780)	PAWR (ENSPLOG00000002686)	SYT1 (ENSPLOG00000002662)	ENSPLOG00000002650	NAV3 (ENSPLOG00000002454)	E2F7 (ENSPLOG00000002314)	CSRP2 (ENSPLOG00000002279)	ZDHHC17 (ENSPLOG00000002249)	OSBPL8 (ENSPLOG00000002092)	BBS10 (ENSPLOG00000002053)	NAP1L1 (ENSPLOG00000001982) #22	PHLDA1 (ENSPLOG00000001933) #23	KRR1 (ENSPLOG00000001901) #24	GLIPR1 (ENSPLOG00000001884) #25	GLIPR1L2 (ENSPLOG00000001854) #26	GLIPR1L1 (ENSPLOG00000001832) #27	CAPS2 (ENSPLOG00000001806) #28	KCNC2 (ENSPLOG00000001773)	ENSPLOG00000001747	ENSPLOG00000001740	ENSPLOG00000001713	TPH2 (ENSPLOG00000001693)	TBC1D15 (ENSPLOG00000001591)	RAB21 (ENSPLOG00000001559)	TMEM19 (ENSPLOG00000001540)	THAP2 (ENSPLOG00000001519)
leopard	MODERN SPECIES	27	MYF6 (ENSPPRG00000003909)	PTPRQ (ENSPPRG00000005300)	OTOGL (ENSPPRG00000007761)	PPP1R12A (ENSPPRG00000012756)	ENSPPRG00000013642	PAWR (ENSPPRG00000013959)	SYT1 (ENSPPRG00000014210)	NAV3 (ENSPPRG00000022007)	E2F7 (ENSPPRG00000024442)	CSRP2 (ENSPPRG00000024205)	ZDHHC17 (ENSPPRG00000024071)	ENSPPRG00000023878	OSBPL8 (ENSPPRG00000023047)	BBS10 (ENSPPRG00000022774)	ENSPPRG00000000117	NAP1L1 (ENSPPRG00000001906) #22	ENSPPRG00000002277	KRR1 (ENSPPRG00000002897) #24	GLIPR1 (ENSPPRG00000003347) #25	GLIPR1L2 (ENSPPRG00000003609) #26	GLIPR1L1 (ENSPPRG00000004020) #27	CAPS2 (ENSPPRG00000004169) #28	ENSPPRG00000004904	KCNC2 (ENSPPRG00000006532)	ENSPPRG00000014933	TRHDE (ENSPPRG00000007335)	TPH2 (ENSPPRG00000007653)	TBC1D15 (ENSPPRG00000008565)	RAB21 (ENSPPRG00000009062)	TMEM19 (ENSPPRG00000009434)	THAP2 (ENSPPRG00000009476)
Cat	MODERN SPECIES	238	ACSS3 (ENSFCAG00000012992)	LIN7A (ENSFCAG00000015014)	MYF5 (ENSFCAG00000015011)	MYF6 (ENSFCAG00000015010)	PTPRQ (ENSFCAG00000026313)	OTOGL (ENSFCAG00000022141)	PPP1R12A (ENSFCAG00000027965)	PAWR (ENSFCAG00000026300)	SYT1 (ENSFCAG00000024865)	ENSFCAG00000048215	NAV3 (ENSFCAG00000013128)	E2F7 (ENSFCAG00000010756)	CSRP2 (ENSFCAG00000006548)	ZDHHC17 (ENSFCAG00000027034)	OSBPL8 (ENSFCAG00000027470)	NAP1L1 (ENSFCAG00000000279) #22	PHLDA1 (ENSFCAG00000032023) #23	ENSFCAG00000050261	KRR1 (ENSFCAG00000025788) #24	GLIPR1 (ENSFCAG00000005203) #25	GLIPR1L2 (ENSFCAG00000036590) #26	ENSFCAG00000041131 #27	ENSFCAG00000047626	CAPS2 (ENSFCAG00000040419) #28	KCNC2 (ENSFCAG00000024443)	ENSFCAG00000028757	ENSFCAG00000050848	ENSFCAG00000046504	ENSFCAG00000033864	ENSFCAG00000052955	TRHDE (ENSFCAG00000009869)
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000190133	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00910000147024	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000005922.b.d.b.a.j	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000163058	ENSGT00940000163275	ENSGT00940000162245	ENSGT00550000075058	ENSGT00940000154888.e.a	ENSGT00940000153886.a.a.k	ENSGT00940000153649.B	ENSGT00390000014495	ENSGT00520000055620.A	ENSGT00940000153402.c.b.d	ENSGT00400000023212	ENSGT00940000161408
Red fox	MODERN SPECIES	9	LIN7A (ENSVVUG00000010554)	ENSVVUG00000010537	MYF6 (ENSVVUG00000010529)	PTPRQ (ENSVVUG00000010403)	ENSVVUG00000010366	OTOGL (ENSVVUG00000010103)	PPP1R12A (ENSVVUG00000010043)	PAWR (ENSVVUG00000010028)	SYT1 (ENSVVUG00000009998)	NAV3 (ENSVVUG00000009882)	E2F7 (ENSVVUG00000009839)	CSRP2 (ENSVVUG00000009828)	ZDHHC17 (ENSVVUG00000009811)	OSBPL8 (ENSVVUG00000009692)	BBS10 (ENSVVUG00000009650)	NAP1L1 (ENSVVUG00000009610) #22	ENSVVUG00000009581	KRR1 (ENSVVUG00000009566) #24	OR4E1 (ENSVVUG00000009561)	OR4E2 (ENSVVUG00000009557)	ENSVVUG00000009540	METTL3 (ENSVVUG00000009513)	TOX4 (ENSVVUG00000009505)	RAB2B (ENSVVUG00000009502)	CHD8 (ENSVVUG00000009444)	SUPT16H (ENSVVUG00000009434)	ENSVVUG00000009422	ENSVVUG00000009420	ENSVVUG00000009265	TMEM253 (ENSVVUG00000009250)	ENSVVUG00000009241
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000158890.p.a.f	ENSGT00940000157713.q	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000154612.m.a.g.a.b	ENSGT00390000005922.b.d.b.a.j	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000163058	ENSGT00940000163275	ENSGT00940000162245	ENSGT00550000075058	ENSGT00940000154888.e.a	ENSGT00940000153886.a.a.k	ENSGT00940000153649.B	ENSGT00390000014495	ENSGT00520000055620.A	ENSGT00940000153402.d	ENSGT00400000023212
Dog	MODERN SPECIES	6	PTPRQ (ENSCAFG00845008887)	OTOGL (ENSCAFG00845008423)	ENSCAFG00845008343	ENSCAFG00845008317	PPP1R12A (ENSCAFG00845007952)	PAWR (ENSCAFG00845007786)	SYT1 (ENSCAFG00845007651)	NAV3 (ENSCAFG00845007345)	ENSCAFG00845007259	E2F7 (ENSCAFG00845006897)	ENSCAFG00845006746	ZDHHC17 (ENSCAFG00845006644)	OSBPL8 (ENSCAFG00845006249)	OSBPL8 (ENSCAFG00845006103)	ENSCAFG00845006055	NAP1L1 (ENSCAFG00845005932) #22	ENSCAFG00845005752 #23	ENSCAFG00845027430	ENSCAFG00845027179 #24	OR4E1 (ENSCAFG00845027061)	OR4E2 (ENSCAFG00845026975)	SALL2 (ENSCAFG00845026880)	METTL3 (ENSCAFG00845026804)	TOX4 (ENSCAFG00845026715)	RAB2B (ENSCAFG00845026579)	CHD8 (ENSCAFG00845026020)	ENSCAFG00845025950	SUPT16H (ENSCAFG00845025698)	RPGRIP1 (ENSCAFG00845025061)	ENSCAFG00845024839	TMEM253 (ENSCAFG00845024658)
Dingo	MODERN SPECIES	277	PTPRQ (ENSCAFG00020015957)	OTOGL (ENSCAFG00020015840)	PPP1R12A (ENSCAFG00020015626)	PAWR (ENSCAFG00020015607)	SYT1 (ENSCAFG00020015603)	ENSCAFG00020015601	NAV3 (ENSCAFG00020015546)	ENSCAFG00020015535	ENSCAFG00020015528	ENSCAFG00020015522	ENSCAFG00020015518	CSRP2 (ENSCAFG00020015512)	ZDHHC17 (ENSCAFG00020015453)	OSBPL8 (ENSCAFG00020015356)	BBS10 (ENSCAFG00020015335)	NAP1L1 (ENSCAFG00020015328) #22	ENSCAFG00020015316 #23	ENSCAFG00020015310	ENSCAFG00020015296	KRR1 (ENSCAFG00020015286) #24	OR4E1 (ENSCAFG00020015285)	OR4E2 (ENSCAFG00020015283)	SALL2 (ENSCAFG00020015273)	METTL3 (ENSCAFG00020015265)	ENSCAFG00020015261	ENSCAFG00020015235	ENSCAFG00020015220	CHD8 (ENSCAFG00020014565)	ENSCAFG00020014531	SUPT16H (ENSCAFG00020014529)	RPGRIP1 (ENSCAFG00020014517)
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000190133	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00910000147024	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000190133	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00910000147024	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Giant Panda	MODERN SPECIES	6	LIN7A (ENSAMEG00000013191)	MYF5 (ENSAMEG00000013193)	MYF6 (ENSAMEG00000027013)	PTPRQ (ENSAMEG00000013219)	OTOGL (ENSAMEG00000013267)	PPP1R12A (ENSAMEG00000013280)	PAWR (ENSAMEG00000013370)	SYT1 (ENSAMEG00000013376)	NAV3 (ENSAMEG00000006673)	ENSAMEG00000024301	E2F7 (ENSAMEG00000007247)	CSRP2 (ENSAMEG00000006632)	ZDHHC17 (ENSAMEG00000006600)	OSBPL8 (ENSAMEG00000006513)	BBS10 (ENSAMEG00000006510)	NAP1L1 (ENSAMEG00000006463) #22	PHLDA1 (ENSAMEG00000006460) #23	KRR1 (ENSAMEG00000006437) #24	GLIPR1 (ENSAMEG00000006427) #25	GLIPR1L2 (ENSAMEG00000006424) #26	GLIPR1L1 (ENSAMEG00000006420) #27	CAPS2 (ENSAMEG00000006378) #28	KCNC2 (ENSAMEG00000000555)	ENSAMEG00000030227	ATXN7L3B (ENSAMEG00000018742)	TRHDE (ENSAMEG00000000316)	TPH2 (ENSAMEG00000000335)	TBC1D15 (ENSAMEG00000000408)	RAB21 (ENSAMEG00000000476)	TMEM19 (ENSAMEG00000000486)	THAP2 (ENSAMEG00000025964)
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	23									ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000190133	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00910000147024	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Polar bear	MODERN SPECIES	113									NAV3 (ENSUMAG00000021555)	ENSUMAG00000021519	ENSUMAG00000021516	CSRP2 (ENSUMAG00000021507)	ZDHHC17 (ENSUMAG00000021425)	OSBPL8 (ENSUMAG00000021330)	BBS10 (ENSUMAG00000021286)	NAP1L1 (ENSUMAG00000021259) #22	KRR1 (ENSUMAG00000021247) #24	GLIPR1 (ENSUMAG00000021245) #25	ENSUMAG00000021242	GLIPR1L2 (ENSUMAG00000021237) #26	GLIPR1L1 (ENSUMAG00000021232) #27	ENSUMAG00000021228 #28	KCNC2 (ENSUMAG00000021219)	ENSUMAG00000021205	ATXN7L3B (ENSUMAG00000021202)	ENSUMAG00000021192	ENSUMAG00000021186	TPH2 (ENSUMAG00000021170)	TBC1D15 (ENSUMAG00000021152)	RAB21 (ENSUMAG00000021145)	TMEM19 (ENSUMAG00000021142)
American black bear	MODERN SPECIES	215																NAP1L1 (ENSUAMG00000018277) #22	PHLDA1 (ENSUAMG00000018276) #23
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215.b.a	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Ferret	MODERN SPECIES	196	OTOGL (ENSMPUG00000017459)	PPP1R12A (ENSMPUG00000017460)	ENSMPUG00000017461	PAWR (ENSMPUG00000017462)	SYT1 (ENSMPUG00000017463)	ENSMPUG00000017464	NAV3 (ENSMPUG00000017465)	ENSMPUG00000017466	ENSMPUG00000017467	E2F7 (ENSMPUG00000017468)	CSRP2 (ENSMPUG00000017469)	ZDHHC17 (ENSMPUG00000017470)	ENSMPUG00000017471	OSBPL8 (ENSMPUG00000017472)	BBS10 (ENSMPUG00000017473)	NAP1L1 (ENSMPUG00000017474) #22	KRR1 (ENSMPUG00000017475) #24	GLIPR1 (ENSMPUG00000017476) #25	GLIPR1L2 (ENSMPUG00000017477) #26	ENSMPUG00000017478 #27	CAPS2 (ENSMPUG00000017479) #28	KCNC2 (ENSMPUG00000017480)	ENSMPUG00000017481	TRHDE (ENSMPUG00000017482)	TPH2 (ENSMPUG00000017483)	TBC1D15 (ENSMPUG00000017484)	RAB21 (ENSMPUG00000017485)	TMEM19 (ENSMPUG00000017486)	ENSMPUG00000017487	ZFC3H1 (ENSMPUG00000017488)	LGR5 (ENSMPUG00000017489)
American mink	DUPLICATION
American mink	MODERN SPECIES	192	NFX1 (ENSNVIG00000000524)	CHMP5 (ENSNVIG00000000549)	BAG1 (ENSNVIG00000000579)	SPINK4 (ENSNVIG00000000604)	B4GALT1 (ENSNVIG00000000613)	SMU1 (ENSNVIG00000000627)	ENSNVIG00000000642	APTX (ENSNVIG00000000655)	TM215 (ENSNVIG00000000661)	NDUFB6 (ENSNVIG00000000666)	SMIM27 (ENSNVIG00000000676)	TOPORS (ENSNVIG00000000674)	RIGI (ENSNVIG00000000681)	ACOC (ENSNVIG00000000721)	ENSNVIG00000000807	ENSNVIG00000000813 #22
American mink	DUPLICATION
American mink	MODERN SPECIES	22	MYF5 (ENSNVIG00000001283)	MYF6 (ENSNVIG00000001298)	PTPRQ (ENSNVIG00000001320)	OTOGL (ENSNVIG00000001579)	ENSNVIG00000001919	PPP1R12A (ENSNVIG00000001940)	PAWR (ENSNVIG00000002283)	SYT1 (ENSNVIG00000002313)	ENSNVIG00000002371	NAV3 (ENSNVIG00000002412)	E2F7 (ENSNVIG00000002695)	ENSNVIG00000002763	ZDHHC17 (ENSNVIG00000002801)	OSBPL8 (ENSNVIG00000002847)	BBS10 (ENSNVIG00000003073)	ENSNVIG00000003110 #22	ENSNVIG00000003475	PHLDA1 (ENSNVIG00000003490) #23	KRR1 (ENSNVIG00000003506) #24	GLIPR1 (ENSNVIG00000003537) #25	ENSNVIG00000003558 #26	GLIPR1L1 (ENSNVIG00000003573) #27	CAPS2 (ENSNVIG00000003600) #28	KCNC2 (ENSNVIG00000003636)	ATXN7L3B (ENSNVIG00000003667)
American mink	MODERN SPECIES	47	DNAH12 (ENSNVIG00000022189)	PDE12 (ENSNVIG00000022177)	ARF4 (ENSNVIG00000022160)	DENND6A (ENSNVIG00000022141)	SLMAP (ENSNVIG00000021646)	FLNB (ENSNVIG00000021302)	DNSL3 (ENSNVIG00000021246)	ABHD6 (ENSNVIG00000021220)	RPP14 (ENSNVIG00000021200)	HTD2 (ENSNVIG00000021195)	PXK (ENSNVIG00000020975)	PDHB (ENSNVIG00000020924)	KCTD6 (ENSNVIG00000020909)	ACOX2 (ENSNVIG00000020861)	FAM107A (ENSNVIG00000020822)	ENSNVIG00000020818 #22	ENSNVIG00000020805	CFAP20DC (ENSNVIG00000020597)	FHIT (ENSNVIG00000020547)
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Equus	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786
Donkey	MODERN SPECIES	11	ENSEASG00005024557	LIN7A (ENSEASG00005021265)	MYF5 (ENSEASG00005021266)	MYF6 (ENSEASG00005021268)	PTPRQ (ENSEASG00005021271)	OTOGL (ENSEASG00005021304)	PPP1R12A (ENSEASG00005021353)	PAWR (ENSEASG00005033077)	SYT1 (ENSEASG00005021375)	NAV3 (ENSEASG00005021551)	E2F7 (ENSEASG00005021935)	ENSEASG00005021936	ZDHHC17 (ENSEASG00005021939)	OSBPL8 (ENSEASG00005021942)	BBS10 (ENSEASG00005021945)	NAP1L1 (ENSEASG00005021946) #22	PHLDA1 (ENSEASG00005027836) #23	KRR1 (ENSEASG00005021952) #24	GLIPR1 (ENSEASG00005024066) #25	GLIPR1L2 (ENSEASG00005021956) #26	GLIPR1L1 (ENSEASG00005032803) #27	CAPS2 (ENSEASG00005021957) #28	KCNC2 (ENSEASG00005021959)	ATXN7L3B (ENSEASG00005030269)	TRHDE (ENSEASG00005021964)	TPH2 (ENSEASG00005021971)	TBC1D15 (ENSEASG00005021976)	ENSEASG00005021978	ENSEASG00005035672	ENSEASG00005035164	ENSEASG00005028004
Horse	MODERN SPECIES	20	ACSS3 (ENSECAG00000008242)	LIN7A (ENSECAG00000002823)	MYF5 (ENSECAG00000020047)	PTPRQ (ENSECAG00000013221)	OTOGL (ENSECAG00000009954)	PPP1R12A (ENSECAG00000020406)	PAWR (ENSECAG00000019505)	SYT1 (ENSECAG00000012832)	NAV3 (ENSECAG00000000121)	E2F7 (ENSECAG00000017963)	CSRP2 (ENSECAG00000015606)	ZDHHC17 (ENSECAG00000006626)	ENSECAG00000058140	OSBPL8 (ENSECAG00000015542)	BBS10 (ENSECAG00000015525)	NAP1L1 (ENSECAG00000000066) #22	ENSECAG00000001900	KRR1 (ENSECAG00000017498) #24	GLIPR1 (ENSECAG00000015687) #25	ENSECAG00000054232	ENSECAG00000053308	ENSECAG00000029754	GLIPR1L2 (ENSECAG00000049297) #26	GLIPR1L1 (ENSECAG00000015592) #27	CAPS2 (ENSECAG00000011231) #28	ENSECAG00000058423	KCNC2 (ENSECAG00000010280)	ENSECAG00000052654	ENSECAG00000053347	ENSECAG00000047922	TRHDE (ENSECAG00000009284)
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00940000167051	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.cb	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00940000167051	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	1	ACSS3 (ENSRFEG00010010509)	LIN7A (ENSRFEG00010010463)	MYF5 (ENSRFEG00010010395)	MYF6 (ENSRFEG00010010368)	PTPRQ (ENSRFEG00010009562)	OTOGL (ENSRFEG00010007970)	PPP1R12A (ENSRFEG00010007686)	PAWR (ENSRFEG00010007574)	SYT1 (ENSRFEG00010007403)	NAV3 (ENSRFEG00010006668)	E2F7 (ENSRFEG00010006442)	CSRP2 (ENSRFEG00010006389)	ZDHHC17 (ENSRFEG00010006316)	OSBPL8 (ENSRFEG00010006253)	BBS10 (ENSRFEG00010004681)	NAP1L1 (ENSRFEG00010004645) #22	ENSRFEG00010004601	ENSRFEG00010004593 #24	GLIPR1 (ENSRFEG00010004575) #25	GLIPR1L2 (ENSRFEG00010004536) #26	GLIPR1L1 (ENSRFEG00010004502) #27	CAPS2 (ENSRFEG00010004481) #28	KCNC2 (ENSRFEG00010004462)	ENSRFEG00010004445	TRHDE (ENSRFEG00010004421)	TPH2 (ENSRFEG00010004392)	TBC1D15 (ENSRFEG00010004313)	RAB21 (ENSRFEG00010004244)	TMEM19 (ENSRFEG00010004224)	THAP2 (ENSRFEG00010004206)	ZFC3H1 (ENSRFEG00010004111)
Microbat	MODERN SPECIES	946	MYF6 (ENSMLUG00000004940)	PTPRQ (ENSMLUG00000006091)	OTOGL (ENSMLUG00000005553)	PPP1R12A (ENSMLUG00000005477)	ENSMLUG00000005757	SYT1 (ENSMLUG00000005752)	ENSMLUG00000027140	NAV3 (ENSMLUG00000010374)	E2F7 (ENSMLUG00000012116)	CSRP2 (ENSMLUG00000002384)	ZDHHC17 (ENSMLUG00000002375)	ENSMLUG00000003587	ENSMLUG00000029930	OSBPL8 (ENSMLUG00000005046)	BBS10 (ENSMLUG00000001850)	NAP1L1 (ENSMLUG00000029307) #22
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a #22
Hedgehog	MODERN SPECIES	7857																NAP1L1 (ENSEEUG00000014024) #22
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000192410	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00910000147024	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000192410	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Glires	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000192410	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	113	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547.f.b #27	ENSGT00940000162547.f.a #27	ENSGT00940000162547.e #27
Rabbit	MODERN SPECIES	15	ENSOCUG00000037584	PPP1R12A (ENSOCUG00000016701)	PAWR (ENSOCUG00000013722)	SYT1 (ENSOCUG00000014829)	ENSOCUG00000005148	NAV3 (ENSOCUG00000004936)	ENSOCUG00000025947	E2F7 (ENSOCUG00000004932)	ENSOCUG00000008330	ENSOCUG00000027238	ZDHHC17 (ENSOCUG00000010401)	ENSOCUG00000028124	ENSOCUG00000032449	OSBPL8 (ENSOCUG00000010527)	BBS10 (ENSOCUG00000010522)	NAP1L1 (ENSOCUG00000013857) #22	PHLDA1 (ENSOCUG00000022950) #23	KRR1 (ENSOCUG00000003925) #24	GLIPR1 (ENSOCUG00000003921) #25	ENSOCUG00000031904 #27	ENSOCUG00000031541 #27	GLIPR1L2 (ENSOCUG00000003916) #26	ENSOCUG00000003909 #27	CAPS2 (ENSOCUG00000003896) #28	KCNC2 (ENSOCUG00000004467)	ENSOCUG00000024604	ENSOCUG00000031766	ENSOCUG00000027980	TRHDE (ENSOCUG00000013309)	TPH2 (ENSOCUG00000015664)	TBC1D15 (ENSOCUG00000015650)
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000192410	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429.x	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429.x	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	322	Acss3 (ENSDORG00000007288)	Lin7a (ENSDORG00000014355)	Myf5 (ENSDORG00000015437)	Myf6 (ENSDORG00000015435)	Ptprq (ENSDORG00000023208)	Otogl (ENSDORG00000028677)	Ppp1r12a (ENSDORG00000007157)	Pawr (ENSDORG00000029489)	Syt1 (ENSDORG00000003724)	Nav3 (ENSDORG00000011080)	ENSDORG00000026154	Csrp2 (ENSDORG00000012441)	Zdhhc17 (ENSDORG00000012435)	Osbpl8 (ENSDORG00000000670)	Bbs10 (ENSDORG00000000668)	Nap1l1 (ENSDORG00000029138) #22	Phlda1 (ENSDORG00000027757) #23	ENSDORG00000023399	ENSDORG00000004614 #24	Glipr1 (ENSDORG00000004613) #25	ENSDORG00000027121 #26	Kcnc2 (ENSDORG00000000056)	Atxn7l3b (ENSDORG00000025438)	ENSDORG00000013399	ENSDORG00000028797	Tph2 (ENSDORG00000000779)	Tbc1d15 (ENSDORG00000003464)	ENSDORG00000004732	Tmem19 (ENSDORG00000001530)	Thap2 (ENSDORG00000006270)	ENSDORG00000028837
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429.x	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	42	Ptprq (ENSJJAG00000017741)	Otogl (ENSJJAG00000019493)	Ppp1r12a (ENSJJAG00000023796)	Pawr (ENSJJAG00000018666)	Syt1 (ENSJJAG00000023399)	ENSJJAG00000022372	Nav3 (ENSJJAG00000012332)	ENSJJAG00000010552	E2f7 (ENSJJAG00000007878)	ENSJJAG00000005723	ENSJJAG00000014135	ENSJJAG00000011419	Osbpl8 (ENSJJAG00000024252)	Bbs10 (ENSJJAG00000023405)	ENSJJAG00000024142	Nap1l1 (ENSJJAG00000023205) #22	Phlda1 (ENSJJAG00000023924) #23	ENSJJAG00000023900 #24	ENSJJAG00000013157 #26	ENSJJAG00000023384 #25	ENSJJAG00000022416 #27	ENSJJAG00000009366 #28	Atxn7l3b (ENSJJAG00000002351)	ENSJJAG00000016750	ENSJJAG00000016174	Trhde (ENSJJAG00000016536)	Tph2 (ENSJJAG00000022511)	Tbc1d15 (ENSJJAG00000023876)	Rab21 (ENSJJAG00000020749)	ENSJJAG00000001969	Tmem19 (ENSJJAG00000011157)
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429.x	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Upper Galilee mountains blind mole rat	DUPLICATION
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1231																ENSNGAG00000017741 #22	Phlda1 (ENSNGAG00000004377) #23	Krr1 (ENSNGAG00000010798) #24	ENSNGAG00000019993 #25	Glipr1l2 (ENSNGAG00000011037) #26	ENSNGAG00000000682 #28	ENSNGAG00000006810	Kcnc2 (ENSNGAG00000004605)
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1279																ENSNGAG00000021481 #22	Hmg20a (ENSNGAG00000021385)	Lingo1 (ENSNGAG00000021247)	Odf3l1 (ENSNGAG00000020969)	ENSNGAG00000020737	Cspg4 (ENSNGAG00000019508)	Snx33 (ENSNGAG00000019047)	Imp3 (ENSNGAG00000017248)	Snupn (ENSNGAG00000018735)	Ptpn9 (ENSNGAG00000018454)	Sin3a (ENSNGAG00000015781)	Man2c1 (ENSNGAG00000015162)	Neil1 (ENSNGAG00000012812)	Commd4 (ENSNGAG00000007593)
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00390000000360.r.b.a.b	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429.x	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00390000000360.r.b.a.b	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429.x	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116.y.b
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00390000000360.r.b.a.b	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429.x	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116.y.b
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	9	Lin7a (ENSPEMG00000018576)	Myf5 (ENSPEMG00000018818)	Myf6 (ENSPEMG00000019751)	Ptprq (ENSPEMG00000019976)	Otogl (ENSPEMG00000005921)	Ppp1r12a (ENSPEMG00000011824)	Pawr (ENSPEMG00000031267)	Syt1 (ENSPEMG00000011853)	Brcc3dc (ENSPEMG00000012864)	Nav3 (ENSPEMG00000003783)	E2f7 (ENSPEMG00000013555)	Csrp2 (ENSPEMG00000012653)	Zdhhc17 (ENSPEMG00000011257)	Osbpl8 (ENSPEMG00000008934)	Bbs10 (ENSPEMG00000031116)	Nap1l1 (ENSPEMG00000000646) #22	Phlda1 (ENSPEMG00000020277) #23	Krr1 (ENSPEMG00000020228) #24	Glipr1 (ENSPEMG00000020190) #25	ENSPEMG00000020146 #26	ENSPEMG00000020129 #27	ENSPEMG00000030311 #27	Caps2 (ENSPEMG00000020036) #28	Kcnc2 (ENSPEMG00000014606)	Atxn7l3b (ENSPEMG00000027167)	Trhde (ENSPEMG00000022340)	Tph2 (ENSPEMG00000021171)	Tbc1d15 (ENSPEMG00000014920)	Rab21 (ENSPEMG00000022641)	Tmem19 (ENSPEMG00000007783)	Thap2 (ENSPEMG00000004430)
Prairie vole	MODERN SPECIES	10	Lin7a (ENSMOCG00000021369)	Myf5 (ENSMOCG00000017847)	Myf6 (ENSMOCG00000015833)	Ptprq (ENSMOCG00000017842)	Otogl (ENSMOCG00000018409)	Ppp1r12a (ENSMOCG00000018418)	Pawr (ENSMOCG00000019570)	Syt1 (ENSMOCG00000012503)	ENSMOCG00000020523	Nav3 (ENSMOCG00000018391)	E2f7 (ENSMOCG00000021130)	Csrp2 (ENSMOCG00000007217)	Zdhhc17 (ENSMOCG00000002407)	Osbpl8 (ENSMOCG00000016633)	Bbs10 (ENSMOCG00000020010)	Nap1l1 (ENSMOCG00000012136) #22	Phlda1 (ENSMOCG00000021889) #23	Krr1 (ENSMOCG00000018635) #24	Glipr1 (ENSMOCG00000022141) #25	Glipr1l2 (ENSMOCG00000002411) #26	ENSMOCG00000013587 #27	Caps2 (ENSMOCG00000001012) #28	Kcnc2 (ENSMOCG00000022707)	Atxn7l3b (ENSMOCG00000007338)	ENSMOCG00000016064	Trhde (ENSMOCG00000000440)	Tph2 (ENSMOCG00000009489)	Tbc1d15 (ENSMOCG00000002280)	Rab21 (ENSMOCG00000017388)	Tmem19 (ENSMOCG00000019520)	Thap2 (ENSMOCG00000000145)
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00390000000360.r.b.a.b	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000167051	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429.x	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Chinese hamster chok1gshd	DUPLICATION
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	83	Ptprq (ENSCGRG00001017128)	Otogl (ENSCGRG00001018530)	Ppp1r12a (ENSCGRG00001017263)	Pawr (ENSCGRG00001011044)	ENSCGRG00001009057	ENSCGRG00001010398	Syt1 (ENSCGRG00001000069)	Brcc3dc (ENSCGRG00001009076)	Nav3 (ENSCGRG00001022037)	ENSCGRG00001011762	E2f7 (ENSCGRG00001006568)	Csrp2 (ENSCGRG00001000844)	Zdhhc17 (ENSCGRG00001007660)	Osbpl8 (ENSCGRG00001021286)	Bbs10 (ENSCGRG00001010466)	ENSCGRG00001019257 #22	Phlda1 (ENSCGRG00001012896) #23	ENSCGRG00001005440	Krr1 (ENSCGRG00001005995) #24	Glipr1 (ENSCGRG00001017559) #25	ENSCGRG00001014628 #27	Caps2 (ENSCGRG00001012612) #28	Kcnc2 (ENSCGRG00001023381)	Atxn7l3b (ENSCGRG00001001803)	Trhde (ENSCGRG00001020946)	Tph2 (ENSCGRG00001012899)	Tbc1d15 (ENSCGRG00001016860)	Rab21 (ENSCGRG00001023612)	Tmem19 (ENSCGRG00001017163)	Thap2 (ENSCGRG00001011633)	Zfc3h1 (ENSCGRG00001011660)
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	92	Mbp (ENSCGRG00001015943)	Galr1 (ENSCGRG00001023113)	Sall3 (ENSCGRG00001018203)	Atp9b (ENSCGRG00001016871)	Nfatc1 (ENSCGRG00001007565)	ENSCGRG00001000659	Ctdp1 (ENSCGRG00001020255)	Kcng2 (ENSCGRG00001009283)	Slc66a2 (ENSCGRG00001024278)	Hsbp1l1 (ENSCGRG00001020550)	ENSCGRG00001014779	Rbfa (ENSCGRG00001022798)	Adnp2 (ENSCGRG00001021111)	Pard6g (ENSCGRG00001018816)	ENSCGRG00001016310	ENSCGRG00001015031 #22	ENSCGRG00001013632	Sntg1 (ENSCGRG00001014187)	Tmx3 (ENSCGRG00001021522)	Rock1 (ENSCGRG00001014749)	Usp14 (ENSCGRG00001006324)	Thoc1 (ENSCGRG00001016464)	Colec12 (ENSCGRG00001022701)	ENSCGRG00001021932	ENSCGRG00001019910
Golden Hamster	MODERN SPECIES	628	Lin7a (ENSMAUG00000007088)	Myf5 (ENSMAUG00000000933)	Myf6 (ENSMAUG00000019329)	Ptprq (ENSMAUG00000014282)	Otogl (ENSMAUG00000009930)	Ppp1r12a (ENSMAUG00000021712)	ENSMAUG00000008984	Syt1 (ENSMAUG00000012263)	ENSMAUG00000014224	Nav3 (ENSMAUG00000012505)	E2f7 (ENSMAUG00000010792)	Csrp2 (ENSMAUG00000018727)	Zdhhc17 (ENSMAUG00000021687)	Osbpl8 (ENSMAUG00000022092)	Bbs10 (ENSMAUG00000018240)	Nap1l1 (ENSMAUG00000016700) #22	ENSMAUG00000021584	Krr1 (ENSMAUG00000021283) #24	Glipr1l2 (ENSMAUG00000017252) #26	ENSMAUG00000022161 #27	Caps2 (ENSMAUG00000009850) #28	Kcnc2 (ENSMAUG00000010585)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00390000000360.r.b.a.b	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429.x	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Rat	MODERN SPECIES	17	Myf5 (ENSRNOG00000004768)	Myf6 (ENSRNOG00000004878)	Ptprq (ENSRNOG00000056915)	Otogl (ENSRNOG00000030316)	Ppp1r12a (ENSRNOG00000004925)	Pawr (ENSRNOG00000005917)	Syt1 (ENSRNOG00000006426)	Brcc3dc (ENSRNOG00000070196)	Nav3 (ENSRNOG00000052157)	E2f7 (ENSRNOG00000026252)	Csrp2 (ENSRNOG00000003772)	Zdhhc17 (ENSRNOG00000003803)	Osbpl8 (ENSRNOG00000026962)	ENSRNOG00000062798	Bbs10 (ENSRNOG00000026913)	Nap1l1 (ENSRNOG00000003890) #22	Phlda1 (ENSRNOG00000004019) #23	Krr1 (ENSRNOG00000004035) #24	Glipr1 (ENSRNOG00000026644) #25	Glipr1l2 (ENSRNOG00000049053) #26	Glipr1l1 (ENSRNOG00000026634) #27	Caps2 (ENSRNOG00000026600) #28	Kcnc2 (ENSRNOG00000004077)	Atxn7l3b (ENSRNOG00000059744)	Trhde (ENSRNOG00000005278)	Tph2 (ENSRNOG00000003880)	Tbc1d15 (ENSRNOG00000003889)	Rab21 (ENSRNOG00000003923)	Tmem19 (ENSRNOG00000003985)	Thap2 (ENSRNOG00000066749)	Zfc3h1 (ENSRNOG00000053060)
Mus	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00390000000360.r.b.a.b	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429.x	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00390000000360.r.b.a.b	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00900000143684	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429.x	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00390000000360.r.b.a.b	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162547.i.a #27	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547.i.b #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00900000143684	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429.x	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998
Mouse	MODERN SPECIES	1	Lin7a (ENSMUSG00000019906)	Myf5 (ENSMUSG00000000435)	Myf6 (ENSMUSG00000035923)	Ptprq (ENSMUSG00000035916)	Otogl (ENSMUSG00000091455)	Ppp1r12a (ENSMUSG00000019907)	Pawr (ENSMUSG00000035873)	Syt1 (ENSMUSG00000035864)	Brcc3dc (ENSMUSG00000112039)	Nav3 (ENSMUSG00000020181)	E2f7 (ENSMUSG00000020185)	Csrp2 (ENSMUSG00000020186)	Zdhhc17 (ENSMUSG00000035798)	Osbpl8 (ENSMUSG00000020189)	Bbs10 (ENSMUSG00000035759)	Nap1l1 (ENSMUSG00000058799) #22	Phlda1 (ENSMUSG00000020205) #23	Krr1 (ENSMUSG00000063334) #24	Glipr1 (ENSMUSG00000056888) #25	Glipr1l1 (ENSMUSG00000020213) #27	Glipr1l2 (ENSMUSG00000020214) #26	Glipr1l3 (ENSMUSG00000112611) #27	Caps2 (ENSMUSG00000035694) #28	Kcnc2 (ENSMUSG00000035681)	Atxn7l3b (ENSMUSG00000074748)	Trhde (ENSMUSG00000050663)	Tph2 (ENSMUSG00000006764)	Tbc1d15 (ENSMUSG00000020130)	Rab21 (ENSMUSG00000020132)	Tmem19 (ENSMUSG00000069520)	Thap2 (ENSMUSG00000020137)
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162547.i.a #27	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00900000143684	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429.x	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Steppe mouse	MODERN SPECIES	2665														Osbpl8 (ENSMSIG00000026078)	Bbs10 (ENSMSIG00000026174)	Nap1l1 (ENSMSIG00000026178) #22	Phlda1 (ENSMSIG00000026240) #23	Krr1 (ENSMSIG00000026247) #24	Glipr1 (ENSMSIG00000026281) #25
spretus	MODERN SPECIES	1	Acss3 (MGP_SPRETEiJ_G0016605)	Lin7a (MGP_SPRETEiJ_G0016606)	Myf5 (MGP_SPRETEiJ_G0016607)	Myf6 (MGP_SPRETEiJ_G0016608)	Ptprq (MGP_SPRETEiJ_G0016609)	Otogl (MGP_SPRETEiJ_G0016610)	Ppp1r12a (MGP_SPRETEiJ_G0016611)	Pawr (MGP_SPRETEiJ_G0016612)	Syt1 (MGP_SPRETEiJ_G0016613)	Nav3 (MGP_SPRETEiJ_G0016614)	E2f7 (MGP_SPRETEiJ_G0016615)	Csrp2 (MGP_SPRETEiJ_G0016616)	Zdhhc17 (MGP_SPRETEiJ_G0016617)	Osbpl8 (MGP_SPRETEiJ_G0016618)	Bbs10 (MGP_SPRETEiJ_G0016619)	Nap1l1 (MGP_SPRETEiJ_G0016620) #22	Phlda1 (MGP_SPRETEiJ_G0016621) #23	Krr1 (MGP_SPRETEiJ_G0016622) #24	Glipr1 (MGP_SPRETEiJ_G0016623) #25	MGP_SPRETEiJ_G0016624 #27	MGP_SPRETEiJ_G0016625 #26	MGP_SPRETEiJ_G0016626 #28	Kcnc2 (MGP_SPRETEiJ_G0016627)	Atxn7l3b (MGP_SPRETEiJ_G0016628)	MGP_SPRETEiJ_G0016629	Trhde (MGP_SPRETEiJ_G0016630)	Tph2 (MGP_SPRETEiJ_G0016631)	Tbc1d15 (MGP_SPRETEiJ_G0016632)	Rab21 (MGP_SPRETEiJ_G0016633)	Tmem19 (MGP_SPRETEiJ_G0016634)	Thap2 (MGP_SPRETEiJ_G0016635)
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	1	Acss3 (MGP_CAROLIEiJ_G0015783)	Lin7a (MGP_CAROLIEiJ_G0015784)	Myf5 (MGP_CAROLIEiJ_G0015785)	Myf6 (MGP_CAROLIEiJ_G0015786)	Ptprq (MGP_CAROLIEiJ_G0015787)	Otogl (MGP_CAROLIEiJ_G0015788)	Ppp1r12a (MGP_CAROLIEiJ_G0015789)	MGP_CAROLIEiJ_G0015790	Syt1 (MGP_CAROLIEiJ_G0015791)	Nav3 (MGP_CAROLIEiJ_G0015792)	E2f7 (MGP_CAROLIEiJ_G0015793)	Csrp2 (MGP_CAROLIEiJ_G0015794)	Zdhhc17 (MGP_CAROLIEiJ_G0015795)	Osbpl8 (MGP_CAROLIEiJ_G0015796)	Bbs10 (MGP_CAROLIEiJ_G0015797)	Nap1l1 (MGP_CAROLIEiJ_G0015798) #22	Phlda1 (MGP_CAROLIEiJ_G0015799) #23	Krr1 (MGP_CAROLIEiJ_G0015800) #24	Glipr1 (MGP_CAROLIEiJ_G0015801) #25	Glipr1l2 (MGP_CAROLIEiJ_G0015802) #26	MGP_CAROLIEiJ_G0015803 #27	Caps2 (MGP_CAROLIEiJ_G0015804) #28	Kcnc2 (MGP_CAROLIEiJ_G0015805)	Atxn7l3b (MGP_CAROLIEiJ_G0015806)	MGP_CAROLIEiJ_G0015807	Trhde (MGP_CAROLIEiJ_G0015808)	Tph2 (MGP_CAROLIEiJ_G0015809)	Tbc1d15 (MGP_CAROLIEiJ_G0015810)	Rab21 (MGP_CAROLIEiJ_G0015811)	Tmem19 (MGP_CAROLIEiJ_G0015812)	Thap2 (MGP_CAROLIEiJ_G0015813)
Shrew mouse	MODERN SPECIES	22	Acss3 (MGP_PahariEiJ_G0031304)	Lin7a (MGP_PahariEiJ_G0031303)	Myf5 (MGP_PahariEiJ_G0031302)	Myf6 (MGP_PahariEiJ_G0031301)	Ptprq (MGP_PahariEiJ_G0031300)	MGP_PahariEiJ_G0031299	Ppp1r12a (MGP_PahariEiJ_G0031298)	Pawr (MGP_PahariEiJ_G0031297)	Syt1 (MGP_PahariEiJ_G0031296)	MGP_PahariEiJ_G0031295	E2f7 (MGP_PahariEiJ_G0031294)	Csrp2 (MGP_PahariEiJ_G0031293)	Zdhhc17 (MGP_PahariEiJ_G0031292)	Osbpl8 (MGP_PahariEiJ_G0031291)	Bbs10 (MGP_PahariEiJ_G0031290)	MGP_PahariEiJ_G0031289 #22	Phlda1 (MGP_PahariEiJ_G0031288) #23	Krr1 (MGP_PahariEiJ_G0031287) #24	Glipr1 (MGP_PahariEiJ_G0031286) #25	Glipr1l2 (MGP_PahariEiJ_G0031285) #26	MGP_PahariEiJ_G0031284 #27	Caps2 (MGP_PahariEiJ_G0031283) #28	Kcnc2 (MGP_PahariEiJ_G0031282)	Atxn7l3b (MGP_PahariEiJ_G0031281)	MGP_PahariEiJ_G0031280	Trhde (MGP_PahariEiJ_G0031279)	Tph2 (MGP_PahariEiJ_G0031278)	Tbc1d15 (MGP_PahariEiJ_G0031277)	Rab21 (MGP_PahariEiJ_G0031276)	Tmem19 (MGP_PahariEiJ_G0031275)	Thap2 (MGP_PahariEiJ_G0031274)
Rodentia_A	DUPLICATION
Rodentia_A	DUPLICATION
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.hb.a #22
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.hb.a #22
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.hb.a #22
Alpin marmot	MODERN SPECIES	88	ENSMMMG00000021794	ENSMMMG00000021795	ENSMMMG00000021797	ENSMMMG00000021807	ENSMMMG00000021808	ENSMMMG00000021813	ENSMMMG00000021818	ENSMMMG00000021820	ENSMMMG00000021828	ENSMMMG00000021832	ENSMMMG00000021837	ENSMMMG00000021839	ENSMMMG00000021841	ZNF317 (ENSMMMG00000021845)	ENSMMMG00000021853	ENSMMMG00000021863 #22	ENSMMMG00000021865	ENSMMMG00000021871	ENSMMMG00000021876	ENSMMMG00000021879	ENSMMMG00000021883	ENSMMMG00000021886	ENSMMMG00000021888	ENSMMMG00000021896	ENSMMMG00000021904
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.hb.a #22
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	11	EAPP (ENSHGLG00000035378)	SNX6 (ENSHGLG00000002236)	CFL2 (ENSHGLG00000001467)	ENSHGLG00000047884	BAZ1A (ENSHGLG00000007236)	ENSHGLG00000000845	SRP54 (ENSHGLG00000002850)	FAM177A1 (ENSHGLG00000045828)	ENSHGLG00000002301	PRORP (ENSHGLG00000001372)	ENSHGLG00000000520	NFKBIA (ENSHGLG00000034266)	INSM2 (ENSHGLG00000049957)	RALGAPA1 (ENSHGLG00000001193)	ENSHGLG00000000511	ENSHGLG00000000299 #22	ENSHGLG00000046807	ENSHGLG00000041160	ENSHGLG00000001972	ENSHGLG00000045119	NKX2-1 (ENSHGLG00000035457)	NKX2-8 (ENSHGLG00000001507)	PAX9 (ENSHGLG00000002029)	ENSHGLG00000001239	PPP1R3E (ENSHGLG00000040376)	HOMEZ (ENSHGLG00000004788)	BCL2L2 (ENSHGLG00000003433)	ENSHGLG00000002927	SLC22A17 (ENSHGLG00000008654)	EFS (ENSHGLG00000006932)	IL25 (ENSHGLG00000018982)
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000192410	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a.hb.b #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429.x	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Hystricomorpha	DUPLICATION
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a.hb.b.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429.x	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Naked mole-rat female	DUPLICATION
Naked mole-rat female	DUPLICATION
Naked mole-rat female	DUPLICATION
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	5	ENSHGLG00000041918	SRI (ENSHGLG00000004441)	STEAP4 (ENSHGLG00000004401)	ENSHGLG00000043620	ZNF804B (ENSHGLG00000004228)	ENSHGLG00000033258	ENSHGLG00000004140	STEAP2 (ENSHGLG00000004036)	CFAP69 (ENSHGLG00000014643)	ENSHGLG00000050575	FAM237B (ENSHGLG00000032395)	GTPBP10 (ENSHGLG00000014579)	ENSHGLG00000048528	CLDN12 (ENSHGLG00000032369)	CDK14 (ENSHGLG00000017316)	ENSHGLG00000018138 #22	FZD1 (ENSHGLG00000016691)	MTERF1 (ENSHGLG00000036452)	AKAP9 (ENSHGLG00000016663)	CYP51A1 (ENSHGLG00000016647)	LRRD1 (ENSHGLG00000016636)	KRIT1 (ENSHGLG00000014048)	ANKIB1 (ENSHGLG00000013431)	GATAD1 (ENSHGLG00000013060)	PEX1 (ENSHGLG00000015029)	FAM133B (ENSHGLG00000014949)	ENSHGLG00000041177	CDK6 (ENSHGLG00000013892)	SAMD9 (ENSHGLG00000037413)	HEPACAM2 (ENSHGLG00000001360)	VPS50 (ENSHGLG00000001554)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	11	ENSHGLG00000009904	NEDD4 (ENSHGLG00000013198)	PRTG (ENSHGLG00000009677)	PYGO1 (ENSHGLG00000034526)	DNAAF4 (ENSHGLG00000015787)	ENSHGLG00000039905	CCPG1 (ENSHGLG00000012053)	PIGB (ENSHGLG00000011247)	ENSHGLG00000044214	RAB27A (ENSHGLG00000013717)	RSL24D1 (ENSHGLG00000043923)	ENSHGLG00000039454	UNC13C (ENSHGLG00000006768)	WDR72 (ENSHGLG00000010353)	ENSHGLG00000001410	ENSHGLG00000015901 #22	ONECUT1 (ENSHGLG00000046426)	FAM214A (ENSHGLG00000017408)	ARPP19 (ENSHGLG00000038794)	MYO5A (ENSHGLG00000013836)	MYO5C (ENSHGLG00000012305)	GNB5 (ENSHGLG00000012622)	ENSHGLG00000036414	MAPK6 (ENSHGLG00000018577)	LEO1 (ENSHGLG00000017678)	TMOD3 (ENSHGLG00000016880)	ENSHGLG00000034762	ENSHGLG00000040154	TMOD2 (ENSHGLG00000018596)	ENSHGLG00000014402	SCG3 (ENSHGLG00000019449)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	1	ENSHGLG00000032214	PDS5A (ENSHGLG00000012061)	ENSHGLG00000034269	N4BP2 (ENSHGLG00000009629)	RHOH (ENSHGLG00000046114)	CHRNA9 (ENSHGLG00000018575)	ENSHGLG00000049819	ENSHGLG00000016914	ENSHGLG00000047972	ENSHGLG00000050238	ENSHGLG00000048378	NSUN7 (ENSHGLG00000016415)	APBB2 (ENSHGLG00000010525)	UCHL1 (ENSHGLG00000010549)	ENSHGLG00000008342	ENSHGLG00000039353 #22	ENSHGLG00000048153	ENSHGLG00000042479	ENSHGLG00000019326	ENSHGLG00000015611	BEND4 (ENSHGLG00000015366)	ENSHGLG00000038031	SHISA3 (ENSHGLG00000039110)	ENSHGLG00000018277	ENSHGLG00000042309	ENSHGLG00000015230	ENSHGLG00000015195	ENSHGLG00000018558	ENSHGLG00000021380	ENSHGLG00000044739	ENSHGLG00000018524
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	8	SYT1 (ENSHGLG00000047548)	ENSHGLG00000042592	ENSHGLG00000010015	NAV3 (ENSHGLG00000012083)	E2F7 (ENSHGLG00000006491)	ENSHGLG00000008206	ENSHGLG00000009233	ENSHGLG00000004489	ENSHGLG00000044176	ENSHGLG00000008641	ENSHGLG00000033319	ENSHGLG00000039577	ENSHGLG00000008111	BBS10 (ENSHGLG00000041362)	ENSHGLG00000046259	ENSHGLG00000014189 #22	ENSHGLG00000045931	KRR1 (ENSHGLG00000004459) #24	GLIPR1 (ENSHGLG00000037317) #25	ENSHGLG00000037384	ENSHGLG00000049301	CAPS2 (ENSHGLG00000043754) #28	KCNC2 (ENSHGLG00000008212)	ATXN7L3B (ENSHGLG00000020493)	ENSHGLG00000046516	TRHDE (ENSHGLG00000008926)	TPH2 (ENSHGLG00000009477)	TBC1D15 (ENSHGLG00000012156)	ENSHGLG00000032222	ENSHGLG00000012420	ENSHGLG00000012561
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a.hb.b.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429.x	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Guinea pig	MODERN SPECIES	9	ACSS3 (ENSCPOG00000003451)	LIN7A (ENSCPOG00000001373)	MYF5 (ENSCPOG00000007766)	MYF6 (ENSCPOG00000030745)	PTPRQ (ENSCPOG00000031105)	OTOGL (ENSCPOG00000022231)	PPP1R12A (ENSCPOG00000004019)	PAWR (ENSCPOG00000002469)	SYT1 (ENSCPOG00000002054)	NAV3 (ENSCPOG00000015431)	E2F7 (ENSCPOG00000007375)	CSRP2 (ENSCPOG00000031460)	ZDHHC17 (ENSCPOG00000012534)	OSBPL8 (ENSCPOG00000001130)	BBS10 (ENSCPOG00000038158)	NAP1L1 (ENSCPOG00000019420) #22	PHLDA1 (ENSCPOG00000003245) #23	KRR1 (ENSCPOG00000014353) #24	GLIPR1 (ENSCPOG00000014351) #25	ENSCPOG00000013925 #26	ENSCPOG00000011301	GLIPR1L1 (ENSCPOG00000011726) #27	CAPS2 (ENSCPOG00000011709) #28	KCNC2 (ENSCPOG00000003474)	ATXN7L3B (ENSCPOG00000040398)	TRHDE (ENSCPOG00000007500)	ENSCPOG00000035901	TPH2 (ENSCPOG00000005406)	TBC1D15 (ENSCPOG00000004522)	RAB21 (ENSCPOG00000004741)	TMEM19 (ENSCPOG00000025019)
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a.hb.b.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429.x	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	112	MYF5 (ENSCLAG00000014410)	MYF6 (ENSCLAG00000013875)	PTPRQ (ENSCLAG00000012232)	OTOGL (ENSCLAG00000006526)	PPP1R12A (ENSCLAG00000006399)	PAWR (ENSCLAG00000008196)	SYT1 (ENSCLAG00000004862)	ENSCLAG00000005685	NAV3 (ENSCLAG00000012036)	E2F7 (ENSCLAG00000007164)	CSRP2 (ENSCLAG00000008899)	ZDHHC17 (ENSCLAG00000011124)	ENSCLAG00000017859	OSBPL8 (ENSCLAG00000010204)	BBS10 (ENSCLAG00000007902)	ENSCLAG00000005333 #22	PHLDA1 (ENSCLAG00000006934) #23	KRR1 (ENSCLAG00000005111) #24	GLIPR1 (ENSCLAG00000006364) #25	GLIPR1L2 (ENSCLAG00000006004) #26	GLIPR1L1 (ENSCLAG00000005153) #27	ENSCLAG00000004453 #28	KCNC2 (ENSCLAG00000009275)	ATXN7L3B (ENSCLAG00000017725)	TRHDE (ENSCLAG00000005841)	TPH2 (ENSCLAG00000005112)	TBC1D15 (ENSCLAG00000008349)	RAB21 (ENSCLAG00000014056)	ENSCLAG00000015447	THAP2 (ENSCLAG00000013769)	ZFC3H1 (ENSCLAG00000007646)
Degu	MODERN SPECIES	45	PTPRQ (ENSODEG00000007761)	OTOGL (ENSODEG00000007895)	PPP1R12A (ENSODEG00000009363)	ENSODEG00000019636	PAWR (ENSODEG00000008160)	ENSODEG00000007440	SYT1 (ENSODEG00000008387)	ENSODEG00000007970	NAV3 (ENSODEG00000010398)	ENSODEG00000008575	CSRP2 (ENSODEG00000008449)	ZDHHC17 (ENSODEG00000010670)	ENSODEG00000007367	OSBPL8 (ENSODEG00000007618)	BBS10 (ENSODEG00000007380)	ENSODEG00000007344 #22	PHLDA1 (ENSODEG00000019456) #23	ENSODEG00000006609	ENSODEG00000019616	ENSODEG00000007152 #24	GLIPR1 (ENSODEG00000008406) #25	ENSODEG00000019533	TMTC1 (ENSODEG00000007589)	ENSODEG00000006579	ERGIC2 (ENSODEG00000007081)	FAR2 (ENSODEG00000007215)	ENSODEG00000007549
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.hb.b.b #22
Naked mole-rat female	DUPLICATION
Naked mole-rat female	DUPLICATION
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES		ELFN1 (ENSHGLG00000013940)	PSMG3 (ENSHGLG00000050465)	TMEM184A (ENSHGLG00000018951)	MAFK (ENSHGLG00000044774)	INTS1 (ENSHGLG00000015162)	MICALL2 (ENSHGLG00000014977)	UNCX (ENSHGLG00000013399)	ZFAND2A (ENSHGLG00000036206)	GPER1 (ENSHGLG00000007436)	GPR146 (ENSHGLG00000007107)	C7orf50 (ENSHGLG00000042404)	CYP2W1 (ENSHGLG00000010718)	COX19 (ENSHGLG00000042958)	ADAP1 (ENSHGLG00000045392)	ENSHGLG00000006985	ENSHGLG00000035428 #22	SUN1 (ENSHGLG00000009193)	ENSHGLG00000034562	ENSHGLG00000046473	DNAAF5 (ENSHGLG00000013235)	PRKAR1B (ENSHGLG00000014913)	PDGFA (ENSHGLG00000048877)	ENSHGLG00000017258	ENSHGLG00000037489	ENSHGLG00000015772	ENSHGLG00000015548	ENSHGLG00000012970	ENSHGLG00000037255	ENSHGLG00000013408	ENSHGLG00000007740	ENSHGLG00000047366
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	26	RCC1 (ENSHGLG00000010563)	ENSHGLG00000010380	ENSHGLG00000032594	RAB42 (ENSHGLG00000010181)	ENSHGLG00000049224	GMEB1 (ENSHGLG00000012929)	ENSHGLG00000009933	OPRD1 (ENSHGLG00000011866)	EPB41 (ENSHGLG00000012118)	TMEM200B (ENSHGLG00000049796)	SRSF4 (ENSHGLG00000011842)	MECR (ENSHGLG00000012855)	ENSHGLG00000014761	ENSHGLG00000045877	ENSHGLG00000034685	ENSHGLG00000040884 #22	ENSHGLG00000018463	LAPTM5 (ENSHGLG00000011268)	SDC3 (ENSHGLG00000033191)	Pum1 (ENSHGLG00000013819)	NKAIN1 (ENSHGLG00000036969)	ENSHGLG00000016092	ENSHGLG00000019323	FABP3 (ENSHGLG00000010081)	SERINC2 (ENSHGLG00000011176)	TINAGL1 (ENSHGLG00000012932)	HCRTR1 (ENSHGLG00000013949)	PEF1 (ENSHGLG00000043182)	COL16A1 (ENSHGLG00000012914)	ADGRB2 (ENSHGLG00000019091)	SPOCD1 (ENSHGLG00000017620)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	8	ENSHGLG00000044103	ENSHGLG00000049773	ENSHGLG00000032190	ENSHGLG00000002363	ENSHGLG00000007558	ENSHGLG00000019577	ENSHGLG00000019365	ITGB7 (ENSHGLG00000005533)	ZNF740 (ENSHGLG00000042228)	CSAD (ENSHGLG00000003514)	SOAT2 (ENSHGLG00000001722)	IGFBP6 (ENSHGLG00000003596)	SPRYD3 (ENSHGLG00000003437)	ENSHGLG00000002678	ENSHGLG00000045323	ENSHGLG00000002516 #22	ENSHGLG00000019972	ENSHGLG00000001537	ENSHGLG00000037005	Krt8 (ENSHGLG00000001413)	KRT78 (ENSHGLG00000000919)	KRT79 (ENSHGLG00000000843)	KRT4 (ENSHGLG00000001911)	KRT76 (ENSHGLG00000001572)	ENSHGLG00000034753	KRT1 (ENSHGLG00000001162)	KRT73 (ENSHGLG00000001292)	KRT72 (ENSHGLG00000001158)	KRT74 (ENSHGLG00000001080)	KRT71 (ENSHGLG00000000999)	KRT5 (ENSHGLG00000000726)
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.hb.b.b #22
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.hb.b.b #22
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	239					ENSCLAG00000007776	ENSCLAG00000007828	PLXNB1 (ENSCLAG00000009647)	CCDC51 (ENSCLAG00000009171)	TMA7 (ENSCLAG00000009744)	ATRIP (ENSCLAG00000007685)	ENSCLAG00000008547	TREX1 (ENSCLAG00000008862)	PFKFB4 (ENSCLAG00000009959)	ENSCLAG00000012526	UQCRC1 (ENSCLAG00000011523)	ENSCLAG00000009195 #22	SLC26A6 (ENSCLAG00000011172)	CELSR3 (ENSCLAG00000015824)	NCKIPSD (ENSCLAG00000010729)	IP6K2 (ENSCLAG00000016270)	PRKAR2A (ENSCLAG00000013198)	SLC25A20 (ENSCLAG00000006666)	ARIH2 (ENSCLAG00000007056)	P4HTM (ENSCLAG00000012640)	WDR6 (ENSCLAG00000013367)	DALRD3 (ENSCLAG00000010911)	IMPDH2 (ENSCLAG00000010876)	NDUFAF3 (ENSCLAG00000010367)	QRICH1 (ENSCLAG00000011484)	QARS1 (ENSCLAG00000009982)	USP19 (ENSCLAG00000009469)
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000192410	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a.hb.b #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775.ab #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429.x	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a.hb.b #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775.ab #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429.x	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Alpin marmot	DUPLICATION
Alpin marmot	MODERN SPECIES	11	PPFIA2 (ENSMMMG00000001244)	ACSS3 (ENSMMMG00000001391)	LIN7A (ENSMMMG00000001429)	MYF5 (ENSMMMG00000001446)	MYF6 (ENSMMMG00000001463)	PTPRQ (ENSMMMG00000001485)	OTOGL (ENSMMMG00000001599)	PPP1R12A (ENSMMMG00000001751)	SYT1 (ENSMMMG00000001991)	NAV3 (ENSMMMG00000002035)	E2F7 (ENSMMMG00000002119)	ENSMMMG00000002164	ZDHHC17 (ENSMMMG00000002185)	OSBPL8 (ENSMMMG00000002240)	BBS10 (ENSMMMG00000002273)	ENSMMMG00000002289 #22	PHLDA1 (ENSMMMG00000002474) #23	KRR1 (ENSMMMG00000002493) #24	GLIPR1 (ENSMMMG00000002546) #25	GLIPR1L2 (ENSMMMG00000002582) #26	GLIPR1L1 (ENSMMMG00000002592) #27	CAPS2 (ENSMMMG00000002609) #28	ENSMMMG00000002677	KCNC2 (ENSMMMG00000002683)	ENSMMMG00000002698	ATXN7L3B (ENSMMMG00000002707)	ENSMMMG00000002714	TRHDE (ENSMMMG00000002731)	TPH2 (ENSMMMG00000002761)	TBC1D15 (ENSMMMG00000002788)	RAB21 (ENSMMMG00000002825)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	199																ENSMMMG00000005930 #22
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a.hb.b #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775.ab #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00390000001376	ENSGT00390000008294.e.b.a.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429.x	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998
Squirrel	MODERN SPECIES	168										NAV3 (ENSSTOG00000012725)	E2F7 (ENSSTOG00000007887)	CSRP2 (ENSSTOG00000010876)	ZDHHC17 (ENSSTOG00000010869)	OSBPL8 (ENSSTOG00000011866)	BBS10 (ENSSTOG00000011855)	NAP1L1 (ENSSTOG00000003046) #22	PHLDA1 (ENSSTOG00000020332) #23	KRR1 (ENSSTOG00000003620) #24	GLIPR1 (ENSSTOG00000003613) #25	ENSSTOG00000024468 #26	GLIPR1L1 (ENSSTOG00000020403) #27	ENSSTOG00000003438 #28	ENSSTOG00000028374	KCNC2 (ENSSTOG00000004842)	ATXN7L3B (ENSSTOG00000023624)	TRHDE (ENSSTOG00000003761)	TPH2 (ENSSTOG00000002663)	TBC1D15 (ENSSTOG00000002639)	RAB21 (ENSSTOG00000011609)	TMEM19 (ENSSTOG00000002706)	THAP2 (ENSSTOG00000002694)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	14	MYF5 (ENSSVLG00005025239)	MYF6 (ENSSVLG00005025222)	PTPRQ (ENSSVLG00005025041)	OTOGL (ENSSVLG00005024601)	PPP1R12A (ENSSVLG00005024407)	PAWR (ENSSVLG00005024360)	SYT1 (ENSSVLG00005024299)	NAV3 (ENSSVLG00005023837)	ENSSVLG00005023728	E2F7 (ENSSVLG00005023615)	ENSSVLG00005023521	ZDHHC17 (ENSSVLG00005023480)	OSBPL8 (ENSSVLG00005023307)	ENSSVLG00005023266	BBS10 (ENSSVLG00005023257)	NAP1L1 (ENSSVLG00005023160) #22	ENSSVLG00005023108	KRR1 (ENSSVLG00005023069) #24	GLIPR1 (ENSSVLG00005023023) #25	ENSSVLG00005023001	GLIPR1L2 (ENSSVLG00005022916) #26	GLIPR1L1 (ENSSVLG00005022861) #27	CAPS2 (ENSSVLG00005022512) #28	KCNC2 (ENSSVLG00005022353)	ATXN7L3B (ENSSVLG00005022316)	ENSSVLG00005022278	TRHDE (ENSSVLG00005022145)	TPH2 (ENSSVLG00005021996)	TBC1D15 (ENSSVLG00005021829)	ENSSVLG00005021775	RAB21 (ENSSVLG00005021742)
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.ib #22
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.ib #22
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.ib #22
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.ib #22
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	81			ENSUPAG00010021241	ENSUPAG00010021216	OCLN (ENSUPAG00010021180)	MARVELD2 (ENSUPAG00010021167)	RAD17 (ENSUPAG00010021136)	ENSUPAG00010021125	CCDC125 (ENSUPAG00010021103)	CDK7 (ENSUPAG00010021083)	MRPS36 (ENSUPAG00010021078)	CENPH (ENSUPAG00010021074)	CCNB1 (ENSUPAG00010021060)	SLC30A5 (ENSUPAG00010021029)	PIK3R1 (ENSUPAG00010020989)	ENSUPAG00010020950 #22	CD180 (ENSUPAG00010020935)	MAST4 (ENSUPAG00010020888)	ENSUPAG00010020848	ERBIN (ENSUPAG00010019927)	NLN (ENSUPAG00010019910)	SGTB (ENSUPAG00010019906)	TRAPPC13 (ENSUPAG00010019866)	TRIM23 (ENSUPAG00010019824)	PPWD1 (ENSUPAG00010019815)	CENPK (ENSUPAG00010019808)	ADAMTS6 (ENSUPAG00010019775)	CWC27 (ENSUPAG00010019767)	SREK1IP1 (ENSUPAG00010019763)	SHISAL2B (ENSUPAG00010019757)	RGS7BP (ENSUPAG00010019751)
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.ib #22
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.ib #22
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.ib #22
Degu	MODERN SPECIES	212															PCDH19 (ENSODEG00000002228)	ENSODEG00000002249 #22	ENSODEG00000002256	ENSODEG00000018903	ENSODEG00000002279	TNMD (ENSODEG00000002287)	TSPAN6 (ENSODEG00000002305)	SRPX2 (ENSODEG00000001636)	SYTL4 (ENSODEG00000001791)	CSTF2 (ENSODEG00000002059)	NOX1 (ENSODEG00000002168)	XKRX (ENSODEG00000002306)	ENSODEG00000002348	ENSODEG00000002396	ENSODEG00000002456	ENSODEG00000018857	DRP2 (ENSODEG00000002550)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	25	ENSHGLG00000018243	CDKN2AIP (ENSHGLG00000034491)	ING2 (ENSHGLG00000009825)	RWDD4 (ENSHGLG00000017188)	TRAPPC11 (ENSHGLG00000015695)	STOX2 (ENSHGLG00000016104)	ENPP6 (ENSHGLG00000018912)	IRF2 (ENSHGLG00000034854)	ENSHGLG00000032894	PRIMPOL (ENSHGLG00000003784)	ENSHGLG00000005399	ACSL1 (ENSHGLG00000003274)	ENSHGLG00000046299	HELT (ENSHGLG00000004604)	ENSHGLG00000046242	ENSHGLG00000037314 #22	SLC25A4 (ENSHGLG00000039769)	CFAP97 (ENSHGLG00000003876)	ENSHGLG00000005343	ENSHGLG00000036806	ENSHGLG00000049813	ANKRD37 (ENSHGLG00000038362)	ENSHGLG00000003584	C4orf47 (ENSHGLG00000004232)	ENSHGLG00000007542	PDLIM3 (ENSHGLG00000014907)	ENSHGLG00000037742	SORBS2 (ENSHGLG00000018081)	TLR3 (ENSHGLG00000007824)	ENSHGLG00000013878	FAM149A (ENSHGLG00000015518)
Primates	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000192410	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00910000147024	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000192410	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00910000147024	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Tarsier	MODERN SPECIES	5311															ENSTSYG00000032845	NAP1L1 (ENSTSYG00000004487) #22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000192410	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00910000147024	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000192410	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00910000147024	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000192410	ENSGT00390000002417	ENSGT00880000138028.b.b.b	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00910000147024	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Gibbon	MODERN SPECIES		MYF5 (ENSNLEG00000005207)	MYF6 (ENSNLEG00000032583)	PTPRQ (ENSNLEG00000005154)	OTOGL (ENSNLEG00000005115)	PPP1R12A (ENSNLEG00000005041)	PAWR (ENSNLEG00000005035)	SYT1 (ENSNLEG00000004995)	NAV3 (ENSNLEG00000004917)	E2F7 (ENSNLEG00000004897)	ENSNLEG00000028737	ENSNLEG00000004885	ZDHHC17 (ENSNLEG00000004841)	OSBPL8 (ENSNLEG00000004750)	BBS10 (ENSNLEG00000004748)	ENSNLEG00000031630	NAP1L1 (ENSNLEG00000004682) #22	ENSNLEG00000004680 #23	KRR1 (ENSNLEG00000004647) #24	GLIPR1 (ENSNLEG00000004629) #25	GLIPR1L2 (ENSNLEG00000004622) #26	GLIPR1L1 (ENSNLEG00000004609) #27	CAPS2 (ENSNLEG00000004582) #28	KCNC2 (ENSNLEG00000004570)	ATXN7L3B (ENSNLEG00000018759)	TRHDE (ENSNLEG00000004517)	TPH2 (ENSNLEG00000004490)	TBC1D15 (ENSNLEG00000004430)	RAB21 (ENSNLEG00000004425)	TMEM19 (ENSNLEG00000004410)	THAP2 (ENSNLEG00000004398)	ZFC3H1 (ENSNLEG00000004372)
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000192410	ENSGT00390000002417	ENSGT00880000138028.b.b.b	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00910000147072	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00910000147024	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998
Orangutan	MODERN SPECIES	3	PTPRQ (ENSPPYG00000041069)	OTOGL (ENSPPYG00000004797)	PPP1R12A (ENSPPYG00000004796)	ENSPPYG00000025853	PAWR (ENSPPYG00000004795)	SYT1 (ENSPPYG00000004794)	ENSPPYG00000004793	NAV3 (ENSPPYG00000004792)	E2F7 (ENSPPYG00000004791)	ENSPPYG00000031243	ZDHHC17 (ENSPPYG00000004789)	OSBPL8 (ENSPPYG00000004788)	ENSPPYG00000037353	BBS10 (ENSPPYG00000004787)	ENSPPYG00000032561	NAP1L1 (ENSPPYG00000004786) #22	ENSPPYG00000038710	PHLDA1 (ENSPPYG00000041713) #23	KRR1 (ENSPPYG00000004785) #24	GLIPR1 (ENSPPYG00000004784) #25	GLIPR1L2 (ENSPPYG00000004783) #26	GLIPR1L1 (ENSPPYG00000004782) #27	CAPS2 (ENSPPYG00000004781) #28	KCNC2 (ENSPPYG00000004780)	ENSPPYG00000041736	ENSPPYG00000037294	TRHDE (ENSPPYG00000004779)	TPH2 (ENSPPYG00000004777)	TBC1D15 (ENSPPYG00000004776)	RAB21 (ENSPPYG00000030263)	TMEM19 (ENSPPYG00000004775)
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00880000138028.b.b.b	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00910000147024	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00880000138028.b.b.b	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00910000147024	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Human	MODERN SPECIES	3	ACSS3 (ENSG00000111058)	LIN7A (ENSG00000111052)	MYF5 (ENSG00000111049)	MYF6 (ENSG00000111046)	PTPRQ (ENSG00000139304)	OTOGL (ENSG00000165899)	PPP1R12A (ENSG00000058272)	PAWR (ENSG00000177425)	SYT1 (ENSG00000067715)	NAV3 (ENSG00000067798)	E2F7 (ENSG00000165891)	CSRP2 (ENSG00000175183)	ZDHHC17 (ENSG00000186908)	OSBPL8 (ENSG00000091039)	BBS10 (ENSG00000179941)	NAP1L1 (ENSG00000187109) #22	PHLDA1 (ENSG00000139289) #23	KRR1 (ENSG00000111615) #24	GLIPR1 (ENSG00000139278) #25	GLIPR1L2 (ENSG00000180481) #26	GLIPR1L1 (ENSG00000173401) #27	CAPS2 (ENSG00000180881) #28	KCNC2 (ENSG00000166006)	ATXN7L3B (ENSG00000253719)	TRHDE (ENSG00000072657)	TPH2 (ENSG00000139287)	TBC1D15 (ENSG00000121749)	RAB21 (ENSG00000080371)	TMEM19 (ENSG00000139291)	THAP2 (ENSG00000173451)	ZFC3H1 (ENSG00000133858)
Pan	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000155142.i.a.a	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154389.b.e	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00950000182922.a.a.a.b.a.b.a.b.b.a	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00880000138028.b.b.b	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00910000147024	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Chimpanzee	MODERN SPECIES	3	PAWR (ENSPTRG00000005250)	SYT1 (ENSPTRG00000024064)	ENSPTRG00000050322	ENSPTRG00000044151	ENSPTRG00000046920	NAV3 (ENSPTRG00000005247)	E2F7 (ENSPTRG00000005245)	ENSPTRG00000051009	CSRP2 (ENSPTRG00000005244)	ZDHHC17 (ENSPTRG00000005243)	ENSPTRG00000048649	ENSPTRG00000045883	OSBPL8 (ENSPTRG00000005242)	BBS10 (ENSPTRG00000005241)	ENSPTRG00000043245	NAP1L1 (ENSPTRG00000005240) #22	PHLDA1 (ENSPTRG00000043613) #23	KRR1 (ENSPTRG00000005238) #24	GLIPR1 (ENSPTRG00000005237) #25	GLIPR1L2 (ENSPTRG00000005236) #26	GLIPR1L1 (ENSPTRG00000005234) #27	CAPS2 (ENSPTRG00000005233) #28	KCNC2 (ENSPTRG00000005232)	ENSPTRG00000048875	ATXN7L3B (ENSPTRG00000039132)	TRHDE (ENSPTRG00000005230)	TPH2 (ENSPTRG00000044968)	TBC1D15 (ENSPTRG00000005228)	RAB21 (ENSPTRG00000005227)	TMEM19 (ENSPTRG00000005226)	THAP2 (ENSPTRG00000005225)
Bonobo	MODERN SPECIES	3	OTOGL (ENSPPAG00000014085)	PPP1R12A (ENSPPAG00000030740)	PAWR (ENSPPAG00000043711)	SYT1 (ENSPPAG00000029261)	ENSPPAG00000028521	ENSPPAG00000015674	NAV3 (ENSPPAG00000036134)	E2F7 (ENSPPAG00000002532)	ENSPPAG00000042681	ENSPPAG00000042089	ZDHHC17 (ENSPPAG00000030097)	ENSPPAG00000040481	OSBPL8 (ENSPPAG00000043423)	BBS10 (ENSPPAG00000028532)	ENSPPAG00000043638	NAP1L1 (ENSPPAG00000043344) #22	PHLDA1 (ENSPPAG00000030521) #23	KRR1 (ENSPPAG00000011194) #24	GLIPR1 (ENSPPAG00000038902) #25	GLIPR1L2 (ENSPPAG00000038173) #26	GLIPR1L1 (ENSPPAG00000027759) #27	CAPS2 (ENSPPAG00000005409) #28	ENSPPAG00000040201	ATXN7L3B (ENSPPAG00000014779)	TRHDE (ENSPPAG00000036451)	TPH2 (ENSPPAG00000030636)	TBC1D15 (ENSPPAG00000042230)	RAB21 (ENSPPAG00000043593)	ENSPPAG00000035107	THAP2 (ENSPPAG00000031711)	ZFC3H1 (ENSPPAG00000029409)
Gorilla	DUPLICATION
Gorilla	MODERN SPECIES	3	PPP1R12A (ENSGGOG00000014574)	PAWR (ENSGGOG00000010093)	ENSGGOG00000022534	SYT1 (ENSGGOG00000024224)	ENSGGOG00000002908	NAV3 (ENSGGOG00000006574)	E2F7 (ENSGGOG00000012645)	ENSGGOG00000038839	ENSGGOG00000041578	ENSGGOG00000039704	ZDHHC17 (ENSGGOG00000023287)	ENSGGOG00000023867	OSBPL8 (ENSGGOG00000016140)	BBS10 (ENSGGOG00000023091)	ENSGGOG00000041304	NAP1L1 (ENSGGOG00000003883) #22	KRR1 (ENSGGOG00000013596) #24	GLIPR1 (ENSGGOG00000013591) #25	GLIPR1L2 (ENSGGOG00000024647) #26	GLIPR1L1 (ENSGGOG00000001021) #27	CAPS2 (ENSGGOG00000013620) #28	KCNC2 (ENSGGOG00000003896)	ENSGGOG00000038335	ATXN7L3B (ENSGGOG00000039836)	TRHDE (ENSGGOG00000011009)	TPH2 (ENSGGOG00000012963)	TBC1D15 (ENSGGOG00000013907)	RAB21 (ENSGGOG00000015218)	TMEM19 (ENSGGOG00000026275)	THAP2 (ENSGGOG00000036967)	ZFC3H1 (ENSGGOG00000025994)
Gorilla	MODERN SPECIES	4	SLC25A30 (ENSGGOG00000012295)	COG3 (ENSGGOG00000006014)	ERICH6B (ENSGGOG00000006343)	CBY2 (ENSGGOG00000010156)	SIAH3 (ENSGGOG00000001856)	ZC3H13 (ENSGGOG00000005496)	CPB2 (ENSGGOG00000002007)	LCP1 (ENSGGOG00000015581)	LRRC63 (ENSGGOG00000004589)	ENSGGOG00000042457	RUBCNL (ENSGGOG00000010430)	ENSGGOG00000040281	LRCH1 (ENSGGOG00000006833)	ESD (ENSGGOG00000041798)	HTR2A (ENSGGOG00000038568)	ENSGGOG00000040252 #22	SUCLA2 (ENSGGOG00000008224)	NUDT15 (ENSGGOG00000008232)	MED4 (ENSGGOG00000014132)	ITM2B (ENSGGOG00000006744)	RB1 (ENSGGOG00000016440)	ENSGGOG00000025744	LPAR6 (ENSGGOG00000015398)	RCBTB2 (ENSGGOG00000004291)	ENSGGOG00000043311	CYSLTR2 (ENSGGOG00000040254)	FNDC3A (ENSGGOG00000005701)	ENSGGOG00000042037	MLNR (ENSGGOG00000003817)	CDADC1 (ENSGGOG00000005192)	CAB39L (ENSGGOG00000000576)
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000155142.i.a.a	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000192410	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000017839.o.b.b.b.f	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00910000147024	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000155142.i.a.a	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000192410	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000017839.o.b.b.b.f	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00910000147024	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	2	MYF5 (ENSCSAG00000003889)	MYF6 (ENSCSAG00000003893)	PTPRQ (ENSCSAG00000003913)	OTOGL (ENSCSAG00000003939)	PPP1R12A (ENSCSAG00000003956)	PAWR (ENSCSAG00000003962)	SYT1 (ENSCSAG00000003971)	ENSCSAG00000018914	ENSCSAG00000018912	ENSCSAG00000003979	E2F7 (ENSCSAG00000003998)	CSRP2 (ENSCSAG00000004009)	ZDHHC17 (ENSCSAG00000004014)	OSBPL8 (ENSCSAG00000004024)	BBS10 (ENSCSAG00000004028)	NAP1L1 (ENSCSAG00000004030) #22	ENSCSAG00000018909	KRR1 (ENSCSAG00000004034) #24	GLIPR1 (ENSCSAG00000004038) #25	GLIPR1L2 (ENSCSAG00000004041) #26	GLIPR1L1 (ENSCSAG00000004045) #27	CAPS2 (ENSCSAG00000004056) #28	KCNC2 (ENSCSAG00000004064)	ATXN7L3B (ENSCSAG00000018907)	TRHDE (ENSCSAG00000004072)	TBC1D15 (ENSCSAG00000004078)	RAB21 (ENSCSAG00000004081)	TMEM19 (ENSCSAG00000004088)	THAP2 (ENSCSAG00000004092)	ZFC3H1 (ENSCSAG00000004100)	LGR5 (ENSCSAG00000004119)
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000155142.i.a.a	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00390000009168.hb	ENSGT01050000244986.b.b.d.a.a.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000192410	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000017839.o.b.b.b.f	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00910000147024	ENSGT00940000162576	ENSGT00410000025695.a.n.b	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786
Macaca	DUPLICATION
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00910000147454	ENSGT00950000183030.m.a.a.b.b.a.b.a	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00390000009168.hb	ENSGT01050000244986.b.b.d.a.a.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000192410	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a.lb #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00910000147024	ENSGT00940000162576	ENSGT00410000025695.a.n.b	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00940000161627.a.a.a.a.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b.a.a.b.a.b.c.b	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00950000183030.m.a.a.b.b.a.b.a	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000161627.a.a.a.a.b.a.a.a.b.c.a.a.a.b	ENSGT01050000245239.a.a	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT01030000234542.b.a.a.a.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT01050000244986.b.b.d.a.a.b.a	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a.lb #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000164709.a.b.b.a.b.b.a.a.a.b	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Rhesus	MODERN SPECIES	2	SYT1 (ENSMMUG00000005530)	ENSMMUG00000060137	ENSMMUG00000051304	ENSMMUG00000058640	NAV3 (ENSMMUG00000021329)	ENSMMUG00000060140	ENSMMUG00000055171	ENSMMUG00000059985	E2F7 (ENSMMUG00000022846)	ENSMMUG00000052719	CSRP2 (ENSMMUG00000018257)	ZDHHC17 (ENSMMUG00000018254)	ENSMMUG00000057698	OSBPL8 (ENSMMUG00000017864)	BBS10 (ENSMMUG00000056087)	NAP1L1 (ENSMMUG00000015583) #22	PHLDA1 (ENSMMUG00000064103) #23	ENSMMUG00000053099	KRR1 (ENSMMUG00000009640) #24	GLIPR1L2 (ENSMMUG00000012290) #26	GLIPR1L1 (ENSMMUG00000012289) #27	CAPS2 (ENSMMUG00000012288) #28	KCNC2 (ENSMMUG00000012362)	ENSMMUG00000051853	ATXN7L3B (ENSMMUG00000064647)	ENSMMUG00000055294	ENSMMUG00000050112	TRHDE (ENSMMUG00000014775)	TPH2 (ENSMMUG00000007730)	TBC1D15 (ENSMMUG00000007727)	RAB21 (ENSMMUG00000040380)
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	517	ENSMNEG00000038165	ENSMNEG00000037055	ENSMNEG00000028899	ENSMNEG00000026858	ENSMNEG00000009689	ENSMNEG00000000985	NAV3 (ENSMNEG00000043424)	E2F7 (ENSMNEG00000025875)	CSRP2 (ENSMNEG00000030922)	ZDHHC17 (ENSMNEG00000028456)	ENSMNEG00000035026	ENSMNEG00000032096	OSBPL8 (ENSMNEG00000028835)	ENSMNEG00000030308	BBS10 (ENSMNEG00000040224)	NAP1L1 (ENSMNEG00000035793) #22	PHLDA1 (ENSMNEG00000033607) #23	ENSMNEG00000040738	ENSMNEG00000045114	ENSMNEG00000034922 #24	GLIPR1 (ENSMNEG00000044536) #25	GLIPR1L2 (ENSMNEG00000044396) #26	GLIPR1L1 (ENSMNEG00000028603) #27	CAPS2 (ENSMNEG00000011146) #28	KCNC2 (ENSMNEG00000035997)	ENSMNEG00000002104	ATXN7L3B (ENSMNEG00000006304)	ENSMNEG00000035574	TRHDE (ENSMNEG00000038410)	TPH2 (ENSMNEG00000036855)	TBC1D15 (ENSMNEG00000044834)
Macaca	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.mb #22
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.mb #22
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	2	ENSMFAG00000000157	ENSMFAG00000034379	ENSMFAG00000034925	NAV3 (ENSMFAG00000044289)	ENSMFAG00000059233	ENSMFAG00000060207	ENSMFAG00000065572	E2F7 (ENSMFAG00000000355)	CSRP2 (ENSMFAG00000033853)	ZDHHC17 (ENSMFAG00000042288)	ENSMFAG00000034161	ENSMFAG00000047389	ENSMFAG00000057937	OSBPL8 (ENSMFAG00000036321)	BBS10 (ENSMFAG00000033883)	NAP1L1 (ENSMFAG00000001457) #22	PHLDA1 (ENSMFAG00000001119) #23	ENSMFAG00000053039	ENSMFAG00000032969	ENSMFAG00000001123	KRR1 (ENSMFAG00000000042) #24	GLIPR1 (ENSMFAG00000003978) #25	GLIPR1L1 (ENSMFAG00000031259) #27	CAPS2 (ENSMFAG00000038272) #28	KCNC2 (ENSMFAG00000032844)	ENSMFAG00000060772	ENSMFAG00000051484	ENSMFAG00000060704	ENSMFAG00000060154	TRHDE (ENSMFAG00000044278)	TPH2 (ENSMFAG00000035804)
Rhesus	MODERN SPECIES		ENSMMUG00000018263	ADGRL4 (ENSMMUG00000023345)	IFI44 (ENSMMUG00000002350)	IFI44L (ENSMMUG00000001569)	PTGFR (ENSMMUG00000010594)	GIPC2 (ENSMMUG00000049326)	DNAJB4 (ENSMMUG00000050425)	FUBP1 (ENSMMUG00000002899)	NEXN (ENSMMUG00000010352)	ENSMMUG00000062662	MIGA1 (ENSMMUG00000011987)	USP33 (ENSMMUG00000018326)	ZZZ3 (ENSMMUG00000063855)	AK5 (ENSMMUG00000020218)	ENSMMUG00000053069	ENSMMUG00000020200 #22	PIGK (ENSMMUG00000020217)	ST6GALNAC5 (ENSMMUG00000005994)	ENSMMUG00000047939	ST6GALNAC3 (ENSMMUG00000005990)	ASB17 (ENSMMUG00000018695)	MSH4 (ENSMMUG00000000875)	RABGGTB (ENSMMUG00000000873)	ACADM (ENSMMUG00000007220)	ENSMMUG00000054727	SLC44A5 (ENSMMUG00000017907)	LHX8 (ENSMMUG00000005287)	TYW3 (ENSMMUG00000014595)	CRYZ (ENSMMUG00000019493)	FPGT (ENSMMUG00000019488)	LRRC53 (ENSMMUG00000042455)
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000155142.i.a.a	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00390000009168.hb	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000158854.ab.a	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00410000025695.a.n.b	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998
Olive baboon	MODERN SPECIES	19	OTOGL (ENSPANG00000012907)	ENSPANG00000047805	PPP1R12A (ENSPANG00000026354)	PAWR (ENSPANG00000009557)	SYT1 (ENSPANG00000009048)	ENSPANG00000040020	ENSPANG00000015985	ENSPANG00000043139	NAV3 (ENSPANG00000007911)	E2F7 (ENSPANG00000004929)	CSRP2 (ENSPANG00000023047)	ZDHHC17 (ENSPANG00000004050)	ENSPANG00000028903	OSBPL8 (ENSPANG00000009379)	BBS10 (ENSPANG00000026355)	NAP1L1 (ENSPANG00000009165) #22	PHLDA1 (ENSPANG00000013115) #23	ENSPANG00000048738	ENSPANG00000047595	ENSPANG00000031665	KRR1 (ENSPANG00000019085) #24	GLIPR1 (ENSPANG00000005562) #25	GLIPR1L2 (ENSPANG00000036151) #26	GLIPR1L1 (ENSPANG00000032562) #27	CAPS2 (ENSPANG00000017443) #28	KCNC2 (ENSPANG00000025710)	ATXN7L3B (ENSPANG00000006847)	ENSPANG00000044875	TRHDE (ENSPANG00000007912)	TPH2 (ENSPANG00000011239)	TBC1D15 (ENSPANG00000009049)
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000155142.i.a.a	ENSGT00390000003133.i.a	ENSGT00940000163914.c.a	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00390000009168.hb	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000158854.ab.a	ENSGT00390000018052.k	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00410000025695.a.n.b	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	582	PAWR (ENSCATG00000034935)	SYT1 (ENSCATG00000033541)	ENSCATG00000044466	ENSCATG00000040529	ENSCATG00000017337	NAV3 (ENSCATG00000032040)	E2F7 (ENSCATG00000035481)	CSRP2 (ENSCATG00000040566)	ZDHHC17 (ENSCATG00000040479)	ENSCATG00000044128	ENSCATG00000039522	ENSCATG00000005498	OSBPL8 (ENSCATG00000036635)	BBS10 (ENSCATG00000042101)	ENSCATG00000039964	NAP1L1 (ENSCATG00000032285) #22	ENSCATG00000010102	ENSCATG00000040362	KRR1 (ENSCATG00000038219) #24	GLIPR1 (ENSCATG00000007700) #25	GLIPR1L2 (ENSCATG00000032595) #26	GLIPR1L1 (ENSCATG00000035838) #27	CAPS2 (ENSCATG00000044038) #28	KCNC2 (ENSCATG00000034752)	ATXN7L3B (ENSCATG00000002045)	ENSCATG00000033580	TRHDE (ENSCATG00000005594)	TPH2 (ENSCATG00000037085)	ENSCATG00000033175	TBC1D15 (ENSCATG00000032820)	RAB21 (ENSCATG00000029219)
Drill	DUPLICATION
Drill	MODERN SPECIES	821	ENSMLEG00000037266	ENSMLEG00000014509	ENSMLEG00000028959	ENSMLEG00000035186	ENSMLEG00000020902	ENSMLEG00000034369	ENSMLEG00000027815	NAV3 (ENSMLEG00000033553)	E2F7 (ENSMLEG00000040254)	CSRP2 (ENSMLEG00000041421)	ZDHHC17 (ENSMLEG00000009010)	ENSMLEG00000042240	ENSMLEG00000040060	OSBPL8 (ENSMLEG00000035972)	BBS10 (ENSMLEG00000042359)	NAP1L1 (ENSMLEG00000044434) #22	PHLDA1 (ENSMLEG00000037110) #23	ENSMLEG00000027928	ENSMLEG00000039434	ENSMLEG00000042283	KRR1 (ENSMLEG00000037074) #24	GLIPR1 (ENSMLEG00000037327) #25	GLIPR1L2 (ENSMLEG00000040765) #26	GLIPR1L1 (ENSMLEG00000020393) #27
Drill	MODERN SPECIES	1380	EI24 (ENSMLEG00000041112)	STT3A (ENSMLEG00000027470)	CHEK1 (ENSMLEG00000032859)	ACRV1 (ENSMLEG00000033433)	PATE1 (ENSMLEG00000028089)	PATE2 (ENSMLEG00000034068)	PATE3 (ENSMLEG00000033109)	ENSMLEG00000032059	PATE4 (ENSMLEG00000036145)	ENSMLEG00000003295	HYLS1 (ENSMLEG00000018345)	PUS3 (ENSMLEG00000029053)	DDX25 (ENSMLEG00000041703)	VSIG10L2 (ENSMLEG00000031705)	CDON (ENSMLEG00000038907)	ENSMLEG00000034453 #22	RPUSD4 (ENSMLEG00000042461)	FAM118B (ENSMLEG00000003442)	SRPRA (ENSMLEG00000043404)	FOXRED1 (ENSMLEG00000038609)	TIRAP (ENSMLEG00000043606)	DCPS (ENSMLEG00000028091)	ST3GAL4 (ENSMLEG00000035571)	KIRREL3 (ENSMLEG00000040698)
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	358									ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1031										E2F7 (ENSRROG00000031867)	CSRP2 (ENSRROG00000031526)	ZDHHC17 (ENSRROG00000039872)	OSBPL8 (ENSRROG00000042405)	BBS10 (ENSRROG00000028824)	ENSRROG00000014250	NAP1L1 (ENSRROG00000026775) #22	ENSRROG00000033201	PHLDA1 (ENSRROG00000007029) #23	ENSRROG00000024996	ENSRROG00000037708	KRR1 (ENSRROG00000029658) #24	GLIPR1 (ENSRROG00000043395) #25	ENSRROG00000041620	ENSRROG00000016846	GLIPR1L2 (ENSRROG00000017927) #26	GLIPR1L1 (ENSRROG00000039268) #27	CAPS2 (ENSRROG00000036265) #28	ENSRROG00000007078	KCNC2 (ENSRROG00000028887)
Black snub-nosed monkey	DUPLICATION
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	416							ENSRBIG00000044674	ENSRBIG00000044553	ENSRBIG00000035549	NAV3 (ENSRBIG00000032816)	E2F7 (ENSRBIG00000044218)	CSRP2 (ENSRBIG00000001565)	ZDHHC17 (ENSRBIG00000036627)	OSBPL8 (ENSRBIG00000042807)	BBS10 (ENSRBIG00000044840)	ENSRBIG00000044471 #22	ENSRBIG00000039726	PHLDA1 (ENSRBIG00000034999) #23	ENSRBIG00000034429	ENSRBIG00000029304	KRR1 (ENSRBIG00000033716) #24	GLIPR1 (ENSRBIG00000034588) #25	GLIPR1L2 (ENSRBIG00000040782) #26	GLIPR1L1 (ENSRBIG00000031640) #27
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1079	PKNOX2 (ENSRBIG00000030649)	FEZ1 (ENSRBIG00000037202)	EI24 (ENSRBIG00000043417)	ENSRBIG00000031450	ACRV1 (ENSRBIG00000024850)	PATE1 (ENSRBIG00000034227)	PATE2 (ENSRBIG00000031818)	PATE3 (ENSRBIG00000040327)	ENSRBIG00000044350	PATE4 (ENSRBIG00000032415)	PUS3 (ENSRBIG00000044456)	DDX25 (ENSRBIG00000034284)	VSIG10L2 (ENSRBIG00000015879)	CDON (ENSRBIG00000042477)	ENSRBIG00000029777	ENSRBIG00000042603 #22	RPUSD4 (ENSRBIG00000034842)	FAM118B (ENSRBIG00000035698)	SRPRA (ENSRBIG00000008702)	FOXRED1 (ENSRBIG00000028979)	TIRAP (ENSRBIG00000033374)	DCPS (ENSRBIG00000044049)	ST3GAL4 (ENSRBIG00000043825)	KIRREL3 (ENSRBIG00000034830)	HSP90AA1 (ENSRBIG00000040347)	DYNC1H1 (ENSRBIG00000039574)	ENSRBIG00000000471	PPP2R5C (ENSRBIG00000043322)	ENSRBIG00000039177	RTL1 (ENSRBIG00000029816)	ENSRBIG00000027768
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00910000148286	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.u.a.b	ENSGT00940000154980.u.a.a	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00910000147072.b	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Mas night monkey	DUPLICATION
Mas night monkey	MODERN SPECIES	1029														OSBPL8 (ENSANAG00000034185)	BBS10 (ENSANAG00000025268)	NAP1L1 (ENSANAG00000038286) #22	PHLDA1 (ENSANAG00000019844) #23	KRR1 (ENSANAG00000025895) #24	GLIPR1 (ENSANAG00000031131) #25	GLIPR1L2 (ENSANAG00000027474) #26	GLIPR1L1 (ENSANAG00000029186) #27	CAPS2 (ENSANAG00000029408) #28	KCNC2 (ENSANAG00000033192)	ENSANAG00000031750	ENSANAG00000031854	ATXN7L3B (ENSANAG00000003591)	ENSANAG00000038180	TRHDE (ENSANAG00000021382)	TPH2 (ENSANAG00000032498)	TBC1D15 (ENSANAG00000022369)	RAB21 (ENSANAG00000024371)
Mas night monkey	MODERN SPECIES	992					PCSK1 (ENSANAG00000029236)	ELL2 (ENSANAG00000037750)	GLRX (ENSANAG00000032892)	RHOBTB3 (ENSANAG00000022788)	ENSANAG00000038443	SPATA9 (ENSANAG00000036695)	RFESD (ENSANAG00000028769)	ARSK (ENSANAG00000022497)	SKIC3 (ENSANAG00000020245)	ENSANAG00000035578	ENSANAG00000031089	ENSANAG00000032979 #22	MCTP1 (ENSANAG00000020230)	ENSANAG00000021287	SLF1 (ENSANAG00000016908)	KIAA0825 (ENSANAG00000025687)	FAM172A (ENSANAG00000035869)	ENSANAG00000035483	NR2F1 (ENSANAG00000031992)	ENSANAG00000024012	ENSANAG00000033833	ENSANAG00000030581	ARRDC3 (ENSANAG00000025287)	ADGRV1 (ENSANAG00000015354)	LYSMD3 (ENSANAG00000026299)	POLR3G (ENSANAG00000005030)	MBLAC2 (ENSANAG00000025030)
Mas night monkey	MODERN SPECIES	249	RAB2A (ENSANAG00000035405)	CA8 (ENSANAG00000022483)	TOX (ENSANAG00000037539)	NSMAF (ENSANAG00000027618)	SDCBP (ENSANAG00000029608)	CYP7A1 (ENSANAG00000019928)	UBXN2B (ENSANAG00000034539)	ENSANAG00000038124	FAM110B (ENSANAG00000019375)	BPNT2 (ENSANAG00000021522)	ENSANAG00000002536	PENK (ENSANAG00000017945)	SDR16C5 (ENSANAG00000035994)	CHCHD7 (ENSANAG00000022037)	PLAG1 (ENSANAG00000023401)	ENSANAG00000027241 #22	ENSANAG00000024083	ENSANAG00000038097	LYN (ENSANAG00000021085)	TGS1 (ENSANAG00000035525)	TMEM68 (ENSANAG00000025144)	XKR4 (ENSANAG00000023443)	RP1 (ENSANAG00000026159)	ENSANAG00000035125	SOX17 (ENSANAG00000035193)	ENSANAG00000018191	KCNB2 (ENSANAG00000030632)	TERF1 (ENSANAG00000034933)	SBSPON (ENSANAG00000036555)	ENSANAG00000033829	ENSANAG00000036501
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.u.a.a	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00910000147072.b	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Marmoset	DUPLICATION
Marmoset	MODERN SPECIES	21	MYF6 (ENSCJAG00000081789)	PTPRQ (ENSCJAG00000019332)	OTOGL (ENSCJAG00000019323)	PPP1R12A (ENSCJAG00000019271)	PAWR (ENSCJAG00000019265)	SYT1 (ENSCJAG00000019262)	ENSCJAG00000078194	ENSCJAG00000078124	NAV3 (ENSCJAG00000019176)	E2F7 (ENSCJAG00000019162)	ENSCJAG00000019153	ZDHHC17 (ENSCJAG00000019075)	OSBPL8 (ENSCJAG00000001055)	BBS10 (ENSCJAG00000001113)	ENSCJAG00000078161	NAP1L1 (ENSCJAG00000001115) #22	PHLDA1 (ENSCJAG00000072700) #23	ENSCJAG00000075772	ENSCJAG00000077543	ENSCJAG00000070252	ENSCJAG00000077700	KRR1 (ENSCJAG00000001181) #24	ENSCJAG00000069534	GLIPR1L2 (ENSCJAG00000001222) #26	ENSCJAG00000083004	ENSCJAG00000076031	GLIPR1 (ENSCJAG00000001210) #25	CAPS2 (ENSCJAG00000001238) #28	KCNC2 (ENSCJAG00000001261)	ENSCJAG00000060734	ENSCJAG00000023388
Marmoset	MODERN SPECIES	6	ENSCJAG00000070490	ENSCJAG00000058149	ENSCJAG00000015479	TRNT1 (ENSCJAG00000015466)	ENSCJAG00000074141	IL5RA (ENSCJAG00000015437)	ENSCJAG00000086653	CNTN4 (ENSCJAG00000015394)	ENSCJAG00000023368	CNTN6 (ENSCJAG00000015346)	ENSCJAG00000084962	CHL1 (ENSCJAG00000015257)	ENSCJAG00000082047	ENSCJAG00000077178	CNTN3 (ENSCJAG00000015217)	ENSCJAG00000015202 #22	ENSCJAG00000080600	ENSCJAG00000070041	PDZRN3 (ENSCJAG00000015181)	ENSCJAG00000079111	PPP4R2 (ENSCJAG00000041360)	GXYLT2 (ENSCJAG00000015146)	ENSCJAG00000075002	SHQ1 (ENSCJAG00000015131)	RYBP (ENSCJAG00000053393)	ENSCJAG00000083199	ENSCJAG00000079742	ENSCJAG00000074041	PROK2 (ENSCJAG00000080226)	GPR27 (ENSCJAG00000040260)	ENSCJAG00000044237
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00550000074807.d	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT01100000263748	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980.u.a.a	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00910000147072.b	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088
Capuchin	MODERN SPECIES	67								ALCAM (ENSCCAG00000034808)	ENSCCAG00000036645	CBLB (ENSCCAG00000031829)	E2F7 (ENSCCAG00000020477)	CSRP2 (ENSCCAG00000027954)	ZDHHC17 (ENSCCAG00000024753)	ENSCCAG00000026832	BBS10 (ENSCCAG00000010754)	NAP1L1 (ENSCCAG00000030757) #22	ENSCCAG00000029133	PHLDA1 (ENSCCAG00000030384) #23	GLIPR1 (ENSCCAG00000033906) #25	KRR1 (ENSCCAG00000021457) #24	GLIPR1L2 (ENSCCAG00000021275) #26	GLIPR1L1 (ENSCCAG00000006107) #27	CAPS2 (ENSCCAG00000033136) #28	KCNC2 (ENSCCAG00000028917)	ENSCCAG00000000428	ENSCCAG00000010640	ATXN7L3B (ENSCCAG00000032292)	ENSCCAG00000024692
Bolivian squirrel monkey	DUPLICATION
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	51	SCML2 (ENSSBOG00000023475)	CDKL5 (ENSSBOG00000034927)	RS1 (ENSSBOG00000022074)	PPEF1 (ENSSBOG00000025564)	PHKA2 (ENSSBOG00000028848)	ADGRG2 (ENSSBOG00000036029)	PDHA1 (ENSSBOG00000021023)	MAP3K15 (ENSSBOG00000023444)	ENSSBOG00000026951	ENSSBOG00000036210	BCLAF3 (ENSSBOG00000031024)	MAP7D2 (ENSSBOG00000029797)	ENSSBOG00000031558	ENSSBOG00000029635	RPS6KA3 (ENSSBOG00000034830)	ENSSBOG00000018382 #22	CNKSR2 (ENSSBOG00000029741)	SMPX (ENSSBOG00000033495)	MBTPS2 (ENSSBOG00000029363)	SMS (ENSSBOG00000024222)	ENSSBOG00000000154	PHEX (ENSSBOG00000035899)	ENSSBOG00000022205	ENSSBOG00000017959	PTCHD1 (ENSSBOG00000022861)	PRDX4 (ENSSBOG00000026851)	ACOT9 (ENSSBOG00000035947)	SAT1 (ENSSBOG00000023952)	ENSSBOG00000023578	CXorf58 (ENSSBOG00000023363)	KLHL15 (ENSSBOG00000011468)
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	67	MYF6 (ENSSBOG00000021822)	PTPRQ (ENSSBOG00000027538)	OTOGL (ENSSBOG00000033681)	ENSSBOG00000026289	PPP1R12A (ENSSBOG00000033660)	PAWR (ENSSBOG00000025731)	SYT1 (ENSSBOG00000033271)	ENSSBOG00000025849	ENSSBOG00000036163	NAV3 (ENSSBOG00000036099)	E2F7 (ENSSBOG00000028674)	ENSSBOG00000014459	ZDHHC17 (ENSSBOG00000036173)	OSBPL8 (ENSSBOG00000030671)	BBS10 (ENSSBOG00000022169)	ENSSBOG00000034714 #22	KRR1 (ENSSBOG00000029569) #24	GLIPR1 (ENSSBOG00000033770) #25	ENSSBOG00000025791	GLIPR1L2 (ENSSBOG00000027126) #26	GLIPR1L1 (ENSSBOG00000033891) #27	CAPS2 (ENSSBOG00000018991) #28	KCNC2 (ENSSBOG00000022617)	ATXN7L3B (ENSSBOG00000006505)	TRHDE (ENSSBOG00000029813)	TPH2 (ENSSBOG00000029996)	TBC1D15 (ENSSBOG00000031133)	RAB21 (ENSSBOG00000031540)	TMEM19 (ENSSBOG00000020771)	THAP2 (ENSSBOG00000025208)	ZFC3H1 (ENSSBOG00000032676)
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394.b	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Bushbaby	DUPLICATION
Bushbaby	MODERN SPECIES	122	LIN7A (ENSOGAG00000004616)	MYF5 (ENSOGAG00000001039)	MYF6 (ENSOGAG00000001038)	PTPRQ (ENSOGAG00000025362)	OTOGL (ENSOGAG00000030466)	PPP1R12A (ENSOGAG00000010740)	PAWR (ENSOGAG00000027944)	SYT1 (ENSOGAG00000009943)	NAV3 (ENSOGAG00000010604)	ENSOGAG00000030290	E2F7 (ENSOGAG00000010821)	CSRP2 (ENSOGAG00000013999)	ZDHHC17 (ENSOGAG00000013994)	OSBPL8 (ENSOGAG00000017084)	BBS10 (ENSOGAG00000025855)	NAP1L1 (ENSOGAG00000010319) #22	PHLDA1 (ENSOGAG00000010317) #23	ENSOGAG00000010313 #24	GLIPR1 (ENSOGAG00000010309) #25	GLIPR1L2 (ENSOGAG00000010303) #26	ENSOGAG00000010299 #27	CAPS2 (ENSOGAG00000010291) #28	ENSOGAG00000006608	KCNC2 (ENSOGAG00000000768)
Bushbaby	MODERN SPECIES	284										ELF2 (ENSOGAG00000008535)	NOCT (ENSOGAG00000008532)	SLC7A11 (ENSOGAG00000012756)	PCDH18 (ENSOGAG00000030608)	ENSOGAG00000007649	ENSOGAG00000026502	ENSOGAG00000028864 #22
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394.b	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Mouse lemur	MODERN SPECIES	29	MYF6 (ENSMICG00000004274)	PTPRQ (ENSMICG00000038737)	OTOGL (ENSMICG00000026871)	PPP1R12A (ENSMICG00000032335)	ENSMICG00000032513	PAWR (ENSMICG00000031649)	SYT1 (ENSMICG00000015517)	NAV3 (ENSMICG00000003403)	E2F7 (ENSMICG00000013872)	ENSMICG00000014368	CSRP2 (ENSMICG00000047076)	ZDHHC17 (ENSMICG00000033453)	ENSMICG00000029525	OSBPL8 (ENSMICG00000000969)	BBS10 (ENSMICG00000042947)	NAP1L1 (ENSMICG00000006036) #22	KRR1 (ENSMICG00000015127) #24	GLIPR1 (ENSMICG00000015121) #25	GLIPR1L2 (ENSMICG00000037234) #26	ENSMICG00000015888 #27	CAPS2 (ENSMICG00000015872) #28	KCNC2 (ENSMICG00000017734)	ATXN7L3B (ENSMICG00000033344)	TRHDE (ENSMICG00000014223)	ENSMICG00000027249	TPH2 (ENSMICG00000014200)	TBC1D15 (ENSMICG00000009172)	ENSMICG00000028003	TMEM19 (ENSMICG00000047949)	ZFC3H1 (ENSMICG00000009137)	LGR5 (ENSMICG00000009125)
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	201									ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000161696	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	653	PRDM11 (ENSPSMG00000011702)	TP53I11 (ENSPSMG00000011679)	TSPAN18 (ENSPSMG00000011657)	CD82 (ENSPSMG00000011626)	ALX4 (ENSPSMG00000011596)	EXT2 (ENSPSMG00000011571)	ACCS (ENSPSMG00000011499)	ACCSL (ENSPSMG00000011452)	C11orf96 (ENSPSMG00000011448)	ALKBH3 (ENSPSMG00000011436)	HSD17B12 (ENSPSMG00000011395)	TTC17 (ENSPSMG00000011324)	API5 (ENSPSMG00000011122)	BBS10 (ENSPSMG00000010996)	ENSPSMG00000010987	NAP1L1 (ENSPSMG00000010832) #22	ENSPSMG00000010684 #23	ENSPSMG00000010677	KRR1 (ENSPSMG00000010670) #24	GLIPR1 (ENSPSMG00000010638) #25	GLIPR1L2 (ENSPSMG00000010610) #26	GLIPR1L1 (ENSPSMG00000010601) #27	CAPS2 (ENSPSMG00000010586) #28	KCNC2 (ENSPSMG00000010537)	ENSPSMG00000010474	ENSPSMG00000010465	ATXN7L3B (ENSPSMG00000010460)
Coquerels sifaka	DUPLICATION
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	411	CFAP276 (ENSPCOG00000028191)	TMEM167B (ENSPCOG00000018193)	TAF13 (ENSPCOG00000026394)	ENSPCOG00000013069	CLCC1 (ENSPCOG00000022049)	GPSM2 (ENSPCOG00000000126)	AKNAD1 (ENSPCOG00000017292)	STXBP3 (ENSPCOG00000005429)	FNDC7 (ENSPCOG00000023571)	ENSPCOG00000016051	HENMT1 (ENSPCOG00000026621)	EEIG2 (ENSPCOG00000001083)	ENSPCOG00000021429	SLC25A24 (ENSPCOG00000000076)	VAV3 (ENSPCOG00000021616)	ENSPCOG00000017515 #22	NTNG1 (ENSPCOG00000025951)	PRMT6 (ENSPCOG00000010650)
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	288	CPNE3 (ENSPCOG00000021043)	ENSPCOG00000022771	WWP1 (ENSPCOG00000004152)	SLC7A13 (ENSPCOG00000013806)	ATP6V0D2 (ENSPCOG00000015992)	PSKH2 (ENSPCOG00000021670)	CA2 (ENSPCOG00000016735)	CA3 (ENSPCOG00000021018)	ENSPCOG00000023575	CA13 (ENSPCOG00000015809)	ENSPCOG00000016400	E2F5 (ENSPCOG00000022232)	LRRCC1 (ENSPCOG00000021499)	ENSPCOG00000024304	ENSPCOG00000009683	ENSPCOG00000019629 #22	ENSPCOG00000020967
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	268									ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28
Armadillo	MODERN SPECIES	3011				ENSDNOG00000041480	ENSDNOG00000015540	ENSDNOG00000031221	SYT1 (ENSDNOG00000032547)	NAV3 (ENSDNOG00000005668)	ENSDNOG00000042472	ENSDNOG00000048320	E2F7 (ENSDNOG00000001580)	ENSDNOG00000008785	ZDHHC17 (ENSDNOG00000014749)	OSBPL8 (ENSDNOG00000047010)	BBS10 (ENSDNOG00000042628)	NAP1L1 (ENSDNOG00000010126) #22	PHLDA1 (ENSDNOG00000018745) #23	KRR1 (ENSDNOG00000015614) #24	GLIPR1 (ENSDNOG00000043370) #25	GLIPR1L2 (ENSDNOG00000018693) #26	ENSDNOG00000031956 #27	CAPS2 (ENSDNOG00000009684) #28
Sloth	MODERN SPECIES	6939																NAP1L1 (ENSCHOG00000003210) #22
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116	ENSGT00940000160214
Tenrec	MODERN SPECIES	17341																NAP1L1 (ENSETEG00000003684) #22
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357 #26	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000162576	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116	ENSGT00940000160214
Hyrax	MODERN SPECIES	9451																NAP1L1 (ENSPCAG00000016139) #22
Elephant	DUPLICATION
Elephant	MODERN SPECIES	2	CHD1 (ENSLAFG00000023183)	FAM174A (ENSLAFG00000022950)	ST8SIA4 (ENSLAFG00000006116)	SLCO4C1 (ENSLAFG00000002750)	ENSLAFG00000016752	PAM (ENSLAFG00000007536)	GIN1 (ENSLAFG00000007544)	PPIP5K2 (ENSLAFG00000007546)	MACIR (ENSLAFG00000004277)	NUDT12 (ENSLAFG00000032137)	EFNA5 (ENSLAFG00000004057)	FBXL17 (ENSLAFG00000006336)	ENSLAFG00000029565	FER (ENSLAFG00000013076)	PJA2 (ENSLAFG00000001431)	ENSLAFG00000028922 #22	ENSLAFG00000007779	ENSLAFG00000029326	TMEM232 (ENSLAFG00000016404)	ENSLAFG00000028163	SLC25A46 (ENSLAFG00000017041)	ENSLAFG00000027799	ENSLAFG00000009954	WDR36 (ENSLAFG00000009957)	CAMK4 (ENSLAFG00000006634)	STARD4 (ENSLAFG00000006637)	NREP (ENSLAFG00000000778)	EPB41L4A (ENSLAFG00000008200)	APC (ENSLAFG00000013596)	SRP19 (ENSLAFG00000002564)	REEP5 (ENSLAFG00000027602)
Elephant	MODERN SPECIES	196	LIN7A (ENSLAFG00000014801)	MYF5 (ENSLAFG00000016473)	MYF6 (ENSLAFG00000016476)	PTPRQ (ENSLAFG00000009382)	ENSLAFG00000016020	PPP1R12A (ENSLAFG00000014619)	ENSLAFG00000007186	SYT1 (ENSLAFG00000013359)	NAV3 (ENSLAFG00000001793)	E2F7 (ENSLAFG00000017902)	ENSLAFG00000028909	CSRP2 (ENSLAFG00000006735)	ZDHHC17 (ENSLAFG00000006732)	OSBPL8 (ENSLAFG00000009398)	BBS10 (ENSLAFG00000009397)	NAP1L1 (ENSLAFG00000005711) #22	ENSLAFG00000008030 #23	KRR1 (ENSLAFG00000015986) #24	GLIPR1 (ENSLAFG00000031551) #25	GLIPR1L2 (ENSLAFG00000006750) #26	CAPS2 (ENSLAFG00000006745) #28	KCNC2 (ENSLAFG00000031982)	ATXN7L3B (ENSLAFG00000029803)	TRHDE (ENSLAFG00000000333)	ENSLAFG00000026873	TPH2 (ENSLAFG00000001833)	TBC1D15 (ENSLAFG00000001830)	RAB21 (ENSLAFG00000012774)	TMEM19 (ENSLAFG00000005940)	ZFC3H1 (ENSLAFG00000005820)	LGR5 (ENSLAFG00000005815)
Marsupialia	DUPLICATION
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a.k #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357.b #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116	ENSGT00940000160214
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a.k #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357.b #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088.k	ENSGT00390000001116	ENSGT00940000160214
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a.k #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357.b #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088.k	ENSGT00390000001116	ENSGT00940000160214
Wallaby	MODERN SPECIES	9345																NAP1L1 (ENSMEUG00000013702) #22
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a.k #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000162357.b #26	ENSGT00940000162547 #27	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088.k	ENSGT00390000001116	ENSGT00940000160214
Common wonbat	DUPLICATION
Common wonbat	MODERN SPECIES	1095	OTOGL (ENSVURG00010001281)	PPP1R12A (ENSVURG00010001421)	PAWR (ENSVURG00010001479)	SYT1 (ENSVURG00010001565)	ENSVURG00010001581	ENSVURG00010001638	NAV3 (ENSVURG00010001745)	ENSVURG00010001934	ENSVURG00010001942	ENSVURG00010001969	E2F7 (ENSVURG00010001992)	CSRP2 (ENSVURG00010002008)	ZDHHC17 (ENSVURG00010002037)	OSBPL8 (ENSVURG00010002089)	ENSVURG00010002140	ENSVURG00010002166 #22	ENSVURG00010002181 #23
Common wonbat	MODERN SPECIES	135																ENSVURG00010007205 #22	ENSVURG00010007189 #23	ENSVURG00010007172	KRR1 (ENSVURG00010007158) #24	GLIPR1 (ENSVURG00010007143) #25	ENSVURG00010007130 #27	ENSVURG00010007125	ENSVURG00010007117 #28	ENSVURG00010007109	TRHDE (ENSVURG00010007062)	TPH2 (ENSVURG00010007021)	TBC1D15 (ENSVURG00010006936)	RAB21 (ENSVURG00010006907)	TMEM19 (ENSVURG00010006901)	THAP2 (ENSVURG00010006897)	ZFC3H1 (ENSVURG00010006538)
koala	MODERN SPECIES	187														OSBPL8 (ENSPCIG00000005878)	BBS10 (ENSPCIG00000005874)	ENSPCIG00000005870 #22	ENSPCIG00000005869 #23	ENSPCIG00000032823	KRR1 (ENSPCIG00000005861) #24	GLIPR1 (ENSPCIG00000005859) #25	ENSPCIG00000005855 #26	ENSPCIG00000035938 #27	CAPS2 (ENSPCIG00000005851) #28	ENSPCIG00000015157	ENSPCIG00000019722	TRHDE (ENSPCIG00000004947)	TPH2 (ENSPCIG00000025082)	TBC1D15 (ENSPCIG00000025075)	RAB21 (ENSPCIG00000009565)	TMEM19 (ENSPCIG00000025071)	THAP2 (ENSPCIG00000025068)
Tasmanian devil	MODERN SPECIES	4	ENSSHAG00000025569	LIN7A (ENSSHAG00000029974)	MYF5 (ENSSHAG00000013391)	MYF6 (ENSSHAG00000013331)	PTPRQ (ENSSHAG00000022062)	OTOGL (ENSSHAG00000010191)	PPP1R12A (ENSSHAG00000005280)	ENSSHAG00000022708	SYT1 (ENSSHAG00000009436)	NAV3 (ENSSHAG00000001971)	E2F7 (ENSSHAG00000002919)	CSRP2 (ENSSHAG00000005571)	ZDHHC17 (ENSSHAG00000022371)	OSBPL8 (ENSSHAG00000023268)	BBS10 (ENSSHAG00000001800)	NAP1L1 (ENSSHAG00000002304) #22	ENSSHAG00000031318 #23	KRR1 (ENSSHAG00000001646) #24	ENSSHAG00000000387 #26	ENSSHAG00000003351 #26	ENSSHAG00000022579 #28	ENSSHAG00000003523	ENSSHAG00000001350	ENSSHAG00000024905	ENSSHAG00000032196	ENSSHAG00000023271	TPH2 (ENSSHAG00000027416)	TBC1D15 (ENSSHAG00000026943)	ENSSHAG00000031109	RAB21 (ENSSHAG00000026521)	TMEM19 (ENSSHAG00000001776)
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Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.l #22
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.l #22
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.l #22
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.l #22
koala	DUPLICATION
koala	MODERN SPECIES	103	ENSPCIG00000026977	ENSPCIG00000032710	ENSPCIG00000036637	ENSPCIG00000032320	ATPSCKMT (ENSPCIG00000024962)	CCT5 (ENSPCIG00000024961)	CMBL (ENSPCIG00000024957)	MARCHF6 (ENSPCIG00000024953)	ROPN1L (ENSPCIG00000024945)	ANKRD33B (ENSPCIG00000022763)	DAP (ENSPCIG00000022760)	ENSPCIG00000033677	ENSPCIG00000024631	ENSPCIG00000025007	ENSPCIG00000025009	ENSPCIG00000007555 #22
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Sauria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00960000187527	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000190133	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000166459.A	ENSGT00940000165853.i	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116	ENSGT00940000160214
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00960000187527	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000190133	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000166459.A	ENSGT00940000165853.i	ENSGT00940000165853.j	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00960000187527	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000190133	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000166459.A	ENSGT00940000165853.i	ENSGT00940000165853.j	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00390000001116	ENSGT00940000160214
Aves	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00960000187527	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000190133	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000166459.A	ENSGT00940000165853.i	ENSGT00940000165853.j	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00390000001116	ENSGT00940000160214
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00960000187527	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000190133	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000166459.A	ENSGT00940000165853.i	ENSGT00940000165853.j	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00390000001116	ENSGT00940000160214
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00960000187527	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000166459.A	ENSGT00940000165853.i	ENSGT00940000165853.j	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00390000001116	ENSGT00940000160214
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000166459.A	ENSGT00940000165853.i	ENSGT00940000165853.j	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00390000001116	ENSGT00940000160214
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000166459.A	ENSGT00940000165853.i	ENSGT00940000165853.j	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00390000001116	ENSGT00940000160214
Chicken	MODERN SPECIES		ENSGALG00010012271	MYF5 (ENSGALG00010012264)	MYF6 (ENSGALG00010012253)	PTPRQ (ENSGALG00010012230)	OTOGL (ENSGALG00010013364)	RPS16 (ENSGALG00010013358)	PPP1R12A (ENSGALG00010013333)	PAWR (ENSGALG00010013283)	SYT1 (ENSGALG00010012026)	NAV3 (ENSGALG00010013648)	E2F7 (ENSGALG00010013538)	CSRP2 (ENSGALG00010013516)	ZDHHC17 (ENSGALG00010013476)	OSBPL8 (ENSGALG00010013444)	BBS10 (ENSGALG00010013400)	NAP1L1 (ENSGALG00010013389) #22	PHLDA1 (ENSGALG00010014238) #23	KRR1 (ENSGALG00010012975) #24	GLIPR1L (ENSGALG00010012966)	GLIPR1 (ENSGALG00010012924)	GLIPR1L1 (ENSGALG00010012907)	ENSGALG00010012899	CAPS2 (ENSGALG00010012891) #28	KCNC2 (ENSGALG00010012870)	TRHDE (ENSGALG00010012849)	TPH2 (ENSGALG00010012834)	TBC1D15 (ENSGALG00010012778)	RAB21 (ENSGALG00010012738)	TMEM19 (ENSGALG00010012734)	ZFC3H1 (ENSGALG00010011696)	LGR5 (ENSGALG00010012004)
Turkey	MODERN SPECIES		ACSS3 (ENSMGAG00000011096)	LIN7A (ENSMGAG00000011093)	MYF6 (ENSMGAG00000011091)	ENSMGAG00000018753	PTPRQ (ENSMGAG00000011081)	OTOGL (ENSMGAG00000011065)	ENSMGAG00000011060	PPP1R12A (ENSMGAG00000011011)	PAWR (ENSMGAG00000011010)	SYT1 (ENSMGAG00000011006)	NAV3 (ENSMGAG00000010956)	E2F7 (ENSMGAG00000010943)	CSRP2 (ENSMGAG00000010931)	ZDHHC17 (ENSMGAG00000010911)	OSBPL8 (ENSMGAG00000010890)	NAP1L1 (ENSMGAG00000010858) #22	ENSMGAG00000010856	KRR1 (ENSMGAG00000010844) #24	ENSMGAG00000010839	ENSMGAG00000010833	ENSMGAG00000010832	ENSMGAG00000010827	CAPS2 (ENSMGAG00000010816) #28	KCNC2 (ENSMGAG00000010812)	TRHDE (ENSMGAG00000010787)	TPH2 (ENSMGAG00000010781)	TBC1D15 (ENSMGAG00000010741)	RAB21 (ENSMGAG00000010770)	TMEM19 (ENSMGAG00000010731)	ZFC3H1 (ENSMGAG00000010716)	LGR5 (ENSMGAG00000010694)
Japanese quail	MODERN SPECIES		MYF5 (ENSCJPG00005001107)	MYF6 (ENSCJPG00005001103)	PTPRQ (ENSCJPG00005001013)	OTOGL (ENSCJPG00005000816)	RPS16 (ENSCJPG00005000776)	PPP1R12A (ENSCJPG00005016217)	PAWR (ENSCJPG00005016216)	SYT1 (ENSCJPG00005016211)	NAV3 (ENSCJPG00005016185)	ENSCJPG00005016175	E2F7 (ENSCJPG00005016173)	CSRP2 (ENSCJPG00005016171)	ZDHHC17 (ENSCJPG00005016170)	OSBPL8 (ENSCJPG00005016164)	BBS10 (ENSCJPG00005016163)	NAP1L1 (ENSCJPG00005016162) #22	PHLDA1 (ENSCJPG00005016153) #23	KRR1 (ENSCJPG00005016146) #24	ENSCJPG00005016145	ENSCJPG00005016144	ENSCJPG00005016143	ENSCJPG00005016141	CAPS2 (ENSCJPG00005016140) #28	KCNC2 (ENSCJPG00005016138)	TRHDE (ENSCJPG00005016108)	TPH2 (ENSCJPG00005016097)	TBC1D15 (ENSCJPG00005016096)	RAB21 (ENSCJPG00005016095)	TMEM19 (ENSCJPG00005016089)	ZFC3H1 (ENSCJPG00005016088)	LGR5 (ENSCJPG00005016087)
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00960000187527	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT01100000267073	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000166459.A	ENSGT00940000165853.i	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00390000001116	ENSGT00940000160214	ENSGT00940000158153
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	36	MYF5 (ENSABRG00000003896)	MYF6 (ENSABRG00000003882)	PTPRQ (ENSABRG00000003711)	OTOGL (ENSABRG00000003060)	RPS16 (ENSABRG00000002997)	PPP1R12A (ENSABRG00000002856)	PAWR (ENSABRG00000002832)	SYT1 (ENSABRG00000002806)	ENSABRG00000002691	NAV3 (ENSABRG00000002539)	E2F7 (ENSABRG00000002456)	CSRP2 (ENSABRG00000002441)	ZDHHC17 (ENSABRG00000002383)	OSBPL8 (ENSABRG00000002275)	BBS10 (ENSABRG00000002187)	NAP1L1 (ENSABRG00000002153) #22	PHLDA1 (ENSABRG00000002143) #23	KRR1 (ENSABRG00000002114) #24	ENSABRG00000002091	ENSABRG00000002072	ENSABRG00000002061	CAPS2 (ENSABRG00000001989) #28	KCNC2 (ENSABRG00000001961)	TRHDE (ENSABRG00000001879)	ENSABRG00000001857	TPH2 (ENSABRG00000001821)	TBC1D15 (ENSABRG00000001731)	RAB21 (ENSABRG00000001714)	TMEM19 (ENSABRG00000001661)	ZFC3H1 (ENSABRG00000001454)	LGR5 (ENSABRG00000001360)
Duck	MODERN SPECIES		MYF5 (ENSAPLG00000001124)	MYF6 (ENSAPLG00000002254)	PTPRQ (ENSAPLG00000016187)	ENSAPLG00000019979	OTOGL (ENSAPLG00000015946)	RPS16 (ENSAPLG00000015907)	PPP1R12A (ENSAPLG00000015197)	PAWR (ENSAPLG00000027740)	SYT1 (ENSAPLG00000014912)	ENSAPLG00000029309	NAV3 (ENSAPLG00000014672)	E2F7 (ENSAPLG00000014506)	ENSAPLG00000014346	ZDHHC17 (ENSAPLG00000014034)	OSBPL8 (ENSAPLG00000016005)	NAP1L1 (ENSAPLG00000016178) #22	PHLDA1 (ENSAPLG00000002044) #23	KRR1 (ENSAPLG00000016378) #24	ENSAPLG00000011934	ENSAPLG00000020051	CAPS2 (ENSAPLG00000011831) #28	KCNC2 (ENSAPLG00000008754)	TRHDE (ENSAPLG00000004571)	TPH2 (ENSAPLG00000003421)	TBC1D15 (ENSAPLG00000002695)	RAB21 (ENSAPLG00000029848)	TMEM19 (ENSAPLG00000002431)	ENSAPLG00000028923	ENSAPLG00000016116	LGR5 (ENSAPLG00000015737)	TSPAN8 (ENSAPLG00000015637)
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00960000187527	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000190133	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000166459.A	ENSGT00940000165853.i	ENSGT00940000165853.j	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00390000001116	ENSGT00940000160214
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00960000187527	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000190133	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000166459.A	ENSGT00940000165853.i	ENSGT00940000165853.j	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00390000001116	ENSGT00940000160214
Kakapo	MODERN SPECIES	20	PTPRQ (ENSSHBG00005005034)	ENSSHBG00005004998	OTOGL (ENSSHBG00005004951)	RPS16 (ENSSHBG00005004902)	PPP1R12A (ENSSHBG00005004881)	PAWR (ENSSHBG00005004872)	SYT1 (ENSSHBG00005004867)	ENSSHBG00005004847	NAV3 (ENSSHBG00005004247)	E2F7 (ENSSHBG00005003861)	CSRP2 (ENSSHBG00005003817)	ZDHHC17 (ENSSHBG00005003761)	OSBPL8 (ENSSHBG00005003509)	ENSSHBG00005003428	BBS10 (ENSSHBG00005003419)	NAP1L1 (ENSSHBG00005003406) #22	PHLDA1 (ENSSHBG00005003397) #23	KRR1 (ENSSHBG00005003376) #24	ENSSHBG00005003356	ENSSHBG00005003343	ENSSHBG00005003325	ENSSHBG00005003305	CAPS2 (ENSSHBG00005003291) #28	KCNC2 (ENSSHBG00005003258)	TRHDE (ENSSHBG00005003220)	TPH2 (ENSSHBG00005003203)	TBC1D15 (ENSSHBG00005003191)	RAB21 (ENSSHBG00005003171)	TMEM19 (ENSSHBG00005003147)	ZFC3H1 (ENSSHBG00005003094)	LGR5 (ENSSHBG00005003044)
Golden eagle	MODERN SPECIES	18	MYF5 (ENSACCG00020010710)	MYF6 (ENSACCG00020010717)	PTPRQ (ENSACCG00020010748)	ENSACCG00020010786	OTOGL (ENSACCG00020010835)	RPS16 (ENSACCG00020010874)	PPP1R12A (ENSACCG00020010939)	PAWR (ENSACCG00020011015)	SYT1 (ENSACCG00020011033)	NAV3 (ENSACCG00020011091)	E2F7 (ENSACCG00020011147)	CSRP2 (ENSACCG00020011176)	ZDHHC17 (ENSACCG00020011189)	OSBPL8 (ENSACCG00020011213)	BBS10 (ENSACCG00020011231)	NAP1L1 (ENSACCG00020011243) #22	PHLDA1 (ENSACCG00020011262) #23	KRR1 (ENSACCG00020011277) #24	ENSACCG00020011291	ENSACCG00020011297	ENSACCG00020011312	ENSACCG00020011320	ENSACCG00020011333 #28	KCNC2 (ENSACCG00020011347)	TRHDE (ENSACCG00020011378)	TPH2 (ENSACCG00020011409)	TBC1D15 (ENSACCG00020011433)	RAB21 (ENSACCG00020011452)	TMEM19 (ENSACCG00020011479)	ZFC3H1 (ENSACCG00020011526)	LGR5 (ENSACCG00020012150)
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00960000187527	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000166459.A	ENSGT00940000165853.i	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00390000001116	ENSGT00940000160214	ENSGT00940000158153
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00960000187527	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000166459.A	ENSGT00940000165853.i	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00390000001116	ENSGT00940000160214	ENSGT00940000158153
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00960000187527	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000166459.A	ENSGT00940000165853.i	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00390000001116	ENSGT00940000160214	ENSGT00940000158153
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00960000187527	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000166459.A	ENSGT00940000165853.i	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00390000001116	ENSGT00940000160214	ENSGT00940000158153
Zebra finch	MODERN SPECIES	11	MYF5 (ENSTGUG00000007755)	MYF6 (ENSTGUG00000007751)	PTPRQ (ENSTGUG00000007720)	ENSTGUG00000023557	OTOGL (ENSTGUG00000007680)	RPS16 (ENSTGUG00000007667)	PPP1R12A (ENSTGUG00000007603)	PAWR (ENSTGUG00000020006)	SYT1 (ENSTGUG00000007572)	NAV3 (ENSTGUG00000007519)	E2F7 (ENSTGUG00000007515)	CSRP2 (ENSTGUG00000028299)	ZDHHC17 (ENSTGUG00000007477)	OSBPL8 (ENSTGUG00000007445)	BBS10 (ENSTGUG00000007444)	NAP1L1 (ENSTGUG00000007412) #22	PHLDA1 (ENSTGUG00000018888) #23	KRR1 (ENSTGUG00000007385) #24	ENSTGUG00000007376	ENSTGUG00000007373	ENSTGUG00000007370	CAPS2 (ENSTGUG00000007358) #28	KCNC2 (ENSTGUG00000007354)	TRHDE (ENSTGUG00000026259)	TPH2 (ENSTGUG00000007300)	TBC1D15 (ENSTGUG00000007267)	RAB21 (ENSTGUG00000007249)	TMEM19 (ENSTGUG00000007240)	ZFC3H1 (ENSTGUG00000007206)	LGR5 (ENSTGUG00000007177)	TSPAN8 (ENSTGUG00000007160)
Common canary	MODERN SPECIES	6	MYF5 (ENSSCAG00000008451)	MYF6 (ENSSCAG00000008454)	PTPRQ (ENSSCAG00000008462)	ENSSCAG00000008481	OTOGL (ENSSCAG00000008492)	RPS16 (ENSSCAG00000008547)	PPP1R12A (ENSSCAG00000008580)	PAWR (ENSSCAG00000008657)	SYT1 (ENSSCAG00000008697)	ENSSCAG00000008738	ENSSCAG00000008755	E2F7 (ENSSCAG00000008773)	CSRP2 (ENSSCAG00000008783)	ZDHHC17 (ENSSCAG00000008792)	OSBPL8 (ENSSCAG00000008836)	NAP1L1 (ENSSCAG00000008861) #22	PHLDA1 (ENSSCAG00000008868) #23	KRR1 (ENSSCAG00000008870) #24	ENSSCAG00000008874	ENSSCAG00000008881	ENSSCAG00000008887	ENSSCAG00000008897 #28	KCNC2 (ENSSCAG00000008902)	TRHDE (ENSSCAG00000008927)	TPH2 (ENSSCAG00000008941)	TBC1D15 (ENSSCAG00000008954)	RAB21 (ENSSCAG00000008962)	TMEM19 (ENSSCAG00000008969)	ZFC3H1 (ENSSCAG00000008973)	LGR5 (ENSSCAG00000008995)	TSPAN8 (ENSSCAG00000009004)
Medium ground finch	MODERN SPECIES	13	ENSGFOG00000000855	ACSS3 (ENSGFOG00000004536)	LIN7A (ENSGFOG00000004616)	MYF5 (ENSGFOG00000004624)	MYF6 (ENSGFOG00000004628)	PTPRQ (ENSGFOG00000004653)	OTOGL (ENSGFOG00000004777)	RPS16 (ENSGFOG00000004986)	PPP1R12A (ENSGFOG00000005009)	SYT1 (ENSGFOG00000005048)	NAV3 (ENSGFOG00000005066)	E2F7 (ENSGFOG00000005143)	CSRP2 (ENSGFOG00000005156)	ZDHHC17 (ENSGFOG00000005185)	OSBPL8 (ENSGFOG00000005268)	NAP1L1 (ENSGFOG00000005292) #22	KRR1 (ENSGFOG00000005331) #24	ENSGFOG00000005348	ENSGFOG00000005356	ENSGFOG00000005369	ENSGFOG00000005379 #28	KCNC2 (ENSGFOG00000005392)	TRHDE (ENSGFOG00000005406)	TPH2 (ENSGFOG00000005460)	TBC1D15 (ENSGFOG00000005583)	RAB21 (ENSGFOG00000006163)	TMEM19 (ENSGFOG00000006172)	ZFC3H1 (ENSGFOG00000006221)	LGR5 (ENSGFOG00000006574)	TSPAN8 (ENSGFOG00000006592)	PTPRR (ENSGFOG00000006611)
Flycatcher	MODERN SPECIES	10	ACSS3 (ENSFALG00000010517)	LIN7A (ENSFALG00000010511)	MYF5 (ENSFALG00000010507)	MYF6 (ENSFALG00000010503)	PTPRQ (ENSFALG00000010498)	ENSFALG00000026391	OTOGL (ENSFALG00000010495)	ENSFALG00000028909	PPP1R12A (ENSFALG00000010487)	SYT1 (ENSFALG00000010476)	NAV3 (ENSFALG00000010449)	E2F7 (ENSFALG00000010433)	CSRP2 (ENSFALG00000010426)	ZDHHC17 (ENSFALG00000010415)	OSBPL8 (ENSFALG00000010404)	NAP1L1 (ENSFALG00000010403) #22	PHLDA1 (ENSFALG00000014745) #23	KRR1 (ENSFALG00000010395) #24	ENSFALG00000010390	ENSFALG00000010384	ENSFALG00000029079	ENSFALG00000024791 #28	KCNC2 (ENSFALG00000010376)	TRHDE (ENSFALG00000010372)	TPH2 (ENSFALG00000010361)	TBC1D15 (ENSFALG00000010336)	RAB21 (ENSFALG00000026065)	TMEM19 (ENSFALG00000010328)	ZFC3H1 (ENSFALG00000010320)	LGR5 (ENSFALG00000010309)	TSPAN8 (ENSFALG00000010298)
Great tit	MODERN SPECIES	10	MYF5 (ENSPMJG00000012672)	MYF6 (ENSPMJG00000012671)	PTPRQ (ENSPMJG00000012670)	ENSPMJG00000012669	OTOGL (ENSPMJG00000012668)	RPS16 (ENSPMJG00000012667)	PPP1R12A (ENSPMJG00000012665)	PAWR (ENSPMJG00000012664)	ENSPMJG00000012663	SYT1 (ENSPMJG00000012662)	NAV3 (ENSPMJG00000012656)	E2F7 (ENSPMJG00000012655)	CSRP2 (ENSPMJG00000012654)	ZDHHC17 (ENSPMJG00000012653)	OSBPL8 (ENSPMJG00000012652)	NAP1L1 (ENSPMJG00000012651) #22	PHLDA1 (ENSPMJG00000012650) #23	KRR1 (ENSPMJG00000012649) #24	ENSPMJG00000012648	ENSPMJG00000012647	ENSPMJG00000012646	CAPS2 (ENSPMJG00000012645) #28	KCNC2 (ENSPMJG00000012644)	ENSPMJG00000012643	TRHDE (ENSPMJG00000012642)	TPH2 (ENSPMJG00000012641)	TBC1D15 (ENSPMJG00000012640)	TMEM19 (ENSPMJG00000012639)	ZFC3H1 (ENSPMJG00000012638)	LGR5 (ENSPMJG00000012637)	TSPAN8 (ENSPMJG00000012636)
African ostrich	MODERN SPECIES	426	ACSS3 (ENSSCUG00000008985)	LIN7A (ENSSCUG00000008995)	ENSSCUG00000008997	MYF6 (ENSSCUG00000008999)	PTPRQ (ENSSCUG00000009002)	OTOGL (ENSSCUG00000009047)	RPS16 (ENSSCUG00000009078)	PPP1R12A (ENSSCUG00000009087)	SYT1 (ENSSCUG00000009090)	NAV3 (ENSSCUG00000009108)	ENSSCUG00000009143	E2F7 (ENSSCUG00000009145)	CSRP2 (ENSSCUG00000009147)	ZDHHC17 (ENSSCUG00000009151)	OSBPL8 (ENSSCUG00000009164)	NAP1L1 (ENSSCUG00000009180) #22	KRR1 (ENSSCUG00000009184) #24	ENSSCUG00000009187	ENSSCUG00000009190	ENSSCUG00000009192	ENSSCUG00000009194	CAPS2 (ENSSCUG00000009195) #28	KCNC2 (ENSSCUG00000009197)	TRHDE (ENSSCUG00000009206)	TPH2 (ENSSCUG00000009230)	TBC1D15 (ENSSCUG00000009266)	RAB21 (ENSSCUG00000009312)	TMEM19 (ENSSCUG00000009316)	ZFC3H1 (ENSSCUG00000009328)	LGR5 (ENSSCUG00000009354)	TSPAN8 (ENSSCUG00000009356)
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	49	MYF6 (ENSCPRG00005003486)	PTPRQ (ENSCPRG00005003495)	ENSCPRG00005003525	OTOGL (ENSCPRG00005003554)	RPS16 (ENSCPRG00005003696)	PPP1R12A (ENSCPRG00005003724)	PAWR (ENSCPRG00005003774)	SYT1 (ENSCPRG00005003800)	NAV3 (ENSCPRG00005004050)	ENSCPRG00005005917	E2F7 (ENSCPRG00005005958)	CSRP2 (ENSCPRG00005005963)	ZDHHC17 (ENSCPRG00005006020)	OSBPL8 (ENSCPRG00005006069)	BBS10 (ENSCPRG00005006087)	NAP1L1 (ENSCPRG00005006105) #22	PHLDA1 (ENSCPRG00005006137) #23	KRR1 (ENSCPRG00005006167) #24	ENSCPRG00005006174	ENSCPRG00005006177	ENSCPRG00005006179	ENSCPRG00005006183	CAPS2 (ENSCPRG00005006189) #28	KCNC2 (ENSCPRG00005006250)	TRHDE (ENSCPRG00005006331)	TPH2 (ENSCPRG00005006354)	TBC1D15 (ENSCPRG00005006373)	RAB21 (ENSCPRG00005006392)	TMEM19 (ENSCPRG00005006401)	ZFC3H1 (ENSCPRG00005006421)	LGR5 (ENSCPRG00005006692)
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00960000187527	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000166459.A	ENSGT00940000165853.i	ENSGT00940000165853.j	ENSGT00940000171110	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00960000187527	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713.v	ENSGT00940000157713.u	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000166459.A	ENSGT00940000165853.i	ENSGT00940000165853.j	ENSGT00940000171110	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00960000187527	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713.v	ENSGT00940000157713.u	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000166459.A	ENSGT00940000165853.i	ENSGT00940000165853.j	ENSGT00940000171110	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	28	MYF5 (ENSTMTG00000000077)	MYF6 (ENSTMTG00000018967)	PTPRQ (ENSTMTG00000018868)	OTOGL (ENSTMTG00000018509)	RPS16 (ENSTMTG00000018474)	PPP1R12A (ENSTMTG00000018415)	PAWR (ENSTMTG00000018399)	SYT1 (ENSTMTG00000018366)	NAV3 (ENSTMTG00000018146)	ENSTMTG00000018124	ENSTMTG00000018112	CSRP2 (ENSTMTG00000018107)	ZDHHC17 (ENSTMTG00000018059)	OSBPL8 (ENSTMTG00000018028)	BBS10 (ENSTMTG00000017983)	NAP1L1 (ENSTMTG00000017966) #22	PHLDA1 (ENSTMTG00000017953) #23	KRR1 (ENSTMTG00000017936) #24	ENSTMTG00000017924	ENSTMTG00000017909	ENSTMTG00000017897	ENSTMTG00000017887	CAPS2 (ENSTMTG00000017868) #28	KCNC2 (ENSTMTG00000017857)	TRHDE (ENSTMTG00000017809)	TPH2 (ENSTMTG00000017763)	TBC1D15 (ENSTMTG00000017674)	RAB21 (ENSTMTG00000017643)	THAP2 (ENSTMTG00000017633)	ZFC3H1 (ENSTMTG00000017578)	LGR5 (ENSTMTG00000017374)
painted turtle	MODERN SPECIES	2420									NAV3 (ENSCPBG00000017880)	PMS2 (ENSCPBG00000017946)	E2F7 (ENSCPBG00000018079)	CSRP2 (ENSCPBG00000018081)	ZDHHC17 (ENSCPBG00000018083)	OSBPL8 (ENSCPBG00000018089)	BBS10 (ENSCPBG00000018096)	NAP1L1 (ENSCPBG00000018098) #22	PHLDA1 (ENSCPBG00000018103) #23	KRR1 (ENSCPBG00000018105) #24	ENSCPBG00000018107	GLIPR1 (ENSCPBG00000018108) #25	ENSCPBG00000018109 #25	ENSCPBG00000018110	CAPS2 (ENSCPBG00000018113) #28	KCNC2 (ENSCPBG00000018114)
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00960000187527	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713.v	ENSGT00940000157713.u	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000166459.A	ENSGT00940000165853.i	ENSGT00940000165853.j	ENSGT00940000171110	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	971														ENSCABG00000009149	BBS10 (ENSCABG00000009155)	NAP1L1 (ENSCABG00000009205) #22	PHLDA1 (ENSCABG00000009209) #23
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES		MYF5 (ENSGEVG00005007350)	MYF6 (ENSGEVG00005007365)	PTPRQ (ENSGEVG00005007409)	OTOGL (ENSGEVG00005007663)	RPS16 (ENSGEVG00005008158)	PPP1R12A (ENSGEVG00005008199)	PAWR (ENSGEVG00005008262)	SYT1 (ENSGEVG00005008297)	NAV3 (ENSGEVG00005008397)	ENSGEVG00005008646	ENSGEVG00005008668	CSRP2 (ENSGEVG00005008707)	ZDHHC17 (ENSGEVG00005008730)	OSBPL8 (ENSGEVG00005008789)	BBS10 (ENSGEVG00005008898)	NAP1L1 (ENSGEVG00005000012) #22	PHLDA1 (ENSGEVG00005000018) #23	KRR1 (ENSGEVG00005000023) #24	ENSGEVG00005000031	ENSGEVG00005000043	GLIPR1 (ENSGEVG00005000064) #25	ENSGEVG00005000074	CAPS2 (ENSGEVG00005000103) #28	KCNC2 (ENSGEVG00005000127)	TRHDE (ENSGEVG00005000157)	TPH2 (ENSGEVG00005000195)	TBC1D15 (ENSGEVG00005000262)	RAB21 (ENSGEVG00005000323)	TMEM19 (ENSGEVG00005000345)	THAP2 (ENSGEVG00005000371)	ZFC3H1 (ENSGEVG00005000422)
Chinese turtle	MODERN SPECIES	1895																NAP1L1 (ENSPSIG00000010647) #22
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00960000187527	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000166459.A	ENSGT00940000165853.i	ENSGT00940000171110	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
tuatara	MODERN SPECIES	1779	ENSSPUG00000006572	ENSSPUG00000006578	MYF6 (ENSSPUG00000006611)	PTPRQ (ENSSPUG00000006635)	OTOGL (ENSSPUG00000006721)	RPS16 (ENSSPUG00000006832)	PPP1R12A (ENSSPUG00000006848)	PAWR (ENSSPUG00000006881)	SYT1 (ENSSPUG00000006892)	NAV3 (ENSSPUG00000006945)	E2F7 (ENSSPUG00000007017)	CSRP2 (ENSSPUG00000007078)	ZDHHC17 (ENSSPUG00000007115)	OSBPL8 (ENSSPUG00000007161)	BBS10 (ENSSPUG00000007433)	NAP1L1 (ENSSPUG00000007452) #22	PHLDA1 (ENSSPUG00000007502) #23	ENSSPUG00000007507	KRR1 (ENSSPUG00000007513) #24	ENSSPUG00000007522	ENSSPUG00000007528	ENSSPUG00000007534	CAPS2 (ENSSPUG00000007542) #28
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00960000187527	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000166459.A	ENSGT00940000165853.i	ENSGT00940000166459.B	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00390000001116	ENSGT00940000160214
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00960000187527	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000166459.A	ENSGT00940000166459.B.e	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00390000001116	ENSGT00940000160214	ENSGT00940000158153
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	6	MYF5 (ENSSMRG00000010286)	MYF6 (ENSSMRG00000010285)	PTPRQ (ENSSMRG00000010276)	ENSSMRG00000010275	ENSSMRG00000010274	OTOGL (ENSSMRG00000010267)	RPS16 (ENSSMRG00000010263)	PPP1R12A (ENSSMRG00000010257)	PAWR (ENSSMRG00000010238)	SYT1 (ENSSMRG00000010234)	NAV3 (ENSSMRG00000002199)	E2F7 (ENSSMRG00000002156)	CSRP2 (ENSSMRG00000002146)	ZDHHC17 (ENSSMRG00000002140)	OSBPL8 (ENSSMRG00000002083)	NAP1L1 (ENSSMRG00000001927) #22	PHLDA1 (ENSSMRG00000001842) #23	KRR1 (ENSSMRG00000001818) #24	ENSSMRG00000001816	ENSSMRG00000001811	ENSSMRG00000001806	CAPS2 (ENSSMRG00000001794) #28	KCNC2 (ENSSMRG00000001695)
Common wall lizard	MODERN SPECIES	1	MYF6 (ENSPMRG00000019140)	PTPRQ (ENSPMRG00000019053)	ENSPMRG00000019031	OTOGL (ENSPMRG00000018808)	ENSPMRG00000018768	ENSPMRG00000018764	PPP1R12A (ENSPMRG00000018742)	PAWR (ENSPMRG00000018731)	SYT1 (ENSPMRG00000018726)	NAV3 (ENSPMRG00000018638)	E2F7 (ENSPMRG00000018546)	CSRP2 (ENSPMRG00000018535)	ENSPMRG00000018530	ZDHHC17 (ENSPMRG00000018520)	OSBPL8 (ENSPMRG00000018504)	NAP1L1 (ENSPMRG00000018484) #22	PHLDA1 (ENSPMRG00000018474) #23	KRR1 (ENSPMRG00000018460) #24	ENSPMRG00000018446	ENSPMRG00000018434	ENSPMRG00000018418	ENSPMRG00000018408	ENSPMRG00000018404	CAPS2 (ENSPMRG00000018391) #28	KCNC2 (ENSPMRG00000018386)	ENSPMRG00000018381	TRHDE (ENSPMRG00000018339)	TPH2 (ENSPMRG00000018308)	TBC1D15 (ENSPMRG00000018284)	RAB21 (ENSPMRG00000018272)	TMEM19 (ENSPMRG00000018259)
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00960000187527	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000166459.A	ENSGT00940000165853.i	ENSGT00940000166459.B	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00390000001116	ENSGT00940000160214
Lizard	MODERN SPECIES	4	ENOPH1 (ENSACAG00000010419)	HNRNPDL (ENSACAG00000010416)	HNRNPD (ENSACAG00000010342)	ENSACAG00000041319	RASGEF1B (ENSACAG00000010279)	PRKG2 (ENSACAG00000010172)	ENSACAG00000010162	NAV3 (ENSACAG00000014617)	ENSACAG00000036618	E2F7 (ENSACAG00000005414)	ZDHHC17 (ENSACAG00000006696)	CSRP2 (ENSACAG00000037715)	ENSACAG00000038391	OSBPL8 (ENSACAG00000006790)	PHLDA1 (ENSACAG00000037036) #23	NAP1L1 (ENSACAG00000006924) #22	KRR1 (ENSACAG00000007788) #24	ENSACAG00000007763	ENSACAG00000007749	ENSACAG00000041706	ENSACAG00000007743	ENSACAG00000029585	ENSACAG00000040000	ENSACAG00000029340	CAPS2 (ENSACAG00000007716) #28	KCNC2 (ENSACAG00000007691)	TRHDE (ENSACAG00000007619)	TPH2 (ENSACAG00000007531)	TBC1D15 (ENSACAG00000007439)	RAB21 (ENSACAG00000007432)	TMEM19 (ENSACAG00000007396)
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00960000187527	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000166459.A.b	ENSGT00940000166459.B	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00390000001116.o	ENSGT00940000160214	ENSGT00940000158153
Indian cobra	MODERN SPECIES	6	LIN7A (ENSNNAG00000011463)	MYF5 (ENSNNAG00000011436)	MYF6 (ENSNNAG00000011423)	PTPRQ (ENSNNAG00000011257)	ENSNNAG00000011195	OTOGL (ENSNNAG00000010528)	RPS16 (ENSNNAG00000010459)	PPP1R12A (ENSNNAG00000007491)	PAWR (ENSNNAG00000007341)	SYT1 (ENSNNAG00000007300)	NAV3 (ENSNNAG00000007065)	E2F7 (ENSNNAG00000006676)	CSRP2 (ENSNNAG00000006626)	ZDHHC17 (ENSNNAG00000006609)	OSBPL8 (ENSNNAG00000006212)	NAP1L1 (ENSNNAG00000006156) #22	PHLDA1 (ENSNNAG00000006109) #23	ENSNNAG00000006093	ENSNNAG00000006071	KRR1 (ENSNNAG00000005951) #24	ENSNNAG00000005878	ENSNNAG00000005851	CAPS2 (ENSNNAG00000005778) #28	KCNC2 (ENSNNAG00000005744)	TRHDE (ENSNNAG00000005672)	TPH2 (ENSNNAG00000005600)	TBC1D15 (ENSNNAG00000005508)	RAB21 (ENSNNAG00000005484)	TMEM19 (ENSNNAG00000005443)	ENSNNAG00000005429	ENSNNAG00000005409
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00960000187527	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000190133	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000166459.A.a	ENSGT00940000166459.A.b	ENSGT00940000166459.B	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00390000001116.o	ENSGT00940000160214
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00960000187527	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00960000190133	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000166459.A.b	ENSGT00940000166459.B	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00390000001116.o	ENSGT00940000160214	ENSGT00940000158153
Eastern brown snake	MODERN SPECIES		MYF5 (ENSPTXG00000007338)	MYF6 (ENSPTXG00000007339)	PTPRQ (ENSPTXG00000007341)	ENSPTXG00000007343	OTOGL (ENSPTXG00000007346)	RPS16 (ENSPTXG00000007353)	PPP1R12A (ENSPTXG00000007355)	PAWR (ENSPTXG00000007356)	SYT1 (ENSPTXG00000007357)	NAV3 (ENSPTXG00000007360)	E2F7 (ENSPTXG00000007372)	CSRP2 (ENSPTXG00000007374)	ZDHHC17 (ENSPTXG00000007375)	OSBPL8 (ENSPTXG00000007376)	ENSPTXG00000007380	NAP1L1 (ENSPTXG00000007381) #22	PHLDA1 (ENSPTXG00000007382) #23	KRR1 (ENSPTXG00000007383) #24	ENSPTXG00000007385	ENSPTXG00000007387	ENSPTXG00000007389	CAPS2 (ENSPTXG00000007392) #28	TRHDE (ENSPTXG00000007394)	ENSPTXG00000007395	RAB21 (ENSPTXG00000007396)	TMEM19 (ENSPTXG00000007397)	ZFC3H1 (ENSPTXG00000007399)	LGR5 (ENSPTXG00000007401)	TSPAN8 (ENSPTXG00000007403)	ENSPTXG00000007405	ENSPTXG00000007406
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	20	MYF6 (ENSNSUG00000000885)	PTPRQ (ENSNSUG00000000888)	ENSNSUG00000000905	OTOGL (ENSNSUG00000000909)	ENSNSUG00000000966	ENSNSUG00000000970	PPP1R12A (ENSNSUG00000000977)	PAWR (ENSNSUG00000001717)	SYT1 (ENSNSUG00000001720)	NAV3 (ENSNSUG00000001737)	ENSNSUG00000001751	E2F7 (ENSNSUG00000001756)	CSRP2 (ENSNSUG00000001781)	ZDHHC17 (ENSNSUG00000001783)	ENSNSUG00000001793	NAP1L1 (ENSNSUG00000001802) #22	PHLDA1 (ENSNSUG00000002091) #23	KRR1 (ENSNSUG00000002095) #24	ENSNSUG00000002098	ENSNSUG00000002101	ENSNSUG00000002104	ENSNSUG00000002108 #28	KCNC2 (ENSNSUG00000002111)	TRHDE (ENSNSUG00000002194)	ENSNSUG00000002197	TPH2 (ENSNSUG00000002199)	TBC1D15 (ENSNSUG00000002205)	RAB21 (ENSNSUG00000003321)	TMEM19 (ENSNSUG00000003322)	ZFC3H1 (ENSNSUG00000003323)	ENSNSUG00000003544
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	3296																NAP1L1 (ENSLLTG00000000922) #22
Anura	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000156749	ENSGT00390000010948	ENSGT00940000157098	ENSGT00940000157309	ENSGT00940000161214	ENSGT00940000154932.A	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000165467	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00390000001116	ENSGT00940000160214	ENSGT00940000158153	ENSGT00940000157212.B	ENSGT00940000156088
Leishan spiny toad	DUPLICATION
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	6	ENSLLEG00000004700	ENSLLEG00000004706	LGR5 (ENSLLEG00000004723)	ZFC3H1 (ENSLLEG00000004747)	TMEM19 (ENSLLEG00000004833)	RAB21 (ENSLLEG00000004844)	TBC1D15 (ENSLLEG00000004867)	SCUBE1 (ENSLLEG00000004904)	ENSLLEG00000004936	E2F7 (ENSLLEG00000004947)	CSRP2 (ENSLLEG00000004972)	ZDHHC17 (ENSLLEG00000005022)	OSBPL8 (ENSLLEG00000005208)	BBS10 (ENSLLEG00000005343)	ENSLLEG00000005358	ENSLLEG00000005436 #22	PHLDA1 (ENSLLEG00000006026) #23	ENSLLEG00000006041	KRR1 (ENSLLEG00000006073) #24	ENSLLEG00000006302	CAPS2 (ENSLLEG00000006381) #28	ENSLLEG00000006706	ENSLLEG00000006729	ENSLLEG00000006750	ENSLLEG00000006766	ENSLLEG00000006793	ENSLLEG00000006804	ENSLLEG00000006812	NAV3 (ENSLLEG00000006893)	ENSLLEG00000007567	ENSLLEG00000007605
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	7	RPF2 (ENSLLEG00000020582)	ENSLLEG00000020666	ENSLLEG00000020684	AMD1 (ENSLLEG00000020719)	CDK19 (ENSLLEG00000020953)	ENSLLEG00000021515	ENSLLEG00000021544	ENSLLEG00000021559	SLC22A16 (ENSLLEG00000021598)	ENSLLEG00000021701	DDO (ENSLLEG00000021725)	METTL24 (ENSLLEG00000021779)	CDC40 (ENSLLEG00000021890)	WASF1 (ENSLLEG00000023060)	ENSLLEG00000023292	ENSLLEG00000023330 #22	GPR6 (ENSLLEG00000023552)	FIG4 (ENSLLEG00000023676)	ENSLLEG00000024899	ENSLLEG00000024965	AK9 (ENSLLEG00000025014)	ENSLLEG00000025515	ZBTB24 (ENSLLEG00000025579)	PPIL6 (ENSLLEG00000025745)	ENSLLEG00000025812	ENSLLEG00000025950	ENSLLEG00000026751	NR2E1 (ENSLLEG00000026822)	SNX3 (ENSLLEG00000027054)	ENSLLEG00000027151	AFG1L (ENSLLEG00000027182)
Frog	MODERN SPECIES	3	ENSXETG00000043063	ENSXETG00000046348	tafa2 (ENSXETG00000038846)	usp15 (ENSXETG00000021472)	ppp1r12a (ENSXETG00000021468)	pawr (ENSXETG00000004074)	syt1 (ENSXETG00000004068)	nav3 (ENSXETG00000014323)	e2f7 (ENSXETG00000014320)	csrp2 (ENSXETG00000014318)	zdhhc17 (ENSXETG00000014315)	ENSXETG00000046768	osbpl8 (ENSXETG00000013334)	ENSXETG00000047866	bbs10 (ENSXETG00000031389)	nap1l1 (ENSXETG00000013323) #22	phlda1 (ENSXETG00000013321) #23	ENSXETG00000046760	krr1 (ENSXETG00000013312) #24	ENSXETG00000043158	ccdc107 (ENSXETG00000030850)	CAPS2 (ENSXETG00000032225) #28	kcnc2 (ENSXETG00000032745)	ENSXETG00000043992	trhde (ENSXETG00000032202)	tph2 (ENSXETG00000030150)	tbc1d15 (ENSXETG00000032287)	rab21 (ENSXETG00000035615)	tmem19 (ENSXETG00000011587)	ENSXETG00000044077	zfc3h1 (ENSXETG00000033302)
Coelacanth	MODERN SPECIES	3138																NAP1L1 (ENSLACG00000002262) #22	PHLDA1 (ENSLACG00000004160) #23
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00940000159215	ENSGT00960000187527	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000165853	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00940000161088	ENSGT00390000001116
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00960000187527	ENSGT00940000159215	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000165853	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00390000001116
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	48	ENSGT01050000244900.a.a.a.a.b	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00390000013067.k.b	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394.i.a	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000165853	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000155878	ENSGT00950000182885.A.b	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786	ENSGT00390000017998	ENSGT00390000001116
Osteoglossiformes	DUPLICATION
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	356						ENSGT00390000013067.k.a	ENSGT00940000156120.a.b	ENSGT00390000000406.m	ENSGT00940000155394.i.a	ENSGT00940000158014.a.a	ENSGT00940000157713.a	ENSGT00940000154980.eb	ENSGT00530000063074.b.b.d	ENSGT00940000156622.b	ENSGT00390000002417	ENSGT00940000153362.a.c #22	ENSGT00440000039564.b.b #23	ENSGT00940000160727.g #25	ENSGT00940000157371.p
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	123	MYF6 (ENSPKIG00000001745)	ENSPKIG00000001785	ENSPKIG00000001847	rps16 (ENSPKIG00000001864)	ppp1r12a (ENSPKIG00000002012)	ENSPKIG00000002120	pawr (ENSPKIG00000002134)	syt1a (ENSPKIG00000002150)	nav3 (ENSPKIG00000002193)	ENSPKIG00000002256	e2f7 (ENSPKIG00000002278)	csrp2 (ENSPKIG00000002306)	zdhhc17 (ENSPKIG00000002371)	OSBPL8 (ENSPKIG00000002490)	BBS10 (ENSPKIG00000002580)	nap1l1 (ENSPKIG00000002599) #22	phlda1 (ENSPKIG00000002635) #23	ENSPKIG00000002671	GLIPR1 (ENSPKIG00000002772) #25	GLIPR1 (ENSPKIG00000002790) #25	kcnc2 (ENSPKIG00000002807)	ENSPKIG00000002831	trmu (ENSPKIG00000002849)	gtse1 (ENSPKIG00000002881)	alg10 (ENSPKIG00000002907)	ENSPKIG00000002930	TMTC1 (ENSPKIG00000003001)	kxd1 (ENSPKIG00000003053)	ergic2 (ENSPKIG00000003075)	si:dkey-97m3.1 (ENSPKIG00000003122)	MAGI2 (ENSPKIG00000003184)
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	20	ppfia2 (ENSSFOG00015006565)	ENSSFOG00015006552	ENSSFOG00015006506	ENSSFOG00015006456	lin7a (ENSSFOG00015006439)	rps16 (ENSSFOG00015027301)	ppp1r12a (ENSSFOG00015006318)	pawr (ENSSFOG00015029824)	syt1a (ENSSFOG00015029529)	nav3 (ENSSFOG00015005938)	e2f7 (ENSSFOG00015005873)	csrp2 (ENSSFOG00015026621)	zdhhc17 (ENSSFOG00015026847)	OSBPL8 (ENSSFOG00015005711)	BBS10 (ENSSFOG00015005695)	nap1l1 (ENSSFOG00015005659) #22	phlda1 (ENSSFOG00015005642) #23	GLIPR1 (ENSSFOG00015005634) #25	kcnc2 (ENSSFOG00015005624)	TRHDE (ENSSFOG00015005568)	tbc1d15 (ENSSFOG00015005522)	rab21 (ENSSFOG00015005496)	TMEM19 (ENSSFOG00015005490)	LGR5 (ENSSFOG00015005424)	TSPAN8 (ENSSFOG00015005396)	ENSSFOG00015029014	ENSSFOG00015005360	PTPRB (ENSSFOG00015005286)	KCNMB4 (ENSSFOG00015029027)	cnot2 (ENSSFOG00015005243)	PRICKLE1 (ENSSFOG00015005209)
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	251	ENSGT01050000244900.a.a.a.a.b.`b	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a.k	ENSGT00940000167492.i	ENSGT00940000160698	ENSGT00390000013067.l	ENSGT00940000156120.a.a	ENSGT00390000000406.n	ENSGT00940000158014.a.b	ENSGT00940000157713.b	ENSGT00940000154980.db	ENSGT00530000063074.b.b.c	ENSGT00940000156622.a	ENSGT00940000153362.a.d #22	ENSGT00440000039564.b.a #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000157371.o
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	310											nav3 (ENSPKIG00000020143)	e2f7 (ENSPKIG00000020079)	csrp2 (ENSPKIG00000020060)	zdhhc17 (ENSPKIG00000020018)	OSBPL8 (ENSPKIG00000019878)	nap1l1 (ENSPKIG00000019735) #22	phlda1 (ENSPKIG00000019691) #23	ENSPKIG00000019660	krr1 (ENSPKIG00000019635) #24	cmah (ENSPKIG00000019589)	ENSPKIG00000019565	ENSPKIG00000019532 #28	kcnc2 (ENSPKIG00000019500)	ENSPKIG00000019483
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	16	ACSS3 (ENSSFOG00015019639)	lin7a (ENSSFOG00015019629)	myf5 (ENSSFOG00015019621)	myf6 (ENSSFOG00015019606)	ENSSFOG00015019468	OTOGL (ENSSFOG00015019419)	rps16 (ENSSFOG00015019382)	ppp1r12a (ENSSFOG00015019159)	PAWR (ENSSFOG00015019109)	syt1a (ENSSFOG00015031929)	ENSSFOG00015018791	nav3 (ENSSFOG00015018832)	csrp2 (ENSSFOG00015018779)	zdhhc17 (ENSSFOG00015018700)	OSBPL8 (ENSSFOG00015018553)	nap1l1 (ENSSFOG00015018510) #22	phlda1 (ENSSFOG00015033220) #23	krr1 (ENSSFOG00015031941) #24	cmah (ENSSFOG00015018402)	TRHDE (ENSSFOG00015018357)	tph2 (ENSSFOG00015018320)	RAB21 (ENSSFOG00015028502)	TMEM19 (ENSSFOG00015018239)	ZFC3H1 (ENSSFOG00015018112)	LGR5 (ENSSFOG00015018017)	ENSSFOG00015017995	ENSSFOG00015017977	PTPRR (ENSSFOG00015017949)	PTPRB (ENSSFOG00015017898)	KCNMB4 (ENSSFOG00015017867)	cnot2 (ENSSFOG00015017789)
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	188	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00390000013067.k.a	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394.i.a	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000171263	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00940000165853	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	204	ENSGT01050000244900.a.a.a.a.b.bb	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00390000013067.k.a	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394.i.a	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000156038.b	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000159670 #28	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371.mb	ENSGT00940000157033.g	ENSGT00940000155811
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	40	ENSGT01050000244900.a.a.a.a.b.bb	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00390000013067.l	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394.i.a	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371.mb	ENSGT00940000157033.g	ENSGT00940000155811	ENSGT00730000110905.b	ENSGT00390000006367.c	ENSGT01100000263571.i.a.a
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	67	ENSGT00940000158997	ENSGT00940000165344	ENSGT01050000244900.a.a.a.a.b.bb	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00390000013067.l	ENSGT00940000156120.a.l	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394.i.a	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000165853	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371.mb	ENSGT00940000157033.g	ENSGT00940000155811	ENSGT00730000110905.b.q	ENSGT00390000006367.c	ENSGT01100000263571.i.a.a
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	199													ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000165853	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371.mb	ENSGT00940000157033.g	ENSGT00940000155811	ENSGT00730000110905.b.q	ENSGT00390000006367.c	ENSGT01100000263571.i.a.a
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	253													ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000165853	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371.mb	ENSGT00940000157033.g	ENSGT00940000155811	ENSGT00730000110905.b.q	ENSGT00390000006367.c	ENSGT01100000263571.i.a.a
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	709												aebp2 (ENSPNAG00000010421)	csrp2 (ENSPNAG00000010464)	zdhhc17 (ENSPNAG00000010545)	OSBPL8 (ENSPNAG00000010651)	nap1l1 (ENSPNAG00000010725) #22	pus7 (ENSPNAG00000010812)	cd151 (ENSPNAG00000010864)	gatd1 (ENSPNAG00000010894)	chid1 (ENSPNAG00000011004)
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	2	PRELID3A (ENSAMXG00000017044)	ENSAMXG00000035661	TBC1D31 (ENSAMXG00000036697)	ca2 (ENSAMXG00000030721)	tomm40 (ENSAMXG00000038968)	nsmce2 (ENSAMXG00000017368)	derl1 (ENSAMXG00000033505)	zhx2a (ENSAMXG00000025135)	zgc:110410 (ENSAMXG00000030336)	fam8a1b (ENSAMXG00000029626)	ATXN1 (ENSAMXG00000017432)	mylipb (ENSAMXG00000037127)	dtnbp1a (ENSAMXG00000031240)	ENSAMXG00000029953	OSBPL8 (ENSAMXG00000032029)	nap1l1 (ENSAMXG00000013217) #22	phlda1 (ENSAMXG00000030641) #23	ENSAMXG00000035260	ENSAMXG00000013250	krr1 (ENSAMXG00000029996) #24	ENSAMXG00000031453	cmah (ENSAMXG00000034518)	ENSAMXG00000032098	kcnc2 (ENSAMXG00000013304)	frs2a (ENSAMXG00000035095)	yeats4 (ENSAMXG00000008441)	cpsf6 (ENSAMXG00000016745)	si:dkey-97m3.1 (ENSAMXG00000016766)	ENSAMXG00000038737	ENSAMXG00000031141	ENSAMXG00000030609
Electric eel	MODERN SPECIES	1018																nap1l1 (ENSEEEG00000009988) #22	phlda1 (ENSEEEG00000010273) #23	ENSEEEG00000010274
Channel catfish	MODERN SPECIES	10	llph (ENSIPUG00000024449)	ppfia2 (ENSIPUG00000024451)	acss3 (ENSIPUG00000024454)	lin7a (ENSIPUG00000024459)	myf6 (ENSIPUG00000024490)	rps16 (ENSIPUG00000024494)	ppp1r12a (ENSIPUG00000024502)	pawr (ENSIPUG00000024509)	ENSIPUG00000024510	SYT1 (ENSIPUG00000024511)	nav3 (ENSIPUG00000024518)	ENSIPUG00000024522	si:dkey-97m3.1 (ENSIPUG00000024524)	ZDHHC17 (ENSIPUG00000024530)	OSBPL8 (ENSIPUG00000024546)	nap1l1 (ENSIPUG00000024567) #22	phlda1 (ENSIPUG00000024577) #23	krr1 (ENSIPUG00000024581) #24	ENSIPUG00000024585	cmah (ENSIPUG00000024591)	YEATS4 (ENSIPUG00000024598)	ENSIPUG00000024649	ENSIPUG00000024676	CPSF6 (ENSIPUG00000024683)	kcnc2 (ENSIPUG00000024685)	ccdc107 (ENSIPUG00000024687)	ENSIPUG00000024690	ENSIPUG00000024696	st8sia1 (ENSIPUG00000024703)	ENSIPUG00000000736	ENSIPUG00000000745
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	62	ENSGT00940000155765.s.b	ENSGT00940000154471.a.b.a.b.u.b	ENSGT00940000165209	ENSGT00940000155728.p	ENSGT00510000048519.a	ENSGT00940000156628.c	ENSGT01080000257336.b.e.b.a.a.d	ENSGT00390000011863.d.a.a	ENSGT00550000074907	ENSGT00390000004586	ENSGT01050000244841.A.b.b.a.a	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371.mb	ENSGT00940000157033.g	ENSGT00940000155811	ENSGT00730000110905.b	ENSGT00390000006367.c	ENSGT01100000263571.i.a.a.a	ENSGT00940000158969	ENSGT00390000017324	ENSGT00940000165713
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	407											ENSGT01050000244841.A.b.b.a.a.a	ENSGT00940000157713.d	ENSGT00940000154980.fb	ENSGT00530000063074.b.b.f	ENSGT00940000156622.g	ENSGT00940000153362.a.e #22	ENSGT00440000039564.b.g.a #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00950000182879.a.b.b.q.b	ENSGT00390000018775.a #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00390000010830.y	ENSGT00440000034107.b.a	ENSGT00940000157371.mb	ENSGT00940000157033.g.a	ENSGT00940000157033.g.b	ENSGT00940000155811.t	ENSGT00730000110905.b.o	ENSGT00390000006367.c.k	ENSGT01100000263571.i.a.a.a.a.b	ENSGT00940000158969.d
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	176	ENSGT00940000155765.s.b.a	ENSGT00940000154471.a.b.a.b.u.b.a	ENSGT00940000165209.c	ENSGT00940000155728.p.c	ENSGT00510000048519.a.f.a	ENSGT00940000156628.c.d	ENSGT01080000257336.b.e.b.a.a.d.b	ENSGT00390000011863.d.a.a.a	ENSGT00550000074907.i	ENSGT00390000004586.i	ENSGT01050000244841.A.b.b.a.a.a	ENSGT00940000157713.d	ENSGT00940000154980.fb	ENSGT00530000063074.b.b.f	ENSGT00940000156622.g	ENSGT00940000153362.a.e #22	ENSGT00440000039564.b.g.a #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00950000182879.a.b.b.q.b	ENSGT00390000018775.a #24	ENSGT00940000165467.c	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00390000010830.y	ENSGT00440000034107.b.a	ENSGT00940000157371.mb.a	ENSGT00940000157033.g.a	ENSGT00940000155811.t	ENSGT00730000110905.b.o	ENSGT00390000006367.c.k	ENSGT01100000263571.i.a.a.a.a.b	ENSGT00940000158969.d
Common carp reference	MODERN SPECIES	8	ENSCCRG00000082257	ENSCCRG00000073344	plekha5 (ENSCCRG00000002321)	aebp2 (ENSCCRG00000005082)	PDE3A (ENSCCRG00000021746)	slco1c1 (ENSCCRG00000036873)	bcap29 (ENSCCRG00000036879)	dus4l (ENSCCRG00000079501)	COG5 (ENSCCRG00000032375)	gpr22a (ENSCCRG00000072873)	e2f7 (ENSCCRG00000000460)	csrp2 (ENSCCRG00000008549)	zdhhc17 (ENSCCRG00000055327)	OSBPL8 (ENSCCRG00000075651)	ENSCCRG00000075787	nap1l1 (ENSCCRG00000025058) #22	phlda1 (ENSCCRG00000070896) #23	ENSCCRG00000059233	ENSCCRG00000011276	ENSCCRG00000033278	krr1 (ENSCCRG00000033226) #24	ENSCCRG00000040216	cmah (ENSCCRG00000042510)	ENSCCRG00000064073	kcnc2 (ENSCCRG00000043410)	frs2a (ENSCCRG00000013888)	yeats4 (ENSCCRG00000074729)	cpsf6 (ENSCCRG00000055889)	si:dkey-97m3.1 (ENSCCRG00000005286)	ENSCCRG00000008409	ENSCCRG00000005991
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Goldfish	MODERN SPECIES	33	ENSCARG00000049818	ENSCARG00000049824	plekha5 (ENSCARG00000049888)	aebp2 (ENSCARG00000050458)	PDE3A (ENSCARG00000050489)	slco1c1 (ENSCARG00000050572)	bcap29 (ENSCARG00000050589)	dus4l (ENSCARG00000050607)	ENSCARG00000050692	gpr22a (ENSCARG00000050713)	ENSCARG00000050728	e2f7 (ENSCARG00000050734)	csrp2 (ENSCARG00000050767)	zdhhc17 (ENSCARG00000050797)	OSBPL8 (ENSCARG00000051597)	nap1l1 (ENSCARG00000053030) #22	phlda1 (ENSCARG00000053078) #23	ENSCARG00000053084	ENSCARG00000053118	krr1 (ENSCARG00000053601) #24	GLIPR1 (ENSCARG00000053691) #25	cmah (ENSCARG00000053842)	ENSCARG00000054118	kcnc2 (ENSCARG00000054145)	frs2a (ENSCARG00000054207)	yeats4 (ENSCARG00000054228)	cpsf6 (ENSCARG00000054257)	ENSCARG00000054296	ENSCARG00000054306	ENSCARG00000054352	si:ch211-214j24.10 (ENSCARG00000054385)
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	336	ENSGT00940000155765.s.b.a	ENSGT00940000154471.a.b.a.b.u.b.a	ENSGT00940000165209.c	ENSGT00940000155728.p.c	ENSGT00510000048519.a.f	ENSGT00940000156628.c.d	ENSGT01080000257336.b.e.b.a.a.d.b	ENSGT00390000011863.d.a.a.a	ENSGT00550000074907.i	ENSGT00390000004586	ENSGT01050000244841.A.b.b.a.a.b	ENSGT00940000157713.c	ENSGT00940000154980.gb	ENSGT00530000063074.b.b.e	ENSGT00940000156622.h	ENSGT00940000153362.a.f #22	ENSGT00440000039564.b.h #23	ENSGT00390000018775.b #24	ENSGT00390000010830.z	ENSGT00440000034107.b.b	ENSGT00940000155811.s	ENSGT00730000110905.b.p	ENSGT00390000006367.c.l	ENSGT01100000263571.i.a.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000158969.c	ENSGT00390000017324.t
Goldfish	MODERN SPECIES	21	ENSCARG00000013138	TIMP3 (ENSCARG00000013130)	ENSCARG00000012922	si:cabz01085950.1 (ENSCARG00000012908)	naga (ENSCARG00000012882)	ENSCARG00000012759	sim1b (ENSCARG00000012729)	ENSCARG00000012722	ENSCARG00000012717	ENSCARG00000012714	ENSCARG00000012711	mrap2b (ENSCARG00000012704)	ENSCARG00000012698	sobpb (ENSCARG00000012686)	OSBPL8 (ENSCARG00000010045)	nap1l1 (ENSCARG00000009739) #22	phlda1 (ENSCARG00000009728) #23	krr1 (ENSCARG00000009535) #24	cmah (ENSCARG00000009453)	ENSCARG00000009427	kcnc2 (ENSCARG00000009407)	yeats4 (ENSCARG00000009373)	cpsf6 (ENSCARG00000009351)	si:dkey-97m3.1 (ENSCARG00000009329)	ENSCARG00000009319	ENSCARG00000009314	gas2l3 (ENSCARG00000009299)	fgfr1op2 (ENSCARG00000009294)	TM7SF3 (ENSCARG00000009250)	MED21 (ENSCARG00000009238)	pmpcb (ENSCARG00000008354)
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	218	ENSGT00940000155765.s.b.b	ENSGT00940000154471.a.b.a.b.u.b.b	ENSGT00940000165209.d	ENSGT00940000155728.p.d	ENSGT00510000048519.a.f.b	ENSGT00940000156628.c.c	ENSGT01080000257336.b.e.b.a.a.d.a	ENSGT00390000011863.d.a.a.b	ENSGT00550000074907.j	ENSGT00390000004586.j	ENSGT01050000244841.A.b.b.a.a.b	ENSGT00940000157713.c	ENSGT00940000154980.gb	ENSGT00530000063074.b.b.e	ENSGT00940000156622.h	ENSGT00940000153362.a.f #22	ENSGT00440000039564.b.h #23	ENSGT00390000018775.b #24	ENSGT00390000010830.z	ENSGT00440000034107.b.b	ENSGT00940000157371.mb.b	ENSGT00940000157033.g.b	ENSGT00940000155811.s	ENSGT00730000110905.b.p	ENSGT00390000006367.c.l	ENSGT01100000263571.i.a.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000158969.c	ENSGT00390000017324.t	ENSGT00940000155441.`b	ENSGT00940000156608.cb.a.b	ENSGT00390000014557.fb.b
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Golden-line barbel	MODERN SPECIES	128	ENSSGRG00000054943	ENSSGRG00000054935	ENSSGRG00000054932	plekha5 (ENSSGRG00000054928)	ENSSGRG00000054927	PDE3A (ENSSGRG00000054926)	slco1c1 (ENSSGRG00000054925)	bcap29 (ENSSGRG00000054923)	dus4l (ENSSGRG00000054922)	gpr22a (ENSSGRG00000054921)	COG5 (ENSSGRG00000054919)	e2f7 (ENSSGRG00000054917)	csrp2 (ENSSGRG00000054914)	zdhhc17 (ENSSGRG00000054899)	OSBPL8 (ENSSGRG00000054869)	nap1l1 (ENSSGRG00000054842) #22	phlda1 (ENSSGRG00000054835) #23	krr1 (ENSSGRG00000054834) #24	cmah (ENSSGRG00000054828)	ENSSGRG00000054826	kcnc2 (ENSSGRG00000054824)	frs2a (ENSSGRG00000054823)	yeats4 (ENSSGRG00000054821)	cpsf6 (ENSSGRG00000054820)	si:dkey-97m3.1 (ENSSGRG00000054813)	ENSSGRG00000054812	ANO6 (ENSSGRG00000054809)	mrpl42 (ENSSGRG00000054807)	dnajc2 (ENSSGRG00000054806)	PMPCB (ENSSGRG00000054779)	med21 (ENSSGRG00000054772)
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Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	62	ENSGT01050000244900.a.a.a.a.b.bb	ENSGT00940000157479	ENSGT00940000153222.a.a	ENSGT00950000182959.a.a	ENSGT00950000182959.a.b.b.a	ENSGT00390000013067.k.a	ENSGT00940000156120.a	ENSGT00390000000406	ENSGT00940000155394.i.a	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000156038.b	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000165853	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371.mb	ENSGT00940000157033.g	ENSGT00940000155811
Atlantic herring	MODERN SPECIES	7	ENSCHAG00000026377	rps16 (ENSCHAG00000026366)	ppp1r12a (ENSCHAG00000026294)	pawr (ENSCHAG00000026279)	syt1a (ENSCHAG00000026254)	nav3 (ENSCHAG00000025811)	zgc:173443 (ENSCHAG00000025779)	ENSCHAG00000025776	ENSCHAG00000025772	ENSCHAG00000025765	ENSCHAG00000025763	e2f7 (ENSCHAG00000025754)	csrp2 (ENSCHAG00000025740)	zdhhc17 (ENSCHAG00000025714)	OSBPL8 (ENSCHAG00000024465)	nap1l1 (ENSCHAG00000024161) #22	phlda1 (ENSCHAG00000024142) #23	ENSCHAG00000024139	ENSCHAG00000024134	krr1 (ENSCHAG00000024082) #24	ENSCHAG00000024074	ENSCHAG00000024067	kcnc2 (ENSCHAG00000024050)	frs2a (ENSCHAG00000024043)	yeats4 (ENSCHAG00000024028)	gart (ENSCHAG00000023964)	n6amt1 (ENSCHAG00000023951)	ENSCHAG00000023879	ADAMTS5 (ENSCHAG00000023809)	ADAMTS1 (ENSCHAG00000023795)	cyyr1 (ENSCHAG00000023792)
Denticle herring	MODERN SPECIES	6	myf6 (ENSDCDG00000027598)	rps16 (ENSDCDG00000027593)	ppp1r12a (ENSDCDG00000027584)	pawr (ENSDCDG00000027583)	ENSDCDG00000027582	syt1a (ENSDCDG00000027575)	nav3 (ENSDCDG00000026354)	ENSDCDG00000026331	ENSDCDG00000026328	ENSDCDG00000026326	ENSDCDG00000026325	e2f7 (ENSDCDG00000026324)	csrp2 (ENSDCDG00000026322)	zdhhc17 (ENSDCDG00000026306)	OSBPL8 (ENSDCDG00000022762)	nap1l1 (ENSDCDG00000022045) #22	phlda1 (ENSDCDG00000022002) #23	ENSDCDG00000021998	ENSDCDG00000021993	krr1 (ENSDCDG00000021989) #24	ENSDCDG00000021985	cmah (ENSDCDG00000021944)	ENSDCDG00000021940	kcnc2 (ENSDCDG00000021936)	frs2a (ENSDCDG00000021933)	yeats4 (ENSDCDG00000021924)	optn (ENSDCDG00000021922)	ccdc3a (ENSDCDG00000021920)	camk1da (ENSDCDG00000035661)	cdc123 (ENSDCDG00000035617)	nudt5 (ENSDCDG00000035609)
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	60	ENSGT00940000165434	ENSGT00940000153582.a.n	ENSGT00940000162179.e.b.a.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248862	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000171263	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000165853	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a	ENSGT00940000159484	ENSGT00940000157206	ENSGT00390000016897.c
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	166	ENSGT00390000005508.a.b	ENSGT00400000022326.b.b.b	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248862	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000171263	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000165467	ENSGT00390000011084	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00950000183146.a.a	ENSGT00940000158600	ENSGT01100000263519.A.b.b.a.a.c	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000171263	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00390000011084	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.b	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.a
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00950000183146.a.a	ENSGT00940000158600	ENSGT01100000263519.A.b.b.a.a.c	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000171263	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00390000011084	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.b	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.a
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	407	slc38a4 (ENSHCOG00000010009)	ENSHCOG00000009989	ENSHCOG00000009970	apex1 (ENSHCOG00000009961)	osgep (ENSHCOG00000009941)	si:ch211-214j24.10 (ENSHCOG00000009918)	ENSHCOG00000009911	ENSHCOG00000009892	hcfc2 (ENSHCOG00000009807)	nav3 (ENSHCOG00000009786)	e2f7 (ENSHCOG00000009705)	csrp2 (ENSHCOG00000009680)	zdhhc17 (ENSHCOG00000009677)	ENSHCOG00000009641	OSBPL8 (ENSHCOG00000009620)	nap1l1 (ENSHCOG00000009565) #22	phlda1 (ENSHCOG00000009514) #23	ENSHCOG00000009507	ENSHCOG00000009482	krr1 (ENSHCOG00000009468) #24	ENSHCOG00000009451	hspa14 (ENSHCOG00000009378)	prl2 (ENSHCOG00000009360)	rint1 (ENSHCOG00000009339)	nopchap1 (ENSHCOG00000009328)	SLC41A2 (ENSHCOG00000009312)
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.a.a.b.a	ENSGT00940000179382	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000171263	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT01040000240400.c.a.b.a.a.d.a.a.a	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000156038.b	ENSGT01030000237814	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00390000011084	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.a.a.b.a	ENSGT00940000179382	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT01040000240400.c.a.b.a.a.d.a.a.a	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000156038.b	ENSGT01030000237814	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00390000011084	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT01070000253760.b.b.a.a.c.b	ENSGT00390000005508.a.b	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT01040000240400.c.a.b.a.a.d.a.a.a	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000156038.b	ENSGT01030000237814	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000171110	ENSGT00940000157371	ENSGT00390000011084	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT01070000253760.b.b.a.a.c.b	ENSGT00390000005508.a.b	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT01040000240400.c.a.b.a.a.d.a.a.a	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT01030000237814	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00390000011084	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	160	ENSGT00940000156207.b.c.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000252705	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.a.a.b.a	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT01040000240400.c.a.b.a.a.d.a.a.a.f	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	156	ENSKMAG00000021187	ENSKMAG00000021180	apex1 (ENSKMAG00000021171)	osgep (ENSKMAG00000021157)	si:ch211-214j24.10 (ENSKMAG00000021149)	ENSKMAG00000021134	ENSKMAG00000021124	nav3 (ENSKMAG00000020918)	ENSKMAG00000020844	ENSKMAG00000020834	e2f7 (ENSKMAG00000020815)	csrp2 (ENSKMAG00000020797)	zdhhc17 (ENSKMAG00000020737)	OSBPL8 (ENSKMAG00000020669)	ENSKMAG00000020622	nap1l1 (ENSKMAG00000020578) #22	phlda1 (ENSKMAG00000020556) #23
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1610	nav3 (ENSNFUG00015002338)	ENSNFUG00015002234	ENSNFUG00015002230	ENSNFUG00015002225	ENSNFUG00015002161	ENSNFUG00015002142	ENSNFUG00015002120	ENSNFUG00015002109	ENSNFUG00015002061	E2F7 (ENSNFUG00015002044)	CSRP2 (ENSNFUG00015002029)	ZDHHC17 (ENSNFUG00015001980)	CABZ01007893.1 (ENSNFUG00015001840)	ENSNFUG00015001817	ENSNFUG00015001815	NAP1L1 (ENSNFUG00015001702) #22	phlda1 (ENSNFUG00015001668) #23	kcnc2 (ENSNFUG00015001662)	ENSNFUG00015001660	PHAX (ENSNFUG00015001657)	pmpcb (ENSNFUG00015001346)	dnajc2 (ENSNFUG00015001233)	psmc2 (ENSNFUG00015001194)	SLC26A5 (ENSNFUG00015000843)	ENSNFUG00015000786	ENSNFUG00015000763	NXPE3 (ENSNFUG00015000758)	ANO4 (ENSNFUG00015000600)	AMIGO2 (ENSNFUG00015000544)	slc38a4 (ENSNFUG00015000352)	slc38a2 (ENSNFUG00015000127)
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT01070000253760.b.b.a.a.c.b	ENSGT00390000005508.a.b	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b.ab	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT01040000240400.c.a.b.a.a.d.a.a.a	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT01030000237814	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00390000011084	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a	ENSGT00940000155765.s.b
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Mummichog	MODERN SPECIES	2425									ENSFHEG00000014704	nav3 (ENSFHEG00000014761)	e2f7 (ENSFHEG00000014790)	csrp2 (ENSFHEG00000014826)	zdhhc17 (ENSFHEG00000014897)	OSBPL8 (ENSFHEG00000014943)	ENSFHEG00000014963	nap1l1 (ENSFHEG00000015049) #22	ENSFHEG00000015060 #23	ENSFHEG00000015065	ENSFHEG00000015072	ENSFHEG00000015089	ENSFHEG00000015105	krr1 (ENSFHEG00000015185) #24	ENSFHEG00000015195	cmah (ENSFHEG00000015240)
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Sailfin molly	MODERN SPECIES	545										ENSPLAG00000008542	e2f7 (ENSPLAG00000008611)	csrp2 (ENSPLAG00000008632)	zdhhc17 (ENSPLAG00000008681)	OSBPL8 (ENSPLAG00000008713)	ENSPLAG00000008734	nap1l1 (ENSPLAG00000008744) #22	phlda1 (ENSPLAG00000008756) #23	ENSPLAG00000008775	ENSPLAG00000008799	ENSPLAG00000008811	krr1 (ENSPLAG00000008839) #24	ENSPLAG00000008880 #25	ENSPLAG00000008892 #25
Amazon molly	MODERN SPECIES	527	ENSPFOG00000004427	ENSPFOG00000004420	ENSPFOG00000004353	ENSPFOG00000004244	ENSPFOG00000004206	apex1 (ENSPFOG00000004178)	osgep (ENSPFOG00000004083)	si:ch211-214j24.10 (ENSPFOG00000004046)	nav3 (ENSPFOG00000003407)	ENSPFOG00000003340	e2f7 (ENSPFOG00000003272)	csrp2 (ENSPFOG00000003225)	zdhhc17 (ENSPFOG00000003032)	OSBPL8 (ENSPFOG00000002829)	ENSPFOG00000020199	nap1l1 (ENSPFOG00000002488) #22	phlda1 (ENSPFOG00000020198) #23	ENSPFOG00000002475	ENSPFOG00000002435	ENSPFOG00000002428	ENSPFOG00000002422	krr1 (ENSPFOG00000002249) #24	GLIPR1 (ENSPFOG00000023089) #25	GLIPR1 (ENSPFOG00000002115) #25
Guppy	MODERN SPECIES	454	ENSPREG00000014429	zgc:173709 (ENSPREG00000014399)	SELENOO (ENSPREG00000014359)	ENSPREG00000014303	apex1 (ENSPREG00000014298)	osgep (ENSPREG00000014273)	si:ch211-214j24.10 (ENSPREG00000014266)	ENSPREG00000014264	nav3 (ENSPREG00000014206)	ENSPREG00000014030	e2f7 (ENSPREG00000014011)	csrp2 (ENSPREG00000013990)	zdhhc17 (ENSPREG00000013966)	OSBPL8 (ENSPREG00000013869)	ENSPREG00000013842	nap1l1 (ENSPREG00000013784) #22	ENSPREG00000013763	ENSPREG00000013746	krr1 (ENSPREG00000013706) #24	GLIPR1 (ENSPREG00000013690) #25	cmah (ENSPREG00000013659)	ENSPREG00000013635	kcnc2 (ENSPREG00000013614)	phax (ENSPREG00000013607)	pmpcb (ENSPREG00000013595)	dnajc2 (ENSPREG00000013574)	psmc2 (ENSPREG00000013543)	slc26a5 (ENSPREG00000013471)	ENSPREG00000013410	ENSPREG00000013374	arl1 (ENSPREG00000013361)
Platyfish	MODERN SPECIES	8	ENSXMAG00000024972	ENSXMAG00000024112	SELENOO (ENSXMAG00000006183)	ENSXMAG00000025951	apex1 (ENSXMAG00000006195)	osgep (ENSXMAG00000006199)	si:ch211-214j24.10 (ENSXMAG00000006212)	ENSXMAG00000022026	nav3 (ENSXMAG00000006213)	ENSXMAG00000006242	e2f7 (ENSXMAG00000006252)	csrp2 (ENSXMAG00000006257)	zdhhc17 (ENSXMAG00000006274)	OSBPL8 (ENSXMAG00000006300)	ENSXMAG00000027587	nap1l1 (ENSXMAG00000025006) #22	ENSXMAG00000021369	ENSXMAG00000006341	ENSXMAG00000026339	krr1 (ENSXMAG00000023624) #24	GLIPR1 (ENSXMAG00000006360) #25	cmah (ENSXMAG00000028056)	kcnc2 (ENSXMAG00000006387)	phax (ENSXMAG00000020204)	pmpcb (ENSXMAG00000026749)	dnajc2 (ENSXMAG00000006390)	psmc2 (ENSXMAG00000006406)	slc26a5 (ENSXMAG00000006423)	ENSXMAG00000006481	DENND11 (ENSXMAG00000022767)	arl1 (ENSXMAG00000028338)
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT01100000263489.a.a.b.a.a.b.a.a.a.a.b.a.f.a	ENSGT00940000155728.p	ENSGT00510000048519.a	ENSGT00940000164836.l	ENSGT00400000022326.b.b.b	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B.c	ENSGT00390000009992	ENSGT01100000264896	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000163632	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00390000011084	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.b	ENSGT00510000047522	ENSGT00390000009899.b.m	ENSGT00940000155263	ENSGT00940000154380.a.a.b
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	60	ENSGT01100000263489.a.a.b.a.a.b.a.a.a.a.b.a.f.a	ENSGT00940000155728.p	ENSGT00510000048519.a	ENSGT00940000164836.l.c.a.b	ENSGT00400000022326.b.b.b	ENSGT00940000162179.e.b.a.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B.c	ENSGT00390000009992	ENSGT01100000264896	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000163632	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00390000011084	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.b	ENSGT00510000047522	ENSGT00390000009899.b.m	ENSGT00940000155263	ENSGT00940000154380.a.a.b
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	15	ENSOJAG00000008384	ENSOJAG00000008409	ssna1 (ENSOJAG00000008419)	ENSOJAG00000008426	ssna1 (ENSOJAG00000008439)	ENSOJAG00000008448	ENSOJAG00000008465	apex1 (ENSOJAG00000008491)	osgep (ENSOJAG00000008545)	si:ch211-214j24.10 (ENSOJAG00000008667)	ENSOJAG00000008691	ENSOJAG00000008890	e2f7 (ENSOJAG00000008931)	csrp2 (ENSOJAG00000008942)	OSBPL8 (ENSOJAG00000009108)	nap1l1 (ENSOJAG00000009318) #22	phlda1 (ENSOJAG00000009861) #23	ENSOJAG00000009899	ENSOJAG00000009931	ENSOJAG00000009953	ENSOJAG00000009967	kcnc2 (ENSOJAG00000009992)	phax (ENSOJAG00000010042)	pmpcb (ENSOJAG00000010051)	dnajc2 (ENSOJAG00000010397)	psmc2 (ENSOJAG00000011166)	slc26a5 (ENSOJAG00000011308)	slc26a3.1 (ENSOJAG00000011580)	cbll1 (ENSOJAG00000012008)	ppp6r2a (ENSOJAG00000012063)	adm2a (ENSOJAG00000015552)
Indian medaka	MODERN SPECIES	2	ENSOMEG00000019093	ENSOMEG00000019049	ENSOMEG00000018939	ENSOMEG00000018918	ENSOMEG00000018892	apex1 (ENSOMEG00000018876)	osgep (ENSOMEG00000018855)	si:ch211-214j24.10 (ENSOMEG00000018780)	ENSOMEG00000018738	nav3 (ENSOMEG00000018648)	ENSOMEG00000018220	e2f7 (ENSOMEG00000018204)	csrp2 (ENSOMEG00000018178)	zdhhc17 (ENSOMEG00000018152)	OSBPL8 (ENSOMEG00000018058)	nap1l1 (ENSOMEG00000017739) #22	nfil3-6 (ENSOMEG00000017641)	ENSOMEG00000017630	ENSOMEG00000017618	SLC44A2 (ENSOMEG00000017546)	gcdhb (ENSOMEG00000017444)	ENSOMEG00000000432	farsa (ENSOMEG00000017367)	ilf3b (ENSOMEG00000017273)	ptger1b (ENSOMEG00000017168)	ENSOMEG00000017155	slc26a3.1 (ENSOMEG00000017087)	cbll1 (ENSOMEG00000017030)	ppp6r2a (ENSOMEG00000016989)	ENSOMEG00000016963	ENSOMEG00000016924
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000155728.p	ENSGT00510000048519.a	ENSGT01100000263489.a.b.a.b.b.a.a.b.a.b.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000164836.l.e.a	ENSGT00400000022326.b.b.b	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B.c	ENSGT00390000009992	ENSGT01100000264896	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000163632	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00390000011084	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.b	ENSGT00510000047522	ENSGT00390000009899.b.m	ENSGT00940000155263	ENSGT00940000154380.a.a.b
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	15	ENSORLG00000017658	ENSORLG00000012390	apex1 (ENSORLG00000012378)	ENSORLG00000028034	osgep (ENSORLG00000012365)	si:ch211-214j24.10 (ENSORLG00000012343)	ENSORLG00000028808	ENSORLG00000030251	nav3 (ENSORLG00000012335)	ENSORLG00000022005	e2f7 (ENSORLG00000012301)	csrp2 (ENSORLG00000012289)	zdhhc17 (ENSORLG00000012245)	ENSORLG00000026779	OSBPL8 (ENSORLG00000012195)	nap1l1 (ENSORLG00000012160) #22	ENSORLG00000026962	ENSORLG00000023043	ENSORLG00000025623	kcnc2 (ENSORLG00000024875)	phax (ENSORLG00000018473)	pmpcb (ENSORLG00000018466)	dnajc2 (ENSORLG00000018453)	psmc2 (ENSORLG00000018441)	slc26a5 (ENSORLG00000018413)	slc26a3.1 (ENSORLG00000012121)	cbll1 (ENSORLG00000023988)	ppp6r2a (ENSORLG00000012108)	sbf1 (ENSORLG00000012092)	adm2a (ENSORLG00000023463)	glt8d2 (ENSORLG00000012061)
Chinese medaka	MODERN SPECIES	900																nap1l1 (ENSOSIG00000019395) #22	phlda1 (ENSOSIG00000019355) #23	ENSOSIG00000019353	ENSOSIG00000019350
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.a.a.b.a	ENSGT00940000179382	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT01040000240400.c.a.b.a.a.d.a.a.a	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00390000011084	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.b	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.a
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	84	ENSGT00940000164836	ENSGT01070000253760.b.b.a.a.c.b	ENSGT00390000005508.a.b	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT01040000240400.c.a.b.a.a.d.a.a.a	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00940000164836	ENSGT00390000005508.a.b	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b.db.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT01040000240400.c.a.b.a.a.d.a.a.a	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000165853	ENSGT00940000158848	ENSGT00940000153438.b	ENSGT00940000153678.a.a	ENSGT00390000006760	ENSGT00930000151029.i.b	ENSGT00940000155662.e.a	ENSGT00940000158662	ENSGT00390000007681.b.a.b	ENSGT00940000153185.a.a.a
Nile tilapia	MODERN SPECIES	8	e2f7 (ENSONIG00000012070)	ENSONIG00000009426	ENSONIG00000012076	ENSONIG00000012096	SELENOO (ENSONIG00000012091)	ENSONIG00000029119	ENSONIG00000012090	apex1 (ENSONIG00000012089)	osgep (ENSONIG00000012084)	ENSONIG00000021026	ENSONIG00000039965	ENSONIG00000042406	ENSONIG00000033822	OSBPL8 (ENSONIG00000012061)	ENSONIG00000021025	nap1l1 (ENSONIG00000012048) #22	phlda1 (ENSONIG00000038533) #23	ENSONIG00000041863	ENSONIG00000034894	ENSONIG00000036034	ENSONIG00000029205	ENSONIG00000012046	ENSONIG00000032908	krr1 (ENSONIG00000012042) #24	glipr1 (ENSONIG00000036715)	ipo8 (ENSONIG00000012030)	caprin2 (ENSONIG00000012027)	dennd5b (ENSONIG00000012023)	ENSONIG00000035662	ttll12 (ENSONIG00000012016)	SNX4 (ENSONIG00000012013)
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	45	ENSGT00940000164836	ENSGT00390000005508.a.b	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b.db.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT01040000240400.c.a.b.a.a.d.a.a.a	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000165853	ENSGT00940000158848	ENSGT00940000153438.b	ENSGT00940000153678.a.a	ENSGT00390000006760	ENSGT00930000151029.i.b	ENSGT00940000155662.e.a	ENSGT00940000158662	ENSGT00390000007681.b.a.b	ENSGT00940000153185.a.a.a
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	50	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000171263	ENSGT00510000047886.b.db.a	ENSGT00510000047886.b.db.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT01040000240400.c.a.b.a.a.d.a.a.a	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000165853	ENSGT00940000158848	ENSGT00940000153438.b	ENSGT00940000153678.a.a	ENSGT00390000006760	ENSGT00930000151029.i.b	ENSGT00940000155662.e.a	ENSGT00940000158662	ENSGT00390000007681.b.a.b	ENSGT00940000153185.a.a.a
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	596										ENSHBUG00000012936	e2f7 (ENSHBUG00000012528)	csrp2 (ENSHBUG00000012518)	zdhhc17 (ENSHBUG00000012488)	OSBPL8 (ENSHBUG00000000347)	ENSHBUG00000012362	nap1l1 (ENSHBUG00000012343) #22	phlda1 (ENSHBUG00000012320) #23	ENSHBUG00000012309	krr1 (ENSHBUG00000012262) #24	ENSHBUG00000012252	ipo8 (ENSHBUG00000012196)	ENSHBUG00000012107	dennd5b (ENSHBUG00000012030)
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	57	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000171263	ENSGT00510000047886.b.db.a	ENSGT00510000047886.b.db.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT01040000240400.c.a.b.a.a.d.a.a.a	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000165853	ENSGT00940000158848	ENSGT00940000153438.b	ENSGT00940000153678.a.a	ENSGT00390000006760	ENSGT00930000151029.i.b	ENSGT00940000155662.e.a	ENSGT00940000158662	ENSGT00390000007681.b.a.b	ENSGT00940000153185.a.a.a
P. nyererei	MODERN SPECIES	417											e2f7 (ENSPNYG00000021344)	csrp2 (ENSPNYG00000021329)	zdhhc17 (ENSPNYG00000021307)	OSBPL8 (ENSPNYG00000021252)	ENSPNYG00000021229	nap1l1 (ENSPNYG00000020881) #22	phlda1 (ENSPNYG00000020853) #23	ENSPNYG00000020834	krr1 (ENSPNYG00000020809) #24	ENSPNYG00000020745	ipo8 (ENSPNYG00000020683)	ENSPNYG00000020657	dennd5b (ENSPNYG00000020574)	ttll12 (ENSPNYG00000020524)	SNX4 (ENSPNYG00000020502)	pnpla3 (ENSPNYG00000020493)	sult4a1 (ENSPNYG00000020477)	MPPED1 (ENSPNYG00000020457)	scube1 (ENSPNYG00000020417)	samm50l (ENSPNYG00000020371)	ALDH1L2 (ENSPNYG00000020311)
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	62	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.a.a.b.a	ENSGT00400000022326.b.b.b	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000155849.h.b.b	ENSGT00940000171263	ENSGT00510000047886.b.db.a.a	ENSGT00510000047886.b.db.b.a	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT01040000240400.c.a.b.a.a.d.a.a.a	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000165853	ENSGT00940000158848	ENSGT00940000153438.b	ENSGT00940000153678.a.a	ENSGT00940000162903.b.h.a.b.b	ENSGT00390000006760	ENSGT00930000151029.i.b	ENSGT00940000155662.e.a	ENSGT00940000158662	ENSGT00390000007681.b.a.b
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1099	ENSMZEG00005014144	ENSMZEG00005014122	ENSMZEG00005014118	nav3 (ENSMZEG00005014007)	net1 (ENSMZEG00005013972)	ENSMZEG00005013961	ENSMZEG00005013952	ENSMZEG00005010164	ENSMZEG00005010109	ENSMZEG00005008685	e2f7 (ENSMZEG00005008655)	csrp2 (ENSMZEG00005008640)	zdhhc17 (ENSMZEG00005008568)	OSBPL8 (ENSMZEG00005008515)	ENSMZEG00005008490	nap1l1 (ENSMZEG00005008460) #22	phlda1 (ENSMZEG00005008448) #23	ENSMZEG00005008442	ENSMZEG00005008415	ENSMZEG00005008397	ENSMZEG00005008377	ENSMZEG00005008358	ENSMZEG00005008331	ENSMZEG00005008315	krr1 (ENSMZEG00005008303) #24	ENSMZEG00005008295 #25	ipo8 (ENSMZEG00005008224)	ENSMZEG00005008191	dennd5b (ENSMZEG00005008040)	ENSMZEG00005008012	ENSMZEG00005008000
Eastern happy	MODERN SPECIES	8	ENSACLG00000018177	net1 (ENSACLG00000018084)	net1 (ENSACLG00000018036)	net1 (ENSACLG00000018012)	ENSACLG00000018002	ENSACLG00000017923	ENSACLG00000017909	ENSACLG00000017902	ENSACLG00000017848	e2f7 (ENSACLG00000017822)	csrp2 (ENSACLG00000017802)	zdhhc17 (ENSACLG00000017704)	ENSACLG00000017686	OSBPL8 (ENSACLG00000017090)	ENSACLG00000016937	nap1l1 (ENSACLG00000016114) #22	phlda1 (ENSACLG00000016062) #23	ENSACLG00000016043	ENSACLG00000016036	ENSACLG00000015969	ENSACLG00000015857	ENSACLG00000015804	ENSACLG00000015754	ENSACLG00000015695	ENSACLG00000015623	ENSACLG00000015614	ENSACLG00000015608	ENSACLG00000015563	ENSACLG00000015476	krr1 (ENSACLG00000015443) #24	ENSACLG00000015420
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	432	si:ch211-214j24.10 (ENSNBRG00000005384)	ENSNBRG00000005406	ENSNBRG00000005423	ENSNBRG00000005432	ENSNBRG00000005464	ENSNBRG00000005497	ENSNBRG00000005611	ENSNBRG00000005817	ENSNBRG00000005827	ENSNBRG00000005846	ENSNBRG00000005860	csrp2 (ENSNBRG00000005874)	zdhhc17 (ENSNBRG00000005888)	OSBPL8 (ENSNBRG00000005977)	ENSNBRG00000006381	nap1l1 (ENSNBRG00000006404) #22	phlda1 (ENSNBRG00000006436) #23	gtf2b (ENSNBRG00000006454)	ENSNBRG00000006503	ENSNBRG00000006513	krr1 (ENSNBRG00000006530) #24	ENSNBRG00000006577 #25	lypla2 (ENSNBRG00000006622)	ipo8 (ENSNBRG00000006642)	ENSNBRG00000006698	dennd5b (ENSNBRG00000006716)	ttll12 (ENSNBRG00000006794)
Midas cichlid	MODERN SPECIES	666	SELENOO (ENSACIG00000010681)	ENSACIG00000010667	si:dkey-14k9.3 (ENSACIG00000010662)	apex1 (ENSACIG00000010653)	osgep (ENSACIG00000010625)	si:ch211-214j24.10 (ENSACIG00000010613)	ENSACIG00000010604	ENSACIG00000010585	ENSACIG00000010580	nav3 (ENSACIG00000010477)	ENSACIG00000010460	csrp2 (ENSACIG00000010442)	zdhhc17 (ENSACIG00000010397)	OSBPL8 (ENSACIG00000010355)	ENSACIG00000010326	nap1l1 (ENSACIG00000010302) #22	phlda1 (ENSACIG00000010291) #23
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	65	ENSGT00390000005508.a.b	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT00940000179382	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000160560.b.f.a.b.a.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000165853	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00390000011084	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	64	ENSGT00390000005508.a.b	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT00940000179382	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000160560.b.f.a.b.a.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00390000011084	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	63	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT00940000179382	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000181475	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000160560.b.f.a.b.a.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00390000011084	ENSGT00940000156608.s	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a
Orange clownfish	MODERN SPECIES	13	si:ch211-214j24.10 (ENSAPEG00000021403)	ENSAPEG00000021383	ENSAPEG00000021351	ENSAPEG00000021336	nav3 (ENSAPEG00000021186)	ENSAPEG00000021157	ENSAPEG00000021144	ENSAPEG00000021090	ENSAPEG00000021053	e2f7 (ENSAPEG00000020994)	csrp2 (ENSAPEG00000020971)	zdhhc17 (ENSAPEG00000020859)	ENSAPEG00000020841	ENSAPEG00000020637	OSBPL8 (ENSAPEG00000020552)	nap1l1 (ENSAPEG00000020509) #22	phlda1 (ENSAPEG00000020497) #23	ENSAPEG00000020474	ENSAPEG00000020462	ENSAPEG00000020456	krr1 (ENSAPEG00000020418) #24	GLIPR1 (ENSAPEG00000020406) #25	ENSAPEG00000020371	kcnc2 (ENSAPEG00000020114)	phax (ENSAPEG00000020069)	pmpcb (ENSAPEG00000020049)	dnajc2 (ENSAPEG00000019999)	psmc2 (ENSAPEG00000019951)	slc26a5 (ENSAPEG00000019925)	ENSAPEG00000019892	TRHDE (ENSAPEG00000019838)
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	1605												ENSAOCG00000013489	ENSAOCG00000013509	ENSAOCG00000013534	OSBPL8 (ENSAOCG00000013668)	nap1l1 (ENSAOCG00000002705) #22	phlda1 (ENSAOCG00000013780) #23	ENSAOCG00000013809	ENSAOCG00000013831	krr1 (ENSAOCG00000013865) #24	ENSAOCG00000013937
Spiny chromis	MODERN SPECIES	1045															OSBPL8 (ENSAPOG00000011053)	nap1l1 (ENSAPOG00000010884) #22	phlda1 (ENSAPOG00000010825) #23
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	362												csrp2 (ENSSPAG00000022142)	zdhhc17 (ENSSPAG00000022156)	OSBPL8 (ENSSPAG00000022172)	ENSSPAG00000022203	nap1l1 (ENSSPAG00000022218) #22	phlda1 (ENSSPAG00000022256) #23	ENSSPAG00000022263	krr1 (ENSSPAG00000000140) #24	ENSSPAG00000000155	ENSSPAG00000000159	kcnc2 (ENSSPAG00000000168)	ENSSPAG00000000174	phax (ENSSPAG00000000212)	pmpcb (ENSSPAG00000000218)	dnajc2 (ENSSPAG00000000223)	psmc2 (ENSSPAG00000000293)
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.a.a.b.a	ENSGT00940000179382	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000171263	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT01040000240400.c.a.b.a.a.d.a.a.a	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000156038.b	ENSGT01030000237814	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00390000011084	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00390000005508.a.b	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00940000162179.e.b.a.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT00940000179382	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000156038.b	ENSGT01030000237814	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00390000011084	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000158917	ENSGT00950000183146.a.a	ENSGT00400000024636	ENSGT00950000182866.D.d.a.c.b.a.a	ENSGT00940000164836	ENSGT00940000156207.b.c.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT01060000248862	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23
Fugu	MODERN SPECIES	9	ENSTRUG00000006978	ENSTRUG00000023034	NXPE3 (ENSTRUG00000004429)	ENSTRUG00000025991	ENSTRUG00000024768	apex1 (ENSTRUG00000004268)	osgep (ENSTRUG00000003877)	si:ch211-214j24.10 (ENSTRUG00000003852)	ENSTRUG00000027985	nav3 (ENSTRUG00000001974)	e2f7 (ENSTRUG00000001843)	csrp2 (ENSTRUG00000019675)	zdhhc17 (ENSTRUG00000001408)	ENSTRUG00000028097	OSBPL8 (ENSTRUG00000001140)	nap1l1 (ENSTRUG00000000910) #22	phlda1 (ENSTRUG00000028502) #23	ENSTRUG00000030645	krr1 (ENSTRUG00000030357) #24	cmah (ENSTRUG00000003756)	ENSTRUG00000022903	ENSTRUG00000030078	ENSTRUG00000021716	krr1 (ENSTRUG00000004380) #24	ENSTRUG00000004324	cmah (ENSTRUG00000029936)	ENSTRUG00000025751	kcnc2 (ENSTRUG00000003532)	ENSTRUG00000026799	phax (ENSTRUG00000002118)	pmpcb (ENSTRUG00000002165)
Tetraodon	MODERN SPECIES	11	gas2l3 (ENSTNIG00000005770)	arid2 (ENSTNIG00000005771)	ENSTNIG00000005772	slc38a2 (ENSTNIG00000001954)	slc38a4 (ENSTNIG00000005773)	ENSTNIG00000005774	ENSTNIG00000005775	NXPE3 (ENSTNIG00000005776)	ENSTNIG00000006122	ENSTNIG00000005777	apex1 (ENSTNIG00000005778)	osgep (ENSTNIG00000005779)	nav3 (ENSTNIG00000005780)	klhl20 (ENSTNIG00000003916)	OSBPL8 (ENSTNIG00000006102)	nap1l1 (ENSTNIG00000005525) #22	ENSTNIG00000006016	cmah (ENSTNIG00000003792)
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00390000005508.a.b	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00940000162179.e.b.a.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT00940000179382	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000156038.b	ENSGT01030000237814	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00390000011084	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	335												e2f7 (ENSLBEG00000000921)	csrp2 (ENSLBEG00000000897)	zdhhc17 (ENSLBEG00000000831)	OSBPL8 (ENSLBEG00000000738)	nap1l1 (ENSLBEG00000000121) #22	phlda1 (ENSLBEG00000000095) #23	ENSLBEG00000000084	ENSLBEG00000026859	ENSLBEG00000026841	krr1 (ENSLBEG00000026823) #24	ENSLBEG00000026811 #25	cmah (ENSLBEG00000026801)
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT01070000253760.b.b.a.a.c.b	ENSGT00390000005508.a.b	ENSGT00940000162179.e.b.a.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT00940000179382	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000156038.b	ENSGT01030000237814	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00390000011084	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT01070000253760.b.b.a.a.c.b	ENSGT00390000005508.a.b	ENSGT00940000162179.e.b.a.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT00400000022326.b.b.b	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT01040000240400.c.a.b.a.a.d.a.a.a	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00390000011084	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.b	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.a
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	5	ENSSAUG00010011546	apex1 (ENSSAUG00010011545)	osgep (ENSSAUG00010011500)	si:ch211-214j24.10 (ENSSAUG00010011497)	ENSSAUG00010011494	ENSSAUG00010011493	nav3 (ENSSAUG00010011459)	ENSSAUG00010026014	e2f7 (ENSSAUG00010026013)	ENSSAUG00010026011	csrp2 (ENSSAUG00010026009)	zdhhc17 (ENSSAUG00010025923)	ENSSAUG00010025920	OSBPL8 (ENSSAUG00010025607)	ENSSAUG00010025601	nap1l1 (ENSSAUG00010025555) #22	phlda1 (ENSSAUG00010025550) #23	ENSSAUG00010025546	ENSSAUG00010025542	krr1 (ENSSAUG00010025531) #24	GLIPR1 (ENSSAUG00010025528) #25	cmah (ENSSAUG00010025522)	ENSSAUG00010025519	kcnc2 (ENSSAUG00010025518)	ENSSAUG00010025514	phax (ENSSAUG00010025511)	pmpcb (ENSSAUG00010024812)	dnajc2 (ENSSAUG00010024696)	psmc2 (ENSSAUG00010024694)	slc26a5 (ENSSAUG00010023934)	SLC26A3 (ENSSAUG00010023906)
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00390000005508.a.b	ENSGT00940000162179.e.b.a.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT00400000022326.b.b.b	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000171263	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT01040000240400.c.a.b.a.a.d.a.a.a.n	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000165853	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00390000011084	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.b	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.a
European seabass	MODERN SPECIES	23	ENSDLAG00005006793	ENSDLAG00005006712	ENSDLAG00005028131	ENSDLAG00005006666	si:ch211-214j24.10 (ENSDLAG00005006610)	osgep (ENSDLAG00005030608)	ENSDLAG00005006604	NAV3 (ENSDLAG00005006299)	ENSDLAG00005006229	csrp2 (ENSDLAG00005029271)	zdhhc17 (ENSDLAG00005006012)	OSBPL8 (ENSDLAG00005004616)	ENSDLAG00005028017	ENSDLAG00005004540	phlda1 (ENSDLAG00005033268) #23	nap1l1 (ENSDLAG00005003552) #22	ENSDLAG00005003455	ENSDLAG00005003415	krr1 (ENSDLAG00005026583) #24	ENSDLAG00005026510	cmah (ENSDLAG00005002334)	ENSDLAG00005030526	ENSDLAG00005027130	kcnc2 (ENSDLAG00005025612)	ENSDLAG00005025609	PMPCB (ENSDLAG00005025465)	DNAJC2 (ENSDLAG00005025393)	PSMC2 (ENSDLAG00005025389)	SLC26A5 (ENSDLAG00005025288)	ENSDLAG00005025053	ENSDLAG00005024803
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	491	ENSLCRG00005023229	ENSLCRG00005023224	ENSLCRG00005023219	PARP11 (ENSLCRG00005023215)	ENSLCRG00005023208	tmtc2a (ENSLCRG00005023204)	mettl25 (ENSLCRG00005023200)	ccdc59 (ENSLCRG00005023199)	CRACR2A (ENSLCRG00005023198)	prmt8b (ENSLCRG00005023195)	ENSLCRG00005023193	e2f7 (ENSLCRG00005023191)	csrp2 (ENSLCRG00005023189)	zdhhc17 (ENSLCRG00005023186)	OSBPL8 (ENSLCRG00005023184)	nap1l1 (ENSLCRG00005023160) #22	phlda1 (ENSLCRG00005023148) #23	ENSLCRG00005023147	ENSLCRG00005023143	ENSLCRG00005023139	krr1 (ENSLCRG00005023105) #24	ENSLCRG00005023101	ENSLCRG00005023099	cmah (ENSLCRG00005023098)	ENSLCRG00005023095	kcnc2 (ENSLCRG00005023093)	phax (ENSLCRG00005023089)	pmpcb (ENSLCRG00005022917)	dnajc2 (ENSLCRG00005022883)	psmc2 (ENSLCRG00005022877)	slc26a5 (ENSLCRG00005022770)
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000158917	ENSGT00950000183146.a.a	ENSGT00940000158600	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT00940000179382	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000156038.b	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00390000011084	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.b	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.a
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00950000182866.D.d.a.c.b.a.a.v	ENSGT00400000024636	ENSGT00950000182866.D.d.a.c.b.a.a.u	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT00940000179382	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00390000011084	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.b	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.a	ENSGT00510000047522
Lumpfish	MODERN SPECIES	15	ENSCLMG00005010398	apex1 (ENSCLMG00005010397)	osgep (ENSCLMG00005022950)	si:ch211-214j24.10 (ENSCLMG00005022945)	ENSCLMG00005022942	ENSCLMG00005022940	ENSCLMG00005022938	nav3 (ENSCLMG00005022936)	e2f7 (ENSCLMG00005022931)	ENSCLMG00005022928	ENSCLMG00005022926	ENSCLMG00005022925	csrp2 (ENSCLMG00005022924)	zdhhc17 (ENSCLMG00005022888)	OSBPL8 (ENSCLMG00005022845)	nap1l1 (ENSCLMG00005022822) #22	phlda1 (ENSCLMG00005022820) #23	ENSCLMG00005022819	ENSCLMG00005022818	krr1 (ENSCLMG00005022816) #24	GLIPR1 (ENSCLMG00005022815) #25	cmah (ENSCLMG00005022807)	ENSCLMG00005022802	kcnc2 (ENSCLMG00005022800)	phax (ENSCLMG00005022799)	pmpcb (ENSCLMG00005022774)	psmc2 (ENSCLMG00005022756)	slc26a5 (ENSCLMG00005022615)	SLC26A3 (ENSCLMG00005022589)	ENSCLMG00005022586	cbll1 (ENSCLMG00005022584)
Stickleback	MODERN SPECIES	3	ENSGACG00000019504	apex1 (ENSGACG00000019497)	osgep (ENSGACG00000019496)	si:ch211-214j24.10 (ENSGACG00000019495)	ENSGACG00000019494	cmah (ENSGACG00000019490)	cmah (ENSGACG00000019485)	krr1 (ENSGACG00000019481) #24	ENSGACG00000019480	nav3 (ENSGACG00000019472)	ENSGACG00000019470	e2f7 (ENSGACG00000019468)	csrp2 (ENSGACG00000019467)	zdhhc17 (ENSGACG00000019463)	OSBPL8 (ENSGACG00000019461)	nap1l1 (ENSGACG00000019459) #22	phlda1 (ENSGACG00000019457) #23	ENSGACG00000019455	ENSGACG00000019453	ENSGACG00000019451	GLIPR1 (ENSGACG00000019447) #25	ENSGACG00000019445	kcnc2 (ENSGACG00000019441)	ENSGACG00000019440	phax (ENSGACG00000019437)	pmpcb (ENSGACG00000019422)	dnajc2 (ENSGACG00000019413)	psmc2 (ENSGACG00000019404)	slc26a5 (ENSGACG00000019399)	ENSGACG00000019391	SLC26A3 (ENSGACG00000019389)
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00950000182866.D.d.a.c.b.a.a	ENSGT00940000164836	ENSGT01070000253760.b.b.a.a.c.b	ENSGT00390000005508.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000163632	ENSGT00940000156038.b	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00390000011084	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.b
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	15	ANO4 (ENSCGOG00000022036)	ENSCGOG00000022087	ENSCGOG00000022091	ENSCGOG00000022094	apex1 (ENSCGOG00000022098)	si:ch211-214j24.10 (ENSCGOG00000022099)	osgep (ENSCGOG00000022102)	ENSCGOG00000022212	ENSCGOG00000022218	nav3 (ENSCGOG00000022221)	ENSCGOG00000022224	e2f7 (ENSCGOG00000022225)	csrp2 (ENSCGOG00000022227)	zdhhc17 (ENSCGOG00000022269)	OSBPL8 (ENSCGOG00000022443)	nap1l1 (ENSCGOG00000022886) #22	phlda1 (ENSCGOG00000023013) #23	ENSCGOG00000023014	ENSCGOG00000023015	ENSCGOG00000023016	krr1 (ENSCGOG00000023022) #24	GLIPR1 (ENSCGOG00000023036) #25	cmah (ENSCGOG00000023040)	ENSCGOG00000023068	kcnc2 (ENSCGOG00000023070)	phax (ENSCGOG00000023073)	pmpcb (ENSCGOG00000023086)	dnajc2 (ENSCGOG00000023187)	psmc2 (ENSCGOG00000006423)	slc26a5 (ENSCGOG00000006905)	SLC26A3 (ENSCGOG00000007116)
Pike perch	MODERN SPECIES	20	ENSSLUG00000006924	ENSSLUG00000006935	ENSSLUG00000006948	ENSSLUG00000006957	ENSSLUG00000006962	ENSSLUG00000006970	ENSSLUG00000006982	ENSSLUG00000006990	ENSSLUG00000007003	ENSSLUG00000007016	ENSSLUG00000007045	ENSSLUG00000007063	csrp2 (ENSSLUG00000007078)	zdhhc17 (ENSSLUG00000007177)	OSBPL8 (ENSSLUG00000007797)	nap1l1 (ENSSLUG00000008083) #22	phlda1 (ENSSLUG00000008541) #23	ENSSLUG00000008555	ENSSLUG00000008596	NXPE3 (ENSSLUG00000008605)	krr1 (ENSSLUG00000008617) #24	GLIPR1 (ENSSLUG00000008634) #25	cmah (ENSSLUG00000008672)	ENSSLUG00000009201	kcnc2 (ENSSLUG00000009211)	phax (ENSSLUG00000009220)	pmpcb (ENSSLUG00000009226)	dnajc2 (ENSSLUG00000009244)	psmc2 (ENSSLUG00000009275)	slc26a5 (ENSSLUG00000009464)	SLC26A3 (ENSSLUG00000011420)
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00390000005508.a.b	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00940000162179.e.b.a.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT01040000240400.c.a.b.a.a.d.a.a.a	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00390000011084	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.b	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.a
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000178511	ENSGT00390000005508.a.b	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT01040000240400.c.a.b.a.a.d.a.a.a	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00390000011084	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.b	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.a	ENSGT00510000047522
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT01070000253760.b.b.a.a.c.b	ENSGT00940000178511	ENSGT00390000005508.a.b	ENSGT01100000263519.A.b.b.a.a.c	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.a.a.b.a	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00940000165853	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00390000011084	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.b	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.a
Tongue sole	MODERN SPECIES	18	fgfr1op2 (ENSCSEG00000017375)	TM7SF3 (ENSCSEG00000017360)	gas2l3 (ENSCSEG00000017311)	arid2 (ENSCSEG00000017204)	ENSCSEG00000017186	slc38a2 (ENSCSEG00000017164)	slc38a4 (ENSCSEG00000017134)	ENSCSEG00000017128	kcnc2 (ENSCSEG00000017121)	ENSCSEG00000017085	e2f7 (ENSCSEG00000017069)	csrp2 (ENSCSEG00000017059)	zdhhc17 (ENSCSEG00000017045)	ENSCSEG00000017039	OSBPL8 (ENSCSEG00000016987)	nap1l1 (ENSCSEG00000016887) #22	phlda1 (ENSCSEG00000016873) #23	ENSCSEG00000016868	ENSCSEG00000016831	krr1 (ENSCSEG00000016821) #24	ENSCSEG00000016804	ENSCSEG00000016798	ENSCSEG00000016769	dnajc2 (ENSCSEG00000016738)	psmc2 (ENSCSEG00000016710)	slc26a5 (ENSCSEG00000016687)	ENSCSEG00000016677	SLC26A3 (ENSCSEG00000016639)	cbll1 (ENSCSEG00000016669)	ppp6r2a (ENSCSEG00000016620)	gatc (ENSCSEG00000016618)
Turbot	MODERN SPECIES	11	ENSSMAG00000013267	ENSSMAG00000013277	ENSSMAG00000013281	ENSSMAG00000013291	apex1 (ENSSMAG00000028423)	ENSSMAG00000013365	si:ch211-214j24.10 (ENSSMAG00000013405)	ENSSMAG00000013419	ENSSMAG00000013533	NAV3 (ENSSMAG00000013542)	ENSSMAG00000036335	e2f7 (ENSSMAG00000013810)	csrp2 (ENSSMAG00000028088)	zdhhc17 (ENSSMAG00000013866)	OSBPL8 (ENSSMAG00000015487)	nap1l1 (ENSSMAG00000015334) #22	phlda1 (ENSSMAG00000015324) #23	ENSSMAG00000015293	ENSSMAG00000027842	ENSSMAG00000015287	ENSSMAG00000015269	ENSSMAG00000015260	ENSSMAG00000015213	ENSSMAG00000015664	ENSSMAG00000015614	ENSSMAG00000037102	chst11 (ENSSMAG00000015693)	ENSSMAG00000015709	nopchap1 (ENSSMAG00000015735)	ALDH1L2 (ENSSMAG00000015745)	samm50l (ENSSMAG00000015787)
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000178511	ENSGT00390000005508.a.b	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT01040000240400.c.a.b.a.a.d.a.a.a	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00390000011084	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B.n	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.b	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.a	ENSGT00510000047522
Barramundi perch	DUPLICATION
Barramundi perch	MODERN SPECIES	114										nav3 (ENSLCAG00010015471)	ENSLCAG00010015502	e2f7 (ENSLCAG00010015508)	csrp2 (ENSLCAG00010015510)	zdhhc17 (ENSLCAG00010015522)	OSBPL8 (ENSLCAG00010015553)	nap1l1 (ENSLCAG00010015571) #22	phlda1 (ENSLCAG00010015615) #23	ENSLCAG00010015628	ENSLCAG00010015637	ENSLCAG00010015640	krr1 (ENSLCAG00010015642) #24	GLIPR1 (ENSLCAG00010015646) #25	ENSLCAG00010015648	kcnc2 (ENSLCAG00010015653)	phax (ENSLCAG00010015659)	pmpcb (ENSLCAG00010015700)	dnajc2 (ENSLCAG00010015869)	psmc2 (ENSLCAG00010015879)	slc26a5 (ENSLCAG00010015891)	SLC26A3 (ENSLCAG00010015906)	ENSLCAG00010015941
Barramundi perch	MODERN SPECIES	1281																nap1l1 (ENSLCAG00010025940) #22	phlda1 (ENSLCAG00010025928) #23
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000005508.a.b	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000171263	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT01040000240400.c.a.b.a.a.d.a.a.a	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000156038.b	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00390000011084	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B.n	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.b	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.a	ENSGT00510000047522
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	2797							ENSSLDG00000008134	ENSSLDG00000008170	nav3 (ENSSLDG00000008238)	ENSSLDG00000008488	ENSSLDG00000008727	e2f7 (ENSSLDG00000008745)	csrp2 (ENSSLDG00000008780)	zdhhc17 (ENSSLDG00000008813)	OSBPL8 (ENSSLDG00000008914)	nap1l1 (ENSSLDG00000009101) #22	phlda1 (ENSSLDG00000009138) #23	ENSSLDG00000009157	krr1 (ENSSLDG00000009197) #24	GLIPR1 (ENSSLDG00000009234) #25	ENSSLDG00000009244	kcnc2 (ENSSLDG00000009270)
Greater amberjack	MODERN SPECIES	60	ENSSDUG00000016330	apex1 (ENSSDUG00000016377)	osgep (ENSSDUG00000016387)	si:ch211-214j24.10 (ENSSDUG00000016433)	ENSSDUG00000016447	ENSSDUG00000016489	nav3 (ENSSDUG00000016499)	ENSSDUG00000016552	ENSSDUG00000016562	ENSSDUG00000016578	e2f7 (ENSSDUG00000016593)	csrp2 (ENSSDUG00000016613)	zdhhc17 (ENSSDUG00000016634)	OSBPL8 (ENSSDUG00000016681)	ENSSDUG00000016759	nap1l1 (ENSSDUG00000016778) #22	phlda1 (ENSSDUG00000016847) #23	ENSSDUG00000016866	ENSSDUG00000016929	krr1 (ENSSDUG00000016972) #24	GLIPR1 (ENSSDUG00000017006) #25	ENSSDUG00000017018	kcnc2 (ENSSDUG00000017034)	phax (ENSSDUG00000017043)	pmpcb (ENSSDUG00000017054)	dnajc2 (ENSSDUG00000017074)	psmc2 (ENSSDUG00000017112)	slc26a5 (ENSSDUG00000017153)	SLC26A3 (ENSSDUG00000017255)	ENSSDUG00000017334	cbll1 (ENSSDUG00000017632)
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00950000182866.D.d.a.c.b.a.a	ENSGT00940000164836	ENSGT01070000253760.b.b.a.a.c.b	ENSGT00940000162179.e.b.a.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00390000011084	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.b	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.a	ENSGT00510000047522
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	15	ENSMAMG00000023532	ENSMAMG00000023528	ENSMAMG00000024929	ENSMAMG00000028093	ENSMAMG00000023524	apex1 (ENSMAMG00000025566)	OSGEP (ENSMAMG00000023520)	si:ch211-214j24.10 (ENSMAMG00000023522)	ENSMAMG00000023517	ENSMAMG00000023513	NAV3 (ENSMAMG00000023499)	e2f7 (ENSMAMG00000023495)	csrp2 (ENSMAMG00000028219)	zdhhc17 (ENSMAMG00000023485)	OSBPL8 (ENSMAMG00000023475)	nap1l1 (ENSMAMG00000023470) #22	phlda1 (ENSMAMG00000023469) #23	ENSMAMG00000028728	krr1 (ENSMAMG00000024455) #24	cmah (ENSMAMG00000023463)	ENSMAMG00000025561	kcnc2 (ENSMAMG00000023459)	ENSMAMG00000023456	PMPCB (ENSMAMG00000026031)	DNAJC2 (ENSMAMG00000023453)	PSMC2 (ENSMAMG00000023451)	SLC26A5 (ENSMAMG00000023449)	ENSMAMG00000028448	ENSMAMG00000023428	ENSMAMG00000023425	ENSMAMG00000023422
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000158600	ENSGT00950000182866.D.d.a.c.b.a.a	ENSGT00940000164836	ENSGT00390000005508.a.b	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248677	ENSGT00940000158014	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000160727 #25	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00390000011084	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.b	ENSGT01070000253775.a.d.a.a.a.b.g.a	ENSGT00510000047522
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	20	ENSBSLG00000011346	NXPE3 (ENSBSLG00000011330)	ENSBSLG00000011318	ENSBSLG00000011314	ENSBSLG00000011305	osgep (ENSBSLG00000011272)	si:ch211-214j24.10 (ENSBSLG00000011265)	apex1 (ENSBSLG00000011259)	ENSBSLG00000011126	nav3 (ENSBSLG00000010085)	ENSBSLG00000010009	e2f7 (ENSBSLG00000009981)	csrp2 (ENSBSLG00000009949)	zdhhc17 (ENSBSLG00000009631)	OSBPL8 (ENSBSLG00000009400)	nap1l1 (ENSBSLG00000009045) #22	phlda1 (ENSBSLG00000008970) #23	ENSBSLG00000008937	dera (ENSBSLG00000008613)	lmo3 (ENSBSLG00000008530)	ENSBSLG00000008524	ENSBSLG00000008517	arhgef39 (ENSBSLG00000008488)	ENSBSLG00000008482	ENSBSLG00000008472	ENSBSLG00000008330	TMEM121B (ENSBSLG00000008319)	mkrn1 (ENSBSLG00000008265)	ENSBSLG00000008251	ENSBSLG00000008249	tmem178bb (ENSBSLG00000008242)
Climbing perch	MODERN SPECIES	14	ENSATEG00000002897	ENSATEG00000029410	apex1 (ENSATEG00000028063)	ENSATEG00000002767	si:ch211-214j24.10 (ENSATEG00000002825)	ENSATEG00000002661	ENSATEG00000026785	NAV3 (ENSATEG00000002447)	ENSATEG00000029522	ENSATEG00000002361	ENSATEG00000029789	e2f7 (ENSATEG00000002350)	csrp2 (ENSATEG00000002332)	zdhhc17 (ENSATEG00000002244)	OSBPL8 (ENSATEG00000002158)	nap1l1 (ENSATEG00000002101) #22	phlda1 (ENSATEG00000002092) #23	ENSATEG00000002065	krr1 (ENSATEG00000002026) #24	cmah (ENSATEG00000001968)	ENSATEG00000029472	kcnc2 (ENSATEG00000001884)	ENSATEG00000001873	PMPCB (ENSATEG00000027573)	DNAJC2 (ENSATEG00000001856)	PSMC2 (ENSATEG00000001788)	SLC26A5 (ENSATEG00000001768)	ENSATEG00000001461	ENSATEG00000001070	ENSATEG00000001017	PPP6R2 (ENSATEG00000001006)
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	15	ENSMMDG00005023715	apex1 (ENSMMDG00005023711)	osgep (ENSMMDG00005023706)	ENSMMDG00005023703	ENSMMDG00005023700	ENSMMDG00005023697	nav3 (ENSMMDG00005023694)	ENSMMDG00005023689	ENSMMDG00005023687	ENSMMDG00005023684	ENSMMDG00005023681	ENSMMDG00005023678	csrp2 (ENSMMDG00005023676)	zdhhc17 (ENSMMDG00005023670)	OSBPL8 (ENSMMDG00005023661)	nap1l1 (ENSMMDG00005023656) #22	phlda1 (ENSMMDG00005023652) #23	ENSMMDG00005023649	krr1 (ENSMMDG00005023625) #24	GLIPR1 (ENSMMDG00005023621) #25	cmah (ENSMMDG00005023620)	ENSMMDG00005023617	kcnc2 (ENSMMDG00005023615)	phax (ENSMMDG00005023614)	pmpcb (ENSMMDG00005023055)	dnajc2 (ENSMMDG00005022786)	psmc2 (ENSMMDG00005022722)	ENSMMDG00005022714	ENSMMDG00005022712	slc26a5 (ENSMMDG00005022689)	SLC26A3 (ENSMMDG00005022687)
Cod	MODERN SPECIES	17	ENSGMOG00000002874	ENSGMOG00000013248	dmtf1 (ENSGMOG00000033129)	ENSGMOG00000025224	dclre1c (ENSGMOG00000016321)	ENSGMOG00000033866	e2f7 (ENSGMOG00000016169)	zdhhc17 (ENSGMOG00000006985)	OSBPL8 (ENSGMOG00000012772)	phlda1 (ENSGMOG00000002459) #23	ENSGMOG00000007144	ENSGMOG00000018046 #24	ENSGMOG00000018073	ENSGMOG00000018088	ENSGMOG00000022240	ENSGMOG00000002469 #22	PMPCB (ENSGMOG00000003425)	DNAJC2 (ENSGMOG00000003391)	PSMC2 (ENSGMOG00000003361)	SLC26A5 (ENSGMOG00000003319)	ENSGMOG00000024111	ENSGMOG00000022967	ENSGMOG00000029457	ENSGMOG00000001365	ENSGMOG00000024848	ENSGMOG00000024632	ENSGMOG00000000720	ENSGMOG00000009446	ENSGMOG00000009458	ENSGMOG00000030522	ENSGMOG00000034473
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000156680.b	ENSGT00990000203615.a.a.b	ENSGT01100000263519.A.b.b.a.a.c	ENSGT00530000063540.b	ENSGT00940000153744.B	ENSGT00390000009992	ENSGT01100000263519.D	ENSGT01060000248862	ENSGT00940000158014	ENSGT00940000171263	ENSGT00510000047886.b	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b	ENSGT00940000156622	ENSGT00940000153362.a #22	ENSGT00440000039564.b #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775 #24	ENSGT00940000165853	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a	ENSGT00940000159484	ENSGT00940000157206	ENSGT00390000016897.c
Salmoninae	DUPLICATION
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Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	107															ENSGT00940000156622.e.b.b	ENSGT00940000153362.a.i #22	ENSGT00440000039564.b.c #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775.i #24	ENSGT00390000018775.j #24	ENSGT00940000165853	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a.h	ENSGT00940000159484.q	ENSGT00940000157206
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	113					ENSGT00940000171263.a	ENSGT00510000047886.b.j.a.b	ENSGT00510000047886.b.j.a.a	ENSGT00940000171263.b	ENSGT00940000157713.h	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b.k	ENSGT01010000224099.A	ENSGT00530000063074.b.b.l	ENSGT01100000264291	ENSGT00940000156622.e.a	ENSGT00940000153362.a.i #22	ENSGT00440000039564.b.c.b #23	ENSGT00940000165334.r	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775.i #24	ENSGT00390000018775.j #24	ENSGT00940000165853	ENSGT00390000010830	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371	ENSGT00940000156608.w	ENSGT00940000155441	ENSGT01020000230346.B.i	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a.g	ENSGT00940000159484.r	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a.h
Atlantic salmon	DUPLICATION
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Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	321															ENSGT00940000156622.e.b.a	ENSGT00940000153362.a.i #22	ENSGT00440000039564.b.d.b #23
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Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.i #22
Coho salmon	MODERN SPECIES	265																NAP1L1 (ENSOKIG00005041744) #22	phlda1 (ENSOKIG00005041708) #23	ENSOKIG00005041697	ENSOKIG00005041662	ENSOKIG00005041641	ENSOKIG00005041626	KRR1 (ENSOKIG00005041325) #24	ENSOKIG00005041261
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	1315															ENSGT00940000156622.e.a	ENSGT00940000153362.a.j #22	ENSGT00440000039564.b.d.a #23
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Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	75	ENSGT00390000009992.d	ENSGT01100000263519.D.c.a.a	ENSGT00940000158014.d.b.a.a.b	ENSGT00940000153216.a.a.c.a.o	ENSGT00940000153216.a.a.c.a.p	ENSGT00940000171263.a	ENSGT00510000047886.b.j.b.b.b	ENSGT00510000047886.b.j.b.a	ENSGT00940000171263.b	ENSGT00510000047886.b.j.b.b.a	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b.l	ENSGT01100000264291	ENSGT00940000156622.e.a	ENSGT00940000153362.a.j #22	ENSGT00440000039564.b.d.a #23	ENSGT00940000165334	ENSGT00940000163632	ENSGT00390000018775.i #24	ENSGT00940000165853	ENSGT00390000010830.v	ENSGT00440000034107.b	ENSGT00940000157371.r	ENSGT00940000156608	ENSGT00940000155441.ib	ENSGT01020000230346.B	ENSGT01070000253775.a.d.a.b.a.h	ENSGT00940000159484.q	ENSGT00940000157206	ENSGT00390000016897.c
Rainbow trout	MODERN SPECIES	6	ENSOMYG00000075699	ENSOMYG00000009574	ENSOMYG00000009747	NAV3 (ENSOMYG00000009703)	ENSOMYG00000050476	ENSOMYG00000011336	ENSOMYG00000060498	ENSOMYG00000011265	e2f7 (ENSOMYG00000017239)	ENSOMYG00000062544	crp (ENSOMYG00000017266)	zdhhc17 (ENSOMYG00000055187)	ENSOMYG00000065803	ENSOMYG00000048483	ENSOMYG00000018253	nap1l1 (ENSOMYG00000060720) #22	phlda1 (ENSOMYG00000051941) #23	ENSOMYG00000063639	ENSOMYG00000054471	ENSOMYG00000018334	krr1 (ENSOMYG00000059025) #24	ENSOMYG00000072110	cmah (ENSOMYG00000073975)	ENSOMYG00000050418	kcnc2 (ENSOMYG00000061787)	ENSOMYG00000062802	PMPCB (ENSOMYG00000009087)	DNAJC2 (ENSOMYG00000008143)	psmc2 (ENSOMYG00000008822)	slc26a5 (ENSOMYG00000007243)	tspan33a (ENSOMYG00000006873)
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	238								ENSGT00510000047886.b.j.b.b.b	ENSGT00940000171263.a	ENSGT00510000047886.b.j.b.b.a	ENSGT00940000157713	ENSGT00940000154980	ENSGT00530000063074.b.b.l	ENSGT01100000264291	ENSGT00940000156622.e.a	ENSGT00940000153362.a.j #22	ENSGT00440000039564.b.d.a #23
Coho salmon	MODERN SPECIES	37	apex1 (ENSOKIG00005033650)	osgep (ENSOKIG00005033540)	si:ch211-214j24.10 (ENSOKIG00005033523)	ENSOKIG00005033504	ctrb.3 (ENSOKIG00005033487)	ENSOKIG00005033445	NAV3 (ENSOKIG00005033208)	ENSOKIG00005033187	ENSOKIG00005033130	ENSOKIG00005033110	e2f7 (ENSOKIG00005033100)	ENSOKIG00005033065	zdhhc17 (ENSOKIG00005032835)	ENSOKIG00005032794	OSBPL8 (ENSOKIG00005029653)	nap1l1 (ENSOKIG00005029319) #22	phlda1 (ENSOKIG00005029287) #23	ENSOKIG00005029251	ENSOKIG00005029239	ENSOKIG00005029230	ENSOKIG00005029209	krr1 (ENSOKIG00005029073) #24	ENSOKIG00005029034	cmah (ENSOKIG00005028359)	ENSOKIG00005028332	ENSOKIG00005028329	ENSOKIG00005028324	ENSOKIG00005028302	kcnc2 (ENSOKIG00005028269)	ENSOKIG00005049201	pmpcb (ENSOKIG00005049080)
Salmo	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153362.a.j #22
River trout	MODERN SPECIES	38	osgep (ENSSTUG00000002951)	si:ch211-214j24.10 (ENSSTUG00000002937)	ENSSTUG00000002915	ENSSTUG00000002906	ctrb.3 (ENSSTUG00000002899)	ENSSTUG00000002884	nav3 (ENSSTUG00000002461)	ENSSTUG00000002433	ENSSTUG00000002414	ENSSTUG00000002385	e2f7 (ENSSTUG00000002365)	csrp2 (ENSSTUG00000002341)	zdhhc17 (ENSSTUG00000002029)	ENSSTUG00000001992	OSBPL8 (ENSSTUG00000001990)	nap1l1 (ENSSTUG00000001850) #22	phlda1 (ENSSTUG00000001828) #23	ENSSTUG00000001818	ENSSTUG00000001240 #24	ENSSTUG00000000967	cmah (ENSSTUG00000044662)	ENSSTUG00000044622	kcnc2 (ENSSTUG00000044602)	pmpcb (ENSSTUG00000043996)	dnajc2 (ENSSTUG00000043300)	psmc2 (ENSSTUG00000043194)	slc26a5 (ENSSTUG00000042618)	tspan33a (ENSSTUG00000042581)	smo (ENSSTUG00000041959)	cax1 (ENSSTUG00000041309)	klhdc10 (ENSSTUG00000040948)
Huchen	DUPLICATION
Huchen	MODERN SPECIES	4102															phlda1 (ENSHHUG00000014083) #23	nap1l1 (ENSHHUG00000013312) #22
Huchen	MODERN SPECIES	2652															phlda1 (ENSHHUG00000026265) #23	nap1l1 (ENSHHUG00000026060) #22	ENSHHUG00000026030	ENSHHUG00000026016	krr1 (ENSHHUG00000025984) #24	ENSHHUG00000025975	cmah (ENSHHUG00000025965)
Northern pike	MODERN SPECIES	22	ENSELUG00000021680	ENSELUG00000030213	ENSELUG00000029254	apex1 (ENSELUG00000021706)	osgep (ENSELUG00000021807)	si:ch211-214j24.10 (ENSELUG00000021832)	ENSELUG00000034654	ENSELUG00000021866	nav3 (ENSELUG00000022160)	ENSELUG00000021903	KCNJ1 (ENSELUG00000000947)	e2f7 (ENSELUG00000000949)	csrp2 (ENSELUG00000022210)	zdhhc17 (ENSELUG00000022286)	OSBPL8 (ENSELUG00000022417)	nap1l1 (ENSELUG00000022504) #22	phlda1 (ENSELUG00000022531) #23	ENSELUG00000026580	ENSELUG00000022547	ENSELUG00000022579	ENSELUG00000022591	krr1 (ENSELUG00000022632) #24	GPRL1 (ENSELUG00000028567)	ENSELUG00000022760	kcnc2 (ENSELUG00000022814)	ENSELUG00000029131	pmpcb (ENSELUG00000022882)	dnajc2 (ENSELUG00000022953)	psmc2 (ENSELUG00000023020)	slc26a5 (ENSELUG00000023045)	tspan33a (ENSELUG00000023074)
Spotted gar	MODERN SPECIES	674	lin7a (ENSLOCG00000016303)	ENSLOCG00000016302	PTPRQ (ENSLOCG00000016300)	OTOGL (ENSLOCG00000016290)	rps16 (ENSLOCG00000016289)	ppp1r12a (ENSLOCG00000016288)	pawr (ENSLOCG00000017914)	pawr (ENSLOCG00000016287)	SYT1 (ENSLOCG00000016283)	nav3 (ENSLOCG00000016281)	e2f7 (ENSLOCG00000016279)	csrp2 (ENSLOCG00000016278)	zdhhc17 (ENSLOCG00000016277)	OSBPL8 (ENSLOCG00000016275)	BBS10 (ENSLOCG00000016274)	nap1l1 (ENSLOCG00000016269) #22	ENSLOCG00000016266	ENSLOCG00000016264	krr1 (ENSLOCG00000016262) #24	ENSLOCG00000016261	ENSLOCG00000016259	CAPS2 (ENSLOCG00000016256) #28	kcnc2 (ENSLOCG00000016255)	TRHDE (ENSLOCG00000016252)	tph2 (ENSLOCG00000016249)	tbc1d15 (ENSLOCG00000016247)	rab21 (ENSLOCG00000016246)	TMEM19 (ENSLOCG00000016245)	ZFC3H1 (ENSLOCG00000016238)	LGR5 (ENSLOCG00000016234)	TSPAN8 (ENSLOCG00000016231)
Reedfish	MODERN SPECIES		ergic2 (ENSECRG00000001512)	si:dkey-97m3.1 (ENSECRG00000001533)	ENSECRG00000001550	ENSECRG00000001566	ENSECRG00000001578	ENSECRG00000001587	ENSECRG00000001592	ENSECRG00000001695	ENSECRG00000002084	e2f7 (ENSECRG00000002121)	csrp2 (ENSECRG00000002174)	zdhhc17 (ENSECRG00000002226)	OSBPL8 (ENSECRG00000002280)	ENSECRG00000002331	BBS10 (ENSECRG00000002341)	nap1l1 (ENSECRG00000002405) #22	ENSECRG00000002511	phlda1 (ENSECRG00000002523) #23	ENSECRG00000002537	ENSECRG00000002552	ENSECRG00000002569	krr1 (ENSECRG00000002585) #24	ENSECRG00000002615	CAPS2 (ENSECRG00000002625) #28	ENSECRG00000002641	KCNC2 (ENSECRG00000002649)	ENSECRG00000002658	TRHDE (ENSECRG00000002669)	ENSECRG00000002679	tph2 (ENSECRG00000002712)	tbc1d15 (ENSECRG00000003105)
Elephant shark	MODERN SPECIES	1524	nup37 (ENSCMIG00000011451)	parpbp (ENSCMIG00000011442)	IGF1 (ENSCMIG00000011437)	th2 (ENSCMIG00000011400)	pah (ENSCMIG00000011328)	ASCL1 (ENSCMIG00000011305)	scyl2 (ENSCMIG00000011280)	DEPDC4 (ENSCMIG00000011260)	ppp1r12a (ENSCMIG00000011246)	PAWR (ENSCMIG00000011235)	syt1a (ENSCMIG00000011214)	nav3 (ENSCMIG00000011099)	ENSCMIG00000011059	zdhhc17 (ENSCMIG00000011045)	OSBPL8 (ENSCMIG00000010624)	nap1l1 (ENSCMIG00000010401) #22	phlda1 (ENSCMIG00000010385) #23	ENSCMIG00000010380	krr1 (ENSCMIG00000010336) #24	ENSCMIG00000010315	ENSCMIG00000010311	ENSCMIG00000010308	CAPS2 (ENSCMIG00000010295) #28	zgc:103499 (ENSCMIG00000010288)	cep290 (ENSCMIG00000010186)	TMTC3 (ENSCMIG00000010121)	ENSCMIG00000010109	dusp6 (ENSCMIG00000010105)	poc1b (ENSCMIG00000010063)	ENSCMIG00000009869	ENSCMIG00000009800