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Odontoceti ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00390000012690 #10 ENSGT00940000161691 #11 ENSGT01030000235089 #12 ENSGT00940000154992.b #13 ENSGT00940000161553 #14 ENSGT00920000149157 #15 ENSGT00390000008686.c #16 ENSGT00390000005979.a #17 ENSGT00950000183072.a ENSGT00530000063779.B ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT00910000146711 #19 ENSGT01020000230359.B ##18 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00940000164532 #21 ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b #22 ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 ENSGT00950000183138.a.a.a #23 ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 ENSGT01100000263542.A #26 ENSGT00390000007888.d.i.b #27 ENSGT00940000163750 #28 ENSGT00940000163769 ENSGT00940000163271 #29 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00940000156541 #31 ENSGT00940000155697.A #36 ENSGT00390000003571 #35 ENSGT00940000162293 #34 ENSGT00940000156402.B #33 Sperm whale DUPLICATION Sperm whale MODERN SPECIES 9 CLEC3B (ENSPCTG00005011612) #7 EXOSC7 (ENSPCTG00005011659) #8 ZDHHC3 (ENSPCTG00005011704) #9 TMEM42 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ENSPCTG00005000233 ENSPCTG00005005883 ENSPCTG00005005841 ENSPCTG00005004895 SEMA3C (ENSPCTG00005004733) ENSPCTG00005004706 HGF (ENSPCTG00005004562) ENSPCTG00005004525 CACNA2D1 (ENSPCTG00005004410) ENSPCTG00005004334 ENSPCTG00005004324 ##22 PCLO (ENSPCTG00005004143) SEMA3E (ENSPCTG00005004045) SEMA3A (ENSPCTG00005004017) SEMA3D (ENSPCTG00005003987) GRM3 (ENSPCTG00005003962) KIAA1324L (ENSPCTG00005003874) DMTF1 (ENSPCTG00005003809) TMEM243 (ENSPCTG00005003771) CROT (ENSPCTG00005003742) ABCB4 (ENSPCTG00005003687) ABCB1 (ENSPCTG00005003552) ENSPCTG00005003512 RUNDC3B (ENSPCTG00005003383) SLC25A40 (ENSPCTG00005003323) DBF4 (ENSPCTG00005003288) Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b #22 Odontoceti_b DUPLICATION Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00950000183128.C ENSGT00940000157848.e.a ENSGT00940000157848.f ENSGT00940000160477 ENSGT00390000011163.b ENSGT00940000158908.b ENSGT00940000156521.b ENSGT00390000012412 ENSGT00940000154813 ENSGT00940000157501 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ENSGT00940000156540 ENSGT00530000063876.b ENSGT00940000159673 ENSGT00390000014353.r ENSGT00390000018691 ENSGT00940000156774 ENSGT00940000158220 ENSGT00390000004660.C.a.b ENSGT00940000162029.a Beluga whale MODERN SPECIES 44 RAB15 (ENSDLEG00000012424) CHURC1 (ENSDLEG00000012447) ENSDLEG00000012452 SPTB (ENSDLEG00000012460) PLEKHG3 (ENSDLEG00000012540) PPP1R36 (ENSDLEG00000012637) HSPA2 (ENSDLEG00000012696) ZBTB1 (ENSDLEG00000012703) ZBTB25 (ENSDLEG00000012707) AKAP5 (ENSDLEG00000012713) MTHFD1 (ENSDLEG00000012725) ENSDLEG00000012778 ENSDLEG00000012832 ESR2 (ENSDLEG00000012898) SYNE2 (ENSDLEG00000014018) ENSDLEG00000018973 #22 ENSDLEG00000018986 SGPP1 (ENSDLEG00000018992) WDR89 (ENSDLEG00000019003) PPP2R5E (ENSDLEG00000019013) GPHB5 (ENSDLEG00000019078) RHOJ (ENSDLEG00000019097) KCNH5 (ENSDLEG00000019130) ENSDLEG00000019162 SYT16 (ENSDLEG00000006055) ENSDLEG00000006062 SNAPC1 (ENSDLEG00000006071) HIF1A (ENSDLEG00000006082) PRKCH (ENSDLEG00000006106) TMEM30B (ENSDLEG00000006124) MNAT1 (ENSDLEG00000006132) Vaquita MODERN SPECIES 11 FUT8 (ENSPSNG00000006781) MAX (ENSPSNG00000006586) FNTB (ENSPSNG00000006463) ENSPSNG00000006411 CHURC1 (ENSPSNG00000006344) ENSPSNG00000020417 PLEKHG3 (ENSPSNG00000014982) PPP1R36 (ENSPSNG00000014651) HSPA2 (ENSPSNG00000014566) ZBTB1 (ENSPSNG00000014501) ZBTB25 (ENSPSNG00000014448) AKAP5 (ENSPSNG00000014406) MTHFD1 (ENSPSNG00000014216) ENSPSNG00000014056 ESR2 (ENSPSNG00000013759) ENSPSNG00000013644 #22 SYNE2 (ENSPSNG00000013154) SGPP1 (ENSPSNG00000012953) WDR89 (ENSPSNG00000012922) PPP2R5E (ENSPSNG00000012853) GPHB5 (ENSPSNG00000012813) RHOJ (ENSPSNG00000012762) KCNH5 (ENSPSNG00000012407) ENSPSNG00000012344 SYT16 (ENSPSNG00000012248) ENSPSNG00000012202 SNAPC1 (ENSPSNG00000012156) HIF1A (ENSPSNG00000011918) PRKCH (ENSPSNG00000011826) TMEM30B (ENSPSNG00000011798) ENSPSNG00000011751 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.d #22 Vaquita MODERN SPECIES AXDND1 (ENSPSNG00000001188) SOAT1 (ENSPSNG00000001097) ENSPSNG00000001039 ABL2 (ENSPSNG00000000760) TOR3A (ENSPSNG00000000525) FAM20B (ENSPSNG00000000489) ANGPTL1 (ENSPSNG00000000465) RALGPS2 (ENSPSNG00000000423) ENSPSNG00000000387 RASAL2 (ENSPSNG00000000312) ENSPSNG00000000237 SEC16B (ENSPSNG00000000203) BRINP2 (ENSPSNG00000000181) ASTN1 (ENSPSNG00000000154) PAPPA2 (ENSPSNG00000019270) ENSPSNG00000019219 #22 COP1 (ENSPSNG00000019070) TNR (ENSPSNG00000018880) ENSPSNG00000018824 KIAA0040 (ENSPSNG00000018811) TNN (ENSPSNG00000018514) MRPS14 (ENSPSNG00000018472) CACYBP (ENSPSNG00000018413) ENSPSNG00000018370 RABGAP1L (ENSPSNG00000017901) ENSPSNG00000017787 RC3H1 (ENSPSNG00000017743) SERPINC1 (ENSPSNG00000017655) ZBTB37 (ENSPSNG00000017618) ENSPSNG00000017489 DARS2 (ENSPSNG00000017390) Pecora ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000160677 ENSGT00940000161691 #11 ENSGT00940000154992.b #13 ENSGT01030000235508 ENSGT00940000161553 #14 ENSGT00920000149157 #15 ENSGT00390000008686.c #16 ENSGT00390000005979.a #17 ENSGT00950000183072.a ENSGT00530000063779.B ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT01020000230359.B ##18 ENSGT00910000146711 #19 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00940000164532 #21 ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b #22 ENSGT00950000183138.a.a.a #23 ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 ENSGT01100000263542.A #26 ENSGT00390000007888.d #27 ENSGT00940000163750 #28 ENSGT00940000163271.k.b #29 ENSGT00940000163271.k.a #29 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00940000156541 #31 ENSGT00940000155697.A #36 ENSGT00390000003571 #35 ENSGT00940000162293 #34 ENSGT00940000156402.B #33 ENSGT00940000159338 Percora_a ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000156210 ENSGT00940000160677 ENSGT00940000161691 #11 ENSGT00940000154992.b #13 ENSGT01030000235508 ENSGT00940000161553 #14 ENSGT00920000149157 #15 ENSGT00390000008686.c #16 ENSGT00390000005979.a #17 ENSGT00950000183072.a ENSGT00530000063779.B ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT00910000146711 #19 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00940000164532 #21 ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b #22 ENSGT00950000183138.a.a.a #23 ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 ENSGT01100000263542.A #26 ENSGT00390000007888.d.c.b #27 ENSGT00940000163750 #28 ENSGT00940000163271.k.b #29 ENSGT00940000163271.k.a #29 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00940000156541 #31 ENSGT00940000155697.A #36 ENSGT00390000003571 #35 ENSGT00940000162293 #34 ENSGT00940000156402.B #33 ENSGT00940000159338 Bovidae ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000160677 ENSGT00940000161691 #11 ENSGT00940000154992.b #13 ENSGT01030000235508 ENSGT00940000161553 #14 ENSGT00920000149157 #15 ENSGT00390000008686.c #16 ENSGT00390000005979.a #17 ENSGT00950000183072.a ENSGT00530000063779.B ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT01020000230359.B ##18 ENSGT00910000146711 #19 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00940000164532 #21 ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b #22 ENSGT00950000183138.a.a.a #23 ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 ENSGT01100000263542.A #26 ENSGT00390000007888.d.c.b #27 ENSGT00940000163750 #28 ENSGT00940000163271.k.b #29 ENSGT00940000163271.k.a #29 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00940000156541 #31 ENSGT00940000155697.A #36 ENSGT00390000003571 #35 ENSGT00940000162293 #34 ENSGT00940000156402.B #33 ENSGT00940000159338 Caprinae DUPLICATION Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.a #22 Goat MODERN SPECIES 14 ACVR2B (ENSCHIG00000013125) EXOG (ENSCHIG00000013450) SCN5A (ENSCHIG00000015851) #11 SCN10A (ENSCHIG00000009678) #13 SCN11A (ENSCHIG00000021823) #14 ENSCHIG00000024599 WDR48 (ENSCHIG00000009086) #15 GORASP1 (ENSCHIG00000013463) #16 TTC21A (ENSCHIG00000018055) #17 CSRNP1 (ENSCHIG00000021961) XIRP1 (ENSCHIG00000012180) CX3CR1 (ENSCHIG00000007770) #18 CCR8 (ENSCHIG00000006778) ##18 SLC25A38 (ENSCHIG00000022960) #20 ENSCHIG00000019656 #21 RPSA (ENSCHIG00000011924) #22 MOBP (ENSCHIG00000011974) #23 MYRIP (ENSCHIG00000020641) #24 EIF1B (ENSCHIG00000022430) #25 ENSCHIG00000011303 ENTPD3 (ENSCHIG00000023900) #26 ENSCHIG00000019403 #27 ENSCHIG00000015104 #28 ZNF621 (ENSCHIG00000025599) #29 CTNNB1 (ENSCHIG00000025557) #30 ULK4 (ENSCHIG00000013341) #31 TRAK1 (ENSCHIG00000010986) #36 CCK (ENSCHIG00000018036) #35 LYZL4 (ENSCHIG00000015680) #34 VIPR1 (ENSCHIG00000021318) #33 SEC22C (ENSCHIG00000009698) Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 15 SS18 (ENSOARG00020025456) ZNF521 (ENSOARG00020025499) HRH4 (ENSOARG00020025511) ENSOARG00020025524 OSBPL1A (ENSOARG00020025534) CABYR (ENSOARG00020025548) TTC39C (ENSOARG00020025558) LAMA3 (ENSOARG00020025616) ANKRD29 (ENSOARG00020025754) ENSOARG00020025767 RMC1 (ENSOARG00020025860) RIOK3 (ENSOARG00020025882) TMEM241 (ENSOARG00020025890) CABLES1 (ENSOARG00020025896) ENSOARG00020025903 ENSOARG00020025909 #22 GATA6 (ENSOARG00020025920) MIB1 (ENSOARG00020025946) ABHD3 (ENSOARG00020006344) SNRPD1 (ENSOARG00020006388) ESCO1 (ENSOARG00020006426) GREB1L (ENSOARG00020006670) ENSOARG00020007128 ROCK1 (ENSOARG00020007167) ENSOARG00020007491 USP14 (ENSOARG00020007526) THOC1 (ENSOARG00020007727) ENSOARG00020008122 COLEC12 (ENSOARG00020008142) CETN1 (ENSOARG00020008212) CLUL1 (ENSOARG00020008252) Caprinae ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000156210 ENSGT00940000160677 ENSGT00940000161691 #11 ENSGT00940000154992.b #13 ENSGT00940000161553 #14 ENSGT00390000003022.h ENSGT00920000149157 #15 ENSGT00390000008686.c #16 ENSGT00390000005979.a #17 ENSGT00950000183072.a ENSGT00530000063779.B ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT01020000230359.B ##18 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00940000164532 #21 ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.b #22 ENSGT00950000183138.a.a.a #23 ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 ENSGT01100000263542.A #26 ENSGT00390000007888.d.c.b #27 ENSGT00940000163750 #28 ENSGT00940000163271.k.a #29 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00940000156541 #31 ENSGT00940000155697.A #36 ENSGT00390000003571 #35 ENSGT00940000162293 #34 ENSGT00940000156402.B #33 ENSGT00940000159338 ENSGT00940000160407.e.a.b Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 10 ACVR2B (ENSOARG00020010379) EXOG (ENSOARG00020010558) SCN5A 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ENSGT00940000160677 ENSGT01030000235089 #12 ENSGT00940000161691 #11 ENSGT00940000154992.b #13 ENSGT00940000161553 #14 ENSGT00920000149157 #15 ENSGT00390000008686.c #16 ENSGT00390000005979.a #17 ENSGT00950000183072.a ENSGT00530000063779.B ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT01020000230359.B ##18 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00940000164532 #21 ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b #22 ENSGT00950000183138.a.a.a #23 ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 ENSGT01100000263542.A #26 ENSGT00390000007888.d #27 ENSGT00940000163750 #28 ENSGT00940000163271 #29 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00940000156541 #31 ENSGT00940000155697.A #36 ENSGT00390000003571 #35 ENSGT00940000162293 #34 ENSGT00940000156402.B #33 ENSGT00940000159338 ENSGT00940000160407 Microbat DUPLICATION Microbat DUPLICATION Microbat MODERN SPECIES 1396 ENSMLUG00000025508 #22 OR2Z1 (ENSMLUG00000014700) ENSMLUG00000029044 Microbat MODERN SPECIES 1355 SGPP1 (ENSMLUG00000025924) ENSMLUG00000028382 SYNE2 (ENSMLUG00000011730) 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XIRP1 (ENSECAG00000004725) CX3CR1 (ENSECAG00000004442) #18 CCR8 (ENSECAG00000004303) ##18 ENSECAG00000000681 SLC25A38 (ENSECAG00000020785) #20 ENSECAG00000020548 #21 RPSA (ENSECAG00000013062) #22 ENSECAG00000030326 ENSECAG00000050107 #23 ENSECAG00000012893 MYRIP (ENSECAG00000005794) #24 EIF1B (ENSECAG00000005758) #25 ENTPD3 (ENSECAG00000017628) #26 RPL14 (ENSECAG00000026813) #27 ZNF619 (ENSECAG00000015232) #28 ZNF620 (ENSECAG00000033227) ZNF621 (ENSECAG00000014679) #29 ENSECAG00000035130 CTNNB1 (ENSECAG00000006949) #30 ULK4 (ENSECAG00000021560) #31 TRAK1 (ENSECAG00000014600) #36 CCK (ENSECAG00000014143) #35 Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b #22 Hedgehog MODERN SPECIES 6298 ENSEEUG00000005292 #22 Common shrew MODERN SPECIES 4903 ENSSARG00000014402 #22 Euarchontoglires DUPLICATION Euarchontoglires DUPLICATION Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.m.a #22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.m.a #22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.m.a #22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.m.a #22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.m.a #22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.m.a #22 Eurasian red squirrel DUPLICATION Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 16 NQO2 (ENSSVLG00005007475) SERPINB6 (ENSSVLG00005007395) ENSSVLG00005007366 ENSSVLG00005006719 ENSSVLG00005006449 SERPINB1 (ENSSVLG00005006417) WRNIP1 (ENSSVLG00005006348) ENSSVLG00005006323 MYLK4 (ENSSVLG00005006200) ENSSVLG00005006132 GMDS (ENSSVLG00005014861) FOXC1 (ENSSVLG00005014837) FOXF2 (ENSSVLG00005014790) FOXQ1 (ENSSVLG00005014773) ENSSVLG00005014724 ENSSVLG00005014698 #22 ENSSVLG00005014684 HUS1B (ENSSVLG00005014653) EXOC2 (ENSSVLG00005014600) IRF4 (ENSSVLG00005014508) ENSSVLG00005014463 ENSSVLG00005014442 ENSSVLG00005014389 ENSSVLG00005014343 ENSSVLG00005014308 ENSSVLG00005014265 ENSSVLG00005014208 ENSSVLG00005014088 ENSSVLG00005013996 ENSSVLG00005013958 ZSCAN16 (ENSSVLG00005013915) Eurasian red squirrel MODERN SPECIES SDR16C5 (ENSSVLG00005010895) ENSSVLG00005010860 CHCHD7 (ENSSVLG00005010790) PLAG1 (ENSSVLG00005010731) MOS (ENSSVLG00005010710) RPS20 (ENSSVLG00005010588) LYN (ENSSVLG00005010475) TGS1 (ENSSVLG00005010446) ENSSVLG00005010412 ENSSVLG00005010285 XKR4 (ENSSVLG00005010234) RP1 (ENSSVLG00005009858) SOX17 (ENSSVLG00005009789) MRPL15 (ENSSVLG00005009764) ENSSVLG00005009666 ENSSVLG00005009646 #22 TCEA1 (ENSSVLG00005009501) RGS20 (ENSSVLG00005009394) ENSSVLG00005009360 ATP6V1H (ENSSVLG00005009299) ENSSVLG00005009270 OPRK1 (ENSSVLG00005009227) ENSSVLG00005009204 ENSSVLG00005009187 NPBWR1 (ENSSVLG00005009175) ENSSVLG00005009157 RB1CC1 (ENSSVLG00005009081) ALKAL1 (ENSSVLG00005009002) ENSSVLG00005008883 ENSSVLG00005008837 PCMTD1 (ENSSVLG00005008801) Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.m.a #22 Rabbit MODERN SPECIES 5 ENSOCUG00000030799 ENSOCUG00000026258 RBMS3 (ENSOCUG00000004840) ENSOCUG00000036953 ZCWPW2 (ENSOCUG00000017720) ENSOCUG00000014956 CMC1 (ENSOCUG00000012793) EOMES (ENSOCUG00000000451) ENSOCUG00000004133 SLC4A7 (ENSOCUG00000013596) NEK10 (ENSOCUG00000007846) ENSOCUG00000029906 LRRC3B (ENSOCUG00000015216) OXSM (ENSOCUG00000015384) NGLY1 (ENSOCUG00000015362) ENSOCUG00000027075 #22 TOP2B (ENSOCUG00000000717) RARB (ENSOCUG00000000714) THRB (ENSOCUG00000004532) NR1D2 (ENSOCUG00000009329) ENSOCUG00000010961 NKIRAS1 (ENSOCUG00000002483) ENSOCUG00000006026 ENSOCUG00000039156 ENSOCUG00000031633 ZNF385D (ENSOCUG00000029070) ENSOCUG00000033619 SGO1 (ENSOCUG00000006050) ENSOCUG00000006039 PP2D1 (ENSOCUG00000017225) RAB5A (ENSOCUG00000012200) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.m.b #22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.m.b #22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.m.b #22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.m.b #22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.m.b #22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.m.b #22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.m.b #22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.m.b #22 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 23 ARPC4 (ENSUPAG00010022930) TADA3 (ENSUPAG00010022928) CAMK1 (ENSUPAG00010022925) BRPF1 (ENSUPAG00010022889) CPNE9 (ENSUPAG00010022882) MTMR14 (ENSUPAG00010022881) LHFPL4 (ENSUPAG00010022879) SETD5 (ENSUPAG00010022873) THUMPD3 (ENSUPAG00010022869) SRGAP3 (ENSUPAG00010022863) RAD18 (ENSUPAG00010022854) OXTR (ENSUPAG00010022853) CAV3 (ENSUPAG00010022852) SSUH2 (ENSUPAG00010022850) LMCD1 (ENSUPAG00010022849) ENSUPAG00010022848 #22 GRM7 (ENSUPAG00010022847) EDEM1 (ENSUPAG00010022843) ARL8B (ENSUPAG00010022842) BHLHE40 (ENSUPAG00010022838) ITPR1 (ENSUPAG00010022789) SUMF1 (ENSUPAG00010022782) ENSUPAG00010022780 LRRN1 (ENSUPAG00010022779) CRBN (ENSUPAG00010022777) TRNT1 (ENSUPAG00010022775) IL5RA (ENSUPAG00010022771) CNTN4 (ENSUPAG00010022747) Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 12 MCM6 (ENSSVLG00005002280) DARS1 (ENSSVLG00005002326) CXCR4 (ENSSVLG00005002352) THSD7B (ENSSVLG00005002439) HNMT (ENSSVLG00005002599) SPOPL (ENSSVLG00005002616) NXPH2 (ENSSVLG00005002646) LRP1B (ENSSVLG00005002708) ENSSVLG00005002904 KYNU (ENSSVLG00005002948) ARHGAP15 (ENSSVLG00005003035) GTDC1 (ENSSVLG00005003107) ENSSVLG00005003174 ENSSVLG00005003208 ENSSVLG00005003222 ENSSVLG00005003233 #22 ACVR2A (ENSSVLG00005003270) ORC4 (ENSSVLG00005003298) MBD5 (ENSSVLG00005003333) EPC2 (ENSSVLG00005003372) KIF5C (ENSSVLG00005003411) LYPD6B (ENSSVLG00005003456) LYPD6 (ENSSVLG00005003472) MMADHC (ENSSVLG00005003507) ENSSVLG00005003548 RND3 (ENSSVLG00005003560) ENSSVLG00005003570 RBM43 (ENSSVLG00005003593) ENSSVLG00005003611 ENSSVLG00005003622 TNFAIP6 (ENSSVLG00005003640) Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.m.b #22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.m.b #22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.m.b #22 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.m.b #22 Mas night monkey MODERN SPECIES 406 ENSANAG00000032954 ENSANAG00000037450 CXCL13 (ENSANAG00000037253) CNOT6L (ENSANAG00000023917) ENSANAG00000026675 ENSANAG00000035463 ENSANAG00000028297 FRAS1 (ENSANAG00000026061) ANXA3 (ENSANAG00000025473) ENSANAG00000011900 BMP2K (ENSANAG00000032256) PAQR3 (ENSANAG00000032440) ANTXR2 (ENSANAG00000020620) ENSANAG00000038151 PRDM8 (ENSANAG00000027638) ENSANAG00000018328 #22 FGF5 (ENSANAG00000029794) CFAP299 (ENSANAG00000029362) BMP3 (ENSANAG00000038265) PRKG2 (ENSANAG00000033813) ENSANAG00000019728 ENSANAG00000035812 ENSANAG00000032331 RASGEF1B (ENSANAG00000021844) ENSANAG00000034721 HNRNPD (ENSANAG00000035221) ENSANAG00000029054 ENOPH1 (ENSANAG00000025974) TMEM150C (ENSANAG00000000048) ENSANAG00000033681 SCD5 (ENSANAG00000031198) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000160677 ENSGT01030000235089 #12 ENSGT00940000161691 #11 ENSGT00940000154992.b #13 ENSGT01030000235508 ENSGT00940000161553 #14 ENSGT00920000149157 #15 ENSGT00390000008686.c #16 ENSGT00390000005979.a #17 ENSGT00950000183072.a ENSGT00530000063779.B ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT01020000230359.B ##18 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00950000183099.u.a.e ##22 ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.n #22 ENSGT00950000183138.a.a.a #23 ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 ENSGT01090000263454 ENSGT01100000263542.A #26 ENSGT00390000007888.c.a ##27 ENSGT00940000163750 #28 ENSGT00940000163769 ENSGT00940000163271 #29 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00940000156541 #31 ENSGT00940000155697.A #36 ENSGT00390000003571 #35 ENSGT00940000162293 #34 ENSGT00940000156402.B #33 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000160677 ENSGT01030000235089 #12 ENSGT00940000161691 #11 ENSGT00940000154992.b #13 ENSGT01030000235508 ENSGT00940000161553 #14 ENSGT00920000149157 #15 ENSGT00390000008686.c #16 ENSGT00390000005979.a #17 ENSGT00950000183072.a ENSGT00530000063779.B ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT01020000230359.B ##18 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00950000183099.u.a.e ##22 ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.n #22 ENSGT00950000183138.a.a.a #23 ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 ENSGT01090000263454 ENSGT01100000263542.A #26 ENSGT00390000007888.c.a ##27 ENSGT00940000163750 #28 ENSGT00940000163271 #29 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00940000156541 #31 ENSGT00940000155697.A #36 ENSGT00390000003571 #35 ENSGT00940000162293 #34 ENSGT00940000156402.B #33 ENSGT00940000159338 Tree shrew MODERN SPECIES 2199 SLC25A38 (ENSTBEG00000015842) #20 ENSTBEG00000015946 #22 Glires ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000160677 ENSGT01030000235089.b #12 ENSGT00940000161691 #11 ENSGT00940000154992.b #13 ENSGT01030000235508 ENSGT00940000161553 #14 ENSGT00920000149157 #15 ENSGT00390000008686.c #16 ENSGT00390000005979.a #17 ENSGT00950000183072.a ENSGT00530000063779.B ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT01020000230359.B ##18 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00950000183099.u.a.e ##22 ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.n #22 ENSGT00950000183138.a.a.a #23 ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 ENSGT01090000263454 ENSGT01100000263542.A #26 ENSGT00390000007888.c.a ##27 ENSGT00940000163750 #28 ENSGT00940000163271 #29 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00940000156541 #31 ENSGT00940000155697.A #36 ENSGT00390000003571 #35 ENSGT00940000162293 #34 ENSGT00940000156402.B #33 ENSGT00940000159338 Rodentia ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000160677 ENSGT01030000235089.b #12 ENSGT00940000161691 #11 ENSGT00940000154992.b #13 ENSGT01030000235508 ENSGT00940000161553 #14 ENSGT00920000149157 #15 ENSGT00390000008686.c #16 ENSGT00390000005979.a #17 ENSGT00950000183072.a ENSGT00530000063779.B ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT01020000230359.B ##18 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00950000183099.u.a.e ##22 ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.n #22 ENSGT00950000183138.a.a.a #23 ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 ENSGT01090000263454 ENSGT01100000263542.A #26 ENSGT00390000007888.c.a ##27 ENSGT00940000163750 #28 ENSGT00940000163271 #29 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00940000156541 #31 ENSGT00940000155697.A #36 ENSGT00390000003571 #35 ENSGT00940000162293 #34 ENSGT00940000156402.B #33 ENSGT00940000159338 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.n #22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.n #22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.n #22 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1787 Kctd12 (ENSNGAG00000009455) Acod1 (ENSNGAG00000011932) Cln5 (ENSNGAG00000018989) Fbxl3 (ENSNGAG00000017483) Mycbp2 (ENSNGAG00000021068) Sap130 (ENSNGAG00000022842) ENSNGAG00000017129 #22 Ammecr1l (ENSNGAG00000015443) Polr2d (ENSNGAG00000014862) Wdr33 (ENSNGAG00000023927) Gpr17 (ENSNGAG00000022752) Lims2 (ENSNGAG00000022419) Myo7b (ENSNGAG00000019990) Kangaroo rat MODERN SPECIES 447 Dlec1 (ENSDORG00000001553) ENSDORG00000004811 Oxsr1 (ENSDORG00000011949) Myd88 (ENSDORG00000005070) Xylb (ENSDORG00000029080) Acvr2b (ENSDORG00000008630) Exog (ENSDORG00000004332) Scn5a (ENSDORG00000010830) #11 Scn10a (ENSDORG00000002823) #13 Scn11a (ENSDORG00000025723) #14 Wdr48 (ENSDORG00000011630) #15 Gorasp1 (ENSDORG00000006460) #16 Ttc21a (ENSDORG00000027538) #17 Csrnp1 (ENSDORG00000006461) Cx3cr1 (ENSDORG00000015095) #18 ENSDORG00000008267 #22 Mobp (ENSDORG00000005778) #23 Eif1b (ENSDORG00000025252) #25 Entpd3 (ENSDORG00000023903) #26 ENSDORG00000026117 #30 ENSDORG00000027315 #31 ENSDORG00000008172 #36 Lyzl4 (ENSDORG00000027391) #34 ENSDORG00000023631 #33 Ss18l2 (ENSDORG00000027512) ENSDORG00000023865 #37 Zfp651 (ENSDORG00000027109) Klhl40 (ENSDORG00000029540) Hhatl (ENSDORG00000023899) Ccdc13 (ENSDORG00000028309) ENSDORG00000026058 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT01000000214434.D ENSGT00940000156210 ENSGT00940000160677 ENSGT01030000235089.b #12 ENSGT00940000161691 #11 ENSGT00940000154992.b #13 ENSGT00940000161553 #14 ENSGT00920000149157 #15 ENSGT00390000008686.c #16 ENSGT00390000005979.a #17 ENSGT00950000183072.a ENSGT00530000063779.B ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT01020000230359.B ##18 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.n #22 ENSGT00950000183138.a.a.a #23 ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 ENSGT01100000263542.A #26 ENSGT00390000007888.c.a ##27 ENSGT00940000163750 #28 ENSGT00940000163271 #29 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00940000156541 #31 ENSGT00940000155697.A #36 ENSGT00390000003571 #35 ENSGT00940000162293 #34 ENSGT00940000156402.B #33 ENSGT00940000159338 ENSGT00940000160407 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.n #22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.n #22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.n #22 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 147 SPOPL (ENSCLAG00000001710) NXPH2 (ENSCLAG00000017455) LRP1B (ENSCLAG00000002036) KYNU (ENSCLAG00000005935) ARHGAP15 (ENSCLAG00000006756) GTDC1 (ENSCLAG00000007819) ZEB2 (ENSCLAG00000002230) ACVR2A (ENSCLAG00000002708) ORC4 (ENSCLAG00000002811) MBD5 (ENSCLAG00000001690) EPC2 (ENSCLAG00000001768) KIF5C (ENSCLAG00000001868) LYPD6B (ENSCLAG00000002017) LYPD6 (ENSCLAG00000001952) MMADHC (ENSCLAG00000002129) ENSCLAG00000002537 #22 ENSCLAG00000002555 RBM43 (ENSCLAG00000002635) NMI (ENSCLAG00000002759) TNFAIP6 (ENSCLAG00000002857) RIF1 (ENSCLAG00000001517) NEB (ENSCLAG00000002157) ENSCLAG00000005398 CACNB4 (ENSCLAG00000005759) STAM2 (ENSCLAG00000001380) FMNL2 (ENSCLAG00000001515) PRPF40A (ENSCLAG00000001774) GALNT13 (ENSCLAG00000004217) KCNJ3 (ENSCLAG00000004537) Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT01000000214434.D ENSGT00940000156210 ENSGT00940000160677 ENSGT01030000235089.b #12 ENSGT00940000161691 #11 ENSGT00940000154992.b #13 ENSGT00940000161553 #14 ENSGT00920000149157 #15 ENSGT00390000008686.c #16 ENSGT00390000005979.a #17 ENSGT00950000183072.a ENSGT00530000063779.B ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT01020000230359.B ##18 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.n #22 ENSGT00950000183138.a.a.a #23 ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 ENSGT01100000263542.A #26 ENSGT00390000007888.c.a ##27 ENSGT00940000163750 #28 ENSGT00940000163271 #29 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00940000156541 #31 ENSGT00940000155697.A #36 ENSGT00390000003571 #35 ENSGT00940000162293 #34 ENSGT00940000156402.B #33 ENSGT00940000159338 ENSGT00940000160407.s.b Marmotini ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT01030000234626.C.e.b ENSGT01000000214434.D ENSGT00940000156210 ENSGT00940000160677 ENSGT00940000161691 #11 ENSGT00940000154992.b #13 ENSGT00940000161553 #14 ENSGT00920000149157 #15 ENSGT00390000008686.c #16 ENSGT00390000005979.a #17 ENSGT00950000183072.a ENSGT00530000063779.B ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT01020000230359.B ##18 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.n #22 ENSGT00950000183138.a.a.a #23 ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 ENSGT01100000263542.A #26 ENSGT00390000007888.c.a ##27 ENSGT00940000163750 #28 ENSGT00940000163271 #29 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00940000156541 #31 ENSGT00940000155697.A #36 ENSGT00390000003571 #35 ENSGT00940000162293 #34 ENSGT00940000156402.B #33 ENSGT00940000159338 ENSGT00940000160407.s.b Alpin marmot MODERN SPECIES 24 ENSMMMG00000010769 XYLB (ENSMMMG00000010614) ACVR2B (ENSMMMG00000010587) ENSMMMG00000010573 SCN5A (ENSMMMG00000010442) #11 SCN10A (ENSMMMG00000010349) #13 SCN11A (ENSMMMG00000010245) #14 WDR48 (ENSMMMG00000010175) #15 ENSMMMG00000010145 TTC21A (ENSMMMG00000010082) #17 CSRNP1 (ENSMMMG00000010046) XIRP1 (ENSMMMG00000010043) CX3CR1 (ENSMMMG00000010040) #18 CCR8 (ENSMMMG00000010034) ##18 SLC25A38 (ENSMMMG00000009978) #20 ENSMMMG00000009931 #22 ENSMMMG00000009874 #23 ENSMMMG00000009844 #24 EIF1B (ENSMMMG00000009817) #25 ENTPD3 (ENSMMMG00000009806) #26 ENSMMMG00000009798 ##27 ZNF619 (ENSMMMG00000009793) #28 ENSMMMG00000009789 ZNF621 (ENSMMMG00000009736) #29 CTNNB1 (ENSMMMG00000009709) #30 ULK4 (ENSMMMG00000009644) #31 TRAK1 (ENSMMMG00000009424) #36 CCK (ENSMMMG00000009393) #35 LYZL4 (ENSMMMG00000009375) #34 VIPR1 (ENSMMMG00000009346) #33 SEC22C (ENSMMMG00000009311) Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT01030000234626.C.e.b ENSGT01000000214434.D ENSGT00940000156210 ENSGT00940000160677 ENSGT00940000161691 #11 ENSGT00940000154992.b #13 ENSGT00940000161553 #14 ENSGT00920000149157 #15 ENSGT00390000008686.c #16 ENSGT00390000005979.a #17 ENSGT00950000183072.a ENSGT00530000063779.B ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT01020000230359.B ##18 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.n #22 ENSGT00950000183138.a.a.a #23 ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 ENSGT01100000263542.A #26 ENSGT00390000007888.c.a ##27 ENSGT00940000163750 #28 ENSGT00940000163271 #29 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00940000156541 #31 Squirrel MODERN SPECIES 73 ENSSTOG00000006356 XYLB (ENSSTOG00000014855) ACVR2B (ENSSTOG00000014862) EXOG (ENSSTOG00000031572) SCN5A (ENSSTOG00000011601) #11 SCN10A (ENSSTOG00000021843) #13 SCN11A (ENSSTOG00000026394) #14 WDR48 (ENSSTOG00000011459) #15 GORASP1 (ENSSTOG00000022044) #16 TTC21A (ENSSTOG00000011477) #17 CSRNP1 (ENSSTOG00000026227) XIRP1 (ENSSTOG00000029242) CX3CR1 (ENSSTOG00000022978) #18 CCR8 (ENSSTOG00000014102) ##18 SLC25A38 (ENSSTOG00000020267) #20 ENSSTOG00000014070 #22 MOBP (ENSSTOG00000020929) #23 MYRIP (ENSSTOG00000012159) #24 EIF1B (ENSSTOG00000012168) #25 ENTPD3 (ENSSTOG00000009720) #26 RPL14 (ENSSTOG00000021460) ##27 ZNF619 (ENSSTOG00000029300) #28 CTNNB1 (ENSSTOG00000016129) #30 ULK4 (ENSSTOG00000012095) #31 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 251 ENSUPAG00010010383 ENSUPAG00010010402 XYLB (ENSUPAG00010010422) ACVR2B (ENSUPAG00010010442) EXOG (ENSUPAG00010010465) SCN5A (ENSUPAG00010010481) #11 SCN10A (ENSUPAG00010010549) #13 SCN11A (ENSUPAG00010010615) #14 WDR48 (ENSUPAG00010010707) #15 GORASP1 (ENSUPAG00010010776) #16 TTC21A (ENSUPAG00010010809) #17 CSRNP1 (ENSUPAG00010010921) CX3CR1 (ENSUPAG00010010933) #18 CCR8 (ENSUPAG00010010938) ##18 SLC25A38 (ENSUPAG00010010942) #20 ENSUPAG00010010947 #22 ENSUPAG00010010964 #23 MYRIP (ENSUPAG00010010972) #24 EIF1B (ENSUPAG00010010987) #25 ENTPD3 (ENSUPAG00010010992) #26 RPL14 (ENSUPAG00010011004) ##27 ZNF619 (ENSUPAG00010011027) #28 ZNF621 (ENSUPAG00010011035) #29 ENSUPAG00010011038 CTNNB1 (ENSUPAG00010011046) #30 ULK4 (ENSUPAG00010011069) #31 Eurasian red squirrel DUPLICATION Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 2 ENSSVLG00005018542 ENSSVLG00005018577 ENSSVLG00005018628 ENSSVLG00005018662 ENSSVLG00005018759 PATE1 (ENSSVLG00005018811) PATE2 (ENSSVLG00005018933) PATE3 (ENSSVLG00005019015) PUS3 (ENSSVLG00005019054) HYLS1 (ENSSVLG00005019099) DDX25 (ENSSVLG00005019148) ENSSVLG00005019300 ENSSVLG00005019361 VSIG10L2 (ENSSVLG00005019476) CDON (ENSSVLG00005019551) 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#11 ENSGT00940000154992.b #13 ENSGT00940000161553 #14 ENSGT00920000149157 #15 ENSGT00910000148110 ENSGT00390000008686.c #16 ENSGT00390000005979.a #17 ENSGT00950000183072.a ENSGT00530000063779.B ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT01020000230359.B ##18 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00950000183099.u.a.e ##22 ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.n #22 ENSGT00950000183138.a.a.a #23 ENSGT00910000147527 ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 ENSGT01090000263454 ENSGT01100000263542.A #26 ENSGT00390000007888.c.a.l ##27 ENSGT00940000163750 #28 ENSGT00940000163769 ENSGT00940000163271 #29 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00940000156541 #31 ENSGT00940000155697.A #36 ENSGT00390000003571 #35 ENSGT00940000162293 #34 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.n #22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.n #22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.n #22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.n #22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.n #22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.n #22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.n #22 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.n #22 Sooty mangabey MODERN SPECIES 215 RAB2B (ENSCATG00000044849) CHD8 (ENSCATG00000004861) SUPT16H (ENSCATG00000036660) RPGRIP1 (ENSCATG00000043832) ENSCATG00000030828 ENSCATG00000028025 TMEM253 (ENSCATG00000030179) ZNF219 (ENSCATG00000014440) ARHGEF40 (ENSCATG00000033702) TPPP2 (ENSCATG00000032548) NDRG2 (ENSCATG00000044168) SLC39A2 (ENSCATG00000036547) METTL17 (ENSCATG00000040494) RNASE3 (ENSCATG00000021993) ENSCATG00000035792 ENSCATG00000044410 #22 EDDM3B (ENSCATG00000022830) RNASE4 (ENSCATG00000022633) RNASE9 (ENSCATG00000039688) ENSCATG00000044417 PNP (ENSCATG00000032993) PIP4P1 (ENSCATG00000028882) APEX1 (ENSCATG00000015580) OSGEP 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ENSGT01100000263542.A #26 ENSGT00390000007888.c.a.l ##27 ENSGT00390000007888.d #27 ENSGT00940000163750 #28 ENSGT00940000163769 ENSGT00940000163271 #29 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00940000156541 #31 ENSGT00940000155697.A #36 ENSGT00390000003571 #35 ENSGT00940000162293 #34 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000156210 ENSGT00940000160677 ENSGT01030000235089 #12 ENSGT00940000161691 #11 ENSGT00940000154992.b #13 ENSGT00940000161553 #14 ENSGT00920000149157 #15 ENSGT00910000148110 ENSGT00390000008686.c #16 ENSGT00390000005979.a #17 ENSGT00950000183072.a ENSGT00530000063779.B ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT01020000230359.B ##18 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.n #22 ENSGT00950000183138.a.a.a #23 ENSGT00910000147527 ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 ENSGT01100000263542.A #26 ENSGT00390000007888.c.a.l ##27 ENSGT00390000007888.d #27 ENSGT00940000163750 #28 ENSGT00940000163769 ENSGT00940000163271 #29 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00940000156541 #31 ENSGT00940000155697.A #36 ENSGT00390000003571 #35 ENSGT00940000162293 #34 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000156210 ENSGT00940000160677 ENSGT00940000161691 #11 ENSGT00940000154992.b #13 ENSGT00940000161553 #14 ENSGT00920000149157 #15 ENSGT00910000148110 ENSGT00390000008686.c #16 ENSGT00390000005979.a #17 ENSGT00950000183072.a ENSGT00530000063779.B ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT00910000146711 #19 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.n #22 ENSGT00950000183138.a.a.a #23 ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 ENSGT01100000263542.A #26 ENSGT00390000007888.d #27 ENSGT00940000163750 #28 ENSGT00940000163769 ENSGT00940000163271 #29 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00940000156541 #31 ENSGT00940000155697.A #36 ENSGT00390000003571 #35 ENSGT00940000162293 #34 ENSGT00940000156402.B #33 ENSGT00940000159338 Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 1147 ENSPSMG00000022746 #22 ENSPSMG00000022736 #23 MYRIP (ENSPSMG00000022722) #24 EIF1B (ENSPSMG00000022669) #25 ENTPD3 (ENSPSMG00000022655) #26 RPL14 (ENSPSMG00000022611) ##27 ZNF620 (ENSPSMG00000022601) ZNF621 (ENSPSMG00000022598) #29 CTNNB1 (ENSPSMG00000022324) #30 ULK4 (ENSPSMG00000022017) #31 TRAK1 (ENSPSMG00000021676) #36 CCK (ENSPSMG00000021441) #35 LYZL4 (ENSPSMG00000021439) #34 VIPR1 (ENSPSMG00000021404) #33 SEC22C (ENSPSMG00000021333) Mouse lemur MODERN SPECIES EXOG (ENSMICG00000049024) ENSMICG00000048864 #12 SCN5A (ENSMICG00000049061) #11 SCN10A (ENSMICG00000048891) #13 SCN11A (ENSMICG00000049555) #14 ENSMICG00000048876 #15 ENSMICG00000048955 GORASP1 (ENSMICG00000049376) #16 TTC21A (ENSMICG00000049173) #17 CSRNP1 (ENSMICG00000048986) XIRP1 (ENSMICG00000049415) CX3CR1 (ENSMICG00000049523) #18 ENSMICG00000049285 CCR8 (ENSMICG00000049430) ##18 SLC25A38 (ENSMICG00000049549) #20 ENSMICG00000049135 #22 ENSMICG00000048889 ENSMICG00000049047 #23 ENSMICG00000049587 MYRIP (ENSMICG00000049537) #24 EIF1B (ENSMICG00000049308) #25 ENTPD3 (ENSMICG00000049281) #26 RPL14 (ENSMICG00000048910) ##27 ZNF619 (ENSMICG00000049056) #28 ZNF620 (ENSMICG00000049038) ZNF621 (ENSMICG00000049385) #29 CTNNB1 (ENSMICG00000049020) #30 ULK4 (ENSMICG00000049370) #31 TRAK1 (ENSMICG00000049328) #36 CCK (ENSMICG00000049534) #35 LYZL4 (ENSMICG00000049515) #34 Bushbaby DUPLICATION Bushbaby MODERN SPECIES 197 ENSOGAG00000003887 XYLB (ENSOGAG00000011874) ACVR2B (ENSOGAG00000032563) EXOG (ENSOGAG00000011881) SCN5A (ENSOGAG00000011885) #11 SCN10A (ENSOGAG00000014637) #13 SCN11A (ENSOGAG00000009240) #14 WDR48 (ENSOGAG00000004748) #15 GORASP1 (ENSOGAG00000004753) #16 TTC21A (ENSOGAG00000004755) #17 CSRNP1 (ENSOGAG00000004762) ENSOGAG00000033419 CX3CR1 (ENSOGAG00000004235) #18 CCR8 (ENSOGAG00000004237) ##18 SLC25A38 (ENSOGAG00000004238) #20 ENSOGAG00000028830 #22 ENSOGAG00000029435 MOBP (ENSOGAG00000004240) #23 ENSOGAG00000025359 MYRIP (ENSOGAG00000011346) #24 EIF1B (ENSOGAG00000025224) #25 ENTPD3 (ENSOGAG00000002266) #26 ZNF621 (ENSOGAG00000024167) #29 CTNNB1 (ENSOGAG00000016157) #30 ULK4 (ENSOGAG00000016170) #31 TRAK1 (ENSOGAG00000014035) #36 CCK (ENSOGAG00000015476) #35 LYZL4 (ENSOGAG00000032320) #34 VIPR1 (ENSOGAG00000003824) #33 SEC22C (ENSOGAG00000003826) SS18L2 (ENSOGAG00000003829) Bushbaby DUPLICATION Bushbaby DUPLICATION Bushbaby MODERN SPECIES 372 ENSOGAG00000028425 #22 PLA2G10 (ENSOGAG00000014638) BFAR (ENSOGAG00000014635) PARN (ENSOGAG00000014626) MRTFB (ENSOGAG00000014617) ERCC4 (ENSOGAG00000011235) ENSOGAG00000030314 Bushbaby MODERN SPECIES 120 DNAJC2 (ENSOGAG00000005159) PSMC2 (ENSOGAG00000005164) SLC26A5 (ENSOGAG00000008630) ENSOGAG00000010675 ENSOGAG00000029174 ORC5 (ENSOGAG00000008494) LHFPL3 (ENSOGAG00000024635) ENSOGAG00000028256 KMT2E (ENSOGAG00000002831) SRPK2 (ENSOGAG00000002836) PUS7 (ENSOGAG00000000450) RINT1 (ENSOGAG00000000453) EFCAB10 (ENSOGAG00000000454) ATXN7L1 (ENSOGAG00000000456) CDHR3 (ENSOGAG00000002589) ENSOGAG00000024806 #22 SYPL1 (ENSOGAG00000008079) NAMPT (ENSOGAG00000009361) CCDC71L (ENSOGAG00000025989) PIK3CG (ENSOGAG00000013097) PRKAR2B (ENSOGAG00000013100) HBP1 (ENSOGAG00000013102) ENSOGAG00000024472 COG5 (ENSOGAG00000013105) DUS4L (ENSOGAG00000013113) BCAP29 (ENSOGAG00000013116) ENSOGAG00000024960 SLC26A4 (ENSOGAG00000007081) CBLL1 (ENSOGAG00000007082) SLC26A3 (ENSOGAG00000007084) DLD (ENSOGAG00000003753) Bushbaby MODERN SPECIES 140 ENSOGAG00000011112 SPAG4 (ENSOGAG00000000805) ENSOGAG00000030487 ERGIC3 (ENSOGAG00000026774) ENSOGAG00000026840 ENSOGAG00000000342 CEP250 (ENSOGAG00000034414) ENSOGAG00000000333 GDF5 (ENSOGAG00000029192) UQCC1 (ENSOGAG00000001840) FAM83C (ENSOGAG00000001833) EIF6 (ENSOGAG00000001831) MMP24 (ENSOGAG00000008970) PROCR (ENSOGAG00000001829) EDEM2 (ENSOGAG00000001826) ENSOGAG00000026955 #22 ENSOGAG00000029126 TRPC4AP (ENSOGAG00000001822) MYH7B (ENSOGAG00000001809) GSS (ENSOGAG00000001806) ACSS2 (ENSOGAG00000001803) GGT7 (ENSOGAG00000012970) NCOA6 (ENSOGAG00000006333) TP53INP2 (ENSOGAG00000006332) PIGU (ENSOGAG00000003518) MAP1LC3A (ENSOGAG00000027682) ENSOGAG00000016802 ITCH (ENSOGAG00000016792) AHCY (ENSOGAG00000016787) ENSOGAG00000001417 RALY (ENSOGAG00000032337) Boreoeutheria DUPLICATION Boreoeutheria DUPLICATION Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.a.a ##22 Euarchontoglires DUPLICATION Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.a.a.a ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.a.a.a ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.a.a.a ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.a.a.a ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.a.a.a ##22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.a.a.a ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.a.a.a ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.a.a.a ##22 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.a.a.a ##22 Pan ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.a.a.a ##22 Bonobo MODERN SPECIES 11 BPIFA1 (ENSPPAG00000034693) BPIFB1 (ENSPPAG00000029535) CDK5RAP1 (ENSPPAG00000008989) SNTA1 (ENSPPAG00000029137) CBFA2T2 (ENSPPAG00000042396) NECAB3 (ENSPPAG00000039394) C20orf144 (ENSPPAG00000042847) ACTL10 (ENSPPAG00000026624) E2F1 (ENSPPAG00000025868) PXMP4 (ENSPPAG00000028570) ZNF341 (ENSPPAG00000037384) ENSPPAG00000037596 CHMP4B (ENSPPAG00000028496) RALY (ENSPPAG00000034951) ENSPPAG00000043449 ENSPPAG00000041611 ##22 ENSPPAG00000041601 ENSPPAG00000043799 ASIP (ENSPPAG00000031015) AHCY (ENSPPAG00000037325) ITCH (ENSPPAG00000043454) ENSPPAG00000035927 ENSPPAG00000027765 ENSPPAG00000030059 MAP1LC3A (ENSPPAG00000037098) PIGU (ENSPPAG00000037046) TP53INP2 (ENSPPAG00000000861) NCOA6 (ENSPPAG00000034298) GGT7 (ENSPPAG00000035145) ACSS2 (ENSPPAG00000043497) GSS (ENSPPAG00000029155) Tarsier MODERN SPECIES 5266 HUS1 (ENSTSYG00000003812) SUN3 (ENSTSYG00000011150) C7orf57 (ENSTSYG00000010332) ENSTSYG00000036281 ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.a.a.a ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.a.a.a ##22 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.a.a.a ##22 Rabbit MODERN SPECIES 9 LIPN (ENSOCUG00000012495) LIPM (ENSOCUG00000012505) ANKRD22 (ENSOCUG00000004617) STAMBPL1 (ENSOCUG00000008174) ACTA2 (ENSOCUG00000008193) ENSOCUG00000008202 CH25H (ENSOCUG00000000545) LIPA (ENSOCUG00000001553) IFIT2 (ENSOCUG00000024939) IFIT3 (ENSOCUG00000032132) ENSOCUG00000005445 SLC16A12 (ENSOCUG00000014498) PANK1 (ENSOCUG00000002780) ENSOCUG00000031325 KIF20B (ENSOCUG00000002468) ENSOCUG00000025563 ##22 ENSOCUG00000030702 HTR7 (ENSOCUG00000016103) RPP30 (ENSOCUG00000006896) ANKRD1 (ENSOCUG00000006901) PCGF5 (ENSOCUG00000012993) HECTD2 (ENSOCUG00000015035) PPP1R3C (ENSOCUG00000015051) TNKS2 (ENSOCUG00000012010) BTAF1 (ENSOCUG00000010433) CPEB3 (ENSOCUG00000010454) MARCHF5 (ENSOCUG00000005719) IDE (ENSOCUG00000002827) ENSOCUG00000037602 KIF11 (ENSOCUG00000016706) ENSOCUG00000016719 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b ##22 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b ##22 Rabbit MODERN SPECIES 19 ENSOCUG00000027871 ENSOCUG00000000313 ENSOCUG00000029599 ENSOCUG00000026970 CD69 (ENSOCUG00000009055) KLRG1 (ENSOCUG00000017827) M6PR (ENSOCUG00000017823) PHC1 (ENSOCUG00000003600) A2ML1 (ENSOCUG00000014012) RIMKLB (ENSOCUG00000013997) ENSOCUG00000035657 MFAP5 (ENSOCUG00000002407) AICDA (ENSOCUG00000023739) APOBEC1 (ENSOCUG00000025736) GDF3 (ENSOCUG00000013747) ENSOCUG00000022961 ##22 ENSOCUG00000013783 ENSOCUG00000008575 FOXJ2 (ENSOCUG00000004313) C3AR1 (ENSOCUG00000007438) NECAP1 (ENSOCUG00000004309) CLEC4A (ENSOCUG00000010935) CLEC4D (ENSOCUG00000012312) CLEC4E (ENSOCUG00000009195) ENSOCUG00000022788 #22 CD163 (ENSOCUG00000003958) ENSOCUG00000027440 ENSOCUG00000039239 PEX5 (ENSOCUG00000005856) CLSTN3 (ENSOCUG00000014499) RBP5 (ENSOCUG00000023679) Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.a.a ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.a.a ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.a.a ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.a.a ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.a.a ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.a.a ##22 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.a.a ##22 American mink MODERN SPECIES 22 TMTC3 (ENSNVIG00000000330) ENSNVIG00000000305 DUSP6 (ENSNVIG00000000281) POC1B (ENSNVIG00000000231) ATP2B1 (ENSNVIG00000000007) ENSNVIG00000023933 CCER1 (ENSNVIG00000023927) EPYC (ENSNVIG00000023926) KERA (ENSNVIG00000023924) LUM (ENSNVIG00000023923) DCN (ENSNVIG00000023917) BTG1 (ENSNVIG00000023913) EEA1 (ENSNVIG00000023904) ENSNVIG00000023902 ENSNVIG00000023900 ENSNVIG00000023897 ##22 ENSNVIG00000023894 SOCS2 (ENSNVIG00000023891) Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.a.b ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.a.b ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.a.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.a.b ##22 Tarsier DUPLICATION Tarsier MODERN SPECIES 4673 DHX15 (ENSTSYG00000011430) CCDC149 (ENSTSYG00000013722) LGI2 (ENSTSYG00000030089) SEPSECS (ENSTSYG00000005545) ENSTSYG00000011791 ##22 PI4K2B (ENSTSYG00000000482) ZCCHC4 (ENSTSYG00000000364) ANAPC4 (ENSTSYG00000001298) Tarsier MODERN SPECIES 3313 RFX4 (ENSTSYG00000008562) RIC8B (ENSTSYG00000008570) TMEM263 (ENSTSYG00000026451) CRY1 (ENSTSYG00000010048) ENSTSYG00000036747 ##22 Boreoeutheria DUPLICATION Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.b.a ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.b.a ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.b.a ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.b.a ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.b.a ##22 Mouse lemur DUPLICATION Mouse lemur MODERN SPECIES 4 KLF5 (ENSMICG00000014481) PIBF1 (ENSMICG00000011928) DIS3 (ENSMICG00000004703) BORA (ENSMICG00000008756) ENSMICG00000042445 ENSMICG00000037073 DACH1 (ENSMICG00000031012) ENSMICG00000046198 KLHL1 (ENSMICG00000005245) ENSMICG00000026328 PCDH9 (ENSMICG00000002338) ENSMICG00000045460 ENSMICG00000038136 PCDH20 (ENSMICG00000032560) TDRD3 (ENSMICG00000009982) ENSMICG00000043260 ##22 DIAPH3 (ENSMICG00000011388) PCDH17 (ENSMICG00000008032) ENSMICG00000028372 OLFM4 (ENSMICG00000001798) ENSMICG00000036582 PCDH8 (ENSMICG00000014653) CNMD (ENSMICG00000038059) SUGT1 (ENSMICG00000014614) ELF1 (ENSMICG00000035688) WBP4 (ENSMICG00000047481) KBTBD7 (ENSMICG00000014566) MTRF1 (ENSMICG00000033131) NAA16 (ENSMICG00000017489) RGCC (ENSMICG00000027653) VWA8 (ENSMICG00000017491) Mouse lemur MODERN SPECIES 169 CDK16 (ENSMICG00000016965) USP11 (ENSMICG00000016972) ZNF157 (ENSMICG00000017445) ENSMICG00000017670 ZNF41 (ENSMICG00000008558) ARAF (ENSMICG00000016177) SYN1 (ENSMICG00000016204) TIMP1 (ENSMICG00000029917) CFP (ENSMICG00000047059) ELK1 (ENSMICG00000016244) UXT (ENSMICG00000016263) ENSMICG00000001433 ZNF81 (ENSMICG00000037260) ENSMICG00000032436 ZNF182 (ENSMICG00000037147) ENSMICG00000042910 ##22 ENSMICG00000044570 ENSMICG00000034553 ENSMICG00000045282 SLC38A5 (ENSMICG00000013083) PORCN (ENSMICG00000013105) EBP (ENSMICG00000037008) TBC1D25 (ENSMICG00000013126) ENSMICG00000030860 ENSMICG00000047440 WDR13 (ENSMICG00000012548) WAS (ENSMICG00000035528) SUV39H1 (ENSMICG00000014379) BPIFA3 (ENSMICG00000045437) GLOD5 (ENSMICG00000029182) ENSMICG00000046068 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.b.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.b.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.b.b ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.b.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.b.b ##22 Camelidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.b.b ##22 Alpaca MODERN SPECIES 4271 ENSVPAG00000011530 ##22 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.b.b ##22 Pig MODERN SPECIES 17 ACAT1 (ENSSSCG00000026153) CUL5 (ENSSSCG00000029198) ENSSSCG00000035345 RAB39A (ENSSSCG00000031723) SLC35F2 (ENSSSCG00000015001) ENSSSCG00000058217 SLN (ENSSSCG00000029651) ELMOD1 (ENSSSCG00000015002) ALKBH8 (ENSSSCG00000024628) ENSSSCG00000056752 CWF19L2 (ENSSSCG00000028201) KBTBD3 (ENSSSCG00000014999) AASDHPPT (ENSSSCG00000014998) MSANTD4 (ENSSSCG00000026833) GRIA4 (ENSSSCG00000030565) ENSSSCG00000037097 ##22 CASP1 (ENSSSCG00000028711) ENSSSCG00000014997 ENSSSCG00000014996 ENSSSCG00000032358 DDI1 (ENSSSCG00000014995) PDGFD (ENSSSCG00000014994) DYNC2H1 (ENSSSCG00000033937) DCUN1D5 (ENSSSCG00000014989) ENSSSCG00000035427 MMP13 (ENSSSCG00000014988) MMP12 (ENSSSCG00000014987) MMP3 (ENSSSCG00000059078) MMP1 (ENSSSCG00000014985) MMP8 (ENSSSCG00000029675) MMP27 (ENSSSCG00000014984) Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.b.b ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.b.b ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.b.b ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.b.b ##22 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.b.b ##22 Ferret MODERN SPECIES 370 PALMD (ENSMPUG00000012296) FRRS1 (ENSMPUG00000012289) AGL (ENSMPUG00000012276) SLC35A3 (ENSMPUG00000012271) MFSD14A (ENSMPUG00000012186) SASS6 (ENSMPUG00000012172) ENSMPUG00000012169 LRRC39 (ENSMPUG00000012163) DBT (ENSMPUG00000012125) RTCA (ENSMPUG00000012119) CDC14A (ENSMPUG00000012099) ENSMPUG00000012086 ##22 VCAM1 (ENSMPUG00000012080) EXTL2 (ENSMPUG00000012075) SLC30A7 (ENSMPUG00000012069) DPH5 (ENSMPUG00000012063) S1PR1 (ENSMPUG00000018549) OLFM3 (ENSMPUG00000012056) ENSMPUG00000018544 COL11A1 (ENSMPUG00000012034) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.b.b ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.b.b ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.b.b ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.a.b.b ##22 Mouse lemur MODERN SPECIES 22 DLGAP5 (ENSMICG00000016289) ENSMICG00000042184 ENSMICG00000041981 ATG14 (ENSMICG00000000939) TBPL2 (ENSMICG00000000943) KTN1 (ENSMICG00000032329) EAPP (ENSMICG00000044807) SPTSSA (ENSMICG00000046623) ENSMICG00000032213 ENSMICG00000047011 EGLN3 (ENSMICG00000000618) NPAS3 (ENSMICG00000031841) AKAP6 (ENSMICG00000027865) ARHGAP5 (ENSMICG00000007275) NUBPL (ENSMICG00000034340) ENSMICG00000027167 ##22 DTD2 (ENSMICG00000030584) HEATR5A (ENSMICG00000007619) HECTD1 (ENSMICG00000034057) AP4S1 (ENSMICG00000003359) STRN3 (ENSMICG00000026845) COCH (ENSMICG00000003344) SCFD1 (ENSMICG00000004149) G2E3 (ENSMICG00000014597) PRKD1 (ENSMICG00000001016) NOVA1 (ENSMICG00000034677) STXBP6 (ENSMICG00000035834) ENSMICG00000017194 ENSMICG00000027192 ENSMICG00000010090 DHRS2 (ENSMICG00000044785) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b #22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b #22 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b #22 Hyrax MODERN SPECIES 5152 ENSPCAG00000011437 #22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b #22 Sloth MODERN SPECIES 9077 ENSCHOG00000001021 #22 Armadillo MODERN SPECIES 1451 ZCCHC7 (ENSDNOG00000004148) GRHPR (ENSDNOG00000037952) ZBTB5 (ENSDNOG00000010253) POLR1E (ENSDNOG00000010257) FBXO10 (ENSDNOG00000010283) ENSDNOG00000035680 FRMPD1 (ENSDNOG00000042812) TRMT10B (ENSDNOG00000024558) EXOSC3 (ENSDNOG00000049791) ENSDNOG00000004272 DCAF10 (ENSDNOG00000042170) ENSDNOG00000017360 ENSDNOG00000035979 IGFBPL1 (ENSDNOG00000047361) ALDH1B1 (ENSDNOG00000014481) ENSDNOG00000044795 #22 SHB (ENSDNOG00000033867) Eutheria DUPLICATION Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.a.a ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.a.a ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.a.a ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.a.a ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.a.a ##22 Bushbaby DUPLICATION Bushbaby DUPLICATION Bushbaby MODERN SPECIES 120 DDX4 (ENSOGAG00000007588) SLC38A9 (ENSOGAG00000007583) ENSOGAG00000030919 PLPP1 (ENSOGAG00000002887) MTREX (ENSOGAG00000002886) DHX29 (ENSOGAG00000002880) CCNO (ENSOGAG00000007131) MCIDAS (ENSOGAG00000034851) GPX8 (ENSOGAG00000007129) CDC20B (ENSOGAG00000007120) GZMA (ENSOGAG00000007119) GZMK (ENSOGAG00000007116) ESM1 (ENSOGAG00000026369) ENSOGAG00000026791 ENSOGAG00000031260 ENSOGAG00000028955 ##22 SNX18 (ENSOGAG00000028588) HSPB3 (ENSOGAG00000000802) ENSOGAG00000033282 ARL15 (ENSOGAG00000016980) FST (ENSOGAG00000002121) MOCS2 (ENSOGAG00000011108) ITGA2 (ENSOGAG00000006905) ITGA1 (ENSOGAG00000017181) PELO (ENSOGAG00000027940) ISL1 (ENSOGAG00000034378) ENSOGAG00000011763 ENSOGAG00000029580 PARP8 (ENSOGAG00000005203) EMB (ENSOGAG00000005369) ENSOGAG00000029863 Bushbaby MODERN SPECIES 130 ENSOGAG00000024973 LRRN1 (ENSOGAG00000027599) ENSOGAG00000030861 ENSOGAG00000033945 CRBN (ENSOGAG00000007077) IL5RA (ENSOGAG00000007069) CNTN4 (ENSOGAG00000007059) CNTN6 (ENSOGAG00000002731) CHL1 (ENSOGAG00000012057) CNTN3 (ENSOGAG00000017171) PDZRN3 (ENSOGAG00000031641) PPP4R2 (ENSOGAG00000011001) GXYLT2 (ENSOGAG00000006647) SHQ1 (ENSOGAG00000003898) ENSOGAG00000030955 ENSOGAG00000033425 ##22 PROK2 (ENSOGAG00000014593) GPR27 (ENSOGAG00000032511) EIF4E3 (ENSOGAG00000014590) ENSOGAG00000027936 FOXP1 (ENSOGAG00000008367) MDFIC2 (ENSOGAG00000030030) MITF (ENSOGAG00000000043) FRMD4B (ENSOGAG00000002705) LMOD3 (ENSOGAG00000002704) ARL6IP5 (ENSOGAG00000007773) UBA3 (ENSOGAG00000007771) TMF1 (ENSOGAG00000007764) EOGT (ENSOGAG00000012093) TAFA4 (ENSOGAG00000012090) ENSOGAG00000028255 Bushbaby MODERN SPECIES 116 ENSOGAG00000003220 TUB (ENSOGAG00000013158) RIC3 (ENSOGAG00000013162) LMO1 (ENSOGAG00000013163) STK33 (ENSOGAG00000013164) TRIM66 (ENSOGAG00000011436) DENND2B (ENSOGAG00000012354) AKIP1 (ENSOGAG00000014006) C11orf16 (ENSOGAG00000014010) ASCL3 (ENSOGAG00000014012) TMEM9B (ENSOGAG00000014013) NRIP3 (ENSOGAG00000014016) SCUBE2 (ENSOGAG00000014018) DENND5A (ENSOGAG00000003407) TMEM41B (ENSOGAG00000003415) ENSOGAG00000026487 ##22 IPO7 (ENSOGAG00000011507) ZNF143 (ENSOGAG00000011518) WEE1 (ENSOGAG00000011523) SWAP70 (ENSOGAG00000010842) SBF2 (ENSOGAG00000010845) ADM (ENSOGAG00000016830) AMPD3 (ENSOGAG00000001761) RNF141 (ENSOGAG00000001765) LYVE1 (ENSOGAG00000001766) IRAG1 (ENSOGAG00000001768) CTR9 (ENSOGAG00000013884) ENSOGAG00000027912 GALNT18 (ENSOGAG00000013801) USP47 (ENSOGAG00000005261) DKK3 (ENSOGAG00000005265) Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.a.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.a.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.a.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.a.b ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.a.b ##22 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.a.b ##22 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.a.b ##22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.a.b ##22 Microbat MODERN SPECIES 1000 ENSMLUG00000024011 ENSMLUG00000008375 TM2D1 (ENSMLUG00000028750) PATJ (ENSMLUG00000006861) KANK4 (ENSMLUG00000006932) USP1 (ENSMLUG00000012439) DOCK7 (ENSMLUG00000012444) ANGPTL3 (ENSMLUG00000015497) ATG4C (ENSMLUG00000029040) ENSMLUG00000028331 ##22 FOXD3 (ENSMLUG00000006018) ALG6 (ENSMLUG00000004045) ITGB3BP (ENSMLUG00000004057) EFCAB7 (ENSMLUG00000011542) ENSMLUG00000023512 PGM1 (ENSMLUG00000012744) ROR1 (ENSMLUG00000010560) ENSMLUG00000010579 CACHD1 (ENSMLUG00000007663) ENSMLUG00000028943 RAVER2 (ENSMLUG00000007699) JAK1 (ENSMLUG00000007723) ENSMLUG00000009622 DNAJC6 (ENSMLUG00000009642) LEPROT (ENSMLUG00000028850) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.a.b ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.a.b ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.a.b ##22 Bushbaby MODERN SPECIES 131 PRDX6 (ENSOGAG00000006282) SLC9C2 (ENSOGAG00000006284) ANKRD45 (ENSOGAG00000006288) KLHL20 (ENSOGAG00000004033) CENPL (ENSOGAG00000004038) DARS2 (ENSOGAG00000004039) ZBTB37 (ENSOGAG00000027115) SERPINC1 (ENSOGAG00000005083) RC3H1 (ENSOGAG00000004044) ENSOGAG00000005371 ENSOGAG00000034865 ENSOGAG00000005375 MRPS14 (ENSOGAG00000007741) TNN (ENSOGAG00000014283) TNR (ENSOGAG00000014296) ENSOGAG00000033363 ##22 COP1 (ENSOGAG00000015465) ENSOGAG00000025909 PAPPA2 (ENSOGAG00000008537) ASTN1 (ENSOGAG00000010659) BRINP2 (ENSOGAG00000003550) ENSOGAG00000030409 SEC16B (ENSOGAG00000012395) ENSOGAG00000029135 RASAL2 (ENSOGAG00000012400) TEX35 (ENSOGAG00000001062) ANGPTL1 (ENSOGAG00000014804) RALGPS2 (ENSOGAG00000014797) FAM20B (ENSOGAG00000012751) TOR3A (ENSOGAG00000012754) ABL2 (ENSOGAG00000012757) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.a.b ##22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.a.b ##22 Tenrec MODERN SPECIES 13870 ENSETEG00000006564 ##22 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00550000075032 ENSGT00390000004541 ENSGT00940000163856 ENSGT00730000111097.g.b ENSGT00940000157957 ENSGT00390000013973.A.a.d.d ENSGT00390000013973.A.a.d.c ENSGT00390000009163 ENSGT00940000153814.a ENSGT00950000182942.a.a ENSGT01020000230359.C.b ##18 ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT01020000230359.B ##18 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00940000164532 #21 ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a #22 ENSGT01050000244942.b.a.b ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 ENSGT00390000003571 #35 ENSGT00940000155697.A #36 ENSGT00940000156541 #31 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00390000001296 ENSGT00940000156463 ENSGT00390000012690 #10 ENSGT00940000155721 #9 ENSGT00950000183130.C #8 ENSGT00950000183186.B.b #7 ENSGT00390000010209 ENSGT00390000009719 Opossum MODERN SPECIES 7 SUSD5 (ENSMODG00000025477) CRTAP (ENSMODG00000010792) ENSMODG00000039172 GLB1 (ENSMODG00000010812) CCR4 (ENSMODG00000010830) ##18 CX3CR1 (ENSMODG00000010797) #18 ENSMODG00000037704 ENSMODG00000010836 ##18 ENSMODG00000010840 ##18 ENSMODG00000010847 ENSMODG00000049076 ENSMODG00000037587 ENSMODG00000010857 SLC25A38 (ENSMODG00000046685) #20 ENSMODG00000010882 #21 ENSMODG00000010967 #22 TMC2 (ENSMODG00000010987) ENSMODG00000044548 ENSMODG00000024045 ENSMODG00000024043 ENSMODG00000048255 MYRIP (ENSMODG00000011047) #24 ENSMODG00000043014 EIF1B (ENSMODG00000002449) #25 CCK (ENSMODG00000011062) #35 TRAK1 (ENSMODG00000011111) #36 ULK4 (ENSMODG00000011134) #31 CTNNB1 (ENSMODG00000011192) #30 KIAA1143 (ENSMODG00000011201) KIF15 (ENSMODG00000011228) ENSMODG00000029706 #10 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00550000075032 ENSGT00390000004541 ENSGT00940000163856 ENSGT00730000111097.g.b ENSGT00940000157957 ENSGT00390000013973.A.a.d.d ENSGT00390000013973.A.a.d.c ENSGT00390000009163 ENSGT00940000153814.a ENSGT00950000182942.a.a ENSGT01020000230359.C.b ##18 ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT01020000230359.B ##18 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00940000164532 #21 ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a #22 ENSGT01050000244942.b.a.b ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 ENSGT00390000003571 #35 ENSGT00940000155697.A #36 ENSGT00940000156541 #31 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00390000001296 ENSGT00940000156463 ENSGT00390000012690 #10 ENSGT00940000155721 #9 ENSGT00950000183130.C #8 ENSGT00950000183186.B.b #7 ENSGT00390000010209 ENSGT00390000009719 Tasmanian devil MODERN SPECIES 4 GATAD1 (ENSSHAG00000025051) PEX1 (ENSSHAG00000018923) RBM48 (ENSSHAG00000018931) ENSSHAG00000024561 CDK6 (ENSSHAG00000003381) ENSSHAG00000009644 ENSSHAG00000009876 ENSSHAG00000023203 CRTAP (ENSSHAG00000021795) GLB1 (ENSSHAG00000022301) ENSSHAG00000001777 ##18 ENSSHAG00000028196 #18 ENSSHAG00000023944 ##18 ENSSHAG00000027456 #20 ENSSHAG00000006567 #21 ENSSHAG00000006896 #22 ENSSHAG00000007320 ENSSHAG00000023622 ENSSHAG00000012895 #23 ENSSHAG00000013510 #25 ENSSHAG00000014658 #35 TRAK1 (ENSSHAG00000014783) #36 ULK4 (ENSSHAG00000001220) #31 ENSSHAG00000008460 #30 ENSSHAG00000022754 ENSSHAG00000031700 #10 KIF15 (ENSSHAG00000032000) ZDHHC3 (ENSSHAG00000026264) #9 EXOSC7 (ENSSHAG00000003370) #8 CLEC3B (ENSSHAG00000004709) #7 CDCP1 (ENSSHAG00000005403) Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00550000075032 ENSGT00390000004541 ENSGT00940000163856 ENSGT00730000111097.g.b ENSGT00940000157957 ENSGT00390000013973.A.a.d.d ENSGT00390000013973.A.a.d.c ENSGT00390000009163 ENSGT00940000153814.a ENSGT00950000182942.a.a ENSGT01020000230359.C.b ##18 ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT01020000230359.B ##18 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00940000164532 #21 ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a #22 ENSGT01050000244942.b.a.b ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 ENSGT00390000003571 #35 ENSGT00940000155697.A #36 ENSGT00940000156541 #31 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00390000001296 ENSGT00940000156463 ENSGT00390000012690 #10 ENSGT00940000155721 #9 ENSGT00950000183130.C #8 ENSGT00950000183186.B.b #7 ENSGT00390000010209 ENSGT00390000009719 Wallaby MODERN SPECIES 5210 ENSMEUG00000008169 #22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00390000004541 ENSGT00940000163856 ENSGT00730000111097.g.b ENSGT00940000157957 ENSGT00390000013973.A.a.d.d ENSGT00390000013973.A.a.d.c ENSGT00390000009163 ENSGT00940000153814.a ENSGT00950000182942.a.a ENSGT01020000230359.C.b ##18 ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT01020000230359.B ##18 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00940000164532.d #21 ENSGT00940000164532.c #21 ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a #22 ENSGT01050000244942.b.a.b ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 ENSGT00390000003571 #35 ENSGT00940000155697.A #36 ENSGT00940000156541 #31 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00390000001296 ENSGT00940000156463 ENSGT00390000012690 #10 ENSGT00940000155721 #9 ENSGT00950000183130.C #8 ENSGT00950000183186.B.b #7 ENSGT00390000010209 ENSGT00390000009719 koala DUPLICATION koala MODERN SPECIES 27 ENSPCIG00000004656 ENSPCIG00000026738 TAAR5 (ENSPCIG00000026740) ENSPCIG00000036119 ENSPCIG00000026745 ENSPCIG00000031817 ENSPCIG00000032195 ENSPCIG00000030801 ENSPCIG00000034198 ENSPCIG00000034672 TAAR9 (ENSPCIG00000033886) ENSPCIG00000031635 STX7 (ENSPCIG00000029100) ENSPCIG00000034276 MOXD1 (ENSPCIG00000029101) ENSPCIG00000014914 #22 CCN2 (ENSPCIG00000009440) ENPP1 (ENSPCIG00000010328) ENSPCIG00000035631 ENPP3 (ENSPCIG00000008801) MED23 (ENSPCIG00000016019) ARG1 (ENSPCIG00000016352) ENSPCIG00000020677 EPB41L2 (ENSPCIG00000020678) SAMD3 (ENSPCIG00000010285) L3MBTL3 (ENSPCIG00000031927) ARHGAP18 (ENSPCIG00000005065) LAMA2 (ENSPCIG00000013422) PTPRK (ENSPCIG00000019692) THEMIS (ENSPCIG00000024955) ENSPCIG00000033967 koala MODERN SPECIES 28 ENSPCIG00000034934 ENSPCIG00000026017 CDK6 (ENSPCIG00000030740) ENSPCIG00000002108 ENSPCIG00000002097 SUSD5 (ENSPCIG00000003505) CRTAP (ENSPCIG00000010418) GLB1 (ENSPCIG00000010406) CCR4 (ENSPCIG00000010402) ##18 CX3CR1 (ENSPCIG00000010400) #18 CCR8 (ENSPCIG00000036945) ##18 ENSPCIG00000032234 SLC25A38 (ENSPCIG00000007860) #20 ENSPCIG00000036695 #21 ENSPCIG00000012582 #21 ENSPCIG00000012575 #22 TMC2 (ENSPCIG00000012572) ENSPCIG00000014355 ENSPCIG00000034043 ENSPCIG00000003822 ENSPCIG00000005018 ENSPCIG00000005026 ENSPCIG00000004556 ENSPCIG00000037453 #24 ENSPCIG00000036948 #23 EIF1B (ENSPCIG00000016375) #25 CCK (ENSPCIG00000022691) #35 TRAK1 (ENSPCIG00000016370) #36 ULK4 (ENSPCIG00000014784) #31 CTNNB1 (ENSPCIG00000014703) #30 ENSPCIG00000035837 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b ##22 Eutheria DUPLICATION Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Elephant MODERN SPECIES 472 ENSLAFG00000007786 ENSLAFG00000022756 UHRF2 (ENSLAFG00000000669) GLDC (ENSLAFG00000000430) KDM4C (ENSLAFG00000013829) DMAC1 (ENSLAFG00000012977) PTPRD (ENSLAFG00000017308) ENSLAFG00000027855 TYRP1 (ENSLAFG00000001901) LURAP1L (ENSLAFG00000001902) MPDZ (ENSLAFG00000018210) NFIB (ENSLAFG00000000868) ZDHHC21 (ENSLAFG00000008950) CER1 (ENSLAFG00000014736) FREM1 (ENSLAFG00000008954) ENSLAFG00000028826 ##22 TTC39B (ENSLAFG00000013786) SNAPC3 (ENSLAFG00000013869) PSIP1 (ENSLAFG00000013878) CCDC171 (ENSLAFG00000013490) BNC2 (ENSLAFG00000000476) ENSLAFG00000021349 ENSLAFG00000027513 CNTLN (ENSLAFG00000007075) SH3GL2 (ENSLAFG00000005475) ADAMTSL1 (ENSLAFG00000011076) SAXO1 (ENSLAFG00000011081) RRAGA (ENSLAFG00000011082) HAUS6 (ENSLAFG00000011084) PLIN2 (ENSLAFG00000011091) DENND4C (ENSLAFG00000010751) Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Hedgehog MODERN SPECIES 9988 ENSEEUG00000010552 ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Pig MODERN SPECIES 14 ENSSSCG00000053348 MAPRE2 (ENSSSCG00000003738) ZNF397 (ENSSSCG00000039052) ZSCAN30 (ENSSSCG00000003740) ENSSSCG00000003741 ZNF24 (ENSSSCG00000023276) ZNF396 (ENSSSCG00000030018) INO80C (ENSSSCG00000038859) GALNT1 (ENSSSCG00000003743) C18orf21 (ENSSSCG00000030002) RPRD1A (ENSSSCG00000027700) SLC39A6 (ENSSSCG00000027455) ELP2 (ENSSSCG00000020898) MOCOS (ENSSSCG00000003744) FHOD3 (ENSSSCG00000027935) ENSSSCG00000003746 ##22 TPGS2 (ENSSSCG00000026953) KIAA1328 (ENSSSCG00000003747) ENSSSCG00000047288 ENSSSCG00000045019 CELF4 (ENSSSCG00000003748) PIK3C3 (ENSSSCG00000003749) ENSSSCG00000037233 SYT4 (ENSSSCG00000037079) KCNG2 (ENSSSCG00000005780) SLC66A2 (ENSSSCG00000023171) HSBP1L1 (ENSSSCG00000005778) TXNL4A (ENSSSCG00000005777) ENSSSCG00000038475 ADNP2 (ENSSSCG00000038632) PARD6G (ENSSSCG00000023376) Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Camelidae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000156210 ENSGT00940000160677 ENSGT00940000161691 #11 ENSGT01030000235089 #12 ENSGT00940000154992.b #13 ENSGT00940000161553 #14 ENSGT00920000149157 #15 ENSGT00390000008686.c #16 ENSGT00390000005979.a #17 ENSGT00950000183072.a ENSGT00530000063779.B ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT00910000146711 #19 ENSGT01020000230359.B ##18 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 ENSGT00940000164532 #21 ENSGT00950000183138.a.a.a #23 ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 ENSGT01100000263542.A #26 ENSGT00390000007888.d #27 ENSGT00940000163750 #28 ENSGT00940000163769 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00940000156541 #31 ENSGT00940000155697.A #36 ENSGT00390000003571 #35 ENSGT00940000162293 #34 ENSGT00940000156402.B #33 ENSGT00940000159338 Alpaca MODERN SPECIES 2272 CCR8 (ENSVPAG00000012303) ##18 SLC25A38 (ENSVPAG00000012305) #20 ENSVPAG00000012307 ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Cat MODERN SPECIES 249 NECAB1 (ENSFCAG00000003667) TMEM64 (ENSFCAG00000025477) CALB1 (ENSFCAG00000005505) DECR1 (ENSFCAG00000005501) NBN (ENSFCAG00000030357) OSGIN2 (ENSFCAG00000023415) RIPK2 (ENSFCAG00000018768) MMP16 (ENSFCAG00000027771) CNBD1 (ENSFCAG00000026138) CNGB3 (ENSFCAG00000013632) ENSFCAG00000052793 CPNE3 (ENSFCAG00000027515) ENSFCAG00000049116 RMDN1 (ENSFCAG00000011637) WWP1 (ENSFCAG00000025184) ENSFCAG00000018604 ##22 ATP6V0D2 (ENSFCAG00000007936) PSKH2 (ENSFCAG00000024665) CA2 (ENSFCAG00000005137) CA3 (ENSFCAG00000031511) CA1 (ENSFCAG00000022214) RBIS (ENSFCAG00000026366) CA13 (ENSFCAG00000008686) LRRCC1 (ENSFCAG00000018992) ENSFCAG00000026605 RALYL (ENSFCAG00000030707) SNX16 (ENSFCAG00000010012) CHMP4C (ENSFCAG00000027266) ZFAND1 (ENSFCAG00000023384) IMPA1 (ENSFCAG00000031340) FABP12 (ENSFCAG00000033501) Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Ferret DUPLICATION Ferret MODERN SPECIES 195 ASXL3 (ENSMPUG00000001206) NOL4 (ENSMPUG00000001205) DTNA (ENSMPUG00000001203) MAPRE2 (ENSMPUG00000001185) ZNF397 (ENSMPUG00000001181) ZSCAN30 (ENSMPUG00000001177) ENSMPUG00000001175 ENSMPUG00000001159 ##22 ZNF24 (ENSMPUG00000001157) ZNF396 (ENSMPUG00000001156) ENSMPUG00000001155 INO80C (ENSMPUG00000001144) GALNT1 (ENSMPUG00000001141) C18orf21 (ENSMPUG00000001139) RPRD1A (ENSMPUG00000001133) SLC39A6 (ENSMPUG00000001131) ELP2 (ENSMPUG00000001125) ENSMPUG00000001121 ENSMPUG00000001116 FHOD3 (ENSMPUG00000001110) TPGS2 (ENSMPUG00000001097) KIAA1328 (ENSMPUG00000001094) CELF4 (ENSMPUG00000001027) Ferret MODERN SPECIES 378 ENSMPUG00000012027 ENSMPUG00000012036 ENSMPUG00000012041 GPM6A (ENSMPUG00000012044) WDR17 (ENSMPUG00000012048) SPATA4 (ENSMPUG00000012057) ASB5 (ENSMPUG00000012088) VEGFC (ENSMPUG00000012093) ENSMPUG00000012133 ##22 NEIL3 (ENSMPUG00000012143) AGA (ENSMPUG00000012147) Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000160169 ENSGT00920000149143 ENSGT00940000161505 ENSGT00940000158191 ENSGT00950000183192.a.a.b ENSGT00950000183195.b.a ENSGT00390000011890 ENSGT00940000159456 ENSGT00390000010899.a.a ENSGT00940000157229 ENSGT00390000007015 ENSGT00390000010770 ENSGT00940000156087 ENSGT00940000161537 ENSGT00390000016577 ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 ENSGT00390000007937 ENSGT00530000063737 ENSGT00530000064011 ENSGT00950000183128.C ENSGT00940000157848.f ENSGT00940000160477 ENSGT00390000011163.b ENSGT00940000158908 ENSGT00940000156521.b ENSGT00390000012412 ENSGT00940000154813 ENSGT00940000157501 ENSGT00940000159887 ENSGT00390000019941 ENSGT00940000154746.e.b Dog MODERN SPECIES 36 ZFYVE26 (ENSCAFG00845003602) RDH12 (ENSCAFG00845003571) RDH11 (ENSCAFG00845003551) VTI1B (ENSCAFG00845003511) ARG2 (ENSCAFG00845003478) PIGH (ENSCAFG00845003443) PLEKHH1 (ENSCAFG00845003414) TMEM229B (ENSCAFG00845003381) PLEK2 (ENSCAFG00845003328) EIF2S1 (ENSCAFG00845003308) ATP6V1D (ENSCAFG00845003279) PALS1 (ENSCAFG00845003252) GARIN2 (ENSCAFG00845003237) ENSCAFG00845003227 ENSCAFG00845003219 ENSCAFG00845003201 ##22 GPHN (ENSCAFG00845003022) CCDC196 (ENSCAFG00845002927) ENSCAFG00845002877 ENSCAFG00845002859 ENSCAFG00845002840 ENSCAFG00845002829 FUT8 (ENSCAFG00845002810) MAX (ENSCAFG00845002666) FNTB (ENSCAFG00845002568) ENSCAFG00845002535 GPX2 (ENSCAFG00845002511) ENSCAFG00845002489 SPTB (ENSCAFG00845002451) PLEKHG3 (ENSCAFG00845002267) PPP1R36 (ENSCAFG00845002212) Dingo MODERN SPECIES 161 RDH11 (ENSCAFG00020006316) VTI1B (ENSCAFG00020006324) ARG2 (ENSCAFG00020006329) PIGH (ENSCAFG00020006335) PLEKHH1 (ENSCAFG00020006366) TMEM229B (ENSCAFG00020006534) PLEK2 (ENSCAFG00020006535) EIF2S1 (ENSCAFG00020006539) ATP6V1D (ENSCAFG00020006543) PALS1 (ENSCAFG00020006548) GARIN2 (ENSCAFG00020006693) GPHN (ENSCAFG00020006734) ENSCAFG00020006739 ENSCAFG00020006742 ENSCAFG00020006743 ENSCAFG00020006753 ##22 CCDC196 (ENSCAFG00020006761) FUT8 (ENSCAFG00020006786) ENSCAFG00020006817 ENSCAFG00020006820 ENSCAFG00020006824 MAX (ENSCAFG00020006853) FNTB (ENSCAFG00020006858) RAB15 (ENSCAFG00020006867) GPX2 (ENSCAFG00020006873) ENSCAFG00020006879 SPTB (ENSCAFG00020006916) PLEKHG3 (ENSCAFG00020007103) PPP1R36 (ENSCAFG00020007140) HSPA2 (ENSCAFG00020007157) ZBTB1 (ENSCAFG00020007170) Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Equus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Donkey MODERN SPECIES 11 TBCE (ENSEASG00005001261) B3GALNT2 (ENSEASG00005001274) GNG4 (ENSEASG00005031442) ENSEASG00005004854 LYST (ENSEASG00005001718) NID1 (ENSEASG00005003319) GPR137B (ENSEASG00005003328) ERO1B (ENSEASG00005003339) EDARADD (ENSEASG00005035726) LGALS8 (ENSEASG00005003376) HEATR1 (ENSEASG00005003385) ACTN2 (ENSEASG00005003395) MTR (ENSEASG00005003419) RYR2 (ENSEASG00005004008) ENSEASG00005006867 ENSEASG00005038575 ##22 ENSEASG00005029888 ENSEASG00005006874 ENSEASG00005024885 ENSEASG00005006878 ENSEASG00005035011 ENSEASG00005006886 ENSEASG00005006887 ENSEASG00005027928 ENSEASG00005034379 ENSEASG00005006894 RET (ENSEASG00005006900) CSGALNACT2 (ENSEASG00005006901) RASGEF1A (ENSEASG00005006902) ENSEASG00005026024 FXYD4 (ENSEASG00005028773) Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Microbat DUPLICATION Microbat MODERN SPECIES 937 ENSMLUG00000029686 ISOC1 (ENSMLUG00000023846) SLC27A6 (ENSMLUG00000011142) FBN2 (ENSMLUG00000008374) SLC12A2 (ENSMLUG00000008327) CTXN3 (ENSMLUG00000009416) PRRC1 (ENSMLUG00000010866) MEGF10 (ENSMLUG00000010818) C5orf63 (ENSMLUG00000002467) MARCHF3 (ENSMLUG00000009747) LMNB1 (ENSMLUG00000009721) ENSMLUG00000000184 ALDH7A1 (ENSMLUG00000002944) GRAMD2B (ENSMLUG00000002933) ENSMLUG00000028224 ENSMLUG00000023257 ##22 ZNF608 (ENSMLUG00000008677) CSNK1G3 (ENSMLUG00000013708) CEP120 (ENSMLUG00000015490) PRDM6 (ENSMLUG00000010064) PPIC (ENSMLUG00000024456) SNX24 (ENSMLUG00000009392) SNX2 (ENSMLUG00000007851) SNCAIP (ENSMLUG00000012563) ENSMLUG00000012560 LOX (ENSMLUG00000026720) SRFBP1 (ENSMLUG00000009984) ENSMLUG00000030652 PRR16 (ENSMLUG00000016069) ENSMLUG00000022953 ENSMLUG00000023391 Microbat DUPLICATION Microbat MODERN SPECIES 1158 FOCAD (ENSMLUG00000003955) HACD4 (ENSMLUG00000003980) IFNB1 (ENSMLUG00000008021) KLHL9 (ENSMLUG00000007175) ENSMLUG00000026947 ENSMLUG00000027734 ENSMLUG00000023736 ENSMLUG00000030465 ENSMLUG00000027612 ENSMLUG00000028931 ENSMLUG00000024850 ENSMLUG00000027376 IFNE (ENSMLUG00000010970) MTAP (ENSMLUG00000014410) ENSMLUG00000030508 ENSMLUG00000024291 ##22 CDKN2A (ENSMLUG00000029865) CDKN2B (ENSMLUG00000007025) ENSMLUG00000030162 Microbat MODERN SPECIES 983 FLNC (ENSMLUG00000001339) ENSMLUG00000001392 ATP6V1FNB (ENSMLUG00000027620) KCP (ENSMLUG00000001394) IRF5 (ENSMLUG00000001406) ENSMLUG00000026557 TNPO3 (ENSMLUG00000000947) ENSMLUG00000030322 TSPAN33 (ENSMLUG00000000974) SMO (ENSMLUG00000000966) ENSMLUG00000029505 ENSMLUG00000023124 ENSMLUG00000023097 AHCYL2 (ENSMLUG00000017565) STRIP2 (ENSMLUG00000007265) ENSMLUG00000023935 ##22 SMKR1 (ENSMLUG00000027572) ENSMLUG00000028002 ENSMLUG00000003100 UBE2H (ENSMLUG00000000102) ENSMLUG00000000063 KLHDC10 (ENSMLUG00000025634) TMEM209 (ENSMLUG00000015369) SSMEM1 (ENSMLUG00000015383) CPA2 (ENSMLUG00000015389) CPA4 (ENSMLUG00000015399) ENSMLUG00000015407 CPA1 (ENSMLUG00000015415) CEP41 (ENSMLUG00000015427) MEST (ENSMLUG00000015437) COPG2 (ENSMLUG00000027742) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Primates DUPLICATION Primates DUPLICATION Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a.e.a ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a.e.a ##22 Bushbaby MODERN SPECIES 194 IL1RL2 (ENSOGAG00000008050) IL1R1 (ENSOGAG00000008049) IL1R2 (ENSOGAG00000012491) MAP4K4 (ENSOGAG00000012488) RFX8 (ENSOGAG00000033445) CREG2 (ENSOGAG00000003495) RNF149 (ENSOGAG00000034221) CNOT11 (ENSOGAG00000014506) TBC1D8 (ENSOGAG00000014498) ENSOGAG00000014494 NPAS2 (ENSOGAG00000014490) ENSOGAG00000026729 PDCL3 (ENSOGAG00000015138) NMS (ENSOGAG00000015135) CHST10 (ENSOGAG00000008178) ENSOGAG00000027230 ##22 LONRF2 (ENSOGAG00000003794) AFF3 (ENSOGAG00000013262) REV1 (ENSOGAG00000013247) EIF5B (ENSOGAG00000013238) TXNDC9 (ENSOGAG00000013234) LYG1 (ENSOGAG00000013231) LYG2 (ENSOGAG00000002242) ENSOGAG00000002241 MITD1 (ENSOGAG00000002240) LIPT1 (ENSOGAG00000002238) ENSOGAG00000002233 CRACDL (ENSOGAG00000002228) MGAT4A (ENSOGAG00000011487) UNC50 (ENSOGAG00000011484) COA5 (ENSOGAG00000011481) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a.e.a ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a.e.a ##22 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a.e.a ##22 Mas night monkey MODERN SPECIES 1078 TMEM108 (ENSANAG00000022953) BFSP2 (ENSANAG00000021646) ENSANAG00000037850 TOPBP1 (ENSANAG00000029863) TF (ENSANAG00000011189) SRPRB (ENSANAG00000028236) RAB6B (ENSANAG00000017472) ENSANAG00000026314 SLCO2A1 (ENSANAG00000034598) RYK (ENSANAG00000019307) AMOTL2 (ENSANAG00000032616) ANAPC13 (ENSANAG00000024542) CEP63 (ENSANAG00000021086) KY (ENSANAG00000029898) EPHB1 (ENSANAG00000029295) ENSANAG00000035115 ##22 PPP2R3A (ENSANAG00000033386) MSL2 (ENSANAG00000033232) PCCB (ENSANAG00000025980) STAG1 (ENSANAG00000026680) SLC35G2 (ENSANAG00000019929) NCK1 (ENSANAG00000004151) IL20RB (ENSANAG00000024924) SOX14 (ENSANAG00000013249) CLDN18 (ENSANAG00000032746) ENSANAG00000036905 DZIP1L (ENSANAG00000028445) A4GNT (ENSANAG00000009800) DBR1 (ENSANAG00000028952) ARMC8 (ENSANAG00000023313) NME9 (ENSANAG00000021464) Tarsier MODERN SPECIES 5951 ENSTSYG00000030190 ##22 ENSTSYG00000026363 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a.e.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a.e.b ##22 Tarsier MODERN SPECIES 3033 ENSTSYG00000030034 ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a.f ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a.f ##22 Tarsier MODERN SPECIES 4702 ENSTSYG00000035318 ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a.f ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a.f ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a.f ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a.f ##22 Vervet Monkey MODERN SPECIES 25 CCNE1 (ENSCSAG00000004850) C19orf12 (ENSCSAG00000004862) PLEKHF1 (ENSCSAG00000018508) POP4 (ENSCSAG00000004868) VSTM2B (ENSCSAG00000004872) UQCRFS1 (ENSCSAG00000004876) ENSCSAG00000004890 ENSCSAG00000004895 ENSCSAG00000004898 ZNF726 (ENSCSAG00000004902) ZNF681 (ENSCSAG00000004903) ENSCSAG00000004906 ENSCSAG00000018506 ENSCSAG00000004910 ZNF724 (ENSCSAG00000004914) ENSCSAG00000004919 ##22 ENSCSAG00000004924 ENSCSAG00000004928 ENSCSAG00000004935 ENSCSAG00000018504 ENSCSAG00000004945 ENSCSAG00000004956 ENSCSAG00000004964 ENSCSAG00000004967 ZNF43 (ENSCSAG00000004971) ENSCSAG00000018502 ENSCSAG00000004974 ENSCSAG00000004976 ENSCSAG00000004980 ENSCSAG00000004984 ENSCSAG00000004989 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a.f ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a.f ##22 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a.f ##22 Drill MODERN SPECIES 1422 ENSMLEG00000003862 CACNA1E (ENSMLEG00000033118) ENSMLEG00000042627 ##22 MR1 (ENSMLEG00000044129) STX6 (ENSMLEG00000037024) KIAA1614 (ENSMLEG00000031704) XPR1 (ENSMLEG00000040363) ENSMLEG00000043837 ACBD6 (ENSMLEG00000000612) LHX4 (ENSMLEG00000038342) Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a.f ##22 Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 113 LAMC2 (ENSMNEG00000034941) LAMC1 (ENSMNEG00000043245) ENSMNEG00000018461 SHCBP1L (ENSMNEG00000007697) DHX9 (ENSMNEG00000041195) NPL (ENSMNEG00000037920) RGS8 (ENSMNEG00000005442) RGS16 (ENSMNEG00000037294) RNASEL (ENSMNEG00000032732) RGSL1 (ENSMNEG00000043113) TEDDM1 (ENSMNEG00000023492) GLUL (ENSMNEG00000028425) ENSMNEG00000027953 CACNA1E (ENSMNEG00000036541) ENSMNEG00000035832 ENSMNEG00000030971 ##22 IER5 (ENSMNEG00000026967) MR1 (ENSMNEG00000036147) STX6 (ENSMNEG00000036076) KIAA1614 (ENSMNEG00000035828) XPR1 (ENSMNEG00000033221) ACBD6 (ENSMNEG00000032228) LHX4 (ENSMNEG00000040868) QSOX1 (ENSMNEG00000032745) CEP350 (ENSMNEG00000042448) TOR1AIP1 (ENSMNEG00000029059) TOR1AIP2 (ENSMNEG00000032323) FAM163A (ENSMNEG00000041258) ENSMNEG00000036108 TDRD5 (ENSMNEG00000030554) NPHS2 (ENSMNEG00000035745) Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a.f ##22 Gibbon MODERN SPECIES 6 CRISPLD1 (ENSNLEG00000001758) HNF4G (ENSNLEG00000001920) ENSNLEG00000033520 ZFHX4 (ENSNLEG00000001972) PEX2 (ENSNLEG00000002007) PKIA (ENSNLEG00000002025) ZC2HC1A (ENSNLEG00000002029) IL7 (ENSNLEG00000002086) STMN2 (ENSNLEG00000002114) HEY1 (ENSNLEG00000030175) ENSNLEG00000034481 ENSNLEG00000002256 ENSNLEG00000034160 ENSNLEG00000035176 ZBTB10 (ENSNLEG00000002387) ENSNLEG00000032396 ##22 ZNF704 (ENSNLEG00000002414) PAG1 (ENSNLEG00000002436) ENSNLEG00000035421 PMP2 (ENSNLEG00000002468) FABP9 (ENSNLEG00000002486) FABP4 (ENSNLEG00000002499) ENSNLEG00000031941 FABP12 (ENSNLEG00000002515) ENSNLEG00000035358 ENSNLEG00000033082 IMPA1 (ENSNLEG00000002540) SLC10A5 (ENSNLEG00000018239) ZFAND1 (ENSNLEG00000031659) CHMP4C (ENSNLEG00000002649) SNX16 (ENSNLEG00000002659) Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a.f ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a.f ##22 Gorilla MODERN SPECIES 21 HNF4G (ENSGGOG00000008488) ENSGGOG00000038569 ZFHX4 (ENSGGOG00000024837) PEX2 (ENSGGOG00000038623) PKIA (ENSGGOG00000024164) ZC2HC1A (ENSGGOG00000014981) ENSGGOG00000043346 IL7 (ENSGGOG00000000476) ENSGGOG00000038719 STMN2 (ENSGGOG00000004781) HEY1 (ENSGGOG00000009960) ENSGGOG00000036769 ENSGGOG00000022057 ENSGGOG00000025551 ZBTB10 (ENSGGOG00000015527) ENSGGOG00000025836 ##22 ENSGGOG00000040617 ENSGGOG00000043203 ZNF704 (ENSGGOG00000008615) PAG1 (ENSGGOG00000010323) FABP5 (ENSGGOG00000040215) ENSGGOG00000037273 ENSGGOG00000038245 ENSGGOG00000025372 ENSGGOG00000036256 FABP4 (ENSGGOG00000007338) FABP12 (ENSGGOG00000016835) ENSGGOG00000039385 IMPA1 (ENSGGOG00000009176) SLC10A5 (ENSGGOG00000022257) ZFAND1 (ENSGGOG00000023665) Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a.f ##22 Pan ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000160054 ENSGT00940000160631 ENSGT00940000158280 ENSGT00390000016493.b.a ENSGT00550000074952 ENSGT00940000154351.k.a ENSGT00390000017491.s.a.b.b ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.a.b.a ENSGT01000000214413.a ENSGT00940000157971 ENSGT00910000147188 ENSGT00940000155347.a.b ENSGT00940000154555.b.cb ENSGT00940000157573 ENSGT00950000183103.c ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a.f ##22 ENSGT00940000160298 ENSGT00940000155174 ENSGT00950000183105.B.a.a.b ENSGT00940000156218 ENSGT00760000120436 ENSGT00950000183090.A ENSGT00940000160497 ENSGT00940000154745.b ENSGT00390000004930 ENSGT00940000160047.t ENSGT00530000063948.b ENSGT00940000155943.a ENSGT00940000158905 ENSGT00940000157298.b ENSGT01050000244970.b Bonobo MODERN SPECIES 6 ENSPPAG00000040680 TMOD2 (ENSPPAG00000030814) TMOD3 (ENSPPAG00000029067) ENSPPAG00000016895 LEO1 (ENSPPAG00000040132) MAPK6 (ENSPPAG00000026917) ENSPPAG00000034401 BCL2L10 (ENSPPAG00000036717) GNB5 (ENSPPAG00000039567) MYO5C (ENSPPAG00000038522) ENSPPAG00000004057 MYO5A (ENSPPAG00000028091) ARPP19 (ENSPPAG00000035761) ATOSA (ENSPPAG00000036434) ONECUT1 (ENSPPAG00000036491) ENSPPAG00000004218 ##22 WDR72 (ENSPPAG00000043364) ENSPPAG00000028747 ENSPPAG00000012061 RAB27A (ENSPPAG00000030622) PIGBOS1 (ENSPPAG00000023425) PIGB (ENSPPAG00000042876) CCPG1 (ENSPPAG00000041408) PIERCE2 (ENSPPAG00000042984) DNAAF4 (ENSPPAG00000013865) ENSPPAG00000031216 PYGO1 (ENSPPAG00000031145) PRTG (ENSPPAG00000034279) ENSPPAG00000016223 ENSPPAG00000036985 ENSPPAG00000034242 Chimpanzee MODERN SPECIES 6 LYSMD2 (ENSPTRG00000007078) TMOD2 (ENSPTRG00000044713) TMOD3 (ENSPTRG00000007080) ENSPTRG00000044798 LEO1 (ENSPTRG00000007081) MAPK6 (ENSPTRG00000020224) ENSPTRG00000043753 BCL2L10 (ENSPTRG00000007083) GNB5 (ENSPTRG00000007084) MYO5C (ENSPTRG00000007085) ENSPTRG00000043417 MYO5A (ENSPTRG00000023562) ARPP19 (ENSPTRG00000051653) ATOSA (ENSPTRG00000007089) ONECUT1 (ENSPTRG00000007090) ENSPTRG00000048408 ##22 WDR72 (ENSPTRG00000007092) UNC13C (ENSPTRG00000007093) RSL24D1 (ENSPTRG00000007094) RAB27A (ENSPTRG00000007095) PIGBOS1 (ENSPTRG00000044984) PIGB (ENSPTRG00000007096) CCPG1 (ENSPTRG00000034458) PIERCE2 (ENSPTRG00000052094) DNAAF4 (ENSPTRG00000007098) PYGO1 (ENSPTRG00000042720) PRTG (ENSPTRG00000007101) NEDD4 (ENSPTRG00000007102) ENSPTRG00000045291 RFX7 (ENSPTRG00000007104) TEX9 (ENSPTRG00000007105) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Rabbit DUPLICATION Rabbit MODERN SPECIES ENSOCUG00000029631 ENSOCUG00000030222 ENSOCUG00000009135 ENSOCUG00000035956 ENSOCUG00000033013 GRIN3A (ENSOCUG00000016738) RNF20 (ENSOCUG00000012019) ALDOB (ENSOCUG00000014944) ZNF189 (ENSOCUG00000014941) MRPL50 (ENSOCUG00000006340) ENSOCUG00000039388 ENSOCUG00000009723 ENSOCUG00000038477 ENSOCUG00000026800 PLPPR1 (ENSOCUG00000013668) ENSOCUG00000022518 ##22 ENSOCUG00000030214 ENSOCUG00000025109 CAVIN4 (ENSOCUG00000022294) ENSOCUG00000006373 TEX10 (ENSOCUG00000004242) INVS (ENSOCUG00000004233) ERP44 (ENSOCUG00000004220) STX17 (ENSOCUG00000004217) NR4A3 (ENSOCUG00000000737) ENSOCUG00000039058 ALG2 (ENSOCUG00000005676) TGFBR1 (ENSOCUG00000016292) COL15A1 (ENSOCUG00000016236) GALNT12 (ENSOCUG00000016221) ANKS6 (ENSOCUG00000016201) Rabbit MODERN SPECIES 3 ENSOCUG00000031523 ENSOCUG00000030296 ENSOCUG00000033653 AKAP7 (ENSOCUG00000013991) ENSOCUG00000039380 ENSOCUG00000032736 EPB41L2 (ENSOCUG00000001799) ENSOCUG00000022399 TMEM200A (ENSOCUG00000008357) ENSOCUG00000030950 SAMD3 (ENSOCUG00000016249) L3MBTL3 (ENSOCUG00000016226) ENSOCUG00000022997 TMEM244 (ENSOCUG00000029600) ARHGAP18 (ENSOCUG00000009450) ENSOCUG00000024589 ##22 ENSOCUG00000037260 LAMA2 (ENSOCUG00000009427) PTPRK (ENSOCUG00000001697) THEMIS (ENSOCUG00000006061) ENSOCUG00000037431 ENSOCUG00000031668 ENSOCUG00000033497 ENSOCUG00000033422 ENSOCUG00000037603 ENSOCUG00000008917 ENSOCUG00000000036 KIAA0408 (ENSOCUG00000027883) ENSOCUG00000030946 ENSOCUG00000036596 ECHDC1 (ENSOCUG00000006548) Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 192 Smpx (ENSJJAG00000015249) Cnksr2 (ENSJJAG00000016115) ENSJJAG00000011807 ENSJJAG00000016309 ENSJJAG00000016365 ##22 ENSJJAG00000016502 ENSJJAG00000011798 Rps6ka3 (ENSJJAG00000016899) Eif1ax (ENSJJAG00000016949) Map7d2 (ENSJJAG00000017202) Tmem47 (ENSJJAG00000017721) ENSJJAG00000018035 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Prairie vole MODERN SPECIES 13 ENSMOCG00000009835 Tle3 (ENSMOCG00000007663) ENSMOCG00000008158 Kif23 (ENSMOCG00000008773) Paqr5 (ENSMOCG00000009266) Glce (ENSMOCG00000019169) Spesp1 (ENSMOCG00000016907) ENSMOCG00000014776 ENSMOCG00000004428 Coro2b (ENSMOCG00000011097) Itga11 (ENSMOCG00000003119) Fem1b (ENSMOCG00000005442) Cln6 (ENSMOCG00000021992) Calml4 (ENSMOCG00000018493) Pias1 (ENSMOCG00000022074) ENSMOCG00000019235 ##22 Skor1 (ENSMOCG00000018261) Map2k5 (ENSMOCG00000022058) 2300009A05Rik (ENSMOCG00000013991) Iqch (ENSMOCG00000016873) Aagab (ENSMOCG00000021340) Smad3 (ENSMOCG00000018490) Smad6 (ENSMOCG00000014458) Lctl (ENSMOCG00000004744) Zwilch (ENSMOCG00000017159) ENSMOCG00000021901 Snapc5 (ENSMOCG00000015348) Map2k1 (ENSMOCG00000013072) Tipin (ENSMOCG00000010343) Dis3l (ENSMOCG00000005278) Megf11 (ENSMOCG00000003573) Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 76 Lrit2 (ENSCGRG00001017784) ENSCGRG00001016916 Cdhr1 (ENSCGRG00001012932) Gpr15lg (ENSCGRG00001000757) Ghitm (ENSCGRG00001023033) Nrg3 (ENSCGRG00001024148) Sh2d4b (ENSCGRG00001015755) Tspan14 (ENSCGRG00001013610) Prxl2a (ENSCGRG00001006989) Dydc2 (ENSCGRG00001005256) Dydc1 (ENSCGRG00001000992) Mat1a (ENSCGRG00001018656) Sftpa1 (ENSCGRG00001017978) Mbl1 (ENSCGRG00001017391) Sftpd (ENSCGRG00001016517) ENSCGRG00001014762 ##22 ENSCGRG00001012384 Ube2e2 (ENSCGRG00001007796) Ube2e1 (ENSCGRG00001002657) Nkiras1 (ENSCGRG00001001506) Rpl15 (ENSCGRG00001021972) Nr1d2 (ENSCGRG00001007315) Thrb (ENSCGRG00001007517) Rarb (ENSCGRG00001000228) Top2b (ENSCGRG00001020296) Ngly1 (ENSCGRG00001015315) Oxsm (ENSCGRG00001010895) Lrrc3b (ENSCGRG00001010343) Nek10 (ENSCGRG00001023436) Slc4a7 (ENSCGRG00001019823) ENSCGRG00001011398 Golden Hamster DUPLICATION Golden Hamster DUPLICATION Golden Hamster MODERN SPECIES 964 ENSMAUG00000011886 ##22 Golden Hamster MODERN SPECIES 641 ENSMAUG00000014771 Cdk1 (ENSMAUG00000020301) Rhobtb1 (ENSMAUG00000021113) Tmem26 (ENSMAUG00000021815) Cabcoco1 (ENSMAUG00000021961) Arid5b (ENSMAUG00000009016) Rtkn2 (ENSMAUG00000003167) Zfp365 (ENSMAUG00000020138) Egr2 (ENSMAUG00000021143) Nrbf2 (ENSMAUG00000021159) ENSMAUG00000002201 Reep3 (ENSMAUG00000021449) ENSMAUG00000021521 Ctnna3 (ENSMAUG00000012953) Lrrtm3 (ENSMAUG00000021553) ENSMAUG00000021196 ##22 Dnajc12 (ENSMAUG00000021444) Sirt1 (ENSMAUG00000008395) Herc4 (ENSMAUG00000009776) Mypn (ENSMAUG00000021985) Atoh7 (ENSMAUG00000010517) Pbld1 (ENSMAUG00000022220) Pbld2 (ENSMAUG00000022266) Hnrnph3 (ENSMAUG00000022233) Rufy2 (ENSMAUG00000005119) Dna2 (ENSMAUG00000002986) Slc25a16 (ENSMAUG00000009526) Tet1 (ENSMAUG00000007644) ENSMAUG00000022270 ENSMAUG00000002239 ENSMAUG00000022192 Golden Hamster MODERN SPECIES 627 Derl2 (ENSMAUG00000013807) Mis12 (ENSMAUG00000012935) 6330403K07Rik (ENSMAUG00000021541) ENSMAUG00000019662 Wscd1 (ENSMAUG00000014219) Aipl1 (ENSMAUG00000012023) Pimreg (ENSMAUG00000010744) Pitpnm3 (ENSMAUG00000010515) ENSMAUG00000011942 4930563E22Rik (ENSMAUG00000009173) Slc13a5 (ENSMAUG00000009167) Fbxo39 (ENSMAUG00000017927) Mybbp1a (ENSMAUG00000021236) Spns2 (ENSMAUG00000006810) Spns3 (ENSMAUG00000001547) ENSMAUG00000014587 ##22 Ube2g1 (ENSMAUG00000017142) Ankfy1 (ENSMAUG00000021325) Atp2a3 (ENSMAUG00000005976) P2rx1 (ENSMAUG00000010044) ENSMAUG00000008683 Emc6 (ENSMAUG00000006733) Tax1bp3 (ENSMAUG00000011911) Ctns (ENSMAUG00000003764) Shpk (ENSMAUG00000021496) Trpv1 (ENSMAUG00000008181) Trpv3 (ENSMAUG00000019522) Aspa (ENSMAUG00000016472) Spata22 (ENSMAUG00000017890) Or1e1c (ENSMAUG00000004137) Or1e16 (ENSMAUG00000020111) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Alpin marmot MODERN SPECIES 476 ENSMMMG00000011254 ##22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00390000005639.a.a ENSGT00960000191062 ENSGT00390000010628 ENSGT00530000063586.b ENSGT00940000154372.a.b ENSGT00390000017291.a ENSGT00390000017291.b ENSGT00390000006172 ENSGT00940000155482 ENSGT01030000235096 ENSGT00940000159588 ENSGT00940000160357 ENSGT00940000156198.c.a ENSGT00940000161843 ENSGT00940000164241 ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 ENSGT00940000160449 ENSGT00940000161846 ENSGT00940000160595.b ENSGT00390000009416 ENSGT00940000159192 ENSGT00940000157037.a ENSGT00940000159350 ENSGT00390000012901 ENSGT00390000003477 ENSGT00940000158750 ENSGT00390000000483.b ENSGT00390000014853 ENSGT00940000161623 ENSGT00390000016221 ENSGT00940000160490 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 9 ENSUPAG00010017287 TAPT1 (ENSUPAG00010017269) PROM1 (ENSUPAG00010017205) FGFBP1 (ENSUPAG00010017197) CD38 (ENSUPAG00010017184) BST1 (ENSUPAG00010017165) FBXL5 (ENSUPAG00010017123) CC2D2A (ENSUPAG00010017099) ENSUPAG00010017096 C1QTNF7 (ENSUPAG00010017088) CPEB2 (ENSUPAG00010017042) ENSUPAG00010017031 ENSUPAG00010017005 NKX3-2 (ENSUPAG00010016996) ENSUPAG00010016979 ENSUPAG00010016971 ##22 HS3ST1 (ENSUPAG00010016961) CLNK (ENSUPAG00010016897) ZNF518B (ENSUPAG00010016890) WDR1 (ENSUPAG00010016882) SLC2A9 (ENSUPAG00010016627) DRD5 (ENSUPAG00010016614) OTOP1 (ENSUPAG00010016596) TMEM128 (ENSUPAG00010016576) LYAR (ENSUPAG00010016569) ZBTB49 (ENSUPAG00010016556) NSG1 (ENSUPAG00010016542) STX18 (ENSUPAG00010016466) Squirrel MODERN SPECIES 77 QDPR (ENSSTOG00000009916) ENSSTOG00000034519 LDB2 (ENSSTOG00000002035) TAPT1 (ENSSTOG00000025519) PROM1 (ENSSTOG00000020690) CD38 (ENSSTOG00000005495) BST1 (ENSSTOG00000023011) FBXL5 (ENSSTOG00000022023) CC2D2A (ENSSTOG00000005160) C1QTNF7 (ENSSTOG00000011103) ENSSTOG00000030843 ENSSTOG00000002388 BOD1L1 (ENSSTOG00000026900) NKX3-2 (ENSSTOG00000021803) ENSSTOG00000004135 ENSSTOG00000021226 ##22 HS3ST1 (ENSSTOG00000005820) CLNK (ENSSTOG00000014009) ZNF518B (ENSSTOG00000014006) WDR1 (ENSSTOG00000004366) SLC2A9 (ENSSTOG00000023633) DRD5 (ENSSTOG00000024357) OTOP1 (ENSSTOG00000025465) TMEM128 (ENSSTOG00000000546) ENSSTOG00000000548 ZBTB49 (ENSSTOG00000000550) NSG1 (ENSSTOG00000014987) STX18 (ENSSTOG00000014992) MSX1 (ENSSTOG00000020201) CYTL1 (ENSSTOG00000000183) STK32B (ENSSTOG00000004994) Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.a ##22 Degu MODERN SPECIES 111 FAM181A (ENSODEG00000011589) ASB2 (ENSODEG00000007460) OTUB2 (ENSODEG00000008797) ENSODEG00000007700 ENSODEG00000008703 PPP4R4 (ENSODEG00000008810) SERPINA10 (ENSODEG00000008574) SERPINA6 (ENSODEG00000008142) FBLN5 (ENSODEG00000008614) TC2N (ENSODEG00000008900) PPP4R3A (ENSODEG00000008219) CCDC88C (ENSODEG00000007311) GPR68 (ENSODEG00000019499) RPS6KA5 (ENSODEG00000007384) TTC7B (ENSODEG00000008126) ENSODEG00000007733 ##22 NRDE2 (ENSODEG00000012422) ENSODEG00000007323 ENSODEG00000008355 KCNK13 (ENSODEG00000008807) TDP1 (ENSODEG00000009548) EFCAB11 (ENSODEG00000010563) ENSODEG00000009019 ENSODEG00000019584 ENSODEG00000008461 FOXN3 (ENSODEG00000008087) TTC8 (ENSODEG00000006816) EML5 (ENSODEG00000006936) ENSODEG00000008995 ENSODEG00000008476 ENSODEG00000006567 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 127 ENSCLAG00000016657 SLC25A38 (ENSCLAG00000015393) #20 ENSCLAG00000015318 ##22 ENSCLAG00000014655 #23 MYRIP (ENSCLAG00000016112) #24 EIF1B (ENSCLAG00000016040) #25 ENTPD3 (ENSCLAG00000016343) #26 RPL14 (ENSCLAG00000016120) ##27 ZNF621 (ENSCLAG00000016834) #29 CTNNB1 (ENSCLAG00000016464) #30 ULK4 (ENSCLAG00000015979) #31 TRAK1 (ENSCLAG00000014205) #36 CCK (ENSCLAG00000017113) #35 LYZL4 (ENSCLAG00000016944) #34 VIPR1 (ENSCLAG00000016513) #33 SEC22C (ENSCLAG00000016050) SS18L2 (ENSCLAG00000015815) NKTR (ENSCLAG00000014179) #37 Eutheria DUPLICATION Eutheria DUPLICATION Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.a.a ##22 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.a.a ##22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.a.a ##22 Armadillo MODERN SPECIES 2193 AKAP4 (ENSDNOG00000032581) ENSDNOG00000030597 CLCN5 (ENSDNOG00000033098) USP27X (ENSDNOG00000001002) ENSDNOG00000003715 ENSDNOG00000007200 PPP1R3F (ENSDNOG00000019332) FOXP3 (ENSDNOG00000012826) CCDC22 (ENSDNOG00000044674) CACNA1F (ENSDNOG00000006166) SYP (ENSDNOG00000032408) ENSDNOG00000045007 ENSDNOG00000031352 PLP2 (ENSDNOG00000002320) MAGIX (ENSDNOG00000036078) ENSDNOG00000039101 ##22 GPKOW (ENSDNOG00000016647) WDR45 (ENSDNOG00000046908) PRAF2 (ENSDNOG00000031883) CCDC120 (ENSDNOG00000017059) TFE3 (ENSDNOG00000039173) GRIPAP1 (ENSDNOG00000038321) KCND1 (ENSDNOG00000033902) OTUD5 (ENSDNOG00000032210) PIM2 (ENSDNOG00000015644) SLC35A2 (ENSDNOG00000015641) PQBP1 (ENSDNOG00000015637) TIMM17B (ENSDNOG00000047305) PCSK1N (ENSDNOG00000045077) ERAS (ENSDNOG00000014657) HDAC6 (ENSDNOG00000002754) Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.a.a ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.a.a ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.a.a ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.a.a ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.a.a ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.a.a ##22 Hystricomorpha DUPLICATION Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.a.a.a ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.a.a.a ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.a.a.a ##22 Degu MODERN SPECIES 51 CACUL1 (ENSODEG00000017578) NANOS1 (ENSODEG00000017556) EIF3A (ENSODEG00000017775) ENSODEG00000017551 ENSODEG00000017739 GRK5 (ENSODEG00000017760) RGS10 (ENSODEG00000017673) TIAL1 (ENSODEG00000017741) ENSODEG00000020474 BAG3 (ENSODEG00000017665) INPP5F (ENSODEG00000017771) MCMBP (ENSODEG00000017666) ENSODEG00000017627 ENSODEG00000017568 ENSODEG00000020513 ENSODEG00000017620 ##22 ENSODEG00000017622 PLPP4 (ENSODEG00000017787) ENSODEG00000017528 WDR11 (ENSODEG00000017999) ENSODEG00000017729 ENSODEG00000017521 FGFR2 (ENSODEG00000017727) ENSODEG00000017613 ATE1 (ENSODEG00000017714) NSMCE4A (ENSODEG00000017586) ENSODEG00000017758 BTBD16 (ENSODEG00000017181) ENSODEG00000017646 ENSODEG00000017854 HTRA1 (ENSODEG00000017523) Naked mole-rat female MODERN SPECIES 14 ENSHGLG00000038577 PAMR1 (ENSHGLG00000007733) SLC1A2 (ENSHGLG00000010072) CD44 (ENSHGLG00000011767) ENSHGLG00000047526 ENSHGLG00000040571 ENSHGLG00000010978 APIP (ENSHGLG00000011839) EHF (ENSHGLG00000009758) ELF5 (ENSHGLG00000011019) CAT (ENSHGLG00000011741) ENSHGLG00000016446 NAT10 (ENSHGLG00000016891) ENSHGLG00000018658 ENSHGLG00000009842 ENSHGLG00000006506 ##22 ENSHGLG00000035097 ENSHGLG00000048933 ENSHGLG00000013910 ENSHGLG00000044243 HIPK3 (ENSHGLG00000018314) ENSHGLG00000040843 CSTF3 (ENSHGLG00000017834) TCP11L1 (ENSHGLG00000018599) ENSHGLG00000018618 ENSHGLG00000044852 ENSHGLG00000046320 QSER1 (ENSHGLG00000015709) ENSHGLG00000043439 ENSHGLG00000041603 ENSHGLG00000014399 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.a.a.b ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.a.a.b ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.a.a.b ##22 Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 218 ENSODEG00000002220 HEXB (ENSODEG00000002081) GFM2 (ENSODEG00000002193) ENSODEG00000002883 FAM169A (ENSODEG00000002906) ENSODEG00000002941 GCNT4 (ENSODEG00000018869) ANKRD31 (ENSODEG00000003017) HMGCR (ENSODEG00000003319) CERT1 (ENSODEG00000002483) POLK (ENSODEG00000002687) ANKDD1B (ENSODEG00000003019) POC5 (ENSODEG00000003014) SV2C (ENSODEG00000003155) IQGAP2 (ENSODEG00000003459) ENSODEG00000003730 ##22 F2RL1 (ENSODEG00000002463) S100Z (ENSODEG00000002505) CRHBP (ENSODEG00000002524) ENSODEG00000002814 Degu MODERN SPECIES 44 ENSODEG00000018444 ENSODEG00000018441 ENSODEG00000018384 C18orf32 (ENSODEG00000018385) ENSODEG00000020491 ENSODEG00000018460 ENSODEG00000018365 ENSODEG00000018393 DYM (ENSODEG00000018486) SMAD7 (ENSODEG00000018424) CTIF (ENSODEG00000018390) ZBTB7C (ENSODEG00000018417) SMAD2 (ENSODEG00000018373) ENSODEG00000018377 ENSODEG00000018340 ENSODEG00000018367 ##22 SKOR2 (ENSODEG00000018363) IER3IP1 (ENSODEG00000018375) HDHD2 (ENSODEG00000018388) KATNAL2 (ENSODEG00000018481) ENSODEG00000018457 ENSODEG00000020536 ENSODEG00000018432 ST8SIA5 (ENSODEG00000018352) ENSODEG00000020498 LOXHD1 (ENSODEG00000018482) RNF165 (ENSODEG00000018412) C18orf25 (ENSODEG00000018458) ENSODEG00000018366 ATP5F1A (ENSODEG00000018359) ENSODEG00000020534 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.a.a ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.a.a ##22 Bushbaby MODERN SPECIES 297 INTS6 (ENSOGAG00000005794) SERPINE3 (ENSOGAG00000025738) FAM124A (ENSOGAG00000005790) ENSOGAG00000016491 RNASEH2B (ENSOGAG00000016486) ENSOGAG00000029384 DLEU7 (ENSOGAG00000009127) ENSOGAG00000030664 ##22 TRIM13 (ENSOGAG00000013692) SPRYD7 (ENSOGAG00000013140) KPNA3 (ENSOGAG00000002349) FLCN (ENSOGAG00000008179) PLD6 (ENSOGAG00000030239) MPRIP (ENSOGAG00000028979) TNFRSF13B (ENSOGAG00000027463) USP22 (ENSOGAG00000015801) DHRS7B (ENSOGAG00000004465) TMEM11 (ENSOGAG00000004467) NATD1 (ENSOGAG00000004469) MAP2K3 (ENSOGAG00000004471) ENSOGAG00000000051 POSTN (ENSOGAG00000013376) Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.a.b ##22 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.a.b ##22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.a.b ##22 Armadillo MODERN SPECIES 1316 CMYA5 (ENSDNOG00000040392) MTX3 (ENSDNOG00000043463) THBS4 (ENSDNOG00000010496) ENSDNOG00000019622 ENSDNOG00000046018 ##22 ENSDNOG00000009003 ENSDNOG00000007096 FAM151B (ENSDNOG00000043373) ANKRD34B (ENSDNOG00000001607) ENSDNOG00000043623 ENSDNOG00000038425 MSH3 (ENSDNOG00000005942) RASGRF2 (ENSDNOG00000002801) CKMT2 (ENSDNOG00000016705) ZCCHC9 (ENSDNOG00000016708) ACOT12 (ENSDNOG00000009900) SSBP2 (ENSDNOG00000009927) ENSDNOG00000032637 ENSDNOG00000049021 SERPINA12 (ENSDNOG00000014643) Eutheria DUPLICATION Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.b.a ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.b.a ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.b.a ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.b.a ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.b.a ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.b.a ##22 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.b.a ##22 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 376 ENSPCOG00000021547 USP25 (ENSPCOG00000021493) ENSPCOG00000003664 ENSPCOG00000007739 ##22 ENSPCOG00000019299 SAMSN1 (ENSPCOG00000016595) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.b.a ##22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.b.a ##22 Armadillo MODERN SPECIES 3917 ENSDNOG00000038857 AADAC (ENSDNOG00000016245) SUCNR1 (ENSDNOG00000042451) ENSDNOG00000036321 ENSDNOG00000040040 MBNL1 (ENSDNOG00000044505) ENSDNOG00000045832 ##22 P2RY1 (ENSDNOG00000034630) RAP2B (ENSDNOG00000003783) ENSDNOG00000035352 ARHGEF26 (ENSDNOG00000001679) DHX36 (ENSDNOG00000001682) Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.b.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.b.b ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.b.b ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.b.b ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.b.b ##22 Bushbaby MODERN SPECIES 316 ENSOGAG00000030690 ENSOGAG00000034365 ENSOGAG00000027246 ##22 AMOT (ENSOGAG00000011561) LHFPL1 (ENSOGAG00000011559) RTL4 (ENSOGAG00000032419) ENSOGAG00000025522 TRPC5 (ENSOGAG00000005962) ENSOGAG00000007568 ENSOGAG00000031713 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.b.b ##22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.b.b ##22 Armadillo MODERN SPECIES 1257 ENSDNOG00000031730 ##22 ENSDNOG00000030940 Eutheria DUPLICATION Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.c.a ##22 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.c.a ##22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.c.a ##22 Armadillo MODERN SPECIES 624 BRD7 (ENSDNOG00000010716) ADCY7 (ENSDNOG00000001042) ENSDNOG00000033734 ##22 TENT4B (ENSDNOG00000001039) HEATR3 (ENSDNOG00000013116) CNEP1R1 (ENSDNOG00000044447) ENSDNOG00000036118 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.c.a ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.c.a ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.c.a ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.c.a ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.c.a ##22 Camelidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.c.a ##22 Alpaca MODERN SPECIES 2196 MYOZ1 (ENSVPAG00000008022) ENSVPAG00000008023 FUT11 (ENSVPAG00000008026) CHCHD1 (ENSVPAG00000008027) ENSVPAG00000008029 VCL (ENSVPAG00000008030) AP3M1 (ENSVPAG00000008035) ADK (ENSVPAG00000008036) ENSVPAG00000008037 ##22 KAT6B (ENSVPAG00000008038) ENSVPAG00000008039 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.c.b ##22 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.c.b ##22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.c.b ##22 Armadillo DUPLICATION Armadillo DUPLICATION Armadillo DUPLICATION Armadillo MODERN SPECIES 2632 ENSDNOG00000042322 ##22 ENSDNOG00000019040 ENSDNOG00000042069 ENSDNOG00000035877 ##22 Armadillo MODERN SPECIES 305 ENSDNOG00000048782 ENSDNOG00000035845 ##22 Armadillo MODERN SPECIES 2632 ENSDNOG00000035877 ##22 ENSDNOG00000042069 ENSDNOG00000019040 ENSDNOG00000042322 ##22 Armadillo DUPLICATION Armadillo DUPLICATION Armadillo DUPLICATION Armadillo DUPLICATION Armadillo MODERN SPECIES 134 ENSDNOG00000041327 ##22 Armadillo MODERN SPECIES 1443 ENSDNOG00000043345 ##22 Armadillo MODERN SPECIES 387 ENSDNOG00000036828 ##22 Armadillo MODERN SPECIES 2420 ENSDNOG00000040697 ##22 UCP2 (ENSDNOG00000031735) DNAJB13 (ENSDNOG00000000529) PAAF1 (ENSDNOG00000045529) COA4 (ENSDNOG00000008154) MRPL48 (ENSDNOG00000002177) ENSDNOG00000008487 Armadillo MODERN SPECIES 3438 ENSDNOG00000034233 ##22 Eutheria DUPLICATION Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.d.a ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.d.a ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.d.a ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.d.a ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.d.a ##22 Bushbaby MODERN SPECIES 344 RPS6KC1 (ENSOGAG00000013193) ENSOGAG00000024451 ##22 ENSOGAG00000000449 PROX1 (ENSOGAG00000017025) SMYD2 (ENSOGAG00000017028) ENSOGAG00000033159 PTPN14 (ENSOGAG00000017030) CENPF (ENSOGAG00000001123) ENSOGAG00000033696 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.d.a ##22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.d.a ##22 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.d.a ##22 Elephant MODERN SPECIES 95 ENSLAFG00000021420 ENPEP (ENSLAFG00000008127) ELOVL6 (ENSLAFG00000021532) EGF (ENSLAFG00000013803) LRIT3 (ENSLAFG00000009373) RRH (ENSLAFG00000009369) CFI (ENSLAFG00000011698) PLA2G12A (ENSLAFG00000000852) CASP6 (ENSLAFG00000002727) MCUB (ENSLAFG00000002726) SEC24B (ENSLAFG00000013688) ENSLAFG00000008674 ETNPPL (ENSLAFG00000008666) OSTC (ENSLAFG00000026381) RPL34 (ENSLAFG00000032615) ENSLAFG00000025607 ##22 LEF1 (ENSLAFG00000016434) HADH (ENSLAFG00000016430) CYP2U1 (ENSLAFG00000016424) SGMS2 (ENSLAFG00000016422) PAPSS1 (ENSLAFG00000018426) DKK2 (ENSLAFG00000007133) GIMD1 (ENSLAFG00000027733) AIMP1 (ENSLAFG00000012639) TBCK (ENSLAFG00000018410) NPNT (ENSLAFG00000005763) GSTCD (ENSLAFG00000021544) INTS12 (ENSLAFG00000010076) ENSLAFG00000031287 ENSLAFG00000012329 ENSLAFG00000026913 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.d.b ##22 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.d.b ##22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.d.b ##22 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b.b.d.b ##22 Elephant MODERN SPECIES 71 UBE2T (ENSLAFG00000015069) PPP1R12B (ENSLAFG00000012724) SYT2 (ENSLAFG00000018343) KDM5B (ENSLAFG00000005104) ENSLAFG00000018012 RABIF (ENSLAFG00000031433) KLHL12 (ENSLAFG00000003515) ADIPOR1 (ENSLAFG00000003520) CYB5R1 (ENSLAFG00000003522) ENSLAFG00000030999 ENSLAFG00000026325 ENSLAFG00000030427 TMEM183A (ENSLAFG00000018443) PPFIA4 (ENSLAFG00000018446) MYOG (ENSLAFG00000013113) ENSLAFG00000023356 ##22 ADORA1 (ENSLAFG00000001262) MYBPH (ENSLAFG00000001264) CHI3L1 (ENSLAFG00000003983) CHIT1 (ENSLAFG00000017125) BTG2 (ENSLAFG00000031964) FMOD (ENSLAFG00000003588) PRELP (ENSLAFG00000027913) ATP2B4 (ENSLAFG00000012442) LAX1 (ENSLAFG00000010336) ZBED6 (ENSLAFG00000029775) ENSLAFG00000031207 ENSLAFG00000010344 SNRPE (ENSLAFG00000009349) SOX13 (ENSLAFG00000015918) ETNK2 (ENSLAFG00000015937) Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b ##22 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b ##22 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b ##22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.b ##22 Common wonbat MODERN SPECIES 1066 ENSVURG00010016697 ENSVURG00010016686 ENSVURG00010016646 ENSVURG00010016612 ENSVURG00010016577 ENSVURG00010016561 ENSVURG00010016551 ENSVURG00010016491 ENSVURG00010016470 ENSVURG00010016447 ENSVURG00010016387 ENSVURG00010016375 ENSVURG00010016303 ENSVURG00010016243 ENSVURG00010016210 ENSVURG00010016194 ##22 ENSVURG00010016176 ENSVURG00010015787 ENSVURG00010015728 ENSVURG00010015703 ENSVURG00010015680 ENSVURG00010015676 ENSVURG00010015650 ENSVURG00010015628 ENSVURG00010015615 ENSVURG00010015601 ENSVURG00010015588 ENSVURG00010015566 ENSVURG00010015530 ENSVURG00010015506 ENSVURG00010015471 Theria DUPLICATION Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.a ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.a ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.a ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.a ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.a ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.a ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.a ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.a ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.a ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.a ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.a ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.a ##22 Olive baboon MODERN SPECIES 2 ENSPANG00000046687 ENSPANG00000021527 ENSPANG00000030497 CYP2C8 (ENSPANG00000021476) ENSPANG00000031836 CYP2C8 (ENSPANG00000016602) CYP2C76v2 (ENSPANG00000021950) PDLIM1 (ENSPANG00000021477) SORBS1 (ENSPANG00000021480) ALDH18A1 (ENSPANG00000021474) TCTN3 (ENSPANG00000021457) ENSPANG00000039768 ENTPD1 (ENSPANG00000021459) ##26 CC2D2B (ENSPANG00000021446) CCNJ (ENSPANG00000021449) ENSPANG00000043364 ##22 ZNF518A (ENSPANG00000021450) BLNK (ENSPANG00000021417) DNTT (ENSPANG00000021421) OPALIN (ENSPANG00000041066) TLL2 (ENSPANG00000021427) TM9SF3 (ENSPANG00000021412) PIK3AP1 (ENSPANG00000021373) LCOR (ENSPANG00000021376) SLIT1 (ENSPANG00000021383) ARHGAP19 (ENSPANG00000021365) FRAT1 (ENSPANG00000021367) FRAT2 (ENSPANG00000021368) RRP12 (ENSPANG00000021360) PGAM1 (ENSPANG00000021321) EXOSC1 (ENSPANG00000021324) Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.a ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.a ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.a ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.a ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.a ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.a ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.a ##22 Ursus ANCESTRAL SPECIES 56 ENSGT00940000160677 ENSGT00940000161691 #11 ENSGT01030000235089 #12 ENSGT00940000154992.b #13 ENSGT00940000161553 #14 ENSGT00920000149157 #15 ENSGT00390000008686.c #16 ENSGT00390000005979.a #17 ENSGT00950000183072.a ENSGT00530000063779.B ENSGT00940000164959 ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT01020000230359.B ##18 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00940000164532 #21 ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.a ##22 ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 ENSGT01100000263542.A #26 ENSGT00390000007888.d #27 ENSGT00940000163750 #28 ENSGT00940000163769 ENSGT00940000163271 #29 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00940000156541.h #31 ENSGT00940000155697.A #36 ENSGT00390000003571 #35 ENSGT00940000162293 #34 ENSGT00940000156402.B #33 ENSGT00940000159338 ENSGT00940000160407 Polar bear MODERN SPECIES 112 ACVR2B (ENSUMAG00000005381) EXOG (ENSUMAG00000005378) SCN5A (ENSUMAG00000004974) #11 SCN10A (ENSUMAG00000004889) #13 SCN11A (ENSUMAG00000004844) #14 WDR48 (ENSUMAG00000004825) #15 GORASP1 (ENSUMAG00000004816) #16 TTC21A (ENSUMAG00000004706) #17 CSRNP1 (ENSUMAG00000004684) XIRP1 (ENSUMAG00000004681) ENSUMAG00000004676 CX3CR1 (ENSUMAG00000004673) #18 CCR8 (ENSUMAG00000004669) ##18 SLC25A38 (ENSUMAG00000004652) #20 ENSUMAG00000004629 #21 ENSUMAG00000004598 ##22 ENSUMAG00000004595 ENSUMAG00000004585 #24 EIF1B (ENSUMAG00000004559) #25 ENTPD3 (ENSUMAG00000004544) #26 RPL14 (ENSUMAG00000004540) #27 ZNF619 (ENSUMAG00000004539) #28 ZNF620 (ENSUMAG00000004535) ZNF621 (ENSUMAG00000004531) #29 CTNNB1 (ENSUMAG00000003005) #30 ULK4 (ENSUMAG00000002453) #31 TRAK1 (ENSUMAG00000002251) #36 CCK (ENSUMAG00000002192) #35 LYZL4 (ENSUMAG00000002180) #34 VIPR1 (ENSUMAG00000002082) #33 SEC22C (ENSUMAG00000002057) Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.a ##22 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.a ##22 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.a ##22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.a ##22 Common wonbat MODERN SPECIES 329 PEX1 (ENSVURG00010022614) RBM48 (ENSVURG00010022603) ENSVURG00010022599 ENSVURG00010022595 CDK6 (ENSVURG00010022586) ENSVURG00010022581 ENSVURG00010022579 SUSD5 (ENSVURG00010022578) ENSVURG00010022574 GLB1 (ENSVURG00010022569) CCR4 (ENSVURG00010022567) ##18 CX3CR1 (ENSVURG00010022564) #18 CCR8 (ENSVURG00010022562) ##18 ENSVURG00010022560 #20 ENSVURG00010022556 #21 ENSVURG00010022548 ##22 TMC2 (ENSVURG00010022544) ENSVURG00010022541 ENSVURG00010022540 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.b ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.b ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.b ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.b ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.b ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.b ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.b ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.b ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.a.b.b ##22 Olive baboon DUPLICATION Olive baboon MODERN SPECIES 11 XYLB (ENSPANG00000008387) ACVR2B (ENSPANG00000004182) EXOG (ENSPANG00000004803) SCN5A (ENSPANG00000017810) #11 ENSPANG00000042266 SCN10A (ENSPANG00000011203) #13 SCN11A (ENSPANG00000024754) #14 ENSPANG00000038413 GORASP1 (ENSPANG00000019845) #16 TTC21A (ENSPANG00000015970) #17 CSRNP1 (ENSPANG00000020433) XIRP1 (ENSPANG00000011204) CX3CR1 (ENSPANG00000020831) #18 CCR8 (ENSPANG00000037317) ##18 SLC25A38 (ENSPANG00000010067) #20 ENSPANG00000016823 ##22 MOBP (ENSPANG00000015170) #23 MYRIP (ENSPANG00000009062) #24 EIF1B (ENSPANG00000033825) #25 ENTPD3 (ENSPANG00000009668) #26 ENSPANG00000034352 ##27 ZNF621 (ENSPANG00000005826) #29 ENSPANG00000039995 CTNNB1 (ENSPANG00000011019) #30 ENSPANG00000047760 ULK4 (ENSPANG00000019567) #31 TRAK1 (ENSPANG00000014636) #36 CCK (ENSPANG00000012767) #35 LYZL4 (ENSPANG00000025941) #34 VIPR1 (ENSPANG00000019185) #33 SEC22C (ENSPANG00000007134) Olive baboon MODERN SPECIES 109 ENSPANG00000047734 ENSPANG00000050976 ENSPANG00000042475 ENSPANG00000039873 ENSPANG00000039724 ##22 ENSPANG00000040018 ENSPANG00000041286 ENSPANG00000049235 ENSPANG00000038700 ENSPANG00000038777 ENSPANG00000049174 ENSPANG00000048351 ENSPANG00000044029 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000161691 #11 ENSGT01030000235089 #12 ENSGT00940000154992.b #13 ENSGT00940000161553 #14 ENSGT00920000149157 #15 ENSGT00390000008686.c #16 ENSGT00390000005979.a #17 ENSGT00950000183072.a ENSGT00530000063779.B ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT01020000230359.B ##18 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00950000183099.u.a ##22 ENSGT00940000164532 #21 ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b #22 ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 ENSGT00950000183138.a.a.a #23 ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 1 ENSSVLG00005021379 IP6K1 (ENSSVLG00005021336) GMPPB (ENSSVLG00005021153) AMIGO3 (ENSSVLG00005021129) RNF123 (ENSSVLG00005020644) MST1 (ENSSVLG00005020451) APEH (ENSSVLG00005020366) BSN (ENSSVLG00005020232) ENSSVLG00005020188 DAG1 (ENSSVLG00005020152) NICN1 (ENSSVLG00005020072) AMT (ENSSVLG00005019729) TCTA (ENSSVLG00005019277) RHOA (ENSSVLG00005019199) GPX1 (ENSSVLG00005019095) ENSSVLG00005019055 ##22 USP4 (ENSSVLG00005018952) C3orf62 (ENSSVLG00005018903) IHO1 (ENSSVLG00005018854) C3orf84 (ENSSVLG00005018760) KLHDC8B (ENSSVLG00005018723) CCDC71 (ENSSVLG00005018689) USP19 (ENSSVLG00005018580) QARS1 (ENSSVLG00005017939) ENSSVLG00005017903 QRICH1 (ENSSVLG00005017854) IMPDH2 (ENSSVLG00005017627) NDUFAF3 (ENSSVLG00005017494) DALRD3 (ENSSVLG00005017322) WDR6 (ENSSVLG00005017130) P4HTM (ENSSVLG00005017043) Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Alpin marmot MODERN SPECIES 46 MCIDAS (ENSMMMG00000009257) CCNO (ENSMMMG00000009246) DHX29 (ENSMMMG00000009209) MTREX (ENSMMMG00000009158) PLPP1 (ENSMMMG00000009061) SLC38A9 (ENSMMMG00000009039) DDX4 (ENSMMMG00000008971) IL31RA (ENSMMMG00000008944) IL6ST (ENSMMMG00000008666) ANKRD55 (ENSMMMG00000008634) MAP3K1 (ENSMMMG00000008498) SETD9 (ENSMMMG00000008494) MIER3 (ENSMMMG00000008455) GPBP1 (ENSMMMG00000008405) ACTBL2 (ENSMMMG00000008397) ENSMMMG00000008389 ##22 ENSMMMG00000008369 PLK2 (ENSMMMG00000008351) GAPT (ENSMMMG00000008343) RAB3C (ENSMMMG00000008316) ENSMMMG00000008308 PDE4D (ENSMMMG00000008188) DEPDC1B (ENSMMMG00000008101) ELOVL7 (ENSMMMG00000008082) ERCC8 (ENSMMMG00000008052) NDUFAF2 (ENSMMMG00000008039) ENSMMMG00000008025 ENSMMMG00000008016 ZSWIM6 (ENSMMMG00000007892) ENSMMMG00000007877 ENSMMMG00000007830 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 ENSGT00950000183138.a.a.a #23 ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 ENSGT01100000263542.A #26 ENSGT00390000007888.c.a ##27 ENSGT00940000163271 #29 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00940000156541 #31 ENSGT00940000155697.A #36 ENSGT00390000003571 #35 ENSGT00940000162293 #34 ENSGT00940000156402.B #33 ENSGT00940000159338 ENSGT00940000160407 ENSGT00940000158548 #37 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 30 TOM1 (ENSHGLG00000015296) HMGXB4 (ENSHGLG00000037083) ENSHGLG00000015276 ENSHGLG00000043321 ENSHGLG00000000234 ENSHGLG00000004774 ENSHGLG00000005865 ENSHGLG00000002041 ENSHGLG00000048867 ENSHGLG00000001115 ENSHGLG00000003076 ENSHGLG00000046568 ENSHGLG00000041141 ENSHGLG00000045286 ENSHGLG00000013283 #20 ENSHGLG00000012945 ##22 ENSHGLG00000015915 #23 ENSHGLG00000039683 ENSHGLG00000015869 ENSHGLG00000046086 #24 MYRIP (ENSHGLG00000033941) #24 EIF1B (ENSHGLG00000049723) #25 ENTPD3 (ENSHGLG00000015750) #26 RPL14 (ENSHGLG00000048756) ##27 ENSHGLG00000034341 #29 ENSHGLG00000014689 ENSHGLG00000000673 ENSHGLG00000000693 ENSHGLG00000006868 ACOT12 (ENSHGLG00000006134) ZCCHC9 (ENSHGLG00000041209) Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 ENSGT00950000183138.a.a.a #23 ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 ENSGT01100000263542.A #26 ENSGT00390000007888.c.a ##27 ENSGT00940000163271 #29 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00940000156541 #31 ENSGT00940000155697.A #36 ENSGT00390000003571 #35 ENSGT00940000162293 #34 ENSGT00940000156402.B #33 ENSGT00940000159338 ENSGT00940000160407 ENSGT00940000158548 #37 Guinea pig MODERN SPECIES 7 MAP9 (ENSCPOG00000027185) NPY2R (ENSCPOG00000030180) ENSCPOG00000010284 SMARCA5 (ENSCPOG00000002259) ETFDH (ENSCPOG00000004569) PPID (ENSCPOG00000001046) FNIP2 (ENSCPOG00000009597) C4orf45 (ENSCPOG00000005069) ENSCPOG00000031894 ENSCPOG00000005417 ENSCPOG00000004563 ENSCPOG00000027005 FSTL5 (ENSCPOG00000009103) OR2Y1 (ENSCPOG00000008609) SLC25A38 (ENSCPOG00000032289) #20 ENSCPOG00000008715 ##22 ENSCPOG00000021902 #23 MYRIP (ENSCPOG00000000818) #24 EIF1B (ENSCPOG00000035400) #25 ENTPD3 (ENSCPOG00000026506) #26 RPL14 (ENSCPOG00000030681) ##27 CTNNB1 (ENSCPOG00000002921) #30 ENSCPOG00000039909 #31 TRAK1 (ENSCPOG00000008015) #36 CCK (ENSCPOG00000014533) #35 LYZL4 (ENSCPOG00000023148) #34 VIPR1 (ENSCPOG00000039610) #33 SEC22C (ENSCPOG00000037465) SS18L2 (ENSCPOG00000030688) NKTR (ENSCPOG00000012260) #37 ZBTB47 (ENSCPOG00000025338) Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 ENSGT00950000183138.a.a.a #23 ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 ENSGT01100000263542.A #26 ENSGT00390000007888.c.a ##27 ENSGT00940000163271 #29 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00940000156541 #31 ENSGT00940000155697.A #36 ENSGT00390000003571 #35 ENSGT00940000162293 #34 ENSGT00940000156402.B #33 ENSGT00940000159338 ENSGT00940000160407 ENSGT00940000158548 #37 Long-tailed chinchilla DUPLICATION Long-tailed chinchilla DUPLICATION Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 119 NCAPD3 (ENSCLAG00000015357) JAM3 (ENSCLAG00000017320) IGSF9B (ENSCLAG00000016078) SPATA19 (ENSCLAG00000015533) OPCML (ENSCLAG00000016384) NTM (ENSCLAG00000017213) SNX19 (ENSCLAG00000015600) ADAMTS15 (ENSCLAG00000015866) ADAMTS8 (ENSCLAG00000016322) ZBTB44 (ENSCLAG00000015087) ST14 (ENSCLAG00000014149) APLP2 (ENSCLAG00000014734) PRDM10 (ENSCLAG00000014605) NFRKB (ENSCLAG00000015352) TMEM45B (ENSCLAG00000015305) ENSCLAG00000015289 ##22 BARX2 (ENSCLAG00000014233) ENSCLAG00000015045 ARHGAP32 (ENSCLAG00000017036) KCNJ5 (ENSCLAG00000014061) KCNJ1 (ENSCLAG00000016305) FLI1 (ENSCLAG00000013613) ETS1 (ENSCLAG00000016564) ENSCLAG00000015617 KIRREL3 (ENSCLAG00000016134) ST3GAL4 (ENSCLAG00000016327) DCPS (ENSCLAG00000015708) TIRAP (ENSCLAG00000014439) ENSCLAG00000014019 ENSCLAG00000013314 SRPRA (ENSCLAG00000016839) Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 131 ADD2 (ENSCLAG00000007925) ENSCLAG00000005728 CLEC4F (ENSCLAG00000010446) CD207 (ENSCLAG00000009303) VAX2 (ENSCLAG00000007615) ATP6V1B1 (ENSCLAG00000007116) ANKRD53 (ENSCLAG00000006293) TEX261 (ENSCLAG00000008662) NAGK (ENSCLAG00000007916) PAIP2B (ENSCLAG00000007720) ZNF638 (ENSCLAG00000006418) DYSF (ENSCLAG00000010254) CYP26B1 (ENSCLAG00000009262) EXOC6B (ENSCLAG00000014097) ENSCLAG00000013568 ENSCLAG00000013672 ##22 SPR (ENSCLAG00000017303) EMX1 (ENSCLAG00000014206) SFXN5 (ENSCLAG00000007969) ENSCLAG00000007292 SMYD5 (ENSCLAG00000006061) PRADC1 (ENSCLAG00000015320) ENSCLAG00000006963 FBXO41 (ENSCLAG00000007924) EGR4 (ENSCLAG00000007008) ALMS1 (ENSCLAG00000005052) ENSCLAG00000013225 ENSCLAG00000011873 ENSCLAG00000010601 DUSP11 (ENSCLAG00000008372) TPRKB (ENSCLAG00000007331) Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 138 TEX26 (ENSCLAG00000005302) ENSCLAG00000004125 HSPH1 (ENSCLAG00000004472) ENSCLAG00000017567 B3GLCT (ENSCLAG00000003709) RXFP2 (ENSCLAG00000005864) FRY (ENSCLAG00000005912) ZAR1L (ENSCLAG00000004947) BRCA2 (ENSCLAG00000005830) N4BP2L1 (ENSCLAG00000004721) ENSCLAG00000004607 PDS5B (ENSCLAG00000003381) KL (ENSCLAG00000004704) STARD13 (ENSCLAG00000003814) RFC3 (ENSCLAG00000003664) ENSCLAG00000003179 ##22 MAB21L1 (ENSCLAG00000017521) NBEA (ENSCLAG00000005089) DCLK1 (ENSCLAG00000006827) SOHLH2 (ENSCLAG00000005516) CCDC169 (ENSCLAG00000005286) SPART (ENSCLAG00000005026) CCNA1 (ENSCLAG00000004772) RFXAP (ENSCLAG00000005593) ENSCLAG00000004108 ALG5 (ENSCLAG00000003827) EXOSC8 (ENSCLAG00000003456) ##8 SUPT20H (ENSCLAG00000006314) POSTN (ENSCLAG00000005084) TRPC4 (ENSCLAG00000010452) ENSCLAG00000013090 Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 167 SLC25A38 (ENSODEG00000010361) #20 ENSODEG00000010085 ##22 ENSODEG00000010645 #23 ENSODEG00000010774 #24 EIF1B (ENSODEG00000010883) #25 ENTPD3 (ENSODEG00000010977) #26 ENSODEG00000011439 #30 ENSODEG00000010970 #31 TRAK1 (ENSODEG00000009973) #36 CCK (ENSODEG00000011184) #35 LYZL4 (ENSODEG00000010761) #34 VIPR1 (ENSODEG00000009584) #33 SEC22C (ENSODEG00000009757) SS18L2 (ENSODEG00000011232) NKTR (ENSODEG00000011520) #37 ZBTB47 (ENSODEG00000010242) KLHL40 (ENSODEG00000009760) Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 74 FOXJ1 (ENSODEG00000013249) ENSODEG00000010943 GALR2 (ENSODEG00000010552) ENSODEG00000011522 EVPL (ENSODEG00000011359) CDK3 (ENSODEG00000012120) ACOX1 (ENSODEG00000010668) MRPL38 (ENSODEG00000014002) TRIM47 (ENSODEG00000011870) WBP2 (ENSODEG00000012205) UNC13D (ENSODEG00000011143) UNK (ENSODEG00000010183) GALK1 (ENSODEG00000010024) ITGB4 (ENSODEG00000010119) ENSODEG00000011032 ENSODEG00000009654 ##22 SAP30BP (ENSODEG00000012944) ENSODEG00000011703 ENSODEG00000009885 LLGL2 (ENSODEG00000009892) ENSODEG00000010059 CASKIN2 (ENSODEG00000011820) TMEM94 (ENSODEG00000010291) ENSODEG00000019702 ENSODEG00000010113 SLC25A19 (ENSODEG00000011447) MIF4GD (ENSODEG00000010307) ENSODEG00000011018 GGA3 (ENSODEG00000010399) ENSODEG00000019901 NUP85 (ENSODEG00000011190) Degu MODERN SPECIES 189 Azin1 (ENSODEG00000000999) ENSODEG00000000974 FZD6 (ENSODEG00000000950) ENSODEG00000000941 SLC25A32 (ENSODEG00000000912) DCAF13 (ENSODEG00000000870) ENSODEG00000000845 ENSODEG00000018633 ENSODEG00000000823 RIMS2 (ENSODEG00000001405) DCSTAMP (ENSODEG00000001297) DPYS (ENSODEG00000001258) LRP12 (ENSODEG00000001219) ENSODEG00000001195 ZFPM2 (ENSODEG00000001176) ENSODEG00000001159 ##22 ENSODEG00000001148 ABRA (ENSODEG00000001137) ANGPT1 (ENSODEG00000001121) RSPO2 (ENSODEG00000001099) EIF3E (ENSODEG00000001057) ENSODEG00000001021 ENSODEG00000000993 ENSODEG00000000979 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 71 ENSJJAG00000008503 Cdyl2 (ENSJJAG00000022552) Dynlrb2 (ENSJJAG00000016140) Maf (ENSJJAG00000014133) ENSJJAG00000012328 ENSJJAG00000009899 Clec3a (ENSJJAG00000014430) ##7 Vat1l (ENSJJAG00000023382) ENSJJAG00000020220 Nudt7 (ENSJJAG00000022849) Adamts18 (ENSJJAG00000023870) Mon1b (ENSJJAG00000020620) Cntnap4 (ENSJJAG00000018976) ENSJJAG00000020983 ENSJJAG00000011183 ENSJJAG00000010574 ##22 Terf2ip (ENSJJAG00000021994) Kars (ENSJJAG00000020406) ENSJJAG00000015819 Gabarapl2 (ENSJJAG00000015443) Tmem231 (ENSJJAG00000017433) ENSJJAG00000020308 ENSJJAG00000022826 Cfdp1 (ENSJJAG00000018539) Bcar1 (ENSJJAG00000024316) Zfp1 (ENSJJAG00000019878) Ldhd (ENSJJAG00000015365) Znrf1 (ENSJJAG00000000892) Wdr59 (ENSJJAG00000018356) Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1492 ENSNGAG00000023550 Ccr8 (ENSNGAG00000001261) ##18 Slc25a38 (ENSNGAG00000015299) #20 ENSNGAG00000011176 ##22 Mobp (ENSNGAG00000012190) #23 Myrip (ENSNGAG00000017523) #24 ENSNGAG00000019291 Eif1b (ENSNGAG00000006534) #25 Entpd3 (ENSNGAG00000010485) #26 Rpl14 (ENSNGAG00000010949) ##27 Ctnnb1 (ENSNGAG00000014575) #30 Ulk4 (ENSNGAG00000010866) #31 Trak1 (ENSNGAG00000013571) #36 ENSNGAG00000021398 #35 Lyzl4 (ENSNGAG00000021999) #34 Vipr1 (ENSNGAG00000005571) #33 Sec22c (ENSNGAG00000016202) Ss18l2 (ENSNGAG00000017640) ENSNGAG00000023656 #37 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Golden Hamster MODERN SPECIES 617 Dusp8 (ENSMAUG00000019035) Gm29735 (ENSMAUG00000003401) ENSMAUG00000018707 Ifitm10 (ENSMAUG00000018748) Ctsd (ENSMAUG00000020349) Syt8 (ENSMAUG00000019436) Tnni2 (ENSMAUG00000019059) Lsp1 (ENSMAUG00000018358) Tnnt3 (ENSMAUG00000008239) Mrpl23 (ENSMAUG00000018693) ENSMAUG00000020374 Igf2 (ENSMAUG00000019587) ENSMAUG00000018376 Th (ENSMAUG00000018721) Ascl2 (ENSMAUG00000019079) ENSMAUG00000001826 ##22 Tspan32 (ENSMAUG00000019837) Cd81 (ENSMAUG00000018204) Tssc4 (ENSMAUG00000018732) Trpm5 (ENSMAUG00000018047) Kcnq1 (ENSMAUG00000020417) Cdkn1c (ENSMAUG00000017979) Slc22a18 (ENSMAUG00000019948) Phlda2 (ENSMAUG00000019087) Nap1l4 (ENSMAUG00000019725) Cars (ENSMAUG00000019542) Tnfrsf26 (ENSMAUG00000020091) ENSMAUG00000017790 Osbpl5 (ENSMAUG00000018579) Mrgprg (ENSMAUG00000002319) Mrgpre (ENSMAUG00000019867) Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 382 Fetub (ENSCGRG00001015930) Hrg (ENSCGRG00001000289) ENSCGRG00001018793 Eif4a2 (ENSCGRG00001022442) Rfc4 (ENSCGRG00001003704) Adipoq (ENSCGRG00001004804) St6gal1 (ENSCGRG00001012276) ENSCGRG00001012307 Rtp1 (ENSCGRG00001015248) Masp1 (ENSCGRG00001024632) ENSCGRG00001013991 Sst (ENSCGRG00001017689) Rtp2 (ENSCGRG00001023610) Bcl6 (ENSCGRG00001013589) Gm37419 (ENSCGRG00001011798) ENSCGRG00001019717 ##22 Tprg (ENSCGRG00001021582) Trp63 (ENSCGRG00001009778) P3h2 (ENSCGRG00001021764) Cldn1 (ENSCGRG00001024994) Cldn16 (ENSCGRG00001002709) Tmem207 (ENSCGRG00001007696) ENSCGRG00001009646 Il1rap (ENSCGRG00001017518) Gmnc (ENSCGRG00001014744) Ostn (ENSCGRG00001021571) Uts2b (ENSCGRG00001017532) Ccdc50 (ENSCGRG00001021357) Fgf12 (ENSCGRG00001012908) Mb21d2 (ENSCGRG00001021085) Plaat1 (ENSCGRG00001000460) Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Steppe mouse MODERN SPECIES 3299 Phlda3 (ENSMSIG00000016346) Tnni1 (ENSMSIG00000016248) Lad1 (ENSMSIG00000016232) Tnnt2 (ENSMSIG00000013795) Pkp1 (ENSMSIG00000013746) Igfn1 (ENSMSIG00000013674) ENSMSIG00000013605 Ascl5 (ENSMSIG00000013596) Cacna1s (ENSMSIG00000013188) Kif21b (ENSMSIG00000012992) Mroh3 (ENSMSIG00000012959) Inava (ENSMSIG00000012900) ENSMSIG00000012897 Gpr25 (ENSMSIG00000012892) Camsap2 (ENSMSIG00000012647) ENSMSIG00000012627 ##22 Ddx59 (ENSMSIG00000012596) ENSMSIG00000012582 Kif14 (ENSMSIG00000012445) Zfp281 (ENSMSIG00000012430) ENSMSIG00000012410 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT01000000214434.D ENSGT00940000156210 ENSGT00940000160677 ENSGT00940000161691 #11 ENSGT00940000154992.b #13 ENSGT00940000161553 #14 ENSGT00920000149157 #15 ENSGT00910000148110 ENSGT00390000008686.c #16 ENSGT00390000005979.a #17 ENSGT00950000183072.a ENSGT00530000063779.B ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT00910000146711 #19 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b.n #22 ENSGT00950000183138.a.a.a #23 ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 ENSGT01100000263542.A #26 ENSGT00390000007888.d #27 ENSGT00940000163750 #28 ENSGT00940000163769 ENSGT00940000163271 #29 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00940000156541 #31 ENSGT00940000155697.A #36 ENSGT00390000003571 #35 ENSGT00940000162293 #34 ENSGT00940000156402.B #33 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 50 XYLB (ENSPCOG00000025871) ENSPCOG00000018444 ACVR2B (ENSPCOG00000014529) EXOG (ENSPCOG00000019058) SCN5A (ENSPCOG00000014260) #11 SCN10A (ENSPCOG00000028369) #13 SCN11A (ENSPCOG00000013185) #14 ENSPCOG00000027832 WDR48 (ENSPCOG00000018608) #15 GORASP1 (ENSPCOG00000028402) #16 TTC21A (ENSPCOG00000019544) #17 CSRNP1 (ENSPCOG00000022348) XIRP1 (ENSPCOG00000027825) CX3CR1 (ENSPCOG00000020439) #18 SLC25A38 (ENSPCOG00000020003) #20 ENSPCOG00000010464 ##22 MOBP (ENSPCOG00000019506) #23 MYRIP (ENSPCOG00000015074) #24 EIF1B (ENSPCOG00000020355) #25 ENTPD3 (ENSPCOG00000013333) #26 ENSPCOG00000020291 #27 ZNF619 (ENSPCOG00000028021) #28 ZNF620 (ENSPCOG00000021269) ZNF621 (ENSPCOG00000023394) #29 CTNNB1 (ENSPCOG00000023496) #30 ENSPCOG00000023608 ENSPCOG00000012243 ULK4 (ENSPCOG00000001332) #31 TRAK1 (ENSPCOG00000026497) #36 CCK (ENSPCOG00000013205) #35 LYZL4 (ENSPCOG00000018727) #34 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Orangutan MODERN SPECIES 22 C9orf57 (ENSPPYG00000037311) GDA (ENSPPYG00000019289) ZFAND5 (ENSPPYG00000034270) TMC1 (ENSPPYG00000019291) ALDH1A1 (ENSPPYG00000019292) ANXA1 (ENSPPYG00000019293) RORB (ENSPPYG00000019294) TRPM6 (ENSPPYG00000019295) C9orf40 (ENSPPYG00000036469) CARNMT1 (ENSPPYG00000019298) NMRK1 (ENSPPYG00000019299) ENSPPYG00000032582 OSTF1 (ENSPPYG00000035050) PCSK5 (ENSPPYG00000019301) RFK (ENSPPYG00000019302) ENSPPYG00000019303 ##22 GCNT1 (ENSPPYG00000019304) PRUNE2 (ENSPPYG00000019305) VPS13A (ENSPPYG00000019309) GNA14 (ENSPPYG00000019310) GNAQ (ENSPPYG00000019311) CEP78 (ENSPPYG00000019312) PSAT1 (ENSPPYG00000019313) ENSPPYG00000019314 TLE4 (ENSPPYG00000019315) TLE1 (ENSPPYG00000019316) ENSPPYG00000037427 ENSPPYG00000031794 RASEF (ENSPPYG00000019320) FRMD3 (ENSPPYG00000019321) IDNK (ENSPPYG00000033310) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Sooty mangabey MODERN SPECIES 143 ENSCATG00000040628 ENSCATG00000041919 ENSCATG00000043415 ENSCATG00000033482 ##22 LMBRD1 (ENSCATG00000036208) COL19A1 (ENSCATG00000042450) COL9A1 (ENSCATG00000028556) FAM135A (ENSCATG00000032192) SDHAF4 (ENSCATG00000032791) SMAP1 (ENSCATG00000002544) B3GAT2 (ENSCATG00000041104) OGFRL1 (ENSCATG00000044369) ENSCATG00000044513 RIMS1 (ENSCATG00000015586) ENSCATG00000023513 KCNQ5 (ENSCATG00000024600) ENSCATG00000003513 ENSCATG00000009252 ENSCATG00000008489 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Cebidae DUPLICATION Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b.e ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b.e ##22 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 43 ENSSBOG00000032179 PHAX (ENSSBOG00000019981) TEX43 (ENSSBOG00000023843) LMNB1 (ENSSBOG00000026468) MARCHF3 (ENSSBOG00000023895) C5orf63 (ENSSBOG00000000968) ENSSBOG00000035116 ENSSBOG00000030929 MEGF10 (ENSSBOG00000019175) ENSSBOG00000005225 PRRC1 (ENSSBOG00000020636) CTXN3 (ENSSBOG00000018099) CCDC192 (ENSSBOG00000003863) SLC12A2 (ENSSBOG00000025766) FBN2 (ENSSBOG00000033761) ENSSBOG00000035024 ##22 SLC27A6 (ENSSBOG00000027463) ISOC1 (ENSSBOG00000012430) ADAMTS19 (ENSSBOG00000033328) MINAR2 (ENSSBOG00000035242) CHSY3 (ENSSBOG00000034041) ENSSBOG00000023813 ENSSBOG00000019209 ENSSBOG00000035688 LYRM7 (ENSSBOG00000027841) CDC42SE2 (ENSSBOG00000013031) RAPGEF6 (ENSSBOG00000030625) FNIP1 (ENSSBOG00000034580) MEIKIN (ENSSBOG00000029771) ACSL6 (ENSSBOG00000006212) IL3 (ENSSBOG00000020935) Marmoset MODERN SPECIES 1 SNW1 (ENSCJAG00000016947) ENSCJAG00000038681 ADCK1 (ENSCJAG00000017038) NRXN3 (ENSCJAG00000017061) ENSCJAG00000076512 ENSCJAG00000039244 CEP128 (ENSCJAG00000017088) ENSCJAG00000086407 TSHR (ENSCJAG00000017144) GTF2A1 (ENSCJAG00000017169) STON2 (ENSCJAG00000017200) ENSCJAG00000081737 ENSCJAG00000079097 ENSCJAG00000081074 SEL1L (ENSCJAG00000017220) ENSCJAG00000039894 ##22 ENSCJAG00000061776 ENSCJAG00000073240 ENSCJAG00000078584 ENSCJAG00000070455 GALC (ENSCJAG00000017259) GPR65 (ENSCJAG00000017275) KCNK10 (ENSCJAG00000017280) SPATA7 (ENSCJAG00000017294) PTPN21 (ENSCJAG00000017324) ZC3H14 (ENSCJAG00000017345) EML5 (ENSCJAG00000017438) ENSCJAG00000021920 TTC8 (ENSCJAG00000017543) ENSCJAG00000084353 ENSCJAG00000081280 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b.f ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b.f ##22 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 184 NADSYN1 (ENSSBOG00000019773) DHCR7 (ENSSBOG00000034440) SHANK2 (ENSSBOG00000033655) CTTN (ENSSBOG00000021638) PPFIA1 (ENSSBOG00000020432) FADD (ENSSBOG00000022673) ANO1 (ENSSBOG00000025783) FGF3 (ENSSBOG00000028072) FGF4 (ENSSBOG00000020328) FGF19 (ENSSBOG00000032296) LTO1 (ENSSBOG00000030139) CCND1 (ENSSBOG00000031704) ENSSBOG00000023740 ##22 TPCN2 (ENSSBOG00000036110) MRGPRF (ENSSBOG00000022916) IGHMBP2 (ENSSBOG00000021342) MRPL21 (ENSSBOG00000021429) CPT1A (ENSSBOG00000027234) ENSSBOG00000033953 GAL (ENSSBOG00000018976) PPP6R3 (ENSSBOG00000024673) LRP5 (ENSSBOG00000011522) C11orf24 (ENSSBOG00000021901) ENSSBOG00000017297 KMT5B (ENSSBOG00000018620) ENSSBOG00000014251 CHKA (ENSSBOG00000029779) TCIRG1 (ENSSBOG00000029778) Mas night monkey MODERN SPECIES 575 ENSANAG00000028391 RAB30 (ENSANAG00000029292) DDIAS (ENSANAG00000027765) PRCP (ENSANAG00000022970) ENSANAG00000025100 FAM181B (ENSANAG00000024917) ENSANAG00000020939 TENM4 (ENSANAG00000018618) ENSANAG00000027040 ENSANAG00000023487 NARS2 (ENSANAG00000022061) GAB2 (ENSANAG00000033147) USP35 (ENSANAG00000023780) KCTD21 (ENSANAG00000008887) ALG8 (ENSANAG00000028151) ENSANAG00000035549 ##22 NDUFC2 (ENSANAG00000032706) KCTD14 (ENSANAG00000032585) ENSANAG00000037311 INTS4 (ENSANAG00000005253) AAMDC (ENSANAG00000031884) RSF1 (ENSANAG00000024984) ENSANAG00000010001 AQP11 (ENSANAG00000032006) ENSANAG00000031650 ENSANAG00000029802 PAK1 (ENSANAG00000019562) GDPD4 (ENSANAG00000030211) MYO7A (ENSANAG00000023144) CAPN5 (ENSANAG00000032657) ACER3 (ENSANAG00000031758) Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT01000000214434.D ENSGT00940000156210 ENSGT00940000160677 ENSGT01030000235089 #12 ENSGT00940000161691 #11 ENSGT00940000154992.b #13 ENSGT00940000161553 #14 ENSGT00920000149157 #15 ENSGT00390000008686.c #16 ENSGT00390000005979.a #17 ENSGT00950000183072.a ENSGT00530000063779.B ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT01020000230359.B ##18 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 ENSGT00940000164532 #21 ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b #22 ENSGT00950000183138.a.a.a #23 ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 ENSGT01100000263542.A #26 ENSGT00390000007888.d #27 ENSGT00940000163750 #28 ENSGT00940000163271 #29 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00940000156541 #31 ENSGT00940000155697.A #36 ENSGT00390000003571 #35 ENSGT00940000162293 #34 ENSGT00940000156402.B #33 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 8 EXOG (ENSRFEG00010020468) ENSRFEG00010020438 #12 SCN5A (ENSRFEG00010019149) #11 ENSRFEG00010019010 SCN10A (ENSRFEG00010018579) #13 SCN11A (ENSRFEG00010017881) #14 WDR48 (ENSRFEG00010017783) #15 ENSRFEG00010017628 TTC21A (ENSRFEG00010017551) #17 CSRNP1 (ENSRFEG00010017514) XIRP1 (ENSRFEG00010017465) CX3CR1 (ENSRFEG00010017449) #18 ENSRFEG00010017397 #19 SLC25A38 (ENSRFEG00010017197) #20 ENSRFEG00010017165 #21 ENSRFEG00010017102 ##22 ENSRFEG00010017059 #23 MYRIP (ENSRFEG00010016698) #24 EIF1B (ENSRFEG00010016634) #25 ENTPD3 (ENSRFEG00010016606) #26 RPL14 (ENSRFEG00010016459) #27 ZNF619 (ENSRFEG00010016147) #28 ENSRFEG00010016128 CTNNB1 (ENSRFEG00010015878) #30 ULK4 (ENSRFEG00010015735) #31 TRAK1 (ENSRFEG00010015450) #36 CCK (ENSRFEG00010015389) #35 LYZL4 (ENSRFEG00010015347) #34 VIPR1 (ENSRFEG00010015239) #33 SEC22C (ENSRFEG00010015148) ENSRFEG00010015086 Megabat MODERN SPECIES 1098 SLC25A38 (ENSPVAG00000007792) #20 ENSPVAG00000007794 ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Dog MODERN SPECIES 21 MCM4 (ENSCAFG00845028253) UBE2V2 (ENSCAFG00845028369) ENSCAFG00845028412 ENSCAFG00845028428 EFCAB1 (ENSCAFG00845028482) SNAI2 (ENSCAFG00845028533) PPDPFL (ENSCAFG00845028586) SNTG1 (ENSCAFG00845028965) ENSCAFG00845029197 PXDNL (ENSCAFG00845029236) PCMTD1 (ENSCAFG00845029271) ST18 (ENSCAFG00845029327) ENSCAFG00845024001 RB1CC1 (ENSCAFG00845024092) ENSCAFG00845024539 RPSA (ENSCAFG00845024673) ##22 NPBWR1 (ENSCAFG00845024737) OPRK1 (ENSCAFG00845024764) ENSCAFG00845024824 ATP6V1H (ENSCAFG00845024911) RGS20 (ENSCAFG00845025319) TCEA1 (ENSCAFG00845025526) MRPL15 (ENSCAFG00845026048) SOX17 (ENSCAFG00845026119) RP1 (ENSCAFG00845026159) XKR4 (ENSCAFG00845026228) ENSCAFG00845026256 ENSCAFG00845026276 ENSCAFG00845026296 TMEM68 (ENSCAFG00845026349) TGS1 (ENSCAFG00845026551) Dingo DUPLICATION Dingo MODERN SPECIES 327 DPM2 (ENSCAFG00020015802) PIP5KL1 (ENSCAFG00020015801) ST6GALNAC4 (ENSCAFG00020015799) ST6GALNAC6 (ENSCAFG00020015798) AK1 (ENSCAFG00020015797) ENG (ENSCAFG00020015796) FPGS (ENSCAFG00020015791) ENSCAFG00020015790 CDK9 (ENSCAFG00020015789) SH2D3C (ENSCAFG00020015783) TOR2A (ENSCAFG00020015779) ENSCAFG00020015777 PTRH1 (ENSCAFG00020015776) CFAP157 (ENSCAFG00020015771) STXBP1 (ENSCAFG00020015768) ENSCAFG00020015766 ##22 NIBAN2 (ENSCAFG00020015765) LRSAM1 (ENSCAFG00020015761) ENSCAFG00020015751 ZNF79 (ENSCAFG00020015748) SLC2A8 (ENSCAFG00020015735) GARNL3 (ENSCAFG00020015720) ANGPTL2 (ENSCAFG00020015712) RALGPS1 (ENSCAFG00020015705) ZBTB34 (ENSCAFG00020015695) ZBTB43 (ENSCAFG00020015693) LMX1B (ENSCAFG00020015686) MVB12B (ENSCAFG00020015680) PBX3 (ENSCAFG00020015673) ENSCAFG00020015672 MAPKAP1 (ENSCAFG00020015668) Dingo MODERN SPECIES 30 PRKDC (ENSCAFG00020015315) MCM4 (ENSCAFG00020015359) ENSCAFG00020015365 UBE2V2 (ENSCAFG00020015367) ENSCAFG00020015372 CLXN (ENSCAFG00020015379) SNAI2 (ENSCAFG00020015384) ENSCAFG00020015388 SNTG1 (ENSCAFG00020015399) PXDNL (ENSCAFG00020015420) PCMTD1 (ENSCAFG00020015421) ST18 (ENSCAFG00020015423) ALKAL1 (ENSCAFG00020015436) RB1CC1 (ENSCAFG00020015438) ENSCAFG00020015440 ##22 ENSCAFG00020015441 ENSCAFG00020015442 NPBWR1 (ENSCAFG00020015443) OPRK1 (ENSCAFG00020015444) ENSCAFG00020015447 ATP6V1H (ENSCAFG00020015448) RGS20 (ENSCAFG00020015450) TCEA1 (ENSCAFG00020015451) LYPLA1 (ENSCAFG00020015455) ENSCAFG00020015458 ENSCAFG00020015460 SOX17 (ENSCAFG00020015465) ENSCAFG00020015466 ENSCAFG00020015479 ENSCAFG00020015480 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000012690 #10 ENSGT00940000161691 #11 ENSGT01030000235089 #12 ENSGT00940000154992.b #13 ENSGT00940000161553 #14 ENSGT00920000149157 #15 ENSGT00390000008686.c #16 ENSGT00390000005979.a #17 ENSGT00950000183072.a ENSGT00530000063779.B ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT00910000146711 #19 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00940000164532 #21 ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b #22 ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 ENSGT00950000183138.a.a.a #23 ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 ENSGT01100000263542.A #26 ENSGT00390000007888.d.i.b #27 ENSGT00940000163750 #28 ENSGT00940000163769 ENSGT00940000163271 #29 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00940000156541 #31 ENSGT00940000155697.A #36 ENSGT00390000003571 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Odontoceti ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000161691 #11 ENSGT01030000235089 #12 ENSGT00940000154992.b #13 ENSGT00940000161553 #14 ENSGT00920000149157 #15 ENSGT00390000008686.c #16 ENSGT00390000005979.a #17 ENSGT00950000183072.a ENSGT00530000063779.B ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT00910000146711 #19 ENSGT01020000230359.B ##18 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00940000164532 #21 ENSGT00950000183099.u.b.a.a.a.a.b.b #22 ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 ENSGT00950000183138.a.a.a #23 ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 ENSGT01100000263542.A #26 ENSGT00390000007888.d.i.b #27 ENSGT00940000163750 #28 ENSGT00940000163769 ENSGT00940000163271 #29 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00940000156541 #31 ENSGT00940000155697.A #36 ENSGT00390000003571 #35 ENSGT00940000162293 #34 ENSGT00940000156402.B #33 ENSGT00940000159338 Sperm whale DUPLICATION Sperm whale DUPLICATION Sperm whale MODERN SPECIES 19 CHAF1B (ENSPCTG00005004962) ENSPCTG00005004986 SIM2 (ENSPCTG00005005005) HLCS 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Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000155721 #9 ENSGT00940000153877.h.d.f.a ENSGT00390000012690 #10 ENSGT00940000161691 #11 ENSGT00940000154992.b #13 ENSGT00940000161553 #14 ENSGT00920000149157 #15 ENSGT00390000008686.c #16 ENSGT00390000005979.a #17 ENSGT00950000183072.a ENSGT00530000063779.B ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT01020000230359.B ##18 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00940000164532 #21 ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 ENSGT00950000183138.a.a.a #23 ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 ENSGT01100000263542.A #26 ENSGT00390000007888.d.i.b #27 ENSGT00940000163750 #28 ENSGT00940000163271 #29 ENSGT00940000155471.d.h #30 ENSGT00940000156541 #31 ENSGT00940000165319 ENSGT00940000155697.A #36 ENSGT00390000003571 #35 ENSGT00940000162293 #34 ENSGT00940000156402.B #33 ENSGT00940000159338 Beluga whale MODERN SPECIES 56 BICC1 (ENSDLEG00000006916) ENSDLEG00000006926 HNRNPF (ENSDLEG00000006928) SCN5A (ENSDLEG00000006948) #11 SCN10A (ENSDLEG00000007074) #13 SCN11A 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(ENSMMSG00000024462) TAC4 (ENSMMSG00000024465) KAT7 (ENSMMSG00000024468) FAM117A (ENSMMSG00000024473) SLC35B1 (ENSMMSG00000024476) ENSMMSG00000024479 NXPH3 (ENSMMSG00000024480) NGFR (ENSMMSG00000024482) ENSMMSG00000024484 ##22 PHB1 (ENSMMSG00000024486) ZNF652 (ENSMMSG00000024488) PHOSPHO1 (ENSMMSG00000024489) ABI3 (ENSMMSG00000024491) GNGT2 (ENSMMSG00000024493) ENSMMSG00000024495 B4GALNT2 (ENSMMSG00000024496) ENSMMSG00000024500 IGF2BP1 (ENSMMSG00000024501) GIP (ENSMMSG00000024503) ENSMMSG00000024504 UBE2Z (ENSMMSG00000024505) ATP5MC1 (ENSMMSG00000024506) CALCOCO2 (ENSMMSG00000024509) TTLL6 (ENSMMSG00000024514) Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer MODERN SPECIES 1191 ENSMMSG00000007554 CMIP (ENSMMSG00000006942) GAN (ENSMMSG00000006796) BCO1 (ENSMMSG00000006711) ENSMMSG00000006646 ENSMMSG00000006620 ENSMMSG00000006588 C16orf46 (ENSMMSG00000006560) ENSMMSG00000006535 CENPN (ENSMMSG00000006463) ENSMMSG00000006429 CDYL2 (ENSMMSG00000006390) DYNLRB2 (ENSMMSG00000006363) ENSMMSG00000006336 MAF (ENSMMSG00000006317) ENSMMSG00000006308 ##22 WWOX (ENSMMSG00000006266) CLEC3A (ENSMMSG00000006231) ##7 ENSMMSG00000006218 VAT1L (ENSMMSG00000006188) NUDT7 (ENSMMSG00000006153) ADAMTS18 (ENSMMSG00000006104) MON1B (ENSMMSG00000005961) ENSMMSG00000005926 CNTNAP4 (ENSMMSG00000005783) TERF2IP (ENSMMSG00000005728) KARS1 (ENSMMSG00000005639) ADAT1 (ENSMMSG00000005581) GABARAPL2 (ENSMMSG00000005517) TMEM231 (ENSMMSG00000005452) ENSMMSG00000005423 Siberian musk deer MODERN SPECIES 60 OPRM1 (ENSMMSG00000004891) RGS17 (ENSMMSG00000004836) MTRF1L (ENSMMSG00000004788) FBXO5 (ENSMMSG00000004752) VIP (ENSMMSG00000004730) MYCT1 (ENSMMSG00000004698) SYNE1 (ENSMMSG00000004396) ESR1 (ENSMMSG00000004298) ENSMMSG00000004280 CCDC170 (ENSMMSG00000004253) ARMT1 (ENSMMSG00000004226) RMND1 (ENSMMSG00000004210) ZBTB2 (ENSMMSG00000004198) AKAP12 (ENSMMSG00000004153) MTHFD1L (ENSMMSG00000004101) ENSMMSG00000004073 ##22 PLEKHG1 (ENSMMSG00000004000) IYD (ENSMMSG00000003954) PPP1R14C (ENSMMSG00000003908) ENSMMSG00000003903 ENSMMSG00000003897 ENSMMSG00000003889 ENSMMSG00000003875 ENSMMSG00000003858 ENSMMSG00000003839 LRP11 (ENSMMSG00000003820) PCMT1 (ENSMMSG00000003758) NUP43 (ENSMMSG00000003704) LATS1 (ENSMMSG00000003677) KATNA1 (ENSMMSG00000003646) GINM1 (ENSMMSG00000003620) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 58 ENSGT00940000162395 ENSGT01000000214434.D ENSGT00940000156210 ENSGT00940000160677 ENSGT00940000161691 #11 ENSGT00940000154992.b #13 ENSGT00940000161553 #14 ENSGT00920000149157 #15 ENSGT00390000008686.c #16 ENSGT00390000005979.a #17 ENSGT00950000183072.a ENSGT00530000063779.B ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT01020000230359.B ##18 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 ENSGT00950000183138.a.a.a #23 ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES 2009 ENSGT00940000164532 #21 ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 Armadillo MODERN SPECIES 261 ENSDNOG00000037881 #21 ENSDNOG00000004048 ##22 ENSDNOG00000042639 MYRIP (ENSDNOG00000033417) #24 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 70 ENSGT00510000048324 ENSGT00940000154621.a.b ENSGT00940000154607.b.a ENSGT00940000162395 ENSGT01000000214434.D ENSGT00940000156210 ENSGT00940000160677 ENSGT00940000154992.b #13 ENSGT00920000149157 #15 ENSGT00390000008686.c #16 ENSGT00390000005979.a #17 ENSGT00950000183072.a ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT01020000230359.B ##18 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 ENSGT00950000183138.a.a.a #23 ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 Tenrec MODERN SPECIES 16007 ENSETEG00000018160 ##22 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 67 ENSGT00510000048324 ENSGT00940000154621.a.b ENSGT00940000154607.b.a ENSGT00940000162395 ENSGT01000000214434.D ENSGT00940000156210 ENSGT00940000160677 ENSGT00940000154992.b #13 ENSGT00920000149157 #15 ENSGT00390000008686.c #16 ENSGT00390000005979.a #17 ENSGT00950000183072.a ENSGT01020000230359.A #18 ENSGT01020000230359.B ##18 ENSGT00550000075117 #20 ENSGT00950000183099.u.b.a.b ##22 ENSGT00950000183138.a.a.a #23 ENSGT00950000183138.a.a.b #24 ENSGT00940000160239 #25 Elephant MODERN SPECIES 348 ENSLAFG00000017679 SLC22A13 (ENSLAFG00000001883) SLC22A14 (ENSLAFG00000012847) XYLB (ENSLAFG00000008743) ACVR2B (ENSLAFG00000001488) EXOG (ENSLAFG00000018139) SCN10A (ENSLAFG00000003408) #13 WDR48 (ENSLAFG00000014800) #15 GORASP1 (ENSLAFG00000031872) #16 ENSLAFG00000017984 #17 CSRNP1 (ENSLAFG00000017990) CX3CR1 (ENSLAFG00000004804) #18 CCR8 (ENSLAFG00000006343) ##18 ENSLAFG00000026074 SLC25A38 (ENSLAFG00000011203) #20 ENSLAFG00000032009 ##22 MOBP (ENSLAFG00000029042) #23 MYRIP (ENSLAFG00000001139) #24 EIF1B (ENSLAFG00000001140) #25 Platypus MODERN SPECIES 19 SACM1L (ENSOANG00000006798) LIMD1 (ENSOANG00000006799) LARS2 (ENSOANG00000006800) CDCP1 (ENSOANG00000006804) CLEC3B (ENSOANG00000050797) #7 EXOSC7 (ENSOANG00000049833) #8 ZDHHC3 (ENSOANG00000046871) #9 ENSOANG00000006809 ENSOANG00000045633 #10 KIF15 (ENSOANG00000006810) ENSOANG00000030142 CTNNB1 (ENSOANG00000006811) #30 ULK4 (ENSOANG00000006813) #31 TRAK1 (ENSOANG00000015118) #36 SLC25A38 (ENSOANG00000015119) #20 ENSOANG00000007053 #22 STARD3NL (ENSOANG00000015122) ENSOANG00000044551 ENSOANG00000037005 ENSOANG00000047985 ENSOANG00000041389 ENSOANG00000006575 ENSOANG00000040379 ENSOANG00000028705 ENSOANG00000029497 ENSOANG00000001470 ENSOANG00000048052 ENSOANG00000008474 ENSOANG00000038464 ENSOANG00000005417 VPS41 (ENSOANG00000005418) Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 Common wonbat DUPLICATION Common wonbat MODERN SPECIES 1035 ENSVURG00010007529 ENSVURG00010007516 ENSVURG00010007423 ENSVURG00010007372 ENSVURG00010007345 ENSVURG00010007331 ENSVURG00010007185 ENSVURG00010007138 ENSVURG00010007131 ENSVURG00010007108 ENSVURG00010007091 ENSVURG00010007070 ENSVURG00010007049 ENSVURG00010006995 ENSVURG00010006018 ENSVURG00010005657 ##22 ENSVURG00010005583 ENSVURG00010005507 ENSVURG00010005441 ENSVURG00010005388 ENSVURG00010005374 ENSVURG00010004350 ENSVURG00010004255 ENSVURG00010004209 ENSVURG00010004159 ENSVURG00010004143 ENSVURG00010004059 ENSVURG00010004029 ENSVURG00010003951 ENSVURG00010003943 ENSVURG00010003935 Common wonbat MODERN SPECIES 1035 ENSVURG00010015571 ENSVURG00010015550 ENSVURG00010015501 ENSVURG00010015486 ENSVURG00010015474 ENSVURG00010015455 ENSVURG00010015445 ENSVURG00010015280 ENSVURG00010015242 ENSVURG00010015237 ENSVURG00010015215 ENSVURG00010015157 ENSVURG00010015117 ENSVURG00010015062 ENSVURG00010014008 ENSVURG00010013876 ##22 ENSVURG00010013814 ENSVURG00010006357 ENSVURG00010006012 ENSVURG00010005999 ENSVURG00010005985 ENSVURG00010004924 ENSVURG00010004845 ENSVURG00010004793 ENSVURG00010004057 ENSVURG00010003872 ENSVURG00010003841 ENSVURG00010003768 ENSVURG00010003749 ENSVURG00010003743 ENSVURG00010003528 koala MODERN SPECIES 203 MMADHC (ENSPCIG00000031048) ENSPCIG00000033780 RND3 (ENSPCIG00000016721) ENSPCIG00000020142 ENSPCIG00000020144 TNFAIP6 (ENSPCIG00000009192) RIF1 (ENSPCIG00000009185) NEB (ENSPCIG00000005793) ARL5A (ENSPCIG00000005040) CACNB4 (ENSPCIG00000011289) STAM2 (ENSPCIG00000001302) ENSPCIG00000028317 ##22 FMNL2 (ENSPCIG00000004973) PRPF40A (ENSPCIG00000004943) ARL6IP6 (ENSPCIG00000004934) ENSPCIG00000035350 ENSPCIG00000012281 ENSPCIG00000020793 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 Euarchontoglires DUPLICATION Euarchontoglires DUPLICATION Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.a ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.a ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.a ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.a ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.a ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.a ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.a ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.a ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.a ##22 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.a ##22 Sooty mangabey MODERN SPECIES 397 SLC26A7 (ENSCATG00000031442) ENSCATG00000029754 ENSCATG00000035867 PIP4P2 (ENSCATG00000008201) C8orf88 (ENSCATG00000044291) ENSCATG00000019588 NECAB1 (ENSCATG00000039853) TMEM64 (ENSCATG00000034749) CALB1 (ENSCATG00000041675) DECR1 (ENSCATG00000029838) NBN (ENSCATG00000033051) OSGIN2 (ENSCATG00000036811) RIPK2 (ENSCATG00000042899) ENSCATG00000034840 ##22 MMP16 (ENSCATG00000039014) CNBD1 (ENSCATG00000034178) CNGB3 (ENSCATG00000030165) CPNE3 (ENSCATG00000038568) RMDN1 (ENSCATG00000015442) WWP1 (ENSCATG00000031449) SLC7A13 (ENSCATG00000041991) ATP6V0D2 (ENSCATG00000032520) PSKH2 (ENSCATG00000035667) ENSCATG00000037505 CA2 (ENSCATG00000031921) CA3 (ENSCATG00000035345) CA1 (ENSCATG00000044678) CA13 (ENSCATG00000044249) RBIS (ENSCATG00000028244) Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.a ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.a ##22 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 17 CALML4 (ENSMFAG00000036145) FEM1B (ENSMFAG00000064469) ITGA11 (ENSMFAG00000001090) CORO2B (ENSMFAG00000030894) ANP32A (ENSMFAG00000043083) ENSMFAG00000050608 SPESP1 (ENSMFAG00000043000) NOX5 (ENSMFAG00000000728) ENSMFAG00000063916 GLCE (ENSMFAG00000045812) ENSMFAG00000059741 PAQR5 (ENSMFAG00000040350) KIF23 (ENSMFAG00000041684) RPLP1 (ENSMFAG00000000366) TLE3 (ENSMFAG00000003282) ENSMFAG00000035945 ##22 UACA (ENSMFAG00000035966) ENSMFAG00000063290 LARP6 (ENSMFAG00000035507) LRRC49 (ENSMFAG00000035613) THAP10 (ENSMFAG00000035940) ENSMFAG00000035955 THSD4 (ENSMFAG00000004078) NR2E3 (ENSMFAG00000035959) MYO9A (ENSMFAG00000023157) ENSMFAG00000040220 SENP8 (ENSMFAG00000004993) GRAMD2A (ENSMFAG00000034562) ENSMFAG00000044507 PARP6 (ENSMFAG00000000225) CELF6 (ENSMFAG00000002682) Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.a ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.a ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.a ##22 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.a ##22 Pan ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.a ##22 Chimpanzee MODERN SPECIES 16 SLC22A14 (ENSPTRG00000014757) XYLB (ENSPTRG00000014758) ACVR2B (ENSPTRG00000014760) EXOG (ENSPTRG00000014761) ENSPTRG00000048292 SCN5A (ENSPTRG00000014762) #11 SCN10A (ENSPTRG00000014763) #13 SCN11A (ENSPTRG00000014764) #14 WDR48 (ENSPTRG00000014765) #15 GORASP1 (ENSPTRG00000014766) #16 TTC21A (ENSPTRG00000014767) #17 CSRNP1 (ENSPTRG00000014768) XIRP1 (ENSPTRG00000014770) CX3CR1 (ENSPTRG00000014771) #18 SLC25A38 (ENSPTRG00000014772) #20 ENSPTRG00000022841 ##22 MOBP (ENSPTRG00000034021) #23 ENSPTRG00000048405 MYRIP (ENSPTRG00000014775) #24 EIF1B (ENSPTRG00000014776) #25 ENTPD3 (ENSPTRG00000014777) #26 RPL14 (ENSPTRG00000011963) ##27 ZNF619 (ENSPTRG00000014779) #28 ZNF620 (ENSPTRG00000014780) ZNF621 (ENSPTRG00000044761) #29 ENSPTRG00000048833 CTNNB1 (ENSPTRG00000023062) #30 ULK4 (ENSPTRG00000014788) #31 ENSPTRG00000045569 ENSPTRG00000045455 TRAK1 (ENSPTRG00000014789) #36 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.a ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.a ##22 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.a ##22 Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 359 ENSPSMG00000015648 DCT (ENSPSMG00000015638) TGDS (ENSPSMG00000015614) GPR180 (ENSPSMG00000015581) SOX21 (ENSPSMG00000015568) ABCC4 (ENSPSMG00000015535) ENSPSMG00000015361 ##22 CLDN10 (ENSPSMG00000015350) DZIP1 (ENSPSMG00000015335) DNAJC3 (ENSPSMG00000015262) UGGT2 (ENSPSMG00000015174) HS6ST3 (ENSPSMG00000015011) ENSPSMG00000015005 OXGR1 (ENSPSMG00000015004) ENSPSMG00000015001 MBNL2 (ENSPSMG00000014968) RAP2A (ENSPSMG00000014873) IPO5 (ENSPSMG00000014841) FARP1 (ENSPSMG00000014582) STK24 (ENSPSMG00000014388) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.b ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.b ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.b ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.b ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.b ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.b ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.b ##22 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.b ##22 Sooty mangabey MODERN SPECIES 570 PPIG (ENSCATG00000032109) CFAP210 (ENSCATG00000035489) PHOSPHO2 (ENSCATG00000003608) KLHL23 (ENSCATG00000031017) SSB (ENSCATG00000036701) METTL5 (ENSCATG00000030294) UBR3 (ENSCATG00000016590) MYO3B (ENSCATG00000039840) SP5 (ENSCATG00000041697) ENSCATG00000021621 GAD1 (ENSCATG00000021159) GORASP2 (ENSCATG00000041815) ##16 ENSCATG00000030565 METTL8 (ENSCATG00000041402) DCAF17 (ENSCATG00000033362) ENSCATG00000041682 ##22 CYBRD1 (ENSCATG00000035346) DYNC1I2 (ENSCATG00000029930) SLC25A12 (ENSCATG00000036790) HAT1 (ENSCATG00000044185) METAP1D (ENSCATG00000044416) DLX1 (ENSCATG00000037027) DLX2 (ENSCATG00000024031) ITGA6 (ENSCATG00000037277) PDK1 (ENSCATG00000035483) RAPGEF4 (ENSCATG00000033510) ENSCATG00000036110 MAP3K20 (ENSCATG00000038986) CDCA7 (ENSCATG00000035553) ENSCATG00000036945 SP3 (ENSCATG00000028784) Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.b ##22 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2527 ENSRBIG00000041746 ##22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.b ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.b ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.b ##22 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.b ##22 Pan ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.b ##22 Chimpanzee MODERN SPECIES 14 ENSPTRG00000051789 PAPOLG (ENSPTRG00000011948) REL (ENSPTRG00000011949) ENSPTRG00000048311 PUS10 (ENSPTRG00000011951) PEX13 (ENSPTRG00000011952) SANBR (ENSPTRG00000011954) C2AH2orf74 (ENSPTRG00000033941) ENSPTRG00000023268 ENSPTRG00000050629 USP34 (ENSPTRG00000011959) XPO1 (ENSPTRG00000011962) FAM161A (ENSPTRG00000011964) CCT4 (ENSPTRG00000011965) COMMD1 (ENSPTRG00000011966) ENSPTRG00000045695 ##22 B3GNT2 (ENSPTRG00000051560) TMEM17 (ENSPTRG00000011968) EHBP1 (ENSPTRG00000011969) OTX1 (ENSPTRG00000011972) WDPCP (ENSPTRG00000024270) MDH1 (ENSPTRG00000011974) ENSPTRG00000046466 ENSPTRG00000048626 UGP2 (ENSPTRG00000011976) VPS54 (ENSPTRG00000011978) PELI1 (ENSPTRG00000023869) LGALSL (ENSPTRG00000047293) AFTPH (ENSPTRG00000011983) ENSPTRG00000045952 SERTAD2 (ENSPTRG00000030469) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.b ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.b ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.b ##22 Capuchin MODERN SPECIES 50 CCDC125 (ENSCCAG00000025219) AK6 (ENSCCAG00000021405) RAD17 (ENSCCAG00000037823) MARVELD2 (ENSCCAG00000029566) ENSCCAG00000031439 ENSCCAG00000019925 OCLN (ENSCCAG00000021176) ENSCCAG00000031800 ENSCCAG00000018127 SERF1B (ENSCCAG00000031324) BDP1 (ENSCCAG00000033596) MCCC2 (ENSCCAG00000033706) ENSCCAG00000020273 CARTPT (ENSCCAG00000021730) ENSCCAG00000026040 ENSCCAG00000033067 ##22 MAP1B (ENSCCAG00000025393) MRPS27 (ENSCCAG00000030550) ENSCCAG00000029389 ZNF366 (ENSCCAG00000021177) TNPO1 (ENSCCAG00000026472) FCHO2 (ENSCCAG00000020869) TMEM171 (ENSCCAG00000032407) TMEM174 (ENSCCAG00000026904) FOXD1 (ENSCCAG00000006678) ENSCCAG00000033236 ANKRA2 (ENSCCAG00000033227) UTP15 (ENSCCAG00000033397) ARHGEF28 (ENSCCAG00000030516) ENC1 (ENSCCAG00000017658) HEXB (ENSCCAG00000025903) Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.b ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.b ##22 Mouse lemur DUPLICATION Mouse lemur MODERN SPECIES 28 UBE3D (ENSMICG00000006683) TPBG (ENSMICG00000046765) IBTK (ENSMICG00000005321) TENT5A (ENSMICG00000006596) ENSMICG00000033445 BCKDHB (ENSMICG00000003277) TTK (ENSMICG00000003271) LCA5 (ENSMICG00000014607) ELOVL4 (ENSMICG00000026958) SH3BGRL2 (ENSMICG00000037578) HMGN3 (ENSMICG00000012580) PHIP (ENSMICG00000000134) IRAK1BP1 (ENSMICG00000044942) MEI4 (ENSMICG00000038415) HTR1B (ENSMICG00000012414) ENSMICG00000029528 ##22 IMPG1 (ENSMICG00000012422) MYO6 (ENSMICG00000012391) SENP6 (ENSMICG00000005250) FILIP1 (ENSMICG00000031943) TMEM30A (ENSMICG00000015757) COX7A2 (ENSMICG00000015747) COL12A1 (ENSMICG00000015681) CD109 (ENSMICG00000009612) SLC17A5 (ENSMICG00000016403) ENSMICG00000037627 MTO1 (ENSMICG00000032161) CGAS (ENSMICG00000046397) DDX43 (ENSMICG00000017145) OOEP (ENSMICG00000035829) KHDC3L (ENSMICG00000045560) Mouse lemur MODERN SPECIES 24 ENSMICG00000029978 CHODL (ENSMICG00000001940) TMPRSS15 (ENSMICG00000001943) NCAM2 (ENSMICG00000001626) ENSMICG00000000112 MRPL39 (ENSMICG00000006324) JAM2 (ENSMICG00000006332) ATP5PF (ENSMICG00000006338) GABPA (ENSMICG00000006341) ENSMICG00000032468 APP (ENSMICG00000001468) CYYR1 (ENSMICG00000032849) ADAMTS1 (ENSMICG00000038550) ADAMTS5 (ENSMICG00000012538) ENSMICG00000034032 ENSMICG00000041622 ##22 N6AMT1 (ENSMICG00000045182) LTN1 (ENSMICG00000002822) RWDD2B (ENSMICG00000034054) USP16 (ENSMICG00000031747) CCT8 (ENSMICG00000002601) MAP3K7CL (ENSMICG00000038209) BACH1 (ENSMICG00000030387) GRIK1 (ENSMICG00000000648) ENSMICG00000000669 ENSMICG00000047432 ENSMICG00000000670 KRTAP19-7 (ENSMICG00000031600) KRTAP6-2 (ENSMICG00000034660) KRTAP6-1 (ENSMICG00000034583) KRTAP11-1 (ENSMICG00000010543) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.b ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.b ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.b ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.c.b ##22 Northern American deer mouse MODERN SPECIES ENSPEMG00000026788 ENSPEMG00000019774 ENSPEMG00000026755 ENSPEMG00000014034 1600014C10Rik (ENSPEMG00000030733) Ccne1 (ENSPEMG00000020299) Uri1 (ENSPEMG00000021114) Zfp536 (ENSPEMG00000014198) Tshz3 (ENSPEMG00000024219) Zfp507 (ENSPEMG00000023579) Dpy19l3 (ENSPEMG00000020636) Pdcd5 (ENSPEMG00000005766) Ankrd27 (ENSPEMG00000020526) Rgs9bp (ENSPEMG00000001852) Nudt19 (ENSPEMG00000020519) ENSPEMG00000022578 ##22 Tdrd12 (ENSPEMG00000009233) Slc7a9 (ENSPEMG00000020346) Cep89 (ENSPEMG00000020557) Faap24 (ENSPEMG00000021083) Rhpn2 (ENSPEMG00000020482) Gpatch1 (ENSPEMG00000000636) ENSPEMG00000024856 Lrp3 (ENSPEMG00000000320) Slc7a10 (ENSPEMG00000007269) ENSPEMG00000020956 Cebpg (ENSPEMG00000002139) Pepd (ENSPEMG00000021596) Chst8 (ENSPEMG00000020376) Kctd15 (ENSPEMG00000007336) Lsm14a (ENSPEMG00000013718) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Tarsier MODERN SPECIES 5239 ENSTSYG00000012713 PREX2 (ENSTSYG00000012893) ENSTSYG00000025673 ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Golden snub-nosed monkey DUPLICATION Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1246 ENSRROG00000029143 ##22 Golden snub-nosed monkey DUPLICATION Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1983 ENSRROG00000043349 KLRB1 (ENSRROG00000040177) ENSRROG00000039611 DDX11 (ENSRROG00000042965) ENSRROG00000040071 PZP (ENSRROG00000036968) KLRG1 (ENSRROG00000042899) M6PR (ENSRROG00000040189) PHC1 (ENSRROG00000038246) A2ML1 (ENSRROG00000036769) ENSRROG00000032902 MFAP5 (ENSRROG00000008374) ENSRROG00000032310 AICDA (ENSRROG00000032866) ENSRROG00000039525 ENSRROG00000027291 ##22 CLEC4E (ENSRROG00000037092) CLEC4D (ENSRROG00000043601) ENSRROG00000043127 CLEC6A (ENSRROG00000033999) CLEC4A (ENSRROG00000029248) NECAP1 (ENSRROG00000043387) FOXJ2 (ENSRROG00000032303) SLC2A3 (ENSRROG00000045454) ENSRROG00000013447 ENSRROG00000026127 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2348 ENSRROG00000017773 ZCRB1 (ENSRROG00000033546) ENSRROG00000038454 PRICKLE1 (ENSRROG00000040297) ENSRROG00000029864 ADAMTS20 (ENSRROG00000040368) ENSRROG00000042321 ENSRROG00000036827 ENSRROG00000037198 PUS7L (ENSRROG00000042069) ENSRROG00000039276 ##22 IRAK4 (ENSRROG00000036588) TWF1 (ENSRROG00000038875) Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 77 CALML4 (ENSMNEG00000033193) CLN6 (ENSMNEG00000034743) FEM1B (ENSMNEG00000033491) ITGA11 (ENSMNEG00000031314) CORO2B (ENSMNEG00000028626) ANP32A (ENSMNEG00000043179) ENSMNEG00000038547 SPESP1 (ENSMNEG00000024286) NOX5 (ENSMNEG00000032218) ENSMNEG00000024626 GLCE (ENSMNEG00000039663) PAQR5 (ENSMNEG00000008177) KIF23 (ENSMNEG00000028825) ENSMNEG00000003053 TLE3 (ENSMNEG00000036112) ENSMNEG00000043028 ##22 UACA (ENSMNEG00000035153) LARP6 (ENSMNEG00000045335) THAP10 (ENSMNEG00000005916) LRRC49 (ENSMNEG00000042140) ENSMNEG00000037018 THSD4 (ENSMNEG00000043215) NR2E3 (ENSMNEG00000033560) ENSMNEG00000013743 ENSMNEG00000008553 ENSMNEG00000021812 MYO9A (ENSMNEG00000028084) SENP8 (ENSMNEG00000020528) GRAMD2A (ENSMNEG00000044002) ENSMNEG00000037155 PARP6 (ENSMNEG00000038479) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 103 ENSGT00950000182925.D.a.b.a.b ENSGT00940000155148.b.u ENSGT00940000154103.b ENSGT00530000063529.B ENSGT00940000153902.b ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 ENSGT00940000162717 ENSGT00950000182870.a.a.b.i.b ENSGT00390000018389 ENSGT00940000159316 ENSGT00390000014785 ENSGT01090000260082.d.a.a.a.a ENSGT00390000009004.bb ENSGT00390000001432 ENSGT00910000147166 ENSGT00940000164579.i.a ENSGT00940000153336.e.a.a.a.b.a.b ENSGT00940000158517 ENSGT00940000154370.pc.u.a ENSGT00940000153259.a.a.a.b ENSGT00940000155516 Drill MODERN SPECIES 1445 ARHGEF9 (ENSMLEG00000027738) AMER1 (ENSMLEG00000036881) ASB12 (ENSMLEG00000038058) ENSMLEG00000029787 ##22 MTMR8 (ENSMLEG00000042315) ENSMLEG00000037922 Sooty mangabey DUPLICATION Sooty mangabey MODERN SPECIES 653 SPIN4 (ENSCATG00000015150) ENSCATG00000035493 ARHGEF9 (ENSCATG00000041317) AMER1 (ENSCATG00000011589) ASB12 (ENSCATG00000003007) ENSCATG00000016014 ##22 MTMR8 (ENSCATG00000006159) ENSCATG00000022049 ZC4H2 (ENSCATG00000036449) ZC3H12B (ENSCATG00000044845) LAS1L (ENSCATG00000033406) MSN (ENSCATG00000034907) ENSCATG00000029533 VSIG4 (ENSCATG00000039768) ENSCATG00000027914 ENSCATG00000039029 HEPH (ENSCATG00000037485) ENSCATG00000012427 EDA2R (ENSCATG00000026223) ENSCATG00000034497 AR (ENSCATG00000030680) Sooty mangabey MODERN SPECIES 129 ENSCATG00000043436 ENSCATG00000043420 CLASP1 (ENSCATG00000039063) TFCP2L1 (ENSCATG00000044361) GLI2 (ENSCATG00000034671) INHBB (ENSCATG00000010576) ENSCATG00000006617 RALB (ENSCATG00000039216) ENSCATG00000036400 EPB41L5 (ENSCATG00000040081) ENSCATG00000035581 PTPN4 (ENSCATG00000030920) ENSCATG00000012333 ENSCATG00000014934 CFAP221 (ENSCATG00000020702) ENSCATG00000032201 ##22 SCTR (ENSCATG00000035610) TMEM37 (ENSCATG00000029551) ENSCATG00000041961 C2orf76 (ENSCATG00000031880) STEAP3 (ENSCATG00000039809) C1QL2 (ENSCATG00000041576) MARCO (ENSCATG00000008042) EN1 (ENSCATG00000040038) INSIG2 (ENSCATG00000040525) CCDC93 (ENSCATG00000041614) ENSCATG00000036756 DDX18 (ENSCATG00000036838) Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Gibbon MODERN SPECIES 11 CCDC112 (ENSNLEG00000011753) ENSNLEG00000034911 FEM1C (ENSNLEG00000011770) TICAM2 (ENSNLEG00000011774) ENSNLEG00000034479 CDO1 (ENSNLEG00000027852) ENSNLEG00000031512 AP3S1 (ENSNLEG00000027249) LVRN (ENSNLEG00000034383) ARL14EPL (ENSNLEG00000035776) COMMD10 (ENSNLEG00000026562) ENSNLEG00000033349 SEMA6A (ENSNLEG00000011779) ENSNLEG00000035368 ENSNLEG00000031042 ENSNLEG00000030536 ##22 DTWD2 (ENSNLEG00000011825) DMXL1 (ENSNLEG00000011838) TNFAIP8 (ENSNLEG00000011925) HSD17B4 (ENSNLEG00000011926) FAM170A (ENSNLEG00000011943) ENSNLEG00000034199 PRR16 (ENSNLEG00000011947) ENSNLEG00000031918 ENSNLEG00000027706 FTMT (ENSNLEG00000018895) ENSNLEG00000032909 SRFBP1 (ENSNLEG00000011949) LOX (ENSNLEG00000011966) ENSNLEG00000011997 SNCAIP (ENSNLEG00000011998) Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Gorilla MODERN SPECIES 5 ENSGGOG00000036646 IFI27 (ENSGGOG00000006752) IFI27L2 (ENSGGOG00000007541) PPP4R4 (ENSGGOG00000008944) SERPINA10 (ENSGGOG00000002795) SERPINA6 (ENSGGOG00000007882) ENSGGOG00000007886 SERPINA1 (ENSGGOG00000007890) SERPINA11 (ENSGGOG00000004055) SERPINA9 (ENSGGOG00000008775) SERPINA12 (ENSGGOG00000006345) SERPINA4 (ENSGGOG00000016990) SERPINA5 (ENSGGOG00000001864) SERPINA3 (ENSGGOG00000000680) ENSGGOG00000041740 ENSGGOG00000042527 ##22 GSC (ENSGGOG00000007819) DICER1 (ENSGGOG00000003760) CLMN (ENSGGOG00000011499) SYNE3 (ENSGGOG00000013332) GLRX5 (ENSGGOG00000007566) ENSGGOG00000023624 ENSGGOG00000041856 TCL1B (ENSGGOG00000013671) TCL1A (ENSGGOG00000004037) ENSGGOG00000026178 ENSGGOG00000038509 ENSGGOG00000042465 BDKRB2 (ENSGGOG00000013467) ENSGGOG00000039063 ENSGGOG00000013472 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Pan ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00390000013163 ENSGT00530000064312 ENSGT00940000161876 ENSGT00400000023784 ENSGT00740000116871 ENSGT00530000064225 ENSGT00940000162856 ENSGT00510000048608 ENSGT00390000011484 ENSGT00420000029848.B ENSGT00530000064228 ENSGT00940000153713.B.d ENSGT01030000234527.A.a.b.b.a ENSGT00940000158185 ENSGT00950000182864.a.b.b.a.b.a.b ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 ENSGT01030000234518.A.a.b ENSGT00940000157770 ENSGT00940000160880 ENSGT00510000046929.b ENSGT00390000012163 ENSGT00940000160864 ENSGT00530000063666.a.m.b ENSGT00940000160067 ENSGT00940000158849 ENSGT00950000182810.A.b ENSGT00390000004524.c.a.a.b.a.b ENSGT00940000156071 ENSGT00940000153168.C.a.a ENSGT00390000009781 ENSGT00910000147098 Chimpanzee MODERN SPECIES 18 FBXO38 (ENSPTRG00000017388) SPINK9 (ENSPTRG00000028533) SPINK7 (ENSPTRG00000017387) SPINK13 (ENSPTRG00000034142) MARCOL (ENSPTRG00000051181) SPINK6 (ENSPTRG00000017386) SPINK14 (ENSPTRG00000022988) SPINK5 (ENSPTRG00000043281) C5H5orf46 (ENSPTRG00000017384) SCGB3A2 (ENSPTRG00000017383) SPINK1 (ENSPTRG00000017382) JAKMIP2 (ENSPTRG00000017381) DPYSL3 (ENSPTRG00000017380) STK32A (ENSPTRG00000017379) PPP2R2B (ENSPTRG00000017377) ENSPTRG00000028538 ##22 GPR151 (ENSPTRG00000017376) TCERG1 (ENSPTRG00000017375) POU4F3 (ENSPTRG00000017374) RBM27 (ENSPTRG00000017373) LARS1 (ENSPTRG00000017372) PLAC8L1 (ENSPTRG00000017370) ENSPTRG00000049462 SH3RF2 (ENSPTRG00000017369) GRXCR2 (ENSPTRG00000028540) PRELID2 (ENSPTRG00000017368) KCTD16 (ENSPTRG00000017366) YIPF5 (ENSPTRG00000017365) HMHB1 (ENSPTRG00000048752) ENSPTRG00000049901 NR3C1 (ENSPTRG00000017363) Bonobo DUPLICATION Bonobo MODERN SPECIES 18 ADRB2 (ENSPPAG00000036592) HTR4 (ENSPPAG00000040790) FBXO38 (ENSPPAG00000016960) ENSPPAG00000039891 SPINK7 (ENSPPAG00000037231) SPINK13 (ENSPPAG00000026789) SPINK6 (ENSPPAG00000037222) SPINK14 (ENSPPAG00000043145) SPINK5 (ENSPPAG00000040944) C5orf46 (ENSPPAG00000041880) SCGB3A2 (ENSPPAG00000036296) JAKMIP2 (ENSPPAG00000041169) DPYSL3 (ENSPPAG00000035370) STK32A (ENSPPAG00000028058) PPP2R2B (ENSPPAG00000042867) ENSPPAG00000037880 ##22 GPR151 (ENSPPAG00000016556) TCERG1 (ENSPPAG00000033605) POU4F3 (ENSPPAG00000043642) RBM27 (ENSPPAG00000039646) LARS1 (ENSPPAG00000027964) PLAC8L1 (ENSPPAG00000036320) ENSPPAG00000013764 SH3RF2 (ENSPPAG00000042408) GRXCR2 (ENSPPAG00000020105) PRELID2 (ENSPPAG00000030896) ENSPPAG00000043741 KCTD16 (ENSPPAG00000039008) YIPF5 (ENSPPAG00000041251) ENSPPAG00000038465 NR3C1 (ENSPPAG00000039198) Bonobo MODERN SPECIES 12 KRTAP7-1 (ENSPPAG00000032653) KRTAP8-1 (ENSPPAG00000032139) KRTAP21-1 (ENSPPAG00000030330) KRTAP6-1 (ENSPPAG00000032430) KRTAP22-1 (ENSPPAG00000032266) KRTAP6-2 (ENSPPAG00000032330) ENSPPAG00000030209 KRTAP22-2 (ENSPPAG00000030023) KRTAP19-5 (ENSPPAG00000032202) KRTAP19-3 (ENSPPAG00000032888) KRTAP13-1 (ENSPPAG00000032574) KRTAP27-1 (ENSPPAG00000032584) KRTAP26-1 (ENSPPAG00000032463) KRTAP24-1 (ENSPPAG00000032425) CLDN8 (ENSPPAG00000032826) ENSPPAG00000027944 ##22 CLDN17 (ENSPPAG00000032609) GRIK1 (ENSPPAG00000032151) BACH1 (ENSPPAG00000028985) ENSPPAG00000028382 CCT8 (ENSPPAG00000025556) USP16 (ENSPPAG00000018521) RWDD2B (ENSPPAG00000016990) ENSPPAG00000013965 LTN1 (ENSPPAG00000006486) ENSPPAG00000001653 N6AMT1 (ENSPPAG00000034453) ENSPPAG00000020443 ENSPPAG00000040910 ADAMTS5 (ENSPPAG00000037965) ADAMTS1 (ENSPPAG00000002375) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Marmoset MODERN SPECIES 1 PSTPIP1 (ENSCJAG00000011058) TSPAN3 (ENSCJAG00000011087) PEAK1 (ENSCJAG00000011124) ENSCJAG00000075009 HMG20A (ENSCJAG00000011131) LINGO1 (ENSCJAG00000011159) ENSCJAG00000043801 ENSCJAG00000049802 ENSCJAG00000066491 ENSCJAG00000038494 ENSCJAG00000067731 ENSCJAG00000084101 ODF3L1 (ENSCJAG00000079718) CSPG4 (ENSCJAG00000046088) SNX33 (ENSCJAG00000004860) ENSCJAG00000083757 ##22 IMP3 (ENSCJAG00000044585) ENSCJAG00000077991 ENSCJAG00000011168 ENSCJAG00000070278 ENSCJAG00000015481 SIN3A (ENSCJAG00000015537) PTPN9 (ENSCJAG00000015619) C15orf39 (ENSCJAG00000044594) ENSCJAG00000086377 ENSCJAG00000015648 SCAMP5 (ENSCJAG00000015635) ENSCJAG00000081759 RPP25 (ENSCJAG00000043872) ENSCJAG00000015613 FAM219B (ENSCJAG00000015600) Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Capuchin MODERN SPECIES 266 TEAD2 (ENSCCAG00000030155) ENSCCAG00000022912 KASH5 (ENSCCAG00000029552) PTH2 (ENSCCAG00000026177) GFY (ENSCCAG00000030107) SLC17A7 (ENSCCAG00000026447) PIH1D1 (ENSCCAG00000027317) ALDH16A1 (ENSCCAG00000012874) FLT3LG (ENSCCAG00000001876) RPL13A (ENSCCAG00000022898) RPS11 (ENSCCAG00000037559) FCGRT (ENSCCAG00000030152) RCN3 (ENSCCAG00000035673) NOSIP (ENSCCAG00000038048) ENSCCAG00000024935 ENSCCAG00000036590 ##22 ENSCCAG00000007585 ENSCCAG00000024034 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Mouse lemur MODERN SPECIES 27 ENSMICG00000044564 ENSMICG00000044796 ENSMICG00000033487 ENSMICG00000008357 PTPRJ (ENSMICG00000005145) ENSMICG00000036331 ENSMICG00000032012 ENSMICG00000003903 ENSMICG00000008279 ENSMICG00000048041 ENSMICG00000002840 ENSMICG00000045888 NUP160 (ENSMICG00000011344) FNBP4 (ENSMICG00000011329) AGBL2 (ENSMICG00000011310) ENSMICG00000034382 ##22 ENSMICG00000005314 MTCH2 (ENSMICG00000027810) FAM180B (ENSMICG00000001091) NDUFS3 (ENSMICG00000045989) KBTBD4 (ENSMICG00000001087) PTPMT1 (ENSMICG00000028273) CELF1 (ENSMICG00000045113) ENSMICG00000043341 RAPSN (ENSMICG00000007148) PSMC3 (ENSMICG00000007138) SLC39A13 (ENSMICG00000007125) SPI1 (ENSMICG00000007120) MYBPC3 (ENSMICG00000007096) MADD (ENSMICG00000007074) NR1H3 (ENSMICG00000007066) Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 1730 ENSPSMG00000010303 ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Rabbit MODERN SPECIES 5 FZR1 (ENSOCUG00000014987) ENSOCUG00000025967 ENSOCUG00000023181 GOLIM4 (ENSOCUG00000005409) ENSOCUG00000029708 SERPINI1 (ENSOCUG00000017509) PDCD10 (ENSOCUG00000015413) WDR49 (ENSOCUG00000009788) SERPINI2 (ENSOCUG00000009783) ZBBX (ENSOCUG00000016778) ENSOCUG00000028097 BCHE (ENSOCUG00000008068) SLITRK3 (ENSOCUG00000003087) SI (ENSOCUG00000003878) ENSOCUG00000027574 ENSOCUG00000032782 ##22 ENSOCUG00000037303 OTOL1 (ENSOCUG00000027063) ENSOCUG00000021142 SPTSSB (ENSOCUG00000024536) NMD3 (ENSOCUG00000017454) ENSOCUG00000022150 ENSOCUG00000031531 ENSOCUG00000031137 PPM1L (ENSOCUG00000001173) ENSOCUG00000011861 ARL14 (ENSOCUG00000021985) KPNA4 (ENSOCUG00000001818) TRIM59 (ENSOCUG00000031294) SMC4 (ENSOCUG00000014835) IFT80 (ENSOCUG00000014825) Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Alpin marmot MODERN SPECIES 57 RBP3 (ENSMMMG00000019450) ENSMMMG00000019465 ENSMMMG00000019475 ALOX5 (ENSMMMG00000019477) OR13A1 (ENSMMMG00000019515) ENSMMMG00000019520 ENSMMMG00000019527 ZNF22 (ENSMMMG00000019530) RASSF4 (ENSMMMG00000019532) DEPP1 (ENSMMMG00000019540) TMEM72 (ENSMMMG00000019544) CXCL12 (ENSMMMG00000019552) ZNF32 (ENSMMMG00000019596) ENSMMMG00000019599 ENSMMMG00000019600 ENSMMMG00000019603 ##22 RASGEF1A (ENSMMMG00000019611) CSGALNACT2 (ENSMMMG00000019628) RET (ENSMMMG00000019644) BMS1 (ENSMMMG00000019669) ZNF248 (ENSMMMG00000020218) ZNF25 (ENSMMMG00000020237) ENSMMMG00000020268 ENSMMMG00000020282 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b.d ##22 Steppe mouse MODERN SPECIES 3147 ENSMSIG00000013549 Spsb1 (ENSMSIG00000013485) Slc25a33 (ENSMSIG00000013468) Tmem201 (ENSMSIG00000013447) Pik3cd (ENSMSIG00000013088) Clstn1 (ENSMSIG00000012878) Ctnnbip1 (ENSMSIG00000012852) Lzic (ENSMSIG00000012830) Tmem274 (ENSMSIG00000012805) Nmnat1 (ENSMSIG00000012784) Rbp7 (ENSMSIG00000012768) Ube4b (ENSMSIG00000012736) Kif1b (ENSMSIG00000012365) Pgd (ENSMSIG00000012333) ENSMSIG00000012320 ##22 ENSMSIG00000012268 Cort (ENSMSIG00000012256) Dffa (ENSMSIG00000012239) Pex14 (ENSMSIG00000012138) Casz1 (ENSMSIG00000012072) ENSMSIG00000012065 Gm572 (ENSMSIG00000012030) Tardbp (ENSMSIG00000011917) Masp2 (ENSMSIG00000011900) Srm (ENSMSIG00000011893) Exosc10 (ENSMSIG00000011825) Angptl7 (ENSMSIG00000011805) Mtor (ENSMSIG00000011592) Ubiad1 (ENSMSIG00000011575) Disp3 (ENSMSIG00000011555) Rat DUPLICATION Rat MODERN SPECIES 18 Xylb (ENSRNOG00000014168) Acvr2b (ENSRNOG00000014477) Exog (ENSRNOG00000014801) Scn5a (ENSRNOG00000015049) #11 Scn10a (ENSRNOG00000032473) #13 Scn11a (ENSRNOG00000032884) #14 Wdr48 (ENSRNOG00000016942) #15 Gorasp1 (ENSRNOG00000018047) #16 Ttc21a (ENSRNOG00000034089) #17 Csrnp1 (ENSRNOG00000033433) Xirp1 (ENSRNOG00000037085) Cx3cr1 (ENSRNOG00000018509) #18 Ccr8 (ENSRNOG00000026759) ##18 Slc25a38 (ENSRNOG00000018552) #20 ENSRNOG00000068525 Rpsa (ENSRNOG00000018645) ##22 Mobp (ENSRNOG00000018700) #23 AABR07071746.1 (ENSRNOG00000018786) Myrip (ENSRNOG00000018797) #24 Eif1b (ENSRNOG00000018848) #25 Entpd3 (ENSRNOG00000018982) #26 Rpl14 (ENSRNOG00000019007) ##27 Snrpel1 (ENSRNOG00000031127) Ctnnb1 (ENSRNOG00000054172) #30 Ulk4 (ENSRNOG00000019271) #31 Trak1 (ENSRNOG00000019262) #36 Cck (ENSRNOG00000019321) #35 ENSRNOG00000062699 Lyzl4 (ENSRNOG00000019350) #34 Vipr1 (ENSRNOG00000047457) #33 ENSRNOG00000068512 Rat MODERN SPECIES 46 AABR07042323.1 (ENSRNOG00000005681) Gabra3 (ENSRNOG00000056558) Magea10 (ENSRNOG00000052773) Gabre (ENSRNOG00000061182) Magea4 (ENSRNOG00000068983) LOC108348053 (ENSRNOG00000030119) ENSRNOG00000066670 Tuba1c (ENSRNOG00000015544) ENSRNOG00000069761 Prrg3 (ENSRNOG00000066176) Pasd1 (ENSRNOG00000061428) RGD1308750 (ENSRNOG00000048356) RGD1561481 (ENSRNOG00000064535) Vma21 (ENSRNOG00000048606) Gpr50 (ENSRNOG00000011335) Rpsa-ps4 (ENSRNOG00000022882) ##22 Hmgb3 (ENSRNOG00000011096) Tmem185a (ENSRNOG00000011047) LOC120099181 (ENSRNOG00000050915) Eola2 (ENSRNOG00000063254) Ids (ENSRNOG00000001465) LOC689600 (ENSRNOG00000064273) LOC100360413 (ENSRNOG00000051885) Aff2 (ENSRNOG00000052572) LOC689600 (ENSRNOG00000067249) Fmr1nb (ENSRNOG00000053397) Fmr1 (ENSRNOG00000057464) AABR07042418.1 (ENSRNOG00000051726) ENSRNOG00000069396 Fam9c (ENSRNOG00000069253) LOC100912196 (ENSRNOG00000062315) Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 American mink MODERN SPECIES 76 OS9 (ENSNVIG00000002785) AGAP2 (ENSNVIG00000003143) TSPAN31 (ENSNVIG00000003248) CDK4 (ENSNVIG00000003287) ENSNVIG00000003332 CYP27B1 (ENSNVIG00000003343) METTL1 (ENSNVIG00000003365) EEF1AKMT3 (ENSNVIG00000003404) EFTS (ENSNVIG00000003421) AVIL (ENSNVIG00000003479) CTDS2 (ENSNVIG00000003498) ATP23 (ENSNVIG00000003528) LRIG3 (ENSNVIG00000003547) ENSNVIG00000003587 MOT2 (ENSNVIG00000003620) ENSNVIG00000003659 ##22 F19A2 (ENSNVIG00000003692) ENSNVIG00000003727 USP15 (ENSNVIG00000003758) MON2 (ENSNVIG00000003868) ENSNVIG00000004270 PPM1H (ENSNVIG00000004277) ENSNVIG00000004289 ENSNVIG00000004299 ENSNVIG00000004301 ENSNVIG00000004303 V1AR (ENSNVIG00000004306) ENSNVIG00000004314 Ferret MODERN SPECIES 233 SCN5A (ENSMPUG00000002582) #11 SCN10A (ENSMPUG00000002519) #13 ENSMPUG00000002516 #14 ENSMPUG00000002510 #14 ENSMPUG00000002507 #14 ENSMPUG00000019021 WDR48 (ENSMPUG00000002501) #15 GORASP1 (ENSMPUG00000002496) #16 TTC21A (ENSMPUG00000002487) #17 CSRNP1 (ENSMPUG00000002480) ENSMPUG00000002476 CX3CR1 (ENSMPUG00000019020) #18 CCR8 (ENSMPUG00000019018) ##18 SLC25A38 (ENSMPUG00000002474) #20 ENSMPUG00000002467 #21 ENSMPUG00000002463 ##22 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 Dingo MODERN SPECIES 98 PCDHB7 (ENSCAFG00020021245) PCDHB6 (ENSCAFG00020021249) PCDHB5 (ENSCAFG00020021250) ENSCAFG00020021253 ENSCAFG00020021256 ENSCAFG00020021257 ENSCAFG00020021260 PCDHB1 (ENSCAFG00020021262) PCDHAC2 (ENSCAFG00020021264) PCDHA13 (ENSCAFG00020021274) ENSCAFG00020021277 PCDHA12 (ENSCAFG00020000159) ENSCAFG00020000172 PCDHA11 (ENSCAFG00020000182) ENSCAFG00020000211 ENSCAFG00020000225 ##22 PCDHA10 (ENSCAFG00020000259) ENSCAFG00020000298 ENSCAFG00020000303 ENSCAFG00020000307 ENSCAFG00020000315 ENSCAFG00020000320 ENSCAFG00020000334 ENSCAFG00020000341 PCDHA4 (ENSCAFG00020000345) ENSCAFG00020000356 PCDHA3 (ENSCAFG00020000363) ENSCAFG00020000366 PCDHA1 (ENSCAFG00020000370) ENSCAFG00020000385 ENSCAFG00020000400 Red fox MODERN SPECIES 34 EXOG (ENSVVUG00000005960) ENSVVUG00000005954 ENSVVUG00000005949 #12 SCN5A (ENSVVUG00000005938) #11 SCN10A (ENSVVUG00000005872) #13 SCN11A (ENSVVUG00000005852) #14 WDR48 (ENSVVUG00000005829) #15 GORASP1 (ENSVVUG00000005825) #16 TTC21A (ENSVVUG00000005803) #17 CSRNP1 (ENSVVUG00000005798) XIRP1 (ENSVVUG00000005793) CX3CR1 (ENSVVUG00000005777) #18 CCR8 (ENSVVUG00000005769) ##18 SLC25A38 (ENSVVUG00000005755) #20 ENSVVUG00000005748 #21 RPSA (ENSVVUG00000005729) ##22 MOBP (ENSVVUG00000005726) #23 MYRIP (ENSVVUG00000005600) #24 EIF1B (ENSVVUG00000005565) #25 ENTPD3 (ENSVVUG00000005553) #26 ENSVVUG00000005464 #27 ZNF620 (ENSVVUG00000005458) ENSVVUG00000005456 #29 ZNF621 (ENSVVUG00000005454) #29 CTNNB1 (ENSVVUG00000005420) #30 ENSVVUG00000005415 ULK4 (ENSVVUG00000005345) #31 TRAK1 (ENSVVUG00000005298) #36 CCK (ENSVVUG00000005286) #35 LYZL4 (ENSVVUG00000005270) #34 VIPR1 (ENSVVUG00000005250) #33 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 Narwhal MODERN SPECIES 295 TUBB6 (ENSMMNG00015001161) IMPA2 (ENSMMNG00015001107) MPPE1 (ENSMMNG00015001054) GNAL (ENSMMNG00015000995) PIEZO2 (ENSMMNG00015000613) NAPG (ENSMMNG00015000347) APCDD1 (ENSMMNG00015000313) VAPA (ENSMMNG00015000281) ENSMMNG00015000248 RAB31 (ENSMMNG00015000217) PPP4R1 (ENSMMNG00015000106) RALBP1 (ENSMMNG00015000051) TWSG1 (ENSMMNG00015000024) ANKRD12 (ENSMMNG00015004552) ENSMMNG00015004540 ENSMMNG00015004533 ##22 ENSMMNG00015004524 ENSMMNG00015004519 MTCL1 (ENSMMNG00015004489) RAB12 (ENSMMNG00015004463) PTPRM (ENSMMNG00015004419) LRRC30 (ENSMMNG00015004392) ENSMMNG00015004377 LAMA1 (ENSMMNG00015004339) ARHGAP28 (ENSMMNG00015004258) L3MBTL4 (ENSMMNG00015004217) TMEM200C (ENSMMNG00015004206) EPB41L3 (ENSMMNG00015004048) ZBTB14 (ENSMMNG00015003972) ENSMMNG00015003965 ENSMMNG00015003955 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 12 ENSOARG00020006355 GPX6 (ENSOARG00020006321) GPX5 (ENSOARG00020019395) SCAND3 (ENSOARG00020019345) TRIM27 (ENSOARG00020019206) ENSOARG00020019184 ENSOARG00020019045 ENSOARG00020019025 ENSOARG00020018996 ENSOARG00020018977 ENSOARG00020018951 ENSOARG00020018931 ENSOARG00020018911 ENSOARG00020018886 ENSOARG00020018869 ENSOARG00020018797 ##22 ENSOARG00020018760 ENSOARG00020018741 ENSOARG00020018728 ENSOARG00020018702 OR2B3 (ENSOARG00020018680) ENSOARG00020018624 ENSOARG00020018599 ENSOARG00020018555 ENSOARG00020018533 ENSOARG00020018488 ENSOARG00020018475 ENSOARG00020018467 ENSOARG00020018453 ENSOARG00020018430 ENSOARG00020018401 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 American bison MODERN SPECIES 2981 EXOG (ENSBBBG00000020249) SCN5A (ENSBBBG00000005566) #11 SCN10A (ENSBBBG00000020758) #13 SCN11A (ENSBBBG00000020919) #14 WDR48 (ENSBBBG00000020975) #15 GORASP1 (ENSBBBG00000021030) #16 TTC21A (ENSBBBG00000005665) #17 CSRNP1 (ENSBBBG00000021178) ENSBBBG00000021184 ENSBBBG00000021188 CX3CR1 (ENSBBBG00000008524) #18 ENSBBBG00000021197 #19 ENSBBBG00000021207 SLC25A38 (ENSBBBG00000021241) #20 ENSBBBG00000021260 #21 ENSBBBG00000007679 ##22 ENSBBBG00000021315 #23 ENSBBBG00000021333 MYRIP (ENSBBBG00000007107) #24 EIF1B (ENSBBBG00000021518) #25 ENTPD3 (ENSBBBG00000021580) #26 RPL14 (ENSBBBG00000021617) #27 ENSBBBG00000021630 #29 ENSBBBG00000008405 #29 CTNNB1 (ENSBBBG00000022253) #30 ULK4 (ENSBBBG00000007239) #31 TRAK1 (ENSBBBG00000022590) #36 CCK (ENSBBBG00000022612) #35 LYZL4 (ENSBBBG00000022628) #34 VIPR1 (ENSBBBG00000022728) #33 SEC22C (ENSBBBG00000022775) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183099.u.b.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 20 OR5D14 (ENSBIXG00005026152) ENSBIXG00005026134 ENSBIXG00005026116 ENSBIXG00005026103 RHOU (ENSBIXG00005026085) ENSBIXG00005026045 CCSAP (ENSBIXG00005007404) ENSBIXG00005025928 ##22 ACTA1 (ENSBIXG00005025901) NUP133 (ENSBIXG00005004411) ABCB10 (ENSBIXG00005025809) ENSBIXG00005004402 URB2 (ENSBIXG00005025710) ENSBIXG00005025674 ENSBIXG00005025667 GALNT2 (ENSBIXG00005025642) ENSBIXG00005025591 ENSBIXG00005025584 PGBD5 (ENSBIXG00005025562) ENSBIXG00005025487 FMN2 (ENSBIXG00005006011) ENSBIXG00005025286 ENSBIXG00005025280