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ENSGT00940000167051 ENSGT00390000018775 #24 ENSGT00940000160727 #25 ENSGT00940000162357 #26 ENSGT00940000162547 #27 ENSGT00940000159670 #28 ENSGT00940000157371 #29 ENSGT00940000162576 #30 ENSGT00940000155878 #31 ENSGT00950000182885.A.b #32 ENSGT00940000156429 #33 ENSGT00940000156786 #34 ENSGT00390000017998 ENSGT00940000161088 ENSGT00390000001116 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 1 ACSS3 (ENSRFEG00010010509) LIN7A (ENSRFEG00010010463) #8 MYF5 (ENSRFEG00010010395) #9 MYF6 (ENSRFEG00010010368) #10 PTPRQ (ENSRFEG00010009562) #11 OTOGL (ENSRFEG00010007970) #12 PPP1R12A (ENSRFEG00010007686) #13 PAWR (ENSRFEG00010007574) #14 SYT1 (ENSRFEG00010007403) #15 NAV3 (ENSRFEG00010006668) #16 E2F7 (ENSRFEG00010006442) #17 CSRP2 (ENSRFEG00010006389) #18 ZDHHC17 (ENSRFEG00010006316) #19 OSBPL8 (ENSRFEG00010006253) #20 BBS10 (ENSRFEG00010004681) #21 NAP1L1 (ENSRFEG00010004645) #22 ENSRFEG00010004601 ENSRFEG00010004593 #24 GLIPR1 (ENSRFEG00010004575) #25 GLIPR1L2 (ENSRFEG00010004536) #26 GLIPR1L1 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ENSGT00390000017998 ENSGT00940000161088 Giant Panda MODERN SPECIES 6 LIN7A (ENSAMEG00000013191) #8 MYF5 (ENSAMEG00000013193) #9 MYF6 (ENSAMEG00000027013) #10 PTPRQ (ENSAMEG00000013219) #11 OTOGL (ENSAMEG00000013267) #12 PPP1R12A (ENSAMEG00000013280) #13 PAWR (ENSAMEG00000013370) #14 SYT1 (ENSAMEG00000013376) #15 NAV3 (ENSAMEG00000006673) #16 ENSAMEG00000024301 E2F7 (ENSAMEG00000007247) #17 CSRP2 (ENSAMEG00000006632) #18 ZDHHC17 (ENSAMEG00000006600) #19 OSBPL8 (ENSAMEG00000006513) #20 BBS10 (ENSAMEG00000006510) #21 NAP1L1 (ENSAMEG00000006463) #22 PHLDA1 (ENSAMEG00000006460) #23 KRR1 (ENSAMEG00000006437) #24 GLIPR1 (ENSAMEG00000006427) #25 GLIPR1L2 (ENSAMEG00000006424) #26 GLIPR1L1 (ENSAMEG00000006420) #27 CAPS2 (ENSAMEG00000006378) #28 KCNC2 (ENSAMEG00000000555) #29 ENSAMEG00000030227 ATXN7L3B (ENSAMEG00000018742) #30 TRHDE (ENSAMEG00000000316) #31 TPH2 (ENSAMEG00000000335) #32 TBC1D15 (ENSAMEG00000000408) #33 RAB21 (ENSAMEG00000000476) #34 TMEM19 (ENSAMEG00000000486) THAP2 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ENSGT00940000156429 #33 ENSGT00940000156786 #34 ENSGT00390000017998 ENSGT00940000161088 Sperm whale DUPLICATION Sperm whale MODERN SPECIES 17 MYF6 (ENSPCTG00005016374) #10 PTPRQ (ENSPCTG00005015293) #11 OTOGL (ENSPCTG00005013033) #12 ENSPCTG00005012953 PPP1R12A (ENSPCTG00005012575) #13 PAWR (ENSPCTG00005012474) #14 SYT1 (ENSPCTG00005012311) #15 NAV3 (ENSPCTG00005010415) #16 E2F7 (ENSPCTG00005009995) #17 CSRP2 (ENSPCTG00005009938) #18 ZDHHC17 (ENSPCTG00005009874) #19 OSBPL8 (ENSPCTG00005009709) #20 BBS10 (ENSPCTG00005009666) #21 ENSPCTG00005009647 ENSPCTG00005009623 NAP1L1 (ENSPCTG00005009406) #22 PHLDA1 (ENSPCTG00005009371) #23 ENSPCTG00005009342 KRR1 (ENSPCTG00005009253) #24 GLIPR1 (ENSPCTG00005009154) #25 GLIPR1L2 (ENSPCTG00005008930) #26 GLIPR1L1 (ENSPCTG00005008822) #27 CAPS2 (ENSPCTG00005008725) #28 KCNC2 (ENSPCTG00005008582) #29 ATXN7L3B (ENSPCTG00005008533) #30 ENSPCTG00005008488 ENSPCTG00005008475 TRHDE (ENSPCTG00005008394) #31 TPH2 (ENSPCTG00005008326) #32 TBC1D15 (ENSPCTG00005008091) #33 ENSPCTG00005008056 Sperm whale MODERN SPECIES 16 SEMA3E (ENSPCTG00005004045) SEMA3A (ENSPCTG00005004017) SEMA3D (ENSPCTG00005003987) GRM3 (ENSPCTG00005003962) KIAA1324L (ENSPCTG00005003874) DMTF1 (ENSPCTG00005003809) TMEM243 (ENSPCTG00005003771) CROT (ENSPCTG00005003742) ABCB4 (ENSPCTG00005003687) ABCB1 (ENSPCTG00005003552) ENSPCTG00005003512 RUNDC3B (ENSPCTG00005003383) SLC25A40 (ENSPCTG00005003323) DBF4 (ENSPCTG00005003288) CCDC126 (ENSPCTG00005003268) ENSPCTG00005003253 #22 ENSPCTG00005003240 TRA2A (ENSPCTG00005003229) IGF2BP3 (ENSPCTG00005003193) MALSU1 (ENSPCTG00005003177) ENSPCTG00005003167 GPNMB (ENSPCTG00005003153) NUPL2 (ENSPCTG00005003130) KLHL7 (ENSPCTG00005003098) FAM126A (ENSPCTG00005003061) ENSPCTG00005003031 IL6 (ENSPCTG00005003017) RAPGEF5 (ENSPCTG00005002875) CDCA7L (ENSPCTG00005002828) DNAH11 (ENSPCTG00005002062) ENSPCTG00005001827 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000153222.a.a #8 ENSGT00950000182959.a.a #9 ENSGT00950000182959.a.b.b.a #10 ENSGT00940000159215 #11 ENSGT00940000160698 #12 ENSGT00940000154172.ab.b ENSGT00940000156120.a #13 ENSGT00390000000406 #14 ENSGT00940000155394 #15 ENSGT00940000158014 #16 ENSGT00940000157713 #17 ENSGT00940000154980.cb #18 ENSGT00530000063074.b.b #19 ENSGT00940000156622 #20 ENSGT00390000002417 #21 ENSGT00940000153362.a #22 ENSGT00440000039564.b #23 ENSGT00390000014572.eb.b ENSGT00390000018775 #24 ENSGT00940000160727 #25 ENSGT00940000162357 #26 ENSGT00940000159670 #28 ENSGT00940000157371 #29 ENSGT00940000162576 #30 ENSGT00940000155878 #31 ENSGT00950000182885.A.b #32 ENSGT00940000156429 #33 ENSGT00940000156786 #34 ENSGT00390000017998 ENSGT00940000161088 ENSGT00390000001116 Dolphin MODERN SPECIES 3867 NAP1L1 (ENSTTRG00000017062) #22 PHLDA1 (ENSTTRG00000017061) Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000153222.a.a #8 ENSGT00950000182959.a.a #9 ENSGT00950000182959.a.b.b.a #10 ENSGT00940000159215 #11 ENSGT00940000160698 #12 ENSGT00940000154172.ab.b 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FREM1 (ENSPSNG00000022456) ENSPSNG00000022475 TTC39B (ENSPSNG00000022479) SNAPC3 (ENSPSNG00000022494) ENSPSNG00000022504 CCDC171 (ENSPSNG00000022518) BNC2 (ENSPSNG00000022532) CNTLN (ENSPSNG00000022536) Vaquita MODERN SPECIES 1 PTPRQ (ENSPSNG00000006652) #11 OTOGL (ENSPSNG00000007188) #12 PPP1R12A (ENSPSNG00000008207) #13 ENSPSNG00000008403 PAWR (ENSPSNG00000008439) #14 SYT1 (ENSPSNG00000008513) #15 ENSPSNG00000008562 NAV3 (ENSPSNG00000009074) #16 E2F7 (ENSPSNG00000010547) #17 CSRP2 (ENSPSNG00000010823) #18 ZDHHC17 (ENSPSNG00000010872) #19 ENSPSNG00000010920 ENSPSNG00000010941 OSBPL8 (ENSPSNG00000010975) #20 BBS10 (ENSPSNG00000011255) #21 ENSPSNG00000011336 #22 ENSPSNG00000011534 ENSPSNG00000011566 KRR1 (ENSPSNG00000011619) #24 GLIPR1 (ENSPSNG00000011694) #25 ENSPSNG00000011741 #26 ENSPSNG00000011783 #28 KCNC2 (ENSPSNG00000011897) #29 ENSPSNG00000012078 TRHDE (ENSPSNG00000012118) #31 TBC1D15 (ENSPSNG00000012340) #33 RAB21 (ENSPSNG00000012506) #34 TMEM19 (ENSPSNG00000012528) THAP2 (ENSPSNG00000012584) ZFC3H1 (ENSPSNG00000012685) LGR5 (ENSPSNG00000012776) Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00950000182959.a.a #9 ENSGT00950000182959.a.b.b.a #10 ENSGT00940000159215 #11 ENSGT00940000160698 #12 ENSGT00940000154172.ab.b ENSGT00940000156120.a #13 ENSGT00390000000406 #14 ENSGT00940000155394 #15 ENSGT00940000158014 #16 ENSGT00940000157713 #17 ENSGT00940000154980.cb #18 ENSGT00940000154980.bb.a ##18 ENSGT00530000063074.b.b #19 ENSGT00940000156622 #20 ENSGT00390000002417 #21 ENSGT00940000153362.a #22 ENSGT00440000039564.b #23 ENSGT00390000014572.eb.b ENSGT00390000018775 #24 ENSGT00940000160727 #25 ENSGT00940000162357 #26 ENSGT00940000157371 #29 ENSGT00940000162576 #30 ENSGT00940000155878 #31 ENSGT00950000182885.A.b #32 ENSGT00940000156429 #33 ENSGT00940000156786 #34 ENSGT00390000017998 ENSGT00940000161088 ENSGT00390000001116 ENSGT00940000160214 Narwhal DUPLICATION Narwhal MODERN SPECIES 313 MYF6 (ENSMMNG00015019715) #10 PTPRQ (ENSMMNG00015019359) #11 OTOGL (ENSMMNG00015018567) #12 ENSMMNG00015018420 PPP1R12A (ENSMMNG00015018194) #13 ENSMMNG00015018085 PAWR (ENSMMNG00015018035) #14 SYT1 (ENSMMNG00015017994) #15 NAV3 (ENSMMNG00015017728) #16 E2F7 (ENSMMNG00015017553) #17 CSRP2 (ENSMMNG00015017494) #18 ENSMMNG00015017474 ZDHHC17 (ENSMMNG00015017285) #19 OSBPL8 (ENSMMNG00015017163) #20 BBS10 (ENSMMNG00015017120) #21 NAP1L1 (ENSMMNG00015016626) #22 PHLDA1 (ENSMMNG00015016497) #23 ENSMMNG00015016472 KRR1 (ENSMMNG00015016424) #24 GLIPR1 (ENSMMNG00015016368) #25 GLIPR1L2 (ENSMMNG00015016289) #26 KCNC2 (ENSMMNG00015016164) #29 ATXN7L3B (ENSMMNG00015016119) #30 ENSMMNG00015016102 TRHDE (ENSMMNG00015016061) #31 TPH2 (ENSMMNG00015016006) #32 TBC1D15 (ENSMMNG00015015845) #33 RAB21 (ENSMMNG00015021878) #34 TMEM19 (ENSMMNG00015021870) THAP2 (ENSMMNG00015021865) ZFC3H1 (ENSMMNG00015021858) Narwhal MODERN SPECIES 312 PLGRKT (ENSMMNG00015020757) CD274 (ENSMMNG00015020739) PDCD1LG2 (ENSMMNG00015020694) RIC1 (ENSMMNG00015020565) ERMP1 (ENSMMNG00015020481) MLANA (ENSMMNG00015020456) KIAA2026 (ENSMMNG00015020402) ENSMMNG00015020366 IL33 (ENSMMNG00015020337) TPD52L3 (ENSMMNG00015020325) UHRF2 (ENSMMNG00015020267) GLDC (ENSMMNG00015020203) KDM4C (ENSMMNG00015020148) ENSMMNG00015020117 PTPRD (ENSMMNG00015019797) ENSMMNG00015019678 #22 ENSMMNG00015019665 TYRP1 (ENSMMNG00015019643) LURAP1L (ENSMMNG00015019625) MPDZ (ENSMMNG00015019518) NFIB (ENSMMNG00015018858) ZDHHC21 (ENSMMNG00015018625) CER1 (ENSMMNG00015018604) FREM1 (ENSMMNG00015018425) TTC39B (ENSMMNG00015017960) SNAPC3 (ENSMMNG00015017842) ENSMMNG00015017788 CCDC171 (ENSMMNG00015017724) BNC2 (ENSMMNG00015017606) CNTLN (ENSMMNG00015017488) SH3GL2 (ENSMMNG00015017433) Narwhal MODERN SPECIES 306 ENSMMNG00015008950 SEMA3A (ENSMMNG00015008960) SEMA3D (ENSMMNG00015008990) GRM3 (ENSMMNG00015009031) ELAPOR2 (ENSMMNG00015009063) DMTF1 (ENSMMNG00015009124) TMEM243 (ENSMMNG00015009191) CROT (ENSMMNG00015009220) ABCB4 (ENSMMNG00015009645) ABCB1 (ENSMMNG00015011895) ENSMMNG00015013462 RUNDC3B (ENSMMNG00015013486) SLC25A40 (ENSMMNG00015013512) DBF4 (ENSMMNG00015013532) CCDC126 (ENSMMNG00015013548) ENSMMNG00015013557 #22 ENSMMNG00015013578 ENSMMNG00015013599 IGF2BP3 (ENSMMNG00015013611) MALSU1 (ENSMMNG00015013639) GPNMB (ENSMMNG00015013654) NUP42 (ENSMMNG00015013671) KLHL7 (ENSMMNG00015013694) HYCC1 (ENSMMNG00015013717) ENSMMNG00015013758 IL6 (ENSMMNG00015013785) RAPGEF5 (ENSMMNG00015013835) CDCA7L (ENSMMNG00015013916) DNAH11 (ENSMMNG00015014124) SP4 (ENSMMNG00015014456) ENSMMNG00015014468 Beluga whale DUPLICATION Beluga whale MODERN SPECIES 50 CD274 (ENSDLEG00000019715) PDCD1LG2 (ENSDLEG00000019719) RIC1 (ENSDLEG00000019725) ERMP1 (ENSDLEG00000019731) MLANA (ENSDLEG00000019742) KIAA2026 (ENSDLEG00000019748) RANBP6 (ENSDLEG00000019757) IL33 (ENSDLEG00000019759) TPD52L3 (ENSDLEG00000019764) UHRF2 (ENSDLEG00000019777) GLDC (ENSDLEG00000019814) KDM4C (ENSDLEG00000014058) ENSDLEG00000014119 ENSDLEG00000014144 PTPRD (ENSDLEG00000014171) ENSDLEG00000014285 #22 TYRP1 (ENSDLEG00000014303) LURAP1L (ENSDLEG00000014337) MPDZ (ENSDLEG00000014917) NFIB (ENSDLEG00000020159) ZDHHC21 (ENSDLEG00000020168) CER1 (ENSDLEG00000020173) FREM1 (ENSDLEG00000020177) TTC39B (ENSDLEG00000020187) SNAPC3 (ENSDLEG00000020200) ENSDLEG00000020201 ENSDLEG00000020205 CCDC171 (ENSDLEG00000020209) ENSDLEG00000020244 BNC2 (ENSDLEG00000020245) CNTLN (ENSDLEG00000020249) Beluga whale MODERN SPECIES 72 GRM3 (ENSDLEG00000021232) KIAA1324L (ENSDLEG00000021230) DMTF1 (ENSDLEG00000021214) TMEM243 (ENSDLEG00000021203) CROT (ENSDLEG00000021200) ABCB4 (ENSDLEG00000020916) ABCB1 (ENSDLEG00000016643) ENSDLEG00000016122 RUNDC3B (ENSDLEG00000016083) SLC25A40 (ENSDLEG00000016041) DBF4 (ENSDLEG00000015923) CCDC126 (ENSDLEG00000015911) ENSDLEG00000021741 #22 ENSDLEG00000021739 ENSDLEG00000021737 IGF2BP3 (ENSDLEG00000021731) MALSU1 (ENSDLEG00000021728) GPNMB (ENSDLEG00000021726) KLHL7 (ENSDLEG00000021717) FAM126A (ENSDLEG00000021707) ENSDLEG00000021700 IL6 (ENSDLEG00000021697) RAPGEF5 (ENSDLEG00000021689) CDCA7L (ENSDLEG00000021687) DNAH11 (ENSDLEG00000021082) ENSDLEG00000020902 SP4 (ENSDLEG00000020894) ENSDLEG00000020889 Beluga whale MODERN SPECIES 39 PTPRQ (ENSDLEG00000006066) #11 OTOGL (ENSDLEG00000006234) #12 PPP1R12A (ENSDLEG00000006433) #13 ENSDLEG00000006442 PAWR (ENSDLEG00000006445) #14 ENSDLEG00000006452 SYT1 (ENSDLEG00000006456) #15 NAV3 (ENSDLEG00000006608) #16 ENSDLEG00000007322 #17 ENSDLEG00000007329 #17 CSRP2 (ENSDLEG00000007353) ##18 ZDHHC17 (ENSDLEG00000007362) #19 ENSDLEG00000007371 OSBPL8 (ENSDLEG00000007401) #20 BBS10 (ENSDLEG00000007426) #21 ENSDLEG00000007438 #22 PHLDA1 (ENSDLEG00000007521) #23 ENSDLEG00000007528 KRR1 (ENSDLEG00000007544) #24 GLIPR1 (ENSDLEG00000007560) #25 GLIPR1L2 (ENSDLEG00000000224) #26 KCNC2 (ENSDLEG00000000278) #29 ATXN7L3B (ENSDLEG00000000389) #30 ENSDLEG00000000403 TRHDE (ENSDLEG00000000423) #31 TPH2 (ENSDLEG00000000459) #32 TBC1D15 (ENSDLEG00000000511) #33 RAB21 (ENSDLEG00000000571) #34 TMEM19 (ENSDLEG00000000605) THAP2 (ENSDLEG00000000632) ZFC3H1 (ENSDLEG00000000767) Pecora DUPLICATION Pecora DUPLICATION Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.a #22 Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 22 MYF6 (ENSCHYG00000017934) #10 PTPRQ (ENSCHYG00000015685) #11 OTOGL (ENSCHYG00000013254) #12 PPP1R12A (ENSCHYG00000011940) #13 ENSCHYG00000011841 PAWR (ENSCHYG00000011616) #14 SYT1 (ENSCHYG00000011518) #15 ENSCHYG00000011512 NAV3 (ENSCHYG00000010069) #16 ENSCHYG00000009932 E2F7 (ENSCHYG00000009596) #17 ENSCHYG00000009520 CSRP2 (ENSCHYG00000009422) #18 ZDHHC17 (ENSCHYG00000009052) #19 OSBPL8 (ENSCHYG00000008637) #20 ENSCHYG00000008327 #22 PHLDA1 (ENSCHYG00000008287) #23 KRR1 (ENSCHYG00000008210) #24 GLIPR1 (ENSCHYG00000008170) #25 GLIPR1L2 (ENSCHYG00000008064) #26 GLIPR1L1 (ENSCHYG00000008035) #27 CAPS2 (ENSCHYG00000007943) #28 KCNC2 (ENSCHYG00000007653) #29 ATXN7L3B (ENSCHYG00000007602) #30 ENSCHYG00000007590 TRHDE (ENSCHYG00000007528) #31 TPH2 (ENSCHYG00000007450) #32 TBC1D15 (ENSCHYG00000007317) #33 RAB21 (ENSCHYG00000007294) #34 TMEM19 (ENSCHYG00000007214) ZFC3H1 (ENSCHYG00000006953) Yarkand deer MODERN SPECIES 10 NDUFB5 (ENSCHYG00000019479) USP13 (ENSCHYG00000018967) PEX5L (ENSCHYG00000017068) ENSCHYG00000016977 TTC14 (ENSCHYG00000016786) CCDC39 (ENSCHYG00000016666) FXR1 (ENSCHYG00000015742) DNAJC19 (ENSCHYG00000015489) ATP11B (ENSCHYG00000013977) ENSCHYG00000013883 DCUN1D1 (ENSCHYG00000013798) ENSCHYG00000013773 MCCC1 (ENSCHYG00000013336) LAMP3 (ENSCHYG00000013102) MCF2L2 (ENSCHYG00000013028) ENSCHYG00000012973 #22 ENSCHYG00000012825 KLHL24 (ENSCHYG00000012697) ENSCHYG00000012636 YEATS2 (ENSCHYG00000011810) PARL (ENSCHYG00000011557) ABCC5 (ENSCHYG00000011061) ENSCHYG00000010955 ENSCHYG00000010728 HTR3E (ENSCHYG00000010491) EIF2B5 (ENSCHYG00000010374) DVL3 (ENSCHYG00000010004) ENSCHYG00000009683 ABCF3 (ENSCHYG00000009398) VWA5B2 (ENSCHYG00000009135) ALG3 (ENSCHYG00000009074) Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.a #22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.a #22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.a #22 Goat MODERN SPECIES 22 REG4 (ENSCHIG00000015183) HMGCS2 (ENSCHIG00000025654) PHGDH (ENSCHIG00000018423) ZNF697 (ENSCHIG00000014100) 3BHSD (ENSCHIG00000020217) HAO2 (ENSCHIG00000026466) WARS2 (ENSCHIG00000013499) TBX15 (ENSCHIG00000014427) ENSCHIG00000014484 SPAG17 (ENSCHIG00000014664) WDR3 (ENSCHIG00000010490) GDAP2 (ENSCHIG00000019563) TENT5C (ENSCHIG00000005579) MAN1A2 (ENSCHIG00000013056) VTCN1 (ENSCHIG00000019630) ENSCHIG00000007372 #22 TRIM45 (ENSCHIG00000018385) TTF2 (ENSCHIG00000020785) CD101 (ENSCHIG00000025123) PTGFRN (ENSCHIG00000017906) CD2 (ENSCHIG00000023355) IGSF3 (ENSCHIG00000003902) ENSCHIG00000022779 ATP1A1 (ENSCHIG00000017191) ENSCHIG00000005925 MAB21L3 (ENSCHIG00000019025) SLC22A15 (ENSCHIG00000022810) ENSCHIG00000008508 NHLH2 (ENSCHIG00000007315) ENSCHIG00000017520 CASQ2 (ENSCHIG00000014376) Siberian musk deer MODERN SPECIES 161 ENSMMSG00000008018 E2F7 (ENSMMSG00000007800) #17 ENSMMSG00000007753 #18 ZDHHC17 (ENSMMSG00000007709) #19 OSBPL8 (ENSMMSG00000007416) #20 ENSMMSG00000007025 #22 PHLDA1 (ENSMMSG00000006968) #23 ENSMMSG00000006950 KRR1 (ENSMMSG00000006803) #24 GLIPR1 (ENSMMSG00000006761) #25 GLIPR1L2 (ENSMMSG00000006598) #26 GLIPR1L1 (ENSMMSG00000006495) #27 CAPS2 (ENSMMSG00000006455) #28 KCNC2 (ENSMMSG00000006316) #29 ATXN7L3B (ENSMMSG00000006291) #30 ENSMMSG00000006282 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.b #22 Percora_a DUPLICATION Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.b.a #22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.b.a #22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.b.a #22 Goat DUPLICATION Goat MODERN SPECIES ENSCHIG00000023045 ENSCHIG00000012604 KRTAP27-1 (ENSCHIG00000023347) KRTAP24-1 (ENSCHIG00000010288) CLDN8 (ENSCHIG00000026887) CLDN17 (ENSCHIG00000008873) GRIK1 (ENSCHIG00000016810) BACH1 (ENSCHIG00000019566) MAP3K7CL (ENSCHIG00000012652) ENSCHIG00000016193 CCT8 (ENSCHIG00000017860) USP16 (ENSCHIG00000025641) RWDD2B (ENSCHIG00000018379) LTN1 (ENSCHIG00000017704) N6AMT1 (ENSCHIG00000016325) ENSCHIG00000024574 #22 ADAMTS5 (ENSCHIG00000018986) ADAMTS1 (ENSCHIG00000006622) CYYR1 (ENSCHIG00000025461) APP (ENSCHIG00000026432) GABPA (ENSCHIG00000012998) ENSCHIG00000022046 JAM2 (ENSCHIG00000015291) MRPL39 (ENSCHIG00000018095) ENSCHIG00000021256 NCAM2 (ENSCHIG00000016827) TMPRSS15 (ENSCHIG00000012944) CHODL (ENSCHIG00000024133) C21orf91 (ENSCHIG00000010676) BTG3 (ENSCHIG00000008206) CXADR (ENSCHIG00000022557) Goat MODERN SPECIES 11 FSIP2 (ENSCHIG00000016003) ZNF804A (ENSCHIG00000013519) ENSCHIG00000010879 NUP35 (ENSCHIG00000023148) DUSP19 (ENSCHIG00000011127) NCKAP1 (ENSCHIG00000009748) FRZB (ENSCHIG00000021563) DNAJC10 (ENSCHIG00000003443) PDE1A (ENSCHIG00000024041) ENSCHIG00000012129 PPP1R1C (ENSCHIG00000022279) ITPRID2 (ENSCHIG00000012758) NEUROD1 (ENSCHIG00000013471) CERKL (ENSCHIG00000025973) ITGA4 (ENSCHIG00000019338) ENSCHIG00000023381 #22 UBE2E3 (ENSCHIG00000009564) CWC22 (ENSCHIG00000017150) ZNF385B (ENSCHIG00000024559) SESTD1 (ENSCHIG00000018999) ENSCHIG00000016292 ENSCHIG00000016308 ENSCHIG00000027063 ENSCHIG00000018472 PLEKHA3 (ENSCHIG00000019515) FKBP7 (ENSCHIG00000017480) PJVK (ENSCHIG00000013011) PRKRA (ENSCHIG00000015333) OSBPL6 (ENSCHIG00000008898) ENSCHIG00000017164 RBM45 (ENSCHIG00000010687) Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.b.a #22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.b.a #22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000153431.b ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.b ENSGT00940000154327.b.e.b ENSGT01030000234532.A.a.a.b ENSGT00390000001138.a.g.b ENSGT00940000154866.B.d ENSGT00550000075046 ENSGT00550000074931 ENSGT00390000004987 ENSGT00940000162552 ENSGT00950000183139.A ENSGT00390000010121 ENSGT00670000098098 ENSGT00940000162247 ENSGT00940000159727 ENSGT00940000153362.a.bb.b.a #22 ENSGT00940000159137.d ENSGT00940000155999 ENSGT00940000163276 ENSGT00940000156996 ENSGT00940000162041 ENSGT00870000136554.jb ENSGT00390000005826.a.b ENSGT00900000141212 ENSGT00910000144356 ENSGT00940000162636.B ENSGT00940000165454 ENSGT00940000162294 ENSGT00940000163249 ENSGT00940000161877.j ENSGT00940000154755 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 4 SMIM26 (ENSBIXG00005000771) ENSBIXG00005010061 DTD1 (ENSBIXG00005010081) SCP2D1 (ENSBIXG00005000779) SLC24A3 (ENSBIXG00005010121) ENSBIXG00005010143 RIN2 (ENSBIXG00005010179) NAA20 (ENSBIXG00005010224) CRNKL1 (ENSBIXG00005010247) CFAP61 (ENSBIXG00005010280) INSM1 (ENSBIXG00005010299) RALGAPA2 (ENSBIXG00005010322) ENSBIXG00005010385 XRN2 (ENSBIXG00005006105) ENSBIXG00005000714 ENSBIXG00005000694 #22 PAX1 (ENSBIXG00005010606) FOXA2 (ENSBIXG00005000913) THBD (ENSBIXG00005010640) ENSBIXG00005000916 CD93 (ENSBIXG00005010666) NXT1 (ENSBIXG00005010690) GZF1 (ENSBIXG00005010698) NAPB (ENSBIXG00005000942) ENSBIXG00005000943 ENSBIXG00005010800 ENSBIXG00005000950 ENSBIXG00005010816 CST8 (ENSBIXG00005006779) ENSBIXG00005000954 ENSBIXG00005010849 Cow MODERN SPECIES 4 SMIM26 (ENSBTAG00000051249) DTD1 (ENSBTAG00000008964) ENSBTAG00000012276 SCP2D1 (ENSBTAG00000005202) SLC24A3 (ENSBTAG00000011882) ENSBTAG00000032893 RIN2 (ENSBTAG00000020382) NAA20 (ENSBTAG00000001144) CRNKL1 (ENSBTAG00000008472) CFAP61 (ENSBTAG00000009291) RALGAPA2 (ENSBTAG00000014178) KIZ (ENSBTAG00000020988) XRN2 (ENSBTAG00000011304) NKX2-4 (ENSBTAG00000011312) NKX2-2 (ENSBTAG00000010277) ENSBTAG00000035643 #22 PAX1 (ENSBTAG00000006742) FOXA2 (ENSBTAG00000012407) THBD (ENSBTAG00000048591) CD93 (ENSBTAG00000004207) NXT1 (ENSBTAG00000004993) GZF1 (ENSBTAG00000008908) NAPB (ENSBTAG00000032704) ENSBTAG00000027420 MGC133636 (ENSBTAG00000013416) CST8 (ENSBTAG00000032694) ENSBTAG00000015949 ENSBTAG00000032687 CST3 (ENSBTAG00000000598) SYNDIG1 (ENSBTAG00000040147) CST7 (ENSBTAG00000004273) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.b.a #22 Domestic yak MODERN SPECIES 3 DTD1 (ENSBGRG00000005731) ENSBGRG00000005768 SLC24A3 (ENSBGRG00000005785) ENSBGRG00000005832 ENSBGRG00000005870 NAA20 (ENSBGRG00000005893) CRNKL1 (ENSBGRG00000006006) CFAP61 (ENSBGRG00000006111) INSM1 (ENSBGRG00000006219) ENSBGRG00000006247 ENSBGRG00000006333 KIZ (ENSBGRG00000006486) XRN2 (ENSBGRG00000006633) NKX2-4 (ENSBGRG00000006760) NKX2-2 (ENSBGRG00000006790) ENSBGRG00000006808 #22 ENSBGRG00000006824 PAX1 (ENSBGRG00000006855) FOXA2 (ENSBGRG00000006927) THBD (ENSBGRG00000006963) CD93 (ENSBGRG00000006986) ENSBGRG00000007043 NXT1 (ENSBGRG00000007076) ENSBGRG00000007097 ENSBGRG00000007150 NAPB (ENSBGRG00000007201) CSTL1 (ENSBGRG00000007456) ENSBGRG00000007520 ENSBGRG00000007612 ENSBGRG00000007655 CST8 (ENSBGRG00000007704) Siberian musk deer MODERN SPECIES 58 AHI1 (ENSMMSG00000021831) MYB (ENSMMSG00000021565) HBS1L (ENSMMSG00000021341) ALDH8A1 (ENSMMSG00000021125) ENSMMSG00000021091 SGK1 (ENSMMSG00000020868) SLC2A12 (ENSMMSG00000020794) TBPL1 (ENSMMSG00000020735) TCF21 (ENSMMSG00000020711) ENSMMSG00000020638 #22 ENSMMSG00000020624 EYA4 (ENSMMSG00000019255) RPS12 (ENSMMSG00000019108) SLC18B1 (ENSMMSG00000019044) VNN2 (ENSMMSG00000018976) VNN1 (ENSMMSG00000018799) TAAR1 (ENSMMSG00000018786) TAAR2 (ENSMMSG00000018770) ENSMMSG00000018760 ENSMMSG00000018755 TAAR5 (ENSMMSG00000018747) ENSMMSG00000018696 ENSMMSG00000018682 ENSMMSG00000018595 ENSMMSG00000018569 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.b.b #22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.b.b #22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.b.b #22 Goat MODERN SPECIES 3 AKAP11 (ENSCHIG00000013636) DGKH (ENSCHIG00000006200) VWA8 (ENSCHIG00000014923) RGCC (ENSCHIG00000021125) NAA16 (ENSCHIG00000020957) MTRF1 (ENSCHIG00000011810) KBTBD7 (ENSCHIG00000008970) KBTBD6 (ENSCHIG00000008480) WBP4 (ENSCHIG00000013146) ELF1 (ENSCHIG00000022154) SUGT1 (ENSCHIG00000016538) CNMD (ENSCHIG00000011842) ENSCHIG00000018869 PCDH8 (ENSCHIG00000007364) OLFM4 (ENSCHIG00000012620) ENSCHIG00000017455 #22 ENSCHIG00000020046 ENSCHIG00000007273 PCDH17 (ENSCHIG00000011906) ENSCHIG00000018989 ENSCHIG00000021621 DIAPH3 (ENSCHIG00000020803) ENSCHIG00000020620 ENSCHIG00000004079 TDRD3 (ENSCHIG00000020019) ENSCHIG00000021721 PCDH20 (ENSCHIG00000004923) Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.b.b #22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.b.b #22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.bb.b.b #22 Cow MODERN SPECIES 6 PPFIBP2 (ENSBTAG00000016140) OLFML1 (ENSBTAG00000021483) SYT9 (ENSBTAG00000032079) RBMXL2 (ENSBTAG00000047652) NLRP14 (ENSBTAG00000002289) ZNF214 (ENSBTAG00000020289) ZNF215 (ENSBTAG00000003638) OR2D3 (ENSBTAG00000054848) OR2D2 (ENSBTAG00000018490) OR10A4 (ENSBTAG00000052067) OR10A5 (ENSBTAG00000049124) OR10A5L (ENSBTAG00000052456) OR10A5G (ENSBTAG00000050050) OR6A2 (ENSBTAG00000019144) OR6B18 (ENSBTAG00000051921) ENSBTAG00000027525 #22 OR6B17 (ENSBTAG00000049727) ENSBTAG00000037603 OR2D4 (ENSBTAG00000036031) OR2D3G (ENSBTAG00000055066) OR2AG1E (ENSBTAG00000035675) OR2AG1G (ENSBTAG00000054851) OR2AG1 (ENSBTAG00000054261) OR2AG2 (ENSBTAG00000047025) OR2D37 (ENSBTAG00000021147) ENSBTAG00000051394 ENSBTAG00000037937 ENSBTAG00000049294 ENSBTAG00000052878 MRPL17 (ENSBTAG00000024781) DCHS1 (ENSBTAG00000015405) Yarkand deer MODERN SPECIES 28 PGRMC2 (ENSCHYG00000003351) JADE1 (ENSCHYG00000003379) SCLT1 (ENSCHYG00000003454) C4orf33 (ENSCHYG00000003546) ENSCHYG00000003561 ENSCHYG00000003572 PCDH10 (ENSCHYG00000003589) ENSCHYG00000003606 PABPC4L (ENSCHYG00000003623) ENSCHYG00000003641 ENSCHYG00000003650 ENSCHYG00000003660 PCDH18 (ENSCHYG00000003685) ENSCHYG00000003723 SLC7A11 (ENSCHYG00000003749) ENSCHYG00000003775 #22 ENSCHYG00000003782 NOCT (ENSCHYG00000003790) ELF2 (ENSCHYG00000003820) ENSCHYG00000003881 ENSCHYG00000003891 ENSCHYG00000003904 NAA15 (ENSCHYG00000003925) RAB33B (ENSCHYG00000003973) SETD7 (ENSCHYG00000003984) ENSCHYG00000004005 MGST2 (ENSCHYG00000000058) MAML3 (ENSCHYG00000000075) ENSCHYG00000000146 CLGN (ENSCHYG00000000178) MGAT4D (ENSCHYG00000000222) Pecora ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00950000182959.a.a #9 ENSGT00950000182959.a.b.b.a #10 ENSGT00940000159215 #11 ENSGT00940000168324 ENSGT00940000160698 #12 ENSGT00940000156120.a #13 ENSGT00390000000406 #14 ENSGT00940000155394 #15 ENSGT01100000263748 ENSGT00940000158014 #16 ENSGT00940000157713 #17 ENSGT00940000154980.cb #18 ENSGT00530000063074.b.b #19 ENSGT00940000156622 #20 ENSGT00390000002417 #21 ENSGT00940000153362.a.cb #22 ENSGT00440000039564.b #23 ENSGT00390000018775 #24 ENSGT00940000160727 #25 ENSGT00940000162357 #26 ENSGT00940000162547 #27 ENSGT00940000159670 #28 ENSGT00940000157371 #29 ENSGT00940000162576 #30 ENSGT00940000155878 #31 ENSGT00950000182885.A.b #32 ENSGT00940000156429 #33 ENSGT00940000156786 #34 ENSGT00390000017998 ENSGT00940000161088 ENSGT00390000001116 Yarkand deer MODERN SPECIES 9 ENSCHYG00000025207 FAM180A (ENSCHYG00000025190) SLC13A4 (ENSCHYG00000025174) STMP1 (ENSCHYG00000025155) NUP205 (ENSCHYG00000025018) CNOT4 (ENSCHYG00000024863) ENSCHYG00000024840 ENSCHYG00000024804 STRA8 (ENSCHYG00000024771) WDR91 (ENSCHYG00000024656) CYREN (ENSCHYG00000024621) TMEM140 (ENSCHYG00000024615) AGBL3 (ENSCHYG00000024562) CALD1 (ENSCHYG00000024195) BPGM (ENSCHYG00000024151) ENSCHYG00000024119 #22 ENSCHYG00000024043 ENSCHYG00000024001 SLC35B4 (ENSCHYG00000023964) LRGUK (ENSCHYG00000023792) EXOC4 (ENSCHYG00000023677) CHCHD3 (ENSCHYG00000023548) PLXNA4 (ENSCHYG00000023427) ENSCHYG00000023404 ENSCHYG00000023373 MKLN1 (ENSCHYG00000023221) ENSCHYG00000023197 ENSCHYG00000023181 KLF14 (ENSCHYG00000023121) TSGA13 (ENSCHYG00000023089) COPG2 (ENSCHYG00000022977) Percora_a ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00950000182959.a.a #9 ENSGT00950000182959.a.b.b.a #10 ENSGT00940000159215 #11 ENSGT00940000168324 ENSGT00940000160698 #12 ENSGT00940000156120.a #13 ENSGT00390000000406 #14 ENSGT00940000155394 #15 ENSGT01100000263748 ENSGT00940000158014 #16 ENSGT00940000157713 #17 ENSGT00940000154980.cb #18 ENSGT00530000063074.b.b #19 ENSGT00940000156622 #20 ENSGT00390000002417 #21 ENSGT00940000153362.a.cb #22 ENSGT00440000039564.b #23 ENSGT00390000018775 #24 ENSGT00940000160727 #25 ENSGT00940000162357 #26 ENSGT00940000162547 #27 ENSGT00940000159670 #28 ENSGT00940000157371 #29 ENSGT00940000162576 #30 ENSGT00940000155878 #31 ENSGT00950000182885.A.b #32 ENSGT00940000156429 #33 ENSGT00940000156786 #34 ENSGT00390000017998 ENSGT00940000161088 ENSGT00390000001116 Siberian musk deer MODERN SPECIES 198 CLGN (ENSMMSG00000001862) SCOC (ENSMMSG00000001826) MAML3 (ENSMMSG00000001791) ENSMMSG00000001780 MGST2 (ENSMMSG00000001761) SETD7 (ENSMMSG00000001737) RAB33B (ENSMMSG00000001721) NAA15 (ENSMMSG00000001555) ENSMMSG00000001503 MGARP (ENSMMSG00000001480) ELF2 (ENSMMSG00000001389) NOCT (ENSMMSG00000001359) ENSMMSG00000001349 SLC7A11 (ENSMMSG00000001334) PCDH18 (ENSMMSG00000001298) ENSMMSG00000001278 #22 ENSMMSG00000001260 ENSMMSG00000001248 PABPC4L (ENSMMSG00000001234) PCDH10 (ENSMMSG00000001214) Bovidae DUPLICATION Bovidae DUPLICATION Bovidae DUPLICATION Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.a #22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.a #22 Bos ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000153912.B ENSGT00530000064550.A ENSGT00940000155192 ENSGT00940000160064.b ENSGT00910000144252 ENSGT00940000160278 ENSGT00940000155292 ENSGT00940000155919 ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a ENSGT00530000063174.a.j ENSGT00940000161841.i.b.a ENSGT00390000018596.B.b ENSGT00390000001063 ENSGT00390000014293.a ENSGT00940000161376 ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.a #22 ENSGT00950000183183.b.a.q.a.c.b.b ENSGT00940000154194 ENSGT00950000182891.a.a.b.a.b.a.m.a.b ENSGT00940000158205 ENSGT00940000155196 ENSGT00960000190398 ENSGT00940000162645 ENSGT00390000016927.i.a.a.b ENSGT00940000163645 ENSGT00940000162845 ENSGT00940000155234.b ENSGT00940000162708 ENSGT00510000048844 ENSGT00530000063169.a ENSGT00390000011412 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00530000064550.A ENSGT00940000155192 ENSGT00940000160064.b ENSGT00910000144252 ENSGT00940000160278 ENSGT00940000155292 ENSGT00940000155919 ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.b.b.a.a.b.b.b.b.b.b.a.b.a.a.b.a.a.a ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a ENSGT00530000063174.a.j ENSGT00940000161841.i.b.a ENSGT00390000018596.B.b ENSGT00390000001063 ENSGT00390000014293.a ENSGT00940000161376 ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.a #22 ENSGT00950000183183.b.a.q.a.c.b.a ENSGT00940000154194 ENSGT00950000182891.a.a.b.a.b.a.m.a.b ENSGT00940000158205 ENSGT00940000155196 ENSGT00960000190398 ENSGT00940000162645 ENSGT00390000016927.i.a.a.b ENSGT00940000163645 ENSGT00940000162845 ENSGT00940000155234.b ENSGT00940000162708 ENSGT00510000048844 ENSGT00530000063169.a ENSGT00390000011412 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 25 ATOH1 (ENSBIXG00005019073) SMARCAD1 (ENSBIXG00005019129) HPGDS (ENSBIXG00005019143) PDLIM5 (ENSBIXG00005019427) ENSBIXG00005019501 ENSBIXG00005019512 BMPR1B (ENSBIXG00005019716) ENSBIXG00005005526 UNC5C (ENSBIXG00005019951) PDHA2 (ENSBIXG00005006818) ENSBIXG00005020010 ENSBIXG00005020038 ENSBIXG00005003297 STPG2 (ENSBIXG00005020087) RAP1GDS1 (ENSBIXG00005020210) ENSBIXG00005003369 #22 TSPAN5 (ENSBIXG00005020262) ENSBIXG00005020276 EIF4E (ENSBIXG00005020322) ENSBIXG00005005594 ADH5 (ENSBIXG00005020398) ENSBIXG00005020447 ADH6 (ENSBIXG00005020520) METAP1 (ENSBIXG00005020582) ENSBIXG00005003522 ADH7 (ENSBIXG00005005993) C4orf17 (ENSBIXG00005021093) TRMT10A (ENSBIXG00005021122) MTTP (ENSBIXG00005021189) C4orf54 (ENSBIXG00005005747) DAPP1 (ENSBIXG00005021282) Bos_a ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00950000183175.B.b ENSGT01030000234633.C.b ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.b.a.a.b.b.b.a.a.a.a.b.b ENSGT00940000155192 ENSGT00940000160064.b ENSGT00910000144252 ENSGT00940000160278 ENSGT00940000155292 ENSGT00940000155919 ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a ENSGT00530000063174.a.j ENSGT00940000161841.i.b.a ENSGT00390000018596.B.b ENSGT00390000014293.a ENSGT00940000161376 ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.a #22 ENSGT00950000183183.b.a.q.a.c.b.b ENSGT00940000154194 ENSGT00950000182891.a.a.b.a.b.a.m.a.b ENSGT00940000158205 ENSGT00940000155196 ENSGT00940000162645 ENSGT00940000163645 ENSGT00940000162845 ENSGT00940000155234.b ENSGT00940000162708 ENSGT00510000048844 ENSGT00530000063169.a ENSGT00390000011412 ENSGT00730000111645 ENSGT00910000144274 Domestic yak MODERN SPECIES 25 GRID2 (ENSBGRG00000023510) ATOH1 (ENSBGRG00000023717) SMARCAD1 (ENSBGRG00000023737) HPGDS (ENSBGRG00000000303) PDLIM5 (ENSBGRG00000000397) ENSBGRG00000000612 ENSBGRG00000000618 BMPR1B (ENSBGRG00000000658) UNC5C (ENSBGRG00000000763) PDHA2 (ENSBGRG00000000876) ENSBGRG00000000891 STPG2 (ENSBGRG00000000913) ENSBGRG00000000988 RAP1GDS1 (ENSBGRG00000001075) TSPAN5 (ENSBGRG00000001483) ENSBGRG00000001534 #22 ENSBGRG00000001557 EIF4E (ENSBGRG00000001581) ENSBGRG00000001626 METAP1 (ENSBGRG00000001645) ADH5 (ENSBGRG00000001695) ADH4 (ENSBGRG00000001793) ADH6 (ENSBGRG00000001847) ENSBGRG00000001962 ENSBGRG00000001971 ENSBGRG00000002006 C4orf17 (ENSBGRG00000002084) ADH7 (ENSBGRG00000002104) TRMT10A (ENSBGRG00000002151) MTTP (ENSBGRG00000002196) DAPP1 (ENSBGRG00000002376) Wild yak MODERN SPECIES 1996 ENSBMUG00000002702 #22 ENSBMUG00000002713 ZNF648 (ENSBMUG00000002721) American bison MODERN SPECIES 3358 TMEM218 (ENSBBBG00000011319) PKNOX2 (ENSBBBG00000011302) ENSBBBG00000011294 ENSBBBG00000011285 EI24 (ENSBBBG00000002039) STT3A (ENSBBBG00000008543) CHEK1 (ENSBBBG00000002011) ACRV1 (ENSBBBG00000011061) ENSBBBG00000011050 ENSBBBG00000011040 ENSBBBG00000011034 ENSBBBG00000011030 PATE1 (ENSBBBG00000011028) PATE2 (ENSBBBG00000001983) PATE3 (ENSBBBG00000011015) ENSBBBG00000011011 #22 PUS3 (ENSBBBG00000011000) HYLS1 (ENSBBBG00000010989) DDX25 (ENSBBBG00000010985) VSIG10L2 (ENSBBBG00000010972) CDON (ENSBBBG00000010959) RPUSD4 (ENSBBBG00000010938) FAM118B (ENSBBBG00000010923) SRPRA (ENSBBBG00000010892) FOXRED1 (ENSBBBG00000010861) TIRAP (ENSBBBG00000010837) DCPS (ENSBBBG00000007302) ST3GAL4 (ENSBBBG00000010815) KIRREL3 (ENSBBBG00000010758) ENSBBBG00000010718 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.a #22 Rambouillet Sheep DUPLICATION Rambouillet Sheep MODERN SPECIES PKN2 (ENSOARG00020006149) LMO4 (ENSOARG00020006088) ENSOARG00020006050 HS2ST1 (ENSOARG00020005954) SELENOF (ENSOARG00020005902) SH3GLB1 (ENSOARG00020005783) ENSOARG00020003537 ENSOARG00020002384 CLCA4 (ENSOARG00020002227) CLCA1 (ENSOARG00020002201) CLCA2 (ENSOARG00020002169) ODF2L (ENSOARG00020002095) COL24A1 (ENSOARG00020002041) CCN1 (ENSOARG00020001971) DDAH1 (ENSOARG00020001916) ENSOARG00020001899 #22 BCL10 (ENSOARG00020001886) C1orf52 (ENSOARG00020001875) SYDE2 (ENSOARG00020001859) DNAI3 (ENSOARG00020001533) ENSOARG00020001462 MCOLN3 (ENSOARG00020001362) MCOLN2 (ENSOARG00020001324) LPAR3 (ENSOARG00020001315) SSX2IP (ENSOARG00020001297) CTBS (ENSOARG00020001255) SPATA1 (ENSOARG00020001225) GNG5 (ENSOARG00020001205) RPF1 (ENSOARG00020001191) DNASE2B (ENSOARG00020001163) ENSOARG00020001133 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 19 MAT2A (ENSOARG00020002979) SH2D6 (ENSOARG00020002951) CAPG (ENSOARG00020002936) ELMOD3 (ENSOARG00020002916) GGCX (ENSOARG00020002878) ENSOARG00020002845 TCF7L1 (ENSOARG00020002813) KCMF1 (ENSOARG00020002774) TMSB10 (ENSOARG00020002756) DNAH6 (ENSOARG00020002647) SUCLG1 (ENSOARG00020002604) ENSOARG00020002597 ENSOARG00020002555 LRRTM1 (ENSOARG00020002530) CTNNA2 (ENSOARG00020002405) ENSOARG00020002369 #22 ENSOARG00020002346 ENSOARG00020002315 ENSOARG00020002303 ENSOARG00020002295 ENSOARG00020002288 ENSOARG00020002275 #22 LRRTM4 (ENSOARG00020002254) ENSOARG00020002231 ENSOARG00020002228 C2orf74 (ENSOARG00020002212) ENSOARG00020002186 USP34 (ENSOARG00020001682) XPO1 (ENSOARG00020001587) ENSOARG00020001558 ENSOARG00020001550 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.b #22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000159175 ENSGT00940000160249.f ENSGT00940000159418 ENSGT01060000248556.C ENSGT00940000153052.c.b.a.b.l.c.b.a ENSGT00390000010221 ENSGT00940000156016 ENSGT00940000154983.c.b ENSGT01030000234595.B.c.b ENSGT00940000156681 ENSGT00940000158203 ENSGT00940000158437 ENSGT00620000087961.a.b.a.a.a.a ENSGT00940000155209 ENSGT00940000156019 ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.b #22 ENSGT01100000263506.a.f.a.a.a.a.b ENSGT00940000159379 ENSGT00940000153372.A.f.s.b ENSGT00940000153372.A.f.t ENSGT00940000153372.A.f.s.a ENSGT00940000161422 ENSGT00940000180978.a ENSGT00940000154774.eb ENSGT00940000153567.b.a.b ENSGT00940000155057 ENSGT00390000011648.a ENSGT00390000007283.m.a ENSGT00390000001969.b ENSGT00910000148391 ENSGT00940000156909 American bison MODERN SPECIES 3176 NRM (ENSBBBG00000011208) ENSBBBG00000011214 ENSBBBG00000002041 FLOT1 (ENSBBBG00000011231) IER3 (ENSBBBG00000011237) ENSBBBG00000011244 SEMA3D (ENSBBBG00000002038) SEMA3A (ENSBBBG00000011305) SEMA3E (ENSBBBG00000011353) ENSBBBG00000011358 ENSBBBG00000002065 ENSBBBG00000011368 ENSBBBG00000002074 CACNA2D1 (ENSBBBG00000002105) HGF (ENSBBBG00000011544) ENSBBBG00000011575 #22 ENSBBBG00000011581 SEMA3C (ENSBBBG00000011614) ENSBBBG00000007398 ENSBBBG00000011738 ENSBBBG00000008026 GNAT3 (ENSBBBG00000011909) GNAI1 (ENSBBBG00000002242) MAGI2 (ENSBBBG00000008731) PHTF2 (ENSBBBG00000012434) ENSBBBG00000012452 RSBN1L (ENSBBBG00000012459) ENSBBBG00000012463 PTPN12 (ENSBBBG00000012512) GSAP (ENSBBBG00000002435) FGL2 (ENSBBBG00000012668) Bos ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000160249.e ENSGT00940000159175 ENSGT00940000159418 ENSGT01060000248556.C ENSGT00940000153052.c.b.a.b.l.c.b.a ENSGT00390000010221 ENSGT00940000156016 ENSGT00940000154983.c.b ENSGT01030000234595.B.c.b ENSGT00940000156681 ENSGT00940000158203 ENSGT00940000158437 ENSGT00620000087961.a.b.a.a.a.a ENSGT00940000155209 ENSGT00940000156019 ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.b #22 ENSGT01100000263506.a.f.a.a.a.a.b ENSGT00940000159379 ENSGT00940000153372.A.f.s.b ENSGT00940000153372.A.f.t ENSGT00940000153372.A.f.s.a ENSGT00940000161422 ENSGT00940000180978.a ENSGT00940000154774.eb ENSGT00940000153567.b.a.b ENSGT00940000155057 ENSGT00390000011648.a ENSGT00390000007283.m.a ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.b.a.a.a.b.a.b.a ENSGT00390000007283.m.b ENSGT00390000001969.b Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.b #22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 23 TMEM243 (ENSBIXG00005021654) DMTF1 (ENSBIXG00005021807) ENSBIXG00005021826 ENSBIXG00005021856 ELAPOR2 (ENSBIXG00005022210) ENSBIXG00005006832 GRM3 (ENSBIXG00005022303) SEMA3D (ENSBIXG00005003818) SEMA3A (ENSBIXG00005022440) SEMA3E (ENSBIXG00005022548) PCLO (ENSBIXG00005022768) ENSBIXG00005022835 ENSBIXG00005022862 CACNA2D1 (ENSBIXG00005023176) HGF (ENSBIXG00005007384) ENSBIXG00005023358 #22 ENSBIXG00005023386 SEMA3C (ENSBIXG00005023456) CD36 (ENSBIXG00005023737) GNAT3 (ENSBIXG00005023815) ENSBIXG00005023840 ENSBIXG00005023851 GNAI1 (ENSBIXG00005024057) ENSBIXG00005024153 MAGI2 (ENSBIXG00005025017) PHTF2 (ENSBIXG00005025460) TMEM60 (ENSBIXG00005025518) ENSBIXG00005004345 RSBN1L (ENSBIXG00005025565) ENSBIXG00005025590 PTPN12 (ENSBIXG00005025692) Bos_a ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00530000063909.b ENSGT00940000160249.f ENSGT00940000159418 ENSGT01060000248556.C ENSGT00940000153052.c.b.a.b.l.c.b.a ENSGT00390000010221 ENSGT00940000156016 ENSGT00940000154983.c.b ENSGT01030000234595.B.c.b ENSGT00940000156681 ENSGT00940000158203 ENSGT00940000158437 ENSGT00620000087961.a.b.a.a.a.a ENSGT00940000155209 ENSGT00940000156019 ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.b #22 ENSGT01100000263506.a.f.a.a.a.a.b ENSGT00940000159379 ENSGT00940000153372.A.f.s.b ENSGT00940000153372.A.f.t ENSGT00940000153372.A.f.s.a ENSGT00940000161422 ENSGT00940000180978.a ENSGT00940000154774.eb ENSGT00940000153567.b.a.b ENSGT00940000155057 ENSGT00390000011648.a ENSGT00390000007283.m.a ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.b.a.a.a.b.a.b.a ENSGT00390000007283.m.b ENSGT00390000001969.b Domestic yak MODERN SPECIES 23 ENSBGRG00000023524 TMEM243 (ENSBGRG00000023481) DMTF1 (ENSBGRG00000023340) ENSBGRG00000023265 ELAPOR2 (ENSBGRG00000022852) GRM3 (ENSBGRG00000022796) ENSBGRG00000022739 ENSBGRG00000022712 SEMA3D (ENSBGRG00000022561) ENSBGRG00000022512 SEMA3A (ENSBGRG00000022242) SEMA3E (ENSBGRG00000021923) PCLO (ENSBGRG00000021472) CACNA2D1 (ENSBGRG00000020514) HGF (ENSBGRG00000020419) ENSBGRG00000020372 #22 ENSBGRG00000020345 SEMA3C (ENSBGRG00000020231) CD36 (ENSBGRG00000019844) GNAT3 (ENSBGRG00000019625) ENSBGRG00000019597 GNAI1 (ENSBGRG00000019449) ENSBGRG00000019428 ENSBGRG00000019379 ENSBGRG00000019359 ENSBGRG00000019329 MAGI2 (ENSBGRG00000016288) PHTF2 (ENSBGRG00000015566) TMEM60 (ENSBGRG00000015510) ENSBGRG00000015493 RSBN1L (ENSBGRG00000015320) Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.cb.a.a.b #22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES FXR1 (ENSOARG00020005863) TTC14 (ENSOARG00020006723) CCDC39 (ENSOARG00020006964) PEX5L (ENSOARG00020007531) USP13 (ENSOARG00020008860) NDUFB5 (ENSOARG00020009071) MRPL47 (ENSOARG00020009272) ACTL6A (ENSOARG00020009394) GNB4 (ENSOARG00020009587) MFN1 (ENSOARG00020009679) ZNF639 (ENSOARG00020009893) ENSOARG00020009952 PIK3CA (ENSOARG00020010030) ZMAT3 (ENSOARG00020000075) KCNMB2 (ENSOARG00020000078) ENSOARG00020000133 #22 TBL1XR1 (ENSOARG00020000203) ENSOARG00020000331 NAALADL2 (ENSOARG00020000356) NLGN1 (ENSOARG00020000438) ENSOARG00020000457 SPATA16 (ENSOARG00020000484) ECT2 (ENSOARG00020000567) NCEH1 (ENSOARG00020000787) FNDC3B (ENSOARG00020000887) TNFSF10 (ENSOARG00020001008) GHSR (ENSOARG00020001032) TMEM212 (ENSOARG00020001050) PLD1 (ENSOARG00020001072) TNIK (ENSOARG00020001197) SLC2A2 (ENSOARG00020001524) Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.cb.a.b #22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00940000161074.a ENSGT00390000015700.a ENSGT00390000010065 ENSGT00940000159395 ENSGT00940000155756 ENSGT00530000063872.B ENSGT00390000017860.a.b ENSGT01100000263512.a.a.a.b ENSGT00940000162154 ENSGT00390000013512 ENSGT00510000046929.a ENSGT00390000012721.b ENSGT00950000183055.a.a ENSGT00950000183183.b.b.n ENSGT00950000183375 ENSGT00940000153362.a.cb.a.b #22 ENSGT00940000159810 ENSGT00940000160718 ENSGT00390000009902.o ENSGT00940000158453.a ENSGT01050000244955.a.a ENSGT01050000244897.a.b.b.a.b 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SPECIES 7 ENSGT00940000158444 ENSGT00940000158973.b ENSGT00390000015164.s.a ENSGT00950000182787.E.d.e.b ENSGT00940000161682 ENSGT00390000006780 ENSGT00940000158323 ENSGT00940000158490 ENSGT00390000011072.c.a ENSGT00440000033985 ENSGT00940000154014.a ENSGT00940000158294 ENSGT00390000014996 ENSGT00550000074870.b ENSGT00390000014722 ENSGT00940000153362.a.cb.a.b.a #22 ENSGT00940000155925 ENSGT00940000157116 ENSGT00940000157866 ENSGT00390000002582 ENSGT00940000157852 ENSGT00940000159695.h ENSGT00940000155142 ENSGT00390000011176 ENSGT00940000156175 ENSGT00390000000481 ENSGT00950000182882.A.b.a ENSGT00940000153143.a.b.b.a.b.d.b.a.b.b ENSGT00940000153143.a.a.f.e.a.b ENSGT00940000153143.a.a.f.e.a.a.a ENSGT00940000153143.a.a.f.e.a.a.b.b Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 23 NUDCD3 (ENSBIXG00005018870) CAMK2B (ENSBIXG00005019061) ENSBIXG00005003122 ENSBIXG00005003126 GCK (ENSBIXG00005019239) MYL7 (ENSBIXG00005019279) AEBP1 (ENSBIXG00005019312) POLD2 (ENSBIXG00005019352) POLM (ENSBIXG00005005521) 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(ENSBGRG00000008270) AMPH (ENSBGRG00000007825) ENSBGRG00000007791 ENSBGRG00000007724 ENSBGRG00000007684 Bos ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00390000003420.a.b.v.a ENSGT00390000015700.a ENSGT00390000010065 ENSGT00940000159395 ENSGT00940000155756 ENSGT00530000063872.B ENSGT00390000017860.a.b ENSGT01100000263512.a.a.a.b ENSGT00940000162154 ENSGT00390000013512 ENSGT00510000046929.a ENSGT00390000012721.b ENSGT00950000183055.a.a ENSGT00950000183183.b.b.n ENSGT00950000183375 ENSGT00940000153362.a.cb.a.b.b #22 ENSGT00940000159810 ENSGT00940000160718 ENSGT00390000009902.o ENSGT00940000158453.a ENSGT01050000244955.a.a ENSGT01050000244897.a.b.b.a.b ENSGT01050000244897.a.b.b.b ENSGT00940000155186.t.d ENSGT00940000156856 ENSGT00940000159196 ENSGT00940000153981.A ENSGT00940000162795 ENSGT00940000153931.a.a ENSGT00940000153931.a.b.a.a.a.a.c.a ENSGT00940000153931.a.b.a.b.a.b.b.b.b Bos_b ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00390000003420.a.b.v.a ENSGT00390000015700.a ENSGT00390000010065 ENSGT00940000159395 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NKX2-2 (ENSBMUG00000003181) ENSBMUG00000003171 #22 PAX1 (ENSBMUG00000003140) FOXA2 (ENSBMUG00000003127) ENSBMUG00000003102 CD93 (ENSBMUG00000003082) American bison MODERN SPECIES 2997 SEC23B (ENSBBBG00000023236) SMIM26 (ENSBBBG00000000399) DTD1 (ENSBBBG00000000410) SCP2D1 (ENSBBBG00000000425) SLC24A3 (ENSBBBG00000000461) ENSBBBG00000023147 RIN2 (ENSBBBG00000023140) NAA20 (ENSBBBG00000023097) CRNKL1 (ENSBBBG00000008793) CFAP61 (ENSBBBG00000006046) ENSBBBG00000022996 RALGAPA2 (ENSBBBG00000022984) KIZ (ENSBBBG00000022908) XRN2 (ENSBBBG00000022814) ENSBBBG00000022786 ENSBBBG00000022780 #22 PAX1 (ENSBBBG00000022763) FOXA2 (ENSBBBG00000022700) THBD (ENSBBBG00000022684) CD93 (ENSBBBG00000005967) GZF1 (ENSBBBG00000022655) NAPB (ENSBBBG00000022632) CSTL1 (ENSBBBG00000022543) ENSBBBG00000022535 ENSBBBG00000022528 ENSBBBG00000005942 CST8 (ENSBBBG00000022516) ENSBBBG00000022506 ENSBBBG00000022502 CST3 (ENSBBBG00000005938) SYNDIG1 (ENSBBBG00000022490) Bovinae ANCESTRAL SPECIES 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ENSGT00390000012446.o.b ENSGT00940000157713 #17 ENSGT00940000154980.cb #18 ENSGT00530000063074.b.b #19 ENSGT00940000156622 #20 ENSGT00390000002417 #21 ENSGT00940000153362.a.cb.b.b #22 ENSGT00440000039564.b #23 ENSGT00390000018775 #24 ENSGT00940000160727 #25 ENSGT00940000162357 #26 ENSGT00940000162547 #27 ENSGT00940000159670 #28 ENSGT00940000157371 #29 ENSGT00940000162576 #30 ENSGT00940000155878 #31 ENSGT00950000182885.A.b #32 ENSGT00940000156429 #33 ENSGT00940000156786 #34 ENSGT00390000017998 ENSGT00940000161088 ENSGT00390000001116 American bison DUPLICATION American bison MODERN SPECIES 2940 ENSBBBG00000021397 NAV3 (ENSBBBG00000021636) #16 E2F7 (ENSBBBG00000021699) #17 CSRP2 (ENSBBBG00000021745) #18 ZDHHC17 (ENSBBBG00000007523) #19 OSBPL8 (ENSBBBG00000021874) #20 BBS10 (ENSBBBG00000021881) #21 NAP1L1 (ENSBBBG00000022264) #22 PHLDA1 (ENSBBBG00000022301) #23 American bison MODERN SPECIES 3236 SMG7 (ENSBBBG00000022738) NMNAT2 (ENSBBBG00000022479) ENSBBBG00000005913 LAMC2 (ENSBBBG00000022403) LAMC1 (ENSBBBG00000008530) SHCBP1L (ENSBBBG00000007157) DHX9 (ENSBBBG00000022215) NPL (ENSBBBG00000022171) RGS8 (ENSBBBG00000022106) RGS16 (ENSBBBG00000007524) RNASEL (ENSBBBG00000005821) RGSL1 (ENSBBBG00000005819) ENSBBBG00000022020 TEDDM1 (ENSBBBG00000022011) GLUL (ENSBBBG00000021994) ENSBBBG00000021962 #22 ENSBBBG00000005807 CACNA1E (ENSBBBG00000021895) Bos ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000159215 #11 ENSGT00940000168324 ENSGT00940000160698 #12 ENSGT00940000156120.a #13 ENSGT00390000000406 #14 ENSGT00940000155394 #15 ENSGT01100000263748 ENSGT00940000158014 #16 ENSGT00390000012446.o.b ENSGT00940000157713 #17 ENSGT00940000154980.cb #18 ENSGT00530000063074.b.b #19 ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.a.b ENSGT00940000156622 #20 ENSGT00390000002417 #21 ENSGT00940000153362.a.cb.b.b #22 ENSGT00440000039564.b #23 ENSGT00390000018775 #24 ENSGT00940000160727 #25 ENSGT00940000162357 #26 ENSGT00940000162547 #27 ENSGT00940000159670 #28 ENSGT00940000157371 #29 ENSGT00940000162576 #30 ENSGT00940000155878 #31 ENSGT00950000182885.A.b #32 ENSGT00940000156429 #33 ENSGT00940000156786 #34 ENSGT00390000017998 ENSGT00940000161088 ENSGT00390000001116 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00950000182959.a.b.b.a #10 ENSGT00940000159215 #11 ENSGT00940000168324 ENSGT00940000160698 #12 ENSGT00940000156120.a #13 ENSGT00390000000406 #14 ENSGT00940000155394 #15 ENSGT00940000158014 #16 ENSGT00390000012446.o.b ENSGT00940000157713 #17 ENSGT00940000154980.cb #18 ENSGT00530000063074.b.b #19 ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.a.b ENSGT00940000156622 #20 ENSGT00390000002417 #21 ENSGT00940000153362.a.cb.b.b #22 ENSGT00440000039564.b #23 ENSGT00390000018775 #24 ENSGT00940000160727 #25 ENSGT00940000162357 #26 ENSGT00940000162547 #27 ENSGT00940000159670 #28 ENSGT00940000157371 #29 ENSGT00940000162576 #30 ENSGT00940000155878 #31 ENSGT00950000182885.A.b #32 ENSGT00940000156429 #33 ENSGT00940000156786 #34 ENSGT00390000017998 ENSGT00940000161088 ENSGT00390000001116 Wild yak MODERN SPECIES 2471 NAP1L1 (ENSBMUG00000024122) #22 ENSBMUG00000024163 #23 KRR1 (ENSBMUG00000024174) #24 GLIPR1 (ENSBMUG00000024185) #25 ENSBMUG00000024208 #26 GLIPR1L1 (ENSBMUG00000024253) #27 CAPS2 (ENSBMUG00000024285) #28 Domestic yak DUPLICATION Domestic yak DUPLICATION Domestic yak MODERN SPECIES 24 PPP1R12A (ENSBGRG00000006560) #13 ENSBGRG00000007448 PAWR (ENSBGRG00000007479) #14 ENSBGRG00000007603 SYT1 (ENSBGRG00000007621) #15 NAV3 (ENSBGRG00000007767) #16 ENSBGRG00000009036 ENSBGRG00000009079 ENSBGRG00000009095 E2F7 (ENSBGRG00000009145) #17 ENSBGRG00000009376 ##18 ZDHHC17 (ENSBGRG00000009471) #19 ENSBGRG00000009858 OSBPL8 (ENSBGRG00000009892) #20 BBS10 (ENSBGRG00000010078) #21 ENSBGRG00000010174 #22 PHLDA1 (ENSBGRG00000010374) #23 ENSBGRG00000010394 KRR1 (ENSBGRG00000010440) #24 GLIPR1 (ENSBGRG00000010721) #25 GLIPR1L2 (ENSBGRG00000010806) #26 ENSBGRG00000011010 #27 CAPS2 (ENSBGRG00000011068) #28 KCNC2 (ENSBGRG00000011149) #29 ENSBGRG00000011407 ATXN7L3B (ENSBGRG00000011433) #30 TRHDE (ENSBGRG00000011474) #31 TPH2 (ENSBGRG00000011814) #32 TBC1D15 (ENSBGRG00000012147) #33 TMEM19 (ENSBGRG00000012941) THAP2 (ENSBGRG00000013015) Domestic yak MODERN SPECIES 22 KPRP (ENSBGRG00000003208) ENSBGRG00000003211 LCE1A (ENSBGRG00000003227) ENSBGRG00000004507 ENSBGRG00000004519 ENSBGRG00000004601 ENSBGRG00000004647 SPRR2F (ENSBGRG00000004668) ENSBGRG00000004711 ENSBGRG00000004742 SPRR2G (ENSBGRG00000004765) PRR9 (ENSBGRG00000004801) ENSBGRG00000004816 PGLYRP3 (ENSBGRG00000004868) PGLYRP4 (ENSBGRG00000004934) ENSBGRG00000004975 #22 S100A9 (ENSBGRG00000004994) S100A12 (ENSBGRG00000005016) S100A8 (ENSBGRG00000005058) ENSBGRG00000005077 PTBP2 (ENSBGRG00000005149) DPYD (ENSBGRG00000005648) ENSBGRG00000006033 ENSBGRG00000006046 ENSBGRG00000006069 SNX7 (ENSBGRG00000006091) PLPPR5 (ENSBGRG00000006168) PLPPR4 (ENSBGRG00000006225) PALMD (ENSBGRG00000006265) FRRS1 (ENSBGRG00000006372) AGL (ENSBGRG00000006495) Domestic yak MODERN SPECIES 16 MYMX 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ENSGT00940000163094 ENSGT00940000161680 ENSGT00940000163621 ENSGT00940000153362.a.cb.b.b.f.a.a #22 ENSGT00940000161786 ENSGT00940000155803 ENSGT00940000153212.h.m.b.b ENSGT00940000153212.h.m.b.a ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.b.a.a.b.b.b.b.a.b.a.b ENSGT00940000153212.h.m.a.a.b.b ENSGT00940000153212.h.m.a.a.a.b ENSGT00940000153212.h.m.a.a.a.a ENSGT00940000153212.h.m.a.b.e ENSGT00940000164288.d.a.a ENSGT00940000164288.d.a.b.a ENSGT00940000164288.d.a.b.b ENSGT00940000164288.d.b ENSGT00940000164288.c ENSGT00940000162432 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 25 TECRL (ENSBIXG00005001707) EPHA5 (ENSBIXG00005029155) ENSBIXG00005001983 ENSBIXG00005002006 CENPC (ENSBIXG00005002020) ENSBIXG00005002083 STAP1 (ENSBIXG00005002107) UBA6 (ENSBIXG00005028961) GNRHR (ENSBIXG00005005075) ENSBIXG00005002215 TMPRSS11D (ENSBIXG00005028894) TMPRSS11A (ENSBIXG00005005025) ENSBIXG00005028837 TMPRSS11F (ENSBIXG00005028799) ENSBIXG00005007602 ENSBIXG00005028740 #22 TMPRSS11E (ENSBIXG00005028657) YTHDC1 (ENSBIXG00005028621) ENSBIXG00005004925 ENSBIXG00005028487 ENSBIXG00005028398 ENSBIXG00005004881 SULT1B1 (ENSBIXG00005028302) SULT1E1 (ENSBIXG00005004863) ENSBIXG00005028192 ENSBIXG00005028141 ENSBIXG00005028102 ENSBIXG00005028086 ENSBIXG00005028072 ENSBIXG00005028054 ODAM (ENSBIXG00005004819) Cow MODERN SPECIES 25 TECRL (ENSBTAG00000024826) ENSBTAG00000050977 EPHA5 (ENSBTAG00000009438) ENSBTAG00000053125 ENSBTAG00000052362 CENPC (ENSBTAG00000001323) STAP1 (ENSBTAG00000000962) UBA6 (ENSBTAG00000006837) GNRHR (ENSBTAG00000000438) ENSBTAG00000038648 TMPRSS11D (ENSBTAG00000001925) TMPRSS11A (ENSBTAG00000020298) ENSBTAG00000025920 TMPRSS11F (ENSBTAG00000004412) TMPRSS11BNL (ENSBTAG00000048377) NAP1L1 (ENSBTAG00000032360) #22 TMPRSS11E (ENSBTAG00000038520) YTHDC1 (ENSBTAG00000015572) ENSBTAG00000035726 ENSBTAG00000048013 ENSBTAG00000051713 ENSBTAG00000054846 ENSBTAG00000053068 ENSBTAG00000055078 UGT2B10 (ENSBTAG00000039991) ENSBTAG00000049291 ENSBTAG00000003523 MGC152010 (ENSBTAG00000039647) ENSBTAG00000052023 ENSBTAG00000053282 ENSBTAG00000053565 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153362.a.cb.b.b.f.a.b #22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 15 MYMX (ENSBIXG00005029092) SLC29A1 (ENSBIXG00005029077) ENSBIXG00005005101 SLC35B2 (ENSBIXG00005028950) TMEM151B (ENSBIXG00005005053) TCTE1 (ENSBIXG00005028882) AARS2 (ENSBIXG00005002270) SPATS1 (ENSBIXG00005005004) CDC5L (ENSBIXG00005028783) SUPT3H (ENSBIXG00005002363) RUNX2 (ENSBIXG00005028546) CLIC5 (ENSBIXG00005004883) ENPP4 (ENSBIXG00005004865) ENPP5 (ENSBIXG00005028257) RCAN2 (ENSBIXG00005028228) ENSBIXG00005028148 #22 CYP39A1 (ENSBIXG00005028098) SLC25A27 (ENSBIXG00005004811) TDRD6 (ENSBIXG00005027935) PLA2G7 (ENSBIXG00005027887) ANKRD66 (ENSBIXG00005004789) ENSBIXG00005027818 ADGRF5 (ENSBIXG00005027719) ADGRF1 (ENSBIXG00005027562) TNFRSF21 (ENSBIXG00005004727) ENSBIXG00005027452 CD2AP (ENSBIXG00005004724) ENSBIXG00005027376 ADGRF4 (ENSBIXG00005027323) OPN5 (ENSBIXG00005027293) PTCHD4 (ENSBIXG00005027231) Bos_b ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000159215 #11 ENSGT00940000160698 #12 ENSGT00940000156120.a #13 ENSGT01030000234758.a.a.b.a.a.b.b.a.a ENSGT00390000000406 #14 ENSGT00940000155394 #15 ENSGT01100000263748 ENSGT00940000158014 #16 ENSGT00390000012446.o.b ENSGT00940000157713 #17 ENSGT00940000154980.cb #18 ENSGT00530000063074.b.b #19 ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.a.b ENSGT00940000156622 #20 ENSGT00390000002417 #21 ENSGT00940000153362.a.cb.b.b.f.b #22 ENSGT00440000039564.b #23 ENSGT00390000018775 #24 ENSGT00940000160727 #25 ENSGT00940000162357 #26 ENSGT00940000162547 #27 ENSGT00940000159670 #28 ENSGT00940000157371 #29 ENSGT00940000162576 #30 ENSGT00940000155878 #31 ENSGT00950000182885.A.b #32 ENSGT00940000156429 #33 ENSGT00940000156786.k #34 ENSGT00390000017998 ENSGT00940000161088 ENSGT00390000001116 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 24 PTPRQ (ENSBIXG00005009087) #11 OTOGL (ENSBIXG00005008900) #12 PPP1R12A (ENSBIXG00005000226) #13 ENSBIXG00005000182 PAWR (ENSBIXG00005000179) #14 SYT1 (ENSBIXG00005008356) #15 ENSBIXG00005008283 NAV3 (ENSBIXG00005000135) #16 ENSBIXG00005008045 E2F7 (ENSBIXG00005008016) #17 CSRP2 (ENSBIXG00005007979) #18 ZDHHC17 (ENSBIXG00005000041) #19 OSBPL8 (ENSBIXG00005007884) #20 ENSBIXG00005029293 BBS10 (ENSBIXG00005029298) #21 ENSBIXG00005029325 #22 PHLDA1 (ENSBIXG00005029359) #23 ENSBIXG00005029389 KRR1 (ENSBIXG00005029408) #24 GLIPR1 (ENSBIXG00005029431) #25 ENSBIXG00005029442 #26 GLIPR1L1 (ENSBIXG00005029466) #27 CAPS2 (ENSBIXG00005029482) #28 KCNC2 (ENSBIXG00005029515) #29 ENSBIXG00005029561 ATXN7L3B (ENSBIXG00005029601) #30 TRHDE (ENSBIXG00005029642) #31 ENSBIXG00005029683 TPH2 (ENSBIXG00005029698) #32 TBC1D15 (ENSBIXG00005029740) #33 ENSBIXG00005029792 #34 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00940000158333 ENSGT00950000183179.a ENSGT00910000147592 ENSGT00940000160470 ENSGT00940000158069 ENSGT00940000161173 ENSGT00940000155924.b ENSGT00530000063604.B ENSGT00940000154304.A ENSGT00940000154304.B ENSGT00940000161114 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