Vertebrata	DUPLICATION
Vertebrata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.a #22
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES	307										ENSGT00940000161397	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	75								ENSGT00940000161397	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000161632	ENSGT00940000165729	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000160861
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	105		ENSGT00940000160294	ENSGT00940000154783	ENSGT00390000012647	ENSGT00390000000360	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000162502	ENSGT00940000161397	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000161632	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00940000164465
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	170		ENSGT00940000160294	ENSGT00940000154783	ENSGT00390000012647	ENSGT00390000000360	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000162502	ENSGT00940000161397	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	48	ENSGT00390000006885	ENSGT00390000000360	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000162502	ENSGT00940000161397	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000159460	ENSGT00940000156656	ENSGT00940000165959	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00550000075136	ENSGT00940000160863
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	54	ENSGT00530000063624.B	ENSGT00390000005569.x	ENSGT00390000005569.w.a	ENSGT00950000182963.b.b	ENSGT00510000047029	ENSGT00940000156837	ENSGT00940000159460	ENSGT00940000156656	ENSGT00940000165959	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00550000075136	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27
Theria	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00960000187040	ENSGT00940000156123.b	ENSGT00710000106792	ENSGT00940000158743	ENSGT01030000236254	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01050000244815.B.a.a	ENSGT01100000263574.b.j #32	ENSGT01100000263574.b.i.b ##32	ENSGT01100000263574.b.i.a ##32	ENSGT00940000157904 #34	ENSGT00940000158972 #35	ENSGT00940000157245 #37
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000158743	ENSGT01030000236254	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000157904.d #34	ENSGT00940000158972 #35
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000165384 #11	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000165384 #11	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b
Primates	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT00960000190053	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000165384 #11	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01100000263574.b.j #32	ENSGT01100000263574.b.i.b ##32	ENSGT00940000157904.d #34	ENSGT00940000158972 #35
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT00960000190053	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000165384 #11	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01100000263574.b.j #32	ENSGT00940000157904.d #34	ENSGT00940000158972 #35	ENSGT00940000157245 #37	ENSGT00950000182897.B.a.b.a
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT00960000190053	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A.p ##7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000165384 #11	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.i #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471.d ##26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472.a.a #28	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01100000263574.b.j #32	ENSGT00940000157904.d #34	ENSGT00940000158972 #35	ENSGT00940000157245 #37	ENSGT00950000182897.B.a.b.a
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT00960000190053	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A.p ##7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000165384 #11	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.i #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471.d ##26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472.a.a #28	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01100000263574.b.j #32	ENSGT00940000157904.d #34	ENSGT00940000158972 #35	ENSGT00940000154961.c.b #36	ENSGT00940000157245 #37
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000161768.A.o #7	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A.p ##7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000165384 #11	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.i #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471.d ##26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472.a.a #28	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01100000263574.b.j #32	ENSGT00940000157904.d #34	ENSGT00940000158972 #35	ENSGT00940000154961.c.b #36	ENSGT00940000157245 #37
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000161768.A.o #7	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A.p ##7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000165384 #11	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.i #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471.d ##26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472.a.a #28	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01100000263574.b.j #32	ENSGT00940000157904.d #34	ENSGT00940000158972 #35	ENSGT00940000154961.c.b #36	ENSGT00940000157245 #37
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A.p ##7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000165384 #11	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000161543.f #14	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.i #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471.d ##26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472.a.a #28	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01100000263574.b.j #32	ENSGT00940000157904.d #34	ENSGT00940000158972 #35	ENSGT00940000154961.c.b #36	ENSGT00940000157245 #37
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A.p ##7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000165384 #11	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000161543.f #14	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.i #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471.c.a #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472.a.a #28	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01100000263574.b.j #32	ENSGT00940000157904.d #34	ENSGT00940000158972 #35	ENSGT00940000154961.c.b #36	ENSGT00940000157245 #37
Pan	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000161768.A.o #7	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000165384 #11	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000161543.f #14	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000006028 #17	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.i #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471.c.a #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472.a.a #28	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01100000263574.b.j #32	ENSGT00940000157904.d #34	ENSGT00940000158972 #35	ENSGT00940000154961.c.b #36	ENSGT00940000157245 #37
Chimpanzee	MODERN SPECIES	972	TEX13D (ENSPTRG00000046826) #7	SH2D1A (ENSPTRG00000022249) #8	TENM1 (ENSPTRG00000022250) #9	ENSPTRG00000044021 #10	DCAF12L1 (ENSPTRG00000043960) #11	PRR32 (ENSPTRG00000028204) #12	ACTRT1 (ENSPTRG00000022254) #13	ENSPTRG00000045509 #14	SMARCA1 (ENSPTRG00000049876) #15	OCRL (ENSPTRG00000022257) #16	ENSPTRG00000050350 #17	XPNPEP2 (ENSPTRG00000022259) #18	SASH3 (ENSPTRG00000022934) #19	ZDHHC9 (ENSPTRG00000052796) #20	UTP14A (ENSPTRG00000022262) #21	BCORL1 (ENSPTRG00000049216) #22	ELF4 (ENSPTRG00000050157) #23	AIFM1 (ENSPTRG00000022265) #24	ZNF280C (ENSPTRG00000050457) #25	SLC25A14 (ENSPTRG00000022268) #26	GPR119 (ENSPTRG00000023895) #27	RBMX2 (ENSPTRG00000022269) #28	ENOX2 (ENSPTRG00000022270) #29	ARHGAP36 (ENSPTRG00000022271) #30	IGSF1 (ENSPTRG00000022273) #31	OR13H1 (ENSPTRG00000022275) #32	ENSPTRG00000039845 #33	STK26 (ENSPTRG00000022277) #34	FRMD7 (ENSPTRG00000022278) #35	ENSPTRG00000045097 #36	ENSPTRG00000045178 #37
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Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	175	ENSMFAG00000064252	ENSMFAG00000052275	ENSMFAG00000057717	ENSMFAG00000054354	ACTRT1 (ENSMFAG00000014519) #13	ENSMFAG00000003871	ENSMFAG00000063233	SMARCA1 (ENSMFAG00000002117) #15	OCRL (ENSMFAG00000033457) #16	ENSMFAG00000040963 #17	XPNPEP2 (ENSMFAG00000040935) #18	SASH3 (ENSMFAG00000030935) #19	ZDHHC9 (ENSMFAG00000003427) #20	ENSMFAG00000053640 #21	ENSMFAG00000032552 #21	BCORL1 (ENSMFAG00000032757) #22	ELF4 (ENSMFAG00000000961) #23	AIFM1 (ENSMFAG00000000275) #24	RAB33A (ENSMFAG00000002604)	ZNF280C (ENSMFAG00000042147) #25	SLC25A14 (ENSMFAG00000032347) ##26	GPR119 (ENSMFAG00000016138) #27	RBMX2 (ENSMFAG00000041017) #28	ENOX2 (ENSMFAG00000003196) #29	ARHGAP36 (ENSMFAG00000042270) #30	ENSMFAG00000052784	ENSMFAG00000060182	IGSF1 (ENSMFAG00000033363) #31	ENSMFAG00000026839	STK26 (ENSMFAG00000039094) #34	FRMD7 (ENSMFAG00000036359) #35
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	419	TEX13C (ENSMNEG00000037340) ##7	DCAF12L2 (ENSMNEG00000026496) #10	DCAF12L1 (ENSMNEG00000020052) #11	ENSMNEG00000005648	PRR32 (ENSMNEG00000028118) #12	ACTRT1 (ENSMNEG00000021005) #13	ENSMNEG00000039781	ENSMNEG00000029813 #14	SMARCA1 (ENSMNEG00000041768) #15	OCRL (ENSMNEG00000039517) #16	APLN (ENSMNEG00000025745)	XPNPEP2 (ENSMNEG00000011460) #18	SASH3 (ENSMNEG00000025559) #19	ZDHHC9 (ENSMNEG00000034484) #20	UTP14A (ENSMNEG00000038730) #21	BCORL1 (ENSMNEG00000030847) #22	ELF4 (ENSMNEG00000042904) #23	ENSMNEG00000022321	WASHC5 (ENSMNEG00000027732)	SQLE (ENSMNEG00000038543)	ZNF572 (ENSMNEG00000044566)	MTSS1 (ENSMNEG00000029086)	NDUFB9 (ENSMNEG00000038946)	TATDN1 (ENSMNEG00000044367)	RNF139 (ENSMNEG00000043580)	ENSMNEG00000035764	TMEM65 (ENSMNEG00000043831)	FER1L6 (ENSMNEG00000027977)	FAM91A1 (ENSMNEG00000031470)	ANXA13 (ENSMNEG00000045289)	KLHL38 (ENSMNEG00000036823)
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	48	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A.p ##7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000165384 #11	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000154612.n.fb.b	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.i #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471.d ##26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472.a.a #28	ENSGT00940000153336.e.a.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01100000263574.b.j #32	ENSGT00390000017491.s.a.a.b	ENSGT00530000065055 #33	ENSGT00940000157904.d #34
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	113	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000165384 #11	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000154612.n.fb.b	ENSGT00390000013354.d.a.b.a.a.b	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.i #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471.d ##26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472.a.a #28	ENSGT00940000153336.e.a.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01100000263574.b.j #32	ENSGT00390000017491.s.a.a.b	ENSGT00530000065055 #33	ENSGT00940000157904.d #34
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	655	SH2D1A (ENSCATG00000013291) #8	TENM1 (ENSCATG00000010260) #9	DCAF12L2 (ENSCATG00000018014) #10	DCAF12L1 (ENSCATG00000022780) #11	PRR32 (ENSCATG00000037226) #12	ACTRT1 (ENSCATG00000018422) #13	ENSCATG00000033747	ENSCATG00000031968	SMARCA1 (ENSCATG00000015921) #15	OCRL (ENSCATG00000037629) #16	ENSCATG00000035939 #17	XPNPEP2 (ENSCATG00000015884) #18	SASH3 (ENSCATG00000033233) #19	ZDHHC9 (ENSCATG00000031943) #20	UTP14A (ENSCATG00000036177) #21	BCORL1 (ENSCATG00000043754) #22	ELF4 (ENSCATG00000040961) #23	AIFM1 (ENSCATG00000022862) #24	RAB33A (ENSCATG00000022275)	ZNF280C (ENSCATG00000034249) #25	SLC25A14 (ENSCATG00000031781) ##26	GPR119 (ENSCATG00000017992) #27	RBMX2 (ENSCATG00000005967) #28	ENSCATG00000038513	ENSCATG00000014829	ENSCATG00000029675 #29	ARHGAP36 (ENSCATG00000038982) #30	IGSF1 (ENSCATG00000041281) #31	ENSCATG00000018658	ENSCATG00000045225 #33	STK26 (ENSCATG00000036030) #34
Drill	MODERN SPECIES	990									SMARCA1 (ENSMLEG00000043198) #15	OCRL (ENSMLEG00000033019) #16	APLN (ENSMLEG00000028916)	XPNPEP2 (ENSMLEG00000031731) #18	SASH3 (ENSMLEG00000041071) #19	ZDHHC9 (ENSMLEG00000034629) #20	UTP14A (ENSMLEG00000029914) #21	BCORL1 (ENSMLEG00000034556) #22	ELF4 (ENSMLEG00000043693) #23	AIFM1 (ENSMLEG00000005515) #24	RAB33A (ENSMLEG00000031891)	ZNF280C (ENSMLEG00000035334) #25	SLC25A14 (ENSMLEG00000041370) ##26	GPR119 (ENSMLEG00000001877) #27	RBMX2 (ENSMLEG00000028723) #28	ENSMLEG00000028677	ENSMLEG00000041648	ENOX2 (ENSMLEG00000041679) #29	ARHGAP36 (ENSMLEG00000038280) #30	IGSF1 (ENSMLEG00000035309) #31	OR13H1 (ENSMLEG00000007839) #32	STK26 (ENSMLEG00000036304) #34	FRMD7 (ENSMLEG00000031582) #35
Olive baboon	MODERN SPECIES	792	SH2D1A (ENSPANG00000001186) #8	TENM1 (ENSPANG00000002300) #9	TEX13C (ENSPANG00000029900) ##7	ENSPANG00000048415	ENSPANG00000038760	DCAF12L1 (ENSPANG00000015250) #11	PRR32 (ENSPANG00000014924) #12	SMARCA1 (ENSPANG00000003871) #15	OCRL (ENSPANG00000026248) #16	ENSPANG00000041947 #17	ENSPANG00000043668	XPNPEP2 (ENSPANG00000008086) #18	SASH3 (ENSPANG00000010795) #19	ZDHHC9 (ENSPANG00000019559) #20	UTP14A (ENSPANG00000010948) #21	BCORL1 (ENSPANG00000007809) #22	ELF4 (ENSPANG00000011469) #23	AIFM1 (ENSPANG00000012508) #24	RAB33A (ENSPANG00000006808)	ZNF280C (ENSPANG00000002927) #25	ENSPANG00000037702	SLC25A14 (ENSPANG00000014923) ##26	GPR119 (ENSPANG00000020658) #27	ENSPANG00000041273	RBMX2 (ENSPANG00000021545) #28	ENSPANG00000036177	ENSPANG00000039700	ENSPANG00000019285	ENSPANG00000047373	ENOX2 (ENSPANG00000006807) #29	ENSPANG00000039525
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	203	HTR2C (ENSCSAG00000008651)	IL13RA2 (ENSCSAG00000008610)	ENSCSAG00000008574	LRCH2 (ENSCSAG00000008554)	ENSCSAG00000008478	ENSCSAG00000008465	ACTRT1 (ENSCSAG00000000304) #13	ENSCSAG00000000303	SMARCA1 (ENSCSAG00000008460) #15	OCRL (ENSCSAG00000008407) #16	APLN (ENSCSAG00000008386)	XPNPEP2 (ENSCSAG00000008350) #18	SASH3 (ENSCSAG00000008257) #19	ZDHHC9 (ENSCSAG00000008247) #20	UTP14A (ENSCSAG00000008164) #21	BCORL1 (ENSCSAG00000008013) #22	ELF4 (ENSCSAG00000008005) #23	AIFM1 (ENSCSAG00000008001) #24	RAB33A (ENSCSAG00000007992)	ZNF280C (ENSCSAG00000007990) #25	SLC25A14 (ENSCSAG00000007957) ##26	GPR119 (ENSCSAG00000000302) #27	RBMX2 (ENSCSAG00000007947) #28	ENSCSAG00000007929	ENOX2 (ENSCSAG00000007886) #29	ARHGAP36 (ENSCSAG00000007868) #30	IGSF1 (ENSCSAG00000007858) #31	OR13H1 (ENSCSAG00000007849) #32	ENSCSAG00000000301	STK26 (ENSCSAG00000007843) #34	FRMD7 (ENSCSAG00000007834) #35
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	333									ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.i #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471.d ##26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472.a.a #28	ENSGT00940000153336.e.a.a.b
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2964								SMARCA1 (ENSRROG00000034167) #15	OCRL (ENSRROG00000042261) #16	APLN (ENSRROG00000044795)	XPNPEP2 (ENSRROG00000028111) #18	SASH3 (ENSRROG00000029567) #19	ZDHHC9 (ENSRROG00000041080) #20	ENSRROG00000040987	UTP14A (ENSRROG00000028678) #21	BCORL1 (ENSRROG00000034710) #22	ELF4 (ENSRROG00000033352) #23	AIFM1 (ENSRROG00000037260) #24	RAB33A (ENSRROG00000029829)	ZNF280C (ENSRROG00000025269) #25	SLC25A14 (ENSRROG00000039330) ##26	GPR119 (ENSRROG00000021564) #27	RBMX2 (ENSRROG00000044360) #28	ENSRROG00000045254	ENOX2 (ENSRROG00000037888) #29
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	666															UTP14A (ENSRBIG00000038670) #21	BCORL1 (ENSRBIG00000041606) #22	ELF4 (ENSRBIG00000044327) #23
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00950000182805.a.a.a.b.i.a	ENSGT00390000006051.a.b.a.b.o.a	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A.p ##7	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000163379.b	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.i #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471.d ##26	ENSGT00890000139472.a.a #28	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT00940000157904.d #34	ENSGT00940000158972 #35	ENSGT00940000157245 #37	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00950000182805.a.a.a.b.i.a	ENSGT00390000006051.a.b.a.b.o.a	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A.p ##7	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000163379.b	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.i #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471.d ##26	ENSGT00890000139472.a.a #28	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT00940000157904.d #34	ENSGT00940000158972 #35	ENSGT00940000157245 #37	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a
Marmoset	MODERN SPECIES	78	SH2D1A (ENSCJAG00000077252) #8	TENM1 (ENSCJAG00000020589) #9	TEX13C (ENSCJAG00000040019) ##7	PRR32 (ENSCJAG00000002938) #12	ENSCJAG00000087225 #13	ENSCJAG00000085274 #13	ENSCJAG00000086881	ENSCJAG00000074249	SMARCA1 (ENSCJAG00000002868) #15	OCRL (ENSCJAG00000002748) #16	ENSCJAG00000064548 #17	XPNPEP2 (ENSCJAG00000002719) #18	SASH3 (ENSCJAG00000002703) #19	ZDHHC9 (ENSCJAG00000002664) #20	UTP14A (ENSCJAG00000002637) #21	BCORL1 (ENSCJAG00000002614) #22	ELF4 (ENSCJAG00000002612) #23	ENSCJAG00000014132	AIFM1 (ENSCJAG00000002528) #24	RAB33A (ENSCJAG00000070720)	ZNF280C (ENSCJAG00000002491) #25	ENSCJAG00000084476	SLC25A14 (ENSCJAG00000002456) ##26	RBMX2 (ENSCJAG00000002436) #28	ENOX2 (ENSCJAG00000014408) #29	ENSCJAG00000071421	ARHGAP36 (ENSCJAG00000014442) #30	IGSF1 (ENSCJAG00000014463) #31	ENSCJAG00000077143	ENSCJAG00000081399 ##32	ENSCJAG00000084156
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	67	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00950000182805.a.a.a.b.i.a	ENSGT00390000006051.a.b.a.b.o.a	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A.p ##7	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000163379.b	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.i #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471.d ##26	ENSGT00890000139472.a.a #28	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT00940000157904.d #34	ENSGT00940000158972 #35	ENSGT00940000168565	ENSGT00940000157245 #37	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b
Capuchin	MODERN SPECIES	376								SMARCA1 (ENSCCAG00000030817) #15	OCRL (ENSCCAG00000010249) #16	APLN (ENSCCAG00000026149)	XPNPEP2 (ENSCCAG00000036408) #18	SASH3 (ENSCCAG00000036692) #19	ZDHHC9 (ENSCCAG00000021201) #20	ENSCCAG00000019807	UTP14A (ENSCCAG00000035074) #21	BCORL1 (ENSCCAG00000018301) #22	ELF4 (ENSCCAG00000024590) #23	AIFM1 (ENSCCAG00000032951) #24	RAB33A (ENSCCAG00000035680)	ZNF280C (ENSCCAG00000023882) #25	SLC25A14 (ENSCCAG00000022512) #26	ENSCCAG00000026471 #28	ENOX2 (ENSCCAG00000029178) #29	ARHGAP36 (ENSCCAG00000025663) #30	IGSF1 (ENSCCAG00000027315) #31	PRR20G (ENSCCAG00000020972)	TPRA1 (ENSCCAG00000029851)	MCM2 (ENSCCAG00000015881)
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	85	SH2D1A (ENSSBOG00000031200) #8	TENM1 (ENSSBOG00000031696) #9	ENSSBOG00000033887 ##7	PRR32 (ENSSBOG00000019883) #12	ENSSBOG00000020087	ENSSBOG00000035106	SMARCA1 (ENSSBOG00000020641) #15	OCRL (ENSSBOG00000032679) #16	ENSSBOG00000024330	APLN (ENSSBOG00000028355)	ENSSBOG00000018313	XPNPEP2 (ENSSBOG00000030099) #18	SASH3 (ENSSBOG00000012311) #19	ZDHHC9 (ENSSBOG00000028077) #20	ENSSBOG00000009039 #21	BCORL1 (ENSSBOG00000027667) #22	ELF4 (ENSSBOG00000036270) #23	AIFM1 (ENSSBOG00000034121) #24	RAB33A (ENSSBOG00000025176)	ZNF280C (ENSSBOG00000028489) #25	SLC25A14 (ENSSBOG00000005960) ##26	RBMX2 (ENSSBOG00000023007) #28	ENOX2 (ENSSBOG00000024768) #29	ENSSBOG00000031138	ARHGAP36 (ENSSBOG00000030694) #30	IGSF1 (ENSSBOG00000029290) #31	STK26 (ENSSBOG00000033898) #34	FRMD7 (ENSSBOG00000022250) #35	ENSSBOG00000018634	RAP2C (ENSSBOG00000020056) #37	MBNL3 (ENSSBOG00000026045)
Mas night monkey	MODERN SPECIES	929			PRR32 (ENSANAG00000030781) #12	ENSANAG00000005705	ENSANAG00000038380	ENSANAG00000034558	ENSANAG00000022590	SMARCA1 (ENSANAG00000023098) #15	OCRL (ENSANAG00000025371) #16	ENSANAG00000023052 #17	XPNPEP2 (ENSANAG00000028579) #18	SASH3 (ENSANAG00000033327) #19	ZDHHC9 (ENSANAG00000029351) #20	ENSANAG00000018118	ENSANAG00000027545 #21	BCORL1 (ENSANAG00000028157) #22	ELF4 (ENSANAG00000032502) #23	AIFM1 (ENSANAG00000033241) #24	RAB33A (ENSANAG00000027971)	ZNF280C (ENSANAG00000026195) #25	SLC25A14 (ENSANAG00000031757) ##26	RBMX2 (ENSANAG00000032814) #28	ENSANAG00000036631	ENOX2 (ENSANAG00000021120) #29	ENSANAG00000033307	ARHGAP36 (ENSANAG00000022925) #30	IGSF1 (ENSANAG00000024439) #31	ENSANAG00000037790	ENSANAG00000030022	STK26 (ENSANAG00000037908) #34	FRMD7 (ENSANAG00000001063) #35
Tarsier	MODERN SPECIES	3827											APLN (ENSTSYG00000033497)	XPNPEP2 (ENSTSYG00000008767) #18	SASH3 (ENSTSYG00000008822) #19	ZDHHC9 (ENSTSYG00000037573) #20	UTP14A (ENSTSYG00000009415) #21	BCORL1 (ENSTSYG00000025467) #22
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00940000158743	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT00960000190053	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472.c #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263574.b.j #32	ENSGT01100000263574.b.i.b ##32	ENSGT00940000157904.d #34
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	53	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000161768.A.m #7	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT00960000190053	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A.n #7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472.c #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT00940000157904.d #34	ENSGT00940000158972 #35	ENSGT00940000157245 #37	ENSGT00950000182897.B.a.b.a
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	134									ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472.c #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01100000263574.b.j #32	ENSGT00940000157904.d #34	ENSGT00940000158972 #35	ENSGT00940000157245 #37
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	989									SMARCA1 (ENSPSMG00000017092) #15	OCRL (ENSPSMG00000017170) #16	APLN (ENSPSMG00000017219)	XPNPEP2 (ENSPSMG00000017262) #18	SASH3 (ENSPSMG00000017281) #19	ZDHHC9 (ENSPSMG00000017325) #20	ENSPSMG00000017608 #21	BCORL1 (ENSPSMG00000018012) #22	ELF4 (ENSPSMG00000018046) #23	AIFM1 (ENSPSMG00000018237) #24	RAB33A (ENSPSMG00000018484)	ZNF280C (ENSPSMG00000018490) #25	SLC25A14 (ENSPSMG00000018539) #26	GPR119 (ENSPSMG00000018564) #27	ENSPSMG00000018583 #28
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	568	NOP53 (ENSPCOG00000016124)	SELENOW (ENSPCOG00000013997)	CRX (ENSPCOG00000021790)	SULT2A1 (ENSPCOG00000014554)	ENSPCOG00000019131	CABP5 (ENSPCOG00000028027)	LIG1 (ENSPCOG00000027835)	ZSWIM9 (ENSPCOG00000016877)	SMARCA1 (ENSPCOG00000020722) #15	OCRL (ENSPCOG00000017071) #16	APLN (ENSPCOG00000002186)	XPNPEP2 (ENSPCOG00000026546) #18	SASH3 (ENSPCOG00000006885) #19	ZDHHC9 (ENSPCOG00000028621) #20	ENSPCOG00000017594 #21	BCORL1 (ENSPCOG00000005206) #22	ELF4 (ENSPCOG00000021076) #23	AIFM1 (ENSPCOG00000010498) #24	RAB33A (ENSPCOG00000028877)	ZNF280C (ENSPCOG00000006344) #25	SLC25A14 (ENSPCOG00000027935) #26	RBMX2 (ENSPCOG00000026182) #28	ENSPCOG00000019177	ENOX2 (ENSPCOG00000016954) #29	ARHGAP36 (ENSPCOG00000011731) #30	IGSF1 (ENSPCOG00000006255) #31	STK26 (ENSPCOG00000015477) #34	FRMD7 (ENSPCOG00000023816) #35	RAP2C (ENSPCOG00000015696) #37	MBNL3 (ENSPCOG00000025398)	HS6ST2 (ENSPCOG00000014385)
Mouse lemur	MODERN SPECIES	169	PRR32 (ENSMICG00000000543) #12	ENSMICG00000011704	ENSMICG00000042684	ENSMICG00000026701	ENSMICG00000037227	ENSMICG00000027085	SMARCA1 (ENSMICG00000015768) #15	OCRL (ENSMICG00000015790) #16	APLN (ENSMICG00000043883)	ENSMICG00000036721	XPNPEP2 (ENSMICG00000015814) #18	SASH3 (ENSMICG00000026483) #19	ZDHHC9 (ENSMICG00000015847) #20	ENSMICG00000032019	ENSMICG00000005161 #21	BCORL1 (ENSMICG00000015994) #22	ELF4 (ENSMICG00000007427) #23	ENSMICG00000016006 #24	RAB33A (ENSMICG00000034851)	ZNF280C (ENSMICG00000010604) #25	ENSMICG00000015126 #26	ENSMICG00000031524	RBMX2 (ENSMICG00000015139) #28	ENSMICG00000047639	ENSMICG00000046419	ENSMICG00000045087	ENOX2 (ENSMICG00000000062) #29	ENSMICG00000032388	ARHGAP36 (ENSMICG00000001343) #30	IGSF1 (ENSMICG00000015205) #31	STK26 (ENSMICG00000009064) #34
Bushbaby	MODERN SPECIES	224									SMARCA1 (ENSOGAG00000004399) #15	OCRL (ENSOGAG00000004402) #16	ENSOGAG00000027998	XPNPEP2 (ENSOGAG00000000411) #18	SASH3 (ENSOGAG00000000412) #19	ZDHHC9 (ENSOGAG00000000413) #20	ENSOGAG00000013228 #21	BCORL1 (ENSOGAG00000026176) #22	ELF4 (ENSOGAG00000012759) #23	AIFM1 (ENSOGAG00000012692) #24	RAB33A (ENSOGAG00000033299)	ZNF280C (ENSOGAG00000012696) #25	SLC25A14 (ENSOGAG00000006069) #26	GPR119 (ENSOGAG00000029043) #27	ENSOGAG00000024158	ENOX2 (ENSOGAG00000003494) #29	ARHGAP36 (ENSOGAG00000000291) #30	IGSF1 (ENSOGAG00000013044) #31	ENSOGAG00000025500	ENSOGAG00000026712	OR13H1 (ENSOGAG00000026372) #32	ENSOGAG00000027130 ##32	STK26 (ENSOGAG00000002621) #34
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT01030000236254	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00980000198742	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b
Tree shrew	MODERN SPECIES	5729																ENSTBEG00000017455 #22	ELF4 (ENSTBEG00000017653) #23	AIFM1 (ENSTBEG00000017750) #24	RAB33A (ENSTBEG00000009702)
Glires	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT01030000236254	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT01030000236254	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.f
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT01030000236254	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.f
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01010000230270	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00530000063539.b.m.a	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.f
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	63	ENSGT01010000230270	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00530000063539.b.m.a	ENSGT00960000187913	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000172381	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.f
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	78	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00530000063539.b.m.a	ENSGT00960000187913	ENSGT00940000161322.u #10	ENSGT00940000161322.v #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000172381	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.f
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	597								SMARCA1 (ENSUPAG00010011630) #15	OCRL (ENSUPAG00010011605) #16	ENSUPAG00010011596	XPNPEP2 (ENSUPAG00010011559) #18	SASH3 (ENSUPAG00010011540) #19	ZDHHC9 (ENSUPAG00010011530) #20	ENSUPAG00010011519	ENSUPAG00010011506 #21	BCORL1 (ENSUPAG00010011466) #22	ELF4 (ENSUPAG00010011421) #23	AIFM1 (ENSUPAG00010011388) #24	RAB33A (ENSUPAG00010011381)
Squirrel	MODERN SPECIES	79	SH2D1A (ENSSTOG00000014003) #8	TENM1 (ENSSTOG00000000440) #9	ENSSTOG00000019526	ENSSTOG00000026965 #10	ENSSTOG00000029777 #10	PRR32 (ENSSTOG00000008662) #12	ACTRT1 (ENSSTOG00000023127) #13	SMARCA1 (ENSSTOG00000014524) #15	OCRL (ENSSTOG00000016123) #16	APLN (ENSSTOG00000034051)	XPNPEP2 (ENSSTOG00000008211) #18	SASH3 (ENSSTOG00000008235) #19	ZDHHC9 (ENSSTOG00000022858) #20	ENSSTOG00000034215	ENSSTOG00000008246 #21	BCORL1 (ENSSTOG00000023116) #22	ELF4 (ENSSTOG00000008325) #23	AIFM1 (ENSSTOG00000008362) #24	RAB33A (ENSSTOG00000008386)	ZNF280C (ENSSTOG00000033188) #25	SLC25A14 (ENSSTOG00000015384) #26	GPR119 (ENSSTOG00000015388) #27	RBMX2 (ENSSTOG00000015391) #28	ENSSTOG00000029310	ENOX2 (ENSSTOG00000001402) #29	ARHGAP36 (ENSSTOG00000000334) #30	ENSSTOG00000024886	ENSSTOG00000024234	IGSF1 (ENSSTOG00000012034) #31	ENSSTOG00000019507	ENSSTOG00000021455
Alpin marmot	MODERN SPECIES	54	ENSMMMG00000005584	ENSMMMG00000005575	ENSMMMG00000005544	PRR32 (ENSMMMG00000005535) #12	ACTRT1 (ENSMMMG00000005527) #13	ENSMMMG00000005511	SMARCA1 (ENSMMMG00000005411) #15	OCRL (ENSMMMG00000005305) #16	APLN (ENSMMMG00000005301)	ENSMMMG00000005279 #18	SASH3 (ENSMMMG00000005265) #19	ZDHHC9 (ENSMMMG00000005236) #20	ENSMMMG00000005227	ENSMMMG00000005218	ENSMMMG00000005190 #21	BCORL1 (ENSMMMG00000005153) #22	ELF4 (ENSMMMG00000005130) #23	AIFM1 (ENSMMMG00000005052) #24	RAB33A (ENSMMMG00000005045)	ZNF280C (ENSMMMG00000004815) #25	SLC25A14 (ENSMMMG00000004762) #26	GPR119 (ENSMMMG00000004754) #27	RBMX2 (ENSMMMG00000004746) #28	ENSMMMG00000004730	ENOX2 (ENSMMMG00000004709) #29	ARHGAP36 (ENSMMMG00000004666) #30	ENSMMMG00000004661	ENSMMMG00000004653	IGSF1 (ENSMMMG00000004601) #31	ENSMMMG00000004581	ENSMMMG00000004577
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	156	ENSSVLG00005010491	PRR32 (ENSSVLG00005010443) #12	ENSSVLG00005019428	ENSSVLG00005019280 #13	ENSSVLG00005019234	ENSSVLG00005019212 #13	ENSSVLG00005019160	SMARCA1 (ENSSVLG00005018960) #15	OCRL (ENSSVLG00005018821) #16	APLN (ENSSVLG00005018777)	XPNPEP2 (ENSSVLG00005018521) #18	SASH3 (ENSSVLG00005018423) #19	ZDHHC9 (ENSSVLG00005018368) #20	ENSSVLG00005018331	ENSSVLG00005018028 #21	BCORL1 (ENSSVLG00005017926) #22	ELF4 (ENSSVLG00005017888) #23	AIFM1 (ENSSVLG00005017618) #24	RAB33A (ENSSVLG00005017546)	ENSSVLG00005017501	ZNF280C (ENSSVLG00005017449) #25	ENSSVLG00005017430	SLC25A14 (ENSSVLG00005017269) #26	GPR119 (ENSSVLG00005017240) #27	ENSSVLG00005017187	ENSSVLG00005017129	ENOX2 (ENSSVLG00005016762) #29	ARHGAP36 (ENSSVLG00005016523) #30	ENSSVLG00005016469	ENSSVLG00005016427	IGSF1 (ENSSVLG00005015743) #31
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	57	ENSGT00710000106792	ENSGT00940000158743	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.m #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.f	ENSGT00940000164687	ENSGT01100000263574.b.j #32	ENSGT00940000157904.d #34
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	31	IL1RAPL2 (ENSHGLG00000001940)	ENSHGLG00000043015	FAM199X (ENSHGLG00000012070)	ENSHGLG00000050991	ENSHGLG00000019483	ENSHGLG00000048190	ENSHGLG00000050554	ENSHGLG00000005330 #16	ENSHGLG00000048466	ENSHGLG00000006742	XPNPEP2 (ENSHGLG00000002423) #18	SASH3 (ENSHGLG00000041053) #19	ZDHHC9 (ENSHGLG00000037667) #20	ENSHGLG00000002939 #21	ENSHGLG00000020156	BCORL1 (ENSHGLG00000003484) #22	ELF4 (ENSHGLG00000038769) #23	AIFM1 (ENSHGLG00000018635) #24	RAB33A (ENSHGLG00000018536)	ENSHGLG00000037642	ENSHGLG00000043397	ENSHGLG00000019168 #25	ENSHGLG00000050814	ENSHGLG00000034808	ENSHGLG00000018174 #26	GPR119 (ENSHGLG00000020429) #27	RBMX2 (ENSHGLG00000048307) #28	ENSHGLG00000028508	ENOX2 (ENSHGLG00000010881) #29	ARHGAP36 (ENSHGLG00000013596) #30	ENSHGLG00000002092
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	71	ENSGT00940000156123.b	ENSGT00710000106792	ENSGT00940000158743	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.m #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.f	ENSGT00940000164687	ENSGT01100000263574.b.j #32	ENSGT00940000157904.d #34
Guinea pig	MODERN SPECIES	145									SMARCA1 (ENSCPOG00000013601) #15	OCRL (ENSCPOG00000013608) #16	APLN (ENSCPOG00000031429)	XPNPEP2 (ENSCPOG00000001250) #18	SASH3 (ENSCPOG00000001253) #19	ZDHHC9 (ENSCPOG00000001256) #20	ENSCPOG00000014231 #21	BCORL1 (ENSCPOG00000024563) #22	ELF4 (ENSCPOG00000036591) #23	AIFM1 (ENSCPOG00000013569) #24	RAB33A (ENSCPOG00000000119)	ZNF280C (ENSCPOG00000015074) #25	SLC25A14 (ENSCPOG00000006635) #26	GPR119 (ENSCPOG00000026089) #27	RBMX2 (ENSCPOG00000032744) #28
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	97		ENSGT00940000156123.b	ENSGT00710000106792	ENSGT00940000158743	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.m #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.f	ENSGT01050000244815.B.a.a	ENSGT01100000263574.b.j #32	ENSGT00940000157904.d #34	ENSGT00940000158972 #35
Degu	MODERN SPECIES	104					ENSODEG00000015085	DCAF12L2 (ENSODEG00000019922) #10	ENSODEG00000012383	SMARCA1 (ENSODEG00000012163) #15	OCRL (ENSODEG00000012324) #16	APLN (ENSODEG00000012158)	XPNPEP2 (ENSODEG00000011534) #18	SASH3 (ENSODEG00000011136) #19	ZDHHC9 (ENSODEG00000013080) #20	ENSODEG00000011700	ENSODEG00000011459 #21	BCORL1 (ENSODEG00000012167) #22	ELF4 (ENSODEG00000012152) #23	ENSODEG00000011635 #24	RAB33A (ENSODEG00000011726)	ZNF280C (ENSODEG00000011118) #25	ENSODEG00000010986	ENSODEG00000010718	SLC25A14 (ENSODEG00000012501) #26	GPR119 (ENSODEG00000019936) #27	RBMX2 (ENSODEG00000012495) #28	ENSODEG00000011307 #29	ARHGAP36 (ENSODEG00000010308) #30	IGSF1 (ENSODEG00000011792) #31	OR13H1 (ENSODEG00000019956) #32	ENSODEG00000011795	STK26 (ENSODEG00000011347) #34
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	180		GRIA3 (ENSCLAG00000001098)	THOC2 (ENSCLAG00000002641)	XIAP (ENSCLAG00000001805)	STAG2 (ENSCLAG00000001514)	SH2D1A (ENSCLAG00000001237) #8	TENM1 (ENSCLAG00000002194) #9	DCAF12L2 (ENSCLAG00000017483) #10	SMARCA1 (ENSCLAG00000002171) #15	OCRL (ENSCLAG00000001724) #16	APLN (ENSCLAG00000001685)	XPNPEP2 (ENSCLAG00000001456) #18	SASH3 (ENSCLAG00000001420) #19	ZDHHC9 (ENSCLAG00000001605) #20	ENSCLAG00000001444 #21	BCORL1 (ENSCLAG00000006353) #22	ELF4 (ENSCLAG00000005511) #23	AIFM1 (ENSCLAG00000005316) #24	RAB33A (ENSCLAG00000005031)	ZNF280C (ENSCLAG00000003045) #25	SLC25A14 (ENSCLAG00000002880) #26	GPR119 (ENSCLAG00000017486) #27	RBMX2 (ENSCLAG00000001141) #28	ENOX2 (ENSCLAG00000000940) #29	ARHGAP36 (ENSCLAG00000000898) #30	IGSF1 (ENSCLAG00000003347) #31	ENSCLAG00000017566	OR13H1 (ENSCLAG00000002762) #32	STK26 (ENSCLAG00000001539) #34	FRMD7 (ENSCLAG00000001386) #35	RAP2C (ENSCLAG00000001300) #37
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000158743	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.f
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	357	ENSDORG00000027486	ENSDORG00000027353	Xiap (ENSDORG00000010762)	Stag2 (ENSDORG00000003109)	Sh2d1a (ENSDORG00000012131) #8	Tenm1 (ENSDORG00000012135) #9	ENSDORG00000006515 #10	Prr32 (ENSDORG00000008230) #12	Smarca1 (ENSDORG00000009270) #15	Ocrl (ENSDORG00000004469) #16	Apln (ENSDORG00000007273)	Xpnpep2 (ENSDORG00000012043) #18	Sash3 (ENSDORG00000012044) #19	Zdhhc9 (ENSDORG00000024469) #20	ENSDORG00000009761 #21	Bcorl1 (ENSDORG00000014953) #22	Elf4 (ENSDORG00000014956) #23	ENSDORG00000028456 #24	ENSDORG00000003401 #24	Rab33a (ENSDORG00000024129)	Zfp280c (ENSDORG00000003403) #25	Slc25a14 (ENSDORG00000002379) #26	Gpr119 (ENSDORG00000002381) #27	ENSDORG00000028737	Enox2 (ENSDORG00000013452) #29	Arhgap36 (ENSDORG00000015265) #30	Igsf1 (ENSDORG00000011658) #31	Or5bh3 (ENSDORG00000028251)	ENSDORG00000005431	ENSDORG00000025888	Stk26 (ENSDORG00000014606) #34
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000158743	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.o #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.f
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	53	ENSJJAG00000009849 #10	Prr32 (ENSJJAG00000016058) #12	ENSJJAG00000018368	ENSJJAG00000013754	ENSJJAG00000023370	ENSJJAG00000007116 #13	ENSJJAG00000008872 #13	Smarca1 (ENSJJAG00000002593) #15	Ocrl (ENSJJAG00000023666) #16	ENSJJAG00000005075	Apln (ENSJJAG00000024288)	Xpnpep2 (ENSJJAG00000019789) #18	Sash3 (ENSJJAG00000007889) #19	Zdhhc9 (ENSJJAG00000023971) #20	Utp14a (ENSJJAG00000023063) #21	Bcorl1 (ENSJJAG00000016106) #22	Elf4 (ENSJJAG00000019031) #23	ENSJJAG00000016047 #24	Rab33a (ENSJJAG00000007444)	Zfp280c (ENSJJAG00000005039) #25	ENSJJAG00000016087 #26	Gpr119 (ENSJJAG00000015379) #27	Rbmx2 (ENSJJAG00000019621) #28	Enox2 (ENSJJAG00000024346) #29	Arhgap36 (ENSJJAG00000022709) #30	ENSJJAG00000014737	Igsf1 (ENSJJAG00000015248) #31	Stk26 (ENSJJAG00000021007) #34	Frmd7 (ENSJJAG00000016076) #35	Rap2c (ENSJJAG00000014198) #37	Mbnl3 (ENSJJAG00000004793)
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322.q #10	ENSGT00940000161322.r #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.o #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.f
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	521									Smarca1 (ENSNGAG00000006492) #15	Ocrl (ENSNGAG00000017805) #16	Apln (ENSNGAG00000014234)	Xpnpep2 (ENSNGAG00000016566) #18	Sash3 (ENSNGAG00000002324) #19	Zdhhc9 (ENSNGAG00000015180) #20	Utp14a (ENSNGAG00000020390) #21	Bcorl1 (ENSNGAG00000002187) #22	Elf4 (ENSNGAG00000018583) #23	ENSNGAG00000012394 #24	Rab33a (ENSNGAG00000013169)	Zfp280c (ENSNGAG00000020507) #25	Slc25a14 (ENSNGAG00000018111) #26	Gpr119 (ENSNGAG00000005037) #27	Rbmx2 (ENSNGAG00000020108) #28	Enox2 (ENSNGAG00000002399) #29	Arhgap36 (ENSNGAG00000000985) #30	Igsf1 (ENSNGAG00000016332) #31	Or11n2 (ENSNGAG00000019199)	Stk26 (ENSNGAG00000020426) #34	Frmd7 (ENSNGAG00000014277) #35	Rap2c (ENSNGAG00000017485) #37	Mbnl3 (ENSNGAG00000019720)
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000161768.A.j #7	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A.i #7	ENSGT00940000161322.q #10	ENSGT00940000161322.r #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.o #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.f
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000161768.A.j #7	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A.i #7	ENSGT00940000161322.q #10	ENSGT00940000161322.r #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.o #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.f	ENSGT00940000164687
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000161768.A.j #7	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A.i #7	ENSGT00940000161322.q #10	ENSGT00940000161322.r #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.o #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870.b #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.f	ENSGT00940000164687
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	16	Sh2d1a (ENSCGRG00001011023) #8	Tenm1 (ENSCGRG00001015057) #9	Tex13c1 (ENSCGRG00001009417) #7	Dcaf12l2 (ENSCGRG00001009053) #10	ENSCGRG00001004377	Dcaf12l1 (ENSCGRG00001018908) #10	Prr32 (ENSCGRG00001015711) #12	Actrt1 (ENSCGRG00001004847) #13	Smarca1 (ENSCGRG00001010776) #15	Ocrl (ENSCGRG00001013791) #16	Apln (ENSCGRG00001020724)	Xpnpep2 (ENSCGRG00001010203) #18	Sash3 (ENSCGRG00001000781) #19	Zdhhc9 (ENSCGRG00001016578) #20	Utp14a (ENSCGRG00001013594) #21	Bcorl1 (ENSCGRG00001005153) #22	Elf4 (ENSCGRG00001018539) #23	Aifm1 (ENSCGRG00001015327) #24	Rab33a (ENSCGRG00001001211)	Zfp280c (ENSCGRG00001016803) #25	Slc25a14 (ENSCGRG00001019792) #26	Gpr119 (ENSCGRG00001009099) #27	Rbmx2 (ENSCGRG00001019209) #28	ENSCGRG00001017205	Fsip2l (ENSCGRG00001001567)	Enox2 (ENSCGRG00001003348) #29	Arhgap36 (ENSCGRG00001018379) #30	Or5o1 (ENSCGRG00001011247)	Igsf1 (ENSCGRG00001021136) #31	Or11n2 (ENSCGRG00001010038)	Or5bh3 (ENSCGRG00001010692)
Golden Hamster	MODERN SPECIES	683	Xiap (ENSMAUG00000018212)	Stag2 (ENSMAUG00000011328)	Tex13d (ENSMAUG00000011532) #7	Sh2d1a (ENSMAUG00000015196) #8	Tenm1 (ENSMAUG00000002816) #9	Dcaf12l1 (ENSMAUG00000000156) #10	Prr32 (ENSMAUG00000005400) #12	Actrt1 (ENSMAUG00000016644) #13	Smarca1 (ENSMAUG00000008133) #15	Ocrl (ENSMAUG00000011733) #16	Apln (ENSMAUG00000010997)	Xpnpep2 (ENSMAUG00000011869) #18	Sash3 (ENSMAUG00000018037) #19	Zdhhc9 (ENSMAUG00000000161) #20	Utp14a (ENSMAUG00000017487) #21	Bcorl1 (ENSMAUG00000000387) #22	ENSMAUG00000011408 #23	Aifm1 (ENSMAUG00000000291) #24	Rab33a (ENSMAUG00000014025)	Zfp280c (ENSMAUG00000015868) #25	Slc25a14 (ENSMAUG00000019586) #26	Gpr119 (ENSMAUG00000017036) #27	Rbmx2 (ENSMAUG00000019202) #28	ENSMAUG00000000086	Fsip2l (ENSMAUG00000011624)	Enox2 (ENSMAUG00000009194) #29	Arhgap36 (ENSMAUG00000009314) #30	Igsf1 (ENSMAUG00000012742) #31
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000161768.A.j #7	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A.i #7	ENSGT00940000161322.q #10	ENSGT00940000161322.r #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.o #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.f	ENSGT00940000164687
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	475	Rnf113a1 (ENSPEMG00000002490)	Gm9 (ENSPEMG00000017083)	ENSPEMG00000027182	ENSPEMG00000008250	ENSPEMG00000017832	ENSPEMG00000024707	Actrt1 (ENSPEMG00000000971) #13	Smarca1 (ENSPEMG00000017503) #15	Ocrl (ENSPEMG00000012326) #16	Apln (ENSPEMG00000015596)	Xpnpep2 (ENSPEMG00000008851) #18	Sash3 (ENSPEMG00000008731) #19	Zdhhc9 (ENSPEMG00000008850) #20	Utp14a (ENSPEMG00000013553) #21	ENSPEMG00000030795	Bcorl1 (ENSPEMG00000000973) #22	Elf4 (ENSPEMG00000010895) #23	Aifm1 (ENSPEMG00000018050) #24	Rab33a (ENSPEMG00000010237)	Zfp280c (ENSPEMG00000010001) #25	Slc25a14 (ENSPEMG00000018761) #26	Gpr119 (ENSPEMG00000018553) #27	Rbmx2 (ENSPEMG00000015660) #28	Fsip2l (ENSPEMG00000027224)	Enox2 (ENSPEMG00000023684) #29	Arhgap36 (ENSPEMG00000023858) #30	Or5o1 (ENSPEMG00000026617)	Igsf1 (ENSPEMG00000009685) #31	ENSPEMG00000029906	Or11n2 (ENSPEMG00000010046)	Or5bh3 (ENSPEMG00000028222)
Prairie vole	MODERN SPECIES	360	ENSMOCG00000006467	Dcaf12l2 (ENSMOCG00000021979) #10	Dcaf12l1 (ENSMOCG00000009747) #10	ENSMOCG00000014325	Prr32 (ENSMOCG00000011393) #12	Actrt1 (ENSMOCG00000013689) #13	ENSMOCG00000010136	ENSMOCG00000017233	Smarca1 (ENSMOCG00000009464) #15	Ocrl (ENSMOCG00000010531) #16	Apln (ENSMOCG00000001240)	Xpnpep2 (ENSMOCG00000020269) #18	Sash3 (ENSMOCG00000010968) #19	Zdhhc9 (ENSMOCG00000009045) #20	Utp14a (ENSMOCG00000002489) #21	Bcorl1 (ENSMOCG00000007803) #22	Elf4 (ENSMOCG00000000912) #23	Aifm1 (ENSMOCG00000022628) #24	Rab33a (ENSMOCG00000020142)	Zfp280c (ENSMOCG00000002435) #25	ENSMOCG00000020880
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000161768.A.j #7	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A.i #7	ENSGT00940000161322.q #10	ENSGT00940000161322.r #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.o #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.f
Rat	MODERN SPECIES	46	Dcaf12l2 (ENSRNOG00000031533) #10	Dcaf12l1 (ENSRNOG00000023458) #10	Prr32 (ENSRNOG00000049388) #12	LOC681067 (ENSRNOG00000063745)	ENSRNOG00000063729	Actrt1 (ENSRNOG00000003456) #13	ENSRNOG00000063829	LOC681300 (ENSRNOG00000003734)	ENSRNOG00000064782	Smarca1 (ENSRNOG00000003762) #15	Ocrl (ENSRNOG00000003875) #16	Xpnpep2 (ENSRNOG00000004009) #18	Sash3 (ENSRNOG00000004409) #19	Zdhhc9 (ENSRNOG00000004581) #20	Utp14a (ENSRNOG00000005012) #21	Bcorl1 (ENSRNOG00000005076) #22	Elf4 (ENSRNOG00000005352) #23	Aifm1 (ENSRNOG00000006067) #24	Rab33a (ENSRNOG00000006698)	Zfp280c (ENSRNOG00000006797) #25	Slc25a14 (ENSRNOG00000006871) #26	Gpr119 (ENSRNOG00000024517) #27	Rbmx2 (ENSRNOG00000007371) #28	RGD1564955 (ENSRNOG00000024068)	Enox2 (ENSRNOG00000030622) #29	Arhgap36 (ENSRNOG00000007552) #30	LOC120099272 (ENSRNOG00000070141)	Or11q2 (ENSRNOG00000033413)	Or5o1 (ENSRNOG00000030722)	Igsf1 (ENSRNOG00000007600) #31	Or11n2 (ENSRNOG00000037506)
Mus	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000161768.A.j #7	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A.i #7	ENSGT00940000161322.q #10	ENSGT00940000161322.r #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.o #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.f
Shrew mouse	MODERN SPECIES	23	Stag2 (MGP_PahariEiJ_G0031571)	Tex13d (MGP_PahariEiJ_G0031572) #7	Sh2d1a (MGP_PahariEiJ_G0031573) #8	Tenm1 (MGP_PahariEiJ_G0031574) #9	Tex13c1 (MGP_PahariEiJ_G0031575) #7	Dcaf12l2 (MGP_PahariEiJ_G0031576) #10	Prr32 (MGP_PahariEiJ_G0031577) #12	Actrt1 (MGP_PahariEiJ_G0031578) #13	Smarca1 (MGP_PahariEiJ_G0031579) #15	Ocrl (MGP_PahariEiJ_G0031580) #16	Apln (MGP_PahariEiJ_G0031581)	Xpnpep2 (MGP_PahariEiJ_G0031582) #18	Sash3 (MGP_PahariEiJ_G0031583) #19	Zdhhc9 (MGP_PahariEiJ_G0031584) #20	Utp14a (MGP_PahariEiJ_G0031585) #21	Bcorl1 (MGP_PahariEiJ_G0031586) #22	Elf4 (MGP_PahariEiJ_G0031587) #23	Aifm1 (MGP_PahariEiJ_G0031588) #24	Rab33a (MGP_PahariEiJ_G0031589)	Zfp280c (MGP_PahariEiJ_G0031590) #25	Slc25a14 (MGP_PahariEiJ_G0031591) #26	Gpr119 (MGP_PahariEiJ_G0031592) #27	Rbmx2 (MGP_PahariEiJ_G0031593) #28	Fsip2l (MGP_PahariEiJ_G0031594)	Enox2 (MGP_PahariEiJ_G0031595) #29	Arhgap36 (MGP_PahariEiJ_G0031596) #30	Or11q2 (MGP_PahariEiJ_G0031597)	Or5o1 (MGP_PahariEiJ_G0031598)	Igsf1 (MGP_PahariEiJ_G0031599) #31	Or11n2 (MGP_PahariEiJ_G0031600)	Or5bh3 (MGP_PahariEiJ_G0031601)
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000161768.A.j #7	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A.i #7	ENSGT00940000161322.q #10	ENSGT00940000161322.r #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.o #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.f
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	19	Stag2 (MGP_CAROLIEiJ_G0033025)	Tex13d (MGP_CAROLIEiJ_G0033026) #7	Tenm1 (MGP_CAROLIEiJ_G0033028) #9	Tex13c1 (MGP_CAROLIEiJ_G0033029) #7	Dcaf12l2 (MGP_CAROLIEiJ_G0033030) #10	Dcaf12l1 (MGP_CAROLIEiJ_G0033031) #10	Prr32 (MGP_CAROLIEiJ_G0033032) #12	Actrt1 (MGP_CAROLIEiJ_G0033033) #13	Smarca1 (MGP_CAROLIEiJ_G0033034) #15	Ocrl (MGP_CAROLIEiJ_G0033035) #16	Apln (MGP_CAROLIEiJ_G0033036)	Xpnpep2 (MGP_CAROLIEiJ_G0033037) #18	Sash3 (MGP_CAROLIEiJ_G0033038) #19	Zdhhc9 (MGP_CAROLIEiJ_G0033039) #20	Utp14a (MGP_CAROLIEiJ_G0033040) #21	Bcorl1 (MGP_CAROLIEiJ_G0033041) #22	Elf4 (MGP_CAROLIEiJ_G0033042) #23	Aifm1 (MGP_CAROLIEiJ_G0033043) #24	Rab33a (MGP_CAROLIEiJ_G0033044)	Zfp280c (MGP_CAROLIEiJ_G0033045) #25	Slc25a14 (MGP_CAROLIEiJ_G0033046) #26	Gpr119 (MGP_CAROLIEiJ_G0033047) #27	Rbmx2 (MGP_CAROLIEiJ_G0033048) #28	Fsip2l (MGP_CAROLIEiJ_G0033049)	Enox2 (MGP_CAROLIEiJ_G0033050) #29	Arhgap36 (MGP_CAROLIEiJ_G0033051) #30	Or11q2 (MGP_CAROLIEiJ_G0033052)	Or5o1 (MGP_CAROLIEiJ_G0033053)	MGP_CAROLIEiJ_G0033054 #31	Or11n2 (MGP_CAROLIEiJ_G0033055)	Or5bh3 (MGP_CAROLIEiJ_G0033056)
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000161768.A.j #7	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A.i #7	ENSGT00940000161322.q #10	ENSGT00940000161322.r #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.o #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.f
Mouse	MODERN SPECIES	37	Tex13d (ENSMUSG00000105993) #7	Sh2d1a (ENSMUSG00000005696) #8	Tenm1 (ENSMUSG00000016150) #9	Tex13c1 (ENSMUSG00000078320) #7	Dcaf12l2 (ENSMUSG00000050926) #10	Dcaf12l1 (ENSMUSG00000045284) #10	Prr32 (ENSMUSG00000037086) #12	Actrt1 (ENSMUSG00000046615) #13	Smarca1 (ENSMUSG00000031099) #15	Ocrl (ENSMUSG00000001173) #16	Apln (ENSMUSG00000037010)	Xpnpep2 (ENSMUSG00000037005) #18	Sash3 (ENSMUSG00000031101) #19	Zdhhc9 (ENSMUSG00000036985) #20	Utp14a (ENSMUSG00000063785) #21	Bcorl1 (ENSMUSG00000036959) #22	Elf4 (ENSMUSG00000031103) #23	Aifm1 (ENSMUSG00000036932) #24	Rab33a (ENSMUSG00000031104)	Zfp280c (ENSMUSG00000036916) #25	Slc25a14 (ENSMUSG00000031105) #26	Gpr119 (ENSMUSG00000051209) #27	Rbmx2 (ENSMUSG00000031107) #28	Fsip2l (ENSMUSG00000079606)	Enox2 (ENSMUSG00000031109) #29	Arhgap36 (ENSMUSG00000036198) #30	Or11q2 (ENSMUSG00000071764)	Or5o1 (ENSMUSG00000067971)	Igsf1 (ENSMUSG00000031111) #31	Or11n2 (ENSMUSG00000056281)	Or5bh3 (ENSMUSG00000050504)
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000161768.A.j #7	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A.i #7	ENSGT00940000161322.q #10	ENSGT00940000161322.r #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.o #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.f	ENSGT00940000164687
Steppe mouse	MODERN SPECIES	1046																ENSMSIG00000002098 #22
spretus	MODERN SPECIES	19	Stag2 (MGP_SPRETEiJ_G0034183)	Tex13d (MGP_SPRETEiJ_G0034184) #7	Tenm1 (MGP_SPRETEiJ_G0034186) #9	Tex13c1 (MGP_SPRETEiJ_G0034187) #7	Dcaf12l2 (MGP_SPRETEiJ_G0034188) #10	Dcaf12l1 (MGP_SPRETEiJ_G0034189) #10	Prr32 (MGP_SPRETEiJ_G0034190) #12	Actrt1 (MGP_SPRETEiJ_G0034191) #13	Smarca1 (MGP_SPRETEiJ_G0034192) #15	Ocrl (MGP_SPRETEiJ_G0034193) #16	Apln (MGP_SPRETEiJ_G0034194)	Xpnpep2 (MGP_SPRETEiJ_G0034195) #18	Sash3 (MGP_SPRETEiJ_G0034196) #19	Zdhhc9 (MGP_SPRETEiJ_G0034197) #20	Utp14a (MGP_SPRETEiJ_G0034198) #21	Bcorl1 (MGP_SPRETEiJ_G0034199) #22	Elf4 (MGP_SPRETEiJ_G0034200) #23	Aifm1 (MGP_SPRETEiJ_G0034201) #24	Rab33a (MGP_SPRETEiJ_G0034202)	Zfp280c (MGP_SPRETEiJ_G0034203) #25	Slc25a14 (MGP_SPRETEiJ_G0034204) #26	Gpr119 (MGP_SPRETEiJ_G0034205) #27	Rbmx2 (MGP_SPRETEiJ_G0034206) #28	Fsip2l (MGP_SPRETEiJ_G0034207)	Enox2 (MGP_SPRETEiJ_G0034208) #29	Arhgap36 (MGP_SPRETEiJ_G0034209) #30	Or11q2 (MGP_SPRETEiJ_G0034210)	Or5o1 (MGP_SPRETEiJ_G0034211)	Igsf1 (MGP_SPRETEiJ_G0034212) #31	Or11n2 (MGP_SPRETEiJ_G0034213)	Or5bh3 (MGP_SPRETEiJ_G0034214)
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	51	ENSGT00710000106792	ENSGT00940000158743	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT00940000164687	ENSGT01100000263574.b.j #32	ENSGT00940000157904.d #34	ENSGT00940000158972 #35
Pika	MODERN SPECIES	5046																BCORL1 (ENSOPRG00000011442) #22	ELF4 (ENSOPRG00000011469) #23
Rabbit	MODERN SPECIES	1401	ENSOCUG00000006392	ENSOCUG00000010499 #10	ENSOCUG00000000908 #10	PRR32 (ENSOCUG00000015056) #12	ENSOCUG00000029410 #13	ENSOCUG00000002602 #13	ENSOCUG00000034526	ENSOCUG00000030104	ENSOCUG00000025977	SMARCA1 (ENSOCUG00000001047) #15	OCRL (ENSOCUG00000016167) #16	APLN (ENSOCUG00000022649)	XPNPEP2 (ENSOCUG00000010636) #18	ZDHHC9 (ENSOCUG00000001779) #20	ENSOCUG00000016185 #21	BCORL1 (ENSOCUG00000002913) #22	ELF4 (ENSOCUG00000013238) #23	AIFM1 (ENSOCUG00000002920) #24	RAB33A (ENSOCUG00000002932)	ZNF280C (ENSOCUG00000002934) #25	SLC25A14 (ENSOCUG00000010391) #26	GPR119 (ENSOCUG00000011805) #27	ENSOCUG00000023570	RBMX2 (ENSOCUG00000011809) #28	ENSOCUG00000026298	ENOX2 (ENSOCUG00000012625) #29	ARHGAP36 (ENSOCUG00000015299) #30	IGSF1 (ENSOCUG00000009769) #31	ENSOCUG00000031494	ENSOCUG00000023391	OR13H1 (ENSOCUG00000011316) #32
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000165384 #11	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00980000198742	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000165384 #11	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000011174.a	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000174083	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000165384 #11	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000011174.a	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.d.a
Suina	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000011174.a	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.d.a	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.d.b
Pig	MODERN SPECIES	300	ENSSSCG00000032855	ENSSSCG00000062569	ENSSSCG00000060751	ENSSSCG00000052425	ENSSSCG00000057077	ENSSSCG00000060348	ACTRT1 (ENSSSCG00000012648) #13	SMARCA1 (ENSSSCG00000012649) #15	OCRL (ENSSSCG00000012650) #16	APLN (ENSSSCG00000048443)	XPNPEP2 (ENSSSCG00000012651) #18	SASH3 (ENSSSCG00000012652) #19	ZDHHC9 (ENSSSCG00000012653) #20	ENSSSCG00000030606	ENSSSCG00000012654 #21	BCORL1 (ENSSSCG00000012655) #22	ELF4 (ENSSSCG00000012656) #23	AIFM1 (ENSSSCG00000012657) #24	RAB33A (ENSSSCG00000012658)	ZNF280C (ENSSSCG00000012659) #25	SLC25A14 (ENSSSCG00000012660) #26	GPR119 (ENSSSCG00000012661) #27	RBMX2 (ENSSSCG00000032739) #28	ENSSSCG00000054586	ENOX2 (ENSSSCG00000012663) #29	ENSSSCG00000012669 #30	ENSSSCG00000012668	IGSF1 (ENSSSCG00000012667) #31	ENSSSCG00000012666	ENSSSCG00000012665	ENSSSCG00000012664
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	13	SH2D1A (ENSCWAG00000002130) #8	TENM1 (ENSCWAG00000002189) #9	ENSCWAG00000002366	ENSCWAG00000002381 #10	ENSCWAG00000002386 #10	PRR32 (ENSCWAG00000002388) #12	ACTRT1 (ENSCWAG00000002404) #13	SMARCA1 (ENSCWAG00000002437) #15	OCRL (ENSCWAG00000002577) #16	APLN (ENSCWAG00000002650)	XPNPEP2 (ENSCWAG00000002659) #18	SASH3 (ENSCWAG00000002676) #19	ZDHHC9 (ENSCWAG00000002690) #20	ENSCWAG00000002704	ENSCWAG00000002726 #21	BCORL1 (ENSCWAG00000002809) #22	ELF4 (ENSCWAG00000002826) #23	AIFM1 (ENSCWAG00000002866) #24	RAB33A (ENSCWAG00000002986)	ZNF280C (ENSCWAG00000003001) #25	SLC25A14 (ENSCWAG00000003048) #26	GPR119 (ENSCWAG00000003151) #27	RBMX2 (ENSCWAG00000003159) #28	ENSCWAG00000003176	ENSCWAG00000003181	ENOX2 (ENSCWAG00000003198) #29	ARHGAP36 (ENSCWAG00000003222) #30	IGSF1 (ENSCWAG00000003338) #31	ENSCWAG00000003504	OR13H1 (ENSCWAG00000003515) #32	ENSCWAG00000003516 ##32
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000165384 #11	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000011174.a	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.d.b
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	51	ENSGT00940000158743	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000165796.b	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263574.b.i.a ##32	ENSGT00940000157904.d #34	ENSGT00940000158972 #35
Arabian camel	MODERN SPECIES	204	TENM1 (ENSCDRG00005007282) #9	ENSCDRG00005007387 #7	ENSCDRG00005007403 #10	ENSCDRG00005007467 #10	PRR32 (ENSCDRG00005007478) #12	ENSCDRG00005007502 #13	ENSCDRG00005007523 #13	SMARCA1 (ENSCDRG00005007563) #15	OCRL (ENSCDRG00005007667) #16	APLN (ENSCDRG00005008050)	XPNPEP2 (ENSCDRG00005008101) #18	SASH3 (ENSCDRG00005008177) #19	ZDHHC9 (ENSCDRG00005008221) #20	ENSCDRG00005008288	ENSCDRG00005008326 #21	BCORL1 (ENSCDRG00005008673) #22	ELF4 (ENSCDRG00005008816) #23	AIFM1 (ENSCDRG00005008929) #24	RAB33A (ENSCDRG00005009622)	ZNF280C (ENSCDRG00005009667) #25	SLC25A14 (ENSCDRG00005009794) #26	GPR119 (ENSCDRG00005010252) #27	RBMX2 (ENSCDRG00005010281) #28	ENSCDRG00005010370	ENOX2 (ENSCDRG00005010425) #29	ARHGAP36 (ENSCDRG00005010650) #30	IGSF1 (ENSCDRG00005010964) #31	ENSCDRG00005012651	OR13H1 (ENSCDRG00005012761) ##32	STK26 (ENSCDRG00005012797) #34	FRMD7 (ENSCDRG00005013245) #35
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000165384 #11	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000011174.a	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.d.b
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000165384 #11	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000165796.b	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.d.b	ENSGT00940000164687
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000165384 #11	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000165796.b	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.d.b	ENSGT00940000164687	ENSGT00940000157904.d #34
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000165384 #11	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000165796.b	ENSGT00390000008142.s #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472.e #28	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.d.a	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.d.b	ENSGT00940000164687	ENSGT00940000157904.d #34
Dolphin	MODERN SPECIES	1233															ENSTTRG00000003794 #21	BCORL1 (ENSTTRG00000003832) #22	ELF4 (ENSTTRG00000003849) #23	AIFM1 (ENSTTRG00000003869) #24	RAB33A (ENSTTRG00000003887)
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000165384 #11	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000165796.b	ENSGT00390000008142.s #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472.e #28	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.d.a	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.d.b	ENSGT00940000164687	ENSGT00940000157904.d #34
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000165384 #11	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000165796.b	ENSGT00390000008142.s #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472.e #28	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.d.a	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.d.b	ENSGT00940000164687	ENSGT00940000157904.d #34
Narwhal	MODERN SPECIES	309	TENM1 (ENSMMNG00015018845) #9	ENSMMNG00015019048 #7	DCAF12L2 (ENSMMNG00015019063) #10	DCAF12L1 (ENSMMNG00015019080) #11	PRR32 (ENSMMNG00015019091) #12	ACTRT1 (ENSMMNG00015019112) #13	SMARCA1 (ENSMMNG00015019149) #15	ENSMMNG00015019306 #16	ENSMMNG00015019463 #16	APLN (ENSMMNG00015019483)	XPNPEP2 (ENSMMNG00015019513) #18	SASH3 (ENSMMNG00015019544) #19	ZDHHC9 (ENSMMNG00015019579) #20	ENSMMNG00015019598	ENSMMNG00015019633 #21	BCORL1 (ENSMMNG00015019732) #22	ELF4 (ENSMMNG00015019813) #23	AIFM1 (ENSMMNG00015019904) #24	RAB33A (ENSMMNG00015020024)	ZNF280C (ENSMMNG00015020045) #25	SLC25A14 (ENSMMNG00015020095) #26	GPR119 (ENSMMNG00015020135) #27	ENSMMNG00015020150 #28	ENOX2 (ENSMMNG00015020213) #29	ENSMMNG00015020346 #30	ENSMMNG00015020482	ENSMMNG00015020519	IGSF1 (ENSMMNG00015020633) #31	ENSMMNG00015020762	ENSMMNG00015020776	STK26 (ENSMMNG00015020850) #34
Beluga whale	MODERN SPECIES	83			ENSDLEG00000017937 #7	ENSDLEG00000017930 #10	ENSDLEG00000017918 #10	PRR32 (ENSDLEG00000017908) #12	SMARCA1 (ENSDLEG00000017724) #15	OCRL (ENSDLEG00000017660) #16	ENSDLEG00000017642	ENSDLEG00000017631	XPNPEP2 (ENSDLEG00000017565) #18	SASH3 (ENSDLEG00000017530) #19	ZDHHC9 (ENSDLEG00000017505) #20	ENSDLEG00000017492	ENSDLEG00000017446 #21	BCORL1 (ENSDLEG00000017364) #22	ELF4 (ENSDLEG00000017329) #23	AIFM1 (ENSDLEG00000017284) #24	RAB33A (ENSDLEG00000017271)	ZNF280C (ENSDLEG00000017223) #25
Vaquita	MODERN SPECIES	34	TENM1 (ENSPSNG00000019528) #9	ENSPSNG00000019888 #7	DCAF12L2 (ENSPSNG00000019910) #10	DCAF12L1 (ENSPSNG00000019924) #11	PRR32 (ENSPSNG00000019940) #12	ENSPSNG00000019967	ENSPSNG00000019998	SMARCA1 (ENSPSNG00000020057) #15	OCRL (ENSPSNG00000020175) #16	ENSPSNG00000020221	XPNPEP2 (ENSPSNG00000020259) #18	SASH3 (ENSPSNG00000020412) #19	ZDHHC9 (ENSPSNG00000020463) #20	ENSPSNG00000020494	ENSPSNG00000020526 #21	BCORL1 (ENSPSNG00000020696) #22	ELF4 (ENSPSNG00000020769) #23	AIFM1 (ENSPSNG00000020896) #24	RAB33A (ENSPSNG00000021088)	ZNF280C (ENSPSNG00000021118) #25	SLC25A14 (ENSPSNG00000021178) #26	GPR119 (ENSPSNG00000021286) #27	ENSPSNG00000021296 #28	ENOX2 (ENSPSNG00000021324) #29	ENSPSNG00000021389 #30	ENSPSNG00000021494	IGSF1 (ENSPSNG00000021617) #31	ENSPSNG00000021761	ENSPSNG00000021778	ENSPSNG00000021797	STK26 (ENSPSNG00000021837) #34
Sperm whale	MODERN SPECIES	13	STAG2 (ENSPCTG00005021957)	ENSPCTG00005012335	SH2D1A (ENSPCTG00005012370) #8	TENM1 (ENSPCTG00005012483) #9	ENSPCTG00005013125 #7	DCAF12L2 (ENSPCTG00005013175) #10	DCAF12L1 (ENSPCTG00005013200) #11	PRR32 (ENSPCTG00005013220) #12	SMARCA1 (ENSPCTG00005013285) #15	OCRL (ENSPCTG00005013437) #16	APLN (ENSPCTG00005013614)	XPNPEP2 (ENSPCTG00005013671) #18	SASH3 (ENSPCTG00005013747) #19	ZDHHC9 (ENSPCTG00005013890) #20	UTP14A (ENSPCTG00005013941) #21	BCORL1 (ENSPCTG00005014369) #22	ELF4 (ENSPCTG00005014414) #23	AIFM1 (ENSPCTG00005014612) #24	RAB33A (ENSPCTG00005015036)	ZNF280C (ENSPCTG00005015093) #25	SLC25A14 (ENSPCTG00005015230) #26	GPR119 (ENSPCTG00005015660) #27	RBMX2 (ENSPCTG00005015674) #28	ENOX2 (ENSPCTG00005015726) #29	ARHGAP36 (ENSPCTG00005015910) #30	ENSPCTG00005016178	IGSF1 (ENSPCTG00005016228) #31	ENSPCTG00005017158	ENSPCTG00005017709	ENSPCTG00005017763	STK26 (ENSPCTG00005017926) #34
Blue whale	MODERN SPECIES	40	ENSBMSG00010017551	SH2D1A (ENSBMSG00010017571) #8	TENM1 (ENSBMSG00010017660) #9	DCAF12L2 (ENSBMSG00010017949) #10	DCAF12L1 (ENSBMSG00010017963) #11	PRR32 (ENSBMSG00010017971) #12	SMARCA1 (ENSBMSG00010018032) #15	OCRL (ENSBMSG00010018094) #16	APLN (ENSBMSG00010018128)	XPNPEP2 (ENSBMSG00010018165) #18	SASH3 (ENSBMSG00010018297) #19	ZDHHC9 (ENSBMSG00010018334) #20	ENSBMSG00010018357	ENSBMSG00010018374	ENSBMSG00010018423 #21	BCORL1 (ENSBMSG00010018594) #22	ELF4 (ENSBMSG00010018646) #23	AIFM1 (ENSBMSG00010018761) #24	RAB33A (ENSBMSG00010018950)	ZNF280C (ENSBMSG00010018974) #25	SLC25A14 (ENSBMSG00010019050) #26	GPR119 (ENSBMSG00010019214) #27	ENSBMSG00010019230	ENOX2 (ENSBMSG00010019269) #29	ARHGAP36 (ENSBMSG00010019383) #30	ENSBMSG00010019464	ENSBMSG00010019479	ENSBMSG00010019501	IGSF1 (ENSBMSG00010019583) #31	STK26 (ENSBMSG00010019951) #34	FRMD7 (ENSBMSG00010020071) #35
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322.e #10	ENSGT00940000165384 #11	ENSGT00940000161322.f #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000011174.a	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT00940000164687
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322.e #10	ENSGT00940000161322.f #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000011174.a	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT00940000164687
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322.e #10	ENSGT00940000161322.f #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00960000192752	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000011174.a	ENSGT00390000008142.w #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472.h.a #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT00940000163020.cb	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT00940000164687
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	44	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322.e #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00960000192752	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000011174.a	ENSGT00390000008142.w.a #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472.h.a #28
Goat	MODERN SPECIES	30	SLC9A6 (ENSCHIG00000000244)	ENSCHIG00000000289	INTS6L (ENSCHIG00000000320)	ENSCHIG00000000356	ENSCHIG00000000387	PABPC5 (ENSCHIG00000019004)	PRR32 (ENSCHIG00000000458) #12	ACTRT1 (ENSCHIG00000019295) #13	SMARCA1 (ENSCHIG00000009837) #15	OCRL (ENSCHIG00000014041) #16	APLN (ENSCHIG00000016324)	ENSCHIG00000019043 #18	ZDHHC9 (ENSCHIG00000021872) #20	ENSCHIG00000025044	ENSCHIG00000010313 #21	BCORL1 (ENSCHIG00000000071) #22	NKAP (ENSCHIG00000000111)	NDUFA1 (ENSCHIG00000000140)	ENSCHIG00000018820	ENSCHIG00000000208	ENSCHIG00000000247	SOWAHD (ENSCHIG00000003539)	ZNF280C (ENSCHIG00000000349) #25	PGRMC1 (ENSCHIG00000000381)	ENSCHIG00000000419	ENSCHIG00000000454	IL13RA1 (ENSCHIG00000009933)	ENSCHIG00000009695	IL13RA2 (ENSCHIG00000013712)	LRCH2 (ENSCHIG00000015929)	PLS3 (ENSCHIG00000018693)
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	205	ENSOARG00020023894 #7	ENSOARG00020015761	DCAF12L2 (ENSOARG00020015781) #10	PRR32 (ENSOARG00020015805) #12	ENSOARG00020015821	ACTRT1 (ENSOARG00020015855) #13	SMARCA1 (ENSOARG00020015936) #15	OCRL (ENSOARG00020016973) #16	ENSOARG00020017716	APLN (ENSOARG00020017755)	XPNPEP2 (ENSOARG00020017807) #18	SASH3 (ENSOARG00020018137) #19	ZDHHC9 (ENSOARG00020018176) #20	ENSOARG00020018224	ENSOARG00020018278 #21	BCORL1 (ENSOARG00020018593) #22	ELF4 (ENSOARG00020018794) #23	AIFM1 (ENSOARG00020018881) #24	RAB33A (ENSOARG00020019352)	SLC25A14 (ENSOARG00020019454) #26	GPR119 (ENSOARG00020019640) #27	ENSOARG00020019657	PGRMC1 (ENSOARG00020019708)	ENSOARG00020019740	ENSOARG00020019773	LONRF3 (ENSOARG00020019823)	ENSOARG00020020488	IL13RA1 (ENSOARG00020020510)	ENSOARG00020020608	ENSOARG00020020621	ENSOARG00020020632
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	40	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322.e #10	ENSGT00940000161322.f #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00960000192752	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000011174.a	ENSGT00390000008142.w #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472.h.a #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT00940000163020.cb	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT00940000164687
Bos	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322.e #10	ENSGT00940000161322.f.b.b #10	ENSGT00940000162120.j	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00960000192752	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000002615.n	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000011174.a	ENSGT00390000008142.w #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472.h.a.a #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT00940000163020.cb	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT00940000164687
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00940000161322.f.b.b #10	ENSGT00940000161322.f.b.a #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162120.j	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00960000192752	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000002615.n	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000011174.a	ENSGT00390000008142.w #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472.h.a.a #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT00940000163020.cb	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT00940000164687
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	315	ENSBIXG00005003296 #10	ENSBIXG00005020075 #10	PRR32 (ENSBIXG00005020100) #12	ENSBIXG00005020132	ACTRT1 (ENSBIXG00005003305) #13	SMARCA1 (ENSBIXG00005020268) #15	OCRL (ENSBIXG00005020341) #16	ENSBIXG00005020367	ENSBIXG00005003439	XPNPEP2 (ENSBIXG00005020458) #18	ENSBIXG00005020478	SASH3 (ENSBIXG00005020501) #19	ZDHHC9 (ENSBIXG00005020566) #20	ENSBIXG00005020599	ENSBIXG00005020703 #21	BCORL1 (ENSBIXG00005020768) #22	ELF4 (ENSBIXG00005020826) #23	AIFM1 (ENSBIXG00005021020) #24	RAB33A (ENSBIXG00005021051)	ZNF280C (ENSBIXG00005003562) #25	ENSBIXG00005021115	GPR119 (ENSBIXG00005021128) #27	ENSBIXG00005021425 #26	ENSBIXG00005021498	ENSBIXG00005021549	ENOX2 (ENSBIXG00005021891) #29	ENSBIXG00005006664 #30	ENSBIXG00005022284	IGSF1 (ENSBIXG00005022762) #31	ENSBIXG00005022816	ENSBIXG00005022820
Cow	MODERN SPECIES	177	ENSBTAG00000054321 #10	ENSBTAG00000054511 #10	PRR32 (ENSBTAG00000008763) #12	ENSBTAG00000000154	ACTRT1 (ENSBTAG00000047701) #13	SMARCA1 (ENSBTAG00000002292) #15	OCRL (ENSBTAG00000018247) #16	ENSBTAG00000053073	APLN (ENSBTAG00000019993)	XPNPEP2 (ENSBTAG00000010345) #18	ENSBTAG00000026011	SASH3 (ENSBTAG00000002041) #19	ZDHHC9 (ENSBTAG00000015354) #20	ENSBTAG00000046395	UTP14A (ENSBTAG00000013671) #21	BCORL1 (ENSBTAG00000004962) #22	ELF4 (ENSBTAG00000019061) #23	AIFM1 (ENSBTAG00000006838) #24	RAB33A (ENSBTAG00000034712)	ZNF280C (ENSBTAG00000019885) #25	SLC25A14 (ENSBTAG00000016263) #26	ENSBTAG00000051880	GPR119 (ENSBTAG00000014770) #27	RBMX2 (ENSBTAG00000014771) #28	ENSBTAG00000048581	ENOX2 (ENSBTAG00000049641) #29	ARHGAP36 (ENSBTAG00000021189) #30	OR5O1 (ENSBTAG00000047994)	IGSF1 (ENSBTAG00000046476) #31	IGSF1 (ENSBTAG00000054512) #31	ENSBTAG00000048126
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	64	ENSGT00940000161322.f.b.b #10	ENSGT00940000161322.f.a.a #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162120.j	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00960000192752	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000002615.n	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000011174.a	ENSGT00390000008142.w #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472.h.a.a #28	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT00940000163020.cb	ENSGT00940000164687	ENSGT01100000263574.b.j #32	ENSGT00940000157904.d #34
Wild yak	MODERN SPECIES	2223							OCRL (ENSBMUG00000013373) #16	ENSBMUG00000013401	APLN (ENSBMUG00000013416)	XPNPEP2 (ENSBMUG00000013499) #18	ENSBMUG00000013534	SASH3 (ENSBMUG00000013545) #19	ZDHHC9 (ENSBMUG00000013564) #20	ENSBMUG00000013574	ENSBMUG00000013622 #21	BCORL1 (ENSBMUG00000013673) #22	ELF4 (ENSBMUG00000013708) #23	AIFM1 (ENSBMUG00000013794) #24	RAB33A (ENSBMUG00000013825)	ZNF280C (ENSBMUG00000013832) #25	SLC25A14 (ENSBMUG00000013871) #26	GPR119 (ENSBMUG00000013904) #27	RBMX2 (ENSBMUG00000013912) #28
Domestic yak	DUPLICATION
Domestic yak	MODERN SPECIES	69	ENSBGRG00000009062 #10	PRR32 (ENSBGRG00000009026) #12	ENSBGRG00000009019	ACTRT1 (ENSBGRG00000008995) #13	SMARCA1 (ENSBGRG00000008343) #15	OCRL (ENSBGRG00000007993) #16	ENSBGRG00000007962	APLN (ENSBGRG00000007898)	C11orf98 (ENSBGRG00000007882)	XPNPEP2 (ENSBGRG00000007748) #18	SASH3 (ENSBGRG00000007657) #19	ZDHHC9 (ENSBGRG00000007591) #20	ENSBGRG00000007551	ENSBGRG00000007171 #21	ENSBGRG00000025880 #22	ENSBGRG00000025876 #22	ELF4 (ENSBGRG00000025869) #23	AIFM1 (ENSBGRG00000025797) #24	RAB33A (ENSBGRG00000025789)	ZNF280C (ENSBGRG00000025768) #25	SLC25A14 (ENSBGRG00000025730) #26	GPR119 (ENSBGRG00000025718) #27	ENOX2 (ENSBGRG00000025682) #29	ARHGAP36 (ENSBGRG00000025592) #30	ENSBGRG00000025565	IGSF1 (ENSBGRG00000025460) #31	ENSBGRG00000025438	ENSBGRG00000025426	OR13H1 (ENSBGRG00000025411) #32	STK26 (ENSBGRG00000025345) #34	FRMD7 (ENSBGRG00000025306) #35
Domestic yak	MODERN SPECIES	69	ENSBGRG00000009146 #10	ENSBGRG00000009062 #10	PRR32 (ENSBGRG00000009026) #12	ENSBGRG00000009019	ACTRT1 (ENSBGRG00000008995) #13	SMARCA1 (ENSBGRG00000008343) #15	OCRL (ENSBGRG00000007993) #16	ENSBGRG00000007962	APLN (ENSBGRG00000007898)	C11orf98 (ENSBGRG00000007882)	XPNPEP2 (ENSBGRG00000007748) #18	SASH3 (ENSBGRG00000007657) #19	ZDHHC9 (ENSBGRG00000007591) #20	ENSBGRG00000007551	ENSBGRG00000007171 #21	ENSBGRG00000025880 #22	ENSBGRG00000025876 #22	ELF4 (ENSBGRG00000025869) #23	AIFM1 (ENSBGRG00000025797) #24	RAB33A (ENSBGRG00000025789)	ZNF280C (ENSBGRG00000025768) #25	SLC25A14 (ENSBGRG00000025730) #26	GPR119 (ENSBGRG00000025718) #27	ENOX2 (ENSBGRG00000025682) #29	ARHGAP36 (ENSBGRG00000025592) #30	ENSBGRG00000025565	IGSF1 (ENSBGRG00000025460) #31	ENSBGRG00000025438	ENSBGRG00000025426	OR13H1 (ENSBGRG00000025411) #32	STK26 (ENSBGRG00000025345) #34
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	274				DCAF12L1 (ENSMMSG00000007050) #11	ACTRT1 (ENSMMSG00000007059) #13	ENSMMSG00000007074	SMARCA1 (ENSMMSG00000007101) #15	OCRL (ENSMMSG00000007211) #16	ENSMMSG00000007397	APLN (ENSMMSG00000007429)	XPNPEP2 (ENSMMSG00000007456) #18	SASH3 (ENSMMSG00000007610) #19	ZDHHC9 (ENSMMSG00000007655) #20	ENSMMSG00000007693	ENSMMSG00000007729 #21	BCORL1 (ENSMMSG00000007957) #22	ELF4 (ENSMMSG00000008028) #23	AIFM1 (ENSMMSG00000008118) #24	RAB33A (ENSMMSG00000008485)	ZNF280C (ENSMMSG00000008530) #25	ENSMMSG00000008643 #26	GPR119 (ENSMMSG00000008720) #27	RBMX2 (ENSMMSG00000008730) #28	ENSMMSG00000008761	ENSMMSG00000008785	ENOX2 (ENSMMSG00000008805) #29	ARHGAP36 (ENSMMSG00000008940) #30	ENSMMSG00000009176	ENSMMSG00000009210	IGSF1 (ENSMMSG00000009279) #31	ENSMMSG00000010277
Yarkand deer	MODERN SPECIES	1323	DCAF12L2 (ENSCHYG00000024968) #10	DCAF12L1 (ENSCHYG00000024989) #11	PRR32 (ENSCHYG00000024997) #12	ENSCHYG00000025010	ENSCHYG00000025024	ACTRT1 (ENSCHYG00000025034) #13	ENSCHYG00000025048	SMARCA1 (ENSCHYG00000025080) #15	OCRL (ENSCHYG00000025407) #16	APLN (ENSCHYG00000025668)	XPNPEP2 (ENSCHYG00000025693) #18	SASH3 (ENSCHYG00000025793) #19	ZDHHC9 (ENSCHYG00000025817) #20	ENSCHYG00000025840	ENSCHYG00000025857 #21	BCORL1 (ENSCHYG00000025970) #22	ELF4 (ENSCHYG00000026023) #23	AIFM1 (ENSCHYG00000008742) #24	RAB33A (ENSCHYG00000009255)	ZNF280C (ENSCHYG00000009313) #25	RBMX2 (ENSCHYG00000009639) #28	GPR119 (ENSCHYG00000009922) #27	ENSCHYG00000009966	ENSCHYG00000010011	ENSCHYG00000010038	ENOX2 (ENSCHYG00000010109) #29	ENSCHYG00000010473	ARHGAP36 (ENSCHYG00000010501) #30	ENSCHYG00000010547	ENSCHYG00000010577	IGSF1 (ENSCHYG00000010645) #31
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000165384 #11	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000011174.a	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000174083	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000165384 #11	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000011174.a	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000174083	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.d.a
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000165384 #11	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000011174.a	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00930000151314	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT00940000164687	ENSGT01100000263574.b.j #32
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000165384 #11	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000011174.a	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00930000151314	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT00940000164687	ENSGT01100000263574.b.j #32
Tiger	MODERN SPECIES	222					DCAF12L2 (ENSPTIG00000002830) #10	ENSPTIG00000021437	PRR32 (ENSPTIG00000000138) #12	SMARCA1 (ENSPTIG00000000915) #15	OCRL (ENSPTIG00000007178) #16	APLN (ENSPTIG00000010122)	XPNPEP2 (ENSPTIG00000010709) #18	SASH3 (ENSPTIG00000011668) #19	ZDHHC9 (ENSPTIG00000011983) #20	ENSPTIG00000012629	ENSPTIG00000013011 #21	BCORL1 (ENSPTIG00000015033) #22	ELF4 (ENSPTIG00000015500) #23	ENSPTIG00000016655	AIFM1 (ENSPTIG00000016948) #24	RAB33A (ENSPTIG00000019544)	ZNF280C (ENSPTIG00000019810) #25	SLC25A14 (ENSPTIG00000020231) #26	GPR119 (ENSPTIG00000003840) #27	RBMX2 (ENSPTIG00000005563) #28	ENOX2 (ENSPTIG00000006087) #29	ARHGAP36 (ENSPTIG00000008958) #30	IGSF1 (ENSPTIG00000011010) #31	ENSPTIG00000004637	ENSPTIG00000004656	OR13H1 (ENSPTIG00000004670) #32	ENSPTIG00000014719
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000165384 #11	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000011174.a	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00930000151314	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT00940000164687	ENSGT01100000263574.b.j #32
leopard	MODERN SPECIES	108					ENSPPRG00000014205	ACTRT1 (ENSPPRG00000005213) #13	ENSPPRG00000007537	SMARCA1 (ENSPPRG00000008929) #15	OCRL (ENSPPRG00000009705) #16	APLN (ENSPPRG00000009854)	XPNPEP2 (ENSPPRG00000010926) #18	SASH3 (ENSPPRG00000011451) #19	ZDHHC9 (ENSPPRG00000011725) #20	ENSPPRG00000014387	ENSPPRG00000016925 #21	BCORL1 (ENSPPRG00000021398) #22	ENSPPRG00000022357	ELF4 (ENSPPRG00000024616) #23	AIFM1 (ENSPPRG00000024316) #24	RAB33A (ENSPPRG00000023944)	ZNF280C (ENSPPRG00000023674) #25	SLC25A14 (ENSPPRG00000022780) #26	GPR119 (ENSPPRG00000014770) #27	RBMX2 (ENSPPRG00000000601) #28	ENSPPRG00000000667	ENOX2 (ENSPPRG00000001568) #29	ARHGAP36 (ENSPPRG00000002678) #30	IGSF1 (ENSPPRG00000005531) #31	ENSPPRG00000015150	ENSPPRG00000015183	OR13H1 (ENSPPRG00000015199) #32
lion	MODERN SPECIES	88	SH2D1A (ENSPLOG00000017514) #8	TENM1 (ENSPLOG00000017022) #9	ENSPLOG00000016960 #7	DCAF12L2 (ENSPLOG00000016936) #10	DCAF12L1 (ENSPLOG00000016923) #11	ENSPLOG00000016885	PRR32 (ENSPLOG00000016749) #12	SMARCA1 (ENSPLOG00000016159) #15	OCRL (ENSPLOG00000016018) #16	APLN (ENSPLOG00000015978)	XPNPEP2 (ENSPLOG00000015757) #18	SASH3 (ENSPLOG00000015719) #19	ZDHHC9 (ENSPLOG00000015636) #20	CCDC169 (ENSPLOG00000015609)	ENSPLOG00000015520 #21	BCORL1 (ENSPLOG00000015437) #22	ENSPLOG00000015389	ELF4 (ENSPLOG00000015343) #23	AIFM1 (ENSPLOG00000014773) #24	RAB33A (ENSPLOG00000014678)	ZNF280C (ENSPLOG00000014527) #25	GPR119 (ENSPLOG00000014485) #27	SLC25A14 (ENSPLOG00000014356) #26	RBMX2 (ENSPLOG00000014248) #28	ENSPLOG00000014209	ENSPLOG00000014178	ENOX2 (ENSPLOG00000012214) #29	ARHGAP36 (ENSPLOG00000011936) #30	IGSF1 (ENSPLOG00000011199) #31	ENSPLOG00000011093	ENSPLOG00000011066
Cat	MODERN SPECIES	252	ENSFCAG00000001211	DCAF12L2 (ENSFCAG00000042396) #10	DCAF12L1 (ENSFCAG00000041282) #11	PRR32 (ENSFCAG00000009525) #12	ENSFCAG00000039628	ENSFCAG00000026303	ENSFCAG00000051042	SMARCA1 (ENSFCAG00000018496) #15	OCRL (ENSFCAG00000023462) #16	APLN (ENSFCAG00000045618)	XPNPEP2 (ENSFCAG00000008070) #18	SASH3 (ENSFCAG00000005733) #19	ZDHHC9 (ENSFCAG00000025956) #20	ENSFCAG00000023451	ENSFCAG00000001798 #21	BCORL1 (ENSFCAG00000031869) #22	ELF4 (ENSFCAG00000023460) #23	ENSFCAG00000032520	AIFM1 (ENSFCAG00000008451) #24	RAB33A (ENSFCAG00000032091)	ZNF280C (ENSFCAG00000018685) #25	ENSFCAG00000050925	SLC25A14 (ENSFCAG00000008453) #26	GPR119 (ENSFCAG00000024346) #27	ENSFCAG00000027972	ENSFCAG00000032765	ENOX2 (ENSFCAG00000000734) #29	ARHGAP36 (ENSFCAG00000004377) #30	IGSF1 (ENSFCAG00000002648) #31	ENSFCAG00000030387	ENSFCAG00000024569
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A.f.b #7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00950000182857.a.a.b.a.r.b.g.b.b.e.a	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000011174.a	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000174083	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.d.a
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A.f.b #7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00950000182857.a.a.b.a.r.b.g.b.b.e.a	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000011174.a	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000174083	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.d.a
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	106							ENSGT00940000157297.f #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000006028 #17	ENSGT00940000154586.l	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000011174.a	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128.b #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.d.a	ENSGT01100000263574.b.j #32
American mink	MODERN SPECIES	320							SMARCA1 (ENSNVIG00000002026) #15	OCRL (ENSNVIG00000001663) #16	B2R550 (ENSNVIG00000001596) #17	ENSNVIG00000001530	XPNPEP2 (ENSNVIG00000001414) #18	SASH3 (ENSNVIG00000001332) #19	ZDHC9 (ENSNVIG00000001243) #20	ENSNVIG00000001197	UT14A (ENSNVIG00000001048) #21	BCORL1 (ENSNVIG00000000939) #22	ELF4 (ENSNVIG00000000892) #23	AIFM1 (ENSNVIG00000000697) #24	RB33A (ENSNVIG00000000653)	ZNF280C (ENSNVIG00000000556) #25	UCP5 (ENSNVIG00000000334) #26	GPR119 (ENSNVIG00000000293) #27	RBMX2 (ENSNVIG00000000266) #28	ENSNVIG00000000248	ENOX2 (ENSNVIG00000019996) #29	ARHGAP36 (ENSNVIG00000019942) #30	IGSF1 (ENSNVIG00000019773) #31	ENSNVIG00000019752
Ferret	MODERN SPECIES	521						SMARCA1 (ENSMPUG00000017423) #15	OCRL (ENSMPUG00000017424) #16	ENSMPUG00000017425	XPNPEP2 (ENSMPUG00000017426) #18	SASH3 (ENSMPUG00000017427) #19	ZDHHC9 (ENSMPUG00000017428) #20	ENSMPUG00000017429	ENSMPUG00000018986	ENSMPUG00000017436 #21	ENSMPUG00000017438	BCORL1 (ENSMPUG00000017439) #22	ELF4 (ENSMPUG00000017440) #23	ENSMPUG00000017441	AIFM1 (ENSMPUG00000017442) #24	ENSMPUG00000017443	ZNF280C (ENSMPUG00000017444) #25
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000158743	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00950000182857.a.a.b.a.r.b.g.b.b.e.a	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000011174.a	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.d.a	ENSGT00940000164687
Giant Panda	MODERN SPECIES	2288	SH2D1A (ENSAMEG00000015726) #8	TENM1 (ENSAMEG00000015645) #9	ENSAMEG00000027007	ENSAMEG00000025832 #7	ENSAMEG00000010565	PRR32 (ENSAMEG00000000802) #12	ENSAMEG00000011434	ACTRT1 (ENSAMEG00000020291) #13	SMARCA1 (ENSAMEG00000015218) #15	OCRL (ENSAMEG00000015161) #16	ENSAMEG00000025056	XPNPEP2 (ENSAMEG00000015089) #18	SASH3 (ENSAMEG00000015073) #19	ZDHHC9 (ENSAMEG00000015054) #20	ENSAMEG00000019842	BCORL1 (ENSAMEG00000014982) #22	ENSAMEG00000014962 #23	RAB33A (ENSAMEG00000014916)	AIFM1 (ENSAMEG00000014920) #24	ZNF280C (ENSAMEG00000014885) #25	SLC25A14 (ENSAMEG00000030105) #26	GPR119 (ENSAMEG00000014879) #27	RBMX2 (ENSAMEG00000014865) #28	ENSAMEG00000024912	ENOX2 (ENSAMEG00000014817) #29	ARHGAP36 (ENSAMEG00000014800) #30	ENSAMEG00000014798	IGSF1 (ENSAMEG00000014770) #31	ENSAMEG00000014768	ENSAMEG00000019841	ENSAMEG00000019838
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	52																ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT00940000164687	ENSGT01100000263574.b.j.s #32	ENSGT01100000263574.b.i.b ##32
Polar bear	MODERN SPECIES	237																BCORL1 (ENSUMAG00000011790) #22	ELF4 (ENSUMAG00000011800) #23	AIFM1 (ENSUMAG00000011815) #24	RAB33A (ENSUMAG00000011821)	ZNF280C (ENSUMAG00000011824) #25	SLC25A14 (ENSUMAG00000011830) #26	GPR119 (ENSUMAG00000011834) #27	ENSUMAG00000011836	ENSUMAG00000011838	ENSUMAG00000011840	ENSUMAG00000011848	ENOX2 (ENSUMAG00000011851) #29	ARHGAP36 (ENSUMAG00000011863) #30	ENSUMAG00000011917 #31	ENSUMAG00000011926 #31	ENSUMAG00000011931
American black bear	MODERN SPECIES	5576																BCORL1 (ENSUAMG00000023200) #22
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A.f.b #7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00950000182857.a.a.b.a.r.b.g.b.b.e.a	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000165796	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00390000002732.n.pb.b	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263574.b.i.a ##32	ENSGT00940000157904.d #34
Red fox	MODERN SPECIES	146			DCAF12L2 (ENSVVUG00000008845) #10	PRR32 (ENSVVUG00000008849) #12	ENSVVUG00000008859	ACTRT1 (ENSVVUG00000008865) #13	ENSVVUG00000008872	SMARCA1 (ENSVVUG00000008878) #15	OCRL (ENSVVUG00000008897) #16	APLN (ENSVVUG00000008912)	XPNPEP2 (ENSVVUG00000008919) #18	SASH3 (ENSVVUG00000008926) #19	ZDHHC9 (ENSVVUG00000008927) #20	ENSVVUG00000008936	UTP14A (ENSVVUG00000008939) #21	BCORL1 (ENSVVUG00000008947) #22	ELF4 (ENSVVUG00000008977) #23	ENSVVUG00000008982	AIFM1 (ENSVVUG00000008984) #24	RAB33A (ENSVVUG00000008988)	ZNF280C (ENSVVUG00000008995) #25	SLC25A14 (ENSVVUG00000009023) #26	GPR119 (ENSVVUG00000009055) #27	RBMX2 (ENSVVUG00000009059) #28	ENSVVUG00000009068	ENOX2 (ENSVVUG00000009084) #29
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A.f.b #7	ENSGT00940000161322.n #10	ENSGT01030000234626.A.b.bb.a	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00950000182857.a.a.b.a.r.b.g.b.b.e.a	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000165796	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00390000002732.n.pb.b	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT00390000005922.b.d.b.a.i.b	ENSGT01100000263574.b.i.a ##32	ENSGT00940000157904.d #34
Dingo	MODERN SPECIES	347	ENSCAFG00020001845	PRR32 (ENSCAFG00020001830) #12	ENSCAFG00020001820	ENSCAFG00020001813	ACTRT1 (ENSCAFG00020001806) #13	ENSCAFG00020001796	ENSCAFG00020001783	SMARCA1 (ENSCAFG00020001751) #15	OCRL (ENSCAFG00020001626) #16	APLN (ENSCAFG00020001584)	XPNPEP2 (ENSCAFG00020001538) #18	SASH3 (ENSCAFG00020001524) #19	ZDHHC9 (ENSCAFG00020001516) #20	ENSCAFG00020001508	ENSCAFG00020001499 #21	ENSCAFG00020001479 #22	ELF4 (ENSCAFG00020001458) #23	ENSCAFG00020001440	AIFM1 (ENSCAFG00020001426) #24	RAB33A (ENSCAFG00020001403)	ZNF280C (ENSCAFG00020001255) #25	SLC25A14 (ENSCAFG00020001088) #26	GPR119 (ENSCAFG00020001070) #27	RBMX2 (ENSCAFG00020001063) #28	ENSCAFG00020001039	ENOX2 (ENSCAFG00020000943) #29	ARHGAP36 (ENSCAFG00020000912) #30	IGSF1 (ENSCAFG00020000850) #31	ENSCAFG00020000826	STK26 (ENSCAFG00020000768) #34	FRMD7 (ENSCAFG00020000739) #35
Dog	MODERN SPECIES	144	ENSCAFG00845030942 #7	ENSCAFG00845030947 #10	ENSCAFG00845030952 #10	ENSCAFG00845030957	PRR32 (ENSCAFG00845030958) #12	ENSCAFG00845030965	ENSCAFG00845030970	SMARCA1 (ENSCAFG00845030980) #15	OCRL (ENSCAFG00845030998) #16	APLN (ENSCAFG00845031008)	XPNPEP2 (ENSCAFG00845031010) #18	SASH3 (ENSCAFG00845031013) #19	ZDHHC9 (ENSCAFG00845031015) #20	ENSCAFG00845031016	ENSCAFG00845031018 #21	BCORL1 (ENSCAFG00845031020) #22	ELF4 (ENSCAFG00845031025) #23	ENSCAFG00845031027	AIFM1 (ENSCAFG00845031031) #24	RAB33A (ENSCAFG00845031035)	ZNF280C (ENSCAFG00845031036) #25	SLC25A14 (ENSCAFG00845031040) #26	GPR119 (ENSCAFG00845031046) #27	RBMX2 (ENSCAFG00845031049) #28	ENSCAFG00845031056	ENOX2 (ENSCAFG00845031064) #29	ARHGAP36 (ENSCAFG00845031067) #30	IGSF1 (ENSCAFG00845031072) #31	ENSCAFG00845031076	ENSCAFG00845031078 ##32	STK26 (ENSCAFG00845031083) #34
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000011174.a	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.d.b
Equus	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00940000161322.o #10	ENSGT00940000161322.p #10	ENSGT00940000153294.m.a	ENSGT00390000014818	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT01090000263378	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000011174.a	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00680000100018.a.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01090000260045.C.e.b	ENSGT00940000163100.a	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT01090000260024.A.a.b.b	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.b.d.b
Donkey	MODERN SPECIES	36	ENSEASG00005030910	IDS (ENSEASG00005019569)	ENSEASG00005019572	ENSEASG00005034078	ENSEASG00005013954	ENSEASG00005034581	ENSEASG00005008218 #15	OCRL (ENSEASG00005007721) #16	ENSEASG00005007714	APLN (ENSEASG00005007713)	XPNPEP2 (ENSEASG00005007700) #18	SASH3 (ENSEASG00005037772) #19	ZDHHC9 (ENSEASG00005007690) #20	ENSEASG00005007689	ENSEASG00005007686 #21	BCORL1 (ENSEASG00005007685) #22	ELF4 (ENSEASG00005007684) #23	AIFM1 (ENSEASG00005007683) #24	RAB33A (ENSEASG00005007682)	ZNF280C (ENSEASG00005023926) #25	SLC25A14 (ENSEASG00005004425) #26	GPR119 (ENSEASG00005004418) #27	RBMX2 (ENSEASG00005004412) #28	ENSEASG00005025683	ENOX2 (ENSEASG00005028419) #29	ENSEASG00005014377 #30	ENSEASG00005014378	ENSEASG00005036286	IGSF1 (ENSEASG00005014382) #31	OR13H1 (ENSEASG00005014386) #32	STK26 (ENSEASG00005000327) #34
Horse	MODERN SPECIES	480	DCAF12L2 (ENSECAG00000030430) #10	ENSECAG00000040014	ENSECAG00000036830	PRR32 (ENSECAG00000007753) #12	ENSECAG00000057856	ACTRT1 (ENSECAG00000004310) #13	SMARCA1 (ENSECAG00000012106) #15	OCRL (ENSECAG00000010957) #16	ENSECAG00000030455	APLN (ENSECAG00000036591)	XPNPEP2 (ENSECAG00000021600) #18	SASH3 (ENSECAG00000010263) #19	ZDHHC9 (ENSECAG00000013490) #20	ENSECAG00000058008	ENSECAG00000022718 #21	BCORL1 (ENSECAG00000025037) #22	ELF4 (ENSECAG00000025149) #23	AIFM1 (ENSECAG00000001360) #24	RAB33A (ENSECAG00000016448)	ZNF280C (ENSECAG00000017572) #25	SLC25A14 (ENSECAG00000023074) #26	RBMX2 (ENSECAG00000048320) #28	FSIP2L (ENSECAG00000004409)	ENOX2 (ENSECAG00000009312) #29	ARHGAP36 (ENSECAG00000015764) #30	OR11Q2 (ENSECAG00000004483)	OR5O2P (ENSECAG00000018571)	IGSF1 (ENSECAG00000018689) #31	OR11N2 (ENSECAG00000004635)	OR5BH5 (ENSECAG00000004885)	ENSECAG00000028263
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000155145	ENSGT00940000156123.b	ENSGT00710000106792	ENSGT00940000158743	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472.i #28	ENSGT00890000139472.j #28	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT00940000164687	ENSGT01100000263574.b.j #32	ENSGT00940000157904.d #34	ENSGT00940000158972 #35
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000155145	ENSGT00940000156123.b	ENSGT00710000106792	ENSGT00940000158743	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00390000012726 #12	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472.i #28	ENSGT00890000139472.j #28	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263478.b.a.a #31	ENSGT00940000164687	ENSGT01100000263574.b.j #32	ENSGT00940000157904.d #34	ENSGT00940000158972 #35
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES		ENSRFEG00010001403	ENSRFEG00010001390	ENSRFEG00010001374	DCAF12L2 (ENSRFEG00010001361) #10	ENSRFEG00010001342	ENSRFEG00010001318	ENSRFEG00010001309	SMARCA1 (ENSRFEG00010001218) #15	OCRL (ENSRFEG00010001085) #16	APLN (ENSRFEG00010001036)	ENSRFEG00010001023	XPNPEP2 (ENSRFEG00010001006) #18	SASH3 (ENSRFEG00010000984) #19	ZDHHC9 (ENSRFEG00010000958) #20	ENSRFEG00010000929 #21	BCORL1 (ENSRFEG00010000891) #22	ELF4 (ENSRFEG00010000849) #23	AIFM1 (ENSRFEG00010000755) #24	RAB33A (ENSRFEG00010000708)	ZNF280C (ENSRFEG00010000655) #25	SLC25A14 (ENSRFEG00010000587) #26	GPR119 (ENSRFEG00010000577) #27	RBMX2 (ENSRFEG00010000565) #28	ENSRFEG00010000558	ENOX2 (ENSRFEG00010000534) #29	ARHGAP36 (ENSRFEG00010000484) #30	IGSF1 (ENSRFEG00010000369) #31	STK26 (ENSRFEG00010000239) #34	FRMD7 (ENSRFEG00010000183) #35	RAP2C (ENSRFEG00010000172) #37	MBNL3 (ENSRFEG00010000151)
Microbat	MODERN SPECIES	939	ENSMLUG00000030179	ENSMLUG00000028867 #7	ENSMLUG00000025675	DCAF12L2 (ENSMLUG00000015935) #10	ENSMLUG00000029909	ENSMLUG00000025391	ENSMLUG00000016470 #12	SMARCA1 (ENSMLUG00000029614) #15	OCRL (ENSMLUG00000015997) #16	APLN (ENSMLUG00000023749)	XPNPEP2 (ENSMLUG00000001962) #18	SASH3 (ENSMLUG00000001974) #19	ZDHHC9 (ENSMLUG00000001980) #20	ENSMLUG00000001984 #21	ENSMLUG00000028941	BCORL1 (ENSMLUG00000008944) #22	ELF4 (ENSMLUG00000012862) #23	ENSMLUG00000008966 #24	RAB33A (ENSMLUG00000009002)	SLC25A14 (ENSMLUG00000009045) #26	GPR119 (ENSMLUG00000016344) #27	ENSMLUG00000017095 #28	ENOX2 (ENSMLUG00000010026) #29	ARHGAP36 (ENSMLUG00000014175) #30	ENSMLUG00000014179 #31	ENSMLUG00000029283	ENSMLUG00000030575	OR13H1 (ENSMLUG00000007518) #32	STK26 (ENSMLUG00000001472) #34	FRMD7 (ENSMLUG00000001477) #35	RAP2C (ENSMLUG00000001480) #37
Megabat	MODERN SPECIES	6489																BCORL1 (ENSPVAG00000004411) #22	ELF4 (ENSPVAG00000004415) #23	AIFM1 (ENSPVAG00000004418) #24	RAB33A (ENSPVAG00000004420)	ZNF280C (ENSPVAG00000004421) #25	SLC25A14 (ENSPVAG00000004423) #26	GPR119 (ENSPVAG00000004424) #27	RBMX2 (ENSPVAG00000004425) #28
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.a #22
Hedgehog	MODERN SPECIES	26																BCORL1 (ENSEEUG00000007581) #22
Common shrew	MODERN SPECIES	7159																BCORL1 (ENSSARG00000014079) #22
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	119	ENSGT00940000158743	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00500000045818	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472.k #28
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	458											ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25
Armadillo	MODERN SPECIES	2260											ENSDNOG00000040294	XPNPEP2 (ENSDNOG00000011646) #18	SASH3 (ENSDNOG00000041280) #19	ZDHHC9 (ENSDNOG00000011671) #20	ENSDNOG00000002180 #21	BCORL1 (ENSDNOG00000039387) #22	ELF4 (ENSDNOG00000042625) #23	AIFM1 (ENSDNOG00000018718) #24	RAB33A (ENSDNOG00000048455)	ZNF280C (ENSDNOG00000011446) #25	ENSDNOG00000035079
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	152	ENSGT00710000106792	ENSGT00940000158743	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472.k #28
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	154	ENSGT00710000106792	ENSGT00940000158743	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000161768.A #7	ENSGT00940000161322 #10	ENSGT00940000162451 #13	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.g #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000162128 #25	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472.k #28
Hyrax	MODERN SPECIES	7612																BCORL1 (ENSPCAG00000008768) #22	ELF4 (ENSPCAG00000008862) #23	AIFM1 (ENSPCAG00000008919) #24	RAB33A (ENSPCAG00000008986)
Elephant	MODERN SPECIES	320	STAG2 (ENSLAFG00000006860)	SH2D1A (ENSLAFG00000007985) #8	TENM1 (ENSLAFG00000007987) #9	ENSLAFG00000030159 #7	ENSLAFG00000032003 #10	ENSLAFG00000009629 #10	ENSLAFG00000029392 #13	ENSLAFG00000028410 #13	SMARCA1 (ENSLAFG00000000896) #15	OCRL (ENSLAFG00000000900) #16	APLN (ENSLAFG00000029857)	XPNPEP2 (ENSLAFG00000005326) #18	SASH3 (ENSLAFG00000005332) #19	ZDHHC9 (ENSLAFG00000005334) #20	ENSLAFG00000016653 #21	BCORL1 (ENSLAFG00000016911) #22	ENSLAFG00000027148	AIFM1 (ENSLAFG00000008831) #24	RAB33A (ENSLAFG00000008832)	ZNF280C (ENSLAFG00000010981) #25	SLC25A14 (ENSLAFG00000002284) #26	GPR119 (ENSLAFG00000002289) #27	RBMX2 (ENSLAFG00000017625) #28
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000153773.a.b	ENSGT00940000160311.e	ENSGT00940000156123.b	ENSGT00710000106792	ENSGT00940000158743	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996.c #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.c #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263572.a.a.a.a.a.a.a	ENSGT01100000263574.b.j.a #32	ENSGT01100000263574.b.i.b ##32	ENSGT01100000263574.b.i.a ##32	ENSGT00940000157904 #34	ENSGT00940000158972 #35	ENSGT00940000157245 #37	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b	ENSGT01050000244897.a.b.a
Opossum	MODERN SPECIES	627	ENSMODG00000010294	LAMP2 (ENSMODG00000010311)	ENSMODG00000010345	ENSMODG00000010354	ENSMODG00000013156	ENSMODG00000047037	ENSMODG00000029692	ENSMODG00000013187 #15	ENSMODG00000013199 #16	ENSMODG00000027814	ENSMODG00000013204	XPNPEP2 (ENSMODG00000013216) #18	SASH3 (ENSMODG00000013221) #19	ZDHHC9 (ENSMODG00000013228) #20	ENSMODG00000013238 #21	BCORL1 (ENSMODG00000013250) #22	ENSMODG00000044664 #23	AIFM1 (ENSMODG00000013265) #24	RAB33A (ENSMODG00000013269)	ENOX2 (ENSMODG00000015416) #29	ENSMODG00000042220	ENSMODG00000015393 #30	ENSMODG00000015358	OR13H1 (ENSMODG00000015336) #32	ENSMODG00000015331 ##32	ENSMODG00000040315 ##32	ENSMODG00000043686 ##32	STK26 (ENSMODG00000015323) #34	FRMD7 (ENSMODG00000015320) #35	RAP2C (ENSMODG00000015308) #37	MBNL3 (ENSMODG00000015304)
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000156123.b	ENSGT00710000106792.q	ENSGT00940000158743	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT01000000214434.B.b.d	ENSGT00940000160311.f	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996.c #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.c #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00890000139472.m.b #28	ENSGT00680000100018.b	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00510000047522.q	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263574.b.i.b ##32	ENSGT00940000157904 #34	ENSGT00940000158972 #35	ENSGT00940000157245 #37	ENSGT00950000182897.B.a.b.a
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	70	ENSGT00940000156123.b	ENSGT00710000106792.q	ENSGT00940000158743	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT01000000214434.B.b.d	ENSGT00940000160311.f	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996.c #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.c #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00980000198742	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00510000047522.q	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263574.b.i.b ##32	ENSGT00940000157904 #34	ENSGT00940000158972 #35	ENSGT00940000157245 #37	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	66	ENSGT00940000156123.b	ENSGT00710000106792.q	ENSGT00940000158743	ENSGT00950000182972.a.a.a.a.a	ENSGT00940000155920 #8	ENSGT01030000234566.e.b.b.b #9	ENSGT01000000214434.B.b.d	ENSGT00940000160311.f	ENSGT00940000157297 #15	ENSGT00940000157996.c #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142.c #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00980000198742	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00510000047522.q	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT01100000263574.b.i.b ##32	ENSGT00940000157904 #34	ENSGT00940000158972 #35	ENSGT00940000157245 #37	ENSGT00950000182897.B.a.b.a	ENSGT00950000183071.a.b
Common wonbat	MODERN SPECIES	227										ENSVURG00010001120 #16	APLN (ENSVURG00010001067)	XPNPEP2 (ENSVURG00010001052) #18	SASH3 (ENSVURG00010001029) #19	ZDHHC9 (ENSVURG00010001014) #20	ENSVURG00010000964 #21	BCORL1 (ENSVURG00010000943) #22	ENSVURG00010000933 #23	AIFM1 (ENSVURG00010000820) #24	RAB33A (ENSVURG00010000806)	SLC25A14 (ENSVURG00010000761) #26	GPR119 (ENSVURG00010000753) #27	ENSVURG00010000733	ENSVURG00010000723
koala	MODERN SPECIES	195								ENSPCIG00000031524 #15	ENSPCIG00000015460 #15	ENSPCIG00000015412 #16	APLN (ENSPCIG00000032644)	XPNPEP2 (ENSPCIG00000015378) #18	SASH3 (ENSPCIG00000015364) #19	ZDHHC9 (ENSPCIG00000015357) #20	ENSPCIG00000015344 #21	BCORL1 (ENSPCIG00000015333) #22	ENSPCIG00000015328 #23	AIFM1 (ENSPCIG00000015319) #24	RAB33A (ENSPCIG00000015312)	SLC25A14 (ENSPCIG00000015306) #26	GPR119 (ENSPCIG00000015302) #27	ENSPCIG00000031559	ENSPCIG00000015296	ENSPCIG00000015274	ENOX2 (ENSPCIG00000015259) #29	ENSPCIG00000015269	ENSPCIG00000015252 #30	ENSPCIG00000033458	ENSPCIG00000015247 ##32	STK26 (ENSPCIG00000014584) #34	FRMD7 (ENSPCIG00000014559) #35
Wallaby	MODERN SPECIES	479																BCORL1 (ENSMEUG00000007450) #22	ENSMEUG00000007483 #23
Tasmanian devil	MODERN SPECIES	21	STAG2 (ENSSHAG00000016662)	SH2D1A (ENSSHAG00000022316) #8	ENSSHAG00000017155 #9	ENSSHAG00000028961	ENSSHAG00000018884	ENSSHAG00000028121	ENSSHAG00000023403	ENSSHAG00000020714	ENSSHAG00000013518 #15	ENSSHAG00000014095 #16	APLN (ENSSHAG00000030970)	XPNPEP2 (ENSSHAG00000014675) #18	SASH3 (ENSSHAG00000014846) #19	ZDHHC9 (ENSSHAG00000014933) #20	ENSSHAG00000015162 #21	BCORL1 (ENSSHAG00000015554) #22	ENSSHAG00000015713 #23	AIFM1 (ENSSHAG00000015997) #24	RAB33A (ENSSHAG00000031815)	SLC25A14 (ENSSHAG00000016212) #26	GPR119 (ENSSHAG00000016303) #27	ENSSHAG00000016412 #28	ENSSHAG00000016437	ENSSHAG00000029664	ENSSHAG00000016713	ENSSHAG00000004098 #29	ENSSHAG00000007369	ENSSHAG00000009553 #30	ENSSHAG00000010564	ENSSHAG00000010927	ENSSHAG00000011109
Platypus	MODERN SPECIES	17	ENSOANG00000002951	CITED1 (ENSOANG00000002950)	ENSOANG00000002949	NHSL2 (ENSOANG00000045462)	ENSOANG00000014709	ERCC6L (ENSOANG00000014708)	TSC22D3 (ENSOANG00000037542)	ENSOANG00000049514	MID2 (ENSOANG00000014706)	OCRL (ENSOANG00000012031) #16	ENSOANG00000042145	XPNPEP2 (ENSOANG00000013312) #18	SASH3 (ENSOANG00000014543) #19	ZDHHC9 (ENSOANG00000007237) #20	ENSOANG00000013483 #21	BCORL1 (ENSOANG00000012035) #22	ENSOANG00000046823	ENSOANG00000003034	ENSOANG00000000356	ENSOANG00000043763 #32	ENSOANG00000046749	ENSOANG00000036091	SEPHS2 (ENSOANG00000050756)	IKBKG (ENSOANG00000000364)	G6PD (ENSOANG00000000365)	ENSOANG00000000366	ENSOANG00000011544	FAM3A (ENSOANG00000047703)	SLC10A3 (ENSOANG00000043297)	UBL4A (ENSOANG00000048880)	PLXNA3 (ENSOANG00000007979)
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000156837	ENSGT00510000047029	ENSGT00950000182963.b.b	ENSGT00940000159460	ENSGT00940000156656	ENSGT00940000165959	ENSGT00390000005569	ENSGT00530000063624.B	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00550000075136	ENSGT00940000160863	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00390000006788.a.a #29
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00390000012647	ENSGT00390000006885	ENSGT00390000000360	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000162502	ENSGT00940000161397	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00950000182963.b.b	ENSGT00940000159460	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00550000075136	ENSGT00940000160863	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00390000006788.a.a #29
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000012647	ENSGT00390000006885	ENSGT00390000000360	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000162502	ENSGT00940000161397	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00950000182963.b.b	ENSGT00940000159460	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00550000075136	ENSGT00940000160863	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00510000047029	ENSGT00390000008751.b	ENSGT00940000161656	ENSGT00940000158469	ENSGT00940000154661	ENSGT00940000164465	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000012647	ENSGT00390000006885	ENSGT00390000000360	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000162502	ENSGT00940000161397	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00950000182963.b.b	ENSGT00940000159460	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00550000075136	ENSGT00940000160863	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00510000047029	ENSGT00390000008751.b	ENSGT00940000161656	ENSGT00940000158469	ENSGT00940000154661	ENSGT00940000164465	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a
Elapidae	DUPLICATION
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000012647	ENSGT00390000006885	ENSGT00390000000360	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000162502	ENSGT00940000161397	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00950000182963.b.b	ENSGT00940000159460	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT01010000223272	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a.a #22	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00550000075136	ENSGT00940000160863	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00510000047029	ENSGT00390000008751.b	ENSGT00940000161656	ENSGT00940000158469.j	ENSGT00940000154661	ENSGT00940000164465	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a
Indian cobra	MODERN SPECIES	13	FUNDC2 (ENSNNAG00000012248)	CMC4 (ENSNNAG00000012270)	ENSNNAG00000012311	BRCC3 (ENSNNAG00000012319)	ENSNNAG00000012332	FAAH2 (ENSNNAG00000012349)	CLIC2 (ENSNNAG00000012471)	NHSL2 (ENSNNAG00000012513)	MID2 (ENSNNAG00000012670)	OCRL (ENSNNAG00000012732) #16	ENSNNAG00000013136	XPNPEP2 (ENSNNAG00000013168) #18	SASH3 (ENSNNAG00000013250) #19	ZDHHC9 (ENSNNAG00000013273) #20	ENSNNAG00000013312 #21	ENSNNAG00000013345 #22	AIFM1 (ENSNNAG00000013390) #24	MARS2 (ENSNNAG00000013910)	RAB33A (ENSNNAG00000013919)	RBMX2 (ENSNNAG00000013926) #28	SLC25A14 (ENSNNAG00000013939) #26	GPR119 (ENSNNAG00000013976) #27	ENOX2 (ENSNNAG00000013982) #29	PIN4 (ENSNNAG00000014017)	GLA (ENSNNAG00000014025)	ENSNNAG00000014039	BTK (ENSNNAG00000014057)	TIMM8A (ENSNNAG00000014124)	ENSNNAG00000014131	TAF7 (ENSNNAG00000014155)	ENSNNAG00000014186
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.a.a #22
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	3041															ENSLLTG00000011141 #22	ENSLLTG00000011126 #22
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.a.b #22
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.a.b #22
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	3041																ENSLLTG00000011141 #22	ENSLLTG00000011126 #22
Lizard	MODERN SPECIES	1063								ENSACAG00000028500	ENSACAG00000001445	OCRL (ENSACAG00000000936) #16	APLN (ENSACAG00000037506)	XPNPEP2 (ENSACAG00000009224) #18	SASH3 (ENSACAG00000009197) #19	ZDHHC9 (ENSACAG00000009139) #20	ENSACAG00000009064 #21	BCORL1 (ENSACAG00000009024) #22	AIFM1 (ENSACAG00000008867) #24	ENSACAG00000008856	RAB33A (ENSACAG00000045247)	RBMX2 (ENSACAG00000008819) #28	ENSACAG00000008749 #26	GPR119 (ENSACAG00000008748) #27	ENSACAG00000008657 #29	ENSACAG00000008537	ENSACAG00000008503	BTK (ENSACAG00000008298)	TIMM8A (ENSACAG00000008289)	ENSACAG00000037924	ENSACAG00000008203	ENSACAG00000008153	DRP2 (ENSACAG00000008061)
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00390000012647	ENSGT00390000006885	ENSGT00390000000360	ENSGT00530000063484.b.a	ENSGT00940000162502	ENSGT00940000161397	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00950000182963.b.b	ENSGT00940000159460	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT01010000223272	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00550000075136	ENSGT00940000160863	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00510000047029	ENSGT00390000008751.b	ENSGT00390000018085.b	ENSGT00940000158469	ENSGT00940000154661	ENSGT00940000164465	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a
Common wall lizard	MODERN SPECIES	419	ENSPMRG00000020541	ENSPMRG00000020547	ENSPMRG00000020551	FAAH2 (ENSPMRG00000020556)	CLIC2 (ENSPMRG00000020575)	ENSPMRG00000020591	NHSL2 (ENSPMRG00000020600)	ENSPMRG00000020624	MID2 (ENSPMRG00000020630)	OCRL (ENSPMRG00000020654) #16	ENSPMRG00000020742	XPNPEP2 (ENSPMRG00000020756) #18	SASH3 (ENSPMRG00000020767) #19	ZDHHC9 (ENSPMRG00000020771) #20	ENSPMRG00000020780 #21	BCORL1 (ENSPMRG00000020787) #22	AIFM1 (ENSPMRG00000020802) #24	MARS2 (ENSPMRG00000020829)	RAB33A (ENSPMRG00000018962)	SLC25A14 (ENSPMRG00000018978) #26	ENSPMRG00000019002 #27	ENSPMRG00000019010 #27	ENSPMRG00000019023 #29	ENSPMRG00000019033 #29	PIN4 (ENSPMRG00000019039)	GLA (ENSPMRG00000019042)	ENSPMRG00000019046	BTK (ENSPMRG00000019051)	TIMM8A (ENSPMRG00000019057)	ENSPMRG00000019058	ENSPMRG00000019065
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	61	FUNDC2 (ENSSMRG00000013161)	CMC4 (ENSSMRG00000013162)	ENSSMRG00000013163	BRCC3 (ENSSMRG00000013164)	FAAH2 (ENSSMRG00000013165)	CLIC2 (ENSSMRG00000013167)	ENSSMRG00000013168	NHSL2 (ENSSMRG00000013169)	MID2 (ENSSMRG00000013170)	OCRL (ENSSMRG00000013172) #16	ENSSMRG00000013173	XPNPEP2 (ENSSMRG00000013174) #18	SASH3 (ENSSMRG00000013175) #19	ZDHHC9 (ENSSMRG00000013176) #20	ENSSMRG00000013177 #21	BCORL1 (ENSSMRG00000013178) #22	AIFM1 (ENSSMRG00000013179) #24	MARS2 (ENSSMRG00000013180)	RAB33A (ENSSMRG00000013181)	RBMX2 (ENSSMRG00000013182) #28	SLC25A14 (ENSSMRG00000013183) #26	GPR119 (ENSSMRG00000013184) #27	ENOX2 (ENSSMRG00000013185) #29	PIN4 (ENSSMRG00000013186)	GLA (ENSSMRG00000013187)	RPL36A (ENSSMRG00000013191)	BTK (ENSSMRG00000013192)	TIMM8A (ENSSMRG00000013193)	ENSSMRG00000013194	TAF7 (ENSSMRG00000013195)	ENSSMRG00000013196
tuatara	MODERN SPECIES	1596																BCORL1 (ENSSPUG00000005508) #22	AIFM1 (ENSSPUG00000005531) #24	ENSSPUG00000005555 #24	MARS2 (ENSSPUG00000005569)	RAB33A (ENSSPUG00000005574)	ENSSPUG00000005578	SLC25A14 (ENSSPUG00000005586) #26	ENSSPUG00000005600	GLOD5 (ENSSPUG00000005659)	ENOX2 (ENSSPUG00000005666) #29	GPR119 (ENSSPUG00000005701) #27	ENSSPUG00000005710	ENSSPUG00000005716	NSDHL (ENSSPUG00000005730)	ENSSPUG00000005744	VAMP7 (ENSSPUG00000005776)
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00940000157843	ENSGT00530000063624.B	ENSGT00390000005569	ENSGT00940000165959	ENSGT00940000156656	ENSGT00940000159460	ENSGT00950000182963.b.b	ENSGT00510000047029	ENSGT00940000156837	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00550000075136	ENSGT00940000160863	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	78						ENSGT00940000159460	ENSGT00950000182963.b.b	ENSGT00510000047029	ENSGT00940000156837	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00550000075136	ENSGT00940000160863	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00530000063624.B	ENSGT00390000005569	ENSGT00680000100018.b	ENSGT00940000165959	ENSGT00940000156656	ENSGT00940000159460	ENSGT00950000182963.b.b	ENSGT00510000047029	ENSGT00940000156837	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00550000075136	ENSGT00940000160863	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT00940000157209.ib.b	ENSGT00390000003706.a.b.a	ENSGT00390000015700.b	ENSGT00940000153941.a.b	ENSGT00940000166719	ENSGT00940000163673
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	75							ENSGT00950000182963.b.b	ENSGT00510000047029	ENSGT00940000156837	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00550000075136	ENSGT00940000160863	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT00940000157209.ib.b	ENSGT00390000003706.a.b.a	ENSGT00390000015700.b	ENSGT00940000153941.a.b	ENSGT00940000166719	ENSGT00940000163673
painted turtle	DUPLICATION
painted turtle	MODERN SPECIES	966				NHSL2 (ENSCPBG00000011951)	PIN4 (ENSCPBG00000011960)	ERCC6L (ENSCPBG00000011965)	OCRL (ENSCPBG00000011986) #16	APLN (ENSCPBG00000011991)	ENSCPBG00000011992 #18	ENSCPBG00000011995 #18	ENSCPBG00000012001	SASH3 (ENSCPBG00000012005) #19	ENSCPBG00000012007	ZDHHC9 (ENSCPBG00000012010) #20	ENSCPBG00000012018 #21	ENSCPBG00000012021 #22	ENSCPBG00000012027 #22	ELF4 (ENSCPBG00000012030) #23	AIFM1 (ENSCPBG00000012035) #24	MARS2 (ENSCPBG00000012041)	RAB33A (ENSCPBG00000012042)	RBMX2 (ENSCPBG00000012045) #28	SLC25A14 (ENSCPBG00000012048) #26	GPR119 (ENSCPBG00000012050) #27
painted turtle	MODERN SPECIES	966			NHSL2 (ENSCPBG00000011951)	PIN4 (ENSCPBG00000011960)	ERCC6L (ENSCPBG00000011965)	OCRL (ENSCPBG00000011986) #16	APLN (ENSCPBG00000011991)	ENSCPBG00000011992 #18	ENSCPBG00000011995 #18	ENSCPBG00000012001	SASH3 (ENSCPBG00000012005) #19	ENSCPBG00000012007	ZDHHC9 (ENSCPBG00000012010) #20	ENSCPBG00000012018 #21	ENSCPBG00000012021 #22	ENSCPBG00000012027 #22	ELF4 (ENSCPBG00000012030) #23	AIFM1 (ENSCPBG00000012035) #24	MARS2 (ENSCPBG00000012041)	RAB33A (ENSCPBG00000012042)	RBMX2 (ENSCPBG00000012045) #28	SLC25A14 (ENSCPBG00000012048) #26	GPR119 (ENSCPBG00000012050) #27
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	64							NHSL2 (ENSTMTG00000008464)	PIN4 (ENSTMTG00000008449)	ERCC6L (ENSTMTG00000008438)	OCRL (ENSTMTG00000008336) #16	APLN (ENSTMTG00000008322)	XPNPEP2 (ENSTMTG00000008261) #18	SASH3 (ENSTMTG00000008238) #19	ZDHHC9 (ENSTMTG00000008212) #20	ENSTMTG00000008185 #21	BCORL1 (ENSTMTG00000008116) #22	ELF4 (ENSTMTG00000008072) #23	AIFM1 (ENSTMTG00000008049) #24	MARS2 (ENSTMTG00000008038)	RAB33A (ENSTMTG00000008023)	RBMX2 (ENSTMTG00000007999) #28	SLC25A14 (ENSTMTG00000007975) #26	GPR119 (ENSTMTG00000007968) #27	ENOX2 (ENSTMTG00000007942) #29	ENSTMTG00000007893 #30	ENSTMTG00000007828	ENSTMTG00000007813	ENSTMTG00000007716	GLOD5 (ENSTMTG00000007581)	ENSTMTG00000003783	ENSTMTG00000003490
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00530000063624.B	ENSGT00390000005569	ENSGT00680000100018.b	ENSGT00940000165959	ENSGT00940000156656	ENSGT00940000159460	ENSGT00950000182963.b.b	ENSGT00510000047029.lb	ENSGT00940000156837	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000161870 #23	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00550000075136	ENSGT00940000160863	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT00940000157209.ib.b	ENSGT00390000003706.a.b.a	ENSGT00390000015700.b	ENSGT00940000153941.a.b	ENSGT00940000166719	ENSGT00940000163673
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	23	ENSGEVG00005011050	TSC22D3 (ENSGEVG00005011470)	MID2 (ENSGEVG00005011510)	ENSGEVG00005011656	ENSGEVG00005011663	ENSGEVG00005011711	NHSL2 (ENSGEVG00005011745)	PIN4 (ENSGEVG00005011770)	ERCC6L (ENSGEVG00005011791)	OCRL (ENSGEVG00005011844) #16	APLN (ENSGEVG00005011967)	XPNPEP2 (ENSGEVG00005012005) #18	SASH3 (ENSGEVG00005012169) #19	ZDHHC9 (ENSGEVG00005012209) #20	ENSGEVG00005012258 #21	BCORL1 (ENSGEVG00005012296) #22	ELF4 (ENSGEVG00005012384) #23	AIFM1 (ENSGEVG00005012404) #24	MARS2 (ENSGEVG00005012440)	RAB33A (ENSGEVG00005012508)	RBMX2 (ENSGEVG00005012527) #28	SLC25A14 (ENSGEVG00005012552) #26	GPR119 (ENSGEVG00005012577) #27	ENOX2 (ENSGEVG00005012606) #29	ENSGEVG00005012693 #30	ENSGEVG00005012946	ENSGEVG00005013058	ENSGEVG00005013117	GLOD5 (ENSGEVG00005009227)	ENSGEVG00005009431	ENSGEVG00005010694
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	84													SASH3 (ENSCABG00000022498) #19	ZDHHC9 (ENSCABG00000022499) #20	ENSCABG00000022500 #21	BCORL1 (ENSCABG00000022501) #22	ELF4 (ENSCABG00000022502) #23	AIFM1 (ENSCABG00000022503) #24	ENSCABG00000022504	MARS2 (ENSCABG00000022506)	RAB33A (ENSCABG00000022509)	RBMX2 (ENSCABG00000022510) #28	SLC25A14 (ENSCABG00000022512) #26	GPR119 (ENSCABG00000022513) #27	ENOX2 (ENSCABG00000022514) #29	ENSCABG00000022515 #30	ENSCABG00000022518	ENSCABG00000022519
Chinese turtle	MODERN SPECIES	687																BCORL1 (ENSPSIG00000005811) #22	ENSPSIG00000006061	AIFM1 (ENSPSIG00000006104) #24	MARS2 (ENSPSIG00000009657)	RBMX2 (ENSPSIG00000009737) #28	SLC25A14 (ENSPSIG00000009864) #26	GPR119 (ENSPSIG00000000356) #27	ENOX2 (ENSPSIG00000010672) #29	ENSPSIG00000012068	ENSPSIG00000012122	ENSPSIG00000012365	ENSPSIG00000012621	ENSPSIG00000012814	CLCN5 (ENSPSIG00000012870)	ENSPSIG00000013404	ENSPSIG00000013416
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	69					ENSGT00940000156656	ENSGT00940000159460	ENSGT00950000182963.b.b	ENSGT00510000047029	ENSGT00940000156837	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00550000075136	ENSGT00940000160863	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	36	ENSCPRG00005009515	PLP1 (ENSCPRG00005009503)	RAB9B (ENSCPRG00005009500)	ENSCPRG00005009498	SLC25A53 (ENSCPRG00005009497)	ENSCPRG00005009495	ENSCPRG00005009492	PIN4 (ENSCPRG00005009487)	ERCC6L (ENSCPRG00005009483)	OCRL (ENSCPRG00005009428) #16	APLN (ENSCPRG00005009422)	XPNPEP2 (ENSCPRG00005009416) #18	SASH3 (ENSCPRG00005009413) #19	ZDHHC9 (ENSCPRG00005009398) #20	ENSCPRG00005009391 #21	BCORL1 (ENSCPRG00005009384) #22	CHMP1B (ENSCPRG00005009380)	TBX22 (ENSCPRG00005009370)	ITM2A (ENSCPRG00005009366)	ENSCPRG00005009361	ENSCPRG00005009356	ENSCPRG00005009351	LPAR4 (ENSCPRG00005009346)	ENSCPRG00005009341	CYSLTR1 (ENSCPRG00005009335)	ENSCPRG00005009310	ENSCPRG00005009301	TAF9 (ENSCPRG00005009296)	KIF4A (ENSCPRG00005009202)	PDZD11 (ENSCPRG00005009175)	ENSCPRG00005009164
Aves	ANCESTRAL SPECIES	53	ENSGT00940000160459	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00940000162502	ENSGT00940000156656	ENSGT00940000159460	ENSGT00950000182963.b.b	ENSGT00510000047029	ENSGT00940000156837	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00550000075136	ENSGT00940000160863	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT00940000153763.a	ENSGT01070000253816.a.a.a
African ostrich	MODERN SPECIES	542				TSC22D3 (ENSSCUG00000006247)	ENSSCUG00000006243	MID2 (ENSSCUG00000006239)	NHSL2 (ENSSCUG00000006236)	PIN4 (ENSSCUG00000006234)	ERCC6L (ENSSCUG00000006226)	APLN (ENSSCUG00000006187)	XPNPEP2 (ENSSCUG00000006173) #18	SASH3 (ENSSCUG00000006156) #19	ZDHHC9 (ENSSCUG00000006148) #20	ENSSCUG00000006143 #21	ENSSCUG00000006138	BCORL1 (ENSSCUG00000006134) #22	AIFM1 (ENSSCUG00000006129) #24	MARS2 (ENSSCUG00000006127)	RAB33A (ENSSCUG00000006125)	RBMX2 (ENSSCUG00000006123) #28	SLC25A14 (ENSSCUG00000006120) #26	GPR119 (ENSSCUG00000006117) #27	ENOX2 (ENSSCUG00000006112) #29	ENSSCUG00000006106 #30	CLCN5 (ENSSCUG00000006103)	ENSSCUG00000006100
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00940000162502	ENSGT00940000156656	ENSGT00940000159460	ENSGT00950000182963.b.b	ENSGT00510000047029	ENSGT00940000156837	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196.a.a #18	ENSGT00940000157196.b #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00550000075136	ENSGT00940000160863	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT00940000153763.a	ENSGT01070000253816.a.a.a
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160459	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00940000162502	ENSGT00940000156656	ENSGT00940000159460	ENSGT00950000182963.b.b	ENSGT00510000047029	ENSGT00940000156837	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196.b #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00550000075136	ENSGT00940000160863	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT00940000153763.a	ENSGT01040000244068	ENSGT00940000173950	ENSGT00530000063582.a	ENSGT00950000183055.a.b	ENSGT00940000165106	ENSGT01100000263512.a.a.a.a
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000160459	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00940000162502	ENSGT00940000156656	ENSGT00940000159460	ENSGT00950000182963.b.b	ENSGT00510000047029	ENSGT00940000156837	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT01010000223486	ENSGT00940000157196.b #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00550000075136	ENSGT00940000160863	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT00940000153763.a	ENSGT01040000244068	ENSGT00940000173950	ENSGT00530000063582.a	ENSGT00950000183055.a.b	ENSGT00940000165106	ENSGT01100000263512.a.a.a.a
Great tit	MODERN SPECIES	24	ENSPMJG00000012307	ENSPMJG00000012308	CLIC2 (ENSPMJG00000012309)	FAAH2 (ENSPMJG00000012311)	TSC22D3 (ENSPMJG00000012313)	ENSPMJG00000012315	NHSL2 (ENSPMJG00000012317)	ERCC6L (ENSPMJG00000012318)	ENSPMJG00000012319	OCRL (ENSPMJG00000012320) #16	ENSPMJG00000012321	XPNPEP2 (ENSPMJG00000012322) #18	SASH3 (ENSPMJG00000012323) #19	ZDHHC9 (ENSPMJG00000012324) #20	ENSPMJG00000012325 #21	BCORL1 (ENSPMJG00000012326) #22	AIFM1 (ENSPMJG00000012328) #24	ENSPMJG00000012395	MARS2 (ENSPMJG00000012396)	RAB33A (ENSPMJG00000012397)	ENSPMJG00000012398	ENSPMJG00000012399 #26	GPR119 (ENSPMJG00000012401) #27	ENOX2 (ENSPMJG00000012402) #29	ENSPMJG00000012404 #30	CLCN5 (ENSPMJG00000012408)	ENSPMJG00000012410	ENSPMJG00000012413	TMLHE (ENSPMJG00000012415)	SPRY3 (ENSPMJG00000012417)
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00940000160459	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00940000162502	ENSGT00940000156656	ENSGT00940000159460	ENSGT00950000182963.b.b	ENSGT00510000047029	ENSGT00940000156837	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT01010000223486	ENSGT00940000157196.b #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00550000075136	ENSGT00940000160863	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT00940000153763.a	ENSGT01040000244068	ENSGT00530000063582.a	ENSGT00950000183055.a.b	ENSGT00940000165106	ENSGT01100000263512.a.a.a.a	ENSGT00550000075160
Flycatcher	MODERN SPECIES	23	ENSFALG00000011907	ENSFALG00000011899	CLIC2 (ENSFALG00000028179)	ENSFALG00000027784	ENSFALG00000024783	ENSFALG00000026828	ENSFALG00000011839	NHSL2 (ENSFALG00000028263)	ENSFALG00000026660	ERCC6L (ENSFALG00000011797)	OCRL (ENSFALG00000011786) #16	XPNPEP2 (ENSFALG00000011752) #18	SASH3 (ENSFALG00000011731) #19	ENSFALG00000011706 #20	ENSFALG00000011665 #21	ENSFALG00000023377 #22	AIFM1 (ENSFALG00000011607) #24	ENSFALG00000011592	RAB33A (ENSFALG00000011581)	ENSFALG00000011551 #28	ENSFALG00000011540 #27	ENSFALG00000011529 #29	ENSFALG00000023854	ENSFALG00000025048	ENSFALG00000011510	ENSFALG00000011502	ENSFALG00000027251	ENSFALG00000025631	ENSFALG00000011498	TMLHE (ENSFALG00000011491)	ENSFALG00000023744
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000160459	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00940000162502	ENSGT00940000156656	ENSGT00940000159460	ENSGT00950000182963.b.b	ENSGT00510000047029	ENSGT00940000156837	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT01010000223486	ENSGT00940000157196.b #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00550000075136	ENSGT00940000160863	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT00940000153763.a	ENSGT01040000244068	ENSGT00530000063582.a	ENSGT00950000183055.a.b	ENSGT00940000165106	ENSGT01100000263512.a.a.a.a	ENSGT00550000075160
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000160459	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00940000162502	ENSGT00940000156656	ENSGT00940000159460	ENSGT00950000182963.b.b	ENSGT00510000047029	ENSGT00940000156837	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT01010000223486	ENSGT00940000157196.b #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00550000075136	ENSGT00940000160863	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT00940000153763.a	ENSGT01070000253816.a.a.a	ENSGT00530000063582.a	ENSGT00950000183055.a.b	ENSGT00940000165106	ENSGT01100000263512.a.a.a.a	ENSGT00550000075160
Zebra finch	MODERN SPECIES	26	ENSTGUG00000004916	ENSTGUG00000004918	CLIC2 (ENSTGUG00000004925)	FAAH2 (ENSTGUG00000004933)	TSC22D3 (ENSTGUG00000019242)	MID2 (ENSTGUG00000004946)	NHSL2 (ENSTGUG00000020851)	PIN4 (ENSTGUG00000004983)	ERCC6L (ENSTGUG00000004992)	OCRL (ENSTGUG00000004995) #16	ENSTGUG00000021007	XPNPEP2 (ENSTGUG00000005061) #18	SASH3 (ENSTGUG00000005127) #19	ZDHHC9 (ENSTGUG00000025832) #20	ENSTGUG00000005130 #21	BCORL1 (ENSTGUG00000020838) #22	AIFM1 (ENSTGUG00000005167) #24	MARS2 (ENSTGUG00000005225)	RAB33A (ENSTGUG00000005228)	ENSTGUG00000005239	SLC25A14 (ENSTGUG00000005241) #26	GPR119 (ENSTGUG00000018290) #27	ENOX2 (ENSTGUG00000005267) #29	ENSTGUG00000005313 #30	ENSTGUG00000004980	ENSTGUG00000020814	ENSTGUG00000021485	ENSTGUG00000005395	ENSTGUG00000028678	ENSTGUG00000018792	ENSTGUG00000023728
Common canary	MODERN SPECIES	13	ENSSCAG00000015900	ENSSCAG00000015904	CLIC2 (ENSSCAG00000015914)	FAAH2 (ENSSCAG00000015920)	TSC22D3 (ENSSCAG00000015927)	MID2 (ENSSCAG00000015931)	NHSL2 (ENSSCAG00000015933)	ENSSCAG00000015934	ERCC6L (ENSSCAG00000015935)	OCRL (ENSSCAG00000015941) #16	ENSSCAG00000015946	XPNPEP2 (ENSSCAG00000015949) #18	SASH3 (ENSSCAG00000015953) #19	ZDHHC9 (ENSSCAG00000015961) #20	ENSSCAG00000015973 #21	BCORL1 (ENSSCAG00000015979) #22	AIFM1 (ENSSCAG00000015982) #24	MARS2 (ENSSCAG00000015984)	RAB33A (ENSSCAG00000015985)	RBMX2 (ENSSCAG00000015986) #28	SLC25A14 (ENSSCAG00000015989) #26	GPR119 (ENSSCAG00000015993) #27	ENOX2 (ENSSCAG00000015997) #29	ENSSCAG00000016003 #30	ENSSCAG00000016007	CLCN5 (ENSSCAG00000016022)	ENSSCAG00000016035	ENSSCAG00000016042	TMLHE (ENSSCAG00000016044)	SPRY3 (ENSSCAG00000016048)	ENSSCAG00000016053
Medium ground finch	MODERN SPECIES	207	BMP15 (ENSGFOG00000010506)	ENSGFOG00000010505	ENSGFOG00000009859	ENSGFOG00000009797	CLIC2 (ENSGFOG00000009791)	FAAH2 (ENSGFOG00000009781)	TSC22D3 (ENSGFOG00000009772)	NHSL2 (ENSGFOG00000009734)	PIN4 (ENSGFOG00000009727)	ERCC6L (ENSGFOG00000009722)	OCRL (ENSGFOG00000009692) #16	XPNPEP2 (ENSGFOG00000009669) #18	SASH3 (ENSGFOG00000009662) #19	ZDHHC9 (ENSGFOG00000009657) #20	ENSGFOG00000009242 #21	BCORL1 (ENSGFOG00000009217) #22	AIFM1 (ENSGFOG00000007687) #24	RAB33A (ENSGFOG00000007600)	RBMX2 (ENSGFOG00000007595) #28	SLC25A14 (ENSGFOG00000007592) #26	GPR119 (ENSGFOG00000009498) #27	ENOX2 (ENSGFOG00000009485) #29	ENSGFOG00000009473 #30	CLCN5 (ENSGFOG00000009459)	ENSGFOG00000009449	TMLHE (ENSGFOG00000009436)	ENSGFOG00000009427	POLR1D (ENSGFOG00000009425)	VAMP7 (ENSGFOG00000009418)	ENSGFOG00000009410	NSDHL (ENSGFOG00000009399)
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000160459	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00940000162502	ENSGT00940000156656	ENSGT00940000159460	ENSGT00950000182963.b.b	ENSGT00510000047029	ENSGT00940000156837	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196.b #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00550000075136	ENSGT00940000160863	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT01060000248564.b.b #27	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT00940000153763.a	ENSGT01070000253816.a.a.a	ENSGT00940000173950	ENSGT00530000063582.a	ENSGT00950000183055.a.b	ENSGT00940000165106	ENSGT01100000263512.a.a.a.a
Kakapo	MODERN SPECIES	1	ENSSHBG00005015319	CLIC2 (ENSSHBG00005015331)	ENSSHBG00005015340	FAAH2 (ENSSHBG00005015351)	TSC22D3 (ENSSHBG00005015369)	MID2 (ENSSHBG00005015376)	NHSL2 (ENSSHBG00005015388)	PIN4 (ENSSHBG00005015400)	ERCC6L (ENSSHBG00005015409)	OCRL (ENSSHBG00005015422) #16	ENSSHBG00005015624 #18	ENSSHBG00005015636 #18	SASH3 (ENSSHBG00005015650) #19	ZDHHC9 (ENSSHBG00005015661) #20	ENSSHBG00005015682 #21	BCORL1 (ENSSHBG00005015708) #22	AIFM1 (ENSSHBG00005015724) #24	MARS2 (ENSSHBG00005015746)	RAB33A (ENSSHBG00005015752)	RBMX2 (ENSSHBG00005015755) #28	SLC25A14 (ENSSHBG00005015761) #26	ENOX2 (ENSSHBG00005015764) #29	ENSSHBG00005015772 #30	ENSSHBG00005015782	CLCN5 (ENSSHBG00005015794)	ENSSHBG00005015799	TMLHE (ENSSHBG00005000612)	SPRY3 (ENSSHBG00005000614)	ENSSHBG00005000616	ENSSHBG00005000617	ENSSHBG00005000618
Golden eagle	MODERN SPECIES	13	ENSACCG00020008081	ENSACCG00020008070	CLIC2 (ENSACCG00020008060)	FAAH2 (ENSACCG00020008047)	TSC22D3 (ENSACCG00020008038)	MID2 (ENSACCG00020008030)	NHSL2 (ENSACCG00020008013)	PIN4 (ENSACCG00020007996)	ERCC6L (ENSACCG00020007987)	OCRL (ENSACCG00020007957) #16	APLN (ENSACCG00020007932)	XPNPEP2 (ENSACCG00020007917) #18	SASH3 (ENSACCG00020007901) #19	ZDHHC9 (ENSACCG00020007884) #20	ENSACCG00020007865 #21	BCORL1 (ENSACCG00020007851) #22	AIFM1 (ENSACCG00020007828) #24	MARS2 (ENSACCG00020007793)	RBMX2 (ENSACCG00020007743) #28	SLC25A14 (ENSACCG00020007727) #26	GPR119 (ENSACCG00020007718) #27	ENOX2 (ENSACCG00020007695) #29	ENSACCG00020007661 #30	ENSACCG00020007639	CLCN5 (ENSACCG00020007611)	ENSACCG00020007589	ENSACCG00020007570	ENSACCG00020007555	TMLHE (ENSACCG00020007536)	SPRY3 (ENSACCG00020007532)	ENSACCG00020007522
Galloanserae	DUPLICATION
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00940000160459	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00940000162502	ENSGT00940000156656	ENSGT00940000159460	ENSGT00950000182963.b.b	ENSGT00510000047029	ENSGT00940000156837	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196.a.a #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a.e #22	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00550000075136	ENSGT00940000160863	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT00940000153763.a	ENSGT01070000253816.a.a.a
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000160459	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00940000162502	ENSGT00940000156656	ENSGT00940000159460	ENSGT00950000182963.b.b	ENSGT00510000047029	ENSGT00940000156837	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196.a.a #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a.e #22	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00550000075136	ENSGT00940000160863	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00950000182832.D.b	ENSGT00940000161206	ENSGT00950000183115.b.b	ENSGT01100000263536.A.a.b	ENSGT01100000263536.A.a.a.c	ENSGT01100000263536.A.a.a.d	ENSGT01040000240444.A.a.a.a.b	ENSGT01050000245003	ENSGT01100000263536.B.c.b
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000160459	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00940000162502	ENSGT00940000156656	ENSGT00940000159460	ENSGT00950000182963.b.b	ENSGT00510000047029	ENSGT00940000156837	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196.a.a #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a.e #22	ENSGT00940000156455 #24	ENSGT00550000075136	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00950000182832.D.b	ENSGT00940000161206	ENSGT00950000183115.b.b	ENSGT01100000263536.A.a.b	ENSGT01100000263536.A.a.a.c	ENSGT01100000263536.A.a.a.d	ENSGT01040000240444.A.a.a.a.b	ENSGT01050000245003	ENSGT01100000263536.B.c.b	ENSGT00940000163592
Chicken	MODERN SPECIES	33	CLIC2 (ENSGALG00010015145)	ENSGALG00010015110	ENSGALG00010015108	TSC22D4 (ENSGALG00010014603)	ENSGALG00010014578	MID2 (ENSGALG00010015498)	NHSL2 (ENSGALG00010015171)	PIN4 (ENSGALG00010015158)	ERCC6L (ENSGALG00010015153)	OCRL (ENSGALG00010015128) #16	APLN (ENSGALG00010014943)	XPNPEP2 (ENSGALG00010014882) #18	SASH3 (ENSGALG00010014813) #19	ZDHHC9 (ENSGALG00010014797) #20	ENSGALG00010014783 #21	BCORL1 (ENSGALG00010016615) #22	AIFM1 (ENSGALG00010016598) #24	MARS2 (ENSGALG00010016580)	RAB33A (ENSGALG00010016572) #28	SLC25A14 (ENSGALG00010016553) #26	ENOX2 (ENSGALG00010016542) #29	CHMP1B (ENSGALG00010016520)	TBX22 (ENSGALG00010014222)	ITM2A (ENSGALG00010018035)	GPR174 (ENSGALG00010017999)	ENSGALG00010017979	ENSGALG00010017992	LPAR4 (ENSGALG00010017963)	ENSGALG00010017903	CYSLTR1 (ENSGALG00010017860)	ENSGALG00010017803
Turkey	MODERN SPECIES	29	CYSLTR1 (ENSMGAG00000015791)	ITM2A (ENSMGAG00000001684)	ENSMGAG00000015800	ENSMGAG00000017838	ENSMGAG00000015798	ENSMGAG00000015795	ENSMGAG00000001711	ENSMGAG00000001700	ENSMGAG00000001738 #29	ENSMGAG00000001780 #26	ENSMGAG00000015802 #27	ENSMGAG00000001801	ENSMGAG00000001808	ENSMGAG00000001828	ENSMGAG00000001848 #24	ENSMGAG00000001881 #22	ENSMGAG00000001916 #21	ENSMGAG00000001979 #19	ENSMGAG00000001953 #20	ENSMGAG00000002018 #16	ENSMGAG00000022990	ENSMGAG00000020232	ENSMGAG00000002094	ENSMGAG00000002096	ENSMGAG00000020199	ENSMGAG00000018542	ENSMGAG00000017429	ENSMGAG00000016264	ENSMGAG00000016690	ENSMGAG00000002159	ENSMGAG00000002151
Japanese quail	MODERN SPECIES	22	ENSCJPG00005005742	ENSCJPG00005005596	CLIC2 (ENSCJPG00005005592)	FAAH2 (ENSCJPG00005005575)	ENSCJPG00005005574	TSC22D3 (ENSCJPG00005005573)	MID2 (ENSCJPG00005005485)	NHSL2 (ENSCJPG00005005468)	PIN4 (ENSCJPG00005005465)	ERCC6L (ENSCJPG00005005464)	OCRL (ENSCJPG00005004923) #16	APLN (ENSCJPG00005004921)	SASH3 (ENSCJPG00005004900) #19	ZDHHC9 (ENSCJPG00005004867) #20	ENSCJPG00005004602 #21	ENSCJPG00005004578 #22	AIFM1 (ENSCJPG00005003855) #24	MARS2 (ENSCJPG00005003851)	RBMX2 (ENSCJPG00005003850) #28	RAB33A (ENSCJPG00005003849)	SLC25A14 (ENSCJPG00005003744) #26	GPR119 (ENSCJPG00005003743) #27	ENOX2 (ENSCJPG00005003594) #29	CHMP1B (ENSCJPG00005003590)	TBX22 (ENSCJPG00005003586)	ITM2A (ENSCJPG00005003583)	ENSCJPG00005003581	ENSCJPG00005003580	ENSCJPG00005003579	LPAR4 (ENSCJPG00005003578)	ENSCJPG00005003577
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	78	ENSGT00940000161397	ENSGT00940000162502	ENSGT00940000156656	ENSGT00940000159460	ENSGT00950000182963.b.b	ENSGT00510000047029	ENSGT00940000156837	ENSGT00940000157996.a #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196.a.a #18	ENSGT00940000157996.b #16	ENSGT00940000157196.a.b #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a.e #22	ENSGT01070000253816.a.a.a	ENSGT00940000153763.a	ENSGT00940000153904.b #30	ENSGT00390000006788.a.a #29	ENSGT00940000159471 #26	ENSGT00890000139472 #28	ENSGT00940000160863	ENSGT00940000156455 #24
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	307	ENSABRG00000002635	ENSABRG00000002623	CLIC2 (ENSABRG00000002601)	FAAH2 (ENSABRG00000002563)	ENSABRG00000002550	MID2 (ENSABRG00000002534)	NHSL2 (ENSABRG00000002513)	PIN4 (ENSABRG00000002501)	ERCC6L (ENSABRG00000002487)	OCRL (ENSABRG00000002449) #16	APLN (ENSABRG00000002437)	XPNPEP2 (ENSABRG00000002152) #18	SASH3 (ENSABRG00000002110) #19	ZDHHC9 (ENSABRG00000002086) #20	ENSABRG00000002062 #21	BCORL1 (ENSABRG00000002012) #22	ENSABRG00000001986	ENSABRG00000001972	CLCN5 (ENSABRG00000001926)	ENSABRG00000001898 #30	ENOX2 (ENSABRG00000001871) #29	GPR119 (ENSABRG00000001856) #27	SLC25A14 (ENSABRG00000001424) #26	RBMX2 (ENSABRG00000001395) #28	RAB33A (ENSABRG00000001381)
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.a.f #22
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.a.f #22
Japanese quail	MODERN SPECIES	642																ENSCJPG00005002891 #22
Anura	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000158229	ENSGT00530000063872.A	ENSGT00390000017860.a.a	ENSGT00510000047733	ENSGT00550000075160	ENSGT01100000263512.a.a.a.a	ENSGT00940000165106	ENSGT00950000183055.a.b	ENSGT00530000063582.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT01100000263519.A.b.b.b.a.a	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159092	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000157822	ENSGT00940000159162	ENSGT00480000042679.a	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000158335	ENSGT00940000159818	ENSGT00390000001134.b	ENSGT00950000182994.A	ENSGT00390000000141	ENSGT00940000159611
Frog	MODERN SPECIES	8	mtmr1 (ENSXETG00000007741)	cd99l2 (ENSXETG00000011390)	mtm1 (ENSXETG00000017786)	mamld1 (ENSXETG00000007743)	tmem185a (ENSXETG00000007744)	ids (ENSXETG00000007745)	aff2 (ENSXETG00000019630)	soho1 (ENSXETG00000019647)	ENSXETG00000042834	mynn (ENSXETG00000004288)	slitrk4 (ENSXETG00000012352)	ENSXETG00000048839	sox3 (ENSXETG00000046055)	tspan6 (ENSXETG00000007608)	thrsp (ENSXETG00000044715)	bcorl1 (ENSXETG00000007610) #22	ENSXETG00000049227	diaph2 (ENSXETG00000018132)	ENSXETG00000043428	ENSXETG00000038100	pcdh19 (ENSXETG00000031488)	ENSXETG00000042401	ENSXETG00000049167	tnmd (ENSXETG00000033578)	ocrl (ENSXETG00000038121) #16	apln (ENSXETG00000048353)	vsig1 (ENSXETG00000012851)	psmd10 (ENSXETG00000012853)	atg4a (ENSXETG00000012854)	amot (ENSXETG00000012859)	lhfpl1 (ENSXETG00000038373)
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Coelacanth	MODERN SPECIES	335						AIFM1 (ENSLACG00000001197) #24	elf1 (ENSLACG00000007084)	MARS2 (ENSLACG00000007705)	RAB33A (ENSLACG00000007934)	ENSLACG00000008328	OCRL (ENSLACG00000009649) #16	XPNPEP2 (ENSLACG00000013078) #18	SASH3 (ENSLACG00000013698) #19	ZDHHC9 (ENSLACG00000014071) #20	si:dkey-251i10.3 (ENSLACG00000014376) #21	BCORL1 (ENSLACG00000014826) #22	mid1ip1l (ENSLACG00000015105)	TSPAN6 (ENSLACG00000015351)	SRPX2 (ENSLACG00000015590)	SYTL4 (ENSLACG00000015677)	TRMT12 (ENSLACG00000015869)	CSTF2 (ENSLACG00000015927)	NOX1 (ENSLACG00000016082)	xkrx (ENSLACG00000016225)	ENSLACG00000016326	TRMT2B (ENSLACG00000016408)	ENSLACG00000016480	TMEM35A (ENSLACG00000016568)	CENPI (ENSLACG00000016604)	DRP2 (ENSLACG00000016961)	ENSLACG00000017056
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00390000008751.b	ENSGT00390000018085	ENSGT00940000158469	ENSGT00940000154661	ENSGT00940000164465	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00940000155145	ENSGT00550000074964	ENSGT00940000155339
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000008751.b	ENSGT00390000018085	ENSGT00940000158469	ENSGT00940000154661	ENSGT00940000164465	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471	ENSGT00940000155145	ENSGT00550000074964
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Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	49							ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000164536.b	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471	ENSGT01030000234532.A.a.a.a.a.b
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	78	ENSGT00390000002137	ENSGT00390000000002.a.a.a.nb.a	ENSGT00940000157352.b	ENSGT00940000156077.g.a	ENSGT00670000098059.c.a	ENSGT00940000157489	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00950000184267	ENSGT00940000164536.b	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471
Atlantic herring	MODERN SPECIES	12	ENSCHAG00000004939	APBB2 (ENSCHAG00000004987)	NSUN7 (ENSCHAG00000005007)	CHRNA9 (ENSCHAG00000005043)	ube2ka (ENSCHAG00000005128)	KLB (ENSCHAG00000005173)	taf7 (ENSCHAG00000005185)	ENSCHAG00000005271	drp2 (ENSCHAG00000005398)	CENPI (ENSCHAG00000009201)	tmem35 (ENSCHAG00000009488)	arl13a (ENSCHAG00000009502)	xkrx (ENSCHAG00000009518)	nox1 (ENSCHAG00000009537)	cstf2 (ENSCHAG00000010095)	ENSCHAG00000010154 #22	mid1ip1l (ENSCHAG00000010165)	tspan7 (ENSCHAG00000010169)	SRPX2 (ENSCHAG00000010196)	sytl4 (ENSCHAG00000010339)	trmt12 (ENSCHAG00000010468)	zdhhc9 (ENSCHAG00000010497) #20	SASH3 (ENSCHAG00000010518) #19	xpnpep2 (ENSCHAG00000010557) #18	apln (ENSCHAG00000011532)	ocrl (ENSCHAG00000011561) #16	ENSCHAG00000013152	clic2 (ENSCHAG00000013174)	ENSCHAG00000013353	rom1b (ENSCHAG00000013371)	ccdc88b (ENSCHAG00000013532)
Denticle herring	MODERN SPECIES	9	ENSDCDG00000030743	APBB2 (ENSDCDG00000030747)	NSUN7 (ENSDCDG00000030751)	CHRNA9 (ENSDCDG00000030760)	ube2ka (ENSDCDG00000030802)	KLB (ENSDCDG00000030807)	taf7 (ENSDCDG00000030835)	ENSDCDG00000030906	drp2 (ENSDCDG00000030963)	CENPI (ENSDCDG00000031993)	tmem35 (ENSDCDG00000032008)	arl13a (ENSDCDG00000032011)	xkrx (ENSDCDG00000032014)	nox1 (ENSDCDG00000032031)	cstf2 (ENSDCDG00000032333)	ENSDCDG00000032336 #22	mid1ip1l (ENSDCDG00000032337)	tspan7 (ENSDCDG00000022617)	SRPX2 (ENSDCDG00000022619)	sytl4 (ENSDCDG00000022627)	trmt12 (ENSDCDG00000022628)	zdhhc9 (ENSDCDG00000022631) #20	SASH3 (ENSDCDG00000022632) #19	xpnpep2 (ENSDCDG00000022635) #18	ENSDCDG00000022653	ENSDCDG00000022654	ocrl (ENSDCDG00000022729) #16	ENSDCDG00000025872	clic2 (ENSDCDG00000025877)	urp1 (ENSDCDG00000025883)	ENSDCDG00000025884
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	75	ENSGT00390000008751.b	ENSGT00940000158789	ENSGT00940000157822	ENSGT00940000159162	ENSGT00480000042679.a	ENSGT00940000157039.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000166023	ENSGT00940000161486	ENSGT00390000012944	ENSGT00940000155650.a.a	ENSGT00950000182859.A.a.b.b.d.b	ENSGT00940000157281	ENSGT00940000166658.a	ENSGT00390000012182	ENSGT00940000153669.b.p	ENSGT00940000159922.a.a
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000158469	ENSGT00940000158789	ENSGT00940000157822	ENSGT00940000159162	ENSGT00480000042679.a	ENSGT00940000157039.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000166023	ENSGT00940000161486	ENSGT00390000012944	ENSGT00940000155650.a.a	ENSGT00950000182859.A.a.b.b.d.b	ENSGT00390000012630.A.b	ENSGT00390000007501	ENSGT00940000156641.k.b	ENSGT00940000159538.g.a	ENSGT00530000063812.B	ENSGT00950000182850.a.b.a.b.b.n
Channel catfish	MODERN SPECIES	27	fbxo38 (ENSIPUG00000017238)	DIAPH2 (ENSIPUG00000017295)	pcdh19 (ENSIPUG00000017368)	dync2li1 (ENSIPUG00000017402)	tnmd (ENSIPUG00000017409)	elf4 (ENSIPUG00000017417)	taf7 (ENSIPUG00000017450)	ENSIPUG00000017569	drp2 (ENSIPUG00000017593)	CENPI (ENSIPUG00000017661)	tmem35a (ENSIPUG00000017714)	arl13a (ENSIPUG00000017720)	Xk (ENSIPUG00000017780)	nox1 (ENSIPUG00000017799)	cstf2 (ENSIPUG00000017839)	ENSIPUG00000017870 #22	tspan7 (ENSIPUG00000017920)	srpx2 (ENSIPUG00000017961)	SYTL4 (ENSIPUG00000017973)	trmt12 (ENSIPUG00000018011)	rnaseh2c (ENSIPUG00000018044)	ZBTB3 (ENSIPUG00000018082)	lsm11 (ENSIPUG00000018086)	CLINT1 (ENSIPUG00000018092)	ebf1 (ENSIPUG00000018125)	ENSIPUG00000018187	SH3TC2 (ENSIPUG00000018204)	ablim3 (ENSIPUG00000018280)	afap1l1 (ENSIPUG00000018335)	ENSIPUG00000018444	foxi1e (ENSIPUG00000018458)
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	146	ENSGT00940000158469	ENSGT00940000158789	ENSGT00940000157822	ENSGT00940000159162	ENSGT00480000042679.a	ENSGT00940000157039.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000166023	ENSGT00940000161486	ENSGT00390000012944	ENSGT00940000155650.a.a	ENSGT00950000182859.A.a.b.b.d.b	ENSGT00940000157281	ENSGT00940000166658.a	ENSGT00390000012182
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000158469	ENSGT00940000158789	ENSGT00940000157822	ENSGT00940000159162	ENSGT00480000042679.a	ENSGT00940000157039.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000166023	ENSGT00940000161486	ENSGT00390000012944	ENSGT00940000155650.a.a	ENSGT00950000182859.A.a.b.b.d.b	ENSGT00940000157281	ENSGT00940000166658.a	ENSGT00390000012630.A.b	ENSGT00940000156641.k.b	ENSGT00940000159538.g.a	ENSGT00530000063812.B
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	56	BTK (ENSPNAG00000018069)	glra4a (ENSPNAG00000018108)	DIAPH2 (ENSPNAG00000018321)	pcdh19 (ENSPNAG00000018396)	tnmd (ENSPNAG00000018428)	elf1 (ENSPNAG00000018485)	taf7 (ENSPNAG00000018550)	ENSPNAG00000018582	drp2 (ENSPNAG00000006595)	CENPI (ENSPNAG00000018731)	tmem35 (ENSPNAG00000018748)	arl13a (ENSPNAG00000018795)	xkrx (ENSPNAG00000018809)	nox1 (ENSPNAG00000018857)	cstf2 (ENSPNAG00000018887)	ENSPNAG00000018925 #22	tspan7 (ENSPNAG00000018991)	SRPX2 (ENSPNAG00000019001)	sytl4 (ENSPNAG00000005144)	trmt12 (ENSPNAG00000019028)	rnaseh2c (ENSPNAG00000019111)	ZBTB3 (ENSPNAG00000019119)	LSM11 (ENSPNAG00000019128)	clint1a (ENSPNAG00000019182)	ebf3a (ENSPNAG00000019350)	RNF145 (ENSPNAG00000019400)	il12ba (ENSPNAG00000005879)	UBTD2 (ENSPNAG00000019833)	adrb2a (ENSPNAG00000019838)	SH3TC2 (ENSPNAG00000006468)	ablim3 (ENSPNAG00000019976)
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	16	pcdh19 (ENSAMXG00000021519)	ENSAMXG00000029247	ENSAMXG00000033641	ENSAMXG00000040631	tnmd (ENSAMXG00000034178)	elf1 (ENSAMXG00000039364)	drp2 (ENSAMXG00000021507)	taf7 (ENSAMXG00000021515)	ENSAMXG00000036456	CENPI (ENSAMXG00000021502)	tmem35 (ENSAMXG00000030227)	arl13a (ENSAMXG00000021495)	xkrx (ENSAMXG00000031510)	nox1 (ENSAMXG00000021484)	cstf2 (ENSAMXG00000021477)	ENSAMXG00000039235 #22	tspan7 (ENSAMXG00000043884)	SRPX2 (ENSAMXG00000040946)	sytl4 (ENSAMXG00000001212)	trmt12 (ENSAMXG00000040366)	rnaseh2c (ENSAMXG00000001210)	ENSAMXG00000044033	LSM11 (ENSAMXG00000033820)	clint1a (ENSAMXG00000001202)	ebf3a (ENSAMXG00000001200)	RNF145 (ENSAMXG00000038735)	ENSAMXG00000040860	il12ba (ENSAMXG00000001197)	ENSAMXG00000034568	adrb2a (ENSAMXG00000026034)	ENSAMXG00000026033
Electric eel	MODERN SPECIES	425									drp2 (ENSEEEG00000016586)	CENPI (ENSEEEG00000016902)	tmem35 (ENSEEEG00000016904)	arl13a (ENSEEEG00000016905)	xkrx (ENSEEEG00000016906)	nox1 (ENSEEEG00000016911)	cstf2 (ENSEEEG00000016914)	ENSEEEG00000016923 #22	tspan7 (ENSEEEG00000016929)	SRPX2 (ENSEEEG00000016931)	sytl4 (ENSEEEG00000016932)	trmt12 (ENSEEEG00000016933)	rnaseh2c (ENSEEEG00000016934)	ZBTB3 (ENSEEEG00000016935)	LSM11 (ENSEEEG00000016936)	clint1a (ENSEEEG00000016938)	ebf3a (ENSEEEG00000016949)	RNF145 (ENSEEEG00000016952)
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00390000008751.b	ENSGT00940000158789	ENSGT00940000157822	ENSGT00940000159162	ENSGT00480000042679.a	ENSGT00940000157039.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000158417.a	ENSGT00940000156892.a	ENSGT00940000155353.b	ENSGT01030000234530.a.f.a.b.a	ENSGT01030000234530.a.f.a.a	ENSGT00940000156736.d	ENSGT00940000166427	ENSGT00940000156295.h	ENSGT00940000158277.a	ENSGT01030000234904	ENSGT00940000156944.a.b	ENSGT00940000154194.c.a	ENSGT00940000164379.e.a
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	914																ENSGT00940000153737.a.i #22	ENSGT00500000044890.b.b	ENSGT00940000159092.n	ENSGT00940000158417.a.e	ENSGT00940000156892.a.h	ENSGT00940000155353.b.a.b
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	134	ENSGT00390000008751.b.a.a	ENSGT00940000158789.e	ENSGT00940000157822.fb	ENSGT00940000159162.b	ENSGT00480000042679.a.b	ENSGT00940000157039.a.b	ENSGT00940000160861.p	ENSGT00390000001289.b.a.c	ENSGT00940000153467.a.b.i	ENSGT00390000013235.e	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284.h	ENSGT00390000003231.a.j	ENSGT00940000165729.b	ENSGT00940000158987.j	ENSGT00940000153737.a.i #22	ENSGT00500000044890.b.b	ENSGT00940000159092.n	ENSGT00940000158417.a.e	ENSGT00940000156892.a.h	ENSGT00940000155353.b.b	ENSGT01030000234530.a.f.a.b.a	ENSGT01030000234530.a.f.a.a.l	ENSGT00940000156736.d.d	ENSGT00940000166427.c	ENSGT00940000156295.h.b	ENSGT00940000158277.a.d	ENSGT00940000156944.a.b.c	ENSGT00940000154194.c.a.i	ENSGT00940000164379.e.a.c	ENSGT00730000111223.o
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Golden-line barbel	MODERN SPECIES	166	BTK (ENSSGRG00000052806)	gla (ENSSGRG00000052864)	glra4a (ENSSGRG00000052869)	DIAPH2 (ENSSGRG00000052887)	pcdh19 (ENSSGRG00000052888)	tnmd (ENSSGRG00000052893)	elf1 (ENSSGRG00000052894)	taf7 (ENSSGRG00000052896)	ENSSGRG00000052897	CENPI (ENSSGRG00000052916)	tmem35 (ENSSGRG00000052922)	arl13a (ENSSGRG00000052924)	xkrx (ENSSGRG00000052926)	nox1 (ENSSGRG00000052928)	cstf2 (ENSSGRG00000052929)	ENSSGRG00000052935 #22	mid1ip1l (ENSSGRG00000052936)	tspan7 (ENSSGRG00000052940)	ENSSGRG00000052944	chrnb3b (ENSSGRG00000052947)	ENSSGRG00000052951	ENSSGRG00000052952	nitr13 (ENSSGRG00000052953)	fgfrl1b (ENSSGRG00000052954)	ENSSGRG00000052956	pcdh18b (ENSSGRG00000053000)
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Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	265	ENSGT00940000160861.o	ENSGT00390000001289.b.a.d	ENSGT00940000153467.a.b.j	ENSGT00390000013235.f	ENSGT00940000153467.a.b.i	ENSGT00390000013235.e	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284.h	ENSGT00390000003231.a.j	ENSGT00940000165729.b	ENSGT00940000158987.j	ENSGT00940000161284.g	ENSGT00390000003231.a.i	ENSGT00940000165729.a	ENSGT00940000158987.i	ENSGT00940000153737.a.j #22	ENSGT00500000044890.b.a	ENSGT00940000159092.m	ENSGT00940000158417.a.f	ENSGT00940000156892.a.g	ENSGT00940000155353.b.a.a	ENSGT01030000234530.a.f.a.a.k	ENSGT00940000155353.b.b	ENSGT01030000234530.a.f.a.b.a	ENSGT01030000234530.a.f.a.a.l	ENSGT00940000156736.d	ENSGT00940000166427.c	ENSGT00940000156295.h.b	ENSGT00940000166427.d	ENSGT00940000156295.h.a	ENSGT00940000158277.a.c
Goldfish	DUPLICATION
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Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	286	ENSGT00940000158469.l	ENSGT00390000008751.b.a.b	ENSGT00940000158789.f	ENSGT00940000157822.eb	ENSGT00940000159162.a	ENSGT00480000042679.a.a	ENSGT00940000157039.a.a	ENSGT00940000160861.o	ENSGT00390000001289.b.a.d	ENSGT00940000153467.a.b.j	ENSGT00390000013235.f	ENSGT00940000161284.g	ENSGT00390000003231.a.i	ENSGT00940000165729.a	ENSGT00940000158987.i	ENSGT00940000153737.a.j #22	ENSGT00500000044890.b.a	ENSGT00940000159092.m	ENSGT00940000158417.a.f	ENSGT00940000156892.a.g	ENSGT00940000155353.b.a.a	ENSGT01030000234530.a.f.a.a.k	ENSGT00940000156736.d.c	ENSGT00940000166427.d	ENSGT00940000156295.h.a	ENSGT00940000158277.a.c
Common carp reference	MODERN SPECIES	20	zgc:101583 (ENSCCRG00000049297)	ENSCCRG00000049315	gla (ENSCCRG00000080520)	glra4a (ENSCCRG00000026072)	DIAPH2 (ENSCCRG00000074557)	pcdh19 (ENSCCRG00000019918)	tnmd (ENSCCRG00000073229)	elf1 (ENSCCRG00000043041)	taf7 (ENSCCRG00000001921)	drp2 (ENSCCRG00000062292)	ENSCCRG00000048168	arl13a (ENSCCRG00000048181)	xkrx (ENSCCRG00000056912)	nox1 (ENSCCRG00000043239)	cstf2 (ENSCCRG00000066582)	ENSCCRG00000076464 #22	mid1ip1l (ENSCCRG00000062801)	tspan7 (ENSCCRG00000069656)	ENSCCRG00000073639	ENSCCRG00000048610	chrnb3b (ENSCCRG00000048599)	ENSCCRG00000048613	nitr13 (ENSCCRG00000048614)	fgfrl1b (ENSCCRG00000048617)	ENSCCRG00000027023	pcdh18b (ENSCCRG00000016363)	pcdh10b (ENSCCRG00000007685)	eif4ea (ENSCCRG00000072212)	adra1bb (ENSCCRG00000043054)	adh5 (ENSCCRG00000042995)	gar1 (ENSCCRG00000081409)
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	725					tnmd (ENSSGRG00000023894)	elf1 (ENSSGRG00000023899)	taf7 (ENSSGRG00000023903)	ENSSGRG00000023908	drp2 (ENSSGRG00000023918)	ENSSGRG00000023953	arl13a (ENSSGRG00000024166)	arl13a (ENSSGRG00000024170)	xkrx (ENSSGRG00000024173)	nox1 (ENSSGRG00000024198)	cstf2 (ENSSGRG00000024549)	ENSSGRG00000024574 #22	mid1ip1l (ENSSGRG00000024575)	tspan7 (ENSSGRG00000024576)	ENSSGRG00000024590	chrnb3b (ENSSGRG00000024591)	ENSSGRG00000024597	fgfrl1b (ENSSGRG00000024601)
Zebrafish	MODERN SPECIES	5	glra4a (ENSDARG00000006865)	DIAPH2 (ENSDARG00000076060)	ENSDARG00000112403	pcdh19 (ENSDARG00000034344)	tnmd (ENSDARG00000052615)	elf1 (ENSDARG00000020759)	taf7 (ENSDARG00000019572)	ENSDARG00000098164	drp2 (ENSDARG00000101419)	CENPI (ENSDARG00000052565)	tmem35 (ENSDARG00000052567)	arl13a (ENSDARG00000052575)	xkrx (ENSDARG00000044011)	nox1 (ENSDARG00000087574)	cstf2 (ENSDARG00000090788)	ENSDARG00000077912 #22	mid1ip1l (ENSDARG00000018145)	tspan7 (ENSDARG00000015759)	ENSDARG00000021392	chrnb3b (ENSDARG00000038508)	ENSDARG00000056018	nitr13 (ENSDARG00000036125)	fgfrl1b (ENSDARG00000052556)	ENSDARG00000071384	pcdh18b (ENSDARG00000052494)	ENSDARG00000114583	pcdh10b (ENSDARG00000102824)	adra1bb (ENSDARG00000041173)	eif4ea (ENSDARG00000077012)	adh5 (ENSDARG00000080010)	gar1 (ENSDARG00000076526)
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00950000184267	ENSGT00940000164536.b	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00390000016110	ENSGT00940000154394.b.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b	ENSGT01030000235878	ENSGT00940000153662.A.g	ENSGT00950000182881.a.b.a.b.z.b	ENSGT00390000006394	ENSGT00940000160322
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	406									ENSGT00940000153467.a.b.e.b.a.a	ENSGT00390000013235.j	ENSGT00940000154325.a.e	ENSGT00940000161284.e	ENSGT00390000003231.a.o.b	ENSGT00940000165729.d	ENSGT00940000158987.k	ENSGT00940000153737.a.k #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092.o	ENSGT00940000159149.h	ENSGT00940000159060.j	ENSGT00390000016110.j	ENSGT00940000154394.b.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000159492.f	ENSGT00940000158625.e	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b.a.a	ENSGT00940000153662.A.g.b	ENSGT00950000182881.a.b.a.b.z.b.d	ENSGT00390000006394.c	ENSGT00940000160322.d	ENSGT00940000158578.e.b	ENSGT00940000163364.a
Huchen	DUPLICATION
Huchen	MODERN SPECIES	1425															ENSHHUG00000050999 #22	ENSHHUG00000050996 #22	tspan7 (ENSHHUG00000050977)	SRPX2 (ENSHHUG00000050974)	sytl4 (ENSHHUG00000050968)	aup1 (ENSHHUG00000050965)	ENSHHUG00000050964	DGKQ (ENSHHUG00000050940)	ENSHHUG00000050894	ENSHHUG00000050299	prpf19 (ENSHHUG00000050247)	tcirg1b (ENSHHUG00000050222)	mrpl18 (ENSHHUG00000050213)	SSH3 (ENSHHUG00000050194)	grhpra (ENSHHUG00000050162)	tomm5 (ENSHHUG00000050148)	ENSHHUG00000050146
Huchen	MODERN SPECIES	1425																ENSHHUG00000050999 #22	ENSHHUG00000050996 #22	tspan7 (ENSHHUG00000050977)	SRPX2 (ENSHHUG00000050974)	sytl4 (ENSHHUG00000050968)	aup1 (ENSHHUG00000050965)	ENSHHUG00000050964	DGKQ (ENSHHUG00000050940)	ENSHHUG00000050894	ENSHHUG00000050299	prpf19 (ENSHHUG00000050247)	tcirg1b (ENSHHUG00000050222)	mrpl18 (ENSHHUG00000050213)	SSH3 (ENSHHUG00000050194)	grhpra (ENSHHUG00000050162)	tomm5 (ENSHHUG00000050148)
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000156341.e.b.b	ENSGT00950000182941.b.a.k	ENSGT00940000154833.b.d	ENSGT00940000153460.c.b.c.a.c	ENSGT00940000160861.n	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b.e.b.a.a	ENSGT00940000153467.a.b.e.b.b	ENSGT00390000013235.j	ENSGT00670000098059.c.a.a.b.b.a	ENSGT00940000154325.a.e	ENSGT00940000161284.e	ENSGT00390000003231.a.o.b	ENSGT00940000165729.d	ENSGT00940000158987.k	ENSGT00940000153737.a.k #22	ENSGT00500000044890.b.c	ENSGT00940000159092.o	ENSGT00940000159149.h	ENSGT00940000159060.j	ENSGT00390000016110.j	ENSGT00940000154394.b.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000159492.f	ENSGT00940000158625.e	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b.a.a	ENSGT00940000153662.A.g.b	ENSGT00950000182881.a.b.a.b.z.b.d	ENSGT00390000006394.c	ENSGT00940000160322.d	ENSGT00940000158578.e.b	ENSGT00940000163364.a
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000011545.a	ENSGT00940000156341.e.b.b	ENSGT00950000182941.b.a.k	ENSGT00940000154833.b.d	ENSGT00940000153460.c.b.c.a.c	ENSGT00940000160861.n	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b.e.b.a.a	ENSGT00390000013235.j	ENSGT00670000098059.c.a.a.b.b.a	ENSGT00940000154325.a.e	ENSGT00940000161284.e	ENSGT00390000003231.a.o.b	ENSGT00940000165729.d	ENSGT00940000158987.k	ENSGT00940000153737.a.k #22	ENSGT00500000044890.b.c	ENSGT00940000159092.o	ENSGT00940000159149.h	ENSGT00940000159060.j	ENSGT00390000016110.j	ENSGT00940000154394.b.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000159492.f	ENSGT00940000158625.e	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b.a.a	ENSGT00940000153662.A.g.b	ENSGT00950000182881.a.b.a.b.z.b.d	ENSGT00390000006394.c	ENSGT00940000160322.d	ENSGT00940000158578.e.b	ENSGT00940000163364.a
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00510000051633.d	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a.e	ENSGT00390000011545.a	ENSGT00940000156341.e.b.b	ENSGT00950000182941.b.a.k	ENSGT00940000154833.b.d	ENSGT00940000153460.c.b.c.a.c	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b.e.b.a.a	ENSGT00390000013235.j	ENSGT00670000098059.c.a.a.b.b.a	ENSGT00940000161284.e	ENSGT00390000003231.a.o.b	ENSGT00940000165729.d	ENSGT00940000158987.k	ENSGT00940000153737.a.k #22	ENSGT00500000044890.b.c	ENSGT00940000159092.o	ENSGT00940000159149.h	ENSGT00940000159060.j	ENSGT00390000016110.j	ENSGT00940000154394.b.a.a.a.a.b.a	ENSGT00940000159492.f	ENSGT00940000158625.e	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b.a.a	ENSGT00940000153662.A.g.b	ENSGT00950000182881.a.b.a.b.z.b.d	ENSGT00390000006394.c	ENSGT00940000160322.d	ENSGT00940000158578.e.b	ENSGT00940000163364.a
Chinook salmon	MODERN SPECIES	17	VSTM4 (ENSOTSG00005012875)	LRRC18 (ENSOTSG00005012876)	ARHGAP22 (ENSOTSG00005012877)	mapk8b (ENSOTSG00005012892)	ENSOTSG00005017626	gdf10b (ENSOTSG00005017628)	gdf2 (ENSOTSG00005017629)	rbp3 (ENSOTSG00005017630)	ENSOTSG00005017631	ENSOTSG00005017632	UBE2K (ENSOTSG00005017633)	arl13a (ENSOTSG00005017634)	xkrx (ENSOTSG00005017635)	nox1 (ENSOTSG00005017641)	cstf2 (ENSOTSG00005019670)	ENSOTSG00005019698 #22	mid1ip1l (ENSOTSG00005019703)	tspan7 (ENSOTSG00005019705)	ENSOTSG00005019713	sytl4 (ENSOTSG00005019753)	aup1 (ENSOTSG00005019755)	ENSOTSG00005019758	DGKQ (ENSOTSG00005019759)	ENSOTSG00005019760	ubtd1b (ENSOTSG00005019762)	mms19 (ENSOTSG00005019771)	zdhhc16b (ENSOTSG00005019860)	vps35l (ENSOTSG00005019911)	get4 (ENSOTSG00005026071)	ENSOTSG00005026072	heatr1 (ENSOTSG00005026073)
Coho salmon	MODERN SPECIES	10	si:dkeyp-11e3.1 (ENSOKIG00005009490)	ENSOKIG00005009480	ENSOKIG00005009426	fhl1a (ENSOKIG00005009387)	slc9a6a (ENSOKIG00005006560)	ENSOKIG00005006433	ENSOKIG00005006424	drp2 (ENSOKIG00005006048)	ENSOKIG00005005946	ENSOKIG00005005935	ENSOKIG00005005915	arl13a (ENSOKIG00005005892)	xkrx (ENSOKIG00005029630)	nox1 (ENSOKIG00005029162)	cstf2 (ENSOKIG00005029103)	ENSOKIG00005029048 #22	mid1ip1l (ENSOKIG00005029019)	tspan7 (ENSOKIG00005028995)	SYTL4 (ENSOKIG00005028975)	aup1 (ENSOKIG00005028955)	ENSOKIG00005028898	DGKQ (ENSOKIG00005028660)	ENSOKIG00005026011	ENSOKIG00005025818	prpf19 (ENSOKIG00005025506)	TCIRG1 (ENSOKIG00005025160)	mrpl18 (ENSOKIG00005025125)	ENSOKIG00005025110	grhpra (ENSOKIG00005024786)	tomm5 (ENSOKIG00005024754)	ENSOKIG00005024736
Rainbow trout	MODERN SPECIES	5	ENSOMYG00000049442	ENSOMYG00000012163	fhl1a (ENSOMYG00000012123)	slc9a6a (ENSOMYG00000011013)	taf7 (ENSOMYG00000010796)	ENSOMYG00000010781	ENSOMYG00000050228	drp2 (ENSOMYG00000009831)	CENPI (ENSOMYG00000009450)	ENSOMYG00000009322	tmem35 (ENSOMYG00000058877)	arl13a (ENSOMYG00000009286)	xkrx (ENSOMYG00000009259)	nox1 (ENSOMYG00000008690)	cstf2 (ENSOMYG00000008393)	ENSOMYG00000008314 #22	mid1ip1l (ENSOMYG00000008284)	tspan7 (ENSOMYG00000008250)	ENSOMYG00000070010	ENSOMYG00000074934	SYTL4 (ENSOMYG00000008194)	ENSOMYG00000007842	ENSOMYG00000007742	ENSOMYG00000077029	ENSOMYG00000007699	ENSOMYG00000006671	ENSOMYG00000005455	ENSOMYG00000005283	ENSOMYG00000005086	ENSOMYG00000005024	ENSOMYG00000004991
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000011545.a	ENSGT00940000156341.e.b.b	ENSGT00950000182941.b.a.k	ENSGT00940000154833.b.d	ENSGT00940000153460.c.b.c.a.c	ENSGT00940000160861.n	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b.e.b.b	ENSGT00390000013235.j	ENSGT00670000098059.c.a.a.b.b.a	ENSGT00940000154325.a.e	ENSGT00940000161284.e	ENSGT00390000003231.a.o.b	ENSGT00940000165729.d	ENSGT00940000158987.k	ENSGT00940000153737.a.k #22	ENSGT00500000044890.b.c	ENSGT00940000159092.o	ENSGT00940000159149.h	ENSGT00940000159060.j	ENSGT00390000016110.j	ENSGT00940000154394.b.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000159492.f	ENSGT00940000158625.e	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b.a.a	ENSGT00940000153662.A.g.b	ENSGT00950000182881.a.b.a.b.z.b.d	ENSGT00390000006394.c	ENSGT00940000160322.d	ENSGT00940000158578.e.b	ENSGT00940000158578.f
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	24	si:dkeyp-11e3.1 (ENSSSAG00000076880)	ENSSSAG00000063355	MAP7D3 (ENSSSAG00000076884)	fhl1 (ENSSSAG00000076903)	slc9a6a (ENSSSAG00000076931)	taf7 (ENSSSAG00000077829)	ENSSSAG00000100090	drp2 (ENSSSAG00000077898)	ENSSSAG00000078484	ENSSSAG00000078501	tmem35 (ENSSSAG00000095235)	arl13a (ENSSSAG00000078506)	xkrx (ENSSSAG00000106290)	nox1 (ENSSSAG00000078532)	cstf2 (ENSSSAG00000078969)	ENSSSAG00000085135 #22	M1IP1 (ENSSSAG00000078987)	tspan7 (ENSSSAG00000078989)	ENSSSAG00000078991	SYTL4 (ENSSSAG00000078994)	ENSSSAG00000106647	ENSSSAG00000068911	ENSSSAG00000079027	ENSSSAG00000116602	ube2d2 (ENSSSAG00000079061)	ENSSSAG00000079082	ENSSSAG00000079096	ENSSSAG00000104819	ENSSSAG00000079175	grhpr (ENSSSAG00000079183)	ENSSSAG00000079208
River trout	MODERN SPECIES	22	si:dkeyp-11e3.1 (ENSSTUG00000027481)	ENSSTUG00000027486	MAP7D3 (ENSSTUG00000027496)	fhl1a (ENSSTUG00000027530)	slc9a6a (ENSSTUG00000027564)	taf7 (ENSSTUG00000028984)	ENSSTUG00000029013	drp2 (ENSSTUG00000029231)	ENSSTUG00000030793	UBE2K (ENSSTUG00000030846)	tmem35 (ENSSTUG00000030853)	arl13a (ENSSTUG00000030856)	xkrx (ENSSTUG00000030867)	nox1 (ENSSTUG00000030881)	cstf2 (ENSSTUG00000031168)	ENSSTUG00000031192 #22	mid1ip1l (ENSSTUG00000031205)	tspan7 (ENSSTUG00000031211)	SRPX2 (ENSSTUG00000031218)	sytl4 (ENSSTUG00000031254)	aup1 (ENSSTUG00000031310)	ENSSTUG00000031342	DGKQ (ENSSTUG00000031361)	ENSSTUG00000031620	ENSSTUG00000032670	prpf19 (ENSSTUG00000032698)	tcirg1b (ENSSTUG00000032827)	mrpl18 (ENSSTUG00000032917)	ENSSTUG00000032924	grhpra (ENSSTUG00000032940)	tomm5 (ENSSTUG00000033132)
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	40	ENSGT00940000156341.e.b.a	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a.l	ENSGT00960000189021	ENSGT00940000154833.b.c	ENSGT00940000153460.c.b.c.a.d	ENSGT00940000160861	ENSGT00940000153467.a.b.e.a	ENSGT00390000013235.i	ENSGT00940000154325.a.f	ENSGT00390000003231.a.p	ENSGT00940000161284.f	ENSGT00390000003231.a.o.a	ENSGT00940000165729.c	ENSGT00940000158987.l	ENSGT00940000153737.a.l #22	ENSGT00940000159092.p	ENSGT00940000159149.g	ENSGT00940000159060.i	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00390000016110.i	ENSGT00940000154394.b.a.a.a.b.b	ENSGT00940000154394.a.f	ENSGT00940000159492.e	ENSGT00940000158625.f	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b.a.b	ENSGT01030000235878	ENSGT00940000153662.A.g.a	ENSGT00950000182881.a.b.a.b.z.b.c	ENSGT00390000006394.d	ENSGT00940000160322.c
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Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	40	ENSGT00940000165126.h	ENSGT00940000158723.h	ENSGT00510000051633.c	ENSGT00390000011545.b	ENSGT00940000156341.e.b.a	ENSGT00950000182941.b.a.l	ENSGT00940000154833.b.c	ENSGT00940000153460.c.b.c.a.d	ENSGT00940000160861.m	ENSGT00940000153467.a.b.e.a	ENSGT00390000013235.i	ENSGT00940000154325.a.f	ENSGT00390000003231.a.o.a	ENSGT00940000165729.c	ENSGT00940000158987.l	ENSGT00940000153737.a.l #22	ENSGT00500000044890.b.d	ENSGT00940000159092.p	ENSGT00940000159149.g	ENSGT00940000159060.i	ENSGT00390000016110.i	ENSGT00940000154394.b.a.a.a.b.b	ENSGT00940000159492.e	ENSGT00940000158625.f	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b.a.b	ENSGT01030000235408.b	ENSGT00940000153662.A.g.a	ENSGT00950000182881.a.b.a.b.z.b.c	ENSGT01000000220340	ENSGT00940000160322.c	ENSGT00940000158578.e.a
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Chinook salmon	MODERN SPECIES	32	rbmx (ENSOTSG00005008662)	ARHGEF6 (ENSOTSG00005008629)	cd40lg (ENSOTSG00005008628)	si:dkeyp-11e3.1 (ENSOTSG00005008627)	ENSOTSG00005008626	ENSOTSG00005008624	fhl1a (ENSOTSG00005008622)	slc9a6a (ENSOTSG00005008170)	taf7 (ENSOTSG00005008154)	drp2 (ENSOTSG00005007407)	ENSOTSG00005007394	tmem35 (ENSOTSG00005007389)	xkrx (ENSOTSG00005007388)	nox1 (ENSOTSG00005003878)	cstf2 (ENSOTSG00005003819)	ENSOTSG00005003807 #22	mid1ip1l (ENSOTSG00005003802)	tspan7 (ENSOTSG00005003796)	SRPX2 (ENSOTSG00005003786)	sytl4 (ENSOTSG00005003776)	ENSOTSG00005003769	aup1 (ENSOTSG00005003763)	ENSOTSG00005003759	DGKQ (ENSOTSG00005003601)	NFKB1 (ENSOTSG00005003590)	UBE2D3 (ENSOTSG00005003574)	prpf19 (ENSOTSG00005002502)	tcirg1b (ENSOTSG00005002489)	ENSOTSG00005002472	ENSOTSG00005002468	ZBTB5 (ENSOTSG00005002465)
Rainbow trout	MODERN SPECIES	23	ENSOMYG00000042417	ENSOMYG00000065572	ENSOMYG00000040317	fhl1a (ENSOMYG00000040240)	ENSOMYG00000049722	slc9a6a (ENSOMYG00000038310)	taf7 (ENSOMYG00000037949)	ENSOMYG00000066495	drp2 (ENSOMYG00000037655)	CENPI (ENSOMYG00000037483)	tmem35 (ENSOMYG00000062195)	ENSOMYG00000067226	xkrx (ENSOMYG00000037407)	nox1 (ENSOMYG00000036643)	ENSOMYG00000036480	ENSOMYG00000036436 #22	ENSOMYG00000059459	m1ip1 (ENSOMYG00000036415)	tspan7 (ENSOMYG00000036396)	ENSOMYG00000036387	SYTL4 (ENSOMYG00000031297)	ENSOMYG00000061407	ENSOMYG00000066442	ENSOMYG00000031267	ENSOMYG00000031237	ENSOMYG00000031174	ENSOMYG00000030929	ENSOMYG00000030608	ENSOMYG00000060542	ENSOMYG00000030473	ENSOMYG00000030416
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Atlantic salmon	MODERN SPECIES	28	ARHGEF6 (ENSSSAG00000063247)	ENSSSAG00000116023	cd40l (ENSSSAG00000063346)	si:dkeyp-11e3.1 (ENSSSAG00000063350)	MAP7D3 (ENSSSAG00000063381)	fhl1a (ENSSSAG00000063443)	slc9a6a (ENSSSAG00000063494)	taf7 (ENSSSAG00000064257)	drp2 (ENSSSAG00000064304)	CENPI (ENSSSAG00000066812)	tmem35 (ENSSSAG00000066891)	arl13a (ENSSSAG00000066898)	xkrx (ENSSSAG00000096391)	nox1 (ENSSSAG00000066942)	cstf2 (ENSSSAG00000068712)	ENSSSAG00000068723 #22	mid1ip1l (ENSSSAG00000068736)	tsn7 (ENSSSAG00000068743)	ENSSSAG00000068748	SYTL4 (ENSSSAG00000068758)	trmt12 (ENSSSAG00000068878)	ENSSSAG00000068882	ENSSSAG00000093130	ENSSSAG00000079005	ENSSSAG00000069187	ENSSSAG00000069207	ENSSSAG00000068788	vpp3 (ENSSSAG00000069309)	ENSSSAG00000069656	ENSSSAG00000069685	ENSSSAG00000069703
Huchen	MODERN SPECIES	1367						ENSHHUG00000036702	ENSHHUG00000036689	ENSHHUG00000036684	ENSHHUG00000036647	ENSHHUG00000036624	ENSHHUG00000036539	ENSHHUG00000036529	xkrx (ENSHHUG00000036526)	nox1 (ENSHHUG00000036132)	cstf2 (ENSHHUG00000036119)	ENSHHUG00000036116 #22	tspan7 (ENSHHUG00000036043)	SRPX2 (ENSHHUG00000036036)	sytl4 (ENSHHUG00000036012)	ENSHHUG00000036010	aup1 (ENSHHUG00000035973)	ENSHHUG00000035929	DGKQ (ENSHHUG00000035857)	NFKB1 (ENSHHUG00000035733)	UBE2D3 (ENSHHUG00000035380)	ENSHHUG00000035376	prpf19 (ENSHHUG00000035323)	tcirg1b (ENSHHUG00000035151)	mrpl18 (ENSHHUG00000035143)	ENSHHUG00000035123	ENSHHUG00000035119
Northern pike	MODERN SPECIES	3	cd40lg (ENSELUG00000003682)	si:dkeyp-11e3.1 (ENSELUG00000003688)	ENSELUG00000029774	ENSELUG00000003756	fhl1 (ENSELUG00000003783)	slc9a6a (ENSELUG00000003823)	taf7 (ENSELUG00000003861)	ENSELUG00000003887	drp2 (ENSELUG00000003910)	CENPI (ENSELUG00000003973)	tmem35 (ENSELUG00000028892)	arl13a (ENSELUG00000004004)	xkrx (ENSELUG00000004012)	nox1 (ENSELUG00000004029)	ENSELUG00000004079	ENSELUG00000025071 #22	mid1ip1l (ENSELUG00000004126)	tspan6 (ENSELUG00000004148)	SRPX2 (ENSELUG00000004167)	sytl4 (ENSELUG00000004207)	trmt12 (ENSELUG00000028601)	aup1 (ENSELUG00000004256)	ENSELUG00000004294	DGKQ (ENSELUG00000004386)	NFKB1 (ENSELUG00000004493)	UBE2D3 (ENSELUG00000004554)	prpf19 (ENSELUG00000004578)	tcirg1b (ENSELUG00000004598)	mrpl18 (ENSELUG00000024739)	SSH3 (ENSELUG00000004646)	ENSELUG00000004671
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000164536.b	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471	ENSGT00940000155145
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000164536.b	ENSGT00950000184267	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000164536.b	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471	ENSGT00940000155145
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	332	ELP1 (ENSHCOG00000006585)	ARHGEF37 (ENSHCOG00000006428)	ENSHCOG00000006411	pde6a (ENSHCOG00000006357)	SLC26A2 (ENSHCOG00000006316)	HTR4 (ENSHCOG00000006309)	lman2 (ENSHCOG00000006284)	FAT2 (ENSHCOG00000006160)	mtnr1al (ENSHCOG00000005271)	SLC36A1 (ENSHCOG00000005254)	tmem35 (ENSHCOG00000005217)	arl13a (ENSHCOG00000005206)	xkrx (ENSHCOG00000005190)	nox1 (ENSHCOG00000005180)	cstf2 (ENSHCOG00000005157)	ENSHCOG00000005140 #22	tspan7 (ENSHCOG00000005093)	SRPX2 (ENSHCOG00000005080)	sytl4 (ENSHCOG00000005074)	trmt12 (ENSHCOG00000005050)	zdhhc9 (ENSHCOG00000000130) #20	SASH3 (ENSHCOG00000004974) #19	xpnpep2 (ENSHCOG00000004944) #18	apln (ENSHCOG00000004906)	ENSHCOG00000004894	ids (ENSHCOG00000004861)	dcps (ENSHCOG00000004819)	AFF2 (ENSHCOG00000004812)	ENSHCOG00000004775	fmr1 (ENSHCOG00000004757)	rab33a (ENSHCOG00000004726)
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000164536.b	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471	ENSGT00940000155145
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000174555	ENSGT00940000164536.b	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000164536.b	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471	ENSGT00940000155145
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000156974.e.a	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000174555	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471	ENSGT00940000155145
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000156974.e.a	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000164115.B.a.b.d.k.f	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000174555	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471	ENSGT00940000155145
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	1	ENSORLG00000001623	ATP11C (ENSORLG00000001595)	ENSORLG00000027502	ENSORLG00000028996	FHL1 (ENSORLG00000001563)	slc9a6a (ENSORLG00000001549)	taf7 (ENSORLG00000001523)	ENSORLG00000001501	drp2 (ENSORLG00000001478)	CENPI (ENSORLG00000001450)	tmem35 (ENSORLG00000001428)	arl13a (ENSORLG00000001425)	xkrx (ENSORLG00000001416)	nox1 (ENSORLG00000001406)	cstf2 (ENSORLG00000001380)	ENSORLG00000030493 #22	tspan7 (ENSORLG00000001343)	SRPX2 (ENSORLG00000001311)	sytl4 (ENSORLG00000001298)	trmt12 (ENSORLG00000001280)	zdhhc9 (ENSORLG00000001271) #20	SASH3 (ENSORLG00000001261) #19	xpnpep2 (ENSORLG00000001251) #18	apln (ENSORLG00000027614)	ENSORLG00000001202	ocrl (ENSORLG00000001194) #16	ENSORLG00000001161	urp1 (ENSORLG00000029011)	clic2 (ENSORLG00000021812)	c1galt1c1 (ENSORLG00000001122)	mcts1 (ENSORLG00000030590)
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000165969	ENSGT00940000163347	ENSGT00940000156974.e.a	ENSGT00940000158878	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000174555	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471	ENSGT00940000155145
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	1	zic6 (ENSOJAG00000005171)	ENSOJAG00000005192	ENSOJAG00000005365	ATP11C (ENSOJAG00000006504)	fhl1a (ENSOJAG00000010837)	slc9a6a (ENSOJAG00000010948)	taf7 (ENSOJAG00000012429)	ENSOJAG00000012743	drp2 (ENSOJAG00000012974)	CENPI (ENSOJAG00000013806)	tmem35 (ENSOJAG00000013976)	arl13a (ENSOJAG00000013997)	xkrx (ENSOJAG00000014010)	nox1 (ENSOJAG00000014026)	cstf2 (ENSOJAG00000014113)	ENSOJAG00000014135 #22	mid1ip1l (ENSOJAG00000014153)	tspan7 (ENSOJAG00000014175)	SRPX2 (ENSOJAG00000014201)	sytl4 (ENSOJAG00000014286)	trmt12 (ENSOJAG00000014348)	zdhhc9 (ENSOJAG00000014360) #20	SASH3 (ENSOJAG00000014380) #19	xpnpep2 (ENSOJAG00000014486) #18	ENSOJAG00000015860	ENSOJAG00000015868	ocrl (ENSOJAG00000015939) #16	ENSOJAG00000017259	clic2 (ENSOJAG00000017281)	urp1 (ENSOJAG00000017324)	c1galt1c1 (ENSOJAG00000017330)
Indian medaka	DUPLICATION
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Indian medaka	MODERN SPECIES	16	zic6 (ENSOMEG00000016659)	ENSOMEG00000016638	ENSOMEG00000016574	ATP11C (ENSOMEG00000016393)	fhl1a (ENSOMEG00000016016)	slc9a6a (ENSOMEG00000015941)	taf7 (ENSOMEG00000015906)	ENSOMEG00000015853	drp2 (ENSOMEG00000015822)	CENPI (ENSOMEG00000015718)	tmem35 (ENSOMEG00000015629)	arl13a (ENSOMEG00000015603)	xkrx (ENSOMEG00000015570)	nox1 (ENSOMEG00000015550)	cstf2 (ENSOMEG00000015507)	ENSOMEG00000015442 #22	ENSOMEG00000015425 #22	tspan7 (ENSOMEG00000015365)	SRPX2 (ENSOMEG00000015312)	sytl4 (ENSOMEG00000015292)	trmt12 (ENSOMEG00000015267)	zdhhc9 (ENSOMEG00000015254) #20	SASH3 (ENSOMEG00000015234) #19	xpnpep2 (ENSOMEG00000015211) #18	apln (ENSOMEG00000015189)	ENSOMEG00000015185	ocrl (ENSOMEG00000015169) #16	ENSOMEG00000015120	clic2 (ENSOMEG00000015085)	urp1 (ENSOMEG00000015052)	c1galt1c1 (ENSOMEG00000015022)
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000164536.b	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471	ENSGT00940000155145
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000174529	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000174555	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471	ENSGT00940000155145
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1610	clic2 (ENSNFUG00015000467)	URP1 (ENSNFUG00015000479)	c1galt1c1 (ENSNFUG00015000486)	MCTS1 (ENSNFUG00015000494)	CUL4B (ENSNFUG00015000659)	lamp2 (ENSNFUG00015000988)	ATP1B4 (ENSNFUG00015000998)	TMEM255A (ENSNFUG00015001009)	ZBTB33 (ENSNFUG00015001019)	ENSNFUG00015001021	ndufa1 (ENSNFUG00015001025)	arl13a (ENSNFUG00015001032)	XKRX (ENSNFUG00015001040)	nox1 (ENSNFUG00015001064)	CSTF2 (ENSNFUG00015001129)	CU459160.2 (ENSNFUG00015001137) #22	mid1ip1l (ENSNFUG00015001146)	TSPAN7 (ENSNFUG00015001151)	SRPX2 (ENSNFUG00015001160)	SYTL4 (ENSNFUG00015001181)	TRMT12 (ENSNFUG00015001193)	OLA.14942 (ENSNFUG00015001205)	HS6ST2 (ENSNFUG00015001208)	MBNL3 (ENSNFUG00015001223)	RAP2C (ENSNFUG00015001235) #37	Nfu_g_1_004759 (ENSNFUG00015001240)	ENSNFUG00015001262	FOXO4 (ENSNFUG00015001272)	ubl3b (ENSNFUG00015001282)	ENSNFUG00015001287	PRSS23 (ENSNFUG00015001292)
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	10	tmtops3a (ENSKMAG00000001581)	ENSKMAG00000001573	ENSKMAG00000001551	MAP7D3 (ENSKMAG00000001506)	fhl1a (ENSKMAG00000001465)	slc9a6a (ENSKMAG00000001437)	taf7 (ENSKMAG00000001397)	ENSKMAG00000001384	drp2 (ENSKMAG00000001275)	CENPI (ENSKMAG00000001168)	tmem35 (ENSKMAG00000001148)	arl13a (ENSKMAG00000001139)	xkrx (ENSKMAG00000001134)	nox1 (ENSKMAG00000001081)	cstf2 (ENSKMAG00000001068)	ENSKMAG00000001031 #22	mid1ip1l (ENSKMAG00000000988)	tspan7 (ENSKMAG00000000951)	SRPX2 (ENSKMAG00000000937)	sytl4 (ENSKMAG00000000923)	trmt12 (ENSKMAG00000000891)	zdhhc9 (ENSKMAG00000000842) #20	SASH3 (ENSKMAG00000000832) #19	xpnpep2 (ENSKMAG00000000804) #18	apln (ENSKMAG00000000787)	ENSKMAG00000000777	ENSKMAG00000000737	ocrl (ENSKMAG00000000622) #16	ENSKMAG00000000526	clic2 (ENSKMAG00000000486)	urp1 (ENSKMAG00000000477)
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000164536.b	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471	ENSGT00940000155145
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000164536.b	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471	ENSGT00940000155145
Platyfish	MODERN SPECIES	15	ENSXMAG00000023492	ENSXMAG00000026572	ENSXMAG00000023657	MAP7D3 (ENSXMAG00000013428)	fhl1a (ENSXMAG00000013439)	slc9a6a (ENSXMAG00000013445)	taf7 (ENSXMAG00000013459)	ENSXMAG00000013464	drp2 (ENSXMAG00000013469)	CENPI (ENSXMAG00000013478)	tmem35 (ENSXMAG00000013483)	arl13a (ENSXMAG00000013485)	xkrx (ENSXMAG00000026827)	nox1 (ENSXMAG00000013488)	cstf2 (ENSXMAG00000013524)	ENSXMAG00000013531 #22	ENSXMAG00000029843	tspan7 (ENSXMAG00000013532)	SRPX2 (ENSXMAG00000013538)	sytl4 (ENSXMAG00000013546)	trmt12 (ENSXMAG00000025318)	zdhhc9 (ENSXMAG00000013554) #20	SASH3 (ENSXMAG00000013558) #19	xpnpep2 (ENSXMAG00000013561) #18	apln (ENSXMAG00000013581)	ENSXMAG00000026082	ocrl (ENSXMAG00000013582) #16	ENSXMAG00000013602	clic2 (ENSXMAG00000023462)	urp1 (ENSXMAG00000025258)	c1galt1c1 (ENSXMAG00000019525)
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000174529	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000164536.b	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471	ENSGT00940000155145
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Mummichog	DUPLICATION
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Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000174529	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000164536.b	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471	ENSGT00940000155145	ENSGT00550000074964
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	1385							ptprfb (ENSAOCG00000020667)	ENSAOCG00000020684	ENSAOCG00000020695	FBXL14 (ENSAOCG00000020723)	wnt5b (ENSAOCG00000020751)	adipor2 (ENSAOCG00000020798)	xkrx (ENSAOCG00000020814)	nox1 (ENSAOCG00000020872)	cstf2 (ENSAOCG00000020905)	ENSAOCG00000020925 #22	tspan7 (ENSAOCG00000021028)	SRPX2 (ENSAOCG00000021072)
Orange clownfish	MODERN SPECIES	4	tmtops3a (ENSAPEG00000007131)	ENSAPEG00000007115	ENSAPEG00000007109	MAP7D3 (ENSAPEG00000007042)	fhl1a (ENSAPEG00000007000)	slc9a6a (ENSAPEG00000006932)	taf7 (ENSAPEG00000006881)	ENSAPEG00000006869	drp2 (ENSAPEG00000006813)	CENPI (ENSAPEG00000006683)	tmem35 (ENSAPEG00000006666)	arl13a (ENSAPEG00000006626)	xkrx (ENSAPEG00000006587)	nox1 (ENSAPEG00000006556)	cstf2 (ENSAPEG00000006526)	ENSAPEG00000006504 #22	tspan7 (ENSAPEG00000006421)	SRPX2 (ENSAPEG00000006398)	sytl4 (ENSAPEG00000006387)	trmt12 (ENSAPEG00000006335)	zdhhc9 (ENSAPEG00000006303) #20	SASH3 (ENSAPEG00000006262) #19	xpnpep2 (ENSAPEG00000006123) #18	apln (ENSAPEG00000006097)	ENSAPEG00000006045	ocrl (ENSAPEG00000006006) #16	ENSAPEG00000005987	clic2 (ENSAPEG00000005928)	urp1 (ENSAPEG00000005911)	c1galt1c1 (ENSAPEG00000005893)	mcts1 (ENSAPEG00000005866)
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Bicolor damselfish	DUPLICATION
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	238	ENSSPAG00000008708	MAP7D3 (ENSSPAG00000008732)	fhl1a (ENSSPAG00000008849)	slc9a6a (ENSSPAG00000008880)	taf7 (ENSSPAG00000008943)	ENSSPAG00000008988	drp2 (ENSSPAG00000009008)	ENSSPAG00000009058	CENPI (ENSSPAG00000009066)	tmem35 (ENSSPAG00000009085)	arl13a (ENSSPAG00000009109)	xkrx (ENSSPAG00000009184)	nox1 (ENSSPAG00000009191)	ENSSPAG00000009247	ENSSPAG00000009268 #22	ENSSPAG00000009303 #22	tspan7 (ENSSPAG00000009363)	SRPX2 (ENSSPAG00000009393)	sytl4 (ENSSPAG00000009410)	trmt12 (ENSSPAG00000009435)	zdhhc9 (ENSSPAG00000009454) #20	SASH3 (ENSSPAG00000009491) #19	xpnpep2 (ENSSPAG00000009506) #18	apln (ENSSPAG00000009538)	ENSSPAG00000009546	ocrl (ENSSPAG00000009581) #16	ENSSPAG00000009709	clic2 (ENSSPAG00000009738)	urp1 (ENSSPAG00000009762)	c1galt1c1 (ENSSPAG00000009774)	mcts1 (ENSSPAG00000009797)
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	238	ENSSPAG00000008691	ENSSPAG00000008708	MAP7D3 (ENSSPAG00000008732)	fhl1a (ENSSPAG00000008849)	slc9a6a (ENSSPAG00000008880)	taf7 (ENSSPAG00000008943)	ENSSPAG00000008988	drp2 (ENSSPAG00000009008)	ENSSPAG00000009058	CENPI (ENSSPAG00000009066)	tmem35 (ENSSPAG00000009085)	arl13a (ENSSPAG00000009109)	xkrx (ENSSPAG00000009184)	nox1 (ENSSPAG00000009191)	ENSSPAG00000009247	ENSSPAG00000009268 #22	ENSSPAG00000009303 #22	tspan7 (ENSSPAG00000009363)	SRPX2 (ENSSPAG00000009393)	sytl4 (ENSSPAG00000009410)	trmt12 (ENSSPAG00000009435)	zdhhc9 (ENSSPAG00000009454) #20	SASH3 (ENSSPAG00000009491) #19	xpnpep2 (ENSSPAG00000009506) #18	apln (ENSSPAG00000009538)	ENSSPAG00000009546	ocrl (ENSSPAG00000009581) #16	ENSSPAG00000009709	clic2 (ENSSPAG00000009738)	urp1 (ENSSPAG00000009762)	c1galt1c1 (ENSSPAG00000009774)
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000174555	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471	ENSGT00940000155145
Midas cichlid	MODERN SPECIES	396	ENSACIG00000011764	ENSACIG00000011770	ENSACIG00000011779	fhl1a (ENSACIG00000011822)	slc9a6a (ENSACIG00000011840)	taf7 (ENSACIG00000011869)	ENSACIG00000011906	drp2 (ENSACIG00000012123)	ENSACIG00000012174	tmem35 (ENSACIG00000012215)	ENSACIG00000012227	arl13a (ENSACIG00000012235)	xkrx (ENSACIG00000012264)	nox1 (ENSACIG00000012355)	cstf2 (ENSACIG00000012852)	ENSACIG00000012876 #22	ENSACIG00000012883	tspan7 (ENSACIG00000012906)	SRPX2 (ENSACIG00000012930)	ENSACIG00000012956	ENSACIG00000012970	trmt12 (ENSACIG00000012982)	zdhhc9 (ENSACIG00000013003) #20	SASH3 (ENSACIG00000013023) #19	xpnpep2 (ENSACIG00000013093) #18	ENSACIG00000013137	ocrl (ENSACIG00000013165) #16	ENSACIG00000013212	clic2 (ENSACIG00000013237)	urp1 (ENSACIG00000013252)	c1galt1c1 (ENSACIG00000013266)
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000174555	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471	ENSGT00940000155145
Nile tilapia	MODERN SPECIES	11	ENSONIG00000038284	MAP7D3 (ENSONIG00000002683)	fhl1a (ENSONIG00000002679)	slc9a6a (ENSONIG00000002673)	taf7 (ENSONIG00000002669)	ENSONIG00000037848	ENSONIG00000039319	ENSONIG00000037213	drp2 (ENSONIG00000002655)	CENPI (ENSONIG00000002648)	tmem35 (ENSONIG00000002647)	arl13a (ENSONIG00000002645)	xkrx (ENSONIG00000002643)	nox1 (ENSONIG00000002636)	cstf2 (ENSONIG00000002631)	ENSONIG00000002629 #22	mid1ip1l (ENSONIG00000034082)	tspan7 (ENSONIG00000002624)	srpx2 (ENSONIG00000040165)	sytl4 (ENSONIG00000002616)	trmt12 (ENSONIG00000002614)	zdhhc9 (ENSONIG00000002607) #20	SASH3 (ENSONIG00000002604) #19	xpnpep2 (ENSONIG00000002596) #18	ENSONIG00000029367	ENSONIG00000002594	ocrl (ENSONIG00000002581) #16	ENSONIG00000002580	clic2 (ENSONIG00000002575)	urp1 (ENSONIG00000002571)	c1galt1c1 (ENSONIG00000020860)
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000175481	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000174555	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471	ENSGT00940000155145
Lyretail cichlid	DUPLICATION
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	292	ENSNBRG00000021972	ENSNBRG00000021941	fhl1a (ENSNBRG00000021925)	ENSNBRG00000021906	taf7 (ENSNBRG00000021893)	ENSNBRG00000021885	ENSNBRG00000021878	drp2 (ENSNBRG00000021841)	CENPI (ENSNBRG00000021809)	tmem35 (ENSNBRG00000021788)	arl13a (ENSNBRG00000021766)	xkrx (ENSNBRG00000021754)	nox1 (ENSNBRG00000021722)	cstf2 (ENSNBRG00000021694)	ENSNBRG00000021686 #22	ENSNBRG00000021679 #22	tspan7 (ENSNBRG00000021632)	ENSNBRG00000021558	ENSNBRG00000021538	trmt12 (ENSNBRG00000021510)	zdhhc9 (ENSNBRG00000021482) #20	SASH3 (ENSNBRG00000021449) #19	xpnpep2 (ENSNBRG00000021361) #18	apln (ENSNBRG00000021347)	ocrl (ENSNBRG00000021219) #16	ENSNBRG00000021184	ece2b (ENSNBRG00000021150)	ENSNBRG00000021138	ENSNBRG00000021120	ENSNBRG00000021092	eif4h (ENSNBRG00000021071)
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	292	ENSNBRG00000021993	ENSNBRG00000021972	ENSNBRG00000021941	fhl1a (ENSNBRG00000021925)	ENSNBRG00000021906	taf7 (ENSNBRG00000021893)	ENSNBRG00000021885	ENSNBRG00000021878	drp2 (ENSNBRG00000021841)	CENPI (ENSNBRG00000021809)	tmem35 (ENSNBRG00000021788)	arl13a (ENSNBRG00000021766)	xkrx (ENSNBRG00000021754)	nox1 (ENSNBRG00000021722)	cstf2 (ENSNBRG00000021694)	ENSNBRG00000021686 #22	ENSNBRG00000021679 #22	tspan7 (ENSNBRG00000021632)	ENSNBRG00000021558	ENSNBRG00000021538	trmt12 (ENSNBRG00000021510)	zdhhc9 (ENSNBRG00000021482) #20	SASH3 (ENSNBRG00000021449) #19	xpnpep2 (ENSNBRG00000021361) #18	apln (ENSNBRG00000021347)	ocrl (ENSNBRG00000021219) #16	ENSNBRG00000021184	ece2b (ENSNBRG00000021150)	ENSNBRG00000021138	ENSNBRG00000021120	ENSNBRG00000021092
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000175481	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000174555	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471	ENSGT00940000155145
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	273	tmtops3a (ENSHBUG00000015441)	si:dkeyp-11e3.1 (ENSHBUG00000015456)	ENSHBUG00000015472	MAP7D3 (ENSHBUG00000015703)	fhl1a (ENSHBUG00000015767)	slc9a6a (ENSHBUG00000015832)	taf7 (ENSHBUG00000015899)	ENSHBUG00000015909	drp2 (ENSHBUG00000015928)	CENPI (ENSHBUG00000016033)	tmem35 (ENSHBUG00000016059)	arl13a (ENSHBUG00000016100)	xkrx (ENSHBUG00000016109)	nox1 (ENSHBUG00000016157)	cstf2 (ENSHBUG00000016183)	ENSHBUG00000016265 #22	ENSHBUG00000016337	tspan7 (ENSHBUG00000016351)	SRPX2 (ENSHBUG00000016371)	sytl4 (ENSHBUG00000016396)	trmt12 (ENSHBUG00000016412)	zdhhc9 (ENSHBUG00000016462) #20	SASH3 (ENSHBUG00000016484) #19	xpnpep2 (ENSHBUG00000016524) #18	apln (ENSHBUG00000016548)	ENSHBUG00000016583	ocrl (ENSHBUG00000016975) #16	ENSHBUG00000017042	clic2 (ENSHBUG00000017065)	urp1 (ENSHBUG00000017075)	c1galt1c1 (ENSHBUG00000017092)
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000174529	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000175481	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000174555	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471	ENSGT00940000155145
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000175481	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000174555	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471	ENSGT00940000155145
Eastern happy	MODERN SPECIES	11	ENSACLG00000000320	ENSACLG00000000323	ENSACLG00000000343	ENSACLG00000000364	fhl1a (ENSACLG00000000385)	slc9a6a (ENSACLG00000000428)	taf7 (ENSACLG00000000506)	ENSACLG00000000586	drp2 (ENSACLG00000000612)	CENPI (ENSACLG00000000672)	tmem35 (ENSACLG00000000728)	arl13a (ENSACLG00000000738)	xkrx (ENSACLG00000000760)	nox1 (ENSACLG00000000762)	cstf2 (ENSACLG00000000779)	ENSACLG00000000826 #22	ENSACLG00000000920	tspan7 (ENSACLG00000000955)	ENSACLG00000000975	SRPX2 (ENSACLG00000000980)	sytl4 (ENSACLG00000000994)	trmt12 (ENSACLG00000001008)	zdhhc9 (ENSACLG00000001014) #20	SASH3 (ENSACLG00000001063) #19	xpnpep2 (ENSACLG00000001072) #18	apln (ENSACLG00000001128)	ENSACLG00000001145	ocrl (ENSACLG00000001194) #16	ENSACLG00000001240	clic2 (ENSACLG00000001301)	urp1 (ENSACLG00000001340)
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1102	si:dkeyp-11e3.1 (ENSMZEG00005006590)	ENSMZEG00005006608	ENSMZEG00005006625	MAP7D3 (ENSMZEG00005006639)	fhl1a (ENSMZEG00005006725)	slc9a6a (ENSMZEG00005006749)	taf7 (ENSMZEG00005006820)	ENSMZEG00005006867	drp2 (ENSMZEG00005006921)	CENPI (ENSMZEG00005007021)	tmem35 (ENSMZEG00005007040)	arl13a (ENSMZEG00005007052)	xkrx (ENSMZEG00005007145)	nox1 (ENSMZEG00005007154)	cstf2 (ENSMZEG00005007200)	ENSMZEG00005007253 #22	ENSMZEG00005007279	tspan7 (ENSMZEG00005007299)	SRPX2 (ENSMZEG00005007311)	sytl4 (ENSMZEG00005007326)	trmt12 (ENSMZEG00005007349)	zdhhc9 (ENSMZEG00005007364) #20	SASH3 (ENSMZEG00005007395) #19	xpnpep2 (ENSMZEG00005007420) #18	apln (ENSMZEG00005007435)	ENSMZEG00005007445	ocrl (ENSMZEG00005007494) #16	ENSMZEG00005007671	clic2 (ENSMZEG00005007700)	urp1 (ENSMZEG00005007719)	c1galt1c1 (ENSMZEG00005007726)
P. nyererei	DUPLICATION
P. nyererei	MODERN SPECIES	303	ENSPNYG00000012252	ENSPNYG00000012224	ENSPNYG00000012176	fhl1a (ENSPNYG00000012134)	slc9a6a (ENSPNYG00000012068)	taf7 (ENSPNYG00000012014)	ENSPNYG00000011719	drp2 (ENSPNYG00000011582)	CENPI (ENSPNYG00000011533)	tmem35 (ENSPNYG00000011513)	arl13a (ENSPNYG00000011485)	xkrx (ENSPNYG00000011470)	nox1 (ENSPNYG00000011011)	cstf2 (ENSPNYG00000010852)	ENSPNYG00000010814 #22	ENSPNYG00000010798 #22	ENSPNYG00000010771	tspan7 (ENSPNYG00000010762)	SRPX2 (ENSPNYG00000010750)	ENSPNYG00000010731	ENSPNYG00000010719	trmt12 (ENSPNYG00000010696)	zdhhc9 (ENSPNYG00000010672) #20	SASH3 (ENSPNYG00000010628) #19	xpnpep2 (ENSPNYG00000010569) #18	apln (ENSPNYG00000010548)	ENSPNYG00000010520	ocrl (ENSPNYG00000010286) #16	ENSPNYG00000010191	clic2 (ENSPNYG00000010160)	urp1 (ENSPNYG00000010133)
P. nyererei	MODERN SPECIES	303	ENSPNYG00000012300	ENSPNYG00000012252	ENSPNYG00000012224	ENSPNYG00000012176	fhl1a (ENSPNYG00000012134)	slc9a6a (ENSPNYG00000012068)	taf7 (ENSPNYG00000012014)	ENSPNYG00000011719	drp2 (ENSPNYG00000011582)	CENPI (ENSPNYG00000011533)	tmem35 (ENSPNYG00000011513)	arl13a (ENSPNYG00000011485)	xkrx (ENSPNYG00000011470)	nox1 (ENSPNYG00000011011)	cstf2 (ENSPNYG00000010852)	ENSPNYG00000010814 #22	ENSPNYG00000010798 #22	ENSPNYG00000010771	tspan7 (ENSPNYG00000010762)	SRPX2 (ENSPNYG00000010750)	ENSPNYG00000010731	ENSPNYG00000010719	trmt12 (ENSPNYG00000010696)	zdhhc9 (ENSPNYG00000010672) #20	SASH3 (ENSPNYG00000010628) #19	xpnpep2 (ENSPNYG00000010569) #18	apln (ENSPNYG00000010548)	ENSPNYG00000010520	ocrl (ENSPNYG00000010286) #16	ENSPNYG00000010191	clic2 (ENSPNYG00000010160)
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.b.h ##22	ENSGT00940000161661	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000174555	ENSGT00940000164536.b	ENSGT00950000184267	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.b.h ##22	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000174555	ENSGT00950000184267	ENSGT00940000164536.b	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000174529	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000017581.a	ENSGT00940000164351	ENSGT00940000156017.eb	ENSGT00940000162488.b.b	ENSGT00940000161206	ENSGT00950000183115.b.b	ENSGT01100000263536.A.a.b
Tetraodon	MODERN SPECIES		si:dkeyp-11e3.1 (ENSTNIG00000016847)	ENSTNIG00000016848	ENSTNIG00000016849	fhl1a (ENSTNIG00000016850)	slc9a6a (ENSTNIG00000016851)	taf7 (ENSTNIG00000016852)	ENSTNIG00000016853	drp2 (ENSTNIG00000016854)	CENPI (ENSTNIG00000001216)	tmem35 (ENSTNIG00000016855)	arl13a (ENSTNIG00000016856)	xkrx (ENSTNIG00000016857)	xkrx (ENSTNIG00000016858)	nox1 (ENSTNIG00000016859)	cstf2 (ENSTNIG00000016860)	ENSTNIG00000016861 #22	mid1ip1l (ENSTNIG00000016862)	tspan7 (ENSTNIG00000016863)	SRPX2 (ENSTNIG00000016864)	sytl4 (ENSTNIG00000016865)	trmt12 (ENSTNIG00000016866)	zdhhc9 (ENSTNIG00000016867) #20	ENSTNIG00000016868	TENT5D (ENSTNIG00000016869)	TBX22 (ENSTNIG00000016870)	ITM2A (ENSTNIG00000016871)	ENSTNIG00000019684	LPAR4 (ENSTNIG00000002953)	ENSTNIG00000002954	ENSTNIG00000002955	sybl1 (ENSTNIG00000004212)
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.b.h ##22	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000174555	ENSGT00950000184267	ENSGT00940000164536.b	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	237									drp2 (ENSLBEG00000028728)	CENPI (ENSLBEG00000028727)	tmem35 (ENSLBEG00000028725)	arl13a (ENSLBEG00000028724)	xkrx (ENSLBEG00000028723)	nox1 (ENSLBEG00000028722)	cstf2 (ENSLBEG00000028720)	ENSLBEG00000028719 #22	tspan7 (ENSLBEG00000028716)	SRPX2 (ENSLBEG00000028715)	sytl4 (ENSLBEG00000028714)	trmt12 (ENSLBEG00000028712)	zdhhc9 (ENSLBEG00000028711) #20	SASH3 (ENSLBEG00000028709) #19	xpnpep2 (ENSLBEG00000028708) #18	apln (ENSLBEG00000028707)	ENSLBEG00000028706	ocrl (ENSLBEG00000028705) #16	ENSLBEG00000028703	clic2 (ENSLBEG00000028702)	urp1 (ENSLBEG00000028701)	c1galt1c1 (ENSLBEG00000028700)	mcts1 (ENSLBEG00000028699)
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.b.h ##22	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00950000184267	ENSGT00940000164536.b	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.b.h ##22	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00950000184267	ENSGT00940000164536.b	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471	ENSGT00940000155145
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.b.h ##22	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00950000184267	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471	ENSGT00940000155145	ENSGT00550000074964
Lumpfish	MODERN SPECIES	1	ENSCLMG00005021853	ENSCLMG00005001282	ENSCLMG00005001295	fhl1a (ENSCLMG00005001309)	slc9a6a (ENSCLMG00005001626)	taf7 (ENSCLMG00005002689)	ENSCLMG00005002691	drp2 (ENSCLMG00005003200)	CENPI (ENSCLMG00005003204)	tmem35 (ENSCLMG00005003207)	arl13a (ENSCLMG00005003209)	xkrx (ENSCLMG00005003212)	nox1 (ENSCLMG00005003222)	cstf2 (ENSCLMG00005003515)	ENSCLMG00005003519 ##22	ENSCLMG00005003521 #22	mid1ip1l (ENSCLMG00005003522)	tspan7 (ENSCLMG00005003525)	SRPX2 (ENSCLMG00005003529)	sytl4 (ENSCLMG00005003535)	trmt12 (ENSCLMG00005003540)	zdhhc9 (ENSCLMG00005003541) #20	SASH3 (ENSCLMG00005003542) #19	xpnpep2 (ENSCLMG00005003548) #18	ENSCLMG00005003577	ocrl (ENSCLMG00005003590) #16	ENSCLMG00005005227	clic2 (ENSCLMG00005005261)	urp1 (ENSCLMG00005005262)	c1galt1c1 (ENSCLMG00005005263)	mcts1 (ENSCLMG00005005264)
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00950000184267	ENSGT00940000164536.b	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471	ENSGT00940000155145
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	1	si:dkeyp-11e3.1 (ENSCGOG00000020024)	ENSCGOG00000020017	ENSCGOG00000020012	MAP7D3 (ENSCGOG00000019999)	fhl1a (ENSCGOG00000019995)	slc9a6a (ENSCGOG00000019328)	taf7 (ENSCGOG00000019067)	ENSCGOG00000019049	drp2 (ENSCGOG00000019038)	CENPI (ENSCGOG00000019029)	tmem35 (ENSCGOG00000019025)	arl13a (ENSCGOG00000019021)	xkrx (ENSCGOG00000019018)	nox1 (ENSCGOG00000018735)	cstf2 (ENSCGOG00000018720)	ENSCGOG00000018715 #22	mid1ip1l (ENSCGOG00000018711)	tspan7 (ENSCGOG00000018672)	SRPX2 (ENSCGOG00000018631)	ENSCGOG00000018628	trmt12 (ENSCGOG00000018627)	zdhhc9 (ENSCGOG00000018625) #20	SASH3 (ENSCGOG00000018620) #19	xpnpep2 (ENSCGOG00000018449) #18	ENSCGOG00000018438	ocrl (ENSCGOG00000018221) #16	ENSCGOG00000018211	clic2 (ENSCGOG00000018209)	urp1 (ENSCGOG00000018208)	c1galt1c1 (ENSCGOG00000018206)	mcts1 (ENSCGOG00000018174)
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000174529	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471	ENSGT00940000155145	ENSGT00550000074964
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Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000174529	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471	ENSGT00940000155145	ENSGT00550000074964
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European seabass	DUPLICATION
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Zig-zag eel	MODERN SPECIES	1	ENSMAMG00000020572	ENSMAMG00000020569	ENSMAMG00000020565	MAP7D3 (ENSMAMG00000020555)	fhl1a (ENSMAMG00000020548)	slc9a6a (ENSMAMG00000020524)	taf7 (ENSMAMG00000020513)	ENSMAMG00000020426	drp2 (ENSMAMG00000020408)	CENPI (ENSMAMG00000020398)	tmem35 (ENSMAMG00000027904)	arl13a (ENSMAMG00000020385)	xkrx (ENSMAMG00000020382)	nox1 (ENSMAMG00000020378)	cstf2 (ENSMAMG00000028209)	ENSMAMG00000026905 #22	mid1ip1l (ENSMAMG00000020348)	tspan7 (ENSMAMG00000020336)	ENSMAMG00000020328	SYTL4 (ENSMAMG00000020318)	trmt12 (ENSMAMG00000020311)	zdhhc9 (ENSMAMG00000020303) #20	SASH3 (ENSMAMG00000020298) #19	xpnpep2 (ENSMAMG00000020280) #18	ENSMAMG00000026379	ocrl (ENSMAMG00000020233) #16	ENSMAMG00000026034	clic2 (ENSMAMG00000020180)	urp1 (ENSMAMG00000020174)	C1GALT1C1 (ENSMAMG00000020172)	mcts1 (ENSMAMG00000020164)
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000174529	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000174555	ENSGT00950000184267	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000174529	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000174555	ENSGT00950000184267	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471
Turbot	DUPLICATION
Turbot	MODERN SPECIES	4	ENSSMAG00000014507	ENSSMAG00000014489	MAP7D3 (ENSSMAG00000014289)	slc9a6a (ENSSMAG00000014210)	taf7 (ENSSMAG00000014177)	fhl1a (ENSSMAG00000014260)	ENSSMAG00000013761	drp2 (ENSSMAG00000013635)	CENPI (ENSSMAG00000013589)	tmem35 (ENSSMAG00000028027)	arl13a (ENSSMAG00000013557)	xkrx (ENSSMAG00000013552)	nox1 (ENSSMAG00000013490)	cstf2 (ENSSMAG00000013463)	ENSSMAG00000013440 #22	ENSSMAG00000030750 #22	mid1ip1l (ENSSMAG00000031745)	tspan7 (ENSSMAG00000013355)	ENSSMAG00000013273	SYTL4 (ENSSMAG00000013257)	trmt12 (ENSSMAG00000013247)	zdhhc9 (ENSSMAG00000013239) #20	SASH3 (ENSSMAG00000013234) #19	xpnpep2 (ENSSMAG00000013218) #18	ENSSMAG00000013212	ocrl (ENSSMAG00000013174) #16	ENSSMAG00000037650	clic2 (ENSSMAG00000013119)	urp1 (ENSSMAG00000027422)	C1GALT1C1 (ENSSMAG00000013084)	mcts1 (ENSSMAG00000013065)
Turbot	MODERN SPECIES	4	ENSSMAG00000014515	ENSSMAG00000014507	ENSSMAG00000014489	MAP7D3 (ENSSMAG00000014289)	slc9a6a (ENSSMAG00000014210)	taf7 (ENSSMAG00000014177)	fhl1a (ENSSMAG00000014260)	ENSSMAG00000013761	drp2 (ENSSMAG00000013635)	CENPI (ENSSMAG00000013589)	tmem35 (ENSSMAG00000028027)	arl13a (ENSSMAG00000013557)	xkrx (ENSSMAG00000013552)	nox1 (ENSSMAG00000013490)	cstf2 (ENSSMAG00000013463)	ENSSMAG00000013440 #22	ENSSMAG00000030750 #22	mid1ip1l (ENSSMAG00000031745)	tspan7 (ENSSMAG00000013355)	ENSSMAG00000013273	SYTL4 (ENSSMAG00000013257)	trmt12 (ENSSMAG00000013247)	zdhhc9 (ENSSMAG00000013239) #20	SASH3 (ENSSMAG00000013234) #19	xpnpep2 (ENSSMAG00000013218) #18	ENSSMAG00000013212	ocrl (ENSSMAG00000013174) #16	ENSSMAG00000037650	clic2 (ENSSMAG00000013119)	urp1 (ENSSMAG00000027422)	C1GALT1C1 (ENSSMAG00000013084)
Tongue sole	MODERN SPECIES	6	cul4b (ENSCSEG00000002108)	mcts1 (ENSCSEG00000002120)	c1galt1c1 (ENSCSEG00000002125)	urp1 (ENSCSEG00000002136)	clic2 (ENSCSEG00000002126)	ENSCSEG00000002143	drp2 (ENSCSEG00000002166)	ENSCSEG00000002196	ENSCSEG00000002204	ENSCSEG00000002209	arl13a (ENSCSEG00000002533)	tmem35 (ENSCSEG00000002535)	xkrx (ENSCSEG00000002537)	nox1 (ENSCSEG00000002542)	ENSCSEG00000002596	ENSCSEG00000002632 #22	mid1ip1l (ENSCSEG00000002652)	tspan7 (ENSCSEG00000002655)	SRPX2 (ENSCSEG00000002661)	sytl4 (ENSCSEG00000002668)	trmt12 (ENSCSEG00000002675)	zdhhc9 (ENSCSEG00000002680) #20	zgc:153146 (ENSCSEG00000002693)	hvcn1 (ENSCSEG00000002703)	ENSCSEG00000002706	taf7 (ENSCSEG00000002713)	ENSCSEG00000002730	ocrl (ENSCSEG00000002795) #16	ENSCSEG00000002811	apln (ENSCSEG00000002818)	ENSCSEG00000002820
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000161661	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000164536.b	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471	ENSGT00940000155145	ENSGT00550000074964
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00940000174529	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000161661	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	2573										CENPI (ENSSLDG00000009929)	tmem35 (ENSSLDG00000009953)	arl13a (ENSSLDG00000009973)	xkrx (ENSSLDG00000010006)	nox1 (ENSSLDG00000010021)	ENSSLDG00000010056	ENSSLDG00000010096 #22	tspan7 (ENSSLDG00000010172)	SRPX2 (ENSSLDG00000010211)
Greater amberjack	MODERN SPECIES	113	ENSSDUG00000000476	ENSSDUG00000000500	ENSSDUG00000000516	MAP7D3 (ENSSDUG00000000536)	fhl1a (ENSSDUG00000000559)	slc9a6a (ENSSDUG00000000635)	taf7 (ENSSDUG00000000702)	ENSSDUG00000000761	drp2 (ENSSDUG00000000801)	CENPI (ENSSDUG00000000899)	tmem35 (ENSSDUG00000000919)	arl13a (ENSSDUG00000000933)	xkrx (ENSSDUG00000000960)	nox1 (ENSSDUG00000000983)	ENSSDUG00000001049	ENSSDUG00000001067 #22	tspan7 (ENSSDUG00000001123)	SRPX2 (ENSSDUG00000001152)	ppid (ENSSDUG00000001182)	etfdh (ENSSDUG00000001229)	rxfp1 (ENSSDUG00000001280)	tmem144b (ENSSDUG00000001335)	GASK1B (ENSSDUG00000001354)	ENSSDUG00000001359	gria2b (ENSSDUG00000001381)	glrbb (ENSSDUG00000001441)	PDGFC (ENSSDUG00000001476)	neil3 (ENSSDUG00000001511)	aga (ENSSDUG00000001544)	TENM3 (ENSSDUG00000001588) ##9	ENSSDUG00000001731
Barramundi perch	MODERN SPECIES	122	ENSLCAG00010016592	ENSLCAG00010016587	ENSLCAG00010016583	MAP7D3 (ENSLCAG00010016573)	fhl1a (ENSLCAG00010016555)	slc9a6a (ENSLCAG00010016488)	taf7 (ENSLCAG00010016445)	ENSLCAG00010016432	drp2 (ENSLCAG00010016426)	CENPI (ENSLCAG00010016411)	tmem35 (ENSLCAG00010016405)	arl13a (ENSLCAG00010016402)	xkrx (ENSLCAG00010016399)	nox1 (ENSLCAG00010016359)	ENSLCAG00010016349	ENSLCAG00010016340 #22	tspan7 (ENSLCAG00010016316)	SRPX2 (ENSLCAG00010016307)	sytl4 (ENSLCAG00010016299)	ENSLCAG00010016297	trmt12 (ENSLCAG00010016294)	zdhhc9 (ENSLCAG00010016292) #20
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	1	ENSMMDG00005001872	ENSMMDG00005001868	ENSMMDG00005001859	fhl1a (ENSMMDG00005001856)	slc9a6a (ENSMMDG00005001816)	taf7 (ENSMMDG00005001770)	ENSMMDG00005001156	drp2 (ENSMMDG00005019449)	CENPI (ENSMMDG00005019398)	tmem35 (ENSMMDG00005019387)	ENSMMDG00005019386	arl13a (ENSMMDG00005019383)	xkrx (ENSMMDG00005019381)	nox1 (ENSMMDG00005019276)	cstf2 (ENSMMDG00005019265)	ENSMMDG00005019263 #22	mid1ip1l (ENSMMDG00005019262)	tspan7 (ENSMMDG00005019259)	SRPX2 (ENSMMDG00005019246)	sytl4 (ENSMMDG00005019243)	trmt12 (ENSMMDG00005019241)	zdhhc9 (ENSMMDG00005019239) #20	SASH3 (ENSMMDG00005019230) #19	xpnpep2 (ENSMMDG00005019220) #18	ENSMMDG00005019212	ocrl (ENSMMDG00005017046) #16	ENSMMDG00005017014	clic2 (ENSMMDG00005017003)	urp1 (ENSMMDG00005017000)	c1galt1c1 (ENSMMDG00005016999)	mcts1 (ENSMMDG00005016998)
Cod	MODERN SPECIES	1	ENSGMOG00000004974	drp2 (ENSGMOG00000004989)	CENPI (ENSGMOG00000005030)	tmem35 (ENSGMOG00000036974)	arl13a (ENSGMOG00000005087)	xkrx (ENSGMOG00000005111)	nox1 (ENSGMOG00000005121)	cstf2 (ENSGMOG00000005145)	mid1ip1l (ENSGMOG00000028803)	tspan7 (ENSGMOG00000005225)	ENSGMOG00000005238	SYTL4 (ENSGMOG00000005253)	zdhhc9 (ENSGMOG00000005283) #20	SASH3 (ENSGMOG00000005306) #19	xpnpep2 (ENSGMOG00000005338) #18	ENSGMOG00000023833 #22	ocrl (ENSGMOG00000005366) #16	ENSGMOG00000005419	clic2 (ENSGMOG00000005434)	urp1 (ENSGMOG00000026552)	ENSGMOG00000020191	ENSGMOG00000005450	ENSGMOG00000005532	ENSGMOG00000030469	ENSGMOG00000032759	hspa4b (ENSGMOG00000005602)	gnpda1 (ENSGMOG00000005643)	ENSGMOG00000024027	fgf1a (ENSGMOG00000005658)	nr3c1 (ENSGMOG00000005668)	kctd16a (ENSGMOG00000005691)
Osteoglossiformes	DUPLICATION
Osteoglossiformes	DUPLICATION
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	140							ENSGT00940000164465.a.b	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a.b	ENSGT00390000003231.a.q	ENSGT00940000165729.f	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.a.`b.a #22	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149.i	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999.a #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00950000184267.a	ENSGT00940000157996.j #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397.f	ENSGT00670000099471	ENSGT00940000155145.`c	ENSGT00550000074964	ENSGT00940000155339.nb
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	4	DIAPH2 (ENSSFOG00015007312)	glra4a (ENSSFOG00015031955)	gla (ENSSFOG00015007260)	ENSSFOG00015029667	BTK (ENSSFOG00015007024)	zgc:101583 (ENSSFOG00015006965)	taf7 (ENSSFOG00015006894)	ENSSFOG00015006596	drp2 (ENSSFOG00015006489)	ENSSFOG00015006417	tmem35 (ENSSFOG00015027121)	xkrx (ENSSFOG00015006399)	ENSSFOG00015006382	cstf2 (ENSSFOG00015006348)	ENSSFOG00015006313 #22	ENSSFOG00015026783 #22	tspan7 (ENSSFOG00015027728)	SRPX2 (ENSSFOG00015006143)	sytl4 (ENSSFOG00015006110)	trmt12 (ENSSFOG00015006090)	zdhhc9 (ENSSFOG00015027828) #20	SASH3 (ENSSFOG00015006052) #19	xpnpep2 (ENSSFOG00015006015) #18	ENSSFOG00015005999	ocrl (ENSSFOG00015005935) #16	ENSSFOG00015005852	ENSSFOG00015032114	urp1 (ENSSFOG00015005786)	c1galt1c1 (ENSSFOG00015005772)	mcts1 (ENSSFOG00015005757)	cul4b (ENSSFOG00015005718)
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	568														xkrx (ENSPKIG00000005149)	cstf2 (ENSPKIG00000005033)	ENSPKIG00000004956 #22	tspan7 (ENSPKIG00000004885)	SRPX2 (ENSPKIG00000004826)	sytl4 (ENSPKIG00000004712)	trmt12 (ENSPKIG00000004640)	zdhhc9 (ENSPKIG00000004595) #20	SASH3 (ENSPKIG00000004567) #19
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	275	ENSGT00940000178841	ENSGT00940000159162.e	ENSGT00940000157822	ENSGT00940000158789.c	ENSGT00390000008751.b	ENSGT00940000165687.a	ENSGT00940000161656	ENSGT00940000158469	ENSGT00940000154661	ENSGT00940000164465.b	ENSGT00940000154325.a.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a.r	ENSGT00940000165729.e	ENSGT00390000008142 #21	ENSGT00940000153737.a.`b.b #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159149.j	ENSGT00940000159999.b #20
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	5	med12 (ENSSFOG00015009315)	aifm1 (ENSSFOG00015009530) #24	ENSSFOG00015033085	PCDH19 (ENSSFOG00015007391)	glra4a (ENSSFOG00015031343)	ENSSFOG00015009732	BTK (ENSSFOG00015009780)	timm8a (ENSSFOG00015028804)	zgc:101583 (ENSSFOG00015009814)	DRP2 (ENSSFOG00015009851)	TMEM35A (ENSSFOG00015026572)	arl13a (ENSSFOG00015010065)	ENSSFOG00015010125	nox1 (ENSSFOG00015010204)	si:dkey-251i10.3 (ENSSFOG00015010260) #21	ENSSFOG00015031316 #22	mid1ip1l (ENSSFOG00015031175)	SRPX2 (ENSSFOG00015010347)	zdhhc9 (ENSSFOG00015010405) #20	ENSSFOG00015010447	ocrl (ENSSFOG00015010512) #16	clic2 (ENSSFOG00015010636)	c1galt1c1 (ENSSFOG00015010656)	CUL4B (ENSSFOG00015010668)	LAMP2 (ENSSFOG00015010718)	ATP1B4 (ENSSFOG00015026216)	ENSSFOG00015027976	TMEM255A (ENSSFOG00015010769)	zbtb33 (ENSSFOG00015010783)	AKAP14 (ENSSFOG00015010796)	si:dkey-251i10.2 (ENSSFOG00015010802)
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	455					ENSPKIG00000013794	rpl36a (ENSPKIG00000013772)	BTK (ENSPKIG00000013740)	timm8a (ENSPKIG00000013715)	zgc:101583 (ENSPKIG00000013693)	DRP2 (ENSPKIG00000013625)	TMEM35A (ENSPKIG00000013592)	arl13a (ENSPKIG00000013558)	ENSPKIG00000013534	nox1 (ENSPKIG00000013484)	si:dkey-251i10.3 (ENSPKIG00000013424) #21	ENSPKIG00000013393 #22	SRPX2 (ENSPKIG00000013302)	zdhhc9 (ENSPKIG00000013235) #20
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.a.ab #22
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Vertebrata	ANCESTRAL SPECIES	412															ENSGT00390000001021	ENSGT00940000153737.b ##22
Cyclostomata	ANCESTRAL SPECIES	416															ENSGT00390000001021	ENSGT00940000153737.b ##22
Hagfish	MODERN SPECIES	541											fundc1 (ENSEBUG00000010211)	ENSEBUG00000001018	ENSEBUG00000013499	ENSEBUG00000013080	ENSEBUG00000005605	ENSEBUG00000007465 ##22	ENSEBUG00000016836	ENSEBUG00000006306 #29	ENSEBUG00000007757 ##29	ENSEBUG00000002200	ENSEBUG00000007677 ##29	ENSEBUG00000012708	uxs1 (ENSEBUG00000010358)	ENSEBUG00000010671	ENSEBUG00000004507	usp9 (ENSEBUG00000012685)	ENSEBUG00000017068	ENSEBUG00000003872	cnpy3 (ENSEBUG00000007245)	ENSEBUG00000011234	ENSEBUG00000014382
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166930	ENSGT00940000166107	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01030000234518.C.b	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000153244.B	ENSGT00940000155375	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b
Elephant shark	DUPLICATION
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Elephant shark	MODERN SPECIES	1487	DIAPH2 (ENSCMIG00000005957)	pcdh19 (ENSCMIG00000005948)	TNMD (ENSCMIG00000005946)	elf1 (ENSCMIG00000005939)	aifm1 (ENSCMIG00000005902) #24	faah2b (ENSCMIG00000005875)	ENSCMIG00000005869	clic2 (ENSCMIG00000005867)	ENSCMIG00000005853	ocrl (ENSCMIG00000005604) #16	ENSCMIG00000005463	xpnpep2 (ENSCMIG00000005296) #18	SASH3 (ENSCMIG00000005233) #19	zdhhc9 (ENSCMIG00000005226) #20	si:dkey-251i10.3 (ENSCMIG00000005119) #21	ENSCMIG00000005085 ##22	ENSCMIG00000005077 #22	ENSCMIG00000005074	tspan6 (ENSCMIG00000005071)	SRPX2 (ENSCMIG00000005060)	si:ch211-153b23.4 (ENSCMIG00000005051)	si:ch211-153b23.5 (ENSCMIG00000005047)	glod5 (ENSCMIG00000005043)	zgc:174917 (ENSCMIG00000005041)	ENSCMIG00000005038	ENSCMIG00000005035	ENSCMIG00000005031	irg1l (ENSCMIG00000005028)	ENSCMIG00000005021	kctd12b (ENSCMIG00000005016)	ENSCMIG00000005010
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	65	ENSGT00520000055625.a	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166930	ENSGT00940000166107	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000153244.B	ENSGT01050000245294	ENSGT00940000155375	ENSGT00940000168277	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00510000053070	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000164470	ENSGT00520000055625.a	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166930	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000153244.B	ENSGT01050000245294	ENSGT00940000155375	ENSGT00940000168277	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00510000053070	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000166110	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT01100000263512.b.b.a	ENSGT00940000160592	ENSGT00390000014405	ENSGT00940000159726
Reedfish	MODERN SPECIES	12	mao (ENSECRG00000009478)	caska (ENSECRG00000009630)	GPR82 (ENSECRG00000009789)	gpr34b (ENSECRG00000009791)	nyx (ENSECRG00000009796)	ddx3xa (ENSECRG00000009815)	rpl8 (ENSECRG00000009856)	usp9 (ENSECRG00000009875)	ENSECRG00000009910	ENSECRG00000009923	ENSECRG00000009933	med14 (ENSECRG00000009979)	CXorf38 (ENSECRG00000010152)	ENSECRG00000010174	atp6ap2 (ENSECRG00000010201)	bcor (ENSECRG00000010211) ##22	mid1ip1a (ENSECRG00000010224)	ENSECRG00000000925	tspan7b (ENSECRG00000001014)	OTC (ENSECRG00000001049)	ENSECRG00000001071	srpx (ENSECRG00000001097)	SYTL5 (ENSECRG00000001138)	dynlt3 (ENSECRG00000001179)	cybb (ENSECRG00000001195)	ENSECRG00000001252	xk (ENSECRG00000001265)	LANCL3 (ENSECRG00000001287)	ENSECRG00000001294	GRPR (ENSECRG00000001317)	ASB11 (ENSECRG00000001350)
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	31															ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00510000053070	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000166110	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT01100000263512.b.b.a	ENSGT00940000160592	ENSGT00390000014405	ENSGT00940000159726
Spotted gar	MODERN SPECIES	655	HERC2 (ENSLOCG00000008243)	nipa1 (ENSLOCG00000008231)	nipa2 (ENSLOCG00000008207)	cyfip1 (ENSLOCG00000008180)	tubgcp5 (ENSLOCG00000008164)	CHST7 (ENSLOCG00000017795)	slc9a7 (ENSLOCG00000008129)	rp2 (ENSLOCG00000008112)	jade3 (ENSLOCG00000008100)	rgn (ENSLOCG00000008081)	ENSLOCG00000008059	PLCXD1 (ENSLOCG00000008041)	ENSLOCG00000008026	GTPBP6 (ENSLOCG00000008009)	atp6ap2 (ENSLOCG00000007993)	bcor (ENSLOCG00000007967) ##22	ENSLOCG00000007951	mid1ip1a (ENSLOCG00000017794)	tspan7b (ENSLOCG00000007939)	OTC (ENSLOCG00000007928)	rpgrb (ENSLOCG00000007914)	srpx (ENSLOCG00000007901)	SYTL5 (ENSLOCG00000007874)	dynlt3 (ENSLOCG00000007862)	cybb (ENSLOCG00000007849)	xk (ENSLOCG00000007838)	LANCL3 (ENSLOCG00000007822)	GRPR (ENSLOCG00000007810)	ASB11 (ENSLOCG00000007798)	piga (ENSLOCG00000007789)	vegfd (ENSLOCG00000007773)
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01090000260076.b.b	ENSGT00950000182852.A.a.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00940000158272	ENSGT00510000047809	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00940000154317.b	ENSGT00390000005596.a	ENSGT00940000159169	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00530000063503.a.a	ENSGT00940000157308	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00510000053070	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009.a	ENSGT00940000155009.b	ENSGT00940000166110	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT01100000263512.b.b.a	ENSGT00940000166315	ENSGT00940000160592
Osteoglossiformes	DUPLICATION
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	71	ENSGT00390000011048.s	ENSGT00940000162114	ENSGT00390000011425.B	ENSGT00390000015719.d.e	ENSGT01090000260076.b.b.c.a	ENSGT00950000182852.A.a.b.e	ENSGT00390000006574	ENSGT00940000171194	ENSGT00940000158147	ENSGT00940000158272	ENSGT00510000047809.i	ENSGT00530000063558.A.c.a.a	ENSGT00530000063503.a.a	ENSGT00940000157308.i	ENSGT00990000205673	ENSGT00940000153737.b.c ##22	ENSGT00510000053070	ENSGT00940000156153.ab	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616.b	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009.a	ENSGT00940000166110	ENSGT00390000003231.b.k	ENSGT00530000063186.a	ENSGT01100000263512.b.b.a.e	ENSGT00940000160592	ENSGT00390000014405	ENSGT00940000159726	ENSGT00390000008044
Asian bonytongue	MODERN SPECIES		TASL (ENSSFOG00015001437)	nr0b1 (ENSSFOG00015025540)	il1rapl1a (ENSSFOG00015001454)	FILIP1L (ENSSFOG00015001539)	cmss1 (ENSSFOG00015001509)	ENSSFOG00015001592	ENSSFOG00015028586	ENSSFOG00015001752	tfg (ENSSFOG00015001766)	ENSSFOG00015001798	IMPG2 (ENSSFOG00015001841)	ENSSFOG00015001868	ENSSFOG00015026955	ENSSFOG00015025118	ENSSFOG00015001907	bcor (ENSSFOG00015001926) ##22	MID1IP1 (ENSSFOG00015024315)	tspan7b (ENSSFOG00015027024)	OTC (ENSSFOG00015002064)	srpx (ENSSFOG00015032926)	SYTL5 (ENSSFOG00015002406)	DYNLT3 (ENSSFOG00015030795)	cybb (ENSSFOG00015002457)	xk (ENSSFOG00015025703)	LANCL3 (ENSSFOG00015002517)	GRPR (ENSSFOG00015002550)	piga (ENSSFOG00015002619)	vegfd (ENSSFOG00015002642)	pir (ENSSFOG00015002657)	cltrn (ENSSFOG00015002712)	ENSSFOG00015002736
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	64						ENSPKIG00000020488	ENSPKIG00000020515	ENSPKIG00000020546	ENSPKIG00000020561	COL8A1 (ENSPKIG00000020574)	tfg (ENSPKIG00000020591)	ENSPKIG00000020672	ENSPKIG00000020838	ENSPKIG00000020865	ENSPKIG00000020914	bcor (ENSPKIG00000020925) ##22	ENSPKIG00000020948	MID1IP1 (ENSPKIG00000020966)	tspan7b (ENSPKIG00000020988)	RPGR (ENSPKIG00000021014)	srpx (ENSPKIG00000021046)	SYTL5 (ENSPKIG00000021093)	DYNLT3 (ENSPKIG00000021161)	cybb (ENSPKIG00000021195)	xk (ENSPKIG00000021219)	LANCL3 (ENSPKIG00000021234)	GRPR (ENSPKIG00000021273)	ASB11 (ENSPKIG00000021306)	piga (ENSPKIG00000021344)	vegfd (ENSPKIG00000021364)	pir (ENSPKIG00000021380)
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00940000155814.o.a	ENSGT01050000244891.C.c.b.t	ENSGT00390000011048.r	ENSGT00940000159715	ENSGT00390000011439	ENSGT00390000015719.d.f	ENSGT01090000260076.b.b.d	ENSGT00950000182852.A.a.b.f	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00940000154317.b	ENSGT00390000005596.a	ENSGT00510000047809.j	ENSGT00530000063558.A.c.a.b	ENSGT00940000157308.j	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b.d ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153.`b	ENSGT00940000159616.a	ENSGT00390000003231.b.l	ENSGT01100000263512.b.b.a.f	ENSGT00940000166315	ENSGT00980000199728	ENSGT00940000158077	ENSGT00940000158080.b	ENSGT00950000182963.b.a.f	ENSGT00940000154164.d.r	ENSGT00940000159407.t	ENSGT00940000157355.b	ENSGT00940000166846	ENSGT00950000183152.A
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	201							FILIP1L (ENSPKIG00000012383)	tmem30c (ENSPKIG00000012397)	ENSPKIG00000012429	jagn1b (ENSPKIG00000012451)	TFG (ENSPKIG00000012465)	ENSPKIG00000012506	SENP7 (ENSPKIG00000012646)	ENSPKIG00000012690	atp6ap2 (ENSPKIG00000012713)	bcor (ENSPKIG00000012796) ##22	MID1IP1 (ENSPKIG00000012894)	tspan7b (ENSPKIG00000012905)	rpgrb (ENSPKIG00000012925)	XK (ENSPKIG00000012945)	GRPR (ENSPKIG00000012975)	ENSPKIG00000013003	ENSPKIG00000013024	ace2 (ENSPKIG00000013075)	ENSPKIG00000013164	NHS (ENSPKIG00000013228)	RAI2 (ENSPKIG00000013265)	SCML2 (ENSPKIG00000013284)	cdkl5 (ENSPKIG00000013314)	ENSPKIG00000013367	ENSPKIG00000013398
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	5	kpna3 (ENSSFOG00015010262)	SPRYD7 (ENSSFOG00015010238)	trim13 (ENSSFOG00015010232)	dleu7 (ENSSFOG00015010221)	rnaseh2b (ENSSFOG00015010190)	nr0b1 (ENSSFOG00015030959)	IL1RAPL1 (ENSSFOG00015010161)	FILIP1L (ENSSFOG00015010150)	tmem30c (ENSSFOG00015010122)	col8a1a (ENSSFOG00015010102)	jagn1b (ENSSFOG00015010085)	TFG (ENSSFOG00015010050)	ENSSFOG00015010017	ENSSFOG00015026925	atp6ap2 (ENSSFOG00015009929)	bcor (ENSSFOG00015009893) ##22	MID1IP1 (ENSSFOG00015009835)	tspan7b (ENSSFOG00015027314)	rpgrb (ENSSFOG00015009769)	XK (ENSSFOG00015032435)	GRPR (ENSSFOG00015009737)	ENSSFOG00015009727	ENSSFOG00015009682	ace2 (ENSSFOG00015009665)	ENSSFOG00015009637	NHS (ENSSFOG00015009589)	RAI2 (ENSSFOG00015009557)	SCML2 (ENSSFOG00015009494)	cdkl5 (ENSSFOG00015009440)	RS1 (ENSSFOG00015009414)	ZRSR2 (ENSSFOG00015009363)
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	79	ENSGT00390000011425.B	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT00390000006574	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00940000171194	ENSGT00940000158147	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00510000047809	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000053070	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009.a	ENSGT00940000155009.b	ENSGT00940000166110	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT01100000263512.b.b.a	ENSGT00940000166315
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	361		ENSGT00940000155850	ENSGT00940000162114	ENSGT00390000015719.d.c	ENSGT01090000260076.b.b.a	ENSGT00950000182852.A.a.b.c	ENSGT00940000171777	ENSGT00940000158272.c.a	ENSGT00390000005596.a	ENSGT00940000159169	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00530000063503.a.a.a	ENSGT00940000157308.h	ENSGT00990000207166	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	227														ENSGT00990000207166	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000155009.a	ENSGT00940000166110	ENSGT00390000003231.b	ENSGT01100000263512.b.b.a	ENSGT00940000159726	ENSGT00390000008044	ENSGT00390000011024	ENSGT00980000199728	ENSGT00940000158077.q	ENSGT00950000182963.b.a.d	ENSGT00940000154164.d.g	ENSGT00940000159407.q	ENSGT00940000157355.c
Denticle herring	MODERN SPECIES	15	sucla2 (ENSDCDG00000014586)	HTR2A (ENSDCDG00000014780)	ATP7B (ENSDCDG00000014839)	ENSDCDG00000015559	ENSDCDG00000015565	ENSDCDG00000015575	ENSDCDG00000015580	ENSDCDG00000015585	ENSDCDG00000015591	ENSDCDG00000015600	SLAIN1 (ENSDCDG00000015608)	ENSDCDG00000015618	FBXL3 (ENSDCDG00000015627)	ENSDCDG00000015632	atp6ap2 (ENSDCDG00000015649)	bcor (ENSDCDG00000015685) ##22	MID1IP1 (ENSDCDG00000015688)	tspan7b (ENSDCDG00000015693)	rpgrb (ENSDCDG00000015702)	DYNLT3 (ENSDCDG00000015762)	cybb (ENSDCDG00000015798)	xk (ENSDCDG00000016330)	GRPR (ENSDCDG00000016332)	vegfd (ENSDCDG00000016335)	pir (ENSDCDG00000016337)	zgc:113276 (ENSDCDG00000016342)	ENSDCDG00000016346	ENSDCDG00000016348	ace2 (ENSDCDG00000016354)	NHS (ENSDCDG00000016360)	SCML2 (ENSDCDG00000016363)
Atlantic herring	MODERN SPECIES	13	arhgef7b (ENSCHAG00000018756)	ENSCHAG00000020937	lipt1 (ENSCHAG00000021873)	rpl31 (ENSCHAG00000021878)	chst10 (ENSCHAG00000021911)	ENSCHAG00000021914	MAP4K4 (ENSCHAG00000021943)	ugt1b5 (ENSCHAG00000023384)	ENSCHAG00000023392	atp5pf (ENSCHAG00000023416)	jam2a (ENSCHAG00000023428)	mrpl39 (ENSCHAG00000023440)	ENSCHAG00000023503	ENSCHAG00000023522	ENSCHAG00000023527	bcor (ENSCHAG00000023536) ##22	mid1ip1b (ENSCHAG00000023555)	tspan7b (ENSCHAG00000023556)	ENSCHAG00000023573	xk (ENSCHAG00000002432)	GRPR (ENSCHAG00000002488)	noxo1b (ENSCHAG00000002840)	SMG8 (ENSCHAG00000002903)	vegfd (ENSCHAG00000002918)	pir (ENSCHAG00000002954)	zgc:113276 (ENSCHAG00000003181)	ENSCHAG00000003235	ENSCHAG00000003332	p2rx4a (ENSCHAG00000003363)	ENSCHAG00000003400	ace2 (ENSCHAG00000003545)
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	71	ENSGT00940000155636.b.a	ENSGT00940000155636.a	ENSGT00940000175262	ENSGT00940000153463.b.b	ENSGT00940000171777	ENSGT00940000154317.b	ENSGT00940000169105	ENSGT00940000158272.c.a	ENSGT00390000005596.a	ENSGT00940000159169	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00530000063503.a.a.a	ENSGT00940000157308.h	ENSGT01030000235162	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153	ENSGT01070000253775.b	ENSGT00390000013080	ENSGT00940000158204.d	ENSGT00940000164753.b	ENSGT00550000075065.b	ENSGT00390000005372.f	ENSGT00940000163944	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000160342.f	ENSGT00940000159655	ENSGT00950000182969.B.c.a.b
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	78	ENSGT00940000154405.a.a	ENSGT00390000002210.c.a.m	ENSGT00940000155636.b.a	ENSGT00940000175262	ENSGT00940000153463.b.b	ENSGT00940000171777	ENSGT00940000169105	ENSGT00940000158272.c.a	ENSGT00390000005596.a	ENSGT00940000159169	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00530000063503.a.a.a	ENSGT00940000157308.h	ENSGT01030000235162	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153	ENSGT01070000253775.b	ENSGT00390000013080	ENSGT00940000158204.d	ENSGT00940000164753.b	ENSGT00550000075065.b	ENSGT00390000005372.f	ENSGT00940000163944	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000159655	ENSGT00950000182969.B.c.a.b
Channel catfish	MODERN SPECIES	19	COL8A1 (ENSIPUG00000010051)	jagn1b (ENSIPUG00000010018)	ABI3BP (ENSIPUG00000009865)	ENSIPUG00000009834	senp7b (ENSIPUG00000009810)	ENSIPUG00000009803	ENSIPUG00000009760	ENSIPUG00000009749	atp6ap2 (ENSIPUG00000009743)	ENSIPUG00000009709	ENSIPUG00000009676	ENSIPUG00000009654	ENSIPUG00000009641	ENSIPUG00000009628	atp6ap2 (ENSIPUG00000009598)	bcor (ENSIPUG00000009527) ##22	mid1ip1b (ENSIPUG00000009512)	tspan7b (ENSIPUG00000009494)	slc26a11 (ENSIPUG00000009399)	sgsh (ENSIPUG00000009330)	npb (ENSIPUG00000009301)	GNAO (ENSIPUG00000009256)	PCYT2 (ENSIPUG00000009148)	gcga (ENSIPUG00000009050)	dpp4 (ENSIPUG00000009029)	mettl21a (ENSIPUG00000009009)	krt222 (ENSIPUG00000008981)	krt96 (ENSIPUG00000008945)	cep70 (ENSIPUG00000008869)	mmadhca (ENSIPUG00000008913)	adarb1 (ENSIPUG00000008816)
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	87	ENSGT00390000002210.c.a.m	ENSGT00940000155636.b.a	ENSGT00940000175262	ENSGT00940000153463.b.b	ENSGT00940000171777	ENSGT00940000169105	ENSGT00940000158272.c.a	ENSGT00390000005596.a	ENSGT00940000159169	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00530000063503.a.a.a	ENSGT00940000157308.h	ENSGT00940000175800	ENSGT01030000235162	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153	ENSGT01070000253775.b	ENSGT00390000013080	ENSGT00940000158204.d	ENSGT00940000164753.b	ENSGT00550000075065.b	ENSGT00390000005372.f	ENSGT00940000163944	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000159655	ENSGT00950000182969.B.c.a.b	ENSGT00390000015050.`b.b	ENSGT00390000009029	ENSGT00940000155992.c.b
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	84	ENSGT00940000154405.a.a	ENSGT00390000002210.c.a.m	ENSGT00940000155636.b.a	ENSGT00940000175262	ENSGT00940000153463.b.b	ENSGT00940000169105	ENSGT00940000158272.c.a	ENSGT00390000005596.a	ENSGT00940000159169	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00530000063503.a.a.a	ENSGT00940000157308.h	ENSGT00940000175800	ENSGT01030000235162	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153	ENSGT01070000253775.b	ENSGT00390000013080	ENSGT00940000158204.d	ENSGT00940000164753.b	ENSGT00550000075065.b	ENSGT00390000005372.f	ENSGT00940000163944	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000159655	ENSGT00950000182969.B.c.a.b	ENSGT00390000015050.`b.b	ENSGT00390000009029	ENSGT00940000155992.c.b
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	612											ENSPNAG00000021515	ENSPNAG00000003687	ENSPNAG00000021529	ENSPNAG00000021548	atp6ap2 (ENSPNAG00000021594)	bcor (ENSPNAG00000021690) ##22
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	50	COL8A1 (ENSAMXG00000037564)	jagn1b (ENSAMXG00000031710)	ENSAMXG00000029422	ADGRG7 (ENSAMXG00000004640)	abi3bpb (ENSAMXG00000004654)	ENSAMXG00000038339	senp7b (ENSAMXG00000042301)	ENSAMXG00000042817	ENSAMXG00000034728	ENSAMXG00000004689	ENSAMXG00000043284	ENSAMXG00000043019	ENSAMXG00000041713	ENSAMXG00000034823	atp6ap2 (ENSAMXG00000004695)	bcor (ENSAMXG00000004699) ##22	mid1ip1b (ENSAMXG00000025966)	tspan7b (ENSAMXG00000036767)	slc26a11 (ENSAMXG00000004718)	sgsh (ENSAMXG00000004733)	gnav1 (ENSAMXG00000004740)	npb (ENSAMXG00000033963)	polr3f (ENSAMXG00000036020)	dzank1 (ENSAMXG00000004750)	kat14 (ENSAMXG00000004752)	PET117 (ENSAMXG00000034451)	rrbp1b (ENSAMXG00000004762)	AARS2 (ENSAMXG00000032017)	vstm2b (ENSAMXG00000041510)	ENSAMXG00000041742	uqcrfs1 (ENSAMXG00000041959)
Electric eel	MODERN SPECIES	1325															atp6ap2 (ENSEEEG00000011421)	bcor (ENSEEEG00000011419) ##22
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00940000155664.a.b	ENSGT00390000008040.bb.a	ENSGT01020000230364.a.a.a.b.lb	ENSGT00940000161296	ENSGT00940000157395	ENSGT00390000006932	ENSGT00510000047872	ENSGT00940000159993	ENSGT00390000014000	ENSGT00950000182983.B.a.a	ENSGT00940000157375.c	ENSGT00940000155404.i.b	ENSGT00390000014361	ENSGT01030000235162	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153	ENSGT01070000253775.b	ENSGT00390000013080	ENSGT00940000158204.d	ENSGT00940000164753.b	ENSGT00550000075065.b	ENSGT00390000005372.f.e	ENSGT00940000163944	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000160342.f	ENSGT00940000159655	ENSGT00950000182969.B.c.a.b	ENSGT00940000157211.k	ENSGT00940000156353.u.b
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	718														ENSGT01030000235162.b.a.a.a.a	ENSGT00390000008856.z	ENSGT00940000153737.b.e ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f.l	ENSGT00940000156153.x	ENSGT01070000253775.b.f	ENSGT00390000013080.d	ENSGT00940000158204.d.b	ENSGT00940000164753.b.j	ENSGT00550000075065.b.b	ENSGT00390000005372.f.e.a.b	ENSGT00940000163944.b
Goldfish	DUPLICATION
Goldfish	DUPLICATION
Goldfish	DUPLICATION
Goldfish	MODERN SPECIES	81												insrb (ENSCARG00000069591)	use1 (ENSCARG00000031677)	ENSCARG00000031681	atp6ap2 (ENSCARG00000031714)	ENSCARG00000032294 ##22
Goldfish	MODERN SPECIES	855																ENSCARG00000059143 ##22
Goldfish	MODERN SPECIES	3016																bcor (ENSCARG00000055409) ##22
Goldfish	MODERN SPECIES	3428																ENSCARG00000051478 ##22	mid1ip1b (ENSCARG00000051515)	tspan7b (ENSCARG00000051530)	sgsh (ENSCARG00000051735)	npb (ENSCARG00000051777)	gnav1 (ENSCARG00000051790)	pcyt2 (ENSCARG00000051829)
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	372																ENSGT00940000153737.b.e ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f.l	ENSGT00940000156153.x	ENSGT01070000253775.b.f	ENSGT00390000013080.c	ENSGT00940000158204.d.b	ENSGT00940000164753.b.j	ENSGT00550000075065.b.b	ENSGT00390000005372.f.e.a.b	ENSGT00940000163944.b	ENSGT00940000160342.f.a	ENSGT00940000159655.e	ENSGT00950000182969.B.c.a.b.f	ENSGT00940000157211.k.b	ENSGT00940000156353.u.b.f	ENSGT00940000159094.e.a
Common carp reference	MODERN SPECIES	5	mfsd14a1 (ENSCCRG00000039248)	sass6 (ENSCCRG00000020918)	lsm7 (ENSCCRG00000061139)	ENSCCRG00000061867	timm13 (ENSCCRG00000039213)	enc3 (ENSCCRG00000039206)	ENSCCRG00000026342	insrb (ENSCCRG00000034239)	use1 (ENSCCRG00000054847)	ENSCCRG00000061073	ENSCCRG00000067783	ENSCCRG00000007994	ENSCCRG00000007992	atp6ap2 (ENSCCRG00000007935)	ENSCCRG00000060872	bcor (ENSCCRG00000054263) ##22	mid1ip1b (ENSCCRG00000078465)	tspan7b (ENSCCRG00000008001)	slc26a11 (ENSCCRG00000081766)	sgsh (ENSCCRG00000042024)	npb (ENSCCRG00000065427)	gnav1 (ENSCCRG00000060273)	pcyt2 (ENSCCRG00000040996)	gcga (ENSCCRG00000040902)	dpp4 (ENSCCRG00000040562)	ENSCCRG00000021094	ENSCCRG00000040534	ENSCCRG00000040545	crygs1 (ENSCCRG00000041398)	ENSCCRG00000040513	ENSCCRG00000072057
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	86	HYAL2 (ENSSGRG00000027215)	abhd14a (ENSSGRG00000027219)	mfsd14a1 (ENSSGRG00000027245)	mfsd14a1 (ENSSGRG00000027671)	sass6 (ENSSGRG00000027672)	lsm7 (ENSSGRG00000027673)	ENSSGRG00000027675	timm13 (ENSSGRG00000027676)	enc3 (ENSSGRG00000027679)	ARHGEF18 (ENSSGRG00000027680)	ENSSGRG00000027681	insrb (ENSSGRG00000027694)	use1 (ENSSGRG00000028008)	ENSSGRG00000028011	ENSSGRG00000028013	bcor (ENSSGRG00000028014) ##22	mid1ip1b (ENSSGRG00000028016)	tspan7b (ENSSGRG00000028017)	sgsh (ENSSGRG00000028057)	npb (ENSSGRG00000028058)	pcyt2 (ENSSGRG00000028060)	ENSSGRG00000028149	GCG (ENSSGRG00000028150)	dpp4 (ENSSGRG00000028152)	crygs1 (ENSSGRG00000028259)	ENSSGRG00000028260	ptpn4b (ENSSGRG00000028262)	MRAS (ENSSGRG00000029052)	PTH2R (ENSSGRG00000029056)	mgat5 (ENSSGRG00000029070)	TMEM163 (ENSSGRG00000029291)
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00510000047872.q	ENSGT00940000159993	ENSGT00390000014000.a	ENSGT00950000182983.B.a.a.h	ENSGT00940000157375.c.d	ENSGT00940000155404.i.b.a	ENSGT00390000014361.r	ENSGT01030000235162.b.a.b	ENSGT00390000014000.b	ENSGT00950000182983.B.a.a.g	ENSGT00940000157375.c.c	ENSGT00940000155404.i.b.b	ENSGT00390000014361.q	ENSGT01030000235162.b.a.a.a.b	ENSGT00390000008856.y	ENSGT00940000153737.b.f ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f.k	ENSGT00940000156153.w	ENSGT01070000253775.b.e	ENSGT00390000013080.c	ENSGT00940000158204.d.a	ENSGT00940000164753.b.i	ENSGT00550000075065.b.a	ENSGT00390000005372.f.e.a.a	ENSGT00940000163944.a	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000160342.f.b	ENSGT00940000159655.f	ENSGT00950000182969.B.c.a.b.e	ENSGT00940000157211.k.a	ENSGT00940000156353.u.b.e
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	144	ENSGT00390000008040.bb.a.b	ENSGT01020000230364.a.a.a.b.lb.b	ENSGT00940000161296.a	ENSGT00940000157395.g	ENSGT00940000157395.h.a	ENSGT00390000006932.b	ENSGT00510000047872.r	ENSGT00940000159993.w.a	ENSGT00390000014000.b	ENSGT00950000182983.B.a.a.g	ENSGT00940000157375.c.c	ENSGT00940000155404.i.b.b	ENSGT00390000014361.q	ENSGT01030000235162.b.a.a.a.b	ENSGT00390000008856.y	ENSGT00940000153737.b.f ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f.k	ENSGT00940000156153.w	ENSGT01070000253775.b.e	ENSGT00390000013080.d	ENSGT00940000158204.d.a	ENSGT00940000164753.b.i	ENSGT00550000075065.b.a	ENSGT00390000005372.f.e.a.a	ENSGT00940000163944.a	ENSGT00940000157249	ENSGT00940000160342.f.b	ENSGT00940000159655.f	ENSGT00950000182969.B.c.a.b.e	ENSGT00940000157211.k.a	ENSGT00940000156353.u.b.e
Common carp reference	MODERN SPECIES	43	rassf1 (ENSCCRG00000020631)	tusc2b (ENSCCRG00000055777)	HYAL2 (ENSCCRG00000075870)	mfsd14a1 (ENSCCRG00000020976)	sass6 (ENSCCRG00000039233)	lsm7 (ENSCCRG00000020914)	ENSCCRG00000070956	timm13 (ENSCCRG00000078446)	enc3 (ENSCCRG00000081540)	ENSCCRG00000047459	insrb (ENSCCRG00000026255)	use1 (ENSCCRG00000047967)	ENSCCRG00000060187	ENSCCRG00000009734	atp6ap2 (ENSCCRG00000008019)	bcor (ENSCCRG00000008007) ##22	mid1ip1b (ENSCCRG00000069082)	tspan7b (ENSCCRG00000025062)	slc26a11 (ENSCCRG00000025067)	sgsh (ENSCCRG00000057727)	npb (ENSCCRG00000078279)	gnav1 (ENSCCRG00000072816)	pcyt2 (ENSCCRG00000046193)	gcga (ENSCCRG00000046178)	dpp4 (ENSCCRG00000044681)	mettl21a (ENSCCRG00000054423)	ENSCCRG00000072918	ENSCCRG00000077214	crygs1 (ENSCCRG00000058988)	ENSCCRG00000046321	ptpn4b (ENSCCRG00000038493)
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	162	cyb561d2 (ENSSGRG00000039130)	rassf1 (ENSSGRG00000039129)	tusc2b (ENSSGRG00000039115)	HYAL2 (ENSSGRG00000039114)	abhd14a (ENSSGRG00000039113)	ENSSGRG00000039112	lsm7 (ENSSGRG00000039110)	sass6 (ENSSGRG00000038801)	ENSSGRG00000038795	timm13 (ENSSGRG00000038782)	enc3 (ENSSGRG00000038780)	ARHGEF18 (ENSSGRG00000038715)	insrb (ENSSGRG00000036834)	use1 (ENSSGRG00000036788)	atp6ap2 (ENSSGRG00000036785)	bcor (ENSSGRG00000036782) ##22	mid1ip1b (ENSSGRG00000036781)	tspan7b (ENSSGRG00000036749)	sgsh (ENSSGRG00000036748)	slc26a11 (ENSSGRG00000036564)	npb (ENSSGRG00000036559)	gnav1 (ENSSGRG00000036556)	pcyt2 (ENSSGRG00000036415)	gcga (ENSSGRG00000036409)	dpp4 (ENSSGRG00000036406)	krt96 (ENSSGRG00000036403)	ptpn4b (ENSSGRG00000036272)	MRAS (ENSSGRG00000036267)	PTH2R (ENSSGRG00000036257)	mgat5 (ENSSGRG00000035883)	TMEM163 (ENSSGRG00000035880)
Goldfish	MODERN SPECIES	41	rassf1 (ENSCARG00000019439)	tusc2b (ENSCARG00000019446)	HYAL2 (ENSCARG00000019456)	abhd14a (ENSCARG00000019463)	mfsd14a1 (ENSCARG00000019493)	sass6 (ENSCARG00000019569)	lsm7 (ENSCARG00000019867)	ENSCARG00000019895	timm13 (ENSCARG00000019929)	enc3 (ENSCARG00000019935)	ARHGEF18 (ENSCARG00000019945)	insrb (ENSCARG00000020044)	use1 (ENSCARG00000022219)	ENSCARG00000022239	atp6ap2 (ENSCARG00000022270)	bcor (ENSCARG00000022443) ##22	mid1ip1b (ENSCARG00000022453)	tspan7b (ENSCARG00000022456)	slc26a11 (ENSCARG00000022463)	sgsh (ENSCARG00000022494)	npb (ENSCARG00000022501)	gnav1 (ENSCARG00000022509)	pcyt2 (ENSCARG00000022549)	gcga (ENSCARG00000022989)	dpp4 (ENSCARG00000023156)	ENSCARG00000029602	mettl21a (ENSCARG00000029612)	ENSCARG00000029639	ENSCARG00000029653	crygs1 (ENSCARG00000029660)	KRT222 (ENSCARG00000029703)
Zebrafish	MODERN SPECIES	14	cyb561d2 (ENSDARG00000044114)	rassf1 (ENSDARG00000004840)	tusc2b (ENSDARG00000025340)	HYAL2 (ENSDARG00000062997)	abhd14a (ENSDARG00000058367)	mfsd14a1 (ENSDARG00000043055)	sass6 (ENSDARG00000058346)	lsm7 (ENSDARG00000058328)	ENSDARG00000029841	timm13 (ENSDARG00000058297)	enc3 (ENSDARG00000058322)	ARHGEF18 (ENSDARG00000042308)	insrb (ENSDARG00000071524)	use1 (ENSDARG00000007250)	atp6ap2 (ENSDARG00000008735)	bcor (ENSDARG00000017798) ##22	mid1ip1b (ENSDARG00000019302)	tspan7b (ENSDARG00000008407)	slc26a11 (ENSDARG00000043021)	sgsh (ENSDARG00000032087)	npb (ENSDARG00000078828)	gnav1 (ENSDARG00000043006)	pcyt2 (ENSDARG00000043003)	gcga (ENSDARG00000079296)	dpp4 (ENSDARG00000079420)	mettl21a (ENSDARG00000012051)	crygs1 (ENSDARG00000042992)	KRT222 (ENSDARG00000071518)	krt97 (ENSDARG00000000212)	krt96 (ENSDARG00000095147)	ptpn4b (ENSDARG00000000183)
Euteleosteomorpha	DUPLICATION
Euteleosteomorpha	DUPLICATION
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	128	ENSGT00940000155600.b	ENSGT01060000248589.C.g.b	ENSGT00940000155600.a.a.h	ENSGT00390000015719.d.c	ENSGT01090000260076.b.b.a	ENSGT00950000182852.A.a.b.c	ENSGT00940000171777	ENSGT00940000154317.b	ENSGT00390000005596.a	ENSGT00940000159169	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00530000063503.a.a.a	ENSGT00940000157308.h	ENSGT00990000205673	ENSGT00990000204585	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153.y.b
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	321												ENSGT00940000159169	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00530000063503.a.a.a	ENSGT00940000157308.h	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153.y.b
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	103											ENSGT00940000159169	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00530000063503.a.a.a	ENSGT00940000157308.h	ENSGT01030000235241	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153.y.b	ENSGT00950000183114.a.a	ENSGT00940000166718	ENSGT00940000157133	ENSGT00940000177133	ENSGT00390000018208	ENSGT00390000005914.a	ENSGT00940000158209	ENSGT00530000066677	ENSGT00940000154474.A	ENSGT00940000154474.B.a	ENSGT00940000154474.B.b	ENSGT00940000157694	ENSGT00940000154505.A.c
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000163243	ENSGT00390000008846	ENSGT00940000160303.a.b	ENSGT00940000154607.a	ENSGT00510000048137	ENSGT00940000175756	ENSGT00940000172021	ENSGT00940000153571.b	ENSGT00940000164059	ENSGT00940000165332.C	ENSGT00940000159169	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00530000063503.a.a.a	ENSGT00940000157308.h	ENSGT01030000235241	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153.y.b	ENSGT00950000183114.a.a	ENSGT00940000166718	ENSGT00940000157133	ENSGT00390000018208	ENSGT00390000005914.a	ENSGT00940000158209	ENSGT00530000066677	ENSGT00940000154474.A	ENSGT00940000154474.B.a	ENSGT00940000154474.B.b	ENSGT00940000157694	ENSGT00940000154505.A.c	ENSGT00390000001101
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	514	f2 (ENSHCOG00000002889)	fbxo3 (ENSHCOG00000002881)	ENSHCOG00000002871	SH3YL1 (ENSHCOG00000002866)	ENSHCOG00000002843	ENSHCOG00000002820	lipt1 (ENSHCOG00000002815)	ENSHCOG00000002807	bco1l (ENSHCOG00000002789)	ENSHCOG00000002766	ENSHCOG00000002743	ENSHCOG00000002732	ftcd (ENSHCOG00000002718)	ENSHCOG00000002694	abi3bpb (ENSHCOG00000002686)	ENSHCOG00000002674 ##22	cdk15 (ENSHCOG00000002663)	fzd7a (ENSHCOG00000002652)	ENSHCOG00000002645	dph3 (ENSHCOG00000002643)	ENSHCOG00000002638	mlpha (ENSHCOG00000002625)	ENSHCOG00000002611	ENSHCOG00000002601	eef1b2 (ENSHCOG00000002591)	ENSHCOG00000002582	arl11 (ENSHCOG00000002573)	cavin2b (ENSHCOG00000002559)	vps16 (ENSHCOG00000002549)	ENSHCOG00000002521	abcc4 (ENSHCOG00000002492)
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00530000063564.b.a.a	ENSGT00940000158714.c	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.b.a.b	ENSGT00390000007225	ENSGT00940000164897.a.b	ENSGT00940000158239.a.b	ENSGT00940000159606	ENSGT00390000005581.a	ENSGT00940000159169	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00530000063503.a.a.a	ENSGT00940000178125	ENSGT00940000157308.h	ENSGT01030000235241	ENSGT01030000235020	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153.y.b	ENSGT00950000183114.a.a	ENSGT00940000166718	ENSGT00940000157133	ENSGT00390000018208	ENSGT00390000005914.a	ENSGT00940000158209	ENSGT00530000066677	ENSGT00940000154474.A	ENSGT00940000154474.B.a	ENSGT00940000154474.B.b	ENSGT00940000157694	ENSGT00940000154505.A.c	ENSGT00390000001101
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00950000183138.a.b.r.a	ENSGT00530000063564.b.b.a	ENSGT00530000063564.b.a.a	ENSGT00940000158714.c	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.b.a.b	ENSGT00390000007225	ENSGT00940000164897.a.b	ENSGT00940000158239.a.b	ENSGT00940000159606	ENSGT00390000005581.a	ENSGT00940000159169	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00530000063503.a.a.a	ENSGT00940000157308.h	ENSGT01030000235241	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153.y.b	ENSGT00950000183114.a.a	ENSGT00940000166718	ENSGT00940000157133	ENSGT00390000018208	ENSGT00390000005914.a	ENSGT00940000158209	ENSGT00940000154474.A	ENSGT00940000154474.B.a	ENSGT00940000154474.B.b	ENSGT00940000157694	ENSGT00940000154505.A.c	ENSGT00390000001101	ENSGT00940000160000
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	23								ENSGT00940000158239.a.b	ENSGT00940000159606	ENSGT00390000005581.a	ENSGT00940000159169	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00530000063503.a.a.a	ENSGT00940000157308.h	ENSGT01030000235241	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT01030000235020	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153.y.b	ENSGT00950000183114.a.a	ENSGT00940000166718	ENSGT00940000157133	ENSGT00390000018208	ENSGT00390000005914.a	ENSGT00940000158209	ENSGT00940000154474.A	ENSGT00940000154474.B.a	ENSGT00940000154474.B.b	ENSGT00940000157694	ENSGT00940000154505.A.c	ENSGT00390000001101
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	108															ENSGT01030000235241	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	85																ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00530000063564.b.a.a	ENSGT00940000159606	ENSGT00940000164897.a.b	ENSGT00940000167515	ENSGT01030000235020	ENSGT00390000005581.a	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00530000063503.a.a.a	ENSGT00940000157308.h	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153.y.b	ENSGT00950000183114.a.a	ENSGT00940000157133	ENSGT00940000177133	ENSGT00390000005914.a
Turbot	MODERN SPECIES		f7 (ENSSMAG00000000037)	f7l (ENSSMAG00000000036)	ENSSMAG00000000035	ENSSMAG00000027336	ENSSMAG00000000033	ENSSMAG00000000032	ENSSMAG00000000031	ENSSMAG00000000029	ENSSMAG00000036036	ENSSMAG00000025354	ENSSMAG00000027108	ENSSMAG00000000025	ENSSMAG00000000023	ENSSMAG00000000022	ENSSMAG00000027380	ENSSMAG00000000021 ##22	ENSSMAG00000025992	ENSSMAG00000000017	ENSSMAG00000000013	ENSSMAG00000000016	ENSSMAG00000035088	ENSSMAG00000000015	ENSSMAG00000000014	ENSSMAG00000000012	ENSSMAG00000024723	ENSSMAG00000031129	ENSSMAG00000000007	ENSSMAG00000000005	ENSSMAG00000000006	cavin2b (ENSSMAG00000000004)	ENSSMAG00000000003
Tongue sole	MODERN SPECIES	5	vps16 (ENSCSEG00000008772)	ENSCSEG00000008628	ENSCSEG00000008612	creg1 (ENSCSEG00000008601)	ENSCSEG00000008574	f7l (ENSCSEG00000008562)	ENSCSEG00000008501	ENSCSEG00000008481	f2 (ENSCSEG00000008468)	pcid2 (ENSCSEG00000008435)	ENSCSEG00000008427	f10 (ENSCSEG00000014571)	f7i (ENSCSEG00000014561)	f7 (ENSCSEG00000014550)	ENSCSEG00000014542	ENSCSEG00000014516 ##22	cdk15 (ENSCSEG00000014325)	dnajc27 (ENSCSEG00000014284)	XDH (ENSCSEG00000014252)	tspan7b (ENSCSEG00000014244)	mid1ip1b (ENSCSEG00000014234)	fbxo3 (ENSCSEG00000014218)	ENSCSEG00000014210	ENSCSEG00000014199	SH3YL1 (ENSCSEG00000014185)	ENSCSEG00000014173	lipt1 (ENSCSEG00000014169)	ENSCSEG00000014153	bco1l (ENSCSEG00000014146)	ENSCSEG00000014127	ENSCSEG00000014101
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	167														ENSGT01030000235241.a	ENSGT01030000235241.b	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	71	ENSGT00940000157694	ENSGT00940000154474.B.b	ENSGT00940000154474.B.a	ENSGT00940000154474.A	ENSGT00940000158209	ENSGT00390000005914.a	ENSGT00390000018208	ENSGT00940000157133	ENSGT00940000166718	ENSGT00950000183114.a.a	ENSGT00940000156153.y.b	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT01030000235241.a.a	ENSGT01030000235241.b	ENSGT01030000235241.a.b	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00940000157308.h	ENSGT00530000063503.a.a.a	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00390000005581.a	ENSGT00940000159606	ENSGT00940000158239.a.b	ENSGT00940000164897.a.b	ENSGT01030000235464	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.b.a.b	ENSGT00940000158714.c	ENSGT00940000166042.a	ENSGT00950000183138.a.b.r.a	ENSGT00530000063564.b.a.a	ENSGT01090000260051.b.b.dc.a	ENSGT00940000154067.c
Greater amberjack	DUPLICATION
Greater amberjack	MODERN SPECIES	152	f7l (ENSSDUG00000002971)	ENSSDUG00000002987	creg1 (ENSSDUG00000003007)	ENSSDUG00000003022	dnajc27 (ENSSDUG00000003036)	ENSSDUG00000003121	ENSSDUG00000003138	XDH (ENSSDUG00000003158)	tspan7b (ENSSDUG00000003225)	mid1ip1b (ENSSDUG00000003243)	ENSSDUG00000003259	ENSSDUG00000003277	ENSSDUG00000003292	ENSSDUG00000003303	ENSSDUG00000003316 ##22	ENSSDUG00000003330 ##22	ENSSDUG00000003394	senp7b (ENSSDUG00000003411)	ENSSDUG00000003441	abi3bpb (ENSSDUG00000003488)	ftcd (ENSSDUG00000003648)	cdk15 (ENSSDUG00000003687)	fzd7a (ENSSDUG00000003714)	ENSSDUG00000003717	ENSSDUG00000003722	ENSSDUG00000003746	ST6GAL2 (ENSSDUG00000003809)	trim63a (ENSSDUG00000003824)	mlpha (ENSSDUG00000003860)	ENSSDUG00000003894	ACKR3 (ENSSDUG00000004012)
Greater amberjack	MODERN SPECIES	152	f7 (ENSSDUG00000002912)	f7l (ENSSDUG00000002971)	ENSSDUG00000002987	creg1 (ENSSDUG00000003007)	ENSSDUG00000003022	dnajc27 (ENSSDUG00000003036)	ENSSDUG00000003121	ENSSDUG00000003138	XDH (ENSSDUG00000003158)	tspan7b (ENSSDUG00000003225)	mid1ip1b (ENSSDUG00000003243)	ENSSDUG00000003259	ENSSDUG00000003277	ENSSDUG00000003292	ENSSDUG00000003303	ENSSDUG00000003316 ##22	ENSSDUG00000003330 ##22	ENSSDUG00000003394	senp7b (ENSSDUG00000003411)	ENSSDUG00000003441	abi3bpb (ENSSDUG00000003488)	ftcd (ENSSDUG00000003648)	cdk15 (ENSSDUG00000003687)	fzd7a (ENSSDUG00000003714)	ENSSDUG00000003717	ENSSDUG00000003722	ENSSDUG00000003746	ST6GAL2 (ENSSDUG00000003809)	trim63a (ENSSDUG00000003824)	mlpha (ENSSDUG00000003860)	ENSSDUG00000003894
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	3263	f10 (ENSSLDG00000014961)	f7i (ENSSLDG00000014979)	f7 (ENSSLDG00000014996)	f7l (ENSSLDG00000015056)	ENSSLDG00000015081	creg1 (ENSSLDG00000015110)	ENSSLDG00000015125	dnajc27 (ENSSLDG00000015143)	ENSSLDG00000015168	ENSSLDG00000015186	XDH (ENSSLDG00000015215)	tspan7b (ENSSLDG00000015287)	mid1ip1b (ENSSLDG00000015327)	ENSSLDG00000015351	ENSSLDG00000015359	bcor (ENSSLDG00000015374) ##22	ENSSLDG00000015406	ENSSLDG00000015450	abi3bpb (ENSSLDG00000015515)	ftcd (ENSSLDG00000015636)	cdk15 (ENSSLDG00000015687)	ENSSLDG00000015750	ENSSLDG00000015765	ENSSLDG00000015776	ENSSLDG00000015789	ST6GAL2 (ENSSLDG00000015802)	trim63a (ENSSLDG00000015821)
Barramundi perch	DUPLICATION
Barramundi perch	MODERN SPECIES	499													ENSLCAG00010025008	ENSLCAG00010025012	ENSLCAG00010025018	bcor (ENSLCAG00010025021) ##22	ENSLCAG00010025030 ##22	f2 (ENSLCAG00010025074)	ENSLCAG00010025128	ENSLCAG00010025131	ENSLCAG00010025133	ENSLCAG00010025149	pcid2 (ENSLCAG00010025163)	prozb (ENSLCAG00010025176)	f10 (ENSLCAG00010025179)	f7i (ENSLCAG00010025206)	f7 (ENSLCAG00010025247)	f7l (ENSLCAG00010025255)	ENSLCAG00010025267	creg1 (ENSLCAG00010025273)	ENSLCAG00010025276
Barramundi perch	MODERN SPECIES	499												ENSLCAG00010025008	ENSLCAG00010025012	ENSLCAG00010025018	bcor (ENSLCAG00010025021) ##22	ENSLCAG00010025030 ##22	f2 (ENSLCAG00010025074)	ENSLCAG00010025128	ENSLCAG00010025131	ENSLCAG00010025133	ENSLCAG00010025149	pcid2 (ENSLCAG00010025163)	prozb (ENSLCAG00010025176)	f10 (ENSLCAG00010025179)	f7i (ENSLCAG00010025206)	f7 (ENSLCAG00010025247)	f7l (ENSLCAG00010025255)	ENSLCAG00010025267	creg1 (ENSLCAG00010025273)	ENSLCAG00010025276	dnajc27 (ENSLCAG00010025283)
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	23								ENSGT00940000158239.a.b	ENSGT00940000159606	ENSGT00390000005581.a	ENSGT00940000159169	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00530000063503.a.a.a	ENSGT00940000157308.h	ENSGT01030000235020	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153.y.b	ENSGT00950000183114.a.a	ENSGT00940000166718	ENSGT00940000157133	ENSGT00390000018208	ENSGT00390000005914.a	ENSGT00940000158209	ENSGT00940000154474.A	ENSGT00940000154474.B.a	ENSGT00940000154474.B.b	ENSGT00940000157694	ENSGT00940000154505.A.c	ENSGT00390000001101	ENSGT00940000160000
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00950000183165.b.a.e.b.d.a.b	ENSGT00390000013956	ENSGT00940000156877	ENSGT00940000175375	ENSGT00940000159144.A.e.a	ENSGT00940000159144.B	ENSGT00940000165189	ENSGT00940000155021	ENSGT00390000005581.a	ENSGT00940000159169	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00530000063503.a.a.a	ENSGT01030000235020	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000157308.h	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00940000156153.y.b	ENSGT00950000183114.a.a	ENSGT00940000166718	ENSGT00940000157133	ENSGT00390000018208	ENSGT00390000005914.a	ENSGT00940000158209	ENSGT00940000154474.A	ENSGT00940000154474.B.a	ENSGT00940000154474.B.b	ENSGT00940000157694	ENSGT00940000154505.A.c	ENSGT00390000001101	ENSGT00940000160000	ENSGT00390000018525.a.b.f
Tetraodon	MODERN SPECIES	18	tmem198b (ENSTNIG00000017155)	desmb (ENSTNIG00000017154)	dnpep (ENSTNIG00000017153)	PTPRN (ENSTNIG00000017152)	ENSTNIG00000017151	ENSTNIG00000017150	ENSTNIG00000017149	ENSTNIG00000017148	ENSTNIG00000011102	cyp4f3 (ENSTNIG00000006739)	CYP4F8 (ENSTNIG00000017147)	ftcd (ENSTNIG00000006740)	ENSTNIG00000019635	abi3bpb (ENSTNIG00000006602)	ENSTNIG00000006601	bcor (ENSTNIG00000006600) ##22	tspan7b (ENSTNIG00000006599)	XDH (ENSTNIG00000006598)	ENSTNIG00000006597	dnajc27 (ENSTNIG00000006596)	ENSTNIG00000006595	creg1 (ENSTNIG00000006594)	ENSTNIG00000000471	ENSTNIG00000006593	f7l (ENSTNIG00000006592)	f7 (ENSTNIG00000006591)	f7i (ENSTNIG00000006590)	f10 (ENSTNIG00000006589)	ENSTNIG00000006588	pcid2 (ENSTNIG00000006587)	ENSTNIG00000006586
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	31								ENSGT00940000158239.a.b	ENSGT00940000159606	ENSGT00390000005581.a	ENSGT00940000159169	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00530000063503.a.a.a	ENSGT00940000157308.h	ENSGT01030000235020	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153.y.b	ENSGT00950000183114.a.a	ENSGT00940000166718	ENSGT00940000157133	ENSGT00390000018208	ENSGT00390000005914.a	ENSGT00940000158209	ENSGT00940000154474.A	ENSGT00940000154474.B.a	ENSGT00940000154474.B.b	ENSGT00940000157694	ENSGT00940000154505.A.c	ENSGT00390000001101	ENSGT00940000160000
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	4576																ENSLBEG00000029033 ##22
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00950000183138.a.b.r.a	ENSGT00530000063564.b.b.a	ENSGT00530000063564.b.a.a	ENSGT00940000158714.c	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.b.a.b	ENSGT00390000007225	ENSGT00940000164897.a.b	ENSGT00940000159606	ENSGT00940000158239.a.a.a.b	ENSGT00390000005581.a	ENSGT00940000159169	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00530000063503.a.a.a	ENSGT00940000157308.h	ENSGT01030000235020	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153.y.b	ENSGT00950000183114.a.a	ENSGT00940000157133	ENSGT00390000018208	ENSGT00390000005914.a	ENSGT00940000158209	ENSGT00940000154474.A	ENSGT00940000154474.B.a	ENSGT00940000154474.B.b	ENSGT00940000157694	ENSGT00940000154505.A.c	ENSGT00390000001101	ENSGT00940000160000	ENSGT00390000018525.a.b.f
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000165301.b	ENSGT00940000154817.b.b.b.p	ENSGT00940000159213.q.b	ENSGT00940000159862.b	ENSGT00940000155984.i.b	ENSGT00390000007364.j	ENSGT00940000154793.C	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00950000183138.a.b.r.a	ENSGT00530000063564.b.a.a	ENSGT00940000158714.c	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.b.a.b	ENSGT00940000166042.a	ENSGT01090000260051.b.b.dc.a	ENSGT01030000235020	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00940000165332.C	ENSGT00940000156153.y.b	ENSGT00500000044890.a.a.f
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	49	ENSGT00510000048137	ENSGT00940000154607.a	ENSGT00390000008846	ENSGT00940000163243	ENSGT00950000182913.A.b.a	ENSGT00940000155248.vb.g.a	ENSGT00390000002188	ENSGT00390000002143.b.b	ENSGT00950000183138.a.b.r.a	ENSGT00530000063564.b.b.a	ENSGT00940000158714.c	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.b.a.b	ENSGT00940000166042.a	ENSGT01090000260051.b.b.dc.a	ENSGT01030000235020	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00940000165332.C	ENSGT00940000156153.y.b	ENSGT00530000067036.c	ENSGT00390000018525.a.b.f	ENSGT00940000160000	ENSGT00390000001101.f	ENSGT00940000157694	ENSGT00940000154474.B.b	ENSGT00940000154474.B.a	ENSGT00940000154474.A	ENSGT00940000158209	ENSGT00390000005914.a	ENSGT00940000177133	ENSGT00940000157133	ENSGT00950000183114.a.a
Lumpfish	MODERN SPECIES	11	ENSCLMG00005003224	ENSCLMG00005003220	lipt1 (ENSCLMG00005003217)	bco1l (ENSCLMG00005002944)	ENSCLMG00005002917	ENSCLMG00005002889	iqcb1 (ENSCLMG00005002815)	EFR3B (ENSCLMG00005013102)	mlpha (ENSCLMG00005013099)	ENSCLMG00005013098	ENSCLMG00005013097	ENSCLMG00005013077	ENSCLMG00005013075	ACKR3 (ENSCLMG00005013074)	ENSCLMG00005013072	ENSCLMG00005013070 ##22	ENSCLMG00005013069	TSPAN7 (ENSCLMG00005013068)	ENSCLMG00005013066	ENSCLMG00005013065	pcid2 (ENSCLMG00005013059)	f10 (ENSCLMG00005013051)	f7i (ENSCLMG00005012966)	f7l (ENSCLMG00005012961)	ENSCLMG00005012948	creg1 (ENSCLMG00005012945)	ENSCLMG00005012943	dnajc27 (ENSCLMG00005012942)	f2 (ENSCLMG00005012301)	fbxo3 (ENSCLMG00005012300)	cdk15 (ENSCLMG00005012298)
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00530000063564.b.b.a	ENSGT00530000063564.b.a.a	ENSGT00940000158714.c	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.b.a.b	ENSGT00390000007225	ENSGT00940000164897.a.b	ENSGT00940000159606	ENSGT00940000158239.a.b	ENSGT00390000005581.a	ENSGT00940000159169	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00530000063503.a.a.a	ENSGT00940000157308.h	ENSGT01100000263513.a.a.b.b.b.b.a.a.a.a.a.i.a	ENSGT00990000204585	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153.y.b	ENSGT00950000183114.a.a	ENSGT00940000166718	ENSGT00940000157133	ENSGT00390000018208	ENSGT00940000177133	ENSGT00390000005914.a	ENSGT00940000158209	ENSGT00940000154474.A	ENSGT00940000154474.B.a	ENSGT00940000154474.B.b	ENSGT00940000157694	ENSGT00940000154505.A.c	ENSGT00390000001101
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	16	eef1b2 (ENSSAUG00010026907)	arl11 (ENSSAUG00010026909)	ebpl (ENSSAUG00010026910)	ENSSAUG00010026912	cdk15 (ENSSAUG00010026921)	fzd7a (ENSSAUG00010026928)	ENSSAUG00010026936	ENSSAUG00010026940	ENSSAUG00010026942	ENSSAUG00010026948	ENSSAUG00010026950	ENSSAUG00010026952	ENSSAUG00010026955	ftcd (ENSSAUG00010026993)	ENSSAUG00010027053	ENSSAUG00010027056 ##22	ENSSAUG00010027058	ENSSAUG00010027060	ENSSAUG00010027063	ENSSAUG00010027064	ENSSAUG00010027065	ENSSAUG00010027068	tspan7b (ENSSAUG00010027072)	ENSSAUG00010002735	dnajc27 (ENSSAUG00010002743)	ENSSAUG00010002753	ENSSAUG00010002774	bco1l (ENSSAUG00010003087)	ENSSAUG00010003199	lipt1 (ENSSAUG00010005452)	ENSSAUG00010005458
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	64						ENSGT00940000164897.a.b	ENSGT00940000159606	ENSGT00940000158239.a.b	ENSGT00390000005581.a	ENSGT00940000159169	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00530000063503.a.a.a	ENSGT00940000157308.h	ENSGT01100000263513.a.a.b.b.b.b.a.a.a.a.a.i.a	ENSGT00990000204585	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153.y.b	ENSGT00950000183114.a.a	ENSGT00940000166718	ENSGT00940000157133	ENSGT00390000018208	ENSGT00940000177133	ENSGT00390000005914.a	ENSGT00940000158209	ENSGT00940000154474.A	ENSGT00940000154474.B.a	ENSGT00940000154474.B.b	ENSGT00940000157694	ENSGT00940000154505.A.c	ENSGT00390000001101
European seabass	MODERN SPECIES	15	ENSDLAG00005031401	ENSDLAG00005015467	ENSDLAG00005015614	ENSDLAG00005029482	prozb (ENSDLAG00005017743)	f10 (ENSDLAG00005017753)	f7i (ENSDLAG00005017775)	f7 (ENSDLAG00005017782)	ENSDLAG00005031580	ENSDLAG00005027340	ENSDLAG00005027475	ENSDLAG00005012404	ENSDLAG00005012092	ENSDLAG00005003719	ENSDLAG00005003288	ENSDLAG00005028719 ##22	ENSDLAG00005033730	senp7b (ENSDLAG00005016086)	IMPG2 (ENSDLAG00005016077)	ENSDLAG00005026989	abi3bpb (ENSDLAG00005015765)	ENSDLAG00005032015	ENSDLAG00005030361	ENSDLAG00005030134	ENSDLAG00005008212	ENSDLAG00005004030	ENSDLAG00005032606	trim63a (ENSDLAG00005028280)	ENSDLAG00005032406	ENSDLAG00005031756	ENSDLAG00005002379
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	486				ENSLCRG00005006166	cdk15 (ENSLCRG00005006164)	ENSLCRG00005006162	ENSLCRG00005006161	ENSLCRG00005006156	ENSLCRG00005006153	ENSLCRG00005006151	ftcd (ENSLCRG00005005968)	abi3bpb (ENSLCRG00005005958)	ENSLCRG00005005956	senp7b (ENSLCRG00005005953)	ENSLCRG00005005952	bcor (ENSLCRG00005005951) ##22	mid1ip1b (ENSLCRG00005005950)	tspan7b (ENSLCRG00005005947)	XDH (ENSLCRG00005005341)	dnajc27 (ENSLCRG00005005333)	ENSLCRG00005005332	ENSLCRG00005005331	f7l (ENSLCRG00005005330)	f7 (ENSLCRG00005005329)	f7i (ENSLCRG00005005265)	f10 (ENSLCRG00005005260)	prozb (ENSLCRG00005005258)	pcid2 (ENSLCRG00005005254)	ENSLCRG00005005253	ENSLCRG00005005252	ENSLCRG00005005251
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	23															ENSGT00990000204585	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153.y.b	ENSGT00950000183114.a.a	ENSGT00940000166718	ENSGT00940000157133	ENSGT00390000018208	ENSGT00390000005914.a	ENSGT00940000158209	ENSGT00530000066677	ENSGT00940000154474.A	ENSGT00940000154474.B.a	ENSGT00940000154474.B.b	ENSGT00940000157694	ENSGT00940000154505.A.c	ENSGT00390000001101
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	42																ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153.y.b	ENSGT00950000183114.a.a	ENSGT00940000166718	ENSGT00940000157133	ENSGT00390000018208	ENSGT00390000005914.a	ENSGT00940000158209	ENSGT00530000066677	ENSGT00940000154474.A	ENSGT00940000154474.B.a	ENSGT00940000154474.B.b	ENSGT00940000157694	ENSGT00940000154505.A.c	ENSGT00390000001101
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00940000166383	ENSGT00950000183014.f.a	ENSGT00970000193449	ENSGT00940000162403	ENSGT00730000111696.a	ENSGT00940000156557.g	ENSGT01090000260051.b.b.dc.a	ENSGT00950000183138.a.b.r.a	ENSGT00530000063564.b.b.a	ENSGT00530000063564.b.a.a	ENSGT00940000157308.h	ENSGT00530000063503.a.a.a	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00940000159169	ENSGT00390000005581.a	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153.y.b	ENSGT00950000183114.a.a	ENSGT00940000166718	ENSGT00940000157133
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	53	ENSGT00970000193449	ENSGT00940000162403	ENSGT00730000111696.a	ENSGT00940000156557.g	ENSGT01090000260051.b.b.dc.a	ENSGT00950000183138.a.b.r.a	ENSGT00530000063564.b.b.a	ENSGT00530000063564.b.a.a	ENSGT00940000157308.h	ENSGT00940000178125	ENSGT00530000063503.b	ENSGT00530000063503.a.a.a	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00940000159169	ENSGT00390000005581.a	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153.y.b	ENSGT00950000183114.a.a	ENSGT00940000166718	ENSGT00940000157133
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00940000162403	ENSGT00730000111696.a	ENSGT00940000156557.g	ENSGT01090000260051.b.b.dc.a	ENSGT00950000183138.a.b.r.a	ENSGT00530000063564.b.b.a	ENSGT00530000063564.b.a.a	ENSGT00940000157308.h	ENSGT00940000178125	ENSGT00530000063503.b	ENSGT00530000063503.a.a.a	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00940000159169	ENSGT00390000005581.a	ENSGT01100000263489.a.a.b.a.a.b.b.b.b.a.a	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153.y.b	ENSGT00950000183114.a.a	ENSGT00940000166718	ENSGT00940000157133	ENSGT00940000158265	ENSGT00940000154817.b.b.b.p	ENSGT00940000159213.q.b	ENSGT00940000159862.b	ENSGT00940000155984.i.b	ENSGT00390000007364.j	ENSGT00940000154793.C	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00390000016811.g.h	ENSGT00390000007225
Platyfish	MODERN SPECIES	16	ENSXMAG00000023128	ENSXMAG00000028287	ENSXMAG00000006002	ENSXMAG00000022752	ENSXMAG00000022407	ENSXMAG00000029304	abi3bpb (ENSXMAG00000005976)	ENSXMAG00000005968	ftcd (ENSXMAG00000005927)	ENSXMAG00000021664	ENSXMAG00000024503	ENSXMAG00000028990	ENSXMAG00000026881	ENSXMAG00000029255	ENSXMAG00000026275	bcor (ENSXMAG00000012802) ##22	mid1ip1b (ENSXMAG00000020387)	tspan7b (ENSXMAG00000003562)	XDH (ENSXMAG00000003461)	ENSXMAG00000003420	dnajc27 (ENSXMAG00000003407)	ENSXMAG00000028697	clcn4 (ENSXMAG00000000799)	ENSXMAG00000000776	ENSXMAG00000026049	ENSXMAG00000021252	gli2b (ENSXMAG00000006443)	ENSXMAG00000026222	INHBB (ENSXMAG00000022566)	ENSXMAG00000024560	AGAP1 (ENSXMAG00000006413)
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000166383	ENSGT00970000193449	ENSGT00950000183014.f.a	ENSGT00730000111696.a	ENSGT00940000156557.g	ENSGT01090000260051.b.b.dc.a	ENSGT00950000183138.a.b.r.a	ENSGT00530000063564.b.a.a	ENSGT00940000157308.h	ENSGT00530000063503.b	ENSGT00530000063503.a.a.a	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00940000159169	ENSGT00390000005581.a	ENSGT01100000263489.a.a.b.a.a.b.b.b.b.a.a	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153.y.b	ENSGT00950000183114.a.a	ENSGT00940000166718	ENSGT00940000157133	ENSGT00940000158265	ENSGT00940000154817.b.b.b.p	ENSGT00940000159213.q.b	ENSGT00940000159862.b	ENSGT00940000155984.i.b	ENSGT00390000007364.j	ENSGT00940000154793.C	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00390000016811.g.h	ENSGT00390000007225
Guppy	DUPLICATION
Guppy	MODERN SPECIES	450	arl11 (ENSPREG00000010815)	ENSPREG00000010786	eef1b2 (ENSPREG00000010774)	cd59 (ENSPREG00000010760)	SNX9 (ENSPREG00000010712)	mlpha (ENSPREG00000010657)	ENSPREG00000010581	senp7b (ENSPREG00000010522)	ENSPREG00000010500	ENSPREG00000010478	ENSPREG00000010466	ftcd (ENSPREG00000010410)	ENSPREG00000010393	ENSPREG00000010382	ENSPREG00000010378	ENSPREG00000010370 ##22	ENSPREG00000010356 ##22	mid1ip1b (ENSPREG00000010338)	tspan7b (ENSPREG00000010316)	ENSPREG00000010294	ENSPREG00000010260	dnajc27 (ENSPREG00000010228)	ENSPREG00000010217	srpx (ENSPREG00000010207)	ENSPREG00000010180	OTC (ENSPREG00000010161)	gpr161b (ENSPREG00000010136)	dcaf6 (ENSPREG00000010047)	mpc2b (ENSPREG00000010013)	rpl24 (ENSPREG00000009982)	ENSPREG00000009971
Guppy	MODERN SPECIES	450	ENSPREG00000010786	eef1b2 (ENSPREG00000010774)	cd59 (ENSPREG00000010760)	SNX9 (ENSPREG00000010712)	mlpha (ENSPREG00000010657)	ENSPREG00000010581	senp7b (ENSPREG00000010522)	ENSPREG00000010500	ENSPREG00000010478	ENSPREG00000010466	ftcd (ENSPREG00000010410)	ENSPREG00000010393	ENSPREG00000010382	ENSPREG00000010378	ENSPREG00000010370 ##22	ENSPREG00000010356 ##22	mid1ip1b (ENSPREG00000010338)	tspan7b (ENSPREG00000010316)	ENSPREG00000010294	ENSPREG00000010260	dnajc27 (ENSPREG00000010228)	ENSPREG00000010217	srpx (ENSPREG00000010207)	ENSPREG00000010180	OTC (ENSPREG00000010161)	gpr161b (ENSPREG00000010136)	dcaf6 (ENSPREG00000010047)	mpc2b (ENSPREG00000010013)	rpl24 (ENSPREG00000009982)	ENSPREG00000009971	ENSPREG00000009941
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	404															ENSGT01030000235020	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00940000156153.y.b	ENSGT00950000183114.a.a	ENSGT00940000166718	ENSGT00940000157133
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	1750																ENSCVAG00000012683 ##22	tspan7b (ENSCVAG00000012693)	XDH (ENSCVAG00000000824)	ENSCVAG00000012724	dnajc27 (ENSCVAG00000012741)
Mummichog	MODERN SPECIES	1041															ENSFHEG00000010300	ENSFHEG00000010289 ##22	ENSFHEG00000010248	XDH (ENSFHEG00000009791)	dnajc27 (ENSFHEG00000001747)
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	54	ENSGT00940000175756	ENSGT00940000177933.b.a	ENSGT00510000048137	ENSGT00940000154607.a	ENSGT00940000160303.a.b	ENSGT00390000008846	ENSGT00940000163243	ENSGT00950000182913.A.b.a	ENSGT00940000155248.vb.g.a	ENSGT00940000155248.vb.g.b	ENSGT00390000002188	ENSGT00390000002143.b.b	ENSGT00940000157308.h	ENSGT00530000063503.a.a.a	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153.y.b	ENSGT00950000183114.a.a	ENSGT00940000166718	ENSGT00940000157133	ENSGT00940000164059	ENSGT00940000165332.C	ENSGT00390000018525.a.b.f	ENSGT00940000160000	ENSGT00940000154505.A.c	ENSGT00940000157694	ENSGT00940000154474.B.b	ENSGT00940000154474.B.a	ENSGT00940000154474.A	ENSGT00940000158209
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	915																ENSKMAG00000007784 ##22
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1619	FBXO3 (ENSNFUG00015005427)	ENSNFUG00015005412	ENSNFUG00015005390	SH3YL1 (ENSNFUG00015005336)	ENSNFUG00015005323	ENSNFUG00015005310	LIPT1 (ENSNFUG00015005302)	BCMO1B (ENSNFUG00015005139)	IQCB1 (ENSNFUG00015004806)	EFR3B (ENSNFUG00015004750)	EFR3BA (ENSNFUG00015004705)	ENSNFUG00015017262	abi3bpb (ENSNFUG00015017166)	ENSNFUG00015017156	ENSNFUG00015017151	bcor (ENSNFUG00015017132) ##22	mid1ip1b (ENSNFUG00015017126)	Nfu_g_1_022357 (ENSNFUG00015017116)	XDH (ENSNFUG00015016650)	ENSNFUG00015016580	DNAJC27 (ENSNFUG00015016576)	F2 (ENSNFUG00015016401)	ENSNFUG00015016379	ENSNFUG00015016356	ENSNFUG00015016350	prozb (ENSNFUG00015016320)	f10 (ENSNFUG00015016294)	f7i (ENSNFUG00015016273)	f7 (ENSNFUG00015016264)	f7l (ENSNFUG00015016260)	ENSNFUG00015016252
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	33			ENSGT00390000007225	ENSGT00940000164897.a.b	ENSGT00940000158239.a.a.a.b	ENSGT00940000158239.a.b	ENSGT00940000159606	ENSGT00390000005581.a	ENSGT00940000159169	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00530000063503.a.a.a	ENSGT00530000063503.b	ENSGT00940000157308.h	ENSGT01030000235241	ENSGT00990000204585	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153.y.b	ENSGT00950000183114.a.a	ENSGT00940000166718	ENSGT00940000157133	ENSGT00940000177133	ENSGT00390000018208	ENSGT00390000005914.a	ENSGT00940000158209	ENSGT00940000154474.A	ENSGT00940000154474.B.a	ENSGT00940000154474.B.b	ENSGT00940000157694	ENSGT00940000154505.A.c	ENSGT00390000001101
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	48				ENSGT00390000007225	ENSGT00940000164897.a.b.a	ENSGT00940000158239.a.b	ENSGT00940000159606	ENSGT00390000005581.a	ENSGT00940000159169	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00530000063503.a.a.a	ENSGT00530000063503.b	ENSGT00940000157308.h	ENSGT01030000235241	ENSGT01030000235020	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153.y.b	ENSGT00950000183114.a.a	ENSGT00940000166718	ENSGT00940000157133	ENSGT00390000018208	ENSGT00390000005914.a	ENSGT00940000158209	ENSGT00940000154474.A	ENSGT00940000154474.B.a	ENSGT00940000154474.B.b	ENSGT00940000157694.m	ENSGT00940000157694.n	ENSGT00940000154505.A.c	ENSGT00390000001101
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT01100000263513.a.a.b.b.b.b.b.a.b.b	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.b.a.b	ENSGT00390000001663.m.a.b	ENSGT00390000007225	ENSGT00940000164897.a.b.a	ENSGT00940000158239.a.b	ENSGT00940000159606	ENSGT00390000005581.a	ENSGT00940000159169.o	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00530000063503.a.a.a	ENSGT00530000063503.b	ENSGT00940000157308.h	ENSGT01030000235241	ENSGT01030000235020	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153.y.b	ENSGT00950000183114.a.a	ENSGT00940000166718	ENSGT00940000157133	ENSGT00390000018208	ENSGT00390000005914.a	ENSGT00940000158209	ENSGT00940000154474.A	ENSGT00940000154474.B.a	ENSGT00940000154474.B.b	ENSGT00940000157694.m	ENSGT00940000157694.n	ENSGT00940000154505.A.c	ENSGT00390000001101
Nile tilapia	MODERN SPECIES	14	ralbb (ENSONIG00000003604)	faimb (ENSONIG00000003601)	AGAP1 (ENSONIG00000003589)	gbx2 (ENSONIG00000039796)	ENSONIG00000003583	ENSONIG00000038577	ENSONIG00000038485	ENSONIG00000036642	ENSONIG00000038930	ENSONIG00000038516	ENSONIG00000038421	ENSONIG00000038677	ENSONIG00000035529	ENSONIG00000039704	ENSONIG00000003976	ENSONIG00000039544 ##22	ENSONIG00000039119	mid1ip1b (ENSONIG00000009043)	tspan7b (ENSONIG00000009041)	XDH (ENSONIG00000009017)	ENSONIG00000009011	dnajc27 (ENSONIG00000009008)	ENSONIG00000009006	ENSONIG00000009000	creg1 (ENSONIG00000040548)	f7l (ENSONIG00000008995)	f7 (ENSONIG00000036596)	f7 (ENSONIG00000032478)	f7l (ENSONIG00000027293)	ENSONIG00000037113	f7i (ENSONIG00000038745)
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT01100000263513.a.a.b.b.b.b.b.a.b.b	ENSGT01100000263502.A.a.a.a.b.a.b	ENSGT00390000001663.m.a.b	ENSGT00390000007225	ENSGT00940000164897.a.b.a	ENSGT00940000158239.a.b	ENSGT00940000159606	ENSGT00390000005581.a	ENSGT00940000159169.o	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00530000063503.a.a.a	ENSGT00530000063503.b	ENSGT00940000157308.h	ENSGT01030000235241	ENSGT01030000235020	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153.y.b	ENSGT00950000183114.a.a	ENSGT00940000166718	ENSGT00940000157133	ENSGT00390000018208	ENSGT00390000005914.a	ENSGT00940000158209	ENSGT00940000154474.A	ENSGT00940000154474.B.a	ENSGT00940000154474.B.b	ENSGT00940000157694.m	ENSGT00940000157694.n	ENSGT00940000154505.A.c	ENSGT00390000001101
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	41															ENSGT00990000204585	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153.y.b	ENSGT00950000183114.a.a	ENSGT00940000166718	ENSGT00940000157133	ENSGT00390000018208	ENSGT00390000005914.a	ENSGT00940000158209	ENSGT00940000154474.A	ENSGT00940000154474.B.a	ENSGT00940000154474.B.b	ENSGT00940000157694.m	ENSGT00940000157694.n	ENSGT00940000154505.A.c	ENSGT00390000001101
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	418																bcor (ENSHBUG00000001523) ##22	mid1ip1b (ENSHBUG00000001519)	tspan7b (ENSHBUG00000001517)	XDH (ENSHBUG00000001512)	ENSHBUG00000001501	dnajc27 (ENSHBUG00000001491)	ENSHBUG00000001486	creg1 (ENSHBUG00000001482)	ENSHBUG00000001477	f7l (ENSHBUG00000001471)	f7 (ENSHBUG00000001466)	f7i (ENSHBUG00000001461)	f10 (ENSHBUG00000001458)	f10 (ENSHBUG00000001455)	prozb (ENSHBUG00000001451)	pcid2 (ENSHBUG00000001447)
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	52															ENSGT00990000204585	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153.y.b	ENSGT00950000183114.a.a	ENSGT00940000166718	ENSGT00940000157133	ENSGT00390000018208	ENSGT00390000005914.a	ENSGT00940000158209	ENSGT00940000154474.A	ENSGT00940000154474.B.a	ENSGT00940000154474.B.b	ENSGT00940000157694.m	ENSGT00940000157694.n	ENSGT00940000154505.A.c	ENSGT00390000001101
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	70																ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153.y.b	ENSGT00950000183114.a.a	ENSGT00940000166718	ENSGT00940000157133	ENSGT00390000018208	ENSGT00390000005914.a	ENSGT00940000158209	ENSGT00940000154474.A	ENSGT00940000154474.B.a	ENSGT00940000154474.B.b	ENSGT00940000157694.m	ENSGT00940000157694.n	ENSGT00940000154505.A.c	ENSGT00390000001101
Eastern happy	DUPLICATION
Eastern happy	MODERN SPECIES	14	ENSACLG00000002433	ENSACLG00000002436	ENSACLG00000002445	ENSACLG00000002451	ENSACLG00000002457	ENSACLG00000002463	ENSACLG00000002601	ENSACLG00000002626	ENSACLG00000002657	ENSACLG00000002749	ENSACLG00000002818	ENSACLG00000002933	ENSACLG00000002963	ENSACLG00000003029	ENSACLG00000003051	bcor (ENSACLG00000003491) ##22	mid1ip1b (ENSACLG00000003754)	tspan7b (ENSACLG00000003768)	XDH (ENSACLG00000003790)	ENSACLG00000004004	dnajc27 (ENSACLG00000004019)	ENSACLG00000004030	creg1 (ENSACLG00000004034)	ENSACLG00000004046	f7l (ENSACLG00000004054)	f7 (ENSACLG00000004064)	f7i (ENSACLG00000004071)	f10 (ENSACLG00000004084)	prozb (ENSACLG00000004100)	pcid2 (ENSACLG00000004120)	ENSACLG00000004149
Eastern happy	MODERN SPECIES	135																bcor (ENSACLG00000026012) ##22
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1105	ENSMZEG00005011636	ENSMZEG00005011644	ENSMZEG00005011665	ENSMZEG00005011819	ENSMZEG00005011839	ENSMZEG00005011870	ENSMZEG00005011876	ENSMZEG00005011892	ENSMZEG00005011900	ENSMZEG00005011919	ENSMZEG00005011924	gli2b (ENSMZEG00005011934)	INHBB (ENSMZEG00005011953)	ralbb (ENSMZEG00005011961)	FAIM (ENSMZEG00005011968)	bcor (ENSMZEG00005011975) ##22	mid1ip1b (ENSMZEG00005011984)	tspan7b (ENSMZEG00005011993)	XDH (ENSMZEG00005012009)	ENSMZEG00005012041	dnajc27 (ENSMZEG00005012058)	ENSMZEG00005012064	creg1 (ENSMZEG00005012073)	ENSMZEG00005012078	ENSMZEG00005012087	ENSMZEG00005012098	f7l (ENSMZEG00005012111)	f7 (ENSMZEG00005012117)	f7i (ENSMZEG00005012131)	f10 (ENSMZEG00005012168)	f10 (ENSMZEG00005012179)
P. nyererei	MODERN SPECIES	633														ENSPNYG00000023697	ENSPNYG00000023696	bcor (ENSPNYG00000023694) ##22	ENSPNYG00000023693	ENSPNYG00000023692	mid1ip1b (ENSPNYG00000023691)	tspan7b (ENSPNYG00000023689)	XDH (ENSPNYG00000023686)	ENSPNYG00000023684	dnajc27 (ENSPNYG00000023681)	ENSPNYG00000023679	creg1 (ENSPNYG00000023678)	ENSPNYG00000023676
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	360															ENSNBRG00000022680	ENSNBRG00000022665 ##22	mid1ip1b (ENSNBRG00000022655)	tspan7b (ENSNBRG00000022631)	XDH (ENSNBRG00000022609)	ENSNBRG00000022571	dnajc27 (ENSNBRG00000022552)	ENSNBRG00000022531	creg1 (ENSNBRG00000022514)	ENSNBRG00000022486	f7l (ENSNBRG00000022469)	f7 (ENSNBRG00000022461)	f7i (ENSNBRG00000022454)	f10 (ENSNBRG00000022444)	f10 (ENSNBRG00000022436)	prozb (ENSNBRG00000022424)	pcid2 (ENSNBRG00000022404)
Midas cichlid	MODERN SPECIES	659																bcor (ENSACIG00000008861) ##22	mid1ip1b (ENSACIG00000008974)	tspan7b (ENSACIG00000009000)	XDH (ENSACIG00000009034)	ENSACIG00000009118	dnajc27 (ENSACIG00000009139)	ENSACIG00000009231	ENSACIG00000009294	creg1 (ENSACIG00000009311)	ENSACIG00000009349	f7l (ENSACIG00000009387)	f7 (ENSACIG00000009418)	f7i (ENSACIG00000009450)	f10 (ENSACIG00000009472)	f10 (ENSACIG00000009568)	f10 (ENSACIG00000009625)
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	94	ENSGT00390000008846	ENSGT00940000163243	ENSGT00950000182913.A.b.a	ENSGT00940000155248.vb.g.a	ENSGT00940000155248.vb.g.b	ENSGT00940000159606	ENSGT00940000158239.a.b	ENSGT00940000164897.a.b	ENSGT00390000007225	ENSGT01030000235241	ENSGT00970000193706	ENSGT00530000063503.a.a.a	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00940000159169	ENSGT00390000005581.a	ENSGT00940000153737.b.g.a ##22	ENSGT00940000160000	ENSGT00390000001101	ENSGT00940000154505.A.c	ENSGT00940000157694.k.a	ENSGT00940000154474.B.b	ENSGT00940000154474.B.a	ENSGT00940000154474.A	ENSGT00940000158209	ENSGT00390000005914.a	ENSGT00940000177133	ENSGT00940000157133	ENSGT00940000166718	ENSGT00950000183114.a.a	ENSGT00940000156153.y.b.c	ENSGT00500000044890.a.a.f
Orange clownfish	MODERN SPECIES	16	ENSAPEG00000008766	cdk15 (ENSAPEG00000008845)	fzd7a (ENSAPEG00000008880)	ENSAPEG00000008908	dph3 (ENSAPEG00000008920)	ENSAPEG00000008938	ENSAPEG00000008966	ENSAPEG00000008979	ENSAPEG00000009029	ENSAPEG00000009042	ENSAPEG00000009058	ENSAPEG00000009080	ENSAPEG00000009113	abi3bpb (ENSAPEG00000009127)	ftcd (ENSAPEG00000009150)	bcor (ENSAPEG00000009196) ##22	ENSAPEG00000009213	pcid2 (ENSAPEG00000009235)	ENSAPEG00000009254	prozb (ENSAPEG00000009263)	f10 (ENSAPEG00000009274)	f7i (ENSAPEG00000009286)	f7 (ENSAPEG00000009356)	f7l (ENSAPEG00000009519)	ENSAPEG00000009529	creg1 (ENSAPEG00000009561)	ENSAPEG00000009569	dnajc27 (ENSAPEG00000009586)	ENSAPEG00000009617	ENSAPEG00000009646	XDH (ENSAPEG00000009682)
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	632																bcor (ENSAOCG00000006419) ##22	ENSAOCG00000006443	pcid2 (ENSAOCG00000006485)	prozb (ENSAOCG00000006494)	f10 (ENSAOCG00000006507)	f7 (ENSAOCG00000006528)	f7l (ENSAOCG00000006543)	ENSAOCG00000006560	creg1 (ENSAOCG00000006567)	ENSAOCG00000006576	dnajc27 (ENSAOCG00000006604)	ENSAOCG00000006626	nadsyn1 (ENSAOCG00000006673)
Pinecone sodierfish	DUPLICATION
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	11	nab1a (ENSMMDG00005004121)	glsa (ENSMMDG00005004490)	ENSMMDG00005009856	ENSMMDG00005010669	ENSMMDG00005010672	ENSMMDG00005010676	ENSMMDG00005010680	abi3bpb (ENSMMDG00005010684)	ENSMMDG00005010693	ENSMMDG00005010696	ENSMMDG00005010702	ENSMMDG00005010706 ##22	ENSMMDG00005010707	ENSMMDG00005010710	ENSMMDG00005010713	ENSMMDG00005010714 ##22	ENSMMDG00005010716	ENSMMDG00005010717	tspan7b (ENSMMDG00005010718)	XDH (ENSMMDG00005010800)	ENSMMDG00005014142	dnajc27 (ENSMMDG00005014350)	ENSMMDG00005014356	creg1 (ENSMMDG00005014361)	ENSMMDG00005014363	ENSMMDG00005014368	eef1b2 (ENSMMDG00005014373)	arl11 (ENSMMDG00005014389)	ebpl (ENSMMDG00005014393)	cavin2b (ENSMMDG00005014394)	zgc:112023 (ENSMMDG00005014399)
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	11	ENSMMDG00005002847	ahr1b (ENSMMDG00005002937)	ENSMMDG00005004105	mfsd6a (ENSMMDG00005004112)	nab1a (ENSMMDG00005004121)	glsa (ENSMMDG00005004490)	ENSMMDG00005009856	ENSMMDG00005010669	ENSMMDG00005010672	ENSMMDG00005010676	ENSMMDG00005010680	abi3bpb (ENSMMDG00005010684)	ENSMMDG00005010693	ENSMMDG00005010696	ENSMMDG00005010702	ENSMMDG00005010706 ##22	ENSMMDG00005010707	ENSMMDG00005010710	ENSMMDG00005010713	ENSMMDG00005010714 ##22	ENSMMDG00005010716	ENSMMDG00005010717	tspan7b (ENSMMDG00005010718)	XDH (ENSMMDG00005010800)	ENSMMDG00005014142	dnajc27 (ENSMMDG00005014350)	ENSMMDG00005014356	creg1 (ENSMMDG00005014361)	ENSMMDG00005014363	ENSMMDG00005014368	eef1b2 (ENSMMDG00005014373)
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	98													ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000053070	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00940000171194	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT00990000203769	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000053070	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00940000171194	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT00990000203769	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000053070	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00940000171194	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT00990000203769	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000053070	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00940000171194	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	440													tspan7b (ENSHCOG00000020256)	mid1ip1a (ENSHCOG00000020266)	ENSHCOG00000020287	bcor (ENSHCOG00000020296) ##22	atp6ap2 (ENSHCOG00000020954)	ENSHCOG00000020995	ENSHCOG00000021027	ENSHCOG00000021067	ENSHCOG00000021074	tfg (ENSHCOG00000003124)	jagn1a (ENSHCOG00000003136)	COL8A1 (ENSHCOG00000003145)	dcbld2 (ENSHCOG00000000094)	tmem30c (ENSHCOG00000000098)	FILIP1L (ENSHCOG00000003215)	cmss1 (ENSHCOG00000003222)	il1rapl1a (ENSHCOG00000003236)	NR0B1 (ENSHCOG00000003249)	TASL (ENSHCOG00000003261)
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT01020000230653	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000053070	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00940000171194	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT01020000230653	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000053070	ENSGT01030000235020	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00940000171194	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT01020000230653	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000053070	ENSGT01030000235020	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00940000171194	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT01020000230653	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000053070	ENSGT01030000235020	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00940000171194	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00950000183159.b.c.b	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT01020000230653	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B	ENSGT00390000011439
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	15	ENSKMAG00000003376	kctd12.1 (ENSKMAG00000003356)	acod1 (ENSKMAG00000003331)	zgc:162944 (ENSKMAG00000003316)	CLN5 (ENSKMAG00000003303)	fbxl3a (ENSKMAG00000003290)	mycbp2 (ENSKMAG00000002978)	ENSKMAG00000002917	slain1a (ENSKMAG00000002901)	ENSKMAG00000002885	ENSKMAG00000002871	zgc:101559 (ENSKMAG00000002862)	katnal1 (ENSKMAG00000002851)	tspan7b (ENSKMAG00000002830)	mid1ip1a (ENSKMAG00000002812)	bcor (ENSKMAG00000002791) ##22	atp6ap2 (ENSKMAG00000002751)	SENP7 (ENSKMAG00000002703)	ENSKMAG00000002664	ENSKMAG00000002565	tfg (ENSKMAG00000002472)	jagn1a (ENSKMAG00000002460)	COL8A1 (ENSKMAG00000002455)	dcbld2 (ENSKMAG00000002433)	tmem30c (ENSKMAG00000002419)	cmss1 (ENSKMAG00000002390)	FILIP1L (ENSKMAG00000002359)	il1rapl1a (ENSKMAG00000002292)	NR0B1 (ENSKMAG00000002238)	TASL (ENSKMAG00000002228)	rnaseh2b (ENSKMAG00000002198)
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1623	lmo7a (ENSNFUG00015014071)	KCTD12.1 (ENSNFUG00015014174)	acod1 (ENSNFUG00015014191)	OLA.5446 (ENSNFUG00015014258)	CLN5 (ENSNFUG00015014270)	fbxl3a (ENSNFUG00015014324)	MYCBP2 (ENSNFUG00015014535)	ENSNFUG00015016708	slain1a (ENSNFUG00015016734)	ENSNFUG00015016740	KBTBD7 (ENSNFUG00015016745)	zgc:101559 (ENSNFUG00015016754)	KATNAL1 (ENSNFUG00015016830)	tspan7b (ENSNFUG00015017231)	MID1IP1A (ENSNFUG00015017242)	BCOR (ENSNFUG00015017245) ##22	SENP7 (ENSNFUG00015017291)	ENSNFUG00015017315	ENSNFUG00015017318	TFG (ENSNFUG00015017329)	JAGN1A (ENSNFUG00015017332)	COL8A1 (ENSNFUG00015017334)	ENSNFUG00015017336	FILIP1L (ENSNFUG00015017352)	ENSNFUG00015017356	IL1RAPL1 (ENSNFUG00015017365)	ENSNFUG00015017488	NR0B1 (ENSNFUG00015017491)	C9HXORF21 (ENSNFUG00015017497)	rnaseh2b (ENSNFUG00015017501)	trim13 (ENSNFUG00015017521)
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT01020000230653	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000053070	ENSGT01030000235020	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00510000047809	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000158147	ENSGT00940000171194	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT01020000230653	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000053070	ENSGT01030000235020	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00510000047809	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000158147	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B	ENSGT00390000011439
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT01020000230653	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000053070	ENSGT01030000235020	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00510000047809	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000158147	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B	ENSGT00390000011439
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	46	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT01020000230653	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000053070	ENSGT01030000235020	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00510000047809	ENSGT00530000063558.A.c.a
Amazon molly	MODERN SPECIES	271	kctd12.1 (ENSPFOG00000019963)	acod1 (ENSPFOG00000010855)	zgc:162944 (ENSPFOG00000010817)	CLN5 (ENSPFOG00000010754)	fbxl3a (ENSPFOG00000010712)	mycbp2 (ENSPFOG00000009394)	ENSPFOG00000009249	slain1a (ENSPFOG00000009115)	ENSPFOG00000024604	ENSPFOG00000009111	zgc:101559 (ENSPFOG00000009101)	katnal1 (ENSPFOG00000008965)	tspan7b (ENSPFOG00000008808)	mid1ip1a (ENSPFOG00000019961)	ENSPFOG00000008761	bcor (ENSPFOG00000008685) ##22	COL8A1 (ENSPFOG00000008674)	jagn1a (ENSPFOG00000008655)	tfg (ENSPFOG00000008614)	ENSPFOG00000008520	ENSPFOG00000008504
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Guppy	MODERN SPECIES	450	uchl3 (ENSPREG00000006257)	lmo7a (ENSPREG00000006389)	kctd12.1 (ENSPREG00000006639)	acod1 (ENSPREG00000006659)	zgc:162944 (ENSPREG00000006690)	CLN5 (ENSPREG00000006813)	fbxl3a (ENSPREG00000006840)	ENSPREG00000006948	ENSPREG00000006977	slain1a (ENSPREG00000007001)	ENSPREG00000007013	zgc:101559 (ENSPREG00000007017)	katnal1 (ENSPREG00000007037)	tspan7b (ENSPREG00000007186)	mid1ip1a (ENSPREG00000007244)	bcor (ENSPREG00000007271) ##22	COL8A1 (ENSPREG00000007307)	jagn1a (ENSPREG00000007312)	tfg (ENSPREG00000007324)	ENSPREG00000007358	ENSPREG00000007386	SENP7 (ENSPREG00000007415)	atp6ap2 (ENSPREG00000007480)	dcbld2 (ENSPREG00000007522)	tmem30c (ENSPREG00000007594)	cmss1 (ENSPREG00000007618)	FILIP1L (ENSPREG00000007637)	il1rapl1a (ENSPREG00000007666)	NR0B1 (ENSPREG00000007710)	TASL (ENSPREG00000007728)	rnaseh2b (ENSPREG00000007737)
Platyfish	MODERN SPECIES	21	CLN5 (ENSXMAG00000028765)	ENSXMAG00000027507	ENSXMAG00000011086	ENSXMAG00000025072	ENSXMAG00000021794	ENSXMAG00000010163	ENSXMAG00000011150	slain1a (ENSXMAG00000011158)	ENSXMAG00000023640	ENSXMAG00000011170	zgc:101559 (ENSXMAG00000011171)	katnal1 (ENSXMAG00000011172)	tspan7b (ENSXMAG00000011180)	mid1ip1a (ENSXMAG00000028430)	ENSXMAG00000011189	bcor (ENSXMAG00000011192) ##22	COL8A1 (ENSXMAG00000011195)	jagn1a (ENSXMAG00000011197)	tfg (ENSXMAG00000011198)	ENSXMAG00000011203	ENSXMAG00000022321	SENP7 (ENSXMAG00000025103)	atp6ap2 (ENSXMAG00000011214)	dcbld2 (ENSXMAG00000011218)	tmem30c (ENSXMAG00000011228)	cmss1 (ENSXMAG00000011243)	FILIP1L (ENSXMAG00000024580)	il1rapl1a (ENSXMAG00000025304)	NR0B1 (ENSXMAG00000011261)	TASL (ENSXMAG00000029524)	rnaseh2b (ENSXMAG00000022554)
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Mummichog	MODERN SPECIES	2211	kctd12.1 (ENSFHEG00000011276)	acod1 (ENSFHEG00000011293)	zgc:162944 (ENSFHEG00000011326)	CLN5 (ENSFHEG00000011336)	fbxl3a (ENSFHEG00000000257)	ENSFHEG00000011395	ENSFHEG00000011428	ENSFHEG00000000735	slain1a (ENSFHEG00000011456)	ENSFHEG00000011465	zgc:101559 (ENSFHEG00000011483)	katnal1 (ENSFHEG00000011499)	tspan7b (ENSFHEG00000011508)	mid1ip1a (ENSFHEG00000011519)	ENSFHEG00000011538	bcor (ENSFHEG00000011624) ##22	col8a1a (ENSFHEG00000011653)	jagn1a (ENSFHEG00000011665)	tfg (ENSFHEG00000011722)	ENSFHEG00000011898	ENSFHEG00000011934	ENSFHEG00000011963	atp6ap2 (ENSFHEG00000011990)	ENSFHEG00000011997	tmem30c (ENSFHEG00000012001)	cmss1 (ENSFHEG00000012008)	FILIP1L (ENSFHEG00000012039)	il1rapl1a (ENSFHEG00000012109)	NR0B1 (ENSFHEG00000012131)	TASL (ENSFHEG00000012144)	rnaseh2b (ENSFHEG00000012160)
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	449	OTC (ENSCVAG00000016086)	gpr161b (ENSCVAG00000016079)	dcaf6 (ENSCVAG00000016056)	mpc2b (ENSCVAG00000016025)	rpl24 (ENSCVAG00000016007)	ENSCVAG00000000938	ENSCVAG00000015977	nxpe3 (ENSCVAG00000015971)	me3 (ENSCVAG00000015945)	ildr1b (ENSCVAG00000015036)	ildr2 (ENSCVAG00000000386)	ENSCVAG00000015004	tspan7b (ENSCVAG00000014997)	mid1ip1a (ENSCVAG00000014981)	ENSCVAG00000014966	bcor (ENSCVAG00000014940) ##22	COL8A1 (ENSCVAG00000014919)	jagn1a (ENSCVAG00000014898)	tfg (ENSCVAG00000014881)	ENSCVAG00000014838	ENSCVAG00000014799	ENSCVAG00000014772	atp6ap2 (ENSCVAG00000014718)	dcbld2 (ENSCVAG00000014689)
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT01020000230653	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000053070	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147.j	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B	ENSGT00390000011439
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00940000154925	ENSGT00950000183159.b.c.b	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT01020000230653	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT01030000235020	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147.j	ENSGT00940000158147.i	ENSGT00940000171194	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	13	kctd12.1 (ENSORLG00000011364)	zgc:162944 (ENSORLG00000026379)	acod1 (ENSORLG00000030151)	CLN5 (ENSORLG00000011393)	ENSORLG00000011408	ENSORLG00000028492	ENSORLG00000025225	ENSORLG00000011491	slain1a (ENSORLG00000011524)	ENSORLG00000030248	ENSORLG00000011534	zgc:101559 (ENSORLG00000030642)	katnal1 (ENSORLG00000011618)	tspan7b (ENSORLG00000011640)	mid1ip1a (ENSORLG00000011645)	bcor (ENSORLG00000011669) ##22	atp6ap2 (ENSORLG00000011684)	ENSORLG00000027938	ENSORLG00000011719	ENSORLG00000011753	tfg (ENSORLG00000011786)	jagn1a (ENSORLG00000011794)	ENSORLG00000011801	ENSORLG00000011807	ENSORLG00000023638	ENSORLG00000028500	tmem30c (ENSORLG00000028593)	cmss1 (ENSORLG00000020340)	ENSORLG00000028834	il1rapl1a (ENSORLG00000011821)	nr0b1 (ENSORLG00000011824)
Chinese medaka	MODERN SPECIES	757	TBC1D4 (ENSOSIG00000009249)	uchl3 (ENSOSIG00000012460)	lmo7a (ENSOSIG00000012551)	kctd12.1 (ENSOSIG00000013487)	acod1 (ENSOSIG00000013490)	zgc:162944 (ENSOSIG00000013496)	CLN5 (ENSOSIG00000013560)	fbxl3a (ENSOSIG00000013566)	slain1a (ENSOSIG00000013667)	ENSOSIG00000013669	ENSOSIG00000013671	zgc:101559 (ENSOSIG00000013674)	katnal1 (ENSOSIG00000013812)	mid1ip1a (ENSOSIG00000014205)	ENSOSIG00000014206	ENSOSIG00000014208 ##22	atp6ap2 (ENSOSIG00000014209)	ENSOSIG00000014847	tfg (ENSOSIG00000014848)	jagn1a (ENSOSIG00000014851)	COL8A1 (ENSOSIG00000014855)	tmem30c (ENSOSIG00000015006)	cmss1 (ENSOSIG00000015007)	ENSOSIG00000015008	il1rapl1a (ENSOSIG00000015010)	rnaseh2b (ENSOSIG00000015223)	trim13 (ENSOSIG00000015224)	spryd7b (ENSOSIG00000015225)	kpna3 (ENSOSIG00000015239)	ENSOSIG00000016070	MCF2L (ENSOSIG00000016088)
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT01020000230653	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000053070	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147.j	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B	ENSGT00390000011439
Indian medaka	MODERN SPECIES	18	acod1 (ENSOMEG00000013375)	zgc:162944 (ENSOMEG00000013367)	CLN5 (ENSOMEG00000013358)	fbxl3a (ENSOMEG00000013339)	ENSOMEG00000013315	ENSOMEG00000013296	ENSOMEG00000013243	slain1a (ENSOMEG00000013191)	ENSOMEG00000013150	ENSOMEG00000013137	zgc:101559 (ENSOMEG00000013128)	katnal1 (ENSOMEG00000013118)	tspan7b (ENSOMEG00000013090)	mid1ip1a (ENSOMEG00000013061)	ENSOMEG00000013044	bcor (ENSOMEG00000013019) ##22	atp6ap2 (ENSOMEG00000012940)	ENSOMEG00000012897	ENSOMEG00000012842	ENSOMEG00000012824	tfg (ENSOMEG00000012782)	jagn1a (ENSOMEG00000012743)	COL8A1 (ENSOMEG00000012731)	dcbld2 (ENSOMEG00000012703)	tmem30c (ENSOMEG00000012571)	cmss1 (ENSOMEG00000012555)	ENSOMEG00000012526	il1rapl1a (ENSOMEG00000012504)	NR0B1 (ENSOMEG00000012461)	TASL (ENSOMEG00000012448)	rnaseh2b (ENSOMEG00000012441)
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	13	TBC1D4 (ENSOJAG00000013695)	uchl3 (ENSOJAG00000013565)	ENSOJAG00000013482	kctd12.1 (ENSOJAG00000016378)	acod1 (ENSOJAG00000016370)	zgc:162944 (ENSOJAG00000016356)	CLN5 (ENSOJAG00000016349)	fbxl3a (ENSOJAG00000016260)	slain1a (ENSOJAG00000014922)	ENSOJAG00000014916	ENSOJAG00000014892	zgc:101559 (ENSOJAG00000014888)	KATNA1 (ENSOJAG00000014782)	tspan7b (ENSOJAG00000014752)	ENSOJAG00000014698	ENSOJAG00000014593 ##22	atp6ap2 (ENSOJAG00000014069)	ENSOJAG00000013964	ENSOJAG00000013834	ENSOJAG00000013807	ENSOJAG00000013691	tfg (ENSOJAG00000013659)	jagn1a (ENSOJAG00000013635)	COL8A1 (ENSOJAG00000013559)	tmem30c (ENSOJAG00000013478)	cmss1 (ENSOJAG00000013471)	il1rapl1a (ENSOJAG00000013329)	NR0B1 (ENSOJAG00000013311)	TASL (ENSOJAG00000013301)	rnaseh2b (ENSOJAG00000013266)	trim13 (ENSOJAG00000013249)
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT00990000203769	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000053070	ENSGT01030000235020	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00940000178125	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00940000171194	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT01020000230653	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000053070	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00940000178125	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00940000171194	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT01020000230653	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000053070	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00940000171194	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00950000183159.b.c.b	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT01020000230653	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000053070	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00940000171194	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	2609																bcor (ENSAOCG00000002326) ##22	atp6ap2 (ENSAOCG00000007349)
Orange clownfish	MODERN SPECIES	3	lmo7a (ENSAPEG00000004585)	acod1 (ENSAPEG00000004656)	kctd12.1 (ENSAPEG00000004694)	zgc:162944 (ENSAPEG00000004719)	CLN5 (ENSAPEG00000004755)	fbxl3a (ENSAPEG00000004814)	mycbp2 (ENSAPEG00000004870)	slain1a (ENSAPEG00000005142)	ENSAPEG00000005157	ENSAPEG00000005161	zgc:101559 (ENSAPEG00000005176)	katnal1 (ENSAPEG00000005205)	tspan7b (ENSAPEG00000005276)	mid1ip1a (ENSAPEG00000005318)	ENSAPEG00000005352	bcor (ENSAPEG00000005401) ##22	atp6ap2 (ENSAPEG00000005465)	ENSAPEG00000005498	ENSAPEG00000005515	ENSAPEG00000005529	tfg (ENSAPEG00000005575)	jagn1a (ENSAPEG00000005639)	COL8A1 (ENSAPEG00000005650)	ENSAPEG00000005699	ENSAPEG00000005726	tmem30c (ENSAPEG00000005745)	cmss1 (ENSAPEG00000005829)	FILIP1L (ENSAPEG00000005848)	il1rapl1a (ENSAPEG00000005964)	NR0B1 (ENSAPEG00000005994)	TASL (ENSAPEG00000006002)
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	243	kctd12.1 (ENSSPAG00000006838)	acod1 (ENSSPAG00000006822)	zgc:162944 (ENSSPAG00000006811)	CLN5 (ENSSPAG00000006790)	fbxl3a (ENSSPAG00000006767)	mycbp2 (ENSSPAG00000006583)	ENSSPAG00000006531	slain1a (ENSSPAG00000006431)	ENSSPAG00000006419	zgc:101559 (ENSSPAG00000006404)	katnal1 (ENSSPAG00000006373)	tspan7b (ENSSPAG00000006347)	mid1ip1a (ENSSPAG00000006342)	ENSSPAG00000006334	ENSSPAG00000006315	bcor (ENSSPAG00000006273) ##22	atp6ap2 (ENSSPAG00000006256)	ENSSPAG00000006220	ENSSPAG00000006211	ENSSPAG00000006198
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT00990000203769	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000053070	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00940000178125	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00940000171194	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT00990000203769	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000053070	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00940000178125	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00940000171194	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT00990000203769	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000053070	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00940000178125	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00940000171194	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	303	ENSNBRG00000002100	kctd12.1 (ENSNBRG00000002242)	acod1 (ENSNBRG00000002267)	zgc:162944 (ENSNBRG00000002311)	CLN5 (ENSNBRG00000002339)	fbxl3a (ENSNBRG00000002352)	mycbp2 (ENSNBRG00000002384)	slain1a (ENSNBRG00000002619)	ENSNBRG00000002659	ENSNBRG00000002674	zgc:101559 (ENSNBRG00000002684)	katnal1 (ENSNBRG00000002694)	tspan7b (ENSNBRG00000002718)	mid1ip1a (ENSNBRG00000002741)	ENSNBRG00000002762	bcor (ENSNBRG00000002797) ##22	atp6ap2 (ENSNBRG00000002832)	ENSNBRG00000002845	ENSNBRG00000002867	ENSNBRG00000002883	tfg (ENSNBRG00000002928)	jagn1a (ENSNBRG00000002969)	COL8A1 (ENSNBRG00000002997)	ENSNBRG00000003038	ENSNBRG00000003049	ENSNBRG00000003074	tmem30c (ENSNBRG00000003084)	cmss1 (ENSNBRG00000003095)	FILIP1L (ENSNBRG00000003112)	il1rapl1a (ENSNBRG00000003171)	NR0B1 (ENSNBRG00000003209)
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT00990000203769	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000053070	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00940000178125	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00940000171194	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	449	kctd12.1 (ENSHBUG00000007475)	acod1 (ENSHBUG00000007516)	zgc:162944 (ENSHBUG00000007521)	CLN5 (ENSHBUG00000007529)	fbxl3a (ENSHBUG00000007551)	mycbp2 (ENSHBUG00000007750)	ENSHBUG00000007772	slain1a (ENSHBUG00000007787)	ENSHBUG00000007799	ENSHBUG00000007820	zgc:101559 (ENSHBUG00000007827)	katnal1 (ENSHBUG00000007867)	tspan7b (ENSHBUG00000007918)	mid1ip1a (ENSHBUG00000007939)	ENSHBUG00000007972	bcor (ENSHBUG00000007987) ##22	atp6ap2 (ENSHBUG00000008022)	ENSHBUG00000008054	ENSHBUG00000008086	ENSHBUG00000008109	ENSHBUG00000008187	tfg (ENSHBUG00000008245)	jagn1a (ENSHBUG00000008258)	COL8A1 (ENSHBUG00000008270)	ENSHBUG00000008277	ENSHBUG00000008296	ENSHBUG00000008302	tmem30c (ENSHBUG00000008307)	FILIP1L (ENSHBUG00000008412)	cmss1 (ENSHBUG00000008431)	il1rapl1a (ENSHBUG00000008499)
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT00990000203769	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000053070	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00940000178125	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00940000171194	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d
P. nyererei	MODERN SPECIES	350	ENSPNYG00000012434	ENSPNYG00000012464	ENSPNYG00000012492	kctd12.1 (ENSPNYG00000012525)	acod1 (ENSPNYG00000012555)	zgc:162944 (ENSPNYG00000012594)	CLN5 (ENSPNYG00000012617)	fbxl3a (ENSPNYG00000012634)	mycbp2 (ENSPNYG00000012686)	slain1a (ENSPNYG00000012861)	ENSPNYG00000012908	zgc:101559 (ENSPNYG00000012922)	KATNAL1 (ENSPNYG00000012937)	tspan7b (ENSPNYG00000012959)	mid1ip1a (ENSPNYG00000012984)	bcor (ENSPNYG00000013020) ##22	atp6ap2 (ENSPNYG00000013074)	ENSPNYG00000013105	ENSPNYG00000013139	ENSPNYG00000013163	tfg (ENSPNYG00000013214)	jagn1a (ENSPNYG00000013226)	COL8A1 (ENSPNYG00000013242)	dcbld2 (ENSPNYG00000013278)	tmem30c (ENSPNYG00000013390)	cmss1 (ENSPNYG00000013428)	FILIP1L (ENSPNYG00000013445)	il1rapl1a (ENSPNYG00000013461)	NR0B1 (ENSPNYG00000013490)	TASL (ENSPNYG00000013508)	rnaseh2b (ENSPNYG00000013552)
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT00990000203769	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000053070	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00940000178125	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00940000171194	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT00490000044642.a.a.a.a.a.a.d.a.a	ENSGT01090000260076.b.b.b
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1098	acod1 (ENSMZEG00005021710)	zgc:162944 (ENSMZEG00005021720)	CLN5 (ENSMZEG00005021725)	fbxl3a (ENSMZEG00005021731)	ENSMZEG00005021739	ENSMZEG00005021747	ENSMZEG00005021753	slain1a (ENSMZEG00005021764)	ENSMZEG00005021771	ENSMZEG00005021774	zgc:101559 (ENSMZEG00005021778)	katnal1 (ENSMZEG00005021783)	tspan7b (ENSMZEG00005021796)	mid1ip1a (ENSMZEG00005021803)	ENSMZEG00005021806	bcor (ENSMZEG00005021813) ##22	atp6ap2 (ENSMZEG00005021821)	ENSMZEG00005021827	ENSMZEG00005021839	ENSMZEG00005021841	ENSMZEG00005021845	tfg (ENSMZEG00005021858)	jagn1a (ENSMZEG00005021862)	COL8A1 (ENSMZEG00005021864)	dcbld2 (ENSMZEG00005021869)	tmem30c (ENSMZEG00005021882)	cmss1 (ENSMZEG00005021886)	FILIP1L (ENSMZEG00005021896)	ENSMZEG00005021907	il1rapl1a (ENSMZEG00005021910)	ENSMZEG00005021915
Eastern happy	MODERN SPECIES	7	ENSACLG00000026789	ENSACLG00000026814	kctd12.1 (ENSACLG00000026839)	acod1 (ENSACLG00000026852)	zgc:162944 (ENSACLG00000026868)	CLN5 (ENSACLG00000026877)	fbxl3a (ENSACLG00000026894)	mycbp2 (ENSACLG00000026909)	slain1a (ENSACLG00000026977)	ENSACLG00000026999	zgc:101559 (ENSACLG00000027006)	katnal1 (ENSACLG00000027013)	tspan7b (ENSACLG00000027024)	mid1ip1a (ENSACLG00000027031)	ENSACLG00000027036	bcor (ENSACLG00000027046) ##22	atp6ap2 (ENSACLG00000027107)	ENSACLG00000027114	IMPG2 (ENSACLG00000027149)	ENSACLG00000027180	tfg (ENSACLG00000027225)	jagn1a (ENSACLG00000027234)	COL8A1 (ENSACLG00000027240)	ENSACLG00000027253	ENSACLG00000027254	ENSACLG00000027262	tmem30c (ENSACLG00000027273)	cmss1 (ENSACLG00000027294)	FILIP1L (ENSACLG00000027301)	ENSACLG00000027304	il1rapl1a (ENSACLG00000000408)
Nile tilapia	MODERN SPECIES	7	TBC1D4 (ENSONIG00000006762)	ENSONIG00000006758	kctd12.1 (ENSONIG00000020484)	acod1 (ENSONIG00000032122)	zgc:162944 (ENSONIG00000027212)	CLN5 (ENSONIG00000006742)	fbxl3a (ENSONIG00000006740)	mycbp2 (ENSONIG00000006728)	ENSONIG00000006719	slain1a (ENSONIG00000006716)	ENSONIG00000041023	ENSONIG00000020483	katnal1 (ENSONIG00000006714)	tspan7b (ENSONIG00000034553)	ENSONIG00000031783	ENSONIG00000029117 ##22	atp6ap2 (ENSONIG00000006703)	ENSONIG00000031671	ENSONIG00000006699	ENSONIG00000006694	tfg (ENSONIG00000031812)	jagn1a (ENSONIG00000037926)	COL8A1 (ENSONIG00000006689)	dcbld2 (ENSONIG00000031449)	tmem30c (ENSONIG00000006680)	FILIP1L (ENSONIG00000006675)	cmss1 (ENSONIG00000006678)	il1rapl1a (ENSONIG00000006666)	nr0b1 (ENSONIG00000006662)	TASL (ENSONIG00000020481)	rnaseh2b (ENSONIG00000006657)
Midas cichlid	MODERN SPECIES	486	ENSACIG00000021162	kctd12.1 (ENSACIG00000021181)	acod1 (ENSACIG00000021187)	zgc:162944 (ENSACIG00000021204)	ENSACIG00000021221	CLN5 (ENSACIG00000021244)	fbxl3a (ENSACIG00000021261)	mycbp2 (ENSACIG00000021282)	slain1a (ENSACIG00000021432)	ENSACIG00000021452	zgc:101559 (ENSACIG00000021459)	katnal1 (ENSACIG00000021484)	tspan7b (ENSACIG00000021513)	MID1IP1 (ENSACIG00000021598)	ENSACIG00000021601	bcor (ENSACIG00000021625) ##22	atp6ap2 (ENSACIG00000021648)	ENSACIG00000021662	ENSACIG00000021687	ENSACIG00000021697	tfg (ENSACIG00000021724)	COL8A1 (ENSACIG00000021734)	dcbld2 (ENSACIG00000021760)	tmem30c (ENSACIG00000021832)	cmss1 (ENSACIG00000021854)	FILIP1L (ENSACIG00000021869)	ENSACIG00000021891	il1rapl1a (ENSACIG00000021904)	NR0B1 (ENSACIG00000021920)	TASL (ENSACIG00000021982)	rnaseh2b (ENSACIG00000021991)
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT01020000230653	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000053070	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B	ENSGT00390000011439
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT01020000230653	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000053070	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B	ENSGT00390000011439
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT01020000230653	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000053070	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B	ENSGT00390000011439
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT01020000230653	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000053070	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT00390000006574	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B	ENSGT00390000011439
Turbot	MODERN SPECIES	5	ENSSMAG00000030457	lmo7a (ENSSMAG00000002688)	kctd12.1 (ENSSMAG00000002662)	acod1 (ENSSMAG00000002623)	zgc:162944 (ENSSMAG00000002599)	CLN5 (ENSSMAG00000002594)	fbxl3a (ENSSMAG00000002582)	mycbp2 (ENSSMAG00000002420)	ENSSMAG00000002376	slain1a (ENSSMAG00000002253)	ENSSMAG00000035765	ENSSMAG00000022406	zgc:101559 (ENSSMAG00000002229)	ENSSMAG00000002192	ENSSMAG00000035058	ENSSMAG00000002071 ##22	ENSSMAG00000002011	ENSSMAG00000001897	IMPG2 (ENSSMAG00000001884)	ENSSMAG00000001765	tfg (ENSSMAG00000001731)	jagn1a (ENSSMAG00000022772)	ENSSMAG00000029703	dcbld2 (ENSSMAG00000001687)	ENSSMAG00000001663	cmss1 (ENSSMAG00000001672)	ENSSMAG00000036325	il1rapl1a (ENSSMAG00000001592)	NR0B1 (ENSSMAG00000001578)	TASL (ENSSMAG00000001573)	rnaseh2b (ENSSMAG00000001546)
Tongue sole	MODERN SPECIES	7	kctd12.1 (ENSCSEG00000006122)	lmo7a (ENSCSEG00000006126)	ENSCSEG00000006141	acod1 (ENSCSEG00000006145)	zgc:162944 (ENSCSEG00000006150)	CLN5 (ENSCSEG00000006157)	fbxl3a (ENSCSEG00000006162)	mycbp2 (ENSCSEG00000006175)	slain1a (ENSCSEG00000006215)	ENSCSEG00000006237	ENSCSEG00000006241	zgc:101559 (ENSCSEG00000006243)	katnal1 (ENSCSEG00000006251)	mid1ip1a (ENSCSEG00000006315)	ENSCSEG00000008330	bcor (ENSCSEG00000008344) ##22	atp6ap2 (ENSCSEG00000008386)	ENSCSEG00000008395	ENSCSEG00000008421	ENSCSEG00000008477	ENSCSEG00000008484	ENSCSEG00000008502	ENSCSEG00000008510	ENSCSEG00000008517	ENSCSEG00000008525	ENSCSEG00000008528	ENSCSEG00000008533	ENSCSEG00000008539	ENSCSEG00000008542	RDX (ENSCSEG00000008547)	ENSCSEG00000008583
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT00990000203769	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000053070	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B	ENSGT00390000011439
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT00990000203769	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000053070	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B	ENSGT00390000011439
Greater amberjack	MODERN SPECIES	21	ENSSDUG00000008627	lmo7a (ENSSDUG00000008444)	kctd12.1 (ENSSDUG00000008411)	acod1 (ENSSDUG00000008397)	zgc:162944 (ENSSDUG00000008365)	CLN5 (ENSSDUG00000008346)	fbxl3a (ENSSDUG00000008341)	mycbp2 (ENSSDUG00000008189)	slain1a (ENSSDUG00000008168)	ENSSDUG00000008157	zgc:101559 (ENSSDUG00000008151)	katnal1 (ENSSDUG00000008129)	tspan7b (ENSSDUG00000008119)	mid1ip1a (ENSSDUG00000008113)	ENSSDUG00000008089	bcor (ENSSDUG00000008012) ##22	atp6ap2 (ENSSDUG00000007964)	ENSSDUG00000007932	ENSSDUG00000007920	ENSSDUG00000007911	ENSSDUG00000007872	tfg (ENSSDUG00000007827)	jagn1a (ENSSDUG00000007812)	COL8A1 (ENSSDUG00000007807)	dcbld2 (ENSSDUG00000007771)	tmem30c (ENSSDUG00000007753)	FILIP1L (ENSSDUG00000007736)	cmss1 (ENSSDUG00000007719)	ENSSDUG00000007690	il1rapl1a (ENSSDUG00000007617)	NR0B1 (ENSSDUG00000007592)
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	3196	acod1 (ENSSLDG00000018843)	kctd12.1 (ENSSLDG00000018858)	zgc:162944 (ENSSLDG00000018883)	CLN5 (ENSSLDG00000018891)	fbxl3a (ENSSLDG00000018901)	mycbp2 (ENSSLDG00000018939)	ENSSLDG00000019134	slain1a (ENSSLDG00000019188)	ENSSLDG00000019201	ENSSLDG00000019208	zgc:101559 (ENSSLDG00000019214)	katnal1 (ENSSLDG00000019226)	tspan7b (ENSSLDG00000019254)	MID1IP1 (ENSSLDG00000019282)	ENSSLDG00000019296	bcor (ENSSLDG00000019322) ##22	atp6ap2 (ENSSLDG00000019347)	SENP7 (ENSSLDG00000019365)	ENSSLDG00000019410	ENSSLDG00000019471
Barramundi perch	MODERN SPECIES	111	ENSLCAG00010010696	uchl3 (ENSLCAG00010010680)	lmo7a (ENSLCAG00010010666)	kctd12.1 (ENSLCAG00010010642)	acod1 (ENSLCAG00010010637)	zgc:162944 (ENSLCAG00010010632)	CLN5 (ENSLCAG00010010622)	fbxl3a (ENSLCAG00010010614)	slain1a (ENSLCAG00010010347)	ENSLCAG00010010341	ENSLCAG00010010339	zgc:101559 (ENSLCAG00010010333)	katnal1 (ENSLCAG00010010316)	tspan7b (ENSLCAG00010010300)	mid1ip1a (ENSLCAG00010010295)	bcor (ENSLCAG00010010285) ##22	atp6ap2 (ENSLCAG00010010278)	ENSLCAG00010010273	IMPG2 (ENSLCAG00010010267)	ENSLCAG00010010257	tfg (ENSLCAG00010010246)	jagn1a (ENSLCAG00010010243)	ENSLCAG00010010241	dcbld2 (ENSLCAG00010010176)	tmem30c (ENSLCAG00010010154)	cmss1 (ENSLCAG00010010133)	FILIP1L (ENSLCAG00010010128)	ENSLCAG00010010125	il1rapl1a (ENSLCAG00010010121)	NR0B1 (ENSLCAG00010010109)	TASL (ENSLCAG00010010104)
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT01020000230653	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT01030000235020	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B	ENSGT00390000011439	ENSGT00940000159715
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	13	uchl3 (ENSMAMG00000017833)	lmo7a (ENSMAMG00000017770)	kctd12.1 (ENSMAMG00000017750)	acod1 (ENSMAMG00000026064)	zgc:162944 (ENSMAMG00000025303)	CLN5 (ENSMAMG00000017718)	FBXL3 (ENSMAMG00000017710)	ENSMAMG00000017537	slain1a (ENSMAMG00000017455)	ENSMAMG00000026811	ENSMAMG00000024423	ENSMAMG00000017429	ENSMAMG00000017409	ENSMAMG00000017396	MID1IP1 (ENSMAMG00000025947)	ENSMAMG00000017355 ##22	ENSMAMG00000017349	ENSMAMG00000017332	ENSMAMG00000017294	tfg (ENSMAMG00000017260)	ENSMAMG00000017240	dcbld2 (ENSMAMG00000017207)	tmem30c (ENSMAMG00000017202)	ENSMAMG00000017182	cmss1 (ENSMAMG00000017176)	il1rapl1a (ENSMAMG00000017144)	NR0B1 (ENSMAMG00000017137)	TASL (ENSMAMG00000017117)	rnaseh2b (ENSMAMG00000017109)	trim13 (ENSMAMG00000017103)	spryd7b (ENSMAMG00000017086)
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT01020000230653	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT01030000235020	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B	ENSGT00390000011439	ENSGT00940000159715
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	11	lmo7a (ENSBSLG00000018554)	kctd12.1 (ENSBSLG00000018569)	acod1 (ENSBSLG00000018573)	zgc:162944 (ENSBSLG00000018589)	CLN5 (ENSBSLG00000018596)	fbxl3a (ENSBSLG00000018743)	mycbp2 (ENSBSLG00000019177)	slain1a (ENSBSLG00000020956)	ENSBSLG00000020984	ENSBSLG00000021014	zgc:101559 (ENSBSLG00000021047)	katnal1 (ENSBSLG00000021112)	tspan7b (ENSBSLG00000021175)	mid1ip1a (ENSBSLG00000021211)	ENSBSLG00000021221	ENSBSLG00000021230 ##22	atp6ap2 (ENSBSLG00000021320)	ENSBSLG00000021716	ENSBSLG00000021792	tfg (ENSBSLG00000021939)	jagn1a (ENSBSLG00000021954)	ENSBSLG00000021974	dcbld2 (ENSBSLG00000021983)	tmem30c (ENSBSLG00000022062)	cmss1 (ENSBSLG00000022314)	FILIP1L (ENSBSLG00000022346)	il1rapl1a (ENSBSLG00000022430)	NR0B1 (ENSBSLG00000022445)	TASL (ENSBSLG00000004928)	rnaseh2b (ENSBSLG00000004985)	trim13 (ENSBSLG00000005266)
Climbing perch	MODERN SPECIES	12	uchl3 (ENSATEG00000006977)	lmo7a (ENSATEG00000007171)	kctd12.1 (ENSATEG00000029311)	acod1 (ENSATEG00000007247)	zgc:162944 (ENSATEG00000028483)	CLN5 (ENSATEG00000007264)	fbxl3a (ENSATEG00000025914)	mycbp2 (ENSATEG00000007297)	ENSATEG00000007573	slain1a (ENSATEG00000007610)	ENSATEG00000007747	ENSATEG00000007753	zgc:101559 (ENSATEG00000025287)	ENSATEG00000007779	ENSATEG00000007820	ENSATEG00000007963 ##22	ENSATEG00000007984	ENSATEG00000007992	ENSATEG00000008040	tfg (ENSATEG00000029390)	jagn1a (ENSATEG00000025388)	dcbld2 (ENSATEG00000008171)	cmss1 (ENSATEG00000008198)	ENSATEG00000008233	il1rapl1a (ENSATEG00000008299)	NR0B1 (ENSATEG00000008343)	TASL (ENSATEG00000008358)	rnaseh2b (ENSATEG00000008370)	trim13 (ENSATEG00000008393)	spryd7b (ENSATEG00000008399)	KPNA3 (ENSATEG00000008435)
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00950000183159.b.d	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT01020000230653	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B	ENSGT00390000011439
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183159.b.c.b	ENSGT00950000183159.b.d	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B	ENSGT00390000011439
Fugu	MODERN SPECIES		ENSTRUG00000027140	lmo7a (ENSTRUG00000010628)	kctd12.1 (ENSTRUG00000010608)	acod1 (ENSTRUG00000010567)	zgc:162944 (ENSTRUG00000027687)	CLN5 (ENSTRUG00000010519)	fbxl3a (ENSTRUG00000010459)	mycbp2 (ENSTRUG00000010000)	ENSTRUG00000022737	slain1a (ENSTRUG00000024261)	ENSTRUG00000023559	katnal1 (ENSTRUG00000009692)	zgc:101559 (ENSTRUG00000009903)	tspan7 (ENSTRUG00000009530)	MID1IP1 (ENSTRUG00000024692)	bcor (ENSTRUG00000009503) ##22	atp6ap2 (ENSTRUG00000015529)	ENSTRUG00000019587	ENSTRUG00000015408	tfg (ENSTRUG00000015388)	jagn1a (ENSTRUG00000024335)	COL8A1 (ENSTRUG00000015374)	dcbld2 (ENSTRUG00000015345)	tmem30c (ENSTRUG00000015284)	cmss1 (ENSTRUG00000015265)	FILIP1L (ENSTRUG00000015249)	ENSTRUG00000029151	il1rapl1a (ENSTRUG00000015151)	NR0B1 (ENSTRUG00000015137)	TASL (ENSTRUG00000022792)	rnaseh2b (ENSTRUG00000015098)
Tetraodon	MODERN SPECIES	13	ENSTNIG00000014989	ENSTNIG00000014990	kctd12.1 (ENSTNIG00000014991)	acod1 (ENSTNIG00000014992)	zgc:162944 (ENSTNIG00000014993)	CLN5 (ENSTNIG00000014994)	ENSTNIG00000014995	fbxl3a (ENSTNIG00000014996)	mycbp2 (ENSTNIG00000014997)	ENSTNIG00000001163	slain1a (ENSTNIG00000014998)	ENSTNIG00000014999	zgc:101559 (ENSTNIG00000015000)	katnal1 (ENSTNIG00000015001)	tspan7b (ENSTNIG00000015002)	bcor (ENSTNIG00000015003) ##22	atp6ap2 (ENSTNIG00000015004)	ENSTNIG00000015005	IMPG2 (ENSTNIG00000015006)	ENSTNIG00000002875	tfg (ENSTNIG00000002876)	jagn1a (ENSTNIG00000002877)	ENSTNIG00000000683	dcbld2 (ENSTNIG00000002878)	tmem30c (ENSTNIG00000002879)	cmss1 (ENSTNIG00000002880)	ENSTNIG00000000630	ENSTNIG00000002881	il1rapl1a (ENSTNIG00000013859)	NR0B1 (ENSTNIG00000013860)	rnaseh2b (ENSTNIG00000013861)
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00950000183159.b.c.b	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT01020000230653	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B	ENSGT00390000011439
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	389																bcor (ENSLBEG00000005602) ##22	atp6ap2 (ENSLBEG00000005653)	ENSLBEG00000005712	ENSLBEG00000005802	ENSLBEG00000005900	tfg (ENSLBEG00000006125)	jagn1a (ENSLBEG00000006179)	COL8A1 (ENSLBEG00000006196)	ENSLBEG00000006237	dcbld2 (ENSLBEG00000006253)	tmem30c (ENSLBEG00000006278)	cmss1 (ENSLBEG00000006298)	FILIP1L (ENSLBEG00000006326)
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00950000183159.b.c.b	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT01020000230653	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B	ENSGT00390000011439
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00950000183159.b.c.b	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT01020000230653	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B	ENSGT00390000011439
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000154925	ENSGT00950000183159.b.c.b	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B	ENSGT00390000011439
European seabass	MODERN SPECIES	5	TBC1D4 (ENSDLAG00005006041)	uchl3 (ENSDLAG00005005898)	lmo7a (ENSDLAG00005005874)	kctd12.1 (ENSDLAG00005027141)	acod1 (ENSDLAG00005005809)	zgc:162944 (ENSDLAG00005030391)	CLN5 (ENSDLAG00005005777)	fbxl3a (ENSDLAG00005005763)	mycbp2 (ENSDLAG00005000878)	ENSDLAG00005000661	slain1a (ENSDLAG00005000654)	ENSDLAG00005031846	ENSDLAG00005000626	ENSDLAG00005028444	MID1IP1 (ENSDLAG00005034506)	ENSDLAG00005029104 ##22	ENSDLAG00005000335	SENP7 (ENSDLAG00005000270)	IMPG2 (ENSDLAG00005000260)	ENSDLAG00005000185	tfg (ENSDLAG00005000145)	jagn1a (ENSDLAG00005031390)	ENSDLAG00005027106	dcbld2 (ENSDLAG00005020796)	ENSDLAG00005020782	cmss1 (ENSDLAG00005031760)	il1rapl1a (ENSDLAG00005020730)	NR0B1 (ENSDLAG00005020723)	TASL (ENSDLAG00005020714)	rnaseh2b (ENSDLAG00005028236)	trim13 (ENSDLAG00005032697)
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	490	kctd12.1 (ENSLCRG00005015052)	acod1 (ENSLCRG00005015054)	zgc:162944 (ENSLCRG00005015056)	CLN5 (ENSLCRG00005015057)	fbxl3a (ENSLCRG00005015059)	mycbp2 (ENSLCRG00005015067)	ENSLCRG00005015245	slain1a (ENSLCRG00005015252)	ENSLCRG00005015253	ENSLCRG00005015254	ENSLCRG00005015255	zgc:101559 (ENSLCRG00005015256)	katnal1 (ENSLCRG00005015258)	ENSLCRG00005015302	mid1ip1a (ENSLCRG00005015303)	bcor (ENSLCRG00005015304) ##22	atp6ap2 (ENSLCRG00005015315)	ENSLCRG00005015980	ENSLCRG00005015981	ENSLCRG00005015983	tfg (ENSLCRG00005015989)	ENSLCRG00005015994	jagn1a (ENSLCRG00005015996)	COL8A1 (ENSLCRG00005015998)	dcbld2 (ENSLCRG00005016003)	tmem30c (ENSLCRG00005016010)	cmss1 (ENSLCRG00005016011)	FILIP1L (ENSLCRG00005016014)	il1rapl1a (ENSLCRG00005016015)	ENSLCRG00005016018	NR0B1 (ENSLCRG00005016019)
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	23	TBC1D4 (ENSSAUG00010004839)	UCHL3 (ENSSAUG00010008158)	kctd12.1 (ENSSAUG00010008181)	acod1 (ENSSAUG00010008184)	zgc:162944 (ENSSAUG00010008187)	CLN5 (ENSSAUG00010008189)	fbxl3a (ENSSAUG00010008191)	mycbp2 (ENSSAUG00010008192)	slain1a (ENSSAUG00010008200)	ENSSAUG00010008202	ENSSAUG00010008203	zgc:101559 (ENSSAUG00010008204)	katnal1 (ENSSAUG00010008208)	tspan7b (ENSSAUG00010008224)	mid1ip1a (ENSSAUG00010008226)	bcor (ENSSAUG00010008231) ##22	atp6ap2 (ENSSAUG00010008243)	ENSSAUG00010009070	IMPG2 (ENSSAUG00010009075)	ENSSAUG00010009083	tfg (ENSSAUG00010009094)	jagn1a (ENSSAUG00010009097)	COL8A1 (ENSSAUG00010009100)	dcbld2 (ENSSAUG00010009112)	tmem30c (ENSSAUG00010009133)	cmss1 (ENSSAUG00010009135)	FILIP1L (ENSSAUG00010009138)	il1rapl1a (ENSSAUG00010009141)	NR0B1 (ENSSAUG00010009147)	TASL (ENSSAUG00010009149)	rnaseh2b (ENSSAUG00010009154)
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00950000183159.b.c.b	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e.d	ENSGT01020000230653	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B	ENSGT00390000011439
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00950000183159.b.c.b	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00530000063872.B	ENSGT00390000017860.a.b.e.d	ENSGT01020000230653	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00390000005550	ENSGT00940000154014.b.b	ENSGT00940000155466.e.b	ENSGT00390000016484	ENSGT00390000004145.b	ENSGT00940000158493	ENSGT00530000063564.b.b.b	ENSGT00940000161839	ENSGT00950000183138.a.b.r.b	ENSGT00940000156462.B.c.a.b.b	ENSGT00940000166042.b	ENSGT00940000166277	ENSGT00940000154657.B	ENSGT00940000154657.A.c
Lumpfish	MODERN SPECIES	13	uchl3 (ENSCLMG00005018837)	lmo7a (ENSCLMG00005018838)	kctd12.1 (ENSCLMG00005018841)	acod1 (ENSCLMG00005018843)	zgc:162944 (ENSCLMG00005018845)	CLN5 (ENSCLMG00005018847)	fbxl3a (ENSCLMG00005018848)	mycbp2 (ENSCLMG00005018863)	ENSCLMG00005019140	slain1a (ENSCLMG00005019141)	ENSCLMG00005019142	ENSCLMG00005019143	zgc:101559 (ENSCLMG00005019144)	katnal1 (ENSCLMG00005019200)	tspan7b (ENSCLMG00005019202)	bcor (ENSCLMG00005019208) ##22	atp6ap2 (ENSCLMG00005019211)	zgc:153521 (ENSCLMG00005019223)	stk17b (ENSCLMG00005019224)	HECW2 (ENSCLMG00005019227)	PGAP1 (ENSCLMG00005019288)	maip1 (ENSCLMG00005019320)	tyw5 (ENSCLMG00005019322)	ENSCLMG00005019323	ENSCLMG00005019324	ENSCLMG00005019325	LRRFIP1 (ENSCLMG00005019327)	RAB17 (ENSCLMG00005019346)	MLPH (ENSCLMG00005019350)	ENSCLMG00005019353	cops8 (ENSCLMG00005019356)
Stickleback	MODERN SPECIES	16	lmo7a (ENSGACG00000001830)	kctd12.1 (ENSGACG00000001829)	acod1 (ENSGACG00000001816)	ENSGACG00000001813	zgc:162944 (ENSGACG00000001804)	CLN5 (ENSGACG00000001800)	fbxl3a (ENSGACG00000001792)	mycbp2 (ENSGACG00000001746)	ENSGACG00000001743	slain1a (ENSGACG00000001735)	ENSGACG00000001734	zgc:101559 (ENSGACG00000001725)	katnal1 (ENSGACG00000001719)	tspan7b (ENSGACG00000001702)	mid1ip1a (ENSGACG00000001701)	bcor (ENSGACG00000001696) ##22	atp6ap2 (ENSGACG00000001684)	zgc:153521 (ENSGACG00000001680)	stk17b (ENSGACG00000001676)	HECW2 (ENSGACG00000001668)	PGAP1 (ENSGACG00000001664)	maip1 (ENSGACG00000001661)	tyw5 (ENSGACG00000001659)	ENSGACG00000001640	ENSGACG00000001638	ENSGACG00000001620	COL6A3 (ENSGACG00000001609)	trim63b (ENSGACG00000001607)	cops8 (ENSGACG00000001602)	ENSGACG00000001595	ENSGACG00000001590
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000154925	ENSGT00950000183159.b.c.b	ENSGT00940000161074.a	ENSGT00390000015700.a	ENSGT00390000003706.a.b.b	ENSGT00390000010065	ENSGT00940000159395.c	ENSGT00940000155756	ENSGT00390000017860.a.b.e.d	ENSGT01020000230653	ENSGT00940000164962	ENSGT00940000166281	ENSGT00940000156630	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B	ENSGT00390000011439
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	13	uchl3 (ENSCGOG00000015649)	ENSCGOG00000015650	ENSCGOG00000015652	kctd12.1 (ENSCGOG00000015660)	acod1 (ENSCGOG00000015663)	zgc:162944 (ENSCGOG00000015680)	CLN5 (ENSCGOG00000015683)	fbxl3a (ENSCGOG00000015693)	mycbp2 (ENSCGOG00000015825)	slain1a (ENSCGOG00000018878)	ENSCGOG00000018883	ENSCGOG00000018884	zgc:101559 (ENSCGOG00000018886)	katnal1 (ENSCGOG00000018889)	tspan7b (ENSCGOG00000018960)	bcor (ENSCGOG00000018992) ##22	atp6ap2 (ENSCGOG00000019008)	ENSCGOG00000019376	IMPG2 (ENSCGOG00000019379)	ENSCGOG00000019384	tfg (ENSCGOG00000019385)	jagn1a (ENSCGOG00000019388)	COL8A1 (ENSCGOG00000019391)	dcbld2 (ENSCGOG00000019402)	tmem30c (ENSCGOG00000019410)	cmss1 (ENSCGOG00000019413)	FILIP1L (ENSCGOG00000019417)	il1rapl1a (ENSCGOG00000019428)	ENSCGOG00000019481	NR0B1 (ENSCGOG00000019483)	TASL (ENSCGOG00000019487)
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	13	ENSMMDG00005019324	lmo7a (ENSMMDG00005019317)	kctd12.1 (ENSMMDG00005019316)	acod1 (ENSMMDG00005019315)	zgc:162944 (ENSMMDG00005019313)	CLN5 (ENSMMDG00005019311)	fbxl3a (ENSMMDG00005019310)	mycbp2 (ENSMMDG00005018451)	slain1a (ENSMMDG00005018361)	ENSMMDG00005018358	ENSMMDG00005018357	zgc:101559 (ENSMMDG00005018180)	katnal1 (ENSMMDG00005018167)	tspan7b (ENSMMDG00005018163)	mid1ip1a (ENSMMDG00005018162)	bcor (ENSMMDG00005018159) ##22	atp6ap2 (ENSMMDG00005017593)	ENSMMDG00005017559	IMPG2 (ENSMMDG00005017555)	ENSMMDG00005017545	tfg (ENSMMDG00005017539)	jagn1a (ENSMMDG00005017538)	COL8A1 (ENSMMDG00005017536)	dcbld2 (ENSMMDG00005017350)	tmem30c (ENSMMDG00005017265)	FILIP1L (ENSMMDG00005017262)	cmss1 (ENSMMDG00005017258)	il1rapl1a (ENSMMDG00005017255)	NR0B1 (ENSMMDG00005017248)	TASL (ENSMMDG00005017245)	rnaseh2b (ENSMMDG00005017240)
Cod	MODERN SPECIES	12	kctd12.1 (ENSGMOG00000025443)	acod1 (ENSGMOG00000035641)	zgc:162944 (ENSGMOG00000011739)	CLN5 (ENSGMOG00000011733)	ENSGMOG00000031977	fbxl3a (ENSGMOG00000026746)	mycbp2 (ENSGMOG00000011689)	ENSGMOG00000011679	slain1a (ENSGMOG00000011669)	ENSGMOG00000022900	ENSGMOG00000025829	zgc:101559 (ENSGMOG00000027096)	ENSGMOG00000023642	ENSGMOG00000011650	MID1IP1 (ENSGMOG00000011644)	ENSGMOG00000028396 ##22	ENSGMOG00000009054	ENSGMOG00000016566	IMPG2 (ENSGMOG00000028677)	ENSGMOG00000016610	tfg (ENSGMOG00000016650)	jagn1a (ENSGMOG00000016665)	ENSGMOG00000016674	dcbld2 (ENSGMOG00000016682)	tmem30c (ENSGMOG00000016715)	ENSGMOG00000016746	cmss1 (ENSGMOG00000016729)	il1rapl1a (ENSGMOG00000016799)	NR0B1 (ENSGMOG00000016814)	TASL (ENSGMOG00000023193)	rnaseh2b (ENSGMOG00000016830)
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	86	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT01100000263512.b.b.a.j	ENSGT00940000166315	ENSGT00390000014405	ENSGT01030000239885	ENSGT00530000063252.a.b.a.b	ENSGT00940000155799	ENSGT00950000183152.B.c.a	ENSGT00510000047027.c.a	ENSGT00510000047027.c.b	ENSGT00940000154989	ENSGT00940000156153.y.a	ENSGT00500000044890.a.a.e	ENSGT00510000053070	ENSGT00940000153737.b.g.b ##22	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000157308.g	ENSGT00530000063503.a.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.a	ENSGT00510000047809	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b	ENSGT00940000158147	ENSGT00940000171194	ENSGT00390000004660.C.b	ENSGT00390000006574	ENSGT00950000182852.A.a.b.d	ENSGT01090000260076.b.b.b	ENSGT00390000015719.d.d	ENSGT00390000011425.B
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	448	ENSGT00940000155009.a.a.b	ENSGT01000000215206.a.a.a.b	ENSGT00940000155009.a.a.a	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT01100000263512.b.b.a.j.a	ENSGT00940000166315	ENSGT00390000014405.s	ENSGT01030000239885	ENSGT00530000063252.a.b.a.b.d	ENSGT00940000155799.s.b	ENSGT00510000047027.c.b.a	ENSGT00940000154989.g.a	ENSGT00940000156153.y.a.d	ENSGT00500000044890.a.a.e.d	ENSGT00940000153737.b.g.b.a ##22	ENSGT00390000008856.bb	ENSGT00940000157308.g.a	ENSGT00530000063503.a.a.b.a	ENSGT00530000063558.A.c.a.c.b
Huchen	MODERN SPECIES	6294																ENSHHUG00000022485 ##22	atp6ap2 (ENSHHUG00000022457)
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000155009.a.a.a	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT01100000263512.b.b.a.j.a	ENSGT00940000166315	ENSGT00390000014405.s	ENSGT00990000213766	ENSGT00530000063252.a.b.a.b.d	ENSGT00940000155799.s.b	ENSGT00950000183152.B.c.a.fd.b	ENSGT00510000047027.c.b.a	ENSGT00990000206726	ENSGT00940000154989.g.a	ENSGT00940000156153.y.a.d	ENSGT00500000044890.a.a.e.d	ENSGT00940000153737.b.g.b.a ##22	ENSGT00390000008856.bb	ENSGT00940000157308.g.a	ENSGT00530000063503.a.a.b.a	ENSGT00530000063558.A.c.a.c.b	ENSGT00530000063558.A.c.a.c.a.b	ENSGT00510000047809.f	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b.c	ENSGT00940000158147.h	ENSGT00390000004660.C.b.g	ENSGT00390000006574.e	ENSGT00950000182852.A.a.b.d.a	ENSGT01090000260076.b.b.b.c	ENSGT00390000015719.d.d.b	ENSGT00390000011425.B.b
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT01100000263512.b.b.a.j.a	ENSGT00940000166315	ENSGT00390000014405.s	ENSGT00990000213766	ENSGT00530000063252.a.b.a.b.d	ENSGT00940000155799.s.a.a	ENSGT00940000155799.s.a.b	ENSGT00950000183152.B.c.a.fd.b	ENSGT00510000047027.c.b.a	ENSGT00990000206726	ENSGT00940000154989.g.a	ENSGT00940000156153.y.a.d	ENSGT00500000044890.a.a.e.d	ENSGT00940000153737.b.g.b.a ##22	ENSGT00390000008856.bb	ENSGT00940000157308.g.a	ENSGT00530000063503.a.a.b.a	ENSGT00530000063558.A.c.a.c.b	ENSGT00510000047809.f	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b.c	ENSGT00940000158147.h	ENSGT00390000004660.C.b.g	ENSGT00390000006574.e	ENSGT00950000182852.A.a.b.d.a	ENSGT01090000260076.b.b.b.c	ENSGT00390000015719.d.d.b	ENSGT00390000011425.B.b	ENSGT00390000011439.a
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	17	LANCL3 (ENSSSAG00000066046)	ENSSSAG00000107799	ENSSSAG00000066059	ENSSSAG00000066062	ENSSSAG00000066070	ENSSSAG00000114867	ENSSSAG00000066196	ENSSSAG00000093700	ENSSSAG00000118645	ENSSSAG00000111711	ENSSSAG00000071117	ENSSSAG00000073359	ENSSSAG00000073393	ENSSSAG00000111208	ENSSSAG00000073407	ENSSSAG00000073412 ##22	ENSSSAG00000097095	ENSSSAG00000073436	ENSSSAG00000073501	IMPG2 (ENSSSAG00000073525)	abi3bp (ENSSSAG00000073545)	tfg (ENSSSAG00000073580)	jagn1a (ENSSSAG00000096189)	col8a1 (ENSSSAG00000047890)	dcbld2 (ENSSSAG00000047911)	cmss1 (ENSSSAG00000048644)	ENSSSAG00000048656	il1rapl1a (ENSSSAG00000048707)	ENSSSAG00000095121	rnaseh2b (ENSSSAG00000048785)	NR0B1 (ENSSSAG00000105840)
River trout	MODERN SPECIES	16	GRPR (ENSSTUG00000009526)	asb11 (ENSSTUG00000009529)	piga (ENSSTUG00000009542)	ENSSTUG00000009565	APP (ENSSTUG00000009622)	ENSSTUG00000011447	gabpa (ENSSTUG00000011461)	ENSSTUG00000011496	cbsb (ENSSTUG00000011584)	ENSSTUG00000013899	ENSSTUG00000013906	ENSSTUG00000013916	sik1 (ENSSTUG00000013923)	TSPAN7 (ENSSTUG00000013999)	mid1ip1a (ENSSTUG00000014020)	bcor (ENSSTUG00000014025) ##22	atp6ap2 (ENSSTUG00000014061)	ENSSTUG00000014676	ENSSTUG00000014689	ENSSTUG00000003208	tfg (ENSSTUG00000003408)	jagn1a (ENSSTUG00000003448)	col8a1a (ENSSTUG00000003467)	dcbld2 (ENSSTUG00000003487)	tmem30c (ENSSTUG00000004057)	cmss1 (ENSSTUG00000004085)	FILIP1L (ENSSTUG00000004148)	il1rapl1a (ENSSTUG00000004189)	NR0B1 (ENSSTUG00000004439)	ENSSTUG00000004447	rnaseh2b (ENSSTUG00000004455)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000155009.a.a.a.b	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT01100000263512.b.b.a.j.a	ENSGT00940000166315	ENSGT00390000014405.s	ENSGT00990000213766	ENSGT00530000063252.a.b.a.b.d	ENSGT00940000155799.s.b	ENSGT00950000183152.B.c.a.fd.b	ENSGT00510000047027.c.b.a	ENSGT00990000206726	ENSGT00940000154989.g.a	ENSGT00940000156153.y.a.d	ENSGT00500000044890.a.a.e.d	ENSGT00940000153737.b.g.b.a ##22	ENSGT00390000008856.bb	ENSGT00940000157308.g.a	ENSGT00530000063503.a.a.b.a	ENSGT00530000063558.A.c.a.c.a.b	ENSGT00510000047809.f	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b.c	ENSGT00940000158147.h	ENSGT00390000004660.C.b.g	ENSGT00390000006574.e	ENSGT00950000182852.A.a.b.d.a	ENSGT01090000260076.b.b.b.c	ENSGT00390000015719.d.d.b	ENSGT00390000011425.B.b	ENSGT00390000011439
Rainbow trout	MODERN SPECIES	21	ENSOMYG00000066095	LANCL3 (ENSOMYG00000000187)	ENSOMYG00000000198	ENSOMYG00000000209	ENSOMYG00000000262	ENSOMYG00000076482	ENSOMYG00000000634	ENSOMYG00000000732	ENSOMYG00000000778	ENSOMYG00000001085	ENSOMYG00000067436	ENSOMYG00000001462	ENSOMYG00000001489	ENSOMYG00000001515	ENSOMYG00000073809	ENSOMYG00000067457 ##22	ENSOMYG00000001825	ENSOMYG00000001863	IMPG2 (ENSOMYG00000001908)	ENSOMYG00000001966	ENSOMYG00000071418	tfg (ENSOMYG00000001981)	ENSOMYG00000062339	jagn1a (ENSOMYG00000001997)	col8a1a (ENSOMYG00000002044)	dcbld2 (ENSOMYG00000002154)	tmem30c (ENSOMYG00000002219)	cmss1 (ENSOMYG00000002263)	ENSOMYG00000002278	il1rapl1a (ENSOMYG00000002332)	ENSOMYG00000069704
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000158618.n	ENSGT00940000155009.a.a.b	ENSGT01000000215206.a.a.a.b	ENSGT00390000003231.b	ENSGT01100000263512.b.b.a.j.a	ENSGT00940000166315	ENSGT00390000014405.s	ENSGT01030000239885	ENSGT00530000063252.a.b.a.b.d	ENSGT00940000155799.s.b	ENSGT00950000183152.B.c.a.fd.b	ENSGT00510000047027.c.b.a	ENSGT00940000154989.g.a	ENSGT00940000156153.y.a.d	ENSGT00500000044890.a.a.e.d	ENSGT00940000153737.b.g.b.a ##22	ENSGT00390000008856.bb	ENSGT00940000157308.g.a	ENSGT00530000063503.a.a.b.a	ENSGT00530000063558.A.c.a.c.a.b	ENSGT00510000047809.f	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b.c	ENSGT00940000158147.h	ENSGT00390000004660.C.b.g	ENSGT00390000006574.e	ENSGT00950000182852.A.a.b.d.a	ENSGT01090000260076.b.b.b.c	ENSGT00390000015719.d.d.b	ENSGT00390000011425.B.b	ENSGT00390000011439
Coho salmon	MODERN SPECIES	11	xk (ENSOKIG00005028977)	ENSOKIG00005029046	GRPR (ENSOKIG00005029057)	ENSOKIG00005029134	ENSOKIG00005029143	ENSOKIG00005029181	piga (ENSOKIG00005029229)	ENSOKIG00005029253	appb (ENSOKIG00005029332)	gabpa (ENSOKIG00005030604)	u2af1 (ENSOKIG00005030660)	cbsb (ENSOKIG00005030892)	sik1 (ENSOKIG00005033945)	TSPAN7 (ENSOKIG00005034132)	MID1IP1 (ENSOKIG00005034161)	ENSOKIG00005034173 ##22	atp6ap2 (ENSOKIG00005034245)	ENSOKIG00005035091	IMPG2 (ENSOKIG00005035123)	ENSOKIG00005035345	ENSOKIG00005035384	tfg (ENSOKIG00005035564)	jagn1a (ENSOKIG00005035572)	COL8A1 (ENSOKIG00005035582)	ENSOKIG00005035590	dcbld2 (ENSOKIG00005035625)	tmem30c (ENSOKIG00005036006)	cmss1 (ENSOKIG00005036030)	FILIP1L (ENSOKIG00005036068)	il1rapl1a (ENSOKIG00005036149)	NR0B1 (ENSOKIG00005036309)
Chinook salmon	MODERN SPECIES	73															ENSOTSG00005038047	ENSOTSG00005038050 ##22	atp6ap2 (ENSOTSG00005038051)	ENSOTSG00005038055	ENSOTSG00005038062	tfg (ENSOTSG00005038067)	jagn1a (ENSOTSG00005038068)	COL8A1 (ENSOTSG00005038069)	dcbld2 (ENSOTSG00005038071)	tmem30c (ENSOTSG00005038073)	cmss1 (ENSOTSG00005038078)	FILIP1L (ENSOTSG00005038082)	rchy1 (ENSOTSG00005038084)	ENSOTSG00005038086	ENSOTSG00005038088	ENSOTSG00005038089	PDE4D (ENSOTSG00005038091)
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	447												ENSGT00940000156153.y.a.c	ENSGT00500000044890.a.a.e.c	ENSGT01030000235020.b.a	ENSGT00510000053070	ENSGT00940000153737.b.g.b.b ##22	ENSGT00390000008856.cb	ENSGT00940000157308.g.b	ENSGT00530000063503.a.a.b.b	ENSGT00530000063558.A.c.a.d	ENSGT00510000047809.e	ENSGT00530000063558.A.c.a.c.a.b	ENSGT00510000047809.f	ENSGT00390000005596.b	ENSGT00940000158272.c.b.c	ENSGT00940000158147.h	ENSGT00390000004660.C.b.g	ENSGT00390000006574.e	ENSGT00950000182852.A.a.b.d.a	ENSGT00940000158272.c.b.d	ENSGT00940000158147.g
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000155075.a.a.d	ENSGT00940000156564.a.d	ENSGT00940000159616.gc.a	ENSGT00940000160302.g	ENSGT00940000158618.m	ENSGT01100000263512.b.b.a.j.b	ENSGT00390000014405.t	ENSGT00530000063252.a.b.a.b.c	ENSGT00940000155799.t	ENSGT00950000183152.B.c.a.gd	ENSGT00510000047027.c.b.b	ENSGT00940000154989.g.b	ENSGT00940000156153.y.a.c	ENSGT00500000044890.a.a.e.c	ENSGT00510000053070	ENSGT00940000153737.b.g.b.b ##22	ENSGT00390000008856.cb	ENSGT00940000157308.g.b	ENSGT00530000063503.a.a.b.b	ENSGT00530000063558.A.c.a.d	ENSGT00510000047809.e	ENSGT00940000158272.c.b.d	ENSGT00940000158147.g	ENSGT00390000004660.C.b.h	ENSGT00390000006574.f	ENSGT00950000182852.A.a.b.d.b	ENSGT01090000260076.b.b.b.d	ENSGT00390000015719.d.d.a	ENSGT00390000011425.B.a	ENSGT00990000211672	ENSGT00940000159715.h
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000155401.s	ENSGT00940000155075.a.a.d	ENSGT00940000156564.a.d	ENSGT00940000159616.gc.a	ENSGT00940000160302.g	ENSGT00940000158618.m	ENSGT00940000155009.a.a.a.a	ENSGT01100000263512.b.b.a.j.b	ENSGT00390000014405.t	ENSGT00530000063252.a.b.a.b.c	ENSGT00940000155799.t	ENSGT00510000047027.c.b.b	ENSGT00940000154989.g.b	ENSGT00940000156153.y.a.c	ENSGT00500000044890.a.a.e.c	ENSGT00940000153737.b.g.b.b ##22	ENSGT00390000008856.cb	ENSGT00940000157308.g.b	ENSGT00530000063503.a.a.b.b	ENSGT00530000063558.A.c.a.d	ENSGT00510000047809.e	ENSGT00940000158272.c.b.d	ENSGT00940000158147.g	ENSGT00390000004660.C.b.h	ENSGT00390000006574.f	ENSGT00950000182852.A.a.b.d.b	ENSGT01090000260076.b.b.b.d	ENSGT00390000015719.d.d.a	ENSGT00390000011425.B.a	ENSGT00990000211672	ENSGT00940000159715.h
Rainbow trout	MODERN SPECIES	14	DYNLT3 (ENSOMYG00000014691)	ENSOMYG00000014673	ENSOMYG00000014648	ENSOMYG00000014212	ENSOMYG00000014079	ENSOMYG00000014042	ENSOMYG00000014011	ENSOMYG00000013828	ENSOMYG00000063720	ENSOMYG00000026214	ENSOMYG00000076936	MID1IP1 (ENSOMYG00000026207)	ENSOMYG00000066949	ENSOMYG00000073082	ENSOMYG00000053028	ENSOMYG00000050416 ##22	ENSOMYG00000024949	ENSOMYG00000024613	IMPG2 (ENSOMYG00000024575)	ENSOMYG00000024491	tfg (ENSOMYG00000024423)	ENSOMYG00000024384	ENSOMYG00000071007	ENSOMYG00000060612	dcbld2 (ENSOMYG00000024361)	ENSOMYG00000065662	tmem30c (ENSOMYG00000024349)	cmss1 (ENSOMYG00000024316)	ENSOMYG00000024305	ENSOMYG00000065577	ENSOMYG00000063335
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000155401.s	ENSGT00940000155075.a.a.d	ENSGT00940000156564.a.d	ENSGT00940000159616.gc.a	ENSGT00940000160302.g	ENSGT00940000158618.m	ENSGT00940000155009.a.a.a.a	ENSGT01100000263512.b.b.a.j.b	ENSGT00390000014405.t	ENSGT00530000063252.a.b.a.b.c	ENSGT00940000155799.t	ENSGT00510000047027.c.b.b	ENSGT00940000154989.g.b	ENSGT00940000156153.y.a.c	ENSGT00500000044890.a.a.e.c	ENSGT00940000153737.b.g.b.b ##22	ENSGT00390000008856.cb	ENSGT00940000157308.g.b	ENSGT00530000063503.a.a.b.b	ENSGT00530000063558.A.c.a.d	ENSGT00510000047809.e	ENSGT00940000158272.c.b.d	ENSGT00940000158147.g	ENSGT00390000004660.C.b.h	ENSGT00390000006574.f	ENSGT00950000182852.A.a.b.d.b	ENSGT01090000260076.b.b.b.d	ENSGT00390000015719.d.d.a	ENSGT00390000011425.B.a	ENSGT00990000211672	ENSGT00940000159715.h
Coho salmon	MODERN SPECIES	18	ENSOKIG00005034613	ENSOKIG00005034594	SRPX (ENSOKIG00005034507)	SYTL5 (ENSOKIG00005034466)	DYNLT3 (ENSOKIG00005034425)	GRPR (ENSOKIG00005034414)	ENSOKIG00005034386	ENSOKIG00005032646	ENSOKIG00005032537	u2af1 (ENSOKIG00005032396)	CBS (ENSOKIG00005030358)	sik1 (ENSOKIG00005029387)	ENSOKIG00005029360	TSPAN7 (ENSOKIG00005029342)	mid1ip1a (ENSOKIG00005029328)	BCOR (ENSOKIG00005029206) ##22	ENSOKIG00005029029	ENSOKIG00005029004	IMPG2 (ENSOKIG00005028973)	ENSOKIG00005028966	ENSOKIG00005028762	tfg (ENSOKIG00005028735)	ENSOKIG00005028721	COL8A1 (ENSOKIG00005028718)	dcbld2 (ENSOKIG00005028644)	tmem30c (ENSOKIG00005028599)	ENSOKIG00005028572	ENSOKIG00005028564	FILIP1L (ENSOKIG00005028557)	il1rapl1a (ENSOKIG00005028506)	NR0B1 (ENSOKIG00005028494)
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000155401.s	ENSGT00940000155075.a.a.d	ENSGT00940000156564.a.d	ENSGT00940000159616.gc.a	ENSGT00940000160302.g	ENSGT00940000158618.m	ENSGT01100000263512.b.b.a.j.b	ENSGT00390000014405.t	ENSGT00530000063252.a.b.a.b.c	ENSGT00940000155799.t	ENSGT00510000047027.c.b.b	ENSGT00940000154989.g.b	ENSGT00940000156153.y.a.c	ENSGT00500000044890.a.a.e.c	ENSGT00510000053070	ENSGT00940000153737.b.g.b.b ##22	ENSGT00390000008856.cb	ENSGT00940000157308.g.b	ENSGT00530000063503.a.a.b.b	ENSGT00530000063558.A.c.a.d	ENSGT00510000047809.e	ENSGT00940000158272.c.b.d	ENSGT00940000158147.g	ENSGT00390000004660.C.b.h	ENSGT00390000006574.f	ENSGT00950000182852.A.a.b.d.b	ENSGT01090000260076.b.b.b.d	ENSGT00390000015719.d.d.a	ENSGT00390000011425.B.a	ENSGT00390000011439.b	ENSGT00940000159715.h
River trout	MODERN SPECIES	12	ing1 (ENSSTUG00000010592)	ube2al (ENSSTUG00000010597)	ankrd10b (ENSSTUG00000010647)	ENSSTUG00000010664	srpx (ENSSTUG00000010744)	SYTL5 (ENSSTUG00000010830)	GRPR (ENSSTUG00000010862)	piga (ENSSTUG00000010869)	appb (ENSSTUG00000010970)	gabpa (ENSSTUG00000013010)	ENSSTUG00000013063	CBS (ENSSTUG00000013273)	sik1 (ENSSTUG00000016050)	TSPAN7 (ENSSTUG00000002351)	mid1ip1a (ENSSTUG00000002362)	bcor (ENSSTUG00000002402) ##22	atp6ap2 (ENSSTUG00000002562)	ENSSTUG00000003151	IMPG2 (ENSSTUG00000003197)	ENSSTUG00000003221	tfg (ENSSTUG00000003384)	COL8A1 (ENSSTUG00000003420)	dcbld2 (ENSSTUG00000003458)	tmem30c (ENSSTUG00000003638)	FILIP1L (ENSSTUG00000003650)	il1rapl1a (ENSSTUG00000003697)	NR0B1 (ENSSTUG00000004137)	ENSSTUG00000004165	trim13 (ENSSTUG00000004197)	spryd7b (ENSSTUG00000004214)	kpna3 (ENSSTUG00000004273)
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	13	ankrd10b (ENSSSAG00000026781)	ENSSSAG00000098075	ENSSSAG00000025431	ENSSSAG00000091566	ENSSSAG00000024837	ENSSSAG00000024728	ENSSSAG00000024370	ENSSSAG00000008701	ENSSSAG00000008402	u2af1 (ENSSSAG00000008370)	ENSSSAG00000008099	sik1 (ENSSSAG00000008312)	ENSSSAG00000008052	g12 (ENSSSAG00000008047)	ENSSSAG00000110328	ENSSSAG00000112501 ##22	renr (ENSSSAG00000007854)	ENSSSAG00000103406	IMPG2 (ENSSSAG00000007727)	ENSSSAG00000007713	tfg (ENSSSAG00000007701)	ENSSSAG00000007683	dcbld2 (ENSSSAG00000007674)	tmem30c (ENSSSAG00000007670)	cmss1 (ENSSSAG00000007663)	ENSSSAG00000089195	il1rapl1a (ENSSSAG00000007357)	NR0B1 (ENSSSAG00000007316)	ENSSSAG00000089725	ENSSSAG00000007311	rnaseh2b (ENSSSAG00000007303)
Huchen	MODERN SPECIES	4424																bcor (ENSHHUG00000044424) ##22
Northern pike	MODERN SPECIES	15	ENSELUG00000018437	srpx (ENSELUG00000018478)	SYTL5 (ENSELUG00000018548)	DYNLT3 (ENSELUG00000018606)	xk (ENSELUG00000018624)	LANCL3 (ENSELUG00000018636)	asb11 (ENSELUG00000018644)	piga (ENSELUG00000018660)	appb (ENSELUG00000018871)	gabpa (ENSELUG00000018898)	ENSELUG00000018987	cbsb (ENSELUG00000019057)	sik1 (ENSELUG00000019083)	TSPAN7 (ENSELUG00000019110)	mid1ip1a (ENSELUG00000019133)	bcor (ENSELUG00000019177) ##22	atp6ap2 (ENSELUG00000019213)	ENSELUG00000001534	IMPG2 (ENSELUG00000001447)	ENSELUG00000019329	tfg (ENSELUG00000019367)	jagn1a (ENSELUG00000019397)	COL8A1 (ENSELUG00000019406)	dcbld2 (ENSELUG00000000828)	tmem30c (ENSELUG00000019428)	cmss1 (ENSELUG00000019459)	FILIP1L (ENSELUG00000019450)	ENSELUG00000034627	il1rapl1a (ENSELUG00000019505)	ENSELUG00000033947	ENSELUG00000034540
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.b.h ##22
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	66	ENSGT00940000154517.nb	ENSGT01060000248589.C.g.b	ENSGT00940000155600.a.a.h	ENSGT00390000015719.d.c	ENSGT01090000260076.b.b.a	ENSGT00950000182852.A.a.b.c	ENSGT00940000171777	ENSGT00940000154317.b	ENSGT00390000005596.a	ENSGT00940000159169	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00530000063503.a.a.a	ENSGT00940000178125	ENSGT00990000204585.a	ENSGT00990000205673	ENSGT00940000153737.b.h ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153.z	ENSGT00940000157308.h	ENSGT00940000155009.a.b	ENSGT00940000166110	ENSGT00940000154851.A	ENSGT00940000159723	ENSGT00940000157831	ENSGT00390000018208	ENSGT00390000005914.a	ENSGT00940000153118	ENSGT00940000158209	ENSGT00940000154474.A	ENSGT00940000154474.B.a	ENSGT00940000154474.B.b
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.b.h.a.a.a ##22
Huchen	DUPLICATION
Huchen	MODERN SPECIES	8356															ENSHHUG00000006393	ENSHHUG00000006389 ##22
Huchen	MODERN SPECIES	11791																ENSHHUG00000019280 ##22
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.b.h.a.a.a ##22
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.b.h.a.a.a ##22
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	195				ENSGT01090000260076.b.b.a.e.b	ENSGT00950000182852.A.a.b.c.a.c.b	ENSGT00940000171777.e	ENSGT00940000154317.b.h.b	ENSGT00390000005596.a.a.c	ENSGT00940000159169.j.a.a.a	ENSGT00390000005596.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.b.h	ENSGT00530000063503.a.a.a.b	ENSGT00940000157308.h.a.d	ENSGT00990000205673.d	ENSGT00990000205673.c.a	ENSGT00940000153737.b.h.a.a.a ##22
Coho salmon	MODERN SPECIES	25	caskb (ENSOKIG00005001190)	NR0B1 (ENSOKIG00005001107)	ENSOKIG00005001103	IL1RAPL1 (ENSOKIG00005001081)	FILIP1L (ENSOKIG00005001062)	ENSOKIG00005001053	ENSOKIG00005001050	ENSOKIG00005001045	jagn1b (ENSOKIG00005001042)	ADGRG7 (ENSOKIG00005001035)	abi3bpb (ENSOKIG00005000955)	ENSOKIG00005000897	senp7b (ENSOKIG00005000879)	ENSOKIG00005000865	ENSOKIG00005000858	ENSOKIG00005000850 ##22	ENSOKIG00005000842	cybb (ENSOKIG00005000822)	ENSOKIG00005000802	rpgrb (ENSOKIG00005000795)	TSPAN7 (ENSOKIG00005000787)	mid1ip1b (ENSOKIG00005000785)	ENSOKIG00005000782	ENSOKIG00005000773	ENSOKIG00005000768	ENSOKIG00005000761	ENSOKIG00005000758	ENSOKIG00005000747	ENSOKIG00005000735	arl6ip6 (ENSOKIG00005000730)	ndufs1 (ENSOKIG00005000698)
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.b.h.a.a.b ##22
Huchen	MODERN SPECIES	4226											ENSHHUG00000043444	ENSHHUG00000043430	ENSHHUG00000043422	ENSHHUG00000043420	ENSHHUG00000043418	ENSHHUG00000043414 ##22
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.b.h.a.a.b ##22
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.b.h.a.a.b ##22
Rainbow trout	MODERN SPECIES	28	ENSOMYG00000070196	ENSOMYG00000072001	ENSOMYG00000007248	jagn1b (ENSOMYG00000007269)	ENSOMYG00000071657	ENSOMYG00000057138	ENSOMYG00000007457	abi3bpb (ENSOMYG00000007982)	IMPG2 (ENSOMYG00000008321)	ENSOMYG00000043602	senp7b (ENSOMYG00000077690)	ENSOMYG00000008348	ENSOMYG00000041023	ENSOMYG00000061260	ENSOMYG00000059241	ENSOMYG00000008361 ##22	iqca1 (ENSOMYG00000006408)	ENSOMYG00000051465	ENSOMYG00000036557	trim63a (ENSOMYG00000075073)	mlpha (ENSOMYG00000075725)	ENSOMYG00000012548	ENSOMYG00000012387	ENSOMYG00000047866	ENSOMYG00000058093	ENSOMYG00000057227	ENSOMYG00000063325	ENSOMYG00000076467	ACADL (ENSOMYG00000012316)	mylz3 (ENSOMYG00000012352)	lancl1 (ENSOMYG00000012035)
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	57	ENSGT00390000005596.a.a	ENSGT00940000159169.j.b.b	ENSGT00390000005596.a.b	ENSGT00940000159169.j.a.a	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00530000063503.a.a.a.a	ENSGT00940000157308.h.b	ENSGT00530000063503.a.a.a.b	ENSGT00940000157308.h.a	ENSGT00990000204585.a.a.b	ENSGT00990000205673.d	ENSGT00990000204585.a.a.a	ENSGT00940000153737.b.h.b ##22	ENSGT00990000204585.a.b	ENSGT00990000205673.c	ENSGT00940000153737.b.h.a.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153.z.a	ENSGT00940000159616.fc.a	ENSGT00940000155009.a.b.a.b	ENSGT00940000166110	ENSGT00940000154851.A	ENSGT00940000159723	ENSGT00940000157831.j.b	ENSGT00390000018208	ENSGT00390000005914.a	ENSGT00940000158209	ENSGT00940000154474.A	ENSGT00940000154474.B.a.g	ENSGT00940000154474.B.b	ENSGT00940000157694.u.a
Huchen	MODERN SPECIES	9762																ENSHHUG00000008195 ##22	ENSHHUG00000008189
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Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	203														ENSGT00990000204585.a.b	ENSGT00990000205673.c	ENSGT00940000153737.b.h.a.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f.e	ENSGT00940000156153.z.a	ENSGT00940000159616.fc.a	ENSGT00940000155009.a.b.a.b
Rainbow trout	MODERN SPECIES	9	ENSOMYG00000042047	ENSOMYG00000042091	ENSOMYG00000042106	ENSOMYG00000042124	jagn1b (ENSOMYG00000042131)	ENSOMYG00000063901	ENSOMYG00000068110	ENSOMYG00000050055	ENSOMYG00000060978	ENSOMYG00000042168	abi3bpb (ENSOMYG00000042280)	IMPG2 (ENSOMYG00000042363)	ENSOMYG00000060903	senp7b (ENSOMYG00000042370)	cd80 (ENSOMYG00000042372)	bcor (ENSOMYG00000062112) ##22	MID1IP1 (ENSOMYG00000042382)	tspan7b (ENSOMYG00000042390)	RPGR (ENSOMYG00000042426)	ENSOMYG00000042479	ENSOMYG00000042506	ENSOMYG00000059766	ENSOMYG00000056943	ENSOMYG00000042658	STYXL2 (ENSOMYG00000059890)	ENSOMYG00000050933	cd3z (ENSOMYG00000049807)	CREG1 (ENSOMYG00000042779)	ENSOMYG00000042798	ENSOMYG00000042852	f7 (ENSOMYG00000042835)
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	133											ENSGT00530000063503.a.a.a.a	ENSGT00940000178125	ENSGT00940000157308.h.a.c	ENSGT00990000204585.a.b	ENSGT00990000205673.c.b	ENSGT00940000153737.b.h.a.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f.e	ENSGT00940000156153.z.a	ENSGT00940000159616.fc.a	ENSGT00940000155009.a.b.a.b	ENSGT00940000166110	ENSGT00940000154851.A.e	ENSGT00940000154851.A.f	ENSGT00940000159723.j.a	ENSGT00940000157831.j.a	ENSGT01020000232945	ENSGT00390000005914.a	ENSGT00940000158209.h	ENSGT00940000154474.B.a.h	ENSGT00940000154474.B.b	ENSGT00940000157694.v.c.a
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Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	59	ENSGT00950000182852.A.a.b.c.a	ENSGT00940000171777	ENSGT00940000154317.b	ENSGT00390000005596.a.a	ENSGT00940000159169.j.a.a	ENSGT00390000005596.a.b	ENSGT00940000159169.j.a.b	ENSGT00530000063558.A.c.b	ENSGT00530000063503.a.a.a.a	ENSGT00940000157308.h.b	ENSGT00940000178125	ENSGT00530000063503.a.a.a.b	ENSGT00940000157308.h.a	ENSGT00990000204585.a.a.b	ENSGT00990000205673.d	ENSGT00940000153737.b.h.b ##22	ENSGT00990000204585.a.b	ENSGT00990000205673.c	ENSGT00940000153737.b.h.a.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a.f	ENSGT00940000156153.z.a	ENSGT00940000159616.fc.a	ENSGT00940000155009.a.b.a.b	ENSGT00940000159616.fc.b.b	ENSGT00940000155009.a.b.a.a	ENSGT00940000166110	ENSGT00940000154851.A	ENSGT00940000159723	ENSGT00940000157831.j.b	ENSGT00390000018208	ENSGT00390000005914.a
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Atlantic salmon	DUPLICATION
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River trout	MODERN SPECIES	36	FILIP1L (ENSSTUG00000008694)	ENSSTUG00000008707	ENSSTUG00000008720	jagn1b (ENSSTUG00000008739)	ENSSTUG00000008746	ENSSTUG00000008776	jagn1b (ENSSTUG00000008784)	ENSSTUG00000008791	ENSSTUG00000008800	abi3bpb (ENSSTUG00000008833)	ENSSTUG00000009219	ENSSTUG00000009232	ENSSTUG00000009254	ENSSTUG00000009270	ENSSTUG00000009281	bcor (ENSSTUG00000009315) ##22	ENSSTUG00000009365	mid1ip1b (ENSSTUG00000009369)	tspan7b (ENSSTUG00000009371)	rpgrb (ENSSTUG00000009393)	ENSSTUG00000009459	cybb (ENSSTUG00000009498)	ENSSTUG00000009569	dusp27 (ENSSTUG00000009584)	ENSSTUG00000009591	CD247 (ENSSTUG00000009599)	creg1 (ENSSTUG00000009616)	ENSSTUG00000009624	f7l (ENSSTUG00000009634)	f7 (ENSSTUG00000009639)	f7i (ENSSTUG00000009652)
Northern pike	MODERN SPECIES	21	caskb (ENSELUG00000023016)	nr0b1 (ENSELUG00000023133)	ENSELUG00000031187	il1rapl1b (ENSELUG00000023175)	FILIP1L (ENSELUG00000001145)	ENSELUG00000023204	jagn1b (ENSELUG00000023220)	ENSELUG00000027753	ENSELUG00000023378	abi3bpb (ENSELUG00000023660)	ENSELUG00000023769	ENSELUG00000023782	ENSELUG00000023819	ENSELUG00000023822	ENSELUG00000029731	bcor (ENSELUG00000023875) ##22	mid1ip1b (ENSELUG00000023892)	tspan7b (ENSELUG00000023914)	rpgrb (ENSELUG00000023960)	DYNLT3 (ENSELUG00000023976)	cybb (ENSELUG00000024032)	ENSELUG00000027320	ENSELUG00000024103	dusp27 (ENSELUG00000024114)	ENSELUG00000024126	CD247 (ENSELUG00000024134)	creg1 (ENSELUG00000024230)	ENSELUG00000024162	ENSELUG00000024242	f7l (ENSELUG00000028406)	f7 (ENSELUG00000024395)
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.b.h ##22
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.b.h ##22
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.b.h ##22
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.b.h ##22
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT01030000234935	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.b.h ##22	ENSGT00940000161661	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000174555	ENSGT00940000164536.b	ENSGT00950000184267	ENSGT00940000157996 #16
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.b.h ##22
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.b.h ##22
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.b.h ##22
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	1	ENSBSLG00000016223	ENSBSLG00000016226	ENSBSLG00000016600	MAP7D3 (ENSBSLG00000016760)	fhl1a (ENSBSLG00000017065)	slc9a6a (ENSBSLG00000017371)	taf7 (ENSBSLG00000019683)	ENSBSLG00000020033	drp2 (ENSBSLG00000021660)	CENPI (ENSBSLG00000022263)	tmem35 (ENSBSLG00000022310)	arl13a (ENSBSLG00000022311)	xkrx (ENSBSLG00000022350)	nox1 (ENSBSLG00000022399)	cstf2 (ENSBSLG00000022622)	ENSBSLG00000022638 ##22	mid1ip1l (ENSBSLG00000022643)	tspan7 (ENSBSLG00000022645)	SRPX2 (ENSBSLG00000022653)	sytl4 (ENSBSLG00000022684)	trmt12 (ENSBSLG00000022694)	zdhhc9 (ENSBSLG00000022704) #20	SASH3 (ENSBSLG00000022706) #19	xpnpep2 (ENSBSLG00000022722) #18	ENSBSLG00000022743	ocrl (ENSBSLG00000022791) #16	ENSBSLG00000023697	clic2 (ENSBSLG00000023714)	urp1 (ENSBSLG00000023726)	c1galt1c1 (ENSBSLG00000023729)	mcts1 (ENSBSLG00000023733)
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.b.h ##22	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000174555	ENSGT00950000184267	ENSGT00940000164536.b	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000174529	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.b.h ##22	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000174555	ENSGT00950000184267	ENSGT00940000164536.b	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.b.h ##22	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00950000184267	ENSGT00940000164536.b	ENSGT00390000014020	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.b.h ##22	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00950000184267	ENSGT00940000164536.b	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000011545	ENSGT00940000156341.e.b	ENSGT00940000177286	ENSGT00950000182941.b.a	ENSGT00940000154833.b	ENSGT00940000153460.c.b.c.a	ENSGT00940000160861	ENSGT00390000001289.b.a	ENSGT00940000153467.a.b	ENSGT00390000013235	ENSGT00940000154325.a	ENSGT00940000161284	ENSGT00390000003231.a	ENSGT00940000165729	ENSGT00940000158987	ENSGT00940000153737.b.h ##22	ENSGT00940000153737.a #22	ENSGT00500000044890.b	ENSGT00940000159092	ENSGT00940000159149	ENSGT00940000159060	ENSGT00940000153304.A	ENSGT00940000159999 #20	ENSGT00940000160111 #19	ENSGT00940000157196 #18	ENSGT00950000184267	ENSGT00940000157996 #16	ENSGT00940000163305.a.b	ENSGT00940000161397	ENSGT00670000099471	ENSGT00940000155145
Lumpfish	MODERN SPECIES	1	ENSCLMG00005021852	ENSCLMG00005021853	ENSCLMG00005001282	ENSCLMG00005001295	fhl1a (ENSCLMG00005001309)	slc9a6a (ENSCLMG00005001626)	taf7 (ENSCLMG00005002689)	ENSCLMG00005002691	drp2 (ENSCLMG00005003200)	CENPI (ENSCLMG00005003204)	tmem35 (ENSCLMG00005003207)	arl13a (ENSCLMG00005003209)	xkrx (ENSCLMG00005003212)	nox1 (ENSCLMG00005003222)	cstf2 (ENSCLMG00005003515)	ENSCLMG00005003519 ##22	ENSCLMG00005003521 #22	mid1ip1l (ENSCLMG00005003522)	tspan7 (ENSCLMG00005003525)	SRPX2 (ENSCLMG00005003529)	sytl4 (ENSCLMG00005003535)	trmt12 (ENSCLMG00005003540)	zdhhc9 (ENSCLMG00005003541) #20	SASH3 (ENSCLMG00005003542) #19	xpnpep2 (ENSCLMG00005003548) #18	ENSCLMG00005003577	ocrl (ENSCLMG00005003590) #16	ENSCLMG00005005227	clic2 (ENSCLMG00005005261)	urp1 (ENSCLMG00005005262)	c1galt1c1 (ENSCLMG00005005263)
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	121	ENSGT00940000154517	ENSGT00940000166518	ENSGT00960000190231	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000153244.B	ENSGT01050000245294	ENSGT00940000155375	ENSGT00940000168277	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00510000053070	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a
Coelacanth	MODERN SPECIES	471												MED14 (ENSLACG00000002876)	CXorf38 (ENSLACG00000005431)	ENSLACG00000006189	ATP6AP2 (ENSLACG00000008251)	BCOR (ENSLACG00000010433) ##22	ENSLACG00000012099	MID1IP1 (ENSLACG00000014566)	TSPAN7 (ENSLACG00000014887)	OTC (ENSLACG00000015313)	RPGR (ENSLACG00000015500)	SRPX (ENSLACG00000016173)	SYTL5 (ENSLACG00000016380)
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	91	ENSGT00940000166930	ENSGT00940000166107	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000153244.B	ENSGT01050000245294	ENSGT00940000155375	ENSGT00940000168277	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538
Anura	ANCESTRAL SPECIES	94	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166930	ENSGT00940000166107	ENSGT00940000160514.i	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000153244.B	ENSGT00940000155375	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000155821	ENSGT00940000158265	ENSGT00410000025556.a.b	ENSGT00940000161922.j	ENSGT00390000005717	ENSGT00940000155212
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Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	5	ENSLLEG00000003202	ENSLLEG00000003298	ENSLLEG00000003656	ENSLLEG00000003670	ENSLLEG00000003711	MED14 (ENSLLEG00000003854)	CXorf38 (ENSLLEG00000003991)	ATP6AP2 (ENSLLEG00000003996)	ENSLLEG00000004003	ENSLLEG00000004006	ENSLLEG00000004013	ENSLLEG00000004016	ENSLLEG00000004018	ENSLLEG00000004021	ENSLLEG00000004024	BCOR (ENSLLEG00000004034) ##22	ENSLLEG00000004050	MID1IP1 (ENSLLEG00000004053)	ENSLLEG00000004057	TSPAN7 (ENSLLEG00000004061)	OTC (ENSLLEG00000004071)	RPGR (ENSLLEG00000004085)	SRPX (ENSLLEG00000004120)	ENSLLEG00000004127	SYTL5 (ENSLLEG00000004136)	DYNLT3 (ENSLLEG00000004151)	MID1 (ENSLLEG00000004154)	CLCN4 (ENSLLEG00000004159)	WWC3 (ENSLLEG00000004164)	ENSLLEG00000004185	SHROOM2 (ENSLLEG00000004191)
Amniota	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000166930	ENSGT00940000166107	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000153244.B	ENSGT01050000245294	ENSGT00940000155375	ENSGT00950000185494	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163254	ENSGT00940000168322	ENSGT00940000159699	ENSGT00530000063484.b.b
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000166930	ENSGT00940000166107	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000153244.B	ENSGT01050000245294	ENSGT00940000155375	ENSGT00950000185494	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163254	ENSGT00940000168322	ENSGT00940000159699	ENSGT00530000063484.b.b
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Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166930	ENSGT00940000166107	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000153244.B	ENSGT00940000155375	ENSGT00950000185494	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163254	ENSGT00530000063484.b.b	ENSGT00940000154342.C.g.b	ENSGT00940000154342.C.g.a
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Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166930	ENSGT00940000166107	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000153244.B	ENSGT00940000155375	ENSGT00950000185494	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163254	ENSGT00530000063484.b.b	ENSGT00940000154342.C.g.a	ENSGT00940000159499
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Kakapo	MODERN SPECIES	11	ENSSHBG00005010530	FUNDC1 (ENSSHBG00005011082)	EFHC2 (ENSSHBG00005011127)	ENSSHBG00005011220	ENSSHBG00005011242	MAOA (ENSSHBG00005011266)	CASK (ENSSHBG00005011323)	GPR82 (ENSSHBG00005011382)	GPR34 (ENSSHBG00005011397)	NYX (ENSSHBG00005011405)	ENSSHBG00005011417	RPL8 (ENSSHBG00005011456)	ENSSHBG00005011490	MED14 (ENSSHBG00005011636)	ATP6AP2 (ENSSHBG00005011811)	BCOR (ENSSHBG00005011884) ##22	MID1IP1 (ENSSHBG00005011919)	TSPAN7 (ENSSHBG00005011925)	OTC (ENSSHBG00005011954)	ENSSHBG00005011981	SRPX (ENSSHBG00005012000)	SYTL5 (ENSSHBG00005012039)	DYNLT3 (ENSSHBG00005012057)	CYBB (ENSSHBG00005012082)	XK (ENSSHBG00005012120)	LANCL3 (ENSSHBG00005012137)	PRRG1 (ENSSHBG00005012151)	ENSSHBG00005012172	TMEM47 (ENSSHBG00005012194)	ENSSHBG00005012222	ENSSHBG00005012283
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166930	ENSGT00940000166107	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000153244.B	ENSGT00940000155375	ENSGT00950000185494	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000159699	ENSGT00530000063484.b.b	ENSGT00940000154342.C.g.a	ENSGT00940000159499
Great tit	MODERN SPECIES		EFHC2 (ENSPMJG00000010882)	ENSPMJG00000010883	ENSPMJG00000010884	ENSPMJG00000010923	MAOA (ENSPMJG00000010926)	CASK (ENSPMJG00000010956)	GPR82 (ENSPMJG00000010961)	GPR34 (ENSPMJG00000010963)	NYX (ENSPMJG00000010964)	ENSPMJG00000010965	RPL8 (ENSPMJG00000010969)	ENSPMJG00000010988	MED14 (ENSPMJG00000011006)	ENSPMJG00000011008	ATP6AP2 (ENSPMJG00000011009)	BCOR (ENSPMJG00000011039) ##22	MID1IP1 (ENSPMJG00000011079)	TSPAN7 (ENSPMJG00000011099)	OTC (ENSPMJG00000011100)	RPGR (ENSPMJG00000011101)	SRPX (ENSPMJG00000011102)	SYTL5 (ENSPMJG00000011112)	DYNLT3 (ENSPMJG00000011119)	CYBB (ENSPMJG00000011120)	XK (ENSPMJG00000011123)	LANCL3 (ENSPMJG00000011125)	PRRG1 (ENSPMJG00000011139)	ENSPMJG00000011149	TMEM47 (ENSPMJG00000011155)	DMD (ENSPMJG00000011167)	TAB3 (ENSPMJG00000011173)
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166930	ENSGT00940000166107	ENSGT00940000160514	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000153244.B	ENSGT00940000155375	ENSGT00950000185494	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000159699	ENSGT00940000163254	ENSGT00530000063484.b.b	ENSGT00940000154342.C.g.a
Flycatcher	MODERN SPECIES		FUNDC1 (ENSFALG00000001471)	EFHC2 (ENSFALG00000001472)	ENSFALG00000001480	MAOA (ENSFALG00000001499)	ENSFALG00000024766	CASK (ENSFALG00000001525)	GPR34 (ENSFALG00000014501)	NYX (ENSFALG00000014515)	ENSFALG00000001530	ENSFALG00000001533	ENSFALG00000001538	ENSFALG00000028154	MED14 (ENSFALG00000001545)	ATP6AP2 (ENSFALG00000001550)	ENSFALG00000028892	BCOR (ENSFALG00000001552) ##22	MID1IP1 (ENSFALG00000014532)	TSPAN7 (ENSFALG00000001555)	OTC (ENSFALG00000001568)	SRPX (ENSFALG00000001588)	SYTL5 (ENSFALG00000001593)	DYNLT3 (ENSFALG00000028099)	CYBB (ENSFALG00000001596)	XK (ENSFALG00000028337)	LANCL3 (ENSFALG00000001604)	PRRG1 (ENSFALG00000001606)	ENSFALG00000001612	ENSFALG00000027838	TMEM47 (ENSFALG00000024238)	DMD (ENSFALG00000002410)	TAB3 (ENSFALG00000002394)
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000155202.j	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166930	ENSGT00940000166107	ENSGT00940000160514	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000153244.B	ENSGT00940000155375	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163254	ENSGT00530000063484.b.b	ENSGT00940000154342.C.g.a	ENSGT00940000159499
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000161590	ENSGT00520000055625.a	ENSGT00940000155202.j	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166930	ENSGT00940000166107	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000153244.B	ENSGT00940000155375	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000159699	ENSGT00940000163254	ENSGT00530000063484.b.b	ENSGT00940000154342.C.g.a
Zebra finch	MODERN SPECIES		ENSTGUG00000006075	FUNDC1 (ENSTGUG00000006139)	EFHC2 (ENSTGUG00000006145)	ENSTGUG00000023894	ENSTGUG00000006169	MAOA (ENSTGUG00000006274)	GPR82 (ENSTGUG00000006431)	GPR34 (ENSTGUG00000006433)	CASK (ENSTGUG00000006375)	NYX (ENSTGUG00000006438)	ENSTGUG00000006442	RPL8 (ENSTGUG00000006502)	ENSTGUG00000006522	MED14 (ENSTGUG00000006619)	ATP6AP2 (ENSTGUG00000006635)	BCOR (ENSTGUG00000006646) ##22	TSPAN7 (ENSTGUG00000006670)	OTC (ENSTGUG00000006707)	RPGR (ENSTGUG00000006724)	SRPX (ENSTGUG00000006739)	SYTL5 (ENSTGUG00000006759)	DYNLT3 (ENSTGUG00000027281)	CYBB (ENSTGUG00000006788)	XK (ENSTGUG00000022942)	LANCL3 (ENSTGUG00000020123)	PRRG1 (ENSTGUG00000023878)	ENSTGUG00000006861	TMEM47 (ENSTGUG00000026052)	DMD (ENSTGUG00000006887)	TAB3 (ENSTGUG00000007013)	ENSTGUG00000007017
Common canary	MODERN SPECIES	11	ENSSCAG00000011328	DIPK2B (ENSSCAG00000011357)	ENSSCAG00000011378	FUNDC1 (ENSSCAG00000011418)	EFHC2 (ENSSCAG00000011425)	ENSSCAG00000011430	ENSSCAG00000011433	MAOA (ENSSCAG00000011441)	CASK (ENSSCAG00000011458)	GPR82 (ENSSCAG00000011488)	GPR34 (ENSSCAG00000011492)	NYX (ENSSCAG00000011494)	ENSSCAG00000011500	RPL8 (ENSSCAG00000011507)	ENSSCAG00000011516	BCOR (ENSSCAG00000011536) ##22	MID1IP1 (ENSSCAG00000011544)	TSPAN7 (ENSSCAG00000011549)	ENSSCAG00000011558	RPGR (ENSSCAG00000011562)	SRPX (ENSSCAG00000011573)	SYTL5 (ENSSCAG00000011582)	DYNLT3 (ENSSCAG00000011589)	CYBB (ENSSCAG00000011590)	XK (ENSSCAG00000011594)	LANCL3 (ENSSCAG00000011596)	PRRG1 (ENSSCAG00000011600)	ENSSCAG00000011616	ENSSCAG00000011627	ENSSCAG00000011633	TMEM47 (ENSSCAG00000011647)
Medium ground finch	MODERN SPECIES	77					ENSGFOG00000013043	GPR82 (ENSGFOG00000013040)	GPR34 (ENSGFOG00000013037)	CASK (ENSGFOG00000012986)	NYX (ENSGFOG00000012975)	ENSGFOG00000011577	RPL8 (ENSGFOG00000011502)	ENSGFOG00000011466	MED14 (ENSGFOG00000011449)	ATP6AP2 (ENSGFOG00000011434)	ENSGFOG00000011425	BCOR (ENSGFOG00000011411) ##22	TSPAN7 (ENSGFOG00000011401)	OTC (ENSGFOG00000011383)	RPGR (ENSGFOG00000011376)	SRPX (ENSGFOG00000011347)	SYTL5 (ENSGFOG00000011338)	DYNLT3 (ENSGFOG00000011333)	CYBB (ENSGFOG00000011281)	ENSGFOG00000011277	PRRG1 (ENSGFOG00000011274)	ENSGFOG00000011270	TMEM47 (ENSGFOG00000011267)	ENSGFOG00000011181
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000155202.j	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166930	ENSGT00940000166107	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000153244.B	ENSGT00940000155375	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000159699	ENSGT00530000063484.b.b	ENSGT00940000154342.C.g.a	ENSGT00940000159499
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000166930	ENSGT00940000166107	ENSGT00940000160514	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000153244.B	ENSGT00940000155375	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000159699	ENSGT00530000063484.b.b	ENSGT00940000154342.C.g.a	ENSGT00940000159499
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	12	ENSABRG00000010917	FUNDC1 (ENSABRG00000010568)	EFHC2 (ENSABRG00000010543)	ENSABRG00000010523	ENSABRG00000010502	MAOA (ENSABRG00000010487)	GPR34 (ENSABRG00000010454)	CASK (ENSABRG00000010365)	NYX (ENSABRG00000010347)	ENSABRG00000010314	RPL8 (ENSABRG00000010296)	ENSABRG00000009718	ENSABRG00000009680	MED14 (ENSABRG00000009636)	ATP6AP2 (ENSABRG00000009630)	BCOR (ENSABRG00000009596) ##22	MID1IP1 (ENSABRG00000009582)	ENSABRG00000009578	TSPAN7 (ENSABRG00000009569)	OTC (ENSABRG00000009549)	RPGR (ENSABRG00000009520)	SRPX (ENSABRG00000009514)	SYTL5 (ENSABRG00000009499)	ENSABRG00000009495	DYNLT3 (ENSABRG00000009482)	CYBB (ENSABRG00000009463)	XK (ENSABRG00000009456)	LANCL3 (ENSABRG00000009443)	PRRG1 (ENSABRG00000009424)	ENSABRG00000009334	TMEM47 (ENSABRG00000009299)
Duck	MODERN SPECIES		ENSAPLG00000027576	FUNDC1 (ENSAPLG00000012067)	EFHC2 (ENSAPLG00000012158)	NDP (ENSAPLG00000030151)	ENSAPLG00000012540	MAOA (ENSAPLG00000013230)	GPR82 (ENSAPLG00000019460)	GPR34 (ENSAPLG00000002101)	CASK (ENSAPLG00000013996)	NYX (ENSAPLG00000002105)	ENSAPLG00000014240	RPL8 (ENSAPLG00000014582)	ENSAPLG00000014792	MED14 (ENSAPLG00000015774)	ATP6AP2 (ENSAPLG00000015929)	BCOR (ENSAPLG00000004502) ##22	ENSAPLG00000022499	MID1IP1 (ENSAPLG00000024750)	TSPAN7 (ENSAPLG00000010353)	OTC (ENSAPLG00000010113)	RPGR (ENSAPLG00000010057)	SRPX (ENSAPLG00000009886)	ENSAPLG00000027765	SYTL5 (ENSAPLG00000009713)	DYNLT3 (ENSAPLG00000031155)	CYBB (ENSAPLG00000008961)	XK (ENSAPLG00000022338)	LANCL3 (ENSAPLG00000008878)	PRRG1 (ENSAPLG00000008867)	ENSAPLG00000031160	ENSAPLG00000022060
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000155202.j.b	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166930	ENSGT00940000166107	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000153244.B	ENSGT00940000155375	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000159699	ENSGT00530000063484.b.b	ENSGT00940000154342.C.g.a	ENSGT00940000159499
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000155202.j.a	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166930	ENSGT00940000166107	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000153244.B	ENSGT00940000155375	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163254	ENSGT00530000063484.b.b	ENSGT00940000154342.C.g.a	ENSGT00940000159499
Chicken	MODERN SPECIES		ENSGALG00010011421	FUNDC1 (ENSGALG00010011440)	EFHC2 (ENSGALG00010011468)	NDP (ENSGALG00010011475)	MAOB (ENSGALG00010011533)	MAOA (ENSGALG00010011546)	CASK (ENSGALG00010002424)	GPR82 (ENSGALG00010002439)	GPR34 (ENSGALG00010002434)	NYX (ENSGALG00010002455)	DDX3X (ENSGALG00010002476)	RPL8 (ENSGALG00010002492)	USP9Y (ENSGALG00010002504)	MED14 (ENSGALG00010002528)	ATP6AP2 (ENSGALG00010002546)	BCOR (ENSGALG00010002571) ##22	MID1IP1 (ENSGALG00010002623)	TSPAN7 (ENSGALG00010002725)	OTC (ENSGALG00010002770)	RPGR (ENSGALG00010003719)	SRPX (ENSGALG00010002840)	SYTL5 (ENSGALG00010002935)	DYNLT3 (ENSGALG00010002978)	CYBB (ENSGALG00010001865)	XK (ENSGALG00010001878)	PRRG1 (ENSGALG00010002310)	ENSGALG00010002331	TMEM47 (ENSGALG00010002335)	DMD (ENSGALG00010001982)	ENSGALG00010002147	ENSGALG00010003690
Japanese quail	MODERN SPECIES		ENSCJPG00005009018	FUNDC1 (ENSCJPG00005012620)	EFHC2 (ENSCJPG00005012621)	ENSCJPG00005012623	ENSCJPG00005012624	MAOA (ENSCJPG00005012625)	CASK (ENSCJPG00005012631)	GPR82 (ENSCJPG00005012632)	GPR34 (ENSCJPG00005012633)	NYX (ENSCJPG00005012634)	ENSCJPG00005012635	RPL8 (ENSCJPG00005012636)	ENSCJPG00005012674	MED14 (ENSCJPG00005016643)	ATP6AP2 (ENSCJPG00005016734)	BCOR (ENSCJPG00005016737) ##22	MID1IP1 (ENSCJPG00005016826)	ENSCJPG00005016827	TSPAN7 (ENSCJPG00005016849)	OTC (ENSCJPG00005016851)	RPGR (ENSCJPG00005016852)	SRPX (ENSCJPG00005016855)	SYTL5 (ENSCJPG00005016856)	DYNLT3 (ENSCJPG00005016899)	CYBB (ENSCJPG00005016900)	XK (ENSCJPG00005016901)	LANCL3 (ENSCJPG00005016902)	PRRG1 (ENSCJPG00005016903)	ENSCJPG00005016960	TMEM47 (ENSCJPG00005016988)	DMD (ENSCJPG00005017058)
African ostrich	MODERN SPECIES	1017																BCOR (ENSSCUG00000012659) ##22	TSPAN7 (ENSSCUG00000012634)	OTC (ENSSCUG00000012627)	RPGR (ENSSCUG00000012622)	SRPX (ENSSCUG00000012617)	SYTL5 (ENSSCUG00000012612)	DYNLT3 (ENSSCUG00000012610)	CYBB (ENSSCUG00000012605)	XK (ENSSCUG00000012603)	LANCL3 (ENSSCUG00000012601)	PRRG1 (ENSSCUG00000012598)	ENSSCUG00000012581	TMEM47 (ENSSCUG00000012571)	ENSSCUG00000016097
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	27	EFHC2 (ENSCPRG00005017502)	ENSCPRG00005017509	ENSCPRG00005017515	MAOA (ENSCPRG00005017529)	CASK (ENSCPRG00005017561)	GPR82 (ENSCPRG00005017600)	GPR34 (ENSCPRG00005000263)	NYX (ENSCPRG00005000354)	ENSCPRG00005000367	RPL8 (ENSCPRG00005000443)	ENSCPRG00005000793	ENSCPRG00005002699	MED14 (ENSCPRG00005002703)	CXorf38 (ENSCPRG00005002714)	ATP6AP2 (ENSCPRG00005002720)	BCOR (ENSCPRG00005002755) ##22	MID1IP1 (ENSCPRG00005002803)	TSPAN7 (ENSCPRG00005002808)	OTC (ENSCPRG00005002828)	RPGR (ENSCPRG00005002844)	SRPX (ENSCPRG00005002901)	SYTL5 (ENSCPRG00005002904)	DYNLT3 (ENSCPRG00005002934)	CYBB (ENSCPRG00005002940)	XK (ENSCPRG00005002947)	LANCL3 (ENSCPRG00005002954)	PRRG1 (ENSCPRG00005002975)	ENSCPRG00005003012	TMEM47 (ENSCPRG00005003045)	ENSCPRG00005003194	ENSCPRG00005003590
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166930	ENSGT00940000166107	ENSGT00940000160514	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000153244.B	ENSGT00940000155375	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000161188.c.a.a.b	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163254	ENSGT00530000063484.b.b	ENSGT00940000154342.C.g.b
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166930	ENSGT00940000166107	ENSGT00940000160514	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000153244.B	ENSGT00940000155375	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244.a	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000161188.c.a.a.b	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163254	ENSGT00530000063484.b.b	ENSGT00940000154342.C.g.b
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166930	ENSGT00940000166107	ENSGT00940000160514	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000153244.B	ENSGT00940000155375	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244.a	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000161188.c.a.a.b	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163254	ENSGT00530000063484.b.b	ENSGT00940000154342.C.g.b
Three-toed box turtle	DUPLICATION
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	9	ENSTMTG00000011611	ENSTMTG00000011592	ENSTMTG00000011586	ENSTMTG00000011563	ENSTMTG00000010314	ENSTMTG00000010302	ENSTMTG00000010016	ENSTMTG00000009979	ENSTMTG00000009906	ENSTMTG00000009889	ENSTMTG00000008086	ENSTMTG00000007954	ENSTMTG00000007931	ENSTMTG00000007910	ENSTMTG00000007888	ENSTMTG00000007822 ##22	ENSTMTG00000007810	ENSTMTG00000007789	ENSTMTG00000007747	ENSTMTG00000007736	ENSTMTG00000007508	ENSTMTG00000007477
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	7	FUNDC1 (ENSTMTG00000001463)	ENSTMTG00000001440	ENSTMTG00000001430	ENSTMTG00000001354	ENSTMTG00000001327	ENSTMTG00000001318	GPR34 (ENSTMTG00000001312)	ENSTMTG00000001227	ENSTMTG00000001207	ENSTMTG00000001163	ENSTMTG00000001142	ENSTMTG00000000802	ENSTMTG00000000692	ENSTMTG00000000659	ENSTMTG00000000644	ENSTMTG00000000489 ##22	ENSTMTG00000000430	ENSTMTG00000000411	ENSTMTG00000000385	ENSTMTG00000000356	ENSTMTG00000000130	ENSTMTG00000000024
painted turtle	MODERN SPECIES	2389	ZBTB21 (ENSCPBG00000012923)	UMODL1 (ENSCPBG00000012927)	ABCG1 (ENSCPBG00000012934)	TFF3 (ENSCPBG00000012936)	PDE9A (ENSCPBG00000012938)	WDR4 (ENSCPBG00000012943)	ENSCPBG00000012948	PKNOX1 (ENSCPBG00000012951)	ENSCPBG00000012954	ENSCPBG00000012957	CBS (ENSCPBG00000012958)	U2AF1 (ENSCPBG00000012960)	CRYAA (ENSCPBG00000012962)	SIK1 (ENSCPBG00000012966)	HSF2BP (ENSCPBG00000012970)	BCOR (ENSCPBG00000012975) ##22	MID1IP1 (ENSCPBG00000013263)	TSPAN7 (ENSCPBG00000013267)
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000166107	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00900000143309	ENSGT00940000153244.B	ENSGT00940000155375	ENSGT00950000185494	ENSGT00940000154194.j	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244.b	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000161188.c.a.a.b	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163254	ENSGT00530000063484.b.b	ENSGT00940000154342.C.g.b
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	1914									RPL8 (ENSCABG00000004485)	ENSCABG00000004463	ENSCABG00000004456	ENSCABG00000004453	MED14 (ENSCABG00000004450)	CXorf38 (ENSCABG00000004447)	ATP6AP2 (ENSCABG00000004442)	BCOR (ENSCABG00000004434) ##22	MID1IP1 (ENSCABG00000004431)	TSPAN7 (ENSCABG00000004429)
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES		ENSGEVG00005000168	ENSGEVG00005000126	MAOA (ENSGEVG00005000038)	ENSGEVG00005000013	GPR82 (ENSGEVG00005005110)	GPR34 (ENSGEVG00005005096)	CASK (ENSGEVG00005004833)	NYX (ENSGEVG00005004729)	ENSGEVG00005004661	RPL8 (ENSGEVG00005004617)	ENSGEVG00005004490	ENSGEVG00005004433	MED14 (ENSGEVG00005004375)	CXorf38 (ENSGEVG00005004344)	ATP6AP2 (ENSGEVG00005004331)	BCOR (ENSGEVG00005004258) ##22	ENSGEVG00005004163	MID1IP1 (ENSGEVG00005004153)	TSPAN7 (ENSGEVG00005004133)	OTC (ENSGEVG00005004101)	SRPX (ENSGEVG00005004078)	SYTL5 (ENSGEVG00005004057)	DYNLT3 (ENSGEVG00005004036)	CYBB (ENSGEVG00005004006)	LANCL3 (ENSGEVG00005003980)	ENSGEVG00005003935	PRRG1 (ENSGEVG00005003895)	ENSGEVG00005003889	TMEM47 (ENSGEVG00005003875)	ENSGEVG00005003859	ENSGEVG00005003808
Chinese turtle	MODERN SPECIES	1925									NYX (ENSPSIG00000000735)	ENSPSIG00000011217	RPL8 (ENSPSIG00000010752)	ENSPSIG00000007248	MED14 (ENSPSIG00000005470)	CXorf38 (ENSPSIG00000015656)	ATP6AP2 (ENSPSIG00000015449)	BCOR (ENSPSIG00000014929) ##22	MID1IP1 (ENSPSIG00000014801)	TSPAN7 (ENSPSIG00000014341)	ENSPSIG00000014291	OTC (ENSPSIG00000013045)	RPGR (ENSPSIG00000011226)	SRPX (ENSPSIG00000010787)	SYTL5 (ENSPSIG00000010590)	ENSPSIG00000010132	DYNLT3 (ENSPSIG00000009975)	CYBB (ENSPSIG00000007475)	XK (ENSPSIG00000006861)	LANCL3 (ENSPSIG00000006814)	ENSPSIG00000005091	ENSPSIG00000014055	PRRG1 (ENSPSIG00000013767)
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166930	ENSGT00940000166107	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000153244.B	ENSGT01050000245294	ENSGT00940000155375	ENSGT00940000168277	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163254	ENSGT00530000063484.b.b	ENSGT00940000154342.C.g.b	ENSGT00940000154342.C.g.a
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166930	ENSGT00940000166107	ENSGT00940000160514	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000153244.B	ENSGT00940000155375	ENSGT00940000168277	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163254	ENSGT00530000063484.b.b	ENSGT00940000154342.C.g.b	ENSGT00940000154342.C.g.a
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00520000055625.a	ENSGT00940000155202.j	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166930	ENSGT00940000166107	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000153244.B	ENSGT00940000155375	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163254	ENSGT00530000063484.b.b	ENSGT00940000154342.C.g.a	ENSGT00940000159499
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000162228	ENSGT00520000055625.a	ENSGT00940000155202.j	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166930	ENSGT00940000166107	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000153244.B	ENSGT00940000155375	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00960000191651	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302.c	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163254
Indian cobra	MODERN SPECIES	4	ENSNNAG00000008743	ENSNNAG00000008579	FUNDC1 (ENSNNAG00000008553)	EFHC2 (ENSNNAG00000008477)	ENSNNAG00000008469	ENSNNAG00000008250	MAOA (ENSNNAG00000007840)	CASK (ENSNNAG00000006518)	NYX (ENSNNAG00000006392)	ENSNNAG00000006345	RPL8 (ENSNNAG00000006316)	ENSNNAG00000005644	ENSNNAG00000005294	MED14 (ENSNNAG00000004433)	ENSNNAG00000003520	BCOR (ENSNNAG00000003419) ##22	ENSNNAG00000003402	MID1IP1 (ENSNNAG00000003392)	TSPAN7 (ENSNNAG00000003384)	OTC (ENSNNAG00000003359)	ENSNNAG00000003346	RPGR (ENSNNAG00000003318)	ENSNNAG00000003271	SYTL5 (ENSNNAG00000003249)	DYNLT3 (ENSNNAG00000003215)	CYBB (ENSNNAG00000003186)	XK (ENSNNAG00000003172)	PRRG1 (ENSNNAG00000003158)	ENSNNAG00000003148	ENSNNAG00000003132
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	64	ENSGT00940000162228	ENSGT00520000055625.a	ENSGT00940000155202.j.h	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166930	ENSGT00940000166107	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000153244.B.jc	ENSGT00940000155375	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00960000191651	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302.c	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163254
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	58	ENSGT00940000162228	ENSGT00520000055625.a	ENSGT00940000155202.j.h	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166930	ENSGT00940000166107	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000153244.B.jc	ENSGT00940000155375	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00960000191651	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302.c	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163254
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	58	EFHC2 (ENSNSUG00000019304)	ENSNSUG00000019305	ENSNSUG00000019306	MAOA (ENSNSUG00000019311)	ENSNSUG00000019313	ENSNSUG00000019315	ENSNSUG00000019316	ENSNSUG00000019317	ENSNSUG00000019318	NYX (ENSNSUG00000019319)	ENSNSUG00000019320	ENSNSUG00000019321	ENSNSUG00000019331	MED14 (ENSNSUG00000019760)	ATP6AP2 (ENSNSUG00000019894)	BCOR (ENSNSUG00000019896) ##22	MID1IP1 (ENSNSUG00000019902)	TSPAN7 (ENSNSUG00000019903)	ENSNSUG00000019904	ENSNSUG00000019905
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	62	ENSPTXG00000010638	FUNDC1 (ENSPTXG00000010639)	EFHC2 (ENSPTXG00000010640)	ENSPTXG00000010643	ENSPTXG00000010645	MAOA (ENSPTXG00000010646)	ENSPTXG00000010647	CASK (ENSPTXG00000010648)	NYX (ENSPTXG00000010650)	ENSPTXG00000010651	ENSPTXG00000010653	ENSPTXG00000010654	ENSPTXG00000010659	MED14 (ENSPTXG00000010663)	ATP6AP2 (ENSPTXG00000010670)	BCOR (ENSPTXG00000010672) ##22	MID1IP1 (ENSPTXG00000010676)	TSPAN7 (ENSPTXG00000010677)	ENSPTXG00000010680	RPGR (ENSPTXG00000010681)	SRPX (ENSPTXG00000010686)	SYTL5 (ENSPTXG00000010690)	CYBB (ENSPTXG00000010692)	XK (ENSPTXG00000010694)	PRRG1 (ENSPTXG00000010696)
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	4295															ENSLLTG00000009696	BCOR (ENSLLTG00000009615) ##22
Lizard	MODERN SPECIES	2	ENSACAG00000036285	ENSACAG00000044024	CASK (ENSACAG00000017924)	NYX (ENSACAG00000017927)	ENSACAG00000017928	ENSACAG00000038257	ENSACAG00000017933	ENSACAG00000017937	ENSACAG00000040704	ENSACAG00000042779	MED14 (ENSACAG00000014283)	CXorf38 (ENSACAG00000014405)	ATP6AP2 (ENSACAG00000014415)	ENSACAG00000044616	ENSACAG00000036780	BCOR (ENSACAG00000014487) ##22	ENSACAG00000044415	ENSACAG00000040266	ENSACAG00000041547	ENSACAG00000037264	ENSACAG00000039512	ENSACAG00000038895	MID1IP1 (ENSACAG00000014537)	ENSACAG00000045009	TSPAN7 (ENSACAG00000014546)	OTC (ENSACAG00000014619)	RPGR (ENSACAG00000014702)	ENSACAG00000045194	SRPX (ENSACAG00000014714)	SYTL5 (ENSACAG00000014773)	DYNLT3 (ENSACAG00000040903)
Laterata	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000166930	ENSGT00940000166107	ENSGT00940000160514	ENSGT00950000183055.a.b	ENSGT00530000063582.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000153244.B	ENSGT00940000155375	ENSGT00940000168277	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163254	ENSGT00530000063484.b.b	ENSGT00940000154342.C.g.b	ENSGT00940000154342.C.g.a
Common wall lizard	MODERN SPECIES	12	FUNDC1 (ENSPMRG00000003536)	EFHC2 (ENSPMRG00000003549)	ENSPMRG00000003579	ENSPMRG00000003590	MAOA (ENSPMRG00000003608)	CASK (ENSPMRG00000003626)	GPR34 (ENSPMRG00000003660)	NYX (ENSPMRG00000003663)	ENSPMRG00000003667	RPL8 (ENSPMRG00000003688)	ENSPMRG00000003693	ENSPMRG00000003708	MED14 (ENSPMRG00000003716)	CXorf38 (ENSPMRG00000003747)	ATP6AP2 (ENSPMRG00000003753)	BCOR (ENSPMRG00000003763) ##22	MID1IP1 (ENSPMRG00000003776)	TSPAN7 (ENSPMRG00000003780)	OTC (ENSPMRG00000003796)	RPGR (ENSPMRG00000003884)	SRPX (ENSPMRG00000003903)	ENSPMRG00000003912	SYTL5 (ENSPMRG00000003917)	DYNLT3 (ENSPMRG00000003925)	CYBB (ENSPMRG00000003940)	ENSPMRG00000004025	LANCL3 (ENSPMRG00000004032)	PRRG1 (ENSPMRG00000004037)	ENSPMRG00000004042	ENSPMRG00000004047	ENSPMRG00000004048
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES		ENSSMRG00000022891	FUNDC1 (ENSSMRG00000022890)	EFHC2 (ENSSMRG00000022889)	ENSSMRG00000022888	ENSSMRG00000022887	MAOA (ENSSMRG00000022886)	GPR34 (ENSSMRG00000022884)	CASK (ENSSMRG00000022883)	NYX (ENSSMRG00000022882)	ENSSMRG00000022881	RPL8 (ENSSMRG00000022880)	ENSSMRG00000022879	MED14 (ENSSMRG00000022878)	CXorf38 (ENSSMRG00000022877)	ATP6AP2 (ENSSMRG00000022876)	BCOR (ENSSMRG00000022873) ##22	MID1IP1 (ENSSMRG00000022870)	TSPAN7 (ENSSMRG00000022869)	OTC (ENSSMRG00000022867)	ENSSMRG00000022866	RPGR (ENSSMRG00000022865)	SRPX (ENSSMRG00000022864)	SYTL5 (ENSSMRG00000022863)	DYNLT3 (ENSSMRG00000022862)	CYBB (ENSSMRG00000022861)	XK (ENSSMRG00000022860)	LANCL3 (ENSSMRG00000022859)	PRRG1 (ENSSMRG00000022858)	ENSSMRG00000022856	TMEM47 (ENSSMRG00000022854)	ENSSMRG00000022852
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000155375	ENSGT00950000185494	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000159699	ENSGT00530000063484.b.b	ENSGT00940000154342.C	ENSGT00940000159499
Platypus	MODERN SPECIES	9	ENSOANG00000006481	FUNDC1 (ENSOANG00000006482)	EFHC2 (ENSOANG00000006483)	NDP (ENSOANG00000040395)	MAOB (ENSOANG00000006486)	MAOA (ENSOANG00000006490)	CASK (ENSOANG00000011267)	GPR82 (ENSOANG00000011271)	GPR34 (ENSOANG00000011272)	ENSOANG00000011274	ENSOANG00000011275	ENSOANG00000045652	MED14 (ENSOANG00000011278)	ENSOANG00000046445	ATP6AP2 (ENSOANG00000046394)	BCOR (ENSOANG00000011281) ##22	ENSOANG00000048021	TSPAN7 (ENSOANG00000005230)	OTC (ENSOANG00000007118)	ENSOANG00000007117	SRPX (ENSOANG00000007116)	SYTL5 (ENSOANG00000007114)	DYNLT3 (ENSOANG00000007112)	CYBB (ENSOANG00000007111)	XK (ENSOANG00000007110)	ENSOANG00000007109	ENSOANG00000045768	TMEM131 (ENSOANG00000007104)	ENSOANG00000007103	ENSOANG00000049950	ENSOANG00000008733
Theria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000155375	ENSGT00950000185494	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000159699	ENSGT00530000063484.b.b	ENSGT00940000154342.C	ENSGT00940000159499
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000155202.j	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000155375	ENSGT00950000185494	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009.g.b	ENSGT00940000155009.h	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000159699	ENSGT00530000063484.b.b	ENSGT00940000154342.C.j
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000155202.j	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000155375	ENSGT00950000185494	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009.g.b	ENSGT00940000155009.h	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00530000063484.b.b	ENSGT00940000154342.C.j	ENSGT00940000154342.C.i
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	47	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000155375	ENSGT00950000185494	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009.g.b	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00530000063484.b.b
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	44	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443	ENSGT00940000155375	ENSGT00950000185494	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616.`d	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009.g.b	ENSGT00940000155009.g.a	ENSGT00940000160244.g	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00530000063484.b.b
koala	MODERN SPECIES	171				CASK (ENSPCIG00000027325)	GPR82 (ENSPCIG00000027441)	GPR34 (ENSPCIG00000027440)	NYX (ENSPCIG00000027323)	ENSPCIG00000000219	ENSPCIG00000007577	ENSPCIG00000031419	MED14 (ENSPCIG00000026469)	CXorf38 (ENSPCIG00000026470)	ENSPCIG00000026471	ATP6AP2 (ENSPCIG00000026472)	ENSPCIG00000028682	BCOR (ENSPCIG00000028680) ##22	ENSPCIG00000028677	ENSPCIG00000026765	ENSPCIG00000033898
Common wonbat	MODERN SPECIES	1045	FUNDC1 (ENSVURG00010003091)	EFHC2 (ENSVURG00010003046)	NDP (ENSVURG00010003022)	MAOB (ENSVURG00010003002)	MAOA (ENSVURG00010002971)	GPR82 (ENSVURG00010002911)	GPR34 (ENSVURG00010002909)	CASK (ENSVURG00010002778)	NYX (ENSVURG00010002738)	ENSVURG00010002608	ENSVURG00010002143	MED14 (ENSVURG00010001935)	CXorf38 (ENSVURG00010001865)	ENSVURG00010001857	ATP6AP2 (ENSVURG00010001783)	BCOR (ENSVURG00010001750) ##22	MID1IP1 (ENSVURG00010001731)	TSPAN7 (ENSVURG00010001721)	OTC (ENSVURG00010001699)	ENSVURG00010001658	SRPX (ENSVURG00010001650)	SYTL5 (ENSVURG00010001564)	ENSVURG00010001501	CYBB (ENSVURG00010001492)	XK (ENSVURG00010001487)	LANCL3 (ENSVURG00010001478)	PRRG1 (ENSVURG00010001468)	TMEM47 (ENSVURG00010001439)
Wallaby	MODERN SPECIES	8932																BCOR (ENSMEUG00000002045) ##22
Tasmanian devil	MODERN SPECIES	2	EFHC2 (ENSSHAG00000008161)	NDP (ENSSHAG00000031625)	MAOB (ENSSHAG00000004738)	MAOA (ENSSHAG00000005829)	ENSSHAG00000025933	ENSSHAG00000002228	GPR82 (ENSSHAG00000006459)	GPR34 (ENSSHAG00000025728)	NYX (ENSSHAG00000024777)	ENSSHAG00000007623	ENSSHAG00000008762	MED14 (ENSSHAG00000003470)	ENSSHAG00000031563	ATP6AP2 (ENSSHAG00000005689)	ENSSHAG00000028827	BCOR (ENSSHAG00000010865) ##22	ENSSHAG00000022083	MID1IP1 (ENSSHAG00000031170)	TSPAN7 (ENSSHAG00000012655)	OTC (ENSSHAG00000013760)	ENSSHAG00000026580	ENSSHAG00000000010	SRPX (ENSSHAG00000001996)	SYTL5 (ENSSHAG00000005032)	DYNLT3 (ENSSHAG00000024546)	CYBB (ENSSHAG00000008469)	XK (ENSSHAG00000028050)	LANCL3 (ENSSHAG00000024649)	PRRG1 (ENSSHAG00000021020)	ENSSHAG00000012460	ENSSHAG00000021064
Opossum	MODERN SPECIES	3	EFHC2 (ENSMODG00000021090)	NDP (ENSMODG00000050774)	MAOB (ENSMODG00000021092)	MAOA (ENSMODG00000021093)	ENSMODG00000021094	CASK (ENSMODG00000021095)	ENSMODG00000027545	GPR82 (ENSMODG00000025314)	GPR34 (ENSMODG00000025313)	NYX (ENSMODG00000025311)	ENSMODG00000021097	ENSMODG00000021098	MED14 (ENSMODG00000021099)	CXorf38 (ENSMODG00000021100)	ATP6AP2 (ENSMODG00000021101)	BCOR (ENSMODG00000021102) ##22	MID1IP1 (ENSMODG00000025295)	TSPAN7 (ENSMODG00000021103)	ENSMODG00000027349	OTC (ENSMODG00000021104)	ENSMODG00000021106	SRPX (ENSMODG00000021107)	SYTL5 (ENSMODG00000021108)	ENSMODG00000037846	ENSMODG00000040016	CYBB (ENSMODG00000021110)	XK (ENSMODG00000021111)	LANCL3 (ENSMODG00000021112)	PRRG1 (ENSMODG00000042372)	ENSMODG00000021118	ENSMODG00000045072
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a	ENSGT00940000163515	ENSGT00940000164247	ENSGT00940000154883.h	ENSGT00940000158538
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	59	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	72	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	69	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302
Elephant	MODERN SPECIES	453	MAOA (ENSLAFG00000000503)	PPP1R2C (ENSLAFG00000004738)	CASK (ENSLAFG00000006945)	GPR82 (ENSLAFG00000006951)	GPR34 (ENSLAFG00000006949)	NYX (ENSLAFG00000015300)	DDX3X (ENSLAFG00000017378)	ENSLAFG00000017387	USP9X (ENSLAFG00000008552)	ENSLAFG00000027634	MED14 (ENSLAFG00000012068)	CXorf38 (ENSLAFG00000012064)	MPC1L (ENSLAFG00000027876)	ATP6AP2 (ENSLAFG00000017858)	ENSLAFG00000030399	BCOR (ENSLAFG00000014446) ##22	MID1IP1 (ENSLAFG00000030491)	TSPAN7 (ENSLAFG00000006016)	OTC (ENSLAFG00000009919)	ENSLAFG00000023163	SRPX (ENSLAFG00000002956)
Hyrax	MODERN SPECIES	9375																BCOR (ENSPCAG00000004323) ##22
Tenrec	MODERN SPECIES	7391																BCOR (ENSETEG00000005739) ##22
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.b ##22
Armadillo	MODERN SPECIES	1646															ENSDNOG00000025629	BCOR (ENSDNOG00000038847) ##22
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00940000162492	ENSGT00940000163202	ENSGT00940000163254	ENSGT00940000159699	ENSGT00940000162825
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a	ENSGT00940000163515
Primates	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009.k.a	ENSGT00940000162492	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009.k.b	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009.k.a	ENSGT00940000162492	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009.k.b	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163202
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00950000183077.a.a.a.a.a.b.b.a.b.b	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856.i	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009.k.a.a	ENSGT00940000162492	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009.k.b	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163202
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000160782	ENSGT00390000018039.f	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00940000155017.y.a	ENSGT00940000154502.g.a.a	ENSGT00950000183077.a.a.a.a.a.b.b.a.b.b	ENSGT00940000164052.d	ENSGT00910000147092	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856.i	ENSGT00940000154156.d.m	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009.k.a.a	ENSGT00940000162492	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009.k.b	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163970.d
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000160782	ENSGT00390000018039.f	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00530000064570.d	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00940000155017.y.a	ENSGT00940000154502.g.a.a	ENSGT00950000183077.a.a.a.a.a.b.b.a.b.b	ENSGT00940000164052.d	ENSGT00910000147092	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856.i	ENSGT00940000154156.d.m	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009.k.a.a	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009.k.b	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163970.d	ENSGT00940000165290
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000160782	ENSGT00390000018039.f	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00530000064570.d	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00940000155017.y.a	ENSGT00940000154502.g.a.a	ENSGT00950000183077.a.a.a.a.a.b.b.a.b.b	ENSGT00940000164052.d	ENSGT00910000147092	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856.i	ENSGT00940000154156.d.m	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009.k.a.a	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009.k.b	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163970.d	ENSGT00940000165290
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000160782	ENSGT00390000018039.f	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00530000064570.d	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00940000155017.y.a	ENSGT00940000154502.g.a.a	ENSGT00950000183077.a.a.a.a.a.b.b.a.b.b	ENSGT00940000164052.d	ENSGT00910000147092	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856.i	ENSGT00940000154156.d.m	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009.k.a.a	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009.k.b	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163970.d	ENSGT00940000165290
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00530000064570.d	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00940000155017.y.a	ENSGT00940000154502.g.a.a	ENSGT00950000183077.a.a.a.a.a.b.b.a.b.b	ENSGT00940000164052.d	ENSGT00910000147092	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856.i	ENSGT00940000154156.d.m	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009.k.b	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163970.d	ENSGT00940000165290	ENSGT00530000063484.b.b	ENSGT00940000163970.c
Olive baboon	MODERN SPECIES	792	GPR34 (ENSPANG00000015410)	NYX (ENSPANG00000009956)	ENSPANG00000011805	DDX3X (ENSPANG00000023917)	ENSPANG00000050530	ENSPANG00000050425	USP9X (ENSPANG00000009041)	ENSPANG00000049298	ENSPANG00000040156	ENSPANG00000010629	ENSPANG00000043492	MED14 (ENSPANG00000024675)	CXorf38 (ENSPANG00000009515)	ATP6AP2 (ENSPANG00000009876)	ENSPANG00000003221	BCOR (ENSPANG00000023328) ##22	ENSPANG00000049183	MID1IP1 (ENSPANG00000010851)	TSPAN7 (ENSPANG00000001627)	OTC (ENSPANG00000013609)	ENSPANG00000050468	SRPX (ENSPANG00000011869)	SYTL5 (ENSPANG00000006759)	H2AP (ENSPANG00000047171)	ENSPANG00000010726	CYBB (ENSPANG00000009957)	XK (ENSPANG00000015619)	PRRG1 (ENSPANG00000015320)	ENSPANG00000049828	ENSPANG00000039161	ENSPANG00000010727
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	164	ENSGT00390000018039.f	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00530000064570.d	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00940000155017.y.a	ENSGT00940000154502.g.a.a	ENSGT00950000183077.a.a.a.a.a.b.b.a.b.b	ENSGT00940000164052.d	ENSGT00910000147092	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856.i	ENSGT00940000154156.d.m	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417
Drill	MODERN SPECIES	781	ENSMLEG00000029956	NYX (ENSMLEG00000043211)	DDX3X (ENSMLEG00000044178)	ENSMLEG00000003594	USP9X (ENSMLEG00000029360)	ENSMLEG00000011061	ENSMLEG00000041765	ENSMLEG00000041667	ENSMLEG00000035769	ENSMLEG00000030436	MED14 (ENSMLEG00000037310)	CXorf38 (ENSMLEG00000029318)	MPC1L (ENSMLEG00000033791)	ATP6AP2 (ENSMLEG00000029677)	ENSMLEG00000043129	BCOR (ENSMLEG00000027853) ##22	ENSMLEG00000024060	TSPAN7 (ENSMLEG00000041757)	OTC (ENSMLEG00000000589)
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	233	CASK (ENSCATG00000043780)	ENSCATG00000029958	NYX (ENSCATG00000038924)	DDX3X (ENSCATG00000010148)	ENSCATG00000020614	USP9X (ENSCATG00000045108)	ENSCATG00000013830	ENSCATG00000002218	ENSCATG00000035935	ENSCATG00000039475	MED14 (ENSCATG00000015139)	CXorf38 (ENSCATG00000005533)	MPC1L (ENSCATG00000040875)	ATP6AP2 (ENSCATG00000033182)	ENSCATG00000034650	BCOR (ENSCATG00000035858) ##22	MID1IP1 (ENSCATG00000019429)	TSPAN7 (ENSCATG00000040622)	OTC (ENSCATG00000040927)
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000018039.f	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00530000064570.d	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00940000155017.y.a	ENSGT00940000154502.g.a.a	ENSGT00950000183077.a.a.a.a.a.b.b.a.b.b	ENSGT00940000164052.d	ENSGT00910000147092	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856.i	ENSGT00940000154156.d.m	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00910000146737	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009.k.a.a	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000154652.e.a.b	ENSGT00390000013132.q.a.b	ENSGT00940000163202	ENSGT00940000165290
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000161627.b.a.b.b.a.a.a.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00950000183077.a.a.a.a.a.b.b.a.b.b	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856.i	ENSGT01030000240144	ENSGT00940000154156.d.m	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00910000146737	ENSGT00940000156153	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009.k.a.a	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000154652.e.a.b	ENSGT00390000013132.q.a.b	ENSGT00940000159699
Rhesus	MODERN SPECIES	327	GPR34 (ENSMMUG00000022583)	CASK (ENSMMUG00000022578)	NYX (ENSMMUG00000005304)	ENSMMUG00000055907	DDX3X (ENSMMUG00000017569)	ENSMMUG00000063721	USP9X (ENSMMUG00000013753)	ENSMMUG00000053153	ENSMMUG00000055801	MED14 (ENSMMUG00000005264)	CXHXorf38 (ENSMMUG00000005263)	MPC1L (ENSMMUG00000045877)	ATP6AP2 (ENSMMUG00000012762)	ENSMMUG00000063543	ENSMMUG00000000710	BCOR (ENSMMUG00000005292) ##22	ENSMMUG00000060266	MID1IP1 (ENSMMUG00000003201)	OTC (ENSMMUG00000013493)	ENSMMUG00000013491	ENSMMUG00000062890	SRPX (ENSMMUG00000013135)	SYTL5 (ENSMMUG00000013131)	DYNLT3 (ENSMMUG00000013221)	ENSMMUG00000051757	CYBB (ENSMMUG00000013220)	XK (ENSMMUG00000061198)	LANCL3 (ENSMMUG00000006967)	PRRG1 (ENSMMUG00000006876)	ENSMMUG00000011104	ENSMMUG00000058853
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	175	ENSMFAG00000030357	ENSMFAG00000056067	PPP1R2C (ENSMFAG00000064193)	ENSMFAG00000058195	GPR82 (ENSMFAG00000023715)	GPR34 (ENSMFAG00000031644)	ENSMFAG00000035536	DDX3X (ENSMFAG00000034876)	ENSMFAG00000061620	USP9X (ENSMFAG00000025475)	ENSMFAG00000016940	MED14 (ENSMFAG00000000690)	ATP6AP2 (ENSMFAG00000038545)	ENSMFAG00000055028	ENSMFAG00000003022	BCOR (ENSMFAG00000042404) ##22	ENSMFAG00000019253	ENSMFAG00000056528	ENSMFAG00000059834	ENSMFAG00000049434	TSPAN7 (ENSMFAG00000002802)	ENSMFAG00000051264	OTC (ENSMFAG00000040619)	ENSMFAG00000024781	SRPX (ENSMFAG00000032104)	SYTL5 (ENSMFAG00000031961)	ENSMFAG00000038542	CYBB (ENSMFAG00000040813)	ENSMFAG00000055398	XK (ENSMFAG00000047895)	ENSMFAG00000055015
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	84	NYX (ENSMNEG00000007266)	ENSMNEG00000021429	DDX3X (ENSMNEG00000031741)	ENSMNEG00000014066	USP9X (ENSMNEG00000035247)	ENSMNEG00000034064	ENSMNEG00000040368	ENSMNEG00000039282	ENSMNEG00000031988	ENSMNEG00000037768	MED14 (ENSMNEG00000030935)	CXorf38 (ENSMNEG00000028665)	MPC1L (ENSMNEG00000039097)	ATP6AP2 (ENSMNEG00000006275)	ENSMNEG00000031193	BCOR (ENSMNEG00000026958) ##22	ENSMNEG00000038527	TSPAN7 (ENSMNEG00000019779)	OTC (ENSMNEG00000013646)
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	203	KDM6A (ENSCSAG00000013878)	DUSP21 (ENSCSAG00000019561)	ENSCSAG00000013885	EFHC2 (ENSCSAG00000013922)	NDP (ENSCSAG00000013927)	MAOB (ENSCSAG00000013934)	MAOA (ENSCSAG00000013943)	GPR82 (ENSCSAG00000019560)	GPR34 (ENSCSAG00000019559)	NYX (ENSCSAG00000019558)	DDX3X (ENSCSAG00000013949)	USP9X (ENSCSAG00000013968)	MED14 (ENSCSAG00000013987)	CXorf38 (ENSCSAG00000013994)	ATP6AP2 (ENSCSAG00000014001)	BCOR (ENSCSAG00000014010) ##22	MID1IP1 (ENSCSAG00000019557)	TSPAN7 (ENSCSAG00000014026)	OTC (ENSCSAG00000014036)	ENSCSAG00000019556	ENSCSAG00000014059	ENSCSAG00000014077	FAM47B (ENSCSAG00000019555)	TMEM47 (ENSCSAG00000014086)	FAM47A (ENSCSAG00000019554)	ENSCSAG00000014121	ENSCSAG00000019553	ENSCSAG00000014154	FTHL17 (ENSCSAG00000019552)	TAB3 (ENSCSAG00000014163)	GK (ENSCSAG00000014232)
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	527								ENSGT00940000155017.y.a	ENSGT00940000154502.g.a.a	ENSGT00950000183077.a.a.a.a.a.b.b.a.b.b.a	ENSGT00940000164052.d	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00390000008856.i	ENSGT00940000154156.d.m	ENSGT00940000153737.b ##22
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1062					ENSRROG00000040975	ENSRROG00000000074	ENSRROG00000033360	ENSRROG00000041193	ENSRROG00000032361	ENSRROG00000035359	ENSRROG00000040312	MED14 (ENSRROG00000039257)	CXorf38 (ENSRROG00000035207)	ATP6AP2 (ENSRROG00000033213)	ENSRROG00000035146	BCOR (ENSRROG00000036755) ##22
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2547																BCOR (ENSRBIG00000028551) ##22
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00390000018039.f	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00940000155017.y.a	ENSGT00940000154502.g.a.a	ENSGT00950000183077.a.a.a.a.a.b.b.a.b.b	ENSGT00940000164052.d	ENSGT00910000147092	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856.i	ENSGT00940000154156.d.m.a	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00940000153112.D.n.a.a.a.b.c	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009.k.b	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163970.d
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00390000018039.f	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00940000154502.g.a.a	ENSGT00950000183077.a.a.a.a.a.b.b.a.b.b	ENSGT00940000164052.d	ENSGT00910000147092	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856.i	ENSGT00940000154156.d.m.a	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00940000153112.D.n.a.a.a.b.c	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009.k.b	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163970.d
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000160514	ENSGT00670000098076.i.b	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00390000018039.f	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856.i	ENSGT00940000154156.d.m.a	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00940000153112.D.n.a.a.a.b.c	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009.k.b	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163970.d
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00390000018039.f	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856.i	ENSGT00940000154156.d.m.a	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00940000153112.D.n.a.a.a.b.c	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009.k.b	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163970.d
Pan	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00910000146883.C	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00940000155017.z.b.a	ENSGT00940000153095.g.b.a.a.a.b.b.a.a.b.a	ENSGT00940000154502.g.a.a	ENSGT00950000183077.a.a.a.a.a.b.b.a.b.b	ENSGT00940000164052.d	ENSGT00910000147092	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856.i	ENSGT00940000154156.d.m.a	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00940000153112.D.n.a.a.a.b.c	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009.k.b	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163970.d	ENSGT00940000163202
Chimpanzee	DUPLICATION
Chimpanzee	MODERN SPECIES	869																ENSPTRG00000046012 ##22
Chimpanzee	MODERN SPECIES	972	NYX (ENSPTRG00000021811)	DDX3X (ENSPTRG00000049651)	ENSPTRG00000042802	USP9X (ENSPTRG00000045541)	ENSPTRG00000045378	ENSPTRG00000042923	ENSPTRG00000044980	ENSPTRG00000044764	ENSPTRG00000040752	ENSPTRG00000045194	MED14 (ENSPTRG00000021805)	CXHXorf38 (ENSPTRG00000021804)	MPC1L (ENSPTRG00000048113)	ATP6AP2 (ENSPTRG00000021803)	ENSPTRG00000052101	BCOR (ENSPTRG00000021802) ##22	ENSPTRG00000039246	MID1IP1 (ENSPTRG00000047112)	TSPAN7 (ENSPTRG00000021800)	OTC (ENSPTRG00000021799)	ENSPTRG00000052456	SRPX (ENSPTRG00000021796)	SYTL5 (ENSPTRG00000021795)	H2AP (ENSPTRG00000021794)	DYNLT3 (ENSPTRG00000021793)	CYBB (ENSPTRG00000021792)	XK (ENSPTRG00000050517)	LANCL3 (ENSPTRG00000021790)	PRRG1 (ENSPTRG00000045419)	FAM47C (ENSPTRG00000028300)	CFAP47 (ENSPTRG00000028302)
Bonobo	MODERN SPECIES	369	CASK (ENSPPAG00000039799)	ENSPPAG00000032293	ENSPPAG00000028671	DDX3X (ENSPPAG00000041809)	ENSPPAG00000037641	USP9X (ENSPPAG00000039671)	ENSPPAG00000042937	ENSPPAG00000028929	ENSPPAG00000041897	ENSPPAG00000040577	MED14 (ENSPPAG00000044133)	CXorf38 (ENSPPAG00000044103)	MPC1L (ENSPPAG00000019631)	ATP6AP2 (ENSPPAG00000039969)	ENSPPAG00000009962	BCOR (ENSPPAG00000027608) ##22	ENSPPAG00000030291	MID1IP1 (ENSPPAG00000010366)	TSPAN7 (ENSPPAG00000011857)	OTC (ENSPPAG00000030732)	ENSPPAG00000009040	SRPX (ENSPPAG00000036711)	SYTL5 (ENSPPAG00000042432)	H2AP (ENSPPAG00000001985)	ENSPPAG00000016400	CYBB (ENSPPAG00000028375)	XK (ENSPPAG00000012195)	LANCL3 (ENSPPAG00000027681)	PRRG1 (ENSPPAG00000039979)	CFAP47 (ENSPPAG00000011197)	MAGEB16 (ENSPPAG00000036358)
Human	MODERN SPECIES	1827	EFHC2 (ENSG00000183690)	NDP (ENSG00000124479)	MAOB (ENSG00000069535)	MAOA (ENSG00000189221)	PPP1R2C (ENSG00000102055)	GPR82 (ENSG00000171657)	GPR34 (ENSG00000171659)	CASK (ENSG00000147044)	NYX (ENSG00000188937)	DDX3X (ENSG00000215301)	USP9X (ENSG00000124486)	MED14 (ENSG00000180182)	CXorf38 (ENSG00000185753)	MPC1L (ENSG00000238205)	ATP6AP2 (ENSG00000182220)	BCOR (ENSG00000183337) ##22	MID1IP1 (ENSG00000165175)	TSPAN7 (ENSG00000156298)	OTC (ENSG00000036473)	RPGR (ENSG00000156313)	SRPX (ENSG00000101955)	SYTL5 (ENSG00000147041)	H2AL3 (ENSG00000229674)	H2AP (ENSG00000187516)	DYNLT3 (ENSG00000165169)	CYBB (ENSG00000165168)	XK (ENSG00000047597)	LANCL3 (ENSG00000147036)	ENSG00000250349	PRRG1 (ENSG00000130962)	FAM47C (ENSG00000198173)
Gorilla	MODERN SPECIES	523	NYX (ENSGGOG00000008559)	DDX3X (ENSGGOG00000003181)	ENSGGOG00000043590	ENSGGOG00000043505	ENSGGOG00000039583	USP9X (ENSGGOG00000004363)	ENSGGOG00000024562	ENSGGOG00000037299	ENSGGOG00000024940	ENSGGOG00000043097	ENSGGOG00000042324	MED14 (ENSGGOG00000004125)	CXorf38 (ENSGGOG00000013906)	ATP6AP2 (ENSGGOG00000000532)	IMPDH (ENSGGOG00000040015)	BCOR (ENSGGOG00000014889) ##22	ENSGGOG00000042064	ENSGGOG00000039451	ENSGGOG00000028188	TSPAN7 (ENSGGOG00000013841)	OTC (ENSGGOG00000011703)	RPGR (ENSGGOG00000023793)	SRPX (ENSGGOG00000007123)	SYTL5 (ENSGGOG00000002396)	CYBB (ENSGGOG00000007874)	XK (ENSGGOG00000016059)	LANCL3 (ENSGGOG00000024460)	PRRG1 (ENSGGOG00000010895)	CFAP47 (ENSGGOG00000039948)	MAGEB16 (ENSGGOG00000003549)	FAM47B (ENSGGOG00000001615)
Orangutan	MODERN SPECIES	242	MAOB (ENSPPYG00000020264)	MAOA (ENSPPYG00000020263)	PPP1R2C (ENSPPYG00000020262)	GPR82 (ENSPPYG00000020261)	GPR34 (ENSPPYG00000020260)	CASK (ENSPPYG00000020259)	NYX (ENSPPYG00000020258)	DDX3X (ENSPPYG00000020257)	USP9X (ENSPPYG00000020256)	ENSPPYG00000020255	MED14 (ENSPPYG00000020254)	CXorf38 (ENSPPYG00000020253)	MPC1L (ENSPPYG00000020252)	ATP6AP2 (ENSPPYG00000020251)	ENSPPYG00000031470	BCOR (ENSPPYG00000020250) ##22	ENSPPYG00000035758	ENSPPYG00000038144	TSPAN7 (ENSPPYG00000020247)	OTC (ENSPPYG00000020246)	ENSPPYG00000020245	SRPX (ENSPPYG00000020244)	SYTL5 (ENSPPYG00000020243)	DYNLT3 (ENSPPYG00000020241)	CYBB (ENSPPYG00000020240)	XK (ENSPPYG00000036239)	LANCL3 (ENSPPYG00000020238)	PRRG1 (ENSPPYG00000020235)	ENSPPYG00000020233	CFAP47 (ENSPPYG00000020227)	MAGEB16 (ENSPPYG00000020226)
Gibbon	MODERN SPECIES	449	GPR82 (ENSNLEG00000002258)	NYX (ENSNLEG00000001945)	ENSNLEG00000001923	DDX3X (ENSNLEG00000001876)	USP9X (ENSNLEG00000001837)	ENSNLEG00000032912	ENSNLEG00000030859	ENSNLEG00000030171	ENSNLEG00000028978	ENSNLEG00000030923	MED14 (ENSNLEG00000001575)	CXorf38 (ENSNLEG00000001550)	MPC1L (ENSNLEG00000019041)	ATP6AP2 (ENSNLEG00000001441)	ENSNLEG00000001433	BCOR (ENSNLEG00000001372) ##22	ENSNLEG00000033266	MID1IP1 (ENSNLEG00000034964)	TSPAN7 (ENSNLEG00000032727)	OTC (ENSNLEG00000001180)	ENSNLEG00000001110	SRPX (ENSNLEG00000001074)	SYTL5 (ENSNLEG00000001002)	ENSNLEG00000000985	CYBB (ENSNLEG00000000927)	XK (ENSNLEG00000000925)	LANCL3 (ENSNLEG00000000916)	PRRG1 (ENSNLEG00000000909)	ENSNLEG00000034838	CFAP47 (ENSNLEG00000000347)	MAGEB16 (ENSNLEG00000000359)
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00670000098076.i.b	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00440000034918.q.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00950000183077.a.a.a.a.a.b.b.a.b.b	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856.i	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000162492	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009.k.a.a	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163970.b	ENSGT00940000163254	ENSGT00940000159699
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000166930	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00440000034918.q.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00950000183077.a.a.a.a.a.b.b.a.b.b	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856.i	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000162492	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009.k.a.a	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163970.b	ENSGT00940000163254	ENSGT00940000159699
Marmoset	MODERN SPECIES	78	CASK (ENSCJAG00000008892)	ENSCJAG00000073156	NYX (ENSCJAG00000009048)	ENSCJAG00000073650	ENSCJAG00000070284	ENSCJAG00000015787	USP9X (ENSCJAG00000004005)	ENSCJAG00000083416	ENSCJAG00000078955	ENSCJAG00000075384	ENSCJAG00000084856	ENSCJAG00000084787	CXorf38 (ENSCJAG00000047750)	MPC1L (ENSCJAG00000043940)	ATP6AP2 (ENSCJAG00000003800)	BCOR (ENSCJAG00000003758) ##22	MID1IP1 (ENSCJAG00000042767)	TSPAN7 (ENSCJAG00000000758)	ENSCJAG00000054093	OTC (ENSCJAG00000020777)	RPGR (ENSCJAG00000020771)	SRPX (ENSCJAG00000005292)	ENSCJAG00000061898	SYTL5 (ENSCJAG00000005242)	ENSCJAG00000071073	CYBB (ENSCJAG00000005191)	XK (ENSCJAG00000005150)	PRRG1 (ENSCJAG00000005132)	ENSCJAG00000076353	ENSCJAG00000081049	ENSCJAG00000080618
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	36						ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00440000034918.q.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00950000183077.a.a.a.a.a.b.b.a.b.b	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00390000008856.i	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009.k.a.a	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163970.b	ENSGT00940000163254	ENSGT00940000159699	ENSGT00940000162825
Capuchin	MODERN SPECIES	366															ENSCCAG00000021490	BCOR (ENSCCAG00000029256) ##22	ENSCCAG00000023926	MID1IP1 (ENSCCAG00000025857)	TSPAN7 (ENSCCAG00000034790)	OTC (ENSCCAG00000027286)	RPGR (ENSCCAG00000022978)
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	51	ENSSBOG00000016740	ENSSBOG00000004894	CASK (ENSSBOG00000024108)	GPR34 (ENSSBOG00000018759)	NYX (ENSSBOG00000003432)	ENSSBOG00000019095	ENSSBOG00000024292	ENSSBOG00000034438	ENSSBOG00000026314	ENSSBOG00000026638	USP9X (ENSSBOG00000031035)	ENSSBOG00000027711	MED14 (ENSSBOG00000035627)	ENSSBOG00000034566	ATP6AP2 (ENSSBOG00000032565)	BCOR (ENSSBOG00000016929) ##22	MID1IP1 (ENSSBOG00000010248)	ENSSBOG00000034245	TSPAN7 (ENSSBOG00000020077)	OTC (ENSSBOG00000029990)	RPGR (ENSSBOG00000022649)	SRPX (ENSSBOG00000027895)	SYTL5 (ENSSBOG00000021200)	ENSSBOG00000021839	CYBB (ENSSBOG00000026782)	XK (ENSSBOG00000028983)	LANCL3 (ENSSBOG00000020149)	PRRG1 (ENSSBOG00000025979)	ENSSBOG00000030535	ENSSBOG00000033616	ENSSBOG00000023497
Mas night monkey	MODERN SPECIES	678	MAOA (ENSANAG00000031969)	ENSANAG00000031554	ENSANAG00000033764	ENSANAG00000025353	GPR34 (ENSANAG00000019752)	CASK (ENSANAG00000021037)	NYX (ENSANAG00000032296)	DDX3X (ENSANAG00000017441)	ENSANAG00000038233	USP9X (ENSANAG00000036319)	MED14 (ENSANAG00000024459)	CXorf38 (ENSANAG00000030365)	ENSANAG00000004121	ATP6AP2 (ENSANAG00000036929)	ENSANAG00000035058	BCOR (ENSANAG00000020198) ##22	MID1IP1 (ENSANAG00000018677)	TSPAN7 (ENSANAG00000026194)	OTC (ENSANAG00000038446)	RPGR (ENSANAG00000027653)	SRPX (ENSANAG00000022863)	ENSANAG00000037306	SYTL5 (ENSANAG00000032000)	ENSANAG00000037346	CYBB (ENSANAG00000030601)	XK (ENSANAG00000024021)	LANCL3 (ENSANAG00000032493)
Tarsier	MODERN SPECIES	2651																BCOR (ENSTSYG00000002020) ##22
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000155202.i.b	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000155600.b.r	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009.l	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009.k.b	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a	ENSGT00940000163515
Bushbaby	MODERN SPECIES	273							DDX3X (ENSOGAG00000005311)	ENSOGAG00000027756	USP9X (ENSOGAG00000027364)	ENSOGAG00000027162	ENSOGAG00000033744	ENSOGAG00000000027	ENSOGAG00000009294	CXorf38 (ENSOGAG00000009290)	ATP6AP2 (ENSOGAG00000000341)	ENSOGAG00000006761 ##22	MID1IP1 (ENSOGAG00000014244)	TSPAN7 (ENSOGAG00000008547)	ENSOGAG00000033631	OTC (ENSOGAG00000008763)	ENSOGAG00000008761	SRPX (ENSOGAG00000010711)	SYTL5 (ENSOGAG00000010705)	ENSOGAG00000026644	ENSOGAG00000026602	CYBB (ENSOGAG00000010695)	XK (ENSOGAG00000024974)	LANCL3 (ENSOGAG00000003551)	ENSOGAG00000024752	ENSOGAG00000024398	ENSOGAG00000027726
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	46	ENSGT00940000155202.i.b	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000155600.b.r	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009.l.c.a	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538
Mouse lemur	MODERN SPECIES	169	MAOA (ENSMICG00000002042)	ENSMICG00000046904	ENSMICG00000034936	CASK (ENSMICG00000000276)	NYX (ENSMICG00000008813)	DDX3X (ENSMICG00000032772)	USP9X (ENSMICG00000027320)	ENSMICG00000027461	ENSMICG00000032741	ENSMICG00000030704	ENSMICG00000044341	MED14 (ENSMICG00000015221)	CXorf38 (ENSMICG00000015213)	ATP6AP2 (ENSMICG00000014583)	ENSMICG00000038133	BCOR (ENSMICG00000006169) ##22	MID1IP1 (ENSMICG00000042367)	TSPAN7 (ENSMICG00000011737)	OTC (ENSMICG00000011724)	ENSMICG00000026397	SRPX (ENSMICG00000001454)	SYTL5 (ENSMICG00000045851)	ENSMICG00000033194	CYBB (ENSMICG00000026872)	XK (ENSMICG00000047814)	LANCL3 (ENSMICG00000005180)	PRRG1 (ENSMICG00000043549)	ENSMICG00000032179	ENSMICG00000034748	ENSMICG00000031482	ENSMICG00000035221
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	141	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545.b	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000155600.b.r	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000010165.i.b.b.a	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009.l.c.a	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00950000182841.b.a.a.a	ENSGT00530000063484.b.b
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	244													CXorf38 (ENSPCOG00000015213)	MPC1L (ENSPCOG00000024568)	ATP6AP2 (ENSPCOG00000022938)	BCOR (ENSPCOG00000013589) ##22	MID1IP1 (ENSPCOG00000005169)	TSPAN7 (ENSPCOG00000022623)	OTC (ENSPCOG00000021444)	ENSPCOG00000016634	SRPX (ENSPCOG00000016159)	ENSPCOG00000018181	SYTL5 (ENSPCOG00000005779)	DYNLT3 (ENSPCOG00000019680)	CYBB (ENSPCOG00000006604)	XK (ENSPCOG00000020894)	LANCL3 (ENSPCOG00000025427)	PRRG1 (ENSPCOG00000028202)	ENSPCOG00000020162	ENSPCOG00000027051
Greater bamboo lemur	DUPLICATION
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	553																BCOR (ENSPSMG00000009584) ##22
Greater bamboo lemur	DUPLICATION
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	45																ENSPSMG00000011810 ##22	ENSPSMG00000011800 ##22
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	45															ENSPSMG00000011810 ##22	ENSPSMG00000011800 ##22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a	ENSGT00940000163515
Tree shrew	MODERN SPECIES	4434																BCOR (ENSTBEG00000008171) ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a	ENSGT00940000163515
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a	ENSGT00940000163515
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163515
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163515
Muroidea	DUPLICATION
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b.o ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153.q	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.i.a	ENSGT00940000158538
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b.o ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153.q	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.i.b	ENSGT00940000163515.j
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545.f	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b.o ##22	ENSGT00940000153737.b.p ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153.q	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492.e	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.i.b
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000163638	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545.f	ENSGT00940000160514	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b.o ##22	ENSGT00940000153737.b.p ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153.q	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492.e	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.i.b	ENSGT00940000163515.j
Golden Hamster	MODERN SPECIES	717	Efhc2 (ENSMAUG00000020354)	Ndp (ENSMAUG00000001320)	Maob (ENSMAUG00000017384)	Maoa (ENSMAUG00000017953)	ENSMAUG00000008252	Cask (ENSMAUG00000018107)	Gpr82 (ENSMAUG00000003517)	Gpr34 (ENSMAUG00000020755)	Ddx3x (ENSMAUG00000021962)	Usp9x (ENSMAUG00000015465)	ENSMAUG00000003759	Med14 (ENSMAUG00000011652)	ENSMAUG00000018384	1810030O07Rik (ENSMAUG00000018848)	Atp6ap2 (ENSMAUG00000021791)	ENSMAUG00000008014 ##22	ENSMAUG00000008218 ##22	Mid1ip1 (ENSMAUG00000014237)	Tspan7 (ENSMAUG00000016617)	Otc (ENSMAUG00000009398)	Rpgr (ENSMAUG00000001619)	ENSMAUG00000020752	ENSMAUG00000008638	Dynlt3 (ENSMAUG00000015141)	ENSMAUG00000011704	Xk (ENSMAUG00000018870)	Lancl3 (ENSMAUG00000020917)
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	175	Ndp (ENSCGRG00001012325)	Maob (ENSCGRG00001012026)	Maoa (ENSCGRG00001003371)	Gpr82 (ENSCGRG00001008634)	Gpr34 (ENSCGRG00001009221)	Cask (ENSCGRG00001018099)	Nyx (ENSCGRG00001023872)	ENSCGRG00001020496	Ddx3x (ENSCGRG00001022185)	Usp9x (ENSCGRG00001022402)	E330021D16Rik (ENSCGRG00001005473)	Med14 (ENSCGRG00001000873)	1810030O07Rik (ENSCGRG00001022070)	ENSCGRG00001010043	Atp6ap2 (ENSCGRG00001008860)	Bcor (ENSCGRG00001017450) ##22	ENSCGRG00001003048	Mid1ip1 (ENSCGRG00001009863)	Tspan7 (ENSCGRG00001017377)	ENSCGRG00001010548	Otc (ENSCGRG00001001226)	Rpgr (ENSCGRG00001017432)	Sytl5 (ENSCGRG00001023173)	ENSCGRG00001011543	H2ap (ENSCGRG00001003645)	Dynlt3 (ENSCGRG00001016040)	Cybb (ENSCGRG00001014092)	Xk (ENSCGRG00001022297)	Lancl3 (ENSCGRG00001020578)	ENSCGRG00001001938	ENSCGRG00001004165
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	45	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545.f	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b.o ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153.q	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492.e	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.i.b	ENSGT00940000163515.j	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.i.a
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	475	Ndp (ENSPEMG00000031057)	Maob (ENSPEMG00000000761)	Maoa (ENSPEMG00000006637)	ENSPEMG00000026824	Gpr82 (ENSPEMG00000013070)	Gpr34 (ENSPEMG00000010219)	Cask (ENSPEMG00000012945)	Nyx (ENSPEMG00000013523)	Ddx3x (ENSPEMG00000014021)	Usp9x (ENSPEMG00000016337)	E330021D16Rik (ENSPEMG00000013160)	Med14 (ENSPEMG00000009411)	1810030O07Rik (ENSPEMG00000010471)	ENSPEMG00000029718	Atp6ap2 (ENSPEMG00000011119)	Bcor (ENSPEMG00000011517) ##22	ENSPEMG00000012951	Mid1ip1 (ENSPEMG00000025115)	Tspan7 (ENSPEMG00000013653)	Otc (ENSPEMG00000013040)	Rpgr (ENSPEMG00000015885)	Sytl5 (ENSPEMG00000018805)	ENSPEMG00000010876	H2ap (ENSPEMG00000025123)	Dynlt3 (ENSPEMG00000006624)	Cybb (ENSPEMG00000007459)	Xk (ENSPEMG00000010546)	Lancl3 (ENSPEMG00000013414)	ENSPEMG00000026990	ENSPEMG00000013747	ENSPEMG00000005513
Prairie vole	MODERN SPECIES	1	Gpr82 (ENSMOCG00000003874)	Gpr34 (ENSMOCG00000016433)	Cask (ENSMOCG00000007637)	Nyx (ENSMOCG00000018188)	Ddx3x (ENSMOCG00000014170)	ENSMOCG00000008046	Usp9x (ENSMOCG00000009609)	E330021D16Rik (ENSMOCG00000006042)	ENSMOCG00000005802	ENSMOCG00000016742	ENSMOCG00000016696	1810030O07Rik (ENSMOCG00000009974)	Atp6ap2 (ENSMOCG00000010803)	ENSMOCG00000009697	ENSMOCG00000021841 ##22	ENSMOCG00000021216 ##22	ENSMOCG00000010154	ENSMOCG00000007720	Mid1ip1 (ENSMOCG00000009515)	Tspan7 (ENSMOCG00000021984)	Otc (ENSMOCG00000020681)	Rpgr (ENSMOCG00000015129)	Srpx (ENSMOCG00000000503)	Sytl5 (ENSMOCG00000020078)	Dynlt3 (ENSMOCG00000013937)	ENSMOCG00000005328	ENSMOCG00000002347	Xk (ENSMOCG00000021048)	Lancl3 (ENSMOCG00000018888)	ENSMOCG00000015166	Slc38a5 (ENSMOCG00000015897)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b.o ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153.q	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00940000162492	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.i.b	ENSGT00940000163515.j
Mus	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000163638	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b.o ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153.q	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00950000183845	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00940000162492	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.i.a.a	ENSGT00940000166424
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00390000016779.b.b	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b.o ##22	ENSGT00940000162492.g.b	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153.q	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00950000183845	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00940000162492.h	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000169466
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00390000016779.b.b	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b.o ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153.q	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00950000183845	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000162492.h	ENSGT00940000160244	ENSGT00940000162492.g.b.a.a.a.a	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000169466
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000163638	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b.o ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153.q	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00950000183845	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000162492.h	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00860000135843	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000169466
Steppe mouse	MODERN SPECIES	1541																Bcor (ENSMSIG00000022531) ##22
spretus	MODERN SPECIES	19	Fundc1 (MGP_SPRETEiJ_G0034102)	Efhc2 (MGP_SPRETEiJ_G0034101)	Ndp (MGP_SPRETEiJ_G0034100)	Maob (MGP_SPRETEiJ_G0034099)	Maoa (MGP_SPRETEiJ_G0034098)	MGP_SPRETEiJ_G0034097	Gpr82 (MGP_SPRETEiJ_G0034096)	Gpr34 (MGP_SPRETEiJ_G0034095)	Cask (MGP_SPRETEiJ_G0034094)	Nyx (MGP_SPRETEiJ_G0034093)	Ddx3x (MGP_SPRETEiJ_G0034092)	Usp9x (MGP_SPRETEiJ_G0034091)	Med14 (MGP_SPRETEiJ_G0034090)	1810030O07Rik (MGP_SPRETEiJ_G0034089)	Atp6ap2 (MGP_SPRETEiJ_G0034088)	Bcor (MGP_SPRETEiJ_G0034087) ##22	Mid1ip1 (MGP_SPRETEiJ_G0034086)	Tspan7 (MGP_SPRETEiJ_G0034085)	Otc (MGP_SPRETEiJ_G0034084)	Rpgr (MGP_SPRETEiJ_G0034083)	Srpx (MGP_SPRETEiJ_G0034082)	Sytl5 (MGP_SPRETEiJ_G0034081)	H2al3 (MGP_SPRETEiJ_G0034080)	H2ap (MGP_SPRETEiJ_G0034079)	Dynlt3 (MGP_SPRETEiJ_G0034078)	MGP_SPRETEiJ_G0034077	Cybb (MGP_SPRETEiJ_G0034076)	Xk (MGP_SPRETEiJ_G0034075)	MGP_SPRETEiJ_G0034074	Lancl3 (MGP_SPRETEiJ_G0034073)	4930402K13Rik (MGP_SPRETEiJ_G0034072)
Mouse	MODERN SPECIES	37	Efhc2 (ENSMUSG00000025038)	Ndp (ENSMUSG00000040138)	Maob (ENSMUSG00000040147)	Maoa (ENSMUSG00000025037)	Cypt1 (ENSMUSG00000023257)	H2al1n (ENSMUSG00000078346)	Gpr82 (ENSMUSG00000047678)	Gpr34 (ENSMUSG00000040229)	Cask (ENSMUSG00000031012)	Nyx (ENSMUSG00000051228)	Ddx3x (ENSMUSG00000000787)	Usp9x (ENSMUSG00000031010)	Med14 (ENSMUSG00000064127)	1810030O07Rik (ENSMUSG00000044148)	Atp6ap2 (ENSMUSG00000031007)	Bcor (ENSMUSG00000040363) ##22	H2al1j (ENSMUSG00000069038)	H2al1i (ENSMUSG00000095445)	H2al1h (ENSMUSG00000099443)	H2al1g (ENSMUSG00000095662)	H2al1f (ENSMUSG00000095655)	H2al1e (ENSMUSG00000095413)	H2al1d (ENSMUSG00000094904)	H2al1c (ENSMUSG00000096097)	H2al1b (ENSMUSG00000101819)	H2al1a (ENSMUSG00000100626)	Mid1ip1 (ENSMUSG00000008035)	Tspan7 (ENSMUSG00000058254)	Otc (ENSMUSG00000031173)	Rpgr (ENSMUSG00000031174)	Srpx (ENSMUSG00000090084)
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	19	Ndp (MGP_CAROLIEiJ_G0032951)	Maob (MGP_CAROLIEiJ_G0032950)	Maoa (MGP_CAROLIEiJ_G0032949)	MGP_CAROLIEiJ_G0032948	Cypt1 (MGP_CAROLIEiJ_G0032947)	MGP_CAROLIEiJ_G0032946	Gpr82 (MGP_CAROLIEiJ_G0032945)	Gpr34 (MGP_CAROLIEiJ_G0032944)	Cask (MGP_CAROLIEiJ_G0032943)	Nyx (MGP_CAROLIEiJ_G0032942)	Ddx3x (MGP_CAROLIEiJ_G0032941)	MGP_CAROLIEiJ_G0032940	Med14 (MGP_CAROLIEiJ_G0032939)	1810030O07Rik (MGP_CAROLIEiJ_G0032938)	Atp6ap2 (MGP_CAROLIEiJ_G0032937)	Bcor (MGP_CAROLIEiJ_G0032936) ##22	MGP_CAROLIEiJ_G0032935	Mid1ip1 (MGP_CAROLIEiJ_G0032934)	Tspan7 (MGP_CAROLIEiJ_G0032933)	Otc (MGP_CAROLIEiJ_G0032932)	Rpgr (MGP_CAROLIEiJ_G0032931)	Srpx (MGP_CAROLIEiJ_G0032930)	Sytl5 (MGP_CAROLIEiJ_G0032929)	MGP_CAROLIEiJ_G0032928	H2ap (MGP_CAROLIEiJ_G0032927)	Dynlt3 (MGP_CAROLIEiJ_G0032926)	Cybb (MGP_CAROLIEiJ_G0032925)	MGP_CAROLIEiJ_G0032924	MGP_CAROLIEiJ_G0032923	Lancl3 (MGP_CAROLIEiJ_G0032922)	4930402K13Rik (MGP_CAROLIEiJ_G0032921)
Shrew mouse	MODERN SPECIES	23	Dusp21 (MGP_PahariEiJ_G0031497)	Fundc1 (MGP_PahariEiJ_G0031496)	Efhc2 (MGP_PahariEiJ_G0031495)	Ndp (MGP_PahariEiJ_G0031494)	Maob (MGP_PahariEiJ_G0031493)	Maoa (MGP_PahariEiJ_G0031492)	Gpr82 (MGP_PahariEiJ_G0031491)	Gpr34 (MGP_PahariEiJ_G0031490)	Cask (MGP_PahariEiJ_G0031489)	Nyx (MGP_PahariEiJ_G0031488)	Ddx3x (MGP_PahariEiJ_G0031487)	Usp9x (MGP_PahariEiJ_G0031486)	Med14 (MGP_PahariEiJ_G0031485)	1810030O07Rik (MGP_PahariEiJ_G0031484)	Atp6ap2 (MGP_PahariEiJ_G0031483)	Bcor (MGP_PahariEiJ_G0031482) ##22	Mid1ip1 (MGP_PahariEiJ_G0031481)	Tspan7 (MGP_PahariEiJ_G0031480)	Otc (MGP_PahariEiJ_G0031479)	Rpgr (MGP_PahariEiJ_G0031478)	Srpx (MGP_PahariEiJ_G0031477)	Sytl5 (MGP_PahariEiJ_G0031476)	MGP_PahariEiJ_G0031475	H2ap (MGP_PahariEiJ_G0031474)	Dynlt3 (MGP_PahariEiJ_G0031473)	Cybb (MGP_PahariEiJ_G0031472)	MGP_PahariEiJ_G0031471	Lancl3 (MGP_PahariEiJ_G0031470)	B630019K06Rik (MGP_PahariEiJ_G0031469)	Slc38a5 (MGP_PahariEiJ_G0031468)	Ftsj1 (MGP_PahariEiJ_G0031467)
Rat	MODERN SPECIES	46	Maoa (ENSRNOG00000002848)	RGD1562289 (ENSRNOG00000068449)	Ppp1r2-ps1 (ENSRNOG00000069720)	AABR07036974.1 (ENSRNOG00000030819)	Cask (ENSRNOG00000060946)	Gpr82 (ENSRNOG00000039762)	Gpr34 (ENSRNOG00000039759)	Nyx (ENSRNOG00000009646)	Ddx3x (ENSRNOG00000023383)	Usp9x (ENSRNOG00000003261)	Med14 (ENSRNOG00000003792)	RGD1565685 (ENSRNOG00000023187)	AABR07037058.1 (ENSRNOG00000023163)	Atp6ap2 (ENSRNOG00000003858)	ENSRNOG00000064902	Bcor (ENSRNOG00000034240) ##22	AABR07037073.1 (ENSRNOG00000003227)	Mid1ip1 (ENSRNOG00000003228)	Tspan7 (ENSRNOG00000003229)	RGD1561661 (ENSRNOG00000023094)	Otc (ENSRNOG00000003370)	Rpgr (ENSRNOG00000003013)	Sytl5 (ENSRNOG00000003585)	Dynlt3 (ENSRNOG00000003611)	Cybb (ENSRNOG00000003622)	Xk (ENSRNOG00000003749)	Lancl3 (ENSRNOG00000003756)	RGD1561106 (ENSRNOG00000063120)	LOC120099305 (ENSRNOG00000063778)	LOC102552474 (ENSRNOG00000039615)	LOC120099271 (ENSRNOG00000066456)
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	461	ENSNGAG00000018371	ENSNGAG00000015190	Gpr82 (ENSNGAG00000018110)	Gpr34 (ENSNGAG00000018163)	Cask (ENSNGAG00000008097)	Nyx (ENSNGAG00000011629)	Ddx3x (ENSNGAG00000018077)	Usp9x (ENSNGAG00000012060)	ENSNGAG00000022683	E330021D16Rik (ENSNGAG00000005804)	Med14 (ENSNGAG00000000544)	1810030O07Rik (ENSNGAG00000018470)	Atp6ap2 (ENSNGAG00000014902)	ENSNGAG00000017147	ENSNGAG00000014390 ##22	ENSNGAG00000013284 ##22	Mid1ip1 (ENSNGAG00000012989)
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.b.p ##22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.b.p ##22
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545.f	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b.o ##22	ENSGT00940000153737.b.p ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153.q	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492.e	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.i.b	ENSGT00940000163515.j
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.b.p ##22
Prairie vole	MODERN SPECIES	1	ENSMOCG00000016039	Gpr82 (ENSMOCG00000003874)	Gpr34 (ENSMOCG00000016433)	Cask (ENSMOCG00000007637)	Nyx (ENSMOCG00000018188)	Ddx3x (ENSMOCG00000014170)	ENSMOCG00000008046	Usp9x (ENSMOCG00000009609)	E330021D16Rik (ENSMOCG00000006042)	ENSMOCG00000005802	ENSMOCG00000016742	ENSMOCG00000016696	1810030O07Rik (ENSMOCG00000009974)	Atp6ap2 (ENSMOCG00000010803)	ENSMOCG00000009697	ENSMOCG00000021841 ##22	ENSMOCG00000021216 ##22	ENSMOCG00000010154	ENSMOCG00000007720	Mid1ip1 (ENSMOCG00000009515)	Tspan7 (ENSMOCG00000021984)	Otc (ENSMOCG00000020681)	Rpgr (ENSMOCG00000015129)	Srpx (ENSMOCG00000000503)	Sytl5 (ENSMOCG00000020078)	Dynlt3 (ENSMOCG00000013937)	ENSMOCG00000005328	ENSMOCG00000002347	Xk (ENSMOCG00000021048)	Lancl3 (ENSMOCG00000018888)	ENSMOCG00000015166
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545.f	ENSGT00940000160514	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b.o ##22	ENSGT00940000153737.b.p ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153.q	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492.e	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.i.b	ENSGT00940000163515.j	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.i.a
Golden Hamster	MODERN SPECIES	717	Ndp (ENSMAUG00000001320)	Maob (ENSMAUG00000017384)	Maoa (ENSMAUG00000017953)	ENSMAUG00000008252	Cask (ENSMAUG00000018107)	Gpr82 (ENSMAUG00000003517)	Gpr34 (ENSMAUG00000020755)	Ddx3x (ENSMAUG00000021962)	Usp9x (ENSMAUG00000015465)	ENSMAUG00000003759	Med14 (ENSMAUG00000011652)	ENSMAUG00000018384	1810030O07Rik (ENSMAUG00000018848)	Atp6ap2 (ENSMAUG00000021791)	ENSMAUG00000008014 ##22	ENSMAUG00000008218 ##22	Mid1ip1 (ENSMAUG00000014237)	Tspan7 (ENSMAUG00000016617)	Otc (ENSMAUG00000009398)	Rpgr (ENSMAUG00000001619)	ENSMAUG00000020752	ENSMAUG00000008638	Dynlt3 (ENSMAUG00000015141)	ENSMAUG00000011704	Xk (ENSMAUG00000018870)	Lancl3 (ENSMAUG00000020917)
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	461	Maoa (ENSNGAG00000013137)	ENSNGAG00000018371	ENSNGAG00000015190	Gpr82 (ENSNGAG00000018110)	Gpr34 (ENSNGAG00000018163)	Cask (ENSNGAG00000008097)	Nyx (ENSNGAG00000011629)	Ddx3x (ENSNGAG00000018077)	Usp9x (ENSNGAG00000012060)	ENSNGAG00000022683	E330021D16Rik (ENSNGAG00000005804)	Med14 (ENSNGAG00000000544)	1810030O07Rik (ENSNGAG00000018470)	Atp6ap2 (ENSNGAG00000014902)	ENSNGAG00000017147	ENSNGAG00000014390 ##22	ENSNGAG00000013284 ##22	Mid1ip1 (ENSNGAG00000012989)
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	124	Maob (ENSJJAG00000012262)	Maoa (ENSJJAG00000011331)	ENSJJAG00000010951	ENSJJAG00000010745	ENSJJAG00000010651	ENSJJAG00000010094	Gpr34 (ENSJJAG00000013331)	Cask (ENSJJAG00000022808)	Nyx (ENSJJAG00000020005)	Ddx3x (ENSJJAG00000019645)	Usp9x (ENSJJAG00000023449)	E330021D16Rik (ENSJJAG00000013240)	Med14 (ENSJJAG00000020727)	1810030O07Rik (ENSJJAG00000019402)	ENSJJAG00000019088	Bcor (ENSJJAG00000018755) ##22	Mid1ip1 (ENSJJAG00000013196)	ENSJJAG00000018161	Tspan7 (ENSJJAG00000017974)	Otc (ENSJJAG00000017566)	Rpgr (ENSJJAG00000014640)	Srpx (ENSJJAG00000012346)	Sytl5 (ENSJJAG00000009155)	ENSJJAG00000003835	Dynlt3 (ENSJJAG00000000829)	Cybb (ENSJJAG00000000492)	Xk (ENSJJAG00000000183)	Lancl3 (ENSJJAG00000022937)	ENSJJAG00000009500
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	415										ENSDORG00000028747	Ddx3x (ENSDORG00000029882)	Usp9x (ENSDORG00000002122)	Med14 (ENSDORG00000016439)	1810030O07Rik (ENSDORG00000005555)	ENSDORG00000024862	Bcor (ENSDORG00000028994) ##22	Mid1ip1 (ENSDORG00000029503)	ENSDORG00000029598	ENSDORG00000014052	Rpgr (ENSDORG00000003222)	Srpx (ENSDORG00000015046)	Sytl5 (ENSDORG00000015043)	ENSDORG00000028985	Dynlt3 (ENSDORG00000028646)	Cybb (ENSDORG00000012634)	Xk (ENSDORG00000002044)	Lancl3 (ENSDORG00000024001)	Prrg1 (ENSDORG00000028715)	ENSDORG00000023260	Cfap47 (ENSDORG00000014353)	Tmem47 (ENSDORG00000026085)
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492	ENSGT00940000163202	ENSGT00940000163254	ENSGT00940000159699	ENSGT00940000162825.h	ENSGT00950000183442	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000154517.i	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.n.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163515	ENSGT00940000162492
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	56	ENSGT00940000154517.i	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000162492	ENSGT00940000163202	ENSGT00940000163254
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	112							ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00390000008856.d	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	273																BCOR (ENSCLAG00000000121) ##22	MID1IP1 (ENSCLAG00000000110)	TSPAN7 (ENSCLAG00000000106)
Degu	MODERN SPECIES	273		CASK (ENSODEG00000002069)	GPR82 (ENSODEG00000002230)	GPR34 (ENSODEG00000018828)	NYX (ENSODEG00000001332)	ENSODEG00000001355	USP9X (ENSODEG00000001431)	ENSODEG00000018682	ENSODEG00000001518	ENSODEG00000001529	ENSODEG00000001539	MED14 (ENSODEG00000001567)	CXorf38 (ENSODEG00000001590)	ENSODEG00000001615	ENSODEG00000001626	BCOR (ENSODEG00000001651) ##22	ENSODEG00000001662
Guinea pig	MODERN SPECIES	33	ENSCPOG00000001385	FUNDC1 (ENSCPOG00000030724)	EFHC2 (ENSCPOG00000014599)	NDP (ENSCPOG00000040535)	MAOB (ENSCPOG00000000980)	MAOA (ENSCPOG00000001030)	ENSCPOG00000007290	CASK (ENSCPOG00000010851)	NYX (ENSCPOG00000010847)	ENSCPOG00000013557	USP9X (ENSCPOG00000033622)	MED14 (ENSCPOG00000031296)	CXorf38 (ENSCPOG00000014304)	MPC1L (ENSCPOG00000022729)	ATP6AP2 (ENSCPOG00000000756)	BCOR (ENSCPOG00000003878) ##22	ENSCPOG00000038948	MID1IP1 (ENSCPOG00000026903)	TSPAN7 (ENSCPOG00000000183)	ENSCPOG00000023154	OTC (ENSCPOG00000012895)	ENSCPOG00000023879	SRPX (ENSCPOG00000013055)	SYTL5 (ENSCPOG00000013051)	ENSCPOG00000020434	DYNLT3 (ENSCPOG00000036885)	CYBB (ENSCPOG00000001930)	XK (ENSCPOG00000033355)	LANCL3 (ENSCPOG00000004631)	ENSCPOG00000026096	PRRG1 (ENSCPOG00000035849)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	31	GPR82 (ENSHGLG00000018778)	GPR34 (ENSHGLG00000041208)	ENSHGLG00000047643	CASK (ENSHGLG00000008006)	ENSHGLG00000037147	ENSHGLG00000016669	NYX (ENSHGLG00000004422)	ENSHGLG00000034784	Ddx3x (ENSHGLG00000004805)	USP9X (ENSHGLG00000005613)	MED14 (ENSHGLG00000005145)	CXorf38 (ENSHGLG00000005921)	MPC1L (ENSHGLG00000020388)	ATP6AP2 (ENSHGLG00000009344)	ENSHGLG00000044824	BCOR (ENSHGLG00000004759) ##22	ENSHGLG00000005272	MID1IP1 (ENSHGLG00000047790)	ENSHGLG00000045058	TSPAN7 (ENSHGLG00000008684)	ENSHGLG00000020377	OTC (ENSHGLG00000006935)	ENSHGLG00000043721	ENSHGLG00000020528	ENSHGLG00000009243	SYTL5 (ENSHGLG00000014015)	ENSHGLG00000047419	ENSHGLG00000040369	ENSHGLG00000043135	ENSHGLG00000013401	CYBB (ENSHGLG00000042638)
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000163638	ENSGT00940000154517	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00940000155600.b.q	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.k.b	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163515
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	64	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b.q	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.k.b	ENSGT00940000163515	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000162492
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	94	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b.q	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.k.b	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163515	ENSGT00940000162492
Squirrel	MODERN SPECIES	102	NDP (ENSSTOG00000010960)	MAOB (ENSSTOG00000004985)	MAOA (ENSSTOG00000004958)	GPR82 (ENSSTOG00000028760)	GPR34 (ENSSTOG00000001566)	CASK (ENSSTOG00000005927)	NYX (ENSSTOG00000027262)	ENSSTOG00000029381	DDX3X (ENSSTOG00000008094)	USP9X (ENSSTOG00000000797)	MED14 (ENSSTOG00000022333)	CXorf38 (ENSSTOG00000005469)	MPC1L (ENSSTOG00000026402)	ENSSTOG00000031229	ATP6AP2 (ENSSTOG00000005456)	BCOR (ENSSTOG00000003219) ##22	MID1IP1 (ENSSTOG00000027194)	TSPAN7 (ENSSTOG00000012077)	ENSSTOG00000019432	OTC (ENSSTOG00000004056)	ENSSTOG00000022470	SRPX (ENSSTOG00000007767)	ENSSTOG00000023192	SYTL5 (ENSSTOG00000029210)	DYNLT3 (ENSSTOG00000028818)	CYBB (ENSSTOG00000019548)	XK (ENSSTOG00000021262)	LANCL3 (ENSSTOG00000012636)	ENSSTOG00000021050	PRRG1 (ENSSTOG00000021592)	ENSSTOG00000026116
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	50	NDP (ENSUPAG00010001702)	MAOB (ENSUPAG00010001680)	MAOA (ENSUPAG00010001649)	ENSUPAG00010001628	GPR82 (ENSUPAG00010001592)	GPR34 (ENSUPAG00010001586)	CASK (ENSUPAG00010001389)	NYX (ENSUPAG00010001369)	ENSUPAG00010001364	DDX3X (ENSUPAG00010001313)	USP9X (ENSUPAG00010001270)	MED14 (ENSUPAG00010001193)	CXorf38 (ENSUPAG00010001158)	MPC1L (ENSUPAG00010001147)	ATP6AP2 (ENSUPAG00010001133)	ENSUPAG00010001115 ##22	TSPAN7 (ENSUPAG00010001001)	ENSUPAG00010000980	OTC (ENSUPAG00010000958)	ENSUPAG00010000022	SYTL5 (ENSUPAG00010017470)	ENSUPAG00010017463	DYNLT3 (ENSUPAG00010017456)	CYBB (ENSUPAG00010017438)	XK (ENSUPAG00010017431)	LANCL3 (ENSUPAG00010017422)	PRRG1 (ENSUPAG00010017415)	ENSUPAG00010017410	MAGEB16 (ENSUPAG00010017404)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	21	NDP (ENSMMMG00000011581)	MAOB (ENSMMMG00000011245)	MAOA (ENSMMMG00000011225)	ENSMMMG00000011202	GPR82 (ENSMMMG00000011172)	GPR34 (ENSMMMG00000011165)	CASK (ENSMMMG00000010916)	ENSMMMG00000010906	ENSMMMG00000010902	DDX3X (ENSMMMG00000010865)	USP9X (ENSMMMG00000010802)	MED14 (ENSMMMG00000010703)	MPC1L (ENSMMMG00000010695)	ENSMMMG00000010690	ATP6AP2 (ENSMMMG00000010656)	BCOR (ENSMMMG00000010519) ##22	TSPAN7 (ENSMMMG00000010451)	ENSMMMG00000010431	OTC (ENSMMMG00000010392)	ENSMMMG00000010133	SRPX (ENSMMMG00000010108)	SYTL5 (ENSMMMG00000010054)	ENSMMMG00000010049	DYNLT3 (ENSMMMG00000010004)	ENSMMMG00000010001	ENSMMMG00000009990	XK (ENSMMMG00000009986)	ENSMMMG00000009942	ENSMMMG00000009939	PRRG1 (ENSMMMG00000009880)	ENSMMMG00000009849
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	156	NDP (ENSSVLG00005015288)	MAOB (ENSSVLG00005015336)	MAOA (ENSSVLG00005015484)	ENSSVLG00005015713	ENSSVLG00005015798	CASK (ENSSVLG00005015944)	GPR82 (ENSSVLG00005016259)	GPR34 (ENSSVLG00005016276)	NYX (ENSSVLG00005016295)	ENSSVLG00005016422	USP9X (ENSSVLG00005018130)	MED14 (ENSSVLG00005018208)	ENSSVLG00005018247	MPC1L (ENSSVLG00005018339)	ATP6AP2 (ENSSVLG00005018414)	BCOR (ENSSVLG00005018727) ##22	MID1IP1 (ENSSVLG00005018779)	ENSSVLG00005018801	OTC (ENSSVLG00005018838)	ENSSVLG00005018959	SRPX (ENSSVLG00005019058)	SYTL5 (ENSSVLG00005019419)	ENSSVLG00005019604	DYNLT3 (ENSSVLG00005019706)	CYBB (ENSSVLG00005019783)	ENSSVLG00005019919	XK (ENSSVLG00005019963)	LANCL3 (ENSSVLG00005020024)	ENSSVLG00005020166	ENSSVLG00005020177	ENSSVLG00005020217
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a	ENSGT00940000163515	ENSGT00940000158538
Rabbit	MODERN SPECIES	1401	MAOB (ENSOCUG00000001436)	MAOA (ENSOCUG00000001429)	ENSOCUG00000012846	ENSOCUG00000025629	ENSOCUG00000030365	GPR82 (ENSOCUG00000003218)	GPR34 (ENSOCUG00000003220)	CASK (ENSOCUG00000004864)	NYX (ENSOCUG00000004856)	DDX3X (ENSOCUG00000012338)	USP9X (ENSOCUG00000007198)	MED14 (ENSOCUG00000015286)	CXorf38 (ENSOCUG00000015277)	MPC1L (ENSOCUG00000015273)	ATP6AP2 (ENSOCUG00000015259)	BCOR (ENSOCUG00000017052) ##22	MID1IP1 (ENSOCUG00000002707)	TSPAN7 (ENSOCUG00000008424)	OTC (ENSOCUG00000010532)	ENSOCUG00000021720	SRPX (ENSOCUG00000008272)	SYTL5 (ENSOCUG00000008263)	ENSOCUG00000000454	ENSOCUG00000009787	CYBB (ENSOCUG00000032490)	XK (ENSOCUG00000006566)	LANCL3 (ENSOCUG00000006562)	ENSOCUG00000015848	ENSOCUG00000030366	PRRG1 (ENSOCUG00000015462)	ENSOCUG00000033693
Pika	MODERN SPECIES	3946																ENSOPRG00000005064 ##22
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00900000143309	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492	ENSGT00940000163202	ENSGT00940000163254	ENSGT00940000159699	ENSGT00940000162825	ENSGT00950000183442	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.b ##22
Hedgehog	MODERN SPECIES	7514																BCOR (ENSEEUG00000009100) ##22
Common shrew	MODERN SPECIES	5889																BCOR (ENSSARG00000002328) ##22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492	ENSGT00940000163202	ENSGT00940000163254	ENSGT00940000159699	ENSGT00940000162825	ENSGT00940000165165	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d.b	ENSGT00940000163515	ENSGT00940000164247
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d.b	ENSGT00940000163515	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d.a.b
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	45	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000162492	ENSGT00940000165165	ENSGT00940000162825	ENSGT00940000159699	ENSGT00940000163254	ENSGT00940000163202
Arabian camel	MODERN SPECIES	204	EFHC2 (ENSCDRG00005020588)	NDP (ENSCDRG00005020582)	MAOB (ENSCDRG00005020569)	MAOA (ENSCDRG00005020544)	ENSCDRG00005020530	GPR82 (ENSCDRG00005020521)	GPR34 (ENSCDRG00005020516)	CASK (ENSCDRG00005020425)	NYX (ENSCDRG00005020391)	DDX3X (ENSCDRG00005020330)	USP9X (ENSCDRG00005020300)	MED14 (ENSCDRG00005020243)	CXorf38 (ENSCDRG00005020221)	ENSCDRG00005020200	ATP6AP2 (ENSCDRG00005020065)	BCOR (ENSCDRG00005019988) ##22	MID1IP1 (ENSCDRG00005019974)	TSPAN7 (ENSCDRG00005019956)	ENSCDRG00005019945	OTC (ENSCDRG00005019934)	ENSCDRG00005019467	SRPX (ENSCDRG00005019346)	ENSCDRG00005019328	SYTL5 (ENSCDRG00005019261)	DYNLT3 (ENSCDRG00005019230)	CYBB (ENSCDRG00005019198)	XK (ENSCDRG00005019184)	LANCL3 (ENSCDRG00005019168)	ENSCDRG00005019150	ENSCDRG00005019124	ENSCDRG00005019108
Alpaca	MODERN SPECIES	2359																ENSVPAG00000007332 ##22
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d.b	ENSGT00940000163515	ENSGT00940000158538
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00390000008496.j.b.b.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163515	ENSGT00940000165165	ENSGT00950000183442
Blue whale	DUPLICATION
Blue whale	MODERN SPECIES	40	ENSBMSG00010017638	ENSBMSG00010017593	GPR82 (ENSBMSG00010017574)	GPR34 (ENSBMSG00010017560)	ENSBMSG00010017550	CASK (ENSBMSG00010017223)	ENSBMSG00010017131	NYX (ENSBMSG00010017109)	ENSBMSG00010017095	DDX3X (ENSBMSG00010016859)	USP9X (ENSBMSG00010016782)	MED14 (ENSBMSG00010016504)	CXorf38 (ENSBMSG00010016418)	ENSBMSG00010016374	ENSBMSG00010016238	BCOR (ENSBMSG00010016120) ##22	MID1IP1 (ENSBMSG00010016089)	TSPAN7 (ENSBMSG00010015967)	OTC (ENSBMSG00010015883)	ENSBMSG00010015841	SRPX (ENSBMSG00010015775)	SYTL5 (ENSBMSG00010015570)	DYNLT3 (ENSBMSG00010015528)	CYBB (ENSBMSG00010015459)	XK (ENSBMSG00010015432)	LANCL3 (ENSBMSG00010015378)	ENSBMSG00010015365	ENSBMSG00010015341	ENSBMSG00010015318	PRRG1 (ENSBMSG00010015289)	ENSBMSG00010015259
Blue whale	MODERN SPECIES	41	ENSBMSG00010021766	ENSBMSG00010021769	USP9Y (ENSBMSG00010021776)	ZFY (ENSBMSG00010021784)	ENSBMSG00010021794	ENSBMSG00010021801	ENSBMSG00010021804	ENSBMSG00010021806	ENSBMSG00010021808	ENSBMSG00010021813	ENSBMSG00010021814	ENSBMSG00010021816	ENSBMSG00010021821	ENSBMSG00010021851	ENSBMSG00010021884	ENSBMSG00010021896 ##22	KDM5D (ENSBMSG00010021903)	ENSBMSG00010021920	ENSBMSG00010013831
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00940000156461.b	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00390000008496.j.b.b.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000154631.c.a	ENSGT00940000162825	ENSGT00940000158854.i.b
Sperm whale	MODERN SPECIES	13	MAOA (ENSPCTG00005020779)	ENSPCTG00005020767	ENSPCTG00005020757	ENSPCTG00005020704	ENSPCTG00005020656	GPR82 (ENSPCTG00005020637)	CASK (ENSPCTG00005020288)	NYX (ENSPCTG00005020229)	DDX3X (ENSPCTG00005019909)	USP9X (ENSPCTG00005019450)	MED14 (ENSPCTG00005019253)	C21HXorf38 (ENSPCTG00005019204)	MPC1L (ENSPCTG00005019188)	ATP6AP2 (ENSPCTG00005018902)	ENSPCTG00005018851	BCOR (ENSPCTG00005018771) ##22	MID1IP1 (ENSPCTG00005018748)	TSPAN7 (ENSPCTG00005018713)	OTC (ENSPCTG00005018601)	ENSPCTG00005018504	SRPX (ENSPCTG00005018362)	ENSPCTG00005018307	SYTL5 (ENSPCTG00005018211)	DYNLT3 (ENSPCTG00005018153)	CYBB (ENSPCTG00005018038)	XK (ENSPCTG00005018000)	LANCL3 (ENSPCTG00005017895)	PRRG1 (ENSPCTG00005017841)	ENSPCTG00005017773	ENSPCTG00005017743	ENSPCTG00005017688
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00940000156461.b	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00390000008496.j.b.b.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000154631.c.a	ENSGT00940000162825	ENSGT00940000158854.i.b
Dolphin	MODERN SPECIES	4867																BCOR (ENSTTRG00000013183) ##22
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00940000156461.b	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00390000008496.j.b.b.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00390000001332.n	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000159951.e.a.a	ENSGT00940000154631.c.a
Vaquita	MODERN SPECIES	34	HMGN1 (ENSPSNG00000016153)	MAOB (ENSPSNG00000016109)	MAOA (ENSPSNG00000015774)	ENSPSNG00000015618	ENSPSNG00000015528	GPR82 (ENSPSNG00000015496)	CASK (ENSPSNG00000015050)	ENSPSNG00000014987	NYX (ENSPSNG00000014932)	DDX3X (ENSPSNG00000014476)	USP9X (ENSPSNG00000013676)	ENSPSNG00000013458	CXorf38 (ENSPSNG00000013381)	ENSPSNG00000021202	ATP6AP2 (ENSPSNG00000021047)	BCOR (ENSPSNG00000020930) ##22	MID1IP1 (ENSPSNG00000020892)	TSPAN7 (ENSPSNG00000020865)	OTC (ENSPSNG00000020795)	ENSPSNG00000020756	SRPX (ENSPSNG00000020642)	ENSPSNG00000020588	SYTL5 (ENSPSNG00000020543)	ENSPSNG00000020516	DYNLT3 (ENSPSNG00000020495)	CYBB (ENSPSNG00000020418)	XK (ENSPSNG00000020390)	LANCL3 (ENSPSNG00000020277)	ENSPSNG00000020262	ENSPSNG00000020244	PRRG1 (ENSPSNG00000020215)
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00940000156461.b	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00390000008496.j.b.b.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00390000001332.n	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d.a.a.d	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000159951.e.a.a
Beluga whale	MODERN SPECIES	58	NDP (ENSDLEG00000019876)	MAOB (ENSDLEG00000019843)	MAOA (ENSDLEG00000019834)	ENSDLEG00000019829	ENSDLEG00000019826	GPR82 (ENSDLEG00000019820)	CASK (ENSDLEG00000017934)	NYX (ENSDLEG00000017648)	DDX3X (ENSDLEG00000017612)	ENSDLEG00000017591	USP9X (ENSDLEG00000014783)	MED14 (ENSDLEG00000013718)	CUNHXorf38 (ENSDLEG00000013605)	ENSDLEG00000013589	ATP6AP2 (ENSDLEG00000013556)	BCOR (ENSDLEG00000013499) ##22	MID1IP1 (ENSDLEG00000013488)	TSPAN7 (ENSDLEG00000013478)	OTC (ENSDLEG00000013458)	RPGR (ENSDLEG00000013393)	SRPX (ENSDLEG00000013368)	ENSDLEG00000013338	SYTL5 (ENSDLEG00000013025)	DYNLT3 (ENSDLEG00000012975)	XK (ENSDLEG00000012944)	LANCL3 (ENSDLEG00000012905)	ENSDLEG00000012893	ENSDLEG00000012888	ENSDLEG00000012878	ENSDLEG00000012845	ENSDLEG00000012838
Narwhal	DUPLICATION
Narwhal	MODERN SPECIES	309	MAOB (ENSMMNG00015010558)	MAOA (ENSMMNG00015010524)	ENSMMNG00015010495	GPR82 (ENSMMNG00015010460)	GPR34 (ENSMMNG00015010454)	CASK (ENSMMNG00015010172)	ENSMMNG00015010052	NYX (ENSMMNG00015010048)	ENSMMNG00015010041	DDX3X (ENSMMNG00015010005)	USP9X (ENSMMNG00015009970)	MED14 (ENSMMNG00015009892)	CXorf38 (ENSMMNG00015009866)	ENSMMNG00015009857	ATP6AP2 (ENSMMNG00015009785)	BCOR (ENSMMNG00015009731) ##22	MID1IP1 (ENSMMNG00015009716)	TSPAN7 (ENSMMNG00015009703)	ENSMMNG00015009683	OTC (ENSMMNG00015009674)	RPGR (ENSMMNG00015009649)	SRPX (ENSMMNG00015009593)	ENSMMNG00015009557	SYTL5 (ENSMMNG00015009525)	DYNLT3 (ENSMMNG00015009487)	CYBB (ENSMMNG00015009458)	XK (ENSMMNG00015009443)	LANCL3 (ENSMMNG00015009431)	ENSMMNG00015009412	PRRG1 (ENSMMNG00015009403)	ENSMMNG00015009377
Narwhal	DUPLICATION
Narwhal	MODERN SPECIES	26														ENSMMNG00015000858	ENSMMNG00015000833 ##22	ENSMMNG00015000814 ##22	KDM5D (ENSMMNG00015000748)	ENSMMNG00015000722	ENSMMNG00015000708	ENSMMNG00015000554	ENSMMNG00015000477
Narwhal	MODERN SPECIES	26															ENSMMNG00015000858	ENSMMNG00015000833 ##22	ENSMMNG00015000814 ##22	KDM5D (ENSMMNG00015000748)	ENSMMNG00015000722	ENSMMNG00015000708	ENSMMNG00015000554	ENSMMNG00015000477
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856.k	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d.b.a.b	ENSGT00940000163515	ENSGT00940000158538
Yarkand deer	MODERN SPECIES	1323	ENSCHYG00000020373	ENSCHYG00000020396	ENSCHYG00000020427	CASK (ENSCHYG00000020609)	GPR82 (ENSCHYG00000021859)	GPR34 (ENSCHYG00000021879)	NYX (ENSCHYG00000021892)	ENSCHYG00000021956	ENSCHYG00000021990	DDX3X (ENSCHYG00000022010)	USP9X (ENSCHYG00000022165)	MED14 (ENSCHYG00000022394)	CXorf38 (ENSCHYG00000022966)	MPC1L (ENSCHYG00000023023)	ENSCHYG00000023066	BCOR (ENSCHYG00000023328) ##22	ENSCHYG00000023432	MID1IP1 (ENSCHYG00000023473)	TSPAN7 (ENSCHYG00000023486)	ENSCHYG00000023583	OTC (ENSCHYG00000023594)	ENSCHYG00000023658	SYTL5 (ENSCHYG00000024135)	ENSCHYG00000024198	DYNLT3 (ENSCHYG00000024212)	CYBB (ENSCHYG00000024252)	LANCL3 (ENSCHYG00000024391)	ENSCHYG00000024427	ENSCHYG00000024437	PRRG1 (ENSCHYG00000024453)	ENSCHYG00000024484
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856.k	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d.b.a.b	ENSGT00940000163515	ENSGT00940000158538
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	92	NDP (ENSMMSG00000010499)	MAOB (ENSMMSG00000010531)	MAOA (ENSMMSG00000010581)	ENSMMSG00000010690	CASK (ENSMMSG00000010789)	GPR82 (ENSMMSG00000011393)	NYX (ENSMMSG00000011402)	ENSMMSG00000011570	ENSMMSG00000014674	USP9X (ENSMMSG00000014689)	MED14 (ENSMMSG00000014735)	CXorf38 (ENSMMSG00000014873)	MPC1L (ENSMMSG00000014899)	ENSMMSG00000014938	ENSMMSG00000015149	BCOR (ENSMMSG00000008193) ##22	MID1IP1 (ENSMMSG00000008268)	ENSMMSG00000008279	ENSMMSG00000008301	OTC (ENSMMSG00000008328)	ENSMMSG00000008393	SRPX (ENSMMSG00000008427)	SYTL5 (ENSMMSG00000008508)	ENSMMSG00000008724
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000165666	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856.k	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d.b.a.b	ENSGT00940000163515	ENSGT00940000158538
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	48	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00390000001627.b	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a.mb	ENSGT00940000165666	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856.k	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d.b.a.a.a.b	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492.v	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d.b.a.a.a.a	ENSGT00940000163515	ENSGT00940000158538
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	205	NDP (ENSOARG00020020392)	MAOB (ENSOARG00020020199)	MAOA (ENSOARG00020020034)	ENSOARG00020019978	ENSOARG00020019953	ENSOARG00020019938	GPR82 (ENSOARG00020019888)	CASK (ENSOARG00020018716)	NYX (ENSOARG00020018604)	DDX3X (ENSOARG00020017500)	USP9X (ENSOARG00020017297)	MED14 (ENSOARG00020016379)	CXorf38 (ENSOARG00020016232)	ENSOARG00020016210	ENSOARG00020015636	BCOR (ENSOARG00020015351) ##22	ENSOARG00020015318	MID1IP1 (ENSOARG00020021499)	TSPAN7 (ENSOARG00020021392)	ENSOARG00020021363	ENSOARG00020021326	OTC (ENSOARG00020021238)	ENSOARG00020021214	ENSOARG00020021200	ENSOARG00020021165	ENSOARG00020021153	ENSOARG00020021142	SRPX (ENSOARG00020020935)	SYTL5 (ENSOARG00020020775)	ENSOARG00020020752	DYNLT3 (ENSOARG00020020658)
Goat	MODERN SPECIES	248																BCOR (ENSCHIG00000009752) ##22
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000165666	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856.k	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492.w	ENSGT00940000155009.i	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d.b.a.b	ENSGT00940000163515	ENSGT00940000158538
Bos	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000165666	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856.k	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492.w	ENSGT00940000155009.i	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d.b.a.b	ENSGT00940000163515	ENSGT00940000158538
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856.k	ENSGT00390000018390.fb	ENSGT00390000013208.nb	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492.w	ENSGT00940000155009.i	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d.b.a.b	ENSGT00940000163515	ENSGT00940000158538	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d.b.a.a.a.b
Domestic yak	MODERN SPECIES	69	NDP (ENSBGRG00000012838)	MAOB (ENSBGRG00000012905)	ENSBGRG00000013578	ENSBGRG00000013880	CASK (ENSBGRG00000013967)	GPR34 (ENSBGRG00000015052)	NYX (ENSBGRG00000015080)	DDX3X (ENSBGRG00000015328)	USP9X (ENSBGRG00000018694)	ENSBGRG00000018910	MED14 (ENSBGRG00000018963)	CXorf38 (ENSBGRG00000019239)	ENSBGRG00000019336	ENSBGRG00000019474	ENSBGRG00000020907	ENSBGRG00000020948 ##22	MID1IP1 (ENSBGRG00000021050)	TSPAN7 (ENSBGRG00000021078)	ENSBGRG00000021188	OTC (ENSBGRG00000021238)	ENSBGRG00000021428	SYTL5 (ENSBGRG00000021997)	ENSBGRG00000022166	ENSBGRG00000007060	ENSBGRG00000007080	CYBB (ENSBGRG00000007179)	LANCL3 (ENSBGRG00000007763)	ENSBGRG00000007860	ENSBGRG00000007894	PRRG1 (ENSBGRG00000007941)	ENSBGRG00000008034
Wild yak	MODERN SPECIES	231							DDX3X (ENSBMUG00000012662)	ENSBMUG00000012360	USP9X (ENSBMUG00000012333)	MED14 (ENSBMUG00000011761)	CXorf38 (ENSBMUG00000011127)	ENSBMUG00000011102	ENSBMUG00000011085	ENSBMUG00000010990	ENSBMUG00000010978	BCOR (ENSBMUG00000010961) ##22	MID1IP1 (ENSBMUG00000010893)	TSPAN7 (ENSBMUG00000010880)	ENSBMUG00000010865	OTC (ENSBMUG00000010860)	ENSBMUG00000010833	ENSBMUG00000010733	PRRG1 (ENSBMUG00000010717)	ENSBMUG00000010652	ENSBMUG00000010639	LANCL3 (ENSBMUG00000010625)	XK (ENSBMUG00000010604)	CYBB (ENSBMUG00000010563)	ENSBMUG00000010536	ENSBMUG00000010530	SYTL5 (ENSBMUG00000010520)
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a.jb	ENSGT00940000165666	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00950000183010.a.b.a.b.b.a.a.b	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856.k	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492.w	ENSGT00940000155009.i	ENSGT00940000160244	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d.b.a.b	ENSGT00940000163515	ENSGT00940000158538	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d.b.a.a.b	ENSGT00940000162492.x
Cow	MODERN SPECIES	177	MAOA (ENSBTAG00000016206)	PPP1R2C (ENSBTAG00000037883)	CASK (ENSBTAG00000020136)	GPR82 (ENSBTAG00000045934)	GPR34 (ENSBTAG00000020144)	NYX (ENSBTAG00000046407)	DDX3X (ENSBTAG00000035907)	ENSBTAG00000053853	USP9X (ENSBTAG00000006242)	ENSBTAG00000049862	ENSBTAG00000030490	MED14 (ENSBTAG00000011790)	CXHXorf38 (ENSBTAG00000011788)	MPC1L (ENSBTAG00000011783)	ATP6AP2 (ENSBTAG00000017801)	BCOR (ENSBTAG00000047339) ##22	MID1IP1 (ENSBTAG00000011463)	TSPAN7 (ENSBTAG00000008966)	ENSBTAG00000053054	ENSBTAG00000046998	OTC (ENSBTAG00000001488)	ENSBTAG00000045867	SRPX (ENSBTAG00000004280)	ENSBTAG00000055069	SYTL5 (ENSBTAG00000004955)	H2AL3 (ENSBTAG00000052113)	DYNLT3 (ENSBTAG00000038156)	CYBB (ENSBTAG00000019953)	ENSBTAG00000052354	LANCL3 (ENSBTAG00000003088)	ENSBTAG00000055305
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	315	ENSBIXG00005002595	GPR82 (ENSBIXG00005000078)	GPR34 (ENSBIXG00005016346)	CASK (ENSBIXG00005016500)	NYX (ENSBIXG00005016606)	ENSBIXG00005016992	ENSBIXG00005017050	ENSBIXG00005017068	USP9X (ENSBIXG00005017112)	ENSBIXG00005017168	MED14 (ENSBIXG00005017250)	CXorf38 (ENSBIXG00005017280)	ENSBIXG00005017292	ENSBIXG00005017517	ENSBIXG00005017652	BCOR (ENSBIXG00005017741) ##22	MID1IP1 (ENSBIXG00005017816)	ENSBIXG00005002892	TSPAN7 (ENSBIXG00005017860)	OTC (ENSBIXG00005017899)	ENSBIXG00005018003	ENSBIXG00005018049	SRPX (ENSBIXG00005002934)	SYTL5 (ENSBIXG00005018140)	DYNLT3 (ENSBIXG00005018193)	ENSBIXG00005018198	CYBB (ENSBIXG00005018235)	LANCL3 (ENSBIXG00005018256)	ENSBIXG00005002960	ENSBIXG00005018292	PRRG1 (ENSBIXG00005018330)
American bison	MODERN SPECIES	1760																ENSBBBG00000023232 ##22
Suina	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d.a.a.f	ENSGT00940000163515	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d.a.a.e
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	107	ENSCWAG00000011927	ENSCWAG00000011966	ENSCWAG00000012006	ENSCWAG00000012037	CASK (ENSCWAG00000012127)	GPR82 (ENSCWAG00000012925)	GPR34 (ENSCWAG00000012940)	NYX (ENSCWAG00000012958)	DDX3X (ENSCWAG00000013025)	ENSCWAG00000013536	USP9X (ENSCWAG00000013600)	MED14 (ENSCWAG00000013978)	CXorf38 (ENSCWAG00000014219)	ENSCWAG00000014300	ENSCWAG00000014416	BCOR (ENSCWAG00000014765) ##22	MID1IP1 (ENSCWAG00000014895)	TSPAN7 (ENSCWAG00000014915)	OTC (ENSCWAG00000014946)	ENSCWAG00000015040	SRPX (ENSCWAG00000015090)	SYTL5 (ENSCWAG00000015258)	ENSCWAG00000015537	DYNLT3 (ENSCWAG00000015552)	CYBB (ENSCWAG00000015585)	XK (ENSCWAG00000015685)	LANCL3 (ENSCWAG00000015722)	ENSCWAG00000015786	ENSCWAG00000015803	ENSCWAG00000015825	PRRG1 (ENSCWAG00000015845)
Pig	DUPLICATION
Pig	MODERN SPECIES	300	MAOB (ENSSSCG00000023215)	ENSSSCG00000012257	ENSSSCG00000046344	GPR82 (ENSSSCG00000012254)	GPR34 (ENSSSCG00000022309)	CASK (ENSSSCG00000012253)	NYX (ENSSSCG00000021460)	DDX3X (ENSSSCG00000012252)	USP9X (ENSSSCG00000012251)	ENSSSCG00000053694	ENSSSCG00000056852	MED14 (ENSSSCG00000012250)	CXorf38 (ENSSSCG00000012249)	MPC1L (ENSSSCG00000012248)	ATP6AP2 (ENSSSCG00000012247)	BCOR (ENSSSCG00000012241) ##22	MID1IP1 (ENSSSCG00000025447)	ENSSSCG00000057929	TSPAN7 (ENSSSCG00000012238)	ENSSSCG00000056736	OTC (ENSSSCG00000012236)	ENSSSCG00000050812	ENSSSCG00000012235	ENSSSCG00000044870	SRPX (ENSSSCG00000012234)	ENSSSCG00000056304	SYTL5 (ENSSSCG00000012233)	DYNLT3 (ENSSSCG00000028908)	GP91-PHOX (ENSSSCG00000036246)	XK (ENSSSCG00000031868)	LANCL3 (ENSSSCG00000037269)
Pig	MODERN SPECIES	301				ENSSSCG00000060796	ENSSSCG00000062133	ENSSSCG00000056875	ENSSSCG00000055051	ENSSSCG00000034141	ENSSSCG00000061633	ENSSSCG00000035670	ENSSSCG00000059393	SRY (ENSSSCG00000057000)	ENSSSCG00000023819	ENSSSCG00000040795	ENSSSCG00000038249	ENSSSCG00000036928 ##22	KDM5D (ENSSSCG00000032354)	ENSSSCG00000034853	ENSSSCG00000055256	ENSSSCG00000054075	ENSSSCG00000058541	ENSSSCG00000057343	ENSSSCG00000052287	ENSSSCG00000060627	ENSSSCG00000060430	ENSSSCG00000043614	ENSSSCG00000046033	ENSSSCG00000063394	ENSSSCG00000044850	ENSSSCG00000055786	ENSSSCG00000056475
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d	ENSGT00940000163515
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000154517	ENSGT00940000155616.c.b	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d	ENSGT00940000163515	ENSGT00940000158538
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d.n.b	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163515	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d.n.a	ENSGT00940000159499
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d.n.b	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163515	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d.n.a	ENSGT00940000159499	ENSGT01000000214434.B.b.e.a
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES		ENSRFEG00010002926	ENSRFEG00010002935	CASK (ENSRFEG00010003118)	GPR82 (ENSRFEG00010003342)	GPR34 (ENSRFEG00010003355)	NYX (ENSRFEG00010003367)	DDX3X (ENSRFEG00010003399)	ENSRFEG00010003454	USP9X (ENSRFEG00010003479)	ENSRFEG00010003529	MED14 (ENSRFEG00010003564)	ENSRFEG00010003637	CXorf38 (ENSRFEG00010003652)	MPC1L (ENSRFEG00010003673)	ATP6AP2 (ENSRFEG00010003719)	BCOR (ENSRFEG00010003802) ##22	ENSRFEG00010003854	MID1IP1 (ENSRFEG00010003860)	ENSRFEG00010003871	TSPAN7 (ENSRFEG00010003881)	OTC (ENSRFEG00010003907)	ENSRFEG00010003964	SRPX (ENSRFEG00010004024)	ENSRFEG00010000094	SYTL5 (ENSRFEG00010000104)	DYNLT3 (ENSRFEG00010000111)	CYBB (ENSRFEG00010000117)	XK (ENSRFEG00010000127)	LANCL3 (ENSRFEG00010000132)	ENSRFEG00010000138	ENSRFEG00010000143
Microbat	MODERN SPECIES	1013	ENSMLUG00000015847	MAOB (ENSMLUG00000001434)	MAOA (ENSMLUG00000001427)	ENSMLUG00000022321	ENSMLUG00000023913	GPR82 (ENSMLUG00000003016)	GPR34 (ENSMLUG00000003012)	CASK (ENSMLUG00000002989)	ENSMLUG00000029310	DDX3X (ENSMLUG00000010216)	USP9X (ENSMLUG00000010139)	MED14 (ENSMLUG00000001167)	CXorf38 (ENSMLUG00000001164)	MPC1L (ENSMLUG00000030672)	ATP6AP2 (ENSMLUG00000001159)	BCOR (ENSMLUG00000014376) ##22	TSPAN7 (ENSMLUG00000009730)	OTC (ENSMLUG00000009014)	ENSMLUG00000025649	SRPX (ENSMLUG00000008997)
Megabat	MODERN SPECIES	4439																BCOR (ENSPVAG00000003896) ##22
Equus	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT01090000261478	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b.a	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d.k.a.a.b	ENSGT00940000163515	ENSGT00940000158538
Horse	MODERN SPECIES	480	EFHC2 (ENSECAG00000016627)	NDP (ENSECAG00000016176)	MAOB (ENSECAG00000000132)	MAOA (ENSECAG00000022277)	GPR82 (ENSECAG00000003381)	GPR34 (ENSECAG00000003173)	CASK (ENSECAG00000013894)	NYX (ENSECAG00000031529)	DDX3X (ENSECAG00000009901)	USP9X (ENSECAG00000005549)	ENSECAG00000030185	MED14 (ENSECAG00000014191)	CXorf38 (ENSECAG00000058683)	MPC1L (ENSECAG00000003094)	ATP6AP2 (ENSECAG00000019889)	BCOR (ENSECAG00000005995) ##22	MID1IP1 (ENSECAG00000002992)	TSPAN7 (ENSECAG00000016573)	ENSECAG00000046542	OTC (ENSECAG00000022838)	ENSECAG00000017318	SRPX (ENSECAG00000018935)	ENSECAG00000055649	SYTL5 (ENSECAG00000011264)	DYNLT3 (ENSECAG00000010650)	CYBB (ENSECAG00000017917)	XK (ENSECAG00000014332)	LANCL3 (ENSECAG00000013279)	ENSECAG00000038581	ENSECAG00000053585	ENSECAG00000045152
Donkey	DUPLICATION
Donkey	MODERN SPECIES	36	EFHC2 (ENSEASG00005036483)	MAOB (ENSEASG00005020127)	ENSEASG00005020177	PPP1R2C (ENSEASG00005034956)	GPR82 (ENSEASG00005034863)	GPR34 (ENSEASG00005027088)	CASK (ENSEASG00005009875)	NYX (ENSEASG00005027095)	DDX3X (ENSEASG00005009841)	USP9X (ENSEASG00005026963)	ENSEASG00005008337	MED14 (ENSEASG00005011439)	CXorf38 (ENSEASG00005011443)	MPC1L (ENSEASG00005011445)	ATP6AP2 (ENSEASG00005011447)	BCOR (ENSEASG00005011454) ##22	MID1IP1 (ENSEASG00005031295)	ENSEASG00005027817	ENSEASG00005025852	OTC (ENSEASG00005011647)	ENSEASG00005011654	SRPX (ENSEASG00005028148)	SYTL5 (ENSEASG00005017962)	ENSEASG00005024089	DYNLT3 (ENSEASG00005037646)	CYBB (ENSEASG00005018016)	ENSEASG00005033185	ENSEASG00005018021	ENSEASG00005025594	ENSEASG00005038050	ENSEASG00005017724
Donkey	MODERN SPECIES	37	ENSEASG00005030729	ENSEASG00005010760	ENSEASG00005038269	ENSEASG00005037796	ENSEASG00005025009	ENSEASG00005022529	ENSEASG00005017764	ENSEASG00005026200	ENSEASG00005035173	ENSEASG00005037328	ENSEASG00005034241	ENSEASG00005014703	ENSEASG00005023765	SRY (ENSEASG00005035549)	ENSEASG00005013112	ENSEASG00005013111 ##22	ENSEASG00005013108	ENSEASG00005032894	ENSEASG00005014271	ENSEASG00005037424	ENSEASG00005027762
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00390000010165.i.b.b.a	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d	ENSGT00940000158538
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00390000010165.i.b.b.a	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00390000015623	ENSGT00390000005568.gb.a.b	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00940000162492	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d.i.b
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00390000010165.i.b.b.a	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00390000015623	ENSGT00390000005568.gb.a.b	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244.e.a	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d.i.b	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d.j.a.b	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d.i.a
Tiger	MODERN SPECIES	223																ENSPTIG00000007721 ##22	TSPAN7 (ENSPTIG00000007706)	OTC (ENSPTIG00000007681)	ENSPTIG00000007576	SRPX (ENSPTIG00000007460)	SYTL5 (ENSPTIG00000007275)	ENSPTIG00000007218	DYNLT3 (ENSPTIG00000007206)	CYBB (ENSPTIG00000007020)	XK (ENSPTIG00000006977)	LANCL3 (ENSPTIG00000006903)	ENSPTIG00000008617	ENSPTIG00000006896	ENSPTIG00000006862	PRRG1 (ENSPTIG00000006756)	ENSPTIG00000006691
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00390000010165.i.b.b.a	ENSGT00390000008732.a.a.c.b.b	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00390000015623	ENSGT00390000005568.gb.a.b	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244.f	ENSGT00940000160244.e.b	ENSGT00390000003231.b
leopard	DUPLICATION
leopard	MODERN SPECIES	69	NDP (ENSPPRG00000013089)	MAOB (ENSPPRG00000013398)	MAOA (ENSPPRG00000017638)	GPR82 (ENSPPRG00000015625)	CASK (ENSPPRG00000002674)	NYX (ENSPPRG00000003109)	DDX3X (ENSPPRG00000005269)	USP9X (ENSPPRG00000007696)	MED14 (ENSPPRG00000008958)	CXorf38 (ENSPPRG00000009176)	MPC1L (ENSPPRG00000016022)	ATP6AP2 (ENSPPRG00000013645)	ENSPPRG00000016148	ENSPPRG00000013998	ENSPPRG00000014228 ##22	ENSPPRG00000016522 ##22	MID1IP1 (ENSPPRG00000016216)	TSPAN7 (ENSPPRG00000018929)	OTC (ENSPPRG00000021854)	ENSPPRG00000000830	SRPX (ENSPPRG00000002131)	SYTL5 (ENSPPRG00000002666)	ENSPPRG00000016440	DYNLT3 (ENSPPRG00000002882)	ENSPPRG00000003423	ENSPPRG00000003758	XK (ENSPPRG00000003832)
leopard	MODERN SPECIES	69	EFHC2 (ENSPPRG00000012443)	NDP (ENSPPRG00000013089)	MAOB (ENSPPRG00000013398)	MAOA (ENSPPRG00000017638)	GPR82 (ENSPPRG00000015625)	CASK (ENSPPRG00000002674)	NYX (ENSPPRG00000003109)	DDX3X (ENSPPRG00000005269)	USP9X (ENSPPRG00000007696)	MED14 (ENSPPRG00000008958)	CXorf38 (ENSPPRG00000009176)	MPC1L (ENSPPRG00000016022)	ATP6AP2 (ENSPPRG00000013645)	ENSPPRG00000016148	ENSPPRG00000013998	ENSPPRG00000014228 ##22	ENSPPRG00000016522 ##22	MID1IP1 (ENSPPRG00000016216)	TSPAN7 (ENSPPRG00000018929)	OTC (ENSPPRG00000021854)	ENSPPRG00000000830	SRPX (ENSPPRG00000002131)	SYTL5 (ENSPPRG00000002666)	ENSPPRG00000016440	DYNLT3 (ENSPPRG00000002882)	ENSPPRG00000003423	ENSPPRG00000003758	XK (ENSPPRG00000003832)
lion	MODERN SPECIES	88	MAOB (ENSPLOG00000022444)	MAOA (ENSPLOG00000022433)	ENSPLOG00000022424	GPR82 (ENSPLOG00000022412)	GPR34 (ENSPLOG00000022409)	CASK (ENSPLOG00000022343)	NYX (ENSPLOG00000022299)	DDX3X (ENSPLOG00000022152)	USP9X (ENSPLOG00000022020)	MED14 (ENSPLOG00000021938)	CXorf38 (ENSPLOG00000021911)	MPC1L (ENSPLOG00000021900)	ATP6AP2 (ENSPLOG00000021715)	ENSPLOG00000021686	ENSPLOG00000021673	BCOR (ENSPLOG00000021643) ##22	MID1IP1 (ENSPLOG00000021611)	TSPAN7 (ENSPLOG00000021583)	OTC (ENSPLOG00000021548)	ENSPLOG00000021386	SYTL5 (ENSPLOG00000021282)	ENSPLOG00000021262	ENSPLOG00000021250	DYNLT3 (ENSPLOG00000021233)	CYBB (ENSPLOG00000021184)	RPS6KA3 (ENSPLOG00000021031)	EIF1AX (ENSPLOG00000020933)	MAP7D2 (ENSPLOG00000020581)	BCLAF3 (ENSPLOG00000020503)	SH3KBP1 (ENSPLOG00000020327)	MAP3K15 (ENSPLOG00000020043)
Cat	MODERN SPECIES	252	MAOB (ENSFCAG00000013086)	MAOA (ENSFCAG00000013085)	ENSFCAG00000047489	ENSFCAG00000051925	GPR82 (ENSFCAG00000011153)	GPR34 (ENSFCAG00000024129)	CASK (ENSFCAG00000011147)	NYX (ENSFCAG00000046637)	DDX3X (ENSFCAG00000025339)	USP9X (ENSFCAG00000011962)	MED14 (ENSFCAG00000009450)	CXHXorf38 (ENSFCAG00000026853)	MPC1L (ENSFCAG00000031610)	ATP6AP2 (ENSFCAG00000022772)	ENSFCAG00000030887	BCOR (ENSFCAG00000004858) ##22	MID1IP1 (ENSFCAG00000004484)	TSPAN7 (ENSFCAG00000010839)	ENSFCAG00000023548	OTC (ENSFCAG00000010876)	ENSFCAG00000030242	SYTL5 (ENSFCAG00000010874)	H2AP (ENSFCAG00000048955)	ENSFCAG00000045122	DYNLT3 (ENSFCAG00000041921)	H2AL1M (ENSFCAG00000052540)	CYBB (ENSFCAG00000003145)	XK (ENSFCAG00000037429)	LANCL3 (ENSFCAG00000023171)	ENSFCAG00000039737	ENSFCAG00000035480
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00390000010165.i.b.b.a	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d	ENSGT00940000158538
Canidae	DUPLICATION
Canidae	DUPLICATION
Canidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.b.`b.a ##22
Red fox	DUPLICATION
Red fox	MODERN SPECIES	349														ENSVVUG00000011444	ENSVVUG00000011761 ##22	ENSVVUG00000011766 ##22
Red fox	MODERN SPECIES	349															ENSVVUG00000011444	ENSVVUG00000011761 ##22	ENSVVUG00000011766 ##22
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.b.`b.a ##22
Dog	MODERN SPECIES	120					ENSCAFG00845022690	ENSCAFG00845022779	ENSCAFG00845022823	ENSCAFG00845022918	ENSCAFG00845023065	ENSCAFG00845023246	ENSCAFG00845023304	ENSCAFG00845023401	ENSCAFG00845023675	ENSCAFG00845023905	ENSCAFG00845024395	ENSCAFG00845024454 ##22	ENSCAFG00845024730	ENSCAFG00845025033
Canidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.b.`b.b ##22
Red fox	MODERN SPECIES	307												ENSVVUG00000004232	ENSVVUG00000004151	ENSVVUG00000003210	ENSVVUG00000003137	ENSVVUG00000003121 ##22
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.b.`b.b ##22
Dog	MODERN SPECIES	111		ENSCAFG00845022629	UTY (ENSCAFG00845022496)	ENSCAFG00845022201	ENSCAFG00845022119	ENSCAFG00845021099	ENSCAFG00845020782	ENSCAFG00845020666	ENSCAFG00845020564	ENSCAFG00845020384	ENSCAFG00845020336	ENSCAFG00845020312	ENSCAFG00845019704	ENSCAFG00845019559	ENSCAFG00845019481	ENSCAFG00845019244 ##22	ENSCAFG00845018760	ENSCAFG00845018537
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00390000010165.i.b.b.a	ENSGT00940000153737.b.ab ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492.ib	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d	ENSGT00940000158538
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00950000182869.e.b.b.p	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00940000154530.g.a	ENSGT00390000008856	ENSGT00390000010165.i.b.b.a	ENSGT00940000153737.b.ab ##22	ENSGT00500000044890.a.a	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492.ib	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d	ENSGT00940000158538
Dingo	MODERN SPECIES	247	ENSCAFG00020027202	CASK (ENSCAFG00020027207)	GPR82 (ENSCAFG00020027220)	GPR34 (ENSCAFG00020027221)	NYX (ENSCAFG00020027223)	ENSCAFG00020027225	DDX3X (ENSCAFG00020027227)	ENSCAFG00020027228	USP9X (ENSCAFG00020027230)	MED14 (ENSCAFG00020027233)	CXorf38 (ENSCAFG00020027255)	MPC1L (ENSCAFG00020027259)	ENSCAFG00020027261	ATP6AP2 (ENSCAFG00020027263)	ENSCAFG00020027265	BCOR (ENSCAFG00020027271) ##22
Dog	MODERN SPECIES	144	MAOB (ENSCAFG00845027440)	MAOA (ENSCAFG00845027245)	ENSCAFG00845027065	PPP1R2C (ENSCAFG00845026949)	GPR82 (ENSCAFG00845026872)	CASK (ENSCAFG00845025610)	NYX (ENSCAFG00845025424)	ENSCAFG00845025399	DDX3X (ENSCAFG00845024733)	MED14 (ENSCAFG00845027192)	CXHXorf38 (ENSCAFG00845027009)	ENSCAFG00845026994	ENSCAFG00845026922	ATP6AP2 (ENSCAFG00845026626)	ENSCAFG00845026522	BCOR (ENSCAFG00845026046) ##22	MID1IP1 (ENSCAFG00845025983)	TSPAN7 (ENSCAFG00845025872)	ENSCAFG00845025837	OTC (ENSCAFG00845025700)	RPGR (ENSCAFG00845024867)	ENSCAFG00845024670	SYTL5 (ENSCAFG00845024105)	DYNLT3 (ENSCAFG00845023973)	CYBB (ENSCAFG00845023727)	XK (ENSCAFG00845023672)	LANCL3 (ENSCAFG00845023634)	ENSCAFG00845023501	PRRG1 (ENSCAFG00845023418)	ENSCAFG00845023392	ENSCAFG00845023375
Red fox	MODERN SPECIES	90	ENSVVUG00000011769	ENSVVUG00000011758	ENSVVUG00000011751	GPR82 (ENSVVUG00000011730)	CASK (ENSVVUG00000011654)	NYX (ENSVVUG00000011642)	DDX3X (ENSVVUG00000011589)	USP9X (ENSVVUG00000011477)	ENSVVUG00000011458	MED14 (ENSVVUG00000011442)	CUNHXorf38 (ENSVVUG00000011436)	ENSVVUG00000011426	MPC1L (ENSVVUG00000011425)	ATP6AP2 (ENSVVUG00000011420)	ENSVVUG00000011413	BCOR (ENSVVUG00000011387) ##22	MID1IP1 (ENSVVUG00000011361)	TSPAN7 (ENSVVUG00000011357)	ENSVVUG00000011344	OTC (ENSVVUG00000011334)	ENSVVUG00000011276	SRPX (ENSVVUG00000011256)	ENSVVUG00000011248	SYTL5 (ENSVVUG00000011212)	DYNLT3 (ENSVVUG00000011181)	CYBB (ENSVVUG00000011104)	XK (ENSVVUG00000011101)	LANCL3 (ENSVVUG00000011088)	ENSVVUG00000011052	ENSVVUG00000011050	ENSVVUG00000011040
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00390000010165.i.b.b.a	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a.b	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492	ENSGT00940000163202	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	62	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00390000010165.i.b.b.a	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a.b	ENSGT00940000156153	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00940000162492	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.a.d.g
American mink	MODERN SPECIES	51	NDP (ENSNVIG00000016370)	MAOB (ENSNVIG00000016341)	MAOA (ENSNVIG00000016336)	PPP1R2C (ENSNVIG00000016330)	GPR82 (ENSNVIG00000016317)	GPR34 (ENSNVIG00000016312)	CASK (ENSNVIG00000015419)	NYX (ENSNVIG00000015374)	DDX3X (ENSNVIG00000015149)	USP9X (ENSNVIG00000014969)	MED14 (ENSNVIG00000014911)	CXorf38 (ENSNVIG00000014887)	ENSNVIG00000014838	ATP6AP2 (ENSNVIG00000014721)	ENSNVIG00000014714	BCOR (ENSNVIG00000014624) ##22	MID1IP1 (ENSNVIG00000014608)	TSPAN7 (ENSNVIG00000014585)	ENSNVIG00000014575	OTC (ENSNVIG00000014541)	ENSNVIG00000014513	SRPX (ENSNVIG00000014383)	SYTL5 (ENSNVIG00000014351)	ENSNVIG00000014344	DYNLT3 (ENSNVIG00000014335)	CYBB (ENSNVIG00000014317)	XK (ENSNVIG00000014299)	LANCL3 (ENSNVIG00000014275)
Ferret	MODERN SPECIES	209	NDP (ENSMPUG00000012912)	MAOB (ENSMPUG00000012731)	MAOA (ENSMPUG00000012650)	ENSMPUG00000012643	PPP1R2C (ENSMPUG00000018947)	GPR82 (ENSMPUG00000018942)	GPR34 (ENSMPUG00000018938)	CASK (ENSMPUG00000012639)	NYX (ENSMPUG00000012634)	DDX3X (ENSMPUG00000012631)	USP9X (ENSMPUG00000012622)	MED14 (ENSMPUG00000012615)	MPC1L (ENSMPUG00000018930)	ATP6AP2 (ENSMPUG00000012611)	ENSMPUG00000018921	BCOR (ENSMPUG00000012607) ##22	ENSMPUG00000012606	ENSMPUG00000012603	MID1IP1 (ENSMPUG00000018915)	TSPAN7 (ENSMPUG00000012601)	ENSMPUG00000012599	ENSMPUG00000018907	OTC (ENSMPUG00000012597)	ENSMPUG00000012593	SRPX (ENSMPUG00000012580)	SYTL5 (ENSMPUG00000012573)	DYNLT3 (ENSMPUG00000012560)	CYBB (ENSMPUG00000012430)	XK (ENSMPUG00000012428)	LANCL3 (ENSMPUG00000012424)	ENSMPUG00000018901
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00390000004304	ENSGT00940000161545	ENSGT00940000160514	ENSGT00940000164483	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C	ENSGT00940000155600.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.b.a	ENSGT00940000155375.c	ENSGT00390000001021	ENSGT00390000006290	ENSGT00940000163590	ENSGT00390000008856	ENSGT00390000010165.i.b.b.a	ENSGT00940000153737.b ##22	ENSGT00500000044890.a.a.b	ENSGT00940000156153.b	ENSGT00940000153096.b.c.a.a.b	ENSGT00510000047417.j	ENSGT00940000159616	ENSGT00940000160302	ENSGT00940000158618	ENSGT00390000015623	ENSGT00940000155009	ENSGT00940000160244	ENSGT00390000003231.b	ENSGT00530000063186.a	ENSGT00950000182841.b.a.a.b.a.a.a.b.p	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163515
Giant Panda	MODERN SPECIES	2288	ENSAMEG00000016407	ENSAMEG00000029934	ENSAMEG00000019618	ENSAMEG00000027699	GPR82 (ENSAMEG00000019558)	GPR34 (ENSAMEG00000019565)	CASK (ENSAMEG00000006693)	NYX (ENSAMEG00000006799)	DDX3X (ENSAMEG00000006801)	USP9X (ENSAMEG00000006858)	MED14 (ENSAMEG00000006962)	CXorf38 (ENSAMEG00000024408)	MPC1L (ENSAMEG00000019591)	ATP6AP2 (ENSAMEG00000007010)	ENSAMEG00000019614	BCOR (ENSAMEG00000007027) ##22	MID1IP1 (ENSAMEG00000007076)	ENSAMEG00000007116	TSPAN7 (ENSAMEG00000007078)	ENSAMEG00000019648	OTC (ENSAMEG00000007121)	ENSAMEG00000007169	SYTL5 (ENSAMEG00000007236)	DYNLT3 (ENSAMEG00000028852)	CYBB (ENSAMEG00000007284)	XK (ENSAMEG00000007328)	LANCL3 (ENSAMEG00000007341)	ENSAMEG00000028870	PRRG1 (ENSAMEG00000028623)	ENSAMEG00000025258	ENSAMEG00000019574
Ursus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153737.b ##22
American black bear	MODERN SPECIES	7440																ENSUAMG00000003394 ##22
Polar bear	MODERN SPECIES	499																ENSUMAG00000015302 ##22