Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	58	ENSGT00940000159979.a.b #9	ENSGT01030000234559.a.a.b.a.a.a #10	ENSGT00940000154687.A #11	ENSGT00940000153116.C.b	ENSGT00940000165438.a.b	ENSGT00940000164623.A #15	ENSGT00940000164108.a.a.f.b #16	ENSGT00940000163957.e.b #17	ENSGT00940000154739.A	ENSGT00390000009016	ENSGT00990000204498 #18	ENSGT00990000204330 #19	ENSGT00940000158145.a #20	ENSGT00940000155632.p #21	ENSGT00550000075117.m.a	ENSGT00950000183099 #22	ENSGT00390000000159 #23	ENSGT00940000155858.f #24	ENSGT00940000155159.C #25	ENSGT00940000154281 #26	ENSGT00940000156107.e.b #27	ENSGT00950000183080.a.a.e.b.d.b #28	ENSGT00940000159521 #29	ENSGT00940000153804.B	ENSGT00940000156862 #36	ENSGT00390000010308	ENSGT00390000009940	ENSGT00940000164444.b	ENSGT00950000182882.A.b.b.f	ENSGT00950000183165.b.a.e.a	ENSGT00950000183165.b.a.e.b.d.a.a.b.b
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT01030000234559.a.a.b.a.a.a.n #10	ENSGT00940000154687.A.b #11	ENSGT00390000016735.jb.a #12	ENSGT00940000158116.a.a.f #13	ENSGT00940000158178.b.b.c #14	ENSGT01030000234857	ENSGT00940000165438.a.b.a	ENSGT00940000164623.A.a #15	ENSGT00940000164108.a.a.f.b.b #16	ENSGT00940000163957.e.b.s #17	ENSGT00990000204498 #18	ENSGT00990000204330.a #19	ENSGT00940000158145.a.d.a.a #20	ENSGT00940000155632.p.n #21	ENSGT00550000075117.m.a.g.b	ENSGT00950000183099 #22	ENSGT00390000000159.g #23	ENSGT00940000155858.f.b #24	ENSGT00940000155159.C.eb #25	ENSGT00940000154281.b #26	ENSGT00940000156107.e.b.p #27	ENSGT00950000183080.a.a.e.b.d.b.a #28	ENSGT00940000159521.o #29	ENSGT00940000153804.B	ENSGT00940000160614.q.b #31	ENSGT00940000153931.b.b.b #32	ENSGT00940000155232.t.b.a #33	ENSGT00940000166422 #34	ENSGT00940000155232.t.a.b.b.k #35	ENSGT00940000156862.v #36	ENSGT00940000155232.t.a.b.b.l #37
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000159979.a.b.b #9	ENSGT01030000234559.a.a.b.a.a.a.n #10	ENSGT00940000154687.A.b #11	ENSGT00390000016735.jb.a #12	ENSGT00940000158116.a.a.f #13	ENSGT00940000158178.b.b.c #14	ENSGT00940000165438.a.b.a	ENSGT00940000164623.A.a #15	ENSGT00940000164108.a.a.f.b.b #16	ENSGT00940000163957.e.b.s #17	ENSGT00990000204498 #18	ENSGT00990000204330.a #19	ENSGT00940000158145.a.d.a.a #20	ENSGT00940000155632.p.n #21	ENSGT00550000075117.m.a.g.b	ENSGT00950000183099 #22	ENSGT00390000000159.g #23	ENSGT00940000155858.f.b #24	ENSGT00940000155159.C.eb #25	ENSGT00940000154281.b #26	ENSGT00940000156107.e.b.p #27	ENSGT00950000183080.a.a.e.b.d.b.a #28	ENSGT00940000159521.o #29	ENSGT00940000153804.B	ENSGT00940000160614.q.b #31	ENSGT00940000153931.b.b.b #32	ENSGT00940000155232.t.b.a #33	ENSGT00940000166422 #34	ENSGT00940000155232.t.a.b.b.k #35	ENSGT00940000156862.v #36	ENSGT00940000155232.t.a.b.b.l #37
Golden-line barbel	DUPLICATION
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	33	pglyrp2 (ENSSGRG00000049200) #7	ENSSGRG00000049199 #8	ENSSGRG00000049198 #9	ptger1a (ENSSGRG00000049197) #10	ilf3a (ENSSGRG00000049195) #11	acp5a (ENSSGRG00000049193) #12	gcdha (ENSSGRG00000049145) #13	SLC44A2 (ENSSGRG00000049136) #14	nfil3-5 (ENSSGRG00000049133) #15	nfil3-3 (ENSSGRG00000049132) #16	klf1 (ENSSGRG00000049131) #17	ENSSGRG00000049130 #18	ENSSGRG00000049129 #19	PLPPR2 (ENSSGRG00000049128) #20	myh9a (ENSSGRG00000048804) #21	rpsa (ENSSGRG00000048759) #22	ttc26 (ENSSGRG00000048757) #23	ubn2a (ENSSGRG00000048755) #24	ENSSGRG00000048314 #25	pa2g4a (ENSSGRG00000048017) #26	ENSSGRG00000047981 #27	arf3b (ENSSGRG00000047979) #28	fkbp11 (ENSSGRG00000047978) #29	ENSSGRG00000047977 #30	sox21a (ENSSGRG00000047976) #31	abcc4 (ENSSGRG00000047917) #32	cldn10a (ENSSGRG00000047912) #33	ENSSGRG00000047911 #34	CLDN10 (ENSSGRG00000047908) #35	dzip1 (ENSSGRG00000047907) #36	CLDN10 (ENSSGRG00000047906) #37
Golden-line barbel	DUPLICATION
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	2787															slc25a38b (ENSSGRG00000012033)	ENSSGRG00000012027 ##22	ENSSGRG00000012026 ##23
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	4845																ENSSGRG00000005112 ##22
Common carp reference	DUPLICATION
Common carp reference	MODERN SPECIES	10	ptger1a (ENSCCRG00000052369) #10	ilf3a (ENSCCRG00000052362) #11	acp5a (ENSCCRG00000052357) #12	gcdha (ENSCCRG00000065159) #13	ENSCCRG00000051842 #14	ENSCCRG00000054154	nfil3-5 (ENSCCRG00000062592) #15	nfil3-3 (ENSCCRG00000081641) #16	klf1 (ENSCCRG00000047810) #17	ENSCCRG00000080386	ENSCCRG00000062849 #19	ENSCCRG00000049504 ##20	ENSCCRG00000078482	myh9a (ENSCCRG00000033862) #21	slc25a38b (ENSCCRG00000082786)	rpsa (ENSCCRG00000056785) #22	ttc26 (ENSCCRG00000046966) #23	ubn2a (ENSCCRG00000067831) #24	ENSCCRG00000082075 #25	pa2g4a (ENSCCRG00000072344) #26	ENSCCRG00000034393 #27	arf3b (ENSCCRG00000076456) #28	fkbp11 (ENSCCRG00000048288) #29	ccdc65 (ENSCCRG00000048296)	sox21a (ENSCCRG00000074247) #31	abcc4 (ENSCCRG00000048266) #32	ENSCCRG00000048277 #34	ENSCCRG00000049055 #35	dzip1 (ENSCCRG00000049082) #36	ENSCCRG00000049167 #37	ENSCCRG00000049196
Common carp reference	MODERN SPECIES	16	ENSCCRG00000005003 ##9	ptger1a (ENSCCRG00000002981) ##10	ilf3a (ENSCCRG00000052351) ##11	acp5a (ENSCCRG00000052350) ##12	gcdha (ENSCCRG00000059632) ##13	ENSCCRG00000047994 ##14	odad3 (ENSCCRG00000060904)	ENSCCRG00000047833	nfil3-5 (ENSCCRG00000053016) ##15	klf1 (ENSCCRG00000064475) ##17	ENSCCRG00000047824	palm3 (ENSCCRG00000074472)	ENSCCRG00000042453 ##20	myh9a (ENSCCRG00000032325) ##21	slc25a38b (ENSCCRG00000049593)	rpsa (ENSCCRG00000033750) #22	ttc26 (ENSCCRG00000049612) ##23	ubn2a (ENSCCRG00000049774) ##24	ENSCCRG00000068918 ##25	pa2g4a (ENSCCRG00000049835) ##26	ENSCCRG00000047880 ##27	arf3b (ENSCCRG00000073176) ##28	fkbp11 (ENSCCRG00000075677) ##29	ENSCCRG00000070176	abcc4 (ENSCCRG00000048306) ##32	cldn10a (ENSCCRG00000002360) #33	dzip1 (ENSCCRG00000075600) ##36	ENSCCRG00000032946	atg3 (ENSCCRG00000012433)	nhej1 (ENSCCRG00000012452)	ihhb (ENSCCRG00000082819)
Goldfish	DUPLICATION
Goldfish	MODERN SPECIES	46	ptger1a (ENSCARG00000039507) #10	ilf3a (ENSCARG00000039433) #11	acp5a (ENSCARG00000039393) #12	gcdha (ENSCARG00000038375) #13	SLC44A2 (ENSCARG00000038047) #14	ENSCARG00000037954	ENSCARG00000037901	nfil3-5 (ENSCARG00000037881) #15	nfil3-3 (ENSCARG00000037842) #16	klf1 (ENSCARG00000037807) #17	ENSCARG00000037780	ENSCARG00000037740 #19	PLPPR2 (ENSCARG00000037670) #20	myh9a (ENSCARG00000036546) #21	slc25a38b (ENSCARG00000036476)	rpsa (ENSCARG00000036434) #22	ttc26 (ENSCARG00000036331) #23	ubn2a (ENSCARG00000036196) #24	MYH10 (ENSCARG00000034668) #25	pa2g4a (ENSCARG00000033971) #26	ERBB3 (ENSCARG00000031212) #27	arf3b (ENSCARG00000031131) #28	fkbp11 (ENSCARG00000031119) #29	ccdc65 (ENSCARG00000031079)	sox21a (ENSCARG00000031074) #31	ABCC4 (ENSCARG00000028129) #32	ENSCARG00000027999 #34	CLDN10 (ENSCARG00000027987) #35	dzip1 (ENSCARG00000027970) #36	CLDN10 (ENSCARG00000027866) #37	ENSCARG00000027847
Goldfish	MODERN SPECIES	24	ENSCARG00000034838 ##9	ptger1a (ENSCARG00000034842) ##10	ilf3a (ENSCARG00000034862) ##11	gcdha (ENSCARG00000035063) ##13	SLC44A2 (ENSCARG00000035511) ##14	odad3 (ENSCARG00000036403)	ENSCARG00000036413	nfil3-5 (ENSCARG00000036427) ##15	nfil3-3 (ENSCARG00000036435) ##16	klf1 (ENSCARG00000036443) ##17	ENSCARG00000036458	ENSCARG00000036464 ##19	ENSCARG00000036492 ##20	myh9a (ENSCARG00000036561) ##21	slc25a38b (ENSCARG00000037394)	ENSCARG00000037452 #22	ttc26 (ENSCARG00000037540) ##23	ENSCARG00000038116 ##25	pa2g4a (ENSCARG00000040036) ##26	ERBB3 (ENSCARG00000040804) ##27	arf3b (ENSCARG00000044305) ##28	fkbp11 (ENSCARG00000044339) ##29	ENSCARG00000044386 #30	sox21a (ENSCARG00000005829) ##31	abcc4 (ENSCARG00000005912) ##32	cldn10a (ENSCARG00000006817) #33	dzip1 (ENSCARG00000006825) ##36	ENSCARG00000006859	ENSCARG00000006929	atg3 (ENSCARG00000008692)	ihhb (ENSCARG00000008737)
Zebrafish	MODERN SPECIES	21	ilf3a (ENSDARG00000058660) #11	acp5a (ENSDARG00000019763) #12	ENSDARG00000096398	gcdha (ENSDARG00000037057) #13	SLC44A2 (ENSDARG00000037059) #14	odad3 (ENSDARG00000062978)	ENSDARG00000071213	nfil3-5 (ENSDARG00000094965) #15	nfil3-3 (ENSDARG00000116941) #16	klf1 (ENSDARG00000017400) #17	ENSDARG00000090793	palm3 (ENSDARG00000071215)	PLPPR2 (ENSDARG00000044600) #20	myh9a (ENSDARG00000063295) #21	slc25a38b (ENSDARG00000074533)	rpsa (ENSDARG00000019181) #22	ttc26 (ENSDARG00000012039) #23	ubn2a (ENSDARG00000063062) #24	MYH10 (ENSDARG00000000103) #25	pa2g4a (ENSDARG00000039578) #26	ERBB3 (ENSDARG00000006202) #27	arf3b (ENSDARG00000036998) #28	fkbp11 (ENSDARG00000037000) #29	ccdc65 (ENSDARG00000032005)	sox21a (ENSDARG00000031664) #31	abcc4 (ENSDARG00000058953) #32	cldn10a (ENSDARG00000058937) #33	ENSDARG00000058930 #34	dzip1 (ENSDARG00000000943) #36	ENSDARG00000058906 #35	HS6ST3 (ENSDARG00000071217)