Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	84		ENSGT00530000063808.a #9	ENSGT00530000063435.a #10	ENSGT00950000183004.a.a.a.b #11	ENSGT00950000182808.b.b	ENSGT00730000111022 #12	ENSGT00410000025802.g.a #13	ENSGT01050000244850.A.a #14	ENSGT00390000004735.B.a.a #15	ENSGT00950000182994.B.a.a.a #16	ENSGT00940000156650 #17	ENSGT00390000018621 #18	ENSGT00950000182846.a.a.a.a.a #19	ENSGT00390000003897.s.b.a.b.b #20	ENSGT00390000002034 #21	ENSGT00940000153588.b #22	ENSGT00940000162426 #23	ENSGT01030000234549.a.a.a.b #25	ENSGT00530000063687.b.b.b #27	ENSGT00940000160502 #28	ENSGT00940000161383 #29	ENSGT00390000013740 #30	ENSGT00550000074803 #31	ENSGT00950000182824.a.b.b #32	ENSGT01050000244882.b.c.b #33	ENSGT00940000157506 #35	ENSGT00950000183062.a.b #36	ENSGT00390000008992 #37	ENSGT00950000182989.D.a.a.g.a	ENSGT00940000157877.b	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.b
Degu	MODERN SPECIES	259			IKBKG (ENSODEG00000005911) #9	ENSODEG00000006077 #10	FAM3A (ENSODEG00000006189) #11	UBL4A (ENSODEG00000006287) #12	ENSODEG00000006315 #13	PLXNA3 (ENSODEG00000006368) #14	ENSODEG00000006510 #15	GDI1 (ENSODEG00000006550) #16	ATP6AP1 (ENSODEG00000003643) #17	TAFAZZIN (ENSODEG00000003758) #18	DNASE1L1 (ENSODEG00000003830) #19	ENSODEG00000003868 #20	EMD (ENSODEG00000003890) #21	FLNA (ENSODEG00000004055) #22	TKTL1 (ENSODEG00000004431) #23	ENSODEG00000004454 #24	ENSODEG00000004473 #25	ENSODEG00000004516 #26	MECP2 (ENSODEG00000004523) #27	IRAK1 (ENSODEG00000004583) #28	HCFC1 (ENSODEG00000004823) #29	RENBP (ENSODEG00000005065) #30	ENSODEG00000005100 #31	ARHGAP4 (ENSODEG00000005124) #32	AVPR2 (ENSODEG00000005166) #33	ENSODEG00000005204 #34	L1CAM (ENSODEG00000005259) #35	PDZD4 (ENSODEG00000005482) #36	SSR4 (ENSODEG00000002732) #37
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	287	SRPK3 (ENSCLAG00000001932)	IDH3G (ENSCLAG00000002456)	SSR4 (ENSCLAG00000002670) #37	PDZD4 (ENSCLAG00000002707) #36	L1CAM (ENSCLAG00000001453) #35	AVPR2 (ENSCLAG00000002650) #33	ENSCLAG00000001334 #32	NAA10 (ENSCLAG00000001427) #31	RENBP (ENSCLAG00000003810) #30	HCFC1 (ENSCLAG00000004175) #29	IRAK1 (ENSCLAG00000006192) #28	MECP2 (ENSCLAG00000001648) #27	ENSCLAG00000001715 #25	TKTL1 (ENSCLAG00000001825) #23	EMD (ENSCLAG00000002874) #21	FLNA (ENSCLAG00000003106) #22	ENSCLAG00000003108 ##20	DNASE1L1 (ENSCLAG00000003494) #19	TAFAZZIN (ENSCLAG00000010970) #18	ATP6AP1 (ENSCLAG00000002132) #17	GDI1 (ENSCLAG00000002425) #16	ENSCLAG00000002733 #15	PLXNA3 (ENSCLAG00000001910) #14	LAGE3 (ENSCLAG00000002127) #13	UBL4A (ENSCLAG00000002161) #12	SLC10A3 (ENSCLAG00000002307)	FAM3A (ENSCLAG00000002528) #11	G6PD (ENSCLAG00000003284) #10	IKBKG (ENSCLAG00000003721) #9	ENSCLAG00000017457	ENSCLAG00000017603