Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000163470 ENSGT00940000155618 ENSGT00940000155497 ENSGT00940000153840.a.b #10 ENSGT00940000154464.b #11 ENSGT00440000039203 #12 ENSGT00390000018542.a #13 ENSGT00940000156578 #14 ENSGT00940000154208.d #15 ENSGT00390000018518 #16 ENSGT00940000154892 #17 ENSGT00390000004383 #18 ENSGT00390000000022.b #19 ENSGT00390000002918.a.b #20 ENSGT00730000111100 #21 ENSGT00940000153239.B #22 ENSGT00550000074840.y.b.b ##23 ENSGT00900000141218 ENSGT00390000002077 #24 ENSGT00390000020164 #25 ENSGT00940000157339 #27 ENSGT00940000163233 #28 ENSGT00940000154485.A #29 ENSGT00390000017504 #30 ENSGT00420000030724 #31 ENSGT00940000158004 #32 ENSGT00530000063718.a.b #33 ENSGT00390000008751.a #34 ENSGT00940000162686 #36 ENSGT00390000017489 #37 ENSGT00390000018898 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000163470 ENSGT00940000155618 ENSGT00940000155497 ENSGT00940000153840.a.b #10 ENSGT00940000154464.b #11 ENSGT00440000039203 #12 ENSGT00390000018542.a #13 ENSGT00940000156578 #14 ENSGT00940000154208.d #15 ENSGT00390000018518 #16 ENSGT00940000154892 #17 ENSGT00390000004383 #18 ENSGT00390000000022.b #19 ENSGT00390000002918.a.b #20 ENSGT00730000111100 #21 ENSGT00940000153239.B #22 ENSGT00550000074840.y.b.b ##23 ENSGT00390000002077 #24 ENSGT00390000020164 #25 ENSGT00940000157339 #27 ENSGT00940000163233 #28 ENSGT00940000154485.A #29 ENSGT00390000017504 #30 ENSGT00420000030724 #31 ENSGT00940000158004 #32 ENSGT00530000063718.a.b #33 ENSGT00390000008751.a #34 ENSGT00940000162686 #36 ENSGT00390000017489 #37 ENSGT00390000018898 ENSGT00500000045764 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000163470 ENSGT00940000155618 ENSGT00940000155497 ENSGT00940000153840.a.b #10 ENSGT00940000154464.b #11 ENSGT00440000039203 #12 ENSGT00390000018542.a #13 ENSGT00940000156578 #14 ENSGT00940000154208.d #15 ENSGT00390000018518 #16 ENSGT00940000154892 #17 ENSGT00390000004383 #18 ENSGT00390000000022.b #19 ENSGT00390000002918.a.b #20 ENSGT00730000111100 #21 ENSGT00940000153239.B #22 ENSGT00550000074840.y.b.a.a #23 ENSGT00550000074840.y.b.b ##23 ENSGT00390000002077 #24 ENSGT00390000020164 #25 ENSGT00940000157339 #27 ENSGT00940000163233 #28 ENSGT00940000154485.A #29 ENSGT00390000017504 #30 ENSGT00420000030724 #31 ENSGT00940000158004 #32 ENSGT00530000063718.a.b #33 ENSGT00390000008751.a #34 ENSGT00940000162686 #36 ENSGT00390000017489 #37 ENSGT00390000018898 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000163470 ENSGT00940000155618 ENSGT00940000155497 ENSGT00940000153840.a.b #10 ENSGT00940000154464.b #11 ENSGT00440000039203 #12 ENSGT00390000018542.a #13 ENSGT00940000156578 #14 ENSGT00940000154208.d #15 ENSGT00390000018518 #16 ENSGT00940000154892 #17 ENSGT00390000004383 #18 ENSGT00390000000022.b #19 ENSGT00390000002918.a.b #20 ENSGT00730000111100 #21 ENSGT00940000153239.B #22 ENSGT00550000074840.y.b.a.a #23 ENSGT00390000002077 #24 ENSGT00390000020164 #25 ENSGT00940000157339 #27 ENSGT00940000163233 #28 ENSGT00940000154485.A #29 ENSGT00390000017504 #30 ENSGT00420000030724 #31 ENSGT00940000158004 #32 ENSGT00530000063718.a.b #33 ENSGT00390000008751.a #34 ENSGT00940000162686 #36 ENSGT00390000017489 #37 ENSGT00390000018898 ENSGT00500000045764 Degu MODERN SPECIES 197 IFT25 (ENSODEG00000013069) #7 DIO1 (ENSODEG00000012387) #8 ENSODEG00000019895 #9 L3MBTL2 (ENSODEG00000013665) #10 CHADL (ENSODEG00000012116) #11 RANGAP1 (ENSODEG00000014583) #12 ZC3H7B (ENSODEG00000012411) #13 TEF (ENSODEG00000014126) #14 TOB2 (ENSODEG00000020030) #15 ENSODEG00000013125 #16 ACO2 (ENSODEG00000012550) #17 ENSODEG00000013641 #18 CSDC2 (ENSODEG00000015733) #19 PMM1 (ENSODEG00000012155) #20 DESI1 (ENSODEG00000012652) #21 XRCC6 (ENSODEG00000015847) #22 SNU13 (ENSODEG00000015632) #23 ENSODEG00000012993 #24 CCDC134 (ENSODEG00000013183) #25 ENSODEG00000013510 #26 ENSODEG00000013575 #27 SHISA8 (ENSODEG00000013588) #28 TNFRSF13C (ENSODEG00000012515) #29 CENPM (ENSODEG00000012293) #30 SMIM45 (ENSODEG00000020050) #31 ENSODEG00000012406 #32 WBP2NL (ENSODEG00000013016) #33 NAGA (ENSODEG00000013910) #34 ENSODEG00000020147 #35 PHETA2 (ENSODEG00000020107) #36 SMDT1 (ENSODEG00000012796) #37 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 120 DNAJB7 (ENSCLAG00000016674) ENSCLAG00000016739 EP300 (ENSCLAG00000016995) L3MBTL2 (ENSCLAG00000017319) #10 CHADL (ENSCLAG00000016821) #11 RANGAP1 (ENSCLAG00000017330) #12 ZC3H7B (ENSCLAG00000015052) #13 TEF (ENSCLAG00000016418) #14 TOB2 (ENSCLAG00000016670) #15 ENSCLAG00000016714 #16 ACO2 (ENSCLAG00000016998) #17 POLR3H (ENSCLAG00000016948) #18 CSDC2 (ENSCLAG00000016705) #19 PMM1 (ENSCLAG00000016748) #20 DESI1 (ENSCLAG00000016871) #21 XRCC6 (ENSCLAG00000016669) #22 SNU13 (ENSCLAG00000017182) #23 ENSCLAG00000016769 ENSCLAG00000017166 #24 CCDC134 (ENSCLAG00000017160) #25 SREBF2 (ENSCLAG00000017059) #27 ENSCLAG00000016102 #28 TNFRSF13C (ENSCLAG00000017293) #29 CENPM (ENSCLAG00000017021) #30 SMIM45 (ENSCLAG00000018061) #31 ENSCLAG00000017190 #32 WBP2NL (ENSCLAG00000017175) #33 NAGA (ENSCLAG00000017177) #34 PHETA2 (ENSCLAG00000017176) #36 SMDT1 (ENSCLAG00000016250) #37 NDUFA6 (ENSCLAG00000016285) Guinea pig MODERN SPECIES 28 XPNPEP3 (ENSCPOG00000002291) RBX1 (ENSCPOG00000035978) EP300 (ENSCPOG00000005438) L3MBTL2 (ENSCPOG00000021063) #10 CHADL (ENSCPOG00000026967) #11 RANGAP1 (ENSCPOG00000004404) #12 ZC3H7B (ENSCPOG00000004413) #13 TEF (ENSCPOG00000020591) #14 TOB2 (ENSCPOG00000031873) #15 PHF5A (ENSCPOG00000033309) #16 ACO2 (ENSCPOG00000012642) #17 POLR3H (ENSCPOG00000012650) #18 CSDC2 (ENSCPOG00000037976) #19 PMM1 (ENSCPOG00000014618) #20 DESI1 (ENSCPOG00000038083) #21 XRCC6 (ENSCPOG00000003542) #22 SNU13 (ENSCPOG00000040165) ##23 ENSCPOG00000010113 #24 CCDC134 (ENSCPOG00000000617) #25 SREBF2 (ENSCPOG00000013199) #27 SHISA8 (ENSCPOG00000040084) #28 TNFRSF13C (ENSCPOG00000022735) #29 CENPM (ENSCPOG00000013206) #30 SMIM45 (ENSCPOG00000036254) #31 ENSCPOG00000013212 #32 WBP2NL (ENSCPOG00000013214) #33 NAGA (ENSCPOG00000021759) #34 PHETA2 (ENSCPOG00000037974) #36 SMDT1 (ENSCPOG00000038038) #37 NDUFA6 (ENSCPOG00000014525) ENSCPOG00000033145 Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female MODERN SPECIES 24 RBX1 (ENSHGLG00000014822) EP300 (ENSHGLG00000015586) L3MBTL2 (ENSHGLG00000018290) #10 CHADL (ENSHGLG00000018119) #11 RANGAP1 (ENSHGLG00000015526) #12 ZC3H7B (ENSHGLG00000012263) #13 TEF (ENSHGLG00000050605) #14 TOB2 (ENSHGLG00000009302) #15 PHF5A (ENSHGLG00000042397) #16 ENSHGLG00000041589 Aco2 (ENSHGLG00000015463) #17 POLR3H (ENSHGLG00000014795) #18 CSDC2 (ENSHGLG00000016778) #19 PMM1 (ENSHGLG00000016980) #20 DESI1 (ENSHGLG00000039030) #21 ENSHGLG00000018078 #22 SNU13 (ENSHGLG00000018808) ##23 MEI1 (ENSHGLG00000017177) #24 CCDC134 (ENSHGLG00000015870) #25 SREBF2 (ENSHGLG00000010258) #27 SHISA8 (ENSHGLG00000006306) #28 TNFRSF13C (ENSHGLG00000005221) #29 CENPM (ENSHGLG00000005039) #30 SMIM45 (ENSHGLG00000020741) #31 ENSHGLG00000006998 #32 WBP2NL (ENSHGLG00000004979) #33 NAGA (ENSHGLG00000048767) #34 PHETA2 (ENSHGLG00000007647) #36 NDUFA6 (ENSHGLG00000040424) ENSHGLG00000047435 ENSHGLG00000004933 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 17 ENSHGLG00000048100 PARD3B (ENSHGLG00000004982) NRP2 (ENSHGLG00000010562) ENSHGLG00000049876 INO80D (ENSHGLG00000018537) NDUFS1 (ENSHGLG00000015179) EEF1B2 (ENSHGLG00000015147) ENSHGLG00000045433 CMKLR2 (ENSHGLG00000046982) ENSHGLG00000044712 ADAM23 (ENSHGLG00000006393) FAM237A (ENSHGLG00000030355) ENSHGLG00000005368 MDH1B (ENSHGLG00000004936) FASTKD2 (ENSHGLG00000004761) ENSHGLG00000045814 #22 KLF7 (ENSHGLG00000044157) ENSHGLG00000017319 ENSHGLG00000047324 ENSHGLG00000011676 ENSHGLG00000010806 ENSHGLG00000007598 ENSHGLG00000035240 ENSHGLG00000048045 ENSHGLG00000044286 ENSHGLG00000034881 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000153657.A ENSGT00940000155618 ENSGT00940000155497 ENSGT00940000153840.a.b #10 ENSGT00940000154464.b #11 ENSGT00440000039203 #12 ENSGT00390000018542.a #13 ENSGT00940000156578 #14 ENSGT00940000154208.d #15 ENSGT00390000018518 #16 ENSGT00940000154892 #17 ENSGT00390000004383 #18 ENSGT00390000000022.b #19 ENSGT00390000002918.a.b #20 ENSGT00730000111100 #21 ENSGT00940000153239.B #22 ENSGT00550000074840.y.b.b ##23 ENSGT00900000141218 ENSGT00390000002077 #24 ENSGT00390000020164 #25 ENSGT00940000157339 #27 ENSGT00940000163233 #28 ENSGT00940000154485.A #29 ENSGT00390000017504 #30 ENSGT00420000030724 #31 ENSGT00940000158004 #32 ENSGT00530000063718.a.b #33 ENSGT00390000008751.a #34 ENSGT00940000162686 #36 ENSGT00390000017489 #37 ENSGT00390000018898 Marmotini ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000153657.A ENSGT00940000155618 ENSGT00940000155497 ENSGT00940000153840.a.b #10 ENSGT00940000154464.b #11 ENSGT00440000039203 #12 ENSGT00390000018542.a #13 ENSGT00940000156578 #14 ENSGT00940000154208.d #15 ENSGT00390000018518 #16 ENSGT00940000154892 #17 ENSGT00390000004383 #18 ENSGT00390000000022.b #19 ENSGT00390000002918.a.b #20 ENSGT00730000111100 #21 ENSGT00940000153239.B #22 ENSGT00550000074840.y.b.b ##23 ENSGT00900000141218 ENSGT00390000002077 #24 ENSGT00390000020164 #25 ENSGT00940000157339 #27 ENSGT00940000163233 #28 ENSGT00940000154485.A #29 ENSGT00390000017504 #30 ENSGT00420000030724 #31 ENSGT00940000158004 #32 ENSGT00530000063718.a.b #33 ENSGT00390000008751.a #34 ENSGT00940000162686 #36 ENSGT00390000017489 #37 ENSGT00390000018898 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000153657.A ENSGT00940000155618 ENSGT00940000155497 ENSGT00940000153840.a.b #10 ENSGT00940000154464.b #11 ENSGT00440000039203 #12 ENSGT00390000018542.a #13 ENSGT00940000156578 #14 ENSGT00940000154208.d #15 ENSGT00390000018518 #16 ENSGT00940000154892 #17 ENSGT00390000004383 #18 ENSGT00390000000022.b #19 ENSGT00390000002918.a.b #20 ENSGT00730000111100 #21 ENSGT00940000153239.B #22 ENSGT00550000074840.y.b.b ##23 ENSGT00900000141218 ENSGT00390000002077 #24 ENSGT00390000020164 #25 ENSGT00940000157339 #27 ENSGT00940000163233 #28 ENSGT00940000154485.A #29 ENSGT00390000017504 #30 ENSGT00420000030724 #31 ENSGT00940000158004 #32 ENSGT00530000063718.a.b #33 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 328 XPNPEP3 (ENSUPAG00010006211) RBX1 (ENSUPAG00010006183) EP300 (ENSUPAG00010006142) L3MBTL2 (ENSUPAG00010006102) #10 CHADL (ENSUPAG00010006094) #11 RANGAP1 (ENSUPAG00010006037) #12 ZC3H7B (ENSUPAG00010006013) #13 TEF (ENSUPAG00010005998) #14 TOB2 (ENSUPAG00010005994) #15 PHF5A (ENSUPAG00010005980) #16 ACO2 (ENSUPAG00010005914) #17 POLR3H (ENSUPAG00010005893) #18 CSDC2 (ENSUPAG00010005885) #19 PMM1 (ENSUPAG00010005870) #20 DESI1 (ENSUPAG00010005863) #21 XRCC6 (ENSUPAG00010005843) #22 SNU13 (ENSUPAG00010005841) ##23 ENSUPAG00010005838 MEI1 (ENSUPAG00010005795) #24 CCDC134 (ENSUPAG00010005788) #25 SREBF2 (ENSUPAG00010005777) #27 SHISA8 (ENSUPAG00010005772) #28 TNFRSF13C (ENSUPAG00010005768) #29 CENPM (ENSUPAG00010005746) #30 SMIM45 (ENSUPAG00010005741) #31 ENSUPAG00010005721 #32 ENSUPAG00010005713 #33 ENSUPAG00010005707 ENSUPAG00010005703 Squirrel MODERN SPECIES 92 XPNPEP3 (ENSSTOG00000003200) ENSSTOG00000015580 EP300 (ENSSTOG00000000722) L3MBTL2 (ENSSTOG00000000242) #10 CHADL (ENSSTOG00000026534) #11 RANGAP1 (ENSSTOG00000016191) #12 ZC3H7B (ENSSTOG00000016196) #13 TEF (ENSSTOG00000019642) #14 ENSSTOG00000016206 #15 PHF5A (ENSSTOG00000016207) #16 ACO2 (ENSSTOG00000016210) #17 POLR3H (ENSSTOG00000016215) #18 CSDC2 (ENSSTOG00000020429) #19 PMM1 (ENSSTOG00000026025) #20 DESI1 (ENSSTOG00000009480) #21 XRCC6 (ENSSTOG00000009490) #22 SNU13 (ENSSTOG00000009514) ##23 MEI1 (ENSSTOG00000012870) #24 CCDC134 (ENSSTOG00000012907) #25 ENSSTOG00000012916 #27 SHISA8 (ENSSTOG00000019466) #28 ENSSTOG00000033610 #29 CENPM (ENSSTOG00000012933) #30 SMIM45 (ENSSTOG00000034807) #31 ENSSTOG00000012963 #32 Alpin marmot MODERN SPECIES 76 DNAJB7 (ENSMMMG00000004165) XPNPEP3 (ENSMMMG00000004122) RBX1 (ENSMMMG00000004102) EP300 (ENSMMMG00000004029) L3MBTL2 (ENSMMMG00000003930) #10 RANGAP1 (ENSMMMG00000003853) #12 ZC3H7B (ENSMMMG00000003824) #13 TEF (ENSMMMG00000003810) #14 TOB2 (ENSMMMG00000003805) #15 PHF5A (ENSMMMG00000003799) #16 ACO2 (ENSMMMG00000003764) #17 POLR3H (ENSMMMG00000003743) #18 CSDC2 (ENSMMMG00000003735) #19 PMM1 (ENSMMMG00000003696) #20 DESI1 (ENSMMMG00000003682) #21 ENSMMMG00000003671 #22 SNU13 (ENSMMMG00000003647) ##23 ENSMMMG00000003627 MEI1 (ENSMMMG00000003545) #24 CCDC134 (ENSMMMG00000003517) #25 SREBF2 (ENSMMMG00000003454) #27 SHISA8 (ENSMMMG00000003440) #28 CENPM (ENSMMMG00000003399) #30 SMIM45 (ENSMMMG00000003396) #31 ENSMMMG00000003339 #32 ENSMMMG00000003326 #33 NAGA (ENSMMMG00000003269) #34 SMDT1 (ENSMMMG00000003226) #37 NDUFA6 (ENSMMMG00000003211) ENSMMMG00000003138 TCF20 (ENSMMMG00000003101) Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 14 ENSSVLG00005020321 EP300 (ENSSVLG00005020397) L3MBTL2 (ENSSVLG00005020580) #10 CHADL (ENSSVLG00005020628) #11 ENSSVLG00005020695 #12 ENSSVLG00005020791 #12 ZC3H7B (ENSSVLG00005020817) #13 TEF (ENSSVLG00005020887) #14 TOB2 (ENSSVLG00005020946) #15 PHF5A (ENSSVLG00005020965) #16 ACO2 (ENSSVLG00005021008) #17 POLR3H (ENSSVLG00005021062) #18 CSDC2 (ENSSVLG00005021115) #19 PMM1 (ENSSVLG00005021168) #20 DESI1 (ENSSVLG00005021220) #21 XRCC6 (ENSSVLG00005021287) #22 ENSSVLG00005021427 ##23 MEI1 (ENSSVLG00005021530) #24 CCDC134 (ENSSVLG00005021846) #25 SREBF2 (ENSSVLG00005021885) #27 ENSSVLG00005021918 SHISA8 (ENSSVLG00005021957) #28 TNFRSF13C (ENSSVLG00005021994) #29 CENPM (ENSSVLG00005022024) #30 SMIM45 (ENSSVLG00005022101) #31 SEPTIN3 (ENSSVLG00005003473) #32 WBP2NL (ENSSVLG00005003578) #33 ENSSVLG00005003601 NAGA (ENSSVLG00005003614) #34 PHETA2 (ENSSVLG00005003635) #36 SMDT1 (ENSSVLG00005003647) #37