Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000011368 ENSGT00940000159958 ENSGT00950000183159.a ENSGT00940000157306 #8 ENSGT00390000000002.a.a.a #9 ENSGT00940000157352 #11 ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00940000156077 #13 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000160604 #16 ENSGT00940000155155 #17 ENSGT00670000098059 #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224 #22 ENSGT00940000157489 #23 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000162201 #29 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00940000157949 #34 ENSGT00940000156247 #35 ENSGT00940000159709 #36 ENSGT00940000153648.b #37 ENSGT00940000153404.b ENSGT00940000160197 ENSGT01030000234945 ENSGT00940000157221 Euteleostomi DUPLICATION Euteleostomi DUPLICATION Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a #22 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a #22 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a #22 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a #22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a #22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a #22 Eutheria DUPLICATION Eutheria DUPLICATION Eutheria ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00950000183159.a ENSGT00940000157306 #8 ENSGT00390000000002.a.a.a #9 ENSGT00940000157352 #11 ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00940000156077 #13 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000160604 #16 ENSGT01000000219986 ENSGT00940000155155 #17 ENSGT00670000098059 #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.d.l ##22 ENSGT00390000015224.c.a.a.a #22 ENSGT00940000157489 #23 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000017929 #27 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000162201 #29 ENSGT00940000162884 #30 ENSGT00940000163662 #32 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00940000157949 #34 ENSGT01030000235076 ENSGT00940000156247 #35 ENSGT00940000159709 #36 ENSGT00390000013778 Boreoeutheria ANCESTRAL 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ENSBGRG00000003539 #22 KLB (ENSBGRG00000003576) #23 RFC1 (ENSBGRG00000003610) #24 WDR19 (ENSBGRG00000003750) #25 KLHL5 (ENSBGRG00000004023) #26 TMEM156 (ENSBGRG00000004170) #27 FAM114A1 (ENSBGRG00000004223) #28 TLR6 (ENSBGRG00000004251) #29 TLR1 (ENSBGRG00000004271) #30 TLR10 (ENSBGRG00000004282) #32 KLF3 (ENSBGRG00000004311) #33 ENSBGRG00000004364 #34 ENSBGRG00000004393 #34 ENSBGRG00000004450 PGM2 (ENSBGRG00000004476) #35 ENSBGRG00000004557 Bos ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000153680.a ENSGT01100000263480.a.a.a.b.b.a ENSGT00390000010564 ENSGT00390000011073 ENSGT01030000234629.D ENSGT00940000157975 ENSGT00390000016356 ENSGT00390000017679 ENSGT00950000182988.a.a ENSGT00940000159865 ENSGT00390000003197.i.a.u.a ENSGT00390000001143 ENSGT00950000183090.C ENSGT00940000159265 ENSGT00940000159409 ENSGT00390000015224.c.a.a.a.t.a.a.d #22 ENSGT00940000156929 ENSGT00510000046981 ENSGT00390000004757 ENSGT00940000156389.a ENSGT00940000158154 ENSGT00940000161593 ENSGT00940000156442 ENSGT00390000018718 ENSGT00940000155941.A ENSGT00940000162953 ENSGT00940000161771 ENSGT00940000163072 ENSGT00940000159619.a ENSGT00550000074851.n ENSGT00940000159448 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000153680.a ENSGT01100000263480.a.a.a.b.b.a ENSGT00390000010564 ENSGT00390000011073 ENSGT01030000234629.D ENSGT00940000157975 ENSGT00390000016356 ENSGT00390000017679 ENSGT00950000182988.a.a ENSGT00940000159865 ENSGT00390000003197.i.a.u.a ENSGT00390000001143 ENSGT00950000183090.C ENSGT00940000159265 ENSGT00940000159409 ENSGT00390000015224.c.a.a.a.t.a.a.d #22 ENSGT00940000156929 ENSGT00510000046981 ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.b.b.b.a.b.a ENSGT00390000004757 ENSGT00940000156389.a ENSGT00940000158154 ENSGT00940000161593 ENSGT00940000156442 ENSGT00390000018718 ENSGT00940000155941.A ENSGT00940000162953 ENSGT00940000161771 ENSGT00940000163072 ENSGT00940000159619.a ENSGT00550000074851.n Cow MODERN SPECIES SMCO1 (ENSBTAG00000013319) WDR53 (ENSBTAG00000014660) FBXO45 (ENSBTAG00000006388) NRROS (ENSBTAG00000009614) CEP19 (ENSBTAG00000013192) ENSBTAG00000049165 PIGX (ENSBTAG00000048195) PAK2 (ENSBTAG00000047856) SENP5 (ENSBTAG00000032674) NCBP2 (ENSBTAG00000008873) NCBP2AS2 (ENSBTAG00000048390) PIGZ (ENSBTAG00000011659) MELTF (ENSBTAG00000002998) DLG1 (ENSBTAG00000020378) ENSBTAG00000048826 ENSBTAG00000048225 #22 BDH1 (ENSBTAG00000000448) APOD (ENSBTAG00000023600) ENSBTAG00000050331 PPP1R2 (ENSBTAG00000006724) ACAP2 (ENSBTAG00000003378) ENSBTAG00000054986 XXYLT1 (ENSBTAG00000014564) FAM43A (ENSBTAG00000008462) LSG1 (ENSBTAG00000008461) TMEM44 (ENSBTAG00000002394) ATP13A3 (ENSBTAG00000013204) GP5 (ENSBTAG00000013203) LRRC15 (ENSBTAG00000038600) CPN2 (ENSBTAG00000032656) HES1 (ENSBTAG00000000569) Bos_a ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00390000018687 ENSGT00940000153680.a ENSGT01100000263480.a.a.a.b.b.a ENSGT00390000010564 ENSGT00390000011073 ENSGT01030000234629.D ENSGT00940000157975 ENSGT00390000016356 ENSGT00390000017679 ENSGT00950000182988.a.a ENSGT00940000159865 ENSGT00390000003197.i.a.u.a ENSGT00950000183090.C ENSGT00940000159265 ENSGT00940000159409 ENSGT00390000015224.c.a.a.a.t.a.a.d #22 ENSGT00940000156929 ENSGT00510000046981 ENSGT00390000004757 ENSGT00940000156389.a ENSGT00940000158154 ENSGT00940000161593 ENSGT00940000156442 ENSGT00390000018718 ENSGT00940000155941.A ENSGT00940000162953 ENSGT00940000161771 ENSGT00940000163072 ENSGT00940000159619.a ENSGT00550000074851.n ENSGT00940000159448 Domestic yak MODERN SPECIES RNF168 (ENSBGRG00000018769) ENSBGRG00000018793 SMCO1 (ENSBGRG00000018804) WDR53 (ENSBGRG00000018865) FBXO45 (ENSBGRG00000018893) NRROS (ENSBGRG00000018922) CEP19 (ENSBGRG00000018942) PIGX (ENSBGRG00000018965) ENSBGRG00000019060 PAK2 (ENSBGRG00000019104) SENP5 (ENSBGRG00000019330) NCBP2 (ENSBGRG00000019513) ENSBGRG00000019688 MELTF (ENSBGRG00000019730) DLG1 (ENSBGRG00000020056) ENSBGRG00000022832 #22 BDH1 (ENSBGRG00000022869) APOD (ENSBGRG00000022918) ENSBGRG00000022948 ACAP2 (ENSBGRG00000023053) XXYLT1 (ENSBGRG00000023443) FAM43A (ENSBGRG00000023485) LSG1 (ENSBGRG00000023529) TMEM44 (ENSBGRG00000023581) ATP13A3 (ENSBGRG00000023744) GP5 (ENSBGRG00000024310) LRRC15 (ENSBGRG00000024363) CPN2 (ENSBGRG00000024371) HES1 (ENSBGRG00000024386) ENSBGRG00000024652 ATP13A4 (ENSBGRG00000000183) Wild yak MODERN SPECIES 941 RNF168 (ENSBMUG00000021322) SMCO1 (ENSBMUG00000021331) WDR53 (ENSBMUG00000021347) FBXO45 (ENSBMUG00000021374) NRROS (ENSBMUG00000021382) ENSBMUG00000021393 CEP19 (ENSBMUG00000021416) PIGX (ENSBMUG00000021454) PAK2 (ENSBMUG00000021499) ENSBMUG00000021508 SENP5 (ENSBMUG00000021526) NCBP2 (ENSBMUG00000021541) ENSBMUG00000021551 MELTF (ENSBMUG00000021570) DLG1 (ENSBMUG00000021750) ENSBMUG00000021827 #22 BDH1 (ENSBMUG00000021843) APOD (ENSBMUG00000021862) ENSBMUG00000021874 ACAP2 (ENSBMUG00000021896) American bison MODERN SPECIES 2904 PDS5A (ENSBBBG00000002776) #17 UBE2K (ENSBBBG00000015119) #18 SMIM14 (ENSBBBG00000015086) #19 UGDH (ENSBBBG00000015077) #20 LIAS (ENSBBBG00000015037) #21 ENSBBBG00000000823 #22 KLB (ENSBBBG00000000872) #23 ENSBBBG00000000884 #24 ENSBBBG00000000893 #24 WDR19 (ENSBBBG00000000906) #25 KLHL5 (ENSBBBG00000000987) #26 TMEM156 (ENSBBBG00000001075) #27 FAM114A1 (ENSBBBG00000001087) #28 TLR6 (ENSBBBG00000001113) #29 TLR1 (ENSBBBG00000001122) #30 TLR10 (ENSBBBG00000001131) #32 KLF3 (ENSBBBG00000001145) #33 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a.t.a.b #22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a.t.a.b #22 Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a.t.a.b.a.a #22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00950000183121.b.b.b.a ENSGT00530000063666.a ENSGT00390000008591 ENSGT01030000235010.e.a ENSGT00940000159242 ENSGT00920000150804 ENSGT00730000111075.b ENSGT00940000161429 ENSGT00940000164351 ENSGT00390000011425.A ENSGT00940000156017 ENSGT00730000111570 ENSGT00950000183107.a.b.b ENSGT00940000162488 ENSGT00940000161206 ENSGT00390000015224.c.a.a.a.t.a.b.a.a #22 ENSGT01030000234518.D ENSGT00390000007560.k.b ENSGT01100000263536.A.a.a.b ENSGT01040000240444.A.a.a.a.b ENSGT00390000009948.c.l ENSGT01100000263536.B.c.b ENSGT00550000074618.a.b.ab.a.a.a.a ENSGT00940000163592 ENSGT00940000161697 ENSGT00390000008820.e.b.kb ENSGT00940000159568 ENSGT00390000012178.g.b.b.a.b.a ENSGT00390000012030.b.a ENSGT00940000154426.b.b.h ENSGT00940000155902 Domestic yak MODERN SPECIES 69 ENSBGRG00000025313 HDX (ENSBGRG00000025367) ENSBGRG00000025377 RPS6KA6 (ENSBGRG00000012307) CYLC1 (ENSBGRG00000013173) POU3F4 (ENSBGRG00000013340) ENSBGRG00000013359 ENSBGRG00000013400 ENSBGRG00000013446 SH3BGRL (ENSBGRG00000013469) ENSBGRG00000013533 BRWD3 (ENSBGRG00000013595) TENT5D (ENSBGRG00000014080) TBX22 (ENSBGRG00000014109) ENSBGRG00000014224 ENSBGRG00000014249 #22 GPR174 (ENSBGRG00000014278) P2RY10 (ENSBGRG00000014291) LPAR4 (ENSBGRG00000014316) ENSBGRG00000014334 CYSLTR1 (ENSBGRG00000014355) ENSBGRG00000014446 TAF9B (ENSBGRG00000014722) PGK1 (ENSBGRG00000014778) ATP7A (ENSBGRG00000015150) ENSBGRG00000015336 MAGT1 (ENSBGRG00000015408) ENSBGRG00000015557 ATRX (ENSBGRG00000016038) FGF16 (ENSBGRG00000022814) PBDC1 (ENSBGRG00000022890) Bos_b ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00950000183121.b.b.b.a ENSGT00530000063666.a ENSGT00390000008591 ENSGT01030000235010.e.a ENSGT00940000159242 ENSGT00920000150804 ENSGT00730000111075.b ENSGT00940000161429 ENSGT00940000164351 ENSGT00390000011425.A ENSGT00940000156017 ENSGT00730000111570 ENSGT00950000183107.a.b.b ENSGT00940000162488 ENSGT00940000161206 ENSGT00390000015224.c.a.a.a.t.a.b.a.a #22 ENSGT01030000234518.D ENSGT00390000007560.k.b Cow MODERN SPECIES 177 ENSBTAG00000055024 RPS6KA6 (ENSBTAG00000002015) ENSBTAG00000048589 CYLC1 (ENSBTAG00000047417) POU3F4 (ENSBTAG00000015712) ENSBTAG00000039066 ENSBTAG00000051658 ENSBTAG00000048206 SH3BGRL (ENSBTAG00000010587) ENSBTAG00000049971 HMGN5 (ENSBTAG00000001877) ENSBTAG00000051240 BRWD3 (ENSBTAG00000016230) TENT5D (ENSBTAG00000045653) TBX22 (ENSBTAG00000048060) ENSBTAG00000045678 #22 GPR174 (ENSBTAG00000021437) ENSBTAG00000054002 ENSBTAG00000050883 P2RY10 (ENSBTAG00000008555) LPAR4 (ENSBTAG00000003299) ENSBTAG00000035882 CYSLTR1 (ENSBTAG00000024675) ENSBTAG00000051877 ENSBTAG00000026025 TAF9B (ENSBTAG00000000895) PGK1 (ENSBTAG00000000894) ATP7A (ENSBTAG00000010018) COX7B (ENSBTAG00000047768) MAGT1 (ENSBTAG00000045931) ENSBTAG00000053487 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 26 SPRY4 (ENSBIXG00005016759) NDFIP1 (ENSBIXG00005016690) ENSBIXG00005016650 GNPDA1 (ENSBIXG00005016638) RNF14 (ENSBIXG00005006352) PCDH12 (ENSBIXG00005016404) DELE1 (ENSBIXG00005016389) PCDH1 (ENSBIXG00005016354) ARAP3 (ENSBIXG00005007324) FCHSD1 (ENSBIXG00005016185) RELL2 (ENSBIXG00005016160) HDAC3 (ENSBIXG00005016120) DIAPH1 (ENSBIXG00005016069) ENSBIXG00005016084 ENSBIXG00005002548 ENSBIXG00005015875 #22 ENSBIXG00005015866 TAF7 (ENSBIXG00005002491) SLC25A2 (ENSBIXG00005015856) PCDHB15 (ENSBIXG00005000157) PCDHB14 (ENSBIXG00005015782) ENSBIXG00005015769 ENSBIXG00005002464 PCDHB16 (ENSBIXG00005002460) ENSBIXG00005015742 PCDHB7 (ENSBIXG00005015732) ENSBIXG00005015723 PCDHB6 (ENSBIXG00005002446) PCDHB4 (ENSBIXG00005015653) ENSBIXG00005015645 ENSBIXG00005015637 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a.t.a.b.a.b #22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a.t.a.b.a.b #22 Cow MODERN SPECIES 4 APCDD1L (ENSBTAG00000020397) VAPB (ENSBTAG00000017424) RAB22A (ENSBTAG00000018053) ENSBTAG00000052305 C13H20orf85 (ENSBTAG00000016926) ENSBTAG00000054668 PMEPA1 (ENSBTAG00000054628) ZBP1 (ENSBTAG00000012406) PCK1 (ENSBTAG00000001936) CTCFL (ENSBTAG00000013079) RBM38 (ENSBTAG00000008105) RAE1 (ENSBTAG00000010934) SPO11 (ENSBTAG00000044210) BMP7 (ENSBTAG00000015362) TFAP2C (ENSBTAG00000002065) ENSBTAG00000024608 #22 FAM209A (ENSBTAG00000031462) RTF2 (ENSBTAG00000027390) GCNT7 (ENSBTAG00000006243) CASS4 (ENSBTAG00000014555) CSTF1 (ENSBTAG00000006639) AURKA (ENSBTAG00000013009) FAM210B (ENSBTAG00000013007) MC3R (ENSBTAG00000004712) SIRPD (ENSBTAG00000033397) SIRPB2 (ENSBTAG00000006539) NSFL1C (ENSBTAG00000006533) FKBP1A (ENSBTAG00000008303) ENSBTAG00000052136 SDCBP2 (ENSBTAG00000021321) SNPH (ENSBTAG00000048366) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a.t.a.b.b #22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a.t.a.b.b #22 Wild yak MODERN SPECIES 782 ENSBMUG00000008213 #22 ENSBMUG00000008223 EPB42 (ENSBMUG00000008283) CCNDBP1 (ENSBMUG00000008340) TMEM62 (ENSBMUG00000008353) Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a.t.a.b #22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 25 ASAP1 (ENSOARG00020009370) CYRIB (ENSOARG00020009735) ENSOARG00020009780 ENSOARG00020009811 MYC (ENSOARG00020009900) ENSOARG00020010012 ENSOARG00020010049 ENSOARG00020010136 LRATD2 (ENSOARG00020010199) ENSOARG00020010223 TRIB1 (ENSOARG00020010295) NSMCE2 (ENSOARG00020010360) WASHC5 (ENSOARG00020010489) SQLE (ENSOARG00020011372) ZNF572 (ENSOARG00020011524) ENSOARG00020011568 #22 MTSS1 (ENSOARG00020011599) NDUFB9 (ENSOARG00020012046) TATDN1 (ENSOARG00020012205) RNF139 (ENSOARG00020012478) TRMT12 (ENSOARG00020012514) TMEM65 (ENSOARG00020012542) FER1L6 (ENSOARG00020012678) FAM91A1 (ENSOARG00020013597) ANXA13 (ENSOARG00020014445) KLHL38 (ENSOARG00020014756) FBXO32 (ENSOARG00020014812) NTAQ1 (ENSOARG00020015073) ATAD2 (ENSOARG00020015273) ZHX1 (ENSOARG00020015701) C9H8orf76 (ENSOARG00020015718) Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a.t.b #22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a.t.b #22 Goat MODERN SPECIES 16 NDC80 (ENSCHIG00000000360) METTL4 (ENSCHIG00000000254) ADCYAP1 (ENSCHIG00000000212) ENSCHIG00000000177 YES1 (ENSCHIG00000000143) ENOSF1 (ENSCHIG00000000109) TYMS (ENSCHIG00000000075) CLUL1 (ENSCHIG00000012461) CETN1 (ENSCHIG00000006822) COLEC12 (ENSCHIG00000019421) THOC1 (ENSCHIG00000015399) USP14 (ENSCHIG00000006538) ENSCHIG00000001073 ROCK1 (ENSCHIG00000016132) ENSCHIG00000008866 ENSCHIG00000009159 #22 GREB1L (ENSCHIG00000025994) ESCO1 (ENSCHIG00000016783) SNRPD1 (ENSCHIG00000005557) ABHD3 (ENSCHIG00000024480) ENSCHIG00000014890 MIB1 (ENSCHIG00000002236) GATA6 (ENSCHIG00000018847) RBBP8 (ENSCHIG00000013081) CABLES1 (ENSCHIG00000024112) TMEM241 (ENSCHIG00000011954) RIOK3 (ENSCHIG00000009312) ENSCHIG00000024653 ENSCHIG00000021287 ANKRD29 (ENSCHIG00000018673) ENSCHIG00000015951 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a.t.b #22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a.t.b #22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a.t.b #22 Cow MODERN SPECIES 3 ENSBTAG00000051519 TGDS (ENSBTAG00000005309) GPR180 (ENSBTAG00000005310) SOX21 (ENSBTAG00000022484) ENSBTAG00000032603 ENSBTAG00000047383 ENSBTAG00000046041 ENSBTAG00000049836 ENSBTAG00000047181 ENSBTAG00000023309 CLDN10 (ENSBTAG00000003568) DZIP1 (ENSBTAG00000003569) DNAJC3 (ENSBTAG00000012065) UGGT2 (ENSBTAG00000004401) HS6ST3 (ENSBTAG00000039065) ENSBTAG00000045566 #22 OXGR1 (ENSBTAG00000021345) MBNL2 (ENSBTAG00000018313) RAP2A (ENSBTAG00000020412) IPO5 (ENSBTAG00000039374) FARP1 (ENSBTAG00000000146) STK24 (ENSBTAG00000032234) SLC15A1 (ENSBTAG00000004440) DOCK9 (ENSBTAG00000010395) UBAC2 (ENSBTAG00000005682) GPR18 (ENSBTAG00000002240) GPR183 (ENSBTAG00000032084) ENSBTAG00000038268 TM9SF2 (ENSBTAG00000001589) CLYBL (ENSBTAG00000004165) ENSBTAG00000051991 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a.u #22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a.u #22 American bison MODERN SPECIES 243 ENSBBBG00000008213 #22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a.u #22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES RNF220 (ENSOARG00020002839) TMEM53 (ENSOARG00020002864) ARMH1 (ENSOARG00020002881) RPS8 (ENSOARG00020002902) KIF2C (ENSOARG00020002926) BEST4 (ENSOARG00020003023) PLK3 (ENSOARG00020003053) DYNLT4 (ENSOARG00020003125) BTBD19 (ENSOARG00020003142) PTCH2 (ENSOARG00020003214) EIF2B3 (ENSOARG00020003516) ENSOARG00020003567 UROD (ENSOARG00020003627) HECTD3 (ENSOARG00020003787) ZSWIM5 (ENSOARG00020003848) ENSOARG00020000037 #22 HPDL (ENSOARG00020000043) MUTYH (ENSOARG00020000051) TOE1 (ENSOARG00020000052) TESK2 (ENSOARG00020000085) ENSOARG00020000128 MMACHC (ENSOARG00020000138) PRDX1 (ENSOARG00020000156) AKR1A1 (ENSOARG00020000189) ENSOARG00020000265 CCDC17 (ENSOARG00020000364) GPBP1L1 (ENSOARG00020000433) TMEM69 (ENSOARG00020000462) IPP (ENSOARG00020000478) ENSOARG00020000500 MAST2 (ENSOARG00020000575) Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer MODERN SPECIES 1268 PHOX2B (ENSMMSG00000023639) LIMCH1 (ENSMMSG00000023686) UCHL1 (ENSMMSG00000023900) #8 APBB2 (ENSMMSG00000023923) #9 RBM47 (ENSMMSG00000023957) #12 CHRNA9 (ENSMMSG00000023965) #13 RHOH (ENSMMSG00000023968) #14 N4BP2 (ENSMMSG00000023971) #16 PDS5A (ENSMMSG00000023983) #17 UBE2K (ENSMMSG00000023998) #18 ENSMMSG00000024015 ENSMMSG00000024027 #19 ENSMMSG00000024033 UGDH (ENSMMSG00000024036) #20 LIAS (ENSMMSG00000024047) #21 RPL9 (ENSMMSG00000024067) #22 KLB (ENSMMSG00000024074) #23 ENSMMSG00000024077 #24 WDR19 (ENSMMSG00000024087) #25 KLHL5 (ENSMMSG00000024102) #26 TMEM156 (ENSMMSG00000024118) #27 FAM114A1 (ENSMMSG00000024129) #28 ENSMMSG00000024141 #29 ENSMMSG00000024143 #30 TLR10 (ENSMMSG00000024146) #32 KLF3 (ENSMMSG00000024147) #33 TBC1D1 (ENSMMSG00000024155) #34 ENSMMSG00000024181 PGM2 (ENSMMSG00000024185) #35 RELL1 (ENSMMSG00000024196) #36 ENSMMSG00000024203 Siberian musk deer MODERN SPECIES 21 ENSMMSG00000002489 ENSMMSG00000002507 ENSMMSG00000002526 NFKBIZ (ENSMMSG00000002549) NXPE3 (ENSMMSG00000002592) ENSMMSG00000002610 CEP97 (ENSMMSG00000002625) RPL24 (ENSMMSG00000002654) ZBTB11 (ENSMMSG00000002682) PCNP (ENSMMSG00000002707) TRMT10C (ENSMMSG00000002724) ENSMMSG00000002729 SENP7 (ENSMMSG00000002791) IMPG2 (ENSMMSG00000003217) ENSMMSG00000003246 ENSMMSG00000003268 #22 ABI3BP (ENSMMSG00000003297) TFG (ENSMMSG00000003469) ADGRG7 (ENSMMSG00000003498) TMEM45A (ENSMMSG00000003567) LNP1 (ENSMMSG00000003607) TOMM70 (ENSMMSG00000003628) NIT2 (ENSMMSG00000003660) TBC1D23 (ENSMMSG00000003705) ENSMMSG00000003842 ENSMMSG00000003855 CMSS1 (ENSMMSG00000003865) FILIP1L (ENSMMSG00000003877) COL8A1 (ENSMMSG00000003890) DCBLD2 (ENSMMSG00000003896) ST3GAL6 (ENSMMSG00000003910) Cetacea ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000159958 ENSGT00990000212839 ENSGT00950000183159.a ENSGT00940000157306 #8 ENSGT00390000000002.a.a.a #9 ENSGT00940000157352 #11 ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00940000156077 #13 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000160604 #16 ENSGT00940000155155 #17 ENSGT00670000098059.k.a #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.c.a.a.a #22 ENSGT00940000157489 #23 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000017929 #27 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000162201 #29 ENSGT00940000162884 #30 ENSGT00940000163662 #32 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00940000157949 #34 ENSGT00960000191194 ENSGT00940000156247 #35 ENSGT00940000159709 #36 ENSGT00390000013778 Blue whale MODERN SPECIES 16 ENSBMSG00010004449 LIMCH1 (ENSBMSG00010004613) UCHL1 (ENSBMSG00010005160) #8 APBB2 (ENSBMSG00010005187) #9 NSUN7 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#18 ENSMICG00000031377 ENSMICG00000044990 ENSMICG00000037886 ENSMICG00000037144 ENSMICG00000034989 #19 ENSMICG00000028331 UGDH (ENSMICG00000016782) #20 LIAS (ENSMICG00000016781) #21 ENSMICG00000048030 #22 KLB (ENSMICG00000032998) #23 RFC1 (ENSMICG00000016765) #24 WDR19 (ENSMICG00000016727) #25 KLHL5 (ENSMICG00000010463) #26 ENSMICG00000026932 TMEM156 (ENSMICG00000009711) #27 FAM114A1 (ENSMICG00000009696) #28 TLR6 (ENSMICG00000027451) #29 TLR1 (ENSMICG00000032867) #30 KLF3 (ENSMICG00000000339) #33 Mouse lemur MODERN SPECIES 169 ENSMICG00000032242 ENSMICG00000005713 CNGA2 (ENSMICG00000046266) FATE1 (ENSMICG00000047061) PRRG3 (ENSMICG00000030324) ENSMICG00000043308 VMA21 (ENSMICG00000030051) ENSMICG00000045012 ENSMICG00000029488 MAMLD1 (ENSMICG00000017610) MTM1 (ENSMICG00000033650) MTMR1 (ENSMICG00000004344) ENSMICG00000015345 CD99L2 (ENSMICG00000004350) GPR50 (ENSMICG00000034484) ENSMICG00000028536 #22 ENSMICG00000045791 ENSMICG00000004639 ENSMICG00000029869 ENSMICG00000047372 ENSMICG00000045027 ENSMICG00000033654 ENSMICG00000047230 ENSMICG00000032768 ENSMICG00000045504 IDS (ENSMICG00000002745) ENSMICG00000037019 ENSMICG00000030676 ENSMICG00000036932 AFF2 (ENSMICG00000011580) ENSMICG00000004052 Mouse lemur MODERN SPECIES 21 ADH4 (ENSMICG00000006121) ENSMICG00000006437 ENSMICG00000043541 ADH7 (ENSMICG00000003495) C4orf17 (ENSMICG00000003501) TRMT10A (ENSMICG00000003507) MTTP (ENSMICG00000003510) C4orf54 (ENSMICG00000031131) DAPP1 (ENSMICG00000036755) LAMTOR3 (ENSMICG00000029537) DNAJB14 (ENSMICG00000002463) ENSMICG00000002469 DDIT4L (ENSMICG00000034039) EMCN (ENSMICG00000028542) PPP3CA (ENSMICG00000001852) ENSMICG00000027738 #22 ENSMICG00000040746 SLC39A8 (ENSMICG00000006095) NFKB1 (ENSMICG00000014491) ENSMICG00000034109 MANBA (ENSMICG00000000840) ENSMICG00000036490 ENSMICG00000047325 ENSMICG00000037744 ENSMICG00000031142 ENSMICG00000044116 ENSMICG00000016261 SMARCAD1 (ENSMICG00000009746) ENSMICG00000047185 GRID2 (ENSMICG00000004045) ENSMICG00000031176 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000159958 ENSGT00950000183159.a ENSGT00940000157306 #8 ENSGT00390000000002.a.a.a #9 ENSGT00940000157352 #11 ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00940000156077 #13 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000160604 #16 ENSGT00940000155155 #17 ENSGT00910000147100 ENSGT00670000098059 #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.c.a.a.a #22 ENSGT00940000157489 #23 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000017929 #27 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000162201 #29 ENSGT00940000162884 #30 ENSGT00940000163662 #32 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00900000143434 ENSGT00940000157949 #34 ENSGT01030000235076 ENSGT00940000156247 #35 ENSGT00940000159709 #36 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00950000183159.a ENSGT00940000157306 #8 ENSGT00390000000002.a.a.a #9 ENSGT00940000157352 #11 ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00940000156077 #13 ENSGT00910000146901 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000160604 #16 ENSGT00940000155155 #17 ENSGT00910000147100 ENSGT00670000098059 #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.c.a.a.a #22 ENSGT00940000157489 #23 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000017929 #27 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000162201 #29 ENSGT00940000162884 #30 ENSGT00940000163662 #32 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00900000143434 ENSGT00940000157949 #34 ENSGT00940000156247 #35 ENSGT00940000159709 #36 ENSGT00390000013778 Platyrrhini DUPLICATION Platyrrhini DUPLICATION Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a.h.a #22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a.h.a #22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a.h.a #22 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 216 GDPD2 (ENSSBOG00000025477) ENSSBOG00000025898 ENSSBOG00000030916 RAB41 (ENSSBOG00000020927) ARR3 (ENSSBOG00000024637) AWAT1 (ENSSBOG00000022988) DGAT2L6 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(ENSCCAG00000016856) PLEKHH1 (ENSCCAG00000031526) PIGH (ENSCCAG00000035097) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a.h.b #22 Mas night monkey MODERN SPECIES 886 RTP3 (ENSANAG00000026632) LTF (ENSANAG00000034650) CCRL2 (ENSANAG00000030968) CCR2 (ENSANAG00000032091) CCR3 (ENSANAG00000029115) ENSANAG00000028667 FYCO1 (ENSANAG00000032948) CCR9 (ENSANAG00000020077) LZTFL1 (ENSANAG00000000596) SLC6A20 (ENSANAG00000034624) SACM1L (ENSANAG00000035029) ENSANAG00000023940 #22 LIMD1 (ENSANAG00000019956) LARS2 (ENSANAG00000034662) TMEM158 (ENSANAG00000024964) CDCP1 (ENSANAG00000034819) CLEC3B (ENSANAG00000027596) EXOSC7 (ENSANAG00000028607) ZDHHC3 (ENSANAG00000021495) TMEM42 (ENSANAG00000034383) ENSANAG00000036102 KIF15 (ENSANAG00000037629) ENSANAG00000028996 ZNF501 (ENSANAG00000018943) ZNF502 (ENSANAG00000021135) ENSANAG00000034886 ZNF35 (ENSANAG00000019550) Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a.h.b #22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a.h.b #22 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 93 NFATC2 (ENSSBOG00000023445) KCNG1 (ENSSBOG00000030989) MOCS3 (ENSSBOG00000016142) DPM1 (ENSSBOG00000035012) ADNP (ENSSBOG00000031931) BCAS4 (ENSSBOG00000031019) PARD6B (ENSSBOG00000033004) RIPOR3 (ENSSBOG00000020304) ENSSBOG00000021238 PEDS1 (ENSSBOG00000000313) ENSSBOG00000028538 SNAI1 (ENSSBOG00000034760) RNF114 (ENSSBOG00000027055) SPATA2 (ENSSBOG00000027105) SLC9A8 (ENSSBOG00000008701) ENSSBOG00000030451 #22 B4GALT5 (ENSSBOG00000012698) PTGIS (ENSSBOG00000032693) KCNB1 (ENSSBOG00000030068) ZNFX1 (ENSSBOG00000024677) DDX27 (ENSSBOG00000034281) ENSSBOG00000001880 STAU1 (ENSSBOG00000034448) CSE1L (ENSSBOG00000021396) ARFGEF2 (ENSSBOG00000027163) PREX1 (ENSSBOG00000022286) SULF2 (ENSSBOG00000019541) NCOA3 (ENSSBOG00000032467) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000159958 ENSGT00950000183159.a ENSGT00940000157306.n #8 ENSGT00390000000002.a.a.a #9 ENSGT00940000157352 #11 ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00940000156077 #13 ENSGT00910000146901 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000160604 #16 ENSGT00940000155155.e #17 ENSGT00670000098059 #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00390000006234.b #21 ENSGT00390000015224.c.a.a.a.i #22 ENSGT00940000157489 #23 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000017929 #27 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000162201 #29 ENSGT00940000162884 #30 ENSGT00940000163662 #32 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00900000143434 ENSGT00940000157949 #34 ENSGT00390000009693.p.b ENSGT00940000156247.e #35 ENSGT00940000159709 #36 Mas night monkey DUPLICATION Mas night monkey MODERN SPECIES 845 APBB2 (ENSANAG00000030667) #9 ENSANAG00000038288 NSUN7 (ENSANAG00000020755) #11 RBM47 (ENSANAG00000029440) #12 CHRNA9 (ENSANAG00000033675) #13 RHOH (ENSANAG00000018154) #14 ENSANAG00000017626 ENSANAG00000028738 #16 PDS5A (ENSANAG00000029594) #17 UBE2K (ENSANAG00000020789) #18 ENSANAG00000037699 SMIM14 (ENSANAG00000037317) #19 ENSANAG00000027822 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ENSGT00940000155358.k.a #26 ENSGT00390000017929 #27 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000162884 #30 ENSGT00940000163662 #32 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00950000183098.b.a.b.ib.a ENSGT00390000009693.m.b ENSGT00940000157949 #34 ENSGT00770000121815 ENSGT00940000156247 #35 ENSGT00950000182922.a.a.a.a.v.a.b Chimpanzee MODERN SPECIES 6 ENSPTRG00000048990 MAP2K5 (ENSPTRG00000007207) C15H15orf61 (ENSPTRG00000030250) IQCH (ENSPTRG00000007205) AAGAB (ENSPTRG00000007202) SMAD3 (ENSPTRG00000007199) ENSPTRG00000047146 ENSPTRG00000044014 SMAD6 (ENSPTRG00000007198) LCTL (ENSPTRG00000007197) ZWILCH (ENSPTRG00000007196) RPL4 (ENSPTRG00000007195) SNAPC5 (ENSPTRG00000007194) ENSPTRG00000049603 MAP2K1 (ENSPTRG00000007193) ENSPTRG00000051889 #22 TIPIN (ENSPTRG00000007192) DIS3L (ENSPTRG00000007191) MEGF11 (ENSPTRG00000007189) RAB11A (ENSPTRG00000044358) DENND4A (ENSPTRG00000007186) SLC24A1 (ENSPTRG00000007185) INTS14 (ENSPTRG00000007184) HACD3 (ENSPTRG00000007183) DPP8 (ENSPTRG00000007182) IGDCC4 (ENSPTRG00000007180) IGDCC3 (ENSPTRG00000007179) PARP16 (ENSPTRG00000007178) CILP (ENSPTRG00000007177) CLPX (ENSPTRG00000007176) PDCD7 (ENSPTRG00000045629) Bonobo DUPLICATION Bonobo MODERN SPECIES 17 APBB2 (ENSPPAG00000037504) #9 NSUN7 (ENSPPAG00000023705) #11 RBM47 (ENSPPAG00000029763) #12 CHRNA9 (ENSPPAG00000027901) #13 ENSPPAG00000040465 RHOH (ENSPPAG00000005820) #14 N4BP2 (ENSPPAG00000033203) #16 ENSPPAG00000034202 PDS5A (ENSPPAG00000036222) #17 ENSPPAG00000000498 UBE2K (ENSPPAG00000033169) #18 SMIM14 (ENSPPAG00000043029) #19 UGDH (ENSPPAG00000020308) #20 ENSPPAG00000027490 LIAS (ENSPPAG00000040519) #21 RPL9 (ENSPPAG00000042633) #22 KLB (ENSPPAG00000015322) #23 RFC1 (ENSPPAG00000042006) #24 WDR19 (ENSPPAG00000042936) #25 KLHL5 (ENSPPAG00000038654) #26 TMEM156 (ENSPPAG00000034491) #27 FAM114A1 (ENSPPAG00000040157) #28 TLR1 (ENSPPAG00000018402) #30 TLR10 (ENSPPAG00000013870) #32 KLF3 (ENSPPAG00000023728) #33 ENSPPAG00000042246 PTTG2 (ENSPPAG00000026206) TBC1D1 (ENSPPAG00000037604) #34 ENSPPAG00000025879 PGM2 (ENSPPAG00000041476) #35 ENSPPAG00000010345 Bonobo MODERN SPECIES 6 MAP2K5 (ENSPPAG00000036945) C15orf61 (ENSPPAG00000026999) IQCH (ENSPPAG00000042974) AAGAB (ENSPPAG00000041055) SMAD3 (ENSPPAG00000033769) ENSPPAG00000020485 ENSPPAG00000036915 SMAD6 (ENSPPAG00000027722) LCTL (ENSPPAG00000040836) ZWILCH (ENSPPAG00000033861) ENSPPAG00000035309 SNAPC5 (ENSPPAG00000041196) ENSPPAG00000033063 MAP2K1 (ENSPPAG00000028577) ENSPPAG00000038145 ENSPPAG00000041842 #22 TIPIN (ENSPPAG00000033427) DIS3L (ENSPPAG00000019888) MEGF11 (ENSPPAG00000043580) RAB11A (ENSPPAG00000030195) DENND4A (ENSPPAG00000022752) SLC24A1 (ENSPPAG00000042941) INTS14 (ENSPPAG00000030391) HACD3 (ENSPPAG00000014660) DPP8 (ENSPPAG00000032419) IGDCC4 (ENSPPAG00000036548) IGDCC3 (ENSPPAG00000042057) PARP16 (ENSPPAG00000030232) CILP (ENSPPAG00000042751) CLPX (ENSPPAG00000040563) ENSPPAG00000035027 Gorilla DUPLICATION Gorilla MODERN SPECIES 17 APBB2 (ENSGGOG00000007435) #9 NSUN7 (ENSGGOG00000034897) #11 RBM47 (ENSGGOG00000001367) #12 CHRNA9 (ENSGGOG00000016532) #13 ENSGGOG00000042778 N4BP2 (ENSGGOG00000005103) #16 ENSGGOG00000005583 PDS5A (ENSGGOG00000007334) #17 ENSGGOG00000036366 ENSGGOG00000025985 UBE2K (ENSGGOG00000003261) #18 SMIM14 (ENSGGOG00000038154) #19 UGDH (ENSGGOG00000025911) #20 ENSGGOG00000040886 LIAS (ENSGGOG00000014977) #21 RPL9 (ENSGGOG00000022799) #22 ENSGGOG00000037633 KLB (ENSGGOG00000013647) #23 RFC1 (ENSGGOG00000007977) #24 WDR19 (ENSGGOG00000005922) #25 KLHL5 (ENSGGOG00000001643) #26 TMEM156 (ENSGGOG00000004085) #27 FAM114A1 (ENSGGOG00000012372) #28 TLR10 (ENSGGOG00000025418) #32 KLF3 (ENSGGOG00000004667) #33 ENSGGOG00000039341 PTTG2 (ENSGGOG00000037103) ENSGGOG00000007187 #34 ENSGGOG00000024170 PGM2 (ENSGGOG00000013725) #35 RELL1 (ENSGGOG00000014944) #36 Gorilla MODERN SPECIES 6 ENSGGOG00000027762 ENSGGOG00000042211 MAP2K5 (ENSGGOG00000004734) C15orf61 (ENSGGOG00000004732) IQCH (ENSGGOG00000004722) ENSGGOG00000004714 ENSGGOG00000012045 ENSGGOG00000038329 SMAD6 (ENSGGOG00000013002) LCTL (ENSGGOG00000006350) ZWILCH (ENSGGOG00000003703) ENSGGOG00000003695 SNAPC5 (ENSGGOG00000003693) ENSGGOG00000042752 MAP2K1 (ENSGGOG00000003687) ENSGGOG00000024529 #22 TIPIN (ENSGGOG00000000061) DIS3L (ENSGGOG00000001549) MEGF11 (ENSGGOG00000000293) RAB11A (ENSGGOG00000014252) ENSGGOG00000022841 DENND4A (ENSGGOG00000014870) SLC24A1 (ENSGGOG00000016389) INTS14 (ENSGGOG00000003838) HACD3 (ENSGGOG00000022837) DPP8 (ENSGGOG00000012470) IGDCC4 (ENSGGOG00000010463) IGDCC3 (ENSGGOG00000010452) PARP16 (ENSGGOG00000022851) CILP (ENSGGOG00000042968) CLPX (ENSGGOG00000000326) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00390000000002.a.a.a #9 ENSGT00940000157352 #11 ENSGT00390000018145.cb.a.a.b.b ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00940000156077 #13 ENSGT00910000146901 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000160604 #16 ENSGT00940000155155.c #17 ENSGT00910000147100 ENSGT00670000098059 #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00940000154143.e.d ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.c.a.a.a.k #22 ENSGT00910000146954 ENSGT00390000015224.c.a.a.a.j.b #22 ENSGT00940000157489 #23 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000017929 #27 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000162201 #29 ENSGT00940000162884 #30 ENSGT00940000163662 #32 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00900000143434 ENSGT00910000147773 ENSGT00390000009693.m.b Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 119 ENSGT00390000018145.cb.a.a.b.b ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00940000156077 #13 ENSGT00910000146901 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000160604 #16 ENSGT00940000161602 ENSGT00940000155229 ENSGT00940000155155.c #17 ENSGT00910000147100 ENSGT00670000098059 #18 ENSGT00390000001374.e.a ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.c.a.a.a.k #22 ENSGT00940000157489 #23 ENSGT00730000111066.q #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000017929 #27 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000162884 #30 ENSGT00940000163662 #32 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00900000143434 ENSGT00910000147773 ENSGT00390000009693.m.b ENSGT00940000157949 #34 ENSGT00940000156247 #35 ENSGT00940000159709 #36 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 735 ENSRROG00000007474 ENSRROG00000033501 RBM47 (ENSRROG00000044696) #12 CHRNA9 (ENSRROG00000031657) #13 ENSRROG00000031091 RHOH (ENSRROG00000021123) #14 N4BP2 (ENSRROG00000040871) #16 ENSRROG00000043145 ENSRROG00000037093 #17 ENSRROG00000043874 UBE2K (ENSRROG00000030975) #18 ENSRROG00000041757 SMIM14 (ENSRROG00000036772) #19 UGDH (ENSRROG00000001501) #20 LIAS (ENSRROG00000042971) #21 RPL9 (ENSRROG00000014078) #22 KLB (ENSRROG00000043728) #23 ENSRROG00000040664 ENSRROG00000011680 #24 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000157306 #8 ENSGT00390000000002.a.a.a #9 ENSGT00940000157352 #11 ENSGT00390000018145.cb.a.a.b.b ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00940000156077 #13 ENSGT00910000146901 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000160604 #16 ENSGT00940000155155.c #17 ENSGT00670000098059 #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00940000154143.e.d ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.c.a.a.a.k #22 ENSGT00910000146954 ENSGT00940000157489 #23 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000017929 #27 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000162201 #29 ENSGT00940000162884 #30 ENSGT00940000163662 #32 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00900000143434 ENSGT00910000147773 ENSGT00390000009693.m.b ENSGT00940000157949 #34 Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a DUPLICATION Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a.k.e.a #22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a.k.e.a #22 Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 193 ENSMNEG00000007339 #22 ENSMNEG00000033956 ENSMNEG00000036514 ACVR2A (ENSMNEG00000043553) ORC4 (ENSMNEG00000031287) MBD5 (ENSMNEG00000029374) EPC2 (ENSMNEG00000039186) KIF5C (ENSMNEG00000022981) LYPD6B (ENSMNEG00000036224) LYPD6 (ENSMNEG00000014126) MMADHC (ENSMNEG00000036865) ENSMNEG00000033300 RND3 (ENSMNEG00000034976) RBM43 (ENSMNEG00000030900) ENSMNEG00000043989 NMI (ENSMNEG00000036210) Macaca_a ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT01030000234618.F ENSGT01050000244848.C.a ENSGT01100000263493.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000159262 ENSGT00390000008859.b.d.k.b.f ENSGT00390000002862.i.b ENSGT00390000002862.i.a ENSGT00940000155953 ENSGT00950000182883.b.a.a ENSGT00390000015060.m.d ENSGT00940000157521.b ENSGT00390000008033 ENSGT00950000182860.a.b.b ENSGT00390000006631 ENSGT00950000183208.A.c.a.e ENSGT00390000015224.c.a.a.a.k.e.a #22 ENSGT00940000157233 ENSGT00390000016542 ENSGT00530000064137.a.b ENSGT00940000167556.b.b.a.b.a.a.a.b.b.b.b.b.a.a.a.a.b.a.a.b.a.a.a ENSGT00940000158526 ENSGT00390000010822.p ENSGT00940000158539 ENSGT00390000000220.A ENSGT00390000000220.B ENSGT00390000015050 ENSGT00940000157541 ENSGT00530000063686.a.b ENSGT00530000063686.a.a ENSGT00940000157201 ENSGT00390000012204 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 3 ENSMFAG00000042200 ENSMFAG00000058697 THSD7B (ENSMFAG00000031342) ENSMFAG00000049120 ENSMFAG00000035962 ENSMFAG00000040453 SPOPL (ENSMFAG00000033909) NXPH2 (ENSMFAG00000039309) LRP1B (ENSMFAG00000036929) ENSMFAG00000064685 ENSMFAG00000049588 KYNU (ENSMFAG00000041160) ARHGAP15 (ENSMFAG00000016740) GTDC1 (ENSMFAG00000032520) ZEB2 (ENSMFAG00000030381) ENSMFAG00000052786 #22 ENSMFAG00000019961 ACVR2A (ENSMFAG00000003464) ORC4 (ENSMFAG00000031595) MBD5 (ENSMFAG00000035493) ENSMFAG00000058250 EPC2 (ENSMFAG00000002751) ENSMFAG00000052887 KIF5C (ENSMFAG00000038774) LYPD6B (ENSMFAG00000046204) LYPD6 (ENSMFAG00000002977) MMADHC (ENSMFAG00000001801) ENSMFAG00000060272 ENSMFAG00000037633 RND3 (ENSMFAG00000045221) RBM43 (ENSMFAG00000031648) Rhesus MODERN SPECIES 3 CXCR4 (ENSMMUG00000011918) ENSMMUG00000061465 THSD7B (ENSMMUG00000017081) ENSMMUG00000042063 HNMT (ENSMMUG00000006918) SPOPL (ENSMMUG00000002560) NXPH2 (ENSMMUG00000005176) ENSMMUG00000013925 LRP1B (ENSMMUG00000009885) KYNU (ENSMMUG00000021330) ARHGAP15 (ENSMMUG00000006528) GTDC1 (ENSMMUG00000011922) ZEB2 (ENSMMUG00000016845) ENSMMUG00000065347 ENSMMUG00000052142 ENSMMUG00000055627 #22 ENSMMUG00000006925 ACVR2A (ENSMMUG00000000042) ORC4 (ENSMMUG00000000043) MBD5 (ENSMMUG00000014921) ENSMMUG00000049941 ENSMMUG00000054591 EPC2 (ENSMMUG00000023176) ENSMMUG00000031468 KIF5C (ENSMMUG00000009268) LYPD6B (ENSMMUG00000009475) ENSMMUG00000056996 LYPD6 (ENSMMUG00000038492) MMADHC (ENSMMUG00000005633) ENSMMUG00000051118 ENSMMUG00000058846 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a.k.e.a #22 Olive baboon MODERN SPECIES 1 NXPH2 (ENSPANG00000015734) ENSPANG00000038498 ENSPANG00000018859 LRP1B (ENSPANG00000007101) ENSPANG00000046031 ENSPANG00000039415 ENSPANG00000050765 KYNU (ENSPANG00000019763) ARHGAP15 (ENSPANG00000009773) GTDC1 (ENSPANG00000021875) ZEB2 (ENSPANG00000008399) ENSPANG00000040201 ENSPANG00000045723 ENSPANG00000043648 ENSPANG00000003757 ENSPANG00000015679 #22 CLIC1 (ENSPANG00000019928) ENSPANG00000035057 ACVR2A (ENSPANG00000012445) ORC4 (ENSPANG00000009846) MBD5 (ENSPANG00000015848) EPC2 (ENSPANG00000009534) ENSPANG00000042526 KIF5C (ENSPANG00000018689) LYPD6B (ENSPANG00000022096) LYPD6 (ENSPANG00000019895) ENSPANG00000048846 ENSPANG00000038761 MMADHC (ENSPANG00000019761) ENSPANG00000009096 RND3 (ENSPANG00000015939) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a.k.e.b #22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a.k.e.b #22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a.k.e.b #22 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 2 MUCL1 (ENSMFAG00000051719) TESPA1 (ENSMFAG00000040218) NEUROD4 (ENSMFAG00000030073) ENSMFAG00000065363 ENSMFAG00000063829 ENSMFAG00000065221 ENSMFAG00000003915 OR10A7 (ENSMFAG00000036855) OR6C74 (ENSMFAG00000054196) OR6C1 (ENSMFAG00000054015) OR6C75 (ENSMFAG00000059604) ENSMFAG00000055470 OR6C2 (ENSMFAG00000028782) ENSMFAG00000055540 ENSMFAG00000064214 ENSMFAG00000062892 #22 OR6C4 (ENSMFAG00000052186) OR2AP1 (ENSMFAG00000056876) OR10P1 (ENSMFAG00000030027) METTL7B (ENSMFAG00000041138) ITGA7 (ENSMFAG00000022956) BLOC1S1 (ENSMFAG00000057152) RDH5 (ENSMFAG00000002032) CD63 (ENSMFAG00000045733) ENSMFAG00000045270 ENSMFAG00000048555 ORMDL2 (ENSMFAG00000061489) DNAJC14 (ENSMFAG00000040360) MMP19 (ENSMFAG00000002663) PYM1 (ENSMFAG00000003048) DGKA (ENSMFAG00000042903) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00390000000002.a.a.a #9 ENSGT00940000157352 #11 ENSGT00390000018052.l.a ENSGT00390000018145.cb.a.a.b.b ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00940000156077 #13 ENSGT00910000146901 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000160604 #16 ENSGT00940000155155.c #17 ENSGT00670000098059 #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00940000154143.e.d ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.c.a.a.a.k.f #22 ENSGT00910000146954 ENSGT00940000157489 #23 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000017929 #27 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000162201 #29 ENSGT00940000162884 #30 ENSGT00940000163662 #32 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00900000143434 ENSGT00910000147773 ENSGT00390000009693.m.b ENSGT00940000157949 #34 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000000002.a.a.a #9 ENSGT00940000157352 #11 ENSGT00390000018052.l.a ENSGT00390000018145.cb.a.a.b.b ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00940000156077 #13 ENSGT00910000146901 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000160604 #16 ENSGT00940000155155.c #17 ENSGT00670000098059 #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00940000154143.e.d ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.c.a.a.a.k.f #22 ENSGT00910000146954 ENSGT00940000157489 #23 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000017929 #27 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000162201 #29 ENSGT00940000162884 #30 ENSGT00940000163662 #32 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00900000143434 ENSGT00910000147773 ENSGT00390000009693.m.b ENSGT00940000157949 #34 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 116 ENSGT00940000157352 #11 ENSGT00390000018052.l.a ENSGT00390000018145.cb.a.a.b.b ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00940000156077 #13 ENSGT00910000146901 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000160604 #16 ENSGT00940000155155.c #17 ENSGT01060000249734 ENSGT00670000098059 #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00940000154143.e.d ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.c.a.a.a.k.f #22 ENSGT00910000146954 ENSGT00940000157489 #23 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000017929 #27 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000162884 #30 ENSGT00940000163662 #32 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00900000143434 ENSGT00910000147773 ENSGT00390000009693.m.b ENSGT00940000157949 #34 ENSGT00940000156247 #35 Sooty mangabey MODERN SPECIES 639 ENSCATG00000033739 RBM47 (ENSCATG00000042064) #12 CHRNA9 (ENSCATG00000044901) #13 ENSCATG00000035615 RHOH (ENSCATG00000020941) #14 N4BP2 (ENSCATG00000039636) #16 ENSCATG00000039908 ENSCATG00000041746 ENSCATG00000034563 #17 ENSCATG00000004076 UBE2K (ENSCATG00000033637) #18 SMIM14 (ENSCATG00000044936) #19 UGDH (ENSCATG00000029946) #20 ENSCATG00000037258 LIAS (ENSCATG00000037444) #21 RPL9 (ENSCATG00000031890) #22 ENSCATG00000009623 KLB (ENSCATG00000025508) #23 RFC1 (ENSCATG00000015035) #24 WDR19 (ENSCATG00000038619) #25 KLHL5 (ENSCATG00000031256) #26 TMEM156 (ENSCATG00000034175) #27 FAM114A1 (ENSCATG00000045008) #28 TLR1 (ENSCATG00000018736) #30 TLR10 (ENSCATG00000020190) #32 KLF3 (ENSCATG00000013375) #33 ENSCATG00000006552 TBC1D1 (ENSCATG00000008268) #34 ENSCATG00000037748 PTTG2 (ENSCATG00000040651) PGM2 (ENSCATG00000031967) #35 Drill MODERN SPECIES 873 CHRNA9 (ENSMLEG00000038729) #13 RHOH (ENSMLEG00000025962) #14 N4BP2 (ENSMLEG00000034237) #16 ENSMLEG00000040433 ENSMLEG00000043936 #17 ENSMLEG00000005156 UBE2K (ENSMLEG00000029291) #18 SMIM14 (ENSMLEG00000038901) #19 UGDH (ENSMLEG00000039275) #20 ENSMLEG00000022091 LIAS (ENSMLEG00000036242) #21 RPL9 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ENSGT00940000162201 #29 ENSGT00940000162884 #30 ENSGT00940000163662 #32 ENSGT00940000157456.a #33 ENSGT00940000157949 #34 ENSGT00940000156247 #35 ENSGT00940000159709 #36 ENSGT00390000013778 Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 141 ENSMNEG00000045350 RBM47 (ENSMNEG00000040774) #12 CHRNA9 (ENSMNEG00000038667) #13 ENSMNEG00000040971 ENSMNEG00000009530 #14 N4BP2 (ENSMNEG00000028631) #16 ENSMNEG00000027574 ENSMNEG00000028327 #17 ENSMNEG00000010026 ENSMNEG00000023929 ENSMNEG00000036755 #18 SMIM14 (ENSMNEG00000031992) #19 UGDH (ENSMNEG00000041384) #20 ENSMNEG00000040854 LIAS (ENSMNEG00000005114) #21 RPL9 (ENSMNEG00000012845) #22 ENSMNEG00000005467 KLB (ENSMNEG00000039728) #23 RFC1 (ENSMNEG00000032597) #24 WDR19 (ENSMNEG00000043290) #25 KLHL5 (ENSMNEG00000044719) #26 TMEM156 (ENSMNEG00000027960) #27 FAM114A1 (ENSMNEG00000044049) #28 TLR1 (ENSMNEG00000004407) #30 TLR10 (ENSMNEG00000015099) #32 TBC1D1 (ENSMNEG00000039653) #34 PTTG2 (ENSMNEG00000042141) PGM2 (ENSMNEG00000014173) #35 RELL1 (ENSMNEG00000030854) #36 C4orf19 (ENSMNEG00000032287) NWD2 (ENSMNEG00000038103) #37 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000157306 #8 ENSGT00390000000002.a.a.a #9 ENSGT00940000157352 #11 ENSGT00390000018052.l.a ENSGT00390000018145.cb.a.a.b.b ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00940000156077 #13 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000160604 #16 ENSGT00940000155155.c #17 ENSGT00670000098059 #18 ENSGT00940000161627.a.a.a.a.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b.b.b.c.a ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.c.a.a.a.k.f #22 ENSGT00940000157489 #23 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000017929 #27 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000162201 #29 ENSGT00940000162884 #30 ENSGT00940000163662 #32 ENSGT00940000157456.a #33 ENSGT01030000240362 ENSGT00940000157949 #34 ENSGT01030000235076 ENSGT01100000263493.a.b.a.a.a.b.b.b.b.c.a ENSGT00940000156247 #35 Rhesus MODERN SPECIES 15 APBB2 (ENSMMUG00000012563) #9 NSUN7 (ENSMMUG00000012561) #11 ENSMMUG00000030357 ENSMMUG00000053608 RBM47 (ENSMMUG00000012036) #12 ENSMMUG00000040680 CHRNA9 (ENSMMUG00000030358) #13 RHOH (ENSMMUG00000063857) #14 N4BP2 (ENSMMUG00000002667) #16 PDS5A (ENSMMUG00000011323) #17 UBE2K (ENSMMUG00000011325) #18 ENSMMUG00000060423 SMIM14 (ENSMMUG00000020324) #19 UGDH (ENSMMUG00000001892) #20 LIAS (ENSMMUG00000013851) #21 RPL9 (ENSMMUG00000008553) #22 KLB (ENSMMUG00000008834) #23 RFC1 (ENSMMUG00000009324) #24 ENSMMUG00000050249 WDR19 (ENSMMUG00000002756) #25 KLHL5 (ENSMMUG00000002755) #26 TMEM156 (ENSMMUG00000002419) #27 FAM114A1 (ENSMMUG00000004471) #28 TLR6 (ENSMMUG00000002418) #29 ENSMMUG00000050528 TLR1 (ENSMMUG00000016754) #30 TLR10 (ENSMMUG00000003373) #32 KLF3 (ENSMMUG00000003363) #33 ENSMMUG00000055079 TBC1D1 (ENSMMUG00000000237) #34 ENSMMUG00000060134 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 15 KCTD8 (ENSMFAG00000049846) GRXCR1 (ENSMFAG00000037806) ENSMFAG00000056632 ATP8A1 (ENSMFAG00000038620) SHISA3 (ENSMFAG00000030992) BEND4 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ENSTBEG00000013791 #22 Tree shrew MODERN SPECIES 6467 ENSTBEG00000016586 #22 Tree shrew MODERN SPECIES 3130 ENSTBEG00000007280 #20 LIAS (ENSTBEG00000006400) #21 ENSTBEG00000006042 #22 KLB (ENSTBEG00000005041) #23 RFC1 (ENSTBEG00000003087) #24 WDR19 (ENSTBEG00000008475) #25 KLHL5 (ENSTBEG00000007829) #26 ENSTBEG00000007521 #27 FAM114A1 (ENSTBEG00000006251) #28 Tree shrew MODERN SPECIES 7168 ENSTBEG00000002164 #22 Tree shrew MODERN SPECIES 2299 ZMYM4 (ENSTBEG00000012066) ENSTBEG00000011986 #22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a #22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a #22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a #22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a #22 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 27 ENSHGLG00000002235 ENSHGLG00000002271 ENSHGLG00000002300 NETO2 (ENSHGLG00000002342) ITFG1 (ENSHGLG00000002469) PHKB (ENSHGLG00000002597) ENSHGLG00000032846 ENSHGLG00000012004 ENSHGLG00000048126 ENSHGLG00000047723 ENSHGLG00000039002 ENSHGLG00000003031 ENSHGLG00000048075 ENSHGLG00000003081 SIAH1 (ENSHGLG00000003142) ENSHGLG00000003222 #22 ENSHGLG00000019576 ENSHGLG00000044802 ENSHGLG00000011825 ENSHGLG00000018200 CHST2 (ENSHGLG00000041521) U2SURP (ENSHGLG00000017227) PAQR9 (ENSHGLG00000017213) PCOLCE2 (ENSHGLG00000017054) ENSHGLG00000048356 TRPC1 (ENSHGLG00000017039) ATR (ENSHGLG00000016875) XRN1 (ENSHGLG00000014476) GK5 (ENSHGLG00000014374) ENSHGLG00000033455 TFDP2 (ENSHGLG00000013441) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a #22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a #22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a #22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a #22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a #22 Rat MODERN SPECIES 7 Tusc3 (ENSRNOG00000013061) AABR07025986.2 (ENSRNOG00000057716) AABR07026002.1 (ENSRNOG00000032376) Dlc1 (ENSRNOG00000010780) Trmt9b (ENSRNOG00000011253) ENSRNOG00000066954 Lonrf1 (ENSRNOG00000053706) Prag1 (ENSRNOG00000011407) Cldn23 (ENSRNOG00000011424) LOC100910088 (ENSRNOG00000054809) Mfhas1 (ENSRNOG00000011431) Eri1 (ENSRNOG00000011448) Ppp1r3b (ENSRNOG00000011474) Tnks (ENSRNOG00000011625) Dusp4 (ENSRNOG00000011921) AABR07026048.1 (ENSRNOG00000031879) #22 Saraf (ENSRNOG00000012329) Leprotl1 (ENSRNOG00000012601) Mboat4 (ENSRNOG00000030102) Dctn6 (ENSRNOG00000013254) LOC100364509 (ENSRNOG00000050067) AABR07026059.1 (ENSRNOG00000031959) Rbpms (ENSRNOG00000013328) Gtf2e2 (ENSRNOG00000014422) Smim18 (ENSRNOG00000049689) ENSRNOG00000070491 Gsr (ENSRNOG00000014915) Ubxn8 (ENSRNOG00000015109) Ppp2cb (ENSRNOG00000015182) Tex15 (ENSRNOG00000007748) Purg (ENSRNOG00000015426) Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a #22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.a #22 Golden Hamster MODERN SPECIES 666 Bbx (ENSMAUG00000012741) Cd47 (ENSMAUG00000009968) Ift57 (ENSMAUG00000001803) Myh15 (ENSMAUG00000002083) Cip2a (ENSMAUG00000000178) Dzip3 (ENSMAUG00000016010) ENSMAUG00000014727 ENSMAUG00000018846 Retnlb (ENSMAUG00000017128) Trat1 (ENSMAUG00000000687) Morc1 (ENSMAUG00000014778) Gm5485 (ENSMAUG00000013620) ENSMAUG00000011148 Dppa4 (ENSMAUG00000015913) ENSMAUG00000013101 ENSMAUG00000012459 #22 Nectin3 (ENSMAUG00000000044) Cd96 (ENSMAUG00000015667) Plcxd2 (ENSMAUG00000011354) Phldb2 (ENSMAUG00000010422) Abhd10 (ENSMAUG00000007568) Tagln3 (ENSMAUG00000004829) Tmprss7 (ENSMAUG00000009970) BC016579 (ENSMAUG00000010379) Gcsam (ENSMAUG00000009420) Slc9c1 (ENSMAUG00000014273) ENSMAUG00000012530 Cd200 (ENSMAUG00000006867) Btla (ENSMAUG00000010961) Atg3 (ENSMAUG00000009927) Slc35a5 (ENSMAUG00000000168) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 46 ENSGT00390000011368 ENSGT00940000159958 ENSGT00950000183159.a ENSGT00940000157306 #8 ENSGT00390000000002.a.a.a #9 ENSGT00940000157352 #11 ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00940000156077 #13 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000160604 #16 ENSGT00940000155155 #17 ENSGT00670000098059 #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.c.a.a.a #22 ENSGT00940000157489 #23 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000017929 #27 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000162201 #29 ENSGT00940000162884 #30 ENSGT00940000163662 #32 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00940000157949 #34 ENSGT00940000156247 #35 ENSGT00940000159709 #36 ENSGT00390000013778 ENSGT00940000153648.b #37 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 53 ENSGT00390000011368 ENSGT00940000159958 ENSGT00950000183159.a ENSGT00940000157306 #8 ENSGT00390000000002.a.a.a #9 ENSGT00940000157352 #11 ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00940000156077 #13 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000160604 #16 ENSGT00940000155155 #17 ENSGT00670000098059 #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.c.a.a.a #22 ENSGT00940000157489 #23 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000017929 #27 ENSGT00390000010054.b 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Elephant DUPLICATION Elephant MODERN SPECIES 164 PHOX2B (ENSLAFG00000022070) LIMCH1 (ENSLAFG00000008797) UCHL1 (ENSLAFG00000002494) #8 APBB2 (ENSLAFG00000011950) #9 NSUN7 (ENSLAFG00000011942) #11 RBM47 (ENSLAFG00000011998) #12 CHRNA9 (ENSLAFG00000000185) #13 RHOH (ENSLAFG00000000188) #14 N4BP2 (ENSLAFG00000012204) #16 PDS5A (ENSLAFG00000008328) #17 UBE2K (ENSLAFG00000007163) #18 ENSLAFG00000030595 SMIM14 (ENSLAFG00000002601) #19 UGDH (ENSLAFG00000007062) #20 LIAS (ENSLAFG00000012023) #21 RPL9 (ENSLAFG00000012021) #22 KLB (ENSLAFG00000012016) #23 RFC1 (ENSLAFG00000011467) #24 WDR19 (ENSLAFG00000015372) #25 KLHL5 (ENSLAFG00000002282) #26 TMEM156 (ENSLAFG00000002280) #27 FAM114A1 (ENSLAFG00000013559) #28 TLR6 (ENSLAFG00000032091) #29 TLR1 (ENSLAFG00000008549) #30 TLR10 (ENSLAFG00000008544) #32 KLF3 (ENSLAFG00000032166) #33 TBC1D1 (ENSLAFG00000005076) #34 PGM2 (ENSLAFG00000005067) #35 RELL1 (ENSLAFG00000016276) #36 C4orf19 (ENSLAFG00000030311) NWD2 (ENSLAFG00000020908) #37 Elephant MODERN 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DUPLICATION Rabbit MODERN SPECIES 11 LIMCH1 (ENSOCUG00000015547) ENSOCUG00000015459 UCHL1 (ENSOCUG00000001353) #8 APBB2 (ENSOCUG00000016932) #9 NSUN7 (ENSOCUG00000016920) #11 RBM47 (ENSOCUG00000012034) #12 CHRNA9 (ENSOCUG00000017105) #13 RHOH (ENSOCUG00000005126) #14 N4BP2 (ENSOCUG00000005111) #16 PDS5A (ENSOCUG00000005880) #17 UBE2K (ENSOCUG00000005872) #18 ENSOCUG00000022085 ENSOCUG00000033560 #19 UGDH (ENSOCUG00000005531) #20 LIAS (ENSOCUG00000009096) #21 ENSOCUG00000009091 ##22 KLB (ENSOCUG00000009086) #23 RFC1 (ENSOCUG00000004739) #24 WDR19 (ENSOCUG00000004716) #25 KLHL5 (ENSOCUG00000010438) #26 TMEM156 (ENSOCUG00000000579) #27 FAM114A1 (ENSOCUG00000009603) #28 TLR6 (ENSOCUG00000006031) #29 TLR1 (ENSOCUG00000001824) #30 TLR10 (ENSOCUG00000003701) #32 KLF3 (ENSOCUG00000003698) #33 ENSOCUG00000022888 TBC1D1 (ENSOCUG00000012442) #34 PGM2 (ENSOCUG00000013740) #35 ENSOCUG00000036928 RELL1 (ENSOCUG00000003419) #36 Rabbit MODERN SPECIES 4 ENSOCUG00000035073 SLC16A1 (ENSOCUG00000016776) 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(ENSOCUG00000000367) C5orf22 (ENSOCUG00000000375) ENSOCUG00000011508 ENSOCUG00000038568 GOLPH3 (ENSOCUG00000011535) MTMR12 (ENSOCUG00000014937) ZFR (ENSOCUG00000016737) SUB1 (ENSOCUG00000006262) ENSOCUG00000030838 NPR3 (ENSOCUG00000010507) ENSOCUG00000034051 Rabbit MODERN SPECIES ELF5 (ENSOCUG00000014207) CAT (ENSOCUG00000014198) ABTB2 (ENSOCUG00000001405) NAT10 (ENSOCUG00000001398) CAPRIN1 (ENSOCUG00000024887) LMO2 (ENSOCUG00000001532) ENSOCUG00000014606 ENSOCUG00000038151 ENSOCUG00000014601 ENSOCUG00000030857 C11orf91 (ENSOCUG00000025307) ENSOCUG00000033520 KIAA1549L (ENSOCUG00000029147) HIPK3 (ENSOCUG00000001215) CSTF3 (ENSOCUG00000015417) ENSOCUG00000023635 ##22 TCP11L1 (ENSOCUG00000015409) QSER1 (ENSOCUG00000015381) PRRG4 (ENSOCUG00000012440) ENSOCUG00000035878 CCDC73 (ENSOCUG00000004491) ENSOCUG00000004483 WT1 (ENSOCUG00000005882) ENSOCUG00000033792 #10 ENSOCUG00000031206 #10 ENSOCUG00000029350 RCN1 (ENSOCUG00000016268) PAX6 (ENSOCUG00000011075) ELP4 (ENSOCUG00000001925) IMMP1L 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ENSOCUG00000007128 ENSOCUG00000036865 ENSOCUG00000024651 ENSOCUG00000002567 CASP10 (ENSOCUG00000004510) CFLAR (ENSOCUG00000011072) NDUFB3 (ENSOCUG00000011069) ENSOCUG00000016854 HYCC2 (ENSOCUG00000010690) ORC2 (ENSOCUG00000010675) ENSOCUG00000021325 ##22 NIF3L1 (ENSOCUG00000010667) PPIL3 (ENSOCUG00000010661) CLK1 (ENSOCUG00000010653) ENSOCUG00000010647 ENSOCUG00000026480 ENSOCUG00000024593 ENSOCUG00000035654 AOX1 (ENSOCUG00000013971) ENSOCUG00000000547 ENSOCUG00000037416 KCTD18 (ENSOCUG00000011556) SPATS2L (ENSOCUG00000011549) ENSOCUG00000017946 ENSOCUG00000035705 ENSOCUG00000016464 Rabbit MODERN SPECIES 912 ENSOCUG00000014593 ENSOCUG00000004581 ENSOCUG00000014954 ENSOCUG00000027956 ##22 ENSOCUG00000038840 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.a.a ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.a.a ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.a.a ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.a.a ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.a.a ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.a.a ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.a.a ##22 Prairie vole DUPLICATION Prairie vole MODERN SPECIES 349 Slc30a9 (ENSMOCG00000014575) Tmem33 (ENSMOCG00000012538) Phox2b (ENSMOCG00000021271) ENSMOCG00000000809 Uchl1 (ENSMOCG00000022795) #8 Apbb2 (ENSMOCG00000018223) #9 Nsun7 (ENSMOCG00000022890) #11 Rbm47 (ENSMOCG00000021170) #12 Chrna9 (ENSMOCG00000013218) #13 Rhoh (ENSMOCG00000002547) #14 N4bp2 (ENSMOCG00000005150) #16 Pds5a (ENSMOCG00000018554) #17 Ube2k (ENSMOCG00000016915) #18 Ugdh (ENSMOCG00000021559) #20 Lias (ENSMOCG00000004333) #21 ENSMOCG00000013758 ##22 Klb (ENSMOCG00000022619) #23 Rfc1 (ENSMOCG00000023036) #24 Wdr19 (ENSMOCG00000017282) #25 Klhl5 (ENSMOCG00000000606) #26 Tmem156 (ENSMOCG00000011114) #27 Fam114a1 (ENSMOCG00000003632) #28 ENSMOCG00000002752 #33 ENSMOCG00000005398 ENSMOCG00000020501 Tbc1d1 (ENSMOCG00000000703) #34 Pgm2 (ENSMOCG00000002142) #35 Rell1 (ENSMOCG00000013662) #36 0610040J01Rik (ENSMOCG00000010145) ENSMOCG00000004195 Nwd2 (ENSMOCG00000002726) #37 Prairie vole MODERN SPECIES 15 Mgrn1 (ENSMOCG00000001522) Ubald1 (ENSMOCG00000022428) ENSMOCG00000021983 ENSMOCG00000004977 ENSMOCG00000022446 Nmral1 (ENSMOCG00000021416) Dnaja3 (ENSMOCG00000009730) Vasn (ENSMOCG00000009462) Coro7 (ENSMOCG00000009834) ENSMOCG00000004371 Glis2 (ENSMOCG00000022571) Tfap4 (ENSMOCG00000019994) Srl (ENSMOCG00000008208) Adcy9 (ENSMOCG00000021838) ENSMOCG00000010328 ENSMOCG00000022530 ##22 Crebbp (ENSMOCG00000016830) Trap1 (ENSMOCG00000010441) Dnase1 (ENSMOCG00000018529) ENSMOCG00000004024 Nlrc3 (ENSMOCG00000009820) Cluap1 (ENSMOCG00000004106) 1700037C18Rik (ENSMOCG00000008711) Naa60 (ENSMOCG00000016632) Zfp597 (ENSMOCG00000005901) Zfp174 (ENSMOCG00000004638) ENSMOCG00000001631 ENSMOCG00000010482 ENSMOCG00000002263 Zfp263 (ENSMOCG00000021995) Mefv (ENSMOCG00000021086) Euarchontoglires DUPLICATION Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.a.b.a ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.a.b.a ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.a.b.a ##22 Tarsier DUPLICATION Tarsier DUPLICATION Tarsier MODERN SPECIES 709 ENSTSYG00000035529 ##22 Tarsier MODERN SPECIES 752 ENSTSYG00000027256 ##22 Tarsier MODERN SPECIES 7165 ZNF529 (ENSTSYG00000005941) ZNF382 (ENSTSYG00000014470) ZNF461 (ENSTSYG00000027958) ZNF567 (ENSTSYG00000031166) ENSTSYG00000032959 ENSTSYG00000000427 ZNF146 (ENSTSYG00000034246) ZNF565 (ENSTSYG00000033964) ENSTSYG00000025699 ##22 COX7A1 (ENSTSYG00000030965) ENSTSYG00000035831 TBCB (ENSTSYG00000036938) POLR2I (ENSTSYG00000028318) OVOL3 (ENSTSYG00000030934) WDR62 (ENSTSYG00000008444) THAP8 (ENSTSYG00000004074) CLIP3 (ENSTSYG00000013828) ENSTSYG00000019400 SYNE4 (ENSTSYG00000013826) LRFN3 (ENSTSYG00000004621) TYROBP (ENSTSYG00000000470) HCST (ENSTSYG00000000471) NFKBID (ENSTSYG00000026336) Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.a.b.a ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.a.b.a ##22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.a.b.a ##22 Gibbon MODERN SPECIES 105 PHB1 (ENSNLEG00000002978) ZNF652 (ENSNLEG00000027071) ENSNLEG00000018816 ABI3 (ENSNLEG00000002938) ENSNLEG00000002931 B4GALNT2 (ENSNLEG00000002844) IGF2BP1 (ENSNLEG00000002786) GIP (ENSNLEG00000002767) SNF8 (ENSNLEG00000002743) ENSNLEG00000002739 ATP5MC1 (ENSNLEG00000002718) CALCOCO2 (ENSNLEG00000002619) TTLL6 (ENSNLEG00000002601) HOXB13 (ENSNLEG00000002594) ENSNLEG00000036120 ENSNLEG00000029075 ##22 HOXB6 (ENSNLEG00000002585) HOXB5 (ENSNLEG00000002574) HOXB4 (ENSNLEG00000002570) HOXB2 (ENSNLEG00000002566) ENSNLEG00000018815 SKAP1 (ENSNLEG00000002519) SNX11 (ENSNLEG00000002479) ENSNLEG00000002435 NFE2L1 (ENSNLEG00000002415) ENSNLEG00000002409 ENSNLEG00000002109 PRR15L (ENSNLEG00000002102) PNPO (ENSNLEG00000002062) ENSNLEG00000002058 SP6 (ENSNLEG00000002050) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.a.b.a ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.a.b.a ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.a.b.a ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.a.b.a ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.a.b.a ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.a.b.a ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.a.b.a ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.a.b.a ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.a.b.a ##22 Prairie vole MODERN SPECIES 84 A2ml1 (ENSMOCG00000021791) Pzp (ENSMOCG00000000512) Fkbp4 (ENSMOCG00000004045) Itfg2 (ENSMOCG00000007429) Nrip2 (ENSMOCG00000011387) Tex52 (ENSMOCG00000019537) Foxm1 (ENSMOCG00000022353) Rhno1 (ENSMOCG00000013596) Tulp3 (ENSMOCG00000005977) Tead4 (ENSMOCG00000016979) Tspan9 (ENSMOCG00000002692) Tspan11 (ENSMOCG00000008444) Prmt8 (ENSMOCG00000002303) Cracr2a (ENSMOCG00000016052) Parp11 (ENSMOCG00000019262) ENSMOCG00000015905 ##22 Ccnd2 (ENSMOCG00000016031) Tigar (ENSMOCG00000009323) Fgf23 (ENSMOCG00000014012) Fgf6 (ENSMOCG00000013241) D6Wsu163e (ENSMOCG00000004952) Rad51ap1 (ENSMOCG00000019651) ENSMOCG00000015003 Dyrk4 (ENSMOCG00000013112) Akap3 (ENSMOCG00000012229) Ndufa9 (ENSMOCG00000008163) ENSMOCG00000010172 Kcna6 (ENSMOCG00000007165) Kcna1 (ENSMOCG00000003348) Kcna5 (ENSMOCG00000002810) ENSMOCG00000015356 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.a.b.b ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.a.b.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.a.b.b ##22 Tarsier MODERN SPECIES 6494 COL6A6 (ENSTSYG00000032018) COL6A5 (ENSTSYG00000012688) SMIM14 (ENSTSYG00000025656) #19 UGDH (ENSTSYG00000000454) #20 LIAS (ENSTSYG00000013876) #21 RPL9 (ENSTSYG00000033916) ##22 KLB (ENSTSYG00000006584) #23 RFC1 (ENSTSYG00000013946) #24 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000159958 ENSGT00950000183159.a ENSGT00940000157306 #8 ENSGT00390000000002.a.a.a #9 ENSGT00940000157352 #11 ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00940000156077 #13 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000160604 #16 ENSGT00940000155155 #17 ENSGT00670000098059 #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.c.a.a.b.a.a ##22 ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000157489 #23 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000017929 #27 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000162201 #29 ENSGT00940000162884 #30 ENSGT00940000163662 #32 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00940000157949 #34 ENSGT00940000156247 #35 ENSGT00940000159709 #36 ENSGT00390000013778 ENSGT00940000153648.b #37 Pika MODERN SPECIES 2492 ENSOPRG00000010045 ##22 KLB (ENSOPRG00000010028) #23 RFC1 (ENSOPRG00000009989) #24 WDR19 (ENSOPRG00000009938) #25 Rabbit DUPLICATION Rabbit MODERN SPECIES 10 ACE (ENSOCUG00000001555) CYB561 (ENSOCUG00000026470) TANC2 (ENSOCUG00000001554) MARCHF10 (ENSOCUG00000012601) ENSOCUG00000017494 MRC2 (ENSOCUG00000031663) TLK2 (ENSOCUG00000006074) ENSOCUG00000011591 EFCAB3 (ENSOCUG00000001831) ENSOCUG00000033945 #10 ENSOCUG00000029284 ENSOCUG00000013026 EFCAB13 (ENSOCUG00000038552) ENSOCUG00000024256 ITGB3 (ENSOCUG00000005579) ENSOCUG00000022076 ##22 MYL4 (ENSOCUG00000010829) CDC27 (ENSOCUG00000010815) KANSL1 (ENSOCUG00000011401) MAPT (ENSOCUG00000011386) SPPL2C (ENSOCUG00000028114) CRHR1 (ENSOCUG00000025701) ENSOCUG00000023198 NSF (ENSOCUG00000014783) WNT3 (ENSOCUG00000014805) WNT9B (ENSOCUG00000021211) GOSR2 (ENSOCUG00000003119) LYZL6 (ENSOCUG00000023930) RDM1 (ENSOCUG00000022704) MEIOC (ENSOCUG00000012383) CCDC43 (ENSOCUG00000017526) Rabbit MODERN SPECIES 5 SLC4A7 (ENSOCUG00000013596) ENSOCUG00000004133 EOMES (ENSOCUG00000000451) CMC1 (ENSOCUG00000012793) ENSOCUG00000014956 ZCWPW2 (ENSOCUG00000017720) ENSOCUG00000036953 RBMS3 (ENSOCUG00000004840) ENSOCUG00000026258 ENSOCUG00000030799 TGFBR2 (ENSOCUG00000015963) GADL1 (ENSOCUG00000000788) ENSOCUG00000036923 #10 STT3B (ENSOCUG00000011918) OSBPL10 (ENSOCUG00000011925) ENSOCUG00000021645 ##22 ENSOCUG00000010093 CMTM8 (ENSOCUG00000035377) CMTM7 (ENSOCUG00000014724) ENSOCUG00000000764 DYNC1LI1 (ENSOCUG00000009535) CNOT10 (ENSOCUG00000011431) TRIM71 (ENSOCUG00000007612) GLB1 (ENSOCUG00000005824) CRTAP (ENSOCUG00000007741) SUSD5 (ENSOCUG00000015507) FBXL2 (ENSOCUG00000034278) UBP1 (ENSOCUG00000011063) ENSOCUG00000037306 CLASP2 (ENSOCUG00000000996) ENSOCUG00000035903 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Degu MODERN SPECIES 63 ENSODEG00000008680 ENSODEG00000007886 ENSODEG00000008390 NT5E (ENSODEG00000009213) SNX14 (ENSODEG00000009253) SYNCRIP (ENSODEG00000008768) ENSODEG00000009194 ENSODEG00000008344 ENSODEG00000019529 HTR1E (ENSODEG00000019516) Cga (ENSODEG00000009510) ENSODEG00000011652 ZNF292 (ENSODEG00000007524) SMIM8 (ENSODEG00000007885) C6orf163 (ENSODEG00000010057) ENSODEG00000009562 ##22 ENSODEG00000008775 CFAP206 (ENSODEG00000007616) SLC35A1 (ENSODEG00000009238) RARS2 (ENSODEG00000007822) ORC3 (ENSODEG00000008073) AKIRIN2 (ENSODEG00000008203) ENSODEG00000019522 ENSODEG00000019473 SPACA1 (ENSODEG00000009288) ENSODEG00000019610 CNR1 (ENSODEG00000008433) ENSODEG00000007826 ENSODEG00000019444 RNGTT (ENSODEG00000007302) ENSODEG00000019379 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 11 ENSHGLG00000044017 SOS2 (ENSHGLG00000011807) L2HGDH (ENSHGLG00000010171) DMAC2L (ENSHGLG00000042464) CDKL1 (ENSHGLG00000042701) ENSHGLG00000007162 MAP4K5 (ENSHGLG00000011509) ATL1 (ENSHGLG00000017094) ENSHGLG00000014486 ENSHGLG00000039372 NIN (ENSHGLG00000010798) ABHD12B (ENSHGLG00000017092) PYGL (ENSHGLG00000011923) TRIM9 (ENSHGLG00000011753) TMX1 (ENSHGLG00000012700) ENSHGLG00000046758 ##22 FRMD6 (ENSHGLG00000013454) GNG2 (ENSHGLG00000037657) ENSHGLG00000011931 NID2 (ENSHGLG00000012453) PTGDR (ENSHGLG00000011361) PTGER2 (ENSHGLG00000040443) TXNDC16 (ENSHGLG00000010925) ENSHGLG00000050455 GPR137C (ENSHGLG00000014860) ERO1A (ENSHGLG00000009956) PSMC6 (ENSHGLG00000012892) STYX (ENSHGLG00000009818) ENSHGLG00000014618 FERMT2 (ENSHGLG00000018139) DDHD1 (ENSHGLG00000019227) Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 624 TLE1 (ENSUPAG00010011030) ENSUPAG00010011100 ##22 Eurasian red squirrel DUPLICATION Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 14 ENSSVLG00005010885 ENSSVLG00005010915 SMIM10L1 (ENSSVLG00005010988) TAS2R42 (ENSSVLG00005011003) ENSSVLG00005011024 ENSSVLG00005011042 ENSSVLG00005011107 ENSSVLG00005011182 ENSSVLG00005011362 ENSSVLG00005013102 ETV6 (ENSSVLG00005013207) BCL2L14 (ENSSVLG00005013351) ENSSVLG00005013557 MANSC1 (ENSSVLG00005013792) BORCS5 (ENSSVLG00005013968) ENSSVLG00005014092 ##22 DUSP16 (ENSSVLG00005014160) ENSSVLG00005014288 CREBL2 (ENSSVLG00005014339) GPR19 (ENSSVLG00005014376) CDKN1B (ENSSVLG00005014387) APOLD1 (ENSSVLG00005014427) DDX47 (ENSSVLG00005014476) GPRC5A (ENSSVLG00005014537) GPRC5D (ENSSVLG00005014569) HEBP1 (ENSSVLG00005014606) ENSSVLG00005014743 FAM234B (ENSSVLG00005014783) GSG1 (ENSSVLG00005014871) ENSSVLG00005015396 EMP1 (ENSSVLG00005015423) Eurasian red squirrel DUPLICATION Eurasian red squirrel DUPLICATION Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 17 CYP51A1 (ENSSVLG00005011134) ENSSVLG00005011211 ENSSVLG00005011448 ENSSVLG00005011626 MTERF1 (ENSSVLG00005011701) CDK14 (ENSSVLG00005012151) CLDN12 (ENSSVLG00005012697) GTPBP10 (ENSSVLG00005012737) ENSSVLG00005012805 ENSSVLG00005012852 FAM237B (ENSSVLG00005012909) CFAP69 (ENSSVLG00005012961) STEAP2 (ENSSVLG00005013213) ENSSVLG00005013291 ENSSVLG00005013321 ENSSVLG00005013380 ##22 ENSSVLG00005013465 ZNF804B (ENSSVLG00005013501) TEX47 (ENSSVLG00005009842) STEAP4 (ENSSVLG00005010244) SRI (ENSSVLG00005010341) ADAM22 (ENSSVLG00005010506) ENSSVLG00005010604 SLC25A40 (ENSSVLG00005010709) SLC25A3 (ENSSVLG00005010767) RUNDC3B (ENSSVLG00005010845) ABCB1 (ENSSVLG00005011215) ABCB4 (ENSSVLG00005011940) CROT (ENSSVLG00005012838) TMEM243 (ENSSVLG00005012927) DMTF1 (ENSSVLG00005012989) Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 11 ENSSVLG00005011189 ATP10A (ENSSVLG00005010147) GABRB3 (ENSSVLG00005009710) GABRA5 (ENSSVLG00005009605) GABRG3 (ENSSVLG00005009456) ENSSVLG00005009420 OCA2 (ENSSVLG00005009249) HERC2 (ENSSVLG00005008754) ENSSVLG00005008701 NIPA1 (ENSSVLG00005008682) ENSSVLG00005008620 CYFIP1 (ENSSVLG00005008475) TUBGCP5 (ENSSVLG00005008437) FAH (ENSSVLG00005008412) ZFAND6 (ENSSVLG00005008321) ENSSVLG00005008292 ##22 BCL2A1 (ENSSVLG00005008264) MTHFS (ENSSVLG00005008240) MINAR1 (ENSSVLG00005008210) TMED3 (ENSSVLG00005008188) ANKRD34C (ENSSVLG00005008176) ENSSVLG00005008153 RASGRF1 (ENSSVLG00005007962) CTSH (ENSSVLG00005007841) MORF4L1 (ENSSVLG00005007603) ADAMTS7 (ENSSVLG00005007537) TBC1D2B (ENSSVLG00005007497) SH2D7 (ENSSVLG00005007466) CIB2 (ENSSVLG00005007403) ENSSVLG00005007289 ENSSVLG00005007245 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 18 ENSSVLG00005025387 ENSSVLG00005025393 YTHDC1 (ENSSVLG00005025412) TMPRSS11E (ENSSVLG00005025437) ENSSVLG00005025457 ENSSVLG00005025468 TMPRSS11F (ENSSVLG00005025478) ENSSVLG00005025490 TMPRSS11A (ENSSVLG00005025500) TMPRSS11D (ENSSVLG00005025516) ENSSVLG00005025527 GNRHR (ENSSVLG00005025536) UBA6 (ENSSVLG00005025549) STAP1 (ENSSVLG00005011286) CENPC (ENSSVLG00005011404) ENSSVLG00005011659 ##22 ENSSVLG00005011711 EPHA5 (ENSSVLG00005011847) ENSSVLG00005013082 TECRL (ENSSVLG00005013260) ENSSVLG00005013574 ENSSVLG00005013679 ENSSVLG00005013726 ENSSVLG00005013805 ADGRL3 (ENSSVLG00005014662) IGFBP7 (ENSSVLG00005018424) POLR2B (ENSSVLG00005018501) NOA1 (ENSSVLG00005018806) REST (ENSSVLG00005018896) ENSSVLG00005018966 HOPX (ENSSVLG00005019020) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Kangaroo rat MODERN SPECIES 350 ENSDORG00000012413 Kcnj12 (ENSDORG00000004888) ENSDORG00000026977 ENSDORG00000026128 ENSDORG00000027227 ENSDORG00000028602 ENSDORG00000029302 ENSDORG00000019717 ENSDORG00000028128 ENSDORG00000025966 ENSDORG00000026610 ENSDORG00000029242 Rap1gap2 (ENSDORG00000008796) Ccdc92b (ENSDORG00000026765) Cluh (ENSDORG00000003920) ENSDORG00000026634 ##22 Pafah1b1 (ENSDORG00000003917) ENSDORG00000026252 Mnt (ENSDORG00000025243) Sgsm2 (ENSDORG00000016373) ENSDORG00000016371 Srr (ENSDORG00000016370) Smg6 (ENSDORG00000016614) Hic1 (ENSDORG00000027749) Ovca2 (ENSDORG00000006693) Dph1 (ENSDORG00000006697) Rtn4rl1 (ENSDORG00000011520) Rpa1 (ENSDORG00000006199) ENSDORG00000006198 Serpinf1 (ENSDORG00000006197) Serpinf2 (ENSDORG00000006196) Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Chinese hamster chok1gshd DUPLICATION Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 1 Cdh10 (ENSCGRG00001001483) Cdh12 (ENSCGRG00001015709) Cdh18 (ENSCGRG00001012079) Basp1 (ENSCGRG00001010849) Myo10 (ENSCGRG00001006922) Retreg1 (ENSCGRG00001003409) Zfp622 (ENSCGRG00001024661) Marchf11 (ENSCGRG00001000995) Fbxl7 (ENSCGRG00001002330) Ank (ENSCGRG00001007186) Otulin (ENSCGRG00001009097) Otulinl (ENSCGRG00001013918) Trio (ENSCGRG00001018514) ENSCGRG00001007408 Dnah5 (ENSCGRG00001002726) ENSCGRG00001008572 ##22 ENSCGRG00001009256 Ctnnd2 (ENSCGRG00001012344) ENSCGRG00001009079 Dap (ENSCGRG00001007075) Ankrd33b (ENSCGRG00001016919) Ropn1l (ENSCGRG00001000818) Marchf6 (ENSCGRG00001001973) Cmbl (ENSCGRG00001002936) Cct5 (ENSCGRG00001003625) Atpsckmt (ENSCGRG00001004624) ENSCGRG00001017092 ENSCGRG00001005665 Sema5a (ENSCGRG00001006570) ENSCGRG00001021480 ENSCGRG00001009881 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 285 Nrp1 (ENSCGRG00001011493) Pard3 (ENSCGRG00001012331) Rbm34 (ENSCGRG00001018721) ENSCGRG00001004758 Irf2bp2 (ENSCGRG00001002471) Coa6 (ENSCGRG00001000203) Tarbp1 (ENSCGRG00001016690) Slc35f3 (ENSCGRG00001010139) Kcnk1 (ENSCGRG00001008192) Map3k21 (ENSCGRG00001000308) Pcnx2 (ENSCGRG00001021346) Ntpcr (ENSCGRG00001004980) Map10 (ENSCGRG00001014469) Sipa1l2 (ENSCGRG00001023394) ENSCGRG00001020535 ENSCGRG00001020276 ##22 Disc1 (ENSCGRG00001022006) Tsnax (ENSCGRG00001011132) Egln1 (ENSCGRG00001009766) Sprtn (ENSCGRG00001007490) Exoc8 (ENSCGRG00001015839) Gnpat (ENSCGRG00001023551) 2810004N23Rik (ENSCGRG00001023052) Trim67 (ENSCGRG00001019880) Fam89a (ENSCGRG00001018050) Arv1 (ENSCGRG00001017960) Ttc13 (ENSCGRG00001008501) 2310022B05Rik (ENSCGRG00001017375) ENSCGRG00001013431 Capn9 (ENSCGRG00001019055) Agt (ENSCGRG00001016172) Chinese hamster chok1gshd DUPLICATION Chinese hamster chok1gshd DUPLICATION Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 44 Limch1 (ENSCGRG00001013948) Uchl1 (ENSCGRG00001021631) #8 ENSCGRG00001020273 Apbb2 (ENSCGRG00001023252) #9 Nsun7 (ENSCGRG00001011649) #11 ENSCGRG00001010078 ENSCGRG00001000623 #12 Chrna9 (ENSCGRG00001008976) #13 Rhoh (ENSCGRG00001003007) #14 N4bp2 (ENSCGRG00001023248) #16 Pds5a (ENSCGRG00001004743) #17 Ube2k (ENSCGRG00001021617) #18 ENSCGRG00001019287 #19 ENSCGRG00001016762 #20 Lias (ENSCGRG00001015441) #21 ENSCGRG00001020965 ##22 ENSCGRG00001019675 Klb (ENSCGRG00001018998) #23 Rfc1 (ENSCGRG00001016960) #24 Wdr19 (ENSCGRG00001023589) #25 Klhl5 (ENSCGRG00001010990) #26 Tmem156 (ENSCGRG00001022810) #27 Fam114a1 (ENSCGRG00001020236) #28 Tlr6 (ENSCGRG00001012094) #29 Tlr1 (ENSCGRG00001012288) #30 ENSCGRG00001011588 #32 Klf3 (ENSCGRG00001011019) #33 Tbc1d1 (ENSCGRG00001007939) #34 Pgm2 (ENSCGRG00001019866) #35 ENSCGRG00001017215 #36 0610040J01Rik (ENSCGRG00001016782) Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 1 ENSCGRG00001010578 Or9s14 (ENSCGRG00001024692) ENSCGRG00001009865 Or9s27 (ENSCGRG00001010630) ENSCGRG00001024695 Or9s23 (ENSCGRG00001010591) Or6b3 (ENSCGRG00001009820) Or6b2b (ENSCGRG00001010498) Or6b2 (ENSCGRG00001010619) Ndufa10 (ENSCGRG00001000771) Hdac4 (ENSCGRG00001003116) Twist2 (ENSCGRG00001010705) ENSCGRG00001024677 Asb1 (ENSCGRG00001024723) Traf3ip1 (ENSCGRG00001006330) ENSCGRG00001000697 ##22 Per2 (ENSCGRG00001006630) Hes6 (ENSCGRG00001024376) Ilkap (ENSCGRG00001007174) Erfe (ENSCGRG00001003481) Klhl30 (ENSCGRG00001024698) Espnl (ENSCGRG00001024719) Scly (ENSCGRG00001024710) ENSCGRG00001010672 Ramp1 (ENSCGRG00001024580) Rbm44 (ENSCGRG00001001293) ENSCGRG00001024654 Col6a3 (ENSCGRG00001024539) Cops8 (ENSCGRG00001024515) Ackr3 (ENSCGRG00001010122) Iqca (ENSCGRG00001024459) Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 189 Zfp810 (ENSCGRG00001007369) Anln (ENSCGRG00001013117) 9530077C05Rik (ENSCGRG00001011224) Rp9 (ENSCGRG00001013075) Bbs9 (ENSCGRG00001023803) Bmper (ENSCGRG00001024435) Npsr1 (ENSCGRG00001018798) Dpy19l1 (ENSCGRG00001005835) Dpy19l2 (ENSCGRG00001010486) Tbx20 (ENSCGRG00001021722) Herpud2 (ENSCGRG00001007091) ENSCGRG00001021280 ENSCGRG00001005335 ENSCGRG00001010216 Eepd1 (ENSCGRG00001024478) ENSCGRG00001000691 ##22 B3gat1 (ENSCGRG00001000620) Glb1l2 (ENSCGRG00001022363) Glb1l3 (ENSCGRG00001009480) Gm1110 (ENSCGRG00001020876) Acad8 (ENSCGRG00001013515) Thyn1 (ENSCGRG00001017286) Vps26b (ENSCGRG00001022164) Ncapd3 (ENSCGRG00001000161) ENSCGRG00001012573 Jam3 (ENSCGRG00001023738) Igsf9b (ENSCGRG00001013580) Spata19 (ENSCGRG00001014202) Opcml (ENSCGRG00001007424) Ntm (ENSCGRG00001013170) ENSCGRG00001020006 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 spretus MODERN SPECIES Tmem37 (MGP_SPRETEiJ_G0015326) Sctr (MGP_SPRETEiJ_G0015325) Cfap221 (MGP_SPRETEiJ_G0015324) Tmem177 (MGP_SPRETEiJ_G0015323) Ptpn4 (MGP_SPRETEiJ_G0015322) Epb41l5 (MGP_SPRETEiJ_G0015321) Tmem185b (MGP_SPRETEiJ_G0015320) Ralb (MGP_SPRETEiJ_G0015319) Inhbb (MGP_SPRETEiJ_G0015318) Gli2 (MGP_SPRETEiJ_G0015317) Tfcp2l1 (MGP_SPRETEiJ_G0015316) Clasp1 (MGP_SPRETEiJ_G0015315) Nifk (MGP_SPRETEiJ_G0015314) Tsn (MGP_SPRETEiJ_G0015313) Cntnap5a (MGP_SPRETEiJ_G0015312) MGP_SPRETEiJ_G0015311 ##22 Dsel (MGP_SPRETEiJ_G0015310) Cdh19 (MGP_SPRETEiJ_G0015309) Cdh7 (MGP_SPRETEiJ_G0015308) Serpinb8 (MGP_SPRETEiJ_G0015307) MGP_SPRETEiJ_G0015306 MGP_SPRETEiJ_G0009400 Serpinb2 (MGP_SPRETEiJ_G0015305) Serpinb7 (MGP_SPRETEiJ_G0015304) Serpinb11 (MGP_SPRETEiJ_G0015303) MGP_SPRETEiJ_G0015302 MGP_SPRETEiJ_G0015301 MGP_SPRETEiJ_G0015300 MGP_SPRETEiJ_G0015299 Serpinb13 (MGP_SPRETEiJ_G0015298) Serpinb12 (MGP_SPRETEiJ_G0015297) Steppe mouse MODERN SPECIES 3242 Rcn2 (ENSMSIG00000009653) Pstpip1 (ENSMSIG00000009643) Tspan3 (ENSMSIG00000009598) Peak1 (ENSMSIG00000009563) Hmg20a (ENSMSIG00000009465) Lingo1 (ENSMSIG00000009439) Odf3l1 (ENSMSIG00000009373) Cspg4 (ENSMSIG00000009350) Snx33 (ENSMSIG00000009342) Imp3 (ENSMSIG00000009332) ENSMSIG00000009299 ##22 Snupn (ENSMSIG00000009260) Ptpn9 (ENSMSIG00000009163) Sin3a (ENSMSIG00000009029) Man2c1 (ENSMSIG00000008827) Neil1 (ENSMSIG00000008801) ENSMSIG00000008784 Trcg1 (ENSMSIG00000008739) 1700017B05Rik (ENSMSIG00000008719) Ppcdc (ENSMSIG00000008627) Scamp5 (ENSMSIG00000008605) ENSMSIG00000008593 Rpp25 (ENSMSIG00000008586) ENSMSIG00000008553 Fam219b (ENSMSIG00000008508) Mpi (ENSMSIG00000008470) Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Gorilla MODERN SPECIES 10 CEP89 (ENSGGOG00000014134) SLC7A9 (ENSGGOG00000011960) TDRD12 (ENSGGOG00000011938) NUDT19 (ENSGGOG00000007785) RGS9BP (ENSGGOG00000043355) ANKRD27 (ENSGGOG00000008596) ENSGGOG00000006169 DPY19L3 (ENSGGOG00000009160) ZNF507 (ENSGGOG00000010501) ENSGGOG00000043441 ENSGGOG00000041898 TSHZ3 (ENSGGOG00000003676) ZNF536 (ENSGGOG00000013640) ENSGGOG00000025255 URI1 (ENSGGOG00000005886) ENSGGOG00000037265 ##22 CCNE1 (ENSGGOG00000008452) C19orf12 (ENSGGOG00000014142) PLEKHF1 (ENSGGOG00000001698) VSTM2B (ENSGGOG00000009691) UQCRFS1 (ENSGGOG00000012978) ENSGGOG00000025826 ZNF254 (ENSGGOG00000041266) ZNF726 (ENSGGOG00000038878) ZNF681 (ENSGGOG00000036199) ENSGGOG00000036879 ENSGGOG00000040519 ZNF724 (ENSGGOG00000041632) ENSGGOG00000026936 ENSGGOG00000006443 ZNF728 (ENSGGOG00000043072) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Vervet Monkey MODERN SPECIES 19 PHOX2B (ENSCSAG00000017089) LIMCH1 (ENSCSAG00000017086) ENSCSAG00000017081 UCHL1 (ENSCSAG00000017078) #8 APBB2 (ENSCSAG00000017076) #9 NSUN7 (ENSCSAG00000017072) #11 RBM47 (ENSCSAG00000017060) #12 CHRNA9 (ENSCSAG00000017058) #13 RHOH (ENSCSAG00000019690) #14 N4BP2 (ENSCSAG00000017054) #16 PDS5A (ENSCSAG00000017021) #17 UBE2K (ENSCSAG00000016961) #18 SMIM14 (ENSCSAG00000016958) #19 UGDH (ENSCSAG00000016955) #20 LIAS (ENSCSAG00000016937) #21 ENSCSAG00000016932 ##22 KLB (ENSCSAG00000016930) #23 RFC1 (ENSCSAG00000016924) #24 WDR19 (ENSCSAG00000016910) #25 ENSCSAG00000016887 KLHL5 (ENSCSAG00000016884) #26 TMEM156 (ENSCSAG00000016878) #27 FAM114A1 (ENSCSAG00000016873) #28 TLR6 (ENSCSAG00000019691) #29 TLR1 (ENSCSAG00000019692) #30 TLR10 (ENSCSAG00000019693) #32 KLF3 (ENSCSAG00000016868) #33 TBC1D1 (ENSCSAG00000016865) #34 PGM2 (ENSCSAG00000016846) #35 RELL1 (ENSCSAG00000016840) #36 C4orf19 (ENSCSAG00000016838) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 577 ENSMNEG00000032886 FRMD6 (ENSMNEG00000044483) GNG2 (ENSMNEG00000029726) ENSMNEG00000035942 RTRAF (ENSMNEG00000031967) NID2 (ENSMNEG00000044801) ENSMNEG00000043115 PTGDR (ENSMNEG00000029198) PTGER2 (ENSMNEG00000037348) TXNDC16 (ENSMNEG00000040284) GPR137C (ENSMNEG00000042110) ERO1A (ENSMNEG00000031859) ENSMNEG00000041519 STYX (ENSMNEG00000036478) GNPNAT1 (ENSMNEG00000033203) ENSMNEG00000028283 ##22 FERMT2 (ENSMNEG00000034205) ENSMNEG00000039526 DDHD1 (ENSMNEG00000044969) BMP4 (ENSMNEG00000036486) CDKN3 (ENSMNEG00000038387) CNIH1 (ENSMNEG00000029739) GMFB (ENSMNEG00000041895) ENSMNEG00000040434 SAMD4A (ENSMNEG00000031957) GCH1 (ENSMNEG00000040919) WDHD1 (ENSMNEG00000032489) SOCS4 (ENSMNEG00000018307) MAPK1IP1L (ENSMNEG00000038169) ENSMNEG00000024671 LGALS3 (ENSMNEG00000044514) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Drill MODERN SPECIES 660 WNT8B (ENSMLEG00000032662) ENSMLEG00000038669 PKD2L1 (ENSMLEG00000033807) BLOC1S2 (ENSMLEG00000044004) CWF19L1 (ENSMLEG00000036355) CHUK (ENSMLEG00000035776) ERLIN1 (ENSMLEG00000029926) CPN1 (ENSMLEG00000038257) DNMBP (ENSMLEG00000043828) ABCC2 (ENSMLEG00000037629) CUTC (ENSMLEG00000043325) COX15 (ENSMLEG00000030859) ENTPD7 (ENSMLEG00000031087) SLC25A28 (ENSMLEG00000034576) NKX2-3 (ENSMLEG00000006314) ENSMLEG00000014598 ##22 GOT1 (ENSMLEG00000028411) CNNM1 (ENSMLEG00000038123) ENSMLEG00000029234 Sooty mangabey MODERN SPECIES 659 FRMD6 (ENSCATG00000029402) GNG2 (ENSCATG00000039135) ENSCATG00000039598 RTRAF (ENSCATG00000044652) NID2 (ENSCATG00000033466) ENSCATG00000031429 PTGDR (ENSCATG00000037708) PTGER2 (ENSCATG00000039743) TXNDC16 (ENSCATG00000033073) GPR137C (ENSCATG00000037232) ERO1A (ENSCATG00000031793) ENSCATG00000030876 STYX (ENSCATG00000012449) GNPNAT1 (ENSCATG00000041819) FERMT2 (ENSCATG00000034280) ENSCATG00000035764 ##22 ENSCATG00000000732 DDHD1 (ENSCATG00000043261) BMP4 (ENSCATG00000042313) ENSCATG00000032779 CDKN3 (ENSCATG00000045220) CNIH1 (ENSCATG00000026544) GMFB (ENSCATG00000029526) ENSCATG00000029605 SAMD4A (ENSCATG00000043489) GCH1 (ENSCATG00000014083) WDHD1 (ENSCATG00000035221) SOCS4 (ENSCATG00000022174) ENSCATG00000029186 ENSCATG00000030277 LGALS3 (ENSCATG00000044749) Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 110 ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 ENSGT00520000055625.b ENSGT00940000160094 ENSGT00940000161292 ENSGT00390000010687.a.a ENSGT00940000162334 ENSGT00940000157649 ENSGT01060000248594.f ENSGT00950000183097.a.b ENSGT00940000155714 ENSGT00670000098080 ENSGT00940000156225.d ENSGT01000000214434.A ENSGT00510000046985.i ENSGT00940000157909 ENSGT01030000234579.A.b.x Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 699 ENSRBIG00000031667 ##22 DIPK2A (ENSRBIG00000011816) SLC9A9 (ENSRBIG00000030019) CHST2 (ENSRBIG00000026420) U2SURP (ENSRBIG00000041099) PCOLCE2 (ENSRBIG00000033789) TRPC1 (ENSRBIG00000023801) PLS1 (ENSRBIG00000043960) ATR (ENSRBIG00000037499) XRN1 (ENSRBIG00000041227) ENSRBIG00000033603 Golden snub-nosed monkey DUPLICATION Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2365 JDP2 (ENSRROG00000000567) FOS (ENSRROG00000038425) TMED10 (ENSRROG00000034110) NEK9 (ENSRROG00000011665) ZC2HC1C (ENSRROG00000045324) ENSRROG00000037333 #15 MLH3 (ENSRROG00000029699) EIF2B2 (ENSRROG00000042761) PGF (ENSRROG00000034324) RPS6KL1 (ENSRROG00000033229) DLST (ENSRROG00000045190) PROX2 (ENSRROG00000033966) YLPM1 (ENSRROG00000039845) ENSRROG00000037201 AREL1 (ENSRROG00000031099) ENSRROG00000045039 ##22 LTBP2 (ENSRROG00000036111) ISCA2 (ENSRROG00000030258) NPC2 (ENSRROG00000037959) SYNDIG1L (ENSRROG00000041128) VRTN (ENSRROG00000010435) ABCD4 (ENSRROG00000036607) VSX2 (ENSRROG00000035399) LIN52 (ENSRROG00000038659) ALDH6A1 (ENSRROG00000035589) BBOF1 (ENSRROG00000039245) ENTPD5 (ENSRROG00000041922) COQ6 (ENSRROG00000045708) ENSRROG00000035842 ZNF410 (ENSRROG00000031456) PTGR2 (ENSRROG00000034050) Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2263 ENSRROG00000041560 ##22 DIPK2A (ENSRROG00000013599) SLC9A9 (ENSRROG00000037651) CHST2 (ENSRROG00000017813) U2SURP (ENSRROG00000043548) PAQR9 (ENSRROG00000015882) PCOLCE2 (ENSRROG00000040858) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Capuchin DUPLICATION Capuchin MODERN SPECIES 83 SLC38A6 (ENSCCAG00000035278) TMEM30B (ENSCCAG00000009844) PRKCH (ENSCCAG00000019880) ENSCCAG00000025133 ENSCCAG00000028667 SNAPC1 (ENSCCAG00000034167) ENSCCAG00000022752 SYT16 (ENSCCAG00000026935) ENSCCAG00000018604 ENSCCAG00000025329 KCNH5 (ENSCCAG00000034193) RHOJ (ENSCCAG00000024987) GPHB5 (ENSCCAG00000027509) PPP2R5E (ENSCCAG00000037562) SGPP1 (ENSCCAG00000034001) ENSCCAG00000019506 ##22 SYNE2 (ENSCCAG00000026686) ENSCCAG00000034981 ESR2 (ENSCCAG00000029359) MTHFD1 (ENSCCAG00000022359) ZBTB25 (ENSCCAG00000022177) ZBTB1 (ENSCCAG00000030403) HSPA2 (ENSCCAG00000029935) PPP1R36 (ENSCCAG00000027226) PLEKHG3 (ENSCCAG00000023706) SPTB (ENSCCAG00000011855) CHURC1 (ENSCCAG00000016703) GPX2 (ENSCCAG00000029816) RAB15 (ENSCCAG00000033681) FNTB (ENSCCAG00000037662) ENSCCAG00000030444 Capuchin MODERN SPECIES 47 ENSCCAG00000032225 ENSCCAG00000029185 #18 ENSCCAG00000021205 ENSCCAG00000022448 #19 UGDH (ENSCCAG00000037253) #20 LIAS (ENSCCAG00000034504) #21 ENSCCAG00000000333 ##22 KLB (ENSCCAG00000030177) #23 RFC1 (ENSCCAG00000019643) #24 WDR19 (ENSCCAG00000038131) #25 KLHL5 (ENSCCAG00000033107) #26 TMEM156 (ENSCCAG00000019785) #27 FAM114A1 (ENSCCAG00000001555) #28 ENSCCAG00000035205 KLF3 (ENSCCAG00000035557) #33 TBC1D1 (ENSCCAG00000029938) #34 ENSCCAG00000021574 ENSCCAG00000035751 #35 RELL1 (ENSCCAG00000033964) #36 C4orf19 (ENSCCAG00000025207) ENSCCAG00000013077 NWD2 (ENSCCAG00000036260) #37 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Bushbaby DUPLICATION Bushbaby MODERN SPECIES 314 ENSOGAG00000033759 ENSOGAG00000025369 ##22 Bushbaby MODERN SPECIES 195 NCKAP5 (ENSOGAG00000029035) MGAT5 (ENSOGAG00000016482) TMEM163 (ENSOGAG00000016488) ACMSD (ENSOGAG00000001854) ENSOGAG00000028207 CCNT2 (ENSOGAG00000016793) MAP3K19 (ENSOGAG00000016799) RAB3GAP1 (ENSOGAG00000013299) ZRANB3 (ENSOGAG00000013307) R3HDM1 (ENSOGAG00000003136) UBXN4 (ENSOGAG00000002877) LCT (ENSOGAG00000002883) MCM6 (ENSOGAG00000008745) DARS1 (ENSOGAG00000005919) CXCR4 (ENSOGAG00000011319) ENSOGAG00000027169 ##22 THSD7B (ENSOGAG00000017173) HNMT (ENSOGAG00000006550) SPOPL (ENSOGAG00000015187) NXPH2 (ENSOGAG00000003113) ENSOGAG00000005855 ENSOGAG00000034729 ENSOGAG00000026964 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.b ##22 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 874 ENSPCOG00000017711 SETD4 (ENSPCOG00000022679) ENSPCOG00000022805 ##22 RUNX1 (ENSPCOG00000018864) Mouse lemur DUPLICATION Mouse lemur MODERN SPECIES 22 GLDN (ENSMICG00000030199) DMXL2 (ENSMICG00000010807) SCG3 (ENSMICG00000010286) LYSMD2 (ENSMICG00000034220) TMOD3 (ENSMICG00000006216) ENSMICG00000041955 LEO1 (ENSMICG00000003454) ENSMICG00000000517 BCL2L10 (ENSMICG00000016608) GNB5 (ENSMICG00000001204) MYO5C (ENSMICG00000008381) MYO5A (ENSMICG00000013517) ENSMICG00000044868 ATOSA (ENSMICG00000011870) ENSMICG00000017806 ENSMICG00000046687 ##22 PYGO1 (ENSMICG00000035806) ENSMICG00000032770 PIERCE2 (ENSMICG00000030451) CCPG1 (ENSMICG00000035464) PIGB (ENSMICG00000002623) RAB27A (ENSMICG00000002622) RSL24D1 (ENSMICG00000036329) ENSMICG00000046817 UNC13C (ENSMICG00000047202) WDR72 (ENSMICG00000003702) ONECUT1 (ENSMICG00000029729) ENSMICG00000028340 ENSMICG00000042522 OR4Q2 (ENSMICG00000002537) OR4K2 (ENSMICG00000042868) Mouse lemur MODERN SPECIES 29 ENSMICG00000042936 SLC25A17 (ENSMICG00000008868) MCHR1 (ENSMICG00000008864) MRTFA (ENSMICG00000005671) SGSM3 (ENSMICG00000005645) ADSL (ENSMICG00000014085) TNRC6B (ENSMICG00000014056) FAM83F (ENSMICG00000016129) GRAP2 (ENSMICG00000016121) ENTHD1 (ENSMICG00000039602) CACNA1I (ENSMICG00000002043) RPS19BP1 (ENSMICG00000041581) ENSMICG00000045981 MIEF1 (ENSMICG00000011441) MGAT3 (ENSMICG00000034125) ENSMICG00000048095 ##22 TAB1 (ENSMICG00000011424) SYNGR1 (ENSMICG00000015846) RPL3 (ENSMICG00000015832) PDGFB (ENSMICG00000028335) CBX7 (ENSMICG00000033358) ENSMICG00000042733 ENSMICG00000041647 ENSMICG00000042615 ENSMICG00000043748 ENSMICG00000047191 CBX6 (ENSMICG00000029779) NPTXR (ENSMICG00000006434) DNAL4 (ENSMICG00000038096) SUN2 (ENSMICG00000011818) GTPBP1 (ENSMICG00000034218) Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b ##22 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b ##22 Pig MODERN SPECIES 13 COL2A1 (ENSSSCG00000025523) ENSSSCG00000054670 ENSSSCG00000028397 VDR (ENSSSCG00000020864) HDAC7 (ENSSSCG00000027859) SLC48A1 (ENSSSCG00000036775) RAPGEF3 (ENSSSCG00000023526) ENDOU (ENSSSCG00000033142) RPAP3 (ENSSSCG00000021166) ENSSSCG00000043909 PCED1B (ENSSSCG00000000811) AMIGO2 (ENSSSCG00000000810) SLC38A4 (ENSSSCG00000026597) SLC38A2 (ENSSSCG00000000808) SLC38A1 (ENSSSCG00000000807) ENSSSCG00000034097 ##22 ENSSSCG00000059840 SCAF11 (ENSSSCG00000000806) ENSSSCG00000046889 ENSSSCG00000047850 ARID2 (ENSSSCG00000030685) ANO6 (ENSSSCG00000000804) DBX2 (ENSSSCG00000035938) NELL2 (ENSSSCG00000000802) TMEM117 (ENSSSCG00000000801) TWF1 (ENSSSCG00000000798) IRAK4 (ENSSSCG00000000799) PUS7L (ENSSSCG00000000800) ADAMTS20 (ENSSSCG00000000795) PRICKLE1 (ENSSSCG00000034491) ZCRB1 (ENSSSCG00000034066) Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b ##22 Camelidae ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000159958 ENSGT00990000212839 ENSGT00950000183159.a ENSGT00940000157306 #8 ENSGT00390000000002.a.a.a #9 ENSGT00940000157352 #11 ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00940000156077 #13 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000160604 #16 ENSGT00940000155155 #17 ENSGT00670000098059 #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.c.a.a.b ##22 ENSGT00940000157489 #23 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000017929 #27 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000162201 #29 ENSGT00940000162884 #30 ENSGT00940000163662 #32 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00940000157949 #34 ENSGT00940000156247 #35 ENSGT00940000159709 #36 ENSGT00390000013778 ENSGT00940000153648.b #37 Alpaca DUPLICATION Alpaca MODERN SPECIES 3522 ENSVPAG00000002027 #19 UGDH (ENSVPAG00000002025) #20 LIAS (ENSVPAG00000002024) #21 ENSVPAG00000002023 ##22 KLB (ENSVPAG00000002022) #23 RFC1 (ENSVPAG00000002020) #24 WDR19 (ENSVPAG00000002013) #25 KLHL5 (ENSVPAG00000002011) #26 Alpaca MODERN SPECIES 1602 ENSVPAG00000009904 ##22 TEX47 (ENSVPAG00000009903) ZNF804B (ENSVPAG00000009902) STEAP4 (ENSVPAG00000009901) SRI (ENSVPAG00000009900) ADAM22 (ENSVPAG00000009899) DBF4 (ENSVPAG00000009898) SLC25A40 (ENSVPAG00000009896) RUNDC3B (ENSVPAG00000009895) ABCB1 (ENSVPAG00000009894) ABCB4 (ENSVPAG00000009893) CROT (ENSVPAG00000009892) TMEM243 (ENSVPAG00000009891) DMTF1 (ENSVPAG00000009890) ENSVPAG00000009889 ENSVPAG00000009888 Arabian camel MODERN SPECIES 11 ENSCDRG00005004450 ENSCDRG00005004465 LIMCH1 (ENSCDRG00005004629) UCHL1 (ENSCDRG00005008827) #8 APBB2 (ENSCDRG00005009106) #9 NSUN7 (ENSCDRG00005009315) #11 RBM47 (ENSCDRG00005009436) #12 CHRNA9 (ENSCDRG00005009587) #13 RHOH (ENSCDRG00005009658) #14 N4BP2 (ENSCDRG00005006332) #16 PDS5A (ENSCDRG00005006436) #17 UBE2K (ENSCDRG00005006762) #18 SMIM14 (ENSCDRG00005006861) #19 UGDH (ENSCDRG00005006935) #20 LIAS (ENSCDRG00005007094) #21 ENSCDRG00005008206 ##22 KLB (ENSCDRG00005008301) #23 RFC1 (ENSCDRG00005008364) #24 WDR19 (ENSCDRG00005008446) #25 KLHL5 (ENSCDRG00005008835) #26 TMEM156 (ENSCDRG00005010059) #27 FAM114A1 (ENSCDRG00005010142) #28 TLR6 (ENSCDRG00005010208) #29 TLR1 (ENSCDRG00005010240) #30 TLR10 (ENSCDRG00005010269) #32 KLF3 (ENSCDRG00005010297) #33 TBC1D1 (ENSCDRG00005010383) #34 PGM2 (ENSCDRG00005010550) #35 ENSCDRG00005010670 RELL1 (ENSCDRG00005010713) #36 C4orf19 (ENSCDRG00005010758) Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b ##22 Percora_a DUPLICATION Percora_a DUPLICATION Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.e.a ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.e.a ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.e.a ##22 Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000159447 ENSGT00940000160710 ENSGT00940000159976 ENSGT00390000000529 ENSGT00940000178229 ENSGT00940000158379 ENSGT00940000159607 ENSGT00390000018038 ENSGT00530000064123 ENSGT00390000016800 ENSGT00530000064194 ENSGT00940000153294.m.b ENSGT00390000004339.f ENSGT00390000006980 ENSGT00950000182858.A.a.a ENSGT00390000015224.c.a.a.b.e.a.a ##22 ENSGT00390000006452.b.a ENSGT00390000008726.h.a ENSGT00940000160015 ENSGT00940000157157.b ENSGT00940000159324 ENSGT00940000158199 ENSGT00940000156724 ENSGT00390000000560 ENSGT00940000160404 ENSGT00940000160570 ENSGT00390000008220 ENSGT00940000154667.a ENSGT00530000065015 ENSGT00940000159734 ENSGT00940000160316 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000159447 ENSGT00940000160710 ENSGT00940000159976 ENSGT00390000000529 ENSGT00940000178229 ENSGT00940000158379 ENSGT00940000159607 ENSGT00390000018038 ENSGT00530000064123 ENSGT00390000016800 ENSGT00530000064194 ENSGT00940000153294.m.b ENSGT00390000004339.f ENSGT00390000006980 ENSGT00950000182858.A.a.a ENSGT00390000015224.c.a.a.b.e.a.a ##22 ENSGT00390000006452.b.a ENSGT00390000008726.h.a ENSGT00940000160015 ENSGT00940000157157.b ENSGT00940000159324 ENSGT00940000158199 ENSGT00940000156724 ENSGT00390000000560 ENSGT00940000160404 ENSGT00940000160570 ENSGT00390000008220 ENSGT00940000154667.a ENSGT00530000065015 ENSGT00940000159734 ENSGT00940000160316 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 2 ADAMTSL2 (ENSBIXG00005029943) MYMK (ENSBIXG00005029930) SLC2A6 (ENSBIXG00005029919) CACFD1 (ENSBIXG00005029903) ADAMTS13 (ENSBIXG00005029885) REXO4 (ENSBIXG00005029874) STKLD1 (ENSBIXG00005029843) SURF4 (ENSBIXG00005029795) SURF2 (ENSBIXG00005029782) SURF1 (ENSBIXG00005029756) ENSBIXG00005029716 MED22 (ENSBIXG00005029700) SURF6 (ENSBIXG00005029689) ENSBIXG00005029686 ENSBIXG00005029668 ENSBIXG00005029644 ##22 DIPK1B (ENSBIXG00005029611) ENSBIXG00005029589 ENSBIXG00005029555 NOTCH1 (ENSBIXG00005029490) SEC16A (ENSBIXG00005007954) INPP5E (ENSBIXG00005000112) PMPCA (ENSBIXG00005008108) ENTR1 (ENSBIXG00005008201) SNAPC4 (ENSBIXG00005008329) CARD9 (ENSBIXG00005008353) DNLZ (ENSBIXG00005008367) GPSM1 (ENSBIXG00005008412) ENSBIXG00005008484 QSOX2 (ENSBIXG00005008520) LHX3 (ENSBIXG00005008551) Bos_a ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000159447 ENSGT00940000160710 ENSGT00940000159976 ENSGT00390000000529 ENSGT00940000178229 ENSGT00940000158379 ENSGT00940000159607 ENSGT00390000018038 ENSGT00530000064123 ENSGT00390000016800 ENSGT00530000064194 ENSGT00940000153294.m.b ENSGT00390000004339.f ENSGT00390000006980 ENSGT00950000182858.A.a.a ENSGT00390000015224.c.a.a.b.e.a.a ##22 ENSGT00390000006452.b.a ENSGT00390000008726.h.a ENSGT00940000160015 ENSGT00940000157157.b ENSGT00940000159324 ENSGT00940000158199 ENSGT00940000156724 ENSGT00390000000560 ENSGT00940000160404 ENSGT00940000160570 ENSGT00390000008220 ENSGT00940000154667.a ENSGT00530000065015 ENSGT00940000159734 ENSGT00940000160316 Domestic yak MODERN SPECIES 28 ENSBGRG00000004188 ADAMTSL2 (ENSBGRG00000004026) MYMK (ENSBGRG00000003992) SLC2A6 (ENSBGRG00000003941) CACFD1 (ENSBGRG00000003856) ADAMTS13 (ENSBGRG00000003687) REXO4 (ENSBGRG00000003644) STKLD1 (ENSBGRG00000003549) SURF4 (ENSBGRG00000003520) SURF2 (ENSBGRG00000003491) SURF1 (ENSBGRG00000003459) ENSBGRG00000025968 MED22 (ENSBGRG00000025954) SURF6 (ENSBGRG00000025947) ENSBGRG00000025935 ENSBGRG00000025928 ##22 DIPK1B (ENSBGRG00000025911) AGPAT2 (ENSBGRG00000025897) ENSBGRG00000025875 NOTCH1 (ENSBGRG00000025848) SEC16A (ENSBGRG00000025640) INPP5E (ENSBGRG00000025512) PMPCA (ENSBGRG00000025447) ENTR1 (ENSBGRG00000025355) ENSBGRG00000025344 SNAPC4 (ENSBGRG00000025195) CARD9 (ENSBGRG00000025118) DNLZ (ENSBGRG00000025104) GPSM1 (ENSBGRG00000024972) ENSBGRG00000024934 QSOX2 (ENSBGRG00000024893) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.e.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.e.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 8 ARL6IP4 (ENSBIXG00005003078) OGFOD2 (ENSBIXG00005018997) ABCB9 (ENSBIXG00005019126) VPS37B (ENSBIXG00005019149) HIP1R (ENSBIXG00005019187) CCDC62 (ENSBIXG00005019229) ENSBIXG00005019274 HCAR1 (ENSBIXG00005019282) ENSBIXG00005019295 ENSBIXG00005003137 KNTC1 (ENSBIXG00005019365) RSRC2 (ENSBIXG00005007824) ZCCHC8 (ENSBIXG00005019437) CLIP1 (ENSBIXG00005019739) ENSBIXG00005019783 ENSBIXG00005000028 ##22 VPS33A (ENSBIXG00005019835) ENSBIXG00005019851 DIABLO (ENSBIXG00005019957) B3GNT4 (ENSBIXG00005019974) LRRC43 (ENSBIXG00005003282) MLXIP (ENSBIXG00005020064) BCL7A (ENSBIXG00005020098) CFAP251 (ENSBIXG00005020200) PSMD9 (ENSBIXG00005020244) HPD (ENSBIXG00005020260) ENSBIXG00005020265 SETD1B (ENSBIXG00005003413) ENSBIXG00005003423 RHOF (ENSBIXG00005020370) TMEM120B (ENSBIXG00005020423) Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.e.a ##22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 11 IFNT6 (ENSOARG00020007406) TP-1P8 (ENSOARG00020007442) ENSOARG00020007481 IFNE (ENSOARG00020007524) ENSOARG00020007545 CDKN2A (ENSOARG00020007568) CDKN2B (ENSOARG00020007616) DMRTA1 (ENSOARG00020007643) ELAVL2 (ENSOARG00020007662) ENSOARG00020007723 IZUMO3 (ENSOARG00020007782) TUSC1 (ENSOARG00020007925) PLAA (ENSOARG00020008093) IFT74 (ENSOARG00020008192) LRRC19 (ENSOARG00020008306) ENSOARG00020008357 ##22 TEK (ENSOARG00020008433) MOB3B (ENSOARG00020008934) ENSOARG00020008983 IFNK (ENSOARG00020009030) C9orf72 (ENSOARG00020009060) LINGO2 (ENSOARG00020009133) ENSOARG00020009145 ENSOARG00020009228 ENSOARG00020009264 ACO1 (ENSOARG00020009310) RIGI (ENSOARG00020009445) ENSOARG00020009633 NDUFB6 (ENSOARG00020009670) TMEM215 (ENSOARG00020009741) ENSOARG00020009753 Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer MODERN SPECIES 243 PIGF (ENSMMSG00000010411) CRIPT (ENSMMSG00000010380) SOCS5 (ENSMMSG00000010366) ENSMMSG00000010348 MCFD2 (ENSMMSG00000010275) TTC7A (ENSMMSG00000010218) STPG4 (ENSMMSG00000010164) CALM2 (ENSMMSG00000010115) ENSMMSG00000010072 EPCAM (ENSMMSG00000010033) ENSMMSG00000009925 KCNK12 (ENSMMSG00000009891) MSH6 (ENSMMSG00000009764) FBXO11 (ENSMMSG00000009698) ENSMMSG00000009665 ENSMMSG00000009637 ##22 FOXN2 (ENSMMSG00000009580) PPP1R21 (ENSMMSG00000009439) STON1 (ENSMMSG00000009347) GTF2A1L (ENSMMSG00000009159) LHCGR (ENSMMSG00000008813) FSHR (ENSMMSG00000008638) NRXN1 (ENSMMSG00000004682) ENSMMSG00000004511 ENSMMSG00000004498 CHAC2 (ENSMMSG00000004484) ERLEC1 (ENSMMSG00000004416) ASB3 (ENSMMSG00000004359) PSME4 (ENSMMSG00000004288) ACYP2 (ENSMMSG00000004240) ##15 C2orf73 (ENSMMSG00000004228) Siberian musk deer MODERN SPECIES 257 FBN1 (ENSMMSG00000010464) ENSMMSG00000010905 SLC12A1 (ENSMMSG00000011169) CTXN2 (ENSMMSG00000011671) MYEF2 (ENSMMSG00000011680) SLC24A5 (ENSMMSG00000011715) SEMA6D (ENSMMSG00000011831) ENSMMSG00000011941 SQOR (ENSMMSG00000011958) BLOC1S6 (ENSMMSG00000012005) SLC30A4 (ENSMMSG00000012031) C15orf48 (ENSMMSG00000012059) SPATA5L1 (ENSMMSG00000012093) GATM (ENSMMSG00000012122) SLC28A2 (ENSMMSG00000012154) ENSMMSG00000012230 ##22 SHF (ENSMMSG00000012264) DUOX1 (ENSMMSG00000012375) DUOXA1 (ENSMMSG00000012480) DUOXA2 (ENSMMSG00000012519) DUOX2 (ENSMMSG00000012565) ENSMMSG00000012770 ENSMMSG00000012843 FERMT2 (ENSMMSG00000012876) DDHD1 (ENSMMSG00000012936) BMP4 (ENSMMSG00000013092) ENSMMSG00000013129 ENSMMSG00000013239 GMFB (ENSMMSG00000013304) ENSMMSG00000013332 CGRRF1 (ENSMMSG00000013338) Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.e.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.e.b ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.e.b ##22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 22 ENSOARG00020010607 MAD2L1 (ENSOARG00020010433) ENSOARG00020010353 ENSOARG00020010290 PRDM5 (ENSOARG00020009876) NDNF (ENSOARG00020023214) QRFPR (ENSOARG00020023156) ENSOARG00020023043 ENSOARG00020022998 SMIM43 (ENSOARG00020022984) EXOSC9 (ENSOARG00020022752) CCNA2 (ENSOARG00020022697) BBS7 (ENSOARG00020022348) NAF1 (ENSOARG00020022192) NPY1R (ENSOARG00020022088) ENSOARG00020022062 ##22 NPY5R (ENSOARG00020022048) TKTL2 (ENSOARG00020022023) TMA16 (ENSOARG00020021969) ENSOARG00020021780 ENSOARG00020021754 ENSOARG00020021727 ENSOARG00020021694 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.f ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.f ##22 Bovinae DUPLICATION Bovinae DUPLICATION Bovinae DUPLICATION Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.f.a.a.a ##22 American bison MODERN SPECIES 3175 MDGA2 (ENSBBBG00000013144) ENSBBBG00000002650 ENSBBBG00000006941 ENSBBBG00000013160 ##22 ENSBBBG00000002657 EPB42 (ENSBBBG00000013222) CCNDBP1 (ENSBBBG00000013271) TMEM62 (ENSBBBG00000013287) UBR1 (ENSBBBG00000013340) TTBK2 (ENSBBBG00000013385) CDAN1 (ENSBBBG00000013409) ENSBBBG00000002751 HAUS2 (ENSBBBG00000013436) LRRC57 (ENSBBBG00000013449) SNAP23 (ENSBBBG00000013515) ZNF106 (ENSBBBG00000013608) CAPN3 (ENSBBBG00000002966) GANC (ENSBBBG00000002998) TMEM87A (ENSBBBG00000013930) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.f.a.a.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.f.a.a.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES SMCO1 (ENSBIXG00005002095) WDR53 (ENSBIXG00005002120) FBXO45 (ENSBIXG00005028962) NRROS (ENSBIXG00005005082) CEP19 (ENSBIXG00005002172) PIGX (ENSBIXG00005005074) ENSBIXG00005028898 PAK2 (ENSBIXG00005002269) SENP5 (ENSBIXG00005028817) NCBP2 (ENSBIXG00005004961) ENSBIXG00005002399 MELTF (ENSBIXG00005028632) DLG1 (ENSBIXG00005004898) ENSBIXG00005027979 ENSBIXG00005027967 ENSBIXG00005027926 ##22 BDH1 (ENSBIXG00005027899) APOD (ENSBIXG00005027860) ENSBIXG00005027819 ENSBIXG00005027794 ACAP2 (ENSBIXG00005027697) XXYLT1 (ENSBIXG00005027465) ENSBIXG00005027432 FAM43A (ENSBIXG00005007588) LSG1 (ENSBIXG00005027405) TMEM44 (ENSBIXG00005004715) ENSBIXG00005027317 ATP13A3 (ENSBIXG00005027247) GP5 (ENSBIXG00005004647) LRRC15 (ENSBIXG00005027046) CPN2 (ENSBIXG00005027039) Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.f.a.a.b ##22 American bison MODERN SPECIES 3372 ENSBBBG00000008596 ENSBBBG00000004237 ENSBBBG00000017142 ENSBBBG00000017157 ENSBBBG00000017228 ENSBBBG00000004267 DZIP1 (ENSBBBG00000004309) ENSBBBG00000006895 DNAJC3 (ENSBBBG00000017473) UGGT2 (ENSBBBG00000017576) ENSBBBG00000008773 ENSBBBG00000017599 ##22 OXGR1 (ENSBBBG00000017607) MBNL2 (ENSBBBG00000007311) RAP2A (ENSBBBG00000017655) IPO5 (ENSBBBG00000017759) FARP1 (ENSBBBG00000017811) STK24 (ENSBBBG00000017927) SLC15A1 (ENSBBBG00000017955) DOCK9 (ENSBBBG00000018467) GPR18 (ENSBBBG00000004545) GPR183 (ENSBBBG00000018495) UBAC2 (ENSBBBG00000018506) ENSBBBG00000009139 TM9SF2 (ENSBBBG00000018530) ENSBBBG00000018535 CLYBL (ENSBBBG00000018567) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.f.a.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.f.a.a.b ##22 Wild yak MODERN SPECIES 1661 DZIP1 (ENSBMUG00000025008) DNAJC3 (ENSBMUG00000024978) UGGT2 (ENSBMUG00000024962) ENSBMUG00000024936 ENSBMUG00000024930 ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES 38 ENSGT00390000000141 ENSGT00940000159611 ENSGT00950000183121.b.b.b.a ENSGT00530000063666.a ENSGT00390000008591 ENSGT00940000159242 ENSGT00730000111075.b ENSGT00940000161429 ENSGT00940000164351 ENSGT00390000011425.A ENSGT00940000156017 ENSGT00730000111570 ENSGT00950000183107.a.b.b ENSGT00940000162488 ENSGT00940000161206 ENSGT00390000015224.c.a.a.b.f.a.b ##22 ENSGT01030000234518.D ENSGT01100000263536.A.a.a.b ENSGT01040000240444.A.a.a.a.b ENSGT01100000263536.B.c.b ENSGT00940000163592 ENSGT00940000161697 ENSGT00390000008820.e.b.kb ENSGT00940000159568 ENSGT00390000012178.g.b.b.a.b.a ENSGT00390000012030.b.a ENSGT00940000155902 ENSGT00940000160087 ENSGT00390000016333 ENSGT00940000163487 ENSGT00940000158214 Bos ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00950000183121.b.b.b.a ENSGT00530000063666.a ENSGT00390000008591 ENSGT01030000235010.e.a ENSGT00940000159242 ENSGT00920000150804 ENSGT00730000111075.b ENSGT00940000161429 ENSGT00940000164351 ENSGT00390000011425.A ENSGT00940000156017 ENSGT00730000111570 ENSGT00950000183107.a.b.b ENSGT00940000162488 ENSGT00940000161206 ENSGT00390000015224.c.a.a.b.f.a.b ##22 ENSGT01030000234518.D ENSGT00390000007560.k.b ENSGT01100000263536.A.a.a.b ENSGT01040000240444.A.a.a.a.b ENSGT00390000009948.c.l ENSGT01100000263536.B.c.b ENSGT00940000163592 ENSGT00940000161697 ENSGT00390000008820.e.b.kb ENSGT00940000159568 ENSGT00390000012178.g.b.b.a.b.a ENSGT00390000012030.b.a ENSGT00940000155902 ENSGT00940000160087 ENSGT00390000016333 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.f.a.b ##22 Wild yak MODERN SPECIES 947 ENSBMUG00000025832 ##22 GPR174 (ENSBMUG00000025831) ENSBMUG00000025828 P2RY10 (ENSBMUG00000025826) Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.f.b ##22 American bison MODERN SPECIES 3004 TMEM265 (ENSBBBG00000016113) PHKG2 (ENSBBBG00000016105) ENSBBBG00000016092 RNF40 (ENSBBBG00000016070) ENSBBBG00000002577 ZNF629 (ENSBBBG00000015954) ENSBBBG00000015941 ENSBBBG00000003958 ENSBBBG00000015900 FBXL19 (ENSBBBG00000000778) ENSBBBG00000003944 SETD1A (ENSBBBG00000015840) ENSBBBG00000015818 STX1B (ENSBBBG00000015794) STX4 (ENSBBBG00000015741) ENSBBBG00000015704 ##22 ZNF668 (ENSBBBG00000015697) ZNF646 (ENSBBBG00000015680) PRSS53 (ENSBBBG00000003914) VKORC1 (ENSBBBG00000003910) BCKDK (ENSBBBG00000015657) KAT8 (ENSBBBG00000003445) PRSS8 (ENSBBBG00000003474) PRSS36 (ENSBBBG00000015605) FUS (ENSBBBG00000003879) PYCARD (ENSBBBG00000015530) ITGAM (ENSBBBG00000015489) ENSBBBG00000002733 ITGAD (ENSBBBG00000003496) COX6A2 (ENSBBBG00000001268) ARMC5 (ENSBBBG00000001274) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.f.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.f.b ##22 Wild yak MODERN SPECIES 161 ENSBMUG00000001057 ##22 DIPK1B (ENSBMUG00000001082) AGPAT2 (ENSBMUG00000001095) EGFL7 (ENSBMUG00000001124) NOTCH1 (ENSBMUG00000002343) SEC16A (ENSBMUG00000003595) INPP5E (ENSBMUG00000004106) PMPCA (ENSBMUG00000004156) ENTR1 (ENSBMUG00000004170) SNAPC4 (ENSBMUG00000004338) CARD9 (ENSBMUG00000004473) DNLZ (ENSBMUG00000004493) GPSM1 (ENSBMUG00000004502) ENSBMUG00000004556 QSOX2 (ENSBMUG00000004633) LHX3 (ENSBMUG00000004664) Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b.f ##22 Rambouillet Sheep DUPLICATION Rambouillet Sheep MODERN SPECIES SIDT1 (ENSOARG00020000920) USF3 (ENSOARG00020001164) ENSOARG00020001188 ATP6V1A (ENSOARG00020001247) GRAMD1C (ENSOARG00020001279) ZDHHC23 (ENSOARG00020001306) QTRT2 (ENSOARG00020001329) DRD3 (ENSOARG00020001358) TIGIT (ENSOARG00020001397) ZBTB20 (ENSOARG00020001417) GAP43 (ENSOARG00020001439) ENSOARG00020001450 LSAMP (ENSOARG00020001493) ENSOARG00020001640 ENSOARG00020001649 ENSOARG00020001660 ##22 IGSF11 (ENSOARG00020001684) ENSOARG00020001734 UPK1B (ENSOARG00020001744) ENSOARG00020001778 B4GALT4 (ENSOARG00020001783) ARHGAP31 (ENSOARG00020001802) TMEM39A (ENSOARG00020001841) POGLUT1 (ENSOARG00020001870) TIMMDC1 (ENSOARG00020001894) CD80 (ENSOARG00020001923) ADPRH (ENSOARG00020001952) PLA1A (ENSOARG00020001966) POPDC2 (ENSOARG00020001991) ENSOARG00020002013 MAATS1 (ENSOARG00020002045) Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 2 JMJD6 (ENSOARG00020015823) METTL23 (ENSOARG00020015955) SRSF2 (ENSOARG00020016027) MFSD11 (ENSOARG00020016069) MGAT5B (ENSOARG00020016194) ENSOARG00020016717 SEC14L1 (ENSOARG00020016741) SEPTIN9 (ENSOARG00020016929) TNRC6C (ENSOARG00020017467) TMC6 (ENSOARG00020017886) TMC8 (ENSOARG00020018447) SYNGR2 (ENSOARG00020018496) TK1 (ENSOARG00020018573) AFMID (ENSOARG00020018639) ENSOARG00020018892 ENSOARG00020018998 ##22 TMEM235 (ENSOARG00020009890) ENSOARG00020009908 SOCS3 (ENSOARG00020009915) PGS1 (ENSOARG00020009946) DNAH17 (ENSOARG00020010169) CYTH1 (ENSOARG00020011632) ENSOARG00020011905 TIMP2 (ENSOARG00020012050) LGALS3BP (ENSOARG00020012170) CANT1 (ENSOARG00020012223) C1QTNF1 (ENSOARG00020012269) ENGASE (ENSOARG00020012300) RBFOX3 (ENSOARG00020012370) ENPP7 (ENSOARG00020012607) CBX2 (ENSOARG00020012762) Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 25 IRF2 (ENSCHYG00000024184) ENPP6 (ENSCHYG00000024145) STOX2 (ENSCHYG00000023957) TRAPPC11 (ENSCHYG00000023408) ENSCHYG00000023315 ING2 (ENSCHYG00000023296) CDKN2AIP (ENSCHYG00000023261) WWC2 (ENSCHYG00000022971) DCTD (ENSCHYG00000022883) TENM3 (ENSCHYG00000022619) ENSCHYG00000022559 ENSCHYG00000022545 AGA (ENSCHYG00000022427) NEIL3 (ENSCHYG00000022358) VEGFC (ENSCHYG00000022266) ENSCHYG00000022200 ##22 SPCS3 (ENSCHYG00000022146) ASB5 (ENSCHYG00000021912) ENSCHYG00000021801 WDR17 (ENSCHYG00000021271) GPM6A (ENSCHYG00000021180) ENSCHYG00000021137 ENSCHYG00000021124 ENSCHYG00000021098 ENSCHYG00000021054 ENSCHYG00000020988 ENSCHYG00000020951 ENSCHYG00000020894 ENSCHYG00000020857 ENSCHYG00000020810 ENSCHYG00000020786 Yarkand deer MODERN SPECIES 10 ENSCHYG00000022791 FBXO25 (ENSCHYG00000022825) TDRP (ENSCHYG00000022964) ENSCHYG00000023002 ENSCHYG00000023032 RUNX1 (ENSCHYG00000023067) SETD4 (ENSCHYG00000023190) ENSCHYG00000023267 ENSCHYG00000023358 ENSCHYG00000023378 ENSCHYG00000023406 DOP1B (ENSCHYG00000023458) MORC3 (ENSCHYG00000023622) CHAF1B (ENSCHYG00000023756) CLDN14 (ENSCHYG00000023819) ENSCHYG00000023833 ##22 SIM2 (ENSCHYG00000023901) HLCS (ENSCHYG00000024055) ENSCHYG00000024121 ENSCHYG00000024148 TTC3 (ENSCHYG00000024217) ENSCHYG00000024348 VPS26C (ENSCHYG00000007798) DYRK1A (ENSCHYG00000008074) KCNJ6 (ENSCHYG00000008127) ENSCHYG00000008174 KCNJ15 (ENSCHYG00000008186) ERG (ENSCHYG00000008261) ETS2 (ENSCHYG00000008759) ENSCHYG00000008930 PIK3R4 (ENSCHYG00000009005) Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b ##22 Blue whale MODERN SPECIES 40 ENSBMSG00010018543 DIPK2B (ENSBMSG00010018489) KDM6A (ENSBMSG00010018295) ENSBMSG00010018197 ENSBMSG00010018170 FUNDC1 (ENSBMSG00010018138) ENSBMSG00010018110 EFHC2 (ENSBMSG00010018037) MAOB (ENSBMSG00010017968) MAOA (ENSBMSG00010017862) ENSBMSG00010017837 ENSBMSG00010017732 ENSBMSG00010017689 ENSBMSG00010017659 ENSBMSG00010017638 ENSBMSG00010017593 ##22 GPR82 (ENSBMSG00010017574) GPR34 (ENSBMSG00010017560) ENSBMSG00010017550 CASK (ENSBMSG00010017223) ENSBMSG00010017131 NYX (ENSBMSG00010017109) ENSBMSG00010017095 DDX3X (ENSBMSG00010016859) USP9X (ENSBMSG00010016782) MED14 (ENSBMSG00010016504) CXorf38 (ENSBMSG00010016418) ENSBMSG00010016374 ENSBMSG00010016238 BCOR (ENSBMSG00010016120) MID1IP1 (ENSBMSG00010016089) Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b ##22 Sperm whale MODERN SPECIES 1045 ENSPCTG00005019645 ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b ##22 Dolphin MODERN SPECIES 1263 SMIM14 (ENSTTRG00000014301) #19 UGDH (ENSTTRG00000014298) #20 LIAS (ENSTTRG00000014293) #21 ENSTTRG00000014289 ##22 KLB (ENSTTRG00000014287) #23 RFC1 (ENSTTRG00000014283) #24 WDR19 (ENSTTRG00000014278) #25 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b ##22 Vaquita MODERN SPECIES 6 TRRAP (ENSPSNG00000011688) TMEM130 (ENSPSNG00000011895) NPTX2 (ENSPSNG00000012212) BAIAP2L1 (ENSPSNG00000012292) ENSPSNG00000012465 TECPR1 (ENSPSNG00000012533) BHLHA15 (ENSPSNG00000012595) LMTK2 (ENSPSNG00000012631) ENSPSNG00000012777 ENSPSNG00000012850 ENSPSNG00000013097 ENSPSNG00000013383 PMS2 (ENSPSNG00000013449) AIMP2 (ENSPSNG00000013573) EIF2AK1 (ENSPSNG00000013745) ENSPSNG00000013966 ##22 USP42 (ENSPSNG00000013999) CYTH3 (ENSPSNG00000014047) ENSPSNG00000014115 FAM220A (ENSPSNG00000014179) ENSPSNG00000014218 RAC1 (ENSPSNG00000014278) DAGLB (ENSPSNG00000014394) ENSPSNG00000014592 KDELR2 (ENSPSNG00000014657) GRID2IP (ENSPSNG00000014825) ZDHHC4 (ENSPSNG00000015850) INTS15 (ENSPSNG00000015900) ZNF853 (ENSPSNG00000015959) ZNF316 (ENSPSNG00000016002) ZNF12 (ENSPSNG00000016057) Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b ##22 Beluga whale MODERN SPECIES 48 ENSDLEG00000020369 ENSDLEG00000020372 PDZD9 (ENSDLEG00000020380) CUNH16orf52 (ENSDLEG00000020384) VWA3A (ENSDLEG00000020400) EEF2K (ENSDLEG00000020469) POLR3E (ENSDLEG00000008497) CDR2 (ENSDLEG00000008602) ENSDLEG00000008633 METTL9 (ENSDLEG00000008655) IGSF6 (ENSDLEG00000008678) OTOA (ENSDLEG00000008724) HS3ST2 (ENSDLEG00000008843) USP31 (ENSDLEG00000008872) SCNN1G (ENSDLEG00000008999) ENSDLEG00000009034 ##22 SCNN1B (ENSDLEG00000009054) COG7 (ENSDLEG00000009125) ENSDLEG00000009230 GGA2 (ENSDLEG00000009246) ENSDLEG00000009288 EARS2 (ENSDLEG00000009316) UBFD1 (ENSDLEG00000009356) ENSDLEG00000009418 NDUFAB1 (ENSDLEG00000009430) PALB2 (ENSDLEG00000009456) DCTN5 (ENSDLEG00000009592) PLK1 (ENSDLEG00000009615) ERN2 (ENSDLEG00000009740) CHP2 (ENSDLEG00000010336) PRKCB (ENSDLEG00000010361) Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b ##22 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b ##22 Ferret MODERN SPECIES 179 LIG4 (ENSMPUG00000018675) ABHD13 (ENSMPUG00000018673) TNFSF13B (ENSMPUG00000011167) MYO16 (ENSMPUG00000011157) ENSMPUG00000011154 COL4A1 (ENSMPUG00000011141) COL4A2 (ENSMPUG00000010634) RAB20 (ENSMPUG00000010630) CARS2 (ENSMPUG00000010627) ING1 (ENSMPUG00000010625) ANKRD10 (ENSMPUG00000010620) NAXD (ENSMPUG00000010617) ARHGEF7 (ENSMPUG00000010609) TEX29 (ENSMPUG00000010598) ENSMPUG00000010594 ENSMPUG00000010590 ##22 TUBGCP3 (ENSMPUG00000010469) ATP11A (ENSMPUG00000010457) ENSMPUG00000018671 MCF2L (ENSMPUG00000010436) F7 (ENSMPUG00000010383) F10 (ENSMPUG00000010244) PCID2 (ENSMPUG00000010226) CUL4A (ENSMPUG00000009958) LAMP1 (ENSMPUG00000009948) ENSMPUG00000009861 DCUN1D2 (ENSMPUG00000009807) TMCO3 (ENSMPUG00000009799) TFDP1 (ENSMPUG00000009700) ATP4B (ENSMPUG00000009485) GRK1 (ENSMPUG00000009251) American mink MODERN SPECIES 22 ALX1 (ENSNVIG00000000603) LRRIQ1 (ENSNVIG00000000618) TSN19 (ENSNVIG00000000703) S6A15 (ENSNVIG00000000728) ENSNVIG00000000773 TMTC2 (ENSNVIG00000000786) METTL25 (ENSNVIG00000000819) TAP26 (ENSNVIG00000000828) PPFIA2 (ENSNVIG00000000848) ACSS3 (ENSNVIG00000001229) LIN7A (ENSNVIG00000001269) MYF5 (ENSNVIG00000001283) MYF6 (ENSNVIG00000001298) PTPRQ (ENSNVIG00000001320) OTOGL (ENSNVIG00000001579) ENSNVIG00000001919 ##22 PPP1R12A (ENSNVIG00000001940) PAWR (ENSNVIG00000002283) SYT1 (ENSNVIG00000002313) ENSNVIG00000002371 NAV3 (ENSNVIG00000002412) E2F7 (ENSNVIG00000002695) ENSNVIG00000002763 ZDHHC17 (ENSNVIG00000002801) OSBPL8 (ENSNVIG00000002847) BBS10 (ENSNVIG00000003073) ENSNVIG00000003110 ENSNVIG00000003475 PHLDA1 (ENSNVIG00000003490) KRR1 (ENSNVIG00000003506) GLIPR1 (ENSNVIG00000003537) Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b ##22 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00520000059318 ENSGT00530000063666.a ENSGT00530000067269 ENSGT00390000008591 ENSGT00940000159242 ENSGT00730000111075.b ENSGT00940000161429 ENSGT00390000011425.A ENSGT00940000156017 ENSGT00730000111570 ENSGT00950000183107.a.b.b ENSGT00940000162488 ENSGT00950000182832.D.b ENSGT00940000161206 ENSGT00950000183115.b.b ENSGT00390000015224.c.a.a.b ##22 ENSGT01030000234518.D ENSGT01100000263536.A.a.a.a ENSGT01100000263536.A.a.a.b ENSGT01040000240444.A.a.a.a.b ENSGT00940000163808 ENSGT01050000245003 ENSGT01100000263536.B.c.b ENSGT00940000161697 ENSGT00390000008820.e.b ENSGT00940000163576 ENSGT00940000159568 ENSGT00390000012178.g.b.b ENSGT00390000012030.b.a ENSGT00980000202753 ENSGT00940000155902 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b ##22 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 25 SV2C (ENSRFEG00010014249) IQGAP2 (ENSRFEG00010014371) F2RL2 (ENSRFEG00010015786) F2R (ENSRFEG00010015825) F2RL1 (ENSRFEG00010015917) CRHBP (ENSRFEG00010015859) S100Z (ENSRFEG00010015950) AGGF1 (ENSRFEG00010016035) ZBED3 (ENSRFEG00010016086) PDE8B (ENSRFEG00010016179) WDR41 (ENSRFEG00010017690) OTP (ENSRFEG00010017860) TBCA (ENSRFEG00010017900) AP3B1 (ENSRFEG00010018051) ENSRFEG00010018153 ENSRFEG00010018181 ##22 SCAMP1 (ENSRFEG00010018228) LHFPL2 (ENSRFEG00010018294) ARSB (ENSRFEG00010018336) DMGDH (ENSRFEG00010018532) BHMT2 (ENSRFEG00010018710) BHMT (ENSRFEG00010018771) JMY (ENSRFEG00010018821) HOMER1 (ENSRFEG00010018881) TENT2 (ENSRFEG00010019113) CMYA5 (ENSRFEG00010019210) MTX3 (ENSRFEG00010019245) THBS4 (ENSRFEG00010019289) SERINC5 (ENSRFEG00010019347) SPZ1 (ENSRFEG00010019387) ZFYVE16 (ENSRFEG00010019402) Microbat DUPLICATION Microbat MODERN SPECIES 941 ENSMLUG00000027800 RPS6KA6 (ENSMLUG00000015440) ENSMLUG00000011590 POU3F4 (ENSMLUG00000004140) ENSMLUG00000006065 ENSMLUG00000025070 SH3BGRL (ENSMLUG00000010051) HMGN5 (ENSMLUG00000029467) ENSMLUG00000024815 ENSMLUG00000013978 BRWD3 (ENSMLUG00000005607) TENT5D (ENSMLUG00000000409) ENSMLUG00000024811 TBX22 (ENSMLUG00000016826) ITM2A (ENSMLUG00000010431) ENSMLUG00000025668 ##22 GPR174 (ENSMLUG00000005162) ENSMLUG00000025815 P2RY10 (ENSMLUG00000010499) LPAR4 (ENSMLUG00000006096) RTL3 (ENSMLUG00000002371) TAF9B (ENSMLUG00000014581) PGK1 (ENSMLUG00000017791) ENSMLUG00000026413 ATP7A (ENSMLUG00000025990) ENSMLUG00000022443 MAGT1 (ENSMLUG00000008595) ENSMLUG00000027763 ENSMLUG00000028355 ENSMLUG00000027761 FGF16 (ENSMLUG00000011190) Microbat DUPLICATION Microbat MODERN SPECIES 2506 TRPM4 (ENSMLUG00000004081) ENSMLUG00000029444 ##22 Microbat MODERN SPECIES 2444 ENSMLUG00000027531 ##22 VSTM1 (ENSMLUG00000023269) Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES 2499 ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.c.a.a.b ##22 Hedgehog DUPLICATION Hedgehog MODERN SPECIES 1243 LIAS (ENSEEUG00000004418) #21 ENSEEUG00000004394 ##22 Hedgehog MODERN SPECIES 9396 ENSEEUG00000000368 ##22 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b ##22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b ##22 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.a.b ##22 Hyrax MODERN SPECIES 2494 LIAS (ENSPCAG00000005895) #21 ENSPCAG00000005834 ##22 KLB (ENSPCAG00000005783) #23 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Camelidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Alpaca MODERN SPECIES 4118 ENSVPAG00000002226 ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Cow MODERN SPECIES ENSBTAG00000050116 ENSBTAG00000013920 ENSBTAG00000049524 SPICE1 (ENSBTAG00000013937) SIDT1 (ENSBTAG00000013292) USF3 (ENSBTAG00000021000) NAA50 (ENSBTAG00000007784) ATP6V1A (ENSBTAG00000002703) GRAMD1C (ENSBTAG00000004971) ZDHHC23 (ENSBTAG00000004974) CCDC191 (ENSBTAG00000004975) QTRT2 (ENSBTAG00000004977) DRD3 (ENSBTAG00000002132) TIGIT (ENSBTAG00000011921) ZBTB20 (ENSBTAG00000011928) ENSBTAG00000047946 ##22 GAP43 (ENSBTAG00000006451) ENSBTAG00000049208 LSAMP (ENSBTAG00000049383) ENSBTAG00000048452 ENSBTAG00000048985 IGSF11 (ENSBTAG00000045704) TEX55 (ENSBTAG00000014157) UPK1B (ENSBTAG00000009014) B4GALT4 (ENSBTAG00000001390) ARHGAP31 (ENSBTAG00000000210) TMEM39A (ENSBTAG00000000213) POGLUT1 (ENSBTAG00000008562) TIMMDC1 (ENSBTAG00000012581) CD80 (ENSBTAG00000018059) ADPRH (ENSBTAG00000009391) Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Sperm whale MODERN SPECIES 4 LNX2 (ENSPCTG00005013292) MTIF3 (ENSPCTG00005013236) GTF3A (ENSPCTG00005013180) RASL11A (ENSPCTG00005013101) RPL21 (ENSPCTG00005013013) USP12 (ENSPCTG00005012963) ENSPCTG00005012908 GPR12 (ENSPCTG00005012894) WASF3 (ENSPCTG00005012829) CDK8 (ENSPCTG00005012757) RNF6 (ENSPCTG00005012717) SHISA2 (ENSPCTG00005012685) ATP8A2 (ENSPCTG00005012320) NUP58 (ENSPCTG00005012207) MTMR6 (ENSPCTG00005012116) ENSPCTG00005012083 ##22 ENSPCTG00005012034 ENSPCTG00005011655 ENSPCTG00005011588 ENSPCTG00005011481 MIPEP (ENSPCTG00005011317) TNFRSF19 (ENSPCTG00005011147) SACS (ENSPCTG00005011024) SGCG (ENSPCTG00005010884) FGF9 (ENSPCTG00005010827) MICU2 (ENSPCTG00005010765) ZDHHC20 (ENSPCTG00005010655) MRPL57 (ENSPCTG00005010611) SKA3 (ENSPCTG00005010586) SAP18 (ENSPCTG00005010543) LATS2 (ENSPCTG00005010509) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Olive baboon MODERN SPECIES 13 METTL14 (ENSPANG00000015932) SEC24D (ENSPANG00000016989) SYNPO2 (ENSPANG00000008113) MYOZ2 (ENSPANG00000013128) USP53 (ENSPANG00000001095) C4orf3 (ENSPANG00000045313) FABP2 (ENSPANG00000008053) PDE5A (ENSPANG00000011908) ENSPANG00000037217 ENSPANG00000044973 MAD2L1 (ENSPANG00000019721) ENSPANG00000031623 ENSPANG00000049116 ENSPANG00000041603 PRDM5 (ENSPANG00000023612) ENSPANG00000011906 ##22 NDNF (ENSPANG00000040917) ENSPANG00000038766 TNIP3 (ENSPANG00000008756) QRFPR (ENSPANG00000039070) ENSPANG00000048379 ANXA5 (ENSPANG00000011025) ENSPANG00000038953 ENSPANG00000042448 ENSPANG00000030816 ENSPANG00000033569 ENSPANG00000045565 ENSPANG00000038330 SMIM43 (ENSPANG00000043689) EXOSC9 (ENSPANG00000000792) CCNA2 (ENSPANG00000008601) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Steppe mouse MODERN SPECIES 19 Poglut1 (ENSMSIG00000018915) Timmdc1 (ENSMSIG00000018900) ENSMSIG00000018884 Cd80 (ENSMSIG00000018801) Adprh (ENSMSIG00000018796) Pla1a (ENSMSIG00000018780) Popdc2 (ENSMSIG00000018749) Cox17 (ENSMSIG00000018737) Cfap91 (ENSMSIG00000018655) Nr1i2 (ENSMSIG00000018649) Gsk3b (ENSMSIG00000018514) Gpr156 (ENSMSIG00000018477) Lrrc58 (ENSMSIG00000018454) Btnl12 (ENSMSIG00000018429) Fstl1 (ENSMSIG00000018393) ENSMSIG00000018386 ##22 ENSMSIG00000018377 Hgd (ENSMSIG00000018328) ENSMSIG00000018320 Rabl3 (ENSMSIG00000018289) Gtf2e1 (ENSMSIG00000018274) ENSMSIG00000018266 Stxbp5l (ENSMSIG00000017754) ENSMSIG00000017745 Polq (ENSMSIG00000017530) Fbxo40 (ENSMSIG00000017504) Hcls1 (ENSMSIG00000017414) Golgb1 (ENSMSIG00000017297) Iqcb1 (ENSMSIG00000017244) Eaf2 (ENSMSIG00000017229) Slc15a2 (ENSMSIG00000017096) Rat MODERN SPECIES 12 Cabin1 (ENSRNOG00000001237) Susd2 (ENSRNOG00000033389) AABR07044631.2 (ENSRNOG00000062276) Ggt1 (ENSRNOG00000047697) Lrrc75b (ENSRNOG00000046428) Snrpd3 (ENSRNOG00000050410) Gucd1 (ENSRNOG00000049952) Upb1 (ENSRNOG00000038258) Adora2a (ENSRNOG00000001302) Specc1l (ENSRNOG00000001303) Bcr (ENSRNOG00000001304) ENSRNOG00000068163 Rab36 (ENSRNOG00000001311) Rsph14 (ENSRNOG00000001315) Gnaz (ENSRNOG00000001313) Rpl9-ps20 (ENSRNOG00000068097) ##22 Pcdh15 (ENSRNOG00000000606) Zwint (ENSRNOG00000048682) RGD1559903 (ENSRNOG00000000607) AABR07044714.1 (ENSRNOG00000053936) Ipmk (ENSRNOG00000000609) Rpl39-ps11 (ENSRNOG00000048073) Cisd1 (ENSRNOG00000000610) Ube2d1 (ENSRNOG00000000611) Tfam (ENSRNOG00000000613) ENSRNOG00000067041 Bicc1 (ENSRNOG00000000614) Phyhipl (ENSRNOG00000000274) Fam13c (ENSRNOG00000000275) Slc16a9 (ENSRNOG00000049063) Mrln (ENSRNOG00000069916) Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 293 ENSCGRG00001006653 ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female MODERN SPECIES 4 DHX32 (ENSHGLG00000013097) FANK1 (ENSHGLG00000009806) ENSHGLG00000043454 ADAM12 (ENSHGLG00000014915) ENSHGLG00000004128 ENSHGLG00000017225 ENSHGLG00000043292 ENSHGLG00000015801 ENSHGLG00000017202 ENSHGLG00000046538 NPS (ENSHGLG00000011458) FOXI2 (ENSHGLG00000010615) CLRN3 (ENSHGLG00000010190) PTPRE (ENSHGLG00000015895) ENSHGLG00000046544 ENSHGLG00000021135 ##22 ENSHGLG00000039917 MGMT (ENSHGLG00000014053) EBF3 (ENSHGLG00000016339) ENSHGLG00000014516 GLRX3 (ENSHGLG00000016229) ENSHGLG00000038454 TCERG1L (ENSHGLG00000014281) ENSHGLG00000033671 ENSHGLG00000016574 ENSHGLG00000016646 JAKMIP3 (ENSHGLG00000018781) ##7 DPYSL4 (ENSHGLG00000012949) STK32C (ENSHGLG00000009808) ENSHGLG00000046735 PWWP2B (ENSHGLG00000043379) Naked mole-rat female MODERN SPECIES 31 ENSHGLG00000046508 KANTR (ENSHGLG00000037883) ENSHGLG00000019851 TSPYL2 (ENSHGLG00000003451) GPR173 (ENSHGLG00000002986) ENSHGLG00000035259 ENSHGLG00000036385 ENSHGLG00000045356 ENSHGLG00000042169 ENSHGLG00000000115 ENSHGLG00000000108 ENSHGLG00000000103 ENSHGLG00000042632 ENSHGLG00000000112 ENSHGLG00000001568 ENSHGLG00000001763 ##22 ENSHGLG00000019797 ENSHGLG00000001529 ENSHGLG00000001504 ENSHGLG00000048545 ENSHGLG00000046118 ENSHGLG00000004390 ENSHGLG00000048631 ENSHGLG00000003542 SHROOM4 (ENSHGLG00000003286) ENSHGLG00000038624 ENSHGLG00000003106 ENSHGLG00000002872 ENSHGLG00000002751 ENSHGLG00000002579 ENSHGLG00000002181 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Elephant MODERN SPECIES 278 MOGS (ENSLAFG00000006045) MRPL53 (ENSLAFG00000007990) CCDC142 (ENSLAFG00000029911) LBX2 (ENSLAFG00000021732) PCGF1 (ENSLAFG00000018359) TLX2 (ENSLAFG00000018364) DQX1 (ENSLAFG00000018370) AUP1 (ENSLAFG00000018372) HTRA2 (ENSLAFG00000018377) LOXL3 (ENSLAFG00000018382) DOK1 (ENSLAFG00000027059) M1AP (ENSLAFG00000018384) HK2 (ENSLAFG00000012243) TACR1 (ENSLAFG00000015590) EVA1A (ENSLAFG00000012257) ENSLAFG00000025565 ##22 MRPL19 (ENSLAFG00000000146) GCFC2 (ENSLAFG00000002210) LRRTM4 (ENSLAFG00000004386) ENSLAFG00000028709 ENSLAFG00000002146 ENSLAFG00000030430 ENSLAFG00000017076 ENSLAFG00000026049 LRRTM1 (ENSLAFG00000018565) ENSLAFG00000006766 Tenrec MODERN SPECIES 14419 ENSETEG00000002415 ##22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a.b ##22 Armadillo DUPLICATION Armadillo MODERN SPECIES 1449 ENSDNOG00000042784 ID2 (ENSDNOG00000035918) KIDINS220 (ENSDNOG00000002905) MBOAT2 (ENSDNOG00000041557) ENSDNOG00000041786 ##22 ASAP2 (ENSDNOG00000008886) ITGB1BP1 (ENSDNOG00000008930) CPSF3 (ENSDNOG00000008940) IAH1 (ENSDNOG00000009272) ADAM17 (ENSDNOG00000009284) ENSDNOG00000033666 TAF1B (ENSDNOG00000018268) GRHL1 (ENSDNOG00000014493) KLF11 (ENSDNOG00000035689) ENSDNOG00000047738 ENSDNOG00000012581 ##22 Armadillo MODERN SPECIES 2797 SPATA45 (ENSDNOG00000003477) FLVCR1 (ENSDNOG00000031484) ENSDNOG00000038786 VASH2 (ENSDNOG00000008969) ANGEL2 (ENSDNOG00000008978) ENSDNOG00000013631 ENSDNOG00000042638 PROX1 (ENSDNOG00000001297) SMYD2 (ENSDNOG00000014059) PTPN14 (ENSDNOG00000014080) CENPF (ENSDNOG00000010010) KCNK2 (ENSDNOG00000008257) KCTD3 (ENSDNOG00000002406) USH2A (ENSDNOG00000002408) ESRRG (ENSDNOG00000037798) ENSDNOG00000037766 ##22 Armadillo MODERN SPECIES 2343 PPIP5K1 (ENSDNOG00000005820) ENSDNOG00000045635 STRC (ENSDNOG00000049170) PDIA3 (ENSDNOG00000046246) ELL3 (ENSDNOG00000017756) ENSDNOG00000025123 HYPK (ENSDNOG00000006092) MFAP1 (ENSDNOG00000006125) WDR76 (ENSDNOG00000004729) FRMD5 (ENSDNOG00000043593) ENSDNOG00000043777 ##22 GOLM2 (ENSDNOG00000017815) CTDSPL2 (ENSDNOG00000000228) EIF3J (ENSDNOG00000042545) SPG11 (ENSDNOG00000000762) ENSDNOG00000032325 ##22 PATL2 (ENSDNOG00000036837) B2M (ENSDNOG00000038230) TRIM69 (ENSDNOG00000011843) SORD (ENSDNOG00000045476) DUOX2 (ENSDNOG00000018036) DUOXA2 (ENSDNOG00000024760) DUOXA1 (ENSDNOG00000024883) DUOX1 (ENSDNOG00000018039) SHF (ENSDNOG00000033228) SLC28A2 (ENSDNOG00000008853) GATM (ENSDNOG00000003385) SPATA5L1 (ENSDNOG00000017889) Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a #22 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a #22 Tasmanian devil MODERN SPECIES 5 TMEM33 (ENSSHAG00000014708) PHOX2B (ENSSHAG00000015235) ENSSHAG00000015379 UCHL1 (ENSSHAG00000020618) #8 APBB2 (ENSSHAG00000016906) #9 NSUN7 (ENSSHAG00000017276) #11 RBM47 (ENSSHAG00000017576) #12 CHRNA9 (ENSSHAG00000017834) #13 RHOH (ENSSHAG00000031303) #14 N4BP2 (ENSSHAG00000004062) #16 PDS5A (ENSSHAG00000006136) #17 UBE2K (ENSSHAG00000021204) #18 SMIM14 (ENSSHAG00000023062) #19 UGDH (ENSSHAG00000003076) #20 LIAS (ENSSHAG00000027361) #21 ENSSHAG00000004918 #22 KLB (ENSSHAG00000005141) #23 RFC1 (ENSSHAG00000005764) #24 WDR19 (ENSSHAG00000006541) #25 ENSSHAG00000007383 #25 KLHL5 (ENSSHAG00000008601) #26 ENSSHAG00000009519 #27 FAM114A1 (ENSSHAG00000009933) #28 TLR6 (ENSSHAG00000010462) #29 TLR10 (ENSSHAG00000010643) #32 KLF3 (ENSSHAG00000026965) #33 TBC1D1 (ENSSHAG00000013165) #34 PGM2 (ENSSHAG00000005459) #35 RELL1 (ENSSHAG00000023710) #36 ENSSHAG00000002940 NWD2 (ENSSHAG00000005236) #37 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a #22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a #22 koala MODERN SPECIES 95 ENSPCIG00000012534 SH3GL2 (ENSPCIG00000012532) ENSPCIG00000022106 ENSPCIG00000022111 ENSPCIG00000033033 SAXO1 (ENSPCIG00000019971) ENSPCIG00000002401 ENSPCIG00000002436 FSD1L (ENSPCIG00000001982) FKTN (ENSPCIG00000001947) TAL2 (ENSPCIG00000001924) TMEM38B (ENSPCIG00000001911) ENSPCIG00000035409 ENSPCIG00000006676 KLF4 (ENSPCIG00000006850) ENSPCIG00000006853 #22 ENSPCIG00000013786 ENSPCIG00000013785 ENSPCIG00000018412 ENSPCIG00000005457 ENSPCIG00000010107 RNF20 (ENSPCIG00000010110) PGAP4 (ENSPCIG00000034771) ALDOB (ENSPCIG00000010113) MRPL50 (ENSPCIG00000031733) BAAT (ENSPCIG00000010117) ENSPCIG00000005767 Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a #22 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a #22 Episquamata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a #22 Laterata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.a #22 Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 23 ENSSMRG00000016264 ENSSMRG00000016258 SLITRK5 (ENSSMRG00000016254) ENSSMRG00000016253 DHPS (ENSSMRG00000016252) SLITRK6 (ENSSMRG00000016251) ENSSMRG00000016249 SLITRK1 (ENSSMRG00000016247) ENSSMRG00000016246 ENSSMRG00000016244 SPRY2 (ENSSMRG00000016242) NDFIP2 (ENSSMRG00000016238) RBM26 (ENSSMRG00000016237) OBI1 (ENSSMRG00000016234) POU4F1 (ENSSMRG00000016233) ENSSMRG00000016231 #22 EDNRB (ENSSMRG00000016230) ENSSMRG00000016229 IPO5 (ENSSMRG00000015244) FARP1 (ENSSMRG00000015242) STK24 (ENSSMRG00000015241) SLC15A1 (ENSSMRG00000015240) DOCK9 (ENSSMRG00000015239) GPR18 (ENSSMRG00000015238) ENSSMRG00000015237 UBAC2 (ENSSMRG00000015236) TM9SF2 (ENSSMRG00000015235) CLYBL (ENSSMRG00000015234) ZIC5 (ENSSMRG00000015232) ZIC2 (ENSSMRG00000015231) PCCA (ENSSMRG00000015228) Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b ##22 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b ##22 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b ##22 Amniota DUPLICATION Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 koala MODERN SPECIES 5 RAD17 (ENSPCIG00000024704) ENSPCIG00000034861 CCDC125 (ENSPCIG00000005071) ENSPCIG00000013227 FAM151B (ENSPCIG00000013226) ENSPCIG00000032886 ENSPCIG00000013220 ENSPCIG00000013221 MSH3 (ENSPCIG00000013216) RASGRF2 (ENSPCIG00000013213) CKMT2 (ENSPCIG00000013210) ZCCHC9 (ENSPCIG00000013208) ACOT12 (ENSPCIG00000013207) SSBP2 (ENSPCIG00000013205) ATG10 (ENSPCIG00000029907) ENSPCIG00000029909 ##22 RPS23 (ENSPCIG00000029904) ENSPCIG00000029902 ENSPCIG00000029901 ENSPCIG00000029899 ENSPCIG00000029898 ENSPCIG00000032700 XRCC4 (ENSPCIG00000029896) ENSPCIG00000029893 HAPLN1 (ENSPCIG00000007780) EDIL3 (ENSPCIG00000006442) ENSPCIG00000036658 ENSPCIG00000002455 ENSPCIG00000003752 ENSPCIG00000002439 RASA1 (ENSPCIG00000029535) Common wonbat MODERN SPECIES 1013 ENSVURG00010018462 OCLN (ENSVURG00010018447) MARVELD2 (ENSVURG00010018433) RAD17 (ENSVURG00010018414) ENSVURG00010018403 CCDC125 (ENSVURG00010018389) ENSVURG00010018375 ANKRD34B (ENSVURG00010018370) ENSVURG00010018365 ENSVURG00010018314 RASGRF2 (ENSVURG00010018013) CKMT2 (ENSVURG00010017961) ZCCHC9 (ENSVURG00010017952) ACOT12 (ENSVURG00010017946) SSBP2 (ENSVURG00010017922) ENSVURG00010017901 ##22 ATG10 (ENSVURG00010017892) ENSVURG00010017874 ENSVURG00010017862 XRCC4 (ENSVURG00010017856) ENSVURG00010017848 HAPLN1 (ENSVURG00010017842) EDIL3 (ENSVURG00010017835) ENSVURG00010017826 ENSVURG00010017815 ENSVURG00010017806 ENSVURG00010017797 RASA1 (ENSVURG00010017779) CCNH (ENSVURG00010017770) TMEM161B (ENSVURG00010017759) MEF2C (ENSVURG00010017717) Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Bushbaby DUPLICATION Bushbaby MODERN SPECIES 296 LIMCH1 (ENSOGAG00000003731) ENSOGAG00000028965 UCHL1 (ENSOGAG00000010213) #8 APBB2 (ENSOGAG00000034915) #9 NSUN7 (ENSOGAG00000004278) #11 ENSOGAG00000029367 #12 CHRNA9 (ENSOGAG00000005569) #13 RHOH (ENSOGAG00000005568) #14 N4BP2 (ENSOGAG00000012333) #16 ENSOGAG00000032799 #17 UBE2K (ENSOGAG00000008264) #18 ENSOGAG00000030558 SMIM14 (ENSOGAG00000007152) #19 UGDH (ENSOGAG00000004941) #20 ENSOGAG00000027482 #21 ENSOGAG00000004935 ##22 KLB (ENSOGAG00000034905) #23 ENSOGAG00000030038 RFC1 (ENSOGAG00000012292) #24 WDR19 (ENSOGAG00000012276) #25 KLHL5 (ENSOGAG00000012266) #26 TMEM156 (ENSOGAG00000012262) #27 FAM114A1 (ENSOGAG00000012783) #28 TLR6 (ENSOGAG00000016497) #29 TLR1 (ENSOGAG00000003279) #30 Bushbaby MODERN SPECIES 120 ESM1 (ENSOGAG00000026369) ENSOGAG00000026791 ENSOGAG00000031260 ENSOGAG00000028955 SNX18 (ENSOGAG00000028588) HSPB3 (ENSOGAG00000000802) ENSOGAG00000033282 ARL15 (ENSOGAG00000016980) FST (ENSOGAG00000002121) MOCS2 (ENSOGAG00000011108) ITGA2 (ENSOGAG00000006905) ITGA1 (ENSOGAG00000017181) PELO (ENSOGAG00000027940) ISL1 (ENSOGAG00000034378) ENSOGAG00000011763 ENSOGAG00000029580 ##22 PARP8 (ENSOGAG00000005203) EMB (ENSOGAG00000005369) ENSOGAG00000029863 HCN1 (ENSOGAG00000008900) Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Mouse lemur MODERN SPECIES ENSMICG00000048970 CCDC80 (ENSMICG00000049401) SLC35A5 (ENSMICG00000049390) ENSMICG00000049151 BTLA (ENSMICG00000049218) ENSMICG00000049372 CD200 (ENSMICG00000049014) SLC9C1 (ENSMICG00000049205) GCSAM (ENSMICG00000049456) C3orf52 (ENSMICG00000049149) TMPRSS7 (ENSMICG00000048872) TAGLN3 (ENSMICG00000048931) ABHD10 (ENSMICG00000049167) PHLDB2 (ENSMICG00000048881) PLCXD2 (ENSMICG00000048541) ENSMICG00000048936 ##22 CD96 (ENSMICG00000048386) ZBED2 (ENSMICG00000048897) NECTIN3 (ENSMICG00000049065) ENSMICG00000049210 DPPA2 (ENSMICG00000049566) C3orf85 (ENSMICG00000048813) MORC1 (ENSMICG00000049431) GUCA1C (ENSMICG00000049237) TRAT1 (ENSMICG00000049400) RETNLB (ENSMICG00000049230) DZIP3 (ENSMICG00000048858) ENSMICG00000049290 HHLA2 (ENSMICG00000048964) IFT57 (ENSMICG00000049261) CD47 (ENSMICG00000048926) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Mas night monkey MODERN SPECIES 1263 NIN (ENSANAG00000031916) SAV1 (ENSANAG00000028284) ATL1 (ENSANAG00000027795) MAP4K5 (ENSANAG00000028658) CDKL1 (ENSANAG00000032697) DMAC2L (ENSANAG00000030024) ENSANAG00000032284 ##22 L2HGDH (ENSANAG00000030355) SOS2 (ENSANAG00000019050) VCPKMT (ENSANAG00000007501) ARF6 (ENSANAG00000017264) NEMF (ENSANAG00000021820) KLHDC2 (ENSANAG00000019065) KLHDC1 (ENSANAG00000036333) POLE2 (ENSANAG00000024494) DNAAF2 (ENSANAG00000031647) RPL36AL (ENSANAG00000019555) LRR1 (ENSANAG00000027788) RPS29 (ENSANAG00000024423) MDGA2 (ENSANAG00000022758) ENSANAG00000001580 ENSANAG00000023525 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Capuchin MODERN SPECIES 310 PTBP3 (ENSCCAG00000023348) SUSD1 (ENSCCAG00000021050) UGCG (ENSCCAG00000033918) ENSCCAG00000018608 ##22 SHOC1 (ENSCCAG00000033144) GNG10 (ENSCCAG00000028658) DNAJC25 (ENSCCAG00000024047) ENSCCAG00000006744 ZNF483 (ENSCCAG00000037931) ECPAS (ENSCCAG00000005494) ENSCCAG00000029072 MUSK (ENSCCAG00000021106) SVEP1 (ENSCCAG00000023055) TXNDC8 (ENSCCAG00000012847) TXN (ENSCCAG00000019853) C9orf152 (ENSCCAG00000025768) PALM2AKAP2 (ENSCCAG00000024097) ENSCCAG00000024600 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 52 PPP1R36 (ENSSBOG00000036161) HSPA2 (ENSSBOG00000022183) ZBTB1 (ENSSBOG00000034077) ZBTB25 (ENSSBOG00000023621) MTHFD1 (ENSSBOG00000031349) ESR2 (ENSSBOG00000028200) SYNE2 (ENSSBOG00000026208) SGPP1 (ENSSBOG00000034102) PPP2R5E (ENSSBOG00000035550) GPHB5 (ENSSBOG00000021215) RHOJ (ENSSBOG00000024194) KCNH5 (ENSSBOG00000024952) ENSSBOG00000017914 ENSSBOG00000017852 SYT16 (ENSSBOG00000031682) ENSSBOG00000028105 ##22 SNAPC1 (ENSSBOG00000034019) HIF1A (ENSSBOG00000029024) PRKCH (ENSSBOG00000007247) SLC38A6 (ENSSBOG00000002115) TRMT5 (ENSSBOG00000027786) ENSSBOG00000020551 SIX4 (ENSSBOG00000034120) SIX1 (ENSSBOG00000021555) SIX6 (ENSSBOG00000033001) C14orf39 (ENSSBOG00000031723) PPM1A (ENSSBOG00000033152) DHRS7 (ENSSBOG00000031180) PCNX4 (ENSSBOG00000019535) LRRC9 (ENSSBOG00000018868) RTN1 (ENSSBOG00000024299) Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Gibbon MODERN SPECIES ENSNLEG00000030362 ENSNLEG00000007654 ENSNLEG00000033704 CEP89 (ENSNLEG00000007643) SLC7A9 (ENSNLEG00000007638) ENSNLEG00000007635 NUDT19 (ENSNLEG00000007633) RGS9BP (ENSNLEG00000033989) ANKRD27 (ENSNLEG00000007615) ENSNLEG00000033870 DPY19L3 (ENSNLEG00000007610) ENSNLEG00000007609 TSHZ3 (ENSNLEG00000007608) ZNF536 (ENSNLEG00000007605) ENSNLEG00000007600 ENSNLEG00000032007 ##22 CCNE1 (ENSNLEG00000007599) ENSNLEG00000033714 PLEKHF1 (ENSNLEG00000034434) ENSNLEG00000028526 VSTM2B (ENSNLEG00000007593) UQCRFS1 (ENSNLEG00000007588) ENSNLEG00000030634 ZNF254 (ENSNLEG00000034962) ZNF726 (ENSNLEG00000028061) ZNF681 (ENSNLEG00000026595) ENSNLEG00000030674 ENSNLEG00000034498 ENSNLEG00000014075 ENSNLEG00000008916 ZNF728 (ENSNLEG00000008927) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000155517 ENSGT01100000263497.C ENSGT00390000005163.jb ENSGT00910000147471 ENSGT00390000005163.ib.a ENSGT00940000157901 ENSGT00390000001424.pb.b ENSGT01050000244902.b.c.b ENSGT01050000244902.b.c.a ENSGT00390000006080 ENSGT00940000153986.a ENSGT00390000007753.b ENSGT01020000230346.A.cb.a ENSGT00940000154859 ENSGT00390000008666.d.a ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 ENSGT00390000013444.a.a ENSGT00390000010316.j.b ENSGT00940000156065 ENSGT00940000159502 ENSGT00390000006837.e.b ENSGT00390000004717 ENSGT00950000182834.A.a.a ENSGT00390000008920.c.a.q.a ENSGT00390000004542.i.a ENSGT00940000157933 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00390000002030 ENSGT00940000161456 ENSGT00730000111340.a.a ENSGT00940000157224 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000155517 ENSGT01100000263497.C ENSGT00390000005163.jb ENSGT00910000147471 ENSGT00390000005163.ib.a ENSGT00940000157901 ENSGT00390000001424.pb.b ENSGT01050000244902.b.c.b ENSGT01050000244902.b.c.a ENSGT00390000006080 ENSGT00940000153986.a ENSGT00390000007753.b ENSGT01020000230346.A.cb.a.d ENSGT00940000154859 ENSGT00390000008666.d.a ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 ENSGT00390000013444.a.a ENSGT00390000010316.j.b ENSGT00940000156065 ENSGT00940000159502 ENSGT00390000006837.e.b ENSGT00390000004717 ENSGT00950000182834.A.a.a ENSGT00390000008920.c.a.q.a ENSGT00390000004542.i.a ENSGT00940000157933 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00390000002030 ENSGT00940000161456 ENSGT00730000111340.a.a ENSGT00950000182857.a.a.b.a.r.a.b.b.a.a.d Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000154891.g.a.a ENSGT00940000155517 ENSGT01100000263497.C ENSGT00910000147471 ENSGT00390000005163.ib.a ENSGT00940000157901 ENSGT00390000001424.pb.b ENSGT01050000244902.b.c.b ENSGT01050000244902.b.c.a ENSGT00390000006080 ENSGT00940000153986.a ENSGT00390000007753.b ENSGT01020000230346.A.cb.a.d ENSGT00940000154859 ENSGT00390000008666.d.a ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 ENSGT00390000013444.a.a ENSGT00390000010316.j.b ENSGT00940000156065 ENSGT00940000159502 ENSGT00390000006837.e.b ENSGT00390000004717 ENSGT00950000182834.A.a.a ENSGT00390000008920.c.a.q.a ENSGT00390000004542.i.a ENSGT00940000157933 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00390000002030 ENSGT00940000161456 ENSGT00730000111340.a.a ENSGT00950000182857.a.a.b.a.r.a.b.b.a.a.d Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000155959 ENSGT00940000155517 ENSGT01100000263497.C ENSGT00910000147471 ENSGT00390000005163.ib.a ENSGT00940000157901 ENSGT00390000001424.pb.b ENSGT01050000244902.b.c.b ENSGT01050000244902.b.c.a ENSGT00390000006080 ENSGT00940000153986.a ENSGT00390000007753.b ENSGT01020000230346.A.cb.a.d ENSGT00940000154859 ENSGT00390000008666.d.a ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 ENSGT00390000013444.a.a ENSGT00390000010316.j.b ENSGT00940000156065 ENSGT00940000159502 ENSGT00390000006837.e.b ENSGT00390000004717 ENSGT00950000182834.A.a.a ENSGT00390000008920.c.a.q.a ENSGT00390000004542.i.a ENSGT00940000157933 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00390000002030 ENSGT00940000161456 ENSGT00730000111340.a.a ENSGT00940000157224 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00940000154891.g.a.a ENSGT00940000155517 ENSGT01100000263497.C ENSGT00910000147471 ENSGT00390000005163.ib.a ENSGT00940000157901 ENSGT00390000001424.pb.b ENSGT01050000244902.b.c.b ENSGT01050000244902.b.c.a ENSGT00390000006080 ENSGT00940000153986.a ENSGT00390000007753.b ENSGT01020000230346.A.cb.a.d ENSGT00940000154859 ENSGT00390000008666.d.a ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 ENSGT00390000013444.a.a ENSGT00390000010316.j.b ENSGT00940000156065 ENSGT00940000159502 ENSGT00390000006837.e.b ENSGT00390000004717 ENSGT00950000182834.A.a.a ENSGT00390000008920.c.a.q.a ENSGT00390000004542.i.a ENSGT00940000157933 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00390000002030 ENSGT00940000161456 ENSGT00730000111340.a.a ENSGT00940000157224 Sooty mangabey DUPLICATION Sooty mangabey MODERN SPECIES 489 ENSCATG00000040745 ENSCATG00000018402 ZBTB34 (ENSCATG00000018802) LMX1B (ENSCATG00000026158) MVB12B (ENSCATG00000012830) ENSCATG00000044919 PBX3 (ENSCATG00000044996) MAPKAP1 (ENSCATG00000001243) GAPVD1 (ENSCATG00000029396) HSPA5 (ENSCATG00000044680) RABEPK (ENSCATG00000042136) PPP6C (ENSCATG00000031273) ENSCATG00000029331 SCAI (ENSCATG00000011189) GOLGA1 (ENSCATG00000044682) ENSCATG00000034300 ##22 ARPC5L (ENSCATG00000037319) RPL35 (ENSCATG00000020241) WDR38 (ENSCATG00000041965) OLFML2A (ENSCATG00000026827) NR6A1 (ENSCATG00000030436) NR5A1 (ENSCATG00000032967) ADGRD2 (ENSCATG00000044429) PSMB7 (ENSCATG00000033885) NEK6 (ENSCATG00000044368) ENSCATG00000044723 LHX2 (ENSCATG00000018508) DENND1A (ENSCATG00000034371) CRB2 (ENSCATG00000033470) ENSCATG00000043981 STRBP (ENSCATG00000038868) Sooty mangabey MODERN SPECIES 656 ENSCATG00000034132 ##22 DIPK2A (ENSCATG00000042655) SLC9A9 (ENSCATG00000034835) CHST2 (ENSCATG00000022686) U2SURP (ENSCATG00000039024) PCOLCE2 (ENSCATG00000025595) TRPC1 (ENSCATG00000034251) PLS1 (ENSCATG00000034817) ATR (ENSCATG00000034316) XRN1 (ENSCATG00000041794) ENSCATG00000031692 GK5 (ENSCATG00000033849) TFDP2 (ENSCATG00000035711) ATP1B3 (ENSCATG00000040498) GRK7 (ENSCATG00000018025) RNF7 (ENSCATG00000042225) Drill DUPLICATION Drill MODERN SPECIES 1310 ENSMLEG00000011551 FRMD6 (ENSMLEG00000042636) GNG2 (ENSMLEG00000028752) ENSMLEG00000036900 RTRAF (ENSMLEG00000044306) NID2 (ENSMLEG00000037182) ENSMLEG00000044068 PTGDR (ENSMLEG00000023723) PTGER2 (ENSMLEG00000032754) TXNDC16 (ENSMLEG00000037054) GPR137C (ENSMLEG00000037218) ERO1A (ENSMLEG00000013047) ENSMLEG00000039723 STYX (ENSMLEG00000028632) GNPNAT1 (ENSMLEG00000038515) ENSMLEG00000042916 ##22 FERMT2 (ENSMLEG00000041706) ENSMLEG00000011424 DDHD1 (ENSMLEG00000042239) BMP4 (ENSMLEG00000043584) ENSMLEG00000043333 CDKN3 (ENSMLEG00000036368) CNIH1 (ENSMLEG00000033502) GMFB (ENSMLEG00000028861) ENSMLEG00000040467 SAMD4A (ENSMLEG00000037282) GCH1 (ENSMLEG00000040763) WDHD1 (ENSMLEG00000035661) SOCS4 (ENSMLEG00000001561) ENSMLEG00000036018 LGALS3 (ENSMLEG00000040161) Drill MODERN SPECIES 1712 ENSMLEG00000034370 ##22 DIPK2A (ENSMLEG00000033344) Macaca ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00390000015458 ENSGT00910000144305 ENSGT00940000154674.i.a.a ENSGT00940000161551 ENSGT00940000157819 ENSGT01050000244888.b.a.c.b ENSGT00940000160269 ENSGT00940000154200.B ENSGT00390000004380.m.b ENSGT00940000161728 ENSGT00940000154435.p ENSGT00940000164933 ENSGT00940000164931 ENSGT00940000161947 ENSGT01030000234558.A.a.b ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 ENSGT00520000055625.b ENSGT00940000160094 ENSGT00940000161292 ENSGT00390000010687.a.a ENSGT00940000162334 ENSGT00940000157649 ENSGT01060000248594.f ENSGT00950000183097.a.b ENSGT00940000155714 ENSGT00670000098080 ENSGT01000000214434.A ENSGT00510000046985.i ENSGT00940000157909 ENSGT01030000234579.A.b.x ENSGT00940000160511 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00390000015458 ENSGT00910000144305 ENSGT00940000154674.i.a.a ENSGT00940000161551 ENSGT00940000157819 ENSGT01050000244888.b.a.c.b ENSGT00940000160269 ENSGT00940000154200.B ENSGT00390000004380.m.b ENSGT00940000161728 ENSGT00940000164933 ENSGT00940000164931 ENSGT00940000161947 ENSGT01030000234558.A.a.b ENSGT01100000263539.b.a.a.a.a.a.b.b.a.a.a.a.a.a.b.a.b.a ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 ENSGT00520000055625.b ENSGT00940000160094 ENSGT00940000161292 ENSGT00390000010687.a.a ENSGT00940000162334 ENSGT00940000157649 ENSGT01060000248594.f ENSGT00950000183097.a.b ENSGT00940000155714 ENSGT00670000098080 ENSGT01000000214434.A ENSGT00940000157909 ENSGT01030000234579.A.b.x ENSGT00940000160511 ENSGT00940000155481.u.b Crab-eating macaque MODERN SPECIES 11 GYG1 (ENSMFAG00000039971) CPA3 (ENSMFAG00000003955) CPB1 (ENSMFAG00000002015) AGTR1 (ENSMFAG00000041746) ZIC1 (ENSMFAG00000042766) ZIC4 (ENSMFAG00000037880) ENSMFAG00000043329 PLSCR5 (ENSMFAG00000031251) ENSMFAG00000060327 ENSMFAG00000054919 PLSCR2 (ENSMFAG00000040596) ENSMFAG00000048431 PLSCR4 (ENSMFAG00000003167) PLOD2 (ENSMFAG00000038516) ENSMFAG00000054014 ENSMFAG00000003176 ##22 DIPK2A (ENSMFAG00000037253) SLC9A9 (ENSMFAG00000002921) CHST2 (ENSMFAG00000029983) ENSMFAG00000060513 U2SURP (ENSMFAG00000031084) PAQR9 (ENSMFAG00000034764) PCOLCE2 (ENSMFAG00000001242) TRPC1 (ENSMFAG00000001111) PLS1 (ENSMFAG00000002207) ENSMFAG00000054854 ATR (ENSMFAG00000001151) XRN1 (ENSMFAG00000032599) GK5 (ENSMFAG00000039065) TFDP2 (ENSMFAG00000040035) ATP1B3 (ENSMFAG00000040649) Rhesus MODERN SPECIES 11 CPA3 (ENSMMUG00000005519) COX7A2L (ENSMMUG00000043419) CPB1 (ENSMMUG00000062175) AGTR1 (ENSMMUG00000020680) ENSMMUG00000049332 ZIC1 (ENSMMUG00000004742) ZIC4 (ENSMMUG00000004741) ENSMMUG00000059271 PLSCR5 (ENSMMUG00000039078) PLSCR2 (ENSMMUG00000021755) ENSMMUG00000046937 PLSCR4 (ENSMMUG00000007976) PLOD2 (ENSMMUG00000011577) ENSMMUG00000049299 ENSMMUG00000051846 ENSMMUG00000013952 ##22 ENSMMUG00000057236 DIPK2A (ENSMMUG00000017055) ENSMMUG00000051153 SLC9A9 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(ENSMNEG00000035434) GRK7 (ENSMNEG00000032651) Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 78 ENSGT00940000154071.A ENSGT00940000155959 ENSGT00940000155517 ENSGT01100000263497.C ENSGT00390000005163.ib.a ENSGT00940000157901 ENSGT00390000001424.pb.b ENSGT01050000244902.b.c.b ENSGT01050000244902.b.c.a ENSGT00390000006080 ENSGT00940000153986.a ENSGT00390000007753.b ENSGT01020000230346.A.cb.a ENSGT00940000154859 ENSGT00390000008666.d.a ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 ENSGT00390000013444.a.a ENSGT00940000156065 ENSGT00940000159502 ENSGT00390000006837.e.b ENSGT00390000004717 ENSGT00950000182834.A.a.a ENSGT00390000008920.c.a.q.a ENSGT00390000004542.i.a ENSGT00940000157933 ENSGT00390000013481.c.a ENSGT00390000002030 ENSGT00940000161456 ENSGT00730000111340.a.a ENSGT00940000157224.r ENSGT00940000158652 Black snub-nosed monkey DUPLICATION Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1614 ENSRBIG00000029585 ##22 ENSRBIG00000034729 ##22 ENSRBIG00000000766 ENSRBIG00000003479 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1614 ENSRBIG00000029585 ##22 ENSRBIG00000034729 ##22 ENSRBIG00000000766 ENSRBIG00000003479 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1639 PTGDR (ENSRROG00000036331) PTGER2 (ENSRROG00000017229) TXNDC16 (ENSRROG00000035351) GPR137C (ENSRROG00000039457) ERO1A (ENSRROG00000042866) PSMC6 (ENSRROG00000032555) STYX (ENSRROG00000035593) GNPNAT1 (ENSRROG00000028958) ENSRROG00000029408 ##22 FERMT2 (ENSRROG00000030240) DDHD1 (ENSRROG00000035820) BMP4 (ENSRROG00000041903) ENSRROG00000039104 CDKN3 (ENSRROG00000034662) CNIH1 (ENSRROG00000044418) GMFB (ENSRROG00000030418) ENSRROG00000028966 SAMD4A (ENSRROG00000038834) GCH1 (ENSRROG00000044548) WDHD1 (ENSRROG00000006993) SOCS4 (ENSRROG00000015397) ENSRROG00000039841 ENSRROG00000041661 DLGAP5 (ENSRROG00000036225) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00990000212839 ENSGT00950000183159.a ENSGT00940000157306 #8 ENSGT00390000000002.a.a.a #9 ENSGT00940000157352 #11 ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00940000156077 #13 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000160604 #16 ENSGT01000000219986 ENSGT00940000155155 #17 ENSGT00670000098059 #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 ENSGT00940000157489 #23 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000017929 #27 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000162201 #29 ENSGT00940000162884 #30 ENSGT00940000163662 #32 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00900000143434 ENSGT00940000157949 #34 ENSGT00940000156247 #35 ENSGT00940000159709 #36 ENSGT00390000013778 Glires ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00990000212839 ENSGT00950000183159.a ENSGT00940000157306 #8 ENSGT00390000000002.a.a.a #9 ENSGT00940000157352 #11 ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00940000156077 #13 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000160604 #16 ENSGT01000000219986 ENSGT00940000155155 #17 ENSGT00670000098059 #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 ENSGT00940000157489 #23 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000017929 #27 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000162201 #29 ENSGT00940000162884 #30 ENSGT00940000163662 #32 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00900000143434 ENSGT00940000157949 #34 ENSGT00940000156247 #35 ENSGT00940000159709 #36 ENSGT00390000013778 Rodentia DUPLICATION Rodentia DUPLICATION Rodentia DUPLICATION Rodentia ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00990000212839 ENSGT00950000183159.a ENSGT00940000157306 #8 ENSGT00390000000002.a.a.a #9 ENSGT00940000157352 #11 ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00940000156077 #13 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000160604 #16 ENSGT01000000219986 ENSGT00940000155155 #17 ENSGT00670000098059 #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.c.b.a.k.a.a ##22 ENSGT00940000157489 #23 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000017929 #27 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000162201 #29 ENSGT00940000162884 #30 ENSGT00940000163662 #32 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00900000143434 ENSGT00940000157949 #34 ENSGT00940000156247 #35 ENSGT00940000159709 #36 ENSGT00390000013778 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.k.a.a ##22 Sciuridae DUPLICATION Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.k.a.a.a ##22 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 12 ENSSVLG00005011267 PFAS (ENSSVLG00005011355) CTC1 (ENSSVLG00005011441) AURKB (ENSSVLG00005011736) BORCS6 (ENSSVLG00005011857) TMEM107 (ENSSVLG00005011925) PER1 (ENSSVLG00005012222) HES7 (ENSSVLG00005012279) ALOXE3 (ENSSVLG00005012344) ALOX12B (ENSSVLG00005012389) ALOX15B (ENSSVLG00005012592) GUCY2D (ENSSVLG00005013065) ENSSVLG00005013152 ENSSVLG00005013227 ENSSVLG00005013286 ENSSVLG00005013313 ##22 ENSSVLG00005013370 CNTROB (ENSSVLG00005013509) TRAPPC1 (ENSSVLG00005013628) KCNAB3 (ENSSVLG00005013744) RNF227 (ENSSVLG00005013817) CHD3 (ENSSVLG00005013898) CYB5D1 (ENSSVLG00005013988) NAA38 (ENSSVLG00005014059) TMEM88 (ENSSVLG00005014138) 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(ENSRNOG00000008797) Ikbip (ENSRNOG00000008247) Apaf1 (ENSRNOG00000008022) Anks1b (ENSRNOG00000024870) Bltp3b (ENSRNOG00000050317) ENSRNOG00000065049 Actr6 (ENSRNOG00000007875) Scyl2 (ENSRNOG00000024955) Slc17a8 (ENSRNOG00000007581) ENSRNOG00000068987 Nr1h4 (ENSRNOG00000007197) Gas2l3 (ENSRNOG00000063755) LOC103692829 (ENSRNOG00000061320) ##22 AABR07056556.1 (ENSRNOG00000032424) Ano4 (ENSRNOG00000006841) Slc5a8 (ENSRNOG00000006367) Utp20 (ENSRNOG00000005823) Arl1 (ENSRNOG00000005763) Rps12l4 (ENSRNOG00000043412) Spic (ENSRNOG00000005720) Mybpc1 (ENSRNOG00000056493) Sycp3 (ENSRNOG00000005270) Chpt1 (ENSRNOG00000058271) Gnptab (ENSRNOG00000005228) Dram1 (ENSRNOG00000038916) Washc3 (ENSRNOG00000005102) Nup37 (ENSRNOG00000004727) Pmch (ENSRNOG00000066777) Cricetidae ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00390000011368 ENSGT00940000159958 ENSGT00950000183159.a ENSGT00940000157306 #8 ENSGT00390000000002.a.a.a #9 ENSGT00940000157352 #11 ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00940000156077 #13 ENSGT00940000160078 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ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000017929 #27 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000162201 #29 ENSGT00940000162884 #30 ENSGT00940000163662 #32 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00940000157949 #34 ENSGT00940000156247 #35 ENSGT00940000159709 #36 ENSGT00390000013778 ENSGT00940000153648.b #37 Golden Hamster DUPLICATION Golden Hamster MODERN SPECIES 663 Tmem33 (ENSMAUG00000001136) ENSMAUG00000001793 ENSMAUG00000002781 Uchl1 (ENSMAUG00000000614) #8 Apbb2 (ENSMAUG00000008649) #9 ENSMAUG00000012067 #11 ENSMAUG00000012177 Rbm47 (ENSMAUG00000006493) #12 Chrna9 (ENSMAUG00000009308) #13 Rhoh (ENSMAUG00000015959) #14 N4bp2 (ENSMAUG00000012591) #16 Pds5a (ENSMAUG00000010985) #17 ENSMAUG00000013941 #18 Smim14 (ENSMAUG00000018507) #19 Lias (ENSMAUG00000015722) #21 ENSMAUG00000001435 ##22 Klb (ENSMAUG00000014175) #23 Rfc1 (ENSMAUG00000015509) #24 ENSMAUG00000004466 #25 ENSMAUG00000008307 Klhl5 (ENSMAUG00000019052) #26 Tmem156 (ENSMAUG00000000185) #27 Fam114a1 (ENSMAUG00000001743) #28 Tlr6 (ENSMAUG00000007865) #29 Tlr1 (ENSMAUG00000000142) #30 Klf3 (ENSMAUG00000000706) #33 Tbc1d1 (ENSMAUG00000010694) #34 Pgm2 (ENSMAUG00000009577) #35 Rell1 (ENSMAUG00000015257) #36 0610040J01Rik (ENSMAUG00000001342) Nwd2 (ENSMAUG00000004008) #37 Golden Hamster MODERN SPECIES 646 Ryr2 (ENSMAUG00000021608) Zp4 (ENSMAUG00000006040) ENSMAUG00000009315 Chrm3 (ENSMAUG00000006959) ENSMAUG00000006652 Zmynd11 (ENSMAUG00000019703) Dip2c (ENSMAUG00000018812) Larp4b (ENSMAUG00000021657) Gtpbp4 (ENSMAUG00000000571) ENSMAUG00000019606 Idi1 (ENSMAUG00000016803) Wdr37 (ENSMAUG00000015156) Adarb2 (ENSMAUG00000010346) Pfkp (ENSMAUG00000014078) Pitrm1 (ENSMAUG00000008676) ENSMAUG00000018199 ##22 Klf6 (ENSMAUG00000020946) Akr1e1 (ENSMAUG00000000555) ENSMAUG00000002003 ENSMAUG00000003989 ENSMAUG00000018006 Akr1c19 (ENSMAUG00000015323) ENSMAUG00000013702 ENSMAUG00000019915 Akr1c18 (ENSMAUG00000016590) ENSMAUG00000001269 Akr1c14 (ENSMAUG00000017826) ENSMAUG00000003218 Ucn3 (ENSMAUG00000004931) Tubal3 (ENSMAUG00000008226) Net1 (ENSMAUG00000020487) Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000011368 ENSGT00940000159958 ENSGT00950000183159.a ENSGT00940000157306 #8 ENSGT00390000000002.a.a.a #9 ENSGT00940000157352 #11 ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00940000156077 #13 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000160604 #16 ENSGT00940000155155 #17 ENSGT00670000098059 #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.c.b.a.k.a.a ##22 ENSGT00940000157489 #23 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000017929 #27 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000162884 #30 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00940000157949 #34 ENSGT00940000156247 #35 ENSGT00940000159709 #36 ENSGT00390000013778 ENSGT00940000153648.b #37 ENSGT00940000153404.b ENSGT00940000160197 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 1 Phox2b (ENSPEMG00000018940) Limch1 (ENSPEMG00000025597) Uchl1 (ENSPEMG00000018397) #8 Apbb2 (ENSPEMG00000015801) #9 Nsun7 (ENSPEMG00000012313) #11 Rbm47 (ENSPEMG00000011088) #12 Chrna9 (ENSPEMG00000010407) #13 Rhoh (ENSPEMG00000013015) #14 N4bp2 (ENSPEMG00000010084) #16 Pds5a (ENSPEMG00000008929) #17 Ube2k (ENSPEMG00000006216) #18 ENSPEMG00000024481 Smim14 (ENSPEMG00000024594) #19 Ugdh (ENSPEMG00000000939) #20 Lias (ENSPEMG00000000012) #21 ENSPEMG00000017878 ##22 Klb (ENSPEMG00000017430) #23 ENSPEMG00000025712 #24 Wdr19 (ENSPEMG00000012819) #25 Klhl5 (ENSPEMG00000010526) #26 Tmem156 (ENSPEMG00000008551) #27 Fam114a1 (ENSPEMG00000007358) #28 Tlr1 (ENSPEMG00000005760) #30 Klf3 (ENSPEMG00000026686) #33 ENSPEMG00000027929 Tbc1d1 (ENSPEMG00000001751) #34 Pgm2 (ENSPEMG00000000146) #35 Rell1 (ENSPEMG00000019052) #36 0610040J01Rik (ENSPEMG00000018765) Nwd2 (ENSPEMG00000018695) #37 Dthd1 (ENSPEMG00000018338) Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.k.a.b ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.k.a.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.k.a.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.k.a.b ##22 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1472 ENSNGAG00000009661 Slitrk5 (ENSNGAG00000010331) ENSNGAG00000011657 Slitrk6 (ENSNGAG00000000644) ENSNGAG00000000933 ##22 Slitrk1 (ENSNGAG00000017339) ENSNGAG00000001162 ENSNGAG00000003424 ENSNGAG00000004071 Spry2 (ENSNGAG00000004828) ENSNGAG00000005712 ENSNGAG00000007622 Rbm26 (ENSNGAG00000010729) Obi1 (ENSNGAG00000011581) Pou4f1 (ENSNGAG00000011831) Ednrb (ENSNGAG00000012786) Slain1 (ENSNGAG00000013136) ENSNGAG00000013434 Mrps31 (ENSNGAG00000014071) Slc25a15 (ENSNGAG00000014429) Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.k.a.b ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.k.a.b ##22 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.k.a.b ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.k.a.b ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.k.a.b ##22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.k.a.b ##22 Steppe mouse MODERN SPECIES 3243 ENSMSIG00000009667 ##22 ENSMSIG00000009677 Cdh19 (ENSMSIG00000009756) Cdh7 (ENSMSIG00000009782) ENSMSIG00000009852 Rat MODERN SPECIES 16 Trim9 (ENSRNOG00000007031) Tmx1 (ENSRNOG00000057934) Frmd6 (ENSRNOG00000007329) Actr10 (ENSRNOG00000007504) Psma3 (ENSRNOG00000007851) ENSRNOG00000062478 Arid4a (ENSRNOG00000026239) Tomm20l (ENSRNOG00000054663) Timm9 (ENSRNOG00000008222) LOC690035 (ENSRNOG00000008244) Dact1 (ENSRNOG00000008445) AABR07064753.1 (ENSRNOG00000032924) Daam1 (ENSRNOG00000004345) Gpr135 (ENSRNOG00000004499) L3hypdh (ENSRNOG00000004503) AABR07047593.1 (ENSRNOG00000006971) ##22 Jkamp (ENSRNOG00000004751) Ccdc175 (ENSRNOG00000004774) Rtn1 (ENSRNOG00000004794) ENSRNOG00000068248 Lrrc9 (ENSRNOG00000005409) AABR07064804.1 (ENSRNOG00000005568) LOC120093108 (ENSRNOG00000067058) Dhrs7 (ENSRNOG00000005589) Dhrs7l1 (ENSRNOG00000025648) LOC100361944 (ENSRNOG00000029172) Ppm1a (ENSRNOG00000005916) Six6os1 (ENSRNOG00000031655) Six6 (ENSRNOG00000006296) LOC108351255 (ENSRNOG00000033058) Six1 (ENSRNOG00000022777) Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.k.a.b ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.k.a.b ##22 Prairie vole MODERN SPECIES 7 ENSMOCG00000017781 Cfap298 (ENSMOCG00000008204) ENSMOCG00000021515 Urb1 (ENSMOCG00000012613) Mrap (ENSMOCG00000013959) Mis18a (ENSMOCG00000004034) ENSMOCG00000010043 Hunk (ENSMOCG00000018032) ENSMOCG00000018989 ##22 Scaf4 (ENSMOCG00000012087) Sod1 (ENSMOCG00000017826) Tiam1 (ENSMOCG00000001035) Krtap11-1 (ENSMOCG00000022551) Krtap7-1 (ENSMOCG00000010099) Krtap8-1 (ENSMOCG00000010207) ENSMOCG00000009864 ENSMOCG00000015260 ENSMOCG00000012121 Krtap20-2 (ENSMOCG00000005116) ENSMOCG00000004811 ENSMOCG00000018304 ENSMOCG00000018669 ENSMOCG00000017797 ENSMOCG00000001109 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 16 ENSPEMG00000025448 Cald1 (ENSPEMG00000022090) Bpgm (ENSPEMG00000023872) ENSPEMG00000023797 ENSPEMG00000030943 ENSPEMG00000026233 Akr1b8 (ENSPEMG00000022381) Akr1b3 (ENSPEMG00000022346) Slc35b4 (ENSPEMG00000029193) ENSPEMG00000021856 ENSPEMG00000026329 Exoc4 (ENSPEMG00000022440) Chchd3 (ENSPEMG00000028360) ENSPEMG00000025169 Plxna4 (ENSPEMG00000020048) ENSPEMG00000012519 ##22 Podxl (ENSPEMG00000021683) Mkln1 (ENSPEMG00000021687) ENSPEMG00000030378 Klf14 (ENSPEMG00000004644) Tsga13 (ENSPEMG00000021368) Copg2 (ENSPEMG00000000575) Mest (ENSPEMG00000000992) Cep41 (ENSPEMG00000022114) Cpa1 (ENSPEMG00000022863) Cpa5 (ENSPEMG00000022348) Cpa4 (ENSPEMG00000022530) Cpa2 (ENSPEMG00000021462) Ssmem1 (ENSPEMG00000022855) Tmem209 (ENSPEMG00000021645) Klhdc10 (ENSPEMG00000031304) Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 43 Tph1 (ENSJJAG00000023739) Saal1 (ENSJJAG00000019205) Luzp2 (ENSJJAG00000012698) ENSJJAG00000018291 Svip (ENSJJAG00000021446) Gas2 (ENSJJAG00000015866) Slc17a6 (ENSJJAG00000020770) Ano5 (ENSJJAG00000015882) Nell1 (ENSJJAG00000011975) Slc6a5 (ENSJJAG00000015806) Prmt3 (ENSJJAG00000012757) Htatip2 (ENSJJAG00000010030) ENSJJAG00000020128 Dbx1 (ENSJJAG00000015647) Nav2 (ENSJJAG00000016851) ENSJJAG00000013317 ##22 E2f8 (ENSJJAG00000022430) Csrp3 (ENSJJAG00000017164) Zdhhc13 (ENSJJAG00000020502) ENSJJAG00000016490 ENSJJAG00000016364 ENSJJAG00000023767 Ptpn5 (ENSJJAG00000016907) Tmem86a (ENSJJAG00000020148) Spty2d1 (ENSJJAG00000005658) ENSJJAG00000012407 Misfa (ENSJJAG00000015453) ENSJJAG00000017053 Tsg101 (ENSJJAG00000016833) Ldhc (ENSJJAG00000010418) ENSJJAG00000000482 Rodentia DUPLICATION Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.k.b.a ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000159958 ENSGT00950000183159.a ENSGT00940000157306 #8 ENSGT00390000000002.a.a.a #9 ENSGT00940000157352 #11 ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00940000156077 #13 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000160604 #16 ENSGT01000000219986 ENSGT00940000155155 #17 ENSGT00670000098059 #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.c.b.a.k.b.a ##22 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ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00940000157949 #34 ENSGT00940000156247 #35 ENSGT00940000159709 #36 ENSGT00390000013778 ENSGT00940000153648.b #37 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000159958 ENSGT00950000183159.a ENSGT00940000157306 #8 ENSGT00390000000002.a.a.a #9 ENSGT00940000157352 #11 ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00940000156077 #13 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000160604 #16 ENSGT00940000155155 #17 ENSGT00670000098059 #18 ENSGT00940000166010 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.c.b.a.k.b.a ##22 ENSGT00940000157489 #23 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000017929 #27 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000162201 #29 ENSGT00940000162884 #30 ENSGT00940000163662 #32 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00940000157949 #34 ENSGT00940000156247 #35 ENSGT00940000159709 #36 ENSGT00390000013778 ENSGT00940000153648.b #37 Guinea pig MODERN SPECIES 24 LIMCH1 (ENSCPOG00000010471) UCHL1 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ENSODEG00000009106 ENSODEG00000006477 PDE12 (ENSODEG00000006268) ENSODEG00000006837 DENND6A (ENSODEG00000005908) ENSODEG00000019341 ##22 ENSODEG00000006496 SLMAP (ENSODEG00000005798) FLNB (ENSODEG00000008526) ENSODEG00000006739 DNASE1L3 (ENSODEG00000006359) BTD (ENSODEG00000006036) ENSODEG00000019220 ENSODEG00000019255 ENSODEG00000008690 ENSODEG00000019376 ANKRD28 (ENSODEG00000007156) GALNT15 (ENSODEG00000005854) ENSODEG00000005288 OXNAD1 (ENSODEG00000005968) RFTN1 (ENSODEG00000005477) Degu MODERN SPECIES 337 ENSODEG00000018518 ENSODEG00000000116 ZNF831 (ENSODEG00000000139) ENSODEG00000000152 ATP5F1E (ENSODEG00000000169) TUBB1 (ENSODEG00000000178) ENSODEG00000000198 ENSODEG00000000250 ENSODEG00000000305 ENSODEG00000000317 ENSODEG00000000331 ENSODEG00000018581 NPEPL1 (ENSODEG00000000364) STX16 (ENSODEG00000000389) VAPB (ENSODEG00000000035) ENSODEG00000018508 ##22 RAB22A (ENSODEG00000000054) ANKRD60 (ENSODEG00000000066) ENSODEG00000018539 Degu MODERN SPECIES 86 FBXO10 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ENSODEG00000002273 Degu MODERN SPECIES 83 MXI1 (ENSODEG00000012618) ENSODEG00000019575 ENSODEG00000019554 ADD3 (ENSODEG00000008577) ENSODEG00000009085 XPNPEP1 (ENSODEG00000008053) ENSODEG00000011498 ENSODEG00000008841 ENSODEG00000008470 ENSODEG00000007723 SORCS1 (ENSODEG00000008187) SORCS3 (ENSODEG00000009208) CFAP58 (ENSODEG00000011571) GSTO2 (ENSODEG00000007911) GSTO1 (ENSODEG00000011067) ENSODEG00000019763 ##22 CFAP43 (ENSODEG00000009391) COL17A1 (ENSODEG00000007918) ENSODEG00000008493 SLK (ENSODEG00000008144) STN1 (ENSODEG00000007270) SH3PXD2A (ENSODEG00000009308) NEURL1 (ENSODEG00000007869) CALHM3 (ENSODEG00000007501) CALHM1 (ENSODEG00000008264) CALHM2 (ENSODEG00000008107) PDCD11 (ENSODEG00000008079) ENSODEG00000009533 TAF5 (ENSODEG00000009100) ENSODEG00000007978 PCGF6 (ENSODEG00000007645) Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 150 LIMCH1 (ENSCLAG00000002052) UCHL1 (ENSCLAG00000001405) #8 APBB2 (ENSCLAG00000001675) #9 NSUN7 (ENSCLAG00000001525) #11 RBM47 (ENSCLAG00000001684) #12 CHRNA9 (ENSCLAG00000003767) #13 RHOH (ENSCLAG00000003895) #14 N4BP2 (ENSCLAG00000003950) #16 PDS5A (ENSCLAG00000004711) #17 UBE2K (ENSCLAG00000005473) #18 ENSCLAG00000006013 ENSCLAG00000006068 SMIM14 (ENSCLAG00000002664) #19 UGDH (ENSCLAG00000001307) #20 LIAS (ENSCLAG00000001354) #21 ENSCLAG00000001418 ##22 KLB (ENSCLAG00000001476) #23 RFC1 (ENSCLAG00000001564) #24 WDR19 (ENSCLAG00000002775) #25 KLHL5 (ENSCLAG00000002937) #26 TMEM156 (ENSCLAG00000003928) #27 FAM114A1 (ENSCLAG00000003993) #28 TLR6 (ENSCLAG00000017630) #29 TLR1 (ENSCLAG00000017579) #30 TLR10 (ENSCLAG00000004336) #32 KLF3 (ENSCLAG00000004459) #33 TBC1D1 (ENSCLAG00000002236) #34 PGM2 (ENSCLAG00000010266) #35 RELL1 (ENSCLAG00000010401) #36 C4orf19 (ENSCLAG00000010706) NWD2 (ENSCLAG00000010818) #37 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 1 ENSHGLG00000048378 ENSHGLG00000050238 ENSHGLG00000047972 ENSHGLG00000016914 #12 ENSHGLG00000049819 CHRNA9 (ENSHGLG00000018575) #13 RHOH (ENSHGLG00000046114) #14 N4BP2 (ENSHGLG00000009629) #16 ENSHGLG00000034269 PDS5A (ENSHGLG00000012061) #17 ENSHGLG00000032214 ENSHGLG00000043299 #18 SMIM14 (ENSHGLG00000002131) #19 UGDH (ENSHGLG00000002204) #20 LIAS (ENSHGLG00000002264) #21 ENSHGLG00000002318 ##22 KLB (ENSHGLG00000002389) #23 ENSHGLG00000032109 ENSHGLG00000002546 #24 WDR19 (ENSHGLG00000002756) #25 KLHL5 (ENSHGLG00000001944) #26 ENSHGLG00000033489 TMEM156 (ENSHGLG00000002626) #27 FAM114A1 (ENSHGLG00000002258) #28 TLR6 (ENSHGLG00000050436) #29 ENSHGLG00000001742 ENSHGLG00000019856 #30 ENSHGLG00000000855 KLF3 (ENSHGLG00000049437) #33 ENSHGLG00000019798 ENSHGLG00000044532 #34 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.k.b.a ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.k.b.a ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.k.b.a ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.k.b.a ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.k.b.a ##22 Rat DUPLICATION Rat DUPLICATION Rat MODERN SPECIES 5 Nsun7 (ENSRNOG00000025494) #11 AABR07072400.1 (ENSRNOG00000029461) AABR07072400.2 (ENSRNOG00000033214) Rbm47 (ENSRNOG00000002408) #12 Chrna9 (ENSRNOG00000002484) #13 Rhoh (ENSRNOG00000002540) #14 N4bp2 (ENSRNOG00000027152) #16 ENSRNOG00000068954 Pds5a (ENSRNOG00000002541) #17 LOC680579 (ENSRNOG00000032160) Ube2k (ENSRNOG00000027088) #18 LOC100362751 (ENSRNOG00000031052) Smim14 (ENSRNOG00000066377) #19 Ugdh (ENSRNOG00000002643) #20 Lias (ENSRNOG00000002759) #21 Rpl9-ps30 (ENSRNOG00000026716) ##22 Klb (ENSRNOG00000002834) #23 Rfc1 (ENSRNOG00000002855) #24 Wdr19 (ENSRNOG00000002932) #25 AC109707.1 (ENSRNOG00000049527) LOC100910864 (ENSRNOG00000070747) Klhl5 (ENSRNOG00000008421) #26 Tmem156 (ENSRNOG00000026518) #27 Fam114a1 (ENSRNOG00000026504) #28 Tlr6 (ENSRNOG00000002161) #29 Tlr1 (ENSRNOG00000038722) #30 Tlr10 (ENSRNOG00000067138) #32 Klf3 (ENSRNOG00000002163) #33 Tbc1d1 (ENSRNOG00000002180) #34 Pgm2 (ENSRNOG00000002185) #35 Rell1 (ENSRNOG00000002192) #36 Rat MODERN SPECIES 13 Card9 (ENSRNOG00000051470) Snapc4 (ENSRNOG00000018845) Entr1 (ENSRNOG00000018876) Pmpca (ENSRNOG00000026775) Inpp5e (ENSRNOG00000019039) Sec16a (ENSRNOG00000019122) Notch1 (ENSRNOG00000019322) Egfl7 (ENSRNOG00000019388) Agpat2 (ENSRNOG00000019466) Dipk1b (ENSRNOG00000004532) LOC681186 (ENSRNOG00000069282) LOC102552073 (ENSRNOG00000056471) ENSRNOG00000068352 Vegp2 (ENSRNOG00000033761) Lcn1 (ENSRNOG00000033020) Rpl9-ps31 (ENSRNOG00000030476) ##22 ENSRNOG00000067433 Abo3 (ENSRNOG00000039906) ENSRNOG00000064101 LOC681385 (ENSRNOG00000030708) ENSRNOG00000069598 LOC681385 (ENSRNOG00000043494) Abo2 (ENSRNOG00000045801) ENSRNOG00000070414 AABR07051348.1 (ENSRNOG00000059455) AABR07051348.2 (ENSRNOG00000060791) Rps13 (ENSRNOG00000067444) Abo (ENSRNOG00000046958) Surf6 (ENSRNOG00000005031) Med22 (ENSRNOG00000005059) Rpl7a (ENSRNOG00000070974) Rat MODERN SPECIES Zc3h4 (ENSRNOG00000015229) Sae1 (ENSRNOG00000015128) Bbc3 (ENSRNOG00000062473) Inafm1 (ENSRNOG00000048848) ENSRNOG00000066925 C5ar2 (ENSRNOG00000049028) AABR07002627.1 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SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.k.b.b ##22 Degu MODERN SPECIES 88 CAPS2 (ENSODEG00000005006) KCNC2 (ENSODEG00000004528) ENSODEG00000004940 TPH2 (ENSODEG00000005879) TBC1D15 (ENSODEG00000005472) ENSODEG00000019110 TMEM19 (ENSODEG00000007134) THAP2 (ENSODEG00000007099) ENSODEG00000007051 ENSODEG00000006640 ENSODEG00000005318 LGR5 (ENSODEG00000005026) ENSODEG00000005914 PTPRR (ENSODEG00000004892) PTPRB (ENSODEG00000005212) ENSODEG00000004686 ##22 KCNMB4 (ENSODEG00000004677) CNOT2 (ENSODEG00000004532) ENSODEG00000004175 BEST3 (ENSODEG00000004391) LRRC10 (ENSODEG00000004356) FRS2 (ENSODEG00000004174) ENSODEG00000019177 ENSODEG00000005231 ENSODEG00000005050 LYZ (ENSODEG00000004742) ENSODEG00000004658 ENSODEG00000004418 ENSODEG00000004291 ENSODEG00000004028 SLC35E3 (ENSODEG00000004570) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.k.b.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.k.b.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.k.b.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.k.b.b ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.k.b.b ##22 Rat MODERN SPECIES 46 AABR07010672.1 (ENSRNOG00000054545) AABR07036698.1 (ENSRNOG00000046702) Ssx2 (ENSRNOG00000049427) Zfp182 (ENSRNOG00000047132) Zfp300 (ENSRNOG00000046469) Spaca5 (ENSRNOG00000045622) LOC100363372 (ENSRNOG00000066471) Uxt (ENSRNOG00000009893) Elk1 (ENSRNOG00000010171) Cfp (ENSRNOG00000025811) Syn1 (ENSRNOG00000010365) LOC102555453 (ENSRNOG00000028993) Timp1 (ENSRNOG00000010208) Araf (ENSRNOG00000010838) LOC691495 (ENSRNOG00000039332) LOC103690796 (ENSRNOG00000065924) ##22 Usp11 (ENSRNOG00000009049) Cdk16 (ENSRNOG00000008578) Uba1 (ENSRNOG00000019164) Rbm10 (ENSRNOG00000008472) Ndufb11 (ENSRNOG00000008329) Rgn (ENSRNOG00000007949) Ruvbl1-ps1 (ENSRNOG00000059655) Jade3 (ENSRNOG00000039837) Rp2 (ENSRNOG00000025428) Slc9a7 (ENSRNOG00000004150) Chst7 (ENSRNOG00000004258) ENSRNOG00000064542 LOC100359876 (ENSRNOG00000056398) Dipk2b (ENSRNOG00000004265) Kdm6a (ENSRNOG00000052721) Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.l ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.l ##22 Kangaroo rat MODERN SPECIES 327 Uchl1 (ENSDORG00000004088) #8 ENSDORG00000023461 #9 ENSDORG00000026675 #9 Nsun7 (ENSDORG00000001763) #11 Rbm47 (ENSDORG00000010144) #12 Chrna9 (ENSDORG00000014383) #13 Rhoh (ENSDORG00000029446) #14 N4bp2 (ENSDORG00000000893) #16 ENSDORG00000029761 ENSDORG00000027390 Pds5a (ENSDORG00000009144) #17 ENSDORG00000024976 #18 ENSDORG00000030000 ENSDORG00000024762 ENSDORG00000001091 #21 ENSDORG00000001088 ##22 Klb (ENSDORG00000005905) #23 Rfc1 (ENSDORG00000010527) #24 Wdr19 (ENSDORG00000010525) #25 Klhl5 (ENSDORG00000010524) #26 ENSDORG00000010522 #27 Fam114a1 (ENSDORG00000010517) #28 Klf3 (ENSDORG00000023213) #33 Tbc1d1 (ENSDORG00000010269) #34 Pgm2 (ENSDORG00000027647) #35 Rell1 (ENSDORG00000008354) #36 0610040J01Rik (ENSDORG00000011992) Nwd2 (ENSDORG00000023758) #37 Dthd1 (ENSDORG00000001578) Arap2 (ENSDORG00000008160) ENSDORG00000028110 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.l ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.l ##22 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 839 Ube2k (ENSNGAG00000022177) #18 ENSNGAG00000019916 Ugdh (ENSNGAG00000008002) #20 ENSNGAG00000005276 #21 ENSNGAG00000010156 #21 ENSNGAG00000023169 ##22 Klb (ENSNGAG00000022684) #23 Rfc1 (ENSNGAG00000010064) #24 Wdr19 (ENSNGAG00000003593) #25 Klhl5 (ENSNGAG00000004086) #26 Tmem156 (ENSNGAG00000020186) #27 Fam114a1 (ENSNGAG00000024040) #28 Tlr1 (ENSNGAG00000022810) #30 Klf3 (ENSNGAG00000011272) #33 Tbc1d1 (ENSNGAG00000012649) #34 Pgm2 (ENSNGAG00000003080) #35 Rell1 (ENSNGAG00000001591) #36 0610040J01Rik (ENSNGAG00000014223) Nwd2 (ENSNGAG00000013807) #37 ENSNGAG00000004119 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.l ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.l ##22 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.l ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.l ##22 Ryukyu mouse MODERN SPECIES 14 MGP_CAROLIEiJ_G0027262 Uchl1 (MGP_CAROLIEiJ_G0027261) #8 Apbb2 (MGP_CAROLIEiJ_G0027260) #9 Nsun7 (MGP_CAROLIEiJ_G0027259) #11 Rbm47 (MGP_CAROLIEiJ_G0027258) #12 MGP_CAROLIEiJ_G0027257 Chrna9 (MGP_CAROLIEiJ_G0027256) #13 Rhoh (MGP_CAROLIEiJ_G0027255) #14 N4bp2 (MGP_CAROLIEiJ_G0027254) #16 Pds5a (MGP_CAROLIEiJ_G0027253) #17 Ube2k (MGP_CAROLIEiJ_G0027252) #18 Smim14 (MGP_CAROLIEiJ_G0027251) #19 MGP_CAROLIEiJ_G0027250 Ugdh (MGP_CAROLIEiJ_G0027249) #20 Lias (MGP_CAROLIEiJ_G0027248) #21 MGP_CAROLIEiJ_G0027247 ##22 Klb (MGP_CAROLIEiJ_G0027246) #23 Rfc1 (MGP_CAROLIEiJ_G0027245) #24 Wdr19 (MGP_CAROLIEiJ_G0027244) #25 Klhl5 (MGP_CAROLIEiJ_G0027243) #26 MGP_CAROLIEiJ_G0027242 #27 Fam114a1 (MGP_CAROLIEiJ_G0027241) #28 Tlr6 (MGP_CAROLIEiJ_G0027240) #29 Tlr1 (MGP_CAROLIEiJ_G0027239) #30 Klf3 (MGP_CAROLIEiJ_G0027238) #33 MGP_CAROLIEiJ_G0027237 Pgm2 (MGP_CAROLIEiJ_G0027236) #35 Rell1 (MGP_CAROLIEiJ_G0027235) #36 0610040J01Rik (MGP_CAROLIEiJ_G0027234) Nwd2 (MGP_CAROLIEiJ_G0027233) #37 Dthd1 (MGP_CAROLIEiJ_G0027232) Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.l ##22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.l ##22 spretus MODERN SPECIES 2 Lhx1 (MGP_SPRETEiJ_G0017740) Aatf (MGP_SPRETEiJ_G0017739) Gm11437 (MGP_SPRETEiJ_G0017738) Acaca (MGP_SPRETEiJ_G0017737) Tada2a (MGP_SPRETEiJ_G0017736) Dusp14 (MGP_SPRETEiJ_G0017735) Synrg (MGP_SPRETEiJ_G0017734) Ddx52 (MGP_SPRETEiJ_G0017733) Hnf1b (MGP_SPRETEiJ_G0017732) Heatr6 (MGP_SPRETEiJ_G0017731) Wfdc21 (MGP_SPRETEiJ_G0017730) Wfdc18 (MGP_SPRETEiJ_G0017729) Wfdc17 (MGP_SPRETEiJ_G0017728) Ccl4 (MGP_SPRETEiJ_G0017727) Ccl3 (MGP_SPRETEiJ_G0017726) MGP_SPRETEiJ_G0017725 ##22 Ccl6 (MGP_SPRETEiJ_G0017724) Ccl9 (MGP_SPRETEiJ_G0017723) Ccl5 (MGP_SPRETEiJ_G0017722) Heatr9 (MGP_SPRETEiJ_G0017721) Taf15 (MGP_SPRETEiJ_G0017720) Mmp28 (MGP_SPRETEiJ_G0017719) 1700020L24Rik (MGP_SPRETEiJ_G0017718) Gas2l2 (MGP_SPRETEiJ_G0017717) Rasl10b (MGP_SPRETEiJ_G0017716) Ap2b1 (MGP_SPRETEiJ_G0017715) Pex12 (MGP_SPRETEiJ_G0017714) Slfn14 (MGP_SPRETEiJ_G0017713) MGP_SPRETEiJ_G0017712 MGP_SPRETEiJ_G0017711 Slfn1 (MGP_SPRETEiJ_G0017710) Steppe mouse MODERN SPECIES 27 ENSMSIG00000005964 Sla2 (ENSMSIG00000005922) Rab5if (ENSMSIG00000005901) Tgif2 (ENSMSIG00000005866) ENSMSIG00000005860 ##22 Myl9 (ENSMSIG00000005842) Dlgap4 (ENSMSIG00000005429) Aar2 (ENSMSIG00000005403) ENSMSIG00000005397 ENSMSIG00000005381 Epb41l1 (ENSMSIG00000004982) ENSMSIG00000004935 Cnbd2 (ENSMSIG00000004822) Scand1 (ENSMSIG00000004809) Phf20 (ENSMSIG00000004775) Rbm39 (ENSMSIG00000004662) Romo1 (ENSMSIG00000004626) Nfs1 (ENSMSIG00000004570) ENSMSIG00000004488 Spag4 (ENSMSIG00000004457) Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.l ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.l ##22 Prairie vole DUPLICATION Prairie vole MODERN SPECIES 7 ENSMOCG00000015235 ENSMOCG00000004918 ENSMOCG00000016685 ENSMOCG00000014369 ENSMOCG00000009221 ENSMOCG00000009656 ENSMOCG00000009283 ENSMOCG00000020485 Krtap15 (ENSMOCG00000001744) Krtap14 (ENSMOCG00000009841) ENSMOCG00000003734 ENSMOCG00000002572 2310079G19Rik (ENSMOCG00000016703) Cldn8 (ENSMOCG00000010306) Cldn17 (ENSMOCG00000009694) ENSMOCG00000022222 ##22 ENSMOCG00000020215 Grik1 (ENSMOCG00000004791) Bach1 (ENSMOCG00000017577) ENSMOCG00000009595 Cct8 (ENSMOCG00000003099) Usp16 (ENSMOCG00000018948) Rwdd2b (ENSMOCG00000019656) ENSMOCG00000012518 ENSMOCG00000013136 N6amt1 (ENSMOCG00000001686) ENSMOCG00000009764 Adamts5 (ENSMOCG00000003795) Adamts1 (ENSMOCG00000012084) ENSMOCG00000009778 Cyyr1 (ENSMOCG00000006675) Prairie vole MODERN SPECIES 354 Mtfr2 (ENSMOCG00000004425) ENSMOCG00000006744 Pde7b (ENSMOCG00000018081) Ahi1 (ENSMOCG00000019913) ENSMOCG00000016189 ENSMOCG00000014988 ENSMOCG00000020414 Hbs1l (ENSMOCG00000023038) Aldh8a1 (ENSMOCG00000013932) 1700020N01Rik (ENSMOCG00000017055) Sgk1 (ENSMOCG00000008011) Slc2a12 (ENSMOCG00000001440) Tbpl1 (ENSMOCG00000022781) Tcf21 (ENSMOCG00000016422) Eya4 (ENSMOCG00000021008) ENSMOCG00000000324 ##22 ENSMOCG00000017092 Slc18b1 (ENSMOCG00000011228) Vnn1 (ENSMOCG00000014706) Taar1 (ENSMOCG00000001836) Taar2 (ENSMOCG00000022845) Taar4 (ENSMOCG00000002182) Taar6 (ENSMOCG00000001371) ENSMOCG00000013768 ENSMOCG00000015154 ENSMOCG00000001959 ENSMOCG00000020108 ENSMOCG00000002106 ENSMOCG00000001760 ENSMOCG00000001217 Taar9 (ENSMOCG00000003035) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.l ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.l ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.l ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.l ##22 Degu MODERN SPECIES 64 NRN1 (ENSODEG00000006426) F13A1 (ENSODEG00000006301) LY86 (ENSODEG00000005843) RREB1 (ENSODEG00000007124) SSR1 (ENSODEG00000008229) CAGE1 (ENSODEG00000006091) RIOK1 (ENSODEG00000005663) DSP (ENSODEG00000005713) ENSODEG00000005816 BMP6 (ENSODEG00000005281) ENSODEG00000006265 BLOC1S5 (ENSODEG00000006076) ENSODEG00000005927 SLC35B3 (ENSODEG00000007641) ENSODEG00000007038 ENSODEG00000005512 ##22 TFAP2A (ENSODEG00000005218) GCNT2 (ENSODEG00000007522) PAK1IP1 (ENSODEG00000005826) ENSODEG00000005403 MAK (ENSODEG00000006066) GCM2 (ENSODEG00000005824) ENSODEG00000005423 ELOVL2 (ENSODEG00000005698) SMIM13 (ENSODEG00000005611) NEDD9 (ENSODEG00000006081) TMEM170B (ENSODEG00000005453) ADTRP (ENSODEG00000006208) HIVEP1 (ENSODEG00000005849) EDN1 (ENSODEG00000006667) PHACTR1 (ENSODEG00000006613) Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.l ##22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00390000011368 ENSGT00940000159958 ENSGT00950000183159.a ENSGT00940000157306 #8 ENSGT00390000000002.a.a.a #9 ENSGT00940000157352 #11 ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00940000156077 #13 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000160604 #16 ENSGT00940000155155 #17 ENSGT00670000098059 #18 ENSGT00390000018294.k.a #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.c.b.a.l ##22 ENSGT00390000015224.c.b.a.k.a.a.b ##22 ENSGT00940000157489 #23 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000017929 #27 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000162201 #29 ENSGT00940000162884 #30 ENSGT00940000163662 #32 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00900000143434 ENSGT00940000157949 #34 ENSGT00940000156247 #35 ENSGT00940000159709 #36 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a.l ##22 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 2 UCHL1 (ENSUPAG00010019140) #8 APBB2 (ENSUPAG00010018869) #9 NSUN7 (ENSUPAG00010018841) #11 ENSUPAG00010018839 RBM47 (ENSUPAG00010018774) #12 CHRNA9 (ENSUPAG00010018768) #13 ENSUPAG00010018763 RHOH (ENSUPAG00010018760) #14 ENSUPAG00010018723 #16 ENSUPAG00010018715 PDS5A (ENSUPAG00010018683) #17 UBE2K (ENSUPAG00010018605) #18 ENSUPAG00010018587 #19 UGDH (ENSUPAG00010018571) #20 LIAS (ENSUPAG00010018541) #21 ENSUPAG00010018508 ##22 KLB (ENSUPAG00010018497) #23 RFC1 (ENSUPAG00010017359) #24 WDR19 (ENSUPAG00010017295) #25 KLHL5 (ENSUPAG00010017266) #26 TMEM156 (ENSUPAG00010017254) #27 FAM114A1 (ENSUPAG00010017240) #28 TLR6 (ENSUPAG00010017235) #29 TLR1 (ENSUPAG00010017233) #30 TLR10 (ENSUPAG00010017218) #32 KLF3 (ENSUPAG00010017209) #33 TBC1D1 (ENSUPAG00010017027) #34 PGM2 (ENSUPAG00010017012) #35 RELL1 (ENSUPAG00010016993) #36 C4orf19 (ENSUPAG00010016983) NWD2 (ENSUPAG00010016964) #37 Alpin marmot DUPLICATION Alpin marmot MODERN SPECIES 32 RASEF (ENSMMMG00000018363) TLE1 (ENSMMMG00000012607) ENSMMMG00000012571 ##22 TLE4 (ENSMMMG00000012524) PSAT1 (ENSMMMG00000012517) CEP78 (ENSMMMG00000012498) GNAQ (ENSMMMG00000012272) GNA14 (ENSMMMG00000012248) VPS13A (ENSMMMG00000012153) ENSMMMG00000012137 ENSMMMG00000012128 PRUNE2 (ENSMMMG00000012039) GCNT1 (ENSMMMG00000012027) RFK (ENSMMMG00000012015) ENSMMMG00000011961 ENSMMMG00000011953 ENSMMMG00000011944 OSTF1 (ENSMMMG00000011932) Alpin marmot MODERN SPECIES 9 TMEM33 (ENSMMMG00000018883) ENSMMMG00000018876 LIMCH1 (ENSMMMG00000018696) UCHL1 (ENSMMMG00000018648) #8 APBB2 (ENSMMMG00000018359) #9 NSUN7 (ENSMMMG00000018316) #11 RBM47 (ENSMMMG00000018293) #12 CHRNA9 (ENSMMMG00000018273) #13 RHOH (ENSMMMG00000018265) #14 N4BP2 (ENSMMMG00000018187) #16 PDS5A (ENSMMMG00000018118) #17 UBE2K (ENSMMMG00000018022) #18 ENSMMMG00000018002 #19 UGDH (ENSMMMG00000017978) #20 LIAS (ENSMMMG00000017957) #21 ENSMMMG00000017936 ##22 ENSMMMG00000017920 KLB (ENSMMMG00000017911) #23 RFC1 (ENSMMMG00000017905) #24 WDR19 (ENSMMMG00000017829) #25 KLHL5 (ENSMMMG00000017784) #26 TMEM156 (ENSMMMG00000017773) #27 FAM114A1 (ENSMMMG00000017765) #28 TLR6 (ENSMMMG00000017761) #29 TLR1 (ENSMMMG00000017739) #30 TLR10 (ENSMMMG00000017725) #32 KLF3 (ENSMMMG00000017721) #33 ENSMMMG00000017716 TBC1D1 (ENSMMMG00000017620) #34 PGM2 (ENSMMMG00000017606) #35 RELL1 (ENSMMMG00000017587) #36 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Rabbit DUPLICATION Rabbit MODERN SPECIES 18 TMEM37 (ENSOCUG00000017907) SCTR (ENSOCUG00000007710) CFAP221 (ENSOCUG00000010082) TMEM177 (ENSOCUG00000023441) PTPN4 (ENSOCUG00000008364) ENSOCUG00000034792 EPB41L5 (ENSOCUG00000008381) TMEM185B (ENSOCUG00000033247) RALB (ENSOCUG00000005992) INHBB (ENSOCUG00000005094) SAP130 (ENSOCUG00000006837) UGGT1 (ENSOCUG00000016123) HS6ST1 (ENSOCUG00000013158) ENSOCUG00000037634 #10 ENSOCUG00000006712 ENSOCUG00000023211 ##22 PLEKHB2 (ENSOCUG00000024282) FAM168B (ENSOCUG00000017266) ENSOCUG00000017253 ENSOCUG00000001909 ENSOCUG00000006394 PTPN18 (ENSOCUG00000010571) IMP4 (ENSOCUG00000002845) CCDC115 (ENSOCUG00000005099) ENSOCUG00000036307 GLI2 (ENSOCUG00000000638) ENSOCUG00000003667 AMMECR1L (ENSOCUG00000004917) ENSOCUG00000021449 ENSOCUG00000027587 WDR33 (ENSOCUG00000011375) Rabbit MODERN SPECIES 433 ENSOCUG00000029180 AFF2 (ENSOCUG00000013873) ENSOCUG00000029389 #10 FMR1 (ENSOCUG00000014621) ENSOCUG00000038207 #10 ENSOCUG00000039152 ENSOCUG00000024125 SLITRK2 (ENSOCUG00000002285) ENSOCUG00000036604 ENSOCUG00000021561 SLITRK4 (ENSOCUG00000009653) ENSOCUG00000023139 LDOC1 (ENSOCUG00000023824) ENSOCUG00000024673 ENSOCUG00000036101 ENSOCUG00000025072 ##22 SOX3 (ENSOCUG00000016779) ENSOCUG00000025136 ENSOCUG00000012140 ENSOCUG00000022633 ATP11C (ENSOCUG00000013087) MCF2 (ENSOCUG00000027534) F9 (ENSOCUG00000005240) ENSOCUG00000030193 ENSOCUG00000033447 #10 ENSOCUG00000012713 ENSOCUG00000006218 ENSOCUG00000027525 ZIC3 (ENSOCUG00000009358) ENSOCUG00000032516 ENSOCUG00000035410 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000154915.hb ENSGT00390000008326 ENSGT00390000018266 ENSGT00940000159290 ENSGT00940000160393 ENSGT00940000157839 ENSGT00390000016123 ENSGT00390000018570.a ENSGT00960000187324 ENSGT00390000013648 ENSGT00390000014131 ENSGT00950000182957.a.a.a ENSGT00940000160498 ENSGT00940000156355 ENSGT00940000160352 ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 ENSGT00940000160893 ENSGT00970000197186 ENSGT00390000001260 ENSGT00940000159613.f ENSGT00390000011748.f.b ENSGT00390000009759.k ENSGT00390000012857 ENSGT00910000147662 ENSGT00390000002127.`b ENSGT00390000014423 ENSGT00390000015360 ENSGT00940000157752 ENSGT00940000160812 ENSGT00940000161957 ENSGT00940000155217 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000154915.hb ENSGT00390000008326 ENSGT00390000018266 ENSGT00940000159290 ENSGT00940000160393 ENSGT00940000157839 ENSGT00390000016123 ENSGT00390000018570.a ENSGT00960000187324 ENSGT00390000013648 ENSGT00390000014131 ENSGT00950000182957.a.a.a ENSGT00940000160498 ENSGT00940000156355 ENSGT00940000160352 ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 ENSGT00940000160893 ENSGT00390000001260 ENSGT00940000158890.p.a ENSGT00940000159613.f ENSGT00390000011748.f.b ENSGT00390000009759.k ENSGT00390000012857 ENSGT00910000147662 ENSGT00390000002127.`b ENSGT00390000014423 ENSGT00390000015360 ENSGT00940000157752 ENSGT00940000160812 ENSGT00940000161957 ENSGT00940000155217 Narwhal MODERN SPECIES 299 UQCRC2 (ENSMMNG00015009762) PDZD9 (ENSMMNG00015009808) MOSMO (ENSMMNG00015009825) VWA3A (ENSMMNG00015009853) SDR42E2 (ENSMMNG00015009897) EEF2K (ENSMMNG00015009920) POLR3E (ENSMMNG00015009960) CDR2 (ENSMMNG00015010004) ENSMMNG00015010013 METTL9 (ENSMMNG00015010019) IGSF6 (ENSMMNG00015010031) OTOA (ENSMMNG00015010059) HS3ST2 (ENSMMNG00015010100) USP31 (ENSMMNG00015010110) SCNN1G (ENSMMNG00015010140) ENSMMNG00015010152 ##22 SCNN1B (ENSMMNG00015010165) COG7 (ENSMMNG00015010193) ENSMMNG00015010216 GGA2 (ENSMMNG00015010225) ENSMMNG00015010249 ENSMMNG00015010261 UBFD1 (ENSMMNG00015010282) ENSMMNG00015010305 NDUFAB1 (ENSMMNG00015010313) PALB2 (ENSMMNG00015010324) DCTN5 (ENSMMNG00015010352) PLK1 (ENSMMNG00015010378) ERN2 (ENSMMNG00015010432) CHP2 (ENSMMNG00015010523) PRKCB (ENSMMNG00015010562) Vaquita MODERN SPECIES 6 UQCRC2 (ENSPSNG00000011805) PDZD9 (ENSPSNG00000012365) MOSMO (ENSPSNG00000012416) ENSPSNG00000012494 SDR42E2 (ENSPSNG00000012866) EEF2K (ENSPSNG00000013021) POLR3E (ENSPSNG00000013120) CDR2 (ENSPSNG00000013562) ENSPSNG00000013617 METTL9 (ENSPSNG00000013691) OTOA (ENSPSNG00000013815) IGSF6 (ENSPSNG00000013949) HS3ST2 (ENSPSNG00000014064) USP31 (ENSPSNG00000014110) SCNN1G (ENSPSNG00000014182) ENSPSNG00000014243 ##22 SCNN1B (ENSPSNG00000014324) ENSPSNG00000014457 COG7 (ENSPSNG00000014505) GGA2 (ENSPSNG00000014714) ENSPSNG00000014991 EARS2 (ENSPSNG00000015031) UBFD1 (ENSPSNG00000015094) ENSPSNG00000015238 PALB2 (ENSPSNG00000015322) PLK1 (ENSPSNG00000004781) ERN2 (ENSPSNG00000004979) CHP2 (ENSPSNG00000005080) PRKCB (ENSPSNG00000005141) CACNG3 (ENSPSNG00000005256) RBBP6 (ENSPSNG00000005313) Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 1162 ENSMMSG00000018303 HIF1AN (ENSMMSG00000018273) PAX2 (ENSMMSG00000017916) SLF2 (ENSMMSG00000017739) SEMA4G (ENSMMSG00000017665) MRPL43 (ENSMMSG00000017635) TWNK (ENSMMSG00000017581) LZTS2 (ENSMMSG00000017542) PDZD7 (ENSMMSG00000017297) SFXN3 (ENSMMSG00000017226) KAZALD1 (ENSMMSG00000017194) TLX1 (ENSMMSG00000017162) ENSMMSG00000017131 LBX1 (ENSMMSG00000017109) ENSMMSG00000017086 ENSMMSG00000017075 ##22 BTRC (ENSMMSG00000016899) POLL (ENSMMSG00000016722) DPCD (ENSMMSG00000016659) FBXW4 (ENSMMSG00000016591) FGF8 (ENSMMSG00000016398) NPM3 (ENSMMSG00000023905) OGA (ENSMMSG00000023879) KCNIP2 (ENSMMSG00000023762) ARMH3 (ENSMMSG00000023729) HPS6 (ENSMMSG00000023722) LDB1 (ENSMMSG00000023714) PPRC1 (ENSMMSG00000023667) NOLC1 (ENSMMSG00000023644) ELOVL3 (ENSMMSG00000023638) PITX3 (ENSMMSG00000023635) Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT01000000214440.B ENSGT00640000091492.b ENSGT00940000155769 ENSGT00940000157009 ENSGT00390000015137 ENSGT00940000154459.A ENSGT00390000000724.c.a ENSGT00390000002234 ENSGT00390000001912.f ENSGT00940000161524 ENSGT00940000158489 ENSGT00950000183091.B.b.b ENSGT00390000001787 ENSGT00940000156490 ENSGT00950000182848.c.b.a.b ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 ENSGT00390000005057.g ENSGT00940000160402 ENSGT00390000010923 ENSGT00950000183008.a.a.a.a ENSGT00910000144253 ENSGT00940000154900 ENSGT00940000156134 ENSGT01030000234510.a.a.a.a.b.e ENSGT00960000186656.a.a.b ENSGT00960000186656.a.b ENSGT00520000055567.a.a.a ENSGT00940000153311.a.b.a.i.b.a.c ENSGT00940000161179 ENSGT00520000055634.b ENSGT00940000161638 American bison MODERN SPECIES 3089 STX16 (ENSBBBG00000009035) APCDD1L (ENSBBBG00000000252) VAPB (ENSBBBG00000024624) RAB22A (ENSBBBG00000006430) ANKRD60 (ENSBBBG00000024644) C20orf85 (ENSBBBG00000000233) PMEPA1 (ENSBBBG00000024661) ENSBBBG00000024674 PCK1 (ENSBBBG00000006468) CTCFL (ENSBBBG00000008049) RBM38 (ENSBBBG00000024899) RAE1 (ENSBBBG00000024949) SPO11 (ENSBBBG00000025046) BMP7 (ENSBBBG00000006644) TFAP2C (ENSBBBG00000007748) ENSBBBG00000025115 ##22 ENSBBBG00000025120 GCNT7 (ENSBBBG00000025135) RTF2 (ENSBBBG00000006668) CASS4 (ENSBBBG00000025195) CSTF1 (ENSBBBG00000025215) AURKA (ENSBBBG00000025307) FAM210B (ENSBBBG00000008091) MC3R (ENSBBBG00000025338) SIRPB2 (ENSBBBG00000007856) NSFL1C (ENSBBBG00000025367) ENSBBBG00000025481 SDCBP2 (ENSBBBG00000009625) SNPH (ENSBBBG00000009630) RAD21L1 (ENSBBBG00000009638) C20orf202 (ENSBBBG00000009643) Bos ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT01000000214440.B ENSGT00640000091492.b ENSGT00940000155769 ENSGT00940000157009 ENSGT00390000015137 ENSGT00940000154459.A ENSGT00390000000724.c.a ENSGT00390000002234 ENSGT00390000001912.f ENSGT00940000161524 ENSGT00940000158489 ENSGT00950000183091.B.b.b ENSGT00390000001787 ENSGT00940000156490 ENSGT00950000182848.c.b.a.b ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 ENSGT00390000005057.g ENSGT00390000010923 ENSGT00940000160402 ENSGT00950000183008.a.a.a.a ENSGT00910000144253 ENSGT00940000154900 ENSGT00940000156134 ENSGT01030000234510.a.a.a.a.b.e ENSGT00960000186656.a.a.b ENSGT00960000186656.a.b ENSGT00520000055567.a.a.a ENSGT00940000153311.a.b.a.i.b.a.c ENSGT00940000161179 ENSGT00520000055634.b ENSGT00940000161638 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00530000063255.A ENSGT01000000214440.B ENSGT00640000091492.b ENSGT00940000155769 ENSGT00940000157009 ENSGT00940000154459.A ENSGT00390000000724.c.a ENSGT00390000002234 ENSGT00390000001912.f ENSGT00940000161524 ENSGT00940000158489 ENSGT00950000183091.B.b.b ENSGT00390000001787 ENSGT00940000156490 ENSGT00950000182848.c.b.a.b ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 ENSGT00390000005057.g ENSGT00390000010923 ENSGT00940000160402 ENSGT00950000183008.a.a.a.a ENSGT00910000144253 ENSGT00940000154900 ENSGT00940000156134 ENSGT01030000234510.a.a.a.a.b.e ENSGT00960000186656.a.a.b ENSGT00960000186656.a.b ENSGT00520000055567.a.a.a ENSGT00940000153311.a.b.a.i.a ENSGT00940000161179 ENSGT00520000055634.b ENSGT00940000161638 Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 315 HDX (ENSBIXG00005022875) ENSBIXG00005022936 ENSBIXG00005005756 ENSBIXG00005022974 ENSBIXG00005022982 RPS6KA6 (ENSBIXG00005004019) ENSBIXG00005023627 CYLC1 (ENSBIXG00005023648) POU3F4 (ENSBIXG00005023708) ENSBIXG00005004073 SH3BGRL (ENSBIXG00005023836) HMGN5 (ENSBIXG00005023866) BRWD3 (ENSBIXG00005023949) TENT5D (ENSBIXG00005024005) TBX22 (ENSBIXG00005024042) ENSBIXG00005024094 ##22 GPR174 (ENSBIXG00005005599) ENSBIXG00005024140 P2RY10 (ENSBIXG00005024150) ENSBIXG00005024189 CYSLTR1 (ENSBIXG00005024205) ENSBIXG00005024230 ENSBIXG00005024310 TAF9B (ENSBIXG00005024355) PGK1 (ENSBIXG00005024390) ATP7A (ENSBIXG00005024508) ENSBIXG00005024547 ENSBIXG00005004198 ENSBIXG00005004205 MAGT1 (ENSBIXG00005024624) ATRX (ENSBIXG00005024905) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 4 APCDD1L (ENSBIXG00005006835) VAPB (ENSBIXG00005022698) ENSBIXG00005022707 RAB22A (ENSBIXG00005022726) ENSBIXG00005022736 C20orf85 (ENSBIXG00005022794) PMEPA1 (ENSBIXG00005022840) ZBP1 (ENSBIXG00005007383) ENSBIXG00005022901 CTCFL (ENSBIXG00005022968) PCK1 (ENSBIXG00005003950) RAE1 (ENSBIXG00005023229) SPO11 (ENSBIXG00005023438) BMP7 (ENSBIXG00005023542) TFAP2C (ENSBIXG00005023582) ENSBIXG00005023622 ##22 ENSBIXG00005023633 GCNT7 (ENSBIXG00005004050) RTF2 (ENSBIXG00005023694) CASS4 (ENSBIXG00005023749) CSTF1 (ENSBIXG00005005882) AURKA (ENSBIXG00005023837) FAM210B (ENSBIXG00005023861) MC3R (ENSBIXG00005023881) SIRPB2 (ENSBIXG00005023892) NSFL1C (ENSBIXG00005023940) ENSBIXG00005023953 SDCBP2 (ENSBIXG00005004119) ENSBIXG00005024112 RAD21L1 (ENSBIXG00005024217) C20orf202 (ENSBIXG00005004145) Bos_a ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT01000000214440.B ENSGT00640000091492.b ENSGT00940000155769 ENSGT00940000157009 ENSGT00390000015137 ENSGT00940000154459.A ENSGT00390000000724.c.a ENSGT00390000002234 ENSGT00390000001912.f ENSGT00940000161524 ENSGT00940000158489 ENSGT00950000183091.B.b.b.d ENSGT00390000001787 ENSGT00940000156490 ENSGT00950000182848.c.b.a.b ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 ENSGT00390000005057.g ENSGT00390000010923 ENSGT00940000160402 ENSGT00950000183008.a.a.a.a ENSGT00910000144253 ENSGT00940000154900 ENSGT00940000156134 ENSGT01030000234510.a.a.a.a.b.e ENSGT00960000186656.a.a.b ENSGT00960000186656.a.b ENSGT00520000055567.a.a.a ENSGT00940000153311.a.b.a.i.b.a.c ENSGT00940000161179 ENSGT00520000055634.b ENSGT00940000161638 Wild yak MODERN SPECIES 895 TSPAN13 (ENSBMUG00000020392) BZW2 (ENSBMUG00000020370) ANKMY2 (ENSBMUG00000020338) LRRC72 (ENSBMUG00000020320) SOSTDC1 (ENSBMUG00000020289) CRPPA (ENSBMUG00000020267) ENSBMUG00000020247 MEOX2 (ENSBMUG00000020230) AGMO (ENSBMUG00000020224) DGKB (ENSBMUG00000020164) ETV1 (ENSBMUG00000020038) ENSBMUG00000019942 SMIM14 (ENSBMUG00000019929) #19 UGDH (ENSBMUG00000019895) #20 LIAS (ENSBMUG00000019802) #21 ENSBMUG00000019692 ##22 KLB (ENSBMUG00000019680) #23 RFC1 (ENSBMUG00000019633) #24 WDR19 (ENSBMUG00000019534) #25 KLHL5 (ENSBMUG00000019450) #26 TMEM156 (ENSBMUG00000019375) #27 FAM114A1 (ENSBMUG00000019349) #28 TLR6 (ENSBMUG00000019289) #29 TLR1 (ENSBMUG00000019266) #30 KLF3 (ENSBMUG00000019245) #33 Domestic yak MODERN SPECIES 3 NPEPL1 (ENSBGRG00000008119) STX16 (ENSBGRG00000008482) APCDD1L (ENSBGRG00000008754) VAPB (ENSBGRG00000008788) RAB22A (ENSBGRG00000008900) C20orf85 (ENSBGRG00000009150) PMEPA1 (ENSBGRG00000009167) ZBP1 (ENSBGRG00000009247) PCK1 (ENSBGRG00000009353) CTCFL (ENSBGRG00000009589) RBM38 (ENSBGRG00000010003) ENSBGRG00000010143 SPO11 (ENSBGRG00000010307) BMP7 (ENSBGRG00000010612) TFAP2C (ENSBGRG00000010689) ENSBGRG00000010827 ##22 ENSBGRG00000010860 RTF2 (ENSBGRG00000010891) GCNT7 (ENSBGRG00000011133) CASS4 (ENSBGRG00000011222) CSTF1 (ENSBGRG00000011331) ENSBGRG00000011378 AURKA (ENSBGRG00000011397) FAM210B (ENSBGRG00000011532) MC3R (ENSBGRG00000011613) SIRPB2 (ENSBGRG00000011673) NSFL1C (ENSBGRG00000011719) ENSBGRG00000012031 SDCBP2 (ENSBGRG00000012247) SNPH (ENSBGRG00000012380) C20orf202 (ENSBGRG00000012779) Caprinae ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00390000000549 ENSGT00940000162260.h.a.b ENSGT00390000001146 ENSGT00520000059926 ENSGT00940000159359 ENSGT00390000003349 ENSGT00940000154632 ENSGT00940000162003 ENSGT00940000158015 ENSGT00950000183000.c.a.b ENSGT00390000016976 ENSGT00940000156965 ENSGT00940000153661.a.a.d ENSGT00940000157325 ENSGT00940000156227.f ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 ENSGT00940000156625 ENSGT00940000156232.b.l ENSGT00390000008403.cb.b.d ENSGT00440000037780.a ENSGT00940000154101.b ENSGT00940000159227 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000158582 ENSGT00390000015348 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000014526 ENSGT00950000183208.B ENSGT00950000182860.a.a.b ENSGT00940000154801 ENSGT00940000155003.e.a Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 4 KAT14 (ENSOARG00020022469) PET117 (ENSOARG00020022446) OVOL2 (ENSOARG00020022412) MGME1 (ENSOARG00020022380) SNX5 (ENSOARG00020022341) CYCS (ENSOARG00020022330) BANF2 (ENSOARG00020022304) RRBP1 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(ENSCHIG00000021913) ENSCHIG00000025949 ##22 ODAD2 (ENSCHIG00000005917) ENSCHIG00000024362 ENSCHIG00000018589 WAC (ENSCHIG00000022497) BAMBI (ENSCHIG00000015150) ENSCHIG00000022034 MAP3K8 (ENSCHIG00000017886) MTPAP (ENSCHIG00000025725) JCAD (ENSCHIG00000013597) ENSCHIG00000023018 SVIL (ENSCHIG00000016403) ZNF438 (ENSCHIG00000013980) ZEB1 (ENSCHIG00000016385) ARHGAP12 (ENSCHIG00000024718) KIF5B (ENSCHIG00000019020) Goat MODERN SPECIES 9 ENSCHIG00000009884 ZNF331 (ENSCHIG00000017816) ENSCHIG00000025458 ENSCHIG00000013160 ENSCHIG00000022343 ENSCHIG00000013541 ENSCHIG00000012246 ENSCHIG00000013939 ENSCHIG00000022883 ENSCHIG00000011363 ENSCHIG00000022011 ENSCHIG00000011276 ENSCHIG00000023440 ENSCHIG00000012436 ENSCHIG00000024769 ENSCHIG00000024124 ##22 ENSCHIG00000020931 ENSCHIG00000003665 ENSCHIG00000016689 ENSCHIG00000025144 ENSCHIG00000015590 ENSCHIG00000019008 ENSCHIG00000027195 ENSCHIG00000019489 ENSCHIG00000024565 ENSCHIG00000016063 ENSCHIG00000025387 ENSCHIG00000011248 ENSCHIG00000017914 ENSCHIG00000023421 ENSCHIG00000013537 Goat MODERN SPECIES 20 SLC16A9 (ENSCHIG00000025891) CCDC6 (ENSCHIG00000018737) ENSCHIG00000020150 ANK3 (ENSCHIG00000000437) CDK1 (ENSCHIG00000000353) ENSCHIG00000019367 RHOBTB1 (ENSCHIG00000000210) TMEM26 (ENSCHIG00000000173) CABCOCO1 (ENSCHIG00000000104) ARID5B (ENSCHIG00000019296) RTKN2 (ENSCHIG00000011108) ZNF365 (ENSCHIG00000024289) ENSCHIG00000010161 ADO (ENSCHIG00000026433) EGR2 (ENSCHIG00000018766) ENSCHIG00000007340 ##22 ENSCHIG00000010873 JMJD1C (ENSCHIG00000022251) ENSCHIG00000010880 REEP3 (ENSCHIG00000015558) ENSCHIG00000016083 LRRTM3 (ENSCHIG00000023535) ENSCHIG00000010807 ENSCHIG00000019480 ENSCHIG00000008056 DNAJC12 (ENSCHIG00000024728) ENSCHIG00000015880 ENSCHIG00000010127 SIRT1 (ENSCHIG00000011027) HERC4 (ENSCHIG00000012304) MYPN (ENSCHIG00000015250) Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 13 MED30 (ENSCHYG00000011099) ENSCHYG00000011245 SLC30A8 (ENSCHYG00000011262) ENSCHYG00000011317 AARD (ENSCHYG00000011332) RAD21 (ENSCHYG00000011361) UTP23 (ENSCHYG00000011492) ENSCHYG00000011644 ENSCHYG00000011720 ENSCHYG00000011748 TRPS1 (ENSCHYG00000011789) ENSCHYG00000011892 ENSCHYG00000011945 CSMD3 (ENSCHYG00000012001) ENSCHYG00000012233 ENSCHYG00000012274 ##22 KCNV1 (ENSCHYG00000012309) ENSCHYG00000012334 SYBU (ENSCHYG00000012356) EBAG9 (ENSCHYG00000012495) PKHD1L1 (ENSCHYG00000012598) ENSCHYG00000013001 NUDCD1 (ENSCHYG00000013032) ENSCHYG00000013141 TRHR (ENSCHYG00000013156) TMEM74 (ENSCHYG00000013176) EMC2 (ENSCHYG00000013204) EIF3E (ENSCHYG00000013258) RSPO2 (ENSCHYG00000013353) ENSCHYG00000013446 ANGPT1 (ENSCHYG00000013482) Yarkand deer MODERN SPECIES 32 CD14 (ENSCHYG00000021456) ENSCHYG00000021478 TMCO6 (ENSCHYG00000021515) ENSCHYG00000021747 ENSCHYG00000021836 WDR55 (ENSCHYG00000021976) DND1 (ENSCHYG00000022050) HARS1 (ENSCHYG00000022140) HARS2 (ENSCHYG00000023232) ZMAT2 (ENSCHYG00000023849) ENSCHYG00000023915 PCDHAC2 (ENSCHYG00000023934) PCDHB1 (ENSCHYG00000023997) ENSCHYG00000024053 ENSCHYG00000024110 ENSCHYG00000024141 ##22 PCDHGC5 (ENSCHYG00000024191) ENSCHYG00000024579 DIAPH1 (ENSCHYG00000024635) HDAC3 (ENSCHYG00000025260) RELL2 (ENSCHYG00000025303) FCHSD1 (ENSCHYG00000000556) ARAP3 (ENSCHYG00000000730) PCDH1 (ENSCHYG00000000987) DELE1 (ENSCHYG00000001016) PCDH12 (ENSCHYG00000001058) RNF14 (ENSCHYG00000001095) GNPDA1 (ENSCHYG00000001122) NDFIP1 (ENSCHYG00000001178) ENSCHYG00000001243 SPRY4 (ENSCHYG00000001254) Camelidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Arabian camel DUPLICATION Arabian camel MODERN SPECIES 35 ENSCDRG00005000115 ENSCDRG00005004175 RNPC3 (ENSCDRG00005004089) ENSCDRG00005004032 PRMT6 (ENSCDRG00005003982) NTNG1 (ENSCDRG00005003881) VAV3 (ENSCDRG00005003661) SLC25A24 (ENSCDRG00005003528) ENSCDRG00005003441 EEIG2 (ENSCDRG00005003382) HENMT1 (ENSCDRG00005003340) ENSCDRG00005003308 FNDC7 (ENSCDRG00005003280) STXBP3 (ENSCDRG00005003246) AKNAD1 (ENSCDRG00005003205) ENSCDRG00005003182 ##22 GPSM2 (ENSCDRG00005003175) CLCC1 (ENSCDRG00005003125) WDR47 (ENSCDRG00005002999) ENSCDRG00005002961 TAF13 (ENSCDRG00005002917) TMEM167B (ENSCDRG00005002899) CFAP276 (ENSCDRG00005002878) ELAPOR1 (ENSCDRG00005002813) SARS1 (ENSCDRG00005002779) CELSR2 (ENSCDRG00005002740) PSRC1 (ENSCDRG00005002699) MYBPHL (ENSCDRG00005002670) ENSCDRG00005002657 SORT1 (ENSCDRG00005002622) PSMA5 (ENSCDRG00005002587) Arabian camel MODERN SPECIES 11 ENSCDRG00005016777 EPHA5 (ENSCDRG00005016353) TECRL (ENSCDRG00005016258) ENSCDRG00005016248 ADGRL3 (ENSCDRG00005011461) ENSCDRG00005011298 IGFBP7 (ENSCDRG00005011222) POLR2B (ENSCDRG00005010929) ENSCDRG00005010793 ENSCDRG00005010708 ENSCDRG00005010544 MMRN1 (ENSCDRG00005010505) CCSER1 (ENSCDRG00005010415) ENSCDRG00005010381 GRID2 (ENSCDRG00005009950) ENSCDRG00005009873 ##22 ATOH1 (ENSCDRG00005009854) SMARCAD1 (ENSCDRG00005009588) HPGDS (ENSCDRG00005009472) PDLIM5 (ENSCDRG00005008970) BMPR1B (ENSCDRG00005008805) ENSCDRG00005008779 UNC5C (ENSCDRG00005008588) PDHA2 (ENSCDRG00005008550) ENSCDRG00005008544 STPG2 (ENSCDRG00005008261) RAP1GDS1 (ENSCDRG00005006817) TSPAN5 (ENSCDRG00005006719) ENSCDRG00005006550 METAP1 (ENSCDRG00005006507) ADH5 (ENSCDRG00005006442) Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000011368 ENSGT00940000159958 ENSGT00950000183159.a ENSGT00940000157306 #8 ENSGT00390000000002.a.a.a #9 ENSGT00940000157352 #11 ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00940000156077 #13 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000160604 #16 ENSGT00940000155155 #17 ENSGT00670000098059 #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 ENSGT00940000157489 #23 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000017929 #27 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000162201 #29 ENSGT00940000162884 #30 ENSGT00940000163662 #32 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00940000157949 #34 ENSGT00940000156247 #35 ENSGT00940000159709 #36 ENSGT00390000013778 ENSGT00940000153648.b #37 Megabat MODERN SPECIES 659 UGDH (ENSPVAG00000000930) #20 LIAS (ENSPVAG00000000922) #21 ENSPVAG00000000919 ##22 KLB (ENSPVAG00000000918) #23 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00390000011368 ENSGT00940000159958 ENSGT00950000183159.a ENSGT00940000157306 #8 ENSGT00390000000002.a.a.a #9 ENSGT00940000157352 #11 ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00940000156077 #13 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000160604 #16 ENSGT00940000155155 #17 ENSGT00670000098059 #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 ENSGT00940000157489 #23 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000017929 #27 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000162201 #29 ENSGT00940000162884 #30 ENSGT00940000163662 #32 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00940000157949 #34 ENSGT00940000156247 #35 ENSGT00940000159709 #36 ENSGT00390000013778 ENSGT00940000153648.b #37 Greater horseshoe bat DUPLICATION Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 23 PHOX2B (ENSRFEG00010002185) LIMCH1 (ENSRFEG00010002441) UCHL1 (ENSRFEG00010002861) #8 APBB2 (ENSRFEG00010002924) #9 NSUN7 (ENSRFEG00010003013) #11 ENSRFEG00010003056 RBM47 (ENSRFEG00010003078) #12 CHRNA9 (ENSRFEG00010003109) #13 RHOH (ENSRFEG00010003119) #14 N4BP2 (ENSRFEG00010003136) #16 PDS5A (ENSRFEG00010003178) #17 UBE2K (ENSRFEG00010003274) #18 SMIM14 (ENSRFEG00010003322) #19 UGDH (ENSRFEG00010003370) #20 LIAS (ENSRFEG00010003448) #21 ENSRFEG00010003514 ##22 KLB (ENSRFEG00010003533) #23 ENSRFEG00010003547 ENSRFEG00010003568 USP46 (ENSRFEG00010003627) RASL11B (ENSRFEG00010003705) SCFD2 (ENSRFEG00010003724) ENSRFEG00010003908 LNX1 (ENSRFEG00010004004) CHIC2 (ENSRFEG00010004049) GSX2 (ENSRFEG00010004072) PDGFRA (ENSRFEG00010004089) ENSRFEG00010004150 KIT (ENSRFEG00010004158) KDR (ENSRFEG00010004198) SRD5A3 (ENSRFEG00010004226) Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 57 ENSRFEG00010019854 SULT1C4 (ENSRFEG00010019812) ENSRFEG00010019500 SULT1C2 (ENSRFEG00010019409) SLC5A7 (ENSRFEG00010019382) ST6GAL2 (ENSRFEG00010019330) UXS1 (ENSRFEG00010019233) ECRG4 (ENSRFEG00010019171) NCK2 (ENSRFEG00010019134) ENSRFEG00010019119 ENSRFEG00010019106 FHL2 (ENSRFEG00010019043) ENSRFEG00010019017 ##22 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES DNAAF6 (ENSRFEG00010000126) ENSRFEG00010000121 FRMPD3 (ENSRFEG00010000114) ENSRFEG00010000109 ENSRFEG00010000100 MID2 (ENSRFEG00010022116) ENSRFEG00010022111 VSIG1 (ENSRFEG00010022108) ENSRFEG00010022104 ATG4A (ENSRFEG00010022095) COL4A6 (ENSRFEG00010022084) ENSRFEG00010022067 IRS4 (ENSRFEG00010022061) ENSRFEG00010022055 ENSRFEG00010022053 ENSRFEG00010022050 ##22 ENSRFEG00010022049 NXT2 (ENSRFEG00010022045) KCNE5 (ENSRFEG00010022043) ACSL4 (ENSRFEG00010022038) ENSRFEG00010022035 ENSRFEG00010022033 ENSRFEG00010022030 TMEM164 (ENSRFEG00010022026) AMMECR1 (ENSRFEG00010022022) ENSRFEG00010022015 ENSRFEG00010022013 RTL9 (ENSRFEG00010022010) ENSRFEG00010022008 ENSRFEG00010022006 ENSRFEG00010022003 Microbat DUPLICATION Microbat MODERN SPECIES 985 TMEM33 (ENSMLUG00000006119) PHOX2B (ENSMLUG00000028989) ENSMLUG00000009300 UCHL1 (ENSMLUG00000010138) #8 APBB2 (ENSMLUG00000004853) #9 NSUN7 (ENSMLUG00000004843) #11 RBM47 (ENSMLUG00000000889) #12 CHRNA9 (ENSMLUG00000000893) #13 RHOH (ENSMLUG00000000899) #14 N4BP2 (ENSMLUG00000001643) #16 PDS5A (ENSMLUG00000011233) #17 UBE2K (ENSMLUG00000011216) #18 SMIM14 (ENSMLUG00000005646) #19 UGDH (ENSMLUG00000004606) #20 ENSMLUG00000004602 #21 ENSMLUG00000004597 ##22 KLB (ENSMLUG00000004592) #23 RFC1 (ENSMLUG00000013981) #24 WDR19 (ENSMLUG00000010928) #25 KLHL5 (ENSMLUG00000011840) #26 TMEM156 (ENSMLUG00000000296) #27 FAM114A1 (ENSMLUG00000008436) #28 TLR6 (ENSMLUG00000008430) #29 TLR1 (ENSMLUG00000008417) #30 KLF3 (ENSMLUG00000008403) #33 TBC1D1 (ENSMLUG00000004239) #34 PGM2 (ENSMLUG00000008472) #35 RELL1 (ENSMLUG00000028499) #36 C4orf19 (ENSMLUG00000001135) NWD2 (ENSMLUG00000001118) #37 ENSMLUG00000027308 Microbat MODERN SPECIES 1028 SLC11A2 (ENSMLUG00000013893) ENSMLUG00000008324 ENSMLUG00000024351 ##22 ENSMLUG00000023181 DIP2B (ENSMLUG00000005360) ENSMLUG00000012513 ENSMLUG00000015268 ENSMLUG00000012446 LIMA1 (ENSMLUG00000005140) CERS5 (ENSMLUG00000005134) ENSMLUG00000005129 GPD1 (ENSMLUG00000005119) SMARCD1 (ENSMLUG00000005110) ASIC1 (ENSMLUG00000005096) RACGAP1 (ENSMLUG00000015945) AQP6 (ENSMLUG00000023963) AQP2 (ENSMLUG00000015943) FAIM2 (ENSMLUG00000009870) Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Panthera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Panthera_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 leopard MODERN SPECIES 26 ENSPPRG00000021275 ENSPPRG00000010010 ENSPPRG00000010219 OR13D1 (ENSPPRG00000021335) NIPSNAP3A (ENSPPRG00000010938) NIPSNAP3B (ENSPPRG00000011099) ABCA1 (ENSPPRG00000013497) ENSPPRG00000014150 SLC44A1 (ENSPPRG00000014775) FSD1L (ENSPPRG00000024933) FKTN (ENSPPRG00000024360) TAL2 (ENSPPRG00000021701) TMEM38B (ENSPPRG00000024133) ZNF462 (ENSPPRG00000023097) RAD23B (ENSPPRG00000022932) ENSPPRG00000000456 ##22 KLF4 (ENSPPRG00000000867) ENSPPRG00000003412 ACTL7B (ENSPPRG00000022222) ACTL7A (ENSPPRG00000022234) ELP1 (ENSPPRG00000004707) ABITRAM (ENSPPRG00000004835) CTNNAL1 (ENSPPRG00000007177) TMEM245 (ENSPPRG00000009302) FRRS1L (ENSPPRG00000009720) EPB41L4B (ENSPPRG00000011114) PTPN3 (ENSPPRG00000015022) ENSPPRG00000020430 PALM2AKAP2 (ENSPPRG00000021516) C9orf152 (ENSPPRG00000021823) ENSPPRG00000023724 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 American mink MODERN SPECIES 57 MIER1 (ENSNVIG00000010880) DNAI4 (ENSNVIG00000010851) DYNLT5 (ENSNVIG00000010848) SGIP1 (ENSNVIG00000010770) PDE4B (ENSNVIG00000010683) LEPR (ENSNVIG00000010636) LEPROT (ENSNVIG00000010602) AUXI (ENSNVIG00000010505) ENSNVIG00000010479 JAK1 (ENSNVIG00000010400) RAVER2 (ENSNVIG00000010354) CACHD1 (ENSNVIG00000010295) ENSNVIG00000010284 UBE2U (ENSNVIG00000010241) ROR1 (ENSNVIG00000010206) ENSNVIG00000010195 ##22 PGM1 (ENSNVIG00000010153) EFCAB7 (ENSNVIG00000010114) ITGB3BP (ENSNVIG00000010096) ALG6 (ENSNVIG00000010061) ENSNVIG00000010049 ATG4C (ENSNVIG00000010028) ANGPTL3 (ENSNVIG00000010008) DOCK7 (ENSNVIG00000009659) USP1 (ENSNVIG00000009582) KANK4 (ENSNVIG00000009550) L1TD1 (ENSNVIG00000009541) PATJ (ENSNVIG00000009197) TM2D1 (ENSNVIG00000009157) NFIA (ENSNVIG00000009117) Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Ursus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 American black bear MODERN SPECIES 1808 SMIM14 (ENSUAMG00000000129) #19 UGDH (ENSUAMG00000000121) #20 LIAS (ENSUAMG00000000104) #21 ENSUAMG00000000080 ##22 KLB (ENSUAMG00000023861) #23 ENSUAMG00000023841 #24 ENSUAMG00000023828 #25 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 Tenrec MODERN SPECIES 10429 ENSETEG00000019049 ##22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES 451 ENSGT00940000155155 #17 ENSGT00670000098059 #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.c.b.a ##22 ENSGT00940000157489 #23 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 Armadillo DUPLICATION Armadillo MODERN SPECIES 3400 ARPC3 (ENSDNOG00000045767) ANAPC7 (ENSDNOG00000004986) ATP2A2 (ENSDNOG00000013601) ENSDNOG00000040393 IFT81 (ENSDNOG00000047364) P2RX7 (ENSDNOG00000014586) P2RX4 (ENSDNOG00000011612) CAMKK2 (ENSDNOG00000047080) ANAPC5 (ENSDNOG00000018634) PDS5A (ENSDNOG00000019832) #17 UBE2K (ENSDNOG00000019830) #18 ENSDNOG00000044112 SMIM14 (ENSDNOG00000033192) #19 UGDH (ENSDNOG00000018242) #20 LIAS (ENSDNOG00000007417) #21 ENSDNOG00000007411 ##22 KLB (ENSDNOG00000007404) #23 RFC1 (ENSDNOG00000004694) #24 ENSDNOG00000004680 #25 ENSDNOG00000034057 #25 ENSDNOG00000041534 #26 ENSDNOG00000048897 ENSDNOG00000044836 ENSDNOG00000044220 ENSDNOG00000008011 ENSDNOG00000002677 ENSDNOG00000049636 ENSDNOG00000040622 ENSDNOG00000042090 ENSDNOG00000033868 ENSDNOG00000032137 Armadillo MODERN SPECIES 1449 ENSDNOG00000042784 ID2 (ENSDNOG00000035918) KIDINS220 (ENSDNOG00000002905) MBOAT2 (ENSDNOG00000041557) ENSDNOG00000041786 ##22 ASAP2 (ENSDNOG00000008886) ITGB1BP1 (ENSDNOG00000008930) CPSF3 (ENSDNOG00000008940) IAH1 (ENSDNOG00000009272) ADAM17 (ENSDNOG00000009284) ENSDNOG00000033666 TAF1B (ENSDNOG00000018268) GRHL1 (ENSDNOG00000014493) KLF11 (ENSDNOG00000035689) ENSDNOG00000047738 ENSDNOG00000012581 ##22 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b ##22 Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b ##22 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b ##22 Episquamata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b ##22 Toxicofera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b ##22 Lizard MODERN SPECIES 3 HMGA1 (ENSACAG00000015910) GRM4 (ENSACAG00000015953) ENSACAG00000042036 ENSACAG00000016044 ENSACAG00000036298 ENSACAG00000039763 ENSACAG00000045221 rh2 (ENSACAG00000016065) ENSACAG00000039336 MLN (ENSACAG00000022014) ENSACAG00000016140 IP6K3 (ENSACAG00000016147) UQCC2 (ENSACAG00000038971) ITPR3 (ENSACAG00000016163) ENSACAG00000045112 ENSACAG00000036976 ##22 BAK1 (ENSACAG00000016485) ENSACAG00000039795 TSPO2 (ENSACAG00000042000) APOBEC2 (ENSACAG00000016506) OARD1 (ENSACAG00000016516) NFYA (ENSACAG00000016527) ETV7 (ENSACAG00000016570) KCTD20 (ENSACAG00000016583) STK38 (ENSACAG00000016606) ENSACAG00000016635 SRSF3 (ENSACAG00000016637) ENSACAG00000036047 ENSACAG00000016684 ENSACAG00000016694 ENSACAG00000029507 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b ##22 Eutheria DUPLICATION Eutheria DUPLICATION Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Canidae ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00940000157094 ENSGT00950000183212.A ENSGT00940000153773.a.b ENSGT01090000260040.a.a.a.d ENSGT01090000260040.a.a.b ENSGT00390000003465.b.b ENSGT00940000155788.f ENSGT00940000158862 ENSGT00390000013305.a.b ENSGT00940000156357 ENSGT00440000038909 ENSGT00940000159405 ENSGT00950000182995.e.b ENSGT00390000004263.a ENSGT00390000013853 ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 ENSGT00940000158485 ENSGT00390000018094 ENSGT00920000149145 ENSGT00390000005711 ENSGT00940000155236 ENSGT00940000153269.b.b ENSGT01030000234527.A.a.a.a ENSGT00940000158307 ENSGT00530000063823.b.b ENSGT00940000155187.B ENSGT00390000015984 ENSGT00940000158117 ENSGT00940000159194 ENSGT00390000002661.b ENSGT00390000011922.f Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000157094 ENSGT00950000183212.A ENSGT00940000153773.a.b ENSGT01090000260040.a.a.a.d ENSGT00390000003465.b.b ENSGT00940000155788.f ENSGT00940000158862 ENSGT00390000013305.a.b ENSGT00940000156357 ENSGT00440000038909 ENSGT00940000159405 ENSGT00950000182995.e.b ENSGT00390000004263.a ENSGT00940000154720.d ENSGT00390000013853 ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 ENSGT00940000158485 ENSGT00390000018094 ENSGT00920000149145 ENSGT00390000005711 ENSGT00940000155236 ENSGT00940000153269.b.b ENSGT01030000234527.A.a.a.a ENSGT00940000158307 ENSGT00530000063823.b.b ENSGT00940000155187.B ENSGT00390000015984 ENSGT00940000158117 ENSGT00940000159194 ENSGT00390000002661.b ENSGT00390000011922.f Dingo MODERN SPECIES 88 GRHL2 (ENSCAFG00020000549) NCALD (ENSCAFG00020000694) RRM2B (ENSCAFG00020000711) ENSCAFG00020000716 UBR5 (ENSCAFG00020000901) ENSCAFG00020002920 ENSCAFG00020002921 ODF1 (ENSCAFG00020002923) KLF10 (ENSCAFG00020002925) AZIN1 (ENSCAFG00020002928) ENSCAFG00020002930 ATP6V1C1 (ENSCAFG00020002943) ENSCAFG00020002949 ENSCAFG00020002956 ENSCAFG00020002957 ENSCAFG00020002963 ##22 FZD6 (ENSCAFG00020002971) CTHRC1 (ENSCAFG00020002983) SLC25A32 (ENSCAFG00020003015) DCAF13 (ENSCAFG00020003044) ENSCAFG00020003051 RIMS2 (ENSCAFG00020003071) DCSTAMP (ENSCAFG00020003225) DPYS (ENSCAFG00020003238) LRP12 (ENSCAFG00020003246) ZFPM2 (ENSCAFG00020003252) OXR1 (ENSCAFG00020003286) ABRA (ENSCAFG00020003289) ANGPT1 (ENSCAFG00020003297) RSPO2 (ENSCAFG00020003341) EIF3E (ENSCAFG00020003350) Dog MODERN SPECIES 4 ZNF706 (ENSCAFG00845029017) GRHL2 (ENSCAFG00845007182) NCALD (ENSCAFG00845007325) RRM2B (ENSCAFG00845007500) UBR5 (ENSCAFG00845007659) ENSCAFG00845007937 ENSCAFG00845007963 ODF1 (ENSCAFG00845007988) KLF10 (ENSCAFG00845008004) AZIN1 (ENSCAFG00845008052) ENSCAFG00845008121 ENSCAFG00845008149 ATP6V1C1 (ENSCAFG00845008268) BAALC (ENSCAFG00845008431) ENSCAFG00845008474 ENSCAFG00845008487 ##22 FZD6 (ENSCAFG00845008513) CTHRC1 (ENSCAFG00845008553) SLC25A32 (ENSCAFG00845008584) DCAF13 (ENSCAFG00845008632) ENSCAFG00845008711 RIMS2 (ENSCAFG00845008955) DCSTAMP (ENSCAFG00845010012) DPYS (ENSCAFG00845010050) LRP12 (ENSCAFG00845010152) ZFPM2 (ENSCAFG00845010270) ENSCAFG00845010384 OXR1 (ENSCAFG00845010507) ABRA (ENSCAFG00845010850) SF3A3 (ENSCAFG00845010874) ANGPT1 (ENSCAFG00845010910) Red fox MODERN SPECIES 17 PABPC1 (ENSVVUG00000013156) YWHAZ (ENSVVUG00000013173) ZNF706 (ENSVVUG00000013199) GRHL2 (ENSVVUG00000013233) NCALD (ENSVVUG00000013269) ENSVVUG00000013282 RRM2B (ENSVVUG00000013296) UBR5 (ENSVVUG00000013461) ENSVVUG00000016748 ODF1 (ENSVVUG00000016754) KLF10 (ENSVVUG00000016762) AZIN1 (ENSVVUG00000016768) ATP6V1C1 (ENSVVUG00000016786) ENSVVUG00000016811 ENSVVUG00000016817 ENSVVUG00000016821 ##22 FZD6 (ENSVVUG00000016827) CTHRC1 (ENSVVUG00000016836) SLC25A32 (ENSVVUG00000016846) DCAF13 (ENSVVUG00000016884) RIMS2 (ENSVVUG00000016949) DCSTAMP (ENSVVUG00000017026) DPYS (ENSVVUG00000017033) LRP12 (ENSVVUG00000017042) ZFPM2 (ENSVVUG00000017054) OXR1 (ENSVVUG00000017071) ABRA (ENSVVUG00000017135) ENSVVUG00000017152 ANGPT1 (ENSVVUG00000017163) RSPO2 (ENSVVUG00000017170) EIF3E (ENSVVUG00000017177) Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Panthera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Panthera_a ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00910000146935 ENSGT00390000017040 ENSGT00940000173065 ENSGT01000000220593.a ENSGT00940000154477 ENSGT00940000156324 ENSGT00940000161940 ENSGT00870000136493.c ENSGT00940000162802 ENSGT00890000139503 ENSGT00940000157806 ENSGT00490000044737 ENSGT00390000007999 ENSGT00390000013159.hb.b ENSGT00940000157962 ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 ENSGT00940000154829 ENSGT00950000182952.A.b ENSGT00390000002429 ENSGT00390000001844.a.a ENSGT00940000159353 ENSGT00940000157860 ENSGT00940000163657.c ENSGT00960000191638 ENSGT00940000156271 ENSGT00940000160634 ENSGT00390000008902 ENSGT00940000155799 ENSGT00530000063252.a.b ENSGT00500000044986 ENSGT00940000156815 lion MODERN SPECIES 9 ENSPLOG00000013875 GBE1 (ENSPLOG00000013937) ENSPLOG00000014098 ENSPLOG00000014139 ROBO1 (ENSPLOG00000014250) ENSPLOG00000015735 ROBO2 (ENSPLOG00000015871) LIPI (ENSPLOG00000016339) RBM11 (ENSPLOG00000016533) ENSPLOG00000016629 HSPA13 (ENSPLOG00000017058) SAMSN1 (ENSPLOG00000017122) NRIP1 (ENSPLOG00000017283) ENSPLOG00000017308 USP25 (ENSPLOG00000017361) ENSPLOG00000017544 ##22 CXADR (ENSPLOG00000017647) BTG3 (ENSPLOG00000017817) C21orf91 (ENSPLOG00000017842) CHODL (ENSPLOG00000017891) TMPRSS15 (ENSPLOG00000017991) NCAM2 (ENSPLOG00000018188) ENSPLOG00000018410 SNU13 (ENSPLOG00000018433) ENSPLOG00000018484 MRPL39 (ENSPLOG00000018517) JAM2 (ENSPLOG00000018597) ENSPLOG00000018828 GABPA (ENSPLOG00000018877) APP (ENSPLOG00000018974) CYYR1 (ENSPLOG00000019483) leopard MODERN SPECIES 51 ROBO1 (ENSPPRG00000008974) ROBO2 (ENSPPRG00000006217) ENSPPRG00000004857 LIPI (ENSPPRG00000004133) RBM11 (ENSPPRG00000002935) ENSPPRG00000002660 HSPA13 (ENSPPRG00000001781) SAMSN1 (ENSPPRG00000001620) ENSPPRG00000001099 NRIP1 (ENSPPRG00000018342) ENSPPRG00000000819 ENSPPRG00000018283 USP25 (ENSPPRG00000021759) ENSPPRG00000018207 ##22 ENSPPRG00000014457 ENSPPRG00000014312 ENSPPRG00000011612 CXADR (ENSPPRG00000011475) BTG3 (ENSPPRG00000010169) C21orf91 (ENSPPRG00000010079) CHODL (ENSPPRG00000008859) TMPRSS15 (ENSPPRG00000007899) NCAM2 (ENSPPRG00000007498) ENSPPRG00000006690 ENSPPRG00000017964 MRPL39 (ENSPPRG00000006555) JAM2 (ENSPPRG00000006303) ENSPPRG00000005283 GABPA (ENSPPRG00000004330) Cat MODERN SPECIES 240 GBE1 (ENSFCAG00000026461) ENSFCAG00000046219 ENSFCAG00000049370 ROBO1 (ENSFCAG00000014501) ROBO2 (ENSFCAG00000027646) LIPI (ENSFCAG00000028858) RBM11 (ENSFCAG00000018199) ABCC13 (ENSFCAG00000029915) HSPA13 (ENSFCAG00000032014) SAMSN1 (ENSFCAG00000013946) ENSFCAG00000052783 NRIP1 (ENSFCAG00000008046) ENSFCAG00000050141 ENSFCAG00000024814 USP25 (ENSFCAG00000000211) ENSFCAG00000036586 ##22 CXADR (ENSFCAG00000002911) BTG3 (ENSFCAG00000029738) CC2H21orf91 (ENSFCAG00000042452) CHODL (ENSFCAG00000011686) TMPRSS15 (ENSFCAG00000028834) ENSFCAG00000049968 NCAM2 (ENSFCAG00000029827) ENSFCAG00000053291 ENSFCAG00000051038 MRPL39 (ENSFCAG00000022879) JAM2 (ENSFCAG00000031486) ATP5PF (ENSFCAG00000029970) GABPA (ENSFCAG00000027000) APP (ENSFCAG00000001556) CYYR1 (ENSFCAG00000011117) Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Microbat DUPLICATION Microbat MODERN SPECIES 939 ENSMLUG00000025783 TMEM255A (ENSMLUG00000016410) ATP1B4 (ENSMLUG00000012306) LAMP2 (ENSMLUG00000012320) CUL4B (ENSMLUG00000013231) MCTS1 (ENSMLUG00000015101) C1GALT1C1 (ENSMLUG00000012757) GRIA3 (ENSMLUG00000007407) ENSMLUG00000013656 ENSMLUG00000027315 XIAP (ENSMLUG00000001731) STAG2 (ENSMLUG00000009349) SH2D1A (ENSMLUG00000014879) ENSMLUG00000024778 TENM1 (ENSMLUG00000014882) ENSMLUG00000025681 ##22 ENSMLUG00000030179 ENSMLUG00000028867 ENSMLUG00000025675 DCAF12L2 (ENSMLUG00000015935) ENSMLUG00000029909 ENSMLUG00000025391 ENSMLUG00000016470 SMARCA1 (ENSMLUG00000029614) OCRL (ENSMLUG00000015997) APLN (ENSMLUG00000023749) XPNPEP2 (ENSMLUG00000001962) SASH3 (ENSMLUG00000001974) ZDHHC9 (ENSMLUG00000001980) ENSMLUG00000001984 ENSMLUG00000028941 Microbat MODERN SPECIES 1290 ENSMLUG00000024315 ENSMLUG00000000464 OSTC (ENSMLUG00000000478) ETNPPL (ENSMLUG00000003146) ENSMLUG00000003165 SEC24B (ENSMLUG00000010859) ENSMLUG00000029458 ##22 ENSMLUG00000025426 PLA2G12A (ENSMLUG00000000970) CFI (ENSMLUG00000008695) GAR1 (ENSMLUG00000003776) RRH (ENSMLUG00000012160) ENSMLUG00000029919 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Kangaroo rat MODERN SPECIES 514 Cab39l (ENSDORG00000015006) Setdb2 (ENSDORG00000026163) ENSDORG00000005211 Rcbtb1 (ENSDORG00000005212) ENSDORG00000026266 Arl11 (ENSDORG00000023352) Ebpl (ENSDORG00000002353) Kpna3 (ENSDORG00000002355) Trim13 (ENSDORG00000014617) ENSDORG00000024375 ENSDORG00000028406 ##22 Dleu7 (ENSDORG00000028468) Rnaseh2b (ENSDORG00000010708) Gucy1b2 (ENSDORG00000008410) Gm4131 (ENSDORG00000027577) Fam124a (ENSDORG00000000871) Serpine3 (ENSDORG00000006981) Ints6 (ENSDORG00000013705) ENSDORG00000029151 Wdfy2 (ENSDORG00000010977) Ccdc70 (ENSDORG00000024246) Atp7b (ENSDORG00000004173) Alg11 (ENSDORG00000004175) Nek3 (ENSDORG00000002475) Ckap2 (ENSDORG00000002476) Vps36 (ENSDORG00000003532) Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 101 Cers3 (ENSCGRG00001019177) Adamts17 (ENSCGRG00001015416) Lysmd4 (ENSCGRG00001023024) Mef2a (ENSCGRG00001010696) Lrrc28 (ENSCGRG00001005872) Ttc23 (ENSCGRG00001014885) Synm (ENSCGRG00001009711) Igf1r (ENSCGRG00001024468) Pgpep1l (ENSCGRG00001013682) Fam169b (ENSCGRG00001013956) Arrdc4 (ENSCGRG00001021034) ENSCGRG00001022756 Nr2f2 (ENSCGRG00001011537) ENSCGRG00001008245 Mctp2 (ENSCGRG00001021616) ENSCGRG00001006608 ##22 Rgma (ENSCGRG00001019932) Chd2 (ENSCGRG00001006649) Fam174b (ENSCGRG00001018170) St8sia2 (ENSCGRG00001018925) Slco3a1 (ENSCGRG00001017955) Sv2b (ENSCGRG00001019863) ENSCGRG00001024289 ENSCGRG00001000354 ENSCGRG00001008980 Akap13 (ENSCGRG00001014312) Klhl25 (ENSCGRG00001012399) Agbl1 (ENSCGRG00001015401) Ntrk3 (ENSCGRG00001021632) Mrpl46 (ENSCGRG00001001727) Mrps11 (ENSCGRG00001012765) Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1343 ENSNGAG00000002403 ##22 Rdh13 (ENSNGAG00000001835) ENSNGAG00000000920 ENSNGAG00000018836 Ppp1r12c (ENSNGAG00000015614) Tnnt1 (ENSNGAG00000005191) Tnni3 (ENSNGAG00000010137) Dnaaf3 (ENSNGAG00000007936) Syt5 (ENSNGAG00000005623) Ptprh (ENSNGAG00000018436) Tmem86b (ENSNGAG00000006434) ENSNGAG00000000503 Hspbp1 (ENSNGAG00000017292) Brsk1 (ENSNGAG00000011472) ENSNGAG00000008679 Kmt5c (ENSNGAG00000002716) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 149 ENSGT00940000156299.t ENSGT00390000015332 ENSGT00940000155789 ENSGT01030000234598.a.b ENSGT00860000135711 ENSGT00940000153421.a.b ENSGT00950000183039.B.b.a ENSGT00730000111202 ENSGT00940000155531.b ENSGT00910000147422 ENSGT00950000183039.B.a ENSGT00940000156335 ENSGT00390000013727.d ENSGT01000000214413.b.a.a ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 ENSGT00940000156305 ENSGT00390000002837 ENSGT00390000009980.k ENSGT00940000157401 ENSGT00940000155931 ENSGT00390000013701 ENSGT00390000015010 ENSGT00950000183189.a.b.a ENSGT00940000154384.g ENSGT00940000154384.h.b.f ENSGT00940000160614 ENSGT00940000156162.C.k ENSGT00940000154552.b ENSGT00940000156941 ENSGT00950000182899.C.a Squirrel MODERN SPECIES 166 TBL1XR1 (ENSSTOG00000014252) KCNMB2 (ENSSTOG00000002726) ZMAT3 (ENSSTOG00000028436) PIK3CA (ENSSTOG00000012906) KCNMB3 (ENSSTOG00000013715) ZNF639 (ENSSTOG00000001442) MFN1 (ENSSTOG00000005167) GNB4 (ENSSTOG00000005210) ENSSTOG00000033903 ##22 ACTL6A (ENSSTOG00000010540) MRPL47 (ENSSTOG00000032487) NDUFB5 (ENSSTOG00000010557) USP13 (ENSSTOG00000002367) PEX5L (ENSSTOG00000002383) TTC14 (ENSSTOG00000003827) ENSSTOG00000003847 ENSSTOG00000011392 FXR1 (ENSSTOG00000010612) ENSSTOG00000011508 SOX2 (ENSSTOG00000011011) ATP11B (ENSSTOG00000016462) DCUN1D1 (ENSSTOG00000016465) MCCC1 (ENSSTOG00000010361) ENSSTOG00000010372 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 22 SPATA16 (ENSUPAG00010022746) NLGN1 (ENSUPAG00010022744) NAALADL2 (ENSUPAG00010022740) ENSUPAG00010022737 TBL1XR1 (ENSUPAG00010022733) KCNMB2 (ENSUPAG00010022732) ZMAT3 (ENSUPAG00010022730) PIK3CA (ENSUPAG00010022723) ENSUPAG00010022722 KCNMB3 (ENSUPAG00010022719) ENSUPAG00010022718 ZNF639 (ENSUPAG00010022715) MFN1 (ENSUPAG00010022711) GNB4 (ENSUPAG00010022702) ENSUPAG00010022699 ##22 ACTL6A (ENSUPAG00010022696) MRPL47 (ENSUPAG00010022693) NDUFB5 (ENSUPAG00010022690) USP13 (ENSUPAG00010022684) PEX5L (ENSUPAG00010022611) TTC14 (ENSUPAG00010022594) CCDC39 (ENSUPAG00010022590) ENSUPAG00010022589 FXR1 (ENSUPAG00010022534) ENSUPAG00010022530 ATP11B (ENSUPAG00010022507) DCUN1D1 (ENSUPAG00010022504) MCCC1 (ENSUPAG00010022499) ENSUPAG00010022496 ENSUPAG00010022491 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Guinea pig MODERN SPECIES 23 DNAAF2 (ENSCPOG00000009147) POLE2 (ENSCPOG00000004304) KLHDC1 (ENSCPOG00000038390) KLHDC2 (ENSCPOG00000011835) NEMF (ENSCPOG00000011839) ARF6 (ENSCPOG00000008137) VCPKMT (ENSCPOG00000011127) SOS2 (ENSCPOG00000010690) L2HGDH (ENSCPOG00000010700) DMAC2L (ENSCPOG00000014471) CDKL1 (ENSCPOG00000034915) MAP4K5 (ENSCPOG00000014479) ATL1 (ENSCPOG00000040134) SAV1 (ENSCPOG00000031808) NIN (ENSCPOG00000006119) ENSCPOG00000008548 ##22 ABHD12B (ENSCPOG00000014872) PYGL (ENSCPOG00000006129) TRIM9 (ENSCPOG00000010456) TMX1 (ENSCPOG00000031959) FRMD6 (ENSCPOG00000003119) GNG2 (ENSCPOG00000039841) RTRAF (ENSCPOG00000040014) NID2 (ENSCPOG00000001320) PTGDR (ENSCPOG00000006861) PTGER2 (ENSCPOG00000031528) TXNDC16 (ENSCPOG00000012597) GPR137C (ENSCPOG00000007435) ERO1A (ENSCPOG00000007439) PSMC6 (ENSCPOG00000009477) STYX (ENSCPOG00000035253) Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 225 KBTBD7 (ENSCLAG00000017423) MTRF1 (ENSCLAG00000000582) NAA16 (ENSCLAG00000000566) RGCC (ENSCLAG00000000799) VWA8 (ENSCLAG00000001287) DGKH (ENSCLAG00000000480) AKAP11 (ENSCLAG00000000420) LRRC63 (ENSCLAG00000000306) LCP1 (ENSCLAG00000000191) ENSCLAG00000000122 ENSCLAG00000000776 ##22 CPB2 (ENSCLAG00000000655) ZC3H13 (ENSCLAG00000000610) SIAH3 (ENSCLAG00000000493) CBY2 (ENSCLAG00000000430) COG3 (ENSCLAG00000000745) SLC25A30 (ENSCLAG00000000339) KCTD4 (ENSCLAG00000000309) ENSCLAG00000000205 ENSCLAG00000000164 NUFIP1 (ENSCLAG00000000114) TSC22D1 (ENSCLAG00000001734) ENSCLAG00000001695 LACC1 (ENSCLAG00000001645) CCDC122 (ENSCLAG00000001565) ENOX1 (ENSCLAG00000000372) Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Capuchin MODERN SPECIES 23 GKN2 (ENSCCAG00000038016) GKN1 (ENSCCAG00000038006) ANTXR1 (ENSCCAG00000027435) GFPT1 (ENSCCAG00000031415) NFU1 (ENSCCAG00000029621) AAK1 (ENSCCAG00000026020) ENSCCAG00000023988 ANXA4 (ENSCCAG00000023850) ENSCCAG00000034784 ENSCCAG00000029814 ENSCCAG00000001429 MXD1 (ENSCCAG00000034160) ENSCCAG00000019842 ENSCCAG00000019502 C2orf42 (ENSCCAG00000025919) ENSCCAG00000019338 ##22 TIA1 (ENSCCAG00000036430) PCYOX1 (ENSCCAG00000030165) ENSCCAG00000030474 FAM136A (ENSCCAG00000023520) TGFA (ENSCCAG00000032276) ENSCCAG00000018529 ADD2 (ENSCCAG00000021255) FIGLA (ENSCCAG00000021451) CLEC4F (ENSCCAG00000026145) CD207 (ENSCCAG00000029648) VAX2 (ENSCCAG00000036372) ATP6V1B1 (ENSCCAG00000028478) ANKRD53 (ENSCCAG00000022187) TEX261 (ENSCCAG00000026931) NAGK (ENSCCAG00000033331) Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00390000003652.c ENSGT00390000001094 ENSGT00390000008403.y.a ENSGT00940000154371.b ENSGT00940000153997.b.a.a ENSGT00940000155716 ENSGT00940000158282 ENSGT00940000156111 ENSGT01060000248581.D.a.b.a.b ENSGT01090000260086.F.a.a.a.a ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.a.a.b.c.a ENSGT00390000017909 ENSGT00940000160176 ENSGT00390000006888 ENSGT00910000146875 ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 ENSGT00390000014056 ENSGT00910000146903 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.b ENSGT00940000153582.b.a.b ENSGT00940000163811 ENSGT00940000163366 ENSGT00940000162638.B ENSGT00940000157838 ENSGT00940000153062.A.a.a.b ENSGT00940000160822 ENSGT01050000244968.d ENSGT00940000158499 ENSGT00940000153195.B.k.a.a.a ENSGT00950000182984.b.a.a.f ENSGT00940000161962 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00390000002871 ENSGT00950000183125.b.a.b ENSGT00390000003652.c ENSGT00390000001094 ENSGT00390000008403.y.a.a ENSGT00940000154371.b ENSGT00940000155716.e ENSGT00940000158282 ENSGT00940000156111 ENSGT01060000248581.D.a.b.a.b ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.a.a.b.c.a ENSGT00390000017909 ENSGT00940000160176 ENSGT00910000146875 ENSGT00390000006888 ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 ENSGT00390000014056 ENSGT00910000146903 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.b ENSGT00940000153582.b.a.b ENSGT00940000163811 ENSGT00940000163366 ENSGT00940000162638.B ENSGT00940000157838 ENSGT00940000153062.A.a.a.b ENSGT00940000160822 ENSGT01050000244968.d ENSGT00940000158499 ENSGT00940000153195.B.k.a.a.a ENSGT00950000182984.b.a.a.f ENSGT00940000161962 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00390000008403.y.a.a ENSGT00940000154371.b ENSGT00890000139463.a ENSGT00940000157727 ENSGT00940000153997.b.a.a ENSGT00940000153352.A.ab ENSGT00940000155716.e ENSGT00940000158282 ENSGT00940000156111 ENSGT01060000248581.D.a.b.a.b ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.a.a.b.c.a ENSGT00390000017909 ENSGT00940000160176 ENSGT00910000146875 ENSGT00390000006888 ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 ENSGT00390000014056 ENSGT00910000146903 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.b ENSGT00940000153582.b.a.b ENSGT00940000163811 ENSGT00940000163366 ENSGT00940000162638.B ENSGT00940000157838 ENSGT00940000153062.A.a.a.b ENSGT00940000160822 ENSGT01050000244968.d ENSGT00940000158499 ENSGT00940000153195.B.k.a.a.a ENSGT00940000161962 ENSGT00940000153505.a.b.a.a Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00390000003652.c ENSGT00390000001094 ENSGT00390000008403.y.a.a ENSGT00940000154371.b ENSGT00940000157727.q ENSGT00940000169792 ENSGT00940000155716.e ENSGT00940000158282 ENSGT00940000156111 ENSGT00940000153195.B.k.a.a.a ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.a.a.b.c.a ENSGT00390000017909 ENSGT00940000160176 ENSGT00910000146875 ENSGT00390000006888 ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 ENSGT00390000014056 ENSGT00910000146903 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.b ENSGT00940000153582.b.a.b ENSGT00940000163811 ENSGT00940000163366 ENSGT00940000162638.B ENSGT00940000157838 ENSGT00940000153062.A.a.a.b ENSGT00940000160822 ENSGT01050000244968.d ENSGT00940000158499 ENSGT00940000153195.B.l.j ENSGT00940000165451 ENSGT00940000164163.f Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 63 ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.a.a.b.c.a ENSGT00390000017909 ENSGT00940000160176 ENSGT00910000146875 ENSGT00390000006888 ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 ENSGT00390000014056 ENSGT00910000146903 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.b ENSGT00940000153582.b.a.b ENSGT00940000163811 ENSGT00390000017955.c.t ENSGT00940000163366 ENSGT00940000162638.B ENSGT00940000157838 ENSGT00940000153062.A.a.a.b ENSGT00940000160822 ENSGT01050000244968.d ENSGT00940000158499 ENSGT00940000153195.B.l.j ENSGT00940000165451 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 180 ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.a.a.b.c.a ENSGT00940000160176 ENSGT00910000146875 ENSGT00390000006888 ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 ENSGT00390000014056 ENSGT00910000146903 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.b ENSGT00940000153582.b.a.b ENSGT00940000163811 ENSGT00390000017955.c.t ENSGT00940000162638.B ENSGT00940000157838 ENSGT00940000153062.A.a.a.b ENSGT00940000160822 ENSGT01050000244968.d ENSGT00940000158499 ENSGT00940000153195.B.l.j ENSGT00940000165451 Sooty mangabey MODERN SPECIES 349 ZNF22 (ENSCATG00000043280) RASSF4 (ENSCATG00000031770) TMEM72 (ENSCATG00000018512) ENSCATG00000019341 ENSCATG00000031517 ##22 CXCL12 (ENSCATG00000007573) ENSCATG00000035556 ENSCATG00000005303 ZNF32 (ENSCATG00000030995) ZNF485 (ENSCATG00000036522) ZNF487 (ENSCATG00000034028) FXYD4 (ENSCATG00000007641) RASGEF1A (ENSCATG00000034116) CSGALNACT2 (ENSCATG00000017002) RET (ENSCATG00000036362) ENSCATG00000020168 BMS1 (ENSCATG00000030625) ENSCATG00000035304 Drill MODERN SPECIES 742 ENSMLEG00000041947 GRAMD2A (ENSMLEG00000039914) SENP8 (ENSMLEG00000005535) ENSMLEG00000028664 MYO9A (ENSMLEG00000023111) ENSMLEG00000028421 ENSMLEG00000036954 ENSMLEG00000044039 NR2E3 (ENSMLEG00000030308) THSD4 (ENSMLEG00000035642) ENSMLEG00000029118 ZNF22 (ENSMLEG00000027902) RASSF4 (ENSMLEG00000044422) ENSMLEG00000029666 TMEM72 (ENSMLEG00000033773) ENSMLEG00000040897 ##22 ENSMLEG00000030159 ENSMLEG00000038715 ZNF32 (ENSMLEG00000039482) ZNF485 (ENSMLEG00000032792) ENSMLEG00000028833 ZNF487 (ENSMLEG00000043005) HNRNPF (ENSMLEG00000023515) FXYD4 (ENSMLEG00000036422) Macaca ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000008403.y.a.a ENSGT00940000154371.b ENSGT00940000157727.p.a.b ENSGT00940000153997.b.a.a ENSGT00940000153352.A.ab ENSGT00940000155716.e ENSGT00940000158282 ENSGT00940000156111 ENSGT00940000153195.B.k.a.a.a ENSGT00940000165451 ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.a.a.b.c.a ENSGT00390000017909 ENSGT00940000160176 ENSGT00390000006888 ENSGT00910000146875 ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 ENSGT00390000014056 ENSGT00910000146903 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.b ENSGT00940000153582.b.a.b ENSGT00940000163811 ENSGT00940000163366 ENSGT00940000162638.B ENSGT00940000157838 ENSGT00940000153062.A.a.a.b ENSGT00940000160822 ENSGT01050000244968.d ENSGT00940000158499 ENSGT00940000153195.B.l.j ENSGT00940000163068.a.a ENSGT00940000162764.B Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 129 ENSMNEG00000030287 ZNF22 (ENSMNEG00000014574) RASSF4 (ENSMNEG00000032496) TMEM72 (ENSMNEG00000043906) ENSMNEG00000042477 ENSMNEG00000033519 ##22 CXCL12 (ENSMNEG00000029147) ENSMNEG00000030156 ENSMNEG00000036683 ZNF32 (ENSMNEG00000041039) ZNF485 (ENSMNEG00000033503) ZNF239 (ENSMNEG00000041261) ZNF487 (ENSMNEG00000042216) FXYD4 (ENSMNEG00000033148) RASGEF1A (ENSMNEG00000011441) CSGALNACT2 (ENSMNEG00000042002) RET (ENSMNEG00000034473) ENSMNEG00000029352 ENSMNEG00000016426 ALOX5 (ENSMNEG00000040635) MARCHF8 (ENSMNEG00000032715) Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000159802 ENSGT00390000014726 ENSGT00890000139463.a ENSGT00940000157727 ENSGT00940000161044 ENSGT00940000161927 ENSGT00940000155716 ENSGT00940000158282 ENSGT00940000156111 ENSGT01060000248581.D.a.b.a.b ENSGT01090000260086.F.a.a.a.a ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.a.a.b.c.a ENSGT00940000160176 ENSGT00390000017909 ENSGT00390000006888 ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 ENSGT00390000014056 ENSGT00910000146903 ENSGT00940000153147.m.a.a.a.b.b ENSGT00940000153582.b.a.b ENSGT00940000163811 ENSGT00390000017955.c.t ENSGT00940000163366 ENSGT00940000162638.B ENSGT00940000157838 ENSGT00940000153062.A.a.a.b ENSGT00940000160822 ENSGT01050000244968.d ENSGT00940000158499 ENSGT00940000153195.B.l ENSGT00940000165451 Gibbon MODERN SPECIES 8 ENSNLEG00000016088 ENSNLEG00000016058 ENSNLEG00000034853 ENSNLEG00000016053 ZFAND4 (ENSNLEG00000016016) MARCHF8 (ENSNLEG00000015999) ALOX5 (ENSNLEG00000015960) ENSNLEG00000026876 ENSNLEG00000036104 ENSNLEG00000019103 ZNF22 (ENSNLEG00000031260) ENSNLEG00000033659 RASSF4 (ENSNLEG00000015929) ENSNLEG00000032751 TMEM72 (ENSNLEG00000032425) ENSNLEG00000030653 ##22 ENSNLEG00000033185 ENSNLEG00000033245 ENSNLEG00000015913 ZNF32 (ENSNLEG00000035247) ZNF485 (ENSNLEG00000015899) ENSNLEG00000034314 ZNF239 (ENSNLEG00000015896) ENSNLEG00000029427 HNRNPF (ENSNLEG00000019098) FXYD4 (ENSNLEG00000035436) RASGEF1A (ENSNLEG00000015884) CSGALNACT2 (ENSNLEG00000015866) RET (ENSNLEG00000015820) BMS1 (ENSNLEG00000015791) ENSNLEG00000015790 Hominidae ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000159802 ENSGT00390000014726 ENSGT00890000139463.a ENSGT00940000157727 ENSGT00940000161044 ENSGT00940000161927 ENSGT00940000155716 ENSGT00940000158282 ENSGT00940000156111 ENSGT01060000248581.D.a.b.a.b ENSGT01090000260086.F.a.a.a.a ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.a.a.b.c.a ENSGT00940000160176 ENSGT00390000017909 ENSGT00390000006888 ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 ENSGT00390000014056 ENSGT00910000146903 ENSGT00940000153582.b.a.b ENSGT00940000163811 ENSGT00390000017955.c.t ENSGT00940000163366 ENSGT00940000162638.B ENSGT00940000157838 ENSGT00940000153062.A.a.a.b ENSGT00940000160822 ENSGT01050000244968.d ENSGT00940000158499 ENSGT00940000153195.B.l ENSGT00940000165451 ENSGT00940000162764.B Orangutan MODERN SPECIES 1 GLUD1 (ENSPPYG00000002827) ENSPPYG00000002826 ENSPPYG00000029619 ENSPPYG00000002264 WASHC2 (ENSPPYG00000002232) ENSPPYG00000031917 ZFAND4 (ENSPPYG00000002231) MARCHF8 (ENSPPYG00000032862) ALOX5 (ENSPPYG00000002228) ENSPPYG00000041114 ENSPPYG00000033945 ZNF22 (ENSPPYG00000002226) DEPP1 (ENSPPYG00000002224) RASSF4 (ENSPPYG00000002223) TMEM72 (ENSPPYG00000033133) ENSPPYG00000040056 ##22 CXCL12 (ENSPPYG00000002220) DKFZP470J0814 (ENSPPYG00000002219) ZNF32 (ENSPPYG00000002216) ZNF485 (ENSPPYG00000002215) ZNF239 (ENSPPYG00000002214) ZNF487 (ENSPPYG00000002213) HNRNPF (ENSPPYG00000002212) ENSPPYG00000002211 RASGEF1A (ENSPPYG00000002210) CSGALNACT2 (ENSPPYG00000002209) RET (ENSPPYG00000002208) BMS1 (ENSPPYG00000002836) ENSPPYG00000031217 ENSPPYG00000012738 ENSPPYG00000036047 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00940000153692.B ENSGT00940000161964 ENSGT00940000160066 ENSGT00940000157214 ENSGT00940000159802 ENSGT00390000014726 ENSGT00890000139463.a ENSGT00940000155716 ENSGT00940000158282 ENSGT00940000156111 ENSGT01060000248581.D.a.b.a.b ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.a.a.b.c.a ENSGT00940000160176 ENSGT00390000017909 ENSGT00390000006888 ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 ENSGT00390000014056 ENSGT00910000146903 ENSGT00940000153582.b.a.b ENSGT00940000163811 ENSGT00390000017955.c.t ENSGT00940000163366 ENSGT00940000162638.B ENSGT00940000157838 ENSGT00940000153062.A.a.a.b ENSGT00940000160822 ENSGT01050000244968.d ENSGT00940000158499 ENSGT00940000153195.B.l ENSGT00940000165451 ENSGT00940000162173.e.a Gorilla MODERN SPECIES 19 SMAP1 (ENSGGOG00000011243) ENSGGOG00000040766 SDHAF4 (ENSGGOG00000037113) FAM135A (ENSGGOG00000004791) COL9A1 (ENSGGOG00000010221) ENSGGOG00000005906 ENSGGOG00000021992 LMBRD1 (ENSGGOG00000014341) ADGRB3 (ENSGGOG00000015587) ENSGGOG00000038010 ENSGGOG00000026362 ENSGGOG00000042367 ENSGGOG00000027663 EYS (ENSGGOG00000034946) PHF3 (ENSGGOG00000007906) ENSGGOG00000024946 ##22 PTP4A1 (ENSGGOG00000043919) LGSN (ENSGGOG00000003942) KHDRBS2 (ENSGGOG00000025068) ENSGGOG00000039155 PRIM2 (ENSGGOG00000007076) ENSGGOG00000002933 BAG2 (ENSGGOG00000024321) ZNF451 (ENSGGOG00000036272) KIAA1586 (ENSGGOG00000010863) ENSGGOG00000036795 BEND6 (ENSGGOG00000000788) ENSGGOG00000038350 DST (ENSGGOG00000022359) ENSGGOG00000034842 ENSGGOG00000002061 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00940000161964 ENSGT00940000160066 ENSGT00940000157214 ENSGT00940000159802 ENSGT00390000014726 ENSGT00890000139463.a ENSGT00940000153997.b.a.a.e ENSGT00940000155716 ENSGT00940000158282 ENSGT00940000156111 ENSGT01060000248581.D.a.b.a.b ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.a.a.b.c.a ENSGT00940000160176 ENSGT00390000017909 ENSGT00390000006888 ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 ENSGT00390000014056 ENSGT00940000153582.b.a.b ENSGT00940000163811 ENSGT00390000017955.c.t ENSGT00940000163366 ENSGT00940000162638.B ENSGT00940000157838 ENSGT00940000153062.A.a.a.b ENSGT00940000160822 ENSGT01050000244968.d ENSGT00940000158499 ENSGT00940000153195.B.l ENSGT00940000165451 ENSGT00940000162173.e.a ENSGT00390000000411.y.b.b Pan ANCESTRAL SPECIES 38 ENSGT00390000014726 ENSGT00890000139463.a ENSGT00940000161044.e.a ENSGT00940000155716 ENSGT00940000158282 ENSGT00940000156111 ENSGT01060000248581.D.a.b.a.b ENSGT00940000165686.B ENSGT00940000165451.b ENSGT01100000263491.a.b.a.a.a.a.a.b.c.a ENSGT00910000147906 ENSGT00390000017909 ENSGT00940000160176 ENSGT00910000146875 ENSGT00390000006888 ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 ENSGT00390000014056 ENSGT00860000136085 ENSGT00940000153147.m.a.b.j ENSGT00940000153582.b.a.b ENSGT00940000163811 ENSGT00390000017955.c.t ENSGT00940000163366 ENSGT00940000162638.B ENSGT00940000157838 ENSGT00940000153062.A.a.a.b ENSGT00940000160822 ENSGT01050000244968.d ENSGT00940000158499 ENSGT00940000153195.B.l ENSGT00940000165451.a Chimpanzee MODERN SPECIES 19 ENSPTRG00000039066 B3GAT2 (ENSPTRG00000018334) SMAP1 (ENSPTRG00000018333) ENSPTRG00000050587 SDHAF4 (ENSPTRG00000018331) FAM135A (ENSPTRG00000018330) COL9A1 (ENSPTRG00000018329) COL19A1 (ENSPTRG00000018327) ENSPTRG00000044889 LMBRD1 (ENSPTRG00000018326) ADGRB3 (ENSPTRG00000018325) ENSPTRG00000051292 ENSPTRG00000018324 EYS (ENSPTRG00000051263) PHF3 (ENSPTRG00000018315) ENSPTRG00000046993 ##22 PTP4A1 (ENSPTRG00000043932) LGSN (ENSPTRG00000018312) KHDRBS2 (ENSPTRG00000018311) ENSPTRG00000050769 ENSPTRG00000052541 ENSPTRG00000051660 ENSPTRG00000044256 RAB23 (ENSPTRG00000043341) BAG2 (ENSPTRG00000018307) ZNF451 (ENSPTRG00000018306) KIAA1586 (ENSPTRG00000018305) BEND6 (ENSPTRG00000018304) ENSPTRG00000038645 DST (ENSPTRG00000018303) COL21A1 (ENSPTRG00000018302) Bonobo MODERN SPECIES 1 ENSPPAG00000014526 GPRIN2 (ENSPPAG00000031808) ENSPPAG00000042584 MSMB (ENSPPAG00000030880) NCOA4 (ENSPPAG00000028269) ZFAND4 (ENSPPAG00000043230) MARCHF8 (ENSPPAG00000028418) ALOX5 (ENSPPAG00000040866) ENSPPAG00000030506 ZNF22 (ENSPPAG00000024581) ENSPPAG00000035850 DEPP1 (ENSPPAG00000022877) RASSF4 (ENSPPAG00000029784) ENSPPAG00000011535 TMEM72 (ENSPPAG00000037406) ENSPPAG00000029644 ##22 ENSPPAG00000040825 ENSPPAG00000036942 ENSPPAG00000035899 ZNF32 (ENSPPAG00000034462) ZNF485 (ENSPPAG00000021996) ENSPPAG00000039814 ZNF239 (ENSPPAG00000033281) ZNF487 (ENSPPAG00000032625) FXYD4 (ENSPPAG00000019250) RASGEF1A (ENSPPAG00000000793) CSGALNACT2 (ENSPPAG00000040591) RET (ENSPPAG00000034047) BMS1 (ENSPPAG00000027837) ENSPPAG00000040342 ZNF33B (ENSPPAG00000029847) Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Mouse lemur MODERN SPECIES 29 TMEM52B (ENSMICG00000029594) OLR1 (ENSMICG00000046343) CLEC7A (ENSMICG00000026634) CLEC1A (ENSMICG00000004930) CLEC9A (ENSMICG00000046273) ENSMICG00000034203 CLEC2B (ENSMICG00000030763) KLRF1 (ENSMICG00000004007) CD69 (ENSMICG00000029791) ENSMICG00000046867 ENSMICG00000030677 KLRB1 (ENSMICG00000043292) ENSMICG00000047900 ENSMICG00000027775 ENSMICG00000037058 ENSMICG00000044665 ##22 ENSMICG00000046891 A2M (ENSMICG00000001224) KLRG1 (ENSMICG00000015069) M6PR (ENSMICG00000014416) PHC1 (ENSMICG00000014385) A2ML1 (ENSMICG00000014342) ENSMICG00000032577 MFAP5 (ENSMICG00000010386) AICDA (ENSMICG00000011695) APOBEC1 (ENSMICG00000043645) GDF3 (ENSMICG00000046148) CLEC4C (ENSMICG00000015582) ENSMICG00000036052 NANOGNB (ENSMICG00000041549) ENSMICG00000002228 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Coquerels sifaka DUPLICATION Coquerels sifaka MODERN SPECIES 424 TEP1 (ENSPCOG00000025352) KLHL33 (ENSPCOG00000020872) OSGEP (ENSPCOG00000024223) APEX1 (ENSPCOG00000021564) PIP4P1 (ENSPCOG00000020179) PNP (ENSPCOG00000023019) ANG (ENSPCOG00000013248) METTL17 (ENSPCOG00000024629) SLC39A2 (ENSPCOG00000016084) TPPP2 (ENSPCOG00000018561) NDRG2 (ENSPCOG00000025622) ARHGEF40 (ENSPCOG00000017688) ZNF219 (ENSPCOG00000024510) TMEM253 (ENSPCOG00000017428) OR5AU1 (ENSPCOG00000024167) ENSPCOG00000014804 ##22 ENSPCOG00000022866 RPGRIP1 (ENSPCOG00000024495) SUPT16H (ENSPCOG00000006812) CHD8 (ENSPCOG00000014628) ENSPCOG00000026999 TOX4 (ENSPCOG00000021038) METTL3 (ENSPCOG00000024390) SALL2 (ENSPCOG00000017266) OR10G2 (ENSPCOG00000008398) TRAV2 (ENSPCOG00000013662) TRAV3 (ENSPCOG00000013386) TRAV8-3 (ENSPCOG00000013652) TRAV9-1 (ENSPCOG00000009429) TRAV18 (ENSPCOG00000013294) ENSPCOG00000015924 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 633 ENSPCOG00000027930 ENSPCOG00000028156 ENSPCOG00000023257 EPM2A (ENSPCOG00000014015) FBXO30 (ENSPCOG00000012566) ENSPCOG00000013550 SHPRH (ENSPCOG00000015634) GRM1 (ENSPCOG00000020912) RAB32 (ENSPCOG00000017810) ADGB (ENSPCOG00000018353) ENSPCOG00000020600 ENSPCOG00000019164 SAMD5 (ENSPCOG00000022350) ENSPCOG00000009057 SASH1 (ENSPCOG00000023715) ENSPCOG00000001613 ##22 UST (ENSPCOG00000021446) TAB2 (ENSPCOG00000023142) ZC3H12D (ENSPCOG00000017645) PPIL4 (ENSPCOG00000016997) GINM1 (ENSPCOG00000005553) KATNA1 (ENSPCOG00000020880) ENSPCOG00000026729 LATS1 (ENSPCOG00000018478) NUP43 (ENSPCOG00000027486) PCMT1 (ENSPCOG00000019203) LRP11 (ENSPCOG00000017776) ENSPCOG00000027781 ENSPCOG00000026119 PPP1R14C (ENSPCOG00000015939) IYD (ENSPCOG00000026393) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Armadillo DUPLICATION Armadillo MODERN SPECIES 1320 SLITRK1 (ENSDNOG00000009039) ENSDNOG00000037882 PCSK1 (ENSDNOG00000011985) CAST (ENSDNOG00000012728) ERAP1 (ENSDNOG00000012759) ENSDNOG00000047527 LNPEP (ENSDNOG00000011409) ENSDNOG00000045171 LIX1 (ENSDNOG00000012335) RIOK2 (ENSDNOG00000037305) ENSDNOG00000040309 ##22 Armadillo DUPLICATION Armadillo MODERN SPECIES 3631 ENSDNOG00000042016 GPX2 (ENSDNOG00000039124) RAB15 (ENSDNOG00000006592) FNTB (ENSDNOG00000024256) ENSDNOG00000011133 FUT8 (ENSDNOG00000001298) CCDC196 (ENSDNOG00000003275) ENSDNOG00000043304 ENSDNOG00000017177 GARIN2 (ENSDNOG00000010991) PALS1 (ENSDNOG00000000613) ENSDNOG00000013927 EIF2S1 (ENSDNOG00000024635) PLEK2 (ENSDNOG00000013946) TMEM229B (ENSDNOG00000032813) ENSDNOG00000004245 ##22 PLEKHH1 (ENSDNOG00000004784) PIGH (ENSDNOG00000004804) ENSDNOG00000043235 ARG2 (ENSDNOG00000004808) VTI1B (ENSDNOG00000003643) RDH11 (ENSDNOG00000042867) RDH12 (ENSDNOG00000003650) ENSDNOG00000034723 ENSDNOG00000044979 RAD51B (ENSDNOG00000049492) ZFP36L1 (ENSDNOG00000005159) ENSDNOG00000048622 ACTN1 (ENSDNOG00000045722) ENSDNOG00000042062 DCAF5 (ENSDNOG00000018872) Armadillo MODERN SPECIES 1340 NDUFS4 (ENSDNOG00000037252) FST (ENSDNOG00000016077) ENSDNOG00000048632 ENSDNOG00000009780 ENSDNOG00000008032 PELO (ENSDNOG00000036721) ISL1 (ENSDNOG00000019122) ENSDNOG00000035065 ##22 PARP8 (ENSDNOG00000032321) ENSDNOG00000032881 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.a ##22 Elephant DUPLICATION Elephant MODERN SPECIES 209 OTOG (ENSLAFG00000004882) USH1C (ENSLAFG00000022470) ABCC8 (ENSLAFG00000007014) KCNJ11 (ENSLAFG00000031878) NUCB2 (ENSLAFG00000007349) PIK3C2A (ENSLAFG00000003710) RPS13 (ENSLAFG00000026881) PLEKHA7 (ENSLAFG00000007609) C11orf58 (ENSLAFG00000007606) SOX6 (ENSLAFG00000002917) INSC (ENSLAFG00000005686) ENSLAFG00000015843 ENSLAFG00000003276 CYP2R1 (ENSLAFG00000005356) PDE3B (ENSLAFG00000008453) ENSLAFG00000027121 ##22 PSMA1 (ENSLAFG00000006165) #31 COPB1 (ENSLAFG00000006159) RRAS2 (ENSLAFG00000002561) SPON1 (ENSLAFG00000002558) FAR1 (ENSLAFG00000000971) PTH (ENSLAFG00000028790) BTBD10 (ENSLAFG00000017180) BMAL1 (ENSLAFG00000026673) RASSF10 (ENSLAFG00000007284) TEAD1 (ENSLAFG00000016484) PARVA (ENSLAFG00000011464) ENSLAFG00000026524 MICAL2 (ENSLAFG00000003577) DKK3 (ENSLAFG00000004463) USP47 (ENSLAFG00000004453) Elephant MODERN SPECIES 285 PCSK6 (ENSLAFG00000012645) SNRPA1 (ENSLAFG00000012638) SELENOS (ENSLAFG00000004170) CHSY1 (ENSLAFG00000004168) ENSLAFG00000030675 ##22 LRRK1 (ENSLAFG00000008742) ALDH1A3 (ENSLAFG00000010792) ASB7 (ENSLAFG00000010803) LINS1 (ENSLAFG00000006970) CERS3 (ENSLAFG00000006966) ADAMTS17 (ENSLAFG00000015058) LYSMD4 (ENSLAFG00000032601) MEF2A (ENSLAFG00000004656) LRRC28 (ENSLAFG00000009935) TTC23 (ENSLAFG00000009934) ENSLAFG00000009928 IGF1R (ENSLAFG00000011658) ENSLAFG00000011319 ENSLAFG00000032652 ARRDC4 (ENSLAFG00000014595) Tenrec DUPLICATION Tenrec DUPLICATION Tenrec MODERN SPECIES 18221 ENSETEG00000006472 ##22 Tenrec MODERN SPECIES 18623 ENSETEG00000006148 ##22 Tenrec MODERN SPECIES 12346 ENSETEG00000012144 ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Microbat MODERN SPECIES 996 ENSMLUG00000017604 ENSMLUG00000017174 ENSMLUG00000004469 DPPA5 (ENSMLUG00000004463) KCNQ5 (ENSMLUG00000016115) RIMS1 (ENSMLUG00000028614) OGFRL1 (ENSMLUG00000007329) ENSMLUG00000024923 B3GAT2 (ENSMLUG00000003429) SMAP1 (ENSMLUG00000003422) FAM135A (ENSMLUG00000011290) COL9A1 (ENSMLUG00000011234) COL19A1 (ENSMLUG00000011139) LMBRD1 (ENSMLUG00000001908) ADGRB3 (ENSMLUG00000001889) ENSMLUG00000026775 ##22 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 24 CCDC175 (ENSRFEG00010003982) RTN1 (ENSRFEG00010003928) LRRC9 (ENSRFEG00010003818) PCNX4 (ENSRFEG00010003778) DHRS7 (ENSRFEG00010003763) PPM1A (ENSRFEG00010003733) SIX6 (ENSRFEG00010003701) ENSRFEG00010003694 SIX1 (ENSRFEG00010003685) SIX4 (ENSRFEG00010003668) ENSRFEG00010003656 MNAT1 (ENSRFEG00010003633) TRMT5 (ENSRFEG00010003583) SLC38A6 (ENSRFEG00010003528) TMEM30B (ENSRFEG00010003512) ENSRFEG00010003497 ##22 PRKCH (ENSRFEG00010003473) HIF1A (ENSRFEG00010003388) SNAPC1 (ENSRFEG00010003344) SYT16 (ENSRFEG00010003319) ENSRFEG00010003294 ENSRFEG00010003280 ENSRFEG00010003267 ENSRFEG00010003254 ENSRFEG00010003240 KCNH5 (ENSRFEG00010003172) RHOJ (ENSRFEG00010003112) GPHB5 (ENSRFEG00010003096) ENSRFEG00010003080 PPP2R5E (ENSRFEG00010003034) WDR89 (ENSRFEG00010002985) Carnivora DUPLICATION Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.a ##22 Felidae ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00390000008099.gb.a ENSGT00390000014326 ENSGT01030000234550.a.a.d.a.a ENSGT00940000163382 ENSGT00590000083094.a.b ENSGT00940000159477 ENSGT00390000013249 ENSGT00940000155529.C ENSGT00950000183004.a.b.a.a ENSGT00940000157480 ENSGT00390000015216 ENSGT00940000156619 ENSGT00510000047764 ENSGT00940000155472.a.a ENSGT01020000230614 ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000161777.b ENSGT00730000111212 ENSGT00390000007479.y.b ENSGT00940000158293 ENSGT00940000158567 ENSGT00880000138051.a ENSGT00940000159231 ENSGT00390000000873.a.b ENSGT00950000183119.a.e.b ENSGT00940000158022 ENSGT00950000183006.B.f.b.a ENSGT00950000183006.A.b ENSGT00940000155993 ENSGT00940000159404 ENSGT00940000158685 Panthera ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000008099.gb.a ENSGT00390000014326 ENSGT01030000234550.a.a.d.a.a ENSGT00940000163382 ENSGT00590000083094.a.b ENSGT00940000159477 ENSGT00390000013249 ENSGT00940000155529.C ENSGT00950000183004.a.b.a.a ENSGT00940000157480 ENSGT00390000015216 ENSGT00940000156619 ENSGT00510000047764 ENSGT00940000155472.a.a ENSGT01020000230614 ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000161777.b ENSGT00730000111212 ENSGT00940000158293 ENSGT00900000143058 ENSGT00940000158567 ENSGT00880000138051.a ENSGT00940000159231 ENSGT00390000000873.a.b ENSGT00950000183119.a.e.b ENSGT00940000158022 ENSGT00950000183006.B.f.b.a ENSGT00950000183006.A.b ENSGT00940000155993 ENSGT00940000159404 ENSGT00940000158685 Panthera_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000008099.gb.a ENSGT00390000014326 ENSGT01030000234550.a.a.d.a.a ENSGT00940000163382 ENSGT00590000083094.a.b ENSGT00940000159477 ENSGT00390000013249 ENSGT00940000155529.C ENSGT00950000183004.a.b.a.a ENSGT00940000157480 ENSGT00390000015216 ENSGT00940000156619 ENSGT00510000047764 ENSGT00940000155472.a.a ENSGT01020000230614 ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000161777.b ENSGT00730000111212 ENSGT00940000158293 ENSGT00900000143058 ENSGT00940000158567 ENSGT00880000138051.a ENSGT00940000159231 ENSGT00390000000873.a.b ENSGT00950000183119.a.e.b ENSGT00940000158022 ENSGT00950000183006.B.f.b.a ENSGT00950000183006.A.b 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ENSUMAG00000014936 ENSUMAG00000015022 TM2D1 (ENSUMAG00000015321) ENSUMAG00000015327 ENSUMAG00000015336 American black bear MODERN SPECIES 960 ENSUAMG00000025285 ENSUAMG00000025284 ENSUAMG00000025283 ##22 PGM1 (ENSUAMG00000025227) Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.b.a ##22 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT01030000234633.C.a ENSGT00940000156225 ENSGT00940000154877.C ENSGT01100000263502.B.a.a ENSGT00390000015768 ENSGT00950000186100 ENSGT00940000155910 ENSGT00940000153912.A ENSGT01090000260051.b.a.a.b.b ENSGT00390000007046.b.a.a.hb.b ENSGT00940000156033 ENSGT00940000159143 ENSGT00940000155509 ENSGT00390000015172 ENSGT01050000244940.a.b ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.b.a ##22 ENSGT00940000156754.a.b ENSGT00940000159732 ENSGT00940000159235 ENSGT00940000161199 ENSGT00940000162091 ENSGT00940000161631 ENSGT00950000183185.c.a.b ENSGT00940000156653 ENSGT00940000154368.k ENSGT00940000155748.b ENSGT00390000016042 ENSGT00390000017848 ENSGT00940000156914 ENSGT00390000008264 ENSGT00940000156008 Dog MODERN SPECIES 32 MMRN2 (ENSCAFG00845006994) BMPR1A (ENSCAFG00845006910) LDB3 (ENSCAFG00845006724) OPN4 (ENSCAFG00845006582) WAPL (ENSCAFG00845006393) GRID1 (ENSCAFG00845006283) ENSCAFG00845006251 CCSER2 (ENSCAFG00845006187) RGR (ENSCAFG00845006108) ENSCAFG00845006075 LRIT1 (ENSCAFG00845006057) LRIT2 (ENSCAFG00845006028) CDHR1 (ENSCAFG00845005965) GPR15LG (ENSCAFG00845005930) GHITM (ENSCAFG00845005910) ENSCAFG00845005888 ##22 ENSCAFG00845016035 NRG3 (ENSCAFG00845015872) SH2D4B (ENSCAFG00845015623) ENSCAFG00845015388 ENSCAFG00845015186 DYDC2 (ENSCAFG00845015159) ENSCAFG00845015141 DYDC1 (ENSCAFG00845015050) MAT1A (ENSCAFG00845014891) ENSCAFG00845014850 MBL1 (ENSCAFG00845014803) SFTPD (ENSCAFG00845014766) TMEM254 (ENSCAFG00845014737) ENSCAFG00845014704 ENSCAFG00845014646 Dingo MODERN SPECIES 324 OPN4 (ENSCAFG00020012667) WAPL (ENSCAFG00020012727) ENSCAFG00020013732 GRID1 (ENSCAFG00020013753) ENSCAFG00020013783 CCSER2 (ENSCAFG00020013790) ENSCAFG00020013798 RGR (ENSCAFG00020013803) ENSCAFG00020013806 LRIT1 (ENSCAFG00020013817) LRIT2 (ENSCAFG00020013819) CDHR1 (ENSCAFG00020013821) GPR15LG (ENSCAFG00020013845) GHITM (ENSCAFG00020013851) ENSCAFG00020013858 ENSCAFG00020013873 ##22 ENSCAFG00020013887 SH2D4B (ENSCAFG00020013912) TSPAN14 (ENSCAFG00020013921) PRXL2A (ENSCAFG00020013929) DYDC2 (ENSCAFG00020013930) DYDC1 (ENSCAFG00020013931) MAT1A (ENSCAFG00020013955) ENSCAFG00020014421 ENSCAFG00020014422 SFTPD (ENSCAFG00020014425) TMEM254 (ENSCAFG00020014432) PLAC9 (ENSCAFG00020014433) ANXA11 (ENSCAFG00020014434) ZCCHC24 (ENSCAFG00020014439) PPIF (ENSCAFG00020014441) Felidae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT01030000234573.A.b.a ENSGT00940000156209 ENSGT00940000160185 ENSGT00940000156301 ENSGT00940000155190 ENSGT00730000111209 ENSGT00390000006503.a ENSGT00940000158755 ENSGT00940000154568 ENSGT01030000238341 ENSGT00940000157092 ENSGT00940000158648 ENSGT00940000157568 ENSGT00940000162256 ENSGT00940000153947.B ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.b.a ##22 ENSGT00940000155542.b ENSGT00390000015466 ENSGT00390000004336 ENSGT00940000153733.B ENSGT00940000161645.b ENSGT00530000063000.a.a.a ENSGT00940000155661 ENSGT00940000156746 ENSGT00910000144243 ENSGT00940000158468 ENSGT01050000244818.t.f ENSGT00940000155136 ENSGT00940000157668 ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a ENSGT00390000008678 Panthera ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT01030000234573.A.b.a ENSGT00940000156209 ENSGT00940000160185 ENSGT00940000156301 ENSGT00940000155190 ENSGT00730000111209 ENSGT00390000006503.a ENSGT00940000158755 ENSGT00940000154568 ENSGT01030000238341 ENSGT00940000157092 ENSGT00940000158648 ENSGT00940000157568 ENSGT00940000162256 ENSGT00940000153947.B ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.b.a ##22 ENSGT00940000155542.b ENSGT00390000015466 ENSGT00390000004336 ENSGT00940000153733.B ENSGT00940000161645.b ENSGT00530000063000.a.a.a ENSGT00940000155661 ENSGT00940000156746 ENSGT00910000144243 ENSGT00940000158468 ENSGT01050000244818.t.f ENSGT00940000155136 ENSGT00940000157668 ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a ENSGT00390000008678 Panthera_a ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT01030000234573.A.b.a ENSGT00940000156209 ENSGT00940000160185 ENSGT00940000156301 ENSGT00940000155190 ENSGT00730000111209 ENSGT00390000006503.a ENSGT00940000158755 ENSGT00940000154568 ENSGT01030000238341 ENSGT00940000157092 ENSGT00940000158648 ENSGT00940000157568 ENSGT00940000162256 ENSGT00940000153947.B ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.b.a ##22 ENSGT00940000155542.b ENSGT00390000015466 ENSGT00390000004336 ENSGT00940000153733.B ENSGT00940000161645.b ENSGT00530000063000.a.a.a ENSGT00940000155661 ENSGT00940000156746 ENSGT00910000144243 ENSGT00940000158468 ENSGT01050000244818.t.f ENSGT00940000155136 ENSGT00940000157668 ENSGT00950000182916.a.b.a.a.a.a ENSGT00390000008678 leopard MODERN SPECIES 16 DNAI4 (ENSPPRG00000022534) DYNLT5 (ENSPPRG00000019016) SGIP1 (ENSPPRG00000017177) PDE4B (ENSPPRG00000011824) LEPR (ENSPPRG00000006910) LEPROT (ENSPPRG00000002176) DNAJC6 (ENSPPRG00000002001) ENSPPRG00000000962 ENSPPRG00000000367 JAK1 (ENSPPRG00000022662) RAVER2 (ENSPPRG00000023350) CACHD1 (ENSPPRG00000023686) ENSPPRG00000023862 UBE2U (ENSPPRG00000021247) ROR1 (ENSPPRG00000017823) ENSPPRG00000013850 ##22 PGM1 (ENSPPRG00000013727) EFCAB7 (ENSPPRG00000012738) ITGB3BP (ENSPPRG00000012409) ALG6 (ENSPPRG00000011811) FOXD3 (ENSPPRG00000014919) ATG4C (ENSPPRG00000009565) DOCK7 (ENSPPRG00000007918) ANGPTL3 (ENSPPRG00000013921) USP1 (ENSPPRG00000013661) KANK4 (ENSPPRG00000013316) L1TD1 (ENSPPRG00000011113) ENSPPRG00000011020 ENSPPRG00000009261 TM2D1 (ENSPPRG00000005809) NFIA (ENSPPRG00000004851) Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.b.b ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.b.b ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.b.b ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.b.b ##22 Ursus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.b.b ##22 American black bear DUPLICATION American black bear MODERN SPECIES 8954 ENSUAMG00000002425 ##22 American black bear MODERN SPECIES 6966 ENSUAMG00000014494 ##22 Polar bear MODERN SPECIES 205 OR2A25 (ENSUMAG00000011627) OR2A12 (ENSUMAG00000011622) OR2A14 (ENSUMAG00000011617) OR2A2 (ENSUMAG00000011611) ENSUMAG00000011607 ENSUMAG00000011605 ENSUMAG00000011600 ENSUMAG00000011595 NOBOX (ENSUMAG00000011584) ENSUMAG00000011571 TPK1 (ENSUMAG00000011559) ENSUMAG00000011547 ENSUMAG00000011538 CUL1 (ENSUMAG00000011524) EZH2 (ENSUMAG00000011506) ENSUMAG00000011460 ##22 PDIA4 (ENSUMAG00000011369) ENSUMAG00000011353 ZNF425 (ENSUMAG00000011351) ENSUMAG00000011343 ENSUMAG00000011335 ZNF212 (ENSUMAG00000011327) ENSUMAG00000011322 ENSUMAG00000011300 ENSUMAG00000011297 KRBA1 (ENSUMAG00000011277) ENSUMAG00000011270 ZNF862 (ENSUMAG00000011057) LRRC61 (ENSUMAG00000011048) ENSUMAG00000011043 GIMAP8 (ENSUMAG00000011031) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Pika MODERN SPECIES 1036 ENSOPRG00000004567 ENSOPRG00000004540 ##22 NT5C2 (ENSOPRG00000004500) CNNM2 (ENSOPRG00000004484) Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Rat MODERN SPECIES 5 Arl9 (ENSRNOG00000029628) Thegl (ENSRNOG00000002085) Hopx (ENSRNOG00000024689) Spink2 (ENSRNOG00000066503) Rest (ENSRNOG00000002074) Noa1 (ENSRNOG00000002055) Polr2b (ENSRNOG00000024779) Igfbp7 (ENSRNOG00000002050) RGD1561589 (ENSRNOG00000024829) Adgrl3 (ENSRNOG00000030149) 1700031L13Rik (ENSRNOG00000062941) ENSRNOG00000069695 ENSRNOG00000069801 Tecrl (ENSRNOG00000001912) Epha5 (ENSRNOG00000002024) AABR07014676.1 (ENSRNOG00000033207) ##22 ENSRNOG00000068319 ENSRNOG00000063582 Cenpc (ENSRNOG00000021776) Stap1 (ENSRNOG00000002014) Uba6 (ENSRNOG00000021931) Gnrhr (ENSRNOG00000002011) Tmprss11c (ENSRNOG00000033910) Tmprss11d (ENSRNOG00000055991) Tmprss11a (ENSRNOG00000046764) Tmprss11g (ENSRNOG00000029964) Tmprss11f (ENSRNOG00000002005) Tmprss11b (ENSRNOG00000002002) Tmprss11e (ENSRNOG00000022255) Ythdc1 (ENSRNOG00000001996) RGD1559459 (ENSRNOG00000042714) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Squirrel MODERN SPECIES 131 PKD2L2 (ENSSTOG00000006512) REEP5 (ENSSTOG00000028638) SRP19 (ENSSTOG00000000348) APC (ENSSTOG00000021603) EPB41L4A (ENSSTOG00000025672) ENSSTOG00000033722 NREP (ENSSTOG00000029498) STARD4 (ENSSTOG00000004522) CAMK4 (ENSSTOG00000004501) WDR36 (ENSSTOG00000014672) SLC25A46 (ENSSTOG00000028091) MAN2A1 (ENSSTOG00000011382) PJA2 (ENSSTOG00000011977) FER (ENSSTOG00000000727) ENSSTOG00000008770 ENSSTOG00000033835 ##22 EFNA5 (ENSSTOG00000004729) Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 119 HSPB2 (ENSCLAG00000016288) CRYAB (ENSCLAG00000013159) CFAP68 (ENSCLAG00000012754) FDXACB1 (ENSCLAG00000015613) ALG9 (ENSCLAG00000012949) PPP2R1B (ENSCLAG00000014651) SIK2 (ENSCLAG00000012999) LAYN (ENSCLAG00000015787) HOATZ (ENSCLAG00000013175) ENSCLAG00000014472 BTG4 (ENSCLAG00000013983) POU2AF1 (ENSCLAG00000015586) POU2AF3 (ENSCLAG00000012877) ENSCLAG00000015506 ARHGAP20 (ENSCLAG00000012051) ENSCLAG00000015869 ##22 FDX1 (ENSCLAG00000013409) RDX (ENSCLAG00000013404) ZC3H12C (ENSCLAG00000012577) C11orf87 (ENSCLAG00000015145) DDX10 (ENSCLAG00000013463) EXPH5 (ENSCLAG00000014388) POGLUT3 (ENSCLAG00000013476) C11orf65 (ENSCLAG00000011009) ATM (ENSCLAG00000011868) NPAT (ENSCLAG00000014595) ACAT1 (ENSCLAG00000013807) CUL5 (ENSCLAG00000012699) RAB39A (ENSCLAG00000013833) SLC35F2 (ENSCLAG00000016324) ENSCLAG00000011651 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 677 FBLN7 (ENSPCOG00000015931) ZC3H8 (ENSPCOG00000021690) ZC3H6 (ENSPCOG00000016627) TTL (ENSPCOG00000025970) POLR1B (ENSPCOG00000015852) CHCHD5 (ENSPCOG00000019948) SLC20A1 (ENSPCOG00000016649) NT5DC4 (ENSPCOG00000013747) CKAP2L (ENSPCOG00000026665) IL1A (ENSPCOG00000018177) IL1B (ENSPCOG00000017079) IL37 (ENSPCOG00000014483) IL36G (ENSPCOG00000020728) IL36A (ENSPCOG00000016122) ENSPCOG00000018730 ENSPCOG00000013329 ##22 IL36RN (ENSPCOG00000025643) IL1F10 (ENSPCOG00000028463) IL1RN (ENSPCOG00000016381) PSD4 (ENSPCOG00000024889) PAX8 (ENSPCOG00000019998) ENSPCOG00000022499 ENSPCOG00000020049 ENSPCOG00000023184 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Simiiformes DUPLICATION Simiiformes DUPLICATION Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.c.a ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.c.a ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.c.a ##22 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.c.a ##22 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 961 NPR3 (ENSRBIG00000032259) SUB1 (ENSRBIG00000031233) ENSRBIG00000032826 ENSRBIG00000038722 ENSRBIG00000019767 ENSRBIG00000001348 ENSRBIG00000032790 ZFR (ENSRBIG00000041561) MTMR12 (ENSRBIG00000021462) ENSRBIG00000043463 GOLPH3 (ENSRBIG00000010997) PDZD2 (ENSRBIG00000041700) ENSRBIG00000037141 ##22 ENSRBIG00000031548 C5orf22 (ENSRBIG00000042796) DROSHA (ENSRBIG00000032786) CDH6 (ENSRBIG00000030412) Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.c.a ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.c.a ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.c.a ##22 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.c.a ##22 Pan ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.c.a ##22 Bonobo MODERN SPECIES 18 AMACR (ENSPPAG00000043217) SLC45A2 (ENSPPAG00000006580) RXFP3 (ENSPPAG00000012921) ADAMTS12 (ENSPPAG00000037028) ENSPPAG00000030177 TARS1 (ENSPPAG00000021251) ENSPPAG00000030860 NPR3 (ENSPPAG00000030994) SUB1 (ENSPPAG00000011212) ENSPPAG00000040553 ZFR (ENSPPAG00000027447) MTMR12 (ENSPPAG00000030885) ENSPPAG00000028314 GOLPH3 (ENSPPAG00000030869) PDZD2 (ENSPPAG00000037286) ENSPPAG00000041049 ##22 ENSPPAG00000036476 C5orf22 (ENSPPAG00000030089) DROSHA (ENSPPAG00000037526) CDH6 (ENSPPAG00000033662) ENSPPAG00000033495 ENSPPAG00000022273 CDH9 (ENSPPAG00000033800) ENSPPAG00000002373 ENSPPAG00000035592 CDH10 (ENSPPAG00000035607) ENSPPAG00000036803 ENSPPAG00000029281 PRDM7 (ENSPPAG00000031671) ENSPPAG00000043346 CDH12 (ENSPPAG00000029060) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.c.a ##22 Mas night monkey MODERN SPECIES 1181 ENSANAG00000024659 ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.c.b ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.c.b ##22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.c.b ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.c.b ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.c.b ##22 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.c.b ##22 Pan ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.c.b ##22 Bonobo MODERN SPECIES 6 CHAC1 (ENSPPAG00000039637) DLL4 (ENSPPAG00000028064) VPS18 (ENSPPAG00000031859) RHOV (ENSPPAG00000033404) SPINT1 (ENSPPAG00000038797) PPP1R14D (ENSPPAG00000036437) ZFYVE19 (ENSPPAG00000038696) C15orf62 (ENSPPAG00000033107) DNAJC17 (ENSPPAG00000041971) GCHFR (ENSPPAG00000036376) RMDN3 (ENSPPAG00000033064) RAD51 (ENSPPAG00000041687) KNL1 (ENSPPAG00000038511) RPUSD2 (ENSPPAG00000032874) ENSPPAG00000036607 ENSPPAG00000035534 ##22 CHST14 (ENSPPAG00000033234) BAHD1 (ENSPPAG00000037886) ENSPPAG00000017035 IVD (ENSPPAG00000028892) ENSPPAG00000025052 DISP2 (ENSPPAG00000029031) CCDC9B (ENSPPAG00000040552) ENSPPAG00000036719 PLCB2 (ENSPPAG00000040089) PAK6 (ENSPPAG00000043412) BUB1B (ENSPPAG00000044081) BMF (ENSPPAG00000039161) SRP14 (ENSPPAG00000042834) EIF2AK4 (ENSPPAG00000031553) ENSPPAG00000033260 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.d ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.d ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.d ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.d ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.d ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.d ##22 Olive baboon MODERN SPECIES 11 ENSPANG00000025217 CPA3 (ENSPANG00000023231) CPB1 (ENSPANG00000015081) AGTR1 (ENSPANG00000002853) ZIC1 (ENSPANG00000005804) ZIC4 (ENSPANG00000024745) ENSPANG00000033699 PLSCR5 (ENSPANG00000023164) PLSCR1 (ENSPANG00000018880) ENSPANG00000039550 ENSPANG00000043123 PLSCR4 (ENSPANG00000019530) PLOD2 (ENSPANG00000020900) ENSPANG00000048692 ENSPANG00000048643 ENSPANG00000015415 ##22 DIPK2A (ENSPANG00000017827) ENSPANG00000038918 ENSPANG00000039164 SLC9A9 (ENSPANG00000007051) ENSPANG00000046116 CHST2 (ENSPANG00000007426) U2SURP (ENSPANG00000000710) ENSPANG00000031969 PAQR9 (ENSPANG00000021399) PCOLCE2 (ENSPANG00000005937) TRPC1 (ENSPANG00000017825) PLS1 (ENSPANG00000002797) ATR (ENSPANG00000005574) XRN1 (ENSPANG00000010638) GK5 (ENSPANG00000016944) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b.d ##22 Mas night monkey DUPLICATION Mas night monkey MODERN SPECIES 506 ENSANAG00000034237 ENSANAG00000033408 ADAT2 (ENSANAG00000026445) PEX3 (ENSANAG00000024965) FUCA2 (ENSANAG00000028706) PHACTR2 (ENSANAG00000030600) ENSANAG00000029443 LTV1 (ENSANAG00000037011) ZC2HC1B (ENSANAG00000024773) PLAGL1 (ENSANAG00000037587) SF3B5 (ENSANAG00000019999) STX11 (ENSANAG00000026455) ENSANAG00000023036 ENSANAG00000018207 SLC35F2 (ENSANAG00000032888) ENSANAG00000025368 ##22 ELMOD1 (ENSANAG00000021458) ALKBH8 (ENSANAG00000027895) CWF19L2 (ENSANAG00000032022) GUCY1A2 (ENSANAG00000023296) KBTBD3 (ENSANAG00000029836) AASDHPPT (ENSANAG00000026157) MSANTD4 (ENSANAG00000036503) GRIA4 (ENSANAG00000036875) Mas night monkey MODERN SPECIES 1247 ENSANAG00000021804 EPB41L5 (ENSANAG00000021697) PTPN4 (ENSANAG00000038024) ENSANAG00000021459 ENSANAG00000037319 CFAP221 (ENSANAG00000030979) SCTR (ENSANAG00000028043) TMEM37 (ENSANAG00000034529) ENSANAG00000038433 C2orf76 (ENSANAG00000021190) STEAP3 (ENSANAG00000008427) C1QL2 (ENSANAG00000030662) MARCO (ENSANAG00000036056) EN1 (ENSANAG00000035250) INSIG2 (ENSANAG00000021170) ENSANAG00000036273 ##22 CCDC93 (ENSANAG00000024755) ENSANAG00000028399 ENSANAG00000037489 DPP10 (ENSANAG00000037130) ACTR3 (ENSANAG00000030124) SLC35F5 (ENSANAG00000029152) ENSANAG00000036342 GPR39 (ENSANAG00000036901) LYPD1 (ENSANAG00000023563) NCKAP5 (ENSANAG00000030595) ENSANAG00000034286 MGAT5 (ENSANAG00000035860) TMEM163 (ENSANAG00000030205) ENSANAG00000036144 ACMSD (ENSANAG00000033322) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Armadillo MODERN SPECIES 2343 ZSCAN29 (ENSDNOG00000018427) TUBGCP4 (ENSDNOG00000018430) TP53BP1 (ENSDNOG00000018435) ENSDNOG00000025296 MAP1A (ENSDNOG00000047149) PPIP5K1 (ENSDNOG00000005820) ENSDNOG00000045635 STRC (ENSDNOG00000049170) PDIA3 (ENSDNOG00000046246) ELL3 (ENSDNOG00000017756) ENSDNOG00000025123 HYPK (ENSDNOG00000006092) MFAP1 (ENSDNOG00000006125) WDR76 (ENSDNOG00000004729) FRMD5 (ENSDNOG00000043593) ENSDNOG00000043777 ##22 GOLM2 (ENSDNOG00000017815) CTDSPL2 (ENSDNOG00000000228) EIF3J (ENSDNOG00000042545) SPG11 (ENSDNOG00000000762) ENSDNOG00000032325 ##22 PATL2 (ENSDNOG00000036837) B2M (ENSDNOG00000038230) TRIM69 (ENSDNOG00000011843) SORD (ENSDNOG00000045476) DUOX2 (ENSDNOG00000018036) DUOXA2 (ENSDNOG00000024760) DUOXA1 (ENSDNOG00000024883) DUOX1 (ENSDNOG00000018039) SHF (ENSDNOG00000033228) SLC28A2 (ENSDNOG00000008853) Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.a.b ##22 Elephant MODERN SPECIES 503 XYLT1 (ENSLAFG00000013818) ENSLAFG00000027505 ##22 ENSLAFG00000026996 ARL6IP1 (ENSLAFG00000018632) SMG1 (ENSLAFG00000018634) ENSLAFG00000031517 CLEC19A (ENSLAFG00000020762) SYT17 (ENSLAFG00000017157) COQ7 (ENSLAFG00000004135) TMC7 (ENSLAFG00000004134) TMC5 (ENSLAFG00000004609) GDE1 (ENSLAFG00000004617) CCP110 (ENSLAFG00000021691) VPS35L (ENSLAFG00000004619) KNOP1 (ENSLAFG00000021829) IQCK (ENSLAFG00000006189) GPRC5B (ENSLAFG00000006194) Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.b ##22 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.b ##22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.b ##22 Armadillo MODERN SPECIES 3580 CDCA7 (ENSDNOG00000019442) SP3 (ENSDNOG00000048996) ENSDNOG00000044516 OLA1 (ENSDNOG00000010630) SP9 (ENSDNOG00000019150) CIR1 (ENSDNOG00000033913) SCRN3 (ENSDNOG00000035179) GPR155 (ENSDNOG00000007590) ENSDNOG00000041872 ENSDNOG00000033898 CHRNA1 (ENSDNOG00000016153) CHN1 (ENSDNOG00000037568) ATF2 (ENSDNOG00000015229) ENSDNOG00000044678 LNPK (ENSDNOG00000039308) ENSDNOG00000045361 ##22 EVX2 (ENSDNOG00000019797) HOXD13 (ENSDNOG00000019799) HOXD12 (ENSDNOG00000047700) HOXD11 (ENSDNOG00000044260) HOXD10 (ENSDNOG00000034389) HOXD8 (ENSDNOG00000036145) HOXD4 (ENSDNOG00000019805) HOXD3 (ENSDNOG00000035593) HOXD1 (ENSDNOG00000019807) MTX2 (ENSDNOG00000034659) HNRNPA3 (ENSDNOG00000019022) NFE2L2 (ENSDNOG00000019020) AGPS (ENSDNOG00000032919) ENSDNOG00000044838 ENSDNOG00000032224 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.b ##22 Tenrec DUPLICATION Tenrec DUPLICATION Tenrec DUPLICATION Tenrec MODERN SPECIES 19079 ENSETEG00000019917 ##22 Tenrec MODERN SPECIES 4727 ENSETEG00000009756 ENSETEG00000009761 ##22 ENSETEG00000009762 Tenrec MODERN SPECIES 10721 ENSETEG00000007167 ##22 Tenrec DUPLICATION Tenrec MODERN SPECIES 13400 ENSETEG00000008741 ##22 Tenrec MODERN SPECIES 15528 ENSETEG00000001853 ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.b ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.b ##22 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.b ##22 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.b ##22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.b ##22 Microbat MODERN SPECIES 1149 CPM (ENSMLUG00000011816) MDM2 (ENSMLUG00000009997) SLC35E3 (ENSMLUG00000002606) NUP107 (ENSMLUG00000002584) RAP1B (ENSMLUG00000016606) MDM1 (ENSMLUG00000002713) IL22 (ENSMLUG00000002706) ENSMLUG00000002705 IL26 (ENSMLUG00000002702) IFNG (ENSMLUG00000002699) ENSMLUG00000029982 DYRK2 (ENSMLUG00000013320) CAND1 (ENSMLUG00000009166) ENSMLUG00000030761 ##22 GRIP1 (ENSMLUG00000017178) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.b ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.b ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.b ##22 Bushbaby MODERN SPECIES 311 RBM25 (ENSOGAG00000014986) ZFYVE1 (ENSOGAG00000012390) ENSOGAG00000012383 ENSOGAG00000034613 DPF3 (ENSOGAG00000013496) RGS6 (ENSOGAG00000013482) SIPA1L1 (ENSOGAG00000003167) PCNX1 (ENSOGAG00000010264) MAP3K9 (ENSOGAG00000011147) ENSOGAG00000026938 TTC9 (ENSOGAG00000031297) MED6 (ENSOGAG00000001311) ADAM20 (ENSOGAG00000034319) ADAM21 (ENSOGAG00000032627) ENSOGAG00000003385 ENSOGAG00000002415 ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.b ##22 Tarsier MODERN SPECIES 1605 HHIPL2 (ENSTSYG00000003117) TAF1A (ENSTSYG00000003119) MIA3 (ENSTSYG00000005732) AIDA (ENSTSYG00000005745) BROX (ENSTSYG00000005749) FAM177B (ENSTSYG00000013896) ENSTSYG00000036944 ##22 DISP1 (ENSTSYG00000031433) ENSTSYG00000037333 SUSD4 (ENSTSYG00000001538) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.b ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.b ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.b ##22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.b ##22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.b ##22 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 99 CNEP1R1 (ENSUPAG00010013602) HEATR3 (ENSUPAG00010013623) ENSUPAG00010013639 ENSUPAG00010013643 TENT4B (ENSUPAG00010013654) ADCY7 (ENSUPAG00010013680) BRD7 (ENSUPAG00010013735) ENSUPAG00010013770 ##22 NKD1 (ENSUPAG00010013779) SNX20 (ENSUPAG00010013805) NOD2 (ENSUPAG00010013810) CYLD (ENSUPAG00010013856) SALL1 (ENSUPAG00010014078) TOX3 (ENSUPAG00010014088) CHD9NB (ENSUPAG00010014093) CHD9 (ENSUPAG00010014099) RBL2 (ENSUPAG00010014149) AKTIP (ENSUPAG00010014223) RPGRIP1L (ENSUPAG00010014243) FTO (ENSUPAG00010014295) IRX3 (ENSUPAG00010014349) IRX5 (ENSUPAG00010014365) IRX6 (ENSUPAG00010014372) Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.b ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.b ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b.b.b ##22 Degu MODERN SPECIES 47 FAM184B (ENSODEG00000008017) MED28 (ENSODEG00000010235) ENSODEG00000008724 CLRN2 (ENSODEG00000009531) QDPR (ENSODEG00000009810) LDB2 (ENSODEG00000010335) TAPT1 (ENSODEG00000007601) PROM1 (ENSODEG00000011756) CD38 (ENSODEG00000008127) BST1 (ENSODEG00000008525) FBXL5 (ENSODEG00000009798) CC2D2A (ENSODEG00000008363) ENSODEG00000007912 C1QTNF7 (ENSODEG00000008202) ENSODEG00000009313 ENSODEG00000019491 ##22 BOD1L1 (ENSODEG00000009613) NKX3-2 (ENSODEG00000010309) ENSODEG00000008482 HS3ST1 (ENSODEG00000019871) WDR1 (ENSODEG00000008420) ENSODEG00000010858 SLC2A9 (ENSODEG00000009108) DRD5 (ENSODEG00000019688) OTOP1 (ENSODEG00000009177) TMEM128 (ENSODEG00000008766) ENSODEG00000010523 ZBTB49 (ENSODEG00000010729) NSG1 (ENSODEG00000009246) STX18 (ENSODEG00000010096) MSX1 (ENSODEG00000009346) Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 131 TMEM150A (ENSCLAG00000005500) RNF181 (ENSCLAG00000006082) VAMP5 (ENSCLAG00000009915) VAMP8 (ENSCLAG00000008880) GGCX (ENSCLAG00000005838) MAT2A (ENSCLAG00000007205) ENSCLAG00000006141 CAPG (ENSCLAG00000004481) ELMOD3 (ENSCLAG00000009003) RETSAT (ENSCLAG00000008939) TCF7L1 (ENSCLAG00000007414) KCMF1 (ENSCLAG00000009986) TMSB10 (ENSCLAG00000010365) DNAH6 (ENSCLAG00000006035) SUCLG1 (ENSCLAG00000008580) ENSCLAG00000009325 ##22 CTNNA2 (ENSCLAG00000013755) LRRTM1 (ENSCLAG00000005364) ENSCLAG00000005858 ENSCLAG00000006327 ENSCLAG00000005804 ENSCLAG00000006062 LRRTM4 (ENSCLAG00000007091) GCFC2 (ENSCLAG00000012347) MRPL19 (ENSCLAG00000016582) EVA1A (ENSCLAG00000004417) TACR1 (ENSCLAG00000004754) POLE4 (ENSCLAG00000004786) HK2 (ENSCLAG00000005143) ENSCLAG00000006297 SEMA4F (ENSCLAG00000005573) Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b ##22 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b ##22 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b ##22 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b ##22 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b ##22 Otophysi ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b ##22 Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b ##22 Cyprininae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b ##22 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b ##22 Golden-line barbel MODERN SPECIES 248 mab21l2 (ENSSGRG00000015255) slit2 (ENSSGRG00000015275) ENSSGRG00000016581 ENSSGRG00000016582 ncapg (ENSSGRG00000016583) ENSSGRG00000016585 fam184b (ENSSGRG00000016586) ENSSGRG00000016589 CHRNA9 (ENSSGRG00000016606) #13 rhoh (ENSSGRG00000016607) #14 n4bp2 (ENSSGRG00000016608) pds5a (ENSSGRG00000016640) #17 ube2kb (ENSSGRG00000019337) #18 smim14 (ENSSGRG00000019503) #19 ENSSGRG00000019505 ENSSGRG00000019506 ##22 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b ##22 Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b ##22 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b ##22 Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b ##22 Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b ##22 Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000015224.c.b ##22 Chinook salmon MODERN SPECIES 515 ENO2 (ENSOTSG00005012981) mlf2 (ENSOTSG00005012986) cdc42l (ENSOTSG00005012995) wnt4b (ENSOTSG00005012996) lias (ENSOTSG00005013000) #21 rpl9 (ENSOTSG00005013001) ##22 ENSOTSG00005013002 GRIN2C (ENSOTSG00005013004) Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000011368 ENSGT00940000159958 ENSGT00950000183159.a ENSGT00940000157306 #8 ENSGT00390000000002.a.a.a #9 ENSGT00940000157352 #11 ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00940000156077 #13 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000160604 #16 ENSGT00940000155155 #17 ENSGT00670000098059 #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.d ##22 ENSGT00940000157489 #23 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000162201 #29 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00940000157949 #34 ENSGT01030000235076 ENSGT00940000156247 #35 ENSGT00940000159709 #36 ENSGT00940000153648.b #37 ENSGT00940000153404.b ENSGT00940000160197 ENSGT01030000234945 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 48 ENSGT00390000011368 ENSGT00940000159958 ENSGT00950000183159.a ENSGT00940000157306 #8 ENSGT00390000000002.a.a.a #9 ENSGT00940000157352 #11 ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00940000156077 #13 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000160604 #16 ENSGT00940000155155 #17 ENSGT00670000098059 #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.d ##22 ENSGT00940000157489 #23 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00940000157949 #34 ENSGT01030000235076 ENSGT00940000156247 #35 ENSGT00940000159709 #36 ENSGT00940000153648.b #37 ENSGT00940000153404.b ENSGT00940000160197 ENSGT00940000157221 ENSGT01030000234945 Reedfish MODERN SPECIES 13 rbm47 (ENSECRG00000003505) #12 CHRNA9 (ENSECRG00000003518) #13 rhoh (ENSECRG00000003535) #14 N4BP2 (ENSECRG00000003551) #16 ENSECRG00000003567 #17 ENSECRG00000003573 ENSECRG00000003578 ENSECRG00000003586 #17 ENSECRG00000003598 ENSECRG00000003608 ube2kb (ENSECRG00000003616) #18 ENSECRG00000003625 smim14 (ENSECRG00000003629) #19 ugdh (ENSECRG00000003637) #20 lias (ENSECRG00000003655) #21 rpl9 (ENSECRG00000003674) ##22 KLB (ENSECRG00000003686) #23 rfc1 (ENSECRG00000003697) #24 WDR19 (ENSECRG00000003720) #25 klhl5 (ENSECRG00000003746) #26 ENSECRG00000003754 fam114a1 (ENSECRG00000003758) #28 tlr1 (ENSECRG00000003777) #29 tlr1 (ENSECRG00000003785) #29 ENSECRG00000003794 klf3 (ENSECRG00000003813) #33 TBC1D1 (ENSECRG00000003819) #34 ENSECRG00000003826 pgm2 (ENSECRG00000003830) #35 RELL1 (ENSECRG00000003837) #36 NWD2 (ENSECRG00000003842) #37 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 171 ENSGT00940000159958 ENSGT00950000183159.a.v.b ENSGT00950000183159.a.v.a ENSGT00940000157306 #8 ENSGT00390000000002.a.a.a #9 ENSGT00940000157352 #11 ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00940000156077 #13 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000160604 #16 ENSGT00940000155155 #17 ENSGT00670000098059 #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.d ##22 ENSGT00940000157489 #23 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00940000157949 #34 ENSGT01030000235076 ENSGT00940000156247 #35 Spotted gar MODERN SPECIES 670 tlr1 (ENSLOCG00000012910) #29 tmem33 (ENSLOCG00000012912) phox2bb (ENSLOCG00000012918) LIMCH1 (ENSLOCG00000012922) uchl1 (ENSLOCG00000012930) #8 APBB2 (ENSLOCG00000012940) #9 NSUN7 (ENSLOCG00000012956) #11 rbm47 (ENSLOCG00000012966) #12 CHRNA9 (ENSLOCG00000012969) #13 rhoh (ENSLOCG00000017924) #14 N4BP2 (ENSLOCG00000012973) #16 pds5a (ENSLOCG00000012981) #17 ube2kb (ENSLOCG00000012989) #18 ugdh (ENSLOCG00000012995) #20 lias (ENSLOCG00000013001) #21 rpl9 (ENSLOCG00000013006) ##22 KLB (ENSLOCG00000013013) #23 rfc1 (ENSLOCG00000013023) #24 WDR19 (ENSLOCG00000013035) #25 klhl5 (ENSLOCG00000013045) #26 fam114a1 (ENSLOCG00000013058) #28 PALLD (ENSLOCG00000013061) cbr4 (ENSLOCG00000013078) hpf1 (ENSLOCG00000013083) CLCN3 (ENSLOCG00000013089) ANK2 (ENSLOCG00000013099) camk2d1 (ENSLOCG00000013115) ARSJ (ENSLOCG00000013135) pde5ab (ENSLOCG00000013138) zcchc4 (ENSLOCG00000013153) ENSLOCG00000013161 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 173 ENSGT00940000159958 ENSGT00950000183159.a.v.b ENSGT00950000183159.a.v.a 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ENSGT00950000183041.B.g ENSGT00940000171367 ENSGT00940000159636 ENSGT00940000154889 ENSGT00940000167725.b ENSGT00940000167725.a ENSGT00940000165569 Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 131 ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00390000000002.a.a.a.nb.b #9 ENSGT00390000013015 ENSGT00530000063669.a ENSGT00390000001577 ENSGT00740000116263 ENSGT00940000158402 ENSGT00940000156077.g.b #13 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000164462 ENSGT00940000155155 #17 ENSGT00670000098059.c.b #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00390000006234.x #21 ENSGT00390000015224.d ##22 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00940000157949 #34 ENSGT00940000156247 #35 ENSGT00950000183041.B.g ENSGT00940000159636 ENSGT00940000154889 ENSGT00940000167725.b ENSGT00940000167725.a ENSGT00940000165569 ENSGT00940000158826 ENSGT00940000165381 Northern pike MODERN SPECIES 24 ENSELUG00000028596 ENSELUG00000006576 hpf1 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DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 332 ENSGT00940000158402 ENSGT00940000156077.g.b #13 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000164462.g ENSGT00940000155155 #17 ENSGT00670000098059.c.b #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355.ab #20 ENSGT00390000006234.x #21 ENSGT00390000015224.d.b.b.a ##22 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165.h #25 ENSGT00940000155358.u.a #26 ENSGT00940000155358.u.b #26 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00940000157949 #34 ENSGT00940000156247.x #35 ENSGT00940000169057 ENSGT01030000235076 ENSGT00940000156247.w.a #35 ENSGT00950000183041.B.g ENSGT00940000159636 ENSGT00940000154889.e ENSGT00940000167725.a Huchen MODERN SPECIES 7536 ENSHHUG00000004454 lias (ENSHHUG00000004447) #21 rpl9 (ENSHHUG00000004282) ##22 ENSHHUG00000004261 Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 133 ENSGT00940000158402 ENSGT00940000156077.g.b #13 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000164462.g ENSGT00940000155155.p.a #17 ENSGT00670000098059.c.b #18 ENSGT00390000018294 #19 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ENSOMYG00000075087 #33 TBC1D1 (ENSOMYG00000072917) #34 pgm2 (ENSOMYG00000068419) #35 ENSOMYG00000060134 pax-5 (ENSOMYG00000055800) ENSOMYG00000065989 ENSOMYG00000054514 ENSOMYG00000057172 Salmo ANCESTRAL SPECIES 216 ENSGT00940000156077.g.b.e #13 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000164462.g ENSGT00940000155155.p.a #17 ENSGT00670000098059.c.b #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355.ab #20 ENSGT00390000006234.x #21 ENSGT00390000015224.d.b.b.b ##22 ENSGT00970000197621 ENSGT00390000015224.d.b.a ##22 ENSGT00730000111066 #24 Atlantic salmon MODERN SPECIES 34 ugdh (ENSSSAG00000093640) #20 lias (ENSSSAG00000092994) #21 rpl9 (ENSSSAG00000032246) ##22 Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 125 ENSGT00530000063669.a ENSGT00390000001577 ENSGT00940000154965.B ENSGT00940000162414 ENSGT00940000165139 ENSGT00940000158402 ENSGT00940000157037.a.c.b ENSGT00940000156077.g.b #13 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000164462 ENSGT00940000155155 #17 ENSGT00670000098059.c.b #18 ENSGT00390000018294 #19 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ENSCSEG00000005063 POLQ (ENSCSEG00000005068) Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162414 ENSGT00940000158402 ENSGT00940000154757.xb.b ENSGT00940000163443 ENSGT00940000157037.a.c.b ENSGT01100000263538.A.a.a.b.a.c.a.b ENSGT00940000156077.g.b #13 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000164462 ENSGT00940000155155 #17 ENSGT00670000098059.c.b #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00730000111184 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.d ##22 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00940000157949 #34 ENSGT01030000235076 ENSGT00940000156247 #35 ENSGT00950000183041.B.g ENSGT00940000159636 ENSGT00940000154889 ENSGT00940000167725.b ENSGT00940000167725.a ENSGT00940000165569 ENSGT00940000158694 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000162414 ENSGT00940000158402 ENSGT00940000154757.xb.b ENSGT00940000163443 ENSGT00940000157037.a.c.b ENSGT01100000263538.A.a.a.b.a.c.a.b 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ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.d ##22 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00940000155586.A ENSGT00940000155527.j.b.a ENSGT00990000203806.a ENSGT00410000029064 ENSGT00390000011749 ENSGT00390000000470.m ENSGT00390000005639.a.a.n ENSGT00390000010628.a ENSGT00530000063586.b.c.a ENSGT00940000154372.a.a.b ENSGT00940000154372.a.b.a ENSGT00940000155988.c ENSGT00940000157306 #8 ENSGT00950000183159.a.v.a Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 126 ENSGT00950000182886.b.a.a ENSGT00390000006408 ENSGT00390000012017 ENSGT00940000157846.c ENSGT00390000011433.s.a ENSGT00390000007723 ENSGT00530000063603.B ENSGT00940000156077.g.b #13 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000164462 ENSGT00940000155155 #17 ENSGT00670000098059.d #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.d ##22 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00940000155586.A ENSGT00940000155527.j.b.a ENSGT00990000203806.a ENSGT00390000011749 ENSGT00410000029064 ENSGT00390000000470.m ENSGT00390000005639.a.a.n 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Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 138 ENSGT01050000244827.C.c.b.f.b ENSGT00940000158402.k.b ENSGT00940000162414.k.a ENSGT00940000154965.B ENSGT00390000001577.f ENSGT00530000063669.a.d ENSGT00390000013015.a ENSGT00940000156077.g.b.i #13 ENSGT00940000160078.d #14 ENSGT00940000164462.b ENSGT00940000155155.k #17 ENSGT00670000098059.d.b #18 ENSGT00390000018294.q #19 ENSGT00390000015355.fb.b #20 ENSGT00390000006234.v #21 ENSGT00390000015224.d.i.a ##22 ENSGT00390000015224.d.j ##22 ENSGT00730000111066.a #24 ENSGT00940000155586.A.f.b.a ENSGT00940000155527.j.b.a.b ENSGT00390000011749.n ENSGT00410000029064.c.b ENSGT00390000000470.m.b ENSGT00390000000470.m.a.b ENSGT00390000005639.a.a.n.b ENSGT00390000010628.a.b ENSGT00530000063586.b.c.a.d ENSGT00940000153820.a.c ENSGT00940000154372.a.a.b.c ENSGT00940000154372.a.b.a.f ENSGT00940000155988.c.f Common carp reference MODERN SPECIES 22 ENSCCRG00000041849 ENSCCRG00000045410 slit2 (ENSCCRG00000059373) ENSCCRG00000076387 ncapg (ENSCCRG00000021321) fam184b 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ENSGT00940000155988.c.f ENSGT00940000157306.cb #8 Golden-line barbel DUPLICATION Golden-line barbel MODERN SPECIES 345 CHRNA9 (ENSSGRG00000027586) #13 rhoh (ENSSGRG00000027585) #14 n4bp2 (ENSSGRG00000027583) pds5a (ENSSGRG00000022515) #17 ube2kb (ENSSGRG00000022408) #18 smim14 (ENSSGRG00000022406) #19 ENSSGRG00000022405 #20 rpl9 (ENSSGRG00000022403) ##22 lias (ENSSGRG00000022029) #21 rfc1 (ENSSGRG00000021184) #24 ENSSGRG00000021177 ENSSGRG00000021046 ENSSGRG00000021045 smim18 (ENSSGRG00000021044) gtf2e2 (ENSSGRG00000021002) QDPR (ENSSGRG00000021001) ldb2b (ENSSGRG00000021000) tapt1b (ENSSGRG00000020999) prom1b (ENSSGRG00000020992) zmynd10 (ENSSGRG00000020990) ENSSGRG00000020989 anxa5b (ENSSGRG00000020348) uchl1 (ENSSGRG00000020340) #8 Golden-line barbel MODERN SPECIES 827 ENSSGRG00000028026 rpl9 (ENSSGRG00000028027) ##22 rfc1 (ENSSGRG00000028033) #24 ENSSGRG00000028036 ENSSGRG00000028073 gtf2e2 (ENSSGRG00000029288) smim18 (ENSSGRG00000029289) QDPR (ENSSGRG00000029290) ldb2b 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ENSGT00390000015224.d ##22 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358.n #26 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00940000157949.m #34 ENSGT00940000156247 #35 ENSGT01100000263913 ENSGT00940000164838.b ENSGT00950000183035.b.f ENSGT00530000063425.a.a.a.b.yd.b ENSGT00390000018004 ENSGT00940000160246.b ENSGT00940000158215.j ENSGT00390000009819.a.a Asian bonytongue MODERN SPECIES 7 tmem33 (ENSSFOG00015012886) phox2bb (ENSSFOG00015032744) LIMCH1 (ENSSFOG00015012683) UCHL1 (ENSSFOG00015029264) #8 APBB2 (ENSSFOG00015012532) #9 ENSSFOG00015012494 #11 rbm47 (ENSSFOG00015012445) #12 CHRNA9 (ENSSFOG00015012414) #13 rhoh (ENSSFOG00015012400) #14 n4bp2 (ENSSFOG00015012331) pds5a (ENSSFOG00015012295) #17 ube2kb (ENSSFOG00015012270) #18 smim14 (ENSSFOG00015032490) #19 ugdh (ENSSFOG00015012204) #20 lias (ENSSFOG00015012156) #21 rpl9 (ENSSFOG00015012147) ##22 rfc1 (ENSSFOG00015012108) #24 WDR19 (ENSSFOG00015011960) #25 ENSSFOG00015032376 ENSSFOG00015011904 #26 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ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00390000011368 ENSGT00940000159958 ENSGT00950000183159.a ENSGT00940000157306 #8 ENSGT00390000000002.a.a.a #9 ENSGT00940000157352 #11 ENSGT00940000156979 #12 ENSGT00940000156077 #13 ENSGT00940000160078 #14 ENSGT00940000160604 #16 ENSGT00940000155155 #17 ENSGT00670000098059 #18 ENSGT00390000018294 #19 ENSGT00390000015355 #20 ENSGT00390000006234 #21 ENSGT00390000015224.d.l ##22 ENSGT00940000157489 #23 ENSGT00730000111066 #24 ENSGT00590000083165 #25 ENSGT00940000155358 #26 ENSGT00390000017929 #27 ENSGT00390000010054.b #28 ENSGT00940000162201 #29 ENSGT00940000163662 #32 ENSGT00940000157456 #33 ENSGT00940000157949 #34 ENSGT00940000156247 #35 ENSGT00940000159709 #36 ENSGT00390000013778 ENSGT00940000153648.b #37 ENSGT00940000165320 Wallaby DUPLICATION Wallaby MODERN SPECIES 11028 ENSMEUG00000006034 ##22 Wallaby MODERN SPECIES 6848 LIAS (ENSMEUG00000016731) #21 ENSMEUG00000016722 ##22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000011368 ENSGT00940000159958 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