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Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00910000146741 #16	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00910000146741 #16	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Primates	DUPLICATION
Primates	DUPLICATION
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Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00910000146741 #16	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.a.a #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT00910000146795 #32	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35
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Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00910000146741 #16	ENSGT00910000146645 #18	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00910000148152 #19	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.a.a #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Cercopithecidae	DUPLICATION
Cercopithecidae	DUPLICATION
Cercopithecidae	DUPLICATION
Cercopithecidae	DUPLICATION
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Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	66	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00910000146741 #16	ENSGT00910000146645 #18	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00910000148152 #19	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.a.a.a.a.a.b #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT00910000146795 #32	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36	ENSGT01000000214413.b.a.b.a #37
Drill	MODERN SPECIES	866	VWF (ENSMLEG00000006574) #7	ENSMLEG00000001187 #8	CD9 (ENSMLEG00000044399) #9	PLEKHG6 (ENSMLEG00000041883) #10	TNFRSF1A (ENSMLEG00000041673) #11	SCNN1A (ENSMLEG00000034622) #12	LTBR (ENSMLEG00000029285) #13	CD27 (ENSMLEG00000029295) #14	TAPBPL (ENSMLEG00000029420) #15	ENSMLEG00000037220 #16	VAMP1 (ENSMLEG00000042043) #17	ENSMLEG00000040133 #18	ENSMLEG00000037892 #19	MRPL51 (ENSMLEG00000033346) #20	NCAPD2 (ENSMLEG00000029348) #21	GAPDH (ENSMLEG00000017088) #22	IFFO1 (ENSMLEG00000041307) #23	ENSMLEG00000043675 #24	CHD4 (ENSMLEG00000024661) #25	ACRBP (ENSMLEG00000040276) #26	ING4 (ENSMLEG00000028668) #27	ZNF384 (ENSMLEG00000027305) #28	PIANP (ENSMLEG00000041991) #29	COPS7A (ENSMLEG00000037093) #30	MLF2 (ENSMLEG00000037897) #31	ENSMLEG00000039403 #32	LAG3 (ENSMLEG00000009222) #33	CD4 (ENSMLEG00000032879) #34	GPR162 (ENSMLEG00000013920) #35	P3H3 (ENSMLEG00000013218) #36	GNB3 (ENSMLEG00000025857) #37
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	235	INSC (ENSCATG00000035904)	CALCB (ENSCATG00000041190)	CALCA (ENSCATG00000027244)	ENSCATG00000042154	CYP2R1 (ENSCATG00000039518)	PDE3B (ENSCATG00000038221)	PSMA1 (ENSCATG00000014932)	COPB1 (ENSCATG00000040822)	ENSCATG00000005978	RRAS2 (ENSCATG00000043382)	SPON1 (ENSCATG00000031426)	FAR1 (ENSCATG00000039474)	PTH (ENSCATG00000011856)	BTBD10 (ENSCATG00000020038)	BMAL1 (ENSCATG00000014877)	ENSCATG00000031725 #22	ENSCATG00000035301	RASSF10 (ENSCATG00000023676)	ENSCATG00000015452	TEAD1 (ENSCATG00000043730)	ENSCATG00000018831	PARVA (ENSCATG00000041795)	ENSCATG00000000895	MICAL2 (ENSCATG00000045145)	DKK3 (ENSCATG00000029806)	USP47 (ENSCATG00000034539)	GALNT18 (ENSCATG00000008794)	EIF4G2 (ENSCATG00000040907)	CTR9 (ENSCATG00000033343)	IRAG1 (ENSCATG00000039606)	LYVE1 (ENSCATG00000009025)
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00910000146741 #16	ENSGT00910000146645 #18	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.a.a.a.a.a.b #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT00910000146795 #32	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	593	ANO2 (ENSMNEG00000032451)	VWF (ENSMNEG00000042662) #7	CD9 (ENSMNEG00000042314) #9	ENSMNEG00000019715	PLEKHG6 (ENSMNEG00000029942) #10	TNFRSF1A (ENSMNEG00000030151) #11	SCNN1A (ENSMNEG00000029812) #12	LTBR (ENSMNEG00000030358) #13	CD27 (ENSMNEG00000007757) #14	TAPBPL (ENSMNEG00000013053) #15	ENSMNEG00000033079 #16	VAMP1 (ENSMNEG00000006897) #17	ENSMNEG00000040627 #18	MRPL51 (ENSMNEG00000032063) #20	NCAPD2 (ENSMNEG00000038279) #21	GAPDH (ENSMNEG00000040437) #22	IFFO1 (ENSMNEG00000039291) #23	ENSMNEG00000034027 #24	CHD4 (ENSMNEG00000044776) #25	LPAR5 (ENSMNEG00000011351)	ACRBP (ENSMNEG00000042749) #26	ING4 (ENSMNEG00000038607) #27	ZNF384 (ENSMNEG00000029452) #28	PIANP (ENSMNEG00000033631) #29	COPS7A (ENSMNEG00000031298) #30	MLF2 (ENSMNEG00000034081) #31	ENSMNEG00000033214 #32	LAG3 (ENSMNEG00000024032) #33	CD4 (ENSMNEG00000043009) #34	GPR162 (ENSMNEG00000041385) #35	P3H3 (ENSMNEG00000028584) #36
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	54	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00910000146741 #16	ENSGT01030000240266	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821.n #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.a.a.a.a.a.b #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT00910000146795 #32	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2549		NTF3 (ENSRROG00000011645)	ANO2 (ENSRROG00000039334)	VWF (ENSRROG00000042864) #7	CD9 (ENSRROG00000013322) #9	PLEKHG6 (ENSRROG00000041873) #10	TNFRSF1A (ENSRROG00000029169) #11	SCNN1A (ENSRROG00000044856) #12	LTBR (ENSRROG00000041807) #13	CD27 (ENSRROG00000030539) #14	ENSRROG00000033196 #16	TAPBPL (ENSRROG00000045610) #15	VAMP1 (ENSRROG00000035855) #17	ENSRROG00000033245 #20	NCAPD2 (ENSRROG00000037510) #21	ENSRROG00000030690 #22	IFFO1 (ENSRROG00000039769) #23	NOP2 (ENSRROG00000041019)	CHD4 (ENSRROG00000042446) #25	LPAR5 (ENSRROG00000018849)	ACRBP (ENSRROG00000036460) #26	ING4 (ENSRROG00000040119) #27	ZNF384 (ENSRROG00000034990) #28	PIANP (ENSRROG00000034978) #29	COPS7A (ENSRROG00000041726) #30	MLF2 (ENSRROG00000038823) #31	ENSRROG00000044634 #32	LAG3 (ENSRROG00000030083) #33	CD4 (ENSRROG00000028161) #34	GPR162 (ENSRROG00000042378) #35	P3H3 (ENSRROG00000030746) #36
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.a.a.a.a.a ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00910000146741 #16	ENSGT00910000146645 #18	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00910000148152 #19	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.a.a.a.a.a.a ##22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT00910000146795 #32	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35
Vervet Monkey	DUPLICATION
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	2	KCNA1 (ENSCSAG00000019220)	KCNA5 (ENSCSAG00000019221)	NTF3 (ENSCSAG00000010965)	ANO2 (ENSCSAG00000010915)	VWF (ENSCSAG00000010786) #7	CD9 (ENSCSAG00000010749) #9	PLEKHG6 (ENSCSAG00000010727) #10	TNFRSF1A (ENSCSAG00000010687) #11	SCNN1A (ENSCSAG00000010676) #12	LTBR (ENSCSAG00000010660) #13	CD27 (ENSCSAG00000010635) #14	TAPBPL (ENSCSAG00000010603) #15	ENSCSAG00000010592 #17	MRPL51 (ENSCSAG00000010565) #20	NCAPD2 (ENSCSAG00000010550) #21	ENSCSAG00000010531 ##22	IFFO1 (ENSCSAG00000010518) #23	NOP2 (ENSCSAG00000010484)	CHD4 (ENSCSAG00000010429) #25	LPAR5 (ENSCSAG00000019222)	ACRBP (ENSCSAG00000010413) #26	ING4 (ENSCSAG00000010403) #27	ZNF384 (ENSCSAG00000010379) #28	PIANP (ENSCSAG00000010351) #29	COPS7A (ENSCSAG00000010346) #30	MLF2 (ENSCSAG00000010338) #31	ENSCSAG00000010328	LAG3 (ENSCSAG00000010305) #33	CD4 (ENSCSAG00000010263) #34	GPR162 (ENSCSAG00000010255) #35	P3H3 (ENSCSAG00000010242) #36
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	15	ENSCSAG00000012474	RELL2 (ENSCSAG00000012463)	FCHSD1 (ENSCSAG00000012453)	ARAP3 (ENSCSAG00000012438)	ENSCSAG00000000483	PCDH1 (ENSCSAG00000012421)	DELE1 (ENSCSAG00000012414)	PCDH12 (ENSCSAG00000012406)	RNF14 (ENSCSAG00000012400)	GNPDA1 (ENSCSAG00000012395)	NDFIP1 (ENSCSAG00000012390)	SPRY4 (ENSCSAG00000012384)	FGF1 (ENSCSAG00000012382)	ARHGAP26 (ENSCSAG00000012374)	NR3C1 (ENSCSAG00000012355)	ENSCSAG00000012347 ##22	HMHB1 (ENSCSAG00000012344)	YIPF5 (ENSCSAG00000012338)	KCTD16 (ENSCSAG00000000482)	PRELID2 (ENSCSAG00000012305)	GRXCR2 (ENSCSAG00000012295)	SH3RF2 (ENSCSAG00000012292)	PLAC8L1 (ENSCSAG00000012285)	LARS1 (ENSCSAG00000012280)	ENSCSAG00000019715	RBM27 (ENSCSAG00000012270)	POU4F3 (ENSCSAG00000012256)	TCERG1 (ENSCSAG00000012253)	GPR151 (ENSCSAG00000019716)	PPP2R2B (ENSCSAG00000012240)	STK32A (ENSCSAG00000012228)
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	229															ENSGT00580000082664.b.a.b	ENSGT00940000153298.n.a.a.a.a.a.a ##22
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	241															ENSGT00580000082664.b.a.b	ENSGT00940000153298.n.a.a.a.a.a.a ##22
Olive baboon	DUPLICATION
Olive baboon	MODERN SPECIES	4	ENSPANG00000025325	SIGMAR1 (ENSPANG00000025324)	ARID3C (ENSPANG00000025316)	DCTN3 (ENSPANG00000032813)	RPP25L (ENSPANG00000033963)	CNTFR (ENSPANG00000025318)	ENHO (ENSPANG00000011315)	DNAI1 (ENSPANG00000025319)	FAM219A (ENSPANG00000025320)	C9orf24 (ENSPANG00000025321)	MYORG (ENSPANG00000004832)	NUDT2 (ENSPANG00000035572)	KIF24 (ENSPANG00000025323)	UBAP1 (ENSPANG00000025315)	DCAF12 (ENSPANG00000025306)	ENSPANG00000025164 ##22	UBAP2 (ENSPANG00000025308)	UBE2R2 (ENSPANG00000025309)	NOL6 (ENSPANG00000025310)	AQP3 (ENSPANG00000048614)	ENSPANG00000025305	NFX1 (ENSPANG00000025304)	ENSPANG00000031145	BAG1 (ENSPANG00000025295)	SPINK4 (ENSPANG00000025296)	B4GALT1 (ENSPANG00000025297)	SMU1 (ENSPANG00000025298)	ENSPANG00000025299	ENSPANG00000025300	APTX (ENSPANG00000025301)	TMEM215 (ENSPANG00000004499)
Olive baboon	MODERN SPECIES	14	OR2A12 (ENSPANG00000038805)	OR2A2 (ENSPANG00000046769)	OR2A14 (ENSPANG00000036964)	ENSPANG00000046917	ENSPANG00000050261	ENSPANG00000040450	ENSPANG00000038612	ARHGEF5 (ENSPANG00000016463)	NOBOX (ENSPANG00000018829)	ENSPANG00000045091	TPK1 (ENSPANG00000002884)	ENSPANG00000042289	ENSPANG00000029439	ENSPANG00000047822	ENSPANG00000040234	ENSPANG00000014626 ##22	CNTNAP2 (ENSPANG00000008720)	ENSPANG00000046018	C7orf33 (ENSPANG00000007102)	ENSPANG00000039378	ENSPANG00000034490	CUL1 (ENSPANG00000000866)	EZH2 (ENSPANG00000018691)	PDIA4 (ENSPANG00000017763)	ZNF425 (ENSPANG00000021720)	ZNF398 (ENSPANG00000046420)	ENSPANG00000042111	ZNF783 (ENSPANG00000008719)	ZNF777 (ENSPANG00000023421)	ZNF746 (ENSPANG00000017316)	KRBA1 (ENSPANG00000013260)
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.a.a.a.a.a ##22
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	609	ANO2 (ENSCATG00000031462)	VWF (ENSCATG00000015582) #7	CD9 (ENSCATG00000042280) #9	PLEKHG6 (ENSCATG00000036270) #10	TNFRSF1A (ENSCATG00000034361) #11	SCNN1A (ENSCATG00000044711) #12	LTBR (ENSCATG00000033469) #13	CD27 (ENSCATG00000035274) #14	TAPBPL (ENSCATG00000045104) #15	ENSCATG00000041389 #16	VAMP1 (ENSCATG00000037454) #17	ENSCATG00000040777 #18	ENSCATG00000035721 #19	MRPL51 (ENSCATG00000035810) #20	NCAPD2 (ENSCATG00000040137) #21	ENSCATG00000044359 ##22	IFFO1 (ENSCATG00000028701) #23	ENSCATG00000006182 #24	CHD4 (ENSCATG00000006345) #25	LPAR5 (ENSCATG00000006398)	ACRBP (ENSCATG00000034388) #26	ING4 (ENSCATG00000030917) #27	ZNF384 (ENSCATG00000008991) #28	PIANP (ENSCATG00000035419) #29	COPS7A (ENSCATG00000030189) #30	MLF2 (ENSCATG00000040743) #31	ENSCATG00000041394 #32	LAG3 (ENSCATG00000042803) #33	CD4 (ENSCATG00000038270) #34	GPR162 (ENSCATG00000029723) #35	P3H3 (ENSCATG00000040167) #36
Macaca	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.a.a.a.a.a ##22
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000162469	ENSGT00940000158576	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.a.a.a.a.a.a ##22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT00910000146795 #32	ENSGT01030000237444	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35
Rhesus	MODERN SPECIES	2	KCNA5 (ENSMMUG00000022887)	ENSMMUG00000056181	NTF3 (ENSMMUG00000014646)	VWF (ENSMMUG00000022893) #7	ENSMMUG00000061974	CD9 (ENSMMUG00000004470) #9	PLEKHG6 (ENSMMUG00000000375) #10	TNFRSF1A (ENSMMUG00000000377) #11	SCNN1A (ENSMMUG00000020212) #12	LTBR (ENSMMUG00000020213) #13	ENSMMUG00000053013	TAPBPL (ENSMMUG00000014265) #15	VAMP1 (ENSMMUG00000053354) #17	MRPL51 (ENSMMUG00000018676) #20	NCAPD2 (ENSMMUG00000018677) #21	GAPDH (ENSMMUG00000018679) ##22	IFFO1 (ENSMMUG00000018681) #23	NOP2 (ENSMMUG00000018683) #24	CHD4 (ENSMMUG00000018685) #25	LPAR5 (ENSMMUG00000017619)	ACRBP (ENSMMUG00000016983) #26	ING4 (ENSMMUG00000016985) #27	ZNF384 (ENSMMUG00000016990) #28	PIANP (ENSMMUG00000050979) #29	COPS7A (ENSMMUG00000009583) #30	MLF2 (ENSMMUG00000012206) #31	ENSMMUG00000050151 #32	ENSMMUG00000039070	LAG3 (ENSMMUG00000056979) #33	CD4 (ENSMMUG00000013202) #34	GPR162 (ENSMMUG00000049147) #35
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	471						ENSGT00390000008712	ENSGT00730000111116	ENSGT00940000156994	ENSGT00940000156972	ENSGT00940000161291	ENSGT00390000005372	ENSGT00940000160454	ENSGT00940000153173.b.a	ENSGT00940000153979.A	ENSGT00940000155518	ENSGT00940000153298.n.a.a.a.a.a.a ##22
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	990									SLC4A10 (ENSRROG00000035249)	DPP4 (ENSRROG00000044466)	GCG (ENSRROG00000040389)	ENSRROG00000041536	FAP (ENSRROG00000037166)	IFIH1 (ENSRROG00000030959)	GCA (ENSRROG00000032090)	ENSRROG00000021640 ##22	KCNH7 (ENSRROG00000042455)	ENSRROG00000013338
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	1026												GCG (ENSRBIG00000037468)	FAP (ENSRBIG00000038012)	IFIH1 (ENSRBIG00000029188)	GCA (ENSRBIG00000000271)	ENSRBIG00000034718 ##22	KCNH7 (ENSRBIG00000039134)	ENSRBIG00000030858	FIGN (ENSRBIG00000031693)	ENSRBIG00000029608
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.a.a.a.b ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.a.a.a.b ##22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.a.a.a.b ##22
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.a.a.a.b ##22
Olive baboon	MODERN SPECIES	19	KCNA5 (ENSPANG00000006640)	NTF3 (ENSPANG00000018735)	VWF (ENSPANG00000026470) #7	CD9 (ENSPANG00000019524) #9	ENSPANG00000035005	PLEKHG6 (ENSPANG00000010167) #10	TNFRSF1A (ENSPANG00000025410) #11	SCNN1A (ENSPANG00000009143) #12	ENSPANG00000013116 #13	ENSPANG00000047682 #13	CD27 (ENSPANG00000010690) #14	TAPBPL (ENSPANG00000017797) #15	VAMP1 (ENSPANG00000024944) #17	MRPL51 (ENSPANG00000044908) #20	NCAPD2 (ENSPANG00000017213) #21	ENSPANG00000020757 ##22	IFFO1 (ENSPANG00000006041) #23	ENSPANG00000024426 #24	CHD4 (ENSPANG00000025409) #25	LPAR5 (ENSPANG00000011288)	ACRBP (ENSPANG00000017796) #26	ING4 (ENSPANG00000008024) #27	ZNF384 (ENSPANG00000014845) #28	PIANP (ENSPANG00000019209) #29	COPS7A (ENSPANG00000010017) #30	MLF2 (ENSPANG00000012265) #31	ENSPANG00000001015 #32	LAG3 (ENSPANG00000001016) #33	CD4 (ENSPANG00000020297) #34	GPR162 (ENSPANG00000014122) #35	P3H3 (ENSPANG00000020167) #36
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.a.a.b ##22
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000158947	ENSGT00950000183011.c.a.a	ENSGT00950000182931.B.a.b	ENSGT00390000008859.b.d.k.a.a	ENSGT00940000156361.B	ENSGT00940000157665	ENSGT00940000158083	ENSGT00940000155356	ENSGT00940000158175	ENSGT00940000157025	ENSGT00940000169252	ENSGT00940000160958	ENSGT00390000001969.a	ENSGT00390000011648.b	ENSGT00940000156496	ENSGT00940000153298.n.a.a.a.b ##22	ENSGT00940000158791	ENSGT00940000154955.f	ENSGT00510000047030.xb.a.d	ENSGT00940000155644	ENSGT00940000160965	ENSGT00950000182945.b.a.a.b.a	ENSGT00940000156024	ENSGT00950000183119.a.e.a.d.b	ENSGT00390000000873.a.a	ENSGT00940000159166	ENSGT00950000182852.B	ENSGT00940000155343	ENSGT00940000158400	ENSGT00530000063849.B	ENSGT00940000160251.g
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	3344															ENSRROG00000026617	ENSRROG00000035234 ##22	LRIG2 (ENSRROG00000045450)	SLC16A1 (ENSRROG00000045095)	ENSRROG00000042524	TAFA3 (ENSRROG00000044261)	PPM1J (ENSRROG00000042626)	RHOC (ENSRROG00000035409)	MOV10 (ENSRROG00000041135)	CAPZA1 (ENSRROG00000038535)	ST7L (ENSRROG00000036748)	WNT2B (ENSRROG00000033069)	CTTNBP2NL (ENSRROG00000031464)	ENSRROG00000009633	KCND3 (ENSRROG00000034849)	DDX20 (ENSRROG00000030608)	INKA2 (ENSRROG00000024632)
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	299	AMPD1 (ENSRBIG00000042678)	DENND2C (ENSRBIG00000040882)	BCAS2 (ENSRBIG00000036310)	TRIM33 (ENSRBIG00000044424)	SYT6 (ENSRBIG00000033598)	OLFML3 (ENSRBIG00000037707)	HIPK1 (ENSRBIG00000028252)	DCLRE1B (ENSRBIG00000032633)	AP4B1 (ENSRBIG00000041004)	ENSRBIG00000028387	PTPN22 (ENSRBIG00000039476)	RSBN1 (ENSRBIG00000038594)	PHTF1 (ENSRBIG00000033612)	MAGI3 (ENSRBIG00000030469)	ENSRBIG00000032312	ENSRBIG00000033233 ##22	LRIG2 (ENSRBIG00000032197)	SLC16A1 (ENSRBIG00000029892)	TAFA3 (ENSRBIG00000040034)	PPM1J (ENSRBIG00000030076)	RHOC (ENSRBIG00000040896)	MOV10 (ENSRBIG00000040802)	CAPZA1 (ENSRBIG00000015622)	ST7L (ENSRBIG00000042439)	WNT2B (ENSRBIG00000027268)	CTTNBP2NL (ENSRBIG00000038104)	ENSRBIG00000020563	KCND3 (ENSRBIG00000027724)	DDX20 (ENSRBIG00000030629)	INKA2 (ENSRBIG00000020811)	RAP1A (ENSRBIG00000016227)
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.a.b ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.a.b ##22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	228															ENSGT00580000082664.b.b	ENSGT00940000153298.n.a.a.b ##22
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	240															ENSGT00580000082664.b.b	ENSGT00940000153298.n.a.a.b ##22
Olive baboon	MODERN SPECIES	16	UBD (ENSPANG00000041372)	OR10C1 (ENSPANG00000037061)	OR11A1 (ENSPANG00000040622)	ENSPANG00000017571	OR5V1 (ENSPANG00000003458)	OR14J1 (ENSPANG00000041457)	ENSPANG00000013952	OR2J3 (ENSPANG00000019387)	ENSPANG00000038289	OR2B3 (ENSPANG00000048715)	OR2W1 (ENSPANG00000050377)	ENSPANG00000042549	ZNF311 (ENSPANG00000047970)	TRIM27 (ENSPANG00000006411)	ENSPANG00000047616	ENSPANG00000043609 ##22	ENSPANG00000038283	ENSPANG00000049126	SCAND3 (ENSPANG00000026311)	GPX5 (ENSPANG00000009596)	GPX6 (ENSPANG00000032181)	ZSCAN12 (ENSPANG00000026498)	ZKSCAN3 (ENSPANG00000008440)	ZSCAN31 (ENSPANG00000020275)	PGBD1 (ENSPANG00000016270)	ZSCAN26 (ENSPANG00000026502)	NKAPL (ENSPANG00000045195)	ZKSCAN4 (ENSPANG00000026499)	ZSCAN9 (ENSPANG00000013432)	ENSPANG00000042263	ZKSCAN8 (ENSPANG00000007710)
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.a #22
Gibbon	MODERN SPECIES	15	NTF3 (ENSNLEG00000003262)	ANO2 (ENSNLEG00000003269)	VWF (ENSNLEG00000003335) #7	CD9 (ENSNLEG00000003491) #9	PLEKHG6 (ENSNLEG00000003548) #10	TNFRSF1A (ENSNLEG00000034897) #11	ENSNLEG00000035453 #12	ENSNLEG00000003663 #13	CD27 (ENSNLEG00000003696) #14	ENSNLEG00000032099 #16	TAPBPL (ENSNLEG00000003709) #15	ENSNLEG00000030784 #18	VAMP1 (ENSNLEG00000003714) #17	MRPL51 (ENSNLEG00000033120) #20	NCAPD2 (ENSNLEG00000003743) #21	GAPDH (ENSNLEG00000003825) #22	IFFO1 (ENSNLEG00000004195) #23	NOP2 (ENSNLEG00000004242)	CHD4 (ENSNLEG00000004330) #25	LPAR5 (ENSNLEG00000004406)	ACRBP (ENSNLEG00000004414) #26	ING4 (ENSNLEG00000004431) #27	ZNF384 (ENSNLEG00000004506) #28	PIANP (ENSNLEG00000032075) #29	COPS7A (ENSNLEG00000004510) #30	MLF2 (ENSNLEG00000004587) #31	ENSNLEG00000004666 #32	ENSNLEG00000004668 #33	CD4 (ENSNLEG00000004671) #34	GPR162 (ENSNLEG00000004700) #35	P3H3 (ENSNLEG00000004705) #36
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.a #22
Orangutan	MODERN SPECIES	3	KCNA1 (ENSPPYG00000004174)	KCNA5 (ENSPPYG00000004176)	NTF3 (ENSPPYG00000004178)	ANO2 (ENSPPYG00000004179)	VWF (ENSPPYG00000004180) #7	CD9 (ENSPPYG00000004181) #9	PLEKHG6 (ENSPPYG00000004182) #10	TNFRSF1A (ENSPPYG00000004183) #11	SCNN1A (ENSPPYG00000004184) #12	LTBR (ENSPPYG00000039662) #13	CD27 (ENSPPYG00000029486) #14	TAPBPL (ENSPPYG00000004186) #15	VAMP1 (ENSPPYG00000004187) #17	MRPL51 (ENSPPYG00000025846) #20	NCAPD2 (ENSPPYG00000004188) #21	GAPDH (ENSPPYG00000004189) #22	IFFO1 (ENSPPYG00000004190) #23	ENSPPYG00000004191 #24	CHD4 (ENSPPYG00000004192) #25	LPAR5 (ENSPPYG00000004193)	ACRBP (ENSPPYG00000004194) #26	ING4 (ENSPPYG00000004195) #27	ZNF384 (ENSPPYG00000004196) #28	PIANP (ENSPPYG00000004197) #29	COPS7A (ENSPPYG00000004198) #30	MLF2 (ENSPPYG00000004199) #31	ENSPPYG00000041549 #32	LAG3 (ENSPPYG00000004201) #33	CD4 (ENSPPYG00000004202) #34	GPR162 (ENSPPYG00000038576) #35	P3H3 (ENSPPYG00000004203) #36
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.a #22
Gorilla	MODERN SPECIES	7	CD19 (ENSGGOG00000016827)	RABEP2 (ENSGGOG00000008495)	ENSGGOG00000008480	SH2B1 (ENSGGOG00000008472)	TUFM (ENSGGOG00000014136)	ATXN2L (ENSGGOG00000014112)	EIF3C (ENSGGOG00000026919)	ENSGGOG00000000809	ENSGGOG00000000807	NUPR1 (ENSGGOG00000000172)	IL27 (ENSGGOG00000027232)	APOBR (ENSGGOG00000001087)	CLN3 (ENSGGOG00000015016)	ENSGGOG00000022677	SBK1 (ENSGGOG00000000573)	ENSGGOG00000022519 #22	ENSGGOG00000040086	ENSGGOG00000037385	XPO6 (ENSGGOG00000005609)	ENSGGOG00000022579	ENSGGOG00000038647	KATNIP (ENSGGOG00000017086)	GTF3C1 (ENSGGOG00000016666)	IL21R (ENSGGOG00000041263)	IL4R (ENSGGOG00000003023)	NSMCE1 (ENSGGOG00000006501)	KDM8 (ENSGGOG00000006500)	ENSGGOG00000037200	ENSGGOG00000040712	HS3ST4 (ENSGGOG00000009681)	ZKSCAN2 (ENSGGOG00000004769)
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.a #22
Pan	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.a #22
Chimpanzee	MODERN SPECIES	7	ATP2A1 (ENSPTRG00000007941)	SH2B1 (ENSPTRG00000007940)	TUFM (ENSPTRG00000007939)	ATXN2L (ENSPTRG00000007938)	ENSPTRG00000044092	ENSPTRG00000051496	SULT1A2 (ENSPTRG00000034249)	SGF29 (ENSPTRG00000007925)	NUPR1 (ENSPTRG00000007926)	IL27 (ENSPTRG00000007927)	LAT (ENSPTRG00000034140)	SPNS1 (ENSPTRG00000048927)	NFATC2IP (ENSPTRG00000007945)	CLN3 (ENSPTRG00000007930)	SBK1 (ENSPTRG00000046337)	ENSPTRG00000048258 #22	XPO6 (ENSPTRG00000007919)	GSG1L (ENSPTRG00000007918)	ENSPTRG00000046233	KATNIP (ENSPTRG00000007917)	GTF3C1 (ENSPTRG00000007915)	IL21R (ENSPTRG00000052817)	IL4R (ENSPTRG00000007913)	NSMCE1 (ENSPTRG00000007912)	KDM8 (ENSPTRG00000007910)	ENSPTRG00000044737	ENSPTRG00000048703	ENSPTRG00000047452	ENSPTRG00000046595	HS3ST4 (ENSPTRG00000045995)	ZKSCAN2 (ENSPTRG00000007906)
Platyrrhini	DUPLICATION
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.a.c #22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.a.c #22
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.a.c #22
Capuchin	MODERN SPECIES	353			CCDC39 (ENSCCAG00000021606)	TTC14 (ENSCCAG00000025759)	PEX5L (ENSCCAG00000026024)	USP13 (ENSCCAG00000021400)	NDUFB5 (ENSCCAG00000022016)	ENSCCAG00000002926	MRPL47 (ENSCCAG00000037348)	ACTL6A (ENSCCAG00000029449)	GNB4 (ENSCCAG00000025823) ##37	MFN1 (ENSCCAG00000021450)	ZNF639 (ENSCCAG00000025690)	ENSCCAG00000034140	PIK3CA (ENSCCAG00000028165)	ENSCCAG00000037391 #22	ZMAT3 (ENSCCAG00000036721)	KCNMB2 (ENSCCAG00000028554)
Platyrrhini	DUPLICATION
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.a.d.a #22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.a.d.a #22
Cebidae_a	DUPLICATION
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.a.d.a.a #22
Capuchin	DUPLICATION
Capuchin	MODERN SPECIES	71	PKD2L1 (ENSCCAG00000033020)	ENSCCAG00000027065	CWF19L1 (ENSCCAG00000031321)	CHUK (ENSCCAG00000033466)	ERLIN1 (ENSCCAG00000036463)	CPN1 (ENSCCAG00000031716)	DNMBP (ENSCCAG00000036319)	ABCC2 (ENSCCAG00000037977)	CUTC (ENSCCAG00000034368)	COX15 (ENSCCAG00000013919)	ENTPD7 (ENSCCAG00000031589)	SLC25A28 (ENSCCAG00000022364)	NKX2-3 (ENSCCAG00000028510)	GOT1 (ENSCCAG00000036234)	CNNM1 (ENSCCAG00000037324)	ENSCCAG00000020087 #22	ENSCCAG00000023659	CAMK2A (ENSCCAG00000029738)	SLC6A7 (ENSCCAG00000033881)	CDX1 (ENSCCAG00000029914)	PDGFRB (ENSCCAG00000031575)	ENSCCAG00000026641	CSF1R (ENSCCAG00000033803)	HMGXB3 (ENSCCAG00000023989)	ENSCCAG00000030622	SLC26A2 (ENSCCAG00000020161)	PDE6A (ENSCCAG00000037978)	PPARGC1B (ENSCCAG00000026909)	ARHGEF37 (ENSCCAG00000035607)	CSNK1A1 (ENSCCAG00000036479)	IL17B (ENSCCAG00000037576)
Capuchin	MODERN SPECIES	64	COL27A1 (ENSCCAG00000022780)	ENSCCAG00000028236	AKNA (ENSCCAG00000009981)	WHRN (ENSCCAG00000027002)	ATP6V1G1 (ENSCCAG00000037427)	TMEM268 (ENSCCAG00000037664)	TEX53 (ENSCCAG00000026542)	TEX48 (ENSCCAG00000036693)	ENSCCAG00000007846	TNFSF15 (ENSCCAG00000012013)	EIF3H (ENSCCAG00000019598)	TNFSF8 (ENSCCAG00000034171)	ENSCCAG00000037527	WDFY3 (ENSCCAG00000035926)	CDS1 (ENSCCAG00000036656)	ENSCCAG00000022113 #22	NKX6-1 (ENSCCAG00000017913)	GPAT3 (ENSCCAG00000033634)	ABRAXAS1 (ENSCCAG00000019644)	ENSCCAG00000026577	HELQ (ENSCCAG00000036773)	HPSE (ENSCCAG00000010592)	COQ2 (ENSCCAG00000034402)	PLAC8 (ENSCCAG00000024786)	COPS4 (ENSCCAG00000031360)	LIN54 (ENSCCAG00000019361)	THAP9 (ENSCCAG00000032516)	SEC31A (ENSCCAG00000020772)	ENSCCAG00000034517	SCD5 (ENSCCAG00000033284)	TMEM150C (ENSCCAG00000000599)
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	70	TEX29 (ENSSBOG00000029787)	ARHGEF7 (ENSSBOG00000014203)	ANKRD10 (ENSSBOG00000024976)	ING1 (ENSSBOG00000018909)	CARS2 (ENSSBOG00000018552)	NAXD (ENSSBOG00000021199)	COL4A2 (ENSSBOG00000022396)	COL4A1 (ENSSBOG00000035112)	IRS2 (ENSSBOG00000033562)	MYO16 (ENSSBOG00000036268)	TNFSF13B (ENSSBOG00000033235)	ABHD13 (ENSSBOG00000019782)	LIG4 (ENSSBOG00000019029)	ENSSBOG00000024651	ENSSBOG00000023659	ENSSBOG00000035667 #22	NALF1 (ENSSBOG00000025953)	ENSSBOG00000021398	ARGLU1 (ENSSBOG00000025713)	EFNB2 (ENSSBOG00000030780)	ENSSBOG00000021042	ENSSBOG00000025314	SLC10A2 (ENSSBOG00000033035)	ENSSBOG00000027930	METTL21EP (ENSSBOG00000032455)	ENSSBOG00000024890	POGLUT2 (ENSSBOG00000019020)	TEX30 (ENSSBOG00000021338)	ENSSBOG00000018830	METTL21C (ENSSBOG00000025136)	TPP2 (ENSSBOG00000019200)
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.a.d.a.b #22
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	42	RPS13 (ENSSBOG00000031967)	ENSSBOG00000029329	PLEKHA7 (ENSSBOG00000035289)	C11orf58 (ENSSBOG00000024393)	SOX6 (ENSSBOG00000032558)	INSC (ENSSBOG00000010393)	CALCB (ENSSBOG00000034921)	ENSSBOG00000032369	CYP2R1 (ENSSBOG00000025157)	ENSSBOG00000020446	PDE3B (ENSSBOG00000022041)	ENSSBOG00000034107	COPB1 (ENSSBOG00000034691)	ENSSBOG00000016009	RRAS2 (ENSSBOG00000031627)	ENSSBOG00000014032 #22	SPON1 (ENSSBOG00000033038)	ENSSBOG00000032346	PTH (ENSSBOG00000031787)	ENSSBOG00000032795	BMAL1 (ENSSBOG00000031375)	RASSF10 (ENSSBOG00000018129)	TEAD1 (ENSSBOG00000016687)	ENSSBOG00000014534	ENSSBOG00000024037	ENSSBOG00000028604	PARVA (ENSSBOG00000022244)	ENSSBOG00000021582	ENSSBOG00000033370	MICAL2 (ENSSBOG00000016986)	DKK3 (ENSSBOG00000026748)
Capuchin	MODERN SPECIES	450															LONRF2 (ENSCCAG00000023179)	ENSCCAG00000025621 #22	ENSCCAG00000021996
Marmoset	MODERN SPECIES	21	NTF3 (ENSCJAG00000000605)	ANO2 (ENSCJAG00000000606)	VWF (ENSCJAG00000000613) #7	CD9 (ENSCJAG00000000659) #9	PLEKHG6 (ENSCJAG00000000666) #10	TNFRSF1A (ENSCJAG00000000674) #11	SCNN1A (ENSCJAG00000000689) #12	LTBR (ENSCJAG00000000706) #13	CD27 (ENSCJAG00000000719) #14	TAPBPL (ENSCJAG00000000722) #15	VAMP1 (ENSCJAG00000044254) #17	ENSCJAG00000046151	ENSCJAG00000065290 #20	NCAPD2 (ENSCJAG00000007561) #21	ENSCJAG00000084549 #20	ENSCJAG00000008234 #22	IFFO1 (ENSCJAG00000037676) #23	NOP2 (ENSCJAG00000008179)	CHD4 (ENSCJAG00000008114) #25	LPAR5 (ENSCJAG00000083060)	ACRBP (ENSCJAG00000008090) #26	ING4 (ENSCJAG00000008004) #27	ZNF384 (ENSCJAG00000007944) #28	PIANP (ENSCJAG00000007910) #29	COPS7A (ENSCJAG00000007835) #30	MLF2 (ENSCJAG00000007681) #31	ENSCJAG00000038843	LAG3 (ENSCJAG00000007657) #33	CD4 (ENSCJAG00000007635) #34	GPR162 (ENSCJAG00000044634) #35	P3H3 (ENSCJAG00000007528) #36
Platyrrhini	DUPLICATION
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	46	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00910000146645 #18	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a.g #21	ENSGT00940000153298.n.a.a.d.b.a #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00910000146645 #18	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a.g #21	ENSGT00940000153298.n.a.a.d.b.a #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	94	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00910000146645 #18	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a.g #21	ENSGT00940000153298.n.a.a.d.b.a #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	197	KCNA5 (ENSSBOG00000036379)	NTF3 (ENSSBOG00000025798)	ANO2 (ENSSBOG00000031554)	VWF (ENSSBOG00000029305) #7	CD9 (ENSSBOG00000021142) #9	PLEKHG6 (ENSSBOG00000029167) #10	TNFRSF1A (ENSSBOG00000029812) #11	SCNN1A (ENSSBOG00000028462) #12	LTBR (ENSSBOG00000031167) #13	CD27 (ENSSBOG00000023847) #14	ENSSBOG00000019610 #18	TAPBPL (ENSSBOG00000025031) #15	VAMP1 (ENSSBOG00000017216) #17	MRPL51 (ENSSBOG00000028416) #20	ENSSBOG00000029006 #21	ENSSBOG00000030439 #22	IFFO1 (ENSSBOG00000020913) #23	NOP2 (ENSSBOG00000034622)	CHD4 (ENSSBOG00000020782) #25	LPAR5 (ENSSBOG00000016658)	ACRBP (ENSSBOG00000020904) #26	ING4 (ENSSBOG00000016889) #27	ZNF384 (ENSSBOG00000020182) #28	PIANP (ENSSBOG00000022052) #29	COPS7A (ENSSBOG00000016629) #30	ENSSBOG00000024104	ENSSBOG00000004230
Capuchin	MODERN SPECIES	206	NR6A1 (ENSCCAG00000024096)	NR5A1 (ENSCCAG00000024659)	ADGRD2 (ENSCCAG00000033790)	PSMB7 (ENSCCAG00000025367)	NEK6 (ENSCCAG00000019309)	LHX2 (ENSCCAG00000022112)	DENND1A (ENSCCAG00000020125)	CRB2 (ENSCCAG00000033115)	STRBP (ENSCCAG00000027357)	RABGAP1 (ENSCCAG00000024911)	ENSCCAG00000033724	ZBTB26 (ENSCCAG00000003111)	ZBTB6 (ENSCCAG00000020024)	RC3H2 (ENSCCAG00000001404)	PDCL (ENSCCAG00000019775)	ENSCCAG00000013468 #22
Mas night monkey	MODERN SPECIES	274										CD27 (ENSANAG00000036800) #14	TAPBPL (ENSANAG00000017857) #15	VAMP1 (ENSANAG00000037847) #17	ENSANAG00000018367 #18	ENSANAG00000021671 #20	NCAPD2 (ENSANAG00000036586) #21	ENSANAG00000036575 #22	IFFO1 (ENSANAG00000016258) #23	ENSANAG00000026027 #24	CHD4 (ENSANAG00000035685) #25	ACRBP (ENSANAG00000032730) #26	ING4 (ENSANAG00000018382) #27	ZNF384 (ENSANAG00000032088) #28	PIANP (ENSANAG00000026580) #29	COPS7A (ENSANAG00000037741) #30	ENSANAG00000032919	ENSANAG00000035023	ENSANAG00000036949	ENSANAG00000034921	MLF2 (ENSANAG00000023951) #31	PTMS (ENSANAG00000025029)	LAG3 (ENSANAG00000027143) #33
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.a.d.b.b #22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.a.d.b.b #22
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.a.d.b.b #22
Capuchin	MODERN SPECIES	187	KCNA5 (ENSCCAG00000032585)	NTF3 (ENSCCAG00000037158)	ANO2 (ENSCCAG00000022139)	VWF (ENSCCAG00000029371) #7	CD9 (ENSCCAG00000035576) #9	PLEKHG6 (ENSCCAG00000024072) #10	TNFRSF1A (ENSCCAG00000036380) #11	SCNN1A (ENSCCAG00000024002) #12	LTBR (ENSCCAG00000037636) #13	CD27 (ENSCCAG00000032627) #14	TAPBPL (ENSCCAG00000019333) #15	ENSCCAG00000030371 #18	VAMP1 (ENSCCAG00000030242) #17	MRPL51 (ENSCCAG00000030846) #20	ENSCCAG00000037395 #21	ENSCCAG00000036787 #22	IFFO1 (ENSCCAG00000031460) #23	ENSCCAG00000037712 #24	CHD4 (ENSCCAG00000009686) #25	ACRBP (ENSCCAG00000019365) #26	ING4 (ENSCCAG00000027875) #27	ZNF384 (ENSCCAG00000032088) #28	PIANP (ENSCCAG00000029227) #29	ENSCCAG00000031566	COPS7A (ENSCCAG00000028279) #30	DYRK4 (ENSCCAG00000030043)	RAD51AP1 (ENSCCAG00000032881)	C12orf4 (ENSCCAG00000020852)	FGF6 (ENSCCAG00000033191)	FGF23 (ENSCCAG00000022167)	TIGAR (ENSCCAG00000022810)
Marmoset	MODERN SPECIES	7	IMPAD1 (ENSCJAG00000016573)	ENSCJAG00000061141	ENSCJAG00000073997	FAM110B (ENSCJAG00000008657)	ENSCJAG00000073685	UBXN2B (ENSCJAG00000008666)	CYP7A1 (ENSCJAG00000008684)	SDCBP (ENSCJAG00000008697)	NSMAF (ENSCJAG00000008834)	ENSCJAG00000070948	ENSCJAG00000082557	ENSCJAG00000052054	TOX (ENSCJAG00000008958)	ENSCJAG00000051398	ENSCJAG00000072177	ENSCJAG00000044576 #22	ENSCJAG00000078019	CA8 (ENSCJAG00000008976)	RAB2A (ENSCJAG00000009000)	CHD7 (ENSCJAG00000009025)	CLVS1 (ENSCJAG00000040445)	ASPH (ENSCJAG00000009122)	ENSCJAG00000073133	NKAIN3 (ENSCJAG00000067094)	GGH (ENSCJAG00000009191)	TTPA (ENSCJAG00000009205)	YTHDF3 (ENSCJAG00000009217)	ENSCJAG00000074156	CYP7B1 (ENSCJAG00000009244)	ENSCJAG00000070972	ENSCJAG00000074189
Mas night monkey	MODERN SPECIES	1113															GSDMC (ENSANAG00000028301)	ENSANAG00000019986 #22	CYRIB (ENSANAG00000022149)	ASAP1 (ENSANAG00000029467)	ENSANAG00000025378	ADCY8 (ENSANAG00000034325)	EFR3A (ENSANAG00000035079)	OC90 (ENSANAG00000035842)	HHLA1 (ENSANAG00000037286)	KCNQ3 (ENSANAG00000034954)	DNAAF11 (ENSANAG00000033459)	TMEM71 (ENSANAG00000038216)	ENSANAG00000035493	SLA (ENSANAG00000028835)	TG (ENSANAG00000036910)	CCN4 (ENSANAG00000027636)	NDRG1 (ENSANAG00000033030)
Primates	ANCESTRAL SPECIES	103															ENSGT00580000082664.b	ENSGT00940000153298.n.a.b ##22
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	119															ENSGT00580000082664.b	ENSGT00940000153298.n.a.b ##22
Simiiformes	DUPLICATION
Simiiformes	DUPLICATION
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.a ##22
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	164															ENSGT00580000082664.b	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.a ##22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	221															ENSGT00580000082664.b	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.a ##22
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.a ##22
Black snub-nosed monkey	DUPLICATION
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	695				IZUMO1R (ENSRBIG00000034661)	GPR83 (ENSRBIG00000043352)	MRE11 (ENSRBIG00000034693)	ANKRD49 (ENSRBIG00000043961)	ENSRBIG00000026350	C11orf97 (ENSRBIG00000041747)	PIWIL4 (ENSRBIG00000039745)	AMOTL1 (ENSRBIG00000043234)	CWC15 (ENSRBIG00000030781)	KDM4D (ENSRBIG00000029429)	KDM4E (ENSRBIG00000035068)	ENSRBIG00000023300	ENSRBIG00000036245 ##22	ENSRBIG00000041837	ENDOD1 (ENSRBIG00000025792)	ENSRBIG00000027014	SESN3 (ENSRBIG00000031220)	FAM76B (ENSRBIG00000006024)	CEP57 (ENSRBIG00000014037)	MTMR2 (ENSRBIG00000028147)	MAML2 (ENSRBIG00000001400)	CCDC82 (ENSRBIG00000030883)	JRKL (ENSRBIG00000029080)
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	587														ZNF638 (ENSRBIG00000029826)	DYSF (ENSRBIG00000039973)	ENSRBIG00000039117 ##22	SAMD5 (ENSRBIG00000039187)	STXBP5 (ENSRBIG00000034499)	ENSRBIG00000028345	ADGB (ENSRBIG00000033722)	ENSRBIG00000031319	GRM1 (ENSRBIG00000030680)
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	3114									PDE8B (ENSRROG00000030744)	ENSRROG00000040707	WDR41 (ENSRROG00000001190)	OTP (ENSRROG00000020103)	ENSRROG00000040410	AP3B1 (ENSRROG00000033567)	ENSRROG00000032349	ENSRROG00000036497 ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	224															ENSGT00580000082664.b	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.a ##22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	227															ENSGT00580000082664.b.a.a	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.a ##22
Macaca	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.a ##22
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.a ##22
Crab-eating macaque	DUPLICATION
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	2	NTF3 (ENSMFAG00000029473)	ANO2 (ENSMFAG00000045036)	ENSMFAG00000047933	ENSMFAG00000061332	VWF (ENSMFAG00000039466) #7	CD9 (ENSMFAG00000034485) #9	PLEKHG6 (ENSMFAG00000032181) #10	TNFRSF1A (ENSMFAG00000042238) #11	SCNN1A (ENSMFAG00000035743) #12	LTBR (ENSMFAG00000043569) #13	VAMP1 (ENSMFAG00000035441) #17	TAPBPL (ENSMFAG00000035334) #15	ENSMFAG00000051196	ENSMFAG00000051100	NCAPD2 (ENSMFAG00000036998) #21	ENSMFAG00000001880 ##22	IFFO1 (ENSMFAG00000045145) #23	NOP2 (ENSMFAG00000004333)	CHD4 (ENSMFAG00000003188) #25	LPAR5 (ENSMFAG00000064722)	ACRBP (ENSMFAG00000005997) #26	ING4 (ENSMFAG00000001174) #27	ZNF384 (ENSMFAG00000037538) #28	PIANP (ENSMFAG00000001518) #29	COPS7A (ENSMFAG00000038467) #30	MLF2 (ENSMFAG00000060388) #31	ENSMFAG00000033048 #32	CD4 (ENSMFAG00000041228) #34	GPR162 (ENSMFAG00000037690) #35	GNB3 (ENSMFAG00000029449) #37	CDCA3 (ENSMFAG00000042353)
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	3	ENSMFAG00000061715	ITGB6 (ENSMFAG00000002303)	ENSMFAG00000045696	ENSMFAG00000060781	PLA2R1 (ENSMFAG00000041834)	LY75 (ENSMFAG00000033999)	CD302 (ENSMFAG00000038264)	MARCHF7 (ENSMFAG00000032793)	ENSMFAG00000002815	ENSMFAG00000058581	BAZ2B (ENSMFAG00000037367)	WDSUB1 (ENSMFAG00000023412)	TANC1 (ENSMFAG00000042358)	DAPL1 (ENSMFAG00000029280)	ENSMFAG00000061795	ENSMFAG00000043045 ##22	PKP4 (ENSMFAG00000008546)	CCDC148 (ENSMFAG00000038269)	UPP2 (ENSMFAG00000003209)	ENSMFAG00000058914	ACVR1 (ENSMFAG00000042305)	ACVR1C (ENSMFAG00000042281)	CYTIP (ENSMFAG00000043861)	ERMN (ENSMFAG00000045944)	GALNT5 (ENSMFAG00000036566)	ENSMFAG00000059673	GPD2 (ENSMFAG00000031606)	NR4A2 (ENSMFAG00000036654)	ENSMFAG00000048164	ENSMFAG00000043008	ENSMFAG00000050325
Platyrrhini	DUPLICATION
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.a.e ##22
Cebidae	DUPLICATION
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.a.e.a ##22
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.a.e.a ##22
Capuchin	MODERN SPECIES	83	ESR2 (ENSCCAG00000029359)	ENSCCAG00000034981	SYNE2 (ENSCCAG00000026686)	ENSCCAG00000019506	SGPP1 (ENSCCAG00000034001)	PPP2R5E (ENSCCAG00000037562)	GPHB5 (ENSCCAG00000027509)	RHOJ (ENSCCAG00000024987)	KCNH5 (ENSCCAG00000034193)	ENSCCAG00000025329	ENSCCAG00000018604	SYT16 (ENSCCAG00000026935)	ENSCCAG00000022752	SNAPC1 (ENSCCAG00000034167)	ENSCCAG00000028667	ENSCCAG00000025133 ##22	PRKCH (ENSCCAG00000019880)	TMEM30B (ENSCCAG00000009844)	SLC38A6 (ENSCCAG00000035278)	TRMT5 (ENSCCAG00000037835)	MNAT1 (ENSCCAG00000034022)	SIX4 (ENSCCAG00000022445)	SIX1 (ENSCCAG00000021734)	SIX6 (ENSCCAG00000034242)	C14orf39 (ENSCCAG00000033742)	PPM1A (ENSCCAG00000023707)	DHRS7 (ENSCCAG00000025684)	PCNX4 (ENSCCAG00000031427)	LRRC9 (ENSCCAG00000027847)	RTN1 (ENSCCAG00000029137)	CCDC175 (ENSCCAG00000029109)
Marmoset	MODERN SPECIES	8	OXSM (ENSCJAG00000004087)	ENSCJAG00000070184	LRRC3B (ENSCJAG00000071256)	ENSCJAG00000077804	NEK10 (ENSCJAG00000004112)	ENSCJAG00000079217	SLC4A7 (ENSCJAG00000004141)	EOMES (ENSCJAG00000004263)	ENSCJAG00000004272	AZI2 (ENSCJAG00000004276)	ZCWPW2 (ENSCJAG00000004300)	RBMS3 (ENSCJAG00000004312)	ENSCJAG00000078451	TGFBR2 (ENSCJAG00000004363)	GADL1 (ENSCJAG00000004395)	ENSCJAG00000065510 ##22	STT3B (ENSCJAG00000004428)	ENSCJAG00000069679	OSBPL10 (ENSCJAG00000004447)	GPD1L (ENSCJAG00000039489)	ENSCJAG00000078219	CMTM8 (ENSCJAG00000011776)	ENSCJAG00000078801	CMTM7 (ENSCJAG00000043564)	CMTM6 (ENSCJAG00000040951)	DYNC1LI1 (ENSCJAG00000011783)	CNOT10 (ENSCJAG00000011843)	ENSCJAG00000083351	ENSCJAG00000075858	TRIM71 (ENSCJAG00000011921)	ENSCJAG00000075987
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.a.e.b ##22
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.a.e.b ##22
Capuchin	MODERN SPECIES	928														B4GALT7 (ENSCCAG00000024518)	TMED9 (ENSCCAG00000033883)	ENSCCAG00000037643 ##22
Mas night monkey	MODERN SPECIES	906						ENSANAG00000035233	ENSANAG00000036084	ENSANAG00000035834	ENSANAG00000038393	ENSANAG00000016721	ENSANAG00000038269	ENSANAG00000024839	KRBOX5 (ENSANAG00000027751)	ENSANAG00000038261	ENSANAG00000024644	ENSANAG00000022403 ##22	ENSANAG00000020429	ENSANAG00000037397	AHSP (ENSANAG00000010533)	RUSF1 (ENSANAG00000027786)	SLC5A2 (ENSANAG00000034352)	TGFB1I1 (ENSANAG00000024534)	ARMC5 (ENSANAG00000035888)	COX6A2 (ENSANAG00000021157)	ITGAX (ENSANAG00000016257)	TRIM72 (ENSANAG00000030700)	PYCARD (ENSANAG00000013955)	ENSANAG00000021591	PRSS36 (ENSANAG00000035060)	PRSS8 (ENSANAG00000034382)	KAT8 (ENSANAG00000024175)
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.a.f ##22
Mas night monkey	MODERN SPECIES	472	GRIK5 (ENSANAG00000038058)	ZNF574 (ENSANAG00000034608)	POU2F2 (ENSANAG00000035824)	DEDD2 (ENSANAG00000028365)	ZNF526 (ENSANAG00000035364)	GSK3A (ENSANAG00000035264)	ERF (ENSANAG00000029577)	CIC (ENSANAG00000025026)	ENSANAG00000000178	PRR19 (ENSANAG00000035399)	TMEM145 (ENSANAG00000022076)	MEGF8 (ENSANAG00000028714)	CNFN (ENSANAG00000028219)	LIPE (ENSANAG00000019026)	CXCL17 (ENSANAG00000034293)	ENSANAG00000013269 ##22	ENSANAG00000024195	CEACAM8 (ENSANAG00000030725)
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.a.f ##22
Marmoset	MODERN SPECIES	6	ISY1 (ENSCJAG00000017419)	CNBP (ENSCJAG00000017430)	ENSCJAG00000083673	COPG1 (ENSCJAG00000017327)	HMCES (ENSCJAG00000017396)	H1-10 (ENSCJAG00000039596)	EFCAB12 (ENSCJAG00000017314)	MBD4 (ENSCJAG00000017293)	IFT122 (ENSCJAG00000017213)	ENSCJAG00000087235	ENSCJAG00000076224	RHO (ENSCJAG00000017195)	ENSCJAG00000017209	PLXND1 (ENSCJAG00000005429)	TMCC1 (ENSCJAG00000017178)	ENSCJAG00000021040 ##22	TRH (ENSCJAG00000047087)	RBSN (ENSCJAG00000017163)	MRPS25 (ENSCJAG00000017160)	ENSCJAG00000058001	NR2C2 (ENSCJAG00000017131)	FGD5 (ENSCJAG00000017099)	C3orf20 (ENSCJAG00000017083)	CCDC174 (ENSCJAG00000017045)	GRIP2 (ENSCJAG00000017014)	SLC6A6 (ENSCJAG00000016992)	ENSCJAG00000079599	ENSCJAG00000042664	XPC (ENSCJAG00000016952)	ENSCJAG00000087072	ENSCJAG00000072125
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	138															ENSGT00580000082664.b	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.b ##22
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	139															ENSGT00580000082664.b	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.b ##22
Cebidae	DUPLICATION
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.b.a ##22
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.b.a ##22
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	94	SMIM45 (ENSSBOG00000018953)	CENPM (ENSSBOG00000031289)	TNFRSF13C (ENSSBOG00000030226)	SHISA8 (ENSSBOG00000031370)	SREBF2 (ENSSBOG00000032953)	CCDC134 (ENSSBOG00000030156)	MEI1 (ENSSBOG00000026823)	ENSSBOG00000024134	ENSSBOG00000024724	DESI1 (ENSSBOG00000023969)	PMM1 (ENSSBOG00000035346)	CSDC2 (ENSSBOG00000035590)	POLR3H (ENSSBOG00000020652)	ENSSBOG00000029050	ENSSBOG00000025096	ENSSBOG00000015322 ##22	TEF (ENSSBOG00000024378)	ZC3H7B (ENSSBOG00000034962)	ENSSBOG00000022447	CHADL (ENSSBOG00000032007)	L3MBTL2 (ENSSBOG00000028967)	EP300 (ENSSBOG00000027132)	RBX1 (ENSSBOG00000023412)	XPNPEP3 (ENSSBOG00000034216)	ENSSBOG00000029053	SLC25A17 (ENSSBOG00000022585)	MCHR1 (ENSSBOG00000036058)	MRTFA (ENSSBOG00000019487)	SGSM3 (ENSSBOG00000027400)	ADSL (ENSSBOG00000030059)	TNRC6B (ENSSBOG00000029743)
Cebidae	DUPLICATION
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.b.b.a ##22
Marmoset	MODERN SPECIES	5	PREPL (ENSCJAG00000000754)	SLC3A1 (ENSCJAG00000000766)	ENSCJAG00000080387	PPM1B (ENSCJAG00000000781)	LRPPRC (ENSCJAG00000000794)	ABCG8 (ENSCJAG00000000833)	ABCG5 (ENSCJAG00000000847)	DYNC2LI1 (ENSCJAG00000000860)	PLEKHH2 (ENSCJAG00000014373)	C1GALT1C1L (ENSCJAG00000054433)	THADA (ENSCJAG00000014464)	ZFP36L2 (ENSCJAG00000014571)	HAAO (ENSCJAG00000014593)	OXER1 (ENSCJAG00000014607)	MTA3 (ENSCJAG00000014614)	ENSCJAG00000044469 ##22	KCNG3 (ENSCJAG00000014695)	COX7A2L (ENSCJAG00000061936)	EML4 (ENSCJAG00000014719)	ENSCJAG00000072265 ##8	PKDCC (ENSCJAG00000014835)	ENSCJAG00000076545	SLC8A1 (ENSCJAG00000023118)	THUMPD2 (ENSCJAG00000014891)	TMEM178A (ENSCJAG00000040463)	MAP4K3 (ENSCJAG00000014920)	ENSCJAG00000041834	SOS1 (ENSCJAG00000015029)	ENSCJAG00000015081	MORN2 (ENSCJAG00000040859)	DHX57 (ENSCJAG00000015097)
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.b.b.a ##22
Capuchin	MODERN SPECIES	13	ENSCCAG00000006343	ARG2 (ENSCCAG00000027237)	PIGH (ENSCCAG00000035097)	PLEKHH1 (ENSCCAG00000031526)	TMEM229B (ENSCCAG00000016856)	PLEK2 (ENSCCAG00000029270)	EIF2S1 (ENSCCAG00000028622)	ATP6V1D (ENSCCAG00000037989)	PALS1 (ENSCCAG00000031683)	FAM71D (ENSCCAG00000026161)	ENSCCAG00000022214	GPHN (ENSCCAG00000020521)	MSR1 (ENSCCAG00000034933)	ENSCCAG00000037687	LRATD2 (ENSCCAG00000020357)	ENSCCAG00000037347 ##22	ENSCCAG00000031130	ENSCCAG00000018472	MYC (ENSCCAG00000032999)	GSDMC (ENSCCAG00000021127)	CYRIB (ENSCCAG00000032744)	ASAP1 (ENSCCAG00000022593)	ADCY8 (ENSCCAG00000029810)	EFR3A (ENSCCAG00000019655)	OC90 (ENSCCAG00000031064)	HHLA1 (ENSCCAG00000036215)	KCNQ3 (ENSCCAG00000028183)	DNAAF11 (ENSCCAG00000031017)	TMEM71 (ENSCCAG00000028721)	PHF20L1 (ENSCCAG00000020490)	SLA (ENSCCAG00000031926)
Cebidae	DUPLICATION
Cebidae	DUPLICATION
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.b.b.b.a.a ##22
Marmoset	MODERN SPECIES	2	YAP1 (ENSCJAG00000000627)	CFAP300 (ENSCJAG00000000623)	CEP126 (ENSCJAG00000000621)	ANGPTL5 (ENSCJAG00000000619)	ENSCJAG00000082031	TRPC6 (ENSCJAG00000000595)	ENSCJAG00000058230	PGR (ENSCJAG00000000583)	ARHGAP42 (ENSCJAG00000000566)	ENSCJAG00000023196	ENSCJAG00000073241	CNTN5 (ENSCJAG00000000543)	ENSCJAG00000078589	ENSCJAG00000068576	ENSCJAG00000073640	ENSCJAG00000023377 ##22	ENSCJAG00000074342	ENSCJAG00000074166	ENSCJAG00000069774	JRKL (ENSCJAG00000043270)	CCDC82 (ENSCJAG00000004365)	MAML2 (ENSCJAG00000004359)	MTMR2 (ENSCJAG00000004327)	CEP57 (ENSCJAG00000004281)	FAM76B (ENSCJAG00000040122)	ENSCJAG00000004220	ENDOD1 (ENSCJAG00000039825)	ENSCJAG00000072491	KDM4D (ENSCJAG00000023319)	CWC15 (ENSCJAG00000040352)	AMOTL1 (ENSCJAG00000004124)
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.b.b.b.a.a ##22
Capuchin	MODERN SPECIES	282														ENSCCAG00000025352	DCAF8L1 (ENSCCAG00000024695)	ENSCCAG00000025117 ##22	ENSCCAG00000020805	ENSCCAG00000031811	IL1RAPL1 (ENSCCAG00000026068)	NR0B1 (ENSCCAG00000032350)
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	157															ENSGT00580000082664.b	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.b.b.b.a.b ##22
Marmoset	MODERN SPECIES	20	HOXA2 (ENSCJAG00000008032)	HOXA3 (ENSCJAG00000043202)	HOXA4 (ENSCJAG00000008058)	HOXA5 (ENSCJAG00000047690)	HOXA6 (ENSCJAG00000077854)	HOXA7 (ENSCJAG00000080800)	HOXA9 (ENSCJAG00000038531)	HOXA10 (ENSCJAG00000081224)	HOXA11 (ENSCJAG00000008187)	HOXA13 (ENSCJAG00000008192)	EVX1 (ENSCJAG00000008197)	ENSCJAG00000081981	ENSCJAG00000081017	HIBADH (ENSCJAG00000008204)	ENSCJAG00000034676	ENSCJAG00000071766 ##22	ENSCJAG00000072346	ENSCJAG00000070066	ENSCJAG00000041938	TAX1BP1 (ENSCJAG00000008245)	JAZF1 (ENSCJAG00000048491)	ENSCJAG00000069906	CREB5 (ENSCJAG00000042700)	ENSCJAG00000076535	TRIL (ENSCJAG00000045826)	CPVL (ENSCJAG00000008379)	CHN2 (ENSCJAG00000008406)	ENSCJAG00000085693	WIPF3 (ENSCJAG00000008466)	SCRN1 (ENSCJAG00000047722)	ENSCJAG00000052671
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.b.b.b.a.b ##22
Capuchin	MODERN SPECIES	325															WDR72 (ENSCCAG00000026897)	ENSCCAG00000037326 ##22	ONECUT1 (ENSCCAG00000027805)	FAM214A (ENSCCAG00000032913)	ARPP19 (ENSCCAG00000022191)	MYO5A (ENSCCAG00000001972)	ENSCCAG00000025828	ENSCCAG00000034030	ENSCCAG00000032533	MYO5C (ENSCCAG00000032934)	GNB5 (ENSCCAG00000034924) ##37	ENSCCAG00000031947	MAPK6 (ENSCCAG00000026546)	LEO1 (ENSCCAG00000025911)	TMOD3 (ENSCCAG00000036997)	ENSCCAG00000038068	TMOD2 (ENSCCAG00000022858)
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.b.b.b.b ##22
Marmoset	MODERN SPECIES	20	ASB15 (ENSCJAG00000017456)	ENSCJAG00000083655	IQUB (ENSCJAG00000017429)	ENSCJAG00000080491	SLC13A1 (ENSCJAG00000044845)	TAS2R16 (ENSCJAG00000021941)	CADPS2 (ENSCJAG00000017339)	FEZF1 (ENSCJAG00000017326)	AASS (ENSCJAG00000017282)	PTPRZ1 (ENSCJAG00000017225)	ENSCJAG00000074556	FAM3C (ENSCJAG00000017203)	WNT16 (ENSCJAG00000039822)	CPED1 (ENSCJAG00000017180)	ING3 (ENSCJAG00000017145)	ENSCJAG00000046997 ##22	TSPAN12 (ENSCJAG00000017120)	KCND2 (ENSCJAG00000022123)	ENSCJAG00000073110	ENSCJAG00000085674	ENSCJAG00000082231	ENSCJAG00000073402	ENSCJAG00000087352
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.b ##22
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.b ##22
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.b ##22
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.b ##22
Gorilla	MODERN SPECIES	16	GPR149 (ENSGGOG00000001655)	DHX36 (ENSGGOG00000034937)	ARHGEF26 (ENSGGOG00000009951)	RAP2B (ENSGGOG00000041894)	ENSGGOG00000039329	ENSGGOG00000039036	P2RY1 (ENSGGOG00000000031)	MBNL1 (ENSGGOG00000009430)	SUCNR1 (ENSGGOG00000004299)	AADAC (ENSGGOG00000002253)	AADACL2 (ENSGGOG00000008913)	IGSF10 (ENSGGOG00000002875)	P2RY13 (ENSGGOG00000014509)	P2RY14 (ENSGGOG00000022809)	GPR171 (ENSGGOG00000000612)	ENSGGOG00000027217 ##22	MED12L (ENSGGOG00000015584)	CLRN1 (ENSGGOG00000000147)	MINDY4B (ENSGGOG00000016678)	SIAH2 (ENSGGOG00000014662)	ERICH6 (ENSGGOG00000017013)	ENSGGOG00000039079	SELENOT (ENSGGOG00000028291)	EIF2A (ENSGGOG00000015391)	SERP1 (ENSGGOG00000015388)	TSC22D2 (ENSGGOG00000024379)	ENSGGOG00000007109	RNF13 (ENSGGOG00000007103)	ANKUB1 (ENSGGOG00000011489)	COMMD2 (ENSGGOG00000003255)	WWTR1 (ENSGGOG00000000214)
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.b ##22
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.a.b ##22
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2112														ENSRROG00000016696	ZNF800 (ENSRROG00000040558)	ENSRROG00000029281 ##22	GCC1 (ENSRROG00000031945)	ARF5 (ENSRROG00000041157)	FSCN3 (ENSRROG00000042888)	PAX4 (ENSRROG00000015595)	SND1 (ENSRROG00000033020)	LRRC4 (ENSRROG00000032151)	LEP (ENSRROG00000033244)	RBM28 (ENSRROG00000040747)	PRRT4 (ENSRROG00000042520)	IMPDH1 (ENSRROG00000045406)	HILPDA (ENSRROG00000022886)	GARIN1A (ENSRROG00000035800)	GARIN1B (ENSRROG00000045564)	CALU (ENSRROG00000039876)	OPN1SW (ENSRROG00000035396)
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.b ##22
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.b ##22
Mas night monkey	MODERN SPECIES	267															ENSANAG00000030190	ENSANAG00000029532 ##22	OSBPL6 (ENSANAG00000021990)	RBM45 (ENSANAG00000034660)	ENSANAG00000023263
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000158576	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.a.b ##22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a.f #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Bushbaby	DUPLICATION
Bushbaby	DUPLICATION
Bushbaby	MODERN SPECIES	247								FUT9 (ENSOGAG00000008092)	ENSOGAG00000025302	UFL1 (ENSOGAG00000004124)	FHL5 (ENSOGAG00000016431)	GPR63 (ENSOGAG00000031802)	NDUFAF4 (ENSOGAG00000004311)	KLHL32 (ENSOGAG00000004315)	MMS22L (ENSOGAG00000004316)	ENSOGAG00000026283 ##22	POU3F2 (ENSOGAG00000024248)	FBXL4 (ENSOGAG00000009292)	FAXC (ENSOGAG00000015137)	COQ3 (ENSOGAG00000015139)	ENSOGAG00000015143	USP45 (ENSOGAG00000001114)	ENSOGAG00000025707	CCNC (ENSOGAG00000001116)	PRDM13 (ENSOGAG00000031927)	MCHR2 (ENSOGAG00000008232)	ENSOGAG00000027279	SIM1 (ENSOGAG00000009865)	ASCC3 (ENSOGAG00000009875)
Bushbaby	MODERN SPECIES	226	KRTAP11-1 (ENSOGAG00000016317)	TIAM1 (ENSOGAG00000004005)	ENSOGAG00000029301	ENSOGAG00000014646	SCAF4 (ENSOGAG00000014653)	ENSOGAG00000033329	HUNK (ENSOGAG00000010230)	MIS18A (ENSOGAG00000017137)	MRAP (ENSOGAG00000017139)	URB1 (ENSOGAG00000017140)	EVA1C (ENSOGAG00000009260)	CFAP298 (ENSOGAG00000006008)	SYNJ1 (ENSOGAG00000006010)	PAXBP1 (ENSOGAG00000003344)	C21orf62 (ENSOGAG00000027318)	ENSOGAG00000032768 ##22	OLIG2 (ENSOGAG00000026818)	OLIG1 (ENSOGAG00000033584)	ENSOGAG00000027625	IFNAR2 (ENSOGAG00000012668)	IL10RB (ENSOGAG00000028739)	IFNAR1 (ENSOGAG00000015030)	ENSOGAG00000029748	IFNGR2 (ENSOGAG00000029006)	TMEM50B (ENSOGAG00000000249)	DNAJC28 (ENSOGAG00000015823)	GART (ENSOGAG00000015814)	SON (ENSOGAG00000027319)	DONSON (ENSOGAG00000032566)	CRYZL1 (ENSOGAG00000015836)	ITSN1 (ENSOGAG00000015839)
Bushbaby	MODERN SPECIES	124	OR5K3 (ENSOGAG00000027773)	OR5H2 (ENSOGAG00000025642)	ENSOGAG00000026883	ENSOGAG00000028905	ENSOGAG00000027971	OR5AC2 (ENSOGAG00000012172)	GABRR3 (ENSOGAG00000012170)	RIOX2 (ENSOGAG00000012164)	ENSOGAG00000012159	ENSOGAG00000030475	ARL6 (ENSOGAG00000000536)	ENSOGAG00000000535	ENSOGAG00000033469	ENSOGAG00000029221	ENSOGAG00000033348	ENSOGAG00000030126 ##22	NSUN3 (ENSOGAG00000001776)	STX19 (ENSOGAG00000001774)	ARL13B (ENSOGAG00000001771)	PROS1 (ENSOGAG00000001770)	ENSOGAG00000030999	ENSOGAG00000033367	ENSOGAG00000010941	EPHA3 (ENSOGAG00000013293)	ENSOGAG00000028160	ENSOGAG00000029652	C3orf38 (ENSOGAG00000028975)	ENSOGAG00000029395	ENSOGAG00000034600	CGGBP1 (ENSOGAG00000034139)	HTR1F (ENSOGAG00000027352)
Lemuriformes	DUPLICATION
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.e ##22
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.e ##22
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	83	ENSPCOG00000022335	DLX6 (ENSPCOG00000018676)	DLX5 (ENSPCOG00000024882)	ENSPCOG00000016090	TAC1 (ENSPCOG00000021374)	ENSPCOG00000025256	C1GALT1 (ENSPCOG00000015839)	ENSPCOG00000018949	COL28A1 (ENSPCOG00000022435)	MIOS (ENSPCOG00000011418)	RPA3 (ENSPCOG00000022659)	UMAD1 (ENSPCOG00000016044)	GLCCI1 (ENSPCOG00000008498)	ICA1 (ENSPCOG00000003590)	NXPH1 (ENSPCOG00000018464)	ENSPCOG00000018675 ##22
Mouse lemur	MODERN SPECIES	11	TDRD5 (ENSMICG00000017589)	NPHS2 (ENSMICG00000002674)	AXDND1 (ENSMICG00000002668)	ENSMICG00000028572	SOAT1 (ENSMICG00000005177)	ENSMICG00000028075	ENSMICG00000035049	ABL2 (ENSMICG00000003616)	TOR3A (ENSMICG00000004404)	FAM20B (ENSMICG00000043296)	ANGPTL1 (ENSMICG00000002492)	RALGPS2 (ENSMICG00000002482)	TEX35 (ENSMICG00000031350)	CLEC20A (ENSMICG00000042193)	RASAL2 (ENSMICG00000016969)	ENSMICG00000037292 ##22	SEC16B (ENSMICG00000003111)	BRINP2 (ENSMICG00000006000)	ASTN1 (ENSMICG00000005992)	PAPPA2 (ENSMICG00000005975)	ENSMICG00000028635	COP1 (ENSMICG00000008564)	TNR (ENSMICG00000045123)	TNN (ENSMICG00000004867)	MRPS14 (ENSMICG00000037413)	CACYBP (ENSMICG00000004856)	ENSMICG00000035798	RABGAP1L (ENSMICG00000004841)	RC3H1 (ENSMICG00000003000)	SERPINC1 (ENSMICG00000002980)	ZBTB37 (ENSMICG00000002978)
Lemuriformes	DUPLICATION
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.f.a ##22
Lemuriformes_a	DUPLICATION
Lemuriformes_a	DUPLICATION
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.f.a.a.a ##22
Greater bamboo lemur	DUPLICATION
Greater bamboo lemur	DUPLICATION
Greater bamboo lemur	DUPLICATION
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	746			OR8B4 (ENSPSMG00000001733)	OR8B8 (ENSPSMG00000001735)	ENSPSMG00000001747	OR8B12 (ENSPSMG00000001751)	OR8A1 (ENSPSMG00000001759)	PANX3 (ENSPSMG00000001765)	TBRG1 (ENSPSMG00000001809)	SIAE (ENSPSMG00000001847)	SPA17 (ENSPSMG00000001864)	NRGN (ENSPSMG00000001870)	VSIG2 (ENSPSMG00000001874)	ESAM (ENSPSMG00000001880)	MSANTD2 (ENSPSMG00000001888)	ENSPSMG00000001899 ##22	ROBO3 (ENSPSMG00000001946)	ROBO4 (ENSPSMG00000001965)	DPEP2NB (ENSPSMG00000001972)	HEPACAM (ENSPSMG00000001979)	ENSPSMG00000001987	ENSPSMG00000001998	ENSPSMG00000002003	SLC37A2 (ENSPSMG00000002030)	TMEM218 (ENSPSMG00000002050)	PKNOX2 (ENSPSMG00000002082)	FEZ1 (ENSPSMG00000002118)	EI24 (ENSPSMG00000002170)	STT3A (ENSPSMG00000002250)	CHEK1 (ENSPSMG00000002459)	ACRV1 (ENSPSMG00000002765)
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	982							TWF1 (ENSPSMG00000015438)	IRAK4 (ENSPSMG00000015376)	PUS7L (ENSPSMG00000015334)	ADAMTS20 (ENSPSMG00000015278)	PRICKLE1 (ENSPSMG00000015162)	ZCRB1 (ENSPSMG00000015075)	ENSPSMG00000014935	YAF2 (ENSPSMG00000014763)	GXYLT1 (ENSPSMG00000014624)	ENSPSMG00000014587 ##22	PDZRN4 (ENSPSMG00000014579)
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	976												ENSPSMG00000014375	AMOT (ENSPSMG00000014395)	LHFPL1 (ENSPSMG00000014402)	RTL4 (ENSPSMG00000014410)	ENSPSMG00000014418 ##22
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	410							TNIK (ENSPSMG00000016825)	PLD1 (ENSPSMG00000016300)	TMEM212 (ENSPSMG00000016184)	FNDC3B (ENSPSMG00000016159)	GHSR (ENSPSMG00000016081)	TNFSF10 (ENSPSMG00000016074)	NCEH1 (ENSPSMG00000016040)	ECT2 (ENSPSMG00000015943)	SPATA16 (ENSPSMG00000015748)	ENSPSMG00000015718 ##22	NLGN1 (ENSPSMG00000015706)	NAALADL2 (ENSPSMG00000015690)	TBL1XR1 (ENSPSMG00000015636)	ENSPSMG00000015530	ENSPSMG00000015513	KCNMB2 (ENSPSMG00000015503)	ENSPSMG00000015400	GPC5 (ENSPSMG00000015390)
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	377																ENSPCOG00000015233 ##22	TMTC2 (ENSPCOG00000005514)	METTL25 (ENSPCOG00000018725)	CCDC59 (ENSPCOG00000013658)
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.f.a.a.b ##22
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	162	TUT4 (ENSPCOG00000007824)	GPX7 (ENSPCOG00000014808)	SHISAL2A (ENSPCOG00000018477)	COA7 (ENSPCOG00000020312)	ZYG11B (ENSPCOG00000025135)	ZYG11A (ENSPCOG00000020864)	ECHDC2 (ENSPCOG00000020898)	SCP2 (ENSPCOG00000005361)	PODN (ENSPCOG00000021758)	SLC1A7 (ENSPCOG00000000052)	CPT2 (ENSPCOG00000028785)	CZIB (ENSPCOG00000028784)	MAGOH (ENSPCOG00000003826)	LRP8 (ENSPCOG00000024828)	DMRTB1 (ENSPCOG00000021346)	ENSPCOG00000011405 ##22	GLIS1 (ENSPCOG00000025844)	NDC1 (ENSPCOG00000016099)	YIPF1 (ENSPCOG00000017844)	DIO1 (ENSPCOG00000018795)	IFT25 (ENSPCOG00000019800)	LRRC42 (ENSPCOG00000019083)	LDLRAD1 (ENSPCOG00000022857)	TMEM59 (ENSPCOG00000003105)	TCEANC2 (ENSPCOG00000013078)	CDCP2 (ENSPCOG00000022595)	CYB5RL (ENSPCOG00000020741)	MRPL37 (ENSPCOG00000010897)	SSBP3 (ENSPCOG00000024890)	ACOT11 (ENSPCOG00000024394)	FAM151A (ENSPCOG00000027508)
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	1220															ENSPSMG00000005085	ENSPSMG00000005083 ##22	ZC3H15 (ENSPSMG00000005059)	ITGAV (ENSPSMG00000004806)	FAM171B (ENSPSMG00000004528)	ZSWIM2 (ENSPSMG00000004498)	CALCRL (ENSPSMG00000004480)	TFPI (ENSPSMG00000004452)
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.a.b.f.a.b ##22
Coquerels sifaka	DUPLICATION
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	271													MED14 (ENSPCOG00000016287)	ENSPCOG00000013254	ENSPCOG00000027830 ##22	ENSPCOG00000022654 ##22	USP9X (ENSPCOG00000028687)	DDX3X (ENSPCOG00000027628)	NYX (ENSPCOG00000018457)	ENSPCOG00000013948	CASK (ENSPCOG00000025249)	ENSPCOG00000010714 ##8	ENSPCOG00000027023	MAOA (ENSPCOG00000022947)	MAOB (ENSPCOG00000025423)	NDP (ENSPCOG00000022161)	EFHC2 (ENSPCOG00000016137)	FUNDC1 (ENSPCOG00000017139)	KDM6A (ENSPCOG00000028617)	DIPK2B (ENSPCOG00000028661)	ENSPCOG00000026336
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	271														MED14 (ENSPCOG00000016287)	ENSPCOG00000013254	ENSPCOG00000027830 ##22	ENSPCOG00000022654 ##22	USP9X (ENSPCOG00000028687)	DDX3X (ENSPCOG00000027628)	NYX (ENSPCOG00000018457)	ENSPCOG00000013948	CASK (ENSPCOG00000025249)	ENSPCOG00000010714 ##8	ENSPCOG00000027023	MAOA (ENSPCOG00000022947)	MAOB (ENSPCOG00000025423)	NDP (ENSPCOG00000022161)	EFHC2 (ENSPCOG00000016137)	FUNDC1 (ENSPCOG00000017139)	KDM6A (ENSPCOG00000028617)	DIPK2B (ENSPCOG00000028661)
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	530									GALC (ENSPSMG00000017660)	GPR65 (ENSPSMG00000017596)	KCNK10 (ENSPSMG00000017581)	ENSPSMG00000017563	SPATA7 (ENSPSMG00000017508)	PTPN21 (ENSPSMG00000017371)	ZC3H14 (ENSPSMG00000016980)	ENSPSMG00000016649 ##22	EML5 (ENSPSMG00000016628)	TTC8 (ENSPSMG00000016430)	FOXN3 (ENSPSMG00000015904)	EFCAB11 (ENSPSMG00000015847)	TDP1 (ENSPSMG00000015801)	KCNK13 (ENSPSMG00000015639)	PSMC1 (ENSPSMG00000015625)	NRDE2 (ENSPSMG00000015589)	CALM1 (ENSPSMG00000015556)	TTC7B (ENSPSMG00000015449)	RPS6KA5 (ENSPSMG00000015265)	ENSPSMG00000015193	ENSPSMG00000015182	GPR68 (ENSPSMG00000015179)	CCDC88C (ENSPSMG00000015136)
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	41	ENSGT00940000158576	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.a.b.f.b ##22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a.f #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Mouse lemur	DUPLICATION
Mouse lemur	DUPLICATION
Mouse lemur	DUPLICATION
Mouse lemur	MODERN SPECIES	169	GPKOW (ENSMICG00000045083)	MAGIX (ENSMICG00000029530)	PLP2 (ENSMICG00000006344)	PRICKLE3 (ENSMICG00000006347)	SYP (ENSMICG00000006351)	CACNA1F (ENSMICG00000006356)	CCDC22 (ENSMICG00000006380)	FOXP3 (ENSMICG00000006391)	PPP1R3F (ENSMICG00000006403)	ENSMICG00000029015	ENSMICG00000044560	ENSMICG00000037290	ENSMICG00000034023	USP27X (ENSMICG00000041837)	ENSMICG00000037833	ENSMICG00000043583 ##22	ENSMICG00000029745	CLCN5 (ENSMICG00000002433)	ENSMICG00000036849	AKAP4 (ENSMICG00000027376)	ENSMICG00000044465	DGKK (ENSMICG00000010584)	SHROOM4 (ENSMICG00000013797)	ENSMICG00000038751	ENSMICG00000027765	NUDT11 (ENSMICG00000014540)	ENSMICG00000045193	ENSMICG00000001475	ENSMICG00000030664	ENSMICG00000038739	ENSMICG00000027063
Mouse lemur	MODERN SPECIES	29	KCNA6 (ENSMICG00000043479)	KCNA1 (ENSMICG00000042284)	NTF3 (ENSMICG00000027428)	ANO2 (ENSMICG00000004767)	VWF (ENSMICG00000004782) #7	CD9 (ENSMICG00000009235) #9	PLEKHG6 (ENSMICG00000009241) #10	TNFRSF1A (ENSMICG00000009249) #11	SCNN1A (ENSMICG00000009254) #12	ENSMICG00000030640 #13	CD27 (ENSMICG00000043982) #14	TAPBPL (ENSMICG00000006498) #15	VAMP1 (ENSMICG00000006507) #17	MRPL51 (ENSMICG00000027914) #20	NCAPD2 (ENSMICG00000006519) #21	ENSMICG00000006546 ##22	IFFO1 (ENSMICG00000006558) #23	NOP2 (ENSMICG00000006570)	CHD4 (ENSMICG00000006588) #25	ACRBP (ENSMICG00000006616) #26	ING4 (ENSMICG00000006626) #27	ZNF384 (ENSMICG00000006636) #28	PIANP (ENSMICG00000026350) #29	COPS7A (ENSMICG00000013661) #30	MLF2 (ENSMICG00000048017) #31	PTMS (ENSMICG00000036709)	LAG3 (ENSMICG00000044236) #33	CD4 (ENSMICG00000027649) #34	GPR162 (ENSMICG00000001963) #35	P3H3 (ENSMICG00000042131) #36	GNB3 (ENSMICG00000015148) #37
Mouse lemur	MODERN SPECIES	28	ENSMICG00000046611	KCNQ5 (ENSMICG00000006444)	ENSMICG00000027311	ENSMICG00000028258	RIMS1 (ENSMICG00000008520)	LMBRD1 (ENSMICG00000038204)	COL19A1 (ENSMICG00000003072)	COL9A1 (ENSMICG00000003102)	FAM135A (ENSMICG00000027973)	SDHAF4 (ENSMICG00000001287)	SMAP1 (ENSMICG00000008161)	B3GAT2 (ENSMICG00000035385)	OGFRL1 (ENSMICG00000017326)	ADGRB3 (ENSMICG00000009819)	ENSMICG00000026811	ENSMICG00000046359 ##22	ENSMICG00000034194	PHF3 (ENSMICG00000029510)	ENSMICG00000047651	ENSMICG00000041524	ENSMICG00000043683	LGSN (ENSMICG00000035402)	KHDRBS2 (ENSMICG00000010315)	PRIM2 (ENSMICG00000045096)	RAB23 (ENSMICG00000014037)	BAG2 (ENSMICG00000043661)	ZNF451 (ENSMICG00000014017)	KIAA1586 (ENSMICG00000033000)	BEND6 (ENSMICG00000037952)	ENSMICG00000042096	DST (ENSMICG00000011069)
Mouse lemur	DUPLICATION
Mouse lemur	MODERN SPECIES	169	SPIN4 (ENSMICG00000033616)	BRS3 (ENSMICG00000047770)	HTATSF1 (ENSMICG00000009348)	CD40LG (ENSMICG00000017847)	ARHGEF6 (ENSMICG00000017848)	RBMX (ENSMICG00000006856)	ENSMICG00000028289	ENSMICG00000029803	ZIC3 (ENSMICG00000042529)	ENSMICG00000047186	ENSMICG00000042750	ENSMICG00000006392	ENSMICG00000005523	ENSMICG00000028954	ENSMICG00000027784	ENSMICG00000033041 ##22	F9 (ENSMICG00000016427)	MCF2 (ENSMICG00000016443)	ENSMICG00000037295	ATP11C (ENSMICG00000017620)	CXorf66 (ENSMICG00000042583)	ENSMICG00000043090	ENSMICG00000044078	ENSMICG00000043299	ENSMICG00000045052	ENSMICG00000028378	ENSMICG00000041505	ENSMICG00000031449	IKBKG (ENSMICG00000035937)	G6PD (ENSMICG00000016481)	FAM3A (ENSMICG00000016470)
Mouse lemur	MODERN SPECIES	3	ENSMICG00000008198	CCDC152 (ENSMICG00000001272)	GHR (ENSMICG00000038266)	FBXO4 (ENSMICG00000006133)	OXCT1 (ENSMICG00000012578)	PLCXD3 (ENSMICG00000014443)	C6 (ENSMICG00000012415)	MROH2B (ENSMICG00000012385)	C7 (ENSMICG00000012365)	CARD6 (ENSMICG00000043072)	ENSMICG00000012351	PRKAA1 (ENSMICG00000036665)	PTGER4 (ENSMICG00000027186)	ENSMICG00000047886	DAB2 (ENSMICG00000006730)	ENSMICG00000026620 ##22	C9 (ENSMICG00000006710)	FYB1 (ENSMICG00000030963)	RICTOR (ENSMICG00000006675)	OSMR (ENSMICG00000006658)	LIFR (ENSMICG00000017232)	EGFLAM (ENSMICG00000017230)	GDNF (ENSMICG00000038777)	WDR70 (ENSMICG00000027615)	NUP155 (ENSMICG00000017202)	CPLANE1 (ENSMICG00000012526)	NIPBL (ENSMICG00000012468)	SLC1A3 (ENSMICG00000012786)	RANBP3L (ENSMICG00000017831)	NADK2 (ENSMICG00000031635)	SKP2 (ENSMICG00000017829)
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Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	1119											GPR63 (ENSPSMG00000015864)	FHL5 (ENSPSMG00000015858)	UFL1 (ENSPSMG00000015836)	FUT9 (ENSPSMG00000015770)	MANEA (ENSPSMG00000015753)	ENSPSMG00000015723 ##22	EPHA7 (ENSPSMG00000015710)
Coquerels sifaka	DUPLICATION
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Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	1007	IRF5 (ENSPCOG00000011325)	KCP (ENSPCOG00000017217)	ATP6V1FNB (ENSPCOG00000021691)	ATP6V1F (ENSPCOG00000015785)	FLNC (ENSPCOG00000017493)	CCDC136 (ENSPCOG00000019053)	OPN1SW (ENSPCOG00000020982)	CALU (ENSPCOG00000027459)	GARIN1B (ENSPCOG00000019037)	GARIN1A (ENSPCOG00000026970)	IMPDH1 (ENSPCOG00000017804)	PRRT4 (ENSPCOG00000014989)	RBM28 (ENSPCOG00000016797)	LEP (ENSPCOG00000014023)	LRRC4 (ENSPCOG00000019833)	ENSPCOG00000021188 ##22	SND1 (ENSPCOG00000026791)	PAX4 (ENSPCOG00000019659)	FSCN3 (ENSPCOG00000006185)	ARF5 (ENSPCOG00000027640)	GCC1 (ENSPCOG00000013515)	MRPS30 (ENSPCOG00000018431)	FGF10 (ENSPCOG00000003326)	NNT (ENSPCOG00000016719)	PAIP1 (ENSPCOG00000020257)	C5orf34 (ENSPCOG00000024989)	TMEM267 (ENSPCOG00000025607)	CCL28 (ENSPCOG00000007673)	HMGCS1 (ENSPCOG00000013478)	NIM1K (ENSPCOG00000001729)	ZNF131 (ENSPCOG00000013460)
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.b ##22
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.b ##22
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.b ##22
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.b ##22
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	1137																ENSPSMG00000019179 ##22
Mouse lemur	DUPLICATION
Mouse lemur	MODERN SPECIES	31	MEF2A (ENSMICG00000034803)	LRRC28 (ENSMICG00000028987)	TTC23 (ENSMICG00000007312)	SYNM (ENSMICG00000007299)	IGF1R (ENSMICG00000010119)	ENSMICG00000010148	ENSMICG00000045619	ARRDC4 (ENSMICG00000037963)	NR2F2 (ENSMICG00000035561)	ENSMICG00000016758	RGMA (ENSMICG00000026641)	CHD2 (ENSMICG00000000332)	FAM174B (ENSMICG00000046366)	ENSMICG00000044575	OCA2 (ENSMICG00000000034)	ENSMICG00000027022 ##22	GABRG3 (ENSMICG00000000033)	GABRA5 (ENSMICG00000000032)	GABRB3 (ENSMICG00000027069)	ATP10A (ENSMICG00000001113)	ENSMICG00000037691	UBE3A (ENSMICG00000027572)	FAM135B (ENSMICG00000005212)	COL22A1 (ENSMICG00000005224)	KCNK9 (ENSMICG00000004397)	ENSMICG00000037374	ENSMICG00000045662	TRAPPC9 (ENSMICG00000004399)	CHRAC1 (ENSMICG00000042491)	AGO2 (ENSMICG00000004427)	PTK2 (ENSMICG00000004440)
Mouse lemur	MODERN SPECIES	169	ARX (ENSMICG00000044540)	POLA1 (ENSMICG00000002524)	PCYT1B (ENSMICG00000009068)	PDK3 (ENSMICG00000009061)	ENSMICG00000009517	EIF2S3B (ENSMICG00000017858)	KLHL15 (ENSMICG00000038607)	CXorf58 (ENSMICG00000036290)	ENSMICG00000010756	SAT1 (ENSMICG00000028733)	ACOT9 (ENSMICG00000003532)	PRDX4 (ENSMICG00000031550)	PTCHD1 (ENSMICG00000000824)	PHEX (ENSMICG00000000193)	ENSMICG00000000192	ENSMICG00000037442 ##22	ENSMICG00000030382	MBTPS2 (ENSMICG00000008917)	ENSMICG00000044479	SMPX (ENSMICG00000008915)	KLHL34 (ENSMICG00000028251)	CNKSR2 (ENSMICG00000002912)	RPS6KA3 (ENSMICG00000004112)	EIF1AX (ENSMICG00000004110)	MAP7D2 (ENSMICG00000004105)	BCLAF3 (ENSMICG00000004101)	SH3KBP1 (ENSMICG00000004092)	MAP3K15 (ENSMICG00000004080)	PDHA1 (ENSMICG00000004067)	ADGRG2 (ENSMICG00000004232)	PHKA2 (ENSMICG00000004212)
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.b ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.b ##22
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.b ##22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.b ##22
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.b ##22
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	467												ENSRBIG00000043778	POT1 (ENSRBIG00000040275)	GRM8 (ENSRBIG00000015208)	ZNF800 (ENSRBIG00000035623)	ENSRBIG00000015509 ##22	GCC1 (ENSRBIG00000028126)	ARF5 (ENSRBIG00000039868)	FSCN3 (ENSRBIG00000037881)	PAX4 (ENSRBIG00000032983)	ENSRBIG00000027782
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00910000146741 #16	ENSGT00910000146645 #18	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00910000148152 #19	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.b ##22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT00910000146795 #32	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Gibbon	MODERN SPECIES	449	ENSNLEG00000031525	USP11 (ENSNLEG00000003207)	CDK16 (ENSNLEG00000003184)	UBA1 (ENSNLEG00000003096)	RBM10 (ENSNLEG00000003018)	NDUFB11 (ENSNLEG00000003004)	RGN (ENSNLEG00000002955)	JADE3 (ENSNLEG00000002888)	RP2 (ENSNLEG00000031771)	SLC9A7 (ENSNLEG00000002859)	ENSNLEG00000033712	CHST7 (ENSNLEG00000002858)	ZNF674 (ENSNLEG00000002837)	KRBOX4 (ENSNLEG00000002829)	ENSNLEG00000030246	ENSNLEG00000004194 ##22	ENSNLEG00000030017	ENSNLEG00000035785	ENSNLEG00000034858	ENSNLEG00000031205	ENSNLEG00000027704	DIPK2B (ENSNLEG00000036003)	KDM6A (ENSNLEG00000002537)	ENSNLEG00000034223	FUNDC1 (ENSNLEG00000002513)	ENSNLEG00000035492	ENSNLEG00000031843	ENSNLEG00000036235	ENSNLEG00000036149	MAOB (ENSNLEG00000002389)	MAOA (ENSNLEG00000002271)
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00910000146741 #16	ENSGT00910000146645 #18	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00910000148152 #19	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.b ##22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT00910000146795 #32	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00510000046986.n.a.b	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00910000146741 #16	ENSGT00910000146645 #18	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00910000148152 #19	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.b ##22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00510000046986.n.a.b	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00910000146741 #16	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00910000148152 #19	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.b ##22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Pan	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00510000046986.n.a.b	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00950000183030.m.b.b.m.b ##8	ENSGT00390000008496.eb	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00910000146741 #16	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00910000148152 #19	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.b ##22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT00910000146795 #32	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36	ENSGT01000000214413.b.a.b.a #37
Bonobo	DUPLICATION
Bonobo	MODERN SPECIES	3	VWF (ENSPPAG00000025674) #7	CD9 (ENSPPAG00000029663) #9	PLEKHG6 (ENSPPAG00000030565) #10	TNFRSF1A (ENSPPAG00000017841) #11	ENSPPAG00000034540 #12	LTBR (ENSPPAG00000037185) #13	ENSPPAG00000028653 ##8	ENSPPAG00000034129	CD27 (ENSPPAG00000036587) #14	TAPBPL (ENSPPAG00000039890) #15	ENSPPAG00000040975 #16	VAMP1 (ENSPPAG00000034853) #17	ENSPPAG00000034755 #19	MRPL51 (ENSPPAG00000040001) #20	NCAPD2 (ENSPPAG00000041747) #21	ENSPPAG00000039909 ##22	IFFO1 (ENSPPAG00000037226) #23	ENSPPAG00000030215 #24	CHD4 (ENSPPAG00000029007) #25	LPAR5 (ENSPPAG00000014365)	ACRBP (ENSPPAG00000042742) #26	ING4 (ENSPPAG00000035325) #27	ZNF384 (ENSPPAG00000043539) #28	PIANP (ENSPPAG00000028216) #29	COPS7A (ENSPPAG00000022715) #30	MLF2 (ENSPPAG00000034825) #31	ENSPPAG00000033598 #32	LAG3 (ENSPPAG00000026677) #33	CD4 (ENSPPAG00000034703) #34	GPR162 (ENSPPAG00000005842) #35	P3H3 (ENSPPAG00000036812) #36
Bonobo	MODERN SPECIES	15	ENSPPAG00000003514	RALB (ENSPPAG00000035798)	ENSPPAG00000030838	EPB41L5 (ENSPPAG00000037104)	PTPN4 (ENSPPAG00000007018)	ENSPPAG00000038871	ENSPPAG00000032632	CFAP221 (ENSPPAG00000026562)	SCTR (ENSPPAG00000011217)	TMEM37 (ENSPPAG00000039178)	DBI (ENSPPAG00000038470)	C2orf76 (ENSPPAG00000041702)	STEAP3 (ENSPPAG00000029473)	C1QL2 (ENSPPAG00000035484)	MARCO (ENSPPAG00000038285)	ENSPPAG00000033812 ##22	INSIG2 (ENSPPAG00000033913)	CCDC93 (ENSPPAG00000039658)	ENSPPAG00000028222	DDX18 (ENSPPAG00000033473)	DPP10 (ENSPPAG00000025416)	ACTR3 (ENSPPAG00000040697)	SLC35F5 (ENSPPAG00000006288)
Chimpanzee	MODERN SPECIES	3	CD9 (ENSPTRG00000004567) #9	ENSPTRG00000049700	PLEKHG6 (ENSPTRG00000004569) #10	TNFRSF1A (ENSPTRG00000004570) #11	SCNN1A (ENSPTRG00000004571) #12	LTBR (ENSPTRG00000004572) #13	ENSPTRG00000048966 ##8	ENSPTRG00000050411	CD27 (ENSPTRG00000029823) #14	TAPBPL (ENSPTRG00000004573) #15	ENSPTRG00000051882 #16	VAMP1 (ENSPTRG00000004574) #17	ENSPTRG00000044427 #19	MRPL51 (ENSPTRG00000004575) #20	NCAPD2 (ENSPTRG00000004576) #21	GAPDH (ENSPTRG00000004577) ##22	IFFO1 (ENSPTRG00000004578) #23	NOP2 (ENSPTRG00000004579) #24	CHD4 (ENSPTRG00000004580) #25	LPAR5 (ENSPTRG00000004581)	ACRBP (ENSPTRG00000004582) #26	ING4 (ENSPTRG00000004583) #27	ZNF384 (ENSPTRG00000004584) #28	PIANP (ENSPTRG00000004585) #29	COPS7A (ENSPTRG00000004586) #30	MLF2 (ENSPTRG00000004587) #31	PTMS (ENSPTRG00000004588) #32	LAG3 (ENSPTRG00000024384) #33	CD4 (ENSPTRG00000004590) #34	GPR162 (ENSPTRG00000038667) #35	P3H3 (ENSPTRG00000004591) #36
Human	MODERN SPECIES	3	KCNA1 (ENSG00000111262)	KCNA5 (ENSG00000130037)	NTF3 (ENSG00000185652)	ANO2 (ENSG00000047617)	VWF (ENSG00000110799) #7	CD9 (ENSG00000010278) #9	PLEKHG6 (ENSG00000008323) #10	TNFRSF1A (ENSG00000067182) #11	SCNN1A (ENSG00000111319) #12	LTBR (ENSG00000111321) #13	CD27 (ENSG00000139193) #14	TAPBPL (ENSG00000139192) #15	VAMP1 (ENSG00000139190) #17	MRPL51 (ENSG00000111639) #20	NCAPD2 (ENSG00000010292) #21	GAPDH (ENSG00000111640) ##22	IFFO1 (ENSG00000010295) #23	NOP2 (ENSG00000111641)	CHD4 (ENSG00000111642) #25	LPAR5 (ENSG00000184574)	ACRBP (ENSG00000111644) #26	ING4 (ENSG00000111653) #27	ZNF384 (ENSG00000126746) #28	PIANP (ENSG00000139200) #29	COPS7A (ENSG00000111652) #30	MLF2 (ENSG00000089693) #31	PTMS (ENSG00000159335)	LAG3 (ENSG00000089692) #33	CD4 (ENSG00000010610) #34	GPR162 (ENSG00000250510) #35	P3H3 (ENSG00000110811) #36
Gorilla	DUPLICATION
Gorilla	MODERN SPECIES	3	ENSGGOG00000028258	PLEKHG6 (ENSGGOG00000011884) #10	TNFRSF1A (ENSGGOG00000011904) #11	SCNN1A (ENSGGOG00000010834) #12	LTBR (ENSGGOG00000010848) #13	ENSGGOG00000024862 ##8	ENSGGOG00000022764	CD27 (ENSGGOG00000004650) #14	TAPBPL (ENSGGOG00000004655) #15	ENSGGOG00000041472 #16	VAMP1 (ENSGGOG00000036332) #17	ENSGGOG00000004659 #18	ENSGGOG00000041204 #19	MRPL51 (ENSGGOG00000016199) #20	NCAPD2 (ENSGGOG00000009536) #21	GAPDH (ENSGGOG00000009553) ##22	IFFO1 (ENSGGOG00000009558) #23	NOP2 (ENSGGOG00000001926)	CHD4 (ENSGGOG00000001930) #25	LPAR5 (ENSGGOG00000001937)	ACRBP (ENSGGOG00000025663) #26	ING4 (ENSGGOG00000016035) #27	ZNF384 (ENSGGOG00000016048) #28	PIANP (ENSGGOG00000016057) #29	COPS7A (ENSGGOG00000009184) #30	MLF2 (ENSGGOG00000007930) #31	ENSGGOG00000014593 #32	LAG3 (ENSGGOG00000003225) #33	CD4 (ENSGGOG00000003230) #34	GPR162 (ENSGGOG00000040285) #35	P3H3 (ENSGGOG00000002603) #36
Gorilla	MODERN SPECIES	523	DDX3X (ENSGGOG00000003181)	ENSGGOG00000043590	ENSGGOG00000043505	ENSGGOG00000039583	USP9X (ENSGGOG00000004363)	ENSGGOG00000024562	ENSGGOG00000037299	ENSGGOG00000024940	ENSGGOG00000043097	ENSGGOG00000042324	MED14 (ENSGGOG00000004125)	CXorf38 (ENSGGOG00000013906)	ATP6AP2 (ENSGGOG00000000532)	IMPDH (ENSGGOG00000040015)	BCOR (ENSGGOG00000014889)	ENSGGOG00000042064 ##22	ENSGGOG00000039451	ENSGGOG00000028188	TSPAN7 (ENSGGOG00000013841)	OTC (ENSGGOG00000011703)	RPGR (ENSGGOG00000023793)	SRPX (ENSGGOG00000007123)	SYTL5 (ENSGGOG00000002396)	CYBB (ENSGGOG00000007874)	XK (ENSGGOG00000016059)	LANCL3 (ENSGGOG00000024460)	PRRG1 (ENSGGOG00000010895)	CFAP47 (ENSGGOG00000039948)	MAGEB16 (ENSGGOG00000003549)	FAM47B (ENSGGOG00000001615)	TMEM47 (ENSGGOG00000039748)
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.b ##22
Mas night monkey	DUPLICATION
Mas night monkey	MODERN SPECIES	609														MAGED1 (ENSANAG00000010771)	GSPT2 (ENSANAG00000031086)	ENSANAG00000021376 ##22
Mas night monkey	MODERN SPECIES	902																ENSANAG00000025786 ##22	NUFIP1 (ENSANAG00000019736)	ENSANAG00000023959	KCTD4 (ENSANAG00000018346)	GTF2F2 (ENSANAG00000029406)	ENSANAG00000037538	ENSANAG00000011705	ENSANAG00000023331	ENSANAG00000031206	SLC25A30 (ENSANAG00000027572)	COG3 (ENSANAG00000023990)	ERICH6B (ENSANAG00000022961)	CBY2 (ENSANAG00000028568)	SIAH3 (ENSANAG00000027513)	ZC3H13 (ENSANAG00000033079)	CPB2 (ENSANAG00000024089)
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.b ##22
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.b ##22
Capuchin	DUPLICATION
Capuchin	MODERN SPECIES	162															PPP4R1 (ENSCCAG00000023335)	ENSCCAG00000037472 ##22	RALBP1 (ENSCCAG00000023709)	TWSG1 (ENSCCAG00000015677)	ANKRD12 (ENSCCAG00000027145)	NDUFV2 (ENSCCAG00000025556)	ENSCCAG00000032300	MTCL1 (ENSCCAG00000034435)	RAB12 (ENSCCAG00000022862)	PTPRM (ENSCCAG00000030484)	LRRC30 (ENSCCAG00000032058)	LAMA1 (ENSCCAG00000024596)	ARHGAP28 (ENSCCAG00000020308)	L3MBTL4 (ENSCCAG00000022099)	ENSCCAG00000037663	EPB41L3 (ENSCCAG00000009201)	ENSCCAG00000035725
Capuchin	MODERN SPECIES	112	CBS (ENSCCAG00000032722)	PKNOX1 (ENSCCAG00000022902)	ENSCCAG00000022392	WDR4 (ENSCCAG00000022755)	PDE9A (ENSCCAG00000001044)	ENSCCAG00000033172	SLC37A1 (ENSCCAG00000033553)	RSPH1 (ENSCCAG00000029158)	UBASH3A (ENSCCAG00000029676)	TMPRSS3 (ENSCCAG00000038076)	TFF1 (ENSCCAG00000022303)	TFF2 (ENSCCAG00000022205)	TFF3 (ENSCCAG00000022195)	ABCG1 (ENSCCAG00000022414)	UMODL1 (ENSCCAG00000028529)	ENSCCAG00000030168 ##22	ZBTB21 (ENSCCAG00000037414)	ENSCCAG00000029556	PRDM15 (ENSCCAG00000030489)	RIPK4 (ENSCCAG00000029896)	TMPRSS2 (ENSCCAG00000030906)	MX1 (ENSCCAG00000025192)	ENSCCAG00000020180	MX2 (ENSCCAG00000029612)	FAM3B (ENSCCAG00000030600)	BACE2 (ENSCCAG00000035482)	ENSCCAG00000015027
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Glires	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00910000146741 #16	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00910000146741 #16	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT01100000267007	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000158576	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT01100000267007	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000158576	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00940000158576	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b.k #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Alpin marmot	DUPLICATION
Alpin marmot	MODERN SPECIES	69	KCNA1 (ENSMMMG00000018158)	KCNA5 (ENSMMMG00000018154)	NTF3 (ENSMMMG00000018129)	ANO2 (ENSMMMG00000018106)	VWF (ENSMMMG00000017987) #7	CD9 (ENSMMMG00000017985) #9	PLEKHG6 (ENSMMMG00000017961) #10	TNFRSF1A (ENSMMMG00000017946) #11	SCNN1A (ENSMMMG00000017899) #12	LTBR (ENSMMMG00000017889) #13	CD27 (ENSMMMG00000017884) #14	TAPBPL (ENSMMMG00000017876) #15	VAMP1 (ENSMMMG00000017864) #17	MRPL51 (ENSMMMG00000017860) #20	NCAPD2 (ENSMMMG00000017813) #21	ENSMMMG00000017572 #22	IFFO1 (ENSMMMG00000017549) #23	NOP2 (ENSMMMG00000017537)	CHD4 (ENSMMMG00000017466) #25	LPAR5 (ENSMMMG00000017458)	ACRBP (ENSMMMG00000017414) #26	ING4 (ENSMMMG00000017397) #27	ZNF384 (ENSMMMG00000017132) #28	PIANP (ENSMMMG00000017119) #29	COPS7A (ENSMMMG00000017113) #30	MLF2 (ENSMMMG00000017103) #31	ENSMMMG00000017097	LAG3 (ENSMMMG00000017001) #33	CD4 (ENSMMMG00000016990) #34	GPR162 (ENSMMMG00000016980) #35	P3H3 (ENSMMMG00000016960) #36
Alpin marmot	MODERN SPECIES	97	ENSMMMG00000010130	FTSJ3 (ENSMMMG00000010083)	DDX42 (ENSMMMG00000010051)	ENSMMMG00000010027	CCDC47 (ENSMMMG00000010015)	STRADA (ENSMMMG00000009934)	LIMD2 (ENSMMMG00000009910)	ENSMMMG00000009870	MAP3K3 (ENSMMMG00000009851)	TACO1 (ENSMMMG00000009841)	DCAF7 (ENSMMMG00000009832)	KCNH6 (ENSMMMG00000009756)	ENSMMMG00000009720	ACE (ENSMMMG00000009655)	CYB561 (ENSMMMG00000009645)	ENSMMMG00000009634 #22	TANC2 (ENSMMMG00000009607)	ENSMMMG00000009576	ENSMMMG00000009570	MRC2 (ENSMMMG00000009525)	TLK2 (ENSMMMG00000009390)	ENSMMMG00000009379	ENSMMMG00000009369	ENSMMMG00000009363
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	111			ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b.k #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Squirrel	MODERN SPECIES	309			NTF3 (ENSSTOG00000021165)	ANO2 (ENSSTOG00000015852)	VWF (ENSSTOG00000015861) #7	ENSSTOG00000001348 #9	PLEKHG6 (ENSSTOG00000010044) #10	TNFRSF1A (ENSSTOG00000010063) #11	SCNN1A (ENSSTOG00000013304) #12	LTBR (ENSSTOG00000013322) #13	CD27 (ENSSTOG00000007440) #14	TAPBPL (ENSSTOG00000007459) #15	VAMP1 (ENSSTOG00000007482) #17	MRPL51 (ENSSTOG00000007484) #20	NCAPD2 (ENSSTOG00000007493) #21	ENSSTOG00000007538 #22	IFFO1 (ENSSTOG00000007566) #23	ENSSTOG00000033133	CHD4 (ENSSTOG00000007601) #25	LPAR5 (ENSSTOG00000026737)	ENSSTOG00000009882 #26	ING4 (ENSSTOG00000009890) #27	ZNF384 (ENSSTOG00000009902) #28	PIANP (ENSSTOG00000028660) #29	COPS7A (ENSSTOG00000027250) #30	ENSSTOG00000009908 #31	PTMS (ENSSTOG00000034819)	LAG3 (ENSSTOG00000015581) #33	CD4 (ENSSTOG00000027178) #34	GPR162 (ENSSTOG00000020091) #35	P3H3 (ENSSTOG00000015582) #36
Eurasian red squirrel	DUPLICATION
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	14	KCNA5 (ENSSVLG00005011478)	NTF3 (ENSSVLG00005011507)	ANO2 (ENSSVLG00005011671)	VWF (ENSSVLG00005012648) #7	CD9 (ENSSVLG00005013052) #9	PLEKHG6 (ENSSVLG00005013449) #10	TNFRSF1A (ENSSVLG00005013664) #11	SCNN1A (ENSSVLG00005013781) #12	ENSSVLG00005013962	LTBR (ENSSVLG00005014074) #13	CD27 (ENSSVLG00005014318) #14	TAPBPL (ENSSVLG00005014372) #15	VAMP1 (ENSSVLG00005014405) #17	MRPL51 (ENSSVLG00005014541) #20	ENSSVLG00005014610	ENSSVLG00005014703 #22	ENSSVLG00005014899 #23	NOP2 (ENSSVLG00005014954)	CHD4 (ENSSVLG00005015376) #25	LPAR5 (ENSSVLG00005018041)	ACRBP (ENSSVLG00005018087) #26	ING4 (ENSSVLG00005018357) #27	ENSSVLG00005018564 #28	PIANP (ENSSVLG00005018592) #29	ENSSVLG00005018640 #30	MLF2 (ENSSVLG00005018671) #31	ENSSVLG00005018711 #32	LAG3 (ENSSVLG00005018831) #33	CD4 (ENSSVLG00005018976) #34	GPR162 (ENSSVLG00005019129) #35	P3H3 (ENSSVLG00005019312) #36
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	5	LIPT1 (ENSSVLG00005014850)	ENSSVLG00005014814	C2orf15 (ENSSVLG00005014789)	TSGA10 (ENSSVLG00005014435)	CRACDL (ENSSVLG00005014046)	ENSSVLG00005013927	ENSSVLG00005013836	ENSSVLG00005013734	ENSSVLG00005013684	INPP4A (ENSSVLG00005013494)	CNGA3 (ENSSVLG00005013237)	ENSSVLG00005013156	VWA3B (ENSSVLG00005012929)	TMEM131 (ENSSVLG00005012815)	ZAP70 (ENSSVLG00005012562)	ENSSVLG00005012495 #22	ACTR1B (ENSSVLG00005012172)	COX5B (ENSSVLG00005012122)	ENSSVLG00005011994	ENSSVLG00005011946	SEMA4C (ENSSVLG00005011743)	ANKRD39 (ENSSVLG00005011694)	ANKRD23 (ENSSVLG00005011456)	CNNM4 (ENSSVLG00005011163)	LMAN2L (ENSSVLG00005011060)	ENSSVLG00005010875	KANSL3 (ENSSVLG00005010774)	ARID5A (ENSSVLG00005010563)	NEURL3 (ENSSVLG00005010485)	NCAPH (ENSSVLG00005010189)	ITPRIPL1 (ENSSVLG00005010139)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES		CCN3 (ENSSVLG00005002612)	MAL2 (ENSSVLG00005002595)	COLEC10 (ENSSVLG00005002580)	TNFRSF11B (ENSSVLG00005002562)	SAMD12 (ENSSVLG00005002548)	EXT1 (ENSSVLG00005002516)	MED30 (ENSSVLG00005002500)	SLC30A8 (ENSSVLG00005002466)	AARD (ENSSVLG00005002450)	RAD21 (ENSSVLG00005002416)	ENSSVLG00005002391	UTP23 (ENSSVLG00005002373)	EIF3H (ENSSVLG00005002349)	ENSSVLG00005002331	TRPS1 (ENSSVLG00005002245)	ENSSVLG00005002187 #22	ENSSVLG00005002158	ENSSVLG00005002148	CSMD3 (ENSSVLG00005001710)	ENSSVLG00005001557	ENSSVLG00005001548	ENSSVLG00005001538	KCNV1 (ENSSVLG00005001530)	ENSSVLG00005001510	SYBU (ENSSVLG00005001459)	EBAG9 (ENSSVLG00005001423)	PKHD1L1 (ENSSVLG00005001320)	ENY2 (ENSSVLG00005001233)	NUDCD1 (ENSSVLG00005001220)	TRHR (ENSSVLG00005001205)	TMEM74 (ENSSVLG00005001194)
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Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	24	KCNA5 (ENSHGLG00000001161)	NTF3 (ENSHGLG00000001196)	ENSHGLG00000032394	VWF (ENSHGLG00000001451) #7	CD9 (ENSHGLG00000001625) #9	PLEKHG6 (ENSHGLG00000001657) #10	TNFRSF1A (ENSHGLG00000001689) #11	SCNN1A (ENSHGLG00000001735) #12	LTBR (ENSHGLG00000032405) #13	CD27 (ENSHGLG00000046681) #14	TAPBPL (ENSHGLG00000001831) #15	ENSHGLG00000001867 #17	MRPL51 (ENSHGLG00000050005) #20	NCAPD2 (ENSHGLG00000001934) #21	ENSHGLG00000036344	GAPDH (ENSHGLG00000002856) #22	IFFO1 (ENSHGLG00000002934) #23	NOP2 (ENSHGLG00000042932)	CHD4 (ENSHGLG00000003093) #25	LPAR5 (ENSHGLG00000033434)	ENSHGLG00000047116	ACRBP (ENSHGLG00000003358) #26	Ing4 (ENSHGLG00000003447) #27	ENSHGLG00000039857	ZNF384 (ENSHGLG00000003572) #28	PIANP (ENSHGLG00000003689) #29	COPS7A (ENSHGLG00000032684) #30	MLF2 (ENSHGLG00000003883) #31	PTMS (ENSHGLG00000038669)	LAG3 (ENSHGLG00000004095) #33	CD4 (ENSHGLG00000004194) #34
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000158576	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Guinea pig	MODERN SPECIES	107	TSPAN9 (ENSCPOG00000038895)	TEAD4 (ENSCPOG00000020720)	TULP3 (ENSCPOG00000004928)	RHNO1 (ENSCPOG00000035546)	FOXM1 (ENSCPOG00000015373)	TEX52 (ENSCPOG00000008276)	PLEKHG6 (ENSCPOG00000000576) #10	TNFRSF1A (ENSCPOG00000031352) #11	SCNN1A (ENSCPOG00000006185) #12	LTBR (ENSCPOG00000035613) #13	CD27 (ENSCPOG00000008449) #14	TAPBPL (ENSCPOG00000008460) #15	VAMP1 (ENSCPOG00000008473) #17	MRPL51 (ENSCPOG00000008478) #20	NCAPD2 (ENSCPOG00000008480) #21	Gapdh (ENSCPOG00000026350) #22	IFFO1 (ENSCPOG00000001041) #23	NOP2 (ENSCPOG00000020690)	CHD4 (ENSCPOG00000008504) #25	ACRBP (ENSCPOG00000012300) #26	ING4 (ENSCPOG00000012311) #27	ZNF384 (ENSCPOG00000012313) #28	PIANP (ENSCPOG00000000349) #29	COPS7A (ENSCPOG00000000315) #30	MLF2 (ENSCPOG00000035372) #31	PTMS (ENSCPOG00000021676)	LAG3 (ENSCPOG00000012321) #33	ENSCPOG00000012324 #34	GPR162 (ENSCPOG00000038691) #35	P3H3 (ENSCPOG00000012330) #36	GNB3 (ENSCPOG00000025068) #37
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000158576	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	120	KCNA1 (ENSCLAG00000013088)	KCNA5 (ENSCLAG00000018083)	NTF3 (ENSCLAG00000016065)	ANO2 (ENSCLAG00000015450)	VWF (ENSCLAG00000014671) #7	CD9 (ENSCLAG00000013477) #9	PLEKHG6 (ENSCLAG00000015229) #10	TNFRSF1A (ENSCLAG00000016084) #11	SCNN1A (ENSCLAG00000015244) #12	LTBR (ENSCLAG00000013106) #13	CD27 (ENSCLAG00000016154) #14	TAPBPL (ENSCLAG00000016184) #15	VAMP1 (ENSCLAG00000012860) #17	MRPL51 (ENSCLAG00000011881) #20	NCAPD2 (ENSCLAG00000013118) #21	GAPDH (ENSCLAG00000013783) #22	IFFO1 (ENSCLAG00000014944) #23	NOP2 (ENSCLAG00000014440)	CHD4 (ENSCLAG00000012244) #25	LPAR5 (ENSCLAG00000014166)	ENSCLAG00000014500 #26	ING4 (ENSCLAG00000014519) #27	ZNF384 (ENSCLAG00000015550) #28	PIANP (ENSCLAG00000016394) #29	COPS7A (ENSCLAG00000014244) #30	MLF2 (ENSCLAG00000013739) #31	PTMS (ENSCLAG00000016337)	LAG3 (ENSCLAG00000014680) #33	CD4 (ENSCLAG00000016197) #34	GPR162 (ENSCLAG00000015020) #35	P3H3 (ENSCLAG00000012569) #36
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	DUPLICATION
Degu	MODERN SPECIES	62	CAPN15 (ENSODEG00000015214)	RAB11FIP3 (ENSODEG00000015247)	DECR2 (ENSODEG00000015304)	NME4 (ENSODEG00000016834)	ENSODEG00000015417	MRPL28 (ENSODEG00000015538)	AXIN1 (ENSODEG00000015585)	PDIA2 (ENSODEG00000015401)	ARHGDIG (ENSODEG00000015826)	RGS11 (ENSODEG00000016707)	FAM234A (ENSODEG00000015423)	ENSODEG00000015706	ENSODEG00000015850	HBQ1 (ENSODEG00000015997)	ENSODEG00000015802	ENSODEG00000020287 #22	ENSODEG00000015409	HBZ (ENSODEG00000015908)	NPRL3 (ENSODEG00000016564)	RHBDF1 (ENSODEG00000016052)	SNRNP25 (ENSODEG00000016175)	POLR3K (ENSODEG00000015558)	IL9R (ENSODEG00000016050)	ENSODEG00000016277	VPREB1 (ENSODEG00000015252)	TOP3B (ENSODEG00000015541)	PPM1F (ENSODEG00000016321)	MAPK1 (ENSODEG00000015816)	YPEL1 (ENSODEG00000016029)	PPIL2 (ENSODEG00000015998)	ENSODEG00000016999
Degu	MODERN SPECIES	255	TEX45 (ENSODEG00000012588)	ZNF358 (ENSODEG00000012219)	MCOLN1 (ENSODEG00000012479)	PNPLA6 (ENSODEG00000012572)	ENSODEG00000012129	XAB2 (ENSODEG00000011794)	PET100 (ENSODEG00000011997)	PCP2 (ENSODEG00000011839)	STXBP2 (ENSODEG00000012329)	RETN (ENSODEG00000012179)	TRAPPC5 (ENSODEG00000012661)	FCER2 (ENSODEG00000012810)	CLEC4G (ENSODEG00000011804)	ENSODEG00000010680	ENSODEG00000012346	ENSODEG00000011218 #22	ENSODEG00000012311	ENSODEG00000011113	ENSODEG00000010671	EVI5L (ENSODEG00000012663)	ENSODEG00000010815	LRRC8E (ENSODEG00000011497)	MAP2K7 (ENSODEG00000012972)	TGFBR3L (ENSODEG00000011690)	SNAPC2 (ENSODEG00000011415)	CTXN1 (ENSODEG00000019975)	TIMM44 (ENSODEG00000011966)	ELAVL1 (ENSODEG00000012189)	CERS4 (ENSODEG00000012322)	CD320 (ENSODEG00000011308)	NDUFA7 (ENSODEG00000011906)
Degu	MODERN SPECIES	228													ALCAM (ENSODEG00000005450)	CBLB (ENSODEG00000005613)	ENSODEG00000019090	ENSODEG00000005010 #22	ENSODEG00000005023	ENSODEG00000005074	ENSODEG00000019157	BBX (ENSODEG00000005151)	ENSODEG00000005329	IFT57 (ENSODEG00000005424)	ENSODEG00000019189	ENSODEG00000005470	MYH15 (ENSODEG00000004613)	CIP2A (ENSODEG00000004774)	DZIP3 (ENSODEG00000004949)	TRAT1 (ENSODEG00000005139)
Degu	MODERN SPECIES	298														TBX15 (ENSODEG00000001193)	WARS2 (ENSODEG00000001212)	ENSODEG00000018671 #22	ENSODEG00000001230	ENSODEG00000001240	HAO2 (ENSODEG00000001256)	ENSODEG00000001440	ENSODEG00000001448	ENSODEG00000018670	ENSODEG00000001464	ZNF697 (ENSODEG00000001481)	PHGDH (ENSODEG00000001506)	HMGCS2 (ENSODEG00000000553)	REG4 (ENSODEG00000000629)	ENSODEG00000000642	ENSODEG00000000653	NOTCH2 (ENSODEG00000000797)	ENSODEG00000001721
Degu	MODERN SPECIES	219	KCNA5 (ENSODEG00000019098)	NTF3 (ENSODEG00000003025)	ENSODEG00000018854	ANO2 (ENSODEG00000002927)	VWF (ENSODEG00000002617) #7	CD9 (ENSODEG00000005241) #9	PLEKHG6 (ENSODEG00000005186) #10	TNFRSF1A (ENSODEG00000004861) #11	SCNN1A (ENSODEG00000004767) #12	LTBR (ENSODEG00000004616) #13	CD27 (ENSODEG00000004529) #14	TAPBPL (ENSODEG00000004477) #15	VAMP1 (ENSODEG00000004453) #17	MRPL51 (ENSODEG00000004435) #20	NCAPD2 (ENSODEG00000004156) #21	ENSODEG00000004114 #22	ENSODEG00000003579 #23	ENSODEG00000003567	CHD4 (ENSODEG00000003114) #25	ACRBP (ENSODEG00000002969) #26	ING4 (ENSODEG00000002865) #27	ZNF384 (ENSODEG00000002585) #28	PIANP (ENSODEG00000002502) #29	ENSODEG00000002475	COPS7A (ENSODEG00000002432) #30	MLF2 (ENSODEG00000002383) #31	ENSODEG00000002310	LAG3 (ENSODEG00000002278) #33	ENSODEG00000002251	ENSODEG00000018791	GPR162 (ENSODEG00000003518) #35
Degu	MODERN SPECIES	95	ENSODEG00000005975	CYP7A1 (ENSODEG00000006021)	UBXN2B (ENSODEG00000006103)	BPNT2 (ENSODEG00000006152)	PENK (ENSODEG00000002736)	ENSODEG00000002751	SDR16C5 (ENSODEG00000002794)	ENSODEG00000002863	PLAG1 (ENSODEG00000002880)	LYN (ENSODEG00000002925)	ENSODEG00000018874	TGS1 (ENSODEG00000002948)	ENSODEG00000003120	XKR4 (ENSODEG00000003156)	ENSODEG00000003202	ENSODEG00000018873 #22	ENSODEG00000002691	ENSODEG00000002737	ENSODEG00000002753	ENSODEG00000002823	ATP6V1H (ENSODEG00000002840)	ENSODEG00000002936	OPRK1 (ENSODEG00000002988)	NPBWR1 (ENSODEG00000019191)	ENSODEG00000003047	ENSODEG00000003192	ENSODEG00000003208	ST18 (ENSODEG00000003288)	PCMTD1 (ENSODEG00000003571)	SNTG1 (ENSODEG00000003621)	ENSODEG00000003654
Degu	MODERN SPECIES	73	UPP2 (ENSODEG00000014593)	CCDC148 (ENSODEG00000014894)	ENSODEG00000020204	PKP4 (ENSODEG00000014779)	DAPL1 (ENSODEG00000014464)	TANC1 (ENSODEG00000014910)	WDSUB1 (ENSODEG00000014178)	BAZ2B (ENSODEG00000014127)	ENSODEG00000015125	MARCHF7 (ENSODEG00000013942)	CD302 (ENSODEG00000015670)	LY75 (ENSODEG00000014691)	ENSODEG00000014957	ITGB6 (ENSODEG00000013253)	RBMS1 (ENSODEG00000013934)	ENSODEG00000020118 #22	ENSODEG00000013723	PSMD14 (ENSODEG00000015872)	TBR1 (ENSODEG00000013807)	SLC4A10 (ENSODEG00000013195)	DPP4 (ENSODEG00000013321)	GCG (ENSODEG00000013560)	FAP (ENSODEG00000013259)	IFIH1 (ENSODEG00000013586)	GCA (ENSODEG00000013215)	KCNH7 (ENSODEG00000013646)	FIGN (ENSODEG00000013392)	GRB14 (ENSODEG00000013239)	COBLL1 (ENSODEG00000013366)	SLC38A11 (ENSODEG00000013030)	ENSODEG00000012704
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n #22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n #22
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	158	Ndufa9 (ENSJJAG00000007801)	Kcna6 (ENSJJAG00000013867)	Kcna1 (ENSJJAG00000006988)	Ntf3 (ENSJJAG00000004637)	Ano2 (ENSJJAG00000004730)	Vwf (ENSJJAG00000023254) #7	Cd9 (ENSJJAG00000022710) #9	Plekhg6 (ENSJJAG00000022183) #10	Scnn1a (ENSJJAG00000021122) #12	Ltbr (ENSJJAG00000020376) #13	Cd27 (ENSJJAG00000019993) #14	Tapbpl (ENSJJAG00000019548) #15	ENSJJAG00000019185	Mrpl51 (ENSJJAG00000018962) #20	Ncapd2 (ENSJJAG00000017993) #21	ENSJJAG00000017186 #22	Iffo1 (ENSJJAG00000015968) #23	ENSJJAG00000015505	Chd4 (ENSJJAG00000012394) #25	Lpar5 (ENSJJAG00000010456)	ENSJJAG00000010370 #26	Ing4 (ENSJJAG00000009788) #27	Zfp384 (ENSJJAG00000003875) #28	Pianp (ENSJJAG00000000549) #29	Cops7a (ENSJJAG00000010387) #30	Mlf2 (ENSJJAG00000009196) #31	ENSJJAG00000008935	Lag3 (ENSJJAG00000007735) #33	Cd4 (ENSJJAG00000006130) #34	Gpr162 (ENSJJAG00000004130) #35	P3h3 (ENSJJAG00000002354) #36
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n #22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n #22
Murinae	DUPLICATION
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.j #22
Rat	MODERN SPECIES	11	Tars1 (ENSRNOG00000019023)	ENSRNOG00000069715	ENSRNOG00000030171	ENSRNOG00000032427	Npr3 (ENSRNOG00000019184)	ENSRNOG00000030204	Sub1 (ENSRNOG00000067555)	Zfr (ENSRNOG00000011627)	Mtmr12 (ENSRNOG00000022929)	Golph3 (ENSRNOG00000012186)	Pdzd2 (ENSRNOG00000013140)	Ftl1-ps14 (ENSRNOG00000065602)	RGD1306502 (ENSRNOG00000022745)	Drosha (ENSRNOG00000013451)	Cdh6 (ENSRNOG00000013535)	ENSRNOG00000067563 #22	AABR07008608.1 (ENSRNOG00000055439)	Cdh9 (ENSRNOG00000033837)	Cdh10 (ENSRNOG00000009771)	ENSRNOG00000066871	ENSRNOG00000068443	Cdh12 (ENSRNOG00000026392)	AABR07008724.1 (ENSRNOG00000019037)	ENSRNOG00000068483	Cdh18 (ENSRNOG00000010535)	Basp1 (ENSRNOG00000066065)	Cwc15-ps3 (ENSRNOG00000025157)	Myo10 (ENSRNOG00000010161)	Zfp622 (ENSRNOG00000010589)	AABR07008911.1 (ENSRNOG00000056969)	Marchf11 (ENSRNOG00000024461)
Mus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.j #22
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.j #22
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.j #22
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.j #22
spretus	MODERN SPECIES	2	Tenm2 (MGP_SPRETEiJ_G0017051)	Wwc1 (MGP_SPRETEiJ_G0017050)	Rars (MGP_SPRETEiJ_G0017049)	Fbll1 (MGP_SPRETEiJ_G0017048)	Pank3 (MGP_SPRETEiJ_G0017047)	Slit3 (MGP_SPRETEiJ_G0017046)	Spdl1 (MGP_SPRETEiJ_G0017045)	Insyn2b (MGP_SPRETEiJ_G0017044)	Dock2 (MGP_SPRETEiJ_G0017043)	Foxi1 (MGP_SPRETEiJ_G0017042)	Lcp2 (MGP_SPRETEiJ_G0017041)	Kcnmb1 (MGP_SPRETEiJ_G0017040)	Kcnip1 (MGP_SPRETEiJ_G0017039)	MGP_SPRETEiJ_G0017038	Gabrp (MGP_SPRETEiJ_G0017037)	MGP_SPRETEiJ_G0017036 #22	MGP_SPRETEiJ_G0017035	Tlx3 (MGP_SPRETEiJ_G0017034)	Npm1 (MGP_SPRETEiJ_G0017033)	Fgf18 (MGP_SPRETEiJ_G0017032)	Smim23 (MGP_SPRETEiJ_G0017031)	Fbxw11 (MGP_SPRETEiJ_G0017030)	Stk10 (MGP_SPRETEiJ_G0017029)	Efcab9 (MGP_SPRETEiJ_G0017028)	Ubtd2 (MGP_SPRETEiJ_G0017027)	Sh3pxd2b (MGP_SPRETEiJ_G0017026)	MGP_SPRETEiJ_G0017025	Mpg (MGP_SPRETEiJ_G0017024)	Nprl3 (MGP_SPRETEiJ_G0017023)	Rhbdf1 (MGP_SPRETEiJ_G0017022)	MGP_SPRETEiJ_G0017021
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.k #22
Rat	MODERN SPECIES	13	Fmnl2 (ENSRNOG00000055567)	Prpf40a (ENSRNOG00000004864)	Arl6ip6 (ENSRNOG00000005074)	Micos10-ps2 (ENSRNOG00000065751)	Rprm (ENSRNOG00000005109)	Galnt13 (ENSRNOG00000005335)	ENSRNOG00000065543	Kcnj3 (ENSRNOG00000005369)	Nr4a2 (ENSRNOG00000005600)	Gpd2 (ENSRNOG00000033824)	Galnt5 (ENSRNOG00000004645)	Ermn (ENSRNOG00000021472)	Cytip (ENSRNOG00000004772)	Acvr1c (ENSRNOG00000004828)	Acvr1 (ENSRNOG00000005033)	Gapdh-ps1 (ENSRNOG00000071205) #22	Upp2 (ENSRNOG00000005341)	Ccdc148 (ENSRNOG00000057740)	Pkp4 (ENSRNOG00000005504)	Dapl1 (ENSRNOG00000005743)	ENSRNOG00000064239	Tanc1 (ENSRNOG00000025394)	Wdsub1 (ENSRNOG00000005990)	Baz2b (ENSRNOG00000056984)	LOC100361645 (ENSRNOG00000031951)	Marchf7 (ENSRNOG00000006241)	Cd302 (ENSRNOG00000006623)	Ly75 (ENSRNOG00000007012)	Pla2r1 (ENSRNOG00000008129)	Itgb6 (ENSRNOG00000008346)	Rbms1 (ENSRNOG00000008482)
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n #22
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n #22
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	188	Pamr1 (ENSCGRG00001023148)	Fjx1 (ENSCGRG00001010732)	Trim44 (ENSCGRG00001024631)	ENSCGRG00001024835	Ldlrad3 (ENSCGRG00001024912)	ENSCGRG00001017501	Prr5l (ENSCGRG00001018581)	Traf6 (ENSCGRG00001019275)	Rag1 (ENSCGRG00001002046)	Rag2 (ENSCGRG00001011151)	Iftap (ENSCGRG00001020974)	ENSCGRG00001003416	ENSCGRG00001002351	ENSCGRG00001011370	Lrrc4c (ENSCGRG00001011183)	ENSCGRG00001022153 #22	ENSCGRG00001002994	ENSCGRG00001023209	Ttc17 (ENSCGRG00001008891)	Hsd17b12 (ENSCGRG00001024805)	Alkbh3 (ENSCGRG00001014489)	Gm13889 (ENSCGRG00001015067)	Accs (ENSCGRG00001017403)	Ext2 (ENSCGRG00001018610)	Alx4 (ENSCGRG00001013158)	Cd82 (ENSCGRG00001014213)	Tspan18 (ENSCGRG00001014966)	Trp53i11 (ENSCGRG00001015881)	ENSCGRG00001016971	Syt13 (ENSCGRG00001017740)	Chst1 (ENSCGRG00001010952)
Golden Hamster	MODERN SPECIES	721																ENSMAUG00000001414 #22	ENSMAUG00000016868	Bach2 (ENSMAUG00000016851)	Gja10 (ENSMAUG00000020453)	Casp8ap2 (ENSMAUG00000018512)	ENSMAUG00000014080	Ankrd6 (ENSMAUG00000011054)	Rragd (ENSMAUG00000021734)	Gabrr1 (ENSMAUG00000019124)	ENSMAUG00000017845	Pnrc1 (ENSMAUG00000012518)	Rngtt (ENSMAUG00000021153)	Cnr1 (ENSMAUG00000014040)	Spaca1 (ENSMAUG00000010690)	Akirin2 (ENSMAUG00000013076)	Rars2 (ENSMAUG00000008929)
Upper Galilee mountains blind mole rat	DUPLICATION
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1885	Kcna5 (ENSNGAG00000001282)	Ntf3 (ENSNGAG00000023064)	Ano2 (ENSNGAG00000006568)	Vwf (ENSNGAG00000022403) #7	Cd9 (ENSNGAG00000014189) #9	ENSNGAG00000022639	Plekhg6 (ENSNGAG00000011808) #10	Tnfrsf1a (ENSNGAG00000019085) #11	Scnn1a (ENSNGAG00000019351) #12	Ltbr (ENSNGAG00000022402) #13	Cd27 (ENSNGAG00000019654) #14	Tapbpl (ENSNGAG00000023020) #15	Vamp1 (ENSNGAG00000011610) #17	Mrpl51 (ENSNGAG00000022754) #20	Ncapd2 (ENSNGAG00000021912) #21	ENSNGAG00000013476 #22	Iffo1 (ENSNGAG00000013363) #23	Nop2 (ENSNGAG00000019010)	Chd4 (ENSNGAG00000016920) #25	Acrbp (ENSNGAG00000022774) #26	Ing4 (ENSNGAG00000016704) #27	Zfp384 (ENSNGAG00000011316) #28	Pianp (ENSNGAG00000013944) #29	Cops7a (ENSNGAG00000022873) #30	Mlf2 (ENSNGAG00000016666) #31	ENSNGAG00000021065	Lag3 (ENSNGAG00000009790) #33	ENSNGAG00000022963 #34	Gpr162 (ENSNGAG00000002840) #35	P3h3 (ENSNGAG00000015076) #36	Gnb3 (ENSNGAG00000023501) #37
Upper Galilee mountains blind mole rat	DUPLICATION
Upper Galilee mountains blind mole rat	DUPLICATION
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	922															Fgf1 (ENSNGAG00000023588)	ENSNGAG00000011614 #22	Spry4 (ENSNGAG00000023023)	Ndfip1 (ENSNGAG00000023008)	ENSNGAG00000022512	Rnf14 (ENSNGAG00000011674)	Pcdh12 (ENSNGAG00000010710)	Dele1 (ENSNGAG00000018387)	Pcdh1 (ENSNGAG00000015865)	ENSNGAG00000014600	Arap3 (ENSNGAG00000023362)	Fchsd1 (ENSNGAG00000019709)	ENSNGAG00000018010	Hdac3 (ENSNGAG00000012179)	ENSNGAG00000004201	Pcdhgc3 (ENSNGAG00000022970)	Pcdhga11 (ENSNGAG00000011680)
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	997													ENSNGAG00000000089	Sostdc1 (ENSNGAG00000000175)	ENSNGAG00000017134	ENSNGAG00000013686 #22	Ankmy2 (ENSNGAG00000016932)	Bzw2 (ENSNGAG00000015192)
Upper Galilee mountains blind mole rat	DUPLICATION
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	722															Zfp949 (ENSNGAG00000024150)	ENSNGAG00000011756 #22	Syncrip (ENSNGAG00000020647)	Snx14 (ENSNGAG00000019697)	Nt5e (ENSNGAG00000006974)
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	500	Srek1ip1 (ENSNGAG00000021556)	Shisal2b (ENSNGAG00000011993)	Rgs7bp (ENSNGAG00000001316)	Rnf180 (ENSNGAG00000010291)	Htr1a (ENSNGAG00000010968)	Ipo11 (ENSNGAG00000007024)	Dimt1 (ENSNGAG00000024364)	Kif2a (ENSNGAG00000017429)	ENSNGAG00000021151	Zswim6 (ENSNGAG00000017421)	ENSNGAG00000024020	Ndufaf2 (ENSNGAG00000021740)	Ercc8 (ENSNGAG00000013684)	Elovl7 (ENSNGAG00000024148)	Depdc1b (ENSNGAG00000015994)	ENSNGAG00000024358 #22	ENSNGAG00000009337	ENSNGAG00000010555
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	37	ENSGT00940000158576	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Pika	MODERN SPECIES	1014					NTF3 (ENSOPRG00000012279)	ANO2 (ENSOPRG00000012282)	VWF (ENSOPRG00000012313) #7	CD9 (ENSOPRG00000012372) #9	PLEKHG6 (ENSOPRG00000012382) #10	TNFRSF1A (ENSOPRG00000012410) #11	LTBR (ENSOPRG00000012422) #13	CD27 (ENSOPRG00000012447) #14	TAPBPL (ENSOPRG00000012454) #15	VAMP1 (ENSOPRG00000012475) #17	NCAPD2 (ENSOPRG00000012480) #21	GAPDH (ENSOPRG00000012514) #22
Rabbit	DUPLICATION
Rabbit	DUPLICATION
Rabbit	MODERN SPECIES	19	ENSOCUG00000030707	NTF3 (ENSOCUG00000016450)	ENSOCUG00000039598	ENSOCUG00000006775	VWF (ENSOCUG00000006783) #7	ENSOCUG00000010123 #9	PLEKHG6 (ENSOCUG00000010130) #10	TNFRSF1A (ENSOCUG00000010146) #11	SCNN1A (ENSOCUG00000010152) #12	LTBR (ENSOCUG00000001292) #13	CD27 (ENSOCUG00000008159) #14	TAPBPL (ENSOCUG00000008163) #15	VAMP1 (ENSOCUG00000021107) #17	MRPL51 (ENSOCUG00000008170) #20	NCAPD2 (ENSOCUG00000008176) #21	ENSOCUG00000029891 #22	ENSOCUG00000008198 #23	NOP2 (ENSOCUG00000008203)	CHD4 (ENSOCUG00000008215) #25	LPAR5 (ENSOCUG00000026551)	ACRBP (ENSOCUG00000003737) #26	ING4 (ENSOCUG00000003742) #27	ZNF384 (ENSOCUG00000003747) #28	PIANP (ENSOCUG00000003749) #29	COPS7A (ENSOCUG00000011187) #30	ENSOCUG00000003750 #31	LAG3 (ENSOCUG00000011196) #33	ENSOCUG00000012911 #34	GPR162 (ENSOCUG00000030705) #35	P3H3 (ENSOCUG00000012916) #36	GNB3 (ENSOCUG00000012934) #37
Rabbit	MODERN SPECIES		ENSOCUG00000028054	PCSK5 (ENSOCUG00000001616)	ENSOCUG00000001622	GCNT1 (ENSOCUG00000007916)	PRUNE2 (ENSOCUG00000008553)	FOXB2 (ENSOCUG00000002111)	VPS13A (ENSOCUG00000001328)	GNA14 (ENSOCUG00000005507)	GNAQ (ENSOCUG00000016559)	CEP78 (ENSOCUG00000007758)	PSAT1 (ENSOCUG00000007765)	ENSOCUG00000026996	ENSOCUG00000024344	TLE4 (ENSOCUG00000011891)	ENSOCUG00000032761	ENSOCUG00000022657 #22	ENSOCUG00000000531	ENSOCUG00000035151	ENSOCUG00000027027	ENSOCUG00000032438	ENSOCUG00000023951	ENSOCUG00000034184	ENSOCUG00000027755	ENSOCUG00000039432	RASEF (ENSOCUG00000001548)	MFSD14B (ENSOCUG00000005373)	ZNF484 (ENSOCUG00000029283)	IARS1 (ENSOCUG00000016888)	NOL8 (ENSOCUG00000008053)	CENPP (ENSOCUG00000007236)	OGN (ENSOCUG00000009017)
Rabbit	MODERN SPECIES	20	ORYCUNV1R1540 (ENSOCUG00000032812)	XPC (ENSOCUG00000011079)	ORYCUNV1R1507 (ENSOCUG00000031825)	ORYCUNV1R1638 (ENSOCUG00000035671)	ORYCUNV1R1541 (ENSOCUG00000031125)	ORYCUNV1R1632 (ENSOCUG00000033938)	ORYCUNV1R1524 (ENSOCUG00000027158)	CHCHD4 (ENSOCUG00000023806)	TMEM43 (ENSOCUG00000011074)	ENSOCUG00000011088	SLC6A6 (ENSOCUG00000001144)	GRIP2 (ENSOCUG00000001145)	CCDC174 (ENSOCUG00000008451)	ENSOCUG00000039627	ENSOCUG00000015577	ENSOCUG00000025023 #22	FGD5 (ENSOCUG00000006961)	NR2C2 (ENSOCUG00000006975)	MRPS25 (ENSOCUG00000006984)	RBSN (ENSOCUG00000006988)	TRH (ENSOCUG00000006337)	TMCC1 (ENSOCUG00000013071)	PLXND1 (ENSOCUG00000013049)	ENSOCUG00000029379	RHO (ENSOCUG00000013036)	IFT122 (ENSOCUG00000013015)	MBD4 (ENSOCUG00000013006)	ENSOCUG00000012999	ENSOCUG00000023407	CAND2 (ENSOCUG00000009266)	ENSOCUG00000031173
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00910000146741 #16	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Laurasiatheria_a	DUPLICATION
Laurasiatheria_a	DUPLICATION
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.p.a #22
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.p.a #22
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.p.a #22
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.p.a #22
Canidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.p.a #22
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00390000006915.c.d	ENSGT00940000160481	ENSGT01100000263506.b.a	ENSGT00940000161604.a	ENSGT00940000161713	ENSGT01030000234522.C.b.e.a.b.j	ENSGT00940000153525.h.d.b.a	ENSGT00440000033895	ENSGT00940000163297.d	ENSGT00940000161342.e	ENSGT01090000260076.b.a	ENSGT00940000161533.C	ENSGT00940000161113	ENSGT00940000166486.e	ENSGT00390000001700.a.b.a	ENSGT00940000153298.n.p.a #22	ENSGT00390000005094	ENSGT00940000158347	ENSGT00940000159451	ENSGT00940000161952	ENSGT00940000160785	ENSGT00940000161221	ENSGT00530000063786.b	ENSGT00940000162863	ENSGT00390000015219	ENSGT00950000183035.a.a	ENSGT00950000182803.B.d.a.i.a	ENSGT00940000156656	ENSGT00390000003197.i.b	ENSGT00940000159460	ENSGT00940000164181
Dog	MODERN SPECIES	144	RAB9B (ENSCAFG00845023869)	ENSCAFG00845023955	ENSCAFG00845024075	SLC25A53 (ENSCAFG00845024107)	ENSCAFG00845024140	ENSCAFG00845024204	ENSCAFG00845024263	FAM199X (ENSCAFG00845015897)	ESX1 (ENSCAFG00845015935)	ENSCAFG00845016080	IL1RAPL2 (ENSCAFG00845016119)	NRK (ENSCAFG00845016215)	SERPINA7 (ENSCAFG00845016407)	ENSCAFG00845016460	PWWP3B (ENSCAFG00845016500)	ENSCAFG00845016546 #22	RADX (ENSCAFG00845016635)	RNF128 (ENSCAFG00845016725)	TBC1D8B (ENSCAFG00845016942)	ENSCAFG00845017120	CLDN2 (ENSCAFG00845017181)	MORC4 (ENSCAFG00845017263)	RBM41 (ENSCAFG00845017359)	ENSCAFG00845017493	PIH1D3 (ENSCAFG00845017612)	ENSCAFG00845017692	FRMPD3 (ENSCAFG00845017719)	PRPS1 (ENSCAFG00845017825)	TSC22D3 (ENSCAFG00845018025)	MID2 (ENSCAFG00845018213)	NCBP2L (ENSCAFG00845018480)
Dingo	MODERN SPECIES	347	SLC25A53 (ENSCAFG00020007000)	ENSCAFG00020006998	ENSCAFG00020006993	ENSCAFG00020006988	FAM199X (ENSCAFG00020006986)	ENSCAFG00020006982	ENSCAFG00020006980	ENSCAFG00020006976	ENSCAFG00020006969	ENSCAFG00020006962	SERPINA7 (ENSCAFG00020006955)	ENSCAFG00020006950	PWWP3B (ENSCAFG00020006943)	ENSCAFG00020006941	ENSCAFG00020006940	ENSCAFG00020006937 #22	RADX (ENSCAFG00020006912)	RNF128 (ENSCAFG00020006883)	TBC1D8B (ENSCAFG00020006806)	RIPPLY1 (ENSCAFG00020006796)	CLDN2 (ENSCAFG00020006782)	MORC4 (ENSCAFG00020006778)	RBM41 (ENSCAFG00020006764)	ENSCAFG00020006752	DNAAF6 (ENSCAFG00020006746)	ENSCAFG00020006744	FRMPD3 (ENSCAFG00020006712)	ENSCAFG00020006709	ENSCAFG00020006708	ENSCAFG00020006695	NCBP2L (ENSCAFG00020006690)
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.p.a #22
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.p.a #22
American mink	MODERN SPECIES	132																ENSNVIG00000000181 #22	FAM81A (ENSNVIG00000000188)	MYO1E (ENSNVIG00000000225)	CCNB2 (ENSNVIG00000000283)	RNF111 (ENSNVIG00000000316)	ENSNVIG00000000355	ENSNVIG00000000361	SLTM (ENSNVIG00000000365)	MINDY2 (ENSNVIG00000000373)	ENSNVIG00000000402	ADA10 (ENSNVIG00000000408)	LIPC (ENSNVIG00000000464)	AL1A2 (ENSNVIG00000000690)	AQP9 (ENSNVIG00000000811)	GRL1A (ENSNVIG00000000834)	MYZAP (ENSNVIG00000000857)
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.p.a #22
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.p.a #22
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.p.a #22
Arabian camel	MODERN SPECIES	1	OR51E2 (ENSCDRG00005001263)	ENSCDRG00005001272	OR51E1 (ENSCDRG00005001277)	OR51D1 (ENSCDRG00005001280)	TRIM68 (ENSCDRG00005001287)	ENSCDRG00005001300	ENSCDRG00005001305	ENSCDRG00005001318	ENSCDRG00005001327	ENSCDRG00005001354	ENSCDRG00005001376	ENSCDRG00005001386	TRIM21 (ENSCDRG00005001404)	RRM1 (ENSCDRG00005001431)	STIM1 (ENSCDRG00005001504)	ENSCDRG00005001763 #22	ENSCDRG00005001773	PGAP2 (ENSCDRG00005001795)	NUP98 (ENSCDRG00005001857)	CHRNA10 (ENSCDRG00005000126)	ART1 (ENSCDRG00005000164)	ART5 (ENSCDRG00005000179)	ENSCDRG00005000213	ENSCDRG00005000233	RNF121 (ENSCDRG00005000310)	ENSCDRG00005000432	NUMA1 (ENSCDRG00005000496)	LAMTOR1 (ENSCDRG00005000668)	LRRC51 (ENSCDRG00005000728)	TOMT (ENSCDRG00005000758)	ENSCDRG00005000800
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	165															ENSGT01090000263215	ENSGT00940000153298.n.p.b #22
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	143															ENSGT01090000263215	ENSGT00940000153298.n.p.b #22
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	135															ENSGT01090000263215	ENSGT00940000153298.n.p.b #22
Equus	ANCESTRAL SPECIES	189															ENSGT01090000263215	ENSGT00940000153298.n.p.b #22
Horse	MODERN SPECIES	480	ENSECAG00000047785	ARHGEF9 (ENSECAG00000014934)	AMER1 (ENSECAG00000004232)	MTMR8 (ENSECAG00000009594)	ENSECAG00000044480	ENSECAG00000046943	ZC4H2 (ENSECAG00000018089)	ZC3H12B (ENSECAG00000020993)	LAS1L (ENSECAG00000021891)	MSN (ENSECAG00000012900)	ENSECAG00000058640	VSIG4 (ENSECAG00000023766)	ENSECAG00000057357	HEPH (ENSECAG00000006789)	ENSECAG00000049385	ENSECAG00000043057 #22	ENSECAG00000050099	AR (ENSECAG00000010160)	OPHN1 (ENSECAG00000011510)	ENSECAG00000047807	ENSECAG00000047480	STARD8 (ENSECAG00000005912)	EFNB1 (ENSECAG00000012319)	PJA1 (ENSECAG00000043590)	NALF2 (ENSECAG00000013474)	EDA (ENSECAG00000026865)	AWAT2 (ENSECAG00000015526)	ENSECAG00000023513	DGAT2L6 (ENSECAG00000006583)	AWAT1 (ENSECAG00000007956)	P2RY4 (ENSECAG00000038211)
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.p.b #22
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.p.b #22
Canidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.p.b #22
Red fox	DUPLICATION
Red fox	MODERN SPECIES	63	DVL3 (ENSVVUG00000007239)	AP2M1 (ENSVVUG00000007272)	ABCF3 (ENSVVUG00000007284)	VWA5B2 (ENSVVUG00000007308)	ALG3 (ENSVVUG00000007356)	EEF1AKMT4 (ENSVVUG00000007363)	CAMK2N2 (ENSVVUG00000007368)	ECE2 (ENSVVUG00000007481)	PSMD2 (ENSVVUG00000012151)	EIF4G1 (ENSVVUG00000012160)	FAM131A (ENSVVUG00000012207)	CLCN2 (ENSVVUG00000012222)	POLR2H (ENSVVUG00000012241)	THPO (ENSVVUG00000012250)	CHRD (ENSVVUG00000012254)	ENSVVUG00000012269 #22	ENSVVUG00000012276	EPHB3 (ENSVVUG00000012282)	MAGEF1 (ENSVVUG00000012292)	VPS8 (ENSVVUG00000012306)	C3orf70 (ENSVVUG00000012491)	EHHADH (ENSVVUG00000012497)	MAP3K13 (ENSVVUG00000012507)	ENSVVUG00000012541	TMEM41A (ENSVVUG00000012554)	LIPH (ENSVVUG00000012568)	SENP2 (ENSVVUG00000012596)	IGF2BP2 (ENSVVUG00000012616)	ENSVVUG00000012975	TRA2B (ENSVVUG00000012980)	ETV5 (ENSVVUG00000012993)
Red fox	MODERN SPECIES	131	MOCS2 (ENSVVUG00000025658)	ITGA2 (ENSVVUG00000025507)	ENSVVUG00000025502	ITGA1 (ENSVVUG00000025501)	PELO (ENSVVUG00000025499)	ENSVVUG00000025496	ISL1 (ENSVVUG00000025489)	ENSVVUG00000025487	PARP8 (ENSVVUG00000025465)	EMB (ENSVVUG00000025462)	ENSVVUG00000025461	HCN1 (ENSVVUG00000025456)	ENSVVUG00000025455	MRPS30 (ENSVVUG00000025454)	FGF10 (ENSVVUG00000025452)	ENSVVUG00000025445 #22	NNT (ENSVVUG00000025440)	PAIP1 (ENSVVUG00000025408)	CUNH5orf34 (ENSVVUG00000025400)	TMEM267 (ENSVVUG00000025399)	CCL28 (ENSVVUG00000025397)	HMGCS1 (ENSVVUG00000025389)	NIM1K (ENSVVUG00000025384)	ZNF131 (ENSVVUG00000025370)	ENSVVUG00000025369
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.p.b #22
Dingo	MODERN SPECIES	138	RGS12 (ENSCAFG00020014622)	HGFAC (ENSCAFG00020014624)	DOK7 (ENSCAFG00020014626)	LRPAP1 (ENSCAFG00020014629)	ADRA2C (ENSCAFG00020014633)	HMX1 (ENSCAFG00020014639)	CPZ (ENSCAFG00020014642)	TRMT44 (ENSCAFG00020014653)	ENSCAFG00020014681	ACOX3 (ENSCAFG00020014686)	HTRA3 (ENSCAFG00020014735)	SH3TC1 (ENSCAFG00020014736)	ABLIM2 (ENSCAFG00020014758)	AFAP1 (ENSCAFG00020014815)	SORCS2 (ENSCAFG00020014834)	ENSCAFG00020014970 #22	GRPEL1 (ENSCAFG00020014974)	TADA2B (ENSCAFG00020014977)	ENSCAFG00020014980	TBC1D14 (ENSCAFG00020014982)	KIAA0232 (ENSCAFG00020014988)	BLOC1S4 (ENSCAFG00020015002)	S100P (ENSCAFG00020015006)	ENSCAFG00020015008	ENSCAFG00020015024	ENSCAFG00020015026	ENSCAFG00020015037	ENSCAFG00020015112	PPP2R2C (ENSCAFG00020015119)	CRABP1 (ENSCAFG00020015129)	ENSCAFG00020015137
Dog	DUPLICATION
Dog	DUPLICATION
Dog	MODERN SPECIES	14	SPRY2 (ENSCAFG00845028431)	ENSCAFG00845028507	ENSCAFG00845028540	ENSCAFG00845028564	ENSCAFG00845028573	ENSCAFG00845006476	SLITRK1 (ENSCAFG00845006513)	ENSCAFG00845006551	ENSCAFG00845006574	ENSCAFG00845006596	ENSCAFG00845006620	SLITRK5 (ENSCAFG00845006790)	ENSCAFG00845006931	ENSCAFG00845006956	ENSCAFG00845007169	ENSCAFG00845007227 #22	GPC6 (ENSCAFG00845007327)	ENSCAFG00845007433	DCT (ENSCAFG00845007479)	TGDS (ENSCAFG00845007622)	GPR180 (ENSCAFG00845007777)	SOX21 (ENSCAFG00845007844)	ABCC4 (ENSCAFG00845008054)	CLDN10 (ENSCAFG00845008850)	DZIP1 (ENSCAFG00845008906)	DNAJC3 (ENSCAFG00845009205)	UGGT2 (ENSCAFG00845009495)	ENSCAFG00845009831	ENSCAFG00845010209	OXGR1 (ENSCAFG00845019088)	MBNL2 (ENSCAFG00845019234)
Dog	MODERN SPECIES	15	ENSCAFG00845024788	CNOT10 (ENSCAFG00845023808)	TRIM71 (ENSCAFG00845023600)	CCR4 (ENSCAFG00845023571)	TMPPE (ENSCAFG00845023550)	GLB1 (ENSCAFG00845023378)	CRTAP (ENSCAFG00845023248)	SUSD5 (ENSCAFG00845023061)	FBXL2 (ENSCAFG00845022675)	UBP1 (ENSCAFG00845022384)	CLASP2 (ENSCAFG00845020608)	SNRK (ENSCAFG00845020337)	ENSCAFG00845020275	ENSCAFG00845020239	ENSCAFG00845020203	ENSCAFG00845020170 #22	ABHD5 (ENSCAFG00845020085)	ENSCAFG00845019724	ENSCAFG00845019630	ENSCAFG00845019385	ZNF445 (ENSCAFG00845019305)	ENSCAFG00845019227	ENSCAFG00845029250	NANP (ENSCAFG00845029217)	NINL (ENSCAFG00845029110)	GINS1 (ENSCAFG00845029067)	ENSCAFG00845029035	ABHD12 (ENSCAFG00845028992)	PYGB (ENSCAFG00845028916)	ENTPD6 (ENSCAFG00845028707)	VSX1 (ENSCAFG00845028643)
Dog	MODERN SPECIES		ARFGEF3 (ENSCAFG00845006884)	NHSL1 (ENSCAFG00845007489)	HEBP2 (ENSCAFG00845007775)	ENSCAFG00845007820	CCDC28A (ENSCAFG00845010054)	ENSCAFG00845010111	ENSCAFG00845010165	ENSCAFG00845010329	ABRACL (ENSCAFG00845010575)	HECA (ENSCAFG00845010601)	TXLNB (ENSCAFG00845010652)	CITED2 (ENSCAFG00845010679)	ENSCAFG00845010804	ENSCAFG00845010818	ENSCAFG00845010915	ENSCAFG00845010927 #22	NMBR (ENSCAFG00845010954)	GJE1 (ENSCAFG00845010994)	VTA1 (ENSCAFG00845011029)	ADGRG6 (ENSCAFG00845011283)	ENSCAFG00845011718	HIVEP2 (ENSCAFG00845011748)	ENSCAFG00845011773	AIG1 (ENSCAFG00845011826)	ENSCAFG00845011947	ADAT2 (ENSCAFG00845011977)	PEX3 (ENSCAFG00845012053)	FUCA2 (ENSCAFG00845012120)	PHACTR2 (ENSCAFG00845012219)	ZC2HC1B (ENSCAFG00845012485)	ENSCAFG00845012627
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00910000146741 #16	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.q #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00910000146741 #16	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.q #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00910000146741 #16	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.q #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
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Arabian camel	MODERN SPECIES	27	KCNA5 (ENSCDRG00005009093)	NTF3 (ENSCDRG00005009117)	ANO2 (ENSCDRG00005009195)	VWF (ENSCDRG00005009803) #7	CD9 (ENSCDRG00005010377) #9	PLEKHG6 (ENSCDRG00005010653) #10	TNFRSF1A (ENSCDRG00005010816) #11	SCNN1A (ENSCDRG00005010881) #12	ENSCDRG00005011011 #13	ENSCDRG00005011060 #13	ENSCDRG00005011099 #14	TAPBPL (ENSCDRG00005011181) #15	VAMP1 (ENSCDRG00005011313) #17	MRPL51 (ENSCDRG00005011359) #20	NCAPD2 (ENSCDRG00005011412) #21	GAPDH (ENSCDRG00005011757) #22	IFFO1 (ENSCDRG00005011863) #23	NOP2 (ENSCDRG00005012504)	CHD4 (ENSCDRG00005012738) #25	LPAR5 (ENSCDRG00005018243)	ACRBP (ENSCDRG00005018263) #26	ING4 (ENSCDRG00005018381) #27	ZNF384 (ENSCDRG00005018592) #28	PIANP (ENSCDRG00005018699) #29	COPS7A (ENSCDRG00005018742) #30	MLF2 (ENSCDRG00005018784) #31	PTMS (ENSCDRG00005018819)	LAG3 (ENSCDRG00005018858) #33	CD4 (ENSCDRG00005018894) #34	GPR162 (ENSCDRG00005018926) #35	P3H3 (ENSCDRG00005018977) #36
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00910000146741 #16	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.q #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
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Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000158576	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821.g #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.q #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
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Dolphin	MODERN SPECIES	3421														MRPL51 (ENSTTRG00000016086) #20	NCAPD2 (ENSTTRG00000016088) #21	GAPDH (ENSTTRG00000016094) #22	IFFO1 (ENSTTRG00000016097) #23	NOP2 (ENSTTRG00000016100)	CHD4 (ENSTTRG00000016102) #25
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Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000158576	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821.g #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.q #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Beluga whale	MODERN SPECIES	23	KCNA5 (ENSDLEG00000006712)	NTF3 (ENSDLEG00000006715)	ANO2 (ENSDLEG00000006729)	ENSDLEG00000006754	VWF (ENSDLEG00000007022) #7	CD9 (ENSDLEG00000014732) #9	PLEKHG6 (ENSDLEG00000014777) #10	TNFRSF1A (ENSDLEG00000014826) #11	SCNN1A (ENSDLEG00000014848) #12	LTBR (ENSDLEG00000014872) #13	CD27 (ENSDLEG00000014916) #14	TAPBPL (ENSDLEG00000014928) #15	VAMP1 (ENSDLEG00000014958) #17	MRPL51 (ENSDLEG00000014972) #20	NCAPD2 (ENSDLEG00000014985) #21	GAPDH (ENSDLEG00000015049) #22	IFFO1 (ENSDLEG00000015074) #23	NOP2 (ENSDLEG00000015109)	CHD4 (ENSDLEG00000015142) #25	LPAR5 (ENSDLEG00000015210)	ENSDLEG00000015216 #26	ING4 (ENSDLEG00000015223) #27	ZNF384 (ENSDLEG00000015249) #28	PIANP (ENSDLEG00000015302) #29	COPS7A (ENSDLEG00000015324) #30	MLF2 (ENSDLEG00000015348) #31	LAG3 (ENSDLEG00000015366) #33	CD4 (ENSDLEG00000015440) #34	GPR162 (ENSDLEG00000015459) #35	P3H3 (ENSDLEG00000015481) #36	ENSDLEG00000015588 #37
Vaquita	MODERN SPECIES	1	KCNA1 (ENSPSNG00000008879)	KCNA5 (ENSPSNG00000008856)	NTF3 (ENSPSNG00000008822)	ANO2 (ENSPSNG00000008259)	VWF (ENSPSNG00000007898) #7	CD9 (ENSPSNG00000007840) #9	PLEKHG6 (ENSPSNG00000007509) #10	TNFRSF1A (ENSPSNG00000007444) #11	SCNN1A (ENSPSNG00000007201) #12	LTBR (ENSPSNG00000007107) #13	CD27 (ENSPSNG00000007050) #14	TAPBPL (ENSPSNG00000007018) #15	VAMP1 (ENSPSNG00000006961) #17	MRPL51 (ENSPSNG00000006911) #20	NCAPD2 (ENSPSNG00000006782) #21	GAPDH (ENSPSNG00000006718) #22	IFFO1 (ENSPSNG00000006501) #23	NOP2 (ENSPSNG00000006400)	CHD4 (ENSPSNG00000006181) #25	LPAR5 (ENSPSNG00000006141)	ACRBP (ENSPSNG00000006101) #26	ING4 (ENSPSNG00000005989) #27	ZNF384 (ENSPSNG00000005851) #28	PIANP (ENSPSNG00000005778) #29	COPS7A (ENSPSNG00000005746) #30	MLF2 (ENSPSNG00000005707) #31	PTMS (ENSPSNG00000005689)	LAG3 (ENSPSNG00000005663) #33	CD4 (ENSPSNG00000005617) #34	GPR162 (ENSPSNG00000005573) #35	P3H3 (ENSPSNG00000005493) #36
Blue whale	MODERN SPECIES	1	KCNA6 (ENSBMSG00010022492)	KCNA1 (ENSBMSG00010022494)	KCNA5 (ENSBMSG00010012135)	NTF3 (ENSBMSG00010012141)	ANO2 (ENSBMSG00010012182)	VWF (ENSBMSG00010012312) #7	CD9 (ENSBMSG00010012380) #9	PLEKHG6 (ENSBMSG00010012458) #10	TNFRSF1A (ENSBMSG00010012591) #11	SCNN1A (ENSBMSG00010012651) #12	LTBR (ENSBMSG00010012695) #13	CD27 (ENSBMSG00010012719) #14	TAPBPL (ENSBMSG00010012737) #15	VAMP1 (ENSBMSG00010012768) #17	ENSBMSG00010012842 #20	GAPDH (ENSBMSG00010012883) #22	IFFO1 (ENSBMSG00010012925) #23	ENSBMSG00010013081	ENSBMSG00010013094	CHD4 (ENSBMSG00010013201) #25	LPAR5 (ENSBMSG00010013959)	ACRBP (ENSBMSG00010014002) #26	ING4 (ENSBMSG00010014218) #27	ZNF384 (ENSBMSG00010014353) #28	PIANP (ENSBMSG00010014495) #29	COPS7A (ENSBMSG00010014553) #30	MLF2 (ENSBMSG00010014597) #31	PTMS (ENSBMSG00010014712)	LAG3 (ENSBMSG00010014753) #33	CD4 (ENSBMSG00010014905) #34	GPR162 (ENSBMSG00010014987) #35
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00910000146741 #16	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.q #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT01050000244838.B	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.q #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
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Bos	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT01050000244838.B	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.q #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033.c.a #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT01050000244838.B	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.q #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033.c.a #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Domestic yak	MODERN SPECIES	24	KCNA1 (ENSBGRG00000011151)	ENSBGRG00000011119	NTF3 (ENSBGRG00000011039)	ANO2 (ENSBGRG00000010076)	VWF (ENSBGRG00000002102) #7	CD9 (ENSBGRG00000001613) #9	PLEKHG6 (ENSBGRG00000001519) #10	TNFRSF1A (ENSBGRG00000001449) #11	SCNN1A (ENSBGRG00000001315) #12	ENSBGRG00000001292	LTBR (ENSBGRG00000001281) #13	CD27 (ENSBGRG00000001262) #14	ENSBGRG00000001236 #15	VAMP1 (ENSBGRG00000001169) #17	MRPL51 (ENSBGRG00000001145) #20	ENSBGRG00000001042 #22	ENSBGRG00000001026 #23	IFFO1 (ENSBGRG00000000872) #23	NOP2 (ENSBGRG00000000846)	CHD4 (ENSBGRG00000000684) #25	LPAR5 (ENSBGRG00000000647)	ACRBP (ENSBGRG00000000596) #26	ENSBGRG00000000548 #27	ZNF384 (ENSBGRG00000000467) #28	PIANP (ENSBGRG00000000449) #29	COPS7A (ENSBGRG00000000425) #30	MLF2 (ENSBGRG00000000386) #31	PTMS (ENSBGRG00000000358)	LAG 3 (ENSBGRG00000000330) #33	CD4 (ENSBGRG00000000298) #34	GPR162 (ENSBGRG00000022613) #35
Wild yak	MODERN SPECIES	2103						CD9 (ENSBMUG00000006345) #9	PLEKHG6 (ENSBMUG00000006422) #10	TNFRSF1A (ENSBMUG00000006501) #11	SCNN1A (ENSBMUG00000006521) #12	LTBR (ENSBMUG00000006531) #13	CD27 (ENSBMUG00000006538) #14	TAPBPL (ENSBMUG00000006543) #15	ENSBMUG00000006576 #17	MRPL51 (ENSBMUG00000006603) #20	NCAPD2 (ENSBMUG00000006625) #21	ENSBMUG00000007065 #22	IFFO1 (ENSBMUG00000008419) #23	NOP2 (ENSBMUG00000008536)	CHD4 (ENSBMUG00000008731) #25	LPAR5 (ENSBMUG00000009068)	ACRBP (ENSBMUG00000009077) #26	ENSBMUG00000009099 #27	ZNF384 (ENSBMUG00000009149) #28	PIANP (ENSBMUG00000009210) #29	COPS7A (ENSBMUG00000009260) #30	MLF2 (ENSBMUG00000009291) #31	ENSBMUG00000009305	LAG3 (ENSBMUG00000009333) #33	CD4 (ENSBMUG00000009372) #34	ENSBMUG00000009392 #35	P3H3 (ENSBMUG00000009413) #36
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000154384.h.a	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.q #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033.c.a #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	24	KCNA5 (ENSBIXG00005021354)	NTF3 (ENSBIXG00005021338)	ANO2 (ENSBIXG00005021270)	ENSBIXG00005020908	VWF (ENSBIXG00005020874) #7	CD9 (ENSBIXG00005003523) #9	PLEKHG6 (ENSBIXG00005020777) #10	TNFRSF1A (ENSBIXG00005020704) #11	SCNN1A (ENSBIXG00005003494) #12	LTBR (ENSBIXG00005005674) #13	CD27 (ENSBIXG00005020535) #14	TAPBPL (ENSBIXG00005003468) #15	ENSBIXG00005003464 #17	MRPL51 (ENSBIXG00005006150) #20	NCAPD2 (ENSBIXG00005020400) #21	GAPDH (ENSBIXG00005020359) #22	IFFO1 (ENSBIXG00005003425) #23	NOP2 (ENSBIXG00005020264)	CHD4 (ENSBIXG00005020206) #25	LPAR5 (ENSBIXG00005019955)	ACRBP (ENSBIXG00005019947) #26	ING4 (ENSBIXG00005019901) #27	ZNF384 (ENSBIXG00005019825) #28	PIANP (ENSBIXG00005003237) #29	ENSBIXG00005003230	COPS7A (ENSBIXG00005019728) #30	ENSBIXG00005019647	MLF2 (ENSBIXG00005019632) #31	PTMS (ENSBIXG00005019569)	LAG3 (ENSBIXG00005019525) #33	CD4 (ENSBIXG00005019448) #34
American bison	MODERN SPECIES	3130	KCNA5 (ENSBBBG00000001935)	NTF3 (ENSBBBG00000002324)	ENSBBBG00000007400	ANO2 (ENSBBBG00000012336)	VWF (ENSBBBG00000012369) #7	CD9 (ENSBBBG00000002367) #9	PLEKHG6 (ENSBBBG00000012442) #10	ENSBBBG00000012468 #11	SCNN1A (ENSBBBG00000012488) #12	LTBR (ENSBBBG00000002397) #13	CD27 (ENSBBBG00000009087) #14	ENSBBBG00000002403 #15	VAMP1 (ENSBBBG00000012550) #17	MRPL51 (ENSBBBG00000012567) #20	NCAPD2 (ENSBBBG00000012598) #21	GAPDH (ENSBBBG00000012745) #22	IFFO1 (ENSBBBG00000002480) #23	NOP2 (ENSBBBG00000012839)	CHD4 (ENSBBBG00000013055) #25	LPAR5 (ENSBBBG00000013073)	ACRBP (ENSBBBG00000013082) #26	ENSBBBG00000013090 #27	ZNF384 (ENSBBBG00000013145) #28	PIANP (ENSBBBG00000008904) #29	ENSBBBG00000013164 #30	ENSBBBG00000013172	MLF2 (ENSBBBG00000013185) #31	PTMS (ENSBBBG00000013194)	LAG3 (ENSBBBG00000001644) #33	CD4 (ENSBBBG00000013265) #34	ENSBBBG00000002685 #35
Caprinae	DUPLICATION
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00440000038159.rb.b	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.q.b #22	ENSGT00580000082664.a.a	ENSGT00940000153298.n.q.a #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
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Goat	MODERN SPECIES	1	USP50 (ENSCHIG00000010248)	USP8 (ENSCHIG00000013071)	GABPB1 (ENSCHIG00000010179)	HDC (ENSCHIG00000017262)	SLC27A2 (ENSCHIG00000016543)	ATP8B4 (ENSCHIG00000020664)	DTWD1 (ENSCHIG00000011812)	ENSCHIG00000020807	FGF7 (ENSCHIG00000015574)	GALK2 (ENSCHIG00000021093)	COPS2 (ENSCHIG00000021490)	SECISBP2L (ENSCHIG00000017527)	ENSCHIG00000007799	SHC4 (ENSCHIG00000013813)	CEP152 (ENSCHIG00000020655)	ENSCHIG00000008960 #22	ENSCHIG00000016675	FBN1 (ENSCHIG00000021045)	ENSCHIG00000010553	SLC12A1 (ENSCHIG00000020238)	CTXN2 (ENSCHIG00000013170)	MYEF2 (ENSCHIG00000022164)	SLC24A5 (ENSCHIG00000012687)	SEMA6D (ENSCHIG00000012568)	ENSCHIG00000011868	BLOC1S6 (ENSCHIG00000021707)	SLC30A4 (ENSCHIG00000020960)	C15orf48 (ENSCHIG00000009615)	SPATA5L1 (ENSCHIG00000020089)	GATM (ENSCHIG00000017304)	SLC28A2 (ENSCHIG00000021565)
Siberian musk deer	DUPLICATION
Siberian musk deer	DUPLICATION
Siberian musk deer	DUPLICATION
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Yarkand deer	DUPLICATION
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Yarkand deer	DUPLICATION
Yarkand deer	DUPLICATION
Yarkand deer	DUPLICATION
Yarkand deer	MODERN SPECIES	25	ENSCHYG00000020988	ENSCHYG00000021054	ENSCHYG00000021098	ENSCHYG00000021124	ENSCHYG00000021137	GPM6A (ENSCHYG00000021180)	WDR17 (ENSCHYG00000021271)	ENSCHYG00000021801	ASB5 (ENSCHYG00000021912)	SPCS3 (ENSCHYG00000022146)	ENSCHYG00000022200	VEGFC (ENSCHYG00000022266)	NEIL3 (ENSCHYG00000022358)	AGA (ENSCHYG00000022427)	ENSCHYG00000022545	ENSCHYG00000022559 #22	TENM3 (ENSCHYG00000022619)	DCTD (ENSCHYG00000022883)	WWC2 (ENSCHYG00000022971)	CDKN2AIP (ENSCHYG00000023261)	ING2 (ENSCHYG00000023296)	ENSCHYG00000023315	TRAPPC11 (ENSCHYG00000023408)	STOX2 (ENSCHYG00000023957)	ENPP6 (ENSCHYG00000024145)	IRF2 (ENSCHYG00000024184)	CASP3 (ENSCHYG00000008657)	PRIMPOL (ENSCHYG00000008693)	CENPU (ENSCHYG00000008853)	ACSL1 (ENSCHYG00000009253)	HELT (ENSCHYG00000009820)
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Suina	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000158576	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.q #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	901	KCNA1 (ENSCWAG00000017957)	KCNA5 (ENSCWAG00000017966)	NTF3 (ENSCWAG00000018000)	ANO2 (ENSCWAG00000018045)	VWF (ENSCWAG00000018464) #7	CD9 (ENSCWAG00000018715) #9	PLEKHG6 (ENSCWAG00000018796) #10	TNFRSF1A (ENSCWAG00000019019) #11	SCNN1A (ENSCWAG00000019063) #12	LTBR (ENSCWAG00000019319) #13	CD27 (ENSCWAG00000019371) #14	TAPBPL (ENSCWAG00000019420) #15	VAMP1 (ENSCWAG00000019488) #17	MRPL51 (ENSCWAG00000019574) #20	NCAPD2 (ENSCWAG00000019604) #21	GAPDH (ENSCWAG00000019631) #22	IFFO1 (ENSCWAG00000019666) #23	NOP2 (ENSCWAG00000019949)	CHD4 (ENSCWAG00000020000) #25	LPAR5 (ENSCWAG00000020180)	ACRBP (ENSCWAG00000020184) #26	ING4 (ENSCWAG00000020218) #27	ZNF384 (ENSCWAG00000003930) #28	PIANP (ENSCWAG00000004033) #29	COPS7A (ENSCWAG00000004095) #30	MLF2 (ENSCWAG00000004129) #31	PTMS (ENSCWAG00000004167)	LAG3 (ENSCWAG00000004203) #33	ENSCWAG00000004259 #34	ENSCWAG00000004287 #34	GPR162 (ENSCWAG00000004328) #35
Pig	MODERN SPECIES	13	KCNA6 (ENSSSCG00000060060)	KCNA1 (ENSSSCG00000000716)	KCNA5 (ENSSSCG00000056277)	NTF3 (ENSSSCG00000033544)	VWF (ENSSSCG00000000712) #7	CD9 (ENSSSCG00000022230) #9	PLEKHG6 (ENSSSCG00000000709) #10	TNFRSF1A (ENSSSCG00000000708) #11	SCNN1A (ENSSSCG00000000707) #12	LTBR (ENSSSCG00000000706) #13	CD27 (ENSSSCG00000063084) #14	TAPBPL (ENSSSCG00000000704) #15	ENSSSCG00000000703 #17	MRPL51 (ENSSSCG00000039662) #20	NCAPD2 (ENSSSCG00000000693) #21	GAPDH (ENSSSCG00000000694) #22	IFFO1 (ENSSSCG00000000695) #23	NOP2 (ENSSSCG00000000696)	CHD4 (ENSSSCG00000000697) #25	LPAR5 (ENSSSCG00000000699)	ACRBP (ENSSSCG00000000700) #26	ING4 (ENSSSCG00000044078) #27	ZNF384 (ENSSSCG00000000702) #28	PIANP (ENSSSCG00000000692) #29	ENSSSCG00000058867	COPS7A (ENSSSCG00000000691) #30	MLF2 (ENSSSCG00000000690) #31	ENSSSCG00000022176	LAG3 (ENSSSCG00000000688) #33	CD4 (ENSSSCG00000000687) #34	GPR162 (ENSSSCG00000000680) #35
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00910000146741 #16	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.q #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00910000146741 #16	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.q #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Equus	DUPLICATION
Equus	DUPLICATION
Equus	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00890000139491	ENSGT00940000156785	ENSGT00530000063599.B	ENSGT00390000002174.b	ENSGT00390000018829.a.a	ENSGT00390000006330.a.a	ENSGT01020000230389.b.a.a.b	ENSGT00390000010463.a.b	ENSGT01050000244905.E	ENSGT01050000244905.D	ENSGT00940000155752	ENSGT00940000155812	ENSGT00950000185696	ENSGT00950000182910.a.a.a	ENSGT00940000156056.A	ENSGT00940000153298.n.q.g.a #22	ENSGT00580000082664.a.a	ENSGT00940000160335	ENSGT00940000155282	ENSGT00940000154014.b.b	ENSGT00940000155466	ENSGT00940000167666	ENSGT00390000005285	ENSGT00390000016929	ENSGT00390000009468	ENSGT00390000016484	ENSGT00950000182908.D	ENSGT00390000005254.i.a.b	ENSGT00390000018393	ENSGT00940000155367	ENSGT00390000005727.a.b.b
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Donkey	MODERN SPECIES	24	HIBCH (ENSEASG00005021030)	INPP1 (ENSEASG00005021019)	MFSD6 (ENSEASG00005021013)	NEMP2 (ENSEASG00005021006)	ENSEASG00005020998	NAB1 (ENSEASG00005020993)	ENSEASG00005032199	GLS (ENSEASG00005020981)	STAT1 (ENSEASG00005020970)	STAT4 (ENSEASG00005020914)	MYO1B (ENSEASG00005020872)	NABP1 (ENSEASG00005020861)	ENSEASG00005023585	CAVIN2 (ENSEASG00005027165)	ENSEASG00005020854	ENSEASG00005029879 #22	ENSEASG00005025902	SLC39A10 (ENSEASG00005020825)	DNAH7 (ENSEASG00005020795)	STK17B (ENSEASG00005020775)	HECW2 (ENSEASG00005020398)	CCDC150 (ENSEASG00005020257)	GTF3C3 (ENSEASG00005020250)	C2orf66 (ENSEASG00005029887)	PGAP1 (ENSEASG00005020202)	ANKRD44 (ENSEASG00005020169)	ENSEASG00005020167	SF3B1 (ENSEASG00005020159)	COQ10B (ENSEASG00005032559)	ENSEASG00005020152	HSPE1 (ENSEASG00005034821)
Equus	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00910000146741 #16	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.q.g.b #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Donkey	DUPLICATION
Donkey	DUPLICATION
Donkey	MODERN SPECIES	14	KCNA5 (ENSEASG00005038261)	NTF3 (ENSEASG00005016993)	ANO2 (ENSEASG00005016961)	VWF (ENSEASG00005016355) #7	CD9 (ENSEASG00005016182) #9	PLEKHG6 (ENSEASG00005016179) #10	TNFRSF1A (ENSEASG00005016176) #11	SCNN1A (ENSEASG00005016173) #12	LTBR (ENSEASG00005016171) #13	VAMP1 (ENSEASG00005037737) #17	ENSEASG00005036568 #14	TAPBPL (ENSEASG00005016162) #15	ENSEASG00005035678 #16	MRPL51 (ENSEASG00005035991) #20	NCAPD2 (ENSEASG00005016158) #21	ENSEASG00005016156 #22	IFFO1 (ENSEASG00005016154) #23	NOP2 (ENSEASG00005016153)	CHD4 (ENSEASG00005016150) #25	LPAR5 (ENSEASG00005033413)	ACRBP (ENSEASG00005025354) #26	ING4 (ENSEASG00005016144) #27	ZNF384 (ENSEASG00005016142) #28	PIANP (ENSEASG00005016141) #29	COPS7A (ENSEASG00005016138) #30	MLF2 (ENSEASG00005016135) #31	ENSEASG00005016131	LAG3 (ENSEASG00005016128) #33	CD4 (ENSEASG00005016122) #34	GPR162 (ENSEASG00005016119) #35	P3H3 (ENSEASG00005016118) #36
Donkey	MODERN SPECIES	3	LYN (ENSEASG00005016369)	TGS1 (ENSEASG00005016371)	TMEM68 (ENSEASG00005016372)	XKR4 (ENSEASG00005035480)	RP1 (ENSEASG00005016381)	SOX17 (ENSEASG00005028498)	ENSEASG00005025388	ENSEASG00005035435	ENSEASG00005027512	ENSEASG00005035589	ENSEASG00005029551	LYPLA1 (ENSEASG00005020322)	TCEA1 (ENSEASG00005020313)	RGS20 (ENSEASG00005020310)	ATP6V1H (ENSEASG00005020298)	ENSEASG00005026860 #22	ENSEASG00005009805	OPRK1 (ENSEASG00005026342)	NPBWR1 (ENSEASG00005020280)	RB1CC1 (ENSEASG00005020230)	ALKAL1 (ENSEASG00005020213)	ST18 (ENSEASG00005020200)	PCMTD1 (ENSEASG00005020195)	SNTG1 (ENSEASG00005020185)	PPDPFL (ENSEASG00005024997)	ENSEASG00005009186	CLXN (ENSEASG00005009190)	UBE2V2 (ENSEASG00005024827)	MCM4 (ENSEASG00005009194)	ENSEASG00005035234	ENSEASG00005037902
Donkey	MODERN SPECIES	36	ENSEASG00005018021	ENSEASG00005025594	ENSEASG00005038050	ENSEASG00005017724	ENSEASG00005018527	ENSEASG00005031175	ENSEASG00005022377	AMER1 (ENSEASG00005022417)	ASB12 (ENSEASG00005022418)	ZC4H2 (ENSEASG00005002136)	ZC3H12B (ENSEASG00005006995)	LAS1L (ENSEASG00005006987)	MSN (ENSEASG00005006981)	VSIG4 (ENSEASG00005012887)	HEPH (ENSEASG00005020500)	ENSEASG00005020293 #22	ENSEASG00005033352	AR (ENSEASG00005005676)	ENSEASG00005025864	ENSEASG00005033055	ENSEASG00005033037	YIPF6 (ENSEASG00005034308)	STARD8 (ENSEASG00005007082)	EFNB1 (ENSEASG00005037551)	PJA1 (ENSEASG00005036564)	NALF2 (ENSEASG00005012674)	EDA (ENSEASG00005029641)	AWAT2 (ENSEASG00005019750)	OTUD6A (ENSEASG00005018639)	ENSEASG00005008955	DGAT2L6 (ENSEASG00005008959)
Horse	MODERN SPECIES	27	KCNA5 (ENSECAG00000003033)	ENSECAG00000028778	NTF3 (ENSECAG00000024611)	ANO2 (ENSECAG00000024617)	VWF (ENSECAG00000010778) #7	CD9 (ENSECAG00000003002) #9	PLEKHG6 (ENSECAG00000012373) #10	TNFRSF1A (ENSECAG00000016330) #11	SCNN1A (ENSECAG00000001443) #12	LTBR (ENSECAG00000000458) #13	VAMP1 (ENSECAG00000014602) #17	CD27 (ENSECAG00000011126) #14	TAPBPL (ENSECAG00000012920) #15	ENSECAG00000040327 #16	NCAPD2 (ENSECAG00000017796) #21	GAPDH (ENSECAG00000022051) #22	IFFO1 (ENSECAG00000010254) #23	NOP2 (ENSECAG00000012639)	CHD4 (ENSECAG00000022005) #25	ACRBP (ENSECAG00000023343) #26	LPAR5 (ENSECAG00000023339)	ING4 (ENSECAG00000024784) #27	ZNF384 (ENSECAG00000009490) #28	PIANP (ENSECAG00000015893) #29	COPS7A (ENSECAG00000015911) #30	MLF2 (ENSECAG00000022587) #31	ENSECAG00000042372	LAG3 (ENSECAG00000002971) #33	CD4 (ENSECAG00000009049) #34	ENSECAG00000054174	P3H3 (ENSECAG00000021815) #36
Equus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.q.h #22
Donkey	MODERN SPECIES	1	PRLR (ENSEASG00005014937)	AGXT2 (ENSEASG00005014944)	DNAJC21 (ENSEASG00005014955)	RAD1 (ENSEASG00005014974)	BRIX1 (ENSEASG00005014968)	TTC23L (ENSEASG00005014976)	RAI14 (ENSEASG00005014978)	ENSEASG00005029203	C1QTNF3 (ENSEASG00005033612)	AMACR (ENSEASG00005035206)	SLC45A2 (ENSEASG00005014986)	RXFP3 (ENSEASG00005014988)	ADAMTS12 (ENSEASG00005015016)	TARS1 (ENSEASG00005015075)	NPR3 (ENSEASG00005015081)	ENSEASG00005034914 #22	SUB1 (ENSEASG00005032129)	ZFR (ENSEASG00005007104)	MTMR12 (ENSEASG00005007107)	GOLPH3 (ENSEASG00005023797)	ENSEASG00005007126	ENSEASG00005037387	ENSEASG00005024236	ENSEASG00005025268	C5orf22 (ENSEASG00005007146)	DROSHA (ENSEASG00005007149)	ENSEASG00005035698	CDH6 (ENSEASG00005007155)	ENSEASG00005023693	CDH9 (ENSEASG00005007157)	CDH10 (ENSEASG00005007161)
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	4		ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.q #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000005848	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.q #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
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leopard	DUPLICATION
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Caniformia	DUPLICATION
Caniformia	DUPLICATION
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Dingo	DUPLICATION
Dingo	DUPLICATION
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Dingo	MODERN SPECIES	231	SOX6 (ENSCAFG00020017327)	INSC (ENSCAFG00020017307)	ENSCAFG00020017290	ENSCAFG00020017285	ENSCAFG00020017277	CALCB (ENSCAFG00020017275)	ENSCAFG00020017268	ENSCAFG00020017266	CYP2R1 (ENSCAFG00020017254)	PDE3B (ENSCAFG00020017213)	ENSCAFG00020017202	COPB1 (ENSCAFG00020017195)	RRAS2 (ENSCAFG00020017190)	SPON1 (ENSCAFG00020017055)	FAR1 (ENSCAFG00020016575)	ENSCAFG00020016558 #22	PTH (ENSCAFG00020016557)	BTBD10 (ENSCAFG00020016555)	BMAL1 (ENSCAFG00020016447)	RASSF10 (ENSCAFG00020016424)	TEAD1 (ENSCAFG00020016417)	PARVA (ENSCAFG00020016402)	MICAL2 (ENSCAFG00020016361)	DKK3 (ENSCAFG00020016344)	USP47 (ENSCAFG00020016333)	ENSCAFG00020016327	GALNT18 (ENSCAFG00020016314)	ENSCAFG00020016299	ZBED5 (ENSCAFG00020016298)	EIF4G2 (ENSCAFG00020015650)	CTR9 (ENSCAFG00020014706)
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Red fox	DUPLICATION
Red fox	MODERN SPECIES	5	MYL3 (ENSVVUG00000005008)	PTH1R (ENSVVUG00000004619)	CCDC12 (ENSVVUG00000004582)	NBEAL2 (ENSVVUG00000003652)	ENSVVUG00000003556	SETD2 (ENSVVUG00000003511)	KIF9 (ENSVVUG00000003479)	KLHL18 (ENSVVUG00000003468)	PTPN23 (ENSVVUG00000002068)	SCAP (ENSVVUG00000000038)	ELP6 (ENSVVUG00000029814)	CSPG5 (ENSVVUG00000029808)	SMARCC1 (ENSVVUG00000029795)	DHX30 (ENSVVUG00000029792)	MAP4 (ENSVVUG00000029788)	ENSVVUG00000029783 #22	CDC25A (ENSVVUG00000029781)	CAMP (ENSVVUG00000029779)	NME6 (ENSVVUG00000029778)	ENSVVUG00000029776	CCDC51 (ENSVVUG00000029756)	ATRIP (ENSVVUG00000029747)	TREX1 (ENSVVUG00000029738)	SHISA5 (ENSVVUG00000029737)	PFKFB4 (ENSVVUG00000029734)	UCN2 (ENSVVUG00000029730)	UQCRC1 (ENSVVUG00000029619)	TMEM89 (ENSVVUG00000029617)	SLC26A6 (ENSVVUG00000029593)	CELSR3 (ENSVVUG00000029449)	NCKIPSD (ENSVVUG00000029416)
Red fox	MODERN SPECIES	70	ST5 (ENSVVUG00000027853)	C11orf16 (ENSVVUG00000027851)	ASCL3 (ENSVVUG00000027850)	AKIP1 (ENSVVUG00000027849)	TMEM9B (ENSVVUG00000027846)	NRIP3 (ENSVVUG00000027845)	SCUBE2 (ENSVVUG00000027840)	DENND5A (ENSVVUG00000027839)	TMEM41B (ENSVVUG00000027837)	ENSVVUG00000027836	IPO7 (ENSVVUG00000025822)	ZNF143 (ENSVVUG00000025760)	WEE1 (ENSVVUG00000025755)	SWAP70 (ENSVVUG00000025754)	ENSVVUG00000025753	ENSVVUG00000025751 #22	ENSVVUG00000025749	SBF2 (ENSVVUG00000025733)	ENSVVUG00000025731	AMPD3 (ENSVVUG00000025719)	RNF141 (ENSVVUG00000025703)	LYVE1 (ENSVVUG00000025700)	IRAG1 (ENSVVUG00000025694)	CTR9 (ENSVVUG00000025690)	EIF4G2 (ENSVVUG00000025335)	ZBED5 (ENSVVUG00000025297)	ENSVVUG00000025296	GALNT18 (ENSVVUG00000025293)	ENSVVUG00000025285	USP47 (ENSVVUG00000025275)	DKK3 (ENSVVUG00000025251)
Canidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.q.k.a.b #22
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.q.k.a.b #22
Dingo	MODERN SPECIES	138	QDPR (ENSCAFG00020012248)	CLRN2 (ENSCAFG00020012251)	LAP3 (ENSCAFG00020012262)	MED28 (ENSCAFG00020012266)	FAM184B (ENSCAFG00020012270)	ENSCAFG00020012281	MAEA (ENSCAFG00020012285)	UVSSA (ENSCAFG00020012302)	NKX1-1 (ENSCAFG00020012312)	FAM53A (ENSCAFG00020012319)	SLBP (ENSCAFG00020012334)	TMEM129 (ENSCAFG00020012337)	TACC3 (ENSCAFG00020012340)	FGFR3 (ENSCAFG00020012349)	LETM1 (ENSCAFG00020012352)	ENSCAFG00020012359 #22	NSD2 (ENSCAFG00020012364)	NELFA (ENSCAFG00020012377)	C4orf48 (ENSCAFG00020012395)	NAT8L (ENSCAFG00020012398)	POLN (ENSCAFG00020012402)	HAUS3 (ENSCAFG00020012427)	MXD4 (ENSCAFG00020012430)	ZFYVE28 (ENSCAFG00020012447)	CFAP99 (ENSCAFG00020012449)	RNF4 (ENSCAFG00020012490)	FAM193A (ENSCAFG00020012546)	TNIP2 (ENSCAFG00020012703)	SH3BP2 (ENSCAFG00020012726)	ADD1 (ENSCAFG00020012740)	MFSD10 (ENSCAFG00020012765)
Red fox	MODERN SPECIES	17	FSTL4 (ENSVVUG00000021423)	ENSVVUG00000021429	ENSVVUG00000021578	ENSVVUG00000024517	ZCCHC10 (ENSVVUG00000024519)	AFF4 (ENSVVUG00000024524)	ENSVVUG00000024534	UQCRQ (ENSVVUG00000024537)	GDF9 (ENSVVUG00000024542)	SHROOM1 (ENSVVUG00000024544)	SEPTIN8 (ENSVVUG00000024548)	KIF3A (ENSVVUG00000024559)	IL4 (ENSVVUG00000024569)	IL13 (ENSVVUG00000024578)	RAD50 (ENSVVUG00000024587)	ENSVVUG00000024602 #22	IL5 (ENSVVUG00000024604)	IRF1 (ENSVVUG00000024606)	SLC22A5 (ENSVVUG00000024615)	SLC22A4 (ENSVVUG00000024619)	P4HA2 (ENSVVUG00000024626)	PDLIM4 (ENSVVUG00000024637)	CSF2 (ENSVVUG00000024639)	ACSL6 (ENSVVUG00000024815)	FNIP1 (ENSVVUG00000028633)	RAPGEF6 (ENSVVUG00000028832)	CDC42SE2 (ENSVVUG00000029180)	LYRM7 (ENSVVUG00000029182)	ENSVVUG00000029183	ENSVVUG00000029185	ENSVVUG00000029190
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.q.k.b #22
Canidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.q.k.b #22
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.q.k.b #22
Dingo	MODERN SPECIES	276	ENSCAFG00020013436	ENSCAFG00020013447	ENSCAFG00020013449	DST (ENSCAFG00020013702)	BEND6 (ENSCAFG00020015862)	ENSCAFG00020015866	ENSCAFG00020015868	KIAA1586 (ENSCAFG00020015871)	ZNF451 (ENSCAFG00020015879)	BAG2 (ENSCAFG00020015898)	RAB23 (ENSCAFG00020015900)	PRIM2 (ENSCAFG00020015903)	ENSCAFG00020015907	KHDRBS2 (ENSCAFG00020015926)	ENSCAFG00020015930	ENSCAFG00020015933 #22	ENSCAFG00020015940	LGSN (ENSCAFG00020015951)	PTP4A1 (ENSCAFG00020015958)	ENSCAFG00020015972	ENSCAFG00020015989	ENSCAFG00020016031	ENSCAFG00020016032	ENSCAFG00020016039	ENSCAFG00020016041
Dog	MODERN SPECIES	11	PROB1 (ENSCAFG00845000748)	SPATA24 (ENSCAFG00845000773)	DNAJC18 (ENSCAFG00845000811)	ECSCR (ENSCAFG00845000875)	SMIM33 (ENSCAFG00845000957)	UBE2D2 (ENSCAFG00845000981)	CXXC5 (ENSCAFG00845001003)	PSD2 (ENSCAFG00845001040)	NRG2 (ENSCAFG00845001070)	PURA (ENSCAFG00845001158)	IGIP (ENSCAFG00845001175)	ENSCAFG00845001205	PFDN1 (ENSCAFG00845001230)	HBEGF (ENSCAFG00845001249)	SLC4A9 (ENSCAFG00845001336)	ENSCAFG00845001482 #22	ANKHD1 (ENSCAFG00845001622)	EIF4EBP3 (ENSCAFG00845001691)	APBB3 (ENSCAFG00845001716)	APBB3 (ENSCAFG00845001840)	SLC35A4 (ENSCAFG00845001883)	CD14 (ENSCAFG00845001909)	TMCO6 (ENSCAFG00845001948)	NDUFA2 (ENSCAFG00845001992)	IK (ENSCAFG00845002021)	WDR55 (ENSCAFG00845002039)	DND1 (ENSCAFG00845002066)	HARS1 (ENSCAFG00845002179)	HARS2 (ENSCAFG00845002374)	ZMAT2 (ENSCAFG00845002442)	ENSCAFG00845002466
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.q.k.b #22
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.q.k.b #22
American mink	MODERN SPECIES	212									RNASET2 (ENSNVIG00000018487)	RPS6KA2 (ENSNVIG00000018379)	MPC1 (ENSNVIG00000018351)	SFT2D1 (ENSNVIG00000018339)	TBXT (ENSNVIG00000018332)	PDE10A (ENSNVIG00000018209)	C6orf118 (ENSNVIG00000018192)	ENSNVIG00000018185 #22	QKI (ENSNVIG00000018179)	PACRG (ENSNVIG00000018167)
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.q.k.b #22
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	103	ENSGT00940000158576	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b.j #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.q.k.b #22	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873.b #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36	ENSGT01000000214413.b.a.b.a #37	ENSGT00390000017343
Polar bear	MODERN SPECIES	484	KCNA1 (ENSUMAG00000007743)	KCNA5 (ENSUMAG00000007733)	NTF3 (ENSUMAG00000007725)	ANO2 (ENSUMAG00000007545)	VWF (ENSUMAG00000007512) #7	CD9 (ENSUMAG00000007507) #9	PLEKHG6 (ENSUMAG00000007501) #10	ENSUMAG00000007495 #11	SCNN1A (ENSUMAG00000007429) #12	LTBR (ENSUMAG00000007402) #13	CD27 (ENSUMAG00000007399) #14	TAPBPL (ENSUMAG00000007397) #15	ENSUMAG00000007395 #17	MRPL51 (ENSUMAG00000007393) #20	NCAPD2 (ENSUMAG00000007255) #21	GAPDH (ENSUMAG00000007239) #22	NOP2 (ENSUMAG00000007220)	CHD4 (ENSUMAG00000005336) #25	ACRBP (ENSUMAG00000005096) #26	ING4 (ENSUMAG00000005092) #27	ZNF384 (ENSUMAG00000005073) #28	PIANP (ENSUMAG00000005067) #29	COPS7A (ENSUMAG00000005057) #30	MLF2 (ENSUMAG00000005049) #31	LAG3 (ENSUMAG00000005008) #33	CD4 (ENSUMAG00000004996) #34	P3H3 (ENSUMAG00000004936) #36	GNB3 (ENSUMAG00000004881) #37	CDCA3 (ENSUMAG00000004864)	USP5 (ENSUMAG00000004200)	TPI1 (ENSUMAG00000004130)
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00910000146741 #16	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.q.l #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00910000146741 #16	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.q.l #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	95		ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00910000146741 #16	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.q.l #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
American mink	MODERN SPECIES	333		NTF3 (ENSNVIG00000024751)	ANO2 (ENSNVIG00000024735)	VWF (ENSNVIG00000024722) #7	CD9 (ENSNVIG00000024720) #9	PLEKHG6 (ENSNVIG00000024709) #10	TNFRSF1A (ENSNVIG00000024699) #11	SCNN1A (ENSNVIG00000024691) #12	LTBR (ENSNVIG00000024684) #13	CD27 (ENSNVIG00000024681) #14	TAPBPL (ENSNVIG00000024679) #15	ENSNVIG00000024678 #16	VAMP1 (ENSNVIG00000024673) #17	RM51 (ENSNVIG00000024669) #20	NCAPD2 (ENSNVIG00000024666) #21	ENSNVIG00000024662 #22	IFFO1 (ENSNVIG00000024654) #23	ENSNVIG00000024651	NOP2 (ENSNVIG00000024649)	CHD4 (ENSNVIG00000024642) #25	LPAR5 (ENSNVIG00000024641)	ACRBP (ENSNVIG00000024640) #26	ING4 (ENSNVIG00000024639) #27	ZNF384 (ENSNVIG00000024638) #28	PIANP (ENSNVIG00000024637) #29	CSN7A (ENSNVIG00000024636) #30	MLF2 (ENSNVIG00000024635) #31	PTMS (ENSNVIG00000024634)	LAG3 (ENSNVIG00000024633) #33	CD4 (ENSNVIG00000024632) #34	GPR162 (ENSNVIG00000024631) #35
Ferret	DUPLICATION
Ferret	MODERN SPECIES	577																ENSMPUG00000014933 #22	ENSMPUG00000014939
Ferret	MODERN SPECIES	284			NTF3 (ENSMPUG00000020130)	ANO2 (ENSMPUG00000016940)	VWF (ENSMPUG00000016935) #7	CD9 (ENSMPUG00000016921) #9	PLEKHG6 (ENSMPUG00000016918) #10	TNFRSF1A (ENSMPUG00000016915) #11	LTBR (ENSMPUG00000016913) #13	SCNN1A (ENSMPUG00000016912) #12	CD27 (ENSMPUG00000016908) #14	TAPBPL (ENSMPUG00000016907) #15	VAMP1 (ENSMPUG00000016905) #17	MRPL51 (ENSMPUG00000016904) #20	NCAPD2 (ENSMPUG00000016901) #21	GAPDH (ENSMPUG00000016891) #22	IFFO1 (ENSMPUG00000016884) #23	NOP2 (ENSMPUG00000016865)	CHD4 (ENSMPUG00000016859) #25	LPAR5 (ENSMPUG00000020129)	ACRBP (ENSMPUG00000016855) #26	ING4 (ENSMPUG00000016840) #27	ZNF384 (ENSMPUG00000016838) #28	PIANP (ENSMPUG00000016836) #29	COPS7A (ENSMPUG00000016835) #30	MLF2 (ENSMPUG00000016834) #31	PTMS (ENSMPUG00000016830)	ENSMPUG00000016828	LAG3 (ENSMPUG00000016825) #33	CD4 (ENSMPUG00000016809) #34	GPR162 (ENSMPUG00000016806) #35
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000158576	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b.j #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.q.l #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873.b #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36	ENSGT01000000214413.b.a.b.a #37
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	351															ENSGT00940000180930	ENSGT00940000153298.n.q.l #22	ENSGT00510000046803.b.b #23
American black bear	MODERN SPECIES	236		ENSUAMG00000022690	VWF (ENSUAMG00000022599) #7	CD9 (ENSUAMG00000022552) #9	PLEKHG6 (ENSUAMG00000022549) #10	TNFRSF1A (ENSUAMG00000022547) #11	ENSUAMG00000022546 #12	ENSUAMG00000022545 #12	ENSUAMG00000022544 #13	ENSUAMG00000022543 #13	CD27 (ENSUAMG00000022542) #14	TAPBPL (ENSUAMG00000022541) #15	VAMP1 (ENSUAMG00000022540) #17	MRPL51 (ENSUAMG00000022539) #20	ENSUAMG00000022537	GAPDH (ENSUAMG00000022520) #22	ENSUAMG00000022518 #23
Giant Panda	DUPLICATION
Giant Panda	MODERN SPECIES	1980																ENSAMEG00000026592 #22
Giant Panda	MODERN SPECIES	7	KCNA5 (ENSAMEG00000020277)	NTF3 (ENSAMEG00000019233)	ANO2 (ENSAMEG00000011274)	VWF (ENSAMEG00000011272) #7	ENSAMEG00000006889	CD9 (ENSAMEG00000014604) #9	ENSAMEG00000014597 #10	TNFRSF1A (ENSAMEG00000014569) #11	SCNN1A (ENSAMEG00000014498) #12	LTBR (ENSAMEG00000014476) #13	CD27 (ENSAMEG00000014466) #14	TAPBPL (ENSAMEG00000014448) #15	VAMP1 (ENSAMEG00000014438) #17	MRPL51 (ENSAMEG00000014426) #20	NCAPD2 (ENSAMEG00000014358) #21	GAPDH (ENSAMEG00000014329) #22	IFFO1 (ENSAMEG00000014300) #23	NOP2 (ENSAMEG00000014268)	CHD4 (ENSAMEG00000014179) #25	LPAR5 (ENSAMEG00000031134)	ACRBP (ENSAMEG00000014163) #26	ING4 (ENSAMEG00000014135) #27	ZNF384 (ENSAMEG00000014121) #28	PIANP (ENSAMEG00000014112) #29	COPS7A (ENSAMEG00000014096) #30	MLF2 (ENSAMEG00000014077) #31	ENSAMEG00000014074	LAG3 (ENSAMEG00000014063) #33	CD4 (ENSAMEG00000014043) #34	GPR162 (ENSAMEG00000014035) #35	P3H3 (ENSAMEG00000014022) #36
Giant Panda	MODERN SPECIES	1923																ENSAMEG00000025937 #22
Giant Panda	MODERN SPECIES	1941																ENSAMEG00000027817 #22
Canidae	DUPLICATION
Canidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.q.l.g #22
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.q.l.g #22
Dingo	MODERN SPECIES	347	ENSCAFG00020008757	ZNF711 (ENSCAFG00020008733)	POF1B (ENSCAFG00020008592)	CHM (ENSCAFG00020008573)	ENSCAFG00020008551	ENSCAFG00020008549	DACH2 (ENSCAFG00020008532)	KLHL4 (ENSCAFG00020008498)	ENSCAFG00020008484	ENSCAFG00020008461	ENSCAFG00020008456	NAP1L3 (ENSCAFG00020008423)	ENSCAFG00020008407	ENSCAFG00020008403	ENSCAFG00020008379	ENSCAFG00020008310 #22	ENSCAFG00020008305	DIAPH2 (ENSCAFG00020008109)	ENSCAFG00020008028	ENSCAFG00020008007	ENSCAFG00020008000	ENSCAFG00020007977	ENSCAFG00020007945	ENSCAFG00020007941	ENSCAFG00020007938	ENSCAFG00020007908	PCDH19 (ENSCAFG00020007882)	ENSCAFG00020007874	TNMD (ENSCAFG00020007869)	TSPAN6 (ENSCAFG00020007783)	SRPX2 (ENSCAFG00020007764)
Canidae	DUPLICATION
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000158576	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.q.l.h.a #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000158576	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n.q.l.h.a #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Dog	MODERN SPECIES	19	KCNA1 (ENSCAFG00845030371)	KCNA5 (ENSCAFG00845030339)	NTF3 (ENSCAFG00845030324)	ANO2 (ENSCAFG00845030210)	VWF (ENSCAFG00845029798) #7	CD9 (ENSCAFG00845029613) #9	PLEKHG6 (ENSCAFG00845029568) #10	ENSCAFG00845029433 #11	SCNN1A (ENSCAFG00845029331) #12	LTBR (ENSCAFG00845029256) #13	CD27 (ENSCAFG00845029234) #14	TAPBPL (ENSCAFG00845029155) #15	VAMP1 (ENSCAFG00845029081) #17	MRPL51 (ENSCAFG00845029018) #20	NCAPD2 (ENSCAFG00845028959) #21	GAPDH (ENSCAFG00845028918) #22	IFFO1 (ENSCAFG00845028853) #23	NOP2 (ENSCAFG00845028743)	CHD4 (ENSCAFG00845028632) #25	LPAR5 (ENSCAFG00845028579)	ACRBP (ENSCAFG00845028419) #26	ENSCAFG00845028378	ZNF384 (ENSCAFG00845028247) #28	PIANP (ENSCAFG00845028055) #29	COPS7A (ENSCAFG00845027958) #30	MLF2 (ENSCAFG00845027898) #31	PTMS (ENSCAFG00845027847)	LAG3 (ENSCAFG00845027788) #33	CD4 (ENSCAFG00845027739) #34	GPR162 (ENSCAFG00845027631) #35	P3H3 (ENSCAFG00845027539) #36
Dingo	MODERN SPECIES	304	ENSCAFG00020002944	ENSCAFG00020002951	ENSCAFG00020002987	CCDC115 (ENSCAFG00020002989)	PALLD (ENSCAFG00020003032)	CBR4 (ENSCAFG00020003413)	ENSCAFG00020003414	ENSCAFG00020003425	ENSCAFG00020003428	SH3RF1 (ENSCAFG00020003443)	NEK1 (ENSCAFG00020003641)	CLCN3 (ENSCAFG00020006092)	HPF1 (ENSCAFG00020011689)	MFAP3L (ENSCAFG00020011703)	AADAT (ENSCAFG00020011708)	ENSCAFG00020011716 #22	ENSCAFG00020011729	ENSCAFG00020011745	ENSCAFG00020011750	GALNTL6 (ENSCAFG00020011754)	ENSCAFG00020011757	GALNT7 (ENSCAFG00020011759)	HMGB2 (ENSCAFG00020011761)	SAP30 (ENSCAFG00020011765)	SCRG1 (ENSCAFG00020011766)	HAND2 (ENSCAFG00020011768)	FBXO8 (ENSCAFG00020011774)	CEP44 (ENSCAFG00020011776)	HPGD (ENSCAFG00020011781)	GLRA3 (ENSCAFG00020011792)	ADAM29 (ENSCAFG00020011928)
Canidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.q.l.h.b #22
Red fox	MODERN SPECIES	25	ONECUT2 (ENSVVUG00000014932)	ST8SIA3 (ENSVVUG00000014931)	ENSVVUG00000014923	WDR7 (ENSVVUG00000014912)	TXNL1 (ENSVVUG00000014906)	TCF4 (ENSVVUG00000014890)	CCDC68 (ENSVVUG00000014885)	RAB27B (ENSVVUG00000014878)	ENSVVUG00000014874	ENSVVUG00000014866	CUNH18orf54 (ENSVVUG00000014859)	CUNH18orf54 (ENSVVUG00000014854)	STARD6 (ENSVVUG00000014848)	POLI (ENSVVUG00000014845)	MBD2 (ENSVVUG00000014700)	ENSVVUG00000014674 #22	DCC (ENSVVUG00000014667)	ENSVVUG00000014654	MEX3C (ENSVVUG00000014636)	SMAD4 (ENSVVUG00000014609)	ELAC1 (ENSVVUG00000014595)	ME2 (ENSVVUG00000014587)	MRO (ENSVVUG00000014571)	MC2R (ENSVVUG00000014566)	MC5R (ENSVVUG00000014564)	RNMT (ENSVVUG00000014550)	FAM210A (ENSVVUG00000014540)	LDLRAD4 (ENSVVUG00000014523)	ENSVVUG00000014500
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00940000153298.n.q.l.h.b #22
Dog	MODERN SPECIES	35	ENSCAFG00845002447	ACBD6 (ENSCAFG00845002431)	LHX4 (ENSCAFG00845002410)	QSOX1 (ENSCAFG00845002288)	ENSCAFG00845002252	CEP350 (ENSCAFG00845002165)	TOR1AIP1 (ENSCAFG00845002082)	ENSCAFG00845002008	ENSCAFG00845001988	ENSCAFG00845001973	ENSCAFG00845001949	ENSCAFG00845001932	ENSCAFG00845001892	CENPF (ENSCAFG00845001752)	PTPN14 (ENSCAFG00845001665)	ENSCAFG00845001638 #22	SMYD2 (ENSCAFG00845001630)	PROX1 (ENSCAFG00845001606)	RPS6KC1 (ENSCAFG00845001399)	ANGEL2 (ENSCAFG00845001293)	VASH2 (ENSCAFG00845001231)	ENSCAFG00845001182	FLVCR1 (ENSCAFG00845001151)	ENSCAFG00845001121	TATDN3 (ENSCAFG00845003857)	ENSCAFG00845003831	NSL1 (ENSCAFG00845003808)	BATF3 (ENSCAFG00845003785)	ENSCAFG00845003779	GARIN4 (ENSCAFG00845003772)	ATF3 (ENSCAFG00845003749)
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000158576	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01030000234816	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000158576	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36	ENSGT01000000214413.b.a.b.a #37
Tenrec	MODERN SPECIES	1331														ENSETEG00000013743 #20	NCAPD2 (ENSETEG00000013744) #21	GAPDH (ENSETEG00000013749) #22
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000158576	ENSGT00940000161860	ENSGT00390000007725.A.a	ENSGT00940000155840.C	ENSGT00940000155810 #7	ENSGT00940000155083.b #9	ENSGT00940000161250 #10	ENSGT00940000159540 #11	ENSGT00940000160952 #12	ENSGT00940000162178 #13	ENSGT00510000049297 #14	ENSGT00940000160453 #15	ENSGT00940000161390 #17	ENSGT00390000018821 #20	ENSGT00940000153566.a #21	ENSGT00940000153298.n #22	ENSGT00510000046803.b.b #23	ENSGT00940000161554	ENSGT00940000155088 #25	ENSGT00950000183136.b.b	ENSGT00390000000826 #26	ENSGT00940000159033 #27	ENSGT00940000156904 #28	ENSGT00510000049460 #29	ENSGT00940000159873 #30	ENSGT00390000005023.a #31	ENSGT01090000259985.b.b.b.a.a.a #33	ENSGT00390000001745 #34	ENSGT00390000017213.A #35	ENSGT00940000159164 #36	ENSGT01000000214413.b.a.b.a #37
Elephant	DUPLICATION
Elephant	MODERN SPECIES	108	KCNA5 (ENSLAFG00000007935)	ENSLAFG00000028245	NTF3 (ENSLAFG00000002319)	ANO2 (ENSLAFG00000002320)	VWF (ENSLAFG00000002327) #7	CD9 (ENSLAFG00000027050) #9	PLEKHG6 (ENSLAFG00000021440) #10	TNFRSF1A (ENSLAFG00000017153) #11	SCNN1A (ENSLAFG00000000723) #12	LTBR (ENSLAFG00000029559) #13	CD27 (ENSLAFG00000021608) #14	TAPBPL (ENSLAFG00000016109) #15	VAMP1 (ENSLAFG00000002104) #17	MRPL51 (ENSLAFG00000002106) #20	NCAPD2 (ENSLAFG00000016117) #21	ENSLAFG00000002780 #22	IFFO1 (ENSLAFG00000002782) #23	NOP2 (ENSLAFG00000002784)	CHD4 (ENSLAFG00000022842) #25	LPAR5 (ENSLAFG00000022468)	ACRBP (ENSLAFG00000008377) #26	ING4 (ENSLAFG00000008379) #27	ZNF384 (ENSLAFG00000008381) #28	PIANP (ENSLAFG00000025728) #29	COPS7A (ENSLAFG00000004634) #30	MLF2 (ENSLAFG00000013649) #31	LAG3 (ENSLAFG00000032271) #33	CD4 (ENSLAFG00000029166) #34	GPR162 (ENSLAFG00000022632) #35	P3H3 (ENSLAFG00000006551) #36	GNB3 (ENSLAFG00000006559) #37
Elephant	MODERN SPECIES	49	RFT1 (ENSLAFG00000002792)	PRKCD (ENSLAFG00000015864)	TKT (ENSLAFG00000005325)	DCP1A (ENSLAFG00000005837)	CACNA1D (ENSLAFG00000022132)	CHDH (ENSLAFG00000021479)	ENSLAFG00000021630	IL17RB (ENSLAFG00000011145)	ACTR8 (ENSLAFG00000001366)	LRTM1 (ENSLAFG00000014120)	CACNA2D3 (ENSLAFG00000014102)	WNT5A (ENSLAFG00000002683)	ENSLAFG00000032538	ENSLAFG00000018319	CCDC66 (ENSLAFG00000011093)	ENSLAFG00000026000 #22	TASOR (ENSLAFG00000011103)	ARHGEF3 (ENSLAFG00000001382)	IL17RD (ENSLAFG00000012520)	HESX1 (ENSLAFG00000032415)	APPL1 (ENSLAFG00000014294)	ASB14 (ENSLAFG00000014301)	DNAH12 (ENSLAFG00000014308)	PDE12 (ENSLAFG00000002821)	ARF4 (ENSLAFG00000006203)	DENND6A (ENSLAFG00000003914)	SLMAP (ENSLAFG00000000245)	FLNB (ENSLAFG00000006278)	DNASE1L3 (ENSLAFG00000006296)	ABHD6 (ENSLAFG00000016818)	RPP14 (ENSLAFG00000031481)
Hyrax	MODERN SPECIES	212															NCAPD2 (ENSPCAG00000006779) #21	GAPDH (ENSPCAG00000006928) #22	IFFO1 (ENSPCAG00000006972) #23	NOP2 (ENSPCAG00000007033)	CHD4 (ENSPCAG00000007120) #25