Vertebrata	DUPLICATION
Vertebrata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013151.a.b #22
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES	93	ENSGT00940000157167	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000166052	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000166052	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137.a #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000166052	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b.b
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137.a #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000166052	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b.b
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	51	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137.b ##18	ENSGT01030000235040	ENSGT00940000155137.a.b ##18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000158906.i #15	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.b ##20	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281.a	ENSGT00940000163428.b.b ##26	ENSGT00940000163281.b	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00390000013823.a	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00950000182908.C.a ##29	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000154896.l #14	ENSGT00940000158906.i #15	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000166052	ENSGT01030000234575.c.b	ENSGT00940000157583	ENSGT00950000182808.a.a.a.a.b	ENSGT00980000198774	ENSGT00940000182167	ENSGT00390000010355	ENSGT00940000155287	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281.a	ENSGT00940000163428.b.b ##26	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT01000000221212	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT00940000157858.j ##34	ENSGT00940000160267	ENSGT00760000119737 #35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	80															ENSGT00940000155287	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281.a	ENSGT00940000163428.b.b ##26	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT00760000119737.b #35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a	ENSGT00940000158311.b
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000154022.a.b #8	ENSGT00940000177026	ENSGT00940000158338 #9	ENSGT00940000155565.a #10	ENSGT00940000155739 #11	ENSGT00940000159208.B #12	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000154896.l #14	ENSGT00940000158906.i #15	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.b.d ##18	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000166052	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT01060000253044	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT00760000119737.b #35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a	ENSGT00940000158311.b	ENSGT00940000163268.d.a
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000011619 #7	ENSGT00940000154022.a.b #8	ENSGT00940000177026	ENSGT00940000158338 #9	ENSGT00940000155565.a #10	ENSGT00940000159208.B #12	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000154896.l #14	ENSGT00940000158906.i #15	ENSGT00940000164650.e #16	ENSGT00940000164650.f #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000155287	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT01060000253044	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000178869 #30	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT00760000119737.b #35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a
Channel catfish	MODERN SPECIES		Ccdc12 (ENSIPUG00000001310) #7	ENSIPUG00000001341 #8	ENSIPUG00000001383 #9	ENSIPUG00000001405 #10	c4b (ENSIPUG00000001448) #11	rxrbb (ENSIPUG00000001752) #12	fhod3 (ENSIPUG00000001787) #13	Slc6a19 (ENSIPUG00000001817) #14	SLC6A18 (ENSIPUG00000001855) #15	ENSIPUG00000001866 #16	ENSIPUG00000001873 #17	ENSIPUG00000001882 #18	DNAH11 (ENSIPUG00000001945) #19	sp8b (ENSIPUG00000002254) #20	ENSIPUG00000002262 #21	macc1 (ENSIPUG00000002290) #22	ENSIPUG00000002297 #23	hbb (ENSIPUG00000002316) #24	hbae (ENSIPUG00000002404) #25	twist1 (ENSIPUG00000002432) #26	hdac9b (ENSIPUG00000002452) #27	ahr (ENSIPUG00000002501) #28	ankrd28 (ENSIPUG00000002544) #29	ENSIPUG00000002675 #30	hacl1 (ENSIPUG00000002681) #31	colq (ENSIPUG00000002698) #32	plekha8 (ENSIPUG00000002723) #33	FKBP14 (ENSIPUG00000002766) #34	ENSIPUG00000002780 #35	chn2 (ENSIPUG00000002792) #36	CPVL (ENSIPUG00000002845) #37
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	2											ENSGT00940000155137.b.d ##18	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000155287	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT01060000253044	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT00760000119737.b #35	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a	ENSGT00940000158311.b
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	329														ENSGT00940000162033.a.b.b ##20	ENSGT00940000166052	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281.a	ENSGT00940000163428.b.b ##26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000178869 #30
Mexicana tetra	DUPLICATION
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	1	ENSAMXG00000033375 #13	rxrbb (ENSAMXG00000043713) #12	ENSAMXG00000019697	ENSAMXG00000041420	rapgef5b (ENSAMXG00000043668) ##18	ENSAMXG00000030155 #18	DNAH11 (ENSAMXG00000035408) #19	ENSAMXG00000037929 #19	ENSAMXG00000020011 ##20	ENSAMXG00000020021	ENSAMXG00000040485	ENSAMXG00000033099	ENSAMXG00000020045	ENSAMXG00000029162	ENSAMXG00000034431	macc1 (ENSAMXG00000020076) #22	ENSAMXG00000039477	ENSAMXG00000024993 ##26	hdac9b (ENSAMXG00000034007) #27	cxcr3.1 (ENSAMXG00000018422)	COL14A1 (ENSAMXG00000018454)	mrpl13 (ENSAMXG00000041931)	MTBP (ENSAMXG00000018512)	sntb1 (ENSAMXG00000031564)	ENSAMXG00000018554	has2 (ENSAMXG00000018572)	ENSAMXG00000016487	fabp4b (ENSAMXG00000030137)	stmn2a (ENSAMXG00000033761)	upp1 (ENSAMXG00000043246)	ENSAMXG00000038383
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	885																macc1 (ENSAMXG00000034551) #22
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	738																macc1 (ENSPNAG00000015846) #22	ENSPNAG00000015854	ENSPNAG00000015873 ##26	hdac9b (ENSPNAG00000015973) #27	ahr1a (ENSPNAG00000016149) #28	ENSPNAG00000016222 #29	ENSPNAG00000003411 #30
Electric eel	MODERN SPECIES	39										rapgef5b (ENSEEEG00000013688) ##18	ENSEEEG00000013689 #18	DNAH11 (ENSEEEG00000013712) #19	sp8b (ENSEEEG00000013842) #20	ENSEEEG00000013867	ENSEEEG00000014088	macc1 (ENSEEEG00000014089) #22	ENSEEEG00000014091	twist1b (ENSEEEG00000014093) #26	hdac9b (ENSEEEG00000014099) #27	ANKRD28 (ENSEEEG00000014197) #29	hacl1 (ENSEEEG00000014667) #31	COLQ (ENSEEEG00000014684) #32	plekha8 (ENSEEEG00000014685) #33	fkbp14 (ENSEEEG00000014686) #34	ENSEEEG00000014687 #35	CHN2 (ENSEEEG00000014689) #36	ENSEEEG00000014690	cpvl (ENSEEEG00000014691) #37	CREB5 (ENSEEEG00000014694)	JAZF1 (ENSEEEG00000014697)	ENSEEEG00000014702
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River trout	DUPLICATION
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Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00970000198403	ENSGT00390000003781.e.a	ENSGT00390000013846.a.b	ENSGT00940000158338 #9	ENSGT00940000155565.a #10	ENSGT00940000155739 #11	ENSGT01100000263473.b.a.a.a	ENSGT00940000159208.B #12	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000154896.l #14	ENSGT00940000158906.i #15	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00940000171365	ENSGT00940000156420.b	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00970000198403	ENSGT00390000003781.e.a	ENSGT00390000013846.a.b	ENSGT00940000158338 #9	ENSGT00940000155565.a #10	ENSGT00940000155739 #11	ENSGT01100000263473.b.a.a.a	ENSGT00940000159208.B #12	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000154896.l #14	ENSGT00940000158906.i #15	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00940000171365	ENSGT00940000156420.b	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000003781.e.a	ENSGT00390000013846.a.b	ENSGT00940000158338 #9	ENSGT00940000155565.a #10	ENSGT00940000155739 #11	ENSGT01100000263473.b.a.a.a	ENSGT00940000159208.B #12	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000154807.b ##13	ENSGT00940000154896.l #14	ENSGT00940000158906.i #15	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a	ENSGT00940000158311.b
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00970000198403	ENSGT00390000003781.e.a	ENSGT00390000013846.a.b	ENSGT00940000158338 #9	ENSGT00940000155565.a #10	ENSGT00940000155739 #11	ENSGT01100000263473.b.a.a.a	ENSGT00940000159208.B #12	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000154896.l #14	ENSGT00940000158906.i #15	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a	ENSGT00940000158311.b
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00970000198403	ENSGT00390000003781.e.a	ENSGT00390000013846.a.b	ENSGT00940000158338 #9	ENSGT00940000155565.a #10	ENSGT00940000155739 #11	ENSGT01100000263473.b.a.a.a	ENSGT00940000159208.B #12	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000154896.l #14	ENSGT00940000158906.i #15	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a	ENSGT00940000158311.b
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000156775.f	ENSGT00940000157833.h.b	ENSGT00390000003781.e.a	ENSGT00390000013846.a.b	ENSGT00940000158338 #9	ENSGT00940000155565.a #10	ENSGT00940000155739 #11	ENSGT01100000263473.b.a.a.a	ENSGT00940000159208.B #12	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000158906.i #15	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a	ENSGT00940000158311.b
Turbot	MODERN SPECIES		ENSSMAG00000027713	ENSSMAG00000000370	ENSSMAG00000000343	ENSSMAG00000000325 #9	ENSSMAG00000029108 #10	c4b (ENSSMAG00000000287) #11	ENSSMAG00000000281	rxrbb (ENSSMAG00000000277) #12	ENSSMAG00000000234 #13	ENSSMAG00000000224 #15	ENSSMAG00000035029 #17	ENSSMAG00000036567	ENSSMAG00000000208 #18	DNAH11 (ENSSMAG00000000170) #19	sp8b (ENSSMAG00000000167) #20	macc1 (ENSSMAG00000000165) #22	twist1b (ENSSMAG00000000162) #26	hdac9b (ENSSMAG00000000130) #27	ANKRD28 (ENSSMAG00000000101) #29	hacl1 (ENSSMAG00000000099) #31	COLQ (ENSSMAG00000000096) #32	plekha8 (ENSSMAG00000000090) #33	fkbp14 (ENSSMAG00000000089) #34	CHN2 (ENSSMAG00000000085) #36	cpvl (ENSSMAG00000000083) #37	CREB5 (ENSSMAG00000000081)	JAZF1 (ENSSMAG00000000079)	tax1bp1b (ENSSMAG00000000076)	hibadhb (ENSSMAG00000000075)	hoxa13b (ENSSMAG00000000073)	hoxa11b (ENSSMAG00000000072)
Tongue sole	MODERN SPECIES	4	ENSCSEG00000005078	ENSCSEG00000005074	CLPTM1L (ENSCSEG00000005062)	MRS2 (ENSCSEG00000005059)	ENSCSEG00000005055	CPQ (ENSCSEG00000005044)	dscc1 (ENSCSEG00000005030)	mrpl13 (ENSCSEG00000005024)	FHOD3 (ENSCSEG00000005007) #13	slc6a19b (ENSCSEG00000004999) #14	ENSCSEG00000004998 #17	ENSCSEG00000004997 #17	ENSCSEG00000004986 #18	ENSCSEG00000004949 #19	sp8b (ENSCSEG00000004940) #20	macc1 (ENSCSEG00000004928) #22	twist1b (ENSCSEG00000004923) #26	hdac9b (ENSCSEG00000004911) #27	ANKRD28 (ENSCSEG00000004894) #29	hacl1 (ENSCSEG00000004885) #31	COLQ (ENSCSEG00000004880) #32	plekha8 (ENSCSEG00000004876) #33	fkbp14 (ENSCSEG00000004873) #34	CHN2 (ENSCSEG00000004861) #36	cpvl (ENSCSEG00000004857) #37	CREB5 (ENSCSEG00000004842)	JAZF1 (ENSCSEG00000004836)	tax1bp1b (ENSCSEG00000004813)	hibadhb (ENSCSEG00000004801)	hoxa13b (ENSCSEG00000004792)	hoxa11b (ENSCSEG00000004788)
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00970000198403	ENSGT00390000003781.e.a	ENSGT00390000013846.a.b	ENSGT00940000158338 #9	ENSGT00940000155565.a #10	ENSGT00940000155739 #11	ENSGT01100000263473.b.a.a.a	ENSGT00940000159208.B #12	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000154896.l #14	ENSGT00940000158906.i #15	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000156802.q #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a	ENSGT00940000158311.b
Barramundi perch	MODERN SPECIES	17	ENSLCAG00010008744 #9	ENSLCAG00010008756 #10	c4b (ENSLCAG00010008831) #11	ENSLCAG00010009007	ENSLCAG00010009011	ENSLCAG00010009012	rxrbb (ENSLCAG00010009026) #12	FHOD3 (ENSLCAG00010009053) #13	slc6a19b (ENSLCAG00010009062) #14	SLC6A18 (ENSLCAG00010009083) #15	ENSLCAG00010009103 #17	ENSLCAG00010009105 #17	RAPGEF5 (ENSLCAG00010009115) #18	DNAH11 (ENSLCAG00010009391) #19	sp8b (ENSLCAG00010010178) #20	macc1 (ENSLCAG00010010184) #22	twist1b (ENSLCAG00010010187) #26	hdac9b (ENSLCAG00010010199) #27	ANKRD28 (ENSLCAG00010010440) #29	hacl1 (ENSLCAG00010011623) #31	COLQ (ENSLCAG00010011685) #32	plekha8 (ENSLCAG00010011690) #33	fkbp14 (ENSLCAG00010011697) #34	CHN2 (ENSLCAG00010011703) #36	cpvl (ENSLCAG00010011717) #37	CREB5 (ENSLCAG00010011737)	JAZF1 (ENSLCAG00010011748)	tax1bp1b (ENSLCAG00010011753)	hibadhb (ENSLCAG00010011766)	hoxa13b (ENSLCAG00010011777)	hoxa11b (ENSLCAG00010011784)
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	56				ENSGT00940000158338 #9	ENSGT00940000155565.a #10	ENSGT00940000155739 #11	ENSGT01100000263473.b.a.a.a	ENSGT00940000159208.B #12	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000154896.l #14	ENSGT00940000158906.i #15	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000156802.q #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a	ENSGT00940000158311.b
Greater amberjack	MODERN SPECIES	250				ENSSDUG00000002470 #9	ENSSDUG00000002351 #10	c4b (ENSSDUG00000002239) #11	ENSSDUG00000002219	rxrbb (ENSSDUG00000002150) #12	FHOD3 (ENSSDUG00000002070) #13	slc6a19b (ENSSDUG00000002036) #14	SLC6A18 (ENSSDUG00000002006) #15	ENSSDUG00000001992 #17	RAPGEF5 (ENSSDUG00000001955) #18	DNAH11 (ENSSDUG00000001754) #19	sp8b (ENSSDUG00000001699) #20	macc1 (ENSSDUG00000001682) #22	twist1b (ENSSDUG00000001670) #26	hdac9b (ENSSDUG00000001605) #27	ANKRD28 (ENSSDUG00000001509) #29	hacl1 (ENSSDUG00000001427) #31	COLQ (ENSSDUG00000001385) #32	plekha8 (ENSSDUG00000001363) #33	fkbp14 (ENSSDUG00000001345) #34	CHN2 (ENSSDUG00000001322) #36	cpvl (ENSSDUG00000001270) #37	CREB5 (ENSSDUG00000001228)	JAZF1 (ENSSDUG00000001189)	tax1bp1b (ENSSDUG00000001177)	hibadhb (ENSSDUG00000001170)	hoxa13b (ENSSDUG00000001137)	hoxa11b (ENSSDUG00000001124)
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	3089				ENSSLDG00000023903 #9	ENSSLDG00000023883 #10	c4b (ENSSLDG00000023838) #11	ENSSLDG00000023830	rxrbb (ENSSLDG00000023441) #12	FHOD3 (ENSSLDG00000023374) #13	ENSSLDG00000023368	SLC6A18 (ENSSLDG00000023350) #15	ENSSLDG00000023341 #17	RAPGEF5 (ENSSLDG00000023324) #18	DNAH11 (ENSSLDG00000023225) #19	sp8b (ENSSLDG00000023208) #20	macc1 (ENSSLDG00000023203) #22	twist1b (ENSSLDG00000023197) #26	hdac9b (ENSSLDG00000023188) #27
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000008932.n	ENSGT00940000156775.f	ENSGT00940000157833.h.b	ENSGT00390000003781.e.a	ENSGT00390000013846.a.b	ENSGT00940000158338 #9	ENSGT00940000155565.a #10	ENSGT00940000155739 #11	ENSGT00940000159208.B #12	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000158906.i #15	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a	ENSGT00940000158311.b
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000008932.m	ENSGT00390000008932.n	ENSGT00940000156775.f	ENSGT00940000157833.h.b	ENSGT00390000003781.e.a	ENSGT00390000013846.a.b	ENSGT00940000158338 #9	ENSGT00940000155565.a #10	ENSGT00940000155739 #11	ENSGT00940000159208.B #12	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a	ENSGT00940000158311.b
Climbing perch	MODERN SPECIES	7	ENSATEG00000008338	ENSATEG00000028249	ENSATEG00000029052	ENSATEG00000008239	ENSATEG00000008144	ENSATEG00000008129	ENSATEG00000008074 #9	ENSATEG00000008038 #10	c4b (ENSATEG00000007852) #11	rxrbb (ENSATEG00000007788) #12	ENSATEG00000007774 #13	ENSATEG00000007695 #17	ENSATEG00000007586 #18	DNAH11 (ENSATEG00000006948) #19	sp8b (ENSATEG00000006843) #20	macc1 (ENSATEG00000006829) #22	twist1b (ENSATEG00000006779) #26	hdac9b (ENSATEG00000006720) #27	ANKRD28 (ENSATEG00000006576) #29	hacl1 (ENSATEG00000006565) #31	COLQ (ENSATEG00000025574) #32	plekha8 (ENSATEG00000006488) #33	fkbp14 (ENSATEG00000006455) #34	CHN2 (ENSATEG00000006387) #36	cpvl (ENSATEG00000006320) #37	CREB5 (ENSATEG00000006306)	JAZF1 (ENSATEG00000006282)	tax1bp1b (ENSATEG00000006270)	hibadhb (ENSATEG00000006226)	hoxa13b (ENSATEG00000006127)	hoxa11b (ENSATEG00000006040)
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	7	ENSBSLG00000025981	pon1 (ENSBSLG00000025971)	kcnk5b (ENSBSLG00000025942)	ENSBSLG00000025778	csnk2b (ENSBSLG00000025759)	AIF1 (ENSBSLG00000025749)	ENSBSLG00000025736 #9	ENSBSLG00000025731 #10	rxrbb (ENSBSLG00000025583) #12	FHOD3 (ENSBSLG00000025484) #13	SLC6A19 (ENSBSLG00000025442) ##14	ENSBSLG00000025413 #17	ENSBSLG00000025395 #18	DNAH11 (ENSBSLG00000024801) #19	sp8b (ENSBSLG00000024778) #20	macc1 (ENSBSLG00000024774) #22	twist1b (ENSBSLG00000024765) #26	hdac9b (ENSBSLG00000024733) #27	ANKRD28 (ENSBSLG00000023994) #29	hacl1 (ENSBSLG00000023602) #31	COLQ (ENSBSLG00000023554) #32	plekha8 (ENSBSLG00000023540) #33	fkbp14 (ENSBSLG00000023475) #34	CHN2 (ENSBSLG00000023238) #36	cpvl (ENSBSLG00000023204) #37	CREB5 (ENSBSLG00000023199)	JAZF1 (ENSBSLG00000023176)	tax1bp1b (ENSBSLG00000023142)	hibadhb (ENSBSLG00000023113)	hoxa13b (ENSBSLG00000023107)	hoxa11b (ENSBSLG00000023103)
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	7	ENSMAMG00000015299	ENSMAMG00000015285	ENSMAMG00000015138	ENSMAMG00000015069	ENSMAMG00000015044	ENSMAMG00000014967 #9	ENSMAMG00000014882 #10	c4b (ENSMAMG00000014759) #11	rxrbb (ENSMAMG00000014664) #12	ENSMAMG00000014726 #13	ENSMAMG00000014586 #15	ENSMAMG00000014575 #17	ENSMAMG00000014490 #18	DNAH11 (ENSMAMG00000014344) #19	sp8b (ENSMAMG00000014328) #20	macc1 (ENSMAMG00000014319) #22	twist1b (ENSMAMG00000014267) #26	hdac9b (ENSMAMG00000014205) #27	ANKRD28 (ENSMAMG00000014112) #29	hacl1 (ENSMAMG00000014027) #31	COLQ (ENSMAMG00000013993) #32	plekha8 (ENSMAMG00000013833) #33	fkbp14 (ENSMAMG00000024896) #34	CHN2 (ENSMAMG00000013775) #36	cpvl (ENSMAMG00000013747) #37	CREB5 (ENSMAMG00000013658)	JAZF1 (ENSMAMG00000013626)	tax1bp1b (ENSMAMG00000013585)	hibadhb (ENSMAMG00000013563)	hoxa13b (ENSMAMG00000013489)	hoxa11b (ENSMAMG00000013483)
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000003781.e.a	ENSGT00390000013846.a.b	ENSGT00940000158338 #9	ENSGT00940000155565.a #10	ENSGT00940000155739 #11	ENSGT01100000263473.b.a.a.a	ENSGT00940000159208.B #12	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000154807.b ##13	ENSGT00940000154896.l #14	ENSGT00940000158906.i #15	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a	ENSGT00940000158311.b
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000003781.e.a	ENSGT00390000013846.a.b	ENSGT00940000158338 #9	ENSGT00940000155565.a #10	ENSGT00940000155739 #11	ENSGT01100000263473.b.a.a.a	ENSGT00940000159208.B #12	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000154807.b ##13	ENSGT00940000154896.l #14	ENSGT00940000158906.i #15	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a	ENSGT00940000158311.b
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	101	csnk2b (ENSLBEG00000006492)	AIF1 (ENSLBEG00000006616)	ENSLBEG00000007014 #9	ENSLBEG00000007076 #10	c4b (ENSLBEG00000007249) #11	ENSLBEG00000007578	rxrbb (ENSLBEG00000007629) #12	FHOD3 (ENSLBEG00000007679) #13	ENSLBEG00000007721 ##13	ENSLBEG00000007744 ##13	slc6a19b (ENSLBEG00000007772) #14	ENSLBEG00000007896 #17	RAPGEF5 (ENSLBEG00000008014) #18	DNAH11 (ENSLBEG00000008100) #19	sp8b (ENSLBEG00000008311) #20	macc1 (ENSLBEG00000008327) #22	twist1b (ENSLBEG00000008337) #26	hdac9b (ENSLBEG00000008357) #27	ANKRD28 (ENSLBEG00000008448) #29	hacl1 (ENSLBEG00000008593) #31	COLQ (ENSLBEG00000008704) #32	plekha8 (ENSLBEG00000008747) #33	fkbp14 (ENSLBEG00000008801) #34	CHN2 (ENSLBEG00000008860) #36	cpvl (ENSLBEG00000008956) #37	CREB5 (ENSLBEG00000009016)	JAZF1 (ENSLBEG00000009100)	tax1bp1b (ENSLBEG00000009134)	hibadhb (ENSLBEG00000009177)	hoxa13b (ENSLBEG00000009213)	hoxa11b (ENSLBEG00000009228)
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157833.h.b	ENSGT00390000003781.e.a	ENSGT00390000013846.a.b	ENSGT00940000158338 #9	ENSGT00940000155565.a #10	ENSGT00940000155739 #11	ENSGT01100000263473.b.a.a.a	ENSGT00940000159208.B #12	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000154896.l #14	ENSGT00940000158906.i #15	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a	ENSGT00940000158311.b
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000157833.h.b	ENSGT00390000003781.e.a	ENSGT00390000013846.a.b	ENSGT00940000158338 #9	ENSGT00940000155565.a #10	ENSGT00940000155739 #11	ENSGT01100000263473.b.a.a.a	ENSGT00940000159208.B #12	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000154896.l #14	ENSGT00940000158906.i #15	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a	ENSGT00940000158311.b
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000157833.h.b	ENSGT00390000003781.e.a	ENSGT00390000013846.a.b	ENSGT00940000158338 #9	ENSGT00940000155565.a #10	ENSGT00940000155739 #11	ENSGT01100000263473.b.a.a.a	ENSGT00940000159208.B #12	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000154896.l #14	ENSGT00940000158906.i #15	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a	ENSGT00940000158311.b
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	484	pon1 (ENSLCRG00005007830)	kcnk5b (ENSLCRG00005007828)	ENSLCRG00005007811	csnk2b (ENSLCRG00005007761)	AIF1 (ENSLCRG00005007760)	ENSLCRG00005007756 #9	c4b (ENSLCRG00005007562) #11	ENSLCRG00005007556	rxrbb (ENSLCRG00005007535) #12	FHOD3 (ENSLCRG00005007496) #13	slc6a19b (ENSLCRG00005006846) #14	ENSLCRG00005006825 #17	RAPGEF5 (ENSLCRG00005006822) #18	DNAH11 (ENSLCRG00005005753) #19	sp8b (ENSLCRG00005005728) #20	macc1 (ENSLCRG00005005727) #22	twist1b (ENSLCRG00005005726) #26	hdac9b (ENSLCRG00005005721) #27	ANKRD28 (ENSLCRG00005004018) #29	hacl1 (ENSLCRG00005002619) #31	COLQ (ENSLCRG00005002579) #32	plekha8 (ENSLCRG00005002558) #33	fkbp14 (ENSLCRG00005002552) #34	CHN2 (ENSLCRG00005001253) #36	cpvl (ENSLCRG00005000690) #37	CREB5 (ENSLCRG00005000631)	JAZF1 (ENSLCRG00005009772)	tax1bp1b (ENSLCRG00005009770)	hibadhb (ENSLCRG00005009720)	hoxa13b (ENSLCRG00005009719)	hoxa11b (ENSLCRG00005009718)
European seabass	MODERN SPECIES	6	ENSDLAG00005011272	ENSDLAG00005031105	ENSDLAG00005011157	ENSDLAG00005011012 #9	ENSDLAG00005010975 #10	c4b (ENSDLAG00005009457) #11	ENSDLAG00005009291	rxrbb (ENSDLAG00005009170) #12	ENSDLAG00005007838 #13	slc6a19b (ENSDLAG00005006402) #14	ENSDLAG00005006119 #15	ENSDLAG00005006103 #17	ENSDLAG00005005661 #18	DNAH11 (ENSDLAG00005004445) #19	sp8b (ENSDLAG00005032957) #20	macc1 (ENSDLAG00005019153) #22	twist1b (ENSDLAG00005027630) #26	hdac9b (ENSDLAG00005019085) #27	ENSDLAG00005017437 #29	hacl1 (ENSDLAG00005017349) #31	plekha8 (ENSDLAG00005017284) #33	fkbp14 (ENSDLAG00005027101) #34	CHN2 (ENSDLAG00005016963) #36	cpvl (ENSDLAG00005016207) #37	CREB5 (ENSDLAG00005016181)	JAZF1 (ENSDLAG00005016165)	tax1bp1b (ENSDLAG00005016113)	hibadhb (ENSDLAG00005016058)	hoxa13b (ENSDLAG00005016052)	hoxa11b (ENSDLAG00005034243)	ENSDLAG00005016047
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	8	ENSSAUG00010002958	csnk2b (ENSSAUG00010004796)	AIF1 (ENSSAUG00010004801)	ENSSAUG00010004811 #9	ENSSAUG00010004823 #10	c4b (ENSSAUG00010004862) #11	ENSSAUG00010005770	rxrbb (ENSSAUG00010005778) #12	FHOD3 (ENSSAUG00010005799) #13	slc6a19b (ENSSAUG00010005859) #14	ENSSAUG00010006138 #15	ENSSAUG00010006258 #17	RAPGEF5 (ENSSAUG00010006261) #18	DNAH11 (ENSSAUG00010006386) #19	sp8b (ENSSAUG00010007105) #20	macc1 (ENSSAUG00010007107) #22	twist1b (ENSSAUG00010007108) #26	hdac9b (ENSSAUG00010007109) #27	ANKRD28 (ENSSAUG00010007114) #29	hacl1 (ENSSAUG00010007288) #31	COLQ (ENSSAUG00010007419) #32	plekha8 (ENSSAUG00010007424) #33	fkbp14 (ENSSAUG00010007466) #34	CHN2 (ENSSAUG00010007468) #36	cpvl (ENSSAUG00010007474) #37	CREB5 (ENSSAUG00010007486)	JAZF1 (ENSSAUG00010007488)	tax1bp1b (ENSSAUG00010007490)	hibadhb (ENSSAUG00010007493)	hoxa13b (ENSSAUG00010007579)	hoxa11b (ENSSAUG00010007580)
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000157833.h.b	ENSGT00390000003781.e.a	ENSGT00390000013846.a.b	ENSGT00940000158338 #9	ENSGT00940000155565.a #10	ENSGT00940000155739 #11	ENSGT01100000263473.b.a.a.a	ENSGT00940000159208.B #12	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000154896.l #14	ENSGT00940000158906.i #15	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a	ENSGT00940000158311.b
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000003781.e.a	ENSGT00390000013846.a.b	ENSGT00940000158338 #9	ENSGT00940000155565.a #10	ENSGT00940000155739 #11	ENSGT01100000263473.b.a.a.a	ENSGT00940000159208.B #12	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000154896.l #14	ENSGT00940000158906.i #15	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000154076.A	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a	ENSGT00940000158311.b
Pike perch	MODERN SPECIES	15	csnk2b (ENSSLUG00000000417)	AIF1 (ENSSLUG00000000424)	ENSSLUG00000000433 #9	ENSSLUG00000000458 #10	c4b (ENSSLUG00000000530) #11	rxrbb (ENSSLUG00000000716) #12	FHOD3 (ENSSLUG00000000736) #13	slc6a19b (ENSSLUG00000000764) #14	SLC6A18 (ENSSLUG00000000785) #15	ENSSLUG00000000796 #17	RAPGEF5 (ENSSLUG00000000802) #18	ENSSLUG00000000810 #19	ENSSLUG00000000813	ENSSLUG00000000817 #19	sp8b (ENSSLUG00000000819) #20	macc1 (ENSSLUG00000000822) #22	twist1b (ENSSLUG00000000839) #26	hdac9b (ENSSLUG00000000844) #27	ANKRD28 (ENSSLUG00000001010) #29	hacl1 (ENSSLUG00000001647) #31	COLQ (ENSSLUG00000001725) #32	plekha8 (ENSSLUG00000001749) #33	fkbp14 (ENSSLUG00000001771) #34	CHN2 (ENSSLUG00000001817) #36	cpvl (ENSSLUG00000001939) #37	CREB5 (ENSSLUG00000002018)	JAZF1 (ENSSLUG00000002021)	tax1bp1b (ENSSLUG00000002026)	hibadhb (ENSSLUG00000002035)	hoxa13b (ENSSLUG00000002053)	hoxa11b (ENSSLUG00000002066)
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	7	ENSCGOG00000005874 #9	ENSCGOG00000005866 #10	c4b (ENSCGOG00000005730) #11	ENSCGOG00000005713	rxrbb (ENSCGOG00000005542) #12	FHOD3 (ENSCGOG00000005296) #13	slc6a19b (ENSCGOG00000004964) #14	ENSCGOG00000004937 #17	RAPGEF5 (ENSCGOG00000004915) #18	ENSCGOG00000004896 #19	ENSCGOG00000004891 #19	ENSCGOG00000004888 #19	ENSCGOG00000004881	ENSCGOG00000004876 #19	sp8b (ENSCGOG00000004874) #20	macc1 (ENSCGOG00000004860) #22	twist1b (ENSCGOG00000004852) #26	hdac9b (ENSCGOG00000004836) #27	ANKRD28 (ENSCGOG00000002342) #29	hacl1 (ENSCGOG00000002111) #31	COLQ (ENSCGOG00000002085) #32	plekha8 (ENSCGOG00000002029) #33	fkbp14 (ENSCGOG00000002025) #34	ENSCGOG00000002023	CHN2 (ENSCGOG00000001775) #36	cpvl (ENSCGOG00000001746) #37	CREB5 (ENSCGOG00000001700)	JAZF1 (ENSCGOG00000001692)	tax1bp1b (ENSCGOG00000001686)	hibadhb (ENSCGOG00000001639)	hoxa13b (ENSCGOG00000001628)
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000157833.h.b	ENSGT00390000003781.e.a	ENSGT00390000013846.a.b	ENSGT00940000158338 #9	ENSGT00940000155565.a #10	ENSGT00940000155739 #11	ENSGT01100000263473.b.a.a.a	ENSGT00940000159208.B #12	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000154896.l #14	ENSGT00940000158906.i #15	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a	ENSGT00940000158311.b
Lumpfish	MODERN SPECIES	7	ENSCLMG00005004042	ENSCLMG00005004044	AIF1 (ENSCLMG00005004049)	ENSCLMG00005004067 #9	c4b (ENSCLMG00005004142) #11	ENSCLMG00005004842	rxrbb (ENSCLMG00005004847) #12	FHOD3 (ENSCLMG00005004940) #13	ENSCLMG00005004945 #13	slc6a19b (ENSCLMG00005004950) #14	SLC6A18 (ENSCLMG00005004957) #15	ENSCLMG00005004963 #17	ENSCLMG00005004975 #18	DNAH11 (ENSCLMG00005004983) #19	sp8b (ENSCLMG00005005022) #20	macc1 (ENSCLMG00005005023) #22	twist1b (ENSCLMG00005005024) #26	hdac9b (ENSCLMG00005005026) #27	ANKRD28 (ENSCLMG00005005042) #29	hacl1 (ENSCLMG00005007962) #31	COLQ (ENSCLMG00005008200) #32	plekha8 (ENSCLMG00005008203) #33	fkbp14 (ENSCLMG00005008206) #34	CHN2 (ENSCLMG00005008207) #36	cpvl (ENSCLMG00005008209) #37	CREB5 (ENSCLMG00005008226)	JAZF1 (ENSCLMG00005008322)	tax1bp1b (ENSCLMG00005008325)	hibadhb (ENSCLMG00005008326)	hoxa13b (ENSCLMG00005008335)	hoxa11b (ENSCLMG00005008337)
Stickleback	MODERN SPECIES	19	kcnk5b (ENSGACG00000007871)	ENSGACG00000007879	ENSGACG00000007893	csnk2b (ENSGACG00000007897)	ENSGACG00000007916 #9	ENSGACG00000007921 #10	c4b (ENSGACG00000007933) #11	ENSGACG00000007971	rxrbb (ENSGACG00000007982) #12	FHOD3 (ENSGACG00000007994) #13	SLC6A18 (ENSGACG00000008011) #15	ENSGACG00000008027 #17	RAPGEF5 (ENSGACG00000008032) #18	DNAH11 (ENSGACG00000008036) #19	sp8b (ENSGACG00000008062) #20	macc1 (ENSGACG00000008067) #22	twist1b (ENSGACG00000008070) #26	ENSGACG00000008075	hdac9b (ENSGACG00000008076) #27	ANKRD28 (ENSGACG00000008084) #29	hacl1 (ENSGACG00000008098) #31	COLQ (ENSGACG00000008106) #32	plekha8 (ENSGACG00000008123) #33	fkbp14 (ENSGACG00000008133) #34	CHN2 (ENSGACG00000008146) #36	cpvl (ENSGACG00000008172) #37	cpvl (ENSGACG00000008182) #37	CREB5 (ENSGACG00000008212)	JAZF1 (ENSGACG00000008216)	tax1bp1b (ENSGACG00000008221)	hibadhb (ENSGACG00000008229)
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000008932.n	ENSGT00940000156775.f	ENSGT00940000157833.h.b	ENSGT00390000003781.e.a	ENSGT00390000013846.a.b	ENSGT00940000182043	ENSGT00940000158338 #9	ENSGT00940000155565.a #10	ENSGT00940000155739.fb #11	ENSGT01100000263473.b.a.a.a	ENSGT00940000159208.B #12	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a	ENSGT00940000158311.b
Tetraodon	MODERN SPECIES	23	pon1 (ENSTNIG00000018455)	kcnk5b (ENSTNIG00000018454)	ENSTNIG00000018453	csnk2b (ENSTNIG00000018452)	AIF1 (ENSTNIG00000018451)	ENSTNIG00000000031	ENSTNIG00000018450	ENSTNIG00000018449 #9	ENSTNIG00000018448 #10	ENSTNIG00000018447 #11	rxrbb (ENSTNIG00000018446) #12	FHOD3 (ENSTNIG00000018445) #13	ENSTNIG00000018444 #17	RAPGEF5 (ENSTNIG00000018443) #18	sp8b (ENSTNIG00000018442) #20	macc1 (ENSTNIG00000018441) #22	twist1b (ENSTNIG00000018440) #26	hdac9b (ENSTNIG00000018439) #27	ANKRD28 (ENSTNIG00000018438) #29	hacl1 (ENSTNIG00000018437) #31	COLQ (ENSTNIG00000018436) #32	plekha8 (ENSTNIG00000018435) #33	fkbp14 (ENSTNIG00000018434) #34	CHN2 (ENSTNIG00000018433) #36	cpvl (ENSTNIG00000018432) #37	CREB5 (ENSTNIG00000018431)	JAZF1 (ENSTNIG00000018430)	tax1bp1b (ENSTNIG00000018429)	hibadhb (ENSTNIG00000018428)	hoxa13b (ENSTNIG00000001781)	hoxa11b (ENSTNIG00000000494)
Fugu	MODERN SPECIES	19	PON1 (ENSTRUG00000016206)	ENSTRUG00000028685	kcnk5b (ENSTRUG00000016202)	ENSTRUG00000016155	csnk2b (ENSTRUG00000022619)	aif1 (ENSTRUG00000016138)	ENSTRUG00000029353 #10	ENSTRUG00000026046	c4 (ENSTRUG00000015929) #11	ENSTRUG00000022460	rxrbb (ENSTRUG00000015903) #12	FHOD3 (ENSTRUG00000015843) #13	ENSTRUG00000015834 #17	RAPGEF5 (ENSTRUG00000015817) #18	sp8b (ENSTRUG00000015810) #20	macc1 (ENSTRUG00000015804) #22	twist1 (ENSTRUG00000015797) #26	ENSTRUG00000028716	hdac9b (ENSTRUG00000015773) #27	ANKRD28 (ENSTRUG00000015695) #29	hacl1 (ENSTRUG00000015648) #31	COLQ (ENSTRUG00000015630) #32	plekha8 (ENSTRUG00000015600) #33	fkbp14 (ENSTRUG00000015596) #34	CHN2 (ENSTRUG00000015557) #36	cpvl (ENSTRUG00000015515) #37	CREB5 (ENSTRUG00000015448)	JAZF1 (ENSTRUG00000018220)	tax1bp1b (ENSTRUG00000015394)	hibadhb (ENSTRUG00000015370)	ENSTRUG00000015364
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000013846.a.b	ENSGT00940000158338 #9	ENSGT00940000155565.a #10	ENSGT01030000235045	ENSGT00940000155739 #11	ENSGT00950000183411	ENSGT01100000263473.b.a.a.a	ENSGT00940000159208.B #12	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000154896.l #14	ENSGT00940000158906.i #15	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00940000171365	ENSGT00940000156420.b	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157833.h.b	ENSGT00390000003781.e.a	ENSGT00390000013846.a.b	ENSGT00940000158338 #9	ENSGT00940000155565.a #10	ENSGT01030000235045	ENSGT00940000155739 #11	ENSGT00950000183411	ENSGT01100000263473.b.a.a.a	ENSGT00940000159208.B #12	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a	ENSGT00940000158311.b
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157833.h.b	ENSGT00390000003781.e.a	ENSGT00390000013846.a.b	ENSGT00940000158338 #9	ENSGT00940000155565.a #10	ENSGT01030000235045	ENSGT00940000155739 #11	ENSGT00950000183411	ENSGT01100000263473.b.a.a.a	ENSGT00940000159208.B #12	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a	ENSGT00940000158311.b
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NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000156775.f	ENSGT00940000157833.h.b	ENSGT00390000003781.e.a	ENSGT00390000013846.a.b	ENSGT00940000158338 #9	ENSGT00940000155565.a #10	ENSGT00940000155739 #11	ENSGT00950000183411	ENSGT01100000263473.b.a.a.a	ENSGT00940000159208.B #12	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a	ENSGT00940000158311.b
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Mummichog	MODERN SPECIES	2197	csnk2b (ENSFHEG00000013658)	AIF1 (ENSFHEG00000013917)	ENSFHEG00000013934 #9	ENSFHEG00000013958 #10	c4b (ENSFHEG00000014065) #11	c4b (ENSFHEG00000014157) #11	ENSFHEG00000014165	ENSFHEG00000014179	rxrbb (ENSFHEG00000014238) #12	FHOD3 (ENSFHEG00000014267) #13	ENSFHEG00000014284 #17	RAPGEF5 (ENSFHEG00000014322) #18	DNAH11 (ENSFHEG00000014485) #19	ENSFHEG00000014634 #19	sp8b (ENSFHEG00000014695) #20	macc1 (ENSFHEG00000014702) #22	twist1b (ENSFHEG00000014722) #26	hdac9b (ENSFHEG00000014754) #27	ANKRD28 (ENSFHEG00000014860) #29	hacl1 (ENSFHEG00000014867) #31	COLQ (ENSFHEG00000000612) #32	plekha8 (ENSFHEG00000014916) #33	fkbp14 (ENSFHEG00000014927) #34	CHN2 (ENSFHEG00000014974) #36	cpvl (ENSFHEG00000015030) #37	CREB5 (ENSFHEG00000015078)	JAZF1 (ENSFHEG00000015101)	tax1bp1b (ENSFHEG00000015152)	hibadhb (ENSFHEG00000015184)	hoxa13b (ENSFHEG00000000840)	hoxa11b (ENSFHEG00000015193)
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000008932.n	ENSGT00940000156775.f	ENSGT00940000157833.h.b	ENSGT00390000003781.e.a	ENSGT00390000013846.a.b	ENSGT00940000158338 #9	ENSGT00940000155565.a #10	ENSGT00940000155739 #11	ENSGT01100000263473.b.a.a.a	ENSGT00940000159208.B #12	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a	ENSGT00940000158311.b
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000156775.f	ENSGT00940000157833.h.b	ENSGT00390000003781.e.a	ENSGT00390000013846.a.b	ENSGT00940000158338 #9	ENSGT00940000155565.a #10	ENSGT00940000155739.pb #11	ENSGT00940000155739.qb #11	ENSGT01100000263473.b.a.a.a	ENSGT00940000159208.B #12	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a	ENSGT00940000158311.b
Chinese medaka	MODERN SPECIES	493										ENSOSIG00000020682	rxrbb (ENSOSIG00000020687) #12	ENSOSIG00000020699 #13	ENSOSIG00000020778 #17	RAPGEF5 (ENSOSIG00000020793) #18	sp8b (ENSOSIG00000020966) #20	macc1 (ENSOSIG00000020967) #22	twist1b (ENSOSIG00000020969) #26	hdac9b (ENSOSIG00000020970) #27	ANKRD28 (ENSOSIG00000021208) #29	hacl1 (ENSOSIG00000023206) #31	COLQ (ENSOSIG00000023271) #32	plekha8 (ENSOSIG00000023282) #33	fkbp14 (ENSOSIG00000023284) #34	CHN2 (ENSOSIG00000023311) #36	cpvl (ENSOSIG00000023352) #37	CREB5 (ENSOSIG00000023360)	JAZF1 (ENSOSIG00000023362)	tax1bp1b (ENSOSIG00000023368)	hibadhb (ENSOSIG00000023371)	hoxa13b (ENSOSIG00000023372)	hoxa11b (ENSOSIG00000023374)
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	7	ENSORLG00000006905 #10	c4b (ENSORLG00000006939) #11	c4b (ENSORLG00000006961) #11	ENSORLG00000006987	rxrbb (ENSORLG00000007020) #12	FHOD3 (ENSORLG00000007046) #13	ENSORLG00000026013 ##13	ENSORLG00000027813 ##13	ENSORLG00000021856 #17	ENSORLG00000007067 #17	RAPGEF5 (ENSORLG00000007079) #18	ENSORLG00000029580 #19	ENSORLG00000007223 #19	ENSORLG00000021870	sp8b (ENSORLG00000007242) #20	macc1 (ENSORLG00000007248) #22	twist1b (ENSORLG00000007251) #26	hdac9b (ENSORLG00000007268) #27	ANKRD28 (ENSORLG00000007319) #29	ENSORLG00000007334	hacl1 (ENSORLG00000007343) #31	COLQ (ENSORLG00000007381) #32	plekha8 (ENSORLG00000007400) #33	fkbp14 (ENSORLG00000007415) #34	CHN2 (ENSORLG00000007444) #36	cpvl (ENSORLG00000007488) #37	CREB5 (ENSORLG00000007509)	JAZF1 (ENSORLG00000007516)	tax1bp1b (ENSORLG00000007562)	hibadhb (ENSORLG00000007586)	hoxa13b (ENSORLG00000007597)
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000008932.n	ENSGT00940000156775.f	ENSGT00940000157833.h.b	ENSGT00390000003781.e.a	ENSGT00390000013846.a.b	ENSGT00940000158338 #9	ENSGT00940000155565.a #10	ENSGT00940000155739 #11	ENSGT01100000263473.b.a.a.a	ENSGT00940000159208.B #12	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a	ENSGT00940000158311.b
Indian medaka	MODERN SPECIES	5	AIF1 (ENSOMEG00000019762)	ENSOMEG00000019797 #9	ENSOMEG00000019816 #10	c4b (ENSOMEG00000019873) #11	ENSOMEG00000019898	rxrbb (ENSOMEG00000019956) #12	ENSOMEG00000020098 #13	ENSOMEG00000020123 #17	ENSOMEG00000020136 #18	ENSOMEG00000020189 #19	ENSOMEG00000020223 #19	ENSOMEG00000020238	ENSOMEG00000020255	ENSOMEG00000020267	sp8b (ENSOMEG00000020278) #20	macc1 (ENSOMEG00000020293) #22	twist1b (ENSOMEG00000020301) #26	hdac9b (ENSOMEG00000020371) #27	ANKRD28 (ENSOMEG00000020476) #29	hacl1 (ENSOMEG00000020529) #31	COLQ (ENSOMEG00000020557) #32	plekha8 (ENSOMEG00000020599) #33	fkbp14 (ENSOMEG00000020616) #34	CHN2 (ENSOMEG00000020636) #36	cpvl (ENSOMEG00000020677) #37	CREB5 (ENSOMEG00000020734)	JAZF1 (ENSOMEG00000020759)	tax1bp1b (ENSOMEG00000020843)	hibadhb (ENSOMEG00000020876)	hoxa13b (ENSOMEG00000020887)	hoxa11b (ENSOMEG00000020907)
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	7	ENSOJAG00000009964	ENSOJAG00000009977	ENSOJAG00000010002	csnk2a1 (ENSOJAG00000010047)	ENSOJAG00000010595	pon1 (ENSOJAG00000010606)	kcnk5b (ENSOJAG00000010697)	ENSOJAG00000010742	csnk2b (ENSOJAG00000010906)	ENSOJAG00000010996 #9	ENSOJAG00000012246	rxrbb (ENSOJAG00000012317) #12	ENSOJAG00000012399 #13	ENSOJAG00000012981 #17	sp8b (ENSOJAG00000017342) #20	macc1 (ENSOJAG00000001958) #22	twist1b (ENSOJAG00000001984) #26	hdac9b (ENSOJAG00000002010) #27	ANKRD28 (ENSOJAG00000002474) #29	hacl1 (ENSOJAG00000004335) #31	COLQ (ENSOJAG00000004426) #32	plekha8 (ENSOJAG00000004450) #33	fkbp14 (ENSOJAG00000004525) #34	CHN2 (ENSOJAG00000004542) #36	cpvl (ENSOJAG00000004653) #37	CREB5 (ENSOJAG00000004901)	JAZF1 (ENSOJAG00000004919)	tax1bp1b (ENSOJAG00000004952)	hibadhb (ENSOJAG00000004992)	hoxa13b (ENSOJAG00000005031)	hoxa11b (ENSOJAG00000005039)
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P. nyererei	MODERN SPECIES	379	kcnk5b (ENSPNYG00000013468)	ENSPNYG00000013483	csnk2b (ENSPNYG00000013523)	AIF1 (ENSPNYG00000013551)	ENSPNYG00000013586 #9	ENSPNYG00000013677	c4b (ENSPNYG00000013713) #11	ENSPNYG00000013813	rxrbb (ENSPNYG00000013852) #12	FHOD3 (ENSPNYG00000013926) #13	ENSPNYG00000013996 #15	ENSPNYG00000014080 #17	ENSPNYG00000014109 #18	ENSPNYG00000014167 #19	sp8b (ENSPNYG00000014313) #20	macc1 (ENSPNYG00000014344) #22	twist1b (ENSPNYG00000014358) #26	hdac9b (ENSPNYG00000014404) #27	ANKRD28 (ENSPNYG00000014481) #29	hacl1 (ENSPNYG00000014606) #31	COLQ (ENSPNYG00000014683) #32	plekha8 (ENSPNYG00000014782) #33	fkbp14 (ENSPNYG00000014830) #34	CHN2 (ENSPNYG00000014857) #36	cpvl (ENSPNYG00000014875) #37	CREB5 (ENSPNYG00000014903)	JAZF1 (ENSPNYG00000014932)	tax1bp1b (ENSPNYG00000014959)	hibadhb (ENSPNYG00000015054)	hoxa13b (ENSPNYG00000015087)	hoxa11b (ENSPNYG00000015136)
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	444								ENSHBUG00000018814	rxrbb (ENSHBUG00000018792) #12	FHOD3 (ENSHBUG00000018710) #13	ENSHBUG00000018690 ##14	ENSHBUG00000018677 #17	ENSHBUG00000018623 #18	ENSHBUG00000018573 #19	sp8b (ENSHBUG00000018357) #20	macc1 (ENSHBUG00000018346) #22	twist1b (ENSHBUG00000018336) #26	hdac9b (ENSHBUG00000018280) #27	ANKRD28 (ENSHBUG00000018150) #29	hacl1 (ENSHBUG00000018057) #31	COLQ (ENSHBUG00000017971) #32	plekha8 (ENSHBUG00000017938) #33	fkbp14 (ENSHBUG00000017848) #34	CHN2 (ENSHBUG00000017824) #36	cpvl (ENSHBUG00000017759) #37	CREB5 (ENSHBUG00000001119)	JAZF1 (ENSHBUG00000017624)	tax1bp1b (ENSHBUG00000017598)	hibadhb (ENSHBUG00000017577)	hoxa13b (ENSHBUG00000017566)	hoxa11b (ENSHBUG00000017560)
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	369	ENSNBRG00000017904 #9	ENSNBRG00000017861 #10	ENSNBRG00000017841	c4b (ENSNBRG00000017736) #11	c4b (ENSNBRG00000017518) #11	ENSNBRG00000017447	rxrbb (ENSNBRG00000017426) #12	FHOD3 (ENSNBRG00000017399) #13	ENSNBRG00000017385 ##13	ENSNBRG00000017379 ##13	ENSNBRG00000017349 #15	ENSNBRG00000017320 #17	ENSNBRG00000017281 #18	DNAH11 (ENSNBRG00000017134) #19	sp8b (ENSNBRG00000017082) #20	macc1 (ENSNBRG00000017063) #22	twist1b (ENSNBRG00000017011) #26	hdac9b (ENSNBRG00000016972) #27	ANKRD28 (ENSNBRG00000016903) #29	hacl1 (ENSNBRG00000016787) #31	COLQ (ENSNBRG00000016728) #32	plekha8 (ENSNBRG00000016692) #33	fkbp14 (ENSNBRG00000016680) #34	CHN2 (ENSNBRG00000016649) #36	cpvl (ENSNBRG00000016620) #37	CREB5 (ENSNBRG00000016593)	ENSNBRG00000016575	JAZF1 (ENSNBRG00000016562)	tax1bp1b (ENSNBRG00000016538)	hibadhb (ENSNBRG00000016497)	hoxa13b (ENSNBRG00000016416)
Nile tilapia	MODERN SPECIES	2	csnk2b (ENSONIG00000002820)	AIF1 (ENSONIG00000002823)	ENSONIG00000002824 #9	c4b (ENSONIG00000002827) #11	ENSONIG00000028828	c4b (ENSONIG00000002863) #11	ENSONIG00000028059	ENSONIG00000041654	rxrbb (ENSONIG00000002873) #12	FHOD3 (ENSONIG00000002877) #13	ENSONIG00000002879 #15	ENSONIG00000002882 #17	RAPGEF5 (ENSONIG00000002883) #18	DNAH11 (ENSONIG00000002886) #19	sp8b (ENSONIG00000002896) #20	macc1 (ENSONIG00000002898) #22	twist1b (ENSONIG00000020610) #26	hdac9b (ENSONIG00000002902) #27	ANKRD28 (ENSONIG00000002905) #29	hacl1 (ENSONIG00000002911) #31	COLQ (ENSONIG00000002914) #32	plekha8 (ENSONIG00000002916) #33	fkbp14 (ENSONIG00000002921) #34	CHN2 (ENSONIG00000002925) #36	cpvl (ENSONIG00000002938) #37	CREB5 (ENSONIG00000002945)	JAZF1 (ENSONIG00000004607)	tax1bp1b (ENSONIG00000002952)	hibadhb (ENSONIG00000002955)	hoxa13b (ENSONIG00000002962)	hoxa11b (ENSONIG00000002963)
Midas cichlid	MODERN SPECIES	303	csnk2b (ENSACIG00000017966)	AIF1 (ENSACIG00000017736)	ENSACIG00000017641 #9	ENSACIG00000017580 #10	c4b (ENSACIG00000017508) #11	c4b (ENSACIG00000017425) #11	c4b (ENSACIG00000017277) #11	rxrbb (ENSACIG00000017241) #12	FHOD3 (ENSACIG00000017221) #13	ENSACIG00000017212 #13	ENSACIG00000017209 #13	ENSACIG00000017178 #17	RAPGEF5 (ENSACIG00000017155) #18	DNAH11 (ENSACIG00000016892) #19	sp8b (ENSACIG00000016834) #20	macc1 (ENSACIG00000016818) #22	twist1b (ENSACIG00000016767) #26	hdac9b (ENSACIG00000016677) #27	ANKRD28 (ENSACIG00000016624) #29	hacl1 (ENSACIG00000016585) #31	COLQ (ENSACIG00000016565) #32	plekha8 (ENSACIG00000016533) #33	fkbp14 (ENSACIG00000016522) #34	CHN2 (ENSACIG00000016488) #36	cpvl (ENSACIG00000016460) #37	CREB5 (ENSACIG00000016442)	JAZF1 (ENSACIG00000016428)	tax1bp1b (ENSACIG00000016387)	hibadhb (ENSACIG00000016255)	hoxa13b (ENSACIG00000016195)	hoxa11b (ENSACIG00000016183)
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000157833.h.b	ENSGT00390000003781.e.a	ENSGT00390000013846.a.b	ENSGT00940000158338 #9	ENSGT00940000155565.a #10	ENSGT00940000155739 #11	ENSGT01100000263473.b.a.a.a.g	ENSGT00940000159208.B #12	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000154896.l #14	ENSGT00940000158906.i #15	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00940000156420.b	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157833.h.b	ENSGT00390000003781.e.a	ENSGT00390000013846.a.b	ENSGT00940000158338 #9	ENSGT00940000155565.a #10	ENSGT00940000155739 #11	ENSGT01100000263473.b.a.a.a.g	ENSGT00940000159208.B #12	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000154896.l #14	ENSGT00940000158906.i #15	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00940000156420.b	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000157833.h.b	ENSGT00390000003781.e.a	ENSGT00390000013846.a.b	ENSGT00940000158338 #9	ENSGT00940000155565.a #10	ENSGT00940000155739 #11	ENSGT01100000263473.b.a.a.a.g	ENSGT00940000159208.B #12	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000154896.l #14	ENSGT00940000158906.i #15	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000157858.i #34	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00940000156420.b	ENSGT00390000003635.h	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255	ENSGT00940000164071.b.a
Orange clownfish	MODERN SPECIES	21	rxrbb (ENSAPEG00000013181) #12	ENSAPEG00000013166	FHOD3 (ENSAPEG00000013100) #13	ENSAPEG00000013093 #13	ENSAPEG00000013087 #13	slc6a19b (ENSAPEG00000012823) #14	slc6a19b (ENSAPEG00000012767) #14	slc6a19b (ENSAPEG00000012514) #14	SLC6A18 (ENSAPEG00000012483) #15	ENSAPEG00000012384 #17	RAPGEF5 (ENSAPEG00000012323) #18	ENSAPEG00000012294	ENSAPEG00000011992 #19	ENSAPEG00000011854 #19	sp8b (ENSAPEG00000011780) #20	macc1 (ENSAPEG00000011766) #22	twist1b (ENSAPEG00000011695) #26	hdac9b (ENSAPEG00000011621) #27	ANKRD28 (ENSAPEG00000011524) #29	hacl1 (ENSAPEG00000011431) #31	COLQ (ENSAPEG00000011370) #32	plekha8 (ENSAPEG00000011298) #33	fkbp14 (ENSAPEG00000011268) #34	CHN2 (ENSAPEG00000011217) #36	cpvl (ENSAPEG00000011142) #37	CREB5 (ENSAPEG00000010990)	ENSAPEG00000010975	JAZF1 (ENSAPEG00000010953)	tax1bp1b (ENSAPEG00000010863)	hibadhb (ENSAPEG00000010821)	hoxa13b (ENSAPEG00000010694)
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	3404	ENSAOCG00000004807 #9	ENSAOCG00000000186	c4b (ENSAOCG00000004726) #11	ENSAOCG00000004668	rxrbb (ENSAOCG00000004653) #12	FHOD3 (ENSAOCG00000004613) #13	ENSAOCG00000004595 #13	ENSAOCG00000004580 #13	slc6a19b (ENSAOCG00000004568) #14	SLC6A18 (ENSAOCG00000004542) #15	ENSAOCG00000004519 #17	RAPGEF5 (ENSAOCG00000004433) #18	ENSAOCG00000004405 #19	ENSAOCG00000004325 #19	sp8b (ENSAOCG00000004279) #20	macc1 (ENSAOCG00000004274) #22	twist1b (ENSAOCG00000004272) #26	hdac9b (ENSAOCG00000004258) #27	ANKRD28 (ENSAOCG00000004231) #29	hacl1 (ENSAOCG00000004167) #31	plekha8 (ENSAOCG00000004124) #33	fkbp14 (ENSAOCG00000004089) #34	CHN2 (ENSAOCG00000004058) #36	cpvl (ENSAOCG00000003999) #37	CREB5 (ENSAOCG00000003987)	JAZF1 (ENSAOCG00000003982)	tax1bp1b (ENSAOCG00000003970)	hibadhb (ENSAOCG00000003953)	hoxa13b (ENSAOCG00000003928)	ENSAOCG00000003913	hoxa9b (ENSAOCG00000003903)
Spiny chromis	MODERN SPECIES	194												RAPGEF5 (ENSAPOG00000016598) #18	DNAH11 (ENSAPOG00000016847) #19	ENSAPOG00000016913 #19	sp8b (ENSAPOG00000016930) #20	macc1 (ENSAPOG00000016938) #22	twist1b (ENSAPOG00000016998) #26	hdac9b (ENSAPOG00000017075) #27	ANKRD28 (ENSAPOG00000017221) #29	hacl1 (ENSAPOG00000017232) #31	COLQ (ENSAPOG00000017255) #32	plekha8 (ENSAPOG00000017273) #33	fkbp14 (ENSAPOG00000017291) #34	CHN2 (ENSAPOG00000017355) #36	cpvl (ENSAPOG00000017366) #37	cpvl (ENSAPOG00000000472) #37	CREB5 (ENSAPOG00000017445)	JAZF1 (ENSAPOG00000017474)	tax1bp1b (ENSAPOG00000017500)	hibadhb (ENSAPOG00000017541)	hoxa13b (ENSAPOG00000017602)
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	1226										slc6a19b (ENSSPAG00000015429) #14	SLC6A18 (ENSSPAG00000015448) #15	ENSSPAG00000015492 #17	RAPGEF5 (ENSSPAG00000015508) #18	DNAH11 (ENSSPAG00000015563) #19	sp8b (ENSSPAG00000015704) #20	macc1 (ENSSPAG00000015749) #22	twist1b (ENSSPAG00000015764) #26	hdac9b (ENSSPAG00000015784) #27
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	208	kcnk5b (ENSHCOG00000012650)	ENSHCOG00000000363	ENSHCOG00000012606	ENSHCOG00000012600 #9	ENSHCOG00000012579 #10	ENSHCOG00000012554	rxrbb (ENSHCOG00000012534) #12	FHOD3 (ENSHCOG00000012494) #13	ENSHCOG00000012463 #13	ENSHCOG00000012447 #13	slc6a19b (ENSHCOG00000012438) #14	ENSHCOG00000012412 #17	ENSHCOG00000012394 #18	DNAH11 (ENSHCOG00000012354) #19	sp8b (ENSHCOG00000012237) #20	macc1 (ENSHCOG00000012219) #22	twist1b (ENSHCOG00000012208) #26	hdac9b (ENSHCOG00000012189) #27	ANKRD28 (ENSHCOG00000012141) #29	ENSHCOG00000012084	CPQ (ENSHCOG00000012071)	dscc1 (ENSHCOG00000012057)	mrpl13 (ENSHCOG00000012037)	COL14A1 (ENSHCOG00000012016)	deptor (ENSHCOG00000011939)	LIMD1 (ENSHCOG00000011905)	lars2 (ENSHCOG00000011897)	cdcp1a (ENSHCOG00000011848)	CLEC3B (ENSHCOG00000011832)	ENSHCOG00000011825	ENSHCOG00000011808
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	7	ENSMMDG00005009494	csnk2b (ENSMMDG00005009991)	AIF1 (ENSMMDG00005010016)	ENSMMDG00005010021 #9	c4b (ENSMMDG00005010047) #11	ENSMMDG00005011687	rxrbb (ENSMMDG00005011690) #12	FHOD3 (ENSMMDG00005011754) #13	ENSMMDG00005011756 ##13	ENSMMDG00005011757 ##13	ENSMMDG00005011770 #15	ENSMMDG00005012023 #17	RAPGEF5 (ENSMMDG00005012031) #18	DNAH11 (ENSMMDG00005012062) #19	sp8b (ENSMMDG00005012218) #20	macc1 (ENSMMDG00005012219) #22	twist1b (ENSMMDG00005012221) #26	hdac9b (ENSMMDG00005012223) #27	ANKRD28 (ENSMMDG00005012342) #29	hacl1 (ENSMMDG00005019372) #31	COLQ (ENSMMDG00005019402) #32	plekha8 (ENSMMDG00005019413) #33	fkbp14 (ENSMMDG00005019440) #34	CHN2 (ENSMMDG00005019442) #36	cpvl (ENSMMDG00005019447) #37	CREB5 (ENSMMDG00005019865)	JAZF1 (ENSMMDG00005019868)	tax1bp1b (ENSMMDG00005019874)	hibadhb (ENSMMDG00005019882)	hoxa13b (ENSMMDG00005019936)	hoxa11b (ENSMMDG00005019940)
Cod	MODERN SPECIES	4	ENSGMOG00000034650	ENSGMOG00000033314	ENSGMOG00000022920	ENSGMOG00000034648	ENSGMOG00000036371	ENSGMOG00000030709	ENSGMOG00000036238	ENSGMOG00000026306	ENSGMOG00000029157	ENSGMOG00000036098	ENSGMOG00000035230	ENSGMOG00000036422	ENSGMOG00000035171	ENSGMOG00000028810	ENSGMOG00000008078 #20	ENSGMOG00000008080 #22	ENSGMOG00000031633	ENSGMOG00000033559	ENSGMOG00000009895	ENSGMOG00000032722	ENSGMOG00000028223	ENSGMOG00000036599	ENSGMOG00000030940	ENSGMOG00000036563	coro1ca (ENSGMOG00000017135)	SSH1 (ENSGMOG00000008427)	ENSGMOG00000027243	dao.2 (ENSGMOG00000016658)	SVOP (ENSGMOG00000016675)	ENSGMOG00000006989	ENSGMOG00000006997
Osteoglossiformes	DUPLICATION
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00730000111361	ENSGT00940000156245.a.a	ENSGT00520000055666.b	ENSGT00400000022168.a	ENSGT00940000154807.a.a #13	ENSGT00940000158906.i #15	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00940000155137.b ##18	ENSGT00940000155137.a.a #18	ENSGT00940000159108.j	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827.h	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000166052	ENSGT00940000155287	ENSGT00390000013151.a.b.e #22	ENSGT00940000163281.a	ENSGT00940000163428.b.b ##26	ENSGT00940000154486.b.a.b.m #28	ENSGT00950000182908.C.b #29	ENSGT00940000156802 #31	ENSGT00940000157248.c.a #32	ENSGT00940000157288 #33	ENSGT00940000160267	ENSGT00990000208316	ENSGT01030000234635.a.b.a.a #36	ENSGT00940000159498 #37	ENSGT00940000156420.a.a	ENSGT00390000003635.h.a	ENSGT00950000183025.b.a.`b	ENSGT00940000155255.db
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	9	NKD2 (ENSSFOG00015001063)	PLEKHG4B (ENSSFOG00015001043)	si:ch211-269k10.5 (ENSSFOG00015001023)	PTDSS1 (ENSSFOG00015000952)	ENSSFOG00015000940	rbm24b (ENSSFOG00015032870)	ENSSFOG00015000911	smpd5 (ENSSFOG00015000870)	FHOD3 (ENSSFOG00015028281) #13	SLC6A18 (ENSSFOG00015000747) #15	ENSSFOG00015000722 #17	RAPGEF5 (ENSSFOG00015000632) #18	SP4 (ENSSFOG00015025683)	sp8b (ENSSFOG00015026123) #20	ENSSFOG00015000471	macc1 (ENSSFOG00015000431) #22	ENSSFOG00015000407	ENSSFOG00015000381 ##26	hdac9b (ENSSFOG00015000330) #27	ahr1a (ENSSFOG00015000320) #28	hacl1 (ENSSFOG00015000239) #31	COLQ (ENSSFOG00015000185) #32	plekha8 (ENSSFOG00015000156) #33	fkbp14 (ENSSFOG00015028498) #34	ENSSFOG00015000096 #35	CHN2 (ENSSFOG00015021811) #36	cpvl (ENSSFOG00015021768) #37	CREB5 (ENSSFOG00015021739)	ENSSFOG00015030257	JAZF1 (ENSSFOG00015026612)	tax1bp1b (ENSSFOG00015021686)
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	69								sp8b (ENSPKIG00000007088) #20	ENSPKIG00000007436	ENSPKIG00000008113	ENSPKIG00000008135	ENSPKIG00000008153	ENSPKIG00000008168	ENSPKIG00000008186	ABCB5 (ENSPKIG00000008234)	macc1 (ENSPKIG00000008306) #22	twist1b (ENSPKIG00000008335) #26	hdac9b (ENSPKIG00000008372) #27	ahr1a (ENSPKIG00000008425) #28	ANKRD28 (ENSPKIG00000008471) #29	hacl1 (ENSPKIG00000008678) #31	COLQ (ENSPKIG00000008863) #32	plekha8 (ENSPKIG00000008918) #33	fkbp14 (ENSPKIG00000008955) #34	ENSPKIG00000008975 #35	CHN2 (ENSPKIG00000008999) #36	cpvl (ENSPKIG00000009045) #37	CREB5 (ENSPKIG00000009122)	JAZF1 (ENSPKIG00000009182)	tax1bp1b (ENSPKIG00000009206)	hibadhb (ENSPKIG00000009313)
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000154807.a.b.b ##13	ENSGT00940000154896 #14	ENSGT00940000158906.j ##15	ENSGT00390000018531	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00800000125328	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT01030000235040	ENSGT00940000155137.a.b ##18	ENSGT00940000159108.i	ENSGT00940000157827.g	ENSGT00940000162033.a.b ##20	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b.f #22	ENSGT00940000163281.b	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000166341 #27	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00950000182908.C.a ##29	ENSGT00390000013823.a	ENSGT00940000157248.c.b ##32
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	15	slc6a19b (ENSSFOG00015011674) #14	SLC6A19 (ENSSFOG00015011737) #14	SLC6A19 (ENSSFOG00015012005) #14	slc6a18 (ENSSFOG00015012044) ##15	tert (ENSSFOG00015012121)	nup42 (ENSSFOG00015012395)	klhl7 (ENSSFOG00015012416)	hycc1 (ENSSFOG00015012478)	TOMM7 (ENSSFOG00015032890)	ENSSFOG00015012577	RAPGEF5 (ENSSFOG00015012593) ##18	CDCA7L (ENSSFOG00015012653)	sp4 (ENSSFOG00015032600)	sp8a (ENSSFOG00015028849) ##20	ITGB8 (ENSSFOG00015012748)	macc1 (ENSSFOG00015012762) #22	ENSSFOG00015012775	polr1f (ENSSFOG00015012788)	FERD3L (ENSSFOG00015025160)	twist1a (ENSSFOG00015012815) #26	ENSSFOG00015032351 #27	SNX13 (ENSSFOG00015012849)	ANKRD28 (ENSSFOG00015012994) ##29	btd (ENSSFOG00015013192)	COLQ (ENSSFOG00015013200) ##32	ENSSFOG00015013224	ENSSFOG00015013229	ENSSFOG00015013247	ENSSFOG00015013274 #36	TRIL (ENSSFOG00015013322)	CREB5 (ENSSFOG00015013343)
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	161	SLC6A19 (ENSPKIG00000022277) #14	slc6a18 (ENSPKIG00000022307) ##15	tert (ENSPKIG00000022342)	nup42 (ENSPKIG00000022387)	klhl7 (ENSPKIG00000022428)	ENSPKIG00000022459	hycc1 (ENSPKIG00000022480)	TOMM7 (ENSPKIG00000022505)	ENSPKIG00000022527 ##18	ENSPKIG00000022553	ENSPKIG00000022576 ##18	CDCA7L (ENSPKIG00000022621)	sp4 (ENSPKIG00000022661)	sp8a (ENSPKIG00000022680) ##20	ITGB8 (ENSPKIG00000022705)	macc1 (ENSPKIG00000022743) #22	ENSPKIG00000025637	polr1f (ENSPKIG00000025635)	FERD3L (ENSPKIG00000025633)	twist1a (ENSPKIG00000025630) #26	ENSPKIG00000025662 #27	SNX13 (ENSPKIG00000025692)	ANKRD28 (ENSPKIG00000025678) #29	btd (ENSPKIG00000025675)	COLQ (ENSPKIG00000000019) ##32	ENSPKIG00000000042 #33	ENSPKIG00000000045	ENSPKIG00000000055	ENSPKIG00000000065 #36	TRIL (ENSPKIG00000000080)	CREB5 (ENSPKIG00000000103)
Spotted gar	MODERN SPECIES	649	tra2a (ENSLOCG00000011615)	igf2bp3 (ENSLOCG00000011599)	malsu1 (ENSLOCG00000011592)	GPNMB (ENSLOCG00000011583)	klhl7 (ENSLOCG00000011576)	hycc1 (ENSLOCG00000011562)	ENSLOCG00000011557 #17	TOMM7 (ENSLOCG00000011551)	RAPGEF5 (ENSLOCG00000011542) ##18	CDCA7L (ENSLOCG00000011532)	DNAH11 (ENSLOCG00000011503) #19	sp4 (ENSLOCG00000011495)	sp8b (ENSLOCG00000011486) #20	ENSLOCG00000011448	ITGB8 (ENSLOCG00000011431)	macc1 (ENSLOCG00000011422) #22	ENSLOCG00000011414	POLR1F (ENSLOCG00000011399)	FERD3L (ENSLOCG00000018351)	twist1b (ENSLOCG00000018350) #26	HDAC9 (ENSLOCG00000011383)	SNX13 (ENSLOCG00000011366)	ahr1a (ENSLOCG00000011345) #28	agr2 (ENSLOCG00000011333)	tspan13b (ENSLOCG00000011327)	bzw2 (ENSLOCG00000011315)	ankmy2a (ENSLOCG00000011307)	ENSLOCG00000011298	SOSTDC1 (ENSLOCG00000011289)	crppa (ENSLOCG00000011281)	MEOX2 (ENSLOCG00000011275)
Reedfish	MODERN SPECIES	4	igf2bp3 (ENSECRG00000011278)	MALSU1 (ENSECRG00000011359)	GPNMB (ENSECRG00000011377)	NUP42 (ENSECRG00000011402)	klhl7 (ENSECRG00000011424)	hycc1 (ENSECRG00000011445)	ENSECRG00000011491 #17	TOMM7 (ENSECRG00000011568)	RAPGEF5 (ENSECRG00000011589) ##18	CDCA7L (ENSECRG00000011677)	ENSECRG00000011698	sp4 (ENSECRG00000011730)	sp8b (ENSECRG00000011751) #20	ENSECRG00000011791 #21	ITGB8 (ENSECRG00000011851)	macc1 (ENSECRG00000011866) #22	ENSECRG00000011886	POLR1F (ENSECRG00000011901)	FERD3L (ENSECRG00000011916)	twist1b (ENSECRG00000011921) #26	ENSECRG00000011936	HDAC9 (ENSECRG00000011983)	ENSECRG00000012123	ahr1a (ENSECRG00000012136) #28	ENSECRG00000012149	agr2 (ENSECRG00000012155)	AGR2 (ENSECRG00000012174)	tspan13b (ENSECRG00000012186)	bzw2 (ENSECRG00000012227)	ankmy2a (ENSECRG00000012305)	SOSTDC1 (ENSECRG00000012329)
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT00940000166052	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00390000008749.f	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00940000176107	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT00940000166052	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00940000176107	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT00940000166052	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00940000176107	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000166052	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412
Aves	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157167	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000166052	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157167	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000166052	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000157167	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000166052	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT01030000235027	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000166052	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412
Kakapo	MODERN SPECIES		TRA2A (ENSSHBG00005006071)	IGF2BP3 (ENSSHBG00005006060)	MALSU1 (ENSSHBG00005006036)	GPNMB (ENSSHBG00005006015)	NUP42 (ENSSHBG00005005997)	KLHL7 (ENSSHBG00005005988)	HYCC1 (ENSSHBG00005005975)	TOMM7 (ENSSHBG00005005949)	IL6 (ENSSHBG00005005927)	RAPGEF5 (ENSSHBG00005005638) #18	CDCA7L (ENSSHBG00005005553)	SP4 (ENSSHBG00005005518)	SP8 (ENSSHBG00005005491) #20	ENSSHBG00005004496	ITGB8 (ENSSHBG00005003476)	MACC1 (ENSSHBG00005003317) #22	TMEM196 (ENSSHBG00005003293)	POLR1F (ENSSHBG00005003281)	FERD3L (ENSSHBG00005003272)	TWIST1 (ENSSHBG00005003266)	ENSSHBG00005003257	SNX13 (ENSSHBG00005002909)	AHR (ENSSHBG00005002815) #28	AGR2 (ENSSHBG00005002734)	AGR3 (ENSSHBG00005002767)	TSPAN13 (ENSSHBG00005002714)	BZW2 (ENSSHBG00005002692)	ANKMY2 (ENSSHBG00005002661)	SOSTDC1 (ENSSHBG00005002650)	CRPPA (ENSSHBG00005002643)	MEOX2 (ENSSHBG00005002628)
Golden eagle	MODERN SPECIES	19	TRA2A (ENSACCG00020008788)	ENSACCG00020008808	IGF2BP3 (ENSACCG00020008839)	GPNMB (ENSACCG00020008876)	NUP42 (ENSACCG00020008899)	KLHL7 (ENSACCG00020008923)	HYCC1 (ENSACCG00020008963)	TOMM7 (ENSACCG00020008997)	IL6 (ENSACCG00020009008)	RAPGEF5 (ENSACCG00020009095) #18	CDCA7L (ENSACCG00020009154)	SP4 (ENSACCG00020009172)	SP8 (ENSACCG00020009193) #20	ENSACCG00020009247	ITGB8 (ENSACCG00020009279)	MACC1 (ENSACCG00020009314) #22	TMEM196 (ENSACCG00020009335)	POLR1F (ENSACCG00020009344)	FERD3L (ENSACCG00020009353)	TWIST1 (ENSACCG00020009360)	ENSACCG00020009371	ENSACCG00020009408	SNX13 (ENSACCG00020009466)	AHR (ENSACCG00020009532) #28	AGR3 (ENSACCG00020009548)	AGR2 (ENSACCG00020009559)	TSPAN13 (ENSACCG00020009580)	BZW2 (ENSACCG00020009594)	ANKMY2 (ENSACCG00020009615)	ENSACCG00020009649	SOSTDC1 (ENSACCG00020009676)
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000235027	ENSGT00940000157167	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000155287	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307.q.a	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412
Great tit	MODERN SPECIES	11	ENSPMJG00000000878	TRA2A (ENSPMJG00000000864)	IGF2BP3 (ENSPMJG00000000724)	MALSU1 (ENSPMJG00000000709)	GPNMB (ENSPMJG00000000706)	ENSPMJG00000000696	KLHL7 (ENSPMJG00000000681)	HYCC1 (ENSPMJG00000000633)	TOMM7 (ENSPMJG00000000595)	IL6 (ENSPMJG00000000569)	RAPGEF5 (ENSPMJG00000000453) #18	CDCA7L (ENSPMJG00000000396)	SP4 (ENSPMJG00000000293)	ENSPMJG00000000174	ITGB8 (ENSPMJG00000000149)	MACC1 (ENSPMJG00000000121) #22	TMEM196 (ENSPMJG00000000110)	POLR1F (ENSPMJG00000000090)	FERD3L (ENSPMJG00000000080)	TWIST1 (ENSPMJG00000011228)	HDAC9 (ENSPMJG00000011218)	SNX13 (ENSPMJG00000011205)	AHR (ENSPMJG00000011049) #28	AGR3 (ENSPMJG00000011045)	AGR2 (ENSPMJG00000011035)	TSPAN13 (ENSPMJG00000011032)	BZW2 (ENSPMJG00000011023)	ANKMY2 (ENSPMJG00000011018)	ENSPMJG00000011015	SOSTDC1 (ENSPMJG00000011014)	CRPPA (ENSPMJG00000011012)
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000235027	ENSGT00940000157167	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000166052	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000160307.r	ENSGT00940000160307.q.a	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT01030000235027	ENSGT00940000157167	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000166052	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000160307.r	ENSGT00940000160307.q.a	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT01030000235027	ENSGT00940000157167	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000166052	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000160307.q.a	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b
Common canary	MODERN SPECIES	5	ENSSCAG00000014927	TRA2A (ENSSCAG00000014922)	IGF2BP3 (ENSSCAG00000014858)	MALSU1 (ENSSCAG00000014831)	GPNMB (ENSSCAG00000014821)	ENSSCAG00000014813	KLHL7 (ENSSCAG00000014800)	HYCC1 (ENSSCAG00000014781)	TOMM7 (ENSSCAG00000014766)	IL6 (ENSSCAG00000014761)	RAPGEF5 (ENSSCAG00000014692) #18	CDCA7L (ENSSCAG00000014674)	SP4 (ENSSCAG00000014662)	ENSSCAG00000013986	ITGB8 (ENSSCAG00000013803)	MACC1 (ENSSCAG00000013796) #22	TMEM196 (ENSSCAG00000013793)	POLR1F (ENSSCAG00000013787)	FERD3L (ENSSCAG00000013784)	ENSSCAG00000013779	ENSSCAG00000013753	SNX13 (ENSSCAG00000013738)	AHR (ENSSCAG00000013729) #28	AGR3 (ENSSCAG00000013713)	AGR2 (ENSSCAG00000013706)	TSPAN13 (ENSSCAG00000013701)	BZW2 (ENSSCAG00000013699)	ANKMY2 (ENSSCAG00000013696)	ENSSCAG00000013686	SOSTDC1 (ENSSCAG00000013682)	CRPPA (ENSSCAG00000013677)
Zebra finch	MODERN SPECIES	12	TRA2A (ENSTGUG00000002795)	IGF2BP3 (ENSTGUG00000002773)	MALSU1 (ENSTGUG00000002770)	GPNMB (ENSTGUG00000002763)	NUP42 (ENSTGUG00000002757)	ENSTGUG00000023098	KLHL7 (ENSTGUG00000002740)	HYCC1 (ENSTGUG00000002729)	ENSTGUG00000028291	IL6 (ENSTGUG00000002725)	RAPGEF5 (ENSTGUG00000002700) #18	CDCA7L (ENSTGUG00000002689)	SP8 (ENSTGUG00000023526) #20	ENSTGUG00000002657	ITGB8 (ENSTGUG00000002650)	MACC1 (ENSTGUG00000002649) #22	TMEM196 (ENSTGUG00000002647)	POLR1F (ENSTGUG00000002645)	FERD3L (ENSTGUG00000002644)	TWIST1 (ENSTGUG00000002643)	ENSTGUG00000002613	ENSTGUG00000027596	SNX13 (ENSTGUG00000002596)	AHR (ENSTGUG00000002585) #28	AGR3 (ENSTGUG00000002580)	AGR2 (ENSTGUG00000002578)	TSPAN13 (ENSTGUG00000021415)	BZW2 (ENSTGUG00000002567)	ANKMY2 (ENSTGUG00000002557)	ENSTGUG00000002553	SOSTDC1 (ENSTGUG00000026528)
Medium ground finch	MODERN SPECIES	36	CCDC126 (ENSGFOG00000010360)	TRA2A (ENSGFOG00000010363)	IGF2BP3 (ENSGFOG00000010371)	MALSU1 (ENSGFOG00000010388)	GPNMB (ENSGFOG00000006901)	NUP42 (ENSGFOG00000006947)	KLHL7 (ENSGFOG00000006962)	HYCC1 (ENSGFOG00000007016)	ENSGFOG00000007033	IL6 (ENSGFOG00000007038)	RAPGEF5 (ENSGFOG00000007060) #18	CDCA7L (ENSGFOG00000007343)	SP4 (ENSGFOG00000007656)	ENSGFOG00000007681	ITGB8 (ENSGFOG00000007817)	MACC1 (ENSGFOG00000007835) #22	TMEM196 (ENSGFOG00000007851)
Flycatcher	MODERN SPECIES	11	ENSFALG00000028399	TRA2A (ENSFALG00000009605)	IGF2BP3 (ENSFALG00000009615)	MALSU1 (ENSFALG00000027606)	GPNMB (ENSFALG00000009646)	NUP42 (ENSFALG00000009653)	KLHL7 (ENSFALG00000009689)	FAM126A (ENSFALG00000026843)	ENSFALG00000024168	IL6 (ENSFALG00000025945)	RAPGEF5 (ENSFALG00000009738) #18	CDCA7L (ENSFALG00000009744)	SP4 (ENSFALG00000009748)	ENSFALG00000009749	ITGB8 (ENSFALG00000009752)	MACC1 (ENSFALG00000009756) #22	TMEM196 (ENSFALG00000009758)	POLR1F (ENSFALG00000009761)	FERD3L (ENSFALG00000014487)	TWIST1 (ENSFALG00000009781)	ENSFALG00000009805	ENSFALG00000027289	SNX13 (ENSFALG00000009859)	AHR (ENSFALG00000009904) #28	AGR3 (ENSFALG00000009910)	AGR2 (ENSFALG00000023140)	TSPAN13 (ENSFALG00000009925)	BZW2 (ENSFALG00000009931)	ANKMY2 (ENSFALG00000026739)	ENSFALG00000009961	SOSTDC1 (ENSFALG00000009968)
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157167	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000166052	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000157167	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000166052	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000157167	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118.f	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000166052	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a
Chicken	MODERN SPECIES	11	MALSU1 (ENSGALG00010001460)	GPNMB (ENSGALG00010001409)	ENSGALG00010001404	NUP42 (ENSGALG00010001402)	KLHL7 (ENSGALG00010001397)	FAM126A (ENSGALG00010002046)	TOMM7 (ENSGALG00010001991)	IL6 (ENSGALG00010001941)	RAPGEF5 (ENSGALG00010001923) #18	CDCA7L (ENSGALG00010001440)	ENSGALG00010001436	SP4 (ENSGALG00010003824)	SP8 (ENSGALG00010003079) #20	ABCB5 (ENSGALG00010003061)	ITGB8 (ENSGALG00010003791)	MACC1 (ENSGALG00010003698) #22	TMEM196 (ENSGALG00010002701)	TWISTNB (ENSGALG00010003087)	FERD3L (ENSGALG00010005018)	TWIST1 (ENSGALG00010003808)	HDAC9 (ENSGALG00010003764)	SNX13 (ENSGALG00010003595)	AHR1A (ENSGALG00010004433) #28	AGR3 (ENSGALG00010004391)	AGR2 (ENSGALG00010004377)	TSPAN13 (ENSGALG00010004367)	BZW2 (ENSGALG00010005255)	ANKMY2 (ENSGALG00010004355)	ENSGALG00010004336	SOSTDC1 (ENSGALG00010004344)	CRPPA (ENSGALG00010004302)
Turkey	MODERN SPECIES	26	TRA2A (ENSMGAG00000010514)	IGF2BP3 (ENSMGAG00000010497)	MALSU1 (ENSMGAG00000010496)	GPNMB (ENSMGAG00000010478)	ENSMGAG00000012197	KLHL7 (ENSMGAG00000010450)	HYCC1 (ENSMGAG00000010430)	ENSMGAG00000021520	IL6 (ENSMGAG00000016678)	ENSMGAG00000022071 #18	RAPGEF5 (ENSMGAG00000010394) #18	CDCA7L (ENSMGAG00000010378)	SP4 (ENSMGAG00000010367)	ENSMGAG00000010305	ITGB8 (ENSMGAG00000011297)	MACC1 (ENSMGAG00000011308) #22	ENSMGAG00000010300	POLR1F (ENSMGAG00000010296)	FERD3L (ENSMGAG00000015843)	HDAC9 (ENSMGAG00000010234)	SNX13 (ENSMGAG00000010193)	AHR (ENSMGAG00000010174) #28	AGR3 (ENSMGAG00000010167)	AGR2 (ENSMGAG00000010157)	BZW2 (ENSMGAG00000010129)	ANKMY2 (ENSMGAG00000010117)	ENSMGAG00000010114	SOSTDC1 (ENSMGAG00000010106)	CRPPA (ENSMGAG00000010099)	AGMO (ENSMGAG00000010089)	DGKB (ENSMGAG00000010034)
Japanese quail	MODERN SPECIES	11	TRA2A (ENSCJPG00005012500)	IGF2BP3 (ENSCJPG00005012087)	MALSU1 (ENSCJPG00005012072)	GPNMB (ENSCJPG00005012071)	NUP42 (ENSCJPG00005012070)	KLHL7 (ENSCJPG00005012069)	HYCC1 (ENSCJPG00005012067)	TOMM7 (ENSCJPG00005012064)	ENSCJPG00005012063	RAPGEF5 (ENSCJPG00005012022) #18	CDCA7L (ENSCJPG00005012021)	SP4 (ENSCJPG00005012018)	SP8 (ENSCJPG00005012005) #20	ENSCJPG00005012000	ITGB8 (ENSCJPG00005011999)	MACC1 (ENSCJPG00005011998) #22	ENSCJPG00005011986	POLR1F (ENSCJPG00005011963)	FERD3L (ENSCJPG00005011927)	TWIST1 (ENSCJPG00005011925)	HDAC9 (ENSCJPG00005011923)	SNX13 (ENSCJPG00005011883)	AHR (ENSCJPG00005011879) #28	AGR3 (ENSCJPG00005011876)	TSPAN13 (ENSCJPG00005011875)	AGR2 (ENSCJPG00005011874)	BZW2 (ENSCJPG00005011870)	ANKMY2 (ENSCJPG00005011860)	ENSCJPG00005011857	SOSTDC1 (ENSCJPG00005011854)	CRPPA (ENSCJPG00005011853)
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000157167	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000166052	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412
Pink-footed goose	MODERN SPECIES		IGF2BP3 (ENSABRG00000010526)	MALSU1 (ENSABRG00000010548)	GPNMB (ENSABRG00000010565)	NUP42 (ENSABRG00000010578)	KLHL7 (ENSABRG00000010586)	HYCC1 (ENSABRG00000010607)	TOMM7 (ENSABRG00000010642)	IL6 (ENSABRG00000010652)	ENSABRG00000010657 #18	RAPGEF5 (ENSABRG00000010669) #18	CDCA7L (ENSABRG00000010706)	SP4 (ENSABRG00000010746)	SP8 (ENSABRG00000010759) #20	ENSABRG00000010773	ITGB8 (ENSABRG00000010793)	MACC1 (ENSABRG00000010829) #22	TMEM196 (ENSABRG00000010845)	POLR1F (ENSABRG00000010855)	FERD3L (ENSABRG00000010860)	ENSABRG00000010863 #26	HDAC9 (ENSABRG00000010874)	SNX13 (ENSABRG00000010973)	AHR (ENSABRG00000010992) #28	AGR3 (ENSABRG00000011007)	AGR2 (ENSABRG00000011025)	TSPAN13 (ENSABRG00000011056)	BZW2 (ENSABRG00000011066)	ANKMY2 (ENSABRG00000011077)	ENSABRG00000011091	SOSTDC1 (ENSABRG00000011094)	CRPPA (ENSABRG00000011103)
African ostrich	MODERN SPECIES	815														ENSSCUG00000010543	ITGB8 (ENSSCUG00000010554)	MACC1 (ENSSCUG00000010555) #22	TMEM196 (ENSSCUG00000010557)	FERD3L (ENSSCUG00000010559)	HDAC9 (ENSSCUG00000010574)	SNX13 (ENSSCUG00000010594)	AHR (ENSSCUG00000010601) #28	AGR3 (ENSSCUG00000010605)	AGR2 (ENSSCUG00000010609)	TSPAN13 (ENSSCUG00000010610)	BZW2 (ENSSCUG00000010613)	ANKMY2 (ENSSCUG00000010618)	ENSSCUG00000010621	SOSTDC1 (ENSSCUG00000010623)	ENSSCUG00000010624	CRPPA (ENSSCUG00000010629)	MEOX2 (ENSSCUG00000010637)
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES		MALSU1 (ENSCPRG00005015969)	GPNMB (ENSCPRG00005015967)	NUP42 (ENSCPRG00005015964)	IGF2BP3 (ENSCPRG00005015954)	KLHL7 (ENSCPRG00005015951)	HYCC1 (ENSCPRG00005015946)	TOMM7 (ENSCPRG00005015944)	IL6 (ENSCPRG00005015943)	RAPGEF5 (ENSCPRG00005015927) #18	CDCA7L (ENSCPRG00005015926)	DNAH11 (ENSCPRG00005015597) #19	SP4 (ENSCPRG00005015532)	ABCB5 (ENSCPRG00005015506)	ENSCPRG00005015412	ITGB8 (ENSCPRG00005015376)	MACC1 (ENSCPRG00005015373) #22	ENSCPRG00005015353	POLR1F (ENSCPRG00005015351)	FERD3L (ENSCPRG00005015338)	TWIST1 (ENSCPRG00005015335)	ENSCPRG00005015331	ENSCPRG00005015321	SNX13 (ENSCPRG00005015318)	AHR (ENSCPRG00005015276) #28	AGR3 (ENSCPRG00005015251)	AGR2 (ENSCPRG00005015225)	TSPAN13 (ENSCPRG00005015218)	BZW2 (ENSCPRG00005015204)	ANKMY2 (ENSCPRG00005015197)	ENSCPRG00005015193	ENSCPRG00005015189
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT00940000155287	ENSGT00940000166052	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00940000176107	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT00940000155287	ENSGT00940000166052.a.a.b	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00940000176107	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT00940000155287	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00940000176107	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a
painted turtle	MODERN SPECIES	767															ITGB8 (ENSCPBG00000000238)	MACC1 (ENSCPBG00000000275) #22	TMEM196 (ENSCPBG00000000325)	POLR1F (ENSCPBG00000000367)	FERD3L (ENSCPBG00000000383)	HDAC9 (ENSCPBG00000000454)	TAFA2 (ENSCPBG00000000525)	USP15 (ENSCPBG00000000584)	MON2 (ENSCPBG00000000681)	PPM1H (ENSCPBG00000000753)	AVPR1A (ENSCPBG00000000790)	RXYLT1 (ENSCPBG00000000837)	SRGAP1 (ENSCPBG00000000874)	KICS2 (ENSCPBG00000000939)	ENSCPBG00000000963	RPL18A (ENSCPBG00000000983)	XPOT (ENSCPBG00000001003)
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	30	NUP42 (ENSTMTG00000000062)	KLHL7 (ENSTMTG00000000092)	HYCC1 (ENSTMTG00000000129)	ENSTMTG00000000184 #17	IL6 (ENSTMTG00000000298)	ENSTMTG00000000340 #18	RAPGEF5 (ENSTMTG00000000391) #18	CDCA7L (ENSTMTG00000000428)	ENSTMTG00000000457	DNAH11 (ENSTMTG00000001073) #19	SP4 (ENSTMTG00000002767)	SP8 (ENSTMTG00000002773) #20	ABCB5 (ENSTMTG00000002813)	ENSTMTG00000003044	ITGB8 (ENSTMTG00000003419)	MACC1 (ENSTMTG00000003541) #22	ENSTMTG00000003612	ENSTMTG00000003626	POLR1F (ENSTMTG00000003642)	FERD3L (ENSTMTG00000003656)	HDAC9 (ENSTMTG00000003728)	SNX13 (ENSTMTG00000004244)	AHR (ENSTMTG00000004344) #28	AGR3 (ENSTMTG00000004366)	AGR2 (ENSTMTG00000004394)	TSPAN13 (ENSTMTG00000004427)	BZW2 (ENSTMTG00000004461)	ANKMY2 (ENSTMTG00000004634)	ENSTMTG00000004665	SOSTDC1 (ENSTMTG00000004694)	CRPPA (ENSTMTG00000004712)
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT00940000166052.a.a.b	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000176107	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a.r	ENSGT00390000012561.a.q	ENSGT00390000016820	ENSGT00390000014900.b.b.a
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	212												ENSCABG00000000615	ENSCABG00000000463	ENSCABG00000000316	ITGB8 (ENSCABG00000000271)	MACC1 (ENSCABG00000000257) #22
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	11	NUP42 (ENSGEVG00005018404)	KLHL7 (ENSGEVG00005018379)	HYCC1 (ENSGEVG00005018341)	ENSGEVG00005018258 #17	TOMM7 (ENSGEVG00005018229)	IL6 (ENSGEVG00005018173)	RAPGEF5 (ENSGEVG00005018050) #18	CDCA7L (ENSGEVG00005017998)	DNAH11 (ENSGEVG00005015389) #19	SP4 (ENSGEVG00005014942)	SP8 (ENSGEVG00005014907) #20	ABCB5 (ENSGEVG00005014091)	ENSGEVG00005013240	ENSGEVG00005013142	ITGB8 (ENSGEVG00005012960)	MACC1 (ENSGEVG00005012771) #22	ENSGEVG00005012739	ENSGEVG00005012707	POLR1F (ENSGEVG00005012571)	FERD3L (ENSGEVG00005012548)	TWIST1 (ENSGEVG00005012530)	HDAC9 (ENSGEVG00005012001)	SNX13 (ENSGEVG00005011797)	AHR (ENSGEVG00005011706) #28	AGR3 (ENSGEVG00005011646)	AGR2 (ENSGEVG00005011579)	TSPAN13 (ENSGEVG00005011518)	ENSGEVG00005011416	ENSGEVG00005011387	ANKMY2 (ENSGEVG00005011366)	SOSTDC1 (ENSGEVG00005011342)
Chinese turtle	MODERN SPECIES	2225	NUP42 (ENSPSIG00000013521)	KLHL7 (ENSPSIG00000012005)	HYCC1 (ENSPSIG00000011903)	ENSPSIG00000010849 #17	ENSPSIG00000010835	IL6 (ENSPSIG00000009973)	RAPGEF5 (ENSPSIG00000008835) #18	CDCA7L (ENSPSIG00000007953)	ENSPSIG00000009884 #19	ENSPSIG00000009872 #19	SP4 (ENSPSIG00000009131)	ABCB5 (ENSPSIG00000005929)	ENSPSIG00000005884	ENSPSIG00000000705	ITGB8 (ENSPSIG00000004844)	MACC1 (ENSPSIG00000004544) #22	TMEM196 (ENSPSIG00000004454)	POLR1F (ENSPSIG00000004395)	FERD3L (ENSPSIG00000000691)	HDAC9 (ENSPSIG00000011707)	SNX13 (ENSPSIG00000010516)	AHR (ENSPSIG00000010051) #28	AGR3 (ENSPSIG00000009745)	AGR2 (ENSPSIG00000009717)	TSPAN13 (ENSPSIG00000009127)	BZW2 (ENSPSIG00000008748)	ANKMY2 (ENSPSIG00000008255)	ENSPSIG00000008230	SOSTDC1 (ENSPSIG00000008202)	CRPPA (ENSPSIG00000007955)	MEOX2 (ENSPSIG00000007948)
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000166052	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00940000176107	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000166052	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00940000176107	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000166052	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00940000176107	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT01030000237867
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157167.y	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827.e	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000166052	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000176107	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a.e	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT01030000237867	ENSGT00390000014900.b.b.a
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000157167.y	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827.e	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000166052	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000176107	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a.e	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT01030000237867	ENSGT00390000014900.b.b.a
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000157167.y	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827.e.a	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000166052	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000176107	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a.e	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT01030000237867	ENSGT00390000014900.b.b.a
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	96	GPNMB (ENSNSUG00000015189)	NUP42 (ENSNSUG00000015190)	KLHL7 (ENSNSUG00000015191)	HYCC1 (ENSNSUG00000015192)	TOMM7 (ENSNSUG00000015194)	IL6 (ENSNSUG00000015195)	ENSNSUG00000015196 #18	RAPGEF5 (ENSNSUG00000015197) #18	DNAH11 (ENSNSUG00000015198) #19	ENSNSUG00000015298	ENSNSUG00000015299	SP8 (ENSNSUG00000015300) #20	ENSNSUG00000015301	ITGB8 (ENSNSUG00000015304)	ENSNSUG00000015307	MACC1 (ENSNSUG00000015308) #22	ENSNSUG00000015309	POLR1F (ENSNSUG00000015310)	TWIST1 (ENSNSUG00000015311)	ENSNSUG00000015312	ENSNSUG00000015314	ENSNSUG00000015317	SNX13 (ENSNSUG00000015318)	AHR (ENSNSUG00000015321) #28	AGR3 (ENSNSUG00000015322)	AGR2 (ENSNSUG00000015323)	TSPAN13 (ENSNSUG00000015326)	BZW2 (ENSNSUG00000015329)	ANKMY2 (ENSNSUG00000015330)	ENSNSUG00000015333	SOSTDC1 (ENSNSUG00000015335)
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	31	GPNMB (ENSPTXG00000013975)	NUP42 (ENSPTXG00000013972)	KLHL7 (ENSPTXG00000013969)	HYCC1 (ENSPTXG00000013968)	TOMM7 (ENSPTXG00000013967)	ENSPTXG00000013965	ENSPTXG00000013964 #18	RAPGEF5 (ENSPTXG00000013963) #18	DNAH11 (ENSPTXG00000013806) #19	ENSPTXG00000013777	SP8 (ENSPTXG00000013775) #20	ENSPTXG00000013773	ENSPTXG00000013771	ENSPTXG00000013769	ITGB8 (ENSPTXG00000013766)	MACC1 (ENSPTXG00000013764) #22	ENSPTXG00000013763	ENSPTXG00000013762	POLR1F (ENSPTXG00000013761)	FERD3L (ENSPTXG00000013759)	TWIST1 (ENSPTXG00000013757)	ENSPTXG00000013755	ENSPTXG00000013748	SNX13 (ENSPTXG00000013739)	AHR (ENSPTXG00000013738) #28	AGR3 (ENSPTXG00000013736)	AGR2 (ENSPTXG00000013735)	TSPAN13 (ENSPTXG00000013733)	BZW2 (ENSPTXG00000013730)	ANKMY2 (ENSPTXG00000013728)	SOSTDC1 (ENSPTXG00000013727)
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	1640																MACC1 (ENSLLTG00000002390) #22
Indian cobra	MODERN SPECIES	337	ENSNNAG00000013824	IGF2BP3 (ENSNNAG00000013753)	MALSU1 (ENSNNAG00000013741)	GPNMB (ENSNNAG00000013648)	NUP42 (ENSNNAG00000013600)	KLHL7 (ENSNNAG00000013544)	HYCC1 (ENSNNAG00000013425)	TOMM7 (ENSNNAG00000013408)	ENSNNAG00000013394	RAPGEF5 (ENSNNAG00000013329) #18	DNAH11 (ENSNNAG00000009701) #19	ENSNNAG00000009446	SP8 (ENSNNAG00000009420) #20	ENSNNAG00000008577	ITGB8 (ENSNNAG00000008483)	MACC1 (ENSNNAG00000008401) #22	ENSNNAG00000008385	ENSNNAG00000008374	POLR1F (ENSNNAG00000008362)	FERD3L (ENSNNAG00000008342)	TWIST1 (ENSNNAG00000008335)	ENSNNAG00000008312	ENSNNAG00000008268	ENSNNAG00000008127	SNX13 (ENSNNAG00000007803)	AHR (ENSNNAG00000007694) #28	AGR3 (ENSNNAG00000017489)	AGR2 (ENSNNAG00000017482)	TSPAN13 (ENSNNAG00000017475)	BZW2 (ENSNNAG00000017464)	SOSTDC1 (ENSNNAG00000017457)
Lizard	MODERN SPECIES	5	GPNMB (ENSACAG00000013625)	NUP42 (ENSACAG00000040314)	KLHL7 (ENSACAG00000013755)	HYCC1 (ENSACAG00000013949)	ENSACAG00000043261	TOMM7 (ENSACAG00000014032)	IL6 (ENSACAG00000029018)	RAPGEF5 (ENSACAG00000014038) #18	CDCA7L (ENSACAG00000014127)	DNAH11 (ENSACAG00000024709) #19	SP4 (ENSACAG00000014193)	ENSACAG00000041413	ENSACAG00000011331	ITGB8 (ENSACAG00000011506)	ENSACAG00000043443	MACC1 (ENSACAG00000011775) #22	TMEM196 (ENSACAG00000011804)	POLR1F (ENSACAG00000011817)	FERD3L (ENSACAG00000011821)	twist1 (ENSACAG00000011825)	ENSACAG00000025814	ENSACAG00000012095	SNX13 (ENSACAG00000012199)	AHR (ENSACAG00000023372) #28	AGR3 (ENSACAG00000012579)	agr2 (ENSACAG00000012587)	TSPAN13 (ENSACAG00000012640)	BZW2 (ENSACAG00000012646)	ANKMY2 (ENSACAG00000012769)	ENSACAG00000012804	SOSTDC1 (ENSACAG00000037311)
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000166052	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307.cb	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b
Common wall lizard	MODERN SPECIES	3	MALSU1 (ENSPMRG00000017403)	GPNMB (ENSPMRG00000017398)	NUP42 (ENSPMRG00000017384)	KLHL7 (ENSPMRG00000017351)	HYCC1 (ENSPMRG00000017338)	TOMM7 (ENSPMRG00000017328)	IL6 (ENSPMRG00000017322)	RAPGEF5 (ENSPMRG00000017301) #18	CDCA7L (ENSPMRG00000017287)	DNAH11 (ENSPMRG00000016097) #19	SP4 (ENSPMRG00000015846)	ENSPMRG00000015841	SP8 (ENSPMRG00000015834) #20	ENSPMRG00000015816	ITGB8 (ENSPMRG00000015810)	MACC1 (ENSPMRG00000015797) #22	TMEM196 (ENSPMRG00000015791)	POLR1F (ENSPMRG00000015787)	FERD3L (ENSPMRG00000015775)	TWIST1 (ENSPMRG00000015772)	HDAC9 (ENSPMRG00000015702)	SNX13 (ENSPMRG00000015679)	AHR (ENSPMRG00000015668) #28	AGR3 (ENSPMRG00000015660)	AGR2 (ENSPMRG00000015651)	BZW2 (ENSPMRG00000015636)	ANKMY2 (ENSPMRG00000015630)	TSPAN13 (ENSPMRG00000015628)	SOSTDC1 (ENSPMRG00000015624)	CRPPA (ENSPMRG00000015617)	ENSPMRG00000015612
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	5	ENSSMRG00000003455	MALSU1 (ENSSMRG00000003463)	GPNMB (ENSSMRG00000003470)	NUP42 (ENSSMRG00000003509)	KLHL7 (ENSSMRG00000003538)	HYCC1 (ENSSMRG00000003546)	TOMM7 (ENSSMRG00000003554)	ENSSMRG00000003556	RAPGEF5 (ENSSMRG00000003576) #18	CDCA7L (ENSSMRG00000003590)	DNAH11 (ENSSMRG00000003615) #19	SP4 (ENSSMRG00000005181)	SP8 (ENSSMRG00000005210) #20	ENSSMRG00000005214	ITGB8 (ENSSMRG00000007645)	MACC1 (ENSSMRG00000007651) #22	TMEM196 (ENSSMRG00000007653)	POLR1F (ENSSMRG00000007656)	FERD3L (ENSSMRG00000007660)	TWIST1 (ENSSMRG00000007669)	ENSSMRG00000007698	ENSSMRG00000007714	SNX13 (ENSSMRG00000007718)	AHR (ENSSMRG00000007757) #28	AGR3 (ENSSMRG00000007837)	AGR2 (ENSSMRG00000007838)	BZW2 (ENSSMRG00000007841)	ANKMY2 (ENSSMRG00000007843)	ENSSMRG00000007844	SOSTDC1 (ENSSMRG00000007929)	CRPPA (ENSSMRG00000007934)
tuatara	MODERN SPECIES	1878	IGF2BP3 (ENSSPUG00000006162)	MALSU1 (ENSSPUG00000006180)	GPNMB (ENSSPUG00000006192)	NUP42 (ENSSPUG00000006209)	KLHL7 (ENSSPUG00000006222)	HYCC1 (ENSSPUG00000006252)	TOMM7 (ENSSPUG00000006271)	ENSSPUG00000006284 #18	RAPGEF5 (ENSSPUG00000006313) #18	CDCA7L (ENSSPUG00000006361)	DNAH11 (ENSSPUG00000006480) #19	SP4 (ENSSPUG00000006899)	ABCB5 (ENSSPUG00000007032)	ENSSPUG00000007506	ITGB8 (ENSSPUG00000007535)	MACC1 (ENSSPUG00000007564) #22	ENSSPUG00000007578	ENSSPUG00000007583	POLR1F (ENSSPUG00000007595)	HDAC9 (ENSSPUG00000007631)	ENSSPUG00000007649	ENSSPUG00000007655	ENSSPUG00000007676
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00940000176107	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642
Theria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00940000176107	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b
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Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
Primates	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00940000163505.a.b	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00390000007456	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000163505.a.b	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00390000007456	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00910000148420	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182803.B.d.a.i.a	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000157795.b	ENSGT00940000153289.a.b
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Chimpanzee	DUPLICATION
Chimpanzee	MODERN SPECIES	20	TOMM7 (ENSPTRG00000018980)	ENSPTRG00000052763	ENSPTRG00000047418	IL6 (ENSPTRG00000018979)	ENSPTRG00000051768	ENSPTRG00000052284	RAPGEF5 (ENSPTRG00000018976) #18	ENSPTRG00000050953	CDCA7L (ENSPTRG00000018975)	DNAH11 (ENSPTRG00000049017) #19	SP4 (ENSPTRG00000018970)	ENSPTRG00000051657	SP8 (ENSPTRG00000018968) #20	ABCB5 (ENSPTRG00000018966)	ITGB8 (ENSPTRG00000018965)	MACC1 (ENSPTRG00000018964) #22	TMEM196 (ENSPTRG00000018963)	POLR1F (ENSPTRG00000018962)	FERD3L (ENSPTRG00000018961)	TWIST1 (ENSPTRG00000018960)	HDAC9 (ENSPTRG00000018959)	SNX13 (ENSPTRG00000018957)	AHR (ENSPTRG00000018955) #28	ENSPTRG00000050595	AGR3 (ENSPTRG00000018954)	AGR2 (ENSPTRG00000018953)	TSPAN13 (ENSPTRG00000018952)	BZW2 (ENSPTRG00000018951)	ANKMY2 (ENSPTRG00000018950)	ENSPTRG00000000567	LRRC72 (ENSPTRG00000028653)
Chimpanzee	MODERN SPECIES	583															ENSPTRG00000052863	ENSPTRG00000051620 #22
Bonobo	MODERN SPECIES	20	ENSPPAG00000022918	ENSPPAG00000035732	ENSPPAG00000034348	ENSPPAG00000041225 #18	ENSPPAG00000041457	CDCA7L (ENSPPAG00000037358)	DNAH11 (ENSPPAG00000043198) #19	ENSPPAG00000029065	SP4 (ENSPPAG00000035736)	ENSPPAG00000030781	ENSPPAG00000029131	ENSPPAG00000036145 #20	ABCB5 (ENSPPAG00000039922)	ENSPPAG00000028502	ITGB8 (ENSPPAG00000043938)	MACC1 (ENSPPAG00000030497) #22	TMEM196 (ENSPPAG00000028334)	POLR1F (ENSPPAG00000034623)	FERD3L (ENSPPAG00000010360)	ENSPPAG00000041192	HDAC9 (ENSPPAG00000043202)	SNX13 (ENSPPAG00000028500)	AHR (ENSPPAG00000030245) #28	ENSPPAG00000038575	AGR3 (ENSPPAG00000031582)	AGR2 (ENSPPAG00000037458)	TSPAN13 (ENSPPAG00000013639)	BZW2 (ENSPPAG00000029762)	ANKMY2 (ENSPPAG00000043278)	ENSPPAG00000036236	LRRC72 (ENSPPAG00000033885)
Human	MODERN SPECIES	19	MALSU1 (ENSG00000156928)	GPNMB (ENSG00000136235)	NUP42 (ENSG00000136243)	KLHL7 (ENSG00000122550)	HYCC1 (ENSG00000122591)	TOMM7 (ENSG00000196683)	IL6 (ENSG00000136244)	STEAP1B (ENSG00000105889)	RAPGEF5 (ENSG00000136237) #18	CDCA7L (ENSG00000164649)	DNAH11 (ENSG00000105877) #19	SP4 (ENSG00000105866)	SP8 (ENSG00000164651) #20	ABCB5 (ENSG00000004846)	ITGB8 (ENSG00000105855)	MACC1 (ENSG00000183742) #22	TMEM196 (ENSG00000173452)	POLR1F (ENSG00000105849)	FERD3L (ENSG00000146618)	TWIST1 (ENSG00000122691)	HDAC9 (ENSG00000048052)	PRPS1L1 (ENSG00000229937)	SNX13 (ENSG00000071189)	ENSG00000283321	AHR (ENSG00000106546) #28	AGR3 (ENSG00000173467)	AGR2 (ENSG00000106541)	TSPAN13 (ENSG00000106537)	BZW2 (ENSG00000136261)	ANKMY2 (ENSG00000106524)	LRRC72 (ENSG00000205858)
Gorilla	MODERN SPECIES	20	ENSGGOG00000025021	ENSGGOG00000028092	ENSGGOG00000036649	IL6 (ENSGGOG00000005335)	ENSGGOG00000001859	RAPGEF5 (ENSGGOG00000017128) #18	CDCA7L (ENSGGOG00000004782)	DNAH11 (ENSGGOG00000004748) #19	SP4 (ENSGGOG00000001332)	ENSGGOG00000025012	ENSGGOG00000025589	ENSGGOG00000001311	ABCB5 (ENSGGOG00000008618)	ENSGGOG00000039456	ITGB8 (ENSGGOG00000002471)	MACC1 (ENSGGOG00000005884) #22	TMEM196 (ENSGGOG00000005711)	TWISTNB (ENSGGOG00000026888)	FERD3L (ENSGGOG00000021943)	HDAC9 (ENSGGOG00000013656)	PRPS1L1 (ENSGGOG00000025809)	SNX13 (ENSGGOG00000010291)	AHR (ENSGGOG00000011367) #28	ENSGGOG00000038771	AGR3 (ENSGGOG00000003470)	AGR2 (ENSGGOG00000012859)	TSPAN13 (ENSGGOG00000011165)	BZW2 (ENSGGOG00000022223)	ANKMY2 (ENSGGOG00000007522)	ENSGGOG00000036669	LRRC72 (ENSGGOG00000005060)
Orangutan	MODERN SPECIES	20	NUP42 (ENSPPYG00000031100)	ENSPPYG00000029950	KLHL7 (ENSPPYG00000017736)	HYCC1 (ENSPPYG00000017738)	ENSPPYG00000017739	IL6 (ENSPPYG00000017740)	ENSPPYG00000017741	RAPGEF5 (ENSPPYG00000017742) #18	CDCA7L (ENSPPYG00000017744)	DNAH11 (ENSPPYG00000017745) #19	SP4 (ENSPPYG00000017746)	ENSPPYG00000039103	SP8 (ENSPPYG00000039855) #20	ABCB5 (ENSPPYG00000017748)	ITGB8 (ENSPPYG00000017749)	MACC1 (ENSPPYG00000017750) #22	TMEM196 (ENSPPYG00000017751)	POLR1F (ENSPPYG00000032278)	FERD3L (ENSPPYG00000017753)	TWIST1 (ENSPPYG00000017754)	HDAC9 (ENSPPYG00000017755)	SNX13 (ENSPPYG00000017757)	AHR (ENSPPYG00000017758) #28	AGR3 (ENSPPYG00000017760)	AGR2 (ENSPPYG00000017761)	TSPAN13 (ENSPPYG00000017762)	BZW2 (ENSPPYG00000017763)	ANKMY2 (ENSPPYG00000017764)	LRRC72 (ENSPPYG00000035210)	SOSTDC1 (ENSPPYG00000017767)	CRPPA (ENSPPYG00000017768)
Gibbon	MODERN SPECIES	1	ENSNLEG00000016798	HYCC1 (ENSNLEG00000016785)	ENSNLEG00000032170	ENSNLEG00000016777	RAPGEF5 (ENSNLEG00000016769) #18	CDCA7L (ENSNLEG00000016758)	DNAH11 (ENSNLEG00000016739) #19	ENSNLEG00000029437	SP4 (ENSNLEG00000016733)	ENSNLEG00000026698	ENSNLEG00000032580	ENSNLEG00000032986	SP8 (ENSNLEG00000016729) #20	ABCB5 (ENSNLEG00000016694)	ITGB8 (ENSNLEG00000016686)	MACC1 (ENSNLEG00000016683) #22	TMEM196 (ENSNLEG00000016677)	POLR1F (ENSNLEG00000035755)	FERD3L (ENSNLEG00000019265)	ENSNLEG00000019263	HDAC9 (ENSNLEG00000016612)	SNX13 (ENSNLEG00000016555)	AHR (ENSNLEG00000016550) #28	AGR3 (ENSNLEG00000016546)	AGR2 (ENSNLEG00000016530)	TSPAN13 (ENSNLEG00000016510)	BZW2 (ENSNLEG00000016417)	ANKMY2 (ENSNLEG00000016394)	ENSNLEG00000033414	LRRC72 (ENSNLEG00000016389)	SOSTDC1 (ENSNLEG00000016384)
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00940000163505.a.b	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00390000007456	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000162047.h	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000163505.a.b	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00390000007456	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000017606.a.a.i.a.b.a.a.c.b	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000162047.h	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000163505.a.b.a.a	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00390000007456	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000017606.a.a.i.a.b.a.a.c.b	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000162047.h	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00940000163505.a.b.a.a	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00390000007456	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00390000006548.b.j.a.d	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00940000163505.a.b.a.a	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00390000007456	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00390000006548.b.j.a.d	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
Rhesus	MODERN SPECIES	13	MALSU1 (ENSMMUG00000061041)	GPNMB (ENSMMUG00000012648)	ENSMMUG00000064876	NUP42 (ENSMMUG00000001560)	KLHL7 (ENSMMUG00000001562)	HYCC1 (ENSMMUG00000000517)	TOMM7 (ENSMMUG00000065311)	IL6 (ENSMMUG00000019983)	ENSMMUG00000056674	RAPGEF5 (ENSMMUG00000002987) #18	CDCA7L (ENSMMUG00000022766)	SP4 (ENSMMUG00000021684)	SP8 (ENSMMUG00000003722) #20	ABCB5 (ENSMMUG00000007821)	ITGB8 (ENSMMUG00000006898)	MACC1 (ENSMMUG00000022683) #22	TMEM196 (ENSMMUG00000009610)	POLR1F (ENSMMUG00000009609)	HDAC9 (ENSMMUG00000011170)	ENSMMUG00000053098	PRPS1L1 (ENSMMUG00000009748)	SNX13 (ENSMMUG00000021915)	ENSMMUG00000062260	AHR (ENSMMUG00000012203) #28	ENSMMUG00000031775	ENSMMUG00000051849	AGR3 (ENSMMUG00000016017)	AGR2 (ENSMMUG00000017050)	TSPAN13 (ENSMMUG00000017049)	BZW2 (ENSMMUG00000017045)	ANKMY2 (ENSMMUG00000017041)
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	13	ENSMFAG00000035836	IL6 (ENSMFAG00000000229)	ENSMFAG00000054566	ENSMFAG00000051658	RAPGEF5 (ENSMFAG00000002425) #18	CDCA7L (ENSMFAG00000001391)	DNAH11 (ENSMFAG00000044423) #19	SP4 (ENSMFAG00000002740)	SP8 (ENSMFAG00000055927) #20	ABCB5 (ENSMFAG00000020450)	ENSMFAG00000054030	ENSMFAG00000062991	ENSMFAG00000065699	ENSMFAG00000034604	ITGB8 (ENSMFAG00000000217)	MACC1 (ENSMFAG00000031393) #22	TMEM196 (ENSMFAG00000049094)	POLR1F (ENSMFAG00000045328)	ENSMFAG00000029127	FERD3L (ENSMFAG00000019773)	TWIST1 (ENSMFAG00000045982)	ENSMFAG00000051581	HDAC9 (ENSMFAG00000008589)	PRPS1L1 (ENSMFAG00000039072)	SNX13 (ENSMFAG00000039975)	ENSMFAG00000053612	AHR (ENSMFAG00000035664) #28	AGR3 (ENSMFAG00000035722)	AGR2 (ENSMFAG00000035645)	ENSMFAG00000003639	BZW2 (ENSMFAG00000002705)
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	534	MALSU1 (ENSMNEG00000035724)	GPNMB (ENSMNEG00000036790)	NUP42 (ENSMNEG00000006026)	KLHL7 (ENSMNEG00000036449)	HYCC1 (ENSMNEG00000024817)	ENSMNEG00000036770	IL6 (ENSMNEG00000003406)	RAPGEF5 (ENSMNEG00000032992) #18	CDCA7L (ENSMNEG00000038917)	DNAH11 (ENSMNEG00000037208) #19	SP4 (ENSMNEG00000038124)	ENSMNEG00000030054	SP8 (ENSMNEG00000028781) #20	ABCB5 (ENSMNEG00000043301)	ITGB8 (ENSMNEG00000037384)	MACC1 (ENSMNEG00000040192) #22	TMEM196 (ENSMNEG00000028154)	POLR1F (ENSMNEG00000041159)	ENSMNEG00000029122	FERD3L (ENSMNEG00000000812)	ENSMNEG00000003361	HDAC9 (ENSMNEG00000043567)	SNX13 (ENSMNEG00000040568)	AHR (ENSMNEG00000037051) #28	AGR3 (ENSMNEG00000030796)	AGR2 (ENSMNEG00000040536)	TSPAN13 (ENSMNEG00000035525)	BZW2 (ENSMNEG00000002080)	ANKMY2 (ENSMNEG00000029729)	LRRC72 (ENSMNEG00000040980)	SOSTDC1 (ENSMNEG00000042644)
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00390000007456	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000017606.a.a.i.a.b.a.a.c.b	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000162047.h	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00390000004524.c.a.a.b.b	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000017606.a.a.i.a.b.a.a.c.b	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000162047.h	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b
Drill	MODERN SPECIES	420	MALSU1 (ENSMLEG00000041736)	GPNMB (ENSMLEG00000042619)	NUP42 (ENSMLEG00000036917)	KLHL7 (ENSMLEG00000034863)	HYCC1 (ENSMLEG00000029209)	ENSMLEG00000026554	IL6 (ENSMLEG00000034011)	RAPGEF5 (ENSMLEG00000042037) #18	CDCA7L (ENSMLEG00000044429)	DNAH11 (ENSMLEG00000021317) #19	SP4 (ENSMLEG00000042211)	ENSMLEG00000035908	ENSMLEG00000041341	ABCB5 (ENSMLEG00000034697)	ITGB8 (ENSMLEG00000037210)	MACC1 (ENSMLEG00000044226) #22	ENSMLEG00000033513	TMEM196 (ENSMLEG00000044198)	POLR1F (ENSMLEG00000042783)	ENSMLEG00000034959	FERD3L (ENSMLEG00000018020)	TWIST1 (ENSMLEG00000036035)	ENSMLEG00000008070	HDAC9 (ENSMLEG00000035193)	SNX13 (ENSMLEG00000041046)	AHR (ENSMLEG00000029744) #28
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	147								CDCA7L (ENSCATG00000032002)	DNAH11 (ENSCATG00000022060) #19	SP4 (ENSCATG00000017624)	ENSCATG00000008206	SP8 (ENSCATG00000036724) #20	ABCB5 (ENSCATG00000044646)	ITGB8 (ENSCATG00000040735)	ENSCATG00000015015	MACC1 (ENSCATG00000030512) #22	ENSCATG00000035531	TMEM196 (ENSCATG00000038942)	POLR1F (ENSCATG00000035621)	FERD3L (ENSCATG00000018900)	ENSCATG00000018918	HDAC9 (ENSCATG00000037558)	SNX13 (ENSCATG00000042039)	AHR (ENSCATG00000044976) #28	AGR3 (ENSCATG00000035431)	AGR2 (ENSCATG00000037807)	TSPAN13 (ENSCATG00000035412)	BZW2 (ENSCATG00000040929)	ANKMY2 (ENSCATG00000034081)	LRRC72 (ENSCATG00000013629)	SOSTDC1 (ENSCATG00000038465)
Olive baboon	MODERN SPECIES	14	NUP42 (ENSPANG00000005682)	KLHL7 (ENSPANG00000025374)	HYCC1 (ENSPANG00000022515)	ENSPANG00000008241	IL6 (ENSPANG00000000700)	ENSPANG00000046282	RAPGEF5 (ENSPANG00000000701) #18	CDCA7L (ENSPANG00000012840)	DNAH11 (ENSPANG00000021596) #19	SP4 (ENSPANG00000006251)	SP8 (ENSPANG00000023061) #20	ENSPANG00000046908	ABCB5 (ENSPANG00000011492)	ENSPANG00000050246	ITGB8 (ENSPANG00000006887)	MACC1 (ENSPANG00000006404) #22	TMEM196 (ENSPANG00000045812)	POLR1F (ENSPANG00000015736)	ENSPANG00000029384	FERD3L (ENSPANG00000010936)	TWIST1 (ENSPANG00000041053)	ENSPANG00000038169	ENSPANG00000022056	ENSPANG00000045769	PRPS1L1 (ENSPANG00000015919)	SNX13 (ENSPANG00000004971)	AHR (ENSPANG00000002444) #28	AGR3 (ENSPANG00000013000)	ENSPANG00000025373	ANKMY2 (ENSPANG00000024070)	LRRC72 (ENSPANG00000015803)
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	13	MALSU1 (ENSCSAG00000013969)	GPNMB (ENSCSAG00000013965)	NUP42 (ENSCSAG00000013956)	KLHL7 (ENSCSAG00000013950)	HYCC1 (ENSCSAG00000013945)	TOMM7 (ENSCSAG00000013939)	IL6 (ENSCSAG00000013925)	RAPGEF5 (ENSCSAG00000013898) #18	CDCA7L (ENSCSAG00000013887)	DNAH11 (ENSCSAG00000013803) #19	SP4 (ENSCSAG00000013609)	SP8 (ENSCSAG00000013600) #20	ABCB5 (ENSCSAG00000013593)	ITGB8 (ENSCSAG00000013574)	ENSCSAG00000019608	MACC1 (ENSCSAG00000013560) #22	ENSCSAG00000013550	ENSCSAG00000013547	POLR1F (ENSCSAG00000013544)	FERD3L (ENSCSAG00000019609)	TWIST1 (ENSCSAG00000019610)	ENSCSAG00000013542	ENSCSAG00000013539	ENSCSAG00000013537	PRPS1L1 (ENSCSAG00000019611)	SNX13 (ENSCSAG00000013523)	AHR (ENSCSAG00000013508) #28	AGR3 (ENSCSAG00000013496)	AGR2 (ENSCSAG00000013491)	TSPAN13 (ENSCSAG00000013482)	BZW2 (ENSCSAG00000013474)
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	263				ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00390000002062.h	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00390000004524.c.a.a.b.b	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000162047.h	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	3303															ITGB8 (ENSRROG00000002836)	MACC1 (ENSRROG00000006887) #22	ENSRROG00000037451	TMEM196 (ENSRROG00000043909)	POLR1F (ENSRROG00000040155)	ENSRROG00000018167	FERD3L (ENSRROG00000012883)	TWIST1 (ENSRROG00000038605)	ENSRROG00000017726	HDAC9 (ENSRROG00000031560)	ENSRROG00000030725	ENSRROG00000031273
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	378		HYCC1 (ENSRBIG00000041875)	ENSRBIG00000043074	IL6 (ENSRBIG00000044039)	ENSRBIG00000022043	ENSRBIG00000029815	RAPGEF5 (ENSRBIG00000020324) #18	CDCA7L (ENSRBIG00000000806)	DNAH11 (ENSRBIG00000034224) #19	SP4 (ENSRBIG00000039879)	ENSRBIG00000003508	ENSRBIG00000034971	SP8 (ENSRBIG00000028482) #20	ABCB5 (ENSRBIG00000042594)	ITGB8 (ENSRBIG00000040861)	MACC1 (ENSRBIG00000033021) #22	ENSRBIG00000024429
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118.n	ENSGT00940000155602.a	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118.n	ENSGT00940000155602.a	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182803.B.d.a.i.a.fb.a	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118.n	ENSGT00940000155602.a	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182803.B.d.a.i.a.fb.a	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	109	CCNJL (ENSSBOG00000022971)	C1QTNF2 (ENSSBOG00000032053)	FAM200C (ENSSBOG00000018847)	SLU7 (ENSSBOG00000003225)	ENSSBOG00000012956	ATP10B (ENSSBOG00000031861)	ENSSBOG00000021032	GABRB2 (ENSSBOG00000006216)	GABRA6 (ENSSBOG00000028112)	GABRA1 (ENSSBOG00000029701)	GABRG2 (ENSSBOG00000027465)	NUDCD2 (ENSSBOG00000028393)	ENSSBOG00000027545	MAT2B (ENSSBOG00000035087)	ITGB8 (ENSSBOG00000028143)	MACC1 (ENSSBOG00000026938) #22	TMEM196 (ENSSBOG00000023617)	POLR1F (ENSSBOG00000023188)
Capuchin	MODERN SPECIES	45	KLHL7 (ENSCCAG00000031111)	ENSCCAG00000032424	FAM126A (ENSCCAG00000027272)	TOMM7 (ENSCCAG00000033041)	IL6 (ENSCCAG00000023712)	RAPGEF5 (ENSCCAG00000019957) #18	CDCA7L (ENSCCAG00000021172)	ENSCCAG00000037585	DNAH11 (ENSCCAG00000035150) #19	ENSCCAG00000035249	SP4 (ENSCCAG00000030472)	ENSCCAG00000033872	SP8 (ENSCCAG00000030995) #20	ABCB5 (ENSCCAG00000031192)	ITGB8 (ENSCCAG00000037918)	MACC1 (ENSCCAG00000013469) #22	TMEM196 (ENSCCAG00000030192)	POLR1F (ENSCCAG00000026416)	ENSCCAG00000020115	ENSCCAG00000019905	HDAC9 (ENSCCAG00000020834)	ENSCCAG00000027532	SNX13 (ENSCCAG00000030831)	ENSCCAG00000013414	AHR (ENSCCAG00000027846) #28	AGR3 (ENSCCAG00000035875)	AGR2 (ENSCCAG00000037867)	TSPAN13 (ENSCCAG00000020472)	BZW2 (ENSCCAG00000028749)	ANKMY2 (ENSCCAG00000038043)	LRRC72 (ENSCCAG00000031114)
Marmoset	MODERN SPECIES	20	ENSCJAG00000086172	NUP42 (ENSCJAG00000001466)	KLHL7 (ENSCJAG00000001422)	ENSCJAG00000072766	HYCC1 (ENSCJAG00000001415)	ENSCJAG00000077464	ENSCJAG00000047185	IL6 (ENSCJAG00000001400)	RAPGEF5 (ENSCJAG00000036784) #18	CDCA7L (ENSCJAG00000001351)	DNAH11 (ENSCJAG00000001301) #19	SP4 (ENSCJAG00000001282)	SP8 (ENSCJAG00000001245) #20	ABCB5 (ENSCJAG00000001194)	ITGB8 (ENSCJAG00000001171)	MACC1 (ENSCJAG00000001164) #22	TMEM196 (ENSCJAG00000001161)	POLR1F (ENSCJAG00000001148)	FERD3L (ENSCJAG00000038997)	TWIST1 (ENSCJAG00000048476)	HDAC9 (ENSCJAG00000001076)	ENSCJAG00000055908	ENSCJAG00000084748	ENSCJAG00000078064	PRPS1L1 (ENSCJAG00000084763)	SNX13 (ENSCJAG00000001040)	ENSCJAG00000072238	ENSCJAG00000080286	AHR (ENSCJAG00000001029) #28	AGR3 (ENSCJAG00000001020)	AGR2 (ENSCJAG00000000997)
Mas night monkey	MODERN SPECIES	1246															ENSANAG00000020388	MACC1 (ENSANAG00000025893) #22	TMEM196 (ENSANAG00000020365)	POLR1F (ENSANAG00000026418)
Tarsier	MODERN SPECIES	6203													ENSTSYG00000035852	ENSTSYG00000030857	ITGB8 (ENSTSYG00000005437)	MACC1 (ENSTSYG00000009061) #22
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	109	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833.k	ENSGT00390000014833.l	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	770	MALSU1 (ENSPCOG00000023462)	GPNMB (ENSPCOG00000018874)	ENSPCOG00000026578	KLHL7 (ENSPCOG00000019482)	HYCC1 (ENSPCOG00000027753)	TOMM7 (ENSPCOG00000025812)	ENSPCOG00000015406	RAPGEF5 (ENSPCOG00000024208) #18	CDCA7L (ENSPCOG00000006365)	ENSPCOG00000006256	DNAH11 (ENSPCOG00000015545) #19	SP4 (ENSPCOG00000014034)	SP8 (ENSPCOG00000010150) #20	ABCB5 (ENSPCOG00000019076)	ITGB8 (ENSPCOG00000020325)	MACC1 (ENSPCOG00000015984) #22	ENSPCOG00000013796	ENSPCOG00000004583	TMEM196 (ENSPCOG00000018528)	POLR1F (ENSPCOG00000017601)	HDAC9 (ENSPCOG00000022707)	ENSPCOG00000007173	SNX13 (ENSPCOG00000025896)	AHR (ENSPCOG00000027017) #28	AGR2 (ENSPCOG00000020586)	TSPAN13 (ENSPCOG00000000668)	BZW2 (ENSPCOG00000014275)	ANKMY2 (ENSPCOG00000017740)	LRRC72 (ENSPCOG00000025114)	SOSTDC1 (ENSPCOG00000015087)	ENSPCOG00000000682
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	513																MACC1 (ENSPSMG00000016327) #22	TMEM196 (ENSPSMG00000016348)	ENSPSMG00000016354	POLR1F (ENSPSMG00000016361)	FERD3L (ENSPSMG00000016366)	ENSPSMG00000016380	HDAC9 (ENSPSMG00000016568)	SNX13 (ENSPSMG00000016751)	ENSPSMG00000016770	AHR (ENSPSMG00000016802) #28	AGR3 (ENSPSMG00000016834)	AGR2 (ENSPSMG00000016851)	TSPAN13 (ENSPSMG00000016888)	BZW2 (ENSPSMG00000016967)	ANKMY2 (ENSPSMG00000017011)	LRRC72 (ENSPSMG00000017047)
Mouse lemur	MODERN SPECIES	2	IGF2BP3 (ENSMICG00000013683)	MALSU1 (ENSMICG00000033474)	GPNMB (ENSMICG00000013667)	NUP42 (ENSMICG00000046211)	KLHL7 (ENSMICG00000013635)	HYCC1 (ENSMICG00000006711)	TOMM7 (ENSMICG00000006709)	ENSMICG00000006701	RAPGEF5 (ENSMICG00000006685) #18	CDCA7L (ENSMICG00000008539)	DNAH11 (ENSMICG00000008480) #19	SP4 (ENSMICG00000034088)	SP8 (ENSMICG00000037978) #20	ABCB5 (ENSMICG00000013242)	ITGB8 (ENSMICG00000009239)	MACC1 (ENSMICG00000027329) #22	TMEM196 (ENSMICG00000028950)	POLR1F (ENSMICG00000036489)	ENSMICG00000033981 #26	HDAC9 (ENSMICG00000000850)	SNX13 (ENSMICG00000014067)	ENSMICG00000045138	AHR (ENSMICG00000011723) #28	AGR3 (ENSMICG00000013575)	AGR2 (ENSMICG00000015349)	TSPAN13 (ENSMICG00000015312)	BZW2 (ENSMICG00000015293)	ANKMY2 (ENSMICG00000009932)	ENSMICG00000036491	SOSTDC1 (ENSMICG00000015715)	CRPPA (ENSMICG00000047544)
Bushbaby	MODERN SPECIES	143	MALSU1 (ENSOGAG00000017157)	GPNMB (ENSOGAG00000017155)	NUP42 (ENSOGAG00000017153)	KLHL7 (ENSOGAG00000017098)	HYCC1 (ENSOGAG00000002456)	ENSOGAG00000029286 #17	ENSOGAG00000004177	RAPGEF5 (ENSOGAG00000013911) #18	CDCA7L (ENSOGAG00000009860)	DNAH11 (ENSOGAG00000009835) #19	SP4 (ENSOGAG00000007284)	ENSOGAG00000026884	ENSOGAG00000025614	ABCB5 (ENSOGAG00000009068)	ITGB8 (ENSOGAG00000003839)	MACC1 (ENSOGAG00000006910) #22	TMEM196 (ENSOGAG00000009193)	POLR1F (ENSOGAG00000009189)	FERD3L (ENSOGAG00000014773)	HDAC9 (ENSOGAG00000007864)	SNX13 (ENSOGAG00000001781)	AHR (ENSOGAG00000012656) #28
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00910000147441
Glires	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00910000147441
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00940000164009	ENSGT00390000014900.b.b.a
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000164009	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00940000154486.a.a.b ##28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000164009	ENSGT00390000014900.b.b.a
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00940000154486.a.a.b ##28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000164009	ENSGT00390000014900.b.b.a
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT01030000234536.b.b.b	ENSGT00950000183013.e.a.c.a.b.b.h.b.a.a.b	ENSGT00940000154411.`b.i.f.jc.a	ENSGT00940000158089	ENSGT00390000013743	ENSGT00940000156086	ENSGT00490000043432	ENSGT00940000154095.b.a	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT01050000244871.a.a.c.b.a.a.a.s	ENSGT01030000234536.b.b.b.m.b	ENSGT00940000154411.`b.i.f.jc.a	ENSGT00940000158089	ENSGT00390000013743	ENSGT00940000156086	ENSGT00490000043432	ENSGT00940000154095.b.a	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	62			ENSGT00940000154411.`b.i.f.jc.a	ENSGT00940000158089	ENSGT00390000013743	ENSGT00940000156086	ENSGT00490000043432	ENSGT00940000154095.b.a	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	251	Serpina11 (ENSCGRG00001017752)	ENSCGRG00001016854	ENSCGRG00001013015	Serpina6 (ENSCGRG00001011122)	Serpina10 (ENSCGRG00001010214)	Ppp4r4 (ENSCGRG00001011779)	ENSCGRG00001008114	ENSCGRG00001022623	Rapgef5 (ENSCGRG00001019381) #18	Cdca7l (ENSCGRG00001014444)	Dnah11 (ENSCGRG00001020590) #19	Sp4 (ENSCGRG00001021046)	Sp8 (ENSCGRG00001016188) #20	Abcb5 (ENSCGRG00001017932)	Itgb8 (ENSCGRG00001010627)	Macc1 (ENSCGRG00001006694) #22	Tmem196 (ENSCGRG00001024227)
Golden Hamster	MODERN SPECIES	786			ENSMAUG00000006032	Vipr2 (ENSMAUG00000006692)	Dync2i1 (ENSMAUG00000007405)	Esyt2 (ENSMAUG00000009011)	Ncapg2 (ENSMAUG00000009370)	ENSMAUG00000009615 #18	Cdca7l (ENSMAUG00000010583)	Dnah11 (ENSMAUG00000010352) #19	Sp4 (ENSMAUG00000016400)	Sp8 (ENSMAUG00000016898) #20	Abcb5 (ENSMAUG00000013511)	ENSMAUG00000018272	Itgb8 (ENSMAUG00000000108)	Macc1 (ENSMAUG00000014905) #22	Tmem196 (ENSMAUG00000015322)
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000166360	ENSGT00940000161491.d	ENSGT00940000153165.a.a.c.a	ENSGT00940000158089	ENSGT00390000013743	ENSGT00940000156086	ENSGT00490000043432	ENSGT00940000154095.b.a	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	5	Zfp386 (ENSPEMG00000024076)	Vipr2 (ENSPEMG00000023142)	Dync2i1 (ENSPEMG00000023457)	Esyt2 (ENSPEMG00000023634)	Ncapg2 (ENSPEMG00000022912)	Ptprn2 (ENSPEMG00000021727)	ENSPEMG00000025190	Rapgef5 (ENSPEMG00000021786) #18	Cdca7l (ENSPEMG00000014266)	Dnah11 (ENSPEMG00000022658) #19	Sp4 (ENSPEMG00000021781)	Sp8 (ENSPEMG00000022432) #20	Abcb5 (ENSPEMG00000022832)	ENSPEMG00000025194	Itgb8 (ENSPEMG00000021722)	Macc1 (ENSPEMG00000021443) #22	ENSPEMG00000024099	Tmem196 (ENSPEMG00000026386)
Prairie vole	MODERN SPECIES		ENSMOCG00000016119	Vipr2 (ENSMOCG00000018122)	Dync2i1 (ENSMOCG00000017481)	Esyt2 (ENSMOCG00000000676)	Ncapg2 (ENSMOCG00000022899)	Ptprn2 (ENSMOCG00000015064)	ENSMOCG00000001797	Rapgef5 (ENSMOCG00000008682) #18	Cdca7l (ENSMOCG00000017529)	Dnah11 (ENSMOCG00000015979) #19	Sp4 (ENSMOCG00000016482)	ENSMOCG00000022665	Sp8 (ENSMOCG00000004492) #20	ENSMOCG00000005454	Itgb8 (ENSMOCG00000005666)	Macc1 (ENSMOCG00000010286) #22	Tmem196 (ENSMOCG00000014000)	Pnn (ENSMOCG00000004573)	ENSMOCG00000003083	Gemin2 (ENSMOCG00000023031)	Sec23a (ENSMOCG00000004697)	ENSMOCG00000015761	Clec14a (ENSMOCG00000001508)	Sstr1 (ENSMOCG00000018730)	ENSMOCG00000008283	ENSMOCG00000013226	Foxa1 (ENSMOCG00000012361)	Mipol1 (ENSMOCG00000016950)	Slc25a21 (ENSMOCG00000013167)	Pax9 (ENSMOCG00000008657)	Nkx2-9 (ENSMOCG00000017035)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00950000183013.e.a.c.a.b.b.h.b.a.b.b.b.b.b	ENSGT01030000234536.b.b.b.o.b	ENSGT00940000154411.`b.i.f.jc.a	ENSGT00940000158089	ENSGT00390000013743	ENSGT00940000156086	ENSGT00490000043432	ENSGT00940000154095.b.a	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281
Mus	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00950000183013.e.a.c.a.b.b.h.b.a.a.b.b	ENSGT00950000183013.e.a.c.a.b.b.h.b.a.b.b.b.b.b.a	ENSGT00940000153165.a.a.c.a	ENSGT00940000158089	ENSGT00390000013743	ENSGT00940000156086	ENSGT00490000043432	ENSGT00940000154095.b.a	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00950000183013.e.a.c.a.b.b.h.b.a.b.b.b.b.b.b	ENSGT01030000234536.b.b.b.o.b	ENSGT00940000154411.`b.i.f.jc.a	ENSGT00940000158089	ENSGT00390000013743	ENSGT00940000156086	ENSGT00490000043432	ENSGT00940000154095.b.a	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00950000183013.e.a.c.a.b.b.h.b.a.b.b.b.b.a.b.a.b.a	ENSGT00950000183013.e.a.c.a.b.b.h.b.a.a.b.b.d.b.a.a	ENSGT00940000153165.a.a.c.a.g	ENSGT00940000158089	ENSGT00390000013743	ENSGT00940000156086	ENSGT00490000043432	ENSGT00940000154095.b.a	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00950000183013.e.a.c.a.b.b.h.b.a.b.b.b.b.a.b.a.b.a	ENSGT00950000183013.e.a.c.a.b.b.h.b.a.a.b.b.d.b.a.a	ENSGT00940000153165.a.a.c.a.g	ENSGT00940000158089	ENSGT00390000013743	ENSGT00940000156086	ENSGT00490000043432	ENSGT00940000154095.b.a	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281
spretus	MODERN SPECIES	3	MGP_SPRETEiJ_G0019027	MGP_SPRETEiJ_G0000071	Zfp386 (MGP_SPRETEiJ_G0019028)	Vipr2 (MGP_SPRETEiJ_G0019029)	Dync2i1 (MGP_SPRETEiJ_G0019030)	Esyt2 (MGP_SPRETEiJ_G0019031)	Ncapg2 (MGP_SPRETEiJ_G0019032)	Ptprn2 (MGP_SPRETEiJ_G0019033)	Rapgef5 (MGP_SPRETEiJ_G0019034) #18	Cdca7l (MGP_SPRETEiJ_G0019035)	Dnah11 (MGP_SPRETEiJ_G0019036) #19	Sp4 (MGP_SPRETEiJ_G0019037)	Sp8 (MGP_SPRETEiJ_G0019038) #20	Abcb5 (MGP_SPRETEiJ_G0019039)	Itgb8 (MGP_SPRETEiJ_G0019040)	Macc1 (MGP_SPRETEiJ_G0019041) #22	Tmem196 (MGP_SPRETEiJ_G0019042)
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3319	Stk31 (ENSMSIG00000018180)	Fam221a (ENSMSIG00000018134)	Ccdc126 (ENSMSIG00000018128)	Esyt2 (ENSMSIG00000017925)	ENSMSIG00000017915	Ncapg2 (ENSMSIG00000017853)	Ptprn2 (ENSMSIG00000017766)	ENSMSIG00000017759	Rapgef5 (ENSMSIG00000017670) #18	Cdca7l (ENSMSIG00000017635)	Dnah11 (ENSMSIG00000017415) #19	Sp4 (ENSMSIG00000017320)	Sp8 (ENSMSIG00000017284) #20	Abcb5 (ENSMSIG00000017217)	Itgb8 (ENSMSIG00000017155)	Macc1 (ENSMSIG00000017123) #22
Mouse	MODERN SPECIES	3	Ighv1-84 (ENSMUSG00000094940)	Ighv1-85 (ENSMUSG00000096150)	Zfp386 (ENSMUSG00000042063)	Vipr2 (ENSMUSG00000011171)	Dync2i1 (ENSMUSG00000042050)	Esyt2 (ENSMUSG00000021171)	Ncapg2 (ENSMUSG00000042029)	Ptprn2 (ENSMUSG00000056553)	Rapgef5 (ENSMUSG00000041992) #18	Cdca7l (ENSMUSG00000021175)	Dnah11 (ENSMUSG00000018581) #19	Sp4 (ENSMUSG00000025323)	Sp8 (ENSMUSG00000048562) #20	Abcb5 (ENSMUSG00000072791)	Itgb8 (ENSMUSG00000025321)	Macc1 (ENSMUSG00000041886) #22	Tmem196 (ENSMUSG00000048004)
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	3	Ighv1-47 (MGP_CAROLIEiJ_G0000064)	Ighv8-4 (MGP_CAROLIEiJ_G0000065)	Zfp386 (MGP_CAROLIEiJ_G0018176)	Vipr2 (MGP_CAROLIEiJ_G0018177)	Dync2i1 (MGP_CAROLIEiJ_G0018178)	Esyt2 (MGP_CAROLIEiJ_G0018179)	Ncapg2 (MGP_CAROLIEiJ_G0018180)	Ptprn2 (MGP_CAROLIEiJ_G0018181)	Rapgef5 (MGP_CAROLIEiJ_G0018182) #18	Cdca7l (MGP_CAROLIEiJ_G0018183)	Dnah11 (MGP_CAROLIEiJ_G0018184) #19	Sp4 (MGP_CAROLIEiJ_G0018185)	Sp8 (MGP_CAROLIEiJ_G0018186) #20	Abcb5 (MGP_CAROLIEiJ_G0018187)	Itgb8 (MGP_CAROLIEiJ_G0018188)	Macc1 (MGP_CAROLIEiJ_G0018189) #22	Tmem196 (MGP_CAROLIEiJ_G0018190)
Shrew mouse	MODERN SPECIES	20	Ighv1-47 (MGP_PahariEiJ_G0000052)	Ighv8-4 (MGP_PahariEiJ_G0000053)	Zfp386 (MGP_PahariEiJ_G0029936)	Vipr2 (MGP_PahariEiJ_G0029937)	Dync2i1 (MGP_PahariEiJ_G0029938)	Esyt2 (MGP_PahariEiJ_G0029939)	Ncapg2 (MGP_PahariEiJ_G0029940)	Ptprn2 (MGP_PahariEiJ_G0029941)	Rapgef5 (MGP_PahariEiJ_G0029942) #18	Cdca7l (MGP_PahariEiJ_G0029943)	Dnah11 (MGP_PahariEiJ_G0029944) #19	Sp4 (MGP_PahariEiJ_G0029945)	Sp8 (MGP_PahariEiJ_G0029946) #20	Abcb5 (MGP_PahariEiJ_G0029947)	Itgb8 (MGP_PahariEiJ_G0029948)	Macc1 (MGP_PahariEiJ_G0029949) #22	Tmem196 (MGP_PahariEiJ_G0029950)
Rat	MODERN SPECIES	16	ENSRNOG00000064569	Zfp386 (ENSRNOG00000004268)	Vipr2 (ENSRNOG00000004317)	Dync2i1 (ENSRNOG00000004520)	Esyt2 (ENSRNOG00000032391)	Ncapg2 (ENSRNOG00000004968)	Ptprn2 (ENSRNOG00000005003)	Rapgef5 (ENSRNOG00000005271) #18	Cdca7l (ENSRNOG00000005410)	Dnah11 (ENSRNOG00000005451) #19	Sp4 (ENSRNOG00000005472)	RGD1562420 (ENSRNOG00000005826)	Sp8 (ENSRNOG00000068174) #20	Abcb5 (ENSRNOG00000006398)	Itgb8 (ENSRNOG00000006569)	Macc1 (ENSRNOG00000037436) #22	Tmem196 (ENSRNOG00000037435)	ENSRNOG00000071153
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	413															Itgb8 (ENSNGAG00000008122)	Macc1 (ENSNGAG00000022757) #22	Tmem196 (ENSNGAG00000021516)	Polr1f (ENSNGAG00000022455)	Ferd3l (ENSNGAG00000012141)	Hdac9 (ENSNGAG00000023208)	Snx13 (ENSNGAG00000017668)	ENSNGAG00000009505 #28
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	49	ENSJJAG00000024157	Gpnmb (ENSJJAG00000016316)	Nupl2 (ENSJJAG00000016370)	Klhl7 (ENSJJAG00000020404)	Hycc1 (ENSJJAG00000010769)	Tomm7 (ENSJJAG00000015481)	ENSJJAG00000012041	Rapgef5 (ENSJJAG00000011120) #18	Cdca7l (ENSJJAG00000019084)	Dnah11 (ENSJJAG00000016436) #19	Sp4 (ENSJJAG00000005918)	ENSJJAG00000007215 #20	Abcb5 (ENSJJAG00000012546)	Itgb8 (ENSJJAG00000010258)	ENSJJAG00000022523	Macc1 (ENSJJAG00000011164) #22	ENSJJAG00000018343	Tmem196 (ENSJJAG00000016048)	Polr1f (ENSJJAG00000015887)	ENSJJAG00000002041	ENSJJAG00000007778	ENSJJAG00000022475	Snx13 (ENSJJAG00000023704)	ENSJJAG00000008319 ##28	Agr3 (ENSJJAG00000017440)	Agr2 (ENSJJAG00000008799)	Tspan13 (ENSJJAG00000009446)	Bzw2 (ENSJJAG00000016668)	Ankmy2 (ENSJJAG00000021161)	ENSJJAG00000023577	Sostdc1 (ENSJJAG00000010091)
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	391								ENSDORG00000023585 #18	Rapgef5 (ENSDORG00000007969) #18	Cdca7l (ENSDORG00000005901)	Dnah11 (ENSDORG00000005890) #19	Sp4 (ENSDORG00000029615)	Sp8 (ENSDORG00000024994) #20	Abcb5 (ENSDORG00000000201)	Itgb8 (ENSDORG00000000272)	Macc1 (ENSDORG00000010765) #22	ENSDORG00000029943	ENSDORG00000027869	Tmem196 (ENSDORG00000007796)	Polr1f (ENSDORG00000007795)	Ferd3l (ENSDORG00000012867)	ENSDORG00000023238	Snx13 (ENSDORG00000005766)	Ahr (ENSDORG00000007750) #28	ENSDORG00000029209	Agr3 (ENSDORG00000007740)	Agr2 (ENSDORG00000007734)	Tspan13 (ENSDORG00000030021)	Bzw2 (ENSDORG00000010878)	Ankmy2 (ENSDORG00000010876)	ENSDORG00000010873
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00910000147441
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	84									ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00910000147441
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	125									ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182803.B.d.a.i.a	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	13									RAPGEF5 (ENSUPAG00010013100) #18	CDCA7L (ENSUPAG00010013062)	DNAH11 (ENSUPAG00010012960) #19	SP4 (ENSUPAG00010012934)	SP8 (ENSUPAG00010012923) #20	ABCB5 (ENSUPAG00010012875)	ITGB8 (ENSUPAG00010012852)	MACC1 (ENSUPAG00010012815) #22	ENSUPAG00010012807	POLR1F (ENSUPAG00010012802)	FERD3L (ENSUPAG00010012798)	TWIST1 (ENSUPAG00010012792)	HDAC9 (ENSUPAG00010012420)	PRPS1L1 (ENSUPAG00010012410)	SNX13 (ENSUPAG00010012364)	AHR (ENSUPAG00010012350) #28	AGR3 (ENSUPAG00010012339)	AGR2 (ENSUPAG00010012328)	TSPAN13 (ENSUPAG00010012320)	BZW2 (ENSUPAG00010012281)	ANKMY2 (ENSUPAG00010012270)	ENSUPAG00010012260	SOSTDC1 (ENSUPAG00010012255)
Squirrel	MODERN SPECIES	146									RAPGEF5 (ENSSTOG00000026745) #18	CDCA7L (ENSSTOG00000010398)	DNAH11 (ENSSTOG00000010333) #19	SP4 (ENSSTOG00000010326)	SP8 (ENSSTOG00000028058) #20	ABCB5 (ENSSTOG00000027737)	ITGB8 (ENSSTOG00000016396)	MACC1 (ENSSTOG00000015506) #22	ENSSTOG00000031600	ENSSTOG00000032072	TMEM196 (ENSSTOG00000027635)	POLR1F (ENSSTOG00000022702)	FERD3L (ENSSTOG00000025739)	TWIST1 (ENSSTOG00000032264)	HDAC9 (ENSSTOG00000001518)	SNX13 (ENSSTOG00000001983)	AHR (ENSSTOG00000003086) #28	AGR3 (ENSSTOG00000028440)	AGR2 (ENSSTOG00000008843)	TSPAN13 (ENSSTOG00000008833)	BZW2 (ENSSTOG00000002506)	ANKMY2 (ENSSTOG00000002497)	LRRC72 (ENSSTOG00000027999)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	51									RAPGEF5 (ENSMMMG00000015646) #18	CDCA7L (ENSMMMG00000015620)	DNAH11 (ENSMMMG00000015540) #19	SP4 (ENSMMMG00000015532)	SP8 (ENSMMMG00000015521) #20	ENSMMMG00000015513	ITGB8 (ENSMMMG00000015498)	MACC1 (ENSMMMG00000015478) #22	ENSMMMG00000015455	POLR1F (ENSMMMG00000015448)	FERD3L (ENSMMMG00000015442)	TWIST1 (ENSMMMG00000015432)	HDAC9 (ENSMMMG00000015175)	PRPS1L1 (ENSMMMG00000015155)	SNX13 (ENSMMMG00000015118)	AHR (ENSMMMG00000015102) #28	AGR3 (ENSMMMG00000015096)	AGR2 (ENSMMMG00000015076)	TSPAN13 (ENSMMMG00000015067)	BZW2 (ENSMMMG00000015053)	ANKMY2 (ENSMMMG00000015031)	ENSMMMG00000015026	ENSMMMG00000015021
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	17	NUP42 (ENSSVLG00005019028)	ENSSVLG00005018885	ENSSVLG00005018849	HYCC1 (ENSSVLG00005018797)	ENSSVLG00005018594 #17	TOMM7 (ENSSVLG00005018533)	ENSSVLG00005018453	RAPGEF5 (ENSSVLG00005017502) #18	CDCA7L (ENSSVLG00005017354)	ENSSVLG00005017283	DNAH11 (ENSSVLG00005015034) #19	SP4 (ENSSVLG00005014734)	SP8 (ENSSVLG00005014678) #20	ABCB5 (ENSSVLG00005014277)	ITGB8 (ENSSVLG00005013971)	MACC1 (ENSSVLG00005013888) #22	ENSSVLG00005013765	TMEM196 (ENSSVLG00005013673)	POLR1F (ENSSVLG00005013559)	ENSSVLG00005013439	FERD3L (ENSSVLG00005013395)	TWIST1 (ENSSVLG00005013248)	ENSSVLG00005013183	HDAC9 (ENSSVLG00005012221)	PRPS1L1 (ENSSVLG00005012063)	ENSSVLG00005011929	ENSSVLG00005011888	ENSSVLG00005011843	AHR (ENSSVLG00005011696) #28	AGR3 (ENSSVLG00005011538)	AGR2 (ENSSVLG00005011419)
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182803.B.d.a.i.a	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000164009	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00940000157167	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000166044	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182803.B.d.a.i.a	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00940000157167	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000166044	ENSGT00950000182803.B.d.a.i.a	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	117	IGF2BP3 (ENSCLAG00000009835)	MALSU1 (ENSCLAG00000008469)	GPNMB (ENSCLAG00000004706)	NUP42 (ENSCLAG00000007547)	KLHL7 (ENSCLAG00000007077)	HYCC1 (ENSCLAG00000008734)	TOMM7 (ENSCLAG00000009880)	ENSCLAG00000009385	RAPGEF5 (ENSCLAG00000009347) #18	CDCA7L (ENSCLAG00000007779)	DNAH11 (ENSCLAG00000007590) #19	SP4 (ENSCLAG00000013285)	SP8 (ENSCLAG00000013238) #20	ABCB5 (ENSCLAG00000012805)	ITGB8 (ENSCLAG00000006980)	MACC1 (ENSCLAG00000005944) #22	TMEM196 (ENSCLAG00000013947)	POLR1F (ENSCLAG00000012696)	FERD3L (ENSCLAG00000017792)	HDAC9 (ENSCLAG00000007911)	SNX13 (ENSCLAG00000005253)	AHR (ENSCLAG00000005612) #28	AGR2 (ENSCLAG00000005464)	TSPAN13 (ENSCLAG00000012606)	BZW2 (ENSCLAG00000011809)	ANKMY2 (ENSCLAG00000010313)	ENSCLAG00000010495	SOSTDC1 (ENSCLAG00000009096)	CRPPA (ENSCLAG00000008000)	MEOX2 (ENSCLAG00000007831)	DGKB (ENSCLAG00000011522)
Degu	MODERN SPECIES	56	CCDC126 (ENSODEG00000009592)	ENSODEG00000009301	TRA2A (ENSODEG00000008335)	ENSODEG00000011195	MALSU1 (ENSODEG00000008210)	GPNMB (ENSODEG00000007447)	KLHL7 (ENSODEG00000007276)	HYCC1 (ENSODEG00000008398)	RAPGEF5 (ENSODEG00000007375) #18	CDCA7L (ENSODEG00000006644)	DNAH11 (ENSODEG00000010213) #19	SP4 (ENSODEG00000007953)	SP8 (ENSODEG00000007393) #20	ABCB5 (ENSODEG00000009297)	ITGB8 (ENSODEG00000006123)	MACC1 (ENSODEG00000006372) #22	ENSODEG00000006740	POLR1F (ENSODEG00000007222)	FERD3L (ENSODEG00000019445)	TWIST1 (ENSODEG00000008450)	ENSODEG00000007765	PRPS1L1 (ENSODEG00000019429)	ENSODEG00000007366	SNX13 (ENSODEG00000007084)	ENSODEG00000019583	AHR (ENSODEG00000006823) #28	ENSODEG00000008143	AGR2 (ENSODEG00000006586)	ENSODEG00000007541	BZW2 (ENSODEG00000007505)	ANKMY2 (ENSODEG00000008716)
Guinea pig	MODERN SPECIES	31								RAPGEF5 (ENSCPOG00000003046) #18	CDCA7L (ENSCPOG00000003655)	DNAH11 (ENSCPOG00000003632) #19	SP4 (ENSCPOG00000015154)	ENSCPOG00000007612	SP8 (ENSCPOG00000026910) #20	ABCB5 (ENSCPOG00000002896)	ITGB8 (ENSCPOG00000009110)	MACC1 (ENSCPOG00000003007) #22	TMEM196 (ENSCPOG00000013556)	POLR1F (ENSCPOG00000031651)	HDAC9 (ENSCPOG00000005468)	PRPS1L1 (ENSCPOG00000008036)	SNX13 (ENSCPOG00000009570)	AHR (ENSCPOG00000005481) #28	AGR2 (ENSCPOG00000000018)	TSPAN13 (ENSCPOG00000034690)	BZW2 (ENSCPOG00000011515)	ANKMY2 (ENSCPOG00000011512)	ENSCPOG00000011510	SOSTDC1 (ENSCPOG00000034288)	ENSCPOG00000000910	CRPPA (ENSCPOG00000023248)	MEOX2 (ENSCPOG00000026227)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	5	ENSHGLG00000016313	ENSHGLG00000016355	ENSHGLG00000045090 #17	TOMM7 (ENSHGLG00000006840)	ENSHGLG00000007816	ENSHGLG00000020842	ENSHGLG00000020692	RAPGEF5 (ENSHGLG00000013551) #18	CDCA7L (ENSHGLG00000005237)	ENSHGLG00000043520	DNAH11 (ENSHGLG00000014062) #19	SP4 (ENSHGLG00000014842)	SP8 (ENSHGLG00000041939) #20	ENSHGLG00000007430	ITGB8 (ENSHGLG00000009109)	MACC1 (ENSHGLG00000005625) #22	ENSHGLG00000040956	TMEM196 (ENSHGLG00000035074)	POLR1F (ENSHGLG00000010976)	FERD3L (ENSHGLG00000036051)	ENSHGLG00000033404	HDAC9 (ENSHGLG00000019023)	PRPS1L1 (ENSHGLG00000021217)	SNX13 (ENSHGLG00000018267)	ENSHGLG00000035349	AHR (ENSHGLG00000006373) #28	TSPAN13 (ENSHGLG00000010631)	AGR2 (ENSHGLG00000042591)	BZW2 (ENSHGLG00000011038)	ANKMY2 (ENSHGLG00000037184)	ENSHGLG00000009473
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00910000147494	ENSGT00940000157167	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878.e	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a
Rabbit	MODERN SPECIES	1	NUP42 (ENSOCUG00000014808)	KLHL7 (ENSOCUG00000014780)	HYCC1 (ENSOCUG00000006565)	ENSOCUG00000036787	ENSOCUG00000029441	ENSOCUG00000037710	ENSOCUG00000027471	RAPGEF5 (ENSOCUG00000015115) #18	ENSOCUG00000030459	ENSOCUG00000023674	CDCA7L (ENSOCUG00000014023)	SP4 (ENSOCUG00000015345)	ENSOCUG00000036529	ABCB5 (ENSOCUG00000010857)	ITGB8 (ENSOCUG00000002197)	MACC1 (ENSOCUG00000003618) #22	TMEM196 (ENSOCUG00000015153)	ENSOCUG00000015156	HDAC9 (ENSOCUG00000014444)	SNX13 (ENSOCUG00000001142)
Pika	MODERN SPECIES	3969																MACC1 (ENSOPRG00000017076) #22
Tree shrew	MODERN SPECIES	4464																MACC1 (ENSTBEG00000003089) #22
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182803.B.d.a.i.a	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013151.a.b #22
Hedgehog	MODERN SPECIES	7552																MACC1 (ENSEEUG00000004232) #22
Common shrew	MODERN SPECIES	5922																ENSSARG00000008285 #22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182803.B.d.a.j	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b
Suina	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182803.B.d.a.j	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
Pig	MODERN SPECIES	17	TOMM7 (ENSSSCG00000015384)	IL6 (ENSSSCG00000020970)	ENSSSCG00000015383 #18	ENSSSCG00000054384 #18	ENSSSCG00000035257	CDCA7L (ENSSSCG00000015380)	ENSSSCG00000042226	ENSSSCG00000042690	DNAH11 (ENSSSCG00000015379) #19	SP4 (ENSSSCG00000015378)	ENSSSCG00000052264	SP8 (ENSSSCG00000031078) #20	ENSSSCG00000053532	ABCB5 (ENSSSCG00000015377)	ITGB8 (ENSSSCG00000015375)	MACC1 (ENSSSCG00000024802) #22	TMEM196 (ENSSSCG00000015373)	POLR1F (ENSSSCG00000025298)	FERD3L (ENSSSCG00000015371)	TWIST1 (ENSSSCG00000058909)	HDAC9 (ENSSSCG00000015368)	SNX13 (ENSSSCG00000024761)	AHR (ENSSSCG00000030484) #28	AGR2 (ENSSSCG00000015363)	TSPAN13 (ENSSSCG00000015362)	BZW2 (ENSSSCG00000023118)	ANKMY2 (ENSSSCG00000015360)	LRRC72 (ENSSSCG00000015361)	SOSTDC1 (ENSSSCG00000021126)	ENSSSCG00000032864	CRPPA (ENSSSCG00000015358)
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	100	IGF2BP3 (ENSCWAG00000001238)	MALSU1 (ENSCWAG00000001279)	GPNMB (ENSCWAG00000001294)	NUP42 (ENSCWAG00000001329)	KLHL7 (ENSCWAG00000001386)	HYCC1 (ENSCWAG00000001425)	TOMM7 (ENSCWAG00000001462)	IL6 (ENSCWAG00000001472)	RAPGEF5 (ENSCWAG00000001550) #18	CDCA7L (ENSCWAG00000001771)	DNAH11 (ENSCWAG00000001922) #19	SP4 (ENSCWAG00000002318)	SP8 (ENSCWAG00000002346) #20	ABCB5 (ENSCWAG00000002372)	ITGB8 (ENSCWAG00000002423)	MACC1 (ENSCWAG00000002457) #22	TMEM196 (ENSCWAG00000002480)	POLR1F (ENSCWAG00000002503)	FERD3L (ENSCWAG00000002512)	TWIST1 (ENSCWAG00000002519)	HDAC9 (ENSCWAG00000002543)	ENSCWAG00000002602	SNX13 (ENSCWAG00000002619)	AHR (ENSCWAG00000002645) #28	AGR3 (ENSCWAG00000002657)	AGR2 (ENSCWAG00000002684)	TSPAN13 (ENSCWAG00000002711)	BZW2 (ENSCWAG00000002731)	ENSCWAG00000002763	ANKMY2 (ENSCWAG00000002772)	LRRC72 (ENSCWAG00000002793)
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182803.B.d.a.j	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182803.B.d.a.j	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000166333	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182803.B.d.a.j	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000166333	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT01000000221772	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000166333	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT01000000221772	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000166333	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT01000000221772	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b
Vaquita	MODERN SPECIES	20	NUP42 (ENSPSNG00000009532)	KLHL7 (ENSPSNG00000009482)	HYCC1 (ENSPSNG00000009328)	IL6 (ENSPSNG00000009204)	RAPGEF5 (ENSPSNG00000008908) #18	CDCA7L (ENSPSNG00000008676)	DNAH11 (ENSPSNG00000007306) #19	ENSPSNG00000007110	SP4 (ENSPSNG00000007062)	ENSPSNG00000006887	SP8 (ENSPSNG00000006838) #20	ENSPSNG00000009873	ENSPSNG00000009781	ENSPSNG00000009751	ITGB8 (ENSPSNG00000009703)	MACC1 (ENSPSNG00000009595) #22	TMEM196 (ENSPSNG00000009438)	POLR1F (ENSPSNG00000009354)	ENSPSNG00000009323	FERD3L (ENSPSNG00000009256)	TWIST1 (ENSPSNG00000009224)	ENSPSNG00000009173	HDAC9 (ENSPSNG00000009029)	SNX13 (ENSPSNG00000008877)	AHR (ENSPSNG00000008778) #28	AGR3 (ENSPSNG00000008700)	AGR2 (ENSPSNG00000008587)	TSPAN13 (ENSPSNG00000008556)	BZW2 (ENSPSNG00000008447)	ANKMY2 (ENSPSNG00000008375)	LRRC72 (ENSPSNG00000008276)
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT01000000221772	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b
Narwhal	MODERN SPECIES	306	NUP42 (ENSMMNG00015013671)	KLHL7 (ENSMMNG00015013694)	HYCC1 (ENSMMNG00015013717)	ENSMMNG00015013758	IL6 (ENSMMNG00015013785)	RAPGEF5 (ENSMMNG00015013835) #18	CDCA7L (ENSMMNG00015013916)	DNAH11 (ENSMMNG00015014124) #19	SP4 (ENSMMNG00015014456)	ENSMMNG00015014468	ENSMMNG00015014481	SP8 (ENSMMNG00015014490) #20	ENSMMNG00015014504	ENSMMNG00015014524	ITGB8 (ENSMMNG00015014541)	MACC1 (ENSMMNG00015014571) #22	TMEM196 (ENSMMNG00015014600)	POLR1F (ENSMMNG00015005418)	FERD3L (ENSMMNG00015005424)	TWIST1 (ENSMMNG00015005433)	ENSMMNG00015005446	HDAC9 (ENSMMNG00015005496)	ENSMMNG00015005627	SNX13 (ENSMMNG00015005684)	AHR (ENSMMNG00015005766) #28	AGR3 (ENSMMNG00015005889)	AGR2 (ENSMMNG00015005919)	TSPAN13 (ENSMMNG00015005939)	BZW2 (ENSMMNG00015005981)	ANKMY2 (ENSMMNG00015006034)	LRRC72 (ENSMMNG00015006074)
Dolphin	MODERN SPECIES	2305															ITGB8 (ENSTTRG00000015182)	MACC1 (ENSTTRG00000015174) #22
Blue whale	MODERN SPECIES	20	MALSU1 (ENSBMSG00010007370)	GPNMB (ENSBMSG00010007358)	NUP42 (ENSBMSG00010007347)	KLHL7 (ENSBMSG00010007329)	HYCC1 (ENSBMSG00010007306)	ENSBMSG00010007284	IL6 (ENSBMSG00010007260)	RAPGEF5 (ENSBMSG00010007194) #18	CDCA7L (ENSBMSG00010007132)	DNAH11 (ENSBMSG00010006886) #19	ENSBMSG00010006798	SP4 (ENSBMSG00010006784)	SP8 (ENSBMSG00010006762) #20	ABCB5 (ENSBMSG00010006722)	ITGB8 (ENSBMSG00010006675)	MACC1 (ENSBMSG00010006649) #22	ENSBMSG00010006634	TMEM196 (ENSBMSG00010006606)	POLR1F (ENSBMSG00010006586)	FERD3L (ENSBMSG00010006572)	TWIST1 (ENSBMSG00010006562)	ENSBMSG00010006554	HDAC9 (ENSBMSG00010006273)	ENSBMSG00010006178	SNX13 (ENSBMSG00010006158)	AHR (ENSBMSG00010006134) #28	AGR3 (ENSBMSG00010006105)	AGR2 (ENSBMSG00010006058)	TSPAN13 (ENSBMSG00010006035)	BZW2 (ENSBMSG00010006018)	ANKMY2 (ENSBMSG00010005991)
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602.j	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602.j	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602.j	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602.j	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	20	IGF2BP3 (ENSOARG00020006907)	MALSU1 (ENSOARG00020006835)	GPNMB (ENSOARG00020006751)	NUP42 (ENSOARG00020006652)	KLHL7 (ENSOARG00020006541)	FAM126A (ENSOARG00020006243)	TOMM7 (ENSOARG00020006206)	IL6 (ENSOARG00020006183)	RAPGEF5 (ENSOARG00020005723) #18	CDCA7L (ENSOARG00020005494)	DNAH11 (ENSOARG00020003395) #19	SP4 (ENSOARG00020003087)	SP8 (ENSOARG00020003038) #20	ABCB5 (ENSOARG00020002948)	ITGB8 (ENSOARG00020002879)	MACC1 (ENSOARG00020002851) #22	TMEM196 (ENSOARG00020002822)	POLR1F (ENSOARG00020002814)	FERD3L (ENSOARG00020002801)	TWIST1 (ENSOARG00020002796)	ENSOARG00020002790	HDAC9 (ENSOARG00020002586)	PRPS1L1 (ENSOARG00020002500)	SNX13 (ENSOARG00020002353)	AHR (ENSOARG00020002260) #28	AGR3 (ENSOARG00020002223)	AGR2 (ENSOARG00020002209)	TSPAN13 (ENSOARG00020002191)	BZW2 (ENSOARG00020002131)	ANKMY2 (ENSOARG00020002090)	LRRC72 (ENSOARG00020002072)
Goat	MODERN SPECIES	23	ENSCHIG00000002492	GPNMB (ENSCHIG00000022609)	NUP42 (ENSCHIG00000009608)	ENSCHIG00000026932	HYCC1 (ENSCHIG00000014509)	TOMM7 (ENSCHIG00000023448)	IL6 (ENSCHIG00000012291)	RAPGEF5 (ENSCHIG00000003129) #18	CDCA7L (ENSCHIG00000012867)	DNAH11 (ENSCHIG00000011401) #19	SP4 (ENSCHIG00000009631)	SP8 (ENSCHIG00000010739) #20	ABCB5 (ENSCHIG00000012373)	ENSCHIG00000008550	ITGB8 (ENSCHIG00000019429)	MACC1 (ENSCHIG00000015533) #22	TMEM196 (ENSCHIG00000024424)	POLR1F (ENSCHIG00000024078)	FERD3L (ENSCHIG00000010496)	ENSCHIG00000012294 #26	HDAC9 (ENSCHIG00000025824)	ENSCHIG00000020379	PRPS1L1 (ENSCHIG00000008267)	SNX13 (ENSCHIG00000014483)	AHR (ENSCHIG00000019440) #28	ENSCHIG00000022015	ENSCHIG00000025779	AGR3 (ENSCHIG00000018002)	AGR2 (ENSCHIG00000011890)	ENSCHIG00000014624	BZW2 (ENSCHIG00000020691)
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000000118	ENSGT00510000046985.h.b.a.a.a	ENSGT00940000155602.j	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00950000183087.A.a.a.a.a.a.a	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182803.B.d.a.i.a	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
American bison	MODERN SPECIES	2746															ITGB8 (ENSBBBG00000014566)	MACC1 (ENSBBBG00000009133) #22	ENSBBBG00000008586
Bos	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000000118	ENSGT00510000046985.h.b.a.a.a	ENSGT00940000155602.j	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00950000183087.A.a.a.a.a.a.a	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000000118	ENSGT00510000046985.h.b.a.a.a	ENSGT00940000155602.j	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00950000183087.A.a.a.a.a.a.a	ENSGT00390000014833.c	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT01100000263504.a.b.b.a.b	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00940000164207	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
Cow	MODERN SPECIES	23	NUP42 (ENSBTAG00000016014)	ENSBTAG00000049132	KLHL7 (ENSBTAG00000016010)	HYCC1 (ENSBTAG00000004575)	ENSBTAG00000033806	TOMM7 (ENSBTAG00000051150)	IL6 (ENSBTAG00000014921)	RAPGEF5 (ENSBTAG00000015539) #18	CDCA7L (ENSBTAG00000004976)	DNAH11 (ENSBTAG00000013078) #19	SP4 (ENSBTAG00000014389)	ENSBTAG00000045673	SP8 (ENSBTAG00000002604) #20	ABCB5 (ENSBTAG00000002595)	ITGB8 (ENSBTAG00000003709)	MACC1 (ENSBTAG00000003751) #22	TMEM196 (ENSBTAG00000044012)	POLR1F (ENSBTAG00000006721)	FERD3L (ENSBTAG00000039955)	TWIST1 (ENSBTAG00000046922)	HDAC9 (ENSBTAG00000003808)	PRPS1L1 (ENSBTAG00000033954)	SNX13 (ENSBTAG00000014074)	AHR (ENSBTAG00000007746) #28	ENSBTAG00000054646	AGR3 (ENSBTAG00000045578)	AGR2 (ENSBTAG00000024406)	TSPAN13 (ENSBTAG00000012805)	BZW2 (ENSBTAG00000014262)	ANKMY2 (ENSBTAG00000010980)	LRRC72 (ENSBTAG00000034091)
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	23	GPNMB (ENSBIXG00005020528)	NUP42 (ENSBIXG00005020467)	ENSBIXG00005020450	HYCC1 (ENSBIXG00005020386)	ENSBIXG00005020345	ENSBIXG00005003415	IL6 (ENSBIXG00005003399)	RAPGEF5 (ENSBIXG00005003316) #18	CDCA7L (ENSBIXG00005019995)	DNAH11 (ENSBIXG00005005738) #19	SP4 (ENSBIXG00005003251)	ENSBIXG00005019802	SP8 (ENSBIXG00005003233) #20	ABCB5 (ENSBIXG00005007058)	ITGB8 (ENSBIXG00005019604)	MACC1 (ENSBIXG00005003175) #22	POLR1F (ENSBIXG00005019440)	FERD3L (ENSBIXG00005019410)	TWIST1 (ENSBIXG00005003158)	HDAC9 (ENSBIXG00005003141)	PRPS1L1 (ENSBIXG00005019014)	SNX13 (ENSBIXG00005018950)	AHR (ENSBIXG00005018791) #28	ENSBIXG00005003040	AGR3 (ENSBIXG00005018725)	AGR2 (ENSBIXG00005018693)	TSPAN13 (ENSBIXG00005018680)	ENSBIXG00005018651	BZW2 (ENSBIXG00005018638)	ANKMY2 (ENSBIXG00005018589)	LRRC72 (ENSBIXG00005018544)
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00510000046985.h.b.a.a.a	ENSGT00940000155602.j	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00950000183087.A.a.a.a.a.a.a	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412
Domestic yak	MODERN SPECIES	23	ENSBGRG00000000725	HYCC1 (ENSBGRG00000000758)	ENSBGRG00000000814	ENSBGRG00000000842	ENSBGRG00000000852	TOMM7 (ENSBGRG00000000858)	IL6 (ENSBGRG00000000868)	RAPGEF5 (ENSBGRG00000000895) #18	CDCA7L (ENSBGRG00000000922)	DNAH11 (ENSBGRG00000001054) #19	SP4 (ENSBGRG00000001146)	ENSBGRG00000001176	SP8 (ENSBGRG00000001195) #20	ABCB5 (ENSBGRG00000001233)	ITGB8 (ENSBGRG00000001411)	MACC1 (ENSBGRG00000001496) #22	POLR1F (ENSBGRG00000001608)	ENSBGRG00000001639	ENSBGRG00000001648	TWIST1 (ENSBGRG00000001656)	HDAC9 (ENSBGRG00000001751)	ENSBGRG00000002126	PRPS1L1 (ENSBGRG00000002154)	SNX13 (ENSBGRG00000002167)	AHR (ENSBGRG00000002193) #28	AGR3 (ENSBGRG00000002262)	TSPAN13 (ENSBGRG00000002298)	AGR2 (ENSBGRG00000002340)	BZW2 (ENSBGRG00000002382)	ANKMY2 (ENSBGRG00000002430)	LRRC72 (ENSBGRG00000002501)
Wild yak	MODERN SPECIES	2238														ENSBMUG00000017078	ITGB8 (ENSBMUG00000017068)	MACC1 (ENSBMUG00000017054) #22
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	88	IGF2BP3 (ENSMMSG00000024420)	MALSU1 (ENSMMSG00000024421)	GPNMB (ENSMMSG00000024422)	NUP42 (ENSMMSG00000024423)	ENSMMSG00000024424	HYCC1 (ENSMMSG00000024425)	TOMM7 (ENSMMSG00000024427)	ENSMMSG00000024428	RAPGEF5 (ENSMMSG00000024430) #18	CDCA7L (ENSMMSG00000024433)	DNAH11 (ENSMMSG00000024436) #19	SP4 (ENSMMSG00000024444)	SP8 (ENSMMSG00000024446) #20	ABCB5 (ENSMMSG00000024447)	ITGB8 (ENSMMSG00000024452)	MACC1 (ENSMMSG00000024454) #22	TMEM196 (ENSMMSG00000024455)	POLR1F (ENSMMSG00000024457)	FERD3L (ENSMMSG00000024458)	TWIST1 (ENSMMSG00000024459)	HDAC9 (ENSMMSG00000024464)	PRPS1L1 (ENSMMSG00000024467)	SNX13 (ENSMMSG00000024469)	AHR (ENSMMSG00000024470) #28	AGR3 (ENSMMSG00000024472)	AGR2 (ENSMMSG00000024474)	TSPAN13 (ENSMMSG00000024475)	BZW2 (ENSMMSG00000024478)	ANKMY2 (ENSMMSG00000024481)	LRRC72 (ENSMMSG00000024485)	SOSTDC1 (ENSMMSG00000024487)
Yarkand deer	MODERN SPECIES	9	ENSCHYG00000012174	ENSCHYG00000012166	ENSCHYG00000012138	HYCC1 (ENSCHYG00000011929)	ENSCHYG00000011839	ENSCHYG00000011799	RAPGEF5 (ENSCHYG00000011187) #18	CDCA7L (ENSCHYG00000010925)	DNAH11 (ENSCHYG00000010690) #19	SP4 (ENSCHYG00000010584)	ENSCHYG00000010564	ENSCHYG00000010545	SP8 (ENSCHYG00000010508) #20	ABCB5 (ENSCHYG00000010073)	ITGB8 (ENSCHYG00000009946)	MACC1 (ENSCHYG00000009890) #22	ENSCHYG00000009866	TMEM196 (ENSCHYG00000009756)	POLR1F (ENSCHYG00000009700)	FERD3L (ENSCHYG00000009629)	ENSCHYG00000009595 #26	ENSCHYG00000009538	HDAC9 (ENSCHYG00000008905)	PRPS1L1 (ENSCHYG00000008702)	SNX13 (ENSCHYG00000008391)	AHR (ENSCHYG00000008314) #28	ENSCHYG00000008294	AGR3 (ENSCHYG00000008239)	AGR2 (ENSCHYG00000008193)	TSPAN13 (ENSCHYG00000008162)	ENSCHYG00000008119
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
Arabian camel	MODERN SPECIES	33	IGF2BP3 (ENSCDRG00005000158)	MALSU1 (ENSCDRG00005000140)	GPNMB (ENSCDRG00005000107)	KLHL7 (ENSCDRG00005007279)	ENSCDRG00005007248	HYCC1 (ENSCDRG00005007124)	IL6 (ENSCDRG00005006980)	TOMM7 (ENSCDRG00005006889)	RAPGEF5 (ENSCDRG00005006590) #18	CDCA7L (ENSCDRG00005006381)	DNAH11 (ENSCDRG00005006248) #19	SP4 (ENSCDRG00005006199)	SP8 (ENSCDRG00005006175) #20	ABCB5 (ENSCDRG00005006056)	ITGB8 (ENSCDRG00005006022)	MACC1 (ENSCDRG00005005995) #22	TMEM196 (ENSCDRG00005005947)	POLR1F (ENSCDRG00005005934)	ENSCDRG00005005921	FERD3L (ENSCDRG00005005910)	TWIST1 (ENSCDRG00005005895)	ENSCDRG00005005889	HDAC9 (ENSCDRG00005005657)	PRPS1L1 (ENSCDRG00005005612)	SNX13 (ENSCDRG00005005525)	AHR (ENSCDRG00005005491) #28	AGR3 (ENSCDRG00005005423)	AGR2 (ENSCDRG00005005382)	TSPAN13 (ENSCDRG00005005346)	BZW2 (ENSCDRG00005005277)	ANKMY2 (ENSCDRG00005005234)
Alpaca	MODERN SPECIES	991											CDCA7L (ENSVPAG00000002091)	DNAH11 (ENSVPAG00000002089) #19	SP8 (ENSVPAG00000002087) #20	ABCB5 (ENSVPAG00000002086)	ITGB8 (ENSVPAG00000002085)	MACC1 (ENSVPAG00000002084) #22	TMEM196 (ENSVPAG00000002082)	POLR1F (ENSVPAG00000002079)
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00910000147441
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182803.B.d.a.i.a	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182803.B.d.a.i.a	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B.f	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT01020000230346.C.f	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182803.B.d.a.i.a	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b.t	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a.k	ENSGT00390000016820
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B.f	ENSGT00940000165902.c	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT01020000230346.C.f	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b.t	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a.k	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
American black bear	MODERN SPECIES	2192															ITGB8 (ENSUAMG00000001425)	MACC1 (ENSUAMG00000001498) #22
Polar bear	MODERN SPECIES	133	MALSU1 (ENSUMAG00000000343)	GPNMB (ENSUMAG00000000319)	ENSUMAG00000000307	NUP42 (ENSUMAG00000000302)	KLHL7 (ENSUMAG00000000283)	HYCC1 (ENSUMAG00000000269)	ENSUMAG00000000168	IL6 (ENSUMAG00000000079)	RAPGEF5 (ENSUMAG00000022363) #18	CDCA7L (ENSUMAG00000022358)	DNAH11 (ENSUMAG00000022264) #19	SP4 (ENSUMAG00000022248)	ENSUMAG00000022244	ABCB5 (ENSUMAG00000022237)	ITGB8 (ENSUMAG00000022227)	MACC1 (ENSUMAG00000022210) #22	ENSUMAG00000022206	POLR1F (ENSUMAG00000022203)	FERD3L (ENSUMAG00000022200)	ENSUMAG00000022199	ENSUMAG00000022197	ENSUMAG00000022196	ENSUMAG00000022191	HDAC9 (ENSUMAG00000022181)	SNX13 (ENSUMAG00000022159)	AHR (ENSUMAG00000022084) #28	AGR2 (ENSUMAG00000022071)	TSPAN13 (ENSUMAG00000022069)	BZW2 (ENSUMAG00000022044)	ANKMY2 (ENSUMAG00000022038)	LRRC72 (ENSUMAG00000022035)
Giant Panda	MODERN SPECIES		MALSU1 (ENSAMEG00000003483)	IGF2BP3 (ENSAMEG00000003485)	GPNMB (ENSAMEG00000003423)	NUP42 (ENSAMEG00000003404)	KLHL7 (ENSAMEG00000003365)	HYCC1 (ENSAMEG00000003342)	IL6 (ENSAMEG00000003313)	ENSAMEG00000030960	RAPGEF5 (ENSAMEG00000004037) #18	CDCA7L (ENSAMEG00000004021)	DNAH11 (ENSAMEG00000003851) #19	SP4 (ENSAMEG00000016154)	ENSAMEG00000031017	ABCB5 (ENSAMEG00000008608)	ITGB8 (ENSAMEG00000008573)	MACC1 (ENSAMEG00000008564) #22	TMEM196 (ENSAMEG00000029520)	POLR1F (ENSAMEG00000008558)	FERD3L (ENSAMEG00000019030)	ENSAMEG00000029364	ENSAMEG00000024869	HDAC9 (ENSAMEG00000008517)	PRPS1L1 (ENSAMEG00000018989)	SNX13 (ENSAMEG00000010639)	AHR (ENSAMEG00000010559) #28	AGR2 (ENSAMEG00000010541)	TSPAN13 (ENSAMEG00000010524)	ENSAMEG00000010473	ANKMY2 (ENSAMEG00000010451)	LRRC72 (ENSAMEG00000010446)	SOSTDC1 (ENSAMEG00000025181)
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182803.B.d.a.i.a	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
Ferret	MODERN SPECIES	171	MALSU1 (ENSMPUG00000013534)	GPNMB (ENSMPUG00000013540)	NUP42 (ENSMPUG00000013548)	KLHL7 (ENSMPUG00000013580)	HYCC1 (ENSMPUG00000013583)	TOMM7 (ENSMPUG00000013589)	IL6 (ENSMPUG00000013592)	RAPGEF5 (ENSMPUG00000013597) #18	CDCA7L (ENSMPUG00000013603)	DNAH11 (ENSMPUG00000013607) #19	SP4 (ENSMPUG00000013911)	ENSMPUG00000013913	SP8 (ENSMPUG00000013919) #20	ABCB5 (ENSMPUG00000013926)	ITGB8 (ENSMPUG00000013932)	MACC1 (ENSMPUG00000013939) #22	TMEM196 (ENSMPUG00000013945)	POLR1F (ENSMPUG00000013948)	HDAC9 (ENSMPUG00000013952)	ENSMPUG00000013956	PRPS1L1 (ENSMPUG00000019297)	SNX13 (ENSMPUG00000013958)	ENSMPUG00000019299	AHR (ENSMPUG00000013964) #28	ENSMPUG00000013969	ENSMPUG00000013972	AGR2 (ENSMPUG00000013980)	TSPAN13 (ENSMPUG00000013982)	BZW2 (ENSMPUG00000014004)	ANKMY2 (ENSMPUG00000014010)	ENSMPUG00000014014
American mink	MODERN SPECIES	24	MALSU1 (ENSNVIG00000013104)	GPNMB (ENSNVIG00000013107)	NUP42 (ENSNVIG00000013146)	KLHL7 (ENSNVIG00000013165)	HYCC1 (ENSNVIG00000013205)	ENSNVIG00000013324	IL6 (ENSNVIG00000013327)	RAPGEF5 (ENSNVIG00000013339) #18	CDCA7L (ENSNVIG00000013461)	DNAH11 (ENSNVIG00000013532) #19	SP4 (ENSNVIG00000013987)	ENSNVIG00000014010	SP8 (ENSNVIG00000014018) #20	ABCB5 (ENSNVIG00000014039)	ITGB8 (ENSNVIG00000014094)	MACC1 (ENSNVIG00000014137) #22	TMEM196 (ENSNVIG00000014172)	POLR1F (ENSNVIG00000014208)	FERD3L (ENSNVIG00000014221)	TWIST1 (ENSNVIG00000014227)	ENSNVIG00000014234	HDAC9 (ENSNVIG00000014244)	PRPS1L1 (ENSNVIG00000014716)	SNX13 (ENSNVIG00000014729)	AHR (ENSNVIG00000014868) #28	ENSNVIG00000014908	AGR2 (ENSNVIG00000014918)	TSN13 (ENSNVIG00000014934)	BZW2 (ENSNVIG00000014944)	ANKMY2 (ENSNVIG00000015020)	LRRC72 (ENSNVIG00000015048)
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00990000204321.a	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182803.B.d.a.i.a	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00910000147441
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00990000204321.a	ENSGT00390000000076.i	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00910000147441
Dog	MODERN SPECIES	5	KLHL7 (ENSCAFG00845009174)	ENSCAFG00845009158	ENSCAFG00845009143	FAM126A (ENSCAFG00845008950)	TOMM7 (ENSCAFG00845008876)	IL6 (ENSCAFG00845008825)	ENSCAFG00845008800	RAPGEF5 (ENSCAFG00845008384) #18	CDCA7L (ENSCAFG00845008168)	DNAH11 (ENSCAFG00845007920) #19	SP4 (ENSCAFG00845007811)	SP8 (ENSCAFG00845007758) #20	ABCB5 (ENSCAFG00845007641)	ENSCAFG00845007578	ITGB8 (ENSCAFG00845007494)	MACC1 (ENSCAFG00845007266) #22	TMEM196 (ENSCAFG00845007184)	POLR1F (ENSCAFG00845007146)	FERD3L (ENSCAFG00845007118)	TWIST1 (ENSCAFG00845007076)	HDAC9 (ENSCAFG00845006703)	PRPS1L1 (ENSCAFG00845006516)	SNX13 (ENSCAFG00845006012)	ENSCAFG00845005897	AHR (ENSCAFG00845005867) #28	AGR2 (ENSCAFG00845005787)	TSPAN13 (ENSCAFG00845005750)	BZW2 (ENSCAFG00845005705)	ANKMY2 (ENSCAFG00845005664)	LRRC72 (ENSCAFG00845005626)	SOSTDC1 (ENSCAFG00845005605)
Dingo	MODERN SPECIES	288	GPNMB (ENSCAFG00020002698)	NUP42 (ENSCAFG00020002692)	KLHL7 (ENSCAFG00020002690)	ENSCAFG00020002686	ENSCAFG00020002684	ENSCAFG00020002679	ENSCAFG00020002667	IL6 (ENSCAFG00020002653)	RAPGEF5 (ENSCAFG00020002605) #18	CDCA7L (ENSCAFG00020002598)	DNAH11 (ENSCAFG00020002292) #19	SP4 (ENSCAFG00020002253)	ABCB5 (ENSCAFG00020002187)	ENSCAFG00020002172	ITGB8 (ENSCAFG00020002163)	MACC1 (ENSCAFG00020002157) #22	ENSCAFG00020002143	POLR1F (ENSCAFG00020002140)	FERD3L (ENSCAFG00020002139)	TWIST1 (ENSCAFG00020002135)	HDAC9 (ENSCAFG00020001908)	PRPS1L1 (ENSCAFG00020001874)	SNX13 (ENSCAFG00020001653)	AHR (ENSCAFG00020001575) #28	AGR2 (ENSCAFG00020001560)	TSPAN13 (ENSCAFG00020001556)	BZW2 (ENSCAFG00020001541)	ANKMY2 (ENSCAFG00020001533)	LRRC72 (ENSCAFG00020001514)	SOSTDC1 (ENSCAFG00020001510)	ENSCAFG00020001504
Red fox	MODERN SPECIES	12	TRA2A (ENSVVUG00000001045)	IGF2BP3 (ENSVVUG00000001063)	GPNMB (ENSVVUG00000001105)	KLHL7 (ENSVVUG00000001128)	ENSVVUG00000001178	FAM126A (ENSVVUG00000001204)	ENSVVUG00000001303	IL6 (ENSVVUG00000001319)	RAPGEF5 (ENSVVUG00000001380) #18	CDCA7L (ENSVVUG00000001402)	DNAH11 (ENSVVUG00000002278) #19	SP4 (ENSVVUG00000008046)	SP8 (ENSVVUG00000008108) #20	ABCB5 (ENSVVUG00000008164)	ITGB8 (ENSVVUG00000008336)	MACC1 (ENSVVUG00000008370) #22	TMEM196 (ENSVVUG00000008383)	TWISTNB (ENSVVUG00000008386)	FERD3L (ENSVVUG00000008413)	ENSVVUG00000008415 #26	HDAC9 (ENSVVUG00000008429)	ENSVVUG00000008515	PRPS1L1 (ENSVVUG00000008539)	SNX13 (ENSVVUG00000008580)	ENSVVUG00000008596	AHR (ENSVVUG00000008606) #28	AGR2 (ENSVVUG00000008636)	TSPAN13 (ENSVVUG00000008663)	BZW2 (ENSVVUG00000008686)	ANKMY2 (ENSVVUG00000008716)	LRRC72 (ENSVVUG00000008740)
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00990000212408	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010.c	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00990000212408	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010.c	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
Tiger	MODERN SPECIES	293	ENSPTIG00000005612	IGF2BP3 (ENSPTIG00000006021)	MALSU1 (ENSPTIG00000007567)	GPNMB (ENSPTIG00000008247)	NUP42 (ENSPTIG00000009583)	KLHL7 (ENSPTIG00000010367)	HYCC1 (ENSPTIG00000015096)	TOMM7 (ENSPTIG00000015954)	IL6 (ENSPTIG00000016661)	RAPGEF5 (ENSPTIG00000018422) #18	CDCA7L (ENSPTIG00000006990)	ENSPTIG00000007171	SP4 (ENSPTIG00000016118)	ABCB5 (ENSPTIG00000016699)	ITGB8 (ENSPTIG00000018464)	MACC1 (ENSPTIG00000019121) #22	TMEM196 (ENSPTIG00000019937)	POLR1F (ENSPTIG00000021539)	FERD3L (ENSPTIG00000007267)	HDAC9 (ENSPTIG00000007997)	PRPS1L1 (ENSPTIG00000007401)	SNX13 (ENSPTIG00000021589)	AHR (ENSPTIG00000008421) #28	AGR2 (ENSPTIG00000010330)	TSPAN13 (ENSPTIG00000012079)	BZW2 (ENSPTIG00000013171)	ANKMY2 (ENSPTIG00000020367)	LRRC72 (ENSPTIG00000006972)	SOSTDC1 (ENSPTIG00000007605)	CRPPA (ENSPTIG00000009298)	MEOX2 (ENSPTIG00000010758)
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00990000212408	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010.c	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
lion	MODERN SPECIES	2	MALSU1 (ENSPLOG00000006242)	GPNMB (ENSPLOG00000006176)	NUP42 (ENSPLOG00000006139)	KLHL7 (ENSPLOG00000006071)	HYCC1 (ENSPLOG00000005987)	TOMM7 (ENSPLOG00000005923)	IL6 (ENSPLOG00000005885)	RAPGEF5 (ENSPLOG00000005752) #18	CDCA7L (ENSPLOG00000005663)	ENSPLOG00000005631	DNAH11 (ENSPLOG00000005484) #19	SP4 (ENSPLOG00000005405)	SP8 (ENSPLOG00000005374) #20	ABCB5 (ENSPLOG00000005325)	ITGB8 (ENSPLOG00000005294)	MACC1 (ENSPLOG00000005282) #22	TMEM196 (ENSPLOG00000005271)	POLR1F (ENSPLOG00000005258)	FERD3L (ENSPLOG00000005253)	TWIST1 (ENSPLOG00000005248)	ENSPLOG00000005242	ENSPLOG00000005234	HDAC9 (ENSPLOG00000005066)	PRPS1L1 (ENSPLOG00000004870)	SNX13 (ENSPLOG00000004829)	AHR (ENSPLOG00000004789) #28	AGR2 (ENSPLOG00000004751)	ENSPLOG00000004728	BZW2 (ENSPLOG00000004703)	ANKMY2 (ENSPLOG00000021257)	LRRC72 (ENSPLOG00000021220)
leopard	MODERN SPECIES	9	MALSU1 (ENSPPRG00000019365)	GPNMB (ENSPPRG00000022277)	NUP42 (ENSPPRG00000024188)	KLHL7 (ENSPPRG00000023124)	HYCC1 (ENSPPRG00000000882)	TOMM7 (ENSPPRG00000001184)	IL6 (ENSPPRG00000001365)	ENSPPRG00000002217 #18	ENSPPRG00000004234 #18	CDCA7L (ENSPPRG00000005070)	DNAH11 (ENSPPRG00000001981) #19	SP4 (ENSPPRG00000002366)	SP8 (ENSPPRG00000002787) #20	ABCB5 (ENSPPRG00000003288)	ITGB8 (ENSPPRG00000003937)	MACC1 (ENSPPRG00000004920) #22	TMEM196 (ENSPPRG00000005829)	POLR1F (ENSPPRG00000005877)	FERD3L (ENSPPRG00000021108)	TWIST1 (ENSPPRG00000021134)	ENSPPRG00000008154	HDAC9 (ENSPPRG00000016351)	PRPS1L1 (ENSPPRG00000021597)	SNX13 (ENSPPRG00000024953)	AHR (ENSPPRG00000024905) #28	AGR2 (ENSPPRG00000024722)	TSPAN13 (ENSPPRG00000024563)	BZW2 (ENSPPRG00000023909)	ANKMY2 (ENSPPRG00000023052)	LRRC72 (ENSPPRG00000022927)	SOSTDC1 (ENSPPRG00000022631)
Cat	MODERN SPECIES	1	IGF2BP3 (ENSFCAG00000030786)	MALSU1 (ENSFCAG00000029829)	GPNMB (ENSFCAG00000026148)	KLHL7 (ENSFCAG00000005805)	HYCC1 (ENSFCAG00000011016)	TOMM7 (ENSFCAG00000032204)	IL6 (ENSFCAG00000009165)	ENSFCAG00000047404	RAPGEF5 (ENSFCAG00000046261) #18	CDCA7L (ENSFCAG00000014417)	DNAH11 (ENSFCAG00000014410) #19	SP4 (ENSFCAG00000028758)	SP8 (ENSFCAG00000044413) #20	ABCB5 (ENSFCAG00000022127)	ITGB8 (ENSFCAG00000006893)	MACC1 (ENSFCAG00000022683) #22	TMEM196 (ENSFCAG00000036423)	POLR1F (ENSFCAG00000025987)	FERD3L (ENSFCAG00000010289)	TWIST1 (ENSFCAG00000039287)	ENSFCAG00000050205	ENSFCAG00000037065	HDAC9 (ENSFCAG00000025113)	ENSFCAG00000048315	SNX13 (ENSFCAG00000024117)	AHR (ENSFCAG00000005018) #28	AGR2 (ENSFCAG00000005428)	TSPAN13 (ENSFCAG00000030597)	BZW2 (ENSFCAG00000009109)	ANKMY2 (ENSFCAG00000009108)	LRRC72 (ENSFCAG00000022872)
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
Equus	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000162831	ENSGT00910000147712	ENSGT00940000160307	ENSGT00550000074801.g.a.s	ENSGT00950000182803.B.d.a.j	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820
Donkey	MODERN SPECIES		MALSU1 (ENSEASG00005021994)	GPNMB (ENSEASG00005021992)	NUP42 (ENSEASG00005035025)	KLHL7 (ENSEASG00005021979)	HYCC1 (ENSEASG00005021974)	TOMM7 (ENSEASG00005036304)	IL6 (ENSEASG00005021965)	ENSEASG00005021963 #18	ENSEASG00005035034 #18	CDCA7L (ENSEASG00005021958)	DNAH11 (ENSEASG00005021871) #19	SP4 (ENSEASG00005021731)	SP8 (ENSEASG00005021726) #20	ABCB5 (ENSEASG00005021722)	ITGB8 (ENSEASG00005021716)	MACC1 (ENSEASG00005021710) #22	TMEM196 (ENSEASG00005021706)	POLR1F (ENSEASG00005021702)	TWIST1 (ENSEASG00005021693)	ENSEASG00005021690	HDAC9 (ENSEASG00005021674)	ENSEASG00005030024	SNX13 (ENSEASG00005021639)	AHR (ENSEASG00005021632) #28	AGR3 (ENSEASG00005021631)	AGR2 (ENSEASG00005038028)	TSPAN13 (ENSEASG00005021628)	ENSEASG00005021624	ANKMY2 (ENSEASG00005021618)	LRRC72 (ENSEASG00005036050)	SOSTDC1 (ENSEASG00005038104)
Horse	MODERN SPECIES	25	HYCC1 (ENSECAG00000023479)	ENSECAG00000043335 #17	IL6 (ENSECAG00000016482)	ENSECAG00000055291	TOMM7 (ENSECAG00000021807)	RAPGEF5 (ENSECAG00000000395) #18	CDCA7L (ENSECAG00000022400)	DNAH11 (ENSECAG00000004819) #19	SP4 (ENSECAG00000023324)	ENSECAG00000043394	SP8 (ENSECAG00000040341) #20	ENSECAG00000054779	ABCB5 (ENSECAG00000011338)	ENSECAG00000048959	ITGB8 (ENSECAG00000019215)	MACC1 (ENSECAG00000017364) #22	TMEM196 (ENSECAG00000015956)	POLR1F (ENSECAG00000014563)	ENSECAG00000029412	ENSECAG00000059503	TWIST1 (ENSECAG00000033207)	ENSECAG00000018100	ENSECAG00000002478	HDAC9 (ENSECAG00000018816)	SNX13 (ENSECAG00000021498)	AHR (ENSECAG00000013393) #28	AGR3 (ENSECAG00000012283)	AGR2 (ENSECAG00000043283)	TSPAN13 (ENSECAG00000010623)	BZW2 (ENSECAG00000022038)	ANKMY2 (ENSECAG00000014046)
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880.a #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650 #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880.a #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	12	IGF2BP3 (ENSRFEG00010009439)	MALSU1 (ENSRFEG00010009519)	GPNMB (ENSRFEG00010009561)	KLHL7 (ENSRFEG00010009639)	HYCC1 (ENSRFEG00010009822)	ENSRFEG00010009909	TOMM7 (ENSRFEG00010009939)	IL6 (ENSRFEG00010009963)	RAPGEF5 (ENSRFEG00010010064) #18	CDCA7L (ENSRFEG00010010429)	DNAH11 (ENSRFEG00010010810) #19	SP4 (ENSRFEG00010014331)	SP8 (ENSRFEG00010014425) #20	ABCB5 (ENSRFEG00010014506)	ITGB8 (ENSRFEG00010015208)	MACC1 (ENSRFEG00010015272) #22	TMEM196 (ENSRFEG00010015350)	POLR1F (ENSRFEG00010015486)	FERD3L (ENSRFEG00010015525)	TWIST1 (ENSRFEG00010015542)	HDAC9 (ENSRFEG00010015571)	PRPS1L1 (ENSRFEG00010015977)	SNX13 (ENSRFEG00010016005)	AHR (ENSRFEG00010016099) #28	AGR3 (ENSRFEG00010016282)	AGR2 (ENSRFEG00010016349)	TSPAN13 (ENSRFEG00010016399)	BZW2 (ENSRFEG00010016448)	ANKMY2 (ENSRFEG00010016575)	LRRC72 (ENSRFEG00010016613)	SOSTDC1 (ENSRFEG00010016782)
Microbat	MODERN SPECIES	952											ENSMLUG00000013142 #19	SP4 (ENSMLUG00000013137)	ENSMLUG00000027283	ABCB5 (ENSMLUG00000002224)	ITGB8 (ENSMLUG00000008896)	MACC1 (ENSMLUG00000008877) #22	ENSMLUG00000008871	POLR1F (ENSMLUG00000008848)	ENSMLUG00000006930	TWIST1 (ENSMLUG00000007047)	HDAC9 (ENSMLUG00000006585)	SNX13 (ENSMLUG00000014405)	AHR (ENSMLUG00000000097) #28	ENSMLUG00000014948	TSPAN13 (ENSMLUG00000014946)	BZW2 (ENSMLUG00000014943)	ANKMY2 (ENSMLUG00000014935)	LRRC72 (ENSMLUG00000014931)	SOSTDC1 (ENSMLUG00000014930)	CRPPA (ENSMLUG00000027807)	MEOX2 (ENSMLUG00000022218)
Megabat	MODERN SPECIES	7837																MACC1 (ENSPVAG00000009971) #22
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000157167	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000164009	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013151.a.b #22
Sloth	MODERN SPECIES	6670																MACC1 (ENSCHOG00000002055) #22
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157167	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000164009	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157167	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000161340	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000164009	ENSGT00390000014900.b.b.a	ENSGT00390000006412	ENSGT00940000154018.b
Elephant	MODERN SPECIES	428	IGF2BP3 (ENSLAFG00000011924)	MALSU1 (ENSLAFG00000011921)	GPNMB (ENSLAFG00000022142)	NUP42 (ENSLAFG00000007523)	KLHL7 (ENSLAFG00000007517)	HYCC1 (ENSLAFG00000007515)	TOMM7 (ENSLAFG00000027187)	IL6 (ENSLAFG00000015573)	RAPGEF5 (ENSLAFG00000014919) #18	CDCA7L (ENSLAFG00000017695)	DNAH11 (ENSLAFG00000017652) #19	SP4 (ENSLAFG00000022398)	ENSLAFG00000026096	ABCB5 (ENSLAFG00000011833)	ITGB8 (ENSLAFG00000001226)	MACC1 (ENSLAFG00000004099) #22	ENSLAFG00000015261	POLR1F (ENSLAFG00000008755)	FERD3L (ENSLAFG00000012782)	HDAC9 (ENSLAFG00000015187)	ENSLAFG00000026856	SNX13 (ENSLAFG00000010912)	AHR (ENSLAFG00000015328) #28	AGR3 (ENSLAFG00000005961)	AGR2 (ENSLAFG00000005959)	TSPAN13 (ENSLAFG00000005956)	BZW2 (ENSLAFG00000003942)	ANKMY2 (ENSLAFG00000003941)	ENSLAFG00000003939	SOSTDC1 (ENSLAFG00000028775)	CRPPA (ENSLAFG00000020849)
Hyrax	MODERN SPECIES	6255																MACC1 (ENSPCAG00000010456) #22
Tenrec	MODERN SPECIES	7440																MACC1 (ENSETEG00000002394) #22
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650.b #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163002	ENSGT00940000176107	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650.b #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000176107	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650.b #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000176107	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000154957.B	ENSGT00390000015035	ENSGT00950000183188.B	ENSGT00390000000118	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650.b #17	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000176107	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000162831	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000153289.a.b	ENSGT00390000014900.b.b.a
Common wonbat	DUPLICATION
Common wonbat	MODERN SPECIES	1036	ENSVURG00010020085	ENSVURG00010020101	ENSVURG00010020118	ENSVURG00010020126	ENSVURG00010020134	ENSVURG00010020142	ENSVURG00010020152	ENSVURG00010020166 #17	ENSVURG00010020187	ENSVURG00010020191	ENSVURG00010020207 #18	ENSVURG00010020237	ENSVURG00010020526 #19	ENSVURG00010021047	ENSVURG00010021058	ENSVURG00010021067 #22	ENSVURG00010021074	ENSVURG00010021077	FERD3L (ENSVURG00010021081)	TWIST1 (ENSVURG00010021085)	HDAC9 (ENSVURG00010021093)	SNX13 (ENSVURG00010021118)	AHR (ENSVURG00010021144) #28	AGR3 (ENSVURG00010021154)	AGR2 (ENSVURG00010021158)	TSPAN13 (ENSVURG00010021163)	BZW2 (ENSVURG00010021169)	ANKMY2 (ENSVURG00010021174)	SOSTDC1 (ENSVURG00010021178)	CRPPA (ENSVURG00010021184)	MEOX2 (ENSVURG00010021194)
Common wonbat	MODERN SPECIES	1036	ENSVURG00010001736	ENSVURG00010001806	ENSVURG00010001822	ENSVURG00010001853	ENSVURG00010001941	ENSVURG00010002036	ENSVURG00010002069 #17	ENSVURG00010002145	ENSVURG00010002178	ENSVURG00010002211 #18	ENSVURG00010002266	ENSVURG00010002508 #19	ENSVURG00010004193	SP8 (ENSVURG00010004207) #20	ENSVURG00010004234	ENSVURG00010004276 #22	ENSVURG00010004300	ENSVURG00010004313	ENSVURG00010004342
koala	MODERN SPECIES	50	IGF2BP3 (ENSPCIG00000007929)	MALSU1 (ENSPCIG00000007943)	GPNMB (ENSPCIG00000007948)	NUP42 (ENSPCIG00000007959)	KLHL7 (ENSPCIG00000007966)	HYCC1 (ENSPCIG00000007972)	ENSPCIG00000033766 #17	ENSPCIG00000019076	ENSPCIG00000033317	RAPGEF5 (ENSPCIG00000013311) #18	CDCA7L (ENSPCIG00000007736)	DNAH11 (ENSPCIG00000007819) #19	SP4 (ENSPCIG00000008061)	SP8 (ENSPCIG00000037309) #20	ITGB8 (ENSPCIG00000025095)	MACC1 (ENSPCIG00000025096) #22
Wallaby	MODERN SPECIES	8978																MACC1 (ENSMEUG00000008248) #22
Tasmanian devil	MODERN SPECIES	4	IGF2BP3 (ENSSHAG00000007163)	MALSU1 (ENSSHAG00000032001)	GPNMB (ENSSHAG00000007975)	ENSSHAG00000024414	KLHL7 (ENSSHAG00000029498)	HYCC1 (ENSSHAG00000010233)	ENSSHAG00000030782 #17	ENSSHAG00000010703 #17	TOMM7 (ENSSHAG00000030253)	ENSSHAG00000011246	RAPGEF5 (ENSSHAG00000013368) #18	DNAH11 (ENSSHAG00000015005) #19	CDCA7L (ENSSHAG00000014132)	SP8 (ENSSHAG00000023840) #20	ITGB8 (ENSSHAG00000000868)	MACC1 (ENSSHAG00000006812) #22	ENSSHAG00000031277	POLR1F (ENSSHAG00000024738)	FERD3L (ENSSHAG00000024736)	TWIST1 (ENSSHAG00000022750)	HDAC9 (ENSSHAG00000022066)	SNX13 (ENSSHAG00000005996)	ENSSHAG00000021588 #28	AGR3 (ENSSHAG00000000417)	AGR2 (ENSSHAG00000002137)	TSPAN13 (ENSSHAG00000031045)	BZW2 (ENSSHAG00000004361)	ANKMY2 (ENSSHAG00000005439)	ENSSHAG00000005836	SOSTDC1 (ENSSHAG00000028251)	CRPPA (ENSSHAG00000026457)
Opossum	MODERN SPECIES	7	ENSMODG00000001030	GPNMB (ENSMODG00000001046)	NUP42 (ENSMODG00000025473)	KLHL7 (ENSMODG00000001075)	HYCC1 (ENSMODG00000001096)	ENSMODG00000001253 #17	ENSMODG00000023928	ENSMODG00000001265	ENSMODG00000001277 #18	CDCA7L (ENSMODG00000001287)	DNAH11 (ENSMODG00000001356) #19	SP4 (ENSMODG00000001368)	ENSMODG00000046311	SP8 (ENSMODG00000001375) #20	ITGB8 (ENSMODG00000001388)	MACC1 (ENSMODG00000001394) #22	TMEM196 (ENSMODG00000001396)	ENSMODG00000001402	FERD3L (ENSMODG00000001405)	TWIST1 (ENSMODG00000023924)	HDAC9 (ENSMODG00000001442)	SNX13 (ENSMODG00000001464)	ENSMODG00000001503	AHR (ENSMODG00000001528) #28	AGR3 (ENSMODG00000043280)	ENSMODG00000001544	ENSMODG00000001551	BZW2 (ENSMODG00000001582)	ANKMY2 (ENSMODG00000001600)	ENSMODG00000027605	SOSTDC1 (ENSMODG00000001607)
Platypus	MODERN SPECIES	19	TRA2A (ENSOANG00000014202)	IGF2BP3 (ENSOANG00000014203)	MALSU1 (ENSOANG00000037543)	GPNMB (ENSOANG00000014205)	NUP42 (ENSOANG00000014206)	KLHL7 (ENSOANG00000014207)	HYCC1 (ENSOANG00000014208)	TOMM7 (ENSOANG00000014210)	ENSOANG00000022300	RAPGEF5 (ENSOANG00000011808) #18	CDCA7L (ENSOANG00000011809)	DNAH11 (ENSOANG00000011810) #19	SP4 (ENSOANG00000045448)	SP8 (ENSOANG00000044983) #20	ITGB8 (ENSOANG00000031649)	MACC1 (ENSOANG00000009618) #22	ENSOANG00000048362	POLR1F (ENSOANG00000009616)	FERD3L (ENSOANG00000009615)	TWIST1 (ENSOANG00000009614)	ENSOANG00000009613	SNX13 (ENSOANG00000009612)	AHR (ENSOANG00000009611) #28	AGR2 (ENSOANG00000013496)	TSPAN13 (ENSOANG00000013497)	BZW2 (ENSOANG00000020501)	ANKMY2 (ENSOANG00000012340)	ENSOANG00000028622	SOSTDC1 (ENSOANG00000007457)	CRPPA (ENSOANG00000050636)	MEOX2 (ENSOANG00000050568)
Anura	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000155602	ENSGT00390000011295.b	ENSGT00940000164650.d #17	ENSGT00940000164650.c #17	ENSGT01060000248729	ENSGT00390000014833	ENSGT00390000000878	ENSGT00940000155137 #18	ENSGT00940000159108	ENSGT00940000158880 #19	ENSGT00940000157827	ENSGT00940000162033.a.a #20	ENSGT00940000161340.a.a	ENSGT00940000161340.b	ENSGT01090000259987.b.a	ENSGT00390000013151.a.b #22	ENSGT00940000163281	ENSGT00390000005553	ENSGT00940000161409	ENSGT00940000163428.b.a #26	ENSGT00940000160307	ENSGT00950000182856.a.a.a	ENSGT00940000154486.b.a.b #28	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.a	ENSGT00530000063273.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157010	ENSGT00390000012561.a	ENSGT00390000016820	ENSGT00940000165642	ENSGT00390000017845	ENSGT00390000014900.b.b.a
Frog	MODERN SPECIES	6	ENSXETG00000043090	tomm7 (ENSXETG00000042882)	il6 (ENSXETG00000049395)	ENSXETG00000046488	rapgef5 (ENSXETG00000007409) #18	cdca7l (ENSXETG00000007411)	dnah11 (ENSXETG00000007412) #19	sp4 (ENSXETG00000007429)	ENSXETG00000045520	ENSXETG00000040315	sp8 (ENSXETG00000040083) #20	abcb5 (ENSXETG00000043940)	XB950724 [provisional:abcb1] (ENSXETG00000023590)	itgb8 (ENSXETG00000013431)	ENSXETG00000042905	macc1 (ENSXETG00000013440) #22	ENSXETG00000042991	tmem196 (ENSXETG00000032855)	ENSXETG00000044065	polr1f (ENSXETG00000013443)	ferd3l (ENSXETG00000031751)	twist1 (ENSXETG00000025630) #26	ENSXETG00000047590	hdac9 (ENSXETG00000013445)	snx13 (ENSXETG00000022783)	ahr (ENSXETG00000022784) #28	agr3 (ENSXETG00000022793)	agr2 (ENSXETG00000025625)	tspan13 (ENSXETG00000036658)	bzw2 (ENSXETG00000022795)	ankmy2 (ENSXETG00000022796)
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	8	RAPGEF5 (ENSLLEG00000023707) #18	ENSLLEG00000023652	CDCA7L (ENSLLEG00000023490)	DNAH11 (ENSLLEG00000020467) #19	SP4 (ENSLLEG00000020085)	ENSLLEG00000020041	ENSLLEG00000020011	ENSLLEG00000019992	SP8 (ENSLLEG00000019954) #20	ENSLLEG00000019932	ENSLLEG00000019398	ENSLLEG00000018911	ENSLLEG00000018853	ITGB8 (ENSLLEG00000018670)	ENSLLEG00000018641	MACC1 (ENSLLEG00000018585) #22	ENSLLEG00000018447	POLR1F (ENSLLEG00000018384)	FERD3L (ENSLLEG00000018341)	ENSLLEG00000018324 #26	HDAC9 (ENSLLEG00000017886)	ENSLLEG00000017827	SNX13 (ENSLLEG00000017251)	AHR (ENSLLEG00000017103) #28	ENSLLEG00000017077	AGR3 (ENSLLEG00000016975)	AGR2 (ENSLLEG00000016875)	TSPAN13 (ENSLLEG00000016752)	BZW2 (ENSLLEG00000016632)	ANKMY2 (ENSLLEG00000016517)	ENSLLEG00000016475
Coelacanth	MODERN SPECIES	315															ITGB8 (ENSLACG00000001236)	MACC1 (ENSLACG00000006340) #22	TMEM196 (ENSLACG00000009751)	POLR1F (ENSLACG00000010508)	FERD3L (ENSLACG00000013215)	twist1b (ENSLACG00000013366) #26	HDAC9 (ENSLACG00000015595)	SNX13 (ENSLACG00000017033)
Elephant shark	MODERN SPECIES	1489	GPNMB (ENSCMIG00000016857)	ENSCMIG00000016860	klhl7 (ENSCMIG00000016864)	hycc1 (ENSCMIG00000016875)	TOMM7 (ENSCMIG00000016888)	ENSCMIG00000016896 #18	RAPGEF5 (ENSCMIG00000016903) #18	ENSCMIG00000016907	ENSCMIG00000016911	DNAH11 (ENSCMIG00000017062) #19	sp4 (ENSCMIG00000017228)	sp8b (ENSCMIG00000017230) #20	ENSCMIG00000017624	ENSCMIG00000018074	ITGB8 (ENSCMIG00000018078)	macc1 (ENSCMIG00000018082) #22
Cyclostomata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013151.a.b #22
Lamprey	MODERN SPECIES	583																ENSPMAG00000005757 #22
Hagfish	MODERN SPECIES	1203				ENSEBUG00000000934	ENSEBUG00000005151	dlx6a (ENSEBUG00000017031)	ENSEBUG00000011630	ENSEBUG00000015547	SLC25A13 (ENSEBUG00000008153)	ENSEBUG00000009002	ENSEBUG00000005784	ENSEBUG00000012673	ENSEBUG00000015552	ENSEBUG00000010996	ENSEBUG00000000430	ENSEBUG00000006461 #22	ENSEBUG00000003800 ##28	cdk2 (ENSEBUG00000007048)
Vertebrata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013151.a.a ##22
Cyclostomata	ANCESTRAL SPECIES	611															ENSGT00390000011938	ENSGT00390000013151.a.a ##22
Lamprey	MODERN SPECIES	1555															TMEM101 (ENSPMAG00000000898)	sh3bp4 (ENSPMAG00000000903) ##22
Hagfish	MODERN SPECIES	1279												c1galt1a (ENSEBUG00000006516)	ENSEBUG00000014408	ENSEBUG00000002287	ENSEBUG00000004619	sh3bp4 (ENSEBUG00000015932) ##22	ENSEBUG00000014101	ENSEBUG00000001384
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013151.a.a ##22
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013151.a.a ##22
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013151.a.a ##22
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	749																ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b
Osteoglossocephalai	DUPLICATION
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT01040000240966	ENSGT00390000015143	ENSGT00390000006303	ENSGT01050000244905.D	ENSGT01050000244905.F	ENSGT00390000010463.a.b	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00390000006330.a.a.a	ENSGT00390000002174.b	ENSGT00530000063599.B	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000160532.g	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000167103	ENSGT00940000157521.a.a	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000182860.a.b.b	ENSGT00390000006631	ENSGT00900000143214	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000158526
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	110	ENSGT00940000167649	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00390000010463.a.b.d	ENSGT00390000006330.a.a.a	ENSGT00390000002174.b	ENSGT00530000063599.B	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000154486.b.b.b ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.b ##28	ENSGT00940000160532.g	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000167103	ENSGT00940000157521.a.b	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000158526	ENSGT00940000158539.a	ENSGT00390000000220.A
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	151	ENSGT00940000158265	ENSGT00940000164897.a.b	ENSGT00390000005717.s	ENSGT00940000155212.ab.a	ENSGT00940000155212.ab.b.b	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B.g	ENSGT00940000167587	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.b ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.b ##28	ENSGT00940000160532.g	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000167103	ENSGT00940000157521.a.b	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000154801.n	ENSGT01070000254828
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	46	ENSGT00940000165301.b	ENSGT00940000158265	ENSGT00940000164897.a.b	ENSGT00390000005717.s	ENSGT00940000155212.ab.a	ENSGT00940000155212.ab.b.b	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B.g	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.b ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.b ##28	ENSGT00940000160532.g	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000167103	ENSGT00940000157521.a.b	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000158526	ENSGT00940000167649	ENSGT00390000005581.a	ENSGT00390000001225
Denticle herring	MODERN SPECIES	15	ENSDCDG00000021149	ENSDCDG00000021152	ENSDCDG00000021156	stat1a (ENSDCDG00000021166)	glsa (ENSDCDG00000021259)	nab1a (ENSDCDG00000024562)	mfsd6a (ENSDCDG00000024564)	INPP1 (ENSDCDG00000024565)	ENSDCDG00000024566	ahr1b (ENSDCDG00000024571) ##28	ahr2 (ENSDCDG00000025118) ##28	ENSDCDG00000025123	ENSDCDG00000025127	ENSDCDG00000025184	s100b (ENSDCDG00000026423)	sh3bp4a (ENSDCDG00000026424) ##22	ENSDCDG00000026431	AOX1 (ENSDCDG00000026445)	bzw1a (ENSDCDG00000026614)	ENSDCDG00000026619	ENSDCDG00000026623	LRP1B (ENSDCDG00000026680)	KYNU (ENSDCDG00000026942)	ENSDCDG00000000205	zeb2b (ENSDCDG00000000270)	ACVR2A (ENSDCDG00000000525)	orc4 (ENSDCDG00000001038)	MBD5 (ENSDCDG00000001067)	mstna (ENSDCDG00000001073)	ftcd (ENSDCDG00000001081)	cnot9 (ENSDCDG00000001090)
Atlantic herring	MODERN SPECIES	13	ENSCHAG00000023949	ENSCHAG00000023945	ENSCHAG00000023942	ENSCHAG00000023923	stat1a (ENSCHAG00000023851)	glsa (ENSCHAG00000023091)	nab1a (ENSCHAG00000023054)	mfsd6a (ENSCHAG00000023051)	INPP1 (ENSCHAG00000023048)	ENSCHAG00000023043	ahr2 (ENSCHAG00000022994) ##28	ENSCHAG00000022980 ##28	ahr1b (ENSCHAG00000022603) ##28	ENSCHAG00000019566	s100b (ENSCHAG00000019461)	sh3bp4a (ENSCHAG00000019425) ##22	ARL4C (ENSCHAG00000019417)	ENSCHAG00000017795	aox5 (ENSCHAG00000015811)	bzw1a (ENSCHAG00000015687)	ENSCHAG00000015680	ENSCHAG00000015535	ENSCHAG00000015514	ENSCHAG00000013112	ENSCHAG00000013076	ENSCHAG00000012946	KYNU (ENSCHAG00000012715)	zeb2b (ENSCHAG00000012603)	ACVR2A (ENSCHAG00000012241)	orc4 (ENSCHAG00000011816)	ENSCHAG00000011781
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	121	ENSGT00940000155992.c.b	ENSGT00390000015709	ENSGT00940000156180.e	ENSGT00390000001225	ENSGT00390000005581.a	ENSGT00940000167649	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B.g	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.b ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.b ##28	ENSGT00940000160532.g	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000167103	ENSGT00940000157521.a.b	ENSGT00940000156054.d	ENSGT00940000159737.c	ENSGT00940000159564	ENSGT00940000156772.b.c.a	ENSGT01030000234638.b.a.a	ENSGT00530000063646.b	ENSGT00940000159327.u.b
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	170	ENSGT00390000015709	ENSGT00940000156180.e	ENSGT00390000001225	ENSGT00390000005581.a	ENSGT00940000167649	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B.g	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.b ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.b ##28	ENSGT00940000160532.g.d	ENSGT00940000160532.g.c	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	305														ENSGT00940000160532.g.c	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	466															ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	971															s100b (ENSPNAG00000000378)	sh3bp4a (ENSPNAG00000007644) ##22
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	33											s100b (ENSAMXG00000032191)	ENSAMXG00000032014	ENSAMXG00000030777	ENSAMXG00000037842	ENSAMXG00000034475	sh3bp4a (ENSAMXG00000009146) ##22	ENSAMXG00000024897	ENSAMXG00000041253	ugt1b2 (ENSAMXG00000011325)	cflara (ENSAMXG00000011573)	tmem169a (ENSAMXG00000011636)	pecr (ENSAMXG00000033858)	MAP4K3 (ENSAMXG00000011658)	tmem178a (ENSAMXG00000032921)	slc8a1a (ENSAMXG00000011704)	mala.1 (ENSAMXG00000037926)	pgap4 (ENSAMXG00000025444)	tpcn3 (ENSAMXG00000011732)	ENSAMXG00000031164	slc22a7a (ENSAMXG00000038607)	man2b1 (ENSAMXG00000012012)
Electric eel	MODERN SPECIES	439														ENSEEEG00000005473	s100b (ENSEEEG00000005447)	sh3bp4a (ENSEEEG00000005441) ##22	ENSEEEG00000005436	AOX1 (ENSEEEG00000001297)
Channel catfish	MODERN SPECIES	19	cep70 (ENSIPUG00000008869)	mmadhca (ENSIPUG00000008913)	adarb1 (ENSIPUG00000008816)	fam207a (ENSIPUG00000008788)	ENSIPUG00000008758	cnot9 (ENSIPUG00000008737)	FTCD (ENSIPUG00000008676)	mstna (ENSIPUG00000008665)	stat1a (ENSIPUG00000006568)	mfsd6a (ENSIPUG00000006492)	ENSIPUG00000006485	ahr1b (ENSIPUG00000006436) ##28	ahr2 (ENSIPUG00000006401) ##28	ENSIPUG00000006377	S100B (ENSIPUG00000006356)	sh3bp4a (ENSIPUG00000006332) ##22	ENSIPUG00000006298	ENSIPUG00000005763	he1.2 (ENSIPUG00000005527)	ENSIPUG00000003855	bzw1a (ENSIPUG00000003696)	ENSIPUG00000003684	ENSIPUG00000003682	atp6ap2 (ENSIPUG00000003670)	ENSIPUG00000003492	ELFN2 (ENSIPUG00000003469)	MAL (ENSIPUG00000003454)	pecr (ENSIPUG00000003447)	ENSIPUG00000003410	tmem246 (ENSIPUG00000003403)	tpcn3 (ENSIPUG00000003353)
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00940000155992.c.b	ENSGT00390000015709	ENSGT00940000156180.e	ENSGT00390000001225	ENSGT00390000005581.a	ENSGT00940000167649	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B.g	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.b ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.b ##28	ENSGT00940000160532.g	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.b.a.a	ENSGT00950000183114.a.b.b.hb	ENSGT00950000183114.a.b.b.gb.a	ENSGT00940000154856.A.b	ENSGT00940000163716.d	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000159737.c	ENSGT00940000159564	ENSGT00940000156772.b.c.a.d	ENSGT00940000156772.b.c.a.c	ENSGT00530000064271	ENSGT00390000003866.a.a.f	ENSGT00390000003020	ENSGT01050000244955.b.c
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	650														ENSGT00940000160532.g.e	ENSGT00940000161997.a.g	ENSGT00390000013151.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.b.a.a.a	ENSGT00950000183114.a.b.b.hb.b	ENSGT00950000183114.a.b.b.gb.a	ENSGT00390000012561.b.pb.b.a	ENSGT00940000166136.b	ENSGT00940000167103.b	ENSGT00940000157521.a.b.f	ENSGT00940000156054.d.i.b	ENSGT00940000159737.c.b	ENSGT00940000159564.a	ENSGT00940000156772.b.c.a.c.c.b
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	510														ENSGT00940000160532.g.e	ENSGT00940000161997.a.g	ENSGT00390000013151.a.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.b.a.a.a	ENSGT00950000183114.a.b.b.hb.b	ENSGT00950000183114.a.b.b.gb.a	ENSGT00940000154856.A.b.r.b.a.b	ENSGT00940000154856.A.b.r.b.a.a	ENSGT00940000163716.d	ENSGT00390000012561.b.pb.b.a	ENSGT00940000166136.b	ENSGT00940000167103.b	ENSGT00940000157521.a.b.f	ENSGT00940000156054.d.i.b
Common carp reference	MODERN SPECIES	5	slx9 (ENSCCRG00000038404)	ENSCCRG00000041263	cnot9 (ENSCCRG00000027911)	ftcd (ENSCCRG00000027372)	mstna (ENSCCRG00000027350)	stat1a (ENSCCRG00000026976)	glsa (ENSCCRG00000062028)	nab1a (ENSCCRG00000031919)	mfsd6a (ENSCCRG00000031910)	ENSCCRG00000028849	ahr1b (ENSCCRG00000060117) ##28	ahr2 (ENSCCRG00000015382) ##28	ENSCCRG00000067507	ENSCCRG00000072550	s100b (ENSCCRG00000070941)	sh3bp4a (ENSCCRG00000012425) ##22	ENSCCRG00000079814	ENSCCRG00000014242	ENSCCRG00000067702	ENSCCRG00000067546	ENSCCRG00000076797	ENSCCRG00000013185	ENSCCRG00000004433	ENSCCRG00000051254	ENSCCRG00000060280	ENSCCRG00000004336	ENSCCRG00000040437	ENSCCRG00000059483	gtpbp1l (ENSCCRG00000058544)	ENSCCRG00000063271	mfng (ENSCCRG00000032103)
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	1623															s100b (ENSSGRG00000000314)	sh3bp4a (ENSSGRG00000000331) ##22	arl4ca (ENSSGRG00000000369)	ENSSGRG00000000373	ENSSGRG00000000379	ENSSGRG00000000390
Goldfish	DUPLICATION
Goldfish	MODERN SPECIES	14	ccdc71 (ENSCARG00000033962)	stab1 (ENSCARG00000033393)	NISCH (ENSCARG00000032054)	ENSCARG00000031967	nol8 (ENSCARG00000031942)	sh3bp4a (ENSCARG00000031932) ##22	s100b (ENSCARG00000031921)	ENSCARG00000029144	R3HDM1 (ENSCARG00000026895)	ENSCARG00000026790	rnd3a (ENSCARG00000026780)	mmadhca (ENSCARG00000026773)	adarb1a (ENSCARG00000026350)	ENSCARG00000022291	s100b (ENSCARG00000022164)	sh3bp4a (ENSCARG00000022133) ##22	arl4ca (ENSCARG00000022131)	ENSCARG00000022126	ENSCARG00000022123	aox5 (ENSCARG00000011547)	ENSCARG00000011162	bzw1a (ENSCARG00000011114)	ENSCARG00000011108	ENSCARG00000011084	gtpbp1l (ENSCARG00000010802)	ENSCARG00000010782	mrpl54 (ENSCARG00000010770)	malt2 (ENSCARG00000010760)	safb (ENSCARG00000010750)	ENSCARG00000010719	ENSCARG00000010680
Goldfish	MODERN SPECIES	14	ENSCARG00000011162	aox5 (ENSCARG00000011547)	ENSCARG00000022123	ENSCARG00000022126	arl4ca (ENSCARG00000022131)	sh3bp4a (ENSCARG00000022133) ##22	s100b (ENSCARG00000022164)	ENSCARG00000022291	adarb1a (ENSCARG00000026350)	mmadhca (ENSCARG00000026773)	rnd3a (ENSCARG00000026780)	ENSCARG00000026790	R3HDM1 (ENSCARG00000026895)	ENSCARG00000029144	s100b (ENSCARG00000031921)	sh3bp4a (ENSCARG00000031932) ##22	nol8 (ENSCARG00000031942)	ENSCARG00000031967	NISCH (ENSCARG00000032054)	stab1 (ENSCARG00000033393)	ccdc71 (ENSCARG00000033962)	ENSCARG00000033973	ENSCARG00000034000	ENSCARG00000034002	ENSCARG00000034007	ENSCARG00000034021	ENSCARG00000034053	rpp21 (ENSCARG00000034060)	rrp36 (ENSCARG00000034073)	ENSCARG00000034087	ENSCARG00000034095
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000006330.a.a.b.b	ENSGT00530000063599.B.g.c	ENSGT00940000167649.f.a	ENSGT01050000244905.A.a.b	ENSGT00390000010463.a.b.c.a.a	ENSGT00390000006330.a.a.b.a	ENSGT00530000063599.B.g.d	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.b.f ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.b.c ##28	ENSGT00990000210218	ENSGT00940000154486.b.b.b.e ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.b.d ##28	ENSGT00940000160532.g.f	ENSGT00940000161997.a.h	ENSGT00390000013151.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.a.a.b	ENSGT00950000183114.a.b.b.hb.a	ENSGT00940000163716.d	ENSGT00940000154856.A.b.r.b.a.a	ENSGT00940000154856.A.b.r.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b.b	ENSGT00940000166136.a	ENSGT00940000167103.a	ENSGT00940000157521.a.b.e	ENSGT00940000156054.d.i.a	ENSGT00940000159737.c.a	ENSGT00940000159564.b	ENSGT00940000156772.b.c.a.d	ENSGT00940000156772.b.c.a.c.c.a.a.b	ENSGT00940000156772.b.c.a.c.c.a.a.a
Goldfish	MODERN SPECIES	41	mmadhca (ENSCARG00000031782)	cep70 (ENSCARG00000031810)	adarb1a (ENSCARG00000031891)	ENSCARG00000032255	cnot9 (ENSCARG00000034596)	ENSCARG00000034701	mstna (ENSCARG00000034715)	stat1a (ENSCARG00000034836)	glsa (ENSCARG00000039255)	mfsd6a (ENSCARG00000040194)	ahr1b (ENSCARG00000040222) ##28	ENSCARG00000040333	ahr2 (ENSCARG00000040345) ##28	ENSCARG00000040693	s100b (ENSCARG00000047694)	sh3bp4a (ENSCARG00000047723) ##22	ENSCARG00000047783 ##22	arl4ca (ENSCARG00000047805)	AOX1 (ENSCARG00000047824)	ENSCARG00000047934	ENSCARG00000047981	ENSCARG00000048129	ENSCARG00000048167	ENSCARG00000048253	ENSCARG00000049514	ENSCARG00000049572	ENSCARG00000049635	bzw1a (ENSCARG00000049676)	ENSCARG00000049808	ENSCARG00000049816	ENSCARG00000049903
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	91						ENSGT00940000167649.f.b	ENSGT01050000244905.A.a.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a.b	ENSGT00390000006330.a.a.b.b	ENSGT00530000063599.B.g.c	ENSGT00940000155311.B.l	ENSGT00940000154486.b.b.b.e ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.b.d ##28	ENSGT00940000160532.g.f	ENSGT00940000161997.a.h	ENSGT00390000013151.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.a.a.b	ENSGT00950000183114.a.b.b.hb.a	ENSGT00940000154856.A.b.r.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b.b	ENSGT00940000166136.a	ENSGT00940000167103.a	ENSGT00940000157521.a.b.e	ENSGT00940000156054.d.i.a	ENSGT00940000159737.c.a	ENSGT00940000159564.b	ENSGT00940000156772.b.c.a.c.c.a.a.b	ENSGT00390000003866.a.a.f.b	ENSGT00390000003020.a.a	ENSGT01050000244955.b.c.a	ENSGT01050000244897.a.a.b.b.f
Common carp reference	MODERN SPECIES	43	adarb1a (ENSCCRG00000020488)	slx9 (ENSCCRG00000052631)	ENSCCRG00000028054	cnot9 (ENSCCRG00000041798)	mstna (ENSCCRG00000035818)	stat1a (ENSCCRG00000035713)	glsa (ENSCCRG00000032031)	nab1a (ENSCCRG00000054360)	mfsd6a (ENSCCRG00000039447)	ENSCCRG00000073877	ahr1b (ENSCCRG00000005944) ##28	ahr2 (ENSCCRG00000031831) ##28	ENSCCRG00000003704	s100b (ENSCCRG00000069359)	ENSCCRG00000076782	sh3bp4a (ENSCCRG00000081633) ##22	arl4ca (ENSCCRG00000068203)	ENSCCRG00000029718	ENSCCRG00000066892	ENSCCRG00000051334	ENSCCRG00000029134	ENSCCRG00000051329	ENSCCRG00000074552	ENSCCRG00000004425	ENSCCRG00000077323	ENSCCRG00000069485	bzw1a (ENSCCRG00000059422)	ENSCCRG00000072462	ENSCCRG00000004323	ENSCCRG00000074068	ENSCCRG00000053356
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	294	adarb1a (ENSSGRG00000021475)	slx9 (ENSSGRG00000021481)	PLCD4 (ENSSGRG00000021487)	cnot9 (ENSSGRG00000021698)	ftcd (ENSSGRG00000021699)	ENSSGRG00000021728	stat1a (ENSSGRG00000021736)	glsa (ENSSGRG00000022467)	nab1a (ENSSGRG00000022939)	mfsd6a (ENSSGRG00000022940)	ENSSGRG00000022941	ahr1b (ENSSGRG00000022942) ##28	ahr2 (ENSSGRG00000023001) ##28	CNTNAP5 (ENSSGRG00000023011)	s100b (ENSSGRG00000023015)	sh3bp4a (ENSSGRG00000023017) ##22	arl4ca (ENSSGRG00000023030)	AOX1 (ENSSGRG00000023054)	aox5 (ENSSGRG00000023726)	ENSSGRG00000024359	ENSSGRG00000024378	ENSSGRG00000024936	bzw1a (ENSSGRG00000024937)	ENSSGRG00000025006	ENSSGRG00000025007	ENSSGRG00000025008	ENSSGRG00000025009	ENSSGRG00000025033	gtpbp1l (ENSSGRG00000025088)	ELFN2 (ENSSGRG00000025095)	mfng (ENSSGRG00000025097)
Zebrafish	MODERN SPECIES	14	slx9 (ENSDARG00000071500)	ENSDARG00000057975	cnot9 (ENSDARG00000033855)	ftcd (ENSDARG00000007421)	mstna (ENSDARG00000042947)	stat1a (ENSDARG00000006266)	glsa (ENSDARG00000062812)	nab1a (ENSDARG00000042940)	mfsd6a (ENSDARG00000032318)	ahr1b (ENSDARG00000023537) ##28	ahr2 (ENSDARG00000021833) ##28	ENSDARG00000096917	CNTNAP5 (ENSDARG00000075189)	ENSDARG00000093992	s100b (ENSDARG00000057598)	sh3bp4a (ENSDARG00000020000) ##22	arl4ca (ENSDARG00000057606)	ENSDARG00000020054	aox5 (ENSDARG00000071475)	he1.1 (ENSDARG00000023656)	he1.2 (ENSDARG00000019122)	he1.3 (ENSDARG00000022670)	bzw1a (ENSDARG00000010481)	ENSDARG00000042857	ENSDARG00000011673	ENSDARG00000103750	ENSDARG00000105269	ENSDARG00000091954	ENSDARG00000093116	ENSDARG00000094171	LRP1B (ENSDARG00000004789)
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	140	ENSGT00390000001225.s.b	ENSGT00390000001225.t	ENSGT00390000005581.a	ENSGT00940000167649	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000154486.b.b.b ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.b ##28	ENSGT00940000160532.g	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000167103	ENSGT00940000157521.a.b	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00390000000220.B.c.a	ENSGT00390000000220.B.d
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000155992.d	ENSGT00390000015709	ENSGT00940000156180.e	ENSGT00390000001225.t	ENSGT00390000005581.a	ENSGT00940000167649	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B.m	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.b.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.b ##28	ENSGT00940000160532.g	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000167103	ENSGT00940000157521.a.b	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00390000000220.B.c.a	ENSGT00390000015050.`b.b	ENSGT00940000157541.e
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	787								ENSGT01050000244905.A.a.m	ENSGT00390000010463.a.b.c.a.e	ENSGT00390000006330.a.a.b.d	ENSGT00530000063599.B.m.b	ENSGT00940000154486.b.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.b.f ##28	ENSGT00940000160532.g.g	ENSGT00940000161997.a.i	ENSGT00390000013151.a.a.a.c ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.a.a
Huchen	DUPLICATION
Huchen	MODERN SPECIES	1310																ENSHHUG00000050249 ##22	ARL4C (ENSHHUG00000050252)	ENSHHUG00000050258	aox5 (ENSHHUG00000050348)	bzw1a (ENSHHUG00000052279)	ENSHHUG00000052294	ENSHHUG00000052296	ENSHHUG00000052297	ENSHHUG00000052300	ENSHHUG00000052304	ENSHHUG00000052333
Huchen	MODERN SPECIES	1562										ahr1b (ENSHHUG00000045514) ##28	ENSHHUG00000045552	ahr2 (ENSHHUG00000045559) ##28	ENSHHUG00000045590	ENSHHUG00000045612	s100b (ENSHHUG00000045613)	sh3bp4a (ENSHHUG00000045618) ##22
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	49	ENSGT00940000155992.d.b	ENSGT00390000015709.d	ENSGT00940000156180.e.e	ENSGT00390000001225.t.a	ENSGT00390000005581.a.e	ENSGT01050000244905.A.a.n.a.b	ENSGT00940000167649.b	ENSGT01050000244905.A.a.m	ENSGT00390000010463.a.b.c.a.e	ENSGT00390000006330.a.a.b.d	ENSGT00530000063599.B.m.b	ENSGT00940000154486.b.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.b.f ##28	ENSGT00940000160532.g.g	ENSGT00940000161997.a.i	ENSGT00390000013151.a.a.a.c ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.a.a
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	48	ENSGT00390000009029.v	ENSGT00940000155992.d.b	ENSGT00390000015709.d	ENSGT00940000156180.e.e	ENSGT00390000001225.t.a	ENSGT00390000005581.a.e	ENSGT01050000244905.A.a.n.a.b	ENSGT01050000244905.A.a.m	ENSGT00390000010463.a.b.c.a.e	ENSGT00390000006330.a.a.b.d	ENSGT00530000063599.B.m.b	ENSGT00940000154486.b.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.b.f ##28	ENSGT00940000160532.g.g	ENSGT00940000161997.a.i	ENSGT00390000013151.a.a.a.c ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.a.a	ENSGT00390000012561.b.pb.b.d	ENSGT00940000166136.d	ENSGT00940000167103.c	ENSGT00940000157521.a.b.a	ENSGT00390000008033.s.b	ENSGT00950000183208.A.c.a.o	ENSGT00940000157233.c.b	ENSGT00390000010372.o.a.a	ENSGT00390000003873.n.b	ENSGT00390000010372.o.a.b	ENSGT00520000055635.c.a.a.a	ENSGT00940000156556.h.d	ENSGT00940000157784.c.d.f.a	ENSGT00940000157784.c.d.e
River trout	MODERN SPECIES	36	ENSSTUG00000051049	cnot9 (ENSSTUG00000051048)	ftcd (ENSSTUG00000051044)	stat1a (ENSSTUG00000050679)	ENSSTUG00000050625	glsa (ENSSTUG00000050506)	nab1a (ENSSTUG00000050485)	mfsd6a (ENSSTUG00000050482)	ENSSTUG00000050477	ENSSTUG00000050473	ahr1b (ENSSTUG00000050452) ##28	ENSSTUG00000050442	ahr2 (ENSSTUG00000050438) ##28	ENSSTUG00000050431	s100b (ENSSTUG00000050427)	sh3bp4a (ENSSTUG00000050422) ##22	ARL4C (ENSSTUG00000050415)	aox5 (ENSSTUG00000023990)	bzw1a (ENSSTUG00000021656)	ENSSTUG00000021621	ENSSTUG00000021539	ENSSTUG00000021533	ENSSTUG00000020404	ENSSTUG00000020296	zeb2b (ENSSTUG00000020219)	ENSSTUG00000019214	ENSSTUG00000019153	TRAPPC10 (ENSSTUG00000018176)	ENSSTUG00000018115	gsk3ba (ENSSTUG00000018010)	lrrc58a (ENSSTUG00000017989)
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	7	ENSSSAG00000058588	cep70 (ENSSSAG00000076962)	ENSSSAG00000058191	ENSSSAG00000076833	cnot9 (ENSSSAG00000076829)	ftcd (ENSSSAG00000076813)	stat1a (ENSSSAG00000073567)	ENSSSAG00000073463	glsa (ENSSSAG00000072005)	nab1a (ENSSSAG00000087426)	mfsd6a (ENSSSAG00000071941)	ENSSSAG00000071938	ahr1b (ENSSSAG00000071494) ##28	ahr2d (ENSSSAG00000071319) ##28	ENSSSAG00000069404	sh3bp4a (ENSSSAG00000069340) ##22	ENSSSAG00000087803	aox5 (ENSSSAG00000058981)	bzw1a (ENSSSAG00000108291)	ENSSSAG00000104403	ENSSSAG00000058438	ENSSSAG00000051656	ENSSSAG00000050936	ENSSSAG00000118719	ENSSSAG00000050763	ENSSSAG00000044402	ENSSSAG00000119084	ENSSSAG00000111645	ENSSSAG00000007805	ENSSSAG00000089311	GSK3B (ENSSSAG00000095698)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	49	ENSGT00390000009029.v	ENSGT00940000155992.d.b	ENSGT00390000015709.d	ENSGT00940000156180.e.e	ENSGT00390000001225.t.a	ENSGT00390000005581.a.e	ENSGT01050000244905.A.a.n.a.b	ENSGT00940000167649.b	ENSGT00390000010463.a.b.c.a.e	ENSGT00390000006330.a.a.b.d	ENSGT00530000063599.B.m.b	ENSGT00940000154486.b.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.b.f ##28	ENSGT00940000160532.g.g	ENSGT00940000161997.a.i	ENSGT00390000013151.a.a.a.c ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.a.a
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000009029.v	ENSGT00940000155992.d.b	ENSGT00390000015709.d	ENSGT00390000001225.t.a	ENSGT00390000005581.a.e	ENSGT01050000244905.A.a.n.a.b	ENSGT00940000167649.b	ENSGT00390000010463.a.b.c.a.e	ENSGT00390000006330.a.a.b.d	ENSGT00530000063599.B.m.a.b	ENSGT00530000063599.B.m.b	ENSGT00940000154486.b.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.b.f ##28	ENSGT00940000160532.g.g	ENSGT00940000161997.a.i	ENSGT00390000013151.a.a.a.c ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.a.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b.d	ENSGT00940000166136.d	ENSGT00940000167103.c	ENSGT00940000157521.a.b.a	ENSGT00390000008033.s.a	ENSGT00950000183208.A.c.a.o	ENSGT00940000157233.c.b	ENSGT00390000010372.o.a	ENSGT00390000003873.n.b	ENSGT00520000055635.c.a.a.b.e.b	ENSGT00940000156556.h.d	ENSGT00940000157784.c.d.f.b	ENSGT01050000244864.D.t.a
Chinook salmon	DUPLICATION
Chinook salmon	MODERN SPECIES	31	ADARB1 (ENSOTSG00005024395)	slx9 (ENSOTSG00005024393)	cnot9 (ENSOTSG00005024392)	ENSOTSG00005024390	ftcd (ENSOTSG00005023870)	stat1a (ENSOTSG00005023370)	ENSOTSG00005023358	glsa (ENSOTSG00005019550)	nab1a (ENSOTSG00005027616)	mfsd6a (ENSOTSG00005027610)	ENSOTSG00005027606	ahr1b (ENSOTSG00005027603) ##28	ahr2 (ENSOTSG00005027595) ##28	ENSOTSG00005027591	s100b (ENSOTSG00005027588)	sh3bp4a (ENSOTSG00005027586) ##22	ARL4C (ENSOTSG00005027585)	aox5 (ENSOTSG00005024759)	bzw1a (ENSOTSG00005024737)	ENSOTSG00005024735	ENSOTSG00005024733	ENSOTSG00005024732	ENSOTSG00005024722	ENSOTSG00005024717	zeb2b (ENSOTSG00005024672)	ENSOTSG00005024671	ENSOTSG00005023534	zgc:194242 (ENSOTSG00005023527)	TRAPPC10 (ENSOTSG00005023480)	gsk3ba (ENSOTSG00005022442)	lrrc58a (ENSOTSG00005022430)
Chinook salmon	MODERN SPECIES	5	ENSOTSG00005035149	cep70 (ENSOTSG00005035199)	ADARB1 (ENSOTSG00005035206)	slx9 (ENSOTSG00005035306)	cnot9 (ENSOTSG00005035311)	ftcd (ENSOTSG00005035320)	stat1a (ENSOTSG00005035552)	glsa (ENSOTSG00005042156)	nab1a (ENSOTSG00005042806)	mfsd6a (ENSOTSG00005042807)	ahr1b (ENSOTSG00005042808) ##28	ENSOTSG00005042810	ahr2 (ENSOTSG00005042811) ##28	ENSOTSG00005042813	s100b (ENSOTSG00005042814)	sh3bp4a (ENSOTSG00005042815) ##22	ARL4C (ENSOTSG00005042816)	aox5 (ENSOTSG00005042834)	bzw1a (ENSOTSG00005043571)	ENSOTSG00005043572	ENSOTSG00005043573	ENSOTSG00005043591	ENSOTSG00005043605	ENSOTSG00005043609	zeb2b (ENSOTSG00005043615)	ENSOTSG00005043687	ENSOTSG00005043690	zgc:194242 (ENSOTSG00005044029)	TRAPPC10 (ENSOTSG00005044030)	gsk3ba (ENSOTSG00005044041)	lrrc58a (ENSOTSG00005044465)
Coho salmon	MODERN SPECIES	7	dhrsx (ENSOKIG00005050914)	SOWAHC (ENSOKIG00005050912)	ENSOKIG00005050905	cep70 (ENSOKIG00005050898)	ADARB1 (ENSOKIG00005050894)	slx9 (ENSOKIG00005050888)	cnot9 (ENSOKIG00005050886)	ftcd (ENSOKIG00005050884)	ENSOKIG00005050878	glsa (ENSOKIG00005050832)	nab1a (ENSOKIG00005050800)	mfsd6a (ENSOKIG00005050799)	ahr1b (ENSOKIG00005050793) ##28	ahr2 (ENSOKIG00005050781) ##28	ENSOKIG00005050777	sh3bp4a (ENSOKIG00005050774) ##22	ARL4C (ENSOKIG00005050771)	S100B (ENSOKIG00005050770)	ENSOKIG00005050768	aox5 (ENSOKIG00005037375)	bzw1a (ENSOKIG00005035073)	ENSOKIG00005035046	ENSOKIG00005035002	ENSOKIG00005034234	KYNU (ENSOKIG00005034121)	ENSOKIG00005034109	ZEB2 (ENSOKIG00005034051)	ENSOKIG00005033422	ENSOKIG00005033373	TRAPPC10 (ENSOKIG00005032949)	GSK3B (ENSOKIG00005032382)
Rainbow trout	MODERN SPECIES	9	slx9 (ENSOMYG00000020014)	ENSOMYG00000070437	cnot9 (ENSOMYG00000020025)	ftcd (ENSOMYG00000020057)	ENSOMYG00000020320	ENSOMYG00000020539	ENSOMYG00000069747	glsa (ENSOMYG00000020604)	nab1a (ENSOMYG00000020636)	mfsd6a (ENSOMYG00000020644)	ahr1b (ENSOMYG00000020656) ##28	ENSOMYG00000020677	ahr2 (ENSOMYG00000020725) ##28	ENSOMYG00000020864	s100b (ENSOMYG00000020886)	sh3bp4a (ENSOMYG00000020902) ##22	ENSOMYG00000020913	aox5 (ENSOMYG00000021465)	bzw1a (ENSOMYG00000022459)	ENSOMYG00000022532	ENSOMYG00000022553	ENSOMYG00000066520	ENSOMYG00000059790	ENSOMYG00000022709	ENSOMYG00000022771	ENSOMYG00000049283	ENSOMYG00000022909	ENSOMYG00000023464	ENSOMYG00000024550	GSK3B (ENSOMYG00000024692)	lrrc58a (ENSOMYG00000024988)
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	110				ENSGT00950000182860.a.b.b.d	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.b.b	ENSGT00390000013151.a.a.b.d ##22	ENSGT00390000006330.a.a.b.c	ENSGT00530000063599.B.m.a	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.b.a.b ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.b.e ##28	ENSGT00530000065251.m.a	ENSGT00940000160532.h.d.b	ENSGT00940000160532.g.h	ENSGT00940000161997.a.j	ENSGT00390000013151.a.a.a.d ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.a.b	ENSGT00940000157521.a.b.a	ENSGT00940000167103	ENSGT00940000166136.d	ENSGT00390000012561.b.pb.b.d	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b.c.a.a	ENSGT00940000166136.c	ENSGT00940000160835.e.b	ENSGT00390000008033.s.b	ENSGT00950000183208.A.c.a.p	ENSGT00940000157233.c.a	ENSGT00390000003873.n.a	ENSGT00520000055635.c.a.a.b.e.a	ENSGT00940000156556.h.c
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	66	ENSGT00940000156180.e.f	ENSGT00390000001225.t.b	ENSGT00390000005581.a.f	ENSGT01050000244905.A.a.n.a.a	ENSGT00940000167649.a	ENSGT01050000244905.A.a.n.b	ENSGT00390000010463.a.b.c.a.f	ENSGT00940000165672.r	ENSGT00390000006330.a.a.b.c	ENSGT00530000063599.B.m.a	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.b.a.b ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.b.e ##28	ENSGT00940000160532.g.h	ENSGT00940000161997.a.j	ENSGT00390000013151.a.a.a.d ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.a.b	ENSGT00950000182897.B.a.b.b.b.j	ENSGT01030000234567.B.a.a.b.a.b	ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b.l.a.b	ENSGT00940000155270.i.b.d	ENSGT00940000156160.b.a.e.b.a	ENSGT00390000000862.h	ENSGT00950000183019.f.b.b.d.c.a	ENSGT00940000164110.f	ENSGT00940000154394.b.a.b.p.b	ENSGT00530000063410.b.i.b	ENSGT00940000178309.a.a.a	ENSGT00940000156552.c.b.j	ENSGT00940000175880	ENSGT00550000075118.k.a
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00390000005581.a.f	ENSGT00940000167649.a	ENSGT01050000244905.A.a.n.b.b	ENSGT01050000244905.A.a.n.b.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a.f	ENSGT00940000165672.r	ENSGT00390000006330.a.a.b.c	ENSGT00530000063599.B.m.a	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.b.a.b ##28	ENSGT00940000153773.a.b	ENSGT00940000169027.c.a	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.b.e ##28	ENSGT00940000160532.g.h	ENSGT00940000161997.a.j	ENSGT00390000013151.a.a.a.d ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.a.b	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b.c.b	ENSGT00940000166136.c	ENSGT00940000167103.d	ENSGT00940000157521.a.b.b	ENSGT00390000008033.s.a	ENSGT00950000183208.A.c.a.p	ENSGT00940000157233.c.a	ENSGT00390000003873.n.a	ENSGT00390000010372.o.b.a	ENSGT00520000055635.c.a.a.b.e.a	ENSGT00940000156556.h.c	ENSGT00940000157784.c.d.f.b	ENSGT01050000244864.D.t.b
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	8	ftcd (ENSSSAG00000056562)	ENSSSAG00000056556	stat1a (ENSSSAG00000056374)	stat1a (ENSSSAG00000102446)	glsa (ENSSSAG00000046133)	ENSSSAG00000046045	nab1a (ENSSSAG00000082005)	mfsd6a (ENSSSAG00000046008)	ENSSSAG00000045973	ENSSSAG00000045960	ahr1b (ENSSSAG00000088295) ##28	ENSSSAG00000122068	ahr2g (ENSSSAG00000045517) ##28	ENSSSAG00000040976	S100B (ENSSSAG00000040846)	sh3bp4a (ENSSSAG00000040750) ##22	ENSSSAG00000112062	ENSSSAG00000039600	bzw1a (ENSSSAG00000058485)	ENSSSAG00000114401	ENSSSAG00000039284	ENSSSAG00000023548	ENSSSAG00000016689	ENSSSAG00000015043	ENSSSAG00000007982	ENSSSAG00000044053	ENSSSAG00000083284	ENSSSAG00000109868	ENSSSAG00000101072	ENSSSAG00000119875	ENSSSAG00000082370
River trout	MODERN SPECIES	32	cnot9 (ENSSTUG00000025163)	ftcd (ENSSTUG00000025218)	ENSSTUG00000025302	stat1a (ENSSTUG00000025375)	stat1a (ENSSTUG00000027560)	glsa (ENSSTUG00000028542)	ENSSTUG00000032080	mfsd6a (ENSSTUG00000032104)	ENSSTUG00000032145	ahr1b (ENSSTUG00000032193) ##28	ENSSTUG00000032334	ENSSTUG00000032363	ahr2 (ENSSTUG00000032386) ##28	ENSSTUG00000032602	s100b (ENSSTUG00000032637)	sh3bp4a (ENSSTUG00000032651) ##22	ARL4C (ENSSTUG00000032669)	ENSSTUG00000032807	ENSSTUG00000037114	bzw1a (ENSSTUG00000037155)	ENSSTUG00000037507	ENSSTUG00000037512	ENSSTUG00000037562	zeb2b (ENSSTUG00000037599)	ENSSTUG00000037652	ENSSTUG00000037681	TRAPPC10 (ENSSTUG00000038469)	ENSSTUG00000038537	gsk3ba (ENSSTUG00000038559)	lrrc58a (ENSSTUG00000038928)	fstl1a (ENSSTUG00000038946)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00940000156180.e.f	ENSGT00390000001225.t.b	ENSGT00390000005581.a.f	ENSGT01050000244905.A.a.n.a.a	ENSGT00940000167649.a	ENSGT01050000244905.A.a.n.b	ENSGT00390000010463.a.b.c.a.f	ENSGT00940000165672.r	ENSGT00390000006330.a.a.b.c	ENSGT00530000063599.B.m.a.a	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.b.a.b ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.b.e ##28	ENSGT00940000160532.g.h	ENSGT00940000161997.a.j	ENSGT00390000013151.a.a.a.d ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.a.b	ENSGT00940000178309.a.a.a	ENSGT00940000156552.c.b.j	ENSGT00940000175880	ENSGT00550000075118.k.a	ENSGT00940000159160.g	ENSGT00390000001170.a.b.b	ENSGT00940000153470.a.a.a.a.c.b.a.a	ENSGT00940000159094.e.d	ENSGT00950000182836.b.b.b.a.l.a	ENSGT00390000003874.a.b.b	ENSGT00940000158589.b.b.d.a.b	ENSGT00940000159505.v.b	ENSGT00940000157065.z	ENSGT00390000013113.v
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	77													ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.b.e ##28	ENSGT00940000160532.g.h	ENSGT00940000161997.a.j	ENSGT00390000013151.a.a.a.d ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.a.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b.c.a.a	ENSGT00940000166136.c	ENSGT00940000167103.d	ENSGT00940000157521.a.b.b	ENSGT00390000008033.s.b	ENSGT00950000183208.A.c.a.p	ENSGT00940000157233.c.a	ENSGT00390000003873.n.a	ENSGT01000000220200	ENSGT00520000055635.c.a.a.b.e.a	ENSGT00940000156556.h.c	ENSGT00940000157784.c.d.e.a	ENSGT01050000244864.D.t.b	ENSGT01050000244864.C.f.a
Coho salmon	MODERN SPECIES	25	ENSOKIG00005048097	ENSOKIG00005048365	stat1a (ENSOKIG00005048380)	glsa (ENSOKIG00005048559)	ENSOKIG00005049282	nab1a (ENSOKIG00005049290)	mfsd6a (ENSOKIG00005049297)	ENSOKIG00005049306	ahr1b (ENSOKIG00005049321) ##28	ENSOKIG00005049356	ENSOKIG00005005251	ahr2 (ENSOKIG00005005263) ##28	ENSOKIG00005005269	ENSOKIG00005005295	s100b (ENSOKIG00005005357)	sh3bp4a (ENSOKIG00005005374) ##22	ARL4C (ENSOKIG00005005387)	ENSOKIG00005005392	AOX1 (ENSOKIG00005005651)	bzw1a (ENSOKIG00005011297)	ENSOKIG00005011506	ENSOKIG00005011520	ENSOKIG00005011581	ENSOKIG00005011993	zeb2b (ENSOKIG00005012049)	ENSOKIG00005012096	TRAPPC10 (ENSOKIG00005012193)	ENSOKIG00005012386	ENSOKIG00005012416	fstl1a (ENSOKIG00005012758)	gja8b (ENSOKIG00005012911)
Chinook salmon	MODERN SPECIES	31	ENSOTSG00005024390	cnot9 (ENSOTSG00005024392)	slx9 (ENSOTSG00005024393)	ADARB1 (ENSOTSG00005024395)	cep70 (ENSOTSG00005024396)	ENSOTSG00005024397	sowahcb (ENSOTSG00005024415)	cd99 (ENSOTSG00005024418)	MXRA5 (ENSOTSG00005024419)	PRKX (ENSOTSG00005024421)	ENSOTSG00005024423	nlgn4xa (ENSOTSG00005024424)	ahr2 (ENSOTSG00005024967) ##28	ENSOTSG00005024972	s100b (ENSOTSG00005024974)	sh3bp4a (ENSOTSG00005024975) ##22	ARL4C (ENSOTSG00005024981)	ENSOTSG00005024999	bzw1a (ENSOTSG00005029943)	ENSOTSG00005029944	ENSOTSG00005029946	ENSOTSG00005029947	ENSOTSG00005029951	zeb2b (ENSOTSG00005029959)	ENSOTSG00005029964	TRAPPC10 (ENSOTSG00005029982)	ENSOTSG00005029995	gsk3ba (ENSOTSG00005029996)	lrrc58a (ENSOTSG00005033118)	fstl1a (ENSOTSG00005033119)	gja8b (ENSOTSG00005033154)
Rainbow trout	MODERN SPECIES	28	stat1-2 (ENSOMYG00000029899)	mstn2a (ENSOMYG00000034675)	stat1a (ENSOMYG00000034815)	stat1a (ENSOMYG00000035706)	glsa (ENSOMYG00000037999)	ENSOMYG00000042380	ENSOMYG00000062063	nab1a (ENSOMYG00000042385)	mfsd6a (ENSOMYG00000042389)	ENSOMYG00000042395	ahr1b (ENSOMYG00000042466) ##28	ahr2 (ENSOMYG00000042973) ##28	ENSOMYG00000042998	s100b (ENSOMYG00000043015)	ENSOMYG00000054897	sh3bp4a (ENSOMYG00000043018) ##22	ENSOMYG00000043038	ENSOMYG00000052594	ENSOMYG00000043426	ENSOMYG00000074775	bzw1a (ENSOMYG00000045735)	ENSOMYG00000045751	ENSOMYG00000074904	ENSOMYG00000001309	ENSOMYG00000001416	ENSOMYG00000001495	ENSOMYG00000001557	ENSOMYG00000001608	ENSOMYG00000002015	ENSOMYG00000057814	ENSOMYG00000051554
Huchen	MODERN SPECIES	1021													ENSHHUG00000033271 ##28	ENSHHUG00000033279	s100b (ENSHHUG00000033385)	sh3bp4a (ENSHHUG00000033388) ##22	ARL4C (ENSHHUG00000033399)	AOX1 (ENSHHUG00000033404)	aox5 (ENSHHUG00000033474)	bzw1a (ENSHHUG00000033553)	ENSHHUG00000033597	ENSHHUG00000033603	ENSHHUG00000033608	ENSHHUG00000033621
Northern pike	MODERN SPECIES	21	ENSELUG00000016500	cnot9 (ENSELUG00000016480)	ftcd (ENSELUG00000016402)	stat1a (ENSELUG00000016334)	mstna (ENSELUG00000016246)	glsa (ENSELUG00000016228)	nab1a (ENSELUG00000016158)	mfsd6a (ENSELUG00000016114)	ENSELUG00000016012	ahr1b (ENSELUG00000015980) ##28	ahr2 (ENSELUG00000015884) ##28	ENSELUG00000015840	RHCG (ENSELUG00000015813)	ENSELUG00000031760	s100b (ENSELUG00000015744)	sh3bp4a (ENSELUG00000015726) ##22	ARL4C (ENSELUG00000015699)	AOX1 (ENSELUG00000015666)	bzw1a (ENSELUG00000015556)	ENSELUG00000015531	ENSELUG00000015484	LRP1B (ENSELUG00000015279)	KYNU (ENSELUG00000015091)	ENSELUG00000029431	zeb2b (ENSELUG00000014998)	ENSELUG00000030788	ACVR2A (ENSELUG00000014935)	orc4 (ENSELUG00000014828)	MBD5 (ENSELUG00000014723)	KIF5C (ENSELUG00000014707)	LYPD6 (ENSELUG00000026726)
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	112						ENSGT00390000005581.a	ENSGT00940000167649	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00940000155773.a	ENSGT01030000235131	ENSGT00940000178373	ENSGT00390000014376.c.b
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	26							ENSGT00390000005581.a	ENSGT00940000167649	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00940000155773.a	ENSGT01030000235131	ENSGT00940000178373	ENSGT00390000014376.c.b
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00390000016940.c.b.b	ENSGT00950000182905.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000156884	ENSGT00940000154319	ENSGT00390000005717.s	ENSGT00940000155212.ab.a	ENSGT00940000167649	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00940000155773.a	ENSGT01030000235131	ENSGT00940000178373	ENSGT00390000014376.c.b
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00950000182905.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000156884	ENSGT00940000154319	ENSGT00390000005717.s	ENSGT00940000155212.ab.a	ENSGT00940000167649	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000177277	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00940000155773.a	ENSGT01030000235131	ENSGT00940000178373	ENSGT00390000014376.c.b
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00950000182905.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000156884	ENSGT00940000154319	ENSGT00390000005717.s	ENSGT00940000155212.ab.a	ENSGT00940000167649	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B.j	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000177277	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00940000155773.a	ENSGT01030000235131	ENSGT00940000178373	ENSGT00390000014376.c.b
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000155522.g.b	ENSGT00390000016940.c.b.b	ENSGT00950000182905.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000156884	ENSGT00940000154319	ENSGT00940000167649	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B.j	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000177277	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00940000155773.a	ENSGT01030000235131	ENSGT00940000178373	ENSGT00390000014376.c.b
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000156884	ENSGT00940000154319	ENSGT00950000183314	ENSGT00390000005717.s	ENSGT00940000155212.ab.a	ENSGT00940000156038.a.b.b.i.a.a	ENSGT00940000167649	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B.j	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00940000155773.a	ENSGT00940000178373	ENSGT00390000014376.c.b	ENSGT00950000183028.a.a.a.g.b
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	54															ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00530000063599.B.j	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT01050000244905.A.a.c	ENSGT00940000167649	ENSGT00940000156038.a.b.b.i.a.a	ENSGT00940000155212.ab.a	ENSGT00390000005717.s	ENSGT00940000154319	ENSGT00940000156884	ENSGT00950000182905.a.a.a.a.a.b	ENSGT00390000016940.c.b.b
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1619	ENSNFUG00015011470	FAM171B (ENSNFUG00015011440)	MBD5 (ENSNFUG00015011296)	ACVR2A (ENSNFUG00015011205)	ENSNFUG00015011167	ENSNFUG00015011163	zeb2b (ENSNFUG00015011080)	ENSNFUG00015011047	ENSNFUG00015011037	AOX1 (ENSNFUG00015008831)	bzw1a (ENSNFUG00015008762)	ENSNFUG00015008757	ENSNFUG00015008729	ENSNFUG00015008412 ##28	ENSNFUG00015008373	SH3BP4A (ENSNFUG00015008370) ##22	ARL4C (ENSNFUG00015008367)	s100b (ENSNFUG00015008365)	OLA.329 (ENSNFUG00015008356) ##28	ENSNFUG00015008347	mfsd6a (ENSNFUG00015008344)	ENSNFUG00015008341	NAB1A (ENSNFUG00015008336)	glsa (ENSNFUG00015007116)	stat1a (ENSNFUG00015006815)	MSTNA (ENSNFUG00015006783)	ENSNFUG00015006779	ENSNFUG00015006769	SHROOM2 (ENSNFUG00015006759)	ENSNFUG00015006752	ENSNFUG00015006737
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	928															s100b (ENSKMAG00000009342)	sh3bp4a (ENSKMAG00000009324) ##22
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	67						ENSGT00940000167649	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B.j	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000168817	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00940000155773.a	ENSGT00940000178373	ENSGT00390000014376.c.b	ENSGT00950000183028.a.a.a.g.b
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	184						ENSGT00940000167649	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B.j	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000168817	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00940000155773.a	ENSGT00390000014376.c.b	ENSGT00950000183028.a.a.a.g.b	ENSGT00940000161625.m
Mummichog	MODERN SPECIES	449												ahr1b (ENSFHEG00000012862) ##28	ENSFHEG00000012913 ##28	ENSFHEG00000012943	s100b (ENSFHEG00000000289)	sh3bp4a (ENSFHEG00000012967) ##22	ENSFHEG00000013017	AOX1 (ENSFHEG00000013094)	bzw1a (ENSFHEG00000013200)	ENSFHEG00000013214	ENSFHEG00000013246	ENSFHEG00000013254	ENSFHEG00000013284	ENSFHEG00000013292	ENSFHEG00000013300
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	175															s100b (ENSCVAG00000023198)	sh3bp4a (ENSCVAG00000023146) ##22	ENSCVAG00000023139	AOX1 (ENSCVAG00000023083)	bzw1a (ENSCVAG00000022879)	ENSCVAG00000022855	ENSCVAG00000022843	KYNU (ENSCVAG00000022823)	zeb2b (ENSCVAG00000022820)	ENSCVAG00000022787	ACVR2A (ENSCVAG00000022775)	orc4 (ENSCVAG00000022702)	MBD5 (ENSCVAG00000022692)	KIF5C (ENSCVAG00000022674)	ENSCVAG00000022605	ENSCVAG00000022593	ENSCVAG00000022586
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	23								ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B.j	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000168817.l.a	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00940000155773.a	ENSGT00940000178373	ENSGT00390000014376.c.b	ENSGT00950000183028.a.a.a.g.b
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	30								ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B.j	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000168817.l.a	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a.q	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00940000155773.a	ENSGT00940000178373	ENSGT00390000014376.c.b	ENSGT00950000183028.a.a.a.g.b
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	151							ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B.j	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00730000111912.A.b	ENSGT00940000168817.l.a	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a.q	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000154801.p	ENSGT00950000182860.a.b.b	ENSGT00940000155324.g.a.a	ENSGT00940000155324.g.a.b.a.b	ENSGT00940000155324.g.a.b.a.a	ENSGT00940000157440.m.a
Amazon molly	MODERN SPECIES	479															s100b (ENSPFOG00000007041)	sh3bp4a (ENSPFOG00000007010) ##22	AOX1 (ENSPFOG00000005969)	bzw1a (ENSPFOG00000004908)	ENSPFOG00000005929	ENSPFOG00000005403	KYNU (ENSPFOG00000004972)	zeb2b (ENSPFOG00000004757)	ACVR2A (ENSPFOG00000004465)	orc4 (ENSPFOG00000004221)	MBD5 (ENSPFOG00000004180)
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Guppy	MODERN SPECIES	450	ENSPREG00000021224	esd (ENSPREG00000021242)	dhrs13b.1 (ENSPREG00000021277)	HTR2A (ENSPREG00000021302)	ENSPREG00000021311	ENSPREG00000021320	glsa (ENSPREG00000021334)	nab1a (ENSPREG00000021362)	mfsd6a (ENSPREG00000021378)	ENSPREG00000021411	ahr1b (ENSPREG00000021437) ##28	ENSPREG00000021486 ##28	ENSPREG00000021575	ENSPREG00000021664	s100b (ENSPREG00000021673)	sh3bp4a (ENSPREG00000021689) ##22	ENSPREG00000021699	aox1 (ENSPREG00000021723)	bzw1a (ENSPREG00000021850)	ENSPREG00000021966	ENSPREG00000021979	KYNU (ENSPREG00000022003)	ENSPREG00000022031	ACVR2A (ENSPREG00000022059)	orc4 (ENSPREG00000022075)	MBD5 (ENSPREG00000022088)	KIF5C (ENSPREG00000022100)	ENSPREG00000022126	ENSPREG00000022137	ENSPREG00000022144	ENSPREG00000022150
Platyfish	MODERN SPECIES	16	ENSXMAG00000022867	ENSXMAG00000022997	ENSXMAG00000023914	ENSXMAG00000027564	ENSXMAG00000022859	ENSXMAG00000028822	glsa (ENSXMAG00000010380)	nab1a (ENSXMAG00000010400)	ENSXMAG00000024985	mfsd6a (ENSXMAG00000010414)	ENSXMAG00000010417	ahr1b (ENSXMAG00000010418) ##28	ENSXMAG00000026509 ##28	ENSXMAG00000027895	s100b (ENSXMAG00000010438)	sh3bp4a (ENSXMAG00000010440) ##22	ENSXMAG00000000086	aox1 (ENSXMAG00000010446)	bzw1a (ENSXMAG00000026117)	ENSXMAG00000029902	ENSXMAG00000010550	KYNU (ENSXMAG00000010565)	ENSXMAG00000021934	zeb2b (ENSXMAG00000010581)	ACVR2A (ENSXMAG00000010594)	orc4 (ENSXMAG00000010615)	MBD5 (ENSXMAG00000010633)	kif5c (ENSXMAG00000027692)	KIF5C (ENSXMAG00000010638)	ENSXMAG00000025243	ENSXMAG00000029571
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	40						ENSGT00940000167649	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B.j	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000177277	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000167103	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00390000016542	ENSGT00940000157233.c	ENSGT01040000240400.c.a.b.b	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00950000183184.a.a.b	ENSGT00390000006826	ENSGT00940000165235.a.a	ENSGT00940000155675.p.b
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	50						ENSGT00940000167649	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B.j	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000177277	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT01100000263998	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000167103	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00390000016542	ENSGT00940000157233.c	ENSGT01040000240400.c.a.b.b	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00950000183184.a.a.b	ENSGT00390000006826
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	11	ENSOJAG00000005842	ENSOJAG00000005808	ENSOJAG00000005784	ENSOJAG00000005623	ENSOJAG00000005592	mstna (ENSOJAG00000005579)	stat1a (ENSOJAG00000005306)	glsa (ENSOJAG00000003293)	nab1a (ENSOJAG00000003138)	ENSOJAG00000003127	ENSOJAG00000003120	ahr1b (ENSOJAG00000003099) ##28	ENSOJAG00000002997 ##28	ENSOJAG00000002978	s100b (ENSOJAG00000002960)	sh3bp4a (ENSOJAG00000002935) ##22	ENSOJAG00000002924	ENSOJAG00000002919	ENSOJAG00000002914	bzw1a (ENSOJAG00000000657)	ENSOJAG00000000650	ENSOJAG00000000641	ENSOJAG00000000634	KIF5C (ENSOJAG00000000574)	ENSOJAG00000000556	MBD5 (ENSOJAG00000000554)	orc4 (ENSOJAG00000000527)	ACVR2A (ENSOJAG00000000471)	ENSOJAG00000000428	ENSOJAG00000000414	zeb2b (ENSOJAG00000000338)
Indian medaka	MODERN SPECIES	20	ENSOMEG00000019379	ENSOMEG00000019416	ENSOMEG00000019437	ENSOMEG00000019449	ENSOMEG00000019519	mstna (ENSOMEG00000019561)	ENSOMEG00000019571	ENSOMEG00000019585	glsa (ENSOMEG00000019625)	nab1a (ENSOMEG00000019650)	mfsd6a (ENSOMEG00000019683)	ENSOMEG00000019689	ahr1b (ENSOMEG00000019719) ##28	ENSOMEG00000019752 ##28	s100b (ENSOMEG00000019763)	sh3bp4a (ENSOMEG00000019774) ##22	ENSOMEG00000019798	ENSOMEG00000019814	AOX1 (ENSOMEG00000019941)	bzw1a (ENSOMEG00000019988)	ENSOMEG00000020006	ENSOMEG00000020038	ENSOMEG00000020053	ENSOMEG00000020061	KIF5C (ENSOMEG00000020228)	MBD5 (ENSOMEG00000020281)	orc4 (ENSOMEG00000020335)	ACVR2A (ENSOMEG00000020423)	ENSOMEG00000020445	ENSOMEG00000020453	zeb2b (ENSOMEG00000020511)
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	56								ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B.j	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000167103	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00390000016542	ENSGT00940000157233.c	ENSGT01040000240400.c.a.b.b	ENSGT01100000264591	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00950000183184.a.a.b	ENSGT00940000165235.a.a	ENSGT00950000183140.a.a	ENSGT00550000074981
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	11	ENSORLG00000023722	ENSORLG00000025150	ENSORLG00000026051	ENSORLG00000029414	ENSORLG00000028259	stat1a (ENSORLG00000000162)	glsa (ENSORLG00000000151)	nab1a (ENSORLG00000000144)	ENSORLG00000029379	mfsd6a (ENSORLG00000000140)	ENSORLG00000030416	ENSORLG00000030224	ahr1b (ENSORLG00000000137) ##28	ENSORLG00000000135 ##28	s100b (ENSORLG00000028907)	sh3bp4a (ENSORLG00000000133) ##22	ENSORLG00000026726	aox6 (ENSORLG00000000125)	bzw1a (ENSORLG00000000117)	ENSORLG00000000115	ENSORLG00000000112	KIF5C (ENSORLG00000000108)	MBD5 (ENSORLG00000000104)	orc4 (ENSORLG00000000103)	ACVR2A (ENSORLG00000000099)	ENSORLG00000027108	ENSORLG00000024724	zeb2b (ENSORLG00000000098)	ENSORLG00000000095	ENSORLG00000000091	ENSORLG00000023624
Chinese medaka	MODERN SPECIES	1018							ENSOSIG00000009183	stat1a (ENSOSIG00000009175)	glsa (ENSOSIG00000009171)	nab1a (ENSOSIG00000009168)	ENSOSIG00000009165	ENSOSIG00000009162	ENSOSIG00000009146 ##28	ENSOSIG00000009141 ##28	s100b (ENSOSIG00000009136)	sh3bp4a (ENSOSIG00000009133) ##22	ENSOSIG00000009131
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000156884	ENSGT00940000154319	ENSGT00390000005717.s	ENSGT00940000155212.ab.a	ENSGT00940000167649	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B.i.a	ENSGT00530000063599.B.j	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000177277	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00940000155773.a	ENSGT00390000014376.c.b	ENSGT00950000183028.a.a.a.g.b	ENSGT00940000161625.m
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	232																ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	260																ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	319																ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	1100																sh3bp4a (ENSAOCG00000004444) ##22	AOX1 (ENSAOCG00000002238)	bzw1a (ENSAOCG00000005035)
Orange clownfish	MODERN SPECIES	16	ENSAPEG00000000680	ENSAPEG00000000812	ENSAPEG00000000836	PRKX (ENSAPEG00000000882)	ENSAPEG00000000887	ENSAPEG00000000925	nlgn4xa (ENSAPEG00000000970)	pudp (ENSAPEG00000000986)	ENSAPEG00000000994	STS (ENSAPEG00000001039)	ENSAPEG00000001479	ENSAPEG00000001493	KYNU (ENSAPEG00000001534)	ENSAPEG00000001580	ENSAPEG00000001604	sh3bp4a (ENSAPEG00000001617) ##22	AOX1 (ENSAPEG00000001912)	ENSAPEG00000003751	bzw1a (ENSAPEG00000003772)	TAPT1 (ENSAPEG00000003801)	nab1a (ENSAPEG00000003868)	mfsd6a (ENSAPEG00000003916)	ENSAPEG00000003954	ahr1b (ENSAPEG00000003976) ##28	ENSAPEG00000004038 ##28	ENSAPEG00000004066	s100b (ENSAPEG00000004079)	rpgrb (ENSAPEG00000004141)	TDP2 (ENSAPEG00000004208)	nhej1 (ENSAPEG00000004240)	ihhb (ENSAPEG00000004275)
Spiny chromis	MODERN SPECIES	1018																sh3bp4a (ENSAPOG00000021891) ##22	AOX1 (ENSAPOG00000021706)	aox5 (ENSAPOG00000019821)	bzw1a (ENSAPOG00000019670)	ENSAPOG00000019626	ENSAPOG00000001102	ENSAPOG00000019544	ENSAPOG00000019528	ENSAPOG00000019508	acp7 (ENSAPOG00000019497)
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	657						rpgrb (ENSSPAG00000021685)	s100b (ENSSPAG00000021703)	ENSSPAG00000021711 ##28	ahr1b (ENSSPAG00000021729) ##28	ENSSPAG00000021952	ENSSPAG00000021956	mfsd6a (ENSSPAG00000021968)	nab1a (ENSSPAG00000021980)	ENSSPAG00000022008	ENSSPAG00000022055	sh3bp4a (ENSSPAG00000022059) ##22	ENSSPAG00000022062
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000154319	ENSGT00390000005717.s	ENSGT00940000155212.ab.a	ENSGT00940000167649	ENSGT00940000178093	ENSGT01100000263513.a.a.b.b.b.b.b.a.a.a	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B.i.a	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000177277	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00940000155773.a	ENSGT00390000014376.c.b	ENSGT00950000183028.a.a.a.g.b
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000154319	ENSGT00390000005717.s	ENSGT00940000155212.ab.a	ENSGT00940000167649	ENSGT00940000178093	ENSGT01100000263513.a.a.b.b.b.b.b.a.a.a	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B.i.a	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000177277	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00940000155773.a	ENSGT00390000014376.c.b	ENSGT00950000183028.a.a.a.g.b
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00950000182905.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000156884	ENSGT00940000154319	ENSGT00390000005717.s	ENSGT00940000155212.ab.a	ENSGT00940000167649	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B.i.a	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000177277	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00940000155773.a	ENSGT00390000014376.c.b	ENSGT00950000183028.a.a.a.g.b	ENSGT00940000161625.m
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00950000182905.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000156884	ENSGT00940000154319	ENSGT00390000005717.s	ENSGT00940000155212.ab.a	ENSGT00940000167649	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B.i.a	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000177277	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000177855	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b.q	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00940000155773.a	ENSGT00390000014376.c.b	ENSGT00950000183028.a.a.a.g.b
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	302	sumo1 (ENSHBUG00000009968)	ENSHBUG00000009948	ENSHBUG00000009933	ENSHBUG00000009924	ENSHBUG00000009912	ENSHBUG00000009903	stat1a (ENSHBUG00000009883)	glsa (ENSHBUG00000009819)	nab1a (ENSHBUG00000009745)	mfsd6a (ENSHBUG00000009699)	ENSHBUG00000009653	ENSHBUG00000000248 ##28	ENSHBUG00000000246 ##28	ENSHBUG00000009612	s100b (ENSHBUG00000009598)	sh3bp4a (ENSHBUG00000009590) ##22	ENSHBUG00000009561	AOX1 (ENSHBUG00000009527)	bzw1a (ENSHBUG00000009482)	ENSHBUG00000009415	ENSHBUG00000009397	KYNU (ENSHBUG00000009358)	zeb2b (ENSHBUG00000009312)	ENSHBUG00000009275	ACVR2A (ENSHBUG00000009246)	orc4 (ENSHBUG00000009159)	MBD5 (ENSHBUG00000009128)	KIF5C (ENSHBUG00000009110)	ENSHBUG00000008986	si:dkey-276j7.1 (ENSHBUG00000000225)	ENSHBUG00000008954
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00950000182905.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000156884	ENSGT00940000154319	ENSGT00390000005717.s	ENSGT00940000155212.ab.a	ENSGT00940000167649	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B.i.a	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000177277	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000177855	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b.q	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00940000155773.a	ENSGT00390000014376.c.b	ENSGT00950000183028.a.a.a.g.b
P. nyererei	MODERN SPECIES	380	ENSPNYG00000021018	MAP3K2 (ENSPNYG00000021068)	sumo1 (ENSPNYG00000021119)	ENSPNYG00000021148	ENSPNYG00000021159	mstna (ENSPNYG00000021222)	stat1a (ENSPNYG00000021241)	glsa (ENSPNYG00000021290)	nab1a (ENSPNYG00000021341)	mfsd6a (ENSPNYG00000021356)	ENSPNYG00000021394	ENSPNYG00000021443 ##28	ENSPNYG00000021546 ##28	ENSPNYG00000021607	s100b (ENSPNYG00000021618)	sh3bp4a (ENSPNYG00000021626) ##22	ENSPNYG00000021637	ENSPNYG00000021646	AOX1 (ENSPNYG00000021820)	bzw1a (ENSPNYG00000022122)	ENSPNYG00000022140	ENSPNYG00000022153	ENSPNYG00000022175	KYNU (ENSPNYG00000022184)	zeb2b (ENSPNYG00000022218)	ENSPNYG00000022234	ENSPNYG00000022247	ENSPNYG00000022254	ACVR2A (ENSPNYG00000022291)	orc4 (ENSPNYG00000022306)	ENSPNYG00000022317
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	48	ENSGT00950000182905.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000156884	ENSGT00940000154319	ENSGT00390000005717.s	ENSGT00940000155212.ab.a	ENSGT00940000167649	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B.i.a	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000177277	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b.q	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00940000155773.a	ENSGT00390000014376.c.b	ENSGT00950000183028.a.a.a.g.b	ENSGT00940000161625.m
Eastern happy	MODERN SPECIES	14	ENSACLG00000012899	SHROOM2 (ENSACLG00000012906)	ENSACLG00000012928	mstna (ENSACLG00000012941)	ENSACLG00000013546	stat1a (ENSACLG00000013567)	glsa (ENSACLG00000013667)	nab1a (ENSACLG00000013744)	mfsd6a (ENSACLG00000013804)	ENSACLG00000013861	ENSACLG00000013870	ahr1b (ENSACLG00000013927) ##28	ENSACLG00000013968 ##28	ENSACLG00000014025	s100b (ENSACLG00000014052)	sh3bp4a (ENSACLG00000014087) ##22	ENSACLG00000014159	AOX1 (ENSACLG00000014214)	bzw1a (ENSACLG00000014272)	ENSACLG00000014340	ENSACLG00000014354	KYNU (ENSACLG00000014420)	zeb2b (ENSACLG00000014590)	ENSACLG00000014619	ENSACLG00000014633	ACVR2A (ENSACLG00000014722)	orc4 (ENSACLG00000014765)	MBD5 (ENSACLG00000014821)	KIF5C (ENSACLG00000014904)	ENSACLG00000014949	si:dkey-276j7.1 (ENSACLG00000014993)
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1105	ENSMZEG00005015426	pwp2h (ENSMZEG00005015448)	eed (ENSMZEG00005015490)	ENSMZEG00005015497	gpd2 (ENSMZEG00005015505)	nr4a2b (ENSMZEG00005015529)	ENSMZEG00005015539	ENSMZEG00005015580	mfsd6a (ENSMZEG00005015608)	ENSMZEG00005015623	ahr1b (ENSMZEG00005015628) ##28	ENSMZEG00005015646	ENSMZEG00005015665 ##28	ENSMZEG00005015678	s100b (ENSMZEG00005015684)	sh3bp4a (ENSMZEG00005015690) ##22	ENSMZEG00005015698	AOX1 (ENSMZEG00005015711)	bzw1a (ENSMZEG00005015758)	ENSMZEG00005015788	ENSMZEG00005015796	ENSMZEG00005015807	KYNU (ENSMZEG00005015818)	zeb2b (ENSMZEG00005015857)	ENSMZEG00005015865	ACVR2A (ENSMZEG00005015870)	orc4 (ENSMZEG00005015887)	MBD5 (ENSMZEG00005015907)	KIF5C (ENSMZEG00005015999)	ENSMZEG00005017356	si:dkey-276j7.1 (ENSMZEG00005017363)
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	315	ENSNBRG00000015684	MAP3K2 (ENSNBRG00000015642)	sumo1 (ENSNBRG00000015621)	ENSNBRG00000015616	ENSNBRG00000015583	mstna (ENSNBRG00000015573)	ENSNBRG00000015539	glsa (ENSNBRG00000015505)	nab1a (ENSNBRG00000015482)	mfsd6a (ENSNBRG00000015467)	ENSNBRG00000015423	ahr1b (ENSNBRG00000015283) ##28	ENSNBRG00000015256 ##28	ENSNBRG00000015244	s100b (ENSNBRG00000015237)	sh3bp4a (ENSNBRG00000015226) ##22	ENSNBRG00000015182	AOX1 (ENSNBRG00000015139)	bzw1a (ENSNBRG00000015102)	ENSNBRG00000015091	ENSNBRG00000015054	ENSNBRG00000015042	KYNU (ENSNBRG00000014995)	ENSNBRG00000014980	zeb2b (ENSNBRG00000014957)	ACVR2A (ENSNBRG00000014918)	orc4 (ENSNBRG00000014881)	MBD5 (ENSNBRG00000014857)	ENSNBRG00000014843	KIF5C (ENSNBRG00000014799)	ENSNBRG00000014767
Nile tilapia	MODERN SPECIES	14	ENSONIG00000041604	SHROOM2 (ENSONIG00000042020)	ENSONIG00000012192	ENSONIG00000012193	stat1a (ENSONIG00000012194)	glsa (ENSONIG00000012207)	nab1 (ENSONIG00000012209)	mfsd6a (ENSONIG00000037036)	ENSONIG00000012214	ENSONIG00000021038	ENSONIG00000035391	ahr1b (ENSONIG00000041277) ##28	ENSONIG00000012216 ##28	ENSONIG00000039895	s100b (ENSONIG00000012218)	sh3bp4a (ENSONIG00000012221) ##22	ENSONIG00000021039	ENSONIG00000027545	AOX1 (ENSONIG00000012222)	bzw1a (ENSONIG00000042050)	ENSONIG00000012261	ENSONIG00000034740	ENSONIG00000012262	ENSONIG00000041655	KYNU (ENSONIG00000012265)	ENSONIG00000027312	zeb2b (ENSONIG00000012271)	ACVR2A (ENSONIG00000012275)	MBD5 (ENSONIG00000012287)	orc4 (ENSONIG00000012282)	KIF5C (ENSONIG00000012293)
Midas cichlid	MODERN SPECIES	511																sh3bp4a (ENSACIG00000024421) ##22	ENSACIG00000024420	AOX1 (ENSACIG00000024419)	bzw1a (ENSACIG00000024418)	ENSACIG00000024417	ENSACIG00000024416	ENSACIG00000024415	KYNU (ENSACIG00000024414)
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00950000182905.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000156884	ENSGT00940000154319	ENSGT00390000005717.s	ENSGT00940000155212.ab.a	ENSGT00940000167649	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000177277	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00940000155773.a	ENSGT00390000014376.c.b	ENSGT00950000183028.a.a.a.g.b
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Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00950000182905.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000156884	ENSGT00940000154319	ENSGT00390000005717.s	ENSGT00940000155212.ab.a	ENSGT00940000167649	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000177277	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00940000155773.a	ENSGT00390000014376.c.b	ENSGT00950000183028.a.a.a.g.b
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	552														ENSLBEG00000010227 ##28	s100b (ENSLBEG00000010247)	sh3bp4a (ENSLBEG00000010312) ##22	ENSLBEG00000010335	AOX1 (ENSLBEG00000010452)	bzw1a (ENSLBEG00000010918)	ENSLBEG00000010947	ENSLBEG00000010969	ENSLBEG00000011027	KYNU (ENSLBEG00000011045)	ENSLBEG00000011120	ENSLBEG00000011159	RDX (ENSLBEG00000011211)	MCF2L (ENSLBEG00000011268)
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00950000182905.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000156884	ENSGT00940000154319	ENSGT00390000005717.s	ENSGT00940000155212.ab.a	ENSGT00940000167649	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000177277	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00940000155773.a	ENSGT00390000014376.c.b	ENSGT00950000183028.a.a.a.g.b	ENSGT00940000161625.m
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00950000182905.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000156884	ENSGT00940000154319	ENSGT00390000005717.s	ENSGT00940000155212.ab.a	ENSGT00940000167649	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000177277	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00940000155773.a	ENSGT01030000235131	ENSGT00390000014376.c.b
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	64	ENSGT00940000155522.h	ENSGT00390000016940.c.b.b	ENSGT00950000182905.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000156884	ENSGT00940000154319	ENSGT00940000155212.ab.a	ENSGT00940000167649	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22
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Stickleback	MODERN SPECIES								zeb2b (ENSGACG00000015660)	ENSGACG00000015659	ENSGACG00000015657	ENSGACG00000015656	bzw1a (ENSGACG00000015646)	AOX1 (ENSGACG00000015642)	KYNU (ENSGACG00000015629)	ENSGACG00000015628	s100b (ENSGACG00000015622)	sh3bp4a (ENSGACG00000015619) ##22	ENSGACG00000015617 ##28	ahr1b (ENSGACG00000015615) ##28	mfsd6a (ENSGACG00000015610)	nab1a (ENSGACG00000015609)	glsa (ENSGACG00000015599)	stat1a (ENSGACG00000015589)	mstna (ENSGACG00000015587)	ENSGACG00000015586	SHROOM2 (ENSGACG00000015585)	sumo1 (ENSGACG00000015581)	MAP3K2 (ENSGACG00000015579)	ENSGACG00000015577	DES (ENSGACG00000015574)	dnpep (ENSGACG00000015572)	PTPRN (ENSGACG00000015569)
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00950000182905.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000156884	ENSGT00940000154319	ENSGT00390000005717.s	ENSGT00940000155212.ab.a	ENSGT00940000167649	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000177277	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00940000155773.a	ENSGT01030000235131	ENSGT00390000014376.c.b
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Large yellow croaker	MODERN SPECIES	486	ENSLCRG00005017103	abi2b (ENSLCRG00005016857)	cyp20a1 (ENSLCRG00005016846)	tmem237b (ENSLCRG00005016841)	MPP4 (ENSLCRG00005016829)	ALS2 (ENSLCRG00005016821)	mstna (ENSLCRG00005016812)	stat1a (ENSLCRG00005016792)	glsa (ENSLCRG00005014400)	nab1a (ENSLCRG00005014385)	mfsd6a (ENSLCRG00005014384)	ENSLCRG00005014383	ahr1b (ENSLCRG00005014375) ##28	ENSLCRG00005014345 ##28	s100b (ENSLCRG00005014342)	sh3bp4a (ENSLCRG00005014341) ##22	ENSLCRG00005014340	MAP4K4 (ENSLCRG00005013293)	chst10 (ENSLCRG00005013277)	rpl31 (ENSLCRG00005013274)	zc3h13 (ENSLCRG00005013271)	cpb2 (ENSLCRG00005013268)	alg11 (ENSLCRG00005013267)	spp2 (ENSLCRG00005013265)	raph1b (ENSLCRG00005013261)	ENSLCRG00005013258	ENSLCRG00005013256	mdh1b (ENSLCRG00005013252)	retreg2 (ENSLCRG00005013249)	ENSLCRG00005012462	cnppd1 (ENSLCRG00005012371)
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	16	ENSSAUG00010021078	ENSSAUG00010021074	ENSSAUG00010021068	ENSSAUG00010021066	ENSSAUG00010021064	MSTN-2 (ENSSAUG00010021063)	stat1a (ENSSAUG00010021056)	glsa (ENSSAUG00010017206)	nab1a (ENSSAUG00010017125)	mfsd6a (ENSSAUG00010017120)	ENSSAUG00010017118	ahr1b (ENSSAUG00010017109) ##28	ENSSAUG00010017085 ##28	ENSSAUG00010017077	s100b (ENSSAUG00010017074)	sh3bp4a (ENSSAUG00010017071) ##22	arl4cb (ENSSAUG00010017069)	ENSSAUG00010017068	ENSSAUG00010017058	ENSSAUG00010017049	ENSSAUG00010017046	ENSSAUG00010017043	ENSSAUG00010017040	zeb2b (ENSSAUG00010017032)	ACVR2A (ENSSAUG00010016790)	orc4 (ENSSAUG00010016547)	MBD5 (ENSSAUG00010016533)	KIF5C (ENSSAUG00010012040)	ENSSAUG00010009417	ENSSAUG00010009403	ENSSAUG00010009401
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00390000016940.c.b.b	ENSGT00950000182905.a.a.a.a.a.b	ENSGT00940000156884	ENSGT00940000154319	ENSGT00940000155212.ab.a	ENSGT00390000000288	ENSGT00940000167649	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000177277	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00940000155773.a	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00390000016542	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00390000008033	ENSGT00940000167103	ENSGT00940000160835	ENSGT00940000166136	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT01030000235131	ENSGT00950000183028.a.a.a.g.b	ENSGT00940000161625.m
Fugu	MODERN SPECIES	20	tmem198b (ENSTRUG00000020489)	ENSTRUG00000000196	MAP3K2 (ENSTRUG00000000166)	sumo1 (ENSTRUG00000031534)	SHROOM2 (ENSTRUG00000000157)	aatf (ENSTRUG00000000154)	mstna (ENSTRUG00000000132)	stat1a (ENSTRUG00000000102)	glsa (ENSTRUG00000000086)	nab1a (ENSTRUG00000000082)	mfsd6a (ENSTRUG00000000080)	ENSTRUG00000021239	ahr1b (ENSTRUG00000027973) ##28	ENSTRUG00000000070 ##28	ENSTRUG00000023591	sh3bp4a (ENSTRUG00000002780) ##22	ENSTRUG00000003183	ENSTRUG00000030551	MBD5 (ENSTRUG00000003915)	orc4 (ENSTRUG00000004031)	ACVR2A (ENSTRUG00000004589)	ENSTRUG00000020772	ENSTRUG00000030280	zeb2b (ENSTRUG00000005095)	KYNU (ENSTRUG00000005436)	ENSTRUG00000026999	ENSTRUG00000027028	ENSTRUG00000005875	PLCXD1 (ENSTRUG00000008571)	bzw1a (ENSTRUG00000005902)	AOX1 (ENSTRUG00000006144)
Tetraodon	MODERN SPECIES	26	tbrg1 (ENSTNIG00000003469)	FGD1 (ENSTNIG00000003468)	ENSTNIG00000003467	orc4 (ENSTNIG00000003466)	ENSTNIG00000001346	ENSTNIG00000003461	PCMTD2 (ENSTNIG00000003451)	ENSTNIG00000003450	mhc1zka (ENSTNIG00000003449)	ssr2 (ENSTNIG00000003448)	paxip1 (ENSTNIG00000003446)	blvra (ENSTNIG00000003445)	jph1b (ENSTNIG00000003444)	yipf2 (ENSTNIG00000003430)	timm29 (ENSTNIG00000000919)	sh3bp4a (ENSTNIG00000003427) ##22	arl4ca (ENSTNIG00000003426)	ENSTNIG00000003425	ENSTNIG00000003422	fbxw2 (ENSTNIG00000003421)	fbxw2 (ENSTNIG00000003420)	ENSTNIG00000003419	ENSTNIG00000001191	icmt (ENSTNIG00000003418)	si:dkeyp-104h9.5 (ENSTNIG00000003417)	ENSTNIG00000003416	dtd2 (ENSTNIG00000001436)	folr (ENSTNIG00000003388)	anapc15 (ENSTNIG00000003387)	lamtor1 (ENSTNIG00000003386)	BSCL2 (ENSTNIG00000003383)
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000156884	ENSGT00940000154319	ENSGT00390000005717.s	ENSGT00940000155212.ab.a	ENSGT00940000178093	ENSGT00940000167649	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000177277	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000160835.k	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00940000155773.a	ENSGT00390000014376.c.b	ENSGT00950000183028.a.a.a.g.b
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000156884	ENSGT00940000154319	ENSGT00390000005717.s	ENSGT00940000155212.ab.a	ENSGT00940000178093	ENSGT00940000167649	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000177277	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000160835.k	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00940000155773.a	ENSGT00390000014376.c.b	ENSGT00950000183028.a.a.a.g.b
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Seriola	ANCESTRAL SPECIES	47	ENSGT00390000009029	ENSGT00940000155992.c.b	ENSGT00390000015709	ENSGT00940000156180.e	ENSGT00390000001225.s.b	ENSGT00940000164013	ENSGT00730000111141	ENSGT00940000155466.e.a	ENSGT00390000016929	ENSGT01030000234555.a.b.f.b	ENSGT00940000154342.C	ENSGT00530000063484.b.b.d.b	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000160835.k	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00940000155773.a	ENSGT00950000183028.a.a.a.g.b	ENSGT00940000161625.m
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Greater amberjack	MODERN SPECIES	7	cep70 (ENSSDUG00000018713)	adarb1a (ENSSDUG00000018690)	slx9 (ENSSDUG00000018677)	ENSSDUG00000018654	cnot9 (ENSSDUG00000018622)	ENSSDUG00000018596	ENSSDUG00000018550	HECW2 (ENSSDUG00000018483)	gtf3c3 (ENSSDUG00000018401)	ENSSDUG00000018370	DMD (ENSSDUG00000015736)	tmem47 (ENSSDUG00000015528)	ahr1b (ENSSDUG00000015515) ##28	ENSSDUG00000015503 ##28	s100b (ENSSDUG00000015497)	sh3bp4a (ENSSDUG00000015477) ##22	AOX1 (ENSSDUG00000013779)	aox5 (ENSSDUG00000013452)	bzw1a (ENSSDUG00000013408)	ENSSDUG00000013396	ENSSDUG00000013357	ENSSDUG00000013341	KYNU (ENSSDUG00000013315)	zeb2b (ENSSDUG00000013274)	ACVR2A (ENSSDUG00000013241)	orc4 (ENSSDUG00000013148)	MBD5 (ENSSDUG00000013099)	KIF5C (ENSSDUG00000013005)	ENSSDUG00000012979	ENSSDUG00000012932	ENSSDUG00000012914
Barramundi perch	MODERN SPECIES	115	ENSLCAG00010013139	KIF5C (ENSLCAG00010013218)	MBD5 (ENSLCAG00010013634)	orc4 (ENSLCAG00010013653)	ACVR2A (ENSLCAG00010013704)	zeb2b (ENSLCAG00010013729)	ENSLCAG00010013734	ENSLCAG00010013749	glsa (ENSLCAG00010013844)	nab1a (ENSLCAG00010013993)	mfsd6a (ENSLCAG00010013995)	ENSLCAG00010013996	ahr1b (ENSLCAG00010013999) ##28	ENSLCAG00010014006 ##28	s100b (ENSLCAG00010014012)	sh3bp4a (ENSLCAG00010014015) ##22	ENSLCAG00010014017	AOX1 (ENSLCAG00010014794)	bzw1a (ENSLCAG00010019339)	ENSLCAG00010019359	ENSLCAG00010019360	ENSLCAG00010019365	KYNU (ENSLCAG00010019368)	stat1a (ENSLCAG00010019381)	mstna (ENSLCAG00010019396)	ENSLCAG00010019398	SHROOM2 (ENSLCAG00010019402)	ENSLCAG00010019406	sumo1 (ENSLCAG00010019410)	MAP3K2 (ENSLCAG00010019421)	ENSLCAG00010019446
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	47	ENSGT00940000156884	ENSGT00940000154319	ENSGT00390000005717.s	ENSGT00940000155212.ab.a	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00940000167649	ENSGT00940000178093	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000177277	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00940000155773.a	ENSGT00390000014376.c.b	ENSGT00950000183028.a.a.a.g.b	ENSGT00940000161625.m
Turbot	MODERN SPECIES		ENSSMAG00000022817	ENSSMAG00000023245	ENSSMAG00000012332	ENSSMAG00000012341	ENSSMAG00000012364	mstna (ENSSMAG00000012687)	stat1a (ENSSMAG00000012718)	glsa (ENSSMAG00000012876)	ENSSMAG00000013022 ##28	nab1a (ENSSMAG00000012947)	mfsd6a (ENSSMAG00000012979)	ENSSMAG00000029041	ahr1b (ENSSMAG00000013002) ##28	ENSSMAG00000013034	s100b (ENSSMAG00000029219)	sh3bp4a (ENSSMAG00000013057) ##22	ENSSMAG00000013072	ENSSMAG00000013102	aox5 (ENSSMAG00000013142)	bzw1a (ENSSMAG00000013262)	ENSSMAG00000013288	ENSSMAG00000013302	ENSSMAG00000013344	ENSSMAG00000036749	ZEB2 (ENSSMAG00000002657)	ACVR2A (ENSSMAG00000002580)	ORC4 (ENSSMAG00000002536)	MBD5 (ENSSMAG00000002494)	KIF5C (ENSSMAG00000002413)	ENSSMAG00000002383	ENSSMAG00000024252
Tongue sole	MODERN SPECIES	5	ggact.3 (ENSCSEG00000005617)	FARP1 (ENSCSEG00000005575)	chn1 (ENSCSEG00000005559) ##36	ENSCSEG00000005550	ENSCSEG00000005526	stat1a (ENSCSEG00000005471)	mstna (ENSCSEG00000005465)	ENSCSEG00000005461	glsa (ENSCSEG00000005440)	nab1a (ENSCSEG00000005426)	mfsd6a (ENSCSEG00000005417)	ENSCSEG00000005416	ahr1b (ENSCSEG00000005412) ##28	ENSCSEG00000005400 ##28	s100b (ENSCSEG00000005398)	sh3bp4a (ENSCSEG00000005392) ##22	ENSCSEG00000005387	aamp (ENSCSEG00000005371)	HDAC4 (ENSCSEG00000005322)	PRPS2 (ENSCSEG00000005305)	ENSCSEG00000005301	TCEANC (ENSCSEG00000005288)	rab9a (ENSCSEG00000005287)	ENSCSEG00000005285	gemin8 (ENSCSEG00000005280)	nudt15 (ENSCSEG00000005276)	cpo (ENSCSEG00000005269)	cckbra (ENSCSEG00000005266)	arl13b (ENSCSEG00000005258)	ENSCSEG00000005254	tmem198b (ENSCSEG00000005251)
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	32						ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00940000167649	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00530000063599.B	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000177277	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00940000155773.a	ENSGT00390000014376.c.b	ENSGT00950000183028.a.a.a.g.b	ENSGT00940000161625.m
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000155984.i.b	ENSGT00940000159862.b	ENSGT00940000159213.q.b	ENSGT00940000154817.b.b.b.p	ENSGT00940000158265	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00530000063599.B	ENSGT00390000006330.a.a.b	ENSGT00390000010463.a.b.c.a	ENSGT01050000244905.A.a	ENSGT00940000167649	ENSGT00940000177277	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a ##22	ENSGT00940000160639.a	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.pb.b	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000167103	ENSGT00390000008033	ENSGT00950000183208.A.c.a	ENSGT00940000157233.c	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b	ENSGT00940000158539.b	ENSGT00940000155773.a	ENSGT00390000014376.c.b	ENSGT00950000183028.a.a.a.g.b	ENSGT00940000161625.m
Climbing perch	MODERN SPECIES	11	CLASP1 (ENSATEG00000012593)	ENSATEG00000012700	ENSATEG00000012706	ENSATEG00000012721	ENSATEG00000012774 ##28	ahr1b (ENSATEG00000012788) ##28	ENSATEG00000012809	mfsd6a (ENSATEG00000012822)	ENSATEG00000029503	nab1a (ENSATEG00000012852)	glsa (ENSATEG00000012895)	stat1a (ENSATEG00000012909)	mstna (ENSATEG00000012946)	ENSATEG00000012959	s100b (ENSATEG00000012971)	sh3bp4a (ENSATEG00000012985) ##22	ENSATEG00000013007	ENSATEG00000013045	bzw1a (ENSATEG00000013087)	ENSATEG00000013105	ENSATEG00000029211	ENSATEG00000013173	ZEB2 (ENSATEG00000013248)	ACVR2A (ENSATEG00000013308)	ORC4 (ENSATEG00000013353)	MBD5 (ENSATEG00000013403)	KIF5C (ENSATEG00000013424)	ENSATEG00000013509	ENSATEG00000013561	ENSATEG00000013576	ENSATEG00000013592
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	10	ENSBSLG00000019728	INHBB (ENSBSLG00000019726)	ENSBSLG00000019723	GLI2 (ENSBSLG00000019708)	ENSBSLG00000019701	CLASP1 (ENSBSLG00000013719)	clcn4 (ENSBSLG00000011430)	ENSBSLG00000011400 ##28	ENSBSLG00000011399	mfsd6a (ENSBSLG00000011394)	nab1a (ENSBSLG00000011389)	glsa (ENSBSLG00000011120)	stat1a (ENSBSLG00000010548)	mstna (ENSBSLG00000010533)	s100b (ENSBSLG00000010525)	sh3bp4a (ENSBSLG00000010523) ##22	ENSBSLG00000010522	AOX1 (ENSBSLG00000006075)	bzw1a (ENSBSLG00000005879)	ENSBSLG00000005865	ENSBSLG00000005795	KYNU (ENSBSLG00000005626)	ENSBSLG00000005554	zeb2b (ENSBSLG00000005505)	ACVR2A (ENSBSLG00000004863)	orc4 (ENSBSLG00000004625)	MBD5 (ENSBSLG00000004621)	KIF5C (ENSBSLG00000004215)	ENSBSLG00000003858	si:dkey-276j7.1 (ENSBSLG00000003778)	ENSBSLG00000003756
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	11	ENSMAMG00000022394	abi2b (ENSMAMG00000022395)	cyp20a1 (ENSMAMG00000022396)	tmem237b (ENSMAMG00000022398)	ENSMAMG00000022400	ALS2 (ENSMAMG00000022402)	ENSMAMG00000022411	ENSMAMG00000022423	ENSMAMG00000022416	KIF5C (ENSMAMG00000022432)	MBD5 (ENSMAMG00000022463)	ORC4 (ENSMAMG00000022465)	ACVR2A (ENSMAMG00000022472)	ZEB2 (ENSMAMG00000022475)	ENSMAMG00000022477	ENSMAMG00000022479 ##22	ENSMAMG00000022484	bzw1a (ENSMAMG00000022490)	ENSMAMG00000022504	ENSMAMG00000022508	ENSMAMG00000022510	s100b (ENSMAMG00000022511)	ENSMAMG00000022513	ENSMAMG00000022514 ##28	ahr1b (ENSMAMG00000022515) ##28	ENSMAMG00000022516	mfsd6a (ENSMAMG00000022518)	nab1a (ENSMAMG00000022520)	glsa (ENSMAMG00000022523)	ENSMAMG00000022525	ENSMAMG00000022527
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	261	idh3g (ENSHCOG00000011694)	AVPR2 (ENSHCOG00000011651)	ENSHCOG00000011233	ENSHCOG00000011195	MAP3K2 (ENSHCOG00000011184)	sumo1 (ENSHCOG00000011147)	ENSHCOG00000011134	mstna (ENSHCOG00000010987)	stat1a (ENSHCOG00000008635)	glsa (ENSHCOG00000008581)	nab1a (ENSHCOG00000008544)	mfsd6a (ENSHCOG00000008521)	ENSHCOG00000008499	ahr1b (ENSHCOG00000008459) ##28	ENSHCOG00000008248 ##28	sh3bp4a (ENSHCOG00000008245) ##22	arl4cb (ENSHCOG00000008233)	AOX1 (ENSHCOG00000008197)	bzw1a (ENSHCOG00000008122)	ENSHCOG00000008098	ENSHCOG00000008091	ENSHCOG00000008045	KYNU (ENSHCOG00000008024)	tmem269 (ENSHCOG00000007976)	HSPG2 (ENSHCOG00000007952)	agmat (ENSHCOG00000007845)	ENSHCOG00000007840	fam43b (ENSHCOG00000007837)	ENSHCOG00000007832	mul1b (ENSHCOG00000007824)	NUP210 (ENSHCOG00000007802)
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	11	ENSMMDG00005010669	ENSMMDG00005009856 ##28	glsa (ENSMMDG00005004490)	nab1a (ENSMMDG00005004121)	mfsd6a (ENSMMDG00005004112)	ENSMMDG00005004105	ahr1b (ENSMMDG00005002937) ##28	ENSMMDG00005002847	stat1a (ENSMMDG00005002760)	mstna (ENSMMDG00005002688)	ftcd (ENSMMDG00005002661)	ENSMMDG00005022423	ENSMMDG00005022420	ENSMMDG00005022419	s100b (ENSMMDG00005022417)	sh3bp4a (ENSMMDG00005022415) ##22	ENSMMDG00005022414	AOX1 (ENSMMDG00005022409)	bzw1a (ENSMMDG00005022388)	ENSMMDG00005022385	ENSMMDG00005022381	KYNU (ENSMMDG00005022372)	ENSMMDG00005022368 ##28	zeb2b (ENSMMDG00005022363)	ACVR2A (ENSMMDG00005022347)	orc4 (ENSMMDG00005022341)	MBD5 (ENSMMDG00005022339)	KIF5C (ENSMMDG00005022336)	ENSMMDG00005022250	ENSMMDG00005022243	fhl2b (ENSMMDG00005022240)
Osteoglossiformes	DUPLICATION
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	92	ENSGT00390000015143.m	ENSGT00390000006303	ENSGT01050000244905.D.b	ENSGT01050000244905.F.a	ENSGT00390000010463.a.b.b	ENSGT00390000006330.a.a.a	ENSGT00390000002174.b	ENSGT00530000063599.B.f	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00940000154486.b.b ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.b ##28	ENSGT00390000016151	ENSGT00510000049102	ENSGT00940000160532.g.a	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000013151.a.a.a.e ##22	ENSGT00390000012561.b.ob	ENSGT00510000047334	ENSGT00390000004056	ENSGT00390000018895.a.c	ENSGT00950000183058.A.a.f	ENSGT00940000154851.A.b	ENSGT00940000159723	ENSGT00940000154652.n	ENSGT01030000234579.B.b	ENSGT00390000018244	ENSGT00390000017311	ENSGT00940000158538	ENSGT00940000163254	ENSGT00530000063484.b.b.d.b	ENSGT00940000154342.C
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	13	wdr75 (ENSSFOG00015007594)	ENSSFOG00015007466	GLS (ENSSFOG00015007335)	nab1b (ENSSFOG00015033108)	nemp2 (ENSSFOG00015007272)	MFSD6 (ENSSFOG00015007256)	ENSSFOG00015031406	ahr1b (ENSSFOG00015007232) ##28	ENSSFOG00015007210 ##28	ndufa10 (ENSSFOG00015007190)	ENSSFOG00015007166	ENSSFOG00015029155	ENSSFOG00015029802	s100b (ENSSFOG00015029983)	ENSSFOG00015007141	sh3bp4a (ENSSFOG00015007127) ##22	ARL4C (ENSSFOG00015024371)	bzw1a (ENSSFOG00015007027)	LRP1B (ENSSFOG00015006789)	KYNU (ENSSFOG00015006641)	arhgap15 (ENSSFOG00015006616)	gtdc1 (ENSSFOG00015006586)	ENSSFOG00015024415	zeb2b (ENSSFOG00015006557)	ENSSFOG00015028999	ACVR2A (ENSSFOG00015006516)	MBD5 (ENSSFOG00015006495)	epc2 (ENSSFOG00015014568)	KIF5C (ENSSFOG00015014505)	LYPD6 (ENSSFOG00015014472)	mmadhca (ENSSFOG00015014453)
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	143	wdr75 (ENSPKIG00000009219)	STAT4 (ENSPKIG00000009159)	ENSPKIG00000009081	GLS (ENSPKIG00000008968)	nab1b (ENSPKIG00000008903)	nemp2 (ENSPKIG00000008873)	MFSD6 (ENSPKIG00000008847)	ENSPKIG00000008741	ahr1b (ENSPKIG00000008656) ##28	ENSPKIG00000008605 ##28	ndufa10 (ENSPKIG00000008563)	gypc (ENSPKIG00000008545)	ENSPKIG00000008535	ENSPKIG00000008497	s100b (ENSPKIG00000008465)	sh3bp4a (ENSPKIG00000008445) ##22	ARL4C (ENSPKIG00000008422)	dusp27 (ENSPKIG00000008386)	pou2f1b (ENSPKIG00000008287)	ENSPKIG00000008210	ENSPKIG00000008161	ENSPKIG00000008125	ENSPKIG00000008098	ENSPKIG00000008083	mettl21e (ENSPKIG00000008066)	ENSPKIG00000008047	cpox (ENSPKIG00000008002)	prrg1 (ENSPKIG00000007962)	ENSPKIG00000007934	ENSPKIG00000007924
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	345																ENSGT00390000013151.a.a.a.f ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00390000012561.b.nb	ENSGT00940000166136	ENSGT00940000167103	ENSGT00950000183208.A.c.a.t	ENSGT00940000157233.a	ENSGT00390000016542	ENSGT00530000064137.a.b.d	ENSGT00940000158539.a.k	ENSGT00390000000220.A	ENSGT00390000000220.B.d	ENSGT00390000015050.`b.a
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	3	INPP1 (ENSSFOG00015026325)	ENSSFOG00015017498	ahr1b (ENSSFOG00015017509) ##28	ahr2 (ENSSFOG00015017534) ##28	ENSSFOG00015025938	ENSSFOG00015027984	ENSSFOG00015017563	ENSSFOG00015029138	ENSSFOG00015028852	ENSSFOG00015017574	ENSSFOG00015017617	ENSSFOG00015027148	ENSSFOG00015017761	ENSSFOG00015028806	ENSSFOG00015018575	sh3bp4a (ENSSFOG00015018596) ##22	ARL4C (ENSSFOG00015025876)	ENSSFOG00015018683	ADPRH (ENSSFOG00015018749)	aox5 (ENSSFOG00015018805)	bzw1a (ENSSFOG00015019024)	ENSSFOG00015030562	ENSSFOG00015019073	ENSSFOG00015019155	zeb2b (ENSSFOG00015019297)	ACVR2A (ENSSFOG00015026082)	orc4 (ENSSFOG00015019383)	MBD5 (ENSSFOG00015019421)	EPC2 (ENSSFOG00015019449)	KIF5C (ENSSFOG00015019517)	lypd6b (ENSSFOG00015024714)
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	311															ENSPKIG00000020388	sh3bp4a (ENSPKIG00000020402) ##22	ENSPKIG00000020434	ARL4C (ENSPKIG00000020450)	AOX1 (ENSPKIG00000020485)	bzw1a (ENSPKIG00000020584)	ENSPKIG00000020618	LRP1B (ENSPKIG00000020673)
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	938																ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	129										ENSGT00940000162556.A.b	ENSGT00940000154486.b.b.a.b ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.a.a ##28	ENSGT00390000016151	ENSGT00510000049102	ENSGT00940000160532.h	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b.a	ENSGT00940000181338	ENSGT00950000182860.a.b.b	ENSGT00390000006631	ENSGT00950000183208.A.c.b	ENSGT00940000157233.d	ENSGT00940000166747	ENSGT00940000155324	ENSGT00940000157440.m.a	ENSGT00940000166532	ENSGT00940000165503	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000178952	ENSGT00530000063273.b.a.a
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	249			ENSGT00940000165788	ENSGT00940000160335	ENSGT00940000155282	ENSGT00940000165191	ENSGT00940000154311.a.b	ENSGT00940000158837	ENSGT00390000007364.i	ENSGT00940000162556.A.b	ENSGT00940000154486.b.b.a.b ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.a.a ##28	ENSGT00390000016151	ENSGT00510000049102	ENSGT00940000160532.h.b	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.b	ENSGT00950000182860.a.b.b	ENSGT00390000006631	ENSGT00950000183208.A.c.b	ENSGT00940000157233.d	ENSGT00940000158526	ENSGT00940000158539.a	ENSGT00390000000220.A	ENSGT00390000000220.B.c.a	ENSGT00390000015050.`b.a	ENSGT00940000157541.f.a	ENSGT00940000157541.f.b	ENSGT00530000063686.a.a	ENSGT00940000154311.b	ENSGT00940000165390.a
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	318					ENSGT00940000165191	ENSGT00940000154311.a.b	ENSGT00940000158837	ENSGT00390000007364.i	ENSGT00940000162556.A.b	ENSGT00940000154486.b.b.a.b ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.a.a ##28	ENSGT00390000016151	ENSGT00510000049102	ENSGT00530000065251.b	ENSGT00940000160532.h.b	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT00950000182860.a.b.b	ENSGT00390000006631	ENSGT00950000183208.A.c.b	ENSGT00940000157233.d
Atlantic herring	MODERN SPECIES	11	tmeff2a (ENSCHAG00000010389)	slc39a10 (ENSCHAG00000010449)	DNAH7 (ENSCHAG00000010635)	esyt3 (ENSCHAG00000015421)	parp14rs1 (ENSCHAG00000015530)	ENSCHAG00000015546	faima (ENSCHAG00000015598)	ENSCHAG00000015628	ahr1b (ENSCHAG00000015641) ##28	ENSCHAG00000015809 ##28	ndufa10 (ENSCHAG00000016156)	gypc (ENSCHAG00000016222)	ENSCHAG00000016249	ENSCHAG00000016312	ENSCHAG00000018949	sh3bp4 (ENSCHAG00000018981) ##22	ARL4C (ENSCHAG00000018993)	ADPRH (ENSCHAG00000018999)	arhgap15 (ENSCHAG00000019010)	gtdc1 (ENSCHAG00000019106)	zeb2a (ENSCHAG00000019144)	acvr2aa (ENSCHAG00000019235)	ENSCHAG00000020409	epc2 (ENSCHAG00000020427)	ENSCHAG00000020483	KIF5C (ENSCHAG00000020504)	lypd6b (ENSCHAG00000020782)	LYPD6 (ENSCHAG00000020799)	mmadhcb (ENSCHAG00000020810)	si:dkeyp-118h3.6 (ENSCHAG00000020826)	FHL2 (ENSCHAG00000020834)
Denticle herring	MODERN SPECIES	19	etv5a (ENSDCDG00000017179)	esyt3 (ENSDCDG00000017159)	ENSDCDG00000017149	ENSDCDG00000017146	faima (ENSDCDG00000017144)	ENSDCDG00000017142	ENSDCDG00000017141 ##28	ndufa10 (ENSDCDG00000017034)	ENSDCDG00000017021	ENSDCDG00000017013	ENSDCDG00000017010	ENSDCDG00000017006	ENSDCDG00000016255	ENSDCDG00000016135	ENSDCDG00000016132	sh3bp4 (ENSDCDG00000016129) ##22	arl4cb (ENSDCDG00000016126)	arhgap15 (ENSDCDG00000015421)	gtdc1 (ENSDCDG00000015415)	zeb2a (ENSDCDG00000015413)	acvr2aa (ENSDCDG00000014876)	tnfaip6 (ENSDCDG00000014855)	ENSDCDG00000014814	igsf3 (ENSDCDG00000014788)	ENSDCDG00000014774	igsf3l (ENSDCDG00000014764)	PTGFRN (ENSDCDG00000014740)	rif1 (ENSDCDG00000014194)	ENSDCDG00000023008	ENSDCDG00000023005	ENSDCDG00000023002
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	228				ENSGT00940000165788	ENSGT00940000160335	ENSGT00940000155282	ENSGT00940000165191	ENSGT00940000154311.a.b	ENSGT00940000158837	ENSGT00390000007364.i	ENSGT00940000154486.b.b.a.b ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.a.a ##28	ENSGT00390000016151	ENSGT00510000049102	ENSGT00940000160532.h.b	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.a	ENSGT00390000001170.a.a	ENSGT00490000043417	ENSGT00940000155759.e.a	ENSGT00940000160383	ENSGT00940000158539.a	ENSGT00390000000220.A	ENSGT00390000000220.B.c.a	ENSGT00390000015050.`b.a	ENSGT00940000157541.f.a	ENSGT00940000157541.f.b	ENSGT00530000063686.a.a	ENSGT00940000165390.a	ENSGT00940000160205	ENSGT00390000006705
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	107	ENSGT00390000005581.b	ENSGT00940000155812	ENSGT00950000182910.a.a.c	ENSGT00940000156056.A	ENSGT00940000160335	ENSGT00940000155282.h	ENSGT00940000165191	ENSGT00940000154311.a.b	ENSGT00940000158837	ENSGT00390000007364.i	ENSGT00940000154486.b.b.a.b ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.a.a ##28	ENSGT00390000016151	ENSGT00510000049102	ENSGT00940000160532.h.b	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.a	ENSGT00390000001170.a.a	ENSGT00490000043417	ENSGT00940000155759.e.a	ENSGT00940000160383.e	ENSGT00940000158539.a	ENSGT00390000000220.A	ENSGT00390000000220.B.c.a	ENSGT00390000015050.`b.a	ENSGT00940000157541.f.a	ENSGT00940000157541.f.b	ENSGT00530000063686.a.a	ENSGT00940000165390.a	ENSGT00940000160205	ENSGT00390000006705
Channel catfish	MODERN SPECIES	25	ftcdnl1 (ENSIPUG00000004214)	nabp1 (ENSIPUG00000004207)	SDPR (ENSIPUG00000004205)	tmeff2 (ENSIPUG00000004153)	slc39a10 (ENSIPUG00000004095)	DNAH7 (ENSIPUG00000004011)	esyt3 (ENSIPUG00000003969)	parp14rs1 (ENSIPUG00000003936)	ENSIPUG00000003888	Faim (ENSIPUG00000003869)	ENSIPUG00000002619 ##28	ndufa10 (ENSIPUG00000002530)	GYPC (ENSIPUG00000002507)	ENSIPUG00000002238	ENSIPUG00000002184	sh3bp4 (ENSIPUG00000002153) ##22	arl4ca (ENSIPUG00000002122)	tmem163a (ENSIPUG00000002114)	acmsd (ENSIPUG00000002076)	ccnt2a (ENSIPUG00000002060)	ENSIPUG00000002052	KIF5C (ENSIPUG00000002020)	lypd6b (ENSIPUG00000002010)	Lypd6 (ENSIPUG00000001987)	mmadhcb (ENSIPUG00000001943)	rnd3b (ENSIPUG00000001926)	RND3 (ENSIPUG00000001902)	nmi (ENSIPUG00000001883)	ENSIPUG00000001876	UBXN4 (ENSIPUG00000001849)	rab3gap1 (ENSIPUG00000001801)
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	98	ENSGT00940000155812	ENSGT00950000182910.a.a.c	ENSGT00940000156056.A	ENSGT00940000160335	ENSGT00940000155282.h	ENSGT00940000165191	ENSGT00940000154311.a.b	ENSGT00940000158837	ENSGT00390000007364.i	ENSGT00940000154486.b.b.a.b ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.a.a ##28	ENSGT00390000016151	ENSGT00510000049102	ENSGT00940000160532.h.b	ENSGT00970000194563	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT00950000183114.a.b.b	ENSGT00940000163716.d	ENSGT00940000154856.A.b	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.a	ENSGT00390000001170.a.a	ENSGT00490000043417	ENSGT00940000155759.e.a	ENSGT00940000160383.e	ENSGT00940000160383.f	ENSGT00940000158539.a	ENSGT00390000000220.A	ENSGT00390000000220.B.c.a	ENSGT00390000015050.`b.a	ENSGT00940000157541.f.a
Electric eel	MODERN SPECIES	146			ENSEEEG00000022422	ENSEEEG00000022425	ENSEEEG00000022426	esyt3 (ENSEEEG00000022429)	parp14rs1 (ENSEEEG00000022430)	ENSEEEG00000022431	ENSEEEG00000022432	faima (ENSEEEG00000022434)	ENSEEEG00000022439 ##28	ndufa10 (ENSEEEG00000022660)	gypc (ENSEEEG00000022662)	CNTNAP5 (ENSEEEG00000022664)	ENSEEEG00000022693	sh3bp4 (ENSEEEG00000022697) ##22	arl4cb (ENSEEEG00000022705)	tmem163a (ENSEEEG00000022706)	acmsd (ENSEEEG00000022707)	ccnt2a (ENSEEEG00000022710)	ENSEEEG00000022712	ENSEEEG00000022713	KIF5C (ENSEEEG00000022719)	lypd6b (ENSEEEG00000022725)	lypd6 (ENSEEEG00000022726)	mmadhcb (ENSEEEG00000022727)	ENSEEEG00000022729	rnd3b (ENSEEEG00000022731)	RND3 (ENSEEEG00000022732)	ENSEEEG00000022734	ENSEEEG00000022736
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	111	ENSGT00950000182910.a.a.c	ENSGT00940000156056.A	ENSGT00940000160335	ENSGT00940000155282.h	ENSGT00940000155282.g	ENSGT00940000165191	ENSGT00940000154311.a.b	ENSGT00940000158837	ENSGT00390000007364.i	ENSGT00940000154486.b.b.a.b ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.a.a ##28	ENSGT00390000016151	ENSGT00510000049102	ENSGT00940000160532.h.b	ENSGT00970000194563	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT00390000001170.a.a	ENSGT00490000043417	ENSGT00940000155759.e.a	ENSGT00940000160383.e	ENSGT00940000158539.a	ENSGT00390000000220.A	ENSGT00390000000220.B.c.a	ENSGT00390000015050.`b.a	ENSGT00940000157541.f.a	ENSGT00940000157541.f.b	ENSGT00530000063686.a.a	ENSGT00940000165390.a	ENSGT00940000160205	ENSGT00390000006705
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	36	cavin2a (ENSPNAG00000004789)	tmeff2a (ENSPNAG00000027715)	slc39a10 (ENSPNAG00000027743)	DNAH7 (ENSPNAG00000027991)	esyt3 (ENSPNAG00000028136)	ENSPNAG00000028156	parp14rs1 (ENSPNAG00000028188)	ENSPNAG00000028258	faima (ENSPNAG00000028274)	ENSPNAG00000005281 ##28	ENSPNAG00000005617 ##28	ndufa10 (ENSPNAG00000028327)	gypc (ENSPNAG00000028335)	CNTNAP5 (ENSPNAG00000028352)	ENSPNAG00000005907	sh3bp4 (ENSPNAG00000028398) ##22	arl4cb (ENSPNAG00000028458)	tmem163a (ENSPNAG00000004366)	acmsd (ENSPNAG00000005109)	ccnt2a (ENSPNAG00000028602)	ENSPNAG00000006388	ENSPNAG00000028623	KIF5C (ENSPNAG00000028635)	ENSPNAG00000028662	lypd6b (ENSPNAG00000028673)	lypd6 (ENSPNAG00000004795)	mmadhcb (ENSPNAG00000005431)	ENSPNAG00000005825	ENSPNAG00000028771	rnd3b (ENSPNAG00000028797)	ENSPNAG00000004443
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	9	ENSAMXG00000040341	ENSAMXG00000043383	LRCH3 (ENSAMXG00000003034)	iqcg (ENSAMXG00000003036)	ENSAMXG00000039758	ENSAMXG00000012659	faima (ENSAMXG00000032405)	ENSAMXG00000035066 ##28	ENSAMXG00000043651 ##28	ndufa10 (ENSAMXG00000016499)	gypc (ENSAMXG00000024850)	ENSAMXG00000037106	CNTNAP5 (ENSAMXG00000016710)	ENSAMXG00000042699	ENSAMXG00000010434	sh3bp4 (ENSAMXG00000010387) ##22	arl4cb (ENSAMXG00000024926)	ENSAMXG00000041823	ENSAMXG00000040111	ENSAMXG00000003098	spon1a (ENSAMXG00000003147)	SYT9 (ENSAMXG00000033745)	ENSAMXG00000038354	ENSAMXG00000003198	MAF (ENSAMXG00000003234)	CDYL2 (ENSAMXG00000003261)	cmc2 (ENSAMXG00000031858)	cenpn (ENSAMXG00000037478)	ATMIN (ENSAMXG00000044124)	PPP1R3E (ENSAMXG00000025809)	CIBAR2 (ENSAMXG00000043090)
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	66									ENSGT00940000154311.a.b.x	ENSGT00940000158837.u	ENSGT00940000158837.v	ENSGT00390000007364.i	ENSGT00390000016151	ENSGT00510000049102	ENSGT00940000160532.h.b	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.a	ENSGT00390000001170.a.a	ENSGT00490000043417	ENSGT00940000155759.e.a	ENSGT00940000160383	ENSGT00940000158539.a	ENSGT00390000000220.A	ENSGT00390000000220.B.c.a	ENSGT00390000015050.`b.a	ENSGT00940000157541.f.a	ENSGT00950000182905.a.a.a.a.a.a	ENSGT00390000017724.a.b	ENSGT00940000164632.a	ENSGT00940000153568.B	ENSGT00940000154714
Cyprininae	DUPLICATION
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Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	283	ENSGT00940000166277.d	ENSGT00940000158974.n.a	ENSGT00590000083134.a.a.c	ENSGT00940000160941.d	ENSGT00390000016655.a.a.b.m	ENSGT00940000158527.f	ENSGT00940000163978.a	ENSGT00940000165191.c	ENSGT00940000154311.a.b.w.a	ENSGT00940000158837.u.a	ENSGT00390000007364.i.a.b	ENSGT00390000016151.d	ENSGT00510000049102.b	ENSGT00530000065251.a.b.b.b	ENSGT00940000160532.h.b.a.b	ENSGT00390000013151.a.a.b.a ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.a.c.b	ENSGT00390000001170.a.a.a	ENSGT00490000043417.a	ENSGT00940000155759.e.a.d	ENSGT00940000160383.g
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Goldfish	MODERN SPECIES	27	ENSCARG00000012187	parp14rs1 (ENSCARG00000012215)	ENSCARG00000012247	esyt3 (ENSCARG00000012258)	dhrs12 (ENSCARG00000012341)	wdfy2 (ENSCARG00000012369)	ints6 (ENSCARG00000012612)	FAM124A (ENSCARG00000013556)	ENSCARG00000013563	cops8 (ENSCARG00000013567)	COL6A3 (ENSCARG00000013588)	ENSCARG00000013718	rpe (ENSCARG00000013744)	ENSCARG00000013769	ENSCARG00000013784	sh3bp4 (ENSCARG00000013788) ##22	arl4cb (ENSCARG00000013821)	tmem163a (ENSCARG00000013825)	ENSCARG00000013846	acmsd (ENSCARG00000013858)	ccnt2a (ENSCARG00000013896)	lypd6b (ENSCARG00000013995)	lypd6 (ENSCARG00000014013)	mmadhcb (ENSCARG00000014025)	rnd3b (ENSCARG00000014059)	cyp27a3 (ENSCARG00000014070)	eaf2 (ENSCARG00000014124)	si:dkey-91i10.2 (ENSCARG00000014133)	tsn (ENSCARG00000014138)	arl5a (ENSCARG00000014148)	NEB (ENSCARG00000014233)
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Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	139																ENSGT00390000013151.a.a.b.b ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.a.c.a	ENSGT00390000001170.a.a.b	ENSGT00490000043417.b	ENSGT00940000155759.e.a.c	ENSGT00940000160383.h	ENSGT00940000158539.a	ENSGT00390000000220.A.b	ENSGT00390000000220.B.c.a.a	ENSGT00390000015050.`b.a.g	ENSGT00940000157541.f.a.c	ENSGT00950000182905.a.a.a.a.a.a.g	ENSGT00390000017724.a.b.k.b	ENSGT00940000164632.a.c	ENSGT00940000153568.B.t	ENSGT00940000154714.f.b
Common carp reference	MODERN SPECIES	46	ENSCCRG00000068997	FAM124A (ENSCCRG00000001463)	serpine3 (ENSCCRG00000024825)	ints6 (ENSCCRG00000001672)	wdfy2 (ENSCCRG00000006441)	dhrs12 (ENSCCRG00000024002)	esyt3 (ENSCCRG00000024032)	ENSCCRG00000024064	ENSCCRG00000080812	ENSCCRG00000045314	faima (ENSCCRG00000078338)	ndufa10 (ENSCCRG00000080985)	gypc (ENSCCRG00000025107)	ENSCCRG00000081080	ENSCCRG00000051346	sh3bp4 (ENSCCRG00000023537) ##22	arl4cb (ENSCCRG00000071607)	tmem163a (ENSCCRG00000072575)	ccnt2a (ENSCCRG00000057736)	ENSCCRG00000057200	ENSCCRG00000065560	KIF5C (ENSCCRG00000014415)	lypd6b (ENSCCRG00000034235)	lypd6 (ENSCCRG00000025949)	mmadhcb (ENSCCRG00000049425)	rnd3b (ENSCCRG00000065629)	cyp27a3 (ENSCCRG00000049440)	eaf2 (ENSCCRG00000057093)	si:dkey-91i10.2 (ENSCCRG00000068224)	tsn (ENSCCRG00000070114)	arl5a (ENSCCRG00000025915)
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Goldfish	DUPLICATION
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Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000155232.s	ENSGT00940000166809	ENSGT00940000155232.t.b.b	ENSGT00940000153931.b.a	ENSGT00940000162795	ENSGT00940000156856.c	ENSGT01050000244897.a.b.b.a.a	ENSGT00940000158589.b.a	ENSGT00390000003874.a.a	ENSGT00940000162556.A.b	ENSGT00940000154486.b.b.a.b ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.a.a ##28	ENSGT00390000016151	ENSGT00510000049102	ENSGT00940000160532.h	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.b	ENSGT00950000182860.a.b.b	ENSGT00390000006631	ENSGT00950000183208.A.c.b	ENSGT00940000157233.d	ENSGT00940000158526	ENSGT00940000158539.a.e	ENSGT00390000000220.A	ENSGT00390000000220.B.c.b	ENSGT00390000015050.`b.a	ENSGT00940000157541.f.d	ENSGT00940000157541.f.c	ENSGT00530000063686.a.a	ENSGT00940000154311.b	ENSGT00940000165390.a
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000153931.b.a	ENSGT00940000162795.e	ENSGT00940000156856.d	ENSGT01050000244897.a.b.b.a.a.f	ENSGT00940000158589.b.a	ENSGT00940000158449.f	ENSGT00390000003874.a.a.b	ENSGT00950000182836.b.b.b.a.k.a	ENSGT01090000259985.b.a.a.a	ENSGT00940000162556.A.b	ENSGT00940000154486.b.b.a.b.b ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.a.a.d ##28	ENSGT00390000016151.g	ENSGT00940000160532.h.c.a	ENSGT00940000160532.h.c.b	ENSGT00390000013151.a.a.b.c ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.b.a	ENSGT00950000182860.a.b.b.c	ENSGT00390000006631	ENSGT00950000183208.A.c.b.e	ENSGT00940000157233.d.g	ENSGT00530000064137.a.b.u.a	ENSGT00940000158526.s	ENSGT00940000158539.a.e	ENSGT00390000000220.A.c	ENSGT00390000000220.B.c.b.a	ENSGT00390000015050.`b.a.e	ENSGT00940000157541.f.d.c	ENSGT00940000157541.f.c.b	ENSGT00940000165390.a.k	ENSGT00940000160205.c
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000153931.b.a	ENSGT00940000162795.e	ENSGT00940000156856.d	ENSGT01050000244897.a.b.b.a.a.f	ENSGT00940000158589.b.a	ENSGT00940000158449.f	ENSGT00390000003874.a.a.b	ENSGT00950000182836.b.b.b.a.k.a	ENSGT01090000259985.b.a.a.a	ENSGT00940000162556.A.b	ENSGT00940000154486.b.b.a.b.b ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.a.a.d ##28	ENSGT00390000016151.g	ENSGT00940000160532.h.c.a	ENSGT00940000160532.h.c.b	ENSGT00390000013151.a.a.b.c ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.b.a	ENSGT00950000182860.a.b.b.c	ENSGT00390000006631	ENSGT00950000183208.A.c.b.e	ENSGT00940000157233.d.g	ENSGT00530000064137.a.b.u.a	ENSGT00940000158526.s	ENSGT00940000158539.a.e	ENSGT00390000000220.A.c	ENSGT00390000000220.B.c.b.a	ENSGT00390000015050.`b.a.e	ENSGT00940000157541.f.d.c	ENSGT00940000157541.f.c.b	ENSGT00940000165390.a.k	ENSGT00940000160205.c
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000153931.b.a	ENSGT00940000162795.e	ENSGT00940000156856.d	ENSGT01050000244897.a.b.b.a.a.f	ENSGT00940000158589.b.a	ENSGT00940000158449.f	ENSGT00390000003874.a.a.b	ENSGT00950000182836.b.b.b.a.k.a	ENSGT01090000259985.b.a.a.a.i	ENSGT00940000162556.A.b	ENSGT00940000154486.b.b.a.b.b ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.a.a.d ##28	ENSGT00390000016151.g	ENSGT00940000160532.h.c.a	ENSGT00940000160532.h.c.b	ENSGT00390000013151.a.a.b.c ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.b.a	ENSGT00950000182860.a.b.b.c	ENSGT00390000006631	ENSGT00950000183208.A.c.b.e	ENSGT00940000157233.d.g	ENSGT00530000064137.a.b.u.a	ENSGT00940000158526.s	ENSGT00940000158539.a.e	ENSGT00390000000220.A.c	ENSGT00390000000220.B.c.b.a	ENSGT00390000015050.`b.a.e	ENSGT00940000157541.f.d.c	ENSGT00940000157541.f.c.b	ENSGT00940000165390.a.k	ENSGT00940000160205.c
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	17	ENSSSAG00000081471	ENSSSAG00000081472	pdxka (ENSSSAG00000086835)	ENSSSAG00000081475	ENSSSAG00000095490	ENSSSAG00000081478	ENSSSAG00000081480	ENSSSAG00000081479	ENSSSAG00000081481	ENSSSAG00000081482 ##28	ENSSSAG00000081485 ##28	ndufa10 (ENSSSAG00000081486)	ENSSSAG00000081497	ENSSSAG00000081555	ENSSSAG00000069294	sh3bp4 (ENSSSAG00000081600) ##22	ENSSSAG00000109819	ENSSSAG00000102975	adprh (ENSSSAG00000081606)	RHG15 (ENSSSAG00000081610)	gtdc1 (ENSSSAG00000081613)	zeb2a (ENSSSAG00000081619)	acvr2aa (ENSSSAG00000081630)	MBD5 (ENSSSAG00000081639)	epc2 (ENSSSAG00000081641)	KIF5C (ENSSSAG00000081647)	LYPD6 (ENSSSAG00000106558)	CB025 (ENSSSAG00000081667)	ENSSSAG00000113399	RND3 (ENSSSAG00000120060)	ENSSSAG00000081672
River trout	MODERN SPECIES	16	ENSSTUG00000050829	TMPRSS3 (ENSSTUG00000050830)	ENSSTUG00000050834	pdxka (ENSSTUG00000050837)	agpat3 (ENSSTUG00000050854)	ENSSTUG00000050856	ENSSTUG00000050857	ENSSTUG00000050858	ENSSTUG00000050861	ENSSTUG00000050863 ##28	ENSSTUG00000050869 ##28	ENSSTUG00000050919	ndufa10 (ENSSTUG00000050924)	ENSSTUG00000050934	ENSSTUG00000003287	sh3bp4 (ENSSTUG00000006143) ##22	ARL4C (ENSSTUG00000006163)	ADPRH (ENSSTUG00000006167)	arhgap15 (ENSSTUG00000006192)	gtdc1 (ENSSTUG00000006293)	zeb2a (ENSSTUG00000006336)	acvr2aa (ENSSTUG00000006425)	MBD5 (ENSSTUG00000006873)	epc2 (ENSSTUG00000006897)	KIF5C (ENSSTUG00000006973)	lypd6b (ENSSTUG00000007354)	LYPD6 (ENSSTUG00000007362)	mmadhcb (ENSSTUG00000007371)	rnd3b (ENSSTUG00000007411)	RND3 (ENSSTUG00000007449)	ENSSTUG00000007463
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000153931.b.a	ENSGT00940000162795.e	ENSGT00940000156856.d	ENSGT01050000244897.a.b.b.a.a.f	ENSGT00940000158589.b.a	ENSGT00940000158449.f	ENSGT00390000003874.a.a.b	ENSGT00950000182836.b.b.b.a.k.a	ENSGT01090000259985.b.a.a.a	ENSGT00940000162556.A.b	ENSGT00940000154486.b.b.a.b.b ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.a.a.d ##28	ENSGT00390000016151.g	ENSGT00940000160532.h.c.a	ENSGT00940000160532.h.c.b	ENSGT00390000013151.a.a.b.c ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.b.a	ENSGT00950000182860.a.b.b.c	ENSGT00390000006631	ENSGT00950000183208.A.c.b.e	ENSGT00940000157233.d.g	ENSGT00530000064137.a.b.u.a	ENSGT00940000158526.s	ENSGT00940000158539.a.e	ENSGT00390000000220.A.c	ENSGT00390000000220.B.c.b.a	ENSGT00390000015050.`b.a.e	ENSGT00940000157541.f.d.c	ENSGT00940000157541.f.c.b	ENSGT01010000222294.c.b.b.b.c.a.a.b.a.a	ENSGT00940000165390.a.k
Rainbow trout	MODERN SPECIES	21	gpc6b (ENSOMYG00000042511)	ENSOMYG00000042544	ENSOMYG00000054604	pdxka (ENSOMYG00000042566)	ENSOMYG00000042728	ENSOMYG00000053300	il1rl1 (ENSOMYG00000042755)	ENSOMYG00000042829	ENSOMYG00000068390	ENSOMYG00000042842	ENSOMYG00000060709 ##28	ENSOMYG00000000270 ##28	ndufa10 (ENSOMYG00000000339)	ENSOMYG00000000840	ENSOMYG00000002718	sh3bp4 (ENSOMYG00000004214) ##22	ENSOMYG00000004236	ENSOMYG00000073609	ENSOMYG00000062109	ENSOMYG00000004346	ENSOMYG00000077737	arhgap15 (ENSOMYG00000004463)	gtdc1 (ENSOMYG00000004521)	zeb2a (ENSOMYG00000004579)	ENSOMYG00000030635	acvr2aa (ENSOMYG00000004736)	MBD5 (ENSOMYG00000004808)	epc2 (ENSOMYG00000004870)	KIF5C (ENSOMYG00000005533)	lypd6b (ENSOMYG00000005960)	LYPD6 (ENSOMYG00000005970)
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000162795.e	ENSGT00940000156856.d	ENSGT01050000244897.a.b.b.a.a.f	ENSGT00940000158589.b.a	ENSGT00940000158449.f	ENSGT00390000003874.a.a.b	ENSGT00950000182836.b.b.b.a.k.a	ENSGT01090000259985.b.a.a.a.h	ENSGT01090000259985.b.a.a.a.g	ENSGT00940000162556.A.b	ENSGT00940000154486.b.b.a.b.b ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.a.a.d ##28	ENSGT00390000016151.g	ENSGT00940000160532.h.c.a	ENSGT00940000160532.h.c.b	ENSGT00390000013151.a.a.b.c ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.b.a	ENSGT00950000182860.a.b.b.c	ENSGT00390000006631	ENSGT00950000183208.A.c.b.e	ENSGT00940000157233.d.g	ENSGT00530000064137.a.b.u.a	ENSGT00940000158526.s	ENSGT00940000158539.a.e	ENSGT00390000000220.A.c	ENSGT00390000000220.B.c.b.a	ENSGT00390000015050.`b.a.e	ENSGT00940000157541.f.d.c	ENSGT00940000157541.f.c.b	ENSGT01010000222294.c.b.b.b.c.a.a.b.a.a	ENSGT00940000165390.a.k
Chinook salmon	MODERN SPECIES	22	sox21b (ENSOTSG00005026763)	dct (ENSOTSG00005026771)	gpc6b (ENSOTSG00005026775)	TMPRSS3 (ENSOTSG00005026778)	pdxka (ENSOTSG00005026779)	agpat3 (ENSOTSG00005026782)	ENSOTSG00005026783	ENSOTSG00005026784	ENSOTSG00005026785	ENSOTSG00005026786	ENSOTSG00005026787 ##28	ENSOTSG00005026789 ##28	ndufa10 (ENSOTSG00005026790)	ENSOTSG00005001354	ENSOTSG00005009276	sh3bp4 (ENSOTSG00005010245) ##22	ARL4C (ENSOTSG00005010246)	ADPRH (ENSOTSG00005010248)	arhgap15 (ENSOTSG00005010259)	gtdc1 (ENSOTSG00005010262)	zeb2a (ENSOTSG00005010263)	acvr2aa (ENSOTSG00005010288)	ENSOTSG00005011347	KIF5C (ENSOTSG00005011365)	lypd6b (ENSOTSG00005011368)	LYPD6 (ENSOTSG00005011371)	mmadhcb (ENSOTSG00005011375)	rnd3b (ENSOTSG00005011378)	RND3 (ENSOTSG00005011379)	ubxn4 (ENSOTSG00005011381)	R3HDM1 (ENSOTSG00005011386)
Coho salmon	MODERN SPECIES	11	sox21b (ENSOKIG00005039048)	DCT (ENSOKIG00005039083)	gpc6b (ENSOKIG00005039314)	TMPRSS3 (ENSOKIG00005039458)	ENSOKIG00005039511	pdxka (ENSOKIG00005039540)	agpat3 (ENSOKIG00005040043)	ENSOKIG00005040088	ENSOKIG00005040287	ENSOKIG00005040348	ENSOKIG00005040376 ##28	ENSOKIG00005040875 ##28	ndufa10 (ENSOKIG00005041173)	ENSOKIG00005041362	ENSOKIG00005043752	sh3bp4 (ENSOKIG00005046356) ##22	ENSOKIG00005046369	ARL4C (ENSOKIG00005046372)	ADPRH (ENSOKIG00005046379)	arhgap15 (ENSOKIG00005046394)	gtdc1 (ENSOKIG00005046420)	zeb2a (ENSOKIG00005046434)	acvr2aa (ENSOKIG00005046477)	MBD5 (ENSOKIG00005046883)	epc2 (ENSOKIG00005046899)	KIF5C (ENSOKIG00005046928)	lypd6b (ENSOKIG00005046945)	LYPD6 (ENSOKIG00005046950)	mmadhcb (ENSOKIG00005046956)	rnd3b (ENSOKIG00005046975)	rnd3b (ENSOKIG00005047005)
Huchen	MODERN SPECIES	87								ENSHHUG00000039354	ENSHHUG00000039350 ##28	ENSHHUG00000039225 ##28	ndufa10 (ENSHHUG00000039202)	ENSHHUG00000039200	gypc (ENSHHUG00000039177)	ENSHHUG00000038813	ENSHHUG00000038539	sh3bp4 (ENSHHUG00000038514) ##22	ARL4C (ENSHHUG00000038510)	ADPRH (ENSHHUG00000038499)	arhgap15 (ENSHHUG00000038482)	gtdc1 (ENSHHUG00000038465)	zeb2a (ENSHHUG00000038427)
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	110	ENSGT00390000012561.b.pb.b.d	ENSGT00940000166136.d	ENSGT00940000167103	ENSGT00940000157521.a.b.a	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.a.b	ENSGT00390000013151.a.a.a.d ##22	ENSGT00940000161997.a.j	ENSGT00940000160532.g.h	ENSGT00940000160532.h.d.b	ENSGT00530000065251.m.a	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.b.e ##28	ENSGT00940000154486.b.b.b.a.b ##28	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00530000063599.B.m.a	ENSGT00390000006330.a.a.b.c	ENSGT00390000013151.a.a.b.d ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.b.b	ENSGT00950000182860.a.b.b.d
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000155232.t.b.b.d.a	ENSGT00940000162795.f	ENSGT00940000156856.c.b	ENSGT01050000244897.a.b.b.a.a.e	ENSGT00390000003874.a.a.a	ENSGT00950000182836.b.b.b.a.k.b	ENSGT01100000263531.G.n	ENSGT00940000154486.b.b.a.b.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.a.a.c ##28	ENSGT00390000016151.h	ENSGT00510000049102.c	ENSGT00940000160532.h.d.a	ENSGT00950000182977.B.b.b.d	ENSGT00940000160532.h.d.b	ENSGT00530000065251.m.a	ENSGT00390000013151.a.a.b.d ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.b.b	ENSGT00940000166921.a	ENSGT00950000182860.a.b.b.d	ENSGT00950000183208.A.c.b.f	ENSGT00940000157233.d.h	ENSGT00530000064137.a.b.u.b	ENSGT00940000158526.t	ENSGT00390000000220.A.d	ENSGT00390000000220.B.c.b.b	ENSGT00390000015050.`b.a.f	ENSGT00940000157541.f.d.d	ENSGT00940000157541.f.c.a	ENSGT00530000063686.a.a	ENSGT00940000154311.b	ENSGT00940000165390.a.l
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000162795.f	ENSGT00940000156856.c.b	ENSGT01050000244897.a.b.b.a.a.e	ENSGT00390000003874.a.a.a	ENSGT00950000182836.b.b.b.a.k.b	ENSGT01100000263531.G.n	ENSGT00940000154486.b.b.a.b.a ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.a.a.c ##28	ENSGT00940000153510.a.a.b	ENSGT00390000016151.h	ENSGT00510000049102.c	ENSGT00940000160532.h.d.a	ENSGT00950000182977.B.b.b.d	ENSGT00940000160532.h.d.b	ENSGT00530000065251.m.a	ENSGT00390000013151.a.a.b.d ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.b.b.d	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.b.b.c	ENSGT00940000166921.a	ENSGT00950000182860.a.b.b.d	ENSGT00950000183208.A.c.b.f	ENSGT00940000157233.d.h	ENSGT00530000064137.a.b.u.b	ENSGT00940000158526.t	ENSGT00390000000220.A.d	ENSGT00390000000220.B.c.b.b	ENSGT00390000015050.`b.a.f	ENSGT00940000157541.f.d.d	ENSGT00940000157541.f.c.a	ENSGT00530000063686.a.a	ENSGT00940000165390.a.l
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00530000065251.m.a	ENSGT00940000153773.a.b	ENSGT00940000154486.b.b.b.a.b ##28	ENSGT00940000155311.B	ENSGT00530000063599.B.m.a.a	ENSGT00390000006330.a.a.b.c	ENSGT00940000165672.r	ENSGT00390000010463.a.b.c.a.f	ENSGT01050000244905.A.a.n.b	ENSGT00940000167649.a	ENSGT01050000244905.A.a.n.a.a	ENSGT00390000005581.a.f	ENSGT00390000001225.t.b	ENSGT00940000156180.e.f	ENSGT00390000015709.c	ENSGT00390000013151.a.a.b.d ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.b.b.d	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.b.b.c	ENSGT00940000166921.a	ENSGT00950000182860.a.b.b.d	ENSGT00950000183208.A.c.b.f	ENSGT00940000157233.d.h	ENSGT00530000064137.a.b.u.b	ENSGT00940000158526.t	ENSGT00390000000220.A.d	ENSGT00390000000220.B.c.b.b	ENSGT00390000015050.`b.a.f	ENSGT00940000157541.f.d.d	ENSGT00940000157541.f.c.a	ENSGT00530000063686.a.a	ENSGT00940000165390.a.l
Chinook salmon	MODERN SPECIES	18	ENSOTSG00005044546	INO80D (ENSOTSG00005044544)	STK24 (ENSOTSG00005044523)	DOCK9 (ENSOTSG00005017228)	FARP1 (ENSOTSG00005017102)	ENSOTSG00005017094	ENSOTSG00005017093	ENSOTSG00005017091	ENSOTSG00005017089	ENSOTSG00005017086	ENSOTSG00005017085	CNTNAP5 (ENSOTSG00005017074)	ENSOTSG00005017073	ENSOTSG00005017072	ENSOTSG00005017071	SH3BP4 (ENSOTSG00005017069) ##22	ARL4C (ENSOTSG00005017067)	ARL4C (ENSOTSG00005017066)	ENSOTSG00005016858	arhgap15 (ENSOTSG00005016855)	zeb2a (ENSOTSG00005016854)	ENSOTSG00005016853	ENSOTSG00005016852	acvr2aa (ENSOTSG00005016807)	ENSOTSG00005016802	epc2 (ENSOTSG00005016572)	ENSOTSG00005016567	lypd6b (ENSOTSG00005016525)	LYPD6 (ENSOTSG00005016524)	mmadhcb (ENSOTSG00005016523)	rnd3b (ENSOTSG00005016522)
Coho salmon	MODERN SPECIES	18	AGPAT3 (ENSOKIG00005009634)	ENSOKIG00005009595	ENSOKIG00005009583	ENSOKIG00005009542 ##28	ENSOKIG00005009470 ##28	ENSOKIG00005009445	NDUFA10 (ENSOKIG00005009422)	ENSOKIG00005009405	gypc (ENSOKIG00005009358)	CNTNAP5 (ENSOKIG00005009128)	ENSOKIG00005009095	ENSOKIG00005009080	CNTNAP5 (ENSOKIG00005006419)	ENSOKIG00005006239	ENSOKIG00005006226	SH3BP4 (ENSOKIG00005029441) ##22	ENSOKIG00005029435	ARL4C (ENSOKIG00005029427)	ENSOKIG00005029416	ENSOKIG00005029400	arhgap15 (ENSOKIG00005029335)	ENSOKIG00005029303	ENSOKIG00005029292	zeb2a (ENSOKIG00005029225)	ENSOKIG00005029214	acvr2aa (ENSOKIG00005029043)	ENSOKIG00005029006	epc2 (ENSOKIG00005028162)	lypd6b (ENSOKIG00005028112)	LYPD6 (ENSOKIG00005028106)	MMADHC (ENSOKIG00005028095)
Rainbow trout	MODERN SPECIES	14	gpc6b (ENSOMYG00000018074)	ENSOMYG00000017742	ENSOMYG00000017677	ENSOMYG00000017645	ENSOMYG00000017622 ##28	ENSOMYG00000017579 ##28	ENSOMYG00000049274	ENSOMYG00000017512	ENSOMYG00000069429	ENSOMYG00000027150	ENSOMYG00000051381	ENSOMYG00000069785	ENSOMYG00000026237	ENSOMYG00000026010	ENSOMYG00000026003	ENSOMYG00000025984 ##22	ENSOMYG00000025966	ENSOMYG00000068371	ENSOMYG00000025873	ENSOMYG00000068933	arhgap15 (ENSOMYG00000025805)	zeb2a (ENSOMYG00000025728)	ENSOMYG00000060224	ENSOMYG00000072394	acvr2aa (ENSOMYG00000025406)	ENSOMYG00000025274	ENSOMYG00000025244	epc2 (ENSOMYG00000024755)	ENSOMYG00000048707	LYPD6B (ENSOMYG00000024505)	LYPD6 (ENSOMYG00000024481)
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000155232.t.a.b.a.k	ENSGT00940000155232.t.b.b.d.a	ENSGT00940000162795.f	ENSGT00940000156856.c.b	ENSGT01050000244897.a.b.b.a.a.e	ENSGT00390000003874.a.a.a	ENSGT00950000182836.b.b.b.a.k.b	ENSGT01100000263531.G.n	ENSGT00990000212594	ENSGT00940000154486.b.b.a.a ##28	ENSGT00390000016151.h	ENSGT00940000160532.h.d.a	ENSGT00950000182977.B.b.b.d	ENSGT00940000160532.h.d.b	ENSGT00530000065251.m.a	ENSGT00390000013151.a.a.b.d ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b.b.b.b	ENSGT00940000166921.a	ENSGT00950000182860.a.b.b.d	ENSGT00950000183208.A.c.b.f	ENSGT00940000157233.d.h	ENSGT00530000064137.a.b.u.b	ENSGT00940000158526.t	ENSGT00390000000220.A.d	ENSGT00390000000220.B.c.b.b	ENSGT00390000015050.`b.a.f	ENSGT00940000157541.f.d.d	ENSGT00940000157541.f.c.a	ENSGT00530000063686.a.a	ENSGT00940000154311.b	ENSGT00940000165390.a.l
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	13	ENSSSAG00000096540	PDXK (ENSSSAG00000068272)	ENSSSAG00000099256	ENSSSAG00000068245	ENSSSAG00000068236	ENSSSAG00000067965 ##28	ahr2a (ENSSSAG00000122051) ##28	NDUAA (ENSSSAG00000067928)	ENSSSAG00000109411	ENSSSAG00000113592	ENSSSAG00000064864	clm8 (ENSSSAG00000064734)	ENSSSAG00000063572	ENSSSAG00000063519	ENSSSAG00000114515	ENSSSAG00000063499 ##22	ENSSSAG00000114450	ENSSSAG00000063341	rhg15 (ENSSSAG00000063302)	ENSSSAG00000097835	ENSSSAG00000121595	ENSSSAG00000104017	zeb2a (ENSSSAG00000063282)	ENSSSAG00000116492	ACVR2A (ENSSSAG00000058221)	ENSSSAG00000058136	epc2 (ENSSSAG00000057918)	LYPD6B (ENSSSAG00000117020)	LYPD6 (ENSSSAG00000057885)	MMADHC (ENSSSAG00000057873)	rnd3b (ENSSSAG00000057861)
River trout	MODERN SPECIES	12	sox21b (ENSSTUG00000003562)	dct (ENSSTUG00000003619)	gpc6b (ENSSTUG00000003753)	PDXK (ENSSTUG00000003967)	agpat3 (ENSSTUG00000004078)	ENSSTUG00000004131	ENSSTUG00000004201 ##28	ENSSTUG00000004780	ndufa10 (ENSSTUG00000004793)	ENSSTUG00000004869	ENSSTUG00000005306	ENSSTUG00000005317	ENSSTUG00000005465	ENSSTUG00000007613	ENSSTUG00000007626	sh3bp4 (ENSSTUG00000007637) ##22	ENSSTUG00000007651	ARL4C (ENSSTUG00000007658)	ENSSTUG00000007661	arhgap15 (ENSSTUG00000007723)	zeb2a (ENSSTUG00000007798)	acvr2aa (ENSSTUG00000007939)	ENSSTUG00000008313	epc2 (ENSSTUG00000008327)	lypd6b (ENSSTUG00000008381)	LYPD6 (ENSSTUG00000008403)	mmadhcb (ENSSTUG00000008410)	rnd3b (ENSSTUG00000008422)	rnd3b (ENSSTUG00000008458)	ENSSTUG00000008475	ENSSTUG00000008483
Huchen	MODERN SPECIES	1145													ENSHHUG00000030167	ENSHHUG00000030173	ENSHHUG00000030177	SH3BP4 (ENSHHUG00000030180) ##22	ARL4C (ENSHHUG00000030239)	ARL4C (ENSHHUG00000030243)	ENSHHUG00000030249	arhgap15 (ENSHHUG00000030272)
Northern pike	MODERN SPECIES	15	ENSELUG00000003558	cldn10b (ENSELUG00000003571)	ABCC4 (ENSELUG00000003606)	sox21b (ENSELUG00000003620)	dct (ENSELUG00000003628)	gpc6b (ENSELUG00000003679)	TMPRSS3 (ENSELUG00000003710)	ENSELUG00000028423	pdxka (ENSELUG00000003730)	agpat3 (ENSELUG00000003749)	ENSELUG00000003796 ##28	ndufa10 (ENSELUG00000003853)	CNTNAP5 (ENSELUG00000003908)	ENSELUG00000004224	ENSELUG00000004356	sh3bp4 (ENSELUG00000004382) ##22	ARL4C (ENSELUG00000004400)	ADPRH (ENSELUG00000004422)	arhgap15 (ENSELUG00000004474)	gtdc1 (ENSELUG00000004515)	ENSELUG00000027327	zeb2a (ENSELUG00000004545)	acvr2aa (ENSELUG00000004570)	MBD5 (ENSELUG00000004605)	epc2 (ENSELUG00000004633)	KIF5C (ENSELUG00000004683)	lypd6b (ENSELUG00000004706)	LYPD6 (ENSELUG00000025460)	mmadhcb (ENSELUG00000004743)	rnd3b (ENSELUG00000004752)	rnd3b (ENSELUG00000004762)
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	51	ENSGT01050000244890.a.b.a.i.b	ENSGT00940000158887	ENSGT00940000157018	ENSGT01030000234748	ENSGT00940000154610.e.a	ENSGT00940000159052	ENSGT01050000244857.B.b	ENSGT00390000003874.a.a	ENSGT00950000182836.b.b.b.a	ENSGT00940000162556.A.b	ENSGT00940000154486.b.b.a.b ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.a.a ##28	ENSGT00390000016151	ENSGT00510000049102	ENSGT00940000160532.h	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.a.b.a	ENSGT00940000181338	ENSGT00950000182860.a.b.b	ENSGT00390000006631	ENSGT00950000183208.A.c.b	ENSGT00940000157233.d	ENSGT00940000158526	ENSGT00940000158539.a	ENSGT00390000000220.A	ENSGT00390000000220.B.c.b	ENSGT00390000015050.`b.a	ENSGT00940000157541.f.d	ENSGT00940000157541.f.c	ENSGT00530000063686.a.a	ENSGT00940000154311.b
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	310																ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	117				ENSGT00940000153458.B	ENSGT00940000155611	ENSGT00730000111148	ENSGT00940000158532	ENSGT00940000160478	ENSGT00940000157578	ENSGT00940000158443	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	198	fhip1b (ENSHCOG00000004452)	CNGA4 (ENSHCOG00000004426)	TRAPPC10 (ENSHCOG00000000119)	ENSHCOG00000004305	ENSHCOG00000004221	cwc22 (ENSHCOG00000004206)	ENSHCOG00000004144	MYLK (ENSHCOG00000003953)	neurod1 (ENSHCOG00000003941)	ENSHCOG00000003927	ITGA4 (ENSHCOG00000003896)	nup35 (ENSHCOG00000003882)	ENSHCOG00000003879	frzb (ENSHCOG00000003870)	ENSHCOG00000003833	sh3bp4 (ENSHCOG00000003798) ##22	ENSHCOG00000003782	ENSHCOG00000003766	med4 (ENSHCOG00000003755)	sucla2 (ENSHCOG00000003733)	ENSHCOG00000003706	HTR2A (ENSHCOG00000003693)	esd (ENSHCOG00000003677)	ENSHCOG00000003645	ENSHCOG00000003624	wars2 (ENSHCOG00000003597)	tbx15 (ENSHCOG00000003578)	ENSHCOG00000003542
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a	ENSGT00940000159528	ENSGT01040000240539.b	ENSGT00390000011864	ENSGT01050000244937.a.a	ENSGT00390000010170.a.b	ENSGT00390000012063	ENSGT00950000183115.b.a.m.a	ENSGT00940000160136.p	ENSGT00960000191502	ENSGT00550000075118.l	ENSGT00950000183097.a.a.b	ENSGT00390000006356	ENSGT00940000156089.e.b
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a	ENSGT00940000160585	ENSGT00940000159528	ENSGT01040000240539.b	ENSGT00390000011864	ENSGT01050000244937.a.a	ENSGT00390000010170.a.b	ENSGT00390000012063	ENSGT00950000183115.b.a.m.a	ENSGT00940000160136.p	ENSGT00960000191502	ENSGT00550000075118.l	ENSGT00950000183097.a.a.b	ENSGT00390000006356
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a	ENSGT00940000160585	ENSGT00940000159528	ENSGT00390000011864	ENSGT01050000244937.a.a	ENSGT00390000010170.a.b	ENSGT00390000012063	ENSGT00950000183115.b.a.m.a	ENSGT00940000160136.p	ENSGT00960000191502	ENSGT00550000075118.l	ENSGT00950000183097.a.a.b	ENSGT00390000006356	ENSGT00940000156089.e.b
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157201	ENSGT01090000259987.b.b.a.b	ENSGT00940000165279.c	ENSGT00940000156768	ENSGT00940000163494.a.a.c.a.c	ENSGT00940000163322.a.a.a	ENSGT00940000163148.a.b.b.a.a.b	ENSGT00940000163148.a.a.b	ENSGT00940000163148.a.b.b.a.b.a.c.a.b.e.a.b	ENSGT00940000163148.a.b.b.a.b.a.c.a.b.f	ENSGT00940000163148.a.b.b.a.b.a.c.a.b.e.a.a	ENSGT00940000163148.a.b.b.a.b.b.b.a	ENSGT00940000163148.a.b.b.a.a.a	ENSGT00940000163322.a.b.a.b	ENSGT00940000163322.b	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000157043	ENSGT00940000158091.h	ENSGT00950000183170.b.b	ENSGT00940000156322	ENSGT00390000012547.b	ENSGT01070000253816.a.a.b	ENSGT00940000153313.B	ENSGT00390000006601	ENSGT00940000158556	ENSGT00950000182827.A	ENSGT00940000164470.a	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000155558	ENSGT00390000005923
Fugu	MODERN SPECIES		tnfaip6 (ENSTRUG00000015828)	itgb5 (ENSTRUG00000015838)	ENSTRUG00000015956	DGKG (ENSTRUG00000015988)	crygs3 (ENSTRUG00000016080)	ENSTRUG00000016084	crygm3 (ENSTRUG00000022382)	ENSTRUG00000021795	ENSTRUG00000016089	ENSTRUG00000022219	ENSTRUG00000023922	ENSTRUG00000030660	zgc:153846 (ENSTRUG00000000230)	si:dkey-57a22.15 (ENSTRUG00000027681)	ENSTRUG00000032703	sh3bp4 (ENSTRUG00000000489) ##22	ENSTRUG00000031348	arl4cb (ENSTRUG00000003085)	ENSTRUG00000027764	ENSTRUG00000004307	usp37 (ENSTRUG00000004918)	ybey (ENSTRUG00000030235)	ENSTRUG00000005210	idh1 (ENSTRUG00000005863)	ENSTRUG00000021409	ENSTRUG00000021217	vwa8 (ENSTRUG00000006143)	f5 (ENSTRUG00000014416)	slc35a5 (ENSTRUG00000014370)	ccdc80 (ENSTRUG00000014296)	dusp19a (ENSTRUG00000014275)
Tetraodon	MODERN SPECIES	13	itgb5 (ENSTNIG00000011540)	etv5a (ENSTNIG00000011541)	DGKG (ENSTNIG00000011542)	crygs3 (ENSTNIG00000011543)	ENSTNIG00000011544	crygm3 (ENSTNIG00000011545)	ENSTNIG00000011546	ENSTNIG00000011547	ENSTNIG00000011548	ENSTNIG00000011549	ENSTNIG00000011550	ENSTNIG00000011551	zgc:153846 (ENSTNIG00000011552)	si:dkey-57a22.15 (ENSTNIG00000011553)	ENSTNIG00000011554	sh3bp4 (ENSTNIG00000011555) ##22	usp37 (ENSTNIG00000011556)	ybey (ENSTNIG00000001620)	ENSTNIG00000011557	idh1 (ENSTNIG00000011558)	ENSTNIG00000011559	ENSTNIG00000011560	vwa8 (ENSTNIG00000011561)	f5 (ENSTNIG00000011562)	slc35a5 (ENSTNIG00000011563)	ccdc80 (ENSTNIG00000011564)	dusp19a (ENSTNIG00000011565)	frzb (ENSTNIG00000011566)	ENSTNIG00000011567	ENSTNIG00000001467	nup35 (ENSTNIG00000011568)
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a	ENSGT00940000160585	ENSGT00940000159528	ENSGT00390000011864	ENSGT01050000244937.a.a	ENSGT00390000010170.a.b	ENSGT00390000012063	ENSGT00950000183115.b.a.m.a	ENSGT00940000160136.p	ENSGT00960000191502	ENSGT00550000075118.l	ENSGT00950000183097.a.a.b	ENSGT00390000006356	ENSGT00940000156089.e.b
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	44	fundc1 (ENSLBEG00000012053)	efhc2 (ENSLBEG00000012081)	ENSLBEG00000012130	mao (ENSLBEG00000012153)	CASK (ENSLBEG00000012212)	ENSLBEG00000012268	gpr34b (ENSLBEG00000012275)	nyx (ENSLBEG00000012288)	ddx3xa (ENSLBEG00000012311)	nup35 (ENSLBEG00000012416)	dnajc10 (ENSLBEG00000012442)	frzb (ENSLBEG00000012477)	dusp19a (ENSLBEG00000012500)	cdc20 (ENSLBEG00000012564)	ENSLBEG00000012613	sh3bp4 (ENSLBEG00000012655) ##22	arl4cb (ENSLBEG00000012677)	ENSLBEG00000012704	LRCH1 (ENSLBEG00000012740)	ENSLBEG00000012804	ENSLBEG00000012830	STEAP3 (ENSLBEG00000012840)	zgc:101851 (ENSLBEG00000012854)	dbi (ENSLBEG00000012894)	ENSLBEG00000012916	ENSLBEG00000012989	TMEM50B (ENSLBEG00000013175)	ifngr2 (ENSLBEG00000013199)	ENSLBEG00000013272	ENSLBEG00000013308	ENSLBEG00000013326
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a	ENSGT00940000160585	ENSGT00940000159528	ENSGT00390000011864	ENSGT01050000244937.a.a	ENSGT00390000010170.a.b	ENSGT00390000012063	ENSGT00950000183115.b.a.m.a	ENSGT00940000160136.p	ENSGT00960000191502	ENSGT00550000075118.l	ENSGT00950000183097.a.a.b	ENSGT00390000006356	ENSGT00940000156089.e.b
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043.d	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a	ENSGT00940000160585	ENSGT00940000159528	ENSGT00390000011864	ENSGT01050000244937.a.a	ENSGT00390000010170.a.b	ENSGT00390000012063	ENSGT00950000183115.b.a.m.a	ENSGT00940000160136.p	ENSGT00960000191502	ENSGT00550000075118.l	ENSGT00950000183097.a.a.b	ENSGT00390000006356	ENSGT00940000156089.e.b
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043.d	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a	ENSGT00940000160585	ENSGT00940000159528
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	60															ENSCGOG00000011443	sh3bp4 (ENSCGOG00000011511) ##22	ENSCGOG00000011513	ARL4C (ENSCGOG00000011514)	ARL4C (ENSCGOG00000011516)	ENSCGOG00000011518	ENSCGOG00000011519	LRCH1 (ENSCGOG00000011522)
Pike perch	MODERN SPECIES	1	KDM6A (ENSSLUG00000001195)	fundc1 (ENSSLUG00000000790)	efhc2 (ENSSLUG00000000782)	ENSSLUG00000000777	mao (ENSSLUG00000000706)	GPR82 (ENSSLUG00000000673)	gpr34b (ENSSLUG00000000653)	CASK (ENSSLUG00000000529)	nyx (ENSSLUG00000000477)	ddx3xa (ENSSLUG00000000404)	nup35 (ENSSLUG00000000380)	dnajc10 (ENSSLUG00000000302)	frzb (ENSSLUG00000000233)	dusp19a (ENSSLUG00000000229)	ENSSLUG00000000136	sh3bp4 (ENSSLUG00000000060) ##22	arl4cb (ENSSLUG00000000057)	ENSSLUG00000000056	ENSSLUG00000000052	ENSSLUG00000000051	ENSSLUG00000000049	ENSSLUG00000000047	ENSSLUG00000000046	ENSSLUG00000000044	ENSSLUG00000000043	ENSSLUG00000000042	ENSSLUG00000000041	LRCH1 (ENSSLUG00000000039)
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043.d	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.a	ENSGT00940000160585	ENSGT00940000159528	ENSGT00390000011864	ENSGT01050000244937.a.a	ENSGT00390000010170.a.b	ENSGT00390000012063	ENSGT00950000183115.b.a.m.a	ENSGT00940000160136.p	ENSGT00960000191502	ENSGT00550000075118.l	ENSGT00950000183097.a.a.b	ENSGT00390000006356	ENSGT00940000156089.e.b
Lumpfish	MODERN SPECIES	13	fundc1 (ENSCLMG00005008906)	efhc2 (ENSCLMG00005008905)	ENSCLMG00005008904	ENSCLMG00005008903	mao (ENSCLMG00005008870)	GPR82 (ENSCLMG00005008860)	gpr34b (ENSCLMG00005008859)	CASK (ENSCLMG00005008471)	nyx (ENSCLMG00005008468)	ddx3xa (ENSCLMG00005003514)	nup35 (ENSCLMG00005003488)	dnajc10 (ENSCLMG00005003126)	frzb (ENSCLMG00005003100)	dusp19a (ENSCLMG00005003007)	ENSCLMG00005002986	sh3bp4 (ENSCLMG00005002961) ##22	arl4cb (ENSCLMG00005002946)	ENSCLMG00005002929	LRCH1 (ENSCLMG00005002843)	esd (ENSCLMG00005002781)	HTR2A (ENSCLMG00005002773)	sucla2 (ENSCLMG00005021177)	med4 (ENSCLMG00005021169)	itm2bb (ENSCLMG00005021162)	ENSCLMG00005021160	ENSCLMG00005021161	ALG11 (ENSCLMG00005021159)	lcp1 (ENSCLMG00005020897)	cnot11 (ENSCLMG00005020872)	ABI2 (ENSCLMG00005020827)	ENSCLMG00005020824
Stickleback	MODERN SPECIES	16	ENSGACG00000008286	man1a2 (ENSGACG00000008277)	tent5c (ENSGACG00000008276)	gdap2 (ENSGACG00000008266)	wdr3 (ENSGACG00000008251)	GPR82 (ENSGACG00000008246)	gpr34b (ENSGACG00000008239)	CASK (ENSGACG00000008227)	nyx (ENSGACG00000008218)	ddx3xa (ENSGACG00000008206)	nup35 (ENSGACG00000008203)	dnajc10 (ENSGACG00000008189)	frzb (ENSGACG00000008168)	dusp19a (ENSGACG00000008166)	ENSGACG00000008155	sh3bp4 (ENSGACG00000008147) ##22	arl4cb (ENSGACG00000008143)	ENSGACG00000008139	ENSGACG00000008127	LRCH1 (ENSGACG00000008120)	esd (ENSGACG00000008096)	HTR2A (ENSGACG00000008088)	sucla2 (ENSGACG00000008038)	med4 (ENSGACG00000008017)	itm2bb (ENSGACG00000007989)	ENSGACG00000007977	alg11 (ENSGACG00000007969)	lcp1 (ENSGACG00000007959)	cnot11 (ENSGACG00000007941)	ABI2 (ENSGACG00000007934)	tmem237a (ENSGACG00000007909)
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160585	ENSGT00940000159528
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	23	ENSSAUG00010013917	hpxa (ENSSAUG00010013892)	ENSSAUG00010013888	ENSSAUG00010013882	olig1 (ENSSAUG00010013881)	olig2 (ENSSAUG00010013876)	ENSSAUG00010013874	ENSSAUG00010013872	ENSSAUG00010013869	ENSSAUG00010013865	ENSSAUG00010013862	ENSSAUG00010013861	ENSSAUG00010010812	ENSSAUG00010010798	ENSSAUG00010010797	sh3bp4 (ENSSAUG00010010793) ##22	ENSSAUG00010010790	ENSSAUG00010010787	ENSSAUG00010010786	ENSSAUG00010010783	ENSSAUG00010010775	ENSSAUG00010010768	ENSSAUG00010010762	DBI (ENSSAUG00010010760)	ENSSAUG00010010755	mmadhcb (ENSSAUG00010010753)	ENSSAUG00010010752	ENSSAUG00010010751	ENSSAUG00010010745	ENSSAUG00010010743	ENSSAUG00010010742
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160585	ENSGT00940000159528
European seabass	MODERN SPECIES	5	gpr34b (ENSDLAG00005031312)	CASK (ENSDLAG00005017165)	nyx (ENSDLAG00005017046)	ddx3xa (ENSDLAG00005016573)	ENSDLAG00005016508	ENSDLAG00005034608	dusp19a (ENSDLAG00005016474)	frzb (ENSDLAG00005031713)	ENSDLAG00005004119	ENSDLAG00005031843	ENSDLAG00005027398	ENSDLAG00005034725	ENSDLAG00005027732	ENSDLAG00005031285	ENSDLAG00005030704	ENSDLAG00005016449 ##22	ENSDLAG00005030272	ENSDLAG00005030525	ENSDLAG00005028620	ENSDLAG00005031173	ENSDLAG00005029941	ENSDLAG00005031009	ENSDLAG00005032890	ENSDLAG00005016363	ENSDLAG00005004352	ENSDLAG00005032257	ENSDLAG00005034710	ENSDLAG00005032992	ENSDLAG00005027743	ENSDLAG00005028525	ENSDLAG00005033842
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	74															DDRGK1 (ENSLCRG00005003130)	ENSLCRG00005003133 ##22
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a	ENSGT00940000160585	ENSGT00940000159528	ENSGT01040000240539.b	ENSGT00390000011864	ENSGT01050000244937.a.a	ENSGT00390000010170.a.b	ENSGT00390000012063	ENSGT00950000183115.b.a.m.a	ENSGT00940000160136.p	ENSGT00550000075118.l	ENSGT00950000183097.a.a.b	ENSGT00390000006356	ENSGT00940000156089.e.b
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.a	ENSGT00940000160585	ENSGT00940000159528	ENSGT00390000011864	ENSGT01050000244937.a.a	ENSGT00390000010170.a.b	ENSGT00390000012063	ENSGT00950000183115.b.a.m.a	ENSGT00940000160136.p	ENSGT00550000075118.l	ENSGT00950000183097.a.a.b	ENSGT00390000006356	ENSGT00940000156089.e.b
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT00940000165242.c	ENSGT00390000003033	ENSGT00510000047481	ENSGT00940000166096	ENSGT00940000162599	ENSGT00940000160342.g.b	ENSGT00470000042284	ENSGT00940000155792	ENSGT00390000008096.B.e.a	ENSGT00940000158407	ENSGT00530000063609.a	ENSGT01050000244956.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.a
Climbing perch	MODERN SPECIES	12	ENSATEG00000029614	ENSATEG00000027585	ENSATEG00000017420	mao (ENSATEG00000018829)	ENSATEG00000018912	GPR82 (ENSATEG00000019053)	gpr34b (ENSATEG00000019062)	nyx (ENSATEG00000019074)	ddx3xa (ENSATEG00000019116)	ENSATEG00000019305	dnajc10 (ENSATEG00000019336)	frzb (ENSATEG00000019360)	dusp19a (ENSATEG00000019381)	ENSATEG00000019366	ENSATEG00000019416	ENSATEG00000019440 ##22	ENSATEG00000019469	ENSATEG00000019506	armc8 (ENSATEG00000019587)	dbr1 (ENSATEG00000019673)	rab5b (ENSATEG00000019723)	lcmt2 (ENSATEG00000019746)	CRYGS (ENSATEG00000019760)	tbccd1 (ENSATEG00000019822)	dnajb11 (ENSATEG00000019830)	satb2 (ENSATEG00000019863)	ENSATEG00000019919	rftn2 (ENSATEG00000019931)	mob4 (ENSATEG00000019942)	ENSATEG00000023122	ENSATEG00000028754
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	11	KDM6A (ENSBSLG00000017055)	fundc1 (ENSBSLG00000018369)	efhc2 (ENSBSLG00000018387)	ENSBSLG00000018465	mao (ENSBSLG00000018478)	ENSBSLG00000019075	GPR82 (ENSBSLG00000020724)	gpr34b (ENSBSLG00000020726)	nyx (ENSBSLG00000020729)	ddx3xa (ENSBSLG00000021396)	nup35 (ENSBSLG00000022934)	dnajc10 (ENSBSLG00000022959)	frzb (ENSBSLG00000023041)	dusp19a (ENSBSLG00000023060)	ENSBSLG00000023164	sh3bp4 (ENSBSLG00000023851) ##22	arl4cb (ENSBSLG00000023870)	ENSBSLG00000023886	armc8 (ENSBSLG00000023939)	dbr1 (ENSBSLG00000024033)	rab5b (ENSBSLG00000024038)	lcmt2 (ENSBSLG00000024046)	CRYGS (ENSBSLG00000024070)	tbccd1 (ENSBSLG00000024081)	dnajb11 (ENSBSLG00000024092)	satb2 (ENSBSLG00000024117)	PLCL1 (ENSBSLG00000024132)	rftn2 (ENSBSLG00000024427)	mob4 (ENSBSLG00000024479)	ENSBSLG00000024520	ENSBSLG00000024523
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	13	KDM6A (ENSMAMG00000012742)	fundc1 (ENSMAMG00000012838)	efhc2 (ENSMAMG00000012855)	ENSMAMG00000012883	mao (ENSMAMG00000026614)	ENSMAMG00000012963	GPR82 (ENSMAMG00000013019)	gpr34b (ENSMAMG00000013029)	nyx (ENSMAMG00000013036)	ddx3xa (ENSMAMG00000013070)	ENSMAMG00000013232	dnajc10 (ENSMAMG00000013244)	frzb (ENSMAMG00000013269)	dusp19a (ENSMAMG00000013299)	ENSMAMG00000013312	ENSMAMG00000013353 ##22	ENSMAMG00000013367	ENSMAMG00000028712	ENSMAMG00000026562	ENSMAMG00000013565	ENSMAMG00000013554	ENSMAMG00000013432	RUBCNL (ENSMAMG00000013621)	ENSMAMG00000013668	esd (ENSMAMG00000013710)	ENSMAMG00000013764	SUCLA2 (ENSMAMG00000013778)	ENSMAMG00000013804	ENSMAMG00000013811	ENSMAMG00000013823	ENSMAMG00000025091
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a	ENSGT00940000160585	ENSGT01030000235360	ENSGT00940000159528	ENSGT01040000240539.b	ENSGT00390000011864	ENSGT01050000244937.a.a	ENSGT00390000010170.a.b	ENSGT00390000012063	ENSGT00950000183115.b.a.m.a	ENSGT00940000160136.p	ENSGT00550000075118.l	ENSGT00950000183097.a.a.b	ENSGT00390000006356
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	45	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446	ENSGT00940000155600.b	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558.j	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT00940000159528	ENSGT01040000240539.b	ENSGT00390000011864
Turbot	MODERN SPECIES	5	armc8 (ENSSMAG00000016119)	ENSSMAG00000038066	idh1 (ENSSMAG00000014096)	ENSSMAG00000027027	ENSSMAG00000022333	ENSSMAG00000014138	CASK (ENSSMAG00000015722)	gpr34b (ENSSMAG00000024816)	NYX (ENSSMAG00000015702)	ddx3xa (ENSSMAG00000015674)	ENSSMAG00000015651	dnajc10 (ENSSMAG00000015551)	frzb (ENSSMAG00000015533)	dusp19a (ENSSMAG00000016328)	ENSSMAG00000016339	ENSSMAG00000016374 ##22	ENSSMAG00000016399	ENSSMAG00000016424	ENSSMAG00000016457	ENSSMAG00000036960	ENSSMAG00000016584	ENSSMAG00000016626	ENSSMAG00000016646	epc2 (ENSSMAG00000016721)	acvr2aa (ENSSMAG00000016733)	zeb2a (ENSSMAG00000014179)	gtdc1 (ENSSMAG00000014199)	ENSSMAG00000014212	ENSSMAG00000026492	ENSSMAG00000014298	ENSSMAG00000014333
Tongue sole	MODERN SPECIES	7	efhc2 (ENSCSEG00000000997)	ENSCSEG00000000990	mao (ENSCSEG00000000966)	ENSCSEG00000000959	gpr34b (ENSCSEG00000000956)	ENSCSEG00000000944	nup35 (ENSCSEG00000000938)	ddx3xa (ENSCSEG00000000900)	nyx (ENSCSEG00000000892)	ENSCSEG00000000882	ENSCSEG00000000873	ENSCSEG00000000871	frzb (ENSCSEG00000000857)	dusp19a (ENSCSEG00000000855)	ENSCSEG00000000848	sh3bp4 (ENSCSEG00000000843) ##22	arl4cb (ENSCSEG00000000838)	ENSCSEG00000000832	ENSCSEG00000000828	esd (ENSCSEG00000000816)	ube2g2 (ENSCSEG00000000801)	TSPEAR (ENSCSEG00000000791)	ENSCSEG00000000777	ENSCSEG00000000772	ENSCSEG00000000767	ENSCSEG00000000764	ENSCSEG00000000758	ENSCSEG00000000751	ENSCSEG00000000747	ENSCSEG00000000742	ENSCSEG00000000730
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	45	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a	ENSGT00940000160585	ENSGT01030000235360
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.f.a	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.f.b	ENSGT00940000160585	ENSGT01040000240539.b	ENSGT00940000159528	ENSGT00390000011864	ENSGT01050000244937.a.a	ENSGT00390000010170.a.b	ENSGT00390000012063	ENSGT00950000183115.b.a.m.a	ENSGT00940000160136.p	ENSGT00550000075118.l	ENSGT00950000183097.a.a.b	ENSGT00390000006356
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	2808									nyx (ENSSLDG00000018392)	ddx3xa (ENSSLDG00000018297)	nup35 (ENSSLDG00000018249)	dnajc10 (ENSSLDG00000018065)	frzb (ENSSLDG00000018013)	dusp19a (ENSSLDG00000017964)	ENSSLDG00000017929	sh3bp4 (ENSSLDG00000017914) ##22	arl4cb (ENSSLDG00000017889)	ENSSLDG00000017875	ENSSLDG00000017864
Greater amberjack	MODERN SPECIES	218	KDM6A (ENSSDUG00000013572)	fundc1 (ENSSDUG00000013534)	efhc2 (ENSSDUG00000013476)	ENSSDUG00000013449	mao (ENSSDUG00000013383)	GPR82 (ENSSDUG00000013367)	gpr34b (ENSSDUG00000013360)	CASK (ENSSDUG00000013289)	nyx (ENSSDUG00000013257)	ddx3xa (ENSSDUG00000013166)	nup35 (ENSSDUG00000013118)	dnajc10 (ENSSDUG00000013014)	frzb (ENSSDUG00000012985)	dusp19a (ENSSDUG00000012944)	ENSSDUG00000012923	sh3bp4 (ENSSDUG00000012897) ##22	arl4cb (ENSSDUG00000012868)	ENSSDUG00000012856	ENSSDUG00000012840	ENSSDUG00000012826	ENSSDUG00000012821	ENSSDUG00000012809	LRCH1 (ENSSDUG00000012781)	esd (ENSSDUG00000012753)	HTR2A (ENSSDUG00000012739)	sucla2 (ENSSDUG00000012710)	med4 (ENSSDUG00000012681)	itm2bb (ENSSDUG00000012665)	alg11 (ENSSDUG00000012623)	ENSSDUG00000012536	lcp1 (ENSSDUG00000012492)
Barramundi perch	MODERN SPECIES	568															ENSLCAG00010002460	sh3bp4 (ENSLCAG00010003231) ##22	arl4cb (ENSLCAG00010003234)	ENSLCAG00010003237	ENSLCAG00010003238	ENSLCAG00010003249	ENSLCAG00010003252	ENSLCAG00010003256	ENSLCAG00010003260
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b	ENSGT00940000160585	ENSGT00940000159528	ENSGT01040000240539.b	ENSGT00390000011864	ENSGT01050000244937.a.a	ENSGT00940000160560.b.f.b.a	ENSGT00390000010170.a.b	ENSGT00390000012063	ENSGT00950000183115.b.a.m.a	ENSGT00940000160136.p	ENSGT00550000075118.l	ENSGT00950000183097.a.a.b
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.b	ENSGT00940000160585	ENSGT00940000159528	ENSGT01040000240539.b	ENSGT00390000011864	ENSGT01050000244937.a.a	ENSGT00940000160560.b.f.b.a	ENSGT00390000010170.a.b	ENSGT00390000012063	ENSGT00950000183115.b.a.m.a	ENSGT00940000160136.p	ENSGT00550000075118.l	ENSGT00950000183097.a.a.b
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	52	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.m	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.n	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.a.a	ENSGT00940000160585	ENSGT00940000159528	ENSGT01040000240539.b	ENSGT00390000011864	ENSGT01050000244937.a.a	ENSGT00940000160560.b.f.b.a	ENSGT00390000010170.a.b	ENSGT00390000012063	ENSGT00950000183115.b.a.m.a	ENSGT00940000160136.p
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	69	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.m.a	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.m.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.n	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.a.a.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT00940000160585	ENSGT00940000159528	ENSGT01040000240539.b	ENSGT00390000011864	ENSGT00390000010170.a.b	ENSGT00390000012063	ENSGT00950000183115.b.a.m.a	ENSGT00940000160136.p
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	61	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.m.a	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.m.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.a.a.b.a	ENSGT00940000160585	ENSGT00940000159528	ENSGT01040000240539.b	ENSGT00390000011864	ENSGT00390000010170.a.b	ENSGT00390000012063	ENSGT00950000183115.b.a.m.a	ENSGT00940000160136.p	ENSGT00550000075118.l
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	1840										ddx3xa (ENSAOCG00000002188)	nup35 (ENSAOCG00000007484)	dnajc10 (ENSAOCG00000007449)	frzb (ENSAOCG00000007372)	dusp19a (ENSAOCG00000007336)	ENSAOCG00000007310	sh3bp4 (ENSAOCG00000000389) ##22
Orange clownfish	MODERN SPECIES	3	KDM6A (ENSAPEG00000020685)	fundc1 (ENSAPEG00000020645)	efhc2 (ENSAPEG00000020493)	ENSAPEG00000020473	mao (ENSAPEG00000020420)	GPR82 (ENSAPEG00000020396)	gpr34b (ENSAPEG00000020389)	CASK (ENSAPEG00000020227)	nyx (ENSAPEG00000020160)	ddx3xa (ENSAPEG00000020102)	nup35 (ENSAPEG00000020027)	dnajc10 (ENSAPEG00000019987)	frzb (ENSAPEG00000019967)	dusp19a (ENSAPEG00000019949)	ENSAPEG00000019912	sh3bp4 (ENSAPEG00000019894) ##22	arl4cb (ENSAPEG00000019862)	ENSAPEG00000019849	ENSAPEG00000019841	ENSAPEG00000019820	ENSAPEG00000019810	ENSAPEG00000019788	ENSAPEG00000019773	ENSAPEG00000019754	RUBCNL (ENSAPEG00000019736)	ENSAPEG00000019698	ENSAPEG00000019688	esd (ENSAPEG00000019597)	ENSAPEG00000019570	HTR2A (ENSAPEG00000019546)	ENSAPEG00000019514
Spiny chromis	MODERN SPECIES	512															ENSAPOG00000023501	sh3bp4 (ENSAPOG00000023338) ##22	arl4cb (ENSAPOG00000023273)	ENSAPOG00000023236	ENSAPOG00000023219	ENSAPOG00000023205	ENSAPOG00000023192	ENSAPOG00000023179
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	1753																sh3bp4 (ENSSPAG00000010627) ##22	arl4cb (ENSSPAG00000010587)
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	52	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.o.a.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.b.c.a.a	ENSGT00940000160585	ENSGT00940000159528	ENSGT01040000240539.b	ENSGT00390000011864	ENSGT01050000244937.a.a	ENSGT00940000160560.b.f.b.a	ENSGT00390000010170.a.b	ENSGT00390000012063	ENSGT00950000183115.b.a.m.a	ENSGT00940000160136.p	ENSGT00550000075118.l	ENSGT00950000183097.a.a.b
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.o.a.b.d	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.b.c.a.b.b.a.b	ENSGT00940000160585	ENSGT00940000159528	ENSGT01040000240539.b	ENSGT00390000011864	ENSGT01050000244937.a.a	ENSGT00940000160560.b.f.b.a	ENSGT00390000010170.a.b	ENSGT00390000012063	ENSGT00950000183115.b.a.m.a	ENSGT00940000160136.p	ENSGT00550000075118.l	ENSGT00950000183097.a.a.b
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446.d.b	ENSGT00990000203619.A.a.e	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.o.a.a.a.a	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.b.c.a.b.b.a.b	ENSGT00940000160585	ENSGT00940000159528	ENSGT01040000240539.b	ENSGT00390000011864	ENSGT01050000244937.a.a	ENSGT00940000160560.b.f.b.a.c	ENSGT00390000010170.a.b	ENSGT00390000012063	ENSGT00950000183115.b.a.m.a	ENSGT00940000160136.p	ENSGT00550000075118.l	ENSGT00950000183097.a.a.b
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	46	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446.d.a	ENSGT00990000203619.A.a.e	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.o.a.a.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.o.a.b.d	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.p	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.b.c.a.b.b.a.a.a.a
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	607						GPR82 (ENSHBUG00000002108)	gpr34b (ENSHBUG00000002112)	CASK (ENSHBUG00000002196)	nyx (ENSHBUG00000002235)	ddx3xa (ENSHBUG00000002311)	ENSHBUG00000000039	dnajc10 (ENSHBUG00000002396)	frzb (ENSHBUG00000002413)	dusp19a (ENSHBUG00000002423)	ENSHBUG00000002452	sh3bp4 (ENSHBUG00000002473) ##22	arl4cb (ENSHBUG00000002490)	ENSHBUG00000000043	ENSHBUG00000002502
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	51	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446.d.a	ENSGT00940000166446.d.b	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00990000203619.A.a.e	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.o.a.a.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.o.a.a.a.a	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.p	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.b.c.a.b.b.a.a.a.a
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446.c.b.b	ENSGT00940000166446.c.a	ENSGT00940000162068.G.b.f.b.a	ENSGT00940000181718	ENSGT00990000203619.A.a.e	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.o.a.a.b.d.a	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.o.a.b.d	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.p	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.b.c.a.b.b.a.a.a.a	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.b.c.a.b.b.a.a.a.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.b.c.a.a	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.b.c.a.b.b.a.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.b.c.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.b.c.a.b.b.b	ENSGT00940000160585	ENSGT00940000159528	ENSGT00390000011864	ENSGT01050000244937.a.a	ENSGT00390000010170.a.b
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1098	ENSMZEG00005020773	mao (ENSMZEG00005020763)	ENSMZEG00005020753	ENSMZEG00005020747	GPR82 (ENSMZEG00005020740)	gpr34b (ENSMZEG00005020735)	CASK (ENSMZEG00005020675)	nyx (ENSMZEG00005020648)	ddx3xa (ENSMZEG00005020636)	nup35 (ENSMZEG00005020619)	dnajc10 (ENSMZEG00005020612)	ENSMZEG00005020608	frzb (ENSMZEG00005020605)	dusp19a (ENSMZEG00005020601)	ENSMZEG00005020596	sh3bp4 (ENSMZEG00005020581) ##22	arl4cb (ENSMZEG00005020500)	ENSMZEG00005020496	ENSMZEG00005020492	ENSMZEG00005020489	ENSMZEG00005020478	HTR2A (ENSMZEG00005020424)	ENSMZEG00005020420	ENSMZEG00005020419	ENSMZEG00005020415	ENSMZEG00005020410	ENSMZEG00005020407	RUBCNL (ENSMZEG00005020397)	LRCH1 (ENSMZEG00005020386)	esd (ENSMZEG00005020377)	HTR2A (ENSMZEG00005020369)
Eastern happy	MODERN SPECIES	7	mao (ENSACLG00000012011)	mao (ENSACLG00000012102)	ENSACLG00000012184	CASK (ENSACLG00000012243)	ENSACLG00000012837	ENSACLG00000012845	ENSACLG00000012859	nyx (ENSACLG00000012864)	ENSACLG00000012867	ddx3xa (ENSACLG00000013517)	nup35 (ENSACLG00000013918)	dnajc10 (ENSACLG00000013993)	frzb (ENSACLG00000014035)	dusp19a (ENSACLG00000014079)	ENSACLG00000014097	sh3bp4 (ENSACLG00000014189) ##22	arl4cb (ENSACLG00000014218)	ENSACLG00000014276	ENSACLG00000014283	ENSACLG00000014288	ENSACLG00000014307	ENSACLG00000014334	ENSACLG00000014351	ENSACLG00000014460	ENSACLG00000014465	ENSACLG00000014469	ENSACLG00000014477	ENSACLG00000014497	ENSACLG00000014502	ENSACLG00000014553	RUBCNL (ENSACLG00000014576)
P. nyererei	MODERN SPECIES	455	KDM6A (ENSPNYG00000011879)	fundc1 (ENSPNYG00000011956)	efhc2 (ENSPNYG00000011988)	ENSPNYG00000012013	mao (ENSPNYG00000012032)	ENSPNYG00000012071	CASK (ENSPNYG00000012117)	GPR82 (ENSPNYG00000012180)	gpr34b (ENSPNYG00000012218)	nyx (ENSPNYG00000012273)	ddx3xa (ENSPNYG00000012338)	nup35 (ENSPNYG00000012486)	dnajc10 (ENSPNYG00000012528)	frzb (ENSPNYG00000012577)	ENSPNYG00000012604	sh3bp4 (ENSPNYG00000012662) ##22	arl4cb (ENSPNYG00000012693)	ENSPNYG00000012724	ENSPNYG00000012739	ENSPNYG00000012755	ENSPNYG00000012779
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	439	fundc1 (ENSNBRG00000020128)	efhc2 (ENSNBRG00000020155)	ENSNBRG00000020193	ENSNBRG00000020201	ENSNBRG00000020219	CASK (ENSNBRG00000020260)	gpr34b (ENSNBRG00000020373)	GPR82 (ENSNBRG00000020412)	nyx (ENSNBRG00000020429)	ddx3xa (ENSNBRG00000020448)	nup35 (ENSNBRG00000020466)	dnajc10 (ENSNBRG00000020512)	frzb (ENSNBRG00000020659)	dusp19a (ENSNBRG00000020666)	ENSNBRG00000020681	sh3bp4 (ENSNBRG00000020723) ##22	arl4cb (ENSNBRG00000020745)	ENSNBRG00000020785
Nile tilapia	MODERN SPECIES	7	fundc1 (ENSONIG00000016299)	efhc2 (ENSONIG00000016295)	ndp (ENSONIG00000036280)	mao (ENSONIG00000016280)	GPR82 (ENSONIG00000016277)	gpr34b (ENSONIG00000031105)	CASK (ENSONIG00000016268)	ENSONIG00000041312	nyx (ENSONIG00000016267)	ddx3xa (ENSONIG00000016252)	nup35 (ENSONIG00000016251)	dnajc10 (ENSONIG00000016244)	frzb (ENSONIG00000016242)	dusp19a (ENSONIG00000036920)	ENSONIG00000016226	sh3bp4 (ENSONIG00000016223) ##22	arl4cb (ENSONIG00000036032)	ENSONIG00000029646	ENSONIG00000038555	ENSONIG00000028744	ENSONIG00000037171	ENSONIG00000037536	ENSONIG00000039236	ENSONIG00000033497	ENSONIG00000042089	ENSONIG00000030242	ENSONIG00000030876	ENSONIG00000030706	ENSONIG00000032607	ENSONIG00000033659	ENSONIG00000016211
Midas cichlid	MODERN SPECIES	539														dusp19a (ENSACIG00000000245)	ENSACIG00000000257	sh3bp4 (ENSACIG00000000301) ##22	arl4cb (ENSACIG00000000312)	ENSACIG00000000361
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.k	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b	ENSGT00940000160585	ENSGT00940000159528	ENSGT01040000240539.b	ENSGT00390000011864	ENSGT01050000244937.a.a	ENSGT00940000160560.b.f.b.a	ENSGT00390000010170.a.b	ENSGT00390000012063	ENSGT00950000183115.b.a.m.a	ENSGT00940000160136.p	ENSGT00550000075118.l	ENSGT00950000183097.a.a.b
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000164470.a	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.k.d.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.k.d.a	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.l	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.k.c	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.c.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.d.a.a.a	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.d.a.a.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.c.a	ENSGT00940000160585	ENSGT00940000159528	ENSGT00390000011864	ENSGT01050000244937.a.a	ENSGT00390000010170.a.b	ENSGT00390000012063
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000164470.a	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.k.d.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.k.d.a	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.l	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.k.c	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.c.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.d.a.a.a	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.d.a.a.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.c.a	ENSGT00940000160585	ENSGT00940000159528	ENSGT00390000011864	ENSGT01050000244937.a.a	ENSGT00390000010170.a.b	ENSGT00390000012063
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	13	f5 (ENSOJAG00000020791)	slc35a5 (ENSOJAG00000020759)	ccdc80 (ENSOJAG00000020744)	fundc1 (ENSOJAG00000020468)	efhc2 (ENSOJAG00000020428)	ENSOJAG00000020405	mao (ENSOJAG00000019886)	gpr34b (ENSOJAG00000019875)	CASK (ENSOJAG00000018246)	nyx (ENSOJAG00000018101)	ddx3xa (ENSOJAG00000015978)	nup35 (ENSOJAG00000015842)	frzb (ENSOJAG00000015698)	dusp19a (ENSOJAG00000015686)	ENSOJAG00000013367	sh3bp4 (ENSOJAG00000013165) ##22	arl4cb (ENSOJAG00000013153)	ENSOJAG00000013127	ENSOJAG00000013105	ENSOJAG00000013087	ENSOJAG00000013067	ENSOJAG00000013052	ENSOJAG00000013033	ENSOJAG00000013023	ENSOJAG00000013000	ENSOJAG00000012986	ENSOJAG00000012941	RUBCNL (ENSOJAG00000012921)	ENSOJAG00000012858	esd (ENSOJAG00000012843)	HTR2A (ENSOJAG00000012816)
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Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	95		ENSGT00940000155558	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00940000157742.a.g.a	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000166446	ENSGT00940000166292	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT01100000263489.a.a.b.b.f.b.e	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.k.d.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.k.d.a	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.l	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.k.c	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.d.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.c.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.d.a.a.a.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.d.a.a.a.a.a.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.b.d.a.a.b
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	13	dnajc10 (ENSORLG00000013572)	nup35 (ENSORLG00000013588)	ddx3xa (ENSORLG00000013621)	ENSORLG00000023599	nyx (ENSORLG00000013634)	CASK (ENSORLG00000013662)	gpr34b (ENSORLG00000013677)	mao (ENSORLG00000013721)	ENSORLG00000028882	efhc2 (ENSORLG00000013742)	fundc1 (ENSORLG00000013751)	frzb (ENSORLG00000013782)	dusp19a (ENSORLG00000013789)	ENSORLG00000026705	ENSORLG00000013825	sh3bp4 (ENSORLG00000013830) ##22	arl4cb (ENSORLG00000013843)	ENSORLG00000013863	ENSORLG00000013850	ENSORLG00000025621	ENSORLG00000019033	ENSORLG00000013888	ENSORLG00000013885	ENSORLG00000023929	ENSORLG00000013895	ENSORLG00000025011	ENSORLG00000023808	ENSORLG00000026502	ENSORLG00000028977	ENSORLG00000024515	ENSORLG00000013908
Chinese medaka	MODERN SPECIES	1133		dnajc10 (ENSOSIG00000011888)	nup35 (ENSOSIG00000011865)	ddx3xa (ENSOSIG00000011022)	ENSOSIG00000011021	nyx (ENSOSIG00000011020)	gpr34b (ENSOSIG00000010994)	ENSOSIG00000010947	ENSOSIG00000010942	ENSOSIG00000010941	ENSOSIG00000010939	efhc2 (ENSOSIG00000010938)	fundc1 (ENSOSIG00000010937)	frzb (ENSOSIG00000010935)	ENSOSIG00000010933	sh3bp4 (ENSOSIG00000010932) ##22	arl4cb (ENSOSIG00000010931)	ENSOSIG00000010930	ENSOSIG00000010928	ENSOSIG00000010927	ENSOSIG00000010926	ENSOSIG00000010925	ENSOSIG00000010924	ENSOSIG00000010913
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.l	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.k
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.l	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.a.b.b.a.k
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160205	ENSGT01090000259987.a.a.a.p	ENSGT00940000154846.a.b	ENSGT00390000015352	ENSGT00950000183074.C	ENSGT00940000160811.c.a	ENSGT00580000081600.c.b	ENSGT00390000008142	ENSGT00390000011294	ENSGT00940000173884	ENSGT00940000158589.b.a	ENSGT00940000159505	ENSGT00390000012196	ENSGT00390000008902.kb	ENSGT00390000012174	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT00390000011821	ENSGT00940000160532.h	ENSGT00390000016151	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.b.a.b ##28	ENSGT00940000155248.wb	ENSGT00940000166969.a	ENSGT00530000068353	ENSGT00940000157916	ENSGT00950000183019.f.b.b.c	ENSGT00940000159069	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.a	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.b.b.a.a.c.b
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000160205	ENSGT01090000259987.a.a.a.p	ENSGT00940000154846.a.b	ENSGT00390000015352	ENSGT00950000183074.C	ENSGT00940000160811.c.a	ENSGT00580000081600.c.b	ENSGT00390000008142	ENSGT00390000011294	ENSGT00940000173884	ENSGT00940000158589.b.a	ENSGT00940000159505	ENSGT00390000012196	ENSGT00390000008902.kb	ENSGT00390000012174	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b	ENSGT00390000011821	ENSGT00940000160532.h	ENSGT00390000016151	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.a.a ##28	ENSGT00940000154486.b.b.a.b ##28	ENSGT00940000155248.wb	ENSGT00940000166969.a	ENSGT00530000068353	ENSGT00940000157916	ENSGT00950000183019.f.b.b.c	ENSGT00940000159069	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.b.b	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.a.a	ENSGT01050000244823.d.b.b.a.a.b.b.a.a.c.b
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	150	ENSGT00530000063686.a.a	ENSGT00940000160205	ENSGT01090000259987.a.a.a.p	ENSGT00940000154846.a.b	ENSGT00390000015352	ENSGT00950000183074.C	ENSGT00940000160811.c.a	ENSGT00580000081600.c.b	ENSGT00390000008142	ENSGT00390000011294	ENSGT00940000158589.b.a	ENSGT00940000159505	ENSGT00390000012196	ENSGT00390000008902.kb	ENSGT00390000012174	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22
Amazon molly	MODERN SPECIES	624	UBXN4 (ENSPFOG00000017537)	ENSPFOG00000017506	dbi (ENSPFOG00000017503)	zgc:101851 (ENSPFOG00000017497)	MARCO (ENSPFOG00000017496)	EN1 (ENSPFOG00000017491)	insig2 (ENSPFOG00000017470)	si:dkey-251i10.3 (ENSPFOG00000020801)	ccdc93 (ENSPFOG00000017408)	ENSPFOG00000017395	TMPRSS3 (ENSPFOG00000017381)	pknox1.1 (ENSPFOG00000017346)	ENSPFOG00000020800	ENSPFOG00000017342	wdr4 (ENSPFOG00000017307)	sh3bp4 (ENSPFOG00000017293) ##22	ENSPFOG00000020799
Sailfin molly	MODERN SPECIES	1815									ENSPLAG00000014513	ccdc93 (ENSPLAG00000014521)	ENSPLAG00000014557	pknox1.1 (ENSPLAG00000014567)	ENSPLAG00000014578	ENSPLAG00000014587	wdr4 (ENSPLAG00000014595)	sh3bp4 (ENSPLAG00000000340) ##22
Guppy	MODERN SPECIES	450	ENSPREG00000015180	dbi (ENSPREG00000015201)	zgc:101851 (ENSPREG00000015231)	ENSPREG00000015312	EN1 (ENSPREG00000015326)	insig2 (ENSPREG00000015336)	si:dkey-251i10.3 (ENSPREG00000015374)	ccdc93 (ENSPREG00000015393)	ENSPREG00000015446	TMPRSS3 (ENSPREG00000015460)	pknox1.1 (ENSPREG00000015499)	ENSPREG00000015565	ENSPREG00000015587	ENSPREG00000015595	wdr4 (ENSPREG00000015608)	sh3bp4 (ENSPREG00000015626) ##22	arl4cb (ENSPREG00000015645)	ENSPREG00000015673	CNTNAP5 (ENSPREG00000015713)	ndufa10 (ENSPREG00000015753)	ahr2 (ENSPREG00000015765) ##28	ahr1b (ENSPREG00000015787) ##28	ENSPREG00000015804	ENSPREG00000015820	KALRN (ENSPREG00000015864)	ENSPREG00000015943	ENSPREG00000015975	TTLL4 (ENSPREG00000015995)	prkag3b (ENSPREG00000016122)	ENSPREG00000016585	ENSPREG00000016658
Platyfish	MODERN SPECIES	21	insig2 (ENSXMAG00000002901)	ENSXMAG00000020952	si:dkey-251i10.3 (ENSXMAG00000020072)	ccdc93 (ENSXMAG00000024243)	ENSXMAG00000000081	ENSXMAG00000029588	TMPRSS3 (ENSXMAG00000021103)	pknox1.1 (ENSXMAG00000028002)	ENSXMAG00000028686	ENSXMAG00000020844	ENSXMAG00000021579	ENSXMAG00000025871	ENSXMAG00000023986	ENSXMAG00000025421	WDR4 (ENSXMAG00000009462)	sh3bp4 (ENSXMAG00000009455) ##22	ENSXMAG00000025605	arl4cb (ENSXMAG00000020364)	ENSXMAG00000023123	ENSXMAG00000026737	ENSXMAG00000004996	ndufa10 (ENSXMAG00000001135)	ENSXMAG00000023648	ENSXMAG00000005053 ##28	ahr1b (ENSXMAG00000005059) ##28	KALRN (ENSXMAG00000005081)	ENSXMAG00000023434	ENSXMAG00000005104	ENSXMAG00000005106	prkag3b (ENSXMAG00000005115)	ENSXMAG00000005129
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	300						ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b
Mummichog	MODERN SPECIES	2429				ENSFHEG00000010785	mao (ENSFHEG00000010768)	CASK (ENSFHEG00000010706)	GPR82 (ENSFHEG00000010489)	gpr34b (ENSFHEG00000000239)	nyx (ENSFHEG00000010453)	ddx3xa (ENSFHEG00000010407)	nup35 (ENSFHEG00000010229)	dnajc10 (ENSFHEG00000010199)	frzb (ENSFHEG00000010049)	dusp19a (ENSFHEG00000010033)	ENSFHEG00000009964	sh3bp4 (ENSFHEG00000009924) ##22	arl4cb (ENSFHEG00000009894)
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	1669																sh3bp4 (ENSCVAG00000020852) ##22	arl4cb (ENSCVAG00000020902)
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	164	ENSGT00940000155202	ENSGT00940000154517.mb	ENSGT00530000063528.B	ENSGT00940000166292	ENSGT00940000166446	ENSGT00940000155600.a.b	ENSGT00990000203619.A.a	ENSGT01060000248589.C.g.a	ENSGT00940000160782	ENSGT00940000154443.f	ENSGT00390000005923	ENSGT00940000155558	ENSGT00940000165507	ENSGT00940000156472.d	ENSGT00940000157043	ENSGT00390000013151.a.a.b ##22	ENSGT00940000160639.b.b
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	118	fundc1 (ENSKMAG00000010268)	efhc2 (ENSKMAG00000010335)	ENSKMAG00000010535	ENSKMAG00000010546	mao (ENSKMAG00000010588)	CASK (ENSKMAG00000010744)	GPR82 (ENSKMAG00000011007)	gpr34b (ENSKMAG00000011023)	nyx (ENSKMAG00000011039)	ddx3xa (ENSKMAG00000011081)	nup35 (ENSKMAG00000011162)	dnajc10 (ENSKMAG00000011186)	frzb (ENSKMAG00000011219)	dusp19a (ENSKMAG00000011255)	ENSKMAG00000011284	sh3bp4 (ENSKMAG00000011314) ##22	arl4cb (ENSKMAG00000011334)
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1623	si:dkey-57a22.15 (ENSNFUG00015015975)	ENSNFUG00015015968	KALRN (ENSNFUG00015011459)	ahr2 (ENSNFUG00015011148) ##28	ENSNFUG00015011134	ndufa10 (ENSNFUG00015011066)	CNTNAP5 (ENSNFUG00015010655)	ENSNFUG00015010607	ENSNFUG00015010603	RRP1 (ENSNFUG00015010586)	slc37a1 (ENSNFUG00015010431)	WDR4 (ENSNFUG00015010379)	ENSNFUG00015010362	ENSNFUG00015010354	ENSNFUG00015010337	SH3BP4 (ENSNFUG00015010326) ##22	ENSNFUG00015009858	dusp19a (ENSNFUG00015009782)	nyx (ENSNFUG00015009757)	ENSNFUG00015009740	DDX3 (ENSNFUG00015008849)	f5 (ENSNFUG00015008403)	SLC35A5 (ENSNFUG00015008361)	ccdc80 (ENSNFUG00015008360)	RAPH1 (ENSNFUG00015008306)	ENSNFUG00015008288	ENSNFUG00015008142	ENSNFUG00015008139	ENSNFUG00015008135	AKAP11 (ENSNFUG00015008132)	TNFSF11 (ENSNFUG00015008126)
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	13	gmppaa (ENSMMDG00005017215)	ENSMMDG00005017226	ENSMMDG00005017228	asic4a (ENSMMDG00005017231)	CHPF (ENSMMDG00005017236)	pdxka (ENSMMDG00005017253)	agpat3 (ENSMMDG00005017290)	ENSMMDG00005017292	ahr1b (ENSMMDG00005017321) ##28	ahr2 (ENSMMDG00005018165) ##28	ndufa10 (ENSMMDG00005019758)	gypc (ENSMMDG00005019761)	ENSMMDG00005019811	CNTNAP5 (ENSMMDG00005020987)	ENSMMDG00005021013	sh3bp4 (ENSMMDG00005021015) ##22	arl4cb (ENSMMDG00005021019)	nepro (ENSMMDG00005021027)	ENSMMDG00005021029	ENSMMDG00005021030	ENSMMDG00005021033	ENSMMDG00005021036	ENSMMDG00005021037	BZW1 (ENSMMDG00005021044)	MYO1B (ENSMMDG00005021075)	DHDH (ENSMMDG00005021497)	pofut2 (ENSMMDG00005021500)	ABCA12 (ENSMMDG00005021510)	BARD1 (ENSMMDG00005021515)	vwc2l (ENSMMDG00005021520)	IKZF2 (ENSMMDG00005021530)
Cod	MODERN SPECIES	12	ABCA12 (ENSGMOG00000012822)	pofut2 (ENSGMOG00000012820)	ENSGMOG00000002472	ENSGMOG00000029204	ENSGMOG00000002399	ENSGMOG00000002379	ENSGMOG00000002328	ENSGMOG00000033606	ENSGMOG00000034119	ENSGMOG00000027009 ##28	ENSGMOG00000035329 ##28	ENSGMOG00000036567	ENSGMOG00000004804	ENSGMOG00000001883	ENSGMOG00000027698	ENSGMOG00000001873 ##22	ENSGMOG00000025469	arhgap15 (ENSGMOG00000012779)	gtdc1 (ENSGMOG00000010251)	zeb2a (ENSGMOG00000028351)	acvr2aa (ENSGMOG00000036028)	ENSGMOG00000013896	epc2 (ENSGMOG00000013936)	KIF5C (ENSGMOG00000011375)	LYPD6B (ENSGMOG00000025667)	LYPD6 (ENSGMOG00000034422)	MMADHC (ENSGMOG00000011181)	rnd3b (ENSGMOG00000026348)	RND3 (ENSGMOG00000011197)	ENSGMOG00000011207	ENSGMOG00000011231
Spotted gar	MODERN SPECIES	650	tmem237b (ENSLOCG00000010304)	cyp20a1 (ENSLOCG00000010325)	abi2b (ENSLOCG00000010334)	ENSLOCG00000010347	raph1b (ENSLOCG00000010348)	ENSLOCG00000010370	CTLA4 (ENSLOCG00000010380)	ENSLOCG00000010389	mdh1b (ENSLOCG00000010397)	CNTNAP5 (ENSLOCG00000010405)	ENSLOCG00000010415	ENSLOCG00000010425	ENSLOCG00000017841	s100b (ENSLOCG00000010431)	ENSLOCG00000010437	sh3bp4 (ENSLOCG00000010441) ##22	arl4cb (ENSLOCG00000017842)	ENSLOCG00000010447	ENSLOCG00000010455	ADPRH (ENSLOCG00000010474)	aox5 (ENSLOCG00000010482)	bzw1a (ENSLOCG00000010532)	ENSLOCG00000010539	ENSLOCG00000010550	ugt1b5 (ENSLOCG00000010558)	prmt2 (ENSLOCG00000010568)	ENSLOCG00000010580	desmb (ENSLOCG00000010587)	dnpep (ENSLOCG00000010615)	PTPRN (ENSLOCG00000010637)	dnajb2 (ENSLOCG00000010653)
Reedfish	MODERN SPECIES	16	prkag3b (ENSECRG00000019925)	ENSECRG00000019900	COL6A2 (ENSECRG00000019859)	ENSECRG00000019835	ENSECRG00000019795	COL6A1 (ENSECRG00000019734)	ftcd (ENSECRG00000019704)	lss (ENSECRG00000019653)	MCM3AP (ENSECRG00000019587)	ybey (ENSECRG00000019552)	ENSECRG00000019528	cnot9 (ENSECRG00000019449)	PLCD4 (ENSECRG00000019362)	ZNF142 (ENSECRG00000019317)	bcs1l (ENSECRG00000019288)	sh3bp4 (ENSECRG00000019270) ##22	gypc (ENSECRG00000019252)	ENSECRG00000018784	ENSECRG00000018649	ENSECRG00000018623	ENSECRG00000018595	ENSECRG00000018042	ENSECRG00000017957	ENSECRG00000017950	ENSECRG00000016844	mnx2b (ENSECRG00000016674)	ENSECRG00000016361	ENSECRG00000016270	ihhb (ENSECRG00000016247)	ENSECRG00000016216	bin1b (ENSECRG00000016008)
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013151.a.a ##22
Coelacanth	MODERN SPECIES	425			ITGB2 (ENSLACG00000017113)	ETV5 (ENSLACG00000016779)	DGKG (ENSLACG00000016302)	ENSLACG00000015153	si:dkey-57a22.15 (ENSLACG00000014851)	ENSLACG00000014745	crygs3 (ENSLACG00000014681)	ENSLACG00000014581	ENSLACG00000014309	ENSLACG00000013708	TRA2B (ENSLACG00000013348)	ENSLACG00000012584	IGF2BP2 (ENSLACG00000011546)	SH3BP4 (ENSLACG00000008467) ##22	cby1 (ENSLACG00000008041)	ENSLACG00000022099	DMC1 (ENSLACG00000022568)	ENSLACG00000006598	KDELR3 (ENSLACG00000005952)	ENSLACG00000006207	KCNJ4 (ENSLACG00000005536)	TOMM22 (ENSLACG00000004988)	JOSD1 (ENSLACG00000004714)	GTPBP1 (ENSLACG00000003966)	ADSL (ENSLACG00000002260)	ENSLACG00000001857	ENSLACG00000000700
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000161839	ENSGT00950000185272	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00940000156462.B	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00940000171532.a	ENSGT00390000000977	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154793.C	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000159677.c.b.a	ENSGT00940000159677.c.a	ENSGT00530000063273.b.b	ENSGT00940000178952	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00940000165503	ENSGT00940000161996	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT00940000154486.b.a.a.b ##28	ENSGT00940000154486.b.b ##28	ENSGT00940000155311.B	ENSGT01030000235951	ENSGT00950000182997.a.b.b.a
Anura	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000177452	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00940000161839	ENSGT00950000185272	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00940000171532.a	ENSGT00940000166277	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154793.C	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000159677.c.b.a.e.a	ENSGT00940000159677.c.b.a.f	ENSGT00940000159677.c.a	ENSGT00530000063273.b.b	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00940000165503	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT00940000160683	ENSGT00950000182997.a.b.b.a	ENSGT00730000110871.a.a.a.b	ENSGT00960000191699	ENSGT00390000011514	ENSGT00950000183170.b.b
Frog	MODERN SPECIES	9	ENSXETG00000041199	lrrfip1 (ENSXETG00000032269)	ENSXETG00000037922	mlph (ENSXETG00000032232)	col6a3 (ENSXETG00000031229)	ENSXETG00000035869	ackr3 (ENSXETG00000039232)	iqca1 (ENSXETG00000032973)	asb18 (ENSXETG00000029996)	gbx2.2 (ENSXETG00000003293)	gbx2.1 (ENSXETG00000003290)	agap1 (ENSXETG00000003280)	trpm8 (ENSXETG00000026873)	trpm8b (ENSXETG00000003271)	arl4c (ENSXETG00000043177)	sh3bp4 (ENSXETG00000010910) ##22	ugt1a6 (ENSXETG00000004890)	ramp1 (ENSXETG00000010906)	ube2f (ENSXETG00000010905)	XB5811292 [provisional] (ENSXETG00000031863)	mreg (ENSXETG00000010902)	fn1 (ENSXETG00000010898)	atic (ENSXETG00000025087)	ENSXETG00000038463	abca12 (ENSXETG00000014244)	bard1 (ENSXETG00000014241)	ENSXETG00000045433	spag16 (ENSXETG00000038570)	vwc2l (ENSXETG00000014240)	ikzf2 (ENSXETG00000003127)	ENSXETG00000044441
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	10	ENSLLEG00000015010	ENSLLEG00000015044	ENSLLEG00000015073	ACKR3 (ENSLLEG00000015274)	IQCA1 (ENSLLEG00000015314)	ENSLLEG00000015634	ENSLLEG00000015687	GBX2 (ENSLLEG00000015780)	AGAP1 (ENSLLEG00000015852)	ENSLLEG00000017294	TRPM8 (ENSLLEG00000017415)	ENSLLEG00000018652	ENSLLEG00000018671	ENSLLEG00000018774	ARL4C (ENSLLEG00000018830)	SH3BP4 (ENSLLEG00000018882) ##22	ENSLLEG00000018963	ENSLLEG00000019051	ENSLLEG00000019102	ENSLLEG00000019128	ENSLLEG00000019208	ENSLLEG00000019265	TRAF3IP1 (ENSLLEG00000015779)	ASB1 (ENSLLEG00000016008)	ENSLLEG00000016097	ENSLLEG00000016118	HDAC4 (ENSLLEG00000016167)	NDUFA10 (ENSLLEG00000016937)	ENSLLEG00000018991	PRMT2 (ENSLLEG00000019029)	DIP2A (ENSLLEG00000019176)
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00940000161839	ENSGT00390000005489	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00940000156462.B	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00390000000977	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000159677.c.b.a	ENSGT00940000159677.c.a	ENSGT00530000063273.b.b	ENSGT00940000178952	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00940000165503	ENSGT00940000161996	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT00940000154486.b.a.a.b ##28	ENSGT00940000154486.b.b ##28	ENSGT00940000155311.B	ENSGT01030000235951	ENSGT00950000182997.a.b.b.a
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00950000182997.a.b.b.a	ENSGT00940000160683	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00940000154486.b.b ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b ##28	ENSGT00390000016151	ENSGT00940000157440	ENSGT00940000161996	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349
Theria	ANCESTRAL SPECIES	65				ENSGT00720000108822	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00940000161996	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	74	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	697																ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977
Armadillo	MODERN SPECIES	1793																SH3BP4 (ENSDNOG00000048631) ##22	ENSDNOG00000044828
Sloth	MODERN SPECIES	2351																ENSCHOG00000009827 ##22
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	80	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773	ENSGT00940000156970
Tenrec	MODERN SPECIES	2620																ENSETEG00000001714 ##22
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	79	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773	ENSGT00940000156970
Elephant	MODERN SPECIES	450	USP40 (ENSLAFG00000007360)	ENSLAFG00000027547	ENSLAFG00000029526	ENSLAFG00000031114	ENSLAFG00000030587	ENSLAFG00000026824	ENSLAFG00000028960	ENSLAFG00000031343	UGT1A1 (ENSLAFG00000031174)	ENSLAFG00000027571	ENSLAFG00000022466	ENSLAFG00000008536	TRPM8 (ENSLAFG00000015515)	SPP2 (ENSLAFG00000015239)	ARL4C (ENSLAFG00000028097)	SH3BP4 (ENSLAFG00000015642) ##22	ENSLAFG00000032232	ENSLAFG00000003064	GBX2 (ENSLAFG00000009536)	IQCA1 (ENSLAFG00000017002)	ACKR3 (ENSLAFG00000003100)	COPS8 (ENSLAFG00000008617)	COL6A3 (ENSLAFG00000013476)	MLPH (ENSLAFG00000016172)	PRLH (ENSLAFG00000021604)	RAB17 (ENSLAFG00000017466)	LRRFIP1 (ENSLAFG00000015782)	RBM44 (ENSLAFG00000004044)	ENSLAFG00000006470	UBE2F (ENSLAFG00000014184)	SCLY (ENSLAFG00000012853)
Hyrax	MODERN SPECIES	2138																ENSPCAG00000001208 ##22
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00950000185133	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00940000165690	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00960000189764	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Suina	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.db	ENSGT00940000157773
Pig	MODERN SPECIES	6	NGEF (ENSSSCG00000016295)	NEU2 (ENSSSCG00000016297)	INPP5D (ENSSSCG00000016298)	ATG16L1 (ENSSSCG00000016300)	SAG (ENSSSCG00000016301)	DGKD (ENSSSCG00000009432)	USP40 (ENSSSCG00000016306)	ENSSSCG00000036274	ENSSSCG00000028217	MROH2A (ENSSSCG00000016305)	HJURP (ENSSSCG00000016313)	TRPM8 (ENSSSCG00000016314)	SPP2 (ENSSSCG00000016315)	ARL4C (ENSSSCG00000034293)	ENSSSCG00000054647	SH3BP4 (ENSSSCG00000034692) ##22	AGAP1 (ENSSSCG00000016317)	GBX2 (ENSSSCG00000016319)	ASB18 (ENSSSCG00000016318)	IQCA1 (ENSSSCG00000016321)	ACKR3 (ENSSSCG00000016322)	COPS8 (ENSSSCG00000016323)	COL6A3 (ENSSSCG00000027331)	MLPH (ENSSSCG00000032849)	ENSSSCG00000036981	RAB17 (ENSSSCG00000016328)	ENSSSCG00000016330	RBM44 (ENSSSCG00000016332)	RAMP1 (ENSSSCG00000016331)	ENSSSCG00000027723	SCLY (ENSSSCG00000016334)
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Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977.u	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977.u	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Sperm whale	MODERN SPECIES	123																SH3BP4 (ENSPCTG00005021673) ##22
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977.u	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Dolphin	MODERN SPECIES	4908																SH3BP4 (ENSTTRG00000005702) ##22
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00390000005575.c.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977.u	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00990000203615.b.a.b	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00390000005575.c.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977.u	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Narwhal	MODERN SPECIES	302	ENSMMNG00015010472	ENSMMNG00015010455	NEU2 (ENSMMNG00015010417)	INPP5D (ENSMMNG00015010358)	ATG16L1 (ENSMMNG00015010252)	SAG (ENSMMNG00015010210)	DGKD (ENSMMNG00015010070)	ENSMMNG00015009079	USP40 (ENSMMNG00015009011)	ENSMMNG00015008978	ENSMMNG00015008941	ENSMMNG00015008890	TRPM8 (ENSMMNG00015008847)	SPP2 (ENSMMNG00015008815)	ARL4C (ENSMMNG00015008808)	SH3BP4 (ENSMMNG00015008800) ##22	AGAP1 (ENSMMNG00015008720)	GBX2 (ENSMMNG00015008671)	ASB18 (ENSMMNG00015008656)	IQCA1 (ENSMMNG00015008583)	ACKR3 (ENSMMNG00015008569)	COPS8 (ENSMMNG00015008526)	ENSMMNG00015008502	ENSMMNG00015008476	MLPH (ENSMMNG00015008434)	PRLH (ENSMMNG00015008407)	RAB17 (ENSMMNG00015008387)	ENSMMNG00015008352	RBM44 (ENSMMNG00015008291)	RAMP1 (ENSMMNG00015008271)	ENSMMNG00015008264
Beluga whale	MODERN SPECIES	84	NGEF (ENSDLEG00000009998)	NEU2 (ENSDLEG00000010053)	INPP5D (ENSDLEG00000010154)	ENSDLEG00000010415	ATG16L1 (ENSDLEG00000010427)	SAG (ENSDLEG00000010510)	DGKD (ENSDLEG00000010768)	USP40 (ENSDLEG00000012848)	ENSDLEG00000016375	DNAJB3 (ENSDLEG00000016461)	ENSDLEG00000016471	ENSDLEG00000016489	TRPM8 (ENSDLEG00000016562)	SPP2 (ENSDLEG00000017377)	ARL4C (ENSDLEG00000017399)	SH3BP4 (ENSDLEG00000017412) ##22	AGAP1 (ENSDLEG00000017441)	GBX2 (ENSDLEG00000017681)	ASB18 (ENSDLEG00000017688)	ENSDLEG00000017709	IQCA1 (ENSDLEG00000017716)	ACKR3 (ENSDLEG00000017739)	ENSDLEG00000017748	ENSDLEG00000017757	COPS8 (ENSDLEG00000017773)	COL6A3 (ENSDLEG00000018104)	MLPH (ENSDLEG00000019940)	PRLH (ENSDLEG00000019948)	RAB17 (ENSDLEG00000019951)	LRRFIP1 (ENSDLEG00000019953)	RBM44 (ENSDLEG00000019982)
Vaquita	MODERN SPECIES	18	KCNJ13 (ENSPSNG00000004599)	GIGYF2 (ENSPSNG00000004525)	SNORC (ENSPSNG00000004482)	NGEF (ENSPSNG00000004429)	INPP5D (ENSPSNG00000004289)	ATG16L1 (ENSPSNG00000004181)	SAG (ENSPSNG00000004109)	DGKD (ENSPSNG00000004042)	USP40 (ENSPSNG00000003975)	ENSPSNG00000003921	ENSPSNG00000003839	ENSPSNG00000003808	TRPM8 (ENSPSNG00000003631)	SPP2 (ENSPSNG00000003569)	ARL4C (ENSPSNG00000003549)	SH3BP4 (ENSPSNG00000003528) ##22	AGAP1 (ENSPSNG00000003418)	GBX2 (ENSPSNG00000003338)	ASB18 (ENSPSNG00000003310)	IQCA1 (ENSPSNG00000003287)	ACKR3 (ENSPSNG00000003273)	ENSPSNG00000003245	ENSPSNG00000003210	COL6A3 (ENSPSNG00000002947)	MLPH (ENSPSNG00000002756)	PRLH (ENSPSNG00000002713)	RAB17 (ENSPSNG00000002680)	ENSPSNG00000002631	RBM44 (ENSPSNG00000002552)	RAMP1 (ENSPSNG00000002530)	UBE2F (ENSPSNG00000002452)
Blue whale	MODERN SPECIES	18	ENSBMSG00010001382	NEU2 (ENSBMSG00010001399)	INPP5D (ENSBMSG00010001433)	ENSBMSG00010001490	ATG16L1 (ENSBMSG00010001521)	SAG (ENSBMSG00010001658)	DGKD (ENSBMSG00010001684)	USP40 (ENSBMSG00010001729)	UGT1A1 (ENSBMSG00010001772)	ENSBMSG00010001823	MROH2A (ENSBMSG00010001850)	ENSBMSG00010001894	TRPM8 (ENSBMSG00010001935)	SPP2 (ENSBMSG00010002027)	ARL4C (ENSBMSG00010002044)	SH3BP4 (ENSBMSG00010002065) ##22	AGAP1 (ENSBMSG00010002133)	GBX2 (ENSBMSG00010002254)	ASB18 (ENSBMSG00010002265)	IQCA1 (ENSBMSG00010002286)	ACKR3 (ENSBMSG00010002301)	ENSBMSG00010002318	COL6A3 (ENSBMSG00010002357)	MLPH (ENSBMSG00010002426)	PRLH (ENSBMSG00010002502)	RAB17 (ENSBMSG00010002510)	ENSBMSG00010002545	RBM44 (ENSBMSG00010002605)	RAMP1 (ENSBMSG00010002628)	ENSBMSG00010002640	UBE2F (ENSBMSG00010002678)
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00960000189764	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00960000189764	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00960000189764	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.fb.a	ENSGT00940000157773
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.fb.a	ENSGT00940000157773
Bos	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977.y.a	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.fb.a	ENSGT00940000157773
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977.y.a	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00390000013067.a.b	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.fb.a
Cow	MODERN SPECIES	22	KCNJ13 (ENSBTAG00000005858)	SNORC (ENSBTAG00000018058)	NGEF (ENSBTAG00000008942)	NEU2 (ENSBTAG00000020672)	INPP5D (ENSBTAG00000020173)	ATG16L1 (ENSBTAG00000003928)	ENSBTAG00000054491	SAG (ENSBTAG00000021480)	DGKD (ENSBTAG00000020616)	USP40 (ENSBTAG00000000149)	UGT1A6 (ENSBTAG00000026181)	MROH2A (ENSBTAG00000017434)	HJURP (ENSBTAG00000024726)	TRPM8 (ENSBTAG00000014652)	SPP2 (ENSBTAG00000002030)	SH3BP4 (ENSBTAG00000013869) ##22	AGAP1 (ENSBTAG00000016504)	GBX2 (ENSBTAG00000008898)	ASB18 (ENSBTAG00000002024)	IQCA1 (ENSBTAG00000013505)	ACKR3 (ENSBTAG00000018424)	COPS8 (ENSBTAG00000005854)	COL6A3 (ENSBTAG00000030190)	ENSBTAG00000001538	MLPH (ENSBTAG00000000634)	PRLH (ENSBTAG00000017615)	RAB17 (ENSBTAG00000017624)	LRRFIP1 (ENSBTAG00000005354)	RBM44 (ENSBTAG00000010676)	RAMP1 (ENSBTAG00000011534)	UBE2F (ENSBTAG00000026114)
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	22	SNORC (ENSBIXG00005006009)	NGEF (ENSBIXG00005025372)	NEU2 (ENSBIXG00005025290)	INPP5D (ENSBIXG00005025252)	ATG16L1 (ENSBIXG00005025125)	SAG (ENSBIXG00005004262)	DGKD (ENSBIXG00005024925)	USP40 (ENSBIXG00005006293)	ENSBIXG00005007237	ENSBIXG00005024358	MROH2A (ENSBIXG00005024302)	HJURP (ENSBIXG00005006477)	TRPM8 (ENSBIXG00005023717)	ENSBIXG00005023563	ARL4C (ENSBIXG00005023514)	SH3BP4 (ENSBIXG00005006169) ##22	AGAP1 (ENSBIXG00005023299)	GBX2 (ENSBIXG00005022446)	ASB18 (ENSBIXG00005022433)	IQCA1 (ENSBIXG00005022384)	ACKR3 (ENSBIXG00005003805)	ENSBIXG00005022302	ENSBIXG00005022233	ENSBIXG00005022201	ENSBIXG00005006159	MLPH (ENSBIXG00005022128)	PRLH (ENSBIXG00005022051)	RAB17 (ENSBIXG00005022036)	ENSBIXG00005021969	RBM44 (ENSBIXG00005021762)	RAMP1 (ENSBIXG00005007162)
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977.y.a	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00390000013067.a.b	ENSGT00940000162093	ENSGT00940000162360	ENSGT00390000007540	ENSGT00390000001474	ENSGT00940000159702	ENSGT00390000008920.c.b	ENSGT00390000003897.s.b.a.a.b.b
Domestic yak	MODERN SPECIES	22	NGEF (ENSBGRG00000010052)	NEU2 (ENSBGRG00000010344)	INPP5D (ENSBGRG00000010422)	ATG16L1 (ENSBGRG00000010889)	SAG (ENSBGRG00000011471)	DGKD (ENSBGRG00000011771)	USP40 (ENSBGRG00000012788)	ENSBGRG00000013091	ENSBGRG00000013370	MROH2A (ENSBGRG00000013396)	ENSBGRG00000013914	TRPM8 (ENSBGRG00000014019)	SPP2 (ENSBGRG00000014551)	ENSBGRG00000014768	ARL4C (ENSBGRG00000014785)	SH3BP4 (ENSBGRG00000014833) ##22	AGAP1 (ENSBGRG00000014952)	GBX2 (ENSBGRG00000016577)	ASB18 (ENSBGRG00000016615)	IQCA1 (ENSBGRG00000016792)	ACKR3 (ENSBGRG00000017157)	ENSBGRG00000017207	ENSBGRG00000017439	ENSBGRG00000019627	MLPH (ENSBGRG00000019683)	PRLH (ENSBGRG00000020092)	ENSBGRG00000020161	ENSBGRG00000020176	ENSBGRG00000020281	RBM44 (ENSBGRG00000020637)	RAMP1 (ENSBGRG00000020808)
Wild yak	MODERN SPECIES	2850																SH3BP4 (ENSBMUG00000001716) ##22
American bison	MODERN SPECIES	3334												ENSBBBG00000005901	TRPM8 (ENSBBBG00000022370)	SPP2 (ENSBBBG00000005869)	ARL4C (ENSBBBG00000022278)	SH3BP4 (ENSBBBG00000022258) ##22	AGAP1 (ENSBBBG00000022235)	ASB18 (ENSBBBG00000022207)	IQCA1 (ENSBBBG00000022175)	ACKR3 (ENSBBBG00000022118)	COPS8 (ENSBBBG00000022111)	COL6A3 (ENSBBBG00000022072)	ENSBBBG00000022010	MLPH (ENSBBBG00000021985)	PRLH (ENSBBBG00000021906)	ENSBBBG00000021901	ENSBBBG00000021887	ENSBBBG00000021880	RBM44 (ENSBBBG00000021787)	RAMP1 (ENSBBBG00000021714)	UBE2F (ENSBBBG00000021692)
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00960000189764	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00390000016794.b.p.b	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.fb.a
Goat	MODERN SPECIES	22	SNORC (ENSCHIG00000015081)	NGEF (ENSCHIG00000008645)	NEU2 (ENSCHIG00000024666)	INPP5D (ENSCHIG00000018691)	ATG16L1 (ENSCHIG00000026473)	SAG (ENSCHIG00000002782)	DGKD (ENSCHIG00000025662)	USP40 (ENSCHIG00000023695)	ENSCHIG00000012439	ENSCHIG00000022816	MROH2A (ENSCHIG00000016141)	HJURP (ENSCHIG00000020706)	TRPM8 (ENSCHIG00000026726)	SPP2 (ENSCHIG00000021100)	ARL4C (ENSCHIG00000008457)	SH3BP4 (ENSCHIG00000013947) ##22	ENSCHIG00000002736	AGAP1 (ENSCHIG00000015729)	GBX2 (ENSCHIG00000017047)	ASB18 (ENSCHIG00000024789)	IQCA1 (ENSCHIG00000005472)	ACKR3 (ENSCHIG00000002856)	ENSCHIG00000004774	COPS8 (ENSCHIG00000026994)	COL6A3 (ENSCHIG00000018312)	MLPH (ENSCHIG00000013604)	PRLH (ENSCHIG00000003316)	RAB17 (ENSCHIG00000016171)	LRRFIP1 (ENSCHIG00000006587)	RBM44 (ENSCHIG00000004353)	RAMP1 (ENSCHIG00000016318)
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES		ENSOARG00020011016	INPP5D (ENSOARG00020010848)	ATG16L1 (ENSOARG00020008250)	SAG (ENSOARG00020008029)	ENSOARG00020008004	DGKD (ENSOARG00020007641)	USP40 (ENSOARG00020007173)	ENSOARG00020007139	ENSOARG00020007114	UGT1A1 (ENSOARG00020006230)	MROH2A (ENSOARG00020005342)	HJURP (ENSOARG00020005263)	TRPM8 (ENSOARG00020005009)	SPP2 (ENSOARG00020004890)	ARL4C (ENSOARG00020004841)	SH3BP4 (ENSOARG00020004812) ##22	ENSOARG00020004783	AGAP1 (ENSOARG00020004474)	ENSOARG00020004419	GBX2 (ENSOARG00020004399)	ASB18 (ENSOARG00020004373)	IQCA1 (ENSOARG00020004312)	ACKR3 (ENSOARG00020004297)	COPS8 (ENSOARG00020004238)	COL6A3 (ENSOARG00020002421)	MLPH (ENSOARG00020002225)	PRLH (ENSOARG00020002190)	RAB17 (ENSOARG00020002174)	ENSOARG00020002080	RBM44 (ENSOARG00020001964)	RAMP1 (ENSOARG00020001939)
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	5												HJURP (ENSMMSG00000014874)	TRPM8 (ENSMMSG00000014911)	SPP2 (ENSMMSG00000015101)	ARL4C (ENSMMSG00000015137)	SH3BP4 (ENSMMSG00000000006) ##22	AGAP1 (ENSMMSG00000000036)	GBX2 (ENSMMSG00000000134)	ASB18 (ENSMMSG00000000149)	IQCA1 (ENSMMSG00000000227)	ACKR3 (ENSMMSG00000000451)	COPS8 (ENSMMSG00000000478)	COL6A3 (ENSMMSG00000001012)	MLPH (ENSMMSG00000006245)	PRLH (ENSMMSG00000006295)	RAB17 (ENSMMSG00000006318)	LRRFIP1 (ENSMMSG00000006361)	ENSMMSG00000006395	RBM44 (ENSMMSG00000006434)	RAMP1 (ENSMMSG00000006556)	UBE2F (ENSMMSG00000006608)
Yarkand deer	MODERN SPECIES	12	SNORC (ENSCHYG00000006839)	NGEF (ENSCHYG00000006872)	NEU2 (ENSCHYG00000007003)	INPP5D (ENSCHYG00000007065)	ATG16L1 (ENSCHYG00000007339)	SAG (ENSCHYG00000007662)	DGKD (ENSCHYG00000007792)	USP40 (ENSCHYG00000008357)	ENSCHYG00000009282	ENSCHYG00000009504	MROH2A (ENSCHYG00000009621)	ENSCHYG00000010830	TRPM8 (ENSCHYG00000010936)	SPP2 (ENSCHYG00000011433)	ARL4C (ENSCHYG00000011511)	SH3BP4 (ENSCHYG00000011561) ##22	AGAP1 (ENSCHYG00000011724)	GBX2 (ENSCHYG00000013427)	ASB18 (ENSCHYG00000013467)	IQCA1 (ENSCHYG00000013644)	ACKR3 (ENSCHYG00000013874)	ENSCHYG00000013906	COL6A3 (ENSCHYG00000014186)	MLPH (ENSCHYG00000015476)	PRLH (ENSCHYG00000015812)	RAB17 (ENSCHYG00000015919)	ENSCHYG00000016146	RBM44 (ENSCHYG00000016388)	RAMP1 (ENSCHYG00000016650)	UBE2F (ENSCHYG00000016770)	ENSCHYG00000017305
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	106			ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT01030000236316	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c
Arabian camel	MODERN SPECIES	31	SNORC (ENSCDRG00005008971)	NGEF (ENSCDRG00005009051)	NEU2 (ENSCDRG00005009286)	INPP5D (ENSCDRG00005009359)	ATG16L1 (ENSCDRG00005009769)	SAG (ENSCDRG00005010393)	DGKD (ENSCDRG00005010577)	USP40 (ENSCDRG00005010949)	UGT1A1 (ENSCDRG00005011851)	ENSCDRG00005011972	MROH2A (ENSCDRG00005012005)	ENSCDRG00005012337	TRPM8 (ENSCDRG00005012445)	SPP2 (ENSCDRG00005013014)	ARL4C (ENSCDRG00005013071)	SH3BP4 (ENSCDRG00005013122) ##22	ENSCDRG00005013165	AGAP1 (ENSCDRG00005013275)	GBX2 (ENSCDRG00005014059)	ENSCDRG00005014127	IQCA1 (ENSCDRG00005014153)	ACKR3 (ENSCDRG00005014249)	COPS8 (ENSCDRG00005014262)	COL6A3 (ENSCDRG00005014396)	MLPH (ENSCDRG00005014879)	PRLH (ENSCDRG00005015101)	RAB17 (ENSCDRG00005015123)	ENSCDRG00005015174	RBM44 (ENSCDRG00005015462)	RAMP1 (ENSCDRG00005015618)	UBE2F (ENSCDRG00005015678)
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773	ENSGT00940000156970.n
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00950000185374	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00950000185133	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Polar bear	MODERN SPECIES	169	ENSUMAG00000014748	NEU2 (ENSUMAG00000014742)	INPP5D (ENSUMAG00000014489)	ATG16L1 (ENSUMAG00000014422)	SAG (ENSUMAG00000014417)	DGKD (ENSUMAG00000013632)	USP40 (ENSUMAG00000013473)	ENSUMAG00000013463	UGT1A1 (ENSUMAG00000013403)	MROH2A (ENSUMAG00000013376)	ENSUMAG00000013374	ENSUMAG00000013341	ENSUMAG00000013318	SPP2 (ENSUMAG00000013313)	ARL4C (ENSUMAG00000013306)	SH3BP4 (ENSUMAG00000013298) ##22	ENSUMAG00000013297	AGAP1 (ENSUMAG00000012743)	IQCA1 (ENSUMAG00000012664)	ACKR3 (ENSUMAG00000012658)	COPS8 (ENSUMAG00000012651)	COL6A3 (ENSUMAG00000012021)	MLPH (ENSUMAG00000011968)	PRLH (ENSUMAG00000011965)	ENSUMAG00000011963	ENSUMAG00000011956	RBM44 (ENSUMAG00000011930)	UBE2F (ENSUMAG00000011895)	SCLY (ENSUMAG00000011882)	ILKAP (ENSUMAG00000011877)	PER2 (ENSUMAG00000011574)
American black bear	MODERN SPECIES	7112																SH3BP4 (ENSUAMG00000024322) ##22	ENSUAMG00000024323
Giant Panda	MODERN SPECIES	11	ENSAMEG00000030485	NGEF (ENSAMEG00000016403)	NEU2 (ENSAMEG00000016400)	INPP5D (ENSAMEG00000016368)	ATG16L1 (ENSAMEG00000016324)	SAG (ENSAMEG00000016262)	DGKD (ENSAMEG00000016226)	ENSAMEG00000016212	ENSAMEG00000016164	ENSAMEG00000016205	MROH2A (ENSAMEG00000016117)	ENSAMEG00000016113	TRPM8 (ENSAMEG00000016067)	SPP2 (ENSAMEG00000016053)	ARL4C (ENSAMEG00000016052)	SH3BP4 (ENSAMEG00000001790) ##22	AGAP1 (ENSAMEG00000001750)	GBX2 (ENSAMEG00000031021)	IQCA1 (ENSAMEG00000001738)	ACKR3 (ENSAMEG00000019789)	ENSAMEG00000012089	COL6A3 (ENSAMEG00000008251)	MLPH (ENSAMEG00000008402)	PRLH (ENSAMEG00000008444)	RAB17 (ENSAMEG00000025339)	ENSAMEG00000008474	RBM44 (ENSAMEG00000008500)	RAMP1 (ENSAMEG00000030941)	UBE2F (ENSAMEG00000008551)	SCLY (ENSAMEG00000008515)	ESPNL (ENSAMEG00000014973)
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00940000167434	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309.f.a	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b
American mink	MODERN SPECIES	15	ENSNVIG00000004323	NGEF (ENSNVIG00000004335)	NEU2 (ENSNVIG00000004399)	INPP5D (ENSNVIG00000004409)	ATG16L1 (ENSNVIG00000004487)	SAG (ENSNVIG00000004830)	DGKD (ENSNVIG00000005206)	USP40 (ENSNVIG00000005270)	UGT1A1 (ENSNVIG00000005431)	ENSNVIG00000005494	MROH2A (ENSNVIG00000005505)	ENSNVIG00000005631	TRPM8 (ENSNVIG00000005660)	SPP2 (ENSNVIG00000005759)	ARL4C (ENSNVIG00000005778)	SH3B4 (ENSNVIG00000005798) ##22	ENSNVIG00000005887	AGAP1 (ENSNVIG00000005895)	GBX2 (ENSNVIG00000005973)	ASB18 (ENSNVIG00000005978)	IQCA1 (ENSNVIG00000005994)	ACKR3 (ENSNVIG00000006074)	ENSNVIG00000006094
Ferret	MODERN SPECIES	412											ENSMPUG00000002236	ENSMPUG00000002240	TRPM8 (ENSMPUG00000002248)	SPP2 (ENSMPUG00000002325)	ARL4C (ENSMPUG00000019267)	SH3BP4 (ENSMPUG00000002332) ##22	AGAP1 (ENSMPUG00000002334)	GBX2 (ENSMPUG00000002403)	ENSMPUG00000002417	IQCA1 (ENSMPUG00000002421)	ACKR3 (ENSMPUG00000002423)
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Dog	MODERN SPECIES	17	SNORC (ENSCAFG00845026604)	NGEF (ENSCAFG00845020745)	NEU2 (ENSCAFG00845020896)	INPP5D (ENSCAFG00845020969)	ATG16L1 (ENSCAFG00845021359)	SAG (ENSCAFG00845021999)	DGKD (ENSCAFG00845022486)	USP40 (ENSCAFG00845023517)	UGT1A6 (ENSCAFG00845024767)	DNAJB3 (ENSCAFG00845025169)	MROH2A (ENSCAFG00845025258)	HJURP (ENSCAFG00845025475)	TRPM8 (ENSCAFG00845025630)	SPP2 (ENSCAFG00845025963)	ARL4C (ENSCAFG00845026062)	SH3BP4 (ENSCAFG00845026088) ##22	AGAP1 (ENSCAFG00845026357)	ENSCAFG00845027356	ENSCAFG00845027384	GBX2 (ENSCAFG00845027418)	ASB18 (ENSCAFG00845027512)	IQCA1 (ENSCAFG00845027594)	ACKR3 (ENSCAFG00845027671)	COPS8 (ENSCAFG00845027880)	COL6A3 (ENSCAFG00845028105)	MLPH (ENSCAFG00845028517)	PRLH (ENSCAFG00845028761)	RAB17 (ENSCAFG00845028808)	ENSCAFG00845029031	RBM44 (ENSCAFG00845029315)	RAMP1 (ENSCAFG00845029374)
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Panthera	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000167884	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000167884	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
lion	MODERN SPECIES	8	SNORC (ENSPLOG00000014595)	NGEF (ENSPLOG00000014305)	NEU2 (ENSPLOG00000014239)	INPP5D (ENSPLOG00000013746)	ATG16L1 (ENSPLOG00000013544)	SAG (ENSPLOG00000013459)	DGKD (ENSPLOG00000013163)	ENSPLOG00000013007	ENSPLOG00000012939	UGT1A1 (ENSPLOG00000012783)	MROH2A (ENSPLOG00000012113)	ENSPLOG00000012049	TRPM8 (ENSPLOG00000011686)	SPP2 (ENSPLOG00000011583)	ARL4C (ENSPLOG00000011561)	SH3BP4 (ENSPLOG00000011535) ##22	AGAP1 (ENSPLOG00000011221)	GBX2 (ENSPLOG00000011149)	ASB18 (ENSPLOG00000011083)	IQCA1 (ENSPLOG00000010813)	ACKR3 (ENSPLOG00000021956)	COPS8 (ENSPLOG00000021940)	COL6A3 (ENSPLOG00000021420)	MLPH (ENSPLOG00000021064)	PRLH (ENSPLOG00000020976)	RAB17 (ENSPLOG00000020937)	ENSPLOG00000020777	RBM44 (ENSPLOG00000020554)	RAMP1 (ENSPLOG00000020505)	ENSPLOG00000020308	SCLY (ENSPLOG00000020183)
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Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	26	SNORC (ENSRFEG00010004802)	NGEF (ENSRFEG00010004772)	NEU2 (ENSRFEG00010004756)	INPP5D (ENSRFEG00010004737)	ATG16L1 (ENSRFEG00010004683)	SAG (ENSRFEG00010004656)	DGKD (ENSRFEG00010004564)	USP40 (ENSRFEG00010004446)	ENSRFEG00010004416	UGT1A1 (ENSRFEG00010004396)	MROH2A (ENSRFEG00010004304)	HJURP (ENSRFEG00010004265)	TRPM8 (ENSRFEG00010004176)	SPP2 (ENSRFEG00010004143)	ARL4C (ENSRFEG00010004132)	SH3BP4 (ENSRFEG00010004122) ##22	ENSRFEG00010004106	ENSRFEG00010004098	ENSRFEG00010004091	AGAP1 (ENSRFEG00010003950)	GBX2 (ENSRFEG00010003880)	ASB18 (ENSRFEG00010003863)	IQCA1 (ENSRFEG00010003824)	ACKR3 (ENSRFEG00010003797)	ENSRFEG00010003776	COL6A3 (ENSRFEG00010003671)	MLPH (ENSRFEG00010003515)	PRLH (ENSRFEG00010003477)	RAB17 (ENSRFEG00010003447)	ENSRFEG00010003288	RBM44 (ENSRFEG00010003149)
Microbat	MODERN SPECIES	940	NGEF (ENSMLUG00000017390)	NEU2 (ENSMLUG00000028068)	INPP5D (ENSMLUG00000017391)	ATG16L1 (ENSMLUG00000017395)	SAG (ENSMLUG00000017400)	DGKD (ENSMLUG00000017404)	USP40 (ENSMLUG00000017407)	ENSMLUG00000024668	UGT1A6 (ENSMLUG00000017410)	ENSMLUG00000017411	MROH2A (ENSMLUG00000017412)	HJURP (ENSMLUG00000017421)	TRPM8 (ENSMLUG00000017423)	SPP2 (ENSMLUG00000017424)	ENSMLUG00000025370	SH3BP4 (ENSMLUG00000011869) ##22	AGAP1 (ENSMLUG00000005147)	GBX2 (ENSMLUG00000011484)	ASB18 (ENSMLUG00000011493)	IQCA1 (ENSMLUG00000011512)	ACKR3 (ENSMLUG00000011535)	COPS8 (ENSMLUG00000006750)	COL6A3 (ENSMLUG00000006761)	MLPH (ENSMLUG00000000438)	ENSMLUG00000000444	RAB17 (ENSMLUG00000000446)	LRRFIP1 (ENSMLUG00000002001)	RBM44 (ENSMLUG00000002010)	RAMP1 (ENSMLUG00000002016)	UBE2F (ENSMLUG00000001286)	SCLY (ENSMLUG00000001291)
Megabat	MODERN SPECIES	469																SH3BP4 (ENSPVAG00000003231) ##22
Equus	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000167884	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Horse	MODERN SPECIES	27	ATG16L1 (ENSECAG00000016091)	SAG (ENSECAG00000060081)	DGKD (ENSECAG00000016916)	USP40 (ENSECAG00000013493)	ENSECAG00000023519	ENSECAG00000058487	ENSECAG00000048565	ENSECAG00000047984	ENSECAG00000030264	MROH2A (ENSECAG00000009998)	HJURP (ENSECAG00000010053)	ENSECAG00000050711	TRPM8 (ENSECAG00000011427)	SPP2 (ENSECAG00000007372)	ARL4C (ENSECAG00000000887)	SH3BP4 (ENSECAG00000009382) ##22	ENSECAG00000044884	AGAP1 (ENSECAG00000014269)	GBX2 (ENSECAG00000007324)	ASB18 (ENSECAG00000009378)	IQCA1 (ENSECAG00000009419)	ACKR3 (ENSECAG00000000942)	COPS8 (ENSECAG00000013601)	COL6A3 (ENSECAG00000020887)	MLPH (ENSECAG00000024624)	RAB17 (ENSECAG00000010528)	PRLH (ENSECAG00000016201)	LRRFIP1 (ENSECAG00000016447)	RBM44 (ENSECAG00000004979)	RAMP1 (ENSECAG00000009250)	UBE2F (ENSECAG00000011687)
Donkey	MODERN SPECIES	10	NEU2 (ENSEASG00005031190)	INPP5D (ENSEASG00005019862)	ATG16L1 (ENSEASG00005019888)	SAG (ENSEASG00005019896)	DGKD (ENSEASG00005019899)	ENSEASG00005027116	ENSEASG00005031382	ENSEASG00005032202	UGT1A6 (ENSEASG00005019912)	MROH2A (ENSEASG00005019918)	HJURP (ENSEASG00005019935)	ENSEASG00005019946	ENSEASG00005019972	SPP2 (ENSEASG00005019988)	ARL4C (ENSEASG00005025684)	SH3BP4 (ENSEASG00005019991) ##22	AGAP1 (ENSEASG00005020004)	GBX2 (ENSEASG00005020029)	ASB18 (ENSEASG00005020036)	IQCA1 (ENSEASG00005027257)	ACKR3 (ENSEASG00005029174)	COPS8 (ENSEASG00005007121)	COL6A3 (ENSEASG00005007197)	MLPH (ENSEASG00005007335)	PRLH (ENSEASG00005007336)	RAB17 (ENSEASG00005007339)	LRRFIP1 (ENSEASG00005007354)	RBM44 (ENSEASG00005007379)	ENSEASG00005026664	UBE2F (ENSEASG00005007386)	SCLY (ENSEASG00005007391)
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013151.a.a ##22
Hedgehog	MODERN SPECIES	2736																ENSEEUG00000014389 ##22
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Primates	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.m.a	ENSGT00940000157773
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00910000147209	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b.e.a	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.m.a
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267.k	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000157267.l	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00910000147209	ENSGT00940000154793.C.ab.m	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977.o	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b.e.a	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.m.a
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267.k	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000157267.l	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00910000147209	ENSGT00940000154793.C.ab.m	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977.o	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b.e.a	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.m.a
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267.k	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162757.c	ENSGT00940000157267.l	ENSGT00940000162757.d	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00910000147209	ENSGT00940000154793.C.ab.m	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977.o	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b.e.a	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.m.a
Gorilla	MODERN SPECIES	15	NEU2 (ENSGGOG00000005494)	INPP5D (ENSGGOG00000000530)	ATG16L1 (ENSGGOG00000016433)	SAG (ENSGGOG00000011713)	ENSGGOG00000011507	DGKD (ENSGGOG00000000308)	USP40 (ENSGGOG00000034943)	ENSGGOG00000043725	UGT1A5 (ENSGGOG00000002604)	ENSGGOG00000043380	MROH2A (ENSGGOG00000002606)	HJURP (ENSGGOG00000002621)	TRPM8 (ENSGGOG00000008375)	SPP2 (ENSGGOG00000006676)	ARL4C (ENSGGOG00000023462)	SH3BP4 (ENSGGOG00000013506) ##22	ENSGGOG00000005512	ENSGGOG00000036386	GBX2 (ENSGGOG00000005520)	ASB18 (ENSGGOG00000005521)	IQCA1 (ENSGGOG00000013083)	ACKR3 (ENSGGOG00000004275)	COPS8 (ENSGGOG00000036194)	COL6A3 (ENSGGOG00000002468)	MLPH (ENSGGOG00000015075)	PRLH (ENSGGOG00000015080)	RAB17 (ENSGGOG00000015083)	LRRFIP1 (ENSGGOG00000008411)	RBM44 (ENSGGOG00000012246)	RAMP1 (ENSGGOG00000003956)	UBE2F (ENSGGOG00000010709)
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267.k	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162757.d	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00910000147209	ENSGT00940000154793.C.ab.m	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977.o	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b.e.a	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.m.a
Pan	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267.k	ENSGT00940000162757.d	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00910000147209	ENSGT00940000154793.C.ab.m	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977.o	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b.e.a	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.m.a
Chimpanzee	MODERN SPECIES	15	NEU2 (ENSPTRG00000013049)	INPP5D (ENSPTRG00000013050)	ATG16L1 (ENSPTRG00000013051)	SAG (ENSPTRG00000013052)	DGKD (ENSPTRG00000013053)	USP40 (ENSPTRG00000013054)	UGT1A3 (ENSPTRG00000013058)	ENSPTRG00000047621	ENSPTRG00000044952	MROH2A (ENSPTRG00000048059)	HJURP (ENSPTRG00000013062)	ENSPTRG00000048514	TRPM8 (ENSPTRG00000013063)	SPP2 (ENSPTRG00000013064)	ARL4C (ENSPTRG00000013065)	SH3BP4 (ENSPTRG00000013066) ##22	AGAP1 (ENSPTRG00000013067)	GBX2 (ENSPTRG00000013068)	ASB18 (ENSPTRG00000013069)	IQCA1 (ENSPTRG00000013070)	ACKR3 (ENSPTRG00000013071)	COPS8 (ENSPTRG00000049076)	COL6A3 (ENSPTRG00000013074)	MLPH (ENSPTRG00000013075)	PRLH (ENSPTRG00000045686)	RAB17 (ENSPTRG00000013076)	LRRFIP1 (ENSPTRG00000013077)	RBM44 (ENSPTRG00000013078)	RAMP1 (ENSPTRG00000013080)	UBE2F (ENSPTRG00000013081)	SCLY (ENSPTRG00000013082)
Bonobo	MODERN SPECIES	15	KCNJ13 (ENSPPAG00000030260)	NGEF (ENSPPAG00000037852)	NEU2 (ENSPPAG00000037902)	INPP5D (ENSPPAG00000030895)	ATG16L1 (ENSPPAG00000037037)	SAG (ENSPPAG00000016519)	DGKD (ENSPPAG00000044113)	USP40 (ENSPPAG00000044110)	UGT1A3 (ENSPPAG00000044118)	ENSPPAG00000044111	HJURP (ENSPPAG00000037468)	ENSPPAG00000036893	TRPM8 (ENSPPAG00000038881)	SPP2 (ENSPPAG00000030789)	ARL4C (ENSPPAG00000002191)	SH3BP4 (ENSPPAG00000043782) ##22	ENSPPAG00000021065	AGAP1 (ENSPPAG00000036184)	IQCA1 (ENSPPAG00000029032)	ACKR3 (ENSPPAG00000013418)	COPS8 (ENSPPAG00000028390)	ENSPPAG00000038270	MLPH (ENSPPAG00000042394)	PRLH (ENSPPAG00000041641)	RAB17 (ENSPPAG00000041650)	ENSPPAG00000027436	ENSPPAG00000035768	RAMP1 (ENSPPAG00000035665)	UBE2F (ENSPPAG00000041279)	SCLY (ENSPPAG00000035663)	ESPNL (ENSPPAG00000036961)
Human	MODERN SPECIES	11	USP40 (ENSG00000085982)	UGT1A8 (ENSG00000242366)	UGT1A10 (ENSG00000242515)	UGT1A9 (ENSG00000241119)	UGT1A7 (ENSG00000244122)	UGT1A6 (ENSG00000167165)	UGT1A5 (ENSG00000288705)	UGT1A4 (ENSG00000244474)	UGT1A3 (ENSG00000288702)	UGT1A1 (ENSG00000241635)	MROH2A (ENSG00000185038)	HJURP (ENSG00000123485)	TRPM8 (ENSG00000144481)	SPP2 (ENSG00000072080)	ARL4C (ENSG00000188042)	SH3BP4 (ENSG00000130147) ##22	AGAP1 (ENSG00000157985)	GBX2 (ENSG00000168505)	ASB18 (ENSG00000182177)	IQCA1 (ENSG00000132321)	ACKR3 (ENSG00000144476)	COPS8 (ENSG00000198612)	COL6A3 (ENSG00000163359)	MLPH (ENSG00000115648)	PRLH (ENSG00000071677)	RAB17 (ENSG00000124839)	LRRFIP1 (ENSG00000124831)	RBM44 (ENSG00000177483)	RAMP1 (ENSG00000132329)	UBE2F (ENSG00000184182)	SCLY (ENSG00000132330)
Orangutan	MODERN SPECIES	15	NGEF (ENSPPYG00000013287)	NEU2 (ENSPPYG00000035784)	INPP5D (ENSPPYG00000013288)	ATG16L1 (ENSPPYG00000013289)	SAG (ENSPPYG00000013290)	DGKD (ENSPPYG00000013291)	USP40 (ENSPPYG00000013292)	UGT1A3 (ENSPPYG00000013293)	ENSPPYG00000037449	MROH2A (ENSPPYG00000013295)	HJURP (ENSPPYG00000013296)	ENSPPYG00000037075	TRPM8 (ENSPPYG00000013297)	SPP2 (ENSPPYG00000013298)	ARL4C (ENSPPYG00000036860)	SH3BP4 (ENSPPYG00000013300) ##22	ENSPPYG00000041671	ENSPPYG00000013301	GBX2 (ENSPPYG00000037858)	ASB18 (ENSPPYG00000035182)	IQCA1 (ENSPPYG00000013305)	ACKR3 (ENSPPYG00000013307)	COPS8 (ENSPPYG00000013308)	COL6A3 (ENSPPYG00000013309)	MLPH (ENSPPYG00000013310)	PRLH (ENSPPYG00000013311)	RAB17 (ENSPPYG00000013312)	ENSPPYG00000013313	RBM44 (ENSPPYG00000031452)	RAMP1 (ENSPPYG00000030772)	UBE2F (ENSPPYG00000013315)
Gibbon	MODERN SPECIES	14	SNORC (ENSNLEG00000014403)	NGEF (ENSNLEG00000014408)	NEU2 (ENSNLEG00000014420)	INPP5D (ENSNLEG00000008201)	ATG16L1 (ENSNLEG00000008221)	SAG (ENSNLEG00000008337)	DGKD (ENSNLEG00000008355)	ENSNLEG00000008375	UGT1A4 (ENSNLEG00000008395)	ENSNLEG00000033601	ENSNLEG00000008474	HJURP (ENSNLEG00000008476)	ENSNLEG00000008495	TRPM8 (ENSNLEG00000008497)	SPP2 (ENSNLEG00000008531)	SH3BP4 (ENSNLEG00000008547) ##22	ENSNLEG00000010626	GBX2 (ENSNLEG00000010647)	ASB18 (ENSNLEG00000010665)	IQCA1 (ENSNLEG00000010671)	ACKR3 (ENSNLEG00000010701)	ENSNLEG00000010706	COL6A3 (ENSNLEG00000010790)	MLPH (ENSNLEG00000011006)	PRLH (ENSNLEG00000011050)	RAB17 (ENSNLEG00000011056)	ENSNLEG00000004742	ENSNLEG00000011097	RBM44 (ENSNLEG00000011111)	RAMP1 (ENSNLEG00000011146)	UBE2F (ENSNLEG00000011152)
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000162757.e.b.b	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757.e.a	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00910000147209	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b.e.a	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.m.a.c
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000162757.e.b.b	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757.e.a	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00910000147209	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b.e.a	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.m.a.c
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757.e.a	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00910000147209	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00910000147210	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b.e.a	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757.e.a	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00910000147209	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00910000147210	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b.e.a	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	525	SNORC (ENSMNEG00000016058)	NGEF (ENSMNEG00000035677)	NEU2 (ENSMNEG00000028399)	INPP5D (ENSMNEG00000028451)	ATG16L1 (ENSMNEG00000030017)	SAG (ENSMNEG00000041266)	DGKD (ENSMNEG00000044349)	USP40 (ENSMNEG00000005725)	ENSMNEG00000040610	UGT1A1 (ENSMNEG00000029757)	MROH2A (ENSMNEG00000007484)	HJURP (ENSMNEG00000040615)	TRPM8 (ENSMNEG00000035109)	SPP2 (ENSMNEG00000034902)	ARL4C (ENSMNEG00000031224)	SH3BP4 (ENSMNEG00000039881) ##22	ENSMNEG00000037145	AGAP1 (ENSMNEG00000028819)	GBX2 (ENSMNEG00000036580)	ENSMNEG00000044531	ASB18 (ENSMNEG00000029927)	IQCA1 (ENSMNEG00000039533)	ACKR3 (ENSMNEG00000008100)	COPS8 (ENSMNEG00000044205)	ENSMNEG00000019117	COL6A3 (ENSMNEG00000036597)	MLPH (ENSMNEG00000032948)	PRLH (ENSMNEG00000028766)	RAB17 (ENSMNEG00000030785)	ENSMNEG00000034659	RBM44 (ENSMNEG00000042905)
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000166673.d.a.a.a.a.b	ENSGT00940000162757.f	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000161627.a.a.a.b.b.b.a.a.b.c.a.b	ENSGT01080000257484.C	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000167556.b.b.a.b.a.a.a.b.b.b.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT01100000263539.b.a.a.a.a.a.a.a.b.b.b.a.b.a.a.a	ENSGT00940000154793.C.`b.a	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00910000147210	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b.e.a
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	3	ATG16L1 (ENSMFAG00000037545)	SAG (ENSMFAG00000045450)	DGKD (ENSMFAG00000002861)	USP40 (ENSMFAG00000036495)	UGT1A8 (ENSMFAG00000042349)	ENSMFAG00000056186	ENSMFAG00000039060	MROH2A (ENSMFAG00000045490)	HJURP (ENSMFAG00000000886)	ENSMFAG00000050196	TRPM8 (ENSMFAG00000043208)	SPP2 (ENSMFAG00000044433)	ENSMFAG00000062028	ENSMFAG00000049398	ENSMFAG00000045232	SH3BP4 (ENSMFAG00000038422) ##22	ENSMFAG00000062617	ENSMFAG00000056989	ENSMFAG00000050981	ENSMFAG00000038629	GBX2 (ENSMFAG00000031863)	ASB18 (ENSMFAG00000042948)	IQCA1 (ENSMFAG00000046217)	ACKR3 (ENSMFAG00000029542)	COPS8 (ENSMFAG00000043944)	ENSMFAG00000030220	COL6A3 (ENSMFAG00000043048)	MLPH (ENSMFAG00000040090)	PRLH (ENSMFAG00000043339)	RAB17 (ENSMFAG00000036950)	ENSMFAG00000035972
Rhesus	MODERN SPECIES	3	INPP5D (ENSMMUG00000009772)	ATG16L1 (ENSMMUG00000023358)	SAG (ENSMMUG00000023359)	DGKD (ENSMMUG00000005646)	USP40 (ENSMMUG00000005650)	UGT1A1 (ENSMMUG00000021216)	ENSMMUG00000064188	MROH2A (ENSMMUG00000021219)	HJURP (ENSMMUG00000021221)	ENSMMUG00000060899	TRPM8 (ENSMMUG00000046155)	SPP2 (ENSMMUG00000012173)	ENSMMUG00000056429	ENSMMUG00000054595	ARL4C (ENSMMUG00000011516)	SH3BP4 (ENSMMUG00000013808) ##22	ENSMMUG00000064161	ENSMMUG00000050921	AGAP1 (ENSMMUG00000009346)	GBX2 (ENSMMUG00000005911)	IQCA1 (ENSMMUG00000017404)	ACKR3 (ENSMMUG00000060487)	COPS8 (ENSMMUG00000021605)	COL6A3 (ENSMMUG00000014049)	MLPH (ENSMMUG00000012089)	PRLH (ENSMMUG00000050714)	RAB17 (ENSMMUG00000012094)	LRRFIP1 (ENSMMUG00000003386)	RBM44 (ENSMMUG00000008908)	ENSMMUG00000063771	RAMP1 (ENSMMUG00000052071)
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000162757.e.b.b	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00910000147209	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00910000147210	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b.e.a	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757.e.a	ENSGT00940000162757.e.b.b	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00910000147209	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00910000147210	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b.e.a	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224
Drill	MODERN SPECIES	784	NEU2 (ENSMLEG00000008037)	INPP5D (ENSMLEG00000037654)	ATG16L1 (ENSMLEG00000028574)	SAG (ENSMLEG00000037213)	DGKD (ENSMLEG00000043481)	USP40 (ENSMLEG00000033899)	UGT1A5 (ENSMLEG00000033333)	ENSMLEG00000029773	ENSMLEG00000038711	MROH2A (ENSMLEG00000043616)	HJURP (ENSMLEG00000040399)	ENSMLEG00000036363	TRPM8 (ENSMLEG00000021173)	SPP2 (ENSMLEG00000037361)	ARL4C (ENSMLEG00000027620)	SH3BP4 (ENSMLEG00000037429) ##22	ENSMLEG00000036559	AGAP1 (ENSMLEG00000034856)	ASB18 (ENSMLEG00000037239)	ENSMLEG00000036860	IQCA1 (ENSMLEG00000036394)	ACKR3 (ENSMLEG00000000234)	COPS8 (ENSMLEG00000036293)	ENSMLEG00000017370	COL6A3 (ENSMLEG00000030027)	MLPH (ENSMLEG00000034413)	PRLH (ENSMLEG00000040440)	RAB17 (ENSMLEG00000041001)	ENSMLEG00000038517	RBM44 (ENSMLEG00000007850)	RAMP1 (ENSMLEG00000029626)
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	107								ENSCATG00000042377	ENSCATG00000042272	UGT1A1 (ENSCATG00000000047)	MROH2A (ENSCATG00000029168)	HJURP (ENSCATG00000033953)	TRPM8 (ENSCATG00000032320)	SPP2 (ENSCATG00000024118)	ARL4C (ENSCATG00000041801)	SH3BP4 (ENSCATG00000036213) ##22	ENSCATG00000035957	AGAP1 (ENSCATG00000029896)	GBX2 (ENSCATG00000034521)	ENSCATG00000040015	ASB18 (ENSCATG00000033942)	IQCA1 (ENSCATG00000008806)	ACKR3 (ENSCATG00000021636)	COPS8 (ENSCATG00000033600)	ENSCATG00000020622	COL6A3 (ENSCATG00000036982)	MLPH (ENSCATG00000044238)	PRLH (ENSCATG00000034916)	RAB17 (ENSCATG00000030578)	ENSCATG00000040003	RBM44 (ENSCATG00000020323)
Olive baboon	MODERN SPECIES	1	NEU2 (ENSPANG00000015222)	INPP5D (ENSPANG00000019973)	ATG16L1 (ENSPANG00000024161)	SAG (ENSPANG00000008753)	DGKD (ENSPANG00000017057)	ENSPANG00000025666	ENSPANG00000040648	UGT1A4 (ENSPANG00000018059)	ENSPANG00000032206	ENSPANG00000030852	MROH2A (ENSPANG00000018452)	HJURP (ENSPANG00000015124)	TRPM8 (ENSPANG00000024755)	SPP2 (ENSPANG00000019534)	ARL4C (ENSPANG00000047505)	SH3BP4 (ENSPANG00000005413) ##22	ENSPANG00000047269	AGAP1 (ENSPANG00000011986)	GBX2 (ENSPANG00000017536)	ASB18 (ENSPANG00000005054)	IQCA1 (ENSPANG00000014732)	ACKR3 (ENSPANG00000007800)	COPS8 (ENSPANG00000011780)	COL6A3 (ENSPANG00000006369)	MLPH (ENSPANG00000018132)	PRLH (ENSPANG00000005973)	ENSPANG00000041795	RAB17 (ENSPANG00000037034)	ENSPANG00000017841	RBM44 (ENSPANG00000010319)	RAMP1 (ENSPANG00000051374)
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	1	NEU2 (ENSCSAG00000006383)	INPP5D (ENSCSAG00000006368)	ATG16L1 (ENSCSAG00000006363)	SAG (ENSCSAG00000006351)	DGKD (ENSCSAG00000006335)	USP40 (ENSCSAG00000006323)	ENSCSAG00000006311	UGT1A5 (ENSCSAG00000006310)	ENSCSAG00000006305	MROH2A (ENSCSAG00000006299)	HJURP (ENSCSAG00000006286)	ENSCSAG00000018793	TRPM8 (ENSCSAG00000006269)	SPP2 (ENSCSAG00000006237)	ARL4C (ENSCSAG00000018795)	SH3BP4 (ENSCSAG00000006235) ##22	AGAP1 (ENSCSAG00000006230)	ENSCSAG00000006225	GBX2 (ENSCSAG00000006222)	ASB18 (ENSCSAG00000006216)	IQCA1 (ENSCSAG00000006204)	ACKR3 (ENSCSAG00000018797)	ENSCSAG00000006174	COL6A3 (ENSCSAG00000006162)	ENSCSAG00000018799	MLPH (ENSCSAG00000006137)	PRLH (ENSCSAG00000006132)	RAB17 (ENSCSAG00000006115)	LRRFIP1 (ENSCSAG00000006108)	RBM44 (ENSCSAG00000006098)	RAMP1 (ENSCSAG00000006090)
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	45								ENSGT00940000162757.e.b.b	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00910000147209	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b.e.a	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.m.a.d
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1152														SPP2 (ENSRROG00000028127)	ARL4C (ENSRROG00000029871)	SH3BP4 (ENSRROG00000031461) ##22	ENSRROG00000034551	AGAP1 (ENSRROG00000036190)	GBX2 (ENSRROG00000035138)	ASB18 (ENSRROG00000011244)	IQCA1 (ENSRROG00000039851)
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1007								ENSRBIG00000027870	ENSRBIG00000038698	UGT1A5 (ENSRBIG00000044273)	MROH2A (ENSRBIG00000041109)	HJURP (ENSRBIG00000037337)	ENSRBIG00000038620	TRPM8 (ENSRBIG00000038917)	SPP2 (ENSRBIG00000044900)	SH3BP4 (ENSRBIG00000042776) ##22	ENSRBIG00000033516	AGAP1 (ENSRBIG00000029245)	GBX2 (ENSRBIG00000033693)	ASB18 (ENSRBIG00000025110)	IQCA1 (ENSRBIG00000030471)	ACKR3 (ENSRBIG00000029465)	COPS8 (ENSRBIG00000042564)	COL6A3 (ENSRBIG00000036666)	MLPH (ENSRBIG00000024938)	PRLH (ENSRBIG00000039354)	ENSRBIG00000029451	RAB17 (ENSRBIG00000024090)	ENSRBIG00000041081	RBM44 (ENSRBIG00000027703)	RAMP1 (ENSRBIG00000027122)
Platyrrhini	DUPLICATION
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013151.a.a.c ##22
Mas night monkey	MODERN SPECIES	940	GIGYF2 (ENSANAG00000038425)	SNORC (ENSANAG00000021552)	NGEF (ENSANAG00000024538)	NEU2 (ENSANAG00000037129)	INPP5D (ENSANAG00000036916)	ATG16L1 (ENSANAG00000035256)	SAG (ENSANAG00000026665)	DGKD (ENSANAG00000033065)	USP40 (ENSANAG00000036897)	ENSANAG00000035564	HJURP (ENSANAG00000026897)	ENSANAG00000026908	TRPM8 (ENSANAG00000026214)	SPP2 (ENSANAG00000037484)	ARL4C (ENSANAG00000038361)	ENSANAG00000036206 ##22	ENSANAG00000019899	AGAP1 (ENSANAG00000033262)	GBX2 (ENSANAG00000028606)	ASB18 (ENSANAG00000038140)	IQCA1 (ENSANAG00000014576)	ACKR3 (ENSANAG00000008341)	COPS8 (ENSANAG00000036385)	COL6A3 (ENSANAG00000020236)	MLPH (ENSANAG00000037808)	PRLH (ENSANAG00000030046)	ENSANAG00000037953	ENSANAG00000021311	RBM44 (ENSANAG00000037356)	RAMP1 (ENSANAG00000036130)
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013151.a.a.c ##22
Marmoset	MODERN SPECIES	18	NEU2 (ENSCJAG00000013977)	INPP5D (ENSCJAG00000013979)	ATG16L1 (ENSCJAG00000013995)	SAG (ENSCJAG00000014018)	ENSCJAG00000014047	USP40 (ENSCJAG00000014074)	UGT1A1 (ENSCJAG00000014130)	ENSCJAG00000075786	HJURP (ENSCJAG00000014161)	ENSCJAG00000063077	TRPM8 (ENSCJAG00000014167)	SPP2 (ENSCJAG00000071680)	ENSCJAG00000079474	ARL4C (ENSCJAG00000042179)	ENSCJAG00000072928	SH3BP4 (ENSCJAG00000014272) ##22	ENSCJAG00000079787	ENSCJAG00000086812	ENSCJAG00000063144	ENSCJAG00000075736	AGAP1 (ENSCJAG00000004382)	GBX2 (ENSCJAG00000004419)	ASB18 (ENSCJAG00000004432)	IQCA1 (ENSCJAG00000004446)	ACKR3 (ENSCJAG00000022033)	COPS8 (ENSCJAG00000040503)	COL6A3 (ENSCJAG00000002226)	MLPH (ENSCJAG00000076633)	PRLH (ENSCJAG00000002208)	ENSCJAG00000076425	ENSCJAG00000000491
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a.d ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.m.b.a	ENSGT00940000157773
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a.d ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.m.b.a	ENSGT00940000157773
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00950000182965.b.eb.a	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a.d ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.m.b.a.b	ENSGT00940000157773
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	128	NEU2 (ENSSBOG00000002380)	INPP5D (ENSSBOG00000028279)	ATG16L1 (ENSSBOG00000024084)	ENSSBOG00000021489	SAG (ENSSBOG00000030092)	DGKD (ENSSBOG00000032101)	USP40 (ENSSBOG00000034189)	ENSSBOG00000030178	ENSSBOG00000031447	MROH2A (ENSSBOG00000018561)	HJURP (ENSSBOG00000019880)	ENSSBOG00000025162	TRPM8 (ENSSBOG00000027957)	SPP2 (ENSSBOG00000032899)	ARL4C (ENSSBOG00000033162)	SH3BP4 (ENSSBOG00000034258) ##22	AGAP1 (ENSSBOG00000033198)	ASB18 (ENSSBOG00000029537)	IQCA1 (ENSSBOG00000029838)	ACKR3 (ENSSBOG00000024133)	COPS8 (ENSSBOG00000031570)	COL6A3 (ENSSBOG00000029543)	MLPH (ENSSBOG00000031086)	PRLH (ENSSBOG00000032702)	RAB17 (ENSSBOG00000002460)	ENSSBOG00000021844	RBM44 (ENSSBOG00000020250)	RAMP1 (ENSSBOG00000034673)	ENSSBOG00000020844	SCLY (ENSSBOG00000033368)	ESPNL (ENSSBOG00000028721)
Capuchin	MODERN SPECIES	106	NGEF (ENSCCAG00000027293)	NEU2 (ENSCCAG00000032487)	INPP5D (ENSCCAG00000019399)	ATG16L1 (ENSCCAG00000007793)	SAG (ENSCCAG00000019531)	DGKD (ENSCCAG00000031333)	USP40 (ENSCCAG00000026284)	ENSCCAG00000024565	ENSCCAG00000033013	MROH2A (ENSCCAG00000027970)	HJURP (ENSCCAG00000036106)	ENSCCAG00000026708	TRPM8 (ENSCCAG00000022541)	SPP2 (ENSCCAG00000024513)	ARL4C (ENSCCAG00000024558)	SH3BP4 (ENSCCAG00000020741) ##22	AGAP1 (ENSCCAG00000036651)	GBX2 (ENSCCAG00000031985)	ASB18 (ENSCCAG00000024264)	IQCA1 (ENSCCAG00000034378)	ACKR3 (ENSCCAG00000013268)	COPS8 (ENSCCAG00000036165)	COL6A3 (ENSCCAG00000037000)	MLPH (ENSCCAG00000024406)	PRLH (ENSCCAG00000022877)	RAB17 (ENSCCAG00000024584)	ENSCCAG00000003358	RBM44 (ENSCCAG00000032705)	RAMP1 (ENSCCAG00000032734)	ENSCCAG00000004088	SCLY (ENSCCAG00000024192)
Mas night monkey	MODERN SPECIES	581	ENSANAG00000019607	SHC3 (ENSANAG00000030272)	SECISBP2 (ENSANAG00000028208)	SEMA4D (ENSANAG00000022806)	GADD45G (ENSANAG00000021164)	ENSANAG00000036499	ENSANAG00000027285	ENSANAG00000028123	ENSANAG00000027952	ENSANAG00000036162	ENSANAG00000013896	ZNF658 (ENSANAG00000022878)	ENSANAG00000032157	ENSANAG00000038173	ENSANAG00000030746	ENSANAG00000023494 ##22	ENSANAG00000024779	ENSANAG00000030517	ENSANAG00000013711	ENSANAG00000033528	MFSD14B (ENSANAG00000027530)
Tarsier	MODERN SPECIES	3595															ENSTSYG00000036574	SH3BP4 (ENSTSYG00000030352) ##22
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	80								ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	196															ARL4C (ENSPSMG00000015570)	SH3BP4 (ENSPSMG00000015563) ##22	AGAP1 (ENSPSMG00000015260)	GBX2 (ENSPSMG00000014982)	ASB18 (ENSPSMG00000014970)	IQCA1 (ENSPSMG00000014961)	ACKR3 (ENSPSMG00000014942)	COPS8 (ENSPSMG00000014918)	COL6A3 (ENSPSMG00000014666)	MLPH (ENSPSMG00000014212)	PRLH (ENSPSMG00000014161)	RAB17 (ENSPSMG00000014157)
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	419										UGT1A1 (ENSPCOG00000021463)	MROH2A (ENSPCOG00000017544)	HJURP (ENSPCOG00000025953)	TRPM8 (ENSPCOG00000022642)	SPP2 (ENSPCOG00000007506)	ARL4C (ENSPCOG00000028187)	SH3BP4 (ENSPCOG00000001218) ##22	AGAP1 (ENSPCOG00000018131)	GBX2 (ENSPCOG00000018530)	ASB18 (ENSPCOG00000021286)	IQCA1 (ENSPCOG00000014907)	ACKR3 (ENSPCOG00000003989)	COPS8 (ENSPCOG00000027995)	COL6A3 (ENSPCOG00000028385)	MLPH (ENSPCOG00000028337)	PRLH (ENSPCOG00000022175)	RAB17 (ENSPCOG00000016444)	LRRFIP1 (ENSPCOG00000024174)	RBM44 (ENSPCOG00000020553)	RAMP1 (ENSPCOG00000004479)	ENSPCOG00000004278	SCLY (ENSPCOG00000028757)
Mouse lemur	MODERN SPECIES	30	NGEF (ENSMICG00000006727)	NEU2 (ENSMICG00000037724)	INPP5D (ENSMICG00000006753)	ATG16L1 (ENSMICG00000010261)	SAG (ENSMICG00000010273)	DGKD (ENSMICG00000010285)	ENSMICG00000045220	ENSMICG00000045171	ENSMICG00000042700	MROH2A (ENSMICG00000014627)	HJURP (ENSMICG00000014679)	TRPM8 (ENSMICG00000014693)	SPP2 (ENSMICG00000028114)	ARL4C (ENSMICG00000017503)	ENSMICG00000034713	SH3BP4 (ENSMICG00000004598) ##22	AGAP1 (ENSMICG00000008660)	GBX2 (ENSMICG00000028176)	ASB18 (ENSMICG00000042020)	IQCA1 (ENSMICG00000008062)	ACKR3 (ENSMICG00000008095)	ENSMICG00000000206	ENSMICG00000047235	ENSMICG00000017470	RTP5 (ENSMICG00000045438)	PDCD1 (ENSMICG00000032951)	NEU4 (ENSMICG00000034826)	GAL3ST2 (ENSMICG00000016500)	D2HGDH (ENSMICG00000016497)	ING5 (ENSMICG00000028191)	DTYMK (ENSMICG00000013135)
Bushbaby	MODERN SPECIES	388										MROH2A (ENSOGAG00000014908)	HJURP (ENSOGAG00000014928)	ENSOGAG00000027259	TRPM8 (ENSOGAG00000013442)	SPP2 (ENSOGAG00000013450)	ARL4C (ENSOGAG00000034868)	SH3BP4 (ENSOGAG00000014779) ##22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00960000189764	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Glires	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00960000189764.b	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00960000189764.b	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a.h	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00960000189764.b	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a.h	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Golden Hamster	MODERN SPECIES	741	Gigyf2 (ENSMAUG00000020908)	Snorc (ENSMAUG00000019733)	ENSMAUG00000016226	Neu2 (ENSMAUG00000011638)	Inpp5d (ENSMAUG00000007862)	Atg16l1 (ENSMAUG00000000887)	Sag (ENSMAUG00000009306)	ENSMAUG00000013820	ENSMAUG00000018423	Dnajb3 (ENSMAUG00000006882)	Ugt1a1 (ENSMAUG00000003905)	Mroh2a (ENSMAUG00000019179)	Hjurp (ENSMAUG00000017670)	ENSMAUG00000020036	Spp2 (ENSMAUG00000019000)	Sh3bp4 (ENSMAUG00000015955) ##22	Agap1 (ENSMAUG00000013197)	Gbx2 (ENSMAUG00000021102)	Asb18 (ENSMAUG00000011343)	Iqca (ENSMAUG00000012478)	Ackr3 (ENSMAUG00000001290)	Cops8 (ENSMAUG00000016566)	Col6a3 (ENSMAUG00000018474)	Mlph (ENSMAUG00000012730)	Prlh (ENSMAUG00000007380)	Rab17 (ENSMAUG00000000642)	ENSMAUG00000008054	Rbm44 (ENSMAUG00000022041)	Ramp1 (ENSMAUG00000013655)	ENSMAUG00000011807	Ube2f (ENSMAUG00000016797)
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	1	Ngef (ENSCGRG00001001643)	NEU2 (ENSCGRG00001023529)	Inpp5d (ENSCGRG00001023640)	Atg16l1 (ENSCGRG00001024596)	Sag (ENSCGRG00001024487)	Dgkd (ENSCGRG00001024793)	Usp40 (ENSCGRG00001007804)	ENSCGRG00001000882	Dnajb3 (ENSCGRG00001009691)	Mroh2a (ENSCGRG00001000590)	Hjurp (ENSCGRG00001024392)	Trpm8 (ENSCGRG00001024258)	Spp2 (ENSCGRG00001024730)	Arl4c (ENSCGRG00001010866)	ENSCGRG00001024628	Sh3bp4 (ENSCGRG00001009956) ##22	ENSCGRG00001024137	ENSCGRG00001009648	Agap1 (ENSCGRG00001001480)	Gbx2 (ENSCGRG00001024158)	Asb18 (ENSCGRG00001024506)	Iqca (ENSCGRG00001024459)	Ackr3 (ENSCGRG00001010122)	Cops8 (ENSCGRG00001024515)	Col6a3 (ENSCGRG00001024539)	ENSCGRG00001024654	Rbm44 (ENSCGRG00001001293)	Ramp1 (ENSCGRG00001024580)	ENSCGRG00001010672	Scly (ENSCGRG00001024710)	Espnl (ENSCGRG00001024719)
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a.h	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00960000189764.b	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	4	Inpp5d (ENSPEMG00000007040)	Atg16l1 (ENSPEMG00000008155)	Sag (ENSPEMG00000004231)	Dgkd (ENSPEMG00000009119)	Usp40 (ENSPEMG00000013853)	Ugt1a1 (ENSPEMG00000023160)	ENSPEMG00000031422	Dnajb3 (ENSPEMG00000002492)	Mroh2a (ENSPEMG00000015776)	ENSPEMG00000021817	ENSPEMG00000025738	Trpm8 (ENSPEMG00000022258)	Spp2 (ENSPEMG00000024148)	ENSPEMG00000026110	Arl4c (ENSPEMG00000006610)	Sh3bp4 (ENSPEMG00000022888) ##22	ENSPEMG00000028272	Agap1 (ENSPEMG00000021872)	Gbx2 (ENSPEMG00000024862)	Asb18 (ENSPEMG00000021968)	Iqca (ENSPEMG00000023730)	Ackr3 (ENSPEMG00000022737)	Cops8 (ENSPEMG00000022562)	Col6a3 (ENSPEMG00000023168)	Mlph (ENSPEMG00000010755)	Prlh (ENSPEMG00000022011)	Rab17 (ENSPEMG00000022598)	ENSPEMG00000022605	Rbm44 (ENSPEMG00000022866)	Ramp1 (ENSPEMG00000030486)	Ube2f (ENSPEMG00000023549)
Prairie vole	MODERN SPECIES	354	Snorc (ENSMOCG00000001806)	Ngef (ENSMOCG00000019945)	Neu2 (ENSMOCG00000016430)	Inpp5d (ENSMOCG00000020774)	Atg16l1 (ENSMOCG00000022107)	Sag (ENSMOCG00000010548)	Dgkd (ENSMOCG00000013358)	Usp40 (ENSMOCG00000013866)	Dnajb3 (ENSMOCG00000005295)	Ugt1a1 (ENSMOCG00000006377)	Mroh2a (ENSMOCG00000016439)	Hjurp (ENSMOCG00000013256)	Trpm8 (ENSMOCG00000011314)	Spp2 (ENSMOCG00000019546)	Arl4c (ENSMOCG00000006232)	Sh3bp4 (ENSMOCG00000008692) ##22	Agap1 (ENSMOCG00000017793)	Gbx2 (ENSMOCG00000000815)	ENSMOCG00000022588	Asb18 (ENSMOCG00000021264)	Iqca (ENSMOCG00000001121)	Ackr3 (ENSMOCG00000011622)	ENSMOCG00000010460	Col6a3 (ENSMOCG00000012323)	Mlph (ENSMOCG00000002134)	Prlh (ENSMOCG00000018025)	Rab17 (ENSMOCG00000006448)	ENSMOCG00000017590	Rbm44 (ENSMOCG00000001523)	Ramp1 (ENSMOCG00000020434)	Ube2f (ENSMOCG00000015739)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Mus	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976.g	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000162976.f	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00860000136022	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976.g	ENSGT00940000162976.f	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00860000136022	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.q	ENSGT00940000157773
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976.g.b	ENSGT00940000163976.g.a	ENSGT00940000163976.h	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976.g	ENSGT00940000162976.f	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00860000136022	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.q	ENSGT00940000157773
Mouse	MODERN SPECIES		Ugt1a9 (ENSMUSG00000090175)	Ugt1a8 (ENSMUSG00000089675)	Ugt1a7c (ENSMUSG00000090124)	Ugt1a6b (ENSMUSG00000090145)	Ugt1a6a (ENSMUSG00000054545)	Ugt1a5 (ENSMUSG00000089943)	Ugt1a2 (ENSMUSG00000090171)	Dnajb3 (ENSMUSG00000081984)	Ugt1a1 (ENSMUSG00000089960)	Mroh2a (ENSMUSG00000079429)	Hjurp (ENSMUSG00000044783)	Trpm8 (ENSMUSG00000036251)	Spp2 (ENSMUSG00000026295)	Glrp1 (ENSMUSG00000062310)	Arl4c (ENSMUSG00000049866)	Sh3bp4 (ENSMUSG00000036206) ##22	Agap1 (ENSMUSG00000055013)	Gbx2 (ENSMUSG00000034486)	Asb18 (ENSMUSG00000067081)	Iqca (ENSMUSG00000026301)	Ackr3 (ENSMUSG00000044337)	Cops8 (ENSMUSG00000034432)	Col6a3 (ENSMUSG00000048126)	Mlph (ENSMUSG00000026303)	Prlh (ENSMUSG00000090550)	Rab17 (ENSMUSG00000026304)	Lrrfip1 (ENSMUSG00000026305)	Rbm44 (ENSMUSG00000070732)	Ramp1 (ENSMUSG00000034353)	Ube2f (ENSMUSG00000034343)	Scly (ENSMUSG00000026307)
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976.g.a	ENSGT00940000163976.h	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976.g	ENSGT00940000162976.f	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00860000136022	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.q	ENSGT00940000157773
spretus	MODERN SPECIES		Ugt1a9 (MGP_SPRETEiJ_G0015192)	Ugt1a8 (MGP_SPRETEiJ_G0015193)	MGP_SPRETEiJ_G0015194	MGP_SPRETEiJ_G0015196	MGP_SPRETEiJ_G0015195	Ugt1a5 (MGP_SPRETEiJ_G0015197)	Ugt1a2 (MGP_SPRETEiJ_G0015198)	Dnajb3 (MGP_SPRETEiJ_G0015199)	Ugt1a1 (MGP_SPRETEiJ_G0015200)	Mroh2a (MGP_SPRETEiJ_G0015201)	Hjurp (MGP_SPRETEiJ_G0015202)	Trpm8 (MGP_SPRETEiJ_G0015203)	Spp2 (MGP_SPRETEiJ_G0015204)	MGP_SPRETEiJ_G0015205	Arl4c (MGP_SPRETEiJ_G0015206)	Sh3bp4 (MGP_SPRETEiJ_G0015207) ##22	MGP_SPRETEiJ_G0015208	Gbx2 (MGP_SPRETEiJ_G0015209)	Asb18 (MGP_SPRETEiJ_G0015210)	Iqca (MGP_SPRETEiJ_G0015211)	MGP_SPRETEiJ_G0015212	Cops8 (MGP_SPRETEiJ_G0015213)	Col6a3 (MGP_SPRETEiJ_G0015214)	Mlph (MGP_SPRETEiJ_G0015215)	Prlh (MGP_SPRETEiJ_G0015216)	Rab17 (MGP_SPRETEiJ_G0015217)	Lrrfip1 (MGP_SPRETEiJ_G0015218)	Rbm44 (MGP_SPRETEiJ_G0015219)	Ramp1 (MGP_SPRETEiJ_G0015220)	Ube2f (MGP_SPRETEiJ_G0015221)	Scly (MGP_SPRETEiJ_G0015222)
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3264						Dnajb3 (ENSMSIG00000026596)	Ugt1a1 (ENSMSIG00000026581)	Mroh2a (ENSMSIG00000026486)	ENSMSIG00000026481	Hjurp (ENSMSIG00000026452)	Trpm8 (ENSMSIG00000026361)	Spp2 (ENSMSIG00000026338)	ENSMSIG00000026335	ENSMSIG00000026330	Arl4c (ENSMSIG00000026322)	Sh3bp4 (ENSMSIG00000026285) ##22	ENSMSIG00000026271	Agap1 (ENSMSIG00000026135)	Gbx2 (ENSMSIG00000026131)	Asb18 (ENSMSIG00000026105)	Iqca (ENSMSIG00000026003)	Ackr3 (ENSMSIG00000025992)	Cops8 (ENSMSIG00000025975)	ENSMSIG00000025965	Col6a3 (ENSMSIG00000025643)	Mlph (ENSMSIG00000025599)	Prlh (ENSMSIG00000025590)	ENSMSIG00000025514	Lrrfip1 (ENSMSIG00000025383)	Rbm44 (ENSMSIG00000025367)	ENSMSIG00000025346
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES		MGP_CAROLIEiJ_G0014388	MGP_CAROLIEiJ_G0014389	MGP_CAROLIEiJ_G0014391	MGP_CAROLIEiJ_G0014390	MGP_CAROLIEiJ_G0014392	Ugt1a5 (MGP_CAROLIEiJ_G0014393)	Ugt1a2 (MGP_CAROLIEiJ_G0014394)	Dnajb3 (MGP_CAROLIEiJ_G0014395)	Ugt1a1 (MGP_CAROLIEiJ_G0014396)	MGP_CAROLIEiJ_G0014397	Hjurp (MGP_CAROLIEiJ_G0014398)	Trpm8 (MGP_CAROLIEiJ_G0014399)	Spp2 (MGP_CAROLIEiJ_G0014400)	MGP_CAROLIEiJ_G0014401	Arl4c (MGP_CAROLIEiJ_G0014402)	Sh3bp4 (MGP_CAROLIEiJ_G0014403) ##22	MGP_CAROLIEiJ_G0014404	Gbx2 (MGP_CAROLIEiJ_G0014405)	Asb18 (MGP_CAROLIEiJ_G0014406)	Iqca (MGP_CAROLIEiJ_G0014407)	Ackr3 (MGP_CAROLIEiJ_G0014408)	Cops8 (MGP_CAROLIEiJ_G0014409)	Col6a3 (MGP_CAROLIEiJ_G0014410)	Mlph (MGP_CAROLIEiJ_G0014411)	Prlh (MGP_CAROLIEiJ_G0014412)	Rab17 (MGP_CAROLIEiJ_G0014413)	Lrrfip1 (MGP_CAROLIEiJ_G0014414)	MGP_CAROLIEiJ_G0014415	Ramp1 (MGP_CAROLIEiJ_G0014416)	Ube2f (MGP_CAROLIEiJ_G0014417)	Scly (MGP_CAROLIEiJ_G0014418)
Shrew mouse	MODERN SPECIES	18	Dgkd (MGP_PahariEiJ_G0027624)	Usp40 (MGP_PahariEiJ_G0027625)	MGP_PahariEiJ_G0027626	MGP_PahariEiJ_G0027627	MGP_PahariEiJ_G0027628	MGP_PahariEiJ_G0027629	Ugt1a2 (MGP_PahariEiJ_G0027630)	Dnajb3 (MGP_PahariEiJ_G0027631)	Ugt1a1 (MGP_PahariEiJ_G0027632)	Mroh2a (MGP_PahariEiJ_G0027633)	Hjurp (MGP_PahariEiJ_G0027634)	Trpm8 (MGP_PahariEiJ_G0027635)	Spp2 (MGP_PahariEiJ_G0027636)	MGP_PahariEiJ_G0027637	Arl4c (MGP_PahariEiJ_G0027638)	Sh3bp4 (MGP_PahariEiJ_G0027639) ##22	MGP_PahariEiJ_G0027640	Gbx2 (MGP_PahariEiJ_G0027641)	Asb18 (MGP_PahariEiJ_G0027642)	Iqca (MGP_PahariEiJ_G0027643)	Ackr3 (MGP_PahariEiJ_G0027644)	Cops8 (MGP_PahariEiJ_G0027645)	Col6a3 (MGP_PahariEiJ_G0027646)	Mlph (MGP_PahariEiJ_G0027647)	MGP_PahariEiJ_G0027648	MGP_PahariEiJ_G0027649	Lrrfip1 (MGP_PahariEiJ_G0027650)	Rbm44 (MGP_PahariEiJ_G0027651)	Ramp1 (MGP_PahariEiJ_G0027652)	MGP_PahariEiJ_G0027653	Scly (MGP_PahariEiJ_G0027654)
Rat	MODERN SPECIES	19	Ngef (ENSRNOG00000016653)	AABR07068274.1 (ENSRNOG00000053030)	Neu2 (ENSRNOG00000016962)	Inpp5d (ENSRNOG00000017020)	Atg16l1 (ENSRNOG00000017913)	Sag (ENSRNOG00000018185)	Dgkd (ENSRNOG00000023238)	Usp40 (ENSRNOG00000018395)	Ugt1a8 (ENSRNOG00000018740)	Dnajb3 (ENSRNOG00000023172)	Mroh2a (ENSRNOG00000042182)	Hjurp (ENSRNOG00000022911)	Trpm8 (ENSRNOG00000019035)	Spp2 (ENSRNOG00000053244)	Arl4c (ENSRNOG00000069663)	Sh3bp4 (ENSRNOG00000019316) ##22	ENSRNOG00000067510	Agap1 (ENSRNOG00000019476)	Gbx2 (ENSRNOG00000019495)	Asb18 (ENSRNOG00000019557)	Iqca1 (ENSRNOG00000019592)	Ackr3 (ENSRNOG00000019622)	Cops8 (ENSRNOG00000019635)	Col6a3 (ENSRNOG00000019648)	Mlph (ENSRNOG00000019763)	Prlh (ENSRNOG00000019871)	Rab17 (ENSRNOG00000052979)	Lrrfip1 (ENSRNOG00000019892)	Rbm44 (ENSRNOG00000024878)	ENSRNOG00000066608	Ramp1 (ENSRNOG00000019926)
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	908																Sh3bp4 (ENSNGAG00000015274) ##22
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	90	Kcnj13 (ENSJJAG00000019026)	ENSJJAG00000022856	Ngef (ENSJJAG00000016912)	Neu2 (ENSJJAG00000019484)	Inpp5d (ENSJJAG00000022473)	Atg16l1 (ENSJJAG00000015516)	Sag (ENSJJAG00000018663)	Dgkd (ENSJJAG00000017454)	Ugt1a1 (ENSJJAG00000008443)	Mroh2a (ENSJJAG00000016234)	ENSJJAG00000015930	Trpm8 (ENSJJAG00000021473)	Spp2 (ENSJJAG00000019044)	Arl4c (ENSJJAG00000010006)	ENSJJAG00000018097	Sh3bp4 (ENSJJAG00000024353) ##22	Agap1 (ENSJJAG00000013750)	Gbx2 (ENSJJAG00000012862)	Iqca (ENSJJAG00000018469)	Ackr3 (ENSJJAG00000007446)	ENSJJAG00000012612	Col6a3 (ENSJJAG00000022723)	Mlph (ENSJJAG00000016422)	Prlh (ENSJJAG00000010297)	Rab17 (ENSJJAG00000016906)	Lrrfip1 (ENSJJAG00000018949)	ENSJJAG00000021774	Ramp1 (ENSJJAG00000015227)	ENSJJAG00000015457	ENSJJAG00000023531	Steap4 (ENSJJAG00000016754)
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	320	ENSDORG00000029978	ENSDORG00000026631	Neu2 (ENSDORG00000025920)	Inpp5d (ENSDORG00000015370)	Atg16l1 (ENSDORG00000000191)	Sag (ENSDORG00000000192)	Dgkd (ENSDORG00000013135)	ENSDORG00000026319	ENSDORG00000007480	ENSDORG00000024133	ENSDORG00000029743	Mroh2a (ENSDORG00000007483)	Trpm8 (ENSDORG00000001000)	Spp2 (ENSDORG00000025268)	Arl4c (ENSDORG00000028955)	Sh3bp4 (ENSDORG00000008492) ##22	ENSDORG00000028590	ENSDORG00000005374	Gbx2 (ENSDORG00000026040)	Iqca (ENSDORG00000014321)	Ackr3 (ENSDORG00000007573)	ENSDORG00000013459	Col6a3 (ENSDORG00000016705)	Mlph (ENSDORG00000011783)	Prlh (ENSDORG00000015671)	Rab17 (ENSDORG00000028745)	ENSDORG00000013588	Ramp1 (ENSDORG00000024593)	Ube2f (ENSDORG00000009774)	Scly (ENSDORG00000013372)	Espnl (ENSDORG00000013375)
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.y	ENSGT00940000157773
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00900000143236	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.y
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00900000143236	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.y	ENSGT00940000157773
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	160	NGEF (ENSCLAG00000016466)	NEU2 (ENSCLAG00000012674)	INPP5D (ENSCLAG00000015629)	ATG16L1 (ENSCLAG00000010328)	SAG (ENSCLAG00000009439)	DGKD (ENSCLAG00000011641)	USP40 (ENSCLAG00000008763)	ENSCLAG00000011557	ENSCLAG00000014326	ENSCLAG00000011830	MROH2A (ENSCLAG00000016264)	HJURP (ENSCLAG00000012207)	TRPM8 (ENSCLAG00000013665)	SPP2 (ENSCLAG00000016002)	ARL4C (ENSCLAG00000010525)	SH3BP4 (ENSCLAG00000009544) ##22	AGAP1 (ENSCLAG00000015901)	GBX2 (ENSCLAG00000008221)	ENSCLAG00000007670	IQCA1 (ENSCLAG00000008889)	ACKR3 (ENSCLAG00000008658)
Degu	MODERN SPECIES	130	ENSODEG00000019569	NEU2 (ENSODEG00000008947)	INPP5D (ENSODEG00000008216)	ENSODEG00000019603	ATG16L1 (ENSODEG00000008154)	SAG (ENSODEG00000008121)	DGKD (ENSODEG00000008384)	ENSODEG00000019500	ENSODEG00000007995	ENSODEG00000008578	UGT1A6 (ENSODEG00000009095)	MROH2A (ENSODEG00000008630)	TRPM8 (ENSODEG00000012967)	SPP2 (ENSODEG00000008199)	ARL4C (ENSODEG00000019668)	SH3BP4 (ENSODEG00000008911) ##22	AGAP1 (ENSODEG00000009204)	GBX2 (ENSODEG00000008224)	ASB18 (ENSODEG00000008270)	IQCA1 (ENSODEG00000009201)	ACKR3 (ENSODEG00000019748)	COPS8 (ENSODEG00000008319)	COL6A3 (ENSODEG00000008236)	ENSODEG00000009039	MLPH (ENSODEG00000009468)	PRLH (ENSODEG00000010289)	ENSODEG00000010103	ENSODEG00000011179	RBM44 (ENSODEG00000011354)	ENSODEG00000009348	ENSODEG00000008602
Guinea pig	MODERN SPECIES	13	SNORC (ENSCPOG00000023521)	NGEF (ENSCPOG00000013080)	NEU2 (ENSCPOG00000009389)	INPP5D (ENSCPOG00000011364)	ATG16L1 (ENSCPOG00000011372)	SAG (ENSCPOG00000013680)	DGKD (ENSCPOG00000009544)	USP40 (ENSCPOG00000003324)	ENSCPOG00000035407	UGT1A6 (ENSCPOG00000038016)	MROH2A (ENSCPOG00000006472)	ENSCPOG00000004994	Trpm8 (ENSCPOG00000005510)	SPP2 (ENSCPOG00000014773)	ENSCPOG00000038150	SH3BP4 (ENSCPOG00000023889) ##22	AGAP1 (ENSCPOG00000021863)	GBX2 (ENSCPOG00000020471)	ASB18 (ENSCPOG00000008264)	IQCA1 (ENSCPOG00000015228)	ACKR3 (ENSCPOG00000014142)	COPS8 (ENSCPOG00000031921)	COL6A3 (ENSCPOG00000011331)	ENSCPOG00000031355	MLPH (ENSCPOG00000026459)	PRLH (ENSCPOG00000020075)	ENSCPOG00000032081	RAB17 (ENSCPOG00000015131)	LRRFIP1 (ENSCPOG00000006777)	RBM44 (ENSCPOG00000023598)	RAMP1 (ENSCPOG00000026974)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	17	INPP5D (ENSHGLG00000003850)	ATG16L1 (ENSHGLG00000019537)	SAG (ENSHGLG00000007228)	USP40 (ENSHGLG00000009619)	ENSHGLG00000047617	ENSHGLG00000047348	ENSHGLG00000047101	ENSHGLG00000039591	ENSHGLG00000002754	ENSHGLG00000003078	ENSHGLG00000050789	TRPM8 (ENSHGLG00000003296)	SPP2 (ENSHGLG00000003921)	ARL4C (ENSHGLG00000020294)	ENSHGLG00000049334	SH3BP4 (ENSHGLG00000019412) ##22	AGAP1 (ENSHGLG00000019295)	GBX2 (ENSHGLG00000018155)	ASB18 (ENSHGLG00000018519)	IQCA1 (ENSHGLG00000018573)	ACKR3 (ENSHGLG00000008401)	COPS8 (ENSHGLG00000008745)	COL6A3 (ENSHGLG00000012006)	MLPH (ENSHGLG00000002426)	PRLH (ENSHGLG00000002592)	ENSHGLG00000003183	RBM44 (ENSHGLG00000004621)	ENSHGLG00000043226	ENSHGLG00000044706	ENSHGLG00000047734	ENSHGLG00000006249
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b.x.a	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b.x.a	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000157773
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b.x.a	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00390000016508	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349.bb	ENSGT00940000157773
Squirrel	MODERN SPECIES	125	NGEF (ENSSTOG00000025780)	NEU2 (ENSSTOG00000028510)	INPP5D (ENSSTOG00000011273)	ATG16L1 (ENSSTOG00000027288)	SAG (ENSSTOG00000011295)	DGKD (ENSSTOG00000011312)	USP40 (ENSSTOG00000011333)	ENSSTOG00000020425	ENSSTOG00000031804	ENSSTOG00000031047	MROH2A (ENSSTOG00000004577)	ENSSTOG00000033781	TRPM8 (ENSSTOG00000014749)	SPP2 (ENSSTOG00000023763)	ARL4C (ENSSTOG00000023217)	SH3BP4 (ENSSTOG00000016367) ##22	AGAP1 (ENSSTOG00000005826)	GBX2 (ENSSTOG00000010654)	ASB18 (ENSSTOG00000022409)	IQCA1 (ENSSTOG00000010661)	ENSSTOG00000023053	COPS8 (ENSSTOG00000022662)	COL6A3 (ENSSTOG00000002685)	MLPH (ENSSTOG00000019648)	PRLH (ENSSTOG00000024225)	RAB17 (ENSSTOG00000019957)	LRRFIP1 (ENSSTOG00000028433)	RBM44 (ENSSTOG00000008768)	RAMP1 (ENSSTOG00000029736)	ENSSTOG00000014039	SCLY (ENSSTOG00000014054)
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	164								UGT1A1 (ENSUPAG00010020723)	ENSUPAG00010020741	MROH2A (ENSUPAG00010020747)	ENSUPAG00010020787	ENSUPAG00010020812	ENSUPAG00010020817	SPP2 (ENSUPAG00010020834)	ARL4C (ENSUPAG00010020852)	SH3BP4 (ENSUPAG00010020855) ##22	ENSUPAG00010020859	AGAP1 (ENSUPAG00010020866)	GBX2 (ENSUPAG00010020920)	ASB18 (ENSUPAG00010020926)	IQCA1 (ENSUPAG00010020947)	ACKR3 (ENSUPAG00010020966)	COPS8 (ENSUPAG00010020976)	COL6A3 (ENSUPAG00010020987)	MLPH (ENSUPAG00010021088)	PRLH (ENSUPAG00010021113)	RAB17 (ENSUPAG00010021120)	LRRFIP1 (ENSUPAG00010021139)	RBM44 (ENSUPAG00010021290)	RAMP1 (ENSUPAG00010021322)	UBE2F (ENSUPAG00010021329)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	8	SNORC (ENSMMMG00000002441)	NGEF (ENSMMMG00000002453)	NEU2 (ENSMMMG00000002492)	INPP5D (ENSMMMG00000002532)	ATG16L1 (ENSMMMG00000002802)	SAG (ENSMMMG00000003012)	DGKD (ENSMMMG00000003046)	USP40 (ENSMMMG00000003147)	UGT1A6 (ENSMMMG00000003279)	ENSMMMG00000003353	MROH2A (ENSMMMG00000003365)	ENSMMMG00000003423	TRPM8 (ENSMMMG00000003533)	SPP2 (ENSMMMG00000003655)	ARL4C (ENSMMMG00000003661)	SH3BP4 (ENSMMMG00000003701) ##22	AGAP1 (ENSMMMG00000003728)	GBX2 (ENSMMMG00000003792)	ENSMMMG00000003806	IQCA1 (ENSMMMG00000003823)	ENSMMMG00000003861	ENSMMMG00000003879	COPS8 (ENSMMMG00000003891)	COL6A3 (ENSMMMG00000003940)	ENSMMMG00000004550	PRLH (ENSMMMG00000004553)	RAB17 (ENSMMMG00000004563)	ENSMMMG00000004610	RBM44 (ENSMMMG00000004797)	RAMP1 (ENSMMMG00000004869)	UBE2F (ENSMMMG00000004879)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	12	SNORC (ENSSVLG00005017334)	NGEF (ENSSVLG00005017389)	NEU2 (ENSSVLG00005017599)	INPP5D (ENSSVLG00005017670)	ATG16L1 (ENSSVLG00005018238)	SAG (ENSSVLG00005018394)	DGKD (ENSSVLG00005018560)	USP40 (ENSSVLG00005018876)	UGT1A1 (ENSSVLG00005019841)	ENSSVLG00005020320	MROH2A (ENSSVLG00005020369)	ENSSVLG00005020986	TRPM8 (ENSSVLG00005021126)	ENSSVLG00005021538	ARL4C (ENSSVLG00005021610)	SH3BP4 (ENSSVLG00005021655) ##22	ENSSVLG00005021682	AGAP1 (ENSSVLG00005021722)	GBX2 (ENSSVLG00005021888)	ASB18 (ENSSVLG00005021908)	IQCA1 (ENSSVLG00005022036)	ENSSVLG00005022369	COPS8 (ENSSVLG00005022383)	COL6A3 (ENSSVLG00005022505)	ENSSVLG00005022994	ENSSVLG00005023016	PRLH (ENSSVLG00005023077)	ENSSVLG00005023144	ENSSVLG00005023170	ENSSVLG00005023224	RBM44 (ENSSVLG00005023463)
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	137	ENSGT00390000008993	ENSGT01030000234571.b.b.a.a.a	ENSGT00950000182944.B.b	ENSGT00940000156202.a	ENSGT00940000153936.a	ENSGT00950000182887.C.b.a	ENSGT00940000159041	ENSGT00940000157267	ENSGT00940000162757	ENSGT00940000162976	ENSGT00940000161309	ENSGT00390000005575	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22
Rabbit	MODERN SPECIES	469	ENSOCUG00000015626	NEU2 (ENSOCUG00000014705)	INPP5D (ENSOCUG00000025954)	ATG16L1 (ENSOCUG00000015285)	SAG (ENSOCUG00000015303)	DGKD (ENSOCUG00000001873)	USP40 (ENSOCUG00000001884)	ENSOCUG00000001570	ENSOCUG00000031606	ENSOCUG00000026870	MROH2A (ENSOCUG00000011162)	ENSOCUG00000011170	TRPM8 (ENSOCUG00000002047)	ENSOCUG00000002056	ARL4C (ENSOCUG00000005758)	SH3BP4 (ENSOCUG00000016982) ##22
Pika	MODERN SPECIES	5865																ENSOPRG00000001530 ##22
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00950000182997.a.b.b.a	ENSGT00940000160683	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160270	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000157267	ENSGT00390000016151	ENSGT00940000157440	ENSGT00940000161996	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000156322.g	ENSGT00940000154793.C.`b.a	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT01100000263477.A.b.a.a.a.a.a.b.b	ENSGT01100000263477.A.b.a.a.a.a.b	ENSGT01100000263477.A.b.a.a.a.a.a.a	ENSGT00390000000977	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839
Opossum	MODERN SPECIES	1	ELN (ENSMODG00000028305)	LIMK1 (ENSMODG00000013846)	EIF4H (ENSMODG00000013851)	CLIP2 (ENSMODG00000013885)	TWIST2 (ENSMODG00000001412)	ENSMODG00000027430	ASB1 (ENSMODG00000002363)	TRAF3IP1 (ENSMODG00000002477)	ENSMODG00000049860	ENSMODG00000045206	ENSMODG00000038112	ENSMODG00000028175 ##28	ENSMODG00000027484 ##28	ENSMODG00000041716	ARL4C (ENSMODG00000023112)	SH3BP4 (ENSMODG00000002867) ##22	ENSMODG00000038703	ENSMODG00000002915	ENSMODG00000007458	ENSMODG00000041638	COPS8 (ENSMODG00000007474)	T2R23 (ENSMODG00000007503)	T2R21 (ENSMODG00000042113)	T2R22 (ENSMODG00000023111)	MODO-T2R28 (ENSMODG00000023110)	T2R26 (ENSMODG00000023109)	T2R27 (ENSMODG00000040964)	ACKR3 (ENSMODG00000023108)	ASB18 (ENSMODG00000038852)	GBX2 (ENSMODG00000007531)	ENSMODG00000007538
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160270	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000163976	ENSGT00940000157267	ENSGT00390000016151	ENSGT00940000157440	ENSGT00940000161996	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000154486.b.a.a.b ##28	ENSGT00940000154486.b.b ##28	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000156322.g	ENSGT00940000154793.C.`b.a	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT01100000263477.A.b.a.a.a.a.a.b.b	ENSGT01100000263477.A.b.a.a.a.a.b	ENSGT01100000263477.A.b.a.a.a.a.a.a.b	ENSGT00390000000977.b	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00950000183138.a.b.a	ENSGT00390000005489	ENSGT00940000161839
Tasmanian devil	MODERN SPECIES	3	ENSSHAG00000004807	ENSSHAG00000003180	ENSSHAG00000000317	UGT1A1 (ENSSHAG00000001438)	ENSSHAG00000004731	ENSSHAG00000005142	HDAC4 (ENSSHAG00000004439)	TWIST2 (ENSSHAG00000003328)	ENSSHAG00000007519	ENSSHAG00000030077	ENSSHAG00000009352	ENSSHAG00000010002 ##28	ENSSHAG00000026060	ENSSHAG00000021326 ##28	ENSSHAG00000029850	SH3BP4 (ENSSHAG00000006764) ##22	ENSSHAG00000030800	AGAP1 (ENSSHAG00000015980)	GBX2 (ENSSHAG00000000902)	ASB18 (ENSSHAG00000015617)	IQCA1 (ENSSHAG00000014949)	ACKR3 (ENSSHAG00000014627)	ENSSHAG00000022713	ENSSHAG00000028762	ENSSHAG00000027746	ENSSHAG00000024689	ENSSHAG00000013714	COPS8 (ENSSHAG00000031168)	COL6A3 (ENSSHAG00000010297)	ENSSHAG00000009549	PRLH (ENSSHAG00000027048)
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	73	ENSGT00730000110871.a.a.a.b	ENSGT00950000182997.a.b.b.a	ENSGT00940000160683	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160270	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00390000016151	ENSGT00940000157440	ENSGT00940000161996	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000154486.b.a.a.b ##28	ENSGT00940000154486.b.b ##28	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT01100000263477.A.b.a.a.a.a.a.b.b
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	70	ENSGT00730000110871.a.a.a.b	ENSGT00950000182997.a.b.b.a	ENSGT00940000160683	ENSGT00940000161997.a	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160270	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00390000016151	ENSGT00940000157440	ENSGT00940000161996	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000154486.b.a.a.b ##28	ENSGT00940000154486.b.b ##28	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154067.c	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT01100000263477.A.b.a.a.a.a.a.b.b.b
Common wonbat	MODERN SPECIES	787								TWIST2 (ENSVURG00010010490)	ASB1 (ENSVURG00010010493)	ENSVURG00010010502	ENSVURG00010010534	ENSVURG00010010536	ENSVURG00010010549 ##28	ENSVURG00010010564 ##28	ARL4C (ENSVURG00010010587)	SH3BP4 (ENSVURG00010010594) ##22	ENSVURG00010010609	ENSVURG00010010616	GBX2 (ENSVURG00010010623)	ASB18 (ENSVURG00010010631)	IQCA1 (ENSVURG00010010657)	ENSVURG00010010702	ACKR3 (ENSVURG00010010709)	ENSVURG00010010721
koala	MODERN SPECIES	262										ENSPCIG00000030738	ASB1 (ENSPCIG00000026382)	TRAF3IP1 (ENSPCIG00000026388)	ENSPCIG00000026391	ENSPCIG00000026395 ##28	ARL4C (ENSPCIG00000003836)	SH3BP4 (ENSPCIG00000011233) ##22	AGAP1 (ENSPCIG00000028818)	ENSPCIG00000028824	GBX2 (ENSPCIG00000037428)	ASB18 (ENSPCIG00000028826)	IQCA1 (ENSPCIG00000028828)
Wallaby	MODERN SPECIES	11103																SH3BP4 (ENSMEUG00000016621) ##22
Platypus	MODERN SPECIES	18	ACADL (ENSOANG00000013488)	MYL1 (ENSOANG00000006278)	LANCL1 (ENSOANG00000011057)	CPS1 (ENSOANG00000011059)	ERBB4 (ENSOANG00000007021)	ENSOANG00000015675	MREG (ENSOANG00000036014)	FN1 (ENSOANG00000006836)	ATIC (ENSOANG00000005769)	ABCA12 (ENSOANG00000012250)	BARD1 (ENSOANG00000048485)	VWC2L (ENSOANG00000012633)	ENSOANG00000050142	ENSOANG00000029131	IKZF2 (ENSOANG00000009330)	SH3BP4 (ENSOANG00000012552) ##22	AGAP1 (ENSOANG00000013415)	GBX2 (ENSOANG00000039901)	ASB18 (ENSOANG00000002384)	ACKR3 (ENSOANG00000003999)	COPS8 (ENSOANG00000047446)	COL6A3 (ENSOANG00000011917)	ENSOANG00000001294	ENSOANG00000014727	RAB17 (ENSOANG00000011498)	ENSOANG00000011499	ENSOANG00000000913	ENSOANG00000048771	UBE2F (ENSOANG00000003208)	ENSOANG00000021828	ARL4C (ENSOANG00000041538)
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00940000161839	ENSGT00390000005489.a	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00940000156462.B	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00390000000977	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00530000063273.b.b	ENSGT00940000178952	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00940000165503	ENSGT00940000161996	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT00940000154486.b.a.a.b ##28	ENSGT00940000154486.b.b ##28	ENSGT00940000155311.B
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000165690	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00940000161839	ENSGT00390000005489.a	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00390000000977	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000160270	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000159677.c.b.a.a	ENSGT00940000159677.c.b.b	ENSGT00940000159677.c.b.a.b	ENSGT00940000178952	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00940000161996	ENSGT00940000157440
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000235116	ENSGT00940000163601	ENSGT00940000162768.B	ENSGT00940000161839	ENSGT00390000005489.a	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00390000000977	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000160270	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000159677.c.b.a.a	ENSGT00940000159677.c.b.b	ENSGT00940000159677.c.b.a.b	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000157267	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00940000161996	ENSGT00940000157440	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00940000165690	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00390000008926	ENSGT00940000155126
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000181461	ENSGT00950000183546	ENSGT00940000162768.B	ENSGT00940000161839	ENSGT00390000005489.a	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00390000000977	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000160270	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000159677.c.b.a.a	ENSGT00940000159677.c.b.b	ENSGT00940000159677.c.b.a.b	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000157267	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00940000161996	ENSGT00940000157440	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00940000165690	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00390000008926	ENSGT00940000155126
Common wall lizard	MODERN SPECIES		ITGB2 (ENSPMRG00000002418)	KMO (ENSPMRG00000002431)	ENSPMRG00000002448	ENSPMRG00000002461	RCBTB2 (ENSPMRG00000002466)	RB1 (ENSPMRG00000002469)	LPAR6 (ENSPMRG00000002480)	ENSPMRG00000002484	ITM2B (ENSPMRG00000002490)	NUDT15 (ENSPMRG00000002501)	MED4 (ENSPMRG00000002508)	SUCLA2 (ENSPMRG00000002516)	LIG4 (ENSPMRG00000002521)	ABHD13 (ENSPMRG00000002528)	TNFSF13B (ENSPMRG00000002536)	SH3BP4 (ENSPMRG00000002553) ##22	ENSPMRG00000002562	ENSPMRG00000002571	USP40 (ENSPMRG00000002581)	TRAF3IP1 (ENSPMRG00000002588)	ASB1 (ENSPMRG00000002598)	ENSPMRG00000002602	ENSPMRG00000002607	ENSPMRG00000002610	TWIST2 (ENSPMRG00000002615)	ENSPMRG00000002621	HDAC4 (ENSPMRG00000002624)	LRRFIP1 (ENSPMRG00000002645)	ENSPMRG00000002666	RAMP1 (ENSPMRG00000002672)	UBE2F (ENSPMRG00000002680)
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	12	ENSSMRG00000020972	RAB17 (ENSSMRG00000020971)	PRLH (ENSSMRG00000020970)	MLPH (ENSSMRG00000020969)	COL6A3 (ENSSMRG00000020968)	COPS8 (ENSSMRG00000020967)	ACKR3 (ENSSMRG00000020962)	IQCA1 (ENSSMRG00000020961)	ASB18 (ENSSMRG00000020959)	GBX2 (ENSSMRG00000020958)	AGAP1 (ENSSMRG00000020957)	ENSSMRG00000020956	ENSSMRG00000020954	ARL4C (ENSSMRG00000020952)	ENSSMRG00000020951	SH3BP4 (ENSSMRG00000020950) ##22	ENSSMRG00000020946	ENSSMRG00000020945	ENSSMRG00000020943	ENSSMRG00000020942	ENSSMRG00000020941	ENSSMRG00000020868	ENSSMRG00000020852	ENSSMRG00000020851	ENSSMRG00000020850	ENSSMRG00000020849	ENSSMRG00000020848	USP40 (ENSSMRG00000020847)	TRAF3IP1 (ENSSMRG00000020846)	ASB1 (ENSSMRG00000020845)	TWIST2 (ENSSMRG00000020843)
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000235116	ENSGT00940000163601	ENSGT00940000162768.B	ENSGT00940000161839	ENSGT00390000005489.a	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00390000000977	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000160270	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000159677.c.b.a.a	ENSGT00940000159677.d	ENSGT00940000157267	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00940000161996	ENSGT00940000165503	ENSGT00940000157440	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00940000165690	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000154349	ENSGT00390000008926	ENSGT00940000155126	ENSGT00390000004553
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01030000235116	ENSGT00940000163601	ENSGT00940000162768.B	ENSGT00950000185272	ENSGT00390000005489.a	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00390000000977	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00970000197610.A	ENSGT00940000160270	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000178952.b	ENSGT00940000159677.c.b.b	ENSGT00940000165503	ENSGT00940000157440	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000165690	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000155126	ENSGT00390000004553	ENSGT00940000157295.g	ENSGT00940000156532.j	ENSGT00720000108792.B	ENSGT00940000155053	ENSGT00940000157137.e
Indian cobra	MODERN SPECIES		FTCD (ENSNNAG00000012835)	COL6A2 (ENSNNAG00000012890)	ENSNNAG00000012914	ENSNNAG00000013062	ENSNNAG00000013103	MLPH (ENSNNAG00000013124)	COL6A3 (ENSNNAG00000013218)	COPS8 (ENSNNAG00000013456)	ACKR3 (ENSNNAG00000013475)	IQCA1 (ENSNNAG00000013491)	GBX2 (ENSNNAG00000013633)	ENSNNAG00000013714	ENSNNAG00000014442	TRPM8 (ENSNNAG00000014583)	ARL4C (ENSNNAG00000016424)	SH3BP4 (ENSNNAG00000016430) ##22	ENSNNAG00000016434	UGT1A1 (ENSNNAG00000016458)	ENSNNAG00000016536	HDAC4 (ENSNNAG00000016586)	RAMP1 (ENSNNAG00000016973)	LRRFIP1 (ENSNNAG00000016996)	UBE2F (ENSNNAG00000017117)	FN1 (ENSNNAG00000017132)	ATIC (ENSNNAG00000017270)	ENSNNAG00000003837	ENSNNAG00000003847	ENSNNAG00000003892	BARD1 (ENSNNAG00000003981)	ENSNNAG00000004003	ENSNNAG00000004042
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT01030000235116	ENSGT00940000163601	ENSGT00940000162768.B	ENSGT00950000185272	ENSGT00390000005489.a	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00390000000977	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00970000197610.A	ENSGT00940000160270	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000178952.b	ENSGT00940000159677.c.b.b.c	ENSGT00940000165503	ENSGT00940000157440	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000165690	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000155126	ENSGT00390000004553	ENSGT00940000157295.g	ENSGT00940000156532.j	ENSGT00720000108792.B	ENSGT00940000155053	ENSGT00940000157137.e
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	8607																SH3BP4 (ENSLLTG00000003735) ##22
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT01030000235116	ENSGT00940000163601	ENSGT00940000162768.B	ENSGT00950000185272	ENSGT00390000005489.a	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00390000000977	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00970000197610.A	ENSGT00940000160270	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000178952.b	ENSGT00940000159677.c.b.b.c	ENSGT00940000165503	ENSGT00940000157440	ENSGT00940000159224	ENSGT00940000165690	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00940000154349	ENSGT00940000155126	ENSGT00390000004553	ENSGT00940000157295.g	ENSGT00940000156532.j	ENSGT00720000108792.B	ENSGT00940000155053	ENSGT00940000157137.e
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	36	ENSPTXG00000000142	ENSPTXG00000000194	ENSPTXG00000000211	ENSPTXG00000000237	ENSPTXG00000000246	COL6A3 (ENSPTXG00000000271)	COPS8 (ENSPTXG00000000311)	ACKR3 (ENSPTXG00000000332)	IQCA1 (ENSPTXG00000000336)	ENSPTXG00000000405	GBX2 (ENSPTXG00000000408)	AGAP1 (ENSPTXG00000000614)	ENSPTXG00000003401	TRPM8 (ENSPTXG00000003411)	ARL4C (ENSPTXG00000006245)	SH3BP4 (ENSPTXG00000006246) ##22	ENSPTXG00000006247	UGT1A1 (ENSPTXG00000006248)	ENSPTXG00000006459	HDAC4 (ENSPTXG00000006466)	RAMP1 (ENSPTXG00000007137)	LRRFIP1 (ENSPTXG00000007138)	UBE2F (ENSPTXG00000007143)	FN1 (ENSPTXG00000007144)	ENSPTXG00000007146	ATIC (ENSPTXG00000007147)	ABCA12 (ENSPTXG00000007148)	ENSPTXG00000007149	VWC2L (ENSPTXG00000007150)	SPAG16 (ENSPTXG00000007151)	IKZF2 (ENSPTXG00000007156)
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	110	ENSNSUG00000012878	ENSNSUG00000012877	PRLH (ENSNSUG00000012876)	MLPH (ENSNSUG00000012832)	ENSNSUG00000012831	ENSNSUG00000012830	COPS8 (ENSNSUG00000012813)	ACKR3 (ENSNSUG00000012812)	ENSNSUG00000012811	IQCA1 (ENSNSUG00000012810)	GBX2 (ENSNSUG00000012809)	AGAP1 (ENSNSUG00000012806)	ENSNSUG00000012799	ENSNSUG00000012732	ARL4C (ENSNSUG00000012731)	SH3BP4 (ENSNSUG00000012730) ##22	ENSNSUG00000012729	ENSNSUG00000012728
Lizard	MODERN SPECIES		WDPCP (ENSACAG00000005832)	ENSACAG00000005852	MDH1 (ENSACAG00000005865)	UGP2 (ENSACAG00000005960)	VPS54 (ENSACAG00000006033)	PELI1 (ENSACAG00000040221)	COPS8 (ENSACAG00000010495)	ACKR3 (ENSACAG00000010490)	IQCA1 (ENSACAG00000028076)	ASB18 (ENSACAG00000010384)	GBX2 (ENSACAG00000010361)	AGAP1 (ENSACAG00000010229)	ENSACAG00000035836	ENSACAG00000010093	ENSACAG00000010087	SH3BP4 (ENSACAG00000010071) ##22	ENSACAG00000041540	ENSACAG00000022125	ENSACAG00000009760	TRAF3IP1 (ENSACAG00000009729)	ASB1 (ENSACAG00000009718)	TWIST2 (ENSACAG00000009715)	HDAC4 (ENSACAG00000009425)	ENSACAG00000008984	ENSACAG00000042635	NIF3L1 (ENSACAG00000017036)	PPIL3 (ENSACAG00000017026)	CLK1 (ENSACAG00000016964)	BZW1 (ENSACAG00000016934)	ENSACAG00000016900	ENSACAG00000040912
tuatara	MODERN SPECIES	300																SH3BP4 (ENSSPUG00000018505) ##22	UGT1A1 (ENSSPUG00000018511)	ENSSPUG00000018519	ENSSPUG00000018522
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00940000161839	ENSGT00390000005489.a	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00940000156462.B	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00390000000977	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000159677.c.b.a.c.a	ENSGT00940000159677.c.b.b	ENSGT00940000159677.c.b.a.d	ENSGT00940000159677.c.a.a	ENSGT00940000159677.c.a.b	ENSGT00940000157267	ENSGT00530000063273.b.b	ENSGT00940000178952	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00940000165503	ENSGT00940000161996	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT00940000154486.b.a.a.b ##28
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00940000161839	ENSGT00390000005489.a	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00940000156462.B	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00390000000977	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000159677.c.b.b	ENSGT00940000159677.c.a.a	ENSGT00940000159677.c.b.a.d	ENSGT00940000159677.c.a.b	ENSGT00940000163820	ENSGT00940000159677.c.b.a.c.a	ENSGT00940000157267	ENSGT00530000063273.b.b	ENSGT00940000178952	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00940000165503	ENSGT00940000161996	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00940000161839	ENSGT00390000005489.a	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00940000156462.B	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00390000000977	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000159677.c.b.b	ENSGT00940000159677.c.a.a	ENSGT00940000159677.c.b.a.d	ENSGT00940000159677.c.a.b	ENSGT00940000163820.i	ENSGT00940000163820.j	ENSGT00940000159677.c.b.a.c.a	ENSGT00940000157267	ENSGT00530000063273.b.b	ENSGT00940000178952	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00940000165503	ENSGT00940000161996	ENSGT00940000157440
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	70	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00940000161839	ENSGT00390000005489.a	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00940000156462.B	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00390000000977	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000159677.c.b.b	ENSGT00940000159677.c.a.a	ENSGT00940000159677.c.b.a.d	ENSGT00940000159677.c.a.b	ENSGT00940000163820.i	ENSGT00940000163820.j	ENSGT00940000159677.c.b.a.c.a	ENSGT00940000157267	ENSGT00530000063273.b.b	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00940000165503	ENSGT00940000161996	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	79																SH3BP4 (ENSTMTG00000004584) ##22	ENSTMTG00000004617	ENSTMTG00000004698	ENSTMTG00000004713	USP40 (ENSTMTG00000004750)	ENSTMTG00000004855	TRAF3IP1 (ENSTMTG00000004868)	ASB1 (ENSTMTG00000004901)	ENSTMTG00000004923	TWIST2 (ENSTMTG00000004943)	HDAC4 (ENSTMTG00000005021)	NDUFA10 (ENSTMTG00000005854)	ENSTMTG00000005891 ##28	ENSTMTG00000005950 ##28
painted turtle	MODERN SPECIES	808						ACKR3 (ENSCPBG00000022793)	IQCA1 (ENSCPBG00000022820)	ENSCPBG00000022848	ASB18 (ENSCPBG00000022867)	GBX2 (ENSCPBG00000022875)	AGAP1 (ENSCPBG00000023256)	TRPM8 (ENSCPBG00000024488)	ENSCPBG00000024691	ENSCPBG00000024701	ARL4C (ENSCPBG00000024707)	SH3BP4 (ENSCPBG00000024719) ##22	ENSCPBG00000024851	ENSCPBG00000025298	ENSCPBG00000025299	ENSCPBG00000025303	ENSCPBG00000025306	ENSCPBG00000025316	ENSCPBG00000025323	ENSCPBG00000025339	TRAF3IP1 (ENSCPBG00000025359)	ASB1 (ENSCPBG00000025369)
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	67			ENSGT00390000005489.a	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00390000000977	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00950000185272	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000159677.c.b.b	ENSGT00940000159677.c.b.a.d	ENSGT00940000159677.c.a.a	ENSGT00940000159677.c.a.b	ENSGT00940000163820.i	ENSGT00940000163820.j.a	ENSGT00940000163820.j.b	ENSGT00940000159677.c.b.a.c.a	ENSGT00940000157267	ENSGT00530000063273.b.b	ENSGT00940000178952	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00940000165503	ENSGT00940000161996
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	2	ENSGEVG00005005129	SPP2 (ENSGEVG00005004990)	ENSGEVG00005004971	ARL4C (ENSGEVG00005004953)	ENSGEVG00005004939	ENSGEVG00005004862	ENSGEVG00005004844	ENSGEVG00005004819	ENSGEVG00005004802	ENSGEVG00005004261 ##28	ENSGEVG00005017113	ENSGEVG00005017103	ENSGEVG00005017079	ENSGEVG00005017074	ENSGEVG00005017005	SH3BP4 (ENSGEVG00005016983) ##22	ENSGEVG00005016954	ENSGEVG00005016916	ENSGEVG00005016885	ENSGEVG00005016845	ENSGEVG00005016833	ENSGEVG00005016806	ENSGEVG00005016783	ENSGEVG00005016772	ENSGEVG00005016753	USP40 (ENSGEVG00005016667)	ENSGEVG00005016621	TRAF3IP1 (ENSGEVG00005016597)	ASB1 (ENSGEVG00005016579)	ENSGEVG00005016550	TWIST2 (ENSGEVG00005016540)
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	466																SH3BP4 (ENSCABG00000009008) ##22	ENSCABG00000008681	ENSCABG00000008671	ENSCABG00000008668	ENSCABG00000008667	ENSCABG00000008665	ENSCABG00000008664
Chinese turtle	MODERN SPECIES	1142															ENSPSIG00000004276	SH3BP4 (ENSPSIG00000004296) ##22	UGT1A6 (ENSPSIG00000004308)	ENSPSIG00000001948	USP40 (ENSPSIG00000010460)	TRAF3IP1 (ENSPSIG00000011708)	ASB1 (ENSPSIG00000012418)	TWIST2 (ENSPSIG00000012843)
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000165690	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00940000161839	ENSGT00390000005489.a	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00390000000977	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000159677.c.b.a.c.a	ENSGT00940000159677.c.b.b	ENSGT00940000159677.c.b.a.d	ENSGT00940000159677.c.a.a	ENSGT00940000159677.c.a.b	ENSGT00940000157267	ENSGT00530000063273.b.b	ENSGT00940000178952	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00940000165503	ENSGT00940000161996	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT00940000154486.b.a.a.b ##28
Aves	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000165690	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00940000161839	ENSGT00390000005489.a	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00390000000977	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000159677.c.b.a.c.a	ENSGT00940000159677.c.b.b	ENSGT00940000159677.c.b.a.d	ENSGT00940000159677.c.a.a	ENSGT00940000159677.c.a.b.b	ENSGT00940000159677.c.b.a.c.b	ENSGT00940000157267	ENSGT00530000063273.b.b	ENSGT00940000178952	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00940000165503	ENSGT00940000161996	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151
African ostrich	MODERN SPECIES	841												ENSSCUG00000017541	TRPM8 (ENSSCUG00000017539)	SPP2 (ENSSCUG00000017538)	ARL4C (ENSSCUG00000017536)	SH3BP4 (ENSSCUG00000017533) ##22	ENSSCUG00000017531	ENSSCUG00000017529	ENSSCUG00000017527
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000165690	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00940000161839	ENSGT00390000005489.a	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00390000000977	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000159677.c.a.a.a.a	ENSGT00940000159677.c.b.a.c.b	ENSGT00940000159677.c.b.a.c.a	ENSGT00940000159677.c.b.b	ENSGT00940000159677.c.a.a.a.b.b.b.a	ENSGT00940000159677.c.b.a.d	ENSGT00940000159677.c.a.a.a.b.a	ENSGT00940000159677.c.a.b.b	ENSGT00940000157267	ENSGT00530000063273.b.b	ENSGT00940000178952	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00940000165503	ENSGT00940000161996
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000165690	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00940000161839	ENSGT00390000005489.a	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00390000000977	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000159677.c.b.a.c.a	ENSGT00940000159677.c.b.b	ENSGT00940000159677.c.a.a.a.b.b.b.a	ENSGT00940000159677.c.a.a.a.b.b.a	ENSGT00940000157267	ENSGT00530000063273.b.b	ENSGT00940000178952	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00940000165503	ENSGT00940000161996	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT00940000154486.b.a.a.b ##28	ENSGT00940000154486.b.b ##28
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000165690	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00940000161839	ENSGT00390000005489.a	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00390000000977	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000159677.c.b.a.c.a	ENSGT00940000159677.c.b.b	ENSGT00940000159677.c.a.a.a.b.b.b.a	ENSGT00940000159677.c.a.a.a.a	ENSGT00940000159677.c.a.b.b	ENSGT00940000159677.c.a.a.a.b.b.a.a	ENSGT00940000157267	ENSGT00530000063273.b.b	ENSGT00940000178952	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00940000165503	ENSGT00940000161996	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	230														ENSABRG00000015862	ARL4C (ENSABRG00000015876)	SH3BP4 (ENSABRG00000015880) ##22	ENSABRG00000015881	ENSABRG00000015882	ENSABRG00000015885	ENSABRG00000015888	ENSABRG00000015889	USP40 (ENSABRG00000015893)	ENSABRG00000015902	TRAF3IP1 (ENSABRG00000015911)	ASB1 (ENSABRG00000015925)	ENSABRG00000015932	TWIST2 (ENSABRG00000015935)	HDAC4 (ENSABRG00000015943)	NDUFA10 (ENSABRG00000015986)	ENSABRG00000015995 ##28	ENSABRG00000016003 ##28
Duck	MODERN SPECIES	25	RAMP1 (ENSAPLG00000004363)	ENSAPLG00000024288	ENSAPLG00000004640	RAB17 (ENSAPLG00000004880)	PRLH (ENSAPLG00000023643)	MLPH (ENSAPLG00000005150)	COL6A3 (ENSAPLG00000005511)	COPS8 (ENSAPLG00000016947)	ACKR3 (ENSAPLG00000002306)	IQCA1 (ENSAPLG00000011968)	ASB18 (ENSAPLG00000027146)	AGAP1 (ENSAPLG00000005893)	TRPM8 (ENSAPLG00000014898)	SPP2 (ENSAPLG00000014858)	ARL4C (ENSAPLG00000015708)	SH3BP4 (ENSAPLG00000026577) ##22	ENSAPLG00000014719	ENSAPLG00000030959	ENSAPLG00000017238	ENSAPLG00000017509	ENSAPLG00000017911	ENSAPLG00000014141	ENSAPLG00000020501	ENSAPLG00000013889	ASB1 (ENSAPLG00000013688)	ENSAPLG00000019609	TWIST2 (ENSAPLG00000000878)	HDAC4 (ENSAPLG00000004358)	NDUFA10 (ENSAPLG00000004096)	ENSAPLG00000024819 ##28	ENSAPLG00000024822 ##28
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000177452	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00940000161839	ENSGT00390000005489.a	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00390000000977	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000159677.c.b.a.c.a.d	ENSGT00940000157267	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00940000165503	ENSGT00940000161996	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT00940000154486.b.a.a.b ##28	ENSGT00940000154486.b.b ##28	ENSGT00940000158212.B	ENSGT00950000183022.b	ENSGT00940000162768.B	ENSGT00940000163601	ENSGT00940000162889
Japanese quail	MODERN SPECIES	25	ENSCJPG00005013773	HIBCH (ENSCJPG00005013772)	MFSD6 (ENSCJPG00005013771)	NEMP2 (ENSCJPG00005013770)	NAB1 (ENSCJPG00005013769)	COPS8 (ENSCJPG00005013762)	ACKR3 (ENSCJPG00005013761)	IQCA1 (ENSCJPG00005013760)	ASB18 (ENSCJPG00005013759)	GBX2 (ENSCJPG00005013758)	AGAP1 (ENSCJPG00005013461)	TRPM8 (ENSCJPG00005013064)	SPP2 (ENSCJPG00005013063)	ENSCJPG00005013062	ARL4C (ENSCJPG00005013058)	SH3BP4 (ENSCJPG00005013057) ##22	ENSCJPG00005012805	ENSCJPG00005012804	ENSCJPG00005012803	ENSCJPG00005012802	ENSCJPG00005012801	ENSCJPG00005012800	ENSCJPG00005012799	ENSCJPG00005012798	ENSCJPG00005012797	USP40 (ENSCJPG00005012796)	ENSCJPG00005012795	ASB1 (ENSCJPG00005012794)	ENSCJPG00005012792	TWIST2 (ENSCJPG00005012791)	HDAC4 (ENSCJPG00005012790)
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000177452	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00940000161839	ENSGT00950000185272	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00390000000977	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000159677.c.b.a.c.a.d	ENSGT00940000157267	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00940000165503	ENSGT00940000161996	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT00940000154486.b.a.a.b ##28	ENSGT00940000154486.b.b ##28	ENSGT00940000158212.B	ENSGT00950000183022.b	ENSGT00940000162768.B	ENSGT00940000163601	ENSGT00940000162889
Chicken	MODERN SPECIES	36	ENSGALG00010012120	LRRFIP1 (ENSGALG00010012194)	RAB17 (ENSGALG00010012215)	PRLH (ENSGALG00010012236)	MLPH (ENSGALG00010012325)	COL6A3 (ENSGALG00010012362)	COPS8 (ENSGALG00010012447)	CXCR7 (ENSGALG00010012429)	IQCA1 (ENSGALG00010012454)	ASB18 (ENSGALG00010012474)	GBX2 (ENSGALG00010012489)	AGAP1 (ENSGALG00010012571)	TRPM8 (ENSGALG00010012680)	SPP2 (ENSGALG00010012708)	ARL4C (ENSGALG00010012744)	SH3BP4 (ENSGALG00010010719) ##22	UGT1A1 (ENSGALG00010011085)	USP40 (ENSGALG00010011106)	TRAF3IP1 (ENSGALG00010015025)	ASB1 (ENSGALG00010013494)	ENSGALG00010015254	TWIST2 (ENSGALG00010013612)	HDAC4 (ENSGALG00010013697)	NDUFA10 (ENSGALG00010013783)	AHR2 (ENSGALG00010013824) ##28	AHR1B (ENSGALG00010014105) ##28	COL18A1 (ENSGALG00010014162)	SLC19A1 (ENSGALG00010014180)	ENSGALG00010014258	COL6A1 (ENSGALG00010014310)	COL6A2 (ENSGALG00010014389)
Turkey	MODERN SPECIES	27	RAMP1 (ENSMGAG00000003225)	ENSMGAG00000003218	ENSMGAG00000003145	ENSMGAG00000019302	PRLH (ENSMGAG00000018152)	RAB17 (ENSMGAG00000003135)	MLPH (ENSMGAG00000003050)	COL6A3 (ENSMGAG00000002889)	COPS8 (ENSMGAG00000002861)	ACKR3 (ENSMGAG00000016132)	IQCA1 (ENSMGAG00000002818)	ASB18 (ENSMGAG00000002766)	AGAP1 (ENSMGAG00000002537)	TRPM8 (ENSMGAG00000002627)	ENSMGAG00000002620	SH3BP4 (ENSMGAG00000002524) ##22	ENSMGAG00000017958	ENSMGAG00000002356	ENSMGAG00000002277	TRAF3IP1 (ENSMGAG00000002236)	ASB1 (ENSMGAG00000002227)	ENSMGAG00000018428	TWIST2 (ENSMGAG00000002218)	HDAC4 (ENSMGAG00000002138)	NDUFA10 (ENSMGAG00000002122)	ENSMGAG00000002128 ##28	ENSMGAG00000002118 ##28	SLC19A1 (ENSMGAG00000001945)	ENSMGAG00000001883	ENSMGAG00000001789	COL6A2 (ENSMGAG00000001719)
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000165690	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00940000161839	ENSGT00390000005489.a	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00390000000977	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000159677.c.a.a.a.a	ENSGT00940000159677.c.b.a.c.b	ENSGT00940000159677.c.b.a.c.a	ENSGT00940000159677.c.b.b	ENSGT00940000159677.c.a.a.a.b.b.b.b	ENSGT00940000159677.c.b.a.d	ENSGT00940000159677.c.a.a.a.b.a	ENSGT00940000159677.c.a.b.b	ENSGT00940000157267	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00940000165503	ENSGT00940000161996	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000159224	ENSGT00530000063564.b	ENSGT00940000161839	ENSGT00390000005489.a	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00390000000977	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000159677.c.b.b	ENSGT00940000159677.c.b.a.d	ENSGT00940000159677.c.a.a.a.b.a	ENSGT00940000159677.c.a.b.b	ENSGT00940000157267	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00940000165503	ENSGT00940000161996	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT00940000154486.b.a.a.b ##28	ENSGT00940000154486.b.b ##28	ENSGT00940000158212.B	ENSGT00950000183022.b
Kakapo	MODERN SPECIES	22	RAB17 (ENSSHBG00005010406)	PRLH (ENSSHBG00005010384)	MLPH (ENSSHBG00005010355)	COL6A3 (ENSSHBG00005010259)	ENSSHBG00005010204	COPS8 (ENSSHBG00005010183)	ACKR3 (ENSSHBG00005010086)	ENSSHBG00005000880	ASB18 (ENSSHBG00005021302)	GBX2 (ENSSHBG00005021301)	AGAP1 (ENSSHBG00005021297)	TRPM8 (ENSSHBG00005021292)	SPP2 (ENSSHBG00005021290)	ARL4C (ENSSHBG00005021289)	ENSSHBG00005021288	SH3BP4 (ENSSHBG00005021287) ##22	ENSSHBG00005021285	ENSSHBG00005021284	ENSSHBG00005021283	ENSSHBG00005021282	ENSSHBG00005021281	ENSSHBG00005021280	ENSSHBG00005021279	ENSSHBG00005021278	ENSSHBG00005021277	ENSSHBG00005021276	USP40 (ENSSHBG00005021275)	TRAF3IP1 (ENSSHBG00005021274)	ASB1 (ENSSHBG00005021273)	ENSSHBG00005021272	TWIST2 (ENSSHBG00005021271)
Golden eagle	MODERN SPECIES	22	LRRFIP1 (ENSACCG00020014774)	RAB17 (ENSACCG00020014666)	PRLH (ENSACCG00020014655)	MLPH (ENSACCG00020014641)	ENSACCG00020014628	COL6A3 (ENSACCG00020014569)	COPS8 (ENSACCG00020014535)	ACKR3 (ENSACCG00020014526)	IQCA1 (ENSACCG00020014455)	ENSACCG00020014394	GBX2 (ENSACCG00020014381)	AGAP1 (ENSACCG00020014325)	TRPM8 (ENSACCG00020013728)	SPP2 (ENSACCG00020012732)	ARL4C (ENSACCG00020012720)	SH3BP4 (ENSACCG00020012689) ##22	ENSACCG00020012664	ENSACCG00020012646	ENSACCG00020012631	ENSACCG00020012585	USP40 (ENSACCG00020012471)	ENSACCG00020012407	TRAF3IP1 (ENSACCG00020012354)	ASB1 (ENSACCG00020012311)	TWIST2 (ENSACCG00020012284)	HDAC4 (ENSACCG00020012255)	NDUFA10 (ENSACCG00020012200)	ENSACCG00020012153 ##28	ENSACCG00020012065 ##28	COL18A1 (ENSACCG00020011973)	SLC19A1 (ENSACCG00020011933)
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000161839	ENSGT00390000005489.a	ENSGT00950000183138.a.b	ENSGT00940000156462.C	ENSGT00940000160596.a.a.b	ENSGT00390000000977	ENSGT01090000260051.b.b	ENSGT00940000154067.c	ENSGT00940000162056	ENSGT00940000154365.a.b	ENSGT00960000192637	ENSGT00940000154793.C.ab	ENSGT00940000160270	ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a ##22	ENSGT00940000159677.c.b.b	ENSGT00940000159677.c.a.a.a.b.b.b.b	ENSGT00940000159677.c.b.a.c.b	ENSGT00940000159677.c.b.a.c.a	ENSGT00940000157267	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00940000165503	ENSGT00940000161996	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT00940000154486.b.a.a.b ##28	ENSGT00940000154486.b.b ##28	ENSGT00940000158212.B	ENSGT00950000183022.b
Great tit	MODERN SPECIES	27	MLPH (ENSPMJG00000006731)	COL6A3 (ENSPMJG00000006699)	ENSPMJG00000006694	ENSPMJG00000006689	COPS8 (ENSPMJG00000006686)	ACKR3 (ENSPMJG00000006683)	ENSPMJG00000006652	ASB18 (ENSPMJG00000006649)	GBX2 (ENSPMJG00000006648)	ENSPMJG00000006646	AGAP1 (ENSPMJG00000006600)	TRPM8 (ENSPMJG00000006537)	ENSPMJG00000006532	SPP2 (ENSPMJG00000006527)	ARL4C (ENSPMJG00000006522)	SH3BP4 (ENSPMJG00000006446) ##22	UGT1A1 (ENSPMJG00000006443)	ENSPMJG00000006442	ENSPMJG00000006441	YBEY (ENSPMJG00000006440)	MCM3AP (ENSPMJG00000006438)	ENSPMJG00000006435	FTCD (ENSPMJG00000006430)	COL6A2 (ENSPMJG00000006389)	ENSPMJG00000006352	PCBP3 (ENSPMJG00000006345)	SLC19A1 (ENSPMJG00000006343)	COL18A1 (ENSPMJG00000006305)	ENSPMJG00000006297 ##28	ENSPMJG00000006291 ##28	NDUFA10 (ENSPMJG00000006274)
Passeriformes_d	DUPLICATION
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES	8														ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a.e ##22	ENSGT00940000159677.c.b.a.c.b	ENSGT00940000159677.c.a.a.a.b.b.b.b.a.a	ENSGT00940000159677.c.b.a.c.a	ENSGT00940000157267	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00940000165503	ENSGT00940000161996	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT00940000154486.b.a.a.b ##28	ENSGT00940000154486.b.b ##28	ENSGT00940000158212.B	ENSGT00950000183022.b	ENSGT00940000162768.B
Flycatcher	MODERN SPECIES	276														SPP2 (ENSFALG00000002190)	ARL4C (ENSFALG00000015098)	SH3BP4 (ENSFALG00000002193) ##22	ENSFALG00000015111	ENSFALG00000024819	ENSFALG00000028274	ENSFALG00000002195	ENSFALG00000003822	ENSFALG00000027557
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	9														ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a.e ##22	ENSGT00940000159677.c.a.a.a.a	ENSGT00940000159677.c.a.a.a.b.b.b.b.a.b.a	ENSGT00940000159677.c.b.a.c.b	ENSGT00940000157267	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00940000165503	ENSGT00940000161996	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.b ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.a ##28	ENSGT00940000154486.b.b ##28	ENSGT00940000158212.B	ENSGT00950000183022.b
Medium ground finch	MODERN SPECIES	331														SPP2 (ENSGFOG00000013057)	ARL4C (ENSGFOG00000013068)	SH3BP4 (ENSGFOG00000013071) ##22	ENSGFOG00000013095	ENSGFOG00000013157	ENSGFOG00000013160	ENSGFOG00000013163	ENSGFOG00000013167	ENSGFOG00000013169	ENSGFOG00000013171	ENSGFOG00000013173	ENSGFOG00000013176	USP40 (ENSGFOG00000013177)
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	8														ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a.e ##22	ENSGT00940000159677.c.a.a.a.a	ENSGT00390000013151.a.a.f ##22	ENSGT00940000159677.c.b.b	ENSGT00940000159677.c.a.a.a.b.b.b.b.b.a	ENSGT00940000159677.c.a.a.a.b.b.b.b.a.b.a	ENSGT00940000159677.c.a.a.a.b.b.b.b.a.a	ENSGT00940000159677.c.b.a.c.a	ENSGT00940000157267	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00940000165503	ENSGT00940000161996	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.b ##28
Zebra finch	MODERN SPECIES	29					ENSTGUG00000020929	IKZF2 (ENSTGUG00000002874)	SPAG16 (ENSTGUG00000002887)	VWC2L (ENSTGUG00000002893)	BARD1 (ENSTGUG00000002894)	ABCA12 (ENSTGUG00000002904)	ATIC (ENSTGUG00000002942)	FN1 (ENSTGUG00000002978)	ENSTGUG00000020568	SMC1A (ENSTGUG00000029662)	ENSTGUG00000003884	SH3BP4 (ENSTGUG00000003098) ##22	ENSTGUG00000003102	ENSTGUG00000020846	ENSTGUG00000018428	ENSTGUG00000029766	ENSTGUG00000029203	USP40 (ENSTGUG00000003153)	TRAF3IP1 (ENSTGUG00000003177)	ASB1 (ENSTGUG00000023179)	ENSTGUG00000021876	TWIST2 (ENSTGUG00000025055)	HDAC4 (ENSTGUG00000003197)	ENSTGUG00000024424	NDUFA10 (ENSTGUG00000003244)	ENSTGUG00000027043 ##28	ENSTGUG00000003263 ##28
Common canary	MODERN SPECIES	8														SPP2 (ENSSCAG00000009733)	ARL4C (ENSSCAG00000009716)	SH3BP4 (ENSSCAG00000009710) ##22	ENSSCAG00000009706 ##22	ENSSCAG00000009488	ENSSCAG00000009447	ENSSCAG00000009435	ENSSCAG00000009432	ENSSCAG00000009428	ENSSCAG00000009423	ENSSCAG00000009421	ENSSCAG00000009420	USP40 (ENSSCAG00000009414)	TRAF3IP1 (ENSSCAG00000009407)	ASB1 (ENSSCAG00000009401)	TWIST2 (ENSSCAG00000009396)	HDAC4 (ENSSCAG00000009386)	NDUFA10 (ENSSCAG00000009359)
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES	137																ENSGT00390000013151.a.a.f ##22	ENSGT00940000159677.c.b.b	ENSGT00940000159677.c.a.a.a.b.b.b.b.b.a
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	97																ENSGT00390000013151.a.a.f ##22	ENSGT00940000159677.c.b.b	ENSGT00940000159677.c.a.a.a.b.b.b.b.b.a	ENSGT00940000159677.c.a.a.a.b.b.b.b.a.a	ENSGT00940000159677.c.b.a.c.a
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	8												ENSGT00390000009001	ENSGT00940000160639	ENSGT00390000013151.a.a.e ##22	ENSGT00940000159677.c.a.a.a.a	ENSGT00390000013151.a.a.f ##22	ENSGT00940000159677.c.b.b	ENSGT00940000159677.c.a.a.a.b.b.b.b.b.a	ENSGT00940000159677.c.a.a.a.b.b.b.b.a.b.a	ENSGT00940000159677.c.a.a.a.b.b.b.b.a.a	ENSGT00940000159677.c.b.a.c.a	ENSGT00940000157267	ENSGT00720000108822	ENSGT00940000153969.b	ENSGT00940000165503	ENSGT00940000161996	ENSGT00940000157440	ENSGT00390000016151	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.b ##28	ENSGT00940000154486.b.a.a.b.a ##28	ENSGT00940000154486.b.b ##28
Common canary	MODERN SPECIES	8													SPP2 (ENSSCAG00000009733)	ARL4C (ENSSCAG00000009716)	SH3BP4 (ENSSCAG00000009710) ##22	ENSSCAG00000009706 ##22	ENSSCAG00000009488	ENSSCAG00000009447	ENSSCAG00000009435	ENSSCAG00000009432	ENSSCAG00000009428	ENSSCAG00000009423	ENSSCAG00000009421	ENSSCAG00000009420	USP40 (ENSSCAG00000009414)	TRAF3IP1 (ENSSCAG00000009407)	ASB1 (ENSSCAG00000009401)	TWIST2 (ENSSCAG00000009396)	HDAC4 (ENSSCAG00000009386)	NDUFA10 (ENSSCAG00000009359)	ENSSCAG00000009324 ##28
Elephant shark	MODERN SPECIES	1867																sh3bp4 (ENSCMIG00000011029) ##22	ENSCMIG00000011024	ENSCMIG00000011020