Chordata DUPLICATION Chordata DUPLICATION Chordata DUPLICATION Chordata DUPLICATION Chordata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000156942 #25 ENSGT00950000182997.a.a #26 ENSGT00940000157755 #27 ENSGT00390000018475 #28 ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00930000150950.a #30 ENSGT00940000157252 #31 ENSGT00940000155002.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085 ENSGT00940000161191.A #17 ENSGT01090000260098.B #18 ENSGT00940000154453.a.b.b #19 ENSGT00940000156952 #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169 #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00940000155003.e.a ENSGT00940000154801 ENSGT00950000182860.a.a.b ENSGT00950000183208.B ENSGT00390000014526 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ENSGT00390000018475 #28 ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00930000150950.a #30 ENSGT00940000157252 #31 ENSGT00940000155002.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085 ENSGT00940000161191.A #17 ENSGT01090000260098.B #18 ENSGT00940000154453.a.b.b #19 ENSGT00980000202875 ENSGT00940000156952 #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169 #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00390000009751 ENSGT00940000155003.e.a ENSGT00940000154801 ENSGT00950000182860.a.a.b ENSGT00950000183208.B ENSGT00390000014526 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000015348 ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000159227 ENSGT00940000154101.b ENSGT00440000037780.a Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000157755 #27 ENSGT00390000018475 #28 ENSGT00390000008527.k.b ##29 ENSGT00390000008527.k.a #29 ENSGT00930000150950.a #30 ENSGT00940000157252 #31 ENSGT00940000155002.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085 ENSGT00940000161191.A #17 ENSGT01090000260098.B #18 ENSGT00940000154453.a.b.b #19 ENSGT00980000202875 ENSGT00940000156952 #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169 #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00390000009751 ENSGT00940000155003.e.a ENSGT00940000154801 ENSGT00950000182860.a.a.b ENSGT00950000183208.B ENSGT00390000014526 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000015348 ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000159227 ENSGT00940000154101.b ENSGT00440000037780.a Eutheria ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00950000186015 ENSGT00940000157755 #27 ENSGT00390000018475 #28 ENSGT00390000008527.k.b ##29 ENSGT00390000008527.k.a #29 ENSGT00930000150950.a #30 ENSGT00940000157252 #31 ENSGT00940000155002.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085 ENSGT00940000161191.A #17 ENSGT01090000260098.B #18 ENSGT00940000154453.a.b.b #19 ENSGT00940000156952 #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169 #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00390000009751 ENSGT00940000155003.e.a ENSGT00940000154801 ENSGT00950000182860.a.a.b ENSGT00950000183208.B ENSGT00390000014526 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000015348 ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000159227 ENSGT00940000154101.b ENSGT00440000037780.a Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000161191.A #17 ENSGT01090000260098.B #18 ENSGT00940000154453.a.b.b #19 ENSGT00940000156952 #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169 #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00940000164808 ENSGT00390000009751 ENSGT00940000155003.e.a ENSGT00940000154801 ENSGT00950000182860.a.a.b ENSGT00950000183208.B ENSGT00390000014526 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000015348 ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000159227 ENSGT00390000003031 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000161191.A #17 ENSGT01090000260098.B #18 ENSGT00940000154453.a.b.b #19 ENSGT00940000156952 #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169 #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00940000164808 ENSGT00390000009751 ENSGT00940000155003.e.a ENSGT00940000154801 ENSGT00950000182860.a.a.b ENSGT00950000183208.B ENSGT00390000014526 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000015348 ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000159227 ENSGT00390000003031 Primates ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00940000161191.A #17 ENSGT01090000260098.B #18 ENSGT00910000148002 ENSGT00940000154453.a.b.b #19 ENSGT00940000156952 #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169 #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00940000164808 ENSGT00390000009751 ENSGT00940000155003.e.a ENSGT00940000154801 ENSGT00950000182860.a.a.b ENSGT00950000183208.B ENSGT00390000014526 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000003031 ENSGT00940000159227 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000158582 ENSGT00390000015348 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00940000161191.A #17 ENSGT01090000260098.B #18 ENSGT00910000148002 ENSGT00940000154453.a.b.b #19 ENSGT00940000156952 #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169 #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00390000009751 ENSGT00940000155003.e.a ENSGT00940000154801 ENSGT00950000182860.a.a.b ENSGT00950000183208.B ENSGT00390000014526 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000015348 ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000159227 ENSGT00940000154101.b ENSGT00440000037780.a Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES 42 ENSGT00390000001775.B #8 ENSGT00390000011492 #9 ENSGT00390000007134 #10 ENSGT00530000063808.b #11 ENSGT00390000014429.b #12 ENSGT00940000156776 #13 ENSGT00390000003057 #14 ENSGT00940000154045.a #15 ENSGT00390000003721.d.b #16 ENSGT00940000161191.A #17 ENSGT01090000260098.B #18 ENSGT00910000148002 ENSGT00940000154453.a.b.b #19 ENSGT00940000156952.o.a #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169 #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00950000183125.a #35 ENSGT00530000064318 #36 ENSGT00940000154315.b #37 ENSGT00940000157926 ENSGT00940000156715 ENSGT00910000148495 ENSGT00940000155461.E ENSGT00940000159247 ENSGT00710000106806 ENSGT00390000006837.d ENSGT00390000005903 ENSGT00940000157945 ENSGT00940000158317 Mouse lemur DUPLICATION Mouse lemur MODERN SPECIES 17 SEPHS1 (ENSMICG00000007329) #7 PHYH (ENSMICG00000035907) #8 UCMA (ENSMICG00000044971) #9 ENSMICG00000009532 #10 OPTN (ENSMICG00000009520) #11 CCDC3 (ENSMICG00000027860) #12 CAMK1D (ENSMICG00000012043) #13 CDC123 (ENSMICG00000004919) #14 NUDT5 (ENSMICG00000004911) #15 ENSMICG00000004906 #16 FZD8 (ENSMICG00000034564) #17 GJD4 (ENSMICG00000044444) #18 CCNY (ENSMICG00000017163) #19 ENSMICG00000000835 #20 CUL2 (ENSMICG00000000831) #21 PARD3 (ENSMICG00000008515) #22 ENSMICG00000036552 #23 NRP1 (ENSMICG00000008497) #24 ZMYND11 (ENSMICG00000010021) #25 DIP2C (ENSMICG00000005674) #26 LARP4B (ENSMICG00000001301) #27 GTPBP4 (ENSMICG00000013332) #28 ENSMICG00000045735 #29 WDR37 (ENSMICG00000032267) #30 ADARB2 (ENSMICG00000047603) #31 ENSMICG00000030269 #32 ENSMICG00000042330 #33 ITGB1 (ENSMICG00000008479) #34 DHTKD1 (ENSMICG00000001727) #35 UPF2 (ENSMICG00000001716) #36 PROSER2 (ENSMICG00000032687) #37 Mouse lemur MODERN SPECIES 1 ENSMICG00000046188 GBGT1 (ENSMICG00000010686) RALGDS (ENSMICG00000010670) CEL (ENSMICG00000033505) GTF3C5 (ENSMICG00000010660) GFI1B (ENSMICG00000010656) TSC1 (ENSMICG00000010639) SPACA9 (ENSMICG00000010636) ENSMICG00000016589 AK8 (ENSMICG00000010627) GTF3C4 (ENSMICG00000030831) DDX31 (ENSMICG00000010581) BARHL1 (ENSMICG00000045524) CFAP77 (ENSMICG00000010567) TTF1 (ENSMICG00000044842) ENSMICG00000032240 ##22 SETX (ENSMICG00000033597) NTNG2 (ENSMICG00000003678) MED27 (ENSMICG00000003670) ENSMICG00000031134 RAPGEF1 (ENSMICG00000006835) PRRT1B (ENSMICG00000044047) UCK1 (ENSMICG00000004903) POMT1 (ENSMICG00000004891) PRRC2B (ENSMICG00000004880) PLPP7 (ENSMICG00000034614) FAM78A (ENSMICG00000007812) NUP214 (ENSMICG00000007790) LAMC3 (ENSMICG00000045226) FIBCD1 (ENSMICG00000031437) QRFP (ENSMICG00000015518) Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 49 ENSGT00390000011492 #9 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ENSOGAG00000030774 BAMBI (ENSOGAG00000002860) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 32 ENSGT00940000161191.A #17 ENSGT01090000260098.B #18 ENSGT00910000148002 ENSGT00940000154453.a.b.b #19 ENSGT00940000156952 #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169 #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00940000164808 ENSGT00390000009751 ENSGT00940000155003.e.a ENSGT00940000154801 ENSGT00950000182860.a.a.b ENSGT00950000183208.B ENSGT00390000014526 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000003031 ENSGT00940000159227 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000158582 ENSGT00390000015348 Tarsier MODERN SPECIES 5822 CELF3 (ENSTSYG00000033066) SNX27 (ENSTSYG00000008074) TUFT1 (ENSTSYG00000008414) CGN (ENSTSYG00000012029) ENSTSYG00000028013 PARD3 (ENSTSYG00000009870) #22 ENSTSYG00000026187 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00940000161191.A #17 ENSGT01090000260098.B #18 ENSGT00910000148002 ENSGT00940000154453.a.b.b #19 ENSGT00940000156952 #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169 #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00940000164808 ENSGT00390000009751 ENSGT00940000155003.e.a ENSGT00940000154801 ENSGT00950000182860.a.a.b ENSGT00950000183208.B ENSGT00390000014526 ENSGT00940000154653 ENSGT00940000159227 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000158582 ENSGT00390000015348 ENSGT00550000074817.e.a.b Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000161191.A #17 ENSGT01090000260098.B #18 ENSGT00910000148002 ENSGT00940000154453.a.b.b #19 ENSGT00940000156952 #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169 #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00940000164808 ENSGT00390000009751 ENSGT00940000155003.e.a ENSGT00940000154801 ENSGT00950000182860.a.a.b ENSGT00950000183208.B ENSGT00390000014526 ENSGT00940000154653.oe.a ENSGT00940000159227 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000158582 ENSGT00390000015348 ENSGT00910000147147 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000162173.e.a ENSGT00410000029079 ENSGT00940000154453.b.a.a.a.a ##19 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ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00940000160407.n ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169 #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00940000164808 ENSGT00940000155003.e.a ENSGT00940000154801 ENSGT00950000182860.a.a.b ENSGT00950000183208.B ENSGT00390000014526 ENSGT00940000154653.oe.b ENSGT00940000159227.p.a ENSGT00940000158806 ENSGT00910000147809 ENSGT00940000158582 ENSGT00390000015348 ENSGT00940000154653.oe.a Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00940000165451 ENSGT00940000162173.e.a ENSGT00410000029079 ENSGT00940000162764.B ENSGT00940000162173.e.b ENSGT00940000159981 ENSGT00940000161962 ENSGT00950000182984.b.a.a.f ENSGT00940000161191.A #17 ENSGT01090000260098.B #18 ENSGT00910000148002 ENSGT00940000154453.a.b.b #19 ENSGT00940000156952 #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00940000160407.n ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169 #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00940000164808 ENSGT00940000155003.e.a ENSGT00940000154801 ENSGT00950000182860.a.a.b 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#20 ENSCCAG00000029939 CUL2 (ENSCCAG00000022671) #21 PARD3 (ENSCCAG00000036314) #22 NRP1 (ENSCCAG00000037690) #24 ITGB1 (ENSCCAG00000035611) #34 CCDC7 (ENSCCAG00000014811) ENSCCAG00000031742 ENSCCAG00000021719 EPC1 (ENSCCAG00000024678) KIF5B (ENSCCAG00000026642) ARHGAP12 (ENSCCAG00000030673) ZEB1 (ENSCCAG00000030793) ZNF438 (ENSCCAG00000037350) ENSCCAG00000032622 MAP3K8 (ENSCCAG00000037199) MTPAP (ENSCCAG00000031189) JCAD (ENSCCAG00000018801) ENSCCAG00000019503 Bolivian squirrel monkey DUPLICATION Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 142 CCNY (ENSSBOG00000031481) #19 CREM (ENSSBOG00000031632) #20 CUL2 (ENSSBOG00000030747) #21 ENSSBOG00000023761 PARD3 (ENSSBOG00000031729) #22 NRP1 (ENSSBOG00000031821) #24 ITGB1 (ENSSBOG00000024301) #34 CCDC7 (ENSSBOG00000020807) ENSSBOG00000029915 EPC1 (ENSSBOG00000019273) KIF5B (ENSSBOG00000035877) ARHGAP12 (ENSSBOG00000031838) ZEB1 (ENSSBOG00000032906) ENSSBOG00000032905 ZNF438 (ENSSBOG00000018731) MAP3K8 (ENSSBOG00000026242) MTPAP (ENSSBOG00000034390) JCAD (ENSSBOG00000025596) SVIL (ENSSBOG00000033129) ENSSBOG00000025543 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 210 CDH18 (ENSSBOG00000020211) ENSSBOG00000029272 #22 ENSSBOG00000008808 MYO10 (ENSSBOG00000028705) RETREG1 (ENSSBOG00000015734) ZNF622 (ENSSBOG00000026590) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00940000161191.A #17 ENSGT01090000260098.B #18 ENSGT00940000154453.a.b.b #19 ENSGT00940000156952 #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169 #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00390000009751 ENSGT00940000155003.e.a ENSGT00940000154801 ENSGT00950000182860.a.a.b ENSGT00950000183208.B ENSGT00390000014526 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000015348 ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000159227 ENSGT00940000154101.b ENSGT00440000037780.a Tree shrew MODERN SPECIES 2407 PARD3 (ENSTBEG00000008410) #22 Glires ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00940000161191.A #17 ENSGT01090000260098.B #18 ENSGT00940000154453.a.b.b #19 ENSGT00940000156952 #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169 #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00390000009751 ENSGT00940000155003.e.a ENSGT00940000154801 ENSGT00950000182860.a.a.b ENSGT00950000183208.B ENSGT00390000014526 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000015348 ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000159227 ENSGT00940000154101.b ENSGT00440000037780.a Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 267 ENSGT00940000161191.A #17 ENSGT01090000260098.B #18 ENSGT00940000154453.a.b.b #19 ENSGT00940000156952 #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169 #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00390000009751 Pika MODERN SPECIES 5188 PARD3 (ENSOPRG00000012844) #22 NRP1 (ENSOPRG00000012819) #24 Rabbit MODERN SPECIES 457 ENSOCUG00000030832 ENSOCUG00000029019 #17 GJD4 (ENSOCUG00000002477) #18 CCNY (ENSOCUG00000021329) #19 ENSOCUG00000033678 ENSOCUG00000031221 #20 ENSOCUG00000001657 #20 CUL2 (ENSOCUG00000014729) #21 PARD3 (ENSOCUG00000000455) #22 NRP1 (ENSOCUG00000004579) #24 ENSOCUG00000021352 ITGB1 (ENSOCUG00000003623) #34 ENSOCUG00000021856 ENSOCUG00000016407 Rodentia ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000161191.A #17 ENSGT01090000260098.B #18 ENSGT00940000154453.a.b.b #19 ENSGT00940000156952 #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169 #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00390000009751 ENSGT00940000155003.e.a ENSGT00940000154801 ENSGT00950000182860.a.a.b ENSGT00950000183208.B ENSGT00390000014526 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000015348 ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000159227 ENSGT00940000154101.b ENSGT00440000037780.a Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES 56 ENSGT00940000161191.A #17 ENSGT01090000260098.B #18 ENSGT00940000154453.a.b.b #19 ENSGT00940000156952 #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169 #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00390000009751 Kangaroo rat MODERN SPECIES 328 Mtr (ENSDORG00000016081) Actn2 (ENSDORG00000016080) Heatr1 (ENSDORG00000004607) Lgals8 (ENSDORG00000004606) Edaradd (ENSDORG00000008421) Ero1b (ENSDORG00000004831) Gpr137b (ENSDORG00000004830) Nid1 (ENSDORG00000005696) ENSDORG00000027205 Fzd8 (ENSDORG00000026114) #17 ENSDORG00000003285 #18 Ccny (ENSDORG00000000413) #19 Crem (ENSDORG00000001162) #20 ENSDORG00000000755 #21 ENSDORG00000024661 Pard3 (ENSDORG00000000366) #22 Nrp1 (ENSDORG00000002431) #24 Itgb1 (ENSDORG00000007780) #34 ENSDORG00000025707 Prkdc (ENSDORG00000004417) ENSDORG00000004422 Ube2v2 (ENSDORG00000029077) Efcab1 (ENSDORG00000000823) Snai2 (ENSDORG00000029620) Sntg1 (ENSDORG00000010206) Pcmtd1 (ENSDORG00000025253) St18 (ENSDORG00000002635) Alkal1 (ENSDORG00000001904) ENSDORG00000029422 ENSDORG00000005679 Npbwr1 (ENSDORG00000013949) Myomorpha ANCESTRAL SPECIES 83 ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169 #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00390000009751 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 72 ENSJJAG00000010796 Etl4 (ENSJJAG00000019527) Arhgap21 (ENSJJAG00000011661) ENSJJAG00000018530 Enkur (ENSJJAG00000017061) ENSJJAG00000020324 Gpr158 (ENSJJAG00000002089) ENSJJAG00000020027 ENSJJAG00000018582 Gad2 (ENSJJAG00000018593) Apbb1ip (ENSJJAG00000012590) Pdss1 (ENSJJAG00000020874) Abi1 (ENSJJAG00000019793) Mastl (ENSJJAG00000017405) Yme1l1 (ENSJJAG00000021372) Pard3 (ENSJJAG00000017258) #22 Nrp1 (ENSJJAG00000022173) #24 ENSJJAG00000013022 #34 ENSJJAG00000006058 ENSJJAG00000023843 ENSJJAG00000018667 Muroidea ANCESTRAL SPECIES 101 ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169 #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00390000009751 Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 1394 ENSNGAG00000016584 #22 ENSNGAG00000010299 Nrp1 (ENSNGAG00000018420) #24 ENSNGAG00000014006 #34 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000155704 ENSGT00940000153568.A ENSGT00390000006176 ENSGT00940000157388 ENSGT00390000008459 ENSGT00390000018683 ENSGT00940000157374 ENSGT00940000159629 ENSGT00940000155293.a.a ENSGT00390000008727.a.a ENSGT00390000004094 ENSGT00390000003939 ENSGT00940000160591.b ENSGT00390000011698.c.a.c.a ENSGT00390000011249 ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169 #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00860000135880 ENSGT00390000009751 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000153568.A ENSGT00390000006176 ENSGT00940000157388 ENSGT00390000008459 ENSGT00390000018683 ENSGT00940000157374 ENSGT00940000159629 ENSGT00940000155293.a.a ENSGT00390000008727.a.a ENSGT00390000004094 ENSGT00390000003939 ENSGT00940000160591.b ENSGT00390000011698.c.a.c.b ENSGT00390000011698.c.a.c.a ENSGT00390000011249 ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169 #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00860000135880 ENSGT00390000009751 ENSGT00940000154453.a.b.b #19 ENSGT01090000260098.B #18 ENSGT00940000161191.A #17 ENSGT00440000037780.a ENSGT00940000156232.b ENSGT00940000156625 ENSGT00940000156227.f ENSGT00940000157325.x ENSGT00520000059545 ENSGT00940000155003.e.a ENSGT00940000154801 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000155704 ENSGT00940000153568.A ENSGT00390000006176 ENSGT00940000157388 ENSGT00390000008459 ENSGT00390000018683 ENSGT00940000157374 ENSGT00940000159629 ENSGT00940000155293.a.a ENSGT00390000008727.a.a ENSGT00390000004094 ENSGT00390000003939 ENSGT00940000160591.b ENSGT00390000011698.c.a.c.a ENSGT00390000011249 ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169 #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00860000135880 ENSGT00390000009751 ENSGT00940000154453.a.b.b #19 ENSGT01090000260098.B #18 ENSGT00940000161191.A #17 ENSGT00440000037780.a ENSGT00940000156232.b ENSGT00940000156625 ENSGT00940000156227.f ENSGT00940000157325.x ENSGT00520000059545 ENSGT00940000155003.e.a ENSGT00940000154801 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 18 Tsnax (ENSPEMG00000028815) Disc1 (ENSPEMG00000016648) Sipa1l2 (ENSPEMG00000010643) Map10 (ENSPEMG00000027554) ENSPEMG00000018134 Pcnx2 (ENSPEMG00000018455) Map3k21 (ENSPEMG00000018415) Kcnk1 (ENSPEMG00000026612) Slc35f3 (ENSPEMG00000010485) Coa6 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ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000161191.A #17 ENSGT01090000260098.B #18 ENSGT00940000154453.a.b.b #19 ENSGT00940000156952 #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169 #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00940000164808 ENSGT00390000009751 ENSGT00940000155003.e.a ENSGT00940000154801 ENSGT00950000182860.a.a.b ENSGT00950000183208.B ENSGT00390000014526 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000015348 ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000159227 ENSGT00940000154101.b Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00940000161191.A #17 ENSGT01090000260098.B #18 ENSGT00940000154453.a.b.b #19 ENSGT00940000156952 #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169 #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00940000164808 ENSGT00390000009751 ENSGT00940000155003.e.a ENSGT00940000154801 ENSGT00950000182860.a.a.b ENSGT00950000183208.B ENSGT00390000014526 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000015348 ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000159227 ENSGT00940000154101.b Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 77 ENSGT00940000161191.A #17 ENSGT01090000260098.B #18 ENSGT00940000154453.a.b.b #19 ENSGT00940000156952 #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169.a #24 ENSGT00940000157169.b #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00390000009751 ENSGT00940000155003.e.a ENSGT00940000154801 ENSGT00950000182860.a.a.b ENSGT00950000183208.B ENSGT00390000014526 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000015348 ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000159227 ENSGT00940000154101.b Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 64 ENSGT00940000161191.A #17 ENSGT01090000260098.B #18 ENSGT00940000154453.a.b.b #19 ENSGT00940000156952 #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169.a #24 ENSGT00940000157169.b #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00390000009751 ENSGT00940000155003.e.a ENSGT00940000154801 ENSGT00950000182860.a.a.b ENSGT00950000183208.B ENSGT00390000014526 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000015348 ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000159227 ENSGT00940000154101.b Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 23 OCIAD1 (ENSRFEG00010000361) OCIAD2 (ENSRFEG00010000268) ENSRFEG00010000225 CWH43 (ENSRFEG00010005162) DCUN1D4 (ENSRFEG00010005107) LRRC66 (ENSRFEG00010005085) SGCB (ENSRFEG00010005069) ENSRFEG00010005064 ENSRFEG00010005054 ENSRFEG00010005049 FZD8 (ENSRFEG00010005044) #17 GJD4 (ENSRFEG00010005039) #18 CCNY (ENSRFEG00010005023) #19 CREM (ENSRFEG00010004926) #20 CUL2 (ENSRFEG00010004807) #21 PARD3 (ENSRFEG00010004675) #22 ENSRFEG00010004600 NRP1 (ENSRFEG00010004569) #24 ITGB1 (ENSRFEG00010004509) #34 ENSRFEG00010004449 EPC1 (ENSRFEG00010004367) KIF5B (ENSRFEG00010004301) ARHGAP12 (ENSRFEG00010004189) ZEB1 (ENSRFEG00010004086) ZNF438 (ENSRFEG00010004040) SVIL (ENSRFEG00010003783) ENSRFEG00010003686 JCAD (ENSRFEG00010003660) MTPAP (ENSRFEG00010003638) MAP3K8 (ENSRFEG00010003592) ENSRFEG00010003569 Microbat MODERN SPECIES 966 ENSMLUG00000012820 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#22 NRP1 (ENSMPUG00000005925) #24 ITGB1 (ENSMPUG00000005909) #34 ENSMPUG00000020158 ENSMPUG00000005899 ENSMPUG00000005875 Ursidae ANCESTRAL SPECIES 55 ENSGT00940000161191.A #17 ENSGT01090000260098.B #18 ENSGT00940000154453.a.b.b #19 ENSGT00940000156952 #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169 #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00390000009751 ENSGT00940000155003.e.a ENSGT00940000154801 ENSGT00950000182860.a.a.b ENSGT00950000183208.B ENSGT00390000014526 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000015348 ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000159227 ENSGT00940000154101.b ENSGT00440000037780.a Giant Panda MODERN SPECIES 6 ENSAMEG00000011819 RDH5 (ENSAMEG00000011837) BLOC1S1 (ENSAMEG00000011845) ITGA7 (ENSAMEG00000011855) ENSAMEG00000011933 ENSAMEG00000019213 ENSAMEG00000024175 ENSAMEG00000019170 ENSAMEG00000024029 ENSAMEG00000031487 ENSAMEG00000001935 ENSAMEG00000025294 #18 CCNY (ENSAMEG00000010506) #19 CREM (ENSAMEG00000007902) #20 CUL2 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ANCESTRAL SPECIES 67 ENSGT00390000000121 ENSGT00390000011669 ENSGT00940000153661.a.a.c.b.b ENSGT00550000074836 ENSGT00940000157002 ENSGT00940000156350 ENSGT00940000154811.A ENSGT00940000153498.B.a ENSGT00390000005508.b ENSGT00940000156105 ENSGT00940000154453.a.b.b #19 ENSGT00940000164101.a ENSGT00940000156952 #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00940000172076 ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169 #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00390000009751.b ENSGT00940000157567 ENSGT00940000165398 ENSGT00440000033408.a ENSGT00960000190920 ENSGT00940000156390 ENSGT00940000154775.c.b ENSGT00940000170401.d ENSGT00410000028443 ENSGT00940000153451.a.b ENSGT00940000157711 ENSGT00940000156678 ENSGT00390000009819.a.b.a.a.b.b.i.b Wild yak MODERN SPECIES 1921 ENSBMUG00000004119 ENSBMUG00000004049 YME1L1 (ENSBMUG00000004003) MASTL (ENSBMUG00000003921) ACBD5 (ENSBMUG00000003825) ABI1 (ENSBMUG00000003473) PDSS1 (ENSBMUG00000003055) ENSBMUG00000003022 APBB1IP (ENSBMUG00000003007) CCNY 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#34 Alpaca MODERN SPECIES 1055 ENSVPAG00000004447 #20 CUL2 (ENSVPAG00000004444) #21 ENSVPAG00000004440 #22 Arabian camel DUPLICATION Arabian camel MODERN SPECIES 23 ENSCDRG00005016175 ENSCDRG00005016163 ENSCDRG00005016148 ENSCDRG00005016121 ENSCDRG00005016082 ENSCDRG00005016068 #22 ENSCDRG00005016038 SETBP1 (ENSCDRG00005016013) ENSCDRG00005015929 ENSCDRG00005015812 SLC14A1 (ENSCDRG00005015615) SIGLEC15 (ENSCDRG00005015557) EPG5 (ENSCDRG00005015455) PSTPIP2 (ENSCDRG00005015365) ATP5F1A (ENSCDRG00005015287) HAUS1 (ENSCDRG00005015141) C18orf25 (ENSCDRG00005015062) ENSCDRG00005015011 ENSCDRG00005014972 LOXHD1 (ENSCDRG00005013391) PIAS2 (ENSCDRG00005013189) Arabian camel MODERN SPECIES 28 ENSCDRG00005016495 #27 CREM (ENSCDRG00005016686) #20 CUL2 (ENSCDRG00005019122) #21 ENSCDRG00005019218 #22 NRP1 (ENSCDRG00005019241) #24 ENSCDRG00005019381 ITGB1 (ENSCDRG00005019390) #34 MCM10 (ENSCDRG00005019426) #10 UCMA (ENSCDRG00005019510) #9 PHYH (ENSCDRG00005019558) #8 SEPHS1 (ENSCDRG00005019598) #7 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ENSGT00940000154453.a.b.b #19 ENSGT00940000156952 #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169 #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00390000009751 ENSGT00940000155003.e.a Elephant MODERN SPECIES 632 FZD8 (ENSLAFG00000029894) #17 GJD4 (ENSLAFG00000014991) #18 ENSLAFG00000012820 #19 CREM (ENSLAFG00000000007) #20 CUL2 (ENSLAFG00000015350) #21 PARD3 (ENSLAFG00000018145) #22 NRP1 (ENSLAFG00000003025) #24 ITGB1 (ENSLAFG00000018167) #34 ENSLAFG00000020489 ENSLAFG00000030841 EPC1 (ENSLAFG00000011607) ENSLAFG00000014835 ENSLAFG00000032076 ENSLAFG00000031780 Hyrax MODERN SPECIES 3626 PARD3 (ENSPCAG00000005708) #22 Tenrec MODERN SPECIES 4335 PARD3 (ENSETEG00000009653) #22 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00390000008527.k.b.a ##29 ENSGT00390000008527.k.a.b #29 ENSGT00390000008527.k.b.b ##29 ENSGT00390000008527.k.a.a.a #29 ENSGT00930000150950.a #30 ENSGT00940000157252 #31 ENSGT00940000155002.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085 ENSGT00940000161191.A #17 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MODERN SPECIES 535 CCNY (ENSSPUG00000018395) #19 ENSSPUG00000018400 #20 CREM (ENSSPUG00000018404) #20 ENSSPUG00000018410 CUL2 (ENSSPUG00000018413) #21 ENSSPUG00000018421 PARD3 (ENSSPUG00000018441) #22 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00930000150950.a #30 ENSGT00940000157252 #31 ENSGT00940000155002.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085 ENSGT00940000161191.A #17 ENSGT01090000260098.B #18 ENSGT00940000154453.a.b.b #19 ENSGT00940000156952.db.b #20 ENSGT00940000156952.eb #20 ENSGT00970000198144 ENSGT00940000156952.db.a #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00940000177290 ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169 #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00950000186242 ENSGT00940000155003.e.a ENSGT00940000154801 ENSGT00950000182860.a.a.b ENSGT00950000183208.B ENSGT00390000014526 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000015348 ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000159227 ENSGT00940000154101.b ENSGT00440000037780.a Cryptodira ANCESTRAL SPECIES 4 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ENSGT00940000155003.e.a ENSGT00940000154801 ENSGT00950000182860.a.a.b ENSGT00950000183208.B ENSGT00390000014526 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000015348 ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000161810.b ENSGT00940000154101.b ENSGT00440000037780.a Three-toed box turtle MODERN SPECIES 48 LARP4B (ENSTMTG00000000950) #27 ENSTMTG00000000961 GTPBP4 (ENSTMTG00000000981) #28 ENSTMTG00000000994 #29 WDR37 (ENSTMTG00000001011) #30 ADARB2 (ENSTMTG00000001100) #31 PFKP (ENSTMTG00000001326) PITRM1 (ENSTMTG00000001359) KLF6 (ENSTMTG00000001378) ENSTMTG00000001386 FZD8 (ENSTMTG00000001388) #17 GJD4 (ENSTMTG00000001395) #18 CCNY (ENSTMTG00000001403) #19 CREM (ENSTMTG00000001417) #20 CUL2 (ENSTMTG00000001447) #21 PARD3 (ENSTMTG00000001509) #22 NRP1 (ENSTMTG00000001646) #24 ENSTMTG00000001762 ITGB1 (ENSTMTG00000001774) #34 ENSTMTG00000001787 EPC1 (ENSTMTG00000001797) KIF5B (ENSTMTG00000001826) ARHGAP12 (ENSTMTG00000001852) ZEB1 (ENSTMTG00000001875) ZNF438 (ENSTMTG00000001882) SVIL 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ENSGT01060000251629 ENSGT00950000182860.a.a.b ENSGT00950000183208.B ENSGT00390000014526 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000015348 ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000154101.b ENSGT00440000037780.a ENSGT00390000012318.b Anatidae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000156942 #25 ENSGT00950000182997.a.a #26 ENSGT00940000157755 #27 ENSGT00390000018475 #28 ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00930000150950.a #30 ENSGT00940000157252 #31 ENSGT00940000155002.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085 ENSGT00940000161191.A #17 ENSGT01090000260098.B #18 ENSGT00940000154453.a.b.b #19 ENSGT00940000156952.db.b #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.b.a.a #22 ENSGT00940000157169 #24 ENSGT01090000259987.a.b #34 ENSGT00940000155003.e.a ENSGT00940000154801 ENSGT01060000251629 ENSGT00950000182860.a.a.b ENSGT00950000183208.B ENSGT00390000014526 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000015348 ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000154101.b ENSGT00440000037780.a ENSGT00390000012318.b Duck MODERN SPECIES 10 ENSAPLG00000026799 LARP4B (ENSAPLG00000003813) #27 ENSAPLG00000013790 #28 ENSAPLG00000013603 #29 WDR37 (ENSAPLG00000013177) #30 ADARB2 (ENSAPLG00000012729) #31 PFKP (ENSAPLG00000012725) PITRM1 (ENSAPLG00000013443) KLF6 (ENSAPLG00000029541) ENSAPLG00000022948 FZD8 (ENSAPLG00000017523) #17 GJD4 (ENSAPLG00000013760) #18 CCNY (ENSAPLG00000013783) #19 CREM (ENSAPLG00000013843) #20 CUL2 (ENSAPLG00000014251) #21 PARD3 (ENSAPLG00000014767) #22 NRP1 (ENSAPLG00000003623) #24 ITGB1 (ENSAPLG00000009293) #34 EPC1 (ENSAPLG00000008897) KIF5B (ENSAPLG00000008099) ARHGAP12 (ENSAPLG00000007667) ENSAPLG00000027011 ZEB1 (ENSAPLG00000007482) ZNF438 (ENSAPLG00000007479) SVIL (ENSAPLG00000006418) JCAD (ENSAPLG00000006380) MTPAP (ENSAPLG00000008962) MAP3K8 (ENSAPLG00000009205) BAMBI (ENSAPLG00000009484) WAC (ENSAPLG00000009527) ENSAPLG00000022680 Pink-footed goose MODERN SPECIES 30 FZD8 (ENSABRG00000018469) #17 GJD4 (ENSABRG00000000343) #18 CCNY (ENSABRG00000000363) #19 CREM 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ENSGT00940000154801 ENSGT00950000182860.a.a.b ENSGT00950000183208.B ENSGT00390000014526 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000015348 ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000154101.b ENSGT00440000037780.a ENSGT00940000156232.b ENSGT00940000156625 Frog MODERN SPECIES 6 gtpbp4 (ENSXETG00000018097) #28 idi1 (ENSXETG00000046437) #29 wdr37 (ENSXETG00000018083) #30 ENSXETG00000045846 adarb2 (ENSXETG00000045815) #31 pfkp (ENSXETG00000021922) pitrm1 (ENSXETG00000009818) klf6 (ENSXETG00000035442) ENSXETG00000042313 crem (ENSXETG00000048703) #20 fzd8 (ENSXETG00000041883) #17 ENSXETG00000038957 gjd4 (ENSXETG00000026500) #18 ccny (ENSXETG00000008813) #19 cul2 (ENSXETG00000008815) #21 pard3 (ENSXETG00000006955) #22 ENSXETG00000046915 nrp1 (ENSXETG00000012629) #24 itgb1 (ENSXETG00000026716) #34 ENSXETG00000049009 epc1 (ENSXETG00000011660) kif5b (ENSXETG00000011658) ENSXETG00000038363 arhgap12 (ENSXETG00000011657) zeb1 (ENSXETG00000011655) ENSXETG00000044581 znf438 (ENSXETG00000039044) svil 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Hagfish MODERN SPECIES 327 ENSEBUG00000002380 fzd8a (ENSEBUG00000011468) #17 ENSEBUG00000007515 CUL2 (ENSEBUG00000000865) #21 ENSEBUG00000006252 ##22 ENSEBUG00000008415 ##22 ENSEBUG00000006408 ENSEBUG00000016353 ENSEBUG00000007495 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES 593 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a ENSGT00440000037606 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES 107 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00530000063873.B ENSGT00530000063873.A ENSGT00940000156552 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000176171 Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES 116 ENSGT00390000004553 ENSGT00940000168433 ENSGT00940000155126 ENSGT00940000166348 ENSGT00940000161508 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00530000063873.B ENSGT00530000063873.A ENSGT00940000156552 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000176171 Reedfish MODERN SPECIES 16 pms1 (ENSECRG00000006053) mstnb (ENSECRG00000006069) ENSECRG00000006074 hibch (ENSECRG00000006082) INPP1 (ENSECRG00000006100) mfsd6a (ENSECRG00000006109) nemp2 (ENSECRG00000006123) nab1a (ENSECRG00000006135) glsa (ENSECRG00000006167) ENSECRG00000006225 STAT4 (ENSECRG00000006257) atic (ENSECRG00000006296) fn1a (ENSECRG00000006329) ENSECRG00000006363 cpo (ENSECRG00000006382) PARD3B (ENSECRG00000006452) ##22 ENSECRG00000006477 nrp2a (ENSECRG00000006488) ino80db (ENSECRG00000006513) ndufs1 (ENSECRG00000006523) eef1b2 (ENSECRG00000006546) CMKLR2 (ENSECRG00000006553) ADAM23 (ENSECRG00000006567) FAM237A (ENSECRG00000006588) mdh1b (ENSECRG00000006596) FASTKD2 (ENSECRG00000006608) CTLA4 (ENSECRG00000006618) raph1b (ENSECRG00000006637) abi2b (ENSECRG00000006679) cyp20a1 (ENSECRG00000006712) ENSECRG00000006727 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES 193 ENSGT00390000016151 ENSGT00940000154486.b.a.a.b ENSGT00940000154486.b.b ENSGT00940000155311.B ENSGT00530000063599.B ENSGT00390000002174.b ENSGT00390000006330.a.a ENSGT00390000010463.a.b ENSGT01050000244905.F ENSGT01050000244905.D ENSGT00390000004553 ENSGT00940000168433 ENSGT00940000155126 ENSGT00940000166348 ENSGT00940000161508 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00950000183019.f.b.b ENSGT00940000157916 ENSGT00390000000862 ENSGT00940000156160 Spotted gar MODERN SPECIES 650 TMPRSS6 (ENSLOCG00000011175) il2rb (ENSLOCG00000011165) ENSLOCG00000011158 ENSLOCG00000011151 ENSLOCG00000011143 TST (ENSLOCG00000011138) ENSLOCG00000011136 ENSLOCG00000011127 ENSLOCG00000011119 mief1 (ENSLOCG00000011112) atf4a (ENSLOCG00000011103) ENSLOCG00000017844 ENSLOCG00000011098 ENSLOCG00000011089 cpo (ENSLOCG00000011079) ENSLOCG00000011058 ##22 nrp2a (ENSLOCG00000011036) prkag3b (ENSLOCG00000011025) ENSLOCG00000011018 cnppd1 (ENSLOCG00000011010) ENSLOCG00000011002 retreg2 (ENSLOCG00000010995) FER1L6 (ENSLOCG00000010977) ENSLOCG00000010972 CFAP65 (ENSLOCG00000010951) mnx2b (ENSLOCG00000010942) stk16 (ENSLOCG00000010936) MAP3K2 (ENSLOCG00000010929) ercc3 (ENSLOCG00000010907) ENSLOCG00000010896 ENSLOCG00000010886 Osteoglossocephalai DUPLICATION Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.b.e ##22 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.b.e ##22 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.b.e ##22 Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.b.e ##22 Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.b.e ##22 Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 13 tuba8l5 (ENSMMDG00005023844) tuba8l2 (ENSMMDG00005023841) ENSMMDG00005023838 ENSMMDG00005023837 ENSMMDG00005023835 WNT6 (ENSMMDG00005023833) wnt10a (ENSMMDG00005023832) ENSMMDG00005023829 ENSMMDG00005023828 fev (ENSMMDG00005023827) cryba2b (ENSMMDG00005023825) umps (ENSMMDG00005023818) fn1a (ENSMMDG00005016586) ENSMMDG00005016265 ENSMMDG00005016261 ENSMMDG00005016257 ##22 ENSMMDG00005016255 ##22 nrp2b (ENSMMDG00005016249) epb41l5 (ENSMMDG00005016153) ptpn4a (ENSMMDG00005015701) tmem177 (ENSMMDG00005015667) MRAS (ENSMMDG00005015654) pth2ra (ENSMMDG00005015640) ENSMMDG00005015629 ENSMMDG00005015621 tmem163a (ENSMMDG00005015619) acmsd (ENSMMDG00005015615) ccnt2a (ENSMMDG00005015604) ENSMMDG00005015599 ramp1 (ENSMMDG00005015595) ube2f (ENSMMDG00005015591) Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.b.e ##22 Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.b.e ##22 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.b.e ##22 Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.b.e ##22 Cichlidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.b.e ##22 Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.b.e ##22 Pseudocrenilabrinae_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.b.e ##22 Haplochromini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.b.e ##22 Haplochromini_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.b.e ##22 P. nyererei MODERN SPECIES 430 ENSPNYG00000006504 ENSPNYG00000006498 LRP1B (ENSPNYG00000006319) BZW1 (ENSPNYG00000006245) MYO1B (ENSPNYG00000006160) mnx2a (ENSPNYG00000006079) ENSPNYG00000006042 ENSPNYG00000006000 WNT6 (ENSPNYG00000005978) wnt10a (ENSPNYG00000005950) cdk5r2b (ENSPNYG00000005938) fev (ENSPNYG00000005923) cryba2b (ENSPNYG00000005892) umps (ENSPNYG00000005838) fn1a (ENSPNYG00000005692) ENSPNYG00000005662 ##22 ENSPNYG00000005648 ##22 nrp2b (ENSPNYG00000005599) epb41l5 (ENSPNYG00000005555) ptpn4a (ENSPNYG00000005464) tmem177 (ENSPNYG00000005436) MRAS (ENSPNYG00000005416) Osteoglossocephalai DUPLICATION Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 178 ENSGT00390000004553 ENSGT00940000155126.s.a ENSGT00940000168433 ENSGT00940000155126.s.b ENSGT00940000166348 ENSGT00940000161508.a ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a ##22 ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000156160 ENSGT00390000000862 ENSGT00940000157916 ENSGT00950000183019.f.b.b.c ENSGT00530000063873.B ENSGT00940000178309 ENSGT00940000156552.c.a ENSGT00940000156089 ENSGT00500000044939 ENSGT00390000005159 ENSGT00940000156444 ENSGT00940000155861.C.e ENSGT00940000159606 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000166348 ENSGT00940000161508.a ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a ##22 ENSGT00940000155270.i.a ENSGT00940000156160.b.b ENSGT00940000157916 ENSGT00950000183019.f.b.b.c ENSGT00940000159069 ENSGT00530000063873.B ENSGT00940000178309 ENSGT00940000174369 ENSGT00940000156552.c.a ENSGT00940000156089.f ENSGT00940000156089.e.b ENSGT00390000005159.i ENSGT00940000156444.d ENSGT00940000155861.C.f ENSGT00940000158239.a.a Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00950000182882.A.b.b.e ENSGT00390000016940.c.b.a ENSGT00940000155522.g.a ENSGT00940000154095.b.b.a.b ENSGT00940000167284 ENSGT00950000183165.b.a.e.b.d.a.b ENSGT00950000183165.b.a.e.b.d.a.a.a.b ENSGT00950000183165.a.a.b.p ENSGT00940000160059.a.b.b ENSGT00430000031142 ENSGT00940000166348 ENSGT00940000155126.s.b ENSGT00940000168433 ENSGT00940000161508.a ENSGT01030000235117 ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a ##22 ENSGT00940000155270.i.a ENSGT00940000156160.b.b ENSGT00530000068353 ENSGT00940000157916 ENSGT00950000183019.f.b.b.c ENSGT00940000159069 ENSGT00530000063873.B ENSGT00940000156552.c.a ENSGT00940000156089.f ENSGT00390000005159.i ENSGT00940000156444.d ENSGT00940000155861.C.f ENSGT00940000158239.a.a.c ENSGT00940000158239.a.b ENSGT00390000013916 Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 164 ENSGT00390000017619 ENSGT00940000164444.a ENSGT00950000182953.A ENSGT00950000182882.A.b.b.e ENSGT00390000016940.c.b.a ENSGT00940000155522.g.a ENSGT00940000154095.b.b.a.b ENSGT00940000167284 ENSGT00950000183165.b.a.e.b.d.a.b ENSGT00950000183165.a.a.b.p ENSGT00940000160059.a.b.b ENSGT00430000031142 ENSGT00940000166348 ENSGT00940000155126.s.b ENSGT00940000161508.a ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a ##22 ENSGT00940000155270.i.a ENSGT00940000157916 ENSGT00950000183019.f.b.b.c ENSGT00940000159069 ENSGT00530000063873.B ENSGT00940000174369 ENSGT00940000156552.c.a ENSGT00940000156089.f ENSGT00390000005159.i ENSGT00940000156444.d ENSGT00940000155861.C.f ENSGT00940000158239.a.a.c ENSGT00390000013916 ENSGT00950000183046.a.a.fb ENSGT00940000156449.a Denticle herring MODERN SPECIES 19 ENSDCDG00000004074 mettl8 (ENSDCDG00000004079) ENSDCDG00000004089 cybrd1 (ENSDCDG00000004092) ENSDCDG00000004100 BIN1 (ENSDCDG00000004121) TMEM198 (ENSDCDG00000004173) desma (ENSDCDG00000004177) ptprna (ENSDCDG00000004193) tuba8l3 (ENSDCDG00000004227) ENSDCDG00000004230 ENSDCDG00000004231 ENSDCDG00000004234 fn1a (ENSDCDG00000004283) CPO (ENSDCDG00000004945) ENSDCDG00000004946 ##22 nrp2b (ENSDCDG00000004952) nrp2b (ENSDCDG00000005067) ENSDCDG00000003188 ENSDCDG00000003290 prkag3b (ENSDCDG00000003970) FER1L6 (ENSDCDG00000005115) ENSDCDG00000005183 ENSDCDG00000005185 RAPH1 (ENSDCDG00000005222) abi2a (ENSDCDG00000007413) tmem237a (ENSDCDG00000007617) MPP4 (ENSDCDG00000007623) ALS2 (ENSDCDG00000007638) FZD7 (ENSDCDG00000007689) SUMO1 (ENSDCDG00000007696) Otophysi ANCESTRAL SPECIES 203 ENSGT00950000182882.A.b.b.e ENSGT00390000016940.c.b.a ENSGT00940000155522.g.a ENSGT00940000154095.b.b.a.b ENSGT00940000167284 ENSGT00950000183165.b.a.e.b.d.a.b ENSGT00950000183165.b.a.e.b.d.a.a.a.b ENSGT00950000183165.a.a.b.p ENSGT00940000160059.a.b.b ENSGT00430000031142 ENSGT00940000166348 ENSGT00940000155126.s.b ENSGT00940000161508.a ENSGT01030000234567.B.a.a.b.a.b ENSGT01030000235117 ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a ##22 ENSGT00940000155270.i.a ENSGT00940000156160.b.b ENSGT00530000068353 ENSGT00940000157916 ENSGT00950000183019.f.b.b.c ENSGT00940000159069 ENSGT00530000063873.B ENSGT00940000156552.c.a ENSGT00940000156089.f ENSGT00390000005159.i ENSGT00940000156444.d ENSGT00940000155861.C.f ENSGT00940000158239.a.b ENSGT00390000013916 ENSGT00950000183046.a.a.fb Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00950000182953.A ENSGT00950000182882.A.b.b.e ENSGT00390000016940.c.b.a ENSGT00940000155522.g.a ENSGT00940000154095.b.b.a.b ENSGT00940000167284 ENSGT00950000183165.b.a.e.b.d.a.b ENSGT00950000183165.b.a.e.b.d.a.a.a.b ENSGT00950000183165.a.a.b.p ENSGT00940000160059.a.b.b ENSGT00430000031142 ENSGT00940000166348 ENSGT00940000155126.s.b ENSGT00940000161508.a ENSGT01030000235117 ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a ##22 ENSGT00940000155270.i.a ENSGT00940000156160.b.b ENSGT00530000068353 ENSGT00940000157916 ENSGT00950000183019.f.b.b.c ENSGT00940000159069 ENSGT00530000063873.B ENSGT00940000156552.c.a ENSGT00940000156089.f ENSGT00390000005159.i ENSGT00940000156444.d ENSGT00940000155861.C.f ENSGT00940000158239.a.a.c ENSGT00940000158239.a.b ENSGT00390000013916 Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00950000182953.A ENSGT00950000182882.A.b.b.e ENSGT00390000016940.c.b.a 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ENSGT00940000166348 ENSGT00940000155126.s.b ENSGT00940000161508.a ENSGT01030000235117 ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a ##22 ENSGT00940000155270.i.a ENSGT00940000156160.b.b ENSGT00530000068353 ENSGT00940000157916 ENSGT00950000183019.f.b.b.c ENSGT00940000159069 ENSGT00530000063873.B ENSGT00940000156552.c.a ENSGT00940000156089.f ENSGT00390000005159.i ENSGT00940000156444.d ENSGT00940000155861.C.f ENSGT00940000158239.a.a.c ENSGT00390000013916 ENSGT00950000183046.a.a.fb Mexicana tetra MODERN SPECIES 10 ihha (ENSAMXG00000002089) ENSAMXG00000005775 ENSAMXG00000034461 TMEM198 (ENSAMXG00000037083) desma (ENSAMXG00000005727) ptprna (ENSAMXG00000005704) dnajb2 (ENSAMXG00000011374) tuba8l3 (ENSAMXG00000030284) tuba8l5 (ENSAMXG00000031158) ENSAMXG00000041817 mnx2a (ENSAMXG00000005665) ENSAMXG00000031720 ENSAMXG00000039421 fn1a (ENSAMXG00000005593) CPO (ENSAMXG00000005569) ENSAMXG00000005554 ##22 nrp2b (ENSAMXG00000029255) ABCB6 (ENSAMXG00000016860) ENSAMXG00000016833 ENSAMXG00000016816 prkag3b 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ENSGT00940000167284.p.b.a ENSGT00950000183165.b.a.e.b.d.a.b.p.b ENSGT00950000183165.b.a.e.b.d.a.a.a.b ENSGT00950000183165.b.a.e.b.d.a.b.o ENSGT00940000160059.a.b.b.d ENSGT00430000031142 ENSGT00940000166348.b ENSGT00940000155126.s.b.a.b ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000155270.i.a.h ENSGT00940000156160.b.b ENSGT00940000157916.f ENSGT00950000183019.f.b.b.c.f.a ENSGT00940000159069.g.b ENSGT00530000063873.B ENSGT00940000156552.c.a.a ENSGT00940000156089.f.b ENSGT00390000005159.i ENSGT00940000156444.d.c ENSGT00940000155861.C.f.h ENSGT00940000158239.a.b ENSGT00390000013916.g.b ENSGT00950000183046.a.a.fb.c.a ENSGT00940000156449.a.a Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 95 ENSGT00390000010868.g ENSGT00940000164444.a.j ENSGT00950000182953.A ENSGT00950000182882.A.b.b.e.b ENSGT00390000016940.c.b.a.a ENSGT00940000155522.g.a.b ENSGT00940000154095.b.b.a.b.a ENSGT00940000167284.p.b.a ENSGT00950000183165.b.a.e.b.d.a.b.p.b ENSGT00950000183165.b.a.e.b.d.a.a.a.b 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tmem237a (ENSCARG00000058541) MPP4 (ENSCARG00000058403) ALS2 (ENSCARG00000058302) fzd7a (ENSCARG00000058275) CARF (ENSCARG00000058221) fam117bb (ENSCARG00000058201) Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 759 ENSGT00950000182882.A.b.b.e.a ENSGT00390000016940.c.b.a.b ENSGT00940000155522.g.a.a ENSGT00940000154095.b.b.a.b.b ENSGT00940000167284.p.b.b ENSGT00950000183165.b.a.e.b.d.a.b.p.a ENSGT00940000160059.a.b.b.c ENSGT00940000166348.a ENSGT00940000155126.s.b.a.a ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a.a.a.b ##22 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 126 ENSGT00940000164275.e ENSGT00940000159177.h ENSGT00390000005914.b.a.b ENSGT00940000163031.b.a.b.a ENSGT00390000010868.h ENSGT00940000164444.a.i ENSGT00950000182882.A.b.b.e.a ENSGT00390000016940.c.b.a.b ENSGT00940000155522.g.a.a ENSGT00940000154095.b.b.a.b.b ENSGT00940000167284.p.b.b ENSGT00950000183165.b.b ENSGT00940000160059.a.b.b.c ENSGT00940000166348.a ENSGT00940000155126.s.b.a.a ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a.a.a.b ##22 Common carp reference MODERN SPECIES 41 fhl2a (ENSCCRG00000006856) GPR45 (ENSCCRG00000074077) pou3f3a (ENSCCRG00000006869) tmem182a (ENSCCRG00000047850) MFSD9 (ENSCCRG00000081946) inpp4aa (ENSCCRG00000052641) si:dkey-4e7.3 (ENSCCRG00000044028) ENSCCRG00000044039 ENSCCRG00000038329 ihha (ENSCCRG00000021319) ENSCCRG00000011773 ENSCCRG00000053719 desma (ENSCCRG00000034567) ptprna (ENSCCRG00000034582) dnajb2 (ENSCCRG00000064837) ENSCCRG00000076394 ##22 tuba8l3 (ENSCCRG00000034603) ENSCCRG00000000795 ENSCCRG00000072723 ENSCCRG00000000774 ENSCCRG00000011725 ENSCCRG00000066621 ENSCCRG00000037457 prkag3b (ENSCCRG00000059317) ENSCCRG00000005693 ENSCCRG00000072640 ENSCCRG00000004178 abi2a (ENSCCRG00000003969) ENSCCRG00000004189 ENSCCRG00000029304 ENSCCRG00000073703 Cyprininae ANCESTRAL SPECIES 1357 ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a.a.b ##22 ENSGT00940000155270.i.a.g Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 210 ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a.a.b ##22 ENSGT00940000155270.i.a.g ENSGT00940000157916.e ENSGT00950000183019.f.b.b.c.g ENSGT00940000159069.h ENSGT00940000174369 ENSGT00940000156552.c.a.b ENSGT00940000156089.f.a ENSGT00940000156444.d.d ENSGT00940000155861.C.f.g ENSGT00860000133854 ENSGT00950000183046.a.a.fb.c.b ENSGT00940000156449.a.b ENSGT00940000161051.a.a.a.a.a.b ENSGT00940000154856.A.a.d.a ENSGT00940000181146.a Golden-line barbel MODERN SPECIES 161 ENSSGRG00000035513 ##22 nrp2b (ENSSGRG00000035511) ENSSGRG00000035439 prkag3b (ENSSGRG00000035315) ENSSGRG00000035280 ENSSGRG00000035275 RAPH1 (ENSSGRG00000035192) abi2a (ENSSGRG00000034353) MPP4 (ENSSGRG00000034221) ALS2 (ENSSGRG00000034030) bmpr2b (ENSSGRG00000033981) ENSSGRG00000033621 ENSSGRG00000033455 ENSSGRG00000033449 ENSSGRG00000033447 glb1l (ENSSGRG00000033446) Zebrafish MODERN SPECIES 24 slain1a (ENSDARG00000019185) scel (ENSDARG00000034677) mycbp2 (ENSDARG00000001220) fbxl3a (ENSDARG00000103505) CLN5 (ENSDARG00000076339) RSPH1 (ENSDARG00000102261) EPHA3 (ENSDARG00000039373) C9H3orf38 (ENSDARG00000076798) MYO1B (ENSDARG00000024694) upp2 (ENSDARG00000036833) crfb4 (ENSDARG00000068711) ENSDARG00000068713 znfl1b (ENSDARG00000075996) ENSDARG00000095057 fn1a (ENSDARG00000019815) ENSDARG00000034555 ##22 nrp2b (ENSDARG00000038446) ENSDARG00000113678 ABCB6 (ENSDARG00000074254) ENSDARG00000095580 ENSDARG00000078935 prkag3b (ENSDARG00000000369) FER1L6 (ENSDARG00000019316) ENSDARG00000086317 ENSDARG00000078193 ENSDARG00000069978 ENSDARG00000095070 RAPH1 (ENSDARG00000006301) abi2a (ENSDARG00000058207) tmem237a (ENSDARG00000041735) MPP4 (ENSDARG00000058222) Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a.b ##22 Cyprininae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a.b ##22 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a.b ##22 Golden-line barbel MODERN SPECIES 219 ENSSGRG00000000125 ##22 nrp2b (ENSSGRG00000054601) ABCB6 (ENSSGRG00000054575) ENSSGRG00000054496 RAPH1 (ENSSGRG00000054491) abi2a (ENSSGRG00000054354) tmem237a (ENSSGRG00000054344) ENSSGRG00000054343 ALS2 (ENSSGRG00000054333) fzd7a (ENSSGRG00000054326) CARF (ENSSGRG00000054325) fam117bb (ENSSGRG00000054324) bmpr2b (ENSSGRG00000054319) ENSSGRG00000054316 ENSSGRG00000054302 ENSSGRG00000054279 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 303 ENSGT00550000075037 ENSGT00940000160059.a.b.a ENSGT00390000004553 ENSGT00940000155126.s.a ENSGT00940000161508.b ENSGT00390000003338 ENSGT00940000168433 ENSGT00940000155126.s.b ENSGT00940000166348 ENSGT00940000161508.a ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a ##22 ENSGT00940000155270.i.a Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a ##22 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a ##22 Huchen MODERN SPECIES 5047 ENSHHUG00000050072 ##22 Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a ##22 Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a ##22 Rainbow trout MODERN SPECIES 21 ENSOMYG00000074984 ENSOMYG00000068449 ENSOMYG00000076231 ENSOMYG00000054031 ENSOMYG00000059150 ENSOMYG00000069527 ENSOMYG00000051460 ENSOMYG00000059597 ENSOMYG00000064538 ENSOMYG00000001248 ENSOMYG00000061098 ENSOMYG00000052160 ENSOMYG00000065526 ENSOMYG00000061862 ENSOMYG00000074256 ENSOMYG00000039142 ##22 ENSOMYG00000077773 ENSOMYG00000073984 ENSOMYG00000075835 ENSOMYG00000071479 ENSOMYG00000065519 desma (ENSOMYG00000001179) ENSOMYG00000076248 ENSOMYG00000064712 ENSOMYG00000055062 ENSOMYG00000069540 ENSOMYG00000076355 ihha (ENSOMYG00000074753) ENSOMYG00000057958 si:dkey-69o16.5 (ENSOMYG00000004844) ENSOMYG00000048184 Salmo ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a ##22 Atlantic salmon MODERN SPECIES 17 itgav (ENSSSAG00000075460) si:dkey-69o16.5 (ENSSSAG00000040115) ihha (ENSSSAG00000039898) ENSSSAG00000039879 ENSSSAG00000100301 ENSSSAG00000040610 desma (ENSSSAG00000040563) ptprna (ENSSSAG00000075911) ENSSSAG00000040783 tuba8l5 (ENSSSAG00000040575) mnx2a (ENSSSAG00000083646) ENSSSAG00000087981 ENSSSAG00000040992 ENSSSAG00000121057 ENSSSAG00000041103 ENSSSAG00000103028 ##22 ENSSSAG00000111983 ENSSSAG00000085403 ENSSSAG00000097568 ENSSSAG00000110186 ENSSSAG00000101860 ENSSSAG00000113090 ENSSSAG00000097375 CTLA4 (ENSSSAG00000093109) ENSSSAG00000099334 ENSSSAG00000041203 abi2a (ENSSSAG00000117505) ENSSSAG00000121545 ENSSSAG00000120995 ENSSSAG00000101504 ENSSSAG00000113315 Northern pike MODERN SPECIES 19 ENSELUG00000025144 ENSELUG00000030488 ENSELUG00000012601 ENSELUG00000034349 ENSELUG00000028156 ENSELUG00000029623 ENSELUG00000012109 ENSELUG00000028208 ENSELUG00000012093 ENSELUG00000025171 ENSELUG00000000437 ENSELUG00000031444 ENSELUG00000033051 ENSELUG00000012070 ENSELUG00000011821 ENSELUG00000000432 ##22 ENSELUG00000028124 ENSELUG00000011702 nrp2b (ENSELUG00000011774) ENSELUG00000029513 ENSELUG00000011632 ENSELUG00000011646 ENSELUG00000031723 ENSELUG00000011668 ENSELUG00000027299 ENSELUG00000001761 ENSELUG00000032766 ENSELUG00000026569 prkag3b (ENSELUG00000011611) ENSELUG00000011554 ABCB6 (ENSELUG00000000885) Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 149 ENSGT00940000166348 ENSGT00940000161508.a 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ENSGT00490000043417 ENSGT00940000155759.e.a ENSGT00940000160383 ENSGT00940000159224.a ENSGT00940000154349 ENSGT00940000165586.a Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00940000157521.a.a ENSGT00390000012561.b.pb.a ENSGT00940000155752 ENSGT00940000164719 ENSGT00430000031142 ENSGT01030000234607.A.a.a.a.d ENSGT00940000159281 ENSGT00940000160299 ENSGT00390000008812.a.a ENSGT00940000161562 ENSGT00940000160306 ENSGT00390000001856 ENSGT00940000175555 ENSGT00940000166348 ENSGT00940000161508.a ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a ##22 ENSGT00940000155270.i.a ENSGT00940000156332 ENSGT00940000157211.l ENSGT00390000010354 ENSGT00940000156353.u.a ENSGT00940000159094.f ENSGT00940000164905.i.b ENSGT00940000153470.a.a.b ENSGT00390000001170.a.a ENSGT00490000043417 ENSGT00940000155759.e.a ENSGT00940000160383 ENSGT00940000159224.a ENSGT00940000154349 ENSGT00940000165586.a Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 313 PFKL (ENSHCOG00000017753) TMEM169 (ENSHCOG00000017761) xrcc5 (ENSHCOG00000017773) COL6A2 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(ENSLCRG00005008824) ENSLCRG00005008823 Gilthead seabream MODERN SPECIES 23 LRP1B (ENSSAUG00010004236) BZW1 (ENSSAUG00010004726) MYO1B (ENSSAUG00010004914) ENSSAUG00010009001 ENSSAUG00010009005 ENSSAUG00010009018 WNT6 (ENSSAUG00010009019) wnt10a (ENSSAUG00010009021) cdk5r2b (ENSSAUG00010009022) fev (ENSSAUG00010009023) cryba2b (ENSSAUG00010009024) umps (ENSSAUG00010009026) fn1a (ENSSAUG00010009061) ENSSAUG00010010189 ENSSAUG00010010190 ENSSAUG00010010192 ##22 nrp2b (ENSSAUG00010010220) epb41l5 (ENSSAUG00010012341) ptpn4a (ENSSAUG00010012414) tmem177 (ENSSAUG00010012606) ENSSAUG00010012609 MRAS (ENSSAUG00010012612) pth2ra (ENSSAUG00010012615) ENSSAUG00010012650 ENSSAUG00010012656 tmem163a (ENSSAUG00010012666) acmsd (ENSSAUG00010012673) ccnt2a (ENSSAUG00010012679) ENSSAUG00010012688 ramp1 (ENSSAUG00010012699) ube2f (ENSSAUG00010012700) Perciformes ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000157521.a.a ENSGT00390000012561.b.pb.a ENSGT00940000155752 ENSGT00940000164719 ENSGT00430000031142 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ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a ##22 ENSGT00940000155270.i.a ENSGT00940000156332 ENSGT00940000157211.l ENSGT00390000010354 ENSGT00970000193381.a.b.a.b.a.b.a.b ENSGT00940000156353.u.a ENSGT00940000159094.f ENSGT01030000234640.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a.a ENSGT01030000234640.a.b.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000156444.d ENSGT00390000005159.i ENSGT00940000156089.e.b ENSGT00390000006356 ENSGT00950000183097.a.a.b ENSGT00550000075118.l Lumpfish MODERN SPECIES 13 LRP1B (ENSCLMG00005017411) BZW1 (ENSCLMG00005017429) MYO1B (ENSCLMG00005017521) ENSCLMG00005017740 ENSCLMG00005017750 WNT6 (ENSCLMG00005017757) wnt10a (ENSCLMG00005017759) cdk5r2b (ENSCLMG00005017762) fev (ENSCLMG00005017765) cryba2b (ENSCLMG00005017766) umps (ENSCLMG00005017772) fn1a (ENSCLMG00005018201) ENSCLMG00005020690 ENSCLMG00005020714 ENSCLMG00005020715 ENSCLMG00005020718 ##22 NRP2 (ENSCLMG00005020735) epb41l5 (ENSCLMG00005020797) ptpn4a (ENSCLMG00005020800) tmem177 (ENSCLMG00005020802) ENSCLMG00005020803 MRAS (ENSCLMG00005020804) pth2ra 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ENSGT00390000012561.b.pb.a ENSGT00940000155752 ENSGT00940000164719 ENSGT00430000031142 ENSGT01030000234607.A.a.a.a.d ENSGT00940000159281 ENSGT00940000160299 ENSGT00390000008812.a.a ENSGT00940000161562 ENSGT00940000160306 ENSGT00390000001856 ENSGT00940000155126.s.b ENSGT00940000166348 ENSGT00940000161508.a ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a ##22 ENSGT00940000155270.i.a ENSGT00940000156332 ENSGT00940000157211.l ENSGT00390000010354 ENSGT00940000156353.u.a ENSGT00940000159094.f ENSGT00940000164905.i.b.b ENSGT00940000153470.a.a.b ENSGT00390000001170.a.a.h ENSGT00490000043417 ENSGT00940000155759.e.a ENSGT00940000160383 ENSGT00940000159224.a ENSGT00940000154349 ENSGT00940000165586.a Channel bull blenny MODERN SPECIES 13 BZW1 (ENSCGOG00000020174) MYO1B (ENSCGOG00000017546) ENSCGOG00000017473 ENSCGOG00000017471 ENSCGOG00000017464 ENSCGOG00000017461 WNT6 (ENSCGOG00000017458) wnt10a (ENSCGOG00000017451) cdk5r2b (ENSCGOG00000017449) fev (ENSCGOG00000017448) cryba2b (ENSCGOG00000017440) umps 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(ENSTRUG00000020076) RALB (ENSTRUG00000006857) BZW1 (ENSTRUG00000005576) MYO1B (ENSTRUG00000004277) ENSTRUG00000004181 ENSTRUG00000021136 WNT6 (ENSTRUG00000022464) wnt10a (ENSTRUG00000003255) ENSTRUG00000031853 fev (ENSTRUG00000003136) cryba2b (ENSTRUG00000002508) umps (ENSTRUG00000002053) fn1a (ENSTRUG00000001374) ENSTRUG00000001358 ENSTRUG00000002389 ##22 nrp2b (ENSTRUG00000003723) epb41l5 (ENSTRUG00000005009) ptpn4a (ENSTRUG00000005419) tmem177 (ENSTRUG00000023228) mras (ENSTRUG00000032019) pth2 (ENSTRUG00000006000) ENSTRUG00000008190 tmem163a (ENSTRUG00000008099) acmsd (ENSTRUG00000007957) ccnt2a (ENSTRUG00000023299) MAP3K19 (ENSTRUG00000026412) ramp1 (ENSTRUG00000007700) ube2f (ENSTRUG00000007527) zgc:162396 (ENSTRUG00000010648) ENSTRUG00000032205 Tetraodon MODERN SPECIES 13 RALB (ENSTNIG00000014250) LRP1B (ENSTNIG00000017043) BZW1 (ENSTNIG00000017044) MYO1B (ENSTNIG00000017045) ENSTNIG00000017046 ENSTNIG00000001742 ENSTNIG00000017047 WNT6 (ENSTNIG00000017048) wnt10a 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ENSGT00390000001170.a.a ENSGT00490000043417 ENSGT00940000155759.e.a ENSGT00940000160383 ENSGT00940000159224.a Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000155984.i.a ENSGT00940000157521.a.a ENSGT00390000012561.b.pb.a ENSGT00940000155752 ENSGT00940000164719 ENSGT00430000031142 ENSGT00940000159281 ENSGT00940000160299 ENSGT00390000008812.a.a ENSGT00940000161562 ENSGT00940000160306 ENSGT00390000001856 ENSGT00940000155126.s.b ENSGT00940000166348 ENSGT00940000161508.a ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a ##22 ENSGT00940000155270.i.a ENSGT00940000156332 ENSGT00940000157211.l ENSGT00390000010354 ENSGT00940000156353.u.a ENSGT00940000159094.f ENSGT00940000164905.i.b.a.a ENSGT00940000153470.a.a.b ENSGT00390000001170.a.a ENSGT00490000043417 ENSGT00940000155759.e.a ENSGT00940000160383 ENSGT00940000159224.a ENSGT00940000154349 ENSGT00940000165586.a Tongue sole MODERN SPECIES 7 ENSCSEG00000019038 ramp1 (ENSCSEG00000019063) ube2f (ENSCSEG00000019066) ENSCSEG00000019093 ENSCSEG00000019103 ENSCSEG00000019115 ENSCSEG00000019130 ADARB1 (ENSCSEG00000019137) agr1 (ENSCSEG00000019148) traf3ip1 (ENSCSEG00000019157) asb1 (ENSCSEG00000019185) fev (ENSCSEG00000019191) cryba2b (ENSCSEG00000019194) umps (ENSCSEG00000019200) fn1a (ENSCSEG00000019211) ENSCSEG00000019628 ##22 ENSCSEG00000019637 nrp2b (ENSCSEG00000019639) LRP1B (ENSCSEG00000019647) BZW1 (ENSCSEG00000019691) MYO1B (ENSCSEG00000019699) ENSCSEG00000019713 ENSCSEG00000019718 WNT6 (ENSCSEG00000019725) wnt10a (ENSCSEG00000019730) cdk5r2b (ENSCSEG00000019737) Turbot MODERN SPECIES 5 poglut2 (ENSSMAG00000006626) nepro (ENSSMAG00000006603) ENSSMAG00000006572 ENSSMAG00000005800 ENSSMAG00000005715 ENSSMAG00000005494 ENSSMAG00000005470 ENSSMAG00000005437 WNT6 (ENSSMAG00000005428) wnt10a (ENSSMAG00000005418) fev (ENSSMAG00000023246) cryba2b (ENSSMAG00000005379) umps (ENSSMAG00000005356) ENSSMAG00000026422 ENSSMAG00000005217 ENSSMAG00000005176 ##22 ENSSMAG00000005109 epb41l5 (ENSSMAG00000005045) ptpn4a (ENSSMAG00000004821) tmem177 (ENSSMAG00000023201) ENSSMAG00000028509 ENSSMAG00000004781 ENSSMAG00000032315 ENSSMAG00000004754 tmem163a (ENSSMAG00000004716) acmsd (ENSSMAG00000004685) ccnt2a (ENSSMAG00000004571) ENSSMAG00000004542 ramp1 (ENSSMAG00000033979) ube2f (ENSSMAG00000004518) ENSSMAG00000004498 Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000157521.a.a ENSGT00390000012561.b.pb.a ENSGT00940000155752 ENSGT00940000164719 ENSGT00430000031142 ENSGT01030000234607.A.a.a.a.d ENSGT00940000159281 ENSGT00940000160299 ENSGT00390000008812.a.a ENSGT00940000161562 ENSGT00940000160306 ENSGT00390000001856 ENSGT00940000155126.s.b ENSGT00940000166348 ENSGT00940000161508.a ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a ##22 ENSGT00940000155270.i.a ENSGT00940000156332 ENSGT00940000157211.l ENSGT00390000010354 ENSGT00970000193381.a.b.a.b.a.b.a.b ENSGT00940000156353.u.a ENSGT00940000159094.f ENSGT01030000235506 ENSGT00940000164905.i.b.a.a ENSGT00940000153470.a.a.b ENSGT00390000001170.a.a ENSGT00490000043417 ENSGT00940000155759.e.a ENSGT00940000160383 ENSGT00940000159224.a Barramundi perch MODERN SPECIES 244 MYO1B (ENSLCAG00010027636) mnx2a (ENSLCAG00010027627) ENSLCAG00010027624 ENSLCAG00010027622 ENSLCAG00010027618 ENSLCAG00010027616 WNT6 (ENSLCAG00010027615) wnt10a (ENSLCAG00010027614) cdk5r2b (ENSLCAG00010027613) fev (ENSLCAG00010027612) cryba2b (ENSLCAG00010027610) umps (ENSLCAG00010027608) fn1a (ENSLCAG00010026990) ENSLCAG00010026823 ENSLCAG00010026820 ENSLCAG00010026813 ##22 Seriola ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT00940000157521.a.a ENSGT00390000012561.b.pb.a ENSGT00940000155752 ENSGT00940000164719 ENSGT00430000031142 ENSGT01030000234607.A.a.a.a.d ENSGT00940000159281 ENSGT00940000160299 ENSGT00390000008812.a.a ENSGT00940000161562 ENSGT00940000160306 ENSGT00390000001856 ENSGT00940000155126.s.b ENSGT00940000166348 ENSGT00940000161508.a ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a ##22 ENSGT00940000155270.i.a ENSGT00940000156332 ENSGT00940000157211.l ENSGT00390000010354 ENSGT00970000193381.a.b.a.b.a.b.a.b 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ramp1 (ENSSDUG00000010459) ube2f (ENSSDUG00000010350) Yellowtail amberjack DUPLICATION Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 3086 MYO1B (ENSSLDG00000022217) ENSSLDG00000022259 ENSSLDG00000022285 ENSSLDG00000022331 WNT6 (ENSSLDG00000022349) wnt10a (ENSSLDG00000022364) cdk5r2b (ENSSLDG00000022392) fev (ENSSLDG00000022400) cryba2b (ENSSLDG00000022419) umps (ENSSLDG00000022454) umps (ENSSLDG00000022559) fn1a (ENSSLDG00000022581) ENSSLDG00000022638 ENSSLDG00000022653 ENSSLDG00000022732 ENSSLDG00000022740 ##22 ENSSLDG00000022746 ##22 nrp2b (ENSSLDG00000022769) Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 3086 ENSSLDG00000022259 ENSSLDG00000022285 ENSSLDG00000022331 WNT6 (ENSSLDG00000022349) wnt10a (ENSSLDG00000022364) cdk5r2b (ENSSLDG00000022392) fev (ENSSLDG00000022400) cryba2b (ENSSLDG00000022419) umps (ENSSLDG00000022454) umps (ENSSLDG00000022559) fn1a (ENSSLDG00000022581) ENSSLDG00000022638 ENSSLDG00000022653 ENSSLDG00000022732 ENSSLDG00000022740 ##22 ENSSLDG00000022746 ##22 nrp2b (ENSSLDG00000022769) Anabantaria ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000155984.i.a ENSGT00940000157521.a.a ENSGT00390000012561.b.pb.a ENSGT00940000155752 ENSGT00940000164719 ENSGT00430000031142 ENSGT00940000159281 ENSGT00940000160299 ENSGT00390000008812.a.a ENSGT00940000161562 ENSGT00940000160306 ENSGT00390000001856 ENSGT00940000155126.s.b ENSGT00940000166348 ENSGT00940000161508.a ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a ##22 ENSGT00940000155270.i.a ENSGT00940000156332 ENSGT00940000157211.l ENSGT00390000010354 ENSGT00970000193381.a.b.a.b.a.b.a.b ENSGT00940000156353.u.a ENSGT00940000159094.f ENSGT00940000164905.i.b.b ENSGT00940000153470.a.a.b ENSGT00390000001170.a.a ENSGT00490000043417 ENSGT00940000155759.e.a ENSGT00940000160383 ENSGT00940000159224.a ENSGT00940000154349 Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00390000007644 ENSGT00940000155984.i.a ENSGT00940000157521.a.a ENSGT00390000012561.b.pb.a ENSGT00940000155752 ENSGT00940000164719 ENSGT00430000031142 ENSGT00940000159281 ENSGT00940000160299 ENSGT00390000008812.a.a ENSGT00940000161562 ENSGT00940000160306 ENSGT00390000001856 ENSGT00940000155126.s.b ENSGT00940000166348 ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a ##22 ENSGT00940000155270.i.a ENSGT00940000156332 ENSGT00940000157211.l ENSGT00390000010354 ENSGT00970000193381.a.b.a.b.a.b.a.b ENSGT00940000156353.u.a ENSGT00940000159094.f ENSGT00940000164905.i.b.b ENSGT00940000153470.a.a.b ENSGT00390000001170.a.a ENSGT00490000043417 ENSGT00940000155759.e.a ENSGT00940000160383 ENSGT00940000159224.a ENSGT00940000154349 Climbing perch MODERN SPECIES 12 ENSATEG00000026473 ENSATEG00000027644 ENSATEG00000012956 ##22 ENSATEG00000012388 epb41l5 (ENSATEG00000012315) ptpn4a (ENSATEG00000012178) tmem177 (ENSATEG00000012138) ENSATEG00000012132 ENSATEG00000012108 ENSATEG00000012066 ENSATEG00000025555 ENSATEG00000012016 tmem163a (ENSATEG00000029796) acmsd (ENSATEG00000011948) ccnt2a (ENSATEG00000011936) MAP3K19 (ENSATEG00000011930) ramp1 (ENSATEG00000011922) ENSATEG00000011881 Zig-zag eel MODERN SPECIES 13 ENSMAMG00000014728 ENSMAMG00000014694 ENSMAMG00000014621 ENSMAMG00000014613 ENSMAMG00000014546 WNT6 (ENSMAMG00000014507) wnt10a (ENSMAMG00000014474) cdk5r2b (ENSMAMG00000014465) fev (ENSMAMG00000014450) cryba2b (ENSMAMG00000014432) umps (ENSMAMG00000014385) ENSMAMG00000014337 ENSMAMG00000014293 ENSMAMG00000014257 ENSMAMG00000014199 ENSMAMG00000014135 ##22 ENSMAMG00000013943 ENSMAMG00000026386 epb41l5 (ENSMAMG00000013901) ptpn4a (ENSMAMG00000013766) tmem177 (ENSMAMG00000013743) MRAS (ENSMAMG00000024499) ENSMAMG00000013608 ENSMAMG00000025502 tmem163a (ENSMAMG00000027963) acmsd (ENSMAMG00000013500) ccnt2a (ENSMAMG00000013387) ENSMAMG00000025754 ENSMAMG00000013315 ramp1 (ENSMAMG00000013305) ENSMAMG00000013272 Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000157521.a.a ENSGT00390000012561.b.pb.a ENSGT00940000155752 ENSGT00940000164719 ENSGT00430000031142 ENSGT01030000234607.A.a.a.a.d ENSGT00940000159281 ENSGT00940000160299 ENSGT00390000008812.a.a ENSGT00940000161562 ENSGT00940000160306 ENSGT00390000001856 ENSGT00940000155126.s.b ENSGT00940000166348 ENSGT00940000161508.a ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a ##22 ENSGT00940000155270.i.a ENSGT00940000156332 ENSGT00940000157211.l ENSGT00390000010354 ENSGT00970000193381.a.b.a.b.a.b.a.b ENSGT00940000156353.u.a ENSGT00940000159094.f ENSGT00940000164905.i.b.b ENSGT00940000177376 ENSGT00940000153470.a.a.b ENSGT00390000001170.a.a ENSGT00490000043417 ENSGT00940000155759.e.a ENSGT00980000202775 ENSGT00940000160383 Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000166603.d ENSGT00940000157521.a.a ENSGT00390000012561.b.pb.a ENSGT00940000155752 ENSGT00940000164719 ENSGT00430000031142 ENSGT01030000234607.A.a.a.a.d ENSGT00940000159281 ENSGT00940000160299 ENSGT00390000008812.a.a ENSGT00940000161562 ENSGT00940000160306 ENSGT00390000001856 ENSGT00940000155126.s.b ENSGT00940000166348 ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a ##22 ENSGT00940000155270.i.a ENSGT00940000156332 ENSGT00940000157211.l ENSGT00390000010354 ENSGT00940000156353.u.a ENSGT00940000159094.f ENSGT00940000164905.i.b.b ENSGT00940000177376 ENSGT00940000153470.a.a.b ENSGT00390000001170.a.a ENSGT00490000043417 ENSGT00940000155759.e.a ENSGT00980000202775 ENSGT00940000160383 ENSGT00940000159224.a Cyprinodontiformes ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000166603.d ENSGT00940000157521.a.a ENSGT00390000012561.b.pb.a ENSGT00940000155752 ENSGT00940000164719 ENSGT00430000031142 ENSGT01030000234607.A.a.a.a.d ENSGT00940000159281 ENSGT00940000160299 ENSGT00390000008812.a.a ENSGT00940000161562 ENSGT00940000160306 ENSGT00390000001856 ENSGT00940000155126.s.b ENSGT00940000166348 ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a ##22 ENSGT00940000155270.i.a ENSGT00940000156332 ENSGT00940000157211.l ENSGT00390000010354 ENSGT00940000156353.u.a ENSGT00940000159094.f ENSGT00940000164905.i.b.b ENSGT00940000177376 ENSGT00940000153470.a.a.b ENSGT00390000001170.a.a.e ENSGT00490000043417 ENSGT00940000155759.e.a ENSGT00980000202775 ENSGT00940000160383 ENSGT00940000159224.a Aplocheiloidei DUPLICATION Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a.e ##22 Turquoise killifish MODERN SPECIES 1615 ENSNFUG00015000205 ENSNFUG00015000186 ENSNFUG00015000175 ENSNFUG00015023970 ADAMTS5 (ENSNFUG00015023939) ADAMTS1 (ENSNFUG00015023932) cyyr1 (ENSNFUG00015023928) APP (ENSNFUG00015022910) atp5pf (ENSNFUG00015022776) JAM2A (ENSNFUG00015022774) MRPL39 (ENSNFUG00015022769) rap2ab (ENSNFUG00015022765) mbnl2 (ENSNFUG00015022750) ENSNFUG00015022735 ENSNFUG00015022734 ENSNFUG00015022718 ##22 NRP2 (ENSNFUG00015022587) ENSNFUG00015022569 abcb6a (ENSNFUG00015021916) cnppd1 (ENSNFUG00015021868) ENSNFUG00015021844 FAM134A (ENSNFUG00015021837) mdh1b (ENSNFUG00015021836) FASTKD2 (ENSNFUG00015021833) ENSNFUG00015021828 raph1b (ENSNFUG00015021263) ALG11 (ENSNFUG00015021241) cpb2 (ENSNFUG00015021229) ZC3H13 (ENSNFUG00015021222) chst10 (ENSNFUG00015021219) MAP4K4 (ENSNFUG00015020909) Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES 48 ENSGT00940000154829.j ENSGT00950000183058.A.a.d ENSGT00950000183058.A.b.b 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(ENSNFUG00015019190) PTPN4A (ENSNFUG00015019139) TMEM177 (ENSNFUG00015019125) MRAS (ENSNFUG00015019107) pth2ra (ENSNFUG00015018783) ENSNFUG00015018765 ENSNFUG00015018503 TMEM163A (ENSNFUG00015018496) acmsd (ENSNFUG00015018394) ccnt2a (ENSNFUG00015018257) MAP3K19 (ENSNFUG00015018126) ENSNFUG00015018121 Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000166603.d ENSGT00940000157521.a.a ENSGT00390000012561.b.pb.a ENSGT00940000155752 ENSGT00940000164719 ENSGT00430000031142 ENSGT01030000234607.A.a.a.a.d ENSGT00940000159281 ENSGT00940000160299 ENSGT00390000008812.a.a ENSGT00940000161562 ENSGT00940000160306 ENSGT00390000001856 ENSGT00940000155126.s.b ENSGT00940000166348 ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a ##22 ENSGT00940000155270.i.a ENSGT00940000156332 ENSGT00940000157211.l ENSGT00390000010354 ENSGT00940000156353.u.a ENSGT00940000159094.f ENSGT00940000164905.i.b.b ENSGT00940000177376 ENSGT00940000153470.a.a.b ENSGT00390000001170.a.a.e ENSGT00490000043417 ENSGT00940000155759.e.a ENSGT00980000202775 ENSGT00940000160383 ENSGT00940000159224.a Poeciliinae ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000166603.d ENSGT00940000157521.a.a ENSGT00390000012561.b.pb.a ENSGT00940000155752 ENSGT00940000164719 ENSGT00430000031142 ENSGT01030000234607.A.a.a.a.d ENSGT00940000159281 ENSGT00940000160299 ENSGT00390000008812.a.a ENSGT00940000161562 ENSGT00940000160306 ENSGT00390000001856 ENSGT00940000155126.s.b ENSGT00940000166348 ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a ##22 ENSGT00940000155270.i.a ENSGT00940000156332 ENSGT00940000157211.l ENSGT00390000010354 ENSGT00940000156353.u.a ENSGT00940000159094.f ENSGT00940000164905.i.b.b ENSGT00940000177376 ENSGT00940000153470.a.a.b ENSGT00390000001170.a.a.e ENSGT00490000043417 ENSGT00940000155759.e.a ENSGT00980000202775 ENSGT00940000160383 ENSGT00940000159224.a Platyfish MODERN SPECIES 21 nepro (ENSXMAG00000023956) RALB (ENSXMAG00000023293) LRP1B (ENSXMAG00000011528) BZW1 (ENSXMAG00000010531) MYO1B (ENSXMAG00000016513) ENSXMAG00000027035 ENSXMAG00000027986 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##22 ENSORLG00000029727 ENSORLG00000026352 ENSORLG00000021788 ENSORLG00000025687 ENSORLG00000022794 ENSORLG00000028758 ENSORLG00000020849 epb41l5 (ENSORLG00000020848) ptpn4a (ENSORLG00000020845) ENSORLG00000027868 tmem177 (ENSORLG00000020842) ENSORLG00000020840 ENSORLG00000025686 slc37a1 (ENSORLG00000020837) Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 13 TMBIM1 (ENSORLG00000020503) pnkd (ENSORLG00000026276) gmppaa (ENSORLG00000020513) ENSORLG00000025186 asic4a (ENSORLG00000020519) ENSORLG00000029901 CHPF (ENSORLG00000020522) pdxka (ENSORLG00000020526) agpat3 (ENSORLG00000020534) cdk5r2b (ENSORLG00000020537) fev (ENSORLG00000029519) cryba2b (ENSORLG00000020544) umps (ENSORLG00000020552) fn1a (ENSORLG00000020577) ENSORLG00000028926 ENSORLG00000029898 ##22 ENSORLG00000023693 ##22 ENSORLG00000022281 ##22 ENSORLG00000029727 ENSORLG00000026352 ENSORLG00000021788 ENSORLG00000025687 ENSORLG00000022794 ENSORLG00000028758 ENSORLG00000020849 epb41l5 (ENSORLG00000020848) ptpn4a (ENSORLG00000020845) ENSORLG00000027868 tmem177 (ENSORLG00000020842) ENSORLG00000020840 ENSORLG00000025686 Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 13 gmppaa (ENSORLG00000020513) ENSORLG00000025186 asic4a (ENSORLG00000020519) ENSORLG00000029901 CHPF (ENSORLG00000020522) pdxka (ENSORLG00000020526) agpat3 (ENSORLG00000020534) cdk5r2b (ENSORLG00000020537) fev (ENSORLG00000029519) cryba2b (ENSORLG00000020544) umps (ENSORLG00000020552) fn1a (ENSORLG00000020577) ENSORLG00000028926 ENSORLG00000029898 ##22 ENSORLG00000023693 ##22 ENSORLG00000022281 ##22 ENSORLG00000029727 ENSORLG00000026352 ENSORLG00000021788 ENSORLG00000025687 ENSORLG00000022794 ENSORLG00000028758 ENSORLG00000020849 epb41l5 (ENSORLG00000020848) ptpn4a (ENSORLG00000020845) ENSORLG00000027868 tmem177 (ENSORLG00000020842) ENSORLG00000020840 ENSORLG00000025686 slc37a1 (ENSORLG00000020837) wdr4 (ENSORLG00000020836) Chinese medaka MODERN SPECIES 3978 ENSOSIG00000013352 ##22 Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000157521.a.a 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ENSONIG00000026458 ENSONIG00000004391 ##22 ENSONIG00000034750 nrp2b (ENSONIG00000004396) ENSONIG00000038574 epb41l5 (ENSONIG00000004414) ptpn4a (ENSONIG00000004426) tmem177 (ENSONIG00000004446) MRAS (ENSONIG00000004448) pth2ra (ENSONIG00000004451) ENSONIG00000028529 ENSONIG00000032164 tmem163a (ENSONIG00000004454) acmsd (ENSONIG00000004455) ccnt2a (ENSONIG00000004456) MAP3K19 (ENSONIG00000039678) ramp1 (ENSONIG00000030721) Midas cichlid MODERN SPECIES 905 ENSACIG00000012860 fn1a (ENSACIG00000013031) ENSACIG00000014790 ##22 ENSACIG00000014969 nrp2b (ENSACIG00000014978) epb41l5 (ENSACIG00000015021) ptpn4a (ENSACIG00000015056) tmem177 (ENSACIG00000015109) MRAS (ENSACIG00000015128) pth2ra (ENSACIG00000015144) ENSACIG00000015193 tmem163a (ENSACIG00000015200) acmsd (ENSACIG00000015216) ccnt2a (ENSACIG00000015242) ENSACIG00000015273 ramp1 (ENSACIG00000015368) ube2f (ENSACIG00000015390) zgc:162780 (ENSACIG00000015409) Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000157521.a.a 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ENSGT00390000008812.a.a ENSGT00940000161562 ENSGT00940000160306 ENSGT00390000001856 ENSGT00940000155126.s.b ENSGT00940000166348 ENSGT00940000161508.a ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a ##22 ENSGT00940000155270.i.a ENSGT00940000156332 ENSGT00940000157211.l ENSGT00390000010354 ENSGT00970000193381.a.b.a.b.a.b.a.b ENSGT00940000156353.u.a ENSGT00940000159094.f ENSGT00940000164905.i.b.b ENSGT00940000153470.a.a.b ENSGT00390000001170.a.a ENSGT00490000043417 ENSGT00940000155759.e.a ENSGT00940000160383 ENSGT00940000159224.a ENSGT00940000154349 Spiny chromis MODERN SPECIES 561 ENSAPOG00000018911 ENSAPOG00000018837 ENSAPOG00000018809 ENSAPOG00000018752 ##22 Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000157521.a.a ENSGT00390000012561.b.pb.a ENSGT00940000155752 ENSGT00940000164719 ENSGT00430000031142 ENSGT01030000234607.A.a.a.a.d ENSGT00940000159281 ENSGT00940000160299 ENSGT00390000008812.a.a ENSGT00940000161562 ENSGT00940000160306 ENSGT00390000001856 ENSGT00940000155126.s.b ENSGT00940000166348 ENSGT00940000161508.a ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a ##22 ENSGT00940000155270.i.a ENSGT00940000156332 ENSGT00940000157211.l ENSGT00390000010354 ENSGT00970000193381.a.b.a.b.a.b.a.b ENSGT00940000156353.u.a ENSGT00940000159094.f ENSGT00940000164905.i.b.b ENSGT00940000153470.a.a.b ENSGT00390000001170.a.a ENSGT00490000043417 ENSGT00940000155759.e.a ENSGT00940000160383 ENSGT00940000159224.a ENSGT00940000154349 Orange clownfish DUPLICATION Orange clownfish MODERN SPECIES 3 MYO1B (ENSAPEG00000010418) ENSAPEG00000010352 ENSAPEG00000010098 ENSAPEG00000010056 WNT6 (ENSAPEG00000010032) wnt10a (ENSAPEG00000010000) cdk5r2b (ENSAPEG00000009975) fev (ENSAPEG00000009962) cryba2b (ENSAPEG00000009942) umps (ENSAPEG00000009890) ENSAPEG00000009869 fn1a (ENSAPEG00000009679) ENSAPEG00000009657 ENSAPEG00000009587 ENSAPEG00000009565 ##22 ENSAPEG00000009513 ##22 nrp2b (ENSAPEG00000009440) epb41l5 (ENSAPEG00000009152) epb41l5 (ENSAPEG00000009079) ptpn4a (ENSAPEG00000008973) tmem177 (ENSAPEG00000008953) ENSAPEG00000008948 MRAS (ENSAPEG00000008940) pth2ra (ENSAPEG00000008903) ENSAPEG00000008803 ENSAPEG00000008554 tmem163a (ENSAPEG00000008508) acmsd (ENSAPEG00000008464) ccnt2a (ENSAPEG00000008355) ENSAPEG00000008294 ramp1 (ENSAPEG00000008272) Orange clownfish MODERN SPECIES 3 BZW1 (ENSAPEG00000010528) MYO1B (ENSAPEG00000010418) ENSAPEG00000010352 ENSAPEG00000010098 ENSAPEG00000010056 WNT6 (ENSAPEG00000010032) wnt10a (ENSAPEG00000010000) cdk5r2b (ENSAPEG00000009975) fev (ENSAPEG00000009962) cryba2b (ENSAPEG00000009942) umps (ENSAPEG00000009890) ENSAPEG00000009869 fn1a (ENSAPEG00000009679) ENSAPEG00000009657 ENSAPEG00000009587 ENSAPEG00000009565 ##22 ENSAPEG00000009513 ##22 nrp2b (ENSAPEG00000009440) epb41l5 (ENSAPEG00000009152) epb41l5 (ENSAPEG00000009079) ptpn4a (ENSAPEG00000008973) tmem177 (ENSAPEG00000008953) ENSAPEG00000008948 MRAS (ENSAPEG00000008940) pth2ra (ENSAPEG00000008903) ENSAPEG00000008803 ENSAPEG00000008554 tmem163a (ENSAPEG00000008508) acmsd (ENSAPEG00000008464) ccnt2a (ENSAPEG00000008355) ENSAPEG00000008294 Clown anemonefish DUPLICATION Clown anemonefish MODERN SPECIES 1510 ENSAOCG00000018422 ENSAOCG00000018410 ENSAOCG00000018371 ##22 ENSAOCG00000018338 ##22 nrp2b (ENSAOCG00000018105) Clown anemonefish MODERN SPECIES 1510 ENSAOCG00000018422 ENSAOCG00000018410 ENSAOCG00000018371 ##22 ENSAOCG00000018338 ##22 nrp2b (ENSAOCG00000018105) Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 86 ENSGT00550000075037 ENSGT00940000160059.a.b ENSGT00390000004553 ENSGT00940000155126.s.a ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a ##22 ENSGT00940000155270.g ENSGT00940000156160 ENSGT00940000157916 ENSGT00940000164110.a.a ENSGT00940000159069 ENSGT00530000063410.b ENSGT00530000063873.B.e ENSGT00940000178309 ENSGT00940000156552.c.a.h ENSGT00390000009001 ENSGT00390000005159.l ENSGT00940000156444.e ENSGT00940000159606 ENSGT00940000158239.a.b.a ENSGT00940000172395 P. kingsleyae MODERN SPECIES 8 ENSPKIG00000001557 TMEM198 (ENSPKIG00000001632) desmb (ENSPKIG00000001657) dnpep (ENSPKIG00000001716) PTPRN (ENSPKIG00000001805) dnajb2 (ENSPKIG00000001907) ENSPKIG00000001956 ENSPKIG00000001966 ENSPKIG00000001982 TUBA4A (ENSPKIG00000002008) stk16 (ENSPKIG00000002035) mnx2b (ENSPKIG00000002066) atic (ENSPKIG00000002172) fn1b (ENSPKIG00000002247) ENSPKIG00000002315 ENSPKIG00000002362 ##22 NRP2 (ENSPKIG00000002549) ENSPKIG00000002675 abcb6a (ENSPKIG00000002713) ENSPKIG00000002839 retreg2 (ENSPKIG00000002909) ENSPKIG00000002927 FER1L6 (ENSPKIG00000002971) mdh1b (ENSPKIG00000003031) ENSPKIG00000003058 ENSPKIG00000003078 ENSPKIG00000003089 ENSPKIG00000003105 ENSPKIG00000003117 ABI2 (ENSPKIG00000003196) TMEM237 (ENSPKIG00000003302) Asian bonytongue MODERN SPECIES 3 ENSSFOG00015012864 TMEM198 (ENSSFOG00015012958) desmb (ENSSFOG00015012984) dnpep (ENSSFOG00015013051) PTPRN (ENSSFOG00015013117) dnajb2 (ENSSFOG00015013167) ENSSFOG00015032957 ENSSFOG00015026487 ENSSFOG00015031461 ENSSFOG00015031009 mnx2b (ENSSFOG00015015616) stk16 (ENSSFOG00015015622) tuba8l2 (ENSSFOG00015025297) atic (ENSSFOG00015015699) fn1b (ENSSFOG00015015910) ENSSFOG00015016998 ##22 NRP2 (ENSSFOG00015017053) abcb6a (ENSSFOG00015017166) retreg2 (ENSSFOG00015017310) FER1L6 (ENSSFOG00015017331) mdh1b (ENSSFOG00015017397) ENSSFOG00015025889 CTLA4 (ENSSFOG00015017416) ENSSFOG00015017428 RAPH1 (ENSSFOG00015017453) ENSSFOG00015026680 ABI2 (ENSSFOG00015017511) TMEM237 (ENSSFOG00015017568) MPP4 (ENSSFOG00015017618) cdk15 (ENSSFOG00015017727) fzd7a (ENSSFOG00015017773) Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES 178 ENSGT00390000004553 ENSGT00940000155126.s.a ENSGT00940000168433 ENSGT00940000155126.s.b ENSGT00940000166348 ENSGT00940000161508.a ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.a ##22 ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000156160 ENSGT00390000000862 ENSGT00940000157916 ENSGT00950000183019.f.b.b.c ENSGT00530000063873.B ENSGT00940000178309 ENSGT00940000156552.c.a ENSGT00940000156089 ENSGT00500000044939 ENSGT00390000005159 ENSGT00940000156444 ENSGT00940000155861.C.e ENSGT00940000159606 ENSGT00940000158239.a.b Clupeocephala DUPLICATION Clupeocephala DUPLICATION Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.a.a ##22 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.a.a ##22 Otophysi ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.a.a ##22 Cyprinoidei ANCESTRAL SPECIES 34 ENSGT01030000234570.d.a.p ENSGT00530000063186.b.b ENSGT00940000154695.d.b.b.k.b ENSGT00940000154695.d.b.b.l ENSGT00940000154349 ENSGT00940000165586.b ENSGT00940000155235.k.b ENSGT00940000155466.e.a ENSGT00390000016929 ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00530000063410.b ENSGT00940000164110 ENSGT00950000183019.f.b.b.d ENSGT00390000000862 ENSGT00940000156160.b.a ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.a.a ##22 ENSGT00940000155270.i.b.a ENSGT00940000161508.b ENSGT00940000155126.s.a ENSGT00390000004553 ENSGT00940000160059.a.b.a ENSGT00550000075037 ENSGT00950000183165.a.a.b.o.b ENSGT00390000012721.b ENSGT00950000183055.a.a ENSGT00940000159810 ENSGT00940000160718 ENSGT00940000158453.a ENSGT01050000244955.a.a ENSGT01050000244897.a.b.b.a.b ENSGT00390000010543 Zebrafish DUPLICATION Zebrafish MODERN SPECIES ERBB4 (ENSDARG00000090408) erbb4a (ENSDARG00000063207) ube2f (ENSDARG00000025754) si:ch211-93g23.2 (ENSDARG00000070558) klf7a (ENSDARG00000073857) ENSDARG00000063253 ENSDARG00000113848 gtf3c3 (ENSDARG00000043247) ENSDARG00000074031 mdh1b (ENSDARG00000018008) retreg2 (ENSDARG00000063270) ENSDARG00000017537 cnppd1 (ENSDARG00000027078) abcb6a (ENSDARG00000063297) ENSDARG00000113935 ##22 pard3ba (ENSDARG00000092671) ##22 nrp2a (ENSDARG00000096546) cpo (ENSDARG00000077688) fn1b (ENSDARG00000006526) mnx2b (ENSDARG00000030350) atic (ENSDARG00000016706) stk16 (ENSDARG00000037777) tuba8l2 (ENSDARG00000031164) ndfip2 (ENSDARG00000033928) spry2 (ENSDARG00000078308) slitrk6 (ENSDARG00000098769) gpc5a (ENSDARG00000103647) gpc6a (ENSDARG00000103156) ggact.1 (ENSDARG00000070581) ggact.2 (ENSDARG00000038248) ggact.3 (ENSDARG00000070579) Zebrafish MODERN SPECIES lancl1 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MODERN SPECIES 18 il1rapl1b (ENSTNIG00000014546) caskb (ENSTNIG00000014545) cenpl (ENSTNIG00000014543) FUNDC1 (ENSTNIG00000014542) ENSTNIG00000000999 kdm6al (ENSTNIG00000014541) ENSTNIG00000014540 ADAMTS5 (ENSTNIG00000014539) ADAMTS1 (ENSTNIG00000014538) APP (ENSTNIG00000014537) atp5pf (ENSTNIG00000014536) jam2a (ENSTNIG00000000490) mrpl39 (ENSTNIG00000014535) rap2ab (ENSTNIG00000014534) mbnl2 (ENSTNIG00000014533) ENSTNIG00000014532 ##22 nrp2a (ENSTNIG00000014531) abcb6a (ENSTNIG00000014530) ENSTNIG00000002465 ENSTNIG00000014529 retreg2 (ENSTNIG00000014528) mdh1b (ENSTNIG00000000378) ENSTNIG00000014527 raph1b (ENSTNIG00000014526) alg11 (ENSTNIG00000014525) cpb2 (ENSTNIG00000014524) zc3h13 (ENSTNIG00000014523) rpl31 (ENSTNIG00000014522) chst10 (ENSTNIG00000014521) ENSTNIG00000014520 ENSTNIG00000014519 Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00390000013877 ENSGT00940000154517.nb ENSGT00940000166518 ENSGT00940000163827.b ENSGT00940000159090 ENSGT00940000156815 ENSGT00940000167257 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ENSGT00390000009001 ENSGT00550000075118.k ENSGT00940000159160 ENSGT01030000235083 ENSGT00940000165996 ENSGT00730000111163 Cottioidei ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00390000013877 ENSGT00940000154517.nb ENSGT00940000166518 ENSGT00940000163827.b ENSGT00940000159090 ENSGT00940000156815 ENSGT00940000167257 ENSGT00530000063252.a.b.a.a ENSGT00390000008902.jb ENSGT00940000165208.a ENSGT00940000156271 ENSGT00940000160594.g.b ENSGT00950000182897.B.a.b.b.b ENSGT01030000234567.B.a.a.b.a.b ENSGT01030000235117 ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b ##22 ENSGT00940000155270.i.b ENSGT00940000156160.b.a ENSGT00390000000862 ENSGT00950000183019.f.b.b.d ENSGT00940000164110 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00990000203779 ENSGT00940000156552.c.b ENSGT00390000009001 ENSGT00550000075118.k ENSGT00940000159160 ENSGT00730000111163 ENSGT01030000235083 ENSGT00940000165996 Lumpfish MODERN SPECIES 11 GPR34 (ENSCLMG00005004536) cenpl (ENSCLMG00005004545) FUNDC1 (ENSCLMG00005004563) kdm6al (ENSCLMG00005004832) ADAMTS5 (ENSCLMG00005007241) ADAMTS1 (ENSCLMG00005007244) cyyr1 (ENSCLMG00005007245) APP (ENSCLMG00005007306) atp5pf (ENSCLMG00005014632) jam2a (ENSCLMG00005014633) mrpl39 (ENSCLMG00005014634) rap2ab (ENSCLMG00005014674) mbnl2 (ENSCLMG00005014677) ENSCLMG00005014689 ENSCLMG00005014691 ENSCLMG00005014693 ##22 nrp2a (ENSCLMG00005014713) abcb6a (ENSCLMG00005015690) ENSCLMG00005017216 ENSCLMG00005017219 ENSCLMG00005017235 arhgef7b (ENSCLMG00005017440) SOX1 (ENSCLMG00005019072) ATP11A (ENSCLMG00005000052) tubgcp3 (ENSCLMG00005000524) ENSCLMG00005000536 rcbtb1 (ENSCLMG00005000540) cdadc1 (ENSCLMG00005000549) cab39l (ENSCLMG00005000599) MCF2L (ENSCLMG00005000628) ENSCLMG00005000777 Stickleback MODERN SPECIES cenpl (ENSGACG00000015062) FUNDC1 (ENSGACG00000015063) kdm6al (ENSGACG00000015068) ENSGACG00000015070 ADAMTS5 (ENSGACG00000015075) ADAMTS1 (ENSGACG00000015076) cyyr1 (ENSGACG00000015079) APP (ENSGACG00000015081) atp5pf (ENSGACG00000015085) jam2a (ENSGACG00000015087) mrpl39 (ENSGACG00000015089) rap2ab (ENSGACG00000015103) mbnl2 (ENSGACG00000015105) ENSGACG00000015107 ENSGACG00000015115 ENSGACG00000015116 ##22 ENSGACG00000015120 nrp2a (ENSGACG00000015122) abcb6a (ENSGACG00000015126) cnppd1 (ENSGACG00000015132) ENSGACG00000015135 retreg2 (ENSGACG00000015143) mdh1b (ENSGACG00000015146) ENSGACG00000015149 ENSGACG00000015151 raph1b (ENSGACG00000015152) spp2 (ENSGACG00000015156) alg11 (ENSGACG00000015159) cpb2 (ENSGACG00000015162) zc3h13 (ENSGACG00000015166) rpl31 (ENSGACG00000015169) Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00390000013877 ENSGT00940000154517.nb ENSGT00940000166518 ENSGT00940000163827.b ENSGT00940000159090 ENSGT00940000156815 ENSGT00940000167257 ENSGT00530000063252.a.b.a.a ENSGT00390000008902.jb ENSGT00940000165208.a ENSGT00940000156271 ENSGT00940000160594.g.b ENSGT00950000182897.B.a.b.b.b ENSGT01030000234567.B.a.a.b.a.b ENSGT01030000235117 ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b ##22 ENSGT00940000155270.i.b ENSGT00940000156160.b.a ENSGT00390000000862 ENSGT00950000183019.f.b.b.d ENSGT00940000164110 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00990000203779 ENSGT00940000156552.c.b ENSGT00390000009001 ENSGT00550000075118.k ENSGT00940000159160 ENSGT01030000235083 ENSGT00950000183030 ENSGT00940000157128 Channel bull blenny MODERN SPECIES 11 CASK (ENSCGOG00000024553) cenpl (ENSCGOG00000024535) FUNDC1 (ENSCGOG00000024533) kdm6al (ENSCGOG00000024312) ENSCGOG00000024155 ADAMTS5 (ENSCGOG00000024136) ADAMTS1 (ENSCGOG00000024135) cyyr1 (ENSCGOG00000024134) APP (ENSCGOG00000023662) atp5pf (ENSCGOG00000023612) jam2a (ENSCGOG00000023606) mrpl39 (ENSCGOG00000023584) rap2ab (ENSCGOG00000023575) mbnl2 (ENSCGOG00000023566) ENSCGOG00000023559 ENSCGOG00000023549 ##22 nrp2a (ENSCGOG00000023135) abcb6a (ENSCGOG00000022961) cnppd1 (ENSCGOG00000022956) ENSCGOG00000022953 retreg2 (ENSCGOG00000022949) mdh1b (ENSCGOG00000022940) ENSCGOG00000022938 ENSCGOG00000022937 raph1b (ENSCGOG00000022764) spp2 (ENSCGOG00000022749) alg11 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ENSGT00970000198177 ENSGT00940000156160.b.a ENSGT00390000000862 ENSGT00950000183019.f.b.b.d ENSGT00940000164110 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00990000203779 ENSGT00940000156552.c.b ENSGT00390000009001 ENSGT00550000075118.k ENSGT00940000159160 ENSGT00730000111163 ENSGT00950000183030 European seabass MODERN SPECIES 15 ENSDLAG00005024076 ENSDLAG00005027621 ENSDLAG00005029710 ENSDLAG00005024220 ENSDLAG00005005746 ENSDLAG00005030864 ENSDLAG00005007858 ADAMTS5 (ENSDLAG00005031926) ENSDLAG00005008994 APP (ENSDLAG00005009169) jam2a (ENSDLAG00005015261) mrpl39 (ENSDLAG00005015269) ENSDLAG00005027520 ENSDLAG00005015405 ENSDLAG00005015455 ENSDLAG00005015507 ##22 ENSDLAG00005034257 ENSDLAG00005015590 ENSDLAG00005017020 abcb6a (ENSDLAG00005017043) cnppd1 (ENSDLAG00005017316) ENSDLAG00005017447 retreg2 (ENSDLAG00005026804) mdh1b (ENSDLAG00005017625) ENSDLAG00005017672 raph1b (ENSDLAG00005017704) spp2 (ENSDLAG00005026585) alg11 (ENSDLAG00005018603) cpb2 (ENSDLAG00005018614) 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raph1b (ENSMAMG00000022248) spp2 (ENSMAMG00000022266) alg11 (ENSMAMG00000022268) cpb2 (ENSMAMG00000022271) zc3h13 (ENSMAMG00000022274) ENSMAMG00000022284 mrps9 (ENSMAMG00000022287) Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000155600.a.a.h ENSGT00390000013877 ENSGT00940000154517.nb ENSGT00940000166518 ENSGT00940000163827.b ENSGT00940000159090 ENSGT00940000156815 ENSGT00940000167257 ENSGT00530000063252.a.b.a.a ENSGT00390000008902.jb ENSGT00940000165208.a ENSGT00940000156271 ENSGT00940000160594.g.b ENSGT00950000182897.B.a.b.b.b ENSGT01030000234567.B.a.a.b.a.b ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b ##22 ENSGT00940000155270.i.b ENSGT00940000156160.b.a ENSGT00390000000862 ENSGT00950000183019.f.b.b.d ENSGT00940000164110 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00990000203779 ENSGT00940000156552.c.b ENSGT00390000009001 ENSGT00550000075118.k ENSGT00940000159160 ENSGT00730000111163 ENSGT00950000183030 ENSGT00940000157128 Climbing perch MODERN SPECIES 11 ENSATEG00000002418 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(ENSBSLG00000002098) pard3ba (ENSBSLG00000002100) ##22 ENSBSLG00000002117 abcb6a (ENSBSLG00000003121) cnppd1 (ENSBSLG00000003184) ENSBSLG00000003198 retreg2 (ENSBSLG00000003229) mdh1b (ENSBSLG00000003231) ENSBSLG00000003233 ENSBSLG00000003239 mdh1b (ENSBSLG00000003242) ENSBSLG00000003247 ENSBSLG00000003260 spp2 (ENSBSLG00000003287) alg11 (ENSBSLG00000003291) zc3h13 (ENSBSLG00000003293) rpl31 (ENSBSLG00000003300) Carangaria ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT01060000248589.C.g.b ENSGT00390000013877 ENSGT00940000154517.nb ENSGT00940000166518 ENSGT00940000163827.b ENSGT00940000159090 ENSGT00940000156815 ENSGT00940000167257 ENSGT00530000063252.a.b.a.a ENSGT00390000008902.jb ENSGT00940000165208.a ENSGT00940000156271 ENSGT00940000160594.g.b ENSGT00950000182897.B.a.b.b.b ENSGT01030000234567.B.a.a.b.a.b ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b ##22 ENSGT00940000155270.i.b ENSGT00970000198177 ENSGT00940000156160.b.a ENSGT00390000000862 ENSGT00950000183019.f.b.b.d ENSGT00940000164110 ENSGT00530000063410.b 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ENSGT00940000156271 ENSGT00940000160594.g.b ENSGT00950000182897.B.a.b.b.b ENSGT01030000234567.B.a.a.b.a.b ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b ##22 ENSGT00940000155270.i.b ENSGT00940000156160.b.a ENSGT00390000000862 ENSGT00950000183019.f.b.b.d ENSGT00940000164110 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00990000203779 ENSGT00940000156552.c.b ENSGT00390000009001 ENSGT00550000075118.k ENSGT00940000159160 ENSGT00730000111163 ENSGT01030000235083 ENSGT00940000165996 Greater amberjack MODERN SPECIES 246 jam2a (ENSSDUG00000021520) atp5pf (ENSSDUG00000021530) mrpl39 (ENSSDUG00000021539) rap2ab (ENSSDUG00000021548) mbnl2 (ENSSDUG00000021551) ENSSDUG00000021568 ENSSDUG00000021584 ##22 nrp2a (ENSSDUG00000021601) abcb6a (ENSSDUG00000021632) cnppd1 (ENSSDUG00000021656) ENSSDUG00000021661 retreg2 (ENSSDUG00000021672) mdh1b (ENSSDUG00000021689) ENSSDUG00000021702 ENSSDUG00000021713 raph1b (ENSSDUG00000021717) ENSSDUG00000021755 alg11 (ENSSDUG00000021786) cpb2 (ENSSDUG00000021792) zc3h13 (ENSSDUG00000021808) rpl31 (ENSSDUG00000021821) chst10 (ENSSDUG00000021826) Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 3221 zgc:65895 (ENSSLDG00000013567) chn1 (ENSSLDG00000013541) ENSSLDG00000013526 FARP1 (ENSSLDG00000013411) ggact.3 (ENSSLDG00000013514) arl13b (ENSSLDG00000013361) NCAM2 (ENSSLDG00000013314) gart (ENSSLDG00000013225) n6amt1 (ENSSLDG00000013280) atp5pf (ENSSLDG00000013207) jam2a (ENSSLDG00000013189) mrpl39 (ENSSLDG00000013175) rap2ab (ENSSLDG00000013167) mbnl2 (ENSSLDG00000013155) ENSSLDG00000013129 ENSSLDG00000013100 ##22 nrp2a (ENSSLDG00000013049) abcb6a (ENSSLDG00000012975) cnppd1 (ENSSLDG00000012942) ENSSLDG00000012921 retreg2 (ENSSLDG00000012892) mdh1b (ENSSLDG00000012802) ENSSLDG00000012753 ENSSLDG00000012772 raph1b (ENSSLDG00000012713) spp2 (ENSSLDG00000012693) alg11 (ENSSLDG00000012678) cpb2 (ENSSLDG00000012664) ENSSLDG00000012646 ENSSLDG00000012610 chst10 (ENSSLDG00000012582) Barramundi perch MODERN SPECIES 157 GPR34 (ENSLCAG00010024469) cenpl (ENSLCAG00010024471) 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ENSGT00390000008902.jb ENSGT00940000165208.a ENSGT00940000156271 ENSGT00940000160594.g.b ENSGT00950000182897.B.a.b.b.b ENSGT01030000234567.B.a.a.b.a.b ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b ##22 ENSGT00940000155270.i.b ENSGT00940000156160.b.a ENSGT00390000000862 ENSGT00950000183019.f.b.b.d ENSGT00940000164110 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00990000203779 ENSGT00940000156552.c.b ENSGT00390000009001 ENSGT00550000075118.k ENSGT00940000159160 ENSGT00730000111163 ENSGT00950000183030 ENSGT00940000157128 Tongue sole MODERN SPECIES 5 MAP4K4 (ENSCSEG00000010125) chst10 (ENSCSEG00000010162) rpl31 (ENSCSEG00000010181) zc3h13 (ENSCSEG00000010275) cpb2 (ENSCSEG00000010303) alg11 (ENSCSEG00000010341) raph1b (ENSCSEG00000010351) raph1b (ENSCSEG00000010358) cd28 (ENSCSEG00000010375) ENSCSEG00000010396 mdh1b (ENSCSEG00000010427) retreg2 (ENSCSEG00000010438) ENSCSEG00000010452 cnppd1 (ENSCSEG00000010476) abcb6a (ENSCSEG00000010487) pard3ba (ENSCSEG00000010523) ##22 nrp2a (ENSCSEG00000010558) ENSCSEG00000010808 mbnl2 (ENSCSEG00000010815) ENSCSEG00000010847 mrpl39 (ENSCSEG00000010854) jam2a (ENSCSEG00000010875) atp5pf (ENSCSEG00000010884) ZSWIM6 (ENSCSEG00000010893) si:ch73-234b20.5 (ENSCSEG00000010922) hnrnpd (ENSCSEG00000010909) enoph1 (ENSCSEG00000010924) sec31a (ENSCSEG00000010931) lin54 (ENSCSEG00000011040) cops4 (ENSCSEG00000011083) plac8.1 (ENSCSEG00000011107) Turbot MODERN SPECIES ENSSMAG00000005501 ENSSMAG00000005546 ENSSMAG00000037945 ENSSMAG00000005559 ENSSMAG00000005721 ADAMTS5 (ENSSMAG00000005793) ADAMTS1 (ENSSMAG00000005814) cyyr1 (ENSSMAG00000035670) APP (ENSSMAG00000005840) atp5pf (ENSSMAG00000036307) jam2a (ENSSMAG00000006003) mrpl39 (ENSSMAG00000006033) ENSSMAG00000006055 ENSSMAG00000006063 ENSSMAG00000006156 ENSSMAG00000006175 ##22 ENSSMAG00000006232 abcb6a (ENSSMAG00000006353) cnppd1 (ENSSMAG00000036984) ENSSMAG00000006464 retreg2 (ENSSMAG00000006969) mdh1b (ENSSMAG00000006973) ENSSMAG00000006986 ENSSMAG00000006998 raph1b 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ENSGT00950000182897.B.a.b.b.b ENSGT01030000234567.B.a.a.b.a.b ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b ##22 ENSGT00940000155270.i.b ENSGT00940000156160.b.a ENSGT00390000000862 ENSGT00950000183019.f.b.b.d ENSGT00940000164110 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00990000203779 ENSGT00940000156552.c.b ENSGT00550000075118.k ENSGT00940000159160 ENSGT00730000111163 ENSGT00950000183030 ENSGT00940000157128 ENSGT00940000155063.a.b Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES 37 ENSGT01060000248589.C.g.b ENSGT00390000013877 ENSGT00940000154517.nb ENSGT00940000166518 ENSGT00940000163827.b ENSGT00940000159090 ENSGT00940000156815 ENSGT00940000167257 ENSGT00530000063252.a.b.a.a ENSGT00390000008902.jb ENSGT00940000165208.a ENSGT00940000156271 ENSGT00940000160594.g.b ENSGT00950000182897.B.a.b.b.b ENSGT01030000234567.B.a.a.b.a.b ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b ##22 ENSGT00940000155270.i.b ENSGT00940000156160.b.a ENSGT00390000000862 ENSGT00950000183019.f.b.b.d ENSGT00940000164110 ENSGT00530000063410.b 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ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00990000203779 ENSGT00940000156552.c.b ENSGT00550000075118.k ENSGT00940000159160 ENSGT00730000111163 ENSGT00950000183030 ENSGT00940000157128 ENSGT00940000155063.a.b Poecilia ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT01060000248589.C.g.b ENSGT00390000013877 ENSGT00940000154517.nb ENSGT00940000166518 ENSGT00940000163827.b ENSGT00940000159090 ENSGT00940000156815 ENSGT00940000167257 ENSGT00530000063252.a.b.a.a ENSGT00390000008902.jb ENSGT00940000165208.a ENSGT00940000156271 ENSGT00940000160594.g.b ENSGT00950000182897.B.a.b.b.b ENSGT01030000234567.B.a.a.b.a.b ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b ##22 ENSGT00940000155270.i.b.e ENSGT00940000156160.b.a ENSGT00390000000862 ENSGT00950000183019.f.b.b.d ENSGT00940000164110 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00990000203779 ENSGT00940000156552.c.b ENSGT00550000075118.k ENSGT00940000159160 ENSGT00730000111163 ENSGT00950000183030 ENSGT00940000157128 ENSGT00940000155063.a.b NAME_6 ANCESTRAL SPECIES 58 ENSGT01060000248589.C.g.b ENSGT00390000013877 ENSGT00940000154517.nb ENSGT00940000166518 ENSGT00940000163827.b ENSGT00940000159090 ENSGT00940000156815 ENSGT00940000167257 ENSGT00530000063252.a.b.a.a ENSGT00390000008902.jb ENSGT00940000165208.a ENSGT00940000156271 ENSGT00940000160594.g.b ENSGT00950000182897.B.a.b.b.b ENSGT01030000234567.B.a.a.b.a.b ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b ##22 ENSGT00940000155270.i.b.e ENSGT00940000156160.b.a ENSGT00390000000862 ENSGT00950000183019.f.b.b.d ENSGT00940000164110 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00990000203779 ENSGT00940000156552.c.b ENSGT00550000075118.k ENSGT00940000159160 ENSGT00730000111163 ENSGT00950000183030 ENSGT00940000157128 ENSGT00940000155063.a.b Amazon molly MODERN SPECIES 424 caskb (ENSPFOG00000000759) GPR34 (ENSPFOG00000020118) cenpl (ENSPFOG00000000981) FUNDC1 (ENSPFOG00000001039) kdm6al (ENSPFOG00000001326) ENSPFOG00000001819 ADAMTS5 (ENSPFOG00000001970) ADAMTS1 (ENSPFOG00000022859) cyyr1 (ENSPFOG00000002261) APP (ENSPFOG00000002304) 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SPECIES 123 ENSGT01060000248589.C.g.b ENSGT00390000013877 ENSGT00940000154517.nb ENSGT00940000166518 ENSGT00940000163827.b ENSGT00940000159090 ENSGT00940000156815 ENSGT00940000167257 ENSGT00530000063252.a.b.a.a ENSGT00390000008902.jb ENSGT00940000165208.a ENSGT00940000156271 ENSGT00940000160594.g.b ENSGT00950000182897.B.a.b.b.b ENSGT01030000234567.B.a.a.b.a.b ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b ##22 ENSGT00940000155270.i.b ENSGT00940000156160.b.a ENSGT00390000000862 ENSGT00950000183019.f.b.b.d ENSGT00940000164110 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00990000203779 ENSGT00940000156552.c.b ENSGT00390000009001 ENSGT00550000075118.k ENSGT00940000159160 ENSGT00730000111163 ENSGT00940000155360.B.k ENSGT00940000162479.a Orange clownfish MODERN SPECIES 16 FUNDC1 (ENSAPEG00000003073) kdm6al (ENSAPEG00000003112) ENSAPEG00000003263 ADAMTS5 (ENSAPEG00000003387) ADAMTS1 (ENSAPEG00000003424) cyyr1 (ENSAPEG00000003448) APP (ENSAPEG00000003479) atp5pf (ENSAPEG00000003584) jam2a 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ENSGT00940000166518 ENSGT00940000163827.b ENSGT00940000159090 ENSGT00940000156815 ENSGT00940000167257 ENSGT00530000063252.a.b.a.a ENSGT00390000008902.jb ENSGT00940000165208.a ENSGT00940000156271 ENSGT00940000160594.g.b ENSGT00950000182897.B.a.b.b.b ENSGT01030000234567.B.a.a.b.a.b ENSGT01030000235117 ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b ##22 ENSGT00940000155270.i.b ENSGT00940000156160.b.a ENSGT00390000000862 ENSGT00950000183019.f.b.b.d ENSGT00940000164110 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00990000203779 ENSGT00940000156552.c.b ENSGT00390000009001 ENSGT00550000075118.k ENSGT00940000159160 ENSGT00730000111163 ENSGT00950000183030 ENSGT00940000157128 Midas cichlid MODERN SPECIES 353 cenpl (ENSACIG00000019963) FUNDC1 (ENSACIG00000019994) kdm6al (ENSACIG00000020006) ENSACIG00000020057 ADAMTS5 (ENSACIG00000020085) ADAMTS1 (ENSACIG00000020109) cyyr1 (ENSACIG00000020139) APP (ENSACIG00000020156) atp5pf (ENSACIG00000020186) jam2a (ENSACIG00000020203) mrpl39 (ENSACIG00000020239) rap2ab (ENSACIG00000020257) mbnl2 (ENSACIG00000020330) ENSACIG00000000161 ENSACIG00000000238 ENSACIG00000000253 ##22 nrp2a (ENSACIG00000000266) abcb6a (ENSACIG00000000321) cnppd1 (ENSACIG00000000528) ENSACIG00000000557 retreg2 (ENSACIG00000000674) ENSACIG00000000704 mdh1b (ENSACIG00000000744) ENSACIG00000000837 raph1b (ENSACIG00000000865) spp2 (ENSACIG00000001105) alg11 (ENSACIG00000001151) cpb2 (ENSACIG00000001169) zc3h13 (ENSACIG00000001200) rpl31 (ENSACIG00000001260) chst10 (ENSACIG00000001277) Pseudocrenilabrinae ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00390000013877 ENSGT00940000154517.nb ENSGT00940000166518 ENSGT00940000163827.b ENSGT00940000159090 ENSGT00940000156815 ENSGT00940000167257 ENSGT00530000063252.a.b.a.a ENSGT00390000008902.jb ENSGT00940000165208.a ENSGT00940000156271 ENSGT00940000160594.g.b ENSGT00950000182897.B.a.b.b.b ENSGT01030000234567.B.a.a.b.a.b ENSGT01030000235117 ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b ##22 ENSGT00940000155270.i.b ENSGT00940000156160.b.a.b 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SPECIES 38 ENSGT00390000013877 ENSGT00940000154517.nb ENSGT00940000166518 ENSGT01020000231905 ENSGT00940000163827.b ENSGT00940000159090 ENSGT00940000156815 ENSGT00940000167257 ENSGT00530000063252.a.b.a.a ENSGT00390000008902.jb ENSGT00940000165208.a ENSGT00940000156271 ENSGT00940000160594.g.b ENSGT00950000182897.B.a.b.b.b ENSGT01030000234567.B.a.a.b.a.b ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b ##22 ENSGT00940000155270.i.b ENSGT00940000156160.b.a.b ENSGT00940000156160.b.a.a ENSGT00390000000862 ENSGT00950000183019.f.b.b.d ENSGT00940000164110 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00990000203779 ENSGT00940000156552.c.b ENSGT00390000009001 ENSGT00550000075118.k ENSGT00940000159160.e ENSGT00730000111163 ENSGT00950000183030 Eastern happy MODERN SPECIES 14 cenpl (ENSACLG00000027756) FUNDC1 (ENSACLG00000027758) kdm6al (ENSACLG00000027762) ENSACLG00000027789 ENSACLG00000027794 ADAMTS5 (ENSACLG00000027795) ADAMTS1 (ENSACLG00000027798) cyyr1 (ENSACLG00000027800) APP (ENSACLG00000027804) atp5pf (ENSACLG00000027816) jam2a (ENSACLG00000027826) mrpl39 (ENSACLG00000027830) rap2ab (ENSACLG00000027833) mbnl2 (ENSACLG00000027836) ENSACLG00000027850 ENSACLG00000027852 ##22 nrp2a (ENSACLG00000027856) abcb6a (ENSACLG00000027863) abcb6a (ENSACLG00000027885) cnppd1 (ENSACLG00000027887) ENSACLG00000027888 retreg2 (ENSACLG00000027890) mdh1b (ENSACLG00000027891) ENSACLG00000027894 ENSACLG00000027896 raph1b (ENSACLG00000027897) spp2 (ENSACLG00000027900) alg11 (ENSACLG00000027899) cpb2 (ENSACLG00000027901) zc3h13 (ENSACLG00000027909) rpl31 (ENSACLG00000027911) Zebra mbuna MODERN SPECIES 1105 kdm6al (ENSMZEG00005005193) ENSMZEG00005005364 ENSMZEG00005005388 ENSMZEG00005005395 ENSMZEG00005005415 ADAMTS5 (ENSMZEG00005005473) ADAMTS1 (ENSMZEG00005005487) cyyr1 (ENSMZEG00005005495) APP (ENSMZEG00005005527) atp5pf (ENSMZEG00005005577) jam2a (ENSMZEG00005005589) mrpl39 (ENSMZEG00005005596) rap2ab (ENSMZEG00005005602) mbnl2 (ENSMZEG00005005609) ENSMZEG00005005621 ENSMZEG00005005636 ##22 nrp2a (ENSMZEG00005005655) abcb6a (ENSMZEG00005005689) abcb6a (ENSMZEG00005005732) cnppd1 (ENSMZEG00005005755) ENSMZEG00005005775 retreg2 (ENSMZEG00005005803) mdh1b (ENSMZEG00005005818) ENSMZEG00005005856 ENSMZEG00005005871 raph1b (ENSMZEG00005005956) spp2 (ENSMZEG00005007388) raph1b (ENSMZEG00005007411) ENSMZEG00005007444 cpb2 (ENSMZEG00005007453) zc3h13 (ENSMZEG00005007473) P. nyererei DUPLICATION P. nyererei MODERN SPECIES 430 ENSPNYG00000006498 LRP1B (ENSPNYG00000006319) BZW1 (ENSPNYG00000006245) MYO1B (ENSPNYG00000006160) mnx2a (ENSPNYG00000006079) ENSPNYG00000006042 ENSPNYG00000006000 WNT6 (ENSPNYG00000005978) wnt10a (ENSPNYG00000005950) cdk5r2b (ENSPNYG00000005938) fev (ENSPNYG00000005923) cryba2b (ENSPNYG00000005892) umps (ENSPNYG00000005838) fn1a (ENSPNYG00000005692) ENSPNYG00000005662 ##22 ENSPNYG00000005648 ##22 nrp2b (ENSPNYG00000005599) epb41l5 (ENSPNYG00000005555) ptpn4a (ENSPNYG00000005464) tmem177 (ENSPNYG00000005436) MRAS (ENSPNYG00000005416) P. nyererei MODERN SPECIES 335 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ENSGT00940000164110 ENSGT00940000154394.b.a.b ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000178309 ENSGT00940000156552.c.b ENSGT00390000009001 ENSGT00940000175880 ENSGT00550000075118.k ENSGT00940000159160 ENSGT00390000001170.a.b Northern pike MODERN SPECIES 21 ENSELUG00000027041 cckbra (ENSELUG00000006768) ENSELUG00000006754 ENSELUG00000031338 ENSELUG00000006747 ENSELUG00000025311 ENSELUG00000029745 NCAM2 (ENSELUG00000020483) mrpl39 (ENSELUG00000020353) jam2a (ENSELUG00000020322) atp5pf (ENSELUG00000020272) rpz4 (ENSELUG00000020236) rpz (ENSELUG00000020232) ENSELUG00000020210 mbnl2 (ENSELUG00000020187) ENSELUG00000020140 ##22 nrp2a (ENSELUG00000020100) abcb6a (ENSELUG00000020023) ENSELUG00000015046 ENSELUG00000030556 ENSELUG00000012024 ENSELUG00000014987 ENSELUG00000007685 ENSELUG00000034465 zgc:172122 (ENSELUG00000012061) ENSELUG00000000435 u2af1 (ENSELUG00000011997) cbsa (ENSELUG00000011972) ENSELUG00000011923 HSF2BP (ENSELUG00000011905) TRAPPC10 (ENSELUG00000011855) Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 1820 ENSGT01030000235117 ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b.k ##22 Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 740 ENSGT01030000235117 ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b.k ##22 Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 623 ENSGT01030000235117 ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b.k ##22 Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000155850.wb.b ENSGT00940000156564.b.c.a ENSGT00940000161407.b.d ENSGT00940000155696.ub.f ENSGT01100000263563.c.a.b.e ENSGT00940000157860.j ENSGT00390000000292.B.o.b ENSGT00940000159090.f ENSGT00940000156815.f ENSGT00940000167257.h.a ENSGT00530000063252.a.b.a.a.f ENSGT00390000008902.jb.d ENSGT00940000165208.a.c ENSGT00950000182897.B.a.b.b.b.j ENSGT01030000235117 ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b.k ##22 ENSGT00940000155270.i.b.d ENSGT00940000156160.b.a.e.b.a ENSGT00940000167257.h.b ENSGT00950000183019.f.b.b.d.c.a ENSGT00940000164110.f ENSGT00940000154394.b.a.a.a.b.a.b.a ENSGT00530000063410.b.i.b ENSGT00940000178309.a.a.a ENSGT00940000156552.c.b.j ENSGT00550000075118.k.a ENSGT00940000159160.g ENSGT00390000001170.a.b.b ENSGT00940000153470.a.a.a.a.c.b.a.a ENSGT00940000159094.e.d ENSGT00950000182836.b.b.b.a.l.a Chinook salmon MODERN SPECIES 5 irs2a (ENSOTSG00005006784) NALF1 (ENSOTSG00005006772) cckbra (ENSOTSG00005006771) ENSOTSG00005006757 p2rx3b (ENSOTSG00005006755) ENSOTSG00005003379 ENSOTSG00005001941 ADAMTS5 (ENSOTSG00005046524) ADAMTS1 (ENSOTSG00005046523) cyyr1 (ENSOTSG00005046522) APP (ENSOTSG00005045345) atp5pf (ENSOTSG00005045331) jam2a (ENSOTSG00005045330) mbnl2 (ENSOTSG00005045329) ENSOTSG00005045327 ENSOTSG00005045326 ##22 ENSOTSG00005045325 ENSOTSG00005045324 abcb6a (ENSOTSG00005044825) cnppd1 (ENSOTSG00005044815) ENSOTSG00005044813 retreg2 (ENSOTSG00005044814) ENSOTSG00005044812 mdh1b (ENSOTSG00005044811) ENSOTSG00005044810 raph1b (ENSOTSG00005044808) alg11 (ENSOTSG00005044804) cpb2 (ENSOTSG00005044803) TMEM163 (ENSOTSG00005044801) mgat5 (ENSOTSG00005044799) PTH2R (ENSOTSG00005044795) Salmoninae DUPLICATION Salmoninae DUPLICATION Salmoninae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b.l.a.a ##22 Huchen DUPLICATION Huchen MODERN SPECIES 717 ENSHHUG00000002593 ADAMTS5 (ENSHHUG00000002282) ADAMTS1 (ENSHHUG00000002272) cyyr1 (ENSHHUG00000002262) APP (ENSHHUG00000001583) atp5pf (ENSHHUG00000001562) jam2a (ENSHHUG00000001552) mrpl39 (ENSHHUG00000001498) B3GNT4 (ENSHHUG00000001496) mbnl2 (ENSHHUG00000001459) ENSHHUG00000001325 ENSHHUG00000001320 ##22 ENSHHUG00000001311 ##22 ENSHHUG00000001298 ##22 Huchen MODERN SPECIES 717 ENSHHUG00000002593 ADAMTS5 (ENSHHUG00000002282) ADAMTS1 (ENSHHUG00000002272) cyyr1 (ENSHHUG00000002262) APP (ENSHHUG00000001583) atp5pf (ENSHHUG00000001562) jam2a (ENSHHUG00000001552) mrpl39 (ENSHHUG00000001498) B3GNT4 (ENSHHUG00000001496) mbnl2 (ENSHHUG00000001459) ENSHHUG00000001325 ENSHHUG00000001320 ##22 ENSHHUG00000001311 ##22 ENSHHUG00000001298 ##22 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 445 ENSGT00940000157860.i ENSGT00390000000292.B.o.a ENSGT00390000013073 ENSGT00940000163827.b ENSGT00940000159090.e ENSGT00940000156815.e ENSGT00940000167257.g ENSGT00530000063252.a.b.a.a.e ENSGT00390000008902.jb.c ENSGT00940000165208.a.d ENSGT00940000156271.a ENSGT00940000160594.g.b ENSGT00950000182897.B.a.b.b.b.j ENSGT01030000234567.B.a.a.b.a.b ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b.l.a.b ##22 ENSGT00940000155270.i.b.d ENSGT00940000156160.b.a.e.b.a ENSGT00390000000862.h ENSGT00950000183019.f.b.b.d.c ENSGT00940000164110.f ENSGT00940000154394.b.a.b.p.a.a ENSGT00530000063410.b.j ENSGT00940000171355 Huchen MODERN SPECIES 887 ENSHHUG00000027104 rap2ab (ENSHHUG00000027108) mbnl2 (ENSHHUG00000027144) ENSHHUG00000027200 ##22 ENSHHUG00000027213 nrp2a (ENSHHUG00000027217) Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 66 ENSGT00940000167649.a ENSGT01050000244905.A.a.n.b ENSGT00390000010463.a.b.c.a.f ENSGT00940000165672.r ENSGT00390000006330.a.a.b.c ENSGT00530000063599.B.m.a ENSGT00940000155311.B ENSGT00940000154486.b.b.b.a.b ENSGT00940000154486.b.a.a.b.e.a.b.e ENSGT00940000160532.g.h ENSGT00940000161997.a.j ENSGT00390000013151.a.a.a.d ENSGT00940000160639.b.a.b.b.a.b ENSGT00950000182897.B.a.b.b.b.j ENSGT01030000234567.B.a.a.b.a.b ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b.l.a.b ##22 ENSGT00940000155270.i.b.d ENSGT00940000156160.b.a.e.b.a ENSGT00390000000862.h ENSGT00950000183019.f.b.b.d.c.a ENSGT00940000164110.f ENSGT00940000154394.b.a.b.p.b ENSGT00530000063410.b.i.b ENSGT00940000178309.a.a.a ENSGT00940000156552.c.b.j ENSGT00940000175880 ENSGT00550000075118.k.a ENSGT00940000159160.g ENSGT00390000001170.a.b.b ENSGT00940000153470.a.a.a.a.c.b.a.a ENSGT00940000159094.e.d Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000161407.b.d ENSGT00940000155696.ub.f ENSGT01100000263563.c.a.b.e ENSGT00940000174429 ENSGT00940000167257.h.b ENSGT00940000157860.j ENSGT00390000000292.B.o.b ENSGT00940000159090.f ENSGT00940000156815.f ENSGT00940000167257.h.a ENSGT00530000063252.a.b.a.a.f ENSGT00390000008902.jb.d ENSGT00940000165208.a.c ENSGT00950000182897.B.a.b.b.b.j ENSGT01030000234567.B.a.a.b.a.b ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b.l.a.b ##22 ENSGT00940000155270.i.b.d ENSGT00940000156160.b.a.e.b.a ENSGT00390000000862.h ENSGT00950000183019.f.b.b.d.c.a ENSGT00940000164110.f ENSGT00940000154394.b.a.b.p.a.a ENSGT00940000154394.b.a.a.a.b.a.b.a ENSGT00530000063410.b.i.b Rainbow trout MODERN SPECIES 9 ENSOMYG00000050650 ENSOMYG00000048716 ENSOMYG00000072204 ENSOMYG00000039536 gart (ENSOMYG00000039007) ADAMTS5 (ENSOMYG00000038992) ADAMTS1 (ENSOMYG00000038970) cyyr1 (ENSOMYG00000038941) ENSOMYG00000073330 APP (ENSOMYG00000035519) atp5pf (ENSOMYG00000035082) ENSOMYG00000062853 jam2a (ENSOMYG00000035074) ENSOMYG00000034998 ENSOMYG00000034953 ENSOMYG00000034939 ##22 ENSOMYG00000034886 abcb6a (ENSOMYG00000034474) cnppd1 (ENSOMYG00000034310) ENSOMYG00000034291 ENSOMYG00000038150 retreg2 (ENSOMYG00000034273) ENSOMYG00000034261 mdh1b (ENSOMYG00000049353) ENSOMYG00000034252 raph1b (ENSOMYG00000034223) ENSOMYG00000063522 alg11 (ENSOMYG00000034204) cpb2 (ENSOMYG00000034176) ENSOMYG00000039305 ENSOMYG00000034120 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 110 ENSGT00940000162236.f ENSGT00950000182897.B.a.b.b.b.i ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b.l.b ##22 ENSGT00940000155270.i.b.c ENSGT00940000156160.b.a.e.b.b ENSGT00390000000862.g ENSGT00950000183019.f.b.b.d.d ENSGT00940000164110.e ENSGT00940000154394.b.a.b.p.a.b ENSGT00940000154394.b.a.b.p.b ENSGT00530000063410.b.i ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000178309.a.b ENSGT00940000178309.a.a.a ENSGT00940000156552.c.b ENSGT00390000009001 ENSGT00550000075118.k.b ENSGT00940000159160.h Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 66 ENSGT00940000158231.k.f ENSGT00940000157860.i ENSGT00390000000292.B.o.a ENSGT00390000013073 ENSGT00940000163827.b ENSGT00940000159090.e ENSGT00940000156815.e ENSGT00940000167257.g ENSGT00530000063252.a.b.a.a.e ENSGT00390000008902.jb.c ENSGT00940000165208.a.d ENSGT00940000156271.a ENSGT00940000160594.g.b ENSGT00940000162236.f ENSGT00950000182897.B.a.b.b.b.i ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b.l.b ##22 ENSGT00940000155270.i.b.c ENSGT00940000156160.b.a.e.b.b ENSGT00390000000862.g ENSGT00950000183019.f.b.b.d.c.b ENSGT00940000164110.e ENSGT00530000063410.b.i.a ENSGT00940000154394.b.a.b.p.a.b ENSGT00530000063410.b.j ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000178309.a.b ENSGT00940000156552.c.b.i ENSGT00390000009001 ENSGT00550000075118.k.b ENSGT00940000159160.h ENSGT00390000001170.a.b.a Salmo ANCESTRAL SPECIES 41 ENSGT00940000158231.k.f ENSGT00940000157860.i ENSGT00390000000292.B.o.a ENSGT00390000013073 ENSGT00940000163827.b ENSGT00940000159090.e ENSGT00940000156815.e ENSGT00940000167257.g ENSGT00530000063252.a.b.a.a.e ENSGT00390000008902.jb.c ENSGT00940000165208.a.d ENSGT00940000156271.a ENSGT00940000160594.g.b ENSGT00940000162236.f ENSGT00950000182897.B.a.b.b.b.i ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b.l.b ##22 ENSGT00940000155270.i.b.c ENSGT00940000156160.b.a.e.b.b ENSGT00390000000862.g ENSGT00950000183019.f.b.b.d.c.b ENSGT00940000164110.e ENSGT00530000063410.b.i.a ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000178309.a.b ENSGT00940000156552.c.b.i ENSGT00390000009001 ENSGT00940000159160.h ENSGT00390000001170.a.b.a ENSGT00940000153470.a.a.a.a.c.a ENSGT00940000159094.e.c.a ENSGT00950000182836.b.b.b.a.l.b Atlantic salmon MODERN SPECIES 8 gart (ENSSSAG00000040324) n6amt1 (ENSSSAG00000040715) ENSSSAG00000099279 ENSSSAG00000104255 adamts5 (ENSSSAG00000056031) ADAMTS1 (ENSSSAG00000006353) cyyr1 (ENSSSAG00000117372) APP (ENSSSAG00000040997) atp5pf (ENSSSAG00000056066) jam2a (ENSSSAG00000115571) mrpl39 (ENSSSAG00000056079) ENSSSAG00000095516 ENSSSAG00000114712 ENSSSAG00000056096 ENSSSAG00000110977 ENSSSAG00000056133 ##22 ENSSSAG00000056169 abcb6a (ENSSSAG00000059269) ENSSSAG00000060198 retreg2 (ENSSSAG00000060269) mdh1b (ENSSSAG00000060346) ENSSSAG00000060420 ENSSSAG00000083857 ENSSSAG00000102619 ENSSSAG00000060437 raph1b (ENSSSAG00000060548) ENSSSAG00000006012 cpb2 (ENSSSAG00000007748) ENSSSAG00000006090 ENSSSAG00000006107 ENSSSAG00000006203 River trout MODERN SPECIES 32 n6amt1 (ENSSTUG00000048591) ENSSTUG00000048589 ENSSTUG00000048588 ENSSTUG00000048573 ADAMTS5 (ENSSTUG00000048566) ADAMTS1 (ENSSTUG00000048538) cyyr1 (ENSSTUG00000048529) APP (ENSSTUG00000044041) atp5pf (ENSSTUG00000043843) jam2a (ENSSTUG00000043838) mrpl39 (ENSSTUG00000043755) rap2ab (ENSSTUG00000043745) B3GNT4 (ENSSTUG00000043741) mbnl2 (ENSSTUG00000043661) ENSSTUG00000043646 ENSSTUG00000043578 ##22 NRP2 (ENSSTUG00000042374) abcb6a (ENSSTUG00000041559) cnppd1 (ENSSTUG00000041474) ENSSTUG00000041416 ENSSTUG00000041373 mdh1b (ENSSTUG00000041334) retreg2 (ENSSTUG00000041261) ENSSTUG00000041245 mdh1b (ENSSTUG00000041154) ENSSTUG00000041109 ENSSTUG00000041050 raph1b (ENSSTUG00000040779) ENSSTUG00000040719 cpb2 (ENSSTUG00000040657) TMEM163 (ENSSTUG00000040616) Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 43 ENSGT00940000158231.k.f ENSGT00940000157860.i ENSGT00390000000292.B.o.a ENSGT00390000013073 ENSGT00940000163827.b ENSGT00940000159090.e ENSGT00940000156815.e ENSGT00940000167257.g ENSGT00530000063252.a.b.a.a.e ENSGT00390000008902.jb.c ENSGT00940000165208.a.d ENSGT00940000156271.a ENSGT00940000160594.g.b ENSGT00940000162236.f ENSGT00950000182897.B.a.b.b.b.i ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b.l.b ##22 ENSGT00940000155270.i.b.c ENSGT00940000156160.b.a.e.b.b ENSGT00390000000862.g ENSGT00950000183019.f.b.b.d.c.b ENSGT00940000164110.e ENSGT00940000154394.b.a.b.p.a.b ENSGT00530000063410.b.j ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000178309.a.b.a ENSGT00940000156552.c.b.i ENSGT00390000009001 ENSGT00550000075118.k.b ENSGT00390000001170.a.b.a ENSGT00940000153470.a.a.a.a.c.a ENSGT00940000159094.e.c Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 77 ENSGT00940000158231.k.f ENSGT00940000157860.i ENSGT00390000000292.B.o.a ENSGT00390000013073 ENSGT00940000163827.b ENSGT00940000159090.e ENSGT00940000156815.e ENSGT00940000167257.g ENSGT00530000063252.a.b.a.a.e ENSGT00390000008902.jb.c ENSGT00940000165208.a.d ENSGT00940000156271.a ENSGT00940000160594.g.b ENSGT00940000162236.f ENSGT00950000182897.B.a.b.b.b.i ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b.l.b ##22 ENSGT00940000155270.i.b.c ENSGT00940000156160.b.a.e.b.b ENSGT00390000000862.g ENSGT00950000183019.f.b.b.d.c.b ENSGT00940000164110.e ENSGT00940000154394.b.a.a.a.b.a.b.b ENSGT00530000063410.b.j ENSGT00940000171355 ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000178309.a.b.a ENSGT00940000156552.c.b.i ENSGT00390000009001 ENSGT00550000075118.k.b ENSGT00390000001170.a.b.a ENSGT00940000153470.a.a.a.a.c.a Coho salmon MODERN SPECIES 25 NCAM2 (ENSOKIG00005023396) ENSOKIG00005023274 gart (ENSOKIG00005023156) n6amt1 (ENSOKIG00005023129) ENSOKIG00005023085 ADAMTS5 (ENSOKIG00005023067) ADAMTS1 (ENSOKIG00005023050) cyyr1 (ENSOKIG00005023039) APP (ENSOKIG00005016232) atp5pf (ENSOKIG00005015913) jam2a (ENSOKIG00005015899) mrpl39 (ENSOKIG00005015890) RAP2A (ENSOKIG00005015880) B3GNT4 (ENSOKIG00005015877) mbnl2 (ENSOKIG00005015771) ENSOKIG00005015730 ##22 NRP2 (ENSOKIG00005015676) abcb6a (ENSOKIG00005015429) cnppd1 (ENSOKIG00005015367) retreg2 (ENSOKIG00005015321) ENSOKIG00005015308 mdh1b (ENSOKIG00005015216) ENSOKIG00005015200 ENSOKIG00005015160 raph1b (ENSOKIG00005014835) ENSOKIG00005014796 alg11 (ENSOKIG00005014761) TMEM163 (ENSOKIG00005014740) MGAT5 (ENSOKIG00005014718) ENSOKIG00005014622 agpat3 (ENSOKIG00005014611) Chinook salmon MODERN SPECIES 31 ENSOTSG00005046047 NCAM2 (ENSOTSG00005045701) gart (ENSOTSG00005045697) n6amt1 (ENSOTSG00005045695) ENSOTSG00005045694 ADAMTS5 (ENSOTSG00005045693) ADAMTS1 (ENSOTSG00005045691) cyyr1 (ENSOTSG00005045690) APP (ENSOTSG00005034599) atp5pf (ENSOTSG00005034521) jam2a (ENSOTSG00005034520) mrpl39 (ENSOTSG00005034514) rap2ab (ENSOTSG00005034512) B3GNT4 (ENSOTSG00005034511) mbnl2 (ENSOTSG00005034499) ENSOTSG00005034497 ##22 nrp2a (ENSOTSG00005033871) abcb6a (ENSOTSG00005033705) cnppd1 (ENSOTSG00005033692) ENSOTSG00005033690 retreg2 (ENSOTSG00005033688) ENSOTSG00005033687 ENSOTSG00005033686 mdh1b (ENSOTSG00005033685) ENSOTSG00005033684 ENSOTSG00005033682 ENSOTSG00005033683 raph1b (ENSOTSG00005033680) ENSOTSG00005033678 alg11 (ENSOTSG00005033677) TMEM163 (ENSOTSG00005033676) Rainbow trout MODERN SPECIES 28 ENSOMYG00000012209 gart (ENSOMYG00000012015) n6amt1 (ENSOMYG00000011921) ENSOMYG00000011912 ADAMTS5 (ENSOMYG00000011879) ADAMTS1 (ENSOMYG00000011856) cyyr1 (ENSOMYG00000011842) APP (ENSOMYG00000010827) atp5pf (ENSOMYG00000010676) jam2a (ENSOMYG00000010669) mrpl39 (ENSOMYG00000010539) ENSOMYG00000010507 ENSOMYG00000010500 ENSOMYG00000073028 ENSOMYG00000010476 ENSOMYG00000010430 ##22 ENSOMYG00000009345 abcb6a (ENSOMYG00000008750) cnppd1 (ENSOMYG00000008360) retreg2 (ENSOMYG00000008253) ENSOMYG00000053822 mdh1b (ENSOMYG00000008096) ENSOMYG00000008031 ENSOMYG00000007851 ENSOMYG00000007640 spp2 (ENSOMYG00000007382) ENSOMYG00000059805 ENSOMYG00000007325 ENSOMYG00000007256 ENSOMYG00000052504 ENSOMYG00000007149 Huchen MODERN SPECIES 717 ENSHHUG00000002593 ADAMTS5 (ENSHHUG00000002282) ADAMTS1 (ENSHHUG00000002272) cyyr1 (ENSHHUG00000002262) APP (ENSHHUG00000001583) atp5pf (ENSHHUG00000001562) jam2a (ENSHHUG00000001552) mrpl39 (ENSHHUG00000001498) B3GNT4 (ENSHHUG00000001496) mbnl2 (ENSHHUG00000001459) ENSHHUG00000001325 ENSHHUG00000001320 ##22 ENSHHUG00000001311 ##22 ENSHHUG00000001298 ##22 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 356 ENSGT01030000234567.B.a.a.b.a.b ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b ##22 ENSGT00940000155270.i.b ENSGT00940000156160.b.a ENSGT00390000000862 ENSGT00950000183019.f.b.b.d ENSGT00940000164110 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00390000016929 ENSGT00940000155466.e.a ENSGT00940000155235.k.b ENSGT00940000165586.b ENSGT00940000154349 ENSGT00940000159224.b ENSGT00940000154695.d.b.b ENSGT00530000063186.b.b Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 150 ENSGT01030000234567.B.a.a.b.a.b ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b ##22 ENSGT00940000155270.i.b ENSGT00940000156160.b.a ENSGT00390000000862 ENSGT01030000234570.d.a.p ENSGT00530000063186.b.b ENSGT00940000154695.d.b.b ENSGT00940000159224.b ENSGT00940000154349 ENSGT00940000165586.b ENSGT00940000155235.k.b ENSGT00940000155466.e.a ENSGT00390000016929 ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00530000063410.b ENSGT00940000164110 Denticle herring MODERN SPECIES 15 ENSDCDG00000008656 ENSDCDG00000008636 ENSDCDG00000008610 rxrbb (ENSDCDG00000008486) ENSDCDG00000008381 slc6a19b (ENSDCDG00000005047) ENSDCDG00000004967 ENSDCDG00000004950 ENSDCDG00000004949 macc1 (ENSDCDG00000004948) ENSDCDG00000004894 ENSDCDG00000004878 ENSDCDG00000004873 ENSDCDG00000004864 ENSDCDG00000004854 ENSDCDG00000004847 ##22 wdsub1 (ENSDCDG00000004834) ENSDCDG00000004814 ENSDCDG00000004756 ITGB6 (ENSDCDG00000004139) PLA2R1 (ENSDCDG00000004042) LY75 (ENSDCDG00000004011) marchf7 (ENSDCDG00000004004) ENSDCDG00000003999 ENSDCDG00000002597 si:dkey-276j7.1 (ENSDCDG00000002493) ENSDCDG00000002491 nr4a2b (ENSDCDG00000002486) psmd14 (ENSDCDG00000002481) stk24b (ENSDCDG00000002462) slc15a1b (ENSDCDG00000002457) Atlantic herring MODERN SPECIES 13 mier3a (ENSCHAG00000015660) grk5 (ENSCHAG00000016016) ash2l (ENSCHAG00000016087) pnx (ENSCHAG00000016403) ENSCHAG00000016447 ykt6 (ENSCHAG00000016618) ddx56 (ENSCHAG00000016819) ENSCHAG00000017319 ERAP1 (ENSCHAG00000017379) ANKRD34B (ENSCHAG00000019227) ENSCHAG00000019233 RASGRF2 (ENSCHAG00000019251) ckmt2a (ENSCHAG00000019423) pi4kaa (ENSCHAG00000019448) ENSCHAG00000019534 ENSCHAG00000019553 ##22 nrp2a (ENSCHAG00000019570) ENSCHAG00000019707 ENSCHAG00000019715 ENSCHAG00000019728 ENSCHAG00000019732 abcb6a (ENSCHAG00000019814) ENSCHAG00000020975 ENSCHAG00000020996 ENSCHAG00000021014 ENSCHAG00000021028 ENSCHAG00000021035 slx9 (ENSCHAG00000021057) ADARB1 (ENSCHAG00000021085) cep70 (ENSCHAG00000021175) septin10 (ENSCHAG00000021327) Otophysi ANCESTRAL SPECIES 282 ENSGT00390000010218 ENSGT01030000234570.d.a.p ENSGT00530000063186.b.b ENSGT00940000154695.d.b.a.a ENSGT00940000154349 ENSGT00940000165586.b ENSGT00940000155235.k.b ENSGT00940000155466.e.a ENSGT00390000016929 ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00530000063410.b ENSGT00940000164110 ENSGT00950000183019.f.b.b.d ENSGT00390000000862 ENSGT00940000156160.b.a ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b ##22 ENSGT00940000155270.i.b Characiphysae ANCESTRAL SPECIES 81 ENSGT00390000004681.b.d ENSGT00940000155466.e.a ENSGT00390000016929 ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00530000063410.b ENSGT00940000164110 ENSGT00950000183019.f.b.b.d ENSGT00390000000862 ENSGT00940000156160.b.a ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b ##22 ENSGT00940000155270.i.b ENSGT00940000159293 ENSGT00940000157972.d ENSGT00940000160560.a.b.b ENSGT00940000158025.a.b.b ENSGT00940000157932.m.b ENSGT00940000156254.o.a ENSGT00940000159416 ENSGT00940000156666 ENSGT00950000182935.B.b.d.b ENSGT00940000167865 ENSGT00930000151032.A.e ENSGT00390000009298 ENSGT00390000013127.b ENSGT00390000010052.b Channel catfish MODERN SPECIES 18 ENSIPUG00000006738 ENSIPUG00000006725 ENSIPUG00000006640 ENSIPUG00000006613 ENSIPUG00000006598 GFUS (ENSIPUG00000006534) ENSIPUG00000006466 ENSIPUG00000006448 gtf3c3 (ENSIPUG00000006418) fastkd2 (ENSIPUG00000006397) mdh1b (ENSIPUG00000006368) retreg2 (ENSIPUG00000006338) ENSIPUG00000006236 cnppd1 (ENSIPUG00000006225) abcb6a (ENSIPUG00000006061) pard3b (ENSIPUG00000005899) ##22 nrp2 (ENSIPUG00000005833) ENSIPUG00000005817 radil (ENSIPUG00000005732) Mmd2 (ENSIPUG00000005684) ENSIPUG00000005641 ENSIPUG00000005624 ENSIPUG00000005572 ENSIPUG00000005560 ENSIPUG00000005550 ENSIPUG00000005531 ENSIPUG00000005516 ENSIPUG00000005490 FAM83G (ENSIPUG00000005458) slc5a10 (ENSIPUG00000005402) grapb (ENSIPUG00000005341) Characiphysae_b ANCESTRAL SPECIES 232 ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00530000063410.b ENSGT00940000164110 ENSGT00950000183019.f.b.b.d ENSGT00390000000862 ENSGT00940000156160.b.a ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b ##22 ENSGT00940000155270.i.b ENSGT00940000159293 ENSGT00940000157972.d ENSGT00940000160560.a.b.b Characoidei ANCESTRAL SPECIES 87 ENSGT00390000016929 ENSGT00940000155466.e.a ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00530000063410.b ENSGT00940000164110 ENSGT00950000183019.f.b.b.d ENSGT00390000000862 ENSGT00940000156160.b.a ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b.b ##22 ENSGT00940000155270.i.b ENSGT00940000160811.c.a ENSGT00940000159293 ENSGT00940000157972.d ENSGT00940000160560.a.b.b ENSGT00940000160560.a.a.a.b.a.a ENSGT00940000158025.a.b.a ENSGT00940000159416 ENSGT00940000157932.m.b ENSGT00940000156254.o.a ENSGT00940000156666 ENSGT00950000182935.B.b.d.b ENSGT00930000151032.A.e ENSGT00390000009298 ENSGT00390000013127.b Red-bellied piranha MODERN SPECIES 225 ENSPNAG00000010031 GFUS (ENSPNAG00000010020) ENSPNAG00000009986 ENSPNAG00000009966 ENSPNAG00000009957 ENSPNAG00000009919 gtf3c3 (ENSPNAG00000009885) ENSPNAG00000009811 HECW2 (ENSPNAG00000009803) ENSPNAG00000009780 mdh1b (ENSPNAG00000009734) retreg2 (ENSPNAG00000009693) ENSPNAG00000009657 cnppd1 (ENSPNAG00000009634) abcb6a (ENSPNAG00000009624) pard3ba (ENSPNAG00000009568) ##22 nrp2a (ENSPNAG00000009508) EN1 (ENSPNAG00000009401) radil (ENSPNAG00000009385) MMD2 (ENSPNAG00000009305) ENSPNAG00000009266 ENSPNAG00000009236 Mexicana tetra MODERN SPECIES 3 pros1 (ENSAMXG00000009492) RASA3 (ENSAMXG00000034928) GFUS (ENSAMXG00000042658) GFUS (ENSAMXG00000032502) gtf3c3 (ENSAMXG00000009403) HECW2 (ENSAMXG00000009379) ENSAMXG00000009357 ENSAMXG00000015074 mdh1b (ENSAMXG00000015106) retreg2 (ENSAMXG00000015131) ENSAMXG00000015163 cnppd1 (ENSAMXG00000032610) ccdc65 (ENSAMXG00000015221) abcb6a (ENSAMXG00000015242) ENSAMXG00000035264 pard3ba (ENSAMXG00000015269) ##22 nrp2a (ENSAMXG00000041234) EN1 (ENSAMXG00000032786) radil (ENSAMXG00000016056) MMD2 (ENSAMXG00000016038) ENSAMXG00000034289 ENSAMXG00000013955 ENSAMXG00000037431 ENSAMXG00000042087 ENSAMXG00000042986 ENSAMXG00000036365 syngr3b (ENSAMXG00000043863) ENSAMXG00000038954 ENSAMXG00000040802 ENSAMXG00000039436 alkbh5 (ENSAMXG00000037092) Electric eel DUPLICATION Electric eel MODERN SPECIES 553 C1QL2 (ENSEEEG00000002884) ENSEEEG00000002897 ENSEEEG00000002899 STEAP3 (ENSEEEG00000002901) ENSEEEG00000002904 ENSEEEG00000002907 ##22 ENSEEEG00000002910 nrp2b (ENSEEEG00000002912) Electric eel MODERN SPECIES 554 ENSEEEG00000003528 GFUS (ENSEEEG00000003526) ENSEEEG00000003524 ENSEEEG00000003518 mdh1b (ENSEEEG00000003513) retreg2 (ENSEEEG00000003511) ENSEEEG00000003509 cnppd1 (ENSEEEG00000003507) abcb6a (ENSEEEG00000002950) pard3ba (ENSEEEG00000002916) ##22 ENSEEEG00000002914 Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 79 ENSGT00950000182905.a.b.d ENSGT00390000002204 ENSGT00940000156884 ENSGT00950000182905.a.a.a.a.a.b ENSGT00390000016940.c.b ENSGT00940000155522.g.a ENSGT00940000154095.b.b.a.a.b ENSGT00940000160220 ENSGT00950000183165.b.a.e.b ENSGT00950000183165.a.a.b ENSGT00940000164719 ENSGT00430000031142 ENSGT00940000155126.s.b ENSGT00940000166348 ENSGT00940000161508.b ENSGT00950000183214.a.b.a.b.f.b ##22 ENSGT00940000155270.h ENSGT00390000000862 ENSGT00950000183019.f.b.b.c ENSGT00940000164110.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00530000063873.B.f ENSGT00940000156552.c.a.g ENSGT00940000156089 ENSGT00500000044939 ENSGT00390000005159.k ENSGT00940000156444.f ENSGT00940000155861.C.e ENSGT00940000158239.a.b.b ENSGT00940000154319.c.a ENSGT00930000150950.b ##30 Asian bonytongue MODERN SPECIES 5 BIN1 (ENSSFOG00015004707) cyp27c1 (ENSSFOG00015004772) TMEM198 (ENSSFOG00015004809) desma (ENSSFOG00015004838) PTPRN (ENSSFOG00015004881) ENSSFOG00015032440 tuba8l3 (ENSSFOG00015026320) TUBA4A (ENSSFOG00015005821) ENSSFOG00015005840 ENSSFOG00015005880 fn1a (ENSSFOG00015005934) ENSSFOG00015025336 cpo (ENSSFOG00015006047) ENSSFOG00015006113 ENSSFOG00015031434 ENSSFOG00015006078 ##22 ENSSFOG00015027322 NRP2 (ENSSFOG00015006142) cnppd1 (ENSSFOG00015006238) prkag3b (ENSSFOG00015006261) ENSSFOG00015006297 ENSSFOG00015006306 ENSSFOG00015025277 RAPH1 (ENSSFOG00015006320) ABI2 (ENSSFOG00015006375) cyp20a1 (ENSSFOG00015006435) TMEM237 (ENSSFOG00015006497) MPP4 (ENSSFOG00015006525) ALS2 (ENSSFOG00015006570) FZD7 (ENSSFOG00015006669) SUMO1 (ENSSFOG00015025642) Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES 293 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 Coelacanth MODERN SPECIES 669 PARD3B (ENSLACG00000003766) ##22 ENSLACG00000013079 ##22 NRP2 (ENSLACG00000013759) INO80D (ENSLACG00000015319) NDUFS1 (ENSLACG00000015589) EEF1B2 (ENSLACG00000015714) CMKLR2 (ENSLACG00000015809) Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00390000003964.b ENSGT00940000155041 ENSGT00390000017619 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000176171 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 ENSGT00940000154453.b ##19 Anura ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00940000154319 ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00390000017619 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a ENSGT00940000160642.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508.d ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 ENSGT00940000154453.b ##19 ENSGT00940000161191.B ##17 Frog MODERN SPECIES 9 dnah7 (ENSXETG00000022093) nbeal1 (ENSXETG00000022086) carf (ENSXETG00000031604) wdr12 (ENSXETG00000022077) ##30 fam117b (ENSXETG00000022076) bmpr2 (ENSXETG00000022074) nop58 (ENSXETG00000022073) sumo1 (ENSXETG00000022072) kiaa2012 (ENSXETG00000041127) fzd7 (ENSXETG00000012404) ENSXETG00000040147 ENSXETG00000037714 cdk15 (ENSXETG00000012405) als2 (ENSXETG00000012406) ICOS (ENSXETG00000040525) pard3b (ENSXETG00000012407) ##22 nrp2 (ENSXETG00000010095) ENSXETG00000048152 ino80d (ENSXETG00000033629) eef1b2 (ENSXETG00000010098) ndufs1 (ENSXETG00000010108) cops8 (ENSXETG00000025427) cmklr2 (ENSXETG00000043302) ENSXETG00000042410 ENSXETG00000046685 adam23 (ENSXETG00000010118) ENSXETG00000044734 mdh1b (ENSXETG00000034073) fastkd2 (ENSXETG00000031283) ENSXETG00000048816 klf7 (ENSXETG00000046427) Leishan spiny toad MODERN SPECIES 10 CARF (ENSLLEG00000013266) NBEAL1 (ENSLLEG00000011871) ENSLLEG00000011716 CYP20A1 (ENSLLEG00000011493) ENSLLEG00000011462 ABI2 (ENSLLEG00000010961) RAPH1 (ENSLLEG00000010703) ENSLLEG00000010668 CD28 (ENSLLEG00000010533) CTLA4 (ENSLLEG00000010451) ENSLLEG00000010351 ENSLLEG00000010325 ENSLLEG00000010283 ENSLLEG00000010251 ENSLLEG00000010225 PARD3B (ENSLLEG00000009175) ##22 ENSLLEG00000009072 NRP2 (ENSLLEG00000008733) DUSP19 (ENSLLEG00000008672) NCKAP1 (ENSLLEG00000007431) FRZB (ENSLLEG00000007263) ENSLLEG00000006981 PDE1A (ENSLLEG00000006725) PPP1R1C (ENSLLEG00000006668) ITPRID2 (ENSLLEG00000006600) NEUROD1 (ENSLLEG00000006576) CERKL (ENSLLEG00000006429) ITGA4 (ENSLLEG00000006184) ENSLLEG00000006132 UBE2E3 (ENSLLEG00000006049) ENSLLEG00000006014 Amniota ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00390000003964.b ENSGT00940000155041 ENSGT00390000017619 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000176171 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Sauria ANCESTRAL SPECIES 32 ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00390000003964.b ENSGT00940000155041 ENSGT00390000017619 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000176171 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00390000003964.b ENSGT00940000155041 ENSGT00390000017619 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 ENSGT00940000154453.b ##19 tuatara MODERN SPECIES 1738 ENSSPUG00000018429 PARD3B (ENSSPUG00000018394) ##22 NRP2 (ENSSPUG00000018362) Episquamata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00860000133854 ENSGT00940000154319 ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00390000017619 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 ENSGT00940000154453.b ##19 ENSGT00940000161191.B ##17 Laterata ANCESTRAL SPECIES 42 ENSGT00940000159606 ENSGT00940000158239.b ENSGT00950000183314 ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00390000017619 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 ENSGT00940000154453.b ##19 ENSGT00940000161191.B ##17 Argentine black and white tegu MODERN SPECIES 12 ENSSMRG00000020791 KIAA2012 (ENSSMRG00000020790) SUMO1 (ENSSMRG00000020789) NOP58 (ENSSMRG00000020786) BMPR2 (ENSSMRG00000020784) FAM117B (ENSSMRG00000020783) WDR12 (ENSSMRG00000020782) ##30 ENSSMRG00000020781 NBEAL1 (ENSSMRG00000020780) ENSSMRG00000020779 CYP20A1 (ENSSMRG00000020778) ABI2 (ENSSMRG00000020777) RAPH1 (ENSSMRG00000020776) ENSSMRG00000020658 CTLA4 (ENSSMRG00000020651) PARD3B (ENSSMRG00000020645) ##22 NRP2 (ENSSMRG00000020640) INO80D (ENSSMRG00000020639) NDUFS1 (ENSSMRG00000020638) EEF1B2 (ENSSMRG00000020633) CMKLR2 (ENSSMRG00000020632) ADAM23 (ENSSMRG00000020333) FAM237A (ENSSMRG00000020332) MDH1B (ENSSMRG00000020330) FASTKD2 (ENSSMRG00000020328) KLF7 (ENSSMRG00000020327) CREB1 (ENSSMRG00000020325) METTL21A (ENSSMRG00000020324) ENSSMRG00000020322 ##19 ENSSMRG00000020321 ##17 PLEKHM3 (ENSSMRG00000020318) Common wall lizard MODERN SPECIES ENSPMRG00000006788 NOP58 (ENSPMRG00000006794) BMPR2 (ENSPMRG00000006815) ENSPMRG00000006832 ENSPMRG00000006842 WDR12 (ENSPMRG00000006856) ##30 ENSPMRG00000006909 CARF (ENSPMRG00000006921) ENSPMRG00000006930 NBEAL1 (ENSPMRG00000007358) CYP20A1 (ENSPMRG00000008728) ABI2 (ENSPMRG00000008747) RAPH1 (ENSPMRG00000008789) CD28 (ENSPMRG00000008873) CTLA4 (ENSPMRG00000008883) PARD3B (ENSPMRG00000008900) ##22 ENSPMRG00000008928 ENSPMRG00000008932 NRP2 (ENSPMRG00000008950) INO80D (ENSPMRG00000009029) EEF1B2 (ENSPMRG00000009046) NDUFS1 (ENSPMRG00000009096) ADAM23 (ENSPMRG00000009258) FAM237A (ENSPMRG00000009266) DYTN (ENSPMRG00000000114) ENSPMRG00000000134 ENSPMRG00000000143 FASTKD2 (ENSPMRG00000000149) KLF7 (ENSPMRG00000000188) CREB1 (ENSPMRG00000000233) METTL21A (ENSPMRG00000000269) Toxicofera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154319 ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00950000185065 ENSGT00390000003964.b ENSGT00940000155041 ENSGT00390000017619 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 ENSGT00940000154453.b ##19 ENSGT00940000161191.B ##17 ENSGT00940000159743 Lizard MODERN SPECIES 822 BMPR2 (ENSACAG00000004885) FAM117B (ENSACAG00000004859) WDR12 (ENSACAG00000004774) ##30 ENSACAG00000004755 ENSACAG00000043702 ENSACAG00000037627 NBEAL1 (ENSACAG00000004721) ENSACAG00000004658 CYP20A1 (ENSACAG00000004604) ENSACAG00000045333 ABI2 (ENSACAG00000004539) RAPH1 (ENSACAG00000004500) CD28 (ENSACAG00000004486) ENSACAG00000028063 ENSACAG00000037252 PARD3B (ENSACAG00000004428) ##22 NRP2 (ENSACAG00000004128) INO80D (ENSACAG00000004095) NDUFS1 (ENSACAG00000001471) CMKLR2 (ENSACAG00000001415) EEF1B2 (ENSACAG00000001423) ADAM23 (ENSACAG00000009477) ENSACAG00000028631 MDH1B (ENSACAG00000009563) FASTKD2 (ENSACAG00000009610) KLF7 (ENSACAG00000009642) Elapidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154319 ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00950000185065 ENSGT00390000003964.b ENSGT00940000155041 ENSGT00390000017619 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089.g ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 ENSGT00940000154453.b ##19 ENSGT00940000161191.B ##17 ENSGT00940000159743 ENSGT00960000187202 Indian cobra MODERN SPECIES SUMO1 (ENSNNAG00000008916) NOP58 (ENSNNAG00000008788) BMPR2 (ENSNNAG00000008749) FAM117B (ENSNNAG00000008713) WDR12 (ENSNNAG00000008654) ##30 ENSNNAG00000008600 NBEAL1 (ENSNNAG00000008400) ENSNNAG00000008350 CYP20A1 (ENSNNAG00000008325) ABI2 (ENSNNAG00000008284) RAPH1 (ENSNNAG00000007996) CD28 (ENSNNAG00000007953) CTLA4 (ENSNNAG00000007939) ICOS (ENSNNAG00000007918) ENSNNAG00000007910 PARD3B (ENSNNAG00000007817) ##22 NRP2 (ENSNNAG00000007682) INO80D (ENSNNAG00000007613) NDUFS1 (ENSNNAG00000007093) EEF1B2 (ENSNNAG00000006992) CMKLR2 (ENSNNAG00000006981) ADAM23 (ENSNNAG00000006219) MDH1B (ENSNNAG00000006119) FASTKD2 (ENSNNAG00000006083) KLF7 (ENSNNAG00000006050) CREB1 (ENSNNAG00000006029) METTL21A (ENSNNAG00000005999) ENSNNAG00000005945 ##19 ENSNNAG00000005932 ##17 PLEKHM3 (ENSNNAG00000005905) ENSNNAG00000005842 Elapidae_a ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 ENSGT00940000154453.b ##19 ENSGT00940000161191.B ##17 ENSGT00940000159743 ENSGT00960000187202 Blue-lipped sea krait MODERN SPECIES 539 ENSLLTG00000002614 ##22 Acanthophiinae ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 ENSGT00940000154453.b ##19 ENSGT00940000161191.B ##17 ENSGT00940000159743 ENSGT00960000187202 Eastern brown snake MODERN SPECIES 36 ENSPTXG00000008221 ENSPTXG00000008219 PARD3B (ENSPTXG00000008179) ##22 NRP2 (ENSPTXG00000008167) INO80D (ENSPTXG00000008163) NDUFS1 (ENSPTXG00000008161) EEF1B2 (ENSPTXG00000008156) CMKLR2 (ENSPTXG00000008154) ADAM23 (ENSPTXG00000008147) MDH1B (ENSPTXG00000008146) FASTKD2 (ENSPTXG00000008144) KLF7 (ENSPTXG00000008140) CREB1 (ENSPTXG00000008139) METTL21A (ENSPTXG00000008138) ENSPTXG00000008137 ##19 ENSPTXG00000008136 ##17 PLEKHM3 (ENSPTXG00000008135) IDH1 (ENSPTXG00000008132) Mainland tiger snake MODERN SPECIES 50 ENSNSUG00000005042 PARD3B (ENSNSUG00000005020) ##22 NRP2 (ENSNSUG00000005004) INO80D (ENSNSUG00000004988) NDUFS1 (ENSNSUG00000004982) EEF1B2 (ENSNSUG00000004974) CMKLR2 (ENSNSUG00000004973) ADAM23 (ENSNSUG00000004968) MDH1B (ENSNSUG00000004966) FASTKD2 (ENSNSUG00000004850) KLF7 (ENSNSUG00000004849) CREB1 (ENSNSUG00000004838) METTL21A (ENSNSUG00000004836) ENSNSUG00000004835 ##19 ENSNSUG00000004833 ##17 ENSNSUG00000004832 PLEKHM3 (ENSNSUG00000004824) Archelosauria ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00390000003964.b ENSGT00950000185065 ENSGT00940000155041 ENSGT00390000017619 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000176171 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a ENSGT00970000193449 ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 Archosauria ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000154319 ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00950000185065 ENSGT00940000155041 ENSGT00390000017619 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a ENSGT00970000193449 ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 Australian saltwater crocodile MODERN SPECIES 66 BMPR2 (ENSCPRG00005001396) FAM117B (ENSCPRG00005001420) ENSCPRG00005001426 WDR12 (ENSCPRG00005001450) ##30 CARF (ENSCPRG00005001462) ENSCPRG00005001474 NBEAL1 (ENSCPRG00005001495) ENSCPRG00005001521 CYP20A1 (ENSCPRG00005001526) ABI2 (ENSCPRG00005001556) RAPH1 (ENSCPRG00005001588) CD28 (ENSCPRG00005001690) CTLA4 (ENSCPRG00005001699) ICOS (ENSCPRG00005001703) ENSCPRG00005001708 PARD3B (ENSCPRG00005001781) ##22 NRP2 (ENSCPRG00005001802) INO80D (ENSCPRG00005001847) NDUFS1 (ENSCPRG00005001849) EEF1B2 (ENSCPRG00005001854) CMKLR2 (ENSCPRG00005001863) ADAM23 (ENSCPRG00005001887) FAM237A (ENSCPRG00005001904) DYTN (ENSCPRG00005001912) MDH1B (ENSCPRG00005001923) FASTKD2 (ENSCPRG00005001926) CPO (ENSCPRG00005001934) KLF7 (ENSCPRG00005001954) CREB1 (ENSCPRG00005001961) METTL21A (ENSCPRG00005001979) ENSCPRG00005001990 ##19 Aves ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000156307.b ENSGT00940000177631 ENSGT00390000012547.b ENSGT00940000154107.b.j.b ENSGT00390000004840 ENSGT00940000159232 ENSGT00940000163494.a.b.g.b ENSGT00940000155041 ENSGT00390000017619 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a ENSGT00970000193449 ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 African ostrich DUPLICATION African ostrich MODERN SPECIES 602 ENSSCUG00000009062 ##22 NRP2 (ENSSCUG00000009065) INO80D (ENSSCUG00000009069) NDUFS1 (ENSSCUG00000009074) EEF1B2 (ENSSCUG00000009076) CMKLR2 (ENSSCUG00000009084) ADAM23 (ENSSCUG00000009094) FAM237A (ENSSCUG00000009115) DYTN (ENSSCUG00000009118) MDH1B (ENSSCUG00000009125) FASTKD2 (ENSSCUG00000009126) CPO (ENSSCUG00000009130) KLF7 (ENSSCUG00000009135) CREB1 (ENSSCUG00000009137) METTL21A (ENSSCUG00000009140) ENSSCUG00000009142 ##19 African ostrich MODERN SPECIES 1071 UNC80 (ENSSCUG00000013197) MAP2 (ENSSCUG00000013191) PTH2R (ENSSCUG00000013187) PIKFYVE (ENSSCUG00000013177) IDH1 (ENSSCUG00000013175) ENSSCUG00000013173 C2orf80 (ENSSCUG00000013171) ENSSCUG00000013166 ENSSCUG00000013162 NBEAL1 (ENSSCUG00000013063) ABI2 (ENSSCUG00000013010) RAPH1 (ENSSCUG00000013003) CD28 (ENSSCUG00000012996) CTLA4 (ENSSCUG00000012995) ENSSCUG00000012993 PARD3B (ENSSCUG00000012989) ##22 Neognathae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000155558 ENSGT00940000156307.b ENSGT00940000177631 ENSGT00390000012547.b ENSGT00940000154107.b.j.b ENSGT00390000004840 ENSGT00940000163494.a.b.g.b ENSGT00940000155041 ENSGT00390000017619 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a ENSGT00970000193449 ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 Galloanserae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000157043 ENSGT00940000155558 ENSGT00940000156307.b ENSGT00390000012547.b ENSGT00940000154107.b.j.b ENSGT00390000004840 ENSGT00940000163494.a.b.g.b ENSGT00940000155041 ENSGT00390000017619 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408.b ENSGT00940000157249 Anatidae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000157043 ENSGT00940000155558 ENSGT00940000156307.b ENSGT00390000012547.b ENSGT00940000154107.b.j.b ENSGT00390000004840 ENSGT00940000163494.a.b.g.b ENSGT00940000155041 ENSGT00390000017619 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408.b ENSGT00940000157249 ENSGT00940000154453.b.d ##19 ENSGT00940000161191.B ##17 Duck MODERN SPECIES 25 PIKFYVE (ENSAPLG00000014164) IDH1 (ENSAPLG00000014810) ENSAPLG00000015011 ENSAPLG00000018471 ENSAPLG00000024504 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ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 ENSGT00940000154453.b.b ##19 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00860000133854.z.b ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h 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Elephant DUPLICATION Elephant DUPLICATION Elephant MODERN SPECIES 301 CARF (ENSLAFG00000017289) ENSLAFG00000020653 ENSLAFG00000015098 CYP20A1 (ENSLAFG00000015110) ABI2 (ENSLAFG00000015117) ENSLAFG00000015135 ENSLAFG00000031357 CD28 (ENSLAFG00000017773) CTLA4 (ENSLAFG00000006654) ICOS (ENSLAFG00000006657) ENSLAFG00000026263 ENSLAFG00000030813 ##22 ENSLAFG00000007708 ##22 ENSLAFG00000026835 ##22 ENSLAFG00000025673 ##22 ENSLAFG00000030808 ##22 NRP2 (ENSLAFG00000016414) INO80D (ENSLAFG00000015352) NDUFS1 (ENSLAFG00000013782) EEF1B2 (ENSLAFG00000011812) CMKLR2 (ENSLAFG00000009005) ZDBF2 (ENSLAFG00000014253) ADAM23 (ENSLAFG00000014452) DYTN (ENSLAFG00000032161) MDH1B (ENSLAFG00000015578) FASTKD2 (ENSLAFG00000005198) CPO (ENSLAFG00000009772) KLF7 (ENSLAFG00000005822) CREB1 (ENSLAFG00000013257) METTL21A (ENSLAFG00000017103) ENSLAFG00000021558 ##19 Elephant MODERN SPECIES 301 WDR12 (ENSLAFG00000011955) ##30 CARF (ENSLAFG00000017289) ENSLAFG00000020653 ENSLAFG00000015098 CYP20A1 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(ENSLAFG00000017773) CTLA4 (ENSLAFG00000006654) ICOS (ENSLAFG00000006657) ENSLAFG00000026263 ENSLAFG00000030813 ##22 ENSLAFG00000007708 ##22 ENSLAFG00000026835 ##22 ENSLAFG00000025673 ##22 ENSLAFG00000030808 ##22 NRP2 (ENSLAFG00000016414) INO80D (ENSLAFG00000015352) NDUFS1 (ENSLAFG00000013782) EEF1B2 (ENSLAFG00000011812) CMKLR2 (ENSLAFG00000009005) ZDBF2 (ENSLAFG00000014253) ADAM23 (ENSLAFG00000014452) DYTN (ENSLAFG00000032161) MDH1B (ENSLAFG00000015578) FASTKD2 (ENSLAFG00000005198) CPO (ENSLAFG00000009772) Elephant MODERN SPECIES 301 FAM117B (ENSLAFG00000006427) ICA1L (ENSLAFG00000016989) WDR12 (ENSLAFG00000011955) ##30 CARF (ENSLAFG00000017289) ENSLAFG00000020653 ENSLAFG00000015098 CYP20A1 (ENSLAFG00000015110) ABI2 (ENSLAFG00000015117) ENSLAFG00000015135 ENSLAFG00000031357 CD28 (ENSLAFG00000017773) CTLA4 (ENSLAFG00000006654) ICOS (ENSLAFG00000006657) ENSLAFG00000026263 ENSLAFG00000030813 ##22 ENSLAFG00000007708 ##22 ENSLAFG00000026835 ##22 ENSLAFG00000025673 ##22 ENSLAFG00000030808 ##22 NRP2 (ENSLAFG00000016414) INO80D (ENSLAFG00000015352) NDUFS1 (ENSLAFG00000013782) EEF1B2 (ENSLAFG00000011812) CMKLR2 (ENSLAFG00000009005) ZDBF2 (ENSLAFG00000014253) ADAM23 (ENSLAFG00000014452) DYTN (ENSLAFG00000032161) MDH1B (ENSLAFG00000015578) FASTKD2 (ENSLAFG00000005198) CPO (ENSLAFG00000009772) KLF7 (ENSLAFG00000005822) Elephant MODERN SPECIES 301 ICA1L (ENSLAFG00000016989) WDR12 (ENSLAFG00000011955) ##30 CARF (ENSLAFG00000017289) ENSLAFG00000020653 ENSLAFG00000015098 CYP20A1 (ENSLAFG00000015110) ABI2 (ENSLAFG00000015117) ENSLAFG00000015135 ENSLAFG00000031357 CD28 (ENSLAFG00000017773) CTLA4 (ENSLAFG00000006654) ICOS (ENSLAFG00000006657) ENSLAFG00000026263 ENSLAFG00000030813 ##22 ENSLAFG00000007708 ##22 ENSLAFG00000026835 ##22 ENSLAFG00000025673 ##22 ENSLAFG00000030808 ##22 NRP2 (ENSLAFG00000016414) INO80D (ENSLAFG00000015352) NDUFS1 (ENSLAFG00000013782) EEF1B2 (ENSLAFG00000011812) CMKLR2 (ENSLAFG00000009005) ZDBF2 (ENSLAFG00000014253) ADAM23 (ENSLAFG00000014452) DYTN (ENSLAFG00000032161) MDH1B (ENSLAFG00000015578) FASTKD2 (ENSLAFG00000005198) CPO (ENSLAFG00000009772) KLF7 (ENSLAFG00000005822) CREB1 (ENSLAFG00000013257) Hyrax MODERN SPECIES 1363 PARD3B (ENSPCAG00000008109) ##22 Tenrec MODERN SPECIES 1698 PARD3B (ENSETEG00000015170) ##22 ENSETEG00000015174 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES 686 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 Sloth MODERN SPECIES 1513 PARD3B (ENSCHOG00000009458) ##22 Armadillo DUPLICATION Armadillo MODERN SPECIES 1677 ENSDNOG00000036872 ##22 NRP2 (ENSDNOG00000033847) Armadillo MODERN SPECIES 1055 CYP20A1 (ENSDNOG00000009744) ENSDNOG00000042764 ENSDNOG00000007878 ENSDNOG00000042029 CD28 (ENSDNOG00000047723) CTLA4 (ENSDNOG00000006614) ENSDNOG00000044126 ICOS (ENSDNOG00000049432) PARD3B (ENSDNOG00000010397) ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT01090000263468 ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000176171 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00960000187394 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT01090000263468 ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000176171 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00960000187394 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES 1829 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 Hedgehog MODERN SPECIES 1794 PARD3B (ENSEEUG00000000546) ##22 ENSEEUG00000000573 Common shrew MODERN SPECIES 1244 PARD3B (ENSSARG00000010690) ##22 NRP2 (ENSSARG00000010738) Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT01090000263468 ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000176171 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00960000187394 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00940000153064.b.d ENSGT01050000244818.s.a ENSGT01090000260046 ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A ENSGT01090000263468 ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Equus ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A ENSGT01090000263468 ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.g.b.b ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 ENSGT00940000154453.b.a.b ##19 Horse MODERN SPECIES 9 SUMO1 (ENSECAG00000024693) NOP58 (ENSECAG00000024696) BMPR2 (ENSECAG00000025141) ENSECAG00000054476 FAM117B (ENSECAG00000004249) ICA1L (ENSECAG00000009288) WDR12 (ENSECAG00000009547) ##30 CARF (ENSECAG00000017624) NBEAL1 (ENSECAG00000020049) CYP20A1 (ENSECAG00000010884) ABI2 (ENSECAG00000018236) ENSECAG00000022376 CD28 (ENSECAG00000022853) CTLA4 (ENSECAG00000003996) ICOS (ENSECAG00000006253) PARD3B (ENSECAG00000008768) ##22 NRP2 (ENSECAG00000016824) INO80D (ENSECAG00000015076) NDUFS1 (ENSECAG00000015914) EEF1B2 (ENSECAG00000016653) CMKLR2 (ENSECAG00000004408) ZDBF2 (ENSECAG00000039959) ADAM23 (ENSECAG00000018514) FAM237A (ENSECAG00000050449) DYTN (ENSECAG00000006820) MDH1B (ENSECAG00000007491) FASTKD2 (ENSECAG00000008822) KLF7 (ENSECAG00000012215) CREB1 (ENSECAG00000013667) METTL21A (ENSECAG00000017536) PLEKHM3 (ENSECAG00000008108) Donkey MODERN SPECIES 24 ENSEASG00005035566 ENSEASG00005028104 BMPR2 (ENSEASG00005002457) FAM117B (ENSEASG00005031822) ICA1L (ENSEASG00005002554) ENSEASG00005027147 WDR12 (ENSEASG00005002567) ##30 CARF (ENSEASG00005002591) NBEAL1 (ENSEASG00005002684) CYP20A1 (ENSEASG00005002770) ABI2 (ENSEASG00005002778) ENSEASG00005002800 CD28 (ENSEASG00005002842) CTLA4 (ENSEASG00005002849) ICOS (ENSEASG00005002854) PARD3B (ENSEASG00005002870) ##22 NRP2 (ENSEASG00005002875) INO80D (ENSEASG00005002880) NDUFS1 (ENSEASG00005002883) EEF1B2 (ENSEASG00005026194) CMKLR2 (ENSEASG00005002916) ZDBF2 (ENSEASG00005023969) ADAM23 (ENSEASG00005002928) FAM237A (ENSEASG00005002935) DYTN (ENSEASG00005002938) MDH1B (ENSEASG00005002948) FASTKD2 (ENSEASG00005002958) KLF7 (ENSEASG00005002973) CREB1 (ENSEASG00005002983) ENSEASG00005024979 CCNYL1 (ENSEASG00005003014) ##19 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00860000133854 ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Megabat MODERN SPECIES 89 PARD3B (ENSPVAG00000003788) ##22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00860000133854 ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 26 SUMO1 (ENSRFEG00010014996) NOP58 (ENSRFEG00010014939) RPL39_1 (ENSRFEG00010014922) BMPR2 (ENSRFEG00010014707) FAM117B (ENSRFEG00010014554) ICA1L (ENSRFEG00010014466) WDR12 (ENSRFEG00010014405) ##30 CARF (ENSRFEG00010013855) NBEAL1 (ENSRFEG00010013724) CYP20A1 (ENSRFEG00010013600) ABI2 (ENSRFEG00010013372) RAPH1 (ENSRFEG00010013239) CD28 (ENSRFEG00010013138) ENSRFEG00010013108 ICOS (ENSRFEG00010013045) PARD3B (ENSRFEG00010012777) ##22 NRP2 (ENSRFEG00010012560) INO80D (ENSRFEG00010012508) NDUFS1 (ENSRFEG00010011973) EEF1B2 (ENSRFEG00010011873) CMKLR2 (ENSRFEG00010011856) ENSRFEG00010011751 ADAM23 (ENSRFEG00010010998) FAM237A (ENSRFEG00010010918) DYTN (ENSRFEG00010010740) MDH1B (ENSRFEG00010010537) FASTKD2 (ENSRFEG00010010475) CPO (ENSRFEG00010010427) KLF7 (ENSRFEG00010010310) CREB1 (ENSRFEG00010020193) ENSRFEG00010020167 Microbat DUPLICATION Microbat DUPLICATION Microbat DUPLICATION Microbat MODERN SPECIES 940 ENSMLUG00000015108 ENSMLUG00000016762 ENSMLUG00000022794 ICA1L (ENSMLUG00000002746) WDR12 (ENSMLUG00000025847) ##30 CARF (ENSMLUG00000007015) NBEAL1 (ENSMLUG00000007434) CYP20A1 (ENSMLUG00000014996) ABI2 (ENSMLUG00000008117) RAPH1 (ENSMLUG00000008162) CD28 (ENSMLUG00000004329) CTLA4 (ENSMLUG00000009619) ICOS (ENSMLUG00000009627) ENSMLUG00000024002 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ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00940000157820.a.a ENSGT00530000063873.A ENSGT01090000260046 ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Canidae ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT01090000260046.e.a.a.b ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h.q ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 32 ENSGT00940000154319.v.kb ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000154694.l.b.b.a.a.b ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h.q ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Dog MODERN SPECIES 30 ICA1L (ENSCAFG00845015647) WDR12 (ENSCAFG00845015685) ##30 CARF (ENSCAFG00845015868) ENSCAFG00845016161 NBEAL1 (ENSCAFG00845016248) CYP20A1 (ENSCAFG00845016438) ENSCAFG00845016541 ABI2 (ENSCAFG00845016661) ENSCAFG00845016782 ENSCAFG00845016818 RAPH1 (ENSCAFG00845017225) ENSCAFG00845017896 CD28 (ENSCAFG00845018097) CTLA4 (ENSCAFG00845018252) ICOS (ENSCAFG00845018403) PARD3B (ENSCAFG00845018916) ##22 NRP2 (ENSCAFG00845019968) INO80D (ENSCAFG00845020375) NDUFS1 (ENSCAFG00845020511) EEF1B2 (ENSCAFG00845020822) GPR1 (ENSCAFG00845020895) ZDBF2 (ENSCAFG00845020911) ADAM23 (ENSCAFG00845021040) FAM237A (ENSCAFG00845021430) DYTN (ENSCAFG00845021457) MDH1B (ENSCAFG00845021551) FASTKD2 (ENSCAFG00845021685) CPO (ENSCAFG00845021788) KLF7 (ENSCAFG00845021900) CREB1 (ENSCAFG00845022020) METTL21A (ENSCAFG00845022171) Dingo MODERN SPECIES 398 BMPR2 (ENSCAFG00020002138) FAM117B (ENSCAFG00020002101) ICA1L (ENSCAFG00020002040) WDR12 (ENSCAFG00020001958) ##30 CARF (ENSCAFG00020001932) ENSCAFG00020001912 NBEAL1 (ENSCAFG00020001831) CYP20A1 (ENSCAFG00020001812) ENSCAFG00020001801 ENSCAFG00020001784 ABI2 (ENSCAFG00020001752) RAPH1 (ENSCAFG00020001630) CD28 (ENSCAFG00020001531) CTLA4 (ENSCAFG00020001506) ICOS (ENSCAFG00020001489) PARD3B (ENSCAFG00020001089) ##22 NRP2 (ENSCAFG00020000746) INO80D (ENSCAFG00020000661) NDUFS1 (ENSCAFG00020000642) EEF1B2 (ENSCAFG00020000617) CMKLR2 (ENSCAFG00020000614) ZDBF2 (ENSCAFG00020000545) ADAM23 (ENSCAFG00020000240) FAM237A (ENSCAFG00020000156) DYTN (ENSCAFG00020027434) MDH1B (ENSCAFG00020027429) FASTKD2 (ENSCAFG00020027426) CPO (ENSCAFG00020027425) KLF7 (ENSCAFG00020027423) CREB1 (ENSCAFG00020027420) METTL21A (ENSCAFG00020027418) Red fox MODERN SPECIES 41 ENSVVUG00000018231 ICA1L (ENSVVUG00000018171) WDR12 (ENSVVUG00000018074) ##30 CARF (ENSVVUG00000017926) ENSVVUG00000017885 NBEAL1 (ENSVVUG00000017646) CYP20A1 (ENSVVUG00000017336) ENSVVUG00000017318 ENSVVUG00000017315 ABI2 (ENSVVUG00000017312) RAPH1 (ENSVVUG00000017063) CD28 (ENSVVUG00000017013) ENSVVUG00000017012 CTLA4 (ENSVVUG00000017009) ICOS (ENSVVUG00000017004) PARD3B (ENSVVUG00000016975) ##22 NRP2 (ENSVVUG00000016946) INO80D (ENSVVUG00000016931) NDUFS1 (ENSVVUG00000016918) EEF1B2 (ENSVVUG00000016896) GPR1 (ENSVVUG00000016890) ZDBF2 (ENSVVUG00000016880) Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00940000157820.a.a ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES 44 ENSGT00860000133854 ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 American mink MODERN SPECIES 40 NOP58 (ENSNVIG00000007538) BMPR2 (ENSNVIG00000007469) ENSNVIG00000007447 ENSNVIG00000007441 ICA1L (ENSNVIG00000007376) WDR12 (ENSNVIG00000007326) ##30 F6SXV3 (ENSNVIG00000007220) NBEAL1 (ENSNVIG00000007140) CYP20A1 (ENSNVIG00000007093) ABI2 (ENSNVIG00000006920) RAPH1 (ENSNVIG00000006475) ENSNVIG00000006462 CD28 (ENSNVIG00000006426) CTLA4 (ENSNVIG00000006392) ICOS (ENSNVIG00000006380) PARD3B (ENSNVIG00000005889) ##22 NRP2 (ENSNVIG00000005651) INO80D (ENSNVIG00000005634) NDUFS1 (ENSNVIG00000005404) EEF1B2 (ENSNVIG00000005362) GPR1 (ENSNVIG00000005355) ZDBF2 (ENSNVIG00000005326) ADAM23 (ENSNVIG00000005209) FAM237A (ENSNVIG00000005198) DYTN (ENSNVIG00000005190) MDH1B (ENSNVIG00000005145) FASTKD2 (ENSNVIG00000005116) CBPO (ENSNVIG00000005106) KLF7 (ENSNVIG00000005091) CREB1 (ENSNVIG00000005058) METTL21A (ENSNVIG00000005027) Ferret MODERN SPECIES 265 BMPR2 (ENSMPUG00000000354) FAM117B (ENSMPUG00000000358) ICA1L (ENSMPUG00000000375) WDR12 (ENSMPUG00000000379) ##30 CARF (ENSMPUG00000000382) NBEAL1 (ENSMPUG00000000385) ENSMPUG00000000395 ENSMPUG00000000397 ABI2 (ENSMPUG00000000402) RAPH1 (ENSMPUG00000000405) CD28 (ENSMPUG00000000418) CTLA4 (ENSMPUG00000000422) ICOS (ENSMPUG00000000425) ENSMPUG00000000428 ENSMPUG00000000430 ##22 PARD3B (ENSMPUG00000000432) ##22 NRP2 (ENSMPUG00000000435) ENSMPUG00000000437 INO80D (ENSMPUG00000000439) NDUFS1 (ENSMPUG00000000442) EEF1B2 (ENSMPUG00000000444) CMKLR2 (ENSMPUG00000018909) ZDBF2 (ENSMPUG00000000463) ADAM23 (ENSMPUG00000000467) ENSMPUG00000000471 MDH1B (ENSMPUG00000000473) FASTKD2 (ENSMPUG00000000477) CPO (ENSMPUG00000000481) KLF7 (ENSMPUG00000000483) CREB1 (ENSMPUG00000000485) ENSMPUG00000018911 Ursidae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00950000183314.b ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00940000157820.a.a.k ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Giant Panda MODERN SPECIES 11 ENSAMEG00000030387 BMPR2 (ENSAMEG00000013148) ENSAMEG00000013132 ENSAMEG00000026389 ICA1L (ENSAMEG00000013120) WDR12 (ENSAMEG00000013091) ##30 CARF (ENSAMEG00000013068) NBEAL1 (ENSAMEG00000013020) ABI2 (ENSAMEG00000012960) ENSAMEG00000002970 ENSAMEG00000030945 ENSAMEG00000028551 CD28 (ENSAMEG00000002955) CTLA4 (ENSAMEG00000002942) ICOS (ENSAMEG00000002936) PARD3B (ENSAMEG00000002930) ##22 NRP2 (ENSAMEG00000003086) INO80D (ENSAMEG00000003072) NDUFS1 (ENSAMEG00000003030) ENSAMEG00000003015 ZDBF2 (ENSAMEG00000029468) CMKLR2 (ENSAMEG00000003011) ADAM23 (ENSAMEG00000002950) FAM237A (ENSAMEG00000029073) DYTN (ENSAMEG00000025472) MDH1B (ENSAMEG00000002932) FASTKD2 (ENSAMEG00000002917) CPO (ENSAMEG00000015096) KLF7 (ENSAMEG00000015148) CREB1 (ENSAMEG00000015152) METTL21A (ENSAMEG00000015168) Ursus ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00950000183314.b ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00940000157820.a.a.k ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00910000148124 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 Polar bear MODERN SPECIES 142 BMPR2 (ENSUMAG00000021888) ENSUMAG00000021893 ENSUMAG00000021898 ICA1L (ENSUMAG00000021899) WDR12 (ENSUMAG00000021904) ##30 CARF (ENSUMAG00000021907) ENSUMAG00000021909 NBEAL1 (ENSUMAG00000021925) CYP20A1 (ENSUMAG00000022062) ABI2 (ENSUMAG00000022146) RAPH1 (ENSUMAG00000022157) ENSUMAG00000022213 CD28 (ENSUMAG00000022222) CTLA4 (ENSUMAG00000022223) ICOS (ENSUMAG00000022228) PARD3B (ENSUMAG00000022273) ##22 NRP2 (ENSUMAG00000022446) ENSUMAG00000022452 INO80D (ENSUMAG00000022462) NDUFS1 (ENSUMAG00000022473) EEF1B2 (ENSUMAG00000022481) ZDBF2 (ENSUMAG00000022505) ADAM23 (ENSUMAG00000022533) FAM237A (ENSUMAG00000022571) DYTN (ENSUMAG00000022576) MDH1B (ENSUMAG00000022585) FASTKD2 (ENSUMAG00000022590) CPO (ENSUMAG00000022606) KLF7 (ENSUMAG00000022629) METTL21A (ENSUMAG00000022649) CREB1 (ENSUMAG00000022656) American black bear DUPLICATION American black bear MODERN SPECIES 4654 ENSUAMG00000023059 ##22 American black bear MODERN SPECIES 864 PARD3B (ENSUAMG00000028379) ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 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ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Pig MODERN SPECIES 6 SUMO1 (ENSSSCG00000035842) NOP58 (ENSSSCG00000022225) BMPR2 (ENSSSCG00000016113) FAM117B (ENSSSCG00000016114) ENSSSCG00000043400 ICA1L (ENSSSCG00000016115) WDR12 (ENSSSCG00000016116) ##30 CARF (ENSSSCG00000016117) NBEAL1 (ENSSSCG00000016118) CYP20A1 (ENSSSCG00000055761) ABI2 (ENSSSCG00000034630) ENSSSCG00000016119 CD28 (ENSSSCG00000028561) CTLA4 (ENSSSCG00000016122) ICOS (ENSSSCG00000025042) PARD3B (ENSSSCG00000016123) ##22 ENSSSCG00000055400 NRP2 (ENSSSCG00000026383) INO80D (ENSSSCG00000016125) NDUFS1 (ENSSSCG00000016127) EEF1B2 (ENSSSCG00000016128) CMKLR2 (ENSSSCG00000016129) ZDBF2 (ENSSSCG00000016130) ADAM23 (ENSSSCG00000016131) FAM237A (ENSSSCG00000036691) DYTN (ENSSSCG00000035158) MDH1B (ENSSSCG00000016133) FASTKD2 (ENSSSCG00000016134) CPO (ENSSSCG00000016135) KLF7 (ENSSSCG00000029998) ENSSSCG00000042730 Chacoan peccary MODERN SPECIES 91 KIAA2012 (ENSCWAG00000016603) SUMO1 (ENSCWAG00000016775) NOP58 (ENSCWAG00000016884) BMPR2 (ENSCWAG00000016944) FAM117B (ENSCWAG00000017046) ICA1L (ENSCWAG00000017108) WDR12 (ENSCWAG00000017209) ##30 CARF (ENSCWAG00000017264) NBEAL1 (ENSCWAG00000017563) CYP20A1 (ENSCWAG00000017608) ABI2 (ENSCWAG00000017671) RAPH1 (ENSCWAG00000018090) CD28 (ENSCWAG00000020352) CTLA4 (ENSCWAG00000020380) ICOS (ENSCWAG00000020408) PARD3B (ENSCWAG00000020460) ##22 NRP2 (ENSCWAG00000020581) INO80D (ENSCWAG00000020612) ENSCWAG00000020619 NDUFS1 (ENSCWAG00000020647) EEF1B2 (ENSCWAG00000020782) CMKLR2 (ENSCWAG00000020796) ENSCWAG00000020804 ENSCWAG00000020821 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000176171 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00960000187394 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Camelidae ANCESTRAL SPECIES 58 ENSGT00860000133854 ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b 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ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Cetacea ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00960000187394 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 ENSGT00390000001958.n.a.g Odontoceti ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00860000133854 ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a 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ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 ENSGT00390000001958.n.a.g Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00860000133854 ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00960000190610 ENSGT00440000037606.b ENSGT00910000144184.r.a.a.a.a ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00950000183010.a.b.a.a.b ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00960000187394 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00960000190610 ENSGT00440000037606.b ENSGT00910000144184.r.a.a.a.a ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 Narwhal MODERN SPECIES 302 BMPR2 (ENSMMNG00015007390) FAM117B (ENSMMNG00015007345) ICA1L (ENSMMNG00015007312) WDR12 (ENSMMNG00015007273) ##30 CARF (ENSMMNG00015007132) NBEAL1 (ENSMMNG00015007045) CYP20A1 (ENSMMNG00015007001) ABI2 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CREB1 (ENSBMSG00010001606) Pecora ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000176171 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h.u.a.a.b.a ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Yarkand deer MODERN SPECIES 31 FAM117B (ENSCHYG00000003510) ICA1L (ENSCHYG00000003466) WDR12 (ENSCHYG00000003428) ##30 ENSCHYG00000003419 CARF (ENSCHYG00000003336) NBEAL1 (ENSCHYG00000003290) CYP20A1 (ENSCHYG00000003265) ENSCHYG00000003256 ABI2 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ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h.u.a.a.b.b ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Goat MODERN SPECIES 11 ENSCHIG00000008668 NOP58 (ENSCHIG00000025013) BMPR2 (ENSCHIG00000020243) FAM117B (ENSCHIG00000014630) ICA1L (ENSCHIG00000013077) WDR12 (ENSCHIG00000009469) ##30 CARF (ENSCHIG00000023655) ENSCHIG00000016764 NBEAL1 (ENSCHIG00000000921) CYP20A1 (ENSCHIG00000022946) ABI2 (ENSCHIG00000002652) RAPH1 (ENSCHIG00000025930) CD28 (ENSCHIG00000024564) CTLA4 (ENSCHIG00000008042) ICOS (ENSCHIG00000024943) PARD3B (ENSCHIG00000007723) ##22 NRP2 (ENSCHIG00000016092) INO80D (ENSCHIG00000010718) NDUFS1 (ENSCHIG00000014971) EEF1B2 (ENSCHIG00000026794) CMKLR2 (ENSCHIG00000007661) ZDBF2 (ENSCHIG00000022575) ADAM23 (ENSCHIG00000011689) FAM237A (ENSCHIG00000010865) DYTN (ENSCHIG00000016602) MDH1B (ENSCHIG00000022560) FASTKD2 (ENSCHIG00000015121) ENSCHIG00000003872 ENSCHIG00000026347 CPO (ENSCHIG00000020644) KLF7 (ENSCHIG00000006619) Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 11 SUMO1 (ENSOARG00020023283) NOP58 (ENSOARG00020023408) BMPR2 (ENSOARG00020006563) FAM117B (ENSOARG00020006688) ICA1L (ENSOARG00020006778) WDR12 (ENSOARG00020006896) ##30 CARF (ENSOARG00020006968) NBEAL1 (ENSOARG00020007440) CYP20A1 (ENSOARG00020007538) ABI2 (ENSOARG00020007596) RAPH1 (ENSOARG00020007863) ENSOARG00020008167 CD28 (ENSOARG00020008197) CTLA4 (ENSOARG00020008302) ICOS (ENSOARG00020008420) PARD3B (ENSOARG00020008587) ##22 NRP2 (ENSOARG00020013172) ENSOARG00020013371 INO80D (ENSOARG00020013391) NDUFS1 (ENSOARG00020013502) ENSOARG00020014163 GPR1 (ENSOARG00020014248) ZDBF2 (ENSOARG00020014286) ADAM23 (ENSOARG00020014405) FAM237A (ENSOARG00020014982) DYTN (ENSOARG00020015031) MDH1B (ENSOARG00020015160) FASTKD2 (ENSOARG00020015403) CPO (ENSOARG00020015466) KLF7 (ENSOARG00020015555) CREB1 (ENSOARG00020015664) Bovinae ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00860000133854 ENSGT00940000154319.v.cb ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h.u.a.a.b.a ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 American bison MODERN SPECIES 3330 ENSBBBG00000012202 NOP58 (ENSBBBG00000012170) BMPR2 (ENSBBBG00000012144) ENSBBBG00000002273 ENSBBBG00000012094 ICA1L (ENSBBBG00000012090) WDR12 (ENSBBBG00000012064) ##30 CARF (ENSBBBG00000012044) NBEAL1 (ENSBBBG00000011985) 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ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 Domestic yak MODERN SPECIES 11 FAM117B (ENSBGRG00000017110) ICA1L (ENSBGRG00000016892) WDR12 (ENSBGRG00000016744) ##30 ENSBGRG00000016729 CARF (ENSBGRG00000016286) ENSBGRG00000016261 NBEAL1 (ENSBGRG00000016043) CYP20A1 (ENSBGRG00000015562) ABI2 (ENSBGRG00000014834) ENSBGRG00000012733 CD28 (ENSBGRG00000012545) CTLA4 (ENSBGRG00000012384) ENSBGRG00000012357 ICOS (ENSBGRG00000012246) ENSBGRG00000012209 PARD3B (ENSBGRG00000011721) ##22 NRP2 (ENSBGRG00000010098) ENSBGRG00000010010 INO80D (ENSBGRG00000009960) NDUFS1 (ENSBGRG00000009516) ENSBGRG00000009445 CMKLR2 (ENSBGRG00000009401) ZDBF2 (ENSBGRG00000009322) ENSBGRG00000009270 ADAM23 (ENSBGRG00000008490) FAM237A (ENSBGRG00000008425) MDH1B (ENSBGRG00000008141) FASTKD2 (ENSBGRG00000008051) CPO (ENSBGRG00000007969) ENSBGRG00000007943 KLF7 (ENSBGRG00000007842) Wild yak DUPLICATION Wild yak MODERN SPECIES 1701 ENSBMUG00000019977 ##22 NRP2 (ENSBMUG00000019949) 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ENSGT01100000263480.a.a.b.a.a.a.b.b.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h.u.a.a.b.a ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00510000047245.w.a.a.b ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 11 ENSBIXG00005031575 NOP58 (ENSBIXG00005031577) BMPR2 (ENSBIXG00005031582) FAM117B (ENSBIXG00005031583) ICA1L (ENSBIXG00005031584) WDR12 (ENSBIXG00005031585) ##30 CARF (ENSBIXG00005031586) ENSBIXG00005031587 NBEAL1 (ENSBIXG00005031588) CYP20A1 (ENSBIXG00005031589) ABI2 (ENSBIXG00005031590) RAPH1 (ENSBIXG00005031591) CD28 (ENSBIXG00005031593) CTLA4 (ENSBIXG00005031594) ICOS (ENSBIXG00005031595) PARD3B (ENSBIXG00005031598) ##22 ENSBIXG00005031599 NRP2 (ENSBIXG00005031600) INO80D (ENSBIXG00005031603) ENSBIXG00005031604 NDUFS1 (ENSBIXG00005031605) ENSBIXG00005031606 CMKLR2 (ENSBIXG00005031611) ZDBF2 (ENSBIXG00005031612) ADAM23 (ENSBIXG00005031613) ENSBIXG00005031614 DYTN (ENSBIXG00005031615) MDH1B (ENSBIXG00005031616) FASTKD2 (ENSBIXG00005031617) CPO (ENSBIXG00005031618) KLF7 (ENSBIXG00005031620) Cow DUPLICATION Cow MODERN SPECIES 11 ENSBTAG00000053168 CARF (ENSBTAG00000016000) ENSBTAG00000019994 NBEAL1 (ENSBTAG00000014469) CYP20A1 (ENSBTAG00000000851) ABI2 (ENSBTAG00000011017) RAPH1 (ENSBTAG00000027201) CD28 (ENSBTAG00000007445) ENSBTAG00000051061 CTLA4 (ENSBTAG00000013170) ICOS (ENSBTAG00000021596) ENSBTAG00000040367 ENSBTAG00000051630 ENSBTAG00000049320 PARD3B (ENSBTAG00000010293) ##22 ENSBTAG00000053833 ##22 NRP2 (ENSBTAG00000011971) INO80D (ENSBTAG00000014407) ENSBTAG00000055132 NDUFS1 (ENSBTAG00000021976) EEF1B2 (ENSBTAG00000021979) CMKLR2 (ENSBTAG00000017043) ZDBF2 (ENSBTAG00000031166) ADAM23 (ENSBTAG00000019694) ENSBTAG00000055316 FAM237A (ENSBTAG00000050134) DYTN (ENSBTAG00000046454) MDH1B (ENSBTAG00000016192) FASTKD2 (ENSBTAG00000016193) CPO (ENSBTAG00000019190) KLF7 (ENSBTAG00000044097) Cow MODERN SPECIES 11 WDR12 (ENSBTAG00000015424) ##30 ENSBTAG00000053168 CARF (ENSBTAG00000016000) ENSBTAG00000019994 NBEAL1 (ENSBTAG00000014469) CYP20A1 (ENSBTAG00000000851) ABI2 (ENSBTAG00000011017) RAPH1 (ENSBTAG00000027201) CD28 (ENSBTAG00000007445) ENSBTAG00000051061 CTLA4 (ENSBTAG00000013170) ICOS (ENSBTAG00000021596) ENSBTAG00000040367 ENSBTAG00000051630 ENSBTAG00000049320 PARD3B (ENSBTAG00000010293) ##22 ENSBTAG00000053833 ##22 NRP2 (ENSBTAG00000011971) INO80D (ENSBTAG00000014407) ENSBTAG00000055132 NDUFS1 (ENSBTAG00000021976) EEF1B2 (ENSBTAG00000021979) CMKLR2 (ENSBTAG00000017043) ZDBF2 (ENSBTAG00000031166) ADAM23 (ENSBTAG00000019694) ENSBTAG00000055316 FAM237A (ENSBTAG00000050134) DYTN (ENSBTAG00000046454) MDH1B (ENSBTAG00000016192) FASTKD2 (ENSBTAG00000016193) CPO (ENSBTAG00000019190) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000153534.A ENSGT01090000263468 ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT01090000260046 ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00860000133854 ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Glires ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00860000133854 ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Rodentia ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00860000133854 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ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00860000133854 ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Muroidea ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00860000133854 ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 ENSGT00940000154453.b.a.a ##19 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00860000133854 ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 ENSGT00940000154453.b.a.a ##19 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00860000133854 ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 ENSGT00940000154453.b.a.a ##19 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00860000133854 ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 ENSGT00940000154453.b.a.a ##19 Golden Hamster MODERN SPECIES 640 Sumo1 (ENSMAUG00000011639) Nop58 (ENSMAUG00000009734) Bmpr2 (ENSMAUG00000009115) Fam117b (ENSMAUG00000017770) Ica1l (ENSMAUG00000013926) Wdr12 (ENSMAUG00000001279) ##30 Carf (ENSMAUG00000009693) ENSMAUG00000007926 ENSMAUG00000001805 ENSMAUG00000007020 Abi2 (ENSMAUG00000016724) ENSMAUG00000008616 Cd28 (ENSMAUG00000020132) Ctla4 (ENSMAUG00000017208) Icos (ENSMAUG00000019187) Pard3b (ENSMAUG00000019516) ##22 Nrp2 (ENSMAUG00000020662) Ino80d (ENSMAUG00000012087) ENSMAUG00000017015 Eef1b2 (ENSMAUG00000011478) Cmklr2 (ENSMAUG00000009931) Zdbf2 (ENSMAUG00000017491) Adam23 (ENSMAUG00000012410) Dytn (ENSMAUG00000021422) Mdh1b (ENSMAUG00000016431) Fastkd2 (ENSMAUG00000009136) Klf7 (ENSMAUG00000022037) Creb1 (ENSMAUG00000018215) Mettl21a (ENSMAUG00000020877) Fzd5 (ENSMAUG00000022033) Plekhm3 (ENSMAUG00000021638) Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 1 ENSCGRG00001017267 Nop58 (ENSCGRG00001017869) ENSCGRG00001009737 Bmpr2 (ENSCGRG00001020694) Fam117b (ENSCGRG00001020456) Ica1l (ENSCGRG00001018928) WDR12 (ENSCGRG00001016494) ##30 Carf (ENSCGRG00001016848) Nbeal1 (ENSCGRG00001018313) Cyp20a1 (ENSCGRG00001018508) Abi2 (ENSCGRG00001017572) Raph1 (ENSCGRG00001019075) Cd28 (ENSCGRG00001021553) Ctla4 (ENSCGRG00001017244) Icos (ENSCGRG00001016804) Pard3b (ENSCGRG00001023180) ##22 Nrp2 (ENSCGRG00001001140) Ino80d (ENSCGRG00001020225) Ndufs1 (ENSCGRG00001018185) Eef1b2 (ENSCGRG00001017503) Cmklr2 (ENSCGRG00001010463) Zdbf2 (ENSCGRG00001018156) Adam23 (ENSCGRG00001021362) Gm39653 (ENSCGRG00001017288) Dytn (ENSCGRG00001017611) Mdh1b (ENSCGRG00001017642) Fastkd2 (ENSCGRG00001020432) Klf7 (ENSCGRG00001018794) ENSCGRG00001018665 Creb1 (ENSCGRG00001018838) Mettl21a (ENSCGRG00001017438) Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00860000133854 ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 ENSGT00940000154453.b.a.a ##19 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 4 ENSPEMG00000021263 Bmpr2 (ENSPEMG00000022646) Fam117b (ENSPEMG00000011700) ENSPEMG00000024187 Ica1l (ENSPEMG00000021278) Wdr12 (ENSPEMG00000022189) ##30 Carf (ENSPEMG00000020983) ENSPEMG00000028509 Nbeal1 (ENSPEMG00000029402) Cyp20a1 (ENSPEMG00000023627) Abi2 (ENSPEMG00000020443) Raph1 (ENSPEMG00000022086) Cd28 (ENSPEMG00000028537) Ctla4 (ENSPEMG00000020722) Icos (ENSPEMG00000015472) Pard3b (ENSPEMG00000020745) ##22 Nrp2 (ENSPEMG00000020944) Ino80d (ENSPEMG00000020652) Ndufs1 (ENSPEMG00000020453) Eef1b2 (ENSPEMG00000016842) Cmklr2 (ENSPEMG00000000909) Zdbf2 (ENSPEMG00000029531) Adam23 (ENSPEMG00000020455) Gm39653 (ENSPEMG00000029994) Dytn (ENSPEMG00000020630) Mdh1b (ENSPEMG00000012142) Fastkd2 (ENSPEMG00000010593) ENSPEMG00000029845 Klf7 (ENSPEMG00000028836) Creb1 (ENSPEMG00000012416) Mettl21a (ENSPEMG00000027520) Prairie vole MODERN SPECIES 354 ENSMOCG00000015799 Daw1 (ENSMOCG00000014056) Sphkap (ENSMOCG00000010348) Pid1 (ENSMOCG00000022904) Dner (ENSMOCG00000020102) Trip12 (ENSMOCG00000021899) Fbxo36 (ENSMOCG00000015360) Slc16a14 (ENSMOCG00000006969) Nbeal1 (ENSMOCG00000015319) Abi2 (ENSMOCG00000013762) Raph1 (ENSMOCG00000016577) Cd28 (ENSMOCG00000003240) Ctla4 (ENSMOCG00000018484) ENSMOCG00000017292 Icos (ENSMOCG00000008578) Pard3b (ENSMOCG00000021107) ##22 Nrp2 (ENSMOCG00000018160) Ino80d (ENSMOCG00000022487) Ndufs1 (ENSMOCG00000018918) Eef1b2 (ENSMOCG00000004803) Zdbf2 (ENSMOCG00000021962) Adam23 (ENSMOCG00000012227) ENSMOCG00000001238 Dytn (ENSMOCG00000015652) Mdh1b (ENSMOCG00000001314) Fastkd2 (ENSMOCG00000019859) ENSMOCG00000008631 Klf7 (ENSMOCG00000009593) Creb1 (ENSMOCG00000002192) Mettl21a (ENSMOCG00000017410) Ccnyl1 (ENSMOCG00000016018) ##19 Murinae ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00860000133854 ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 ENSGT00940000154453.b.a.a ##19 Mus ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00860000133854 ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A 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ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00860000133854 ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Marmotini ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00860000133854 ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h.g ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 103 ENSGT00860000133854 ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h.g ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Squirrel MODERN SPECIES 231 ABI2 (ENSSTOG00000015888) RAPH1 (ENSSTOG00000028594) CD28 (ENSSTOG00000026213) CTLA4 (ENSSTOG00000020540) ICOS (ENSSTOG00000013542) PARD3B (ENSSTOG00000010207) ##22 NRP2 (ENSSTOG00000010229) INO80D (ENSSTOG00000028419) NDUFS1 (ENSSTOG00000010255) EEF1B2 (ENSSTOG00000005437) CMKLR2 (ENSSTOG00000005452) ZDBF2 (ENSSTOG00000001663) ADAM23 (ENSSTOG00000024094) DYTN (ENSSTOG00000019822) MDH1B (ENSSTOG00000003194) FASTKD2 (ENSSTOG00000022821) CPO (ENSSTOG00000013351) KLF7 (ENSSTOG00000011069) CREB1 (ENSSTOG00000016482) METTL21A (ENSSTOG00000016483) ENSSTOG00000021511 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 141 CYP20A1 (ENSUPAG00010007092) ABI2 (ENSUPAG00010007107) RAPH1 (ENSUPAG00010007232) ENSUPAG00010007347 CD28 (ENSUPAG00010007360) CTLA4 (ENSUPAG00010007371) ICOS (ENSUPAG00010007386) PARD3B (ENSUPAG00010007426) ##22 NRP2 (ENSUPAG00010007567) INO80D (ENSUPAG00010007624) NDUFS1 (ENSUPAG00010007661) EEF1B2 (ENSUPAG00010007678) CMKLR2 (ENSUPAG00010007707) ZDBF2 (ENSUPAG00010007725) ADAM23 (ENSUPAG00010007731) FAM237A (ENSUPAG00010007856) DYTN (ENSUPAG00010007862) MDH1B (ENSUPAG00010007886) FASTKD2 (ENSUPAG00010007916) CPO (ENSUPAG00010007941) KLF7 (ENSUPAG00010007967) CREB1 (ENSUPAG00010007984) METTL21A (ENSUPAG00010008009) Alpin marmot MODERN SPECIES 8 ENSMMMG00000012991 BMPR2 (ENSMMMG00000012999) ENSMMMG00000013017 ENSMMMG00000013051 ENSMMMG00000013060 ICA1L (ENSMMMG00000013064) WDR12 (ENSMMMG00000013110) ##30 CARF (ENSMMMG00000013161) NBEAL1 (ENSMMMG00000013229) CYP20A1 (ENSMMMG00000013312) ABI2 (ENSMMMG00000013329) 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ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 ENSGT00940000154453.b.b ##19 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 67 ENSGT00940000158239.b ENSGT00860000133854 ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A.t.a ENSGT00940000156449 ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 ENSGT00940000154453.b.b ##19 ENSGT00940000162639 ENSGT00940000159743 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES 52 ENSGT00940000158239.b ENSGT00860000133854 ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A.t.a ENSGT00940000156449 ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00940000158781 ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 ENSGT00940000154453.b.b ##19 ENSGT00940000162639 ENSGT00940000159743 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 164 BMPR2 (ENSCLAG00000006272) ICA1L (ENSCLAG00000005015) WDR12 (ENSCLAG00000004491) ##30 CARF (ENSCLAG00000007915) ENSCLAG00000007700 ENSCLAG00000006700 NBEAL1 (ENSCLAG00000005102) CYP20A1 (ENSCLAG00000004163) ENSCLAG00000006025 ENSCLAG00000004760 ABI2 (ENSCLAG00000004021) ENSCLAG00000003175 CD28 (ENSCLAG00000004670) CTLA4 (ENSCLAG00000004042) ICOS (ENSCLAG00000003964) PARD3B (ENSCLAG00000010240) ##22 NRP2 (ENSCLAG00000009120) INO80D (ENSCLAG00000006191) NDUFS1 (ENSCLAG00000009634) EEF1B2 (ENSCLAG00000009181) CMKLR2 (ENSCLAG00000008973) ENSCLAG00000008490 ATXN3L (ENSCLAG00000005825) ADAM23 (ENSCLAG00000004674) DYTN (ENSCLAG00000003705) MDH1B (ENSCLAG00000003385) FASTKD2 (ENSCLAG00000007036) KLF7 (ENSCLAG00000006083) CREB1 (ENSCLAG00000005853) METTL21A (ENSCLAG00000005572) ENSCLAG00000005432 Degu MODERN SPECIES 57 ENSODEG00000010403 ENSODEG00000009897 ENSODEG00000011455 WDR12 (ENSODEG00000011602) ##30 CARF (ENSODEG00000011312) NBEAL1 (ENSODEG00000010440) CYP20A1 (ENSODEG00000010253) ENSODEG00000009779 ABI2 (ENSODEG00000009457) ENSODEG00000013477 CTLA4 (ENSODEG00000009327) ENSODEG00000010295 ICOS (ENSODEG00000011327) ENSODEG00000009131 ENSODEG00000010021 PARD3B (ENSODEG00000012523) ##22 ENSODEG00000010455 INO80D (ENSODEG00000009769) ENSODEG00000019630 ENSODEG00000008842 ENSODEG00000009030 ENSODEG00000008974 ENSODEG00000010229 ENSODEG00000019757 ADAM23 (ENSODEG00000011161) DYTN (ENSODEG00000009029) MDH1B (ENSODEG00000009494) FASTKD2 (ENSODEG00000009880) KLF7 (ENSODEG00000010345) ENSODEG00000009956 ENSODEG00000009302 Guinea pig MODERN SPECIES 13 FZD7 (ENSCPOG00000003276) SUMO1 (ENSCPOG00000039864) NOP58 (ENSCPOG00000030510) BMPR2 (ENSCPOG00000009586) ICA1L (ENSCPOG00000009349) WDR12 (ENSCPOG00000008824) ##30 CARF (ENSCPOG00000008827) NBEAL1 (ENSCPOG00000008009) CYP20A1 (ENSCPOG00000009758) ABI2 (ENSCPOG00000007562) RAPH1 (ENSCPOG00000020239) CD28 (ENSCPOG00000035938) CTLA4 (ENSCPOG00000019534) ICOS (ENSCPOG00000030931) ENSCPOG00000030358 PARD3B (ENSCPOG00000004380) ##22 NRP2 (ENSCPOG00000004390) ENSCPOG00000010964 NDUFS1 (ENSCPOG00000005555) EEF1B2 (ENSCPOG00000014496) ADAM23 (ENSCPOG00000005871) MDH1B (ENSCPOG00000005608) FASTKD2 (ENSCPOG00000005624) KLF7 (ENSCPOG00000009080) CREB1 (ENSCPOG00000010778) METTL21A (ENSCPOG00000034803) ENSCPOG00000035156 ##19 FZD5 (ENSCPOG00000038146) PLEKHM3 (ENSCPOG00000004119) CRYGC (ENSCPOG00000000186) ENSCPOG00000022025 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 17 WDR12 (ENSHGLG00000004891) ##30 ENSHGLG00000004722 ENSHGLG00000020889 CARF (ENSHGLG00000007326) ENSHGLG00000037622 NBEAL1 (ENSHGLG00000004471) CYP20A1 (ENSHGLG00000050312) ABI2 (ENSHGLG00000007481) ENSHGLG00000005031 CD28 (ENSHGLG00000037192) CTLA4 (ENSHGLG00000009115) ICOS (ENSHGLG00000008777) ENSHGLG00000043313 ENSHGLG00000016877 ENSHGLG00000048100 PARD3B (ENSHGLG00000004982) ##22 NRP2 (ENSHGLG00000010562) ENSHGLG00000049876 INO80D (ENSHGLG00000018537) NDUFS1 (ENSHGLG00000015179) EEF1B2 (ENSHGLG00000015147) ENSHGLG00000045433 CMKLR2 (ENSHGLG00000046982) ENSHGLG00000044712 ADAM23 (ENSHGLG00000006393) FAM237A (ENSHGLG00000030355) ENSHGLG00000005368 MDH1B (ENSHGLG00000004936) FASTKD2 (ENSHGLG00000004761) ENSHGLG00000045814 KLF7 (ENSHGLG00000044157) Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041.ob ENSGT00940000155041.nb ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 ENSGT00940000154453.b.a.a ##19 Rabbit MODERN SPECIES 18 BMPR2 (ENSOCUG00000001971) ENSOCUG00000006347 ENSOCUG00000030693 ENSOCUG00000010497 WDR12 (ENSOCUG00000002961) ##30 CARF (ENSOCUG00000005335) ENSOCUG00000027134 NBEAL1 (ENSOCUG00000008716) CYP20A1 (ENSOCUG00000008054) ENSOCUG00000008062 ENSOCUG00000016722 CD28 (ENSOCUG00000016134) ENSOCUG00000030918 CTLA4 (ENSOCUG00000017274) ICOS (ENSOCUG00000001858) PARD3B (ENSOCUG00000007959) ##22 NRP2 (ENSOCUG00000007978) INO80D (ENSOCUG00000014786) ENSOCUG00000009848 NDUFS1 (ENSOCUG00000012368) CMKLR2 (ENSOCUG00000012384) ENSOCUG00000024602 ENSOCUG00000009421 ADAM23 (ENSOCUG00000010659) DYTN (ENSOCUG00000021490) MDH1B (ENSOCUG00000010506) ENSOCUG00000010515 CPO (ENSOCUG00000009806) KLF7 (ENSOCUG00000009813) ENSOCUG00000027419 CREB1 (ENSOCUG00000005427) Pika MODERN SPECIES 3694 PARD3B (ENSOPRG00000010812) ##22 ENSOPRG00000010848 NRP2 (ENSOPRG00000010856) Tree shrew MODERN SPECIES 653 PARD3B (ENSTBEG00000002494) ##22 ENSTBEG00000004230 NRP2 (ENSTBEG00000004603) Primates ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000154319.u.b ENSGT00940000153534.A ENSGT01090000263468 ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00860000133854 ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00860000133854 ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000154319.v ENSGT00940000153534.A ENSGT00390000001413.b ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.h ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 847 PARD3B (ENSPCOG00000018611) ##22 NRP2 (ENSPCOG00000020112) INO80D (ENSPCOG00000024934) ENSPCOG00000018961 EEF1B2 (ENSPCOG00000016289) ENSPCOG00000013632 ZDBF2 (ENSPCOG00000019226) ADAM23 (ENSPCOG00000023473) FAM237A (ENSPCOG00000018015) DYTN (ENSPCOG00000020018) MDH1B (ENSPCOG00000017083) FASTKD2 (ENSPCOG00000028714) CPO (ENSPCOG00000028646) KLF7 (ENSPCOG00000018231) CREB1 (ENSPCOG00000021255) METTL21A (ENSPCOG00000018442) Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 388 CD28 (ENSPSMG00000022341) ENSPSMG00000022328 CTLA4 (ENSPSMG00000022319) ICOS (ENSPSMG00000022309) PARD3B (ENSPSMG00000022181) ##22 NRP2 (ENSPSMG00000021719) INO80D (ENSPSMG00000021497) NDUFS1 (ENSPSMG00000021383) EEF1B2 (ENSPSMG00000021215) CMKLR2 (ENSPSMG00000021198) Mouse lemur MODERN SPECIES 30 ENSMICG00000031997 FAM117B (ENSMICG00000042296) SLC16A14 (ENSMICG00000010609) FBXO36 (ENSMICG00000034045) ICA1L (ENSMICG00000002701) ENSMICG00000044580 ##30 CARF (ENSMICG00000011943) ENSMICG00000026752 NBEAL1 (ENSMICG00000003736) CYP20A1 (ENSMICG00000010806) ABI2 (ENSMICG00000048062) RAPH1 (ENSMICG00000001085) CD28 (ENSMICG00000044645) CTLA4 (ENSMICG00000032206) ICOS (ENSMICG00000037046) PARD3B (ENSMICG00000009358) ##22 NRP2 (ENSMICG00000009376) ENSMICG00000044290 INO80D (ENSMICG00000010590) NDUFS1 (ENSMICG00000010601) EEF1B2 (ENSMICG00000047922) ZDBF2 (ENSMICG00000044925) ADAM23 (ENSMICG00000009477) FAM237A (ENSMICG00000044768) DYTN (ENSMICG00000027944) MDH1B (ENSMICG00000009487) FASTKD2 (ENSMICG00000026515) CPO (ENSMICG00000015370) KLF7 (ENSMICG00000037405) CREB1 (ENSMICG00000009731) METTL21A (ENSMICG00000009739) Bushbaby MODERN SPECIES 128 ENSOGAG00000008508 ENSOGAG00000030345 NOP58 (ENSOGAG00000003906) BMPR2 (ENSOGAG00000007765) FAM117B (ENSOGAG00000001497) ICA1L (ENSOGAG00000001500) WDR12 (ENSOGAG00000006573) ##30 CARF (ENSOGAG00000032187) NBEAL1 (ENSOGAG00000015089) CYP20A1 (ENSOGAG00000015164) ENSOGAG00000033059 ABI2 (ENSOGAG00000011602) RAPH1 (ENSOGAG00000015099) CD28 (ENSOGAG00000012567) CTLA4 (ENSOGAG00000002578) PARD3B (ENSOGAG00000007396) ##22 NRP2 (ENSOGAG00000007405) INO80D (ENSOGAG00000005756) NDUFS1 (ENSOGAG00000011226) EEF1B2 (ENSOGAG00000011229) CMKLR2 (ENSOGAG00000011232) ENSOGAG00000031172 ZDBF2 (ENSOGAG00000016996) ENSOGAG00000031644 ADAM23 (ENSOGAG00000016997) DYTN (ENSOGAG00000027434) MDH1B (ENSOGAG00000017006) FASTKD2 (ENSOGAG00000017008) CPO (ENSOGAG00000017012) KLF7 (ENSOGAG00000017014) CREB1 (ENSOGAG00000007121) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000154319.u.b ENSGT00940000153534.A ENSGT01090000263468 ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.g.a ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235 ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Tarsier MODERN SPECIES 5866 PARD3B (ENSTSYG00000000288) ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000154319.u.b ENSGT00940000153534.A ENSGT00390000008128.c.a.a ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.g.a ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235.g.b ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000008128.c.a.a ENSGT00940000156449 ENSGT00390000010308.cb.b ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00390000000685.o.b.a ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00390000001455.`b.a ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.g.b.b.b ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235.g.a ENSGT00940000155408 Cebidae ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000008128.c.a.a ENSGT00940000156449 ENSGT00390000010308.cb.b ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00390000000685.o.b.a ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00390000001455.`b.a ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.g.b.b.b.a ENSGT00940000160642 ENSGT00950000183014.f.a.g.b.b.b.b ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235.g.a Marmoset MODERN SPECIES 18 ENSCJAG00000047154 NOP58 (ENSCJAG00000004985) BMPR2 (ENSCJAG00000005066) FAM117B (ENSCJAG00000047724) ICA1L (ENSCJAG00000005162) WDR12 (ENSCJAG00000005171) ##30 CARF (ENSCJAG00000005224) NBEAL1 (ENSCJAG00000031696) ENSCJAG00000081284 CYP20A1 (ENSCJAG00000039360) ABI2 (ENSCJAG00000005399) RAPH1 (ENSCJAG00000005339) CD28 (ENSCJAG00000042321) CTLA4 (ENSCJAG00000005495) ICOS (ENSCJAG00000005516) PARD3B (ENSCJAG00000005521) ##22 ENSCJAG00000076910 NRP2 (ENSCJAG00000005577) ENSCJAG00000045767 INO80D (ENSCJAG00000005682) NDUFS1 (ENSCJAG00000005725) ENSCJAG00000005805 CMKLR2 (ENSCJAG00000077852) ENSCJAG00000079037 ENSCJAG00000085853 ZDBF2 (ENSCJAG00000005812) ADAM23 (ENSCJAG00000005821) DYTN (ENSCJAG00000005926) MDH1B (ENSCJAG00000005953) FASTKD2 (ENSCJAG00000005971) ENSCJAG00000073541 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00390000008128.c.a.a ENSGT00940000156449 ENSGT00390000010308.cb.b ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00390000000685.o.b.a ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 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ENSGT00940000155235.g.b ENSGT00940000155408 Vervet Monkey MODERN SPECIES 1 ENSCSAG00000010504 NOP58 (ENSCSAG00000010496) BMPR2 (ENSCSAG00000010485) FAM117B (ENSCSAG00000010474) ICA1L (ENSCSAG00000010466) ENSCSAG00000010442 ##30 CARF (ENSCSAG00000010380) NBEAL1 (ENSCSAG00000010364) CYP20A1 (ENSCSAG00000010341) ABI2 (ENSCSAG00000010327) RAPH1 (ENSCSAG00000010318) CD28 (ENSCSAG00000010308) ENSCSAG00000010293 CTLA4 (ENSCSAG00000010288) ICOS (ENSCSAG00000010281) PARD3B (ENSCSAG00000010270) ##22 NRP2 (ENSCSAG00000010258) INO80D (ENSCSAG00000010251) NDUFS1 (ENSCSAG00000010247) ENSCSAG00000010238 CMKLR2 (ENSCSAG00000018769) ZDBF2 (ENSCSAG00000010233) ENSCSAG00000010220 ADAM23 (ENSCSAG00000010198) DYTN (ENSCSAG00000010181) MDH1B (ENSCSAG00000010163) FASTKD2 (ENSCSAG00000010158) CPO (ENSCSAG00000010143) KLF7 (ENSCSAG00000010117) CREB1 (ENSCSAG00000010111) METTL21A (ENSCSAG00000010107) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000154319.u.b.a.b ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 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ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00910000148124 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.g.a.a ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00950000182810.A.a.a.lb.d ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235.g.b Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000000685.o.a ENSGT00940000154319.u.b.a.b ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b.m.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00910000148124 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.g.a.a ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00950000182810.A.a.a.lb.d ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235.g.b Sooty mangabey MODERN SPECIES 570 NOP58 (ENSCATG00000037684) BMPR2 (ENSCATG00000033192) ENSCATG00000033526 FAM117B (ENSCATG00000033570) ICA1L (ENSCATG00000036911) ENSCATG00000035496 ##30 CARF (ENSCATG00000035061) NBEAL1 (ENSCATG00000036478) CYP20A1 (ENSCATG00000034415) ABI2 (ENSCATG00000038300) RAPH1 (ENSCATG00000044686) ENSCATG00000043923 CD28 (ENSCATG00000043017) CTLA4 (ENSCATG00000036235) ICOS (ENSCATG00000043591) PARD3B (ENSCATG00000022284) ##22 NRP2 (ENSCATG00000032051) INO80D (ENSCATG00000044654) NDUFS1 (ENSCATG00000037259) ENSCATG00000037736 ZDBF2 (ENSCATG00000037091) ENSCATG00000037624 ADAM23 (ENSCATG00000043626) FAM237A (ENSCATG00000036777) DYTN (ENSCATG00000035275) MDH1B (ENSCATG00000035467) FASTKD2 (ENSCATG00000038647) CPO (ENSCATG00000043384) KLF7 (ENSCATG00000041615) CREB1 (ENSCATG00000037133) METTL21A (ENSCATG00000041598) Drill MODERN SPECIES 1089 NBEAL1 (ENSMLEG00000032708) CYP20A1 (ENSMLEG00000034377) ABI2 (ENSMLEG00000040577) RAPH1 (ENSMLEG00000033969) ENSMLEG00000004995 CD28 (ENSMLEG00000037603) CTLA4 (ENSMLEG00000037639) ICOS (ENSMLEG00000007807) PARD3B (ENSMLEG00000031270) ##22 ENSMLEG00000040986 NRP2 (ENSMLEG00000035732) INO80D (ENSMLEG00000039669) Olive baboon MODERN SPECIES 1 NOP58 (ENSPANG00000005211) BMPR2 (ENSPANG00000006512) ENSPANG00000042529 FAM117B (ENSPANG00000009087) ICA1L (ENSPANG00000017467) ENSPANG00000008983 ##30 ENSPANG00000008982 NBEAL1 (ENSPANG00000000692) CYP20A1 (ENSPANG00000002439) ABI2 (ENSPANG00000023238) RAPH1 (ENSPANG00000018186) CD28 (ENSPANG00000011488) CTLA4 (ENSPANG00000007100) ICOS (ENSPANG00000010251) ENSPANG00000042490 PARD3B (ENSPANG00000017315) ##22 NRP2 (ENSPANG00000011487) INO80D (ENSPANG00000005753) NDUFS1 (ENSPANG00000019101) ENSPANG00000011248 CMKLR2 (ENSPANG00000007301) ZDBF2 (ENSPANG00000023236) ENSPANG00000032033 ADAM23 (ENSPANG00000025872) FAM237A (ENSPANG00000032174) DYTN (ENSPANG00000011028) MDH1B (ENSPANG00000022792) ENSPANG00000043039 FASTKD2 (ENSPANG00000012835) CPO (ENSPANG00000005004) KLF7 (ENSPANG00000005240) Macaca ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000154319.u.b.a.b ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b.m.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552.b ENSGT00530000063873.A ENSGT00940000153052.c.b.a.a.a.a.a.a.a.a.b ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00910000148124 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.g.a.a ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00950000182810.A.a.a.lb.d ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235.g.b Macaca_a ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00390000000685.o.a ENSGT00940000154319.u.b.a.b ENSGT00940000153534.A ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b.m.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552.b ENSGT00530000063873.A ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.g.a.a ENSGT00940000160642 ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235.g.b ENSGT00940000155408 ENSGT00940000157249 Rhesus MODERN SPECIES 3 ENSMMUG00000061021 BMPR2 (ENSMMUG00000009009) FAM117B (ENSMMUG00000021152) ICA1L (ENSMMUG00000017364) ENSMMUG00000059397 WDR12 (ENSMMUG00000043068) ##30 CARF (ENSMMUG00000006418) NBEAL1 (ENSMMUG00000006420) CYP20A1 (ENSMMUG00000005971) ABI2 (ENSMMUG00000000312) RAPH1 (ENSMMUG00000000314) CD28 (ENSMMUG00000057214) CTLA4 (ENSMMUG00000015903) ICOS (ENSMMUG00000002648) ENSMMUG00000052080 PARD3B (ENSMMUG00000014814) ##22 ENSMMUG00000055410 NRP2 (ENSMMUG00000020052) INO80D (ENSMMUG00000001053) ENSMMUG00000054550 NDUFS1 (ENSMMUG00000016788) EEF1B2 (ENSMMUG00000001054) CMKLR2 (ENSMMUG00000008334) ZDBF2 (ENSMMUG00000031276) ADAM23 (ENSMMUG00000011641) FAM237A (ENSMMUG00000052987) DYTN (ENSMMUG00000048288) MDH1B (ENSMMUG00000017734) FASTKD2 (ENSMMUG00000017735) CPO (ENSMMUG00000063052) ENSMMUG00000051957 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 3 ICA1L (ENSMFAG00000046002) ENSMFAG00000055750 ENSMFAG00000048371 ENSMFAG00000044326 ##30 CARF (ENSMFAG00000042636) NBEAL1 (ENSMFAG00000032529) ENSMFAG00000065796 CYP20A1 (ENSMFAG00000036924) ENSMFAG00000048556 ABI2 (ENSMFAG00000031286) ENSMFAG00000003148 ENSMFAG00000062324 CD28 (ENSMFAG00000003864) CTLA4 (ENSMFAG00000004047) ICOS (ENSMFAG00000053159) PARD3B (ENSMFAG00000043904) ##22 NRP2 (ENSMFAG00000038385) ENSMFAG00000053377 INO80D (ENSMFAG00000001629) NDUFS1 (ENSMFAG00000039201) ENSMFAG00000038364 CMKLR2 (ENSMFAG00000013528) ZDBF2 (ENSMFAG00000044616) ADAM23 (ENSMFAG00000030094) FAM237A (ENSMFAG00000031105) DYTN (ENSMFAG00000044098) MDH1B (ENSMFAG00000035811) ENSMFAG00000049460 FASTKD2 (ENSMFAG00000033471) CPO (ENSMFAG00000062349) KLF7 (ENSMFAG00000039083) Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 409 NOP58 (ENSMNEG00000012760) BMPR2 (ENSMNEG00000032368) FAM117B (ENSMNEG00000033073) ICA1L (ENSMNEG00000039428) ENSMNEG00000027411 ##30 CARF (ENSMNEG00000033105) NBEAL1 (ENSMNEG00000044041) CYP20A1 (ENSMNEG00000045164) ABI2 (ENSMNEG00000028519) RAPH1 (ENSMNEG00000030823) ENSMNEG00000036304 CD28 (ENSMNEG00000033642) ENSMNEG00000030427 CTLA4 (ENSMNEG00000043834) ICOS (ENSMNEG00000029598) PARD3B (ENSMNEG00000040103) ##22 ENSMNEG00000031020 NRP2 (ENSMNEG00000039082) INO80D (ENSMNEG00000032459) NDUFS1 (ENSMNEG00000032822) ENSMNEG00000030060 ZDBF2 (ENSMNEG00000031863) ENSMNEG00000028225 ADAM23 (ENSMNEG00000027959) FAM237A (ENSMNEG00000032870) DYTN (ENSMNEG00000038040) MDH1B (ENSMNEG00000043559) FASTKD2 (ENSMNEG00000043091) CPO (ENSMNEG00000008835) KLF7 (ENSMNEG00000027996) CREB1 (ENSMNEG00000030274) Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 73 ENSGT00940000153534.A ENSGT00390000008128.c.a.a ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b.m.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00940000153052.c.b.a.a.a.a.a.a.a.a ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.g.a.a ENSGT00940000160642 ENSGT00390000015060.n ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b.c ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235.g.b ENSGT00940000155408 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2758 CARF (ENSRROG00000045180) NBEAL1 (ENSRROG00000015491) CYP20A1 (ENSRROG00000040044) ABI2 (ENSRROG00000040959) RAPH1 (ENSRROG00000010278) ENSRROG00000006311 ENSRROG00000034411 CD28 (ENSRROG00000043826) ENSRROG00000034095 CTLA4 (ENSRROG00000028565) ICOS (ENSRROG00000038288) PARD3B (ENSRROG00000013717) ##22 NRP2 (ENSRROG00000040911) INO80D (ENSRROG00000003571) NDUFS1 (ENSRROG00000033953) ENSRROG00000041925 CMKLR2 (ENSRROG00000015659) ENSRROG00000038360 ZDBF2 (ENSRROG00000032109) ADAM23 (ENSRROG00000036437) Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 1164 PARD3B (ENSRBIG00000039853) ##22 NRP2 (ENSRBIG00000035417) INO80D (ENSRBIG00000044868) NDUFS1 (ENSRBIG00000020611) ENSRBIG00000040112 ENSRBIG00000031452 ZDBF2 (ENSRBIG00000033928) ADAM23 (ENSRBIG00000032092) FAM237A (ENSRBIG00000033114) DYTN (ENSRBIG00000028505) ENSRBIG00000025761 FASTKD2 (ENSRBIG00000039778) CPO (ENSRBIG00000037719) KLF7 (ENSRBIG00000040855) Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000153534.A ENSGT00390000008128.c.a.a ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b.m.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00940000153052.c.b.a.a.a.a.a.a.a.d ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00910000148124 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.g.b.a.b ENSGT00940000160642 ENSGT00390000015060.n ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235.g.b Hominidae ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000153534.A ENSGT00390000008128.c.a.a ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b.m.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A 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ENSGT00940000160642 ENSGT00390000015060.n ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235.g.b Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000156449 ENSGT00950000183046.a.a ENSGT00610000087446 ENSGT00390000015889.j ENSGT00390000005530.a.a ENSGT00930000150950.b.m.b ##30 ENSGT00390000013916 ENSGT00940000155041 ENSGT00500000044939 ENSGT00940000156089 ENSGT00940000156552 ENSGT00530000063873.A ENSGT00940000153052.c.b.a.a.a.a.a.a.a.d ENSGT00530000063873.B ENSGT00390000000801 ENSGT00950000183214.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000155270 ENSGT00910000148124 ENSGT00940000157974 ENSGT00940000153514.b ENSGT00950000183014.f.a.g.b.a.b.a.a ENSGT00940000160642 ENSGT00390000015060.n ENSGT00440000037606.b ENSGT00940000158781 ENSGT00390000015769.B ENSGT00940000162403 ENSGT00530000063410.b ENSGT01030000234607.A.b ENSGT00940000161508 ENSGT00940000155235.g.b Pan ANCESTRAL SPECIES 12 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(ENSKMAG00000021827) #24 itgb1b (ENSKMAG00000021836) #34 ENSKMAG00000021843 ENSKMAG00000021855 ENSKMAG00000021859 ENSKMAG00000021869 Turquoise killifish MODERN SPECIES 1618 ENSNFUG00015010612 ENSNFUG00015010619 LACTB2 (ENSNFUG00015010622) NCOA2 (ENSNFUG00015010633) ENSNFUG00015010668 PFKPB (ENSNFUG00015010739) PITRM1 (ENSNFUG00015012182) KLF6 (ENSNFUG00015012336) ENSNFUG00015012344 ENSNFUG00015012350 FZD8 (ENSNFUG00015012362) #17 CCNY (ENSNFUG00015012367) #19 ENSNFUG00015012376 ENSNFUG00015012415 ENSNFUG00015012417 PARD3 (ENSNFUG00015012507) ##22 ENSNFUG00015013081 ENSNFUG00015013082 ENSNFUG00015013086 ENSNFUG00015013088 NRP1 (ENSNFUG00015013092) #24 ENSNFUG00015013106 ITGB1 (ENSNFUG00015013225) #34 ENSNFUG00015018302 ENSNFUG00015018312 ARSI (ENSNFUG00015018949) ENSNFUG00015018953 ARHGAP12A (ENSNFUG00015018978) KIF5B (ENSNFUG00015019705) ENSNFUG00015020189 ENSNFUG00015020197 Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000156942 #25 ENSGT01090000260059.a.b.b.a.a.a.a.a.a.b.a.g.a.b.a.b 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ENSGT00940000163239 ENSGT00940000160228.i.b.e ENSGT00950000183208.B.f.b ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a.a.a ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a.b.a.b.b.a ENSGT00940000154653 NAME_6 ANCESTRAL SPECIES 693 ENSGT01090000260059.a.b.b.a.a.a.a.a.a.b.a.g.a.b.b.a ENSGT00950000183214.a.a.a.a ##22 Amazon molly MODERN SPECIES 764 ENSPFOG00000000037 ENSPFOG00000000041 pard3ab (ENSPFOG00000000055) ##22 Sailfin molly MODERN SPECIES 1034 pard3ab (ENSPLAG00000009407) ##22 ENSPLAG00000009313 Guppy MODERN SPECIES 447 ENSPREG00000017875 ENSPREG00000017889 ENSPREG00000017898 rnf126 (ENSPREG00000017938) SUGP1 (ENSPREG00000017966) stk11 (ENSPREG00000018001) ENSPREG00000018014 cirbpa (ENSPREG00000018042) NDUFA13 (ENSPREG00000018070) ENSPREG00000018100 ARMC6 (ENSPREG00000018119) SLC25A42 (ENSPREG00000018140) ENSPREG00000018172 ENSPREG00000018174 ENSPREG00000018193 pard3ab (ENSPREG00000018390) ##22 NRP1 (ENSPREG00000018822) #24 ENSPREG00000019053 itgb1b (ENSPREG00000019071) #34 ENSPREG00000019158 ENSPREG00000019199 ENSPREG00000019237 arhgap12a (ENSPREG00000019282) KIF5B (ENSPREG00000019436) ENSPREG00000019500 pold3 (ENSPREG00000019517) ENSPREG00000019541 ENSPREG00000019577 ZEB1 (ENSPREG00000019623) ENSPREG00000019637 ENSPREG00000019658 Platyfish MODERN SPECIES 20 VIPR2 (ENSXMAG00000006533) ESYT2 (ENSXMAG00000003829) ENSXMAG00000003817 ENSXMAG00000006490 LACTB2 (ENSXMAG00000025965) NCOA2 (ENSXMAG00000006493) PFKP (ENSXMAG00000006421) pitrm1 (ENSXMAG00000006389) ENSXMAG00000027584 KLF6 (ENSXMAG00000006384) FZD8 (ENSXMAG00000020343) #17 CCNY (ENSXMAG00000023910) #19 ENSXMAG00000025045 CREM (ENSXMAG00000006361) #20 ENSXMAG00000026626 pard3ab (ENSXMAG00000006330) ##22 ENSXMAG00000022251 ENSXMAG00000024221 NRP1 (ENSXMAG00000006296) #24 itgb1b (ENSXMAG00000006244) #34 ENSXMAG00000006236 ENSXMAG00000006218 ENSXMAG00000006140 ENSXMAG00000021659 arhgap12a (ENSXMAG00000006112) ENSXMAG00000024587 KIF5B (ENSXMAG00000006055) pold3 (ENSXMAG00000006046) ENSXMAG00000006010 ZEB1 (ENSXMAG00000027880) ENSXMAG00000014986 NAME_4 ANCESTRAL SPECIES 299 ENSGT00940000155002.b.e.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085.b.b ENSGT00940000161191.A.a.b #17 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.b #19 ENSGT00940000155408.p ENSGT00950000183214.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157169.d #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.a #34 ENSGT00940000155003.e.b ENSGT00940000166125 ENSGT00940000177342.b Mummichog MODERN SPECIES 2263 PFKP (ENSFHEG00000000328) pitrm1 (ENSFHEG00000013860) KLF6 (ENSFHEG00000013893) FZD8 (ENSFHEG00000013901) #17 CCNY (ENSFHEG00000013944) #19 ENSFHEG00000000333 ENSFHEG00000013974 pard3ab (ENSFHEG00000014258) ##22 NRP1 (ENSFHEG00000014299) #24 itgb1b.2 (ENSFHEG00000014330) #34 ENSFHEG00000014339 ENSFHEG00000014413 ENSFHEG00000014423 ENSFHEG00000014469 pold3 (ENSFHEG00000014582) ENSFHEG00000014611 KIF5B (ENSFHEG00000014692) arhgap12a (ENSFHEG00000014728) ENSFHEG00000014752 Sheepshead minnow MODERN SPECIES 327 PFKP (ENSCVAG00000006845) pitrm1 (ENSCVAG00000006696) KLF6 (ENSCVAG00000006619) ENSCVAG00000006602 FZD8 (ENSCVAG00000006593) #17 CCNY (ENSCVAG00000006583) #19 ENSCVAG00000000186 pard3ab (ENSCVAG00000006540) ##22 Oryzias ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT01090000259997.a.d.a.a.b ENSGT00950000182997.a.a #26 ENSGT00940000156942 #25 ENSGT01090000260059.a.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a.a ENSGT01090000259997.a.e ENSGT00940000158089.a ENSGT00940000156086.c ENSGT00390000001710 ENSGT00950000183021.a.a.a.b ENSGT00940000155002.b.e.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085.b.b ENSGT00940000161191.A.a.b #17 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.b #19 ENSGT00940000155408.p ENSGT00950000183214.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157169.d #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.a #34 ENSGT00940000155003.e.b ENSGT00940000166125 ENSGT00730000114275 ENSGT00940000160228.i.b.f ENSGT00950000182860.a.a.b.a.a ENSGT00940000154801.o.a ENSGT01030000234815 ENSGT00940000163239 ENSGT00940000160228.i.b.e ENSGT00950000183208.B.f.b ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a.a ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a ENSGT00940000166891.b Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00940000157755.q #27 ENSGT00950000182997.a.a #26 ENSGT00940000156942 #25 ENSGT01090000260059.a.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a.a ENSGT01090000259997.a.e ENSGT00940000158089.a ENSGT00940000156086.c ENSGT00390000001710 ENSGT00950000183021.a.a.a.b ENSGT00940000155002.b.e.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085.b.b ENSGT00940000161191.A.a.b #17 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.b #19 ENSGT00940000155408.p ENSGT00950000183214.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157169.d #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.a #34 ENSGT00940000155003.e.b ENSGT00940000166125 ENSGT00730000114275 ENSGT00940000160228.i.b.f ENSGT00950000182860.a.a.b.a.a ENSGT01030000234815 ENSGT00940000154801.o.a ENSGT00940000163239 ENSGT00940000160228.i.b.e ENSGT00950000183208.B.f.b ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a.a ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a.b.a.b.b ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a Javanese ricefish MODERN SPECIES 8 ENSOJAG00000011176 ENSOJAG00000011152 VIPR2 (ENSOJAG00000010780) ESYT2 (ENSOJAG00000009854) ENSOJAG00000009791 LACTB2 (ENSOJAG00000009777) NCOA2 (ENSOJAG00000009741) PFKP (ENSOJAG00000002934) pitrm1 (ENSOJAG00000001981) ENSOJAG00000001961 ENSOJAG00000001945 KLF6 (ENSOJAG00000016567) FZD8 (ENSOJAG00000016550) #17 CCNY (ENSOJAG00000016501) #19 ENSOJAG00000016484 pard3ab (ENSOJAG00000015903) ##22 NRP1 (ENSOJAG00000015813) #24 itgb1b.1 (ENSOJAG00000015398) #34 ENSOJAG00000015054 ENSOJAG00000014877 ENSOJAG00000014862 ENSOJAG00000014319 arhgap12b (ENSOJAG00000013837) ENSOJAG00000013792 KIF5B (ENSOJAG00000013377) pold3 (ENSOJAG00000013326) ENSOJAG00000013303 ENSOJAG00000011540 ZEB1 (ENSOJAG00000011448) ENSOJAG00000011433 ENSOJAG00000011408 Indian medaka MODERN SPECIES 1 fgf24 (ENSOMEG00000003428) npm1b (ENSOMEG00000003414) tlx2 (ENSOMEG00000003383) adad1 (ENSOMEG00000003366) ENSOMEG00000003343 ENSOMEG00000003325 ENSOMEG00000003304 BBS12 (ENSOMEG00000003286) fgf2 (ENSOMEG00000003279) nudt6 (ENSOMEG00000003261) SPATA5 (ENSOMEG00000003235) ENSOMEG00000003221 FZD8 (ENSOMEG00000003212) #17 CCNY (ENSOMEG00000003191) #19 ENSOMEG00000003150 pard3ab (ENSOMEG00000003071) ##22 ENSOMEG00000002929 NRP1 (ENSOMEG00000002919) #24 itgb1b.1 (ENSOMEG00000002896) #34 ENSOMEG00000002868 ENSOMEG00000002843 ENSOMEG00000002827 ENSOMEG00000000057 arhgap12b (ENSOMEG00000002715) KIF5B (ENSOMEG00000002671) ENSOMEG00000002612 pold3 (ENSOMEG00000002600) ENSOMEG00000002577 TMEM240 (ENSOMEG00000000046) SDHB (ENSOMEG00000002556) atp13a2 (ENSOMEG00000002535) Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000161191.A.a.b #17 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.b #19 ENSGT00940000155408.p ENSGT00950000183214.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157169.d #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.a #34 ENSGT00940000155003.e.b ENSGT00940000166125 ENSGT00940000160228.i.b.f ENSGT00950000182860.a.a.b.a.a ENSGT00940000154801.o.a ENSGT01030000234815 ENSGT00940000163239 ENSGT00940000160228.i.b.e ENSGT00950000183208.B.f.b ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.a ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b ENSGT00940000166891.b ENSGT01080000257365.b.a.b.b Japanese Medaka HdrR MODERN SPECIES 8 ENSORLG00000030154 ENSORLG00000028148 ENSORLG00000002147 #17 CCNY (ENSORLG00000006808) #19 ENSORLG00000029136 ENSORLG00000021867 ENSORLG00000002141 ENSORLG00000023604 pard3ab (ENSORLG00000002125) ##22 ENSORLG00000025359 NRP1 (ENSORLG00000002005) #24 itgb1b.1 (ENSORLG00000001977) #34 ENSORLG00000001949 ENSORLG00000001918 ENSORLG00000001888 ENSORLG00000023277 ENSORLG00000002199 KIF5B (ENSORLG00000002296) ENSORLG00000022163 pold3 (ENSORLG00000002322) ENSORLG00000002332 ENSORLG00000002335 ENSORLG00000018908 ENSORLG00000023160 Chinese medaka MODERN SPECIES 241 pard3ab (ENSOSIG00000019119) ##22 Ovalentaria_B ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00950000182997.a.a #26 ENSGT00940000156942 #25 ENSGT00940000158089.a ENSGT00940000156086.c ENSGT00940000154095.b.a.a.a ENSGT00390000001710 ENSGT00950000183021.a.a.a.b ENSGT00940000155002.b.e.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085.b.b ENSGT00940000161191.A.a.b #17 ENSGT01090000260098.B.a #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.b #19 ENSGT00940000156952.a.b #20 ENSGT00940000155408.p ENSGT00950000183214.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157169.d #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.a #34 ENSGT00940000155003.e.b ENSGT00940000166125 ENSGT00730000114275 ENSGT00950000182860.a.a.b.a.a ENSGT00940000154801.o.a ENSGT01030000234815 ENSGT00940000165190.A.a.a ENSGT00940000163239 ENSGT00940000160228.i.b ENSGT00950000183208.B.f.b ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a.a ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a.b.a.a ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a.b.a.b Cichlidae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00950000182997.a.a #26 ENSGT00940000156942 #25 ENSGT00940000158089.a ENSGT00940000156086.c ENSGT00940000154095.b.a.a.a ENSGT00390000001710 ENSGT00950000183021.a.a.a.b ENSGT00940000155002.b.e.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085.b.b ENSGT00940000161191.A.a.b #17 ENSGT01090000260098.B.a #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.b #19 ENSGT00940000156952.a.b #20 ENSGT00940000155408.p ENSGT00950000183214.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157169.d #24 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ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a.a ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a.b.a.a Haplochromini ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000157755.q #27 ENSGT00950000182997.a.a #26 ENSGT00940000156942 #25 ENSGT00940000158089.a ENSGT00940000156086.c ENSGT00940000154095.b.a.a.a ENSGT00390000001710 ENSGT00950000183021.a.a.a.b ENSGT00940000155002.b.e.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085.b.b ENSGT00940000161191.A.a.b #17 ENSGT01090000260098.B.a #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.b #19 ENSGT00940000155408.p ENSGT00950000183214.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157169.d #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.a #34 ENSGT00940000155003.e.b ENSGT00940000166125 ENSGT00730000114275 ENSGT00940000160228.i.b.b ENSGT00950000182860.a.a.b.a.a ENSGT00940000154801.o.a ENSGT01030000234815 ENSGT00940000165190.A.a.a ENSGT00940000163239 ENSGT00940000160228.i.b.a ENSGT00950000183208.B.f.b ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a.a ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a.b.a.a Burton s mouthbrooder MODERN SPECIES 291 VIPR2 (ENSHBUG00000010359) ESYT2 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ENSONIG00000041437 VIPR2 (ENSONIG00000014886) ESYT2 (ENSONIG00000014903) ENSONIG00000014913 LACTB2 (ENSONIG00000014915) NCOA2 (ENSONIG00000014918) PFKP (ENSONIG00000014930) pitrm1 (ENSONIG00000014948) KLF6 (ENSONIG00000014953) FZD8 (ENSONIG00000034051) #17 GJD4 (ENSONIG00000027920) #18 CCNY (ENSONIG00000014965) #19 CREM (ENSONIG00000014968) #20 pard3ab (ENSONIG00000014955) ##22 ENSONIG00000032077 NRP1 (ENSONIG00000014970) #24 itgb1b (ENSONIG00000014982) #34 ENSONIG00000014994 ENSONIG00000037410 ENSONIG00000023143 ENSONIG00000032256 ENSONIG00000029009 ENSONIG00000015004 arhgap12b (ENSONIG00000015026) ENSONIG00000032055 KIF5B (ENSONIG00000015032) ENSONIG00000028923 ENSONIG00000029124 pold3 (ENSONIG00000015043) Midas cichlid MODERN SPECIES 270 FZD8 (ENSACIG00000019868) #17 CCNY (ENSACIG00000019872) #19 ENSACIG00000019891 pard3ab (ENSACIG00000000184) ##22 NRP1 (ENSACIG00000000290) #24 itgb1b (ENSACIG00000000337) #34 ENSACIG00000000380 ENSACIG00000000430 ENSACIG00000000471 ENSACIG00000000527 arhgap12b (ENSACIG00000001464) KIF5B (ENSACIG00000001516) ENSACIG00000001582 pold3 (ENSACIG00000001632) ENSACIG00000001727 ZEB1 (ENSACIG00000002318) ENSACIG00000002382 ENSACIG00000002394 Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES 46 ENSGT00940000156086.c ENSGT00940000154095.b.a.a.a ENSGT00390000001710 ENSGT00950000183021.a.a.a.b ENSGT00940000155002.b.e.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085.b.b ENSGT00940000161191.A.a.b #17 ENSGT01090000260098.B.a #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.b #19 ENSGT00940000156952.a.b #20 ENSGT00940000177290 ENSGT00950000183214.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157169.d #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.a #34 ENSGT00940000155003.e.b ENSGT00940000166125 ENSGT00730000114275 ENSGT00940000160228.i.b.d ENSGT00950000182860.a.a.b.a.a ENSGT00940000154801.o.a ENSGT01030000234815 ENSGT00940000163239 ENSGT00940000163895 ENSGT00940000160228.i.b.c ENSGT00950000183208.B.f.b ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a.b.a.a ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a.a Bicolor damselfish MODERN SPECIES 1861 pard3ab (ENSSPAG00000009577) ##22 Pomacentridae_A ANCESTRAL SPECIES 63 ENSGT00940000156086.c ENSGT00960000187965 ENSGT00940000154095.b.a.a.a ENSGT00390000001710 ENSGT00950000183021.a.a.a.b ENSGT00940000155002.b.e.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085.b.b ENSGT00940000161191.A.a.b #17 ENSGT01090000260098.B.a #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.b #19 ENSGT00940000156952.a.b #20 ENSGT00950000183214.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157169.d #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.a #34 ENSGT00940000155003.e.b ENSGT00940000166125 ENSGT00730000114275 ENSGT00940000160228.i.b.d ENSGT00950000182860.a.a.b.a.a ENSGT00940000154801.o.a ENSGT00940000163239 ENSGT00940000160228.i.b.c ENSGT00950000183208.B.f.b ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a.a.d ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a.b.a.a.c ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a.a.c ENSGT00940000177440 Amphiprion ANCESTRAL SPECIES 167 ENSGT00940000156086.c ENSGT00960000187965 ENSGT00940000154095.b.a.a.a ENSGT00390000001710 ENSGT00950000183021.a.a.a.b ENSGT00940000155002.b.e.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085.b.b ENSGT00940000159842.pc.a.a.b.a ENSGT00940000161191.A.a.b #17 ENSGT01090000260098.B.a #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.b #19 ENSGT00940000156952.a.b #20 ENSGT00950000183214.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157169.d #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.a #34 ENSGT00940000155003.e.b ENSGT00940000166125 ENSGT00730000114275 ENSGT00940000160228.i.b.d.a ENSGT00950000182860.a.a.b.a.a ENSGT00940000154801.o.a ENSGT00940000163239 ENSGT00940000160228.i.b.c ENSGT00940000160228.i.b.d.b ENSGT00950000183208.B.f.b ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a.a.d Orange clownfish MODERN SPECIES 1 KLF6 (ENSAPEG00000012438) ENSAPEG00000012471 FZD8 (ENSAPEG00000012484) #17 ENSAPEG00000012497 #18 CCNY (ENSAPEG00000012512) #19 CREM (ENSAPEG00000012543) #20 ENSAPEG00000012583 ENSAPEG00000012627 ENSAPEG00000012926 ENSAPEG00000013031 ENSAPEG00000013334 ENSAPEG00000013550 ENSAPEG00000014800 ENSAPEG00000014848 ENSAPEG00000014858 pard3ab (ENSAPEG00000014955) ##22 NRP1 (ENSAPEG00000015060) #24 itgb1b (ENSAPEG00000015078) #34 ENSAPEG00000015133 ENSAPEG00000015195 ENSAPEG00000015218 ENSAPEG00000015225 ENSAPEG00000015237 ENSAPEG00000015240 ENSAPEG00000015256 ENSAPEG00000015336 ENSAPEG00000016418 arhgap12b (ENSAPEG00000016501) KIF5B (ENSAPEG00000016669) pold3 (ENSAPEG00000016797) ENSAPEG00000016818 Clown anemonefish MODERN SPECIES 1391 pard3ab (ENSAOCG00000018411) ##22 Spiny chromis MODERN SPECIES 683 ENSAPOG00000004878 pard3ab (ENSAPOG00000004847) ##22 Percomorphaceae_C ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00950000182997.a.a #26 ENSGT00940000156942 #25 ENSGT00940000158089.a ENSGT00940000156086.c ENSGT00940000154095.b.a.a.a ENSGT00390000001710 ENSGT00950000183021.a.a.a.b ENSGT00940000155002.b.e.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085.b.b ENSGT00940000161191.A.a.b #17 ENSGT01090000260098.B.a #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.b #19 ENSGT00940000156952.a.b #20 ENSGT00940000155408.p ENSGT00950000183214.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157169.d #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.a #34 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ENSTNIG00000001412 ENSTNIG00000007989 #26 DIP2C (ENSTNIG00000007988) #26 ESYT2 (ENSTNIG00000007987) zmynd11 (ENSTNIG00000007986) #25 VIPR2 (ENSTNIG00000007985) ENSTNIG00000007984 LACTB2 (ENSTNIG00000007983) NCOA2 (ENSTNIG00000007982) PFKP (ENSTNIG00000007981) pitrm1 (ENSTNIG00000007980) KLF6 (ENSTNIG00000007979) FZD8 (ENSTNIG00000007978) #17 CCNY (ENSTNIG00000007976) #19 pard3ab (ENSTNIG00000007975) ##22 NRP1 (ENSTNIG00000007974) #24 itgb1b.1 (ENSTNIG00000007973) #34 ENSTNIG00000007972 ENSTNIG00000007971 ENSTNIG00000007970 arhgap12b (ENSTNIG00000007969) KIF5B (ENSTNIG00000007968) ENSTNIG00000007967 ENSTNIG00000001558 ENSTNIG00000007966 ENSTNIG00000007965 pold3 (ENSTNIG00000007964) ENSTNIG00000007963 ZEB1 (ENSTNIG00000007962) tmem53 (ENSTNIG00000007961) Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000157755.q #27 ENSGT00950000182997.a.a #26 ENSGT00940000156942 #25 ENSGT00940000158089.a ENSGT00940000156086.c ENSGT00940000154095.b.a.a.a ENSGT00390000001710 ENSGT00950000183021.a.a.a.b ENSGT00940000155002.b.e.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085.b.b ENSGT00940000161191.A.a.b #17 ENSGT01090000260098.B.a #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.b #19 ENSGT00940000155408.p ENSGT00950000183214.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157169.d #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.a #34 ENSGT00940000155003.e.b ENSGT00940000166125 ENSGT00970000198099 ENSGT00950000182860.a.a.b.a.a ENSGT01030000234815 ENSGT00940000154801.o.a ENSGT00940000165190.A.a.a ENSGT00940000165190.A.a.b ENSGT00940000163239 ENSGT00940000160228.i.b ENSGT00730000114275 ENSGT00940000177342.b ENSGT00950000183208.B.f.b Ballan wrasse MODERN SPECIES 940 pard3ab (ENSLBEG00000013342) ##22 Eupecaria_B ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000157755.q #27 ENSGT00950000182997.a.a #26 ENSGT00940000156942 #25 ENSGT00940000158089.a ENSGT00940000156086.c ENSGT00940000154095.b.a.a.a ENSGT00390000001710 ENSGT00950000183021.a.a.a.b ENSGT00940000155002.b.e.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085.b.b ENSGT00940000161191.A.a.b #17 ENSGT01090000260098.B.a #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.b #19 ENSGT00940000155408.p ENSGT00950000183214.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157169.d #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.a #34 ENSGT00940000155003.e.b ENSGT00940000166125 ENSGT00730000114275 ENSGT00940000160228.i.b ENSGT00950000182860.a.a.b.a.a ENSGT01030000234815 ENSGT00940000154801.o.a ENSGT00940000165190.A.a.b ENSGT00940000165190.A.a.a ENSGT00940000163239 ENSGT00940000177342.b ENSGT00950000183208.B.f.b ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a.a Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT01090000260059.a.b.b.a.a.b.b ENSGT00950000182997.a.a #26 ENSGT00940000156942 #25 ENSGT00940000158089.a ENSGT00940000156086.c ENSGT00940000154095.b.a.a.a ENSGT00390000001710 ENSGT00950000183021.a.a.a.b ENSGT00940000155002.b.e.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085.b.b ENSGT00940000161191.A.a.b #17 ENSGT01090000260098.B.a #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.b #19 ENSGT00940000155408.p ENSGT00950000183214.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157169.d #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.a #34 ENSGT00940000155003.e.b ENSGT00940000166125 ENSGT00730000114275 ENSGT00940000160228.i.b ENSGT00950000182860.a.a.b.a.a ENSGT01030000234815 ENSGT00940000154801.o.a ENSGT00940000165190.A.a.a ENSGT00940000165190.A.a.b ENSGT00940000163239 ENSGT00950000183208.B.f.b ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000166891.b Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00950000182997.a.a #26 ENSGT00940000156942 #25 ENSGT00940000171417 ENSGT00940000158089.a ENSGT00940000156086.c ENSGT00940000154095.b.a.a.a ENSGT00390000001710 ENSGT00950000183021.a.a.a.b ENSGT00940000155002.b.e.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085.b.b ENSGT00940000161191.A.a.b #17 ENSGT01090000260098.B.a #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.b #19 ENSGT00940000155408.p ENSGT00950000183214.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157169.d #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.a #34 ENSGT00940000155003.e.b ENSGT00940000166125 ENSGT00730000114275 ENSGT00940000160228.i.b ENSGT00950000182860.a.a.b.a.a ENSGT01030000234815 ENSGT00940000154801.o.a ENSGT00940000165190.A.a.a ENSGT00940000165190.A.a.b ENSGT00940000163239 ENSGT00950000183208.B.f.b ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000166891.b European seabass MODERN SPECIES ENSDLAG00005029002 ENSDLAG00005030003 ENSDLAG00005027595 ENSDLAG00005029335 ENSDLAG00005023612 ENSDLAG00005023607 ENSDLAG00005023601 ENSDLAG00005023589 PFKP (ENSDLAG00005023447) ENSDLAG00005023350 KLF6 (ENSDLAG00005023342) FZD8 (ENSDLAG00005023341) #17 ENSDLAG00005023339 #18 CCNY (ENSDLAG00005023307) #19 ENSDLAG00005032895 ENSDLAG00005020611 ##22 ENSDLAG00005020423 #24 ENSDLAG00005011377 #34 ENSDLAG00005032816 #34 ENSDLAG00005020359 ENSDLAG00005031532 ENSDLAG00005020288 ENSDLAG00005019771 ENSDLAG00005018386 ENSDLAG00005018316 ENSDLAG00005014351 ENSDLAG00005029666 ENSDLAG00005032646 ENSDLAG00005032292 ENSDLAG00005027646 ENSDLAG00005028552 Large yellow croaker MODERN SPECIES 1 VIPR2 (ENSLCRG00005021905) ESYT2 (ENSLCRG00005021800) ENSLCRG00005021793 ENSLCRG00005021652 LACTB2 (ENSLCRG00005021648) NCOA2 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#19 ENSSAUG00010026115 pard3ab (ENSSAUG00010023401) ##22 NRP1 (ENSSAUG00010023216) #24 itgb1b (ENSSAUG00010019402) #34 ENSSAUG00010019344 ENSSAUG00010019339 ENSSAUG00010019336 ENSSAUG00010019331 arhgap12b (ENSSAUG00010016958) ENSSAUG00010016918 KIF5B (ENSSAUG00010013793) pold3 (ENSSAUG00010013750) ENSSAUG00010013200 CTXN1 (ENSSAUG00010013180) rab11bb (ENSSAUG00010013144) TIMM44 (ENSSAUG00010012552) slc25a36a (ENSSAUG00010012537) Perciformes ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000157755.q #27 ENSGT00950000182997.a.a #26 ENSGT00940000156942 #25 ENSGT00940000158089.a ENSGT00940000156086.c ENSGT00940000154095.b.a.a.a ENSGT00390000001710 ENSGT00950000183021.a.a.a.b ENSGT00940000155002.b.e.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085.b.b ENSGT00940000161191.A.a.b #17 ENSGT01090000260098.B.a #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.b #19 ENSGT00940000155408.p ENSGT00950000183214.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157169.d #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.a #34 ENSGT00940000155003.e.b ENSGT00940000166125 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ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000154653 ENSGT01080000257365.b.a.b.b ENSGT00950000183073.a.a.a Lumpfish MODERN SPECIES 8 VIPR2 (ENSCLMG00005015563) ESYT2 (ENSCLMG00005014825) ENSCLMG00005014817 ENSCLMG00005014816 ENSCLMG00005014814 LACTB2 (ENSCLMG00005014813) ENSCLMG00005014811 PFKP (ENSCLMG00005005301) pitrm1 (ENSCLMG00005004617) KLF6 (ENSCLMG00005004419) ENSCLMG00005004408 FZD8 (ENSCLMG00005004363) #17 CCNY (ENSCLMG00005020498) #19 ENSCLMG00005020497 ENSCLMG00005020496 pard3ab (ENSCLMG00005020467) ##22 NRP1 (ENSCLMG00005020329) #24 itgb1b (ENSCLMG00005017981) #34 ENSCLMG00005017917 ENSCLMG00005017883 ENSCLMG00005017881 ENSCLMG00005017880 ENSCLMG00005017850 arhgap12a (ENSCLMG00005017785) ENSCLMG00005017779 KIF5B (ENSCLMG00005017690) ENSCLMG00005017683 ENSCLMG00005017680 pold3 (ENSCLMG00005017672) ENSCLMG00005017653 ENSCLMG00005017649 Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000157755.q #27 ENSGT00950000182997.a.a #26 ENSGT00940000156942 #25 ENSGT00940000158089.a 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(ENSCGOG00000010634) #17 GJD4 (ENSCGOG00000010640) #18 CCNY (ENSCGOG00000010647) #19 ENSCGOG00000010766 ENSCGOG00000010787 pard3ab (ENSCGOG00000010871) ##22 NRP1 (ENSCGOG00000014798) #24 itgb1b (ENSCGOG00000015317) #34 ENSCGOG00000016298 ENSCGOG00000016384 ENSCGOG00000016408 ENSCGOG00000016420 arhgap12b (ENSCGOG00000016529) KIF5B (ENSCGOG00000018013) ENSCGOG00000020580 pold3 (ENSCGOG00000020583) ENSCGOG00000020596 ENSCGOG00000020622 ENSCGOG00000020624 ZEB1 (ENSCGOG00000020625) ENSCGOG00000020628 Pike perch MODERN SPECIES 90 KLF6 (ENSSLUG00000022449) FZD8 (ENSSLUG00000022444) #17 GJD4 (ENSSLUG00000022442) #18 CCNY (ENSSLUG00000022431) #19 ENSSLUG00000022426 pard3ab (ENSSLUG00000022259) ##22 NRP1 (ENSSLUG00000022230) #24 itgb1b (ENSSLUG00000019938) #34 ENSSLUG00000019795 ENSSLUG00000019781 ENSSLUG00000019774 ENSSLUG00000019701 ENSSLUG00000019663 ENSSLUG00000019657 ENSSLUG00000019649 ENSSLUG00000019644 arhgap12b (ENSSLUG00000016884) ENSSLUG00000016770 KIF5B (ENSSLUG00000016653) ENSSLUG00000016622 pold3 (ENSSLUG00000016607) Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000156942 #25 ENSGT01090000260059.a.b.b.a.a.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000158089.a ENSGT00940000156086.c ENSGT00940000154095.b.a.a.a ENSGT00390000001710 ENSGT00950000183021.a.a.a.b ENSGT00940000155002.b.e.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085.b.b ENSGT00940000161191.A.a.b #17 ENSGT01090000260098.B.a #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.b #19 ENSGT00940000156952.a.b #20 ENSGT00940000155408.p ENSGT00950000183214.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157169.d #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.a #34 ENSGT00940000155003.e.b ENSGT00940000166125 ENSGT00730000114275 ENSGT00940000160228.i.b ENSGT00970000198099 ENSGT00950000182860.a.a.b.a.a ENSGT00940000154801.o.a ENSGT01030000234815 ENSGT00940000165190.A.a.a ENSGT00940000165190.A.a.b ENSGT00940000163239 ENSGT00940000166891.b ENSGT01080000257365.b.a.b.b Carangaria ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00950000182997.a.a #26 ENSGT00940000156942 #25 ENSGT01090000260059.a.b.b.a.a.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000158089.a ENSGT00940000156086.c ENSGT00940000154095.b.a.a.a ENSGT00390000001710 ENSGT00950000183021.a.a.a.b ENSGT00940000155002.b.e.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085.b.b ENSGT00940000161191.A.a.b #17 ENSGT01090000260098.B.a #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.b #19 ENSGT00940000156952.a.b #20 ENSGT00950000183214.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157169.d #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.a #34 ENSGT00940000155003.e.b ENSGT00940000166125 ENSGT00730000114275 ENSGT00970000198099 ENSGT00950000182860.a.a.b.a.a ENSGT01030000234815 ENSGT00940000154801.o.a ENSGT00940000165190.A.a.b ENSGT00940000165190.A.a.a ENSGT00940000163239 ENSGT00940000160228.i.b ENSGT00950000183208.B.f.b ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a.a Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00950000182997.a.a #26 ENSGT00940000156942 #25 ENSGT01090000260059.a.b.b.a.a.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000158089.a ENSGT00940000156086.c ENSGT00390000001710 ENSGT00950000183021.a.a.a.b ENSGT00940000155002.b.e.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085.b.b ENSGT00940000161191.A.a.b #17 ENSGT01090000260098.B.a #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.b #19 ENSGT00940000156952.a.b #20 ENSGT00940000155408.p ENSGT00950000183214.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157169.d #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.a #34 ENSGT00940000155003.e.b ENSGT00940000166125 ENSGT00730000114275 ENSGT00970000198099 ENSGT00950000182860.a.a.b.a.a ENSGT01030000234815 ENSGT00940000154801.o.a ENSGT00940000165190.A.a.a ENSGT00940000165190.A.a.b ENSGT00940000163239 ENSGT00940000160228.i.b ENSGT00950000183208.B.f.b ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a.a Seriola ANCESTRAL SPECIES 59 ENSGT01090000260059.a.b.b.a.a.a.a.a.a.b.a ENSGT00940000158089.a ENSGT00940000156086.c ENSGT01090000259997.a.d.b.a.b.a.b.b.b.c.b.b.b.a.b.b ENSGT00970000193706.a ENSGT00390000001710 ENSGT00950000183021.a.a.a.b ENSGT00940000155002.b.e.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085.b.b ENSGT00940000161191.A.a.b #17 ENSGT01090000260098.B.a #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.b #19 ENSGT00940000156952.a.b #20 ENSGT00940000155408.p ENSGT00950000183214.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157169.d #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.a #34 ENSGT00940000155003.e.b ENSGT00940000166125 ENSGT00940000160228.i.b.n ENSGT00950000182860.a.a.b.a.a ENSGT00940000154801.o.a ENSGT01030000234815 ENSGT00940000165190.A.a.b.m ENSGT00940000165190.A.a.a ENSGT00940000163239 ENSGT00940000160228.i.b.m ENSGT00950000183208.B.f.b ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a.a.i.a ENSGT01010000222336.a.a.a.a.a.a.j Greater amberjack MODERN SPECIES 135 ESYT2 (ENSSDUG00000007167) ENSSDUG00000007266 ENSSDUG00000007288 ENSSDUG00000007300 ENSSDUG00000007343 ENSSDUG00000007368 ENSSDUG00000007443 LACTB2 (ENSSDUG00000007462) NCOA2 (ENSSDUG00000007490) PFKP (ENSSDUG00000007552) pitrm1 (ENSSDUG00000007685) KLF6 (ENSSDUG00000007814) FZD8 (ENSSDUG00000007841) #17 CCNY (ENSSDUG00000007881) #19 ENSSDUG00000007951 pard3ab (ENSSDUG00000008027) ##22 NRP1 (ENSSDUG00000008307) #24 itgb1b (ENSSDUG00000008363) #34 ENSSDUG00000008421 ENSSDUG00000008479 ENSSDUG00000008495 ENSSDUG00000008542 arhgap12b (ENSSDUG00000009294) KIF5B (ENSSDUG00000009450) ENSSDUG00000009518 ENSSDUG00000009530 ENSSDUG00000009564 ENSSDUG00000009607 ENSSDUG00000009643 pold3 (ENSSDUG00000009664) ENSSDUG00000009726 Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 3075 pitrm1 (ENSSLDG00000003241) KLF6 (ENSSLDG00000003396) FZD8 (ENSSLDG00000003438) #17 GJD4 (ENSSLDG00000003492) #18 CCNY (ENSSLDG00000003506) #19 CREM (ENSSLDG00000003533) #20 pard3ab (ENSSLDG00000003617) ##22 NRP1 (ENSSLDG00000003912) #24 itgb1b (ENSSLDG00000003954) #34 ENSSLDG00000004073 ENSSLDG00000004120 ENSSLDG00000004311 arhgap12b (ENSSLDG00000005486) KIF5B (ENSSLDG00000005617) ENSSLDG00000005748 ENSSLDG00000005805 ENSSLDG00000005826 pold3 (ENSSLDG00000005873) ENSSLDG00000005935 ENSSLDG00000005978 ZEB1 (ENSSLDG00000006026) ENSSLDG00000006184 Barramundi perch MODERN SPECIES 159 ENSLCAG00010003222 ENSLCAG00010003225 VIPR2 (ENSLCAG00010003228) ESYT2 (ENSLCAG00010003309) ENSLCAG00010003639 ENSLCAG00010003646 LACTB2 (ENSLCAG00010003650) NCOA2 (ENSLCAG00010003665) PFKP (ENSLCAG00010003740) pitrm1 (ENSLCAG00010004092) KLF6 (ENSLCAG00010004797) FZD8 (ENSLCAG00010004800) #17 GJD4 (ENSLCAG00010004803) #18 CCNY (ENSLCAG00010004816) #19 CREM (ENSLCAG00010004855) #20 pard3ab (ENSLCAG00010004950) ##22 NRP1 (ENSLCAG00010005074) #24 itgb1b (ENSLCAG00010005380) #34 ENSLCAG00010006688 ENSLCAG00010006722 ENSLCAG00010006744 Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000157755.q #27 ENSGT00950000182997.a.a #26 ENSGT00940000156942 #25 ENSGT00940000158089.a ENSGT00940000156086.c ENSGT00940000154095.b.a.a.a ENSGT00390000001710 ENSGT00950000183021.a.a.a.b ENSGT00940000155002.b.e.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085.b.b ENSGT00940000161191.A.a.b #17 ENSGT01090000260098.B.a #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.b #19 ENSGT00940000156952.a.b #20 ENSGT00950000183214.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157169.d #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.a #34 ENSGT00940000155003.e.b 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sole MODERN SPECIES 12 mpz (ENSCSEG00000021668) ENSCSEG00000021658 atp1a2a (ENSCSEG00000021656) sdhc (ENSCSEG00000021654) cadm3 (ENSCSEG00000021628) kirrel1b (ENSCSEG00000021608) ACOT11 (ENSCSEG00000021598) ENSCSEG00000021597 itgb1b (ENSCSEG00000021594) #34 ENSCSEG00000021593 ENSCSEG00000021592 mrpl37 (ENSCSEG00000021591) ENSCSEG00000021590 ENSCSEG00000021589 ENSCSEG00000021588 pard3ab (ENSCSEG00000021587) ##22 NRP1 (ENSCSEG00000021552) #24 dnai4 (ENSCSEG00000021530) ENSCSEG00000021525 xpr1b (ENSCSEG00000021521) ttpa (ENSCSEG00000021517) ENSCSEG00000021515 oxsr1a (ENSCSEG00000021513) ENSCSEG00000021511 LACTB2 (ENSCSEG00000021510) SLCO5A1 (ENSCSEG00000021509) stard3nl (ENSCSEG00000021508) epdr1 (ENSCSEG00000021506) ENSCSEG00000021505 ENSCSEG00000021503 rnf182 (ENSCSEG00000021502) Anabantaria ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000157755.q #27 ENSGT00950000182997.a.a #26 ENSGT00940000156942 #25 ENSGT00940000158089.a ENSGT00940000156086.c ENSGT00390000001710 ENSGT00950000183021.a.a.a.b 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ENSMAMG00000011996 ##22 NRP1 (ENSMAMG00000011904) #24 ITGB1 (ENSMAMG00000011841) #34 ENSMAMG00000011789 ENSMAMG00000011761 ENSMAMG00000028654 ENSMAMG00000011127 ENSMAMG00000011045 ENSMAMG00000011033 ENSMAMG00000010961 ENSMAMG00000010925 ENSMAMG00000010829 ENSMAMG00000010790 ENSMAMG00000009884 ENSMAMG00000009836 ENSMAMG00000009827 Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00940000157755.q #27 ENSGT00950000182997.a.a #26 ENSGT00940000156942 #25 ENSGT00940000158089.a ENSGT00940000156086.c ENSGT00390000001710 ENSGT00950000183021.a.a.a.b ENSGT00940000155002.b.e.b ENSGT00390000018381 ENSGT00940000158085.b.b ENSGT00940000161191.A.a.b #17 ENSGT01090000260098.B.a #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.b #19 ENSGT00940000156952.a.b #20 ENSGT00940000155408.p ENSGT00950000183214.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157169.d #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.a #34 ENSGT00940000155003.e.b ENSGT00940000166125 ENSGT00730000114275 ENSGT00940000160228.i.b.h ENSGT00950000182860.a.a.b.a.a ENSGT00940000165457.a.b 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ENSGT00730000114072 ENSGT00940000156108.f Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00950000182997.a.a.d.b #26 ENSGT00940000157755.q.a #27 ENSGT00390000018475.c #28 ENSGT00930000150950.a.d.b #30 ENSGT00940000157252.m.a.a #31 ENSGT00940000155002.b.e.b.n ENSGT00390000018381.l ENSGT00940000158085.b.b.a ENSGT00940000161191.A.a.b.b #17 ENSGT01090000260098.B.a.a #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.b.d #19 ENSGT00940000156952.a.b.d #20 ENSGT01090000260137.b.a.b ENSGT01100000263568.b.a.c.b.a.a.b.a.d.a.b ENSGT00990000212132 ENSGT00950000183214.a.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157169.d.a #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.a.a #34 ENSGT00940000155003.e.b.c ENSGT00940000155954.a.i ENSGT00940000156504.i.b.e ENSGT00980000199383 ENSGT00940000156850.a.b.m.b ENSGT00940000155297.hb.a.u.b ENSGT01020000230338.a.b.b.a.b.a.b.a.a ENSGT01020000230338.a.b.b.a.b.a.b.a.b ENSGT01050000244897.a.a.b.a.g ENSGT01050000244955.b.d.c ENSGT00940000156108.e.a ENSGT01040000240444.A.b.a.a.i ENSGT00950000183136.b.b.j Salmo ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT00950000182997.a.a.d.b #26 ENSGT00940000157755.q.a #27 ENSGT00390000018475.c #28 ENSGT00930000150950.a.d.b #30 ENSGT00940000157252.m.a.a #31 ENSGT00940000155002.b.e.b.n ENSGT00390000018381.l ENSGT00940000158085.b.b.a ENSGT00940000161191.A.a.b.b #17 ENSGT01090000260098.B.a.a #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.b.d #19 ENSGT00940000156952.a.b.d #20 ENSGT01090000260137.b.a.b ENSGT01100000263568.b.a.c.b.a.a.b.a.d.a.b ENSGT00990000212132 ENSGT00950000183214.a.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157169.d.a #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.a.a #34 ENSGT00940000155003.e.b.c ENSGT00940000155954.a.i ENSGT00940000156504.i.b.e ENSGT00980000199383 ENSGT00940000156850.a.b.m.b ENSGT00940000155297.hb.a.u.b ENSGT01020000230338.a.b.b.a.b.a.b.a.a ENSGT01020000230338.a.b.b.a.b.a.b.a.b ENSGT01050000244897.a.a.b.a.g ENSGT01050000244955.b.d.c ENSGT00940000156108.e.a ENSGT01040000240444.A.b.a.a.i ENSGT00950000183136.b.b.j River trout MODERN SPECIES 13 gtpbp4 (ENSSTUG00000043830) #28 wdr37 (ENSSTUG00000043778) #30 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ENSSSAG00000100679 ENSSSAG00000103643 ENSSSAG00000084146 ENSSSAG00000109656 ENSSSAG00000056491 ENSSSAG00000042976 ##22 NRP1 (ENSSSAG00000042626) #24 ITGB1 (ENSSSAG00000007621) #34 ENSSSAG00000006698 acsl3b (ENSSSAG00000005324) pax3a (ENSSSAG00000004902) ENSSSAG00000004848 ENSSSAG00000004776 ENSSSAG00000093377 ENSSSAG00000004725 ENSSSAG00000004464 gpc1b (ENSSSAG00000004312) ENSSSAG00000119202 ENSSSAG00000077084 ENSSSAG00000106990 ENSSSAG00000088325 Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00950000182997.a.a.d.b #26 ENSGT00940000157755.q.a #27 ENSGT00390000018475.c #28 ENSGT00930000150950.a.d.b #30 ENSGT00940000157252.m.a.a #31 ENSGT00940000155002.b.e.b.n ENSGT00390000018381.l ENSGT00940000158085.b.b.a ENSGT00940000161191.A.a.b.b #17 ENSGT01090000260098.B.a.a #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.b.d #19 ENSGT00940000156952.a.b.d #20 ENSGT01100000263568.b.a.c.b.a.a.b.a.d.a.b ENSGT01090000260137.b.a.b ENSGT00990000212132 ENSGT00950000183214.a.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157169.d.a #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.a.a #34 ENSGT00940000155003.e.b.c ENSGT00940000155954.a.i ENSGT00940000156504.i.b.e ENSGT00980000199383 ENSGT00940000156850.a.b.m.b ENSGT01020000230338.a.b.b.a.b.a.b.a.a ENSGT01020000230338.a.b.b.a.b.a.b.a.b ENSGT00940000155297.hb.a.u.b ENSGT01050000244897.a.a.b.a.g ENSGT01050000244955.b.d.c ENSGT00940000156108.e.a ENSGT01040000240444.A.b.a.a.i ENSGT00950000183136.b.b.j Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 37 ENSGT00950000182997.a.a.d.b #26 ENSGT00940000157755.q.a #27 ENSGT00390000018475.c #28 ENSGT00930000150950.a.d.b #30 ENSGT00940000157252.m.a.a #31 ENSGT00940000155002.b.e.b.n ENSGT00390000018381.l ENSGT00940000158085.b.b.a ENSGT00940000161191.A.a.b.b #17 ENSGT01090000260098.B.a.a #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.b.d #19 ENSGT00940000156952.a.b.d #20 ENSGT01090000260137.b.a.b ENSGT01100000263568.b.a.c.b.a.a.b.a.d.a.b ENSGT00990000212132 ENSGT00950000183214.a.a.a.a.a ##22 ENSGT00940000157169.d.a #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.a.a #34 ENSGT00940000155003.e.b.c 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(ENSSGRG00000048860) #20 ENSSGRG00000048859 pard3ab (ENSSGRG00000048415) ##22 nrp1b (ENSSGRG00000048394) ITGB1 (ENSSGRG00000047735) #34 epc1b (ENSSGRG00000047717) ENSSGRG00000047715 ENSSGRG00000047714 ENSSGRG00000047713 KIF5B (ENSSGRG00000047547) ENSSGRG00000047537 ENSSGRG00000047525 arhgap12a (ENSSGRG00000047347) ZEB1 (ENSSGRG00000047331) ENSSGRG00000047329 kirrel1b (ENSSGRG00000047327) Zebrafish MODERN SPECIES 11 ENSDARG00000025513 ##26 ENSDARG00000075212 MYO10 (ENSDARG00000017004) ENSDARG00000038646 ENSDARG00000053366 basp1 (ENSDARG00000053358) adcy8 (ENSDARG00000031783) efr3a (ENSDARG00000005163) oc90 (ENSDARG00000001721) KCNQ3 (ENSDARG00000060085) dnaaf11 (ENSDARG00000053318) ENSDARG00000079537 ftr14 (ENSDARG00000053293) ENSDARG00000074118 ENSDARG00000023217 #20 pard3ab (ENSDARG00000010583) ##22 nrp1b (ENSDARG00000027290) ITGB1 (ENSDARG00000109929) #34 itgb1b (ENSDARG00000104484) #34 epc1b (ENSDARG00000060054) itgb1b.1 (ENSDARG00000053232) #34 itgb1b.2 (ENSDARG00000022689) #34 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(ENSSFOG00015006411) ENSSFOG00015006471 P. kingsleyae MODERN SPECIES 76 zmynd11 (ENSPKIG00000012498) #25 DIP2C (ENSPKIG00000012430) #26 larp4b (ENSPKIG00000012368) #27 gtpbp4 (ENSPKIG00000012301) #28 ENSPKIG00000012252 #29 wdr37 (ENSPKIG00000012156) #30 ADARB2 (ENSPKIG00000012103) #31 PFKP (ENSPKIG00000011873) pitrm1 (ENSPKIG00000011722) KLF6 (ENSPKIG00000011675) ENSPKIG00000011644 FZD8 (ENSPKIG00000011630) #17 GJD4 (ENSPKIG00000011615) #18 CCNY (ENSPKIG00000011570) #19 CREM (ENSPKIG00000011506) #20 pard3ab (ENSPKIG00000011446) ##22 NRP1 (ENSPKIG00000011375) #24 ITGB1 (ENSPKIG00000011335) #34 ENSPKIG00000011304 ENSPKIG00000011282 KIF5B (ENSPKIG00000011213) ARHGAP12 (ENSPKIG00000011122) ZEB1 (ENSPKIG00000011060) znf438 (ENSPKIG00000011019) ENSPKIG00000010777 ENSPKIG00000010671 MAP3K8 (ENSPKIG00000010640) BAMBI (ENSPKIG00000010612) waca (ENSPKIG00000010533) MKX (ENSPKIG00000010466) ENSPKIG00000010441 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES 220 ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00940000178206 ENSGT00930000150950.a #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a ENSGT00940000161191.A.b #17 ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000156952.a.b #20 ENSGT00940000155408.p ENSGT00940000156952.a.a #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000164184 ENSGT00940000156227.f ENSGT00940000156625 ENSGT00940000156232.b ENSGT00440000037780.a ENSGT00940000154101.b.d ENSGT00940000158806 ENSGT00940000158582 ENSGT00940000166891.a ENSGT00940000166891.b ENSGT00940000154653 ENSGT00390000014526 Otomorpha ANCESTRAL SPECIES 507 ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000156952.b #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 Otophysi ANCESTRAL SPECIES 455 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 Characiphysae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000157852 ENSGT00940000155142 ENSGT00660000095569.c ENSGT00940000158009.a ENSGT00390000005826.b.e ENSGT00940000154456.hb.b ENSGT00940000160536 ENSGT00940000154014.a ENSGT00940000158294.g.a ENSGT00940000160556 ENSGT01090000260052.b.b.b ENSGT00940000153769.B ENSGT00520000055637.B Channel catfish MODERN SPECIES ralyl (ENSIPUG00000000507) rreb1 (ENSIPUG00000000490) ly86 (ENSIPUG00000000486) F13A1 (ENSIPUG00000000447) ENSIPUG00000000441 F13A1 (ENSIPUG00000000383) nrn1 (ENSIPUG00000000378) fars2 (ENSIPUG00000000375) lyrm4 (ENSIPUG00000000370) ENSIPUG00000000365 cyb5a (ENSIPUG00000000358) c1h18orf63 (ENSIPUG00000000348) fam69c (ENSIPUG00000000344) 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ENSGT00390000015821 ENSGT00530000063186.b.a Electric eel MODERN SPECIES 201 ENSEEEG00000007611 ENSEEEG00000007610 ENSEEEG00000007609 RALYL (ENSEEEG00000007608) snx16 (ENSEEEG00000007607) WWP1 (ENSEEEG00000006242) rmdn1 (ENSEEEG00000006182) CUL2 (ENSEEEG00000005706) #21 ENSEEEG00000005609 ##22 Characoidei ANCESTRAL SPECIES 190 ENSGT01050000244939.a.a.a.d ENSGT00390000018605 ENSGT00940000157533 ENSGT00940000164239.b.b ENSGT00390000005651.m ENSGT00940000154635.a ENSGT00950000182992.a.b.b ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000157852 ENSGT00940000155142 ENSGT00660000095569.c ENSGT00940000158009.a ENSGT00390000005826.b.e ENSGT00940000154456.hb.b ENSGT00940000160536 ENSGT00940000154014.a ENSGT00940000158294.g.a ENSGT00940000160556 ENSGT01090000260052.b.b.b ENSGT00390000015821 ENSGT00530000063186.b.a Red-bellied piranha MODERN SPECIES 4 ENSPNAG00000007741 LYRM4 (ENSPNAG00000007743) fars2 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ENSGT00950000183214.a.a.a.b.a ##22 ENSGT00940000157169.c.c.b #24 Goldfish MODERN SPECIES 43 slc35g2b (ENSCARG00000042212) ENSCARG00000042220 klf6a (ENSCARG00000042234) ENSCARG00000042286 cyb5a (ENSCARG00000042308) dipk1c (ENSCARG00000042333) ENSCARG00000042347 ENSCARG00000042358 ENSCARG00000042370 ENSCARG00000042413 F13A1 (ENSCARG00000042427) ly86 (ENSCARG00000042482) RREB1 (ENSCARG00000042498) ENSCARG00000042531 CUL2 (ENSCARG00000042594) #21 ENSCARG00000027175 ##22 nrp1a (ENSCARG00000039385) #24 itgb1a (ENSCARG00000041204) #34 ENSCARG00000046139 zgc:111976 (ENSCARG00000046163) ralaa (ENSCARG00000046312) ENSCARG00000046453 impa2 (ENSCARG00000048437) nrp1a (ENSCARG00000048593) #24 itgb1a (ENSCARG00000048688) #34 ENSCARG00000049470 ENSCARG00000049491 HECW1 (ENSCARG00000049605) stk17a (ENSCARG00000050248) impa2 (ENSCARG00000050306) ENSCARG00000050417 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 312 ENSGT00940000163723.A.f.b.a.b ENSGT00940000163723.A.e.h ENSGT00940000170651.b ENSGT00390000018596.A.b.c ENSGT01050000244939.a.a.a.d.d.a ENSGT00390000018605.b ENSGT00940000157533.r.a ENSGT01100000263533.b.b.a.a.b.a.a ENSGT00940000154926.b #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b.a ##22 ENSGT00940000157169.c.c.b #24 ENSGT00940000158009.a.e ENSGT00660000095569.c ENSGT00940000155142.ob ENSGT00940000157852.c ENSGT00940000154456.hb.b.a ENSGT00940000160536 ENSGT00940000154014.a.a.b ENSGT00940000158294.g.a.a ENSGT00940000160556.a.b ENSGT01090000260052.b.b.b ENSGT00940000164076.b ENSGT00390000015821.n.a.b ENSGT00530000063186.b.a ENSGT00940000156394.j Common carp reference MODERN SPECIES 14 ENSCCRG00000019083 f13a1a.1 (ENSCCRG00000054322) NRN1 (ENSCCRG00000018863) LYRM4 (ENSCCRG00000032618) ENSCCRG00000009021 dipk1c (ENSCCRG00000049725) ENSCCRG00000079528 ENSCCRG00000008996 tubb6 (ENSCCRG00000064824) ENSCCRG00000069094 F13A1 (ENSCCRG00000056855) ly86 (ENSCCRG00000007339) RREB1 (ENSCCRG00000007310) ENSCCRG00000075029 CUL2 (ENSCCRG00000024823) #21 ENSCCRG00000074624 ##22 nrp1a (ENSCCRG00000043334) #24 itgb1a 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ENSGT00940000154926.a #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000157169.c.c.a #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000158009.a.f ENSGT00940000158009.a.e ENSGT00660000095569.c ENSGT00940000155142.ob ENSGT00940000157852.c ENSGT00940000157852.d ENSGT00390000005826.b.e ENSGT00940000154456.hb.b.b Goldfish MODERN SPECIES 16 ENSCARG00000020907 ENSCARG00000020909 nrn1a (ENSCARG00000020913) fars2 (ENSCARG00000020922) LYRM4 (ENSCARG00000020936) ENSCARG00000020955 cyb5a (ENSCARG00000020964) ENSCARG00000020977 dipk1c (ENSCARG00000020989) ENSCARG00000021000 ENSCARG00000021009 F13A1 (ENSCARG00000021025) ly86 (ENSCARG00000021170) RREB1 (ENSCARG00000021180) CUL2 (ENSCARG00000021204) #21 ENSCARG00000021576 ##22 ENSCARG00000031933 nrp1a (ENSCARG00000032106) #24 itgb1a (ENSCARG00000036505) #34 ENSCARG00000040506 ENSCARG00000040528 ralaa (ENSCARG00000040544) ENSCARG00000040591 napga (ENSCARG00000040848) klf6a (ENSCARG00000042452) CCNY (ENSCARG00000042518) #19 ENSCARG00000026135 #18 fzd8a (ENSCARG00000026141) #17 cpb1 (ENSCARG00000026176) AGTR1 (ENSCARG00000026248) ENSCARG00000026251 Cyprininae_a ANCESTRAL SPECIES 362 ENSGT01050000244939.a.a.a.d.c.b ENSGT00530000063853.a.a.b.m.b ENSGT00530000063853.a.a.b.m.a ENSGT00940000158071.b ENSGT00940000157289.a.k.a ENSGT00940000163747 ENSGT00390000014167.n ENSGT00940000156770 ENSGT00390000006452.a.a ENSGT00940000170651.a ENSGT00390000018596.A.b.d ENSGT01050000244939.a.a.a.d.d.b ENSGT00390000018605.a ENSGT00940000157533.r.b ENSGT00940000154926.a #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000157169.c.c.a #24 ENSGT00940000157169.c.d #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000158009.a.f ENSGT00940000157852.d ENSGT00390000005826.b.e ENSGT00940000154456.hb.b.b Common carp reference MODERN SPECIES 40 sugct (ENSCCRG00000061515) inhbaa (ENSCCRG00000072678) ENSCCRG00000036683 f13a1a.1 (ENSCCRG00000018875) nrn1a (ENSCCRG00000058034) fars2 (ENSCCRG00000076988) LYRM4 (ENSCCRG00000078025) ENSCCRG00000055351 ENSCCRG00000022497 ENSCCRG00000022488 dipk1c (ENSCCRG00000056852) tubb6 (ENSCCRG00000008986) ENSCCRG00000007370 ENSCCRG00000081627 CUL2 (ENSCCRG00000024985) #21 ENSCCRG00000046767 ##22 nrp1a (ENSCCRG00000047859) #24 ENSCCRG00000042050 itgb1a (ENSCCRG00000033687) #34 ENSCCRG00000075530 ENSCCRG00000071526 ENSCCRG00000002832 ralaa (ENSCCRG00000032893) ENSCCRG00000068886 ENSCCRG00000035882 napga (ENSCCRG00000057803) ENSCCRG00000016402 stk17a (ENSCCRG00000016420) ENSCCRG00000067580 ENSCCRG00000056024 ENSCCRG00000077907 Golden-line barbel MODERN SPECIES 163 eci2 (ENSSGRG00000040617) f13a1a.1 (ENSSGRG00000040616) nrn1a (ENSSGRG00000040614) fars2 (ENSSGRG00000040613) LYRM4 (ENSSGRG00000040612) ENSSGRG00000040611 cyb5a (ENSSGRG00000040605) dipk1c (ENSSGRG00000040602) ENSSGRG00000040597 ENSSGRG00000040596 F13A1 (ENSSGRG00000040572) ly86 (ENSSGRG00000040564) RREB1 (ENSSGRG00000040558) ENSSGRG00000040557 CUL2 (ENSSGRG00000039859) #21 ENSSGRG00000039847 ##22 Zebrafish MODERN SPECIES 16 tubb6 (ENSDARG00000104801) eci2 (ENSDARG00000102412) dipk1c (ENSDARG00000105040) ENSDARG00000100251 cyb5a (ENSDARG00000098589) ENSDARG00000104576 LYRM4 (ENSDARG00000101110) fars2 (ENSDARG00000091247) nrn1a (ENSDARG00000071860) f13a1a.1 (ENSDARG00000045453) F13A1 (ENSDARG00000094832) ly86 (ENSDARG00000090649) RREB1 (ENSDARG00000063701) ENSDARG00000012642 CUL2 (ENSDARG00000013965) #21 ENSDARG00000110804 ##22 ENSDARG00000101358 ENSDARG00000071864 nrp1a (ENSDARG00000102153) #24 itgb1a (ENSDARG00000071863) #34 ENSDARG00000077878 zgc:111976 (ENSDARG00000059412) ralaa (ENSDARG00000045463) ENSDARG00000076791 napga (ENSDARG00000006617) PIEZO2 (ENSDARG00000076005) impa2 (ENSDARG00000059411) stk17a (ENSDARG00000074715) HECW1 (ENSDARG00000100958) vstm2a (ENSDARG00000021909) ENSDARG00000026417 Clupeiformes ANCESTRAL SPECIES 589 ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 Denticle herring MODERN SPECIES 11 ENSDCDG00000003837 plxdc2b (ENSDCDG00000003623) ENSDCDG00000003606 ENSDCDG00000003605 chmp4c (ENSDCDG00000003602) zfand1 (ENSDCDG00000003600) ENSDCDG00000003595 myripb (ENSDCDG00000003589) ackr4b (ENSDCDG00000003579) acad11 (ENSDCDG00000002771) ENSDCDG00000002728 uba5 (ENSDCDG00000002712) GJD4 (ENSDCDG00000002711) #18 CCNY (ENSDCDG00000002705) #19 CUL2 (ENSDCDG00000002699) #21 ENSDCDG00000002676 ##22 nrp1a (ENSDCDG00000002503) #24 tmem186 (ENSDCDG00000002474) nphp3 (ENSDCDG00000002454) ENSDCDG00000002441 ENSDCDG00000002434 dipk1c (ENSDCDG00000002429) cyb5a (ENSDCDG00000005315) ENSDCDG00000005313 LYRM4 (ENSDCDG00000005303) ENSDCDG00000005300 fars2 (ENSDCDG00000005296) nrn1a (ENSDCDG00000005295) f13a1a.1 (ENSDCDG00000005193) RREB1 (ENSDCDG00000005184) NHERF4 (ENSDCDG00000005182) Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES 116 ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00940000178206 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a 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ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000164184 ENSGT00940000156227.f ENSGT00940000156625 ENSGT00940000156232.b.e.b ENSGT00940000156232.b.e.a ENSGT00440000037780.a ENSGT00940000154101.b.d ENSGT00940000158806 ENSGT00940000182537 ENSGT00940000158582 ENSGT00940000166891.a ENSGT00950000183073.a.a.a ENSGT00940000166891.b Salmoninae ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00940000154968 ENSGT00950000182992.a.b.b ENSGT00940000154635.a ENSGT00730000112562.f ENSGT00390000005651.m ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a.h ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000156952.a.a #20 ENSGT00940000154926.d #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c.a #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b.a #34 ENSGT00940000164184.c.b ENSGT00940000156227.f.g ENSGT00940000156625.e Salmoninae_a ANCESTRAL SPECIES 32 ENSGT00940000154968 ENSGT00950000182992.a.b.b ENSGT00940000154635.a ENSGT00730000112562.f ENSGT00390000005651.m ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a.h ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000156952.a.a #20 ENSGT00940000154926.d #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c.a #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b.a #34 ENSGT00940000164184.c.b ENSGT00940000156227.f.g ENSGT00940000156625.e ENSGT00940000156232.b.e.a ENSGT00440000037780.a.x ENSGT00940000154101.b.d.a ENSGT00940000158806.o ENSGT00940000158582.n ENSGT00940000166891.a.f ENSGT00940000154653.fb.b.a ENSGT00950000183208.B.f.a.b ENSGT00390000014526.b ENSGT00950000182860.a.a.b.a.b.d Salmo ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000154824.g.a ENSGT00940000154968 ENSGT00950000182992.a.b.b ENSGT00940000154635.a ENSGT00390000005651.m ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a.h ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000156952.a.a #20 ENSGT00940000154926.d #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c.a #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b.a #34 ENSGT00940000164184.c.b ENSGT00940000156227.f.g ENSGT00940000156625.e ENSGT00940000156232.b.e.a ENSGT00440000037780.a.x ENSGT00940000154101.b.d.a ENSGT00940000158806.o ENSGT00940000158582.n ENSGT00940000166891.a.f ENSGT00940000154653.fb.b.a ENSGT00950000183208.B.f.a.b ENSGT00390000014526.b ENSGT00950000182860.a.a.b.a.b.d Atlantic salmon MODERN SPECIES 10 cpne3 (ENSSSAG00000074287) rmdn1 (ENSSSAG00000075698) WWP1 (ENSSSAG00000075761) ENSSSAG00000120393 ENSSSAG00000088144 snx16 (ENSSSAG00000078198) idi1 (ENSSSAG00000078204) #29 wdr37 (ENSSSAG00000078208) #30 adarb2 (ENSSSAG00000078234) #31 PFKP (ENSSSAG00000078306) KLF6 (ENSSSAG00000078883) GJD4 (ENSSSAG00000078891) #18 ccny (ENSSSAG00000078895) #19 CREM (ENSSSAG00000106238) #20 cul2 (ENSSSAG00000078936) #21 ENSSSAG00000079460 ##22 nrp1a (ENSSSAG00000080111) #24 itgb1a (ENSSSAG00000080301) #34 rab18a (ENSSSAG00000089395) ODAD2 (ENSSSAG00000080633) mpp7a (ENSSSAG00000050856) ENSSSAG00000096611 waca (ENSSSAG00000080915) BAMBI (ENSSSAG00000080921) ENSSSAG00000080928 ENSSSAG00000080931 ENSSSAG00000080941 ENSSSAG00000080948 ZEB1 (ENSSSAG00000080962) ZNF438 (ENSSSAG00000080964) ARHGAP12 (ENSSSAG00000080981) River trout MODERN SPECIES 11 cpne3 (ENSSTUG00000012250) rmdn1 (ENSSTUG00000012750) WWP1 (ENSSTUG00000013035) snx16 (ENSSTUG00000018922) idi1 (ENSSTUG00000018926) #29 wdr37 (ENSSTUG00000018971) #30 ADARB2 (ENSSTUG00000019035) #31 PFKP (ENSSTUG00000019220) klf6a (ENSSTUG00000020315) ENSSTUG00000020336 fzd8a (ENSSTUG00000020340) #17 GJD4 (ENSSTUG00000020345) #18 CCNY (ENSSTUG00000020357) #19 CREM (ENSSTUG00000020410) #20 CUL2 (ENSSTUG00000020453) #21 ENSSTUG00000020681 ##22 nrp1a (ENSSTUG00000021217) #24 itgb1a (ENSSTUG00000021965) #34 rab18a (ENSSTUG00000024744) mkxa (ENSSTUG00000024790) ODAD2 (ENSSTUG00000001156) ENSSTUG00000001295 waca (ENSSTUG00000001303) BAMBI (ENSSTUG00000001312) MAP3K8 (ENSSTUG00000001322) MTPAP (ENSSTUG00000001338) ENSSTUG00000001379 ENSSTUG00000001575 zeb1b (ENSSTUG00000005941) znf438 (ENSSTUG00000005959) ARHGAP12 (ENSSTUG00000005991) Oncorhynchus ANCESTRAL SPECIES 28 ENSGT00940000154635.a ENSGT01060000253435 ENSGT00730000112562.f ENSGT00390000005651.m ENSGT00390000008527.j #29 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a.h ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000156952.a.a #20 ENSGT00940000155408.p ENSGT00940000154926.d #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c.a #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b.a #34 ENSGT00940000164184.c.b ENSGT00940000156227.f.g ENSGT00940000156625.e ENSGT00940000156232.b.e.a ENSGT00440000037780.a.x ENSGT00940000154101.b.d.a ENSGT00940000158806.o ENSGT00940000158582.n ENSGT00940000166891.a.f ENSGT00940000154653.fb.b.a ENSGT01100000264663 ENSGT00950000183208.B.f.a.b ENSGT00390000014526.b Rainbow trout MODERN SPECIES 2 ENSOMYG00000068478 snx16 (ENSOMYG00000031984) idi1 (ENSOMYG00000032018) #29 wdr37 (ENSOMYG00000032080) #30 ENSOMYG00000062397 ADARB2 (ENSOMYG00000032134) #31 PFKP (ENSOMYG00000032428) klf6a (ENSOMYG00000034403) ENSOMYG00000076241 fzd8a (ENSOMYG00000034419) #17 GJD4 (ENSOMYG00000034425) #18 CCNY (ENSOMYG00000034479) #19 CREM (ENSOMYG00000034531) #20 ENSOMYG00000034558 CUL2 (ENSOMYG00000034689) #21 ENSOMYG00000035029 ##22 ENSOMYG00000073989 nrp1a (ENSOMYG00000035274) #24 itgb1a (ENSOMYG00000035502) #34 rab18a (ENSOMYG00000036658) ENSOMYG00000056807 mkxa (ENSOMYG00000036696) ENSOMYG00000052635 ODAD2 (ENSOMYG00000036747) mpp7a (ENSOMYG00000036835) waca (ENSOMYG00000003159) bambia (ENSOMYG00000003211) ENSOMYG00000003225 ENSOMYG00000003462 ENSOMYG00000003613 ENSOMYG00000003956 Oncorhynchus_a ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00950000182992.a.b.b ENSGT00940000154635.a ENSGT01060000253435 ENSGT00730000112562.f ENSGT00390000005651.m ENSGT00390000008527.j #29 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a.h ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000156952.a.a #20 ENSGT00940000155408.p ENSGT00940000154926.d #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c.a #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b.a #34 ENSGT00940000164184.c.b ENSGT00940000156227.f.g ENSGT00940000156625.e ENSGT00940000156232.b.e.a ENSGT00440000037780.a.x ENSGT00940000154101.b.d.a ENSGT00940000158806.o ENSGT00940000158582.n ENSGT00940000166891.a.f ENSGT00940000154653.fb.b.a ENSGT01100000264663 ENSGT00950000183208.B.f.a.b ENSGT00390000014526.b Coho salmon MODERN SPECIES 9 WWP1 (ENSOKIG00005027203) ENSOKIG00005026892 snx16 (ENSOKIG00005026884) idi1 (ENSOKIG00005026870) #29 wdr37 (ENSOKIG00005026752) #30 ADARB2 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(ENSHHUG00000023608) #21 ENSHHUG00000023665 ##22 Northern pike MODERN SPECIES 20 cpne3 (ENSELUG00000003194) rmdn1 (ENSELUG00000003219) WWP1 (ENSELUG00000003281) snx16 (ENSELUG00000003302) idi1 (ENSELUG00000003318) #29 wdr37 (ENSELUG00000003356) #30 ADARB2 (ENSELUG00000003379) #31 PFKP (ENSELUG00000003483) klf6a (ENSELUG00000003518) GJD4 (ENSELUG00000003540) #18 CCNY (ENSELUG00000003566) #19 ENSELUG00000031395 #20 ENSELUG00000003590 CUL2 (ENSELUG00000003650) #21 ENSELUG00000031199 ENSELUG00000003709 ##22 ENSELUG00000010211 ENSELUG00000027734 nrp1a (ENSELUG00000003760) #24 itgb1a (ENSELUG00000003788) #34 rab18a (ENSELUG00000003805) mkxa (ENSELUG00000003841) ODAD2 (ENSELUG00000003879) mpp7a (ENSELUG00000003957) waca (ENSELUG00000003999) bambia (ENSELUG00000033421) MAP3K8 (ENSELUG00000004025) MTPAP (ENSELUG00000004043) ENSELUG00000004069 ENSELUG00000004106 zeb1b (ENSELUG00000004153) Acanthomorphata ANCESTRAL SPECIES 148 ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00940000178206 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000156952.a.b #20 ENSGT00940000155408.p ENSGT00940000156952.a.a #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000164184 ENSGT00940000156227.f ENSGT00940000156625 ENSGT00940000156232.b.f ENSGT00440000037780.a ENSGT00940000154101.b.d ENSGT00940000166891.a ENSGT00940000158582 ENSGT00940000182537 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000014526 ENSGT00950000183208.B.f.a Euacanthomorphacea ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00950000182992.a.b.b ENSGT00940000154968.h.b ENSGT00940000154968.h.a ENSGT00940000154968.g ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00940000178206 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000156952.a.a #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000164184 ENSGT00940000156227.f ENSGT00940000156625 ENSGT00940000156232.b.f ENSGT00440000037780.a ENSGT00940000154101.b.d ENSGT00940000166891.a ENSGT00940000158582 ENSGT00940000182537 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000014526 ENSGT00950000183208.B.f.a Percomorphaceae ANCESTRAL SPECIES 53 ENSGT00950000182992.a.b.b ENSGT00940000154968.h.b ENSGT00940000154968.h.a ENSGT00940000154968.g ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00940000178206 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000156952.a.a #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000164184 ENSGT00940000156227.f ENSGT00940000156625 ENSGT00940000156232.b.f ENSGT00440000037780.a ENSGT00940000154101.b.d ENSGT00940000166891.a ENSGT00940000158582 ENSGT00940000182537 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000014526 ENSGT00950000183208.B.f.a Percomorphaceae_B ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00950000182992.a.b.b ENSGT00940000154968.h.b ENSGT00940000154968.h.a ENSGT00940000154968.g ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00940000178206 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000156952.a.a #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000164184 ENSGT00940000156227.f ENSGT00940000156625 ENSGT00940000156232.b.f ENSGT00440000037780.a ENSGT00940000154101.b.d ENSGT00940000166891.a ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000014526 ENSGT00950000183208.B.f.a ENSGT00950000182860.a.a.b.a.b.b Ovalentaria ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000154635.a ENSGT00950000182992.a.b.b ENSGT00940000154968.h.b ENSGT00940000154968.h.a ENSGT00940000154968.g ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000156952.a.a #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000164184 ENSGT00940000156227.f ENSGT00940000156625 ENSGT00940000156232.b.f ENSGT00440000037780.a ENSGT00940000154101.b.d ENSGT00940000166891.a ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000014526 ENSGT00950000183208.B.f.a ENSGT00950000182860.a.a.b.a.b.b Atherinomorphae ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00520000062345 ENSGT00940000154635.a ENSGT00950000182992.a.b.b 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ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000164184 ENSGT00940000156227.f ENSGT00940000156625 ENSGT00940000156232.b.f ENSGT00440000037780.a ENSGT00940000154101.b.d ENSGT00940000166891.a ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000177440 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000014526 ENSGT00950000183208.B.f.a Aplocheiloidei ANCESTRAL SPECIES 274 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00940000177290 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000164184 ENSGT00940000156227.f Mangrove rivulus MODERN SPECIES 164 CUL2 (ENSKMAG00000007870) #21 ENSKMAG00000007847 ENSKMAG00000007749 ##22 nrp1a (ENSKMAG00000007649) #24 itgb1a (ENSKMAG00000007553) #34 rab18a (ENSKMAG00000007506) Turquoise killifish MODERN SPECIES 1617 ENSNFUG00015023335 GAL3ST2 (ENSNFUG00015023334) cpne3 (ENSNFUG00015022567) IDI1 (ENSNFUG00015022523) #29 wdr37 (ENSNFUG00015022492) #30 ENSNFUG00015022485 ADARB2 (ENSNFUG00015022463) #31 PFKP (ENSNFUG00015020858) KLF6 (ENSNFUG00015020768) ENSNFUG00015020761 ENSNFUG00015020760 GJD4 (ENSNFUG00015020758) #18 fzd8a (ENSNFUG00015020755) #17 CCNY (ENSNFUG00015020751) #19 ENSNFUG00015020750 ENSNFUG00015020725 ##22 ENSNFUG00015020715 nrp1a (ENSNFUG00015019551) #24 itgb1a (ENSNFUG00015019282) #34 rab18a (ENSNFUG00015019260) MKXA (ENSNFUG00015019254) ENSNFUG00015019251 Nfu_g_1_013385 (ENSNFUG00015019245) PIGM (ENSNFUG00015019229) ENSNFUG00015019215 abca4a (ENSNFUG00015017772) ENSNFUG00015017628 GAREM (ENSNFUG00015016973) ncf2 (ENSNFUG00015016924) dph2 (ENSNFUG00015016909) zgc:165532 (ENSNFUG00015016828) Cyprinodontoidei ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00520000062345 ENSGT00940000154635.a ENSGT00950000182992.a.b.b ENSGT00940000154968.h.b ENSGT00940000154968.h.a ENSGT00940000154968.g ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000164184 ENSGT00940000156227.f ENSGT00940000156625 ENSGT00940000156232.b.f ENSGT00440000037780.a ENSGT00940000154101.b.d ENSGT00940000166891.a ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000177440 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000014526 ENSGT00950000183208.B.f.a Poeciliinae ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000154635.a ENSGT00950000182992.a.b.b ENSGT00940000154968.h.b ENSGT00940000154968.h.a ENSGT00940000154968.g ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000155408.p ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000164184 ENSGT00940000156227.f ENSGT00940000156625 ENSGT00940000156232.b.f ENSGT00440000037780.a ENSGT00940000154101.b.d ENSGT00940000166891.a ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT01090000260059.a.b.b.a.a.a.a.a.a.b.a.g.a.a.b.b.a.a.b ENSGT00390000014526 ENSGT00950000183208.B.f.a ENSGT00950000182860.a.a.b.a.b.b Poecilia ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00940000154635.a ENSGT00950000182992.a.b.b ENSGT00940000154968.h.b ENSGT00940000154968.h.a ENSGT00940000154968.g ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000155408.p ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000164184 NAME_6 ANCESTRAL SPECIES 158 ENSGT00940000154635.a ENSGT00950000182992.a.b.b ENSGT00940000154968.h.b ENSGT00940000154968.h.a ENSGT00940000154968.g ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000155408.p ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 Amazon molly MODERN SPECIES 360 CCNY (ENSPFOG00000001249) #19 ENSPFOG00000001391 CUL2 (ENSPFOG00000001567) #21 ENSPFOG00000001964 ##22 Sailfin molly MODERN SPECIES 743 ENSPLAG00000011478 ##22 Guppy MODERN SPECIES 451 WWP1 (ENSPREG00000007331) rmdn1 (ENSPREG00000007314) cpne3 (ENSPREG00000007250) cpne3 (ENSPREG00000006900) cpne3 (ENSPREG00000006741) idi1 (ENSPREG00000006698) #29 wdr37 (ENSPREG00000006634) #30 ADARB2 (ENSPREG00000006572) #31 PFKP (ENSPREG00000006347) klf6a (ENSPREG00000006296) fzd8a (ENSPREG00000006275) #17 GJD4 (ENSPREG00000006256) #18 CCNY (ENSPREG00000006209) #19 ENSPREG00000006185 CUL2 (ENSPREG00000006125) #21 ENSPREG00000006083 ##22 nrp1a (ENSPREG00000006008) #24 itgb1a (ENSPREG00000005964) #34 rab18a (ENSPREG00000005923) ODAD2 (ENSPREG00000005875) mkxa (ENSPREG00000005739) ENSPREG00000005687 chchd7 (ENSPREG00000005670) plag1 (ENSPREG00000005658) STEAP2 (ENSPREG00000005630) mos (ENSPREG00000005615) alg14 (ENSPREG00000005599) cnn3b (ENSPREG00000005572) f3a (ENSPREG00000005553) abcd3a (ENSPREG00000005454) ENSPREG00000005432 Platyfish MODERN SPECIES 13 cpne3 (ENSXMAG00000004399) cpne3 (ENSXMAG00000004490) idi1 (ENSXMAG00000004594) #29 wdr37 (ENSXMAG00000027476) #30 ADARB2 (ENSXMAG00000004645) #31 PFKP (ENSXMAG00000004655) klf6a (ENSXMAG00000004738) fzd8a (ENSXMAG00000019589) #17 ENSXMAG00000023261 ENSXMAG00000027037 ENSXMAG00000025596 GJD4 (ENSXMAG00000029425) #18 CCNY (ENSXMAG00000008187) #19 ENSXMAG00000023287 CUL2 (ENSXMAG00000008171) #21 ENSXMAG00000008135 ##22 nrp1a (ENSXMAG00000008055) #24 itgb1a (ENSXMAG00000011009) #34 rab18a (ENSXMAG00000024122) ODAD2 (ENSXMAG00000011910) mkxa (ENSXMAG00000023924) mkxa (ENSXMAG00000029011) ENSXMAG00000029456 mkxa (ENSXMAG00000023282) ENSXMAG00000024960 mpp7a (ENSXMAG00000021302) waca (ENSXMAG00000000741) bambia (ENSXMAG00000025513) ENSXMAG00000023738 ENSXMAG00000012502 MTPAP (ENSXMAG00000012503) NAME_4 ANCESTRAL SPECIES 79 ENSGT00520000062345 ENSGT00940000154635.a ENSGT00950000182992.a.b.b ENSGT00940000154968.h.b ENSGT00940000154968.h.a ENSGT00940000154968.g ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000164184 Sheepshead minnow MODERN SPECIES 1202 ENSCVAG00000007031 ##22 Mummichog MODERN SPECIES 2218 rmdn1 (ENSFHEG00000018279) cpne3 (ENSFHEG00000018298) cpne3 (ENSFHEG00000018413) cpne3 (ENSFHEG00000018465) idi1 (ENSFHEG00000018499) #29 wdr37 (ENSFHEG00000018542) #30 ENSFHEG00000018564 #31 ENSFHEG00000000478 PFKP (ENSFHEG00000018751) klf6a (ENSFHEG00000018797) fzd8a (ENSFHEG00000018826) #17 GJD4 (ENSFHEG00000018831) #18 CCNY (ENSFHEG00000018911) #19 ENSFHEG00000018932 CUL2 (ENSFHEG00000019153) #21 ENSFHEG00000019172 ##22 nrp1a (ENSFHEG00000019269) #24 itgb1a (ENSFHEG00000019398) #34 rab18a (ENSFHEG00000019455) ODAD2 (ENSFHEG00000019468) Oryzias ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00390000005651.m ENSGT00520000062345 ENSGT00940000154635.a ENSGT00950000182992.a.b.b ENSGT00940000154968.h.a ENSGT00940000154968.g ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000164184 ENSGT00940000156227.f ENSGT00940000156625 ENSGT00940000156232.b.f ENSGT00440000037780.a ENSGT00940000154101.b.d ENSGT00940000166891.a ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000157657.d ENSGT00940000160837 ENSGT00940000154801.o.b ENSGT00950000182860.a.a.b.a.b.b Oryzias_b ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000154635.a ENSGT00950000182992.a.b.b ENSGT00940000154968.h.a ENSGT00940000154968.g ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00950000183145.A.a ENSGT01030000234785.j ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000164184 ENSGT00940000156227.f ENSGT00940000156625 ENSGT00940000156232.b.f ENSGT00440000037780.a ENSGT00940000154101.b.d ENSGT00940000166891.a ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000157657.d ENSGT00940000160837 ENSGT00940000154801.o.b ENSGT00950000182860.a.a.b.a.b.b Indian medaka MODERN SPECIES 14 cpne3 (ENSOMEG00000019357) idi1 (ENSOMEG00000019396) #29 wdr37 (ENSOMEG00000019446) #30 ADARB2 (ENSOMEG00000019523) #31 ENSOMEG00000019559 ENSOMEG00000019574 ENSOMEG00000019614 ENSOMEG00000019645 ENSOMEG00000019655 PFKP (ENSOMEG00000019824) klf6a (ENSOMEG00000019878) fzd8a (ENSOMEG00000019892) #17 GJD4 (ENSOMEG00000019900) #18 CCNY (ENSOMEG00000019995) #19 CUL2 (ENSOMEG00000020087) #21 ENSOMEG00000020201 ##22 ENSOMEG00000020234 nrp1a (ENSOMEG00000020413) #24 itgb1a (ENSOMEG00000020566) #34 rab18a (ENSOMEG00000020605) mkxa (ENSOMEG00000020619) ODAD2 (ENSOMEG00000020718) mpp7a (ENSOMEG00000020874) waca (ENSOMEG00000020923) SLC12A7 (ENSOMEG00000021232) bambia (ENSOMEG00000021276) ENSOMEG00000021297 MTPAP (ENSOMEG00000021317) MAP3K8 (ENSOMEG00000021342) GFOD1 (ENSOMEG00000021357) KIF5B (ENSOMEG00000021430) Javanese ricefish MODERN SPECIES 12 rmdn1 (ENSOJAG00000006157) cpne3 (ENSOJAG00000006769) cpne3 (ENSOJAG00000010882) idi1 (ENSOJAG00000011069) #29 wdr37 (ENSOJAG00000011131) #30 ADARB2 (ENSOJAG00000011416) #31 ENSOJAG00000011524 ENSOJAG00000011548 ENSOJAG00000011825 PFKP (ENSOJAG00000011925) klf6a (ENSOJAG00000015052) fzd8a (ENSOJAG00000015080) #17 GJD4 (ENSOJAG00000015095) #18 CCNY (ENSOJAG00000015111) #19 CUL2 (ENSOJAG00000015176) #21 ENSOJAG00000015274 ##22 ENSOJAG00000015363 nrp1a (ENSOJAG00000015437) #24 itgb1a (ENSOJAG00000016103) #34 rab18a (ENSOJAG00000017204) mkxa (ENSOJAG00000017251) ODAD2 (ENSOJAG00000017301) mpp7a (ENSOJAG00000017541) waca (ENSOJAG00000017804) SLC12A7 (ENSOJAG00000017912) MAP3K8 (ENSOJAG00000019455) MTPAP (ENSOJAG00000019478) ENSOJAG00000019497 bambia (ENSOJAG00000019504) waca (ENSOJAG00000019549) ENSOJAG00000019580 Oryzias_a ANCESTRAL SPECIES 55 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT01090000260098.B.b #18 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ENSGT00940000154968.g ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000156952.a.a #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000164184 ENSGT00940000156227.f ENSGT00940000178459 ENSGT00940000156232.b.f.a.c ENSGT00940000156625 ENSGT00940000156232.b.f.b ENSGT00440000037780.a ENSGT00940000154101.b.d ENSGT00940000166891.a ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000014526 Zebra mbuna MODERN SPECIES 1112 WWP1 (ENSMZEG00005016946) rmdn1 (ENSMZEG00005016961) cpne3 (ENSMZEG00005016990) cpne3 (ENSMZEG00005017000) cpne3 (ENSMZEG00005017027) idi1 (ENSMZEG00005017046) #29 wdr37 (ENSMZEG00005017050) #30 ADARB2 (ENSMZEG00005017069) #31 PFKP (ENSMZEG00005017086) klf6a (ENSMZEG00005017118) fzd8a 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(ENSONIG00000003727) mpp7a (ENSONIG00000003735) ODAD2 (ENSONIG00000003729) ENSONIG00000034238 waca (ENSONIG00000003741) bambia (ENSONIG00000003743) ENSONIG00000032435 ENSONIG00000028545 MTPAP (ENSONIG00000003744) map3k8 (ENSONIG00000003745) ENSONIG00000003748 znf438 (ENSONIG00000003765) Midas cichlid MODERN SPECIES 583 PFKP (ENSACIG00000024232) klf6a (ENSACIG00000024238) fzd8a (ENSACIG00000024241) #17 GJD4 (ENSACIG00000024243) #18 CCNY (ENSACIG00000024245) #19 ENSACIG00000024247 #20 CUL2 (ENSACIG00000024249) #21 ENSACIG00000024252 ##22 Pomacentridae ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000154635.a ENSGT00950000182992.a.b.b ENSGT00940000154968.h.b ENSGT00940000154968.h.a ENSGT00940000154968.g ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000156952.a.a #20 ENSGT00940000154926.f #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b 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ENSGT00950000182860.a.a.b.a.b.b ENSGT00950000183208.B.f.a Clown anemonefish MODERN SPECIES 3534 GJD4 (ENSAOCG00000016752) #18 CCNY (ENSAOCG00000016718) #19 ENSAOCG00000016636 #20 ENSAOCG00000016605 #21 ENSAOCG00000016513 ##22 nrp1a (ENSAOCG00000016425) #24 itgb1a (ENSAOCG00000016345) #34 rab18a (ENSAOCG00000016233) mkxa (ENSAOCG00000016201) ODAD2 (ENSAOCG00000016163) mpp7a (ENSAOCG00000016102) waca (ENSAOCG00000015964) bambia (ENSAOCG00000015942) ENSAOCG00000015920 ENSAOCG00000015894 ENSAOCG00000015878 ENSAOCG00000015852 SLC12A7 (ENSAOCG00000015773) GFOD1 (ENSAOCG00000015543) ENSAOCG00000015532 Orange clownfish MODERN SPECIES 14 rmdn1 (ENSAPEG00000006639) CPNE3 (ENSAPEG00000006600) ENSAPEG00000006584 cpne3 (ENSAPEG00000006519) cpne3 (ENSAPEG00000006424) idi1 (ENSAPEG00000006388) #29 wdr37 (ENSAPEG00000006326) #30 ADARB2 (ENSAPEG00000006268) #31 PFKP (ENSAPEG00000006138) klf6a (ENSAPEG00000006098) fzd8a (ENSAPEG00000006067) #17 GJD4 (ENSAPEG00000006055) #18 CCNY (ENSAPEG00000006005) #19 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ENSGT00940000154968.h.a ENSGT00940000154968.g ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT00940000163301.d.a.a.i.a ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000156952.a.a #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000164184 ENSGT00940000156227.f ENSGT00940000156625 ENSGT00940000156232.b.f ENSGT00440000037780.a ENSGT00940000154101.b.d ENSGT00940000166891.a ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000014526 ENSGT00950000183208.B.f.a ENSGT00950000182860.a.a.b.a.b.b Eupercaria ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00950000182992.a.b.b ENSGT00940000154968.h.b ENSGT00940000154968.h.a ENSGT00940000154968.g ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT00940000163301.d.a.a.i.a ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000156952.a.a #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000164184 ENSGT00940000156227.f ENSGT00940000156625 ENSGT00940000156232.b.f ENSGT00440000037780.a ENSGT00940000154101.b.d ENSGT00940000166891.a ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000014526 ENSGT00950000183208.B.f.a ENSGT00950000182860.a.a.b.a.b.b Tetraodontidae ANCESTRAL SPECIES 143 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000164184 ENSGT00940000156227.f ENSGT00940000156232.b.f ENSGT00440000037780.a ENSGT00940000154101.b.d ENSGT00940000158806 ENSGT00940000158582 ENSGT00940000166891.a Fugu MODERN SPECIES 1 klf6a (ENSTRUG00000021570) fzd8a (ENSTRUG00000011564) #17 GJD4 (ENSTRUG00000020169) #18 CCNY (ENSTRUG00000027825) #19 CUL2 (ENSTRUG00000011837) #21 ENSTRUG00000027530 ENSTRUG00000031069 ENSTRUG00000031791 ENSTRUG00000029713 ENSTRUG00000027909 ENSTRUG00000028313 ENSTRUG00000012047 ENSTRUG00000029393 ENSTRUG00000028907 ENSTRUG00000029964 ENSTRUG00000002885 ##22 nrp1a (ENSTRUG00000002836) #24 itgb1a (ENSTRUG00000004551) #34 mkxa (ENSTRUG00000004560) rab18a (ENSTRUG00000004984) ENSTRUG00000030866 ENSTRUG00000031405 ODAD2 (ENSTRUG00000004452) ENSTRUG00000028053 mpp7a (ENSTRUG00000004016) waca (ENSTRUG00000003570) bambia (ENSTRUG00000032606) ENSTRUG00000030614 MAP3K8 (ENSTRUG00000003034) MTPAP (ENSTRUG00000002765) ENSTRUG00000027791 Tetraodon MODERN SPECIES 26 abca4a (ENSTNIG00000008739) ENSTNIG00000008738 ENSTNIG00000008736 ENSTNIG00000008734 cpne3 (ENSTNIG00000008732) cpne3 (ENSTNIG00000008731) idi1 (ENSTNIG00000008730) #29 wdr37 (ENSTNIG00000008729) #30 ADARB2 (ENSTNIG00000008728) #31 PFKP (ENSTNIG00000008727) klf6a (ENSTNIG00000008726) ENSTNIG00000008724 #18 CCNY (ENSTNIG00000008723) #19 CUL2 (ENSTNIG00000008722) #21 ENSTNIG00000008721 ENSTNIG00000008720 ##22 nrp1a (ENSTNIG00000008719) #24 itgb1a (ENSTNIG00000008718) #34 rab18a (ENSTNIG00000008717) mkxa (ENSTNIG00000008716) ENSTNIG00000008715 rbm46 (ENSTNIG00000008714) mpp7a (ENSTNIG00000008713) waca (ENSTNIG00000008712) bambia (ENSTNIG00000008711) MAP3K8 (ENSTNIG00000008710) MTPAP (ENSTNIG00000008709) ENSTNIG00000008708 ENSTNIG00000001515 ENSTNIG00000008707 ENSTNIG00000008706 Eupecaria_A ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00950000182992.a.b.b ENSGT00940000154968.h.b ENSGT00940000154968.h.a ENSGT00940000154968.g ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT00940000163301.d.a.a.i.a ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000156952.a.a #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000164184 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ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000164184 ENSGT00940000156227.f ENSGT00940000156625 ENSGT00940000156232.b.f ENSGT00440000037780.a ENSGT00940000154101.b.d ENSGT00940000166891.a ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 Lumpfish MODERN SPECIES 12 cpne3 (ENSCLMG00005020505) idi1 (ENSCLMG00005021204) #29 wdr37 (ENSCLMG00005021208) #30 ADARB2 (ENSCLMG00005021290) #31 PFKP (ENSCLMG00005021448) klf6a (ENSCLMG00005021558) ENSCLMG00005021560 ENSCLMG00005021561 ENSCLMG00005021562 fzd8a (ENSCLMG00005021565) #17 GJD4 (ENSCLMG00005021567) #18 CCNY (ENSCLMG00005001585) #19 ENSCLMG00005001615 CUL2 (ENSCLMG00005001641) #21 ENSCLMG00005001670 ENSCLMG00005001774 ##22 nrp1a (ENSCLMG00005002423) #24 itgb1a (ENSCLMG00005002469) #34 rab18a (ENSCLMG00005007234) mkxa (ENSCLMG00005007249) ENSCLMG00005007253 mpp7a (ENSCLMG00005007262) waca (ENSCLMG00005007354) bambia (ENSCLMG00005007361) ENSCLMG00005007363 ENSCLMG00005007364 ENSCLMG00005007365 ENSCLMG00005007367 ENSCLMG00005007376 znf438 (ENSCLMG00005007682) zeb1b (ENSCLMG00005007683) Stickleback MODERN SPECIES 20 snx16 (ENSGACG00000001871) WWP1 (ENSGACG00000001862) rmdn1 (ENSGACG00000001858) CPNE3 (ENSGACG00000001854) ENSGACG00000001852 cpne3 (ENSGACG00000001848) cpne3 (ENSGACG00000001836) idi1 (ENSGACG00000001814) #29 wdr37 (ENSGACG00000001809) #30 ADARB2 (ENSGACG00000001798) #31 PFKP (ENSGACG00000001786) klf6a (ENSGACG00000001778) fzd8a (ENSGACG00000001776) #17 CCNY (ENSGACG00000001760) #19 CUL2 (ENSGACG00000001722) #21 ENSGACG00000001718 ##22 nrp1a (ENSGACG00000001712) #24 itgb1a (ENSGACG00000001700) #34 rab18a (ENSGACG00000001694) mkxa (ENSGACG00000001691) ODAD2 (ENSGACG00000001687) mpp7a (ENSGACG00000001679) waca (ENSGACG00000001666) bambia (ENSGACG00000001662) MTPAP (ENSGACG00000001658) MAP3K8 (ENSGACG00000001656) ENSGACG00000001655 RSU1 (ENSGACG00000001652) ENSGACG00000001651 ENSGACG00000001650 ENSGACG00000001646 Perciformes_a ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000154635.a ENSGT00950000182992.a.b.b ENSGT00940000154968.h.b ENSGT00940000154968.h.a ENSGT00940000154968.g ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000158200 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000164184 ENSGT00940000156227.f ENSGT00940000156625 ENSGT00940000156232.b.f ENSGT00440000037780.a ENSGT00940000154101.b.d Pike perch MODERN SPECIES 109 CUL2 (ENSSLUG00000019040) #21 ENSSLUG00000019393 ##22 nrp1a (ENSSLUG00000019537) #24 itgb1a (ENSSLUG00000019734) #34 rab18a (ENSSLUG00000021765) mkxa (ENSSLUG00000021777) ODAD2 (ENSSLUG00000021802) mpp7a (ENSSLUG00000021872) ENSSLUG00000021876 waca (ENSSLUG00000021887) bambia (ENSSLUG00000021907) HECW1 (ENSSLUG00000021914) ENSSLUG00000021933 lancl2 (ENSSLUG00000021934) tgfbr1b (ENSSLUG00000021963) ENSSLUG00000022397 RECK (ENSSLUG00000022455) Channel bull blenny MODERN SPECIES 12 WWP1 (ENSCGOG00000003186) rmdn1 (ENSCGOG00000008363) cpne3 (ENSCGOG00000008477) cpne3 (ENSCGOG00000013426) cpne3 (ENSCGOG00000016649) idi1 (ENSCGOG00000017405) #29 wdr37 (ENSCGOG00000017409) #30 ADARB2 (ENSCGOG00000017656) #31 PFKP (ENSCGOG00000017713) klf6a (ENSCGOG00000019252) fzd8a (ENSCGOG00000019255) #17 GJD4 (ENSCGOG00000019258) #18 CCNY (ENSCGOG00000019263) #19 ENSCGOG00000019371 CUL2 (ENSCGOG00000019393) #21 ENSCGOG00000019878 ##22 nrp1a (ENSCGOG00000019992) #24 itgb1a (ENSCGOG00000020904) #34 rab18a (ENSCGOG00000022425) mkxa (ENSCGOG00000022478) ODAD2 (ENSCGOG00000022486) ENSCGOG00000022521 mpp7a (ENSCGOG00000022531) waca (ENSCGOG00000022719) bambia (ENSCGOG00000022780) MAP3K8 (ENSCGOG00000022786) MTPAP (ENSCGOG00000022792) zgc:113274 (ENSCGOG00000022798) ENSCGOG00000022802 ENSCGOG00000022810 znf438 (ENSCGOG00000022811) Eupecaria_C ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00950000182992.a.b.b ENSGT00940000154968.h.b ENSGT00940000154968.h.a ENSGT00940000154968.g ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT00940000163301.d.a.a.i.a ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000156952.a.a #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000164184 ENSGT00940000156227.f ENSGT00940000156625 ENSGT00940000156232.b.f ENSGT00440000037780.a ENSGT00940000154101.b.d ENSGT00940000166891.a ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000014526 ENSGT00950000183208.B.f.a ENSGT00950000182860.a.a.b.a.b.b Eupercaria_incertae_sedis ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00950000182992.a.b.b ENSGT00940000154968.h.b ENSGT00940000154968.h.a ENSGT00940000154968.g ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT00940000163301.d.a.a.i.a ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000156952.a.a #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000164184 ENSGT00940000156227.f ENSGT00940000156625 ENSGT00940000156232.b.f ENSGT00440000037780.a ENSGT00940000154101.b.d ENSGT00940000166891.a ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000014526 ENSGT00950000183208.B.f.a ENSGT00950000182860.a.a.b.a.b.b European seabass MODERN SPECIES 8 rmdn1 (ENSDLAG00005019218) CPNE3 (ENSDLAG00005015600) idi1 (ENSDLAG00005027055) #29 wdr37 (ENSDLAG00005015290) #30 ADARB2 (ENSDLAG00005015276) #31 ENSDLAG00005033093 PFKP (ENSDLAG00005007594) klf6a (ENSDLAG00005007348) fzd8a (ENSDLAG00005007345) #17 ENSDLAG00005006031 GJD4 (ENSDLAG00005005969) #18 CCNY (ENSDLAG00005005878) #19 CREM (ENSDLAG00005005857) #20 CUL2 (ENSDLAG00005005640) #21 ENSDLAG00005027399 ENSDLAG00005004207 ##22 nrp1a (ENSDLAG00005001072) #24 itgb1a (ENSDLAG00005000845) #34 rab18a (ENSDLAG00005031437) mkxa (ENSDLAG00005000793) ODAD2 (ENSDLAG00005000776) mpp7a (ENSDLAG00005000682) waca (ENSDLAG00005000616) BAMBI (ENSDLAG00005032379) ENSDLAG00005000592 MTPAP (ENSDLAG00005000587) MAP3K8 (ENSDLAG00005031355) ENSDLAG00005015584 ZNF438 (ENSDLAG00005016082) ZEB1 (ENSDLAG00005016131) ARHGAP12 (ENSDLAG00005016174) Large yellow croaker MODERN SPECIES 494 cpne3 (ENSLCRG00005023842) cpne3 (ENSLCRG00005023849) idi1 (ENSLCRG00005023852) #29 wdr37 (ENSLCRG00005023853) #30 ADARB2 (ENSLCRG00005023856) #31 ENSLCRG00005023860 PFKP (ENSLCRG00005023874) klf6a (ENSLCRG00005023877) fzd8a (ENSLCRG00005023878) #17 ENSLCRG00005023879 GJD4 (ENSLCRG00005023880) #18 CCNY (ENSLCRG00005023881) #19 ENSLCRG00005023882 CUL2 (ENSLCRG00005023883) #21 CREM (ENSLCRG00005023884) #20 ENSLCRG00005023885 ##22 nrp1a (ENSLCRG00005023891) #24 itgb1a (ENSLCRG00005023903) #34 ENSLCRG00005023923 #34 rab18a (ENSLCRG00005023926) mkxa (ENSLCRG00005023930) ODAD2 (ENSLCRG00005001428) ENSLCRG00005001485 mpp7a (ENSLCRG00005001636) waca (ENSLCRG00005003948) bambia (ENSLCRG00005004036) ENSLCRG00005004037 ENSLCRG00005004038 ENSLCRG00005004039 MAP3K8 (ENSLCRG00005004040) MTPAP (ENSLCRG00005004042) Gilthead seabream MODERN SPECIES 10 ENSSAUG00010027510 WWP1 (ENSSAUG00010027384) rmdn1 (ENSSAUG00010027351) cpne3 (ENSSAUG00010027292) idi1 (ENSSAUG00010027280) #29 wdr37 (ENSSAUG00010027278) #30 ADARB2 (ENSSAUG00010027274) #31 PFKP (ENSSAUG00010026480) klf6a (ENSSAUG00010026463) fzd8a (ENSSAUG00010026462) #17 ENSSAUG00010026449 GJD4 (ENSSAUG00010026447) #18 CCNY (ENSSAUG00010026446) #19 ENSSAUG00010026444 CUL2 (ENSSAUG00010026437) #21 ENSSAUG00010026390 ##22 nrp1a (ENSSAUG00010026354) #24 itgb1a (ENSSAUG00010025771) #34 rab18a (ENSSAUG00010025752) mkxa (ENSSAUG00010025751) ODAD2 (ENSSAUG00010025748) mpp7a (ENSSAUG00010025557) waca (ENSSAUG00010025494) bambia (ENSSAUG00010025493) ENSSAUG00010025492 ENSSAUG00010025491 MAP3K8 (ENSSAUG00010025490) MTPAP (ENSSAUG00010025488) stk17a (ENSSAUG00010025487) HECW1 (ENSSAUG00010025483) ENSSAUG00010025482 Percomorphaceae_D ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00950000182992.a.b.b ENSGT00940000154968.h.b ENSGT00940000154968.h.a ENSGT00940000154968.g ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT00940000163301.d.a.a.i.a ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000156952.a.a #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000164184 ENSGT00940000156227.f ENSGT00940000156625 ENSGT00940000156232.b.f ENSGT00440000037780.a ENSGT00940000154101.b.d ENSGT00940000166891.a ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000014526 ENSGT00950000183208.B.f.a ENSGT00950000182860.a.a.b.a.b.b Carangaria ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00950000182992.a.b.b ENSGT00940000154968.h.b ENSGT00940000154968.h.a ENSGT00940000154968.g ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT00940000163301.d.a.a.i.a ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000156952.a.a #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000164184 ENSGT00940000156227.f ENSGT00940000156625 ENSGT00940000156232.b.f ENSGT00440000037780.a ENSGT00940000154101.b.d ENSGT00940000166891.a ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00390000014526 ENSGT00950000183208.B.f.a ENSGT00950000182860.a.a.b.a.b.b ENSGT00940000154801.o.b Carangaria_A ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00950000182992.a.b.b ENSGT00940000154968.h.b ENSGT00940000154968.h.a ENSGT00940000154968.g ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT00940000163301.d.a.a.i.a ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000156952.a.a #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000164184 ENSGT00940000156227.f ENSGT00940000156625 ENSGT00940000156232.b.f ENSGT00440000037780.a ENSGT00940000154101.b.d ENSGT00940000158806 ENSGT00940000158582 ENSGT00940000166891.a ENSGT00390000014526 ENSGT00950000183208.B.f.a ENSGT00950000182860.a.a.b.a.b.b ENSGT00940000154801.o.b Seriola ANCESTRAL SPECIES 49 ENSGT00950000182992.a.b.b ENSGT00940000154968.h.b ENSGT00940000154968.h.a ENSGT00940000154968.g ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT00940000163301.d.a.a.i.a ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000156952.a.a #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000164184 ENSGT00940000156227.f ENSGT00940000156625 ENSGT00940000156232.b.f ENSGT00440000037780.a ENSGT00940000154101.b.d ENSGT00940000158806 ENSGT00940000158582 ENSGT00940000166891.a ENSGT00940000154653 ENSGT00390000014526 ENSGT00950000183208.B.f.a ENSGT00950000182860.a.a.b.a.b.b Greater amberjack MODERN SPECIES 81 CPNE3 (ENSSDUG00000004932) ENSSDUG00000004917 cpne3 (ENSSDUG00000004855) idi1 (ENSSDUG00000004801) #29 wdr37 (ENSSDUG00000004752) #30 ADARB2 (ENSSDUG00000004719) #31 PFKP (ENSSDUG00000004613) klf6a (ENSSDUG00000004573) fzd8a (ENSSDUG00000004557) #17 ENSSDUG00000004521 GJD4 (ENSSDUG00000004509) #18 CCNY (ENSSDUG00000004439) #19 ENSSDUG00000004401 #20 CUL2 (ENSSDUG00000004312) #21 ENSSDUG00000004271 ENSSDUG00000004086 ##22 ENSSDUG00000004039 ENSSDUG00000004031 nrp1a (ENSSDUG00000003937) #24 itgb1a (ENSSDUG00000003862) #34 rab18a (ENSSDUG00000003823) mkxa (ENSSDUG00000003786) ODAD2 (ENSSDUG00000003701) mpp7a (ENSSDUG00000003631) waca (ENSSDUG00000003584) bambia (ENSSDUG00000003562) MAP3K8 (ENSSDUG00000003530) MTPAP (ENSSDUG00000003515) ENSSDUG00000003458 ENSSDUG00000003320 znf438 (ENSSDUG00000003284) Yellowtail amberjack MODERN SPECIES 2903 cpne3 (ENSSLDG00000008213) cpne3 (ENSSLDG00000008161) ENSSLDG00000008128 cpne3 (ENSSLDG00000008090) idi1 (ENSSLDG00000008051) #29 wdr37 (ENSSLDG00000008009) #30 ADARB2 (ENSSLDG00000007961) #31 PFKP (ENSSLDG00000007739) klf6a (ENSSLDG00000007660) fzd8a (ENSSLDG00000007634) #17 ENSSLDG00000007581 GJD4 (ENSSLDG00000007560) #18 CCNY (ENSSLDG00000007499) #19 CREM (ENSSLDG00000007463) #20 CUL2 (ENSSLDG00000007360) #21 ENSSLDG00000007263 ##22 nrp1a (ENSSLDG00000007158) #24 itgb1a (ENSSLDG00000007027) #34 rab18a (ENSSLDG00000006977) Barramundi perch MODERN SPECIES 120 WWP1 (ENSLCAG00010026914) rmdn1 (ENSLCAG00010027084) cpne3 (ENSLCAG00010027099) cpne3 (ENSLCAG00010027149) idi1 (ENSLCAG00010027189) #29 wdr37 (ENSLCAG00010027203) #30 ADARB2 (ENSLCAG00010027217) #31 PFKP (ENSLCAG00010027542) klf6a (ENSLCAG00010027733) fzd8a (ENSLCAG00010027734) #17 ENSLCAG00010027735 GJD4 (ENSLCAG00010027744) #18 CCNY (ENSLCAG00010027747) #19 ENSLCAG00010027752 #20 CUL2 (ENSLCAG00010027753) #21 ENSLCAG00010027754 ##22 nrp1a (ENSLCAG00010027755) #24 itgb1a (ENSLCAG00010027758) #34 rab18a (ENSLCAG00010027762) mkxa (ENSLCAG00010027763) ODAD2 (ENSLCAG00010027765) mpp7a (ENSLCAG00010027773) ENSLCAG00010027775 waca (ENSLCAG00010027780) bambia (ENSLCAG00010027786) Pleuronectoidei ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000154968.h.b ENSGT00940000154968.h.a ENSGT00940000154968.g ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00940000178206 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT00940000163301.d.a.a.i.a ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000155408.p ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000164184 ENSGT00940000156227.f ENSGT00940000156625 ENSGT00940000156232.b.f ENSGT00440000037780.a ENSGT00940000154101.b.d ENSGT00940000166891.a ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000014526 ENSGT00950000183208.B.f.a ENSGT00950000182860.a.a.b.a.b.b Turbot MODERN SPECIES 13 WWP1 (ENSSMAG00000001812) rmdn1 (ENSSMAG00000001846) CPNE3 (ENSSMAG00000001878) CPNE3 (ENSSMAG00000001970) CPNE3 (ENSSMAG00000002070) idi1 (ENSSMAG00000002150) #29 wdr37 (ENSSMAG00000002159) #30 ADARB2 (ENSSMAG00000002201) #31 PFKP (ENSSMAG00000002235) klf6a (ENSSMAG00000002323) ENSSMAG00000002347 #17 ENSSMAG00000024220 ENSSMAG00000002402 #18 ENSSMAG00000002517 CUL2 (ENSSMAG00000002533) #21 ENSSMAG00000002652 ##22 nrp1a (ENSSMAG00000002795) #24 itgb1a (ENSSMAG00000002905) #34 rab18a (ENSSMAG00000002969) mkxa (ENSSMAG00000003003) ODAD2 (ENSSMAG00000003033) mpp7a (ENSSMAG00000003071) waca (ENSSMAG00000003132) bambia (ENSSMAG00000003169) ENSSMAG00000003196 MTPAP (ENSSMAG00000003235) MAP3K8 (ENSSMAG00000003241) ENSSMAG00000003291 ZNF438 (ENSSMAG00000003357) ZEB1 (ENSSMAG00000003369) ARHGAP12 (ENSSMAG00000003399) Tongue sole MODERN SPECIES 13 spag6 (ENSCSEG00000012381) cpne3 (ENSCSEG00000012368) cpne3 (ENSCSEG00000012142) idi1 (ENSCSEG00000012096) #29 ENSCSEG00000012088 wdr37 (ENSCSEG00000012072) #30 ENSCSEG00000012063 ADARB2 (ENSCSEG00000012042) #31 PFKP (ENSCSEG00000012016) klf6a (ENSCSEG00000012014) fzd8a (ENSCSEG00000012010) #17 GJD4 (ENSCSEG00000012008) #18 CCNY (ENSCSEG00000011970) #19 ENSCSEG00000011959 CUL2 (ENSCSEG00000011939) #21 ENSCSEG00000011895 ##22 nrp1a (ENSCSEG00000011863) #24 itgb1a (ENSCSEG00000011836) #34 rab18a (ENSCSEG00000011816) ENSCSEG00000011805 ENSCSEG00000011793 MMP16 (ENSCSEG00000011762) pomp (ENSCSEG00000011742) NSMAF (ENSCSEG00000011685) ENSCSEG00000011674 ENSCSEG00000011646 ENSCSEG00000011632 fam168b (ENSCSEG00000011621) fbxo45 (ENSCSEG00000011615) sh3glb1a (ENSCSEG00000011593) nrros (ENSCSEG00000011582) Anabantaria ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00520000062345 ENSGT00940000154635.a ENSGT00950000182992.a.b.b ENSGT00940000154968.h.b ENSGT00940000154968.h.a ENSGT00940000154968.g ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000164184 ENSGT00940000156227.f ENSGT00940000156625 ENSGT00940000156232.b.f ENSGT00440000037780.a ENSGT00940000154101.b.d ENSGT00940000166891.a ENSGT00940000158582 ENSGT00940000158806 ENSGT00940000154653 ENSGT00390000014526 ENSGT00950000183208.B.f.a ENSGT00950000182860.a.a.b.a.b.b Anabantoidei ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00520000062345 ENSGT00940000154635.a ENSGT00950000182992.a.b.b ENSGT00940000154968.h.b ENSGT00940000154968.h.a ENSGT00940000154968.g ENSGT00390000008527 #29 ENSGT00930000150950.a.c #30 ENSGT00940000157252.m.b #31 ENSGT00940000155002.b.e.a ENSGT00940000158085.b.a ENSGT00940000161191.A.a.a #17 ENSGT01090000260098.B.b #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.e.a #19 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.b #34 ENSGT00940000164184 ENSGT00940000156227.f ENSGT00940000156625 ENSGT00940000156232.b.f ENSGT00440000037780.a ENSGT00940000154101.b.d Climbing perch MODERN SPECIES 11 rmdn1 (ENSATEG00000022525) CPNE3 (ENSATEG00000022512) CPNE3 (ENSATEG00000022475) CPNE3 (ENSATEG00000022435) idi1 (ENSATEG00000022421) #29 wdr37 (ENSATEG00000022402) #30 ADARB2 (ENSATEG00000022366) #31 PFKP (ENSATEG00000022251) klf6a (ENSATEG00000029659) ENSATEG00000027627 fzd8a (ENSATEG00000022178) #17 GJD4 (ENSATEG00000030023) #18 CCNY (ENSATEG00000022136) #19 ENSATEG00000022120 CUL2 (ENSATEG00000022090) #21 ENSATEG00000022016 ##22 nrp1a (ENSATEG00000021963) #24 itgb1a (ENSATEG00000021926) #34 rab18a (ENSATEG00000021911) mkxa (ENSATEG00000021895) ODAD2 (ENSATEG00000021875) mpp7a (ENSATEG00000021843) waca (ENSATEG00000021801) bambia (ENSATEG00000021782) ENSATEG00000021546 ENSATEG00000021481 abca4a (ENSATEG00000021434) ENSATEG00000021406 olfm3a (ENSATEG00000021391) col11a1a (ENSATEG00000029520) rnpc3 (ENSATEG00000021263) Zig-zag eel MODERN SPECIES 12 WWP1 (ENSMAMG00000016039) rmdn1 (ENSMAMG00000016005) CPNE3 (ENSMAMG00000015974) CPNE3 (ENSMAMG00000015938) CPNE3 (ENSMAMG00000015170) idi1 (ENSMAMG00000015131) #29 wdr37 (ENSMAMG00000015108) #30 ADARB2 (ENSMAMG00000015084) #31 ENSMAMG00000025673 PFKP (ENSMAMG00000014931) klf6a (ENSMAMG00000014905) ENSMAMG00000025427 ENSMAMG00000014799 #17 CCNY (ENSMAMG00000028604) #19 CUL2 (ENSMAMG00000014673) #21 ENSMAMG00000014597 ##22 ENSMAMG00000014560 nrp1a (ENSMAMG00000014435) #24 itgb1a (ENSMAMG00000014352) #34 rab18a (ENSMAMG00000027332) mkxa (ENSMAMG00000014295) ODAD2 (ENSMAMG00000014237) mpp7a (ENSMAMG00000014111) waca (ENSMAMG00000014054) bambia (ENSMAMG00000014034) ENSMAMG00000014010 MTPAP (ENSMAMG00000013994) MAP3K8 (ENSMAMG00000013963) ZNF438 (ENSMAMG00000013952) ZEB1 (ENSMAMG00000013924) KIF5B (ENSMAMG00000013863) Tiger tail seahorse MODERN SPECIES 107 ADARB2 (ENSHCOG00000020344) #31 PFKP (ENSHCOG00000020330) klf6a (ENSHCOG00000020293) fzd8a (ENSHCOG00000020283) #17 GJD4 (ENSHCOG00000020277) #18 CCNY (ENSHCOG00000020260) #19 ENSHCOG00000020207 #20 CUL2 (ENSHCOG00000020195) #21 ENSHCOG00000020152 ##22 Pinecone sodierfish MODERN SPECIES 12 ENSMMDG00005024922 WWP1 (ENSMMDG00005024670) rmdn1 (ENSMMDG00005024669) cpne3 (ENSMMDG00005024656) cpne3 (ENSMMDG00005024539) idi1 (ENSMMDG00005024524) #29 wdr37 (ENSMMDG00005024517) #30 ADARB2 (ENSMMDG00005024483) #31 PFKP (ENSMMDG00005024423) klf6a (ENSMMDG00005024403) fzd8a (ENSMMDG00005024401) #17 GJD4 (ENSMMDG00005024400) #18 CCNY (ENSMMDG00005024399) #19 CREM (ENSMMDG00005024395) #20 CUL2 (ENSMMDG00005024390) #21 ENSMMDG00005024355 ##22 ENSMMDG00005024342 nrp1a (ENSMMDG00005024274) #24 itgb1a (ENSMMDG00005024151) #34 rab18a (ENSMMDG00005024133) mkxa (ENSMMDG00005024132) ODAD2 (ENSMMDG00005024129) mpp7a (ENSMMDG00005023805) waca (ENSMMDG00005023784) bambia (ENSMMDG00005023778) ENSMMDG00005023777 MTPAP (ENSMMDG00005023773) MAP3K8 (ENSMMDG00005023768) ENSMMDG00005023155 znf438 (ENSMMDG00005023095) zeb1b (ENSMMDG00005023086) Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.a.a.b ##22 Osteoglossiformes ANCESTRAL SPECIES 227 ENSGT00940000160269.c ENSGT00940000157819 ENSGT00940000154674.q.b ENSGT00940000156601.q ENSGT00390000008527.a #29 ENSGT00930000150950.a.a #30 ENSGT00940000157252.n #31 ENSGT00940000155002.b.e.a.a ENSGT00390000018381.d ENSGT00940000158085.b.a ENSGT00940000161191.A.b #17 ENSGT01090000260098.B.a #18 ENSGT00940000154453.a.b.b.c #19 ENSGT00940000156952.a.a #20 ENSGT00940000154926 #21 ENSGT00950000183214.a.a.b ##22 ENSGT00940000157169.c #24 ENSGT01090000259987.a.b.d.b.a.m #34 ENSGT01090000259987.a.b.c #34 ENSGT00940000155003.e.a.b.b ENSGT00950000182860.a.a.b.c ENSGT00950000183208.B.c ENSGT00390000014526.f Asian bonytongue MODERN SPECIES 10 zic1 (ENSSFOG00015024595) cpb1 (ENSSFOG00015014671) gyg1b (ENSSFOG00015014724) NCK1 (ENSSFOG00015014765) slc35g2b (ENSSFOG00015009757) idi1 (ENSSFOG00015014785) #29 wdr37 (ENSSFOG00015014826) #30 ADARB2 (ENSSFOG00015014917) #31 ENSSFOG00015031342 pitrm1 (ENSSFOG00015015433) klf6a (ENSSFOG00015032263) fzd8a (ENSSFOG00015015542) #17 CCNY (ENSSFOG00015011386) #19 CREM (ENSSFOG00015026658) #20 CUL2 (ENSSFOG00015015632) #21 ENSSFOG00015015771 ##22 ENSSFOG00015026031 nrp1a (ENSSFOG00015015988) #24 ITGB1 (ENSSFOG00015016121) #34 ENSSFOG00015016230 #34 EPC1 (ENSSFOG00015016625) KIF5B (ENSSFOG00015005922) ENSSFOG00015027777 ARHGAP12 (ENSSFOG00015016810) ZEB1 (ENSSFOG00015016850) SVIL (ENSSFOG00015016888) cops5 (ENSSFOG00015016976) ppp1r42 (ENSSFOG00015017009) ENSSFOG00015025546 MCMDC2 (ENSSFOG00015017040) ENSSFOG00015031515 P. kingsleyae MODERN SPECIES 8 cpb1 (ENSPKIG00000009744) gyg1b (ENSPKIG00000009781) ENSPKIG00000009829 slc35g2b (ENSPKIG00000009859) idi1 (ENSPKIG00000009890) #29 wdr37 (ENSPKIG00000009973) #30 ADARB2 (ENSPKIG00000010135) #31 PFKP (ENSPKIG00000010281) pitrm1 (ENSPKIG00000010540) klf6a (ENSPKIG00000010739) FZD8 (ENSPKIG00000010772) #17 GJD4 (ENSPKIG00000010792) #18 CCNY (ENSPKIG00000010825) #19 ENSPKIG00000010888 #20 CUL2 (ENSPKIG00000011001) #21 ENSPKIG00000011177 ##22 nrp1a (ENSPKIG00000011334) #24 Chordata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.b ##22 Vertebrata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.b ##22 Gnathostomata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.b ##22 Euteleostomi ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.b ##22 Sarcopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.b ##22 Tetrapoda ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.b ##22 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.b ##22 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.b ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.b ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.b ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.b ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.b ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.b ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.b ##22 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.b ##22 Ferret MODERN SPECIES 265 NOP58 (ENSMPUG00000000351) BMPR2 (ENSMPUG00000000354) FAM117B (ENSMPUG00000000358) ICA1L (ENSMPUG00000000375) WDR12 (ENSMPUG00000000379) ##30 CARF (ENSMPUG00000000382) NBEAL1 (ENSMPUG00000000385) ENSMPUG00000000395 ENSMPUG00000000397 ABI2 (ENSMPUG00000000402) RAPH1 (ENSMPUG00000000405) CD28 (ENSMPUG00000000418) CTLA4 (ENSMPUG00000000422) ICOS (ENSMPUG00000000425) ENSMPUG00000000428 ENSMPUG00000000430 ##22 PARD3B (ENSMPUG00000000432) ##22 NRP2 (ENSMPUG00000000435) ENSMPUG00000000437 INO80D (ENSMPUG00000000439) NDUFS1 (ENSMPUG00000000442) EEF1B2 (ENSMPUG00000000444) CMKLR2 (ENSMPUG00000018909) ZDBF2 (ENSMPUG00000000463) ADAM23 (ENSMPUG00000000467) ENSMPUG00000000471 MDH1B (ENSMPUG00000000473) FASTKD2 (ENSMPUG00000000477) CPO (ENSMPUG00000000481) KLF7 (ENSMPUG00000000483) CREB1 (ENSMPUG00000000485) Coelacanth MODERN SPECIES 669 PARD3B (ENSLACG00000003766) ##22 ENSLACG00000013079 ##22 NRP2 (ENSLACG00000013759) INO80D (ENSLACG00000015319) NDUFS1 (ENSLACG00000015589) EEF1B2 (ENSLACG00000015714) CMKLR2 (ENSLACG00000015809) Actinopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.b ##22 Neopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.b ##22 Osteoglossocephalai ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.b ##22 Clupeocephala ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.b ##22 Euteleosteomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.b ##22 Protacanthopterygii ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.b ##22 Salmoninae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183214.b ##22 Huchen MODERN SPECIES 5937 ENSHHUG00000004831 ##22 Cyclostomata ANCESTRAL SPECIES 1253 ENSGT00950000183214.b ##22 ENSGT00940000155270.a.a.a.b Lamprey MODERN SPECIES 1031 ENSPMAG00000005437 ##22 Hagfish MODERN SPECIES 1404 ENSEBUG00000000667 ENSEBUG00000005638 ENSEBUG00000013641 ENSEBUG00000009880 ENSEBUG00000011731 ACOX1 (ENSEBUG00000003895) ENSEBUG00000013771 ENSEBUG00000011256 ENSEBUG00000011171 ENSEBUG00000015101 ENSEBUG00000001083 ENSEBUG00000003865 ENSEBUG00000013259 ENSEBUG00000008249 ##22 ENSEBUG00000011335 CREB1 (ENSEBUG00000005569) ENSEBUG00000015758