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Cow	MODERN SPECIES	15	MLIP (ENSBTAG00000014581)	LRRC1 (ENSBTAG00000017533)	KLHL31 (ENSBTAG00000018167)	GCLC (ENSBTAG00000015571) #7	DSB (ENSBTAG00000050757) #8	BOLA-DYA (ENSBTAG00000002581) #12	BOLA-DYB (ENSBTAG00000045923) #14	BOLA-DOB (ENSBTAG00000047707) #15	TAP2 (ENSBTAG00000003038) #16	PSMB8 (ENSBTAG00000003039) #17	TAP1 (ENSBTAG00000008953) #18	PSMB9 (ENSBTAG00000008954) #19	H2B (ENSBTAG00000051545)	BOLA-DMB (ENSBTAG00000012451) #20	BOLA-DMA (ENSBTAG00000015730) #21	BRD2 (ENSBTAG00000011074) #22	BOLA-DOA (ENSBTAG00000006490) #23	COL11A2 (ENSBTAG00000000601) #24	RXRB (ENSBTAG00000000602) #25	SLC39A7 (ENSBTAG00000008191) #26	HSD17B8 (ENSBTAG00000020927) #27	RING1 (ENSBTAG00000018884) #28	VPS52 (ENSBTAG00000002643) #29	RPS18 (ENSBTAG00000002648) ##30	B3GALT4 (ENSBTAG00000025669) #31	WDR46 (ENSBTAG00000016824) #32	PFDN6 (ENSBTAG00000010723) #33	RGL2 (ENSBTAG00000016827) #34	TAPBP (ENSBTAG00000016828) #35	ZBTB22 (ENSBTAG00000016829) #36	DAXX (ENSBTAG00000016830) #37
Domestic yak	DUPLICATION
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Wild yak	DUPLICATION
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Blue whale	MODERN SPECIES	2	HCRTR2 (ENSBMSG00010011945)	FAM83B (ENSBMSG00010011937)	TINAG (ENSBMSG00010011903)	MLIP (ENSBMSG00010011840)	LRRC1 (ENSBMSG00010011758)	KLHL31 (ENSBMSG00010011739)	GCLC (ENSBMSG00010011645) #7	ENSBMSG00010011564 #8	HLA-DOB (ENSBMSG00010011526) #15	TAP2 (ENSBMSG00010011505) #16	PSMB8 (ENSBMSG00010011493) #17	TAP1 (ENSBMSG00010011477) #18	PSMB9 (ENSBMSG00010011462) #19	HLA-DMB (ENSBMSG00010011446) #20	HLA-DMA (ENSBMSG00010011432) #21	BRD2 (ENSBMSG00010011399) #22	HLA-DOA (ENSBMSG00010011380) #23	ENSBMSG00010011366	COL11A2 (ENSBMSG00010010982) #24	RXRB (ENSBMSG00010010818) #25	SLC39A7 (ENSBMSG00010010802) #26	HSD17B8 (ENSBMSG00010010786) #27	ENSBMSG00010010769 #28	VPS52 (ENSBMSG00010010756) #29	RPS18 (ENSBMSG00010010743) #30	B3GALT4 (ENSBMSG00010010736) #31	WDR46 (ENSBMSG00010010725) #32	ENSBMSG00010010714 #33	RGL2 (ENSBMSG00010010689) #34	TAPBP (ENSBMSG00010010652) #35	ZBTB22 (ENSBMSG00010010638) #36
Narwhal	MODERN SPECIES	310	FAM83B (ENSMMNG00015013752)	TINAG (ENSMMNG00015013728)	ENSMMNG00015013701	MLIP (ENSMMNG00015013648)	LRRC1 (ENSMMNG00015013594)	KLHL31 (ENSMMNG00015013579)	GCLC (ENSMMNG00015013551) #7	ENSMMNG00015013533 #8	HLA-DOB (ENSMMNG00015013519) #15	TAP2 (ENSMMNG00015013343) #16	PSMB8 (ENSMMNG00015013325) #17	TAP1 (ENSMMNG00015013311) #18	PSMB9 (ENSMMNG00015013288) #19	HLA-DMB (ENSMMNG00015013276) #20	HLA-DMA (ENSMMNG00015013256) #21	BRD2 (ENSMMNG00015013179) #22	ENSMMNG00015013152	HLA-DOA (ENSMMNG00015013123) #23	ENSMMNG00015013117	COL11A2 (ENSMMNG00015012846) #24	RXRB (ENSMMNG00015012697) #25	SLC39A7 (ENSMMNG00015012682) #26	HSD17B8 (ENSMMNG00015012658) #27	ENSMMNG00015012638 #28	VPS52 (ENSMMNG00015012607) #29	ENSMMNG00015012591 #30	B3GALT4 (ENSMMNG00015012584) #31	WDR46 (ENSMMNG00015012564) #32	PFDN6 (ENSMMNG00015012541) #33	RGL2 (ENSMMNG00015012522) #34	TAPBP (ENSMMNG00015012480) #35
Beluga whale	MODERN SPECIES	8	FAM83B (ENSDLEG00000021984)	TINAG (ENSDLEG00000021985)	ENSDLEG00000021986	MLIP (ENSDLEG00000021987)	LRRC1 (ENSDLEG00000021988)	ENSDLEG00000021989	KLHL31 (ENSDLEG00000021990)	GCLC (ENSDLEG00000021991) #7	ENSDLEG00000021992 #8	TAP2 (ENSDLEG00000021994) #16	PSMB8 (ENSDLEG00000021995) #17	TAP1 (ENSDLEG00000021996) #18	PSMB9 (ENSDLEG00000008143) #19	HLA-DMB (ENSDLEG00000008166) #20	HLA-DMA (ENSDLEG00000008210) #21	BRD2 (ENSDLEG00000008248) #22	ENSDLEG00000008322	HLA-DOA (ENSDLEG00000008482) #23	COL11A2 (ENSDLEG00000008562) #24	RXRB (ENSDLEG00000008760) #25	SLC39A7 (ENSDLEG00000008789) #26	HSD17B8 (ENSDLEG00000008819) #27	RING1 (ENSDLEG00000008919) #28	VPS52 (ENSDLEG00000008948) #29	RPS18 (ENSDLEG00000009077) #30	B3GALT4 (ENSDLEG00000009097) #31	WDR46 (ENSDLEG00000009126) #32	PFDN6 (ENSDLEG00000009394) #33	RGL2 (ENSDLEG00000009432) #34	ENSDLEG00000009529	TAPBP (ENSDLEG00000009539) #35
Vaquita	MODERN SPECIES	2	HCRTR2 (ENSPSNG00000016655)	FAM83B (ENSPSNG00000016755)	TINAG (ENSPSNG00000016830)	MLIP (ENSPSNG00000017046)	ENSPSNG00000017462	KLHL31 (ENSPSNG00000017492)	GCLC (ENSPSNG00000017555) #7	ENSPSNG00000017762 #8	HLA-DOB (ENSPSNG00000017969) #15	TAP2 (ENSPSNG00000018051) #16	PSMB8 (ENSPSNG00000018160) #17	TAP1 (ENSPSNG00000018201) #18	PSMB9 (ENSPSNG00000018232) #19	HLA-DMB (ENSPSNG00000018284) #20	HLA-DMA (ENSPSNG00000018364) #21	BRD2 (ENSPSNG00000018549) #22	ENSPSNG00000018620	HLA-DOA (ENSPSNG00000018672) #23	ENSPSNG00000018732	COL11A2 (ENSPSNG00000019010) #24	RXRB (ENSPSNG00000020305) #25	SLC39A7 (ENSPSNG00000020344) #26	HSD17B8 (ENSPSNG00000020389) #27	RING1 (ENSPSNG00000020433) #28	VPS52 (ENSPSNG00000020483) #29	B3GALT4 (ENSPSNG00000020525) #31	WDR46 (ENSPSNG00000020574) #32	PFDN6 (ENSPSNG00000020614) #33	RGL2 (ENSPSNG00000011206) #34	TAPBP (ENSPSNG00000011408) #35	ZBTB22 (ENSPSNG00000011484) #36
Dolphin	MODERN SPECIES	2738									HLA-DOB (ENSTTRG00000004249) #15	TAP2 (ENSTTRG00000004254) #16	PSMB8 (ENSTTRG00000004259) #17	TAP1 (ENSTTRG00000004264) #18	PSMB9 (ENSTTRG00000004272) #19	HLA-DMB (ENSTTRG00000004276) #20	HLA-DMA (ENSTTRG00000004277) #21	BRD2 (ENSTTRG00000004278) #22	HLA-DOA (ENSTTRG00000004282) #23	COL11A2 (ENSTTRG00000004283) #24	RXRB (ENSTTRG00000004291) #25	SLC39A7 (ENSTTRG00000004293) #26	HSD17B8 (ENSTTRG00000004294) #27	RING1 (ENSTTRG00000004296) #28	VPS52 (ENSTTRG00000004298) #29	RPS18 (ENSTTRG00000004302) #30	WDR46 (ENSTTRG00000004304) #32	PFDN6 (ENSTTRG00000004306) #33	RGL2 (ENSTTRG00000004307) #34	TAPBP (ENSTTRG00000004309) #35	ZBTB22 (ENSTTRG00000004311) #36	DAXX (ENSTTRG00000004312) #37
Sperm whale	DUPLICATION
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Chacoan peccary	DUPLICATION
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Red fox	DUPLICATION
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Horse	MODERN SPECIES	12	ENSECAG00000022072 ##8	Eqca-DQA1 (ENSECAG00000024259) ##12	ENSECAG00000017143 #14	ENSECAG00000009142 ##12	ENSECAG00000052533 #14	ENSECAG00000020358 ##8	ENSECAG00000012933 ##8	HLA-DOB (ENSECAG00000020976) #15	TAP2 (ENSECAG00000007152) #16	PSMB9 (ENSECAG00000016898) #19	PSMB8 (ENSECAG00000018887) #17	TAP1 (ENSECAG00000022610) #18	HLA-DMB (ENSECAG00000021796) #20	HLA-DMA (ENSECAG00000003669) #21	ENSECAG00000042051	BRD2 (ENSECAG00000012089) #22	HLA-DOA (ENSECAG00000006603) #23	COL11A2 (ENSECAG00000029028) #24	RXRB (ENSECAG00000023041) #25	SLC39A7 (ENSECAG00000004794) #26	HSD17B8 (ENSECAG00000058465) #27	RING1 (ENSECAG00000013736) #28	VPS52 (ENSECAG00000019702) #29	B3GALT4 (ENSECAG00000052593) #31	WDR46 (ENSECAG00000016548) #32	PFDN6 (ENSECAG00000055205) #33	RGL2 (ENSECAG00000000906) #34	TAPBP (ENSECAG00000015448) #35	ZBTB22 (ENSECAG00000019536) #36	DAXX (ENSECAG00000021055) #37	KIFC1 (ENSECAG00000024196)
Megabat	MODERN SPECIES	3232														HLA-DMB (ENSPVAG00000012007) #20	HLA-DMA (ENSPVAG00000012008) #21	BRD2 (ENSPVAG00000012010) #22	HLA-DOA (ENSPVAG00000012013) #23
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	21	ENSRFEG00010010130	HLA-DRA (ENSRFEG00010010177)	ENSRFEG00010010222 ##8	ENSRFEG00010010287 ##12	HLA-DQB2 (ENSRFEG00010010410) #14	ENSRFEG00010010549 #12	ENSRFEG00010010765 #14	ENSRFEG00010012374	ENSRFEG00010012490	HLA-DOB (ENSRFEG00010012534) #15	TAP2 (ENSRFEG00010012594) #16	PSMB8 (ENSRFEG00010012709) #17	TAP1 (ENSRFEG00010012779) #18	PSMB9 (ENSRFEG00010012800) #19	ENSRFEG00010012948 #21	BRD2 (ENSRFEG00010013276) #22	HLA-DOA (ENSRFEG00010013359) #23	HLA-DPA1 (ENSRFEG00010013424)	HLA-DPB1 (ENSRFEG00010013529)	COL11A2 (ENSRFEG00010013940) #24	RXRB (ENSRFEG00010014125) #25	SLC39A7 (ENSRFEG00010014223) #26	HSD17B8 (ENSRFEG00010014277) #27	RING1 (ENSRFEG00010014424) #28	VPS52 (ENSRFEG00010014510) #29	ENSRFEG00010014573 #30	B3GALT4 (ENSRFEG00010014737) #31	WDR46 (ENSRFEG00010014756) #32	ENSRFEG00010014998 #33	RGL2 (ENSRFEG00010015178) #34	TAPBP (ENSRFEG00010015262) #35
Microbat	DUPLICATION
Microbat	MODERN SPECIES	1217	RAB8A (ENSMLUG00000006982)	ENSMLUG00000016177	ENSMLUG00000009960	ENSMLUG00000017518	ENSMLUG00000029631	ENSMLUG00000026342	ENSMLUG00000028047	ENSMLUG00000023349	CYP4F8 (ENSMLUG00000024967)	CYP4F22 (ENSMLUG00000005489)	PGLYRP2 (ENSMLUG00000005486)	RASAL3 (ENSMLUG00000027885)	WIZ (ENSMLUG00000005482)	AKAP8L (ENSMLUG00000005469)	ENSMLUG00000027375	ENSMLUG00000004852 #22	EPHX3 (ENSMLUG00000029171)	NOTCH3 (ENSMLUG00000004827)	ILVBL (ENSMLUG00000004813)	SYDE1 (ENSMLUG00000004803)	OR1I1 (ENSMLUG00000015963)	CASP14 (ENSMLUG00000025660)	CCDC105 (ENSMLUG00000014791)	SLC1A6 (ENSMLUG00000009325)	OR7C2 (ENSMLUG00000009312)	ENSMLUG00000025485	ENSMLUG00000029596	ENSMLUG00000029177	ENSMLUG00000025146	ENSMLUG00000027873
Microbat	MODERN SPECIES	697																ENSMLUG00000009919 #22