Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000163470 #7	ENSGT00940000155618 #8	ENSGT00940000155497 #9	ENSGT00940000153840.a.b #10	ENSGT00940000154464.b #11	ENSGT00440000039203 #12	ENSGT00390000018542.a #13	ENSGT00940000156578 #14	ENSGT00940000154208.d #15	ENSGT00390000018518 #16	ENSGT00940000154892 #17	ENSGT00390000004383 #18	ENSGT00390000000022.b #19	ENSGT00390000002918.a.b #20	ENSGT00730000111100 #21	ENSGT00940000153239.B #22	ENSGT00550000074840.y.b.b ##23	ENSGT00390000002077 #25	ENSGT00390000020164 #26	ENSGT00940000157339 #27	ENSGT00940000163233 #28	ENSGT00940000154485.A #29	ENSGT00390000017504 #30	ENSGT00420000030724 #31	ENSGT00940000158004 #32	ENSGT00530000063718.a.b #33	ENSGT00390000008751.a #34	ENSGT00940000162686 #35	ENSGT00390000017489 #36	ENSGT00390000018898 #37	ENSGT00500000045764
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000163470 #7	ENSGT00940000155618 #8	ENSGT00940000155497 #9	ENSGT00940000153840.a.b #10	ENSGT00940000154464.b #11	ENSGT00440000039203 #12	ENSGT00390000018542.a #13	ENSGT00940000156578 #14	ENSGT00940000154208.d #15	ENSGT00390000018518 #16	ENSGT00940000154892 #17	ENSGT00390000004383 #18	ENSGT00390000000022.b #19	ENSGT00390000002918.a.b #20	ENSGT00730000111100 #21	ENSGT00940000153239.B #22	ENSGT00550000074840.y.b.a.a #23	ENSGT00550000074840.y.b.b ##23	ENSGT00390000002077 #25	ENSGT00390000020164 #26	ENSGT00940000157339 #27	ENSGT00940000163233 #28	ENSGT00940000154485.A #29	ENSGT00390000017504 #30	ENSGT00420000030724 #31	ENSGT00940000158004 #32	ENSGT00530000063718.a.b #33	ENSGT00390000008751.a #34	ENSGT00940000162686 #35	ENSGT00390000017489 #36	ENSGT00390000018898 #37
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000163470 #7	ENSGT00940000155618 #8	ENSGT00940000155497 #9	ENSGT00940000153840.a.b #10	ENSGT00940000154464.b #11	ENSGT00440000039203 #12	ENSGT00390000018542.a #13	ENSGT00940000156578 #14	ENSGT00940000154208.d #15	ENSGT00390000018518 #16	ENSGT00940000154892 #17	ENSGT00390000004383 #18	ENSGT00390000000022.b #19	ENSGT00390000002918.a.b #20	ENSGT00730000111100 #21	ENSGT00940000153239.B #22	ENSGT00550000074840.y.b.a.a #23	ENSGT00390000002077 #25	ENSGT00390000020164 #26	ENSGT00940000157339 #27	ENSGT00940000163233 #28	ENSGT00940000154485.A #29	ENSGT00390000017504 #30	ENSGT00420000030724 #31	ENSGT00940000158004 #32	ENSGT00530000063718.a.b #33	ENSGT00390000008751.a #34	ENSGT00940000162686 #35	ENSGT00390000017489 #36	ENSGT00390000018898 #37	ENSGT00500000045764
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	120	DNAJB7 (ENSCLAG00000016674) #7	ENSCLAG00000016739 #8	EP300 (ENSCLAG00000016995) #9	L3MBTL2 (ENSCLAG00000017319) #10	CHADL (ENSCLAG00000016821) #11	RANGAP1 (ENSCLAG00000017330) #12	ZC3H7B (ENSCLAG00000015052) #13	TEF (ENSCLAG00000016418) #14	TOB2 (ENSCLAG00000016670) #15	ENSCLAG00000016714 #16	ACO2 (ENSCLAG00000016998) #17	POLR3H (ENSCLAG00000016948) #18	CSDC2 (ENSCLAG00000016705) #19	PMM1 (ENSCLAG00000016748) #20	DESI1 (ENSCLAG00000016871) #21	XRCC6 (ENSCLAG00000016669) #22	SNU13 (ENSCLAG00000017182) #23	ENSCLAG00000016769 #24	ENSCLAG00000017166 #25	CCDC134 (ENSCLAG00000017160) #26	SREBF2 (ENSCLAG00000017059) #27	ENSCLAG00000016102 #28	TNFRSF13C (ENSCLAG00000017293) #29	CENPM (ENSCLAG00000017021) #30	SMIM45 (ENSCLAG00000018061) #31	ENSCLAG00000017190 #32	WBP2NL (ENSCLAG00000017175) #33	NAGA (ENSCLAG00000017177) #34	PHETA2 (ENSCLAG00000017176) #35	SMDT1 (ENSCLAG00000016250) #36	NDUFA6 (ENSCLAG00000016285) #37
Degu	MODERN SPECIES	197	IFT25 (ENSODEG00000013069)	DIO1 (ENSODEG00000012387)	ENSODEG00000019895	L3MBTL2 (ENSODEG00000013665) #10	CHADL (ENSODEG00000012116) #11	RANGAP1 (ENSODEG00000014583) #12	ZC3H7B (ENSODEG00000012411) #13	TEF (ENSODEG00000014126) #14	TOB2 (ENSODEG00000020030) #15	ENSODEG00000013125 #16	ACO2 (ENSODEG00000012550) #17	ENSODEG00000013641 #18	CSDC2 (ENSODEG00000015733) #19	PMM1 (ENSODEG00000012155) #20	DESI1 (ENSODEG00000012652) #21	XRCC6 (ENSODEG00000015847) #22	SNU13 (ENSODEG00000015632) #23	ENSODEG00000012993 #25	CCDC134 (ENSODEG00000013183) #26	ENSODEG00000013510 #27	ENSODEG00000013575 #27	SHISA8 (ENSODEG00000013588) #28	TNFRSF13C (ENSODEG00000012515) #29	CENPM (ENSODEG00000012293) #30	SMIM45 (ENSODEG00000020050) #31	ENSODEG00000012406 #32	WBP2NL (ENSODEG00000013016) #33	NAGA (ENSODEG00000013910) #34	ENSODEG00000020147	PHETA2 (ENSODEG00000020107) #35	SMDT1 (ENSODEG00000012796) #36
Guinea pig	MODERN SPECIES	28	XPNPEP3 (ENSCPOG00000002291)	RBX1 (ENSCPOG00000035978) #8	EP300 (ENSCPOG00000005438) #9	L3MBTL2 (ENSCPOG00000021063) #10	CHADL (ENSCPOG00000026967) #11	RANGAP1 (ENSCPOG00000004404) #12	ZC3H7B (ENSCPOG00000004413) #13	TEF (ENSCPOG00000020591) #14	TOB2 (ENSCPOG00000031873) #15	PHF5A (ENSCPOG00000033309) #16	ACO2 (ENSCPOG00000012642) #17	POLR3H (ENSCPOG00000012650) #18	CSDC2 (ENSCPOG00000037976) #19	PMM1 (ENSCPOG00000014618) #20	DESI1 (ENSCPOG00000038083) #21	XRCC6 (ENSCPOG00000003542) #22	SNU13 (ENSCPOG00000040165) ##23	ENSCPOG00000010113 #25	CCDC134 (ENSCPOG00000000617) #26	SREBF2 (ENSCPOG00000013199) #27	SHISA8 (ENSCPOG00000040084) #28	TNFRSF13C (ENSCPOG00000022735) #29	CENPM (ENSCPOG00000013206) #30	SMIM45 (ENSCPOG00000036254) #31	ENSCPOG00000013212 #32	WBP2NL (ENSCPOG00000013214) #33	NAGA (ENSCPOG00000021759) #34	PHETA2 (ENSCPOG00000037974) #35	SMDT1 (ENSCPOG00000038038) #36	NDUFA6 (ENSCPOG00000014525) #37	ENSCPOG00000033145
Naked mole-rat female	DUPLICATION
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	24	RBX1 (ENSHGLG00000014822) #8	EP300 (ENSHGLG00000015586) #9	L3MBTL2 (ENSHGLG00000018290) #10	CHADL (ENSHGLG00000018119) #11	RANGAP1 (ENSHGLG00000015526) #12	ZC3H7B (ENSHGLG00000012263) #13	TEF (ENSHGLG00000050605) #14	TOB2 (ENSHGLG00000009302) #15	PHF5A (ENSHGLG00000042397) #16	ENSHGLG00000041589	Aco2 (ENSHGLG00000015463) #17	POLR3H (ENSHGLG00000014795) #18	CSDC2 (ENSHGLG00000016778) #19	PMM1 (ENSHGLG00000016980) #20	DESI1 (ENSHGLG00000039030) #21	ENSHGLG00000018078 #22	SNU13 (ENSHGLG00000018808) ##23	MEI1 (ENSHGLG00000017177) #25	CCDC134 (ENSHGLG00000015870) #26	SREBF2 (ENSHGLG00000010258) #27	SHISA8 (ENSHGLG00000006306) #28	TNFRSF13C (ENSHGLG00000005221) #29	CENPM (ENSHGLG00000005039) #30	SMIM45 (ENSHGLG00000020741) #31	ENSHGLG00000006998 #32	WBP2NL (ENSHGLG00000004979) #33	NAGA (ENSHGLG00000048767) #34	PHETA2 (ENSHGLG00000007647) #35	NDUFA6 (ENSHGLG00000040424) #37	ENSHGLG00000047435	ENSHGLG00000004933
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	17	ENSHGLG00000048100	PARD3B (ENSHGLG00000004982)	NRP2 (ENSHGLG00000010562)	ENSHGLG00000049876	INO80D (ENSHGLG00000018537)	NDUFS1 (ENSHGLG00000015179)	EEF1B2 (ENSHGLG00000015147)	ENSHGLG00000045433	CMKLR2 (ENSHGLG00000046982)	ENSHGLG00000044712	ADAM23 (ENSHGLG00000006393)	FAM237A (ENSHGLG00000030355)	ENSHGLG00000005368	MDH1B (ENSHGLG00000004936)	FASTKD2 (ENSHGLG00000004761)	ENSHGLG00000045814 #22	KLF7 (ENSHGLG00000044157)	ENSHGLG00000017319	ENSHGLG00000047324	ENSHGLG00000011676	ENSHGLG00000010806	ENSHGLG00000007598	ENSHGLG00000035240	ENSHGLG00000048045	ENSHGLG00000044286	ENSHGLG00000034881