Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159523 #8	ENSGT00940000161812 #9	ENSGT00390000003267 #10	ENSGT00390000015009.g #11	ENSGT00530000063909.a	ENSGT00940000159790 #12	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.b #13	ENSGT00940000161778 #14	ENSGT00940000155685 #15	ENSGT00390000004038.c #16	ENSGT00530000063991.a #17	ENSGT00940000159539 #18	ENSGT00940000161200 #19	ENSGT00940000162478 #20	ENSGT00550000075038 #21	ENSGT00390000017837.a #22	ENSGT00940000156993 #23	ENSGT00940000160739 #24	ENSGT00390000002808.a #25	ENSGT00390000002808.b #26	ENSGT01020000230794	ENSGT00940000156292 #27	ENSGT00940000163904 #28	ENSGT00390000006879	ENSGT00940000156497 #29	ENSGT00950000182860.a.a.a #30	ENSGT00940000155111 #31	ENSGT00530000063282.t	ENSGT00390000018397 #32	ENSGT00940000161690 #33	ENSGT00390000010523.c.a
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000159523 #8	ENSGT00940000161812 #9	ENSGT00390000003267 #10	ENSGT00390000015009.g #11	ENSGT00530000063909.a	ENSGT00940000159790 #12	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.b #13	ENSGT00940000161778 #14	ENSGT00940000155685 #15	ENSGT00390000004038.c #16	ENSGT00530000063991.a #17	ENSGT00940000159539 #18	ENSGT00940000161200 #19	ENSGT00940000162478 #20	ENSGT00550000075038 #21	ENSGT00390000017837.a #22	ENSGT00940000156993 #23	ENSGT00940000160739 #24	ENSGT00390000002808.a #25	ENSGT00390000002808.b #26	ENSGT01020000230794	ENSGT00940000156292 #27	ENSGT00940000163904 #28	ENSGT00390000006879	ENSGT00940000156497 #29	ENSGT00950000182860.a.a.a #30	ENSGT00940000155111 #31	ENSGT00530000063282.t	ENSGT00390000018397 #32	ENSGT00940000161690 #33	ENSGT00390000010523.c.a
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00940000159523 #8	ENSGT00940000161812 #9	ENSGT00390000003267 #10	ENSGT00390000015009.g #11	ENSGT00530000063909.a	ENSGT00940000159790 #12	ENSGT01090000260005.a.a.a.b.a.a.b #13	ENSGT00940000161778 #14	ENSGT00940000155685 #15	ENSGT00390000004038.c #16	ENSGT00530000063991.a #17	ENSGT00940000159539 #18	ENSGT00940000161200 #19	ENSGT00940000162478 #20	ENSGT00550000075038 #21	ENSGT00390000017837.a #22	ENSGT00940000156993 #23	ENSGT00940000160739 #24	ENSGT00390000002808.a #25	ENSGT00390000002808.b #26	ENSGT01020000230794	ENSGT00940000156292 #27	ENSGT00940000163904 #28	ENSGT00390000006879	ENSGT00940000156497 #29	ENSGT00950000182860.a.a.a #30	ENSGT00940000155111 #31	ENSGT00530000063282.t	ENSGT00390000018397 #32	ENSGT00940000161690 #33	ENSGT00390000010523.c.a
Squirrel	MODERN SPECIES	141	ITGA2B (ENSSTOG00000004233) #7	GPATCH8 (ENSSTOG00000025022) #8	FZD2 (ENSSTOG00000027061) #9	MEIOC (ENSSTOG00000013666) #10	ENSSTOG00000013668 #11	ADAM11 (ENSSTOG00000023746) #12	GJC1 (ENSSTOG00000013682) #13	HIGD1B (ENSSTOG00000012186) #14	EFTUD2 (ENSSTOG00000012188) #15	CCDC103 (ENSSTOG00000028267) #16	FAM187A (ENSSTOG00000012198) #17	GFAP (ENSSTOG00000027787) #18	KIF18B (ENSSTOG00000007553) #19	C1QL1 (ENSSTOG00000025620) #20	DCAKD (ENSSTOG00000009387) #21	NMT1 (ENSSTOG00000009392) #22	PLCD3 (ENSSTOG00000009418) #23	ACBD4 (ENSSTOG00000009436) #24	HEXIM1 (ENSSTOG00000019464) #25	HEXIM2 (ENSSTOG00000009448) #26	FMNL1 (ENSSTOG00000029149) #27	ENSSTOG00000025914 #28	MAP3K14 (ENSSTOG00000012610) #29	ARHGAP27 (ENSSTOG00000021140) #30	PLEKHM1 (ENSSTOG00000026694) #31	RDM1 (ENSSTOG00000022491) #32	LYZL6 (ENSSTOG00000022928) #33	GOSR2 (ENSSTOG00000016069) #34	WNT9B (ENSSTOG00000027843) #35	WNT3 (ENSSTOG00000020493) #36	NSF (ENSSTOG00000020250) #37
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	379		ENSUPAG00010001931	ENSUPAG00010001914 #11	ENSUPAG00010001907	ENSUPAG00010001892	ADAM11 (ENSUPAG00010001755) #12	GJC1 (ENSUPAG00010001746) #13	HIGD1B (ENSUPAG00010001713) #14	EFTUD2 (ENSUPAG00010001600) #15	CCDC103 (ENSUPAG00010001591) #16	FAM187A (ENSUPAG00010001588) #17	GFAP (ENSUPAG00010001498) #18	KIF18B (ENSUPAG00010001459) #19	C1QL1 (ENSUPAG00010001449) #20	DCAKD (ENSUPAG00010001427) #21	NMT1 (ENSUPAG00010001400) #22	PLCD3 (ENSUPAG00010001368) #23	ACBD4 (ENSUPAG00010001336) #24	HEXIM1 (ENSUPAG00010001331) #25	HEXIM2 (ENSUPAG00010001321) #26	ENSUPAG00010001317	FMNL1 (ENSUPAG00010000986) #27	ENSUPAG00010000920 #28	ENSUPAG00010000909	MAP3K14 (ENSUPAG00010000877) #29	ARHGAP27 (ENSUPAG00010000845) #30	ENSUPAG00010000835 #30	PLEKHM1 (ENSUPAG00010000809) #31	ENSUPAG00010000791	ENSUPAG00010000775	RDM1 (ENSUPAG00010000761) #32
Alpin marmot	MODERN SPECIES	42	GPATCH8 (ENSMMMG00000003155) #8	FZD2 (ENSMMMG00000003141) #9	MEIOC (ENSMMMG00000003098) #10	ENSMMMG00000003058 #11	ENSMMMG00000003051	ADAM11 (ENSMMMG00000002933) #12	GJC1 (ENSMMMG00000002917) #13	HIGD1B (ENSMMMG00000002903) #14	EFTUD2 (ENSMMMG00000002775) #15	CCDC103 (ENSMMMG00000002764) #16	FAM187A (ENSMMMG00000002758) #17	GFAP (ENSMMMG00000002725) #18	KIF18B (ENSMMMG00000002688) #19	C1QL1 (ENSMMMG00000002680) #20	DCAKD (ENSMMMG00000002645) #21	NMT1 (ENSMMMG00000002632) #22	PLCD3 (ENSMMMG00000002605) #23	ACBD4 (ENSMMMG00000002555) #24	HEXIM1 (ENSMMMG00000002544) #25	HEXIM2 (ENSMMMG00000002534) #26	FMNL1 (ENSMMMG00000002279) #27	ENSMMMG00000002245	MAP3K14 (ENSMMMG00000002213) #29	ENSMMMG00000001792 #30	ENSMMMG00000001756 #31	ENSMMMG00000001551	ENSMMMG00000001520	LYZL6 (ENSMMMG00000001501) #33	RPRML (ENSMMMG00000001486)	GOSR2 (ENSMMMG00000001471) #34	CDK5RAP3 (ENSMMMG00000001404)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	12	ENSSVLG00005000644	ENSSVLG00005000626	ENSSVLG00005000608	ENSSVLG00005000580 #12	GJC1 (ENSSVLG00005000568) #13	HIGD1B (ENSSVLG00005000547) #14	EFTUD2 (ENSSVLG00005000481) #15	CCDC103 (ENSSVLG00005000436) #16	ENSSVLG00005000400 ##16	FAM187A (ENSSVLG00005000382) #17	ENSSVLG00005000360 #18	ENSSVLG00005000314 #18	KIF18B (ENSSVLG00005000240) #19	C1QL1 (ENSSVLG00005000210) #20	DCAKD (ENSSVLG00005000198) #21	NMT1 (ENSSVLG00005005981) #22	PLCD3 (ENSSVLG00005005888) #23	ACBD4 (ENSSVLG00005005848) #24	HEXIM1 (ENSSVLG00005005826) #25	HEXIM2 (ENSSVLG00005005809) #26	ENSSVLG00005005786	FMNL1 (ENSSVLG00005005614) #27	ENSSVLG00005005505 #28	ENSSVLG00005005472	MAP3K14 (ENSSVLG00005005423) #29	ARHGAP27 (ENSSVLG00005005158) #30	PLEKHM1 (ENSSVLG00005005029) #31	ENSSVLG00005004909	RDM1 (ENSSVLG00005004731) #32	LYZL6 (ENSSVLG00005004675) #33	RPRML (ENSSVLG00005004665)