Chordata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424 #22 Vertebrata DUPLICATION Vertebrata DUPLICATION Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.b #22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES 141 ENSGT00940000159488 ENSGT00940000158577 ENSGT00390000003364 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000008742 ENSGT00390000002374 #8 ENSGT00940000153434 #9 ENSGT00940000161055 #10 ENSGT00390000016025.a #11 ENSGT00940000155181 #12 ENSGT00940000157707 #13 ENSGT00390000002445 #16 ENSGT00390000001195.a ENSGT00940000153424.a.b #22 ENSGT00940000153321.b.b ENSGT00390000015513.a.a.b ENSGT00390000015513.a.a.a Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 297 ENSGT00390000013329 ENSGT00940000161021 ENSGT00390000000289 ENSGT00940000160899 ENSGT01070000253744.a.a.a.a ENSGT00490000043385 #19 ENSGT00940000156859 #20 ENSGT00390000015467 ENSGT00390000001195.a ENSGT00940000153424.a.b #22 ENSGT00940000153321.b.b ENSGT00390000015513.a.a.b ENSGT00390000015513.a.a.a Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 32 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000008742 ENSGT00940000157487 #7 ENSGT00390000002374 #8 ENSGT00940000153434 #9 ENSGT00940000161055 #10 ENSGT00390000016025.a #11 ENSGT00940000155181 #12 ENSGT00940000157707 #13 ENSGT00390000002445 #16 ENSGT00530000063675.b #17 ENSGT01070000253744.a.a.a.a ENSGT00490000043385 #19 ENSGT00940000156859 #20 ENSGT00390000001195.a ENSGT00940000153424.a.b #22 ENSGT00940000153321.b.b ENSGT00390000015513.a.a.b ENSGT00390000015513.a.a.a Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000003364 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000008742 ENSGT00940000157487 #7 ENSGT00390000002374 #8 ENSGT00940000153434 #9 ENSGT00940000161055 #10 ENSGT00390000016025.a #11 ENSGT00940000155181 #12 ENSGT00940000157707 #13 ENSGT00390000002445 #16 ENSGT00530000063675.b #17 ENSGT00490000043385 #19 ENSGT00940000156859 #20 ENSGT00390000001195.a ENSGT00940000153424.a.b #22 ENSGT00940000153321.b.b ENSGT00390000015513.a.a.b ENSGT00390000015513.a.a.a ENSGT00940000155211 ENSGT00390000016390 ENSGT00940000159011 ENSGT00940000161328 ENSGT00940000163752 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#8 ENSGT00940000153434.a.a #9 ENSGT00940000161055 #10 ENSGT00390000016025.a #11 ENSGT00940000155181 #12 ENSGT00940000157707 #13 ENSGT00390000002445 #16 ENSGT00530000063675.b #17 ENSGT00490000043385 #19 ENSGT00940000156859 #20 ENSGT00390000001195.a ENSGT00940000153424.a.b #22 ENSGT00940000153321.b.b ENSGT00390000015513.a.a.b ENSGT00390000015513.a.a.a ENSGT00940000155211 ENSGT00390000016390 ENSGT00940000159011 ENSGT00940000161328 ENSGT00940000163752 ENSGT00940000160266 ENSGT00940000160237 ENSGT00670000098074 ENSGT00520000055591.b ENSGT01040000244442 ENSGT00940000157674 ENSGT00940000156081 Theria ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00390000003364 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000008742 ENSGT00940000157487 #7 ENSGT00390000002374 #8 ENSGT00940000153434.a.a #9 ENSGT00940000161055 #10 ENSGT00390000016025.a #11 ENSGT00940000155181 #12 ENSGT00940000157707 #13 ENSGT00390000002445 #16 ENSGT00530000063675.b #17 ENSGT00490000043385 #19 ENSGT00940000156859 #20 ENSGT00390000001195.a ENSGT00940000153424.a.b #22 ENSGT00940000153321.b.b ENSGT00390000015513.a.a.b ENSGT00390000015513.a.a.a ENSGT00940000155211 ENSGT00390000016390 ENSGT00940000159011 ENSGT00940000161328 ENSGT00390000002550 ENSGT00940000163752 ENSGT00940000160266 ENSGT00940000160237 ENSGT00670000098074 ENSGT00520000055591.b ENSGT01040000244442 ENSGT00940000157674 Eutheria ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000008742 ENSGT00940000157487 #7 ENSGT00390000002374 #8 ENSGT00940000153434.a.a #9 ENSGT00940000161055 #10 ENSGT00390000016025.a #11 ENSGT00940000155181 #12 ENSGT00940000157707 #13 ENSGT00390000002445 #16 ENSGT00530000063675.b #17 ENSGT00940000164141 ENSGT00490000043385 #19 ENSGT00940000156859 #20 ENSGT00390000001195.a ENSGT00940000153424.a.b #22 ENSGT00940000153321.b.b.l.a ENSGT00390000015513.a.a.b ENSGT00390000015513.a.a.a ENSGT00940000155211 ENSGT00390000016390 ENSGT00940000159011 ENSGT00940000161328 ENSGT00390000002550 ENSGT00940000163752 ENSGT00940000160266 ENSGT00940000160237 ENSGT00670000098074 ENSGT00520000055591.b ENSGT00940000156081 ENSGT00950000182925.D.a.a.b.a #27 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000008742 ENSGT00940000157487 #7 ENSGT00390000002374 #8 ENSGT00940000153434.a.a #9 ENSGT00940000161055 #10 ENSGT00390000016025.a #11 ENSGT00940000155181 #12 ENSGT00940000157707 #13 ENSGT00390000002445 #16 ENSGT00530000063675.b #17 ENSGT00940000164141 ENSGT00490000043385 #19 ENSGT00940000156859 #20 ENSGT00390000001195.a ENSGT00940000153424.a.b #22 ENSGT00940000154367.b #23 ENSGT00940000153321.b.b.l.a ENSGT00390000015513.a.a.b ENSGT00390000015513.a.a.a ENSGT00940000155211 ENSGT00390000016390 ENSGT00940000159011 ENSGT00940000161328 ENSGT00390000002550 ENSGT00940000163752 ENSGT00940000160266 ENSGT00940000160237 ENSGT00670000098074 ENSGT00520000055591.b ENSGT00940000168987 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000008742 ENSGT00940000157487 #7 ENSGT00390000002374 #8 ENSGT00940000153434.a.a #9 ENSGT00940000161055 #10 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ENSANAG00000025700 ENSANAG00000022939 Tarsier MODERN SPECIES 5131 DAPK1 (ENSTSYG00000012207) #22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES 69 ENSGT00940000164155 #18 ENSGT00490000043385 #19 ENSGT00940000156859 #20 ENSGT00390000001195.a ENSGT00940000153424.a.b #22 Bushbaby MODERN SPECIES 358 ENSOGAG00000002125 ENSOGAG00000024982 ENSOGAG00000030296 ENSOGAG00000001827 #18 ISCA1 (ENSOGAG00000015628) #19 TUT7 (ENSOGAG00000015630) #20 ENSOGAG00000033667 GAS1 (ENSOGAG00000028997) ENSOGAG00000034575 DAPK1 (ENSOGAG00000001345) #22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES 116 ENSGT00940000164155 #18 ENSGT00490000043385.t #19 ENSGT00940000156859 #20 ENSGT00390000001195.a ENSGT00940000153424.a.b #22 Mouse lemur MODERN SPECIES 1 ENSMICG00000028473 ECM2 (ENSMICG00000003193) IPPK (ENSMICG00000032514) BICD2 (ENSMICG00000012311) FGD3 (ENSMICG00000012321) SUSD3 (ENSMICG00000007930) CARD19 (ENSMICG00000038201) NINJ1 (ENSMICG00000008675) WNK2 (ENSMICG00000003404) ZNF510 (ENSMICG00000037577) ISCA1 (ENSMICG00000043545) #19 TUT7 (ENSMICG00000016944) #20 GAS1 (ENSMICG00000046960) ENSMICG00000008748 ENSMICG00000037750 DAPK1 (ENSMICG00000017284) #22 AOPEP (ENSMICG00000001153) ENSMICG00000031188 FANCC (ENSMICG00000001158) PTCH1 (ENSMICG00000000721) ENSMICG00000029160 HSD17B3 (ENSMICG00000002001) SLC35D2 (ENSMICG00000002006) ZNF367 (ENSMICG00000038686) HABP4 (ENSMICG00000004381) ENSMICG00000004387 ENSMICG00000016942 C9orf153 (ENSMICG00000043141) #18 ENSMICG00000033407 ENSMICG00000029120 ENSMICG00000026796 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 284 ENSGT00940000164155 #18 ENSGT00490000043385.t #19 ENSGT00940000156859 #20 ENSGT00390000001195.a ENSGT00940000153424.a.b #22 Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 978 ENSPSMG00000014504 #20 ENSPSMG00000014513 #20 ENSPSMG00000014520 GAS1 (ENSPSMG00000014525) ENSPSMG00000014539 #22 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 768 ENSPCOG00000021907 ENSPCOG00000018632 C9orf153 (ENSPCOG00000020594) #18 ISCA1 (ENSPCOG00000021277) #19 TUT7 (ENSPCOG00000023407) #20 GAS1 (ENSPCOG00000025804) DAPK1 (ENSPCOG00000015755) #22 ENSPCOG00000017521 FBP2 (ENSPCOG00000006489) CTSL (ENSPCOG00000020524) #23 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000008742 ENSGT00940000157487 #7 ENSGT00390000002374 #8 ENSGT00940000153434.a.a #9 ENSGT00940000161055 #10 ENSGT00390000016025.a #11 ENSGT00940000155181 #12 ENSGT00940000157707 #13 ENSGT00390000002445 #16 ENSGT00530000063675.b #17 ENSGT00940000164141 ENSGT00490000043385 #19 ENSGT00940000156859 #20 ENSGT00390000001195.a ENSGT00940000153424.a.b #22 ENSGT00940000153321.b.b.l.b ENSGT00390000015513.a.a.b ENSGT00390000015513.a.a.a ENSGT00940000155211 ENSGT00390000016390 ENSGT00940000159011 ENSGT00940000161328 ENSGT00390000002550 ENSGT00940000163752 ENSGT00940000160266 ENSGT00940000160237 ENSGT00670000098074 ENSGT00520000055591.b ENSGT00940000155950 ENSGT00510000048363 Tree shrew MODERN SPECIES 2536 ENSTBEG00000015687 DAPK1 (ENSTBEG00000015766) #22 Glires ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000008742 ENSGT00940000157487 #7 ENSGT00390000002374 #8 ENSGT00940000153434.a.a #9 ENSGT00940000161055 #10 ENSGT00390000016025.a #11 ENSGT00940000155181 #12 ENSGT00940000157707 #13 ENSGT00390000002445 #16 ENSGT00530000063675.b #17 ENSGT00940000164141 ENSGT00490000043385 #19 ENSGT00940000156859 #20 ENSGT00390000001195.a ENSGT00940000153424.a.b #22 ENSGT00940000153321.b.b.l.b ENSGT00390000015513.a.a.b ENSGT00390000015513.a.a.a ENSGT00940000155211 ENSGT00390000016390 ENSGT00940000159011 ENSGT00940000161328 ENSGT00940000163752 ENSGT00940000160266 ENSGT00940000160237 ENSGT00670000098074 ENSGT00520000055591.b ENSGT00940000155950 ENSGT00510000048363 ENSGT00940000153505.a.b.b Rodentia ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000008742 ENSGT00940000157487 #7 ENSGT00390000002374 #8 ENSGT00940000153434.a.a #9 ENSGT00940000161055 #10 ENSGT00390000016025.a #11 ENSGT00940000155181 #12 ENSGT00940000157707 #13 ENSGT00390000002445 #16 ENSGT00530000063675.b #17 ENSGT00940000164141 ENSGT00490000043385 #19 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ENSSVLG00005025013 #8 HNRNPK (ENSSVLG00005024963) #9 RMI1 (ENSSVLG00005024865) #10 ENSSVLG00005024855 ENSSVLG00005024836 SLC28A3 (ENSSVLG00005024780) #11 NTRK2 (ENSSVLG00005024628) #12 AGTPBP1 (ENSSVLG00005024487) #13 NAA35 (ENSSVLG00005024431) #16 GOLM1 (ENSSVLG00005024384) #17 ENSSVLG00005024339 ISCA1 (ENSSVLG00005024297) #19 TUT7 (ENSSVLG00005024220) #20 GAS1 (ENSSVLG00005024195) DAPK1 (ENSSVLG00005024152) #22 ENSSVLG00005024080 #23 ENSSVLG00005024060 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000008742 ENSGT00940000157487 #7 ENSGT00390000002374 #8 ENSGT00940000153434.a.a #9 ENSGT00940000161055 #10 ENSGT00390000016025.a #11 ENSGT00940000155181 #12 ENSGT00940000157707 #13 ENSGT00390000002445 #16 ENSGT00530000063675.b #17 ENSGT00940000164141 ENSGT00490000043385 #19 ENSGT00940000156859 #20 ENSGT00390000001195.a ENSGT00940000153424.a.b #22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 43 ENSGT00390000003364 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000008742 ENSGT00940000157487 #7 ENSGT00390000002374 #8 ENSGT00940000153434.a.a #9 ENSGT00940000161055 #10 ENSGT00390000016025.a #11 ENSGT00940000155181 #12 ENSGT00940000157707 #13 ENSGT00390000002445 #16 ENSGT00530000063675.b #17 ENSGT00940000164141 ENSGT00490000043385 #19 ENSGT00940000156859 #20 ENSGT00940000153424.a.b #22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES 62 ENSGT00390000003364 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000008742 ENSGT00940000157487 #7 ENSGT00390000002374 #8 ENSGT00940000153434.a.a #9 ENSGT00940000161055 #10 ENSGT00390000016025.a #11 ENSGT00940000155181 #12 ENSGT00940000157707 #13 ENSGT00390000002445 #16 ENSGT00530000063675.b #17 ENSGT00940000164141 ENSGT00490000043385 #19 ENSGT00940000156859 #20 ENSGT00940000153424.a.b #22 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 139 C9orf64 (ENSCLAG00000002920) #8 HNRNPK (ENSCLAG00000005883) #9 RMI1 (ENSCLAG00000017662) #10 SLC28A3 (ENSCLAG00000005357) #11 ENSCLAG00000005146 NTRK2 (ENSCLAG00000004746) #12 ENSCLAG00000004540 AGTPBP1 (ENSCLAG00000009351) #13 NAA35 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ENSGT00520000055591.b ENSGT00940000155950 ENSGT00510000048363 ENSGT00940000153505.a.b.b.l Beluga whale MODERN SPECIES 67 ENSDLEG00000012579 #7 ENSDLEG00000012600 #7 CUNH9orf64 (ENSDLEG00000012604) #8 ENSDLEG00000012622 ##9 RMI1 (ENSDLEG00000012691) #10 ENSDLEG00000012698 SLC28A3 (ENSDLEG00000012710) #11 ENSDLEG00000012721 NTRK2 (ENSDLEG00000012748) #12 AGTPBP1 (ENSDLEG00000015758) #13 NAA35 (ENSDLEG00000015786) #16 GOLM1 (ENSDLEG00000015853) #17 ISCA1 (ENSDLEG00000015882) #19 ZCCHC6 (ENSDLEG00000015900) #20 GAS1 (ENSDLEG00000015983) DAPK1 (ENSDLEG00000016001) #22 CTSL (ENSDLEG00000016072) #23 FBP2 (ENSDLEG00000016121) FBP1 (ENSDLEG00000016151) CUNH9orf3 (ENSDLEG00000016170) FANCC (ENSDLEG00000016231) PTCH1 (ENSDLEG00000016270) ERCC6L2 (ENSDLEG00000016323) ENSDLEG00000016401 HSD17B3 (ENSDLEG00000016421) SLC35D2 (ENSDLEG00000016514) ZNF367 (ENSDLEG00000016540) HABP4 (ENSDLEG00000016560) CDC14B (ENSDLEG00000016592) AAED1 (ENSDLEG00000016639) ZNF510 (ENSDLEG00000016656) Narwhal MODERN 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(ENSMMSG00000008217) Camelidae ANCESTRAL SPECIES 67 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000008742 ENSGT00940000157487.ib #7 ENSGT00390000002374 #8 ENSGT00940000153434.a.a #9 ENSGT00940000161055 #10 ENSGT00390000016025.a #11 ENSGT00940000155181 #12 ENSGT00940000157707 #13 ENSGT00390000002445 #16 ENSGT00530000063675.b #17 ENSGT00940000164141 ENSGT00490000043385 #19 ENSGT00940000156859 #20 ENSGT00390000001195.a ENSGT00940000153424.a.b #22 ENSGT00940000154367.b #23 ENSGT00390000015513.a.a.b ENSGT00390000015513.a.a.a ENSGT00940000155211 ENSGT00390000016390 ENSGT00940000159011 ENSGT00940000163752 ENSGT00940000160266 ENSGT00940000160237 ENSGT00670000098074 ENSGT00520000055591.b ENSGT00940000155950 ENSGT00510000048363 ENSGT00940000153505.a.b.b ENSGT00940000163051 Arabian camel MODERN SPECIES 36 IDNK (ENSCDRG00005019762) UBQLN1 (ENSCDRG00005019721) GKAP1 (ENSCDRG00005019678) KIF27 (ENSCDRG00005019597) #7 C9orf64 (ENSCDRG00005019568) #8 HNRNPK (ENSCDRG00005019497) #9 SLC28A3 (ENSCDRG00005019449) #11 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ENSGT00530000063675.b #17 ENSGT00940000164141 ENSGT00490000043385 #19 ENSGT00940000156859 #20 ENSGT00390000001195.a ENSGT00940000153424.a.b #22 ENSGT00940000154367.b #23 ENSGT00390000015513.a.a.b ENSGT00390000015513.a.a.a ENSGT00940000155211 ENSGT00390000016390 ENSGT00940000159011 ENSGT00940000161328 ENSGT00940000160266 ENSGT00940000160237 ENSGT00670000098074 ENSGT00520000055591.b ENSGT00940000155950 ENSGT00510000048363 ENSGT00940000153505.a.b.b ENSGT00940000163051 Pig MODERN SPECIES 1 C9orf64 (ENSSSCG00000034203) #8 HNRNPK (ENSSSCG00000022760) #9 RMI1 (ENSSSCG00000039950) #10 SLC28A3 (ENSSSCG00000010960) #11 NTRK2 (ENSSSCG00000010959) #12 AGTPBP1 (ENSSSCG00000010957) #13 NAA35 (ENSSSCG00000010956) #16 GOLM1 (ENSSSCG00000010955) #17 ENSSSCG00000010954 ENSSSCG00000053351 #19 ENSSSCG00000010952 #20 ENSSSCG00000055078 #20 ENSSSCG00000063532 #20 GAS1 (ENSSSCG00000056862) ENSSSCG00000044562 DAPK1 (ENSSSCG00000010949) #22 CTSL (ENSSSCG00000010948) #23 FBP2 (ENSSSCG00000010947) FBP1 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ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000008742 ENSGT00940000157487.ib #7 ENSGT00390000002374 #8 ENSGT00940000153434.a.a #9 ENSGT00940000161055 #10 ENSGT00390000016025.a #11 ENSGT00940000155181 #12 ENSGT00940000157707 #13 ENSGT00390000002445 #16 ENSGT00530000063675.b #17 ENSGT00940000164141 ENSGT00490000043385 #19 ENSGT00940000156859 #20 ENSGT00390000001195.a ENSGT00940000153424.a.b #22 ENSGT00940000154367.b #23 ENSGT00390000015513.a.a.b ENSGT00390000015513.a.a.a ENSGT00940000155211 ENSGT00390000016390 ENSGT00940000159011 ENSGT00940000163752 ENSGT00940000160266 ENSGT00940000160237 ENSGT00670000098074 ENSGT00520000055591.b ENSGT00940000155950 ENSGT00510000048363 ENSGT00950000182890.D.d.c ENSGT00940000163051 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 40 ENSGT00390000008742 ENSGT00940000157487.ib #7 ENSGT00390000002374 #8 ENSGT00940000153434.a.a #9 ENSGT00940000161055 #10 ENSGT00390000016025.a #11 ENSGT00940000155181 #12 ENSGT00940000157707 #13 ENSGT00390000002445 #16 ENSGT00530000063675.b 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ENSGT00670000098074 ENSGT00520000055591.b ENSGT00940000155950 ENSGT00510000048363 ENSGT00940000153505.a.b.b ENSGT00940000163051 Dog MODERN SPECIES GKAP1 (ENSCAFG00845006032) ENSCAFG00845005971 KIF27 (ENSCAFG00845005776) #7 C1H9orf64 (ENSCAFG00845005648) #8 HNRNPK (ENSCAFG00845005598) #9 SLC28A3 (ENSCAFG00845005455) #11 NTRK2 (ENSCAFG00845005371) #12 ENSCAFG00845005339 AGTPBP1 (ENSCAFG00845005286) #13 NAA35 (ENSCAFG00845005251) #16 GOLM1 (ENSCAFG00845005231) #17 C9orf153 (ENSCAFG00845005214) #18 ENSCAFG00845005203 #19 TUT7 (ENSCAFG00845005138) #20 ENSCAFG00845005091 DAPK1 (ENSCAFG00845005073) #22 ENSCAFG00845005052 ENSCAFG00845005046 FBP2 (ENSCAFG00845005034) FBP1 (ENSCAFG00845005020) AOPEP (ENSCAFG00845004982) FANCC (ENSCAFG00845004921) PTCH1 (ENSCAFG00845003905) ERCC6L2 (ENSCAFG00845003753) HSD17B3 (ENSCAFG00845003593) ZNF367 (ENSCAFG00845003549) HABP4 (ENSCAFG00845003506) ENSCAFG00845003296 PRXL2C (ENSCAFG00845003191) ZNF510 (ENSCAFG00845003072) ZNF782 (ENSCAFG00845003018) Dingo 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ENSGT00940000157487.ib #7 ENSGT00390000002374 #8 ENSGT00940000153434.a.a #9 ENSGT00940000161055 #10 ENSGT00390000016025.a #11 ENSGT00940000155181 #12 ENSGT00940000157707 #13 ENSGT00390000002445 #16 ENSGT00530000063675.b #17 ENSGT00940000164141 ENSGT00490000043385 #19 ENSGT00940000156859 #20 ENSGT00390000001195.a ENSGT01000000221508 ENSGT00940000153424.a.b #22 ENSGT00940000153321.b.b.l.a.b.c ENSGT00940000154367.b.n #23 ENSGT00390000015513.a.a.b ENSGT00390000015513.a.a.a ENSGT00940000155211 ENSGT00390000016390 ENSGT00940000159011 ENSGT00940000163752 ENSGT00940000160266.e ENSGT00940000160237 ENSGT00670000098074 ENSGT00520000055591.b ENSGT00940000155950 ENSGT00510000048363 ENSGT00940000153505.a.b.b Giant Panda MODERN SPECIES 8 UBQLN1 (ENSAMEG00000003825) GKAP1 (ENSAMEG00000003861) KIF27 (ENSAMEG00000003891) #7 C9orf64 (ENSAMEG00000003917) #8 HNRNPK (ENSAMEG00000003926) #9 RMI1 (ENSAMEG00000019422) #10 SLC28A3 (ENSAMEG00000003963) #11 NTRK2 (ENSAMEG00000003994) #12 AGTPBP1 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MODERN SPECIES 465 ENSUMAG00000007595 DAPK1 (ENSUMAG00000007670) #22 ENSUMAG00000008185 ##23 ENSUMAG00000008238 ENSUMAG00000008543 #23 FBP2 (ENSUMAG00000008547) FBP1 (ENSUMAG00000008553) AOPEP (ENSUMAG00000008563) ENSUMAG00000008576 ENSUMAG00000008590 FANCC (ENSUMAG00000008614) PTCH1 (ENSUMAG00000008813) ERCC6L2 (ENSUMAG00000009823) HSD17B3 (ENSUMAG00000009841) SLC35D2 (ENSUMAG00000009849) ENSUMAG00000009860 ENSUMAG00000009874 American black bear DUPLICATION American black bear MODERN SPECIES 1678 ENSUAMG00000019575 #22 American black bear MODERN SPECIES 4844 ENSUAMG00000027540 #22 ENSUAMG00000027539 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 67 ENSGT00940000156437 ENSGT00390000008742 ENSGT00940000157487 #7 ENSGT00390000002374 #8 ENSGT00940000153434.a.a #9 ENSGT00940000161055 #10 ENSGT00390000016025.a #11 ENSGT00940000155181 #12 ENSGT00940000157707 #13 ENSGT00390000002445 #16 ENSGT00530000063675.b #17 ENSGT00940000164141 ENSGT00490000043385 #19 ENSGT00940000156859 #20 ENSGT00900000143042 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#22 ENSGT00940000153321.b.b ENSGT00390000015513.a.a.b ENSGT00390000015513.a.a.a ENSGT00940000155211 ENSGT00390000016390 ENSGT00940000159011 ENSGT00940000161328 ENSGT00940000160266 ENSGT00940000160237 ENSGT00670000098074 ENSGT00520000055591.b ENSGT00940000155950 ENSGT00510000048363 ENSGT00940000162302 ENSGT00940000154960 tuatara MODERN SPECIES 1143 GKAP1 (ENSSPUG00000003258) ENSSPUG00000003302 #7 ENSSPUG00000003319 #7 C9orf64 (ENSSPUG00000003329) #8 ENSSPUG00000003339 ##9 RMI1 (ENSSPUG00000003362) #10 SLC28A3 (ENSSPUG00000003452) #11 NTRK2 (ENSSPUG00000003797) #12 AGTPBP1 (ENSSPUG00000003842) #13 NAA35 (ENSSPUG00000003967) #16 ENSSPUG00000003998 #17 ISCA1 (ENSSPUG00000004003) #19 ENSSPUG00000004012 TUT7 (ENSSPUG00000004029) #20 GAS1 (ENSSPUG00000004079) DAPK1 (ENSSPUG00000004089) #22 ENSSPUG00000004123 FBP2 (ENSSPUG00000004131) FBP1 (ENSSPUG00000004145) ENSSPUG00000004161 ENSSPUG00000004172 FANCC (ENSSPUG00000004208) PTCH1 (ENSSPUG00000004239) ENSSPUG00000004336 HSD17B3 (ENSSPUG00000004509) ENSSPUG00000004523 ENSSPUG00000004528 ZNF367 (ENSSPUG00000004543) HABP4 (ENSSPUG00000004571) ENSSPUG00000004583 PRXL2C (ENSSPUG00000004606) Episquamata ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000156437.i ENSGT00390000008742 ENSGT00940000157487.db #7 ENSGT00940000157487.eb #7 ENSGT00390000002374 #8 ENSGT00940000153434.b ##9 ENSGT00940000161055 #10 ENSGT00390000016025.a #11 ENSGT00940000155181 #12 ENSGT00940000157707 #13 ENSGT00390000002445 #16 ENSGT00530000063675.b #17 ENSGT00490000043385 #19 ENSGT00940000156859 #20 ENSGT00390000001195.a ENSGT00940000153424.a.b #22 ENSGT00940000153321.b.b ENSGT00390000015513.a.a.b ENSGT00390000015513.a.a.a ENSGT00940000155211 ENSGT00390000016390 ENSGT00940000159011 ENSGT00940000161328 ENSGT00940000160266 ENSGT00940000160237 ENSGT00670000098074 ENSGT00520000055591.b ENSGT00940000155950 ENSGT00510000048363 ENSGT00940000162302 ENSGT00940000154960 Laterata ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000156437.i ENSGT00390000008742 ENSGT00940000157487.db #7 ENSGT00940000157487.eb #7 ENSGT00390000002374 #8 ENSGT00940000153434.b ##9 ENSGT00940000161055 #10 ENSGT00390000016025.a #11 ENSGT00940000155181 #12 ENSGT00940000157707 #13 ENSGT00390000002445 #16 ENSGT00530000063675.b #17 ENSGT00490000043385 #19 ENSGT00940000156859 #20 ENSGT00390000001195.a ENSGT00940000153424.a.b #22 ENSGT00940000153321.b.b ENSGT00390000015513.a.a.b ENSGT00390000015513.a.a.a ENSGT00940000155211 ENSGT00390000016390 ENSGT00940000159011 ENSGT00940000161328 ENSGT00940000160266 ENSGT00940000160237 ENSGT00670000098074 ENSGT00520000055591.b ENSGT00940000155950 ENSGT00510000048363 ENSGT00940000162302 ENSGT00940000154960 Common wall lizard MODERN SPECIES 2 C9orf64 (ENSPMRG00000016810) #8 HNRNPK (ENSPMRG00000016805) ##9 RMI1 (ENSPMRG00000016801) #10 SLC28A3 (ENSPMRG00000016799) #11 ENSPMRG00000016796 NTRK2 (ENSPMRG00000016765) #12 ENSPMRG00000016744 AGTPBP1 (ENSPMRG00000016696) #13 NAA35 (ENSPMRG00000016668) #16 GOLM1 (ENSPMRG00000016659) #17 ENSPMRG00000016655 #19 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ENSSMRG00000019193 FBP2 (ENSSMRG00000019194) FBP1 (ENSSMRG00000019195) AOPEP (ENSSMRG00000019197) FANCC (ENSSMRG00000019201) PTCH1 (ENSSMRG00000019202) ENSSMRG00000019203 HSD17B3 (ENSSMRG00000019207) SLC35D2 (ENSSMRG00000019213) ZNF367 (ENSSMRG00000019214) HABP4 (ENSSMRG00000019215) ENSSMRG00000019216 PRXL2C (ENSSMRG00000019222) ENSSMRG00000019224 LRRC2 (ENSSMRG00000019225) Toxicofera ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000156437.i ENSGT00390000008742 ENSGT00940000157487.db #7 ENSGT00940000157487.eb #7 ENSGT00390000002374 #8 ENSGT00940000153434.b ##9 ENSGT00940000161055 #10 ENSGT00390000016025.a #11 ENSGT00940000155181 #12 ENSGT00940000157707 #13 ENSGT00390000002445 #16 ENSGT00530000063675.b #17 ENSGT00490000043385 #19 ENSGT00940000156859 #20 ENSGT00390000001195.a ENSGT00940000153424.a.b #22 ENSGT00940000153321.b.b ENSGT00390000015513.a.a.b ENSGT00390000015513.a.a.a ENSGT00940000155211 ENSGT00390000016390 ENSGT00940000159011 ENSGT00940000161328 ENSGT00940000160266 ENSGT00940000160237 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ENSGT00940000157487.y #7 ENSGT00390000002374 #8 ENSGT00940000153434.b.a.a ##9 ENSGT00940000161055 #10 ENSGT00390000016025.a #11 ENSGT00940000155181 #12 ENSGT00940000157707 #13 ENSGT00390000002445 #16 ENSGT00530000063675.b #17 ENSGT00490000043385 #19 ENSGT00940000156859 #20 ENSGT00390000001195.a ENSGT00940000153424.a.b #22 ENSGT00940000153321.b.b ENSGT00390000015513.a.a.b ENSGT00390000015513.a.a.a ENSGT00940000155211 ENSGT00390000016390 ENSGT00940000159011 ENSGT00940000161328 ENSGT00940000160237 ENSGT00670000098074 ENSGT00520000055591.b ENSGT00940000155950 ENSGT00510000048363 ENSGT00940000162302 ENSGT00940000154960 ENSGT00940000157674 Great tit MODERN SPECIES 642 FRMD3 (ENSPMJG00000000136) IDNK (ENSPMJG00000000156) UBQLN1 (ENSPMJG00000000186) KIF27 (ENSPMJG00000000292) #7 C9orf64 (ENSPMJG00000000424) #8 HNRNPK (ENSPMJG00000000432) ##9 RMI1 (ENSPMJG00000000461) #10 SLC28A3 (ENSPMJG00000000468) #11 NTRK2 (ENSPMJG00000000584) #12 AGTPBP1 (ENSPMJG00000000623) #13 NAA35 (ENSPMJG00000000648) #16 GOLM1 (ENSPMJG00000000666) #17 ISCA1 (ENSPMJG00000000682) #19 TUT7 (ENSPMJG00000000807) #20 GAS1 (ENSPMJG00000000833) DAPK1 (ENSPMJG00000000930) #22 ENSPMJG00000001032 FBP2 (ENSPMJG00000001047) FBP1 (ENSPMJG00000001101) AOPEP (ENSPMJG00000001239) FANCC (ENSPMJG00000001330) PTCH1 (ENSPMJG00000001356) ENSPMJG00000001440 SLC35D2 (ENSPMJG00000001468) ZNF367 (ENSPMJG00000001504) ENSPMJG00000001557 ENSPMJG00000001575 PRXL2C (ENSPMJG00000001599) ENSPMJG00000001615 LRRC2 (ENSPMJG00000001626) CNTNAP4 (ENSPMJG00000001771) Passeriformes_d DUPLICATION Passeriformes_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.b.u #22 Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.b.u #22 Medium ground finch MODERN SPECIES 16 FBXO22 (ENSGFOG00000014021) UBE2Q2 (ENSGFOG00000014015) CHRNB4 (ENSGFOG00000014013) CHRNA3 (ENSGFOG00000014012) CHRNA5 (ENSGFOG00000014011) PSMA4 (ENSGFOG00000014010) HYKK (ENSGFOG00000014008) IREB2 (ENSGFOG00000013926) CRABP1 (ENSGFOG00000013904) SKIC8 (ENSGFOG00000013900) DNAJA4 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ENSGT00940000153352.A ENSGT00940000166675 ENSGT00940000155949 ENSGT00390000012762.v ENSGT00940000157861 ENSGT00940000161883 ENSGT00940000154969.b ENSGT00390000001195.a.a ENSGT00940000153424.a.b #22 ENSGT00940000153321.b.b ENSGT00390000015513.a.a.b ENSGT00390000015513.a.b.a ENSGT00940000154886.a.a.e ENSGT00940000156489 ENSGT00940000160420 ENSGT00940000156282.a.a ENSGT00940000154821.b ENSGT00940000156085 ENSGT01070000253744.b.b.e ENSGT00390000000113.B ENSGT00940000156290.a ENSGT01050000244898.b.b.e.a ENSGT00940000165677 ENSGT00940000156035 Red-bellied piranha MODERN SPECIES 39 rhobtb4 (ENSPNAG00000013715) ENSPNAG00000013772 rtkna (ENSPNAG00000002969) smn1 (ENSPNAG00000014007) hspb11 (ENSPNAG00000014017) mccc2 (ENSPNAG00000014077) DAB2 (ENSPNAG00000014124) ENSPNAG00000014140 ENSPNAG00000003035 ENSPNAG00000014151 ENSPNAG00000014161 TMEM8B (ENSPNAG00000014213) ENSPNAG00000014238 tars1 (ENSPNAG00000014293) gas1a (ENSPNAG00000014302) dapk1 (ENSPNAG00000014365) #22 ctsla (ENSPNAG00000014392) 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ENSCCRG00000041503 Golden-line barbel MODERN SPECIES 610 tars1 (ENSSGRG00000007533) gas1a (ENSSGRG00000007537) dapk1 (ENSSGRG00000007542) #22 ctsla (ENSSGRG00000007603) fbp2 (ENSSGRG00000007997) fbp1a (ENSSGRG00000008083) ENSSGRG00000008259 dmrt1 (ENSSGRG00000008262) dmrt3a (ENSSGRG00000008270) dmrt2a (ENSSGRG00000008275) smarca2 (ENSSGRG00000008436) adamts3 (ENSSGRG00000015665) Zebrafish MODERN SPECIES 20 rhobtb4 (ENSDARG00000016868) ENSDARG00000032482 rtkna (ENSDARG00000031345) nos2a (ENSDARG00000026925) smn1 (ENSDARG00000018494) hspb11 (ENSDARG00000067777) mccc2 (ENSDARG00000017571) ENSDARG00000102375 DAB2 (ENSDARG00000053091) zgc:112966 (ENSDARG00000095369) TMEM8B (ENSDARG00000075126) ENSDARG00000094625 ENSDARG00000094268 tars1 (ENSDARG00000013250) gas1a (ENSDARG00000077298) dapk1 (ENSDARG00000060093) #22 ctsla (ENSDARG00000007836) fbp2 (ENSDARG00000012366) fbp1a (ENSDARG00000021366) ENSDARG00000060102 dmrt1 (ENSDARG00000007349) dmrt3a (ENSDARG00000035290) dmrt2a 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ENSOKIG00005012338 rufy3 (ENSOKIG00005011897) ENSOKIG00005011830 ENSOKIG00005011814 mccc2 (ENSOKIG00005011620) fbxl8 (ENSOKIG00005011546) TMEM8B (ENSOKIG00005011533) ENSOKIG00005011527 gas1a (ENSOKIG00005011516) ENSOKIG00005011508 ENSOKIG00005011503 dapk1 (ENSOKIG00005011226) #22 ENSOKIG00005011185 ENSOKIG00005011146 dmrt3a (ENSOKIG00005011137) ENSOKIG00005011130 adamts3 (ENSOKIG00005007422) ENSOKIG00005005214 dmrt2a (ENSOKIG00005004975) Rainbow trout MODERN SPECIES 2 ENSOMYG00000003796 gas1a (ENSOMYG00000003862) ENSOMYG00000051116 dapk1 (ENSOMYG00000074632) #22 fbp1a (ENSOMYG00000035650) ENSOMYG00000035672 ENSOMYG00000056551 ENSOMYG00000048204 ENSOMYG00000035683 dmrt3a (ENSOMYG00000073783) dmrt2a (ENSOMYG00000030960) ENSOMYG00000072429 SMARCA2 (ENSOMYG00000004868) ENSOMYG00000068762 ENSOMYG00000060219 adamts3 (ENSOMYG00000007917) ENSOMYG00000049989 ENSOMYG00000003186 ENSOMYG00000003238 Salmo ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000154662.d.m ENSGT00940000159775.j ENSGT00940000156859.dc #20 ENSGT00490000043385.qc #19 ENSGT00940000153241.A ENSGT00940000153189.A ENSGT00940000159010.e.a ENSGT00940000156771.j ENSGT00940000156035.y.a ENSGT00940000165677 ENSGT00940000155949.i ENSGT00420000029943 ENSGT00940000157861 ENSGT00390000001195.a.a ENSGT01020000231785.a ENSGT00940000153424.a.b #22 ENSGT00390000015513.a.b.a ENSGT00940000154886.b.b ENSGT00940000160420.h ENSGT00940000156282.a.a.e ENSGT00940000154821.a.a.f ENSGT00940000156085 River trout MODERN SPECIES 39 ENSSTUG00000007817 ENSSTUG00000007822 ENSSTUG00000007864 ENSSTUG00000007880 rufy3 (ENSSTUG00000007899) ENSSTUG00000008502 mccc2 (ENSSTUG00000008590) mccc2 (ENSSTUG00000009985) ENSSTUG00000010059 ENSSTUG00000010062 mccc2 (ENSSTUG00000010087) fbxl8 (ENSSTUG00000010111) TMEM8B (ENSSTUG00000010126) gas1a (ENSSTUG00000010144) ENSSTUG00000010151 dapk1 (ENSSTUG00000010166) #22 ENSSTUG00000010280 fbp1a (ENSSTUG00000010287) ENSSTUG00000010312 dmrt3a (ENSSTUG00000010375) dmrt2a (ENSSTUG00000010422) SMARCA2 (ENSSTUG00000010441) adamts3 (ENSSTUG00000010671) ENSSTUG00000011099 Atlantic salmon MODERN SPECIES 6 ppil2 (ENSSSAG00000044893) ENSSSAG00000111503 ENSSSAG00000094263 ENSSSAG00000088976 ENSSSAG00000084314 mapk1 (ENSSSAG00000043206) ENSSSAG00000043329 ENSSSAG00000043598 ENSSSAG00000043623 ENSSSAG00000109443 ENSSSAG00000103177 ENSSSAG00000043181 ENSSSAG00000096508 gas1a (ENSSSAG00000102309) ENSSSAG00000111548 dapk1 (ENSSSAG00000108825) #22 ENSSSAG00000108551 fbp1a (ENSSSAG00000095867) ENSSSAG00000114358 ENSSSAG00000118786 dmrt3a (ENSSSAG00000047601) dmrt2a (ENSSSAG00000089152) ENSSSAG00000031294 ENSSSAG00000043060 ENSSSAG00000014321 SMARCA2 (ENSSSAG00000045598) adamts3 (ENSSSAG00000047659) ENSSSAG00000104997 tfap2d (ENSSSAG00000083685) ENSSSAG00000085616 ENSSSAG00000122164 Huchen MODERN SPECIES 2813 dapk1 (ENSHHUG00000011376) #22 Northern pike MODERN SPECIES 12 ENSELUG00000012840 psat1 (ENSELUG00000012823) ENSELUG00000012798 stambpb (ENSELUG00000012739) ppil2 (ENSELUG00000012512) ENSELUG00000011879 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ENSGT00940000156035.z ENSGT00940000165677 ENSGT00940000156771 ENSGT00940000161453 Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 127 kremen1 (ENSHCOG00000014897) si:dkey-174n20.1 (ENSHCOG00000014916) CAMK2B (ENSHCOG00000014947) ENSHCOG00000014959 h2az2a (ENSHCOG00000014970) purbb (ENSHCOG00000014978) ENSHCOG00000014986 ENSHCOG00000014994 ENSHCOG00000014999 ENSHCOG00000015003 ENSHCOG00000015005 ENSHCOG00000015010 il1b (ENSHCOG00000015032) CNNM4 (ENSHCOG00000015068) ENSHCOG00000015119 ENSHCOG00000015155 #22 ctsla (ENSHCOG00000015171) fbp2 (ENSHCOG00000015189) fbp1a (ENSHCOG00000015217) ENSHCOG00000015238 dmrt1 (ENSHCOG00000015256) dmrt3a (ENSHCOG00000015270) dmrt2a (ENSHCOG00000015280) SMARCA2 (ENSHCOG00000015348) ENSHCOG00000015364 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00730000110943.B.d.a ENSGT00940000165623 ENSGT00970000193390.c.a.b ENSGT00940000158973.a.a ENSGT00940000159769.a.a ENSGT00940000156481.b ENSGT00950000182924.A.b.b ENSGT00940000166629 ENSGT00900000140979.a.b 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ENSGT00940000156771.h Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000155882.a.b.a ENSGT00390000017751 ENSGT00940000154006.a ENSGT00390000001654 ENSGT00940000158390 ENSGT00940000165623 ENSGT00940000158973.a.a ENSGT00950000182924.A.b.b ENSGT00940000166629 ENSGT00900000140979.a.b ENSGT00950000183162.a.b.i.a ENSGT00530000063691.a ENSGT00950000182943 ENSGT00940000156317.w.b ENSGT00940000161917.b ENSGT00940000153424.a.b #22 ENSGT00940000153321.b.b ENSGT00390000015513.a.a.b ENSGT00390000015513.a.b.a ENSGT00940000154886.b ENSGT00730000111240 ENSGT00940000156489 ENSGT00940000160420 ENSGT00940000156282.a.a ENSGT00940000154821.a.b ENSGT00940000156085 ENSGT01070000253744.b.b.e ENSGT00940000156290.a ENSGT00940000156035.z ENSGT00940000165677 ENSGT00940000156771.h Tetraodon MODERN SPECIES 3 xbp1 (ENSTNIG00000015621) ENSTNIG00000015622 ZNRF3 (ENSTNIG00000015623) coq5 (ENSTNIG00000015624) kremen1 (ENSTNIG00000015625) si:dkey-174n20.1 (ENSTNIG00000015626) camk2b1 (ENSTNIG00000015627) 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SPECIES 189 ENSKMAG00000010669 ENSKMAG00000010663 ENSKMAG00000010591 ENSKMAG00000010545 sncaip (ENSKMAG00000010522) ENSKMAG00000010501 ENSKMAG00000010488 ENSKMAG00000010469 SNX2 (ENSKMAG00000010366) PPIC (ENSKMAG00000010312) ENSKMAG00000010300 ENSKMAG00000010293 PRDM6 (ENSKMAG00000010266) CEP120 (ENSKMAG00000010232) ZNF608 (ENSKMAG00000010192) dapk1 (ENSKMAG00000010088) #22 ctsla (ENSKMAG00000010046) ENSKMAG00000010024 fbp2 (ENSKMAG00000009992) fbp1a (ENSKMAG00000009967) ENSKMAG00000009918 ENSKMAG00000009897 dmrt1 (ENSKMAG00000009879) Turquoise killifish MODERN SPECIES 1620 ENSNFUG00015006466 ENSNFUG00015006513 ENSNFUG00015006522 ENSNFUG00015006525 ENSNFUG00015006529 ENSNFUG00015006542 ENSNFUG00015006586 ENSNFUG00015006598 sncaip (ENSNFUG00015006683) SNX2 (ENSNFUG00015006715) PPIC (ENSNFUG00015006861) PRDM6 (ENSNFUG00015006869) ENSNFUG00015006882 ENSNFUG00015006886 ZNF608 (ENSNFUG00015007020) DAPK1 (ENSNFUG00015007056) #22 CTSL (ENSNFUG00015007120) ENSNFUG00015007122 fbp2 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medaka DUPLICATION Indian medaka MODERN SPECIES 11 dmrt2a (ENSOMEG00000010181) ENSOMEG00000010188 dmrt1 (ENSOMEG00000010203) ENSOMEG00000010225 ENSOMEG00000010239 hs3st1l2 (ENSOMEG00000010251) PURB (ENSOMEG00000010259) h2az2b (ENSOMEG00000010283) ENSOMEG00000010305 ENSOMEG00000010322 ENSOMEG00000010337 ENSOMEG00000010354 CNNM4 (ENSOMEG00000010394) ENSOMEG00000010592 dapk1 (ENSOMEG00000010654) #22 ENSOMEG00000010685 #22 ctsla (ENSOMEG00000010714) fbp2 (ENSOMEG00000010741) fbp1a (ENSOMEG00000010783) ENSOMEG00000010823 ENSOMEG00000010843 ENSOMEG00000010873 PPEF2 (ENSOMEG00000010931) scarb2a (ENSOMEG00000010984) ENSOMEG00000011029 CCNG2 (ENSOMEG00000011063) RAB27B (ENSOMEG00000011093) poli (ENSOMEG00000011149) ENSOMEG00000011174 ENSOMEG00000011196 zgc:101858 (ENSOMEG00000011224) Indian medaka MODERN SPECIES 11 ENSOMEG00000010150 dmrt2a (ENSOMEG00000010181) ENSOMEG00000010188 dmrt1 (ENSOMEG00000010203) ENSOMEG00000010225 ENSOMEG00000010239 hs3st1l2 (ENSOMEG00000010251) PURB (ENSOMEG00000010259) h2az2b (ENSOMEG00000010283) ENSOMEG00000010305 ENSOMEG00000010322 ENSOMEG00000010337 ENSOMEG00000010354 CNNM4 (ENSOMEG00000010394) ENSOMEG00000010592 dapk1 (ENSOMEG00000010654) #22 ENSOMEG00000010685 #22 ctsla (ENSOMEG00000010714) fbp2 (ENSOMEG00000010741) fbp1a (ENSOMEG00000010783) ENSOMEG00000010823 ENSOMEG00000010843 ENSOMEG00000010873 PPEF2 (ENSOMEG00000010931) scarb2a (ENSOMEG00000010984) ENSOMEG00000011029 CCNG2 (ENSOMEG00000011063) RAB27B (ENSOMEG00000011093) poli (ENSOMEG00000011149) ENSOMEG00000011174 ENSOMEG00000011196 Javanese ricefish MODERN SPECIES 23 rtn4r (ENSOJAG00000006127) hscb (ENSOJAG00000006020) LRRC8A (ENSOJAG00000005993) zgc:101858 (ENSOJAG00000005977) ENSOJAG00000005691 camk2b1 (ENSOJAG00000004833) ENSOJAG00000004613 ENSOJAG00000004568 hs3st1l2 (ENSOJAG00000004561) purbb (ENSOJAG00000004556) h2az2b (ENSOJAG00000004467) ENSOJAG00000004449 ENSOJAG00000004431 CNNM4 (ENSOJAG00000004395) ENSOJAG00000003321 dapk1 (ENSOJAG00000002821) #22 ENSOJAG00000002740 ENSOJAG00000002734 ENSOJAG00000002611 ENSOJAG00000002536 ercc6l (ENSOJAG00000002485) ENSOJAG00000002471 ENSOJAG00000002462 nudt18 (ENSOJAG00000002453) ENSOJAG00000002445 ENSOJAG00000008033 ENSOJAG00000007931 ##27 ENSOJAG00000007889 tncb (ENSOJAG00000004606) ENSOJAG00000003981 srp19 (ENSOJAG00000003972) Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00940000153424.a.b #22 ENSGT00940000153321.b.b ENSGT00390000015513.a.a.b ENSGT00390000015513.a.b.a ENSGT00940000154886.b ENSGT00730000111240 ENSGT00940000156489 ENSGT00940000160420 ENSGT00940000156282.a.a ENSGT00940000154821.a.b ENSGT00940000156085 ENSGT01070000253744.b.b.e ENSGT00940000156290.a ENSGT00940000156035.z ENSGT00940000165677 ENSGT00940000156771.h Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000160711 ENSGT00390000008206 ENSGT00940000154043.A.j.a ENSGT00940000163579 ENSGT00940000164473 ENSGT00940000162727.a.a ENSGT00940000156880.c.b ENSGT00940000169810 ENSGT00950000182975.a.a.b.k ENSGT00390000014658 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clownfish MODERN SPECIES 19 rtn4r (ENSAPEG00000010143) hscb (ENSAPEG00000010132) LRRC8A (ENSAPEG00000010120) ppil3 (ENSAPEG00000010102) zgc:101858 (ENSAPEG00000010085) col27a1b (ENSAPEG00000009998) ENSAPEG00000009950 KCNT1 (ENSAPEG00000009839) camsap1b (ENSAPEG00000009768) ubac1 (ENSAPEG00000009753) notch1b (ENSAPEG00000009619) ENSAPEG00000009592 inpp5e (ENSAPEG00000009581) pmpca (ENSAPEG00000009521) ENSAPEG00000009471 dapk1 (ENSAPEG00000009387) #22 ctsla (ENSAPEG00000009352) fbp2 (ENSAPEG00000009338) fbp1a (ENSAPEG00000009304) ENSAPEG00000009278 cfap157 (ENSAPEG00000009240) dmrt1 (ENSAPEG00000008009) dmrt3a (ENSAPEG00000007838) dmrt2a (ENSAPEG00000007763) SMARCA2 (ENSAPEG00000007646) adamts3 (ENSAPEG00000007558) NPFFR2 (ENSAPEG00000007470) slc4a4a (ENSAPEG00000007369) rufy3 (ENSAPEG00000007268) ENSAPEG00000007240 ENSAPEG00000007234 Clown anemonefish MODERN SPECIES 1093 dapk1 (ENSAOCG00000006264) #22 ctsla (ENSAOCG00000006287) fbp2 (ENSAOCG00000006296) fbp1a (ENSAOCG00000006322) ENSAOCG00000006340 Spiny chromis MODERN SPECIES 212 fgfr4 (ENSAPOG00000002040) ENSAPOG00000002072 rab24 (ENSAPOG00000002097) pgrmc1 (ENSAPOG00000002116) cox7b (ENSAPOG00000002123) pgk1 (ENSAPOG00000000699) kctd7 (ENSAPOG00000002181) KCNJ6 (ENSAPOG00000002197) rabgef1 (ENSAPOG00000002214) ENSAPOG00000002257 ENSAPOG00000000776 dapk1 (ENSAPOG00000002327) #22 ctsla (ENSAPOG00000002348) fbp2 (ENSAPOG00000002366) fbp1a (ENSAPOG00000002388) ENSAPOG00000002404 cfap157 (ENSAPOG00000002431) dmrt1 (ENSAPOG00000002453) dmrt3a (ENSAPOG00000002470) dmrt2a (ENSAPOG00000002533) SMARCA2 (ENSAPOG00000002641) adamts3 (ENSAPOG00000002707) Bicolor damselfish MODERN SPECIES 307 ENSSPAG00000006819 ENSSPAG00000006787 ENSSPAG00000006768 KCNT1 (ENSSPAG00000006576) camsap1b (ENSSPAG00000006479) ubac1 (ENSSPAG00000006461) notch1b (ENSSPAG00000006379) ENSSPAG00000006225 inpp5e (ENSSPAG00000006192) pmpca (ENSSPAG00000006160) ENSSPAG00000006126 dapk1 (ENSSPAG00000005994) #22 ctsla (ENSSPAG00000005961) fbp2 (ENSSPAG00000005949) fbp1a (ENSSPAG00000005930) ENSSPAG00000005878 cfap157 (ENSSPAG00000005851) dmrt1 (ENSSPAG00000005837) dmrt3a (ENSSPAG00000005816) dmrt2a (ENSSPAG00000005753) ENSSPAG00000005741 Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000153424.a.b #22 ENSGT00940000153321.b.b ENSGT00390000015513.a.a.b ENSGT00390000015513.a.b.a ENSGT00940000154886.b ENSGT00730000111240 ENSGT00940000156489 ENSGT00940000160420 ENSGT00940000156282.a.a ENSGT00940000154821.a.b ENSGT00940000156085 ENSGT01070000253744.b.b.e ENSGT00940000156290.a ENSGT00940000156035.z ENSGT00940000165677 ENSGT00940000156771.h Midas cichlid MODERN SPECIES 894 ENSACIG00000006945 ENSACIG00000006849 ENSACIG00000006834 sh2d3cb (ENSACIG00000006797) tor2a (ENSACIG00000006771) ptrh1 (ENSACIG00000006734) ENSACIG00000006725 ENSACIG00000006716 ENSACIG00000006712 ENSACIG00000006677 dapk1 (ENSACIG00000006618) #22 ctsla (ENSACIG00000006601) fbp2 (ENSACIG00000006283) fbp1a (ENSACIG00000006262) Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000153424.a.b #22 ENSGT00940000153321.b.b ENSGT00390000015513.a.a.b ENSGT00390000015513.a.b.a ENSGT00940000154886.b ENSGT00730000111240 ENSGT00940000156489 ENSGT00940000160420 ENSGT00940000156282.a.a ENSGT00940000154821.a.b ENSGT00940000156085 ENSGT01070000253744.b.b.e ENSGT00940000156290.a ENSGT00940000156035.z ENSGT00940000165677 ENSGT00940000156771.h Nile tilapia MODERN SPECIES 3 ENSONIG00000037956 ENSONIG00000034620 ENSONIG00000006674 ENSONIG00000020396 ENSONIG00000036199 ENSONIG00000034054 ENSONIG00000028403 ENSONIG00000012313 ACTB (ENSONIG00000014259) ENSONIG00000032674 ENSONIG00000034815 zgc:113274 (ENSONIG00000032281) ENSONIG00000027235 ENSONIG00000035872 ENSONIG00000042907 dapk1 (ENSONIG00000014229) #22 ctsla (ENSONIG00000014226) fbp1a (ENSONIG00000014217) ENSONIG00000014211 ENSONIG00000036306 cfap157 (ENSONIG00000014207) dmrt1 (ENSONIG00000014201) dmrt3a (ENSONIG00000030065) dmrt2 (ENSONIG00000014197) SMARCA2 (ENSONIG00000014163) adamts3 (ENSONIG00000014157) NPFFR2 (ENSONIG00000014155) slc4a4a (ENSONIG00000014129) rufy3 (ENSONIG00000014125) ENSONIG00000035387 grsf1 (ENSONIG00000014119) Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000153424.a.b #22 ENSGT00940000153321.b.b ENSGT00390000015513.a.a.b ENSGT00390000015513.a.b.a ENSGT00940000154886.b ENSGT00730000111240 ENSGT00940000156489 ENSGT00940000160420 ENSGT00940000156282.a.a ENSGT00940000154821.a.b ENSGT00940000156085 ENSGT01070000253744.b.b.e ENSGT00940000156290.a ENSGT00940000156035.z ENSGT00940000165677 ENSGT00940000156771.h Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000163484.t.b.b.a.b.a.d.c.a ENSGT01100000263483.D.c.b.a.b.d ENSGT00940000153424.a.b #22 ENSGT00940000153321.b.b ENSGT00390000015513.a.a.b ENSGT00390000015513.a.b.a ENSGT00940000154886.b ENSGT01100000263538.A.b.h.b.b.b ENSGT00730000111240 ENSGT00940000156489 ENSGT00940000160420 ENSGT00940000156282.a.a ENSGT00940000154821.a.b ENSGT00940000156085 ENSGT01070000253744.b.b.e ENSGT00940000156290.a ENSGT00940000156035.z ENSGT00940000165677 Haplochromini_A DUPLICATION Haplochromini_A DUPLICATION Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.b.i.a #22 P. nyererei MODERN SPECIES 333 dapk1 (ENSPNYG00000003754) #22 ctsla (ENSPNYG00000003827) fbp2 (ENSPNYG00000003871) ENSPNYG00000003901 ENSPNYG00000003913 ENSPNYG00000003931 ENSPNYG00000003971 cfap157 (ENSPNYG00000003983) dmrt1 (ENSPNYG00000004057) dmrt3a (ENSPNYG00000004331) dmrt2a (ENSPNYG00000004377) SMARCA2 (ENSPNYG00000004533) adamts3 (ENSPNYG00000005116) NPFFR2 (ENSPNYG00000005226) slc4a4a (ENSPNYG00000005284) rufy3 (ENSPNYG00000005345) Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.b.i.a #22 Zebra mbuna MODERN SPECIES 730 dapk1 (ENSMZEG00005028140) #22 Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.b.i.b #22 Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.b.i.b #22 Zebra mbuna MODERN SPECIES 1094 phf19 (ENSMZEG00005020855) FIBCD1 (ENSMZEG00005020848) ENSMZEG00005020837 cmlc1 (ENSMZEG00005020829) ENSMZEG00005020823 endog (ENSMZEG00005020825) NTNG2 (ENSMZEG00005020820) med27 (ENSMZEG00005020816) FNBP1 (ENSMZEG00005020812) ENSMZEG00005020808 OLFM1 (ENSMZEG00005020805) ENSMZEG00005020801 ENSMZEG00005020799 ENSMZEG00005020796 ENSMZEG00005020792 dapk1 (ENSMZEG00005020786) #22 ctsla (ENSMZEG00005020780) fbp2 (ENSMZEG00005020775) fbp1a (ENSMZEG00005020768) ENSMZEG00005020765 ENSMZEG00005020762 cfap157 (ENSMZEG00005020758) dmrt1 (ENSMZEG00005020750) dmrt3a (ENSMZEG00005020744) dmrt2a (ENSMZEG00005020738) SMARCA2 (ENSMZEG00005020709) adamts3 (ENSMZEG00005020688) NPFFR2 (ENSMZEG00005020684) slc4a4a (ENSMZEG00005020663) rufy3 (ENSMZEG00005020641) ENSMZEG00005020633 Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000163484.t.b.b.a.b.a.d.c.a ENSGT01100000263483.D.c.b.a.b.d ENSGT00940000153424.a.b.j #22 ENSGT00940000153321.b.b ENSGT00390000015513.a.a.b ENSGT00390000015513.a.b.a ENSGT00940000154886.b ENSGT01100000263538.A.b.h.b.b.b ENSGT00730000111240 ENSGT00940000156489 ENSGT00940000160420 ENSGT00940000156282.a.a ENSGT00940000154821.a.b ENSGT00940000156085 ENSGT01070000253744.b.b.e ENSGT00940000156290.a ENSGT00940000156035.z ENSGT00940000165677 Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000163484.t.b.b.a.b.a.d.c.a ENSGT01100000263483.D.c.b.a.b.d ENSGT00940000153424.a.b.j #22 ENSGT00940000153321.b.b ENSGT00390000015513.a.a.b ENSGT00390000015513.a.b.a ENSGT01100000263538.A.b.h.b.b.b ENSGT00730000111240 ENSGT00940000156489 ENSGT00940000160420 ENSGT00940000156282.a.a ENSGT00940000154821.a.b ENSGT00940000156085 ENSGT01070000253744.b.b.e ENSGT00940000156290.a ENSGT00940000156035.z ENSGT00940000165677 ENSGT00940000156771.h Eastern happy MODERN SPECIES 3 ENSACLG00000005300 ENSACLG00000005264 ENSACLG00000005232 ENSACLG00000005220 ENSACLG00000005175 ENSACLG00000005094 ENSACLG00000005080 ENSACLG00000005066 ENSACLG00000005063 ENSACLG00000005057 ENSACLG00000005052 ENSACLG00000005015 ENSACLG00000005005 ENSACLG00000004981 ENSACLG00000004980 dapk1 (ENSACLG00000004772) #22 ctsla 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ENSNBRG00000003426 #22 ctsla (ENSNBRG00000003388) fbp2 (ENSNBRG00000003354) fbp1a (ENSNBRG00000003081) ENSNBRG00000003061 ENSNBRG00000003039 ENSNBRG00000003020 Elephant shark MODERN SPECIES 1687 agtpbp1 (ENSCMIG00000004404) #13 naa35 (ENSCMIG00000004600) #16 ENSCMIG00000004617 ENSCMIG00000004698 isca1 (ENSCMIG00000004882) #19 TUT7 (ENSCMIG00000004923) #20 ENSCMIG00000005083 gas1a (ENSCMIG00000005093) dapk1 (ENSCMIG00000005116) #22 si:dkey-26g8.5 (ENSCMIG00000005238) fbp2 (ENSCMIG00000005314) FBP1 (ENSCMIG00000005377) Cyclostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.b #22 Lamprey MODERN SPECIES 963 ENSPMAG00000003908 ENSPMAG00000003855 ENSPMAG00000003848 dapk1 (ENSPMAG00000003793) #22 ENSPMAG00000003789 ENSPMAG00000003780 myo1f (ENSPMAG00000003737) Hagfish MODERN SPECIES 1159 pomgnt2 (ENSEBUG00000000740) ptar1 (ENSEBUG00000004713) ENSEBUG00000014256 ENSEBUG00000012475 ENSEBUG00000012016 ENSEBUG00000014293 ENSEBUG00000000905 ENSEBUG00000008534 ENSEBUG00000002076 dapk1 (ENSEBUG00000001406) #22 acsbg2 (ENSEBUG00000002913) ENSEBUG00000013337 ENSEBUG00000015307 ENSEBUG00000006608 ENSEBUG00000001786 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a ##22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES 47 ENSGT00940000157796 ENSGT00940000155399 ENSGT00940000159422 ENSGT00940000153533.a ENSGT00940000155707 ENSGT00950000182989.A ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327 ENSGT00940000160977 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00940000164936 ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.b.b.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206 ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 Elephant shark DUPLICATION Elephant shark MODERN SPECIES 1490 stra6 (ENSCMIG00000007632) ENSCMIG00000007623 cyp11a1.1 (ENSCMIG00000007594) TERB2 (ENSCMIG00000007579) IREB2 (ENSCMIG00000007235) slc25a44b (ENSCMIG00000007156) crabp1b (ENSCMIG00000007151) wdr61 (ENSCMIG00000007145) ENSCMIG00000007132 ENSCMIG00000007128 idh3a (ENSCMIG00000007038) lrrc61 (ENSCMIG00000007020) cib2 (ENSCMIG00000007017) ENSCMIG00000007013 TBC1D2B (ENSCMIG00000007006) dapk2a (ENSCMIG00000006998) ##22 ENSCMIG00000006984 ENSCMIG00000006969 fbxl22 (ENSCMIG00000006965) usp3 (ENSCMIG00000006952) ENSCMIG00000006941 CA12 (ENSCMIG00000006938) aph1b (ENSCMIG00000006934) rab8b (ENSCMIG00000006928) ENSCMIG00000006900 lactb (ENSCMIG00000006887) tpma (ENSCMIG00000006808) tln2a (ENSCMIG00000006558) c2cd4a (ENSCMIG00000006465) VPS13C (ENSCMIG00000006325) roraa (ENSCMIG00000006194) Elephant shark MODERN SPECIES 1570 ENSCMIG00000018660 ctns (ENSCMIG00000018690) palm1b (ENSCMIG00000018692) PLPPR3 (ENSCMIG00000018693) ENSCMIG00000018694 ENSCMIG00000018701 ENSCMIG00000018717 ENSCMIG00000018722 sirt6 (ENSCMIG00000018726) rxfp3.2b (ENSCMIG00000018736) ENSCMIG00000018739 map2k2a (ENSCMIG00000018756) ZBTB7A (ENSCMIG00000018762) ENSCMIG00000018764 eef2 (ENSCMIG00000018833) ENSCMIG00000018922 ##22 ENSCMIG00000018924 ENSCMIG00000018925 ENSCMIG00000018973 ENSCMIG00000019127 ENSCMIG00000019213 ENSCMIG00000019261 ENSCMIG00000019263 ENSCMIG00000019266 dpp9 (ENSCMIG00000019315) rpl37 (ENSCMIG00000019413) elavl1b (ENSCMIG00000019418) cdo1 (ENSCMIG00000019421) FEM1A (ENSCMIG00000019424) ENSCMIG00000019426 ENSCMIG00000019428 Euteleostomi DUPLICATION Euteleostomi DUPLICATION Euteleostomi DUPLICATION Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 Spotted gar MODERN SPECIES 669 GCNT3 (ENSLOCG00000017958) ENSLOCG00000014799 ENSLOCG00000014800 OTUD7A (ENSLOCG00000014801) klf13 (ENSLOCG00000014806) trpm1b (ENSLOCG00000014808) RAB8B (ENSLOCG00000014811) rps27l (ENSLOCG00000014815) DNAJA4 (ENSLOCG00000014817) ACSBG1 (ENSLOCG00000014820) idh3a (ENSLOCG00000014826) lrrc61 (ENSLOCG00000014831) cib2 (ENSLOCG00000014834) SH2D7 (ENSLOCG00000014836) TBC1D2B (ENSLOCG00000014842) ENSLOCG00000014848 ##22 HERC1 (ENSLOCG00000014851) ENSLOCG00000014863 fbxl22 (ENSLOCG00000014866) usp3 (ENSLOCG00000014869) si:dkeyp-73b11.8 (ENSLOCG00000014877) CA12 (ENSLOCG00000014880) aph1b (ENSLOCG00000014889) MAN2C1 (ENSLOCG00000014890) neil1 (ENSLOCG00000014898) commd4 (ENSLOCG00000014904) sema7a (ENSLOCG00000014908) islr2 (ENSLOCG00000017959) stra6 (ENSLOCG00000014914) CCDC33 (ENSLOCG00000014922) cyp11a1.1 (ENSLOCG00000014925) Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000172107 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000177441 ENSGT00980000198667 ENSGT00940000171177 ENSGT00940000169428 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c Otomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 Otophysi ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 49 ENSGT00940000158531 ENSGT00940000159331.b ENSGT00730000111835 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.a ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000168688 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00550000074844 ENSGT00940000154487.B ENSGT00390000008140.k.b ENSGT01030000234648.a.b.a.a.b.cb.a ENSGT00390000018285 ENSGT01100000263518.B.b.b.a Cyprininae DUPLICATION Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 388 ENSGT00940000158531.b ENSGT00940000159331.b.z.b ENSGT00940000158999.i ENSGT00940000164815.b.k ENSGT00940000155024.a.a.c ENSGT00940000155363.v.b.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707.i ENSGT00940000160380.q ENSGT00950000182989.A.a.i ENSGT00390000006479.g ENSGT00940000157327.o.a.a ENSGT00940000160977.e.b.a ENSGT00940000157737.f ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a.a ##22 ENSGT00940000164936.b.d ENSGT00390000003748.c ENSGT00940000157850.b ENSGT00940000168688 ENSGT00940000159282.d ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516.o ENSGT00940000158358.a.b ENSGT00550000074844.lb.a ENSGT00550000074844.mb ENSGT00940000154487.B ENSGT00390000008140.k.b.a ENSGT01030000234648.a.b.a.a.b.cb.a.d Goldfish MODERN SPECIES 17 ENSCARG00000066293 OTUD7A (ENSCARG00000066223) klf13 (ENSCARG00000066202) trpm1b (ENSCARG00000065913) ENSCARG00000065830 rps27l (ENSCARG00000065803) DNAJA4 (ENSCARG00000065798) ENSCARG00000065791 ENSCARG00000065784 idh3a (ENSCARG00000065432) lrrc61 (ENSCARG00000065406) cib2 (ENSCARG00000065392) SH2D7 (ENSCARG00000065379) TBC1D2B (ENSCARG00000065340) ENSCARG00000065332 ENSCARG00000065296 ##22 ENSCARG00000065283 fbxl22 (ENSCARG00000065278) usp3 (ENSCARG00000063894) ENSCARG00000063810 CA12 (ENSCARG00000063767) CA12 (ENSCARG00000063706) ENSCARG00000063605 neil1 (ENSCARG00000063580) commd4 (ENSCARG00000063505) sema7a (ENSCARG00000063473) dldh (ENSCARG00000063076) ENSCARG00000063032 znf800a (ENSCARG00000063017) grm8b (ENSCARG00000062791) ENSCARG00000062780 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000160522.c.a ENSGT00940000158531.b ENSGT00940000159331.b.z.b ENSGT00940000158999.i ENSGT00940000164815.b.k ENSGT00940000155024.a.a.c ENSGT00940000155363.v.b.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707.i ENSGT00940000160380.q.c ENSGT00950000182989.A.a.i ENSGT00390000006479.g ENSGT00940000157327.o.a.a ENSGT00940000160977.e.b.a ENSGT00940000157737.f ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a.a ##22 ENSGT00940000164936.b.d ENSGT00390000003748.c ENSGT00940000157850.b ENSGT00940000168688 ENSGT00940000159282.d ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516.o ENSGT00940000158358.a.b ENSGT00550000074844.lb.a ENSGT00940000154487.B ENSGT00390000008140.k.b.a ENSGT01030000234648.a.b.a.a.b.cb.a.d ENSGT00390000018285 ENSGT01100000263518.B.b.b.a Common carp reference MODERN SPECIES 37 GCNT3 (ENSCCRG00000051086) bnip2 (ENSCCRG00000068927) ENSCCRG00000065863 ENSCCRG00000061344 klf13 (ENSCCRG00000057191) trpm1b (ENSCCRG00000009992) ENSCCRG00000071189 ENSCCRG00000054733 DNAJA4 (ENSCCRG00000009928) ACSBG1 (ENSCCRG00000064891) idh3a (ENSCCRG00000076461) lrrc61 (ENSCCRG00000017169) cib2 (ENSCCRG00000079843) SH2D7 (ENSCCRG00000017223) TBC1D2B 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ENSSGRG00000020278 neil1 (ENSSGRG00000020277) commd4 (ENSSGRG00000020231) sema7a (ENSSGRG00000020226) dldh (ENSSGRG00000020161) ENSSGRG00000020160 znf800a (ENSSGRG00000020159) grm8b (ENSSGRG00000020158) pot1 (ENSSGRG00000020157) GPR37 (ENSSGRG00000020138) spam1 (ENSSGRG00000020136) Cyprininae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a.b ##22 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 361 ENSGT00390000006883.c ENSGT00940000154257.a.c ENSGT00940000158531.a ENSGT00940000159331.b.y ENSGT00730000111835 ENSGT00940000158999.j ENSGT00940000164815.b.l ENSGT00940000155024.a.a.d ENSGT00940000155363.v.b.a ENSGT00940000160380.r ENSGT00950000182989.A.a.j ENSGT00390000006479.h ENSGT00940000157327.o.a.b ENSGT00940000160977.e.b.b ENSGT00940000157737.e ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00940000164936.b.c ENSGT00390000003748.d ENSGT00940000157850.a ENSGT00390000015516.p ENSGT00940000158358.a.a ENSGT00550000074844.lb.b ENSGT00390000008140.k.b.b ENSGT01030000234648.a.b.a.a.b.cb.a.c Golden-line barbel MODERN SPECIES 30 lrrc61 (ENSSGRG00000042715) cib2 (ENSSGRG00000042716) ENSSGRG00000042718 TBC1D2B (ENSSGRG00000042721) ENSSGRG00000042722 ##22 ENSSGRG00000042723 usp3 (ENSSGRG00000042747) ENSSGRG00000043496 ENSSGRG00000043497 MAN2C1 (ENSSGRG00000043527) ENSSGRG00000043586 commd4 (ENSSGRG00000043587) sema7a (ENSSGRG00000043594) dldh (ENSSGRG00000043599) znf800a (ENSSGRG00000043670) grm8b (ENSSGRG00000043671) pot1 (ENSSGRG00000043676) HYAL4 (ENSSGRG00000043690) hyal6 (ENSSGRG00000043691) hyal6 (ENSSGRG00000043692) Common carp reference MODERN SPECIES 33 ENSCCRG00000058379 ENSCCRG00000027426 klf13 (ENSCCRG00000027380) trpm1b (ENSCCRG00000010302) ENSCCRG00000010223 rps27l (ENSCCRG00000055164) DNAJA4 (ENSCCRG00000053810) ENSCCRG00000072899 ACSBG1 (ENSCCRG00000067574) idh3a (ENSCCRG00000082049) lrrc61 (ENSCCRG00000076073) ENSCCRG00000054971 cib2 (ENSCCRG00000017221) ENSCCRG00000003467 TBC1D2B (ENSCCRG00000079712) ENSCCRG00000017232 ##22 ENSCCRG00000068480 fbxl22 (ENSCCRG00000071041) ENSCCRG00000049198 ENSCCRG00000064396 usp3 (ENSCCRG00000062678) ENSCCRG00000057867 commd4 (ENSCCRG00000058057) ENSCCRG00000027470 sema7a (ENSCCRG00000060533) dldh (ENSCCRG00000062986) znf800a (ENSCCRG00000049169) grm8b (ENSCCRG00000019516) GPR37 (ENSCCRG00000052162) HYAL4 (ENSCCRG00000067499) hyal6 (ENSCCRG00000016409) Characiphysae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 Electric eel MODERN SPECIES 67 GCNT3 (ENSEEEG00000000760) ENSEEEG00000000767 OTUD7A (ENSEEEG00000000783) klf13 (ENSEEEG00000000798) ENSEEEG00000000804 ENSEEEG00000000820 ENSEEEG00000000827 rps27l (ENSEEEG00000000849) DNAJA4 (ENSEEEG00000000871) ACSBG1 (ENSEEEG00000000879) idh3a (ENSEEEG00000000906) lrrc61 (ENSEEEG00000001446) cib2 (ENSEEEG00000001447) ENSEEEG00000001449 TBC1D2B (ENSEEEG00000001451) ENSEEEG00000001453 ##22 ENSEEEG00000001455 fbxl22 (ENSEEEG00000001456) usp3 (ENSEEEG00000001460) ENSEEEG00000001656 CA12 (ENSEEEG00000001658) MAN2C1 (ENSEEEG00000001663) ENSEEEG00000001673 commd4 (ENSEEEG00000001678) sema7a (ENSEEEG00000001715) islr2 (ENSEEEG00000001718) stra6 (ENSEEEG00000001721) ENSEEEG00000001725 cyp11a1.1 (ENSEEEG00000001748) stoml1 (ENSEEEG00000001797) nr2e3 (ENSEEEG00000001799) Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 Atlantic herring MODERN SPECIES 19 ENSCHAG00000013428 OTUD7A (ENSCHAG00000013399) klf13 (ENSCHAG00000013379) ENSCHAG00000013364 trpm1b (ENSCHAG00000010296) RAB8B (ENSCHAG00000010155) rps27l (ENSCHAG00000010048) ACSBG1 (ENSCHAG00000009594) DNAJA4 (ENSCHAG00000009400) idh3a (ENSCHAG00000008118) lrrc61 (ENSCHAG00000007974) cib2 (ENSCHAG00000007931) ENSCHAG00000007928 ENSCHAG00000007916 TBC1D2B (ENSCHAG00000007897) ENSCHAG00000007717 ##22 ENSCHAG00000007699 fbxl22 (ENSCHAG00000007677) ENSCHAG00000007655 usp3 (ENSCHAG00000006657) ENSCHAG00000006620 CA12 (ENSCHAG00000006342) ENSCHAG00000006328 MAN2C1 (ENSCHAG00000005362) neil1 (ENSCHAG00000005274) commd4 (ENSCHAG00000005256) sema7a (ENSCHAG00000005220) islr2 (ENSCHAG00000005198) stra6 (ENSCHAG00000004961) ENSCHAG00000004932 ENSCHAG00000004915 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000172107 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT01060000249384 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000168688 ENSGT01030000235163 ENSGT01030000235403 ENSGT00940000155619 ENSGT00940000163168 ENSGT00940000173891 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000172107 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT01060000249384 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000168688 ENSGT01030000235403 ENSGT00940000155619.c.a ENSGT01030000235163 ENSGT00940000155619.d ENSGT00940000163168 ENSGT00940000155619.c.b ENSGT00940000173891 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000172107 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT01060000249384 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000168688 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000172107 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT01060000249384 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000168688 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 Eupercaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000159331.b ENSGT00940000176240 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000168688 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c Perciformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 Cottioidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 Stickleback MODERN SPECIES 14 isl2a (ENSGACG00000010533) scaper (ENSGACG00000010509) rcn2 (ENSGACG00000010496) pstpip1a (ENSGACG00000010485) tspan3a (ENSGACG00000010459) si:dkey-24l11.2 (ENSGACG00000010453) ch25hl1.1 (ENSGACG00000010449) kti12 (ENSGACG00000010443) trpm1b (ENSGACG00000010422) ENSGACG00000010417 DNAJA4 (ENSGACG00000010346) IDH3A (ENSGACG00000010244) lrrc61 (ENSGACG00000010239) cib2 (ENSGACG00000010230) TBC1D2B (ENSGACG00000010224) ENSGACG00000010201 ##22 fbxl22 (ENSGACG00000010198) ENSGACG00000010197 FGD6 (ENSGACG00000010186) nr2c1 (ENSGACG00000010174) tmcc3 (ENSGACG00000010168) ENSGACG00000010163 FLNC (ENSGACG00000010114) ENSGACG00000010094 parietopsin (ENSGACG00000010091) NT5DC3 (ENSGACG00000010077) hsp90b1 (ENSGACG00000010067) PRKAR2B (ENSGACG00000010060) hbp1 (ENSGACG00000010054) ENSGACG00000010052 GPR22 (ENSGACG00000010047) Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 Pike perch MODERN SPECIES 6 bnip2 (ENSSLUG00000015323) GCNT3 (ENSSLUG00000015340) OTUD7A (ENSSLUG00000015362) klf13 (ENSSLUG00000015415) ENSSLUG00000015422 trpm1b (ENSSLUG00000015448) RAB8B (ENSSLUG00000015517) rps27l (ENSSLUG00000015544) DNAJA4 (ENSSLUG00000015588) ACSBG1 (ENSSLUG00000015655) IDH3A (ENSSLUG00000016775) lrrc61 (ENSSLUG00000017034) cib2 (ENSSLUG00000017046) SH2D7 (ENSSLUG00000017055) TBC1D2B (ENSSLUG00000017069) ENSSLUG00000017111 ##22 ENSSLUG00000017137 fbxl22 (ENSSLUG00000017143) usp3 (ENSSLUG00000017173) ENSSLUG00000017755 CA12 (ENSSLUG00000017761) MAN2C1 (ENSSLUG00000017800) neil1 (ENSSLUG00000017871) commd4 (ENSSLUG00000017867) sema7a (ENSSLUG00000017872) islr2 (ENSSLUG00000017877) stra6 (ENSSLUG00000017890) cyp11a1.1 (ENSSLUG00000017962) stoml1 (ENSSLUG00000018482) nr2e3 (ENSSLUG00000018489) hexa (ENSSLUG00000018512) Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000158531 ENSGT00940000159331.b ENSGT00940000176240 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000168688 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000158531 ENSGT00940000159331.b ENSGT00940000176240 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000168688 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c European seabass MODERN SPECIES 19 anxa2a (ENSDLAG00005018840) foxb1a (ENSDLAG00005026829) bnip2 (ENSDLAG00005018986) GCNT3 (ENSDLAG00005019032) ENSDLAG00005019039 klf13 (ENSDLAG00005026636) trpm1b (ENSDLAG00005019249) DNAJA4 (ENSDLAG00005026732) rps27l (ENSDLAG00005028254) ACSBG1 (ENSDLAG00005021894) IDH3A (ENSDLAG00005022478) lrrc61 (ENSDLAG00005028573) cib2 (ENSDLAG00005032151) ENSDLAG00005022513 TBC1D2B (ENSDLAG00005022518) ENSDLAG00005022549 ##22 ENSDLAG00005030483 fbxl22 (ENSDLAG00005022572) usp3 (ENSDLAG00005022597) ENSDLAG00005022822 CA12 (ENSDLAG00005022828) ENSDLAG00005022859 neil1 (ENSDLAG00005023089) sema7a (ENSDLAG00005023103) islr2 (ENSDLAG00005023110) stra6 (ENSDLAG00005023124) ENSDLAG00005023196 cyp11a1.1 (ENSDLAG00005001579) nr2e3 (ENSDLAG00005001714) hexa (ENSDLAG00005001862) arih1 (ENSDLAG00005026838) Large yellow croaker MODERN SPECIES 492 GCNT3 (ENSLCRG00005017487) GCNT3 (ENSLCRG00005017485) ENSLCRG00005017481 OTUD7A (ENSLCRG00005017480) klf13 (ENSLCRG00005017479) trpm1b (ENSLCRG00005012671) ENSLCRG00005012626 rps27l (ENSLCRG00005012623) DNAJA4 (ENSLCRG00005012622) ACSBG1 (ENSLCRG00005012147) IDH3A (ENSLCRG00005012138) lrrc61 (ENSLCRG00005012136) cib2 (ENSLCRG00005012134) ENSLCRG00005012133 TBC1D2B (ENSLCRG00005012124) ENSLCRG00005012039 ##22 ENSLCRG00005012035 fbxl22 (ENSLCRG00005012034) usp3 (ENSLCRG00005011262) ENSLCRG00005011256 CA12 (ENSLCRG00005011255) MAN2C1 (ENSLCRG00005011220) neil1 (ENSLCRG00005011212) commd4 (ENSLCRG00005011208) sema7a (ENSLCRG00005011205) islr2 (ENSLCRG00005011203) stra6 (ENSLCRG00005011201) ENSLCRG00005011197 cyp11a1.1 (ENSLCRG00005010309) stoml1 (ENSLCRG00005010303) nr2e3 (ENSLCRG00005010302) Gilthead seabream MODERN SPECIES 22 foxb1a (ENSSAUG00010023987) bnip2 (ENSSAUG00010023991) GCNT3 (ENSSAUG00010023996) OTUD7A (ENSSAUG00010004134) klf13 (ENSSAUG00010004233) trpm1b (ENSSAUG00010004352) ENSSAUG00010006252 rps27l (ENSSAUG00010006255) DNAJA4 (ENSSAUG00010006263) ACSBG1 (ENSSAUG00010006270) IDH3A (ENSSAUG00010006298) lrrc61 (ENSSAUG00010006544) cib2 (ENSSAUG00010006546) ENSSAUG00010006548 TBC1D2B (ENSSAUG00010006552) ENSSAUG00010006561 ##22 ENSSAUG00010006595 fbxl22 (ENSSAUG00010006599) usp3 (ENSSAUG00010006619) ENSSAUG00010007237 CA12 (ENSSAUG00010007240) MAN2C1 (ENSSAUG00010007286) neil1 (ENSSAUG00010007360) commd4 (ENSSAUG00010007361) sema7a (ENSSAUG00010007363) islr2 (ENSSAUG00010007366) stra6 (ENSSAUG00010007368) ENSSAUG00010007372 cyp11a1.1 (ENSSAUG00010007387) nr2e3 (ENSSAUG00010007491) hexa (ENSSAUG00010007538) Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 Fugu MODERN SPECIES 21 anxa2a (ENSTRUG00000011041) FOXB1 (ENSTRUG00000031684) bnip2 (ENSTRUG00000011311) GCNT3 (ENSTRUG00000011586) OTUD7A (ENSTRUG00000011601) klf13 (ENSTRUG00000011759) trpm1b (ENSTRUG00000011806) ENSTRUG00000026217 rps27l (ENSTRUG00000020576) DNAJA4 (ENSTRUG00000012457) IDH3A (ENSTRUG00000012598) lrrc61 (ENSTRUG00000012657) cib2 (ENSTRUG00000027307) ENSTRUG00000020102 TBC1D2B (ENSTRUG00000012809) ENSTRUG00000012994 ##22 ENSTRUG00000020001 fbxl22 (ENSTRUG00000013054) usp3 (ENSTRUG00000013067) ENSTRUG00000027381 CA12 (ENSTRUG00000013194) commd4 (ENSTRUG00000013548) sema7a (ENSTRUG00000013566) stra6 (ENSTRUG00000019577) cyp11a1.1 (ENSTRUG00000013804) stoml1 (ENSTRUG00000019856) arih1 (ENSTRUG00000013998) ENSTRUG00000022549 ppcdc (ENSTRUG00000014075) hacd3 (ENSTRUG00000031290) ints14 (ENSTRUG00000014091) Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 Carangaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000159331.b ENSGT00940000176240 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000168688 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c Seriola ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000160522.c.a ENSGT00940000158531 ENSGT00940000159331.b ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000168688 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 3044 foxb1a (ENSSLDG00000024809) bnip2 (ENSSLDG00000024780) GCNT3 (ENSSLDG00000024768) OTUD7A (ENSSLDG00000024744) klf13 (ENSSLDG00000024739) trpm1b (ENSSLDG00000024680) ENSSLDG00000024653 rps27l (ENSSLDG00000024647) DNAJA4 (ENSSLDG00000024627) ACSBG1 (ENSSLDG00000024574) IDH3A (ENSSLDG00000024537) lrrc61 (ENSSLDG00000024529) cib2 (ENSSLDG00000024521) SH2D7 (ENSSLDG00000024514) TBC1D2B (ENSSLDG00000024492) ENSSLDG00000024401 ##22 ENSSLDG00000024383 fbxl22 (ENSSLDG00000024375) usp3 (ENSSLDG00000024349) ENSSLDG00000024335 CA12 (ENSSLDG00000024254) ENSSLDG00000024186 neil1 (ENSSLDG00000024179) commd4 (ENSSLDG00000024172) sema7a (ENSSLDG00000024152) islr2 (ENSSLDG00000024147) stra6 (ENSSLDG00000024104) ENSSLDG00000024086 cyp11a1.1 (ENSSLDG00000024083) stoml1 (ENSSLDG00000024076) nr2e3 (ENSSLDG00000023960) Greater amberjack MODERN SPECIES 82 foxb1a (ENSSDUG00000009594) bnip2 (ENSSDUG00000009516) GCNT3 (ENSSDUG00000009480) OTUD7A (ENSSDUG00000009423) klf13 (ENSSDUG00000009407) trpm1b (ENSSDUG00000009352) ENSSDUG00000009333 rps27l (ENSSDUG00000009321) DNAJA4 (ENSSDUG00000009307) ACSBG1 (ENSSDUG00000009228) IDH3A (ENSSDUG00000009195) lrrc61 (ENSSDUG00000009180) cib2 (ENSSDUG00000009160) ENSSDUG00000009111 TBC1D2B (ENSSDUG00000009055) ENSSDUG00000008929 ##22 ENSSDUG00000008890 fbxl22 (ENSSDUG00000008886) usp3 (ENSSDUG00000008817) ENSSDUG00000008802 CA12 (ENSSDUG00000008779) MAN2C1 (ENSSDUG00000008735) neil1 (ENSSDUG00000008709) commd4 (ENSSDUG00000008698) sema7a (ENSSDUG00000008675) islr2 (ENSSDUG00000008671) stra6 (ENSSDUG00000008630) ENSSDUG00000008592 cyp11a1.1 (ENSSDUG00000008603) stoml1 (ENSSDUG00000008576) nr2e3 (ENSSDUG00000008558) Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 Tongue sole MODERN SPECIES 16 snx22 (ENSCSEG00000003037) tube1 (ENSCSEG00000003023) borcs5 (ENSCSEG00000003020) LINGO1 (ENSCSEG00000003015) hmg20a (ENSCSEG00000003007) klf13 (ENSCSEG00000003003) trpm1b (ENSCSEG00000002518) ENSCSEG00000002499 rps27l (ENSCSEG00000002497) DNAJA4 (ENSCSEG00000002459) IDH3A (ENSCSEG00000002448) lrrc61 (ENSCSEG00000002442) cib2 (ENSCSEG00000002434) ENSCSEG00000002429 TBC1D2B (ENSCSEG00000002419) ENSCSEG00000002398 ##22 ENSCSEG00000002393 fbxl22 (ENSCSEG00000002390) usp3 (ENSCSEG00000002359) ENSCSEG00000002352 CA12 (ENSCSEG00000002347) MAN2C1 (ENSCSEG00000002320) bmt2 (ENSCSEG00000002312) TMEM168 (ENSCSEG00000002308) ptdss2 (ENSCSEG00000002299) ENSCSEG00000002298 ENSCSEG00000002294 ifitm5 (ENSCSEG00000002289) cat (ENSCSEG00000002281) syt12 (ENSCSEG00000002273) PEAK1 (ENSCSEG00000002269) Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000154257.a ENSGT00940000160522.c.a ENSGT00940000158531 ENSGT00940000159331.b ENSGT00940000176240 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00940000155707 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c ENSGT00390000008107.c.b Mangrove rivulus MODERN SPECIES 6 GCNT3 (ENSKMAG00000017914) GCNT3 (ENSKMAG00000017927) GCNT3 (ENSKMAG00000017942) GCNT3 (ENSKMAG00000017967) ENSKMAG00000017999 OTUD7A (ENSKMAG00000018027) klf13 (ENSKMAG00000018092) trpm1b (ENSKMAG00000018107) RAB8B (ENSKMAG00000018169) DNAJA4 (ENSKMAG00000018201) IDH3A (ENSKMAG00000018239) lrrc61 (ENSKMAG00000018282) cib2 (ENSKMAG00000018313) ENSKMAG00000018333 TBC1D2B (ENSKMAG00000018360) ENSKMAG00000018440 ##22 ENSKMAG00000018481 fbxl22 (ENSKMAG00000018505) usp3 (ENSKMAG00000018529) si:dkeyp-73b11.8 (ENSKMAG00000018597) CA12 (ENSKMAG00000018610) MAN2C1 (ENSKMAG00000018638) neil1 (ENSKMAG00000018738) commd4 (ENSKMAG00000018762) sema7a (ENSKMAG00000018795) islr2 (ENSKMAG00000018821) stra6 (ENSKMAG00000018839) cyp11a1.1 (ENSKMAG00000018869) stoml1 (ENSKMAG00000018954) nr2e3 (ENSKMAG00000018965) hexa (ENSKMAG00000019076) Turquoise killifish MODERN SPECIES 1622 ENSNFUG00015013261 NARG2 (ENSNFUG00015013256) anxa2a (ENSNFUG00015013237) OLA.4950 (ENSNFUG00015013233) BNIP2 (ENSNFUG00015013230) GCNT3 (ENSNFUG00015013222) OTUD7A (ENSNFUG00015013204) KLF13 (ENSNFUG00015013198) trpm1b (ENSNFUG00015011298) RAB8B (ENSNFUG00015011128) DNAJA4 (ENSNFUG00015011108) lrrc61 (ENSNFUG00015011049) cib2 (ENSNFUG00015011023) ENSNFUG00015011004 TBC1D2B (ENSNFUG00015010962) DAPK2 (ENSNFUG00015010819) ##22 C25H1ORF51 (ENSNFUG00015010793) fbxl22 (ENSNFUG00015010787) usp3 (ENSNFUG00015010682) si:dkeyp-73b11.8 (ENSNFUG00015010643) CA12 (ENSNFUG00015010638) ELAVL1 (ENSNFUG00015010628) ENSNFUG00015010623 TMEM259 (ENSNFUG00015010543) MAN2C1 (ENSNFUG00015010412) neil1 (ENSNFUG00015010400) COMMD4 (ENSNFUG00015010389) sema7a (ENSNFUG00015010368) islr2 (ENSNFUG00015010359) STRA6 (ENSNFUG00015010256) ENSNFUG00015010235 Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 Cichlidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 Haplochromini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 P. nyererei MODERN SPECIES 330 bnip2 (ENSPNYG00000012083) GCNT3 (ENSPNYG00000012111) OTUD7A (ENSPNYG00000012142) klf13 (ENSPNYG00000012175) ENSPNYG00000012185 trpm1b (ENSPNYG00000012214) RAB8B (ENSPNYG00000012303) rps27l (ENSPNYG00000012382) DNAJA4 (ENSPNYG00000012347) ACSBG1 (ENSPNYG00000012411) IDH3A (ENSPNYG00000012450) lrrc61 (ENSPNYG00000012493) cib2 (ENSPNYG00000012561) SH2D7 (ENSPNYG00000012595) TBC1D2B (ENSPNYG00000012627) ENSPNYG00000012704 ##22 ENSPNYG00000012745 fbxl22 (ENSPNYG00000012757) usp3 (ENSPNYG00000012773) ENSPNYG00000012790 ENSPNYG00000012807 ENSPNYG00000012816 CA12 (ENSPNYG00000012827) MAN2C1 (ENSPNYG00000012842) neil1 (ENSPNYG00000012897) commd4 (ENSPNYG00000012913) sema7a (ENSPNYG00000012941) islr2 (ENSPNYG00000012974) stra6 (ENSPNYG00000013022) ENSPNYG00000013118 cyp11a1.1 (ENSPNYG00000013158) Nile tilapia MODERN SPECIES 19 GCNT3 (ENSONIG00000041639) ENSONIG00000036269 ENSONIG00000034599 OTUD7A (ENSONIG00000015307) klf13 (ENSONIG00000015310) trpm1b (ENSONIG00000015312) RAB8B (ENSONIG00000028161) rps27l (ENSONIG00000015324) DNAJA4 (ENSONIG00000015325) ACSBG1 (ENSONIG00000015332) IDH3A (ENSONIG00000042958) lrrc61 (ENSONIG00000040114) cib2 (ENSONIG00000015339) ENSONIG00000039709 tbc1d2b (ENSONIG00000015341) ENSONIG00000015345 ##22 ENSONIG00000026117 fbxl22 (ENSONIG00000015350) usp3 (ENSONIG00000015351) si:dkeyp-73b11.8 (ENSONIG00000035882) ENSONIG00000015361 CA12 (ENSONIG00000015363) MAN2C1 (ENSONIG00000015370) neil1 (ENSONIG00000015377) commd4 (ENSONIG00000015379) sema7a (ENSONIG00000015382) ENSONIG00000031360 islr2 (ENSONIG00000020970) stra6 (ENSONIG00000015383) ENSONIG00000015388 cyp11a1.1 (ENSONIG00000015391) Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 Amphiprion ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 Clown anemonefish MODERN SPECIES 2033 klf13 (ENSAOCG00000005705) trpm1b (ENSAOCG00000002717) ENSAOCG00000005618 rps27l (ENSAOCG00000005584) DNAJA4 (ENSAOCG00000005567) ACSBG1 (ENSAOCG00000005541) IDH3A (ENSAOCG00000002096) lrrc61 (ENSAOCG00000005397) cib2 (ENSAOCG00000000255) SH2D7 (ENSAOCG00000005374) TBC1D2B (ENSAOCG00000005362) ENSAOCG00000005331 ##22 Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 20 GCNT3 (ENSMMDG00005012455) ENSMMDG00005012450 klf13 (ENSMMDG00005012447) ENSMMDG00005012443 trpm1b (ENSMMDG00005012336) RAB8B (ENSMMDG00005012321) rps27l (ENSMMDG00005012304) DNAJA4 (ENSMMDG00005012302) ACSBG1 (ENSMMDG00005012292) IDH3A (ENSMMDG00005012240) lrrc61 (ENSMMDG00005012148) cib2 (ENSMMDG00005012140) ENSMMDG00005012136 ENSMMDG00005012133 TBC1D2B (ENSMMDG00005012130) ENSMMDG00005012127 ##22 ENSMMDG00005012125 fbxl22 (ENSMMDG00005012123) usp3 (ENSMMDG00005011369) ENSMMDG00005011342 CA12 (ENSMMDG00005011332) MAN2C1 (ENSMMDG00005011318) neil1 (ENSMMDG00005011310) commd4 (ENSMMDG00005011270) sema7a (ENSMMDG00005011266) ENSMMDG00005011262 islr2 (ENSMMDG00005011261) islr2 (ENSMMDG00005011258) stra6 (ENSMMDG00005011236) cyp11a1.1 (ENSMMDG00005010401) stoml1 (ENSMMDG00005010381) Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000157387.i ENSGT00390000006883 ENSGT00940000154257.c ENSGT00940000160522.c.b ENSGT00390000014572 ENSGT00940000164815.b.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00940000155707.a ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a.f ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00940000164936.b.fb ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282.a ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000160967 ENSGT00940000153246.a.a.a ENSGT00940000156926.d Asian bonytongue MODERN SPECIES 2 anxa2a (ENSSFOG00015021167) FOXB1 (ENSSFOG00015027306) gtf2a2 (ENSSFOG00015027557) OTUD7A (ENSSFOG00015021217) klf13 (ENSSFOG00015025274) ENSSFOG00015028508 trpm1b (ENSSFOG00015021267) RAB8B (ENSSFOG00015033005) DNAJA4 (ENSSFOG00015021324) ACSBG1 (ENSSFOG00015021373) idh3a (ENSSFOG00015021399) lrrc61 (ENSSFOG00015021415) CIB2 (ENSSFOG00015021440) ENSSFOG00015021456 TBC1D2B (ENSSFOG00015021474) ENSSFOG00015021507 ##22 HERC1 (ENSSFOG00015021579) ENSSFOG00015030343 usp3 (ENSSFOG00015021659) CA12 (ENSSFOG00015021689) aph1b (ENSSFOG00015021708) islr2 (ENSSFOG00015021787) stra6 (ENSSFOG00015021736) NR2E3 (ENSSFOG00015021798) arih1 (ENSSFOG00015021813) ENSSFOG00015021832 hacd3 (ENSSFOG00015021847) ints14 (ENSSFOG00015021873) SLC24A1 (ENSSFOG00015021891) dennd4a (ENSSFOG00015021905) far1 (ENSSFOG00015021951) P. kingsleyae MODERN SPECIES 10 anxa2a (ENSPKIG00000001223) ENSPKIG00000001201 FOXB1 (ENSPKIG00000001188) gtf2a2 (ENSPKIG00000001173) OTUD7A (ENSPKIG00000001114) klf13 (ENSPKIG00000001074) trpm1b (ENSPKIG00000001028) RAB8B (ENSPKIG00000000981) DNAJA4 (ENSPKIG00000000969) ACSBG1 (ENSPKIG00000000948) idh3a (ENSPKIG00000000910) lrrc61 (ENSPKIG00000000874) CIB2 (ENSPKIG00000000834) SH2D7 (ENSPKIG00000000795) TBC1D2B (ENSPKIG00000000735) ENSPKIG00000000674 ##22 HERC1 (ENSPKIG00000000569) ENSPKIG00000000525 usp3 (ENSPKIG00000000507) ENSPKIG00000000496 CA12 (ENSPKIG00000000437) aph1b (ENSPKIG00000000382) stra6 (ENSPKIG00000000355) NR2E3 (ENSPKIG00000000334) ARIH1 (ENSPKIG00000024243) hacd3 (ENSPKIG00000024214) ints14 (ENSPKIG00000024198) SLC24A1 (ENSPKIG00000024187) dennd4a (ENSPKIG00000024083) far1 (ENSPKIG00000024015) PPFIBP2 (ENSPKIG00000023879) Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 Yarkand deer MODERN SPECIES 105 ENSCHYG00000008872 ##22 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 128 ENSGT00950000182891.a.a.b.b ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00980000198667 ENSGT00940000171177 ENSGT00940000169428 ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00940000164936 ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967 ENSGT00940000153246.a.a.a ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024 ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00980000198667 ENSGT00940000171177 ENSGT00940000169428 ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967 ENSGT00940000153246.a.a.a ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000172107 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00980000198667 ENSGT00940000171177 ENSGT00940000169428 ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967 ENSGT00940000153246.a.a.a ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 386 ENSGT00940000154257.b ENSGT00940000160522.c.b ENSGT00390000014572 ENSGT00940000155024.a.b ENSGT00940000155363.v.a ENSGT00950000182989.A.a ENSGT00940000175407 ENSGT00940000157327.o.b ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.a.a Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000172107 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155024.a.b.c.b ENSGT00940000155363.v.a ENSGT00950000182989.A.a ENSGT00940000175407 ENSGT00940000157327.o.b ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000168688 ENSGT01030000235163 ENSGT01030000235403 ENSGT00940000155619 ENSGT00940000163168 ENSGT00940000173891 ENSGT01010000222762.b ENSGT00940000165582 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000172107 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT01060000249384 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000168688 ENSGT01030000235163 ENSGT01030000235403 ENSGT00940000155619 ENSGT00940000163168 ENSGT00940000173891 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C Cod MODERN SPECIES 5 ENSGMOG00000010812 ENSGMOG00000018344 ENSGMOG00000033701 ENSGMOG00000005408 ENSGMOG00000014850 ENSGMOG00000014867 ENSGMOG00000014900 ENSGMOG00000014942 ENSGMOG00000014993 crybgx (ENSGMOG00000015010) ENSGMOG00000015022 dis3l (ENSGMOG00000003012) ENSGMOG00000011768 ENSGMOG00000004096 ENSGMOG00000004071 ENSGMOG00000004049 ##22 ENSGMOG00000035369 ENSGMOG00000035938 ENSGMOG00000001565 cdh15 (ENSGMOG00000001534) ACSF3 (ENSGMOG00000001508) CBFA2T3 (ENSGMOG00000001484) PABPN1L (ENSGMOG00000001475) trappc2l (ENSGMOG00000001406) galns (ENSGMOG00000001371) cmtm3 (ENSGMOG00000001358) dync1li2 (ENSGMOG00000001336) nae1 (ENSGMOG00000001307) ENSGMOG00000033842 ca7 (ENSGMOG00000001295) ENSGMOG00000001257 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000172107 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT01060000249384 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000168688 ENSGT01030000235403 ENSGT00940000155619.c.a ENSGT01030000235163 ENSGT00940000155619.d ENSGT00940000163168 ENSGT00940000155619.c.b ENSGT00940000173891 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000159282 Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 17 ENSMMDG00005006867 ENSMMDG00005006877 KIFC3 (ENSMMDG00005006899) katnb1 (ENSMMDG00005007639) cog8 (ENSMMDG00005007766) NOB1 (ENSMMDG00005007768) WDR59 (ENSMMDG00005007780) tnni1b (ENSMMDG00005008667) rab8b (ENSMMDG00005008680) idh3a (ENSMMDG00005008694) CIB2 (ENSMMDG00005009525) ENSMMDG00005009526 hsd11b2 (ENSMMDG00005009527) zdhhc1 (ENSMMDG00005009529) ENSMMDG00005009531 dapk2a (ENSMMDG00005009532) ##22 HERC1 (ENSMMDG00005009551) ENSMMDG00005009777 tspan18a (ENSMMDG00005009782) ENSMMDG00005009786 ENSMMDG00005009793 zgc:194679 (ENSMMDG00005009794) KCNG4 (ENSMMDG00005009798) rpl12 (ENSMMDG00005009806) pole3 (ENSMMDG00005009828) kmt5b (ENSMMDG00005009834) cd82a (ENSMMDG00005009840) ENSMMDG00005009843 furina (ENSMMDG00005009916) fes (ENSMMDG00005013844) rhcgl1 (ENSMMDG00005013963) Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a 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ENSGT00940000168688 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT01050000244900.a.a.b.eb ENSGT00940000163723.A.f.b ENSGT00940000163723.A.e ENSGT00940000155568 ENSGT00390000017790 ENSGT00940000174432 ENSGT00390000006347.a ENSGT00940000155405 ENSGT00940000165890 ENSGT00940000157369.b ENSGT00390000005764 ENSGT00530000063106.B ENSGT00940000155333.A.a.h ENSGT00940000154914 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000157667.d ENSGT00940000158481.d ENSGT00940000156431 ENSGT00940000164386 ENSGT00390000006922 ENSGT00940000156938.e.e ENSGT01030000235215 ENSGT00940000155010.a ENSGT00940000156563.a ENSGT00940000166375 ENSGT00940000163421.a.d.a ENSGT00390000004417.b ENSGT00390000004215.a.b.b.c.a.b.a.c ENSGT00940000178634 Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000158565 ENSGT01050000244900.a.a.b.eb ENSGT00940000163723.A.f.b ENSGT00940000163723.A.e ENSGT00940000155568 ENSGT00390000017790 ENSGT00390000006347.a ENSGT00940000155405 ENSGT00940000165890 ENSGT00940000157369.b ENSGT00390000005764 ENSGT00530000063106.B ENSGT00940000155333.A.a.h ENSGT00940000154914 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000157667.d ENSGT00940000158481.d ENSGT00940000156431 ENSGT00940000164386 ENSGT00390000006922 ENSGT00940000156938.e.e ENSGT01030000235215 ENSGT00940000155010.a ENSGT00940000156563.a ENSGT00940000166375 ENSGT00940000163421.a.d.a ENSGT00390000004417.b ENSGT00390000004215.a.b.b.c.a.b.a.c ENSGT00940000178634 Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT01050000244900.a.a.b.eb ENSGT00940000163723.A.f.b ENSGT00940000163723.A.f.a ENSGT00940000163723.A.e ENSGT00940000155568 ENSGT00390000017790 ENSGT00390000006347.a ENSGT00940000155405 ENSGT00940000165890 ENSGT00940000157369.b ENSGT00390000005764 ENSGT00530000063106.B ENSGT00940000155333.A.a.h ENSGT00940000154914 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000157667.d ENSGT00940000158481.d ENSGT00940000156431 ENSGT00940000164386 ENSGT00390000006922 ENSGT00940000156938.e.e ENSGT00940000155010.a ENSGT00940000161887 ENSGT00940000163421.a.d.a ENSGT00390000004417.b ENSGT00390000004215.a.b.b.c.a.b.a.c ENSGT00940000178634 ENSGT00940000160309.e.b ENSGT00940000158707.a.a Fugu MODERN SPECIES 4 CTTN (ENSTRUG00000007235) ppfia1 (ENSTRUG00000007699) ENSTRUG00000025667 ENSTRUG00000026832 ENSTRUG00000008059 arfgap2 (ENSTRUG00000008070) pex16 (ENSTRUG00000008505) cars1 (ENSTRUG00000008686) ccnb2 (ENSTRUG00000021973) crybgx (ENSTRUG00000009403) lctla (ENSTRUG00000009494) tipin (ENSTRUG00000024319) ENSTRUG00000009956 rab11a (ENSTRUG00000020792) ENSTRUG00000024673 dapk2a (ENSTRUG00000010609) ##22 HERC1 (ENSTRUG00000029848) ENSTRUG00000029860 tspan18a (ENSTRUG00000020577) ENSTRUG00000029380 cd82a (ENSTRUG00000011027) ube2g1a (ENSTRUG00000011134) ccnb2 (ENSTRUG00000011147) kmt5b (ENSTRUG00000022914) pole3 (ENSTRUG00000032058) rpl12 (ENSTRUG00000021921) ENSTRUG00000011767 GABARAPL2 (ENSTRUG00000022747) ENSTRUG00000011870 ENSTRUG00000021071 zgc:194679 (ENSTRUG00000028025) Tetraodon MODERN SPECIES 20 CTTN (ENSTNIG00000004752) ppfia1 (ENSTNIG00000004753) ENSTNIG00000004754 ENSTNIG00000004755 ENSTNIG00000004756 arfgap2 (ENSTNIG00000004757) pex16 (ENSTNIG00000004758) cars1 (ENSTNIG00000004759) ccnb2 (ENSTNIG00000004760) crybgx (ENSTNIG00000004761) lctla (ENSTNIG00000004762) tipin (ENSTNIG00000004763) dis3l (ENSTNIG00000004764) ENSTNIG00000004765 ENSTNIG00000003434 dapk2a (ENSTNIG00000003435) ##22 HERC1 (ENSTNIG00000003436) tspan18a (ENSTNIG00000003437) cd82a (ENSTNIG00000003438) ube2g1a (ENSTNIG00000015331) cd82a (ENSTNIG00000003439) ube2g1a (ENSTNIG00000000903) kmt5b (ENSTNIG00000003440) pole3 (ENSTNIG00000003441) rpl12 (ENSTNIG00000003442) ENSTNIG00000003443 NQO2 (ENSTNIG00000002280) ENSTNIG00000002960 ENSTNIG00000002961 zgc:194679 (ENSTNIG00000002962) MATCAP1 (ENSTNIG00000002963) Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000163723.A.f.b ENSGT00940000163723.A.e ENSGT00940000155568 ENSGT00390000017790 ENSGT00390000006347.a ENSGT00940000156431 ENSGT00940000155405 ENSGT00940000165890 ENSGT00940000157369.b ENSGT00390000005764 ENSGT00530000063106.B ENSGT00940000155333.A.a.h ENSGT00940000155333.A.a.g.a ENSGT00940000154914 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000157667.d ENSGT00940000158481.d ENSGT00940000164386 ENSGT00390000006922 ENSGT00940000156938.e.e ENSGT01030000235215 ENSGT00940000155010.a ENSGT00940000156563.a ENSGT00940000166375 ENSGT00940000163421.a.d.a ENSGT00390000004417.b ENSGT00390000004215.a.b.b.c.a.b.a.c ENSGT00940000160309.e.b ENSGT00940000158707.a.a Ballan wrasse MODERN SPECIES 784 ENSLBEG00000026833 rab11a (ENSLBEG00000026857) ENSLBEG00000026871 dapk2a (ENSLBEG00000026900) ##22 ENSLBEG00000026956 ENSLBEG00000026963 ENSLBEG00000026977 ENSLBEG00000026987 ENSLBEG00000026997 Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000158565 ENSGT01050000244900.a.a.b.eb ENSGT00940000163723.A.f.b ENSGT00940000163723.A.e ENSGT00940000155568 ENSGT00390000017790 ENSGT00390000006347.a ENSGT00940000165890 ENSGT00940000157369.b ENSGT00390000005764 ENSGT00530000063106.B ENSGT00940000155333.A.a.h ENSGT00940000155333.A.a.g.a ENSGT00940000154914 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000157667.d ENSGT00940000158481.d ENSGT00940000155405 ENSGT00940000156431 ENSGT00940000164386 ENSGT00390000006922 ENSGT00940000156938.e.e ENSGT01030000235215 ENSGT00940000155010.a ENSGT00940000156563.a ENSGT00940000166375 ENSGT00940000163421.a.d.a ENSGT00390000004417.b ENSGT00390000004215.a.b.b.c.a.b.a.c Perciformes ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000163723.A.f.b ENSGT00940000166122 ENSGT00940000163723.A.e ENSGT00940000155568 ENSGT00390000017790 ENSGT00390000006347.a ENSGT00940000156431 ENSGT00940000155405 ENSGT00940000165890 ENSGT00940000157369.b ENSGT00390000005764 ENSGT00530000063106.B ENSGT00940000155333.A.a.h ENSGT00940000154914 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000157667.d ENSGT00940000158481.d ENSGT00940000164386 ENSGT00390000006922 ENSGT00940000156938.e.e ENSGT01030000235215 ENSGT00940000155010.a ENSGT00940000156563.a ENSGT00940000166375 ENSGT00940000163421.a.d.a ENSGT00390000004417.b ENSGT00390000004215.a.b.b.c.a.b.a.c ENSGT00940000160309.e.b ENSGT00940000158707.a.a Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 72 ENSGT01050000244900.a.a.b.eb ENSGT00940000163723.A.f.b ENSGT00940000166122 ENSGT00940000163723.A.e ENSGT00940000155568 ENSGT00390000017790 ENSGT00390000006347.a ENSGT00940000155405.v ENSGT00940000165890 ENSGT00940000157369.b ENSGT00390000005764 ENSGT00530000063106.B ENSGT00940000155333.A.a.h ENSGT00940000154914 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 Stickleback MODERN SPECIES 1 ENSGACG00000017354 TNNT3 (ENSGACG00000017352) myod1 (ENSGACG00000017350) OTOG (ENSGACG00000017343) aph1b (ENSGACG00000017339) tnni2b.1 (ENSGACG00000017338) GLG1 (ENSGACG00000017337) pacsin3 (ENSGACG00000017333) ENSGACG00000017331 gch1 (ENSGACG00000017325) wdhd1 (ENSGACG00000017321) socs4 (ENSGACG00000017319) dis3l (ENSGACG00000017315) ENSGACG00000017313 ENSGACG00000017310 dapk2a (ENSGACG00000017307) ##22 ENSGACG00000017302 ENSGACG00000017297 ENSGACG00000017296 crybgx (ENSGACG00000017294) ccnb2 (ENSGACG00000017292) cars1 (ENSGACG00000017279) pex16 (ENSGACG00000017273) arfgap2 (ENSGACG00000017267) ENSGACG00000017266 ENSGACG00000017264 ENSGACG00000017261 ENSGACG00000017259 ENSGACG00000017256 ENSGACG00000017254 ctsd (ENSGACG00000017247) Lumpfish MODERN SPECIES 18 ENSCLMG00005009443 arfgap2 (ENSCLMG00005009444) pex16 (ENSCLMG00005009449) cars1 (ENSCLMG00005009487) ENSCLMG00005012023 crybgx (ENSCLMG00005012024) lctla (ENSCLMG00005012029) ENSCLMG00005012144 tipin (ENSCLMG00005012145) dis3l (ENSCLMG00005012152) ENSCLMG00005012638 ENSCLMG00005012640 ENSCLMG00005012658 ENSCLMG00005012659 rab11a (ENSCLMG00005012660) ENSCLMG00005012674 ##22 ENSCLMG00005012717 ENSCLMG00005012720 large2 (ENSCLMG00005012736) ENSCLMG00005014425 BRSK2 (ENSCLMG00005014427) gpn1 (ENSCLMG00005014433) STMN4 (ENSCLMG00005015043) il17a/f1 (ENSCLMG00005015045) ENSCLMG00005015047 ENSCLMG00005015048 ENSCLMG00005015108 ENSCLMG00005015111 ctrb.3 (ENSCLMG00005015112) ENSCLMG00005015114 ctrb.2 (ENSCLMG00005015115) Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 55 ENSGT00940000158565 ENSGT01050000244900.a.a.b.eb ENSGT00940000163723.A.f.a.d ENSGT00940000155568 ENSGT00390000017790 ENSGT00390000006347.a ENSGT00940000156431 ENSGT00940000155405 ENSGT00940000165890 ENSGT00940000157369.b ENSGT00390000005764 ENSGT00530000063106.B ENSGT00940000155333.A.a.h ENSGT00940000154914 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000157667.d Pike perch MODERN SPECIES 42 SHANK2 (ENSSLUG00000020771) CTTN (ENSSLUG00000020629) ppfia1 (ENSSLUG00000014829) ENSSLUG00000014557 arfgap2 (ENSSLUG00000014518) pex16 (ENSSLUG00000014500) cars1 (ENSSLUG00000009586) ccnb2 (ENSSLUG00000009411) crybgx (ENSSLUG00000009402) lctla (ENSSLUG00000009393) tipin (ENSSLUG00000009385) dis3l (ENSSLUG00000009340) ENSSLUG00000009292 rab11a (ENSSLUG00000009263) ENSSLUG00000009257 dapk2a (ENSSLUG00000009254) ##22 ENSSLUG00000009230 TSPAN18 (ENSSLUG00000009223) cd82a (ENSSLUG00000009215) ccnb2 (ENSSLUG00000009207) kmt5b (ENSSLUG00000009202) kmt5b (ENSSLUG00000009197) pole3 (ENSSLUG00000009195) rpl12 (ENSSLUG00000009043) ENSSLUG00000009020 ENSSLUG00000009015 GABARAPL2 (ENSSLUG00000009005) nqo1 (ENSSLUG00000008999) ENSSLUG00000008994 zgc:194679 (ENSSLUG00000008992) MATCAP1 (ENSSLUG00000008988) Channel bull blenny MODERN SPECIES 17 TDP1 (ENSCGOG00000001479) hmbox1a (ENSCGOG00000001525) KIF13B (ENSCGOG00000001573) ENSCGOG00000003070 arfgap2 (ENSCGOG00000003096) pex16 (ENSCGOG00000003590) cars1 (ENSCGOG00000003638) ccnb2 (ENSCGOG00000005301) crybgx (ENSCGOG00000005309) lctla (ENSCGOG00000005318) tipin (ENSCGOG00000005347) dis3l (ENSCGOG00000005362) ENSCGOG00000005992 rab11a (ENSCGOG00000006701) ENSCGOG00000006769 dapk2a (ENSCGOG00000006770) ##22 HERC1 (ENSCGOG00000006815) ENSCGOG00000007543 tspan18a (ENSCGOG00000007545) cd82a (ENSCGOG00000007609) ccnb2 (ENSCGOG00000007613) kmt5b (ENSCGOG00000007614) ccnb2 (ENSCGOG00000007619) kmt5b (ENSCGOG00000007635) pole3 (ENSCGOG00000007661) rpl12 (ENSCGOG00000007669) ENSCGOG00000007763 ENSCGOG00000007766 GABARAPL2 (ENSCGOG00000007767) ENSCGOG00000007776 ENSCGOG00000007860 Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000158565 ENSGT01050000244900.a.a.b.eb ENSGT00940000163723.A.f.b.h ENSGT00940000163723.A.f.a.d ENSGT00940000163723.A.e ENSGT00940000155568 ENSGT00390000017790 ENSGT00390000006347.a ENSGT00940000165890 ENSGT00940000157369.b ENSGT00390000005764 ENSGT00530000063106.B ENSGT00940000155333.A.a.g.a ENSGT00940000154914 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000157667.d ENSGT00940000158481.d ENSGT00940000155405 ENSGT00940000156431 ENSGT00940000164386 ENSGT00390000006922 ENSGT00940000156938.e.e ENSGT01030000235215 ENSGT00940000155010.a ENSGT00940000156563.a ENSGT00940000166375 ENSGT00940000163421.a.d.a ENSGT00390000004417.b ENSGT00390000004215.a.b.b.c.a.b.a.c Gilthead seabream MODERN SPECIES 18 ENSSAUG00010019716 ENSSAUG00010019710 arfgap2 (ENSSAUG00010019616) pex16 (ENSSAUG00010019614) cars1 (ENSSAUG00010019318) ccnb2 (ENSSAUG00010019305) ENSSAUG00010019302 crybgx (ENSSAUG00010019299) lctla (ENSSAUG00010019278) tipin (ENSSAUG00010019272) dis3l (ENSSAUG00010019226) ENSSAUG00010019213 ENSSAUG00010019106 rab11a (ENSSAUG00010019089) ENSSAUG00010019086 dapk2a (ENSSAUG00010018803) ##22 HERC1 (ENSSAUG00010018739) tspan18a (ENSSAUG00010018721) cd82a (ENSSAUG00010018700) ccnb2 (ENSSAUG00010018695) kmt5b (ENSSAUG00010018693) pole3 (ENSSAUG00010018691) rpl12 (ENSSAUG00010018685) ENSSAUG00010018681 ENSSAUG00010018679 ENSSAUG00010018675 GABARAPL2 (ENSSAUG00010018669) NQO2 (ENSSAUG00010018647) ENSSAUG00010018644 zgc:194679 (ENSSAUG00010018643) zgc:194679 (ENSSAUG00010018642) Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000153561.b.a.a.b ENSGT00940000158565 ENSGT01050000244900.a.a.b.eb ENSGT00940000163723.A.f.a.c ENSGT00940000163723.A.f.a.d ENSGT00940000163723.A.e ENSGT00940000155568 ENSGT00390000017790 ENSGT00390000006347.a ENSGT00940000165890 ENSGT00940000157369.b ENSGT00390000005764 ENSGT00530000063106.B ENSGT00940000155333.A.a.g.a ENSGT00940000154914 ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000157667.d ENSGT00940000158481.d ENSGT00940000155405 ENSGT00940000156431 ENSGT00940000164386 ENSGT00390000006922 ENSGT00940000156938.e.e ENSGT01030000235215 ENSGT00940000155010.a ENSGT00940000156563.a ENSGT00940000166375 ENSGT00940000163421.a.d.a ENSGT00390000004417.b ENSGT00390000004215.a.b.b.c.a.b.a.c ENSGT00940000160309.e.b Large yellow croaker MODERN SPECIES 480 ENSLCRG00005008054 ENSLCRG00005008052 ENSLCRG00005008051 MCTP1 (ENSLCRG00005007123) SEPTIN5 (ENSLCRG00005006734) cldn5b (ENSLCRG00005006728) acads (ENSLCRG00005006677) crybb1 (ENSLCRG00005006674) cryba4 (ENSLCRG00005006673) grk3 (ENSLCRG00005006651) SEZ6L (ENSLCRG00005005778) ENSLCRG00005005760 SLC4A5 (ENSLCRG00005003912) tacr1b (ENSLCRG00005003894) rab11a (ENSLCRG00005003890) dapk2a (ENSLCRG00005003886) ##22 ENSLCRG00005003084 tspan18a (ENSLCRG00005003082) cd82a (ENSLCRG00005003078) ccnb2 (ENSLCRG00005003075) kmt5b (ENSLCRG00005003072) pole3 (ENSLCRG00005003071) rpl12 (ENSLCRG00005003051) ENSLCRG00005003048 ENSLCRG00005003045 ENSLCRG00005003042 ENSLCRG00005003039 nqo1 (ENSLCRG00005003029) OTOG (ENSLCRG00005003017) aph1b (ENSLCRG00005003014) aph1b (ENSLCRG00005003009) European seabass MODERN SPECIES 18 PPFIA1 (ENSDLAG00005010588) ENSDLAG00005003584 ENSDLAG00005034599 ENSDLAG00005003125 ENSDLAG00005010448 ENSDLAG00005010356 ENSDLAG00005010168 ENSDLAG00005009095 ENSDLAG00005009046 crybgx (ENSDLAG00005009036) lctla (ENSDLAG00005008857) tipin (ENSDLAG00005008836) dis3l (ENSDLAG00005008734) ENSDLAG00005023499 RAB11A (ENSDLAG00005030246) ENSDLAG00005030332 ##22 ENSDLAG00005032472 ENSDLAG00005022632 ENSDLAG00005031844 ENSDLAG00005022575 ENSDLAG00005022573 ENSDLAG00005022562 ENSDLAG00005022538 ENSDLAG00005027740 ENSDLAG00005022516 ENSDLAG00005022504 ENSDLAG00005033959 ENSDLAG00005030498 ENSDLAG00005022501 ENSDLAG00005022437 zgc:194679 (ENSDLAG00005033847) Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000158565 ENSGT01050000244900.a.a.b.eb ENSGT00940000163723.A.f.b ENSGT00940000163723.A.e ENSGT00940000155568.l ENSGT00390000017790 ENSGT00940000174432 ENSGT00390000006347.a ENSGT00940000165890 ENSGT00940000157369.b ENSGT00390000005764 ENSGT00530000063106.B ENSGT00940000155333.A.a.h ENSGT00940000154914 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000157667.d ENSGT00940000158481.d ENSGT00940000155405 ENSGT00940000156431 ENSGT00940000164386 ENSGT00390000006922 ENSGT00940000156938.e.e ENSGT01030000235215 ENSGT00940000155010.a ENSGT00940000156563.a ENSGT00940000166375 ENSGT00940000163421.a.d.a ENSGT00390000004417.b ENSGT00390000004215.a.b.b.c.a.b.a.c Anabantaria ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000011262.e.b ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.b.b ENSGT00940000163723.A.f.b ENSGT00940000163723.A.e ENSGT00940000155568.l ENSGT00390000017790 ENSGT00390000006347.a ENSGT00940000155405 ENSGT00940000165890 ENSGT00940000157369.b ENSGT00390000005764 ENSGT00530000063106.B ENSGT00940000155333.A.a.h ENSGT00940000154914 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000157667.d ENSGT00940000158481.d ENSGT00940000156431 ENSGT00940000164386 ENSGT00390000006922 ENSGT00940000156938.e.e ENSGT01030000235215 ENSGT00940000155010.a ENSGT00940000156563.a ENSGT00940000166375 ENSGT00940000163421.a.d.a ENSGT00390000004417.b ENSGT00390000004215.a.b.b.c.a.b.a.c ENSGT00940000160309.e.b Zig-zag eel MODERN SPECIES 17 ENSMAMG00000016868 ENSMAMG00000016896 TNNI2 (ENSMAMG00000027039) ENSMAMG00000016992 ENSMAMG00000017001 ENSMAMG00000017043 ENSMAMG00000017073 ENSMAMG00000017121 crybgx (ENSMAMG00000017150) lctla (ENSMAMG00000017174) tipin (ENSMAMG00000017203) dis3l (ENSMAMG00000017229) ENSMAMG00000017293 RAB11A (ENSMAMG00000027414) ENSMAMG00000017337 ENSMAMG00000025603 ##22 ENSMAMG00000017358 ENSMAMG00000026774 ENSMAMG00000017520 ENSMAMG00000024446 ENSMAMG00000017556 ENSMAMG00000027922 ENSMAMG00000024511 ENSMAMG00000025257 ENSMAMG00000017664 ENSMAMG00000025929 ENSMAMG00000028301 ENSMAMG00000017751 ENSMAMG00000017831 ENSMAMG00000017839 ENSMAMG00000017844 Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000011262.e.b ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a.b.b ENSGT00940000163723.A.f.b ENSGT00940000163723.A.e ENSGT00940000155568.l ENSGT00390000017790 ENSGT00390000006347.a ENSGT00940000155405 ENSGT00940000165890 ENSGT00940000157369.b ENSGT00390000005764 ENSGT00530000063106.B ENSGT00940000155333.A.a.h ENSGT00940000154914 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000157667.d ENSGT00940000158481.d ENSGT00940000156431 ENSGT00940000164386 ENSGT00390000006922 ENSGT00940000156938.e.e ENSGT01030000235215 ENSGT00940000155010.a ENSGT00940000156563.a ENSGT00940000161887 ENSGT00940000166375 ENSGT00940000163421.a.d.a ENSGT00390000004417.b ENSGT00390000004215.a.b.b.c.a.b.a.c Climbing perch MODERN SPECIES 16 ENSATEG00000022101 ENSATEG00000022132 ENSATEG00000022204 ENSATEG00000022233 ENSATEG00000022248 ENSATEG00000022262 ENSATEG00000022291 ENSATEG00000022355 crybgx (ENSATEG00000022426) lctla (ENSATEG00000022437) tipin (ENSATEG00000022453) dis3l (ENSATEG00000022464) ENSATEG00000022505 RAB11A (ENSATEG00000023730) ENSATEG00000022546 ENSATEG00000022559 ##22 ENSATEG00000022577 ENSATEG00000022648 ENSATEG00000022662 ENSATEG00000022675 ENSATEG00000022688 ENSATEG00000026022 ENSATEG00000022706 ENSATEG00000022724 ENSATEG00000022729 ENSATEG00000022743 ENSATEG00000022749 ENSATEG00000025456 ENSATEG00000022791 ENSATEG00000022803 ENSATEG00000022807 Carangaria ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000158565 ENSGT01050000244900.a.a.b.eb ENSGT00940000163723.A.f.b ENSGT00940000163723.A.e ENSGT00940000155568.l ENSGT00390000017790 ENSGT00940000174432 ENSGT00390000006347.a ENSGT00940000165890 ENSGT00940000157369.b ENSGT00390000005764 ENSGT00530000063106.B ENSGT00940000155333.A.a.h ENSGT00940000154914 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000157667.d ENSGT00940000158481.d ENSGT00940000155405 ENSGT00940000156431 ENSGT00940000164386 ENSGT00390000006922 ENSGT00940000156938.e.e ENSGT01030000235215 ENSGT00940000155010.a ENSGT00940000156563.a ENSGT00940000166375 ENSGT00940000163421.a.d.a ENSGT00390000004417.b ENSGT00390000004215.a.b.b.c.a.b.a.c Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES 52 ENSGT00940000158565 ENSGT01050000244900.a.a.b.eb ENSGT00940000163723.A.f.b ENSGT00940000163723.A.e ENSGT00940000155568.l ENSGT00390000017790 ENSGT00390000006347.a ENSGT00940000155405 ENSGT00940000165890 ENSGT00940000157369.b ENSGT00390000005764 ENSGT00530000063106.B ENSGT00940000155333.A.a.h ENSGT00940000155333.A.a.g.b ENSGT00940000154914 ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000158481.d Turbot MODERN SPECIES 17 ENSSMAG00000004356 ENSSMAG00000004346 ENSSMAG00000004326 ENSSMAG00000004313 ENSSMAG00000004282 ENSSMAG00000037704 ENSSMAG00000004238 ENSSMAG00000003908 crybgx (ENSSMAG00000004208) lctla (ENSSMAG00000004176) tipin (ENSSMAG00000004166) dis3l (ENSSMAG00000004147) ENSSMAG00000035419 ENSSMAG00000030576 RAB11A (ENSSMAG00000033097) ENSSMAG00000031269 ##22 ENSSMAG00000003980 ENSSMAG00000030745 ENSSMAG00000033814 ENSSMAG00000003951 ENSSMAG00000004225 ENSSMAG00000003803 ENSSMAG00000035843 ENSSMAG00000003662 ENSSMAG00000003550 ENSSMAG00000003524 ENSSMAG00000026740 PPFIA1 (ENSSMAG00000026619) ENSSMAG00000030149 SHANK2 (ENSSMAG00000027423) ENSSMAG00000005764 Tongue sole MODERN SPECIES 15 SLC6A2 (ENSCSEG00000007621) lpcat2 (ENSCSEG00000007587) mmp2 (ENSCSEG00000007565) irx6a (ENSCSEG00000007538) irx5a (ENSCSEG00000007529) ENSCSEG00000007516 CDH8 (ENSCSEG00000007497) ENSCSEG00000007483 phospho2 (ENSCSEG00000007475) SYAP1 (ENSCSEG00000007461) adgrg1 (ENSCSEG00000007445) slc7a6 (ENSCSEG00000007431) slc7a6os (ENSCSEG00000007425) ENSCSEG00000007393 rab11a (ENSCSEG00000007383) dapk2a (ENSCSEG00000007374) ##22 ENSCSEG00000007366 ENSCSEG00000007355 ENSCSEG00000007348 ENSCSEG00000007344 ENSCSEG00000007329 cd82a (ENSCSEG00000007299) ENSCSEG00000007291 ENSCSEG00000007284 mtch2 (ENSCSEG00000007131) znf414 (ENSCSEG00000007111) ankdd1a (ENSCSEG00000007096) ENSCSEG00000007084 fgf19 (ENSCSEG00000007061) fgf4 (ENSCSEG00000007038) fgf3 (ENSCSEG00000007028) Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000165890 ENSGT00940000157369.b ENSGT00390000005764 ENSGT00530000063106.B ENSGT00940000155333.A.a.h ENSGT00940000154914 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000157667.d ENSGT00940000158481.d ENSGT00940000155405 ENSGT00940000156431 ENSGT00940000164386 ENSGT00390000006922 ENSGT00940000156938.e.e ENSGT01030000235215 ENSGT00940000155010.a ENSGT00940000156563.a ENSGT00940000166375 ENSGT00940000163421.a.d.a ENSGT00390000004417.b ENSGT00390000004215.a.b.b.c.a.b.a.c Seriola ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00940000158441 ENSGT00510000046704.b.b ENSGT00940000157324 ENSGT00390000011190 ENSGT00940000156756 ENSGT00970000193372.a.a.tc.a ENSGT00950000183152.A ENSGT00390000012913.b ENSGT00940000165890 ENSGT00940000157369.b ENSGT00390000005764 ENSGT00530000063106.B ENSGT00940000155333.A.a.h ENSGT00940000154914 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT01100000263512.b.b.a.i ENSGT00940000159726 ENSGT00390000008044 ENSGT00390000011024 ENSGT00390000016316 ENSGT00940000158077 ENSGT00940000173933.b ENSGT00950000182963.b.a.d ENSGT00940000159407.q ENSGT00940000157355.c ENSGT00940000161181.c ENSGT00940000159830 ENSGT00940000174889 ENSGT00950000183118.A.c.a ENSGT00390000006347.a Greater amberjack MODERN SPECIES 3 FSD2 (ENSSDUG00000002921) WHAMM (ENSSDUG00000002890) homer2 (ENSSDUG00000002857) RAMAC (ENSSDUG00000002843) BTBD1 (ENSSDUG00000002814) ap1s2 (ENSSDUG00000002801) ZRSR2 (ENSSDUG00000002784) TM6SF1 (ENSSDUG00000002771) crybgx (ENSSDUG00000002750) lctla (ENSSDUG00000002714) tipin (ENSSDUG00000002701) dis3l (ENSSDUG00000002630) ENSSDUG00000002599 rab11a (ENSSDUG00000002580) ENSSDUG00000002555 dapk2a (ENSSDUG00000002533) ##22 GRPR (ENSSDUG00000002486) vegfd (ENSSDUG00000002443) pir (ENSSDUG00000002403) zgc:113276 (ENSSDUG00000002364) ENSSDUG00000002347 ace2 (ENSSDUG00000002311) ENSSDUG00000002294 NHS (ENSSDUG00000002264) SCML2 (ENSSDUG00000002252) cdkl5 (ENSSDUG00000002201) RS1 (ENSSDUG00000002148) ppef1 (ENSSDUG00000002125) ENSSDUG00000002113 PHKA2 (ENSSDUG00000001094) cars1 (ENSSDUG00000000977) Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 2798 WHAMM (ENSSLDG00000009986) homer2 (ENSSLDG00000009970) HOMER2 (ENSSLDG00000009944) RAMAC (ENSSLDG00000009924) BTBD1 (ENSSLDG00000009893) ap1s2 (ENSSLDG00000009877) ENSSLDG00000009759 TM6SF1 (ENSSLDG00000009722) crybgx (ENSSLDG00000009695) lctla (ENSSLDG00000009618) tipin (ENSSLDG00000009591) dis3l (ENSSLDG00000009525) ENSSLDG00000009469 rab11a (ENSSLDG00000009438) ENSSLDG00000009418 dapk2a (ENSSLDG00000009361) ##22 GRPR (ENSSLDG00000009300) Barramundi perch DUPLICATION Barramundi perch MODERN SPECIES 1079 dapk2a (ENSLCAG00010001530) ##22 ENSLCAG00010001523 Barramundi perch MODERN SPECIES 100 GABARAPL2 (ENSLCAG00010004310) ENSLCAG00010004321 ENSLCAG00010004337 ENSLCAG00010004346 rpl12 (ENSLCAG00010004367) pole3 (ENSLCAG00010004399) kmt5b (ENSLCAG00010004407) ccnb2 (ENSLCAG00010004421) crybgx (ENSLCAG00010004435) lctla (ENSLCAG00010004446) tipin (ENSLCAG00010004459) dis3l (ENSLCAG00010004501) ENSLCAG00010004683 rab11a (ENSLCAG00010004697) ENSLCAG00010004701 dapk2a (ENSLCAG00010004706) ##22 ENSLCAG00010004716 TSPAN18 (ENSLCAG00010004718) cd82a (ENSLCAG00010004720) ccnb2 (ENSLCAG00010004723) cars1 (ENSLCAG00010004799) pex16 (ENSLCAG00010005280) arfgap2 (ENSLCAG00010005307) celf1 (ENSLCAG00010005339) mtfmt (ENSLCAG00010005345) shcbp1 (ENSLCAG00010005362) VPS13C (ENSLCAG00010005593) ENSLCAG00010006746 galr1b (ENSLCAG00010006750) trpm1a (ENSLCAG00010006810) ENSLCAG00010007051 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000163723.A.f.b ENSGT00940000163723.A.e ENSGT00940000155568 ENSGT00390000017790 ENSGT00940000174432 ENSGT00390000006347.a ENSGT00940000155405 ENSGT00940000165890 ENSGT00940000157369.b ENSGT00390000005764 ENSGT00530000063106.B ENSGT00940000155333.A.a ENSGT00940000154914 ENSGT01060000249384 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000157667.d ENSGT00940000158481.d ENSGT00940000156431 ENSGT00940000164386 ENSGT00390000006922 ENSGT00940000156938.e.e ENSGT00940000166375 ENSGT00940000156563.a ENSGT00940000155010.a ENSGT01030000235215 Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT01050000244900.a.a.b.eb ENSGT00940000163723.A.f.b ENSGT00940000163723.A.e ENSGT00940000155568 ENSGT00390000017790 ENSGT00940000174432 ENSGT00390000006347.a ENSGT00940000155405 ENSGT00940000165890 ENSGT00940000157369.b ENSGT00390000005764 ENSGT00530000063106.B ENSGT00940000155333.A.a ENSGT00940000154914 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000157667.d ENSGT00940000158481.d ENSGT00940000156431 ENSGT00940000164386 ENSGT00390000006922 ENSGT00940000156938.e.e ENSGT00940000155010.a ENSGT00940000156563.a ENSGT00940000166375 ENSGT00950000183172.C ENSGT01030000234597.a.b.a.a ENSGT00940000156618.c.b ENSGT01030000234838 ENSGT00940000159860.f Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000159068 ENSGT00940000156586 ENSGT00940000158152.b ENSGT00940000162248 ENSGT00940000157760.g.a ENSGT00390000018587.e ENSGT00390000013319 ENSGT00950000183151.a.a.a ENSGT00940000160434 ENSGT00390000017361 ENSGT00390000005764 ENSGT00530000063106.B ENSGT00940000155333.A.a ENSGT00940000154914 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES 66 ENSGT00940000159068 ENSGT00940000156586 ENSGT00940000158152.b ENSGT00940000162248 ENSGT00940000157760.g.a ENSGT00390000018587.e ENSGT00390000013319 ENSGT00950000183151.a.a.a ENSGT00940000160434 ENSGT00390000017361 ENSGT00390000005764 ENSGT00530000063106.B ENSGT00940000155333.A.a ENSGT00940000154914 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 292 ENSGT00940000158745.o.b ENSGT00390000005764 ENSGT00530000063106.B ENSGT00940000155333.A.a ENSGT00940000154914 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 Orange clownfish MODERN SPECIES ENSAPEG00000000064 il17a/f1 (ENSAPEG00000000065) STMN4 (ENSAPEG00000000066) gpn1 (ENSAPEG00000000067) ENSAPEG00000000068 ENSAPEG00000000069 egln3 (ENSAPEG00000000070) tipin (ENSAPEG00000000071) dis3l (ENSAPEG00000000072) ENSAPEG00000000073 ENSAPEG00000000074 rab11a (ENSAPEG00000000075) ENSAPEG00000000076 ENSAPEG00000000077 ENSAPEG00000000078 dapk2a (ENSAPEG00000000079) ##22 ENSAPEG00000000080 ENSAPEG00000000081 ENSAPEG00000000082 ENSAPEG00000000083 ENSAPEG00000000084 ENSAPEG00000000085 ENSAPEG00000000086 ENSAPEG00000000087 ENSAPEG00000000088 taldo1 (ENSAPEG00000000089) taldo1 (ENSAPEG00000000090) tspan4a (ENSAPEG00000000091) ddb1 (ENSAPEG00000000092) ENSAPEG00000000093 TMEM138 (ENSAPEG00000000094) Clown anemonefish MODERN SPECIES 792 ENSAOCG00000002463 rab11a (ENSAOCG00000020106) ENSAOCG00000020081 ENSAOCG00000001483 ENSAOCG00000020045 dapk2a (ENSAOCG00000020035) ##22 ENSAOCG00000019998 Spiny chromis MODERN SPECIES 2567 dapk2a (ENSAPOG00000005881) ##22 ENSAPOG00000005843 ENSAPOG00000005819 Bicolor damselfish MODERN SPECIES 1112 taldo1 (ENSSPAG00000019511) tipin (ENSSPAG00000019500) dis3l (ENSSPAG00000019455) ENSSPAG00000019412 rab11a (ENSSPAG00000019393) ENSSPAG00000019371 dapk2a (ENSSPAG00000019342) ##22 ENSSPAG00000019321 Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 40 ENSGT00940000158565 ENSGT01050000244900.a.a.b.eb ENSGT00940000163723.A.e ENSGT00940000155568 ENSGT00390000017790 ENSGT00940000174432 ENSGT00390000006347.a ENSGT00940000155405 ENSGT00940000165890 ENSGT00940000157369.b ENSGT00390000005764 ENSGT00530000063106.B ENSGT00940000155333.A.a ENSGT00940000154914 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000157667.d ENSGT00940000158481.d ENSGT00940000156431 ENSGT00940000164386 Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00940000158565 ENSGT01050000244900.a.a.b.eb ENSGT00940000163723.A.e ENSGT00940000155568 ENSGT00390000017790 ENSGT00390000006347.a ENSGT00940000155405 ENSGT00940000165890 ENSGT00940000157369.b ENSGT00390000005764 ENSGT00530000063106.B ENSGT00940000155333.A.a.c ENSGT00940000155333.A.a.d.a ENSGT00940000154914 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000158481.d ENSGT00940000156431 ENSGT00940000164386 ENSGT00920000150778 ENSGT01050000244942.a ENSGT00940000159159 ENSGT00940000156178.A ENSGT00940000161051.a.a.b.b.b.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00390000006876 ENSGT00390000000993 ENSGT00940000153636.a ENSGT00940000159424 Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES 32 ENSGT00940000153561.b.a.a.b ENSGT00940000158565 ENSGT01050000244900.a.a.b.eb ENSGT00940000163723.A.e ENSGT00940000155568 ENSGT00390000017790 ENSGT00390000006347.a ENSGT00940000155405 ENSGT00940000165890 ENSGT00940000157369.b ENSGT00390000005764 ENSGT00530000063106.B ENSGT00940000155333.A.a.c ENSGT00940000154914 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000158481.d ENSGT00940000156431 ENSGT00940000164386 ENSGT00920000150778 ENSGT01050000244942.a ENSGT00940000159159 ENSGT00940000156178.A ENSGT00940000161051.a.a.b.b.b.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00390000006876 ENSGT00390000000993 ENSGT00940000153636.a ENSGT00940000159424 Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT00940000153561.b.a.a.b ENSGT00940000158565 ENSGT01050000244900.a.a.b.eb ENSGT00940000163723.A.e ENSGT00940000155568 ENSGT00390000017790 ENSGT00390000006347.a ENSGT00940000155405 ENSGT00940000165890 ENSGT00940000157369.b ENSGT00390000005764 ENSGT00530000063106.B ENSGT00940000155333.A.a.c ENSGT00940000154914 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000158481.d ENSGT00940000156431 ENSGT00940000164386 ENSGT00920000150778 ENSGT01050000244942.a ENSGT00940000159159 ENSGT00940000156178.A ENSGT00940000161051.a.a.b.b.b.a ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00390000006876 ENSGT00390000000993 ENSGT00940000153636.a ENSGT00940000159424 Burton s mouthbrooder MODERN SPECIES 774 ENSHBUG00000023021 rab11a (ENSHBUG00000023035) ENSHBUG00000023101 dapk2a (ENSHBUG00000023341) ##22 HERC1 (ENSHBUG00000023749) cd82a (ENSHBUG00000003471) kmt5b (ENSHBUG00000003501) Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00940000153561.b.a.a.b ENSGT00940000158565 ENSGT01050000244900.a.a.b.eb ENSGT00940000163723.A.e ENSGT00940000155568 ENSGT00390000017790 ENSGT00390000006347.a ENSGT00940000155405 ENSGT00940000165890 ENSGT00940000157369.b ENSGT00390000005764.r ENSGT00530000063106.B ENSGT00940000155333.A.a.c ENSGT00940000154914 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000158481.d ENSGT00940000156431 ENSGT00940000164386 ENSGT00920000150778 ENSGT01050000244942.a ENSGT00940000159159 ENSGT00940000156178.A ENSGT00940000161051.a.a.b.b.b.a.c ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00390000006876 ENSGT00390000000993 ENSGT00940000153636.a ENSGT00940000159424 P. nyererei MODERN SPECIES 419 tipin (ENSPNYG00000001987) dis3l (ENSPNYG00000002066) ENSPNYG00000002097 ENSPNYG00000002240 rab11a 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MODERN SPECIES 1091 fgf19 (ENSMZEG00005017208) zgc:153993 (ENSMZEG00005017204) abhd17c (ENSMZEG00005017197) ENSMZEG00005017192 CEMIP (ENSMZEG00005017171) mesd (ENSMZEG00005017158) ENSMZEG00005017154 ENSMZEG00005017139 ankdd1a (ENSMZEG00005017129) tipin (ENSMZEG00005017116) dis3l (ENSMZEG00005017095) ENSMZEG00005017084 ENSMZEG00005017073 rab11a (ENSMZEG00005017063) ENSMZEG00005017054 dapk2a (ENSMZEG00005017043) ##22 ENSMZEG00005017035 ENSMZEG00005017030 HERC1 (ENSMZEG00005016974) cd82a (ENSMZEG00005016958) kmt5b (ENSMZEG00005016943) pole3 (ENSMZEG00005016930) ENSMZEG00005016921 ENSMZEG00005016917 STARD5 (ENSMZEG00005016903) ENSMZEG00005016898 npsn (ENSMZEG00005016894) lctla (ENSMZEG00005016870) crybgx (ENSMZEG00005016862) ccnb2 (ENSMZEG00005016859) cars1 (ENSMZEG00005016834) Eastern happy MODERN SPECIES SHANK2 (ENSACLG00000002556) CTTN (ENSACLG00000002506) ppfia1 (ENSACLG00000002291) ENSACLG00000002271 arfgap2 (ENSACLG00000002202) pex16 (ENSACLG00000002118) cars1 (ENSACLG00000001993) 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35 ENSGT00940000163723.A.f.b.d ENSGT00940000163723.A.e ENSGT00940000155568 ENSGT00390000017790 ENSGT00940000174432 ENSGT00390000006347.a.c ENSGT00940000155405 ENSGT00940000165890 ENSGT00940000157369.b ENSGT00390000005764 ENSGT00530000063106.B ENSGT00940000155333.A.a ENSGT00940000154914 ENSGT01060000249384 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00980000198667 ENSGT00940000171177 ENSGT00940000169428 ENSGT00940000166375 ENSGT00940000159150 ENSGT00940000155010.a ENSGT00940000156938.e.e ENSGT00390000006922 ENSGT00940000164386 ENSGT00940000156431 ENSGT00940000158481.d ENSGT00940000157667.d ENSGT01030000234633.A.a.a ENSGT00950000183172.C Poecilia ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000163723.A.f.b.d ENSGT00940000163723.A.e ENSGT00940000155568 ENSGT00390000017790 ENSGT00940000174432 ENSGT00390000006347.a.c ENSGT00940000155405 ENSGT00940000165890 ENSGT00940000157369.b ENSGT00390000005764 ENSGT00530000063106.B ENSGT00940000155333.A.a.a 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(ENSXMAG00000023962) GABARAPL2 (ENSXMAG00000013475) KCNG4 (ENSXMAG00000013465) Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES 349 ENSGT00940000155333.A.a ENSGT00940000154914 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 Mangrove rivulus MODERN SPECIES 435 ENSKMAG00000011932 rab11a (ENSKMAG00000011905) ENSKMAG00000011873 ENSKMAG00000011860 ##22 Turquoise killifish MODERN SPECIES 1616 zdhhc1 (ENSNFUG00015003785) TPPP3 (ENSNFUG00015003778) ENSNFUG00015003611 ctrb.3 (ENSNFUG00015003607) OLA.3677 (ENSNFUG00015003606) AGRP (ENSNFUG00015003602) NQO1 (ENSNFUG00015003197) GABARAPL2 (ENSNFUG00015003166) ENSNFUG00015003149 RPL12 (ENSNFUG00015003124) POLE3 (ENSNFUG00015003116) kmt5b (ENSNFUG00015003099) crybgx (ENSNFUG00015003091) ENSNFUG00015002889 RAB11A (ENSNFUG00015002802) dapk2a (ENSNFUG00015002784) ##22 ENSNFUG00015002663 CRY5 (ENSNFUG00015002611) ENSNFUG00015002604 ENSNFUG00015002601 SEC11A (ENSNFUG00015002597) ENSNFUG00015002590 ENSNFUG00015002587 TSPAN3B (ENSNFUG00015002579) pstpip1b 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ENSGT00940000156431.u ENSGT00390000006293.t.b ENSGT00390000002381.b.d.b Oncorhynchus DUPLICATION Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 221 ENSGT00940000155024.a.b.c.b.b ENSGT00940000155363.v.a.a.a ENSGT00950000182989.A.a.a ENSGT00940000157327.o.b.c.a ENSGT00940000160977.e.a.b ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b.c ##22 Rainbow trout DUPLICATION Rainbow trout MODERN SPECIES 18 ENSOMYG00000034180 ENSOMYG00000059272 ENSOMYG00000072221 ENSOMYG00000071032 ENSOMYG00000037466 ENSOMYG00000062581 gtf2a2 (ENSOMYG00000065240) ENSOMYG00000058602 ENSOMYG00000060194 trpm1a (ENSOMYG00000022182) rab8b (ENSOMYG00000054197) IDH3A (ENSOMYG00000022101) ENSOMYG00000054717 ENSOMYG00000063389 ENSOMYG00000038661 ##22 dapk2a (ENSOMYG00000065478) ##22 ENSOMYG00000057665 ENSOMYG00000067560 ENSOMYG00000075070 ENSOMYG00000057070 ENSOMYG00000074364 ENSOMYG00000037444 ENSOMYG00000072222 ENSOMYG00000073398 ENSOMYG00000063620 ENSOMYG00000075107 ENSOMYG00000050793 ENSOMYG00000069105 ENSOMYG00000065845 zgc:194679 (ENSOMYG00000053254) ENSOMYG00000051512 Rainbow trout MODERN SPECIES 18 ENSOMYG00000038139 ENSOMYG00000034180 ENSOMYG00000059272 ENSOMYG00000072221 ENSOMYG00000071032 ENSOMYG00000037466 ENSOMYG00000062581 gtf2a2 (ENSOMYG00000065240) ENSOMYG00000058602 ENSOMYG00000060194 trpm1a (ENSOMYG00000022182) rab8b (ENSOMYG00000054197) IDH3A (ENSOMYG00000022101) ENSOMYG00000054717 ENSOMYG00000063389 ENSOMYG00000038661 ##22 dapk2a (ENSOMYG00000065478) ##22 ENSOMYG00000057665 ENSOMYG00000067560 ENSOMYG00000075070 ENSOMYG00000057070 ENSOMYG00000074364 ENSOMYG00000037444 ENSOMYG00000072222 ENSOMYG00000073398 ENSOMYG00000063620 ENSOMYG00000075107 ENSOMYG00000050793 ENSOMYG00000069105 ENSOMYG00000065845 zgc:194679 (ENSOMYG00000053254) Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 324 ENSGT00940000155024.a.b.c.b.b ENSGT00940000155363.v.a.a.a ENSGT00950000182989.A.a.a ENSGT00940000157327.o.b.c.a ENSGT00940000160977.e.a.a.b ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b.c ##22 Coho salmon MODERN SPECIES 32 ENSOKIG00005020162 ENSOKIG00005020169 FOXB1 (ENSOKIG00005020174) FOXB1 (ENSOKIG00005020187) gtf2a2 (ENSOKIG00005020198) ENSOKIG00005020234 OTUD7A (ENSOKIG00005020255) klf13 (ENSOKIG00005020282) ENSOKIG00005020295 trpm1a (ENSOKIG00005020675) ENSOKIG00005029254 rab8b (ENSOKIG00005029285) IDH3A (ENSOKIG00005029373) CIB2 (ENSOKIG00005029404) ENSOKIG00005029413 dapk2a (ENSOKIG00005029454) ##22 ENSOKIG00005029510 ENSOKIG00005029735 ENSOKIG00005029750 ENSOKIG00005029770 ENSOKIG00005029782 VPS13C (ENSOKIG00005030266) ENSOKIG00005038662 ENSOKIG00005038671 galr1b (ENSOKIG00005038673) ENSOKIG00005038677 ENSOKIG00005038709 atp6v0d1 (ENSOKIG00005038724) hsd11b2 (ENSOKIG00005038822) ENSOKIG00005038846 ENSOKIG00005038855 Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 188 ENSGT00940000155024.a.b.c.b.a.a ENSGT00940000155363.v.a.a.b ENSGT00950000182989.A.a.b ENSGT00940000157327.o.b.d ENSGT00940000157327.o.b.c.b ENSGT00940000160977.e.a.a.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b.d ##22 Rainbow trout MODERN SPECIES 27 ENSOMYG00000048516 ENSOMYG00000055941 ENSOMYG00000061126 ENSOMYG00000051108 ENSOMYG00000059310 ENSOMYG00000030677 ENSOMYG00000061510 ENSOMYG00000066449 ENSOMYG00000030563 ENSOMYG00000059969 trpm1a (ENSOMYG00000067467) rab8b (ENSOMYG00000068216) IDH3A (ENSOMYG00000076963) ENSOMYG00000022157 ENSOMYG00000051272 dapk2a (ENSOMYG00000030794) ##22 ENSOMYG00000057409 ENSOMYG00000049245 ENSOMYG00000069963 tspan18a (ENSOMYG00000051783) ENSOMYG00000053944 ENSOMYG00000053868 tp53i11a (ENSOMYG00000063935) ENSOMYG00000050770 ENSOMYG00000030174 ENSOMYG00000069550 ENSOMYG00000029441 zgc:194679 (ENSOMYG00000029489) ENSOMYG00000029503 ENSOMYG00000024976 ENSOMYG00000027790 Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 682 ENSGT00940000160977.e.a.a.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b.d ##22 Coho salmon MODERN SPECIES 1337 trpm1a (ENSOKIG00005043855) rab8b (ENSOKIG00005048637) idh3a (ENSOKIG00005048671) CIB2 (ENSOKIG00005048758) ENSOKIG00005048765 dapk2a (ENSOKIG00005048786) ##22 Salmo ANCESTRAL SPECIES 255 ENSGT00940000155024.a.b.c.a.a ENSGT00940000155363.v.a.a.a ENSGT00950000182989.A.a.a ENSGT00940000157327.o.b.c.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000164936.b ENSGT00940000157667.d.d ENSGT00940000158481.d.j River trout DUPLICATION River trout MODERN SPECIES 3 ENSSTUG00000014890 ENSSTUG00000014891 ENSSTUG00000014903 galr1b (ENSSTUG00000014920) ENSSTUG00000014938 ENSSTUG00000014940 VPS13C (ENSSTUG00000015065) ENSSTUG00000018119 ENSSTUG00000018133 trpm1a (ENSSTUG00000018310) rab8b (ENSSTUG00000025556) ENSSTUG00000025586 idh3a (ENSSTUG00000025601) CIB2 (ENSSTUG00000025828) ENSSTUG00000025841 dapk2a (ENSSTUG00000025857) ##22 ENSSTUG00000025879 ENSSTUG00000025886 dapk2a (ENSSTUG00000025906) ##22 ENSSTUG00000025950 ENSSTUG00000025952 ##22 ENSSTUG00000025982 CIB2 (ENSSTUG00000026017) idh3a (ENSSTUG00000026037) ENSSTUG00000026401 ENSSTUG00000026461 ENSSTUG00000026508 tspan18a (ENSSTUG00000026513) cd82a (ENSSTUG00000026523) tp53i11a (ENSSTUG00000026534) KMT5B (ENSSTUG00000026542) River trout MODERN SPECIES 3 ENSSTUG00000026557 hsbp1b (ENSSTUG00000026554) ENSSTUG00000026548 KMT5B (ENSSTUG00000026542) tp53i11a (ENSSTUG00000026534) cd82a (ENSSTUG00000026523) tspan18a (ENSSTUG00000026513) ENSSTUG00000026508 ENSSTUG00000026461 ENSSTUG00000026401 idh3a (ENSSTUG00000026037) CIB2 (ENSSTUG00000026017) ENSSTUG00000025982 ENSSTUG00000025952 ##22 ENSSTUG00000025950 dapk2a (ENSSTUG00000025906) ##22 ENSSTUG00000025886 ENSSTUG00000025879 dapk2a (ENSSTUG00000025857) ##22 ENSSTUG00000025841 CIB2 (ENSSTUG00000025828) idh3a (ENSSTUG00000025601) ENSSTUG00000025586 rab8b (ENSSTUG00000025556) trpm1a (ENSSTUG00000018310) ENSSTUG00000018133 ENSSTUG00000018119 VPS13C (ENSSTUG00000015065) ENSSTUG00000014940 ENSSTUG00000014938 galr1b (ENSSTUG00000014920) Atlantic salmon MODERN SPECIES 18 anx2a (ENSSSAG00000004991) ENSSSAG00000096932 FOXB1 (ENSSSAG00000113065) ENSSSAG00000104640 gtf2a2 (ENSSSAG00000015777) ENSSSAG00000115886 ENSSSAG00000015583 ENSSSAG00000112080 ENSSSAG00000012627 ENSSSAG00000043704 rab8b (ENSSSAG00000109151) ENSSSAG00000092608 ENSSSAG00000085122 ENSSSAG00000100545 ENSSSAG00000115735 ENSSSAG00000006347 ##22 ENSSSAG00000096217 ENSSSAG00000106909 ENSSSAG00000009806 ENSSSAG00000105524 ENSSSAG00000091074 ENSSSAG00000082927 ENSSSAG00000010152 ENSSSAG00000011427 ENSSSAG00000011352 nqo1 (ENSSSAG00000101047) ENSSSAG00000085508 ENSSSAG00000110983 GBRL2 (ENSSSAG00000010013) ENSSSAG00000088400 ENSSSAG00000113380 Northern pike MODERN SPECIES 1 VPS13C (ENSELUG00000017296) ENSELUG00000027467 rorab (ENSELUG00000017121) anxa2b (ENSELUG00000000639) FOXB1 (ENSELUG00000017034) gtf2a2 (ENSELUG00000017019) OTUD7A (ENSELUG00000016992) klf13 (ENSELUG00000016962) trpm1a (ENSELUG00000016944) rab8b (ENSELUG00000016862) idh3a (ENSELUG00000016752) CIB2 (ENSELUG00000016739) ENSELUG00000032986 ENSELUG00000025922 ENSELUG00000016710 dapk2a (ENSELUG00000016620) ##22 HERC1 (ENSELUG00000016561) ENSELUG00000016428 tspan18a (ENSELUG00000016416) cd82a (ENSELUG00000016388) tp53i11a (ENSELUG00000016358) KMT5B (ENSELUG00000016341) hsbp1b (ENSELUG00000016301) ENSELUG00000016282 ENSELUG00000016278 zgc:194679 (ENSELUG00000016269) ENSELUG00000016260 ENSELUG00000025489 zgc:194679 (ENSELUG00000001623) nqo1 (ENSELUG00000016240) GABARAPL2 (ENSELUG00000016235) Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 418 ENSGT00940000161970.y.b ENSGT00390000014572 ENSGT00940000155024.a.b ENSGT00940000155363.v.a ENSGT00940000157327.p ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000177441 ENSGT00980000198667 ENSGT00940000171177 ENSGT00940000169428 Otophysi ANCESTRAL SPECIES 110 ENSGT00940000165857.a ENSGT00940000159833 ENSGT00940000156346.c.a.d ENSGT00940000172895 ENSGT00940000154954.nb.b ENSGT00940000156932.a ENSGT00940000153731.a.b.c.d ENSGT00390000013049 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a.a.h ENSGT00940000157327.p ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000157764.e.a ENSGT00940000153348.A ENSGT00390000010260 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ENSGT00940000157764.e.a.d ENSGT00940000153348.A.n ENSGT00390000002016.e ENSGT00420000029943.b ENSGT00390000002349.d ENSGT01090000263306 ENSGT00940000158111.k ENSGT00940000161131.b.a.b.e.b.b ENSGT00940000156501.a ENSGT00390000006585.e ENSGT00940000154065.a.o ENSGT00530000063853.a.b.d.e ENSGT00940000164014.a.b.m.a.b.a Common carp reference MODERN SPECIES 6 ENSCCRG00000040624 pstpip1b (ENSCCRG00000014408) ENSCCRG00000055907 isl2b (ENSCCRG00000010242) ENSCCRG00000052116 tpma (ENSCCRG00000052124) tln2a (ENSCCRG00000052153) ENSCCRG00000052777 rorab (ENSCCRG00000080281) anxa2b (ENSCCRG00000070959) foxb1b (ENSCCRG00000052766) gtf2a2 (ENSCCRG00000067486) trpm1a (ENSCCRG00000006164) rab8b (ENSCCRG00000006170) ENSCCRG00000006184 dapk2a (ENSCCRG00000049059) ##22 ENSCCRG00000000842 aph1b (ENSCCRG00000063166) ENSCCRG00000059602 exosc6 (ENSCCRG00000069888) gnao1b (ENSCCRG00000006532) tradd (ENSCCRG00000006559) fbxl8 (ENSCCRG00000006564) ogfod1 (ENSCCRG00000072290) vrk3 (ENSCCRG00000041543) 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ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b.h.b ##22 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b.h.b ##22 Golden-line barbel MODERN SPECIES 75 ENSSGRG00000034156 pstpip1b (ENSSGRG00000034154) isl2b (ENSSGRG00000034152) ENSSGRG00000034151 tpma (ENSSGRG00000031898) tln2a (ENSSGRG00000029073) rorab (ENSSGRG00000028970) anxa2b (ENSSGRG00000028229) ENSSGRG00000028087 ENSSGRG00000028085 foxb1b (ENSSGRG00000028084) gtf2a2 (ENSSGRG00000028059) trpm1a (ENSSGRG00000023087) rab8b (ENSSGRG00000022845) ENSSGRG00000022844 dapk2a (ENSSGRG00000022817) ##22 aph1b (ENSSGRG00000022466) ENSSGRG00000022465 exosc6 (ENSSGRG00000022464) tmppe (ENSSGRG00000022463) mtbl (ENSSGRG00000022462) gnao1b (ENSSGRG00000022334) ENSSGRG00000022332 tradd (ENSSGRG00000022331) ENSSGRG00000022330 acd (ENSSGRG00000022316) vrk3 (ENSSGRG00000022285) ENSSGRG00000022281 gfod2 (ENSSGRG00000022280) gfod2 (ENSSGRG00000022279) cog4 (ENSSGRG00000022128) Zebrafish MODERN SPECIES 22 tspan3b (ENSDARG00000053559) pstpip1b 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ENSGT00390000010260 ENSGT00970000197152 ENSGT00940000155883.a.b.a.b ENSGT00390000002016 ENSGT00420000029943 ENSGT00390000002349 Characoidei ANCESTRAL SPECIES 201 ENSGT00940000154470.b ENSGT00940000154954.nb.b ENSGT00940000156932.a ENSGT00940000153731.a.b.c.d ENSGT00390000013049 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a.a.g.a ENSGT00940000154699.a.a ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000154257.b ENSGT00940000161970.y.b ENSGT00390000014572 ENSGT00940000155024.a.b ENSGT00940000155363.v.a ENSGT00940000157327.p ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.a.a ENSGT00940000177441 ENSGT00980000198667 ENSGT00940000171177 ENSGT00940000169428 ENSGT00940000155907.b.b Mexicana tetra MODERN SPECIES 131 aph1b (ENSAMXG00000042980) gtf2a2 (ENSAMXG00000033092) trpm1a (ENSAMXG00000003769) ENSAMXG00000003780 anxa2b (ENSAMXG00000000357) rorab (ENSAMXG00000014990) ENSAMXG00000032435 VPS13C (ENSAMXG00000031299) fbxl8 (ENSAMXG00000034465) tln2a (ENSAMXG00000000692) TPM1 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(ENSEEEG00000016561) tmppe (ENSEEEG00000016563) mtbl (ENSEEEG00000016564) gnao1b (ENSEEEG00000016567) tradd (ENSEEEG00000016578) fbxl8 (ENSEEEG00000016579) ogfod1 (ENSEEEG00000016581) ENSEEEG00000016615 vrk3 (ENSEEEG00000016618) ENSEEEG00000016623 gfod2 (ENSEEEG00000016624) ENSEEEG00000016626 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00940000154091.a.b ENSGT00940000160162 ENSGT00510000047494 ENSGT00940000157447 ENSGT00940000155491.c ENSGT00940000159422 ENSGT00940000153533.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327 ENSGT00940000160977 ENSGT00940000172107 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00980000198667 ENSGT00940000171177 ENSGT00940000169428 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00940000164936 ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000010331 ENSGT00940000165890 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 128 ENSGT00950000182891.a.a.b.b ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00980000198667 ENSGT00940000171177 ENSGT00940000169428 ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00940000164936 ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00940000158531 ENSGT00390000014572 ENSGT00940000159331.b ENSGT00730000111835 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024 ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00980000198667 ENSGT00940000171177 ENSGT00940000169428 ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000159331.b ENSGT00730000111835 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000172107 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00980000198667 ENSGT00940000171177 ENSGT00940000169428 ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000159331.b ENSGT00730000111835 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000172107 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000177441 ENSGT00980000198667 ENSGT00940000171177 ENSGT00940000169428 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a Otomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000158531 ENSGT00940000159331.b ENSGT00730000111835 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.a ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000168688 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c Otophysi ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000158531 ENSGT00940000159331.b ENSGT00730000111835 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.a ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000168688 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C 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ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000168688 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c Mexicana tetra MODERN SPECIES 23 ENSAMXG00000030246 GCNT3 (ENSAMXG00000000367) ENSAMXG00000040092 OTUD7A (ENSAMXG00000000338) klf13 (ENSAMXG00000041142) trpm1b (ENSAMXG00000000326) ENSAMXG00000030018 rps27l (ENSAMXG00000042422) DNAJA4 (ENSAMXG00000000320) ACSBG1 (ENSAMXG00000000318) idh3a (ENSAMXG00000000316) lrrc61 (ENSAMXG00000032722) cib2 (ENSAMXG00000042130) ENSAMXG00000017915 TBC1D2B (ENSAMXG00000017913) DAPK2 (ENSAMXG00000038379) ##22 ENSAMXG00000017909 ENSAMXG00000036848 fbxl22 (ENSAMXG00000017907) usp3 (ENSAMXG00000017906) ENSAMXG00000039657 CA12 (ENSAMXG00000038724) MAN2C1 (ENSAMXG00000017902) neil1 (ENSAMXG00000017901) commd4 (ENSAMXG00000017897) sema7a (ENSAMXG00000017889) islr2 (ENSAMXG00000025117) stra6 (ENSAMXG00000017884) ENSAMXG00000017881 cyp11a1.1 (ENSAMXG00000033573) stoml1 (ENSAMXG00000017874) Red-bellied piranha MODERN SPECIES 139 bnip2 (ENSPNAG00000002863) GCNT3 (ENSPNAG00000013630) ENSPNAG00000002850 OTUD7A (ENSPNAG00000013582) klf13 (ENSPNAG00000013521) trpm1b (ENSPNAG00000013509) ENSPNAG00000013453 ENSPNAG00000002737 DNAJA4 (ENSPNAG00000013415) ACSBG1 (ENSPNAG00000013383) idh3a (ENSPNAG00000002718) lrrc61 (ENSPNAG00000002708) cib2 (ENSPNAG00000013311) ENSPNAG00000013289 TBC1D2B (ENSPNAG00000013270) DAPK2 (ENSPNAG00000013223) ##22 ENSPNAG00000002604 fbxl22 (ENSPNAG00000013173) usp3 (ENSPNAG00000002588) ENSPNAG00000013112 CA12 (ENSPNAG00000002555) MAN2C1 (ENSPNAG00000013073) neil1 (ENSPNAG00000002490) commd4 (ENSPNAG00000012935) sema7a (ENSPNAG00000002451) ENSPNAG00000002439 Channel catfish MODERN SPECIES 5 bnip2 (ENSIPUG00000021249) ENSIPUG00000021280 ENSIPUG00000021285 OTUD7A (ENSIPUG00000021300) klf13 (ENSIPUG00000021351) trpm1b (ENSIPUG00000021358) Rab8b (ENSIPUG00000021408) dnaja4 (ENSIPUG00000021428) ENSIPUG00000021436 ACSBG1 (ENSIPUG00000021455) idh3a (ENSIPUG00000021482) Lrrc61 (ENSIPUG00000021571) cib2 (ENSIPUG00000021605) sh2d7 (ENSIPUG00000021614) tbc1d2b (ENSIPUG00000021625) dapk2 (ENSIPUG00000021663) ##22 ENSIPUG00000021680 FBXL22 (ENSIPUG00000021686) USP3 (ENSIPUG00000021688) ENSIPUG00000021723 ca12 (ENSIPUG00000021729) man2c1 (ENSIPUG00000021766) neil1 (ENSIPUG00000021750) commd4 (ENSIPUG00000021837) sema7a (ENSIPUG00000021824) ENSIPUG00000021901 islr2 (ENSIPUG00000021908) STRA6 (ENSIPUG00000021911) cyp11a (ENSIPUG00000021950) stoml1 (ENSIPUG00000022073) nr2e3 (ENSIPUG00000022092) Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 552 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000175261 Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 135 ENSGT00940000154257.a.d ENSGT00940000160522.c.a ENSGT00940000158531.a ENSGT00940000159331.b.y ENSGT00730000111835 ENSGT00940000158999.j ENSGT00940000164815.b.l ENSGT00940000155024.a.a.d ENSGT00940000155363.v.b.a ENSGT00940000160380.r ENSGT00950000182989.A.a.j ENSGT00390000006479.h ENSGT00940000157327.o.a.b ENSGT00940000160977.e.b.b ENSGT00940000157737.e ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000164936.b.c ENSGT00390000003748.d ENSGT00940000157850.a ENSGT00390000015516.p ENSGT00940000158358.a.a ENSGT00550000074844.lb.b ENSGT00390000008140.k.b.b ENSGT01030000234648.a.b.a.a.b.cb.a.c ENSGT00390000018285 ENSGT01100000263518.B.b.b.a ENSGT01020000230364.a.a.b.b.g ENSGT01020000230364.a.b.a ENSGT00390000006290.`b ENSGT00730000110895.b.a.o.a.i.b ENSGT00940000156567.a.b.d Goldfish MODERN SPECIES 45 GCNT3 (ENSCARG00000068785) OTUD7A (ENSCARG00000068778) klf13 (ENSCARG00000068771) trpm1b (ENSCARG00000068683) RAB8B (ENSCARG00000068558) rps27l (ENSCARG00000068517) DNAJA4 (ENSCARG00000068506) ENSCARG00000068499 ACSBG1 (ENSCARG00000068381) idh3a (ENSCARG00000068321) lrrc61 (ENSCARG00000068295) cib2 (ENSCARG00000068281) SH2D7 (ENSCARG00000068273) ENSCARG00000068267 TBC1D2B (ENSCARG00000068236) DAPK2 (ENSCARG00000068167) ##22 ENSCARG00000068159 ENSCARG00000068156 fbxl22 (ENSCARG00000068150) usp3 (ENSCARG00000068131) commd4 (ENSCARG00000068094) sema7a (ENSCARG00000068084) dldh (ENSCARG00000067340) znf800a (ENSCARG00000067258) grm8b (ENSCARG00000067196) GPR37 (ENSCARG00000067187) HYAL4 (ENSCARG00000067183) hyal6 (ENSCARG00000067179) ENSCARG00000067163 wasla (ENSCARG00000067078) lmod2a (ENSCARG00000067062) Zebrafish MODERN SPECIES 17 ENSDARG00000103976 ENSDARG00000112209 zgc:123278 (ENSDARG00000096110) hrasa (ENSDARG00000098497) LRRC56 (ENSDARG00000096081) RASSF7 (ENSDARG00000079917) ENSDARG00000075252 irf7 (ENSDARG00000045661) hic1l (ENSDARG00000045660) TBC1D2B (ENSDARG00000061986) ENSDARG00000109803 cib2 (ENSDARG00000102820) lrrc61 (ENSDARG00000077357) idh3a (ENSDARG00000030278) ACSBG1 (ENSDARG00000062077) DAPK2 (ENSDARG00000103666) ##22 ENSDARG00000088171 fbxl22 (ENSDARG00000096995) usp3 (ENSDARG00000045641) si:dkeyp-73b11.8 (ENSDARG00000090185) CA12 (ENSDARG00000045644) MAN2C1 (ENSDARG00000079835) neil1 (ENSDARG00000018061) commd4 (ENSDARG00000061946) sema7a (ENSDARG00000078707) dldh (ENSDARG00000008785) ENSDARG00000092825 ENSDARG00000097622 znf800a (ENSDARG00000004594) grm8b (ENSDARG00000076508) pot1 (ENSDARG00000079915) Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000159331.b ENSGT00730000111835 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00950000182891.a.a.b.a.b.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.a ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT01030000234953 ENSGT00940000168688 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366.cb ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C Denticle herring DUPLICATION Denticle herring MODERN SPECIES 286 ENSDCDG00000019499 ENSDCDG00000019492 ##22 ENSDCDG00000019488 ##22 ENSDCDG00000019485 fbxl22 (ENSDCDG00000019482) MAGI1 (ENSDCDG00000019404) ENSDCDG00000019334 kbtbd8 (ENSDCDG00000019331) LRIG1 (ENSDCDG00000018783) slc25a26 (ENSDCDG00000018714) MAGI1 (ENSDCDG00000018682) ADAMTS9 (ENSDCDG00000018607) nucks1a (ENSDCDG00000016460) cldn19 (ENSDCDG00000016449) P3H1 (ENSDCDG00000016270) zgc:112255 (ENSDCDG00000016234) ap5b1 (ENSDCDG00000016226) Denticle herring DUPLICATION Denticle herring MODERN SPECIES 8 pla2g15 (ENSDCDG00000023230) lcat (ENSDCDG00000023226) ENSDCDG00000023216 uba2 (ENSDCDG00000023186) ca5a (ENSDCDG00000023180) slc7a5 (ENSDCDG00000023132) klhdc4 (ENSDCDG00000023123) jph3b (ENSDCDG00000023121) ZCCHC14 (ENSDCDG00000023113) map1lc3b (ENSDCDG00000023108) wdr55 (ENSDCDG00000023104) ppp1r15b (ENSDCDG00000023102) smpd3 (ENSDCDG00000023100) ENSDCDG00000023098 TBC1D2B (ENSDCDG00000023097) DAPK2 (ENSDCDG00000023095) ##22 ENSDCDG00000023093 fbxl22 (ENSDCDG00000023092) usp3 (ENSDCDG00000023065) ENSDCDG00000023060 CA12 (ENSDCDG00000023055) MAN2C1 (ENSDCDG00000022796) neil1 (ENSDCDG00000022781) commd4 (ENSDCDG00000022776) islr2 (ENSDCDG00000022773) sema7a (ENSDCDG00000022767) islr2 (ENSDCDG00000022765) stra6 (ENSDCDG00000022373) ENSDCDG00000022353 cyp11a1.1 (ENSDCDG00000022348) stoml1 (ENSDCDG00000022343) Denticle herring MODERN SPECIES 286 ENSDCDG00000019499 ENSDCDG00000019492 ##22 ENSDCDG00000019488 ##22 ENSDCDG00000019485 fbxl22 (ENSDCDG00000019482) MAGI1 (ENSDCDG00000019404) ENSDCDG00000019334 kbtbd8 (ENSDCDG00000019331) LRIG1 (ENSDCDG00000018783) slc25a26 (ENSDCDG00000018714) MAGI1 (ENSDCDG00000018682) ADAMTS9 (ENSDCDG00000018607) nucks1a (ENSDCDG00000016460) cldn19 (ENSDCDG00000016449) P3H1 (ENSDCDG00000016270) zgc:112255 (ENSDCDG00000016234) ap5b1 (ENSDCDG00000016226) ENSDCDG00000016194 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00730000111835 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.b.c.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000172107 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155024.a.b.c.b ENSGT00940000155363.v.a ENSGT00950000182989.A.a ENSGT00940000175407 ENSGT00940000157327.o.b ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000168688 ENSGT01030000235163 ENSGT01030000235403 ENSGT00940000155619 Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000155363.v.a ENSGT00950000182989.A.a ENSGT00940000157327.o.b ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000164936.b ENSGT00940000157667.d ENSGT00940000158481.d ENSGT00390000017249.e ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000172107 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT01030000234953 ENSGT00940000168688 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c Northern pike MODERN SPECIES 18 bnip2 (ENSELUG00000004566) GCNT3 (ENSELUG00000004620) GCNT3 (ENSELUG00000028569) KCNJ1 (ENSELUG00000004178) ENSELUG00000027070 trpm1b (ENSELUG00000004154) ENSELUG00000004123 RS27L (ENSELUG00000033046) DNAJA4 (ENSELUG00000004060) ACSBG1 (ENSELUG00000004032) idh3a (ENSELUG00000003994) lrrc61 (ENSELUG00000026742) cib2 (ENSELUG00000003866) ENSELUG00000003831 TBC1D2B (ENSELUG00000003801) ENSELUG00000003738 ##22 GCNT3 (ENSELUG00000029111) ENSELUG00000003690 fbxl22 (ENSELUG00000003676) usp3 (ENSELUG00000003649) ENSELUG00000003554 CA12 (ENSELUG00000000117) MAN2C1 (ENSELUG00000003480) neil1 (ENSELUG00000028663) commd4 (ENSELUG00000003435) sema7a (ENSELUG00000000113) ENSELUG00000033859 islr2 (ENSELUG00000029779) islr2 (ENSELUG00000025122) stra6 (ENSELUG00000000108) pycr1b (ENSELUG00000030476) Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 271 ENSGT00940000160522.c.a.f ENSGT00940000158531 ENSGT00940000159331.b.r.a ENSGT00940000155707 ENSGT00390000006479 ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000172107 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT01030000234953 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e.d ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000155744.t.b ENSGT00440000038107 ENSGT00530000062962.b.a.f ENSGT00390000009486 Huchen MODERN SPECIES 8531 ENSHHUG00000008930 ENSHHUG00000008925 ENSHHUG00000008912 ##22 Salmoninae_a DUPLICATION Salmoninae_a DUPLICATION Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b.c.a ##22 Salmo ANCESTRAL SPECIES 695 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.b.c.a ##22 Atlantic salmon DUPLICATION Atlantic salmon MODERN SPECIES 2 ENSSSAG00000100730 rorab (ENSSSAG00000015906) anxa2b (ENSSSAG00000016098) ENSSSAG00000101382 FOXB1 (ENSSSAG00000118611) t2ag (ENSSSAG00000011770) ENSSSAG00000089022 ENSSSAG00000112619 ENSSSAG00000006595 rab8b (ENSSSAG00000116323) IDH3A (ENSSSAG00000106641) ENSSSAG00000006390 ENSSSAG00000110291 ENSSSAG00000006371 ENSSSAG00000114608 ##22 ENSSSAG00000084348 ##22 ENSSSAG00000111489 ENSSSAG00000119946 ENSSSAG00000109639 ENSSSAG00000109322 ENSSSAG00000100704 ENSSSAG00000088699 ENSSSAG00000085534 ENSSSAG00000111837 csk22 (ENSSSAG00000076656) ENSSSAG00000105958 ENSSSAG00000010306 ENSSSAG00000115358 ENSSSAG00000009794 ENSSSAG00000009832 ENSSSAG00000092045 Atlantic salmon MODERN SPECIES 2 ENSSSAG00000035732 ENSSSAG00000100730 rorab (ENSSSAG00000015906) anxa2b (ENSSSAG00000016098) ENSSSAG00000101382 FOXB1 (ENSSSAG00000118611) t2ag (ENSSSAG00000011770) ENSSSAG00000089022 ENSSSAG00000112619 ENSSSAG00000006595 rab8b (ENSSSAG00000116323) IDH3A (ENSSSAG00000106641) ENSSSAG00000006390 ENSSSAG00000110291 ENSSSAG00000006371 ENSSSAG00000114608 ##22 ENSSSAG00000084348 ##22 ENSSSAG00000111489 ENSSSAG00000119946 ENSSSAG00000109639 ENSSSAG00000109322 ENSSSAG00000100704 ENSSSAG00000088699 ENSSSAG00000085534 ENSSSAG00000111837 csk22 (ENSSSAG00000076656) ENSSSAG00000105958 ENSSSAG00000010306 ENSSSAG00000115358 ENSSSAG00000009794 ENSSSAG00000009832 River trout MODERN SPECIES 3 ENSSTUG00000026564 ENSSTUG00000026561 ENSSTUG00000026557 hsbp1b (ENSSTUG00000026554) ENSSTUG00000026548 KMT5B (ENSSTUG00000026542) tp53i11a (ENSSTUG00000026534) cd82a (ENSSTUG00000026523) tspan18a (ENSSTUG00000026513) ENSSTUG00000026508 ENSSTUG00000026461 ENSSTUG00000026401 idh3a (ENSSTUG00000026037) CIB2 (ENSSTUG00000026017) ENSSTUG00000025982 ENSSTUG00000025952 ##22 ENSSTUG00000025950 dapk2a (ENSSTUG00000025906) ##22 ENSSTUG00000025886 ENSSTUG00000025879 dapk2a (ENSSTUG00000025857) ##22 ENSSTUG00000025841 CIB2 (ENSSTUG00000025828) idh3a (ENSSTUG00000025601) ENSSTUG00000025586 rab8b (ENSSTUG00000025556) trpm1a (ENSSTUG00000018310) ENSSTUG00000018133 ENSSTUG00000018119 VPS13C (ENSSTUG00000015065) ENSSTUG00000014940 Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b.c.a ##22 Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b.c.a ##22 Chinook salmon MODERN SPECIES 9 vtg3 (ENSOTSG00005018056) ADGRL2 (ENSOTSG00005018192) ENSOTSG00005044006 ttll7 (ENSOTSG00005044008) ENSOTSG00005044230 uox (ENSOTSG00005044245) SPATA1 (ENSOTSG00005044246) ctbs (ENSOTSG00005044248) ENSOTSG00005044250 SSX2IP (ENSOTSG00005044251) ENSOTSG00005044252 lpar3 (ENSOTSG00005044253) mcoln2 (ENSOTSG00005044254) ENSOTSG00005044255 EPHB3 (ENSOTSG00005044256) ENSOTSG00005044257 ##22 ttbk2b (ENSOTSG00005044258) ENSOTSG00005044259 rhag (ENSOTSG00005044265) rd3 (ENSOTSG00005044292) slc30a1a (ENSOTSG00005044294) ENSOTSG00005044295 nek2 (ENSOTSG00005044296) PPP2R5A (ENSOTSG00005044298) ENSOTSG00005044300 ENSOTSG00005044303 enpp1 (ENSOTSG00005044305) kcnk3a (ENSOTSG00005044407) slc22a2 (ENSOTSG00005044408) slc35f6 (ENSOTSG00005044409) hlx1 (ENSOTSG00005044410) Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b.c.b ##22 Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b.c.b ##22 Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b.c.b ##22 Chinook salmon MODERN SPECIES 32 ENSOTSG00005017119 zgc:92907 (ENSOTSG00005017121) rap2c (ENSOTSG00005017123) gfra3 (ENSOTSG00005017124) hars (ENSOTSG00005017125) ENSOTSG00005017419 ENSOTSG00005017420 zgc:154054 (ENSOTSG00005017421) SCOC (ENSOTSG00005017423) rab33ba (ENSOTSG00005017424) mlsl (ENSOTSG00005017429) naa15a (ENSOTSG00005017479) ENSOTSG00005017615 elf2a (ENSOTSG00005017618) #24 NOCT (ENSOTSG00005017620) ENSOTSG00005017621 ##22 ENSOTSG00005017623 ##22 ENSOTSG00005017637 pcdh18b (ENSOTSG00005021506) ENSOTSG00005021507 pcdh10b (ENSOTSG00005021508) ENSOTSG00005021509 smim19 (ENSOTSG00005021510) ENSOTSG00005021512 chrnb3b (ENSOTSG00005021513) ENSOTSG00005021514 ENSOTSG00005021515 ENSOTSG00005021651 ENSOTSG00005021650 ENSOTSG00005021652 ANKRD13D (ENSOTSG00005021653) Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000155840.A ENSGT00390000018488 ENSGT00390000006883 ENSGT00940000160522.c.a.f ENSGT00940000158531 ENSGT00940000159331.b.r.a ENSGT00940000155707 ENSGT00390000006479 ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000172107 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b.d ##22 ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT01030000234953 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e.d ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000155744.t.b ENSGT00440000038107 ENSGT00530000062962.b.a.f ENSGT00390000009486 Salmo ANCESTRAL SPECIES 91 ENSGT00940000155840.A ENSGT00390000018488 ENSGT00390000006883 ENSGT00940000160522.c.a.f ENSGT00940000158531 ENSGT00940000159331.b.r.a.c ENSGT00940000155707 ENSGT00390000006479 ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000172107 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b.d ##22 ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT01030000234953 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e.d ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000155744.t.b ENSGT00440000038107 ENSGT00530000062962.b.a.f ENSGT00390000009486 River trout MODERN SPECIES 33 ENSSTUG00000016734 ENSSTUG00000016715 cfap161 (ENSSTUG00000016698) ENSSTUG00000016672 ENSSTUG00000016667 foxb1a (ENSSTUG00000016660) ENSSTUG00000016649 bnip2 (ENSSTUG00000016629) GCNT3 (ENSSTUG00000016624) GCNT3 (ENSSTUG00000016621) DNAJA4 (ENSSTUG00000016604) lrrc61 (ENSSTUG00000016570) ENSSTUG00000016539 TBC1D2B (ENSSTUG00000016380) DAPK2 (ENSSTUG00000016347) ##22 fbxl22 (ENSSTUG00000016337) usp3 (ENSSTUG00000015799) ENSSTUG00000015713 CA12 (ENSSTUG00000015698) MAN2C1 (ENSSTUG00000015308) ENSSTUG00000015251 neil1 (ENSSTUG00000015239) sema7a (ENSSTUG00000015219) islr2 (ENSSTUG00000015212) stra6 (ENSSTUG00000015174) stoml1 (ENSSTUG00000015155) arih1l (ENSSTUG00000015055) ppcdc (ENSSTUG00000015044) ENSSTUG00000015031 ENSSTUG00000015027 Atlantic salmon MODERN SPECIES 15 ENSSSAG00000009084 ENSSSAG00000102336 ENSSSAG00000009067 ENSSSAG00000008793 foxb1a (ENSSSAG00000008783) BNIP2 (ENSSSAG00000118860) GCNT3 (ENSSSAG00000048660) ENSSSAG00000096112 ENSSSAG00000008846 lrrc61 (ENSSSAG00000008819) ENSSSAG00000095238 ENSSSAG00000110959 ENSSSAG00000095746 DAPK2 (ENSSSAG00000103481) ##22 ENSSSAG00000105833 ENSSSAG00000117356 ENSSSAG00000087291 ENSSSAG00000094637 usp3 (ENSSSAG00000108007) ENSSSAG00000106997 ENSSSAG00000085885 ENSSSAG00000118913 ENSSSAG00000090937 ENSSSAG00000008687 ENSSSAG00000115163 ENSSSAG00000098331 ENSSSAG00000098361 islr2 (ENSSSAG00000098188) stra6 (ENSSSAG00000103656) Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 90 ENSGT00940000155840.A ENSGT00390000018488 ENSGT00390000006883 ENSGT00940000160522.c.a.f ENSGT00940000158531 ENSGT00940000159331.b.r.a ENSGT00940000155707 ENSGT00390000006479 ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000157737.j ENSGT00940000153424.a.a.c.b.d ##22 ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT01030000234953.d ENSGT01100000264496 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e.d ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000155744.t.b ENSGT00440000038107.n ENSGT00530000062962.b.a.f Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 115 ENSGT00940000155840.A ENSGT00390000018488 ENSGT00390000006883 ENSGT00940000160522.c.a.f ENSGT00940000158531 ENSGT00940000159331.b.r.a ENSGT00940000155707 ENSGT00390000006479 ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000157737.j ENSGT00940000153424.a.a.c.b.d ##22 ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT01030000234953.d ENSGT01100000264496 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e.d ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000155744.t.b ENSGT00440000038107.n ENSGT00530000062962.b.a.f Coho salmon MODERN SPECIES 1 ENSOKIG00005013292 ENSOKIG00005013494 cfap161 (ENSOKIG00005013502) ENSOKIG00005013524 ENSOKIG00005013541 foxb1a (ENSOKIG00005013544) BNIP2 (ENSOKIG00005013556) ENSOKIG00005013569 GCNT3 (ENSOKIG00005013572) DNAJA4 (ENSOKIG00005013590) lrrc61 (ENSOKIG00005013596) ENSOKIG00005013606 ENSOKIG00005013612 TBC1D2B (ENSOKIG00005013641) ENSOKIG00005013724 DAPK2 (ENSOKIG00005013731) ##22 ENSOKIG00005013750 fbxl22 (ENSOKIG00005013755) ENSOKIG00005013760 usp3 (ENSOKIG00005013832) ENSOKIG00005014949 ENSOKIG00005014964 ENSOKIG00005014975 CA12 (ENSOKIG00005014986) MAN2C1 (ENSOKIG00005015148) ENSOKIG00005018089 neil1 (ENSOKIG00005018095) sema7a (ENSOKIG00005018119) islr2 (ENSOKIG00005018126) stra6 (ENSOKIG00005018139) ENSOKIG00005018210 Chinook salmon MODERN SPECIES 32 zgc:92907 (ENSOTSG00005017121) rap2c (ENSOTSG00005017123) gfra3 (ENSOTSG00005017124) hars (ENSOTSG00005017125) ENSOTSG00005017419 ENSOTSG00005017420 zgc:154054 (ENSOTSG00005017421) SCOC (ENSOTSG00005017423) rab33ba (ENSOTSG00005017424) mlsl (ENSOTSG00005017429) naa15a (ENSOTSG00005017479) ENSOTSG00005017615 elf2a (ENSOTSG00005017618) #24 NOCT (ENSOTSG00005017620) ENSOTSG00005017621 ##22 ENSOTSG00005017623 ##22 ENSOTSG00005017637 pcdh18b (ENSOTSG00005021506) ENSOTSG00005021507 pcdh10b (ENSOTSG00005021508) ENSOTSG00005021509 smim19 (ENSOTSG00005021510) ENSOTSG00005021512 chrnb3b (ENSOTSG00005021513) ENSOTSG00005021514 ENSOTSG00005021515 ENSOTSG00005021651 ENSOTSG00005021650 ENSOTSG00005021652 ANKRD13D (ENSOTSG00005021653) ENSOTSG00005021743 Rainbow trout MODERN SPECIES 22 ENSOMYG00000015638 ENSOMYG00000015604 ENSOMYG00000015028 foxb1a (ENSOMYG00000015034) BNIP2 (ENSOMYG00000015037) GCNT3 (ENSOMYG00000073281) GCNT3 (ENSOMYG00000064502) GCNT3 (ENSOMYG00000073425) GCNT3 (ENSOMYG00000062751) GCNT3 (ENSOMYG00000050268) GCNT3 (ENSOMYG00000069796) ENSOMYG00000015107 ENSOMYG00000015060 SH2D7 (ENSOMYG00000015355) ENSOMYG00000060092 DAPK2 (ENSOMYG00000015373) ##22 fbxl22 (ENSOMYG00000015378) usp3 (ENSOMYG00000015385) ENSOMYG00000070598 ENSOMYG00000060982 ENSOMYG00000050383 CA12 (ENSOMYG00000015551) ENSOMYG00000015565 neil1 (ENSOMYG00000015576) sema7a (ENSOMYG00000015585) islr2 (ENSOMYG00000056245) stra6 (ENSOMYG00000015816) ENSOMYG00000067561 ENSOMYG00000057849 ENSOMYG00000050176 stoml1 (ENSOMYG00000015767) Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000159331.b ENSGT00730000111835 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000172107 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT01060000249384 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000168688 ENSGT01030000235163 ENSGT01030000235403 ENSGT00940000155619 ENSGT00940000163168 ENSGT00940000173891 ENSGT00940000169460 Cod MODERN SPECIES 22 foxb1a (ENSGMOG00000020232) bnip2 (ENSGMOG00000006978) ENSGMOG00000022524 GCNT3 (ENSGMOG00000031913) ENSGMOG00000002036 klf13 (ENSGMOG00000032538) trpm1b (ENSGMOG00000013441) ENSGMOG00000013434 rps27l (ENSGMOG00000013431) DNAJA4 (ENSGMOG00000013423) IDH3A (ENSGMOG00000013415) lrrc61 (ENSGMOG00000013407) CIB2 (ENSGMOG00000013399) ENSGMOG00000024370 TBC1D2B (ENSGMOG00000013366) DAPK2 (ENSGMOG00000013357) ##22 ENSGMOG00000037198 fbxl22 (ENSGMOG00000035572) usp3 (ENSGMOG00000008316) si:dkeyp-73b11.8 (ENSGMOG00000008319) CA12 (ENSGMOG00000008322) MAN2C1 (ENSGMOG00000008323) neil1 (ENSGMOG00000023007) commd4 (ENSGMOG00000008328) sema7a (ENSGMOG00000008331) islr2 (ENSGMOG00000008332) stra6 (ENSGMOG00000008334) ENSGMOG00000008336 cyp11a1.1 (ENSGMOG00000008338) nr2e3 (ENSGMOG00000008342) hexa (ENSGMOG00000008345) Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000159331.b ENSGT00730000111835 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000172107 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT01060000249384 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000168688 ENSGT01030000235403 ENSGT00940000155619.c.a ENSGT01030000235163 ENSGT00940000155619.d ENSGT00940000163168 ENSGT00940000155619.c.b Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000159331.b ENSGT00730000111835 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000172107 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT01060000249384 ENSGT00940000160977.e.a ENSGT00940000153424.a.a.c.a.b ##22 ENSGT00940000155907.b.b ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000168688 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 249 GCNT3 (ENSHCOG00000012640) ENSHCOG00000012655 OTUD7A (ENSHCOG00000012723) klf13 (ENSHCOG00000012737) ENSHCOG00000012759 ENSHCOG00000012803 ENSHCOG00000013173 rps27l (ENSHCOG00000013205) DNAJA4 (ENSHCOG00000013210) IDH3A (ENSHCOG00000013348) lrrc61 (ENSHCOG00000013378) cib2 (ENSHCOG00000013397) 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ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000168688 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000158531 ENSGT00940000159331.b ENSGT00940000176240 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000168688 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000159331.b ENSGT00940000176240 ENSGT00730000111835 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000168688 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000158531 ENSGT00940000159331.b ENSGT00940000176240 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000168688 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000158531 ENSGT00940000159331.b ENSGT00940000176240 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000168688 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C Perciformes ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000158531 ENSGT00940000159331.b ENSGT00940000176240 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000168688 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000160522.c.a ENSGT00940000158531 ENSGT00940000159331.b ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT01030000234953 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c Channel bull blenny MODERN SPECIES 20 foxb1a (ENSCGOG00000023138) bnip2 (ENSCGOG00000023145) GCNT3 (ENSCGOG00000023155) OTUD7A (ENSCGOG00000023161) klf13 (ENSCGOG00000023195) trpm1b (ENSCGOG00000003742) RAB8B (ENSCGOG00000005340) DNAJA4 (ENSCGOG00000005473) rps27l (ENSCGOG00000005665) ACSBG1 (ENSCGOG00000005734) IDH3A (ENSCGOG00000006419) lrrc61 (ENSCGOG00000006931) cib2 (ENSCGOG00000006935) 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ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c Lumpfish MODERN SPECIES 21 bnip2 (ENSCLMG00005001084) GCNT3 (ENSCLMG00005001082) ENSCLMG00005001081 OTUD7A (ENSCLMG00005001080) klf13 (ENSCLMG00005001079) ENSCLMG00005001078 trpm1b (ENSCLMG00005001070) ENSCLMG00005001069 rps27l (ENSCLMG00005001067) DNAJA4 (ENSCLMG00005001066) IDH3A (ENSCLMG00005001063) lrrc61 (ENSCLMG00005001060) cib2 (ENSCLMG00005001058) ENSCLMG00005001056 TBC1D2B (ENSCLMG00005001048) DAPK2 (ENSCLMG00005001038) ##22 ENSCLMG00005001036 fbxl22 (ENSCLMG00005001035) usp3 (ENSCLMG00005001033) ENSCLMG00005001030 ENSCLMG00005001029 CA12 (ENSCLMG00005001027) neil1 (ENSCLMG00005001024) commd4 (ENSCLMG00005001023) sema7a (ENSCLMG00005001021) islr2 (ENSCLMG00005001020) stra6 (ENSCLMG00005001018) ENSCLMG00005001017 cyp11a1.1 (ENSCLMG00005001002) stoml1 (ENSCLMG00005001000) nr2e3 (ENSCLMG00005000996) Ballan wrasse MODERN SPECIES 40 bnip2 (ENSLBEG00000017589) GCNT3 (ENSLBEG00000017490) OTUD7A (ENSLBEG00000017429) klf13 (ENSLBEG00000017399) trpm1b (ENSLBEG00000017324) ENSLBEG00000017290 rps27l (ENSLBEG00000017275) DNAJA4 (ENSLBEG00000017248) IDH3A (ENSLBEG00000017201) ENSLBEG00000017180 ENSLBEG00000017164 lrrc61 (ENSLBEG00000017134) cib2 (ENSLBEG00000017110) ENSLBEG00000017080 TBC1D2B (ENSLBEG00000017052) DAPK2 (ENSLBEG00000017027) ##22 ENSLBEG00000017010 fbxl22 (ENSLBEG00000016998) usp3 (ENSLBEG00000016943) ENSLBEG00000016912 CA12 (ENSLBEG00000016859) MAN2C1 (ENSLBEG00000016738) ENSLBEG00000016684 commd4 (ENSLBEG00000016670) sema7a (ENSLBEG00000016623) islr2 (ENSLBEG00000016601) stra6 (ENSLBEG00000016572) ENSLBEG00000016546 cyp11a1.1 (ENSLBEG00000016502) nr2e3 (ENSLBEG00000016464) hexa (ENSLBEG00000016294) Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000154257.a ENSGT00940000160522.c.a ENSGT00940000158531 ENSGT00940000159331.b ENSGT00940000158999 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DAPK2 (ENSTNIG00000008407) ##22 ENSTNIG00000008408 fbxl22 (ENSTNIG00000008409) usp3 (ENSTNIG00000008410) ENSTNIG00000001490 CA12 (ENSTNIG00000008411) MAN2C1 (ENSTNIG00000008412) neil1 (ENSTNIG00000008413) commd4 (ENSTNIG00000008414) sema7a (ENSTNIG00000008415) islr2 (ENSTNIG00000008416) stra6 (ENSTNIG00000008417) cyp11a1.1 (ENSTNIG00000008418) stoml1 (ENSTNIG00000008419) arih1 (ENSTNIG00000008420) ppcdc (ENSTNIG00000008421) Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000158531 ENSGT00940000159331.b ENSGT00940000176240 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000168688 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C Anabantaria ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000158531 ENSGT00940000159331.b ENSGT00940000176240 ENSGT00730000111835 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000160522.c.a ENSGT00940000158531 ENSGT00940000159331.b ENSGT00940000176240 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c Climbing perch MODERN SPECIES 19 GCNT3 (ENSATEG00000026432) GCNT3 (ENSATEG00000030009) GCNT3 (ENSATEG00000028488) ENSATEG00000007458 klf13 (ENSATEG00000007478) ENSATEG00000007484 trpm1b (ENSATEG00000027764) ENSATEG00000007572 rps27l (ENSATEG00000025626) DNAJA4 (ENSATEG00000007633) IDH3A (ENSATEG00000007643) lrrc61 (ENSATEG00000007699) CIB2 (ENSATEG00000007713) ENSATEG00000007743 TBC1D2B (ENSATEG00000007749) DAPK2 (ENSATEG00000007816) ##22 ENSATEG00000007866 fbxl22 (ENSATEG00000007891) usp3 (ENSATEG00000007915) ENSATEG00000007997 CA12 (ENSATEG00000008047) MAN2C1 (ENSATEG00000008308) neil1 (ENSATEG00000008457) commd4 (ENSATEG00000025527) sema7a (ENSATEG00000008619) islr2 (ENSATEG00000008628) stra6 (ENSATEG00000008644) ENSATEG00000008870 cyp11a1.1 (ENSATEG00000008908) stoml1 (ENSATEG00000008950) nr2e3 (ENSATEG00000009037) Siamese fighting fish MODERN SPECIES 17 bnip2 (ENSBSLG00000008506) GCNT3 (ENSBSLG00000008570) GCNT3 (ENSBSLG00000008574) ENSBSLG00000008578 OTUD7A (ENSBSLG00000008595) klf13 (ENSBSLG00000008623) trpm1b (ENSBSLG00000008660) RAB8B (ENSBSLG00000010602) rps27l (ENSBSLG00000010749) DNAJA4 (ENSBSLG00000010841) IDH3A (ENSBSLG00000010877) lrrc61 (ENSBSLG00000011199) cib2 (ENSBSLG00000011221) SH2D7 (ENSBSLG00000011228) TBC1D2B (ENSBSLG00000011270) DAPK2 (ENSBSLG00000011300) ##22 ENSBSLG00000011603 fbxl22 (ENSBSLG00000011639) usp3 (ENSBSLG00000011872) si:dkeyp-73b11.8 (ENSBSLG00000012761) CA12 (ENSBSLG00000012772) MAN2C1 (ENSBSLG00000012871) neil1 (ENSBSLG00000012950) sema7a (ENSBSLG00000012956) islr2 (ENSBSLG00000012959) stra6 (ENSBSLG00000012960) ENSBSLG00000012981 cyp11a1.1 (ENSBSLG00000013006) hexa (ENSBSLG00000014091) arih1 (ENSBSLG00000014624) ENSBSLG00000014828 Zig-zag eel MODERN SPECIES 20 bnip2 (ENSMAMG00000007766) GCNT3 (ENSMAMG00000007803) ENSMAMG00000025009 ENSMAMG00000007660 klf13 (ENSMAMG00000007631) ENSMAMG00000027557 ENSMAMG00000025359 ENSMAMG00000007545 rps27l (ENSMAMG00000007538) DNAJA4 (ENSMAMG00000007531) IDH3A (ENSMAMG00000007463) lrrc61 (ENSMAMG00000007451) CIB2 (ENSMAMG00000007421) ENSMAMG00000007413 TBC1D2B (ENSMAMG00000007374) DAPK2 (ENSMAMG00000007325) ##22 ENSMAMG00000007312 fbxl22 (ENSMAMG00000007307) usp3 (ENSMAMG00000007274) si:dkeyp-73b11.8 (ENSMAMG00000007254) CA12 (ENSMAMG00000007184) MAN2C1 (ENSMAMG00000007061) neil1 (ENSMAMG00000007164) commd4 (ENSMAMG00000007025) sema7a (ENSMAMG00000007015) islr2 (ENSMAMG00000007007) stra6 (ENSMAMG00000006937) ENSMAMG00000006892 cyp11a1.1 (ENSMAMG00000006863) nr2e3 (ENSMAMG00000006787) hexa (ENSMAMG00000006611) Carangaria ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000158531 ENSGT00940000159331.b ENSGT00940000176240 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000168688 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000158531 ENSGT00940000159331.b ENSGT00940000176240 ENSGT00940000158999 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(ENSSMAG00000015584) ##22 ENSSMAG00000015570 fbxl22 (ENSSMAG00000025445) usp3 (ENSSMAG00000015544) si:dkeyp-73b11.8 (ENSSMAG00000015518) CA12 (ENSSMAG00000015506) MAN2C1 (ENSSMAG00000015304) neil1 (ENSSMAG00000015491) commd4 (ENSSMAG00000015462) sema7a (ENSSMAG00000015292) islr2 (ENSSMAG00000015283) stra6 (ENSSMAG00000015243) ENSSMAG00000015209 cyp11a1.1 (ENSSMAG00000015163) nr2e3 (ENSSMAG00000015123) arih1 (ENSSMAG00000015075) Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000158531 ENSGT00940000159331.b ENSGT00940000176240 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000153424.a.a.c.a.a ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000168688 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C Barramundi perch MODERN SPECIES 17 bnip2 (ENSLCAG00010010624) GCNT3 (ENSLCAG00010010633) ENSLCAG00010010636 OTUD7A (ENSLCAG00010010657) klf13 (ENSLCAG00010010659) trpm1b (ENSLCAG00010010674) ENSLCAG00010010745 rps27l (ENSLCAG00010010750) DNAJA4 (ENSLCAG00010010753) ACSBG1 (ENSLCAG00010010774) IDH3A (ENSLCAG00010010834) lrrc61 (ENSLCAG00010010854) cib2 (ENSLCAG00010010859) ENSLCAG00010010864 TBC1D2B (ENSLCAG00010010867) DAPK2 (ENSLCAG00010010870) ##22 ENSLCAG00010010872 fbxl22 (ENSLCAG00010010873) usp3 (ENSLCAG00010010955) ENSLCAG00010011363 CA12 (ENSLCAG00010011366) MAN2C1 (ENSLCAG00010011398) ENSLCAG00010011472 neil1 (ENSLCAG00010011474) commd4 (ENSLCAG00010011476) sema7a (ENSLCAG00010011483) islr2 (ENSLCAG00010011486) stra6 (ENSLCAG00010011487) ENSLCAG00010011491 cyp11a1.1 (ENSLCAG00010011508) nr2e3 (ENSLCAG00010011582) Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000159331.b ENSGT00940000176240 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000172107 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00390000017366 ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000154257.a ENSGT00940000160522.c.a ENSGT00940000158531 ENSGT00940000159331.b ENSGT00940000176240 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00940000155707 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c ENSGT00390000008107.c.b Oryzias ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00390000006883 ENSGT00940000154257.a ENSGT00940000160522.c.a ENSGT00940000158531 ENSGT00940000159331.b ENSGT00730000111835 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00940000155707 ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a 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(ENSORLG00000007609) foxb1a (ENSORLG00000007576) bnip2 (ENSORLG00000007570) GCNT3 (ENSORLG00000007558) OTUD7A (ENSORLG00000007552) klf13 (ENSORLG00000007542) trpm1b (ENSORLG00000007525) RAB8B (ENSORLG00000029197) nqo1 (ENSORLG00000022375) DNAJA4 (ENSORLG00000007453) lrrc61 (ENSORLG00000007446) cib2 (ENSORLG00000007441) ENSORLG00000007428 TBC1D2B (ENSORLG00000007421) DAPK2 (ENSORLG00000007399) ##22 ENSORLG00000022171 fbxl22 (ENSORLG00000029992) usp3 (ENSORLG00000007352) si:dkeyp-73b11.8 (ENSORLG00000023180) CA12 (ENSORLG00000007332) MAN2C1 (ENSORLG00000007320) neil1 (ENSORLG00000007274) commd4 (ENSORLG00000007253) sema7a (ENSORLG00000007240) islr2 (ENSORLG00000007233) stra6 (ENSORLG00000007226) cyp11a (ENSORLG00000007190) nr2e3 (ENSORLG00000007175) hexa (ENSORLG00000007169) arih1 (ENSORLG00000007132) Chinese medaka MODERN SPECIES 766 roraa (ENSOSIG00000016763) ICE2 (ENSOSIG00000016774) anxa2a (ENSOSIG00000016801) foxb1a (ENSOSIG00000017193) bnip2 (ENSOSIG00000017196) GCNT3 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ENSKMAG00000010934 ##22 Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000154257.a ENSGT00940000160522.c.a ENSGT00940000158531 ENSGT00940000159331.b ENSGT00730000111835 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00940000155707 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT01030000234953 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c ENSGT00390000008107.c.b NAME_4 ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00940000157387 ENSGT00390000006883 ENSGT00940000154257.a ENSGT00940000160522.c.a ENSGT00940000158531 ENSGT00940000159331.b ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00940000155707.d ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000168688 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c Sheepshead minnow MODERN SPECIES 958 pdcd2l (ENSCVAG00000022071) ENSCVAG00000022067 DUS2 (ENSCVAG00000022050) SLC7A10 (ENSCVAG00000021983) ENSCVAG00000021959 faap24 (ENSCVAG00000021944) ENSCVAG00000021904 znf143b (ENSCVAG00000021894) wee1 (ENSCVAG00000021857) swap70b (ENSCVAG00000000555) DNAJA4 (ENSCVAG00000021811) lrrc61 (ENSCVAG00000021799) cib2 (ENSCVAG00000021791) ENSCVAG00000021761 TBC1D2B (ENSCVAG00000021752) DAPK2 (ENSCVAG00000021743) ##22 ENSCVAG00000021715 Mummichog MODERN SPECIES 2288 roraa (ENSFHEG00000002067) ICE2 (ENSFHEG00000002047) anxa2a (ENSFHEG00000002038) foxb1a (ENSFHEG00000002026) bnip2 (ENSFHEG00000002016) GCNT3 (ENSFHEG00000001995) OTUD7A (ENSFHEG00000001985) klf13 (ENSFHEG00000001968) trpm1b (ENSFHEG00000001960) ENSFHEG00000001933 DNAJA4 (ENSFHEG00000001918) lrrc61 (ENSFHEG00000001914) cib2 (ENSFHEG00000001908) ENSFHEG00000001894 TBC1D2B (ENSFHEG00000001883) DAPK2 (ENSFHEG00000001863) ##22 ENSFHEG00000001854 fbxl22 (ENSFHEG00000001850) usp3 (ENSFHEG00000001846) Poeciliinae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000154257.a ENSGT00940000160522.c.a ENSGT00940000158531 ENSGT00940000159331.b ENSGT00730000111835 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00940000155707 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT01030000234953 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c ENSGT00390000008107.c.b Platyfish MODERN SPECIES 11 roraa (ENSXMAG00000003228) ICE2 (ENSXMAG00000003248) anxa2a (ENSXMAG00000025260) foxb1a (ENSXMAG00000003274) bnip2 (ENSXMAG00000003275) GCNT3 (ENSXMAG00000020327) OTUD7A (ENSXMAG00000003293) klf13 (ENSXMAG00000026587) trpm1b (ENSXMAG00000003302) RAB8B (ENSXMAG00000028589) ENSXMAG00000003323 lrrc61 (ENSXMAG00000022994) cib2 (ENSXMAG00000023041) ENSXMAG00000021311 TBC1D2B (ENSXMAG00000003338) DAPK2 (ENSXMAG00000003350) ##22 ENSXMAG00000026233 fbxl22 (ENSXMAG00000003361) usp3 (ENSXMAG00000003362) ENSXMAG00000021406 CA12 (ENSXMAG00000003380) MAN2C1 (ENSXMAG00000015918) neil1 (ENSXMAG00000015912) commd4 (ENSXMAG00000015911) sema7a (ENSXMAG00000023435) stra6 (ENSXMAG00000015883) cyp11a1.1 (ENSXMAG00000015863) stoml1 (ENSXMAG00000015850) nr2e3 (ENSXMAG00000015842) hexa (ENSXMAG00000028285) arih1 (ENSXMAG00000015819) Poecilia ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000154257.a ENSGT00940000160522.c.a ENSGT00940000158531 ENSGT00940000159331.b ENSGT00730000111835 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00940000155707 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT01030000234953 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c ENSGT00390000008107.c.b NAME_6 ANCESTRAL SPECIES 38 ENSGT00940000154257.a ENSGT00940000160522.c.a ENSGT00940000158531 ENSGT00940000159331.b ENSGT00730000111835 ENSGT00940000158999 ENSGT00940000164815.b ENSGT00940000155024.a.a ENSGT00940000155363.v.b ENSGT00940000155707 ENSGT00950000182989.A.b ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327.o.a ENSGT00940000160977.e.b ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000164936.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT01030000234953 ENSGT00940000159282 ENSGT01030000234638.a ENSGT00940000153230.C ENSGT00390000015516 ENSGT00940000158358.a ENSGT00940000160967.e ENSGT00940000153246.a.a.a.c ENSGT00940000158575 ENSGT01030000234614.C ENSGT00940000156926.c ENSGT00390000008107.c.b Sailfin molly MODERN SPECIES 820 trpm1b (ENSPLAG00000007474) RAB8B (ENSPLAG00000007430) DNAJA4 (ENSPLAG00000007403) IDH3A (ENSPLAG00000007388) lrrc61 (ENSPLAG00000007381) cib2 (ENSPLAG00000007369) ENSPLAG00000007341 TBC1D2B (ENSPLAG00000007333) DAPK2 (ENSPLAG00000007283) ##22 ENSPLAG00000007259 fbxl22 (ENSPLAG00000007248) usp3 (ENSPLAG00000007227) ENSPLAG00000007209 CA12 (ENSPLAG00000007133) MAN2C1 (ENSPLAG00000007094) neil1 (ENSPLAG00000007023) commd4 (ENSPLAG00000006986) Amazon molly MODERN SPECIES 332 foxb1a (ENSPFOG00000019893) bnip2 (ENSPFOG00000004127) GCNT3 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ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00980000198667 ENSGT00940000171177 ENSGT00940000169428 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 Common wonbat MODERN SPECIES 581 ANKDD1A (ENSVURG00010016514) ENSVURG00010016494 PLEKHO2 (ENSVURG00010016489) PIF1 (ENSVURG00010016477) RBPMS2 (ENSVURG00010016465) OAZ2 (ENSVURG00010016452) ZNF609 (ENSVURG00010016444) TRIP4 (ENSVURG00010016411) ENSVURG00010016398 ENSVURG00010016389 ENSVURG00010016372 PPIB (ENSVURG00010016362) ENSVURG00010016350 SNX1 (ENSVURG00010016300) CIAO2A (ENSVURG00010016275) DAPK2 (ENSVURG00010016252) ##22 HERC1 (ENSVURG00010016220) FBXL22 (ENSVURG00010016203) USP3 (ENSVURG00010016157) CA12 (ENSVURG00010016134) APH1B (ENSVURG00010016112) RAB8B (ENSVURG00010016099) ENSVURG00010016082 LACTB (ENSVURG00010016066) TPM1 (ENSVURG00010015990) TLN2 (ENSVURG00010015950) ENSVURG00010015922 ENSVURG00010015913 VPS13C (ENSVURG00010015870) RORA (ENSVURG00010015835) ENSVURG00010015814 Wallaby MODERN SPECIES 3314 ENSMEUG00000010439 ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000007857 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00980000198667 ENSGT00940000171177 ENSGT00940000169428 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00860000136093 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00950000186329 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00980000198667 ENSGT00940000171177 ENSGT00940000169428 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00900000143730 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00900000143658 ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT00950000184921 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00860000136093 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00950000186329 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00980000198667 ENSGT00940000171177 ENSGT00940000169428 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00900000143730 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00900000143658 ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT00950000184921 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00860000136093 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00950000186329 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00980000198667 ENSGT00940000171177 ENSGT00940000169428 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00900000143730 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00900000143658 ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT00950000184921 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00860000136093 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00950000186329 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000169428 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b 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Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00390000007857 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00860000136093 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00940000164336 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206 ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 ENSGT00390000006883 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00860000136093 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a 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ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00900000143658 ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206 ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT01070000253911 ENSGT00940000157387 Ursidae ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00390000007857 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007.p.b ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b 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(ENSMPUG00000000571) PPIB (ENSMPUG00000000574) SNX22 (ENSMPUG00000000582) SNX1 (ENSMPUG00000000602) CIAO2A (ENSMPUG00000000605) DAPK2 (ENSMPUG00000000608) ##22 HERC1 (ENSMPUG00000000611) FBXL22 (ENSMPUG00000000624) USP3 (ENSMPUG00000000628) CA12 (ENSMPUG00000000635) APH1B (ENSMPUG00000000639) RAB8B (ENSMPUG00000000643) RPS27L (ENSMPUG00000000647) LACTB (ENSMPUG00000000649) TPM1 (ENSMPUG00000000651) TLN2 (ENSMPUG00000000655) ENSMPUG00000000658 VPS13C (ENSMPUG00000000660) ENSMPUG00000000744 RORA (ENSMPUG00000000745) ICE2 (ENSMPUG00000000759) Canidae ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000007857 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000169428 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00900000143658 ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT00950000184921.b ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00390000007857 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00390000003248.a.a.a.b ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000169428 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT00950000184921.b ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206 ENSGT00950000183083.a.d.a Dingo MODERN SPECIES 205 SPG21 (ENSCAFG00020008856) ANKDD1A (ENSCAFG00020008860) PLEKHO2 (ENSCAFG00020008874) PIF1 (ENSCAFG00020008886) ENSCAFG00020008906 RBPMS2 (ENSCAFG00020008908) OAZ2 (ENSCAFG00020008922) ZNF609 (ENSCAFG00020008938) TRIP4 (ENSCAFG00020008960) ENSCAFG00020008966 CSNK1G1 (ENSCAFG00020009012) PPIB (ENSCAFG00020009317) SNX22 (ENSCAFG00020009320) SNX1 (ENSCAFG00020009326) CIAO2A (ENSCAFG00020009343) DAPK2 (ENSCAFG00020009392) ##22 ENSCAFG00020009407 ENSCAFG00020009410 FBXL22 (ENSCAFG00020009419) USP3 (ENSCAFG00020009426) CA12 (ENSCAFG00020009454) APH1B (ENSCAFG00020009470) RAB8B (ENSCAFG00020009474) ENSCAFG00020009482 ENSCAFG00020009484 LACTB (ENSCAFG00020009493) TPM1 (ENSCAFG00020009521) ENSCAFG00020009531 TLN2 (ENSCAFG00020009609) VPS13C (ENSCAFG00020010673) ENSCAFG00020010727 Red fox MODERN SPECIES ANKDD1A (ENSVVUG00000013820) PLEKHO2 (ENSVVUG00000013810) ENSVVUG00000013805 RBPMS2 (ENSVVUG00000013801) ENSVVUG00000013799 ZNF609 (ENSVVUG00000013796) TRIP4 (ENSVVUG00000013776) PCLAF (ENSVVUG00000013774) ENSVVUG00000013767 CSNK1G1 (ENSVVUG00000013708) PPIB (ENSVVUG00000013694) SNX22 (ENSVVUG00000013682) SNX1 (ENSVVUG00000013655) ENSVVUG00000013649 CIAO2A (ENSVVUG00000013643) DAPK2 (ENSVVUG00000013611) ##22 HERC1 (ENSVVUG00000012408) FBXL22 (ENSVVUG00000012296) ENSVVUG00000011501 ENSVVUG00000011447 CA12 (ENSVVUG00000011399) APH1B (ENSVVUG00000011390) ENSVVUG00000011389 RAB8B (ENSVVUG00000011367) ENSVVUG00000011320 LACTB (ENSVVUG00000011297) ENSVVUG00000011290 TPM1 (ENSVVUG00000011282) TLN2 (ENSVVUG00000009412) VPS13C (ENSVVUG00000002780) ENSVVUG00000002002 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 American bison MODERN SPECIES 3065 PTGDR (ENSBBBG00000010775) PLEKHO2 (ENSBBBG00000010766) PIF1 (ENSBBBG00000010755) ENSBBBG00000010738 OAZ2 (ENSBBBG00000010729) ENSBBBG00000010721 ZNF609 (ENSBBBG00000010716) ENSBBBG00000001869 TRIP4 (ENSBBBG00000010678) PCLAF (ENSBBBG00000001865) CSNK1G1 (ENSBBBG00000010615) PPIB (ENSBBBG00000010506) SNX22 (ENSBBBG00000010498) SNX1 (ENSBBBG00000010491) CIAO2A (ENSBBBG00000010454) DAPK2 (ENSBBBG00000008435) ##22 HERC1 (ENSBBBG00000008434) FBXL22 (ENSBBBG00000010384) USP3 (ENSBBBG00000010371) CA12 (ENSBBBG00000010315) ENSBBBG00000010302 ENSBBBG00000010299 ENSBBBG00000010291 ENSBBBG00000000108 ENSBBBG00000000128 ENSBBBG00000008318 ENSBBBG00000010249 ENSBBBG00000010177 ENSBBBG00000010168 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 Goat MODERN SPECIES 1 PTGDR (ENSCHIG00000025921) PLEKHO2 (ENSCHIG00000025653) PIF1 (ENSCHIG00000014856) RBPMS2 (ENSCHIG00000024439) OAZ2 (ENSCHIG00000012878) ENSCHIG00000009189 ZNF609 (ENSCHIG00000018695) TRIP4 (ENSCHIG00000023818) ENSCHIG00000014821 PCLAF (ENSCHIG00000026661) CSNK1G1 (ENSCHIG00000011234) PPIB (ENSCHIG00000019546) SNX22 (ENSCHIG00000020098) SNX1 (ENSCHIG00000021997) ENSCHIG00000006307 DAPK2 (ENSCHIG00000002285) ##22 HERC1 (ENSCHIG00000012880) FBXL22 (ENSCHIG00000023260) ENSCHIG00000015955 USP3 (ENSCHIG00000019905) CA12 (ENSCHIG00000004709) APH1B (ENSCHIG00000019602) ENSCHIG00000016246 RAB8B (ENSCHIG00000019412) RPS27L (ENSCHIG00000012945) LACTB (ENSCHIG00000027114) ENSCHIG00000018051 TPM1 (ENSCHIG00000020204) TLN2 (ENSCHIG00000021342) ENSCHIG00000024274 ENSCHIG00000009551 Yarkand deer MODERN SPECIES 3 ENSCHYG00000025691 PTGDR (ENSCHYG00000025706) PLEKHO2 (ENSCHYG00000004921) PIF1 (ENSCHYG00000005000) RBPMS2 (ENSCHYG00000005045) OAZ2 (ENSCHYG00000005167) ZNF609 (ENSCHYG00000005274) ENSCHYG00000005301 TRIP4 (ENSCHYG00000005334) PCLAF (ENSCHYG00000005442) CSNK1G1 (ENSCHYG00000005550) ENSCHYG00000005700 SNX22 (ENSCHYG00000005765) SNX1 (ENSCHYG00000005852) CIAO2A (ENSCHYG00000005972) ENSCHYG00000005987 ##22 HERC1 (ENSCHYG00000006046) FBXL22 (ENSCHYG00000006365) USP3 (ENSCHYG00000006402) ENSCHYG00000006718 CA12 (ENSCHYG00000006765) ENSCHYG00000006915 APH1B (ENSCHYG00000006935) RAB8B (ENSCHYG00000006985) ENSCHYG00000007049 ENSCHYG00000007078 LACTB (ENSCHYG00000007150) TPM1 (ENSCHYG00000007247) TLN2 (ENSCHYG00000007530) ENSCHYG00000007706 ENSCHYG00000007733 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 Dolphin MODERN SPECIES 4060 DAPK2 (ENSTTRG00000011301) ##22 Camelidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 Alpaca MODERN SPECIES 113 CSNK1G1 (ENSVPAG00000004337) SNX1 (ENSVPAG00000004335) CIAO2A (ENSVPAG00000004334) ENSVPAG00000004332 ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00390000007857 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT01010000222997 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a.m ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000153341.b.p.a.b.b.b.b.g.a ENSGT00940000154699 ENSGT00910000147045 ENSGT00940000163765.e.b ENSGT00940000163765.e.a ENSGT00950000183083.a.d.a Pan ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 Bonobo MODERN SPECIES 6 ANKDD1A (ENSPPAG00000035127) PLEKHO2 (ENSPPAG00000021793) PIF1 (ENSPPAG00000026794) RBPMS2 (ENSPPAG00000024456) OAZ2 (ENSPPAG00000034182) ENSPPAG00000036324 ZNF609 (ENSPPAG00000040240) TRIP4 (ENSPPAG00000017953) PCLAF (ENSPPAG00000022409) ENSPPAG00000040513 CSNK1G1 (ENSPPAG00000036515) PPIB (ENSPPAG00000033464) SNX22 (ENSPPAG00000033060) SNX1 (ENSPPAG00000032668) CIAO2A (ENSPPAG00000026013) DAPK2 (ENSPPAG00000036415) ##22 HERC1 (ENSPPAG00000027734) ENSPPAG00000043136 USP3 (ENSPPAG00000040233) CA12 (ENSPPAG00000043661) APH1B (ENSPPAG00000013129) RAB8B (ENSPPAG00000037656) ENSPPAG00000027359 LACTB (ENSPPAG00000032543) TPM1 (ENSPPAG00000004536) ENSPPAG00000032491 TLN2 (ENSPPAG00000035497) ENSPPAG00000041336 ENSPPAG00000002371 VPS13C (ENSPPAG00000029152) RORA (ENSPPAG00000038168) Human MODERN SPECIES 6 SPG21 (ENSG00000090487) ANKDD1A (ENSG00000166839) ENSG00000249240 PLEKHO2 (ENSG00000241839) PIF1 (ENSG00000140451) RBPMS2 (ENSG00000166831) OAZ2 (ENSG00000180304) ZNF609 (ENSG00000180357) TRIP4 (ENSG00000103671) PCLAF (ENSG00000166803) CSNK1G1 (ENSG00000169118) PPIB (ENSG00000166794) SNX22 (ENSG00000157734) SNX1 (ENSG00000028528) CIAO2A (ENSG00000166797) DAPK2 (ENSG00000035664) ##22 HERC1 (ENSG00000103657) FBXL22 (ENSG00000197361) USP3 (ENSG00000140455) CA12 (ENSG00000074410) APH1B (ENSG00000138613) RAB8B (ENSG00000166128) RPS27L (ENSG00000185088) LACTB (ENSG00000103642) TPM1 (ENSG00000140416) TLN2 (ENSG00000171914) C2CD4B (ENSG00000205502) C2CD4A (ENSG00000198535) VPS13C (ENSG00000129003) RORA (ENSG00000069667) ICE2 (ENSG00000128915) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 Mas night monkey MODERN SPECIES 1045 PLEKHO2 (ENSANAG00000032112) PIF1 (ENSANAG00000026396) RBPMS2 (ENSANAG00000014652) OAZ2 (ENSANAG00000032482) ZNF609 (ENSANAG00000036036) ENSANAG00000020189 TRIP4 (ENSANAG00000027612) PCLAF (ENSANAG00000032895) ENSANAG00000020004 CSNK1G1 (ENSANAG00000034685) ENSANAG00000038250 PPIB (ENSANAG00000038282) SNX22 (ENSANAG00000031598) SNX1 (ENSANAG00000028586) CIAO2A (ENSANAG00000030216) DAPK2 (ENSANAG00000025796) ##22 HERC1 (ENSANAG00000034456) FBXL22 (ENSANAG00000018462) ENSANAG00000019672 USP3 (ENSANAG00000038125) CA12 (ENSANAG00000031578) APH1B (ENSANAG00000024233) ENSANAG00000019426 RAB8B (ENSANAG00000014540) ENSANAG00000020165 ENSANAG00000028244 LACTB (ENSANAG00000033008) ENSANAG00000031826 TPM1 (ENSANAG00000030021) TLN2 (ENSANAG00000038172) ENSANAG00000030627 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00860000136093 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a 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ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00900000143658 ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206 ENSGT00940000163765 ENSGT00950000183083.a.d.a Rodentia ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00860000136093 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00960000190216 ENSGT00940000170308 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00900000143730 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00900000143658 ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206 ENSGT00940000163765 ENSGT00950000183083.a.d.a Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 2 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ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00900000143730 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000163765.h ENSGT00940000163765.g ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 Marmotini ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086.j ENSGT00940000157725 ENSGT00860000136093 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252.o ENSGT00960000190216 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00900000143730 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a 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USP3 (ENSSTOG00000016055) CA12 (ENSSTOG00000016051) APH1B (ENSSTOG00000016049) RAB8B (ENSSTOG00000016046) RPS27L (ENSSTOG00000014532) LACTB (ENSSTOG00000009971) TPM1 (ENSSTOG00000009955) TLN2 (ENSSTOG00000014824) ENSSTOG00000003290 VPS13C (ENSSTOG00000003166) RORA (ENSSTOG00000012400) ENSSTOG00000032826 ENSSTOG00000023376 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00940000157312.g ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00900000143658 ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000163765 ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 ENSGT00390000006883 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 38 ENSGT00950000183014.f.b.a.b ENSGT00940000157312.g ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000163765 ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 ENSGT00390000006883 ENSGT00940000154257.i.a Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT00950000183014.f.b.a.b ENSGT00940000157312.g ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 ENSGT00390000006883 ENSGT00940000154257.i.a ENSGT00940000160522 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 157 ENSCLAG00000012065 ANKDD1A (ENSCLAG00000007792) PLEKHO2 (ENSCLAG00000008540) PIF1 (ENSCLAG00000011808) RBPMS2 (ENSCLAG00000016082) OAZ2 (ENSCLAG00000014124) ZNF609 (ENSCLAG00000006038) TRIP4 (ENSCLAG00000006872) PCLAF (ENSCLAG00000006954) CSNK1G1 (ENSCLAG00000008023) GNG5B (ENSCLAG00000017711) PPIB (ENSCLAG00000011151) SNX22 (ENSCLAG00000008526) SNX1 (ENSCLAG00000008927) CIAO2A (ENSCLAG00000012173) DAPK2 (ENSCLAG00000013163) ##22 HERC1 (ENSCLAG00000016354) FBXL22 (ENSCLAG00000014965) USP3 (ENSCLAG00000012461) CA12 (ENSCLAG00000009814) APH1B (ENSCLAG00000014885) RAB8B (ENSCLAG00000010690) RPS27L (ENSCLAG00000010811) LACTB (ENSCLAG00000007519) TPM1 (ENSCLAG00000008921) TLN2 (ENSCLAG00000009840) ENSCLAG00000016591 VPS13C (ENSCLAG00000006472) RORA (ENSCLAG00000012113) ENSCLAG00000012071 ENSCLAG00000008269 Degu MODERN SPECIES 67 ACAD9 (ENSODEG00000016388) ANKDD1A (ENSODEG00000016476) PLEKHO2 (ENSODEG00000016749) PIF1 (ENSODEG00000016408) RBPMS2 (ENSODEG00000016172) Oaz2 (ENSODEG00000016846) ZNF609 (ENSODEG00000016415) TRIP4 (ENSODEG00000016494) ENSODEG00000016410 #19 PCLAF (ENSODEG00000016992) CSNK1G1 (ENSODEG00000016448) PPIB (ENSODEG00000016713) SNX22 (ENSODEG00000016526) SNX1 (ENSODEG00000016535) CIAO2A (ENSODEG00000017473) DAPK2 (ENSODEG00000016756) ##22 HERC1 (ENSODEG00000016719) FBXL22 (ENSODEG00000016765) USP3 (ENSODEG00000017024) CA12 (ENSODEG00000016537) APH1B (ENSODEG00000016784) RAB8B (ENSODEG00000016571) ENSODEG00000016936 LACTB (ENSODEG00000016877) TPM1 (ENSODEG00000017042) TLN2 (ENSODEG00000016531) ENSODEG00000016956 ENSODEG00000020499 VPS13C (ENSODEG00000017192) RORA (ENSODEG00000016932) ICE2 (ENSODEG00000017266) Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00960000190216 ENSGT00940000170308 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206 ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 ENSGT00390000006883 ENSGT00940000154257.j Kangaroo rat MODERN SPECIES 330 Mtfmt (ENSDORG00000004684) Spg21 (ENSDORG00000003605) Ankdd1a (ENSDORG00000008259) Plekho2 (ENSDORG00000010180) Pif1 (ENSDORG00000010176) ENSDORG00000004025 Oaz2 (ENSDORG00000013528) Zfp609 (ENSDORG00000013522) Trip4 (ENSDORG00000014914) Pclaf (ENSDORG00000014912) Csnk1g1 (ENSDORG00000011978) Ppib (ENSDORG00000003536) Snx22 (ENSDORG00000003534) Snx1 (ENSDORG00000003256) Ciao2a (ENSDORG00000026286) ENSDORG00000012436 ##22 Herc1 (ENSDORG00000016189) Fbxl22 (ENSDORG00000027356) Usp3 (ENSDORG00000016188) Car12 (ENSDORG00000012363) ENSDORG00000012361 Rab8b (ENSDORG00000023189) ENSDORG00000007575 Lactb (ENSDORG00000028713) Tpm1 (ENSDORG00000002438) Tln2 (ENSDORG00000001561) Vps13c (ENSDORG00000005969) Rora (ENSDORG00000001826) ENSDORG00000001443 Anxa2 (ENSDORG00000015726) ENSDORG00000024092 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00960000190216 ENSGT00940000170308 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206 ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 ENSGT00390000006883 ENSGT00940000154257.j Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 92 ENSJJAG00000013627 Ankdd1a (ENSJJAG00000014309) Plekho2 (ENSJJAG00000014316) Pif1 (ENSJJAG00000017111) Rbpms2 (ENSJJAG00000001664) Oaz2 (ENSJJAG00000024365) Zfp609 (ENSJJAG00000019246) Trip4 (ENSJJAG00000001629) Pclaf (ENSJJAG00000008107) ENSJJAG00000017750 Csnk1g1 (ENSJJAG00000012391) Ppib (ENSJJAG00000022318) Snx22 (ENSJJAG00000013816) Snx1 (ENSJJAG00000004729) ENSJJAG00000014166 Dapk2 (ENSJJAG00000017017) ##22 Herc1 (ENSJJAG00000011445) Fbxl22 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ENSGT00940000157387 ENSGT00390000006883 ENSGT00940000154257.j Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1653 ENSNGAG00000010326 ##22 Herc1 (ENSNGAG00000023224) Fbxl22 (ENSNGAG00000005102) Usp3 (ENSNGAG00000016400) Car12 (ENSNGAG00000023433) ENSNGAG00000010466 Rab8b (ENSNGAG00000013464) Rps27l (ENSNGAG00000020141) Lactb (ENSNGAG00000021792) Tpm1 (ENSNGAG00000019970) Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00960000190216 ENSGT00940000170308 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206.o ENSGT00940000162206.p ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 ENSGT00390000006883 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000007857 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00960000190216 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206.o ENSGT00940000162206.p ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 ENSGT00390000006883 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000007857 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b 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ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 Shrew mouse MODERN SPECIES 1 Slc51b (MGP_PahariEiJ_G0015226) Mtfmt (MGP_PahariEiJ_G0015227) Spg21 (MGP_PahariEiJ_G0015228) Ankdd1a (MGP_PahariEiJ_G0015229) Plekho2 (MGP_PahariEiJ_G0015230) Pif1 (MGP_PahariEiJ_G0015231) Rbpms2 (MGP_PahariEiJ_G0015232) MGP_PahariEiJ_G0015233 Zfp609 (MGP_PahariEiJ_G0015234) Trip4 (MGP_PahariEiJ_G0015235) Csnk1g1 (MGP_PahariEiJ_G0015237) Ppib (MGP_PahariEiJ_G0015238) Snx22 (MGP_PahariEiJ_G0015239) Snx1 (MGP_PahariEiJ_G0015240) Ciao2a (MGP_PahariEiJ_G0015241) MGP_PahariEiJ_G0015242 ##22 Herc1 (MGP_PahariEiJ_G0015243) Fbxl22 (MGP_PahariEiJ_G0015244) Usp3 (MGP_PahariEiJ_G0015245) Car12 (MGP_PahariEiJ_G0015246) Aph1b (MGP_PahariEiJ_G0015247) MGP_PahariEiJ_G0015248 Rab8b (MGP_PahariEiJ_G0015249) MGP_PahariEiJ_G0015250 Lactb (MGP_PahariEiJ_G0015251) MGP_PahariEiJ_G0015252 Tln2 (MGP_PahariEiJ_G0015253) C2cd4b (MGP_PahariEiJ_G0015254) C2cd4a (MGP_PahariEiJ_G0015255) Vps13c (MGP_PahariEiJ_G0015256) Rora (MGP_PahariEiJ_G0015257) Mus_A ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000007857 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b.u.a ENSGT00390000002049.c.b.u.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206.o ENSGT00940000162206.p ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 Ryukyu mouse MODERN SPECIES 18 Mtfmt (MGP_CAROLIEiJ_G0032362) Spg21 (MGP_CAROLIEiJ_G0032363) Ankdd1a (MGP_CAROLIEiJ_G0032364) Plekho2 (MGP_CAROLIEiJ_G0032365) Pif1 (MGP_CAROLIEiJ_G0032366) Rbpms2 (MGP_CAROLIEiJ_G0032367) MGP_CAROLIEiJ_G0032368 Zfp609 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ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b.u.a ENSGT00390000002049.c.b.u.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206.o ENSGT00940000162206.p ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 Mus_C ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000017828.s ENSGT00390000007857 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252.m ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b.u.a ENSGT00390000002049.c.b.u.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206.o ENSGT00940000162206.p ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 spretus MODERN SPECIES 18 Mtfmt (MGP_SPRETEiJ_G0033501) Spg21 (MGP_SPRETEiJ_G0033502) Ankdd1a (MGP_SPRETEiJ_G0033503) Plekho2 (MGP_SPRETEiJ_G0033504) Pif1 (MGP_SPRETEiJ_G0033505) Rbpms2 (MGP_SPRETEiJ_G0033506) MGP_SPRETEiJ_G0033507 Zfp609 (MGP_SPRETEiJ_G0033508) Trip4 (MGP_SPRETEiJ_G0033509) Pclaf (MGP_SPRETEiJ_G0033510) Csnk1g1 (MGP_SPRETEiJ_G0033511) Ppib (MGP_SPRETEiJ_G0033512) Snx22 (MGP_SPRETEiJ_G0033513) Snx1 (MGP_SPRETEiJ_G0033514) Ciao2a (MGP_SPRETEiJ_G0033515) MGP_SPRETEiJ_G0033516 ##22 Herc1 (MGP_SPRETEiJ_G0033517) Fbxl22 (MGP_SPRETEiJ_G0033518) Usp3 (MGP_SPRETEiJ_G0033519) Car12 (MGP_SPRETEiJ_G0033520) Aph1b (MGP_SPRETEiJ_G0033521) Aph1c (MGP_SPRETEiJ_G0033522) Rab8b (MGP_SPRETEiJ_G0033523) Rps27l (MGP_SPRETEiJ_G0033524) Lactb (MGP_SPRETEiJ_G0033525) Tpm1 (MGP_SPRETEiJ_G0033526) Tln2 (MGP_SPRETEiJ_G0033527) MGP_SPRETEiJ_G0033528 C2cd4a (MGP_SPRETEiJ_G0033529) Vps13c (MGP_SPRETEiJ_G0033530) Rora (MGP_SPRETEiJ_G0033531) Steppe mouse MODERN SPECIES 3341 ENSMSIG00000022049 ##22 Herc1 (ENSMSIG00000022075) Fbxl22 (ENSMSIG00000022189) Usp3 (ENSMSIG00000022205) Car12 (ENSMSIG00000022296) ENSMSIG00000022339 ENSMSIG00000022353 Aph1c (ENSMSIG00000022355) Rab8b (ENSMSIG00000022369) ENSMSIG00000022374 Lactb (ENSMSIG00000022397) Tpm1 (ENSMSIG00000022438) ENSMSIG00000023676 Tln2 (ENSMSIG00000023708) C2cd4b (ENSMSIG00000023890) C2cd4a (ENSMSIG00000023906) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000007857 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206 ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 ENSGT00390000006883 ENSGT00940000154257 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES 197 ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 Armadillo MODERN SPECIES 2336 PLEKHO2 (ENSDNOG00000034684) PIF1 (ENSDNOG00000003780) RBPMS2 (ENSDNOG00000048895) OAZ2 (ENSDNOG00000037947) ZNF609 (ENSDNOG00000040739) ENSDNOG00000030638 ENSDNOG00000038952 TRIP4 (ENSDNOG00000008654) PCLAF (ENSDNOG00000041418) ENSDNOG00000018857 ENSDNOG00000031206 SNX22 (ENSDNOG00000017270) SNX1 (ENSDNOG00000019013) CIAO2A (ENSDNOG00000025148) DAPK2 (ENSDNOG00000036558) ##22 ENSDNOG00000015233 HERC1 (ENSDNOG00000005556) FBXL22 (ENSDNOG00000005549) USP3 (ENSDNOG00000005529) CA12 (ENSDNOG00000043949) Sloth MODERN SPECIES 2067 DAPK2 (ENSCHOG00000001693) ##22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 58 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000007857 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206 ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 ENSGT00390000006883 ENSGT00940000154257 Tenrec MODERN SPECIES 1989 DAPK2 (ENSETEG00000001356) ##22 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 56 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000007857 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206 ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 ENSGT00390000006883 ENSGT00940000154257 Hyrax MODERN SPECIES 1901 DAPK2 (ENSPCAG00000002239) ##22 Elephant MODERN SPECIES 466 MTFMT (ENSLAFG00000006985) SPG21 (ENSLAFG00000002639) ANKDD1A (ENSLAFG00000002637) PLEKHO2 (ENSLAFG00000001775) PIF1 (ENSLAFG00000023289) RBPMS2 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ENSPMJG00000008489 DAPK2 (ENSPMJG00000008490) ##22 HERC1 (ENSPMJG00000008491) FBXL22 (ENSPMJG00000008855) USP3 (ENSPMJG00000008856) TPM1 (ENSPMJG00000009994) CA12 (ENSPMJG00000009997) TLN2 (ENSPMJG00000010029) ENSPMJG00000015909 VPS13C (ENSPMJG00000015910) RORA (ENSPMJG00000015921) ICE2 (ENSPMJG00000015922) ANXA2 (ENSPMJG00000015923) FOXB1 (ENSPMJG00000015925) BNIP2 (ENSPMJG00000015926) GTF2A2 (ENSPMJG00000015927) GCNT3 (ENSPMJG00000015928) Passeriformes_d ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000155357 ENSGT00940000158708.b ENSGT00940000158487 ENSGT00940000159270 ENSGT00550000074827 ENSGT00390000011314 ENSGT00940000157796 ENSGT00940000159422 ENSGT00940000153533.a ENSGT00960000191044 ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A ENSGT00940000157327 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 Flycatcher MODERN SPECIES 1 UBE2Q2 (ENSFALG00000010677) CHRNB4 (ENSFALG00000010665) CHRNA3 (ENSFALG00000010658) CHRNA5 (ENSFALG00000010653) PSMA4 (ENSFALG00000025941) HYKK (ENSFALG00000010641) IREB2 (ENSFALG00000010640) CRABP1 (ENSFALG00000010635) SKIC8 (ENSFALG00000010627) ENSFALG00000022928 DNAJA4 (ENSFALG00000010621) ACSBG1 (ENSFALG00000010617) IDH3A (ENSFALG00000010609) CIB2 (ENSFALG00000026695) TBC1D2B (ENSFALG00000010603) DAPK2 (ENSFALG00000010592) ##22 HERC1 (ENSFALG00000010578) FBXL22 (ENSFALG00000010575) USP3 (ENSFALG00000010571) CA12 (ENSFALG00000010565) Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000155357 ENSGT00940000158708.b ENSGT00940000158487 ENSGT00940000159270 ENSGT00550000074827 ENSGT00390000011314 ENSGT00940000157796 ENSGT00940000159422 ENSGT00940000153533.a ENSGT00960000191044 ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A ENSGT00940000157327 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 Passeroidea ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000155357 ENSGT00940000158708.b ENSGT00940000158487 ENSGT00940000159270 ENSGT00550000074827 ENSGT00390000011314 ENSGT00940000157796 ENSGT00940000159422 ENSGT00940000153533.a ENSGT00960000191044 ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A ENSGT00940000157327 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 Common canary DUPLICATION Common canary MODERN SPECIES 59 UBE2Q2 (ENSSCAG00000012648) CHRNB4 (ENSSCAG00000012611) CHRNA3 (ENSSCAG00000012603) CHRNA5 (ENSSCAG00000012602) PSMA4 (ENSSCAG00000012596) HYKK (ENSSCAG00000012595) IREB2 (ENSSCAG00000012590) CRABP1 (ENSSCAG00000012583) SKIC8 (ENSSCAG00000012576) DNAJA4 (ENSSCAG00000012550) ENSSCAG00000012539 ENSSCAG00000012532 IDH3A (ENSSCAG00000012522) CIB2 (ENSSCAG00000012513) TBC1D2B (ENSSCAG00000012487) ENSSCAG00000012482 ##22 ENSSCAG00000012474 ##22 HERC1 (ENSSCAG00000011881) FBXL22 (ENSSCAG00000011793) USP3 (ENSSCAG00000011713) CA12 (ENSSCAG00000011682) Common canary MODERN SPECIES 59 CHRNB4 (ENSSCAG00000012611) CHRNA3 (ENSSCAG00000012603) CHRNA5 (ENSSCAG00000012602) PSMA4 (ENSSCAG00000012596) HYKK (ENSSCAG00000012595) IREB2 (ENSSCAG00000012590) CRABP1 (ENSSCAG00000012583) SKIC8 (ENSSCAG00000012576) DNAJA4 (ENSSCAG00000012550) ENSSCAG00000012539 ENSSCAG00000012532 IDH3A (ENSSCAG00000012522) CIB2 (ENSSCAG00000012513) TBC1D2B (ENSSCAG00000012487) ENSSCAG00000012482 ##22 ENSSCAG00000012474 ##22 HERC1 (ENSSCAG00000011881) FBXL22 (ENSSCAG00000011793) USP3 (ENSSCAG00000011713) CA12 (ENSSCAG00000011682) Medium ground finch MODERN SPECIES 16 UBE2Q2 (ENSGFOG00000014015) CHRNB4 (ENSGFOG00000014013) CHRNA3 (ENSGFOG00000014012) CHRNA5 (ENSGFOG00000014011) PSMA4 (ENSGFOG00000014010) HYKK (ENSGFOG00000014008) IREB2 (ENSGFOG00000013926) CRABP1 (ENSGFOG00000013904) SKIC8 (ENSGFOG00000013900) DNAJA4 (ENSGFOG00000013897) ACSBG1 (ENSGFOG00000013896) IDH3A (ENSGFOG00000013888) CIB2 (ENSGFOG00000013885) TBC1D2B (ENSGFOG00000013882) ENSGFOG00000013880 #22 DAPK2 (ENSGFOG00000013878) ##22 HERC1 (ENSGFOG00000013876) FBXL22 (ENSGFOG00000013873) USP3 (ENSGFOG00000013866) CA12 (ENSGFOG00000013852) TRPM1 (ENSGFOG00000013008) MTMR10 (ENSGFOG00000012841) FAN1 (ENSGFOG00000012829) MPHOSPH10 (ENSGFOG00000012821) MCEE (ENSGFOG00000012820) APBA2 (ENSGFOG00000012815) ENTREP2 (ENSGFOG00000012797) TJP1 (ENSGFOG00000012759) TARS3 (ENSGFOG00000012098) TM2D3 (ENSGFOG00000012048) ADAL (ENSGFOG00000012044) Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00940000155491.c ENSGT00940000159422 ENSGT00940000153533.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327 ENSGT00940000160977 ENSGT00940000172107 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00980000198667 ENSGT00940000171177 ENSGT00940000169428 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00940000164936 ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000010331 ENSGT00940000165890 ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 308 ENSGT00940000164530 ENSGT00940000155404.i.a ENSGT00940000157375.d ENSGT00940000158753 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000161753 ENSGT00400000024256 ENSGT00390000001700.b ENSGT00940000162952.d.b.b ENSGT00940000153497.E ENSGT00940000158435 ENSGT00390000015520 ENSGT00940000165431 ENSGT00390000002757 ENSGT00940000160075 ENSGT00510000046981.a.a ENSGT00510000046981.b.b Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 97 ENSGT01030000234542.b.b.a.a.a.b.wb.a.a ENSGT00940000164495.c.a ENSGT00940000155438.a ENSGT00950000182915.b.b.a.b.c.b ENSGT00940000163917.a.b ENSGT00950000182938.b.b.b.b.b.a ENSGT00940000158364.a ENSGT00940000165007.a ENSGT00940000154779.a.a.c ENSGT00940000164530 ENSGT00940000155404.i.a ENSGT00940000157375.d ENSGT00940000158753 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT01030000236342 ENSGT00400000024256 ENSGT00390000001700.b ENSGT00940000162952.d.b.b ENSGT00940000162952.c ENSGT00940000153497.E ENSGT00940000158435 ENSGT00390000015520 ENSGT00940000165431 ENSGT00390000002757 ENSGT00940000160075 ENSGT00510000046981.a.a ENSGT00510000046981.b.b ENSGT00980000198875 ENSGT00500000045505.a Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT01030000234542.b.b.a.a.a.b.wb.b ENSGT00940000157178.g ENSGT00940000157924 ENSGT00940000164495.c.a ENSGT00940000155438.a ENSGT00950000182915.b.b.a.b.c.b ENSGT00940000163917.a.b ENSGT00950000182938.b.b.b.b.b.a ENSGT00940000158364.a ENSGT00940000165007.a ENSGT00940000154779.a.a.c ENSGT00940000164530 ENSGT00940000155404.i.a ENSGT00940000157375.d ENSGT00940000158753 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000161753 ENSGT00940000162952.d.b.b ENSGT00940000162952.c ENSGT00940000153497.E ENSGT00940000158435 ENSGT00390000015520 ENSGT00940000165431 ENSGT00390000002757 ENSGT00940000160075 ENSGT00510000046981.a.a.b ENSGT00510000046981.a.a.a ENSGT00510000046981.b.b ENSGT00980000198875 ENSGT00500000045505.a ENSGT00940000156907.p.a.a Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00950000182915.b.b.a.b.c.a ENSGT01030000234542.b.b.a.a.a.b.wb.a.a ENSGT00940000164495.c.a ENSGT00940000155438.a ENSGT00950000182915.b.b.a.b.c.b ENSGT00940000158992 ENSGT00940000163917.a.b ENSGT00950000182938.b.b.b.b.b.a ENSGT00940000158364.a ENSGT00940000165007.a ENSGT00940000154779.a.a.c ENSGT00940000164530 ENSGT00940000155404.i.a ENSGT00940000157375.d ENSGT00940000158753 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000161753 ENSGT00940000162952.d.b.b ENSGT00940000162952.c ENSGT00940000153497.E ENSGT00940000158435 ENSGT00390000015520 ENSGT00940000165431 ENSGT00390000002757 ENSGT00940000160075 ENSGT00510000046981.a.a.b ENSGT00510000046981.a.a.a ENSGT00510000046981.b.b ENSGT00980000198875 ENSGT00500000045505.a ENSGT00940000156907.p.a.a Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Carangaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Barramundi perch MODERN SPECIES 74 klf2b (ENSLCAG00010017056) ENSLCAG00010017034 ENSLCAG00010017004 DNAH8 (ENSLCAG00010016949) rx2 (ENSLCAG00010016937) ENSLCAG00010016936 ENSLCAG00010016452 ATCAY (ENSLCAG00010016334) nmrk2 (ENSLCAG00010016330) loxl5b (ENSLCAG00010016325) ENSLCAG00010016322 mfsd14a2 (ENSLCAG00010016277) insra (ENSLCAG00010016069) arhgef18a (ENSLCAG00010016005) sppl2 (ENSLCAG00010015853) ENSLCAG00010015805 ##22 ENSLCAG00010015798 prkci (ENSLCAG00010015724) ENSLCAG00010015709 gpr160 (ENSLCAG00010015708) nadkb (ENSLCAG00010015705) sec62 (ENSLCAG00010015701) samd7 (ENSLCAG00010015697) apoda.2 (ENSLCAG00010015694) apoda.2 (ENSLCAG00010015692) apoda.1 (ENSLCAG00010015690) COPS9 (ENSLCAG00010015689) and2 (ENSLCAG00010015687) ENSLCAG00010015683 ENSLCAG00010015652 ENSLCAG00010015641 Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Tongue sole MODERN SPECIES 12 TPM4 (ENSCSEG00000015696) ap1m1 (ENSCSEG00000015635) klf2b (ENSCSEG00000015625) ENSCSEG00000015603 ENSCSEG00000015580 rx2 (ENSCSEG00000015566) ENSCSEG00000015562 ATCAY (ENSCSEG00000015532) nmrk2 (ENSCSEG00000015523) loxl5b (ENSCSEG00000015516) ENSCSEG00000014556 mfsd14a2 (ENSCSEG00000014520) insra (ENSCSEG00000014505) arhgef18a (ENSCSEG00000014485) sppl2 (ENSCSEG00000014469) ENSCSEG00000014457 ##22 ENSCSEG00000014443 prkci (ENSCSEG00000014385) ENSCSEG00000014368 nadkb (ENSCSEG00000014348) sec62 (ENSCSEG00000014338) samd7 (ENSCSEG00000014323) apoda.2 (ENSCSEG00000014291) apoda.1 (ENSCSEG00000014274) and2 (ENSCSEG00000014260) ENSCSEG00000014237 ENSCSEG00000014212 e2f5 (ENSCSEG00000014202) ENSCSEG00000014122 ENSCSEG00000014103 ENSCSEG00000014085 Anabantaria ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000157924 ENSGT00940000164495.c.a ENSGT00940000155438.a ENSGT00950000182915.b.b.a.b.c.b ENSGT00940000158992 ENSGT00940000163917.a.b ENSGT00950000182938.b.b.b.b.b.a ENSGT00940000155464.b ENSGT00940000158364.a ENSGT00940000165007.a ENSGT00940000154779.a.a.c ENSGT00940000164530 ENSGT00940000155404.i.a ENSGT00940000157375.d ENSGT00940000158753 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000162952.d.b.b ENSGT00940000162952.c ENSGT00940000153497.E ENSGT00940000158435 ENSGT00390000015520 ENSGT00940000165431 ENSGT00390000002757 ENSGT00940000160075 ENSGT00510000046981.a.a.b ENSGT00510000046981.b.b ENSGT00500000045505.a ENSGT00940000156907.p.a.a ENSGT00940000164239.b.a ENSGT00940000157414 ENSGT00940000157353 Zig-zag eel MODERN SPECIES 8 klf2b (ENSMAMG00000004549) ENSMAMG00000004501 ENSMAMG00000004470 rx2 (ENSMAMG00000004421) cplx4c (ENSMAMG00000004404) ENSMAMG00000027625 ENSMAMG00000024656 ENSMAMG00000002438 nmrk2 (ENSMAMG00000027862) loxl5b (ENSMAMG00000027833) ENSMAMG00000025484 mfsd14a2 (ENSMAMG00000002348) insra (ENSMAMG00000002263) arhgef18a (ENSMAMG00000002226) sppl2 (ENSMAMG00000002200) ENSMAMG00000002171 ##22 ENSMAMG00000024860 ENSMAMG00000002129 prkci (ENSMAMG00000002047) ENSMAMG00000001977 nadkb (ENSMAMG00000001911) sec62 (ENSMAMG00000001870) samd7 (ENSMAMG00000001830) apoda.1 (ENSMAMG00000026576) ENSMAMG00000026220 and2 (ENSMAMG00000001749) ENSMAMG00000026043 ENSMAMG00000001723 ENSMAMG00000001621 e2f5 (ENSMAMG00000024854) ENSMAMG00000001574 Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Siamese fighting fish MODERN SPECIES 8 ENSBSLG00000026013 ENSBSLG00000026085 rx2 (ENSBSLG00000026109) cplx4c (ENSBSLG00000026113) ATCAY (ENSBSLG00000026123) nmrk2 (ENSBSLG00000026127) loxl5b (ENSBSLG00000026129) ENSBSLG00000026138 mfsd14a2 (ENSBSLG00000026162) insra (ENSBSLG00000026284) arhgef18a (ENSBSLG00000026444) ENSBSLG00000026445 ENSBSLG00000026446 ENSBSLG00000026448 sppl2 (ENSBSLG00000026467) ENSBSLG00000026491 ##22 ENSBSLG00000026497 prkci (ENSBSLG00000026515) ENSBSLG00000026532 gpr160 (ENSBSLG00000026533) nadkb (ENSBSLG00000026536) sec62 (ENSBSLG00000026544) samd7 (ENSBSLG00000026545) apoda.2 (ENSBSLG00000026546) apoda.1 (ENSBSLG00000026547) COPS9 (ENSBSLG00000026549) and2 (ENSBSLG00000026550) ENSBSLG00000026552 ENSBSLG00000026553 e2f5 (ENSBSLG00000026554) ENSBSLG00000026555 Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000164486.e.b ENSGT00940000175179 ENSGT00740000117176 ENSGT01060000248544.a.a.b.a.a.e ENSGT00940000158445.e ENSGT00940000155764.A.b.b ENSGT00940000177888 ENSGT00910000145048 ENSGT00940000175426 ENSGT00940000164566.a ENSGT00950000182886.a.a.b.s ENSGT00390000018759 ENSGT00940000166147 ENSGT00530000063936.a.a ENSGT00940000174495 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000162952.c ENSGT00940000166522 ENSGT00390000004692.d.a.m.b ENSGT00940000154063.C.a.a.a.b.a.b ENSGT00940000154063.C.a.a.a.a ENSGT00940000154063.C.a.a.a.b.a.a ENSGT00940000176019 ENSGT00940000166336 ENSGT00940000154394.b.a.a.b.a.b ENSGT00940000165036.b ENSGT00940000156783.k ENSGT00940000164791.a.b ENSGT01100000263541.a.a.a.a ENSGT01100000263541.a.a.a.b.a.b.a ENSGT01100000263541.a.a.a.b.a.b.b Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000164486.e.b ENSGT00940000175179 ENSGT00740000117176 ENSGT01060000248544.a.a.b.a.a.e ENSGT00940000158445.e ENSGT00940000155764.A.b.b ENSGT00940000177888 ENSGT00910000145048 ENSGT00940000175426 ENSGT00940000164566.a ENSGT00950000182886.a.a.b.s ENSGT00390000018759 ENSGT00940000166147 ENSGT00530000063936.a.a ENSGT00940000174495 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000162952.c ENSGT00940000166522 ENSGT00390000004692.d.a.m.b ENSGT00940000154063.C.a.a.a.b.a.b ENSGT00940000154063.C.a.a.a.a ENSGT00940000154063.C.a.a.a.b.a.a ENSGT00940000176019 ENSGT00940000166336 ENSGT00940000154394.b.a.a.b.a.b ENSGT00940000165036.b ENSGT00940000156783.k ENSGT00940000164791.a.b ENSGT01100000263541.a.a.a.a ENSGT01100000263541.a.a.a.b.a.b.a ENSGT01100000263541.a.a.a.b.a.b.b Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000164486.e.b ENSGT00940000175179 ENSGT00740000117176 ENSGT01060000248544.a.a.b.a.a.e ENSGT00940000158445.e ENSGT00940000155764.A.b.b ENSGT00940000177888 ENSGT00910000145048 ENSGT00940000175426 ENSGT00940000164566.a ENSGT00950000182886.a.a.b.s ENSGT00390000018759 ENSGT00940000166147 ENSGT00530000063936.a.a ENSGT00940000174495 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000162952.c ENSGT00940000166522 ENSGT00390000004692.d.a.m.b ENSGT00940000154063.C.a.a.a.b.a.b ENSGT00940000154063.C.a.a.a.a ENSGT00940000154063.C.a.a.a.b.a.a ENSGT00940000176019 ENSGT00940000166336 ENSGT00940000154394.b.a.a.b.a.b ENSGT00940000165036.b ENSGT00940000156783.k ENSGT00940000164791.a.b ENSGT01100000263541.a.a.a.a ENSGT01100000263541.a.a.a.b.a.b.a ENSGT01100000263541.a.a.a.b.a.b.b Perciformes ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000161246.c ENSGT00940000167471 ENSGT00940000177787 ENSGT00940000164486.e.b ENSGT01060000248544.a.a.b.a.a.e ENSGT00940000158445.e ENSGT00940000155764.A.b.b ENSGT01030000235383 ENSGT00940000175426 ENSGT00940000164566.a ENSGT00950000182886.a.a.b.s ENSGT00390000018759 ENSGT00940000166147 ENSGT00530000063936.a.a ENSGT00940000174495 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000162952.c ENSGT00940000166522 ENSGT00390000004692.d.a.m.b ENSGT00940000154063.C.a.a.a.b.a.b ENSGT00940000154063.C.a.a.a.b.a.a ENSGT00940000176019 ENSGT00940000166336 ENSGT00940000154394.b.a.a.b.a.b ENSGT00940000165036.b ENSGT00940000156783.k ENSGT00940000164791.a.b ENSGT01100000263541.a.a.a.a ENSGT01100000263541.a.a.a.b.a.b.a ENSGT01100000263541.a.a.a.b.a.b.b ENSGT00940000165021.b Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Pike perch MODERN SPECIES 12 TPM4 (ENSSLUG00000021784) ap1m1 (ENSSLUG00000021921) klf2b (ENSSLUG00000021931) ENSSLUG00000022021 rx2 (ENSSLUG00000022991) ENSSLUG00000023026 ATCAY (ENSSLUG00000023110) ENSSLUG00000023122 nmrk2 (ENSSLUG00000023127) loxl5b (ENSSLUG00000023134) ENSSLUG00000023194 mfsd14a2 (ENSSLUG00000023580) insra (ENSSLUG00000023795) arhgef18a (ENSSLUG00000024303) sppl2 (ENSSLUG00000024353) ENSSLUG00000024543 ##22 ENSSLUG00000024565 prkci (ENSSLUG00000024678) ENSSLUG00000024851 nadkb (ENSSLUG00000024865) sec62 (ENSSLUG00000024894) samd7 (ENSSLUG00000024898) apoda.2 (ENSSLUG00000024903) apoda.2 (ENSSLUG00000024906) apoda.1 (ENSSLUG00000024912) COPS9 (ENSSLUG00000024915) and2 (ENSSLUG00000024919) ENSSLUG00000024923 ENSSLUG00000000235 e2f5 (ENSSLUG00000000269) ENSSLUG00000000275 Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 158 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000162952.c Lumpfish MODERN SPECIES 8 ap1m1 (ENSCLMG00005020480) ENSCLMG00005020479 ENSCLMG00005019530 ENSCLMG00005019524 ENSCLMG00005019523 rx2 (ENSCLMG00005019518) ENSCLMG00005019496 ATCAY (ENSCLMG00005019493) nmrk2 (ENSCLMG00005019484) loxl5b (ENSCLMG00005019478) ENSCLMG00005019375 mfsd14a2 (ENSCLMG00005018750) insra (ENSCLMG00005010724) sppl2 (ENSCLMG00005009564) arhgef18a (ENSCLMG00005009552) ENSCLMG00005009500 ##22 ENSCLMG00005009498 prkci (ENSCLMG00005006034) ENSCLMG00005006000 ENSCLMG00005005998 nadkb (ENSCLMG00005004665) sec62 (ENSCLMG00005004512) samd7 (ENSCLMG00005004484) ENSCLMG00005004465 apoda.2 (ENSCLMG00005004450) apoda.1 (ENSCLMG00005004440) ENSCLMG00005004432 and2 (ENSCLMG00005004411) ENSCLMG00005004390 ENSCLMG00005004364 ENSCLMG00005020376 Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Large yellow croaker MODERN SPECIES 1 slc25a24l (ENSLCRG00005022391) fubp1 (ENSLCRG00005022394) miga1 (ENSLCRG00005022414) usp33 (ENSLCRG00005022587) zzz3 (ENSLCRG00005022748) ak5 (ENSLCRG00005022750) pigk (ENSLCRG00005022751) ST6GALNAC5 (ENSLCRG00005022777) st6galnac3 (ENSLCRG00005022779) rabggtb (ENSLCRG00005022782) acadm (ENSLCRG00005022785) mfsd14a2 (ENSLCRG00005022816) insra (ENSLCRG00005022862) arhgef18a (ENSLCRG00005023556) sppl2 (ENSLCRG00005023570) ENSLCRG00005023631 ##22 ENSLCRG00005023633 prkci (ENSLCRG00005023644) ENSLCRG00005023677 ENSLCRG00005023678 nadkb (ENSLCRG00005023680) sec62 (ENSLCRG00005023681) samd7 (ENSLCRG00005023682) apoda.2 (ENSLCRG00005023683) apoda.2 (ENSLCRG00005023684) apoda.1 (ENSLCRG00005023685) COPS9 (ENSLCRG00005023687) and2 (ENSLCRG00005023688) ENSLCRG00005023690 LRRCC1 (ENSLCRG00005023692) e2f5 (ENSLCRG00005023696) Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Poeciliinae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000157924 ENSGT00940000164495.c.a ENSGT00940000155438.a ENSGT00950000182915.b.b.a.b.c.b ENSGT00940000155464.b ENSGT00950000182938.b.b.b.b.b.a ENSGT00940000163917.a.b ENSGT00940000158364.a ENSGT00940000165007.a ENSGT00940000154779.a.a.c ENSGT00690000103893 ENSGT00940000164530 ENSGT00940000155404.i.a ENSGT00940000157375.d ENSGT00940000158753 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000161753 ENSGT00940000153497.E ENSGT00940000158435 ENSGT00940000165431 ENSGT00390000002757 ENSGT00940000160075 ENSGT00510000046981.a.a.b ENSGT00510000046981.a.a.a ENSGT00510000046981.b.b ENSGT00500000045505.a ENSGT00940000164239.b.a ENSGT00940000157414 ENSGT00940000157353 ENSGT01030000234667.a.a.a.b.b ENSGT00950000183138.a.a.b.v.b Poecilia ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000157924 ENSGT00940000164495.c.a ENSGT00940000155438.a ENSGT00950000182915.b.b.a.b.c.b ENSGT00940000155464.b ENSGT00950000182938.b.b.b.b.b.a ENSGT00940000163917.a.b ENSGT00940000158364.a ENSGT00940000165007.a ENSGT00940000154779.a.a.c ENSGT00690000103893 ENSGT00940000164530 ENSGT00940000155404.i.a ENSGT00940000157375.d ENSGT00940000158753 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000153497.E ENSGT00940000158435 ENSGT00940000165431 ENSGT00390000002757 ENSGT00940000160075 ENSGT00510000046981.a.a.b ENSGT00510000046981.a.a.a ENSGT00510000046981.b.b ENSGT00500000045505.a ENSGT00940000164239.b.a ENSGT00940000157414 ENSGT00940000157353 ENSGT01030000234667.a.a.a.b.b ENSGT00950000183138.a.a.b.v.b ENSGT00440000033408.a.b NAME_6 ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000157924 ENSGT00940000164495.c.a ENSGT00940000155438.a ENSGT00950000182915.b.b.a.b.c.b ENSGT00940000155464.b ENSGT00950000182938.b.b.b.b.b.a ENSGT00940000163917.a.b ENSGT00940000158364.a ENSGT00940000165007.a ENSGT00940000154779.a.a.c ENSGT00690000103893 ENSGT00940000164530 ENSGT00940000155404.i.a ENSGT00940000157375.d ENSGT00940000158753 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000153497.E ENSGT00940000158435 ENSGT00940000165431 ENSGT00390000002757 ENSGT00940000160075 ENSGT00510000046981.a.a.b ENSGT00510000046981.a.a.a ENSGT00510000046981.b.b ENSGT00500000045505.a ENSGT00940000164239.b.a ENSGT00940000157414 ENSGT00940000157353 ENSGT01030000234667.a.a.a.b.b ENSGT00950000183138.a.a.b.v.b ENSGT00440000033408.a.b Sailfin molly MODERN SPECIES 1159 mfsd14a2 (ENSPLAG00000015853) insra (ENSPLAG00000000359) arhgef18a (ENSPLAG00000015793) sppl2 (ENSPLAG00000015779) ENSPLAG00000015727 ##22 Amazon molly MODERN SPECIES 401 klf2b (ENSPFOG00000001804) ENSPFOG00000001932 ENSPFOG00000002251 ENSPFOG00000002333 cplx4c (ENSPFOG00000002659) rx2 (ENSPFOG00000002677) ATCAY (ENSPFOG00000023322) nmrk2 (ENSPFOG00000022405) loxl5b (ENSPFOG00000002741) ENSPFOG00000020950 ENSPFOG00000002967 mfsd14a2 (ENSPFOG00000003232) insra (ENSPFOG00000003462) arhgef18a (ENSPFOG00000004448) sppl2 (ENSPFOG00000004652) ENSPFOG00000004990 ##22 prkci (ENSPFOG00000005126) ENSPFOG00000005377 nadkb (ENSPFOG00000005440) sec62 (ENSPFOG00000005670) samd7 (ENSPFOG00000005810) apoda.2 (ENSPFOG00000005900) apoda.2 (ENSPFOG00000005938) apoda.1 (ENSPFOG00000006029) apoda.2 (ENSPFOG00000006091) and2 (ENSPFOG00000006096) ENSPFOG00000006120 ENSPFOG00000006195 ENSPFOG00000006414 ACKR4 (ENSPFOG00000020951) ENSPFOG00000022715 Guppy MODERN SPECIES 447 ap1m1 (ENSPREG00000012177) klf2b (ENSPREG00000012250) ENSPREG00000012272 ENSPREG00000012309 ENSPREG00000012428 cplx4c (ENSPREG00000013180) rx2 (ENSPREG00000013196) ATCAY (ENSPREG00000013212) nmrk2 (ENSPREG00000013253) ENSPREG00000013268 ENSPREG00000013319 mfsd14a2 (ENSPREG00000013489) insra (ENSPREG00000013525) arhgef18a (ENSPREG00000013555) sppl2 (ENSPREG00000013571) ENSPREG00000013588 ##22 prkci (ENSPREG00000013611) SKIL (ENSPREG00000013657) nadkb (ENSPREG00000013672) sec62 (ENSPREG00000013701) samd7 (ENSPREG00000013733) apoda.2 (ENSPREG00000013773) apoda.2 (ENSPREG00000013769) apoda.1 (ENSPREG00000013787) and2 (ENSPREG00000013791) ENSPREG00000013805 ENSPREG00000013818 ENSPREG00000013828 ENSPREG00000013837 ACKR4 (ENSPREG00000013864) ENSPREG00000013875 Oryzias ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000160466 ENSGT00940000157246.a ENSGT01030000234542.b.b.a.a.a.b.wb.a.a ENSGT00940000157924 ENSGT00940000164495.c.a ENSGT00950000182915.b.b.a.b.c.b ENSGT00940000163917.a.b ENSGT00950000182938.b.b.b.b.b.a ENSGT00940000158364.a ENSGT00940000165007.a ENSGT00940000154779.a.a.c ENSGT00940000164530 ENSGT00940000155404.i.a ENSGT00940000157375.d ENSGT00940000158753 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000153497.E ENSGT00940000158435 ENSGT00940000165431 ENSGT00390000002757 ENSGT00940000160075 ENSGT00510000046981.a.a.b ENSGT00510000046981.a.a.a ENSGT00510000046981.b.b ENSGT00500000045505.a ENSGT00940000164239.b.a ENSGT00940000157414 ENSGT00940000157353 ENSGT01030000234667.a.a.a.b.b ENSGT00950000183138.a.a.b.v.b ENSGT00440000033408.a.b Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 8 TPM4 (ENSORLG00000018019) ap1m1 (ENSORLG00000018017) klf2b (ENSORLG00000018015) ENSORLG00000018011 rx2 (ENSORLG00000018007) cplx4c (ENSORLG00000018003) ENSORLG00000018000 nmrk2 (ENSORLG00000017998) ENSORLG00000018014 loxl5b (ENSORLG00000017995) ENSORLG00000026342 mfsd14a2 (ENSORLG00000017988) insra (ENSORLG00000017980) arhgef18a (ENSORLG00000017973) sppl2 (ENSORLG00000017969) ENSORLG00000017965 ##22 prkci (ENSORLG00000017963) ENSORLG00000023373 nadkb (ENSORLG00000017958) sec62 (ENSORLG00000017951) ENSORLG00000022218 samd7 (ENSORLG00000017949) ENSORLG00000017946 apoda.2 (ENSORLG00000021914) apoda.1 (ENSORLG00000017938) and2 (ENSORLG00000017936) ENSORLG00000017934 ENSORLG00000017927 e2f5 (ENSORLG00000017919) ENSORLG00000017918 ENSORLG00000017914 Chinese medaka MODERN SPECIES 1146 ENSOSIG00000019229 ENSOSIG00000019231 pnhd (ENSOSIG00000019233) CIB3 (ENSOSIG00000019237) ENSOSIG00000019246 TPM4 (ENSOSIG00000019286) klf2b (ENSOSIG00000019756) ENSOSIG00000019757 rx2 (ENSOSIG00000019759) cplx4c (ENSOSIG00000019760) nmrk2 (ENSOSIG00000019762) loxl5b (ENSOSIG00000019765) mfsd14a2 (ENSOSIG00000019792) insra (ENSOSIG00000019905) sppl2 (ENSOSIG00000021169) ENSOSIG00000021173 ##22 Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT01030000234542.b.b.a.a.a.b.wb.b ENSGT00940000157924 ENSGT00940000169355 ENSGT00940000155438.a ENSGT00950000182915.b.b.a.b.c.b ENSGT00940000158992 ENSGT00940000163917.a.b ENSGT00950000182938.b.b.b.b.b.a ENSGT00940000158364.a ENSGT00940000165007.a ENSGT00940000154779.a.a.c ENSGT00940000164530 ENSGT00940000155404.i.a ENSGT00940000157375.d ENSGT00940000158753 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000162952.d.b.b ENSGT00940000153497.E ENSGT00940000158435 ENSGT00940000165431 ENSGT00390000002757 ENSGT00940000160075 ENSGT00510000046981.a.a.b ENSGT00510000046981.a.a.a ENSGT00510000046981.b.b ENSGT00500000045505.a ENSGT00940000164239.b.a ENSGT00940000157414 ENSGT00940000156252.qb ENSGT00940000157353 ENSGT01030000234667.a.a.a.b.b Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT01030000234542.b.b.a.a.a.b.wb.b ENSGT00940000157924 ENSGT00940000169355 ENSGT00940000155438.a ENSGT00950000182915.b.b.a.b.c.b ENSGT00940000158992 ENSGT00940000163917.a.b ENSGT00950000182938.b.b.b.b.b.a ENSGT00940000158364.a ENSGT00940000165007.a ENSGT00940000154779.a.a.c ENSGT00940000164530 ENSGT00940000155404.i.a ENSGT00940000157375.d ENSGT00940000158753 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000162952.d.b.b ENSGT00940000153497.E ENSGT00940000158435 ENSGT00940000165431 ENSGT00390000002757 ENSGT00940000160075 ENSGT00510000046981.a.a.b ENSGT00510000046981.a.a.a ENSGT00510000046981.b.b ENSGT00500000045505.a ENSGT00940000164239.b.a ENSGT00940000157414 ENSGT00940000156252.qb ENSGT00940000157353 ENSGT01030000234667.a.a.a.b.b Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT01030000234542.b.b.a.a.a.b.wb.b ENSGT00940000157924 ENSGT00940000169355 ENSGT00940000155438.a ENSGT00950000182915.b.b.a.b.c.b ENSGT00940000158992 ENSGT00940000163917.a.b ENSGT00950000182938.b.b.b.b.b.a ENSGT00940000158364.a ENSGT00940000165007.a ENSGT00940000154779.a.a.c ENSGT00940000164530 ENSGT00940000155404.i.a ENSGT00940000157375.d ENSGT00940000158753 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000162952.c ENSGT00940000161753 ENSGT00940000162952.d.b.b ENSGT00940000153497.E ENSGT00940000158435 ENSGT00940000165431 ENSGT00390000002757 ENSGT00940000160075 ENSGT00510000046981.a.a.b ENSGT00510000046981.a.a.a ENSGT00510000046981.b.b ENSGT00500000045505.a ENSGT00940000164239.b.a ENSGT00940000157414 ENSGT00940000156252.qb Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000157924 ENSGT00940000169355 ENSGT00940000155438.a ENSGT00950000182915.b.b.a.b.c.b ENSGT00940000158992 ENSGT00940000163917.a.b ENSGT00950000182938.b.b.b.b.b.a ENSGT00940000158364.a ENSGT00940000165007.a ENSGT00940000154779.a.a.c ENSGT00940000156845.v ENSGT00940000164530 ENSGT00940000155404.i.a ENSGT00940000157375.d ENSGT00940000158753 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000162952.c ENSGT00940000161753 ENSGT00940000162952.d.b.b ENSGT00940000153497.E ENSGT00940000158435 ENSGT00940000165431 ENSGT00390000002757 ENSGT00940000160075 ENSGT00510000046981.a.a.b ENSGT00510000046981.a.a.a ENSGT00510000046981.b.b ENSGT00500000045505.a ENSGT00940000164239.b.a ENSGT00940000157414 ENSGT00940000156252.qb Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000157924 ENSGT00940000169355 ENSGT00940000155438.a ENSGT00950000182915.b.b.a.b.c.b ENSGT00940000158992 ENSGT00940000163917.a.b ENSGT00950000182938.b.b.b.b.b.a ENSGT00940000158364.a ENSGT00940000165007.a ENSGT00940000154779.a.a.c ENSGT00940000156845.v ENSGT00940000164530 ENSGT00940000155404.i.a ENSGT00940000157375.d ENSGT00940000158753 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000162952.d.b.b ENSGT00940000153497.E ENSGT00940000158435 ENSGT00940000165431 ENSGT00390000002757 ENSGT00940000160075 ENSGT00510000046981.a.a.b ENSGT00510000046981.a.a.a ENSGT00510000046981.b.b ENSGT00500000045505.a ENSGT00940000164239.b.a ENSGT00940000157414 ENSGT00940000156252.qb ENSGT00940000157353 ENSGT01030000234667.a.a.a.b.b Haplochromini_B ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT00940000157924 ENSGT00940000169355 ENSGT00940000155438.a ENSGT00950000182915.b.b.a.b.c.b ENSGT00940000158992 ENSGT00940000163917.a.b ENSGT00950000182938.b.b.b.b.b.a ENSGT00940000158364.a.c.a ENSGT00940000165007.a ENSGT00940000154779.a.a.c ENSGT00940000156845.v ENSGT00940000164530 ENSGT00940000155404.i.a ENSGT00940000157375.d ENSGT00940000158753 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000162952.d.b.b ENSGT00940000153497.E ENSGT00940000158435 ENSGT00940000165431 ENSGT00390000002757 ENSGT00940000160075 ENSGT00510000046981.a.a.b ENSGT00510000046981.a.a.a ENSGT00510000046981.b.b ENSGT00500000045505.a ENSGT00940000164239.b.a ENSGT00940000157414 ENSGT00940000157353 ENSGT01030000234667.a.a.a.b.b ENSGT00950000183138.a.a.b.v.b Zebra mbuna MODERN SPECIES 1100 ENSMZEG00005024524 CCN1 (ENSMZEG00005024522) ENSMZEG00005024521 ift22 (ENSMZEG00005024520) atp5l (ENSMZEG00005024517) ENSMZEG00005024507 atp6v0b (ENSMZEG00005024504) ATCAY (ENSMZEG00005024500) nmrk2 (ENSMZEG00005024497) loxl5b (ENSMZEG00005024495) ENSMZEG00005024482 mfsd14a2 (ENSMZEG00005024480) insra (ENSMZEG00005024476) arhgef18a (ENSMZEG00005024471) sppl2 (ENSMZEG00005024468) ENSMZEG00005024465 ##22 ENSMZEG00005024464 prkci (ENSMZEG00005024461) ENSMZEG00005024459 nadkb (ENSMZEG00005024457) sec62 (ENSMZEG00005024455) samd7 (ENSMZEG00005024454) apoda.2 (ENSMZEG00005024452) apoda.2 (ENSMZEG00005024451) apoda.1 (ENSMZEG00005024450) and2 (ENSMZEG00005024448) ENSMZEG00005024447 ENSMZEG00005024444 e2f5 (ENSMZEG00005024443) ACKR4 (ENSMZEG00005024442) ENSMZEG00005024440 Eastern happy MODERN SPECIES 9 ap1m1 (ENSACLG00000010617) ENSACLG00000010674 ENSACLG00000010693 ENSACLG00000010700 DNAH8 (ENSACLG00000010713) rx2 (ENSACLG00000010943) cplx4c (ENSACLG00000010955) ATCAY (ENSACLG00000010970) nmrk2 (ENSACLG00000011005) loxl5b (ENSACLG00000011015) ENSACLG00000011076 mfsd14a2 (ENSACLG00000011223) insra (ENSACLG00000011245) arhgef18a (ENSACLG00000011286) sppl2 (ENSACLG00000011297) ENSACLG00000011302 ##22 ENSACLG00000011310 prkci (ENSACLG00000011313) nadkb (ENSACLG00000011335) sec62 (ENSACLG00000011336) samd7 (ENSACLG00000011343) apoda.2 (ENSACLG00000011349) apoda.2 (ENSACLG00000011353) apoda.1 (ENSACLG00000011357) and2 (ENSACLG00000011361) ENSACLG00000011720 ENSACLG00000011753 e2f5 (ENSACLG00000011786) ACKR4 (ENSACLG00000011822) ENSACLG00000011827 ENSACLG00000011890 P. nyererei MODERN SPECIES 326 ap1m1 (ENSPNYG00000007319) ENSPNYG00000007351 ENSPNYG00000007382 ENSPNYG00000007476 DNAH8 (ENSPNYG00000007506) rx2 (ENSPNYG00000007700) cplx4c (ENSPNYG00000007709) ATCAY (ENSPNYG00000007738) nmrk2 (ENSPNYG00000007759) loxl5b (ENSPNYG00000007772) ENSPNYG00000007844 mfsd14a2 (ENSPNYG00000007987) insra (ENSPNYG00000008035) arhgef18a (ENSPNYG00000008118) sppl2 (ENSPNYG00000008155) ENSPNYG00000008207 ##22 ENSPNYG00000008227 prkci (ENSPNYG00000008250) ENSPNYG00000008313 nadkb (ENSPNYG00000008338) sec62 (ENSPNYG00000008388) samd7 (ENSPNYG00000008412) apoda.2 (ENSPNYG00000008484) apoda.2 (ENSPNYG00000008656) apoda.1 (ENSPNYG00000008684) and2 (ENSPNYG00000008728) ENSPNYG00000008746 ENSPNYG00000008772 ENSPNYG00000008809 ENSPNYG00000008896 ENSPNYG00000008915 Lyretail cichlid MODERN SPECIES 313 rab8a (ENSNBRG00000012588) ENSNBRG00000012547 ap1m1 (ENSNBRG00000012502) ENSNBRG00000012440 ENSNBRG00000012411 DNAH8 (ENSNBRG00000012073) rx2 (ENSNBRG00000011995) cplx4c (ENSNBRG00000011980) ATCAY (ENSNBRG00000011928) nmrk2 (ENSNBRG00000011899) loxl5b (ENSNBRG00000011870) mfsd14a2 (ENSNBRG00000011804) insra (ENSNBRG00000011734) arhgef18a (ENSNBRG00000011680) sppl2 (ENSNBRG00000011637) ENSNBRG00000011614 ##22 ENSNBRG00000011596 prkci (ENSNBRG00000011552) ENSNBRG00000011529 nadkb (ENSNBRG00000011487) sec62 (ENSNBRG00000011453) samd7 (ENSNBRG00000011438) apoda.2 (ENSNBRG00000011421) apoda.2 (ENSNBRG00000011310) apoda.1 (ENSNBRG00000011246) and2 (ENSNBRG00000011222) ENSNBRG00000011206 ENSNBRG00000011117 e2f5 (ENSNBRG00000011093) ACKR4 (ENSNBRG00000011083) ENSNBRG00000011069 Nile tilapia MODERN SPECIES 9 ap1m1 (ENSONIG00000018580) ENSONIG00000018581 ENSONIG00000018582 ENSONIG00000018588 DNAH8 (ENSONIG00000018590) rx2 (ENSONIG00000018592) cplx4c (ENSONIG00000037812) ATCAY (ENSONIG00000018595) nmrk2 (ENSONIG00000018596) loxl5b (ENSONIG00000018598) ENSONIG00000018600 mfsd14a (ENSONIG00000037562) insra (ENSONIG00000018609) arhgef18a (ENSONIG00000018613) sppl2 (ENSONIG00000018616) dapk3 (ENSONIG00000018617) ##22 ENSONIG00000018619 prkci (ENSONIG00000018621) ENSONIG00000035617 nadkb (ENSONIG00000018628) sec62 (ENSONIG00000018630) samd7 (ENSONIG00000018632) apoda.2 (ENSONIG00000018633) apoda.2 (ENSONIG00000028478) apoda.1 (ENSONIG00000018635) and2 (ENSONIG00000018636) ENSONIG00000018638 ENSONIG00000018639 ACKR4 (ENSONIG00000021247) ENSONIG00000035783 ENSONIG00000034261 Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 488 ENSHCOG00000002432 ENSHCOG00000002440 ENSHCOG00000002450 ENSHCOG00000002466 ENSHCOG00000002479 ENSHCOG00000002483 rx2 (ENSHCOG00000002503) ATCAY (ENSHCOG00000002527) nmrk2 (ENSHCOG00000002532) loxl5b (ENSHCOG00000002565) ENSHCOG00000002576 mfsd14a2 (ENSHCOG00000002592) insra (ENSHCOG00000002618) arhgef18a (ENSHCOG00000002623) sppl2 (ENSHCOG00000002642) ENSHCOG00000000788 ##22 prkci (ENSHCOG00000002704) SKIL (ENSHCOG00000002748) nadkb (ENSHCOG00000002770) sec62 (ENSHCOG00000002781) samd7 (ENSHCOG00000002798) apoda.1 (ENSHCOG00000002829) and2 (ENSHCOG00000002846) RALYL (ENSHCOG00000002851) ENSHCOG00000002857 LRRCC1 (ENSHCOG00000002914) e2f5 (ENSHCOG00000002929) Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES 32 ENSGT00940000164495.c.a ENSGT00940000155438.a ENSGT00950000182915.b.b.a.b.c.b ENSGT00940000163917.a.b.c ENSGT00950000182938.b.b.b.b.b.a ENSGT00940000158364.a ENSGT00940000165007.a ENSGT00940000154779.a.a.c ENSGT00940000156845.nc.a ENSGT00940000156845.nc.b ENSGT00940000164530 ENSGT00940000155404.i.a.d.a ENSGT00940000157375.d ENSGT00940000158753 ENSGT00510000047872 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00390000001700.b.g ENSGT00940000162952.d.b.b ENSGT00940000162952.c ENSGT00940000153497.E ENSGT00940000158435 ENSGT00390000015520 ENSGT00940000165431 ENSGT00940000161304.a.b.a.b ENSGT00940000161304.a.b.b ENSGT00940000156073.c.a.b ENSGT00940000154327.a ENSGT00390000001523 ENSGT01020000230412.A.c.b.c.b ENSGT00950000182991.A.b.b.a ENSGT00990000203615.b.a.a.a.a.g.b.b Salmoninae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000158588.d.b.a ENSGT00950000183067.a.b.b.vb.b ENSGT00390000005847.e ENSGT00940000160466.d ENSGT00940000164495.c.a.e ENSGT00940000154779.a.a.c.g ENSGT00940000156845.nc.b ENSGT00940000164530.d.b ENSGT00940000155404.i.a.d.a ENSGT00940000157375.d.d ENSGT00940000158753.g.a ENSGT00510000047872.s ENSGT00940000161753.f.b ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00390000001700.b.g.a ENSGT00940000162952.d.b.b ENSGT00940000162952.c ENSGT00940000153497.E.c ENSGT00940000158435.o ENSGT00940000161304.a.b.b.a ENSGT00940000156073.c.a.b.d ENSGT00940000154446.b.a.a.b.b ENSGT00990000203615.b.a.a.a.a.g.b.b ENSGT00940000155795.e.b ENSGT00940000159779.e.a ENSGT00390000000566.cb ENSGT00940000159936.c ENSGT01030000234556.a.b.b.a ENSGT00940000157783.j Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00410000025695.a.c ENSGT00940000158050.h.a.b ENSGT00940000158588.d.b.a ENSGT00950000183067.a.b.b.vb.b ENSGT00390000005847.e ENSGT00940000160466.d ENSGT00940000164495.c.a.e ENSGT00940000154779.a.a.c.g ENSGT00940000156845.nc.b ENSGT00940000164530.d.b ENSGT00940000155404.i.a.d.a ENSGT00940000157375.d.d ENSGT00940000158753.h ENSGT00510000047872.s ENSGT00940000161753.f.b ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00390000001700.b.g.a ENSGT00940000162952.d.b.b ENSGT00940000162952.c ENSGT00940000153497.E.c ENSGT00940000158435.o ENSGT00940000161304.a.b.b.a ENSGT00940000156073.c.a.b.d ENSGT00940000154446.b.a.a.b.b ENSGT00990000203615.b.a.a.a.a.g.b.b ENSGT00940000155795.e.b ENSGT00940000159779.e.a ENSGT00390000000566.cb ENSGT00940000159936.c ENSGT01030000234556.a.b.b.a ENSGT00940000157783.j Chinook salmon MODERN SPECIES 20 ENSOTSG00005016051 ENSOTSG00005016048 ##27 ENSOTSG00005016037 rnf126 (ENSOTSG00005016028) ENSOTSG00005016017 stk11 (ENSOTSG00005016016) klf2b (ENSOTSG00005016015) loxl5b (ENSOTSG00005016013) ENSOTSG00005013380 ENSOTSG00005013371 ENSOTSG00005013370 insra (ENSOTSG00005012927) arhgef18a (ENSOTSG00005012924) ENSOTSG00005012923 lsm7 (ENSOTSG00005012920) ENSOTSG00005012919 ##22 ENSOTSG00005012918 ENSOTSG00005012916 prkci (ENSOTSG00005009959) ENSOTSG00005009953 SHISAL2A (ENSOTSG00005009952) slc1a7a (ENSOTSG00005009951) ENSOTSG00005009950 KCNJ10 (ENSOTSG00005009949) kirrel1b (ENSOTSG00005009843) cadm3 (ENSOTSG00005009837) sdhc (ENSOTSG00005009834) ENSOTSG00005009832 atp1a2a (ENSOTSG00005007964) mpz (ENSOTSG00005007949) lig1 (ENSOTSG00005007948) Huchen MODERN SPECIES 10391 ENSHHUG00000010910 ##22 Northern pike MODERN SPECIES 2 LPL (ENSELUG00000014351) ap1m1 (ENSELUG00000014308) klf2b (ENSELUG00000014262) ENSELUG00000014207 ENSELUG00000014098 rx2 (ENSELUG00000014048) cplx4c (ENSELUG00000014015) ATCAY (ENSELUG00000013996) nmrk2 (ENSELUG00000013939) loxl5b (ENSELUG00000013872) ENSELUG00000013827 mfsd14a2 (ENSELUG00000013771) insra (ENSELUG00000013713) arhgef18a (ENSELUG00000013597) sppl2 (ENSELUG00000013526) lsm7 (ENSELUG00000000497) ##22 ENSELUG00000013373 ENSELUG00000028866 ENSELUG00000013275 prkci (ENSELUG00000013218) ENSELUG00000013131 gpr160 (ENSELUG00000013084) nadkb (ENSELUG00000013005) SHISAL2A (ENSELUG00000012967) slc1a7a (ENSELUG00000012954) scp2a (ENSELUG00000012894) czib (ENSELUG00000029080) uck2 (ENSELUG00000012833) ENSELUG00000012855 ENSELUG00000012783 ENSELUG00000012756 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 75 ENSGT00940000164530 ENSGT00940000155404.i.a ENSGT00940000157375.d ENSGT00940000158753 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000161753 ENSGT00390000001700.b ENSGT00940000162952.d.b.b.a ENSGT00940000153497.E ENSGT00940000158435 ENSGT00390000015520 ENSGT00940000165431 ENSGT00390000002757 ENSGT00940000160075 ENSGT00510000046981.a.a ENSGT00510000046981.b.b ENSGT00940000155451 ENSGT00390000010993 ENSGT00390000018319.a.b.b.b.a.b ENSGT00940000154954.ob Otophysi ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT01030000234599.a.b.d.b.a.a ENSGT00950000183116.b.a.a.a.a ENSGT00940000154368.s ENSGT00940000166346 ENSGT01050000244890.a.a.b ENSGT00940000158452 ENSGT00390000006103 ENSGT00390000000337 ENSGT00950000182966.C.b.a ENSGT00940000160923 ENSGT00950000182933.C.i ENSGT00940000164530 ENSGT00940000155404.i.a ENSGT00940000157375.d ENSGT00940000158753 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00390000001700.b ENSGT00940000162952.d.b.b.a ENSGT00940000153497.E ENSGT00940000158435 ENSGT00390000015520 ENSGT00940000165431 ENSGT00390000002757 ENSGT00940000160075 ENSGT00510000046981.a.a ENSGT00510000046981.b.b ENSGT00940000155451 ENSGT00390000010993 ENSGT00940000154954.ob ENSGT00940000155528.s.b ENSGT00940000164644 Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 139 ENSGT01030000234599.a.b.d.b.a.a ENSGT00950000183116.b.a.a.a.a 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ENSGT00390000015520 ENSGT00940000165431 ENSGT00390000002757 ENSGT00940000160075 ENSGT00510000046981.a.a ENSGT00510000046981.b.b ENSGT00940000155451 ENSGT00390000010993 ENSGT00940000155528.s.b ENSGT00940000164644 ENSGT00940000167061.i Electric eel MODERN SPECIES 375 apol1 (ENSEEEG00000012980) ENSEEEG00000012981 hbl4 (ENSEEEG00000012991) zgc:66427 (ENSEEEG00000012993) ENSEEEG00000012996 parp2 (ENSEEEG00000013018) ENSEEEG00000013108 sdr39u1 (ENSEEEG00000013113) ENSEEEG00000013114 MYADM (ENSEEEG00000013115) ENSEEEG00000013117 mfsd14a2 (ENSEEEG00000013125) insra (ENSEEEG00000013256) arhgef18a (ENSEEEG00000015375) sppl2 (ENSEEEG00000015387) ENSEEEG00000015653 ##22 ENSEEEG00000015656 prkci (ENSEEEG00000015700) ENSEEEG00000016292 nadkb (ENSEEEG00000016295) sec62 (ENSEEEG00000016350) Characoidei ANCESTRAL SPECIES 209 ENSGT00940000157375.d ENSGT00940000158753 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00390000001700.b ENSGT00940000162952.d.b.b.a ENSGT00940000153497.E ENSGT00940000158435 ENSGT00390000015520 ENSGT00940000165431 ENSGT00390000002757 ENSGT00940000160075 ENSGT00510000046981.a.a ENSGT00510000046981.b.b ENSGT00940000155451 ENSGT00390000010993 ENSGT00940000155528.s.b ENSGT00940000164644 ENSGT00940000167061.i Red-bellied piranha MODERN SPECIES 638 arhgef18a (ENSPNAG00000010373) sppl2 (ENSPNAG00000010446) ENSPNAG00000010482 ##22 ENSPNAG00000010496 ENSPNAG00000010518 ENSPNAG00000010542 prkci (ENSPNAG00000010579) ENSPNAG00000010618 gpr160 (ENSPNAG00000010641) nadkb (ENSPNAG00000010687) sec62 (ENSPNAG00000010721) samd7 (ENSPNAG00000010774) apoda.1 (ENSPNAG00000010785) copa (ENSPNAG00000010849) pex19 (ENSPNAG00000010876) elavl1a (ENSPNAG00000010909) slc1a8b (ENSPNAG00000010973) Mexicana tetra MODERN SPECIES 7 amph (ENSAMXG00000006239) otulinb (ENSAMXG00000006217) ankhb (ENSAMXG00000030055) mycb (ENSAMXG00000043266) ENSAMXG00000038211 ENSAMXG00000040512 ENSAMXG00000033811 ENSAMXG00000042018 fam49ba (ENSAMXG00000012050) ENSAMXG00000040799 asap1a (ENSAMXG00000012149) ubtfl (ENSAMXG00000012391) slc4a2a (ENSAMXG00000012634) arhgef18a (ENSAMXG00000001648) sppl2 (ENSAMXG00000001631) ENSAMXG00000040439 ##22 ENSAMXG00000030945 ENSAMXG00000001584 ENSAMXG00000006318 prkci (ENSAMXG00000006328) ENSAMXG00000039107 gpr160 (ENSAMXG00000038458) nadkb (ENSAMXG00000006340) sec62 (ENSAMXG00000006343) samd7 (ENSAMXG00000006356) apoda.2 (ENSAMXG00000037620) apoda.2 (ENSAMXG00000040832) apoda.1 (ENSAMXG00000042696) copa (ENSAMXG00000006369) pex19 (ENSAMXG00000042534) elavl1a (ENSAMXG00000031223) Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 71 ENSGT00940000154368.s.b.c ENSGT00940000154368.s.a.a ENSGT00950000183116.b.b.f ENSGT00940000166346.a ENSGT00940000158452.d ENSGT00390000006103.c ENSGT00390000000337.l ENSGT00950000182966.C.b.a.m ENSGT00940000160923.d ENSGT00950000182933.C.i.a ENSGT00940000156845.xc.a ENSGT00940000164530.b ENSGT00940000155404.i.a.b ENSGT00940000157375.d.a ENSGT00940000158753.c.b ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00400000024256.h ENSGT00390000001700.b.e ENSGT00940000162952.d.b.b.a.b ENSGT00940000153497.E.b ENSGT00940000158435.db.b ENSGT00390000015520.b ENSGT00940000165431.a ENSGT00390000002757.b ENSGT00940000160075.d ENSGT00510000046981.a.a.g ENSGT00510000046981.b.b.a.a ENSGT00940000155451.u ENSGT00390000010993.r ENSGT00940000154954.ob.b ENSGT00940000155528.s.b.b Cyprininae_a DUPLICATION Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 84 ENSGT00940000154368.s.b.c ENSGT00940000154368.s.a.a ENSGT00950000183116.b.b.f ENSGT00940000166346.a ENSGT00940000158452.d ENSGT00390000006103.c ENSGT00390000000337.l ENSGT00950000182966.C.b.a.m ENSGT00940000160923.d ENSGT00950000182933.C.i.a ENSGT00940000156845.xc.a ENSGT00940000164530.b ENSGT00940000155404.i.a.b ENSGT00940000157375.d.a ENSGT00940000158753.c.b ENSGT00940000153424.a.a.d.a ##22 ENSGT00400000024256.h ENSGT00390000001700.b.e ENSGT00940000162952.d.b.b.a.a ENSGT00940000153497.E.b ENSGT00940000158435.db.b ENSGT00390000015520.b ENSGT00940000165431.a ENSGT00390000002757.b ENSGT00940000160075.d ENSGT00510000046981.a.a.g ENSGT00510000046981.b.b.a.a ENSGT00940000155451.u ENSGT00390000010993.r ENSGT00940000154954.ob.b ENSGT00940000155528.s.b.b Golden-line barbel MODERN SPECIES 20 ENSSGRG00000007838 ENSSGRG00000007831 hbl4 (ENSSGRG00000007815) cbln13 (ENSSGRG00000007813) zgc:66427 (ENSSGRG00000007812) ENSSGRG00000007811 sdr39u1 (ENSSGRG00000007808) ENSSGRG00000007807 ENSSGRG00000007804 ENSSGRG00000007802 MYADM (ENSSGRG00000007796) ENSSGRG00000007253 mfsd14a2 (ENSSGRG00000006981) insra (ENSSGRG00000005852) sppl2 (ENSSGRG00000005601) ENSSGRG00000005562 ##22 ENSSGRG00000005554 ENSSGRG00000005542 ENSSGRG00000005529 prkci (ENSSGRG00000002823) SKIL (ENSSGRG00000002770) gpr160 (ENSSGRG00000002768) nadkb (ENSSGRG00000001352) sec62 (ENSSGRG00000037213) samd7 (ENSSGRG00000037212) apoda.2 (ENSSGRG00000037206) apoda.1 (ENSSGRG00000037205) copa (ENSSGRG00000036780) pex19 (ENSSGRG00000036776) tspan37 (ENSSGRG00000036775) elavl1a (ENSSGRG00000036750) Common carp reference MODERN SPECIES 21 hbl4 (ENSCCRG00000038558) ENSCCRG00000038576 zgc:66427 (ENSCCRG00000038919) parp2 (ENSCCRG00000038924) ENSCCRG00000038760 sdr39u1 (ENSCCRG00000066943) ltb4r2b (ENSCCRG00000038770) ENSCCRG00000035955 ENSCCRG00000075747 ENSCCRG00000061728 ENSCCRG00000038786 mfsd14a2 (ENSCCRG00000074617) insra (ENSCCRG00000039595) arhgef18a (ENSCCRG00000013026) sppl2 (ENSCCRG00000059137) ENSCCRG00000032892 ##22 ENSCCRG00000032883 ENSCCRG00000032888 ENSCCRG00000066649 prkci (ENSCCRG00000007495) ENSCCRG00000013267 nadkb (ENSCCRG00000042598) gpr160 (ENSCCRG00000020315) sec62 (ENSCCRG00000004894) samd7 (ENSCCRG00000020324) apoda.2 (ENSCCRG00000063977) apoda.1 (ENSCCRG00000020325) copa (ENSCCRG00000029759) pex19 (ENSCCRG00000029800) elavl1a (ENSCCRG00000067682) slc1a8b (ENSCCRG00000029815) Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 145 ENSGT00950000183116.b.a.a.b.a.b.e.b ENSGT00940000166346.b ENSGT01050000244890.a.a.b ENSGT00940000158452.c ENSGT00390000006103.d ENSGT00390000000337.k ENSGT00950000182966.C.b.a.n ENSGT00940000160923.c ENSGT01100000263516.a.b.b.b.b.a.a.a.a.b.f.b ENSGT00950000182933.C.i.b ENSGT00940000156845.xc.b ENSGT00940000164530.a ENSGT00940000155404.i.a.a ENSGT00940000157375.d.b ENSGT00940000158753.c.a ENSGT00940000153424.a.a.d.b ##22 ENSGT00390000001700.b.f ENSGT00940000162952.d.b.b.a.b ENSGT00940000153497.E.a ENSGT00940000158435.db.a ENSGT00390000015520.a ENSGT00940000165431.b ENSGT00390000002757.a ENSGT00940000160075.c ENSGT00510000046981.a.a.h.a ENSGT00510000046981.a.a.h.b ENSGT00510000046981.b.b.a.b ENSGT00940000155451.v ENSGT00390000010993.q ENSGT00940000154954.ob.a ENSGT00940000155528.s.b.a Common carp reference MODERN SPECIES 29 ENSCCRG00000065417 hbl4 (ENSCCRG00000062137) zgc:66427 (ENSCCRG00000025860) cbln13 (ENSCCRG00000061813) parp2 (ENSCCRG00000038744) ENSCCRG00000038942 sdr39u1 (ENSCCRG00000082837) ltb4r2b (ENSCCRG00000039148) ENSCCRG00000039152 ENSCCRG00000055373 ENSCCRG00000039170 mfsd14a2 (ENSCCRG00000058324) insra (ENSCCRG00000029353) arhgef18a (ENSCCRG00000029300) sppl2 (ENSCCRG00000082537) ENSCCRG00000079977 ##22 ENSCCRG00000007428 ENSCCRG00000007431 prkci (ENSCCRG00000031723) ENSCCRG00000020313 gpr160 (ENSCCRG00000064130) nadkb (ENSCCRG00000005597) sec62 (ENSCCRG00000064194) ENSCCRG00000082654 ENSCCRG00000029821 apoda.1 (ENSCCRG00000029824) copa (ENSCCRG00000020327) copa (ENSCCRG00000029263) pex19 (ENSCCRG00000074785) tspan37 (ENSCCRG00000030291) elavl1a (ENSCCRG00000058173) Golden-line barbel MODERN SPECIES 140 ENSSGRG00000039580 cbln13 (ENSSGRG00000039579) zgc:66427 (ENSSGRG00000039577) ENSSGRG00000039573 parp2 (ENSSGRG00000039563) ENSSGRG00000039551 sdr39u1 (ENSSGRG00000039546) ENSSGRG00000039543 ENSSGRG00000039540 MYADM (ENSSGRG00000039538) ENSSGRG00000038238 mfsd14a2 (ENSSGRG00000038232) insra (ENSSGRG00000034275) arhgef18a (ENSSGRG00000034225) sppl2 (ENSSGRG00000033955) ENSSGRG00000033950 ##22 ENSSGRG00000033949 ENSSGRG00000033948 prkci (ENSSGRG00000033117) SKIL (ENSSGRG00000033098) 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(ENSPKIG00000005596) Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 49 ENSGT00940000162656 ENSGT00940000159422 ENSGT00940000153533.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A ENSGT00390000006479 ENSGT00940000157327 ENSGT00940000160977 ENSGT00940000172107 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00980000198667 ENSGT00940000171177 ENSGT00940000169428 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.b.b.b.b.a ENSGT01030000234542.b.a.a.a.b ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.b ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206 ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 ENSGT00390000006883 Coelacanth MODERN SPECIES 238 TBC1D2B (ENSLACG00000000999) DAPK2 (ENSLACG00000003913) ##22 HERC1 (ENSLACG00000007000) FBXL22 (ENSLACG00000010074) USP3 (ENSLACG00000010249) CA12 (ENSLACG00000011724) ENSLACG00000011832 APH1B (ENSLACG00000012093) RAB8B 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ENSGT00940000157387 Mammalia ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00940000156926 ENSGT00390000006654 ENSGT00940000156817 ENSGT00940000155524 ENSGT00390000006548.b ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000169460 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206 ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 Platypus MODERN SPECIES 16 MYO9A (ENSOANG00000013363) NR2E3 (ENSOANG00000003155) ENSOANG00000036588 CPEB1 (ENSOANG00000013361) RPS17 (ENSOANG00000013360) RBPMS2 (ENSOANG00000044956) OAZ2 (ENSOANG00000013359) ZNF609 (ENSOANG00000044888) TRIP4 (ENSOANG00000013357) 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MODERN SPECIES SPG21 (ENSMODG00000010438) ANKDD1A (ENSMODG00000010452) ENSMODG00000010455 PLEKHO2 (ENSMODG00000010466) PIF1 (ENSMODG00000010476) ENSMODG00000010487 OAZ2 (ENSMODG00000010496) ZNF609 (ENSMODG00000010510) TRIP4 (ENSMODG00000010743) PCLAF (ENSMODG00000037309) CSNK1G1 (ENSMODG00000010802) PPIB (ENSMODG00000010819) SNX22 (ENSMODG00000010831) SNX1 (ENSMODG00000010898) CIAO2A (ENSMODG00000010909) DAPK2 (ENSMODG00000010926) ##22 HERC1 (ENSMODG00000010971) FBXL22 (ENSMODG00000046180) USP3 (ENSMODG00000011011) CA12 (ENSMODG00000011032) APH1B (ENSMODG00000038735) RAB8B (ENSMODG00000011048) ENSMODG00000011078 RPS27L (ENSMODG00000042701) LACTB (ENSMODG00000011098) TPM1 (ENSMODG00000039857) TLN2 (ENSMODG00000011273) ENSMODG00000011283 ENSMODG00000049046 ENSMODG00000024628 VPS13C (ENSMODG00000011326) Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000007857 ENSGT00940000154170.B ENSGT00390000007209.l ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 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ENSGT00940000157387 ENSGT00390000006883 ENSGT00940000154257 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Tenrec MODERN SPECIES 6064 ENSETEG00000002966 ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000157725 ENSGT00860000136093 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00950000186329 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00980000198667 ENSGT00940000171177 ENSGT00940000169428 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00900000143730 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00900000143658 ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT00950000184921 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206 ENSGT00950000183083.a.d.a Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000157725 ENSGT00860000136093 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00950000186329 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00980000198667 ENSGT00940000171177 ENSGT00940000169428 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00900000143730 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00900000143658 ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT00950000184921 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206 ENSGT00950000183083.a.d.a Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Hedgehog MODERN SPECIES 2379 DAPK2 (ENSEEUG00000002281) ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000157725 ENSGT00860000136093 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00950000186329 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ENSGT00940000162206.h Cetacea ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000153112.E.f.a.a.a ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00860000136093 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00390000016972.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00910000147045 ENSGT00940000162206.g ENSGT00940000162206.h ENSGT00950000183083.a.d.a Odontoceti ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000153112.E.f.a.a.a ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00860000136093 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 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ENSPSNG00000000941 ENSPSNG00000000958 VPS13C (ENSPSNG00000001057) ENSPSNG00000001268 Sperm whale MODERN SPECIES 1119 ENSPCTG00005019652 DAPK2 (ENSPCTG00005019499) ##22 Blue whale MODERN SPECIES 11 ENSBMSG00010005663 PLEKHO2 (ENSBMSG00010005672) PIF1 (ENSBMSG00010005687) ENSBMSG00010005716 ENSBMSG00010005733 OAZ2 (ENSBMSG00010005772) ZNF609 (ENSBMSG00010005793) TRIP4 (ENSBMSG00010005819) ENSBMSG00010005839 PCLAF (ENSBMSG00010005857) CSNK1G1 (ENSBMSG00010005923) PPIB (ENSBMSG00010006066) SNX22 (ENSBMSG00010006090) SNX1 (ENSBMSG00010000037) ENSBMSG00010000129 DAPK2 (ENSBMSG00010000179) ##22 HERC1 (ENSBMSG00010000279) FBXL22 (ENSBMSG00010000348) USP3 (ENSBMSG00010000419) ENSBMSG00010000553 CA12 (ENSBMSG00010000588) APH1B (ENSBMSG00010000650) RAB8B (ENSBMSG00010000668) RPS27L (ENSBMSG00010000683) LACTB (ENSBMSG00010000701) TPM1 (ENSBMSG00010000776) TLN2 (ENSBMSG00010001027) ENSBMSG00010001086 ENSBMSG00010001099 VPS13C (ENSBMSG00010001188) ENSBMSG00010001281 Pecora ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT01050000244902.b.c.b ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00860000136093 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00950000186329 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00900000143730 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00900000143658 ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206.g ENSGT00940000162206.h ENSGT00950000183083.a.d.a Percora_a ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT01050000244902.b.c.b ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00860000136093 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00950000186329 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00900000143730 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00900000143658 ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206.g ENSGT00940000162206.h ENSGT00950000183083.a.d.a Bovidae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00860000136093 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00390000015789.c.b ENSGT00940000155628 ENSGT00950000186329 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00900000143730 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00900000143658 ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT00390000012916.y.a.b ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206.g ENSGT00940000162206.h Bovinae ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00860000136093 ENSGT00390000008748.b ENSGT00940000154509.y.b.a.a.a ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00390000015789.c.b ENSGT00940000155628 ENSGT00950000186329 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062.e ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206.g ENSGT00940000162206.h ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 ENSGT00390000006883 ENSGT00940000154257.j Bos ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00940000154509.y.b.a.a.a ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 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(ENSBIXG00005020956) ENSBIXG00005020564 TLN2 (ENSBIXG00005020508) ENSBIXG00005003454 ENSBIXG00005020414 Cow MODERN SPECIES 1 PTGDR (ENSBTAG00000006703) PLEKHO2 (ENSBTAG00000008411) PIF1 (ENSBTAG00000007638) RBPMS2 (ENSBTAG00000011037) OAZ2 (ENSBTAG00000015806) ZNF609 (ENSBTAG00000015808) TRIP4 (ENSBTAG00000014493) ENSBTAG00000049725 PCLAF (ENSBTAG00000039462) CSNK1G1 (ENSBTAG00000016823) ENSBTAG00000049412 PPIB (ENSBTAG00000016822) SNX22 (ENSBTAG00000016821) SNX1 (ENSBTAG00000002014) CIAO2A (ENSBTAG00000002012) DAPK2 (ENSBTAG00000011820) ##22 HERC1 (ENSBTAG00000053677) ENSBTAG00000052707 ENSBTAG00000051076 ENSBTAG00000054388 ENSBTAG00000050908 ENSBTAG00000019474 FBXL22 (ENSBTAG00000008807) USP3 (ENSBTAG00000008805) CA12 (ENSBTAG00000019390) APH1B (ENSBTAG00000010641) RAB8B (ENSBTAG00000011146) RPS27L (ENSBTAG00000012898) LACTB (ENSBTAG00000017373) TPM1 (ENSBTAG00000005373) ENSBTAG00000040590 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 53 ENSGT01100000263480.a.a.b.a.b.b.b.a.a.b.b.a.b.b.a.a 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ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00860000136093 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00900000143658 ENSGT00940000155363 ENSGT00940000164336 ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206 ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 ENSGT00390000006883 Panthera ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000007857 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00860000136093 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b 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ENSGT00950000183083.a.d.a leopard MODERN SPECIES 7 ANKDD1A (ENSPPRG00000021337) PLEKHO2 (ENSPPRG00000018753) PIF1 (ENSPPRG00000018031) RBPMS2 (ENSPPRG00000014944) OAZ2 (ENSPPRG00000014549) ENSPPRG00000014194 ENSPPRG00000014718 ZNF609 (ENSPPRG00000013974) TRIP4 (ENSPPRG00000013668) PCLAF (ENSPPRG00000013231) CSNK1G1 (ENSPPRG00000012107) PPIB (ENSPPRG00000008423) SNX22 (ENSPPRG00000008270) SNX1 (ENSPPRG00000008151) CIAO2A (ENSPPRG00000007232) DAPK2 (ENSPPRG00000007000) ##22 HERC1 (ENSPPRG00000006219) FBXL22 (ENSPPRG00000004585) USP3 (ENSPPRG00000004518) CA12 (ENSPPRG00000002981) APH1B (ENSPPRG00000002047) RAB8B (ENSPPRG00000000194) ENSPPRG00000023087 LACTB (ENSPPRG00000023298) TPM1 (ENSPPRG00000023409) ENSPPRG00000023820 TLN2 (ENSPPRG00000024152) ENSPPRG00000024704 ENSPPRG00000024744 ENSPPRG00000014483 VPS13C (ENSPPRG00000024819) lion MODERN SPECIES 6 MTFMT (ENSPLOG00000011004) SPG21 (ENSPLOG00000011106) ANKDD1A (ENSPLOG00000011255) PLEKHO2 (ENSPLOG00000011538) PIF1 (ENSPLOG00000011589) 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ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206 ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT01070000253911 Canidae ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000169428 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00900000143658 ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT00950000184921.b ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206 ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT01070000253911 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00390000003248.a.a.a.b ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 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ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206 ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT01070000253911 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES 66 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000007857 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206 ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 ENSGT00390000006883 ENSGT00940000154257.j.mb American mink MODERN SPECIES 46 SPG21 (ENSNVIG00000017776) ANKDD1A (ENSNVIG00000017875) PKHO2 (ENSNVIG00000017954) PIF1 (ENSNVIG00000018009) RBPMS2 (ENSNVIG00000018045) OAZ2 (ENSNVIG00000018100) ZNF609 (ENSNVIG00000018141) ENSNVIG00000018166 PAF (ENSNVIG00000018189) KC1G1 (ENSNVIG00000018229) ENSNVIG00000018254 PPIB (ENSNVIG00000018257) SNX22 (ENSNVIG00000018265) SNX1 (ENSNVIG00000018288) CIAO2A (ENSNVIG00000018334) DAPK2 (ENSNVIG00000018354) ##22 HERC1 (ENSNVIG00000018418) ENSNVIG00000018479 UBP3 (ENSNVIG00000018489) CA12 (ENSNVIG00000018640) APH1B (ENSNVIG00000018717) RAB8B (ENSNVIG00000018748) ENSNVIG00000018758 LACTB (ENSNVIG00000018777) TPM1 (ENSNVIG00000018804) ENSNVIG00000018989 TLN2 (ENSNVIG00000019004) ENSNVIG00000019176 ENSNVIG00000019183 ENSNVIG00000019200 VPS13C (ENSNVIG00000019284) Ursidae ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000007857 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007.p.b ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00900000143658 ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699.f ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT01070000253911 ENSGT00940000157387 Giant Panda MODERN SPECIES 15 MTFMT (ENSAMEG00000002756) SPG21 (ENSAMEG00000002738) ANKDD1A (ENSAMEG00000002723) PLEKHO2 (ENSAMEG00000029578) PIF1 (ENSAMEG00000002688) ENSAMEG00000002664 OAZ2 (ENSAMEG00000002648) ZNF609 (ENSAMEG00000002630) TRIP4 (ENSAMEG00000002591) PCLAF (ENSAMEG00000002586) CSNK1G1 (ENSAMEG00000002545) ENSAMEG00000002525 SNX22 (ENSAMEG00000002516) SNX1 (ENSAMEG00000002465) CIAO2A (ENSAMEG00000002448) DAPK2 (ENSAMEG00000002421) ##22 HERC1 (ENSAMEG00000002389) FBXL22 (ENSAMEG00000002387) USP3 (ENSAMEG00000002345) CA12 (ENSAMEG00000002328) APH1B (ENSAMEG00000002312) ENSAMEG00000031452 RAB8B (ENSAMEG00000002292) RPS27L (ENSAMEG00000007270) LACTB (ENSAMEG00000007262) ENSAMEG00000007224 TLN2 (ENSAMEG00000012004) VPS13C (ENSAMEG00000017363) ENSAMEG00000017453 RORA (ENSAMEG00000008017) ICE2 (ENSAMEG00000008039) Ursus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Polar bear MODERN SPECIES 455 SH3GL1 (ENSUMAG00000007676) MPND (ENSUMAG00000007663) STAP2 (ENSUMAG00000007652) FSD1 (ENSUMAG00000007632) ENSUMAG00000007621 SHD (ENSUMAG00000007615) ENSUMAG00000007611 YJU2 (ENSUMAG00000007607) ENSUMAG00000007603 ENSUMAG00000007602 SIRT6 (ENSUMAG00000007575) CREB3L3 (ENSUMAG00000007566) ENSUMAG00000007513 PIAS4 (ENSUMAG00000007484) EEF2 (ENSUMAG00000007474) ENSUMAG00000007459 ##22 ATCAY (ENSUMAG00000007452) ENSUMAG00000007447 ENSUMAG00000007440 MATK (ENSUMAG00000007427) ENSUMAG00000007421 MRPL54 (ENSUMAG00000007416) PIP5K1C (ENSUMAG00000007390) ENSUMAG00000007385 ENSUMAG00000007383 ENSUMAG00000007381 MFSD12 (ENSUMAG00000007358) TEKTIP1 (ENSUMAG00000007354) FZR1 (ENSUMAG00000007307) ##21 ENSUMAG00000007296 NFIC (ENSUMAG00000007265) Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00860000136093 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00950000186329 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00900000143658 ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.b.l ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206 ENSGT00950000183083.a.d.a Equus ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000007857 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00950000186329 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00900000143658 ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.b.l ENSGT00940000154699 ENSGT00940000163765 ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 Horse MODERN SPECIES SPG21 (ENSECAG00000012886) ANKDD1A (ENSECAG00000017284) PLEKHO2 (ENSECAG00000022172) PIF1 (ENSECAG00000005316) RBPMS2 (ENSECAG00000015345) ZNF609 (ENSECAG00000024130) OAZ2 (ENSECAG00000018627) TRIP4 (ENSECAG00000024689) ENSECAG00000026891 CSNK1G1 (ENSECAG00000006597) ENSECAG00000052585 PPIB (ENSECAG00000017164) SNX22 (ENSECAG00000017605) SNX1 (ENSECAG00000019019) CIAO2A (ENSECAG00000010303) DAPK2 (ENSECAG00000012621) ##22 HERC1 (ENSECAG00000022635) ENSECAG00000022138 ENSECAG00000060278 FBXL22 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ENSEASG00005031100 ENSEASG00005024602 TLN2 (ENSEASG00005005435) ENSEASG00005032522 ENSEASG00005032205 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00390000007857 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00860000136093 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206 ENSGT00930000152855 ENSGT00940000163765 ENSGT00950000183083.a.d.a Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 24 SPG21 (ENSRFEG00010007949) ANKDD1A (ENSRFEG00010008103) PLEKHO2 (ENSRFEG00010008395) PIF1 (ENSRFEG00010008484) RBPMS2 (ENSRFEG00010008568) OAZ2 (ENSRFEG00010008661) ENSRFEG00010008724 ZNF609 (ENSRFEG00010008748) TRIP4 (ENSRFEG00010008797) PCLAF (ENSRFEG00010008826) CSNK1G1 (ENSRFEG00010008947) PPIB (ENSRFEG00010009072) SNX22 (ENSRFEG00010009114) SNX1 (ENSRFEG00010009203) CIAO2A (ENSRFEG00010009329) DAPK2 (ENSRFEG00010009400) ##22 ENSRFEG00010009525 ENSRFEG00010009583 FBXL22 (ENSRFEG00010009644) USP3 (ENSRFEG00010009665) CA12 (ENSRFEG00010009883) APH1B (ENSRFEG00010009953) RAB8B (ENSRFEG00010010042) ENSRFEG00010010077 LACTB (ENSRFEG00010010152) ENSRFEG00010010201 TPM1 (ENSRFEG00010010379) ENSRFEG00010011385 TLN2 (ENSRFEG00010011447) ENSRFEG00010011581 ENSRFEG00010011606 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00860000136093 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00950000186329 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00900000143730 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00900000143658 ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT00950000184921 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000163765 ENSGT00940000162206 Primates ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00860000136093 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00950000186329 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00900000143730 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00900000143658 ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT00950000184921 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000163765 ENSGT00950000183083.a.d.a Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000007857 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00860000136093 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00900000143730 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00900000143658 ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000163765 ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00390000007857 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00860000136093 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00900000143730 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00900000143658 ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000163765 ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00390000007857 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00860000136093 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00900000143658 ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000163765 ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 ENSGT00390000006883 Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 105 SPG21 (ENSPSMG00000000822) ANKDD1A (ENSPSMG00000000929) PLEKHO2 (ENSPSMG00000000943) PIF1 (ENSPSMG00000000997) ENSPSMG00000001007 OAZ2 (ENSPSMG00000001030) ENSPSMG00000001037 ZNF609 (ENSPSMG00000001049) TRIP4 (ENSPSMG00000001102) PCLAF (ENSPSMG00000001141) CSNK1G1 (ENSPSMG00000001719) PPIB (ENSPSMG00000002859) SNX22 (ENSPSMG00000002870) SNX1 (ENSPSMG00000003000) CIAO2A (ENSPSMG00000003334) DAPK2 (ENSPSMG00000003359) ##22 HERC1 (ENSPSMG00000003501) FBXL22 (ENSPSMG00000003647) USP3 (ENSPSMG00000003840) CA12 (ENSPSMG00000004183) APH1B (ENSPSMG00000004224) RAB8B (ENSPSMG00000004246) ENSPSMG00000004263 LACTB (ENSPSMG00000004273) TPM1 (ENSPSMG00000005012) ENSPSMG00000005970 TLN2 (ENSPSMG00000006148) PARP16 (ENSPSMG00000006207) IGDCC3 (ENSPSMG00000006222) IGDCC4 (ENSPSMG00000006239) DPP8 (ENSPSMG00000006379) Coquerels sifaka MODERN SPECIES 325 MEGF10 (ENSPCOG00000020682) PRRC1 (ENSPCOG00000012334) ENSPCOG00000027436 SLC12A2 (ENSPCOG00000019973) FBN2 (ENSPCOG00000017451) SLC27A6 (ENSPCOG00000004529) ENSPCOG00000007302 ADAMTS19 (ENSPCOG00000025835) MINAR2 (ENSPCOG00000019054) CHSY3 (ENSPCOG00000008311) SNX22 (ENSPCOG00000019836) SNX1 (ENSPCOG00000022932) CIAO2A (ENSPCOG00000020991) DAPK2 (ENSPCOG00000015063) ##22 HERC1 (ENSPCOG00000005498) ENSPCOG00000022045 FBXL22 (ENSPCOG00000000106) USP3 (ENSPCOG00000014844) CA12 (ENSPCOG00000021575) APH1B (ENSPCOG00000009964) ENSPCOG00000021249 RAB8B (ENSPCOG00000019172) ENSPCOG00000023923 LACTB (ENSPCOG00000023709) TPM1 (ENSPCOG00000016673) TLN2 (ENSPCOG00000020937) ENSPCOG00000017377 VPS13C (ENSPCOG00000025107) Mouse lemur MODERN SPECIES 22 ANKDD1A (ENSMICG00000002854) PLEKHO2 (ENSMICG00000047618) PIF1 (ENSMICG00000007373) RBPMS2 (ENSMICG00000029953) ENSMICG00000007349 OAZ2 (ENSMICG00000007344) ZNF609 (ENSMICG00000031327) TRIP4 (ENSMICG00000008679) PCLAF (ENSMICG00000008673) CSNK1G1 (ENSMICG00000003315) ENSMICG00000031175 PPIB (ENSMICG00000038643) SNX22 (ENSMICG00000000405) SNX1 (ENSMICG00000011078) ENSMICG00000036936 DAPK2 (ENSMICG00000011065) ##22 HERC1 (ENSMICG00000007158) FBXL22 (ENSMICG00000007146) ENSMICG00000034930 USP3 (ENSMICG00000007133) CA12 (ENSMICG00000007123) APH1B (ENSMICG00000007117) RAB8B (ENSMICG00000043942) ENSMICG00000007109 LACTB (ENSMICG00000007103) TPM1 (ENSMICG00000028096) TLN2 (ENSMICG00000002620) ENSMICG00000032839 ENSMICG00000042306 VPS13C (ENSMICG00000015617) RORA (ENSMICG00000010861) Bushbaby MODERN SPECIES 126 MTFMT (ENSOGAG00000010388) SPG21 (ENSOGAG00000010385) PLEKHO2 (ENSOGAG00000010379) PIF1 (ENSOGAG00000010371) RBPMS2 (ENSOGAG00000026017) OAZ2 (ENSOGAG00000012443) ZNF609 (ENSOGAG00000012432) TRIP4 (ENSOGAG00000012427) PCLAF (ENSOGAG00000003982) CSNK1G1 (ENSOGAG00000016882) PPIB 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ENSGT00390000003748 ENSGT00900000143730 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000153341.b.p.a.b.b.b.b.g.a ENSGT00940000154699 ENSGT00910000147045 ENSGT00940000163765.e.b ENSGT00940000163765.e.a Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Pan ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00390000007857 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT01010000222997 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a.m ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00940000164336 ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000153341.b.p.a.b.b.b.b.g.a ENSGT00940000154699 ENSGT00910000147045 ENSGT00940000163765.e.b ENSGT00940000163765.e.a ENSGT00950000183083.a.d.a Chimpanzee MODERN SPECIES 6 ANKDD1A (ENSPTRG00000007169) PLEKHO2 (ENSPTRG00000007168) PIF1 (ENSPTRG00000007166) RBPMS2 (ENSPTRG00000007165) OAZ2 (ENSPTRG00000007164) ENSPTRG00000044786 ZNF609 (ENSPTRG00000007163) TRIP4 (ENSPTRG00000007160) PCLAF (ENSPTRG00000007159) ENSPTRG00000043374 CSNK1G1 (ENSPTRG00000007157) PPIB (ENSPTRG00000007156) SNX22 (ENSPTRG00000048032) SNX1 (ENSPTRG00000007154) CIAO2A (ENSPTRG00000007153) DAPK2 (ENSPTRG00000007152) ##22 HERC1 (ENSPTRG00000007151) ENSPTRG00000051906 USP3 (ENSPTRG00000007149) CA12 (ENSPTRG00000051680) APH1B (ENSPTRG00000007146) RAB8B (ENSPTRG00000043064) ENSPTRG00000007144 LACTB (ENSPTRG00000007143) TPM1 (ENSPTRG00000007141) ENSPTRG00000043477 TLN2 (ENSPTRG00000007140) ENSPTRG00000050886 C2CD4B (ENSPTRG00000049027) C2CD4A (ENSPTRG00000030264) VPS13C (ENSPTRG00000007135) Gorilla MODERN SPECIES 6 ANKDD1A (ENSGGOG00000003179) 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TRIP4 (ENSPPYG00000006550) PCLAF (ENSPPYG00000006549) CSNK1G1 (ENSPPYG00000006548) PPIB (ENSPPYG00000041014) SNX22 (ENSPPYG00000040033) SNX1 (ENSPPYG00000006545) CIAO2A (ENSPPYG00000033735) ENSPPYG00000006543 ##22 HERC1 (ENSPPYG00000029751) ENSPPYG00000036524 USP3 (ENSPPYG00000006541) CA12 (ENSPPYG00000006540) APH1B (ENSPPYG00000006539) RAB8B (ENSPPYG00000006538) ENSPPYG00000006537 LACTB (ENSPPYG00000006536) TPM1 (ENSPPYG00000006534) TLN2 (ENSPPYG00000006533) ENSPPYG00000033556 C2CD4B (ENSPPYG00000006531) C2CD4A (ENSPPYG00000006530) VPS13C (ENSPPYG00000006529) RORA (ENSPPYG00000006528) Gibbon MODERN SPECIES 21 ANKDD1A (ENSNLEG00000012524) ENSNLEG00000031983 PLEKHO2 (ENSNLEG00000026992) ENSNLEG00000012512 ENSNLEG00000012505 OAZ2 (ENSNLEG00000034581) ENSNLEG00000012477 TRIP4 (ENSNLEG00000012455) PCLAF (ENSNLEG00000029458) CSNK1G1 (ENSNLEG00000012422) ENSNLEG00000027968 PPIB (ENSNLEG00000012419) SNX22 (ENSNLEG00000012416) SNX1 (ENSNLEG00000012400) CIAO2A (ENSNLEG00000033312) ENSNLEG00000012381 ##22 HERC1 (ENSNLEG00000012301) ENSNLEG00000012299 ENSNLEG00000029982 USP3 (ENSNLEG00000012274) CA12 (ENSNLEG00000012252) APH1B (ENSNLEG00000012240) RAB8B (ENSNLEG00000012227) RPS27L (ENSNLEG00000027571) LACTB (ENSNLEG00000012215) ENSNLEG00000012145 ENSNLEG00000006575 ENSNLEG00000012111 ENSNLEG00000031415 C2CD4A (ENSNLEG00000012098) VPS13C (ENSNLEG00000011894) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000154170.B ENSGT00910000148680 ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT01010000222997 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a.m.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000153341.b.p.a.b.b.b.b.g.a ENSGT00940000154699 ENSGT00910000147045 ENSGT00940000163765.e.b ENSGT00940000163765.e.a ENSGT00950000183083.a.d.a Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 49 ENSGT00390000007857 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT01010000222997 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a.m.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 3011 PLEKHO2 (ENSRROG00000037689) PIF1 (ENSRROG00000031261) RBPMS2 (ENSRROG00000006473) OAZ2 (ENSRROG00000037730) ENSRROG00000031151 ZNF609 (ENSRROG00000027300) TRIP4 (ENSRROG00000030525) PCLAF (ENSRROG00000038580) ENSRROG00000037413 CSNK1G1 (ENSRROG00000038647) PPIB (ENSRROG00000035509) SNX22 (ENSRROG00000030756) ENSRROG00000038172 SNX1 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(ENSCSAG00000012364) USP3 (ENSCSAG00000012354) CA12 (ENSCSAG00000012342) APH1B (ENSCSAG00000012332) RAB8B (ENSCSAG00000012326) LACTB (ENSCSAG00000012318) TPM1 (ENSCSAG00000012303) TLN2 (ENSCSAG00000012262) ENSCSAG00000012237 ENSCSAG00000012210 C2CD4B (ENSCSAG00000019738) C2CD4A (ENSCSAG00000019739) VPS13C (ENSCSAG00000012132) RORA (ENSCSAG00000012081) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000154170.B ENSGT00910000148680 ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT01010000222997 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a.m.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000153341.b.p.a.b.b.b.b.g.a ENSGT00940000154699 ENSGT00910000147045 ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 ENSGT00390000006883 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00940000154170.B ENSGT00910000148680 ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT01010000222997 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a.m.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000153341.b.p.a.b.b.b.b.g.a ENSGT00940000154699 ENSGT00910000147045 ENSGT00390000008820.e.b.a.a.a.a ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 Olive baboon MODERN SPECIES 17 SPG21 (ENSPANG00000016758) ANKDD1A (ENSPANG00000016757) ENSPANG00000034589 PLEKHO2 (ENSPANG00000016756) PIF1 (ENSPANG00000016755) RBPMS2 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ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000153341.b.p.a.b.b.b.b.g.a ENSGT00940000154699 ENSGT00910000147045 ENSGT00390000008820.e.b.a.a.a.a ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 Sooty mangabey MODERN SPECIES 336 SPG21 (ENSCATG00000043599) ANKDD1A (ENSCATG00000035001) PLEKHO2 (ENSCATG00000034692) PIF1 (ENSCATG00000030698) RBPMS2 (ENSCATG00000042116) OAZ2 (ENSCATG00000025657) ZNF609 (ENSCATG00000041765) ENSCATG00000037586 TRIP4 (ENSCATG00000041144) PCLAF (ENSCATG00000025742) CSNK1G1 (ENSCATG00000043325) PPIB (ENSCATG00000040323) SNX22 (ENSCATG00000002979) SNX1 (ENSCATG00000033770) CIAO2A (ENSCATG00000033389) DAPK2 (ENSCATG00000043801) ##22 HERC1 (ENSCATG00000031246) FBXL22 (ENSCATG00000033595) USP3 (ENSCATG00000026128) CA12 (ENSCATG00000029646) APH1B (ENSCATG00000031142) RAB8B 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ENSGT00390000017828 ENSGT00390000007857 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300.b ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a.m.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000153341.b.p.a.b.b.b.b.g.a ENSGT00940000154699 ENSGT00910000147045 ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 ENSGT00390000006883 Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 77 SPG21 (ENSMNEG00000040418) ANKDD1A (ENSMNEG00000037506) PLEKHO2 (ENSMNEG00000033712) PIF1 (ENSMNEG00000035581) RBPMS2 (ENSMNEG00000019330) OAZ2 (ENSMNEG00000014297) ZNF609 (ENSMNEG00000041662) ENSMNEG00000043120 TRIP4 (ENSMNEG00000033592) PCLAF (ENSMNEG00000030492) 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(ENSMMUG00000001587) ENSMMUG00000056092 TLN2 (ENSMMUG00000011503) C2CD4B (ENSMMUG00000058198) C2CD4A (ENSMMUG00000060717) ENSMMUG00000013725 VPS13C (ENSMMUG00000001362) Rhesus MODERN SPECIES 10 ENSMMUG00000059812 STAP2 (ENSMMUG00000000271) FSD1 (ENSMMUG00000000268) TMIGD2 (ENSMMUG00000045860) SHD (ENSMMUG00000028927) YJU2 (ENSMMUG00000010100) ANKRD24 (ENSMMUG00000028928) SIRT6 (ENSMMUG00000019955) CREB3L3 (ENSMMUG00000019954) ENSMMUG00000063002 MAP2K2 (ENSMMUG00000019564) ZBTB7A (ENSMMUG00000063320) PIAS4 (ENSMMUG00000011018) EEF2 (ENSMMUG00000022767) ENSMMUG00000065079 DAPK3 (ENSMMUG00000022765) ##22 NMRK2 (ENSMMUG00000015273) ENSMMUG00000056147 ENSMMUG00000064233 ATCAY (ENSMMUG00000039195) ZFR2 (ENSMMUG00000054579) MATK (ENSMMUG00000001917) RAX2 (ENSMMUG00000056802) MRPL54 (ENSMMUG00000044080) APBA3 (ENSMMUG00000009672) TJP3 (ENSMMUG00000028930) PIP5K1C (ENSMMUG00000008137) CACTIN (ENSMMUG00000028931) TBXA2R (ENSMMUG00000011403) GIPC3 (ENSMMUG00000011402) HMG20B (ENSMMUG00000018096) Crab-eating macaque DUPLICATION Crab-eating macaque MODERN SPECIES 17 PIF1 (ENSMFAG00000042218) RBPMS2 (ENSMFAG00000045343) OAZ2 (ENSMFAG00000000861) ENSMFAG00000050560 ZNF609 (ENSMFAG00000002867) TRIP4 (ENSMFAG00000036568) PCLAF (ENSMFAG00000064955) ENSMFAG00000063293 ENSMFAG00000000382 ENSMFAG00000065223 CSNK1G1 (ENSMFAG00000002355) PPIB (ENSMFAG00000000853) SNX22 (ENSMFAG00000042949) SNX1 (ENSMFAG00000040273) CIAO2A (ENSMFAG00000035924) DAPK2 (ENSMFAG00000028166) ##22 ENSMFAG00000064675 HERC1 (ENSMFAG00000042846) FBXL22 (ENSMFAG00000000573) USP3 (ENSMFAG00000016075) CA12 (ENSMFAG00000040970) APH1B (ENSMFAG00000050606) RAB8B (ENSMFAG00000054576) ENSMFAG00000039460 LACTB (ENSMFAG00000001322) ENSMFAG00000030943 TLN2 (ENSMFAG00000003975) ENSMFAG00000052652 ENSMFAG00000057223 ENSMFAG00000034175 ENSMFAG00000053675 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 10 SH3GL1 (ENSMFAG00000044037) MPND (ENSMFAG00000033303) STAP2 (ENSMFAG00000030521) FSD1 (ENSMFAG00000041951) SHD (ENSMFAG00000033388) YJU2 (ENSMFAG00000059349) TMIGD2 (ENSMFAG00000031969) EBI3 (ENSMFAG00000038770) ANKRD24 (ENSMFAG00000038641) SIRT6 (ENSMFAG00000001546) CREB3L3 (ENSMFAG00000040065) ENSMFAG00000053986 MAP2K2 (ENSMFAG00000039192) PIAS4 (ENSMFAG00000046119) NMRK2 (ENSMFAG00000033332) ENSMFAG00000028991 ##22 ENSMFAG00000052942 ENSMFAG00000040276 ATCAY (ENSMFAG00000002982) ZFR2 (ENSMFAG00000031215) RAX2 (ENSMFAG00000065615) MATK (ENSMFAG00000030470) MRPL54 (ENSMFAG00000003311) APBA3 (ENSMFAG00000044015) MFSD12 (ENSMFAG00000039649) TEKTIP1 (ENSMFAG00000036699) FZR1 (ENSMFAG00000003458) ##21 SMIM24 (ENSMFAG00000037612) NFIC (ENSMFAG00000000744) ENSMFAG00000050957 ENSMFAG00000031277 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000007857 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00860000136093 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00900000143730 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00900000143658 ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206 ENSGT00940000163765 Glires ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00390000007857 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00860000136093 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00900000143730 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00900000143658 ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206 ENSGT00940000163765 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000007857 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00940000170308 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000163765 ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 ENSGT00390000006883 ENSGT00940000154257.i.a Rabbit MODERN SPECIES 8 ENSOCUG00000031622 PLEKHO2 (ENSOCUG00000022486) PIF1 (ENSOCUG00000005347) RBPMS2 (ENSOCUG00000010388) OAZ2 (ENSOCUG00000017341) ZNF609 (ENSOCUG00000002325) TRIP4 (ENSOCUG00000002322) ENSOCUG00000032107 ENSOCUG00000022442 CSNK1G1 (ENSOCUG00000012015) ENSOCUG00000014619 PPIB (ENSOCUG00000012012) SNX1 (ENSOCUG00000005449) SNX22 (ENSOCUG00000021757) CIAO2A (ENSOCUG00000009575) DAPK2 (ENSOCUG00000000435) ##22 HERC1 (ENSOCUG00000014796) FBXL22 (ENSOCUG00000014791) USP3 (ENSOCUG00000014775) CA12 (ENSOCUG00000004632) APH1B (ENSOCUG00000004627) ENSOCUG00000035129 RAB8B (ENSOCUG00000010005) ENSOCUG00000038276 LACTB (ENSOCUG00000009995) ENSOCUG00000030711 TPM1 (ENSOCUG00000014122) TLN2 (ENSOCUG00000013064) ENSOCUG00000038392 ENSOCUG00000031516 ENSOCUG00000010276 Pika MODERN SPECIES 423 ENSOPRG00000004645 ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Kangaroo rat MODERN SPECIES 383 Sh3gl1 (ENSDORG00000012390) Mpnd (ENSDORG00000012389) Stap2 (ENSDORG00000012387) Fsd1 (ENSDORG00000012386) Shd (ENSDORG00000006647) Yju2 (ENSDORG00000006645) Ebi3 (ENSDORG00000006642) ENSDORG00000006638 ENSDORG00000027304 Sirt6 (ENSDORG00000003338) Creb3l3 (ENSDORG00000003335) Map2k2 (ENSDORG00000001269) Zbtb7a (ENSDORG00000002712) Pias4 (ENSDORG00000002710) Eef2 (ENSDORG00000012229) ENSDORG00000012226 ##22 Atcay (ENSDORG00000000661) Lsm7 (ENSDORG00000024460) Sppl2b (ENSDORG00000004034) Tmprss9 (ENSDORG00000002599) Timm13 (ENSDORG00000015661) Lmnb2 (ENSDORG00000002602) Gadd45b (ENSDORG00000025421) Gng7 (ENSDORG00000001766) Diras1 (ENSDORG00000006599) Slc39a3 (ENSDORG00000029412) Sgta (ENSDORG00000009907) Thop1 (ENSDORG00000008967) ENSDORG00000025434 Tle5 (ENSDORG00000029584) Gna11 (ENSDORG00000025425) Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 320 ENSJJAG00000000350 ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000017828 ENSGT00390000007857 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206.o ENSGT00940000162206.p ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000017828.s ENSGT00390000007857 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252.m ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b.u.a ENSGT00390000002049.c.b.u.b ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206.o ENSGT00940000162206.p ENSGT00950000183083.a.d.a Mouse MODERN SPECIES 18 Mtfmt (ENSMUSG00000059183) Spg21 (ENSMUSG00000032388) Ankdd1a (ENSMUSG00000066510) Plekho2 (ENSMUSG00000050721) Pif1 (ENSMUSG00000041064) Rbpms2 (ENSMUSG00000032387) Oaz2 (ENSMUSG00000040652) Zfp609 (ENSMUSG00000040524) Trip4 (ENSMUSG00000032386) Pclaf (ENSMUSG00000040204) Csnk1g1 (ENSMUSG00000032384) Ppib (ENSMUSG00000032383) Snx22 (ENSMUSG00000039452) Snx1 (ENSMUSG00000032382) Ciao2a (ENSMUSG00000032381) Dapk2 (ENSMUSG00000032380) ##22 Herc1 (ENSMUSG00000038664) Fbxl22 (ENSMUSG00000050503) Usp3 (ENSMUSG00000032376) Car12 (ENSMUSG00000032373) Aph1b (ENSMUSG00000032375) Aph1c (ENSMUSG00000053040) Rab8b (ENSMUSG00000036943) Rps27l (ENSMUSG00000036781) Lactb (ENSMUSG00000032370) Tpm1 (ENSMUSG00000032366) Tln2 (ENSMUSG00000052698) C2cd4b (ENSMUSG00000091956) C2cd4a (ENSMUSG00000047990) Vps13c (ENSMUSG00000035284) Rora (ENSMUSG00000032238) Rat MODERN SPECIES 18 Mtfmt (ENSRNOG00000014602) Spg21 (ENSRNOG00000015019) Ankdd1a (ENSRNOG00000015554) Plekho2 (ENSRNOG00000029242) Pif1 (ENSRNOG00000015878) Rbpms2 (ENSRNOG00000015896) Oaz2 (ENSRNOG00000015953) Zfp609 (ENSRNOG00000015977) Trip4 (ENSRNOG00000016121) Pclaf (ENSRNOG00000067723) Csnk1g1 (ENSRNOG00000016620) Ppib (ENSRNOG00000016781) Snx22 (ENSRNOG00000022852) Snx1 (ENSRNOG00000017029) Ciao2a (ENSRNOG00000017119) Dapk2 (ENSRNOG00000017332) ##22 Herc1 (ENSRNOG00000051671) Fbxl22 (ENSRNOG00000017684) Usp3 (ENSRNOG00000017714) Car12 (ENSRNOG00000017766) LOC691658 (ENSRNOG00000063302) LOC120094192 (ENSRNOG00000067077) Aph1b (ENSRNOG00000027295) Rab8b (ENSRNOG00000018009) Rps27l (ENSRNOG00000050473) Lactb (ENSRNOG00000018081) Tpm1 (ENSRNOG00000018184) Tln2 (ENSRNOG00000018373) C2cd4b (ENSRNOG00000065921) C2cd4a (ENSRNOG00000034236) Vps13c (ENSRNOG00000030213) Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 14 ENSPEMG00000031069 ENSPEMG00000022141 Tmprss9 (ENSPEMG00000017231) Timm13 (ENSPEMG00000011224) Lmnb2 (ENSPEMG00000021474) Gadd45b (ENSPEMG00000021504) Diras1 (ENSPEMG00000015735) Slc39a3 (ENSPEMG00000020829) Sgta (ENSPEMG00000020795) Thop1 (ENSPEMG00000023842) Creb3l3 (ENSPEMG00000008823) Map2k2 (ENSPEMG00000021952) Zbtb7a (ENSPEMG00000025614) Pias4 (ENSPEMG00000021214) Eef2 (ENSPEMG00000021167) ENSPEMG00000020977 ##22 Nmrk2 (ENSPEMG00000021630) Atcay (ENSPEMG00000021027) Zfr2 (ENSPEMG00000020763) Matk (ENSPEMG00000020804) Mrpl54 (ENSPEMG00000022929) Apba3 (ENSPEMG00000021227) Tjp3 (ENSPEMG00000021396) Pip5k1c (ENSPEMG00000020543) Cactin (ENSPEMG00000021732) Tbxa2r (ENSPEMG00000015376) Gipc3 (ENSPEMG00000014161) Hmg20b (ENSPEMG00000014935) Mfsd12 (ENSPEMG00000020766) Tektip1 (ENSPEMG00000029958) Fzr1 (ENSPEMG00000020284) ##21 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00860000136093 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00960000190216 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00900000143730 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00900000143658 ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000163765 ENSGT00950000183083.a.d.a Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 11 SPG21 (ENSSVLG00005022592) ANKDD1A (ENSSVLG00005022263) PLEKHO2 (ENSSVLG00005022144) PIF1 (ENSSVLG00005022000) RBPMS2 (ENSSVLG00005021946) OAZ2 (ENSSVLG00005021896) ENSSVLG00005021862 ZNF609 (ENSSVLG00005021804) TRIP4 (ENSSVLG00005021760) PCLAF (ENSSVLG00005021677) ENSSVLG00005020987 PPIB (ENSSVLG00005020844) SNX22 (ENSSVLG00005020773) SNX1 (ENSSVLG00005020669) CIAO2A (ENSSVLG00005020595) DAPK2 (ENSSVLG00005020537) ##22 HERC1 (ENSSVLG00005019826) FBXL22 (ENSSVLG00005019656) USP3 (ENSSVLG00005019582) CA12 (ENSSVLG00005019375) APH1B (ENSSVLG00005019139) RAB8B (ENSSVLG00005019069) ENSSVLG00005018915 LACTB (ENSSVLG00005018852) TPM1 (ENSSVLG00005018158) TLN2 (ENSSVLG00005017833) ENSSVLG00005017744 ENSSVLG00005017686 VPS13C (ENSSVLG00005014425) RORA (ENSSVLG00005013514) ICE2 (ENSSVLG00005013300) Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00950000183014.f.b.a.b ENSGT00940000157312.g ENSGT00940000154170.B ENSGT00530000063760.a ENSGT00530000063561 ENSGT00940000158086 ENSGT00940000157725 ENSGT00390000008748.b ENSGT00390000005300 ENSGT00510000048252 ENSGT00940000155628 ENSGT00940000158007 ENSGT00390000001280.a ENSGT00940000155889 ENSGT00390000017697.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00390000002049.c.b ENSGT00900000143658 ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000163765 ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 19 ENSHGLG00000013426 ENSHGLG00000018246 PLEKHO2 (ENSHGLG00000014806) PIF1 (ENSHGLG00000015390) RBPMS2 (ENSHGLG00000008504) Oaz2 (ENSHGLG00000034510) ENSHGLG00000045868 ZNF609 (ENSHGLG00000005885) TRIP4 (ENSHGLG00000009286) PCLAF (ENSHGLG00000042208) CSNK1G1 (ENSHGLG00000008107) PPIB (ENSHGLG00000036036) SNX22 (ENSHGLG00000016133) SNX1 (ENSHGLG00000015096) CIAO2A (ENSHGLG00000018054) DAPK2 (ENSHGLG00000013578) ##22 HERC1 (ENSHGLG00000015429) ENSHGLG00000006447 USP3 (ENSHGLG00000008193) ENSHGLG00000049466 ENSHGLG00000044085 ENSHGLG00000014469 CA12 (ENSHGLG00000036575) APH1B (ENSHGLG00000031885) ENSHGLG00000042104 RAB8B (ENSHGLG00000049367) ENSHGLG00000008830 LACTB (ENSHGLG00000049143) ENSHGLG00000013579 ENSHGLG00000006753 ENSHGLG00000032199 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Guinea pig MODERN SPECIES GALNT15 (ENSCPOG00000003476) ANKRD28 (ENSCPOG00000015199) BTD (ENSCPOG00000024569) PLEKHO2 (ENSCPOG00000030376) PIF1 (ENSCPOG00000008211) RBPMS2 (ENSCPOG00000007695) OAZ2 (ENSCPOG00000001960) ZNF609 (ENSCPOG00000001956) TRIP4 (ENSCPOG00000006483) PCLAF (ENSCPOG00000033197) CSNK1G1 (ENSCPOG00000000256) PPIB (ENSCPOG00000034437) SNX22 (ENSCPOG00000000254) SNX1 (ENSCPOG00000000253) CIAO2A (ENSCPOG00000033175) DAPK2 (ENSCPOG00000000890) ##22 ENSCPOG00000030019 ENSCPOG00000007146 PTP4A1 (ENSCPOG00000032105) LGSN (ENSCPOG00000008736) KHDRBS2 (ENSCPOG00000025621) PRIM2 (ENSCPOG00000003912) ENSCPOG00000035048 RAB23 (ENSCPOG00000030218) BAG2 (ENSCPOG00000040302) ZNF451 (ENSCPOG00000002491) BEND6 (ENSCPOG00000015453) DST (ENSCPOG00000005092) SMAD6 (ENSCPOG00000001535) SMAD3 (ENSCPOG00000021314) AAGAB (ENSCPOG00000000965) Sauria ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000159004 ENSGT00530000063615.a ENSGT00940000160050 ENSGT00990000205656 ENSGT00940000159237 ENSGT01000000215054 ENSGT00940000160088 ENSGT01030000234534.B.a.a.a.a ENSGT00940000159261 ENSGT00940000153487.b.a ENSGT00940000162053 ENSGT01030000234539.a.a.a ENSGT00940000154662 ENSGT00940000161753 ENSGT00940000154779.a.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000159842 ENSGT00940000158364 ENSGT00940000163125 ENSGT00950000182993.A.a ENSGT00550000075134 ENSGT00390000016128 ENSGT01050000244879.a.a.a ENSGT00940000155332.A ENSGT00940000158800 ENSGT00730000110920.b.a.a ENSGT00950000182907.b ENSGT00390000006876 ENSGT00940000158870 ENSGT00940000158404 ENSGT00940000159185 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000159004 ENSGT00960000189486 ENSGT00530000063615.a ENSGT00940000160050 ENSGT00990000205656 ENSGT00940000159237 ENSGT00940000160088 ENSGT01030000234534.B.a.a.a.a ENSGT00940000159261 ENSGT00940000153487.b.a ENSGT00940000162053 ENSGT01030000234539.a.a.a ENSGT00940000154662 ENSGT00940000161753 ENSGT00940000154779.a.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000159842 ENSGT00940000158364 ENSGT00940000163125 ENSGT00950000182993.A.a ENSGT00550000075134 ENSGT00390000016128 ENSGT00940000166580 ENSGT01050000244879.a.a.a ENSGT00940000155332.A ENSGT00940000158800 ENSGT00730000110920.b.a.a ENSGT00950000182907.b ENSGT00390000006876 ENSGT00940000158870 ENSGT00940000158404 Cryptodira ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Testudinidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Abingdon island giant tortoise MODERN SPECIES STAP2 (ENSCABG00000001769) FSD1 (ENSCABG00000001768) ENSCABG00000001765 SHD (ENSCABG00000001762) YJU2 (ENSCABG00000001760) EBI3 (ENSCABG00000001755) ENSCABG00000001754 ENSCABG00000001752 SIRT6 (ENSCABG00000001750) ENSCABG00000001748 CREB3L3 (ENSCABG00000001744) MAP2K2 (ENSCABG00000001574) ZBTB7A (ENSCABG00000001566) PIAS4 (ENSCABG00000001521) EEF2 (ENSCABG00000001509) ENSCABG00000001506 ##22 ENSCABG00000001505 ATCAY (ENSCABG00000001480) ENSCABG00000001475 NRTN (ENSCABG00000001472) DUS3L (ENSCABG00000001466) PRR22 (ENSCABG00000001462) ENSCABG00000001457 RFX2 (ENSCABG00000000813) ACSBG2 (ENSCABG00000000769) MLLT1 (ENSCABG00000000749) ACER1 (ENSCABG00000000748) ENSCABG00000000744 ZNF414 (ENSCABG00000000742) MYO1F (ENSCABG00000000392) ADAMTS10 (ENSCABG00000000218) Archosauria ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000159004 ENSGT00960000189486 ENSGT00530000063615.a ENSGT00940000160050 ENSGT00990000205656 ENSGT00940000159237 ENSGT00940000160088 ENSGT01030000234534.B.a.a.a.a ENSGT00940000159261 ENSGT00940000153487.b.a ENSGT00940000162053 ENSGT01030000234539.a.a.a ENSGT00940000154662 ENSGT00940000161753 ENSGT00940000154779.a.a ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000159842 ENSGT00940000158364 ENSGT00940000163125 ENSGT00950000182993.A.a ENSGT00550000075134 ENSGT00390000016128 ENSGT00940000166580 ENSGT01050000244879.a.a.a ENSGT00940000155332.A ENSGT00940000158800 ENSGT00730000110920.b.a.a ENSGT00950000182907.b ENSGT00390000006876 ENSGT00940000158870 ENSGT00940000158404 Aves ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Neognathae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Phasianidae ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00500000044945.a ENSGT00940000154201.a.a.b.d ENSGT00940000162487 ENSGT00390000002629 ENSGT00940000155916.h ENSGT00940000155916.g ENSGT00940000160191 ENSGT00530000063841.b ENSGT00940000159440 ENSGT00950000186319 ENSGT00940000159004 ENSGT00530000063615.a ENSGT00940000162053 ENSGT01030000234539.a.a.a ENSGT00940000154662 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000159842 ENSGT00940000158364 ENSGT00940000163125 ENSGT00950000182993.A.a ENSGT00550000075134 ENSGT00960000189545 ENSGT00940000166580 ENSGT01050000244879.a.a.a ENSGT00940000155332.A ENSGT00940000158800 ENSGT00730000110920.b.a.a ENSGT00950000182907.b ENSGT00390000006876 ENSGT00940000158870 ENSGT00940000158404 Japanese quail MODERN SPECIES 20 NCLN (ENSCJPG00005009756) ENSCJPG00005009758 CELF5 (ENSCJPG00005009760) HSD11B1L (ENSCJPG00005009762) MICOS13 (ENSCJPG00005009764) ENSCJPG00005009765 ENSCJPG00005009767 FSD1 (ENSCJPG00005009773) ENSCJPG00005009774 SHD (ENSCJPG00005009775) YJU2 (ENSCJPG00005009776) ZBTB7A (ENSCJPG00005009777) ENSCJPG00005009778 PIAS4 (ENSCJPG00005009779) EEF2 (ENSCJPG00005009780) ENSCJPG00005009782 ##22 NMRK2 (ENSCJPG00005009783) ATCAY (ENSCJPG00005009817) ENSCJPG00005009818 NRTN (ENSCJPG00005009820) DUS3L (ENSCJPG00005009823) RFX2 (ENSCJPG00005009826) ACSBG2 (ENSCJPG00005009830) MLLT1 (ENSCJPG00005009832) ACER1 (ENSCJPG00005009833) ENSCJPG00005009834 ZNF414 (ENSCJPG00005009835) MYO1F (ENSCJPG00005009837) ADAMTS10 (ENSCJPG00005009838) ZAP70 (ENSCJPG00005009839) NFILZ (ENSCJPG00005009841) Phasianidae_b ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT01050000244887.B ##33 ENSGT00500000044945.a ENSGT00940000154201.a.a.b.d ENSGT00940000162487 ENSGT00390000002629 ENSGT00940000155916.h ENSGT00940000155916.g ENSGT00940000160191 ENSGT00530000063841.b ENSGT00940000159440 ENSGT00940000159004 ENSGT00530000063615.a ENSGT00940000162053 ENSGT01030000234539.a.a.a ENSGT00940000154662 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000159842 ENSGT00940000158364 ENSGT00940000163125 ENSGT00950000182993.A.a ENSGT00550000075134 ENSGT00960000189545 ENSGT00940000166580 ENSGT01050000244879.a.a.a ENSGT00940000155332.A ENSGT00940000158800 ENSGT00730000110920.b.a.a ENSGT00950000182907.b ENSGT00390000006876 ENSGT00940000158870 ENSGT00940000158404 Turkey MODERN SPECIES 3 ENSMGAG00000004364 ENSMGAG00000018001 ENSMGAG00000004247 ENSMGAG00000017595 ENSMGAG00000004207 ENSMGAG00000016121 ENSMGAG00000004190 ENSMGAG00000020980 RAB8B (ENSMGAG00000004169) ENSMGAG00000004066 ENSMGAG00000004108 ENSMGAG00000022596 ENSMGAG00000018217 ENSMGAG00000016858 ENSMGAG00000004006 ENSMGAG00000003962 ##22 ENSMGAG00000003929 ENSMGAG00000003899 ENSMGAG00000003806 ENSMGAG00000003861 ENSMGAG00000018857 ENSMGAG00000003766 ENSMGAG00000003789 CRABP1 (ENSMGAG00000022948) ENSMGAG00000003688 ENSMGAG00000003685 ENSMGAG00000003682 ENSMGAG00000003578 ENSMGAG00000003610 CHRNB4 (ENSMGAG00000003559) ENSMGAG00000003497 Chicken DUPLICATION Chicken MODERN SPECIES 1 NRG4 (ENSGALG00010024121) FBXO22 (ENSGALG00010024135) UBE2Q2 (ENSGALG00010024143) CHRNB4 (ENSGALG00010024157) CHRNA3 (ENSGALG00010024167) CHRNA5 (ENSGALG00010024185) PSMA4 (ENSGALG00010024195) IREB2 (ENSGALG00010024201) CRABP1 (ENSGALG00010024214) WDR61 (ENSGALG00010024240) DNAJA4 (ENSGALG00010024258) ACSBG1 (ENSGALG00010024274) IDH3A (ENSGALG00010024322) CIB2 (ENSGALG00010024377) TBC1D2B (ENSGALG00010024391) DAPK2 (ENSGALG00010024421) ##22 HERC1 (ENSGALG00010024437) FBXL22 (ENSGALG00010024463) USP3 (ENSGALG00010024482) CA12 (ENSGALG00010024499) RAB8B (ENSGALG00010024506) RPS27L (ENSGALG00010024508) LACTB (ENSGALG00010024517) TPM1 (ENSGALG00010024570) TLN2 (ENSGALG00010024582) C2CD4A (ENSGALG00010024601) VPS13C (ENSGALG00010024618) RORA (ENSGALG00010024646) ICE2 (ENSGALG00010024663) ANXA2 (ENSGALG00010024693) FOXB1 (ENSGALG00010024704) Chicken MODERN SPECIES 20 CELF5 (ENSGALG00010027133) HSD11B1L (ENSGALG00010027139) C19orf70 (ENSGALG00010027151) SAFB (ENSGALG00010027163) ENSGALG00010027176 MPND (ENSGALG00010027184) ENSGALG00010027189 FSD1 (ENSGALG00010028415) ENSGALG00010028417 SHD (ENSGALG00010028506) CCDC94 (ENSGALG00010027116) ZBTB7A (ENSGALG00010028421) ENSGALG00010028424 PIAS4 (ENSGALG00010027113) EEF2 (ENSGALG00010027732) DAPK3 (ENSGALG00010027814) ##22 NMRK2 (ENSGALG00010027821) ATCAY (ENSGALG00010027831) ENSGALG00010027838 NRTN (ENSGALG00010027847) DUS3L (ENSGALG00010027102) ENSGALG00010027104 LARP6L (ENSGALG00010028423) RFX2 (ENSGALG00010027873) ACSBG2 (ENSGALG00010028562) MLLT1 (ENSGALG00010028568) ACER1 (ENSGALG00010028570) ANP32B (ENSGALG00010028543) ZNF414 (ENSGALG00010028544) MYO1F (ENSGALG00010028548) ADAMTS10 (ENSGALG00010028549) Neognathae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Passeriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Passeriformes_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Passeriformes_g ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Passeroidea ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000158708.b ENSGT00940000158487 ENSGT00940000159270 ENSGT00550000074827 ENSGT00390000011314 ENSGT00940000157796 ENSGT00940000159422 ENSGT00940000153533.a ENSGT00960000191044 ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A ENSGT00940000157327 ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 Zebra finch MODERN SPECIES 1 FBXO22 (ENSTGUG00000003514) UBE2Q2 (ENSTGUG00000003485) CHRNB4 (ENSTGUG00000027935) CHRNA3 (ENSTGUG00000003469) CHRNA5 (ENSTGUG00000003451) PSMA4 (ENSTGUG00000023810) IREB2 (ENSTGUG00000003332) CRABP1 (ENSTGUG00000003323) ENSTGUG00000025932 WDR61 (ENSTGUG00000003308) DNAJA4 (ENSTGUG00000003285) ENSTGUG00000021533 IDH3A (ENSTGUG00000003253) CIB2 (ENSTGUG00000003241) TBC1D2B (ENSTGUG00000003235) DAPK2 (ENSTGUG00000003221) ##22 HERC1 (ENSTGUG00000003191) FBXL22 (ENSTGUG00000026997) USP3 (ENSTGUG00000003160) CA12 (ENSTGUG00000023891) Neognathae_c ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000158708.b ENSGT00940000158487 ENSGT00940000159270 ENSGT00550000074827 ENSGT00390000011314 ENSGT00940000157796 ENSGT00940000159422 ENSGT00940000153533.a ENSGT00940000155707 ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A ENSGT00940000157327 ENSGT00940000157737.l ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000157737.k ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206 ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 ENSGT01010000223714 ENSGT00390000006883 ENSGT00940000154257 Golden eagle MODERN SPECIES 21 UBE2Q2 (ENSACCG00020001455) CHRNB4 (ENSACCG00020001478) CHRNA3 (ENSACCG00020001492) CHRNA5 (ENSACCG00020001509) PSMA4 (ENSACCG00020001523) HYKK (ENSACCG00020001546) IREB2 (ENSACCG00020001566) CRABP1 (ENSACCG00020001587) SKIC8 (ENSACCG00020001601) DNAJA4 (ENSACCG00020001628) ACSBG1 (ENSACCG00020001644) IDH3A (ENSACCG00020001671) CIB2 (ENSACCG00020001701) ENSACCG00020001712 ENSACCG00020001722 DAPK2 (ENSACCG00020001767) ##22 HERC1 (ENSACCG00020001827) FBXL22 (ENSACCG00020001892) USP3 (ENSACCG00020001910) CA12 (ENSACCG00020001934) RAB8B (ENSACCG00020001969) RPS27L (ENSACCG00020002006) LACTB (ENSACCG00020002024) TPM1 (ENSACCG00020002124) TLN2 (ENSACCG00020002284) ENSACCG00020002386 VPS13C (ENSACCG00020003550) RORA (ENSACCG00020004236) ICE2 (ENSACCG00020004246) ANXA2 (ENSACCG00020004261) FOXB1 (ENSACCG00020004266) Kakapo MODERN SPECIES 13 ACER1 (ENSSHBG00005016101) MLLT1 (ENSSHBG00005016105) ACSBG2 (ENSSHBG00005016127) RFX2 (ENSSHBG00005016885) ENSSHBG00005016968 FBN3 (ENSSHBG00005017003) EBI3 (ENSSHBG00005017066) ANKRD24 (ENSSHBG00005017072) SIRT6 (ENSSHBG00005017080) CREB3L3 (ENSSHBG00005017085) MAP2K2 (ENSSHBG00005017092) ZBTB7A (ENSSHBG00005017095) ENSSHBG00005017098 PIAS4 (ENSSHBG00005017101) EEF2 (ENSSHBG00005017109) ENSSHBG00005017116 ##22 ENSSHBG00005017120 ATCAY (ENSSHBG00005017123) ENSSHBG00005017126 DUS3L (ENSSHBG00005017130) TIMM44 (ENSSHBG00005017134) HNRNPM (ENSSHBG00005017146) LMNB2 (ENSSHBG00005017159) TIMM13 (ENSSHBG00005017163) ENSSHBG00005017170 ENSSHBG00005017173 ENSSHBG00005017183 SPPL2B (ENSSHBG00005017241) LSM7 (ENSSHBG00005017245) ENSSHBG00005017248 ENSSHBG00005017251 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Episquamata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Toxicofera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Elapidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES 135 ENSGT00390000003488.a.b.a ENSGT00390000000777 ENSGT00940000153321.b.a.t ENSGT00940000153321.b.a.u ENSGT01000000215054 ENSGT00940000160088 ENSGT00940000159237 ENSGT00940000159261 ENSGT00940000153487.b.a.q.a ENSGT00940000162053 ENSGT00940000166634 ENSGT01030000234539.a.a.a ENSGT00940000154662 ENSGT00940000161753 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000154779.a.a Blue-lipped sea krait DUPLICATION Blue-lipped sea krait MODERN SPECIES 5227 EEF2 (ENSLLTG00000003465) ENSLLTG00000003510 ##22 Blue-lipped sea krait MODERN SPECIES 5671 ENSLLTG00000009839 ##22 ENSLLTG00000009829 Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES 142 ENSGT01000000215054 ENSGT00940000160088 ENSGT00940000159237 ENSGT00940000159261 ENSGT00940000153487.b.a.q.a ENSGT00940000162053 ENSGT00940000166634 ENSGT01030000234539.a.a.a ENSGT00940000154662 ENSGT00940000161753 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000154779.a.a Eastern brown snake MODERN SPECIES 171 TNFAIP8L1 (ENSPTXG00000017715) MYDGF (ENSPTXG00000017716) ENSPTXG00000017717 ENSPTXG00000017718 ENSPTXG00000017719 ANKRD24 (ENSPTXG00000017721) CREB3L3 (ENSPTXG00000017722) MAP2K2 (ENSPTXG00000017723) ENSPTXG00000017724 ENSPTXG00000011168 PIAS4 (ENSPTXG00000011170) ENSPTXG00000011171 ##22 ENSPTXG00000011174 Laterata ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00950000183065.A ENSGT00950000183065.D ENSGT00940000158898 ENSGT00940000160582 ENSGT00940000166061.a ENSGT00940000157602 ENSGT00940000160579 ENSGT00390000016607.a ENSGT00940000156573 ENSGT00940000157691 ENSGT00940000155405 ENSGT00940000157461 ENSGT00390000004985.b ENSGT00940000157737 ENSGT00940000153424.a.a.c.b ##22 ENSGT00940000153424.a.a.d ##22 ENSGT00940000155907.b ENSGT00390000003748 ENSGT00940000157850 ENSGT00940000159282 ENSGT00940000155363 ENSGT00950000182891.a.a.a ENSGT00390000001062 ENSGT01030000234542.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154699 ENSGT00940000162206 ENSGT00950000183083.a.d.a ENSGT00940000157387 ENSGT00390000006883 ENSGT00940000154257 ENSGT00940000160522 Argentine black and white tegu DUPLICATION Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 95 ENSSMRG00000022667 ENSSMRG00000022666 MYZAP (ENSSMRG00000022665) POLR2M (ENSSMRG00000022664) ALDH1A2 (ENSSMRG00000022663) AQP9 (ENSSMRG00000022662) LIPC (ENSSMRG00000022661) ADAM10 (ENSSMRG00000022660) MINDY2 (ENSSMRG00000022659) SLTM (ENSSMRG00000022658) RNF111 (ENSSMRG00000022657) CCNB2 (ENSSMRG00000022656) MYO1E (ENSSMRG00000022655) FAM81A (ENSSMRG00000022654) TBC1D2B (ENSSMRG00000022653) DAPK2 (ENSSMRG00000022652) ##22 HERC1 (ENSSMRG00000022651) FBXL22 (ENSSMRG00000022650) USP3 (ENSSMRG00000022392) CA12 (ENSSMRG00000022390) RAB8B (ENSSMRG00000022389) LACTB (ENSSMRG00000022388) TPM1 (ENSSMRG00000022387) TLN2 (ENSSMRG00000016377) ENSSMRG00000016374 VPS13C (ENSSMRG00000016373) RORA (ENSSMRG00000016372) ICE2 (ENSSMRG00000016371) ANXA2 (ENSSMRG00000016370) FOXB1 (ENSSMRG00000016369) BNIP2 (ENSSMRG00000016368) Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 94 ENSSMRG00000016347 SBNO2 (ENSSMRG00000016348) STK11 (ENSSMRG00000016349) CBARP (ENSSMRG00000016350) CIRBP (ENSSMRG00000016351) MIDN (ENSSMRG00000016352) ATP5F1D (ENSSMRG00000016353) ENSSMRG00000016354 EFNA2 (ENSSMRG00000016355) ENSSMRG00000016357 ENSSMRG00000016358 MAP2K2 (ENSSMRG00000016359) ZBTB7A (ENSSMRG00000016360) PIAS4 (ENSSMRG00000016361) EEF2 (ENSSMRG00000016362) ENSSMRG00000016364 ##22 ENSSMRG00000016365 Cyclostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.a.a ##22 Hagfish MODERN SPECIES 1380 nsa2 (ENSEBUG00000009588) ENSEBUG00000001033 ENSEBUG00000004460 ENSEBUG00000003041 ENSEBUG00000010628 ENSEBUG00000005800 ENSEBUG00000003949 psma4 (ENSEBUG00000009681) slc25a44a (ENSEBUG00000006984) crabp2b (ENSEBUG00000015443) dapk2a (ENSEBUG00000011743) ##22 ENSEBUG00000012768 ENSEBUG00000009184 rps2 (ENSEBUG00000015127) ENSEBUG00000010517 ENSEBUG00000014076 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.b ##22 Cyclostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000153424.b ##22 Lamprey MODERN SPECIES 194 ENSPMAG00000001161 ENSPMAG00000001160 TMEM128 (ENSPMAG00000001158) echs1 (ENSPMAG00000001148) ENSPMAG00000001147 ##22 ENSPMAG00000001140 gpat4 (ENSPMAG00000001118) gatd3 (ENSPMAG00000001112) Hagfish MODERN SPECIES 244 ENSEBUG00000008740 ENSEBUG00000016359 ENSEBUG00000003780 ENSEBUG00000011768 ENSEBUG00000013590 smu1a (ENSEBUG00000002738) DNAJA4 (ENSEBUG00000003597) ENSEBUG00000012257 ENSEBUG00000008277 ENSEBUG00000016870 ENSEBUG00000004869 ##22 CHRNB4 (ENSEBUG00000010110) Ciona ANCESTRAL SPECIES 357 ENSGT00390000005870 ENSGT00390000003012 ENSGT00940000167904 ENSGT00940000153424 #22 Ciona savignyi MODERN SPECIES 155 ENSCSAVG00000002160 ENSCSAVG00000002156 ENSCSAVG00000002120 ENSCSAVG00000002116 ENSCSAVG00000002111 ENSCSAVG00000002106 ENSCSAVG00000002103 ENSCSAVG00000002100 ENSCSAVG00000002063 ENSCSAVG00000001965 ENSCSAVG00000001961 ENSCSAVG00000001953 ENSCSAVG00000001924 ENSCSAVG00000001918 ENSCSAVG00000001914 ENSCSAVG00000001908 #22 ENSCSAVG00000001906 ENSCSAVG00000001905 ENSCSAVG00000001786 ENSCSAVG00000001332 ENSCSAVG00000001330 ENSCSAVG00000001300 ENSCSAVG00000001297 ENSCSAVG00000001276 Ciona intestinalis MODERN SPECIES 6 ENSCING00000019144 ENSCING00000023142 ENSCING00000003089 ENSCING00000019826 ENSCING00000018317 ENSCING00000003062 ENSCING00000003060 ENSCING00000023098 ENSCING00000020227 ENSCING00000021476 ENSCING00000022646 ENSCING00000022961 ENSCING00000021403 ENSCING00000020740 ENSCING00000020358 ENSCING00000022737 #22 ENSCING00000023029 ENSCING00000021714 ENSCING00000009116 ENSCING00000009117 ENSCING00000009118 ENSCING00000025117 ENSCING00000022162 ENSCING00000019961 ENSCING00000009121 ENSCING00000020083 ENSCING00000009122 ENSCING00000011382 ENSCING00000018960 ENSCING00000019562 ENSCING00000021548