Chordata	DUPLICATION
Chordata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013995.b.a #22
Vertebrata	ANCESTRAL SPECIES	860															ENSGT00940000162859	ENSGT00390000013995.b.a #22
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES	464														ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	239			ENSGT00940000159659	ENSGT00390000018852	ENSGT00990000203541.a.b	ENSGT00940000157446	ENSGT00940000165995	ENSGT00940000157877.a	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00940000166426	ENSGT00940000164287	ENSGT00940000166028	ENSGT00940000173141	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT01030000234648.a.a.d	ENSGT00940000157717	ENSGT00940000154861	ENSGT00940000158384	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a	ENSGT00390000009678	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00640000091554	ENSGT00940000157794	ENSGT00940000159659	ENSGT00390000018852	ENSGT00990000203541.a.b	ENSGT00940000157446	ENSGT00940000165995	ENSGT00940000166769	ENSGT00940000174128.A	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.a	ENSGT00940000166426	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000165570	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00650000094763	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000165570	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00650000094763	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607
Theria	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000165570	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00650000094763	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000165570	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00650000094763	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000165570	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00910000146944	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00650000094763	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00910000146944	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00650000094763	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882
Primates	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00910000146944	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00650000094763	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000158384	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00910000146944	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00440000033232.c	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000169558	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00940000153510.a.f #20	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00910000146944	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000014001.b	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000169558	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00940000153510.a.f #20	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00910000146944	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00530000063786.a.m	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT01040000240967	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000014001.b	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000169558	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00940000153510.a.f #20	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00390000004169.b #23	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00910000146944	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.a.a #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00530000063786.a.m	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a.d.a	ENSGT01040000240967	ENSGT00390000008631.a.c	ENSGT00550000074831
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	376								ENSGT00940000160282	ENSGT00940000169558	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00490000044176.a #18	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00940000153510.a.f.a #20	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00390000004169.b #23	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00910000146944	ENSGT00940000155865.a.a #25	ENSGT00940000159892 #26
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1077											PPP4R2 (ENSRBIG00000040717) #17	EBLN2 (ENSRBIG00000000043) #18	GXYLT2 (ENSRBIG00000032701) #19	ENSRBIG00000036548 #20	SHQ1 (ENSRBIG00000026280) #21	RYBP (ENSRBIG00000037631) #22	ENSRBIG00000031010 #23	PROK2 (ENSRBIG00000040938) #24	EIF4E3 (ENSRBIG00000028060) #25	FOXP1 (ENSRBIG00000012977) #26
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2551							CNTN3 (ENSRROG00000015240)	ENSRROG00000043474	PDZRN3 (ENSRROG00000000088)	ENSRROG00000014332	ENSRROG00000013459 #17	EBLN2 (ENSRROG00000045407) #18	GXYLT2 (ENSRROG00000032249) #19	ENSRROG00000014028 #20	SHQ1 (ENSRROG00000034126) #21	RYBP (ENSRROG00000043276) #22	ENSRROG00000031494 #23	PROK2 (ENSRROG00000038544) #24	ENSRROG00000028681	ENSRROG00000014883 #25	FOXP1 (ENSRROG00000044844) #26
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00440000033232.c	ENSGT00390000014001.b	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00390000004169.b #23	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00910000146944	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.a.a #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00530000063786.a.m	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a.d.a	ENSGT01040000240967	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	14	ITPR1 (ENSCSAG00000010951)	SUMF1 (ENSCSAG00000011018)	SETMAR (ENSCSAG00000011036)	LRRN1 (ENSCSAG00000018805)	CRBN (ENSCSAG00000011049)	TRNT1 (ENSCSAG00000011052)	IL5RA (ENSCSAG00000011082)	CNTN4 (ENSCSAG00000011111)	CNTN6 (ENSCSAG00000011221)	CHL1 (ENSCSAG00000011267)	CNTN3 (ENSCSAG00000011366)	PDZRN3 (ENSCSAG00000011455)	PPP4R2 (ENSCSAG00000011489) #17	GXYLT2 (ENSCSAG00000011498) #19	SHQ1 (ENSCSAG00000011514) #21	RYBP (ENSCSAG00000011518) #22	GPR27 (ENSCSAG00000018804)	ENSCSAG00000011556 #25	FOXP1 (ENSCSAG00000011581) #26	ENSCSAG00000018802	MITF (ENSCSAG00000011595)	ENSCSAG00000011601	ENSCSAG00000018800	FRMD4B (ENSCSAG00000011618)	LMOD3 (ENSCSAG00000011626)	ARL6IP5 (ENSCSAG00000011634)	UBA3 (ENSCSAG00000011650)	TMF1 (ENSCSAG00000011667)	EOGT (ENSCSAG00000011678)	TAFA4 (ENSCSAG00000011689)	ENSCSAG00000011694
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00440000033232.c	ENSGT00390000014001.b	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00390000004169.b #23	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00910000146944	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.a.a #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00530000063786.a.m	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a.d.a	ENSGT01040000240967	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00440000033232.c.f	ENSGT00390000014001.b	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00910000146944	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.a.a #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a.d.a	ENSGT01040000240967	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	560	CCSER1 (ENSMNEG00000030774)	ENSMNEG00000032609	GRID2 (ENSMNEG00000015816)	ATOH1 (ENSMNEG00000006193)	SMARCAD1 (ENSMNEG00000038117)	HPGDS (ENSMNEG00000033422)	PDLIM5 (ENSMNEG00000031120)	CNTN6 (ENSMNEG00000018635)	CHL1 (ENSMNEG00000028818)	CNTN3 (ENSMNEG00000035492)	ENSMNEG00000038271	PDZRN3 (ENSMNEG00000034940)	ENSMNEG00000014462 #17	GXYLT2 (ENSMNEG00000031743) #19	SHQ1 (ENSMNEG00000032667) #21	RYBP (ENSMNEG00000010262) #22	PROK2 (ENSMNEG00000035459) #24	ENSMNEG00000006444	GPR27 (ENSMNEG00000017685)	ENSMNEG00000035212 #25	FOXP1 (ENSMNEG00000028530) #26	MDFIC2 (ENSMNEG00000043959)	ENSMNEG00000029209	ENSMNEG00000013127	MITF (ENSMNEG00000036173)
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00440000033232.c.f	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00910000146944	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.a.a #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a.d.a	ENSGT01040000240967	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882
Rhesus	MODERN SPECIES	11	TRNT1 (ENSMMUG00000017983)	IL5RA (ENSMMUG00000001849)	CNTN4 (ENSMMUG00000001847)	ENSMMUG00000056158	ENSMMUG00000009425	ENSMMUG00000051943	CNTN6 (ENSMMUG00000008549)	CHL1 (ENSMMUG00000001349)	CNTN3 (ENSMMUG00000021241)	ENSMMUG00000051810	PDZRN3 (ENSMMUG00000012661)	ENSMMUG00000064384	PPP4R2 (ENSMMUG00000016959) #17	GXYLT2 (ENSMMUG00000022507) #19	SHQ1 (ENSMMUG00000009571) #21	RYBP (ENSMMUG00000042444) #22	PROK2 (ENSMMUG00000018494) #24	GPR27 (ENSMMUG00000040565)	EIF4E3 (ENSMMUG00000007780) #25	FOXP1 (ENSMMUG00000002889) #26	MDFIC2 (ENSMMUG00000057543)	MITF (ENSMMUG00000002100)	FRMD4B (ENSMMUG00000000387)	LMOD3 (ENSMMUG00000008628)	ARL6IP5 (ENSMMUG00000058373)	UBA3 (ENSMMUG00000008620)	TMF1 (ENSMMUG00000008616)	EOGT (ENSMMUG00000011090)	TAFA4 (ENSMMUG00000050069)	TAFA1 (ENSMMUG00000013847)	SUCLG2 (ENSMMUG00000009693)
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	11	SUMF1 (ENSMFAG00000040853)	ENSMFAG00000029288	LRRN1 (ENSMFAG00000020302)	CRBN (ENSMFAG00000031028)	TRNT1 (ENSMFAG00000045113)	IL5RA (ENSMFAG00000006030)	CNTN4 (ENSMFAG00000031919)	CNTN6 (ENSMFAG00000001088)	CHL1 (ENSMFAG00000040804)	CNTN3 (ENSMFAG00000045446)	PDZRN3 (ENSMFAG00000000986)	PPP4R2 (ENSMFAG00000042258) #17	GXYLT2 (ENSMFAG00000044294) #19	SHQ1 (ENSMFAG00000039148) #21	ENSMFAG00000048279	RYBP (ENSMFAG00000049247) #22	PROK2 (ENSMFAG00000003820) #24	ENSMFAG00000024958	GPR27 (ENSMFAG00000053255)	EIF4E3 (ENSMFAG00000039909) ##25	FOXP1 (ENSMFAG00000033964) #26	MDFIC2 (ENSMFAG00000042217)	MITF (ENSMFAG00000038478)	FRMD4B (ENSMFAG00000040109)	LMOD3 (ENSMFAG00000044328)	ARL6IP5 (ENSMFAG00000001584)	ENSMFAG00000051018	UBA3 (ENSMFAG00000036648)	TMF1 (ENSMFAG00000037002)	EOGT (ENSMFAG00000041998)	TAFA4 (ENSMFAG00000020992)
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000008983.a	ENSGT00440000033232.c	ENSGT00390000014001.b	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00390000004169.b #23	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00910000146944	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.a.a #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00530000063786.a.m	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a.d.a	ENSGT01040000240967	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697
Olive baboon	MODERN SPECIES	11	TRNT1 (ENSPANG00000025944)	IL5RA (ENSPANG00000011489)	ENSPANG00000011250	ENSPANG00000041415	CNTN6 (ENSPANG00000010252)	ENSPANG00000050596	CHL1 (ENSPANG00000007743)	ENSPANG00000049590	CNTN3 (ENSPANG00000011424)	PDZRN3 (ENSPANG00000011423)	PPP4R2 (ENSPANG00000004247) #17	GXYLT2 (ENSPANG00000023883) #19	ENSPANG00000041507	SHQ1 (ENSPANG00000002881) #21	ENSPANG00000043336	RYBP (ENSPANG00000046879) #22	PROK2 (ENSPANG00000031802) #24	GPR27 (ENSPANG00000037165)	ENSPANG00000024441 ##25	FOXP1 (ENSPANG00000009084) #26	MDFIC2 (ENSPANG00000040564)	MITF (ENSPANG00000011565)	ENSPANG00000030680	FRMD4B (ENSPANG00000022151)	LMOD3 (ENSPANG00000011422)	ARL6IP5 (ENSPANG00000006554)	UBA3 (ENSPANG00000021492)	ENSPANG00000029557	TMF1 (ENSPANG00000014204)	EOGT (ENSPANG00000012769)	ENSPANG00000022502
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00440000033232.c	ENSGT00390000014001.b	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00390000004169.b #23	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00910000146944	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.a.a #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00530000063786.a.m	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a.d.a	ENSGT01040000240967	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697
Drill	MODERN SPECIES	264	EEFSEC (ENSMLEG00000041771)	ENSMLEG00000044016	RUVBL1 (ENSMLEG00000038540)	SEC61A1 (ENSMLEG00000032430)	KBTBD12 (ENSMLEG00000032213)	MGLL (ENSMLEG00000038697)	ABTB1 (ENSMLEG00000043506)	PODXL2 (ENSMLEG00000021945)	MCM2 (ENSMLEG00000038079)	TPRA1 (ENSMLEG00000034167)	ENSMLEG00000026183	PRR23E (ENSMLEG00000030492)	PPP4R2 (ENSMLEG00000040160) #17	GXYLT2 (ENSMLEG00000000099) #19	SHQ1 (ENSMLEG00000038493) #21	RYBP (ENSMLEG00000038150) #22	ENSMLEG00000037986 #23	PROK2 (ENSMLEG00000030120) #24	ENSMLEG00000010756	ENSMLEG00000038551 #25	FOXP1 (ENSMLEG00000037250) #26	MDFIC2 (ENSMLEG00000007420)	ENSMLEG00000034644	MITF (ENSMLEG00000039415)	FRMD4B (ENSMLEG00000034545)	LMOD3 (ENSMLEG00000008625)	ARL6IP5 (ENSMLEG00000032302)	ENSMLEG00000035493	UBA3 (ENSMLEG00000043478)	TMF1 (ENSMLEG00000035288)	EOGT (ENSMLEG00000026880)
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	650	SUMF1 (ENSCATG00000041356)	SETMAR (ENSCATG00000030348)	ENSCATG00000036442	LRRN1 (ENSCATG00000022421)	CRBN (ENSCATG00000031208)	TRNT1 (ENSCATG00000031985)	IL5RA (ENSCATG00000034457)	CNTN4 (ENSCATG00000013943)	CNTN6 (ENSCATG00000010690)	CHL1 (ENSCATG00000029263)	CNTN3 (ENSCATG00000034171)	PDZRN3 (ENSCATG00000011356)	PPP4R2 (ENSCATG00000043982) #17	GXYLT2 (ENSCATG00000041906) #19	SHQ1 (ENSCATG00000041238) #21	RYBP (ENSCATG00000034872) #22	ENSCATG00000036252 #23	PROK2 (ENSCATG00000034783) #24	ENSCATG00000004327	GPR27 (ENSCATG00000022613)	ENSCATG00000042150 #25	FOXP1 (ENSCATG00000044155) #26	MDFIC2 (ENSCATG00000030313)	ENSCATG00000035930	MITF (ENSCATG00000036190)	FRMD4B (ENSCATG00000041747)	LMOD3 (ENSCATG00000014427)	ARL6IP5 (ENSCATG00000029543)	ENSCATG00000029114	UBA3 (ENSCATG00000043878)	TMF1 (ENSCATG00000042507)
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00440000033232.c	ENSGT00390000014001.b	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975.g #17	ENSGT00490000044176.b.b ##18	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00910000146944	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00530000063786.a.m	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT01040000240967	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493
Gibbon	MODERN SPECIES	13	TRNT1 (ENSNLEG00000003226)	IL5RA (ENSNLEG00000003193)	CNTN4 (ENSNLEG00000003113)	ENSNLEG00000034611	ENSNLEG00000029240	CNTN6 (ENSNLEG00000003079)	CHL1 (ENSNLEG00000002952)	CNTN3 (ENSNLEG00000002884)	ENSNLEG00000036254	PDZRN3 (ENSNLEG00000002833)	PPP4R2 (ENSNLEG00000029576) #17	ENSNLEG00000035814 ##18	GXYLT2 (ENSNLEG00000002790) #19	ENSNLEG00000029680	SHQ1 (ENSNLEG00000002731) #21	RYBP (ENSNLEG00000031222) #22	PROK2 (ENSNLEG00000002696) #24	ENSNLEG00000002684 #25	FOXP1 (ENSNLEG00000002497) #26	MDFIC2 (ENSNLEG00000030576)	ENSNLEG00000002490	ENSNLEG00000029106	MITF (ENSNLEG00000002357)	FRMD4B (ENSNLEG00000002248)	LMOD3 (ENSNLEG00000002236)	ARL6IP5 (ENSNLEG00000029362)	UBA3 (ENSNLEG00000002198)	ENSNLEG00000031694	TMF1 (ENSNLEG00000002036)	EOGT (ENSNLEG00000001976)	TAFA4 (ENSNLEG00000001971)
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000014001.b	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000153272.a.b.o.b.b	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975.g #17	ENSGT00490000044176.b.b ##18	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00910000146944	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00530000063786.a.m	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT01040000240967	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493
Orangutan	MODERN SPECIES	16	LRRN1 (ENSPPYG00000013700)	CRBN (ENSPPYG00000013701)	TRNT1 (ENSPPYG00000013702)	IL5RA (ENSPPYG00000013703)	CNTN4 (ENSPPYG00000013704)	ENSPPYG00000033051	CNTN6 (ENSPPYG00000013706)	ENSPPYG00000013708	CHL1 (ENSPPYG00000013709)	CNTN3 (ENSPPYG00000013710)	PDZRN3 (ENSPPYG00000013713)	PPP4R2 (ENSPPYG00000013715) #17	GXYLT2 (ENSPPYG00000013716) #19	ENSPPYG00000038319	SHQ1 (ENSPPYG00000013717) #21	RYBP (ENSPPYG00000033076) #22	PROK2 (ENSPPYG00000013719) #24	GPR27 (ENSPPYG00000013720)	EIF4E3 (ENSPPYG00000033784) #25	FOXP1 (ENSPPYG00000013722) #26	MDFIC2 (ENSPPYG00000041220)	MITF (ENSPPYG00000013725)	FRMD4B (ENSPPYG00000013726)	LMOD3 (ENSPPYG00000013727)	ARL6IP5 (ENSPPYG00000013728)	UBA3 (ENSPPYG00000013729)	ENSPPYG00000038623	TMF1 (ENSPPYG00000013730)	EOGT (ENSPPYG00000013731)	ENSPPYG00000035430	TAFA1 (ENSPPYG00000013733)
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00530000063353.a.b.b	ENSGT00940000155947	ENSGT00930000151026.e.b	ENSGT00390000017040	ENSGT00940000154477.i	ENSGT00940000156324	ENSGT00390000017955.c.s.b	ENSGT00940000164367	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000153272.a.b.o.b.b	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975.g #17	ENSGT00490000044176.b.b ##18	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00910000146944	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00530000063786.a.m	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT01040000240967	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493
Gorilla	MODERN SPECIES	16	ROBO1 (ENSGGOG00000001449)	ENSGGOG00000027306	ENSGGOG00000040855	ROBO2 (ENSGGOG00000011779)	ENSGGOG00000041697	ENSGGOG00000040706	ENSGGOG00000025270	CNTN3 (ENSGGOG00000002395)	ENSGGOG00000024839	PDZRN3 (ENSGGOG00000008313)	ENSGGOG00000005021	PPP4R2 (ENSGGOG00000008408) #17	ENSGGOG00000043304	GXYLT2 (ENSGGOG00000005057) #19	SHQ1 (ENSGGOG00000034818) #21	RYBP (ENSGGOG00000040802) #22	PROK2 (ENSGGOG00000024537) #24	ENSGGOG00000039593	GPR27 (ENSGGOG00000010203)	ENSGGOG00000042096 #25	FOXP1 (ENSGGOG00000010391) #26	RNF151 (ENSGGOG00000009376)	MDFIC2 (ENSGGOG00000043971)	ENSGGOG00000026201	MITF (ENSGGOG00000024338)	FRMD4B (ENSGGOG00000002181)	LMOD3 (ENSGGOG00000015200)	ARL6IP5 (ENSGGOG00000000983)	ENSGGOG00000036802	UBA3 (ENSGGOG00000003959)	TMF1 (ENSGGOG00000006754)
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000155947	ENSGT00930000151026.e.b	ENSGT00390000017040	ENSGT00940000154477.i	ENSGT00940000156324	ENSGT00390000017955.c.s.b	ENSGT00940000164367	ENSGT00530000064266.e	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000153272.a.b.o.b.b	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975.g #17	ENSGT00490000044176.b.b ##18	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00910000146944	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00530000063786.a.m	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT01040000240967	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493
Pan	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000154477.i	ENSGT00940000156324	ENSGT00390000017955.c.s.b	ENSGT00940000164367	ENSGT00530000064266.e	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000153272.a.b.o.b.b	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00440000039029.g.b	ENSGT00490000044176.b.b ##18	ENSGT00940000160975.g #17	ENSGT00950000182841.b.a.a.b.a.a.b.b.a.b.c.b.b	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00940000153510.a.f #20	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00910000146944	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00530000063786.a.m	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT01040000240967	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493
Chimpanzee	MODERN SPECIES	16	ENSPTRG00000046458	ENSPTRG00000045243	ENSPTRG00000045768	ENSPTRG00000042566	ENSPTRG00000049296	CNTN3 (ENSPTRG00000015111)	ENSPTRG00000045687	PDZRN3 (ENSPTRG00000015109)	ENSPTRG00000043397	ENSPTRG00000040549 ##18	ENSPTRG00000049304	PPP4R2 (ENSPTRG00000015108) #19	ENSPTRG00000048729	ENSPTRG00000044295 #20	SHQ1 (ENSPTRG00000015106) #21	RYBP (ENSPTRG00000051886) #22	PROK2 (ENSPTRG00000015104) #24	ENSPTRG00000048214	GPR27 (ENSPTRG00000015103)	EIF4E3 (ENSPTRG00000015102) #25	FOXP1 (ENSPTRG00000015101) #26	MDFIC2 (ENSPTRG00000044422)	ENSPTRG00000044227	MITF (ENSPTRG00000015100)	FRMD4B (ENSPTRG00000015098)	LMOD3 (ENSPTRG00000015097)	ARL6IP5 (ENSPTRG00000015096)	ENSPTRG00000048155	UBA3 (ENSPTRG00000015095)	TMF1 (ENSPTRG00000015094)	EOGT (ENSPTRG00000015092)
Bonobo	MODERN SPECIES	16	ENSPPAG00000041147	ENSPPAG00000038879	FRG2C (ENSPPAG00000034046)	HIC2 (ENSPPAG00000037732)	ENSPPAG00000026052	CNTN3 (ENSPPAG00000028261)	ENSPPAG00000020828	PDZRN3 (ENSPPAG00000037945)	ENSPPAG00000022036	EBLN2 (ENSPPAG00000043421) ##18	PPP4R2 (ENSPPAG00000042397) #17	ENSPPAG00000009897	GXYLT2 (ENSPPAG00000037639) #19	ENSPPAG00000029534	SHQ1 (ENSPPAG00000027714) #21	RYBP (ENSPPAG00000039197) #22	PROK2 (ENSPPAG00000038388) #24	ENSPPAG00000038441	ENSPPAG00000035020 #25	FOXP1 (ENSPPAG00000039148) #26	MDFIC2 (ENSPPAG00000036914)	ENSPPAG00000030278	MITF (ENSPPAG00000041237)	FRMD4B (ENSPPAG00000021170)	LMOD3 (ENSPPAG00000033796)	ARL6IP5 (ENSPPAG00000033634)	UBA3 (ENSPPAG00000031816)	TMF1 (ENSPPAG00000042538)	EOGT (ENSPPAG00000040173)	TAFA4 (ENSPPAG00000038870)	ENSPPAG00000032744
Human	MODERN SPECIES	15	POU1F1 (ENSG00000064835)	CHMP2B (ENSG00000083937)	VGLL3 (ENSG00000206538)	CADM2 (ENSG00000175161)	GBE1 (ENSG00000114480)	ROBO1 (ENSG00000169855)	ROBO2 (ENSG00000185008)	ZNF717 (ENSG00000227124)	FRG2C (ENSG00000172969)	CNTN3 (ENSG00000113805)	PDZRN3 (ENSG00000121440)	EBLN2 (ENSG00000255423) ##18	PPP4R2 (ENSG00000163605) #17	GXYLT2 (ENSG00000172986) #19	SHQ1 (ENSG00000144736) #21	RYBP (ENSG00000163602) #22	PROK2 (ENSG00000163421) #24	GPR27 (ENSG00000170837)	EIF4E3 (ENSG00000163412) #25	ENSG00000285708	FOXP1 (ENSG00000114861) #26	MDFIC2 (ENSG00000242120)	MITF (ENSG00000187098)	FRMD4B (ENSG00000114541)	LMOD3 (ENSG00000163380)	ARL6IP5 (ENSG00000144746)	UBA3 (ENSG00000144744)	TMF1 (ENSG00000144747)	EOGT (ENSG00000163378)	TAFA4 (ENSG00000163377)	TAFA1 (ENSG00000183662)
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000169558	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00490000044176 #18	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00940000153510.a.f #20	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831.c	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000169558	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00490000044176 #18	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00940000153510.a.f #20	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831.c	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
Marmoset	MODERN SPECIES	6	CNTN6 (ENSCJAG00000015346)	ENSCJAG00000084962	CHL1 (ENSCJAG00000015257)	ENSCJAG00000082047	ENSCJAG00000077178	CNTN3 (ENSCJAG00000015217)	ENSCJAG00000015202	ENSCJAG00000080600	ENSCJAG00000070041	PDZRN3 (ENSCJAG00000015181)	ENSCJAG00000079111	PPP4R2 (ENSCJAG00000041360) #17	GXYLT2 (ENSCJAG00000015146) #19	ENSCJAG00000075002	SHQ1 (ENSCJAG00000015131) #21	RYBP (ENSCJAG00000053393) #22	ENSCJAG00000083199	ENSCJAG00000079742	ENSCJAG00000074041	PROK2 (ENSCJAG00000080226) #24	GPR27 (ENSCJAG00000040260)	ENSCJAG00000044237 #25	FOXP1 (ENSCJAG00000013138) #26	ENSCJAG00000072251	MDFIC2 (ENSCJAG00000064939)	MITF (ENSCJAG00000013260)	FRMD4B (ENSCJAG00000013312)	LMOD3 (ENSCJAG00000013357)	ARL6IP5 (ENSCJAG00000044302)	UBA3 (ENSCJAG00000013395)	TMF1 (ENSCJAG00000013491)
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	24							ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000169558	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00490000044176 #18	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00940000153510.a.f #20	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831.c	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	156									CNTN3 (ENSSBOG00000013155)	PDZRN3 (ENSSBOG00000029197)	PPP4R2 (ENSSBOG00000018839) #17	ENSSBOG00000030623 #18	GXYLT2 (ENSSBOG00000021809) #19	ENSSBOG00000030665 #20	SHQ1 (ENSSBOG00000021038) #21	RYBP (ENSSBOG00000024112) #22	PROK2 (ENSSBOG00000029837) #24	EIF4E3 (ENSSBOG00000020647) #25	FOXP1 (ENSSBOG00000027035) #26	MDFIC2 (ENSSBOG00000022036)	MITF (ENSSBOG00000023784)	FRMD4B (ENSSBOG00000029694)	LMOD3 (ENSSBOG00000031092)	ARL6IP5 (ENSSBOG00000033916)	ENSSBOG00000028598	TMF1 (ENSSBOG00000024217)	ENSSBOG00000036317	EOGT (ENSSBOG00000025714)	TAFA4 (ENSSBOG00000027474)	ENSSBOG00000027899
Capuchin	MODERN SPECIES	152							CHL1 (ENSCCAG00000031503)	CNTN3 (ENSCCAG00000032568)	ENSCCAG00000028882	PDZRN3 (ENSCCAG00000028868)	ENSCCAG00000008412	PPP4R2 (ENSCCAG00000023322) #17	GXYLT2 (ENSCCAG00000023840) #19	ENSCCAG00000035805 #20	ENSCCAG00000027080 #21	RYBP (ENSCCAG00000025583) #22	PROK2 (ENSCCAG00000020540) #24	GPR27 (ENSCCAG00000032437)	EIF4E3 (ENSCCAG00000002248) #25
Mas night monkey	MODERN SPECIES	1103											PDZRN3 (ENSANAG00000024526)	ENSANAG00000024156	GXYLT2 (ENSANAG00000029166) #19	ENSANAG00000033608 #20	ENSANAG00000029241 #21	RYBP (ENSANAG00000027832) #22	PROK2 (ENSANAG00000025790) #24	GPR27 (ENSANAG00000015856)	EIF4E3 (ENSANAG00000031727) #25	FOXP1 (ENSANAG00000028269) #26	ENSANAG00000017661	ENSANAG00000020794	MDFIC2 (ENSANAG00000031584)	MITF (ENSANAG00000033269)	FRMD4B (ENSANAG00000034952)	LMOD3 (ENSANAG00000020335)	ARL6IP5 (ENSANAG00000021456)	ENSANAG00000035877	TMF1 (ENSANAG00000037546)	EOGT (ENSANAG00000030876)	TAFA4 (ENSANAG00000020763)
Tarsier	MODERN SPECIES	7169																RYBP (ENSTSYG00000002235) #22
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00650000094763	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	73	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882
Mouse lemur	MODERN SPECIES	25								CNTN6 (ENSMICG00000001000)	CHL1 (ENSMICG00000010518)	CNTN3 (ENSMICG00000006231)	ENSMICG00000038029	PDZRN3 (ENSMICG00000028272)	ENSMICG00000042500 #17	GXYLT2 (ENSMICG00000036477) #19	SHQ1 (ENSMICG00000009224) #21	RYBP (ENSMICG00000045355) #22	PROK2 (ENSMICG00000001127) #24	GPR27 (ENSMICG00000032202)	EIF4E3 (ENSMICG00000001125) #25	FOXP1 (ENSMICG00000005350) #26	MDFIC2 (ENSMICG00000032034)	MITF (ENSMICG00000002894)	ZNF354A (ENSMICG00000006390)	CLK4 (ENSMICG00000038063)	COL23A1 (ENSMICG00000005409)	PHYKPL (ENSMICG00000005397)	HNRNPAB (ENSMICG00000027030)	NHP2 (ENSMICG00000005379)	RMND5B (ENSMICG00000005367)	N4BP3 (ENSMICG00000033359)	B4GALT7 (ENSMICG00000034153)
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	211																ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	536															ENSPCOG00000027686	RYBP (ENSPCOG00000025214) #22	PROK2 (ENSPCOG00000023753) #24	GPR27 (ENSPCOG00000025824)	EIF4E3 (ENSPCOG00000022529) #25	FOXP1 (ENSPCOG00000016995) #26	MDFIC2 (ENSPCOG00000017992)
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	657																RYBP (ENSPSMG00000016629) #22	PROK2 (ENSPSMG00000016641) #24	GPR27 (ENSPSMG00000016654)	EIF4E3 (ENSPSMG00000016679) #25	FOXP1 (ENSPSMG00000016990) #26	MDFIC2 (ENSPSMG00000017390)	MITF (ENSPSMG00000017533)	FRMD4B (ENSPSMG00000017680)	LMOD3 (ENSPSMG00000017702)	ENSPSMG00000017713	UBA3 (ENSPSMG00000017781)	TMF1 (ENSPSMG00000017887)	EOGT (ENSPSMG00000017952)	TAFA4 (ENSPSMG00000017971)
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00650000094763	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607
Tree shrew	MODERN SPECIES	3117																RYBP (ENSTBEG00000003789) #22
Glires	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00650000094763	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00650000094763	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	331	Itpr1 (ENSDORG00000005966)	Sumf1 (ENSDORG00000006695)	Setmar (ENSDORG00000026212)	Lrrn1 (ENSDORG00000023814)	Crbn (ENSDORG00000014038)	Trnt1 (ENSDORG00000014035)	Il5ra (ENSDORG00000014033)	Cntn4 (ENSDORG00000014028)	Cntn6 (ENSDORG00000005702)	Chl1 (ENSDORG00000010546)	Cntn3 (ENSDORG00000000121)	Pdzrn3 (ENSDORG00000002686)	ENSDORG00000023761	Gxylt2 (ENSDORG00000010918) #19	ENSDORG00000029850 #21	Rybp (ENSDORG00000015021) #22	Prok2 (ENSDORG00000006150) #24	Eif4e3 (ENSDORG00000006531) #25	Foxp1 (ENSDORG00000009604) #26	Mdfic2 (ENSDORG00000029192)	Mitf (ENSDORG00000003336)	Frmd4b (ENSDORG00000002184)	Lmod3 (ENSDORG00000000518)	Arl6ip5 (ENSDORG00000029346)	Uba3 (ENSDORG00000000516)	Tmf1 (ENSDORG00000000515)	Eogt (ENSDORG00000000514)	Tafa4 (ENSDORG00000028398)	Tafa1 (ENSDORG00000008222)	Suclg2 (ENSDORG00000016563)	Kbtbd8 (ENSDORG00000000438)
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00440000035348.l	ENSGT00940000162607
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00440000035348.l	ENSGT00940000162607
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00440000035348.l	ENSGT00940000162607
Prairie vole	DUPLICATION
Prairie vole	MODERN SPECIES	130													ENSMOCG00000010977	Ncr1 (ENSMOCG00000015667)	Gp6 (ENSMOCG00000005915)	ENSMOCG00000006750 #22	Rdh13 (ENSMOCG00000001774)	ENSMOCG00000019191	Ppp1r12c (ENSMOCG00000021994)	Tnnt1 (ENSMOCG00000016771)	Tnni3 (ENSMOCG00000003904)	Dnaaf3 (ENSMOCG00000018937)	Syt5 (ENSMOCG00000015939)	Tmem86b (ENSMOCG00000007183)	Ppp6r1 (ENSMOCG00000021392)	Hspbp1 (ENSMOCG00000016855)	Brsk1 (ENSMOCG00000012734)	Tmem150b (ENSMOCG00000006716)	Kmt5c (ENSMOCG00000013978)	Cox6b2 (ENSMOCG00000007830)	ENSMOCG00000019215
Prairie vole	MODERN SPECIES	84	Trnt1 (ENSMOCG00000004539)	Il5ra (ENSMOCG00000015311)	Cntn4 (ENSMOCG00000013257)	Cntn6 (ENSMOCG00000005399)	ENSMOCG00000009333	ENSMOCG00000016932	ENSMOCG00000020899	ENSMOCG00000002512	ENSMOCG00000021562	Cntn3 (ENSMOCG00000007453)	ENSMOCG00000009808	Pdzrn3 (ENSMOCG00000015544)	ENSMOCG00000000955 #17	Gxylt2 (ENSMOCG00000001994) #19	Shq1 (ENSMOCG00000017836) #21	ENSMOCG00000006102 #22	Prok2 (ENSMOCG00000016202) #24	Gpr27 (ENSMOCG00000010723)	Eif4e3 (ENSMOCG00000020297) #25	Foxp1 (ENSMOCG00000013376) #26	Mdfic2 (ENSMOCG00000007282)	Mitf (ENSMOCG00000021092)	Frmd4b (ENSMOCG00000016753)	Lmod3 (ENSMOCG00000013878)	Arl6ip5 (ENSMOCG00000012711)	Uba3 (ENSMOCG00000022540)	Tmf1 (ENSMOCG00000021252)	Eogt (ENSMOCG00000010159)	Tafa4 (ENSMOCG00000019487)	Tafa1 (ENSMOCG00000005890)	Suclg2 (ENSMOCG00000019822)
Northern American deer mouse	DUPLICATION
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	16	ENSPEMG00000025770	Itpr1 (ENSPEMG00000018533)	Sumf1 (ENSPEMG00000012549)	Setmar (ENSPEMG00000023423)	Lrrn1 (ENSPEMG00000019903)	Crbn (ENSPEMG00000020177)	Trnt1 (ENSPEMG00000019845)	Il5ra (ENSPEMG00000000193)	Cntn4 (ENSPEMG00000020085)	Cntn6 (ENSPEMG00000019384)	Chl1 (ENSPEMG00000023675)	Cntn3 (ENSPEMG00000014200)	Pdzrn3 (ENSPEMG00000019769)	Gxylt2 (ENSPEMG00000005596) #19	Shq1 (ENSPEMG00000000251) #21	ENSPEMG00000017621 #22	ENSPEMG00000028366	Prok2 (ENSPEMG00000030947) #24	ENSPEMG00000026210	Gpr27 (ENSPEMG00000030430)	Eif4e3 (ENSPEMG00000015380) #25	Foxp1 (ENSPEMG00000010742) #26	ENSPEMG00000026818	Mdfic2 (ENSPEMG00000002945)	Mitf (ENSPEMG00000002848)	Frmd4b (ENSPEMG00000018860)	Lmod3 (ENSPEMG00000016784)	Arl6ip5 (ENSPEMG00000016527)	Uba3 (ENSPEMG00000014697)	Tmf1 (ENSPEMG00000012807)	Eogt (ENSPEMG00000010950)
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES		ENSPEMG00000008070 #17	ENSPEMG00000030555	ENSPEMG00000027791	ENSPEMG00000028567	ENSPEMG00000025043	ENSPEMG00000024355	ENSPEMG00000025523	ENSPEMG00000028275	ENSPEMG00000025273	ENSPEMG00000029967	ENSPEMG00000028740	ENSPEMG00000018342	ENSPEMG00000024919	ENSPEMG00000000548	ENSPEMG00000021688	ENSPEMG00000019540 #22	ENSPEMG00000028735	ENSPEMG00000021886	ENSPEMG00000024193	ENSPEMG00000026564	ENSPEMG00000025606	ENSPEMG00000029556	ENSPEMG00000023355	ENSPEMG00000022128	Ppp2r1a (ENSPEMG00000022177)	ENSPEMG00000021758	ENSPEMG00000028027	ENSPEMG00000024558	ENSPEMG00000029389	Vmn1r237 (ENSPEMG00000024592)	ENSPEMG00000030204
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	144	Lrrn1 (ENSCGRG00001000760)	Crbn (ENSCGRG00001014850)	Trnt1 (ENSCGRG00001009998)	Il5ra (ENSCGRG00001023890)	Cntn4 (ENSCGRG00001005552)	Cntn6 (ENSCGRG00001012547)	Chl1 (ENSCGRG00001021609)	ENSCGRG00001015306	ENSCGRG00001015607	Cntn3 (ENSCGRG00001013551)	ENSCGRG00001003940	Pdzrn3 (ENSCGRG00001017365)	Ppp4r2 (ENSCGRG00001010724)	Gxylt2 (ENSCGRG00001012822) #19	Shq1 (ENSCGRG00001012583) #21	Rybp (ENSCGRG00001020152) #22	ENSCGRG00001005960	Prok2 (ENSCGRG00001020805) #24	Gpr27 (ENSCGRG00001001036)	Eif4e3 (ENSCGRG00001016500) #25	Foxp1 (ENSCGRG00001015802) #26	Mdfic2 (ENSCGRG00001018361)	Mitf (ENSCGRG00001011883)	Frmd4b (ENSCGRG00001020840)	Lmod3 (ENSCGRG00001010389)	Arl6ip5 (ENSCGRG00001018813)	Uba3 (ENSCGRG00001022490)	Tmf1 (ENSCGRG00001018858)	Eogt (ENSCGRG00001015087)	Tafa4 (ENSCGRG00001013503)	ENSCGRG00001008617
Golden Hamster	MODERN SPECIES	643										Cntn3 (ENSMAUG00000010639)	Pdzrn3 (ENSMAUG00000007003)	Ppp4r2 (ENSMAUG00000010766)	Gxylt2 (ENSMAUG00000021811) #19	Shq1 (ENSMAUG00000022030) #21	ENSMAUG00000010991	Rybp (ENSMAUG00000010834) #22	Prok2 (ENSMAUG00000007849) #24	Gpr27 (ENSMAUG00000010831)	Eif4e3 (ENSMAUG00000019824) #25	Foxp1 (ENSMAUG00000022171) #26	Mdfic2 (ENSMAUG00000012915)	Mitf (ENSMAUG00000004545)	Frmd4b (ENSMAUG00000007225)	Lmod3 (ENSMAUG00000010204)	Arl6ip5 (ENSMAUG00000009657)	Uba3 (ENSMAUG00000017525)	Tmf1 (ENSMAUG00000021427)	Eogt (ENSMAUG00000017534)	ENSMAUG00000020979	Tafa4 (ENSMAUG00000019968)	Tafa1 (ENSMAUG00000019067)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00440000035348.l	ENSGT00940000162607
Rat	MODERN SPECIES	14	Lrrn1 (ENSRNOG00000006802)	Crbn (ENSRNOG00000006534)	Trnt1 (ENSRNOG00000006432)	Il5ra (ENSRNOG00000005954)	Cntn4 (ENSRNOG00000005652)	Cntn6 (ENSRNOG00000032517)	AABR07061614.1 (ENSRNOG00000032820)	ENSRNOG00000065903	Chl1 (ENSRNOG00000045771)	Cntn3 (ENSRNOG00000006144)	Pdzrn3 (ENSRNOG00000057556)	Ppp4r2 (ENSRNOG00000024647)	Gxylt2 (ENSRNOG00000005621) #19	Actg1-ps9 (ENSRNOG00000062691)	Shq1 (ENSRNOG00000005433) #21	LOC120102351 (ENSRNOG00000005353) #22	LOC120102174 (ENSRNOG00000033673)	Prok2 (ENSRNOG00000010898) #24	Ier3ip1-ps1 (ENSRNOG00000030004)	Gpr27 (ENSRNOG00000010880)	Eif4e3 (ENSRNOG00000010301) #25	Foxp1 (ENSRNOG00000009184) #26	Mdfic2 (ENSRNOG00000064294)	Mitf (ENSRNOG00000008658)	Frmd4b (ENSRNOG00000007764)	Lmod3 (ENSRNOG00000032443)	Arl6ip5 (ENSRNOG00000006818)	Uba3 (ENSRNOG00000006221)	Tmf1 (ENSRNOG00000056462)	Eogt (ENSRNOG00000024533)	Tafa4 (ENSRNOG00000005830)
Mus	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00440000035348.l	ENSGT00940000162607
Shrew mouse	MODERN SPECIES	11	Itpr1 (MGP_PahariEiJ_G0022454)	Sumf1 (MGP_PahariEiJ_G0022453)	Setmar (MGP_PahariEiJ_G0022452)	Lrrn1 (MGP_PahariEiJ_G0022451)	Crbn (MGP_PahariEiJ_G0022450)	Trnt1 (MGP_PahariEiJ_G0022449)	Il5ra (MGP_PahariEiJ_G0022448)	MGP_PahariEiJ_G0022447	Cntn6 (MGP_PahariEiJ_G0022446)	Chl1 (MGP_PahariEiJ_G0022445)	Cntn3 (MGP_PahariEiJ_G0022444)	Pdzrn3 (MGP_PahariEiJ_G0022443)	Ppp4r2 (MGP_PahariEiJ_G0022442)	Gxylt2 (MGP_PahariEiJ_G0022441) #19	Shq1 (MGP_PahariEiJ_G0022440) #21	Rybp (MGP_PahariEiJ_G0022439) #22	Prok2 (MGP_PahariEiJ_G0022438) #24	Gpr27 (MGP_PahariEiJ_G0022437)	Eif4e3 (MGP_PahariEiJ_G0022436) #25	MGP_PahariEiJ_G0022435	Foxp1 (MGP_PahariEiJ_G0022434) #26	Mdfic2 (MGP_PahariEiJ_G0022433)	Mitf (MGP_PahariEiJ_G0022432)	Frmd4b (MGP_PahariEiJ_G0022431)	Lmod3 (MGP_PahariEiJ_G0022430)	Arl6ip5 (MGP_PahariEiJ_G0022429)	Uba3 (MGP_PahariEiJ_G0022428)	Tmf1 (MGP_PahariEiJ_G0022427)	Eogt (MGP_PahariEiJ_G0022426)	Tafa4 (MGP_PahariEiJ_G0022425)	Nup50l (MGP_PahariEiJ_G0022424)
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a.e	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00440000035348.l	ENSGT00940000162607
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	15	Itpr1 (MGP_CAROLIEiJ_G0028703)	Sumf1 (MGP_CAROLIEiJ_G0028702)	Setmar (MGP_CAROLIEiJ_G0028701)	Lrrn1 (MGP_CAROLIEiJ_G0028700)	Crbn (MGP_CAROLIEiJ_G0028699)	Trnt1 (MGP_CAROLIEiJ_G0028698)	Il5ra (MGP_CAROLIEiJ_G0028697)	Cntn4 (MGP_CAROLIEiJ_G0028696)	Cntn6 (MGP_CAROLIEiJ_G0028695)	Chl1 (MGP_CAROLIEiJ_G0028694)	Cntn3 (MGP_CAROLIEiJ_G0028693)	Pdzrn3 (MGP_CAROLIEiJ_G0028692)	Ppp4r2 (MGP_CAROLIEiJ_G0028691)	Gxylt2 (MGP_CAROLIEiJ_G0028690) #19	Shq1 (MGP_CAROLIEiJ_G0028689) #21	Rybp (MGP_CAROLIEiJ_G0028688) #22	Prok2 (MGP_CAROLIEiJ_G0028687) #24	Gpr27 (MGP_CAROLIEiJ_G0028686)	Eif4e3 (MGP_CAROLIEiJ_G0028685) #25	MGP_CAROLIEiJ_G0028684	Foxp1 (MGP_CAROLIEiJ_G0028683) #26	Mdfic2 (MGP_CAROLIEiJ_G0028682)	Mitf (MGP_CAROLIEiJ_G0028681)	MGP_CAROLIEiJ_G0028680	Arl6ip5 (MGP_CAROLIEiJ_G0028679)	MGP_CAROLIEiJ_G0028678	MGP_CAROLIEiJ_G0028677	MGP_CAROLIEiJ_G0028676	MGP_CAROLIEiJ_G0028675	Nup50l (MGP_CAROLIEiJ_G0028674)	MGP_CAROLIEiJ_G0028673
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a.e	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00440000035348.l	ENSGT00940000162607
Mouse	MODERN SPECIES	15	Itpr1 (ENSMUSG00000030102)	Sumf1 (ENSMUSG00000030101)	Setmar (ENSMUSG00000034639)	Lrrn1 (ENSMUSG00000034648)	Crbn (ENSMUSG00000005362)	Trnt1 (ENSMUSG00000013736)	Il5ra (ENSMUSG00000005364)	Cntn4 (ENSMUSG00000064293)	Cntn6 (ENSMUSG00000030092)	Chl1 (ENSMUSG00000030077)	Cntn3 (ENSMUSG00000030075)	Pdzrn3 (ENSMUSG00000035357)	Ppp4r2 (ENSMUSG00000052144)	Gxylt2 (ENSMUSG00000030074) #19	Shq1 (ENSMUSG00000035378) #21	Rybp (ENSMUSG00000072872) #22	Prok2 (ENSMUSG00000030069) #24	Gpr27 (ENSMUSG00000072875)	Eif4e3 (ENSMUSG00000093661) #25	Foxp1 (ENSMUSG00000030067) #26	Mdfic2 (ENSMUSG00000090667)	Mitf (ENSMUSG00000035158)	Frmd4b (ENSMUSG00000030064)	Lmod3 (ENSMUSG00000044086)	Arl6ip5 (ENSMUSG00000035199)	Uba3 (ENSMUSG00000030061)	Tmf1 (ENSMUSG00000030059)	Eogt (ENSMUSG00000035245)	Tafa4 (ENSMUSG00000046500)	Nup50l (ENSMUSG00000072878)	Tafa1 (ENSMUSG00000059187)
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a.e	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00440000035348.l	ENSGT00940000162607
spretus	MODERN SPECIES	15	Itpr1 (MGP_SPRETEiJ_G0029731)	Sumf1 (MGP_SPRETEiJ_G0029730)	Setmar (MGP_SPRETEiJ_G0029729)	Lrrn1 (MGP_SPRETEiJ_G0029728)	Crbn (MGP_SPRETEiJ_G0029727)	Trnt1 (MGP_SPRETEiJ_G0029726)	Il5ra (MGP_SPRETEiJ_G0029725)	Cntn4 (MGP_SPRETEiJ_G0029724)	Cntn6 (MGP_SPRETEiJ_G0029723)	Chl1 (MGP_SPRETEiJ_G0029722)	Cntn3 (MGP_SPRETEiJ_G0029721)	Pdzrn3 (MGP_SPRETEiJ_G0029720)	Ppp4r2 (MGP_SPRETEiJ_G0029719)	Gxylt2 (MGP_SPRETEiJ_G0029718) #19	Shq1 (MGP_SPRETEiJ_G0029717) #21	Rybp (MGP_SPRETEiJ_G0029716) #22	Prok2 (MGP_SPRETEiJ_G0029715) #24	Gpr27 (MGP_SPRETEiJ_G0029714)	Eif4e3 (MGP_SPRETEiJ_G0029713) #25	MGP_SPRETEiJ_G0029712	Foxp1 (MGP_SPRETEiJ_G0029711) #26	Mdfic2 (MGP_SPRETEiJ_G0029710)	Mitf (MGP_SPRETEiJ_G0029709)	Frmd4b (MGP_SPRETEiJ_G0029708)	Lmod3 (MGP_SPRETEiJ_G0029707)	Arl6ip5 (MGP_SPRETEiJ_G0029706)	Uba3 (MGP_SPRETEiJ_G0029705)	Tmf1 (MGP_SPRETEiJ_G0029704)	Eogt (MGP_SPRETEiJ_G0029703)	Tafa4 (MGP_SPRETEiJ_G0029702)	Nup50l (MGP_SPRETEiJ_G0029701)
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3356											Cntn3 (ENSMSIG00000030860)	Pdzrn3 (ENSMSIG00000030855)	Ppp4r2 (ENSMSIG00000030852)	Gxylt2 (ENSMSIG00000030850) #19	Shq1 (ENSMSIG00000030841) #21	Rybp (ENSMSIG00000030836) #22	ENSMSIG00000030829	Prok2 (ENSMSIG00000030827) #24	Gpr27 (ENSMSIG00000030826)	Eif4e3 (ENSMSIG00000030822) #25	Foxp1 (ENSMSIG00000030580) #26	Mdfic2 (ENSMSIG00000030573)	ENSMSIG00000030568	Mitf (ENSMSIG00000030546)	ENSMSIG00000030528
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	763											Cntn3 (ENSNGAG00000022686)	Pdzrn3 (ENSNGAG00000023079)	ENSNGAG00000023250 #17	Gxylt2 (ENSNGAG00000003681) #19	Shq1 (ENSNGAG00000023317) #21	Rybp (ENSNGAG00000006529) #22	Prok2 (ENSNGAG00000020136) #24	Gpr27 (ENSNGAG00000004137)	Eif4e3 (ENSNGAG00000000837) #25
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	45	ENSJJAG00000004639	Crbn (ENSJJAG00000011234)	Trnt1 (ENSJJAG00000018561)	Il5ra (ENSJJAG00000010396)	Cntn4 (ENSJJAG00000023102)	ENSJJAG00000010075	Cntn6 (ENSJJAG00000013679)	ENSJJAG00000017679	Chl1 (ENSJJAG00000020689)	ENSJJAG00000000622	Cntn3 (ENSJJAG00000012448)	Pdzrn3 (ENSJJAG00000000291)	ENSJJAG00000022712 #17	Gxylt2 (ENSJJAG00000013774) #19	Shq1 (ENSJJAG00000017611) #21	Rybp (ENSJJAG00000017045) #22	Prok2 (ENSJJAG00000021320) #24	Gpr27 (ENSJJAG00000011153)	Eif4e3 (ENSJJAG00000002638) #25	Foxp1 (ENSJJAG00000022621) #26	Mdfic2 (ENSJJAG00000012963)	Mitf (ENSJJAG00000018472)	Frmd4b (ENSJJAG00000023390)	Minar2 (ENSJJAG00000000279)	Adamts19 (ENSJJAG00000021431)	Isoc1 (ENSJJAG00000019157)	Slc27a6 (ENSJJAG00000020519)	ENSJJAG00000017710	Fbn2 (ENSJJAG00000020592)	Slc12a2 (ENSJJAG00000019580)	ENSJJAG00000017426
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00650000094763	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00650000094763	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831.i	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	45	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831.i	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
Guinea pig	MODERN SPECIES	16	SUMF1 (ENSCPOG00000014854)	ENSCPOG00000019854	LRRN1 (ENSCPOG00000006583)	CRBN (ENSCPOG00000007851)	TRNT1 (ENSCPOG00000007849)	Il5ra (ENSCPOG00000007845)	CNTN4 (ENSCPOG00000026863)	CNTN6 (ENSCPOG00000001124)	CHL1 (ENSCPOG00000014986)	CNTN3 (ENSCPOG00000003218)	PDZRN3 (ENSCPOG00000030488)	PPP4R2 (ENSCPOG00000036245) #17	ENSCPOG00000030150	GXYLT2 (ENSCPOG00000000442) #19	SHQ1 (ENSCPOG00000011443) #21	RYBP (ENSCPOG00000032177) #22	PROK2 (ENSCPOG00000033908) #24	EIF4E3 (ENSCPOG00000000391) #25	FOXP1 (ENSCPOG00000003726) #26	MDFIC2 (ENSCPOG00000036240)	MITF (ENSCPOG00000014963)	FRMD4B (ENSCPOG00000037444)	LMOD3 (ENSCPOG00000013314)	ARL6IP5 (ENSCPOG00000033968)	UBA3 (ENSCPOG00000030763)	TMF1 (ENSCPOG00000013302)	EOGT (ENSCPOG00000013299)	TAFA4 (ENSCPOG00000013292)	TAFA1 (ENSCPOG00000014183)	SUCLG2 (ENSCPOG00000013421)	KBTBD8 (ENSCPOG00000012739)
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831.i	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	128	ITPR1 (ENSCLAG00000009445)	SUMF1 (ENSCLAG00000004509)	ENSCLAG00000005640	LRRN1 (ENSCLAG00000004896)	CRBN (ENSCLAG00000004930)	TRNT1 (ENSCLAG00000005186)	IL5RA (ENSCLAG00000005656)	CNTN4 (ENSCLAG00000006463)	CNTN6 (ENSCLAG00000008602)	CHL1 (ENSCLAG00000006459)	CNTN3 (ENSCLAG00000009614)	PDZRN3 (ENSCLAG00000010964)	PPP4R2 (ENSCLAG00000003231) #17	GXYLT2 (ENSCLAG00000003908) #19	SHQ1 (ENSCLAG00000004206) #21	RYBP (ENSCLAG00000006008) #22	PROK2 (ENSCLAG00000003618) #24	EIF4E3 (ENSCLAG00000003818) #25	FOXP1 (ENSCLAG00000004963) #26	MDFIC2 (ENSCLAG00000003152)	MITF (ENSCLAG00000003365)	ENSCLAG00000004383	FRMD4B (ENSCLAG00000003792)	LMOD3 (ENSCLAG00000006151)	ARL6IP5 (ENSCLAG00000003471)	UBA3 (ENSCLAG00000003651)	TMF1 (ENSCLAG00000004298)	EOGT (ENSCLAG00000004823)	TAFA4 (ENSCLAG00000011274)	TAFA1 (ENSCLAG00000011025)	SUCLG2 (ENSCLAG00000011578)
Degu	MODERN SPECIES	71	CNTN4 (ENSODEG00000007155)	CNTN6 (ENSODEG00000006499)	ENSODEG00000007284	ENSODEG00000019383	CHL1 (ENSODEG00000010169)	ENSODEG00000019392	CNTN3 (ENSODEG00000006512)	PDZRN3 (ENSODEG00000008618)	ENSODEG00000006984	ENSODEG00000006618	ENSODEG00000007939	ENSODEG00000007497	ENSODEG00000019359	GXYLT2 (ENSODEG00000008178) #19	SHQ1 (ENSODEG00000009192) #21	RYBP (ENSODEG00000008699) #22	PROK2 (ENSODEG00000007144) #24	GPR27 (ENSODEG00000006497)	EIF4E3 (ENSODEG00000006191) #25	FOXP1 (ENSODEG00000007047) #26	MDFIC2 (ENSODEG00000006638)	MITF (ENSODEG00000009287)	ENSODEG00000006902	FRMD4B (ENSODEG00000005588)	LMOD3 (ENSODEG00000005409)	ENSODEG00000007217	ARL6IP5 (ENSODEG00000006820)	ENSODEG00000007097	TMF1 (ENSODEG00000007699)	EOGT (ENSODEG00000006871)	TAFA4 (ENSODEG00000005744)
Naked mole-rat female	DUPLICATION
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	28	CNTN4 (ENSHGLG00000006279)	ENSHGLG00000038160	CNTN6 (ENSHGLG00000003847)	ENSHGLG00000003621	ENSHGLG00000042664	ENSHGLG00000002080	ENSHGLG00000032578	ENSHGLG00000003660	ENSHGLG00000038372	ENSHGLG00000041034	ENSHGLG00000041798	PDZRN3 (ENSHGLG00000003072)	PPP4R2 (ENSHGLG00000002829) #17	GXYLT2 (ENSHGLG00000002778) #19	SHQ1 (ENSHGLG00000003637) #21	RYBP (ENSHGLG00000040203) #22	PROK2 (ENSHGLG00000046701) #24	GPR27 (ENSHGLG00000002574)	EIF4E3 (ENSHGLG00000019560) #25	ENSHGLG00000040329	FOXP1 (ENSHGLG00000002984) #26	MDFIC2 (ENSHGLG00000043866)	MITF (ENSHGLG00000002575)	FRMD4B (ENSHGLG00000003001)	LMOD3 (ENSHGLG00000019110)	ARL6IP5 (ENSHGLG00000039284)	UBA3 (ENSHGLG00000019309)	TMF1 (ENSHGLG00000013960)	EOGT (ENSHGLG00000014748)	TAFA4 (ENSHGLG00000047561)	ENSHGLG00000009657
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	5	IGF2BP3 (ENSHGLG00000013075)	ENSHGLG00000021352	ENSHGLG00000021349	MALSU1 (ENSHGLG00000014820)	GPNMB (ENSHGLG00000014974)	ENSHGLG00000039502	ENSHGLG00000014502	ENSHGLG00000033596	ENSHGLG00000016251	ENSHGLG00000016313	ENSHGLG00000016355	ENSHGLG00000045090	TOMM7 (ENSHGLG00000006840)	ENSHGLG00000007816	ENSHGLG00000020842	ENSHGLG00000020692 #22	RAPGEF5 (ENSHGLG00000013551)	CDCA7L (ENSHGLG00000005237)	ENSHGLG00000043520	DNAH11 (ENSHGLG00000014062)	SP4 (ENSHGLG00000014842)	SP8 (ENSHGLG00000041939)	ENSHGLG00000007430	ITGB8 (ENSHGLG00000009109)	MACC1 (ENSHGLG00000005625)	ENSHGLG00000040956	TMEM196 (ENSHGLG00000035074)	POLR1F (ENSHGLG00000010976)	FERD3L (ENSHGLG00000036051)	ENSHGLG00000033404	HDAC9 (ENSHGLG00000019023)
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT00940000156493	ENSGT00390000010697	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00940000159731	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	10	ENSSVLG00005025798	LRRN1 (ENSSVLG00005025801)	ENSSVLG00005025803	CRBN (ENSSVLG00005025805)	TRNT1 (ENSSVLG00005025808)	IL5RA (ENSSVLG00005025823)	CNTN4 (ENSSVLG00005025842)	CNTN6 (ENSSVLG00005025861)	CHL1 (ENSSVLG00005025877)	CNTN3 (ENSSVLG00005025887)	ENSSVLG00005010270	PDZRN3 (ENSSVLG00005010337)	ENSSVLG00005010375 #17	GXYLT2 (ENSSVLG00005010448) #19	SHQ1 (ENSSVLG00005010502) #21	RYBP (ENSSVLG00005010589) #22	PROK2 (ENSSVLG00005010626) #24	GPR27 (ENSSVLG00005010691)	EIF4E3 (ENSSVLG00005010716) #25	FOXP1 (ENSSVLG00005010914) #26	MDFIC2 (ENSSVLG00005011514)	MITF (ENSSVLG00005011612)	EOGT (ENSSVLG00005012215)	TMF1 (ENSSVLG00005012312)	UBA3 (ENSSVLG00005012414)	ARL6IP5 (ENSSVLG00005012505)	LMOD3 (ENSSVLG00005012544)	FRMD4B (ENSSVLG00005012609)	TAFA1 (ENSSVLG00005013002)	ENSSVLG00005013072	SUCLG2 (ENSSVLG00005013123)
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	49	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT00940000156493	ENSGT00390000010697	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00940000159731	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
Alpin marmot	MODERN SPECIES	40	ITPR1 (ENSMMMG00000007640)	SUMF1 (ENSMMMG00000007589)	ENSMMMG00000007561	LRRN1 (ENSMMMG00000007534)	CRBN (ENSMMMG00000007485)	TRNT1 (ENSMMMG00000007463)	IL5RA (ENSMMMG00000007442)	CNTN4 (ENSMMMG00000007297)	CNTN6 (ENSMMMG00000007205)	CHL1 (ENSMMMG00000007097)	CNTN3 (ENSMMMG00000007027)	PDZRN3 (ENSMMMG00000006989)	ENSMMMG00000006977	GXYLT2 (ENSMMMG00000006933) #19	SHQ1 (ENSMMMG00000006887) #21	RYBP (ENSMMMG00000006873) #22	PROK2 (ENSMMMG00000006869) #24	ENSMMMG00000006861 #25	FOXP1 (ENSMMMG00000006149) #26	MDFIC2 (ENSMMMG00000006133)	MITF (ENSMMMG00000006045)	EOGT (ENSMMMG00000006008)	TMF1 (ENSMMMG00000005057)	UBA3 (ENSMMMG00000004980)	ARL6IP5 (ENSMMMG00000004969)	LMOD3 (ENSMMMG00000004950)	FRMD4B (ENSMMMG00000004812)	ENSMMMG00000004803	TAFA1 (ENSMMMG00000004799)	SUCLG2 (ENSMMMG00000004779)	KBTBD8 (ENSMMMG00000004770)
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	188											ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT00940000156493	ENSGT00390000010697	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00940000159731	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a	ENSGT00940000158653
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	106											CNTN3 (ENSUPAG00010021535)	PDZRN3 (ENSUPAG00010021559)	PPP4R2 (ENSUPAG00010021567) #17	GXYLT2 (ENSUPAG00010021574) #19	SHQ1 (ENSUPAG00010021581) #21	RYBP (ENSUPAG00010021587) #22	PROK2 (ENSUPAG00010021589) #24	GPR27 (ENSUPAG00010021592)	EIF4E3 (ENSUPAG00010021594) #25	FOXP1 (ENSUPAG00010021603) #26	MDFIC2 (ENSUPAG00010021824)	MITF (ENSUPAG00010021833)	EOGT (ENSUPAG00010021904)	TMF1 (ENSUPAG00010021909)	UBA3 (ENSUPAG00010021916)	ARL6IP5 (ENSUPAG00010021927)	LMOD3 (ENSUPAG00010021929)	FRMD4B (ENSUPAG00010021932)	TAFA1 (ENSUPAG00010021952)	SUCLG2 (ENSUPAG00010021955)
Squirrel	MODERN SPECIES	203											CNTN3 (ENSSTOG00000010775)	PDZRN3 (ENSSTOG00000020243)	PPP4R2 (ENSSTOG00000024451) #17	GXYLT2 (ENSSTOG00000010059) #19	SHQ1 (ENSSTOG00000010043) #21	RYBP (ENSSTOG00000000185) #22	PROK2 (ENSSTOG00000000976) #24	EIF4E3 (ENSSTOG00000020469) #25	FOXP1 (ENSSTOG00000025624) #26	MDFIC2 (ENSSTOG00000021337)	MITF (ENSSTOG00000005880)	EOGT (ENSSTOG00000003163)	TMF1 (ENSSTOG00000028312)	UBA3 (ENSSTOG00000003215)	ARL6IP5 (ENSSTOG00000025065)	LMOD3 (ENSSTOG00000026793)	FRMD4B (ENSSTOG00000028861)	TAFA1 (ENSSTOG00000014757)	SUCLG2 (ENSSTOG00000020195)	KBTBD8 (ENSSTOG00000020443)
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	11											ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a	ENSGT00940000158653
Rabbit	MODERN SPECIES	20	ENSOCUG00000008926	ENSOCUG00000010081	ENSOCUG00000022648	ZSCAN16 (ENSOCUG00000039537)	ZKSCAN8 (ENSOCUG00000006850)	ORYCUNV1R1530 (ENSOCUG00000038616)	ENSOCUG00000021210	ENSOCUG00000024463	ENSOCUG00000033110	ENSOCUG00000030000	CNTN3 (ENSOCUG00000013181)	PDZRN3 (ENSOCUG00000007731)	PPP4R2 (ENSOCUG00000006235) #17	GXYLT2 (ENSOCUG00000016704) #19	SHQ1 (ENSOCUG00000016695) #21	RYBP (ENSOCUG00000011730) #22	PROK2 (ENSOCUG00000006542) #24	ENSOCUG00000000259 #25	FOXP1 (ENSOCUG00000007155) #26	ENSOCUG00000035312	ENSOCUG00000036468	MDFIC2 (ENSOCUG00000031604)	MITF (ENSOCUG00000002190)	ENSOCUG00000026608	FRMD4B (ENSOCUG00000002887)	LMOD3 (ENSOCUG00000008188)	ARL6IP5 (ENSOCUG00000008184)	UBA3 (ENSOCUG00000008169)	TMF1 (ENSOCUG00000008154)	ENSOCUG00000016492	EOGT (ENSOCUG00000012022)
Pika	MODERN SPECIES	1210																RYBP (ENSOPRG00000002312) #22
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000165570	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00910000146944	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00650000094763	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013995.b.a #22
Hedgehog	DUPLICATION
Hedgehog	MODERN SPECIES	10724																ENSEEUG00000003601 #22
Hedgehog	MODERN SPECIES	5610																ENSEEUG00000011620 #22
Common shrew	MODERN SPECIES	4363																RYBP (ENSSARG00000011312) #22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000165570	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00910000146944	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00650000094763	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000165570	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00910000146944	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00650000094763	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
Equus	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00940000163880
Donkey	MODERN SPECIES	13	SUMF1 (ENSEASG00005003601)	ENSEASG00005032131	LRRN1 (ENSEASG00005003592)	CRBN (ENSEASG00005003584)	TRNT1 (ENSEASG00005003577)	IL5RA (ENSEASG00005003564)	CNTN4 (ENSEASG00005003558)	CNTN6 (ENSEASG00005003549)	ENSEASG00005032406	ENSEASG00005002560	ENSEASG00005002280	PDZRN3 (ENSEASG00005002263)	PPP4R2 (ENSEASG00005002252) #17	GXYLT2 (ENSEASG00005002247) #19	SHQ1 (ENSEASG00005002237) #21	RYBP (ENSEASG00005029789) #22	PROK2 (ENSEASG00005033363) #24	GPR27 (ENSEASG00005027995)	EIF4E3 (ENSEASG00005002204) #25	FOXP1 (ENSEASG00005002186) #26	MDFIC2 (ENSEASG00005002178)	MITF (ENSEASG00005002172)	FRMD4B (ENSEASG00005002162)	LMOD3 (ENSEASG00005002161)	ARL6IP5 (ENSEASG00005031455)	UBA3 (ENSEASG00005002027)	TMF1 (ENSEASG00005001971)	EOGT (ENSEASG00005001959)	TAFA4 (ENSEASG00005034543)	ENSEASG00005030093	SUCLG2 (ENSEASG00005001928)
Horse	MODERN SPECIES	7	SUMF1 (ENSECAG00000020242)	ENSECAG00000011514	LRRN1 (ENSECAG00000002874)	CRBN (ENSECAG00000015422)	TRNT1 (ENSECAG00000014420)	IL5RA (ENSECAG00000022503)	CNTN4 (ENSECAG00000009769)	CNTN6 (ENSECAG00000015975)	ENSECAG00000027842	CHL1 (ENSECAG00000024808)	CNTN3 (ENSECAG00000013575)	PDZRN3 (ENSECAG00000014864)	PPP4R2 (ENSECAG00000000689) #17	GXYLT2 (ENSECAG00000008483) #19	SHQ1 (ENSECAG00000015673) #21	RYBP (ENSECAG00000000266) #22	GPR27 (ENSECAG00000032664)	EIF4E3 (ENSECAG00000004471) #25	FOXP1 (ENSECAG00000008974) #26	ENSECAG00000054670	MDFIC2 (ENSECAG00000029574)	MITF (ENSECAG00000005360)	FRMD4B (ENSECAG00000016131)	LMOD3 (ENSECAG00000008709)	UBA3 (ENSECAG00000009659)	TMF1 (ENSECAG00000023300)	EOGT (ENSECAG00000012398)	TAFA4 (ENSECAG00000038857)	TAFA1 (ENSECAG00000032991)	ENSECAG00000029066	SUCLG2 (ENSECAG00000023254)
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	49													ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
Megabat	MODERN SPECIES	6134																RYBP (ENSPVAG00000012905) #22
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	47													ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
Microbat	DUPLICATION
Microbat	MODERN SPECIES	1446														SHQ1 (ENSMLUG00000013539) #21	ENSMLUG00000030065	ENSMLUG00000012636 #22
Microbat	MODERN SPECIES	1497											CCDC167 (ENSMLUG00000006762)	ENSMLUG00000006730	RNF8 (ENSMLUG00000013604)	TBC1D22B (ENSMLUG00000010533)	TMEM217 (ENSMLUG00000023321)	ENSMLUG00000015085 #22	PIM1 (ENSMLUG00000014481)	FGD2 (ENSMLUG00000001942)
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	8											ENSRFEG00010017338	PPP4R2 (ENSRFEG00010017298) #17	GXYLT2 (ENSRFEG00010017092) #19	SHQ1 (ENSRFEG00010017046) #21	ENSRFEG00010017032	RYBP (ENSRFEG00010017002) #22	ENSRFEG00010016965	PROK2 (ENSRFEG00010016865) #24	GPR27 (ENSRFEG00010016845)	EIF4E3 (ENSRFEG00010016785) #25	ENSRFEG00010016733	FOXP1 (ENSRFEG00010016312) #26	MDFIC2 (ENSRFEG00010016226)	MITF (ENSRFEG00010015864)	FRMD4B (ENSRFEG00010015709)	LMOD3 (ENSRFEG00010015673)	ARL6IP5 (ENSRFEG00010015607)	UBA3 (ENSRFEG00010015449)	TMF1 (ENSRFEG00010014693)	EOGT (ENSRFEG00010014576)	TAFA4 (ENSRFEG00010014473)
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000165570	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00910000146944	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00650000094763	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606.d	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00910000146944	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00650000094763	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882
Canidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606.d	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00650000094763	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000163880
Red fox	MODERN SPECIES	5	ENSVVUG00000012624	LRRN1 (ENSVVUG00000012640)	CRBN (ENSVVUG00000012661)	TRNT1 (ENSVVUG00000012810)	IL5RA (ENSVVUG00000012836)	CNTN4 (ENSVVUG00000012913)	CNTN6 (ENSVVUG00000013018)	CHL1 (ENSVVUG00000013809)	ENSVVUG00000013836	CNTN3 (ENSVVUG00000013866)	ENSVVUG00000013879	ENSVVUG00000013883	PPP4R2 (ENSVVUG00000013896) #17	GXYLT2 (ENSVVUG00000013899) #19	SHQ1 (ENSVVUG00000013906) #21	RYBP (ENSVVUG00000013920) #22	PROK2 (ENSVVUG00000013944) #24	ENSVVUG00000013947 #25	ENSVVUG00000013952	FOXP1 (ENSVVUG00000013954) #26	MDFIC2 (ENSVVUG00000013970)	MITF (ENSVVUG00000013975)	FRMD4B (ENSVVUG00000014012)	LMOD3 (ENSVVUG00000014067)	ARL6IP5 (ENSVVUG00000014070)	UBA3 (ENSVVUG00000014100)	TMF1 (ENSVVUG00000014445)	EOGT (ENSVVUG00000014456)	FAM19A4 (ENSVVUG00000014489)	ENSVVUG00000014499	SUCLG2 (ENSVVUG00000014528)
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606.d	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
Dingo	MODERN SPECIES	401														PPP4R2 (ENSCAFG00020016753) #17	SHQ1 (ENSCAFG00020016743) #21	RYBP (ENSCAFG00020016734) #22	PROK2 (ENSCAFG00020016730) #24	GPR27 (ENSCAFG00020016727)	EIF4E3 (ENSCAFG00020016724) #25	FOXP1 (ENSCAFG00020012311) #26	MDFIC2 (ENSCAFG00020012180)	MITF (ENSCAFG00020012176)	FRMD4B (ENSCAFG00020012082)	LMOD3 (ENSCAFG00020012071)	ARL6IP5 (ENSCAFG00020012069)	UBA3 (ENSCAFG00020012058)	TMF1 (ENSCAFG00020011872)	EOGT (ENSCAFG00020011855)	ENSCAFG00020011853	TAFA4 (ENSCAFG00020011851)	ENSCAFG00020011847
Dog	MODERN SPECIES	12	LRRN1 (ENSCAFG00845012344)	ENSCAFG00845012385	CRBN (ENSCAFG00845012410)	TRNT1 (ENSCAFG00845012496)	IL5RA (ENSCAFG00845012603)	CNTN4 (ENSCAFG00845012710)	CNTN6 (ENSCAFG00845005936)	ENSCAFG00845006097	ENSCAFG00845006445	ENSCAFG00845006474	CNTN3 (ENSCAFG00845006575)	PDZRN3 (ENSCAFG00845006843)	PPP4R2 (ENSCAFG00845007022) #17	GXYLT2 (ENSCAFG00845007149) #19	SHQ1 (ENSCAFG00845007261) #21	ENSCAFG00845007398 #22	PROK2 (ENSCAFG00845007491) #24	GPR27 (ENSCAFG00845007528)	ENSCAFG00845007732 #25	FOXP1 (ENSCAFG00845008552) #26	MDFIC2 (ENSCAFG00845009570)	MITF (ENSCAFG00845009666)	FRMD4B (ENSCAFG00845010033)	LMOD3 (ENSCAFG00845010392)	ARL6IP5 (ENSCAFG00845010437)	UBA3 (ENSCAFG00845010556)	TMF1 (ENSCAFG00845010825)	EOGT (ENSCAFG00845010941)	TAFA4 (ENSCAFG00845011056)	TAFA1 (ENSCAFG00845011082)	SUCLG2 (ENSCAFG00845011161)
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606.d	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00910000146944	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000163880
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606.d	ENSGT00940000160080.b	ENSGT00390000000263.fb.a	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00940000173944	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a.l	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	89			ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606.d	ENSGT00940000160080.b	ENSGT00390000000263.fb.a	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00940000173944	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a.l	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000163880	ENSGT00390000010170.a.a
Polar bear	MODERN SPECIES	251			CRBN (ENSUMAG00000024093)	TRNT1 (ENSUMAG00000024092)	IL5RA (ENSUMAG00000024091)	CNTN4 (ENSUMAG00000024088)	CNTN6 (ENSUMAG00000024080)	CHL1 (ENSUMAG00000024060)	ENSUMAG00000024046	CNTN3 (ENSUMAG00000024039)	PDZRN3 (ENSUMAG00000024035)	PPP4R2 (ENSUMAG00000024034) #17	GXYLT2 (ENSUMAG00000024033) #19	SHQ1 (ENSUMAG00000024031) #21	ENSUMAG00000024029	RYBP (ENSUMAG00000024028) #22	PROK2 (ENSUMAG00000024025) #24	EIF4E3 (ENSUMAG00000024023) #25	FOXP1 (ENSUMAG00000024020) #26	MDFIC2 (ENSUMAG00000024017)	MITF (ENSUMAG00000024001)	FRMD4B (ENSUMAG00000023999)	ENSUMAG00000023998	LMOD3 (ENSUMAG00000023997)	ARL6IP5 (ENSUMAG00000023996)	UBA3 (ENSUMAG00000023994)	TMF1 (ENSUMAG00000023989)	EOGT (ENSUMAG00000023987)	TAFA4 (ENSUMAG00000023986)	ENSUMAG00000023985	SUCLG2 (ENSUMAG00000023841)
American black bear	MODERN SPECIES	2642																RYBP (ENSUAMG00000008323) #22
Giant Panda	MODERN SPECIES	14	ENSAMEG00000015893	LRRN1 (ENSAMEG00000018835)	CRBN (ENSAMEG00000014541)	TRNT1 (ENSAMEG00000014520)	IL5RA (ENSAMEG00000014490)	CNTN4 (ENSAMEG00000014387)	CNTN6 (ENSAMEG00000014259)	ENSAMEG00000013402	ENSAMEG00000023576	ENSAMEG00000011395	PDZRN3 (ENSAMEG00000025975)	PPP4R2 (ENSAMEG00000015164) #17	GXYLT2 (ENSAMEG00000015150) #19	SHQ1 (ENSAMEG00000015140) #21	ENSAMEG00000015139	RYBP (ENSAMEG00000015131) #22	PROK2 (ENSAMEG00000028947) #24	EIF4E3 (ENSAMEG00000015115) #25	FOXP1 (ENSAMEG00000015051) #26	MDFIC2 (ENSAMEG00000025889)	MITF (ENSAMEG00000017117)	FRMD4B (ENSAMEG00000010064)	LMOD3 (ENSAMEG00000010109)	ARL6IP5 (ENSAMEG00000010112)	UBA3 (ENSAMEG00000010117)	TMF1 (ENSAMEG00000010131)	EOGT (ENSAMEG00000010169)	ENSAMEG00000028238	TAFA1 (ENSAMEG00000025281)	SUCLG2 (ENSAMEG00000002805)	ENSAMEG00000004042
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606.d	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00910000146944	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831.b	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000163880
Ferret	MODERN SPECIES	163	CRBN (ENSMPUG00000017018)	TRNT1 (ENSMPUG00000017017)	IL5RA (ENSMPUG00000017016)	CNTN4 (ENSMPUG00000017015)	CNTN6 (ENSMPUG00000017014)	ENSMPUG00000020110	CHL1 (ENSMPUG00000017013)	ENSMPUG00000017012	ENSMPUG00000020109	CNTN3 (ENSMPUG00000017011)	ENSMPUG00000017010	PDZRN3 (ENSMPUG00000017009)	PPP4R2 (ENSMPUG00000017008) #17	GXYLT2 (ENSMPUG00000017007) #19	SHQ1 (ENSMPUG00000017006) #21	RYBP (ENSMPUG00000017004) #22	PROK2 (ENSMPUG00000017003) #24	EIF4E3 (ENSMPUG00000017002) #25	FOXP1 (ENSMPUG00000017001) #26	MITF (ENSMPUG00000016972)	FRMD4B (ENSMPUG00000016969)	LMOD3 (ENSMPUG00000016967)	ARL6IP5 (ENSMPUG00000016965)	UBA3 (ENSMPUG00000016958)	TMF1 (ENSMPUG00000016957)	EOGT (ENSMPUG00000016952)	TAFA4 (ENSMPUG00000016951)	SUCLG2 (ENSMPUG00000016950)	KBTBD8 (ENSMPUG00000016949)	ENSMPUG00000016948	ENSMPUG00000016947
American mink	MODERN SPECIES	59							ENSNVIG00000003627	CNTN6 (ENSNVIG00000003539)	CHL1 (ENSNVIG00000003410)	ENSNVIG00000003360	CNTN3 (ENSNVIG00000003301)	PDZRN3 (ENSNVIG00000003190)	ENSNVIG00000003138	GXYLT2 (ENSNVIG00000003130) #19	SHQ1 (ENSNVIG00000003089) #21	RYBP (ENSNVIG00000003061) #22	PROK2 (ENSNVIG00000003030) #24	ENSNVIG00000003023	GPR27 (ENSNVIG00000003017)	EIF4E3 (ENSNVIG00000002988) #25	ENSNVIG00000002970	FOXP1 (ENSNVIG00000001998) #26	MDFIC2 (ENSNVIG00000001956)	MITF (ENSNVIG00000001792)	FRMD4B (ENSNVIG00000001725)
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00390000008694.b.b.d	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000165570	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00390000008694.b.b.d	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000165570	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
Tiger	MODERN SPECIES	84				LRRN1 (ENSPTIG00000003044)	CRBN (ENSPTIG00000009377)	TRNT1 (ENSPTIG00000011448)	IL5RA (ENSPTIG00000012294)	CNTN4 (ENSPTIG00000015205)	CNTN6 (ENSPTIG00000020221)	CHL1 (ENSPTIG00000020653)	CNTN3 (ENSPTIG00000009144)	PDZRN3 (ENSPTIG00000009301)	PPP4R2 (ENSPTIG00000009981) #17	GXYLT2 (ENSPTIG00000010984) #19	SHQ1 (ENSPTIG00000011478) #21	RYBP (ENSPTIG00000012035) #22	PROK2 (ENSPTIG00000012482) #24	EIF4E3 (ENSPTIG00000012645) #25	FOXP1 (ENSPTIG00000013377) #26	MDFIC2 (ENSPTIG00000018110)	MITF (ENSPTIG00000018345)
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000165570	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
leopard	MODERN SPECIES	116							CHL1 (ENSPPRG00000004383)	ENSPPRG00000004436	CNTN3 (ENSPPRG00000004510)	ENSPPRG00000004594	PDZRN3 (ENSPPRG00000004645)	PPP4R2 (ENSPPRG00000004654) #17	GXYLT2 (ENSPPRG00000004662) #19	ENSPPRG00000004671	SHQ1 (ENSPPRG00000004769) #21	RYBP (ENSPPRG00000004794) #22	PROK2 (ENSPPRG00000004876) #24	GPR27 (ENSPPRG00000012074)	EIF4E3 (ENSPPRG00000004898) #25	FOXP1 (ENSPPRG00000004953) #26	MDFIC2 (ENSPPRG00000004980)	MITF (ENSPPRG00000005395)
lion	MODERN SPECIES	2	ENSPLOG00000003853	LRRN1 (ENSPLOG00000003838)	CRBN (ENSPLOG00000003808)	TRNT1 (ENSPLOG00000003771)	IL5RA (ENSPLOG00000003728)	CNTN4 (ENSPLOG00000003617)	ENSPLOG00000003587	CNTN6 (ENSPLOG00000003490)	ENSPLOG00000003473	CHL1 (ENSPLOG00000003228)	CNTN3 (ENSPLOG00000003083)	PDZRN3 (ENSPLOG00000003033)	PPP4R2 (ENSPLOG00000002914) #17	GXYLT2 (ENSPLOG00000002888) #19	SHQ1 (ENSPLOG00000002849) #21	RYBP (ENSPLOG00000002820) #22	PROK2 (ENSPLOG00000002807) #24	GPR27 (ENSPLOG00000002789)	EIF4E3 (ENSPLOG00000002754) #25	FOXP1 (ENSPLOG00000002481) #26	MDFIC2 (ENSPLOG00000002362)	MITF (ENSPLOG00000002275)	FRMD4B (ENSPLOG00000002200)	LMOD3 (ENSPLOG00000002158)	ARL6IP5 (ENSPLOG00000002134)	UBA3 (ENSPLOG00000001974)	TMF1 (ENSPLOG00000001823)	EOGT (ENSPLOG00000001756)	TAFA4 (ENSPLOG00000001723)	TAFA1 (ENSPLOG00000001704)	SUCLG2 (ENSPLOG00000001663)
Cat	MODERN SPECIES	1	LRRN1 (ENSFCAG00000029530)	CRBN (ENSFCAG00000026512)	TRNT1 (ENSFCAG00000026805)	IL5RA (ENSFCAG00000000652)	CNTN4 (ENSFCAG00000000649)	ENSFCAG00000052641	CNTN6 (ENSFCAG00000015456)	ENSFCAG00000034166	CHL1 (ENSFCAG00000011105)	ENSFCAG00000005652	CNTN3 (ENSFCAG00000012778)	PDZRN3 (ENSFCAG00000040417)	PPP4R2 (ENSFCAG00000029481) #17	GXYLT2 (ENSFCAG00000011005) #19	SHQ1 (ENSFCAG00000012781) #21	RYBP (ENSFCAG00000043691) #22	PROK2 (ENSFCAG00000032697) #24	GPR27 (ENSFCAG00000041717)	EIF4E3 (ENSFCAG00000025548) #25	FOXP1 (ENSFCAG00000023059) #26	MDFIC2 (ENSFCAG00000026251)	MITF (ENSFCAG00000024419)	ENSFCAG00000034689	FRMD4B (ENSFCAG00000009021)	LMOD3 (ENSFCAG00000009020)	ARL6IP5 (ENSFCAG00000041359)	UBA3 (ENSFCAG00000023111)	TMF1 (ENSFCAG00000027162)	EOGT (ENSFCAG00000006082)	TAFA4 (ENSFCAG00000031787)	TAFA1 (ENSFCAG00000041196)
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT01000000221469	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000165570	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
Suina	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT01000000221469	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	950	SUMF1 (ENSCWAG00000021351)	ENSCWAG00000021337	LRRN1 (ENSCWAG00000021333)	CRBN (ENSCWAG00000021315)	TRNT1 (ENSCWAG00000021303)	IL5RA (ENSCWAG00000021262)	CNTN4 (ENSCWAG00000021224)	ENSCWAG00000021205	CNTN6 (ENSCWAG00000021190)	CHL1 (ENSCWAG00000021043)	CNTN3 (ENSCWAG00000020972)	PDZRN3 (ENSCWAG00000020942)	PPP4R2 (ENSCWAG00000020926) #17	GXYLT2 (ENSCWAG00000020910) #19	SHQ1 (ENSCWAG00000020894) #21	RYBP (ENSCWAG00000020884) #22	PROK2 (ENSCWAG00000020863) #24	GPR27 (ENSCWAG00000020855)	EIF4E3 (ENSCWAG00000020836) #25	FOXP1 (ENSCWAG00000019255) #26	MDFIC2 (ENSCWAG00000019169)	MITF (ENSCWAG00000018514)	FRMD4B (ENSCWAG00000018343)	LMOD3 (ENSCWAG00000018312)	ARL6IP5 (ENSCWAG00000018288)	UBA3 (ENSCWAG00000017763)	TMF1 (ENSCWAG00000017660)	EOGT (ENSCWAG00000017579)	TAFA4 (ENSCWAG00000017540)	TAFA1 (ENSCWAG00000017513)	SUCLG2 (ENSCWAG00000017444)
Pig	MODERN SPECIES	4	CNTN6 (ENSSSCG00000038152)	CHL1 (ENSSSCG00000011524)	ENSSSCG00000050663	ENSSSCG00000048446	ENSSSCG00000058117	ENSSSCG00000048746	CNTN3 (ENSSSCG00000011522)	ENSSSCG00000047664	ENSSSCG00000051504	ENSSSCG00000047927	PDZRN3 (ENSSSCG00000011521)	ENSSSCG00000041059	PPP4R2 (ENSSSCG00000037216) #17	GXYLT2 (ENSSSCG00000011519) #19	SHQ1 (ENSSSCG00000011518) #21	RYBP (ENSSSCG00000025053) #22	PROK2 (ENSSSCG00000026200) #24	GPR27 (ENSSSCG00000036580)	EIF4E3 (ENSSSCG00000011516) #25	FOXP1 (ENSSSCG00000027675) #26	MDFIC2 (ENSSSCG00000060340)	ENSSSCG00000045079	MITF (ENSSSCG00000011514)	FRMD4B (ENSSSCG00000011511)	LMOD3 (ENSSSCG00000052599)	ARL6IP5 (ENSSSCG00000033154)	UBA3 (ENSSSCG00000011506)	TMF1 (ENSSSCG00000011510)	EOGT (ENSSSCG00000011504)	TAFA4 (ENSSSCG00000033199)	ENSSSCG00000036134
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT01000000221469	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000165570	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
Arabian camel	MODERN SPECIES	8	ENSCDRG00005006638	LRRN1 (ENSCDRG00005006616)	CRBN (ENSCDRG00005006474)	IL5RA (ENSCDRG00005006219)	TRNT1 (ENSCDRG00005006181)	CNTN4 (ENSCDRG00005006128)	ENSCDRG00005006107	CNTN6 (ENSCDRG00005006079)	CHL1 (ENSCDRG00005005966)	ENSCDRG00005005931	CNTN3 (ENSCDRG00005005902)	PDZRN3 (ENSCDRG00005005789)	PPP4R2 (ENSCDRG00005005747) #17	GXYLT2 (ENSCDRG00005005730) #19	SHQ1 (ENSCDRG00005005675) #21	RYBP (ENSCDRG00005005642) #22	PROK2 (ENSCDRG00005005609) #24	GPR27 (ENSCDRG00005005582)	EIF4E3 (ENSCDRG00005005567) #25	FOXP1 (ENSCDRG00005003812) #26	MDFIC2 (ENSCDRG00005003702)	MITF (ENSCDRG00005003570)	FRMD4B (ENSCDRG00005003460)	LMOD3 (ENSCDRG00005003378)	ARL6IP5 (ENSCDRG00005021188)	UBA3 (ENSCDRG00005021145)	TMF1 (ENSCDRG00005021118)	EOGT (ENSCDRG00005021103)	TAFA4 (ENSCDRG00005021091)	TAFA1 (ENSCDRG00005021082)	SUCLG2 (ENSCDRG00005021068)
Alpaca	MODERN SPECIES	4562																RYBP (ENSVPAG00000007715) #22
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT01000000221469	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000165570	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT01000000221469	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000006922.m.b.a.d	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT01000000221469	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00390000012652.ab.a.k	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000006922.m.b.a.d	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
Sperm whale	MODERN SPECIES	9	IL5RA (ENSPCTG00005011305)	CNTN4 (ENSPCTG00005011901)	CNTN6 (ENSPCTG00005016124)	ENSPCTG00005016393	CHL1 (ENSPCTG00005016433)	ENSPCTG00005016580	CNTN3 (ENSPCTG00005016649)	ENSPCTG00005016762	PDZRN3 (ENSPCTG00005016884)	ENSPCTG00005017078	ENSPCTG00005017126	PPP4R2 (ENSPCTG00005017140) #17	GXYLT2 (ENSPCTG00005017189) #19	SHQ1 (ENSPCTG00005017281) #21	ENSPCTG00005008959	RYBP (ENSPCTG00005008989) #22	PROK2 (ENSPCTG00005009087) #24	GPR27 (ENSPCTG00005009164)	EIF4E3 (ENSPCTG00005009184) #25	FOXP1 (ENSPCTG00005009284) #26	MDFIC2 (ENSPCTG00005009636)	MITF (ENSPCTG00005009685)	ENSPCTG00005009977	FRMD4B (ENSPCTG00005010026)	LMOD3 (ENSPCTG00005010268)	ARL6IP5 (ENSPCTG00005010327)	UBA3 (ENSPCTG00005010435)	TMF1 (ENSPCTG00005010922)	EOGT (ENSPCTG00005011366)	TAFA4 (ENSPCTG00005011477)	TAFA1 (ENSPCTG00005011548)
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT01000000221469	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00390000012652.ab.a.k	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000006922.m.b.a.d	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
Dolphin	MODERN SPECIES	4653															SHQ1 (ENSTTRG00000005320) #21	RYBP (ENSTTRG00000005375) #22
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT01000000221469	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000168733	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00390000012652.ab.a.k	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000006922.m.b.a.d	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT01000000221469	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000168733	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00390000012652.ab.a.k	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000006922.m.b.a.d	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
Narwhal	MODERN SPECIES	310	IL5RA (ENSMMNG00015021373)	CNTN4 (ENSMMNG00015021354)	ENSMMNG00015021339	CNTN6 (ENSMMNG00015021308)	CHL1 (ENSMMNG00015021112)	ENSMMNG00015020993	CNTN3 (ENSMMNG00015020954)	ENSMMNG00015020932	ENSMMNG00015020925	PDZRN3 (ENSMMNG00015020829)	ENSMMNG00015020797	PPP4R2 (ENSMMNG00015020763) #17	GXYLT2 (ENSMMNG00015020737) #19	SHQ1 (ENSMMNG00015020699) #21	ENSMMNG00015020691	RYBP (ENSMMNG00015020675) #22	PROK2 (ENSMMNG00015020659) #24	GPR27 (ENSMMNG00015020647)	EIF4E3 (ENSMMNG00015020620) #25	ENSMMNG00015020607	FOXP1 (ENSMMNG00015020256) #26	MDFIC2 (ENSMMNG00015020084)	MITF (ENSMMNG00015020021)	FRMD4B (ENSMMNG00015019966)	LMOD3 (ENSMMNG00015019939)	ARL6IP5 (ENSMMNG00015019913)	UBA3 (ENSMMNG00015019640)	TMF1 (ENSMMNG00015019536)	EOGT (ENSMMNG00015019482)	ENSMMNG00015019447	TAFA4 (ENSMMNG00015019429)
Beluga whale	MODERN SPECIES	28	CRBN (ENSDLEG00000004288)	TRNT1 (ENSDLEG00000004312)	IL5RA (ENSDLEG00000004345)	CNTN4 (ENSDLEG00000004410)	ENSDLEG00000004457	CNTN6 (ENSDLEG00000004824)	CHL1 (ENSDLEG00000007131)	ENSDLEG00000007271	CNTN3 (ENSDLEG00000007338)	ENSDLEG00000007610	PDZRN3 (ENSDLEG00000007615)	ENSDLEG00000007621	PPP4R2 (ENSDLEG00000007632) #19	SHQ1 (ENSDLEG00000007662) #21	ENSDLEG00000007675	RYBP (ENSDLEG00000007680) #22	PROK2 (ENSDLEG00000007684) #24	GPR27 (ENSDLEG00000007689)	EIF4E3 (ENSDLEG00000007693) #25	FOXP1 (ENSDLEG00000007703) #26	MDFIC2 (ENSDLEG00000007714)	MITF (ENSDLEG00000007717)	ENSDLEG00000007725	FRMD4B (ENSDLEG00000007734)	LMOD3 (ENSDLEG00000007747)	ARL6IP5 (ENSDLEG00000007750)	UBA3 (ENSDLEG00000007767)	TMF1 (ENSDLEG00000007791)	EOGT (ENSDLEG00000007861)	TAFA4 (ENSDLEG00000007891)	ENSDLEG00000007893
Vaquita	MODERN SPECIES	2	TRNT1 (ENSPSNG00000021385)	IL5RA (ENSPSNG00000021430)	CNTN4 (ENSPSNG00000021522)	ENSPSNG00000021554	CNTN6 (ENSPSNG00000021579)	CHL1 (ENSPSNG00000021694)	ENSPSNG00000021840	CNTN3 (ENSPSNG00000021869)	ENSPSNG00000021907	PDZRN3 (ENSPSNG00000021932)	ENSPSNG00000021970	PPP4R2 (ENSPSNG00000021989) #17	GXYLT2 (ENSPSNG00000022011) #19	SHQ1 (ENSPSNG00000022028) #21	ENSPSNG00000022044	RYBP (ENSPSNG00000022051) #22	PROK2 (ENSPSNG00000022078) #24	GPR27 (ENSPSNG00000022094)	EIF4E3 (ENSPSNG00000009818) #25	FOXP1 (ENSPSNG00000010176) #26	MDFIC2 (ENSPSNG00000011225)	MITF (ENSPSNG00000011317)	ENSPSNG00000011931	ENSPSNG00000011964	FRMD4B (ENSPSNG00000012000)	ENSPSNG00000012258	LMOD3 (ENSPSNG00000012275)	ARL6IP5 (ENSPSNG00000012328)	UBA3 (ENSPSNG00000012433)	TMF1 (ENSPSNG00000012619)	EOGT (ENSPSNG00000012709)
Blue whale	MODERN SPECIES	2	CRBN (ENSBMSG00010022093)	TRNT1 (ENSBMSG00010022089)	IL5RA (ENSBMSG00010022077)	CNTN4 (ENSBMSG00010022067)	CNTN6 (ENSBMSG00010022054)	CHL1 (ENSBMSG00010022027)	ENSBMSG00010022002	CNTN3 (ENSBMSG00010021994)	ENSBMSG00010021989	ENSBMSG00010021985	PDZRN3 (ENSBMSG00010021981)	PPP4R2 (ENSBMSG00010021970) #17	GXYLT2 (ENSBMSG00010021967) #19	SHQ1 (ENSBMSG00010021956) #21	ENSBMSG00010021950	RYBP (ENSBMSG00010021945) #22	PROK2 (ENSBMSG00010021941) #24	GPR27 (ENSBMSG00010021933)	EIF4E3 (ENSBMSG00010021929) #25	FOXP1 (ENSBMSG00010021028) #26	ENSBMSG00010020804	MDFIC2 (ENSBMSG00010020784)	MITF (ENSBMSG00010019612)	ENSBMSG00010019391	ENSBMSG00010019371	ENSBMSG00010019343	FRMD4B (ENSBMSG00010019228)	LMOD3 (ENSBMSG00010019153)	ARL6IP5 (ENSBMSG00010019130)	UBA3 (ENSBMSG00010018750)	TMF1 (ENSBMSG00010018575)
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000165570	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
Yarkand deer	MODERN SPECIES	16	ENSCHYG00000026754	CRBN (ENSCHYG00000026738)	TRNT1 (ENSCHYG00000026731)	IL5RA (ENSCHYG00000026716)	CNTN4 (ENSCHYG00000026696)	ENSCHYG00000026687	ENSCHYG00000026685	CNTN6 (ENSCHYG00000026622)	ENSCHYG00000026610	CHL1 (ENSCHYG00000026559)	CNTN3 (ENSCHYG00000026470)	PDZRN3 (ENSCHYG00000026403)	PPP4R2 (ENSCHYG00000026369) #17	GXYLT2 (ENSCHYG00000026357) #19	SHQ1 (ENSCHYG00000026306) #21	RYBP (ENSCHYG00000026283) #22	PROK2 (ENSCHYG00000026260) #24	EIF4E3 (ENSCHYG00000026240) #25	FOXP1 (ENSCHYG00000024873) #26	ENSCHYG00000024728	MDFIC2 (ENSCHYG00000024686)	MITF (ENSCHYG00000024471)	ENSCHYG00000024373	ENSCHYG00000024354	FRMD4B (ENSCHYG00000023741)	LMOD3 (ENSCHYG00000023655)	ARL6IP5 (ENSCHYG00000023632)	UBA3 (ENSCHYG00000023036)	TMF1 (ENSCHYG00000022757)	EOGT (ENSCHYG00000022524)	TAFA4 (ENSCHYG00000022432)
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000165570	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	1222									CHL1 (ENSMMSG00000016568)	ENSMMSG00000016517	CNTN3 (ENSMMSG00000016378)	PDZRN3 (ENSMMSG00000016262)	PPP4R2 (ENSMMSG00000016216) #17	GXYLT2 (ENSMMSG00000016163) #19	SHQ1 (ENSMMSG00000016133) #21	RYBP (ENSMMSG00000016107) #22	PROK2 (ENSMMSG00000016060) #24	GPR27 (ENSMMSG00000016039)	EIF4E3 (ENSMMSG00000015972) #25	FOXP1 (ENSMMSG00000014620) #26	MDFIC2 (ENSMMSG00000014534)	MITF (ENSMMSG00000013971)	FRMD4B (ENSMMSG00000013878)	LMOD3 (ENSMMSG00000013861)	ARL6IP5 (ENSMMSG00000013836)	UBA3 (ENSMMSG00000013729)	TMF1 (ENSMMSG00000013641)	EOGT (ENSMMSG00000021538)	TAFA4 (ENSMMSG00000021498)	TAFA1 (ENSMMSG00000021464)	SUCLG2 (ENSMMSG00000021420)
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000165570	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT00940000153886.a.a.k.b.b	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000165570	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT00940000153886.a.a.k.b.b	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607
Goat	MODERN SPECIES	14	ENSCHIG00000019739	LRRN1 (ENSCHIG00000009563)	ENSCHIG00000017211	CRBN (ENSCHIG00000022897)	TRNT1 (ENSCHIG00000007030)	IL5RA (ENSCHIG00000011708)	CNTN4 (ENSCHIG00000018077)	CNTN6 (ENSCHIG00000024913)	CHL1 (ENSCHIG00000015409)	CNTN3 (ENSCHIG00000015485)	ENSCHIG00000022511	PDZRN3 (ENSCHIG00000018984)	PPP4R2 (ENSCHIG00000006838) #17	GXYLT2 (ENSCHIG00000011713) #19	SHQ1 (ENSCHIG00000012271) #21	RYBP (ENSCHIG00000026041) #22	ENSCHIG00000012364	PROK2 (ENSCHIG00000020872) #24	GPR27 (ENSCHIG00000006038)	EIF4E3 (ENSCHIG00000024333) #25	FOXP1 (ENSCHIG00000017707) #26	MDFIC2 (ENSCHIG00000017880)	MITF (ENSCHIG00000022111)	ENSCHIG00000014889	FRMD4B (ENSCHIG00000015488)	LMOD3 (ENSCHIG00000017627)	ARL6IP5 (ENSCHIG00000021517)	UBA3 (ENSCHIG00000015026)	TMF1 (ENSCHIG00000012583)	EOGT (ENSCHIG00000014149)	TAFA4 (ENSCHIG00000013665)
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	10	SUMF1 (ENSOARG00020014038)	ENSOARG00020014205	LRRN1 (ENSOARG00020014291)	ENSOARG00020014311	CRBN (ENSOARG00020014355)	TRNT1 (ENSOARG00020014826)	CNTN4 (ENSOARG00020015064)	ENSOARG00020015490	CNTN6 (ENSOARG00020015543)	CHL1 (ENSOARG00020015831)	CNTN3 (ENSOARG00020016622)	PDZRN3 (ENSOARG00020016919)	PPP4R2 (ENSOARG00020017177) #17	GXYLT2 (ENSOARG00020017381) #19	SHQ1 (ENSOARG00020017477) #21	RYBP (ENSOARG00020017720) #22	PROK2 (ENSOARG00020017771) #24	GPR27 (ENSOARG00020017874)	FOXP1 (ENSOARG00020017991) #26	MDFIC2 (ENSOARG00020020710)	MITF (ENSOARG00020020821)	FRMD4B (ENSOARG00020021286)	ENSOARG00020021609	LMOD3 (ENSOARG00020021653)	ARL6IP5 (ENSOARG00020021679)	UBA3 (ENSOARG00020021782)	TMF1 (ENSOARG00020022407)	EOGT (ENSOARG00020022578)	TAFA1 (ENSOARG00020022813)	SUCLG2 (ENSOARG00020022864)	ENSOARG00020023030
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT00940000153886.a.a.k.b.b	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607
Bos	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606.a.a	ENSGT00940000160606.b	ENSGT00940000160080	ENSGT01100000263481.n.a.a.a.b.a.b.a.b.a.a.b.b.b.b	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.b.a.a.b.b.b.b.a.a.b	ENSGT00940000162026.b #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00390000004856.w.a.a.b.b.a.a	ENSGT00940000156326	ENSGT00940000153886.a.a.k.b.b	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.b.a.a.b.a.a.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606.a.a	ENSGT00940000160606.b	ENSGT00940000160080	ENSGT01100000263481.n.a.a.a.b.a.b.a.b.a.a.b.b.b.b	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000165570	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.b.a.a.b.b.b.b.a.a.b	ENSGT00940000162026.b #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00390000004856.w.a.a.b.b.a.a	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.b.a.a.b.a.a.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493
Wild yak	MODERN SPECIES	2547																RYBP (ENSBMUG00000026725) #22	PROK2 (ENSBMUG00000026726) #24	EIF4E3 (ENSBMUG00000026727) #25	FOXP1 (ENSBMUG00000026730) #26
Domestic yak	MODERN SPECIES	14	ENSBGRG00000022956	ENSBGRG00000022946	CNTN6 (ENSBGRG00000022913)	CHL1 (ENSBGRG00000022502)	ENSBGRG00000022415	CNTN3 (ENSBGRG00000022216)	ENSBGRG00000022179	ENSBGRG00000022160	PDZRN3 (ENSBGRG00000022106)	PPP4R2 (ENSBGRG00000022002) #17	ENSBGRG00000021987	GXYLT2 (ENSBGRG00000021905) #19	SHQ1 (ENSBGRG00000021832) #21	ENSBGRG00000021818	ENSBGRG00000021805	RYBP (ENSBGRG00000021759) #22	ENSBGRG00000021736	PROK2 (ENSBGRG00000021693) #24	GPR27 (ENSBGRG00000021670)	EIF4E3 (ENSBGRG00000021497) #25	ENSBGRG00000021458	FOXP1 (ENSBGRG00000019865) #26	MDFIC2 (ENSBGRG00000019713)	ENSBGRG00000019667	MITF (ENSBGRG00000018873)	FRMD4B (ENSBGRG00000017724)	ENSBGRG00000017643	LMOD3 (ENSBGRG00000017594)	ARL6IP5 (ENSBGRG00000017445)	ENSBGRG00000017411	UBA3 (ENSBGRG00000016525)
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000162732	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606.a.a	ENSGT00940000160080	ENSGT01100000263481.n.a.a.a.b.a.b.a.b.a.a.b.b.b.b	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.b.a.a.b.b.b.b.a.a.b	ENSGT00940000162026.b #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00390000004856.w.a.a.b.b.a.a	ENSGT00940000156326	ENSGT00940000153886.a.a.k.b.b	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.b.a.a.b.a.a.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697
Cow	MODERN SPECIES	14	ENSBTAG00000034496	SETMAR (ENSBTAG00000018935)	LRRN1 (ENSBTAG00000001176)	CRBN (ENSBTAG00000019536)	TRNT1 (ENSBTAG00000019534)	IL5RA (ENSBTAG00000000273)	CNTN4 (ENSBTAG00000033225)	CNTN6 (ENSBTAG00000003592)	ENSBTAG00000006727	CHL1 (ENSBTAG00000002471)	CNTN3 (ENSBTAG00000007615)	PDZRN3 (ENSBTAG00000018644)	PPP4R2 (ENSBTAG00000002147) #17	GXYLT2 (ENSBTAG00000020481) #19	SHQ1 (ENSBTAG00000005436) #21	RYBP (ENSBTAG00000022689) #22	ENSBTAG00000054670	PROK2 (ENSBTAG00000019330) #24	GPR27 (ENSBTAG00000053030)	EIF4E3 (ENSBTAG00000018862) #25	FOXP1 (ENSBTAG00000016533) #26	MDFIC2 (ENSBTAG00000048900)	ENSBTAG00000009220	MITF (ENSBTAG00000006679)	FRMD4B (ENSBTAG00000007624)	ENSBTAG00000013059	LMOD3 (ENSBTAG00000021508)	ARL6IP5 (ENSBTAG00000021506)	UBA3 (ENSBTAG00000015556)	TMF1 (ENSBTAG00000015554)	EOGT (ENSBTAG00000022681)
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	14	LRRN1 (ENSBIXG00005031456)	CRBN (ENSBIXG00005031447)	TRNT1 (ENSBIXG00005031446)	IL5RA (ENSBIXG00005031445)	CNTN4 (ENSBIXG00005031442)	CNTN6 (ENSBIXG00005031434)	ENSBIXG00005031428	CHL1 (ENSBIXG00005031410)	ENSBIXG00005031401	CNTN3 (ENSBIXG00005031394)	PDZRN3 (ENSBIXG00005031380)	PPP4R2 (ENSBIXG00005031369) #17	GXYLT2 (ENSBIXG00005031365) #19	ENSBIXG00005031363	SHQ1 (ENSBIXG00005031362) #21	RYBP (ENSBIXG00005031352) #22	ENSBIXG00005031346 #24	GPR27 (ENSBIXG00005031343)	EIF4E3 (ENSBIXG00005031340) #25	FOXP1 (ENSBIXG00005031327) #26	MDFIC2 (ENSBIXG00005031313)	ENSBIXG00005031312	MITF (ENSBIXG00005031308)	ENSBIXG00005031303	ENSBIXG00005031301	FRMD4B (ENSBIXG00005031293)	LMOD3 (ENSBIXG00005031283)	ARL6IP5 (ENSBIXG00005031280)	ENSBIXG00005031278	UBA3 (ENSBIXG00005031275)	TMF1 (ENSBIXG00005031267)
American bison	MODERN SPECIES	3333							IL5RA (ENSBBBG00000008533)	CNTN4 (ENSBBBG00000022563)	CNTN6 (ENSBBBG00000022607)	CHL1 (ENSBBBG00000022795)	CNTN3 (ENSBBBG00000022837)	PDZRN3 (ENSBBBG00000022898)	PPP4R2 (ENSBBBG00000008134) #17	GXYLT2 (ENSBBBG00000022931) #19	SHQ1 (ENSBBBG00000006026) #21	RYBP (ENSBBBG00000006031) #22	PROK2 (ENSBBBG00000022995) #24	EIF4E3 (ENSBBBG00000023020) #25	FOXP1 (ENSBBBG00000023930) #26	MDFIC2 (ENSBBBG00000006278)	MITF (ENSBBBG00000009019)	ENSBBBG00000006419	FRMD4B (ENSBBBG00000006453)	LMOD3 (ENSBBBG00000000194)	ENSBBBG00000000181	UBA3 (ENSBBBG00000007824)	TMF1 (ENSBBBG00000008082)	EOGT (ENSBBBG00000025364)
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000165570	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00390000010170.a.a	ENSGT00940000158653	ENSGT00940000158502
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000165570	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00390000010170.a.a	ENSGT00940000158653	ENSGT00940000158502	ENSGT00550000074950
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00940000165570	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00390000010170.a.a	ENSGT00940000158653	ENSGT00940000158502	ENSGT00550000074950
Elephant	MODERN SPECIES	49	ENSLAFG00000026765	LRRN1 (ENSLAFG00000010287)	CRBN (ENSLAFG00000017627)	TRNT1 (ENSLAFG00000023191)	IL5RA (ENSLAFG00000011644)	CNTN4 (ENSLAFG00000011631)	CNTN6 (ENSLAFG00000008927)	CHL1 (ENSLAFG00000000179)	CNTN3 (ENSLAFG00000008082)	ENSLAFG00000031602	ENSLAFG00000026536	PDZRN3 (ENSLAFG00000014734)	PPP4R2 (ENSLAFG00000000513) #17	GXYLT2 (ENSLAFG00000017357) #19	ENSLAFG00000017601 #21	RYBP (ENSLAFG00000003133) #22	GPR27 (ENSLAFG00000015911)	EIF4E3 (ENSLAFG00000001998) #25	FOXP1 (ENSLAFG00000008006) #26	MITF (ENSLAFG00000023153)	FRMD4B (ENSLAFG00000001441)	LMOD3 (ENSLAFG00000032473)	ARL6IP5 (ENSLAFG00000004092)	UBA3 (ENSLAFG00000004088)	TMF1 (ENSLAFG00000004084)	EOGT (ENSLAFG00000004080)	TAFA4 (ENSLAFG00000004079)	SUCLG2 (ENSLAFG00000015283)	KBTBD8 (ENSLAFG00000002923)	ENSLAFG00000013671	SLC25A26 (ENSLAFG00000013666)
Hyrax	MODERN SPECIES	4626																RYBP (ENSPCAG00000014954) #22
Tenrec	MODERN SPECIES	5459																RYBP (ENSETEG00000015145) #22
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	1203													ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22
Sloth	MODERN SPECIES	5002																RYBP (ENSCHOG00000011528) #22
Armadillo	MODERN SPECIES	1343													ENSDNOG00000038146 #17	GXYLT2 (ENSDNOG00000036560) #19	SHQ1 (ENSDNOG00000033937) #21	RYBP (ENSDNOG00000034094) #22
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000163880	ENSGT00390000010170.a.a
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000163880	ENSGT00390000010170.a.a
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000163880	ENSGT00390000010170.a.a
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000163880	ENSGT00390000010170.a.a
Common wonbat	MODERN SPECIES	1012	IL5RA (ENSVURG00010008982)	CNTN4 (ENSVURG00010008887)	ENSVURG00010008854	ENSVURG00010008843	CNTN6 (ENSVURG00010008756)	ENSVURG00010008727	CHL1 (ENSVURG00010008642)	CNTN3 (ENSVURG00010008586)	ENSVURG00010008548	PDZRN3 (ENSVURG00010008505)	ENSVURG00010008462	PPP4R2 (ENSVURG00010008448) #17	GXYLT2 (ENSVURG00010008424) #19	ENSVURG00010008413	SHQ1 (ENSVURG00010008402) #21	RYBP (ENSVURG00010008342) #22	PROK2 (ENSVURG00010008305) #24	ENSVURG00010008299	ENSVURG00010008289	EIF4E3 (ENSVURG00010008277) #25	FOXP1 (ENSVURG00010008144) #26	MDFIC2 (ENSVURG00010008101)	MITF (ENSVURG00010007937)	FRMD4B (ENSVURG00010007860)	LMOD3 (ENSVURG00010007809)	ARL6IP5 (ENSVURG00010007801)	UBA3 (ENSVURG00010007758)	TMF1 (ENSVURG00010007723)	EOGT (ENSVURG00010007661)	TAFA4 (ENSVURG00010007643)	TAFA1 (ENSVURG00010007612)
koala	MODERN SPECIES	122											CNTN3 (ENSPCIG00000019536)	PDZRN3 (ENSPCIG00000003575)	PPP4R2 (ENSPCIG00000003553) #17	GXYLT2 (ENSPCIG00000003536) #19	SHQ1 (ENSPCIG00000033419) #21	RYBP (ENSPCIG00000035828) #22	PROK2 (ENSPCIG00000035580) #24	ENSPCIG00000007180	GPR27 (ENSPCIG00000007179)	EIF4E3 (ENSPCIG00000011825) #25	FOXP1 (ENSPCIG00000011818) #26	MDFIC2 (ENSPCIG00000011815)	MITF (ENSPCIG00000011814)	FRMD4B (ENSPCIG00000011810)	LMOD3 (ENSPCIG00000011808)	ARL6IP5 (ENSPCIG00000011806)	UBA3 (ENSPCIG00000010311)	TMF1 (ENSPCIG00000010308)	EOGT (ENSPCIG00000010307)	TAFA4 (ENSPCIG00000009587)	ENSPCIG00000035890
Tasmanian devil	MODERN SPECIES		ENSSHAG00000012663	SUMF1 (ENSSHAG00000022459)	ENSSHAG00000030072	LRRN1 (ENSSHAG00000027597)	CRBN (ENSSHAG00000029768)	TRNT1 (ENSSHAG00000018861)	IL5RA (ENSSHAG00000018837)	CNTN4 (ENSSHAG00000018520)	CNTN6 (ENSSHAG00000015764)	ENSSHAG00000010125	ENSSHAG00000010121	PDZRN3 (ENSSHAG00000016709)	PPP4R2 (ENSSHAG00000015837) #17	GXYLT2 (ENSSHAG00000015594) #19	SHQ1 (ENSSHAG00000015077) #21	ENSSHAG00000013359 #22	ENSSHAG00000031144 #24	GPR27 (ENSSHAG00000022511)	EIF4E3 (ENSSHAG00000008775) #25	FOXP1 (ENSSHAG00000026979) #26	MDFIC2 (ENSSHAG00000030086)	MITF (ENSSHAG00000017522)	FRMD4B (ENSSHAG00000013729)	LMOD3 (ENSSHAG00000016539)	ARL6IP5 (ENSSHAG00000029654)	TMF1 (ENSSHAG00000016301)	UBA3 (ENSSHAG00000016367)	EOGT (ENSSHAG00000016174)	TAFA4 (ENSSHAG00000024690)	ENSSHAG00000025563	SUCLG2 (ENSSHAG00000029903)
Opossum	MODERN SPECIES	5	TRNT1 (ENSMODG00000004368)	ENSMODG00000004351	CNTN4 (ENSMODG00000004323)	ENSMODG00000028686	ENSMODG00000048583	ENSMODG00000051590	CNTN6 (ENSMODG00000004198)	CHL1 (ENSMODG00000004153)	ENSMODG00000046603	ENSMODG00000049888	CNTN3 (ENSMODG00000003991)	PDZRN3 (ENSMODG00000003959)	PPP4R2 (ENSMODG00000003940) #17	GXYLT2 (ENSMODG00000003929) #19	SHQ1 (ENSMODG00000003926) #21	RYBP (ENSMODG00000038209) #22	PROK2 (ENSMODG00000043726) #24	GPR27 (ENSMODG00000003902)	EIF4E3 (ENSMODG00000003899) #25	FOXP1 (ENSMODG00000003884) #26	ENSMODG00000027781	MDFIC2 (ENSMODG00000028056)	ENSMODG00000028024	ENSMODG00000039201	MITF (ENSMODG00000003754)	FRMD4B (ENSMODG00000003688)	LMOD3 (ENSMODG00000003639)	ARL6IP5 (ENSMODG00000049779)	UBA3 (ENSMODG00000003622)	TMF1 (ENSMODG00000003468)	ENSMODG00000003450
Platypus	DUPLICATION
Platypus	MODERN SPECIES	35												THAP11Y (ENSOANG00000039397)	ENSOANG00000045879	ENSOANG00000039507	ENSOANG00000043592	RYBP (ENSOANG00000050562) #22	ENSOANG00000038226	ENSOANG00000043879	ENSOANG00000038599	ENSOANG00000045913	FEM1C (ENSOANG00000037326)	ENSOANG00000045434	CNBP (ENSOANG00000040160)	AKAP8LY (ENSOANG00000047029)	ENSOANG00000044776	ENSOANG00000037290	ENSOANG00000037198	ENSOANG00000038603	ENSOANG00000048071	ENSOANG00000046095	AMHY (ENSOANG00000049951)
Platypus	MODERN SPECIES	84	ENSOANG00000037378	RHO (ENSOANG00000003778)	PLXND1 (ENSOANG00000050054)	IFT122 (ENSOANG00000010892)	MBD4 (ENSOANG00000004589)	ENSOANG00000028240	RPL32 (ENSOANG00000037596)	ENSOANG00000040437	ENSOANG00000003781	SEC13 (ENSOANG00000009346)	ENSOANG00000048399	PDZRN3 (ENSOANG00000042812)	ENSOANG00000036060	GXYLT2 (ENSOANG00000036924) #19	SHQ1 (ENSOANG00000013705) #21	ENSOANG00000011702 #22	ENSOANG00000012192	TWF2 (ENSOANG00000009135)	PPM1M (ENSOANG00000004965)	ALDH1L1 (ENSOANG00000022069)	ENSOANG00000043021	KLF15 (ENSOANG00000014825)	ENSOANG00000040843	ENSOANG00000029239	ENSOANG00000051327	UROC1 (ENSOANG00000031100)	TMEM43 (ENSOANG00000002492)	ENSOANG00000012272	ENSOANG00000012273	SLC6A6 (ENSOANG00000002131)	GRIP2 (ENSOANG00000048579)
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00530000063647.A.a.d	ENSGT00940000165570	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00650000094763	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT01030000237821	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00530000063647.A.a.d	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000165309	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000163880
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT01030000237821	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00530000063647.A.a.d	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000165309	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000163880
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00530000063647.A.a.d	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000165309	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000163880
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	30	CNTN4 (ENSSMRG00000017856)	ENSSMRG00000017841	CNTN6 (ENSSMRG00000013978)	CHL1 (ENSSMRG00000010197)	ENSSMRG00000010180	ENSSMRG00000010173	ENSSMRG00000010165	ENSSMRG00000010160	CNTN3 (ENSSMRG00000003298)	ENSSMRG00000003187	PDZRN3 (ENSSMRG00000003119)	ENSSMRG00000003079	GXYLT2 (ENSSMRG00000003071) #19	SHQ1 (ENSSMRG00000003041) #21	ENSSMRG00000002992	RYBP (ENSSMRG00000002983) #22	PROK2 (ENSSMRG00000002900) #24	GPR27 (ENSSMRG00000002896)	EIF4E3 (ENSSMRG00000002895) #25	ENSSMRG00000002882	FOXP1 (ENSSMRG00000002823) #26	MDFIC2 (ENSSMRG00000002664)	MITF (ENSSMRG00000002637)	FRMD4B (ENSSMRG00000002580)	LMOD3 (ENSSMRG00000002566)	ARL6IP5 (ENSSMRG00000002565)	UBA3 (ENSSMRG00000002519)	TMF1 (ENSSMRG00000002507)	EOGT (ENSSMRG00000001044)	TAFA4 (ENSSMRG00000001030)	ENSSMRG00000000996
Common wall lizard	MODERN SPECIES	10	LRRN1 (ENSPMRG00000014601)	CRBN (ENSPMRG00000014605)	TRNT1 (ENSPMRG00000014610)	ENSPMRG00000014615	CNTN4 (ENSPMRG00000014619)	CNTN6 (ENSPMRG00000014662)	ENSPMRG00000014808	CHL1 (ENSPMRG00000014819)	ENSPMRG00000014875	ENSPMRG00000014911	CNTN3 (ENSPMRG00000014964)	ENSPMRG00000015251	PDZRN3 (ENSPMRG00000015257)	ENSPMRG00000015274	SHQ1 (ENSPMRG00000015291) #21	RYBP (ENSPMRG00000015294) #22	PROK2 (ENSPMRG00000015300) #24	GPR27 (ENSPMRG00000015304)	EIF4E3 (ENSPMRG00000015314) #25	FOXP1 (ENSPMRG00000015325) #26	MDFIC2 (ENSPMRG00000015336)	ENSPMRG00000015341	MITF (ENSPMRG00000015352)	ENSPMRG00000015381	FRMD4B (ENSPMRG00000015388)	LMOD3 (ENSPMRG00000015415)	ARL6IP5 (ENSPMRG00000015419)	UBA3 (ENSPMRG00000015448)	TMF1 (ENSPMRG00000015455)	EOGT (ENSPMRG00000015468)	TAFA4 (ENSPMRG00000015501)
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000155071.E	ENSGT01030000237821	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000163880	ENSGT00390000010170.a.a
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000155071.E.m.a	ENSGT01030000237821	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a.s	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000163880	ENSGT00390000010170.a.a
Indian cobra	MODERN SPECIES	1	SUMF1 (ENSNNAG00000002532)	ENSNNAG00000002521	LRRN1 (ENSNNAG00000002516)	ENSNNAG00000002424	TRNT1 (ENSNNAG00000002400)	CNTN4 (ENSNNAG00000002367)	CNTN6 (ENSNNAG00000002047)	CHL1 (ENSNNAG00000001897)	CNTN3 (ENSNNAG00000001838)	ENSNNAG00000001814	PDZRN3 (ENSNNAG00000001782)	ENSNNAG00000001768	GXYLT2 (ENSNNAG00000001742) #19	ENSNNAG00000001725 #21	ENSNNAG00000001713 #21	RYBP (ENSNNAG00000001699) #22	PROK2 (ENSNNAG00000001687) #24	GPR27 (ENSNNAG00000001680)	EIF4E3 (ENSNNAG00000001669) #25	FOXP1 (ENSNNAG00000000627) #26	MDFIC2 (ENSNNAG00000000344)	MITF (ENSNNAG00000000297)	ENSNNAG00000000263	FRMD4B (ENSNNAG00000006495)	LMOD3 (ENSNNAG00000006462)	ARL6IP5 (ENSNNAG00000006448)	UBA3 (ENSNNAG00000006386)	TMF1 (ENSNNAG00000005900)	EOGT (ENSNNAG00000005800)	TAFA4 (ENSNNAG00000005772)	ENSNNAG00000005763
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000155071.E.m.a	ENSGT01030000237821	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a.s	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000163880	ENSGT00390000010170.a.a
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000155071.E.m.a	ENSGT01030000237821	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a.s	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000163880	ENSGT00390000010170.a.a
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	3	ENSPTXG00000002883	ITPR1 (ENSPTXG00000000808)	SUMF1 (ENSPTXG00000000467)	ENSPTXG00000000457	LRRN1 (ENSPTXG00000000450)	CRBN (ENSPTXG00000000440)	TRNT1 (ENSPTXG00000000410)	CNTN4 (ENSPTXG00000000390)	ENSPTXG00000000362	CHL1 (ENSPTXG00000000274)	CNTN3 (ENSPTXG00000000180)	PDZRN3 (ENSPTXG00000000135)	ENSPTXG00000000107	GXYLT2 (ENSPTXG00000000072) #19	SHQ1 (ENSPTXG00000000044) #21	RYBP (ENSPTXG00000004041) #22	PROK2 (ENSPTXG00000004037) #24	GPR27 (ENSPTXG00000004036)	EIF4E3 (ENSPTXG00000004035) #25	FOXP1 (ENSPTXG00000002890) #26	MDFIC2 (ENSPTXG00000002874)	MITF (ENSPTXG00000002872)	FRMD4B (ENSPTXG00000002871)	LMOD3 (ENSPTXG00000002870)	ARL6IP5 (ENSPTXG00000002869)	UBA3 (ENSPTXG00000002868)	TMF1 (ENSPTXG00000002867)	EOGT (ENSPTXG00000002866)	TAFA4 (ENSPTXG00000002865)	ENSPTXG00000002864	SUCLG2 (ENSPTXG00000002863)
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	2	ENSNSUG00000006524	LRRN1 (ENSNSUG00000006527)	CRBN (ENSNSUG00000006528)	TRNT1 (ENSNSUG00000006530)	CNTN4 (ENSNSUG00000006531)	CNTN6 (ENSNSUG00000006539)	CHL1 (ENSNSUG00000006603)	ENSNSUG00000006605	CNTN3 (ENSNSUG00000006618)	ENSNSUG00000006988	PDZRN3 (ENSNSUG00000006989)	ENSNSUG00000006992	GXYLT2 (ENSNSUG00000006994) #19	ENSNSUG00000006998 #21	ENSNSUG00000006999 #21	RYBP (ENSNSUG00000007004) #22	PROK2 (ENSNSUG00000007007) #24	GPR27 (ENSNSUG00000007008)	EIF4E3 (ENSNSUG00000007010) #25	FOXP1 (ENSNSUG00000007011) #26	MITF (ENSNSUG00000007126)	FRMD4B (ENSNSUG00000007211)	LMOD3 (ENSNSUG00000007212)	ARL6IP5 (ENSNSUG00000007213)	ENSNSUG00000007214	UBA3 (ENSNSUG00000007215)	TMF1 (ENSNSUG00000007216)	EOGT (ENSNSUG00000007219)	TAFA4 (ENSNSUG00000007226)	ENSNSUG00000007227	SUCLG2 (ENSNSUG00000007228)
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	10156																ENSLLTG00000014962 #22
Lizard	MODERN SPECIES	1	ENSACAG00000036977	CNTN6 (ENSACAG00000010425)	ENSACAG00000040802	ENSACAG00000041579	CHL1 (ENSACAG00000001405)	CNTN3 (ENSACAG00000014961)	ENSACAG00000043635	PDZRN3 (ENSACAG00000014911)	ENSACAG00000043132	PPP4R2 (ENSACAG00000014851) #17	GXYLT2 (ENSACAG00000014845) #19	SHQ1 (ENSACAG00000014809) #21	ENSACAG00000041376	ENSACAG00000040119	ENSACAG00000044810	RYBP (ENSACAG00000014789) #22	PROK2 (ENSACAG00000013932) #24	GPR27 (ENSACAG00000036221)	EIF4E3 (ENSACAG00000035562) #25	ENSACAG00000045210	ENSACAG00000028536	ENSACAG00000042966	ENSACAG00000038806	ENSACAG00000042406	FOXP1 (ENSACAG00000013683) #26	ENSACAG00000043836	MDFIC2 (ENSACAG00000013680)	ENSACAG00000039576	ENSACAG00000041007	ENSACAG00000028935	MITF (ENSACAG00000036061)
tuatara	MODERN SPECIES	276												PPP4R2 (ENSSPUG00000011494) #17	GXYLT2 (ENSSPUG00000011506) #19	ENSSPUG00000011522 #21	ENSSPUG00000011526 #21	RYBP (ENSSPUG00000011547) #22	PROK2 (ENSSPUG00000011555) #24	EIF4E3 (ENSSPUG00000011580) #25	FOXP1 (ENSSPUG00000011658) #26
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00530000063647.A.a.d	ENSGT00940000165570	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00650000094763	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00530000063647.A.a.d	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00650000094763	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00530000063647.A.a.d	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00650000094763	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000165309	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00530000063647.A.a.d	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00650000094763	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000165309	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	1926										CNTN3 (ENSCABG00000008269)	PDZRN3 (ENSCABG00000008275)	PPP4R2 (ENSCABG00000008278) #17	GXYLT2 (ENSCABG00000008279) #19	ENSCABG00000008280 #21	ENSCABG00000008281 #21	RYBP (ENSCABG00000008286) #22	PROK2 (ENSCABG00000008289) #24	GPR27 (ENSCABG00000008291)	EIF4E3 (ENSCABG00000008293) #25	ENSCABG00000008296
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	21	LRRN1 (ENSGEVG00005017431)	CRBN (ENSGEVG00005017441)	TRNT1 (ENSGEVG00005017461)	ENSGEVG00005017472	IL5RA (ENSGEVG00005017497)	CNTN4 (ENSGEVG00005017523)	ENSGEVG00005017608	CNTN6 (ENSGEVG00005017681)	CHL1 (ENSGEVG00005018075)	CNTN3 (ENSGEVG00005018336)	ENSGEVG00005018629	PDZRN3 (ENSGEVG00005018672)	PPP4R2 (ENSGEVG00005018720) #17	GXYLT2 (ENSGEVG00005018737) #19	SHQ1 (ENSGEVG00005018751) #21	RYBP (ENSGEVG00005018775) #22	PROK2 (ENSGEVG00005018790) #24	GPR27 (ENSGEVG00005018807)	EIF4E3 (ENSGEVG00005018821) #25	ENSGEVG00005018834	FOXP1 (ENSGEVG00005018847) #26	MDFIC2 (ENSGEVG00005018869)	ENSGEVG00005018889	MITF (ENSGEVG00005018917)	FRMD4B (ENSGEVG00005018987)	LMOD3 (ENSGEVG00005019002)	ARL6IP5 (ENSGEVG00005019026)	UBA3 (ENSGEVG00005004001)	TMF1 (ENSGEVG00005004020)	EOGT (ENSGEVG00005004061)	TAFA4 (ENSGEVG00005004105)
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000165309	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000163880
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	33	ENSTMTG00000018826	SUMF1 (ENSTMTG00000018795)	LRRN1 (ENSTMTG00000018782)	CRBN (ENSTMTG00000018758)	TRNT1 (ENSTMTG00000018738)	IL5RA (ENSTMTG00000018639)	CNTN4 (ENSTMTG00000018539)	CNTN6 (ENSTMTG00000018470)	ENSTMTG00000018456	CHL1 (ENSTMTG00000018260)	CNTN3 (ENSTMTG00000018117)	PDZRN3 (ENSTMTG00000018055)	PPP4R2 (ENSTMTG00000018024) #17	GXYLT2 (ENSTMTG00000018007) #19	SHQ1 (ENSTMTG00000017994) #21	RYBP (ENSTMTG00000017980) #22	PROK2 (ENSTMTG00000017933) #24	GPR27 (ENSTMTG00000017910)	EIF4E3 (ENSTMTG00000017896) #25	FOXP1 (ENSTMTG00000017846) #26	MDFIC2 (ENSTMTG00000017833)	ENSTMTG00000017820	ENSTMTG00000017806	MITF (ENSTMTG00000017748)	FRMD4B (ENSTMTG00000017669)	LMOD3 (ENSTMTG00000017636)	ENSTMTG00000017624	ARL6IP5 (ENSTMTG00000017618)	UBA3 (ENSTMTG00000017592)	TMF1 (ENSTMTG00000017529)	EOGT (ENSTMTG00000017077)
painted turtle	MODERN SPECIES	2383												PDZRN3 (ENSCPBG00000006475)	PPP4R2 (ENSCPBG00000006460) #17	GXYLT2 (ENSCPBG00000006448) #19	SHQ1 (ENSCPBG00000006441) #21	RYBP (ENSCPBG00000006439) #22	PROK2 (ENSCPBG00000006431) #24	GPR27 (ENSCPBG00000006421)	EIF4E3 (ENSCPBG00000006415) #25	ENSCPBG00000005362	C3orf80 (ENSCPBG00000005344)	FOXP1 (ENSCPBG00000000850) #26	MDFIC2 (ENSCPBG00000000641)	ENSCPBG00000000607	ENSCPBG00000000573	MITF (ENSCPBG00000000513)	FRMD4B (ENSCPBG00000000426)	LMOD3 (ENSCPBG00000000394)	ARL6IP5 (ENSCPBG00000000384)	UBA3 (ENSCPBG00000000357)	TMF1 (ENSCPBG00000000268)
Chinese turtle	MODERN SPECIES	1091																RYBP (ENSPSIG00000011534) #22	PROK2 (ENSPSIG00000011546) #24
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00530000063647.A.a.d	ENSGT00940000165570	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000165309	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607
Aves	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00530000063647.A.a.d	ENSGT00940000165570	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000165309	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00530000063647.A.a.d	ENSGT00940000165570	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000165309	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00530000063647.A.a.d	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000165309	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00530000063647.A.a.d	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000165309	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00530000063647.A.a.d	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000165309	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C.k	ENSGT00940000155198.C.l	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000165309	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C.k	ENSGT00940000155198.C.l	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000165309	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607
Zebra finch	MODERN SPECIES	3	BHLHE40 (ENSTGUG00000010301)	ITPR1 (ENSTGUG00000010241)	SUMF1 (ENSTGUG00000010221)	ENSTGUG00000019447	LRRN1 (ENSTGUG00000010215)	CRBN (ENSTGUG00000010200)	TRNT1 (ENSTGUG00000010192)	IL5RA (ENSTGUG00000010171)	CNTN4 (ENSTGUG00000010102)	CNTN6 (ENSTGUG00000010053)	CHL1 (ENSTGUG00000009997)	CNTN3 (ENSTGUG00000009960)	PDZRN3 (ENSTGUG00000014523)	ENSTGUG00000009943	SHQ1 (ENSTGUG00000009933) #21	RYBP (ENSTGUG00000020831) #22	PROK2 (ENSTGUG00000026872) #24	GPR27 (ENSTGUG00000009928)	EIF4E3 (ENSTGUG00000009923) #25	FOXP1 (ENSTGUG00000009872) #26	MDFIC2 (ENSTGUG00000022276)	ENSTGUG00000009864	MITF (ENSTGUG00000009847)	FRMD4B (ENSTGUG00000009791)	LMOD3 (ENSTGUG00000009788)	ARL6IP5 (ENSTGUG00000009784)	UBA3 (ENSTGUG00000009733)	TMF1 (ENSTGUG00000009717)	EOGT (ENSTGUG00000009683)	TAFA4 (ENSTGUG00000024581)	TAFA1 (ENSTGUG00000009669)
Common canary	MODERN SPECIES	15										CHL1 (ENSSCAG00000008249)	CNTN3 (ENSSCAG00000008226)	PDZRN3 (ENSSCAG00000008162)	PPP4R2 (ENSSCAG00000008132) #17	GXYLT2 (ENSSCAG00000008125) #19	SHQ1 (ENSSCAG00000008114) #21	RYBP (ENSSCAG00000008108) #22	PROK2 (ENSSCAG00000008100) #24	GPR27 (ENSSCAG00000008093)	EIF4E3 (ENSSCAG00000008083) #25	FOXP1 (ENSSCAG00000008063) #26	MDFIC2 (ENSSCAG00000008028)	ENSSCAG00000008022	ENSSCAG00000008018	MITF (ENSSCAG00000008001)	FRMD4B (ENSSCAG00000007970)	LMOD3 (ENSSCAG00000007965)	ARL6IP5 (ENSSCAG00000007962)	UBA3 (ENSSCAG00000007959)	TMF1 (ENSSCAG00000007954)	EOGT (ENSSCAG00000007882)	TAFA4 (ENSSCAG00000007848)
Medium ground finch	MODERN SPECIES	20										CHL1 (ENSGFOG00000004348)	CNTN3 (ENSGFOG00000004387)	PDZRN3 (ENSGFOG00000004417)	PPP4R2 (ENSGFOG00000004433) #17	GXYLT2 (ENSGFOG00000004458) #19	SHQ1 (ENSGFOG00000004475) #21	RYBP (ENSGFOG00000004492) #22	ENSGFOG00000004504	PROK2 (ENSGFOG00000004519) #24	GPR27 (ENSGFOG00000004530)	EIF4E3 (ENSGFOG00000004543) #25	FOXP1 (ENSGFOG00000004570) #26	MDFIC2 (ENSGFOG00000004631)	ENSGFOG00000004645	ENSGFOG00000004688	MITF (ENSGFOG00000004714)	FRMD4B (ENSGFOG00000004734)	LMOD3 (ENSGFOG00000004784)	ARL6IP5 (ENSGFOG00000004791)	UBA3 (ENSGFOG00000004801)	TMF1 (ENSGFOG00000004844)	EOGT (ENSGFOG00000005298)
Flycatcher	MODERN SPECIES	3	ENSFALG00000023036	LRRN1 (ENSFALG00000014525)	CRBN (ENSFALG00000013540)	TRNT1 (ENSFALG00000013539)	IL5RA (ENSFALG00000013534)	ENSFALG00000025220	CNTN4 (ENSFALG00000013504)	CNTN6 (ENSFALG00000013472)	CHL1 (ENSFALG00000013463)	CNTN3 (ENSFALG00000013457)	ENSFALG00000027072	PDZRN3 (ENSFALG00000013445)	PPP4R2 (ENSFALG00000013436) #17	GXYLT2 (ENSFALG00000024120) #19	SHQ1 (ENSFALG00000013428) #21	RYBP (ENSFALG00000027888) #22	PROK2 (ENSFALG00000013423) #24	GPR27 (ENSFALG00000014506)	EIF4E3 (ENSFALG00000028480) #25	FOXP1 (ENSFALG00000013404) #26	MDFIC2 (ENSFALG00000013397)	ENSFALG00000013396	MITF (ENSFALG00000026731)	FRMD4B (ENSFALG00000013372)	LMOD3 (ENSFALG00000013370)	ARL6IP5 (ENSFALG00000028538)	UBA3 (ENSFALG00000013365)	TMF1 (ENSFALG00000013361)	EOGT (ENSFALG00000026269)	TAFA4 (ENSFALG00000013356)	TAFA1 (ENSFALG00000013355)
Great tit	MODERN SPECIES	3	ITPR1 (ENSPMJG00000005801)	SUMF1 (ENSPMJG00000005794)	ENSPMJG00000005792	CRBN (ENSPMJG00000005773)	TRNT1 (ENSPMJG00000005765)	IL5RA (ENSPMJG00000005764)	CNTN4 (ENSPMJG00000005757)	CNTN6 (ENSPMJG00000005736)	CHL1 (ENSPMJG00000005688)	CNTN3 (ENSPMJG00000005671)	ENSPMJG00000005665	PDZRN3 (ENSPMJG00000005657)	ENSPMJG00000005654	GXYLT2 (ENSPMJG00000005617) #19	SHQ1 (ENSPMJG00000005611) #21	RYBP (ENSPMJG00000005603) #22	PROK2 (ENSPMJG00000005599) #24	GPR27 (ENSPMJG00000005597)	EIF4E3 (ENSPMJG00000005596) #25	FOXP1 (ENSPMJG00000005573) #26	MDFIC2 (ENSPMJG00000005566)	ENSPMJG00000005560	MITF (ENSPMJG00000005557)	FRMD4B (ENSPMJG00000005549)	LMOD3 (ENSPMJG00000005547)	ARL6IP5 (ENSPMJG00000005544)	UBA3 (ENSPMJG00000005263)	TMF1 (ENSPMJG00000005253)	EOGT (ENSPMJG00000005244)	TAFA4 (ENSPMJG00000005234)	TAFA1 (ENSPMJG00000005221)
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00530000063647.A.a.d	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a
Kakapo	MODERN SPECIES	3	SUMF1 (ENSSHBG00005021231)	ENSSHBG00005021232	LRRN1 (ENSSHBG00005021234)	CRBN (ENSSHBG00005021235)	TRNT1 (ENSSHBG00005021236)	IL5RA (ENSSHBG00005021237)	CNTN4 (ENSSHBG00005021238)	CNTN6 (ENSSHBG00005021239)	CHL1 (ENSSHBG00005021241)	CNTN3 (ENSSHBG00005000965)	ENSSHBG00005010579	PDZRN3 (ENSSHBG00005010639)	ENSSHBG00005010670	GXYLT2 (ENSSHBG00005010727) #19	SHQ1 (ENSSHBG00005010752) #21	RYBP (ENSSHBG00005010792) #22	PROK2 (ENSSHBG00005010813) #24	GPR27 (ENSSHBG00005010828)	EIF4E3 (ENSSHBG00005010834) #25	FOXP1 (ENSSHBG00005010885) #26	MDFIC2 (ENSSHBG00005010924)	ENSSHBG00005010965	ENSSHBG00005010991	ENSSHBG00005011012	FRMD4B (ENSSHBG00005011065)	LMOD3 (ENSSHBG00005011123)	ARL6IP5 (ENSSHBG00005011174)	UBA3 (ENSSHBG00005011214)	TMF1 (ENSSHBG00005011258)	EOGT (ENSSHBG00005011329)	TAFA4 (ENSSHBG00005011455)
Golden eagle	MODERN SPECIES	12	ENSACCG00020009779	LRRN1 (ENSACCG00020009768)	ENSACCG00020009755	CRBN (ENSACCG00020009742)	TRNT1 (ENSACCG00020009728)	IL5RA (ENSACCG00020009685)	ENSACCG00020009645	CNTN4 (ENSACCG00020009634)	CNTN6 (ENSACCG00020009592)	CHL1 (ENSACCG00020009287)	CNTN3 (ENSACCG00020008678)	PDZRN3 (ENSACCG00020008644)	PPP4R2 (ENSACCG00020008614) #17	GXYLT2 (ENSACCG00020008596) #19	SHQ1 (ENSACCG00020008571) #21	RYBP (ENSACCG00020008553) #22	PROK2 (ENSACCG00020008544) #24	GPR27 (ENSACCG00020008536)	EIF4E3 (ENSACCG00020008519) #25	FOXP1 (ENSACCG00020008422) #26	MDFIC2 (ENSACCG00020008280)	MITF (ENSACCG00020008257)	FRMD4B (ENSACCG00020008222)	LMOD3 (ENSACCG00020008206)	ARL6IP5 (ENSACCG00020008195)	UBA3 (ENSACCG00020008140)	TMF1 (ENSACCG00020008119)	EOGT (ENSACCG00020008102)	TAFA4 (ENSACCG00020008089)	TAFA1 (ENSACCG00020008077)	SUCLG2 (ENSACCG00020008064)
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00530000063647.A.a.d	ENSGT00940000165570	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000165309	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000163880
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000165309	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000163880
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	49	ITPR1 (ENSABRG00000010195)	SUMF1 (ENSABRG00000014365)	ENSABRG00000014367	LRRN1 (ENSABRG00000014369)	CRBN (ENSABRG00000014371)	TRNT1 (ENSABRG00000014416)	IL5RA (ENSABRG00000014471)	CNTN4 (ENSABRG00000014569)	CNTN6 (ENSABRG00000015653)	CHL1 (ENSABRG00000016703)	CNTN3 (ENSABRG00000016737)	PDZRN3 (ENSABRG00000016746)	PPP4R2 (ENSABRG00000016753) #17	GXYLT2 (ENSABRG00000016756) #19	SHQ1 (ENSABRG00000016761) #21	RYBP (ENSABRG00000016768) #22	PROK2 (ENSABRG00000016781) #24	GPR27 (ENSABRG00000016783)	EIF4E3 (ENSABRG00000016790) #25	FOXP1 (ENSABRG00000016798) #26	MDFIC2 (ENSABRG00000016818)	ENSABRG00000016826	MITF (ENSABRG00000016841)	FRMD4B (ENSABRG00000016861)	LMOD3 (ENSABRG00000016894)	ARL6IP5 (ENSABRG00000016899)	UBA3 (ENSABRG00000016957)	TMF1 (ENSABRG00000017367)	EOGT (ENSABRG00000017437)	TAFA4 (ENSABRG00000017510)	ENSABRG00000017534
Duck	MODERN SPECIES	4	ITPR1 (ENSAPLG00000016350)	SUMF1 (ENSAPLG00000003538)	ENSAPLG00000001691	LRRN1 (ENSAPLG00000001694)	CRBN (ENSAPLG00000003897)	TRNT1 (ENSAPLG00000004258)	IL5RA (ENSAPLG00000004282)	CNTN4 (ENSAPLG00000004320)	CNTN6 (ENSAPLG00000005639)	CHL1 (ENSAPLG00000007000)	CNTN3 (ENSAPLG00000009693)	PDZRN3 (ENSAPLG00000014073)	PPP4R2 (ENSAPLG00000014045) #17	GXYLT2 (ENSAPLG00000013945) #19	SHQ1 (ENSAPLG00000013926) #21	RYBP (ENSAPLG00000013882) #22	PROK2 (ENSAPLG00000011432) #24	GPR27 (ENSAPLG00000011697)	EIF4E3 (ENSAPLG00000023114) #25	FOXP1 (ENSAPLG00000011828) #26	MDFIC2 (ENSAPLG00000023736)	ENSAPLG00000011893	MITF (ENSAPLG00000011965)	FRMD4B (ENSAPLG00000012468)	LMOD3 (ENSAPLG00000013202)	ARL6IP5 (ENSAPLG00000017744)	UBA3 (ENSAPLG00000013254)	TMF1 (ENSAPLG00000013459)	EOGT (ENSAPLG00000013712)	TAFA4 (ENSAPLG00000014143)	ENSAPLG00000014295
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00530000063647.A.a.d	ENSGT00940000165570	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000165309	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000163880
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000016404	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000160890	ENSGT00940000155198.C	ENSGT00940000160606	ENSGT00940000160080	ENSGT00940000160282	ENSGT00530000063647.A.a.d	ENSGT00940000165570	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000160975 #17	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000162026 #24	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000165309	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607
Chicken	MODERN SPECIES	3	SUMF1 (ENSGALG00010020596)	ENSGALG00010020580	LRRN1 (ENSGALG00010020562)	CRBN (ENSGALG00010020509)	TRNT1 (ENSGALG00010020484)	IL5RA (ENSGALG00010020457)	CNTN4 (ENSGALG00010020436)	CNTN6 (ENSGALG00010020425)	CHL1 (ENSGALG00010020396)	CNTN3 (ENSGALG00010020369)	ENSGALG00010020359	PDZRN3 (ENSGALG00010020350)	PPP4R2 (ENSGALG00010020329) #17	GXYLT2 (ENSGALG00010020309) #19	SHQ1 (ENSGALG00010020307) #21	RYBP (ENSGALG00010018991) #22	PROK2 (ENSGALG00010019225) #24	GPR173 (ENSGALG00010022232)	EIF4E3 (ENSGALG00010022219) #25	FOXP1 (ENSGALG00010022171) #26	MDFIC2 (ENSGALG00010022083)	ENSGALG00010022077	MITF (ENSGALG00010022062)	FRMD4B (ENSGALG00010020127)	LMOD3 (ENSGALG00010020088)	ARL6IP5 (ENSGALG00010020070)	UBA3 (ENSGALG00010020061)	TMF1 (ENSGALG00010020036)	EOGT (ENSGALG00010020005)	TAFA4 (ENSGALG00010019938)	TAFA1 (ENSGALG00010019871)
Turkey	MODERN SPECIES	5	LRRN1 (ENSMGAG00000009988)	TRNT1 (ENSMGAG00000009971)	CRBN (ENSMGAG00000010013)	IL5RA (ENSMGAG00000009996)	CNTN4 (ENSMGAG00000009910)	CNTN6 (ENSMGAG00000009812)	CHL1 (ENSMGAG00000009762)	ENSMGAG00000009709	ENSMGAG00000021720	ENSMGAG00000017393	PDZRN3 (ENSMGAG00000009691)	ENSMGAG00000018290	GXYLT2 (ENSMGAG00000009655) #19	PPP4R2 (ENSMGAG00000009674) #17	SHQ1 (ENSMGAG00000009640) #21	RYBP (ENSMGAG00000009639) #22	PROK2 (ENSMGAG00000002367) #24	GPR27 (ENSMGAG00000009633)	EIF4E3 (ENSMGAG00000009619) #25	FOXP1 (ENSMGAG00000009549) #26	MDFIC2 (ENSMGAG00000009545)	ENSMGAG00000009539	MITF (ENSMGAG00000009507)	FRMD4B (ENSMGAG00000009466)	LMOD3 (ENSMGAG00000009459)	ARL6IP5 (ENSMGAG00000009453)	UBA3 (ENSMGAG00000009393)	TMF1 (ENSMGAG00000009372)	EOGT (ENSMGAG00000009335)	TAFA4 (ENSMGAG00000009332)	ENSMGAG00000009329
Japanese quail	MODERN SPECIES	3	ENSCJPG00005018684	LRRN1 (ENSCJPG00005018683)	CRBN (ENSCJPG00005018682)	TRNT1 (ENSCJPG00005018681)	IL5RA (ENSCJPG00005018680)	CNTN4 (ENSCJPG00005018679)	CNTN6 (ENSCJPG00005018676)	ENSCJPG00005018675	ENSCJPG00005018674	CHL1 (ENSCJPG00005018669)	CNTN3 (ENSCJPG00005018668)	PDZRN3 (ENSCJPG00005018664)	ENSCJPG00005018662	GXYLT2 (ENSCJPG00005018661) #19	SHQ1 (ENSCJPG00005018660) #21	RYBP (ENSCJPG00005018659) #22	PROK2 (ENSCJPG00005018655) #24	GPR27 (ENSCJPG00005018654)	ENSCJPG00005018653	EIF4E3 (ENSCJPG00005018652) #25	FOXP1 (ENSCJPG00005018169) #26	MDFIC2 (ENSCJPG00005018163)	ENSCJPG00005018162	ENSCJPG00005018160	MITF (ENSCJPG00005018152)	FRMD4B (ENSCJPG00005018142)	LMOD3 (ENSCJPG00005018140)	ARL6IP5 (ENSCJPG00005018138)	UBA3 (ENSCJPG00005018109)	TMF1 (ENSCJPG00005018103)	EOGT (ENSCJPG00005018101)
African ostrich	MODERN SPECIES	1076	ENSSCUG00000015304	LRRN1 (ENSSCUG00000015306)	CRBN (ENSSCUG00000015318)	TRNT1 (ENSSCUG00000015323)	IL5RA (ENSSCUG00000015330)	CNTN4 (ENSSCUG00000015339)	ENSSCUG00000015349	CNTN6 (ENSSCUG00000015354)	CHL1 (ENSSCUG00000015369)	CNTN3 (ENSSCUG00000015390)	ENSSCUG00000015400	PDZRN3 (ENSSCUG00000015402)	PPP4R2 (ENSSCUG00000015403) #17	GXYLT2 (ENSSCUG00000015407) #19	SHQ1 (ENSSCUG00000015411) #21	RYBP (ENSSCUG00000015421) #22	PROK2 (ENSSCUG00000015422) #24	GPR27 (ENSSCUG00000015423)	EIF4E3 (ENSSCUG00000015426) #25
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	37	LRRN1 (ENSCPRG00005015420)	CRBN (ENSCPRG00005015422)	TRNT1 (ENSCPRG00005015429)	IL5RA (ENSCPRG00005015437)	CNTN4 (ENSCPRG00005015455)	ENSCPRG00005015468	ENSCPRG00005015470	CNTN6 (ENSCPRG00005015511)	CHL1 (ENSCPRG00005015694)	ENSCPRG00005015700	CNTN3 (ENSCPRG00005015706)	PDZRN3 (ENSCPRG00005015721)	PPP4R2 (ENSCPRG00005015732) #17	GXYLT2 (ENSCPRG00005015736) #19	ENSCPRG00005015737 #21	RYBP (ENSCPRG00005015740) #22	PROK2 (ENSCPRG00005015745) #24	GPR27 (ENSCPRG00005015748)	EIF4E3 (ENSCPRG00005015751) #25	FOXP1 (ENSCPRG00005015769) #26	MDFIC2 (ENSCPRG00005015832)	MITF (ENSCPRG00005015838)	FRMD4B (ENSCPRG00005015846)	LMOD3 (ENSCPRG00005015864)	ARL6IP5 (ENSCPRG00005015865)	UBA3 (ENSCPRG00005015868)	TMF1 (ENSCPRG00005015874)	EOGT (ENSCPRG00005015876)	TAFA4 (ENSCPRG00005015878)	ENSCPRG00005015882	ENSCPRG00005015885
Anura	ANCESTRAL SPECIES	52												ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000159892 #26	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000165309	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	11	ENSLLEG00000030114	TAFA4 (ENSLLEG00000030074)	EOGT (ENSLLEG00000030010)	ENSLLEG00000029988	TMF1 (ENSLLEG00000029962)	UBA3 (ENSLLEG00000029864)	ENSLLEG00000029831	ENSLLEG00000029807	ENSLLEG00000029794	ENSLLEG00000029787	PDZRN3 (ENSLLEG00000029758)	ENSLLEG00000029725	GXYLT2 (ENSLLEG00000029705) #19	SHQ1 (ENSLLEG00000029669) #21	ENSLLEG00000029657	RYBP (ENSLLEG00000029604) #22	ENSLLEG00000029590	EIF4E3 (ENSLLEG00000029555) #25	ENSLLEG00000029545	FOXP1 (ENSLLEG00000029038) #26	MDFIC2 (ENSLLEG00000028932)	SLC25A6 (ENSLLEG00000028913)	ENSLLEG00000028726	ENSLLEG00000028682	ENSLLEG00000028673	IVNS1ABP (ENSLLEG00000028612)	GLRX2 (ENSLLEG00000028565)	CDC73 (ENSLLEG00000028448)	ENSLLEG00000028405	MITF (ENSLLEG00000028151)	ENSLLEG00000028107
Frog	MODERN SPECIES	4	setd5 (ENSXETG00000017841)	ENSXETG00000035213	XB5772073 [provisional:srpk1] (ENSXETG00000024935)	ENSXETG00000041322	plxnb1 (ENSXETG00000017823)	XB956263 [provisional:mapk12] (ENSXETG00000000409)	ccdc51 (ENSXETG00000047356)	ccdc51 (ENSXETG00000044242)	ENSXETG00000000408	ENSXETG00000038876	pdzrn3 (ENSXETG00000000401)	ppp4r2 (ENSXETG00000015932)	gxylt2 (ENSXETG00000015929) #19	shq1 (ENSXETG00000032215) #21	ENSXETG00000039956	rybp (ENSXETG00000015914) #22	prok2 (ENSXETG00000035599)	gpr27 (ENSXETG00000031117)	eif4e3 (ENSXETG00000046627) #25	foxp1 (ENSXETG00000008510) #26	ENSXETG00000043474	ENSXETG00000044720	MDFIC2 (ENSXETG00000044995)	mgc147226 (ENSXETG00000000147)	mitf (ENSXETG00000039276)	frmd4b (ENSXETG00000016169)	lmod3 (ENSXETG00000043756)	arl6ip5 (ENSXETG00000036732)	ENSXETG00000040721	ENSXETG00000040947	uba3 (ENSXETG00000016167)
Coelacanth	MODERN SPECIES	712										CNTN3 (ENSLACG00000003784)	ENSLACG00000010516	PDZRN3 (ENSLACG00000012887)	ppp4r2b (ENSLACG00000013646)	GXYLT2 (ENSLACG00000014093) #19	SHQ1 (ENSLACG00000014243) #21	RYBP (ENSLACG00000015328) #22
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	14													ENSGT00940000173141	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607	ENSGT00390000010170.a.a	ENSGT00940000164303	ENSGT00940000158653
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	59	ENSGT00940000155071.E	ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000157154.c	ENSGT00940000165984	ENSGT00940000166994	ENSGT00390000016404	ENSGT01050000244882.b.c.a	ENSGT00390000009678	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865 #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000156326	ENSGT01020000230354.A.a	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a	ENSGT00550000074831	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	85	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT00940000169850	ENSGT00940000160361	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00550000074831.k	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000159882	ENSGT00940000162607.b	ENSGT00390000010170.a.a	ENSGT00940000164303.b.a
Osteoglossiformes	DUPLICATION
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000157562.q.b	ENSGT00390000018558	ENSGT00940000165527	ENSGT00530000063759.b	ENSGT00940000155448.c.b	ENSGT00940000159708	ENSGT00940000153776.a.b	ENSGT00940000156091.a	ENSGT00940000160361	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.b	ENSGT00940000165371.b	ENSGT00940000155198.A.b	ENSGT00940000162859.p	ENSGT00390000013995.b.a.a #22	ENSGT00940000155865.c.a #25	ENSGT00940000165920.a	ENSGT00940000156326.b	ENSGT00940000159731	ENSGT00390000008631.a.o.b	ENSGT00550000074831.l	ENSGT00940000155644.b	ENSGT00940000162607.a	ENSGT00940000164303.b.b	ENSGT00940000155820.b	ENSGT00940000153629.a.a.a	ENSGT00390000016228.b	ENSGT00510000046608.B.t	ENSGT00940000157279.j	ENSGT01030000234637.b.d.a.a.b
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	90	bgna (ENSPKIG00000024209)	B4GALT3 (ENSPKIG00000024219)	si:ch211-229n2.6 (ENSPKIG00000024225)	dedd (ENSPKIG00000024245)	atp2b3a (ENSPKIG00000024312)	ENSPKIG00000024388	ENSPKIG00000024408	ENSPKIG00000024420	ENSPKIG00000024429	rpl10 (ENSPKIG00000024440)	atp6ap1a (ENSPKIG00000024454)	gdi1 (ENSPKIG00000024468)	ENSPKIG00000024481	ENSPKIG00000024491	ppp4r2a (ENSPKIG00000024507)	RYBP (ENSPKIG00000024534) #22	eif4e3 (ENSPKIG00000024547) #25	foxp1a (ENSPKIG00000024561)	ENSPKIG00000024569	MITF (ENSPKIG00000024589)	LMOD3 (ENSPKIG00000024622)	arl6ip5b (ENSPKIG00000024630)	UBA3 (ENSPKIG00000024656)	TAFA1 (ENSPKIG00000024695)	slc16a7 (ENSPKIG00000024707)	MAGI1 (ENSPKIG00000024736)	ENSPKIG00000024778	PRICKLE2 (ENSPKIG00000024795)	ENSPKIG00000024813	PSMD6 (ENSPKIG00000024819)	ATXN7 (ENSPKIG00000024831)
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	54								ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A.a	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a.b #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.d #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00730000111641	ENSGT00940000165309	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00550000074831.k	ENSGT00390000010697	ENSGT00940000156493	ENSGT00940000165407	ENSGT00940000159508.a	ENSGT00940000159882
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	49						ENSPKIG00000020583	ENSPKIG00000020683	EPB41L1 (ENSPKIG00000020949)	cntn4 (ENSPKIG00000021216)	ENSPKIG00000021268	ENSPKIG00000021316	ENSPKIG00000021421	pdzrn3b (ENSPKIG00000021461)	gxylt2 (ENSPKIG00000021503) #19	shq1 (ENSPKIG00000021517) #21	rybpb (ENSPKIG00000021549) #22	prok2 (ENSPKIG00000021574)	gpr27 (ENSPKIG00000021581)	EIF4E3 (ENSPKIG00000021599) #25	foxp1b (ENSPKIG00000021659)	MDFIC2 (ENSPKIG00000021752)	mitfa (ENSPKIG00000021897)	FRMD4B (ENSPKIG00000022214)	uba3 (ENSPKIG00000022293)	tmf1 (ENSPKIG00000022370)	EOGT (ENSPKIG00000022411)	TAFA4 (ENSPKIG00000022452)	TAFA1 (ENSPKIG00000022479)	suclg2 (ENSPKIG00000022512)	ENSPKIG00000022546	ENSPKIG00000022563
Asian bonytongue	DUPLICATION
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	11	ENSSFOG00015019494	ENSSFOG00015019623	tekt4 (ENSSFOG00015019634)	ENSSFOG00015033018	snx21 (ENSSFOG00015025990)	srsf6a (ENSSFOG00015019681)	L3MBTL1 (ENSSFOG00015019701)	sgk2a (ENSSFOG00015019734)	ENSSFOG00015019760	ENSSFOG00015019810	ENSSFOG00015019933	ENSSFOG00015019983	CNTN4 (ENSSFOG00015020161)	PDZRN3 (ENSSFOG00015024646)	ppp4r2a (ENSSFOG00015020511)	rybpb (ENSSFOG00015025246) #22	eif4e3 (ENSSFOG00015029780) #25	ENSSFOG00015020554	MITF (ENSSFOG00015026327)	ENSSFOG00015028695	LMOD3 (ENSSFOG00015020628)	arl6ip5b (ENSSFOG00015026174)	UBA3 (ENSSFOG00015020666)	tafa4b (ENSSFOG00015020753)	TAFA1 (ENSSFOG00015020770)	slc16a7 (ENSSFOG00015020802)	kbtbd8 (ENSSFOG00015026870)	ENSSFOG00015028939	MAGI1 (ENSSFOG00015020854)	prickle2a (ENSSFOG00015029054)	ENSSFOG00015025196
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	14	mybl2b (ENSSFOG00015015284)	rpn2 (ENSSFOG00015015349)	ENSSFOG00015015437	CDK5RAP1 (ENSSFOG00015015455)	ENSSFOG00015015502	EPB41L1 (ENSSFOG00015015609)	cntn4 (ENSSFOG00015015791)	ENSSFOG00015015845	ENSSFOG00015015929	ENSSFOG00015016050	pdzrn3b (ENSSFOG00015016102)	ENSSFOG00015029341	ppp4r2b (ENSSFOG00015016134)	gxylt2 (ENSSFOG00015016186) #19	shq1 (ENSSFOG00015016241) #21	RYBP (ENSSFOG00015025952) #22	prok2 (ENSSFOG00015016263)	gpr27 (ENSSFOG00015030628)	EIF4E3 (ENSSFOG00015016279) #25	foxp1b (ENSSFOG00015016318)	mdfic2 (ENSSFOG00015016439)	zgc:113054 (ENSSFOG00015016449)	mitfa (ENSSFOG00015016521)	FRMD4B (ENSSFOG00015016690)	arl6ip5a (ENSSFOG00015025753)	uba3 (ENSSFOG00015016867)	tmf1 (ENSSFOG00015016904)	EOGT (ENSSFOG00015016943)	tafa4b (ENSSFOG00015016988)	TAFA1 (ENSSFOG00015017007)	suclg2 (ENSSFOG00015017035)
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00730000111641.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000177280
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	112	ENSGT00940000154343.fb	ENSGT00510000048007	ENSGT00940000162218	ENSGT00530000063435.b	ENSGT00940000165103.b	ENSGT00840000129953	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00730000111641.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000155071.C	ENSGT00940000158384.d
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	27				ENSGT00390000008983.a	ENSGT00940000165984	ENSGT00940000165103.b	ENSGT00840000129953	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000155071.C	ENSGT00940000158384.d	ENSGT00950000183080.a.a.f	ENSGT00940000156107.e.b
Denticle herring	DUPLICATION
Denticle herring	MODERN SPECIES	3	ENSDCDG00000032216	sumf1 (ENSDCDG00000032222)	ENSDCDG00000032245	ENSDCDG00000032248	FUT9 (ENSDCDG00000032252)	epha2a (ENSDCDG00000032258)	rbm19 (ENSDCDG00000032266)	cntn4 (ENSDCDG00000032350)	ENSDCDG00000034027	ENSDCDG00000034312	ENSDCDG00000034577	pdzrn3b (ENSDCDG00000034720)	ppp4r2b (ENSDCDG00000034728)	gxylt2 (ENSDCDG00000034731) #19	shq1 (ENSDCDG00000034732) #21	rybpb (ENSDCDG00000034734) #22	prok2 (ENSDCDG00000034735)	gpr27 (ENSDCDG00000034737)	foxp1b (ENSDCDG00000034762)	zgc:113054 (ENSDCDG00000034956)	mitfa (ENSDCDG00000034964)	FRMD4B (ENSDCDG00000034978)	arl6ip5a (ENSDCDG00000034990)	trnt1 (ENSDCDG00000034993)	ENSDCDG00000034996	lrrn1 (ENSDCDG00000002962)	setmar (ENSDCDG00000002977)	ENSDCDG00000003598	ENSDCDG00000013280	bhlhe40 (ENSDCDG00000013282)	arf3b (ENSDCDG00000013288)
Denticle herring	MODERN SPECIES	1	cyc1 (ENSDCDG00000022424)	eif2s2 (ENSDCDG00000022422)	ENSDCDG00000022289	racgap1 (ENSDCDG00000022276)	ENSDCDG00000022274	bin2a (ENSDCDG00000022272)	ENSDCDG00000022270	dazap2 (ENSDCDG00000022266)	pou6f1 (ENSDCDG00000022264)	TFCP2 (ENSDCDG00000021532)	CSRNP2 (ENSDCDG00000021500)	itga5 (ENSDCDG00000021261)	RAPGEF3 (ENSDCDG00000021172)	slc48a1a (ENSDCDG00000021146)	SLC26A9 (ENSDCDG00000021145)	rybpa (ENSDCDG00000021143) #22	eif4e3 (ENSDCDG00000021142) #25	foxp1a (ENSDCDG00000019750)	ENSDCDG00000019714	MITF (ENSDCDG00000019641)	FRMD4B (ENSDCDG00000019629)	LMOD3 (ENSDCDG00000019617)	arl6ip5b (ENSDCDG00000019614)	UBA3 (ENSDCDG00000018430)	TAFA3 (ENSDCDG00000018412)	TAFA1 (ENSDCDG00000018408)	slc16a7 (ENSDCDG00000018233)	ENSDCDG00000018226	NFASC (ENSDCDG00000017906)	ENSDCDG00000017007	ENSDCDG00000014685
Atlantic herring	DUPLICATION
Atlantic herring	MODERN SPECIES	20	ppdpfb (ENSCHAG00000020738)	tpd52l2b (ENSCHAG00000020769)	trim101 (ENSCHAG00000020816)	DNAJC5 (ENSCHAG00000020820)	gid8b (ENSCHAG00000020840)	slc17a9b (ENSCHAG00000020857)	bhlhe23 (ENSCHAG00000020960)	YTHDF1 (ENSCHAG00000020969)	rnd1a (ENSCHAG00000021003)	prim1 (ENSCHAG00000021022)	tfip11 (ENSCHAG00000021065)	ENSCHAG00000021125	RAPGEF3 (ENSCHAG00000021231)	slc48a1a (ENSCHAG00000022867)	SLC26A9 (ENSCHAG00000022875)	rybpa (ENSCHAG00000022891) #22	ENSCHAG00000022899	eif4e3 (ENSCHAG00000022905) #25	foxp1a (ENSCHAG00000022946)	ENSCHAG00000023012	MITF (ENSCHAG00000023027)	FRMD4B (ENSCHAG00000023105)	LMOD3 (ENSCHAG00000023339)	arl6ip5b (ENSCHAG00000023343)	UBA3 (ENSCHAG00000023367)	TAFA3 (ENSCHAG00000023583)	TAFA1 (ENSCHAG00000023591)	slc16a7 (ENSCHAG00000023605)	ENSCHAG00000023706	NFASC (ENSCHAG00000023886)	ENSCHAG00000026450
Atlantic herring	MODERN SPECIES	21	sumf1 (ENSCHAG00000027805)	ENSCHAG00000027799	ENSCHAG00000027795	ENSCHAG00000027792	epha2a (ENSCHAG00000027782)	rbm19 (ENSCHAG00000027761)	cntn4 (ENSCHAG00000027695)	ENSCHAG00000027584	ENSCHAG00000026930	ENSCHAG00000025815	ENSCHAG00000025710	pdzrn3b (ENSCHAG00000025689)	ppp4r2b (ENSCHAG00000025680)	gxylt2 (ENSCHAG00000025668) #19	shq1 (ENSCHAG00000025662) #21	RYBP (ENSCHAG00000025660) #22	prok2 (ENSCHAG00000025655)	gpr27 (ENSCHAG00000025654)	foxp1b (ENSCHAG00000025407)	zgc:113054 (ENSCHAG00000025384)	mitfa (ENSCHAG00000025374)	FRMD4B (ENSCHAG00000025306)	arl6ip5a (ENSCHAG00000025298)	trnt1 (ENSCHAG00000025289)	ENSCHAG00000025284	lrrn1 (ENSCHAG00000025281)	setmar (ENSCHAG00000025278)	ITPR1 (ENSCHAG00000018029)	bhlhe40 (ENSCHAG00000017831)	ARF3 (ENSCHAG00000017812)	ERBB3 (ENSCHAG00000013607)
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	68	ENSGT00940000154343.fb	ENSGT00510000048007	ENSGT00940000162218	ENSGT00530000063435.b	ENSGT00940000165103.b	ENSGT00840000129953	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00730000111641.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000014365	ENSGT00390000004490	ENSGT01030000235084
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	104											ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00730000111641.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000014365	ENSGT00390000004490	ENSGT01030000235084
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	114											ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00730000111641.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000014365	ENSGT00390000004490	ENSGT01030000235084
Electric eel	DUPLICATION
Electric eel	MODERN SPECIES	36	ENSEEEG00000007265	sult2st2 (ENSEEEG00000007261)	ENSEEEG00000007258	ENSEEEG00000004678	WFIKKN1 (ENSEEEG00000004580)	tob1b (ENSEEEG00000004578)	SPAG9 (ENSEEEG00000004540)	DAGLB (ENSEEEG00000004532)	KDELR2 (ENSEEEG00000004529)	mettl9 (ENSEEEG00000004528)	ENSEEEG00000004372	pdzrn3b (ENSEEEG00000004359)	ppp4r2b (ENSEEEG00000004352)	gxylt2 (ENSEEEG00000004348) #19	shq1 (ENSEEEG00000004346) #21	rybpb (ENSEEEG00000004345) #22	prok2 (ENSEEEG00000004344)	gpr27 (ENSEEEG00000004343)	foxp1b (ENSEEEG00000004114)	mitfa (ENSEEEG00000004103)	FRMD4B (ENSEEEG00000004100)	arl6ip5a (ENSEEEG00000004098)	trnt1 (ENSEEEG00000004093)	ENSEEEG00000004083	ENSEEEG00000004072
Electric eel	MODERN SPECIES	294		wfdc2 (ENSEEEG00000009142)	PIGT (ENSEEEG00000009141)	phactr3a (ENSEEEG00000009140)	ppp1r3da (ENSEEEG00000009138)	ENSEEEG00000009137	ttll9 (ENSEEEG00000009134)	edn3b (ENSEEEG00000009132)	ENSEEEG00000009108	ENSEEEG00000008956	ENSEEEG00000008879	ENSEEEG00000008877	ENSEEEG00000008779	PDZRN3 (ENSEEEG00000008753)	ppp4r2a (ENSEEEG00000008746)	ENSEEEG00000008744 #22	eif4e3 (ENSEEEG00000008740) #25	foxp1a (ENSEEEG00000008507)	ENSEEEG00000007754	eif4ba (ENSEEEG00000007739)
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	347											ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a
Mexicana tetra	DUPLICATION
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	816										ENSAMXG00000038375	pdzrn3b (ENSAMXG00000037592)	ppp4r2b (ENSAMXG00000029760)	gxylt2 (ENSAMXG00000036219) #19	shq1 (ENSAMXG00000043822) #21	ENSAMXG00000025407	rybpb (ENSAMXG00000034604) #22	prok2 (ENSAMXG00000003435)	ENSAMXG00000043211	gpr27 (ENSAMXG00000025552)
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	6	DAD1 (ENSAMXG00000036732)	GMEB2 (ENSAMXG00000001001)	pdyn (ENSAMXG00000039841)	stk35 (ENSAMXG00000035676)	ENSAMXG00000040243	ENSAMXG00000033667	scube3 (ENSAMXG00000001024)	ENSAMXG00000001044	pfkfb2a (ENSAMXG00000001046)	myl9a (ENSAMXG00000041368)	ENSAMXG00000029392	DLGAP4 (ENSAMXG00000001057)	ENSAMXG00000017525	PDZRN3 (ENSAMXG00000030758)	ppp4r2a (ENSAMXG00000037385)	rybpa (ENSAMXG00000043350) #22	eif4e3 (ENSAMXG00000036675) #25	foxp1a (ENSAMXG00000017401)	ENSAMXG00000017363	ENSAMXG00000030002	eif4ba (ENSAMXG00000041675)	ENSAMXG00000036107	krt18a.2 (ENSAMXG00000042511)	krt18a.1 (ENSAMXG00000033930)	krt8 (ENSAMXG00000036187)	krt5 (ENSAMXG00000040054)	zgc:171775 (ENSAMXG00000017218)	ENSAMXG00000017120	ENSAMXG00000017081	slc16a7 (ENSAMXG00000039884)	prkcbp1l (ENSAMXG00000017042)
Red-bellied piranha	DUPLICATION
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	332													ENSPNAG00000026757	pdzrn3b (ENSPNAG00000026812)	shq1 (ENSPNAG00000026840) #21	rybpb (ENSPNAG00000026904) #22	prok2 (ENSPNAG00000026944)	gpr27 (ENSPNAG00000005514)
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	262	PIGT (ENSPNAG00000005323)	phactr3a (ENSPNAG00000007759)	ENSPNAG00000000437	ppp1r3da (ENSPNAG00000007738)	ENSPNAG00000007730	ttll9 (ENSPNAG00000029756)	edn3b (ENSPNAG00000006891)	ENSPNAG00000029727	ENSPNAG00000029671	ENSPNAG00000029658	ENSPNAG00000029650	chl1a (ENSPNAG00000004665)	ENSPNAG00000005399	PDZRN3 (ENSPNAG00000029378)	ENSPNAG00000005920	rybpa (ENSPNAG00000006083) #22	eif4e3 (ENSPNAG00000029186) #25	foxp1a (ENSPNAG00000029153)	ENSPNAG00000029084
Channel catfish	DUPLICATION
Channel catfish	MODERN SPECIES	2	blcap (ENSIPUG00000001560)	ripor3 (ENSIPUG00000001543)	ENSIPUG00000001523	ENSIPUG00000001509	RBPJL (ENSIPUG00000001498)	matn4 (ENSIPUG00000001441)	or90a1 (ENSIPUG00000001430)	or90a1 (ENSIPUG00000001407)	ENSIPUG00000001400	or90h4 (ENSIPUG00000001395)	ENSIPUG00000001347	pdzrn3 (ENSIPUG00000001304)	ppp4r2 (ENSIPUG00000001286)	gxylt2 (ENSIPUG00000001272) #19	shq1 (ENSIPUG00000001247) #21	rybpb (ENSIPUG00000001221) #22	PROK1 (ENSIPUG00000001210)	gpr27 (ENSIPUG00000001194)	ENSIPUG00000001179	foxp1 (ENSIPUG00000001094)	mdfic2 (ENSIPUG00000001077)	mitf (ENSIPUG00000001061)	frmd4b (ENSIPUG00000001007)	Arl6ip5 (ENSIPUG00000000996)	trnt1 (ENSIPUG00000000971)	ENSIPUG00000000965	lrrn1 (ENSIPUG00000000963)	glyctk (ENSIPUG00000000957)	tcta (ENSIPUG00000000955)	ENSIPUG00000000948	tnfrsf18 (ENSIPUG00000000945)
Channel catfish	MODERN SPECIES	6	sac3d1 (ENSIPUG00000008661)	haus8 (ENSIPUG00000008618)	snx21 (ENSIPUG00000008604)	wfdc2 (ENSIPUG00000008599)	PIGT (ENSIPUG00000008511)	phactr3a (ENSIPUG00000008476)	ENSIPUG00000008435	ppp1r3da (ENSIPUG00000008424)	ENSIPUG00000008408	ttll9 (ENSIPUG00000008388)	ENSIPUG00000008376	ENSIPUG00000008304	ENSIPUG00000008245	ENSIPUG00000007259	ppp4r2a (ENSIPUG00000007160)	rybpa (ENSIPUG00000007091) #22	eif4e3 (ENSIPUG00000007049) #25	foxp1a (ENSIPUG00000007032)	tns2 (ENSIPUG00000006920)	eif4b (ENSIPUG00000006890)	krt18a.1 (ENSIPUG00000006843)	krt8 (ENSIPUG00000006811)	krt5 (ENSIPUG00000006775)	zgc:171775 (ENSIPUG00000006710)	ENSIPUG00000006663	ENSIPUG00000006636	slc16a7 (ENSIPUG00000006625)	prkcbp1l (ENSIPUG00000006572)	mapre1b (ENSIPUG00000006498)	lama5 (ENSIPUG00000005841)	adrm1 (ENSIPUG00000005765)
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000154343.fb	ENSGT00940000174411	ENSGT00940000162218	ENSGT00530000063435.b	ENSGT00940000165103.b	ENSGT00840000129953	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00730000111641.b.a	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00390000014365	ENSGT00390000004490	ENSGT01030000235084
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00950000183004.a.a.b.e	ENSGT00390000005497.`b.a	ENSGT00940000155048.d.b.b	ENSGT00940000154343.fb.b	ENSGT00530000063435.b.c	ENSGT00940000165103.b.g	ENSGT00840000129953.e	ENSGT00940000164786.a.a	ENSGT00940000167414.b	ENSGT00940000165371.a.b	ENSGT00940000155198.A.d	ENSGT00950000183062.a.a.a.k.b	ENSGT00940000162859.o.b	ENSGT00940000158065.a.b #19	ENSGT00390000007605.c #21	ENSGT00390000013995.b.a.o.a #22	ENSGT00940000167138.c	ENSGT00890000139436.A.a.c
Goldfish	MODERN SPECIES	24	ENSCARG00000044090	cfap20dc (ENSCARG00000044127)	PTPRG (ENSCARG00000044224)	tardbpb (ENSCARG00000046951)	H6PD (ENSCARG00000047425)	epha2a (ENSCARG00000047562)	rbm19 (ENSCARG00000047670)	cntn4 (ENSCARG00000048270)	ENSCARG00000056867	ENSCARG00000062000	ENSCARG00000064643	pdzrn3b (ENSCARG00000064823)	ppp4r2b (ENSCARG00000017325)	gxylt2 (ENSCARG00000017360) #19	shq1 (ENSCARG00000017391) #21	rybpb (ENSCARG00000017435) #22	prok2 (ENSCARG00000017460)	gpr27 (ENSCARG00000017466)	ATP10A (ENSCARG00000017533)	ube3a (ENSCARG00000018573)	ENSCARG00000018944	stk35l (ENSCARG00000018954)	bin2b (ENSCARG00000018963)	slc48a1b (ENSCARG00000018999)	ENSCARG00000019005	vdrb (ENSCARG00000019030)	eif4bb (ENSCARG00000019145)	ENSCARG00000019359	gpr84 (ENSCARG00000019362)	stat2 (ENSCARG00000019373)	c1galt1lb (ENSCARG00000019411)
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	68	ENSGT00390000005497.ab	ENSGT00950000183004.a.a.b.e	ENSGT00940000155048.d.b.b	ENSGT00940000154343.fb.b	ENSGT00530000063435.b.c	ENSGT00940000165103.b.g	ENSGT00840000129953.e	ENSGT00940000164786.a.a	ENSGT00940000167414.b	ENSGT00940000165371.a.b	ENSGT00940000155198.A.d	ENSGT00950000183062.a.a.a.k.b	ENSGT00940000162859.o.b	ENSGT00940000158065.a.b #19	ENSGT00390000007605.c #21	ENSGT00390000013995.b.a.o.a #22	ENSGT00940000167138.c	ENSGT00890000139436.A.a.c	ENSGT00940000165920.b.b	ENSGT00730000111641.b.b	ENSGT00940000165309.c	ENSGT00940000156326.a.b.a	ENSGT01020000230354.A.a.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a.j	ENSGT00390000009678.a	ENSGT01050000244882.b.c.a.a.a	ENSGT00940000157154.d.c	ENSGT00390000014365.d	ENSGT00390000004490.f	ENSGT00940000174943.b	ENSGT00940000154861.n.b.b
Common carp reference	MODERN SPECIES	16	tardbpb (ENSCCRG00000048153)	ENSCCRG00000057366	epha2a (ENSCCRG00000062010)	rbm19 (ENSCCRG00000007728)	cntn4 (ENSCCRG00000068682)	ENSCCRG00000005897	ENSCCRG00000064191	ENSCCRG00000036239	ENSCCRG00000052646	ENSCCRG00000025712	ENSCCRG00000057316	pdzrn3b (ENSCCRG00000007526)	ppp4r2b (ENSCCRG00000059825)	gxylt2 (ENSCCRG00000063702) #19	shq1 (ENSCCRG00000069665) #21	rybpb (ENSCCRG00000082479) #22	prok2 (ENSCCRG00000050418)	gpr27 (ENSCCRG00000072623)	foxp1b (ENSCCRG00000068906)	mdfic2 (ENSCCRG00000062468)	zgc:113054 (ENSCCRG00000078741)	mitfa (ENSCCRG00000081533)	FRMD4B (ENSCCRG00000077808)	arl6ip5a (ENSCCRG00000037540)	ENSCCRG00000064951	ENSCCRG00000079901	lrrn1 (ENSCCRG00000075719)	glyctk (ENSCCRG00000072011)	ENSCCRG00000079862	arl8ba (ENSCCRG00000052383)	edem1 (ENSCCRG00000052367)
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	265						epha2a (ENSSGRG00000027240)	rbm19 (ENSSGRG00000027262)	cntn4 (ENSSGRG00000028145)	ENSSGRG00000028206	ENSSGRG00000028503	ENSSGRG00000028514	pdzrn3b (ENSSGRG00000028720)	ppp4r2b (ENSSGRG00000028723)	ENSSGRG00000028816	shq1 (ENSSGRG00000028817) #21	rybpb (ENSSGRG00000028818) #22	prok2 (ENSSGRG00000028819)	gpr27 (ENSSGRG00000028820)	foxp1b (ENSSGRG00000028821)	MDFIC2 (ENSSGRG00000028859)	zgc:113054 (ENSSGRG00000028860)	mitfa (ENSSGRG00000028862)	FRMD4B (ENSSGRG00000028868)	arl6ip5a (ENSSGRG00000028870)	trnt1 (ENSSGRG00000028871)	ENSSGRG00000028872
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	140	ENSGT00940000155048.d.b.a	ENSGT00940000154343.fb.a	ENSGT00940000174411	ENSGT00940000162218	ENSGT00530000063435.b.d	ENSGT00940000165103.b.h	ENSGT00840000129953.f	ENSGT00940000164786.a.b	ENSGT00940000167414.a	ENSGT00940000165371.a.a	ENSGT00940000155198.A.c	ENSGT00950000183062.a.a.a.k.a	ENSGT00940000162859.o.a	ENSGT00940000158065.b #19	ENSGT00390000007605.d #21	ENSGT00390000013995.b.a.o.b #22	ENSGT00940000167138.d	ENSGT00890000139436.A.a.d	ENSGT00940000165920.b.b	ENSGT00730000111641.b.a	ENSGT00940000165309.d	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b.b	ENSGT01020000230354.A.a.a.b	ENSGT00390000008631.a.o.a.i	ENSGT00390000009678.b	ENSGT01050000244882.b.c.a.a.b	ENSGT00940000157154.d.d	ENSGT00390000014365.c	ENSGT00390000004490.e	ENSGT01030000235084.a
Goldfish	MODERN SPECIES	46	ENSCARG00000056492	ENSCARG00000055892	ENSCARG00000055837	PTPRG (ENSCARG00000055791)	tardbpb (ENSCARG00000055360)	cenps (ENSCARG00000055300)	rbp7b (ENSCARG00000055270)	H6PD (ENSCARG00000054970)	epha2a (ENSCARG00000054314)	cntn4 (ENSCARG00000047197)	ENSCARG00000039954	ENSCARG00000038949	ENSCARG00000033727	pdzrn3b (ENSCARG00000033469)	gxylt2 (ENSCARG00000033387) #19	rybpb (ENSCARG00000033322) #22	prok2 (ENSCARG00000033291)	gpr27 (ENSCARG00000033279)	foxp1b (ENSCARG00000030943)	zgc:113054 (ENSCARG00000030827)	mitfa (ENSCARG00000030609)	FRMD4B (ENSCARG00000030526)	arl6ip5a (ENSCARG00000030500)	trnt1 (ENSCARG00000030454)	ENSCARG00000030439	lrrn1 (ENSCARG00000030435)	glyctk (ENSCARG00000030429)	tcta (ENSCARG00000030413)	ENSCARG00000030408	tnfrsf18 (ENSCARG00000030388)	arl8ba (ENSCARG00000030355)
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000155048.d.b.a	ENSGT00940000154343.fb.a	ENSGT00940000174411	ENSGT00940000162218	ENSGT00530000063435.b.d	ENSGT00940000165103.b.h	ENSGT00840000129953.f	ENSGT00940000164786.a.b	ENSGT00940000167414.a	ENSGT00940000165371.a.a	ENSGT00940000155198.A.c	ENSGT00950000183062.a.a.a.k.a	ENSGT00940000162859.o.a	ENSGT00940000158065.b #19	ENSGT00390000007605.d #21	ENSGT00390000013995.b.a.o.b #22	ENSGT00940000167138.d	ENSGT00890000139436.A.a.d	ENSGT00940000165920.b.a	ENSGT00730000111641.b.a	ENSGT00940000165309.d	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b.b	ENSGT01020000230354.A.a.a.b	ENSGT00390000008631.a.o.a.i	ENSGT00390000009678.b	ENSGT01050000244882.b.c.a.a.b	ENSGT00940000157154.d.d	ENSGT00390000014365.c	ENSGT00390000004490.e	ENSGT01030000235084.a
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	59												pdzrn3b (ENSSGRG00000038484)	ppp4r2b (ENSSGRG00000038482)	gxylt2 (ENSSGRG00000038480) #19	shq1 (ENSSGRG00000038472) #21	rybpb (ENSSGRG00000038470) #22	prok2 (ENSSGRG00000038468)	gpr27 (ENSSGRG00000038466)	foxp1b (ENSSGRG00000038329)	MDFIC2 (ENSSGRG00000038321)	zgc:113054 (ENSSGRG00000038319)	mitfa (ENSSGRG00000038313)	FRMD4B (ENSSGRG00000038299)	arl6ip5a (ENSSGRG00000038297)	arl6ip5a (ENSSGRG00000038295)	ENSSGRG00000038291	ENSSGRG00000038257	lrrn1 (ENSSGRG00000038253)	glyctk (ENSSGRG00000038252)	tcta (ENSSGRG00000038251)	ENSSGRG00000038250
Common carp reference	MODERN SPECIES	10	ENSCCRG00000060611	ENSCCRG00000051131	tardbpb (ENSCCRG00000013752)	rbp7b (ENSCCRG00000061221)	ENSCCRG00000072777	epha2a (ENSCCRG00000068142)	rbm19 (ENSCCRG00000008461)	cntn4 (ENSCCRG00000066369)	ENSCCRG00000018336	ENSCCRG00000018444	ENSCCRG00000047782	pdzrn3b (ENSCCRG00000002306)	ppp4r2b (ENSCCRG00000002302)	gxylt2 (ENSCCRG00000066461) #19	shq1 (ENSCCRG00000060346) #21	rybpb (ENSCCRG00000071274) #22	prok2 (ENSCCRG00000065684)	foxp1b (ENSCCRG00000020103)	MDFIC2 (ENSCCRG00000053946)	zgc:113054 (ENSCCRG00000062971)	ENSCCRG00000059648	mitfa (ENSCCRG00000067135)	FRMD4B (ENSCCRG00000080805)	arl6ip5a (ENSCCRG00000076953)	trnt1 (ENSCCRG00000078876)	ENSCCRG00000022783	lrrn1 (ENSCCRG00000066281)	tcta (ENSCCRG00000075404)	glyctk (ENSCCRG00000073402)	ENSCCRG00000069540	tnfrsf18 (ENSCCRG00000068200)
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	294			ENSGT00390000018558.e	ENSGT00940000157562.q.b.b	ENSGT00530000063859.b.a	ENSGT00940000161921.e.b.a	ENSGT00940000154543.c.a.b	ENSGT00940000159879.a	ENSGT00950000183053.C.b.c	ENSGT00940000155617.A.i.a	ENSGT00940000164786.b.d.a	ENSGT00940000160080.f	ENSGT00940000164703.b.a.b	ENSGT00950000183062.a.a.a.l.a	ENSGT00940000162859.p.c	ENSGT00390000013995.b.a.p.a #22	ENSGT00940000155865.c.a.a #25	ENSGT00940000165920.a.c	ENSGT00940000163886.B.b.a.g.a	ENSGT00940000153336.a.a.c	ENSGT00940000163961.a.a.b	ENSGT00940000163961.a.a.a.a	ENSGT00940000161090.B.c.a.a	ENSGT00940000161090.B.c.b.a.a.a	ENSGT00940000166426.b	ENSGT00940000166426.a	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.b.a.b.a	ENSGT00940000157877.a	ENSGT00940000164303.b.b.b	ENSGT00940000164303.b.b.a	ENSGT00940000154897.q
Goldfish	MODERN SPECIES	15	ENSCARG00000012014	snx21 (ENSCARG00000012020)	wfdc2 (ENSCARG00000012027)	ENSCARG00000012036	phactr3a (ENSCARG00000012085)	ENSCARG00000012140	ppp1r3da (ENSCARG00000012161)	ENSCARG00000012165	ttll9 (ENSCARG00000012185)	edn3b (ENSCARG00000012250)	ENSCARG00000012306	ENSCARG00000012842	ENSCARG00000012853	PDZRN3 (ENSCARG00000012864)	ppp4r2a (ENSCARG00000012875)	rybpa (ENSCARG00000012887) #22	eif4e3 (ENSCARG00000012894) #25	foxp1a (ENSCARG00000012910)	ENSCARG00000013092	eif4ba (ENSCARG00000013263)	krt5 (ENSCARG00000013836)	krt18a.1 (ENSCARG00000013904)	krt8 (ENSCARG00000013919)	zgc:171775 (ENSCARG00000013952)	ENSCARG00000014087	ENSCARG00000014558	prkcbp1l (ENSCARG00000014594)	mapre1b (ENSCARG00000014927)	lama5 (ENSCARG00000014937)	adrm1 (ENSCARG00000015090)	osbpl2b (ENSCARG00000015137)
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	301			ENSGT00390000018558.f.b	ENSGT00940000157562.q.b.b	ENSGT00530000063859.b.a	ENSGT00940000161921.e.b.a	ENSGT00940000154543.c.a.b	ENSGT00940000159879.a	ENSGT00950000183053.C.b.c	ENSGT00940000155617.A.i.a	ENSGT00940000164786.b.d.a	ENSGT00940000160080.f	ENSGT00940000164703.b.a.b	ENSGT00950000183062.a.a.a.l.a	ENSGT00940000162859.p.c	ENSGT00390000013995.b.a.p.a #22	ENSGT00940000155865.c.a.a #25	ENSGT00940000165920.a.d	ENSGT00940000163886.B.b.a.g.b	ENSGT00940000153336.a.a.d.a	ENSGT00940000163961.a.a.b.a	ENSGT00940000163961.a.a.a.b	ENSGT00940000166426.a	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.b.a.b.a.b	ENSGT00940000164303.b.b.a	ENSGT00940000154897.q.b	ENSGT00490000043329.a.a.a.vb.a.c.a	ENSGT00940000156537.i	ENSGT00390000013839.c.a	ENSGT00940000158762.e.a	ENSGT00950000182982.B.c.a.h
Common carp reference	MODERN SPECIES	49	wfdc2 (ENSCCRG00000022864)	ENSCCRG00000059804	ENSCCRG00000032222	phactr3a (ENSCCRG00000067302)	ENSCCRG00000071496	ppp1r3da (ENSCCRG00000065533)	ENSCCRG00000016001	ttll9 (ENSCCRG00000036170)	edn3b (ENSCCRG00000067248)	ENSCCRG00000036237	ENSCCRG00000052459	chl1a (ENSCCRG00000032159)	ENSCCRG00000012782	ENSCCRG00000012702	ppp4r2a (ENSCCRG00000072219)	rybpa (ENSCCRG00000012671) #22	eif4e3 (ENSCCRG00000012656) #25	foxp1a (ENSCCRG00000008776)	ENSCCRG00000007907	eif4ba (ENSCCRG00000007881)	krt18a.2 (ENSCCRG00000036558)	krt18a.1 (ENSCCRG00000065343)	krt8 (ENSCCRG00000037586)	krt5 (ENSCCRG00000058161)	zgc:171775 (ENSCCRG00000011185)	ENSCCRG00000028115	ENSCCRG00000031242	prkcbp1l (ENSCCRG00000031253)	mapre1b (ENSCCRG00000011200)	lama5 (ENSCCRG00000009016)	adrm1 (ENSCCRG00000056926)
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	1206												ENSSGRG00000018228	ENSSGRG00000018227	PDZRN3 (ENSSGRG00000018226)	ppp4r2a (ENSSGRG00000018225)	rybpa (ENSSGRG00000018223) #22	eif4e3 (ENSSGRG00000018211) #25	foxp1a (ENSSGRG00000018210)	eif4ba (ENSSGRG00000018109)	ENSSGRG00000018108	krt18a.2 (ENSSGRG00000018107)	krt18a.1 (ENSSGRG00000018105)	krt8 (ENSSGRG00000018104)
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	392	ENSGT00530000063759.b.d	ENSGT00940000165527.b.b	ENSGT00390000018558.f	ENSGT00940000157562.q.b.a	ENSGT00530000063859.b.b	ENSGT00940000161921.e.b.b	ENSGT00940000154543.c.a.a	ENSGT00940000159879.b	ENSGT00950000183053.C.b.d	ENSGT00940000155617.A.i.b	ENSGT00940000164786.b.c	ENSGT00940000160080.e	ENSGT00940000164703.b.a.a	ENSGT00950000183062.a.a.a.l.b	ENSGT00940000162859.p.d	ENSGT00390000013995.b.a.p.b #22	ENSGT00940000155865.c.a.b #25	ENSGT00940000165920.a.d	ENSGT00940000163886.B.b.a.g.b	ENSGT00940000153336.a.a.d	ENSGT00940000163961.a.a.a.b
Goldfish	DUPLICATION
Goldfish	MODERN SPECIES	854														PDZRN3 (ENSCARG00000057017)	ppp4r2a (ENSCARG00000057058)	rybpa (ENSCARG00000057075) #22	eif4e3 (ENSCARG00000057100) #25	foxp1a (ENSCARG00000057151)	ENSCARG00000058329
Goldfish	MODERN SPECIES	1395										chl1a (ENSCARG00000039031)	ENSCARG00000040489	ENSCARG00000040500	ENSCARG00000040515	PDZRN3 (ENSCARG00000040550)	ppp4r2a (ENSCARG00000040572)	rybpa (ENSCARG00000040588) #22	eif4e3 (ENSCARG00000040605) #25	foxp1a (ENSCARG00000040645)	ENSCARG00000040932	eif4ba (ENSCARG00000043508)	krt18a.1 (ENSCARG00000043604)	krt5 (ENSCARG00000043656)	zgc:171775 (ENSCARG00000044746)	ENSCARG00000044904	slc16a7 (ENSCARG00000049655)
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	69																ENSGT00390000013995.b.a.p.b #22	ENSGT00940000155865.c.a.b #25	ENSGT00940000165920.a.c	ENSGT00940000163886.B.b.a.g.a	ENSGT00940000153336.a.a.c	ENSGT00940000163961.a.a.b.b	ENSGT00940000163961.a.a.a.a	ENSGT00940000161090.B.c.a.a	ENSGT00940000161090.B.c.b.a.a.a	ENSGT00940000166426.b	ENSGT01020000230394.e.a.a.b.a.a.b.a.b.a.a	ENSGT00940000157877.a	ENSGT00940000164303.b.b.b	ENSGT00940000154897.q.a	ENSGT00490000043329.a.a.a.vb.a.d	ENSGT00940000156537.j
Common carp reference	MODERN SPECIES	11	wfdc2 (ENSCCRG00000032210)	ENSCCRG00000022888	phactr3a (ENSCCRG00000055593)	ENSCCRG00000056662	ppp1r3da (ENSCCRG00000066232)	ENSCCRG00000077625	ttll9 (ENSCCRG00000016006)	edn3b (ENSCCRG00000055342)	ENSCCRG00000016033	ENSCCRG00000069440	chl1a (ENSCCRG00000040485)	ENSCCRG00000064527	ENSCCRG00000025925	ENSCCRG00000044548	ppp4r2a (ENSCCRG00000044531)	rybpa (ENSCCRG00000044527) #22	foxp1a (ENSCCRG00000075573)	ENSCCRG00000036606	ENSCCRG00000080752	eif4ba (ENSCCRG00000036570)	krt18a.2 (ENSCCRG00000036562)	krt18a.1 (ENSCCRG00000036542)	ENSCCRG00000014454	ENSCCRG00000069574	prkcbp1l (ENSCCRG00000011204)	slc16a7 (ENSCCRG00000011211)	mapre1b (ENSCCRG00000031264)	lama5 (ENSCCRG00000009114)	adrm1 (ENSCCRG00000009064)	osbpl2b (ENSCCRG00000009318)	ENSCCRG00000053523
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	425	mrgbp (ENSSGRG00000036287)	ENSSGRG00000036293	ENSSGRG00000036294	snx21 (ENSSGRG00000036295)	wfdc2 (ENSSGRG00000036297)	PIGT (ENSSGRG00000036300)	ENSSGRG00000036358	ppp1r3da (ENSSGRG00000036361)	ttll9 (ENSSGRG00000036362)	edn3b (ENSSGRG00000036363)	ENSSGRG00000036364	ENSSGRG00000036634	chl1a (ENSSGRG00000036715)	PDZRN3 (ENSSGRG00000036906)	ppp4r2a (ENSSGRG00000036989)	rybpa (ENSSGRG00000036993) #22	eif4e3 (ENSSGRG00000036994) #25	foxp1a (ENSSGRG00000037006)	ENSSGRG00000037143	eif4ba (ENSSGRG00000037203)	ENSSGRG00000037288	krt18a.1 (ENSSGRG00000037289)	krt8 (ENSSGRG00000037315)	zgc:171775 (ENSSGRG00000037390)	ENSSGRG00000037433	ENSSGRG00000039177	slc16a7 (ENSSGRG00000039179)	prkcbp1l (ENSSGRG00000039217)	mapre1b (ENSSGRG00000041902)	lama5 (ENSSGRG00000041912)	adrm1 (ENSSGRG00000041946)
Zebrafish	DUPLICATION
Zebrafish	MODERN SPECIES	21	tardbpb (ENSDARG00000040031)	cenps (ENSDARG00000070485)	rbp7b (ENSDARG00000070486)	H6PD (ENSDARG00000060153)	epha2a (ENSDARG00000017354)	rbm19 (ENSDARG00000042590)	cntn4 (ENSDARG00000098161)	ENSDARG00000112767	ENSDARG00000104277	ENSDARG00000103109	ENSDARG00000053454	pdzrn3b (ENSDARG00000073869)	ppp4r2b (ENSDARG00000053447)	gxylt2 (ENSDARG00000044191) #19	shq1 (ENSDARG00000058522) #21	rybpb (ENSDARG00000053459) #22	prok2 (ENSDARG00000091616)	gpr27 (ENSDARG00000006607)	foxp1b (ENSDARG00000014181)	mdfic2 (ENSDARG00000091832)	zgc:113054 (ENSDARG00000053483)	ENSDARG00000087873	mitfa (ENSDARG00000003732)	ENSDARG00000112918	arl6ip5a (ENSDARG00000077044)	trnt1 (ENSDARG00000075297)	FRMD4B (ENSDARG00000074599)	ENSDARG00000076797	lrrn1 (ENSDARG00000060115)	glyctk (ENSDARG00000060120)	tcta (ENSDARG00000044194)
Zebrafish	MODERN SPECIES	15	wfdc2 (ENSDARG00000089187)	PIGT (ENSDARG00000075842)	phactr3a (ENSDARG00000058243)	ENSDARG00000088950	ppp1r3da (ENSDARG00000077513)	ENSDARG00000088505	ttll9 (ENSDARG00000062806)	edn3b (ENSDARG00000086669)	ENSDARG00000113113	ENSDARG00000076364	ENSDARG00000062880	chl1a (ENSDARG00000077881)	ENSDARG00000013647	PDZRN3 (ENSDARG00000073757)	ppp4r2a (ENSDARG00000026540)	rybpa (ENSDARG00000037773) #22	eif4e3 (ENSDARG00000005078) #25	foxp1a (ENSDARG00000004843)	ENSDARG00000076292	eif4ba (ENSDARG00000017439)	krt18a.2 (ENSDARG00000058332)	krt18a.1 (ENSDARG00000018404)	krt8 (ENSDARG00000058358)	krt5 (ENSDARG00000058371)	zgc:171775 (ENSDARG00000058381)	ENSDARG00000075821	ENSDARG00000030262	slc16a7 (ENSDARG00000021573)	prkcbp1l (ENSDARG00000011932)	mapre1b (ENSDARG00000002659)	lama5 (ENSDARG00000058543)
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00730000111641.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000177280
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00730000111641.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000177280
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00730000111641.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000177280
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	19	ift52 (ENSMMDG00005017450)	mybl2b (ENSMMDG00005017376)	rpn2 (ENSMMDG00005013613)	ghrh (ENSMMDG00005013568)	cdk5rap1 (ENSMMDG00005013347)	ENSMMDG00005013086	EPB41L1 (ENSMMDG00005011814)	cntn4 (ENSMMDG00005011797)	ENSMMDG00005011751	ENSMMDG00005010692	ENSMMDG00005009427	pdzrn3b (ENSMMDG00005009235)	ppp4r2b (ENSMMDG00005009228)	gxylt2 (ENSMMDG00005009227) #19	shq1 (ENSMMDG00005009217) #21	rybpa (ENSMMDG00005009204) #22	prok2 (ENSMMDG00005009188)	gpr27 (ENSMMDG00005009185)	EIF4E3 (ENSMMDG00005009182) #25	foxp1b (ENSMMDG00005009108)	zgc:113054 (ENSMMDG00005009107)	mitfa (ENSMMDG00005009103)	FRMD4B (ENSMMDG00005009095)	arl6ip5a (ENSMMDG00005009086)	trnt1 (ENSMMDG00005009082)	ENSMMDG00005009079	lrrn1 (ENSMMDG00005009074)	setmar (ENSMMDG00005009073)	ENSMMDG00005009072	ITPR1 (ENSMMDG00005009020)	bhlhe40 (ENSMMDG00005009011)
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00730000111641.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000177280
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	280	mybl2b (ENSHCOG00000012656)	rpn2 (ENSHCOG00000012635)	ENSHCOG00000012590	cdk5rap1 (ENSHCOG00000012575)	ENSHCOG00000012529	ENSHCOG00000012516	ENSHCOG00000012484	EPB41L1 (ENSHCOG00000012467)	cntn4 (ENSHCOG00000012418)	ENSHCOG00000012171	ENSHCOG00000011365	pdzrn3b (ENSHCOG00000010837)	ppp4r2b (ENSHCOG00000010808)	gxylt2 (ENSHCOG00000010804) #19	shq1 (ENSHCOG00000010799) #21	RYBP (ENSHCOG00000010777) #22	prok2 (ENSHCOG00000010773)	EIF4E3 (ENSHCOG00000010757) #25	ENSHCOG00000010745	foxp1b (ENSHCOG00000010731)	mitfa (ENSHCOG00000010705)	FRMD4B (ENSHCOG00000010682)	arl6ip5a (ENSHCOG00000010626)	trnt1 (ENSHCOG00000010618)	lrrn1 (ENSHCOG00000010606)	setmar (ENSHCOG00000010603)	ENSHCOG00000010596	ITPR1 (ENSHCOG00000010574)	ENSHCOG00000000326	bhlhe40 (ENSHCOG00000010486)	ENSHCOG00000010474
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00730000111641.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000177280
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00730000111641.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000177280
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00730000111641.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000155071.C
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00620000088018	ENSGT00940000175705	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000155071.C	ENSGT00940000181580
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	2272																rybpa (ENSSPAG00000004173) #22
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00620000088018	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000155071.C	ENSGT00940000181580	ENSGT00940000158384.d
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00620000088018	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000155071.C	ENSGT00940000181580	ENSGT00940000158384.d
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	3418	ENSAOCG00000001653	ENSAOCG00000022932	knstrn (ENSAOCG00000022946)	ENSAOCG00000022958	mtif3 (ENSAOCG00000022968)	heca (ENSAOCG00000022989)	abracl (ENSAOCG00000022998)	reps1 (ENSAOCG00000023064)	clu (ENSAOCG00000001667)	ENSAOCG00000023113	ak7a (ENSAOCG00000001676)	pdzrn3b (ENSAOCG00000023264)	ppp4r2b (ENSAOCG00000023285)	gxylt2 (ENSAOCG00000023295) #19	shq1 (ENSAOCG00000023311) #21	rybpa (ENSAOCG00000001679) #22
Orange clownfish	MODERN SPECIES	20	rpn2 (ENSAPEG00000020940)	ghrh (ENSAPEG00000021042)	cdk5rap1 (ENSAPEG00000021049)	ENSAPEG00000021075	CFAP57 (ENSAPEG00000021147)	EPB41L1 (ENSAPEG00000021204)	cntn4 (ENSAPEG00000021259)	ENSAPEG00000021312	ENSAPEG00000021335	ENSAPEG00000021372	ENSAPEG00000021462	pdzrn3b (ENSAPEG00000021602)	ppp4r2b (ENSAPEG00000021643)	gxylt2 (ENSAPEG00000021661) #19	shq1 (ENSAPEG00000021686) #21	rybpa (ENSAPEG00000021704) #22	prok2 (ENSAPEG00000021745)	gpr27 (ENSAPEG00000021757)	EIF4E3 (ENSAPEG00000021766) #25	foxp1b (ENSAPEG00000021804)	zgc:113054 (ENSAPEG00000021963)	mitfa (ENSAPEG00000022061)	FRMD4B (ENSAPEG00000022527)	arl6ip5a (ENSAPEG00000022602)	trnt1 (ENSAPEG00000022627)	ENSAPEG00000022640	lrrn1 (ENSAPEG00000022732)	setmar (ENSAPEG00000022737)	ITPR1 (ENSAPEG00000022750)	ENSAPEG00000022812	bhlhe40 (ENSAPEG00000022818)
Spiny chromis	MODERN SPECIES	5										ENSAPOG00000014540	ENSAPOG00000014475	pdzrn3b (ENSAPOG00000014464)	ppp4r2b (ENSAPOG00000014386)	gxylt2 (ENSAPOG00000014376) #19	shq1 (ENSAPOG00000000397) #21	rybpa (ENSAPOG00000014342) #22	prok2 (ENSAPOG00000014310)	gpr27 (ENSAPOG00000014287)	EIF4E3 (ENSAPOG00000014276) #25	foxp1b (ENSAPOG00000014209)	zgc:113054 (ENSAPOG00000013829)	mitfa (ENSAPOG00000013777)	FRMD4B (ENSAPOG00000013741)	arl6ip5a (ENSAPOG00000013701)	trnt1 (ENSAPOG00000013687)	ENSAPOG00000013653	lrrn1 (ENSAPOG00000013646)	setmar (ENSAPOG00000013638)	ITPR1 (ENSAPOG00000013619)	bhlhe40 (ENSAPOG00000013386)	NAAA (ENSAPOG00000013354)
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00730000111641.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000155071.C
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a.l	ENSGT00940000160361	ENSGT01100000263545.a.b.c.a.k	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00730000111641.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000155071.C
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a.l	ENSGT00940000175704	ENSGT01100000263545.a.b.c.a.k	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00730000111641.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000155071.C
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a.l	ENSGT00940000175704	ENSGT01100000263545.a.b.c.a.k	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00730000111641.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000155071.C
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a.l	ENSGT00940000175704	ENSGT01100000263545.a.b.c.a.k	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00730000111641.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000155071.C
P. nyererei	MODERN SPECIES	316	rpn2 (ENSPNYG00000004696)	ghrh (ENSPNYG00000004654)	cdk5rap1 (ENSPNYG00000004624)	ENSPNYG00000004612	ENSPNYG00000004567	EPB41L1 (ENSPNYG00000004526)	cntn4 (ENSPNYG00000004297)	ENSPNYG00000004264	ENSPNYG00000004242	ENSPNYG00000004096	ENSPNYG00000004028	pdzrn3b (ENSPNYG00000003966)	ppp4r2b (ENSPNYG00000003934)	gxylt2 (ENSPNYG00000003893) #19	shq1 (ENSPNYG00000003878) #21	rybpa (ENSPNYG00000003852) #22	prok2 (ENSPNYG00000003818)	gpr27 (ENSPNYG00000003739)	EIF4E3 (ENSPNYG00000003711) #25	foxp1b (ENSPNYG00000003448)	mdfic2 (ENSPNYG00000003404)	zgc:113054 (ENSPNYG00000003372)	mitfa (ENSPNYG00000003348)	FRMD4B (ENSPNYG00000003194)	arl6ip5a (ENSPNYG00000003159)	trnt1 (ENSPNYG00000003120)	ENSPNYG00000003083	lrrn1 (ENSPNYG00000003065)	setmar (ENSPNYG00000003058)	ITPR1 (ENSPNYG00000002900)	bhlhe40 (ENSPNYG00000002765)
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160361	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a.l	ENSGT00940000175704	ENSGT01100000263545.a.b.c.a.k	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00730000111641.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000155071.C
Eastern happy	MODERN SPECIES	17	ENSACLG00000023836	cdk5rap1 (ENSACLG00000023797)	ENSACLG00000023768	ENSACLG00000023732	ENSACLG00000023622	ENSACLG00000023605	cntn4 (ENSACLG00000023580)	ENSACLG00000023449	ENSACLG00000023351	ENSACLG00000023336	ENSACLG00000023317	pdzrn3b (ENSACLG00000023265)	ppp4r2b (ENSACLG00000023118)	gxylt2 (ENSACLG00000023097) #19	shq1 (ENSACLG00000023077) #21	rybpa (ENSACLG00000023062) #22	prok2 (ENSACLG00000023039)	gpr27 (ENSACLG00000023012)	EIF4E3 (ENSACLG00000022985) #25	foxp1b (ENSACLG00000022616)	mdfic2 (ENSACLG00000022587)	zgc:113054 (ENSACLG00000022547)	ENSACLG00000022536	mitfa (ENSACLG00000022427)	FRMD4B (ENSACLG00000022299)	arl6ip5a (ENSACLG00000022278)	trnt1 (ENSACLG00000022227)	ENSACLG00000022206	ENSACLG00000022197	lrrn1 (ENSACLG00000022186)	setmar (ENSACLG00000022175)
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1108	ENSMZEG00005008130	ENSMZEG00005008141	ENSMZEG00005008163	ENSMZEG00005008183	ENSMZEG00005008203	ENSMZEG00005008262	cntn4 (ENSMZEG00005008333)	ENSMZEG00005008380	ENSMZEG00005008392	ENSMZEG00005008437	ENSMZEG00005008531	pdzrn3b (ENSMZEG00005008554)	ppp4r2b (ENSMZEG00005008591)	gxylt2 (ENSMZEG00005008602) #19	shq1 (ENSMZEG00005008649) #21	rybpa (ENSMZEG00005008698) #22	prok2 (ENSMZEG00005008722)	gpr27 (ENSMZEG00005008748)	EIF4E3 (ENSMZEG00005008767) #25	foxp1b (ENSMZEG00005008804)	mdfic2 (ENSMZEG00005008892)	zgc:113054 (ENSMZEG00005008911)	mitfa (ENSMZEG00005008959)	FRMD4B (ENSMZEG00005009091)	arl6ip5a (ENSMZEG00005009134)	trnt1 (ENSMZEG00005009141)	ENSMZEG00005009157	lrrn1 (ENSMZEG00005009199)	setmar (ENSMZEG00005009204)	ITPR1 (ENSMZEG00005009223)	bhlhe40 (ENSMZEG00005009312)
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	663												pdzrn3b (ENSHBUG00000010947)	ppp4r2b (ENSHBUG00000010890)	gxylt2 (ENSHBUG00000010881) #19	shq1 (ENSHBUG00000010857) #21	rybpa (ENSHBUG00000010844) #22	prok2 (ENSHBUG00000010821)	gpr27 (ENSHBUG00000010817)	EIF4E3 (ENSHBUG00000010777) #25	foxp1b (ENSHBUG00000010722)	mdfic2 (ENSHBUG00000010521)	zgc:113054 (ENSHBUG00000010512)
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	296	cdk5rap1 (ENSNBRG00000000859)	ENSNBRG00000000837	ENSNBRG00000000783	EPB41L1 (ENSNBRG00000000718)	cntn4 (ENSNBRG00000000641)	ENSNBRG00000000613	ENSNBRG00000000584	ENSNBRG00000000316	ENSNBRG00000000266	ENSNBRG00000000246	pdzrn3b (ENSNBRG00000000238)	ENSNBRG00000000227	gxylt2 (ENSNBRG00000024016) #19	ENSNBRG00000024008	shq1 (ENSNBRG00000024004) #21	rybpa (ENSNBRG00000023999) #22	prok2 (ENSNBRG00000023996)	gpr27 (ENSNBRG00000023989)	EIF4E3 (ENSNBRG00000023984) #25	foxp1b (ENSNBRG00000023949)	zgc:113054 (ENSNBRG00000023930)	ENSNBRG00000023889	mitfa (ENSNBRG00000023738)	FRMD4B (ENSNBRG00000023651)	arl6ip5a (ENSNBRG00000023616)	trnt1 (ENSNBRG00000023606)	ENSNBRG00000023604	lrrn1 (ENSNBRG00000023596)	setmar (ENSNBRG00000023590)	ITPR1 (ENSNBRG00000023567)	BHLHE40 (ENSNBRG00000023554)
Nile tilapia	MODERN SPECIES	17	rpn2 (ENSONIG00000020251)	ENSONIG00000020252	CDK5RAP1 (ENSONIG00000020253)	ENSONIG00000020254	ENSONIG00000020256	ENSONIG00000033511	cntn4 (ENSONIG00000020257)	ENSONIG00000020258	ENSONIG00000020259	ENSONIG00000020260	pdzrn3b (ENSONIG00000020261)	ppp4r2 (ENSONIG00000031128)	gxylt2 (ENSONIG00000020263) #19	shq1 (ENSONIG00000020264) #21	ENSONIG00000030779	rybpa (ENSONIG00000020265) #22	prok2 (ENSONIG00000030565)	gpr27 (ENSONIG00000040990)	EIF4E3 (ENSONIG00000020266) #25	foxp1b (ENSONIG00000020267)	mdfic2 (ENSONIG00000035668)	zgc:113054 (ENSONIG00000020268)	ddx4 (ENSONIG00000030953)	ENSONIG00000041875	mitfa (ENSONIG00000020270)	FRMD4B (ENSONIG00000020271)	arl6ip5a (ENSONIG00000029243)	trnt1 (ENSONIG00000020273)	ENSONIG00000020274	lrrn1 (ENSONIG00000020810)	setmar (ENSONIG00000020275)
Midas cichlid	MODERN SPECIES	319	rpn2 (ENSACIG00000020345)	ghrh (ENSACIG00000020367)	cdk5rap1 (ENSACIG00000020401)	ENSACIG00000020448	EPB41L1 (ENSACIG00000020487)	ENSACIG00000020791	cntn4 (ENSACIG00000020823)	ENSACIG00000021005	ENSACIG00000021023	ENSACIG00000021051	ENSACIG00000021148	pdzrn3b (ENSACIG00000021190)	ENSACIG00000021216	gxylt2 (ENSACIG00000021226) #19	shq1 (ENSACIG00000021249) #21	rybpa (ENSACIG00000021280) #22	prok2 (ENSACIG00000021289)	gpr27 (ENSACIG00000021306)	EIF4E3 (ENSACIG00000021312) #25	foxp1b (ENSACIG00000021338)	mdfic2 (ENSACIG00000021414)	zgc:113054 (ENSACIG00000021422)	ENSACIG00000021447	ENSACIG00000021462	mitfa (ENSACIG00000021479)	FRMD4B (ENSACIG00000021534)	arl6ip5a (ENSACIG00000021665)	trnt1 (ENSACIG00000021706)	ENSACIG00000021720	lrrn1 (ENSACIG00000021735)
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00940000178117	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000177280
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000011581	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00390000008429.e.a	ENSGT00390000001505	ENSGT01030000234648.a.a.c.a	ENSGT00970000193381.a.a.a.a.b.a	ENSGT00970000193381.b	ENSGT00950000183146.b.b	ENSGT00940000155781	ENSGT00560000077335	ENSGT00940000163864	ENSGT00940000154404.b	ENSGT00940000158263	ENSGT00940000158955	ENSGT00940000156616.i
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000169850	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00390000008429.e.a	ENSGT00390000001505	ENSGT01030000234648.a.a.c.a	ENSGT00970000193381.a.a.a.a.b.a	ENSGT00970000193381.b	ENSGT00950000183146.b.b	ENSGT00940000155781	ENSGT00560000077335	ENSGT00940000163864	ENSGT00940000154404.b	ENSGT00940000158263	ENSGT00940000158955	ENSGT00940000156616.i
Javanese ricefish	DUPLICATION
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	19	acot8 (ENSOJAG00000020331)	ift52 (ENSOJAG00000020357)	mybl2b (ENSOJAG00000020440)	rpn2 (ENSOJAG00000020530)	ENSOJAG00000020889	ENSOJAG00000020981	ENSOJAG00000021073	cntn4 (ENSOJAG00000021484)	ENSOJAG00000022411	ENSOJAG00000023350	ENSOJAG00000023757	pdzrn3b (ENSOJAG00000023854)	ppp4r2b (ENSOJAG00000023860)	gxylt2 (ENSOJAG00000003792) #19	shq1 (ENSOJAG00000003807) #21	ENSOJAG00000003841 #22	RYBP (ENSOJAG00000003861) #22	prok2 (ENSOJAG00000003872)	EIF4E3 (ENSOJAG00000003890) #25	dag1 (ENSOJAG00000003940)	ENSOJAG00000003948	nicn1 (ENSOJAG00000003956)	ENSOJAG00000003991	GRM7 (ENSOJAG00000004119)	ENSOJAG00000004517	ENSOJAG00000004546	RNF123 (ENSOJAG00000004657)	AMIGO3 (ENSOJAG00000006140)	aldh4a1 (ENSOJAG00000006168)	ENSOJAG00000007046	ENSOJAG00000007081
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	19	ift52 (ENSOJAG00000020357)	mybl2b (ENSOJAG00000020440)	rpn2 (ENSOJAG00000020530)	ENSOJAG00000020889	ENSOJAG00000020981	ENSOJAG00000021073	cntn4 (ENSOJAG00000021484)	ENSOJAG00000022411	ENSOJAG00000023350	ENSOJAG00000023757	pdzrn3b (ENSOJAG00000023854)	ppp4r2b (ENSOJAG00000023860)	gxylt2 (ENSOJAG00000003792) #19	shq1 (ENSOJAG00000003807) #21	ENSOJAG00000003841 #22	RYBP (ENSOJAG00000003861) #22	prok2 (ENSOJAG00000003872)	EIF4E3 (ENSOJAG00000003890) #25	dag1 (ENSOJAG00000003940)	ENSOJAG00000003948	nicn1 (ENSOJAG00000003956)	ENSOJAG00000003991	GRM7 (ENSOJAG00000004119)	ENSOJAG00000004517	ENSOJAG00000004546	RNF123 (ENSOJAG00000004657)	AMIGO3 (ENSOJAG00000006140)	aldh4a1 (ENSOJAG00000006168)	ENSOJAG00000007046	ENSOJAG00000007081	PIK3C2B (ENSOJAG00000007235)
Indian medaka	MODERN SPECIES	8	ift52 (ENSOMEG00000001125)	mybl2b (ENSOMEG00000001127)	rpn2 (ENSOMEG00000001134)	ENSOMEG00000001139	cdk5rap1 (ENSOMEG00000001144)	ENSOMEG00000001148	ENSOMEG00000001158	cntn4 (ENSOMEG00000001171)	ENSOMEG00000001186	ENSOMEG00000001197	ENSOMEG00000001211	pdzrn3b (ENSOMEG00000001216)	ppp4r2b (ENSOMEG00000001220)	gxylt2 (ENSOMEG00000001223) #19	shq1 (ENSOMEG00000001225) #21	RYBP (ENSOMEG00000001230) #22	prok2 (ENSOMEG00000001233)	EIF4E3 (ENSOMEG00000001240) #25	ENSOMEG00000001245	dag1 (ENSOMEG00000001249)	nicn1 (ENSOMEG00000001258)	GRM7 (ENSOMEG00000001268)	ENSOMEG00000001272	ENSOMEG00000001275	AMIGO3 (ENSOMEG00000001277)	ENSOMEG00000001281	ENSOMEG00000001284	aldh4a1 (ENSOMEG00000001286)	ENSOMEG00000001289	ENSOMEG00000001290	PIK3C2B (ENSOMEG00000001301)
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000011581	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00390000008429.e.a	ENSGT00390000001505	ENSGT01030000234648.a.a.c.a	ENSGT00970000193381.a.a.a.a.b.a	ENSGT00970000193381.b	ENSGT00950000183146.b.b	ENSGT00940000155781	ENSGT00560000077335	ENSGT00940000163864	ENSGT00940000154404.b	ENSGT00940000158263	ENSGT00940000158955	ENSGT00940000156616.i
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	19	cdk5rap1 (ENSORLG00000011531)	ENSORLG00000011457	ENSORLG00000011409	ENSORLG00000028932	cntn4 (ENSORLG00000011392)	ENSORLG00000025901	ENSORLG00000011363	ENSORLG00000011220	ENSORLG00000029566	ENSORLG00000027420	ENSORLG00000011105	pdzrn3b (ENSORLG00000011027)	gxylt2 (ENSORLG00000011004) #19	ppp4r2b (ENSORLG00000010996)	shq1 (ENSORLG00000023538) #21	rybpa (ENSORLG00000030260) #22	prok2 (ENSORLG00000026685)	EIF4E3 (ENSORLG00000010970) #25	dag1 (ENSORLG00000010935)	ENSORLG00000024220	nicn1 (ENSORLG00000010901)	ENSORLG00000030265	ENSORLG00000010879	ENSORLG00000028895	ENSORLG00000010874	ENSORLG00000023877	AMIGO3 (ENSORLG00000010862)	RNF123 (ENSORLG00000010855)	aldh4a1 (ENSORLG00000010810)	ENSORLG00000010785	ENSORLG00000028258
Chinese medaka	DUPLICATION
Chinese medaka	MODERN SPECIES	3896																ENSOSIG00000003492 #22
Chinese medaka	MODERN SPECIES	509	ift52 (ENSOSIG00000011007)	mybl2b (ENSOSIG00000011009)	rpn2 (ENSOSIG00000011016)	ENSOSIG00000011226	cdk5rap1 (ENSOSIG00000011235)	ENSOSIG00000012565	ENSOSIG00000012682	ENSOSIG00000015731	cntn4 (ENSOSIG00000015750)	ENSOSIG00000016408	ENSOSIG00000017212	ENSOSIG00000019465	pdzrn3b (ENSOSIG00000021186)	gxylt2 (ENSOSIG00000021195) #19	shq1 (ENSOSIG00000021198) #21	ENSOSIG00000021199 #22	prok2 (ENSOSIG00000021200)	EIF4E3 (ENSOSIG00000021202) #25	dag1 (ENSOSIG00000021204)
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00940000178117	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000155071.C
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	94	ENSGT00390000011581	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A.g	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	97			ENSKMAG00000005091	ENSKMAG00000005009	cntn4 (ENSKMAG00000004922)	ENSKMAG00000004905	ENSKMAG00000004874	ENSKMAG00000004851	ENSKMAG00000004717	CNTN4 (ENSKMAG00000004605)	pdzrn3b (ENSKMAG00000004548)	ppp4r2b (ENSKMAG00000004516)	gxylt2 (ENSKMAG00000004483) #19	shq1 (ENSKMAG00000004457) #21	ENSKMAG00000004437	rybpa (ENSKMAG00000004423) #22	prok2 (ENSKMAG00000004402)	gpr27 (ENSKMAG00000004375)	EIF4E3 (ENSKMAG00000004316) #25
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1619	ENSNFUG00015007844	ENSNFUG00015007838	ENSNFUG00015007836	CABZ01012080.1 (ENSNFUG00015007569)	ENSNFUG00015007504	ENSNFUG00015007499	ENSNFUG00015007495	pdzrn3b (ENSNFUG00015007455)	ENSNFUG00015007448	ENSNFUG00015007444	ENSNFUG00015007441	ppp4r2b (ENSNFUG00015007437)	GXYLT2 (ENSNFUG00015007433) #19	ENSNFUG00015007428	SHQ1 (ENSNFUG00015007416) #21	RYBP (ENSNFUG00015007410) #22	prok2 (ENSNFUG00015007407)	ENSNFUG00015007405	EIF4E3 (ENSNFUG00015007400) #25	ENSNFUG00015007395	foxp1b (ENSNFUG00015007381)	zgc:113054 (ENSNFUG00015007370)	mitfa (ENSNFUG00015007344)	ENSNFUG00015007330	FRMD4B (ENSNFUG00015007246)	ARL6IP5A (ENSNFUG00015007225)	TRNT1 (ENSNFUG00015007219)	ENSNFUG00015007215	LRRN1 (ENSNFUG00015007213)	ENSNFUG00015007210	ENSNFUG00015007209
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00940000178117	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00940000175464	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00970000193381.a.a.a.a.a.a.a.d	ENSGT00940000157154.d
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	63	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00940000175464	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00970000193381.a.a.a.a.a.a.a.d	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	163										ENSCVAG00000020246	ENSCVAG00000020182	pdzrn3b (ENSCVAG00000020100)	ppp4r2b (ENSCVAG00000020063)	gxylt2 (ENSCVAG00000020052) #19	shq1 (ENSCVAG00000020049) #21	rybpa (ENSCVAG00000020045) #22	prok2 (ENSCVAG00000020024)	gpr27 (ENSCVAG00000020011)	ENSCVAG00000020009	EIF4E3 (ENSCVAG00000020000) #25	foxp1b (ENSCVAG00000019977)	zgc:113054 (ENSCVAG00000019960)	ENSCVAG00000019895	mitfa (ENSCVAG00000019875)	FRMD4B (ENSCVAG00000019832)	arl6ip5a (ENSCVAG00000019799)	ENSCVAG00000019782	trnt1 (ENSCVAG00000019770)	ENSCVAG00000019761	ENSCVAG00000019734	ENSCVAG00000019729
Mummichog	MODERN SPECIES	313	mybl2b (ENSFHEG00000017018)	rpn2 (ENSFHEG00000017125)	ENSFHEG00000017137	cdk5rap1 (ENSFHEG00000017181)	ENSFHEG00000017248	EPB41L1 (ENSFHEG00000017266)	cntn4 (ENSFHEG00000017318)	ENSFHEG00000017343	ENSFHEG00000017387	ENSFHEG00000017415	ENSFHEG00000017494	pdzrn3b (ENSFHEG00000017519)	ppp4r2b (ENSFHEG00000017528)	gxylt2 (ENSFHEG00000017536) #19	shq1 (ENSFHEG00000017552) #21	rybpa (ENSFHEG00000017560) #22	prok2 (ENSFHEG00000017583)	gpr27 (ENSFHEG00000017617)	EIF4E3 (ENSFHEG00000017632) #25	foxp1b (ENSFHEG00000017865)	zgc:113054 (ENSFHEG00000017918)	ENSFHEG00000017933	mitfa (ENSFHEG00000019131)	ENSFHEG00000019182	FRMD4B (ENSFHEG00000019218)	arl6ip5a (ENSFHEG00000019240)	ENSFHEG00000019257	trnt1 (ENSFHEG00000019294)	ENSFHEG00000019322	ENSFHEG00000019332	lrrn1 (ENSFHEG00000019336)
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00940000177762	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00940000178117	ENSGT00940000165309
Platyfish	MODERN SPECIES	12	ift52 (ENSXMAG00000009491)	mybl2b (ENSXMAG00000007939)	rpn2 (ENSXMAG00000007919)	ENSXMAG00000007917	ENSXMAG00000006111	cdk5rap1 (ENSXMAG00000007903)	ENSXMAG00000025010	cntn4 (ENSXMAG00000005772)	ENSXMAG00000005795	ENSXMAG00000017082	ENSXMAG00000005896	pdzrn3b (ENSXMAG00000004695)	ppp4r2b (ENSXMAG00000004727)	gxylt2 (ENSXMAG00000004758) #19	ENSXMAG00000025660	rybpa (ENSXMAG00000027089) #22	gpr27 (ENSXMAG00000020236)	EIF4E3 (ENSXMAG00000002188) #25	foxp1b (ENSXMAG00000004164)	ENSXMAG00000025053	zgc:113054 (ENSXMAG00000028801)
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	112											ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00940000154917.ab	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00940000178117	ENSGT00940000165309
Guppy	MODERN SPECIES	457	sulf2a (ENSPREG00000022391)	id1 (ENSPREG00000022414)	NCOA3 (ENSPREG00000022421)	KLHL10 (ENSPREG00000022434)	ENSPREG00000022442	ogfr2 (ENSPREG00000022446)	ENSPREG00000022458	ZMYND8 (ENSPREG00000022470)	eno1b (ENSPREG00000022481)	pdzrn3b (ENSPREG00000022505)	ppp4r2b (ENSPREG00000022528)	gxylt2 (ENSPREG00000022537) #19	ENSPREG00000022542	NFYB (ENSPREG00000022546)	shq1 (ENSPREG00000000591) #21	rybpa (ENSPREG00000000603) #22	gpr27 (ENSPREG00000000634)	EIF4E3 (ENSPREG00000000653) #25	foxp1b (ENSPREG00000000697)	ENSPREG00000000721	zgc:113054 (ENSPREG00000000737)	ENSPREG00000000756	ENSPREG00000000802	ENSPREG00000001053	ENSPREG00000001057
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013995.b.a #22
Amazon molly	MODERN SPECIES	878																rybpa (ENSPFOG00000000577) #22
Sailfin molly	DUPLICATION
Sailfin molly	MODERN SPECIES	3378																RYBP (ENSPLAG00000019677) #22
Sailfin molly	DUPLICATION
Sailfin molly	MODERN SPECIES	4050																ENSPLAG00000004436 #22
Sailfin molly	MODERN SPECIES	4057																ENSPLAG00000004326 #22
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414.f	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00730000111641.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000155071.C
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414.f	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00730000111641.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000155071.C
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000011581	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414.f	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000155071.C	ENSGT00940000181580	ENSGT00940000158384.d
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000011581	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414.f	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000155071.C	ENSGT00940000158384.d	ENSGT00530000063548.A
Climbing perch	MODERN SPECIES	18	mybl2b (ENSATEG00000007465)	ENSATEG00000007486	ENSATEG00000007532	ENSATEG00000007641	ENSATEG00000007619	ENSATEG00000007665	cntn4 (ENSATEG00000007710)	ENSATEG00000008133	ENSATEG00000008177	ENSATEG00000008222	ENSATEG00000025437	pdzrn3b (ENSATEG00000008337)	ppp4r2b (ENSATEG00000008426)	gxylt2 (ENSATEG00000008453) #19	shq1 (ENSATEG00000008475) #21	RYBP (ENSATEG00000029830) #22	prok2 (ENSATEG00000008492)	gpr27 (ENSATEG00000008522)	EIF4E3 (ENSATEG00000008530) #25	foxp1b (ENSATEG00000008561)	zgc:113054 (ENSATEG00000008721)	zgc:113054 (ENSATEG00000008772)	mitfa (ENSATEG00000008837)	FRMD4B (ENSATEG00000008872)	arl6ip5a (ENSATEG00000008916)	trnt1 (ENSATEG00000008928)	ENSATEG00000008955	lrrn1 (ENSATEG00000008988)	setmar (ENSATEG00000008998)	ITPR1 (ENSATEG00000009014)	bhlhe40 (ENSATEG00000009176)
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	16	ENSBSLG00000026320	ENSBSLG00000026306	acot8 (ENSBSLG00000026304)	mybl2b (ENSBSLG00000026297)	rpn2 (ENSBSLG00000026247)	ENSBSLG00000026226	cdk5rap1 (ENSBSLG00000026216)	ENSBSLG00000026064	cntn4 (ENSBSLG00000025556)	ENSBSLG00000023123	ENSBSLG00000021423	pdzrn3b (ENSBSLG00000021173)	ppp4r2b (ENSBSLG00000021096)	gxylt2 (ENSBSLG00000021059) #19	shq1 (ENSBSLG00000021007) #21	rybpa (ENSBSLG00000020783) #22	prok2 (ENSBSLG00000020780)	gpr27 (ENSBSLG00000020778)	EIF4E3 (ENSBSLG00000020777) #25	foxp1b (ENSBSLG00000020745)	zgc:113054 (ENSBSLG00000020737)	mitfa (ENSBSLG00000020732)	FRMD4B (ENSBSLG00000020719)	arl6ip5a (ENSBSLG00000020715)	trnt1 (ENSBSLG00000020713)	ENSBSLG00000020712	lrrn1 (ENSBSLG00000020709)	setmar (ENSBSLG00000020708)	ITPR1 (ENSBSLG00000013775)	bhlhe40 (ENSBSLG00000013372)	NAAA (ENSBSLG00000013286)
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	19	ift52 (ENSMAMG00000023472)	mybl2b (ENSMAMG00000023471)	ENSMAMG00000023466	ENSMAMG00000023462	ENSMAMG00000023460	ENSMAMG00000023458	ENSMAMG00000023454	cntn4 (ENSMAMG00000023452)	ENSMAMG00000023444	ENSMAMG00000023440	ENSMAMG00000023438	pdzrn3b (ENSMAMG00000023436)	ppp4r2b (ENSMAMG00000023435)	gxylt2 (ENSMAMG00000023433) #19	shq1 (ENSMAMG00000023432) #21	RYBP (ENSMAMG00000024392) #22	prok2 (ENSMAMG00000023429)	gpr27 (ENSMAMG00000023427)	EIF4E3 (ENSMAMG00000023426) #25	foxp1b (ENSMAMG00000023423)	zgc:113054 (ENSMAMG00000023417)	mitfa (ENSMAMG00000023414)	FRMD4B (ENSMAMG00000023408)	arl6ip5a (ENSMAMG00000023405)	trnt1 (ENSMAMG00000023401)	ENSMAMG00000023400	lrrn1 (ENSMAMG00000023397)	setmar (ENSMAMG00000023395)	ITPR1 (ENSMAMG00000023390)	ENSMAMG00000024536	bhlhe40 (ENSMAMG00000023386)
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414.f	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00730000111641.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000155071.C
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000011581	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414.f	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00940000165309.l	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000158384.d	ENSGT00530000063548.A	ENSGT00940000154861.n.a
Turbot	MODERN SPECIES	18	ENSSMAG00000029705	mybl2b (ENSSMAG00000017352)	ENSSMAG00000017289	ENSSMAG00000017270	ENSSMAG00000017221	ENSSMAG00000017064	ENSSMAG00000016752	cntn4 (ENSSMAG00000016676)	ENSSMAG00000016507	ENSSMAG00000016323	ENSSMAG00000016297	pdzrn3b (ENSSMAG00000016202)	ppp4r2b (ENSSMAG00000016193)	gxylt2 (ENSSMAG00000016180) #19	shq1 (ENSSMAG00000016151) #21	ENSSMAG00000023389 #22	prok2 (ENSSMAG00000016123)	gpr27 (ENSSMAG00000016102)	EIF4E3 (ENSSMAG00000016095) #25	foxp1b (ENSSMAG00000015987)	zgc:113054 (ENSSMAG00000015942)	mitfa (ENSSMAG00000015617)	FRMD4B (ENSSMAG00000015504)	arl6ip5a (ENSSMAG00000015475)	trnt1 (ENSSMAG00000015432)	ENSSMAG00000026170	lrrn1 (ENSSMAG00000015413)	setmar (ENSSMAG00000015405)	bhlhe40 (ENSSMAG00000026563)	ENSSMAG00000015251	ENSSMAG00000022883
Tongue sole	MODERN SPECIES	2	grm6b (ENSCSEG00000008243)	mon1a (ENSCSEG00000008235)	ENSCSEG00000008213	ENSCSEG00000008178	trnt1 (ENSCSEG00000008157)	arl6ip5a (ENSCSEG00000008154)	cntn4 (ENSCSEG00000008117)	ENSCSEG00000008067	ENSCSEG00000007957	ENSCSEG00000007911	pdzrn3b (ENSCSEG00000007883)	ppp4r2b (ENSCSEG00000007869)	gxylt2 (ENSCSEG00000007848) #19	shq1 (ENSCSEG00000007829) #21	ENSCSEG00000007818	rybpa (ENSCSEG00000007805) #22	prok2 (ENSCSEG00000007796)	gpr27 (ENSCSEG00000007794)	EIF4E3 (ENSCSEG00000007779) #25	foxp1b (ENSCSEG00000007746)	PLXNA1 (ENSCSEG00000007725)	ENSCSEG00000007720	ENSCSEG00000007716	EVC (ENSCSEG00000007676)	EVC2 (ENSCSEG00000007658)	CYTL1 (ENSCSEG00000007279)	msx1a (ENSCSEG00000007275)	stx18 (ENSCSEG00000007268)	NSG1 (ENSCSEG00000007259)	aggf1 (ENSCSEG00000007246)	ENSCSEG00000007225
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414.f	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00730000111641.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000155071.C
Barramundi perch	MODERN SPECIES	150						ENSLCAG00010023582	cntn4 (ENSLCAG00010023692)	ENSLCAG00010024221	ENSLCAG00010025055	ENSLCAG00010025678	ENSLCAG00010025778	pdzrn3b (ENSLCAG00010025981)	ppp4r2b (ENSLCAG00010025982)	gxylt2 (ENSLCAG00010025984) #19	shq1 (ENSLCAG00010025985) #21	rybpa (ENSLCAG00010025986) #22	prok2 (ENSLCAG00010025987)	gpr27 (ENSLCAG00010025988)	EIF4E3 (ENSLCAG00010025989) #25	foxp1b (ENSLCAG00010026063)	mdfic2 (ENSLCAG00010026283)	zgc:113054 (ENSLCAG00010026285)	mitfa (ENSLCAG00010026304)	FRMD4B (ENSLCAG00010026341)	arl6ip5a (ENSLCAG00010026345)	trnt1 (ENSLCAG00010026346)	ENSLCAG00010026347	lrrn1 (ENSLCAG00010026349)	setmar (ENSLCAG00010026350)	ITPR1 (ENSLCAG00010026357)
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414.f	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00730000111641.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000155071.C
Greater amberjack	MODERN SPECIES	37	rpn2 (ENSSDUG00000011102)	ghrh (ENSSDUG00000011148)	cdk5rap1 (ENSSDUG00000011169)	ENSSDUG00000011234	EPB41L1 (ENSSDUG00000011310)	cntn4 (ENSSDUG00000011366)	ENSSDUG00000011740	ENSSDUG00000011750	ENSSDUG00000011773	ENSSDUG00000011808	ENSSDUG00000011863	pdzrn3b (ENSSDUG00000011879)	ppp4r2b (ENSSDUG00000011939)	gxylt2 (ENSSDUG00000011974) #19	shq1 (ENSSDUG00000011986) #21	rybpa (ENSSDUG00000012000) #22	ENSSDUG00000012010	ENSSDUG00000012021	prok2 (ENSSDUG00000012033)	gpr27 (ENSSDUG00000012040)	EIF4E3 (ENSSDUG00000012045) #25	foxp1b (ENSSDUG00000012073)	mdfic2 (ENSSDUG00000012140)	zgc:113054 (ENSSDUG00000012153)	ENSSDUG00000012183	mitfa (ENSSDUG00000012198)	FRMD4B (ENSSDUG00000012222)	arl6ip5a (ENSSDUG00000012308)	trnt1 (ENSSDUG00000012320)	ENSSDUG00000012333	lrrn1 (ENSSDUG00000012348)
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	3081	mybl2b (ENSSLDG00000014798)	rpn2 (ENSSLDG00000014707)	ghrh (ENSSLDG00000014657)	cdk5rap1 (ENSSLDG00000014608)	ENSSLDG00000014581	ENSSLDG00000014388	cntn4 (ENSSLDG00000014310)	ENSSLDG00000014289	ENSSLDG00000014267	ENSSLDG00000014101	ENSSLDG00000014012	pdzrn3b (ENSSLDG00000013978)	ppp4r2b (ENSSLDG00000013949)	gxylt2 (ENSSLDG00000013934) #19	shq1 (ENSSLDG00000013908) #21	rybpa (ENSSLDG00000013888) #22	prok2 (ENSSLDG00000013872)	gpr27 (ENSSLDG00000013855)	EIF4E3 (ENSSLDG00000013831) #25	foxp1b (ENSSLDG00000013751)	mdfic2 (ENSSLDG00000013706)	zgc:113054 (ENSSLDG00000013673)
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000011581	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414.f	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00940000178117	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000155071.C
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000011581.c	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00940000169850	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414.f	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00940000178117	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00390000004207	ENSGT00940000157562.q.a	ENSGT00950000183042.b.b	ENSGT00940000161154.a	ENSGT00940000159178
Fugu	MODERN SPECIES	10	ENSTRUG00000027705	ift52 (ENSTRUG00000014953)	mybl2b (ENSTRUG00000021040)	rpn2 (ENSTRUG00000014997)	ENSTRUG00000022153	cdk5rap1 (ENSTRUG00000015201)	ENSTRUG00000015256	cntn4 (ENSTRUG00000011158)	ENSTRUG00000011022	ENSTRUG00000010466	ENSTRUG00000009896	pdzrn3b (ENSTRUG00000009749)	ppp4r2b (ENSTRUG00000009646)	ENSTRUG00000009592	shq1 (ENSTRUG00000009446) #21	RYBP (ENSTRUG00000009347) #22	prok2 (ENSTRUG00000024827)	gpr27 (ENSTRUG00000003935)	EIF4E3 (ENSTRUG00000022670) #25	foxp1b (ENSTRUG00000001947)	ENSTRUG00000031691	mitfa (ENSTRUG00000001600)	FRMD4B (ENSTRUG00000001241)	arl6ip5a (ENSTRUG00000019898)	trnt1 (ENSTRUG00000001088)	ENSTRUG00000001010	acot8 (ENSTRUG00000000939)	phactr3b (ENSTRUG00000000766)	ENSTRUG00000000605	CHST13 (ENSTRUG00000026383)	txnrd3 (ENSTRUG00000000449)
Tetraodon	MODERN SPECIES	2	lrrn1 (ENSTNIG00000007340)	mybl2b (ENSTNIG00000007341)	rpn2 (ENSTNIG00000007342)	ENSTNIG00000007343	cdk5rap1 (ENSTNIG00000007344)	ENSTNIG00000007345	EPB41L1 (ENSTNIG00000007346)	cntn4 (ENSTNIG00000007347)	ENSTNIG00000007348	ENSTNIG00000007349	ENSTNIG00000007350	pdzrn3b (ENSTNIG00000007351)	ppp4r2b (ENSTNIG00000007352)	gxylt2 (ENSTNIG00000007353) #19	shq1 (ENSTNIG00000007354) #21	RYBP (ENSTNIG00000007355) #22	prok2 (ENSTNIG00000007356)	EIF4E3 (ENSTNIG00000007358) #25	foxp1b (ENSTNIG00000007359)	mitfa (ENSTNIG00000007360)	FRMD4B (ENSTNIG00000007361)	arl6ip5a (ENSTNIG00000007362)	trnt1 (ENSTNIG00000007363)	ENSTNIG00000007364	acot8 (ENSTNIG00000007365)	phactr3b (ENSTNIG00000007366)	ENSTNIG00000007367	CHST13 (ENSTNIG00000007368)	txnrd3 (ENSTNIG00000007369)	bin2b (ENSTNIG00000007370)	wnt4 (ENSTNIG00000007371)
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000011581	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414.f	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00940000178117	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000155071.C
Ballan wrasse	DUPLICATION
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	265												ENSLBEG00000017415	prok2 (ENSLBEG00000017447)	ENSLBEG00000017471	ENSLBEG00000017487	rybpa (ENSLBEG00000017510) #22	sec61a1 (ENSLBEG00000017523)	CHCHD4 (ENSLBEG00000017549)	uroc1 (ENSLBEG00000017571)	MAPKAPK3 (ENSLBEG00000017649)	pfkfb4b (ENSLBEG00000017699)	arpc4 (ENSLBEG00000017780)	ENSLBEG00000017798	ENSLBEG00000017835	GATA2 (ENSLBEG00000017873)	eefsec (ENSLBEG00000017908)	ruvbl1 (ENSLBEG00000017947)	ENSLBEG00000017983	RFT1 (ENSLBEG00000018042)	prkcda (ENSLBEG00000018188)	ENSLBEG00000018259
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	3108																RYBP (ENSLBEG00000009163) #22
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000011581	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414.f	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000155071.C	ENSGT00940000177280
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000011581	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414.f	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00940000178117	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000155071.C
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	20	rpn2 (ENSSAUG00010027574)	ghrh (ENSSAUG00010027560)	cdk5rap1 (ENSSAUG00010027549)	ENSSAUG00010027547	EPB41L1 (ENSSAUG00010027538)	cntn4 (ENSSAUG00010027431)	ENSSAUG00010027048	ENSSAUG00010022690	ENSSAUG00010022516	ENSSAUG00010022515	ENSSAUG00010021023	pdzrn3b (ENSSAUG00010021000)	ppp4r2b (ENSSAUG00010020996)	gxylt2 (ENSSAUG00010020993) #19	shq1 (ENSSAUG00010020992) #21	rybpa (ENSSAUG00010020990) #22	prok2 (ENSSAUG00010020989)	gpr27 (ENSSAUG00010020987)	EIF4E3 (ENSSAUG00010020986) #25	foxp1b (ENSSAUG00010020403)	ENSSAUG00010020379	zgc:113054 (ENSSAUG00010020378)	mitfa (ENSSAUG00010020177)	FRMD4B (ENSSAUG00010020175)	arl6ip5a (ENSSAUG00010020174)	trnt1 (ENSSAUG00010020172)	ENSSAUG00010020169	lrrn1 (ENSSAUG00010020168)	setmar (ENSSAUG00010020167)	ITPR1 (ENSSAUG00010018947)	bhlhe40 (ENSSAUG00010018934)
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000011581	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414.f	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00940000178117	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000155071.C
European seabass	MODERN SPECIES	10	acot8 (ENSDLAG00005012413)	mybl2b (ENSDLAG00005012484)	ENSDLAG00005012669	ENSDLAG00005013482	ENSDLAG00005013516	ENSDLAG00005013604	ENSDLAG00005013781	cntn4 (ENSDLAG00005015182)	ENSDLAG00005019553	ENSDLAG00005022052	ENSDLAG00005023906	PDZRN3 (ENSDLAG00005024059)	ppp4r2b (ENSDLAG00005024099)	gxylt2 (ENSDLAG00005024140) #19	shq1 (ENSDLAG00005029441) #21	RYBP (ENSDLAG00005024156) #22	prok2 (ENSDLAG00005024161)	EIF4E3 (ENSDLAG00005027715) #25	gpr27 (ENSDLAG00005024164)	foxp1b (ENSDLAG00005024201)	ENSDLAG00005024437	zgc:113054 (ENSDLAG00005024440)	ENSDLAG00005028768	mitfa (ENSDLAG00005024449)	FRMD4B (ENSDLAG00005024483)	arl6ip5a (ENSDLAG00005024563)	trnt1 (ENSDLAG00005026509)	LRRN1 (ENSDLAG00005032471)	setmar (ENSDLAG00005032118)	ITPR1 (ENSDLAG00005024685)	bhlhe40 (ENSDLAG00005025285)
Large yellow croaker	MODERN SPECIES		ift52 (ENSLCRG00005012323)	mybl2b (ENSLCRG00005012317)	rpn2 (ENSLCRG00005012068)	ENSLCRG00005012062	cdk5rap1 (ENSLCRG00005012007)	ENSLCRG00005011993	cntn4 (ENSLCRG00005010873)	ENSLCRG00005005460	ENSLCRG00005005415	ENSLCRG00005005149	ENSLCRG00005000576	pdzrn3b (ENSLCRG00005000512)	ppp4r2b (ENSLCRG00005000505)	gxylt2 (ENSLCRG00005000503) #19	shq1 (ENSLCRG00005000499) #21	RYBP (ENSLCRG00005000497) #22	prok2 (ENSLCRG00005000494)	gpr27 (ENSLCRG00005000493)	EIF4E3 (ENSLCRG00005000492) #25	foxp1b (ENSLCRG00005000348)	zgc:113054 (ENSLCRG00005000288)	mitfa (ENSLCRG00005000244)	mbd1b (ENSLCRG00005000194)	ccdc120b (ENSLCRG00005000159)	SRPK3 (ENSLCRG00005000084)	comtb (ENSLCRG00005023001)	grm6b (ENSLCRG00005022971)	traip (ENSLCRG00005022970)	mon1a (ENSLCRG00005022969)	ENSLCRG00005022968	camkvb (ENSLCRG00005022967)
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000011581	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414.f	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000155071.C	ENSGT00940000177280
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00390000011581	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000167414.f	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000155071.C	ENSGT00940000177280	ENSGT00940000158384.d
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	19	mybl2b (ENSCGOG00000011714)	rpn2 (ENSCGOG00000011889)	ghrh (ENSCGOG00000012944)	cdk5rap1 (ENSCGOG00000012950)	ENSCGOG00000013047	ENSCGOG00000013152	cntn4 (ENSCGOG00000013869)	ENSCGOG00000017020	ENSCGOG00000017817	ENSCGOG00000019577	ENSCGOG00000019605	pdzrn3b (ENSCGOG00000020351)	ppp4r2b (ENSCGOG00000020375)	gxylt2 (ENSCGOG00000020385) #19	shq1 (ENSCGOG00000020389) #21	rybpa (ENSCGOG00000020403) #22	NXPE3 (ENSCGOG00000020409)	ENSCGOG00000020411	NXPE3 (ENSCGOG00000020413)	NXPE3 (ENSCGOG00000020414)	ENSCGOG00000020418	ENSCGOG00000020419	prok2 (ENSCGOG00000020420)	gpr27 (ENSCGOG00000020421)	EIF4E3 (ENSCGOG00000020423) #25	foxp1b (ENSCGOG00000020445)	zgc:113054 (ENSCGOG00000021042)	mitfa (ENSCGOG00000021055)	FRMD4B (ENSCGOG00000021135)	arl6ip5a (ENSCGOG00000021199)	trnt1 (ENSCGOG00000021203)
Pike perch	MODERN SPECIES	11	ift52 (ENSSLUG00000016763)	mybl2b (ENSSLUG00000016609)	rpn2 (ENSSLUG00000016018)	ghrh (ENSSLUG00000015877)	cdk5rap1 (ENSSLUG00000015545)	ENSSLUG00000015505	EPB41L1 (ENSSLUG00000015282)	cntn4 (ENSSLUG00000015218)	ENSSLUG00000014659	ENSSLUG00000010897	ENSSLUG00000010487	pdzrn3b (ENSSLUG00000010409)	ppp4r2b (ENSSLUG00000010404)	gxylt2 (ENSSLUG00000010399) #19	shq1 (ENSSLUG00000010395) #21	rybpa (ENSSLUG00000010391) #22	prok2 (ENSSLUG00000010387)	gpr27 (ENSSLUG00000010385)	EIF4E3 (ENSSLUG00000010383) #25	foxp1b (ENSSLUG00000010380)	zgc:113054 (ENSSLUG00000010375)	mitfa (ENSSLUG00000010357)	FRMD4B (ENSSLUG00000010314)	arl6ip5a (ENSSLUG00000010291)	trnt1 (ENSSLUG00000010274)	ENSSLUG00000010265	lrrn1 (ENSSLUG00000010263)	setmar (ENSSLUG00000010262)	ITPR1 (ENSSLUG00000007574)	bhlhe40 (ENSSLUG00000007397)	NAAA (ENSSLUG00000007391)
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000004207	ENSGT00390000011581	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667	ENSGT01100000263545.a.b.c.a	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000011238	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000155071.C	ENSGT00940000158384.d
Lumpfish	MODERN SPECIES	20	rpn2 (ENSCLMG00005019160)	ghrh (ENSCLMG00005020149)	cdk5rap1 (ENSCLMG00005020152)	ENSCLMG00005020168	EPB41L1 (ENSCLMG00005020214)	cntn4 (ENSCLMG00005020432)	ENSCLMG00005020433	ENSCLMG00005020437	ENSCLMG00005020462	ENSCLMG00005020463	ENSCLMG00005020484	pdzrn3b (ENSCLMG00005020516)	ppp4r2b (ENSCLMG00005020517)	gxylt2 (ENSCLMG00005020518) #19	shq1 (ENSCLMG00005020519) #21	rybpa (ENSCLMG00005020520) #22	prok2 (ENSCLMG00005020521)	gpr27 (ENSCLMG00005020522)	EIF4E3 (ENSCLMG00005000065) #25	foxp1b (ENSCLMG00005000158)	zgc:113054 (ENSCLMG00005000299)	mitfa (ENSCLMG00005000306)	FRMD4B (ENSCLMG00005000334)	arl6ip5a (ENSCLMG00005000354)	trnt1 (ENSCLMG00005000360)	ENSCLMG00005000366	lrrn1 (ENSCLMG00005000418)	setmar (ENSCLMG00005000422)	ENSCLMG00005000519	bhlhe40 (ENSCLMG00005003585)	ENSCLMG00005003609
Stickleback	MODERN SPECIES	17	fezf2 (ENSGACG00000011629)	ptprga (ENSGACG00000011636)	PLEKHA6 (ENSGACG00000011651)	cacna1sa (ENSGACG00000011658)	apobec2a (ENSGACG00000011671)	ENSGACG00000011673	ENSGACG00000011676	EPB41L1 (ENSGACG00000011718)	cntn4 (ENSGACG00000011729)	ENSGACG00000011735	ENSGACG00000011748	pdzrn3b (ENSGACG00000011770)	ppp4r2b (ENSGACG00000011779)	gxylt2 (ENSGACG00000011788) #19	shq1 (ENSGACG00000011797) #21	RYBP (ENSGACG00000011809) #22	prok2 (ENSGACG00000011815)	gpr27 (ENSGACG00000011823)	EIF4E3 (ENSGACG00000011825) #25	foxp1b (ENSGACG00000011839)	zgc:113054 (ENSGACG00000011845)	ENSGACG00000011871	mitfa (ENSGACG00000011875)	FRMD4B (ENSGACG00000011892)	arl6ip5a (ENSGACG00000011898)	trnt1 (ENSGACG00000011903)	lrrn1 (ENSGACG00000011915)	setmar (ENSGACG00000011919)	ITPR1 (ENSGACG00000011921)	bhlhe40 (ENSGACG00000011940)	ENSGACG00000011962
Cod	MODERN SPECIES	4	mybl2b (ENSGMOG00000014402)	ENSGMOG00000014382	ENSGMOG00000025069	ENSGMOG00000014341	ENSGMOG00000006705	ENSGMOG00000006921	cntn4 (ENSGMOG00000006949)	ENSGMOG00000006963	ENSGMOG00000029697	ENSGMOG00000007280	ENSGMOG00000007303	pdzrn3b (ENSGMOG00000023182)	ppp4r2b (ENSGMOG00000007337)	gxylt2 (ENSGMOG00000007346) #19	shq1 (ENSGMOG00000007350) #21	RYBP (ENSGMOG00000031302) #22	prok2 (ENSGMOG00000026303)	gpr27 (ENSGMOG00000007387)	EIF4E3 (ENSGMOG00000007389) #25	foxp1b (ENSGMOG00000007392)	zgc:113054 (ENSGMOG00000007404)	mitfa (ENSGMOG00000007421)	FRMD4B (ENSGMOG00000007429)	arl6ip5a (ENSGMOG00000007454)	ENSGMOG00000007460	ENSGMOG00000035810	ENSGMOG00000007467	slc6a1b (ENSGMOG00000003780)	ENSGMOG00000003748	atp2b2 (ENSGMOG00000003698)	iars1 (ENSGMOG00000003632)
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000153776.a.b.h.b	ENSGT00390000011581	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000002635	ENSGT00940000169850	ENSGT00940000160361	ENSGT00940000158442	ENSGT00940000164786.a	ENSGT00940000155198.B	ENSGT00940000165371.a	ENSGT00940000155198.A	ENSGT00950000183062.a.a.a	ENSGT00940000162859.o	ENSGT00940000158065 #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138	ENSGT00890000139436.A.a	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b	ENSGT00730000111641.b	ENSGT00940000165309	ENSGT00390000004409.b	ENSGT00940000156326.a.b	ENSGT01020000230354.A.a.a	ENSGT00390000008631.a.o.a	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a	ENSGT00940000157154.d	ENSGT00940000162663	ENSGT00940000155071.C
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	103											ENSGT00940000155198.A.f.a.a	ENSGT00950000183062.a.a.a.b	ENSGT00940000162859.o.f	ENSGT00940000158065.f #19	ENSGT00940000177762	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00940000167138.a	ENSGT00890000139436.A.a.b	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b.c	ENSGT00730000111641.b	ENSGT00940000165309.e.a	ENSGT00940000156326.a.b.c	ENSGT01020000230354.A.a.a.d	ENSGT00390000008631.a.o.a.b	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a.c	ENSGT00940000157154.d.f	ENSGT00940000162663.c	ENSGT00940000155071.C.e	ENSGT00940000158384.d.d
Salmoninae_a	DUPLICATION
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00390000011581	ENSGT00940000156091.b.h	ENSGT00390000002635.c	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667.a	ENSGT01100000263545.a.b.c.a.q	ENSGT00940000158442.k	ENSGT00940000164786.a.g.a	ENSGT00940000155198.B.g	ENSGT00940000165371.a.e	ENSGT00940000155198.A.e	ENSGT00950000183062.a.a.a.a	ENSGT00940000162859.o.e	ENSGT00940000158065.e #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a.`b #22	ENSGT00940000167138.b	ENSGT00890000139436.A.a.a	ENSGT00940000165920.b.d	ENSGT00940000165309.e.b	ENSGT00940000156326.a.b.d	ENSGT01020000230354.A.a.a.c	ENSGT00390000008631.a.o.a.a	ENSGT01010000224106	ENSGT01050000244882.b.c.a.a.d	ENSGT00940000157154.d.e	ENSGT00940000162663.d	ENSGT00940000155071.C.f	ENSGT00940000158384.d.c	ENSGT00940000156703.e.a.b	ENSGT00940000156468.f.c
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000002635.c	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000160361	ENSGT01100000263545.a.b.c.a.q	ENSGT00940000163346.a.i.b.b.a	ENSGT00940000163346.a.i.b.b.b	ENSGT00940000158442.k	ENSGT00940000164786.a.g.a	ENSGT00940000155198.B.g	ENSGT00940000165371.a.e	ENSGT00940000155198.A.e	ENSGT00950000183062.a.a.a.a	ENSGT00940000162859.o.e	ENSGT00940000158065.e #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a.`b #22	ENSGT00940000167138.b	ENSGT00890000139436.A.a.a	ENSGT00940000165920.b.d	ENSGT00940000165309.e.b	ENSGT00940000156326.a.b.d	ENSGT01020000230354.A.a.a.c	ENSGT00390000008631.a.o.a.a	ENSGT00390000009678.f	ENSGT01010000224106	ENSGT01050000244882.b.c.a.a.d	ENSGT00940000157154.d.e	ENSGT00940000162663.d	ENSGT00940000155071.C.f	ENSGT00940000158384.d.c	ENSGT00940000156703.e.a.b
Atlantic salmon	DUPLICATION
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	14	ENSSSAG00000072680	ENSSSAG00000071328	ENSSSAG00000111168	hes5 (ENSSSAG00000077365)	ENSSSAG00000077358	ENSSSAG00000051104	cntn4 (ENSSSAG00000057173)	ENSSSAG00000068685	ENSSSAG00000069369	ENSSSAG00000074668	pdzrn3b (ENSSSAG00000077728)	ppp4r2b (ENSSSAG00000115308)	gxylt2 (ENSSSAG00000077755) #19	shq1 (ENSSSAG00000077767) #21	ENSSSAG00000103273 #22	RYBP (ENSSSAG00000105530) #22	prok2 (ENSSSAG00000077791)	gpr27 (ENSSSAG00000093272)	foxp1b (ENSSSAG00000077820)	ENSSSAG00000121941	zgc:113054 (ENSSSAG00000078317)	mitfa (ENSSSAG00000078323)	FRMD4B (ENSSSAG00000078356)	arl6ip5a (ENSSSAG00000098089)	trnt1 (ENSSSAG00000078413)	ENSSSAG00000087334	ENSSSAG00000078424	lrrn1 (ENSSSAG00000085844)	setmar (ENSSSAG00000078434)	ENSSSAG00000078769	BHLH2 (ENSSSAG00000081153)
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	14	bpifb2 (ENSSSAG00000077275)	ENSSSAG00000072680	ENSSSAG00000071328	ENSSSAG00000111168	hes5 (ENSSSAG00000077365)	ENSSSAG00000077358	ENSSSAG00000051104	cntn4 (ENSSSAG00000057173)	ENSSSAG00000068685	ENSSSAG00000069369	ENSSSAG00000074668	pdzrn3b (ENSSSAG00000077728)	ppp4r2b (ENSSSAG00000115308)	gxylt2 (ENSSSAG00000077755) #19	shq1 (ENSSSAG00000077767) #21	ENSSSAG00000103273 #22	RYBP (ENSSSAG00000105530) #22	prok2 (ENSSSAG00000077791)	gpr27 (ENSSSAG00000093272)	foxp1b (ENSSSAG00000077820)	ENSSSAG00000121941	zgc:113054 (ENSSSAG00000078317)	mitfa (ENSSSAG00000078323)	FRMD4B (ENSSSAG00000078356)	arl6ip5a (ENSSSAG00000098089)	trnt1 (ENSSSAG00000078413)	ENSSSAG00000087334	ENSSSAG00000078424	lrrn1 (ENSSSAG00000085844)	setmar (ENSSSAG00000078434)	ENSSSAG00000078769
River trout	MODERN SPECIES	7	ENSSTUG00000044708	ENSSTUG00000044692	ENSSTUG00000044687	ENSSTUG00000044647	ENSSTUG00000044636	ENSSTUG00000044631	ENSSTUG00000043834	cntn4 (ENSSTUG00000038446)	ENSSTUG00000036007	ENSSTUG00000035461	ENSSTUG00000035268	pdzrn3b (ENSSTUG00000035228)	ppp4r2b (ENSSTUG00000035210)	gxylt2 (ENSSTUG00000035198) #19	shq1 (ENSSTUG00000035153) #21	RYBP (ENSSTUG00000035141) #22	prok2 (ENSSTUG00000035134)	gpr27 (ENSSTUG00000035129)	foxp1b (ENSSTUG00000034974)	zgc:113054 (ENSSTUG00000034952)	mitfa (ENSSTUG00000034903)	FRMD4B (ENSSTUG00000034835)	arl6ip5a (ENSSTUG00000034827)	ENSSTUG00000034824	ENSSTUG00000034758	lrrn1 (ENSSTUG00000034747)	ENSSTUG00000034740	setmar (ENSSTUG00000034728)	ITPR1 (ENSSTUG00000034046)	bhlhe40 (ENSSTUG00000037370)	SEMA3F (ENSSTUG00000036160)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000002635.c	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667.a	ENSGT01100000263545.a.b.c.a.q	ENSGT00940000163346.a.i.b.b.b.f.a	ENSGT00940000163346.a.i.b.b.b.f.b	ENSGT00940000158442.k	ENSGT00940000164786.a.g.a	ENSGT00940000155198.B.g	ENSGT00940000165371.a.e	ENSGT00940000155198.A.e	ENSGT00950000183062.a.a.a.a	ENSGT00940000162859.o.e	ENSGT00940000158065.e #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a.`b #22	ENSGT00940000167138.b	ENSGT00890000139436.A.a.a	ENSGT00940000165920.b.d	ENSGT00940000165309.e.b	ENSGT00940000156326.a.b.d	ENSGT01020000230354.A.a.a.c	ENSGT00390000008631.a.o.a.a	ENSGT01010000224106	ENSGT01050000244882.b.c.a.a.d	ENSGT00940000157154.d.e	ENSGT00940000162663.d	ENSGT00940000155071.C.f	ENSGT00940000158384.d.c	ENSGT00940000156703.e.a.b	ENSGT00940000156468.f.c
Rainbow trout	MODERN SPECIES	28	ENSOMYG00000020824	lbp/bpi-1 (ENSOMYG00000021186)	ENSOMYG00000027841	ENSOMYG00000021216	ENSOMYG00000001360	ENSOMYG00000001699	cntn4 (ENSOMYG00000002873)	ENSOMYG00000007157	ENSOMYG00000011770	ENSOMYG00000017727	pdzrn3b (ENSOMYG00000017773)	ppp4r2b (ENSOMYG00000017842)	gxylt2 (ENSOMYG00000017886) #19	shq1 (ENSOMYG00000017934) #21	ENSOMYG00000077625	RYBP (ENSOMYG00000018018) #22	ENSOMYG00000063847	prok2 (ENSOMYG00000018025)	gpr27 (ENSOMYG00000018032)	foxp1b (ENSOMYG00000018060)	ENSOMYG00000018605	mitfa (ENSOMYG00000018633)	FRMD4B (ENSOMYG00000018705)	praf3 (ENSOMYG00000018762)	ENSOMYG00000018779	lrrn1 (ENSOMYG00000018787)	setmar (ENSOMYG00000018797)	ENSOMYG00000058313	ENSOMYG00000018924	ENSOMYG00000019279	bhlhe40 (ENSOMYG00000019293)
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000002635.c	ENSGT00950000183154.b.b	ENSGT00940000165667.a	ENSGT01100000263545.a.b.c.a.q	ENSGT00940000163346.a.i.b.b.b.f.b	ENSGT00940000163346.a.i.b.b.b.f.a	ENSGT00940000158442.k	ENSGT00940000164786.a.g.a	ENSGT00940000155198.B.g	ENSGT00940000165371.a.e	ENSGT00940000155198.A.e	ENSGT00950000183062.a.a.a.a	ENSGT00940000162859.o.e	ENSGT00940000158065.e #19	ENSGT00390000007605 #21	ENSGT00390000013995.b.a.`b #22	ENSGT00940000167138.b	ENSGT00890000139436.A.a.a	ENSGT00940000165920.b.d	ENSGT00940000165309.e.b	ENSGT00940000156326.a.b.d	ENSGT01020000230354.A.a.a.c	ENSGT00390000008631.a.o.a.a	ENSGT01010000224106	ENSGT01050000244882.b.c.a.a.d	ENSGT00940000157154.d.e	ENSGT00940000162663.d	ENSGT00940000155071.C.f	ENSGT00940000158384.d.c	ENSGT00940000156703.e.a.b	ENSGT00940000156468.f.c
Chinook salmon	DUPLICATION
Chinook salmon	MODERN SPECIES	31	cdk5rap1 (ENSOTSG00005012188)	ENSOTSG00005012423	ENSOTSG00005012426	ENSOTSG00005012427	EPB41L1 (ENSOTSG00005012433)	cntn4 (ENSOTSG00005012641)	ENSOTSG00005027201	ENSOTSG00005027529	ENSOTSG00005029427	ENSOTSG00005029428	pdzrn3b (ENSOTSG00005029430)	ppp4r2b (ENSOTSG00005029431)	gxylt2 (ENSOTSG00005029433) #19	shq1 (ENSOTSG00005029435) #21	ENSOTSG00005029445 #22	RYBP (ENSOTSG00005029447) #22	prok2 (ENSOTSG00005029448)	gpr27 (ENSOTSG00005029449)	foxp1b (ENSOTSG00005029453)	zgc:113054 (ENSOTSG00005029466)	mitfa (ENSOTSG00005029470)	FRMD4B (ENSOTSG00005029474)	arl6ip5a (ENSOTSG00005029485)	ENSOTSG00005029486	ENSOTSG00005029487	lrrn1 (ENSOTSG00005029488)	setmar (ENSOTSG00005029489)	ITPR1 (ENSOTSG00005029499)	bhlhe40 (ENSOTSG00005029834)	SEMA3F (ENSOTSG00005029841)	camkvb (ENSOTSG00005030318)
Chinook salmon	MODERN SPECIES	31	ghrh (ENSOTSG00005012186)	cdk5rap1 (ENSOTSG00005012188)	ENSOTSG00005012423	ENSOTSG00005012426	ENSOTSG00005012427	EPB41L1 (ENSOTSG00005012433)	cntn4 (ENSOTSG00005012641)	ENSOTSG00005027201	ENSOTSG00005027529	ENSOTSG00005029427	ENSOTSG00005029428	pdzrn3b (ENSOTSG00005029430)	ppp4r2b (ENSOTSG00005029431)	gxylt2 (ENSOTSG00005029433) #19	shq1 (ENSOTSG00005029435) #21	ENSOTSG00005029445 #22	RYBP (ENSOTSG00005029447) #22	prok2 (ENSOTSG00005029448)	gpr27 (ENSOTSG00005029449)	foxp1b (ENSOTSG00005029453)	zgc:113054 (ENSOTSG00005029466)	mitfa (ENSOTSG00005029470)	FRMD4B (ENSOTSG00005029474)	arl6ip5a (ENSOTSG00005029485)	ENSOTSG00005029486	ENSOTSG00005029487	lrrn1 (ENSOTSG00005029488)	setmar (ENSOTSG00005029489)	ITPR1 (ENSOTSG00005029499)	bhlhe40 (ENSOTSG00005029834)	SEMA3F (ENSOTSG00005029841)
Coho salmon	MODERN SPECIES	25	ENSOKIG00005043778	ENSOKIG00005043794	ENSOKIG00005043800	ENSOKIG00005043808	ENSOKIG00005043822	EPB41L1 (ENSOKIG00005043871)	cntn4 (ENSOKIG00005044284)	ENSOKIG00005047391	ENSOKIG00005047528	ENSOKIG00005048581	ENSOKIG00005049593	pdzrn3b (ENSOKIG00005049640)	ppp4r2b (ENSOKIG00005049651)	gxylt2 (ENSOKIG00005049658) #19	shq1 (ENSOKIG00005049664) #21	RYBP (ENSOKIG00005049678) #22	prok2 (ENSOKIG00005049681)	gpr27 (ENSOKIG00005049684)	ENSOKIG00005049689	foxp1b (ENSOKIG00005049705)	mitfa (ENSOKIG00005049743)	FRMD4B (ENSOKIG00005049789)	arl6ip5a (ENSOKIG00005000004)	ENSOKIG00005000022	ENSOKIG00005000039	lrrn1 (ENSOKIG00005000048)	ITPR1 (ENSOKIG00005000297)	bhlhe40 (ENSOKIG00005000439)	SEMA3F (ENSOKIG00005000482)	camkvb (ENSOKIG00005000557)	ENSOKIG00005000585
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000156091.b.g	ENSGT00390000002635.d	ENSGT01100000263515.a.b.a.b.a.g	ENSGT01100000263545.a.b.c.a.r	ENSGT00940000158442.l	ENSGT00940000164786.a.g.b	ENSGT00940000155198.B.h	ENSGT00940000165371.a.f	ENSGT00940000155198.A.f.a.b	ENSGT00940000155198.A.f.b	ENSGT00940000155198.A.f.a.a	ENSGT00950000183062.a.a.a.b	ENSGT00940000162859.o.f	ENSGT00940000158065.f #19	ENSGT00940000177762	ENSGT00390000013995.b.a.ab #22	ENSGT00940000167138.a	ENSGT00890000139436.A.a.b	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b.c	ENSGT00730000111641.b	ENSGT00940000165309.e.a	ENSGT00940000156326.a.b.c	ENSGT01020000230354.A.a.a.d	ENSGT00390000008631.a.o.a.b	ENSGT00390000009678	ENSGT01050000244882.b.c.a.a.c	ENSGT00940000157154.d.f	ENSGT00940000162663.c	ENSGT00940000155071.C.e	ENSGT00940000158384.d.d
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000160286.ib	ENSGT00940000156091.b.g	ENSGT00390000002635.d	ENSGT01100000263515.a.b.a.b.a.g	ENSGT01100000263545.a.b.c.a.r	ENSGT00940000158442.l	ENSGT00940000164786.a.g.b	ENSGT00940000155198.B.h	ENSGT00940000165371.a.f	ENSGT00940000155198.A.f.a.b	ENSGT00940000155198.A.f.a.a	ENSGT00950000183062.a.a.a.b	ENSGT00940000162859.o.f	ENSGT00940000158065.f #19	ENSGT00940000177762	ENSGT00390000013995.b.a.ab #22	ENSGT00940000167138.a	ENSGT00890000139436.A.a.b	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b.c	ENSGT00730000111641.b	ENSGT00940000165309.e.a	ENSGT00940000156326.a.b.c	ENSGT01020000230354.A.a.a.d	ENSGT00390000008631.a.o.a.b	ENSGT00390000009678.h	ENSGT01050000244882.b.c.a.a.c	ENSGT00940000157154.d.f	ENSGT00940000162663.c	ENSGT00940000155071.C.e	ENSGT00940000158384.d.d
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000002635.d	ENSGT01100000263515.a.b.a.b.a.g	ENSGT01100000263545.a.b.c.a.r	ENSGT00940000163346.a.i.b.b.a	ENSGT01060000248883.b	ENSGT00940000158442.l	ENSGT00940000164786.a.g.b	ENSGT00940000155198.B.h	ENSGT00940000165371.a.f	ENSGT00940000155198.A.f.a.b	ENSGT00940000155198.A.f.a.a	ENSGT00950000183062.a.a.a.b	ENSGT00940000162859.o.f	ENSGT00940000158065.f #19	ENSGT00940000177762	ENSGT00390000013995.b.a.ab #22	ENSGT00890000139436.A.a.b	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b.c	ENSGT00730000111641.b	ENSGT00940000165309.e.a	ENSGT00940000156326.a.b.c	ENSGT01020000230354.A.a.a.d	ENSGT00390000008631.a.o.a.b	ENSGT00390000009678.h	ENSGT01050000244882.b.c.a.a.c	ENSGT00940000157154.d.f	ENSGT00940000162663.c	ENSGT00940000155071.C.e	ENSGT00940000158384.d.d	ENSGT00940000154861.n.a
Coho salmon	MODERN SPECIES		MYBL2 (ENSOKIG00005001420)	rpn2 (ENSOKIG00005001481)	ENSOKIG00005001557	ENSOKIG00005001565	ENSOKIG00005001578	ENSOKIG00005001586	ENSOKIG00005001615	cntn4 (ENSOKIG00005001800)	ENSOKIG00005003652	ENSOKIG00005006688	ENSOKIG00005010875	pdzrn3b (ENSOKIG00005010911)	ppp4r2b (ENSOKIG00005010978)	gxylt2 (ENSOKIG00005011018) #19	ENSOKIG00005011034	RYBP (ENSOKIG00005011042) #22	ENSOKIG00005011059	gpr27 (ENSOKIG00005011072)	EIF4E3 (ENSOKIG00005011081) #25	foxp1b (ENSOKIG00005011174)	mdfic2 (ENSOKIG00005012150)	zgc:113054 (ENSOKIG00005012160)	mitfa (ENSOKIG00005012208)	FRMD4B (ENSOKIG00005012358)	arl6ip5a (ENSOKIG00005012491)	trnt1 (ENSOKIG00005012500)	ENSOKIG00005012512	lrrn1 (ENSOKIG00005012515)	setmar (ENSOKIG00005012520)	ITPR1 (ENSOKIG00005012584)	bhlhe40 (ENSOKIG00005012956)
Chinook salmon	MODERN SPECIES	11	rpn2 (ENSOTSG00005022542)	ENSOTSG00005022540	ENSOTSG00005022431	ENSOTSG00005022429	ENSOTSG00005022428	ENSOTSG00005022408	cntn4 (ENSOTSG00005016608)	ENSOTSG00005016602	CNTN4 (ENSOTSG00005010550)	ENSOTSG00005004272	ENSOTSG00005004237	ENSOTSG00005004235	pdzrn3b (ENSOTSG00005004234)	ppp4r2b (ENSOTSG00005004231)	gxylt2 (ENSOTSG00005004230) #19	RYBP (ENSOTSG00005004229) #22	gpr27 (ENSOTSG00005004228)	EIF4E3 (ENSOTSG00005004227) #25	foxp1b (ENSOTSG00005002056)	zgc:113054 (ENSOTSG00005002048)	mitfa (ENSOTSG00005001922)	FRMD4B (ENSOTSG00005001893)	arl6ip5a (ENSOTSG00005001888)	trnt1 (ENSOTSG00005001883)	ENSOTSG00005001880	lrrn1 (ENSOTSG00005001879)	setmar (ENSOTSG00005001878)	ITPR1 (ENSOTSG00005001228)	bhlhe40 (ENSOTSG00005001151)	arl8bb (ENSOTSG00005001141)	SEMA3F (ENSOTSG00005000749)
Rainbow trout	MODERN SPECIES	8	lbp/bpi-2 (ENSOMYG00000042849)	ENSOMYG00000042836	ENSOMYG00000042833	ENSOMYG00000042830	ENSOMYG00000057673	ENSOMYG00000042824	cntn4 (ENSOMYG00000038930)	ENSOMYG00000030724	ENSOMYG00000027763	ENSOMYG00000027186	ENSOMYG00000066808	pdzrn3b (ENSOMYG00000027116)	ppp4r2b (ENSOMYG00000027058)	gxylt2 (ENSOMYG00000027027) #19	ENSOMYG00000027011	RYBP (ENSOMYG00000058096) #22	prok2 (ENSOMYG00000026926)	gpr27 (ENSOMYG00000026893)	EIF4E3 (ENSOMYG00000026861) #25	ENSOMYG00000026823	ENSOMYG00000068868	foxp1b (ENSOMYG00000026154)	mdfic2 (ENSOMYG00000026023)	zgc:113054 (ENSOMYG00000025999)	mitfa (ENSOMYG00000025566)	ENSOMYG00000049451	FRMD4B (ENSOMYG00000025031)	arl6ip5a (ENSOMYG00000024815)	trnt1 (ENSOMYG00000024790)	ENSOMYG00000024756	lrrn1 (ENSOMYG00000024735)
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000156091.b.g	ENSGT00390000002635.d	ENSGT01100000263515.a.b.a.b.a.g	ENSGT01100000263545.a.b.c.a.r	ENSGT00940000163346.a.j	ENSGT01060000248883.a.a.a.a	ENSGT00940000158442.l	ENSGT00940000164786.a.g.b	ENSGT00940000155198.B.h	ENSGT00940000165371.a.f	ENSGT00940000155198.A.f.b	ENSGT00950000183062.a.a.a.b	ENSGT00940000162859.o.f	ENSGT00940000158065.f #19	ENSGT00940000177762	ENSGT00390000013995.b.a.ab #22	ENSGT00940000167138.a	ENSGT00890000139436.A.a.b	ENSGT00940000155865.c.b #25	ENSGT00940000165920.b.c	ENSGT00730000111641.b	ENSGT00940000165309.e.a	ENSGT00940000156326.a.b.c	ENSGT01020000230354.A.a.a.d	ENSGT00390000008631.a.o.a.b	ENSGT00390000009678.e	ENSGT01050000244882.b.c.a.a.c	ENSGT00940000157154.d.f	ENSGT00940000162663.c	ENSGT00940000155071.C.e	ENSGT00940000158384.d.d
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	3	ENSSSAG00000110673	ENSSSAG00000083264	ENSSSAG00000111876	ENSSSAG00000080978	cntn4 (ENSSSAG00000080512)	ENSSSAG00000090029	ENSSSAG00000079074	ENSSSAG00000078592	ENSSSAG00000078091	ENSSSAG00000078049	pdzrn3b (ENSSSAG00000103526)	ENSSSAG00000098079	ppp4r2b (ENSSSAG00000086913)	gxylt2 (ENSSSAG00000082451) #19	ENSSSAG00000077990	RYBP (ENSSSAG00000112642) #22	prok2 (ENSSSAG00000077970)	gpr27 (ENSSSAG00000090342)	EIF4E3 (ENSSSAG00000118265) #25	ENSSSAG00000111237	foxp1b (ENSSSAG00000077724)	mdfic2 (ENSSSAG00000077706)	zgc:113054 (ENSSSAG00000077695)	mitfa (ENSSSAG00000077659)	FRMD4B (ENSSSAG00000077601)	arl6ip5a (ENSSSAG00000077595)	TRNT1 (ENSSSAG00000077584)	ENSSSAG00000077580	lrrn1 (ENSSSAG00000098200)	setmar (ENSSSAG00000077574)	ENSSSAG00000112671
River trout	MODERN SPECIES	5	mybl2b (ENSSTUG00000001451)	rpn2 (ENSSTUG00000001495)	ENSSTUG00000001639	ENSSTUG00000001658	ENSSTUG00000001724	ENSSTUG00000001732	ENSSTUG00000001843	cntn4 (ENSSTUG00000003421)	ENSSTUG00000007621	ENSSTUG00000010027	ENSSTUG00000014263	pdzrn3b (ENSSTUG00000014367)	ppp4r2b (ENSSTUG00000014392)	gxylt2 (ENSSTUG00000014423) #19	ENSSTUG00000014447	RYBP (ENSSTUG00000014455) #22	prok2 (ENSSTUG00000014470)	gpr27 (ENSSTUG00000014479)	EIF4E3 (ENSSTUG00000014483) #25	foxp1b (ENSSTUG00000014503)	mdfic2 (ENSSTUG00000014882)	zgc:113054 (ENSSTUG00000014888)	mitfa (ENSSTUG00000014914)	FRMD4B (ENSSTUG00000015084)	arl6ip5a (ENSSTUG00000015266)	trnt1 (ENSSTUG00000015279)	ENSSTUG00000015291	lrrn1 (ENSSTUG00000015297)	setmar (ENSSTUG00000015300)	ITPR1 (ENSSTUG00000015338)	bhlhe40 (ENSSTUG00000015789)
Huchen	DUPLICATION
Huchen	MODERN SPECIES	816												ENSHHUG00000050559	gxylt2 (ENSHHUG00000050564) #19	ENSHHUG00000050566	ENSHHUG00000050576	ENSHHUG00000050577 #22	prok2 (ENSHHUG00000050580)	gpr27 (ENSHHUG00000050587)	EIF4E3 (ENSHHUG00000050590) #25	foxp1b (ENSHHUG00000050602)
Huchen	MODERN SPECIES	280							EPB41L1 (ENSHHUG00000033246)	cntn4 (ENSHHUG00000032456)	ENSHHUG00000032379	ENSHHUG00000031684	ENSHHUG00000031255	pdzrn3b (ENSHHUG00000031233)	ppp4r2b (ENSHHUG00000031212)	gxylt2 (ENSHHUG00000031203) #19	shq1 (ENSHHUG00000031198) #21	RYBP (ENSHHUG00000031196) #22	prok2 (ENSHHUG00000031137)	gpr27 (ENSHHUG00000031127)	ENSHHUG00000031123
Northern pike	MODERN SPECIES	16	ENSELUG00000024557	ENSELUG00000002887	ENSELUG00000002906	EPB41L1 (ENSELUG00000003026)	cntn4 (ENSELUG00000003143)	CNTN4 (ENSELUG00000003279)	ENSELUG00000003353	ENSELUG00000003398	ENSELUG00000025303	ENSELUG00000003407	ENSELUG00000032197	pdzrn3b (ENSELUG00000003425)	ppp4r2b (ENSELUG00000003437)	gxylt2 (ENSELUG00000003451) #19	shq1 (ENSELUG00000003476) #21	rybpa (ENSELUG00000003503) #22	prok2 (ENSELUG00000003525)	EIF4E3 (ENSELUG00000003543) #25	foxp1b (ENSELUG00000003572)	mdfic2 (ENSELUG00000003599)	zgc:113054 (ENSELUG00000003610)	mitfa (ENSELUG00000003651)	FRMD4B (ENSELUG00000003740)	praf3 (ENSELUG00000003790)	trnt1 (ENSELUG00000003802)	ENSELUG00000028972	lrrn1 (ENSELUG00000003813)	setmar (ENSELUG00000003826)	ITPR1 (ENSELUG00000003888)	bhlhe40 (ENSELUG00000001165)	arl8bb (ENSELUG00000003984)
Spotted gar	MODERN SPECIES	671	eif3s10 (ENSLOCG00000009729)	dennd10 (ENSLOCG00000009752)	sfxn4 (ENSLOCG00000009759)	prdx3 (ENSLOCG00000009763)	SRGAP3 (ENSLOCG00000009772)	thumpd3 (ENSLOCG00000009800)	cntn4 (ENSLOCG00000009813)	ENSLOCG00000009835	ENSLOCG00000009860	ENSLOCG00000009897	pdzrn3b (ENSLOCG00000009917)	ENSLOCG00000009926	ppp4r2b (ENSLOCG00000009942)	gxylt2 (ENSLOCG00000009958) #19	shq1 (ENSLOCG00000009970) #21	rybpa (ENSLOCG00000009980) #22	ENSLOCG00000018244	prok2 (ENSLOCG00000009991)	gpr27 (ENSLOCG00000018245)	eif4e3 (ENSLOCG00000010001) #25	foxp1b (ENSLOCG00000010009)	mdfic2 (ENSLOCG00000010038)	zgc:113054 (ENSLOCG00000010041)	ENSLOCG00000010050	mitfb (ENSLOCG00000010058)	FRMD4B (ENSLOCG00000010065)	LMOD3 (ENSLOCG00000010083)	arl6ip5b (ENSLOCG00000010101)	uba3 (ENSLOCG00000010113)	tmf1 (ENSLOCG00000010119)	EOGT (ENSLOCG00000010125)
Elephant shark	MODERN SPECIES	1523	TAFA4 (ENSCMIG00000007000)	EOGT (ENSCMIG00000007011)	tmf1 (ENSCMIG00000007054)	uba3 (ENSCMIG00000007150)	arl6ip5b (ENSCMIG00000007190)	LMOD3 (ENSCMIG00000007192)	FRMD4B (ENSCMIG00000007196)	mitfb (ENSCMIG00000007207)	flot1b (ENSCMIG00000007219)	FOXP1 (ENSCMIG00000007232) #26	CNTN4 (ENSCMIG00000007260)	pdzrn3b (ENSCMIG00000007350)	ENSCMIG00000007355	gxylt2 (ENSCMIG00000007364) #19	shq1 (ENSCMIG00000007369) #21	rybpb (ENSCMIG00000007373) #22	ENSCMIG00000007375	gpr27 (ENSCMIG00000007378)	eif4e3 (ENSCMIG00000007381) #25	ENSCMIG00000007385
Cyclostomata	ANCESTRAL SPECIES	204															ENSGT00940000162859	ENSGT00390000013995.b.a #22	ENSGT00530000064100
Lamprey	MODERN SPECIES	419														ENSPMAG00000006755	ENSPMAG00000006744	ENSPMAG00000006736 #22	rbbp5 (ENSPMAG00000006716)
Hagfish	MODERN SPECIES	403											ENSEBUG00000008713	ENSEBUG00000008626	ENSEBUG00000010245	fam3c (ENSEBUG00000009355)	ENSEBUG00000005872	RYBP (ENSEBUG00000010088) #22	rbbp5 (ENSEBUG00000009691)	ENSEBUG00000002744	ENSEBUG00000002447	ENSEBUG00000011760	ENSEBUG00000000564	ENSEBUG00000001265	ENSEBUG00000003340	ENSEBUG00000014198	ENSEBUG00000004105	ENSEBUG00000005757	ENSEBUG00000013064	ENSEBUG00000011123	ENSEBUG00000010976	ENSEBUG00000000389	ENSEBUG00000006309
Chordata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013995.b.b ##22
Ciona	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013995.b.b ##22
Ciona intestinalis	MODERN SPECIES	11	ENSCING00000001795	ENSCING00000018394	ENSCING00000001800	ENSCING00000020718	ENSCING00000001808	ENSCING00000023754	ENSCING00000021372	ENSCING00000001811	ENSCING00000021807	ENSCING00000001816	ENSCING00000021933	capza (ENSCING00000001328)	ENSCING00000019300	ENSCING00000022550	ENSCING00000022241	ENSCING00000019824 ##22	ENSCING00000025114	ENSCING00000001793	ENSCING00000020533	ENSCING00000001782	ENSCING00000008180	ENSCING00000022710	ENSCING00000011863	ENSCING00000008178	zf(fyve)-4 (ENSCING00000008177)	ENSCING00000022328	ENSCING00000021602	ENSCING00000011860	ENSCING00000011859	ENSCING00000018475	ENSCING00000008182
Vertebrata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013995.b.b ##22
Cyclostomata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013995.b.b ##22
Lamprey	MODERN SPECIES	2363																yaf2 (ENSPMAG00000001694) ##22
Hagfish	MODERN SPECIES	308														ENSEBUG00000001719	ENSEBUG00000008462	ENSEBUG00000004738 ##22	ENSEBUG00000013954	ENSEBUG00000005686	ENSEBUG00000016224	ENSEBUG00000002236	ssr4 (ENSEBUG00000015609)	ENSEBUG00000015772	ENSEBUG00000001149	ENSEBUG00000006496	ENSEBUG00000006791
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES	144													ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000173141	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000160513	ENSGT00550000075044	ENSGT00940000155659	ENSGT00390000010852	ENSGT00390000013347.a
Elephant shark	MODERN SPECIES	1520	ENSCMIG00000014064	kiaa0930 (ENSCMIG00000014059)	nup50 (ENSCMIG00000014051)	PHF21B (ENSCMIG00000014043)	ARHGAP8 (ENSCMIG00000014039)	PRR5 (ENSCMIG00000014034)	ENSCMIG00000014032	shisal1a (ENSCMIG00000014030)	zgc:113223 (ENSCMIG00000014029)	ddx11 (ENSCMIG00000014012)	ENSCMIG00000013954	ENSCMIG00000013915	prickle1a (ENSCMIG00000013909)	ENSCMIG00000013903	zcrb1 (ENSCMIG00000013897)	yaf2 (ENSCMIG00000013893) ##22	GXYLT1 (ENSCMIG00000013868)	pdzrn4 (ENSCMIG00000013847)	CNTN1 (ENSCMIG00000013199)	nrcama (ENSCMIG00000012578)	samm50 (ENSCMIG00000012211)	parvb (ENSCMIG00000012109)	parvg (ENSCMIG00000012080)	wdr91 (ENSCMIG00000012050)	ENSCMIG00000012023	ENSCMIG00000012019	ENSCMIG00000011857	aass (ENSCMIG00000011782)	fezf1 (ENSCMIG00000011752)	CADPS2 (ENSCMIG00000011225)	ada2a (ENSCMIG00000010998)
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000165570	ENSGT00530000063647.A.a	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246	ENSGT00940000157154.c	ENSGT00550000075044	ENSGT00940000160513	ENSGT00940000164174	ENSGT00940000155659
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT01030000234621.E	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000165570	ENSGT00530000063647.A.a	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246	ENSGT00550000075044	ENSGT00940000160513	ENSGT00940000164174	ENSGT00940000155659	ENSGT00390000010852
Coelacanth	MODERN SPECIES	377							NELL2 (ENSLACG00000017255)	TMEM117 (ENSLACG00000016581)	TWF1 (ENSLACG00000016360)	IRAK4 (ENSLACG00000016246)	PUS7L (ENSLACG00000016158)	ADAMTS20 (ENSLACG00000014555)	PRICKLE1 (ENSLACG00000010364)	PPHLN1 (ENSLACG00000008306)	ZCRB1 (ENSLACG00000007970)	YAF2 (ENSLACG00000006137) ##22	GXYLT1 (ENSLACG00000004536)
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000165570	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246	ENSGT00550000075044	ENSGT00940000160513	ENSGT00940000164174	ENSGT00940000155659	ENSGT00390000010852	ENSGT00940000167703
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00960000189677	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000162392	ENSGT00940000156246	ENSGT00550000075044	ENSGT00940000160513	ENSGT00940000164174	ENSGT00940000155659	ENSGT00390000010852	ENSGT00390000013347.a
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000160716	ENSGT00960000189677	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000164750	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00390000012942	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677
Platypus	MODERN SPECIES	11	SLC38A2 (ENSOANG00000006346)	SLC38A1 (ENSOANG00000006345)	SCAF11 (ENSOANG00000001356)	ARID2 (ENSOANG00000010834)	ANO6 (ENSOANG00000013248)	DBX2 (ENSOANG00000048487)	NELL2 (ENSOANG00000044895)	TMEM117 (ENSOANG00000001738)	TWF1 (ENSOANG00000007091)	IRAK4 (ENSOANG00000001905)	PUS7L (ENSOANG00000021234)	ADAMTS20 (ENSOANG00000004962)	PRICKLE1 (ENSOANG00000011364)	PPHLN1 (ENSOANG00000041653)	ZCRB1 (ENSOANG00000038392)	YAF2 (ENSOANG00000050454) ##22	GXYLT1 (ENSOANG00000003428)	PDZRN4 (ENSOANG00000003429)	CNTN1 (ENSOANG00000007366)	LRRK2 (ENSOANG00000011237)	ENSOANG00000042749	SLC2A13 (ENSOANG00000039346)	ENSOANG00000044709	ABCD2 (ENSOANG00000040062)	KIF21A (ENSOANG00000014507)	ENSOANG00000031156	CPNE8 (ENSOANG00000002877)	ENSOANG00000038075	TPRKB (ENSOANG00000050189)	SYT10 (ENSOANG00000038829)	ENSOANG00000043805
Theria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000160716	ENSGT00960000189677	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000164750	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	45													ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b	ENSGT00940000155504	ENSGT00940000155765	ENSGT00940000154471.a.b.a.b	ENSGT00390000018491	ENSGT00730000111305	ENSGT00940000163501	ENSGT00950000183775	ENSGT00940000153678.a.a	ENSGT00390000006485.c	ENSGT00940000153438.b	ENSGT00940000158848
Opossum	MODERN SPECIES	7	ENSMODG00000041685	RASSF9 (ENSMODG00000020496)	NTS (ENSMODG00000020497)	MGAT4C (ENSMODG00000047285)	C12orf50 (ENSMODG00000020505)	C12orf29 (ENSMODG00000020507)	ENSMODG00000039426	ENSMODG00000025093	ENSMODG00000020510	TMTC3 (ENSMODG00000020513)	KITLG (ENSMODG00000046786)	DUSP6 (ENSMODG00000020516)	PRICKLE1 (ENSMODG00000008880)	PPHLN1 (ENSMODG00000008885)	ENSMODG00000008893	YAF2 (ENSMODG00000038258) ##22	ENSMODG00000008913	TNRC6B (ENSMODG00000008960)	ENSMODG00000039486	ENSMODG00000008966	GRAP2 (ENSMODG00000008992)	ENSMODG00000009004	ENSMODG00000050370	RPS19BP1 (ENSMODG00000037999)	ATF4 (ENSMODG00000009380)	MIEF1 (ENSMODG00000009391)	ENSMODG00000036395	MGAT3 (ENSMODG00000025084)	TAB1 (ENSMODG00000009407)	RPL3 (ENSMODG00000009539)	PDGFB (ENSMODG00000009558)
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00390000012906	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b	ENSGT00940000155504.a	ENSGT00940000155504.b	ENSGT00940000155765	ENSGT00940000154471.a.b.a.b	ENSGT00390000018491	ENSGT00730000111305	ENSGT00940000163501	ENSGT00950000183775	ENSGT00940000153678.a.a	ENSGT00390000006485.c	ENSGT00940000153438.b
Tasmanian devil	MODERN SPECIES	4	NELL2 (ENSSHAG00000013085)	ENSSHAG00000029348	TMEM117 (ENSSHAG00000013679)	TWF1 (ENSSHAG00000014323)	ENSSHAG00000014468	ENSSHAG00000027379	ENSSHAG00000014754	ENSSHAG00000015274	ENSSHAG00000015623	ENSSHAG00000021585	ENSSHAG00000016549	ENSSHAG00000016997	ENSSHAG00000001702	ENSSHAG00000026064	ZCRB1 (ENSSHAG00000006273)	ENSSHAG00000007145 ##22	ENSSHAG00000008556	BEST3 (ENSSHAG00000006449)	LRRC10 (ENSSHAG00000005775)	CCT2 (ENSSHAG00000005384)	FRS2 (ENSSHAG00000025100)	YEATS4 (ENSSHAG00000027594)	ENSSHAG00000004818	ENSSHAG00000031028	CPSF6 (ENSSHAG00000006635)	CPM (ENSSHAG00000009724)	ENSSHAG00000000124	SLC35E3 (ENSSHAG00000030047)	NUP107 (ENSSHAG00000010817)	RAP1B (ENSSHAG00000011497)	ENSSHAG00000005114
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	132															ENSGT00390000016228	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242
Wallaby	MODERN SPECIES	1948																YAF2 (ENSMEUG00000012378) ##22
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	125															ENSGT00390000016228	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242
Common wonbat	MODERN SPECIES	964														PPHLN1 (ENSVURG00010007132)	ENSVURG00010007120	YAF2 (ENSVURG00010007113) ##22	GXYLT1 (ENSVURG00010007090)
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000160716	ENSGT00960000189677	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00720000108953	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000164750	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00720000108953	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00720000108953	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00720000108953	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b
Elephant	MODERN SPECIES	196	SCAF11 (ENSLAFG00000022012)	ARID2 (ENSLAFG00000004415)	ANO6 (ENSLAFG00000009916)	ENSLAFG00000026507	DBX2 (ENSLAFG00000005006)	NELL2 (ENSLAFG00000008990)	TMEM117 (ENSLAFG00000001665)	TWF1 (ENSLAFG00000001664)	IRAK4 (ENSLAFG00000001663)	PUS7L (ENSLAFG00000001661)	ENSLAFG00000026033	ENSLAFG00000029229	PRICKLE1 (ENSLAFG00000001175)	PPHLN1 (ENSLAFG00000001173)	ZCRB1 (ENSLAFG00000008847)	YAF2 (ENSLAFG00000014339) ##22	GXYLT1 (ENSLAFG00000022750)	PDZRN4 (ENSLAFG00000004186)	CNTN1 (ENSLAFG00000009124)	ENSLAFG00000026520	ENSLAFG00000030104	ENSLAFG00000030897	ENSLAFG00000026139	ENSLAFG00000016598	SLC2A13 (ENSLAFG00000003517)	C12orf40 (ENSLAFG00000003513)	ENSLAFG00000027192	ABCD2 (ENSLAFG00000003511)	KIF21A (ENSLAFG00000011155)	CPNE8 (ENSLAFG00000005722)	ENSLAFG00000000428
Tenrec	MODERN SPECIES	901																ENSETEG00000001634 ##22
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	345						ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242
Sloth	MODERN SPECIES	4104																YAF2 (ENSCHOG00000002266) ##22	GXYLT1 (ENSCHOG00000002259)
Armadillo	MODERN SPECIES	447					ANO6 (ENSDNOG00000017266)	DBX2 (ENSDNOG00000046429)	NELL2 (ENSDNOG00000005233)	TMEM117 (ENSDNOG00000014832)	TWF1 (ENSDNOG00000005368)	IRAK4 (ENSDNOG00000005890)	PUS7L (ENSDNOG00000001742)	ADAMTS20 (ENSDNOG00000004700)	PRICKLE1 (ENSDNOG00000008221)	PPHLN1 (ENSDNOG00000002007)	ENSDNOG00000040330	YAF2 (ENSDNOG00000035406) ##22	GXYLT1 (ENSDNOG00000031839)
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000160716	ENSGT00960000189677	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00720000108953	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000164750	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00720000108953	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00910000146950	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000164750	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899
Primates	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00910000146950	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000164750	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00940000173599	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00910000146950	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b
Tarsier	MODERN SPECIES	4249																YAF2 (ENSTSYG00000034917) ##22	GXYLT1 (ENSTSYG00000002637)
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00910000146950	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	44	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00930000150941.x.a.b.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228.r	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00940000153889.e.b.a.d.b	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000158267	ENSGT00910000146950	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b
Mas night monkey	MODERN SPECIES	735									PRICKLE1 (ENSANAG00000024958)	PPHLN1 (ENSANAG00000029769)	ENSANAG00000026359	ENSANAG00000026617	ZCRB1 (ENSANAG00000020058)	ENSANAG00000032185	ENSANAG00000032985	YAF2 (ENSANAG00000021963) ##22	GXYLT1 (ENSANAG00000030783)	ENSANAG00000023841	PDZRN4 (ENSANAG00000017862)	CNTN1 (ENSANAG00000035821)	LRRK2 (ENSANAG00000036859)	ENSANAG00000029503	SLC2A13 (ENSANAG00000024919)	C12orf40 (ENSANAG00000028491)	ABCD2 (ENSANAG00000022592)	ENSANAG00000037700	KIF21A (ENSANAG00000029497)
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00930000150941.x.a.b.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228.r	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00940000153889.e.b.a.d.b	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b	ENSGT00940000161696.c.a
Marmoset	MODERN SPECIES	21	ARID2 (ENSCJAG00000013099)	ENSCJAG00000081349	ANO6 (ENSCJAG00000013160)	DBX2 (ENSCJAG00000013213)	NELL2 (ENSCJAG00000013215)	ENSCJAG00000086234	TMEM117 (ENSCJAG00000013333)	TWF1 (ENSCJAG00000013346)	IRAK4 (ENSCJAG00000013388)	PUS7L (ENSCJAG00000013448)	ADAMTS20 (ENSCJAG00000013458)	ENSCJAG00000085920	PRICKLE1 (ENSCJAG00000017695)	PPHLN1 (ENSCJAG00000017726)	ZCRB1 (ENSCJAG00000017749)	YAF2 (ENSCJAG00000017762) ##22	GXYLT1 (ENSCJAG00000017773)	PDZRN4 (ENSCJAG00000017792)	CNTN1 (ENSCJAG00000017809)	LRRK2 (ENSCJAG00000017840)	SLC2A13 (ENSCJAG00000017922)	ENSCJAG00000081066	C12orf40 (ENSCJAG00000017927)	ABCD2 (ENSCJAG00000017942)	KIF21A (ENSCJAG00000017961)	ENSCJAG00000083358	CPNE8 (ENSCJAG00000018036)	ENSCJAG00000064319	SYT10 (ENSCJAG00000018100)	ENSCJAG00000082512	PKP2 (ENSCJAG00000018114)
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00930000150941.x.a.b.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228.r	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00940000153889.e.b.a.d.b	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00910000146950	ENSGT00940000158267	ENSGT00530000063410.a.h.a.b.a	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677
Capuchin	MODERN SPECIES	2	DBX2 (ENSCCAG00000030302)	NELL2 (ENSCCAG00000033646)	TMEM117 (ENSCCAG00000010620)	TWF1 (ENSCCAG00000014429)	IRAK4 (ENSCCAG00000026124)	PUS7L (ENSCCAG00000030607)	ENSCCAG00000024616	ADAMTS20 (ENSCCAG00000023155)	PRICKLE1 (ENSCCAG00000031838)	PPHLN1 (ENSCCAG00000035407)	ENSCCAG00000019697	ENSCCAG00000036353	ENSCCAG00000032546	ENSCCAG00000032601	ENSCCAG00000027754	YAF2 (ENSCCAG00000018849) ##22	GXYLT1 (ENSCCAG00000028460)	PDZRN4 (ENSCCAG00000037162)	CNTN1 (ENSCCAG00000006312)	ENSCCAG00000025042	LRRK2 (ENSCCAG00000021784)	ENSCCAG00000037684
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	60	ENSSBOG00000012868	PZP (ENSSBOG00000032616)	ENSSBOG00000006605	ENSSBOG00000032758	CLEC2D (ENSSBOG00000028615)	ENSSBOG00000021381	CD69 (ENSSBOG00000034380)	ENSSBOG00000026855	KLRF1 (ENSSBOG00000032460)	ENSSBOG00000032371	PRICKLE1 (ENSSBOG00000017317)	ENSSBOG00000015384	ENSSBOG00000022913	ZCRB1 (ENSSBOG00000019523)	PPHLN1 (ENSSBOG00000020471)	YAF2 (ENSSBOG00000012699) ##22	GXYLT1 (ENSSBOG00000035882)	ENSSBOG00000020778	PDZRN4 (ENSSBOG00000032834)	CNTN1 (ENSSBOG00000029438)	ENSSBOG00000019571	ENSSBOG00000023935	LRRK2 (ENSSBOG00000024191)	ENSSBOG00000024781	SLC2A13 (ENSSBOG00000017268)	C12orf40 (ENSSBOG00000021102)	ABCD2 (ENSSBOG00000033236)	ENSSBOG00000020423	ENSSBOG00000036233	KIF21A (ENSSBOG00000019336)	CPNE8 (ENSSBOG00000033944)
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000154445.f.a	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00940000154913.h	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00910000146950	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00390000004524.c.a.a.b.a.a	ENSGT00940000158677
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00530000063516.a.a.c.a	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000154445.f.a	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228.p	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00940000154913.h	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00910000146950	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00390000004524.c.a.a.b.a.a	ENSGT00940000158677
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	478											ENSGT00940000154445.f.a	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228.p	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00940000154913.h	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00390000014781.g.b.a.a
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	155											ENSRBIG00000027188	PRICKLE1 (ENSRBIG00000041862)	ENSRBIG00000032205	ZCRB1 (ENSRBIG00000042559)	ENSRBIG00000004154	YAF2 (ENSRBIG00000028301) ##22	GXYLT1 (ENSRBIG00000038671)	PDZRN4 (ENSRBIG00000035312)	CNTN1 (ENSRBIG00000037262)	ENSRBIG00000027076	ENSRBIG00000030624	ERBB4 (ENSRBIG00000032720)	IKZF2 (ENSRBIG00000022090)	ENSRBIG00000029729
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1927																YAF2 (ENSRROG00000042850) ##22	GXYLT1 (ENSRROG00000042104)
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00530000063516.a.a.c.a	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000154445.f.a	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228.p	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00940000154913.h	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00910000146950	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00390000004524.c.a.a.b.a.a	ENSGT00940000158677
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	2	SLC38A2 (ENSCSAG00000006724)	SLC38A1 (ENSCSAG00000006731)	SCAF11 (ENSCSAG00000006741)	ARID2 (ENSCSAG00000006749)	ANO6 (ENSCSAG00000006758)	ENSCSAG00000006765	NELL2 (ENSCSAG00000006771)	TMEM117 (ENSCSAG00000006777)	TWF1 (ENSCSAG00000006781)	IRAK4 (ENSCSAG00000006810)	PUS7L (ENSCSAG00000006827)	ADAMTS20 (ENSCSAG00000006963)	PRICKLE1 (ENSCSAG00000007028)	ENSCSAG00000007070	ZCRB1 (ENSCSAG00000007086)	YAF2 (ENSCSAG00000007094) ##22	GXYLT1 (ENSCSAG00000007101)	PDZRN4 (ENSCSAG00000007106)	CNTN1 (ENSCSAG00000007119)	MUC19 (ENSCSAG00000007205)	LRRK2 (ENSCSAG00000007254)	ENSCSAG00000019246	SLC2A13 (ENSCSAG00000007264)	C12orf40 (ENSCSAG00000007283)	ABCD2 (ENSCSAG00000007296)	KIF21A (ENSCSAG00000007316)	CPNE8 (ENSCSAG00000007329)	ENSCSAG00000007335	SYT10 (ENSCSAG00000007343)	PKP2 (ENSCSAG00000007363)	YARS2 (ENSCSAG00000007382)
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00530000063516.a.a.c.a	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000154445.f.a	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228.p	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00940000154913.h	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000158267	ENSGT00910000146950	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00390000003466.f	ENSGT00940000158899	ENSGT00390000004524.c.a.a.b.a.a	ENSGT00940000158677
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000154445.f.a	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228.p	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000158267	ENSGT00910000146950	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00390000003466.f	ENSGT00940000158899	ENSGT00390000006394.i.b	ENSGT00940000158677
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	443	ENSMNEG00000013932	DBX2 (ENSMNEG00000033268)	NELL2 (ENSMNEG00000033830)	ENSMNEG00000042504	TMEM117 (ENSMNEG00000044327)	ENSMNEG00000029948	TWF1 (ENSMNEG00000033451)	IRAK4 (ENSMNEG00000039993)	PUS7L (ENSMNEG00000034206)	ADAMTS20 (ENSMNEG00000032916)	ENSMNEG00000045064	PRICKLE1 (ENSMNEG00000041816)	PPHLN1 (ENSMNEG00000035950)	ENSMNEG00000041890	ENSMNEG00000032558	YAF2 (ENSMNEG00000029487) ##22	GXYLT1 (ENSMNEG00000044085)	PDZRN4 (ENSMNEG00000034756)	CNTN1 (ENSMNEG00000044379)	ENSMNEG00000026040	LRRK2 (ENSMNEG00000029444)	ENSMNEG00000020748	SLC2A13 (ENSMNEG00000036026)	C12orf40 (ENSMNEG00000044027)	ABCD2 (ENSMNEG00000034605)	KIF21A (ENSMNEG00000044992)	ENSMNEG00000027246
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000161627.a.a.a.a.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a.a.b.b.a.b.a.b.a.b	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228.p	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00390000006394.i.b	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b	ENSGT00940000155504
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	2	ENSMFAG00000060001	ENSMFAG00000065049	NELL2 (ENSMFAG00000040165)	ENSMFAG00000049394	TMEM117 (ENSMFAG00000037752)	TWF1 (ENSMFAG00000002340)	IRAK4 (ENSMFAG00000032703)	PUS7L (ENSMFAG00000041689)	ADAMTS20 (ENSMFAG00000043872)	ENSMFAG00000053565	ENSMFAG00000061920	ENSMFAG00000029464	PRICKLE1 (ENSMFAG00000023175)	PPHLN1 (ENSMFAG00000002382)	ZCRB1 (ENSMFAG00000039789)	YAF2 (ENSMFAG00000035590) ##22	GXYLT1 (ENSMFAG00000034181)	ENSMFAG00000052307	ENSMFAG00000056968	ENSMFAG00000056781	PDZRN4 (ENSMFAG00000037115)	ENSMFAG00000065440	ENSMFAG00000051360	CNTN1 (ENSMFAG00000035494)	ENSMFAG00000054333	ENSMFAG00000052248	LRRK2 (ENSMFAG00000035387)	ENSMFAG00000058170	SLC2A13 (ENSMFAG00000048331)	C12orf40 (ENSMFAG00000033372)	ABCD2 (ENSMFAG00000002050)
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00530000063516.a.a.c.a	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000154445.f.a	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228.p	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00940000154913.h	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00910000148161	ENSGT00940000158267	ENSGT00910000146950	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00390000003466.f	ENSGT00940000158899	ENSGT00390000004524.c.a.a.b.a.a
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	203					ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00530000063516.a.a.c.a	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000154445.f.a	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228.p	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00940000154913.h	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	351											ENSCATG00000021440	PRICKLE1 (ENSCATG00000018413)	PPHLN1 (ENSCATG00000034971)	ZCRB1 (ENSCATG00000028610)	ENSCATG00000035160	YAF2 (ENSCATG00000034263) ##22	GXYLT1 (ENSCATG00000037090)	PDZRN4 (ENSCATG00000034449)
Drill	MODERN SPECIES	1284										ENSMLEG00000037772	ENSMLEG00000037289	PRICKLE1 (ENSMLEG00000040875)	PPHLN1 (ENSMLEG00000019889)	ZCRB1 (ENSMLEG00000042951)	ENSMLEG00000030453	YAF2 (ENSMLEG00000035641) ##22	GXYLT1 (ENSMLEG00000040017)	PDZRN4 (ENSMLEG00000001274)	ENSMLEG00000030728	ENSMLEG00000037850
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000154445.f.a	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00940000154913.h	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906.h.a	ENSGT00390000012906.h.b	ENSGT00940000158899	ENSGT00390000004524.c.a.a.b.a.a	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b
Gibbon	MODERN SPECIES	1	ANO6 (ENSNLEG00000017920)	DBX2 (ENSNLEG00000017924)	NELL2 (ENSNLEG00000017926)	ENSNLEG00000031581	TMEM117 (ENSNLEG00000017929)	TWF1 (ENSNLEG00000017931)	IRAK4 (ENSNLEG00000017933)	PUS7L (ENSNLEG00000017934)	ADAMTS20 (ENSNLEG00000017936)	ENSNLEG00000028656	PRICKLE1 (ENSNLEG00000017938)	ENSNLEG00000031391	ZCRB1 (ENSNLEG00000017944)	ENSNLEG00000027269	ENSNLEG00000017941	YAF2 (ENSNLEG00000017946) ##22	GXYLT1 (ENSNLEG00000028842)	PDZRN4 (ENSNLEG00000017948)	CNTN1 (ENSNLEG00000017950)	LRRK2 (ENSNLEG00000017957)	SLC2A13 (ENSNLEG00000017960)	C12orf40 (ENSNLEG00000017961)	ABCD2 (ENSNLEG00000017963)	KIF21A (ENSNLEG00000017964)	CPNE8 (ENSNLEG00000030228)	ENSNLEG00000032571	ENSNLEG00000033997	NR4A1 (ENSNLEG00000017763)	ATG101 (ENSNLEG00000017762)	KRT80 (ENSNLEG00000017759)	KRT7 (ENSNLEG00000017758)
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000158969	ENSGT00940000157288.f	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00530000063516.a.a.d	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000154445.f.a	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00940000154913.h	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906.h.a	ENSGT00390000012906.h.b	ENSGT00940000158899	ENSGT00390000004524.c.a.a.b.a.a	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b
Orangutan	MODERN SPECIES	3	SCAF11 (ENSPPYG00000004434)	ARID2 (ENSPPYG00000004433)	ANO6 (ENSPPYG00000004432)	ENSPPYG00000036612	DBX2 (ENSPPYG00000004431)	NELL2 (ENSPPYG00000004430)	TMEM117 (ENSPPYG00000004429)	TWF1 (ENSPPYG00000004428)	IRAK4 (ENSPPYG00000004427)	PUS7L (ENSPPYG00000004426)	ENSPPYG00000036658	ADAMTS20 (ENSPPYG00000004425)	PRICKLE1 (ENSPPYG00000004424)	ZCRB1 (ENSPPYG00000004422)	ENSPPYG00000004423	YAF2 (ENSPPYG00000033457) ##22	GXYLT1 (ENSPPYG00000004419)	PDZRN4 (ENSPPYG00000004418)	CNTN1 (ENSPPYG00000004417)	LRRK2 (ENSPPYG00000029445)	SLC2A13 (ENSPPYG00000004415)	C12orf40 (ENSPPYG00000004414)	ABCD2 (ENSPPYG00000004413)	KIF21A (ENSPPYG00000004412)	CPNE8 (ENSPPYG00000004411)	ALG10B (ENSPPYG00000004409)	ENSPPYG00000034107	ALG10 (ENSPPYG00000004410)	SYT10 (ENSPPYG00000004408)	PKP2 (ENSPPYG00000004407)	YARS2 (ENSPPYG00000004406)
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000158969	ENSGT00940000157288.f	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00530000063516.a.a.d	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000154445.f.a	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00940000154913.h	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00910000148241	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906.h.a	ENSGT00390000012906.h.b	ENSGT00940000158899	ENSGT00390000004524.c.a.a.b.a.a	ENSGT00940000158677
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00530000063516.a.a.d	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000154445.f.a	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00940000154913.h	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00910000148241	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906.g	ENSGT00910000146935.c	ENSGT00390000012906.h.b	ENSGT00940000158899	ENSGT00390000004524.c.a.a.b.a.a
Pan	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000158969	ENSGT00940000157288.f	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00530000063516.a.a.d	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000154445.f.a	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00940000154913.h	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00910000148241	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906.g	ENSGT00390000015930.y.a.a.a.a	ENSGT00910000146935.c	ENSGT00390000012906.h.b	ENSGT00940000158899
Bonobo	MODERN SPECIES	3	ARID2 (ENSPPAG00000043567)	ANO6 (ENSPPAG00000036432)	ENSPPAG00000038006	DBX2 (ENSPPAG00000036524)	NELL2 (ENSPPAG00000031637)	TMEM117 (ENSPPAG00000041379)	TWF1 (ENSPPAG00000042843)	IRAK4 (ENSPPAG00000027862)	PUS7L (ENSPPAG00000042635)	ADAMTS20 (ENSPPAG00000043703)	ENSPPAG00000034009	PRICKLE1 (ENSPPAG00000042850)	ENSPPAG00000043968	ZCRB1 (ENSPPAG00000030593)	ENSPPAG00000038959	YAF2 (ENSPPAG00000033805) ##22	GXYLT1 (ENSPPAG00000016567)	ENSPPAG00000044048	CNTN1 (ENSPPAG00000035124)	LRRK2 (ENSPPAG00000040921)	SLC2A13 (ENSPPAG00000039484)	C12orf40 (ENSPPAG00000044041)	ABCD2 (ENSPPAG00000030612)	KIF21A (ENSPPAG00000026951)	CPNE8 (ENSPPAG00000043900)	ENSPPAG00000032887	ENSPPAG00000028345	ENSPPAG00000036373	ENSPPAG00000039641	ENSPPAG00000035627	ALG10 (ENSPPAG00000023455)
Chimpanzee	MODERN SPECIES	3	ANO6 (ENSPTRG00000004850)	ENSPTRG00000045032	ENSPTRG00000052454	DBX2 (ENSPTRG00000004849)	NELL2 (ENSPTRG00000004848)	TMEM117 (ENSPTRG00000004847)	TWF1 (ENSPTRG00000004846)	IRAK4 (ENSPTRG00000004845)	PUS7L (ENSPTRG00000004843)	ENSPTRG00000050923	ADAMTS20 (ENSPTRG00000004841)	ENSPTRG00000052655	PRICKLE1 (ENSPTRG00000004840)	PPHLN1 (ENSPTRG00000004839)	ZCRB1 (ENSPTRG00000004838)	YAF2 (ENSPTRG00000004837) ##22	GXYLT1 (ENSPTRG00000004836)	PDZRN4 (ENSPTRG00000004835)	ENSPTRG00000051012	CNTN1 (ENSPTRG00000004834)	ENSPTRG00000047527	LRRK2 (ENSPTRG00000004828)	SLC2A13 (ENSPTRG00000004827)	C12H12orf40 (ENSPTRG00000004826)	ABCD2 (ENSPTRG00000004825)	KIF21A (ENSPTRG00000052260)	CPNE8 (ENSPTRG00000004823)	ENSPTRG00000039494	ALG10B (ENSPTRG00000029678)	ENSPTRG00000050389	ALG10 (ENSPTRG00000004822)
Human	MODERN SPECIES	3	SLC38A2 (ENSG00000134294)	SLC38A1 (ENSG00000111371)	SCAF11 (ENSG00000139218)	ARID2 (ENSG00000189079)	ANO6 (ENSG00000177119)	DBX2 (ENSG00000185610)	NELL2 (ENSG00000184613)	TMEM117 (ENSG00000139173)	TWF1 (ENSG00000151239)	IRAK4 (ENSG00000198001)	PUS7L (ENSG00000129317)	ADAMTS20 (ENSG00000173157)	PRICKLE1 (ENSG00000139174)	ZCRB1 (ENSG00000139168)	PPHLN1 (ENSG00000134283)	YAF2 (ENSG00000015153) ##22	GXYLT1 (ENSG00000151233)	PDZRN4 (ENSG00000165966)	CNTN1 (ENSG00000018236)	MUC19 (ENSG00000205592)	LRRK2 (ENSG00000188906)	SLC2A13 (ENSG00000151229)	C12orf40 (ENSG00000180116)	ABCD2 (ENSG00000173208)	KIF21A (ENSG00000139116)	CPNE8 (ENSG00000139117)	ALG10B (ENSG00000175548)	ALG10 (ENSG00000139133)	SYT10 (ENSG00000110975)	PKP2 (ENSG00000057294)	YARS2 (ENSG00000139131)
Gorilla	MODERN SPECIES	3	ENSGGOG00000022530	DBX2 (ENSGGOG00000004664)	NELL2 (ENSGGOG00000007812)	TMEM117 (ENSGGOG00000028620)	TWF1 (ENSGGOG00000005679)	IRAK4 (ENSGGOG00000008989)	ENSGGOG00000037435	PUS7L (ENSGGOG00000001747)	ENSGGOG00000041950	ADAMTS20 (ENSGGOG00000002541)	ENSGGOG00000004132	PRICKLE1 (ENSGGOG00000028170)	ENSGGOG00000026359	ZCRB1 (ENSGGOG00000015647)	ENSGGOG00000038298	ENSGGOG00000007230 ##22	GXYLT1 (ENSGGOG00000027928)	PDZRN4 (ENSGGOG00000025388)	ENSGGOG00000041859	CNTN1 (ENSGGOG00000016609)	LRRK2 (ENSGGOG00000003336)	ENSGGOG00000040332	C12orf40 (ENSGGOG00000005961)	ABCD2 (ENSGGOG00000009463)	KIF21A (ENSGGOG00000001632)	CPNE8 (ENSGGOG00000013974)	ALG10 (ENSGGOG00000008422)	ENSGGOG00000042736	ENSGGOG00000038762	ENSGGOG00000026257	ENSGGOG00000041990
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138.m	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000164750	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138.m	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b	ENSGT00940000155504	ENSGT00940000155765
Mouse lemur	MODERN SPECIES	29	SCAF11 (ENSMICG00000032882)	ENSMICG00000027443	ARID2 (ENSMICG00000001487)	ENSMICG00000044858	ANO6 (ENSMICG00000004893)	DBX2 (ENSMICG00000031036)	NELL2 (ENSMICG00000007752)	TMEM117 (ENSMICG00000007749)	TWF1 (ENSMICG00000032658)	IRAK4 (ENSMICG00000007741)	PUS7L (ENSMICG00000043043)	ADAMTS20 (ENSMICG00000014631)	PRICKLE1 (ENSMICG00000015421)	PPHLN1 (ENSMICG00000037301)	ENSMICG00000017422	YAF2 (ENSMICG00000006755) ##22	GXYLT1 (ENSMICG00000008275)	PDZRN4 (ENSMICG00000043485)	ENSMICG00000041961	ENSMICG00000028166	GPR182 (ENSMICG00000000900)	TAC3 (ENSMICG00000002147)	MYO1A (ENSMICG00000009059)	NEMP1 (ENSMICG00000009074)	NAB2 (ENSMICG00000047570)	STAT6 (ENSMICG00000009087)	LRP1 (ENSMICG00000012273)	NXPH4 (ENSMICG00000033243)	SHMT2 (ENSMICG00000012350)	NDUFA4L2 (ENSMICG00000034473)	STAC3 (ENSMICG00000012382)
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138.m	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b	ENSGT00940000155504	ENSGT00940000155765
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	982									TWF1 (ENSPSMG00000015438)	IRAK4 (ENSPSMG00000015376)	PUS7L (ENSPSMG00000015334)	ADAMTS20 (ENSPSMG00000015278)	PRICKLE1 (ENSPSMG00000015162)	ZCRB1 (ENSPSMG00000015075)	ENSPSMG00000014935	YAF2 (ENSPSMG00000014763) ##22	GXYLT1 (ENSPSMG00000014624)	ENSPSMG00000014587	PDZRN4 (ENSPSMG00000014579)
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	139	SLC38A1 (ENSPCOG00000013491)	SCAF11 (ENSPCOG00000018985)	ARID2 (ENSPCOG00000009815)	ANO6 (ENSPCOG00000018108)	DBX2 (ENSPCOG00000017044)	NELL2 (ENSPCOG00000015170)	TMEM117 (ENSPCOG00000025035)	TWF1 (ENSPCOG00000015800)	IRAK4 (ENSPCOG00000026905)	PUS7L (ENSPCOG00000025211)	ENSPCOG00000010283	ADAMTS20 (ENSPCOG00000017667)	PRICKLE1 (ENSPCOG00000006371)	PPHLN1 (ENSPCOG00000025208)	ZCRB1 (ENSPCOG00000022958)	YAF2 (ENSPCOG00000021954) ##22	GXYLT1 (ENSPCOG00000024287)	ENSPCOG00000017779	PDZRN4 (ENSPCOG00000015632)	CNTN1 (ENSPCOG00000019694)	LRRK2 (ENSPCOG00000024486)	ENSPCOG00000008044	SLC2A13 (ENSPCOG00000013347)	C12orf40 (ENSPCOG00000023054)	ABCD2 (ENSPCOG00000021406)	KIF21A (ENSPCOG00000015969)	EDIL3 (ENSPCOG00000001568)	HAPLN1 (ENSPCOG00000023033)	VCAN (ENSPCOG00000028583)	RAB28 (ENSPCOG00000015364)	NKX3-2 (ENSPCOG00000024252)
Bushbaby	MODERN SPECIES	185	SLC38A1 (ENSOGAG00000006469)	SCAF11 (ENSOGAG00000026319)	ENSOGAG00000024978	ARID2 (ENSOGAG00000024418)	ANO6 (ENSOGAG00000015593)	DBX2 (ENSOGAG00000008999)	NELL2 (ENSOGAG00000016946)	TMEM117 (ENSOGAG00000016942)	TWF1 (ENSOGAG00000007525)	IRAK4 (ENSOGAG00000007522)	PUS7L (ENSOGAG00000028696)	ADAMTS20 (ENSOGAG00000007508)	PRICKLE1 (ENSOGAG00000004015)	ENSOGAG00000004012	ENSOGAG00000013178	YAF2 (ENSOGAG00000028144) ##22	GXYLT1 (ENSOGAG00000000552)	PDZRN4 (ENSOGAG00000013296)	CNTN1 (ENSOGAG00000001426)	ENSOGAG00000033428	LRRK2 (ENSOGAG00000000943)	ENSOGAG00000034119	SLC2A13 (ENSOGAG00000007763)	C12orf40 (ENSOGAG00000001031)	ABCD2 (ENSOGAG00000025324)	KIF21A (ENSOGAG00000001030)	ENSOGAG00000033065	CPNE8 (ENSOGAG00000007753)
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00720000108953	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00910000146950	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677
Tree shrew	MODERN SPECIES	7962																YAF2 (ENSTBEG00000005341) ##22	GXYLT1 (ENSTBEG00000005437)
Glires	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00720000108953	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00910000146950	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p.y.a	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b	ENSGT00940000155504	ENSGT00940000155765
Rabbit	MODERN SPECIES	19	SLC38A2 (ENSOCUG00000009943)	SLC38A1 (ENSOCUG00000005164)	SCAF11 (ENSOCUG00000003899)	ARID2 (ENSOCUG00000013306)	ANO6 (ENSOCUG00000000185)	ENSOCUG00000022068	NELL2 (ENSOCUG00000016727)	TMEM117 (ENSOCUG00000004124)	TWF1 (ENSOCUG00000004113)	IRAK4 (ENSOCUG00000004103)	PUS7L (ENSOCUG00000004093)	ADAMTS20 (ENSOCUG00000012959)	PRICKLE1 (ENSOCUG00000023490)	PPHLN1 (ENSOCUG00000015680)	ENSOCUG00000013664	YAF2 (ENSOCUG00000007321) ##22	GXYLT1 (ENSOCUG00000027426)	PDZRN4 (ENSOCUG00000005658)	CNTN1 (ENSOCUG00000009395)	ENSOCUG00000034185	ENSOCUG00000032666	LRRK2 (ENSOCUG00000007857)	SLC2A13 (ENSOCUG00000032613)	ENSOCUG00000004661	ABCD2 (ENSOCUG00000016168)	KIF21A (ENSOCUG00000016630)	ENSOCUG00000034840	CPNE8 (ENSOCUG00000017747)	ENSOCUG00000015824	SYT10 (ENSOCUG00000004624)	PKP2 (ENSOCUG00000000023)
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000168978	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00720000108953	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00910000146950	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000168978	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00720000108953	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00910000146950	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00720000108953	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b
Naked mole-rat female	DUPLICATION
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	8	TWF1 (ENSHGLG00000006813)	IRAK4 (ENSHGLG00000007796)	PUS7L (ENSHGLG00000004083)	ENSHGLG00000041765	ADAMTS20 (ENSHGLG00000004720)	ENSHGLG00000032813	ENSHGLG00000020234	PRICKLE1 (ENSHGLG00000047115)	ENSHGLG00000000293	ENSHGLG00000046097	ENSHGLG00000001417	ENSHGLG00000034923	ENSHGLG00000001325	ENSHGLG00000042057 ##22	ENSHGLG00000038728	YAF2 (ENSHGLG00000001299) ##22	GXYLT1 (ENSHGLG00000001208)	ENSHGLG00000001159	ENSHGLG00000040152	PDZRN4 (ENSHGLG00000049703)	ENSHGLG00000007919	ENSHGLG00000047537	CNTN1 (ENSHGLG00000000930)	ENSHGLG00000045827	ENSHGLG00000032620	LRRK2 (ENSHGLG00000004477)	SLC2A13 (ENSHGLG00000007456)	ENSHGLG00000033676	ABCD2 (ENSHGLG00000012569)	ENSHGLG00000018960	ENSHGLG00000044300
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	8	ENSHGLG00000046575	TMEM117 (ENSHGLG00000004220)	TWF1 (ENSHGLG00000006813)	IRAK4 (ENSHGLG00000007796)	PUS7L (ENSHGLG00000004083)	ENSHGLG00000041765	ADAMTS20 (ENSHGLG00000004720)	ENSHGLG00000032813	ENSHGLG00000020234	PRICKLE1 (ENSHGLG00000047115)	ENSHGLG00000000293	ENSHGLG00000046097	ENSHGLG00000001417	ENSHGLG00000034923	ENSHGLG00000001325	ENSHGLG00000042057 ##22	ENSHGLG00000038728	YAF2 (ENSHGLG00000001299) ##22	GXYLT1 (ENSHGLG00000001208)	ENSHGLG00000001159	ENSHGLG00000040152	PDZRN4 (ENSHGLG00000049703)	ENSHGLG00000007919	ENSHGLG00000047537	CNTN1 (ENSHGLG00000000930)	ENSHGLG00000045827	ENSHGLG00000032620	LRRK2 (ENSHGLG00000004477)	SLC2A13 (ENSHGLG00000007456)	ENSHGLG00000033676	ABCD2 (ENSHGLG00000012569)
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915
Guinea pig	MODERN SPECIES	9	SLC38A2 (ENSCPOG00000003746)	SLC38A1 (ENSCPOG00000005301)	SCAF11 (ENSCPOG00000005084)	ARID2 (ENSCPOG00000035312)	ANO6 (ENSCPOG00000013577)	DBX2 (ENSCPOG00000011069)	NELL2 (ENSCPOG00000000976)	TMEM117 (ENSCPOG00000015520)	TWF1 (ENSCPOG00000001499)	IRAK4 (ENSCPOG00000001771)	PUS7L (ENSCPOG00000001769)	ADAMTS20 (ENSCPOG00000005119)	PRICKLE1 (ENSCPOG00000005579)	PPHLN1 (ENSCPOG00000038546)	ZCRB1 (ENSCPOG00000031127)	YAF2 (ENSCPOG00000015156) ##22	GXYLT1 (ENSCPOG00000000860)	ENSCPOG00000021462	PDZRN4 (ENSCPOG00000000372)	CNTN1 (ENSCPOG00000008811)	ENSCPOG00000037897
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	78	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	207	SLC38A1 (ENSCLAG00000002175)	SCAF11 (ENSCLAG00000002050)	ARID2 (ENSCLAG00000001973)	ANO6 (ENSCLAG00000002430)	DBX2 (ENSCLAG00000002211)	ENSCLAG00000002122	NELL2 (ENSCLAG00000002075)	TMEM117 (ENSCLAG00000002010)	ENSCLAG00000003492	IRAK4 (ENSCLAG00000002656)	PUS7L (ENSCLAG00000002416)	ADAMTS20 (ENSCLAG00000005016)	PRICKLE1 (ENSCLAG00000003980)	PPHLN1 (ENSCLAG00000002867)	ZCRB1 (ENSCLAG00000002653)	YAF2 (ENSCLAG00000002516) ##22	GXYLT1 (ENSCLAG00000003085)	PDZRN4 (ENSCLAG00000002906)	CNTN1 (ENSCLAG00000010381)
Degu	MODERN SPECIES	141	ENSODEG00000003928	ENSODEG00000018973	ENSODEG00000018965	ENSODEG00000003909	ANO6 (ENSODEG00000003814)	NELL2 (ENSODEG00000003669)	TMEM117 (ENSODEG00000003583)	ENSODEG00000003529	ENSODEG00000018930	PUS7L (ENSODEG00000003484)	ADAMTS20 (ENSODEG00000003382)	PRICKLE1 (ENSODEG00000003320)	PPHLN1 (ENSODEG00000003297)	ENSODEG00000003268	ENSODEG00000003254	YAF2 (ENSODEG00000004846) ##22	GXYLT1 (ENSODEG00000004822)	PDZRN4 (ENSODEG00000004788)	CNTN1 (ENSODEG00000004694)
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000168978	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00910000146950	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	14	SCAF11 (ENSSVLG00005007909)	ARID2 (ENSSVLG00005007791)	EEF2 (ENSSVLG00005007723)	ANO6 (ENSSVLG00005007489)	DBX2 (ENSSVLG00005007393)	NELL2 (ENSSVLG00005007103)	TMEM117 (ENSSVLG00005006963)	TWF1 (ENSSVLG00005006901)	IRAK4 (ENSSVLG00005006847)	ENSSVLG00005024271	PUS7L (ENSSVLG00005024211)	ADAMTS20 (ENSSVLG00005024057)	ENSSVLG00005024012	PPHLN1 (ENSSVLG00005023941)	ZCRB1 (ENSSVLG00005023866)	YAF2 (ENSSVLG00005023809) ##22	GXYLT1 (ENSSVLG00005023725)	ENSSVLG00005023701	ENSSVLG00005023688	PDZRN4 (ENSSVLG00005023595)	CNTN1 (ENSSVLG00005023245)	ENSSVLG00005023091	LRRK2 (ENSSVLG00005023045)	SLC2A13 (ENSSVLG00005022999)	C12orf40 (ENSSVLG00005022853)	ABCD2 (ENSSVLG00005022770)	KIF21A (ENSSVLG00005021698)	CPNE8 (ENSSVLG00005021341)	ENSSVLG00005021292	SYT10 (ENSSVLG00005021217)	PKP2 (ENSSVLG00005021133)
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000158267	ENSGT00910000146950	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b	ENSGT00940000155504	ENSGT00940000155765
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p.y.a	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000158267	ENSGT00910000146950	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b	ENSGT00940000155504
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	246				DBX2 (ENSUPAG00010000838)	NELL2 (ENSUPAG00010000852)	TMEM117 (ENSUPAG00010000895)	TWF1 (ENSUPAG00010000907)	IRAK4 (ENSUPAG00010000917)	PUS7L (ENSUPAG00010000957)	ENSUPAG00010000982	ADAMTS20 (ENSUPAG00010000990)	ENSUPAG00010001109	PRICKLE1 (ENSUPAG00010001130)	PPHLN1 (ENSUPAG00010001163)	ZCRB1 (ENSUPAG00010001247)	YAF2 (ENSUPAG00010001259) ##22	GXYLT1 (ENSUPAG00010001274)
Squirrel	MODERN SPECIES	112	SLC38A2 (ENSSTOG00000016307)	SLC38A1 (ENSSTOG00000016301)	SCAF11 (ENSSTOG00000004902)	ARID2 (ENSSTOG00000008936)	ANO6 (ENSSTOG00000024923)	DBX2 (ENSSTOG00000000232)	NELL2 (ENSSTOG00000019850)	TMEM117 (ENSSTOG00000025184)	TWF1 (ENSSTOG00000006470)	IRAK4 (ENSSTOG00000013841)	PUS7L (ENSSTOG00000006445)	ADAMTS20 (ENSSTOG00000012059)	PRICKLE1 (ENSSTOG00000011379)	PPHLN1 (ENSSTOG00000007257)	ENSSTOG00000034477	YAF2 (ENSSTOG00000007224) ##22	GXYLT1 (ENSSTOG00000027389)	PDZRN4 (ENSSTOG00000013228)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	34	SLC38A2 (ENSMMMG00000022659)	SLC38A1 (ENSMMMG00000022650)	SCAF11 (ENSMMMG00000022640)	ARID2 (ENSMMMG00000022637)	ANO6 (ENSMMMG00000022622)	DBX2 (ENSMMMG00000022619)	NELL2 (ENSMMMG00000022605)	TMEM117 (ENSMMMG00000022603)	TWF1 (ENSMMMG00000022600)	IRAK4 (ENSMMMG00000022596)	ENSMMMG00000022591	ADAMTS20 (ENSMMMG00000022568)	PRICKLE1 (ENSMMMG00000022552)	ENSMMMG00000022546	ZCRB1 (ENSMMMG00000022545)	YAF2 (ENSMMMG00000022539) ##22	GXYLT1 (ENSMMMG00000022532)	ENSMMMG00000022530	PDZRN4 (ENSMMMG00000022528)	CNTN1 (ENSMMMG00000022503)	LRRK2 (ENSMMMG00000022478)	SLC2A13 (ENSMMMG00000022471)	ABCD2 (ENSMMMG00000022441)	KIF21A (ENSMMMG00000022225)	CPNE8 (ENSMMMG00000022203)	ENSMMMG00000022193	SYT10 (ENSMMMG00000022187)	ENSMMMG00000022176	PKP2 (ENSMMMG00000022136)	YARS2 (ENSMMMG00000022130)	DNM1L (ENSMMMG00000022062)
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b	ENSGT00940000155504
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	361	Slc38a2 (ENSDORG00000007910)	Slc38a1 (ENSDORG00000028155)	Scaf11 (ENSDORG00000002262)	Arid2 (ENSDORG00000012273)	Ano6 (ENSDORG00000011423)	ENSDORG00000008308	Nell2 (ENSDORG00000010044)	Tmem117 (ENSDORG00000003811)	Twf1 (ENSDORG00000027567)	Irak4 (ENSDORG00000015110)	Pus7l (ENSDORG00000015109)	Adamts20 (ENSDORG00000013168)	Prickle1 (ENSDORG00000027614)	Pphln1 (ENSDORG00000012760)	Zcrb1 (ENSDORG00000025789)	Yaf2 (ENSDORG00000024619) ##22	Gxylt1 (ENSDORG00000013304)	Pdzrn4 (ENSDORG00000029145)	Cntn1 (ENSDORG00000004521)	Lrrk2 (ENSDORG00000010126)
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228.h.a	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b	ENSGT00940000155504
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	89												Prickle1 (ENSJJAG00000011701)	ENSJJAG00000014487	ENSJJAG00000021636	ENSJJAG00000023606	Yaf2 (ENSJJAG00000000324) ##22	Gxylt1 (ENSJJAG00000010228)	ENSJJAG00000020445	ENSJJAG00000023385	Pdzrn4 (ENSJJAG00000000770)	ENSJJAG00000013828	ENSJJAG00000015792	Cntn1 (ENSJJAG00000021782)	Lrrk2 (ENSJJAG00000013233)	Slc2a13 (ENSJJAG00000021456)	ENSJJAG00000000818	Abcd2 (ENSJJAG00000006865)	Kif21a (ENSJJAG00000001646)	Cpne8 (ENSJJAG00000015994)	ENSJJAG00000004937	Aak1 (ENSJJAG00000011646)
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228.h.a	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b	ENSGT00940000155504
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228.h.a	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00960000191250	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000156551	ENSGT00940000162430
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228.h.a	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00960000191250	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000156551	ENSGT00940000162430	ENSGT00940000153561.b.b
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228.h.a	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000156551	ENSGT00940000162430	ENSGT00940000153561.b.b	ENSGT00940000157610
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	1	Ano6 (ENSCGRG00001003724)	ENSCGRG00001001693	Dbx2 (ENSCGRG00001002554)	Nell2 (ENSCGRG00001001600)	Tmem117 (ENSCGRG00001004267)	Twf1 (ENSCGRG00001002511)	Irak4 (ENSCGRG00001008384)	Pus7l (ENSCGRG00001003122)	Adamts20 (ENSCGRG00001009652)	ENSCGRG00001010157	Prickle1 (ENSCGRG00001022837)	ENSCGRG00001022248	Zcrb1 (ENSCGRG00001023392)	ENSCGRG00001023638	ENSCGRG00001023773	Yaf2 (ENSCGRG00001021765) ##22	Gxylt1 (ENSCGRG00001021374)	ENSCGRG00001008965	Pdzrn4 (ENSCGRG00001023763)	Cntn1 (ENSCGRG00001023727)	Lrrk2 (ENSCGRG00001009933)	Slc2a13 (ENSCGRG00001001998)	CN725425 (ENSCGRG00001022464)	Abcd2 (ENSCGRG00001022101)	ENSCGRG00001009308	Kif21a (ENSCGRG00001012403)	Cpne8 (ENSCGRG00001023120)	Alg10b (ENSCGRG00001023011)	Syt10 (ENSCGRG00001022503)	Rabl2 (ENSCGRG00001021894)	Acr (ENSCGRG00001010552)
Golden Hamster	MODERN SPECIES	626	ENSMAUG00000010698	ENSMAUG00000010427	Scaf11 (ENSMAUG00000016564)	Arid2 (ENSMAUG00000010801)	Ano6 (ENSMAUG00000009991)	ENSMAUG00000009068	Nell2 (ENSMAUG00000011805)	Tmem117 (ENSMAUG00000011415)	Twf1 (ENSMAUG00000010896)	Irak4 (ENSMAUG00000015813)	Pus7l (ENSMAUG00000012622)	Adamts20 (ENSMAUG00000012674)	Prickle1 (ENSMAUG00000020994)	Pphln1 (ENSMAUG00000011738)	Zcrb1 (ENSMAUG00000009266)	Yaf2 (ENSMAUG00000009658) ##22	Gxylt1 (ENSMAUG00000009967)	ENSMAUG00000009121	Pdzrn4 (ENSMAUG00000020766)	Cntn1 (ENSMAUG00000019116)	Lrrk2 (ENSMAUG00000013795)	Slc2a13 (ENSMAUG00000012116)	CN725425 (ENSMAUG00000010765)	Abcd2 (ENSMAUG00000012545)	Kif21a (ENSMAUG00000017807)	Cpne8 (ENSMAUG00000016239)	Alg10b (ENSMAUG00000010415)	Syt10 (ENSMAUG00000009924)	Rabl2 (ENSMAUG00000010955)	Acr (ENSMAUG00000006612)	Shank3 (ENSMAUG00000018491)
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228.h.a	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00960000191250	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000156551	ENSGT00940000162430	ENSGT00940000153561.b.b
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	12	Arid2 (ENSPEMG00000014806)	ENSPEMG00000030605	Ano6 (ENSPEMG00000022036)	Dbx2 (ENSPEMG00000021509)	Nell2 (ENSPEMG00000021060)	ENSPEMG00000024666	Tmem117 (ENSPEMG00000006395)	Twf1 (ENSPEMG00000000838)	Irak4 (ENSPEMG00000018737)	Pus7l (ENSPEMG00000016583)	Adamts20 (ENSPEMG00000017664)	ENSPEMG00000025295	Prickle1 (ENSPEMG00000013383)	ENSPEMG00000030409	Zcrb1 (ENSPEMG00000005293)	Yaf2 (ENSPEMG00000000787) ##22	Gxylt1 (ENSPEMG00000025095)	Pdzrn4 (ENSPEMG00000005226)	ENSPEMG00000030528	Cntn1 (ENSPEMG00000001410)	Lrrk2 (ENSPEMG00000008690)	Slc2a13 (ENSPEMG00000000329)	CN725425 (ENSPEMG00000023448)	Abcd2 (ENSPEMG00000023925)	Kif21a (ENSPEMG00000023536)	Cpne8 (ENSPEMG00000021609)	Alg10b (ENSPEMG00000025886)	Syt10 (ENSPEMG00000017020)	ENSPEMG00000025615	Rabl2 (ENSPEMG00000024045)	Acr (ENSPEMG00000021431)
Prairie vole	MODERN SPECIES	2	Eif3d (ENSMOCG00000011605)	Foxred2 (ENSMOCG00000000814)	ENSMOCG00000008815	ENSMOCG00000011921	Myh9 (ENSMOCG00000020713)	Apol8 (ENSMOCG00000010662)	ENSMOCG00000012391	ENSMOCG00000001968	Twf1 (ENSMOCG00000007750)	ENSMOCG00000002575	Pus7l (ENSMOCG00000015330)	Adamts20 (ENSMOCG00000002582)	Prickle1 (ENSMOCG00000011372)	Pphln1 (ENSMOCG00000022641)	Zcrb1 (ENSMOCG00000011009)	Yaf2 (ENSMOCG00000020557) ##22	Gxylt1 (ENSMOCG00000011890)	Pdzrn4 (ENSMOCG00000021729)	Cntn1 (ENSMOCG00000012159)	ENSMOCG00000017819	Lrrk2 (ENSMOCG00000003192)	Slc2a13 (ENSMOCG00000006751)	CN725425 (ENSMOCG00000017400)	Abcd2 (ENSMOCG00000021556)	Kif21a (ENSMOCG00000008492)	Cpne8 (ENSMOCG00000019821)	Alg10b (ENSMOCG00000022833)	Syt10 (ENSMOCG00000010483)	Rabl2 (ENSMOCG00000002775)	Acr (ENSMOCG00000004907)	Shank3 (ENSMOCG00000009362)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228.h.a	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00960000191250	ENSGT00940000155915	ENSGT00680000100886	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000156551
Mus	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00860000136064	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228.h.a	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00960000191250	ENSGT00940000155915	ENSGT00680000100886	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000156551
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00860000136064	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228.h.a	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00960000191250	ENSGT00940000155915	ENSGT00680000100886	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000156551
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	6	Scaf11 (MGP_CAROLIEiJ_G0020205)	Arid2 (MGP_CAROLIEiJ_G0020204)	MGP_CAROLIEiJ_G0020203	Ano6 (MGP_CAROLIEiJ_G0020202)	MGP_CAROLIEiJ_G0020201	MGP_CAROLIEiJ_G0020200	Nell2 (MGP_CAROLIEiJ_G0020199)	Tmem117 (MGP_CAROLIEiJ_G0020198)	Twf1 (MGP_CAROLIEiJ_G0020197)	Irak4 (MGP_CAROLIEiJ_G0020196)	Pus7l (MGP_CAROLIEiJ_G0020195)	Adamts20 (MGP_CAROLIEiJ_G0020194)	Prickle1 (MGP_CAROLIEiJ_G0020193)	Pphln1 (MGP_CAROLIEiJ_G0020192)	Zcrb1 (MGP_CAROLIEiJ_G0020191)	Yaf2 (MGP_CAROLIEiJ_G0020190) ##22	Gxylt1 (MGP_CAROLIEiJ_G0020189)	MGP_CAROLIEiJ_G0020188	Cntn1 (MGP_CAROLIEiJ_G0020187)	MGP_CAROLIEiJ_G0020186	Lrrk2 (MGP_CAROLIEiJ_G0020185)	Slc2a13 (MGP_CAROLIEiJ_G0020184)	CN725425 (MGP_CAROLIEiJ_G0020183)	Abcd2 (MGP_CAROLIEiJ_G0020182)	Kif21a (MGP_CAROLIEiJ_G0020181)	Cpne8 (MGP_CAROLIEiJ_G0020180)	MGP_CAROLIEiJ_G0020179	Alg10b (MGP_CAROLIEiJ_G0020178)	Syt10 (MGP_CAROLIEiJ_G0020177)	Rabl2 (MGP_CAROLIEiJ_G0020176)	Acr (MGP_CAROLIEiJ_G0020175)
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00860000136064	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228.h.a	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00960000191250	ENSGT00940000155915	ENSGT00680000100886	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000156551
Mouse	MODERN SPECIES	6	Slc38a2 (ENSMUSG00000022462)	Slc38a1 (ENSMUSG00000023169)	Scaf11 (ENSMUSG00000033228)	Arid2 (ENSMUSG00000033237)	Ano6 (ENSMUSG00000064210)	Dbx2 (ENSMUSG00000045608)	Nell2 (ENSMUSG00000022454)	Tmem117 (ENSMUSG00000063296)	Twf1 (ENSMUSG00000022451)	Irak4 (ENSMUSG00000059883)	Pus7l (ENSMUSG00000033356)	Adamts20 (ENSMUSG00000022449)	Prickle1 (ENSMUSG00000036158)	Pphln1 (ENSMUSG00000036167)	Zcrb1 (ENSMUSG00000022635)	Yaf2 (ENSMUSG00000022634) ##22	Gxylt1 (ENSMUSG00000036197)	Pdzrn4 (ENSMUSG00000036218)	Cntn1 (ENSMUSG00000055022)	Muc19 (ENSMUSG00000118670)	Smgc (ENSMUSG00000047295)	Lrrk2 (ENSMUSG00000036273)	Slc2a13 (ENSMUSG00000036298)	CN725425 (ENSMUSG00000078932)	Abcd2 (ENSMUSG00000055782)	Kif21a (ENSMUSG00000022629)	Cpne8 (ENSMUSG00000052560)	Alg10b (ENSMUSG00000075470)	Syt10 (ENSMUSG00000063260)	Rabl2 (ENSMUSG00000022621)	Acr (ENSMUSG00000022622)
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00860000136064	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228.h.a	ENSGT00730000111061.p.z	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00960000191250	ENSGT00940000155915	ENSGT00680000100886	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000156551	ENSGT00940000162430
Steppe mouse	MODERN SPECIES	2987								Twf1 (ENSMSIG00000021039)	Irak4 (ENSMSIG00000020968)	Pus7l (ENSMSIG00000020944)	Adamts20 (ENSMSIG00000020830)	ENSMSIG00000020816	Prickle1 (ENSMSIG00000020783)	Pphln1 (ENSMSIG00000020713)	Zcrb1 (ENSMSIG00000020661)	ENSMSIG00000020648 ##22	Gxylt1 (ENSMSIG00000020567)
spretus	MODERN SPECIES	6	Scaf11 (MGP_SPRETEiJ_G0021101)	Arid2 (MGP_SPRETEiJ_G0021100)	MGP_SPRETEiJ_G0021099	Ano6 (MGP_SPRETEiJ_G0021098)	MGP_SPRETEiJ_G0021097	Dbx2 (MGP_SPRETEiJ_G0021096)	Nell2 (MGP_SPRETEiJ_G0021095)	Tmem117 (MGP_SPRETEiJ_G0021094)	Twf1 (MGP_SPRETEiJ_G0021093)	Irak4 (MGP_SPRETEiJ_G0021092)	Pus7l (MGP_SPRETEiJ_G0021091)	Adamts20 (MGP_SPRETEiJ_G0021090)	Prickle1 (MGP_SPRETEiJ_G0021089)	Pphln1 (MGP_SPRETEiJ_G0021088)	Zcrb1 (MGP_SPRETEiJ_G0021087)	Yaf2 (MGP_SPRETEiJ_G0021086) ##22	Gxylt1 (MGP_SPRETEiJ_G0021085)	Pdzrn4 (MGP_SPRETEiJ_G0021084)	Cntn1 (MGP_SPRETEiJ_G0021083)	MGP_SPRETEiJ_G0021082	Lrrk2 (MGP_SPRETEiJ_G0021081)	Slc2a13 (MGP_SPRETEiJ_G0021080)	CN725425 (MGP_SPRETEiJ_G0021079)	Abcd2 (MGP_SPRETEiJ_G0021078)	Kif21a (MGP_SPRETEiJ_G0021077)	Cpne8 (MGP_SPRETEiJ_G0021076)	Alg10b (MGP_SPRETEiJ_G0021075)	Syt10 (MGP_SPRETEiJ_G0021074)	Rabl2 (MGP_SPRETEiJ_G0021073)	Acr (MGP_SPRETEiJ_G0021072)	Shank3 (MGP_SPRETEiJ_G0021071)
Shrew mouse	MODERN SPECIES	8	Scaf11 (MGP_PahariEiJ_G0020209)	Arid2 (MGP_PahariEiJ_G0020208)	MGP_PahariEiJ_G0020207	Ano6 (MGP_PahariEiJ_G0020206)	MGP_PahariEiJ_G0020205	Dbx2 (MGP_PahariEiJ_G0020204)	Nell2 (MGP_PahariEiJ_G0020203)	Tmem117 (MGP_PahariEiJ_G0020202)	Twf1 (MGP_PahariEiJ_G0020201)	Irak4 (MGP_PahariEiJ_G0020200)	Pus7l (MGP_PahariEiJ_G0020199)	Adamts20 (MGP_PahariEiJ_G0020198)	Prickle1 (MGP_PahariEiJ_G0020197)	Pphln1 (MGP_PahariEiJ_G0020196)	Zcrb1 (MGP_PahariEiJ_G0020195)	Yaf2 (MGP_PahariEiJ_G0020194) ##22	Gxylt1 (MGP_PahariEiJ_G0020193)	Pdzrn4 (MGP_PahariEiJ_G0020192)	Cntn1 (MGP_PahariEiJ_G0020191)	MGP_PahariEiJ_G0020190	MGP_PahariEiJ_G0020189	Slc2a13 (MGP_PahariEiJ_G0020188)	CN725425 (MGP_PahariEiJ_G0020187)	Abcd2 (MGP_PahariEiJ_G0020186)	Kif21a (MGP_PahariEiJ_G0020185)	Cpne8 (MGP_PahariEiJ_G0020184)	Alg10b (MGP_PahariEiJ_G0020183)	Syt10 (MGP_PahariEiJ_G0020182)	Rabl2 (MGP_PahariEiJ_G0020181)	Acr (MGP_PahariEiJ_G0020180)	Shank3 (MGP_PahariEiJ_G0020179)
Rat	MODERN SPECIES	17	Arid2 (ENSRNOG00000004831)	ENSRNOG00000067243	Ano6 (ENSRNOG00000006995)	Dbx2 (ENSRNOG00000006885)	Nell2 (ENSRNOG00000006235)	Tmem117 (ENSRNOG00000006068)	ENSRNOG00000064416	Twf1 (ENSRNOG00000022507)	ENSRNOG00000071195	Irak4 (ENSRNOG00000005965)	Pus7l (ENSRNOG00000022570)	Adamts20 (ENSRNOG00000033397)	Prickle1 (ENSRNOG00000022772)	Pphln1 (ENSRNOG00000022778)	Zcrb1 (ENSRNOG00000004996)	Yaf2 (ENSRNOG00000004773) ##22	Gxylt1 (ENSRNOG00000005234)	Pdzrn4 (ENSRNOG00000022844)	Cntn1 (ENSRNOG00000004438)	AABR07058745.1 (ENSRNOG00000050884)	AC096792.1 (ENSRNOG00000054624)	Smgc (ENSRNOG00000037025)	AC108595.1 (ENSRNOG00000032420)	Lrrk2 (ENSRNOG00000004048)	Slc2a13 (ENSRNOG00000015741)	C7h12orf40 (ENSRNOG00000025898)	Abcd2 (ENSRNOG00000015538)	Kif21a (ENSRNOG00000014844)	Cpne8 (ENSRNOG00000026128)	Alg10 (ENSRNOG00000014511)	Syt10 (ENSRNOG00000014296)
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1278													Prickle1 (ENSNGAG00000014931)	ENSNGAG00000014235	Zcrb1 (ENSNGAG00000020193)	Yaf2 (ENSNGAG00000017255) ##22	Gxylt1 (ENSNGAG00000015337)
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000160716	ENSGT00960000189677	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00720000108953	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000164750	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00960000189677	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00940000173599	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00720000108953	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000164750	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00940000173599	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00720000108953	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b
Suina	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00940000161720	ENSGT00940000159668	ENSGT00510000049725	ENSGT00940000155580.b.b	ENSGT00390000002868
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	78				ANO6 (ENSCWAG00000002754)	DBX2 (ENSCWAG00000002842)	NELL2 (ENSCWAG00000002878)	ENSCWAG00000002991	TMEM117 (ENSCWAG00000003006)	TWF1 (ENSCWAG00000003041)	IRAK4 (ENSCWAG00000003096)	PUS7L (ENSCWAG00000003137)	ADAMTS20 (ENSCWAG00000003165)	PRICKLE1 (ENSCWAG00000003218)	PPHLN1 (ENSCWAG00000003261)	ZCRB1 (ENSCWAG00000003371)	YAF2 (ENSCWAG00000003384) ##22	GXYLT1 (ENSCWAG00000003410)	PDZRN4 (ENSCWAG00000003432)	CNTN1 (ENSCWAG00000003499)	ENSCWAG00000003643
Pig	MODERN SPECIES	13	SCAF11 (ENSSSCG00000000806)	ENSSSCG00000046889	ENSSSCG00000047850	ARID2 (ENSSSCG00000030685)	ANO6 (ENSSSCG00000000804)	DBX2 (ENSSSCG00000035938)	NELL2 (ENSSSCG00000000802)	TMEM117 (ENSSSCG00000000801)	TWF1 (ENSSSCG00000000798)	IRAK4 (ENSSSCG00000000799)	PUS7L (ENSSSCG00000000800)	ADAMTS20 (ENSSSCG00000000795)	PRICKLE1 (ENSSSCG00000034491)	ZCRB1 (ENSSSCG00000034066)	PPHLN1 (ENSSSCG00000000793)	YAF2 (ENSSSCG00000031775) ##22	GXYLT1 (ENSSSCG00000031701)	PDZRN4 (ENSSSCG00000000791)	CNTN1 (ENSSSCG00000000789)	ENSSSCG00000061721	LRRK2 (ENSSSCG00000000784)	ENSSSCG00000053020	SLC2A13 (ENSSSCG00000000783)	C12orf40 (ENSSSCG00000000782)	ABCD2 (ENSSSCG00000000781)	KIF21A (ENSSSCG00000000779)	CPNE8 (ENSSSCG00000000778)	ENSSSCG00000000777	USP18 (ENSSSCG00000000774)	ENSSSCG00000050087	TUBA8 (ENSSSCG00000060615)
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00940000173599	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00720000108953	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679
Arabian camel	MODERN SPECIES	3	SLC38A1 (ENSCDRG00005013640)	SCAF11 (ENSCDRG00005013730)	ARID2 (ENSCDRG00005013876)	ANO6 (ENSCDRG00005014121)	DBX2 (ENSCDRG00005014422)	NELL2 (ENSCDRG00005003319)	TMEM117 (ENSCDRG00005003522)	TWF1 (ENSCDRG00005003599)	IRAK4 (ENSCDRG00005003677)	PUS7L (ENSCDRG00005003762)	ADAMTS20 (ENSCDRG00005003815)	ENSCDRG00005004080	PRICKLE1 (ENSCDRG00005004121)	PPHLN1 (ENSCDRG00005004198)	ZCRB1 (ENSCDRG00005004526)	YAF2 (ENSCDRG00005004568) ##22	GXYLT1 (ENSCDRG00005004733)	PDZRN4 (ENSCDRG00005004870)	CNTN1 (ENSCDRG00005004942)	LRRK2 (ENSCDRG00005005207)	SLC2A13 (ENSCDRG00005005320)	C12orf40 (ENSCDRG00005005452)	ABCD2 (ENSCDRG00005005569)	KIF21A (ENSCDRG00005005694)	CPNE8 (ENSCDRG00005008197)	ENSCDRG00005008351	AVPR1A (ENSCDRG00005008377)	RXYLT1 (ENSCDRG00005008415)	SRGAP1 (ENSCDRG00005008497)	KICS2 (ENSCDRG00005008780)	C12orf56 (ENSCDRG00005008916)
Alpaca	MODERN SPECIES	1121														PPHLN1 (ENSVPAG00000012042)	ZCRB1 (ENSVPAG00000012040)	YAF2 (ENSVPAG00000012039) ##22	GXYLT1 (ENSVPAG00000012037)
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00940000173599	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00720000108953	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00940000173599	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00720000108953	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00940000157212.B	ENSGT00940000156088	ENSGT00950000183039.A	ENSGT00390000001285
Yarkand deer	MODERN SPECIES	22	SCAF11 (ENSCHYG00000011867)	ARID2 (ENSCHYG00000012041)	ANO6 (ENSCHYG00000012341)	DBX2 (ENSCHYG00000013155)	NELL2 (ENSCHYG00000013283)	TMEM117 (ENSCHYG00000014294)	TWF1 (ENSCHYG00000014429)	IRAK4 (ENSCHYG00000014614)	ENSCHYG00000014747	PUS7L (ENSCHYG00000014775)	ADAMTS20 (ENSCHYG00000014909)	ENSCHYG00000015901	PRICKLE1 (ENSCHYG00000015989)	ENSCHYG00000016150	ENSCHYG00000016495	YAF2 (ENSCHYG00000016606) ##22	GXYLT1 (ENSCHYG00000016671)	ENSCHYG00000016816	PDZRN4 (ENSCHYG00000016912)	CNTN1 (ENSCHYG00000017184)	ENSCHYG00000017658	ENSCHYG00000017757	LRRK2 (ENSCHYG00000017954)	SLC2A13 (ENSCHYG00000018595)	ENSCHYG00000018841	C12orf40 (ENSCHYG00000018928)	ABCD2 (ENSCHYG00000019036)	KIF21A (ENSCHYG00000019430)	CPNE8 (ENSCHYG00000000063)	PTPRR (ENSCHYG00000000166)	PTPRB (ENSCHYG00000000385)
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00940000173599	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00720000108953	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00940000157212.B	ENSGT00940000156088	ENSGT00950000183039.A	ENSGT00390000001285
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	320	SCAF11 (ENSMMSG00000007056)	ARID2 (ENSMMSG00000006929)	ANO6 (ENSMMSG00000006529)	DBX2 (ENSMMSG00000006460)	NELL2 (ENSMMSG00000006093)	ENSMMSG00000006047	TMEM117 (ENSMMSG00000006017)	TWF1 (ENSMMSG00000005954)	IRAK4 (ENSMMSG00000005899)	PUS7L (ENSMMSG00000005841)	ADAMTS20 (ENSMMSG00000005666)	PRICKLE1 (ENSMMSG00000005586)	ENSMMSG00000005544	ENSMMSG00000005499	PPHLN1 (ENSMMSG00000005148)	YAF2 (ENSMMSG00000005011) ##22	GXYLT1 (ENSMMSG00000004912)	PDZRN4 (ENSMMSG00000004761)	CNTN1 (ENSMMSG00000004518)
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00390000009776.g.b	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00940000173599	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00720000108953	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00550000074846.`b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00940000157212.B	ENSGT00940000156088	ENSGT00950000183039.A
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00390000009776.g.b	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00390000010283.j	ENSGT00940000155915	ENSGT00720000108953	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00550000074846.`b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00940000157212.B	ENSGT00940000156088
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	19	SLC38A1 (ENSOARG00020003616)	SCAF11 (ENSOARG00020003734)	ARID2 (ENSOARG00020003803)	ANO6 (ENSOARG00020003993)	ENSOARG00020004973	DBX2 (ENSOARG00020004994)	NELL2 (ENSOARG00020005041)	TMEM117 (ENSOARG00020005245)	TWF1 (ENSOARG00020005323)	IRAK4 (ENSOARG00020005397)	PUS7L (ENSOARG00020005488)	ADAMTS20 (ENSOARG00020005561)	PRICKLE1 (ENSOARG00020006100)	ENSOARG00020006159	ENSOARG00020006505	YAF2 (ENSOARG00020006603) ##22	GXYLT1 (ENSOARG00020006808)	ENSOARG00020006953	ENSOARG00020000258	PDZRN4 (ENSOARG00020000431)	ENSOARG00020000481	CNTN1 (ENSOARG00020000548)	ENSOARG00020000675	ENSOARG00020000703	LRRK2 (ENSOARG00020000847)	SLC2A13 (ENSOARG00020001221)	ENSOARG00020001246	ABCD2 (ENSOARG00020001262)	ENSOARG00020001418	ENSOARG00020002235	CPNE8 (ENSOARG00020002297)
Goat	MODERN SPECIES	24	ENSCHIG00000011733	SCAF11 (ENSCHIG00000016618)	ARID2 (ENSCHIG00000010883)	ANO6 (ENSCHIG00000000850)	ENSCHIG00000023172	DBX2 (ENSCHIG00000022598)	NELL2 (ENSCHIG00000010725)	TMEM117 (ENSCHIG00000007627)	TWF1 (ENSCHIG00000023302)	IRAK4 (ENSCHIG00000017984)	PUS7L (ENSCHIG00000011359)	ADAMTS20 (ENSCHIG00000027074)	PRICKLE1 (ENSCHIG00000012537)	PPHLN1 (ENSCHIG00000010242)	ENSCHIG00000010312	YAF2 (ENSCHIG00000025941) ##22	GXYLT1 (ENSCHIG00000020294)	PDZRN4 (ENSCHIG00000025687)	ENSCHIG00000019720	CNTN1 (ENSCHIG00000016370)	LRRK2 (ENSCHIG00000021778)	SLC2A13 (ENSCHIG00000022531)	C12orf40 (ENSCHIG00000017658)	ABCD2 (ENSCHIG00000004597)	ENSCHIG00000026353	KIF21A (ENSCHIG00000025333)	CPNE8 (ENSCHIG00000026435)	PTPRR (ENSCHIG00000022880)	PTPRB (ENSCHIG00000018145)	KCNMB4 (ENSCHIG00000008910)	ENSCHIG00000027135
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00390000009776.g.b	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000155280.b	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00940000173599	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00550000074846.`b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000153112.D.c.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00940000157212.B	ENSGT00940000156088	ENSGT00950000183039.A	ENSGT00530000063539.a.v
American bison	MODERN SPECIES	3329				TMEM117 (ENSBBBG00000015757)	ENSBBBG00000000782	TWF1 (ENSBBBG00000002624)	IRAK4 (ENSBBBG00000015724)	PUS7L (ENSBBBG00000015690)	ADAMTS20 (ENSBBBG00000015661)	ENSBBBG00000015624	PRICKLE1 (ENSBBBG00000003431)	PPHLN1 (ENSBBBG00000015591)	ENSBBBG00000015480	ENSBBBG00000015473	ENSBBBG00000015463	YAF2 (ENSBBBG00000015457) ##22	GXYLT1 (ENSBBBG00000015442)	PDZRN4 (ENSBBBG00000003842)	CNTN1 (ENSBBBG00000015379)
Bos	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00390000009776.g.b	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000155280.b	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00940000173599	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00550000074846.`b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000153112.D.c.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00940000157212.B	ENSGT00940000156088	ENSGT00950000183039.A	ENSGT00530000063539.a.v
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00390000009776.g.b	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00940000157981.b.cb.a.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000155280.b	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000153112.D.c.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00940000157212.B	ENSGT00940000156088	ENSGT00950000183039.A	ENSGT00530000063539.a.v	ENSGT00390000001285	ENSGT00530000063626.b
Cow	MODERN SPECIES	24	ARID2 (ENSBTAG00000011087)	ANO6 (ENSBTAG00000002902)	ENSBTAG00000026249	DBX2 (ENSBTAG00000006635)	NELL2 (ENSBTAG00000032183)	ENSBTAG00000032150	TMEM117 (ENSBTAG00000032148)	TWF1 (ENSBTAG00000020938)	IRAK4 (ENSBTAG00000021105)	PUS7L (ENSBTAG00000004718)	ADAMTS20 (ENSBTAG00000000395)	ENSBTAG00000045574	PRICKLE1 (ENSBTAG00000008596)	PPHLN1 (ENSBTAG00000008595)	ZCRB1 (ENSBTAG00000019119)	YAF2 (ENSBTAG00000015025) ##22	GXYLT1 (ENSBTAG00000015024)	PDZRN4 (ENSBTAG00000012624)	CNTN1 (ENSBTAG00000020679)	LRRK2 (ENSBTAG00000016260)	SLC2A13 (ENSBTAG00000043962)	ABCD2 (ENSBTAG00000038043)	KIF21A (ENSBTAG00000004832)	ENSBTAG00000048924	CPNE8 (ENSBTAG00000020914)	PTPRR (ENSBTAG00000015311)	PTPRB (ENSBTAG00000015296)	KCNMB4 (ENSBTAG00000003749)	ENSBTAG00000054094	CNOT2 (ENSBTAG00000003748)	MYRFL (ENSBTAG00000014829)
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	24	ENSBIXG00005023667	NELL2 (ENSBIXG00005024263)	ENSBIXG00005004171	TMEM117 (ENSBIXG00005024436)	TWF1 (ENSBIXG00005024507)	IRAK4 (ENSBIXG00005004199)	PUS7L (ENSBIXG00005004211)	ENSBIXG00005024672	ENSBIXG00005004218	ADAMTS20 (ENSBIXG00005004224)	PRICKLE1 (ENSBIXG00005024889)	ENSBIXG00005024904	ENSBIXG00005024912	ENSBIXG00005024942	PPHLN1 (ENSBIXG00005025218)	YAF2 (ENSBIXG00005025330) ##22	GXYLT1 (ENSBIXG00005025400)	ENSBIXG00005004328	PDZRN4 (ENSBIXG00005025496)	CNTN1 (ENSBIXG00005026041)	ENSBIXG00005026161	ENSBIXG00005026174	LRRK2 (ENSBIXG00005026223)	SLC2A13 (ENSBIXG00005026266)	ABCD2 (ENSBIXG00005004493)	KIF21A (ENSBIXG00005004515)	ENSBIXG00005026468	ENSBIXG00005026479	CPNE8 (ENSBIXG00005026517)	PTPRR (ENSBIXG00005004557)	PTPRB (ENSBIXG00005027925)
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00940000173599	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00550000074846.`b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000153298.m.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00940000157212.B	ENSGT00940000156088	ENSGT00530000063539.a.v
Domestic yak	MODERN SPECIES	24	DBX2 (ENSBGRG00000021373)	ENSBGRG00000021330	NELL2 (ENSBGRG00000019703)	TMEM117 (ENSBGRG00000019563)	ENSBGRG00000019486	IRAK4 (ENSBGRG00000019405)	ENSBGRG00000019353	ENSBGRG00000019343	ADAMTS20 (ENSBGRG00000018811)	ENSBGRG00000018762	ENSBGRG00000018728	PRICKLE1 (ENSBGRG00000018642)	ENSBGRG00000018622	ENSBGRG00000018534	PPHLN1 (ENSBGRG00000017994)	YAF2 (ENSBGRG00000017721) ##22	GXYLT1 (ENSBGRG00000017528)	PDZRN4 (ENSBGRG00000017386)	ENSBGRG00000017368	CNTN1 (ENSBGRG00000016476)	ENSBGRG00000016370	ENSBGRG00000016248	LRRK2 (ENSBGRG00000015531)	SLC2A13 (ENSBGRG00000015360)	C12orf40 (ENSBGRG00000015186)	ABCD2 (ENSBGRG00000014998)	KIF21A (ENSBGRG00000012509)	ENSBGRG00000012374	CPNE8 (ENSBGRG00000012044)	PTPRR (ENSBGRG00000011534)	PTPRB (ENSBGRG00000009450)
Wild yak	MODERN SPECIES	847											ADAMTS20 (ENSBMUG00000020214)	PRICKLE1 (ENSBMUG00000020263)	PPHLN1 (ENSBMUG00000020377)	ZCRB1 (ENSBMUG00000020394)	ENSBMUG00000020400	YAF2 (ENSBMUG00000020420) ##22	GXYLT1 (ENSBMUG00000020450)	PDZRN4 (ENSBMUG00000020482)
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT01000000222123	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b
Blue whale	MODERN SPECIES	1	SCAF11 (ENSBMSG00010015827)	ARID2 (ENSBMSG00010015611)	ENSBMSG00010015578	ANO6 (ENSBMSG00010015412)	DBX2 (ENSBMSG00010015363)	NELL2 (ENSBMSG00010015242)	TMEM117 (ENSBMSG00010015208)	TWF1 (ENSBMSG00010015134)	IRAK4 (ENSBMSG00010015083)	PUS7L (ENSBMSG00010015036)	ADAMTS20 (ENSBMSG00010014840)	PRICKLE1 (ENSBMSG00010014784)	ENSBMSG00010014759	ENSBMSG00010014741	PPHLN1 (ENSBMSG00010014465)	YAF2 (ENSBMSG00010014276) ##22	GXYLT1 (ENSBMSG00010014180)	ENSBMSG00010014133	PDZRN4 (ENSBMSG00010013907)	CNTN1 (ENSBMSG00010013705)	ENSBMSG00010013649	ENSBMSG00010013608	ENSBMSG00010013596	SLC2A13 (ENSBMSG00010013587)	C12orf40 (ENSBMSG00010013572)	ABCD2 (ENSBMSG00010013555)	ENSBMSG00010013546	KIF21A (ENSBMSG00010013487)	CPNE8 (ENSBMSG00010013374)	ENSBMSG00010013354	ENSBMSG00010013322
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT01000000222123	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b
Sperm whale	MODERN SPECIES	17	SLC38A2 (ENSPCTG00005013434)	SLC38A1 (ENSPCTG00005013721)	SCAF11 (ENSPCTG00005013873)	ARID2 (ENSPCTG00005014080)	ANO6 (ENSPCTG00005014283)	DBX2 (ENSPCTG00005015501)	NELL2 (ENSPCTG00005015611)	TMEM117 (ENSPCTG00005016308)	TWF1 (ENSPCTG00005016400)	IRAK4 (ENSPCTG00005016513)	PUS7L (ENSPCTG00005016614)	ADAMTS20 (ENSPCTG00005016684)	PRICKLE1 (ENSPCTG00005016771)	PPHLN1 (ENSPCTG00005016859)	ZCRB1 (ENSPCTG00005017161)	YAF2 (ENSPCTG00005017243) ##22	GXYLT1 (ENSPCTG00005017447)	ENSPCTG00005017586	PDZRN4 (ENSPCTG00005017632)	CNTN1 (ENSPCTG00005017912)	LRRK2 (ENSPCTG00005018602)	ENSPCTG00005018859	SLC2A13 (ENSPCTG00005018911)	ENSPCTG00005019220	ABCD2 (ENSPCTG00005019234)	KIF21A (ENSPCTG00005019438)	CPNE8 (ENSPCTG00005000264)
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT01000000222123	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b
Dolphin	MODERN SPECIES	1051													PRICKLE1 (ENSTTRG00000001382)	PPHLN1 (ENSTTRG00000001380)	ZCRB1 (ENSTTRG00000001378)	YAF2 (ENSTTRG00000001376) ##22	GXYLT1 (ENSTTRG00000001371)
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000153783.b.b.c.a.b.d	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT01000000222123	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00390000013287.s.c	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677
Vaquita	MODERN SPECIES	1	SCAF11 (ENSPSNG00000018057)	ARID2 (ENSPSNG00000018161)	ANO6 (ENSPSNG00000018300)	DBX2 (ENSPSNG00000018605)	NELL2 (ENSPSNG00000018711)	TMEM117 (ENSPSNG00000019069)	ENSPSNG00000019127	TWF1 (ENSPSNG00000019155)	IRAK4 (ENSPSNG00000019248)	PUS7L (ENSPSNG00000019328)	ENSPSNG00000019362	ADAMTS20 (ENSPSNG00000019420)	PRICKLE1 (ENSPSNG00000019658)	PPHLN1 (ENSPSNG00000019732)	ZCRB1 (ENSPSNG00000019891)	YAF2 (ENSPSNG00000019968) ##22	GXYLT1 (ENSPSNG00000020053)	ENSPSNG00000020133	PDZRN4 (ENSPSNG00000020173)	CNTN1 (ENSPSNG00000020359)	ENSPSNG00000020747	LRRK2 (ENSPSNG00000020867)	SLC2A13 (ENSPSNG00000020932)	C12orf40 (ENSPSNG00000020991)	ENSPSNG00000021130	ABCD2 (ENSPSNG00000021149)	KIF21A (ENSPSNG00000021250)	ENSPSNG00000021336	ENSPSNG00000021353	CPNE8 (ENSPSNG00000004195)	ENSPSNG00000004229
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000153783.b.b.c.a.b.d	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT01000000222123	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00390000013287.s.c	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677
Narwhal	MODERN SPECIES	313	SLC38A1 (ENSMMNG00015019812)	SCAF11 (ENSMMNG00015019745)	ARID2 (ENSMMNG00015019688)	ANO6 (ENSMMNG00015019497)	DBX2 (ENSMMNG00015019435)	NELL2 (ENSMMNG00015019098)	TMEM117 (ENSMMNG00015018953)	TWF1 (ENSMMNG00015018823)	IRAK4 (ENSMMNG00015018774)	PUS7L (ENSMMNG00015018722)	ENSMMNG00015018699	ADAMTS20 (ENSMMNG00015018580)	PRICKLE1 (ENSMMNG00015018440)	ZCRB1 (ENSMMNG00015018409)	PPHLN1 (ENSMMNG00015018216)	YAF2 (ENSMMNG00015018083) ##22	GXYLT1 (ENSMMNG00015018013)	ENSMMNG00015017975	PDZRN4 (ENSMMNG00015017845)	CNTN1 (ENSMMNG00015017670)	ENSMMNG00015017543	LRRK2 (ENSMMNG00015017453)	ENSMMNG00015017414	SLC2A13 (ENSMMNG00015017375)	C12orf40 (ENSMMNG00015017232)	ABCD2 (ENSMMNG00015017178)	KIF21A (ENSMMNG00015017028)	ENSMMNG00015016955	CPNE8 (ENSMMNG00015016830)	ENSMMNG00015016710	SYT10 (ENSMMNG00015016656)
Beluga whale	MODERN SPECIES	39	SLC38A1 (ENSDLEG00000006149)	SCAF11 (ENSDLEG00000006179)	ARID2 (ENSDLEG00000006202)	ANO6 (ENSDLEG00000006231)	DBX2 (ENSDLEG00000006288)	NELL2 (ENSDLEG00000006297)	TMEM117 (ENSDLEG00000006316)	TWF1 (ENSDLEG00000006326)	IRAK4 (ENSDLEG00000006336)	PUS7L (ENSDLEG00000006346)	ENSDLEG00000006353	ADAMTS20 (ENSDLEG00000006365)	PRICKLE1 (ENSDLEG00000006418)	PPHLN1 (ENSDLEG00000006424)	ZCRB1 (ENSDLEG00000006437)	YAF2 (ENSDLEG00000006448) ##22	GXYLT1 (ENSDLEG00000006460)	ENSDLEG00000006483	PDZRN4 (ENSDLEG00000006494)	CNTN1 (ENSDLEG00000006519)	LRRK2 (ENSDLEG00000006564)	SLC2A13 (ENSDLEG00000006590)	ENSDLEG00000006597	ABCD2 (ENSDLEG00000006606)	KIF21A (ENSDLEG00000006688)	KLHL1 (ENSDLEG00000006923)	ENSDLEG00000006929	ENSDLEG00000006930	ENSDLEG00000006931	ENSDLEG00000006933	ENSDLEG00000006939
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00960000189677	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00940000173599	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00720000108953	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000164750	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000160716	ENSGT00960000189677	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00720000108953	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00960000189677	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00390000016972.a.a.b.b.b.a.a	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00720000108953	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00390000016972.a.a.b.b.b.a.a	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00720000108953	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b	ENSGT00940000155504
Ursus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013995.b.b ##22
American black bear	MODERN SPECIES	2553																YAF2 (ENSUAMG00000016872) ##22
Giant Panda	MODERN SPECIES	7	SLC38A2 (ENSAMEG00000006810)	SLC38A1 (ENSAMEG00000006789)	SCAF11 (ENSAMEG00000013392)	ARID2 (ENSAMEG00000013404)	ANO6 (ENSAMEG00000015748)	DBX2 (ENSAMEG00000015811)	NELL2 (ENSAMEG00000006977)	TMEM117 (ENSAMEG00000028780)	TWF1 (ENSAMEG00000017332)	IRAK4 (ENSAMEG00000017312)	PUS7L (ENSAMEG00000017309)	ADAMTS20 (ENSAMEG00000017294)	PRICKLE1 (ENSAMEG00000013813)	ZCRB1 (ENSAMEG00000013837)	PPHLN1 (ENSAMEG00000013827)	ENSAMEG00000013846 ##22	GXYLT1 (ENSAMEG00000013852)	PDZRN4 (ENSAMEG00000010327)	ENSAMEG00000010462	CNTN1 (ENSAMEG00000010347)	ENSAMEG00000015820	LRRK2 (ENSAMEG00000015799)	SLC2A13 (ENSAMEG00000015795)	C12orf40 (ENSAMEG00000015790)	ABCD2 (ENSAMEG00000005438)	KIF21A (ENSAMEG00000012919)	CPNE8 (ENSAMEG00000010921)	ENSAMEG00000016237	SYT10 (ENSAMEG00000008875)	PKP2 (ENSAMEG00000008879)	YARS2 (ENSAMEG00000008909)
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	118	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000157455.b.f	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00390000016972.a.a.b.b.b.a.a	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p.x.b	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00720000108953
American mink	MODERN SPECIES	85	ARID2 (ENSNVIG00000006300)	ENSNVIG00000006429	ANO6 (ENSNVIG00000006439)	DBX2 (ENSNVIG00000006586)	NELL2 (ENSNVIG00000006620)	TM117 (ENSNVIG00000007025)	ENSNVIG00000007066	ENSNVIG00000007073	IRAK4 (ENSNVIG00000007084)	PUS7L (ENSNVIG00000007156)	ADAMTS20 (ENSNVIG00000007207)	PRICKLE1 (ENSNVIG00000007313)	ENSNVIG00000007401	ZCRB1 (ENSNVIG00000007574)	ENSNVIG00000007610	YAF2 (ENSNVIG00000007644) ##22	GXYLT1 (ENSNVIG00000007703)	ENSNVIG00000007736	PDZRN4 (ENSNVIG00000007747)	CNTN1 (ENSNVIG00000007795)
Ferret	MODERN SPECIES	275	ANO6 (ENSMPUG00000000374)	ENSMPUG00000000373	DBX2 (ENSMPUG00000000372)	NELL2 (ENSMPUG00000000368)	TMEM117 (ENSMPUG00000000366)	TWF1 (ENSMPUG00000000364)	IRAK4 (ENSMPUG00000000361)	PUS7L (ENSMPUG00000000357)	ADAMTS20 (ENSMPUG00000000352)	ENSMPUG00000000350	ENSMPUG00000018935	ENSMPUG00000000349	PRICKLE1 (ENSMPUG00000000347)	PPHLN1 (ENSMPUG00000000340)	ENSMPUG00000000327	YAF2 (ENSMPUG00000000324) ##22	GXYLT1 (ENSMPUG00000000319)	ENSMPUG00000000317	PDZRN4 (ENSMPUG00000000313)	ENSMPUG00000000311	ENSMPUG00000000302	CNTN1 (ENSMPUG00000000300)	ENSMPUG00000000299
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00960000189677	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00390000016972.a.a.b.b.b.a.a	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00390000002868.d	ENSGT00720000108953	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00390000005727.a.a	ENSGT00940000158899
Red fox	MODERN SPECIES	32	ENSVVUG00000017077	SCAF11 (ENSVVUG00000017060)	ARID2 (ENSVVUG00000017041)	ANO6 (ENSVVUG00000017023)	DBX2 (ENSVVUG00000017017)	NELL2 (ENSVVUG00000017008)	ENSVVUG00000017007	TMEM117 (ENSVVUG00000017003)	TWF1 (ENSVVUG00000016986)	IRAK4 (ENSVVUG00000016976)	PUS7L (ENSVVUG00000016965)	ADAMTS20 (ENSVVUG00000016835)	PRICKLE1 (ENSVVUG00000016814)	ZCRB1 (ENSVVUG00000016801)	PPHLN1 (ENSVVUG00000016757)	YAF2 (ENSVVUG00000016743) ##22	GXYLT1 (ENSVVUG00000016736)	PDZRN4 (ENSVVUG00000016724)	CNTN1 (ENSVVUG00000016676)	ENSVVUG00000016661	LRRK2 (ENSVVUG00000016479)	SLC2A13 (ENSVVUG00000016437)	C12orf40 (ENSVVUG00000016414)	ABCD2 (ENSVVUG00000016394)	KIF21A (ENSVVUG00000012982)	CPNE8 (ENSVVUG00000012781)	ENSVVUG00000012772	ENSVVUG00000012767	ENSVVUG00000012762	SYT10 (ENSVVUG00000012752)	PKP2 (ENSVVUG00000012741)
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00960000189677	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00390000016972.a.a.b.b.b.a.a	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00390000002868.d	ENSGT00720000108953	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00390000005727.a.a	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677
Dog	MODERN SPECIES	19	SLC38A1 (ENSCAFG00845027508)	SCAF11 (ENSCAFG00845027751)	ARID2 (ENSCAFG00845028008)	ANO6 (ENSCAFG00845028362)	DBX2 (ENSCAFG00845028644)	NELL2 (ENSCAFG00845028728)	TMEM117 (ENSCAFG00845029093)	TWF1 (ENSCAFG00845029147)	IRAK4 (ENSCAFG00845029210)	PUS7L (ENSCAFG00845029329)	ADAMTS20 (ENSCAFG00845029722)	ENSCAFG00845030249	PRICKLE1 (ENSCAFG00845030270)	PPHLN1 (ENSCAFG00845030287)	ZCRB1 (ENSCAFG00845030305)	YAF2 (ENSCAFG00845030354) ##22	GXYLT1 (ENSCAFG00845030404)	PDZRN4 (ENSCAFG00845030505)	CNTN1 (ENSCAFG00845030614)	ENSCAFG00845030659	ENSCAFG00845030663	ENSCAFG00845030672	LRRK2 (ENSCAFG00845030702)	SLC2A13 (ENSCAFG00845030718)	ABCD2 (ENSCAFG00845030727)	KIF21A (ENSCAFG00845030740)	CPNE8 (ENSCAFG00845030765)	ENSCAFG00845015861	ENSCAFG00845015956	ENSCAFG00845015975	SYT10 (ENSCAFG00845016015)
Dingo	MODERN SPECIES	329	ENSCAFG00020010872	SCAF11 (ENSCAFG00020010858)	ARID2 (ENSCAFG00020010795)	ANO6 (ENSCAFG00020010620)	DBX2 (ENSCAFG00020010591)	ENSCAFG00020010583	NELL2 (ENSCAFG00020010531)	TMEM117 (ENSCAFG00020010522)	TWF1 (ENSCAFG00020010514)	IRAK4 (ENSCAFG00020010511)	PUS7L (ENSCAFG00020010508)	ADAMTS20 (ENSCAFG00020010483)	PRICKLE1 (ENSCAFG00020010466)	PPHLN1 (ENSCAFG00020010458)	ZCRB1 (ENSCAFG00020010455)	ENSCAFG00020010451 ##22	GXYLT1 (ENSCAFG00020010436)	PDZRN4 (ENSCAFG00020010427)	CNTN1 (ENSCAFG00020010419)
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00980000202261	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00940000171909	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b
Cat	MODERN SPECIES	238	SLC38A1 (ENSFCAG00000013535)	SCAF11 (ENSFCAG00000012832)	ARID2 (ENSFCAG00000012831)	ANO6 (ENSFCAG00000012828)	DBX2 (ENSFCAG00000044598)	NELL2 (ENSFCAG00000018358)	TMEM117 (ENSFCAG00000044611)	TWF1 (ENSFCAG00000026764)	IRAK4 (ENSFCAG00000021974)	PUS7L (ENSFCAG00000005091)	ADAMTS20 (ENSFCAG00000010889)	ENSFCAG00000053396	PRICKLE1 (ENSFCAG00000014763)	ZCRB1 (ENSFCAG00000014760)	PPHLN1 (ENSFCAG00000014762)	YAF2 (ENSFCAG00000030082) ##22	GXYLT1 (ENSFCAG00000023419)	PDZRN4 (ENSFCAG00000036592)	CNTN1 (ENSFCAG00000030194)	ENSFCAG00000052369	LRRK2 (ENSFCAG00000001819)	SLC2A13 (ENSFCAG00000009506)	ENSFCAG00000037740	CB4H12orf40 (ENSFCAG00000024984)	ABCD2 (ENSFCAG00000026569)	KIF21A (ENSFCAG00000019067)	CPNE8 (ENSFCAG00000029103)	ENSFCAG00000032724	ENSFCAG00000029335	SYT10 (ENSFCAG00000013379)	PKP2 (ENSFCAG00000030734)
Panthera	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00980000202261	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00940000171909	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00980000202261	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00940000171909	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b
leopard	MODERN SPECIES	22											ADAMTS20 (ENSPPRG00000001433)	ENSPPRG00000001577	PRICKLE1 (ENSPPRG00000002636)	ZCRB1 (ENSPPRG00000003066)	PPHLN1 (ENSPPRG00000007046)	YAF2 (ENSPPRG00000009233) ##22	GXYLT1 (ENSPPRG00000009758)	PDZRN4 (ENSPPRG00000010410)	CNTN1 (ENSPPRG00000013262)	LRRK2 (ENSPPRG00000015172)	SLC2A13 (ENSPPRG00000016385)	ENSPPRG00000018280	C12orf40 (ENSPPRG00000020671)	ABCD2 (ENSPPRG00000000223)	KIF21A (ENSPPRG00000005284)	CPNE8 (ENSPPRG00000007422)	ENSPPRG00000008453	ENSPPRG00000009217	ENSPPRG00000018821	SYT10 (ENSPPRG00000010094)	PKP2 (ENSPPRG00000011075)
lion	MODERN SPECIES	7	SLC38A1 (ENSPLOG00000006704)	SCAF11 (ENSPLOG00000006624)	ARID2 (ENSPLOG00000006471)	ANO6 (ENSPLOG00000006243)	DBX2 (ENSPLOG00000006145)	NELL2 (ENSPLOG00000021721)	TMEM117 (ENSPLOG00000021636)	TWF1 (ENSPLOG00000021594)	IRAK4 (ENSPLOG00000021555)	PUS7L (ENSPLOG00000021524)	ADAMTS20 (ENSPLOG00000021419)	ENSPLOG00000021389	PRICKLE1 (ENSPLOG00000021364)	ZCRB1 (ENSPLOG00000021338)	PPHLN1 (ENSPLOG00000021254)	YAF2 (ENSPLOG00000021156) ##22	GXYLT1 (ENSPLOG00000021088)	PDZRN4 (ENSPLOG00000020981)	CNTN1 (ENSPLOG00000020725)	ENSPLOG00000020561	LRRK2 (ENSPLOG00000020373)	SLC2A13 (ENSPLOG00000020313)	C12orf40 (ENSPLOG00000020165)	ABCD2 (ENSPLOG00000020107)	KIF21A (ENSPLOG00000020006)	CPNE8 (ENSPLOG00000019885)	ENSPLOG00000019821	SYT10 (ENSPLOG00000019768)	PKP2 (ENSPLOG00000019614)	YARS2 (ENSPLOG00000019563)	DNM1L (ENSPLOG00000019309)
Tiger	MODERN SPECIES	337													PRICKLE1 (ENSPTIG00000011660)	PPHLN1 (ENSPTIG00000013788)	ZCRB1 (ENSPTIG00000018037)	YAF2 (ENSPTIG00000018934) ##22	ENSPTIG00000019364	GXYLT1 (ENSPTIG00000019972)	PDZRN4 (ENSPTIG00000004191)	CNTN1 (ENSPTIG00000007852)	LRRK2 (ENSPTIG00000020651)	SLC2A13 (ENSPTIG00000008372)	C12orf40 (ENSPTIG00000011119)	ABCD2 (ENSPTIG00000012386)	KIF21A (ENSPTIG00000013639)	CPNE8 (ENSPTIG00000009449)	ENSPTIG00000012362	ENSPTIG00000006779	SYT10 (ENSPTIG00000015718)	RPS4X (ENSPTIG00000016567)	ENSPTIG00000017192
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00960000189677	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00940000173599	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00720000108953	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000164750	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677
Equus	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00960000189677	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00940000173599	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00720000108953	ENSGT00940000164528	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00950000182955.a.b.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000163316	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b
Horse	MODERN SPECIES	27	SLC38A1 (ENSECAG00000007576)	SCAF11 (ENSECAG00000023851)	ARID2 (ENSECAG00000019032)	ENSECAG00000056897	ANO6 (ENSECAG00000012743)	DBX2 (ENSECAG00000012695)	NELL2 (ENSECAG00000025101)	TMEM117 (ENSECAG00000025096)	TWF1 (ENSECAG00000024018)	IRAK4 (ENSECAG00000014866)	PUS7L (ENSECAG00000011182)	ADAMTS20 (ENSECAG00000020835)	PRICKLE1 (ENSECAG00000018874)	ZCRB1 (ENSECAG00000012174)	PPHLN1 (ENSECAG00000016067)	YAF2 (ENSECAG00000032360) ##22	GXYLT1 (ENSECAG00000011563)	PDZRN4 (ENSECAG00000000627)	CNTN1 (ENSECAG00000011240)	ENSECAG00000006703	ENSECAG00000003485	LRRK2 (ENSECAG00000010288)	SLC2A13 (ENSECAG00000007459)	ENSECAG00000027797	ENSECAG00000029674	KIF21A (ENSECAG00000024186)	CPNE8 (ENSECAG00000014870)	ENSECAG00000013414	ENSECAG00000003178	SYT10 (ENSECAG00000016752)	PKP2 (ENSECAG00000013566)
Donkey	MODERN SPECIES	14	ENSEASG00005034576	SCAF11 (ENSEASG00005023504)	ARID2 (ENSEASG00005023503)	ANO6 (ENSEASG00005023502)	DBX2 (ENSEASG00005023501)	NELL2 (ENSEASG00005023499)	TMEM117 (ENSEASG00005023498)	TWF1 (ENSEASG00005023497)	PUS7L (ENSEASG00005023495)	IRAK4 (ENSEASG00005023496)	ADAMTS20 (ENSEASG00005023494)	PRICKLE1 (ENSEASG00005023493)	PPHLN1 (ENSEASG00005023492)	ZCRB1 (ENSEASG00005023491)	ENSEASG00005023490	YAF2 (ENSEASG00005033189) ##22	GXYLT1 (ENSEASG00005023489)	PDZRN4 (ENSEASG00005023488)	CNTN1 (ENSEASG00005023486)	ENSEASG00005000631	ENSEASG00005005285	TUBA8 (ENSEASG00005005290)	PEX26 (ENSEASG00005005294)	ENSEASG00005025386	MICAL3 (ENSEASG00005005307)	BID (ENSEASG00005005341)	BCL2L13 (ENSEASG00005035292)	ENSEASG00005005351	CECR2 (ENSEASG00005005371)	ADA2 (ENSEASG00005005442)	HDHD5 (ENSEASG00005005449)
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000164750	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b	ENSGT00940000155504
Megabat	MODERN SPECIES	1349																YAF2 (ENSPVAG00000016833) ##22	GXYLT1 (ENSPVAG00000016830)
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061.p	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000158267	ENSGT00940000155870.b	ENSGT00390000002848	ENSGT00950000182955.a.b.b	ENSGT00940000155323.a	ENSGT00940000164750	ENSGT00940000159679	ENSGT00390000012906	ENSGT00940000158899	ENSGT00940000158677	ENSGT00390000013709.b	ENSGT00940000155504
Microbat	MODERN SPECIES	967			DBX2 (ENSMLUG00000007038)	NELL2 (ENSMLUG00000000988)	ENSMLUG00000011363	ENSMLUG00000027696	TWF1 (ENSMLUG00000006638)	IRAK4 (ENSMLUG00000006624)	PUS7L (ENSMLUG00000006609)	ADAMTS20 (ENSMLUG00000006566)	ENSMLUG00000029977	ENSMLUG00000011211	PRICKLE1 (ENSMLUG00000006661)	PPHLN1 (ENSMLUG00000006645)	ENSMLUG00000001332	YAF2 (ENSMLUG00000029364) ##22	GXYLT1 (ENSMLUG00000004356)	ENSMLUG00000028609	PDZRN4 (ENSMLUG00000000320)	ENSMLUG00000030371	CNTN1 (ENSMLUG00000009145)	ENSMLUG00000026175	ENSMLUG00000026361	ENSMLUG00000024931	ENSMLUG00000023459	ENSMLUG00000023125	LRRK2 (ENSMLUG00000009336)	SLC2A13 (ENSMLUG00000008195)	C12orf40 (ENSMLUG00000008152)	ABCD2 (ENSMLUG00000002903)	KIF21A (ENSMLUG00000014445)
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES	1467																ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242
Hedgehog	MODERN SPECIES	4648																YAF2 (ENSEEUG00000004713) ##22	GXYLT1 (ENSEEUG00000004589)
Common shrew	MODERN SPECIES	8507																YAF2 (ENSSARG00000013094) ##22
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00960000189677	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00530000063647.A.a.c	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000162392	ENSGT00940000156246	ENSGT00550000075044	ENSGT00940000160513	ENSGT00940000164174	ENSGT00940000155659	ENSGT00390000010852
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00530000063647.A.a.c	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000162392	ENSGT00940000156246	ENSGT00550000075044	ENSGT00940000160513	ENSGT00940000164174	ENSGT00940000155659	ENSGT00390000010852	ENSGT00390000013347.a
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00530000063647.A.a.c	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000162392	ENSGT00940000156246	ENSGT00550000075044	ENSGT00940000160513	ENSGT00940000164174	ENSGT00940000155659	ENSGT00390000010852	ENSGT00390000013347.a
Chinese turtle	MODERN SPECIES	918																YAF2 (ENSPSIG00000003283) ##22	GXYLT1 (ENSPSIG00000003322)	PDZRN4 (ENSPSIG00000003345)	ENSPSIG00000003463	CNTN1 (ENSPSIG00000003505)	ENSPSIG00000000511	ENSPSIG00000003655
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00530000063647.A.a.c	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000162392	ENSGT00940000156246	ENSGT00550000075044	ENSGT00940000160513	ENSGT00940000164174	ENSGT00940000155659	ENSGT00390000010852	ENSGT00390000013347.a
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00530000063647.A.a.c.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000162392	ENSGT00940000156246	ENSGT00550000075044	ENSGT00940000160513	ENSGT00940000164174	ENSGT00940000155659	ENSGT00390000010852	ENSGT00390000013347.a
painted turtle	MODERN SPECIES	2392	SCAF11 (ENSCPBG00000015332)	ARID2 (ENSCPBG00000015339)	ANO6 (ENSCPBG00000015350)	DBX2 (ENSCPBG00000015358)	ENSCPBG00000015360	ENSCPBG00000015363	NELL2 (ENSCPBG00000015367)	TMEM117 (ENSCPBG00000015381)	TWF1 (ENSCPBG00000015386)	IRAK4 (ENSCPBG00000015389)	PUS7L (ENSCPBG00000015394)	ADAMTS20 (ENSCPBG00000015412)	PRICKLE1 (ENSCPBG00000015499)	PPHLN1 (ENSCPBG00000015505)	ZCRB1 (ENSCPBG00000015507)	YAF2 (ENSCPBG00000015509) ##22	GXYLT1 (ENSCPBG00000015511)	PDZRN4 (ENSCPBG00000015513)	ENSCPBG00000015517	CNTN1 (ENSCPBG00000015524)	NRCAM (ENSCPBG00000015741)	PNPLA8 (ENSCPBG00000026288)	ENSCPBG00000026292	THAP5 (ENSCPBG00000026295)	DNAJB9 (ENSCPBG00000026296)	IMMP2L (ENSCPBG00000026298)	LRRN3 (ENSCPBG00000026300)	ENSCPBG00000026301	DOCK4 (ENSCPBG00000026305)	ZNF277 (ENSCPBG00000026314)	IFRD1 (ENSCPBG00000026318)
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	28	SLC38A1 (ENSTMTG00000013575)	SCAF11 (ENSTMTG00000013560)	ARID2 (ENSTMTG00000020196)	ANO6 (ENSTMTG00000020157)	DBX2 (ENSTMTG00000020143)	ENSTMTG00000020140	NELL2 (ENSTMTG00000020086)	TMEM117 (ENSTMTG00000020069)	TWF1 (ENSTMTG00000020058)	IRAK4 (ENSTMTG00000020042)	PUS7L (ENSTMTG00000020033)	ADAMTS20 (ENSTMTG00000019772)	PRICKLE1 (ENSTMTG00000019729)	PPHLN1 (ENSTMTG00000019690)	ZCRB1 (ENSTMTG00000019679)	YAF2 (ENSTMTG00000019663) ##22	GXYLT1 (ENSTMTG00000019645)	PDZRN4 (ENSTMTG00000019606)	ENSTMTG00000019592	CNTN1 (ENSTMTG00000019291)	NRCAM (ENSTMTG00000019219)	PNPLA8 (ENSTMTG00000019199)	ENSTMTG00000019183	THAP5 (ENSTMTG00000019168)	DNAJB9 (ENSTMTG00000019156)	IMMP2L (ENSTMTG00000019126)	LRRN3 (ENSTMTG00000019116)	ENSTMTG00000019101	ENSTMTG00000019088	DOCK4 (ENSTMTG00000009569)	ZNF277 (ENSTMTG00000008775)
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00530000063647.A.a.c	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000162392	ENSGT00940000156246	ENSGT00550000075044	ENSGT00940000160513	ENSGT00940000164174	ENSGT00940000155659	ENSGT00390000010852	ENSGT00390000013347.a
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	2288												ADAMTS20 (ENSCABG00000004999)	PRICKLE1 (ENSCABG00000004923)	PPHLN1 (ENSCABG00000004918)	ZCRB1 (ENSCABG00000004916)	YAF2 (ENSCABG00000004913) ##22
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES		SCAF11 (ENSGEVG00005003465)	ARID2 (ENSGEVG00005003524)	ANO6 (ENSGEVG00005003663)	DBX2 (ENSGEVG00005003769)	ENSGEVG00005003778	NELL2 (ENSGEVG00005003803)	TMEM117 (ENSGEVG00005003842)	ENSGEVG00005003850	TWF1 (ENSGEVG00005003860)	IRAK4 (ENSGEVG00005003872)	PUS7L (ENSGEVG00005003890)	ADAMTS20 (ENSGEVG00005003906)	PRICKLE1 (ENSGEVG00005005004)	PPHLN1 (ENSGEVG00005005125)	ZCRB1 (ENSGEVG00005005199)	YAF2 (ENSGEVG00005005223) ##22	GXYLT1 (ENSGEVG00005005260)	PDZRN4 (ENSGEVG00005005322)	ENSGEVG00005005420	CNTN1 (ENSGEVG00005005451)	NRCAM (ENSGEVG00005007110)	ENSGEVG00005018827	ENSGEVG00005018844	ENSGEVG00005018854	THAP5 (ENSGEVG00005018875)	DNAJB9 (ENSGEVG00005018886)	IMMP2L (ENSGEVG00005018897)	LRRN3 (ENSGEVG00005018921)	ENSGEVG00005018930	DOCK4 (ENSGEVG00005019264)	ZNF277 (ENSGEVG00005019998)
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00530000063647.A.a.c	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000162392	ENSGT00940000156246	ENSGT00550000075044	ENSGT00940000160513	ENSGT00940000164174	ENSGT00940000155659	ENSGT00390000010852	ENSGT00390000013347.a
Aves	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000013052	ENSGT01030000234621.E	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00530000063647.A.a.c	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000162392	ENSGT00940000156246	ENSGT00550000075044	ENSGT00940000160513	ENSGT00940000164174	ENSGT00940000155659	ENSGT00390000010852	ENSGT00390000013347.a
African ostrich	MODERN SPECIES	1079	SLC38A1 (ENSSCUG00000016129)	SCAF11 (ENSSCUG00000016131)	ARID2 (ENSSCUG00000016132)	ANO6 (ENSSCUG00000016139)	ENSSCUG00000016140	NELL2 (ENSSCUG00000016141)	ARRDC5 (ENSSCUG00000016144)	TMEM117 (ENSSCUG00000016147)	TWF1 (ENSSCUG00000016150)	IRAK4 (ENSSCUG00000016152)	PUS7L (ENSSCUG00000016153)	ADAMTS20 (ENSSCUG00000016159)	PRICKLE1 (ENSSCUG00000016170)	PPHLN1 (ENSSCUG00000016172)	ZCRB1 (ENSSCUG00000016173)	YAF2 (ENSSCUG00000016176) ##22	GXYLT1 (ENSSCUG00000016177)	PDZRN4 (ENSSCUG00000016179)	CNTN1 (ENSSCUG00000016180)	NRCAM (ENSSCUG00000016185)	PNPLA8 (ENSSCUG00000016192)	ENSSCUG00000016193	THAP5 (ENSSCUG00000016194)	DNAJB9 (ENSSCUG00000016195)	ENSSCUG00000016198	IMMP2L (ENSSCUG00000016199)	LRRN3 (ENSSCUG00000016201)
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000013052	ENSGT01030000234621.E	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00530000063647.A.a.c	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000162392	ENSGT00940000156246	ENSGT00550000075044	ENSGT00940000160513	ENSGT00940000164174	ENSGT00940000155659	ENSGT00390000010852	ENSGT00390000013347.a
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00530000063647.A.a.c	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000162392	ENSGT00940000156246	ENSGT00550000075044	ENSGT00940000160513	ENSGT00940000164174	ENSGT00940000155659	ENSGT00390000010852	ENSGT00390000013347.a
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00510000049183	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00530000063647.A.a.c	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000162392	ENSGT00940000156246	ENSGT00940000176169	ENSGT00940000160513	ENSGT00940000164174	ENSGT00940000155659	ENSGT00390000010852	ENSGT00390000013347.a
Golden eagle	MODERN SPECIES	21	ENSACCG00020016095	ENSACCG00020016081	ANO6 (ENSACCG00020015997)	DBX2 (ENSACCG00020015833)	ENSACCG00020015818	NELL2 (ENSACCG00020015785)	ARRDC5 (ENSACCG00020015757)	TMEM117 (ENSACCG00020015746)	TWF1 (ENSACCG00020015733)	IRAK4 (ENSACCG00020015718)	PUS7L (ENSACCG00020015701)	ADAMTS20 (ENSACCG00020015674)	PRICKLE1 (ENSACCG00020015648)	PPHLN1 (ENSACCG00020015623)	ZCRB1 (ENSACCG00020015589)	YAF2 (ENSACCG00020015578) ##22	GXYLT1 (ENSACCG00020015563)	PDZRN4 (ENSACCG00020015544)	ENSACCG00020015531	CNTN1 (ENSACCG00020015508)	NRCAM (ENSACCG00020015470)	PNPLA8 (ENSACCG00020015434)	ENSACCG00020015415	THAP5 (ENSACCG00020015398)	DNAJB9 (ENSACCG00020015389)	ENSACCG00020015381	LRRN3 (ENSACCG00020015375)	ENSACCG00020015363	DOCK4 (ENSACCG00020014605)	ZNF277 (ENSACCG00020013790)	IFRD1 (ENSACCG00020013708)
Kakapo	MODERN SPECIES	20	SLC38A1 (ENSSHBG00005016253)	SCAF11 (ENSSHBG00005016249)	ARID2 (ENSSHBG00005016236)	ANO6 (ENSSHBG00005015161)	DBX2 (ENSSHBG00005015066)	ENSSHBG00005015059	NELL2 (ENSSHBG00005015045)	TMEM117 (ENSSHBG00005015034)	TWF1 (ENSSHBG00005015024)	IRAK4 (ENSSHBG00005015006)	PUS7L (ENSSHBG00005014995)	ADAMTS20 (ENSSHBG00005008681)	PRICKLE1 (ENSSHBG00005008486)	PPHLN1 (ENSSHBG00005008458)	ZCRB1 (ENSSHBG00005008440)	YAF2 (ENSSHBG00005008430) ##22	GXYLT1 (ENSSHBG00005008419)	ENSSHBG00005008404	ENSSHBG00005008398	ENSSHBG00005008394	CNTN1 (ENSSHBG00005008386)	NRCAM (ENSSHBG00005002873)	PNPLA8 (ENSSHBG00005001506)	ENSSHBG00005001467	THAP5 (ENSSHBG00005001441)	DNAJB9 (ENSSHBG00005000108)	ENSSHBG00005000094	LRRN3 (ENSSHBG00005017931)	ENSSHBG00005017904	DOCK4 (ENSSHBG00005012433)	ZNF277 (ENSSHBG00005011381)
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00530000063647.A.a.c	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000162392	ENSGT00940000156246	ENSGT00550000075044	ENSGT00940000160513	ENSGT00940000164174	ENSGT00940000155659	ENSGT00390000010852	ENSGT00390000013347.a
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000162392	ENSGT00940000156246	ENSGT00550000075044	ENSGT00940000160513	ENSGT00940000164174	ENSGT00940000155659	ENSGT00390000010852	ENSGT00390000013347.a	ENSGT00390000010292
Flycatcher	MODERN SPECIES	10	SLC38A1 (ENSFALG00000010150)	SCAF11 (ENSFALG00000010153)	ARID2 (ENSFALG00000010156)	ANO6 (ENSFALG00000010163)	DBX2 (ENSFALG00000025233)	ENSFALG00000010175	NELL2 (ENSFALG00000010183)	TMEM117 (ENSFALG00000010190)	TWF1 (ENSFALG00000010194)	IRAK4 (ENSFALG00000010201)	PUS7L (ENSFALG00000010205)	ADAMTS20 (ENSFALG00000010220)	PRICKLE1 (ENSFALG00000010255)	PPHLN1 (ENSFALG00000010258)	ZCRB1 (ENSFALG00000026632)	YAF2 (ENSFALG00000010264) ##22	GXYLT1 (ENSFALG00000010267)	PDZRN4 (ENSFALG00000010271)	ENSFALG00000010274	ENSFALG00000010282	ENSFALG00000010294	CNTN1 (ENSFALG00000010325)	THAP5 (ENSFALG00000009293)	DNAJB9 (ENSFALG00000009302)	LRRN3 (ENSFALG00000015089)	IMMP2L (ENSFALG00000009316)	DOCK4 (ENSFALG00000009372)	ZNF277 (ENSFALG00000009493)	ENSFALG00000028281	ENSFALG00000009496	LSMEM1 (ENSFALG00000023344)
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000162392	ENSGT00940000156246	ENSGT00550000075044	ENSGT00940000160513	ENSGT00940000164174	ENSGT00940000155659	ENSGT00390000010852	ENSGT00390000013347.a	ENSGT00390000010292
Medium ground finch	MODERN SPECIES	13	SLC38A2 (ENSGFOG00000001998)	SLC38A1 (ENSGFOG00000002647)	SCAF11 (ENSGFOG00000002680)	ARID2 (ENSGFOG00000002719)	ANO6 (ENSGFOG00000002777)	ENSGFOG00000003240	NELL2 (ENSGFOG00000003261)	TMEM117 (ENSGFOG00000003307)	TWF1 (ENSGFOG00000003326)	IRAK4 (ENSGFOG00000003376)	PUS7L (ENSGFOG00000003401)	ADAMTS20 (ENSGFOG00000003496)	PRICKLE1 (ENSGFOG00000004963)	PPHLN1 (ENSGFOG00000004978)	ZCRB1 (ENSGFOG00000004996)	YAF2 (ENSGFOG00000005007) ##22	GXYLT1 (ENSGFOG00000005015)	PDZRN4 (ENSGFOG00000005028)
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000162392	ENSGT00940000156246	ENSGT00550000075044	ENSGT00940000160513	ENSGT00940000164174	ENSGT00940000155659	ENSGT00390000010852	ENSGT00390000013347.a	ENSGT00390000010292
Zebra finch	MODERN SPECIES	11	SLC38A1 (ENSTGUG00000006103)	SCAF11 (ENSTGUG00000006091)	ARID2 (ENSTGUG00000006070)	ANO6 (ENSTGUG00000006024)	DBX2 (ENSTGUG00000026363)	ENSTGUG00000023463	NELL2 (ENSTGUG00000005974)	TMEM117 (ENSTGUG00000005962)	TWF1 (ENSTGUG00000005944)	IRAK4 (ENSTGUG00000005932)	PUS7L (ENSTGUG00000005924)	ADAMTS20 (ENSTGUG00000005861)	PRICKLE1 (ENSTGUG00000005851)	PPHLN1 (ENSTGUG00000005837)	ZCRB1 (ENSTGUG00000005829)	YAF2 (ENSTGUG00000020945) ##22	GXYLT1 (ENSTGUG00000005804)	PDZRN4 (ENSTGUG00000005793)	CNTN1 (ENSTGUG00000005721)	NRCAM (ENSTGUG00000005630)	PNPLA8 (ENSTGUG00000005617)	ENSTGUG00000005614	THAP5 (ENSTGUG00000005607)	DNAJB9 (ENSTGUG00000005595)	LRRN3 (ENSTGUG00000005590)	DOCK4 (ENSTGUG00000005488)	ZNF277 (ENSTGUG00000027318)	LSMEM1 (ENSTGUG00000005427)	IFRD1 (ENSTGUG00000005429)	TMEM168 (ENSTGUG00000005419)	BMT2 (ENSTGUG00000029134)
Common canary	MODERN SPECIES	29	SLC38A1 (ENSSCAG00000000243)	SCAF11 (ENSSCAG00000000227)	ARID2 (ENSSCAG00000000185)	ANO6 (ENSSCAG00000000146)	DBX2 (ENSSCAG00000000111)	ENSSCAG00000000096	NELL2 (ENSSCAG00000000086)	TMEM117 (ENSSCAG00000013547)	TWF1 (ENSSCAG00000013540)	IRAK4 (ENSSCAG00000013536)	PUS7L (ENSSCAG00000013530)	ADAMTS20 (ENSSCAG00000013481)	PRICKLE1 (ENSSCAG00000013471)	PPHLN1 (ENSSCAG00000013466)	ZCRB1 (ENSSCAG00000013463)	YAF2 (ENSSCAG00000013459) ##22	GXYLT1 (ENSSCAG00000013457)	PDZRN4 (ENSSCAG00000013434)	CNTN1 (ENSSCAG00000013410)	NRCAM (ENSSCAG00000013368)	PNPLA8 (ENSSCAG00000013357)	ENSSCAG00000013352	THAP5 (ENSSCAG00000013345)	ENSSCAG00000013343	DNAJB9 (ENSSCAG00000013332)	IMMP2L (ENSSCAG00000013317)	LRRN3 (ENSSCAG00000013311)	ENSSCAG00000013307	ENSSCAG00000013289	ENSSCAG00000013196	ZNF277 (ENSSCAG00000012961)
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00510000049183	ENSGT01030000234621.E	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00530000063647.A.a.c	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000162392	ENSGT00940000156246	ENSGT00550000075044	ENSGT00940000160513	ENSGT00940000164174	ENSGT00940000155659	ENSGT00390000010852	ENSGT00390000013347.a
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT01030000234621.E	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000162392	ENSGT00940000156246	ENSGT00550000075044	ENSGT00940000160513	ENSGT00940000164174	ENSGT00940000155659	ENSGT00390000010852	ENSGT00390000013347.a	ENSGT00390000010292
Pink-footed goose	DUPLICATION
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	26	SCAF11 (ENSABRG00000004870)	ARID2 (ENSABRG00000004894)	ANO6 (ENSABRG00000004985)	DBX2 (ENSABRG00000005027)	ENSABRG00000005044	NELL2 (ENSABRG00000005069)	TMEM117 (ENSABRG00000005127)	ENSABRG00000005142	TWF1 (ENSABRG00000005156)	IRAK4 (ENSABRG00000005163)	PUS7L (ENSABRG00000005184)	ADAMTS20 (ENSABRG00000005205)	PRICKLE1 (ENSABRG00000005278)	PPHLN1 (ENSABRG00000005284)	ZCRB1 (ENSABRG00000005298)	ENSABRG00000005311 ##22	ENSABRG00000005318 ##22	GXYLT1 (ENSABRG00000005321)	PDZRN4 (ENSABRG00000005334)	CNTN1 (ENSABRG00000005374)	NRCAM (ENSABRG00000005466)	PNPLA8 (ENSABRG00000005527)	ENSABRG00000005530	THAP5 (ENSABRG00000005540)	DNAJB9 (ENSABRG00000005547)	IMMP2L (ENSABRG00000005579)	ENSABRG00000005592	LRRN3 (ENSABRG00000005604)	DOCK4 (ENSABRG00000005629)	ZNF277 (ENSABRG00000005765)	IFRD1 (ENSABRG00000005788)
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	26	ARID2 (ENSABRG00000004894)	ANO6 (ENSABRG00000004985)	DBX2 (ENSABRG00000005027)	ENSABRG00000005044	NELL2 (ENSABRG00000005069)	TMEM117 (ENSABRG00000005127)	ENSABRG00000005142	TWF1 (ENSABRG00000005156)	IRAK4 (ENSABRG00000005163)	PUS7L (ENSABRG00000005184)	ADAMTS20 (ENSABRG00000005205)	PRICKLE1 (ENSABRG00000005278)	PPHLN1 (ENSABRG00000005284)	ZCRB1 (ENSABRG00000005298)	ENSABRG00000005311 ##22	ENSABRG00000005318 ##22	GXYLT1 (ENSABRG00000005321)	PDZRN4 (ENSABRG00000005334)	CNTN1 (ENSABRG00000005374)	NRCAM (ENSABRG00000005466)	PNPLA8 (ENSABRG00000005527)	ENSABRG00000005530	THAP5 (ENSABRG00000005540)	DNAJB9 (ENSABRG00000005547)	IMMP2L (ENSABRG00000005579)	ENSABRG00000005592	LRRN3 (ENSABRG00000005604)	DOCK4 (ENSABRG00000005629)	ZNF277 (ENSABRG00000005765)	IFRD1 (ENSABRG00000005788)	LSMEM1 (ENSABRG00000005799)
Duck	MODERN SPECIES		SCAF11 (ENSAPLG00000010483)	ARID2 (ENSAPLG00000010567)	ANO6 (ENSAPLG00000010899)	DBX2 (ENSAPLG00000011161)	ENSAPLG00000011188	NELL2 (ENSAPLG00000011297)	ENSAPLG00000011685	TMEM117 (ENSAPLG00000011678)	TWF1 (ENSAPLG00000011689)	IRAK4 (ENSAPLG00000012255)	PUS7L (ENSAPLG00000012601)	ADAMTS20 (ENSAPLG00000003314)	PRICKLE1 (ENSAPLG00000003842)	PPHLN1 (ENSAPLG00000003974)	ZCRB1 (ENSAPLG00000004312)	YAF2 (ENSAPLG00000023613) ##22	GXYLT1 (ENSAPLG00000004547)	PDZRN4 (ENSAPLG00000011265)	CNTN1 (ENSAPLG00000010381)	NRCAM (ENSAPLG00000008656)	PNPLA8 (ENSAPLG00000017737)	ENSAPLG00000008090	THAP5 (ENSAPLG00000008047)	DNAJB9 (ENSAPLG00000022575)	LRRN3 (ENSAPLG00000002284)	IMMP2L (ENSAPLG00000022428)	ENSAPLG00000025497	DOCK4 (ENSAPLG00000007085)	ZNF277 (ENSAPLG00000013207)	IFRD1 (ENSAPLG00000012860)	LSMEM1 (ENSAPLG00000012853)
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00510000049183	ENSGT01030000234621.E	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00530000063647.A.a.c	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000162392	ENSGT00940000156246	ENSGT00550000075044	ENSGT00940000160513	ENSGT00940000164174	ENSGT00940000155659	ENSGT00390000010852	ENSGT00390000013347.a
Japanese quail	MODERN SPECIES		SLC38A1 (ENSCJPG00005013425)	SCAF11 (ENSCJPG00005013422)	ARID2 (ENSCJPG00005013421)	ANO6 (ENSCJPG00005013420)	DBX2 (ENSCJPG00005013417)	ENSCJPG00005013416	NELL2 (ENSCJPG00005013414)	TMEM117 (ENSCJPG00005013413)	TWF1 (ENSCJPG00005013412)	IRAK4 (ENSCJPG00005013411)	PUS7L (ENSCJPG00005013410)	ADAMTS20 (ENSCJPG00005013409)	PRICKLE1 (ENSCJPG00005013403)	PPHLN1 (ENSCJPG00005013402)	ZCRB1 (ENSCJPG00005013401)	YAF2 (ENSCJPG00005013398) ##22	GXYLT1 (ENSCJPG00005013397)	PDZRN4 (ENSCJPG00005013393)	ENSCJPG00005013391	CNTN1 (ENSCJPG00005013390)	NRCAM (ENSCJPG00005013389)	PNPLA8 (ENSCJPG00005013387)	ENSCJPG00005013386	THAP5 (ENSCJPG00005013385)	DNAJB9 (ENSCJPG00005013384)	IMMP2L (ENSCJPG00005013381)	LRRN3 (ENSCJPG00005013380)	ENSCJPG00005013379	DOCK4 (ENSCJPG00005013377)	ZNF277 (ENSCJPG00005013376)	IFRD1 (ENSCJPG00005013374)
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00510000049183	ENSGT01030000234621.E	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00530000063647.A.a.c	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000162392	ENSGT00940000156246	ENSGT00550000075044	ENSGT00940000160513	ENSGT00940000164174	ENSGT00940000155659	ENSGT00390000010852	ENSGT00390000013347.a
Turkey	MODERN SPECIES		ENSMGAG00000022778	ENSMGAG00000019370	ENSMGAG00000017951	ENSMGAG00000018034	ENSMGAG00000010953	ENSMGAG00000009478	ENSMGAG00000020608	ENSMGAG00000018649	ENSMGAG00000016226	ENSMGAG00000012281	ENSMGAG00000010967	ENSMGAG00000021629	ENSMGAG00000009435	PPHLN1 (ENSMGAG00000009463)	ZCRB1 (ENSMGAG00000009450)	YAF2 (ENSMGAG00000020357) ##22	GXYLT1 (ENSMGAG00000009413)	PDZRN4 (ENSMGAG00000009406)	CNTN1 (ENSMGAG00000009341)	NRCAM (ENSMGAG00000009265)	PNPLA8 (ENSMGAG00000009260)	ENSMGAG00000009257	THAP5 (ENSMGAG00000009237)	DNAJB9 (ENSMGAG00000009234)	IMMP2L (ENSMGAG00000018358)	LRRN3 (ENSMGAG00000015686)	ENSMGAG00000018453	DOCK4 (ENSMGAG00000009198)	ZNF277 (ENSMGAG00000009151)	IFRD1 (ENSMGAG00000009119)	LSMEM1 (ENSMGAG00000009113)
Chicken	MODERN SPECIES		ARID2 (ENSGALG00010013878)	ANO6 (ENSGALG00010013784)	DBX2 (ENSGALG00010013775)	PRLL (ENSGALG00010013765)	NELL2 (ENSGALG00010013749)	ENSGALG00010013735	ENSGALG00010001916	TMEM117 (ENSGALG00010001912)	TWF1 (ENSGALG00010001899)	IRAK4 (ENSGALG00010001879)	PUS7L (ENSGALG00010001866)	ADAMTS20 (ENSGALG00010001858)	PRICKLE1 (ENSGALG00010001843)	PPHLN1 (ENSGALG00010001838)	ZCRB1 (ENSGALG00010001834)	YAF2 (ENSGALG00010002295) ##22	GXYLT1 (ENSGALG00010002308)	PDZRN4 (ENSGALG00010001827)	ENSGALG00010001794	CNTN1 (ENSGALG00010001785)	NRCAM (ENSGALG00010001773)	PNPLA8 (ENSGALG00010001753)	AVPR2 (ENSGALG00010001751)	THAP5 (ENSGALG00010001228)	DNAJB9 (ENSGALG00010001224)	IMMP2L (ENSGALG00010002270)	IMMP2L (ENSGALG00010001367)	DOCK4 (ENSGALG00010001298)	LRRN3 (ENSGALG00010001281)	ZNF277 (ENSGALG00010001251)	IFRD1 (ENSGALG00010001198)
Australian saltwater crocodile	DUPLICATION
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	49	ARID2 (ENSCPRG00005008355)	ENSCPRG00005008611	ANO6 (ENSCPRG00005008621)	ENSCPRG00005008637	ENSCPRG00005008639	NELL2 (ENSCPRG00005008673)	TMEM117 (ENSCPRG00005008971)	TWF1 (ENSCPRG00005008974)	IRAK4 (ENSCPRG00005009003)	PUS7L (ENSCPRG00005009013)	ADAMTS20 (ENSCPRG00005009043)	PRICKLE1 (ENSCPRG00005009295)	PPHLN1 (ENSCPRG00005009302)	ZCRB1 (ENSCPRG00005009312)	ENSCPRG00005009319 ##22	YAF2 (ENSCPRG00005009328) ##22	GXYLT1 (ENSCPRG00005009329)	PDZRN4 (ENSCPRG00005009368)	CNTN1 (ENSCPRG00005009439)	NRCAM (ENSCPRG00005009667)	PNPLA8 (ENSCPRG00005009762)	ENSCPRG00005009771	THAP5 (ENSCPRG00005009772)	DNAJB9 (ENSCPRG00005009773)	IMMP2L (ENSCPRG00005009798)	ENSCPRG00005009800	LRRN3 (ENSCPRG00005009805)	ENSCPRG00005009811	ENSCPRG00005009815	DOCK4 (ENSCPRG00005009836)	ZNF277 (ENSCPRG00005009870)
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	49	SCAF11 (ENSCPRG00005008219)	ARID2 (ENSCPRG00005008355)	ENSCPRG00005008611	ANO6 (ENSCPRG00005008621)	ENSCPRG00005008637	ENSCPRG00005008639	NELL2 (ENSCPRG00005008673)	TMEM117 (ENSCPRG00005008971)	TWF1 (ENSCPRG00005008974)	IRAK4 (ENSCPRG00005009003)	PUS7L (ENSCPRG00005009013)	ADAMTS20 (ENSCPRG00005009043)	PRICKLE1 (ENSCPRG00005009295)	PPHLN1 (ENSCPRG00005009302)	ZCRB1 (ENSCPRG00005009312)	ENSCPRG00005009319 ##22	YAF2 (ENSCPRG00005009328) ##22	GXYLT1 (ENSCPRG00005009329)	PDZRN4 (ENSCPRG00005009368)	CNTN1 (ENSCPRG00005009439)	NRCAM (ENSCPRG00005009667)	PNPLA8 (ENSCPRG00005009762)	ENSCPRG00005009771	THAP5 (ENSCPRG00005009772)	DNAJB9 (ENSCPRG00005009773)	IMMP2L (ENSCPRG00005009798)	ENSCPRG00005009800	LRRN3 (ENSCPRG00005009805)	ENSCPRG00005009811	ENSCPRG00005009815	DOCK4 (ENSCPRG00005009836)
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00960000189677	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000162392	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246
tuatara	MODERN SPECIES	1937	ENSSPUG00000008990	ANO6 (ENSSPUG00000009018)	DBX2 (ENSSPUG00000009081)	ENSSPUG00000009098	NELL2 (ENSSPUG00000009119)	ENSSPUG00000009150	ENSSPUG00000009166	TWF1 (ENSSPUG00000009180)	ENSSPUG00000009190	ENSSPUG00000009203	PUS7L (ENSSPUG00000009294)	ADAMTS20 (ENSSPUG00000009668)	PRICKLE1 (ENSSPUG00000009864)	PPHLN1 (ENSSPUG00000009947)	ZCRB1 (ENSSPUG00000009960)	YAF2 (ENSSPUG00000009968) ##22	GXYLT1 (ENSSPUG00000009980)	PDZRN4 (ENSSPUG00000010010)	CNTN1 (ENSSPUG00000010047)	NRCAM (ENSSPUG00000010094)	PNPLA8 (ENSSPUG00000010137)	THAP5 (ENSSPUG00000010152)	DNAJB9 (ENSSPUG00000010158)
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00960000189677	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529.e	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00550000075044	ENSGT00940000160513	ENSGT00940000164174	ENSGT00940000155659	ENSGT00390000010852	ENSGT00390000013347.a	ENSGT00390000010292	ENSGT00390000005941	ENSGT00390000010382
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529.e	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000173141	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00550000075044	ENSGT00940000160513	ENSGT00940000164174	ENSGT00940000155659	ENSGT00390000010852	ENSGT00390000013347.a	ENSGT00390000010292	ENSGT00390000005941
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	15	SLC38A1 (ENSSMRG00000016075)	SCAF11 (ENSSMRG00000016074)	ARID2 (ENSSMRG00000016073)	ANO6 (ENSSMRG00000015831)	DBX2 (ENSSMRG00000015830)	NELL2 (ENSSMRG00000015829)	TMEM117 (ENSSMRG00000015826)	TWF1 (ENSSMRG00000015824)	IRAK4 (ENSSMRG00000015820)	PUS7L (ENSSMRG00000015816)	ADAMTS20 (ENSSMRG00000015811)	ENSSMRG00000015809	PRICKLE1 (ENSSMRG00000015808)	PPHLN1 (ENSSMRG00000015807)	ZCRB1 (ENSSMRG00000015804)	YAF2 (ENSSMRG00000015802) ##22	GXYLT1 (ENSSMRG00000015800)	PDZRN4 (ENSSMRG00000015796)	ENSSMRG00000015795	CNTN1 (ENSSMRG00000012755)	NRCAM (ENSSMRG00000012735)	PNPLA8 (ENSSMRG00000012731)	ENSSMRG00000012729	IMMP2L (ENSSMRG00000012725)	LRRN3 (ENSSMRG00000012724)	ENSSMRG00000012722	DOCK4 (ENSSMRG00000012716)	ZNF277 (ENSSMRG00000012714)	IFRD1 (ENSSMRG00000012713)	ENSSMRG00000012711	TMEM168 (ENSSMRG00000012707)
Common wall lizard	MODERN SPECIES	1	ANO6 (ENSPMRG00000015061)	DBX2 (ENSPMRG00000015025)	ENSPMRG00000015018	NELL2 (ENSPMRG00000014985)	ENSPMRG00000014966	TMEM117 (ENSPMRG00000014963)	TWF1 (ENSPMRG00000014956)	IRAK4 (ENSPMRG00000014951)	PUS7L (ENSPMRG00000014935)	ENSPMRG00000014925	ADAMTS20 (ENSPMRG00000014531)	ENSPMRG00000014462	PRICKLE1 (ENSPMRG00000014460)	PPHLN1 (ENSPMRG00000014442)	ZCRB1 (ENSPMRG00000014432)	YAF2 (ENSPMRG00000014426) ##22	GXYLT1 (ENSPMRG00000014415)	PDZRN4 (ENSPMRG00000014398)	ENSPMRG00000014392	ENSPMRG00000014384	CNTN1 (ENSPMRG00000013440)	NRCAM (ENSPMRG00000013284)	PNPLA8 (ENSPMRG00000013264)	ENSPMRG00000013260	ENSPMRG00000013255	ENSPMRG00000013252	IMMP2L (ENSPMRG00000013243)	LRRN3 (ENSPMRG00000013240)	ENSPMRG00000013235	ENSPMRG00000013233	DOCK4 (ENSPMRG00000011255)
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000160716	ENSGT00960000189677	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529.e	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT00550000075044	ENSGT00940000160513	ENSGT00940000164174	ENSGT00940000155659	ENSGT00390000010852	ENSGT00390000013347.a	ENSGT00390000010292	ENSGT01090000263438	ENSGT00390000005941	ENSGT00390000010382
Lizard	MODERN SPECIES	4	SLC38A1 (ENSACAG00000002285)	SCAF11 (ENSACAG00000002372)	ARID2 (ENSACAG00000002402)	ANO6 (ENSACAG00000002466)	DBX2 (ENSACAG00000044656)	NELL2 (ENSACAG00000002584)	TMEM117 (ENSACAG00000025764)	ENSACAG00000037012	ENSACAG00000036528	IRAK4 (ENSACAG00000002988)	PUS7L (ENSACAG00000003055)	ADAMTS20 (ENSACAG00000003071)	PRICKLE1 (ENSACAG00000003086)	PPHLN1 (ENSACAG00000003149)	ZCRB1 (ENSACAG00000003172)	YAF2 (ENSACAG00000003204) ##22	GXYLT1 (ENSACAG00000016426)	PDZRN4 (ENSACAG00000034784)	CNTN1 (ENSACAG00000016139)	NRCAM (ENSACAG00000000007)	PNPLA8 (ENSACAG00000000006)	ENSACAG00000040411	ENSACAG00000041957	IMMP2L (ENSACAG00000005218)	LRRN3 (ENSACAG00000005217)	ENSACAG00000036238	ENSACAG00000028969	DOCK4 (ENSACAG00000004963)	ENSACAG00000045332	ZNF277 (ENSACAG00000007100)	IFRD1 (ENSACAG00000007037)
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000158917	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00960000189677	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000157529.f	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT00550000075044	ENSGT00940000160513	ENSGT00940000155659	ENSGT00390000010852	ENSGT00390000013347.a	ENSGT01090000263438	ENSGT00390000005941	ENSGT00390000010382	ENSGT00890000139436.B	ENSGT00940000157682.B	ENSGT00940000155480
Indian cobra	MODERN SPECIES	6	SLC38A1 (ENSNNAG00000017537)	ENSNNAG00000017547	ENSNNAG00000017561	ENSNNAG00000017583	ANO6 (ENSNNAG00000017597)	DBX2 (ENSNNAG00000017612)	NELL2 (ENSNNAG00000017626)	TMEM117 (ENSNNAG00000017655)	TWF1 (ENSNNAG00000017659)	IRAK4 (ENSNNAG00000017665)	PPHLN1 (ENSNNAG00000003204)	ENSNNAG00000003211	ENSNNAG00000003218	ENSNNAG00000003227	ZCRB1 (ENSNNAG00000003250)	YAF2 (ENSNNAG00000003292) ##22	GXYLT1 (ENSNNAG00000003308)	ENSNNAG00000003327	MDM1 (ENSNNAG00000003362)	RAP1B (ENSNNAG00000003550)	SLC35E3 (ENSNNAG00000003574)	MDM2 (ENSNNAG00000003708)	CPM (ENSNNAG00000004534)	ENSNNAG00000004555	ENSNNAG00000004569	YEATS4 (ENSNNAG00000004591)	ENSNNAG00000004645	FRS2 (ENSNNAG00000004685)	CCT2 (ENSNNAG00000004714)	LRRC10 (ENSNNAG00000004782)	ENSNNAG00000004804
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	61													ENSGT00940000157529.f	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT00940000160513	ENSGT00550000075044	ENSGT00940000155659	ENSGT00390000010852	ENSGT00390000013347.a	ENSGT01090000263438	ENSGT00390000005941	ENSGT00390000010382	ENSGT00890000139436.B	ENSGT00940000157682.B	ENSGT00940000155480
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	57													ENSGT00940000157529.f	ENSGT00390000016228	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT00940000160513	ENSGT00550000075044	ENSGT00940000155659	ENSGT00390000010852	ENSGT00390000013347.a	ENSGT01090000263438	ENSGT00390000005941	ENSGT00390000010382	ENSGT00890000139436.B	ENSGT00940000157682.B	ENSGT00940000155480
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	26													ENSNSUG00000013589	PPHLN1 (ENSNSUG00000013588)	ZCRB1 (ENSNSUG00000013587)	YAF2 (ENSNSUG00000013586) ##22	GXYLT1 (ENSNSUG00000013585)	ENSNSUG00000013584	CNTN1 (ENSNSUG00000013368)	ENSNSUG00000013367	ENSNSUG00000013366	PNPLA8 (ENSNSUG00000013355)	LRRN3 (ENSNSUG00000013353)	IMMP2L (ENSNSUG00000013352)	DOCK4 (ENSNSUG00000013292)	ZNF277 (ENSNSUG00000013176)	IFRD1 (ENSNSUG00000013175)	ENSNSUG00000013174	TMEM168 (ENSNSUG00000013173)	BMT2 (ENSNSUG00000013172)	GPR85 (ENSNSUG00000013171)
Eastern brown snake	DUPLICATION
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	58	MEIG1 (ENSPTXG00000016605)	DCLRE1C (ENSPTXG00000016602)	HSPA14 (ENSPTXG00000016599)	CDNF (ENSPTXG00000016596)	FAM107B (ENSPTXG00000016595)	FRMD4A (ENSPTXG00000016594)	PRPF18 (ENSPTXG00000016593)	BEND7 (ENSPTXG00000016592)	SEPHS1 (ENSPTXG00000016590)	PHYH (ENSPTXG00000016587)	ENSPTXG00000016585	OPTN (ENSPTXG00000016580)	CCDC3 (ENSPTXG00000016578)	PPHLN1 (ENSPTXG00000016574)	ZCRB1 (ENSPTXG00000016571)	ENSPTXG00000016568 ##22	YAF2 (ENSPTXG00000016565) ##22	GXYLT1 (ENSPTXG00000016562)	CNTN1 (ENSPTXG00000015176)	ENSPTXG00000015151	ENSPTXG00000015150	PNPLA8 (ENSPTXG00000015147)	LRRN3 (ENSPTXG00000015146)	IMMP2L (ENSPTXG00000015145)	DOCK4 (ENSPTXG00000011889)	ZNF277 (ENSPTXG00000011880)	IFRD1 (ENSPTXG00000011879)	TMEM168 (ENSPTXG00000011878)	BMT2 (ENSPTXG00000011877)	GPR85 (ENSPTXG00000011876)	PPP1R3A (ENSPTXG00000011875)
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	58	DCLRE1C (ENSPTXG00000016602)	HSPA14 (ENSPTXG00000016599)	CDNF (ENSPTXG00000016596)	FAM107B (ENSPTXG00000016595)	FRMD4A (ENSPTXG00000016594)	PRPF18 (ENSPTXG00000016593)	BEND7 (ENSPTXG00000016592)	SEPHS1 (ENSPTXG00000016590)	PHYH (ENSPTXG00000016587)	ENSPTXG00000016585	OPTN (ENSPTXG00000016580)	CCDC3 (ENSPTXG00000016578)	PPHLN1 (ENSPTXG00000016574)	ZCRB1 (ENSPTXG00000016571)	ENSPTXG00000016568 ##22	YAF2 (ENSPTXG00000016565) ##22	GXYLT1 (ENSPTXG00000016562)	CNTN1 (ENSPTXG00000015176)	ENSPTXG00000015151	ENSPTXG00000015150	PNPLA8 (ENSPTXG00000015147)	LRRN3 (ENSPTXG00000015146)	IMMP2L (ENSPTXG00000015145)	DOCK4 (ENSPTXG00000011889)	ZNF277 (ENSPTXG00000011880)	IFRD1 (ENSPTXG00000011879)	TMEM168 (ENSPTXG00000011878)	BMT2 (ENSPTXG00000011877)	GPR85 (ENSPTXG00000011876)	PPP1R3A (ENSPTXG00000011875)	FOXP2 (ENSPTXG00000011565)
Blue-lipped sea krait	DUPLICATION
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	9997																YAF2 (ENSLLTG00000013460) ##22	ENSLLTG00000013454
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	5917																ENSLLTG00000008734 ##22
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	509														ENSGT00390000016228.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000165570
Reedfish	MODERN SPECIES		arid2 (ENSECRG00000011073)	ANO6 (ENSECRG00000011078)	DBX2 (ENSECRG00000011087)	prl2 (ENSECRG00000011090)	NELL2 (ENSECRG00000011093)	TMEM117 (ENSECRG00000000392)	ENSECRG00000000394	ENSECRG00000000399	twf1b (ENSECRG00000000412)	irak4 (ENSECRG00000000423)	pus7l (ENSECRG00000000442)	ADAMTS20 (ENSECRG00000000469)	prickle1a (ENSECRG00000000486)	PPHLN1 (ENSECRG00000000500)	zcrb1 (ENSECRG00000000518)	yaf2 (ENSECRG00000000531) ##22	gxylt1b (ENSECRG00000000555)	pdzrn4 (ENSECRG00000000580)	ENSECRG00000000592	ENSECRG00000000607	cntn1b (ENSECRG00000000640)	nrcama (ENSECRG00000000759)	PNPLA8 (ENSECRG00000001102)	ENSECRG00000001519	ENSECRG00000001560	ENSECRG00000001580	dnajb9a (ENSECRG00000001591)	ENSECRG00000001600	ENSECRG00000001610	immp2l (ENSECRG00000001686)	LRRN3 (ENSECRG00000001825)
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000155486	ENSGT00940000160716	ENSGT00950000183205.b.a.b.a.b	ENSGT00390000016138	ENSGT00940000158969	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B	ENSGT00810000125439.B	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228.b	ENSGT00390000013995.b.b ##22	ENSGT00940000156242	ENSGT00950000183062.a.a.b	ENSGT00940000155915	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246	ENSGT00940000155504	ENSGT00940000154709.a.b.b	ENSGT00940000153901.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a	ENSGT00550000075044	ENSGT00940000160513
Spotted gar	MODERN SPECIES	237						ENSLOCG00000017440	ENSLOCG00000001672	twf1b (ENSLOCG00000001638)	irak4 (ENSLOCG00000001620)	pus7l (ENSLOCG00000001587)	ADAMTS20 (ENSLOCG00000001507)	ENSLOCG00000001494	prickle1a (ENSLOCG00000001460)	pphln1 (ENSLOCG00000001448)	zcrb1 (ENSLOCG00000001409)	yaf2 (ENSLOCG00000001370) ##22	gxylt1b (ENSLOCG00000001360)	pdzrn4 (ENSLOCG00000001340)	ENSLOCG00000001323	cntn1b (ENSLOCG00000001255)	nrcama (ENSLOCG00000001143)	PNPLA8 (ENSLOCG00000001102)	ENSLOCG00000001076	ENSLOCG00000001060	dnajb9a (ENSLOCG00000001014)	dnm1l (ENSLOCG00000000949)	tnnt2d (ENSLOCG00000000913)	CALD1 (ENSLOCG00000000883)	bpgm (ENSLOCG00000000860)	tnni4b.2 (ENSLOCG00000000803)
Osteoglossocephalai	DUPLICATION
Osteoglossocephalai	DUPLICATION
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B	ENSGT00810000125439.B.c.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT00390000013052	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228.b	ENSGT00390000016228.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246	ENSGT00940000155504
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	317												ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00940000168203	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	258										ENSGT00990000203615.a.a.b	ENSGT00940000156680.b	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000155067.a	ENSGT00940000155067.b.a	ENSGT00940000158254	ENSGT00950000183117.a.a	ENSGT00390000006747	ENSGT01030000234578.B.a	ENSGT00390000014084
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	59	ENSGT00940000159122.h	ENSGT00940000153588.a.a.a	ENSGT00940000155472.a.b.a.a	ENSGT00510000047764	ENSGT00940000156619	ENSGT00390000015216	ENSGT00940000157480	ENSGT00940000156566	ENSGT00390000004237.i	ENSGT00990000203615.a.a.b	ENSGT00940000156680.b	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT00390000018647	ENSGT00940000159926	ENSGT00530000063347.B	ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b	ENSGT01010000222360.E.d	ENSGT00940000154156.c.b	ENSGT00730000111591.b	ENSGT00980000199243	ENSGT00940000159260.h
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	112				ENSGT00390000004237.i	ENSGT00990000203615.a.a.b	ENSGT00940000156680.b	ENSGT01020000230394.e.a.a.a.a.b	ENSGT00940000180254	ENSGT00940000157255.c.b	ENSGT00950000182818.B.c	ENSGT00810000125439.B.c.a	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT00390000018647	ENSGT00940000159926	ENSGT00530000063347.B	ENSGT01010000222360.E.d	ENSGT00940000154156.c.b	ENSGT00730000111591.b	ENSGT00980000199243	ENSGT00940000159260.h	ENSGT00510000047270
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT01070000254199	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00390000006791	ENSGT00390000004237.i	ENSGT00990000203615.a.a.b	ENSGT00940000156680.b	ENSGT01020000230394.e.a.a.a.a.b	ENSGT00940000180254	ENSGT00940000157255.c.b	ENSGT00950000182818.B.c	ENSGT00810000125439.B.c.a	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT00390000018647	ENSGT00940000159926	ENSGT00530000063347.B	ENSGT01010000222360.E.d	ENSGT00940000154156.c.b	ENSGT00730000111591.b	ENSGT00980000199243	ENSGT00940000159260.h	ENSGT00510000047270
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	260		ENSGT01100000263533.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00390000006791	ENSGT00390000004237.i	ENSGT00990000203615.a.a.b	ENSGT00940000156680.b	ENSGT01020000230394.e.a.a.a.a.b	ENSGT00940000180254	ENSGT00940000157255.c.b	ENSGT00950000182818.B.c	ENSGT00810000125439.B.c.a	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	22	cmasa (ENSAMXG00000042802)	kcnj8 (ENSAMXG00000019562)	abcc9 (ENSAMXG00000019554)	ENSAMXG00000030722	plxnb2a.1 (ENSAMXG00000019507)	ENSAMXG00000037561	NUAK1 (ENSAMXG00000037988)	prl2 (ENSAMXG00000043504)	NELL2 (ENSAMXG00000016579)	ENSAMXG00000041325	twf1b (ENSAMXG00000032910)	pus7l (ENSAMXG00000016571)	prickle1b (ENSAMXG00000016570)	pphln1 (ENSAMXG00000016566)	zcrb1 (ENSAMXG00000033790)	yaf2 (ENSAMXG00000036088) ##22	gxylt1b (ENSAMXG00000016560)	gpr85 (ENSAMXG00000025298)	ENSAMXG00000042755	foxp2 (ENSAMXG00000020959)	mdfic (ENSAMXG00000029273)	tfec (ENSAMXG00000040343)	arl1 (ENSAMXG00000021056)	UTP20 (ENSAMXG00000021039)	SLC5A8 (ENSAMXG00000021075)	lyrm5a (ENSAMXG00000021120)	tmem209 (ENSAMXG00000021128)	ahcyl2b (ENSAMXG00000038822)	ENSAMXG00000041921	cd9b (ENSAMXG00000043349)	SMKR1 (ENSAMXG00000038627)
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	308				kcnj8 (ENSPNAG00000023456)	abcc9 (ENSPNAG00000003774)	plxnb2a.1 (ENSPNAG00000023590)	ENSPNAG00000023598	NUAK1 (ENSPNAG00000023611)	prl2 (ENSPNAG00000023619)	NELL2 (ENSPNAG00000023701)	twf1b (ENSPNAG00000023729)	pus7l (ENSPNAG00000023742)	prickle1b (ENSPNAG00000023827)	pphln1 (ENSPNAG00000023896)	zcrb1 (ENSPNAG00000023955)	yaf2 (ENSPNAG00000005797) ##22	gxylt1b (ENSPNAG00000024005)
Electric eel	MODERN SPECIES	164							ENSEEEG00000024195	ENSEEEG00000024194	prl2 (ENSEEEG00000024191)	NELL2 (ENSEEEG00000024179)	twf1b (ENSEEEG00000024156)	pus7l (ENSEEEG00000024155)	prickle1b (ENSEEEG00000024154)	pphln1 (ENSEEEG00000024151)	zcrb1 (ENSEEEG00000024149)	yaf2 (ENSEEEG00000024148) ##22	pdzrn4 (ENSEEEG00000024146)	cntn1b (ENSEEEG00000024128)	nrcama (ENSEEEG00000024101)	ENSEEEG00000024092	ENSEEEG00000024091	ENSEEEG00000024090	naga (ENSEEEG00000024088)	vegfab (ENSEEEG00000024087)	mrps18a (ENSEEEG00000024083)	rsph9 (ENSEEEG00000024082)	tmem63a (ENSEEEG00000024077)	pou3f2a (ENSEEEG00000024071)	ENSEEEG00000024069	FAXC (ENSEEEG00000024068)	ccnc (ENSEEEG00000024059)
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT01100000263519.A.b.b.a.a	ENSGT00390000004237.i	ENSGT00990000203615.a.a.b	ENSGT00940000156680.b	ENSGT01020000230394.e.a.a.a.a.b	ENSGT00940000180254	ENSGT00940000157255.c.b	ENSGT00950000182818.B.c	ENSGT00810000125439.B.c.a	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT00390000018647	ENSGT00940000159926	ENSGT00530000063347.B	ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b	ENSGT01010000222360.E.d	ENSGT00390000004106	ENSGT00980000199676	ENSGT00940000178824	ENSGT00940000175936
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	44	ENSGT00940000153272.a.b.d.e	ENSGT00390000006791.`b.a	ENSGT00390000004237.i.c	ENSGT00990000203615.a.a.b.d	ENSGT00940000156680.b.f	ENSGT01020000230394.e.a.a.a.a.b.c	ENSGT00940000180254	ENSGT00940000157255.c.b.k	ENSGT00950000182818.B.c.d	ENSGT00810000125439.B.c.a.f	ENSGT00530000063868.b.l.d.b	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b.a	ENSGT00390000016228.a.a.b	ENSGT00730000111061.i.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.a.a ##22	ENSGT00730000111061.j	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.b ##22	ENSGT00940000156242.c.b.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a.c	ENSGT00940000155915.b.a	ENSGT00940000155419.c.b.b	ENSGT00940000154738.a.r.b	ENSGT00390000003444.d
Goldfish	DUPLICATION
Goldfish	MODERN SPECIES	21	ENSCARG00000055033	lyrm5a (ENSCARG00000055052)	UTP20 (ENSCARG00000055081)	ARL1 (ENSCARG00000055137)	tnnt2e (ENSCARG00000055169)	ENSCARG00000055404	tnni4a (ENSCARG00000055431)	ccdc3a (ENSCARG00000055522)	optn (ENSCARG00000055531)	ENSCARG00000055548	ENSCARG00000055564	twf1b (ENSCARG00000055610)	pus7l (ENSCARG00000055654)	prickle1b (ENSCARG00000055699)	pphln1 (ENSCARG00000055722)	yaf2 (ENSCARG00000055798) ##22	pdzrn4 (ENSCARG00000055814)	cntn1b (ENSCARG00000055828)	nrcama (ENSCARG00000056635)	ENSCARG00000068135	irf5 (ENSCARG00000068296)	tnpo3 (ENSCARG00000068322)	calua (ENSCARG00000068372)	mdm1 (ENSCARG00000068382)	ENSCARG00000068412	il26 (ENSCARG00000068428)	ENSCARG00000068449	ifng1r (ENSCARG00000068452)	ifng1 (ENSCARG00000068458)	dyrk2 (ENSCARG00000068472)	cand1 (ENSCARG00000068509)
Goldfish	MODERN SPECIES	21	anks1b (ENSCARG00000026817)	avpr2l (ENSCARG00000030407)	dnajb9b (ENSCARG00000030416)	spic (ENSCARG00000030425)	mybpc1 (ENSCARG00000030596)	gnptab (ENSCARG00000034674)	chpt1 (ENSCARG00000034926)	dram1 (ENSCARG00000035003)	washc3 (ENSCARG00000035026)	cwf19l1 (ENSCARG00000035086)	nrip2 (ENSCARG00000035479)	itfg2 (ENSCARG00000035504)	recql (ENSCARG00000035666)	ascl1a (ENSCARG00000036515)	pah (ENSCARG00000036518)	yaf2 (ENSCARG00000036520) ##22	pdzrn4 (ENSCARG00000036532)	nrcama (ENSCARG00000036973)	ENSCARG00000047724	btg1 (ENSCARG00000048709)	caprin2 (ENSCARG00000048732)	sinhcaf (ENSCARG00000048888)	dennd5b (ENSCARG00000049058)	pkp2 (ENSCARG00000050212)	tcp11l2 (ENSCARG00000050317)	stmp1 (ENSCARG00000050363)	golt1ba (ENSCARG00000050379)	spx (ENSCARG00000050404)	gys2 (ENSCARG00000050460)	kiss2 (ENSCARG00000050789)	ldhba (ENSCARG00000050805)
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	123	ENSGT01100000263533.b.b.b.a.b.a.b	ENSGT00390000006791.`b.a	ENSGT00390000004237.i.c	ENSGT00990000203615.a.a.b.d	ENSGT00940000156680.b.f	ENSGT01020000230394.e.a.a.a.a.b.c	ENSGT00940000180254	ENSGT00940000157255.c.b.k	ENSGT00950000182818.B.c.d	ENSGT00810000125439.B.c.a.f	ENSGT00530000063868.b.l.d.b	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b.a	ENSGT00390000016228.a.a.b	ENSGT00730000111061.i.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.a.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a.c	ENSGT00940000155915.b.a	ENSGT00940000155419.c.b.b	ENSGT00940000154738.a.r.b	ENSGT00390000003444.d	ENSGT00940000159926.n	ENSGT00530000063347.B.j	ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b.p	ENSGT01010000222360.E.d.c	ENSGT00390000004106.j	ENSGT00980000199676.a	ENSGT00940000178824.a	ENSGT00940000175936.b	ENSGT00390000007831.d.b
Common carp reference	MODERN SPECIES	36	akr1b1.1 (ENSCCRG00000059631)	shisal1a (ENSCCRG00000058971)	cmasa (ENSCCRG00000011787)	kcnj8 (ENSCCRG00000012123)	abcc9 (ENSCCRG00000012185)	ENSCCRG00000016731	ENSCCRG00000017189	ENSCCRG00000076109	ENSCCRG00000058042	prl2 (ENSCCRG00000021328)	ENSCCRG00000054579	pus7l (ENSCCRG00000051866)	prickle1b (ENSCCRG00000051855)	PPHLN1 (ENSCCRG00000051854)	zcrb1 (ENSCCRG00000051853)	yaf2 (ENSCCRG00000064961) ##22	gxylt1b (ENSCCRG00000051852)	pdzrn4 (ENSCCRG00000059716)	nrcama (ENSCCRG00000021202)	ENSCCRG00000020795	ENSCCRG00000071258	tnpo3 (ENSCCRG00000041036)	irf5 (ENSCCRG00000020746)	calua (ENSCCRG00000041689)	mdm1 (ENSCCRG00000020737)	ENSCCRG00000054501	il26 (ENSCCRG00000071306)	ENSCCRG00000004693	ifng1r (ENSCCRG00000031838)	ifng1 (ENSCCRG00000004662)	dyrk2 (ENSCCRG00000041747)
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000153272.a.b.c.f	ENSGT00940000153272.a.b.d.f	ENSGT01100000263519.A.b.b.a.a	ENSGT00390000006791.`b.b	ENSGT00390000004237.i.d	ENSGT00990000203615.a.a.b.c	ENSGT00940000156680.b.e	ENSGT01020000230394.e.a.a.a.a.b.d	ENSGT00940000157255.c.b.l	ENSGT00950000182818.B.c.c	ENSGT00810000125439.B.c.a.e	ENSGT00530000063868.b.l.d.a	ENSGT00940000157529.i.b.b	ENSGT00390000016228.a.a.a	ENSGT00730000111061.i.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.a.b ##22	ENSGT00940000156242.c.b.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a.d	ENSGT00940000155915.b.b	ENSGT00940000155419.c.b.a	ENSGT00940000154738.a.r.a	ENSGT00390000003444.c	ENSGT00390000018647	ENSGT00940000159926.m	ENSGT00530000063347.B.i	ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b.o	ENSGT01010000222360.E.d.d	ENSGT00390000004106.i	ENSGT00980000199676.b	ENSGT00940000178824.b	ENSGT00940000175936.a
Goldfish	DUPLICATION
Goldfish	MODERN SPECIES	33	akr1b1.2 (ENSCARG00000003406)	akr1b1.1 (ENSCARG00000003372)	shisal1a (ENSCARG00000003357)	cmasa (ENSCARG00000003338)	ENSCARG00000003330	kcnj8 (ENSCARG00000003319)	abcc9 (ENSCARG00000002932)	PLXNB2 (ENSCARG00000002540)	ENSCARG00000016374	prl2 (ENSCARG00000016359)	NELL2 (ENSCARG00000011776)	twf1b (ENSCARG00000011567)	prickle1b (ENSCARG00000011561)	pphln1 (ENSCARG00000011543)	zcrb1 (ENSCARG00000011524)	yaf2 (ENSCARG00000011519) ##22	gxylt1b (ENSCARG00000011502)	pdzrn4 (ENSCARG00000011492)	ENSCARG00000011486	pkp2 (ENSCARG00000011469)	tcp11l2 (ENSCARG00000011435)	stmp1 (ENSCARG00000011426)	golt1ba (ENSCARG00000011406)	spx (ENSCARG00000011395)	gys2 (ENSCARG00000009377)	kiss2 (ENSCARG00000009295)	ldhba (ENSCARG00000009278)	slc25a3a (ENSCARG00000009248)	tmpoa (ENSCARG00000009100)	strap (ENSCARG00000009037)	ETNK1 (ENSCARG00000009012)
Goldfish	MODERN SPECIES	33	HELB (ENSCARG00000014800)	wif1 (ENSCARG00000014617)	tmbim4 (ENSCARG00000014598)	grip1 (ENSCARG00000009323)	cand1 (ENSCARG00000009125)	abcc9 (ENSCARG00000008991)	ENSCARG00000008957	PLXNB2 (ENSCARG00000007575)	NUAK1 (ENSCARG00000007466)	prl2 (ENSCARG00000007444)	NELL2 (ENSCARG00000007039)	twf1b (ENSCARG00000006961)	prickle1b (ENSCARG00000006945)	pphln1 (ENSCARG00000006898)	zcrb1 (ENSCARG00000006853)	yaf2 (ENSCARG00000006839) ##22	nrf1 (ENSCARG00000006810)	ENSCARG00000006786	zc3hc1 (ENSCARG00000006771)	klhdc10 (ENSCARG00000006764)	cax1 (ENSCARG00000006742)	smo (ENSCARG00000006685)	tspan33a (ENSCARG00000006672)	slc26a5 (ENSCARG00000003552)	psmc2 (ENSCARG00000003421)	prdm4 (ENSCARG00000003416)	akr1b1.2 (ENSCARG00000003406)	akr1b1.1 (ENSCARG00000003372)	shisal1a (ENSCARG00000003357)	cmasa (ENSCARG00000003338)	ENSCARG00000003330
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	213	ENSGT00940000153272.a.b.c.f	ENSGT00940000153272.a.b.d.f	ENSGT01100000263519.A.b.b.a.a	ENSGT00390000006791.`b.b	ENSGT00390000004237.i.d	ENSGT00990000203615.a.a.b.c	ENSGT00940000156680.b.e	ENSGT01020000230394.e.a.a.a.a.b.d	ENSGT00940000157255.c.b.l	ENSGT00950000182818.B.c.c	ENSGT00810000125439.B.c.a.e	ENSGT00530000063868.b.l.d.a	ENSGT00940000157529.i.b.b	ENSGT00390000016228.a.a.a	ENSGT00730000111061.i.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.a.b ##22	ENSGT00940000156242.c.b.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a.d	ENSGT00940000155915.b.b	ENSGT00940000155419.c.b.a	ENSGT00940000154738.a.r.a	ENSGT00390000003444.c	ENSGT00390000018647	ENSGT00940000159926.m	ENSGT00530000063347.B.i	ENSGT01030000234549.a.a.a.a.b.o	ENSGT01010000222360.E.d.d	ENSGT00390000004106.i	ENSGT00980000199676.b	ENSGT00940000178824.b	ENSGT00940000175936.a
Common carp reference	MODERN SPECIES	8	akr1b1.2 (ENSCCRG00000001707)	akr1b1.1 (ENSCCRG00000016111)	si:dkey-14k9.3 (ENSCCRG00000065755)	shisal1a (ENSCCRG00000069623)	cmasa (ENSCCRG00000067108)	kcnj8 (ENSCCRG00000021232)	abcc9 (ENSCCRG00000021241)	ENSCCRG00000021367	ENSCCRG00000025435	prl2 (ENSCCRG00000079802)	ENSCCRG00000069855	twf1b (ENSCCRG00000051869)	prickle1b (ENSCCRG00000017147)	PPHLN1 (ENSCCRG00000052277)	zcrb1 (ENSCCRG00000052279)	yaf2 (ENSCCRG00000055663) ##22	gxylt1b (ENSCCRG00000022249)	pdzrn4 (ENSCCRG00000076324)	cntn1b (ENSCCRG00000019823)	nrcama (ENSCCRG00000022642)	ENSCCRG00000040957	ENSCCRG00000040966	ENSCCRG00000062302	irf5 (ENSCCRG00000040980)	tnpo3 (ENSCCRG00000019437)	opn1sw1 (ENSCCRG00000041076)	calua (ENSCCRG00000020739)	mdm1 (ENSCCRG00000041703)	ENSCCRG00000004733	il26 (ENSCCRG00000041719)	ENSCCRG00000041726
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	44	ENSGT00390000004237.i.c	ENSGT00990000203615.a.a.b.d	ENSGT00940000156680.b.f	ENSGT01020000230394.e.a.a.a.a.b.c	ENSGT00940000180254	ENSGT00940000157255.c.b.k	ENSGT00950000182818.B.c.d	ENSGT00810000125439.B.c.a.f	ENSGT00530000063868.b.l.d.b	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b.a	ENSGT00390000016228.a.a.b	ENSGT00730000111061.i.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.a.a ##22	ENSGT00730000111061.j	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.b ##22	ENSGT00940000156242.c.b.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a.c	ENSGT00940000155915.b.a	ENSGT00940000155419.c.b.b	ENSGT00940000154738.a.r.b	ENSGT00390000003444.d
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	1020															ENSGT00730000111061.j	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.b ##22
Golden-line barbel	DUPLICATION
Golden-line barbel	MODERN SPECIES		akr1b1.1 (ENSSGRG00000010298)	ENSSGRG00000010296	shisal1a (ENSSGRG00000010295)	cmasa (ENSSGRG00000010280)	ENSSGRG00000010277	kcnj8 (ENSSGRG00000010274)	abcc9 (ENSSGRG00000005158)	PLXNB2 (ENSSGRG00000004903)	ENSSGRG00000004895	ENSSGRG00000004892	prl2 (ENSSGRG00000004889)	NELL2 (ENSSGRG00000001888)	twf1b (ENSSGRG00000001399)	pus7l (ENSSGRG00000001367)	prickle1b (ENSSGRG00000001360)	yaf2 (ENSSGRG00000001358) ##22	gxylt1b (ENSSGRG00000001353)	pphln1 (ENSSGRG00000001340)	pdzrn4 (ENSSGRG00000001329)	cntn1b (ENSSGRG00000000926)	nrcama (ENSSGRG00000000923)	ENSSGRG00000000922	PNPLA8 (ENSSGRG00000000920)	irf5 (ENSSGRG00000000867)	tnpo3 (ENSSGRG00000000853)	opn1sw1 (ENSSGRG00000000818)	calua (ENSSGRG00000000813)	mdm1 (ENSSGRG00000000812)	ENSSGRG00000000807	il26 (ENSSGRG00000000806)	ENSSGRG00000000797
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	89	akr1b1.1 (ENSSGRG00000052529)	ENSSGRG00000052527	shisal1a (ENSSGRG00000052525)	cmasa (ENSSGRG00000052523)	kcnj8 (ENSSGRG00000052521)	abcc9 (ENSSGRG00000051582)	PLXNB2 (ENSSGRG00000051135)	ENSSGRG00000051123	prl2 (ENSSGRG00000051121)	NELL2 (ENSSGRG00000050712)	twf1b (ENSSGRG00000050700)	pus7l (ENSSGRG00000050699)	prickle1b (ENSSGRG00000050696)	pphln1 (ENSSGRG00000050694)	zcrb1 (ENSSGRG00000050693)	yaf2 (ENSSGRG00000050692) ##22	gxylt1b (ENSSGRG00000050691)	pdzrn4 (ENSSGRG00000050690)	cntn1b (ENSSGRG00000050186)	nrcama (ENSSGRG00000045487)	ENSSGRG00000045350	ENSSGRG00000045349	ENSSGRG00000045347	irf5 (ENSSGRG00000045204)	tnpo3 (ENSSGRG00000044778)	opn1sw1 (ENSSGRG00000044758)	calua (ENSSGRG00000044756)	ENSSGRG00000044754	ENSSGRG00000044753	ifng1r (ENSSGRG00000044752)	ifng1 (ENSSGRG00000044747)
Zebrafish	MODERN SPECIES	19	abcc9 (ENSDARG00000015985)	plxnb2a.3 (ENSDARG00000079892)	plxnb2a.2 (ENSDARG00000077090)	ENSDARG00000094799	plxnb2a.1 (ENSDARG00000003811)	NUAK1 (ENSDARG00000020086)	prl2 (ENSDARG00000018744)	NELL2 (ENSDARG00000062797)	twf1b (ENSDARG00000011661)	pus7l (ENSDARG00000069780)	ENSDARG00000093588	ENSDARG00000113738	ENSDARG00000109403	prickle1b (ENSDARG00000045694)	zcrb1 (ENSDARG00000045691)	yaf2 (ENSDARG00000015966) ##22	pphln1 (ENSDARG00000045692)	gxylt1b (ENSDARG00000022550)	pdzrn4 (ENSDARG00000045687)	cntn1b (ENSDARG00000045685)	ENSDARG00000112990	nrcama (ENSDARG00000006396)	ENSDARG00000105458	PNPLA8 (ENSDARG00000078745)	ccdc87 (ENSDARG00000045683)	irf5 (ENSDARG00000045681)	tnpo3 (ENSDARG00000045680)	opn1sw1 (ENSDARG00000045677)	calua (ENSDARG00000045676)	mdm1 (ENSDARG00000045675)	il22 (ENSDARG00000045673)
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00940000153772.A	ENSGT00940000156878.i.b.b	ENSGT01030000235320	ENSGT00940000162970	ENSGT00390000004237	ENSGT00990000203615.a.a.b	ENSGT00940000156680.b	ENSGT01020000230394.e.a.a.a.a.b	ENSGT00940000157255.c.b	ENSGT00950000182818.B.c	ENSGT00810000125439.B.c.a	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000155067.a	ENSGT00940000155067.b.a	ENSGT00940000158254	ENSGT00950000183117.a.a	ENSGT00390000006747	ENSGT01030000234578.B.a
Denticle herring	MODERN SPECIES	6	kcnj8 (ENSDCDG00000035469)	abcc9 (ENSDCDG00000035428)	PLXNB2 (ENSDCDG00000035409)	ENSDCDG00000035401	prl2 (ENSDCDG00000035399)	NELL2 (ENSDCDG00000035315)	PLXNB2 (ENSDCDG00000035117)	ENSDCDG00000035029	prl2 (ENSDCDG00000035022)	NELL2 (ENSDCDG00000034970)	twf1b (ENSDCDG00000034941)	pus7l (ENSDCDG00000034937)	prickle1b (ENSDCDG00000034932)	pphln1 (ENSDCDG00000034925)	zcrb1 (ENSDCDG00000034921)	yaf2 (ENSDCDG00000034919) ##22	gxylt1b (ENSDCDG00000034917)	pdzrn4 (ENSDCDG00000034914)	cntn1b (ENSDCDG00000034463)	nrcama (ENSDCDG00000029488)	PNPLA8 (ENSDCDG00000029201)	ENSDCDG00000029196	dnajb9b (ENSDCDG00000029195)	spic (ENSDCDG00000029194)	ENSDCDG00000029193	mybpc1 (ENSDCDG00000029140)	chpt1 (ENSDCDG00000029097)	gnptab (ENSDCDG00000029089)	ENSDCDG00000029084	dram1 (ENSDCDG00000029082)	washc3 (ENSDCDG00000029081)
Atlantic herring	MODERN SPECIES	7	PRKCE (ENSCHAG00000023351)	ENSCHAG00000023576	glud1b (ENSCHAG00000023618)	ENSCHAG00000023665	bmpr1ab (ENSCHAG00000023695)	ENSCHAG00000024268	samd8 (ENSCHAG00000024278)	ENSCHAG00000024313	ENSCHAG00000024329	prickle1b (ENSCHAG00000024638)	ENSCHAG00000024650	pus7l (ENSCHAG00000024665)	twf1b (ENSCHAG00000024685)	ENSCHAG00000024699	zcrb1 (ENSCHAG00000024705)	yaf2 (ENSCHAG00000024722) ##22	gxylt1b (ENSCHAG00000024738)	pdzrn4 (ENSCHAG00000024743)	cntn1b (ENSCHAG00000024773)	nrcama (ENSCHAG00000025303)	PNPLA8 (ENSCHAG00000000806)	ENSCHAG00000001323	avpr2l (ENSCHAG00000001340)	ENSCHAG00000001371	dnajb9b (ENSCHAG00000001383)	spic (ENSCHAG00000001413)	ENSCHAG00000001449	mybpc1 (ENSCHAG00000001488)	chpt1 (ENSCHAG00000001746)	gnptab (ENSCHAG00000002251)	ascl1a (ENSCHAG00000004363)
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	288												ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b
Protacanthopterygii	DUPLICATION
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	10										ENSGT00940000158825.d	ENSGT00940000157816.a.a	ENSGT00390000014700.b.a.a	ENSGT01010000222986	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.c ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a.g	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT00940000159018.d	ENSGT00390000007427	ENSGT00390000000068.a.b
Salmoninae	DUPLICATION
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	171												ENSGT00390000014700.b.a.a	ENSGT01010000222986.a	ENSGT00940000157529.i.a.f	ENSGT00390000016228.a.b.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.c.a ##22	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b.f	ENSGT00940000155915.a.d	ENSGT00940000155419.c.a.h	ENSGT00940000154738.a.q.c	ENSGT00940000156246.c.a.c	ENSGT00940000155504.k.a.c	ENSGT00940000154709.a.b.b.c.c	ENSGT00950000182926.a.o	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b.g	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000159018.d	ENSGT00390000007427	ENSGT00390000000068.a.b.d	ENSGT00940000158576.a.b.a
Huchen	MODERN SPECIES	11092																YAF2 (ENSHHUG00000013044) ##22
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	65			ENSGT00940000161262.a.m.b	ENSGT00390000013899.b.a	ENSGT00940000164361.j	ENSGT00940000153561.b.a.a.b.y.a.a.a	ENSGT00940000157182.g.a.f	ENSGT00940000161128.f.b	ENSGT00940000158825.d.a	ENSGT00940000157816.a.a.a	ENSGT00940000159763.o	ENSGT00390000014700.b.a.a	ENSGT01010000222986.a	ENSGT00940000157529.i.a.f	ENSGT00390000016228.a.b.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.c.a ##22	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b.f	ENSGT00940000155915.a.d	ENSGT00940000155419.c.a.h	ENSGT00940000154738.a.q.c	ENSGT00940000156246.c.a.c	ENSGT00940000155504.k.a.c	ENSGT00940000154709.a.b.b.c.c	ENSGT00950000182926.a.o	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b.g	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000159018.d	ENSGT00390000007427	ENSGT00390000000068.a.b.d	ENSGT00940000158576.a.b.a
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000157089.A.a	ENSGT00940000159073	ENSGT00940000161262.a.m.b	ENSGT00390000013899.b.a	ENSGT00940000164361.j	ENSGT00940000153561.b.a.a.b.y.a.a.b.a.a	ENSGT00940000157182.g.a.f	ENSGT00940000161128.f.b	ENSGT00940000158825.d.a	ENSGT00940000157816.a.a.a	ENSGT00940000159763.o	ENSGT00390000014700.b.a.a	ENSGT01010000222986.a	ENSGT00940000157529.i.a.f	ENSGT00390000016228.a.b.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.c.a ##22	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b.f	ENSGT01080000258033.b	ENSGT00940000155915.a.d	ENSGT00940000155419.c.a.h	ENSGT00940000154738.a.q.c	ENSGT00940000156246.c.a.c	ENSGT00940000155504.k.a.c	ENSGT00940000154709.a.b.b.c.c	ENSGT00950000182926.a.o	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b.g	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000159018.d	ENSGT00390000007427	ENSGT00390000000068.a.b.d
Rainbow trout	MODERN SPECIES	11	zgc:101566 (ENSOMYG00000060894)	ENSOMYG00000071093	ENSOMYG00000003104	acte1 (ENSOMYG00000003165)	shank2b (ENSOMYG00000003266)	ENSOMYG00000049965	ENSOMYG00000004758	FGF3 (ENSOMYG00000006256)	FGF4 (ENSOMYG00000068115)	CCND1 (ENSOMYG00000052324)	ENSOMYG00000054271	ENSOMYG00000006457	ENSOMYG00000006496	PRICKLE1 (ENSOMYG00000006515)	PPHLN1 (ENSOMYG00000006575)	YAF2 (ENSOMYG00000006598) ##22	PDZRN4 (ENSOMYG00000006668)	ENSOMYG00000064508	CNTN1 (ENSOMYG00000007478)	NRCAM (ENSOMYG00000007983)	ENSOMYG00000057517	ENSOMYG00000008104	dnajb9a (ENSOMYG00000063751)	dnm1l (ENSOMYG00000008421)	tnnt2d (ENSOMYG00000008532)	bpgm (ENSOMYG00000008621)	tnni4b.2 (ENSOMYG00000008671)	ENSOMYG00000008682	ENSOMYG00000008691	ENSOMYG00000008715	ENSOMYG00000067016
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000012935.b	ENSGT00940000157089.A.a	ENSGT00940000159073	ENSGT00940000161262.a.m.b	ENSGT00390000013899.b.a	ENSGT00940000164361.j	ENSGT00940000153561.b.a.a.b.y.a.a.b.a.a	ENSGT00940000157182.g.a.f	ENSGT00940000161128.f.b	ENSGT00940000158825.d.a	ENSGT00940000157816.a.a.a	ENSGT00390000014700.b.a.a	ENSGT01010000222986.a	ENSGT00940000157529.i.a.f	ENSGT00390000016228.a.b.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.c.a ##22	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b.f	ENSGT01080000258033.b	ENSGT00940000155915.a.d	ENSGT00940000155419.c.a.h	ENSGT00940000154738.a.q.c	ENSGT00940000156246.c.a.c	ENSGT00940000155504.k.a.c	ENSGT00940000154709.a.b.b.c.c	ENSGT00950000182926.a.o	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b.g	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000159018.d	ENSGT00390000007427	ENSGT00390000000068.a.b.d
Coho salmon	MODERN SPECIES	14	chst1 (ENSOKIG00005006766)	zgc:101566 (ENSOKIG00005006780)	acte1 (ENSOKIG00005006792)	shank2b (ENSOKIG00005006901)	ENSOKIG00005008235	ANO1 (ENSOKIG00005008421)	FGF3 (ENSOKIG00005011347)	FGF4 (ENSOKIG00005011358)	CCND1 (ENSOKIG00005011363)	ENSOKIG00005011368	ric8a (ENSOKIG00005011374)	ENSOKIG00005011389	ENSOKIG00005011399	PRICKLE1 (ENSOKIG00005011404)	PPHLN1 (ENSOKIG00005011412)	YAF2 (ENSOKIG00005011425) ##22	ENSOKIG00005011437	PDZRN4 (ENSOKIG00005011445)	ENSOKIG00005011460	CNTN1 (ENSOKIG00005011606)	NRCAM (ENSOKIG00005012642)	ENSOKIG00005015144	dnm1l (ENSOKIG00005015703)	ENSOKIG00005015928	tnnt2d (ENSOKIG00005015934)	bpgm (ENSOKIG00005015943)	tnni4b.2 (ENSOKIG00005015961)	ENSOKIG00005016053	tnni4a (ENSOKIG00005016061)	ENSOKIG00005016072	zgc:136858 (ENSOKIG00005016086)
Chinook salmon	MODERN SPECIES	10	ENSOTSG00005023863	ENSOTSG00005023865	ENSOTSG00005023866	ENSOTSG00005023868	ANO1 (ENSOTSG00005023871)	FGF3 (ENSOTSG00005024037)	FGF4 (ENSOTSG00005024038)	CCND1 (ENSOTSG00005024040)	ric8a (ENSOTSG00005024041)	ENSOTSG00005024043	tmem179ba (ENSOTSG00005024045)	ENSOTSG00005024052	prickle1a (ENSOTSG00005024053)	ENSOTSG00005024054	PPHLN1 (ENSOTSG00005024056)	YAF2 (ENSOTSG00005024058) ##22	PDZRN4 (ENSOTSG00005024063)	NRCAM (ENSOTSG00005024072)	ENSOTSG00005024758	ENSOTSG00005026285	ENSOTSG00005026288	dnajb9a (ENSOTSG00005026291)	dnm1l (ENSOTSG00005026295)	tnnt2d (ENSOTSG00005026372)	bpgm (ENSOTSG00005026373)	tnni4b.2 (ENSOTSG00005026374)	ENSOTSG00005026375	tnni4a (ENSOTSG00005002083)	ENSOTSG00005002397	zgc:136858 (ENSOTSG00005002403)	CNOT4 (ENSOTSG00005002413)
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	60			ENSGT00940000161262.a.m.b	ENSGT00390000013899.b.a	ENSGT00940000164361.j	ENSGT00940000153561.b.a.a.b.y.a.a.a	ENSGT00940000157182.g.a.f	ENSGT00940000161128.f.b	ENSGT00940000158825.d.a	ENSGT00940000157816.a.a.a	ENSGT00940000159763.o	ENSGT00390000014700.b.a.a	ENSGT01010000222986.a	ENSGT00940000157529.i.a.f	ENSGT00940000168203.a.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.c.a ##22	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b.f	ENSGT00940000155915.a.d	ENSGT00940000155419.c.a.h	ENSGT00940000154738.a.q.c	ENSGT00940000156246.c.a.c	ENSGT00940000155504.k.a.c	ENSGT00940000154709.a.b.b.c.c	ENSGT00950000182926.a.o	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b.g	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b.b	ENSGT00940000159018.d	ENSGT00390000007427	ENSGT00390000000068.a.b.d	ENSGT00940000158576.a.b.a
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	1	zgc:101566 (ENSSSAG00000103913)	acte1 (ENSSSAG00000075402)	shank2b (ENSSSAG00000075440)	ENSSSAG00000101276	ENSSSAG00000075598	FGF3 (ENSSSAG00000075678)	FGF4 (ENSSSAG00000093671)	CCND1 (ENSSSAG00000087603)	TPCN2 (ENSSSAG00000101120)	TPCN2 (ENSSSAG00000119661)	TPCN2 (ENSSSAG00000075685)	ric8a (ENSSSAG00000075692)	ENSSSAG00000075764	ENSSSAG00000075776	ENSSSAG00000075773	YAF2 (ENSSSAG00000121965) ##22	ENSSSAG00000085342	CNTN1 (ENSSSAG00000075823)	NRCAM (ENSSSAG00000077488)	ENSSSAG00000078845	dnajb9a (ENSSSAG00000101678)	dnm1l (ENSSSAG00000078961)	tnnt2d (ENSSSAG00000079466)	bpgm (ENSSSAG00000120740)	ENSSSAG00000079469	ENSSSAG00000079470	ENSSSAG00000079473	zgc:136858 (ENSSSAG00000079479)	ENSSSAG00000079490	ENSSSAG00000121992	ENSSSAG00000113251
River trout	MODERN SPECIES	37	chst1 (ENSSTUG00000050969)	ENSSTUG00000050970	zgc:101566 (ENSSTUG00000050971)	acte1 (ENSSTUG00000050974)	shank2b (ENSSTUG00000050981)	ANO1 (ENSSTUG00000051016)	ENSSTUG00000051068	FGF3 (ENSSTUG00000051069)	FGF4 (ENSSTUG00000051071)	CCND1 (ENSSTUG00000051072)	ENSSTUG00000051073	ric8a (ENSSTUG00000051074)	ENSSTUG00000051075	PRICKLE1 (ENSSTUG00000051076)	ENSSTUG00000051077	YAF2 (ENSSTUG00000051078) ##22	ENSSTUG00000051079	ENSSTUG00000051080	CNTN1 (ENSSTUG00000051085)	NRCAM (ENSSTUG00000051155)	ENSSTUG00000051243	dnm1l (ENSSTUG00000051244)	tnnt2d (ENSSTUG00000051245)	bpgm (ENSSTUG00000051246)	tnni4b.2 (ENSSTUG00000051247)	ENSSTUG00000051248	tnni4a (ENSSTUG00000051249)	ENSSTUG00000051250	zgc:136858 (ENSSTUG00000051251)	CNOT4 (ENSSTUG00000051252)	KCNA1 (ENSSTUG00000051253)
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	344													ENSGT01010000222986.b	ENSGT00940000157529.i.a.e	ENSGT00390000016228.a.b.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.c.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b.e	ENSGT00940000155915.a.c	ENSGT00940000155419.c.a.g.b	ENSGT00940000154738.a.q.d	ENSGT00940000156246.c.a.d	ENSGT00940000155504.k.a.d	ENSGT00940000154709.a.b.b.c.d	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a.p	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b.h	ENSGT00390000000068.a.b.c	ENSGT00940000158576.a.b.b	ENSGT00940000164299.b.b.b	ENSGT00940000159286.a.a
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	83	ENSGT00390000014757.w.b	ENSGT00390000012935	ENSGT00940000157089.A.b	ENSGT00940000161262.a.m.a	ENSGT00390000013899.b.b	ENSGT00940000164361.i	ENSGT00940000153561.b.a.a.b.y.a.b	ENSGT00940000157182.g.a.e	ENSGT00940000161128.f.a	ENSGT00940000158825.d.b	ENSGT00940000157816.a.a.b	ENSGT01010000222986.b	ENSGT00940000157529.i.a.e	ENSGT00390000016228.a.b.a	ENSGT00940000168203.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.c.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b.e	ENSGT00940000155915.a.c	ENSGT00940000155419.c.a.g.b	ENSGT00940000154738.a.q.d	ENSGT00940000156246.c.a.d	ENSGT00940000155504.k.a.d	ENSGT00940000154709.a.b.b.c.d	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a.p	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b.h	ENSGT00390000000068.a.b.c	ENSGT00940000158576.a.b.b	ENSGT00940000164299.b.b.b	ENSGT00940000159286.a.a
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000014757.w.b	ENSGT00390000012935.a	ENSGT00940000157089.A.b	ENSGT00940000161262.a.m.a	ENSGT00390000013899.b.b	ENSGT00940000164361.i	ENSGT00940000153561.b.a.a.b.y.a.b	ENSGT00940000157182.g.a.e	ENSGT00940000161128.f.a	ENSGT00940000158825.d.b	ENSGT00940000157816.a.a.b	ENSGT01010000222986.b	ENSGT00940000157529.i.a.e	ENSGT00390000016228.a.b.a	ENSGT00940000168203.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.c.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b.e	ENSGT00940000155915.a.c	ENSGT00940000155419.c.a.g.b	ENSGT00940000154738.a.q.d	ENSGT00940000156246.c.a.d	ENSGT00940000155504.k.a.d	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a.p	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b.h	ENSGT00390000000068.a.b.c	ENSGT00940000158576.a.b.b	ENSGT00940000164299.b.b.b	ENSGT00940000159286.a.a	ENSGT00390000004933.k.b.c
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00390000014757.w.b	ENSGT00390000012935.a	ENSGT00940000157089.A.b	ENSGT00940000161262.a.m.a	ENSGT00390000013899.b.b	ENSGT00940000164361.i	ENSGT00940000153561.b.a.a.b.y.a.b	ENSGT00940000157182.g.a.e	ENSGT00940000161128.f.a	ENSGT00940000158825.d.b	ENSGT00940000157816.a.a.b	ENSGT01010000222986.b	ENSGT00940000157529.i.a.e	ENSGT00390000016228.a.b.a	ENSGT00940000168203.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.c.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b.e	ENSGT00940000155915.a.c	ENSGT00940000155419.c.a.g.b	ENSGT00940000154738.a.q.d	ENSGT00940000156246.c.a.d	ENSGT00940000155504.k.a.d	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a.p	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b.h	ENSGT00390000000068.a.b.c	ENSGT00940000158576.a.b.b	ENSGT00940000164299.b.b.b	ENSGT00940000159286.a.a	ENSGT00390000004933.k.b.c
Coho salmon	MODERN SPECIES	24	AURKB (ENSOKIG00005021484)	ckap5 (ENSOKIG00005021670)	cstpp1 (ENSOKIG00005022089)	mapk8ip1a (ENSOKIG00005022123)	chst1 (ENSOKIG00005022140)	zgc:101566 (ENSOKIG00005022150)	acte1 (ENSOKIG00005022160)	shank2b (ENSOKIG00005022198)	ANO1 (ENSOKIG00005022403)	FGF3 (ENSOKIG00005025256)	FGF4 (ENSOKIG00005025287)	CCND1 (ENSOKIG00005025315)	ENSOKIG00005025336	prickle1a (ENSOKIG00005025356)	PPHLN1 (ENSOKIG00005025369)	YAF2 (ENSOKIG00005025382) ##22	GXYLT1 (ENSOKIG00005025409)	PDZRN4 (ENSOKIG00005025425)	CNTN1 (ENSOKIG00005025528)	NRCAM (ENSOKIG00005027503)	ENSOKIG00005045433	dnajb9a (ENSOKIG00005045466)	dnm1l (ENSOKIG00005045495)	ENSOKIG00005045619	bpgm (ENSOKIG00005045626)	ENSOKIG00005045633	CNOT4 (ENSOKIG00005045649)	KCNA1 (ENSOKIG00005045674)	ENSOKIG00005045683	pthlhb (ENSOKIG00005045686)	tmpob (ENSOKIG00005045692)
Chinook salmon	MODERN SPECIES	30	borcs5 (ENSOTSG00005039730)	ckap5 (ENSOTSG00005039737)	cstpp1 (ENSOTSG00005039892)	mapk8ip1a (ENSOTSG00005039893)	chst1 (ENSOTSG00005039894)	zgc:101566 (ENSOTSG00005039895)	acte1 (ENSOTSG00005039896)	shank2b (ENSOTSG00005039897)	ANO1 (ENSOTSG00005039975)	FGF3 (ENSOTSG00005043618)	FGF4 (ENSOTSG00005043619)	CCND1 (ENSOTSG00005043621)	ENSOTSG00005043624	prickle1a (ENSOTSG00005043625)	ENSOTSG00005043626	YAF2 (ENSOTSG00005043627) ##22	GXYLT1 (ENSOTSG00005043628)	ENSOTSG00005043629	PDZRN4 (ENSOTSG00005043630)	CNTN1 (ENSOTSG00005028937)	MAGI2 (ENSOTSG00005034662)	NRCAM (ENSOTSG00005034696)	ENSOTSG00005045202	dnajb9a (ENSOTSG00005045204)	dnm1l (ENSOTSG00005045205)	ENSOTSG00005045592	ENSOTSG00005045594	bpgm (ENSOTSG00005045596)	ENSOTSG00005045597	CNOT4 (ENSOTSG00005045598)	KCNA1 (ENSOTSG00005045599)
Rainbow trout	MODERN SPECIES		cstpp1 (ENSOMYG00000030477)	ENSOMYG00000057618	mapk8ip1a (ENSOMYG00000030487)	ENSOMYG00000076148	ENSOMYG00000050566	chst1 (ENSOMYG00000030524)	zgc:101566 (ENSOMYG00000054832)	ENSOMYG00000025903	ENSOMYG00000026454	FGF3 (ENSOMYG00000027975)	FGF4 (ENSOMYG00000027980)	CCND1 (ENSOMYG00000028003)	ENSOMYG00000028050	ENSOMYG00000028069	ENSOMYG00000028084	YAF2 (ENSOMYG00000028116) ##22	GXYLT1 (ENSOMYG00000028164)	PDZRN4 (ENSOMYG00000073658)	ENSOMYG00000070317	CNTN1 (ENSOMYG00000029641)	ENSOMYG00000056490	ENSOMYG00000056734	ENSOMYG00000035634	ENSOMYG00000014596	dnajb9a (ENSOMYG00000043552)	dnm1l (ENSOMYG00000043734)	ENSOMYG00000044617	bpgm (ENSOMYG00000044633)	ENSOMYG00000044636	ENSOMYG00000044648	ENSOMYG00000071286
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	65	ENSGT00940000158980.ub	ENSGT00390000014757.w.b	ENSGT00390000012935	ENSGT00940000157089.A.b	ENSGT00940000161262.a.m.a	ENSGT00390000013899.b.b	ENSGT00940000164361.i	ENSGT00940000153561.b.a.a.b.y.a.b	ENSGT00940000157182.g.a.e	ENSGT00940000161128.f.a	ENSGT00940000158825.d.b	ENSGT00940000157816.a.a.b	ENSGT01010000222986.b	ENSGT00940000157529.i.a.e	ENSGT00940000168203.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.c.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b.e	ENSGT00940000155915.a.c	ENSGT00940000155419.c.a.g.b	ENSGT00940000154738.a.q.d	ENSGT00940000156246.c.a.d	ENSGT00940000155504.k.a.d	ENSGT00940000154709.a.b.b.c.d	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a.p	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b.h	ENSGT00390000000068.a.b.c	ENSGT00940000158576.a.b.b	ENSGT00940000164299.b.b.b	ENSGT00940000159286.a.a
River trout	MODERN SPECIES	8	aurkb (ENSSTUG00000027210)	ckap5 (ENSSTUG00000027275)	cstpp1 (ENSSTUG00000027626)	mapk8ip1a (ENSSTUG00000027678)	chst1 (ENSSTUG00000027719)	zgc:101566 (ENSSTUG00000027727)	acte1 (ENSSTUG00000027737)	shank2b (ENSSTUG00000027793)	ANO1 (ENSSTUG00000028543)	FGF3 (ENSSTUG00000031430)	FGF4 (ENSSTUG00000031452)	CCND1 (ENSSTUG00000031480)	ENSSTUG00000031490	prickle1a (ENSSTUG00000031503)	ENSSTUG00000031512	YAF2 (ENSSTUG00000031524) ##22	GXYLT1 (ENSSTUG00000031535)	ENSSTUG00000031557	CNTN1 (ENSSTUG00000031778)	NRCAM (ENSSTUG00000036375)	ENSSTUG00000038210	dnajb9a (ENSSTUG00000038242)	dnm1l (ENSSTUG00000038282)	tnnt2d (ENSSTUG00000038509)	ENSSTUG00000038517	bpgm (ENSSTUG00000038520)	ENSSTUG00000038528	CNOT4 (ENSSTUG00000038542)	KCNA1 (ENSSTUG00000038609)	ENSSTUG00000038616	pthlhb (ENSSTUG00000038622)
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	7	ENSSSAG00000098760	ENSSSAG00000064106	ckap5 (ENSSSAG00000008344)	cstpp1 (ENSSSAG00000008267)	mapk8ip1a (ENSSSAG00000008260)	ENSSSAG00000109680	chst1 (ENSSSAG00000100456)	zgc:101566 (ENSSSAG00000008253)	acte1 (ENSSSAG00000008245)	shank2b (ENSSSAG00000006751)	ENSSSAG00000006181	fgf3 (ENSSSAG00000006079)	ENSSSAG00000006067	ccnd1 (ENSSSAG00000006058)	ENSSSAG00000006020	YAF2 (ENSSSAG00000072939) ##22	ENSSSAG00000005997	GXYLT1 (ENSSSAG00000103557)	ENSSSAG00000072928	PDZRN4 (ENSSSAG00000072923)	CNTN1 (ENSSSAG00000072055)	ENSSSAG00000071934	dnajb9a (ENSSSAG00000121518)	dnm1l (ENSSSAG00000071783)	ENSSSAG00000100045	pmge (ENSSSAG00000071766)	ENSSSAG00000071759	ENSSSAG00000120638	ENSSSAG00000096808	ENSSSAG00000114971	ENSSSAG00000071477
Huchen	MODERN SPECIES	833														PRICKLE1 (ENSHHUG00000039979)	PPHLN1 (ENSHHUG00000039990)	YAF2 (ENSHHUG00000040015) ##22	GXYLT1 (ENSHHUG00000040022)	PDZRN4 (ENSHHUG00000040046)
Northern pike	MODERN SPECIES	18	cry2 (ENSELUG00000010362)	chst1 (ENSELUG00000010348)	zgc:101566 (ENSELUG00000025978)	guca1g (ENSELUG00000010338)	acte1 (ENSELUG00000010314)	shank2b (ENSELUG00000010259)	ANO1 (ENSELUG00000010127)	FGF3 (ENSELUG00000010037)	FGF4 (ENSELUG00000029727)	CCND1 (ENSELUG00000010020)	TPCN2 (ENSELUG00000009976)	ric8a (ENSELUG00000009893)	ENSELUG00000009865	prickle1a (ENSELUG00000009843)	ENSELUG00000009809	YAF2 (ENSELUG00000009802) ##22	GXYLT1 (ENSELUG00000009783)	PDZRN4 (ENSELUG00000009706)	CNTN1 (ENSELUG00000009649)	NRCAM (ENSELUG00000009528)	ENSELUG00000009230	dnajb9a (ENSELUG00000030103)	dnm1l (ENSELUG00000009177)	tnnt2d (ENSELUG00000015595)	CALD1 (ENSELUG00000029365)	bpgm (ENSELUG00000008952)	tnni4b.2 (ENSELUG00000008923)	ENSELUG00000008902	zgc:136858 (ENSELUG00000008826)	CNOT4 (ENSELUG00000008742)	KCNA1 (ENSELUG00000008711)
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	96												ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.d ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000167105	ENSGT00390000009250	ENSGT00730000111212	ENSGT00390000017006	ENSGT00990000205092.c	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000156400.a
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	151										ENSGT00810000125439.B.c.a.g.a.a.a	ENSGT00530000063868.b.j.b.b	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.d ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b.f.b.b	ENSGT00940000155419.c.b.d	ENSGT00940000154738.a.r.c.b	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630.e.b	ENSGT00940000167105	ENSGT00390000009250.e	ENSGT00730000111212.a.a	ENSGT00390000009250.f	ENSGT00730000111212.a.b	ENSGT00390000017006	ENSGT00990000205092.c.b
Salmoninae_a	DUPLICATION
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	111									ENSGT00950000182818.B.a.a	ENSGT00810000125439.B.c.a.g.a.a.a	ENSGT00530000063868.b.j.b.b	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.d.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b.f.b.b	ENSGT00940000155419.c.b.d	ENSGT00940000154738.a.r.c.b	ENSGT00390000003444.e	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630.e.b	ENSGT00940000167105	ENSGT00390000009250.e	ENSGT00730000111212.a.b	ENSGT00390000017006	ENSGT00990000205092.c.a.b	ENSGT00990000205092.c.a.a	ENSGT00940000156717.f
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	145						ENSGT01100000263489.a.a.b.b.f.c.a.a.b.b.a.b.a.a.b.a.b	ENSGT00950000182774.b.a.b.a.b.a.b.a.a.a.a.a.b.b	ENSGT01060000248946.a.a	ENSGT00950000182818.B.a.b	ENSGT00810000125439.B.c.a.g.a.b	ENSGT00530000063868.b.i	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.d.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a.g
Rainbow trout	MODERN SPECIES	13	ENSOMYG00000055066	ENSOMYG00000074206	ENSOMYG00000063057	ENSOMYG00000053963	ENSOMYG00000064925	ENSOMYG00000052171	prl2 (ENSOMYG00000058902)	ENSOMYG00000061621	twf1b (ENSOMYG00000011642)	pus7l (ENSOMYG00000057115)	ENSOMYG00000049067	ENSOMYG00000050341	prickle1b (ENSOMYG00000071948)	pphln1 (ENSOMYG00000010125)	zcrb1 (ENSOMYG00000010102)	yaf2 (ENSOMYG00000057383) ##22	ENSOMYG00000067071	gxylt1b (ENSOMYG00000009978)	pdzrn4 (ENSOMYG00000059487)	cntn1b (ENSOMYG00000051012)	nrcama (ENSOMYG00000022650)	ENSOMYG00000022550	ENSOMYG00000022565	ENSOMYG00000022535	ENSOMYG00000074966	ENSOMYG00000059259	ENSOMYG00000022502	ENSOMYG00000022471	ENSOMYG00000022347	ENSOMYG00000022233	ENSOMYG00000022264
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	305													ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.d.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a.g
Coho salmon	MODERN SPECIES	1421														ENSOKIG00005032514	zcrb1 (ENSOKIG00005032533)	yaf2 (ENSOKIG00005032553) ##22	gxylt1b (ENSOKIG00005032576)	pdzrn4 (ENSOKIG00005032592)
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	123											ENSGT00530000063868.b.j.b.b.a	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.d.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b.g.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b.e	ENSGT00940000155419.c.b.c.a.a	ENSGT00940000154738.a.r.c.a	ENSGT00940000167105	ENSGT00390000009250.e	ENSGT00730000111212.b	ENSGT00390000017006	ENSGT00990000205092.c.a.a.c	ENSGT00990000205092.c.a.b	ENSGT00990000205092.c.a.a.d	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000157946.e.e
River trout	DUPLICATION
River trout	MODERN SPECIES	466				ENSSTUG00000051192	ENSSTUG00000051191	NUAK1 (ENSSTUG00000051190)	ENSSTUG00000051189	prl2 (ENSSTUG00000051188)	prl2 (ENSSTUG00000051187)	NELL2 (ENSSTUG00000051186)	twf1b (ENSSTUG00000051185)	pus7l (ENSSTUG00000051184)	prickle1b (ENSSTUG00000051183)	pphln1 (ENSSTUG00000051182)	zcrb1 (ENSSTUG00000051181)	yaf2 (ENSSTUG00000051180) ##22	gxylt1b (ENSSTUG00000051179)	pdzrn4 (ENSSTUG00000051178)	twf1b (ENSSTUG00000051176)	pus7l (ENSSTUG00000051175)	prickle1b (ENSSTUG00000051174)	pphln1 (ENSSTUG00000051173)	zcrb1 (ENSSTUG00000051172)	yaf2 (ENSSTUG00000051171) ##22	gxylt1b (ENSSTUG00000051170)	pdzrn4 (ENSSTUG00000051169)	ENSSTUG00000051168	cntn1b (ENSSTUG00000051167)	nrcama (ENSSTUG00000050615)	nrcama (ENSSTUG00000045332)	cntn1b (ENSSTUG00000043109)
River trout	MODERN SPECIES	466	prl2 (ENSSTUG00000051187)	NELL2 (ENSSTUG00000051186)	twf1b (ENSSTUG00000051185)	pus7l (ENSSTUG00000051184)	prickle1b (ENSSTUG00000051183)	pphln1 (ENSSTUG00000051182)	zcrb1 (ENSSTUG00000051181)	yaf2 (ENSSTUG00000051180) ##22	gxylt1b (ENSSTUG00000051179)	pdzrn4 (ENSSTUG00000051178)	twf1b (ENSSTUG00000051176)	pus7l (ENSSTUG00000051175)	prickle1b (ENSSTUG00000051174)	pphln1 (ENSSTUG00000051173)	zcrb1 (ENSSTUG00000051172)	yaf2 (ENSSTUG00000051171) ##22	gxylt1b (ENSSTUG00000051170)	pdzrn4 (ENSSTUG00000051169)	ENSSTUG00000051168	cntn1b (ENSSTUG00000051167)	nrcama (ENSSTUG00000050615)	nrcama (ENSSTUG00000045332)	cntn1b (ENSSTUG00000043109)	ENSSTUG00000042910	ENSSTUG00000042890	avpr2l (ENSSTUG00000042874)	ENSSTUG00000042858	ENSSTUG00000042839	TYMP (ENSSTUG00000042713)	lsm8 (ENSSTUG00000042679)	rint1 (ENSSTUG00000042319)
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	980											TWF1 (ENSSSAG00000092070)	pus7l (ENSSSAG00000098611)	prickle1b (ENSSSAG00000098513)	pphln1 (ENSSSAG00000098006)	zcrb1 (ENSSSAG00000104199)	YAF2 (ENSSSAG00000047990) ##22	gxylt1b (ENSSSAG00000112731)
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.d.b ##22
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	499																ENSGT00390000013995.b.b.k.a.d.b ##22	ENSGT00940000156242.c.b.g.a
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	979											twf1b (ENSSSAG00000004926)	pus7l (ENSSSAG00000120556)	prickle1b (ENSSSAG00000047941)	PPHLN1 (ENSSSAG00000094112)	zcrb1 (ENSSSAG00000119964)	yaf2 (ENSSSAG00000102585) ##22	gxylt1b (ENSSSAG00000093427)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.d.b ##22
Rainbow trout	MODERN SPECIES	6	ENSOMYG00000073010	ENSOMYG00000026533	ENSOMYG00000026596	ENSOMYG00000026626	ENSOMYG00000049543	ENSOMYG00000026722	prl2 (ENSOMYG00000054147)	ENSOMYG00000052430	twf1b (ENSOMYG00000011680)	pus7l (ENSOMYG00000011660)	ENSOMYG00000071281	ENSOMYG00000028261	prickle1b (ENSOMYG00000056836)	PPHLN1 (ENSOMYG00000026959)	zcrb1 (ENSOMYG00000027131)	yaf2 (ENSOMYG00000076596) ##22	gxylt1b (ENSOMYG00000027204)	pdzrn4 (ENSOMYG00000069353)	ENSOMYG00000072561	cntn1b (ENSOMYG00000049798)	nrcama (ENSOMYG00000061390)	ENSOMYG00000057116	ENSOMYG00000009488	ENSOMYG00000009511	ENSOMYG00000022525	ENSOMYG00000064637	ENSOMYG00000075201	ENSOMYG00000037434	ENSOMYG00000073181	ENSOMYG00000048164	ENSOMYG00000061778
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013995.b.b.k.a.d.b ##22
Chinook salmon	MODERN SPECIES	189															zcrb1 (ENSOTSG00005016540)	yaf2 (ENSOTSG00005016541) ##22
Huchen	MODERN SPECIES	5615													prickle1b (ENSHHUG00000025308)	pphln1 (ENSHHUG00000025368)	zcrb1 (ENSHHUG00000025381)	YAF2 (ENSHHUG00000025423) ##22
Northern pike	MODERN SPECIES	22	ENSELUG00000021502	ENSELUG00000021180	cmasa (ENSELUG00000021496)	kcnj8 (ENSELUG00000001154)	abcc9 (ENSELUG00000021423)	plxnb2a.1 (ENSELUG00000021310)	ENSELUG00000021236	prl2 (ENSELUG00000021206)	ENSELUG00000034512	ENSELUG00000021469	NELL2 (ENSELUG00000021157)	twf1b (ENSELUG00000021059)	prickle1b (ENSELUG00000021012)	pphln1 (ENSELUG00000020926)	zcrb1 (ENSELUG00000020877)	yaf2 (ENSELUG00000020855) ##22	ENSELUG00000020829	ENSELUG00000033332	ENSELUG00000020741	ENSELUG00000020796	ENSELUG00000026105	syndig1l (ENSELUG00000020707)	dll4 (ENSELUG00000020655)	chac1 (ENSELUG00000020632)	ENSELUG00000000899	ino80 (ENSELUG00000001071)	vps18 (ENSELUG00000020496)	rhov (ENSELUG00000020407)	pigh (ENSELUG00000001553)	ZFYVE1 (ENSELUG00000020302)	wdr21 (ENSELUG00000020256)
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	77	ENSGT00390000008140	ENSGT00940000158612	ENSGT00940000177490	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000154738.a.r
Cod	MODERN SPECIES	22	ENSGMOG00000008939	appl2 (ENSGMOG00000008980)	ENSGMOG00000032711	ENSGMOG00000009000	ENSGMOG00000009016	ENSGMOG00000024340	ENSGMOG00000032076	TMEM117 (ENSGMOG00000009090)	ENSGMOG00000030565	twf1a (ENSGMOG00000009101)	irak4 (ENSGMOG00000009110)	ADAMTS20 (ENSGMOG00000009121)	ENSGMOG00000009177	ENSGMOG00000019794	PRICKLE1 (ENSGMOG00000000750)	YAF2 (ENSGMOG00000000765) ##22	GXYLT1 (ENSGMOG00000000771)	PDZRN4 (ENSGMOG00000030299)	CNTN1 (ENSGMOG00000000812)	NRCAM (ENSGMOG00000000846)	ENSGMOG00000028053	dnajb9a (ENSGMOG00000036854)	dnm1l (ENSGMOG00000001033)	tnnt2d (ENSGMOG00000001057)	ENSGMOG00000030388	bpgm (ENSGMOG00000023831)	ENSGMOG00000001131	ENSGMOG00000001148	ENSGMOG00000001224	zgc:136858 (ENSGMOG00000001299)	ENSGMOG00000034360
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00390000008140	ENSGT00940000158612	ENSGT00940000177490	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000158612	ENSGT00940000177490	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	321										pmpcb (ENSHCOG00000009259)	phax (ENSHCOG00000000290)	pus7l (ENSHCOG00000009228)	prickle1b (ENSHCOG00000009165)	pphln1 (ENSHCOG00000009153)	zcrb1 (ENSHCOG00000009098)	yaf2 (ENSHCOG00000009074) ##22	gxylt1b (ENSHCOG00000009057)	pdzrn4 (ENSHCOG00000009013)	cntn1b (ENSHCOG00000008605)	nrcama (ENSHCOG00000008387)	PNPLA8 (ENSHCOG00000008334)	ENSHCOG00000008325	dnajb9b (ENSHCOG00000008317)	ndufb2 (ENSHCOG00000008310)	KDM7A (ENSHCOG00000008290)	si:dkey-97m3.1 (ENSHCOG00000008239)	ENSHCOG00000000267	ENSHCOG00000007727	ENSHCOG00000007696	SEMA3C (ENSHCOG00000007645)	ENSHCOG00000007620
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000158612	ENSGT00940000177490	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000177490	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00940000174483	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000177490	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00940000174483	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000177490	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00940000174483	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a
Ballan wrasse	DUPLICATION
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	358													prickle1b (ENSLBEG00000004160)	pphln1 (ENSLBEG00000004208)	zcrb1 (ENSLBEG00000004257)	yaf2 (ENSLBEG00000004295) ##22	gxylt1b (ENSLBEG00000004327)	pdzrn4 (ENSLBEG00000004371)	cntn1b (ENSLBEG00000004418)	nrcama (ENSLBEG00000004461)	ENSLBEG00000004535	ENSLBEG00000004551	avpr2l (ENSLBEG00000004562)	ENSLBEG00000004586	dnajb9b (ENSLBEG00000004633)	akr1b1.1 (ENSLBEG00000004645)	akr1b1.2 (ENSLBEG00000004688)	tfec (ENSLBEG00000004735)
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	3734																yaf2 (ENSLBEG00000013392) ##22	ENSLBEG00000013417
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000177490	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00940000174483	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000177490	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00940000174483	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00390000008140	ENSGT00940000158612	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	491	ATXN7L1 (ENSLCRG00005022662)	ENSLCRG00005022663	nampt1 (ENSLCRG00005011507)	ENSLCRG00005013109	ENSLCRG00005013111	ENSLCRG00005013115	fgl2a (ENSLCRG00005013120)	lrrc17 (ENSLCRG00005013121)	ENSLCRG00005013122	ENSLCRG00005013124	ENSLCRG00005013129	pus7l (ENSLCRG00005013133)	prickle1b (ENSLCRG00005013135)	pphln1 (ENSLCRG00005013136)	zcrb1 (ENSLCRG00005013139)	yaf2 (ENSLCRG00005013140) ##22	gxylt1b (ENSLCRG00005013144)	pdzrn4 (ENSLCRG00005013162)	cntn1b (ENSLCRG00005013172)	nrcama (ENSLCRG00005014408)	PNPLA8 (ENSLCRG00005021102)	ENSLCRG00005021103	avpr2l (ENSLCRG00005021104)	ENSLCRG00005021105	dnajb9b (ENSLCRG00005021106)	akr1b1.1 (ENSLCRG00005021110)	akr1b1.2 (ENSLCRG00005021201)	tfec (ENSLCRG00005021206)	ENSLCRG00005021207	mdfic (ENSLCRG00005021208)	foxp2 (ENSLCRG00005021210)
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	5	ENSSAUG00010027359	NAMPT (ENSSAUG00010027334)	ENSSAUG00010027328	GSAP (ENSSAUG00010027325)	fgl2a (ENSSAUG00010027323)	ccdc146 (ENSSAUG00010027322)	lrrc17 (ENSSAUG00010027320)	ENSSAUG00010027318	ENSSAUG00010027317	pus7l (ENSSAUG00010027316)	ENSSAUG00010027314	ENSSAUG00010027311	prickle1b (ENSSAUG00010027308)	pphln1 (ENSSAUG00010027306)	zcrb1 (ENSSAUG00010027303)	yaf2 (ENSSAUG00010027302) ##22	gxylt1b (ENSSAUG00010027301)	pdzrn4 (ENSSAUG00010027299)	cntn1b (ENSSAUG00010027106)	nrcama (ENSSAUG00010025354)	PNPLA8 (ENSSAUG00010025295)	ENSSAUG00010025294	avpr2l (ENSSAUG00010025293)	ENSSAUG00010025292	dnajb9b (ENSSAUG00010025291)	akr1b1.1 (ENSSAUG00010025197)	akr1b1.2 (ENSSAUG00010024464)	tfec (ENSSAUG00010024447)	mdfic (ENSSAUG00010024445)	foxp2 (ENSSAUG00010024420)	ENSSAUG00010024404
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000158612	ENSGT00940000177490	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000158612	ENSGT00940000177490	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a
Pike perch	MODERN SPECIES	64	ENSSLUG00000013188	ENSSLUG00000013191	ENSSLUG00000013197	NAMPT (ENSSLUG00000013234)	ENSSLUG00000013707	ENSSLUG00000013715	fgl2a (ENSSLUG00000013728)	lrrc17 (ENSSLUG00000013741)	RAB19 (ENSSLUG00000013764)	ENSSLUG00000013810	ENSSLUG00000013818	pus7l (ENSSLUG00000013825)	prickle1b (ENSSLUG00000013848)	pphln1 (ENSSLUG00000013868)	zcrb1 (ENSSLUG00000013882)	yaf2 (ENSSLUG00000013892) ##22	gxylt1b (ENSSLUG00000013901)	pdzrn4 (ENSSLUG00000013909)	cntn1b (ENSSLUG00000013959)	nrcama (ENSSLUG00000014514)	PNPLA8 (ENSSLUG00000019591)	ENSSLUG00000019784	avpr2l (ENSSLUG00000019787)	ENSSLUG00000019789	dnajb9b (ENSSLUG00000019791)	akr1b1.2 (ENSSLUG00000019807)	tfec (ENSSLUG00000019830)	mdfic (ENSSLUG00000019833)	foxp2 (ENSSLUG00000019842)	ENSSLUG00000019863	ENSSLUG00000019865
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	15	ENSCGOG00000007827	ENSCGOG00000007826	NAMPT (ENSCGOG00000006887)	ENSCGOG00000006843	ENSCGOG00000006839	fgl2a (ENSCGOG00000006836)	ENSCGOG00000006835	lrrc17 (ENSCGOG00000006834)	RAB19 (ENSCGOG00000006832)	ENSCGOG00000006828	ENSCGOG00000006825	pus7l (ENSCGOG00000006818)	ENSCGOG00000006756	ENSCGOG00000006742	zcrb1 (ENSCGOG00000006729)	yaf2 (ENSCGOG00000006724) ##22	gxylt1b (ENSCGOG00000006720)	pdzrn4 (ENSCGOG00000006715)	cntn1b (ENSCGOG00000006045)	nrcama (ENSCGOG00000003963)	PNPLA8 (ENSCGOG00000003845)	ENSCGOG00000003843	avpr2l (ENSCGOG00000003842)	ENSCGOG00000003841	dnajb9b (ENSCGOG00000003839)	akr1b1.1 (ENSCGOG00000003829)	akr1b1.2 (ENSCGOG00000003081)	tfec (ENSCGOG00000003059)	mdfic (ENSCGOG00000003058)	foxp2 (ENSCGOG00000002743)	ENSCGOG00000024577
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000008140	ENSGT00940000158612	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a
Lumpfish	MODERN SPECIES	15	ZNF800 (ENSCLMG00005008728)	ATXN7L1 (ENSCLMG00005008730)	ENSCLMG00005008731	ENSCLMG00005008732	NAMPT (ENSCLMG00005008733)	ENSCLMG00005008854	ENSCLMG00005008856	fgl2a (ENSCLMG00005008857)	lrrc17 (ENSCLMG00005008858)	ENSCLMG00005008863	ENSCLMG00005008865	pus7l (ENSCLMG00005008869)	prickle1b (ENSCLMG00005008872)	pphln1 (ENSCLMG00005008873)	zcrb1 (ENSCLMG00005008881)	yaf2 (ENSCLMG00005008883) ##22	gxylt1b (ENSCLMG00005008884)	pdzrn4 (ENSCLMG00005008885)	ENSCLMG00005008887	cntn1b (ENSCLMG00005008890)	nrcama (ENSCLMG00005009660)	ENSCLMG00005009663	ENSCLMG00005009664	ENSCLMG00005009665	dnajb9b (ENSCLMG00005009666)	akr1b1.1 (ENSCLMG00005009668)	akr1b1.2 (ENSCLMG00005009727)	tfec (ENSCLMG00005010122)	mdfic (ENSCLMG00005010123)	foxp2 (ENSCLMG00005010124)	ENSCLMG00005010178
Stickleback	MODERN SPECIES	3	ZNF800 (ENSGACG00000018833)	ENSGACG00000018836	NAMPT (ENSGACG00000018838)	ENSGACG00000018841	ENSGACG00000018843	fgl2a (ENSGACG00000018844)	lrrc17 (ENSGACG00000018846)	ENSGACG00000018847	ENSGACG00000018851	ENSGACG00000018852	pus7l (ENSGACG00000018853)	prickle1b (ENSGACG00000018854)	ENSGACG00000018856	ENSGACG00000018857	zcrb1 (ENSGACG00000018860)	yaf2 (ENSGACG00000018861) ##22	gxylt1b (ENSGACG00000018862)	pdzrn4 (ENSGACG00000018864)	cntn1b (ENSGACG00000018865)	nrcama (ENSGACG00000018875)	PNPLA8 (ENSGACG00000018882)	avpr2l (ENSGACG00000018884)	ENSGACG00000018887	dnajb9b (ENSGACG00000018888)	akr1b1.1 (ENSGACG00000018891)	akr1b1.2 (ENSGACG00000018894)	tfec (ENSGACG00000018910)	foxp2 (ENSGACG00000018911)	gpr85 (ENSGACG00000018917)	tmem168a (ENSGACG00000018918)	ifrd1 (ENSGACG00000018919)
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT01030000234648.a.b.a.a.b.cb.b	ENSGT00390000008140	ENSGT00940000158612	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000153629.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a	ENSGT01090000260145
Fugu	MODERN SPECIES	9	ATXN7L1 (ENSTRUG00000025645)	ENSTRUG00000032410	ENSTRUG00000016687	NAMPT (ENSTRUG00000016695)	ENSTRUG00000027542	ENSTRUG00000025506	ENSTRUG00000016715	fgl2a (ENSTRUG00000021786)	lrrc17 (ENSTRUG00000016725)	ENSTRUG00000016729	ENSTRUG00000025096	pus7l (ENSTRUG00000016734)	ENSTRUG00000024480	PPHLN1 (ENSTRUG00000019653)	zcrb1 (ENSTRUG00000016764)	yaf2 (ENSTRUG00000016767) ##22	gxylt1b (ENSTRUG00000016769)	pdzrn4 (ENSTRUG00000016773)	cntn1b (ENSTRUG00000016778)	nrcama (ENSTRUG00000016787)	PNPLA8 (ENSTRUG00000023321)	ENSTRUG00000025417	ENSTRUG00000025186	dnajb9b (ENSTRUG00000020899)	akr1b1.1 (ENSTRUG00000016809)	akr1b1.2 (ENSTRUG00000016818)	ENSTRUG00000027808	tfec (ENSTRUG00000030574)	mdfic (ENSTRUG00000030831)	foxp2 (ENSTRUG00000016830)	ENSTRUG00000026162
Tetraodon	MODERN SPECIES	11	znf800a (ENSTNIG00000018490)	ENSTNIG00000018491	ENSTNIG00000018492	NAMPT (ENSTNIG00000018493)	ENSTNIG00000018494	ENSTNIG00000018495	fgl2a (ENSTNIG00000018496)	lrrc17 (ENSTNIG00000018497)	ENSTNIG00000018498	ENSTNIG00000018499	pus7l (ENSTNIG00000018500)	ENSTNIG00000018501	pphln1 (ENSTNIG00000018502)	ENSTNIG00000018503	zcrb1 (ENSTNIG00000018504)	yaf2 (ENSTNIG00000018505) ##22	gxylt1b (ENSTNIG00000018506)	pdzrn4 (ENSTNIG00000018507)	cntn1b (ENSTNIG00000018508)	nrcama (ENSTNIG00000018509)	PNPLA8 (ENSTNIG00000018511)	hmgxb4a (ENSTNIG00000018512)	ankrd54 (ENSTNIG00000018513)	dnajb9b (ENSTNIG00000018514)	akr1b1.1 (ENSTNIG00000018515)	akr1b1.2 (ENSTNIG00000018516)	foxred2 (ENSTNIG00000018517)	tfec (ENSTNIG00000018518)	foxp2 (ENSTNIG00000018519)	ENSTNIG00000001426	gpr85 (ENSTNIG00000018520)
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000177490	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00940000174483	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000158612	ENSGT00940000177490	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000008140	ENSGT00940000158612	ENSGT00940000177490	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a	ENSGT01090000260145
Turbot	MODERN SPECIES	11	ZNF800 (ENSSMAG00000000084)	ATXN7L1 (ENSSMAG00000000082)	ENSSMAG00000000080	ENSSMAG00000033231	NAMPT (ENSSMAG00000000077)	ENSSMAG00000020555	ccdc146 (ENSSMAG00000020536)	fgl2a (ENSSMAG00000020550)	ENSSMAG00000020530	ENSSMAG00000020521	ENSSMAG00000020519	pus7l (ENSSMAG00000020517)	prickle1b (ENSSMAG00000020509)	pphln1 (ENSSMAG00000020498)	zcrb1 (ENSSMAG00000020477)	yaf2 (ENSSMAG00000033343) ##22	gxylt1b (ENSSMAG00000020469)	ENSSMAG00000024822	pdzrn4 (ENSSMAG00000020461)	cntn1b (ENSSMAG00000020338)	nrcama (ENSSMAG00000020229)	PNPLA8 (ENSSMAG00000020217)	ENSSMAG00000020226	ENSSMAG00000023004	DNAJB9 (ENSSMAG00000036252)	ENSSMAG00000020191	ENSSMAG00000020184	ENSSMAG00000020178	tfec (ENSSMAG00000020155)	mdfic (ENSSMAG00000020149)	foxp2 (ENSSMAG00000020063)
Tongue sole	MODERN SPECIES	18	znf800a (ENSCSEG00000010257)	ATXN7L1 (ENSCSEG00000010272)	ENSCSEG00000010298	NAMPT (ENSCSEG00000010306)	ENSCSEG00000010322	ENSCSEG00000010354	ENSCSEG00000010361	fgl2a (ENSCSEG00000010389)	lrrc17 (ENSCSEG00000010394)	RAB19 (ENSCSEG00000010402)	ENSCSEG00000010422	pus7l (ENSCSEG00000010433)	ENSCSEG00000010450	pphln1 (ENSCSEG00000010468)	zcrb1 (ENSCSEG00000010498)	yaf2 (ENSCSEG00000010509) ##22	gxylt1b (ENSCSEG00000010522)	pdzrn4 (ENSCSEG00000010534)	cntn1b (ENSCSEG00000010553)	nrcama (ENSCSEG00000010583)	PNPLA8 (ENSCSEG00000010619)	ENSCSEG00000010641	dnajb9b (ENSCSEG00000010644)	akr1b1.1 (ENSCSEG00000010653)	akr1b1.2 (ENSCSEG00000010668)	akr1b1.2 (ENSCSEG00000010691)	tfec (ENSCSEG00000010707)	rab3db (ENSCSEG00000010770)	mdfic (ENSCSEG00000010777)	foxp2 (ENSCSEG00000010811)	ENSCSEG00000011185
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00390000008140	ENSGT00940000158612	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00940000175529	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000008140	ENSGT00940000158612	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	2971	znf800a (ENSSLDG00000011855)	ENSSLDG00000011876	ENSSLDG00000011891	NAMPT (ENSSLDG00000011906)	ENSSLDG00000011933	ENSSLDG00000011968	ENSSLDG00000011991	fgl2a (ENSSLDG00000012009)	lrrc17 (ENSSLDG00000012031)	ENSSLDG00000012056	ENSSLDG00000012076	pus7l (ENSSLDG00000012092)	prickle1b (ENSSLDG00000012107)	pphln1 (ENSSLDG00000012124)	zcrb1 (ENSSLDG00000012143)	yaf2 (ENSSLDG00000012171) ##22	gxylt1b (ENSSLDG00000012193)	pdzrn4 (ENSSLDG00000012244)	cntn1b (ENSSLDG00000012291)	nrcama (ENSSLDG00000012340)	ENSSLDG00000012405	ENSSLDG00000012458	avpr2l (ENSSLDG00000012467)	ENSSLDG00000012488	dnajb9b (ENSSLDG00000012510)	akr1b1.1 (ENSSLDG00000012530)	akr1b1.2 (ENSSLDG00000012569)	tfec (ENSSLDG00000012618)	mdfic (ENSSLDG00000012667)	foxp2 (ENSSLDG00000012825)	ENSSLDG00000013437
Greater amberjack	MODERN SPECIES	60	znf800a (ENSSDUG00000006679)	ENSSDUG00000006695	ENSSDUG00000006700	NAMPT (ENSSDUG00000006732)	ENSSDUG00000006771	ENSSDUG00000006799	fgl2a (ENSSDUG00000006851)	lrrc17 (ENSSDUG00000006874)	ENSSDUG00000006885	ENSSDUG00000006897	ENSSDUG00000006921	pus7l (ENSSDUG00000006941)	prickle1b (ENSSDUG00000006972)	pphln1 (ENSSDUG00000007109)	zcrb1 (ENSSDUG00000007140)	yaf2 (ENSSDUG00000007160) ##22	gxylt1b (ENSSDUG00000007175)	pdzrn4 (ENSSDUG00000007199)	cntn1b (ENSSDUG00000007226)	nrcama (ENSSDUG00000007292)	ENSSDUG00000007373	ENSSDUG00000007425	avpr2l (ENSSDUG00000007434)	ENSSDUG00000007442	dnajb9b (ENSSDUG00000007469)	akr1b1.1 (ENSSDUG00000007485)	akr1b1.2 (ENSSDUG00000007526)	tfec (ENSSDUG00000007554)	mdfic (ENSSDUG00000007608)	foxp2 (ENSSDUG00000007696)	ENSSDUG00000008399
Barramundi perch	MODERN SPECIES	283	ENSLCAG00010009540	NAMPT (ENSLCAG00010009555)	ENSLCAG00010009594	ENSLCAG00010009604	ENSLCAG00010009609	ENSLCAG00010009613	fgl2a (ENSLCAG00010009625)	lrrc17 (ENSLCAG00010009628)	ENSLCAG00010009630	ENSLCAG00010009635	ENSLCAG00010009641	pus7l (ENSLCAG00010009651)	prickle1b (ENSLCAG00010009662)	pphln1 (ENSLCAG00010009668)	zcrb1 (ENSLCAG00010009672)	yaf2 (ENSLCAG00010009679) ##22	gxylt1b (ENSLCAG00010009689)	pdzrn4 (ENSLCAG00010009727)	cntn1b (ENSLCAG00010009800)	nrcama (ENSLCAG00010010244)	PNPLA8 (ENSLCAG00010010422)	ENSLCAG00010010476
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000177490	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00940000174483	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	15	ZNF800 (ENSMAMG00000009359)	ATXN7L1 (ENSMAMG00000009335)	ENSMAMG00000009297	NAMPT (ENSMAMG00000009259)	GSAP (ENSMAMG00000009210)	fgl2a (ENSMAMG00000009199)	ccdc146 (ENSMAMG00000009112)	lrrc17 (ENSMAMG00000009099)	ENSMAMG00000026764	ENSMAMG00000009086	ENSMAMG00000009068	pus7l (ENSMAMG00000009057)	prickle1b (ENSMAMG00000009048)	pphln1 (ENSMAMG00000009038)	zcrb1 (ENSMAMG00000009034)	yaf2 (ENSMAMG00000024831) ##22	gxylt1b (ENSMAMG00000008998)	pdzrn4 (ENSMAMG00000008969)	cntn1b (ENSMAMG00000008816)	nrcama (ENSMAMG00000008732)	PNPLA8 (ENSMAMG00000026042)	ENSMAMG00000008690	ENSMAMG00000008706	ENSMAMG00000026859	DNAJB9 (ENSMAMG00000008672)	ENSMAMG00000008634	ENSMAMG00000008607	tfec (ENSMAMG00000008568)	mdfic (ENSMAMG00000008528)	foxp2 (ENSMAMG00000007153)	ENSMAMG00000007117
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000177490	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00940000174483	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a
Climbing perch	MODERN SPECIES	14	ENSATEG00000027978	ENSATEG00000026478	NAMPT (ENSATEG00000029164)	ENSATEG00000012899	GSAP (ENSATEG00000012857)	fgl2a (ENSATEG00000012801)	ccdc146 (ENSATEG00000028056)	lrrc17 (ENSATEG00000012789)	ENSATEG00000025410	ENSATEG00000012772	ENSATEG00000028397	pus7l (ENSATEG00000012646)	prickle1b (ENSATEG00000012583)	pphln1 (ENSATEG00000012566)	zcrb1 (ENSATEG00000012544)	yaf2 (ENSATEG00000012513) ##22	gxylt1b (ENSATEG00000012481)	pdzrn4 (ENSATEG00000012440)	cntn1b (ENSATEG00000012150)	nrcama (ENSATEG00000012045)	PNPLA8 (ENSATEG00000012008)	ENSATEG00000012002	ENSATEG00000011987	ENSATEG00000011965	DNAJB9 (ENSATEG00000011954)	ENSATEG00000025212	ENSATEG00000011865	ENSATEG00000011831	tfec (ENSATEG00000011808)	mdfic (ENSATEG00000011796)	foxp2 (ENSATEG00000010954)
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	20	ATXN7L1 (ENSBSLG00000015902)	ENSBSLG00000015912	ENSBSLG00000015917	NAMPT (ENSBSLG00000015932)	ENSBSLG00000008234	ENSBSLG00000008272	ENSBSLG00000008313	fgl2a (ENSBSLG00000008346)	lrrc17 (ENSBSLG00000008365)	ENSBSLG00000008387	ENSBSLG00000008400	pus7l (ENSBSLG00000008415)	prickle1b (ENSBSLG00000008455)	pphln1 (ENSBSLG00000008490)	zcrb1 (ENSBSLG00000008522)	yaf2 (ENSBSLG00000008587) ##22	gxylt1b (ENSBSLG00000008602)	pdzrn4 (ENSBSLG00000008911)	cntn1b (ENSBSLG00000008967)	nrcama (ENSBSLG00000009230)	ENSBSLG00000010447	ENSBSLG00000010496	avpr2l (ENSBSLG00000010499)	akr1b1.2 (ENSBSLG00000010511)	dnajb9b (ENSBSLG00000011053)	akr1b1.1 (ENSBSLG00000011091)	tfec (ENSBSLG00000013185)	mdfic (ENSBSLG00000013382)	foxp2 (ENSBSLG00000013439)	ENSBSLG00000013833	gpr85 (ENSBSLG00000013837)
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00940000158612	ENSGT00940000177490	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000158612	ENSGT00940000177490	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000158612	ENSGT00940000177490	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000158612	ENSGT00940000177490	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996.c	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1610	NAMPT (ENSNFUG00015004116)	GSAP (ENSNFUG00015004076)	FGL2 (ENSNFUG00015004071)	ccdc146 (ENSNFUG00015004066)	ENSNFUG00015004060	ENSNFUG00015004058	LRRC17 (ENSNFUG00015004054)	RAB19 (ENSNFUG00015004046)	Nfu_g_1_011621 (ENSNFUG00015016003)	ENSNFUG00015015990	ENSNFUG00015015978	PUS7L (ENSNFUG00015015964)	prickle1b (ENSNFUG00015015943)	pphln1 (ENSNFUG00015015932)	ZCRB1 (ENSNFUG00015015893)	YAF2 (ENSNFUG00015015878) ##22	gxylt1b (ENSNFUG00015015872)	PDZRN4 (ENSNFUG00015015857)	ENSNFUG00015015849	ENSNFUG00015015843	CNTN1B (ENSNFUG00015015058)	NRCAM (ENSNFUG00015013167)	ENSNFUG00015013093	ENSNFUG00015013039	avpr2l (ENSNFUG00015013030)	ENSNFUG00015013028	ENSNFUG00015013025	DNAJB9 (ENSNFUG00015013022)	AKR1B1 (ENSNFUG00015012887)	AKR1B1 (ENSNFUG00015012832)	TFEC (ENSNFUG00015012813)
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	31	ATXN7L1 (ENSKMAG00000012825)	ENSKMAG00000012790	NAMPT (ENSKMAG00000012747)	ENSKMAG00000012721	ENSKMAG00000012698	fgl2a (ENSKMAG00000012686)	lrrc17 (ENSKMAG00000012671)	ENSKMAG00000012657	ENSKMAG00000012638	ENSKMAG00000012615	ENSKMAG00000012599	pus7l (ENSKMAG00000012571)	prickle1b (ENSKMAG00000012526)	pphln1 (ENSKMAG00000012486)	zcrb1 (ENSKMAG00000012448)	yaf2 (ENSKMAG00000012434) ##22	gxylt1b (ENSKMAG00000012413)	pdzrn4 (ENSKMAG00000012394)
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000158612	ENSGT00940000177490	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000008140	ENSGT00940000158612	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00940000175529	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00390000008140	ENSGT00940000158612	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00940000175529	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00390000008140	ENSGT00940000158612	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00940000175529	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a
Amazon molly	MODERN SPECIES	261	ENSPFOG00000015872	NAMPT (ENSPFOG00000015802)	ENSPFOG00000022064	ENSPFOG00000015797	GSAP (ENSPFOG00000015749)	fgl2a (ENSPFOG00000015737)	CCDC146 (ENSPFOG00000015705)	lrrc17 (ENSPFOG00000015687)	RAB19 (ENSPFOG00000015670)	ENSPFOG00000015655	ENSPFOG00000015643	pus7l (ENSPFOG00000015610)	prickle1b (ENSPFOG00000015581)	pphln1 (ENSPFOG00000015565)	zcrb1 (ENSPFOG00000015564)	yaf2 (ENSPFOG00000015547) ##22	gxylt1b (ENSPFOG00000015498)	pdzrn4 (ENSPFOG00000015395)	cntn1b (ENSPFOG00000015204)	cntn1b (ENSPFOG00000014968)	nrcama (ENSPFOG00000014792)	ENSPFOG00000020329	ENSPFOG00000014762	avpr2l (ENSPFOG00000014751)	ENSPFOG00000014748	dnajb9b (ENSPFOG00000014738)	akr1b1.1 (ENSPFOG00000014667)	akr1b1.2 (ENSPFOG00000014569)	tfec (ENSPFOG00000014522)	mdfic (ENSPFOG00000014519)	foxp2 (ENSPFOG00000014402)
Sailfin molly	MODERN SPECIES	1053										RAB19 (ENSPLAG00000004607)	ENSPLAG00000004634	ENSPLAG00000004645	pus7l (ENSPLAG00000004652)	prickle1b (ENSPLAG00000004668)	zcrb1 (ENSPLAG00000004685)	yaf2 (ENSPLAG00000004691) ##22	gxylt1b (ENSPLAG00000004707)	pphln1 (ENSPLAG00000004729)	pdzrn4 (ENSPLAG00000004787)	HNRNPUL1 (ENSPLAG00000004833)	rasgrp4 (ENSPLAG00000004871)
Guppy	MODERN SPECIES	454	GRM8 (ENSPREG00000011680)	ENSPREG00000011661	ENSPREG00000011643	ENSPREG00000011622	NAMPT (ENSPREG00000011592)	ENSPREG00000011563	fgl2a (ENSPREG00000011549)	lrrc17 (ENSPREG00000011541)	ENSPREG00000011528	ENSPREG00000011513	ENSPREG00000011499	pus7l (ENSPREG00000011483)	prickle1b (ENSPREG00000011451)	pphln1 (ENSPREG00000011421)	zcrb1 (ENSPREG00000011402)	yaf2 (ENSPREG00000011388) ##22	gxylt1b (ENSPREG00000011378)	pdzrn4 (ENSPREG00000011365)	cntn1b (ENSPREG00000011347)	nrcama (ENSPREG00000011132)	ENSPREG00000011053	ENSPREG00000011024	avpr2l (ENSPREG00000011009)	ENSPREG00000011004	dnajb9b (ENSPREG00000010993)	akr1b1.1 (ENSPREG00000010966)	akr1b1.2 (ENSPREG00000010944)	tfec (ENSPREG00000010907)	mdfic (ENSPREG00000010890)	foxp2 (ENSPREG00000010330)	ENSPREG00000010253
Platyfish	MODERN SPECIES	8	ENSXMAG00000009521	GRM8 (ENSXMAG00000009482)	ZNF800 (ENSXMAG00000027262)	ATXN7L1 (ENSXMAG00000009458)	ENSXMAG00000009433	NAMPT (ENSXMAG00000027069)	GSAP (ENSXMAG00000009404)	ccdc146 (ENSXMAG00000009388)	fgl2a (ENSXMAG00000027974)	lrrc17 (ENSXMAG00000009384)	ENSXMAG00000009378	pus7l (ENSXMAG00000009376)	ENSXMAG00000009381	prickle1b (ENSXMAG00000009369)	zcrb1 (ENSXMAG00000009359)	yaf2 (ENSXMAG00000009358) ##22	gxylt1b (ENSXMAG00000009355)	pphln1 (ENSXMAG00000009366)	ENSXMAG00000019756	pdzrn4 (ENSXMAG00000028991)	cntn1b (ENSXMAG00000009280)	nrcama (ENSXMAG00000009232)	PNPLA8 (ENSXMAG00000009222)	ENSXMAG00000025127	avpr2l (ENSXMAG00000026200)	ENSXMAG00000009216	dnajb9b (ENSXMAG00000021574)	akr1b1.1 (ENSXMAG00000009184)	akr1b1.2 (ENSXMAG00000009158)	tfec (ENSXMAG00000023033)	mdfic (ENSXMAG00000029243)
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000177490	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000153629.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	529	znf800a (ENSCVAG00000001071)	ATXN7L1 (ENSCVAG00000001070)	ENSCVAG00000001069	NAMPT (ENSCVAG00000001068)	ENSCVAG00000001067	ENSCVAG00000001066	ENSCVAG00000001065	fgl2a (ENSCVAG00000001064)	lrrc17 (ENSCVAG00000001063)	RAB19 (ENSCVAG00000001062)	ENSCVAG00000001061	pus7l (ENSCVAG00000001060)	ENSCVAG00000001059	pphln1 (ENSCVAG00000001058)	zcrb1 (ENSCVAG00000001057)	yaf2 (ENSCVAG00000001056) ##22	gxylt1b (ENSCVAG00000001055)	tyw1 (ENSCVAG00000001054)	sbds (ENSCVAG00000001053)	ENSCVAG00000001052	ENSCVAG00000001051	CLDN4 (ENSCVAG00000001050)	cldnf (ENSCVAG00000001049)	ENSCVAG00000001048	ENSCVAG00000001046
Mummichog	MODERN SPECIES	537								lrrc17 (ENSFHEG00000007584)	RAB19 (ENSFHEG00000007581)	ENSFHEG00000007577	ENSFHEG00000007547	ENSFHEG00000007504	prickle1b (ENSFHEG00000007489)	pphln1 (ENSFHEG00000007449)	zcrb1 (ENSFHEG00000007426)	yaf2 (ENSFHEG00000007387) ##22	gxylt1b (ENSFHEG00000007371)	pdzrn4 (ENSFHEG00000007347)
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000158612	ENSGT00940000177490	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00390000008756	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d.i.a	ENSGT00940000153272.a.b.d.j	ENSGT00940000153272.a.b.d.i.b	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000158612	ENSGT00940000177490	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00940000174846.b	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00390000008756	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d.i.a	ENSGT00940000153272.a.b.d.j	ENSGT00940000153272.a.b.d.i.b	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000178921
Indian medaka	MODERN SPECIES	2	ATXN7L1 (ENSOMEG00000011428)	ENSOMEG00000011444	NAMPT (ENSOMEG00000011478)	ENSOMEG00000011539	ENSOMEG00000011555	ENSOMEG00000011683	ENSOMEG00000011720	lrrc17 (ENSOMEG00000011734)	ENSOMEG00000011749	ENSOMEG00000011779	ENSOMEG00000011800	pus7l (ENSOMEG00000000283)	prickle1b (ENSOMEG00000011831)	pphln1 (ENSOMEG00000011858)	zcrb1 (ENSOMEG00000011896)	yaf2 (ENSOMEG00000000289) ##22	gxylt1b (ENSOMEG00000011944)	pdzrn4 (ENSOMEG00000011961)	bloc1s3 (ENSOMEG00000011985)	cntn1b (ENSOMEG00000012070)	nrcama (ENSOMEG00000012509)	PNPLA8 (ENSOMEG00000012636)	ENSOMEG00000012647	ENSOMEG00000012660	dnajb9b (ENSOMEG00000012680)	akr1b1.1 (ENSOMEG00000012704)	AKR1B1 (ENSOMEG00000012739)	akr1b1.1 (ENSOMEG00000012775)	akr1b1.2 (ENSOMEG00000012798)	tfec (ENSOMEG00000012835)	ENSOMEG00000012882
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	15	ENSOJAG00000017160	ENSOJAG00000017170	NAMPT (ENSOJAG00000017215)	ENSOJAG00000017613	ENSOJAG00000017626	ENSOJAG00000017642	fgl2a (ENSOJAG00000017698)	lrrc17 (ENSOJAG00000017779)	ENSOJAG00000017788	ENSOJAG00000017800	ENSOJAG00000017850	pus7l (ENSOJAG00000017858)	prickle1b (ENSOJAG00000017893)	pphln1 (ENSOJAG00000017967)	zcrb1 (ENSOJAG00000018015)	yaf2 (ENSOJAG00000018041) ##22	gxylt1b (ENSOJAG00000018071)	pdzrn4 (ENSOJAG00000018083)	ARHGAP8 (ENSOJAG00000018087)	cradd (ENSOJAG00000018099)	socs2 (ENSOJAG00000018105)	opn1sw1 (ENSOJAG00000018114)	irf5 (ENSOJAG00000019090)	ENSOJAG00000019132	atp6v1f (ENSOJAG00000019162)	lamtor4 (ENSOJAG00000019170)	ARF5 (ENSOJAG00000019186)	gcc1 (ENSOJAG00000019243)	ENSOJAG00000019823	ENSOJAG00000020049	sco2 (ENSOJAG00000020090)
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000008140	ENSGT00940000158612	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000153629.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00390000008756	ENSGT00390000008099	ENSGT01050000244841.A.b.b.a.a	ENSGT00390000004586	ENSGT00940000158027	ENSGT00940000155662.e.a	ENSGT00940000158662	ENSGT00930000151029.i.b	ENSGT00390000006760	ENSGT00940000157013	ENSGT00390000014507.a.b	ENSGT00390000012501	ENSGT00390000018612.a.b
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	15	ZNF800 (ENSORLG00000013219)	ATXN7L1 (ENSORLG00000023732)	ENSORLG00000013204	NAMPT (ENSORLG00000013189)	ENSORLG00000024907	ccdc146 (ENSORLG00000026904)	fgl2a (ENSORLG00000028800)	lrrc17 (ENSORLG00000013146)	ENSORLG00000013138	ENSORLG00000030162	ENSORLG00000026485	pus7l (ENSORLG00000013134)	ENSORLG00000013121	pphln1 (ENSORLG00000013095)	zcrb1 (ENSORLG00000013088)	yaf2 (ENSORLG00000023863) ##22	gxylt1b (ENSORLG00000013048)	pdzrn4 (ENSORLG00000013040)	ENSORLG00000026764	bloc1s3 (ENSORLG00000027358)	ndufa5 (ENSORLG00000013008)	ENSORLG00000012989	COG5 (ENSORLG00000012980)	TMTC1 (ENSORLG00000012959)	pnpla3 (ENSORLG00000012922)	sult4a1 (ENSORLG00000012911)	ENSORLG00000012881	ttll12 (ENSORLG00000022534)	recql (ENSORLG00000012853)	golt1ba (ENSORLG00000012842)	SPX (ENSORLG00000028862)
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000158612	ENSGT00940000177490	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	40	ENSGT00390000008140	ENSGT00940000158612	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000158612	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000166983.c.a	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00390000008140	ENSGT00940000158612	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000166983.c.a	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a
Orange clownfish	MODERN SPECIES	13	ENSAPEG00000018374	NAMPT (ENSAPEG00000018310)	ENSAPEG00000018277	ENSAPEG00000018259	ENSAPEG00000018231	fgl2a (ENSAPEG00000018211)	lrrc17 (ENSAPEG00000018188)	ENSAPEG00000018181	ENSAPEG00000018164	ENSAPEG00000018151	pus7l (ENSAPEG00000018131)	ENSAPEG00000018110	prickle1b (ENSAPEG00000018098)	pphln1 (ENSAPEG00000017993)	zcrb1 (ENSAPEG00000017955)	yaf2 (ENSAPEG00000017939) ##22	gxylt1b (ENSAPEG00000017915)	pdzrn4 (ENSAPEG00000017873)	cntn1b (ENSAPEG00000017758)	nrcama (ENSAPEG00000017549)	PNPLA8 (ENSAPEG00000017399)	ENSAPEG00000017375	avpr2l (ENSAPEG00000017368)	ENSAPEG00000017338	dnajb9b (ENSAPEG00000017314)	akr1b1.1 (ENSAPEG00000017280)	akr1b1.2 (ENSAPEG00000017222)	tfec (ENSAPEG00000017199)	mdfic (ENSAPEG00000017157)	foxp2 (ENSAPEG00000016507)	ENSAPEG00000016467
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	1862								lrrc17 (ENSAOCG00000015969)	ENSAOCG00000015948	ENSAOCG00000015924	ENSAOCG00000015902	pus7l (ENSAOCG00000015886)	prickle1b (ENSAOCG00000015863)	pphln1 (ENSAOCG00000015841)	zcrb1 (ENSAOCG00000015798)	yaf2 (ENSAOCG00000015759) ##22	gxylt1b (ENSAOCG00000015741)
Spiny chromis	MODERN SPECIES	51													prickle1b (ENSAPOG00000012747)	pphln1 (ENSAPOG00000012730)	zcrb1 (ENSAPOG00000012709)	yaf2 (ENSAPOG00000012651) ##22	gxylt1b (ENSAPOG00000012625)	pdzrn4 (ENSAPOG00000012580)	cntn1b (ENSAPOG00000012566)	nrcama (ENSAPOG00000012384)	ENSAPOG00000012128	ENSAPOG00000012114	avpr2l (ENSAPOG00000012088)	ENSAPOG00000012071	dnajb9b (ENSAPOG00000012049)	akr1b1.1 (ENSAPOG00000012036)	akr1b1.2 (ENSAPOG00000011989)	tfec (ENSAPOG00000011937)	mdfic (ENSAPOG00000011906)	foxp2 (ENSAPOG00000011783)	ENSAPOG00000010923
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	373	znf800a (ENSSPAG00000012457)	ATXN7L1 (ENSSPAG00000013053)	ENSSPAG00000013072	SYPL1 (ENSSPAG00000013087)	NAMPT (ENSSPAG00000013102)	ENSSPAG00000013146	ENSSPAG00000013242	fgl2a (ENSSPAG00000013260)	lrrc17 (ENSSPAG00000013282)	ENSSPAG00000013288	ENSSPAG00000013295	pus7l (ENSSPAG00000013309)	prickle1b (ENSSPAG00000013326)	pphln1 (ENSSPAG00000013380)	zcrb1 (ENSSPAG00000013412)	yaf2 (ENSSPAG00000013452) ##22	gxylt1b (ENSSPAG00000013494)	gxylt1b (ENSSPAG00000013521)	pdzrn4 (ENSSPAG00000013535)	cntn1b (ENSSPAG00000013581)	nrcama (ENSSPAG00000013792)
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000158612	ENSGT00940000177490	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a	ENSGT01090000260145
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000158612	ENSGT00940000177490	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a	ENSGT01090000260145
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000158612	ENSGT00940000177490	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000174996	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a	ENSGT01090000260145
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000158612	ENSGT00940000177490	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000166983.c.a	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a	ENSGT01090000260145
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	280											ENSHBUG00000006460	pus7l (ENSHBUG00000000161)	prickle1b (ENSHBUG00000006436)	pphln1 (ENSHBUG00000006408)	zcrb1 (ENSHBUG00000006367)	yaf2 (ENSHBUG00000006345) ##22	gxylt1b (ENSHBUG00000006334)	pdzrn4 (ENSHBUG00000006310)	cntn1b (ENSHBUG00000006280)	nrcama (ENSHBUG00000006122)	PNPLA8 (ENSHBUG00000005781)	ENSHBUG00000005745	ENSHBUG00000005730	dnajb9b (ENSHBUG00000005727)	akr1b1.1 (ENSHBUG00000005711)	akr1b1.2 (ENSHBUG00000005672)	tfec (ENSHBUG00000005635)	mdfic (ENSHBUG00000005627)	foxp2 (ENSHBUG00000005609)	ENSHBUG00000005526	gpr85 (ENSHBUG00000005512)
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000008140	ENSGT00940000158612	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000166983.c.a	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a	ENSGT01090000260145
P. nyererei	MODERN SPECIES	309	GRM8 (ENSPNYG00000008738)	znf800a (ENSPNYG00000008726)	ATXN7L1 (ENSPNYG00000008698)	ENSPNYG00000008681	NAMPT (ENSPNYG00000008621)	ENSPNYG00000008581	ENSPNYG00000008554	fgl2a (ENSPNYG00000008535)	lrrc17 (ENSPNYG00000008518)	ENSPNYG00000008498	ENSPNYG00000008464	pus7l (ENSPNYG00000008439)	prickle1b (ENSPNYG00000008404)	pphln1 (ENSPNYG00000008386)	zcrb1 (ENSPNYG00000008344)	yaf2 (ENSPNYG00000008329) ##22	gxylt1b (ENSPNYG00000008307)	pdzrn4 (ENSPNYG00000008242)	cntn1b (ENSPNYG00000008030)	nrcama (ENSPNYG00000007934)	PNPLA8 (ENSPNYG00000007890)	ENSPNYG00000007877	ENSPNYG00000007868	dnajb9b (ENSPNYG00000007855)	akr1b1.1 (ENSPNYG00000007832)	akr1b1.2 (ENSPNYG00000007804)	tfec (ENSPNYG00000007751)	mdfic (ENSPNYG00000007716)	foxp2 (ENSPNYG00000007581)	ENSPNYG00000007555	ENSPNYG00000007538
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000008140	ENSGT00940000158612	ENSGT01030000234637.a.b	ENSGT00940000153456.b.a	ENSGT00390000012875	ENSGT00530000063534.a	ENSGT00940000157946.e	ENSGT00940000156400.a	ENSGT00940000156717.f	ENSGT00940000168547	ENSGT00940000166983.c.a	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b	ENSGT00940000153272.a.b.d	ENSGT00940000153272.a.b.c	ENSGT00940000159404	ENSGT00940000158685	ENSGT00940000155480.d	ENSGT00940000157682.B.a	ENSGT00890000139436.B
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1099	ATXN7L1 (ENSMZEG00005010731)	ENSMZEG00005010742	ENSMZEG00005010751	NAMPT (ENSMZEG00005010766)	ENSMZEG00005010782	ENSMZEG00005010793	fgl2a (ENSMZEG00005010800)	lrrc17 (ENSMZEG00005010807)	ENSMZEG00005010813	ENSMZEG00005010816	ENSMZEG00005010830	pus7l (ENSMZEG00005010850)	prickle1b (ENSMZEG00005010859)	pphln1 (ENSMZEG00005010874)	zcrb1 (ENSMZEG00005010889)	yaf2 (ENSMZEG00005010902) ##22	gxylt1b (ENSMZEG00005010910)	pdzrn4 (ENSMZEG00005010937)	cntn1b (ENSMZEG00005010984)	nrcama (ENSMZEG00005011047)	ENSMZEG00005011211	ENSMZEG00005011229	ENSMZEG00005011234	dnajb9b (ENSMZEG00005011241)	akr1b1.1 (ENSMZEG00005011254)	akr1b1.2 (ENSMZEG00005011270)	tfec (ENSMZEG00005011293)	mdfic (ENSMZEG00005011311)	foxp2 (ENSMZEG00005011353)	ENSMZEG00005011463	gpr85 (ENSMZEG00005011484)
Eastern happy	MODERN SPECIES	8	ATXN7L1 (ENSACLG00000000567)	ENSACLG00000000645	NAMPT (ENSACLG00000000655)	ENSACLG00000000775	ENSACLG00000000802	ENSACLG00000000809	fgl2a (ENSACLG00000000834)	lrrc17 (ENSACLG00000000857)	ENSACLG00000000860	ENSACLG00000000885	ENSACLG00000000932	pus7l (ENSACLG00000000941)	prickle1b (ENSACLG00000000971)	pphln1 (ENSACLG00000000988)	zcrb1 (ENSACLG00000001060)	yaf2 (ENSACLG00000001098) ##22	gxylt1b (ENSACLG00000001119)	pdzrn4 (ENSACLG00000001161)	cntn1b (ENSACLG00000001309)	nrcama (ENSACLG00000001317)	ENSACLG00000001698	ENSACLG00000001750	ENSACLG00000001770	dnajb9b (ENSACLG00000001779)	akr1b1.1 (ENSACLG00000001787)	akr1b1.2 (ENSACLG00000001828)	ENSACLG00000001858	tfec (ENSACLG00000001863)	mdfic (ENSACLG00000001895)	FOXP2 (ENSACLG00000001915)	ENSACLG00000001955
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	291	znf800a (ENSNBRG00000001821)	ENSNBRG00000001808	ENSNBRG00000001780	ENSNBRG00000001751	NAMPT (ENSNBRG00000001688)	ENSNBRG00000001645	fgl2a (ENSNBRG00000001631)	lrrc17 (ENSNBRG00000001601)	RAB19 (ENSNBRG00000001575)	ENSNBRG00000001541	ENSNBRG00000001520	pus7l (ENSNBRG00000001517)	prickle1b (ENSNBRG00000001472)	pphln1 (ENSNBRG00000001457)	zcrb1 (ENSNBRG00000001430)	yaf2 (ENSNBRG00000001404) ##22	gxylt1b (ENSNBRG00000001339)	pdzrn4 (ENSNBRG00000001301)	cntn1b (ENSNBRG00000001231)	nrcama (ENSNBRG00000001156)	ENSNBRG00000001124	ENSNBRG00000001110	ENSNBRG00000001084	dnajb9b (ENSNBRG00000001079)	akr1b1.1 (ENSNBRG00000001047)	akr1b1.2 (ENSNBRG00000001013)	tfec (ENSNBRG00000000942)	mdfic (ENSNBRG00000000910)	foxp2 (ENSNBRG00000000809)	ENSNBRG00000000797	ENSNBRG00000000786
Nile tilapia	MODERN SPECIES	8	znf800a (ENSONIG00000016873)	ENSONIG00000035703	ATXN7L1 (ENSONIG00000030508)	ENSONIG00000016872	NAMPT (ENSONIG00000016870)	GSAP (ENSONIG00000016864)	fgl2a (ENSONIG00000033531)	ccdc146 (ENSONIG00000016859)	lrrc17 (ENSONIG00000016855)	ENSONIG00000039107	ENSONIG00000036545	pus7l (ENSONIG00000016848)	prickle1b (ENSONIG00000016847)	pphln1 (ENSONIG00000016846)	zcrb1 (ENSONIG00000016844)	yaf2 (ENSONIG00000016842) ##22	gxylt1b (ENSONIG00000016841)	pdzrn4 (ENSONIG00000016839)	cntn1b (ENSONIG00000016833)	nrcama (ENSONIG00000016826)	PNPLA8 (ENSONIG00000016825)	ENSONIG00000033061	ENSONIG00000042445	dnajb9 (ENSONIG00000042277)	akr1b1.1 (ENSONIG00000016816)	akr1b1.2 (ENSONIG00000016805)	ENSONIG00000035906	tfec (ENSONIG00000016803)	mdfic (ENSONIG00000031776)	foxp2 (ENSONIG00000016789)	ENSONIG00000029820
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	15	ENSMMDG00005007171	ENSMMDG00005007177	NAMPT (ENSMMDG00005007254)	ENSMMDG00005008141	ENSMMDG00005008142	fgl2a (ENSMMDG00005008146)	lrrc17 (ENSMMDG00005008150)	ENSMMDG00005008151	ENSMMDG00005008167	pus7l (ENSMMDG00005008172)	ENSMMDG00005008176	ENSMMDG00005008178	prickle1b (ENSMMDG00005008185)	pphln1 (ENSMMDG00005008209)	zcrb1 (ENSMMDG00005008213)	yaf2 (ENSMMDG00005008228) ##22	gxylt1b (ENSMMDG00005008237)	pdzrn4 (ENSMMDG00005008241)	ENSMMDG00005008245	cntn1b (ENSMMDG00005008286)	nrcama (ENSMMDG00005009604)	ENSMMDG00005010164	ENSMMDG00005010311	avpr2l (ENSMMDG00005010312)	ENSMMDG00005010314	dnajb9b (ENSMMDG00005010315)	akr1b1.1 (ENSMMDG00005010316)	akr1b1.2 (ENSMMDG00005010318)	tfec (ENSMMDG00005010432)	mdfic (ENSMMDG00005010435)	foxp2 (ENSMMDG00005010451)
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	373					ENSGT00940000155878.d	ENSGT00940000156429	ENSGT00940000156786.o	ENSGT00390000017998.h	ENSGT00940000160214.d	ENSGT00940000158153.c.b	ENSGT00940000156088.c.a.j	ENSGT00950000183039.A.g	ENSGT00390000001285.h	ENSGT00940000157529.g	ENSGT00390000016228.a	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a.b
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	359				ENSPKIG00000023086	ENSPKIG00000023077	TRHDE (ENSPKIG00000023042)	tbc1d15 (ENSPKIG00000023013)	rab21 (ENSPKIG00000022991)	LGR5 (ENSPKIG00000022969)	TSPAN8 (ENSPKIG00000022942)	PTPRB (ENSPKIG00000022854)	KCNMB4 (ENSPKIG00000022800)	cnot2 (ENSPKIG00000022757)	prickle1a (ENSPKIG00000022713)	pphln1 (ENSPKIG00000022667)	yaf2 (ENSPKIG00000022643) ##22	pdzrn4 (ENSPKIG00000022608)
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT00950000182818.B	ENSGT00810000125439.B.c.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT00390000013052	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228.b	ENSGT00390000016228.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246	ENSGT00940000155504	ENSGT00940000154709.a.b.b	ENSGT00940000153901.a.a.b
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	76	ENSGT00610000087444	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B	ENSGT00810000125439.B.c.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504	ENSGT00940000154709.a.b.b.d	ENSGT00940000153901.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000160513.a	ENSGT00940000155659	ENSGT00390000013347.a	ENSGT00390000005941.c	ENSGT00890000139436.B
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000182818.B.b	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT00390000013052	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT01020000230394.e.a.a.a.a.b	ENSGT00940000157255.c.b	ENSGT00950000182818.B.a	ENSGT00810000125439.B.c.a	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00610000087444	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000182818.B.b	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT00390000013052	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00940000168203	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT00940000159018.d	ENSGT00390000007427	ENSGT00390000000068.a.b
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00610000087444	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000182818.B.b	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT00390000013052	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d	ENSGT00390000007427
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00610000087444	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000182818.B.b	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT00390000013052	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	428	appl2 (ENSHCOG00000005613)	ENSHCOG00000005624	NUAK1 (ENSHCOG00000005640)	ENSHCOG00000005653	szl (ENSHCOG00000005664)	NELL2 (ENSHCOG00000005694)	TMEM117 (ENSHCOG00000005711)	twf1a (ENSHCOG00000005729)	irak4 (ENSHCOG00000005758)	ENSHCOG00000005769	ENSHCOG00000005779	ADAMTS20 (ENSHCOG00000005964)	ENSHCOG00000005993	prickle1a (ENSHCOG00000006016)	ENSHCOG00000006022	YAF2 (ENSHCOG00000006027) ##22	GXYLT1 (ENSHCOG00000006039)	PDZRN4 (ENSHCOG00000006061)	CNTN1 (ENSHCOG00000006075)	ENSHCOG00000006088	ENSHCOG00000006126
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00610000087444	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000182818.B.b	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000177234	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000182818.B.b	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000182818.B.b	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22	ENSGT00940000168203	ENSGT00990000208084	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000182818.B.b	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00940000168203	ENSGT00990000208084	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000167414.e	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT00390000007427	ENSGT00390000000068.a.b	ENSGT00940000158576.a.b	ENSGT00940000164299.b.b
Tetraodon	MODERN SPECIES	4	TUBGCP6 (ENSTNIG00000015974)	appl2 (ENSTNIG00000015975)	NUAK1 (ENSTNIG00000015976)	ENSTNIG00000015977	szl (ENSTNIG00000015978)	prl2 (ENSTNIG00000001813)	ENSTNIG00000015979	NELL2 (ENSTNIG00000015980)	TMEM117 (ENSTNIG00000015981)	twf1a (ENSTNIG00000015982)	irak4 (ENSTNIG00000015983)	ADAMTS20 (ENSTNIG00000015984)	prickle1a (ENSTNIG00000015985)	ENSTNIG00000015986	ENSTNIG00000015987	YAF2 (ENSTNIG00000015988) ##22	GXYLT1 (ENSTNIG00000015989)	PDZRN4 (ENSTNIG00000015990)	CNTN1 (ENSTNIG00000015991)	ENSTNIG00000015992	ENSTNIG00000015993	dnm1l (ENSTNIG00000015994)	tnnt2d (ENSTNIG00000015995)	ENSTNIG00000015996	bpgm (ENSTNIG00000015997)	ENSTNIG00000015998	ENSTNIG00000000259	zgc:136858 (ENSTNIG00000015999)	CNOT4 (ENSTNIG00000016000)	KCNA1 (ENSTNIG00000016001)	pthlhb (ENSTNIG00000016002)
Fugu	MODERN SPECIES	21	appl2 (ENSTRUG00000016642)	ENSTRUG00000021275	NUAK1 (ENSTRUG00000027364)	ENSTRUG00000016678	szl (ENSTRUG00000016691)	prl2 (ENSTRUG00000016693)	ENSTRUG00000016696	NELL2 (ENSTRUG00000016697)	TMEM117 (ENSTRUG00000016723)	twf1a (ENSTRUG00000025657)	irak4 (ENSTRUG00000025150)	ADAMTS20 (ENSTRUG00000016748)	ENSTRUG00000023125	prickle1a (ENSTRUG00000016783)	ENSTRUG00000023687	YAF2 (ENSTRUG00000016786) ##22	GXYLT1 (ENSTRUG00000016788)	PDZRN4 (ENSTRUG00000016792)	CNTN1 (ENSTRUG00000016799)	ENSTRUG00000016812	ENSTRUG00000022853	dnm1l (ENSTRUG00000016834)	tnnt2d (ENSTRUG00000016845)	ENSTRUG00000023529	bpgm (ENSTRUG00000016853)	ENSTRUG00000016854	ENSTRUG00000016855	zgc:136858 (ENSTRUG00000016859)	CNOT4 (ENSTRUG00000016861)	KCNA1 (ENSTRUG00000016864)	ENSTRUG00000029325
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000182818.B.b	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22	ENSGT00940000168203	ENSGT00990000208084	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a.f	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000182818.B.b	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22	ENSGT00940000168203	ENSGT00990000208084	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a.f	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000182818.B.b	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00940000168203	ENSGT00990000208084	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a.f	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT00390000013052	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00940000168203	ENSGT00990000208084	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000167414.e	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d	ENSGT00390000007427
Lumpfish	MODERN SPECIES	21	appl2 (ENSCLMG00005019661)	NUAK1 (ENSCLMG00005019961)	ENSCLMG00005019964	szl (ENSCLMG00005019969)	ENSCLMG00005019970	NELL2 (ENSCLMG00005019975)	TMEM117 (ENSCLMG00005019977)	ENSCLMG00005019978	twf1a (ENSCLMG00005019979)	irak4 (ENSCLMG00005020008)	ENSCLMG00005020012	ADAMTS20 (ENSCLMG00005020015)	ENSCLMG00005020028	prickle1a (ENSCLMG00005020032)	PPHLN1 (ENSCLMG00005000074)	YAF2 (ENSCLMG00005000104) ##22	GXYLT1 (ENSCLMG00005000113)	PDZRN4 (ENSCLMG00005000134)	CNTN1 (ENSCLMG00005000220)	ENSCLMG00005000608	ENSCLMG00005001196	dnajb9a (ENSCLMG00005001306)	dnm1l (ENSCLMG00005001448)	tnnt2d (ENSCLMG00005001794)	bpgm (ENSCLMG00005001797)	ENSCLMG00005001800	ENSCLMG00005001855	ENSCLMG00005001915	ENSCLMG00005001919	zgc:136858 (ENSCLMG00005001925)	CNOT4 (ENSCLMG00005001931)
Stickleback	MODERN SPECIES	14	TUBGCP6 (ENSGACG00000003928)	appl2 (ENSGACG00000003947)	NUAK1 (ENSGACG00000003957)	ENSGACG00000003977	szl (ENSGACG00000003997)	ENSGACG00000004000	NELL2 (ENSGACG00000004004)	TMEM117 (ENSGACG00000004020)	ENSGACG00000004026	twf1a (ENSGACG00000004028)	irak4 (ENSGACG00000004050)	ADAMTS20 (ENSGACG00000004063)	prickle1a (ENSGACG00000004088)	ENSGACG00000004098	ENSGACG00000004099	YAF2 (ENSGACG00000004103) ##22	GXYLT1 (ENSGACG00000004112)	PDZRN4 (ENSGACG00000004122)	CNTN1 (ENSGACG00000004129)	ENSGACG00000004140	dnajb9a (ENSGACG00000004142)	dnm1l (ENSGACG00000004145)	tnnt2d (ENSGACG00000004200)	ENSGACG00000004208	bpgm (ENSGACG00000004215)	ENSGACG00000004229	ENSGACG00000004247	zgc:136858 (ENSGACG00000004250)	CNOT4 (ENSGACG00000004276)	KCNA1 (ENSGACG00000004302)	ENSGACG00000004310
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000158319	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000182818.B.b	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a.f	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d	ENSGT00390000007427
Pike perch	MODERN SPECIES	6	TUBGCP6 (ENSSLUG00000010230)	appl2 (ENSSLUG00000009320)	NUAK1 (ENSSLUG00000009267)	ENSSLUG00000009182	szl (ENSSLUG00000009139)	prl2 (ENSSLUG00000009117)	NELL2 (ENSSLUG00000005606)	ENSSLUG00000005393	TMEM117 (ENSSLUG00000005362)	twf1a (ENSSLUG00000005325)	irak4 (ENSSLUG00000005222)	ADAMTS20 (ENSSLUG00000004961)	ENSSLUG00000004927	prickle1a (ENSSLUG00000004921)	PPHLN1 (ENSSLUG00000004908)	YAF2 (ENSSLUG00000004904) ##22	GXYLT1 (ENSSLUG00000004900)	ENSSLUG00000023430	PDZRN4 (ENSSLUG00000023424)	CNTN1 (ENSSLUG00000021304)	ENSSLUG00000018562	ENSSLUG00000018300	dnajb9a (ENSSLUG00000018283)	dnm1l (ENSSLUG00000018225)	tnnt2d (ENSSLUG00000018211)	bpgm (ENSSLUG00000018205)	ENSSLUG00000018200	ENSSLUG00000018197	ENSSLUG00000018191	ENSSLUG00000018187	tnni4a (ENSSLUG00000018184)
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	20	appl2 (ENSCGOG00000021540)	NUAK1 (ENSCGOG00000021516)	ENSCGOG00000021509	szl (ENSCGOG00000021502)	prl2 (ENSCGOG00000021489)	ENSCGOG00000021488	NELL2 (ENSCGOG00000020379)	ENSCGOG00000020343	TMEM117 (ENSCGOG00000020246)	twf1a (ENSCGOG00000020181)	irak4 (ENSCGOG00000020003)	ADAMTS20 (ENSCGOG00000019903)	ENSCGOG00000019897	prickle1a (ENSCGOG00000019892)	PPHLN1 (ENSCGOG00000019889)	YAF2 (ENSCGOG00000019886) ##22	GXYLT1 (ENSCGOG00000019881)	PDZRN4 (ENSCGOG00000019879)	CNTN1 (ENSCGOG00000018721)	NRCAM (ENSCGOG00000017428)	ENSCGOG00000017399	dnajb9a (ENSCGOG00000017397)	dnm1l (ENSCGOG00000015520)	tnnt2d (ENSCGOG00000015400)	bpgm (ENSCGOG00000015396)	ENSCGOG00000015361	ENSCGOG00000015353	ENSCGOG00000015351	tnni4a (ENSCGOG00000015310)	ENSCGOG00000015309	zgc:136858 (ENSCGOG00000015305)
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000177234	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000182818.B.b	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a.f	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000177234	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000182818.B.b	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a.f	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	492	NUAK1 (ENSLCRG00005016912)	ENSLCRG00005016915	szl (ENSLCRG00005017017)	prl2 (ENSLCRG00005017019)	ENSLCRG00005017021	NELL2 (ENSLCRG00005017029)	TMEM117 (ENSLCRG00005018681)	twf1a (ENSLCRG00005018687)	irak4 (ENSLCRG00005018744)	ADAMTS20 (ENSLCRG00005018756)	ENSLCRG00005019037	ENSLCRG00005019040	PPHLN1 (ENSLCRG00005019041)	prickle1a (ENSLCRG00005019050)	ENSLCRG00005019054	YAF2 (ENSLCRG00005019058) ##22	GXYLT1 (ENSLCRG00005019061)	PDZRN4 (ENSLCRG00005019063)	CNTN1 (ENSLCRG00005019070)	NRCAM (ENSLCRG00005019196)	ENSLCRG00005019659	dnajb9a (ENSLCRG00005019873)	dnm1l (ENSLCRG00005019883)	tnnt2d (ENSLCRG00005020050)	ENSLCRG00005020052	bpgm (ENSLCRG00005020053)	ENSLCRG00005020054	ENSLCRG00005020056	tnni4a (ENSLCRG00005020058)	ENSLCRG00005020059	zgc:136858 (ENSLCRG00005020060)
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	22	NUAK1 (ENSSAUG00010025463)	ENSSAUG00010025448	szl (ENSSAUG00010025443)	prl2 (ENSSAUG00010025441)	ENSSAUG00010025439	NELL2 (ENSSAUG00010024772)	ENSSAUG00010024750	TMEM117 (ENSSAUG00010024749)	twf1a (ENSSAUG00010024746)	irak4 (ENSSAUG00010024737)	ADAMTS20 (ENSSAUG00010024533)	ENSSAUG00010024519	prickle1a (ENSSAUG00010024517)	ENSSAUG00010024516	YAF2 (ENSSAUG00010024515) ##22	YAF2 (ENSSAUG00010024514) ##22	GXYLT1 (ENSSAUG00010024512)	PDZRN4 (ENSSAUG00010024511)	CNTN1 (ENSSAUG00010023482)	ENSSAUG00010011084	ENSSAUG00010010719	dnajb9a (ENSSAUG00010010717)	dnm1l (ENSSAUG00010010614)	sTnT2 (ENSSAUG00010010604)	ENSSAUG00010010603	bpgm (ENSSAUG00010010602)	ENSSAUG00010010600	ENSSAUG00010010558	ENSSAUG00010010556	tnni4a (ENSSAUG00010010554)	ENSSAUG00010010551
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	15													ENSLBEG00000007381	prickle1a (ENSLBEG00000007417)	ENSLBEG00000007482	YAF2 (ENSLBEG00000007500) ##22	GXYLT1 (ENSLBEG00000007556)	PDZRN4 (ENSLBEG00000007631)	CNTN1 (ENSLBEG00000007683)	NRCAM (ENSLBEG00000007863)	ENSLBEG00000008315	dnajb9a (ENSLBEG00000008376)	dnm1l (ENSLBEG00000008434)	tnnt2d (ENSLBEG00000008713)	ENSLBEG00000009310	bpgm (ENSLBEG00000009382)	ENSLBEG00000009399	ENSLBEG00000009423	ENSLBEG00000009437	ENSLBEG00000009453	ENSLBEG00000009522
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00610000087444	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000182818.B.b	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000158319	ENSGT00610000087444	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT00390000013052	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d	ENSGT00390000007427
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157810	ENSGT00940000158319	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01030000234621.E	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT01100000266314	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d	ENSGT00390000007427
Climbing perch	MODERN SPECIES	19	plxnb2b (ENSATEG00000019037)	ENSATEG00000019005	appl2 (ENSATEG00000018930)	ENSATEG00000029401	ENSATEG00000018848	ENSATEG00000018823	ENSATEG00000018799	NELL2 (ENSATEG00000018734)	TMEM117 (ENSATEG00000018705)	twf1a (ENSATEG00000018670)	irak4 (ENSATEG00000018652)	ADAMTS20 (ENSATEG00000018585)	ENSATEG00000018565	PRICKLE1 (ENSATEG00000018535)	PPHLN1 (ENSATEG00000027966)	YAF2 (ENSATEG00000028697) ##22	GXYLT1 (ENSATEG00000018487)	PDZRN4 (ENSATEG00000018448)	CNTN1 (ENSATEG00000018430)	ENSATEG00000018349	ENSATEG00000018329	dnajb9a (ENSATEG00000025169)	dnm1l (ENSATEG00000018248)	tnnt2d (ENSATEG00000017875)	ENSATEG00000017824	bpgm (ENSATEG00000017809)	ENSATEG00000017792	ENSATEG00000017758	ENSATEG00000017735	ENSATEG00000028067	zgc:136858 (ENSATEG00000017671)
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	17	ENSBSLG00000025104	NUAK1 (ENSBSLG00000025103)	ENSBSLG00000025068	szl (ENSBSLG00000025056)	ENSBSLG00000025054	NELL2 (ENSBSLG00000024851)	ENSBSLG00000024815	TMEM117 (ENSBSLG00000024805)	twf1a (ENSBSLG00000024787)	irak4 (ENSBSLG00000024766)	ADAMTS20 (ENSBSLG00000024588)	ENSBSLG00000024536	ENSBSLG00000024532	prickle1a (ENSBSLG00000024530)	PPHLN1 (ENSBSLG00000024499)	YAF2 (ENSBSLG00000024491) ##22	GXYLT1 (ENSBSLG00000024478)	PDZRN4 (ENSBSLG00000024471)	CNTN1 (ENSBSLG00000024323)	NRCAM (ENSBSLG00000020914)	PNPLA8 (ENSBSLG00000020857)	dnajb9a (ENSBSLG00000020854)	dnm1l (ENSBSLG00000020578)	tnnt2d (ENSBSLG00000020535)	CALD1 (ENSBSLG00000020532)	bpgm (ENSBSLG00000020529)	ENSBSLG00000020526	ENSBSLG00000020517	tnni4a (ENSBSLG00000020512)	ENSBSLG00000020505	zgc:136858 (ENSBSLG00000020493)
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000177234	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000182818.B.b	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000177234	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000182818.B.b	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000177234	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000182818.B.b	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	2263	TUBGCP6 (ENSSLDG00000023278)	appl2 (ENSSLDG00000023236)	NUAK1 (ENSSLDG00000023219)	ENSSLDG00000023183	szl (ENSSLDG00000023164)	prl2 (ENSSLDG00000023159)	ENSSLDG00000023141	NELL2 (ENSSLDG00000023098)	ENSSLDG00000023090	TMEM117 (ENSSLDG00000023073)	twf1a (ENSSLDG00000023055)	irak4 (ENSSLDG00000023042)	ADAMTS20 (ENSSLDG00000022994)	ENSSLDG00000022984	prickle1a (ENSSLDG00000022971)	YAF2 (ENSSLDG00000022945) ##22	GXYLT1 (ENSSLDG00000022923)	PDZRN4 (ENSSLDG00000022904)
Greater amberjack	MODERN SPECIES	86	ENSSDUG00000023122	NUAK1 (ENSSDUG00000023118)	szl (ENSSDUG00000023113)	prl2 (ENSSDUG00000023101)	ENSSDUG00000023096	ENSSDUG00000023078	NELL2 (ENSSDUG00000023061)	ENSSDUG00000023056	TMEM117 (ENSSDUG00000023052)	twf1a (ENSSDUG00000023046)	irak4 (ENSSDUG00000023039)	ADAMTS20 (ENSSDUG00000022977)	ENSSDUG00000022967	prickle1a (ENSSDUG00000022955)	PPHLN1 (ENSSDUG00000022947)	YAF2 (ENSSDUG00000022939) ##22	GXYLT1 (ENSSDUG00000022929)	PDZRN4 (ENSSDUG00000022923)	CNTN1 (ENSSDUG00000022906)	NRCAM (ENSSDUG00000022888)	PNPLA8 (ENSSDUG00000022881)	dnajb9a (ENSSDUG00000022878)	dnm1l (ENSSDUG00000022859)	tnnt2d (ENSSDUG00000022739)	CALD1 (ENSSDUG00000022720)	bpgm (ENSSDUG00000022717)	ENSSDUG00000022704	ENSSDUG00000022700	ENSSDUG00000022691	tnni4a (ENSSDUG00000022686)	ENSSDUG00000022674
Barramundi perch	MODERN SPECIES	144			NUAK1 (ENSLCAG00010024231)	szl (ENSLCAG00010024224)	prl2 (ENSLCAG00010024216)	ENSLCAG00010024212	ENSLCAG00010023994	ENSLCAG00010023885	TMEM117 (ENSLCAG00010023881)	twf1a (ENSLCAG00010023877)	irak4 (ENSLCAG00010023870)	ADAMTS20 (ENSLCAG00010023794)	ENSLCAG00010023754	prickle1a (ENSLCAG00010023751)	PPHLN1 (ENSLCAG00010023747)	YAF2 (ENSLCAG00010023745) ##22	GXYLT1 (ENSLCAG00010023741)	PDZRN4 (ENSLCAG00010023738)	CNTN1 (ENSLCAG00010023704)	NRCAM (ENSLCAG00010022373)	ENSLCAG00010021917	dnajb9a (ENSLCAG00010021915)	dnm1l (ENSLCAG00010021454)	tnnt2d (ENSLCAG00010021309)	bpgm (ENSLCAG00010021300)	ENSLCAG00010021299	ENSLCAG00010021296	ENSLCAG00010021295	ENSLCAG00010021291	tnni4a (ENSLCAG00010021290)	ENSLCAG00010021288
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158319	ENSGT01090000263055	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000182818.B.b	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d
Turbot	MODERN SPECIES	1	appl2 (ENSSMAG00000007446)	appl2 (ENSSMAG00000038118)	ENSSMAG00000007503	ENSSMAG00000007542	ENSSMAG00000007647	ENSSMAG00000007662	ENSSMAG00000007703	NELL2 (ENSSMAG00000007710)	TMEM117 (ENSSMAG00000007827)	twf1a (ENSSMAG00000007848)	irak4 (ENSSMAG00000007871)	ADAMTS20 (ENSSMAG00000007900)	ENSSMAG00000008018	PPHLN1 (ENSSMAG00000008043)	PRICKLE1 (ENSSMAG00000008028)	YAF2 (ENSSMAG00000008054) ##22	GXYLT1 (ENSSMAG00000008062)	PDZRN4 (ENSSMAG00000008100)	CNTN1 (ENSSMAG00000008140)	NRCAM (ENSSMAG00000008243)	ENSSMAG00000008292	dnajb9a (ENSSMAG00000030394)	dnm1l (ENSSMAG00000008336)	tnnt2d (ENSSMAG00000008403)	ENSSMAG00000028897	bpgm (ENSSMAG00000031971)	ENSSMAG00000022935	ENSSMAG00000026823	ENSSMAG00000008521	ENSSMAG00000008539	ENSSMAG00000008563
Tongue sole	MODERN SPECIES	16	fam107b (ENSCSEG00000004136)	ENSCSEG00000004151	grm3 (ENSCSEG00000004194)	ENSCSEG00000004207	rbm28 (ENSCSEG00000004212)	ENSCSEG00000004219	lrrc4.2 (ENSCSEG00000004225)	ENSCSEG00000004229	CACNA2D1 (ENSCSEG00000004240)	ENSCSEG00000004267	ENSCSEG00000004277	ENSCSEG00000004289	ENSCSEG00000004312	ENSCSEG00000004316	prickle1a (ENSCSEG00000004323)	YAF2 (ENSCSEG00000004331) ##22	GXYLT1 (ENSCSEG00000004336)	PDZRN4 (ENSCSEG00000004350)	CNTN1 (ENSCSEG00000005284)	NRCAM (ENSCSEG00000005300)	ENSCSEG00000005352	ENSCSEG00000005365	pdp2 (ENSCSEG00000005381)	frmd4a (ENSCSEG00000005394)	odf3b (ENSCSEG00000005454)	rabl2 (ENSCSEG00000005479)	SHANK3 (ENSCSEG00000005489)	MAF (ENSCSEG00000005514)	MAF (ENSCSEG00000005519)	ENSCSEG00000005527	prpf18 (ENSCSEG00000005536)
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00610000087444	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000182818.B.b	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000158319	ENSGT00610000087444	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT00390000013052	ENSGT01030000234621.E	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00610000087444	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01030000234518.C.b	ENSGT00390000013052	ENSGT01030000234621.E	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158319	ENSGT00610000087444	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01030000234518.C.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d	ENSGT00390000007427	ENSGT00390000000068.a.b
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	6												ADAMTS20 (ENSKMAG00000005969)	ENSKMAG00000005935	prickle1a (ENSKMAG00000005861)	PPHLN1 (ENSKMAG00000005806)	YAF2 (ENSKMAG00000005787) ##22	GXYLT1 (ENSKMAG00000005749)	PDZRN4 (ENSKMAG00000005705)	CNTN1 (ENSKMAG00000005644)	NRCAM (ENSKMAG00000005274)	dnajb9a (ENSKMAG00000005139)	ENSKMAG00000005089	dnm1l (ENSKMAG00000004994)	tnnt2d (ENSKMAG00000004908)	ENSKMAG00000004875	bpgm (ENSKMAG00000004859)	ENSKMAG00000004834	tnni4a (ENSKMAG00000004784)	ENSKMAG00000004737	zgc:136858 (ENSKMAG00000004663)	CNOT4 (ENSKMAG00000004581)
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1622	caprin1b (ENSNFUG00015025177)	PLXNB2B (ENSNFUG00015025007)	TUBGCP6 (ENSNFUG00015024926)	APPL2 (ENSNFUG00015024841)	ENSNFUG00015024836	ENSNFUG00015024821	szl (ENSNFUG00015024815)	DBX2 (ENSNFUG00015024814)	NUAK1 (ENSNFUG00015024810)	NELL2 (ENSNFUG00015024744)	TMEM117 (ENSNFUG00015024705)	IRAK4 (ENSNFUG00015024700)	twf1a (ENSNFUG00015024697)	ADAMTS20 (ENSNFUG00015024443)	ENSNFUG00015024381	YAF2 (ENSNFUG00015024379) ##22	GXYLT1B (ENSNFUG00015024376)	ENSNFUG00015024374	PDZRN4 (ENSNFUG00015024360)	CNTN1 (ENSNFUG00015023371)	NRCAM (ENSNFUG00015022871)	ENSNFUG00015022817	PNPLA8 (ENSNFUG00015022803)	DNAJB9 (ENSNFUG00015022799)	dnm1l (ENSNFUG00015022771)	tnnt2d (ENSNFUG00015022764)	BPGM (ENSNFUG00015022761)	ENSNFUG00015022759	tnni4a (ENSNFUG00015022701)	ENSNFUG00015022692	zgc:136858 (ENSNFUG00015022688)
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000177234	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01030000234518.C.b	ENSGT00390000013052	ENSGT01030000234621.E	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000157810	ENSGT00940000158319	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01030000234518.C.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157810	ENSGT00940000158319	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01030000234518.C.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00940000158319	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01030000234518.C.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792.f	ENSGT00940000158792.e	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d
Sailfin molly	MODERN SPECIES	1741										TWF1 (ENSPLAG00000010013)	irak4 (ENSPLAG00000010023)	ADAMTS20 (ENSPLAG00000010095)	ENSPLAG00000010115	prickle1a (ENSPLAG00000010144)	PPHLN1 (ENSPLAG00000010151)	YAF2 (ENSPLAG00000010160) ##22	GXYLT1 (ENSPLAG00000010190)
Amazon molly	MODERN SPECIES	269	appl2 (ENSPFOG00000008838)	NUAK1 (ENSPFOG00000008728)	ENSPFOG00000008331	szl (ENSPFOG00000008307)	ENSPFOG00000008292	NELL2 (ENSPFOG00000007645)	ENSPFOG00000020311	TMEM117 (ENSPFOG00000007536)	twf1a (ENSPFOG00000007332)	irak4 (ENSPFOG00000007106)	irak4 (ENSPFOG00000007094)	ADAMTS20 (ENSPFOG00000005633)	ENSPFOG00000005594	prickle1a (ENSPFOG00000005504)	PPHLN1 (ENSPFOG00000005469)	YAF2 (ENSPFOG00000005422) ##22	GXYLT1 (ENSPFOG00000005277)	ENSPFOG00000023657	PDZRN4 (ENSPFOG00000005033)	CNTN1 (ENSPFOG00000004289)	NRCAM (ENSPFOG00000003287)	PNPLA8 (ENSPFOG00000003149)	dnajb9a (ENSPFOG00000003137)	dnm1l (ENSPFOG00000002801)	tnnt2d (ENSPFOG00000002210)	CALD1 (ENSPFOG00000002752)	bpgm (ENSPFOG00000002708)	ENSPFOG00000002702	ENSPFOG00000002695	ENSPFOG00000002692	tnni4a (ENSPFOG00000002691)
Guppy	MODERN SPECIES	458	ENSPREG00000010328	ENSPREG00000010319	si:ch211-198c19.1 (ENSPREG00000010310)	NUAK1 (ENSPREG00000010290)	ENSPREG00000010246	szl (ENSPREG00000010223)	ENSPREG00000010214	NELL2 (ENSPREG00000010004)	TMEM117 (ENSPREG00000009931)	twf1a (ENSPREG00000009901)	irak4 (ENSPREG00000009873)	ADAMTS20 (ENSPREG00000009700)	ENSPREG00000009646	prickle1a (ENSPREG00000009636)	PPHLN1 (ENSPREG00000009629)	YAF2 (ENSPREG00000009617) ##22	GXYLT1 (ENSPREG00000009558)	PDZRN4 (ENSPREG00000009526)	CNTN1 (ENSPREG00000009441)	NRCAM (ENSPREG00000008863)	PNPLA8 (ENSPREG00000008719)	dnajb9a (ENSPREG00000008699)	dnm1l (ENSPREG00000008602)	tnnt2d (ENSPREG00000008538)	bpgm (ENSPREG00000008515)	ENSPREG00000008493	ENSPREG00000008365	ENSPREG00000008289	tnni4a (ENSPREG00000008272)	ENSPREG00000008257	zgc:136858 (ENSPREG00000008221)
Platyfish	MODERN SPECIES	11	TUBGCP6 (ENSXMAG00000017489)	appl2 (ENSXMAG00000017453)	NUAK1 (ENSXMAG00000004754)	ENSXMAG00000004708	szl (ENSXMAG00000004694)	ENSXMAG00000004689	NELL2 (ENSXMAG00000017418)	TMEM117 (ENSXMAG00000029251)	twf1a (ENSXMAG00000017399)	irak4 (ENSXMAG00000028973)	ADAMTS20 (ENSXMAG00000017324)	ENSXMAG00000021158	prickle1a (ENSXMAG00000017299)	ENSXMAG00000028228	PPHLN1 (ENSXMAG00000029948)	YAF2 (ENSXMAG00000025433) ##22	GXYLT1 (ENSXMAG00000017282)	PDZRN4 (ENSXMAG00000029582)	CNTN1 (ENSXMAG00000017213)	NRCAM (ENSXMAG00000017134)	ENSXMAG00000021559	dnajb9a (ENSXMAG00000028221)	dnm1l (ENSXMAG00000017047)	tnnt2d (ENSXMAG00000017044)	bpgm (ENSXMAG00000023031)	ENSXMAG00000026716	ENSXMAG00000017021	ENSXMAG00000024483	tnni4a (ENSXMAG00000025114)	ENSXMAG00000025969	zgc:136858 (ENSXMAG00000016998)
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000158319	ENSGT00940000177234	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT00390000013052	ENSGT01030000234621.E	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000175224	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	367			appl2 (ENSCVAG00000002617)	ENSCVAG00000002624	NUAK1 (ENSCVAG00000002632)	ENSCVAG00000000855	szl (ENSCVAG00000002661)	ENSCVAG00000002663	NELL2 (ENSCVAG00000002685)	TMEM117 (ENSCVAG00000002697)	twf1a (ENSCVAG00000002707)	irak4 (ENSCVAG00000000870)	ADAMTS20 (ENSCVAG00000002759)	ENSCVAG00000002767	prickle1a (ENSCVAG00000002784)	YAF2 (ENSCVAG00000002793) ##22	GXYLT1 (ENSCVAG00000002805)	PDZRN4 (ENSCVAG00000002817)
Mummichog	MODERN SPECIES	2447													ENSFHEG00000005273	prickle1a (ENSFHEG00000005349)	PPHLN1 (ENSFHEG00000005379)	YAF2 (ENSFHEG00000005397) ##22	GXYLT1 (ENSFHEG00000005428)	CNTN1 (ENSFHEG00000005703)	NRCAM (ENSFHEG00000006042)	PNPLA8 (ENSFHEG00000006070)	dnajb9a (ENSFHEG00000006089)	ENSFHEG00000006099	dnm1l (ENSFHEG00000006283)	tnnt2d (ENSFHEG00000006322)	ENSFHEG00000006342	bpgm (ENSFHEG00000006360)	ENSFHEG00000006369	ENSFHEG00000006387	ENSFHEG00000006396	tnni4a (ENSFHEG00000006404)	ENSFHEG00000006438
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000157810	ENSGT00940000158319	ENSGT00610000087444	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000175224	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d	ENSGT00390000007427	ENSGT00390000000068.a.b
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT01020000230394.e.a.a.a.a.a	ENSGT00940000157810	ENSGT00940000158319	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000155533.d.r	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d	ENSGT00390000007427	ENSGT00390000000068.a.b
Chinese medaka	DUPLICATION
Chinese medaka	MODERN SPECIES	766	parvg (ENSOSIG00000023526)	SHISAL1 (ENSOSIG00000023525)	plxnb2b (ENSOSIG00000023458)	TUBGCP6 (ENSOSIG00000023314)	appl2 (ENSOSIG00000023279)	NUAK1 (ENSOSIG00000023273)	ENSOSIG00000023267	NELL2 (ENSOSIG00000023255)	TMEM117 (ENSOSIG00000023243)	twf1a (ENSOSIG00000023236)	irak4 (ENSOSIG00000023217)	ADAMTS20 (ENSOSIG00000023063)	ENSOSIG00000022964	prickle1a (ENSOSIG00000022962)	PPHLN1 (ENSOSIG00000022959)	YAF2 (ENSOSIG00000022954) ##22	GXYLT1 (ENSOSIG00000022950)	CNTN1 (ENSOSIG00000022126)	NRCAM (ENSOSIG00000017271)	ENSOSIG00000016760	DNAH5 (ENSOSIG00000016749)	ENSOSIG00000016741	tnnt2d (ENSOSIG00000016739)	ENSOSIG00000016735	ENSOSIG00000016734	ENSOSIG00000016731	tnni4a (ENSOSIG00000016730)	ENSOSIG00000016725	zgc:136858 (ENSOSIG00000016721)	CNOT4 (ENSOSIG00000016695)	KCNA1 (ENSOSIG00000016691)
Chinese medaka	MODERN SPECIES	2229																YAF2 (ENSOSIG00000013260) ##22
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	20	ENSORLG00000023419	ENSORLG00000002834	appl2 (ENSORLG00000002887)	NUAK1 (ENSORLG00000027517)	ENSORLG00000002944	szl (ENSORLG00000002964)	ENSORLG00000025454	NELL2 (ENSORLG00000003018)	TMEM117 (ENSORLG00000003044)	twf1a (ENSORLG00000003106)	irak4 (ENSORLG00000003134)	ADAMTS20 (ENSORLG00000003194)	ENSORLG00000027602	prickle1a (ENSORLG00000003229)	PPHLN1 (ENSORLG00000003241)	YAF2 (ENSORLG00000003255) ##22	ENSORLG00000023834	ENSORLG00000022854	ENSORLG00000026898	ENSORLG00000024063	ENSORLG00000025720	GXYLT1 (ENSORLG00000003267)	PDZRN4 (ENSORLG00000003283)	CNTN1 (ENSORLG00000003308)	ENSORLG00000003354	ENSORLG00000003382	DNAH5 (ENSORLG00000003542)	dnm1l (ENSORLG00000003624)	tnnt2d (ENSORLG00000003649)	bpgm (ENSORLG00000003667)	ENSORLG00000003676
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157810	ENSGT00940000158319	ENSGT00610000087444	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b.c	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000175224	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d	ENSGT00390000007427	ENSGT00390000000068.a.b
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	20	plxnb2b (ENSOJAG00000010880)	TUBGCP6 (ENSOJAG00000012979)	appl2 (ENSOJAG00000014144)	ENSOJAG00000015261	NUAK1 (ENSOJAG00000015281)	ENSOJAG00000015339	szl (ENSOJAG00000015702)	ENSOJAG00000015723	NELL2 (ENSOJAG00000015835)	TMEM117 (ENSOJAG00000017018)	twf1a (ENSOJAG00000017105)	irak4 (ENSOJAG00000017320)	ADAMTS20 (ENSOJAG00000017500)	ENSOJAG00000018778	prickle1a (ENSOJAG00000018801)	YAF2 (ENSOJAG00000018820) ##22	GXYLT1 (ENSOJAG00000018836)	PDZRN4 (ENSOJAG00000018862)	ENSOJAG00000018889	ENSOJAG00000018907	CNTN1 (ENSOJAG00000018970)	NRCAM (ENSOJAG00000019980)	ENSOJAG00000022436	dnm1l (ENSOJAG00000022533)	tnnt2d (ENSOJAG00000022590)	ENSOJAG00000022603	bpgm (ENSOJAG00000022606)	ENSOJAG00000022607	ENSOJAG00000022616	ENSOJAG00000000125	zgc:136858 (ENSOJAG00000000205)
Indian medaka	MODERN SPECIES	15	TUBGCP6 (ENSOMEG00000009031)	appl2 (ENSOMEG00000009134)	ENSOMEG00000009163	NUAK1 (ENSOMEG00000009190)	ENSOMEG00000009330	szl (ENSOMEG00000009356)	ENSOMEG00000009373	NELL2 (ENSOMEG00000009595)	TMEM117 (ENSOMEG00000009692)	twf1a (ENSOMEG00000009732)	irak4 (ENSOMEG00000009757)	ADAMTS20 (ENSOMEG00000009983)	ENSOMEG00000010016	prickle1a (ENSOMEG00000010059)	PPHLN1 (ENSOMEG00000010079)	YAF2 (ENSOMEG00000010094) ##22	GXYLT1 (ENSOMEG00000010162)	PDZRN4 (ENSOMEG00000010211)	CNTN1 (ENSOMEG00000010258)	ENSOMEG00000010365	ENSOMEG00000010476	dnm1l (ENSOMEG00000010635)	tnnt2d (ENSOMEG00000010502)	ENSOMEG00000010686	bpgm (ENSOMEG00000010725)	ENSOMEG00000010772	ENSOMEG00000010797	ENSOMEG00000010901	tnni4a (ENSOMEG00000010945)	ENSOMEG00000010987	zgc:136858 (ENSOMEG00000011025)
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000177234	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000182818.B.b	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000155961.k.b	ENSGT00940000157478.b.c.b	ENSGT00390000013286	ENSGT00940000165017.a	ENSGT01050000244882.a.a.a.a.a	ENSGT00940000164773	ENSGT00940000163982	ENSGT00940000172695	ENSGT00940000157682.B.b	ENSGT00390000010382	ENSGT00390000005941.d	ENSGT00530000063576.A	ENSGT00940000162677	ENSGT00390000007126	ENSGT00950000182857.a.a.b.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d	ENSGT00390000007427
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000157478.b.c.b	ENSGT00390000013286	ENSGT00940000165017.a	ENSGT01050000244882.a.a.a.a.a	ENSGT00940000164773.e.b	ENSGT00940000164773.e.a	ENSGT00940000163982	ENSGT00940000172695	ENSGT00940000157682.B.b	ENSGT00390000010382	ENSGT00390000005941.d	ENSGT00530000063576.A	ENSGT00940000162677	ENSGT00390000007126	ENSGT00950000182857.a.a.b.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000013286	ENSGT00940000165017.a	ENSGT01050000244882.a.a.a.a.a	ENSGT00940000164773.e.a	ENSGT00940000163982	ENSGT00940000155480.c	ENSGT00940000172695	ENSGT00940000157682.B.b	ENSGT00390000010382	ENSGT00390000005941.d	ENSGT00530000063576.A	ENSGT00940000162677	ENSGT00390000007126.e	ENSGT00950000182857.a.a.b.b	ENSGT00950000183129.a.f	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d	ENSGT00390000007427
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	293																YAF2 (ENSAOCG00000024572) ##22	GXYLT1 (ENSAOCG00000024570)
Orange clownfish	MODERN SPECIES	18	MON2 (ENSAPEG00000006284)	ppm1h (ENSAPEG00000006213)	avpr1ab (ENSAPEG00000006209)	ENSAPEG00000006155	ENSAPEG00000006150	ENSAPEG00000006113	ENSAPEG00000006081	ENSAPEG00000006076	bmt2 (ENSAPEG00000006043)	TMEM168 (ENSAPEG00000006023)	ptdss2 (ENSAPEG00000005973)	cdkn1ca (ENSAPEG00000005955)	ENSAPEG00000005914	ifitm5 (ENSAPEG00000005898)	parp16 (ENSAPEG00000005885)	YAF2 (ENSAPEG00000005856) ##22	GXYLT1 (ENSAPEG00000005812)	PDZRN4 (ENSAPEG00000005775)	CNTN1 (ENSAPEG00000005725)	NRCAM (ENSAPEG00000005494)	ENSAPEG00000005407	dnajb9a (ENSAPEG00000005364)	dnm1l (ENSAPEG00000005223)	tnnt2d (ENSAPEG00000005151)	CALD1 (ENSAPEG00000005119)	bpgm (ENSAPEG00000005108)	ENSAPEG00000005086	ENSAPEG00000004911	tnni4a (ENSAPEG00000004854)	ENSAPEG00000004806	zgc:136858 (ENSAPEG00000004724)
Spiny chromis	MODERN SPECIES	141													cdkn1ca (ENSAPOG00000017162)	ENSAPOG00000017126	ifitm5 (ENSAPOG00000017051)	YAF2 (ENSAPOG00000016986) ##22	GXYLT1 (ENSAPOG00000017039)	PDZRN4 (ENSAPOG00000016980)	CNTN1 (ENSAPOG00000016941)	NRCAM (ENSAPOG00000016917)	ENSAPOG00000016711	dnajb9a (ENSAPOG00000016699)	dnm1l (ENSAPOG00000016682)	tnnt2d (ENSAPOG00000016573)	ENSAPOG00000016532	ENSAPOG00000016511	bpgm (ENSAPOG00000016493)	ENSAPOG00000016478	ENSAPOG00000016449	ENSAPOG00000016427	zgc:136858 (ENSAPOG00000016393)
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	573			MON2 (ENSSPAG00000003437)	ppm1h (ENSSPAG00000003378)	avpr1ab (ENSSPAG00000003373)	ENSSPAG00000003354	ENSSPAG00000003296	ENSSPAG00000003271	ENSSPAG00000003259	bmt2 (ENSSPAG00000003241)	TMEM168 (ENSSPAG00000003226)	ptdss2 (ENSSPAG00000003202)	cdkn1ca (ENSSPAG00000003193)	ENSSPAG00000003151	ifitm5 (ENSSPAG00000003147)	YAF2 (ENSSPAG00000003132) ##22	GXYLT1 (ENSSPAG00000003107)
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000158319	ENSGT00940000177234	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d	ENSGT00390000007427
Midas cichlid	MODERN SPECIES	108	TUBGCP6 (ENSACIG00000002063)	appl2 (ENSACIG00000002233)	ENSACIG00000002272	NUAK1 (ENSACIG00000002275)	ENSACIG00000002296	ENSACIG00000002336	szl (ENSACIG00000002353)	NELL2 (ENSACIG00000002376)	TMEM117 (ENSACIG00000002428)	twf1a (ENSACIG00000002443)	irak4 (ENSACIG00000002462)	ADAMTS20 (ENSACIG00000002491)	ENSACIG00000002579	prickle1a (ENSACIG00000002591)	ENSACIG00000002610	YAF2 (ENSACIG00000002635) ##22	GXYLT1 (ENSACIG00000002649)	PDZRN4 (ENSACIG00000002668)	CNTN1 (ENSACIG00000002688)	NRCAM (ENSACIG00000002744)	ENSACIG00000002797	dnajb9a (ENSACIG00000002817)	dnm1l (ENSACIG00000002828)	tnnt2d (ENSACIG00000002862)	bpgm (ENSACIG00000002886)	ENSACIG00000002893	ENSACIG00000002911	ENSACIG00000002926	ENSACIG00000002933	zgc:136858 (ENSACIG00000002966)	CNOT4 (ENSACIG00000003011)
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158319	ENSGT00940000177234	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d	ENSGT00390000007427
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157810	ENSGT00940000158319	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d	ENSGT00390000007427
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000157810	ENSGT00940000158319	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a.e.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d	ENSGT00390000007427
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000157810	ENSGT00940000158319	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a.e.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d	ENSGT00390000007427	ENSGT00390000000068.a.b
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000157810	ENSGT00940000158319	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a.e.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.b	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.b	ENSGT00940000159018.d	ENSGT00390000007427	ENSGT00390000000068.a.b
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1110	plxnb2b (ENSMZEG00005008978)	TUBGCP6 (ENSMZEG00005008906)	appl2 (ENSMZEG00005008846)	NUAK1 (ENSMZEG00005008818)	ENSMZEG00005008789	szl (ENSMZEG00005008769)	ENSMZEG00005008756	NELL2 (ENSMZEG00005008701)	ENSMZEG00005008680	TMEM117 (ENSMZEG00005008658)	twf1a (ENSMZEG00005008622)	irak4 (ENSMZEG00005008598)	ADAMTS20 (ENSMZEG00005008339)	ENSMZEG00005008290	prickle1a (ENSMZEG00005008270)	YAF2 (ENSMZEG00005008258) ##22	GXYLT1 (ENSMZEG00005008242)	PDZRN4 (ENSMZEG00005008227)	ENSMZEG00005008199	CNTN1 (ENSMZEG00005008112)	NRCAM (ENSMZEG00005007891)	ENSMZEG00005007830	dnajb9a (ENSMZEG00005007813)	dnm1l (ENSMZEG00005007753)	tnnt2d (ENSMZEG00005007504)	bpgm (ENSMZEG00005007479)	ENSMZEG00005007465	ENSMZEG00005007456	tnni4a (ENSMZEG00005007450)	ENSMZEG00005007402	zgc:136858 (ENSMZEG00005007356)
Eastern happy	MODERN SPECIES	19	TUBGCP6 (ENSACLG00000026919)	appl2 (ENSACLG00000026945)	NUAK1 (ENSACLG00000026981)	ENSACLG00000026991	szl (ENSACLG00000027030)	ENSACLG00000027039	NELL2 (ENSACLG00000027059)	TMEM117 (ENSACLG00000027085)	ENSACLG00000027109	twf1a (ENSACLG00000027122)	irak4 (ENSACLG00000000097)	ADAMTS20 (ENSACLG00000000156)	ENSACLG00000000409	prickle1a (ENSACLG00000000425)	PPHLN1 (ENSACLG00000000449)	YAF2 (ENSACLG00000000456) ##22	GXYLT1 (ENSACLG00000000481)	ENSACLG00000000539	PDZRN4 (ENSACLG00000000551)	CNTN1 (ENSACLG00000000904)	NRCAM (ENSACLG00000000954)	ENSACLG00000001359	dnajb9a (ENSACLG00000001384)	dnm1l (ENSACLG00000001401)	tnnt2d (ENSACLG00000001473)	bpgm (ENSACLG00000002071)	ENSACLG00000002089	ENSACLG00000002341	tnni4a (ENSACLG00000002420)	ENSACLG00000002447	zgc:136858 (ENSACLG00000002477)
P. nyererei	MODERN SPECIES	322	TUBGCP6 (ENSPNYG00000006380)	appl2 (ENSPNYG00000006326)	NUAK1 (ENSPNYG00000006291)	ENSPNYG00000006158	szl (ENSPNYG00000006085)	ENSPNYG00000006058	NELL2 (ENSPNYG00000006005)	ENSPNYG00000005989	TMEM117 (ENSPNYG00000005964)	twf1a (ENSPNYG00000005936)	irak4 (ENSPNYG00000005723)	ADAMTS20 (ENSPNYG00000005239)	ENSPNYG00000005157	prickle1a (ENSPNYG00000005140)	PPHLN1 (ENSPNYG00000005128)	YAF2 (ENSPNYG00000005107) ##22	GXYLT1 (ENSPNYG00000005077)	PDZRN4 (ENSPNYG00000005050)	CNTN1 (ENSPNYG00000004847)	NRCAM (ENSPNYG00000004759)	ENSPNYG00000004741	dnajb9a (ENSPNYG00000004724)	dnm1l (ENSPNYG00000004502)	tnnt2d (ENSPNYG00000004458)	bpgm (ENSPNYG00000004447)	ENSPNYG00000004430	ENSPNYG00000004391	ENSPNYG00000004373	ENSPNYG00000004344	zgc:136858 (ENSPNYG00000004314)	CNOT4 (ENSPNYG00000004276)
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	542												ADAMTS20 (ENSHBUG00000001654)	ENSHBUG00000001665	prickle1a (ENSHBUG00000001677)	PPHLN1 (ENSHBUG00000001684)	YAF2 (ENSHBUG00000001690) ##22	GXYLT1 (ENSHBUG00000001705)	PDZRN4 (ENSHBUG00000001717)	CNTN1 (ENSHBUG00000001731)	NRCAM (ENSHBUG00000001859)	ENSHBUG00000001910	dnajb9a (ENSHBUG00000001914)	dnm1l (ENSHBUG00000001952)	tnnt2d (ENSHBUG00000001979)	CALD1 (ENSHBUG00000000020)	bpgm (ENSHBUG00000002034)	ENSHBUG00000002040	ENSHBUG00000000025	ENSHBUG00000002059	ENSHBUG00000002071	zgc:136858 (ENSHBUG00000002096)
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	293	plxnb2b (ENSNBRG00000019392)	TUBGCP6 (ENSNBRG00000019527)	appl2 (ENSNBRG00000019576)	NUAK1 (ENSNBRG00000019617)	ENSNBRG00000019646	ENSNBRG00000019695	szl (ENSNBRG00000019712)	NELL2 (ENSNBRG00000019731)	TMEM117 (ENSNBRG00000019772)	twf1a (ENSNBRG00000019791)	irak4 (ENSNBRG00000019813)	ADAMTS20 (ENSNBRG00000019988)	ENSNBRG00000020637	prickle1a (ENSNBRG00000020651)	PPHLN1 (ENSNBRG00000020669)	YAF2 (ENSNBRG00000020680) ##22	GXYLT1 (ENSNBRG00000020710)	PDZRN4 (ENSNBRG00000020749)	ENSNBRG00000020773	CNTN1 (ENSNBRG00000020792)	NRCAM (ENSNBRG00000020897)	ENSNBRG00000020948	dnajb9a (ENSNBRG00000020956)	dnm1l (ENSNBRG00000020969)	tnnt2d (ENSNBRG00000020994)	ENSNBRG00000021005	bpgm (ENSNBRG00000021024)	ENSNBRG00000021031	ENSNBRG00000021050	tnni4a (ENSNBRG00000021067)	ENSNBRG00000021081
Nile tilapia	MODERN SPECIES	19	TUBGCP6 (ENSONIG00000008780)	appl2 (ENSONIG00000008773)	ENSONIG00000027376	NUAK1 (ENSONIG00000032856)	ENSONIG00000008767	szl (ENSONIG00000008765)	ENSONIG00000042325	NELL2 (ENSONIG00000008749)	TMEM117 (ENSONIG00000008743)	twf1a (ENSONIG00000008739)	irak4 (ENSONIG00000008733)	ADAMTS20 (ENSONIG00000008715)	ENSONIG00000021092	prickle1a (ENSONIG00000008712)	PPHLN1 (ENSONIG00000025900)	YAF2 (ENSONIG00000008709) ##22	GXYLT1 (ENSONIG00000008707)	PDZRN4 (ENSONIG00000008705)	CNTN1 (ENSONIG00000008695)	NRCAM (ENSONIG00000008686)	ENSONIG00000008681	dnajb9a (ENSONIG00000041184)	dnm1l (ENSONIG00000008672)	tnnt2d (ENSONIG00000008670)	bpgm (ENSONIG00000038991)	ENSONIG00000029190	ENSONIG00000037691	ENSONIG00000008665	ENSONIG00000028524	zgc:136858 (ENSONIG00000008662)	CNOT4 (ENSONIG00000008656)
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	20	TUBGCP6 (ENSMMDG00005007539)	appl2 (ENSMMDG00005002071)	NUAK1 (ENSMMDG00005001913)	ENSMMDG00005001867	szl (ENSMMDG00005001809)	prl2 (ENSMMDG00005001759)	ENSMMDG00005001747	NELL2 (ENSMMDG00005001742)	TMEM117 (ENSMMDG00005001729)	twf1a (ENSMMDG00005001693)	irak4 (ENSMMDG00005001094)	ADAMTS20 (ENSMMDG00005001076)	ENSMMDG00005001071	prickle1a (ENSMMDG00005001069)	PPHLN1 (ENSMMDG00005001065)	YAF2 (ENSMMDG00005001063) ##22	GXYLT1 (ENSMMDG00005001060)	PDZRN4 (ENSMMDG00005001054)	CNTN1 (ENSMMDG00005001022)	NRCAM (ENSMMDG00005000496)	ENSMMDG00005000313	dnajb9a (ENSMMDG00005000306)	dnm1l (ENSMMDG00005000248)	tnnt2d (ENSMMDG00005000172)	bpgm (ENSMMDG00005000142)	ENSMMDG00005000128	ENSMMDG00005000125	ENSMMDG00005000116	tnni4a (ENSMMDG00005022107)	ENSMMDG00005022105	zgc:136858 (ENSMMDG00005022097)
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	42	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529	ENSGT00390000016228.b	ENSGT00390000016228.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246	ENSGT00940000155504	ENSGT00940000154709.a.b.b	ENSGT00940000153901.a.a.b	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	78	ENSGT01020000230394.e.a.a.a.b	ENSGT00940000158319	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B	ENSGT00810000125439.B.c.a.a	ENSGT00390000013052	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000158636.c	ENSGT00940000157529.h	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.b	ENSGT00940000154738.a.q.b	ENSGT00940000156246	ENSGT00940000155504.g	ENSGT00940000154709.a.b.b	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a.t	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.b.a	ENSGT00550000075044	ENSGT00940000160513.c	ENSGT00940000155659.i	ENSGT00390000013347.a
Asian bonytongue	DUPLICATION
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	11	PLXNB2 (ENSSFOG00015006002)	appl2 (ENSSFOG00015005927)	NUAK1 (ENSSFOG00015026223)	szl (ENSSFOG00015005882)	ENSSFOG00015024380	prl2 (ENSSFOG00015005864)	NELL2 (ENSSFOG00015005776)	TMEM117 (ENSSFOG00015005744)	twf1b (ENSSFOG00015005694)	ENSSFOG00015033023	IRAK4 (ENSSFOG00015005625)	pus7l (ENSSFOG00015005598)	ADAMTS20 (ENSSFOG00015005220)	PRICKLE1 (ENSSFOG00015005176)	zcrb1 (ENSSFOG00015005150)	yaf2 (ENSSFOG00015005138) ##22	gxylt1b (ENSSFOG00015005096)	pdzrn4 (ENSSFOG00015005067)	cntn1b (ENSSFOG00015004987)	NRCAM (ENSSFOG00015004774)	PNPLA8 (ENSSFOG00015004728)	dnajb9a (ENSSFOG00015026036)	dnm1l (ENSSFOG00015004634)	tnnt2e (ENSSFOG00015004428)	ENSSFOG00015004354	BPGM (ENSSFOG00015025855)	tnni4b.2 (ENSSFOG00015004323)	tnni4a (ENSSFOG00015029160)	LRRN3 (ENSSFOG00015004288)	immp2l (ENSSFOG00015004251)	DOCK4 (ENSSFOG00015004127)
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	20	GLIPR1 (ENSSFOG00015005634)	kcnc2 (ENSSFOG00015005624)	TRHDE (ENSSFOG00015005568)	tbc1d15 (ENSSFOG00015005522)	rab21 (ENSSFOG00015005496)	TMEM19 (ENSSFOG00015005490)	LGR5 (ENSSFOG00015005424)	TSPAN8 (ENSSFOG00015005396)	ENSSFOG00015029014	ENSSFOG00015005360	PTPRB (ENSSFOG00015005286)	KCNMB4 (ENSSFOG00015029027)	cnot2 (ENSSFOG00015005243)	PRICKLE1 (ENSSFOG00015005209)	PPHLN1 (ENSSFOG00015005170)	yaf2 (ENSSFOG00015005147) ##22	pdzrn4 (ENSSFOG00015005129)	fam3c (ENSSFOG00015005114)	avpr2l (ENSSFOG00015005098)	ENSSFOG00015005087	nrcama (ENSSFOG00015004992)	ENSSFOG00015004934	ttll1 (ENSSFOG00015004893)	CKAP4 (ENSSFOG00015004870)	ENSSFOG00015004821	chpt1 (ENSSFOG00015029609)	GALNT18 (ENSSFOG00015004745)	EIF4G2 (ENSSFOG00015004640)	ctr9 (ENSSFOG00015004565)	IRAG1 (ENSSFOG00015004552)	ENSSFOG00015025466
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	103								wasla (ENSPKIG00000021112)	ASB15 (ENSPKIG00000021132)	ndufa5 (ENSPKIG00000021162)	IQUB (ENSPKIG00000021186)	CADPS2 (ENSPKIG00000021222)	fezf1 (ENSPKIG00000021309)	aass (ENSPKIG00000021350)	ENSPKIG00000021445	YAF2 (ENSPKIG00000021482) ##22	gxylt1b (ENSPKIG00000021508)	arhgef39 (ENSPKIG00000021544)	lmo3 (ENSPKIG00000021600)	mgst1.1 (ENSPKIG00000021627)	SLC15A5 (ENSPKIG00000021636)	dera (ENSPKIG00000021666)	hmga2 (ENSPKIG00000021690)	ENSPKIG00000021701	msrb3 (ENSPKIG00000021710)	lemd3 (ENSPKIG00000021723)	wif1 (ENSPKIG00000021753)	tmbim4 (ENSPKIG00000021788)	ENSPKIG00000021818	HELB (ENSPKIG00000021837)	ENSPKIG00000021854
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	317									ENSGT00530000063554.b	ENSGT00940000157529.i.b	ENSGT00390000016228.a.a	ENSGT00730000111061	ENSGT00390000013995.b.b.k.a ##22	ENSGT00940000156242.c.b	ENSGT00940000168203	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a	ENSGT00940000155915.b	ENSGT00940000155419.c.b	ENSGT00940000154738.a.r	ENSGT00390000003444	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630	ENSGT00940000156246.c.b
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	837															ENSGT00940000168203	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22
Midas cichlid	MODERN SPECIES	349													prickle1b (ENSACIG00000016037)	pphln1 (ENSACIG00000016017)	zcrb1 (ENSACIG00000015990)	YAF2 (ENSACIG00000015979) ##22	gxylt1b (ENSACIG00000015966)	pdzrn4 (ENSACIG00000015938)	cntn1b (ENSACIG00000015890)	nrcama (ENSACIG00000015843)	PNPLA8 (ENSACIG00000015816)	ENSACIG00000015803	ENSACIG00000015769	dnajb9b (ENSACIG00000015762)
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22
Chinese medaka	MODERN SPECIES	701						ENSOSIG00000010882	fgl2a (ENSOSIG00000010881)	lrrc17 (ENSOSIG00000010880)	ENSOSIG00000010879	ENSOSIG00000010878	ENSOSIG00000010876	pus7l (ENSOSIG00000010875)	ENSOSIG00000010874	ENSOSIG00000010872	zcrb1 (ENSOSIG00000010871)	YAF2 (ENSOSIG00000010869) ##22	pdzrn4 (ENSOSIG00000010868)	bloc1s3 (ENSOSIG00000010867)	ENSOSIG00000010866	gpr22a (ENSOSIG00000010865)	TMTC1 (ENSOSIG00000010786)	pnpla3 (ENSOSIG00000010775)	sult4a1 (ENSOSIG00000010774)	SNX4 (ENSOSIG00000010770)	ttll12 (ENSOSIG00000010655)	recql (ENSOSIG00000009265)	golt1ba (ENSOSIG00000009257)	gys2 (ENSOSIG00000009255)	tmem178bb (ENSOSIG00000009253)
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000177234	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000182818.B.b	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22	ENSGT00940000168203	ENSGT00990000208084	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000177234	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000182818.B.b	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22	ENSGT00940000168203	ENSGT00990000208084	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a.f	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000177234	ENSGT00940000157255.c.a	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000182818.B.b	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01100000263537.b.a.b	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000170627	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22	ENSGT00940000168203	ENSGT00990000208084	ENSGT00390000013995.b.b.k.b ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a.f	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504.k.a	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000153901.a.a.a	ENSGT00950000182926.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.a.a.a	ENSGT01030000234588.b.b.b.a.b
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	22	appl2 (ENSSAUG00010025467)	NUAK1 (ENSSAUG00010025463)	ENSSAUG00010025448	szl (ENSSAUG00010025443)	prl2 (ENSSAUG00010025441)	ENSSAUG00010025439	NELL2 (ENSSAUG00010024772)	ENSSAUG00010024750	TMEM117 (ENSSAUG00010024749)	twf1a (ENSSAUG00010024746)	irak4 (ENSSAUG00010024737)	ADAMTS20 (ENSSAUG00010024533)	ENSSAUG00010024519	prickle1a (ENSSAUG00010024517)	ENSSAUG00010024516	YAF2 (ENSSAUG00010024515) ##22	YAF2 (ENSSAUG00010024514) ##22	GXYLT1 (ENSSAUG00010024512)	PDZRN4 (ENSSAUG00010024511)	CNTN1 (ENSSAUG00010023482)	ENSSAUG00010011084	ENSSAUG00010010719	dnajb9a (ENSSAUG00010010717)	dnm1l (ENSSAUG00010010614)	sTnT2 (ENSSAUG00010010604)	ENSSAUG00010010603	bpgm (ENSSAUG00010010602)	ENSSAUG00010010600	ENSSAUG00010010558	ENSSAUG00010010556	tnni4a (ENSSAUG00010010554)
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	613															ENSGT00940000168203	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	2147															ENSGT00940000168203.b	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	518																ENSGT00390000013995.b.b.l ##22	ENSGT00940000156242.c.b.h
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	137												ENSSSAG00000117315	pus7l (ENSSSAG00000004956)	pphln1 (ENSSSAG00000091480)	zcrb1 (ENSSSAG00000120526)	YAF2 (ENSSSAG00000115486) ##22	gxylt1b (ENSSSAG00000004967)	pdzrn4 (ENSSSAG00000107209)
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	99																ENSGT00390000013995.b.b.l ##22	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a.h	ENSGT00940000155915.b.f.b.b	ENSGT00940000155419.c.b.d.a.a	ENSGT00940000154738.a.r.c.b	ENSGT00390000003444.e	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630.e.b.a	ENSGT00940000167105	ENSGT00390000009250.e	ENSGT00730000111212.a.b	ENSGT00390000017006.i	ENSGT00990000205092.d	ENSGT00990000205092.c.a.b	ENSGT00990000205092.c.a.a.a	ENSGT00940000156717.f.c
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	197																ENSGT00390000013995.b.b.l ##22	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.a.h	ENSGT00940000155915.b.f.b.b	ENSGT00940000155419.c.b.d.a.a	ENSGT00940000154738.a.r.c.b	ENSGT00390000003444.e	ENSGT01050000244882.b.d	ENSGT00940000164630.e.b.a	ENSGT00940000167105	ENSGT00390000009250.e	ENSGT00730000111212.a.a	ENSGT00390000017006.j	ENSGT00990000205092.c.a.a.b
Coho salmon	MODERN SPECIES	37	ENSOKIG00005034745	ENSOKIG00005034790	ENSOKIG00005035817	NUAK1 (ENSOKIG00005035850)	ENSOKIG00005035866	ENSOKIG00005035874	ENSOKIG00005035880	ENSOKIG00005035885	prl2 (ENSOKIG00005035892)	ENSOKIG00005035974	twf1b (ENSOKIG00005036462)	pus7l (ENSOKIG00005036550)	prickle1b (ENSOKIG00005036564)	ENSOKIG00005036607	zcrb1 (ENSOKIG00005036759)	YAF2 (ENSOKIG00005036795) ##22	pdzrn4 (ENSOKIG00005036829)	cntn1b (ENSOKIG00005036971)	nrcama (ENSOKIG00005038879)	ENSOKIG00005049431	ENSOKIG00005049462	avpr2l (ENSOKIG00005049466)	ENSOKIG00005049475	ENSOKIG00005049493	TYMP (ENSOKIG00005049519)	ENSOKIG00005049526	TYMP (ENSOKIG00005049540)	lsm8 (ENSOKIG00005049568)	rint1 (ENSOKIG00005049590)	ENSOKIG00005049666	ENSOKIG00005049694
Huchen	MODERN SPECIES	7690															ENSHHUG00000007818	ENSHHUG00000007830 ##22
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	150	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B.d	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01100000263537.b.a.b.j	ENSGT00390000013052	ENSGT01030000234621.E	ENSGT01020000230394.e.a.a.a.a.b	ENSGT00940000157255.c.b	ENSGT00950000182818.B.c	ENSGT00810000125439.B.c.a	ENSGT00530000063868.b	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000155025.A	ENSGT00940000156246.c.a	ENSGT00940000155504	ENSGT00940000154709.a.b.b.c	ENSGT00940000175224	ENSGT00940000159018.d	ENSGT00390000007427	ENSGT00390000000068.a.b	ENSGT00390000015299.a.b.b.a.e	ENSGT00940000158576.a.b
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22
Denticle herring	MODERN SPECIES	310												pdzrn3b (ENSDCDG00000030722)	ppp4r2b (ENSDCDG00000030726)	gxylt2 (ENSDCDG00000030727) #19	shq1 (ENSDCDG00000030729) #21	ENSDCDG00000030731 ##22
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	245	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01100000263537.b.a.b.j	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b.k	ENSGT01030000234621.E	ENSGT01020000230394.e.a.a.a.a.b	ENSGT00940000180254	ENSGT00940000157255.c.b	ENSGT00950000182818.B.c	ENSGT00810000125439.B.c.a	ENSGT00530000063868.b.l	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000155025.A
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000006548.a.b.b	ENSGT00940000155628	ENSGT00510000048252	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B.d	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT01100000263537.b.a.b.j	ENSGT00390000013052	ENSGT00530000063868.b.l	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000155025.A	ENSGT00940000164516.b	ENSGT00940000157602.f	ENSGT00940000164919.a	ENSGT00940000154489.A.d	ENSGT00940000155047.ac.b	ENSGT01050000244970.b.j.b	ENSGT00940000155943.b	ENSGT00950000183105.B	ENSGT00390000012715.e
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000006548.a.b.b	ENSGT00940000155628	ENSGT00510000048252	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B.d	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT00390000013052	ENSGT01030000234621.E	ENSGT00530000063868.b.l	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000155025.A	ENSGT00940000164516.b	ENSGT00940000157602.f	ENSGT00940000164919.a	ENSGT00940000154489.A.d	ENSGT00940000155047.ac.b	ENSGT01050000244970.b.j.b	ENSGT00940000155943.b	ENSGT00950000183105.B	ENSGT00390000012715.e
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000006548.a.b.b	ENSGT00940000155628	ENSGT00510000048252	ENSGT00940000165903	ENSGT00940000164657	ENSGT00950000183093.A.a	ENSGT00950000182818.B.d	ENSGT00810000125439.B.c.b	ENSGT00390000013052	ENSGT01030000234621.E	ENSGT00530000063868.b.l	ENSGT00940000158792	ENSGT00940000158636	ENSGT00940000157529.i.a	ENSGT00390000016228.a.b	ENSGT00390000013995.b.b.l ##22	ENSGT00940000156242.c.a	ENSGT00950000183062.a.a.b.b.b	ENSGT00940000155915.a	ENSGT00940000155419.c.a	ENSGT00940000154738.a.q	ENSGT00940000155025.A	ENSGT00940000164516.b	ENSGT00940000157602.f	ENSGT00940000164919.a	ENSGT00940000154489.A.d	ENSGT00940000155047.ac.b	ENSGT01050000244970.b.j.b	ENSGT00940000155943.b	ENSGT00390000012715.e	ENSGT00950000183105.B
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	61	ENSPNAG00000017333	zgc:114188 (ENSPNAG00000017372)	PCLAF (ENSPNAG00000017392)	MOV10L1 (ENSPNAG00000017463)	szl (ENSPNAG00000017488)	DBX2 (ENSPNAG00000017503)	ENSPNAG00000017545	NELL2 (ENSPNAG00000003490)	ENSPNAG00000017718	TMEM117 (ENSPNAG00000017762)	twf1a (ENSPNAG00000017803)	irak4 (ENSPNAG00000017853)	ADAMTS20 (ENSPNAG00000018037)	prickle1a (ENSPNAG00000018061)	PPHLN1 (ENSPNAG00000018068)	YAF2 (ENSPNAG00000018088) ##22	GXYLT1 (ENSPNAG00000018139)	PDZRN4 (ENSPNAG00000018179)	CNTN1 (ENSPNAG00000018336)	NRCAM (ENSPNAG00000018713)	ENSPNAG00000007056	ENSPNAG00000018762	ENSPNAG00000018853	ENSPNAG00000018889	ENSPNAG00000018896	ENSPNAG00000018910	ENSPNAG00000018916	RFX7 (ENSPNAG00000018928)	ENSPNAG00000005846	ENSPNAG00000018956	rsl24d1 (ENSPNAG00000018978)
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	23	zgc:114188 (ENSAMXG00000014445)	CSNK1G1 (ENSAMXG00000032151)	ENSAMXG00000014470	ENSAMXG00000014490	szl (ENSAMXG00000014533)	DBX2 (ENSAMXG00000033273)	ENSAMXG00000030223	NELL2 (ENSAMXG00000014574)	TMEM117 (ENSAMXG00000032917)	ENSAMXG00000014603	twf1a (ENSAMXG00000014613)	irak4 (ENSAMXG00000039490)	ADAMTS20 (ENSAMXG00000014651)	prickle1a (ENSAMXG00000014705)	ENSAMXG00000014710	YAF2 (ENSAMXG00000035723) ##22	GXYLT1 (ENSAMXG00000030102)	PDZRN4 (ENSAMXG00000036933)	CNTN1 (ENSAMXG00000014768)	ENSAMXG00000041099	NRCAM (ENSAMXG00000014777)	PNPLA8 (ENSAMXG00000014785)	ENSAMXG00000033014	ENSAMXG00000038598	ENSAMXG00000014790	ENSAMXG00000014794	ENSAMXG00000014800	ENSAMXG00000014804	RFX7 (ENSAMXG00000038850)	ENSAMXG00000014818	rsl24d1 (ENSAMXG00000034851)
Electric eel	MODERN SPECIES	47	pus7 (ENSEEEG00000019428)	ENSEEEG00000019463	zgc:114188 (ENSEEEG00000019592)	ENSEEEG00000019659	PCLAF (ENSEEEG00000019772)	ENSEEEG00000019773	szl (ENSEEEG00000019774)	ENSEEEG00000019775	NELL2 (ENSEEEG00000019776)	TMEM117 (ENSEEEG00000019786)	twf1a (ENSEEEG00000019788)	irak4 (ENSEEEG00000019799)	ADAMTS20 (ENSEEEG00000019807)	ENSEEEG00000019815	prickle1a (ENSEEEG00000019816)	YAF2 (ENSEEEG00000019819) ##22	GXYLT1 (ENSEEEG00000019820)	PDZRN4 (ENSEEEG00000019821)	CNTN1 (ENSEEEG00000019822)	NRCAM (ENSEEEG00000019830)	ENSEEEG00000019914	ENSEEEG00000019916	ENSEEEG00000019919	ENSEEEG00000019925	ENSEEEG00000019969	ENSEEEG00000019971	RFX7 (ENSEEEG00000019972)	ENSEEEG00000019974	rsl24d1 (ENSEEEG00000019976)	ENSEEEG00000019977	myo9ab (ENSEEEG00000019978)
Channel catfish	MODERN SPECIES	5	srpk2 (ENSIPUG00000015342)	zgc:114188 (ENSIPUG00000015246)	ENSIPUG00000015141	pclaf (ENSIPUG00000015111)	mov10l1 (ENSIPUG00000015063)	szl (ENSIPUG00000015038)	ENSIPUG00000015026	nell2 (ENSIPUG00000014934)	ENSIPUG00000014925	tmem117 (ENSIPUG00000014873)	twf1a (ENSIPUG00000014796)	irak4 (ENSIPUG00000014731)	adamts20 (ENSIPUG00000014644)	ENSIPUG00000014612	prickle1 (ENSIPUG00000014577)	yaf2 (ENSIPUG00000014560) ##22	gxylt1 (ENSIPUG00000014524)	PDZRN4 (ENSIPUG00000014505)	CNTN1 (ENSIPUG00000014406)	nrcam (ENSIPUG00000013993)	pnpla8 (ENSIPUG00000013951)	ENSIPUG00000013927	ADAM10 (ENSIPUG00000013864)	Lipc (ENSIPUG00000013831)	ENSIPUG00000013471	ENSIPUG00000013400	ENSIPUG00000013380	RFX7 (ENSIPUG00000013355)	ENSIPUG00000013326	rsl24d1 (ENSIPUG00000013285)	myo9ab (ENSIPUG00000012888)