Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES 282 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000012138 #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181 #26 Euteleostomi DUPLICATION Euteleostomi DUPLICATION Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00390000003465.a ENSGT01090000260040.b.a.b ENSGT00940000157106 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00940000164643 ENSGT00530000063692.a ENSGT00940000172596 ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000012138.a.b #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT00940000160140.a.b 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ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000163089 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.b #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT01100000264651 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A Boreoeutheria DUPLICATION Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000164643 ENSGT00390000008918.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 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ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.b.t #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a.q.b #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916.h #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A ENSGT00940000156934 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000158854 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000163468 ENSGT00940000154984.C #16 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(ENSCSAG00000012506) Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 71 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000163468 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792.q.e #20 ENSGT00960000187108 ENSGT00390000012138.a.b.t #22 ENSGT00910000147071 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00550000074784.a.b #24 ENSGT00550000074828.a.g.a.g.a ENSGT00390000004027 ENSGT00940000153446.a.a.q.b #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916.h.b #34 ENSGT00940000162274 #35 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2534 ENSRROG00000037927 #12 VPS13B (ENSRROG00000037771) #14 ENSRROG00000028742 OSR2 (ENSRROG00000039787) #15 ENSRROG00000038956 STK3 (ENSRROG00000003417) #16 KCNS2 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ENSPCOG00000013082 AMOTL2 (ENSPCOG00000013717) ENSPCOG00000024657 CEP63 (ENSPCOG00000028799) KY (ENSPCOG00000023577) EPHB1 (ENSPCOG00000019082) ENSPCOG00000016527 #22 PPP2R3A (ENSPCOG00000021236) MSL2 (ENSPCOG00000014870) PCCB (ENSPCOG00000022712) STAG1 (ENSPCOG00000028538) SLC35G2 (ENSPCOG00000008775) NCK1 (ENSPCOG00000004245) IL20RB (ENSPCOG00000027494) SOX14 (ENSPCOG00000026769) CLDN18 (ENSPCOG00000006168) ENSPCOG00000005814 DZIP1L (ENSPCOG00000013178) A4GNT (ENSPCOG00000014835) ENSPCOG00000028436 DBR1 (ENSPCOG00000016894) ARMC8 (ENSPCOG00000027310) Coquerels sifaka MODERN SPECIES 288 RNF19A (ENSPCOG00000003000) #7 SPAG1 (ENSPCOG00000021388) #9 ENSPCOG00000019331 FBXO43 (ENSPCOG00000022956) RGS22 (ENSPCOG00000018902) #10 COX6C (ENSPCOG00000028763) #12 VPS13B (ENSPCOG00000027260) #14 OSR2 (ENSPCOG00000026580) #15 STK3 (ENSPCOG00000021841) #16 KCNS2 (ENSPCOG00000003471) #17 NIPAL2 (ENSPCOG00000015818) #18 POP1 (ENSPCOG00000019420) #19 ENSPCOG00000014936 #20 ENSPCOG00000013438 ENSPCOG00000022716 RPL30 (ENSPCOG00000016608) #22 MATN2 (ENSPCOG00000028802) #23 LAPTM4B (ENSPCOG00000024247) #25 MTDH (ENSPCOG00000014642) #26 CPQ (ENSPCOG00000013230) #30 SDC2 (ENSPCOG00000025635) #31 PTDSS1 (ENSPCOG00000012653) #32 MTERF3 (ENSPCOG00000024551) #33 UQCRB (ENSPCOG00000024949) #34 GDF6 (ENSPCOG00000025088) #35 CFAP418 (ENSPCOG00000015919) #36 PLEKHF2 (ENSPCOG00000012595) #37 NDUFAF6 (ENSPCOG00000027319) TP53INP1 (ENSPCOG00000023641) CCNE2 (ENSPCOG00000014969) INTS8 (ENSPCOG00000020141) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00940000164643 ENSGT00940000154697.b ##9 ENSGT00390000008918.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.b.t #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A ENSGT00940000156934 Glires ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00940000164643 ENSGT00940000154697.b ##9 ENSGT00390000008918.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.b.t #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A ENSGT00940000156934 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t #22 Rabbit MODERN SPECIES 11 GPR75 (ENSOCUG00000000815) ERLEC1 (ENSOCUG00000014412) ASB3 (ENSOCUG00000013610) CHAC2 (ENSOCUG00000028058) NRXN1 (ENSOCUG00000005620) ENSOCUG00000028197 ENSOCUG00000038083 ENSOCUG00000035063 FSHR (ENSOCUG00000011234) LHCGR (ENSOCUG00000011227) GTF2A1L (ENSOCUG00000034645) STON1 (ENSOCUG00000006982) PPP1R21 (ENSOCUG00000006967) ENSOCUG00000012631 FOXN2 (ENSOCUG00000009784) ENSOCUG00000033049 #22 ENSOCUG00000031844 ENSOCUG00000037389 ENSOCUG00000034738 #29 ENSOCUG00000024873 FBXO11 (ENSOCUG00000014631) MSH6 (ENSOCUG00000014615) KCNK12 (ENSOCUG00000021648) MSH2 (ENSOCUG00000009576) EPCAM (ENSOCUG00000006223) CALM2 (ENSOCUG00000002107) STPG4 (ENSOCUG00000002103) TTC7A (ENSOCUG00000007788) ENSOCUG00000007785 CRIPT (ENSOCUG00000009711) ENSOCUG00000001130 Rodentia DUPLICATION Rodentia DUPLICATION Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.`b.a #22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.`b.a #22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.`b.a #22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.`b.a #22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.`b.a #22 Degu MODERN SPECIES 106 LNPK (ENSODEG00000010046) ENSODEG00000010385 ENSODEG00000010951 ATF2 (ENSODEG00000010947) CHN1 (ENSODEG00000008560) CHRNA1 (ENSODEG00000010458) ENSODEG00000019598 ENSODEG00000008975 ENSODEG00000008878 GPR155 (ENSODEG00000009263) ENSODEG00000009961 CIR1 (ENSODEG00000009325) SP9 (ENSODEG00000009569) OLA1 (ENSODEG00000009011) ENSODEG00000010224 ENSODEG00000019637 #22 SP3 (ENSODEG00000008679) CDCA7 (ENSODEG00000009927) ENSODEG00000009783 RAPGEF4 (ENSODEG00000010386) PDK1 (ENSODEG00000010359) ITGA6 (ENSODEG00000010571) ENSODEG00000009781 ENSODEG00000010482 DLX2 (ENSODEG00000009317) DLX1 (ENSODEG00000009183) METAP1D (ENSODEG00000013584) ENSODEG00000010259 ENSODEG00000009716 DYNC1I2 (ENSODEG00000010272) CYBRD1 (ENSODEG00000010375) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.`b.a #22 Kangaroo rat MODERN SPECIES 331 Il5ra (ENSDORG00000014033) Trnt1 (ENSDORG00000014035) Crbn (ENSDORG00000014038) Lrrn1 (ENSDORG00000023814) Setmar (ENSDORG00000026212) Sumf1 (ENSDORG00000006695) Itpr1 (ENSDORG00000005966) Bhlhe40 (ENSDORG00000028127) Arl8b (ENSDORG00000023904) Edem1 (ENSDORG00000002004) Grm7 (ENSDORG00000007450) Lmcd1 (ENSDORG00000003932) Ssu2 (ENSDORG00000009888) Cav3 (ENSDORG00000023359) Oxtr (ENSDORG00000007711) ENSDORG00000029722 #22 Rad18 (ENSDORG00000001099) ENSDORG00000001101 Thumpd3 (ENSDORG00000003257) Setd5 (ENSDORG00000003260) Lhfpl4 (ENSDORG00000009115) Mtmr14 (ENSDORG00000011006) Cpne9 (ENSDORG00000011008) Brpf1 (ENSDORG00000011011) Ogg1 (ENSDORG00000011013) Camk1 (ENSDORG00000011016) ENSDORG00000024872 ENSDORG00000011019 Arpc4 (ENSDORG00000030103) ENSDORG00000001575 Rpusd3 (ENSDORG00000026827) Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.`b.b #22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.`b.b #22 Kangaroo rat MODERN SPECIES 445 Zeb2 (ENSDORG00000023390) Gtdc1 (ENSDORG00000005149) Arhgap15 (ENSDORG00000006610) Kynu (ENSDORG00000015633) ENSDORG00000025577 ENSDORG00000027686 #22 Lrp1b (ENSDORG00000015070) ENSDORG00000029267 Nxph2 (ENSDORG00000027837) Spopl (ENSDORG00000028165) Hnmt (ENSDORG00000029599) Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.`b.b #22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.`b.b #22 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 497 Adar (ENSNGAG00000016696) Kcnn3 (ENSNGAG00000012664) Pmvk (ENSNGAG00000009702) Pbxip1 (ENSNGAG00000001561) Pygo2 (ENSNGAG00000001061) Shc1 (ENSNGAG00000000764) Cks1b (ENSNGAG00000021059) Flad1 (ENSNGAG00000019467) ENSNGAG00000018406 ENSNGAG00000017866 Dcst2 (ENSNGAG00000015947) Dcst1 (ENSNGAG00000013226) Adam15 (ENSNGAG00000016881) Efna4 (ENSNGAG00000010689) Efna3 (ENSNGAG00000012938) ENSNGAG00000010877 #22 Efna1 (ENSNGAG00000002862) Dpm3 (ENSNGAG00000024342) Slc50a1 (ENSNGAG00000024302) Krtcap2 (ENSNGAG00000009292) Trim46 (ENSNGAG00000005148) ENSNGAG00000022998 Thbs3 (ENSNGAG00000021188) Mtx1 (ENSNGAG00000016342) Gba (ENSNGAG00000014290) Entrep3 (ENSNGAG00000008134) Scamp3 (ENSNGAG00000001034) Clk2 (ENSNGAG00000022518) Hcn3 (ENSNGAG00000021908) Pklr (ENSNGAG00000019876) Rusc1 (ENSNGAG00000008260) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.`b.b #22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.`b.b #22 Naked mole-rat female MODERN SPECIES VWC2 (ENSHGLG00000007717) ENSHGLG00000039862 ENSHGLG00000041013 ABCA13 (ENSHGLG00000010427) UPP1 (ENSHGLG00000009669) C7orf57 (ENSHGLG00000050087) SUN3 (ENSHGLG00000007252) ENSHGLG00000043098 HUS1 (ENSHGLG00000009660) ENSHGLG00000013594 TNS3 (ENSHGLG00000016046) ENSHGLG00000039163 ENSHGLG00000044456 ENSHGLG00000037774 IGFBP1 (ENSHGLG00000009320) ENSHGLG00000033931 #22 ADCY1 (ENSHGLG00000009772) RAMP3 (ENSHGLG00000032799) TBRG4 (ENSHGLG00000013941) ENSHGLG00000035554 CCM2 (ENSHGLG00000017450) MYO1G (ENSHGLG00000007954) H2AFV (ENSHGLG00000037585) ENSHGLG00000036983 PPIA (ENSHGLG00000040573) ZMIZ2 (ENSHGLG00000005097) OGDH (ENSHGLG00000008706) TMED4 (ENSHGLG00000019465) DDX56 (ENSHGLG00000017271) NPC1L1 (ENSHGLG00000018856) NUDCD3 (ENSHGLG00000015378) Rodentia ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00940000164643 ENSGT00940000154697.b ##9 ENSGT00390000008918.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.b.t.ab #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A ENSGT00940000156934 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.b.t.ab #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A ENSGT00940000156934 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.b.t.ab #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00950000182878.b.b.o ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A Muroidea ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.b.t.ab #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00950000182878.b.b.o ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A Upper Galilee mountains blind mole rat DUPLICATION Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 760 Ankrd46 (ENSNGAG00000018485) Rnf19a (ENSNGAG00000006667) #7 Spag1 (ENSNGAG00000023969) #9 Polr2k (ENSNGAG00000020950) Fbxo43 (ENSNGAG00000015827) Rgs22 (ENSNGAG00000022745) #10 Cox6c (ENSNGAG00000020308) #12 Vps13b (ENSNGAG00000013908) #14 Osr2 (ENSNGAG00000022766) #15 ENSNGAG00000021406 #16 Kcns2 (ENSNGAG00000004621) #17 Nipal2 (ENSNGAG00000021423) #18 Pop1 (ENSNGAG00000001582) #19 Rida (ENSNGAG00000024030) #20 Erich5 (ENSNGAG00000013838) ENSNGAG00000015276 #22 Matn2 (ENSNGAG00000013927) #23 Laptm4b (ENSNGAG00000004954) #25 Mtdh (ENSNGAG00000011464) #26 ENSNGAG00000020936 Tspyl5 (ENSNGAG00000013439) #28 Cpq (ENSNGAG00000021825) #30 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1791 ENSNGAG00000015429 Ncmap (ENSNGAG00000017500) ENSNGAG00000018839 Srrm1 (ENSNGAG00000014562) ENSNGAG00000015217 Clic4 (ENSNGAG00000017080) Runx3 (ENSNGAG00000001343) Syf2 (ENSNGAG00000007912) Rsrp1 (ENSNGAG00000011069) Tmem50a (ENSNGAG00000015688) Rhd (ENSNGAG00000018131) ENSNGAG00000020189 #22 Maco1 (ENSNGAG00000016146) Ldlrap1 (ENSNGAG00000017589) Man1c1 (ENSNGAG00000019464) Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.b.t.ab #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00950000182878.b.b.o ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916.t #34 Murinae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.b.t.ab #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00950000182878.b.b.o ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916.t #34 Mus ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.b.t.ab #22 ENSGT00700000106136 ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00950000182878.b.b.o ENSGT00940000157222 #31 Shrew mouse MODERN SPECIES 8 Ankrd46 (MGP_PahariEiJ_G0019747) Rnf19a (MGP_PahariEiJ_G0019746) #7 Spag1 (MGP_PahariEiJ_G0019745) #9 MGP_PahariEiJ_G0019744 Fbxo43 (MGP_PahariEiJ_G0019743) Rgs22 (MGP_PahariEiJ_G0019742) #10 Cox6c (MGP_PahariEiJ_G0019741) #12 Vps13b (MGP_PahariEiJ_G0019740) #14 Osr2 (MGP_PahariEiJ_G0019739) #15 Stk3 (MGP_PahariEiJ_G0019738) #16 Kcns2 (MGP_PahariEiJ_G0019737) #17 Nipal2 (MGP_PahariEiJ_G0019736) #18 Pop1 (MGP_PahariEiJ_G0019735) #19 Rida (MGP_PahariEiJ_G0019734) #20 Erich5 (MGP_PahariEiJ_G0019733) Rpl30 (MGP_PahariEiJ_G0019732) #22 MGP_PahariEiJ_G0019731 Matn2 (MGP_PahariEiJ_G0019730) #23 Laptm4b (MGP_PahariEiJ_G0019729) #25 Mtdh (MGP_PahariEiJ_G0019728) #26 Tspyl5 (MGP_PahariEiJ_G0019727) #28 Cpq (MGP_PahariEiJ_G0019726) #30 Sdc2 (MGP_PahariEiJ_G0019725) #31 MGP_PahariEiJ_G0019724 Mus_A ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918.b.o.a.a ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.b.t.ab #22 ENSGT00700000106136 ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 ENSGT00940000158008 #23 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Prairie vole MODERN SPECIES 352 Mif (ENSMOCG00000016316) Gstt2 (ENSMOCG00000015654) Gstt4 (ENSMOCG00000011085) Gstt1 (ENSMOCG00000008904) Gstt3 (ENSMOCG00000014623) ENSMOCG00000007362 ENSMOCG00000015205 ENSMOCG00000014877 Susd2 (ENSMOCG00000007836) Ggt5 (ENSMOCG00000022852) Ggt1 (ENSMOCG00000018954) Lrrc75b (ENSMOCG00000010899) Snrpd3 (ENSMOCG00000009361) Gucd1 (ENSMOCG00000008085) Upb1 (ENSMOCG00000004437) ENSMOCG00000002560 #22 Adora2a (ENSMOCG00000017735) Specc1l (ENSMOCG00000005316) Bcr (ENSMOCG00000020282) Rab36 (ENSMOCG00000004529) Gnaz (ENSMOCG00000001656) Rsph14 (ENSMOCG00000022421) Pcdh15 (ENSMOCG00000020866) ENSMOCG00000014966 Zwint (ENSMOCG00000004585) Ipmk (ENSMOCG00000022528) Cisd1 (ENSMOCG00000020184) ENSMOCG00000018182 Ube2d1 (ENSMOCG00000017517) Tfam (ENSMOCG00000014572) Bicc1 (ENSMOCG00000020143) Cricetinae ANCESTRAL SPECIES 38 ENSGT00950000183212.A ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918.b ENSGT00530000063692.a 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ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t #22 Hedgehog MODERN SPECIES 5053 RPL30 (ENSEEUG00000000964) #22 Laurasiatheria_a DUPLICATION Laurasiatheria_a DUPLICATION Laurasiatheria_a DUPLICATION Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.bb.a.a #22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.bb.a.a #22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.bb.a.a #22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.bb.a.a #22 Canidae DUPLICATION Canidae ANCESTRAL SPECIES 112 ENSGT00390000012138.a.b.t.bb.a.a.a #22 ENSGT00940000154194.s.a Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 89 ENSGT00390000012138.a.b.t.bb.a.a.a #22 ENSGT00940000154194.s.a Dog MODERN SPECIES 20 PI4K2A (ENSCAFG00845029994) MORN4 (ENSCAFG00845029947) C10orf62 (ENSCAFG00845029917) HOGA1 (ENSCAFG00845029887) ANKRD2 (ENSCAFG00845029765) UBTD1 (ENSCAFG00845029690) MMS19 (ENSCAFG00845029527) ZDHHC16 (ENSCAFG00845029297) EXOSC1 (ENSCAFG00845029157) PGAM1 (ENSCAFG00845029088) RRP12 (ENSCAFG00845028854) ENSCAFG00845028731 FRAT1 (ENSCAFG00845028712) ARHGAP19 (ENSCAFG00845028649) SLIT1 (ENSCAFG00845027970) ENSCAFG00845027799 #22 ENSCAFG00845027781 LCOR (ENSCAFG00845027548) PIK3AP1 (ENSCAFG00845027381) TM9SF3 (ENSCAFG00845027322) TLL2 (ENSCAFG00845027238) OPALIN (ENSCAFG00845026993) DNTT (ENSCAFG00845026839) BLNK (ENSCAFG00845026424) ZNF518A (ENSCAFG00845026153) ENSCAFG00845026051 ENSCAFG00845025894 ENSCAFG00845025796 ENSCAFG00845025683 ENTPD1 (ENSCAFG00845025471) TCTN3 (ENSCAFG00845025277) Dingo MODERN SPECIES 165 C10orf62 (ENSCAFG00020006047) HOGA1 (ENSCAFG00020006037) ANKRD2 (ENSCAFG00020006014) UBTD1 (ENSCAFG00020006013) MMS19 (ENSCAFG00020006008) ZDHHC16 (ENSCAFG00020006003) EXOSC1 (ENSCAFG00020006002) PGAM1 (ENSCAFG00020006000) RRP12 (ENSCAFG00020005991) FRAT2 (ENSCAFG00020005987) FRAT1 (ENSCAFG00020005985) SLIT1 (ENSCAFG00020005820) ENSCAFG00020005808 LCOR (ENSCAFG00020005805) ENSCAFG00020005797 ENSCAFG00020005791 #22 ENSCAFG00020005788 PIK3AP1 (ENSCAFG00020005759) TM9SF3 (ENSCAFG00020005750) TLL2 (ENSCAFG00020005645) OPALIN (ENSCAFG00020005622) DNTT (ENSCAFG00020005610) BLNK (ENSCAFG00020005599) ZNF518A (ENSCAFG00020005579) ENSCAFG00020005561 CCNJ (ENSCAFG00020005556) CC2D2B (ENSCAFG00020005506) ENSCAFG00020005496 ENTPD1 (ENSCAFG00020005484) TCTN3 (ENSCAFG00020005472) ALDH18A1 (ENSCAFG00020005466) Red fox MODERN SPECIES MARVELD1 (ENSVVUG00000023256) AVPI1 (ENSVVUG00000023255) PI4K2A (ENSVVUG00000023252) MORN4 (ENSVVUG00000023247) C10orf62 (ENSVVUG00000023240) HOGA1 (ENSVVUG00000023238) ANKRD2 (ENSVVUG00000023235) UBTD1 (ENSVVUG00000023233) MMS19 (ENSVVUG00000023217) ZDHHC16 (ENSVVUG00000023199) EXOSC1 (ENSVVUG00000023192) PGAM1 (ENSVVUG00000023188) RRP12 (ENSVVUG00000023168) ARHGAP19 (ENSVVUG00000023153) SLIT1 (ENSVVUG00000023084) ENSVVUG00000023060 #22 ENSVVUG00000023056 LCOR (ENSVVUG00000023048) PIK3AP1 (ENSVVUG00000022997) TM9SF3 (ENSVVUG00000022966) TLL2 (ENSVVUG00000022956) OPALIN (ENSVVUG00000022943) DNTT (ENSVVUG00000022935) BLNK (ENSVVUG00000022925) ZNF518A (ENSVVUG00000022923) CCNJ (ENSVVUG00000022906) CC2D2B (ENSVVUG00000022896) ENSVVUG00000022883 ENTPD1 (ENSVVUG00000022876) TCTN3 (ENSVVUG00000022838) ENSVVUG00000022827 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.bb.a.a.b #22 Red fox MODERN SPECIES 220 ENSVVUG00000017968 SNRPN (ENSVVUG00000017971) ENSVVUG00000017978 #22 NDN (ENSVVUG00000017994) MAGEL2 (ENSVVUG00000017999) ENSVVUG00000018005 CHRNA7 (ENSVVUG00000018025) OTUD7A (ENSVVUG00000018043) ENSVVUG00000018200 TRPM1 (ENSVVUG00000018213) MTMR10 (ENSVVUG00000018869) FAN1 (ENSVVUG00000018881) MPHOSPH10 (ENSVVUG00000018901) Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.bb.a.a #22 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.bb.a.a #22 American mink MODERN SPECIES 224 ATP6V1E1 (ENSNVIG00000012764) SLC25A18 (ENSNVIG00000012732) CECR2 (ENSNVIG00000012632) ENSNVIG00000012596 ADA2 (ENSNVIG00000012549) HDHD5 (ENSNVIG00000012529) TMEM121B (ENSNVIG00000012523) IL17RA (ENSNVIG00000012492) CACNA1C (ENSNVIG00000009752) DCP1B (ENSNVIG00000009635) LRTM2 (ENSNVIG00000009615) CACNA2D4 (ENSNVIG00000009218) ADR2 (ENSNVIG00000009172) WNT5B (ENSNVIG00000009128) FBXL14 (ENSNVIG00000009119) ENSNVIG00000009090 #22 ERC1 (ENSNVIG00000008770) ENSNVIG00000008747 F5H3Q1 (ENSNVIG00000008743) WNK1 (ENSNVIG00000008336) Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.bb.a.a #22 Panthera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.bb.a.a #22 Panthera_a ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000157565 ENSGT00940000157935 ENSGT00940000168566 ENSGT00940000158276 ENSGT00390000002581 ENSGT00940000155081.D ENSGT00940000154451.l.c.a ENSGT00940000163741 ENSGT00390000015813.s ENSGT00940000155080 ENSGT00940000154406.b.h ENSGT00960000187030 ENSGT00390000013639 ENSGT00940000157134 ENSGT00940000165410.b.a ENSGT00390000012138.a.b.t.bb.a.a #22 ENSGT00390000009790 ENSGT00940000155064 ENSGT00390000017590 ENSGT00390000011354 ENSGT00940000162903.f ENSGT00390000016954 ENSGT00940000155008.C ENSGT00940000162318 ENSGT00940000158644 ENSGT00940000159467 ENSGT00730000111274 ENSGT01070000253744.a.a.b.b ENSGT00940000157889 ENSGT00940000161065 ENSGT00390000015862 leopard MODERN SPECIES 30 ENSPPRG00000021566 #22 PRIM2 (ENSPPRG00000012291) RAB23 (ENSPPRG00000012453) BAG2 (ENSPPRG00000012509) ZNF451 (ENSPPRG00000013264) KIAA1586 (ENSPPRG00000013765) BEND6 (ENSPPRG00000014117) DST (ENSPPRG00000023161) ENSPPRG00000000813 COL21A1 (ENSPPRG00000002942) BMP5 (ENSPPRG00000003471) HMGCLL1 (ENSPPRG00000004039) GFRAL (ENSPPRG00000005096) HCRTR2 (ENSPPRG00000005364) ENSPPRG00000005391 FAM83B (ENSPPRG00000005908) lion MODERN SPECIES 5 COL9A1 (ENSPLOG00000008829) ENSPLOG00000008632 COL19A1 (ENSPLOG00000008321) LMBRD1 (ENSPLOG00000008224) ENSPLOG00000008174 ADGRB3 (ENSPLOG00000007947) ENSPLOG00000007863 ENSPLOG00000007839 PHF3 (ENSPLOG00000007803) PTP4A1 (ENSPLOG00000007765) ENSPLOG00000007739 LGSN (ENSPLOG00000007674) ENSPLOG00000007641 #29 KHDRBS2 (ENSPLOG00000007607) ENSPLOG00000007594 ENSPLOG00000007575 #22 PRIM2 (ENSPLOG00000007536) RAB23 (ENSPLOG00000007511) BAG2 (ENSPLOG00000007479) ZNF451 (ENSPLOG00000007397) KIAA1586 (ENSPLOG00000007341) BEND6 (ENSPLOG00000007281) DST (ENSPLOG00000006730) COL21A1 (ENSPLOG00000006412) ENSPLOG00000006363 BMP5 (ENSPLOG00000006334) HMGCLL1 (ENSPLOG00000006191) GFRAL (ENSPLOG00000006100) HCRTR2 (ENSPLOG00000006068) FAM83B (ENSPLOG00000004226) TINAG (ENSPLOG00000004202) Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.bb.a.a #22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.bb.a.a #22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.bb.a.a #22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.bb.a.a #22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.bb.a.a #22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.bb.a.a #22 Odontoceti_b DUPLICATION Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000161177 ENSGT00930000151016 ENSGT00940000162230 ENSGT00390000013040 ENSGT00390000017030.b.a ENSGT00950000183180.a.a ENSGT00940000161076 ENSGT00940000155670.d ENSGT00940000155434 ENSGT00900000143673 ENSGT00940000155178 ENSGT00940000155591 ENSGT00390000000223 ENSGT01030000234614.B.a.a.a ENSGT00950000182858.B.b.a ENSGT00390000012138.a.b.t.bb.a.a.c #22 ENSGT00940000155853 ENSGT00940000156689 ENSGT00390000008938 ENSGT00390000018089 ENSGT00940000156868 ENSGT00390000013765 ENSGT00390000005084 ENSGT00390000010743.b ENSGT01100000263572.a.a.b.a.b ENSGT00940000162852.b.a ENSGT00940000159569 ENSGT00940000157685 ENSGT00940000161459 ENSGT00940000157920.a ENSGT00940000157216 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00950000183190.a.b.a.a ENSGT00940000161177 ENSGT00930000151016 ENSGT00940000162230 ENSGT00390000013040 ENSGT00390000017030.b.a ENSGT00950000183180.a.a ENSGT00940000161076.i ENSGT00940000155670.d ENSGT00940000155434 ENSGT00940000155178 ENSGT00940000155591 ENSGT00390000000223 ENSGT01030000234614.B.a.a.a ENSGT00950000182858.B.b.a ENSGT00390000012138.a.b.t.bb.a.a.c #22 ENSGT00940000155853 ENSGT00940000156689 ENSGT00390000008938 ENSGT00390000018089 ENSGT00940000156868 ENSGT00390000013765 ENSGT00390000005084 ENSGT00390000010743.b ENSGT01100000263572.a.a.b.a.b ENSGT00940000162852.b.a ENSGT00940000159569 ENSGT00940000157685 ENSGT00940000161459 ENSGT00940000157920.a ENSGT00940000157216 Narwhal MODERN SPECIES 312 CDK5RAP2 (ENSMMNG00015015531) MEGF9 (ENSMMNG00015015742) FBXW2 (ENSMMNG00015015783) B3GALT9 (ENSMMNG00015015830) PSMD5 (ENSMMNG00015015873) ENSMMNG00015015930 PHF19 (ENSMMNG00015015955) ENSMMNG00015016064 C5 (ENSMMNG00015016137) CNTRL (ENSMMNG00015016569) RAB14 (ENSMMNG00015016979) GSN (ENSMMNG00015017086) STOM (ENSMMNG00015017324) ENSMMNG00015017352 ENSMMNG00015017403 ENSMMNG00015017437 #22 DAB2IP (ENSMMNG00015017613) TTLL11 (ENSMMNG00015017872) NDUFA8 (ENSMMNG00015017957) MORN5 (ENSMMNG00015017987) LHX6 (ENSMMNG00015018081) RBM18 (ENSMMNG00015018256) 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ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.b.t.bb.b #22 ENSGT00960000187108 ENSGT00390000012138.a.b.t.cb #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00950000182878.b.b.k.b ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916.y.a #34 ENSGT00390000012916.y.b #34 ENSGT01100000264651 ENSGT00390000012916.z #34 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918.a.a ENSGT00940000154697.b ##9 ENSGT00940000164643 ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000163089.b ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.b.t.bb.b #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 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ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A Caniformia ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00940000164643 ENSGT00940000154697.b ##9 ENSGT00390000008918.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000163089.b.l ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.b.t.bb.b #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00950000186060 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916.z #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A Canidae ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00940000164643 ENSGT00940000154697.b ##9 ENSGT00390000008918.b ENSGT00530000063692.a 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ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.b.t.cb #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00950000186060 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916.y.b #34 ENSGT01100000264651 ENSGT00390000012916.z #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.b.t.cb #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00950000186060 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916.y.b #34 ENSGT01100000264651 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00940000160140.a.b ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 Megabat MODERN SPECIES 569 NIPAL2 (ENSPVAG00000014472) #18 POP1 (ENSPVAG00000014468) #19 RIDA (ENSPVAG00000014465) #20 ERICH5 (ENSPVAG00000014462) RPL30 (ENSPVAG00000014461) #22 MATN2 (ENSPVAG00000014459) #23 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918.a.a ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.b.t.cb #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00950000186060 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916.y.b #34 ENSGT01100000264651 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00940000160140.a.b ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 Microbat MODERN SPECIES 1481 POP1 (ENSMLUG00000010204) #19 RIDA (ENSMLUG00000027918) #20 ENSMLUG00000027043 RPL30 (ENSMLUG00000003637) #22 MATN2 (ENSMLUG00000003626) #23 LAPTM4B (ENSMLUG00000003618) #25 MTDH (ENSMLUG00000006367) #26 ENSMLUG00000023312 ENSMLUG00000028548 #28 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 5 ANKRD46 (ENSRFEG00010018712) RNF19A (ENSRFEG00010018669) #7 SPAG1 (ENSRFEG00010018396) #9 ENSRFEG00010018329 FBXO43 (ENSRFEG00010018248) RGS22 (ENSRFEG00010017161) #10 ENSRFEG00010017088 VPS13B (ENSRFEG00010016767) #14 OSR2 (ENSRFEG00010016629) #15 STK3 (ENSRFEG00010016550) #16 KCNS2 (ENSRFEG00010016528) #17 NIPAL2 (ENSRFEG00010016437) #18 POP1 (ENSRFEG00010016389) #19 ENSRFEG00010016340 #20 ERICH5 (ENSRFEG00010016246) RPL30 (ENSRFEG00010016148) #22 ENSRFEG00010016135 MATN2 (ENSRFEG00010016062) #23 LAPTM4B (ENSRFEG00010015916) #25 MTDH (ENSRFEG00010015577) #26 ENSRFEG00010015533 TSPYL5 (ENSRFEG00010015512) #28 CPQ (ENSRFEG00010015436) #30 ENSRFEG00010015382 SDC2 (ENSRFEG00010015237) #31 PTDSS1 (ENSRFEG00010015127) #32 MTERF3 (ENSRFEG00010015026) #33 ENSRFEG00010014937 #34 ENSRFEG00010014885 GDF6 (ENSRFEG00010014836) #35 ENSRFEG00010014787 Equus ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00950000183212.A ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00940000164643 ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000163089.a.a ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.b.t.cb #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916.z #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A ENSGT00940000156934 Donkey MODERN SPECIES 3 ANKRD46 (ENSEASG00005002824) RNF19A (ENSEASG00005002831) #7 SPAG1 (ENSEASG00005002835) #9 ENSEASG00005035318 RGS22 (ENSEASG00005002871) #10 ENSEASG00005002888 VPS13B (ENSEASG00005002951) #14 ENSEASG00005025677 OSR2 (ENSEASG00005003076) #15 STK3 (ENSEASG00005003082) #16 KCNS2 (ENSEASG00005037262) #17 NIPAL2 (ENSEASG00005003183) #18 POP1 (ENSEASG00005003189) #19 RIDA (ENSEASG00005023762) #20 ENSEASG00005036010 ENSEASG00005034460 #22 MATN2 (ENSEASG00005003231) #23 LAPTM4B (ENSEASG00005003271) #25 MTDH (ENSEASG00005003279) #26 TSPYL5 (ENSEASG00005038289) #28 CPQ (ENSEASG00005003289) #30 SDC2 (ENSEASG00005025355) #31 PTDSS1 (ENSEASG00005003297) #32 MTERF3 (ENSEASG00005003303) #33 ENSEASG00005032078 #34 GDF6 (ENSEASG00005003314) #35 CFAP418 (ENSEASG00005003320) #36 PLEKHF2 (ENSEASG00005034229) #37 NDUFAF6 (ENSEASG00005003333) TP53INP1 (ENSEASG00005003343) CCNE2 (ENSEASG00005003365) Horse MODERN SPECIES 30 SPAG1 (ENSECAG00000022600) #9 RGS22 (ENSECAG00000010182) #10 ENSECAG00000045630 ENSECAG00000048128 ENSECAG00000058443 ENSECAG00000058264 ENSECAG00000047767 VPS13B (ENSECAG00000019852) #14 OSR2 (ENSECAG00000017784) #15 STK3 (ENSECAG00000010526) #16 KCNS2 (ENSECAG00000048755) #17 NIPAL2 (ENSECAG00000010269) #18 POP1 (ENSECAG00000024236) #19 RIDA (ENSECAG00000035364) #20 ERICH5 (ENSECAG00000041388) RPL30 (ENSECAG00000021705) #22 MATN2 (ENSECAG00000002579) #23 LAPTM4B (ENSECAG00000020137) #25 MTDH (ENSECAG00000010986) #26 TSPYL5 (ENSECAG00000009322) #28 CPQ (ENSECAG00000008913) #30 SDC2 (ENSECAG00000008484) #31 PTDSS1 (ENSECAG00000016050) #32 MTERF3 (ENSECAG00000012943) #33 UQCRB (ENSECAG00000009780) #34 GDF6 (ENSECAG00000006902) #35 ENSECAG00000048566 PLEKHF2 (ENSECAG00000028275) #37 NDUFAF6 (ENSECAG00000019146) TP53INP1 (ENSECAG00000017665) CCNE2 (ENSECAG00000020270) Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.cb #22 Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.cb #22 Cat MODERN SPECIES 1 ELAPOR2 (ENSFCAG00000007415) DMTF1 (ENSFCAG00000013756) TMEM243 (ENSFCAG00000042545) CROT (ENSFCAG00000031699) ABCB1 (ENSFCAG00000027959) ENSFCAG00000051901 RUNDC3B (ENSFCAG00000028861) ENSFCAG00000033132 SLC25A40 (ENSFCAG00000015123) DBF4 (ENSFCAG00000031040) ADAM22 (ENSFCAG00000025413) SRI (ENSFCAG00000026291) STEAP4 (ENSFCAG00000024344) ZNF804B (ENSFCAG00000008141) TEX47 (ENSFCAG00000041090) ENSFCAG00000048779 #22 ENSFCAG00000028721 STEAP2 (ENSFCAG00000018754) CFAP69 (ENSFCAG00000018697) FAM237B (ENSFCAG00000042902) GTPBP10 (ENSFCAG00000019336) ENSFCAG00000037995 CLDN12 (ENSFCAG00000026768) ENSFCAG00000022771 CDK14 (ENSFCAG00000022815) FZD1 (ENSFCAG00000027318) MTERF1 (ENSFCAG00000044797) AKAP9 (ENSFCAG00000019191) CYP51A1 (ENSFCAG00000025479) ENSFCAG00000051313 ENSFCAG00000042221 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.cb #22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.cb #22 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.cb #22 Ferret MODERN SPECIES 401 TIMM8A (ENSMPUG00000002179) TAF7L (ENSMPUG00000002181) DRP2 (ENSMPUG00000002203) CENPI (ENSMPUG00000002208) TMEM35A (ENSMPUG00000002251) TRMT2B (ENSMPUG00000002255) ARL13A (ENSMPUG00000002262) XKRX (ENSMPUG00000002267) NOX1 (ENSMPUG00000002269) CSTF2 (ENSMPUG00000002339) SYTL4 (ENSMPUG00000002347) SRPX2 (ENSMPUG00000002355) TSPAN6 (ENSMPUG00000002357) TNMD (ENSMPUG00000002359) PCDH19 (ENSMPUG00000002363) ENSMPUG00000019145 #22 American mink DUPLICATION American mink MODERN SPECIES 22 POC1B (ENSNVIG00000000231) DUSP6 (ENSNVIG00000000281) ENSNVIG00000000305 TMTC3 (ENSNVIG00000000330) CEP290 (ENSNVIG00000000345) C12orf29 (ENSNVIG00000000481) C12orf50 (ENSNVIG00000000495) ENSNVIG00000000519 MGT4C (ENSNVIG00000000536) NEUT (ENSNVIG00000000561) RASSF9 (ENSNVIG00000000592) ALX1 (ENSNVIG00000000603) LRRIQ1 (ENSNVIG00000000618) TSN19 (ENSNVIG00000000703) S6A15 (ENSNVIG00000000728) ENSNVIG00000000773 #22 TMTC2 (ENSNVIG00000000786) METTL25 (ENSNVIG00000000819) TAP26 (ENSNVIG00000000828) PPFIA2 (ENSNVIG00000000848) ACSS3 (ENSNVIG00000001229) LIN7A (ENSNVIG00000001269) MYF5 (ENSNVIG00000001283) MYF6 (ENSNVIG00000001298) PTPRQ (ENSNVIG00000001320) OTOGL (ENSNVIG00000001579) ENSNVIG00000001919 PPP1R12A (ENSNVIG00000001940) PAWR (ENSNVIG00000002283) SYT1 (ENSNVIG00000002313) ENSNVIG00000002371 American mink MODERN SPECIES 483 ENSNVIG00000004929 ENSNVIG00000004946 #22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.t.cb #22 Ursus ANCESTRAL SPECIES 52 ENSGT00940000161870 ENSGT00940000156455 ENSGT00940000160863 ENSGT00940000162128 ENSGT00940000159471 ENSGT01060000248564.b.b ENSGT00890000139472 ENSGT00680000100018.a.b ENSGT00390000006788.a.a ENSGT00940000153904.b ENSGT01100000263478.b.a.a ENSGT01090000260024.A.a.b.b ENSGT00940000164687 ENSGT01100000263574.b.j.s ENSGT01100000263574.b.i.b ENSGT00390000012138.a.b.t.cb #22 ENSGT00940000157904.d ENSGT00940000158972 ENSGT00940000157245 ENSGT00950000182897.B.a.b.a ENSGT00950000183071.a.b ENSGT01050000244897.a.b.a ENSGT00390000018318.u.b.a.b.a.a.b ENSGT01050000244955.a.b ENSGT00390000013938 ENSGT00950000182865.b.a.b.b.b.b ENSGT00940000155028.q.b ENSGT00530000064049.C ENSGT00390000015476.c ENSGT00990000207701 ENSGT00390000015476.d.a Polar bear MODERN SPECIES 237 RAB33A (ENSUMAG00000011821) ZNF280C (ENSUMAG00000011824) SLC25A14 (ENSUMAG00000011830) GPR119 (ENSUMAG00000011834) ENSUMAG00000011836 ENSUMAG00000011838 ENSUMAG00000011840 ENSUMAG00000011848 ENOX2 (ENSUMAG00000011851) ARHGAP36 (ENSUMAG00000011863) ENSUMAG00000011917 ENSUMAG00000011926 ENSUMAG00000011931 ENSUMAG00000011941 OR13H1 (ENSUMAG00000011943) ENSUMAG00000011944 #22 STK26 (ENSUMAG00000011952) FRMD7 (ENSUMAG00000012011) ENSUMAG00000012018 ENSUMAG00000012023 MBNL3 (ENSUMAG00000012026) ENSUMAG00000012029 GPC4 (ENSUMAG00000012037) 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ENSGT00390000012138.a.b.t.cb #22 Dog MODERN SPECIES 33 ENSCAFG00845004343 ZNF287 (ENSCAFG00845004321) ENSCAFG00845004309 ENSCAFG00845004275 ENSCAFG00845004251 TRIM16 (ENSCAFG00845004235) CDRT1 (ENSCAFG00845004214) TVP23B (ENSCAFG00845004197) ENSCAFG00845004185 ENSCAFG00845004179 TEKT3 (ENSCAFG00845004170) PMP22 (ENSCAFG00845004152) ENSCAFG00845004122 ENSCAFG00845004106 HS3ST3B1 (ENSCAFG00845004082) ENSCAFG00845004065 #22 COX10 (ENSCAFG00845004049) ENSCAFG00845004032 HS3ST3A1 (ENSCAFG00845003985) ELAC2 (ENSCAFG00845003879) ARHGAP44 (ENSCAFG00845003750) MYOCD (ENSCAFG00845003630) ENSCAFG00845003596 MAP2K4 (ENSCAFG00845003515) ENSCAFG00845003482 ZNF18 (ENSCAFG00845003462) DNAH9 (ENSCAFG00845003182) SHISA6 (ENSCAFG00845002978) PIRT (ENSCAFG00845002937) TMEM238L (ENSCAFG00845002923) ENSCAFG00845002881 Dingo MODERN SPECIES 373 ZNF287 (ENSCAFG00020021790) ENSCAFG00020021799 ENSCAFG00020021801 ENSCAFG00020000105 TRIM16 (ENSCAFG00020000123) ENSCAFG00020000178 ENSCAFG00020000197 CDRT4 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(ENSVVUG00000020764) ENSVVUG00000020763 #22 CHST11 (ENSVVUG00000020761) ENSVVUG00000020758 EID3 (ENSVVUG00000020756) TXNRD1 (ENSVVUG00000020746) ENSVVUG00000020744 SEPT10 (ENSVVUG00000020735) SH3RF3 (ENSVVUG00000020732) EDAR (ENSVVUG00000020721) ENSVVUG00000020719 ENSVVUG00000020716 RANBP2 (ENSVVUG00000014899) LIMS1 (ENSVVUG00000014377) ENSVVUG00000014350 GCC2 (ENSVVUG00000013180) SULT1C4 (ENSVVUG00000013107) Red fox MODERN SPECIES CALHM3 (ENSVVUG00000004548) NEURL1 (ENSVVUG00000004550) SH3PXD2A (ENSVVUG00000004587) ENSVVUG00000004636 SLK (ENSVVUG00000004650) COL17A1 (ENSVVUG00000004707) SFR1 (ENSVVUG00000004758) CFAP43 (ENSVVUG00000004764) ENSVVUG00000004792 GSTO1 (ENSVVUG00000004800) GSTO2 (ENSVVUG00000004830) ITPRIP (ENSVVUG00000004832) CFAP58 (ENSVVUG00000004840) SORCS3 (ENSVVUG00000004978) SORCS1 (ENSVVUG00000005689) ENSVVUG00000007668 #22 XPNPEP1 (ENSVVUG00000007706) ADD3 (ENSVVUG00000007769) MXI1 (ENSVVUG00000007806) SMNDC1 (ENSVVUG00000007820) DUSP5 (ENSVVUG00000007834) SMC3 (ENSVVUG00000007846) RBM20 (ENSVVUG00000007885) PDCD4 (ENSVVUG00000007900) BBIP1 (ENSVVUG00000007926) SHOC2 (ENSVVUG00000007937) ADRA2A (ENSVVUG00000007942) ENSVVUG00000007962 GPAM (ENSVVUG00000007984) TECTB (ENSVVUG00000008133) ACSL5 (ENSVVUG00000008163) Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000154697.b ##9 ENSGT00940000164643 ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.b.t.bb.b #22 ENSGT00960000187108 ENSGT00390000012138.a.b.t.cb #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00950000182878.b.b.k.b ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916.y.a #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 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MCM10 (ENSBMSG00010003151) OPTN (ENSBMSG00010003169) FZD8 (ENSBMSG00010003200) GAD2 (ENSBMSG00010003210) MYO3A (ENSBMSG00010003231) GPR158 (ENSBMSG00010003248) ENSBMSG00010003269 THNSL1 (ENSBMSG00010003276) ENKUR (ENSBMSG00010003285) PRTFDC1 (ENSBMSG00010003299) ARHGAP21 (ENSBMSG00010003323) KIAA1217 (ENSBMSG00010003391) ENSBMSG00010003843 OTUD1 (ENSBMSG00010003848) ENSBMSG00010003856 #22 PTF1A (ENSBMSG00010003904) ENSBMSG00010003915 ARMC3 (ENSBMSG00010003930) PIP4K2A (ENSBMSG00010003968) SPAG6 (ENSBMSG00010003990) BMI1 (ENSBMSG00010004062) COMMD3 (ENSBMSG00010004076) DNAJC1 (ENSBMSG00010004096) ENSBMSG00010004104 MLLT10 (ENSBMSG00010004128) SKIDA1 (ENSBMSG00010004180) ENSBMSG00010004190 ENSBMSG00010004203 #20 NEBL (ENSBMSG00010004247) ENSBMSG00010004405 Suina ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918.a.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000163089.a.a ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00960000187108 ENSGT00390000012138.a.b.t.cb #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916.y.b #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A ENSGT00940000156934 Pig MODERN SPECIES 12 POLR2K (ENSSSCG00000021180) FBXO43 (ENSSSCG00000053859) RGS22 (ENSSSCG00000006069) #10 ENSSSCG00000031418 COX6C (ENSSSCG00000060790) #12 VPS13B (ENSSSCG00000006071) #14 ENSSSCG00000042557 OSR2 (ENSSSCG00000006073) #15 STK3 (ENSSSCG00000006074) #16 ENSSSCG00000041004 KCNS2 (ENSSSCG00000031917) #17 NIPAL2 (ENSSSCG00000031267) #18 POP1 (ENSSSCG00000006078) #19 RIDA (ENSSSCG00000006079) #20 ENSSSCG00000050707 ENSSSCG00000006081 #22 ENSSSCG00000045692 MATN2 (ENSSSCG00000006082) #23 LAPTM4B (ENSSSCG00000006083) #25 MTDH (ENSSSCG00000006084) #26 TSPYL5 (ENSSSCG00000033112) #28 CPQ (ENSSSCG00000006087) #30 SDC2 (ENSSSCG00000006088) #31 PTDSS1 (ENSSSCG00000006089) #32 MTERF3 (ENSSSCG00000006090) #33 UQCRB (ENSSSCG00000055783) #34 GDF6 (ENSSSCG00000034943) #35 ENSSSCG00000049545 CFAP418 (ENSSSCG00000034398) #36 PLEKHF2 (ENSSSCG00000039549) #37 NDUFAF6 (ENSSSCG00000006093) Chacoan peccary MODERN SPECIES 113 ENSCWAG00000014309 #14 ENSCWAG00000014212 #14 OSR2 (ENSCWAG00000014166) #15 STK3 (ENSCWAG00000014054) #16 KCNS2 (ENSCWAG00000014022) #17 NIPAL2 (ENSCWAG00000013768) #18 POP1 (ENSCWAG00000013710) #19 RIDA (ENSCWAG00000013669) #20 ENSCWAG00000013630 RPL30 (ENSCWAG00000013516) #22 MATN2 (ENSCWAG00000013418) #23 LAPTM4B (ENSCWAG00000013348) #25 MTDH (ENSCWAG00000013207) #26 TSPYL5 (ENSCWAG00000013175) #28 CPQ (ENSCWAG00000013136) #30 SDC2 (ENSCWAG00000013078) #31 PTDSS1 (ENSCWAG00000013029) #32 MTERF3 (ENSCWAG00000012957) #33 ENSCWAG00000012911 #34 GDF6 (ENSCWAG00000012867) #35 CFAP418 (ENSCWAG00000012828) #36 PLEKHF2 (ENSCWAG00000012800) #37 NDUFAF6 (ENSCWAG00000012622) TP53INP1 (ENSCWAG00000012557) CCNE2 (ENSCWAG00000012395) Boreoeutheria DUPLICATION Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 144 ENSGT00940000168918 ENSGT00390000012138.a.b.s.a ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 134 ENSGT00940000168918 ENSGT00390000012138.a.b.s.a ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 128 ENSGT00940000168918 ENSGT00390000012138.a.b.s.a ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES 126 ENSGT00940000168918 ENSGT00390000012138.a.b.s.a ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES 133 ENSGT00940000168918 ENSGT00390000012138.a.b.s.a ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.a ##22 Sciuridae DUPLICATION Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.a.a ##22 Eurasian red squirrel DUPLICATION Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 4 ENSSVLG00005015580 ENSSVLG00005015637 CEP192 (ENSSVLG00005015752) ENSSVLG00005016137 LDLRAD4 (ENSSVLG00005016184) FAM210A (ENSSVLG00005016306) RNMT (ENSSVLG00005016346) MC5R (ENSSVLG00005005340) MC2R (ENSSVLG00005005361) ENSSVLG00005005381 ENSSVLG00005005478 FBP2 (ENSSVLG00005005833) FBP1 (ENSSVLG00005005878) AOPEP (ENSSVLG00005005936) FANCC (ENSSVLG00005006217) ENSSVLG00005006388 ##22 PTCH1 (ENSSVLG00005006529) ERCC6L2 (ENSSVLG00005007060) HSD17B3 (ENSSVLG00005007249) SLC35D2 (ENSSVLG00005007372) ZNF367 (ENSSVLG00005007498) HABP4 (ENSSVLG00005007550) ENSSVLG00005007732 ENSSVLG00005008017 ZNF510 (ENSSVLG00005008057) ENSSVLG00005008085 ZNF782 (ENSSVLG00005008114) ENSSVLG00005008130 ENSSVLG00005008143 ENSSVLG00005008172 CTSV (ENSSVLG00005008235) Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 12 UBXN4 (ENSSVLG00005002201) ENSSVLG00005002116 ENSSVLG00005002069 ZRANB3 (ENSSVLG00005002019) RAB3GAP1 (ENSSVLG00005001809) ENSSVLG00005001704 MAP3K19 (ENSSVLG00005001601) CCNT2 (ENSSVLG00005001535) ACMSD (ENSSVLG00005001482) ENSSVLG00005001460 TMEM163 (ENSSVLG00005001446) MGAT5 (ENSSVLG00005001430) NCKAP5 (ENSSVLG00005001316) LYPD1 (ENSSVLG00005001165) GPR39 (ENSSVLG00005001131) ENSSVLG00005001116 ##22 ENSSVLG00005001047 ENSSVLG00005000990 ENSSVLG00005000959 ENSSVLG00005000918 DPP10 (ENSSVLG00005000789) ENSSVLG00005000672 ENSSVLG00005000638 ENSSVLG00005000613 CCDC93 (ENSSVLG00005000586) INSIG2 (ENSSVLG00005000562) EN1 (ENSSVLG00005000531) MARCO (ENSSVLG00005000500) C1QL2 (ENSSVLG00005000478) STEAP3 (ENSSVLG00005000464) C2orf76 (ENSSVLG00005000450) Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.a.a ##22 Alpin marmot MODERN SPECIES 18 ANKRD46 (ENSMMMG00000016148) RNF19A (ENSMMMG00000016129) #7 ENSMMMG00000016121 #9 ENSMMMG00000016116 ##9 ENSMMMG00000016111 FBXO43 (ENSMMMG00000016105) RGS22 (ENSMMMG00000016089) #10 COX6C (ENSMMMG00000016076) #12 VPS13B (ENSMMMG00000016018) #14 OSR2 (ENSMMMG00000015987) #15 STK3 (ENSMMMG00000015954) #16 KCNS2 (ENSMMMG00000015951) #17 NIPAL2 (ENSMMMG00000015942) #18 POP1 (ENSMMMG00000015905) #19 RIDA (ENSMMMG00000015899) #20 ENSMMMG00000015872 ##22 MATN2 (ENSMMMG00000015779) #23 LAPTM4B (ENSMMMG00000015757) #25 ENSMMMG00000015749 MTDH (ENSMMMG00000015702) #26 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00390000008918.a.b ENSGT00940000154697.b ##9 ENSGT00390000008918.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 ENSGT00390000012138.a.b.s.a.b ##22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A ENSGT00940000156934 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES ENSSVLG00005002835 #12 ENSSVLG00005002823 ENSSVLG00005002811 ENSSVLG00005002798 ENSSVLG00005002791 VPS13B (ENSSVLG00005002505) #14 OSR2 (ENSSVLG00005002406) #15 STK3 (ENSSVLG00005002365) #16 KCNS2 (ENSSVLG00005002345) #17 NIPAL2 (ENSSVLG00005002294) #18 POP1 (ENSSVLG00005002246) #19 ENSSVLG00005002234 #20 ERICH5 (ENSSVLG00005002215) ENSSVLG00005002202 ENSSVLG00005002192 #34 ENSSVLG00005002166 ##22 MATN2 (ENSSVLG00005002132) #23 LAPTM4B (ENSSVLG00005002108) #25 ENSSVLG00005002092 ENSSVLG00005002083 ENSSVLG00005002034 #26 TSPYL5 (ENSSVLG00005002014) #28 CPQ (ENSSVLG00005001998) #30 SDC2 (ENSSVLG00005001979) #31 PTDSS1 (ENSSVLG00005001955) #32 MTERF3 (ENSSVLG00005001923) #33 ENSSVLG00005001896 #34 GDF6 (ENSSVLG00005001881) #35 CFAP418 (ENSSVLG00005001864) #36 ENSSVLG00005001851 #37 ENSSVLG00005001825 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.a.b ##22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.a.b ##22 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 1 FBXO43 (ENSUPAG00010012872) RGS22 (ENSUPAG00010012884) #10 ENSUPAG00010012936 #12 VPS13B (ENSUPAG00010012963) #14 ENSUPAG00010013083 ENSUPAG00010013097 ENSUPAG00010013107 ENSUPAG00010013114 OSR2 (ENSUPAG00010013120) #15 STK3 (ENSUPAG00010013132) #16 KCNS2 (ENSUPAG00010013167) #17 NIPAL2 (ENSUPAG00010013172) #18 POP1 (ENSUPAG00010013195) #19 RIDA (ENSUPAG00010013221) #20 ERICH5 (ENSUPAG00010013227) ENSUPAG00010013235 ##22 MATN2 (ENSUPAG00010013247) #23 LAPTM4B (ENSUPAG00010013282) #25 MTDH (ENSUPAG00010013325) #26 TSPYL5 (ENSUPAG00010013417) #28 CPQ (ENSUPAG00010013448) #30 SDC2 (ENSUPAG00010013453) #31 PTDSS1 (ENSUPAG00010013461) #32 MTERF3 (ENSUPAG00010013471) #33 ENSUPAG00010013496 #34 GDF6 (ENSUPAG00010013503) #35 ENSUPAG00010013507 CFAP418 (ENSUPAG00010013512) #36 ENSUPAG00010013522 NDUFAF6 (ENSUPAG00010013528) ENSUPAG00010013541 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES 143 ENSGT00940000168918 ENSGT00390000012138.a.b.s.a ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES 150 ENSGT00940000168918 ENSGT00390000012138.a.b.s.a ##22 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 96 Rnf19a (ENSJJAG00000012255) #7 Spag1 (ENSJJAG00000014363) #9 ENSJJAG00000000271 Fbxo43 (ENSJJAG00000007559) Rgs22 (ENSJJAG00000011143) #10 ENSJJAG00000019740 #12 Vps13b (ENSJJAG00000017780) #14 Osr2 (ENSJJAG00000012336) #15 ENSJJAG00000012640 Stk3 (ENSJJAG00000019016) #16 Kcns2 (ENSJJAG00000021215) #17 Nipal2 (ENSJJAG00000000450) #18 ENSJJAG00000010693 Pop1 (ENSJJAG00000013325) #19 ENSJJAG00000020177 ENSJJAG00000021232 ##22 Matn2 (ENSJJAG00000022386) #23 ENSJJAG00000012241 ENSJJAG00000014247 #25 Mtdh (ENSJJAG00000017818) #26 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00940000164643 ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.b.s.b ##22 ENSGT00390000012138.a.b.s.a ##22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a.d #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A ENSGT00940000156934 Rabbit MODERN SPECIES 14 RNF19A (ENSOCUG00000001892) #7 SPAG1 (ENSOCUG00000001879) #9 ENSOCUG00000029376 FBXO43 (ENSOCUG00000008776) RGS22 (ENSOCUG00000031074) #10 ENSOCUG00000039216 #12 VPS13B (ENSOCUG00000008725) #14 OSR2 (ENSOCUG00000022383) #15 ENSOCUG00000011503 STK3 (ENSOCUG00000004545) #16 KCNS2 (ENSOCUG00000004540) #17 ENSOCUG00000017407 #18 POP1 (ENSOCUG00000017400) #19 ENSOCUG00000035058 #20 ENSOCUG00000017391 RPL30 (ENSOCUG00000017386) ##22 MATN2 (ENSOCUG00000017377) #23 LAPTM4B (ENSOCUG00000013689) #25 MTDH (ENSOCUG00000011400) #26 ENSOCUG00000031706 TSPYL5 (ENSOCUG00000009903) #28 CPQ (ENSOCUG00000014385) #30 ENSOCUG00000002662 #31 ENSOCUG00000038859 PTDSS1 (ENSOCUG00000004281) #32 MTERF3 (ENSOCUG00000004276) #33 ENSOCUG00000008113 #34 ENSOCUG00000038874 GDF6 (ENSOCUG00000008104) #35 ENSOCUG00000034200 CFAP418 (ENSOCUG00000001062) #36 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.b ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.b ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.b ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.b ##22 Sciuridae DUPLICATION Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.b.a ##22 Marmotini DUPLICATION Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.b.a.a ##22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.b.a.a ##22 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 115 CD302 (ENSUPAG00010010269) LY75 (ENSUPAG00010010296) PLA2R1 (ENSUPAG00010010361) ITGB6 (ENSUPAG00010010387) RBMS1 (ENSUPAG00010010472) TANK (ENSUPAG00010010506) PSMD14 (ENSUPAG00010010854) TBR1 (ENSUPAG00010010872) SLC4A10 (ENSUPAG00010010878) DPP4 (ENSUPAG00010010955) GCG (ENSUPAG00010010985) FAP (ENSUPAG00010010995) IFIH1 (ENSUPAG00010011293) GCA (ENSUPAG00010011373) KCNH7 (ENSUPAG00010011384) ENSUPAG00010011453 ##22 FIGN (ENSUPAG00010011456) ENSUPAG00010011460 COBLL1 (ENSUPAG00010011467) SLC38A11 (ENSUPAG00010011606) Alpin marmot MODERN SPECIES 5 PLA2R1 (ENSMMMG00000022670) ITGB6 (ENSMMMG00000022686) RBMS1 (ENSMMMG00000022695) TANK (ENSMMMG00000022709) PSMD14 (ENSMMMG00000022716) TBR1 (ENSMMMG00000022720) ENSMMMG00000022721 SLC4A10 (ENSMMMG00000022733) DPP4 (ENSMMMG00000022753) GCG (ENSMMMG00000022763) FAP (ENSMMMG00000022776) IFIH1 (ENSMMMG00000022929) GCA (ENSMMMG00000022948) KCNH7 (ENSMMMG00000022962) ENSMMMG00000022982 ENSMMMG00000022985 ##22 FIGN (ENSMMMG00000022998) GRB14 (ENSMMMG00000023017) COBLL1 (ENSMMMG00000023077) SLC38A11 (ENSMMMG00000023091) ENSMMMG00000023097 ENSMMMG00000023102 SCN3A (ENSMMMG00000023103) SCN2A (ENSMMMG00000023120) CSRNP3 (ENSMMMG00000023157) GALNT3 (ENSMMMG00000023162) TTC21B (ENSMMMG00000023166) SCN1A (ENSMMMG00000023199) SCN9A (ENSMMMG00000023238) SCN7A (ENSMMMG00000023276) ENSMMMG00000023290 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.b.a.b ##22 Alpin marmot MODERN SPECIES 39 ENSMMMG00000015404 UQCRFS1 (ENSMMMG00000015406) ENSMMMG00000015412 HELLS (ENSMMMG00000015420) ENSMMMG00000015457 ENSMMMG00000015802 ENSMMMG00000015815 ENSMMMG00000015832 ENSMMMG00000015871 ENSMMMG00000015880 ENSMMMG00000015885 ENSMMMG00000015904 ENSMMMG00000015916 ENSMMMG00000016378 ENSMMMG00000019876 ENSMMMG00000019886 ##22 PDLIM1 (ENSMMMG00000019890) SORBS1 (ENSMMMG00000019903) ALDH18A1 (ENSMMMG00000021245) TCTN3 (ENSMMMG00000021260) ENSMMMG00000021275 ENSMMMG00000021285 CC2D2B (ENSMMMG00000021316) ENSMMMG00000021357 ZNF518A (ENSMMMG00000021365) BLNK (ENSMMMG00000021371) DNTT (ENSMMMG00000021389) OPALIN (ENSMMMG00000021401) TLL2 (ENSMMMG00000021409) ENSMMMG00000021418 PIK3AP1 (ENSMMMG00000021426) Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 2 BEST1 (ENSSVLG00005006784) ENSSVLG00005006740 ENSSVLG00005006675 ENSSVLG00005006645 ASRGL1 (ENSSVLG00005006616) SCGB1A1 (ENSSVLG00005006566) AHNAK (ENSSVLG00005006485) EEF1G (ENSSVLG00005006436) TUT1 (ENSSVLG00005006406) MTA2 (ENSSVLG00005006257) EML3 (ENSSVLG00005005947) ROM1 (ENSSVLG00005005903) B3GAT3 (ENSSVLG00005005875) GANAB (ENSSVLG00005005602) INTS5 (ENSSVLG00005005530) ENSSVLG00005005515 ##22 ENSSVLG00005005456 CSKMT (ENSSVLG00005005417) UQCC3 (ENSSVLG00005005402) UBXN1 (ENSSVLG00005005341) LRRN4CL (ENSSVLG00005005319) GNG3 (ENSSVLG00005005306) BSCL2 (ENSSVLG00005005272) HNRNPUL2 (ENSSVLG00005005186) TTC9C (ENSSVLG00005005141) ZBTB3 (ENSSVLG00005005114) POLR2G (ENSSVLG00005005070) TAF6L (ENSSVLG00005005050) TMEM179B (ENSSVLG00005005020) TMEM223 (ENSSVLG00005005000) NXF1 (ENSSVLG00005004975) Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.b.b ##22 Marmotini DUPLICATION Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.b.b.a ##22 Alpin marmot MODERN SPECIES 9 TXK (ENSMMMG00000019614) TEC (ENSMMMG00000019700) SLAIN2 (ENSMMMG00000019758) ENSMMMG00000019763 ENSMMMG00000019771 FRYL (ENSMMMG00000019781) OCIAD1 (ENSMMMG00000019868) OCIAD2 (ENSMMMG00000019984) CWH43 (ENSMMMG00000019997) DCUN1D4 (ENSMMMG00000020029) LRRC66 (ENSMMMG00000020043) SGCB (ENSMMMG00000020055) ENSMMMG00000020059 ENSMMMG00000020060 USP46 (ENSMMMG00000020069) ENSMMMG00000020086 ##22 ENSMMMG00000020094 RASL11B (ENSMMMG00000020096) SCFD2 (ENSMMMG00000020102) ENSMMMG00000020140 LNX1 (ENSMMMG00000020305) CHIC2 (ENSMMMG00000020457) GSX2 (ENSMMMG00000020460) PDGFRA (ENSMMMG00000020466) KIT (ENSMMMG00000020518) KDR (ENSMMMG00000020555) SRD5A3 (ENSMMMG00000020584) TMEM165 (ENSMMMG00000020591) CLOCK (ENSMMMG00000020601) PDCL2 (ENSMMMG00000020666) NMU (ENSMMMG00000020691) Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.b.b.a ##22 Squirrel MODERN SPECIES 82 TXK (ENSSTOG00000015802) TEC (ENSSTOG00000015809) SLAIN2 (ENSSTOG00000007212) SLC10A4 (ENSSTOG00000027820) ZAR1 (ENSSTOG00000031847) FRYL (ENSSTOG00000007280) OCIAD1 (ENSSTOG00000014963) OCIAD2 (ENSSTOG00000014971) CWH43 (ENSSTOG00000014976) DCUN1D4 (ENSSTOG00000013799) LRRC66 (ENSSTOG00000022844) SGCB (ENSSTOG00000004569) ENSSTOG00000032283 ENSSTOG00000004581 USP46 (ENSSTOG00000012149) ENSSTOG00000033365 ##22 RASL11B (ENSSTOG00000027610) SCFD2 (ENSSTOG00000012162) ENSSTOG00000012166 LNX1 (ENSSTOG00000012178) CHIC2 (ENSSTOG00000023668) GSX2 (ENSSTOG00000023286) PDGFRA (ENSSTOG00000011314) KIT (ENSSTOG00000000752) KDR (ENSSTOG00000016171) SRD5A3 (ENSSTOG00000016177) TMEM165 (ENSSTOG00000025897) CLOCK (ENSSTOG00000016179) PDCL2 (ENSSTOG00000006124) NMU (ENSSTOG00000006143) ENSSTOG00000033766 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.b.b.b ##22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.b.b.b ##22 Squirrel MODERN SPECIES 151 ENSSTOG00000033385 CNTN5 (ENSSTOG00000003745) ARHGAP42 (ENSSTOG00000010760) PGR (ENSSTOG00000020694) TRPC6 (ENSSTOG00000003077) CEP126 (ENSSTOG00000004605) CFAP300 (ENSSTOG00000011163) YAP1 (ENSSTOG00000004960) BIRC3 (ENSSTOG00000005734) ENSSTOG00000005754 ENSSTOG00000026499 ##22 TMEM123 (ENSSTOG00000032785) MMP7 (ENSSTOG00000027961) MMP20 (ENSSTOG00000023437) MMP27 (ENSSTOG00000008513) MMP8 (ENSSTOG00000008539) ENSSTOG00000008555 MMP1 (ENSSTOG00000008571) MMP3 (ENSSTOG00000008584) MMP12 (ENSSTOG00000008600) MMP13 (ENSSTOG00000008612) DCUN1D5 (ENSSTOG00000013580) DYNC2H1 (ENSSTOG00000026849) DDI1 (ENSSTOG00000004248) PDGFD (ENSSTOG00000004230) ENSSTOG00000002855 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 9 COG7 (ENSSVLG00005025944) SCNN1B (ENSSVLG00005025943) SCNN1G (ENSSVLG00005025942) ENSSVLG00005025941 HS3ST2 (ENSSVLG00005025940) OTOA (ENSSVLG00005025939) IGSF6 (ENSSVLG00005025938) ENSSVLG00005025937 ENSSVLG00005025936 CDR2 (ENSSVLG00005025935) POLR3E (ENSSVLG00005025934) EEF2K (ENSSVLG00005025932) SDR42E2 (ENSSVLG00005025931) VWA3A (ENSSVLG00005025930) ENSSVLG00005025929 ENSSVLG00005025928 ##22 MOSMO (ENSSVLG00005025927) PDZD9 (ENSSVLG00005025926) ENSSVLG00005025925 ENSSVLG00005025924 ENSSVLG00005025923 ENSSVLG00005025920 ENSSVLG00005025807 ENSSVLG00005025670 ENSSVLG00005025515 CRYM (ENSSVLG00005025461) ANKS4B (ENSSVLG00005025451) ZP2 (ENSSVLG00005025409) LDAF1 (ENSSVLG00005025380) DNAH3 (ENSSVLG00005025153) LYRM1 (ENSSVLG00005024958) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.b ##22 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 78 ENSJJAG00000006263 ENSJJAG00000011589 Pou3f2 (ENSJJAG00000018563) Fbxl4 (ENSJJAG00000020055) ENSJJAG00000013294 ENSJJAG00000022306 ENSJJAG00000013919 ENSJJAG00000014861 ENSJJAG00000021880 ENSJJAG00000022314 ENSJJAG00000010604 Usp45 (ENSJJAG00000014836) ENSJJAG00000006075 ENSJJAG00000012978 ENSJJAG00000011362 ENSJJAG00000014057 ##22 Prdm13 (ENSJJAG00000017076) ENSJJAG00000018345 Ascc3 (ENSJJAG00000022570) ENSJJAG00000009659 Grik2 (ENSJJAG00000019973) ENSJJAG00000023039 ENSJJAG00000000658 Hace1 (ENSJJAG00000013574) Lin28b (ENSJJAG00000011024) Bves (ENSJJAG00000012371) Popdc3 (ENSJJAG00000014670) Prep (ENSJJAG00000020209) Prdm1 (ENSJJAG00000023075) Atg5 (ENSJJAG00000015537) ENSJJAG00000017114 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00940000164643 ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.b.s.b ##22 ENSGT00390000012138.a.b.s.a ##22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a.d #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A Pika MODERN SPECIES 1169 STK3 (ENSOPRG00000007716) #16 KCNS2 (ENSOPRG00000007713) #17 NIPAL2 (ENSOPRG00000007694) #18 POP1 (ENSOPRG00000007667) #19 RIDA (ENSOPRG00000007660) #20 ENSOPRG00000007651 RPL30 (ENSOPRG00000007644) ##22 MATN2 (ENSOPRG00000007611) #23 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.b ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.b ##22 Camelidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.b ##22 Arabian camel MODERN SPECIES 34 IYD (ENSCDRG00005020897) PPP1R14C (ENSCDRG00005020905) ENSCDRG00005020920 ENSCDRG00005020939 LRP11 (ENSCDRG00005020953) PCMT1 (ENSCDRG00005020971) NUP43 (ENSCDRG00005020981) ENSCDRG00005020991 LATS1 (ENSCDRG00005020994) KATNA1 (ENSCDRG00005021003) GINM1 (ENSCDRG00005021015) ENSCDRG00005021020 PPIL4 (ENSCDRG00005021029) ENSCDRG00005021043 TAB2 (ENSCDRG00005021050) ENSCDRG00005021056 ##22 UST (ENSCDRG00005021059) SASH1 (ENSCDRG00005021072) SAMD5 (ENSCDRG00005021089) STXBP5 (ENSCDRG00005006654) ADGB (ENSCDRG00005007210) RAB32 (ENSCDRG00005007512) GRM1 (ENSCDRG00005007541) SHPRH (ENSCDRG00005007963) FBXO30 (ENSCDRG00005008270) EPM2A (ENSCDRG00005008431) ENSCDRG00005008445 UTRN (ENSCDRG00005008477) STX11 (ENSCDRG00005008902) SF3B5 (ENSCDRG00005009010) PLAGL1 (ENSCDRG00005009030) Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.b ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.b ##22 Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.b ##22 Panthera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.b ##22 Panthera_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.b ##22 lion MODERN SPECIES 15 ZNF507 (ENSPLOG00000011521) TSHZ3 (ENSPLOG00000011553) ZNF536 (ENSPLOG00000011645) URI1 (ENSPLOG00000011692) CCNE1 (ENSPLOG00000011784) C19orf12 (ENSPLOG00000011863) PLEKHF1 (ENSPLOG00000011934) POP4 (ENSPLOG00000011961) VSTM2B (ENSPLOG00000012006) UQCRFS1 (ENSPLOG00000012069) SHCBP1 (ENSPLOG00000012099) VPS35 (ENSPLOG00000012152) ORC6 (ENSPLOG00000012223) MYLK3 (ENSPLOG00000012295) C16orf87 (ENSPLOG00000012519) ENSPLOG00000012572 ##22 GPT2 (ENSPLOG00000012599) DNAJA2 (ENSPLOG00000012673) ENSPLOG00000012756 NETO2 (ENSPLOG00000012794) ITFG1 (ENSPLOG00000012963) PHKB (ENSPLOG00000013220) ABCC12 (ENSPLOG00000013608) ABCC11 (ENSPLOG00000013941) LONP2 (ENSPLOG00000014544) ENSPLOG00000014631 N4BP1 (ENSPLOG00000014675) CBLN1 (ENSPLOG00000014707) C16orf78 (ENSPLOG00000014751) ZNF423 (ENSPLOG00000014807) CNEP1R1 (ENSPLOG00000014960) Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.b ##22 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.b ##22 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.s.b ##22 Dingo MODERN SPECIES 307 POLR3B (ENSCAFG00020005062) TCP11L2 (ENSCAFG00020005088) ENSCAFG00020005089 CKAP4 (ENSCAFG00020005091) NUAK1 (ENSCAFG00020005117) ENSCAFG00020005124 ENSCAFG00020005179 ENSCAFG00020005182 APPL2 (ENSCAFG00020005205) ENSCAFG00020005219 ENSCAFG00020005405 ALDH1L2 (ENSCAFG00020005589) NOPCHAP1 (ENSCAFG00020008807) SLC41A2 (ENSCAFG00020008812) CHST11 (ENSCAFG00020008839) ENSCAFG00020008840 ##22 TXNRD1 (ENSCAFG00020008902) EID3 (ENSCAFG00020009133) ENSCAFG00020009137 SOWAHC (ENSCAFG00020009159) SEPTIN10 (ENSCAFG00020009161) SH3RF3 (ENSCAFG00020009205) ENSCAFG00020009210 EDAR (ENSCAFG00020009241) CCDC138 (ENSCAFG00020009293) RANBP2 (ENSCAFG00020009314) ENSCAFG00020009963 LIMS1 (ENSCAFG00020009974) ENSCAFG00020009978 GCC2 (ENSCAFG00020010012) SULT1C4 (ENSCAFG00020010339) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00940000154697.b ##9 ENSGT00940000164643 ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000163089 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.b #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A ENSGT00940000156934 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b #22 Sloth MODERN SPECIES 13682 ENSCHOG00000006312 #22 Armadillo DUPLICATION Armadillo MODERN SPECIES 4504 LMBRD1 (ENSDNOG00000007818) ENSDNOG00000038899 COL19A1 (ENSDNOG00000015985) COL9A1 (ENSDNOG00000015999) FAM135A (ENSDNOG00000008711) SDHAF4 (ENSDNOG00000011171) SMAP1 (ENSDNOG00000004919) ENSDNOG00000033399 B3GAT2 (ENSDNOG00000047443) ENSDNOG00000040264 #22 OGFRL1 (ENSDNOG00000011912) Armadillo MODERN SPECIES 1520 PTPRC (ENSDNOG00000048395) ENSDNOG00000049774 #22 ENSDNOG00000036917 NR5A2 (ENSDNOG00000047241) ENSDNOG00000048196 ZNF281 (ENSDNOG00000016981) KIF14 (ENSDNOG00000015344) DDX59 (ENSDNOG00000017948) Armadillo MODERN SPECIES 4791 ZNF837 (ENSDNOG00000032168) ENSDNOG00000043049 ENSDNOG00000043376 ZNF8 (ENSDNOG00000013751) ZNF544 (ENSDNOG00000045221) ZNF274 (ENSDNOG00000032910) ENSDNOG00000040979 ZNF329 (ENSDNOG00000007169) ENSDNOG00000034933 ENSDNOG00000035183 ENSDNOG00000041593 #22 ENSDNOG00000044617 ZNF606 (ENSDNOG00000034637) ENSDNOG00000033501 ENSDNOG00000014619 ENSDNOG00000042263 ENSDNOG00000041181 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00530000063692.a ENSGT00390000008918.b ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 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(ENSLAFG00000016335) ZBTB7C (ENSLAFG00000003436) SMAD2 (ENSLAFG00000000143) SKOR2 (ENSLAFG00000020778) Elephant MODERN SPECIES 567 ENSLAFG00000026949 PABPC1 (ENSLAFG00000013994) SNX31 (ENSLAFG00000013988) ANKRD46 (ENSLAFG00000013984) RNF19A (ENSLAFG00000004783) #7 SPAG1 (ENSLAFG00000014900) #9 FBXO43 (ENSLAFG00000009433) COX6C (ENSLAFG00000009430) #12 VPS13B (ENSLAFG00000009422) #14 OSR2 (ENSLAFG00000009420) #15 STK3 (ENSLAFG00000005346) #16 NIPAL2 (ENSLAFG00000007053) #18 POP1 (ENSLAFG00000010770) #19 RIDA (ENSLAFG00000002078) #20 ERICH5 (ENSLAFG00000021626) ENSLAFG00000002077 #22 MATN2 (ENSLAFG00000005628) #23 LAPTM4B (ENSLAFG00000005622) #25 MTDH (ENSLAFG00000003855) #26 TSPYL5 (ENSLAFG00000001732) #28 CPQ (ENSLAFG00000018608) #30 SDC2 (ENSLAFG00000011079) #31 PTDSS1 (ENSLAFG00000000061) #32 MTERF3 (ENSLAFG00000002544) #33 UQCRB (ENSLAFG00000002542) #34 GDF6 (ENSLAFG00000002540) #35 CFAP418 (ENSLAFG00000003348) #36 PLEKHF2 (ENSLAFG00000021700) #37 NDUFAF6 (ENSLAFG00000007444) TP53INP1 (ENSLAFG00000001509) CCNE2 (ENSLAFG00000001507) Marsupialia ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918 ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000163089 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 ENSGT00940000168918 ENSGT00390000012138.a.b #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A ENSGT00940000156934 ENSGT00390000007597 Opossum MODERN SPECIES 2 AGO2 (ENSMODG00000000748) CHRAC1 (ENSMODG00000044477) TRAPPC9 (ENSMODG00000024422) ENSMODG00000024423 KCNK9 (ENSMODG00000000764) ENSMODG00000000768 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(ENSVURG00010013903) Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183212.A ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918 ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000167005 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000012138.a.b #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT01100000264651 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A ENSGT00940000156934 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00950000183212.A ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918 ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000167005 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ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A ENSGT00940000156934 ENSGT00390000007597 Elapidae ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00950000183212.A ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918 ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00990000212994 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000012138.a.b #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A ENSGT00940000156934 ENSGT00390000007597 Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES 42 ENSGT01100000263551.a ENSGT00940000158657 ENSGT00390000016247 ENSGT00940000158793 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ENSGT00950000182787.E.d.e.b ENSGT00390000015164 ENSGT00940000158973.b ENSGT00940000158444 ENSGT00940000166166 ENSGT00950000182926.b.c ENSGT01030000234539.b.b.a ENSGT00950000183125.b.a.a ENSGT00990000213324 ENSGT00950000182943.kb.b.a.a.d.a.a.a ENSGT00950000182943.kb.b.a.a.d.a.b ENSGT00940000154078.a.b ENSGT00940000155068.b ENSGT00940000159352 ENSGT00390000012859 Mainland tiger snake MODERN SPECIES 37 ENSNSUG00000004213 HEPACAM (ENSNSUG00000004113) SLC37A2 (ENSNSUG00000003679) PKNOX2 (ENSNSUG00000003671) FEZ1 (ENSNSUG00000003670) ELMOD3 (ENSNSUG00000003667) ENSNSUG00000003665 TCF7L1 (ENSNSUG00000003494) ENSNSUG00000003484 ENSNSUG00000003481 ENSNSUG00000003461 CAPG (ENSNSUG00000003457) AEBP1 (ENSNSUG00000003406) POLD2 (ENSNSUG00000003394) MYL7 (ENSNSUG00000003392) ENSNSUG00000003390 #22 GCK (ENSNSUG00000003385) YKT6 (ENSNSUG00000003384) CAMK2B (ENSNSUG00000003357) NUDCD3 (ENSNSUG00000003353) ENSNSUG00000003333 ENSNSUG00000003332 ENSNSUG00000003331 ZMIZ2 (ENSNSUG00000003327) ENSNSUG00000003325 OGDH (ENSNSUG00000002373) ENSNSUG00000002367 ENSNSUG00000002365 ENSNSUG00000002363 ENSNSUG00000002361 ENSNSUG00000002359 Blue-lipped sea krait MODERN SPECIES 9403 MYL7 (ENSLLTG00000011544) ENSLLTG00000011534 #22 GCK (ENSLLTG00000011511) Indian cobra DUPLICATION Indian cobra MODERN SPECIES 7 ENSNNAG00000006912 SLC37A2 (ENSNNAG00000006788) TMEM218 (ENSNNAG00000006731) PKNOX2 (ENSNNAG00000006698) FEZ1 (ENSNNAG00000006661) ELMOD3 (ENSNNAG00000006637) ENSNNAG00000006608 ENSNNAG00000006482 TCF7L1 (ENSNNAG00000006454) DBNL (ENSNNAG00000006390) ENSNNAG00000006283 CAPG (ENSNNAG00000006230) AEBP1 (ENSNNAG00000005639) POLD2 (ENSNNAG00000005514) MYL7 (ENSNNAG00000005496) ENSNNAG00000005486 #22 GCK (ENSNNAG00000005437) YKT6 (ENSNNAG00000005418) CAMK2B (ENSNNAG00000005316) NUDCD3 (ENSNNAG00000005265) PGAM2 (ENSNNAG00000005235) ENSNNAG00000005219 ZMIZ2 (ENSNNAG00000005151) OGDH (ENSNNAG00000004998) ENSNNAG00000004964 ENSNNAG00000004932 LZTS1 (ENSNNAG00000004911) ATP6V1B2 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(ENSNNAG00000007915) INTS8 (ENSNNAG00000007273) Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00950000183212.A ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918 ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000167005 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000012138.a.b #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT01100000264651 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A ENSGT00940000156934 Cryptodira ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00950000183212.A ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918 ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000167005 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000012138.a.b #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT01100000264651 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A ENSGT00940000156934 Chinese turtle MODERN SPECIES 1163 ENSPSIG00000011518 #14 ENSPSIG00000011774 OSR2 (ENSPSIG00000011787) #15 ENSPSIG00000011830 #16 ENSPSIG00000011833 #16 KCNS2 (ENSPSIG00000000060) #17 NIPAL2 (ENSPSIG00000011848) #18 POP1 (ENSPSIG00000012343) #19 RIDA (ENSPSIG00000013279) #20 RPL30 (ENSPSIG00000013347) #22 MATN2 (ENSPSIG00000013370) #23 LAPTM4B (ENSPSIG00000014994) #25 MTDH (ENSPSIG00000015014) #26 ENSPSIG00000015171 #30 ENSPSIG00000015180 #30 ENSPSIG00000015268 SDC2 (ENSPSIG00000015415) #31 PTDSS1 (ENSPSIG00000015733) #32 MTERF3 (ENSPSIG00000016455) #33 Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b #22 Emydidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b #22 painted turtle MODERN SPECIES 709 DUSP26 (ENSCPBG00000000135) RNF122 (ENSCPBG00000000141) TTI2 (ENSCPBG00000000155) MAK16 (ENSCPBG00000000176) SLC18A1 (ENSCPBG00000000219) ATP6V1B2 (ENSCPBG00000000443) LZTS1 (ENSCPBG00000000471) GFRA2 (ENSCPBG00000000574) ENSCPBG00000000613 #22 DOK2 (ENSCPBG00000000627) ENSCPBG00000000653 XPO7 (ENSCPBG00000000811) PBDC1 (ENSCPBG00000000856) FGF17 (ENSCPBG00000000869) DMTN (ENSCPBG00000000901) ENSCPBG00000000930 FHIP2B (ENSCPBG00000000953) NUDT18 (ENSCPBG00000000974) HR (ENSCPBG00000001011) REEP4 (ENSCPBG00000001072) LGI3 (ENSCPBG00000001091) SFTPC (ENSCPBG00000001112) BMP1 (ENSCPBG00000001275) PHYHIP (ENSCPBG00000001301) Archosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183212.A ENSGT00940000157094 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ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918 ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000167005 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000012138.a.b #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A ENSGT00940000156934 ENSGT00390000007597 Flycatcher MODERN SPECIES 11 ANKRD46 (ENSFALG00000024541) RNF19A (ENSFALG00000005815) #7 SPAG1 (ENSFALG00000005801) #9 POLR2K (ENSFALG00000025497) FBXO43 (ENSFALG00000005784) ENSFALG00000025247 RGS22 (ENSFALG00000005772) #10 ENSFALG00000005766 VPS13B (ENSFALG00000005746) #14 OSR2 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MTDH (ENSGFOG00000012594) #26 CPQ (ENSGFOG00000012591) #30 Passeroidea ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000153773.b ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918 ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000167005 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000012138.a.b #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A ENSGT00940000156934 ENSGT00390000007597 Common canary DUPLICATION Common canary MODERN SPECIES ENSSCAG00000004402 ANKRD46 (ENSSCAG00000004395) RNF19A (ENSSCAG00000004382) #7 SPAG1 (ENSSCAG00000004335) #9 POLR2K 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ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT00940000160140.a.b ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000161029 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00980000199297 ENSGT00510000048688 ENSGT01030000234566.e.a Reedfish MODERN SPECIES 4 CNDP1 (ENSECRG00000020687) cndp1 (ENSECRG00000020772) cndp2 (ENSECRG00000020940) ENSECRG00000020970 ENSECRG00000020987 ENSECRG00000021000 ATAD2 (ENSECRG00000021029) wdyhv1 (ENSECRG00000021075) psma2b (ENSECRG00000021101) mrpl32 (ENSECRG00000021136) ENSECRG00000021143 ENSECRG00000021150 sdha (ENSECRG00000021166) ccdc127a (ENSECRG00000021187) ENSECRG00000021204 rpl30 (ENSECRG00000021220) #22 MATN2 (ENSECRG00000021239) #23 laptm4b (ENSECRG00000021265) #25 mtdha (ENSECRG00000021287) ##26 CPQ (ENSECRG00000021297) #30 sdc2 (ENSECRG00000021311) #31 ENSECRG00000021327 ptdss1a (ENSECRG00000021349) #32 mterf3 (ENSECRG00000021372) #33 uqcrb (ENSECRG00000021382) #34 gdf6b (ENSECRG00000021391) CFAP418 (ENSECRG00000021400) #36 ENSECRG00000021435 plekhf2 (ENSECRG00000021506) #37 ENSECRG00000021513 lrrc14b (ENSECRG00000021520) Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 90 ENSGT00940000153393.A ENSGT00390000000781 ENSGT00940000162435 ENSGT00940000158862 ENSGT00390000008918 ENSGT00530000063692.a ENSGT00940000172596 ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.A ##16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000012138.a.b #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.b ##26 Spotted gar MODERN SPECIES 649 ywhaz (ENSLOCG00000009671) PABPC3 (ENSLOCG00000009681) SNX31 (ENSLOCG00000009692) rnf19a (ENSLOCG00000009704) #7 spag1a (ENSLOCG00000009713) ##9 polr2k (ENSLOCG00000009730) FBXO43 (ENSLOCG00000009732) RGS22 (ENSLOCG00000009743) #10 VPS13B (ENSLOCG00000009760) #14 osr2 (ENSLOCG00000009790) #15 stk3 (ENSLOCG00000009795) ##16 KCNS2 (ENSLOCG00000018341) #17 NIPAL2 (ENSLOCG00000009809) #18 POP1 (ENSLOCG00000009817) #19 rida (ENSLOCG00000009827) #20 rpl30 (ENSLOCG00000009836) #22 MATN2 (ENSLOCG00000009845) #23 laptm4b (ENSLOCG00000009853) #25 mtdha (ENSLOCG00000009864) ##26 rrm2b (ENSLOCG00000009872) ubr5 (ENSLOCG00000009882) azin1b (ENSLOCG00000009927) atp6v1c1b (ENSLOCG00000009938) BAALC (ENSLOCG00000009950) ENSLOCG00000009960 PRELID3A (ENSLOCG00000009987) fbxo32 (ENSLOCG00000009995) klhl38a (ENSLOCG00000010012) fam91a1 (ENSLOCG00000010016) lratd2a (ENSLOCG00000018342) TRIB1 (ENSLOCG00000010029) Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 44 ENSGT00940000158862 ENSGT00940000155788.k ENSGT00390000003465.b.b.b ENSGT01090000260040.a.a.a ENSGT00530000063692.a ENSGT00940000172596 ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.A ##16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792.qb.a #20 ENSGT00420000029792.qb.b #20 ENSGT00390000012138.a.b #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a.w.a #25 ENSGT00940000154181.b ##26 ENSGT00940000159405 Osteoglossiformes DUPLICATION Osteoglossiformes DUPLICATION Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000158703.k.b #7 ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT01090000260040.b.b.a.b ENSGT00940000158703.l #7 ENSGT00940000154697.a.a.a.b ##9 ENSGT00530000063692.a ENSGT00940000172596 ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.A ##16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792.qb.b #20 ENSGT00390000012138.a.b.a.a #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a.w.a #25 ENSGT00940000154181.b ##26 ENSGT00940000156357.j ENSGT00940000159405 ENSGT00950000182995.e.b.`b.a ENSGT00390000004263.a.d.b ENSGT00940000178526 ENSGT00390000003058.b.a.a.a.a.g ENSGT00940000178810 ENSGT00950000182810.A.a.b ENSGT00390000004915.a ENSGT00940000157647.c ENSGT00950000182986.a.b.b.o.a ENSGT00940000164859 Asian bonytongue MODERN SPECIES 9 ENSSFOG00015006587 ENSSFOG00015006617 pabpc1a (ENSSFOG00015006662) rnf19a (ENSSFOG00015006845) #7 spag1a (ENSSFOG00015026571) ##9 fbxo43 (ENSSFOG00015007114) RGS22 (ENSSFOG00015007128) #10 ENSSFOG00015007305 VPS13B (ENSSFOG00015007142) #14 osr2 (ENSSFOG00015007324) #15 stk3 (ENSSFOG00015007339) ##16 KCNS2 (ENSSFOG00015007382) #17 NIPAL2 (ENSSFOG00015007400) #18 POP1 (ENSSFOG00015007429) #19 RIDA (ENSSFOG00015025214) #20 rpl30 (ENSSFOG00015007474) #22 MATN2 (ENSSFOG00015026308) #23 LAPTM4B (ENSSFOG00015007531) #25 mtdha (ENSSFOG00015033320) ##26 KLF10 (ENSSFOG00015007589) azin1b (ENSSFOG00015007644) ATP6V1C1 (ENSSFOG00015007790) ENSSFOG00015032303 spire1a (ENSSFOG00015007837) ENSSFOG00015007869 PRELID3A (ENSSFOG00015032228) fbxo32 (ENSSFOG00015007927) klhl38a (ENSSFOG00015007968) lratd2b (ENSSFOG00015030391) TRIB1 (ENSSFOG00015025070) ENSSFOG00015008007 Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 125 ENSGT00940000156554.b ENSGT00390000000724.c.b.d ENSGT00940000153393.A.n ENSGT00940000154686.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000162435.a.a ENSGT00940000162435.b ENSGT00940000158862.f ENSGT00940000155788.l ENSGT01090000260040.b.b.a.a.a ENSGT00940000160311.a.b ENSGT00940000153773.b ENSGT00950000183212.A ENSGT00940000158703.k.a #7 ENSGT00940000164643 ENSGT00390000012138.a.b.a.b #22 ENSGT00940000153446.a.a.w.b #25 ENSGT00390000013305.a.b ENSGT00940000156357.i ENSGT00950000182995.e.b.`b.b ENSGT00390000004263.a.c ENSGT01030000234787 ENSGT00390000003058.b.a.a.a.a.h ENSGT00390000009543 ENSGT00940000159198.g ENSGT00950000182986.a.b.b.p ENSGT00390000010285.c ENSGT00390000017350 ENSGT00950000183176.b.f.q ENSGT00390000012840 ENSGT00390000003680.b P. kingsleyae MODERN SPECIES 1 ENSPKIG00000016850 ENSPKIG00000016835 ENSPKIG00000016810 ENSPKIG00000016801 rnf19a (ENSPKIG00000016770) #7 spag1a (ENSPKIG00000016729) ##9 FBXO43 (ENSPKIG00000016709) ENSPKIG00000016686 ENSPKIG00000016656 #10 VPS13B (ENSPKIG00000016567) #14 osr2 (ENSPKIG00000016499) #15 KCNS2 (ENSPKIG00000016468) #17 stk3 (ENSPKIG00000016383) ##16 POP1 (ENSPKIG00000016325) #19 RIDA (ENSPKIG00000016300) #20 rpl30 (ENSPKIG00000016284) #22 MATN2 (ENSPKIG00000016233) #23 LAPTM4B (ENSPKIG00000016191) #25 ENSPKIG00000016174 ##26 ubr5 (ENSPKIG00000016015) ENSPKIG00000015931 azin1b (ENSPKIG00000015901) ENSPKIG00000015872 ATP6V1C1 (ENSPKIG00000015818) spire1a (ENSPKIG00000015599) PRELID3A (ENSPKIG00000015520) fbxo32 (ENSPKIG00000015472) klhl38a (ENSPKIG00000015435) LRATD2 (ENSPKIG00000015418) ENSPKIG00000015405 TRIB1 (ENSPKIG00000015389) Asian bonytongue MODERN SPECIES 15 snrka (ENSSFOG00015002496) rpl14 (ENSSFOG00015002521) seh1l (ENSSFOG00015002531) ptpn2b (ENSSFOG00015002581) psmg2 (ENSSFOG00015002591) ENSSFOG00015002597 id4 (ENSSFOG00015028101) ncalda (ENSSFOG00015002618) grhl2b (ENSSFOG00015002643) ENSSFOG00015008945 ENSSFOG00015027539 ENSSFOG00015002752 SNX31 (ENSSFOG00015002809) rnf19a (ENSSFOG00015002817) #7 polr2k (ENSSFOG00015002881) ENSSFOG00015002915 #22 laptm4b (ENSSFOG00015002941) #25 rrm2b (ENSSFOG00015003011) ubr5 (ENSSFOG00015003412) azin1b (ENSSFOG00015024619) ATP6V1C1 (ENSSFOG00015003611) ENSSFOG00015025967 spire1a (ENSSFOG00015003705) fam91a1 (ENSSFOG00015003774) lratd2a (ENSSFOG00015003839) TRIB1 (ENSSFOG00015031328) cibar1 (ENSSFOG00015027836) ENSSFOG00015032945 runx1t1 (ENSSFOG00015028800) otud6b (ENSSFOG00015004026) pip4p2 (ENSSFOG00015004078) Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 736 ENSGT00420000029792.qb.a #20 ENSGT00390000012138.a.b.b #22 P. kingsleyae MODERN SPECIES 179 ENSPKIG00000005474 id4 (ENSPKIG00000005504) ncaldb (ENSPKIG00000005526) grhl2b (ENSPKIG00000005564) ENSPKIG00000005650 pabpc1b (ENSPKIG00000005676) rnf19a (ENSPKIG00000005740) #7 ENSPKIG00000005853 rida (ENSPKIG00000005859) #20 RPL30 (ENSPKIG00000005873) #22 rrm2b (ENSPKIG00000005888) ubr5 (ENSPKIG00000005940) spire1a (ENSPKIG00000006040) fam91a1 (ENSPKIG00000006126) lratd2a (ENSPKIG00000006223) ENSPKIG00000006246 cibar1 (ENSPKIG00000006256) triqk (ENSPKIG00000006290) runx1t1 (ENSPKIG00000006328) otud6b (ENSPKIG00000006367) pip4p2 (ENSPKIG00000006388) necab1 (ENSPKIG00000006434) tmem64 (ENSPKIG00000006469) tdp2b (ENSPKIG00000006483) acot13 (ENSPKIG00000006508) Clupeocephala DUPLICATION Clupeocephala DUPLICATION Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 745 ENSGT00420000029792.qb.b #20 ENSGT00390000012138.a.b.c.a #22 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.c.a #22 Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 112 ENSGT00940000154686.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000163010 ENSGT00940000155788.l ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT01090000260040.b.b.a.c.a ENSGT00940000160311.a.b ENSGT00940000154697.a.a.a.b ##9 ENSGT00390000008918 ENSGT00940000154984.A ##16 ENSGT00420000029792.qb.b #20 ENSGT00390000012138.a.b.c.a #22 ENSGT00940000153446.a.a.w.b #25 ENSGT00940000154181.b.b ##26 ENSGT00390000013305.a.b ENSGT00950000182995.e.b.`b ENSGT01030000234787 ENSGT00390000003058.b.a.a.a.a ENSGT00940000157647.c ENSGT00390000009543 ENSGT00940000159198.g ENSGT00950000182986.a.b.b ENSGT00390000010285.c ENSGT00390000017350 ENSGT00950000183176.b.f ENSGT00390000012840 ENSGT00390000003680.b Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 620 ENSGT00940000158862 ENSGT00940000155788.k.a ENSGT01090000260040.b.b.a.d ENSGT00940000160311.a.a ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000164643.a.a ENSGT00940000154984.A.h.b.b.a ##16 ENSGT00420000029792.qb.b #20 ENSGT00390000012138.a.b.c.a.a #22 ENSGT00390000013305.a.b ENSGT00950000182995.e.b.`b ENSGT00990000204549.a ENSGT00390000003058.b.a.a.a.a.f ENSGT00940000157647.c ENSGT00940000170942 Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00390000002368.b ENSGT00940000156554.b.c ENSGT00510000048187.kb ENSGT00940000153393.A ENSGT00940000154686.b.e.a ENSGT00940000154686.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000163010 ENSGT00940000158862.m.b ENSGT00940000155788.l ENSGT00940000160311.a.b ENSGT00940000164643.a.a ENSGT00940000154984.A.h.b.b.a ##16 ENSGT00420000029792.qb.b #20 ENSGT00390000012138.a.b.c.a.a #22 ENSGT00390000013305.a.b ENSGT00950000182995.e.b.`b ENSGT00390000003058.b.a.a.a.a.f ENSGT00940000157647.c ENSGT00390000009543.o ENSGT00940000159198.g ENSGT00950000182986.a.b.b.k ENSGT00390000017350 ENSGT00950000183176.b.f.n ENSGT00390000012840 ENSGT00390000003680.b.g.b ENSGT00390000007813.g ENSGT00390000014242.k ENSGT00390000008115.m ENSGT01100000263533.b.b.b.a.a.a.a.c.b.b Oncorhynchus DUPLICATION Oncorhynchus DUPLICATION Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 87 ENSGT00390000018415 ENSGT00940000154686.a ENSGT00940000153393.A ENSGT00510000048187.jb.a.b ENSGT00940000156554.b.c ENSGT00390000002368.a.b ENSGT00940000158862.m.b ENSGT00940000155788.l ENSGT00940000160311.a.b ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000164643.a.a ENSGT00940000154984.A.h.b.b.a ##16 ENSGT00420000029792.qb.b #20 ENSGT00390000012138.a.b.c.a.a.a.a #22 ENSGT00390000013305.a.b ENSGT00950000182995.e.b.`b ENSGT00390000003058.b.a.a.a.a.f ENSGT00940000157647.c ENSGT00390000009543.o ENSGT00940000159198.g.k.b ENSGT00950000182986.a.b.b.k ENSGT00390000017350 ENSGT00950000183176.b.f.m.a.b ENSGT00950000183176.b.f.n ENSGT00390000012840 ENSGT00390000003680.b.g.b ENSGT00390000007813.g ENSGT00390000014242.k ENSGT00390000008115.m Rainbow trout MODERN SPECIES 24 ENSOMYG00000061251 ENSOMYG00000032477 #7 ENSOMYG00000063075 ENSOMYG00000033218 ##16 ENSOMYG00000072871 #20 rpl30 (ENSOMYG00000023803) #22 rrm2b (ENSOMYG00000033373) azin1b (ENSOMYG00000034074) spire1a (ENSOMYG00000053510) psmg2 (ENSOMYG00000032486) ptpn2b (ENSOMYG00000032559) seh1l (ENSOMYG00000032961) fam210aa (ENSOMYG00000032979) rnmt (ENSOMYG00000054773) ENSOMYG00000003442 ENSOMYG00000053312 ENSOMYG00000033070 ENSOMYG00000064383 klhl38a (ENSOMYG00000033101) fam91a1 (ENSOMYG00000033172) ENSOMYG00000075396 Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 100 ENSGT00390000018415 ENSGT00940000154686.a ENSGT00940000153393.A ENSGT00510000048187.jb.a.b ENSGT00940000156554.b.c ENSGT00390000002368.a.a ENSGT00940000158862.m.b ENSGT00940000155788.l ENSGT00940000160311.a.b ENSGT00940000153773.b ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000164643.a.a ENSGT00940000154984.A.h.b.b.a ##16 ENSGT00420000029792.qb.b #20 ENSGT00390000012138.a.b.c.a.a.a.a #22 ENSGT00390000013305.a.b ENSGT00950000182995.e.b.`b ENSGT00390000003058.b.a.a.a.a.f ENSGT00940000157647.c ENSGT00390000009543.o ENSGT00940000159198.g.k.b ENSGT00950000182986.a.b.b.k ENSGT00950000183176.b.f.n ENSGT00390000012840 ENSGT00390000003680.b.g.b ENSGT00390000007813.g ENSGT00390000014242.k ENSGT00390000008115.m ENSGT01100000263533.b.b.b.a.a.a.a.c.b.b ENSGT00940000164972.h.a Chinook salmon MODERN SPECIES 24 ENSOTSG00005021680 spire1a (ENSOTSG00005021683) klhl38a (ENSOTSG00005021685) ENSOTSG00005021687 lratd2a (ENSOTSG00005021690) psmg2 (ENSOTSG00005021691) ptpn2b (ENSOTSG00005021693) seh1l (ENSOTSG00005021694) fam210aa (ENSOTSG00005021809) rnmt (ENSOTSG00005021811) ncalda (ENSOTSG00005021813) RIDA (ENSOTSG00005021814) #20 rpl30 (ENSOTSG00005021891) #22 rrm2b (ENSOTSG00005021892) ENSOTSG00005021893 azin1b (ENSOTSG00005021894) angpt2b (ENSOTSG00005021895) ENSOTSG00005021897 zgc:111986 (ENSOTSG00005021898) tdp2b (ENSOTSG00005021899) tmem64 (ENSOTSG00005021901) ENSOTSG00005021903 ENSOTSG00005021904 ENSOTSG00005021906 eif3ha (ENSOTSG00005021907) rims3 (ENSOTSG00005021908) nup42 (ENSOTSG00005021909) fam49al (ENSOTSG00005021910) Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.c.a.a.a.b #22 Rainbow trout MODERN SPECIES 9 ENSOMYG00000040410 hpca (ENSOMYG00000040441) nt5c1aa (ENSOMYG00000040415) hpcal4 (ENSOMYG00000051168) fam49al (ENSOMYG00000074197) ENSOMYG00000068934 TRIT1 (ENSOMYG00000040446) myclb (ENSOMYG00000005474) mfsd2ab (ENSOMYG00000005625) ENSOMYG00000006860 ##9 ENSOMYG00000061669 ENSOMYG00000006912 stk3 (ENSOMYG00000006983) ##16 ENSOMYG00000054613 ENSOMYG00000070922 rpl30 (ENSOMYG00000007025) #22 mtdha (ENSOMYG00000064459) ##26 ENSOMYG00000007074 spire1a (ENSOMYG00000007193) fam91a1 (ENSOMYG00000056174) ENSOMYG00000055811 lratd2a (ENSOMYG00000006719) ENSOMYG00000062661 cibar1 (ENSOMYG00000006794) ENSOMYG00000051846 ENSOMYG00000070062 runx1t1 (ENSOMYG00000049231) ENSOMYG00000048347 LRRC69 (ENSOMYG00000064758) pip4p2 (ENSOMYG00000070808) NECAB1 (ENSOMYG00000076168) Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.c.a.a.b #22 Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.c.a.a.b #22 Coho salmon MODERN SPECIES 5 ENSOKIG00005008796 rnmt (ENSOKIG00005008766) fam210aa (ENSOKIG00005008753) seh1l (ENSOKIG00005008737) ptpn2b (ENSOKIG00005008728) psmg2 (ENSOKIG00005008715) NCALD (ENSOKIG00005008702) grhl2b (ENSOKIG00005008647) ENSOKIG00005008598 pabpc1b (ENSOKIG00005008311) rnf19a (ENSOKIG00005007787) #7 ENSOKIG00005007754 STK3 (ENSOKIG00005007669) ##16 ENSOKIG00005007649 RIDA (ENSOKIG00005007585) #20 rpl30 (ENSOKIG00005007569) #22 rrm2b (ENSOKIG00005007526) azin1b (ENSOKIG00005007443) spire1a (ENSOKIG00005007331) klhl38a (ENSOKIG00005007308) fam91a1 (ENSOKIG00005006928) lratd2a (ENSOKIG00005006899) TRIB1 (ENSOKIG00005006882) ENSOKIG00005006862 ENSOKIG00005006845 ENSOKIG00005006836 runx1t1 (ENSOKIG00005006631) otud6b (ENSOKIG00005006607) PIP4P2 (ENSOKIG00005006590) tmem64 (ENSOKIG00005006579) ENSOKIG00005006558 Salmo ANCESTRAL SPECIES 183 ENSGT00390000002368.b ENSGT00940000156554.b.c ENSGT00510000048187.kb ENSGT00940000153393.A ENSGT00940000154686.b.e.a ENSGT00940000154686.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000163010 ENSGT00940000158862.m.b ENSGT00940000155788.l ENSGT00940000160311.a.b ENSGT00390000012138.a.b.c.a.a #22 ENSGT00390000013305.a.b ENSGT00950000182995.e.b.`b ENSGT00390000003058.b.a.a.a.a.f ENSGT00940000157647.c ENSGT00390000009543.o River trout DUPLICATION River trout MODERN SPECIES 29 ENSSTUG00000036843 rnmt (ENSSTUG00000036823) fam210aa (ENSSTUG00000036818) seh1l (ENSSTUG00000036619) ptpn2b (ENSSTUG00000036595) psmg2 (ENSSTUG00000036584) ENSSTUG00000036573 ENSSTUG00000036564 NCALD (ENSSTUG00000036557) grhl2b (ENSSTUG00000036430) pabpc1b (ENSSTUG00000036060) rnf19a (ENSSTUG00000035999) #7 ENSSTUG00000035984 stk3 (ENSSTUG00000035946) ##16 ENSSTUG00000035935 rpl30 (ENSSTUG00000035891) #22 rrm2b (ENSSTUG00000034617) azin1b (ENSSTUG00000034536) spire1a (ENSSTUG00000034248) ENSSTUG00000034227 ENSSTUG00000034211 klhl38a (ENSSTUG00000034198) fam91a1 (ENSSTUG00000033993) TRIB1 (ENSSTUG00000033969) River trout MODERN SPECIES 14 scinla (ENSSTUG00000003506) ENSSTUG00000003490 ENSSTUG00000003473 DIPK1A (ENSSTUG00000003439) RPL5 (ENSSTUG00000003341) EVI5 (ENSSTUG00000003130) gfi1ab (ENSSTUG00000003093) glmnb (ENSSTUG00000002992) C1orf146 (ENSSTUG00000002969) ENSSTUG00000002944 EPHX4 (ENSSTUG00000002930) brdt (ENSSTUG00000002903) tgfbr3 (ENSSTUG00000002828) ZNF644 (ENSSTUG00000002800) barhl2 (ENSSTUG00000002784) rpl30 (ENSSTUG00000002781) #22 lrrc8db (ENSSTUG00000002773) LRRC8C (ENSSTUG00000002738) glrx2 (ENSSTUG00000002604) uchl5 (ENSSTUG00000002644) ENSSTUG00000002593 RGS13 (ENSSTUG00000002578) RGS1 (ENSSTUG00000002569) brinp3a.2 (ENSSTUG00000002555) brinp3a.1 (ENSSTUG00000002525) ENSSTUG00000002512 rgs8 (ENSSTUG00000002507) rgs16 (ENSSTUG00000002495) rgs5a (ENSSTUG00000002489) rgs4 (ENSSTUG00000002484) ENSSTUG00000016489 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 1234 ENSGT00940000166830 ENSGT00940000164643.b ENSGT00940000154984.A.g ##16 ENSGT00390000012138.a.b.c.a.b #22 Huchen DUPLICATION Huchen MODERN SPECIES 3776 ENSHHUG00000041858 #7 ENSHHUG00000041853 ENSHHUG00000041848 stk3 (ENSHHUG00000041835) ##16 rpl30 (ENSHHUG00000041808) #22 Huchen MODERN SPECIES 6129 rpl30 (ENSHHUG00000016531) #22 rrm2b (ENSHHUG00000016462) Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00390000018108.b.c ENSGT00940000159332.h ENSGT00940000158387.j ENSGT00390000000118.c ENSGT00940000154896.k.a ENSGT00940000154807.a.b.b ENSGT00940000166437.f ENSGT00440000035378.c.b ENSGT00940000153269.b.b.n ENSGT01030000234510.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000156554.b.d ENSGT00390000000724.c.b.d ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT00940000154697.a.a.a.b ##9 ENSGT00940000154984.A.g ##16 ENSGT00390000012138.a.b.c.a.b #22 ENSGT00940000154181.b.b ##26 ENSGT01030000234787 ENSGT00390000003058.b.a.a.a.a.e ENSGT00390000009543.p ENSGT00950000182986.a.b.b.l.a.b ENSGT00390000010285.c ENSGT00950000183176.b.f.m.a.b ENSGT00940000164066 ENSGT00390000003680.b.g.a ENSGT00950000183131.b.a ENSGT00390000007813.h ENSGT00390000013934 ENSGT00390000008115.n Salmo ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000000118.c ENSGT00940000154896.k.a ENSGT00940000166437.f ENSGT00940000154994.b.d ENSGT00440000035378.c.b ENSGT00940000159513.i ENSGT00940000153269.b.b.n ENSGT01030000234510.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000156554.b.d ENSGT00390000000724.c.b.d ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT00940000154697.a.a.a.b ##9 ENSGT00390000008918 ENSGT00940000154984.A.h.a ##16 ENSGT00940000154984.A.g ##16 ENSGT00390000012138.a.b.c.a.b #22 ENSGT00940000154181.b.b ##26 ENSGT01030000234787 ENSGT00390000003058.b.a.a.a.a.e ENSGT00390000009543.p ENSGT00940000159198.g ENSGT00950000182986.a.b.b.k ENSGT00390000017350 ENSGT00950000182986.a.b.b.l.b ENSGT00390000010285.c ENSGT00950000183176.b.f.m.b ENSGT00940000164463 ENSGT00390000003680.b.h.a ENSGT00950000183131.b.a ENSGT00390000007813.h ENSGT00390000013934 Atlantic salmon MODERN SPECIES 19 ENSSSAG00000104853 ENSSSAG00000086811 ENSSSAG00000095231 ENSSSAG00000116306 ENSSSAG00000065935 ENSSSAG00000065950 ENSSSAG00000104699 ENSSSAG00000110183 ENSSSAG00000065962 mc5ra (ENSSSAG00000100030) ENSSSAG00000065969 LDLRAD4 (ENSSSAG00000102457) ZN706 (ENSSSAG00000065979) ENSSSAG00000096146 ##9 stk3 (ENSSSAG00000041996) ##16 rpl30 (ENSSSAG00000066053) #22 mtdha (ENSSSAG00000066076) ##26 ENSSSAG00000095437 ENSSSAG00000066016 ENSSSAG00000099100 fam91a1 (ENSSSAG00000084387) ENSSSAG00000117940 ENSSSAG00000116859 cibar1 (ENSSSAG00000066097) ENSSSAG00000096451 runx1t1 (ENSSSAG00000089484) ENSSSAG00000066155 ENSSSAG00000090991 pip4p2 (ENSSSAG00000040160) NECAB1 (ENSSSAG00000086143) tmem64 (ENSSSAG00000090737) Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00390000000118.c ENSGT00940000154896.k.a ENSGT00940000154807.a.b.b ENSGT00940000166437.f ENSGT00440000035378.c.b ENSGT00940000159513.i ENSGT01090000260070.B.j.b ENSGT00940000153269.b.b.n ENSGT01030000234510.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000156554.b.d ENSGT00390000000724.c.b.d ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT00940000154697.a.a.a.b ##9 ENSGT00390000008918 ENSGT00940000154984.A.h.b.b.b ##16 ENSGT00390000012138.a.b.c.a.b #22 ENSGT00940000154181.b.b ##26 ENSGT01030000234787 ENSGT00390000003058.b.a.a.a.a.e ENSGT00390000009543.p ENSGT00940000159198.g.k.a ENSGT00950000182986.a.b.b.l.a.b ENSGT00390000010285.c ENSGT00940000164066 ENSGT00390000003680.b.g.a ENSGT00950000183131.b.a ENSGT00390000007813.h ENSGT00390000013934 ENSGT00390000008115.n Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 208 ENSGT00940000153269.b.b.n ENSGT01030000234510.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000156554.b.d ENSGT00390000000724.c.b.d ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT00940000154697.a.a.a.b ##9 ENSGT00390000008918 ENSGT00940000154984.A.h.b.b.b ##16 ENSGT00390000012138.a.b.c.a.b #22 ENSGT00940000154181.b.b ##26 ENSGT01030000234787 ENSGT00390000003058.b.a.a.a.a.e Coho salmon MODERN SPECIES 8 ENSOKIG00005018732 ENSOKIG00005018737 ENSOKIG00005018747 mc5ra (ENSOKIG00005018756) ENSOKIG00005018772 ENSOKIG00005018789 znf706 (ENSOKIG00005018813) ENSOKIG00005018834 ##9 ENSOKIG00005018865 polr2k (ENSOKIG00005018871) stk3 (ENSOKIG00005018929) ##16 rpl30 (ENSOKIG00005019229) #22 mtdha (ENSOKIG00005019265) ##26 ENSOKIG00005019278 ENSOKIG00005019302 ENSOKIG00005019376 ENSOKIG00005019387 ENSOKIG00005019421 cibar1 (ENSOKIG00005019728) ENSOKIG00005019751 TRIB1 (ENSOKIG00005019754) lratd2a (ENSOKIG00005019759) ENSOKIG00005019770 fam91a1 (ENSOKIG00005019809) ENSOKIG00005019992 ENSOKIG00005020002 pip4p2 (ENSOKIG00005020013) Chinook salmon MODERN SPECIES 277 ENSOTSG00005017735 gc2 (ENSOTSG00005017737) rasl11a (ENSOTSG00005017739) ENSOTSG00005017746 arhgap36 (ENSOTSG00005019200) spag1a (ENSOTSG00005019202) ##9 polr2k (ENSOTSG00005019204) ENSOTSG00005019205 ##16 ENSOTSG00005019206 ##16 rpl30 (ENSOTSG00005019207) #22 ENSOTSG00005019212 Northern pike MODERN SPECIES 9 ptpn2b (ENSELUG00000014841) psmg2 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ENSGT00390000012138.a.b.c.a #22 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.c.a #22 Golden-line barbel MODERN SPECIES 565 ENSSGRG00000049812 ENSSGRG00000049849 zbtb8b (ENSSGRG00000049855) heyl (ENSSGRG00000049858) zgc:91944 (ENSSGRG00000049863) tmem54b (ENSSGRG00000049869) hpca (ENSSGRG00000049872) nt5c1aa (ENSSGRG00000049877) stk3 (ENSSGRG00000049886) ##16 ENSSGRG00000049989 RPL30 (ENSSGRG00000049995) #22 laptm4b (ENSSGRG00000050057) #25 ENSSGRG00000050061 rrm2b (ENSSGRG00000050062) azin1b (ENSSGRG00000050240) atp6v1c1b (ENSSGRG00000050241) ENSSGRG00000050314 spire1a (ENSSGRG00000050319) klhl38a (ENSSGRG00000050330) fam91a1 (ENSSGRG00000050341) lratd2a (ENSSGRG00000050722) TRIB1 (ENSSGRG00000050723) cibar1 (ENSSGRG00000050724) ENSSGRG00000050725 runx1t1 (ENSSGRG00000050737) ENSSGRG00000051270 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000154686.b ENSGT00390000000781 ENSGT00940000162435 ENSGT00940000158862 ENSGT00940000155788.k ENSGT00390000003465.b.b.b 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ENSGT00940000157647.d ENSGT00940000159198.g ENSGT00950000182986.a.b.b.l.a.b ENSGT00940000164859 ENSGT00390000011137 ENSGT00940000155321.d.a ENSGT00940000154655.a.i.a ENSGT00730000111042 ENSGT00940000155549.a.b Huchen MODERN SPECIES 8210 ENSHHUG00000003786 rpl30 (ENSHHUG00000003792) #22 ECHDC1 (ENSHHUG00000003801) Salmoninae_a DUPLICATION Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 53 ENSGT00940000158862.n ENSGT00940000155788.k.a ENSGT01090000260040.b.b.a.d ENSGT00940000160311.a.a.a.a ENSGT00940000160311.a.a.a.b ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.a.a.a ##9 ENSGT00420000029792.qb.a #20 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154684.cb.a.a.a #14 ENSGT00500000044936.c.a #10 ENSGT00530000063692.a ENSGT00390000012138.a.b.c.b.a #22 ENSGT00880000138038 ENSGT00950000182982.A.a ENSGT00950000182982.C.c.a.h ENSGT01050000244838.D.a.a ENSGT00950000182810.A.a.b ENSGT00390000004915.a ENSGT00940000157647.d ENSGT00940000164859 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ENSSSAG00000106101 si:ch211-151o1.4 (ENSSSAG00000092952) ENSSSAG00000009619 elovl4a (ENSSSAG00000084450) ENSSSAG00000100880 ENSSSAG00000099588 fbxo32 (ENSSSAG00000086795) ENSSSAG00000004294 River trout DUPLICATION River trout MODERN SPECIES 439 azi2 (ENSSTUG00000026589) ENSSTUG00000026599 ENSSTUG00000026605 fbxo32 (ENSSTUG00000026611) ENSSTUG00000026674 elovl4a (ENSSTUG00000026696) SOGA3 (ENSSTUG00000026706) SOGA3 (ENSSTUG00000026731) ENSSTUG00000026739 rpl30 (ENSSTUG00000026756) #22 fbxo43 (ENSSTUG00000026764) ENSSTUG00000026773 #10 ENSSTUG00000026781 #10 ENSSTUG00000026799 fbxo43 (ENSSTUG00000026804) rpl30 (ENSSTUG00000026826) #22 ENSSTUG00000026835 pabpc1a (ENSSTUG00000026847) ENSSTUG00000027223 ENSSTUG00000027233 RNF19A (ENSSTUG00000027288) #7 ENSSTUG00000027345 ENSSTUG00000027349 #7 ENSSTUG00000027357 ##9 rida (ENSSTUG00000027374) #20 POP1 (ENSSTUG00000027386) #19 NIPAL2 (ENSSTUG00000027461) #18 NIPAL2 (ENSSTUG00000027469) #18 POP1 (ENSSTUG00000027478) #19 rida (ENSSTUG00000027504) #20 ENSSTUG00000027513 River trout MODERN SPECIES 439 rida (ENSSTUG00000027374) #20 ENSSTUG00000027357 ##9 ENSSTUG00000027349 #7 ENSSTUG00000027345 RNF19A (ENSSTUG00000027288) #7 ENSSTUG00000027233 ENSSTUG00000027223 pabpc1a (ENSSTUG00000026847) ENSSTUG00000026835 rpl30 (ENSSTUG00000026826) #22 fbxo43 (ENSSTUG00000026804) ENSSTUG00000026799 ENSSTUG00000026781 #10 ENSSTUG00000026773 #10 fbxo43 (ENSSTUG00000026764) rpl30 (ENSSTUG00000026756) #22 ENSSTUG00000026739 SOGA3 (ENSSTUG00000026731) SOGA3 (ENSSTUG00000026706) elovl4a (ENSSTUG00000026696) ENSSTUG00000026674 fbxo32 (ENSSTUG00000026611) ENSSTUG00000026605 ENSSTUG00000026599 azi2 (ENSSTUG00000026589) cmc1 (ENSSTUG00000026574) eomesb (ENSSTUG00000026559) ANKIB1 (ENSSTUG00000026039) zgc:110410 (ENSSTUG00000025991) ENSSTUG00000025985 ENSSTUG00000025970 Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 100 ENSGT01030000234510.a.a.b ENSGT00940000156554.a ENSGT00390000000724.c.b.c ENSGT00940000154686.b.e.a ENSGT00390000000781.g 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Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.c.b.b #22 Salmo ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.b.c.b.b #22 River trout MODERN SPECIES 637 ENSSTUG00000032952 mc5ra (ENSSTUG00000032956) fam210aa (ENSSTUG00000032980) LDLRAD4 (ENSSTUG00000032988) znf706 (ENSSTUG00000032995) spag1a (ENSSTUG00000032996) ##9 polr2k (ENSSTUG00000033008) stk3 (ENSSTUG00000033032) ##16 rpl30 (ENSSTUG00000033383) #22 mtdha (ENSSTUG00000033457) ##26 ENSSTUG00000033509 spire1a (ENSSTUG00000033517) ENSSTUG00000033648 fam91a1 (ENSSTUG00000033681) lratd2a (ENSSTUG00000033990) TRIB1 (ENSSTUG00000034003) cibar1 (ENSSTUG00000034010) Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 80 ENSGT00940000154697.a.a.a.a ##9 ENSGT00940000154697.b ##9 ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00390000008918 ENSGT00940000154984.A ##16 ENSGT00420000029792.qb.a #20 ENSGT00390000012138.a.b.d #22 ENSGT00940000153446.a.a.w.b #25 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00390000012138.a.b.c.b #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a.w.a #25 ENSGT00940000154181.b.a ##26 ENSGT00940000156357 ENSGT00940000159405 ENSGT00950000182995.e.b.ab ENSGT00390000004263.a.d.a ENSGT00390000013853.c ENSGT00390000003058.b.a.a.a.b ENSGT00530000063884.a ENSGT00940000153875.c ENSGT00940000161608 ENSGT00950000183170.b.a ENSGT00390000017432 ENSGT00440000033589.d.a Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000161250 ENSGT00940000159540.d ENSGT00510000046803.b.a.a ENSGT01100000263524.B.a.a.e ENSGT00940000160311.a.a ENSGT00940000158703.r #7 ENSGT00940000154697.a.a.a.a ##9 ENSGT00940000154697.b ##9 ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792.qb.a.m #20 ENSGT00390000012138.a.b.c.b #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a.w.a #25 ENSGT00940000154181.b.a ##26 ENSGT00940000156357 ENSGT00940000159405 ENSGT00950000182995.e.b.ab ENSGT00390000004263.a.d.a ENSGT00390000013853.c ENSGT00390000003058.b.a.a.a.b ENSGT00530000063884.a ENSGT00940000153875.c ENSGT00940000161608 ENSGT00950000183170.b.a ENSGT00390000017432 ENSGT00440000033589.d.a Atlantic herring DUPLICATION Atlantic herring MODERN SPECIES 10 skic2 (ENSCHAG00000012839) ENSCHAG00000012795 ENSCHAG00000012768 ptpn2b (ENSCHAG00000012740) psmg2 (ENSCHAG00000012720) ncaldb (ENSCHAG00000012705) grhl2b (ENSCHAG00000012625) znf706 (ENSCHAG00000012599) ywhaz (ENSCHAG00000012562) PABPC3 (ENSCHAG00000010795) rnf19a (ENSCHAG00000010727) #7 spag1a (ENSCHAG00000010710) ##9 polr2k (ENSCHAG00000010679) stk3 (ENSCHAG00000009925) ##16 rida (ENSCHAG00000009857) #20 rpl30 (ENSCHAG00000009819) #22 laptm4b (ENSCHAG00000009800) #25 mtdha (ENSCHAG00000009785) ##26 rrm2b (ENSCHAG00000008513) azin1b (ENSCHAG00000008432) atp6v1c1b (ENSCHAG00000008212) spire1a (ENSCHAG00000008106) klhl38a (ENSCHAG00000008084) fam91a1 (ENSCHAG00000007774) lratd2a 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ENSEEEG00000015010 rpl30 (ENSEEEG00000015007) #22 laptm4b (ENSEEEG00000015004) #25 ENSEEEG00000015000 ##26 rrm2b (ENSEEEG00000014537) azin1b (ENSEEEG00000014521) atp6v1c1b (ENSEEEG00000014509) ENSEEEG00000014506 ENSEEEG00000014505 Characoidei ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000005939.a.a.a ENSGT00940000156595 ENSGT00440000035378.c.a ENSGT00940000154994.b ENSGT00940000166437 ENSGT00940000158569 ENSGT00940000154928.c.b ENSGT01100000265748 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.c.a ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a.f ENSGT00390000004700.a.h ENSGT00940000158110 ENSGT00390000017767.b.b.a ENSGT00940000154984.A ##16 ENSGT00420000029792.qb.a #20 ENSGT00390000012138.a.b.d #22 ENSGT00940000153446.a.a.w.b #25 ENSGT00940000154181.b.b ##26 ENSGT00390000013305.a.b ENSGT00950000182995.e.b.`b ENSGT00390000004263.a.d.a.h ENSGT01030000234787 ENSGT00390000003058.b.a.a.a.a ENSGT00940000157647.c ENSGT00390000009543 ENSGT00940000159198.g ENSGT00950000182986.a.b.b ENSGT00390000010285.c ENSGT00390000017350 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618 ENSPNAG00000019732 #22 Red-bellied piranha MODERN SPECIES 1 gmpr (ENSPNAG00000005360) fuca1.2 (ENSPNAG00000010694) zbtb8b (ENSPNAG00000010707) heyl (ENSPNAG00000010746) ENSPNAG00000010808 zgc:91944 (ENSPNAG00000010868) ENSPNAG00000010890 ENSPNAG00000010938 ENSPNAG00000010955 tmem54b (ENSPNAG00000010968) hpca (ENSPNAG00000010981) nt5c1aa (ENSPNAG00000001484) stk3 (ENSPNAG00000011040) ##16 rida (ENSPNAG00000011060) #20 ENSPNAG00000011524 rpl30 (ENSPNAG00000011570) #22 laptm4b (ENSPNAG00000001815) #25 mtdha (ENSPNAG00000001826) ##26 rrm2b (ENSPNAG00000011635) azin1b (ENSPNAG00000011650) atp6v1c1b (ENSPNAG00000011686) ENSPNAG00000011691 spire1a (ENSPNAG00000001932) klhl38a (ENSPNAG00000005712) fam91a1 (ENSPNAG00000011907) lratd2a (ENSPNAG00000011922) TRIB1 (ENSPNAG00000011931) cibar1 (ENSPNAG00000011941) triqk (ENSPNAG00000011951) runx1t1 (ENSPNAG00000011982) ENSPNAG00000005131 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000160311.a.b ENSGT01090000260040.b.b.a.c.a 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ENSGT00940000164970 ENSGT00390000002061 Stickleback MODERN SPECIES 9 SV2A (ENSGACG00000003844) sf3b4 (ENSGACG00000003819) LIX1L (ENSGACG00000003809) ENSGACG00000003808 pabpc1b (ENSGACG00000003771) ENSGACG00000003700 grhl2b (ENSGACG00000003695) ncaldb (ENSGACG00000003684) zgc:136493 (ENSGACG00000003682) psmg2 (ENSGACG00000003674) ptpn2b (ENSGACG00000003666) ENSGACG00000003662 spag1a (ENSGACG00000003656) ##9 stk3 (ENSGACG00000003645) ##16 RIDA (ENSGACG00000003632) #20 rpl30 (ENSGACG00000003628) #22 laptm4b (ENSGACG00000003599) #25 mtdha (ENSGACG00000003591) ##26 rrm2b (ENSGACG00000003566) bloc1s4 (ENSGACG00000003558) pard6gb (ENSGACG00000003552) jarid2b (ENSGACG00000003533) dtnbp1b (ENSGACG00000003530) mylipa (ENSGACG00000003517) gmpr (ENSGACG00000003477) atxn1a (ENSGACG00000003472) ENSGACG00000003469 fabp4a (ENSGACG00000003457) mrpl53 (ENSGACG00000003453) ENSGACG00000003451 ENSGACG00000003449 Lumpfish MODERN SPECIES 2 LIX1L (ENSCLMG00005002280) ENSCLMG00005002284 pabpc1b 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ENSGT00940000162740.k.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000154686.a ENSGT00940000166830 ENSGT00940000154697.a.a.a.b ##9 ENSGT00390000008918 ENSGT00940000154984.A ##16 ENSGT00420000029792.qb.b #20 ENSGT00390000012138.a.b.d #22 ENSGT00940000153446.a.a.w.b #25 ENSGT00940000154181.b.b ##26 ENSGT00390000013305.a.b ENSGT00510000047030.c ENSGT00390000006790.b ENSGT00950000183211.a.b.b ENSGT00940000159220.d ENSGT00940000156479.b ENSGT00940000156206.e ENSGT00940000156595 ENSGT00390000005939.a.a.a ENSGT00390000007346.b ENSGT00940000164547.b.a ENSGT00940000164970 ENSGT00390000002061 Gilthead seabream MODERN SPECIES 17 ENSSAUG00010001411 ENSSAUG00010001418 pabpc1b (ENSSAUG00010001450) ENSSAUG00010001626 znf706 (ENSSAUG00010001636) grhl2b (ENSSAUG00010001680) ncaldb (ENSSAUG00010001792) zgc:136493 (ENSSAUG00010001808) psmg2 (ENSSAUG00010001825) ptpn2b (ENSSAUG00010001838) ENSSAUG00010001854 spag1a (ENSSAUG00010001881) ##9 polr2k (ENSSAUG00010001883) stk3 (ENSSAUG00010001936) ##16 RIDA 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ENSGT00390000006790.b ENSGT00950000183211.a.b.b ENSGT00940000159220.d ENSGT00940000156479.b ENSGT00940000156206.e ENSGT00940000156595 ENSGT00390000005939.a.a.a ENSGT00390000007346.b ENSGT00940000164547.b.a ENSGT00940000164970 ENSGT00390000002061 Large yellow croaker MODERN SPECIES 484 mfsd2ab (ENSLCRG00005012557) myclb (ENSLCRG00005012553) trit1 (ENSLCRG00005012551) fam49al (ENSLCRG00005011965) txnl4a (ENSLCRG00005011940) znrf2a (ENSLCRG00005011936) mturn (ENSLCRG00005011933) SH3BP5 (ENSLCRG00005011928) psmg2 (ENSLCRG00005011923) ptpn2b (ENSLCRG00005011915) ENSLCRG00005011875 spag1a (ENSLCRG00005011870) ##9 polr2k (ENSLCRG00005011868) stk3 (ENSLCRG00005011752) ##16 RIDA (ENSLCRG00005011736) #20 rpl30 (ENSLCRG00005011726) #22 laptm4b (ENSLCRG00005011721) #25 mtdha (ENSLCRG00005011708) ##26 rrm2b (ENSLCRG00005010946) ENSLCRG00005010941 bloc1s4 (ENSLCRG00005010940) pard6gb (ENSLCRG00005010939) jarid2b (ENSLCRG00005010938) dtnbp1b (ENSLCRG00005010937) gmpr (ENSLCRG00005010911) atxn1a 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12 ENSGT00390000005869.a ENSGT00760000119766 ENSGT00940000160311.a.b ENSGT01090000260040.b.b.a.c.a ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT00940000155788.l ENSGT00940000163010 ENSGT00940000162740.k.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000154686.a ENSGT00940000166830 ENSGT00940000154697.a.a.a.b ##9 ENSGT00390000008918 ENSGT00940000154984.A ##16 ENSGT00420000029792.qb.b #20 ENSGT00390000012138.a.b.d #22 ENSGT00940000153446.a.a.w.b #25 ENSGT00940000154181.b.b ##26 ENSGT00940000174923 ENSGT00390000013305.a.b ENSGT00510000047030.c ENSGT00390000006790.b ENSGT00950000183211.a.b.b ENSGT00980000198798 ENSGT00940000159220.d ENSGT00940000156479.b ENSGT00940000156206.e ENSGT00940000156595 ENSGT00390000005939.a.a.a ENSGT00390000007346.b ENSGT00940000164547.b.a Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00760000119766 ENSGT00940000160311.a.b ENSGT01090000260040.b.b.a.c.a ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT00940000155788.l ENSGT00940000163010 ENSGT00940000162740.k.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000154686.a 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ENSGT00940000164547.b.a ENSGT00940000164970 ENSGT00390000002061 ENSGT00940000156172.b Indian medaka MODERN SPECIES 3 sf3b4 (ENSOMEG00000013694) LIX1L (ENSOMEG00000013675) pabpc1b (ENSOMEG00000013627) ENSOMEG00000013565 znf706 (ENSOMEG00000013549) grhl2b (ENSOMEG00000013529) ncaldb (ENSOMEG00000013460) zgc:136493 (ENSOMEG00000013424) psmg2 (ENSOMEG00000013383) ptpn2b (ENSOMEG00000013364) ENSOMEG00000013313 spag1a (ENSOMEG00000013293) ##9 ENSOMEG00000013273 stk3 (ENSOMEG00000013242) ##16 RIDA (ENSOMEG00000013208) #20 rpl30 (ENSOMEG00000013178) #22 laptm4b (ENSOMEG00000013156) #25 rrm2b (ENSOMEG00000013129) ENSOMEG00000013092 bloc1s4 (ENSOMEG00000013023) pard6gb (ENSOMEG00000013009) jarid2b (ENSOMEG00000012985) dtnbp1b (ENSOMEG00000012962) mylipa (ENSOMEG00000012949) gmpr (ENSOMEG00000012913) atxn1a (ENSOMEG00000012883) ENSOMEG00000012871 fabp4a (ENSOMEG00000012853) mrpl53 (ENSOMEG00000012839) ENSOMEG00000012830 znf704 (ENSOMEG00000012809) Javanese ricefish MODERN SPECIES 2 sf3b4 (ENSOJAG00000022079) LIX1L (ENSOJAG00000022091) pabpc1b (ENSOJAG00000022120) ENSOJAG00000022218 znf706 (ENSOJAG00000022227) grhl2b (ENSOJAG00000022240) ncaldb (ENSOJAG00000022273) zgc:136493 (ENSOJAG00000022293) psmg2 (ENSOJAG00000022313) ptpn2b (ENSOJAG00000022324) ENSOJAG00000022342 spag1a (ENSOJAG00000022380) ##9 ENSOJAG00000022392 stk3 (ENSOJAG00000022419) ##16 RIDA (ENSOJAG00000022522) #20 rpl30 (ENSOJAG00000022531) #22 laptm4b (ENSOJAG00000022539) #25 rrm2b (ENSOJAG00000022556) ENSOJAG00000022639 bloc1s4 (ENSOJAG00000022642) pard6gb (ENSOJAG00000022645) jarid2b (ENSOJAG00000005884) dtnbp1b (ENSOJAG00000006021) mylipa (ENSOJAG00000006074) gmpr (ENSOJAG00000006099) atxn1a (ENSOJAG00000006188) ENSOJAG00000006192 fabp4a (ENSOJAG00000006220) mrpl53 (ENSOJAG00000006269) TMEM42 (ENSOJAG00000006289) zdhhc3b (ENSOJAG00000006299) Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000154984.A ##16 ENSGT00420000029792.qb.b #20 ENSGT00390000012138.a.b.d #22 ENSGT00940000153446.a.a.w.b #25 ENSGT00390000013305.a.b ENSGT00510000047030.c ENSGT00390000006790.b ENSGT00950000183211.a.b.b ENSGT00980000198798 ENSGT00940000159220.d ENSGT00940000156479.b ENSGT00940000156206.e ENSGT00940000156595 ENSGT00390000005939.a.a.a ENSGT00390000007346.b ENSGT00940000164547.b.a ENSGT00940000164970 ENSGT00390000002061 Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 2 ENSORLG00000029465 ENSORLG00000022712 ENSORLG00000013375 ENSORLG00000013366 ENSORLG00000022789 kcnk9 (ENSORLG00000013245) ENSORLG00000023326 ENSORLG00000022848 TRAPPC9 (ENSORLG00000013235) sh3bgrl3 (ENSORLG00000029087) paqr7a (ENSORLG00000013205) FUCA1 (ENSORLG00000013200) ENSORLG00000021835 stk3 (ENSORLG00000024049) ##16 RIDA (ENSORLG00000026007) #20 rpl30 (ENSORLG00000013111) #22 laptm4b (ENSORLG00000025607) #25 ENSORLG00000022366 rrm2b (ENSORLG00000013152) bloc1s4 (ENSORLG00000013129) pard6gb (ENSORLG00000029908) ENSORLG00000026293 jarid2b (ENSORLG00000013094) dtnbp1b (ENSORLG00000027959) mylipa (ENSORLG00000013071) GMPR (ENSORLG00000013044) atxn1a (ENSORLG00000013003) ENSORLG00000012991 fabp4a (ENSORLG00000023400) mrpl53 (ENSORLG00000028306) ENSORLG00000030358 Chinese medaka MODERN SPECIES 13 stk3 (ENSOSIG00000022125) ##16 RIDA (ENSOSIG00000022509) #20 rpl30 (ENSOSIG00000022518) #22 laptm4b (ENSOSIG00000022523) #25 rrm2b (ENSOSIG00000022543) ENSOSIG00000022658 bloc1s4 (ENSOSIG00000022660) pard6gb (ENSOSIG00000022669) ENSOSIG00000022677 jarid2b (ENSOSIG00000022683) dtnbp1b (ENSOSIG00000022688) mylipa (ENSOSIG00000022699) gmpr (ENSOSIG00000022709) atxn1a (ENSOSIG00000000020) ENSOSIG00000000024 fabp4a (ENSOSIG00000000029) mrpl53 (ENSOSIG00000000035) ENSOSIG00000000042 Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00760000119766 ENSGT00940000160311.a.b ENSGT01090000260040.b.b.a.c.a ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT00940000155788.l ENSGT00940000163010 ENSGT00940000162740.k.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000154686.a ENSGT00940000166830 ENSGT00940000154697.a.a.a.b ##9 ENSGT00940000164643 ENSGT00940000154984.A ##16 ENSGT00390000008918 ENSGT00420000029792.qb.b #20 ENSGT00390000012138.a.b.d #22 ENSGT00940000153446.a.a.w.b #25 ENSGT00940000154181.b.b ##26 ENSGT00390000013305.a.b ENSGT00510000047030.c ENSGT00390000006790.b ENSGT00950000183211.a.b.b ENSGT00940000159220.d ENSGT00940000156479.b ENSGT00940000156206.e ENSGT00940000156595 ENSGT00390000005939.a.a.a ENSGT00390000007346.b ENSGT00940000164547.b.a ENSGT00940000164970 ENSGT00390000002061 Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00870000136537 ENSGT00390000005869.a ENSGT00940000160311.a.b ENSGT01090000260040.b.b.a.c.a ENSGT00390000003465.b.b.a ENSGT00940000155788.l ENSGT00940000163010 ENSGT00940000162740.k.a ENSGT00390000018415 ENSGT00940000154686.a ENSGT00940000166830 ENSGT00940000154697.a.a.a.b ##9 ENSGT00390000008918 ENSGT00940000154984.A ##16 ENSGT00420000029792.qb.b #20 ENSGT00390000012138.a.b.d #22 ENSGT00940000153446.a.a.w.b #25 ENSGT00940000153446.a.a.x #25 ENSGT00940000154181.b.b ##26 ENSGT00390000013305.a.b ENSGT00510000047030.c 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ENSPREG00000008081 NAME_6 ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00390000018415 ENSGT00940000154686.a ENSGT00940000166830 ENSGT00940000154697.a.a.a.b ##9 ENSGT00940000164643 ENSGT00940000154984.A ##16 ENSGT00420000029792.qb.b #20 ENSGT00390000012138.a.b.d #22 ENSGT00940000153446.a.a.w.b #25 ENSGT00940000154181.b.b ##26 ENSGT00390000013305.a.b ENSGT00510000047030.c ENSGT00390000006790.b ENSGT00950000183211.a.b.b ENSGT00940000159220.d ENSGT00940000156479.b ENSGT00940000156206.e ENSGT00940000156595 ENSGT00390000005939.a.a.a ENSGT00390000007346.b ENSGT00940000164547.b.a.m.a.a ENSGT00940000164970 ENSGT00390000002061 Amazon molly MODERN SPECIES 273 psmg2 (ENSPFOG00000014950) ptpn2b (ENSPFOG00000014914) ENSPFOG00000014857 spag1a (ENSPFOG00000014845) ##9 ENSPFOG00000014835 stk3 (ENSPFOG00000014785) ##16 RIDA (ENSPFOG00000014757) #20 rpl30 (ENSPFOG00000014739) #22 laptm4b (ENSPFOG00000014715) #25 laptm4b (ENSPFOG00000014705) #25 mtdha (ENSPFOG00000014697) ##26 rrm2b (ENSPFOG00000014652) ENSPFOG00000014649 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(ENSSPAG00000019600) #25 mtdha (ENSSPAG00000019620) ##26 rrm2b (ENSSPAG00000019642) ENSSPAG00000019662 bloc1s4 (ENSSPAG00000019671) pard6gb (ENSSPAG00000019684) jarid2b (ENSSPAG00000019709) dtnbp1b (ENSSPAG00000019790) mylipa (ENSSPAG00000019799) gmpr (ENSSPAG00000019822) atxn1a (ENSSPAG00000019849) ENSSPAG00000019860 fabp4a (ENSSPAG00000019872) mrpl53 (ENSSPAG00000019879) ENSSPAG00000019884 Tiger tail seahorse DUPLICATION Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 141 ndufv1 (ENSHCOG00000002424) ENSHCOG00000000071 ENSHCOG00000000569 ENSHCOG00000021056 ENSHCOG00000021048 sh3bgrl3 (ENSHCOG00000021020) paqr7a (ENSHCOG00000021002) TMEM222 (ENSHCOG00000020997) tpbga (ENSHCOG00000020990) ARID1A (ENSHCOG00000020967) stk3 (ENSHCOG00000020927) ##16 prcc (ENSHCOG00000020865) ENSHCOG00000000558 mrpl9 (ENSHCOG00000020724) RIDA (ENSHCOG00000020716) #20 rpl30 (ENSHCOG00000020704) #22 laptm4b (ENSHCOG00000020694) #25 ENSHCOG00000020670 si:dkey-211g8.1 (ENSHCOG00000020662) slc39a7 (ENSHCOG00000020654) ENSHCOG00000020647 ENSHCOG00000020639 ENSHCOG00000020607 col11a2 (ENSHCOG00000019853) Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 670 RPL30 (ENSHCOG00000000794) #22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a ##22 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a ##22 Coelacanth MODERN SPECIES 880 ENSLACG00000014537 stk3 (ENSLACG00000014364) #16 KCNS2 (ENSLACG00000013664) #17 POP1 (ENSLACG00000012498) #19 RIDA (ENSLACG00000012254) #20 ENSLACG00000009386 ##22 MATN2 (ENSLACG00000008871) #23 ENSLACG00000008049 #23 LAPTM4B (ENSLACG00000006811) #25 MTDH (ENSLACG00000003003) #26 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a ##22 Anura ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00950000183212.A ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918 ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000165514 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000012138.a.a ##22 ENSGT00390000012138.a.b #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00390000007597 ENSGT00940000156934 Frog MODERN SPECIES 6 fbxo43 (ENSXETG00000017882) spag1 (ENSXETG00000017876) #9 ENSXETG00000046785 rnf19a (ENSXETG00000017873) #7 ankrd46 (ENSXETG00000030822) snx31 (ENSXETG00000017864) rgs22 (ENSXETG00000017863) #10 cox6c (ENSXETG00000025937) vps13b (ENSXETG00000017855) #14 osr2 (ENSXETG00000017850) #15 stk3 (ENSXETG00000017844) #16 KCNS2 (ENSXETG00000045694) #17 nipal2 (ENSXETG00000038198) #18 pop1 (ENSXETG00000039843) #19 rida (ENSXETG00000037413) #20 rpl30 (ENSXETG00000036866) ##22 matn2 (ENSXETG00000039303) #23 laptm4b (ENSXETG00000036819) #25 mtdh (ENSXETG00000039812) #26 cpq (ENSXETG00000034859) #30 sdc2 (ENSXETG00000035467) #31 ptdss1 (ENSXETG00000036605) #32 mterf3 (ENSXETG00000035864) #33 UQCRB (ENSXETG00000037842) #34 gdf6 (ENSXETG00000038444) #35 cfap418 (ENSXETG00000037522) #36 plekhf2 (ENSXETG00000043738) #37 ENSXETG00000037526 ndufaf6 (ENSXETG00000033089) ENSXETG00000041834 ints8 (ENSXETG00000006666) Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a ##22 Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a ##22 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918 ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000167005 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000012138.a.b #22 ENSGT00390000012138.a.a ##22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A ENSGT00940000156934 ENSGT00390000007597 tuatara MODERN SPECIES 272 ENSSPUG00000010033 ##22 MATN2 (ENSSPUG00000010128) #23 LAPTM4B (ENSSPUG00000010234) #25 MTDH (ENSSPUG00000010264) #26 Episquamata ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918 ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000167005 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000012138.a.b #22 ENSGT00390000012138.a.a ##22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A ENSGT00940000156934 ENSGT00390000007597 Laterata ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00950000183212.A ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918 ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000167005 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000012138.a.a ##22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A ENSGT00940000156934 ENSGT00390000007597 Common wall lizard MODERN SPECIES 16 ENSPMRG00000020715 ENSPMRG00000020720 ENSPMRG00000020724 ENSPMRG00000020736 ENSPMRG00000020741 ENSPMRG00000020748 ENSPMRG00000020752 ENSPMRG00000020758 ENSPMRG00000020761 ENSPMRG00000020764 ENSPMRG00000020768 ENSPMRG00000020775 ENSPMRG00000020783 ENSPMRG00000020790 ENSPMRG00000020799 ENSPMRG00000010525 ##22 DHX34 (ENSPMRG00000010535) ENSPMRG00000010562 CCDC9 (ENSPMRG00000010568) SAE1 (ENSPMRG00000010583) ZC3H4 (ENSPMRG00000010594) ENSPMRG00000010607 PPP1R14A (ENSPMRG00000010615) ENSPMRG00000010627 SPINT2 (ENSPMRG00000010631) YIF1B (ENSPMRG00000010648) ENSPMRG00000010661 ENSPMRG00000010666 KCNK6 (ENSPMRG00000010670) LTBP4 (ENSPMRG00000010683) SHKBP1 (ENSPMRG00000010707) Argentine black and white tegu DUPLICATION Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 26 ENSSMRG00000009695 PRIMPOL (ENSSMRG00000009682) CASP3 (ENSSMRG00000009681) IRF2 (ENSSMRG00000009680) ENSSMRG00000009674 ENPP6 (ENSSMRG00000009673) STOX2 (ENSSMRG00000009671) TRAPPC11 (ENSSMRG00000009617) RWDD4 (ENSSMRG00000009615) ENSSMRG00000009614 ING2 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ENSGT00530000063829.A ENSGT00940000156934 painted turtle DUPLICATION painted turtle MODERN SPECIES 2435 ENSCPBG00000024188 KCNA1 (ENSCPBG00000024185) ENSCPBG00000024180 ENSCPBG00000024177 GALNT8 (ENSCPBG00000024161) NDUFA9 (ENSCPBG00000024156) AKAP3 (ENSCPBG00000024149) VRK1 (ENSCPBG00000024132) ENSCPBG00000024126 PAPOLA (ENSCPBG00000024125) AK7 (ENSCPBG00000024122) GSKIP (ENSCPBG00000024118) ATG2B (ENSCPBG00000024115) BDKRB2 (ENSCPBG00000024113) C14orf132 (ENSCPBG00000024110) ENSCPBG00000024093 ##22 BCL11B (ENSCPBG00000024090) SETD3 (ENSCPBG00000024085) CCNK (ENSCPBG00000024080) ENSCPBG00000024077 BMP7 (ENSCPBG00000024074) SPO11 (ENSCPBG00000024069) RAE1 (ENSCPBG00000024061) RBM38 (ENSCPBG00000024059) CTCFL (ENSCPBG00000023948) PCK1 (ENSCPBG00000023943) ZBP1 (ENSCPBG00000023941) PMEPA1 (ENSCPBG00000023936) C20orf85 (ENSCPBG00000023932) ENSCPBG00000023928 RAB22A (ENSCPBG00000023927) painted turtle MODERN SPECIES 703 SPAG1 (ENSCPBG00000008076) #9 ENSCPBG00000008066 FBXO43 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Great tit MODERN SPECIES 11 PABPC1 (ENSPMJG00000007428) ANKRD46 (ENSPMJG00000007399) RNF19A (ENSPMJG00000007391) #7 SPAG1 (ENSPMJG00000007386) #9 ENSPMJG00000007382 FBXO43 (ENSPMJG00000007381) ENSPMJG00000007372 #10 ENSPMJG00000007351 VPS13B (ENSPMJG00000007299) #14 OSR2 (ENSPMJG00000007232) #15 KCNS2 (ENSPMJG00000007144) #17 STK3 (ENSPMJG00000007134) #16 NIPAL2 (ENSPMJG00000007131) #18 POP1 (ENSPMJG00000007114) #19 RIDA (ENSPMJG00000007110) #20 ENSPMJG00000007105 ##22 MATN2 (ENSPMJG00000007065) #23 LAPTM4B (ENSPMJG00000007059) #25 MTDH (ENSPMJG00000007046) #26 CPQ (ENSPMJG00000006995) #30 SDC2 (ENSPMJG00000006968) #31 PTDSS1 (ENSPMJG00000006960) #32 MTERF3 (ENSPMJG00000006957) #33 UQCRB (ENSPMJG00000006956) #34 GDF6 (ENSPMJG00000006953) #35 CFAP418 (ENSPMJG00000006891) #36 PLEKHF2 (ENSPMJG00000006884) #37 NDUFAF6 (ENSPMJG00000006878) TP53INP1 (ENSPMJG00000006876) CCNE2 (ENSPMJG00000006872) INTS8 (ENSPMJG00000006860) Neognathae_c ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00950000183212.A ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918 ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000167005 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000012138.a.a ##22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A ENSGT00940000156934 ENSGT00390000007597 Kakapo MODERN SPECIES ANKRD46 (ENSSHBG00005001715) RNF19A (ENSSHBG00005001737) #7 ENSSHBG00005001773 ##9 ENSSHBG00005001799 FBXO43 (ENSSHBG00005001820) ENSSHBG00005001842 #10 ENSSHBG00005001870 VPS13B (ENSSHBG00005002000) #14 OSR2 (ENSSHBG00005002071) #15 STK3 (ENSSHBG00005002130) #16 KCNS2 (ENSSHBG00005002261) #17 ENSSHBG00005002272 #18 ENSSHBG00005002282 #18 POP1 (ENSSHBG00005002300) #19 RIDA (ENSSHBG00005002325) #20 ENSSHBG00005002337 ##22 MATN2 (ENSSHBG00005002362) #23 LAPTM4B (ENSSHBG00005002393) #25 MTDH (ENSSHBG00005002419) #26 CPQ (ENSSHBG00005002449) #30 SDC2 (ENSSHBG00005002460) #31 PTDSS1 (ENSSHBG00005002473) #32 MTERF3 (ENSSHBG00005002485) #33 UQCRB (ENSSHBG00005002501) #34 GDF6 (ENSSHBG00005002511) #35 CFAP418 (ENSSHBG00005002518) #36 PLEKHF2 (ENSSHBG00005002531) #37 NDUFAF6 (ENSSHBG00005002537) TP53INP1 (ENSSHBG00005002550) CCNE2 (ENSSHBG00005002575) INTS8 (ENSSHBG00005002619) Galloanserae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a ##22 Phasianidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a ##22 Japanese quail MODERN SPECIES 11 ANKRD46 (ENSCJPG00005000855) RNF19A (ENSCJPG00005000841) #7 SPAG1 (ENSCJPG00005000826) #9 ENSCJPG00005000818 FBXO43 (ENSCJPG00005000815) RGS22 (ENSCJPG00005000775) #10 ENSCJPG00005000767 VPS13B (ENSCJPG00005000759) #14 OSR2 (ENSCJPG00005000750) #15 STK3 (ENSCJPG00005000746) #16 KCNS2 (ENSCJPG00005000740) #17 NIPAL2 (ENSCJPG00005000735) #18 POP1 (ENSCJPG00005000733) #19 RIDA (ENSCJPG00005000704) #20 ENSCJPG00005000701 ENSCJPG00005000694 ##22 MATN2 (ENSCJPG00005000677) #23 LAPTM4B (ENSCJPG00005000674) #25 MTDH (ENSCJPG00005000660) #26 CPQ (ENSCJPG00005000656) #30 SDC2 (ENSCJPG00005000654) #31 PTDSS1 (ENSCJPG00005000651) #32 MTERF3 (ENSCJPG00005000648) #33 UQCRB (ENSCJPG00005000646) #34 CFAP418 (ENSCJPG00005000637) #36 PLEKHF2 (ENSCJPG00005000636) #37 NDUFAF6 (ENSCJPG00005000633) TP53INP1 (ENSCJPG00005000627) CCNE2 (ENSCJPG00005000624) INTS8 (ENSCJPG00005000619) ENSCJPG00005000614 Anatidae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00950000183212.A ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918 ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000167005 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000012138.a.a ##22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A ENSGT00940000156934 ENSGT00390000007597 Pink-footed goose MODERN SPECIES 29 SNX31 (ENSABRG00000002490) ANKRD46 (ENSABRG00000002470) RNF19A (ENSABRG00000002458) #7 SPAG1 (ENSABRG00000002446) #9 ENSABRG00000002428 FBXO43 (ENSABRG00000002410) RGS22 (ENSABRG00000002360) #10 ENSABRG00000002340 VPS13B (ENSABRG00000002016) #14 OSR2 (ENSABRG00000001956) #15 STK3 (ENSABRG00000001920) #16 KCNS2 (ENSABRG00000001895) #17 NIPAL2 (ENSABRG00000001809) #18 POP1 (ENSABRG00000001452) #19 RIDA (ENSABRG00000000756) #20 ENSABRG00000000669 ##22 MATN2 (ENSABRG00000000565) #23 LAPTM4B (ENSABRG00000000543) #25 MTDH (ENSABRG00000000437) #26 CPQ (ENSABRG00000000332) #30 SDC2 (ENSABRG00000000305) #31 PTDSS1 (ENSABRG00000000256) #32 MTERF3 (ENSABRG00000000242) #33 UQCRB (ENSABRG00000000232) #34 GDF6 (ENSABRG00000000207) #35 CFAP418 (ENSABRG00000017052) #36 PLEKHF2 (ENSABRG00000017051) #37 NDUFAF6 (ENSABRG00000017046) TP53INP1 (ENSABRG00000017041) CCNE2 (ENSABRG00000017023) INTS8 (ENSABRG00000017010) Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a ##22 Theria DUPLICATION Theria DUPLICATION Theria DUPLICATION Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 Bushbaby DUPLICATION Bushbaby MODERN SPECIES 234 COA1 (ENSOGAG00000006944) BLVRA (ENSOGAG00000001591) MRPS24 (ENSOGAG00000001593) URGCP (ENSOGAG00000001595) UBE2D4 (ENSOGAG00000004018) DBNL (ENSOGAG00000006706) PGAM2 (ENSOGAG00000006713) POLM (ENSOGAG00000006715) AEBP1 (ENSOGAG00000007419) POLD2 (ENSOGAG00000006720) MYL7 (ENSOGAG00000013527) GCK (ENSOGAG00000013533) YKT6 (ENSOGAG00000006454) CAMK2B (ENSOGAG00000025215) NUDCD3 (ENSOGAG00000009560) ENSOGAG00000031987 ##22 NPC1L1 (ENSOGAG00000030638) DDX56 (ENSOGAG00000009981) TMED4 (ENSOGAG00000009985) OGDH (ENSOGAG00000002776) ZMIZ2 (ENSOGAG00000001208) ENSOGAG00000027997 H2AZ2 (ENSOGAG00000025145) PURB (ENSOGAG00000026115) MYO1G (ENSOGAG00000000326) CCM2 (ENSOGAG00000007297) NACAD (ENSOGAG00000032908) TBRG4 (ENSOGAG00000007301) Bushbaby MODERN SPECIES 120 SMIM15 (ENSOGAG00000010010) ENSOGAG00000028361 ZSWIM6 (ENSOGAG00000009961) ENSOGAG00000024621 ENSOGAG00000000527 DIMT1 (ENSOGAG00000000531) IPO11 (ENSOGAG00000000533) AGR3 (ENSOGAG00000007563) AGR2 (ENSOGAG00000007561) TSPAN13 (ENSOGAG00000007559) BZW2 (ENSOGAG00000007600) ANKMY2 (ENSOGAG00000007596) ENSOGAG00000007594 SOSTDC1 (ENSOGAG00000007592) CRPPA (ENSOGAG00000033583) ENSOGAG00000031760 ##22 MEOX2 (ENSOGAG00000014555) AGMO (ENSOGAG00000015425) ENSOGAG00000030491 ##24 DGKB (ENSOGAG00000003013) ETV1 (ENSOGAG00000016429) ENSOGAG00000027057 ##24 ARL4A (ENSOGAG00000007283) SCIN (ENSOGAG00000007275) ENSOGAG00000026613 VWDE (ENSOGAG00000009730) TMEM106B (ENSOGAG00000009729) THSD7A (ENSOGAG00000012804) PHF14 (ENSOGAG00000000467) ENSOGAG00000000358 ENSOGAG00000026515 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1461 Slco5a1 (ENSNGAG00000012393) Prdm14 (ENSNGAG00000000883) Ncoa2 (ENSNGAG00000016832) Tram1 (ENSNGAG00000007192) Lactb2 (ENSNGAG00000009316) Xkr9 (ENSNGAG00000011326) Eya1 (ENSNGAG00000013837) Msc (ENSNGAG00000000263) Trpa1 (ENSNGAG00000010202) ENSNGAG00000007698 Terf1 (ENSNGAG00000014419) Sbspon (ENSNGAG00000000871) 4930444P10Rik (ENSNGAG00000001486) Rpl7 (ENSNGAG00000016349) Rdh10 (ENSNGAG00000017245) ENSNGAG00000013114 ##22 Stau2 (ENSNGAG00000017873) ENSNGAG00000000787 ENSNGAG00000012781 Tmem70 (ENSNGAG00000009219) Ly96 (ENSNGAG00000013344) Jph1 (ENSNGAG00000013993) ENSNGAG00000014140 Gdap1 (ENSNGAG00000016669) ENSNGAG00000015264 Pi15 (ENSNGAG00000018827) Crispld1 (ENSNGAG00000002985) ENSNGAG00000008138 Hnf4g (ENSNGAG00000010706) ENSNGAG00000018890 Pex2 (ENSNGAG00000019822) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 Degu MODERN SPECIES 111 SLC25A47 (ENSODEG00000010530) SLC25A29 (ENSODEG00000009428) ENSODEG00000011000 ENSODEG00000010086 DEGS2 (ENSODEG00000009756) ENSODEG00000009527 EML1 (ENSODEG00000009695) CYP46A1 (ENSODEG00000009054) ENSODEG00000013671 ENSODEG00000019980 ENSODEG00000011004 CCNK (ENSODEG00000013520) ENSODEG00000012193 BCL11B (ENSODEG00000012597) ENSODEG00000013092 ENSODEG00000020124 ##22 ENSODEG00000019809 ##22 ENSODEG00000009241 ENSODEG00000010020 AK7 (ENSODEG00000010695) GSKIP (ENSODEG00000009814) ATG2B (ENSODEG00000009264) BDKRB2 (ENSODEG00000009649) C14orf132 (ENSODEG00000010554) TUNAR (ENSODEG00000010137) GLRX5 (ENSODEG00000009514) SYNE3 (ENSODEG00000008940) ENSODEG00000009806 CLMN (ENSODEG00000008945) DICER1 (ENSODEG00000008594) GSC (ENSODEG00000008722) Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 Equus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 Donkey MODERN SPECIES 6 LRRN4 (ENSEASG00005031814) ENSEASG00005001572 ENSEASG00005001389 ENSEASG00005001411 ENSEASG00005001378 ENSEASG00005023847 GPCPD1 (ENSEASG00005001356) PROKR2 (ENSEASG00005032594) CDS2 (ENSEASG00005001329) PCNA (ENSEASG00005001320) ENSEASG00005024441 SLC23A2 (ENSEASG00005001309) RASSF2 (ENSEASG00005001301) PRND (ENSEASG00005001277) prnp (ENSEASG00005027312) ENSEASG00005001262 ##22 ADRA1D (ENSEASG00005001254) SMOX (ENSEASG00005001238) RNF24 (ENSEASG00005025708) PANK2 (ENSEASG00005001193) MAVS (ENSEASG00005001188) AP5S1 (ENSEASG00005032288) CDC25B (ENSEASG00005001177) CENPB (ENSEASG00005001170) SPEF1 (ENSEASG00005001146) ADISSP (ENSEASG00005001129) HSPA12B (ENSEASG00005001114) SIGLEC1 (ENSEASG00005000998) ADAM33 (ENSEASG00005000957) GFRA4 (ENSEASG00005000940) ENSEASG00005000933 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 Felidae ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000156665 ENSGT00390000005644 ENSGT01000000214430.b ENSGT01050000244898.a.a.a.b ENSGT00390000010786 ENSGT00940000158840 ENSGT00390000007109 ENSGT00940000161278 ENSGT00550000074944 ENSGT00390000017010 ENSGT00390000013920 ENSGT00390000017601 ENSGT00950000183152.A.v ENSGT00940000156823.e ENSGT00390000008732.a.a.c.b.a ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 ENSGT00940000160640 ENSGT00940000162423 ENSGT00940000165099 ENSGT00940000163078 ENSGT00950000182991.B ENSGT01000000214430.a.a.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.a.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.jb.b ENSGT00940000154359.e ENSGT01000000214430.a.a.a.b ENSGT01000000214430.a.b ENSGT00530000062962.b.b ENSGT00390000004438 ENSGT00940000155903 ENSGT01030000234532.B.e.a Panthera ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000156665 ENSGT00390000005644 ENSGT01000000214430.b ENSGT01050000244898.a.a.a.b ENSGT00390000010786 ENSGT00940000158840 ENSGT00390000007109 ENSGT00940000161278 ENSGT00550000074944 ENSGT00390000017010 ENSGT00390000013920 ENSGT00390000017601 ENSGT00950000183152.A.v ENSGT00940000156823.e ENSGT00390000008732.a.a.c.b.a ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 ENSGT00940000160640 ENSGT00940000162423 ENSGT00940000165099 ENSGT00940000163078 ENSGT00950000182991.B ENSGT01000000214430.a.a.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.b.jb.b ENSGT01000000214430.a.a.a.a.a.a.b ENSGT01000000214430.a.b ENSGT00530000062962.b.b ENSGT00390000004438 ENSGT00940000155903 ENSGT01030000234532.B.e.a ENSGT00730000110920.b.a.b ENSGT00390000009819.a.b.a.a.b.a Panthera_a ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000156665 ENSGT00390000005644 ENSGT01000000214430.b ENSGT01050000244898.a.a.a.b ENSGT00390000010786 ENSGT00940000158840 ENSGT00390000007109 ENSGT00940000161278 ENSGT00550000074944 ENSGT00390000017010 ENSGT00390000013920 ENSGT00390000017601 ENSGT00950000183152.A.v ENSGT00940000156823.e ENSGT00390000008732.a.a.c.b.a ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 ENSGT00940000160640 ENSGT00940000162423 ENSGT00940000163078 ENSGT00950000182991.B ENSGT01000000214430.a.a.b lion MODERN SPECIES 13 ENSPLOG00000019372 LINGO2 (ENSPLOG00000019417) C9orf72 (ENSPLOG00000019440) IFNK (ENSPLOG00000019484) MOB3B (ENSPLOG00000019495) TEK (ENSPLOG00000019607) IFT74 (ENSPLOG00000020064) LRRC19 (ENSPLOG00000020088) PLAA (ENSPLOG00000020119) CAAP1 (ENSPLOG00000020232) TUSC1 (ENSPLOG00000020292) IZUMO3 (ENSPLOG00000020427) ENSPLOG00000020502 ELAVL2 (ENSPLOG00000020522) ENSPLOG00000020585 ENSPLOG00000020597 ##22 DMRTA1 (ENSPLOG00000020604) CDKN2B (ENSPLOG00000020634) MTAP (ENSPLOG00000020698) IFNE (ENSPLOG00000020717) ENSPLOG00000020743 MPDZ (ENSPLOG00000021010) LURAP1L (ENSPLOG00000021948) TYRP1 (ENSPLOG00000021962) PTPRD (ENSPLOG00000022133) DMAC1 (ENSPLOG00000005410) KDM4C (ENSPLOG00000005468) GLDC (ENSPLOG00000005598) UHRF2 (ENSPLOG00000005717) TPD52L3 (ENSPLOG00000005730) IL33 (ENSPLOG00000005762) leopard MODERN SPECIES 133 TUSC1 (ENSPPRG00000012467) IZUMO3 (ENSPPRG00000017890) ENSPPRG00000012485 ELAVL2 (ENSPPRG00000018510) ENSPPRG00000012498 ENSPPRG00000012506 ##22 DMRTA1 (ENSPPRG00000018624) CDKN2B (ENSPPRG00000018675) ENSPPRG00000018980 ENSPPRG00000019225 MTAP (ENSPPRG00000019253) IFNE (ENSPPRG00000012513) Cat MODERN SPECIES 244 ENSFCAG00000032521 ENSFCAG00000048601 LINGO2 (ENSFCAG00000007073) C9orf72 (ENSFCAG00000001914) EQTN (ENSFCAG00000040310) MOB3B (ENSFCAG00000012089) TEK (ENSFCAG00000002830) LRRC19 (ENSFCAG00000025095) IFT74 (ENSFCAG00000026070) PLAA (ENSFCAG00000023980) CAAP1 (ENSFCAG00000022307) IZUMO3 (ENSFCAG00000015750) ENSFCAG00000025255 ELAVL2 (ENSFCAG00000011976) ENSFCAG00000040593 ENSFCAG00000040447 ##22 DMRTA1 (ENSFCAG00000014743) ENSFCAG00000038878 CDKN2A (ENSFCAG00000022826) MTAP (ENSFCAG00000038221) IFNW12 (ENSFCAG00000044935) IFNA7 (ENSFCAG00000046651) IFNA13 (ENSFCAG00000045072) KLHL9 (ENSFCAG00000012623) ENSFCAG00000023458 IFNB1 (ENSFCAG00000004604) HACD4 (ENSFCAG00000031990) ENSFCAG00000049870 FOCAD (ENSFCAG00000004596) MLLT3 (ENSFCAG00000023293) ENSFCAG00000048731 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 44 ENSGT00390000018389 ENSGT00940000159316 ENSGT00390000014785 ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 ENSGT00550000074698.l ENSGT01090000260082.d.a.a.a.a ENSGT00390000001432 ENSGT00940000158517 ENSGT00940000168691 ENSGT00390000005732.k.a ENSGT01020000230346.E.v ENSGT00940000153112.D.h.a.a.b.a ENSGT00940000155516 ENSGT00390000005727.a.b.b ENSGT00940000154191.i.a.l.a.a ENSGT00940000160157 ENSGT00940000153168.A ENSGT00950000183061.a.a.a.a.b ENSGT00940000160128 Dog MODERN SPECIES 144 ARHGEF9 (ENSCAFG00845024964) AMER1 (ENSCAFG00845025237) ASB12 (ENSCAFG00845025270) ENSCAFG00845025339 MAGED2 (ENSCAFG00845025395) ENSCAFG00845025658 WDR13 (ENSCAFG00845025857) ENSCAFG00845026005 ENSCAFG00845026166 ENSCAFG00845026204 ZC4H2 (ENSCAFG00845026387) ENSCAFG00845026476 ENSCAFG00845026510 ENSCAFG00845026660 LAS1L (ENSCAFG00845026712) ENSCAFG00845026875 ##22 ENSCAFG00845026919 ENSCAFG00845026959 ENSCAFG00845026989 MSN (ENSCAFG00845027053) VSIG4 (ENSCAFG00845027388) HEPH (ENSCAFG00845027558) ENSCAFG00845027909 ENSCAFG00845027953 ENSCAFG00845027999 ENSCAFG00845028010 ENSCAFG00845028023 AR (ENSCAFG00845028051) ENSCAFG00845028135 ENSCAFG00845028196 OPHN1 (ENSCAFG00845028239) Dingo MODERN SPECIES 265 ZC4H2 (ENSCAFG00020017966) ZC3H12B (ENSCAFG00020017995) LAS1L (ENSCAFG00020017999) ENSCAFG00020018005 ##22 ENSCAFG00020018008 ENSCAFG00020018012 MSN (ENSCAFG00020018016) VSIG4 (ENSCAFG00020018026) HEPH (ENSCAFG00020018056) ENSCAFG00020018110 ENSCAFG00020018114 ENSCAFG00020018117 ENSCAFG00020018119 ENSCAFG00020018125 ENSCAFG00020018126 AR (ENSCAFG00020018132) ENSCAFG00020018236 ENSCAFG00020018239 OPHN1 (ENSCAFG00020018268) Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 American mink MODERN SPECIES 135 GYS1 (ENSNVIG00000012673) RUVB2 (ENSNVIG00000012720) ENSNVIG00000012766 ENSNVIG00000012795 NTF4 (ENSNVIG00000012815) KCNA7 (ENSNVIG00000012821) ENSNVIG00000012829 ENSNVIG00000012837 LIN7B (ENSNVIG00000012860) PPFIA3 (ENSNVIG00000012927) HRC (ENSNVIG00000013031) TRPM4 (ENSNVIG00000013059) ENSNVIG00000013162 ENSNVIG00000013174 SLC6A16 (ENSNVIG00000013206) ENSNVIG00000013237 ##22 CD37 (ENSNVIG00000013249) TEAD2 (ENSNVIG00000013313) DKKL1 (ENSNVIG00000013406) KASH5 (ENSNVIG00000013426) PTH2 (ENSNVIG00000013459) GFY (ENSNVIG00000013465) SLC17A7 (ENSNVIG00000013475) PIH1D1 (ENSNVIG00000013493) A16A1 (ENSNVIG00000013514) FLT3LG (ENSNVIG00000013636) RPL13A (ENSNVIG00000013662) RPS11 (ENSNVIG00000013696) FCGRT (ENSNVIG00000013729) RCN3 (ENSNVIG00000013791) NOSIP (ENSNVIG00000013805) Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.a ##22 Common wonbat MODERN SPECIES 1018 GTF3C3 (ENSVURG00010017104) C2orf66 (ENSVURG00010017088) PGAP1 (ENSVURG00010017062) ANKRD44 (ENSVURG00010017027) SF3B1 (ENSVURG00010016994) COQ10B (ENSVURG00010016979) HSPD1 (ENSVURG00010016966) ENSVURG00010016957 MOB4 (ENSVURG00010016938) RFTN2 (ENSVURG00010016931) MARS2 (ENSVURG00010016927) BOLL (ENSVURG00010016845) PLCL1 (ENSVURG00010016821) ENSVURG00010016811 ENSVURG00010016799 ENSVURG00010016787 ##22 SATB2 (ENSVURG00010016725) ENSVURG00010016695 C2orf69 (ENSVURG00010016673) TYW5 (ENSVURG00010016662) MAIP1 (ENSVURG00010016655) SPATS2L (ENSVURG00010016539) KCTD18 (ENSVURG00010016512) ENSVURG00010016490 ENSVURG00010016392 ENSVURG00010016286 ENSVURG00010016266 ENSVURG00010016261 ENSVURG00010016251 ENSVURG00010016231 ENSVURG00010015949 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.b ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.b ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.b ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.b ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.b ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.b ##22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.b ##22 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 229 Kif1c (ENSCGRG00001014329) Zfp3 (ENSCGRG00001019231) Scimp (ENSCGRG00001014394) Rabep1 (ENSCGRG00001011784) Nup88 (ENSCGRG00001012336) Rpain (ENSCGRG00001012989) C1qbp (ENSCGRG00001011622) Dhx33 (ENSCGRG00001023101) Derl2 (ENSCGRG00001009976) Mis12 (ENSCGRG00001009038) 6330403K07Rik (ENSCGRG00001010141) ENSCGRG00001015551 ENSCGRG00001016564 ENSCGRG00001014478 ENSCGRG00001014996 ENSCGRG00001015540 ##22 Wscd1 (ENSCGRG00001018241) Aipl1 (ENSCGRG00001020732) Pimreg (ENSCGRG00001011530) Pitpnm3 (ENSCGRG00001024007) 4933427D14Rik (ENSCGRG00001013886) 4933427D14Rik (ENSCGRG00001001161) Txndc17 (ENSCGRG00001016502) Med31 (ENSCGRG00001017337) 4930563E22Rik (ENSCGRG00001019546) Slc13a5 (ENSCGRG00001020437) ENSCGRG00001020128 Fbxo39 (ENSCGRG00001020628) Tekt1 (ENSCGRG00001021264) Smtnl2 (ENSCGRG00001021789) Ggt6 (ENSCGRG00001022759) Golden Hamster MODERN SPECIES 657 ENSMAUG00000015479 Atl2 (ENSMAUG00000014412) Cyp1b1 (ENSMAUG00000012737) ENSMAUG00000012361 Rmdn2 (ENSMAUG00000012257) Cdc42ep3 (ENSMAUG00000011432) Qpct (ENSMAUG00000011392) Prkd3 (ENSMAUG00000010537) Ndufaf7 (ENSMAUG00000009809) Cebpz (ENSMAUG00000008610) Cebpzos (ENSMAUG00000001259) ENSMAUG00000001168 Sult6b1 (ENSMAUG00000000744) Eif2ak2 (ENSMAUG00000000309) Gpatch11 (ENSMAUG00000018451) ENSMAUG00000017835 ##22 Heatr5b (ENSMAUG00000016018) Strn (ENSMAUG00000008141) Vit (ENSMAUG00000007145) Fez2 (ENSMAUG00000003670) Crim1 (ENSMAUG00000002379) ENSMAUG00000018029 Fam98a (ENSMAUG00000000836) Rasgrp3 (ENSMAUG00000000423) Ltbp1 (ENSMAUG00000011311) ENSMAUG00000009847 ENSMAUG00000009082 Ttc27 (ENSMAUG00000006796) Birc6 (ENSMAUG00000015363) Yipf4 (ENSMAUG00000015306) Nlrc4 (ENSMAUG00000015158) Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.b ##22 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 6 ENSPEMG00000030912 Zfp712 (ENSPEMG00000021548) Sema5a (ENSPEMG00000021663) Tas2r119 (ENSPEMG00000030438) Atpsckmt (ENSPEMG00000014425) ENSPEMG00000022370 Cmbl (ENSPEMG00000023901) Marchf6 (ENSPEMG00000023219) Ropn1l (ENSPEMG00000021994) Ankrd33b (ENSPEMG00000022398) Dap (ENSPEMG00000030453) Ctnnd2 (ENSPEMG00000023801) ENSPEMG00000030112 Dnah5 (ENSPEMG00000021827) Trio (ENSPEMG00000023464) ENSPEMG00000029934 ##22 Otulinl (ENSPEMG00000021713) Otulin (ENSPEMG00000021987) Ank (ENSPEMG00000021948) ENSPEMG00000028925 Fbxl7 (ENSPEMG00000019691) Marchf11 (ENSPEMG00000020080) Zfp622 (ENSPEMG00000019901) Retreg1 (ENSPEMG00000000999) Myo10 (ENSPEMG00000019555) Cdh18 (ENSPEMG00000019662) Cdh12 (ENSPEMG00000019791) ENSPEMG00000009396 ENSPEMG00000025057 Cdh6 (ENSPEMG00000000108) ENSPEMG00000030570 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1351 Hpse (ENSNGAG00000018587) Coq2 (ENSNGAG00000000054) Plac8 (ENSNGAG00000000532) Cops4 (ENSNGAG00000005820) ENSNGAG00000006175 ##22 Lin54 (ENSNGAG00000010863) ENSNGAG00000011892 ENSNGAG00000014734 Tmem150c (ENSNGAG00000014973) Enoph1 (ENSNGAG00000015500) Hnrnpdl (ENSNGAG00000015740) Ints13 (ENSNGAG00000016180) ENSNGAG00000016575 Tm7sf3 (ENSNGAG00000018407) Med21 (ENSNGAG00000000342) Stk38l (ENSNGAG00000010154) Arntl2 (ENSNGAG00000018456) Smco2 (ENSNGAG00000010804) ENSNGAG00000009115 ENSNGAG00000009391 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.b ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.b ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.b ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.b ##22 Degu MODERN SPECIES 70 LARP1 (ENSODEG00000010824) HAND1 (ENSODEG00000009445) SAP30L (ENSODEG00000008855) GALNT10 (ENSODEG00000008896) MFAP3 (ENSODEG00000009031) ENSODEG00000009084 GRIA1 (ENSODEG00000009490) NMUR2 (ENSODEG00000009849) GLRA1 (ENSODEG00000009543) ENSODEG00000008869 ENSODEG00000019553 ENSODEG00000009104 SPARC (ENSODEG00000009746) FAT2 (ENSODEG00000010366) SLC36A1 (ENSODEG00000010341) ENSODEG00000019626 ##22 SEC24A (ENSODEG00000008665) SAR1B (ENSODEG00000009764) JADE2 (ENSODEG00000009149) ENSODEG00000019739 ENSODEG00000008488 UBE2B (ENSODEG00000009143) CDKL3 (ENSODEG00000009715) ENSODEG00000019628 ENSODEG00000008982 ENSODEG00000008861 ENSODEG00000008274 TCF7 (ENSODEG00000013097) ENSODEG00000008308 C5orf15 (ENSODEG00000010577) FSTL4 (ENSODEG00000008162) Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.b ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.b ##22 Bushbaby MODERN SPECIES 184 RBPJ (ENSOGAG00000007913) SEL1L3 (ENSOGAG00000006417) SLC34A2 (ENSOGAG00000006413) ANAPC4 (ENSOGAG00000002068) ZCCHC4 (ENSOGAG00000002064) PI4K2B (ENSOGAG00000029591) ENSOGAG00000024400 ENSOGAG00000033259 SEPSECS (ENSOGAG00000008524) LGI2 (ENSOGAG00000025923) CCDC149 (ENSOGAG00000007602) ENSOGAG00000029820 ENSOGAG00000007593 PPARGC1A (ENSOGAG00000014559) GBA3 (ENSOGAG00000004907) ENSOGAG00000034271 ##22 ADGRA3 (ENSOGAG00000012841) KCNIP4 (ENSOGAG00000012838) PACRGL (ENSOGAG00000012836) SLIT2 (ENSOGAG00000012831) ENSOGAG00000005593 ENSOGAG00000005585 FAM184B (ENSOGAG00000005580) MED28 (ENSOGAG00000033835) LAP3 (ENSOGAG00000005576) CLRN2 (ENSOGAG00000029063) QDPR (ENSOGAG00000013513) ENSOGAG00000030115 LDB2 (ENSOGAG00000002455) TAPT1 (ENSOGAG00000007507) PROM1 (ENSOGAG00000014130) Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.b ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.b ##22 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.b ##22 Chacoan peccary MODERN SPECIES 58 IYD (ENSCWAG00000000052) PPP1R14C (ENSCWAG00000000064) ENSCWAG00000000084 ENSCWAG00000000130 ENSCWAG00000000157 LRP11 (ENSCWAG00000000182) PCMT1 (ENSCWAG00000000240) NUP43 (ENSCWAG00000000291) ENSCWAG00000000304 LATS1 (ENSCWAG00000000323) KATNA1 (ENSCWAG00000000351) GINM1 (ENSCWAG00000000374) PPIL4 (ENSCWAG00000000404) ENSCWAG00000000428 TAB2 (ENSCWAG00000000449) ENSCWAG00000000463 ##22 ENSCWAG00000000476 UST (ENSCWAG00000000494) SASH1 (ENSCWAG00000000532) SAMD5 (ENSCWAG00000000576) STXBP5 (ENSCWAG00000000612) ADGB (ENSCWAG00000000674) ENSCWAG00000000754 RAB32 (ENSCWAG00000000768) GRM1 (ENSCWAG00000000794) SHPRH (ENSCWAG00000000910) FBXO30 (ENSCWAG00000000945) EPM2A (ENSCWAG00000000961) UTRN (ENSCWAG00000001012) ENSCWAG00000001127 STX11 (ENSCWAG00000001141) Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.b ##22 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.b ##22 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.b ##22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.a.b ##22 Common wonbat MODERN SPECIES 643 ENSVURG00010014955 RHOBTB2 (ENSVURG00010014970) ENSVURG00010015015 CHMP7 (ENSVURG00010015029) ENSVURG00010015040 MTMR9 (ENSVURG00010015055) ENSVURG00010015088 ENSVURG00010015098 SOX7 (ENSVURG00010015105) ENSVURG00010015110 C8orf74 (ENSVURG00010015118) ENSVURG00010015136 MSRA (ENSVURG00010015155) KIF13B (ENSVURG00010015192) HMBOX1 (ENSVURG00010015251) ENSVURG00010015274 ##22 INTS9 (ENSVURG00010015279) EXTL3 (ENSVURG00010015304) FZD3 (ENSVURG00010015318) FBXO16 (ENSVURG00010015329) ZNF395 (ENSVURG00010015340) PNOC (ENSVURG00010015370) ENSVURG00010015377 ELP3 (ENSVURG00010015382) ARID5A (ENSVURG00010015393) ENSVURG00010015400 ENSVURG00010015405 NCAPH (ENSVURG00010015423) ITPRIPL1 (ENSVURG00010015447) SNRNP200 (ENSVURG00010015458) CIAO1 (ENSVURG00010015484) Theria DUPLICATION Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.b.a ##22 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.b.a ##22 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.b.a ##22 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.b.a ##22 Diprotodontia_a DUPLICATION Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.b.a.a ##22 koala DUPLICATION koala MODERN SPECIES 23 ENSPCIG00000033567 ENSPCIG00000034081 ENSPCIG00000030929 ##22 ENSPCIG00000019436 SLC25A36 (ENSPCIG00000019442) ENSPCIG00000019446 TRIM42 (ENSPCIG00000019455) CLSTN2 (ENSPCIG00000036104) ENSPCIG00000023599 NMNAT3 (ENSPCIG00000012409) RBP1 (ENSPCIG00000012413) RBP2 (ENSPCIG00000012414) COPB2 (ENSPCIG00000024620) MRPS22 (ENSPCIG00000024621) FOXL2 (ENSPCIG00000024624) PIK3CB (ENSPCIG00000006433) FAIM (ENSPCIG00000006445) CEP70 (ENSPCIG00000006448) koala MODERN SPECIES 4 ENSPCIG00000022577 SYCP1 (ENSPCIG00000022572) TSHB (ENSPCIG00000022570) TSPAN2 (ENSPCIG00000022568) ENSPCIG00000022566 NGF (ENSPCIG00000028939) VANGL1 (ENSPCIG00000001310) CASQ2 (ENSPCIG00000001270) NHLH2 (ENSPCIG00000031517) SLC22A15 (ENSPCIG00000033801) MAB21L3 (ENSPCIG00000010827) ATP1A1 (ENSPCIG00000004151) ENSPCIG00000005860 IGSF3 (ENSPCIG00000005858) ENSPCIG00000031241 ENSPCIG00000033767 ##22 PTGFRN (ENSPCIG00000003461) CD101 (ENSPCIG00000003473) TTF2 (ENSPCIG00000003483) TRIM45 (ENSPCIG00000003500) VTCN1 (ENSPCIG00000003514) MAN1A2 (ENSPCIG00000023762) TENT5C (ENSPCIG00000009669) GDAP2 (ENSPCIG00000000919) WDR3 (ENSPCIG00000000938) SPAG17 (ENSPCIG00000000977) ENSPCIG00000037477 TBX15 (ENSPCIG00000032331) WARS2 (ENSPCIG00000029906) HAO2 (ENSPCIG00000009529) ENSPCIG00000023855 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.b.a.b ##22 Common wonbat MODERN SPECIES 695 ABCC4 (ENSVURG00010023864) SOX21 (ENSVURG00010023875) GPR180 (ENSVURG00010023877) DCT (ENSVURG00010023878) GPC6 (ENSVURG00010023883) ENSVURG00010023888 ENSVURG00010023899 ENSVURG00010023901 ENSVURG00010023902 SLITRK5 (ENSVURG00010023907) ENSVURG00010023908 ENSVURG00010023910 ENSVURG00010023911 SLITRK6 (ENSVURG00010023913) ENSVURG00010023917 ENSVURG00010023918 ##22 ENSVURG00010023919 SLITRK1 (ENSVURG00010023921) koala MODERN SPECIES 72 ENSPCIG00000036595 ##22 ENSPCIG00000012396 MANEA (ENSPCIG00000012397) FUT9 (ENSPCIG00000023261) UFL1 (ENSPCIG00000023251) FHL5 (ENSPCIG00000023243) NDUFAF4 (ENSPCIG00000007875) KLHL32 (ENSPCIG00000023810) MMS22L (ENSPCIG00000023806) POU3F2 (ENSPCIG00000000353) ENSPCIG00000031044 FBXL4 (ENSPCIG00000000383) FAXC (ENSPCIG00000000444) COQ3 (ENSPCIG00000000455) PNISR (ENSPCIG00000000469) USP45 (ENSPCIG00000000483) Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.b.a ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.b.a ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.b.a ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.b.a ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.b.a ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.b.a ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.b.a ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.b.a ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.b.a ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.b.a ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.b.a ##22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.b.a ##22 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 195 Snai1 (ENSCGRG00001007749) Rnf114 (ENSCGRG00001006890) Spata2 (ENSCGRG00001005279) Slc9a8 (ENSCGRG00001022939) B4galt5 (ENSCGRG00001021312) Ptgis (ENSCGRG00001019919) Kcnb1 (ENSCGRG00001019221) Znfx1 (ENSCGRG00001017355) Ddx27 (ENSCGRG00001015330) Stau1 (ENSCGRG00001013453) Cse1l (ENSCGRG00001005670) Arfgef2 (ENSCGRG00001018645) Prex1 (ENSCGRG00001012312) Sulf2 (ENSCGRG00001004952) Ncoa3 (ENSCGRG00001010532) ENSCGRG00001006183 ##22 Zmynd8 (ENSCGRG00001023160) Eya2 (ENSCGRG00001018570) Slc2a10 (ENSCGRG00001017305) ENSCGRG00001017009 Slc13a3 (ENSCGRG00001015064) Ocstamp (ENSCGRG00001013024) Zfp334 (ENSCGRG00001012608) Zfp663 (ENSCGRG00001011556) Elmo2 (ENSCGRG00001005339) Slc35c2 (ENSCGRG00001024168) Cdh22 (ENSCGRG00001022315) Cd40 (ENSCGRG00001019755) Ncoa5 (ENSCGRG00001017589) Slc12a5 (ENSCGRG00001000635) Mmp9 (ENSCGRG00001015519) Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.b.b ##22 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.b.b ##22 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.b.b ##22 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.b.b ##22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.i.b.b ##22 Common wonbat MODERN SPECIES 1064 HGF (ENSVURG00010013380) CACNA2D1 (ENSVURG00010013460) ENSVURG00010013599 ENSVURG00010013609 ENSVURG00010013617 ENSVURG00010013625 ENSVURG00010013627 SEMA3E (ENSVURG00010013633) ENSVURG00010013645 SEMA3A (ENSVURG00010013666) SEMA3D (ENSVURG00010013681) GRM3 (ENSVURG00010013695) ELAPOR2 (ENSVURG00010013705) DMTF1 (ENSVURG00010013719) TMEM243 (ENSVURG00010013742) ENSVURG00010013749 ##22 MEIG1 (ENSVURG00010013765) DCLRE1C (ENSVURG00010013772) SUV39H2 (ENSVURG00010013779) HSPA14 (ENSVURG00010013789) CDNF (ENSVURG00010013801) ENSVURG00010013807 FRMD4A (ENSVURG00010013819) PRPF18 (ENSVURG00010013854) ENSVURG00010013864 BEND7 (ENSVURG00010013875) PHYH (ENSVURG00010013888) UCMA (ENSVURG00010013901) MCM10 (ENSVURG00010013915) OPTN (ENSVURG00010013929) CCDC3 (ENSVURG00010013944) Theria ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918 ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000163089 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 ENSGT00940000168918 ENSGT00390000012138.a.b #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT01100000264651 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00390000008918.a.b ENSGT00940000154697.b ##9 ENSGT00940000164643 ENSGT00390000008918.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 ENSGT00960000187108 ENSGT00390000012138.a.b.t #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT01100000264651 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 Euarchontoglires DUPLICATION Euarchontoglires DUPLICATION Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.a.a ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.a.a ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.a.a ##22 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.a.a ##22 Rabbit MODERN SPECIES 553 LHFPL2 (ENSOCUG00000021745) SCAMP1 (ENSOCUG00000000781) AP3B1 (ENSOCUG00000000140) ENSOCUG00000037709 ENSOCUG00000022709 ENSOCUG00000002122 ENSOCUG00000032262 ##22 ENSOCUG00000027842 ENSOCUG00000038094 ENSOCUG00000022889 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.a.a ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.a.a ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.a.a ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.a.a ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.a.a ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.a.a ##22 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.a.a ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.a.a ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.a.a ##22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.a.a ##22 Steppe mouse MODERN SPECIES 1058 ENSMSIG00000002379 ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.a.a ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.a.a ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.a.a ##22 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.a.a ##22 Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 1365 ENSPSMG00000015618 ENSPSMG00000015624 ZSCAN16 (ENSPSMG00000015642) ZKSCAN8 (ENSPSMG00000015661) ENSPSMG00000015667 ZSCAN9 (ENSPSMG00000015681) ENSPSMG00000015687 ZKSCAN4 (ENSPSMG00000015721) NKAPL (ENSPSMG00000015736) ZSCAN26 (ENSPSMG00000015765) PGBD1 (ENSPSMG00000015784) ZSCAN31 (ENSPSMG00000015793) ZKSCAN3 (ENSPSMG00000015823) ZSCAN12 (ENSPSMG00000015842) ENSPSMG00000015848 ENSPSMG00000015856 ##22 GPX6 (ENSPSMG00000015866) ENSPSMG00000015883 SCAND3 (ENSPSMG00000015894) TRIM27 (ENSPSMG00000015964) ENSPSMG00000015982 ENSPSMG00000015986 ENSPSMG00000015993 SMIM31 (ENSPSMG00000016007) Mouse lemur MODERN SPECIES 29 ENSMICG00000041591 ENSMICG00000031363 ENSMICG00000036516 ENSMICG00000004844 IRAG2 (ENSMICG00000030721) ETFRF1 (ENSMICG00000031339) DNAI7 (ENSMICG00000001474) LMNTD1 (ENSMICG00000038042) RASSF8 (ENSMICG00000006156) BHLHE41 (ENSMICG00000026785) SSPN (ENSMICG00000029815) ITPR2 (ENSMICG00000009476) INTS13 (ENSMICG00000037722) FGFR1OP2 (ENSMICG00000035135) SOX5 (ENSMICG00000046531) ENSMICG00000006940 ##22 AMN1 (ENSMICG00000034335) RESF1 (ENSMICG00000038464) BICD1 (ENSMICG00000014915) ENSMICG00000034434 FGD4 (ENSMICG00000017663) DNM1L (ENSMICG00000017715) YARS2 (ENSMICG00000033335) PKP2 (ENSMICG00000001164) OR6C4 (ENSMICG00000013185) ENSMICG00000017533 ITGA7 (ENSMICG00000010827) BLOC1S1 (ENSMICG00000010878) RDH5 (ENSMICG00000043819) CD63 (ENSMICG00000038103) GDF11 (ENSMICG00000030868) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.a.b ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.a.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.a.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.a.b ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.a.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.a.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.a.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.a.b ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.a.b ##22 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.a.b ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.a.b ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.a.b ##22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.a.b ##22 Steppe mouse MODERN SPECIES 3360 Rrp1b (ENSMSIG00000012198) Hsf2bp (ENSMSIG00000012149) Sik1 (ENSMSIG00000012092) ENSMSIG00000012078 Cryaa (ENSMSIG00000012047) U2af1 (ENSMSIG00000011991) Cbs (ENSMSIG00000011935) Pknox1 (ENSMSIG00000011918) Ndufv3 (ENSMSIG00000011906) Wdr4 (ENSMSIG00000011888) Pde9a (ENSMSIG00000011826) Slc37a1 (ENSMSIG00000011757) Rsph1 (ENSMSIG00000011731) ENSMSIG00000011724 ##22 Ubash3a (ENSMSIG00000011709) Tmprss3 (ENSMSIG00000011659) Tff1 (ENSMSIG00000011643) Tff2 (ENSMSIG00000011628) Tff3 (ENSMSIG00000011620) Abcg1 (ENSMSIG00000011546) Umodl1 (ENSMSIG00000011380) Glp1r (ENSMSIG00000011363) Dnah8 (ENSMSIG00000011171) ENSMSIG00000011157 ENSMSIG00000011104 ENSMSIG00000011093 Btbd9 (ENSMSIG00000010985) ENSMSIG00000010941 Mdga1 (ENSMSIG00000010817) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918.a.b ENSGT00940000154697.b ##9 ENSGT00390000008918.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 ENSGT00960000187108 ENSGT00390000012138.a.b.t #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 Rabbit MODERN SPECIES 18 ATF2 (ENSOCUG00000012156) ATP5MC3 (ENSOCUG00000012164) LNPK (ENSOCUG00000008962) EVX2 (ENSOCUG00000032776) HOXD13 (ENSOCUG00000029547) HOXD12 (ENSOCUG00000002412) HOXD11 (ENSOCUG00000013942) HOXD10 (ENSOCUG00000008964) HOXD9 (ENSOCUG00000023956) ENSOCUG00000035940 HOXD4 (ENSOCUG00000002413) HOXD3 (ENSOCUG00000014119) HOXD1 (ENSOCUG00000015582) MTX2 (ENSOCUG00000008760) ENSOCUG00000025666 ENSOCUG00000030456 ##22 ENSOCUG00000002743 NFE2L2 (ENSOCUG00000001009) AGPS (ENSOCUG00000011521) ENSOCUG00000029884 ENSOCUG00000039012 ENSOCUG00000008038 ENSOCUG00000039559 ENSOCUG00000025342 RBM45 (ENSOCUG00000001125) OSBPL6 (ENSOCUG00000004078) PRKRA (ENSOCUG00000005489) PJVK (ENSOCUG00000005493) FKBP7 (ENSOCUG00000024679) PLEKHA3 (ENSOCUG00000005495) ENSOCUG00000016777 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918.a.b ENSGT00940000154697.b ##9 ENSGT00390000008918.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 ENSGT00390000012138.a.b.s.a.b ##22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A Marmotini ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00940000154697.b ##9 ENSGT00390000008918.a.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00950000183087.A.a.a.b ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918.a.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00950000183087.A.a.a.b ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A Squirrel MODERN SPECIES 70 SPAG1 (ENSSTOG00000006135) #9 POLR2K (ENSSTOG00000006123) FBXO43 (ENSSTOG00000027663) RGS22 (ENSSTOG00000015674) #10 COX6C (ENSSTOG00000015672) #12 VPS13B (ENSSTOG00000015651) #14 ENSSTOG00000027003 OSR2 (ENSSTOG00000021263) #15 ENSSTOG00000029048 STK3 (ENSSTOG00000000651) #16 KCNS2 (ENSSTOG00000024646) #17 NIPAL2 (ENSSTOG00000000646) #18 POP1 (ENSSTOG00000011455) #19 ENSSTOG00000011452 #20 ERICH5 (ENSSTOG00000011450) ENSSTOG00000030813 ##22 MATN2 (ENSSTOG00000011440) #23 LAPTM4B (ENSSTOG00000022846) #25 MTDH (ENSSTOG00000005068) #26 TSPYL5 (ENSSTOG00000005767) #28 CPQ (ENSSTOG00000012223) #30 SDC2 (ENSSTOG00000008050) #31 PTDSS1 (ENSSTOG00000008027) #32 MTERF3 (ENSSTOG00000008021) #33 UQCRB (ENSSTOG00000008017) #34 GDF6 (ENSSTOG00000020127) #35 Alpin marmot MODERN SPECIES DIDO1 (ENSMMMG00000003510) GID8 (ENSMMMG00000003488) SLC17A9 (ENSMMMG00000003461) YTHDF1 (ENSMMMG00000003425) BIRC7 (ENSMMMG00000003407) ARFGAP1 (ENSMMMG00000003181) COL20A1 (ENSMMMG00000002849) CHRNA4 (ENSMMMG00000002798) KCNQ2 (ENSMMMG00000002019) EEF1A2 (ENSMMMG00000001969) PPDPF (ENSMMMG00000001957) PTK6 (ENSMMMG00000001940) SRMS (ENSMMMG00000001913) FNDC11 (ENSMMMG00000001907) HELZ2 (ENSMMMG00000001816) ENSMMMG00000001804 ##22 GMEB2 (ENSMMMG00000001787) STMN3 (ENSMMMG00000001758) RTEL1 (ENSMMMG00000001278) ARFRP1 (ENSMMMG00000001220) ENSMMMG00000001208 ZGPAT (ENSMMMG00000001152) ENSMMMG00000001114 SLC2A4RG (ENSMMMG00000001105) ZBTB46 (ENSMMMG00000001077) ABHD16B (ENSMMMG00000001062) TPD52L2 (ENSMMMG00000000947) DNAJC5 (ENSMMMG00000000914) UCKL1 (ENSMMMG00000000881) ZNF512B (ENSMMMG00000000818) SAMD10 (ENSMMMG00000000802) Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 188 STXBP5L (ENSODEG00000007458) POLQ (ENSODEG00000007851) FBXO40 (ENSODEG00000008932) ENSODEG00000008646 HCLS1 (ENSODEG00000009049) GOLGB1 (ENSODEG00000007972) IQCB1 (ENSODEG00000007907) EAF2 (ENSODEG00000007603) SLC15A2 (ENSODEG00000010727) ILDR1 (ENSODEG00000007516) ENSODEG00000019503 ##22 CASR (ENSODEG00000009812) CSTA (ENSODEG00000007909) ENSODEG00000008197 FAM162A (ENSODEG00000008867) WDR5B (ENSODEG00000019471) ENSODEG00000019490 KPNA1 (ENSODEG00000008059) PARP9 (ENSODEG00000010249) DTX3L (ENSODEG00000008507) PARP14 (ENSODEG00000008430) HSPBAP1 (ENSODEG00000007295) SLC49A4 (ENSODEG00000011339) SEMA5B (ENSODEG00000008076) PDIA5 (ENSODEG00000006957) SEC22A (ENSODEG00000006813) Degu MODERN SPECIES 111 SLC25A29 (ENSODEG00000009428) ENSODEG00000011000 ENSODEG00000010086 DEGS2 (ENSODEG00000009756) ENSODEG00000009527 EML1 (ENSODEG00000009695) CYP46A1 (ENSODEG00000009054) ENSODEG00000013671 ENSODEG00000019980 ENSODEG00000011004 CCNK (ENSODEG00000013520) ENSODEG00000012193 BCL11B (ENSODEG00000012597) ENSODEG00000013092 ENSODEG00000020124 ##22 ENSODEG00000019809 ##22 ENSODEG00000009241 ENSODEG00000010020 AK7 (ENSODEG00000010695) GSKIP (ENSODEG00000009814) ATG2B (ENSODEG00000009264) BDKRB2 (ENSODEG00000009649) C14orf132 (ENSODEG00000010554) TUNAR (ENSODEG00000010137) GLRX5 (ENSODEG00000009514) SYNE3 (ENSODEG00000008940) ENSODEG00000009806 CLMN (ENSODEG00000008945) DICER1 (ENSODEG00000008594) GSC (ENSODEG00000008722) SERPINA3 (ENSODEG00000009064) Degu MODERN SPECIES 66 SATB2 (ENSODEG00000008383) C2orf69 (ENSODEG00000008700) TYW5 (ENSODEG00000009836) MAIP1 (ENSODEG00000008914) SPATS2L (ENSODEG00000009851) ENSODEG00000009211 AOX1 (ENSODEG00000012914) ENSODEG00000011138 ENSODEG00000008135 ENSODEG00000008411 ENSODEG00000019563 CLK1 (ENSODEG00000009021) PPIL3 (ENSODEG00000007592) NIF3L1 (ENSODEG00000008894) ORC2 (ENSODEG00000008853) ENSODEG00000007860 ##22 HYCC2 (ENSODEG00000008316) NDUFB3 (ENSODEG00000010233) CFLAR (ENSODEG00000009559) CASP8 (ENSODEG00000009065) TRAK2 (ENSODEG00000007402) STRADB (ENSODEG00000010540) TMEM237 (ENSODEG00000009685) MPP4 (ENSODEG00000009252) ALS2 (ENSODEG00000007275) ENSODEG00000008122 ENSODEG00000019906 ENSODEG00000010587 Degu MODERN SPECIES 148 DMAP1 (ENSODEG00000009655) ENSODEG00000008938 RNF220 (ENSODEG00000009645) TMEM53 (ENSODEG00000008373) ARMH1 (ENSODEG00000009209) KIF2C (ENSODEG00000008734) ENSODEG00000008551 BEST4 (ENSODEG00000007921) PLK3 (ENSODEG00000007998) BTBD19 (ENSODEG00000009594) PTCH2 (ENSODEG00000008347) ENSODEG00000007848 HECTD3 (ENSODEG00000008590) UROD (ENSODEG00000009217) ZSWIM5 (ENSODEG00000009184) ENSODEG00000019562 ##22 ENSODEG00000008513 ENSODEG00000019502 ENSODEG00000008586 ENSODEG00000008358 HPDL (ENSODEG00000019678) ENSODEG00000009539 TOE1 (ENSODEG00000008239) TESK2 (ENSODEG00000010131) ENSODEG00000009285 ENSODEG00000009465 MMACHC (ENSODEG00000007879) ENSODEG00000007632 AKR1A1 (ENSODEG00000007507) ENSODEG00000007756 CCDC17 (ENSODEG00000008745) Degu MODERN SPECIES 120 GSTT4 (ENSODEG00000007090) ENSODEG00000008425 ENSODEG00000007409 CABIN1 (ENSODEG00000007920) SUSD2 (ENSODEG00000008082) GGT5 (ENSODEG00000008164) ENSODEG00000012141 LRRC75B (ENSODEG00000007792) SNRPD3 (ENSODEG00000008064) GUCD1 (ENSODEG00000009190) UPB1 (ENSODEG00000008169) ENSODEG00000019780 ADORA2A (ENSODEG00000009102) SPECC1L (ENSODEG00000008131) ENSODEG00000007297 ENSODEG00000019487 ##22 ENSODEG00000007642 BCR (ENSODEG00000009004) RAB36 (ENSODEG00000009016) ENSODEG00000019488 RSPH14 (ENSODEG00000007681) GNAZ (ENSODEG00000008736) ENSODEG00000007698 ENSODEG00000007716 ENSODEG00000008516 ENSODEG00000008573 ZNF280B (ENSODEG00000008862) ENSODEG00000009130 ENSODEG00000008043 Long-tailed chinchilla DUPLICATION Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 116 FRMD6 (ENSCLAG00000009659) GNG2 (ENSCLAG00000008554) RTRAF (ENSCLAG00000010765) NID2 (ENSCLAG00000010006) PTGDR (ENSCLAG00000013111) PTGER2 (ENSCLAG00000011936) TXNDC16 (ENSCLAG00000011425) GPR137C (ENSCLAG00000008672) ERO1A (ENSCLAG00000007882) ENSCLAG00000013485 STYX (ENSCLAG00000009165) GNPNAT1 (ENSCLAG00000008884) FERMT2 (ENSCLAG00000011575) DDHD1 (ENSCLAG00000010961) BMP4 (ENSCLAG00000013951) ENSCLAG00000013671 ##22 CDKN3 (ENSCLAG00000010289) CNIH1 (ENSCLAG00000009910) GMFB (ENSCLAG00000008403) CGRRF1 (ENSCLAG00000013882) SAMD4A (ENSCLAG00000011505) GCH1 (ENSCLAG00000009462) ENSCLAG00000013863 SOCS4 (ENSCLAG00000010226) MAPK1IP1L (ENSCLAG00000009943) LGALS3 (ENSCLAG00000009650) DLGAP5 (ENSCLAG00000008776) TRIM69 (ENSCLAG00000013033) TERB2 (ENSCLAG00000012436) SORD (ENSCLAG00000009127) DUOX2 (ENSCLAG00000009210) Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 182 ENSCLAG00000007306 PFKFB1 (ENSCLAG00000009234) APEX2 (ENSCLAG00000017315) ALAS2 (ENSCLAG00000003042) RRAGB (ENSCLAG00000003913) KLF8 (ENSCLAG00000005236) UBQLN2 (ENSCLAG00000017708) NBDY (ENSCLAG00000017820) ENSCLAG00000003312 ENSCLAG00000003441 FAAH2 (ENSCLAG00000003768) SPIN4 (ENSCLAG00000017570) ARHGEF9 (ENSCLAG00000004407) ASB12 (ENSCLAG00000006178) AMER1 (ENSCLAG00000017657) ENSCLAG00000007927 ##22 ZC4H2 (ENSCLAG00000002934) ZC3H12B (ENSCLAG00000003600) LAS1L (ENSCLAG00000006717) MSN (ENSCLAG00000008770) VSIG4 (ENSCLAG00000003308) HEPH (ENSCLAG00000004016) ENSCLAG00000004929 ENSCLAG00000005489 EDA2R (ENSCLAG00000008498) AR (ENSCLAG00000009155) OPHN1 (ENSCLAG00000007376) YIPF6 (ENSCLAG00000003771) STARD8 (ENSCLAG00000005156) EFNB1 (ENSCLAG00000005240) PJA1 (ENSCLAG00000005562) Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female MODERN SPECIES 25 FDFT1 (ENSHGLG00000050864) CTSB (ENSHGLG00000011824) ENSHGLG00000012478 DEFB136 (ENSHGLG00000018411) ENSHGLG00000050365 ENSHGLG00000043011 ENSHGLG00000018999 ENSHGLG00000003073 ENSHGLG00000003492 ENSHGLG00000041229 ARHGEF10 (ENSHGLG00000003965) KBTBD11 (ENSHGLG00000035008) MYOM2 (ENSHGLG00000000341) ENSHGLG00000049125 CSMD1 (ENSHGLG00000000508) ENSHGLG00000048727 ##22 ANGPT2 (ENSHGLG00000002482) ENSHGLG00000048261 ENSHGLG00000002310 ENSHGLG00000040104 ENSHGLG00000002668 ENSHGLG00000000880 ENSHGLG00000032308 ENSHGLG00000044335 ENSHGLG00000034021 #29 ENSHGLG00000042547 ENSHGLG00000046844 ENSHGLG00000000054 ENSHGLG00000050883 ENSHGLG00000043681 DEFB103B (ENSHGLG00000048217) Naked mole-rat female MODERN SPECIES 24 ENSHGLG00000033619 ENSHGLG00000034622 PTH (ENSHGLG00000008594) ENSHGLG00000017597 BMAL1 (ENSHGLG00000011181) RASSF10 (ENSHGLG00000033814) TEAD1 (ENSHGLG00000010909) PARVA (ENSHGLG00000010035) ENSHGLG00000004319 ENSHGLG00000037120 DKK3 (ENSHGLG00000004013) USP47 (ENSHGLG00000016557) ENSHGLG00000035597 GALNT18 (ENSHGLG00000016517) ENSHGLG00000032922 ENSHGLG00000036906 ##22 ZBED5 (ENSHGLG00000048847) EIF4G2 (ENSHGLG00000007052) CTR9 (ENSHGLG00000004887) ENSHGLG00000043311 IRAG1 (ENSHGLG00000004404) LYVE1 (ENSHGLG00000035081) RNF141 (ENSHGLG00000038987) AMPD3 (ENSHGLG00000018258) ADM (ENSHGLG00000018418) SBF2 (ENSHGLG00000011791) ENSHGLG00000017421 SWAP70 (ENSHGLG00000009562) WEE1 (ENSHGLG00000008834) ZNF143 (ENSHGLG00000006384) IPO7 (ENSHGLG00000005147) Naked mole-rat female MODERN SPECIES 24 ANKRD49 (ENSHGLG00000014039) ENSHGLG00000014136 FUT4 (ENSHGLG00000005608) ENSHGLG00000005671 PIWIL4 (ENSHGLG00000007416) ENSHGLG00000008729 AMOTL1 (ENSHGLG00000010959) ENSHGLG00000049265 ENSHGLG00000035638 ENSHGLG00000032452 ENSHGLG00000043269 ENSHGLG00000046281 ENSHGLG00000017774 ENSHGLG00000018327 ENSHGLG00000019419 ENSHGLG00000050488 ##22 FAM76B (ENSHGLG00000013754) ENSHGLG00000017903 ENSHGLG00000015893 ENSHGLG00000050231 MAML2 (ENSHGLG00000017672) ENSHGLG00000049135 JRKL (ENSHGLG00000049214) CCDC82 (ENSHGLG00000013992) ENSHGLG00000041058 ENSHGLG00000041631 ENSHGLG00000042812 ENSHGLG00000003570 MMP7 (ENSHGLG00000003863) ENSHGLG00000047684 ENSHGLG00000044313 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 Kangaroo rat MODERN SPECIES 332 Cdc25b (ENSDORG00000003852) Ap5s1 (ENSDORG00000025441) ENSDORG00000003855 Pank2 (ENSDORG00000003857) Rnf24 (ENSDORG00000010880) Smox (ENSDORG00000002138) ENSDORG00000029360 Adra1d (ENSDORG00000009804) Prnp (ENSDORG00000026711) Rassf2 (ENSDORG00000014376) Slc23a2 (ENSDORG00000028375) Tmem230 (ENSDORG00000028082) Pcna (ENSDORG00000025477) Cds2 (ENSDORG00000004029) Prokr2 (ENSDORG00000028419) ENSDORG00000030177 ##22 Gpcpd1 (ENSDORG00000004049) Shld1 (ENSDORG00000024171) Chgb (ENSDORG00000025997) Trmt6 (ENSDORG00000006458) Mcm8 (ENSDORG00000006459) Crls1 (ENSDORG00000024410) Lrrn4 (ENSDORG00000004085) Fermt1 (ENSDORG00000004087) Bmp2 (ENSDORG00000010717) ENSDORG00000023360 Hao1 (ENSDORG00000011791) ENSDORG00000024865 Plcb1 (ENSDORG00000007949) Plcb4 (ENSDORG00000015276) Lamp5 (ENSDORG00000015284) Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 70 Ccdc172 (ENSJJAG00000023543) Pnlip (ENSJJAG00000000874) ENSJJAG00000019690 Pnliprp1 (ENSJJAG00000023802) Pnliprp2 (ENSJJAG00000012724) 1700019N19Rik (ENSJJAG00000022503) Hspa12a (ENSJJAG00000005467) Eno4 (ENSJJAG00000012645) Shtn1 (ENSJJAG00000020061) Vax1 (ENSJJAG00000020260) Kcnk18 (ENSJJAG00000006813) Slc18a2 (ENSJJAG00000023573) Pdzd8 (ENSJJAG00000023211) Emx2 (ENSJJAG00000016378) Rab11fip2 (ENSJJAG00000013758) ENSJJAG00000009898 ##22 Fam204a (ENSJJAG00000012691) Prlhr (ENSJJAG00000010343) Cacul1 (ENSJJAG00000017702) Eif3a (ENSJJAG00000015031) Dennd10 (ENSJJAG00000006686) Sfxn4 (ENSJJAG00000009478) Prdx3 (ENSJJAG00000023489) Grk5 (ENSJJAG00000022251) Rgs10 (ENSJJAG00000010554) ENSJJAG00000015632 ENSJJAG00000005398 Bag3 (ENSJJAG00000013499) ENSJJAG00000010122 ENSJJAG00000016414 Inpp5f (ENSJJAG00000020126) Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 Rat MODERN SPECIES 1 Btnl9 (ENSRNOG00000046377) LOC684471 (ENSRNOG00000068423) Or2t26 (ENSRNOG00000048210) Or2v1 (ENSRNOG00000064581) Or2v2b (ENSRNOG00000064665) AC103024.1 (ENSRNOG00000031313) Or2v2 (ENSRNOG00000069499) Fam98b-ps1 (ENSRNOG00000069394) Or2v2c (ENSRNOG00000069777) Ifi47 (ENSRNOG00000002470) RGD1559575 (ENSRNOG00000032396) Irgm (ENSRNOG00000031138) Trim7 (ENSRNOG00000002469) Trim41 (ENSRNOG00000002388) Rack1 (ENSRNOG00000052620) Rpl30-ps1 (ENSRNOG00000051163) ##22 ENSRNOG00000063521 ENSRNOG00000067540 Sgcd (ENSRNOG00000002372) Timd4 (ENSRNOG00000038894) Havcr1 (ENSRNOG00000007243) ENSRNOG00000067141 Timd2 (ENSRNOG00000021345) Dppa1 (ENSRNOG00000043293) LOC689968 (ENSRNOG00000042265) LOC100359777 (ENSRNOG00000043422) Havcr2 (ENSRNOG00000031443) Med7 (ENSRNOG00000007053) Garin3 (ENSRNOG00000021425) Itk (ENSRNOG00000006860) Fndc9 (ENSRNOG00000006549) Mus ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918.b ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.b.t.ab #22 ENSGT00700000106136 ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00950000182878.b.b.o ENSGT00940000157222 #31 Mus_A ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918.b.o.a.a ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.b.t.ab #22 ENSGT00700000106136 ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a.k #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00950000182878.b.b.o ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00940000158036 ENSGT01100000263477.E ENSGT00390000014771.a ENSGT00550000074988 ENSGT00390000000183 ENSGT00940000155171.a.b ENSGT00390000012731.a.a ENSGT00500000044852.a Mus_B ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918.b.o.a.a ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.b.t.ab #22 ENSGT00700000106136 ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a.k #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00950000182878.b.b.o ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00940000158036 ENSGT01100000263477.E ENSGT00390000014771.a ENSGT00550000074988 ENSGT00390000000183 ENSGT00940000155171.a.b ENSGT00390000012731.a.a ENSGT00500000044852.a Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 Steppe mouse DUPLICATION Steppe mouse MODERN SPECIES 3308 Rnf19a (ENSMSIG00000015703) #7 Spag1 (ENSMSIG00000015763) #9 ENSMSIG00000015808 Fbxo43 (ENSMSIG00000015840) Rgs22 (ENSMSIG00000015850) #10 ENSMSIG00000015927 Cox6c (ENSMSIG00000015963) #12 Vps13b (ENSMSIG00000016021) #14 Osr2 (ENSMSIG00000016289) #15 Stk3 (ENSMSIG00000016310) #16 Kcns2 (ENSMSIG00000016369) #17 Nipal2 (ENSMSIG00000016374) #18 Pop1 (ENSMSIG00000016402) #19 Rida (ENSMSIG00000016480) #20 Erich5 (ENSMSIG00000016520) ENSMSIG00000016533 ##22 Matn2 (ENSMSIG00000016562) #23 9430069I07Rik (ENSMSIG00000016655) Laptm4b (ENSMSIG00000016687) #25 ENSMSIG00000016703 Mtdh (ENSMSIG00000016720) #26 ENSMSIG00000016786 Tspyl5 (ENSMSIG00000016794) #28 Cpq (ENSMSIG00000016806) #30 ENSMSIG00000016855 Sdc2 (ENSMSIG00000016873) #31 Steppe mouse MODERN SPECIES 15 Shh (ENSMSIG00000012010) ENSMSIG00000012025 ##22 Rnf32 (ENSMSIG00000012044) Lmbr1 (ENSMSIG00000012080) Nom1 (ENSMSIG00000012221) Mnx1 (ENSMSIG00000012250) Ube3c (ENSMSIG00000012285) ENSMSIG00000012364 ENSMSIG00000012602 ENSMSIG00000012609 Rfk (ENSMSIG00000012617) ENSMSIG00000012620 Il6 (ENSMSIG00000012630) Tyms (ENSMSIG00000012655) ENSMSIG00000012679 Garem2 (ENSMSIG00000012700) Hadha (ENSMSIG00000012707) Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 Prairie vole MODERN SPECIES 14 Cxcr4 (ENSMOCG00000002883) ENSMOCG00000022887 Thsd7b (ENSMOCG00000013052) ENSMOCG00000021535 Rab3gap1 (ENSMOCG00000008132) Map3k19 (ENSMOCG00000013038) Ccnt2 (ENSMOCG00000002940) Acmsd (ENSMOCG00000014467) Tmem163 (ENSMOCG00000022463) Mgat5 (ENSMOCG00000022128) ENSMOCG00000015715 Lypd1 (ENSMOCG00000012749) Gpr39 (ENSMOCG00000014214) Slc35f5 (ENSMOCG00000020193) Actr3 (ENSMOCG00000016811) ENSMOCG00000018044 ##22 Dpp10 (ENSMOCG00000018108) ENSMOCG00000012842 ENSMOCG00000022314 Ccdc93 (ENSMOCG00000014441) Insig2 (ENSMOCG00000022239) En1 (ENSMOCG00000021118) Marco (ENSMOCG00000005754) C1ql2 (ENSMOCG00000015563) Steap3 (ENSMOCG00000008386) ENSMOCG00000009556 Dbi (ENSMOCG00000020761) Tmem37 (ENSMOCG00000008468) Sctr (ENSMOCG00000002265) Cfap221 (ENSMOCG00000019701) Tmem177 (ENSMOCG00000020308) Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 Golden Hamster MODERN SPECIES 649 Yipf3 (ENSMAUG00000019181) Polr1c (ENSMAUG00000014329) Xpo5 (ENSMAUG00000011670) Polh (ENSMAUG00000009711) Gtpbp2 (ENSMAUG00000011899) Mad2l1bp (ENSMAUG00000011492) Rsph9 (ENSMAUG00000010828) Vegfa (ENSMAUG00000007292) Mrpl14 (ENSMAUG00000017756) Tmem63b (ENSMAUG00000007946) Capn11 (ENSMAUG00000001798) Slc29a1 (ENSMAUG00000006341) Hsp90ab1 (ENSMAUG00000018422) Slc35b2 (ENSMAUG00000017236) Nfkbie (ENSMAUG00000012047) ENSMAUG00000010907 ##22 Tmem151b (ENSMAUG00000009675) Tcte1 (ENSMAUG00000007852) Aars2 (ENSMAUG00000015966) Spats1 (ENSMAUG00000014422) ENSMAUG00000013120 Supt3 (ENSMAUG00000002447) Runx2 (ENSMAUG00000015728) Enpp4 (ENSMAUG00000013309) Enpp5 (ENSMAUG00000017567) Rcan2 (ENSMAUG00000016625) Cyp39a1 (ENSMAUG00000014708) Slc25a27 (ENSMAUG00000013492) Tdrd6 (ENSMAUG00000001192) Pla2g7 (ENSMAUG00000019624) Ankrd66 (ENSMAUG00000018132) Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 44 ENSCGRG00001023141 Add1 (ENSCGRG00001008876) Sh3bp2 (ENSCGRG00001023205) Tnip2 (ENSCGRG00001018278) Fam193a (ENSCGRG00001011437) Rnf4 (ENSCGRG00001022472) Cfap99 (ENSCGRG00001018964) Zfyve28 (ENSCGRG00001015693) Mxd4 (ENSCGRG00001011783) Haus3 (ENSCGRG00001006121) Poln (ENSCGRG00001007876) Nat8l (ENSCGRG00001023978) Gm1673 (ENSCGRG00001020043) Nelfa (ENSCGRG00001018745) Nsd2 (ENSCGRG00001008668) ENSCGRG00001022523 ##22 Letm1 (ENSCGRG00001022378) Fgfr3 (ENSCGRG00001014679) Tacc3 (ENSCGRG00001022858) Tmem129 (ENSCGRG00001014269) ENSCGRG00001009760 Fam53a (ENSCGRG00001022457) Nkx1-1 (ENSCGRG00001013497) Uvssa (ENSCGRG00001002995) Maea (ENSCGRG00001001581) ENSCGRG00001024773 Ctbp1 (ENSCGRG00001000660) Spon2 (ENSCGRG00001018510) Slc5a1 (ENSCGRG00001023507) Ywhah (ENSCGRG00001020682) Depdc5 (ENSCGRG00001024582) Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 Mas night monkey MODERN SPECIES 498 TGFA (ENSANAG00000030115) ADD2 (ENSANAG00000030888) ENSANAG00000031588 ##22 FIGLA (ENSANAG00000019561) CLEC4F (ENSANAG00000020614) VAX2 (ENSANAG00000025529) ATP6V1B1 (ENSANAG00000035136) ANKRD53 (ENSANAG00000002448) TEX261 (ENSANAG00000031586) NAGK (ENSANAG00000029222) MCEE (ENSANAG00000030635) MPHOSPH10 (ENSANAG00000025905) PAIP2B (ENSANAG00000034035) TPRKB (ENSANAG00000026124) ZNF638 (ENSANAG00000027400) ENSANAG00000002807 DYSF (ENSANAG00000025117) CYP26B1 (ENSANAG00000019618) Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 Marmoset MODERN SPECIES 2 ENSCJAG00000073608 AQP11 (ENSCJAG00000014939) CLNS1A (ENSCJAG00000014927) RSF1 (ENSCJAG00000014899) ENSCJAG00000014890 ENSCJAG00000077936 INTS4 (ENSCJAG00000014825) KCTD14 (ENSCJAG00000014824) ENSCJAG00000021760 THRSP (ENSCJAG00000022085) ENSCJAG00000014820 NDUFC2 (ENSCJAG00000066176) ALG8 (ENSCJAG00000014792) KCTD21 (ENSCJAG00000043935) USP35 (ENSCJAG00000014781) ENSCJAG00000069693 ##22 GAB2 (ENSCJAG00000014753) ENSCJAG00000077741 TENM4 (ENSCJAG00000014733) ENSCJAG00000084055 ##21 ENSCJAG00000085825 #29 FAM181B (ENSCJAG00000014709) PRCP (ENSCJAG00000014662) DDIAS (ENSCJAG00000014654) ENSCJAG00000086217 RAB30 (ENSCJAG00000041773) ENSCJAG00000083519 ##21 PCF11 (ENSCJAG00000014595) ANKRD42 (ENSCJAG00000014555) ENSCJAG00000014547 ENSCJAG00000087263 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 Capuchin DUPLICATION Capuchin MODERN SPECIES 676 ZBED9 (ENSCCAG00000031609) GPX5 (ENSCCAG00000022962) GPX6 (ENSCCAG00000032577) ENSCCAG00000032034 ZSCAN23 (ENSCCAG00000025597) ZSCAN12 (ENSCCAG00000003675) ZKSCAN3 (ENSCCAG00000035145) ZSCAN31 (ENSCCAG00000028631) PGBD1 (ENSCCAG00000033021) ZSCAN26 (ENSCCAG00000021203) ENSCCAG00000014766 ZKSCAN4 (ENSCCAG00000029302) ZSCAN9 (ENSCCAG00000030777) ENSCCAG00000026734 ##22 ZKSCAN8 (ENSCCAG00000035493) ZSCAN16 (ENSCCAG00000025179) ZNF165 (ENSCCAG00000029414) ENSCCAG00000010824 OR2B6 (ENSCCAG00000023688) OR2B2 (ENSCCAG00000032932) ENSCCAG00000002037 ENSCCAG00000032268 ENSCCAG00000005480 ENSCCAG00000020097 Capuchin MODERN SPECIES 188 ENSCCAG00000000482 ENSCCAG00000022287 ENSCCAG00000038032 EPHA6 (ENSCCAG00000031909) CRYBG3 (ENSCCAG00000020427) ENSCCAG00000029436 ##22 RIOX2 (ENSCCAG00000030243) GABRR3 (ENSCCAG00000029478) ENSCCAG00000005085 ENSCCAG00000031108 ENSCCAG00000037070 ENSCCAG00000033454 THEM4 (ENSCCAG00000036356) THEM5 (ENSCCAG00000024196) RORC (ENSCCAG00000023227) LINGO4 (ENSCCAG00000000332) TDRKH (ENSCCAG00000033931) ENSCCAG00000003431 OAZ3 (ENSCCAG00000036424) MRPL9 (ENSCCAG00000021688) ENSCCAG00000016289 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000153665.a ENSGT00950000182886.b.b ENSGT00940000157811 ENSGT00940000156424 ENSGT00910000148650 ENSGT00390000015121 ENSGT01030000234607.A.a.a.a ENSGT00940000155822 ENSGT00940000158036 ENSGT01100000263477.E ENSGT00390000014771.a ENSGT00550000074988.u.b ENSGT00390000000183 ENSGT00940000155171.a.b ENSGT00390000012731.a.a ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 ENSGT00500000044852.a ENSGT00940000154574.c ENSGT00940000154952.a.b ENSGT00940000155533.d ENSGT00910000148358 ENSGT00940000154766.a.a ENSGT00390000009802.a ENSGT00390000009802.b ENSGT00860000135740 ENSGT00390000012189 ENSGT00940000158009 ENSGT00940000160025 ENSGT00390000018047 ENSGT00940000160746 ENSGT00940000155469 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000153665.a ENSGT00950000182886.b.b ENSGT00940000157811 ENSGT00940000156424 ENSGT00910000148650 ENSGT00390000015121 ENSGT01030000234607.A.a.a.a ENSGT00940000155822 ENSGT00940000158036 ENSGT01100000263477.E ENSGT00390000014771.a ENSGT00550000074988.u.b ENSGT00390000000183 ENSGT00940000155171.a.b ENSGT00390000012731.a.a ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 ENSGT00500000044852.a ENSGT00940000154574.c ENSGT00940000164737 ENSGT00940000154952.a.b ENSGT00940000155533.d ENSGT00910000148358 ENSGT00940000154766.a.a ENSGT00390000009802.a ENSGT00940000154631.mb ENSGT00390000009802.b ENSGT00860000135740 ENSGT00390000012189 ENSGT00940000158009 ENSGT00940000160025 ENSGT00390000018047 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000154973 ENSGT00940000156961 ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.a ENSGT00520000059830 ENSGT00940000158137.c.a ENSGT00910000147007 ENSGT00910000146931 ENSGT00520000055637.A.a ENSGT00910000144211.n.b ENSGT00940000161211 ENSGT00390000004385 ENSGT00390000017600 ENSGT00730000111317.c ENSGT00900000143675 ENSGT00940000158167 ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 ENSGT01030000234510.a.a.a.a.a.b ENSGT00530000065105 ENSGT00390000014907.B ENSGT00940000159146 ENSGT00950000182938.b.b.b.b.b.b ENSGT00940000162144 ENSGT00940000154470.a ENSGT00390000004950.k.a ENSGT00390000015600.c.b ENSGT00530000063340 ENSGT00940000154437.mc.b ENSGT00390000018044.b.a ENSGT00940000160524 ENSGT00940000156873 ENSGT00910000147364 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000154973 ENSGT00940000156961 ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.a ENSGT00520000059830 ENSGT00940000158137.c.a ENSGT00910000147007 ENSGT00910000146931 ENSGT00520000055637.A.a ENSGT00910000144211.n.b ENSGT00940000161211 ENSGT00390000004385 ENSGT00390000017600 ENSGT00730000111317.c ENSGT00900000143675 ENSGT00940000158167 ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 ENSGT01030000234510.a.a.a.a.a.b ENSGT00390000015066.d ENSGT00400000022679 ENSGT00390000009405.b.c.a.a.d.a.a.a.b ENSGT00390000014907.B ENSGT00940000159146 ENSGT00950000182938.b.b.b.b.b.b ENSGT00940000162144 ENSGT00940000154470.a ENSGT00390000004950.k.a ENSGT00390000015600.c.b ENSGT00530000063340 ENSGT00940000154437.mc.b ENSGT00390000018044.b.a ENSGT00940000160524 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000154973 ENSGT00940000156961 ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.a ENSGT00520000059830 ENSGT00940000158137.c.a ENSGT00910000147007 ENSGT00910000146931 ENSGT00520000055637.A.a ENSGT00910000144211.n.b ENSGT00940000161211 ENSGT00390000004385 ENSGT00390000017600 ENSGT00730000111317.c ENSGT00900000143675 ENSGT00940000158167 ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 ENSGT01030000234510.a.a.a.a.a.b ENSGT00390000015066.d ENSGT00400000022679 ENSGT00390000009405.b.c.a.a.d.a.a.a.b ENSGT00390000014907.B ENSGT00940000159146 ENSGT00950000182938.b.b.b.b.b.b ENSGT00940000162144 ENSGT00940000154470.a ENSGT00390000004950.k.a ENSGT00390000015600.c.b ENSGT00530000063340 ENSGT00940000154437.mc.b ENSGT00390000018044.b.a ENSGT00940000160524 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 97 ENSGT00940000154973 ENSGT00940000156961 ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.b.a ENSGT00520000059830 ENSGT00940000158137.c.a ENSGT00910000147007 ENSGT00910000146931 ENSGT00520000055637.A.a ENSGT00910000144211.n.b ENSGT00940000161211 ENSGT00390000004385 ENSGT00390000017600 ENSGT00730000111317.c ENSGT00900000143675 ENSGT00940000158167 ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 ENSGT01030000234510.a.a.a.a.a.b ENSGT00390000015066.d ENSGT00400000022679 ENSGT00390000009405.b.c.a.a.d.a.a.a.b ENSGT00390000014907.B ENSGT00940000159146 ENSGT00950000182938.b.b.b.b.b.b ENSGT00940000162144 ENSGT00940000154470.a ENSGT00390000004950.k.a ENSGT00390000015600.c.b ENSGT00940000154437.mc.b ENSGT00390000018044.b.a ENSGT00940000160524 ENSGT00940000156873 Sooty mangabey MODERN SPECIES 151 ENSCATG00000026398 SERPINB5 (ENSCATG00000044074) VPS4B (ENSCATG00000037092) KDSR (ENSCATG00000018172) BCL2 (ENSCATG00000044077) ENSCATG00000044013 PHLPP1 (ENSCATG00000031354) ENSCATG00000038171 ENSCATG00000038102 ZCCHC2 (ENSCATG00000038478) ENSCATG00000038834 TNFRSF11A (ENSCATG00000033230) RELCH (ENSCATG00000035794) PIGN (ENSCATG00000043851) RNF152 (ENSCATG00000008717) ENSCATG00000032607 ##22 CDH20 (ENSCATG00000027205) MC4R (ENSCATG00000022584) ENSCATG00000033427 ENSCATG00000041633 ENSCATG00000021379 CCBE1 (ENSCATG00000030453) LMAN1 (ENSCATG00000006847) CPLX4 (ENSCATG00000043681) RAX (ENSCATG00000040796) GRP (ENSCATG00000032906) ENSCATG00000040513 SEC11C (ENSCATG00000038817) ZNF532 (ENSCATG00000030793) MALT1 (ENSCATG00000040183) ALPK2 (ENSCATG00000034685) Olive baboon DUPLICATION Olive baboon MODERN SPECIES 16 ENSPANG00000046455 ENSPANG00000042962 ENSPANG00000050960 H2AC14 (ENSPANG00000037441) H2BC14 (ENSPANG00000040029) ENSPANG00000040407 ENSPANG00000049801 H1-5 (ENSPANG00000007462) ENSPANG00000043343 H2BC17 (ENSPANG00000047669) OR2B2 (ENSPANG00000038667) ZNF165 (ENSPANG00000020542) ENSPANG00000046840 ZSCAN16 (ENSPANG00000012450) ZKSCAN8 (ENSPANG00000007710) ENSPANG00000042263 ##22 ZSCAN9 (ENSPANG00000013432) ZKSCAN4 (ENSPANG00000026499) NKAPL (ENSPANG00000045195) ZSCAN26 (ENSPANG00000026502) PGBD1 (ENSPANG00000016270) ZSCAN31 (ENSPANG00000020275) ZKSCAN3 (ENSPANG00000008440) ZSCAN12 (ENSPANG00000026498) GPX6 (ENSPANG00000032181) GPX5 (ENSPANG00000009596) SCAND3 (ENSPANG00000026311) ENSPANG00000049126 ENSPANG00000038283 ENSPANG00000043609 ENSPANG00000047616 Olive baboon MODERN SPECIES 16 AMD1 (ENSPANG00000006182) RPF2 (ENSPANG00000018834) SLC16A10 (ENSPANG00000005013) MFSD4B (ENSPANG00000006921) ENSPANG00000041335 REV3L (ENSPANG00000020083) ENSPANG00000046707 TRAF3IP2 (ENSPANG00000022012) FYN (ENSPANG00000003402) CCN6 (ENSPANG00000021139) TUBE1 (ENSPANG00000005681) FAM229B (ENSPANG00000046703) LAMA4 (ENSPANG00000012999) ENSPANG00000032439 ENSPANG00000040680 ##8 ENSPANG00000049180 ##22 MARCKS (ENSPANG00000023060) HDAC2 (ENSPANG00000004969) HS3ST5 (ENSPANG00000020863) ENSPANG00000039146 ENSPANG00000045691 FRK (ENSPANG00000015735) COL10A1 (ENSPANG00000022055) NT5DC1 (ENSPANG00000024103) TSPYL4 (ENSPANG00000035333) TSPYL1 (ENSPANG00000007994) ENSPANG00000044294 DSE (ENSPANG00000000826) ENSPANG00000044624 CALHM6 (ENSPANG00000038049) CALHM5 (ENSPANG00000006250) Macaca ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00390000011196.f #11 ENSGT00940000162275 #12 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000158854 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000163468 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792.q #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.b.t #22 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ENSGT00390000003880.b.b ENSGT01030000234610.a.b ENSGT01030000234610.b.b ENSGT00390000009168.gb ENSGT00500000044869.a.a Crab-eating macaque DUPLICATION Crab-eating macaque MODERN SPECIES 14 ENSMFAG00000063421 H2AC14 (ENSMFAG00000055447) ENSMFAG00000049183 ENSMFAG00000058589 ENSMFAG00000040066 H1-5 (ENSMFAG00000005286) ENSMFAG00000053566 ENSMFAG00000052994 H2BC17 (ENSMFAG00000058622) OR2B2 (ENSMFAG00000055531) ZNF165 (ENSMFAG00000045252) ZSCAN16 (ENSMFAG00000032598) ENSMFAG00000060811 ZKSCAN8 (ENSMFAG00000002333) ENSMFAG00000051780 ENSMFAG00000019727 ##22 ZSCAN9 (ENSMFAG00000037128) ZKSCAN4 (ENSMFAG00000030212) NKAPL (ENSMFAG00000049741) ZSCAN26 (ENSMFAG00000045743) PGBD1 (ENSMFAG00000042494) ZSCAN31 (ENSMFAG00000001436) ZKSCAN3 (ENSMFAG00000040669) ZSCAN12 (ENSMFAG00000046122) ZSCAN23 (ENSMFAG00000059329) GPX6 (ENSMFAG00000002596) GPX5 (ENSMFAG00000004017) SCAND3 (ENSMFAG00000045200) ENSMFAG00000063442 ENSMFAG00000056613 TRIM27 (ENSMFAG00000034098) Crab-eating macaque MODERN SPECIES 14 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ENSGT00390000009802.a ENSGT00390000009802.b ENSGT00390000012189 ENSGT00940000158009 ENSGT00940000160025 ENSGT00390000018047 ENSGT00940000160746 ENSGT00940000155469 ENSGT00730000111450 Pan ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000161612 ENSGT00940000153665.a ENSGT00950000182886.b.b.l ENSGT00940000157811 ENSGT00940000156424 ENSGT00390000015121 ENSGT01030000234607.A.a.a.a ENSGT00940000155822 ENSGT00940000158036 ENSGT01100000263477.E ENSGT00390000014771.a ENSGT00550000074988.u.b ENSGT00390000000183 ENSGT00940000155171.a.b ENSGT00390000012731.a.a ENSGT00390000012138.a.a.j.b ##22 ENSGT00500000044852.a ENSGT00940000154574.c ENSGT00940000154952.a.b.o ENSGT00910000148267 ENSGT00940000154952.a.b.p ENSGT00390000007084.c.a.d.c.a.b.b ENSGT00940000155533.d ENSGT00910000148085 ENSGT00940000154766.a.a ENSGT00390000009802.a ENSGT00950000183029.B.c.b.b.b ENSGT00390000009802.b ENSGT00390000012189 ENSGT00860000135740 ENSGT00910000147847 Bonobo DUPLICATION Bonobo MODERN SPECIES 16 ENTPD3 (ENSPPAG00000041510) 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ENSGT00960000187108 ENSGT00390000012138.a.b.t #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT01100000264651 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 Camelidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 Arabian camel MODERN SPECIES 204 LONRF3 (ENSCDRG00005010727) ENSCDRG00005010706 IL13RA1 (ENSCDRG00005010522) DOCK11 (ENSCDRG00005009656) WDR44 (ENSCDRG00005009484) KLHL13 (ENSCDRG00005009107) ENSCDRG00005009043 CT83 (ENSCDRG00005008988) ENSCDRG00005008836 AGTR2 (ENSCDRG00005008814) PLS3 (ENSCDRG00005008407) LRCH2 (ENSCDRG00005008234) IL13RA2 (ENSCDRG00005008060) HTR2C (ENSCDRG00005007965) ENSCDRG00005007907 ENSCDRG00005007889 ##22 ENSCDRG00005007838 AMOT (ENSCDRG00005007728) LHFPL1 (ENSCDRG00005007705) RTL4 (ENSCDRG00005007694) TRPC5 (ENSCDRG00005007632) ENSCDRG00005007576 ENSCDRG00005007494 ENSCDRG00005007416 TCEAL1 (ENSCDRG00005007397) MORF4L2 (ENSCDRG00005007386) TMEM31 (ENSCDRG00005007356) ENSCDRG00005007286 PLP1 (ENSCDRG00005007194) RAB9B (ENSCDRG00005007178) ENSCDRG00005007043 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00900000143497 ENSGT01090000259987.b.b.a.b ENSGT00390000001856 ENSGT00940000155248 ENSGT00390000012731.a.b ENSGT00390000017916 ENSGT00940000157879 ENSGT00530000062962.a.a ENSGT00940000158054 ENSGT00940000158470 ENSGT00940000156797 ENSGT00940000156712 ENSGT01030000234625.D ENSGT00940000159893 ENSGT00940000154311.a.b ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 ENSGT00940000154578.A.d ENSGT00940000158837 ENSGT01050000244950.a.a.a ENSGT00940000154143.f ENSGT00640000091497.a ENSGT00390000011053 ENSGT00940000155717 ENSGT00940000164270.a.b ENSGT00940000157596 ENSGT00940000161500 ENSGT00950000183058.A.b ENSGT00940000156507 ENSGT00390000017724.a.b ENSGT00390000002188 ENSGT00730000111007.a.a Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT01090000259987.b.b.a.b ENSGT00390000001856 ENSGT00940000155248 ENSGT00390000012731.a.b ENSGT00390000017916 ENSGT00950000182891.a.a.b.a.a.a.b.a.a ENSGT00940000157879 ENSGT00530000062962.a.a ENSGT00940000158054 ENSGT00940000158470 ENSGT00940000156797 ENSGT00940000156712 ENSGT01030000234625.D ENSGT00940000159893 ENSGT00940000154311.a.b ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 ENSGT00940000154578.A.d ENSGT00940000158837 ENSGT01050000244950.a.a.a ENSGT00940000154143.f ENSGT00640000091497.a ENSGT00390000011053 ENSGT00940000155717 ENSGT00940000157596 ENSGT00940000161500 ENSGT00950000183058.A.b ENSGT00940000156507 ENSGT00390000017724.a.b ENSGT00390000002188 ENSGT00730000111007.a.a ENSGT00940000158997 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT01090000259987.b.b.a.b ENSGT00390000001856 ENSGT00940000155248 ENSGT00390000012731.a.b ENSGT00390000017916 ENSGT00950000182891.a.a.b.a.a.a.b.a.a ENSGT00940000157879 ENSGT00530000062962.a.a ENSGT00940000158054 ENSGT00940000158470 ENSGT00940000156797 ENSGT00940000156712 ENSGT01030000234625.D ENSGT00940000159893 ENSGT00940000154311.a.b ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 ENSGT00940000154578.A.d ENSGT00940000158837 ENSGT01050000244950.a.a.a ENSGT00940000154143.f ENSGT00640000091497.a ENSGT00390000011053 ENSGT00940000155717 ENSGT00940000157596 ENSGT00940000161500 ENSGT00950000183058.A.b ENSGT00940000156507 ENSGT00390000017724.a.b ENSGT00390000002188 ENSGT00730000111007.a.a ENSGT00940000158997 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT01090000259987.b.b.a.b ENSGT00390000001856 ENSGT00940000155248 ENSGT00390000012731.a.b ENSGT00390000017916 ENSGT00950000182891.a.a.b.a.a.a.b.a.a ENSGT00940000157879 ENSGT00530000062962.a.a ENSGT00940000158054 ENSGT00940000158470 ENSGT00940000156797 ENSGT00940000156712 ENSGT01030000234625.D ENSGT00940000159893 ENSGT00940000154311.a.b ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 ENSGT00940000154578.A.d ENSGT00940000158837 ENSGT01050000244950.a.a.a ENSGT00940000154143.f ENSGT00640000091497.a ENSGT00390000011053 ENSGT00940000155717 ENSGT00940000157596 ENSGT00940000161500 ENSGT00950000183058.A.b ENSGT00940000156507 ENSGT00390000017724.a.b ENSGT00390000002188 ENSGT00730000111007.a.a ENSGT00940000158997 Narwhal MODERN SPECIES 297 ITGB5 (ENSMMNG00015006575) UMPS (ENSMMNG00015006540) KALRN (ENSMMNG00015006326) ENSMMNG00015006196 CCDC14 (ENSMMNG00015006160) ENSMMNG00015006133 MYLK (ENSMMNG00015006066) HACD2 (ENSMMNG00015006026) ADCY5 (ENSMMNG00015005867) SEC22A (ENSMMNG00015005763) PDIA5 (ENSMMNG00015005725) SEMA5B (ENSMMNG00015005636) SLC49A4 (ENSMMNG00015005591) HSPBAP1 (ENSMMNG00015005568) PARP14 (ENSMMNG00015005535) ENSMMNG00015005518 ##22 DTX3L (ENSMMNG00015005502) PARP9 (ENSMMNG00015005477) KPNA1 (ENSMMNG00015005449) WDR5B 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ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00940000162862 #28 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916.y.a.a.b #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 Siberian musk deer MODERN SPECIES 355 SRSF3 (ENSMMSG00000006324) ENSMMSG00000006352 CDKN1A (ENSMMSG00000006370) RAB44 (ENSMMSG00000006400) CPNE5 (ENSMMSG00000006432) PPIL1 (ENSMMSG00000006470) C6orf89 (ENSMMSG00000006496) PI16 (ENSMMSG00000006545) MTCH1 (ENSMMSG00000006585) FGD2 (ENSMMSG00000006657) PIM1 (ENSMMSG00000006722) ENSMMSG00000006741 TMEM217 (ENSMMSG00000006754) TBC1D22B (ENSMMSG00000006769) ENSMMSG00000006811 ENSMMSG00000006850 ##22 CMTR1 (ENSMMSG00000006899) CCDC167 (ENSMMSG00000007063) MDGA1 (ENSMMSG00000007118) ZFAND3 (ENSMMSG00000007177) ENSMMSG00000007257 BTBD9 (ENSMMSG00000007304) ENSMMSG00000007412 GLO1 (ENSMMSG00000007432) DNAH8 (ENSMMSG00000007500) ENSMMSG00000007914 GLP1R (ENSMMSG00000007945) SAYSD1 (ENSMMSG00000008010) KCNK5 (ENSMMSG00000008029) KCNK17 (ENSMMSG00000008056) KCNK16 (ENSMMSG00000008097) Bovidae ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00390000010652.C ENSGT00940000156800 ENSGT00940000157220 ENSGT00940000158881 ENSGT01030000234638.b.b.c.a ENSGT00390000011608 ENSGT00940000159320 ENSGT00940000162149 ENSGT00390000009453 ENSGT00940000156813 ENSGT00390000014472 ENSGT00940000174015.a ENSGT00390000016718 ENSGT00940000158927 ENSGT00940000154870.D ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 ENSGT00390000012547.a ENSGT00940000161170 ENSGT00530000064251 ENSGT00970000193421.C.b ENSGT00940000154876.b ENSGT00390000009995 ENSGT00390000014273.a ENSGT00950000182920.a ENSGT00520000059044 ENSGT00940000159749 ENSGT00390000005222 ENSGT00950000182844.b.b.b ENSGT00390000000453 ENSGT00390000005855 ENSGT00940000160026 Caprinae ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00950000183076.a.b.b.a.a ENSGT00390000010652.C ENSGT00940000156800 ENSGT00940000157220 ENSGT00940000158881 ENSGT01030000234638.b.b.c.a ENSGT00390000011608 ENSGT00940000159320 ENSGT00940000162149.c ENSGT00390000009453 ENSGT00940000156813 ENSGT00390000014472 ENSGT00390000016718 ENSGT00940000158927 ENSGT00940000154870.D ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 ENSGT00390000012547.a ENSGT00940000161170 ENSGT00530000064251 ENSGT00970000193421.C.b ENSGT00940000154876.b ENSGT00530000063712.a.a.k ENSGT00530000063712.a.a.l ENSGT00390000009995 ENSGT00390000014273.a ENSGT00950000182920.a ENSGT00520000059044 ENSGT00940000159749 ENSGT00390000005222 ENSGT00950000182844.b.b.b ENSGT00390000000453 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 172 ENSOARG00020018182 ##22 Goat DUPLICATION Goat DUPLICATION Goat MODERN SPECIES 13 CRTC3 (ENSCHIG00000018523) ENSCHIG00000006931 BLM (ENSCHIG00000010329) FURIN (ENSCHIG00000022482) FES (ENSCHIG00000017144) MAN2A2 (ENSCHIG00000014616) HDDC3 (ENSCHIG00000016009) UNC45A (ENSCHIG00000021276) RCCD1 (ENSCHIG00000017401) PRC1 (ENSCHIG00000002572) VPS33B (ENSCHIG00000013457) NGRN (ENSCHIG00000005996) GDPGP1 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(ENSCHIG00000018349) VWA5B2 (ENSCHIG00000007439) ALG3 (ENSCHIG00000015770) CAMK2N2 (ENSCHIG00000018201) Bovinae ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00390000010652.C ENSGT00940000156800 ENSGT00940000157220 ENSGT00940000158881 ENSGT01030000234638.b.b.c.a ENSGT00390000011608 ENSGT00940000159320 ENSGT00940000162149 ENSGT00390000009453 ENSGT00940000156813 ENSGT00390000014472 ENSGT00940000174015.a ENSGT00390000016718 ENSGT00940000158927 ENSGT00940000154870.D ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 ENSGT00390000012547.a ENSGT00940000161170 ENSGT00530000064251 ENSGT00970000193421.C.b ENSGT00940000154876.b ENSGT00390000009995 ENSGT00390000014273.a ENSGT00950000182920.a ENSGT00520000059044 ENSGT00940000159749 ENSGT00390000005222 ENSGT00950000182844.b.b.b ENSGT00390000000453 ENSGT00390000005855 ENSGT00940000160026 American bison DUPLICATION American bison MODERN SPECIES 3078 IQGAP1 (ENSBBBG00000023592) CRTC3 (ENSBBBG00000006175) BLM (ENSBBBG00000023708) FURIN (ENSBBBG00000006188) FES (ENSBBBG00000006199) MAN2A2 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POU2F3 (ENSBBBG00000004883) TLCD5 (ENSBBBG00000009156) ARHGEF12 (ENSBBBG00000019004) GRIK4 (ENSBBBG00000018764) ENSBBBG00000018675 ##22 TBCEL (ENSBBBG00000018659) TECTA (ENSBBBG00000018626) SC5D (ENSBBBG00000018532) ENSBBBG00000018510 SORL1 (ENSBBBG00000018493) ENSBBBG00000018379 UBASH3B (ENSBBBG00000018323) CRTAM (ENSBBBG00000018292) JHY (ENSBBBG00000018276) BSX (ENSBBBG00000018188) ENSBBBG00000018029 CLMP (ENSBBBG00000016837) GRAMD1B (ENSBBBG00000000719) SCN3B (ENSBBBG00000016043) ZNF202 (ENSBBBG00000016005) Bos ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00390000010652.C ENSGT00940000156800 ENSGT00940000157220 ENSGT00940000158881 ENSGT01030000234638.b.b.c.a ENSGT00390000011608 ENSGT00940000159320 ENSGT00940000162149 ENSGT00390000009453 ENSGT00940000156813 ENSGT00390000014472 ENSGT00940000174015.a ENSGT00390000016718 ENSGT00940000158927 ENSGT00940000154870.D ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 ENSGT00390000012547.a ENSGT00940000161170 ENSGT00530000064251 ENSGT00970000193421.C.b ENSGT00940000154876.b 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(ENSBTAG00000020301) FURIN (ENSBTAG00000002939) FES (ENSBTAG00000002941) MAN2A2 (ENSBTAG00000018905) HDDC3 (ENSBTAG00000018637) UNC45A (ENSBTAG00000018639) RCCD1 (ENSBTAG00000018642) PRC1 (ENSBTAG00000018643) VPS33B (ENSBTAG00000000026) NGRN (ENSBTAG00000014505) ENSBTAG00000052625 GDPGP1 (ENSBTAG00000005174) CIB1 (ENSBTAG00000021275) SEMA4B (ENSBTAG00000021273) ENSBTAG00000022947 ##22 IDH2 (ENSBTAG00000014093) ZNF710 (ENSBTAG00000019174) ARPIN (ENSBTAG00000027059) AP3S2 (ENSBTAG00000001407) ANPEP (ENSBTAG00000016881) MESP2 (ENSBTAG00000027058) MESP1 (ENSBTAG00000052215) ENSBTAG00000055143 WDR93 (ENSBTAG00000006141) PEX11A (ENSBTAG00000006140) PLIN1 (ENSBTAG00000015350) ENSBTAG00000050851 KIF7 (ENSBTAG00000002440) TICRR (ENSBTAG00000002418) RHCG (ENSBTAG00000005471) Cow MODERN SPECIES 5 RNF19A (ENSBTAG00000017833) #7 ENSBTAG00000050156 #9 SPAG1 (ENSBTAG00000032544) ##9 POLR2K (ENSBTAG00000022539) FBXO43 (ENSBTAG00000019795) RGS22 (ENSBTAG00000019793) #10 COX6C (ENSBTAG00000014130) 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OAF (ENSBTAG00000021338) POU2F3 (ENSBTAG00000021340) TLCD5 (ENSBTAG00000021342) ARHGEF12 (ENSBTAG00000021343) GRIK4 (ENSBTAG00000017146) ENSBTAG00000040051 ##22 TBCEL (ENSBTAG00000018213) TECTA (ENSBTAG00000004456) SC5D (ENSBTAG00000019246) ENSBTAG00000051189 SORL1 (ENSBTAG00000014611) ENSBTAG00000053620 UBASH3B (ENSBTAG00000000842) CRTAM (ENSBTAG00000005193) JHY (ENSBTAG00000013989) BSX (ENSBTAG00000013994) HSPA8 (ENSBTAG00000013162) CLMP (ENSBTAG00000020046) GRAMD1B (ENSBTAG00000001410) SCN3B (ENSBTAG00000016768) ZNF202 (ENSBTAG00000016684) Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 13 IQGAP1 (ENSBIXG00005018469) CRTC3 (ENSBIXG00005005661) BLM (ENSBIXG00005018655) FURIN (ENSBIXG00005003030) FES (ENSBIXG00005000057) MAN2A2 (ENSBIXG00005019060) HDDC3 (ENSBIXG00005019122) PRC1 (ENSBIXG00005019198) UNC45A (ENSBIXG00005003160) VPS33B (ENSBIXG00005019505) NGRN (ENSBIXG00005019528) ENSBIXG00005003184 GDPGP1 (ENSBIXG00005019557) CIB1 (ENSBIXG00005019579) SEMA4B (ENSBIXG00005019636) ENSBIXG00005019653 ##22 IDH2 (ENSBIXG00005003221) ZNF710 (ENSBIXG00005019736) ARPIN (ENSBIXG00005006453) AP3S2 (ENSBIXG00005019853) ANPEP (ENSBIXG00005006254) MESP2 (ENSBIXG00005019976) MESP1 (ENSBIXG00005019991) WDR93 (ENSBIXG00005020035) PEX11A (ENSBIXG00005020081) PLIN1 (ENSBIXG00005003299) ENSBIXG00005020106 KIF7 (ENSBIXG00005003323) TICRR (ENSBIXG00005007151) RHCG (ENSBIXG00005020212) POLG (ENSBIXG00005007341) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 6 CCDC153 (ENSBIXG00005028314) CBL (ENSBIXG00005028390) MCAM (ENSBIXG00005028409) RNF26 (ENSBIXG00005028424) ENSBIXG00005028447 MFRP (ENSBIXG00005028475) USP2 (ENSBIXG00005028585) ENSBIXG00005004947 NECTIN1 (ENSBIXG00005028659) TRIM29 (ENSBIXG00005028730) OAF (ENSBIXG00005028761) POU2F3 (ENSBIXG00005028778) TLCD5 (ENSBIXG00005028810) ARHGEF12 (ENSBIXG00005028875) GRIK4 (ENSBIXG00005028909) ENSBIXG00005028935 ##22 ENSBIXG00005002177 TBCEL (ENSBIXG00005028967) TECTA (ENSBIXG00005005131) SC5D (ENSBIXG00005005176) ENSBIXG00005005191 SORL1 (ENSBIXG00005005228) UBASH3B (ENSBIXG00005011282) CRTAM (ENSBIXG00005011302) JHY (ENSBIXG00005011352) BSX (ENSBIXG00005011376) ENSBIXG00005011538 CLMP (ENSBIXG00005011593) GRAMD1B (ENSBIXG00005011762) SCN3B (ENSBIXG00005011870) ZNF202 (ENSBIXG00005001192) Bos_a ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00950000183076.a.b.b.a.a ENSGT00390000010652.C ENSGT00940000156800 ENSGT00940000157220 ENSGT00940000158881 ENSGT01030000234638.b.b.c.a ENSGT00390000011608 ENSGT00940000159320 ENSGT00940000162149 ENSGT00390000009453 ENSGT00940000156813 ENSGT00390000014472 ENSGT00390000016718 ENSGT00940000158927 ENSGT00940000154870.D ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 ENSGT00390000012547.a ENSGT00940000161170 ENSGT00530000064251 ENSGT00970000193421.C.b ENSGT00940000154876.b ENSGT00530000063712.a.a.k ENSGT00530000063712.a.a.l ENSGT00390000009995 ENSGT00390000014273.a.d ENSGT00950000182920.a ENSGT00520000059044 ENSGT00940000159749 ENSGT00390000005222 ENSGT00950000182844.b.b.b ENSGT00390000000453 Domestic yak DUPLICATION Domestic yak MODERN SPECIES 8 IQGAP1 (ENSBGRG00000009693) CRTC3 (ENSBGRG00000009614) BLM (ENSBGRG00000009348) FURIN (ENSBGRG00000009175) FES (ENSBGRG00000008515) MAN2A2 (ENSBGRG00000008221) HDDC3 (ENSBGRG00000008060) UNC45A (ENSBGRG00000007354) RCCD1 (ENSBGRG00000007228) PRC1 (ENSBGRG00000007005) VPS33B (ENSBGRG00000006687) NGRN (ENSBGRG00000006616) GDPGP1 (ENSBGRG00000006601) CIB1 (ENSBGRG00000006551) SEMA4B (ENSBGRG00000006522) ENSBGRG00000006505 ##22 IDH2 (ENSBGRG00000006356) ZNF710 (ENSBGRG00000006289) ARPIN (ENSBGRG00000006258) AP3S2 (ENSBGRG00000006157) ANPEP (ENSBGRG00000006001) MESP2 (ENSBGRG00000005954) MESP1 (ENSBGRG00000005945) WDR93 (ENSBGRG00000005759) ENSBGRG00000005653 PLIN1 (ENSBGRG00000005613) ENSBGRG00000005593 KIF7 (ENSBGRG00000005580) TICRR (ENSBGRG00000005251) RHCG (ENSBGRG00000005133) POLG (ENSBGRG00000004700) Domestic yak MODERN SPECIES 4 CCDC153 (ENSBGRG00000016230) CBL (ENSBGRG00000015641) MCAM (ENSBGRG00000015317) RNF26 (ENSBGRG00000015290) C1QTNF5 (ENSBGRG00000015232) MFRP (ENSBGRG00000014859) USP2 (ENSBGRG00000014287) THY1 (ENSBGRG00000014203) NECTIN1 (ENSBGRG00000013920) TRIM29 (ENSBGRG00000013713) OAF (ENSBGRG00000013639) POU2F3 (ENSBGRG00000013401) TLCD5 (ENSBGRG00000013334) ARHGEF12 (ENSBGRG00000012502) GRIK4 (ENSBGRG00000012244) ENSBGRG00000012217 ##22 TBCEL (ENSBGRG00000012161) TECTA (ENSBGRG00000012059) SC5D (ENSBGRG00000011853) SORL1 (ENSBGRG00000011099) ENSBGRG00000011053 UBASH3B (ENSBGRG00000010659) CRTAM (ENSBGRG00000015363) JHY (ENSBGRG00000015236) ENSBGRG00000015174 BSX (ENSBGRG00000015127) ENSBGRG00000015071 HSPA8 (ENSBGRG00000014719) CLMP (ENSBGRG00000014616) GRAMD1B (ENSBGRG00000013095) SCN3B (ENSBGRG00000012965) Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 704 FES (ENSBMUG00000007557) MAN2A2 (ENSBMUG00000007488) HDDC3 (ENSBMUG00000007452) UNC45A (ENSBMUG00000007402) PRC1 (ENSBMUG00000007306) VPS33B (ENSBMUG00000007246) NGRN (ENSBMUG00000007214) GDPGP1 (ENSBMUG00000007210) CIB1 (ENSBMUG00000007196) SEMA4B (ENSBMUG00000007182) ENSBMUG00000007168 ##22 IDH2 (ENSBMUG00000007161) ZNF710 (ENSBMUG00000007149) ARPIN (ENSBMUG00000007142) AP3S2 (ENSBMUG00000007130) ANPEP (ENSBMUG00000007105) MESP1 (ENSBMUG00000007083) WDR93 (ENSBMUG00000007071) PEX11A (ENSBMUG00000007058) PLIN1 (ENSBMUG00000007031) ENSBMUG00000007018 KIF7 (ENSBMUG00000006610) TICRR (ENSBMUG00000006427) RHCG (ENSBMUG00000006381) Wild yak MODERN SPECIES 884 CCDC153 (ENSBMUG00000010518) CBL (ENSBMUG00000010504) MCAM (ENSBMUG00000010212) RNF26 (ENSBMUG00000010055) C1QTNF5 (ENSBMUG00000010047) MFRP (ENSBMUG00000010026) USP2 (ENSBMUG00000009990) THY1 (ENSBMUG00000009971) NECTIN1 (ENSBMUG00000009949) TRIM29 (ENSBMUG00000009933) OAF (ENSBMUG00000009919) POU2F3 (ENSBMUG00000009903) TLCD5 (ENSBMUG00000009897) ARHGEF12 (ENSBMUG00000009803) GRIK4 (ENSBMUG00000009668) ENSBMUG00000009640 ##22 TBCEL (ENSBMUG00000009635) TECTA (ENSBMUG00000009605) SC5D (ENSBMUG00000009572) ENSBMUG00000009562 SORL1 (ENSBMUG00000009532) Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 Chacoan peccary DUPLICATION Chacoan peccary MODERN SPECIES 850 SEC14L5 (ENSCWAG00000020736) NAGPA (ENSCWAG00000020722) C16orf89 (ENSCWAG00000020706) ENSCWAG00000020688 ENSCWAG00000020678 RBFOX1 (ENSCWAG00000019849) TMEM114 (ENSCWAG00000019740) ABAT (ENSCWAG00000019483) TMEM186 (ENSCWAG00000019449) PMM2 (ENSCWAG00000019395) CARHSP1 (ENSCWAG00000019365) ENSCWAG00000019348 USP7 (ENSCWAG00000019178) HAPSTR1 (ENSCWAG00000019152) GRIN2A (ENSCWAG00000019004) ENSCWAG00000018982 ##22 ATF7IP2 (ENSCWAG00000018854) EMP2 (ENSCWAG00000018830) TEKT5 (ENSCWAG00000018785) NUBP1 (ENSCWAG00000018775) TVP23A (ENSCWAG00000018720) CIITA (ENSCWAG00000018447) CLEC16A (ENSCWAG00000018345) SOCS1 (ENSCWAG00000018329) TNP2 (ENSCWAG00000018316) ENSCWAG00000018285 RMI2 (ENSCWAG00000018234) Chacoan peccary MODERN SPECIES 13 FAM199X (ENSCWAG00000008753) ENSCWAG00000008715 SLC25A53 (ENSCWAG00000008699) ENSCWAG00000008669 ENSCWAG00000008630 RAB9B (ENSCWAG00000008606) PLP1 (ENSCWAG00000008487) ENSCWAG00000008320 MORF4L2 (ENSCWAG00000008298) TCEAL1 (ENSCWAG00000008269) ENSCWAG00000008156 ENSCWAG00000008135 TCEAL9 (ENSCWAG00000008108) TCEAL7 (ENSCWAG00000008089) ENSCWAG00000008070 ENSCWAG00000008029 ##22 TCEAL8 (ENSCWAG00000007932) ENSCWAG00000007916 NXF3 (ENSCWAG00000007779) ENSCWAG00000007764 GPRASP2 (ENSCWAG00000007719) GPRASP1 (ENSCWAG00000007711) ENSCWAG00000007690 ENSCWAG00000007616 ENSCWAG00000007577 BEX5 (ENSCWAG00000007566) ENSCWAG00000007545 ZMAT1 (ENSCWAG00000007490) ENSCWAG00000007468 ARMCX2 (ENSCWAG00000007452) ARMCX3 (ENSCWAG00000007445) Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 Cat MODERN SPECIES 241 MCAM (ENSFCAG00000000977) C1QTNF5 (ENSFCAG00000030303) RNF26 (ENSFCAG00000000978) MFRP (ENSFCAG00000000979) USP2 (ENSFCAG00000000980) THY1 (ENSFCAG00000042154) NECTIN1 (ENSFCAG00000005493) TRIM29 (ENSFCAG00000003353) OAF (ENSFCAG00000032399) POU2F3 (ENSFCAG00000003355) TLCD5 (ENSFCAG00000024604) ARHGEF12 (ENSFCAG00000026560) GRIK4 (ENSFCAG00000003358) TBCEL (ENSFCAG00000013489) TECTA (ENSFCAG00000013490) ENSFCAG00000048683 ##22 SC5D (ENSFCAG00000034641) SORL1 (ENSFCAG00000013217) UBASH3B (ENSFCAG00000031213) CRTAM (ENSFCAG00000001126) JHY (ENSFCAG00000001129) HSPA8 (ENSFCAG00000001132) BSX (ENSFCAG00000006241) ENSFCAG00000026351 CLMP (ENSFCAG00000001133) GRAMD1B (ENSFCAG00000004317) SCN3B (ENSFCAG00000000425) ZNF202 (ENSFCAG00000034748) OR6M1 (ENSFCAG00000046786) ENSFCAG00000042930 ENSFCAG00000040197 Panthera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 Panthera_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 lion MODERN SPECIES 10 NRIP3 (ENSPLOG00000007797) SCUBE2 (ENSPLOG00000007949) DENND5A (ENSPLOG00000008463) ENSPLOG00000008630 TMEM41B (ENSPLOG00000008661) IPO7 (ENSPLOG00000008715) ZNF143 (ENSPLOG00000008922) WEE1 (ENSPLOG00000009291) SWAP70 (ENSPLOG00000009330) SBF2 (ENSPLOG00000009390) ADM (ENSPLOG00000009432) AMPD3 (ENSPLOG00000009492) RNF141 (ENSPLOG00000009620) LYVE1 (ENSPLOG00000009661) IRAG1 (ENSPLOG00000009749) ENSPLOG00000010096 ##22 CTR9 (ENSPLOG00000010112) EIF4G2 (ENSPLOG00000007481) ZBED5 (ENSPLOG00000007663) GALNT18 (ENSPLOG00000007788) USP47 (ENSPLOG00000007945) DKK3 (ENSPLOG00000008271) MICAL2 (ENSPLOG00000008342) ENSPLOG00000008438 PARVA (ENSPLOG00000008506) TEAD1 (ENSPLOG00000008642) RASSF10 (ENSPLOG00000008927) BMAL1 (ENSPLOG00000008980) BTBD10 (ENSPLOG00000009236) PTH (ENSPLOG00000009324) ENSPLOG00000009349 Caniformia DUPLICATION Caniformia DUPLICATION Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.r.a ##22 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.r.a ##22 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.r.a ##22 Dingo MODERN SPECIES 324 STC2 (ENSCAFG00020011270) NKX2-5 (ENSCAFG00020011268) BNIP1 (ENSCAFG00020011264) CREBRF (ENSCAFG00020011261) ENSCAFG00020011259 ERGIC1 (ENSCAFG00020011256) DUSP1 (ENSCAFG00020011252) NEURL1B (ENSCAFG00020011251) SH3PXD2B (ENSCAFG00020011225) UBTD2 (ENSCAFG00020011220) STK10 (ENSCAFG00020009145) FBXW11 (ENSCAFG00020008756) FGF18 (ENSCAFG00020008729) ENSCAFG00020008713 TLX3 (ENSCAFG00020008709) ENSCAFG00020008705 ##22 RANBP17 (ENSCAFG00020005518) GABRP (ENSCAFG00020005355) KCNIP1 (ENSCAFG00020005302) KCNMB1 (ENSCAFG00020005273) LCP2 (ENSCAFG00020005197) FOXI1 (ENSCAFG00020005155) INSYN2B (ENSCAFG00020005151) DOCK2 (ENSCAFG00020004726) SPDL1 (ENSCAFG00020004634) ENSCAFG00020004609 SLIT3 (ENSCAFG00020003628) PANK3 (ENSCAFG00020003517) FBLL1 (ENSCAFG00020003509) RARS1 (ENSCAFG00020003506) WWC1 (ENSCAFG00020002550) Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.r.a ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.r.a ##22 Giant Panda MODERN SPECIES ENSAMEG00000014364 ENSAMEG00000011404 ENSAMEG00000001345 ENSAMEG00000011120 GBE1 (ENSAMEG00000011122) CADM2 (ENSAMEG00000004477) VGLL3 (ENSAMEG00000007269) CHMP2B (ENSAMEG00000007276) POU1F1 (ENSAMEG00000007286) HTR1F (ENSAMEG00000019746) CGGBP1 (ENSAMEG00000019754) ZNF654 (ENSAMEG00000027605) C3orf38 (ENSAMEG00000015043) ENSAMEG00000015048 EPHA3 (ENSAMEG00000008476) ENSAMEG00000025434 ##22 PROS1 (ENSAMEG00000002383) ARL13B (ENSAMEG00000002460) STX19 (ENSAMEG00000002485) NSUN3 (ENSAMEG00000002487) ENSAMEG00000001466 EPHA6 (ENSAMEG00000013666) ENSAMEG00000029131 ENSAMEG00000023658 ARL6 (ENSAMEG00000013671) CRYBG3 (ENSAMEG00000024688) RIOX2 (ENSAMEG00000013693) GABRR3 (ENSAMEG00000024214) ENSAMEG00000029849 ENSAMEG00000030375 ENSAMEG00000025618 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.r.b ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.r.b ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.r.b ##22 Giant Panda MODERN SPECIES 17 ENSAMEG00000020096 UHRF2 (ENSAMEG00000015792) GLDC (ENSAMEG00000015836) KDM4C (ENSAMEG00000000360) ENSAMEG00000026849 DMAC1 (ENSAMEG00000028926) PTPRD (ENSAMEG00000013806) TYRP1 (ENSAMEG00000003109) LURAP1L (ENSAMEG00000003127) MPDZ (ENSAMEG00000001732) NFIB (ENSAMEG00000001820) ZDHHC21 (ENSAMEG00000001866) CER1 (ENSAMEG00000001883) FREM1 (ENSAMEG00000001889) TTC39B (ENSAMEG00000001933) ENSAMEG00000030269 ##22 SNAPC3 (ENSAMEG00000002018) PSIP1 (ENSAMEG00000002039) CCDC171 (ENSAMEG00000002081) BNC2 (ENSAMEG00000012362) CNTLN (ENSAMEG00000026276) SH3GL2 (ENSAMEG00000010823) ADAMTSL1 (ENSAMEG00000010811) SAXO1 (ENSAMEG00000014021) RRAGA (ENSAMEG00000030176) HAUS6 (ENSAMEG00000002777) PLIN2 (ENSAMEG00000002827) DENND4C (ENSAMEG00000002859) RPS6 (ENSAMEG00000002925) ENSAMEG00000030301 ACER2 (ENSAMEG00000026399) Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.s ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.s ##22 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.s ##22 American mink MODERN SPECIES 132 ENSNVIG00000000181 FAM81A (ENSNVIG00000000188) MYO1E (ENSNVIG00000000225) CCNB2 (ENSNVIG00000000283) RNF111 (ENSNVIG00000000316) ENSNVIG00000000355 ##22 ENSNVIG00000000361 SLTM (ENSNVIG00000000365) MINDY2 (ENSNVIG00000000373) ENSNVIG00000000402 ADA10 (ENSNVIG00000000408) LIPC (ENSNVIG00000000464) AL1A2 (ENSNVIG00000000690) AQP9 (ENSNVIG00000000811) GRL1A (ENSNVIG00000000834) MYZAP (ENSNVIG00000000857) CGNL1 (ENSNVIG00000000923) TCF12 (ENSNVIG00000000931) ENSNVIG00000001115 ENSNVIG00000001140 ZNF280D (ENSNVIG00000001156) Ferret MODERN SPECIES 273 ANXA11 (ENSMPUG00000003637) PLAC9 (ENSMPUG00000003622) TMEM254 (ENSMPUG00000003613) ENSMPUG00000003600 SFTPD (ENSMPUG00000003586) ENSMPUG00000003579 ENSMPUG00000003575 MAT1A (ENSMPUG00000003570) DYDC1 (ENSMPUG00000003562) DYDC2 (ENSMPUG00000003553) PRXL2A (ENSMPUG00000003544) TSPAN14 (ENSMPUG00000003537) SH2D4B (ENSMPUG00000003514) ENSMPUG00000018427 ENSMPUG00000003508 ENSMPUG00000018426 ##22 ENSMPUG00000003501 Ursidae ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000155646 ENSGT00390000004263.b ENSGT00390000007900 ENSGT00950000182995.e.a.a.a ENSGT00940000154645.A ENSGT00390000013305.a.a ENSGT00940000155982 ENSGT00940000157612 ENSGT00440000033827 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a ENSGT00940000155443 ENSGT00390000008069 ENSGT00940000155699 ENSGT00390000003990 ENSGT00940000155623 ENSGT00390000012138.a.a.j.s ##22 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b ENSGT00940000156714 ENSGT00940000156464 ENSGT00940000157701 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00940000161652 ENSGT00940000162396 ENSGT00390000001793 ENSGT00940000159468 ENSGT00390000014122.i.b.a.b ENSGT00390000003466 ENSGT00390000008195 ENSGT00390000002448 ENSGT00730000111137 Ursus DUPLICATION Ursus ANCESTRAL SPECIES 125 ENSGT00940000155646 ENSGT00390000004263.b ENSGT00390000007900 ENSGT00950000182995.e.a.a.a ENSGT00940000154645.A ENSGT00390000013305.a.a ENSGT00940000155982 ENSGT00940000157612 ENSGT00440000033827 ENSGT01090000260040.b.b.b.b.a.a ENSGT00940000155443 ENSGT00390000008069 ENSGT00940000155699 ENSGT00390000003990 ENSGT00940000155623 ENSGT00390000012138.a.a.j.s.a ##22 ENSGT01030000234564.a.a.a.a.b ENSGT00940000156714 ENSGT00940000156464 ENSGT00940000157701 ENSGT00390000013670 ENSGT00940000154030.a.b ENSGT00390000001793 ENSGT00940000159468 ENSGT00390000014122.i.b.a.b ENSGT00390000003466 ENSGT00390000008195 ENSGT00390000002448 ENSGT00730000111137 ENSGT00940000155671 ENSGT00940000157666 Polar bear MODERN SPECIES 89 ATP6V1C2 (ENSUMAG00000003318) NOL10 (ENSUMAG00000003385) ODC1 (ENSUMAG00000003406) HPCAL1 (ENSUMAG00000003415) RRM2 (ENSUMAG00000003431) KLF11 (ENSUMAG00000003481) GRHL1 (ENSUMAG00000003494) TAF1B (ENSUMAG00000003559) YWHAQ (ENSUMAG00000003646) ADAM17 (ENSUMAG00000003653) ENSUMAG00000003662 ENSUMAG00000003666 CPSF3 (ENSUMAG00000003676) ITGB1BP1 (ENSUMAG00000003689) ASAP2 (ENSUMAG00000003695) ENSUMAG00000003713 ##22 MBOAT2 (ENSUMAG00000003744) KIDINS220 (ENSUMAG00000003833) ID2 (ENSUMAG00000003840) RNF144A (ENSUMAG00000003876) RSAD2 (ENSUMAG00000003893) ENSUMAG00000003902 ENSUMAG00000003909 ENSUMAG00000003916 ALLC (ENSUMAG00000003926) COLEC11 (ENSUMAG00000003933) RPS7 (ENSUMAG00000003937) RNASEH1 (ENSUMAG00000003941) TRAPPC12 (ENSUMAG00000003998) EIPR1 (ENSUMAG00000004220) MYT1L (ENSUMAG00000004239) American black bear MODERN SPECIES 1136 ENSUAMG00000007526 ADAM17 (ENSUAMG00000007528) IAH1 (ENSUAMG00000007531) CPSF3 (ENSUAMG00000007535) ITGB1BP1 (ENSUAMG00000007538) ASAP2 (ENSUAMG00000007571) ENSUAMG00000007716 ##22 Ursus ANCESTRAL SPECIES 43 ENSGT00390000009113.a.a.q.a.a ENSGT00390000003282.B ENSGT00390000000616 ENSGT00940000159798 ENSGT00940000156062 ENSGT00940000158273 ENSGT00390000013266 ENSGT00390000003839 ENSGT00950000183077.a.b ENSGT00940000156084 ENSGT00390000017530 ENSGT00390000017740.a.b ENSGT00940000153973.c.a.b.b.c.a ENSGT00390000014874 ENSGT00530000063687.a ENSGT00390000012138.a.a.j.s.b ##22 ENSGT00390000001016.b ENSGT01030000234549.a.a.a.a.a.b.b.d ENSGT00940000160900 ENSGT01020000230394.e.b.a ENSGT00940000155189 ENSGT00390000016951 ENSGT00390000007159 ENSGT00640000091558 ENSGT00940000158393 ENSGT00940000157922 ENSGT00940000153655.B ENSGT00440000033958 ENSGT00940000155615 ENSGT00940000154583 ENSGT00390000013951 Polar bear MODERN SPECIES 210 HRH1 (ENSUMAG00000017957) ATG7 (ENSUMAG00000017892) VGLL4 (ENSUMAG00000017868) TAMM41 (ENSUMAG00000017859) TIMP4 (ENSUMAG00000017853) SYN2 (ENSUMAG00000017656) PPARG (ENSUMAG00000017617) TSEN2 (ENSUMAG00000017610) MKRN2OS (ENSUMAG00000017608) MKRN2 (ENSUMAG00000017606) RAF1 (ENSUMAG00000017600) TMEM40 (ENSUMAG00000017596) CAND2 (ENSUMAG00000017566) RPL32 (ENSUMAG00000017557) EFCAB12 (ENSUMAG00000017549) ENSUMAG00000017544 ##22 MBD4 (ENSUMAG00000017542) IFT122 (ENSUMAG00000017522) RHO (ENSUMAG00000017511) PLXND1 (ENSUMAG00000017372) TMCC1 (ENSUMAG00000017322) TRH (ENSUMAG00000017316) RBSN (ENSUMAG00000017308) MRPS25 (ENSUMAG00000017301) NR2C2 (ENSUMAG00000017295) FGD5 (ENSUMAG00000017065) C3orf20 (ENSUMAG00000017032) CCDC174 (ENSUMAG00000017022) GRIP2 (ENSUMAG00000016889) SLC6A6 (ENSUMAG00000016085) LSM3 (ENSUMAG00000015905) American black bear MODERN SPECIES 1810 CAND2 (ENSUAMG00000000579) RPL32 (ENSUAMG00000000711) EFCAB12 (ENSUAMG00000000773) MBD4 (ENSUAMG00000000814) ENSUAMG00000000828 ##22 IFT122 (ENSUAMG00000000962) RHO (ENSUAMG00000002736) H1-8 (ENSUAMG00000002750) ENSUAMG00000002755 Giant Panda DUPLICATION Giant Panda MODERN SPECIES 14 ENSAMEG00000011555 ATP6V1C2 (ENSAMEG00000011506) NOL10 (ENSAMEG00000011438) ODC1 (ENSAMEG00000011415) HPCAL1 (ENSAMEG00000029791) RRM2 (ENSAMEG00000011372) KLF11 (ENSAMEG00000011355) GRHL1 (ENSAMEG00000011320) TAF1B (ENSAMEG00000011301) YWHAQ (ENSAMEG00000008618) ADAM17 (ENSAMEG00000008569) IAH1 (ENSAMEG00000008545) CPSF3 (ENSAMEG00000008493) ITGB1BP1 (ENSAMEG00000008478) ASAP2 (ENSAMEG00000008406) ENSAMEG00000024246 ##22 MBOAT2 (ENSAMEG00000008373) KIDINS220 (ENSAMEG00000008328) ID2 (ENSAMEG00000026711) RNF144A (ENSAMEG00000013324) RSAD2 (ENSAMEG00000013333) CMPK2 (ENSAMEG00000013345) SOX11 (ENSAMEG00000013354) ENSAMEG00000026778 ALLC (ENSAMEG00000018438) RPS7 (ENSAMEG00000018435) RNASEH1 (ENSAMEG00000018433) ADI1 (ENSAMEG00000018432) TRAPPC12 (ENSAMEG00000018428) EIPR1 (ENSAMEG00000014845) MYT1L (ENSAMEG00000014764) Giant Panda MODERN SPECIES 14 VGLL4 (ENSAMEG00000011011) TAMM41 (ENSAMEG00000010999) SYN2 (ENSAMEG00000004794) TIMP4 (ENSAMEG00000004836) PPARG (ENSAMEG00000004774) TSEN2 (ENSAMEG00000004748) MKRN2OS (ENSAMEG00000004745) MKRN2 (ENSAMEG00000004720) RAF1 (ENSAMEG00000004650) ENSAMEG00000025362 TMEM40 (ENSAMEG00000004646) CAND2 (ENSAMEG00000004596) RPL32 (ENSAMEG00000004583) ENSAMEG00000004574 MBD4 (ENSAMEG00000004562) ENSAMEG00000030948 ##22 IFT122 (ENSAMEG00000004471) RHO (ENSAMEG00000004453) H1-8 (ENSAMEG00000004448) PLXND1 (ENSAMEG00000004387) TMCC1 (ENSAMEG00000004384) TRH (ENSAMEG00000025033) ENSAMEG00000004361 MRPS25 (ENSAMEG00000027927) NR2C2 (ENSAMEG00000004318) FGD5 (ENSAMEG00000009227) C3orf20 (ENSAMEG00000009263) CCDC174 (ENSAMEG00000009271) GRIP2 (ENSAMEG00000009300) SLC6A6 (ENSAMEG00000009329) LSM3 (ENSAMEG00000009405) Giant Panda MODERN SPECIES 732 ENSAMEG00000003969 ##22 Canidae DUPLICATION Canidae DUPLICATION Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.s.f.a ##22 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000161307 ENSGT00940000161087 ENSGT00940000154651.j.b ENSGT00950000183025.b.b ENSGT00940000157981.b ENSGT00940000155261 ENSGT00940000157748 ENSGT00940000159006 ENSGT00940000154129 ENSGT00940000160885 ENSGT00940000157804 ENSGT00390000009446 ENSGT00390000010265 ENSGT00390000008783.cb.a.a ENSGT00390000004990 ENSGT00390000012138.a.a.j.s.f.a ##22 ENSGT00390000012629 ENSGT00940000156458 ENSGT01090000259987.a.a.b.c ENSGT00940000159609 ENSGT00940000158240 ENSGT00950000183081.a.a.b ENSGT00940000160528 ENSGT00940000158675 ENSGT00940000161535 ENSGT00940000153336.i.b ENSGT00940000153309.d.o.b ENSGT00940000153339.b.k.a ENSGT00940000162461 ENSGT00940000161881 ENSGT00940000161550 Dingo MODERN SPECIES 202 HOXC12 (ENSCAFG00020020691) HOXC13 (ENSCAFG00020020697) ENSCAFG00020020699 CALCOCO1 (ENSCAFG00020020705) ENSCAFG00020020717 ATF7 (ENSCAFG00020020729) TARBP2 (ENSCAFG00020020735) MAP3K12 (ENSCAFG00020020750) PCBP2 (ENSCAFG00020020983) AMHR2 (ENSCAFG00020021015) SP1 (ENSCAFG00020021019) AAAS (ENSCAFG00020021032) MYG1 (ENSCAFG00020021220) ENSCAFG00020021228 ESPL1 (ENSCAFG00020021234) ENSCAFG00020021248 ##22 MFSD5 (ENSCAFG00020021254) RARG (ENSCAFG00020021255) ENSCAFG00020021261 ENSCAFG00020021265 CSAD (ENSCAFG00020021290) SOAT2 (ENSCAFG00020021371) IGFBP6 (ENSCAFG00020021373) SPRYD3 (ENSCAFG00020021374) TNS2 (ENSCAFG00020021401) ENSCAFG00020021664 ENSCAFG00020021666 KRT18 (ENSCAFG00020021670) ENSCAFG00020021683 KRT78 (ENSCAFG00020021685) KRT79 (ENSCAFG00020021688) Dog MODERN SPECIES 19 HOXC12 (ENSCAFG00845018411) HOXC13 (ENSCAFG00845018448) ENSCAFG00845018482 CALCOCO1 (ENSCAFG00845018567) ENSCAFG00845018811 ATF7 (ENSCAFG00845018892) TARBP2 (ENSCAFG00845019060) MAP3K12 (ENSCAFG00845019204) ENSCAFG00845019393 PRR13 (ENSCAFG00845019602) SP1 (ENSCAFG00845019670) AAAS (ENSCAFG00845019773) C27H12orf10 (ENSCAFG00845020121) PFDN5 (ENSCAFG00845020284) ESPL1 (ENSCAFG00845020502) ENSCAFG00845021046 ##22 MFSD5 (ENSCAFG00845021076) ENSCAFG00845021117 RARG (ENSCAFG00845021228) ITGB7 (ENSCAFG00845021413) ZNF740 (ENSCAFG00845021661) CSAD (ENSCAFG00845021812) SOAT2 (ENSCAFG00845022156) SPRYD3 (ENSCAFG00845022297) TNS2 (ENSCAFG00845022708) EIF4B (ENSCAFG00845023395) KRT18 (ENSCAFG00845023645) KRT78 (ENSCAFG00845023720) KRT3 (ENSCAFG00845023813) KRT76 (ENSCAFG00845023887) ENSCAFG00845023978 Red fox MODERN SPECIES 32 ENSVVUG00000028182 HOXC13 (ENSVVUG00000028177) ENSVVUG00000028173 CALCOCO1 (ENSVVUG00000028166) ENSVVUG00000028163 ATF7 (ENSVVUG00000028157) TARBP2 (ENSVVUG00000028150) MAP3K12 (ENSVVUG00000028137) PCBP2 (ENSVVUG00000028129) AMHR2 (ENSVVUG00000028127) SP1 (ENSVVUG00000028123) SP7 (ENSVVUG00000028120) AAAS (ENSVVUG00000028112) ENSVVUG00000028098 MYG1 (ENSVVUG00000028076) ENSVVUG00000028073 ##22 ESPL1 (ENSVVUG00000028069) MFSD5 (ENSVVUG00000028067) RARG (ENSVVUG00000028065) ITGB7 (ENSVVUG00000028061) ENSVVUG00000028054 CSAD (ENSVVUG00000028042) SOAT2 (ENSVVUG00000028038) IGFBP6 (ENSVVUG00000028035) SPRYD3 (ENSVVUG00000028027) ENSVVUG00000028023 ENSVVUG00000028018 ENSVVUG00000028016 KRT18 (ENSVVUG00000028012) ENSVVUG00000028009 KRT78 (ENSVVUG00000028005) Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.s.f.b ##22 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.s.f.b ##22 Dingo MODERN SPECIES 219 ENSCAFG00020004379 AMER3 (ENSCAFG00020004376) ENSCAFG00020004371 ##22 ENSCAFG00020004302 FAM168B (ENSCAFG00020004297) ENSCAFG00020004285 PLEKHB2 (ENSCAFG00020004282) ENSCAFG00020004279 ENSCAFG00020004277 ENSCAFG00020004262 ENSCAFG00020004258 HS6ST1 (ENSCAFG00020004248) UGGT1 (ENSCAFG00020003896) SAP130 (ENSCAFG00020003652) AMMECR1L (ENSCAFG00020003623) POLR2D (ENSCAFG00020003617) WDR33 (ENSCAFG00020003598) SFT2D3 (ENSCAFG00020003590) Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j.s.g ##22 Red fox MODERN SPECIES 2 ATP6V0E1 (ENSVVUG00000002213) ENSVVUG00000002223 ERGIC1 (ENSVVUG00000002261) DUSP1 (ENSVVUG00000002297) ENSVVUG00000002314 SH3PXD2B (ENSVVUG00000002354) UBTD2 (ENSVVUG00000002372) EFCAB9 (ENSVVUG00000002399) STK10 (ENSVVUG00000002418) FBXW11 (ENSVVUG00000002484) SMIM23 (ENSVVUG00000002597) FGF18 (ENSVVUG00000002630) ENSVVUG00000002639 TLX3 (ENSVVUG00000002648) RANBP17 (ENSVVUG00000002668) ENSVVUG00000002726 ##22 GABRP (ENSVVUG00000002730) KCNIP1 (ENSVVUG00000002751) KCNMB1 (ENSVVUG00000002761) LCP2 (ENSVVUG00000002768) FOXI1 (ENSVVUG00000002797) DOCK2 (ENSVVUG00000002823) INSYN2B (ENSVVUG00000002930) SPDL1 (ENSVVUG00000002947) ENSVVUG00000002959 ENSVVUG00000002972 ENSVVUG00000002978 SLIT3 (ENSVVUG00000003018) PANK3 (ENSVVUG00000003060) FBLL1 (ENSVVUG00000003074) RARS (ENSVVUG00000003095) Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 Greater horseshoe bat DUPLICATION Greater horseshoe bat DUPLICATION Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 4 PREPL (ENSRFEG00010006202) CAMKMT (ENSRFEG00010006109) SIX3 (ENSRFEG00010006068) SIX2 (ENSRFEG00010006045) SRBD1 (ENSRFEG00010005992) PRKCE (ENSRFEG00010005919) EPAS1 (ENSRFEG00010005865) ATP6V1E2 (ENSRFEG00010005825) RHOQ (ENSRFEG00010005807) PIGF (ENSRFEG00010005768) ENSRFEG00010005727 SOCS5 (ENSRFEG00010005706) ENSRFEG00010005683 TTC7A (ENSRFEG00010005555) STPG4 (ENSRFEG00010005468) ENSRFEG00010005450 ##22 CALM2 (ENSRFEG00010005417) EPCAM (ENSRFEG00010005391) MSH2 (ENSRFEG00010005356) KCNK12 (ENSRFEG00010005334) MSH6 (ENSRFEG00010005308) FBXO11 (ENSRFEG00010005278) FOXN2 (ENSRFEG00010017393) PPP1R21 (ENSRFEG00010017268) STON1 (ENSRFEG00010017218) GTF2A1L (ENSRFEG00010016969) LHCGR (ENSRFEG00010016889) FSHR (ENSRFEG00010016578) NRXN1 (ENSRFEG00010014266) ENSRFEG00010014116 ENSRFEG00010014062 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 21 CUTA (ENSRFEG00010015764) SYNGAP1 (ENSRFEG00010015951) ZBTB9 (ENSRFEG00010016671) BAK1 (ENSRFEG00010016690) ENSRFEG00010016790 ITPR3 (ENSRFEG00010016881) ENSRFEG00010016929 IP6K3 (ENSRFEG00010017031) LEMD2 (ENSRFEG00010017087) MLN (ENSRFEG00010017151) ENSRFEG00010017224 GRM4 (ENSRFEG00010017316) ENSRFEG00010017624 SMIM29 (ENSRFEG00010017727) NUDT3 (ENSRFEG00010017810) ENSRFEG00010017884 ##22 ENSRFEG00010017910 PACSIN1 (ENSRFEG00010018068) SPDEF (ENSRFEG00010018128) ILRUN (ENSRFEG00010018208) ENSRFEG00010018304 BLTP3A (ENSRFEG00010018442) TAF11 (ENSRFEG00010018509) ANKS1A (ENSRFEG00010018694) TCP11 (ENSRFEG00010018836) SCUBE3 (ENSRFEG00010019173) ZNF76 (ENSRFEG00010019335) DEF6 (ENSRFEG00010019383) PPARD (ENSRFEG00010019439) FANCE (ENSRFEG00010019502) ENSRFEG00010019551 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 2 AASDHPPT (ENSRFEG00010009049) ENSRFEG00010009091 GUCY1A2 (ENSRFEG00010009109) ENSRFEG00010009134 CWF19L2 (ENSRFEG00010009178) ALKBH8 (ENSRFEG00010009220) ELMOD1 (ENSRFEG00010009290) ENSRFEG00010009424 SLC35F2 (ENSRFEG00010009447) RAB39A (ENSRFEG00010009515) CUL5 (ENSRFEG00010009566) EXPH5 (ENSRFEG00010009629) POGLUT3 (ENSRFEG00010009660) C11orf65 (ENSRFEG00010009749) ATM (ENSRFEG00010009837) ENSRFEG00010009954 ##22 NPAT (ENSRFEG00010009984) ACAT1 (ENSRFEG00010010049) DDX10 (ENSRFEG00010010069) ENSRFEG00010010141 C11orf87 (ENSRFEG00010010156) ZC3H12C (ENSRFEG00010010192) RDX (ENSRFEG00010010314) ENSRFEG00010010451 ARHGAP20 (ENSRFEG00010010551) POU2AF2 (ENSRFEG00010011003) POU2AF3 (ENSRFEG00010011079) POU2AF1 (ENSRFEG00010011189) BTG4 (ENSRFEG00010011226) HOATZ (ENSRFEG00010011320) LAYN (ENSRFEG00010011444) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES 673 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 Sloth MODERN SPECIES 4527 ENSCHOG00000011699 ENSCHOG00000011689 ##22 Armadillo DUPLICATION Armadillo MODERN SPECIES 4107 PHOX2A (ENSDNOG00000009839) CLPB (ENSDNOG00000000153) PDE2A (ENSDNOG00000032894) ARAP1 (ENSDNOG00000011551) STARD10 (ENSDNOG00000041293) ATG16L2 (ENSDNOG00000003409) FCHSD2 (ENSDNOG00000009658) ENSDNOG00000045231 ENSDNOG00000033948 ##22 P2RY2 (ENSDNOG00000045004) P2RY6 (ENSDNOG00000018881) Armadillo MODERN SPECIES 2093 RAB37 (ENSDNOG00000031823) NHERF1 (ENSDNOG00000032628) NAT9 (ENSDNOG00000041033) TMEM104 (ENSDNOG00000048624) GRIN2C (ENSDNOG00000009078) FDXR (ENSDNOG00000046034) FADS6 (ENSDNOG00000031037) USH1G (ENSDNOG00000040120) OTOP2 (ENSDNOG00000033307) OTOP3 (ENSDNOG00000047116) CDR2L (ENSDNOG00000045859) MRPL58 (ENSDNOG00000013172) ENSDNOG00000041869 ENSDNOG00000039702 ENSDNOG00000047118 ENSDNOG00000044728 ##22 SLC16A5 (ENSDNOG00000047126) ARMC7 (ENSDNOG00000031804) NT5C (ENSDNOG00000018512) JPT1 (ENSDNOG00000045713) SUMO2 (ENSDNOG00000047599) NUP85 (ENSDNOG00000018516) GGA3 (ENSDNOG00000018521) MRPS7 (ENSDNOG00000033064) MIF4GD (ENSDNOG00000049606) SLC25A19 (ENSDNOG00000043697) ENSDNOG00000012814 TMEM94 (ENSDNOG00000018438) CASKIN2 (ENSDNOG00000047838) TSEN54 (ENSDNOG00000018452) LLGL2 (ENSDNOG00000016103) Armadillo MODERN SPECIES 2749 CPT1B (ENSDNOG00000009580) CHKB (ENSDNOG00000003815) MAPK8IP2 (ENSDNOG00000047702) ENSDNOG00000038548 ##22 ARSA (ENSDNOG00000019345) SHANK3 (ENSDNOG00000032300) ENSDNOG00000025411 ENSDNOG00000035151 ENSDNOG00000038907 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918 ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000163089 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000010783 ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 ENSGT00940000168918 ENSGT00390000012138.a.b #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A Opossum MODERN SPECIES 2 SPAG1 (ENSMODG00000051124) #9 POLR2K (ENSMODG00000050878) FBXO43 (ENSMODG00000006320) RGS22 (ENSMODG00000006332) #10 ENSMODG00000006336 VPS13B (ENSMODG00000006415) #14 ENSMODG00000037594 ENSMODG00000040637 STK3 (ENSMODG00000006474) #16 KCNS2 (ENSMODG00000006520) #17 NIPAL2 (ENSMODG00000006534) #18 POP1 (ENSMODG00000006561) #19 RIDA (ENSMODG00000006575) #20 ENSMODG00000027679 #20 ENSMODG00000006778 ENSMODG00000006804 ##22 MATN2 (ENSMODG00000006840) #23 LAPTM4B (ENSMODG00000006848) #25 MTDH (ENSMODG00000006865) #26 ENSMODG00000028345 ##29 ENSMODG00000024544 ENSMODG00000042032 ##29 CPQ (ENSMODG00000006871) #30 SDC2 (ENSMODG00000006882) #31 PTDSS1 (ENSMODG00000006940) #32 MTERF3 (ENSMODG00000006966) #33 UQCRB (ENSMODG00000040367) #34 GDF6 (ENSMODG00000006980) #35 ENSMODG00000051559 ##29 ENSMODG00000006988 #37 ENSMODG00000007001 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00950000183212.A ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00390000008918 ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000163089 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 ENSGT00940000168918 ENSGT00390000012138.a.b #22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A Tasmanian devil DUPLICATION Tasmanian devil MODERN SPECIES 2 COPB2 (ENSSHAG00000011236) RBP2 (ENSSHAG00000012168) RBP1 (ENSSHAG00000012948) NMNAT3 (ENSSHAG00000013356) ENSSHAG00000020575 #29 CLSTN2 (ENSSHAG00000022228) TRIM42 (ENSSHAG00000017626) ENSSHAG00000018069 ENSSHAG00000018135 ENSSHAG00000031210 ENSSHAG00000023007 ENSSHAG00000004997 ENSSHAG00000006183 ENSSHAG00000031252 ENSSHAG00000011465 ENSSHAG00000025615 ##22 ENSSHAG00000011809 ENSSHAG00000025125 ENSSHAG00000013543 UGGT1 (ENSSHAG00000013788) SAP130 (ENSSHAG00000025799) ENSSHAG00000021871 POLR2D (ENSSHAG00000024766) ENSSHAG00000003914 SFT2D3 (ENSSHAG00000032271) LIMS2 (ENSSHAG00000006129) GPR17 (ENSSHAG00000027196) ENSSHAG00000001977 IWS1 (ENSSHAG00000001665) PROC (ENSSHAG00000021253) MAP3K2 (ENSSHAG00000006267) Tasmanian devil MODERN SPECIES ANKRD46 (ENSSHAG00000023496) RNF19A (ENSSHAG00000007661) #7 ENSSHAG00000025709 SPAG1 (ENSSHAG00000006506) #9 POLR2K (ENSSHAG00000022682) FBXO43 (ENSSHAG00000026851) RGS22 (ENSSHAG00000000912) #10 ENSSHAG00000006581 VPS13B (ENSSHAG00000030906) #14 OSR2 (ENSSHAG00000007793) #15 STK3 (ENSSHAG00000029839) #16 KCNS2 (ENSSHAG00000029074) #17 NIPAL2 (ENSSHAG00000004100) #18 POP1 (ENSSHAG00000000296) #19 ENSSHAG00000001004 #20 ENSSHAG00000023594 ##22 MATN2 (ENSSHAG00000004130) #23 LAPTM4B (ENSSHAG00000002018) #25 MTDH (ENSSHAG00000000065) #26 CPQ (ENSSHAG00000009615) #30 SDC2 (ENSSHAG00000008389) #31 PTDSS1 (ENSSHAG00000006316) #32 MTERF3 (ENSSHAG00000005026) #33 UQCRB (ENSSHAG00000022368) #34 ENSSHAG00000032269 GDF6 (ENSSHAG00000023180) #35 ENSSHAG00000021303 #36 PLEKHF2 (ENSSHAG00000029791) #37 NDUFAF6 (ENSSHAG00000003326) TP53INP1 (ENSSHAG00000028179) CCNE2 (ENSSHAG00000017844) Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00940000157094 ENSGT00940000158703 #7 ENSGT00940000154697.a.b #9 ENSGT00940000164643 ENSGT00530000063692.a ENSGT00500000044936 #10 ENSGT00940000163089 ENSGT00940000167005 ENSGT00940000154684 #14 ENSGT00940000160530 #15 ENSGT00940000154984.C #16 ENSGT00940000160344 #17 ENSGT00940000159321 #18 ENSGT00390000017478 #19 ENSGT00420000029792 #20 ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 ENSGT00940000158008 #23 ENSGT00940000153446.a.a #25 ENSGT00940000154181.a #26 ENSGT00390000018110 #30 ENSGT00940000157222 #31 ENSGT00530000063576.B #32 ENSGT00390000005801 #33 ENSGT00390000012916 #34 ENSGT00940000162274 #35 ENSGT00390000006173 #36 ENSGT00940000156408 #37 ENSGT00510000048688 ENSGT00530000063829.A ENSGT00940000156934 ENSGT00390000007597 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.a.a.j ##22 Common wonbat DUPLICATION Common wonbat MODERN SPECIES 571 ENSVURG00010011000 MFSD11 (ENSVURG00010010982) MGAT5B (ENSVURG00010010964) POLR1D (ENSVURG00010010952) SEC14L1 (ENSVURG00010010838) SEPTIN9 (ENSVURG00010010794) ENSVURG00010010760 ENSVURG00010010743 TNRC6C (ENSVURG00010010574) TMC6 (ENSVURG00010010531) TMC8 (ENSVURG00010010509) SYNGR2 (ENSVURG00010010498) TK1 (ENSVURG00010010495) AFMID (ENSVURG00010010484) ENSVURG00010010472 ENSVURG00010010462 ##22 SOCS3 (ENSVURG00010010460) PGS1 (ENSVURG00010010450) DNAH17 (ENSVURG00010010290) CYTH1 (ENSVURG00010010214) USP36 (ENSVURG00010010161) TIMP2 (ENSVURG00010010148) CANT1 (ENSVURG00010010128) ENSVURG00010010116 ENSVURG00010010102 ENSVURG00010010080 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#36 PLEKHF2 (ENSPCIG00000028368) #37 ENSPCIG00000035561 NDUFAF6 (ENSPCIG00000028371) koala MODERN SPECIES 94 SGK3 (ENSPCIG00000026664) VCPIP1 (ENSPCIG00000033756) MYBL1 (ENSPCIG00000026686) VXN (ENSPCIG00000032494) ADHFE1 (ENSPCIG00000026692) RRS1 (ENSPCIG00000026695) CRH (ENSPCIG00000026701) TRIM55 (ENSPCIG00000026705) DNAJC5B (ENSPCIG00000014369) PDE7A (ENSPCIG00000014359) MTFR1 (ENSPCIG00000014351) ARMC1 (ENSPCIG00000014338) CYP7B1 (ENSPCIG00000033238) ENSPCIG00000014101 ENSPCIG00000020477 ENSPCIG00000031204 ##22 YTHDF3 (ENSPCIG00000017629) TTPA (ENSPCIG00000017630) GGH (ENSPCIG00000000034) NKAIN3 (ENSPCIG00000000031) ASPH (ENSPCIG00000000029) CLVS1 (ENSPCIG00000000028) Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Episquamata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Toxicofera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Elapidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Indian cobra MODERN SPECIES 337 ENSNNAG00000006286 ENSNNAG00000006267 VIPR2 (ENSNNAG00000006226) DYNC2I1 (ENSNNAG00000006175) ESYT2 (ENSNNAG00000004082) ENSNNAG00000003824 ENSNNAG00000003805 ENSNNAG00000003792 PTPRN2 (ENSNNAG00000003736) DNAJB6 (ENSNNAG00000003682) UBE3C (ENSNNAG00000003433) MNX1 (ENSNNAG00000003399) NOM1 (ENSNNAG00000003389) LMBR1 (ENSNNAG00000003348) RNF32 (ENSNNAG00000003325) ENSNNAG00000003315 ##22 SHH (ENSNNAG00000003305) ENSNNAG00000003237 ENSNNAG00000003200 EN2 (ENSNNAG00000015728) INSIG1 (ENSNNAG00000015713) HTR5A (ENSNNAG00000015708) ENSNNAG00000015690 DPP6 (ENSNNAG00000015630) ENSNNAG00000015614 ENSNNAG00000015577 XRCC2 (ENSNNAG00000015566) KMT2C (ENSNNAG00000014727) GALNT11 (ENSNNAG00000014646) ENSNNAG00000014628 PRKAG2 (ENSNNAG00000014572) Laterata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Common wall lizard MODERN SPECIES 15 SPAG1 (ENSPMRG00000021093) #9 POLR2K (ENSPMRG00000021106) FBXO43 (ENSPMRG00000021113) RGS22 (ENSPMRG00000021151) #10 ENSPMRG00000021224 VPS13B (ENSPMRG00000021254) #14 ENSPMRG00000021318 OSR2 (ENSPMRG00000021333) #15 STK3 (ENSPMRG00000021340) #16 ENSPMRG00000021346 KCNS2 (ENSPMRG00000021350) #17 NIPAL2 (ENSPMRG00000021352) #18 POP1 (ENSPMRG00000021364) #19 ENSPMRG00000021376 #20 ENSPMRG00000021385 #20 ENSPMRG00000021391 ##22 MATN2 (ENSPMRG00000021402) #23 LAPTM4B (ENSPMRG00000021414) #25 MTDH (ENSPMRG00000021423) #26 CPQ (ENSPMRG00000021436) #30 SDC2 (ENSPMRG00000021445) #31 PTDSS1 (ENSPMRG00000021459) #32 MTERF3 (ENSPMRG00000021471) #33 UQCRB (ENSPMRG00000021480) #34 GDF6 (ENSPMRG00000021484) #35 ENSPMRG00000021489 ENSPMRG00000021494 PLEKHF2 (ENSPMRG00000021500) #37 NDUFAF6 (ENSPMRG00000021510) TP53INP1 (ENSPMRG00000021525) CCNE2 (ENSPMRG00000021549) Archelosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Cryptodira ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Emydidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Three-toed box turtle DUPLICATION Three-toed box turtle MODERN SPECIES 62 MEIS1 (ENSTMTG00000012126) ENSTMTG00000012102 SPRED2 (ENSTMTG00000012084) ACTR2 (ENSTMTG00000012053) RAB1A (ENSTMTG00000012038) CEP68 (ENSTMTG00000012027) ENSTMTG00000012010 SERTAD2 (ENSTMTG00000012002) ENSTMTG00000011985 AFTPH (ENSTMTG00000011932) LGALSL (ENSTMTG00000011905) PELI1 (ENSTMTG00000011887) VPS54 (ENSTMTG00000011848) UGP2 (ENSTMTG00000011829) MDH1 (ENSTMTG00000011807) ENSTMTG00000011798 ##22 ENSTMTG00000011785 OTX1 (ENSTMTG00000011768) EHBP1 (ENSTMTG00000011723) TMEM17 (ENSTMTG00000011710) B3GNT2 (ENSTMTG00000011706) COMMD1 (ENSTMTG00000011699) ENSTMTG00000011617 FLRT3 (ENSTMTG00000011594) ENSTMTG00000011585 SEL1L2 (ENSTMTG00000011547) NDUFAF5 (ENSTMTG00000011360) ENSTMTG00000011336 ENSTMTG00000011328 ENSTMTG00000011318 TASP1 (ENSTMTG00000011283) Three-toed box turtle MODERN SPECIES 24 ENSTMTG00000001938 RNF19A (ENSTMTG00000001927) #7 SPAG1 (ENSTMTG00000001874) #9 ENSTMTG00000001861 FBXO43 (ENSTMTG00000001856) ENSTMTG00000001847 RGS22 (ENSTMTG00000001683) #10 ENSTMTG00000001627 VPS13B (ENSTMTG00000001596) #14 OSR2 (ENSTMTG00000001562) #15 STK3 (ENSTMTG00000001542) #16 KCNS2 (ENSTMTG00000001531) #17 NIPAL2 (ENSTMTG00000001501) #18 POP1 (ENSTMTG00000001351) #19 RIDA (ENSTMTG00000001302) #20 ENSTMTG00000001285 ##22 MATN2 (ENSTMTG00000001240) #23 LAPTM4B (ENSTMTG00000001222) #25 MTDH (ENSTMTG00000001203) #26 CPQ (ENSTMTG00000001190) #30 SDC2 (ENSTMTG00000001177) #31 PTDSS1 (ENSTMTG00000001160) #32 MTERF3 (ENSTMTG00000001146) #33 UQCRB (ENSTMTG00000001130) #34 ENSTMTG00000001109 GDF6 (ENSTMTG00000001103) #35 CFAP418 (ENSTMTG00000001091) #36 PLEKHF2 (ENSTMTG00000001081) #37 NDUFAF6 (ENSTMTG00000001066) TP53INP1 (ENSTMTG00000001058) CCNE2 (ENSTMTG00000001032) Archosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Aves ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 African ostrich MODERN SPECIES 642 SNX31 (ENSSCUG00000009466) ANKRD46 (ENSSCUG00000009469) RNF19A (ENSSCUG00000009475) #7 SPAG1 (ENSSCUG00000009477) #9 POLR2K (ENSSCUG00000009482) FBXO43 (ENSSCUG00000009483) ENSSCUG00000009487 #10 ENSSCUG00000009491 VPS13B (ENSSCUG00000009502) #14 OSR2 (ENSSCUG00000009523) #15 STK3 (ENSSCUG00000009524) #16 KCNS2 (ENSSCUG00000009525) #17 NIPAL2 (ENSSCUG00000009527) #18 POP1 (ENSSCUG00000009532) #19 RIDA (ENSSCUG00000009535) #20 RPL30 (ENSSCUG00000009540) ##22 MATN2 (ENSSCUG00000009542) #23 LAPTM4B (ENSSCUG00000009550) #25 MTDH (ENSSCUG00000009552) #26 CPQ (ENSSCUG00000009555) #30 SDC2 (ENSSCUG00000009559) #31 PTDSS1 (ENSSCUG00000009564) #32 MTERF3 (ENSSCUG00000009567) #33 UQCRB (ENSSCUG00000009569) #34 CFAP418 (ENSSCUG00000009572) #36 PLEKHF2 (ENSSCUG00000009574) #37 NDUFAF6 (ENSSCUG00000009575) TP53INP1 (ENSSCUG00000009578) CCNE2 (ENSSCUG00000009581) INTS8 (ENSSCUG00000009597) ENSSCUG00000009611 Neognathae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Anatidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Duck DUPLICATION Duck MODERN SPECIES 2493 ENSAPLG00000014326 ##22 Duck MODERN SPECIES 1016 ENSAPLG00000021773 ##22 Neognathae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Passeriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Passeriformes_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Passeroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Zebra finch MODERN SPECIES 12 PABPC1 (ENSTGUG00000012067) ANKRD46 (ENSTGUG00000026399) RNF19A (ENSTGUG00000012061) #7 SPAG1 (ENSTGUG00000012055) #9 POLR2K (ENSTGUG00000012051) FBXO43 (ENSTGUG00000012050) COX6C (ENSTGUG00000012043) RGS22 (ENSTGUG00000026099) #10 VPS13B (ENSTGUG00000012030) #14 OSR2 (ENSTGUG00000012027) #15 KCNS2 (ENSTGUG00000022432) #17 STK3 (ENSTGUG00000012023) #16 NIPAL2 (ENSTGUG00000012018) #18 POP1 (ENSTGUG00000012011) #19 RIDA (ENSTGUG00000022311) #20 RPL30 (ENSTGUG00000019169) ##22 MATN2 (ENSTGUG00000011992) #23 LAPTM4B (ENSTGUG00000011987) #25 MTDH (ENSTGUG00000011979) #26 CPQ (ENSTGUG00000011977) #30 ENSTGUG00000022372 SDC2 (ENSTGUG00000019500) #31 PTDSS1 (ENSTGUG00000011966) #32 MTERF3 (ENSTGUG00000011961) #33 UQCRB (ENSTGUG00000011958) #34 GDF6 (ENSTGUG00000029532) #35 CFAP418 (ENSTGUG00000011955) #36 PLEKHF2 (ENSTGUG00000029266) #37 NDUFAF6 (ENSTGUG00000011949) TP53INP1 (ENSTGUG00000025034) CCNE2 (ENSTGUG00000011936) Neognathae_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Golden eagle MODERN SPECIES 20 RNF19A (ENSACCG00020001363) #7 ENSACCG00020001393 #9 ENSACCG00020001446 #9 POLR2K (ENSACCG00020001468) FBXO43 (ENSACCG00020001480) RGS22 (ENSACCG00020001537) #10 ENSACCG00020001602 ENSACCG00020001615 VPS13B (ENSACCG00020001758) #14 OSR2 (ENSACCG00020001813) #15 STK3 (ENSACCG00020001831) #16 KCNS2 (ENSACCG00020001844) #17 NIPAL2 (ENSACCG00020001866) #18 POP1 (ENSACCG00020001927) #19 RIDA (ENSACCG00020001973) #20 RPL30 (ENSACCG00020002001) ##22 MATN2 (ENSACCG00020002048) #23 LAPTM4B (ENSACCG00020002074) #25 MTDH (ENSACCG00020002122) #26 CPQ (ENSACCG00020002156) #30 SDC2 (ENSACCG00020002180) #31 PTDSS1 (ENSACCG00020002199) #32 MTERF3 (ENSACCG00020002223) #33 UQCRB (ENSACCG00020002239) #34 GDF6 (ENSACCG00020002250) #35 CFAP418 (ENSACCG00020002264) #36 PLEKHF2 (ENSACCG00020002274) #37 NDUFAF6 (ENSACCG00020002289) TP53INP1 (ENSACCG00020002314) CCNE2 (ENSACCG00020002329) INTS8 (ENSACCG00020002357) Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Tasmanian devil MODERN SPECIES 3 IL20 (ENSSHAG00000018237) IL19 (ENSSHAG00000018197) ENSSHAG00000018022 MAPKAPK2 (ENSSHAG00000017918) DYRK3 (ENSSHAG00000026842) EIF2D (ENSSHAG00000017769) RASSF5 (ENSSHAG00000017698) IKBKE (ENSSHAG00000017540) ENSSHAG00000024472 ENSSHAG00000027377 AVPR1B (ENSSHAG00000017009) ENSSHAG00000028153 CTSE (ENSSHAG00000016778) RAB7B (ENSSHAG00000016696) SLC26A9 (ENSSHAG00000016493) ENSSHAG00000005714 ##22 PM20D1 (ENSSHAG00000016320) SLC41A1 (ENSSHAG00000016179) RAB29 (ENSSHAG00000023633) NUCKS1 (ENSSHAG00000015999) SLC45A3 (ENSSHAG00000021814) ELK4 (ENSSHAG00000015666) MFSD4A (ENSSHAG00000015434) CDK18 (ENSSHAG00000015204) KLHDC8A (ENSSHAG00000014393) NUAK2 (ENSSHAG00000014222) TMCC2 (ENSSHAG00000013677) DSTYK (ENSSHAG00000013192) RBBP5 (ENSSHAG00000012958) TMEM81 (ENSSHAG00000012925) CNTN2 (ENSSHAG00000012753) Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 koala DUPLICATION koala MODERN SPECIES 275 ENSPCIG00000034683 ENSPCIG00000001851 ENSPCIG00000022856 ENSPCIG00000022816 ENSPCIG00000010081 FLNA (ENSPCIG00000026358) ENSPCIG00000026904 ENSPCIG00000026917 ENSPCIG00000026928 ENSPCIG00000026938 ##22 TAFAZZIN (ENSPCIG00000026941) ENSPCIG00000026944 GDI1 (ENSPCIG00000026947) ENSPCIG00000027040 ENSPCIG00000036166 ENSPCIG00000036040 ENSPCIG00000027128 SLC10A3 (ENSPCIG00000027130) FAM3A (ENSPCIG00000027132) ENSPCIG00000009019 G6PD (ENSPCIG00000003610) IKBKG (ENSPCIG00000027137) ENSPCIG00000027140 GAB3 (ENSPCIG00000027141) DKC1 (ENSPCIG00000016706) koala MODERN SPECIES 23 TNK2 (ENSPCIG00000018703) ENSPCIG00000007429 ENSPCIG00000036364 ENSPCIG00000018708 RUBCN (ENSPCIG00000018710) FYTTD1 (ENSPCIG00000018720) LRCH3 (ENSPCIG00000018724) IQCG (ENSPCIG00000018728) ENSPCIG00000032276 LMLN (ENSPCIG00000018730) ENSPCIG00000018732 ENSPCIG00000018731 ENSPCIG00000036738 OSBPL11 (ENSPCIG00000018734) SNX4 (ENSPCIG00000018735) ENSPCIG00000031985 ##22 ZNF148 (ENSPCIG00000018738) SLC12A8 (ENSPCIG00000018762) ENSPCIG00000012340 ENSPCIG00000002475 CLDN8 (ENSPCIG00000002482) ITGB5 (ENSPCIG00000002499) UMPS (ENSPCIG00000002525) ENSPCIG00000002539 ENSPCIG00000031061 ENSPCIG00000006560 ENSPCIG00000006554 MYLK (ENSPCIG00000006541) HACD2 (ENSPCIG00000006538) ADCY5 (ENSPCIG00000012821) SEC22A (ENSPCIG00000006533) Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 172 ENSPSMG00000002286 MAEA (ENSPSMG00000002411) CTBP1 (ENSPSMG00000002685) SPON2 (ENSPSMG00000002740) ENSPSMG00000002744 ENSPSMG00000002762 FGFRL1 (ENSPSMG00000002798) IDUA (ENSPSMG00000002839) SLC26A1 (ENSPSMG00000002846) TMEM175 (ENSPSMG00000002873) GAK (ENSPSMG00000003100) CPLX1 (ENSPSMG00000003571) PCGF3 (ENSPSMG00000003577) SLC49A3 (ENSPSMG00000003590) PDE6B (ENSPSMG00000003606) ENSPSMG00000003611 ##22 PIGG (ENSPSMG00000003730) SH3TC1 (ENSPSMG00000003934) ABLIM2 (ENSPSMG00000004485) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Orangutan MODERN SPECIES 18 UBE2QL1 (ENSPPYG00000015331) NSUN2 (ENSPPYG00000015332) SRD5A1 (ENSPPYG00000031135) TENT4A (ENSPPYG00000015334) ADCY2 (ENSPPYG00000015335) ENSPPYG00000015336 FASTKD3 (ENSPPYG00000015337) MTRR (ENSPPYG00000015338) SEMA5A (ENSPPYG00000015339) TAS2R1 (ENSPPYG00000015340) ATPSCKMT (ENSPPYG00000015341) CCT5 (ENSPPYG00000015342) CMBL (ENSPPYG00000015343) MARCHF6 (ENSPPYG00000015344) ENSPPYG00000015345 ENSPPYG00000037234 ##22 ANKRD33B (ENSPPYG00000015346) ENSPPYG00000039207 CTNND2 (ENSPPYG00000015348) ENSPPYG00000041438 ENSPPYG00000039629 ##13 DNAH5 (ENSPPYG00000015349) TRIO (ENSPPYG00000015350) OTULINL (ENSPPYG00000015351) OTULIN (ENSPPYG00000031564) ANKH (ENSPPYG00000015353) FBXL7 (ENSPPYG00000015354) ENSPPYG00000041039 MARCHF11 (ENSPPYG00000015355) ZNF622 (ENSPPYG00000029803) RETREG1 (ENSPPYG00000041318) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Prairie vole MODERN SPECIES 84 Itpr1 (ENSMOCG00000002247) Sumf1 (ENSMOCG00000014598) Setmar (ENSMOCG00000003026) Lrrn1 (ENSMOCG00000001702) Crbn (ENSMOCG00000019318) Trnt1 (ENSMOCG00000004539) Il5ra (ENSMOCG00000015311) Cntn4 (ENSMOCG00000013257) Cntn6 (ENSMOCG00000005399) ENSMOCG00000009333 ENSMOCG00000016932 ENSMOCG00000020899 ENSMOCG00000002512 ENSMOCG00000021562 Cntn3 (ENSMOCG00000007453) ENSMOCG00000009808 ##22 Pdzrn3 (ENSMOCG00000015544) ENSMOCG00000000955 Gxylt2 (ENSMOCG00000001994) Shq1 (ENSMOCG00000017836) ENSMOCG00000006102 Prok2 (ENSMOCG00000016202) Gpr27 (ENSMOCG00000010723) Eif4e3 (ENSMOCG00000020297) Foxp1 (ENSMOCG00000013376) Mdfic2 (ENSMOCG00000007282) Mitf (ENSMOCG00000021092) Frmd4b (ENSMOCG00000016753) Lmod3 (ENSMOCG00000013878) Arl6ip5 (ENSMOCG00000012711) Uba3 (ENSMOCG00000022540) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Eurasian red squirrel DUPLICATION Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 16 FUT9 (ENSSVLG00005010979) MANEA (ENSSVLG00005011033) ENSSVLG00005011073 ENSSVLG00005011109 ENSSVLG00005011149 EPHA7 (ENSSVLG00005011198) MAP3K7 (ENSSVLG00005011461) BACH2 (ENSSVLG00005011670) GJA10 (ENSSVLG00005011729) CASP8AP2 (ENSSVLG00005011773) MDN1 (ENSSVLG00005011919) LYRM2 (ENSSVLG00005013140) ANKRD6 (ENSSVLG00005013665) ENSSVLG00005013947 EDF1 (ENSSVLG00005014055) ENSSVLG00005014078 ##22 RRAGD (ENSSVLG00005014108) UBE2J1 (ENSSVLG00005014182) ENSSVLG00005014234 GABRR2 (ENSSVLG00005014299) GABRR1 (ENSSVLG00005014390) ENSSVLG00005014668 PM20D2 (ENSSVLG00005014707) SRSF12 (ENSSVLG00005014804) PNRC1 (ENSSVLG00005014826) RNGTT (ENSSVLG00005014885) ENSSVLG00005014998 ENSSVLG00005015043 SPACA1 (ENSSVLG00005015088) AKIRIN2 (ENSSVLG00005015169) ORC3 (ENSSVLG00005015205) Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 7 ARPP21 (ENSSVLG00005015042) ENSSVLG00005015643 ENSSVLG00005015672 ENSSVLG00005015730 ENSSVLG00005015747 CLASP2 (ENSSVLG00005015931) ENSSVLG00005016631 FBXL2 (ENSSVLG00005016938) ENSSVLG00005016987 SUSD5 (ENSSVLG00005017013) CRTAP (ENSSVLG00005017097) GLB1 (ENSSVLG00005017191) CCR4 (ENSSVLG00005017231) ENSSVLG00005017257 TRIM71 (ENSSVLG00005017310) ENSSVLG00005017367 ##22 CNOT10 (ENSSVLG00005017438) ENSSVLG00005017813 ENSSVLG00005017871 CMTM6 (ENSSVLG00005017911) CMTM7 (ENSSVLG00005017933) CMTM8 (ENSSVLG00005018015) GPD1L (ENSSVLG00005018096) ENSSVLG00005018141 ENSSVLG00005018160 OSBPL10 (ENSSVLG00005018205) STT3B (ENSSVLG00005018447) GADL1 (ENSSVLG00005018504) TGFBR2 (ENSSVLG00005018772) ENSSVLG00005018892 RBMS3 (ENSSVLG00005018972) Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Degu MODERN SPECIES 141 TMEM106C (ENSODEG00000004196) ENSODEG00000004180 HDAC7 (ENSODEG00000003964) SLC48A1 (ENSODEG00000003853) RAPGEF3 (ENSODEG00000003613) ENDOU (ENSODEG00000003517) RPAP3 (ENSODEG00000003489) PCED1B (ENSODEG00000003479) ENSODEG00000018996 AMIGO2 (ENSODEG00000018958) ENSODEG00000003462 ENSODEG00000003450 SLC38A2 (ENSODEG00000003379) SLC38A1 (ENSODEG00000003269) SCAF11 (ENSODEG00000003223) ENSODEG00000019076 ##22 ENSODEG00000004013 ARID2 (ENSODEG00000003976) ENSODEG00000003928 ENSODEG00000018973 ENSODEG00000018965 ENSODEG00000003909 ANO6 (ENSODEG00000003814) NELL2 (ENSODEG00000003669) TMEM117 (ENSODEG00000003583) ENSODEG00000003529 ENSODEG00000018930 PUS7L (ENSODEG00000003484) ADAMTS20 (ENSODEG00000003382) PRICKLE1 (ENSODEG00000003320) PPHLN1 (ENSODEG00000003297) Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Chacoan peccary DUPLICATION Chacoan peccary MODERN SPECIES 123 ENSCWAG00000008490 ZBTB7C (ENSCWAG00000008442) CTIF (ENSCWAG00000008248) SMAD7 (ENSCWAG00000008146) ENSCWAG00000008125 ENSCWAG00000008076 DYM (ENSCWAG00000007926) C18orf32 (ENSCWAG00000007861) ENSCWAG00000018703 LIPG (ENSCWAG00000018628) ENSCWAG00000018602 ##22 ACAA2 (ENSCWAG00000018572) Chacoan peccary MODERN SPECIES 812 IQCD (ENSCWAG00000018165) RITA1 (ENSCWAG00000018231) DDX54 (ENSCWAG00000018290) CFAP73 (ENSCWAG00000018332) RASAL1 (ENSCWAG00000018387) DTX1 (ENSCWAG00000018496) PLBD2 (ENSCWAG00000018565) SDS (ENSCWAG00000018612) SDSL (ENSCWAG00000018668) LHX5 (ENSCWAG00000018709) ENSCWAG00000018743 RBM19 (ENSCWAG00000018770) TBX5 (ENSCWAG00000018802) TBX3 (ENSCWAG00000018843) MED13L (ENSCWAG00000018938) ENSCWAG00000019011 ##22 SPRING1 (ENSCWAG00000019028) RNFT2 (ENSCWAG00000019061) HRK (ENSCWAG00000019089) FBXW8 (ENSCWAG00000019118) TESC (ENSCWAG00000019322) FBXO21 (ENSCWAG00000019406) NOS1 (ENSCWAG00000019498) KSR2 (ENSCWAG00000019719) RFC5 (ENSCWAG00000019845) WSB2 (ENSCWAG00000019891) VSIG10 (ENSCWAG00000019930) ENSCWAG00000019965 TAOK3 (ENSCWAG00000019977) SUDS3 (ENSCWAG00000007535) SRRM4 (ENSCWAG00000007591) Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Blue whale MODERN SPECIES 15 ENSBMSG00010005058 UMPS (ENSBMSG00010005069) KALRN (ENSBMSG00010005144) ENSBMSG00010005299 CCDC14 (ENSBMSG00010005330) ENSBMSG00010005362 MYLK (ENSBMSG00010005442) HACD2 (ENSBMSG00010005559) ADCY5 (ENSBMSG00010005575) SEC22A (ENSBMSG00010005634) PDIA5 (ENSBMSG00010005649) SEMA5B (ENSBMSG00010005669) SLC49A4 (ENSBMSG00010005708) HSPBAP1 (ENSBMSG00010005720) PARP14 (ENSBMSG00010005743) ENSBMSG00010005761 ##22 DTX3L (ENSBMSG00010005778) PARP9 (ENSBMSG00010005809) KPNA1 (ENSBMSG00010005822) WDR5B (ENSBMSG00010005836) FAM162A (ENSBMSG00010005850) MIX23 (ENSBMSG00010005871) CSTA (ENSBMSG00010005884) CASR (ENSBMSG00010005910) CD86 (ENSBMSG00010005973) ILDR1 (ENSBMSG00010006089) SLC15A2 (ENSBMSG00010006152) EAF2 (ENSBMSG00010006200) IQCB1 (ENSBMSG00010006219) GOLGB1 (ENSBMSG00010006250) HCLS1 (ENSBMSG00010006290) Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00940000162169 ENSGT00390000010652.D.b ENSGT00940000159238 ENSGT00390000008279.b ENSGT00940000156569.a.b ENSGT00390000011631 ENSGT00940000153593.c.a ENSGT00530000064192.s ENSGT00940000156705.q.b ENSGT00940000155914 ENSGT00390000018395 ENSGT00950000183049.C ENSGT00390000004001 ENSGT00940000161872 ENSGT00390000015368.a.a ENSGT00390000012138.b ##22 ENSGT01100000263504.b.t ENSGT00610000086173 ENSGT00940000162806 ENSGT01030000234883 ENSGT00940000162285 ENSGT00940000158959.b ENSGT00940000160620 ENSGT00390000010450 ENSGT00940000157050 ENSGT00940000157166 ENSGT00390000012431 ENSGT00940000159994.a.a ENSGT00950000182904.a.b.b ENSGT00390000012482 ENSGT00940000159489 Wild yak MODERN SPECIES 986 LRRC25 (ENSBMUG00000015697) GDF15 (ENSBMUG00000015708) PGPEP1 (ENSBMUG00000015728) ENSBMUG00000015743 ##22 ENSBMUG00000015760 LSM4 (ENSBMUG00000015777) ENSBMUG00000015787 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 26 COPE (ENSBIXG00005012672) UPF1 (ENSBIXG00005012808) COMP (ENSBIXG00005012859) CRTC1 (ENSBIXG00005013032) KLHL26 (ENSBIXG00005001500) TMEM59L (ENSBIXG00005013127) CRLF1 (ENSBIXG00005001505) REX1BD (ENSBIXG00005013181) ENSBIXG00005013215 FKBP8 (ENSBIXG00005001526) ELL (ENSBIXG00005006340) ISYNA1 (ENSBIXG00005007444) SSBP4 (ENSBIXG00005001619) LRRC25 (ENSBIXG00005013526) GDF15 (ENSBIXG00005005488) ENSBIXG00005013553 ##22 PGPEP1 (ENSBIXG00005001660) LSM4 (ENSBIXG00005013676) JUND (ENSBIXG00005013693) ENSBIXG00005013722 PDE4C (ENSBIXG00005007314) RAB3A (ENSBIXG00005013822) MPV17L2 (ENSBIXG00005013844) IFI30 (ENSBIXG00005013854) PIK3R2 (ENSBIXG00005013908) MAST3 (ENSBIXG00005001845) IL12RB1 (ENSBIXG00005014340) ARRDC2 (ENSBIXG00005001918) KCNN1 (ENSBIXG00005014447) CCDC124 (ENSBIXG00005001974) SLC5A5 (ENSBIXG00005007535) Cow MODERN SPECIES 26 COMP (ENSBTAG00000004630) CRTC1 (ENSBTAG00000010379) KLHL26 (ENSBTAG00000014114) TMEM59L (ENSBTAG00000007698) CRLF1 (ENSBTAG00000007741) REX1BD (ENSBTAG00000007739) UBA52 (ENSBTAG00000007737) KXD1 (ENSBTAG00000010545) FKBP8 (ENSBTAG00000016264) ELL (ENSBTAG00000003587) ISYNA1 (ENSBTAG00000017482) SSBP4 (ENSBTAG00000003947) LRRC25 (ENSBTAG00000017273) GDF15 (ENSBTAG00000015618) PGPEP1 (ENSBTAG00000002566) ENSBTAG00000053022 ##22 ENSBTAG00000053097 LSM4 (ENSBTAG00000008578) JUND (ENSBTAG00000052791) ENSBTAG00000054700 CIST1 (ENSBTAG00000033886) PDE4C (ENSBTAG00000010652) RAB3A (ENSBTAG00000010635) MPV17L2 (ENSBTAG00000025788) IFI30 (ENSBTAG00000018349) PIK3R2 (ENSBTAG00000002350) MAST3 (ENSBTAG00000002347) IL12RB1 (ENSBTAG00000011481) ARRDC2 (ENSBTAG00000039335) KCNN1 (ENSBTAG00000008626) CCDC124 (ENSBTAG00000004604) American bison MODERN SPECIES 3165 COMP (ENSBBBG00000002699) CRTC1 (ENSBBBG00000015471) ENSBBBG00000015461 TMEM59L (ENSBBBG00000015452) CRLF1 (ENSBBBG00000003846) ENSBBBG00000015406 ENSBBBG00000002734 KXD1 (ENSBBBG00000015390) ENSBBBG00000015360 ELL (ENSBBBG00000015350) ISYNA1 (ENSBBBG00000015329) ENSBBBG00000015324 LRRC25 (ENSBBBG00000015319) GDF15 (ENSBBBG00000001254) PGPEP1 (ENSBBBG00000001256) ENSBBBG00000001263 ##22 LSM4 (ENSBBBG00000001281) Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer MODERN SPECIES 80 ENSMMSG00000001144 RAB9B (ENSMMSG00000001153) PLP1 (ENSMMSG00000001167) ENSMMSG00000001185 TMEM31 (ENSMMSG00000001213) ENSMMSG00000001238 TCEAL1 (ENSMMSG00000001247) ENSMMSG00000001264 ENSMMSG00000001282 ENSMMSG00000001293 ENSMMSG00000001304 ##22 ENSMMSG00000001313 BEX4 (ENSMMSG00000001322) TCEAL8 (ENSMMSG00000001331) ENSMMSG00000001342 ENSMMSG00000001354 TCEAL7 (ENSMMSG00000001363) TCEAL9 (ENSMMSG00000001376) ENSMMSG00000001395 Siberian musk deer MODERN SPECIES 212 TGFB1I1 (ENSMMSG00000002525) SLC5A2 (ENSMMSG00000002547) RUSF1 (ENSMMSG00000002590) AHSP (ENSMMSG00000002659) SEPTIN14 (ENSMMSG00000002672) ENSMMSG00000002700 MRPS17 (ENSMMSG00000002712) ENSMMSG00000002730 ENSMMSG00000002763 PSPH (ENSMMSG00000002772) ENSMMSG00000002806 SUMF2 (ENSMMSG00000002944) PHKG1 (ENSMMSG00000002979) ENSMMSG00000003003 NUPR2 (ENSMMSG00000003017) ENSMMSG00000003027 ##22 ENSMMSG00000003039 VKORC1L1 (ENSMMSG00000003051) GUSB (ENSMMSG00000003080) ASL (ENSMMSG00000003136) CRCP (ENSMMSG00000003203) TPST1 (ENSMMSG00000003222) ENSMMSG00000003233 KCTD7 (ENSMMSG00000003247) ENSMMSG00000003272 TMEM248 (ENSMMSG00000003291) SBDS (ENSMMSG00000003299) ENSMMSG00000003317 CALN1 (ENSMMSG00000003373) ENSMMSG00000003397 GALNT17 (ENSMMSG00000003415) Siberian musk deer MODERN SPECIES 1222 SNTN (ENSMMSG00000019427) ENSMMSG00000019453 C3orf49 (ENSMMSG00000019471) THOC7 (ENSMMSG00000019508) ATXN7 (ENSMMSG00000019544) PSMD6 (ENSMMSG00000019578) PRICKLE2 (ENSMMSG00000019648) ENSMMSG00000019702 ADAMTS9 (ENSMMSG00000019756) ENSMMSG00000020165 MAGI1 (ENSMMSG00000020250) SLC25A26 (ENSMMSG00000021168) LRIG1 (ENSMMSG00000021235) ENSMMSG00000021329 KBTBD8 (ENSMMSG00000021352) ENSMMSG00000021399 ##22 SUCLG2 (ENSMMSG00000021420) TAFA1 (ENSMMSG00000021464) TAFA4 (ENSMMSG00000021498) EOGT (ENSMMSG00000021538) TMF1 (ENSMMSG00000013641) UBA3 (ENSMMSG00000013729) ARL6IP5 (ENSMMSG00000013836) LMOD3 (ENSMMSG00000013861) FRMD4B (ENSMMSG00000013878) MITF (ENSMMSG00000013971) MDFIC2 (ENSMMSG00000014534) FOXP1 (ENSMMSG00000014620) EIF4E3 (ENSMMSG00000015972) GPR27 (ENSMMSG00000016039) PROK2 (ENSMMSG00000016060) Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 American mink MODERN SPECIES 124 ENSNVIG00000011963 ENSNVIG00000011946 ENSNVIG00000011938 ##22 REEP3 (ENSNVIG00000011904) JMJD1C (ENSNVIG00000011799) NRBF2 (ENSNVIG00000011777) EGR2 (ENSNVIG00000011750) ADO (ENSNVIG00000011743) ZN365 (ENSNVIG00000011711) RTKN2 (ENSNVIG00000011675) ARID5B (ENSNVIG00000011642) CJ107 (ENSNVIG00000011624) TMM26 (ENSNVIG00000011590) RHOBTB1 (ENSNVIG00000011567) CDK1 (ENSNVIG00000011491) ENSNVIG00000011478 ANK3 (ENSNVIG00000011085) ENSNVIG00000011075 Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Cat MODERN SPECIES 236 ENSFCAG00000036453 ENSFCAG00000049616 COL19A1 (ENSFCAG00000046703) LMBRD1 (ENSFCAG00000025453) ENSFCAG00000025373 ADGRB3 (ENSFCAG00000002654) ENSFCAG00000024482 ENSFCAG00000049357 PHF3 (ENSFCAG00000030443) ENSFCAG00000051059 PTP4A1 (ENSFCAG00000001199) LGSN (ENSFCAG00000027872) ENSFCAG00000045670 KHDRBS2 (ENSFCAG00000046207) ENSFCAG00000033315 ENSFCAG00000023328 ##22 PRIM2 (ENSFCAG00000029312) BAG2 (ENSFCAG00000043362) ZNF451 (ENSFCAG00000008723) BEND6 (ENSFCAG00000000962) DST (ENSFCAG00000028438) COL21A1 (ENSFCAG00000029537) BMP5 (ENSFCAG00000004493) HMGCLL1 (ENSFCAG00000006787) GFRAL (ENSFCAG00000006786) HCRTR2 (ENSFCAG00000023603) FAM83B (ENSFCAG00000013437) TINAG (ENSFCAG00000009144) MLIP (ENSFCAG00000025504) LRRC1 (ENSFCAG00000031982) KLHL31 (ENSFCAG00000014353) Panthera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Panthera_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 leopard MODERN SPECIES 599 ENSPPRG00000010758 ##22 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Denticle herring MODERN SPECIES 15 tnfrsf1a (ENSDCDG00000020137) IFFO1 (ENSDCDG00000020155) opn9 (ENSDCDG00000020159) pabpc1a (ENSDCDG00000020188) RNF19A (ENSDCDG00000020403) #7 ENSDCDG00000020656 ##9 FBXO43 (ENSDCDG00000020657) RGS22 (ENSDCDG00000020660) #10 osr2 (ENSDCDG00000020670) #15 ENSDCDG00000020676 ##16 STK3 (ENSDCDG00000020678) ##16 ENSDCDG00000020679 KCNS2 (ENSDCDG00000020681) #17 NIPAL2 (ENSDCDG00000020687) #18 RIDA (ENSDCDG00000020699) #20 ENSDCDG00000020705 ##22 MATN2 (ENSDCDG00000020717) #23 LAPTM4B (ENSDCDG00000020725) #25 ENSDCDG00000020727 ##26 ubr5 (ENSDCDG00000020743) KLF10 (ENSDCDG00000020793) azin1a (ENSDCDG00000020805) atp6v1c1a (ENSDCDG00000020808) baalca (ENSDCDG00000020828) ENSDCDG00000020836 cep72 (ENSDCDG00000020845) TPPP (ENSDCDG00000020846) ZDHHC11 (ENSDCDG00000020849) brd9 (ENSDCDG00000020853) trip13 (ENSDCDG00000020875) NKD2 (ENSDCDG00000020899) Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Chinook salmon DUPLICATION Chinook salmon MODERN SPECIES 876 ENSOTSG00005018216 ENSOTSG00005018215 ##22 ECHDC1 (ENSOTSG00005018214) ENSOTSG00005018213 Chinook salmon MODERN SPECIES 1115 ENSOTSG00005032315 ##22 ENSOTSG00005032316 Huchen MODERN SPECIES 2072 esyt3 (ENSHHUG00000008328) ENSHHUG00000008322 ##22 Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Carangaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Seriola ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 845 ENSSLDG00000010005 ##22 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Poeciliinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Poecilia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 NAME_6 ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000012138.b ##22 Sailfin molly MODERN SPECIES 10 guca1c (ENSPLAG00000011188) ENSPLAG00000011166 zgc:153184 (ENSPLAG00000011155) MLNR (ENSPLAG00000011152) FNDC3A (ENSPLAG00000011133) ENSPLAG00000011084 ##22 RCBTB2 (ENSPLAG00000011076) lpar6a (ENSPLAG00000011047) ENSPLAG00000011034 lhfpl6 (ENSPLAG00000011030) cog6 (ENSPLAG00000011012) foxo1a (ENSPLAG00000010939) SLC25A15 (ENSPLAG00000010931) STOML3 (ENSPLAG00000010916) ENSPLAG00000010892 ENSPLAG00000010875 SLC7A1 (ENSPLAG00000010855) GBE1 (ENSPLAG00000010820) cadm2b (ENSPLAG00000010779) rwdd2b (ENSPLAG00000010751) usp16 (ENSPLAG00000010734) Elephant shark MODERN SPECIES 1522 psma8 (ENSCMIG00000004051) ENSCMIG00000004039 ENSCMIG00000004036 KCTD1 (ENSCMIG00000004032) AQP4 (ENSCMIG00000003851) CHST9 (ENSCMIG00000003762) cdh2 (ENSCMIG00000003589) ENSCMIG00000003471 VPS13B (ENSCMIG00000003443) #14 osr2 (ENSCMIG00000003392) #15 STK3 (ENSCMIG00000002976) #16 KCNS2 (ENSCMIG00000002790) #17 NIPAL2 (ENSCMIG00000002786) #18 POP1 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