Amniota DUPLICATION Amniota ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000177865.c ENSGT01090000260395 ENSGT00940000162790.a ENSGT00940000156233 #9 ENSGT00940000164497 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a #22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00940000155412.a.b ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00950000182886.a.a.a ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 Mammalia ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000158611 ENSGT01060000248660 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 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Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00940000155807.a.b ENSGT00550000075011 ENSGT01020000230401.b.a.m.b ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a #22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142.j #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b Human MODERN SPECIES ZNF326 (ENSG00000162664) BARHL2 (ENSG00000143032) ZNF644 (ENSG00000122482) HFM1 (ENSG00000162669) CDC7 (ENSG00000097046) TGFBR3 (ENSG00000069702) BRDT 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ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a #22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142.j #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b Chimpanzee MODERN SPECIES HFM1 (ENSPTRG00000000948) ENSPTRG00000046089 CDC7 (ENSPTRG00000043247) ENSPTRG00000046708 TGFBR3 (ENSPTRG00000000952) BRDT (ENSPTRG00000000954) #7 EPHX4 (ENSPTRG00000000955) #9 SETSIP (ENSPTRG00000052188) BTBD8 (ENSPTRG00000000956) #12 KIAA1107 (ENSPTRG00000000958) #15 C1H1orf146 (ENSPTRG00000030530) #16 GLMN (ENSPTRG00000000959) #17 RPAP2 (ENSPTRG00000000960) #18 GFI1 (ENSPTRG00000043053) #19 EVI5 (ENSPTRG00000000962) #20 RPL5 (ENSPTRG00000000963) #22 DIPK1A 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NDUFA6 (ENSPPYG00000011891) SMDT1 (ENSPPYG00000011890) PHETA2 (ENSPPYG00000011889) Orangutan MODERN SPECIES ZNF644 (ENSPPYG00000001164) ENSPPYG00000034790 ##22 HFM1 (ENSPPYG00000001163) CDC7 (ENSPPYG00000001162) ENSPPYG00000039807 ENSPPYG00000001161 TGFBR3 (ENSPPYG00000001160) BRDT (ENSPPYG00000001159) #7 EPHX4 (ENSPPYG00000001158) #9 BTBD8 (ENSPPYG00000029907) #15 C1orf146 (ENSPPYG00000001156) #16 GLMN (ENSPPYG00000001155) #17 RPAP2 (ENSPPYG00000001154) #18 GFI1 (ENSPPYG00000029385) #19 EVI5 (ENSPPYG00000001153) #20 RPL5 (ENSPPYG00000001152) #22 DIPK1A (ENSPPYG00000001151) #23 MTF2 (ENSPPYG00000001150) #26 TMED5 (ENSPPYG00000030133) #27 CCDC18 (ENSPPYG00000001148) #28 DR1 (ENSPPYG00000001147) #29 FNBP1L (ENSPPYG00000001146) #30 BCAR3 (ENSPPYG00000001145) #31 DNTTIP2 (ENSPPYG00000030204) #32 GCLM (ENSPPYG00000032580) #34 ABCA4 (ENSPPYG00000001142) #35 ARHGAP29 (ENSPPYG00000001141) #36 ABCD3 (ENSPPYG00000001140) F3 (ENSPPYG00000001139) SLC44A3 (ENSPPYG00000001138) CNN3 (ENSPPYG00000001137) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011.c ENSGT00530000063965.o.a ENSGT01020000230401.b.a.m.b ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT00940000164497 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a #22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142.i #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES 212 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a #22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00940000165912.a 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(ENSCATG00000045099) #27 CCDC18 (ENSCATG00000007601) #28 DR1 (ENSCATG00000032935) #29 FNBP1L (ENSCATG00000022281) #30 BCAR3 (ENSCATG00000035554) #31 ENSCATG00000036773 #32 GCLM (ENSCATG00000044922) #34 ENSCATG00000045214 ABCA4 (ENSCATG00000012953) #35 ARHGAP29 (ENSCATG00000037934) #36 ABCD3 (ENSCATG00000036231) F3 (ENSCATG00000035768) ENSCATG00000029532 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a #22 Bushbaby MODERN SPECIES 125 ENSOGAG00000034533 CDC7 (ENSOGAG00000029298) TGFBR3 (ENSOGAG00000016364) ENSOGAG00000029718 BRDT (ENSOGAG00000001001) #7 EPHX4 (ENSOGAG00000001002) #9 ENSOGAG00000034632 ENSOGAG00000029908 #25 ENSOGAG00000001005 #12 BTBD8 (ENSOGAG00000028985) #15 C1orf146 (ENSOGAG00000001007) #16 ENSOGAG00000001008 #17 ENSOGAG00000001009 #18 GFI1 (ENSOGAG00000027913) #19 EVI5 (ENSOGAG00000013240) #20 RPL5 (ENSOGAG00000013246) #22 DIPK1A (ENSOGAG00000013249) #23 ENSOGAG00000030106 MTF2 (ENSOGAG00000002432) #26 TMED5 (ENSOGAG00000015057) #27 CCDC18 (ENSOGAG00000006059) #28 DR1 (ENSOGAG00000005967) #29 FNBP1L (ENSOGAG00000011225) #30 BCAR3 (ENSOGAG00000011230) #31 DNTTIP2 (ENSOGAG00000027537) #32 GCLM (ENSOGAG00000014630) #34 ABCA4 (ENSOGAG00000014632) #35 ARHGAP29 (ENSOGAG00000014656) #36 ABCD3 (ENSOGAG00000009581) F3 (ENSOGAG00000009588) ENSOGAG00000031078 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a #22 Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES 2110 ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a #22 ENSGT00390000006452.b.b #23 Hedgehog DUPLICATION Hedgehog MODERN SPECIES 2245 ENSEEUG00000002852 #22 DIPK1A (ENSEEUG00000002906) #23 Hedgehog MODERN SPECIES 8775 ENSEEUG00000010093 #22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a #22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a #22 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a #22 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a #22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a #22 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 21 SIM1 (ENSRFEG00010002901) MCHR2 (ENSRFEG00010002876) PRDM13 (ENSRFEG00010002847) CCNC (ENSRFEG00010002800) ENSRFEG00010002763 USP45 (ENSRFEG00010002705) ENSRFEG00010002660 PNISR (ENSRFEG00010002631) COQ3 (ENSRFEG00010002591) FAXC (ENSRFEG00010002564) FBXL4 (ENSRFEG00010002537) POU3F2 (ENSRFEG00010002524) ENSRFEG00010002515 ENSRFEG00010002509 MMS22L (ENSRFEG00010002485) ENSRFEG00010002452 #22 KLHL32 (ENSRFEG00010002386) NDUFAF4 (ENSRFEG00010002322) GPR63 (ENSRFEG00010002311) FHL5 (ENSRFEG00010002299) UFL1 (ENSRFEG00010002220) FUT9 (ENSRFEG00010002196) MANEA (ENSRFEG00010002169) EPHA7 (ENSRFEG00010002115) MAP3K7 (ENSRFEG00010002027) BACH2 (ENSRFEG00010001974) CASP8AP2 (ENSRFEG00010001895) MDN1 (ENSRFEG00010001745) LYRM2 (ENSRFEG00010001660) ANKRD6 (ENSRFEG00010001567) RRAGD (ENSRFEG00010001517) Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a #22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a #22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a #22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a #22 Yarkand deer MODERN SPECIES 20 RIMS1 (ENSCHYG00000019435) ENSCHYG00000019200 ENSCHYG00000019157 B3GAT2 (ENSCHYG00000019057) ENSCHYG00000018878 ENSCHYG00000018786 FAM135A (ENSCHYG00000017966) COL9A1 (ENSCHYG00000016409) COL19A1 (ENSCHYG00000016043) LMBRD1 (ENSCHYG00000015877) ENSCHYG00000015821 ADGRB3 (ENSCHYG00000015451) ENSCHYG00000015367 ENSCHYG00000015342 ENSCHYG00000015309 ENSCHYG00000015264 #22 ENSCHYG00000015235 ENSCHYG00000015197 ENSCHYG00000015089 ENSCHYG00000015040 PHF3 (ENSCHYG00000014550) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a #22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES 376 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01010000226765 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.a #22 ENSGT00390000006452.b.b #23 Armadillo DUPLICATION Armadillo MODERN SPECIES 1282 TGFBR3 (ENSDNOG00000008351) BRDT (ENSDNOG00000013324) #7 EPHX4 (ENSDNOG00000013211) #9 ENSDNOG00000041274 BTBD8 (ENSDNOG00000041212) #15 C1orf146 (ENSDNOG00000003007) #16 GLMN (ENSDNOG00000017766) #17 RPAP2 (ENSDNOG00000017468) #18 GFI1 (ENSDNOG00000000782) #19 EVI5 (ENSDNOG00000040115) #20 ENSDNOG00000006251 #22 DIPK1A (ENSDNOG00000006049) #23 Armadillo MODERN SPECIES 355 CAMKMT (ENSDNOG00000044307) SIX2 (ENSDNOG00000018725) SRBD1 (ENSDNOG00000018686) ENSDNOG00000038824 PRKCE (ENSDNOG00000048651) EPAS1 (ENSDNOG00000005938) TMEM247 (ENSDNOG00000042102) ATP6V1E2 (ENSDNOG00000007277) RHOQ (ENSDNOG00000047538) PIGF (ENSDNOG00000041519) CRIPT (ENSDNOG00000035515) SOCS5 (ENSDNOG00000020011) MCFD2 (ENSDNOG00000032663) TTC7A (ENSDNOG00000045960) STPG4 (ENSDNOG00000039454) ENSDNOG00000039220 #22 ENSDNOG00000004645 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.b ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.b ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.b ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.b ##22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.b ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.b ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.b ##22 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.b ##22 Pan ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00390000013550 ENSGT00940000157779 ENSGT00940000156788 ENSGT00940000156380 ENSGT00390000007160.a.b ENSGT00390000011228.b.b ENSGT01020000230354.A.b ENSGT00390000015073 ENSGT00940000162606 ENSGT00390000000950.c.b.d.a ENSGT00390000001775.B ENSGT00390000011492 ENSGT00390000007134 ENSGT00530000063808.b ENSGT00510000046985.h.a ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.b ##22 ENSGT00910000147659 ENSGT00390000014429.b ENSGT00940000156776 ENSGT00390000003057 ENSGT00940000154045.a.i ENSGT00390000003721.d.b ENSGT00950000183125.a ENSGT00530000064318 ENSGT00940000154315.b ENSGT00940000157926 ENSGT00940000156715 ENSGT00910000147516 ENSGT00910000147064 ENSGT00940000155461.E ENSGT00730000111085.A.s.b Bonobo MODERN SPECIES 1 HSPA14 (ENSPPAG00000013447) CDNF (ENSPPAG00000027133) ENSPPAG00000037904 ENSPPAG00000035652 ENSPPAG00000034588 FRMD4A (ENSPPAG00000038126) PRPF18 (ENSPPAG00000041959) ENSPPAG00000038510 SEPHS1 (ENSPPAG00000039256) PHYH (ENSPPAG00000042110) UCMA (ENSPPAG00000029216) MCM10 (ENSPPAG00000028191) ENSPPAG00000027069 ENSPPAG00000043268 OPTN (ENSPPAG00000038517) ENSPPAG00000032893 ##22 ENSPPAG00000035264 CCDC3 (ENSPPAG00000033219) CAMK1D (ENSPPAG00000042814) CDC123 (ENSPPAG00000039516) NUDT5 (ENSPPAG00000035132) SEC61A2 (ENSPPAG00000037803) DHTKD1 (ENSPPAG00000036813) UPF2 (ENSPPAG00000037953) ENSPPAG00000043303 ENSPPAG00000019724 USP6NL (ENSPPAG00000036030) ENSPPAG00000043069 CELF2 (ENSPPAG00000029170) ENSPPAG00000030308 ENSPPAG00000033867 Chimpanzee MODERN SPECIES 1 SUV39H2 (ENSPTRG00000002313) HSPA14 (ENSPTRG00000002311) CDNF (ENSPTRG00000002310) FAM107B (ENSPTRG00000002309) FRMD4A (ENSPTRG00000002308) PRPF18 (ENSPTRG00000002306) ENSPTRG00000044945 BEND7 (ENSPTRG00000002304) SEPHS1 (ENSPTRG00000002303) PHYH (ENSPTRG00000002302) UCMA (ENSPTRG00000002301) MCM10 (ENSPTRG00000023150) ENSPTRG00000048693 ENSPTRG00000041856 OPTN (ENSPTRG00000002298) ENSPTRG00000049589 ##22 ENSPTRG00000046267 CCDC3 (ENSPTRG00000002297) CAMK1D (ENSPTRG00000002296) CDC123 (ENSPTRG00000002295) NUDT5 (ENSPTRG00000002294) SEC61A2 (ENSPTRG00000002293) DHTKD1 (ENSPTRG00000002292) UPF2 (ENSPTRG00000002291) PROSER2 (ENSPTRG00000002289) ECHDC3 (ENSPTRG00000002288) USP6NL (ENSPTRG00000002286) ENSPTRG00000044492 ENSPTRG00000045911 CELF2 (ENSPTRG00000002284) ENSPTRG00000050223 Gorilla MODERN SPECIES 6 ENSGGOG00000012146 APBA2 (ENSGGOG00000005676) ENSGGOG00000027053 ENSGGOG00000026476 HERC2 (ENSGGOG00000012785) ENSGGOG00000039106 OCA2 (ENSGGOG00000005900) GABRG3 (ENSGGOG00000036478) GABRA5 (ENSGGOG00000036809) GABRB3 (ENSGGOG00000011207) ENSGGOG00000037903 ATP10A (ENSGGOG00000001775) UBE3A (ENSGGOG00000003955) SNRPN (ENSGGOG00000003988) SNURF (ENSGGOG00000042638) ENSGGOG00000039674 ##22 NPAP1 (ENSGGOG00000023549) ENSGGOG00000041536 ENSGGOG00000024364 ENSGGOG00000043626 ENSGGOG00000025127 NIPA1 (ENSGGOG00000012394) NIPA2 (ENSGGOG00000002147) CYFIP1 (ENSGGOG00000002142) TUBGCP5 (ENSGGOG00000015241) ENSGGOG00000026858 ENSGGOG00000042770 ENSGGOG00000038570 IGHV1-2 (ENSGGOG00000038726) ENSGGOG00000042537 ENSGGOG00000037322 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.b ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.b ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.b ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.b ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.b ##22 Crab-eating macaque MODERN SPECIES 2 ZNF385A (ENSMFAG00000042192) ITGA5 (ENSMFAG00000036877) ENSMFAG00000047951 GTSF1 (ENSMFAG00000041178) NCKAP1L (ENSMFAG00000001155) PDE1B (ENSMFAG00000033293) PPP1R1A (ENSMFAG00000037982) LACRT (ENSMFAG00000063533) DCD (ENSMFAG00000040810) MUCL1 (ENSMFAG00000051719) TESPA1 (ENSMFAG00000040218) NEUROD4 (ENSMFAG00000030073) ENSMFAG00000065363 ENSMFAG00000063829 ENSMFAG00000065221 ENSMFAG00000003915 ##22 OR10A7 (ENSMFAG00000036855) OR6C74 (ENSMFAG00000054196) OR6C1 (ENSMFAG00000054015) OR6C75 (ENSMFAG00000059604) ENSMFAG00000055470 OR6C2 (ENSMFAG00000028782) ENSMFAG00000055540 ENSMFAG00000064214 ENSMFAG00000062892 OR6C4 (ENSMFAG00000052186) OR2AP1 (ENSMFAG00000056876) OR10P1 (ENSMFAG00000030027) METTL7B (ENSMFAG00000041138) ITGA7 (ENSMFAG00000022956) BLOC1S1 (ENSMFAG00000057152) Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.b ##22 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.b ##22 Drill MODERN SPECIES 1667 ENSMLEG00000043278 TESPA1 (ENSMLEG00000039181) NEUROD4 (ENSMLEG00000027380) ENSMLEG00000003880 OR9K2 (ENSMLEG00000027603) ENSMLEG00000027776 ##22 OR10A7 (ENSMLEG00000043713) OR6C74 (ENSMLEG00000017829) OR6C3 (ENSMLEG00000036806) OR6C75 (ENSMLEG00000022612) ENSMLEG00000043588 OR6C65 (ENSMLEG00000036650) OR6C2 (ENSMLEG00000027980) OR6C4 (ENSMLEG00000021441) OR10P1 (ENSMLEG00000021983) ENSMLEG00000032453 ENSMLEG00000031889 METTL7B (ENSMLEG00000033453) ITGA7 (ENSMLEG00000002509) RDH5 (ENSMLEG00000028776) CD63 (ENSMLEG00000037224) Vervet Monkey MODERN SPECIES 12 ZNF644 (ENSCSAG00000001458) HFM1 (ENSCSAG00000001459) CDC7 (ENSCSAG00000001460) TGFBR3 (ENSCSAG00000001461) BRDT (ENSCSAG00000001462) #7 EPHX4 (ENSCSAG00000001463) #9 ENSCSAG00000000155 ENSCSAG00000001464 #12 BTBD8 (ENSCSAG00000001465) #15 C1orf146 (ENSCSAG00000001466) #16 GLMN (ENSCSAG00000001467) #17 RPAP2 (ENSCSAG00000001468) #18 GFI1 (ENSCSAG00000001469) #19 ENSCSAG00000000156 EVI5 (ENSCSAG00000001470) #20 ENSCSAG00000001471 ##22 DIPK1A (ENSCSAG00000001472) #23 MTF2 (ENSCSAG00000001474) #26 TMED5 (ENSCSAG00000001475) #27 CCDC18 (ENSCSAG00000001476) #28 DR1 (ENSCSAG00000001477) #29 FNBP1L (ENSCSAG00000001478) #30 BCAR3 (ENSCSAG00000001479) #31 ENSCSAG00000000157 ##22 ENSCSAG00000001480 #32 GCLM (ENSCSAG00000001481) #34 ABCA4 (ENSCSAG00000001482) #35 ARHGAP29 (ENSCSAG00000001483) #36 ABCD3 (ENSCSAG00000001484) F3 (ENSCSAG00000001485) SLC44A3 (ENSCSAG00000001486) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000158629 ENSGT00940000155705.b ENSGT00910000147102 ENSGT00940000156259.b ENSGT00700000106049 ENSGT00940000158851 ENSGT00530000063632.A ENSGT00530000063790.a ENSGT00940000156897 ENSGT00390000015908 ENSGT00390000003860 ENSGT00940000153665.b.a.b ENSGT00940000161237 ENSGT00940000163316 ENSGT00940000155505.a ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.b ##22 ENSGT00400000024146 ENSGT00940000162886 ENSGT01050000244898.a.a.b ENSGT00390000012765 ENSGT00390000016446 ENSGT00390000011196 ENSGT00940000161441 ENSGT00940000163504 ENSGT00940000160927.e ENSGT00940000160927.f ENSGT00940000154660.b ENSGT00940000159889 ENSGT00390000007310 ENSGT00940000160589 ENSGT00940000163987 Mas night monkey MODERN SPECIES 679 ENSANAG00000025655 ENSANAG00000025021 ENSANAG00000001572 MAST2 (ENSANAG00000026216) PIK3R3 (ENSANAG00000037471) P3R3URF (ENSANAG00000036310) TSPAN1 (ENSANAG00000031824) POMGNT1 (ENSANAG00000026631) LURAP1 (ENSANAG00000037106) RAD54L (ENSANAG00000035439) LRRC41 (ENSANAG00000029615) ENSANAG00000027102 NSUN4 (ENSANAG00000022673) FAAH (ENSANAG00000012697) DMBX1 (ENSANAG00000036763) ENSANAG00000029807 ##22 KNCN (ENSANAG00000036447) MKNK1 (ENSANAG00000022817) MOB3C (ENSANAG00000036313) ATPAF1 (ENSANAG00000033472) TEX38 (ENSANAG00000022553) EFCAB14 (ENSANAG00000023693) CYP4A11 (ENSANAG00000019404) ENSANAG00000035850 CYP4X1 (ENSANAG00000034247) CYP4Z1 (ENSANAG00000032825) PDZK1IP1 (ENSANAG00000037310) TAL1 (ENSANAG00000018338) STIL (ENSANAG00000025280) CMPK1 (ENSANAG00000033187) FOXE3 (ENSANAG00000019840) Cebidae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000158629 ENSGT00940000155705.b ENSGT00910000147102 ENSGT00940000156259.b ENSGT00700000106049 ENSGT00940000158851 ENSGT00530000063632.A ENSGT00530000063790.a ENSGT00940000156897 ENSGT00390000015908 ENSGT00390000003860 ENSGT00940000153665.b.a.b ENSGT00940000161237 ENSGT00940000163316 ENSGT00940000155505.a ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.b ##22 ENSGT00400000024146 ENSGT00940000162886 ENSGT00940000154587.a.a ENSGT01050000244898.a.a.b ENSGT00390000012765 ENSGT00390000016446 ENSGT00390000011196 ENSGT00940000161441 ENSGT00940000163504 ENSGT00940000160927.e ENSGT00940000160927.f ENSGT00940000154660.b ENSGT00940000159889 ENSGT00390000007310 ENSGT00940000160589 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000158629 ENSGT00940000155705.b ENSGT00910000147102 ENSGT00940000156259.b ENSGT00700000106049 ENSGT00940000158851 ENSGT00530000063632.A ENSGT00530000063790.a ENSGT00940000156897 ENSGT00390000015908 ENSGT00390000003860 ENSGT00940000153665.b.a.b ENSGT00940000161237 ENSGT00940000163316 ENSGT00940000155505.a ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.b ##22 ENSGT00400000024146 ENSGT00940000162886 ENSGT00940000154587.a.a ENSGT01050000244898.a.a.b ENSGT00390000012765 ENSGT00390000016446 ENSGT00390000011196 ENSGT00940000161441 ENSGT00940000163504 ENSGT00940000160927.e ENSGT00940000160927.f ENSGT00940000154660.b ENSGT00940000159889 ENSGT00390000007310 ENSGT00940000160589 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 130 ENSSBOG00000025173 MAST2 (ENSSBOG00000026992) ENSSBOG00000035141 PIK3R3 (ENSSBOG00000024946) P3R3URF (ENSSBOG00000025347) TSPAN1 (ENSSBOG00000035428) POMGNT1 (ENSSBOG00000022467) LURAP1 (ENSSBOG00000032879) RAD54L (ENSSBOG00000024672) LRRC41 (ENSSBOG00000026644) ENSSBOG00000033788 NSUN4 (ENSSBOG00000021418) FAAH (ENSSBOG00000014904) ENSSBOG00000033590 DMBX1 (ENSSBOG00000032738) ENSSBOG00000034928 ##22 KNCN (ENSSBOG00000034951) MKNK1 (ENSSBOG00000025387) ATPAF1 (ENSSBOG00000036018) TEX38 (ENSSBOG00000024302) EFCAB14 (ENSSBOG00000034890) ENSSBOG00000030826 CYP4A11 (ENSSBOG00000015955) CYP4X1 (ENSSBOG00000029052) Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.b ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.b ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.b ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.b ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.b ##22 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.b ##22 Ferret MODERN SPECIES 226 ENSMPUG00000019084 FAT1 (ENSMPUG00000010348) MTNR1A (ENSMPUG00000010329) ENSMPUG00000010319 ##22 ENSMPUG00000010311 F11 (ENSMPUG00000010306) KLKB1 (ENSMPUG00000010297) GSR (ENSMPUG00000010242) ENSMPUG00000010236 PPP2CB (ENSMPUG00000010230) TEX15 (ENSMPUG00000010224) PURG (ENSMPUG00000010218) WRN (ENSMPUG00000010201) ENSMPUG00000019082 ENSMPUG00000019081 NRG1 (ENSMPUG00000010197) ENSMPUG00000010193 FUT10 (ENSMPUG00000010189) MAK16 (ENSMPUG00000010181) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.b ##22 Xenarthra ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.a.b ##22 Armadillo MODERN SPECIES 2549 ENSDNOG00000047475 ##22 FIG4 (ENSDNOG00000001610) AK9 (ENSDNOG00000038218) ZBTB24 (ENSDNOG00000038726) MICAL1 (ENSDNOG00000003962) SMPD2 (ENSDNOG00000003948) ENSDNOG00000034075 ENSDNOG00000047626 ENSDNOG00000003743 CEP57L1 (ENSDNOG00000025700) ENSDNOG00000044166 SESN1 (ENSDNOG00000040263) ARMC2 (ENSDNOG00000006058) ENSDNOG00000005257 AFG1L (ENSDNOG00000018390) SNX3 (ENSDNOG00000041063) Eutheria DUPLICATION Eutheria DUPLICATION Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a ##22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a ##22 Chinese hamster chok1gshd DUPLICATION Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 382 Cct8 (ENSCGRG00001001310) USP16 (ENSCGRG00001022078) Rwdd2b (ENSCGRG00001003027) Ltn1 (ENSCGRG00001022871) N6amt1 (ENSCGRG00001012196) Adamts5 (ENSCGRG00001000759) Adamts1 (ENSCGRG00001019788) Cyyr1 (ENSCGRG00001013581) App (ENSCGRG00001018223) Gabpa (ENSCGRG00001024235) Atp5j (ENSCGRG00001020499) Jam2 (ENSCGRG00001013844) Mrpl39 (ENSCGRG00001016147) Ncam2 (ENSCGRG00001016596) ENSCGRG00001006367 ENSCGRG00001013358 ##22 ENSCGRG00001005582 Tmprss15 (ENSCGRG00001003890) Chodl (ENSCGRG00001012911) D16Ertd472e (ENSCGRG00001025031) Btg3 (ENSCGRG00001022748) Cxadr (ENSCGRG00001022335) ENSCGRG00001004206 ##22 Usp25 (ENSCGRG00001019136) Nrip1 (ENSCGRG00001017624) Samsn1 (ENSCGRG00001011901) Hspa13 (ENSCGRG00001006769) Rbm11 (ENSCGRG00001013426) Lipi (ENSCGRG00001004574) Robo2 (ENSCGRG00001016343) Robo1 (ENSCGRG00001016390) Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 382 ENSCGRG00001022071 Pou1f1 (ENSCGRG00001011471) Chmp2b (ENSCGRG00001022834) Vgll3 (ENSCGRG00001015980) Cadm2 (ENSCGRG00001010982) Gbe1 (ENSCGRG00001024765) ENSCGRG00001011950 Robo1 (ENSCGRG00001016390) Robo2 (ENSCGRG00001016343) Lipi (ENSCGRG00001004574) Rbm11 (ENSCGRG00001013426) Hspa13 (ENSCGRG00001006769) Samsn1 (ENSCGRG00001011901) Nrip1 (ENSCGRG00001017624) Usp25 (ENSCGRG00001019136) ENSCGRG00001004206 ##22 Cxadr (ENSCGRG00001022335) Btg3 (ENSCGRG00001022748) D16Ertd472e (ENSCGRG00001025031) Chodl (ENSCGRG00001012911) Tmprss15 (ENSCGRG00001003890) ENSCGRG00001005582 ENSCGRG00001013358 ##22 ENSCGRG00001006367 Ncam2 (ENSCGRG00001016596) Mrpl39 (ENSCGRG00001016147) Jam2 (ENSCGRG00001013844) Atp5j (ENSCGRG00001020499) Gabpa (ENSCGRG00001024235) App (ENSCGRG00001018223) Cyyr1 (ENSCGRG00001013581) Golden Hamster MODERN SPECIES 643 Mitf (ENSMAUG00000004545) Frmd4b (ENSMAUG00000007225) Lmod3 (ENSMAUG00000010204) Arl6ip5 (ENSMAUG00000009657) Uba3 (ENSMAUG00000017525) Tmf1 (ENSMAUG00000021427) Eogt (ENSMAUG00000017534) ENSMAUG00000020979 #25 Tafa4 (ENSMAUG00000019968) Tafa1 (ENSMAUG00000019067) Suclg2 (ENSMAUG00000021321) ENSMAUG00000009672 Kbtbd8 (ENSMAUG00000017081) Lrig1 (ENSMAUG00000007470) Slc25a26 (ENSMAUG00000021604) ENSMAUG00000004998 ##22 Magi1 (ENSMAUG00000021226) ENSMAUG00000010107 Adamts9 (ENSMAUG00000021440) Prickle2 (ENSMAUG00000013569) Trh (ENSMAUG00000016316) Rbsn (ENSMAUG00000010240) Nr2c2 (ENSMAUG00000016840) Fgd5 (ENSMAUG00000015411) 4930590J08Rik (ENSMAUG00000015114) Ccdc174 (ENSMAUG00000010944) Grip2 (ENSMAUG00000013630) Xpc (ENSMAUG00000019920) Tmem43 (ENSMAUG00000021795) Chchd4 (ENSMAUG00000021415) Wnt7a (ENSMAUG00000016536) Upper Galilee mountains blind mole rat MODERN SPECIES 787 Pik3c3 (ENSNGAG00000019352) ENSNGAG00000011529 ##22 Celf4 (ENSNGAG00000000761) AW554918 (ENSNGAG00000021362) Tpgs2 (ENSNGAG00000019653) ENSNGAG00000011113 Mocos (ENSNGAG00000003254) Elp2 (ENSNGAG00000016542) Slc39a6 (ENSNGAG00000000918) Rprd1a (ENSNGAG00000021082) 2700062C07Rik (ENSNGAG00000000796) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a ##22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a ##22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a ##22 Squirrel MODERN SPECIES 231 ENSSTOG00000034608 PLEKHM3 (ENSSTOG00000016489) FZD5 (ENSSTOG00000028314) CCNYL1 (ENSSTOG00000016484) ENSSTOG00000021511 ##22 METTL21A (ENSSTOG00000016483) CREB1 (ENSSTOG00000016482) KLF7 (ENSSTOG00000011069) CPO (ENSSTOG00000013351) FASTKD2 (ENSSTOG00000022821) MDH1B (ENSSTOG00000003194) DYTN (ENSSTOG00000019822) ADAM23 (ENSSTOG00000024094) ZDBF2 (ENSSTOG00000001663) CMKLR2 (ENSSTOG00000005452) EEF1B2 (ENSSTOG00000005437) NDUFS1 (ENSSTOG00000010255) INO80D (ENSSTOG00000028419) NRP2 (ENSSTOG00000010229) PARD3B (ENSSTOG00000010207) Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a ##22 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a ##22 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 892 MAP2K6 (ENSPCOG00000025057) ABCA5 (ENSPCOG00000027371) ABCA10 (ENSPCOG00000017146) ENSPCOG00000015952 ABCA8 (ENSPCOG00000012672) FAM20A (ENSPCOG00000026345) PRKAR1A (ENSPCOG00000003090) #14 WIPI1 (ENSPCOG00000025198) ARSG (ENSPCOG00000024836) SLC16A6 (ENSPCOG00000014725) AMZ2 (ENSPCOG00000017376) GNA13 (ENSPCOG00000024544) RGS9 (ENSPCOG00000015804) AXIN2 (ENSPCOG00000015119) ENSPCOG00000017737 ENSPCOG00000017290 ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a ##22 Catarrhini DUPLICATION Catarrhini DUPLICATION Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a.c.a ##22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT01030000234556.b.a ENSGT01030000234556.b.b.d ENSGT01030000234556.a.a.b ENSGT01030000234556.a.a.a ENSGT00940000153312.B ENSGT00940000153312.A.a.a ENSGT00940000153312.A.a.b ENSGT00390000009300.b ENSGT00390000009724.l.v ENSGT00900000143681 ENSGT00390000009724.l.u.b ENSGT00940000160099 ENSGT00390000007968 ENSGT01080000257333.B ENSGT00390000005544 ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a.c.a ##22 ENSGT00390000017207 ENSGT00940000155231.b ENSGT00390000006949 ENSGT00900000141067.f ENSGT01050000244848.B.a.a ENSGT00730000110915.a ENSGT00390000006115 ENSGT00940000162579 ENSGT00390000007799 ENSGT00390000004856.w.a.a.b.a.b ENSGT00940000153761.B ENSGT00730000111086 ENSGT00940000157686 ENSGT00940000153635.A ENSGT00390000009083 Hominidae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT01030000234556.b.a ENSGT01030000234556.b.b.d ENSGT01030000234556.a.a.b ENSGT01030000234556.a.a.a ENSGT00940000153312.B ENSGT00940000153312.A.a.a ENSGT00940000153312.A.a.b ENSGT00390000009300.b ENSGT00390000009724.l.v ENSGT00900000143681 ENSGT00390000009724.l.u.b ENSGT00940000160099 ENSGT00390000007968 ENSGT01080000257333.B ENSGT00390000005544 ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a.c.a ##22 ENSGT00390000017207 ENSGT00940000155231.b ENSGT00390000006949 ENSGT00900000141067.f ENSGT01050000244848.B.a.a ENSGT00730000110915.a ENSGT00390000006115 ENSGT00940000162579 ENSGT00390000007799 ENSGT00390000004856.w.a.a.b.a.b ENSGT00940000153761.B ENSGT00730000111086 ENSGT00940000157686 ENSGT00940000153635.A ENSGT00390000009083 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT01030000234556.b.a ENSGT00910000147175 ENSGT01030000234556.b.b.d ENSGT01030000234556.a.a.b ENSGT01030000234556.a.a.a ENSGT00940000153312.B ENSGT00940000153312.A.a.a ENSGT00940000153312.A.a.b ENSGT00390000009300.b ENSGT00900000143681 ENSGT00390000009724.l.u.b ENSGT00940000160099 ENSGT00390000007968 ENSGT01080000257333.B ENSGT00390000005544 ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a.c.a ##22 ENSGT00390000017207 ENSGT00940000155231.b ENSGT00390000006949 ENSGT00900000141067.f ENSGT01050000244848.B.a.a ENSGT00730000110915.a ENSGT00390000006115 ENSGT00940000162579 ENSGT00390000007799 ENSGT00390000004856.w.a.a.b.a.b ENSGT00940000153761.B ENSGT00730000111086 ENSGT00940000157686 ENSGT00940000153635.A ENSGT00390000009083 Gorilla MODERN SPECIES 2 SCN4B (ENSGGOG00000002093) SCN2B (ENSGGOG00000002096) ENSGGOG00000042491 JAML (ENSGGOG00000005931) MPZL3 (ENSGGOG00000004232) MPZL2 (ENSGGOG00000023009) CD3E (ENSGGOG00000006694) CD3D (ENSGGOG00000008009) CD3G (ENSGGOG00000023885) UBE4A (ENSGGOG00000011416) ENSGGOG00000041429 KMT2A (ENSGGOG00000000946) TTC36 (ENSGGOG00000000952) TMEM25 (ENSGGOG00000000953) IFT46 (ENSGGOG00000027999) ENSGGOG00000039048 ##22 ARCN1 (ENSGGOG00000006162) PHLDB1 (ENSGGOG00000015323) TREH (ENSGGOG00000015335) DDX6 (ENSGGOG00000016751) CXCR5 (ENSGGOG00000014078) BCL9L (ENSGGOG00000008144) ENSGGOG00000038631 FOXR1 (ENSGGOG00000001177) CENATAC (ENSGGOG00000023065) ENSGGOG00000025540 ENSGGOG00000002646 SLC37A4 (ENSGGOG00000002650) HYOU1 (ENSGGOG00000008022) VPS11 (ENSGGOG00000008041) HMBS (ENSGGOG00000008055) Orangutan MODERN SPECIES 2 ENSPPYG00000003922 SCN4B (ENSPPYG00000003923) SCN2B (ENSPPYG00000032928) JAML (ENSPPYG00000003926) MPZL3 (ENSPPYG00000003927) MPZL2 (ENSPPYG00000003928) CD3E (ENSPPYG00000003929) CD3G (ENSPPYG00000003931) ENSPPYG00000003930 UBE4A (ENSPPYG00000003932) ATP5MG (ENSPPYG00000003933) KMT2A (ENSPPYG00000003935) TTC36 (ENSPPYG00000003936) TMEM25 (ENSPPYG00000003937) IFT46 (ENSPPYG00000034963) ENSPPYG00000039656 ##22 ARCN1 (ENSPPYG00000003939) PHLDB1 (ENSPPYG00000003940) TREH (ENSPPYG00000003941) DDX6 (ENSPPYG00000003942) CXCR5 (ENSPPYG00000003943) BCL9L (ENSPPYG00000003944) UPK2 (ENSPPYG00000003946) FOXR1 (ENSPPYG00000003947) CENATAC (ENSPPYG00000003948) ENSPPYG00000025915 TRAPPC4 (ENSPPYG00000033246) SLC37A4 (ENSPPYG00000003950) HYOU1 (ENSPPYG00000003951) ENSPPYG00000035053 VPS11 (ENSPPYG00000003952) Gibbon MODERN SPECIES 5 SCN4B (ENSNLEG00000007352) ENSNLEG00000034025 SCN2B (ENSNLEG00000027768) JAML (ENSNLEG00000007354) MPZL3 (ENSNLEG00000007355) MPZL2 (ENSNLEG00000007356) CD3E (ENSNLEG00000007357) CD3D (ENSNLEG00000007358) CD3G (ENSNLEG00000007359) ENSNLEG00000034846 UBE4A (ENSNLEG00000007360) ATP5MG (ENSNLEG00000007362) KMT2A (ENSNLEG00000007365) TTC36 (ENSNLEG00000007366) TMEM25 (ENSNLEG00000007367) ENSNLEG00000033311 ##22 IFT46 (ENSNLEG00000007368) ARCN1 (ENSNLEG00000007369) PHLDB1 (ENSNLEG00000007370) TREH (ENSNLEG00000007371) DDX6 (ENSNLEG00000007372) CXCR5 (ENSNLEG00000030725) BCL9L (ENSNLEG00000007375) ENSNLEG00000007376 CENATAC (ENSNLEG00000007378) ENSNLEG00000029209 SLC37A4 (ENSNLEG00000007380) HYOU1 (ENSNLEG00000007381) VPS11 (ENSNLEG00000007382) HMBS (ENSNLEG00000007383) H2AX (ENSNLEG00000028254) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a.c.a ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a.c.a ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a.c.a ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a.c.a ##22 Olive baboon MODERN SPECIES RPAP2 (ENSPANG00000016897) #18 GFI1 (ENSPANG00000016433) #19 EVI5 (ENSPANG00000012749) #20 ENSPANG00000045670 RPL5 (ENSPANG00000017672) #22 DIPK1A (ENSPANG00000020946) #23 ENSPANG00000043375 ENSPANG00000007198 MTF2 (ENSPANG00000021262) #26 TMED5 (ENSPANG00000009369) #27 CCDC18 (ENSPANG00000000782) #28 ENSPANG00000050304 DR1 (ENSPANG00000030741) #29 FNBP1L (ENSPANG00000021911) #30 BCAR3 (ENSPANG00000003121) #31 ENSPANG00000016856 ##22 ENSPANG00000013362 #32 GCLM (ENSPANG00000018022) #34 ABCA4 (ENSPANG00000005744) #35 ARHGAP29 (ENSPANG00000018247) #36 F3 (ENSPANG00000012475) ABCD3 (ENSPANG00000008108) ENSPANG00000032578 SLC44A3 (ENSPANG00000015206) CNN3 (ENSPANG00000013361) TLCD4 (ENSPANG00000001040) ENSPANG00000048456 RWDD3 (ENSPANG00000014369) ENSPANG00000048578 PTBP2 (ENSPANG00000001229) DPYD (ENSPANG00000001230) Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a.c.b ##22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a.c.b ##22 Gibbon MODERN SPECIES 22 NPY1R (ENSNLEG00000006463) ENSNLEG00000006459 FSTL5 (ENSNLEG00000006442) RAPGEF2 (ENSNLEG00000006434) C4orf45 (ENSNLEG00000006432) FNIP2 (ENSNLEG00000006415) PPID (ENSNLEG00000006403) ETFDH (ENSNLEG00000006389) C4orf46 (ENSNLEG00000030196) RXFP1 (ENSNLEG00000006346) TMEM144 (ENSNLEG00000006335) GASK1B (ENSNLEG00000030864) GRIA2 (ENSNLEG00000006306) GLRB (ENSNLEG00000006297) PDGFC (ENSNLEG00000031412) ENSNLEG00000029463 ##22 CTSO (ENSNLEG00000031045) TDO2 (ENSNLEG00000006259) ASIC5 (ENSNLEG00000006255) GUCY1B1 (ENSNLEG00000006234) ENSNLEG00000032005 GUCY1A1 (ENSNLEG00000006208) MAP9 (ENSNLEG00000006192) NPY2R (ENSNLEG00000035895) RBM46 (ENSNLEG00000006184) LRAT (ENSNLEG00000031736) FGG (ENSNLEG00000006132) ENSNLEG00000006118 FGB (ENSNLEG00000006050) PLRG1 (ENSNLEG00000006023) ENSNLEG00000026943 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a.d ##22 Hominoidea DUPLICATION Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a.d.a ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a.d.a ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a.d.a ##22 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a.d.a ##22 Pan ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00390000006922.m.b.a.c.b.a ENSGT00390000008107.c.b ENSGT00940000154201.a.b ENSGT00950000183129.b.b ENSGT00390000008859.b.d.k.b ENSGT00940000159572 ENSGT00390000014038 ENSGT00390000003738.a.b.g.b ENSGT00940000154905 ENSGT00910000147731 ENSGT00910000147546 ENSGT00940000156926 ENSGT00940000156594 ENSGT00950000183120.e.b.a.b ENSGT00560000078515 ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a.d.a ##22 ENSGT00940000157011 ENSGT00510000050001 ENSGT00940000159103 ENSGT00940000157475 ENSGT01030000234519.e.b ENSGT00550000074698.k.b.b ENSGT00940000160452.n ENSGT00940000155837 ENSGT00940000158844 ENSGT00390000006043 ENSGT00940000162591 ENSGT00390000005362 ENSGT00390000011417.l ENSGT00950000182907.a.b.b.b.ub ENSGT00940000158689 Chimpanzee MODERN SPECIES 6 ENSPTRG00000047854 HEXA (ENSPTRG00000007249) CELF6 (ENSPTRG00000034360) PARP6 (ENSPTRG00000007247) PKM (ENSPTRG00000007246) GRAMD2A (ENSPTRG00000007245) SENP8 (ENSPTRG00000043107) ENSPTRG00000045341 MYO9A (ENSPTRG00000007243) ENSPTRG00000042780 NR2E3 (ENSPTRG00000007242) ENSPTRG00000046782 ENSPTRG00000047359 THSD4 (ENSPTRG00000007240) CT62 (ENSPTRG00000039639) ENSPTRG00000046296 ##22 THAP10 (ENSPTRG00000007235) LRRC49 (ENSPTRG00000007236) LARP6 (ENSPTRG00000007234) UACA (ENSPTRG00000007232) TLE3 (ENSPTRG00000007231) RPLP1 (ENSPTRG00000007228) ENSPTRG00000043652 KIF23 (ENSPTRG00000007227) PAQR5 (ENSPTRG00000040959) GLCE (ENSPTRG00000007224) NOX5 (ENSPTRG00000007222) SPESP1 (ENSPTRG00000007221) ENSPTRG00000050341 ANP32A (ENSPTRG00000007219) CORO2B (ENSPTRG00000007218) Bonobo MODERN SPECIES 6 HEXA (ENSPPAG00000037219) CELF6 (ENSPPAG00000042321) PARP6 (ENSPPAG00000042901) PKM (ENSPPAG00000041061) GRAMD2A (ENSPPAG00000034526) SENP8 (ENSPPAG00000003990) ENSPPAG00000041256 MYO9A (ENSPPAG00000036622) ENSPPAG00000013619 ENSPPAG00000021142 NR2E3 (ENSPPAG00000042596) ENSPPAG00000034547 ENSPPAG00000039433 THSD4 (ENSPPAG00000038184) ENSPPAG00000031013 ENSPPAG00000042838 ##22 THAP10 (ENSPPAG00000009534) LRRC49 (ENSPPAG00000042602) LARP6 (ENSPPAG00000031247) UACA (ENSPPAG00000027889) TLE3 (ENSPPAG00000027158) ENSPPAG00000039263 ENSPPAG00000041698 KIF23 (ENSPPAG00000038174) PAQR5 (ENSPPAG00000043450) GLCE (ENSPPAG00000034026) NOX5 (ENSPPAG00000038195) SPESP1 (ENSPPAG00000040777) ENSPPAG00000020890 ENSPPAG00000034193 CORO2B (ENSPPAG00000030458) Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a.d.b ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a.d.b ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a.d.b ##22 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a.d.b ##22 Pan ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000158520 ENSGT00940000157316 ENSGT00940000161004 ENSGT00390000015089.c.d ENSGT00940000161034 ENSGT00940000156099 ENSGT00900000141074.e.a.b.a.a.a ENSGT01030000234606.b ENSGT00390000010743.a ENSGT00940000156236.g ENSGT00390000012568 ENSGT00730000111014 ENSGT00530000063751.a ENSGT00940000154614 ENSGT00940000155635 ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a.d.b ##22 ENSGT00390000001254 ENSGT00530000063646.a ENSGT00940000154499.g ENSGT00940000154149.b.a ENSGT00940000159391 ENSGT00910000147655 ENSGT00390000014594 ENSGT00390000014781.g.b ENSGT01030000234558.C ENSGT00940000156012 ENSGT00390000014243 ENSGT00940000154654 ENSGT00530000063843.b ENSGT00940000158333 ENSGT00950000183179.a Chimpanzee MODERN SPECIES RGS13 (ENSPTRG00000001791) RGS1 (ENSPTRG00000049668) RGS21 (ENSPTRG00000034440) ENSPTRG00000048862 RGS18 (ENSPTRG00000001789) BRINP3 (ENSPTRG00000001788) ENSPTRG00000048502 PLA2G4A (ENSPTRG00000001787) PTGS2 (ENSPTRG00000001786) PDC (ENSPTRG00000001785) ODR4 (ENSPTRG00000001784) TPR (ENSPTRG00000001783) ENSPTRG00000046189 HMCN1 (ENSPTRG00000001780) IVNS1ABP (ENSPTRG00000001779) ENSPTRG00000043376 ##22 SWT1 (ENSPTRG00000001777) TRMT1L (ENSPTRG00000001776) RNF2 (ENSPTRG00000001775) NIBAN1 (ENSPTRG00000001774) EDEM3 (ENSPTRG00000001773) ENSPTRG00000052341 C1H1orf21 (ENSPTRG00000052438) TSEN15 (ENSPTRG00000023202) COLGALT2 (ENSPTRG00000022688) RGL1 (ENSPTRG00000001768) APOBEC4 (ENSPTRG00000047181) ARPC5 (ENSPTRG00000001767) NCF2 (ENSPTRG00000001766) SMG7 (ENSPTRG00000001764) NMNAT2 (ENSPTRG00000001763) Bonobo MODERN SPECIES RGS13 (ENSPPAG00000043188) RGS1 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ENSNLEG00000033604 ##22 TRMT1L (ENSNLEG00000018030) RNF2 (ENSNLEG00000018029) NIBAN1 (ENSNLEG00000018028) EDEM3 (ENSNLEG00000018027) ENSNLEG00000028244 C1orf21 (ENSNLEG00000032562) ENSNLEG00000028607 TSEN15 (ENSNLEG00000018024) COLGALT2 (ENSNLEG00000018023) RGL1 (ENSNLEG00000018022) APOBEC4 (ENSNLEG00000035610) ARPC5 (ENSNLEG00000018020) NCF2 (ENSNLEG00000018019) SMG7 (ENSNLEG00000018018) NMNAT2 (ENSNLEG00000018017) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a.d ##22 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a.d ##22 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2322 ENSRROG00000033991 ENSRROG00000045526 SHANK2 (ENSRROG00000031929) DHCR7 (ENSRROG00000041957) NADSYN1 (ENSRROG00000026981) ENSRROG00000034233 ENSRROG00000028333 OSBPL5 (ENSRROG00000042257) CARS1 (ENSRROG00000041623) ENSRROG00000031711 NAP1L4 (ENSRROG00000041303) ENSRROG00000044553 SLC22A18 (ENSRROG00000042171) ENSRROG00000043104 CDKN1C (ENSRROG00000019036) ENSRROG00000028793 ##22 KCNQ1 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(ENSMNEG00000043384) ENSMNEG00000045079 ##22 TRPM5 (ENSMNEG00000031765) TSSC4 (ENSMNEG00000039665) CD81 (ENSMNEG00000005402) TSPAN32 (ENSMNEG00000031055) C11orf21 (ENSMNEG00000041841) ASCL2 (ENSMNEG00000010750) TH (ENSMNEG00000037259) INS (ENSMNEG00000036460) IGF2 (ENSMNEG00000036468) ENSMNEG00000036665 ENSMNEG00000036690 TNNT3 (ENSMNEG00000007168) LSP1 (ENSMNEG00000045357) TNNI2 (ENSMNEG00000027439) SYT8 (ENSMNEG00000031561) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.a ##22 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 45 GNG12 (ENSSBOG00000023413) WLS (ENSSBOG00000029071) ENSSBOG00000017047 RPE65 (ENSSBOG00000020711) DEPDC1 (ENSSBOG00000032526) ENSSBOG00000024654 LRRC7 (ENSSBOG00000023202) LRRC40 (ENSSBOG00000033042) SRSF11 (ENSSBOG00000033461) ANKRD13C (ENSSBOG00000035265) ENSSBOG00000033163 CTH (ENSSBOG00000004834) PTGER3 (ENSSBOG00000032109) ENSSBOG00000013268 ENSSBOG00000036028 ENSSBOG00000022428 ##22 NEGR1 (ENSSBOG00000033521) ENSSBOG00000022738 LRRIQ3 (ENSSBOG00000023453) FPGT (ENSSBOG00000031862) LRRC53 (ENSSBOG00000031388) TNNI3K (ENSSBOG00000027342) ERICH3 (ENSSBOG00000030083) CRYZ (ENSSBOG00000027623) TYW3 (ENSSBOG00000022917) LHX8 (ENSSBOG00000031302) SLC44A5 (ENSSBOG00000025792) ACADM (ENSSBOG00000032362) RABGGTB (ENSSBOG00000030418) MSH4 (ENSSBOG00000020272) ASB17 (ENSSBOG00000036206) Capuchin MODERN SPECIES 22 RBIS (ENSCCAG00000012834) E2F5 (ENSCCAG00000027971) LRRCC1 (ENSCCAG00000037716) RALYL (ENSCCAG00000025003) ENSCCAG00000022816 ENSCCAG00000022591 CHMP4C (ENSCCAG00000025330) ZFAND1 (ENSCCAG00000017281) IMPA1 (ENSCCAG00000004352) ENSCCAG00000022643 FABP12 (ENSCCAG00000029659) FABP4 (ENSCCAG00000037151) FABP9 (ENSCCAG00000034511) PMP2 (ENSCCAG00000027113) FABP5 (ENSCCAG00000034226) ENSCCAG00000033845 ##22 PAG1 (ENSCCAG00000032193) ZNF704 (ENSCCAG00000028960) ENSCCAG00000021608 ZBTB10 (ENSCCAG00000035024) TPD52 (ENSCCAG00000028562) MRPS28 (ENSCCAG00000022534) HEY1 (ENSCCAG00000028786) STMN2 (ENSCCAG00000031143) EIF3K (ENSCCAG00000029206) ENSCCAG00000029483 IL7 (ENSCCAG00000032867) ZC2HC1A (ENSCCAG00000022919) PKIA (ENSCCAG00000018464) ENSCCAG00000000493 ZFHX4 (ENSCCAG00000026493) Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b ##22 Euarchontoglires DUPLICATION Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.a ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.a ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.a ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.a ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000162735 ENSGT00390000017672 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.a ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a ENSGT01090000260070.B ENSGT00390000002480 ENSGT00390000009435 ENSGT00910000147888 ENSGT00940000159513 ENSGT00650000093733 ENSGT00940000154325.b ENSGT00940000162386 ENSGT00940000157337 ENSGT00940000156221 ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159550 ENSGT00940000157613 ENSGT00390000013601 ENSGT00950000182848.c.b.b.a ENSGT00640000091536 ENSGT00390000001867 ENSGT00390000012738 ENSGT00940000158729 ENSGT00940000158568 ENSGT00940000155256 ENSGT00390000012030.a ENSGT00950000182894.D ENSGT00390000015369 ENSGT00940000154317.a.a ENSGT00390000003880.b.a Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000161580 ENSGT00940000159768 ENSGT00940000162735 ENSGT00390000017672 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.a ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a ENSGT01090000260070.B ENSGT00390000009435 ENSGT00940000159513 ENSGT00650000093733 ENSGT00940000154325.b ENSGT00940000162386 ENSGT00940000157337 ENSGT00940000156221 ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159550 ENSGT00940000157613 ENSGT00390000013601 ENSGT00950000182848.c.b.b.a ENSGT00640000091536 ENSGT00390000001867 ENSGT00390000012738 ENSGT00940000158729 ENSGT00940000158568 ENSGT00940000155256 ENSGT00390000012030.a ENSGT00950000182894.D ENSGT00390000015369 ENSGT00940000154317.a.a ENSGT00390000003880.b.a Gibbon MODERN SPECIES 2 ZSCAN20 (ENSNLEG00000003289) CSMD2 (ENSNLEG00000003311) HMGB4 (ENSNLEG00000018198) C1orf94 (ENSNLEG00000003476) GJB5 (ENSNLEG00000003498) GJB4 (ENSNLEG00000018199) ENSNLEG00000018200 SMIM12 (ENSNLEG00000018201) DLGAP3 (ENSNLEG00000003515) ENSNLEG00000003521 TMEM35B (ENSNLEG00000003522) ZMYM6 (ENSNLEG00000003530) ZMYM1 (ENSNLEG00000003575) ENSNLEG00000035521 ZMYM4 (ENSNLEG00000010891) ENSNLEG00000018998 ##22 ENSNLEG00000031618 KIAA0319L (ENSNLEG00000011001) NCDN (ENSNLEG00000011043) TFAP2E (ENSNLEG00000011088) PSMB2 (ENSNLEG00000034792) C1orf216 (ENSNLEG00000035826) CLSPN (ENSNLEG00000011110) AGO4 (ENSNLEG00000011125) AGO1 (ENSNLEG00000011181) AGO3 (ENSNLEG00000027092) TEKT2 (ENSNLEG00000011235) ADPRS (ENSNLEG00000011265) ENSNLEG00000011300 TRAPPC3 (ENSNLEG00000031818) ENSNLEG00000011317 Hominidae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000161580 ENSGT00940000159768 ENSGT00940000162735 ENSGT00390000017672 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.a ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a ENSGT01090000260070.B ENSGT00390000009435 ENSGT00940000159513 ENSGT00650000093733 ENSGT00940000154325.b ENSGT00940000162386 ENSGT00940000157337 ENSGT00940000156221 ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159550 ENSGT00940000157613 ENSGT00390000013601 ENSGT00950000182848.c.b.b.a ENSGT00640000091536 ENSGT00390000001867 ENSGT00390000012738 ENSGT00940000158729 ENSGT00940000158568 ENSGT00940000155256 ENSGT00390000012030.a ENSGT00950000182894.D ENSGT00390000015369 ENSGT00940000154317.a.a ENSGT00390000003880.b.a Orangutan MODERN SPECIES PHC2 (ENSPPYG00000001573) ZSCAN20 (ENSPPYG00000001572) HMGB4 (ENSPPYG00000001571) CSMD2 (ENSPPYG00000001570) C1orf94 (ENSPPYG00000001569) GJB5 (ENSPPYG00000001568) GJB4 (ENSPPYG00000001567) GJB3 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ENSGT00940000156221 ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159550 ENSGT00940000157613 ENSGT00390000013601 ENSGT00950000182848.c.b.b.a ENSGT00640000091536 ENSGT00390000001867 ENSGT00390000012738 ENSGT00940000158729 ENSGT00940000158568 ENSGT00940000155256 ENSGT00390000012030.a ENSGT00950000182894.D ENSGT00390000015369 ENSGT00940000154317.a.a ENSGT00390000003880.b.a Gorilla MODERN SPECIES PHC2 (ENSGGOG00000003599) ZSCAN20 (ENSGGOG00000005694) CSMD2 (ENSGGOG00000017177) C1orf94 (ENSGGOG00000002112) GJB5 (ENSGGOG00000008954) GJB4 (ENSGGOG00000008958) ENSGGOG00000040481 SMIM12 (ENSGGOG00000043837) DLGAP3 (ENSGGOG00000013343) ENSGGOG00000043198 TMEM35B (ENSGGOG00000026101) ZMYM6 (ENSGGOG00000009644) ZMYM1 (ENSGGOG00000028505) SFPQ (ENSGGOG00000026354) ZMYM4 (ENSGGOG00000012150) ENSGGOG00000023775 ##22 KIAA0319L (ENSGGOG00000012068) NCDN (ENSGGOG00000009754) TFAP2E (ENSGGOG00000009762) PSMB2 (ENSGGOG00000009771) C1orf216 (ENSGGOG00000043887) CLSPN (ENSGGOG00000005981) AGO4 (ENSGGOG00000036532) AGO1 (ENSGGOG00000003316) AGO3 (ENSGGOG00000036711) ENSGGOG00000043836 TEKT2 (ENSGGOG00000003766) ADPRS (ENSGGOG00000003770) COL8A2 (ENSGGOG00000003772) TRAPPC3 (ENSGGOG00000004752) MAP7D1 (ENSGGOG00000003219) Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000161580 ENSGT00940000159768 ENSGT00940000162735 ENSGT00390000017672 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.a ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a ENSGT01090000260070.B ENSGT00390000009435 ENSGT00940000159513 ENSGT00650000093733 ENSGT00940000154325.b ENSGT00940000162386 ENSGT00940000157337 ENSGT00940000156221 ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159550 ENSGT00940000157613 ENSGT00390000013601 ENSGT00950000182848.c.b.b.a ENSGT00640000091536 ENSGT00390000001867 ENSGT00390000012738 ENSGT00940000158729 ENSGT00940000158568 ENSGT00940000155256 ENSGT00950000182894.D ENSGT00390000015369 ENSGT00940000154317.a.a ENSGT00390000003880.b.a ENSGT00950000182941.a.a.b Pan ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000182858.C ENSGT00940000160840 ENSGT00940000161580 ENSGT00940000159768 ENSGT00390000017672 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.a ENSGT00390000002480 ENSGT00390000009435 ENSGT00940000159513 ENSGT00650000093733 ENSGT00940000154325.b ENSGT00940000162386 ENSGT00940000157337 ENSGT00940000156221 ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159550 ENSGT00940000157613 ENSGT00390000013601 ENSGT00950000182848.c.b.b.a ENSGT00640000091536 ENSGT00390000001867 ENSGT00390000012738 ENSGT00940000158729 ENSGT00940000158568 ENSGT00940000155256 ENSGT00950000182894.D ENSGT00390000015369 ENSGT00940000154317.a.a ENSGT00390000003880.b.a ENSGT00950000182941.a.a.b Chimpanzee MODERN SPECIES 6 ENSPTRG00000043911 ENSPTRG00000030350 ENSPTRG00000006850 ENSPTRG00000046635 ENSPTRG00000050016 OCA2 (ENSPTRG00000006834) GABRG3 (ENSPTRG00000052476) GABRA5 (ENSPTRG00000006832) GABRB3 (ENSPTRG00000006831) ENSPTRG00000047058 ATP10A (ENSPTRG00000030356) UBE3A (ENSPTRG00000006829) ENSPTRG00000046808 SNURF (ENSPTRG00000034046) SNRPN (ENSPTRG00000006826) ENSPTRG00000044022 ##22 NPAP1 (ENSPTRG00000030358) ENSPTRG00000042825 MAGEL2 (ENSPTRG00000032582) MKRN3 (ENSPTRG00000051959) ENSPTRG00000051938 ENSPTRG00000052123 ENSPTRG00000029928 NIPA1 (ENSPTRG00000051453) NIPA2 (ENSPTRG00000052089) CYFIP1 (ENSPTRG00000006818) TUBGCP5 (ENSPTRG00000006817) ENSPTRG00000046381 ENSPTRG00000006815 ENSPTRG00000024048 ENSPTRG00000045652 Bonobo DUPLICATION Bonobo MODERN SPECIES PHC2 (ENSPPAG00000023196) ZSCAN20 (ENSPPAG00000013288) CSMD2 (ENSPPAG00000043765) C1orf94 (ENSPPAG00000040160) GJB5 (ENSPPAG00000019245) GJB4 (ENSPPAG00000012554) ENSPPAG00000008621 SMIM12 (ENSPPAG00000005985) DLGAP3 (ENSPPAG00000039097) ENSPPAG00000043640 TMEM35B (ENSPPAG00000012633) ZMYM6 (ENSPPAG00000032166) ZMYM1 (ENSPPAG00000038162) SFPQ (ENSPPAG00000030078) ZMYM4 (ENSPPAG00000031498) ENSPPAG00000043691 ##22 KIAA0319L (ENSPPAG00000033357) NCDN (ENSPPAG00000040334) TFAP2E (ENSPPAG00000039587) PSMB2 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ENSGT00390000017672 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.a ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a ENSGT01090000260070.B ENSGT00390000002480 ENSGT00390000009435 ENSGT00910000147888 ENSGT00940000159513 ENSGT00650000093733 ENSGT00940000154325.b ENSGT00940000162386 ENSGT00940000157337 ENSGT00940000156221 ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159550 ENSGT00940000157613 ENSGT00390000013601 ENSGT00950000182848.c.b.b.a ENSGT00640000091536 ENSGT00390000001867 ENSGT00390000012738 ENSGT00940000158729 ENSGT00940000158568 ENSGT00940000155256 ENSGT00390000012030.a ENSGT00950000182894.D ENSGT00390000015369 ENSGT00940000154317.a.a ENSGT00390000003880.b.a Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162735 ENSGT00390000017672 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.a ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a ENSGT01090000260070.B ENSGT00390000002480 ENSGT00390000009435 ENSGT00910000147888 ENSGT00940000159513 ENSGT00650000093733 ENSGT00940000154325.b ENSGT00940000162386 ENSGT00940000157337 ENSGT00940000156221 ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159550 ENSGT00940000157613 ENSGT00390000013601 ENSGT00950000182848.c.b.b.a ENSGT00640000091536 ENSGT00390000001867 ENSGT00390000012738 ENSGT00940000158729 ENSGT00940000158568 ENSGT00940000155256 ENSGT00390000012030.a ENSGT00950000182894.D ENSGT00390000015369 ENSGT00940000154317.a.a ENSGT00390000003880.b.a Vervet Monkey MODERN SPECIES 12 BTBD8 (ENSCSAG00000001465) #15 C1orf146 (ENSCSAG00000001466) #16 GLMN (ENSCSAG00000001467) #17 RPAP2 (ENSCSAG00000001468) #18 GFI1 (ENSCSAG00000001469) #19 ENSCSAG00000000156 EVI5 (ENSCSAG00000001470) #20 ENSCSAG00000001471 ##22 DIPK1A (ENSCSAG00000001472) #23 MTF2 (ENSCSAG00000001474) #26 TMED5 (ENSCSAG00000001475) #27 CCDC18 (ENSCSAG00000001476) #28 DR1 (ENSCSAG00000001477) #29 FNBP1L (ENSCSAG00000001478) #30 BCAR3 (ENSCSAG00000001479) #31 ENSCSAG00000000157 ##22 ENSCSAG00000001480 #32 GCLM (ENSCSAG00000001481) #34 ABCA4 (ENSCSAG00000001482) #35 ARHGAP29 (ENSCSAG00000001483) #36 ABCD3 (ENSCSAG00000001484) F3 (ENSCSAG00000001485) SLC44A3 (ENSCSAG00000001486) CNN3 (ENSCSAG00000001487) ALG14 (ENSCSAG00000001488) ENSCSAG00000001489 TLCD4 (ENSCSAG00000001490) RWDD3 (ENSCSAG00000001491) ENSCSAG00000001493 PTBP2 (ENSCSAG00000001494) DPYD (ENSCSAG00000001495) Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000162735 ENSGT00390000017672 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.a ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a ENSGT01090000260070.B ENSGT00390000002480 ENSGT00390000009435 ENSGT00910000147888 ENSGT00940000159513 ENSGT00650000093733 ENSGT00940000154325.b ENSGT00940000162386 ENSGT00940000157337 ENSGT00940000156221 ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159550 ENSGT00940000157613 ENSGT00390000013601 ENSGT00950000182848.c.b.b.a ENSGT00640000091536 ENSGT00390000001867 ENSGT00390000012738 ENSGT00940000158729.d ENSGT00940000158568 ENSGT00940000155256 ENSGT00390000012030.a ENSGT00950000182894.D ENSGT00390000015369 ENSGT00940000154317.a.a ENSGT00390000003880.b.a Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000159768 ENSGT00940000162735 ENSGT00390000017672 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.a ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a ENSGT01090000260070.B ENSGT00390000009435 ENSGT00910000147888 ENSGT00940000159513 ENSGT00650000093733 ENSGT00940000154325.b ENSGT00940000162386 ENSGT00940000157337 ENSGT00940000156221.d ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000156221.c.b ENSGT00940000159550 ENSGT00940000157613 ENSGT00390000013601 ENSGT00950000182848.c.b.b.a ENSGT00640000091536 ENSGT00390000001867 ENSGT00390000012738 ENSGT00940000158729.d ENSGT00940000158568 ENSGT00940000155256 ENSGT00390000012030.a ENSGT00950000182894.D ENSGT00390000015369 ENSGT00940000154317.a.a Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000159768 ENSGT00940000162735 ENSGT00390000017672 ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.b ENSGT01030000234513.A.a.a.a.b.a ENSGT01030000234513.A.a.a.a.a ENSGT00390000002480 ENSGT00390000009435 ENSGT00910000147888 ENSGT00940000159513 ENSGT00650000093733 ENSGT00940000154325.b ENSGT00940000162386 ENSGT00940000157337 ENSGT00940000156221.d ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000159550 ENSGT00940000157613 ENSGT00390000013601 ENSGT00950000182848.c.b.b.a ENSGT00640000091536 ENSGT00390000001867 ENSGT00390000012738 ENSGT00940000158729.d ENSGT00940000158568 ENSGT00940000155256 ENSGT00390000012030.a ENSGT00950000182894.D ENSGT00390000015369 ENSGT00940000154317.a.a ENSGT00390000003880.b.a Drill MODERN SPECIES 1182 C1orf94 (ENSMLEG00000036052) GJB5 (ENSMLEG00000027533) GJB4 (ENSMLEG00000018745) ENSMLEG00000009138 SMIM12 (ENSMLEG00000028333) ENSMLEG00000001304 DLGAP3 (ENSMLEG00000036514) ENSMLEG00000033529 TMEM35B (ENSMLEG00000000079) ZMYM6 (ENSMLEG00000041873) ZMYM1 (ENSMLEG00000040094) ENSMLEG00000010643 ZMYM4 (ENSMLEG00000043391) ENSMLEG00000009523 ##22 KIAA0319L (ENSMLEG00000028497) NCDN (ENSMLEG00000032151) TFAP2E (ENSMLEG00000041305) PSMB2 (ENSMLEG00000041248) C1orf216 (ENSMLEG00000024398) CLSPN (ENSMLEG00000028042) Sooty mangabey MODERN SPECIES 227 HMGB4 (ENSCATG00000006414) CSMD2 (ENSCATG00000029554) C1orf94 (ENSCATG00000042668) ENSCATG00000002279 GJB5 (ENSCATG00000003985) GJB4 (ENSCATG00000004245) GJB3 (ENSCATG00000006471) ENSCATG00000006495 SMIM12 (ENSCATG00000004268) DLGAP3 (ENSCATG00000021045) ENSCATG00000043216 TMEM35B (ENSCATG00000022162) ZMYM6 (ENSCATG00000033137) ZMYM1 (ENSCATG00000043393) ENSCATG00000032664 ENSCATG00000043711 ##22 ZMYM4 (ENSCATG00000034945) ENSCATG00000042306 KIAA0319L (ENSCATG00000043672) NCDN (ENSCATG00000043234) TFAP2E (ENSCATG00000032602) PSMB2 (ENSCATG00000038881) C1orf216 (ENSCATG00000006919) CLSPN (ENSCATG00000044080) AGO4 (ENSCATG00000043421) AGO1 (ENSCATG00000031521) AGO3 (ENSCATG00000029748) ENSCATG00000005617 TEKT2 (ENSCATG00000042764) ADPRS (ENSCATG00000042745) COL8A2 (ENSCATG00000032341) Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.a ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.a ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.a ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.a ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.a ##22 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 144 Ttf2 (ENSJJAG00000015225) Trim45 (ENSJJAG00000007227) Vtcn1 (ENSJJAG00000019207) ENSJJAG00000018170 Man1a2 (ENSJJAG00000017865) Tent5c (ENSJJAG00000013174) ENSJJAG00000017333 ENSJJAG00000014767 ENSJJAG00000013768 ENSJJAG00000013505 Wdr3 (ENSJJAG00000013861) Spag17 (ENSJJAG00000008428) Tbx15 (ENSJJAG00000013591) ENSJJAG00000013379 Wars2 (ENSJJAG00000000897) ENSJJAG00000022645 ##22 Hao2 (ENSJJAG00000021719) ENSJJAG00000018205 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.a ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.a ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.a ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.a ##22 Prairie vole MODERN SPECIES 353 Thumpd2 (ENSMOCG00000018094) ENSMOCG00000000636 Slc8a1 (ENSMOCG00000017983) Pkdcc (ENSMOCG00000002662) Eml4 (ENSMOCG00000020764) Cox7a2l (ENSMOCG00000012418) Kcng3 (ENSMOCG00000011778) Mta3 (ENSMOCG00000017936) Haao (ENSMOCG00000015453) Zfp36l2 (ENSMOCG00000011066) ENSMOCG00000021185 ENSMOCG00000014683 ENSMOCG00000011429 ENSMOCG00000011467 ENSMOCG00000007015 ENSMOCG00000021154 ##22 ENSMOCG00000020687 ENSMOCG00000017805 2610008E11Rik (ENSMOCG00000008949) ENSMOCG00000008222 Or7a36 (ENSMOCG00000002619) Slc1a6 (ENSMOCG00000020405) Ccdc105 (ENSMOCG00000013529) Casp14 (ENSMOCG00000013844) Syde1 (ENSMOCG00000010233) Ilvbl (ENSMOCG00000007265) Notch3 (ENSMOCG00000001344) Ephx3 (ENSMOCG00000016735) Brd4 (ENSMOCG00000019710) ##7 Akap8 (ENSMOCG00000001588) Akap8l (ENSMOCG00000017098) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.a ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.a ##22 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 156 KIF4A (ENSSVLG00005017359) ENSSVLG00005017695 ARR3 (ENSSVLG00005017806) P2RY4 (ENSSVLG00005018235) AWAT1 (ENSSVLG00005018253) DGAT2L6 (ENSSVLG00005018323) ENSSVLG00005018402 OTUD6A (ENSSVLG00005018462) AWAT2 (ENSSVLG00005018479) EDA (ENSSVLG00005018551) ENSSVLG00005018578 NALF2 (ENSSVLG00005018605) PJA1 (ENSSVLG00005018646) EFNB1 (ENSSVLG00005018688) STARD8 (ENSSVLG00005018732) ENSSVLG00005018990 ##22 YIPF6 (ENSSVLG00005019022) OPHN1 (ENSSVLG00005019135) AR (ENSSVLG00005019210) ENSSVLG00005019287 EDA2R (ENSSVLG00005019344) ENSSVLG00005019406 ENSSVLG00005019524 ENSSVLG00005019595 ENSSVLG00005019660 HEPH (ENSSVLG00005019774) VSIG4 (ENSSVLG00005020025) ENSSVLG00005020115 ENSSVLG00005020160 MSN (ENSSVLG00005020199) ENSSVLG00005020269 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.b ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.b ##22 Platyrrhini DUPLICATION Platyrrhini DUPLICATION Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.b.a.a ##22 Mas night monkey MODERN SPECIES 576 ENSANAG00000020883 ENSANAG00000003962 CDH9 (ENSANAG00000023798) CDH6 (ENSANAG00000022677) DROSHA (ENSANAG00000020506) ENSANAG00000033792 ENSANAG00000037458 ##22 C5orf22 (ENSANAG00000032676) ENSANAG00000032486 PDZD2 (ENSANAG00000009047) ENSANAG00000006555 GOLPH3 (ENSANAG00000004528) MTMR12 (ENSANAG00000028689) ZFR (ENSANAG00000023333) ENSANAG00000011651 NPR3 (ENSANAG00000030984) ENSANAG00000031027 TARS1 (ENSANAG00000020786) ADAMTS12 (ENSANAG00000025930) SLC45A2 (ENSANAG00000033766) AMACR (ENSANAG00000031501) C1QTNF3 (ENSANAG00000037935) Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.b.a.a ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.b.a.a ##22 Capuchin MODERN SPECIES 75 IBA57 (ENSCCAG00000019844) ENSCCAG00000023630 OBSCN (ENSCCAG00000032571) ENSCCAG00000016195 TRIM11 (ENSCCAG00000036943) TRIM17 (ENSCCAG00000025121) ENSCCAG00000036407 H2AW (ENSCCAG00000012315) H2BU1 (ENSCCAG00000015023) ENSCCAG00000012567 RNF187 (ENSCCAG00000028705) ENSCCAG00000025344 ENSCCAG00000018435 ##33 AHCTF1 (ENSCCAG00000023436) SCCPDH (ENSCCAG00000022176) ENSCCAG00000020404 ##22 CNST (ENSCCAG00000038009) TFB2M (ENSCCAG00000028811) SMYD3 (ENSCCAG00000021189) ENSCCAG00000021180 KIF26B (ENSCCAG00000031008) ENSCCAG00000032757 ENSCCAG00000037859 ENSCCAG00000035009 ENSCCAG00000029940 DESI2 (ENSCCAG00000032727) CATSPERE (ENSCCAG00000024353) ADSS (ENSCCAG00000019985) C1orf100 (ENSCCAG00000026529) ENSCCAG00000034313 ENSCCAG00000012153 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00950000183058.A.a ENSGT00950000185149 ENSGT00390000011644 ENSGT00440000039028 ENSGT00390000018059.b ENSGT01020000230412.A.c.b.d ENSGT00390000002659 ENSGT00940000163309 ENSGT00940000162687 ENSGT00390000008608 ENSGT00940000156906 ENSGT00940000161269 ENSGT00940000157774 ENSGT00940000154374.b ENSGT00940000154205.h.bb ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00390000004199 ENSGT00940000157380 ENSGT00940000159036 ENSGT00390000014067 ENSGT00390000013340 ENSGT00940000154842.a.b ENSGT00940000153464.A.b ENSGT00940000157769 ENSGT00940000163577 ENSGT00510000046975.b.t ENSGT00390000007598 ENSGT00510000046975.b.u ENSGT00940000157757 ENSGT00940000159221 ENSGT00930000151041 Mas night monkey MODERN SPECIES 893 UCK2 (ENSANAG00000031914) TMCO1 (ENSANAG00000021952) ALDH9A1 (ENSANAG00000029992) MGST3 (ENSANAG00000022897) LRRC52 (ENSANAG00000029215) RXRG (ENSANAG00000031942) LMX1A (ENSANAG00000020495) PBX1 (ENSANAG00000026588) ENSANAG00000027656 ENSANAG00000013627 ENSANAG00000027887 ##22 NUF2 (ENSANAG00000027298) RGS5 (ENSANAG00000026600) RGS4 (ENSANAG00000019849) CCDC190 (ENSANAG00000023182) HSD17B7 (ENSANAG00000023761) DDR2 (ENSANAG00000022647) UAP1 (ENSANAG00000027960) UHMK1 (ENSANAG00000022526) 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ENSCCAG00000034086 ##22 NUF2 (ENSCCAG00000036193) RGS5 (ENSCCAG00000023580) RGS4 (ENSCCAG00000029323) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.b.b ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.b.b ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.b.b ##22 Capuchin MODERN SPECIES 65 SLC35D3 (ENSCCAG00000034349) ENSCCAG00000024812 IL20RA (ENSCCAG00000028945) IL22RA2 (ENSCCAG00000028239) IFNGR1 (ENSCCAG00000028495) OLIG3 (ENSCCAG00000032329) ENSCCAG00000022443 TNFAIP3 (ENSCCAG00000026453) PERP (ENSCCAG00000024325) ARFGEF3 (ENSCCAG00000022363) SMIM28 (ENSCCAG00000022535) HEBP2 (ENSCCAG00000022742) NHSL1 (ENSCCAG00000021733) ENSCCAG00000023318 CCDC28A (ENSCCAG00000035861) ENSCCAG00000035560 ##22 ECT2L (ENSCCAG00000037523) ENSCCAG00000036662 REPS1 (ENSCCAG00000034433) ABRACL (ENSCCAG00000028305) HECA (ENSCCAG00000020918) TXLNB (ENSCCAG00000034584) CITED2 (ENSCCAG00000019744) NMBR (ENSCCAG00000033189) VTA1 (ENSCCAG00000032828) ADGRG6 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ENSGT00940000160868 ENSGT00940000157269.a.a ENSGT00940000158299 ENSGT00940000158614 ENSGT00530000063668.B ENSGT00940000158238 ENSGT00390000004380.m.a.b ENSGT00940000158598 ENSGT00720000108839 ENSGT00950000183074.B.a.a ENSGT00390000007091 ENSGT00390000013141 ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.b.c ##22 ENSGT00950000183149.C ENSGT00940000157136 ENSGT00940000159021 ENSGT00940000156491.a ENSGT00940000156692 ENSGT00390000001445 ENSGT00940000154928.c.a ENSGT00940000155500 ENSGT00940000159066 ENSGT00940000153487.b.b.i.b ENSGT00390000013419 ENSGT00390000006503.b ENSGT01030000234564.a.a.b.b ENSGT00390000017890 ENSGT00940000165777 Sooty mangabey MODERN SPECIES 555 DPYSL2 (ENSCATG00000034654) ADRA1A (ENSCATG00000045125) STMN4 (ENSCATG00000022939) TRIM35 (ENSCATG00000032262) PTK2B (ENSCATG00000032885) CHRNA2 (ENSCATG00000031746) EPHX2 (ENSCATG00000029846) CLU (ENSCATG00000009271) SCARA3 (ENSCATG00000037167) ENSCATG00000033671 ESCO2 (ENSCATG00000032436) PBK (ENSCATG00000023001) SCARA5 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(ENSMLEG00000035646) ENSMLEG00000041930 ENSMLEG00000029495 ENSMLEG00000038678 MALL (ENSMLEG00000031303) NPHP1 (ENSMLEG00000036809) BUB1 (ENSMLEG00000027284) ENSMLEG00000029292 ##22 ACOXL (ENSMLEG00000032455) BCL2L11 (ENSMLEG00000036122) ENSMLEG00000033924 ANAPC1 (ENSMLEG00000037245) ENSMLEG00000020241 MERTK (ENSMLEG00000040439) TMEM87B (ENSMLEG00000042458) FBLN7 (ENSMLEG00000039015) ZC3H8 (ENSMLEG00000029980) ZC3H6 (ENSMLEG00000038821) Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT01030000234527.A.a.b.a.a ENSGT00940000159105 ENSGT01030000234597.a.b.a ENSGT00940000160868 ENSGT00940000157269.a.a ENSGT00940000158299 ENSGT00940000158614 ENSGT00530000063668.B ENSGT00940000158238 ENSGT00390000004380.m.b.a ENSGT00940000158598 ENSGT00720000108839 ENSGT00950000183074.B.a.a ENSGT00390000007091 ENSGT00390000013141 ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.b ##22 ENSGT00950000183149.C ENSGT00940000157136 ENSGT00940000159021 ENSGT00940000156491.a ENSGT00940000156692 ENSGT00910000147307 ENSGT00390000001445 ENSGT00940000154928.c.a ENSGT00940000155500 ENSGT00940000159066 ENSGT00940000153487.b.b.i.b ENSGT00390000013419 ENSGT00390000006503.b ENSGT01030000234564.a.a.b.b ENSGT00390000017890 Hominidae ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT01030000234527.A.a.b.a.a ENSGT00940000159105 ENSGT01030000234597.a.b.a ENSGT00940000160868 ENSGT00940000157269.a.a ENSGT00940000158299 ENSGT00940000158614 ENSGT00530000063668.B ENSGT00940000158238 ENSGT00390000004380.m.b.a ENSGT00940000158598 ENSGT00720000108839 ENSGT00950000183074.B.a.a ENSGT00390000007091 ENSGT00390000013141 ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.b ##22 ENSGT00950000183149.C ENSGT00940000157136 ENSGT00940000159021 ENSGT00940000156491.a ENSGT00940000156692 ENSGT00910000147307 ENSGT00390000001445 ENSGT00940000154928.c.a ENSGT00940000155500 ENSGT00940000159066 ENSGT00940000153487.b.b.i.b ENSGT00390000013419 ENSGT00390000006503.b ENSGT01030000234564.a.a.b.b ENSGT00390000017890 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT01030000234527.A.a.b.a.a ENSGT00940000159105 ENSGT01030000234597.a.b.a ENSGT00940000160868 ENSGT00940000157269.a.a ENSGT00940000158299 ENSGT00940000158614 ENSGT00530000063668.B ENSGT00940000158238 ENSGT00390000004380.m.b.a ENSGT00940000158598 ENSGT00720000108839 ENSGT00950000183074.B.a.a ENSGT00390000007091 ENSGT00390000013141 ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.b ##22 ENSGT00950000183149.C ENSGT00940000157136 ENSGT00940000159021 ENSGT00940000156491.a ENSGT00940000156692 ENSGT00910000147307 ENSGT00390000001445 ENSGT00940000154928.c.a ENSGT00910000147585 ENSGT00940000155500 ENSGT00940000159066 ENSGT00940000153487.b.b.i.b ENSGT00390000013419 ENSGT00390000006503.b ENSGT00950000183198.c.a.a.a.a.l.a.a Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT01030000234527.A.a.b.a.a ENSGT00940000159105 ENSGT01030000234597.a.b.a ENSGT00940000160868 ENSGT00940000157269.a.a ENSGT00940000158299 ENSGT00940000158614 ENSGT00530000063668.B ENSGT00940000158238 ENSGT00390000004380.m.b.a ENSGT00940000158598 ENSGT00720000108839 ENSGT00950000183074.B.a.a ENSGT00390000007091 ENSGT00390000013141 ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.b ##22 ENSGT00950000183149.C ENSGT00940000157136 ENSGT00940000159021 ENSGT00940000156491.a ENSGT00940000156692 ENSGT00910000147307 ENSGT00390000001445 ENSGT00940000154928.c.a ENSGT00910000147585 ENSGT00940000155500 ENSGT00940000159066 ENSGT00940000153487.b.b.i.b ENSGT00390000013419 ENSGT00390000006503.b ENSGT00950000183198.c.a.a.a.a.l.a.a Pan ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT01030000234527.A.a.b.a.a ENSGT00940000159105 ENSGT01030000234597.a.b.a ENSGT00940000160868 ENSGT00940000157269.a.a ENSGT00940000158299 ENSGT00940000158614 ENSGT00530000063668.B ENSGT00940000158238 ENSGT00390000004380.m.b.a ENSGT00940000158598 ENSGT00720000108839 ENSGT00950000183074.B.a.a ENSGT00390000007091 ENSGT00390000013141 ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b.b ##22 ENSGT00950000183149.C ENSGT00940000157136 ENSGT00940000159021 ENSGT00940000156491.a ENSGT00940000156692 ENSGT00910000147307 ENSGT00390000001445 ENSGT00940000154928.c.a ENSGT00910000147585 ENSGT00940000155500 ENSGT00940000159066 ENSGT00940000153487.b.b.i.b ENSGT00390000013419 ENSGT00390000006503.b ENSGT00950000183198.c.a.a.a.a.l.a.a Chimpanzee MODERN SPECIES 21 ADRA1A (ENSPTRG00000020100) ENSPTRG00000045362 STMN4 (ENSPTRG00000020102) TRIM35 (ENSPTRG00000020103) PTK2B (ENSPTRG00000020104) CHRNA2 (ENSPTRG00000020105) EPHX2 (ENSPTRG00000020106) CLU (ENSPTRG00000020107) SCARA3 (ENSPTRG00000020108) CCDC25 (ENSPTRG00000020109) ESCO2 (ENSPTRG00000020110) PBK (ENSPTRG00000020112) SCARA5 (ENSPTRG00000020113) NUGGC (ENSPTRG00000020114) ELP3 (ENSPTRG00000020115) ENSPTRG00000043531 ##22 PNOC (ENSPTRG00000020116) ZNF395 (ENSPTRG00000020119) FBXO16 (ENSPTRG00000034416) FZD3 (ENSPTRG00000020122) EXTL3 (ENSPTRG00000020124) INTS9 (ENSPTRG00000020125) HMBOX1 (ENSPTRG00000020127) KIF13B (ENSPTRG00000023437) ENSPTRG00000051054 DUSP4 (ENSPTRG00000020129) ENSPTRG00000043672 SARAF (ENSPTRG00000020131) LEPROTL1 (ENSPTRG00000039951) MBOAT4 (ENSPTRG00000020133) DCTN6 (ENSPTRG00000020134) Bonobo MODERN SPECIES 21 DPYSL2 (ENSPPAG00000035831) ADRA1A (ENSPPAG00000043804) ENSPPAG00000043385 TRIM35 (ENSPPAG00000038841) PTK2B (ENSPPAG00000037974) CHRNA2 (ENSPPAG00000042024) EPHX2 (ENSPPAG00000034443) CLU (ENSPPAG00000030389) SCARA3 (ENSPPAG00000031092) CCDC25 (ENSPPAG00000035057) ESCO2 (ENSPPAG00000037825) PBK (ENSPPAG00000036956) SCARA5 (ENSPPAG00000032372) NUGGC (ENSPPAG00000033912) ELP3 (ENSPPAG00000003473) ENSPPAG00000042684 ##22 PNOC (ENSPPAG00000031795) ZNF395 (ENSPPAG00000029300) FBXO16 (ENSPPAG00000030694) FZD3 (ENSPPAG00000032462) EXTL3 (ENSPPAG00000033582) ENSPPAG00000027198 INTS9 (ENSPPAG00000041473) HMBOX1 (ENSPPAG00000026235) ENSPPAG00000036843 KIF13B (ENSPPAG00000042259) DUSP4 (ENSPPAG00000036541) ENSPPAG00000043687 SARAF (ENSPPAG00000032572) ENSPPAG00000036229 ENSPPAG00000010617 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b ##22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b ##22 Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.a.b ##22 Elephant MODERN SPECIES 375 EPB41L3 (ENSLAFG00000006036) ENSLAFG00000013989 ARHGAP28 (ENSLAFG00000008729) MC2R (ENSLAFG00000011821) ENSLAFG00000014904 CETN1 (ENSLAFG00000026433) COLEC12 (ENSLAFG00000009593) THOC1 (ENSLAFG00000009585) USP14 (ENSLAFG00000009582) ROCK1 (ENSLAFG00000015369) GREB1L (ENSLAFG00000028717) ESCO1 (ENSLAFG00000025897) SNRPD1 (ENSLAFG00000005819) ABHD3 (ENSLAFG00000008414) MIB1 (ENSLAFG00000003082) ENSLAFG00000027151 ##22 ENSLAFG00000007931 ENSLAFG00000032532 ENSLAFG00000032309 ENSLAFG00000016433 CABLES1 (ENSLAFG00000017513) TMEM241 (ENSLAFG00000017889) RIOK3 (ENSLAFG00000001380) RMC1 (ENSLAFG00000001383) NPC1 (ENSLAFG00000023357) ANKRD29 (ENSLAFG00000015310) LAMA3 (ENSLAFG00000008275) TTC39C (ENSLAFG00000008293) ENSLAFG00000014928 OSBPL1A (ENSLAFG00000014931) IMPACT (ENSLAFG00000003990) Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b ##22 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b ##22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b ##22 Tenrec MODERN SPECIES 10839 ENSETEG00000014541 ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b ##22 Laurasiatheria_a DUPLICATION Laurasiatheria_a DUPLICATION Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.a.a ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.a.a ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.a.a ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.a.a ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.a.a ##22 Yarkand deer MODERN SPECIES 9 TMEM229A (ENSCHYG00000026977) ENSCHYG00000026962 ENSCHYG00000026956 HYAL4 (ENSCHYG00000026955) LMOD2 (ENSCHYG00000026950) WASL (ENSCHYG00000026946) ASB15 (ENSCHYG00000026941) ENSCHYG00000026937 IQUB (ENSCHYG00000026931) SLC13A1 (ENSCHYG00000026920) TAS2R16 (ENSCHYG00000026914) ENSCHYG00000026909 CADPS2 (ENSCHYG00000026611) FEZF1 (ENSCHYG00000026487) AASS (ENSCHYG00000026446) ENSCHYG00000024383 ##22 FAM3C (ENSCHYG00000024340) WNT16 (ENSCHYG00000024300) CPED1 (ENSCHYG00000024149) ING3 (ENSCHYG00000023988) TSPAN12 (ENSCHYG00000023924) KCND2 (ENSCHYG00000023858) ENSCHYG00000023821 ENSCHYG00000023772 ENSCHYG00000023745 ENSCHYG00000023709 ENSCHYG00000023676 ENSCHYG00000023641 ENSCHYG00000023578 TRGV9 (ENSCHYG00000023546) ENSCHYG00000023515 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.a.a ##22 Siberian musk deer DUPLICATION Siberian musk deer MODERN SPECIES 1227 ZNF25 (ENSMMSG00000020000) ZNF248 (ENSMMSG00000020031) BMS1 (ENSMMSG00000020053) RET (ENSMMSG00000020162) CSGALNACT2 (ENSMMSG00000020322) ENSMMSG00000020349 RASGEF1A (ENSMMSG00000020374) FXYD4 (ENSMMSG00000020441) HNRNPF (ENSMMSG00000020460) BICC1 (ENSMMSG00000020487) ENSMMSG00000020576 ENSMMSG00000020596 PHYHIPL (ENSMMSG00000020629) FAM13C (ENSMMSG00000020700) ENSMMSG00000020876 ENSMMSG00000020895 ##22 SLC16A9 (ENSMMSG00000020920) ENSMMSG00000020942 CCDC6 (ENSMMSG00000020954) ANK3 (ENSMMSG00000021092) CDK1 (ENSMMSG00000022254) ENSMMSG00000022277 RHOBTB1 (ENSMMSG00000022296) TMEM26 (ENSMMSG00000022321) CABCOCO1 (ENSMMSG00000022331) ENSMMSG00000022340 ARID5B (ENSMMSG00000022357) RTKN2 (ENSMMSG00000022387) ZNF365 (ENSMMSG00000022399) ENSMMSG00000022407 ADO (ENSMMSG00000022422) Siberian musk deer MODERN SPECIES 58 THEMIS (ENSMMSG00000012746) PTPRK (ENSMMSG00000012835) LAMA2 (ENSMMSG00000013155) ARHGAP18 (ENSMMSG00000014166) ENSMMSG00000014241 L3MBTL3 (ENSMMSG00000014260) ENSMMSG00000014363 TMEM200A (ENSMMSG00000014384) EPB41L2 (ENSMMSG00000014492) AKAP7 (ENSMMSG00000017436) ARG1 (ENSMMSG00000017520) MED23 (ENSMMSG00000017570) ENPP3 (ENSMMSG00000017912) ENPP1 (ENSMMSG00000018194) CCN2 (ENSMMSG00000018245) ENSMMSG00000018265 ##22 MOXD1 (ENSMMSG00000018291) STX7 (ENSMMSG00000018401) TAAR9 (ENSMMSG00000018520) ENSMMSG00000018544 ENSMMSG00000018561 ENSMMSG00000018569 ENSMMSG00000018595 ENSMMSG00000018682 ENSMMSG00000018696 TAAR5 (ENSMMSG00000018747) ENSMMSG00000018755 ENSMMSG00000018760 TAAR2 (ENSMMSG00000018770) TAAR1 (ENSMMSG00000018786) VNN1 (ENSMMSG00000018799) Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.a.a ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.a.a ##22 Rambouillet Sheep DUPLICATION Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 10 ENSOARG00020025997 IQCF3 (ENSOARG00020026001) ENSOARG00020026003 IQCF6 (ENSOARG00020026006) GRM2 (ENSOARG00020026015) TEX264 (ENSOARG00020026021) RAD54L2 (ENSOARG00020026027) ENSOARG00020026033 ENSOARG00020026035 DCAF1 (ENSOARG00020026039) ENSOARG00020026049 ENSOARG00020026054 ENSOARG00020026057 MANF (ENSOARG00020026059) DOCK3 (ENSOARG00020026066) ENSOARG00020026081 ##22 MAPKAPK3 (ENSOARG00020026087) CISH (ENSOARG00020026090) HEMK1 (ENSOARG00020010204) C3orf18 (ENSOARG00020010332) CACNA2D2 (ENSOARG00020010511) TMEM115 (ENSOARG00020013169) CYB561D2 (ENSOARG00020013203) NPRL2 (ENSOARG00020013263) ZMYND10 (ENSOARG00020013376) RASSF1 (ENSOARG00020013580) TUSC2 (ENSOARG00020013772) HYAL2 (ENSOARG00020013831) HYAL1 (ENSOARG00020013897) HYAL3 (ENSOARG00020013993) IFRD2 (ENSOARG00020014132) Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 7 SNX18 (ENSOARG00020013467) HSPB3 (ENSOARG00020013509) ARL15 (ENSOARG00020003211) NDUFS4 (ENSOARG00020003246) FST (ENSOARG00020003280) RPS12 (ENSOARG00020003307) MOCS2 (ENSOARG00020003333) ITGA2 (ENSOARG00020003443) ITGA1 (ENSOARG00020003919) PELO (ENSOARG00020004089) ISL1 (ENSOARG00020004124) PARP8 (ENSOARG00020004290) HCN1 (ENSOARG00020005457) MRPS30 (ENSOARG00020005537) FGF10 (ENSOARG00020005559) ENSOARG00020005588 ##22 NNT (ENSOARG00020005629) ENSOARG00020005767 C5orf34 (ENSOARG00020005897) TMEM267 (ENSOARG00020005959) CCL28 (ENSOARG00020005973) HMGCS1 (ENSOARG00020005999) NIM1K (ENSOARG00020006035) ZNF131 (ENSOARG00020006056) ENSOARG00020006096 CCDC152 (ENSOARG00020006118) GHR (ENSOARG00020006196) FBXO4 (ENSOARG00020006423) ENSOARG00020006604 OXCT1 (ENSOARG00020006708) PLCXD3 (ENSOARG00020006984) Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.a.a ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.a.a ##22 Sperm whale MODERN SPECIES 10 ENSPCTG00005010650 TRAFD1 (ENSPCTG00005010690) HECTD4 (ENSPCTG00005010900) ENSPCTG00005012366 PTPN11 (ENSPCTG00005012444) RPH3A (ENSPCTG00005012552) OAS1 (ENSPCTG00005013310) OAS2 (ENSPCTG00005013711) ENSPCTG00005013793 ENSPCTG00005013862 DDX54 (ENSPCTG00005014018) PLBD2 (ENSPCTG00005014206) SDS (ENSPCTG00005014792) SDSL (ENSPCTG00005014914) LHX5 (ENSPCTG00005015110) ENSPCTG00005015203 ##22 RBM19 (ENSPCTG00005015269) TBX5 (ENSPCTG00005015404) MED13L (ENSPCTG00005015494) SPRING1 (ENSPCTG00005015625) RNFT2 (ENSPCTG00005015785) ENSPCTG00005015842 HRK (ENSPCTG00005015872) FBXW8 (ENSPCTG00005015909) FBXO21 (ENSPCTG00005016205) ENSPCTG00005016289 NOS1 (ENSPCTG00005016440) KSR2 (ENSPCTG00005017639) RFC5 (ENSPCTG00005018019) WSB2 (ENSPCTG00005018129) ENSPCTG00005018187 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.a.b ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.a.b ##22 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.a.b ##22 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.a.b ##22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.a.b ##22 Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 2 ENSRFEG00010012377 ENSRFEG00010013545 CCDC179 (ENSRFEG00010013578) SVIP (ENSRFEG00010013685) GAS2 (ENSRFEG00010013744) FANCF (ENSRFEG00010013824) SLC17A6 (ENSRFEG00010013848) ANO5 (ENSRFEG00010014078) NELL1 (ENSRFEG00010014187) ENSRFEG00010014613 SLC6A5 (ENSRFEG00010014721) PRMT3 (ENSRFEG00010014971) HTATIP2 (ENSRFEG00010015296) DBX1 (ENSRFEG00010015442) NAV2 (ENSRFEG00010015693) ENSRFEG00010018702 ##22 E2F8 (ENSRFEG00010018740) CSRP3 (ENSRFEG00010018867) ZDHHC13 (ENSRFEG00010018909) ENSRFEG00010018972 ENSRFEG00010019036 ENSRFEG00010019099 ENSRFEG00010019112 PTPN5 (ENSRFEG00010019203) IGSF22 (ENSRFEG00010019473) TMEM86A (ENSRFEG00010019663) SPTY2D1 (ENSRFEG00010019685) ENSRFEG00010019723 ENSRFEG00010019776 ENSRFEG00010019955 LDHC (ENSRFEG00010020017) Microbat MODERN SPECIES 937 TRIM23 (ENSMLUG00000006070) PPWD1 (ENSMLUG00000006058) CENPK (ENSMLUG00000002148) ADAMTS6 (ENSMLUG00000003570) CWC27 (ENSMLUG00000003562) SREK1IP1 (ENSMLUG00000003557) SHISAL2B (ENSMLUG00000003556) ENSMLUG00000026469 RGS7BP (ENSMLUG00000003548) RNF180 (ENSMLUG00000006224) IPO11 (ENSMLUG00000011760) DIMT1 (ENSMLUG00000011740) KIF2A (ENSMLUG00000011705) ZSWIM6 (ENSMLUG00000008485) PPDPF (ENSMLUG00000014566) ENSMLUG00000024228 ##22 SMIM15 (ENSMLUG00000008614) ENSMLUG00000023631 ENSMLUG00000026273 ENSMLUG00000007245 ERCC8 (ENSMLUG00000007222) ENSMLUG00000024960 ELOVL7 (ENSMLUG00000011604) DEPDC1B (ENSMLUG00000014865) ENSMLUG00000016936 PDE4D (ENSMLUG00000016574) PLEKHG4B (ENSMLUG00000016985) LRRC14B (ENSMLUG00000016995) CCDC127 (ENSMLUG00000027087) SDHA (ENSMLUG00000017004) AHRR (ENSMLUG00000012589) Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.a.b ##22 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.a.b ##22 Pig MODERN SPECIES 1 RNPEP (ENSSSCG00000034151) ELF3 (ENSSSCG00000010922) GPR37L1 (ENSSSCG00000038768) ARL8A (ENSSSCG00000036967) PTPN7 (ENSSSCG00000037669) ENSSSCG00000049544 LGR6 (ENSSSCG00000044583) ENSSSCG00000037298 UBE2T (ENSSSCG00000010923) PPP1R12B (ENSSSCG00000010925) SYT2 (ENSSSCG00000010926) KDM5B (ENSSSCG00000010928) ENSSSCG00000021179 RABIF (ENSSSCG00000053080) KLHL12 (ENSSSCG00000022787) ENSSSCG00000034258 ##22 ADIPOR1 (ENSSSCG00000010931) CYB5R1 (ENSSSCG00000010929) FAM240B (ENSSSCG00000032993) CTSV (ENSSSCG00000011171) ENSSSCG00000031186 ZNF782 (ENSSSCG00000011167) ZNF510 (ENSSSCG00000011168) PRXL2C (ENSSSCG00000011169) ENSSSCG00000027557 HABP4 (ENSSSCG00000035956) ENSSSCG00000039643 ZNF367 (ENSSSCG00000028981) SLC35D2 (ENSSSCG00000039368) ENSSSCG00000010936 HSD17B3 (ENSSSCG00000010937) Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.a.b ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.a.b ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.a.b ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.a.b ##22 Sperm whale MODERN SPECIES 14 ENSPCTG00005003775 CLSTN1 (ENSPCTG00005003738) CTNNBIP1 (ENSPCTG00005003716) LZIC (ENSPCTG00005003704) NMNAT1 (ENSPCTG00005003693) ENSPCTG00005003684 RBP7 (ENSPCTG00005003675) UBE4B (ENSPCTG00005003542) CORT (ENSPCTG00005003509) DFFA (ENSPCTG00005003495) CENPS (ENSPCTG00005003473) PGD (ENSPCTG00005003448) KIF1B (ENSPCTG00005003146) ENSPCTG00005003079 CASZ1 (ENSPCTG00005003063) ENSPCTG00005003050 ##22 TARDBP (ENSPCTG00005003037) ENSPCTG00005003029 ENSPCTG00005003020 SRM (ENSPCTG00005003004) EXOSC10 (ENSPCTG00005002919) ANGPTL7 (ENSPCTG00005002900) MTOR (ENSPCTG00005002783) UBIAD1 (ENSPCTG00005002748) CLCN6 (ENSPCTG00005002723) NPPA (ENSPCTG00005002703) NPPB (ENSPCTG00005002689) ENSPCTG00005002645 ENSPCTG00005002627 FBXO6 (ENSPCTG00005002612) MAD2L2 (ENSPCTG00005002600) Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.a.b ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.a.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.a.b ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.a.b ##22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 9 PNN (ENSOARG00020014264) TRAPPC6B (ENSOARG00020014162) GEMIN2 (ENSOARG00020013653) SEC23A (ENSOARG00020011878) CLEC14A (ENSOARG00020011752) SSTR1 (ENSOARG00020011703) ENSOARG00020011587 ENSOARG00020011571 FOXA1 (ENSOARG00020011508) MIPOL1 (ENSOARG00020011197) SLC25A21 (ENSOARG00020010778) PAX9 (ENSOARG00020010673) NKX2-8 (ENSOARG00020010624) NKX2-1 (ENSOARG00020010481) MBIP (ENSOARG00020010152) ENSOARG00020010080 ##22 BRMS1L (ENSOARG00020009991) RALGAPA1 (ENSOARG00020007640) INSM2 (ENSOARG00020007546) ENSOARG00020007449 NFKBIA (ENSOARG00020007336) PSMA6 (ENSOARG00020006992) PPP2R3C (ENSOARG00020006825) FAM177A1 (ENSOARG00020006769) SRP54 (ENSOARG00020006524) ENSOARG00020006421 BAZ1A (ENSOARG00020006340) CFL2 (ENSOARG00020006245) SNX6 (ENSOARG00020005948) ENSOARG00020005839 ENSOARG00020005825 Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 22 ENSCHYG00000001619 ENSCHYG00000001601 ENSCHYG00000001575 USP44 (ENSCHYG00000001550) ENSCHYG00000001416 ENSCHYG00000001380 VEZT (ENSCHYG00000001339) FGD6 (ENSCHYG00000001259) NR2C1 (ENSCHYG00000001219) NDUFA12 (ENSCHYG00000001181) TMCC3 (ENSCHYG00000001134) CEP83 (ENSCHYG00000001094) PLXNC1 (ENSCHYG00000000862) CRADD (ENSCHYG00000000817) ENSCHYG00000000799 ENSCHYG00000000783 ##22 ENSCHYG00000000768 UBE2N (ENSCHYG00000000745) ENSCHYG00000000720 EEA1 (ENSCHYG00000000516) PLEKHG7 (ENSCHYG00000000447) BTG1 (ENSCHYG00000000427) DCN (ENSCHYG00000000364) LUM (ENSCHYG00000000293) KERA (ENSCHYG00000000274) EPYC (ENSCHYG00000000260) CCER1 (ENSCHYG00000000252) ATP2B1 (ENSCHYG00000000182) POC1B (ENSCHYG00000000134) DUSP6 (ENSCHYG00000000104) ENSCHYG00000000077 Yarkand deer MODERN SPECIES 29 ENSCHYG00000009381 GPAT3 (ENSCHYG00000009277) ABRAXAS1 (ENSCHYG00000009158) ENSCHYG00000009068 HELQ (ENSCHYG00000008723) HPSE (ENSCHYG00000008412) COQ2 (ENSCHYG00000008350) ENSCHYG00000008321 ENSCHYG00000008307 PLAC8 (ENSCHYG00000008274) COPS4 (ENSCHYG00000008113) LIN54 (ENSCHYG00000007987) THAP9 (ENSCHYG00000007939) SEC31A (ENSCHYG00000006863) SCD5 (ENSCHYG00000006645) ENSCHYG00000006619 ##22 TMEM150C (ENSCHYG00000006495) ENSCHYG00000006449 HNRNPDL (ENSCHYG00000006411) HNRNPD (ENSCHYG00000006262) ENSCHYG00000006163 ENSCHYG00000006116 RASGEF1B (ENSCHYG00000005923) PRKG2 (ENSCHYG00000005786) BMP3 (ENSCHYG00000005757) CFAP299 (ENSCHYG00000005738) FGF5 (ENSCHYG00000005708) ENSCHYG00000005672 ANTXR2 (ENSCHYG00000004118) GK2 (ENSCHYG00000004107) NAA11 (ENSCHYG00000004102) Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.b ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.b ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.b ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.b ##22 Canidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.b ##22 Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00940000155150.a ENSGT00940000155279.C ENSGT00940000154949.b ENSGT00940000162642 ENSGT00940000162335 ENSGT00940000162895 ENSGT00940000159753 ENSGT00940000154589.b ENSGT00390000002219 ENSGT00940000154340.A ENSGT00390000004322.a.b.j.b.a ENSGT00940000162789 ENSGT00940000164617 ENSGT00940000156946 ENSGT01050000244965.b ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.b ##22 ENSGT00940000158366 ENSGT00940000156627 ENSGT01100000263524.I ENSGT00730000111223 ENSGT00930000151042 ENSGT00390000008798.c ENSGT00940000155140 ENSGT00940000158059 ENSGT00950000182924.B.a.a ENSGT00940000159823 ENSGT00940000157910 ENSGT00390000015789.c.b ENSGT00940000159660 ENSGT00940000159984 ENSGT00940000157714 Dog MODERN SPECIES 25 ARSJ (ENSCAFG00845028819) CAMK2D (ENSCAFG00845028435) ANK2 (ENSCAFG00845020611) LARP7 (ENSCAFG00845017248) ZGRF1 (ENSCAFG00845017018) NEUROG2 (ENSCAFG00845016784) ENSCAFG00845016756 ALPK1 (ENSCAFG00845016654) TIFA (ENSCAFG00845016552) AP1AR (ENSCAFG00845016400) FAM241A (ENSCAFG00845016273) ENSCAFG00845016089 PITX2 (ENSCAFG00845016014) ENSCAFG00845015951 ENPEP (ENSCAFG00845015843) ENSCAFG00845015801 ##22 ELOVL6 (ENSCAFG00845030224) EGF (ENSCAFG00845030111) LRIT3 (ENSCAFG00845030077) GAR1 (ENSCAFG00845030039) CFI (ENSCAFG00845029982) PLA2G12A (ENSCAFG00845029955) CASP6 (ENSCAFG00845029938) MCUB (ENSCAFG00845029908) SEC24B (ENSCAFG00845029793) COL25A1 (ENSCAFG00845029602) ETNPPL (ENSCAFG00845029485) OSTC (ENSCAFG00845029437) RPL34 (ENSCAFG00845029396) ENSCAFG00845029318 LEF1 (ENSCAFG00845029249) Dingo MODERN SPECIES 308 ENSCAFG00020017243 LARP7 (ENSCAFG00020017225) ENSCAFG00020017220 ENSCAFG00020017208 NEUROG2 (ENSCAFG00020017205) ALPK1 (ENSCAFG00020017196) TIFA (ENSCAFG00020017192) AP1AR (ENSCAFG00020017172) FAM241A (ENSCAFG00020017167) ENSCAFG00020017152 ENSCAFG00020017149 ENSCAFG00020017147 ENPEP (ENSCAFG00020015734) ENSCAFG00020015727 ELOVL6 (ENSCAFG00020015726) ENSCAFG00020015724 ##22 EGF (ENSCAFG00020015579) LRIT3 (ENSCAFG00020015570) RRH (ENSCAFG00020015567) GAR1 (ENSCAFG00020015566) CFI (ENSCAFG00020015559) PLA2G12A (ENSCAFG00020015557) CASP6 (ENSCAFG00020015552) MCUB (ENSCAFG00020015544) SEC24B (ENSCAFG00020010198) ENSCAFG00020010068 ENSCAFG00020010062 ENSCAFG00020010061 ENSCAFG00020010057 LEF1 (ENSCAFG00020010052) HADH (ENSCAFG00020010045) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b ##22 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 3 DNAJC25 (ENSHGLG00000049164) PTGR1 (ENSHGLG00000037971) ZNF483 (ENSHGLG00000048135) ECPAS (ENSHGLG00000014272) ENSHGLG00000008537 LPAR1 (ENSHGLG00000004534) MUSK (ENSHGLG00000009128) SVEP1 (ENSHGLG00000010868) TXNDC8 (ENSHGLG00000011464) ENSHGLG00000014576 ENSHGLG00000042778 C9orf152 (ENSHGLG00000032111) ENSHGLG00000006234 ENSHGLG00000047658 PTPN3 (ENSHGLG00000004892) ENSHGLG00000043831 ##22 ENSHGLG00000008130 #23 EPB41L4B (ENSHGLG00000013577) FRRS1L (ENSHGLG00000005022) TMEM245 (ENSHGLG00000005520) CTNNAL1 (ENSHGLG00000017742) ABITRAM (ENSHGLG00000032426) ELP1 (ENSHGLG00000005246) ACTL7A (ENSHGLG00000020244) ENSHGLG00000020431 ENSHGLG00000045183 ENSHGLG00000050898 ENSHGLG00000048617 ENSHGLG00000004266 RAD23B (ENSHGLG00000050281) ENSHGLG00000012147 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b ##22 Haplorrhini DUPLICATION Haplorrhini DUPLICATION Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.c.a ##22 Tarsier DUPLICATION Tarsier DUPLICATION Tarsier MODERN SPECIES 1559 ENSTSYG00000014038 ##22 FAM69A (ENSTSYG00000029638) #23 Tarsier MODERN SPECIES 6196 ATG4C (ENSTSYG00000009586) ENSTSYG00000033863 ##22 ANGPTL3 (ENSTSYG00000009716) ENSTSYG00000033273 Tarsier DUPLICATION Tarsier MODERN SPECIES 370 ENSTSYG00000031405 ##22 Tarsier MODERN SPECIES 4964 ENSTSYG00000034018 ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.c.b ##22 Tarsier DUPLICATION Tarsier MODERN SPECIES 6900 ENSTSYG00000031206 ENSTSYG00000037394 SCPEP1 (ENSTSYG00000004525) COIL (ENSTSYG00000005348) TRIM25 (ENSTSYG00000034953) DGKE (ENSTSYG00000007536) CUNH17orf67 (ENSTSYG00000003268) NOG (ENSTSYG00000003115) ANKFN1 (ENSTSYG00000003762) ENSTSYG00000028821 ##22 Tarsier MODERN SPECIES 6525 ENSTSYG00000036453 ##22 DMD (ENSTSYG00000026026) ENSTSYG00000027512 TTBK2 (ENSTSYG00000007729) ENSTSYG00000011824 UBR1 (ENSTSYG00000008751) TMEM62 (ENSTSYG00000000219) CCNDBP1 (ENSTSYG00000012417) ENSTSYG00000007617 EPB42 (ENSTSYG00000012424) TGM5 (ENSTSYG00000000233) ENSTSYG00000034420 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.c.b ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.c.b ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.c.b ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.c.b ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.c.b ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.c.b ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.c.b ##22 Rhesus MODERN SPECIES GFI1 (ENSMMUG00000005068) #19 ENSMMUG00000029649 ENSMMUG00000055525 EVI5 (ENSMMUG00000005070) #20 RPL5 (ENSMMUG00000005072) #22 ENSMMUG00000051009 DIPK1A (ENSMMUG00000005073) #23 ENSMMUG00000040115 MTF2 (ENSMMUG00000016808) #26 TMED5 (ENSMMUG00000045421) #27 ENSMMUG00000061598 CCDC18 (ENSMMUG00000016812) #28 FNBP1L (ENSMMUG00000015922) #30 BCAR3 (ENSMMUG00000015924) #31 ENSMMUG00000057430 ENSMMUG00000045959 ##22 ENSMMUG00000058244 DNTTIP2 (ENSMMUG00000008435) #32 GCLM (ENSMMUG00000013857) #34 ENSMMUG00000062580 ABCA4 (ENSMMUG00000013858) #35 ARHGAP29 (ENSMMUG00000006369) #36 ENSMMUG00000053915 ABCD3 (ENSMMUG00000014013) F3 (ENSMMUG00000056548) ENSMMUG00000053221 SLC44A3 (ENSMMUG00000001686) CNN3 (ENSMMUG00000001690) TLCD4 (ENSMMUG00000004758) PTBP2 (ENSMMUG00000016130) ENSMMUG00000054681 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.d ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.d ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.d ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.d ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.d ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.d ##22 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.d ##22 Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.d ##22 Crab-eating macaque MODERN SPECIES GFI1 (ENSMFAG00000045801) #19 ENSMFAG00000061073 ENSMFAG00000044701 EVI5 (ENSMFAG00000003592) #20 RPL5 (ENSMFAG00000033619) #22 ENSMFAG00000049451 DIPK1A (ENSMFAG00000000290) #23 ENSMFAG00000030382 MTF2 (ENSMFAG00000037684) #26 TMED5 (ENSMFAG00000039021) #27 CCDC18 (ENSMFAG00000033283) #28 ENSMFAG00000048042 DR1 (ENSMFAG00000036672) #29 FNBP1L (ENSMFAG00000007905) #30 BCAR3 (ENSMFAG00000045481) #31 ENSMFAG00000042490 ##22 ENSMFAG00000003472 #32 GCLM (ENSMFAG00000036066) #34 ENSMFAG00000054460 ABCA4 (ENSMFAG00000032139) #35 ARHGAP29 (ENSMFAG00000043826) #36 ABCD3 (ENSMFAG00000044222) F3 (ENSMFAG00000041937) ENSMFAG00000060667 ENSMFAG00000064541 SLC44A3 (ENSMFAG00000030266) TLCD4 (ENSMFAG00000037599) CNN3 (ENSMFAG00000043860) RWDD3 (ENSMFAG00000013715) PTBP2 (ENSMFAG00000008183) ENSMFAG00000048003 Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 119 ENSMNEG00000043710 ENSMNEG00000039833 ENSMNEG00000026624 ENSMNEG00000009729 TGFBR3 (ENSMNEG00000035095) BRDT (ENSMNEG00000036582) #7 EPHX4 (ENSMNEG00000034540) #9 ENSMNEG00000034427 #12 BTBD8 (ENSMNEG00000038289) #15 C1orf146 (ENSMNEG00000045551) #16 GLMN (ENSMNEG00000037105) #17 RPAP2 (ENSMNEG00000037979) #18 GFI1 (ENSMNEG00000036338) #19 EVI5 (ENSMNEG00000015327) #20 DIPK1A (ENSMNEG00000030760) #23 ENSMNEG00000044138 ##22 ENSMNEG00000030641 MTF2 (ENSMNEG00000007161) #26 TMED5 (ENSMNEG00000035141) #27 CCDC18 (ENSMNEG00000038359) #28 DR1 (ENSMNEG00000028696) #29 FNBP1L (ENSMNEG00000043720) #30 BCAR3 (ENSMNEG00000039069) #31 ENSMNEG00000015935 ##22 ENSMNEG00000041699 #32 GCLM (ENSMNEG00000044117) #34 ABCA4 (ENSMNEG00000032250) #35 ARHGAP29 (ENSMNEG00000032154) #36 ABCD3 (ENSMNEG00000032671) F3 (ENSMNEG00000032837) ENSMNEG00000016707 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.d ##22 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 86 ENSGT00550000074836 ENSGT00940000162459.c.a ENSGT00940000154811.A ENSGT00940000153498.B.a.b ENSGT00940000156105 ENSGT00940000157951 ENSGT00940000155939 ENSGT00940000155918 ENSGT00940000161144 ENSGT00940000153866.A ENSGT00940000162225 ENSGT00940000155406 ENSGT00900000143744 ENSGT00940000156098 ENSGT00390000001795 ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.d ##22 ENSGT00510000049635 ENSGT00390000003836 ENSGT00940000161000 ENSGT00900000143156.a.c ENSGT00940000161673 ENSGT00940000157476 ENSGT00940000156508 ENSGT00900000141099 ENSGT00940000156042 ENSGT00390000015971 ENSGT00490000044176.b.a.a ENSGT00940000156678 ENSGT00940000157711 ENSGT00940000153451.a.b ENSGT00410000028443 Drill MODERN SPECIES 1064 ARHGAP21 (ENSMLEG00000039286) ENSMLEG00000032112 ENSMLEG00000010994 KIAA1217 (ENSMLEG00000028803) ENSMLEG00000036161 ENSMLEG00000005038 ##22 C10orf67 (ENSMLEG00000042075) ENSMLEG00000032940 MSRB2 (ENSMLEG00000035948) ARMC3 (ENSMLEG00000026122) PIP4K2A (ENSMLEG00000003335) SPAG6 (ENSMLEG00000043377) BMI1 (ENSMLEG00000033981) COMMD3 (ENSMLEG00000039725) EBLN1 (ENSMLEG00000037862) DNAJC1 (ENSMLEG00000032634) MLLT10 (ENSMLEG00000010870) Sooty mangabey MODERN SPECIES 625 MASTL (ENSCATG00000040493) YME1L1 (ENSCATG00000041095) ANKRD26 (ENSCATG00000036433) ABI1 (ENSCATG00000044966) PDSS1 (ENSCATG00000037833) APBB1IP (ENSCATG00000041001) GAD2 (ENSCATG00000043640) MYO3A (ENSCATG00000021307) GPR158 (ENSCATG00000031425) ENKUR (ENSCATG00000037199) THNSL1 (ENSCATG00000015727) PRTFDC1 (ENSCATG00000006747) ARHGAP21 (ENSCATG00000037108) KIAA1217 (ENSCATG00000017140) ENSCATG00000001282 ENSCATG00000033411 ##22 OTUD1 (ENSCATG00000020303) C10orf67 (ENSCATG00000040730) PTF1A (ENSCATG00000041385) ENSCATG00000029358 MSRB2 (ENSCATG00000038606) ARMC3 (ENSCATG00000042725) PIP4K2A (ENSCATG00000035002) SPAG6 (ENSCATG00000041688) BMI1 (ENSCATG00000031546) COMMD3 (ENSCATG00000043929) EBLN1 (ENSCATG00000043664) DNAJC1 (ENSCATG00000040679) MLLT10 (ENSCATG00000034793) ENSCATG00000034759 ENSCATG00000021039 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.d ##22 Black snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2383 NEGR1 (ENSRBIG00000037635) ENSRBIG00000032200 ENSRBIG00000027411 ##22 KIAA1217 (ENSRBIG00000043005) Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 928 ENSRROG00000045363 ##22 ENSRROG00000005955 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.d ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.b.b.b.d ##22 Marmoset MODERN SPECIES 1 RIPK3 (ENSCJAG00000006467) ADCY4 (ENSCJAG00000006470) LTB4R (ENSCJAG00000064331) LTB4R2 (ENSCJAG00000035653) CIDEB (ENSCJAG00000006658) NOP9 (ENSCJAG00000006675) DHRS1 (ENSCJAG00000006700) RABGGTA (ENSCJAG00000006726) TGM1 (ENSCJAG00000006740) TINF2 (ENSCJAG00000006774) GMPR2 (ENSCJAG00000006792) ENSCJAG00000084293 MDP1 (ENSCJAG00000043983) CHMP4A (ENSCJAG00000054333) TSSK4 (ENSCJAG00000006901) ENSCJAG00000070139 ##22 TM9SF1 (ENSCJAG00000006911) IPO4 (ENSCJAG00000006937) REC8 (ENSCJAG00000007023) IRF9 (ENSCJAG00000007065) RNF31 (ENSCJAG00000007073) ENSCJAG00000007207 PSME1 (ENSCJAG00000012692) FITM1 (ENSCJAG00000007211) ENSCJAG00000007167 DCAF11 (ENSCJAG00000007214) PCK2 (ENSCJAG00000007267) NRL (ENSCJAG00000023219) CPNE6 (ENSCJAG00000007314) CARMIL3 (ENSCJAG00000007382) ENSCJAG00000007452 Eutheria DUPLICATION Eutheria DUPLICATION Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Eulipotyphla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Hedgehog MODERN SPECIES 9669 ENSEEUG00000014615 ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00990000208225 ENSGT00940000160429 ENSGT00940000159433 ENSGT00950000183199.b ENSGT00390000014501 ENSGT00940000161612 ENSGT00940000153665.a ENSGT00950000182886.b.b ENSGT00940000157811 ENSGT00940000156424 ENSGT00390000015121 ENSGT01030000234607.A.a.a.a ENSGT00940000155822 ENSGT00940000158036 ENSGT01100000263477.E ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 ENSGT00390000014771.a ENSGT00550000074988 ENSGT00390000000183 ENSGT00940000155171.a.a ENSGT00940000155171.a.b ENSGT00390000012731.a.a ENSGT00500000044852.a ENSGT00940000154574.c ENSGT00940000154952.a.b ENSGT00940000155533.d ENSGT00940000154766.a.a ENSGT00940000166969.b ENSGT00390000009802.a ENSGT00390000009802.b ENSGT01090000260321 Felidae ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00990000208225 ENSGT00940000160429 ENSGT00940000159433 ENSGT00950000183199.b ENSGT00390000014501 ENSGT00940000161612 ENSGT00940000153665.a ENSGT00950000182886.b.b ENSGT00940000157811 ENSGT00940000156424 ENSGT00390000015121 ENSGT01030000234607.A.a.a.a ENSGT00940000155822 ENSGT00940000158036 ENSGT01100000263477.E ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 ENSGT00390000014771.a ENSGT00550000074988 ENSGT00390000000183 ENSGT00940000155171.a.a ENSGT00940000155171.a.b ENSGT00390000012731.a.a ENSGT00500000044852.a ENSGT00940000154574.c ENSGT00940000154952.a.b ENSGT00940000155533.d ENSGT00940000154766.a.a.q ENSGT00940000166969.b ENSGT00940000154766.a.a.r ENSGT00390000009802.a ENSGT00390000009802.b Cat MODERN SPECIES IRX1 (ENSFCAG00000036923) ENSFCAG00000025379 ADAMTS16 (ENSFCAG00000003777) ICE1 (ENSFCAG00000027435) ENSFCAG00000037684 UBE2QL1 (ENSFCAG00000038630) NSUN2 (ENSFCAG00000015602) SRD5A1 (ENSFCAG00000015601) TENT4A (ENSFCAG00000003474) ADCY2 (ENSFCAG00000015101) CFAP90 (ENSFCAG00000019341) FASTKD3 (ENSFCAG00000015104) MTRR (ENSFCAG00000015105) SEMA5A (ENSFCAG00000012608) TAS2R1 (ENSFCAG00000012611) ENSFCAG00000048844 ##22 ATPSCKMT (ENSFCAG00000027158) CCT5 (ENSFCAG00000003129) CMBL (ENSFCAG00000028005) MARCHF6 (ENSFCAG00000003132) ROPN1L (ENSFCAG00000003135) ANKRD33B (ENSFCAG00000009294) ENSFCAG00000034118 CTNND2 (ENSFCAG00000002522) DNAH5 (ENSFCAG00000015341) ENSFCAG00000046989 ENSFCAG00000043724 ENSFCAG00000052934 OTULINL (ENSFCAG00000026260) OTULIN (ENSFCAG00000006066) ANKH (ENSFCAG00000012251) Panthera ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00990000208225 ENSGT00940000160429 ENSGT00940000159433 ENSGT00950000183199.b ENSGT00390000014501 ENSGT00940000161612 ENSGT00940000153665.a ENSGT00950000182886.b.b ENSGT00940000157811 ENSGT00940000156424 ENSGT00390000015121 ENSGT01030000234607.A.a.a.a ENSGT00940000155822 ENSGT00940000158036 ENSGT01100000263477.E ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 ENSGT00390000014771.a ENSGT00550000074988 ENSGT00390000000183 ENSGT00940000155171.a.a ENSGT00940000155171.a.b ENSGT00390000012731.a.a ENSGT00500000044852.a ENSGT00940000154574.c ENSGT00940000154952.a.b ENSGT00940000155533.d ENSGT00940000154766.a.a.q ENSGT00940000166969.b ENSGT00390000009802.a ENSGT00390000009802.b ENSGT00390000012189 Panthera_a ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00990000208225 ENSGT00940000160429 ENSGT00940000159433 ENSGT00950000183199.b ENSGT00390000014501 ENSGT00940000161612 ENSGT00940000153665.a ENSGT00950000182886.b.b ENSGT00940000157811 ENSGT00940000156424 ENSGT00390000015121 ENSGT01030000234607.A.a.a.a ENSGT00940000155822 ENSGT00940000158036 ENSGT01100000263477.E ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 ENSGT00390000014771.a ENSGT00550000074988 ENSGT00390000000183 ENSGT00940000155171.a.b ENSGT00390000012731.a.a ENSGT00500000044852.a ENSGT00940000154574.c ENSGT00940000154952.a.b ENSGT00940000155533.d ENSGT00940000154766.a.a.r ENSGT00940000166969.b ENSGT00940000154766.a.a.q ENSGT00390000009802.a ENSGT00390000009802.b ENSGT00390000012189 leopard MODERN SPECIES 39 ENSPPRG00000022581 ENSPPRG00000000128 PDYN (ENSPPRG00000000531) STK35 (ENSPPRG00000000708) TGM3 (ENSPPRG00000001636) TGM6 (ENSPPRG00000002361) SNRPB (ENSPPRG00000003233) TMC2 (ENSPPRG00000004176) NOP56 (ENSPPRG00000004623) IDH3B (ENSPPRG00000007059) CPXM1 (ENSPPRG00000010305) C20orf141 (ENSPPRG00000011071) TMEM239 (ENSPPRG00000011307) PCED1A (ENSPPRG00000012583) VPS16 (ENSPPRG00000015135) ENSPPRG00000015867 ##22 PTPRA (ENSPPRG00000003430) GNRH2 (ENSPPRG00000004195) MRPS26 (ENSPPRG00000004446) ENSPPRG00000004791 AVP (ENSPPRG00000004868) UBOX5 (ENSPPRG00000005468) LZTS3 (ENSPPRG00000007053) DDRGK1 (ENSPPRG00000007150) ITPA (ENSPPRG00000008461) SLC4A11 (ENSPPRG00000013247) DNAAF9 (ENSPPRG00000013636) ATRN (ENSPPRG00000014515) GFRA4 (ENSPPRG00000015246) ADAM33 (ENSPPRG00000023007) SIGLEC1 (ENSPPRG00000000911) lion MODERN SPECIES ENSPLOG00000003986 IRX1 (ENSPLOG00000003994) ADAMTS16 (ENSPLOG00000004010) ICE1 (ENSPLOG00000004038) MED10 (ENSPLOG00000004055) UBE2QL1 (ENSPLOG00000004071) NSUN2 (ENSPLOG00000004085) SRD5A1 (ENSPLOG00000004092) TENT4A (ENSPLOG00000004144) ADCY2 (ENSPLOG00000004170) CFAP90 (ENSPLOG00000004188) FASTKD3 (ENSPLOG00000004196) MTRR (ENSPLOG00000010289) SEMA5A (ENSPLOG00000010322) TAS2R1 (ENSPLOG00000010440) ENSPLOG00000010455 ##22 ATPSCKMT (ENSPLOG00000010468) CCT5 (ENSPLOG00000010569) CMBL (ENSPLOG00000010689) MARCHF6 (ENSPLOG00000010780) ROPN1L (ENSPLOG00000011281) ANKRD33B (ENSPLOG00000011323) ENSPLOG00000011345 CTNND2 (ENSPLOG00000011401) DNAH5 (ENSPLOG00000011942) TRIO (ENSPLOG00000012691) OTULINL (ENSPLOG00000013236) OTULIN (ENSPLOG00000013270) ANKH (ENSPLOG00000013310) FBXL7 (ENSPLOG00000013347) MARCHF11 (ENSPLOG00000013400) Caniformia ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000161198 ENSGT00940000160429 ENSGT00940000159433 ENSGT00950000183199.b ENSGT00390000014501 ENSGT00940000161612 ENSGT00940000153665.a ENSGT00950000182886.b.b ENSGT00940000157811 ENSGT00940000156424 ENSGT00390000015121 ENSGT01030000234607.A.a.a.a ENSGT00940000155822 ENSGT00940000158036 ENSGT01100000263477.E ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 ENSGT00390000014771.a ENSGT00550000074988 ENSGT00390000000183 ENSGT00940000155171.a.b ENSGT00390000012731.a.a ENSGT00500000044852.a ENSGT00940000154574.c ENSGT00940000154952.a.b ENSGT00940000155533.d ENSGT00940000154766.a.a ENSGT00940000166969.b ENSGT00390000009802.a ENSGT00390000009802.b ENSGT01090000260321 ENSGT00390000012189 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000158596 ENSGT00940000161198 ENSGT00940000160429 ENSGT00940000159433 ENSGT00950000183199.b ENSGT00390000014501 ENSGT00940000153665.a ENSGT00950000182886.b.b ENSGT00940000157811 ENSGT00940000156424 ENSGT00390000015121 ENSGT01030000234607.A.a.a.a ENSGT00940000155822 ENSGT00940000158036 ENSGT01100000263477.E ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 ENSGT00390000014771.a ENSGT00550000074988 ENSGT00390000000183 ENSGT00940000155171.a.b ENSGT00390000012731.a.a ENSGT00500000044852.a ENSGT00940000154574.c.d ENSGT00940000154952.a.b ENSGT00940000155533.d ENSGT00940000154766.a.a ENSGT00390000009802.a ENSGT00390000009802.b ENSGT01090000260321 ENSGT00390000012189 ENSGT00940000158009 Ursidae ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00940000161198 ENSGT00940000160429 ENSGT00940000159433 ENSGT00950000183199.b ENSGT00940000166335 ENSGT00940000161612 ENSGT00940000153665.a ENSGT00950000182886.b.b ENSGT00940000157811 ENSGT00940000156424 ENSGT00390000015121 ENSGT01030000234607.A.a.a.a ENSGT00940000155822 ENSGT00940000158036 ENSGT01100000263477.E ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 ENSGT00390000014771.a ENSGT00550000074988 ENSGT00390000000183 ENSGT00940000155171.a.b ENSGT00390000012731.a.a ENSGT00500000044852.a ENSGT00940000154574.c.d ENSGT00940000154952.a.b ENSGT00940000155533.d ENSGT00940000154766.a.a.p ENSGT00390000009802.a ENSGT00390000009802.b ENSGT01090000260321 ENSGT00390000012189 ENSGT00940000158009 Ursus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 American black bear MODERN SPECIES 3414 ENSUAMG00000001444 ##22 DIPK1A (ENSUAMG00000001463) #23 Giant Panda DUPLICATION Giant Panda MODERN SPECIES 1416 ENSAMEG00000028881 ##22 Giant Panda MODERN SPECIES 13 NDUFS6 (ENSAMEG00000010930) IRX4 (ENSAMEG00000010933) IRX2 (ENSAMEG00000030165) IRX1 (ENSAMEG00000001629) ENSAMEG00000005402 ICE1 (ENSAMEG00000005383) NSUN2 (ENSAMEG00000002744) SRD5A1 (ENSAMEG00000002796) TENT4A (ENSAMEG00000002806) ENSAMEG00000013734 ADCY2 (ENSAMEG00000028284) FASTKD3 (ENSAMEG00000000793) MTRR (ENSAMEG00000000762) SEMA5A (ENSAMEG00000003884) TAS2R1 (ENSAMEG00000003883) ENSAMEG00000003878 ##22 ATPSCKMT (ENSAMEG00000003866) CCT5 (ENSAMEG00000003838) CMBL (ENSAMEG00000003820) MARCHF6 (ENSAMEG00000003768) ROPN1L (ENSAMEG00000003758) ANKRD33B (ENSAMEG00000025303) DAP (ENSAMEG00000028019) CTNND2 (ENSAMEG00000013097) DNAH5 (ENSAMEG00000009669) ENSAMEG00000009695 OTULINL (ENSAMEG00000009720) ENSAMEG00000025544 OTULIN (ENSAMEG00000009737) ANKH (ENSAMEG00000009745) FBXL7 (ENSAMEG00000009793) Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Sperm whale MODERN SPECIES 20 BNC2 (ENSPCTG00005013082) ENSPCTG00005012892 CCDC171 (ENSPCTG00005012856) PSIP1 (ENSPCTG00005012760) SNAPC3 (ENSPCTG00005012674) TTC39B (ENSPCTG00005012122) FREM1 (ENSPCTG00005011922) CER1 (ENSPCTG00005011869) ZDHHC21 (ENSPCTG00005011818) NFIB (ENSPCTG00005011215) MPDZ (ENSPCTG00005010169) LURAP1L (ENSPCTG00005010045) TYRP1 (ENSPCTG00005010004) ENSPCTG00005009971 ENSPCTG00005009950 ENSPCTG00005009943 ##22 ENSPCTG00005009904 ##22 PTPRD (ENSPCTG00005007163) DMAC1 (ENSPCTG00005006883) KDM4C (ENSPCTG00005006836) ENSPCTG00005006795 ENSPCTG00005006778 GLDC (ENSPCTG00005006582) UHRF2 (ENSPCTG00005006451) TPD52L3 (ENSPCTG00005006421) IL33 (ENSPCTG00005006356) RANBP6 (ENSPCTG00005006329) KIAA2026 (ENSPCTG00005006243) MLANA (ENSPCTG00005006205) ERMP1 (ENSPCTG00005006142) RIC1 (ENSPCTG00005006024) Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Monodontidae ANCESTRAL SPECIES 30 ENSGT00940000158077 ENSGT00940000160862 ENSGT00950000183152.A ENSGT00970000193372.a.a ENSGT01100000263512.b.b.a ENSGT00910000144179.b.a ENSGT00530000064238 ENSGT00390000007662 ENSGT00940000155463 ENSGT00940000154748.C ENSGT00940000158080 ENSGT00540000073670 ENSGT00950000182963.b.a ENSGT00940000164165 ENSGT00940000154164.d ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 ENSGT00940000159407.m ENSGT00950000183087.A.a.a.a.b.b.a.a.a.a.b.b ENSGT00940000157355 ENSGT00940000161181 ENSGT00940000159830 ENSGT00950000183118.A.c.a ENSGT00940000156341 ENSGT00530000063174.a.i ENSGT00940000159562 ENSGT00940000155886 ENSGT00940000160729.b ENSGT01010000222890.b ENSGT00390000002034.j ENSGT00950000183163.b ENSGT00950000182941.b.b Narwhal MODERN SPECIES 309 ZRSR2 (ENSMMNG00015020077) AP1S2 (ENSMMNG00015020114) ENSMMNG00015020167 GRPR (ENSMMNG00015020179) ENSMMNG00015020193 CTPS2 (ENSMMNG00015020210) S100G (ENSMMNG00015020239) SYAP1 (ENSMMNG00015020254) TXLNG (ENSMMNG00015020285) RBBP7 (ENSMMNG00015020317) REPS2 (ENSMMNG00015010789) ENSMMNG00015010820 NHS (ENSMMNG00015010825) ENSMMNG00015010836 RAI2 (ENSMMNG00015010851) ENSMMNG00015010865 ##22 ENSMMNG00015010874 ENSMMNG00015010891 ENSMMNG00015010922 CDKL5 (ENSMMNG00015010933) RS1 (ENSMMNG00015010947) PPEF1 (ENSMMNG00015010972) PHKA2 (ENSMMNG00015011017) ADGRG2 (ENSMMNG00015011189) PDHA1 (ENSMMNG00015011306) SH3KBP1 (ENSMMNG00015011427) ENSMMNG00015011582 ENSMMNG00015011595 ENSMMNG00015011610 ENSMMNG00015011630 BCLAF3 (ENSMMNG00015011642) Beluga whale DUPLICATION Beluga whale MODERN SPECIES 41 ENSDLEG00000020486 AP1S2 (ENSDLEG00000020491) ENSDLEG00000020497 GRPR (ENSDLEG00000020499) CTPS2 (ENSDLEG00000020502) S100G (ENSDLEG00000020514) SYAP1 (ENSDLEG00000020521) TXLNG (ENSDLEG00000020525) RBBP7 (ENSDLEG00000020531) REPS2 (ENSDLEG00000020540) ENSDLEG00000020552 ENSDLEG00000020554 NHS (ENSDLEG00000020557) SCML1 (ENSDLEG00000020562) RAI2 (ENSDLEG00000020567) ENSDLEG00000020569 ##22 ENSDLEG00000020574 ENSDLEG00000020579 ENSDLEG00000020586 CDKL5 (ENSDLEG00000020591) RS1 (ENSDLEG00000020598) PPEF1 (ENSDLEG00000020612) PHKA2 (ENSDLEG00000020633) ADGRG2 (ENSDLEG00000020709) PDHA1 (ENSDLEG00000020859) MAP3K15 (ENSDLEG00000020876) SH3KBP1 (ENSDLEG00000020919) ENSDLEG00000020966 ENSDLEG00000020970 ENSDLEG00000020972 BCLAF3 (ENSDLEG00000020974) Beluga whale MODERN SPECIES 74 BARHL2 (ENSDLEG00000017855) ZNF644 (ENSDLEG00000017868) ENSDLEG00000017907 CDC7 (ENSDLEG00000017951) TGFBR3 (ENSDLEG00000017988) BRDT (ENSDLEG00000018018) #7 EPHX4 (ENSDLEG00000018093) #9 KIAA1107 (ENSDLEG00000018111) #15 ENSDLEG00000018141 C1orf146 (ENSDLEG00000018154) #16 GLMN (ENSDLEG00000018169) #17 RPAP2 (ENSDLEG00000018190) #18 ENSDLEG00000018217 GFI1 (ENSDLEG00000018240) #19 EVI5 (ENSDLEG00000018305) #20 ENSDLEG00000018375 ##22 FAM69A (ENSDLEG00000018413) #23 MTF2 (ENSDLEG00000018421) #26 TMED5 (ENSDLEG00000018438) #27 CCDC18 (ENSDLEG00000018447) #28 DR1 (ENSDLEG00000018468) #29 FNBP1L (ENSDLEG00000018478) #30 BCAR3 (ENSDLEG00000018515) #31 DNTTIP2 (ENSDLEG00000018555) #32 GCLM (ENSDLEG00000011520) #34 ABCA4 (ENSDLEG00000011575) #35 ARHGAP29 (ENSDLEG00000012019) #36 ENSDLEG00000012053 ABCD3 (ENSDLEG00000012078) F3 (ENSDLEG00000012154) ENSDLEG00000012228 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Siberian musk deer MODERN SPECIES 329 GRIN3A (ENSMMSG00000014965) ENSMMSG00000014982 ENSMMSG00000015055 ENSMMSG00000004340 SMC2 (ENSMMSG00000004365) ENSMMSG00000004434 ENSMMSG00000004460 OR13C4 (ENSMMSG00000004533) ENSMMSG00000004554 ENSMMSG00000004589 OR13C3 (ENSMMSG00000004604) ENSMMSG00000004621 NIPSNAP3A (ENSMMSG00000004648) ABCA1 (ENSMMSG00000004720) ENSMMSG00000004980 ENSMMSG00000004999 ##22 SLC44A1 (ENSMMSG00000005038) FSD1L (ENSMMSG00000005180) FKTN (ENSMMSG00000005306) TMEM38B (ENSMMSG00000005394) ZNF462 (ENSMMSG00000005459) RAD23B (ENSMMSG00000005506) ENSMMSG00000005545 ENSMMSG00000005574 ACTL7B (ENSMMSG00000005609) ACTL7A (ENSMMSG00000005626) ELP1 (ENSMMSG00000005654) ABITRAM (ENSMMSG00000005799) TMEM245 (ENSMMSG00000005877) FRRS1L (ENSMMSG00000005975) EPB41L4B (ENSMMSG00000006056) Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Cow MODERN SPECIES 22 HFM1 (ENSBTAG00000020856) CDC7 (ENSBTAG00000016307) TGFBR3 (ENSBTAG00000024269) ENSBTAG00000047443 #7 ENSBTAG00000054884 BRDT (ENSBTAG00000003724) #7 EPHX4 (ENSBTAG00000005805) #9 ENSBTAG00000040248 BTBD8 (ENSBTAG00000006167) #15 C3H1orf146 (ENSBTAG00000027936) #16 GLMN (ENSBTAG00000018737) #17 RPAP2 (ENSBTAG00000018739) #18 GFI1 (ENSBTAG00000016723) #19 ENSBTAG00000055274 EVI5 (ENSBTAG00000011363) #20 RPL5 (ENSBTAG00000002026) ##22 DIPK1A (ENSBTAG00000002028) #23 MTF2 (ENSBTAG00000001393) #26 TMED5 (ENSBTAG00000020180) #27 CCDC18 (ENSBTAG00000027321) #28 DR1 (ENSBTAG00000008737) #29 FNBP1L (ENSBTAG00000004383) #30 BCAR3 (ENSBTAG00000003245) #31 DNTTIP2 (ENSBTAG00000047679) #32 GCLM (ENSBTAG00000007842) #34 ABCA4 (ENSBTAG00000018010) #35 ARHGAP29 (ENSBTAG00000004190) #36 ABCD3 (ENSBTAG00000009698) F3 (ENSBTAG00000007101) SLC44A3 (ENSBTAG00000020344) CNN3 (ENSBTAG00000020345) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Rat MODERN SPECIES 5 Hfm1 (ENSRNOG00000023299) LOC690138 (ENSRNOG00000064883) Cdc7 (ENSRNOG00000002105) Tgfbr3 (ENSRNOG00000002093) Brdt (ENSRNOG00000002073) #7 Ephx4 (ENSRNOG00000023389) #9 Lpcat2b (ENSRNOG00000055849) Btbd8 (ENSRNOG00000023446) #15 C14h1orf146 (ENSRNOG00000047876) #16 Glmn (ENSRNOG00000002054) #17 Rpap2 (ENSRNOG00000023484) #18 Gfi1 (ENSRNOG00000002042) #19 Ube2d2b (ENSRNOG00000063388) LOC108352688 (ENSRNOG00000068623) Evi5 (ENSRNOG00000002039) #20 Rpl5 (ENSRNOG00000023529) ##22 Dipk1a (ENSRNOG00000023533) #23 Mtf2 (ENSRNOG00000000075) #26 Tmed5 (ENSRNOG00000000073) #27 Ccdc18 (ENSRNOG00000024545) #28 Dr1 (ENSRNOG00000000070) #29 Pigg (ENSRNOG00000071170) Pde6b (ENSRNOG00000000065) Atp5me (ENSRNOG00000000064) Slc49a3 (ENSRNOG00000023937) Pcgf3 (ENSRNOG00000000062) Gak (ENSRNOG00000000048) Tmem175 (ENSRNOG00000000044) Dgkq (ENSRNOG00000024112) Slc26a1 (ENSRNOG00000000041) Idua (ENSRNOG00000000043) Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Chinese hamster chok1gshd DUPLICATION Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 382 Filip1l (ENSCGRG00001003026) Cmss1 (ENSCGRG00001014305) Tmem30c (ENSCGRG00001015445) Tbc1d23 (ENSCGRG00001019647) Nit2 (ENSCGRG00001001825) Tomm70a (ENSCGRG00001000173) Tmem45a2 (ENSCGRG00001024534) Lnp1 (ENSCGRG00001009736) Tmem45a (ENSCGRG00001021822) Adgrg7 (ENSCGRG00001013638) Tfg (ENSCGRG00001024888) Abi3bp (ENSCGRG00001017174) ENSCGRG00001014060 ENSCGRG00001003813 Impg2 (ENSCGRG00001007680) ENSCGRG00001011976 ##22 Senp7 (ENSCGRG00001015956) Trmt10c (ENSCGRG00001006603) ENSCGRG00001000257 Zbtb11 (ENSCGRG00001022421) ENSCGRG00001015975 Cep97 (ENSCGRG00001015516) Nxpe3 (ENSCGRG00001022052) Nfkbiz (ENSCGRG00001019170) Zpld1 (ENSCGRG00001020815) ENSCGRG00001017751 ENSCGRG00001007203 Alcam (ENSCGRG00001015144) Cblb (ENSCGRG00001018230) Ccdc54 (ENSCGRG00001004337) ENSCGRG00001007688 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 175 ENSCGRG00001008958 ENSCGRG00001003715 Egfl6 (ENSCGRG00001017595) Tceanc (ENSCGRG00001005594) ENSCGRG00001010266 Rab9 (ENSCGRG00001010235) Trappc2 (ENSCGRG00001017361) ENSCGRG00001008304 ##33 Ofd1 (ENSCGRG00001010406) Gpm6b (ENSCGRG00001018473) Gemin8 (ENSCGRG00001012561) ENSCGRG00001007561 Glra2 (ENSCGRG00001022991) Fancb (ENSCGRG00001004555) Mospd2 (ENSCGRG00001022211) ENSCGRG00001017069 ##22 Asb9 (ENSCGRG00001009823) Asb11 (ENSCGRG00001003893) Piga (ENSCGRG00001018246) Vegfd (ENSCGRG00001012900) Pir (ENSCGRG00001022899) Bmx (ENSCGRG00001015072) Ace2 (ENSCGRG00001000072) Cltrn (ENSCGRG00001020285) Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Prairie vole MODERN SPECIES 352 Snrpd3 (ENSMOCG00000009361) Gucd1 (ENSMOCG00000008085) Upb1 (ENSMOCG00000004437) ENSMOCG00000002560 Adora2a (ENSMOCG00000017735) Specc1l (ENSMOCG00000005316) Bcr (ENSMOCG00000020282) Rab36 (ENSMOCG00000004529) Gnaz (ENSMOCG00000001656) Rsph14 (ENSMOCG00000022421) Pcdh15 (ENSMOCG00000020866) ENSMOCG00000014966 Zwint (ENSMOCG00000004585) Ipmk (ENSMOCG00000022528) Cisd1 (ENSMOCG00000020184) ENSMOCG00000018182 ##22 Ube2d1 (ENSMOCG00000017517) Tfam (ENSMOCG00000014572) Bicc1 (ENSMOCG00000020143) Phyhipl (ENSMOCG00000016827) Fam13c (ENSMOCG00000013312) Slc16a9 (ENSMOCG00000012040) Ccdc6 (ENSMOCG00000003461) ENSMOCG00000022981 Cdk1 (ENSMOCG00000021938) ENSMOCG00000020164 ENSMOCG00000019496 Tmem26 (ENSMOCG00000017064) Cabcoco1 (ENSMOCG00000022800) Arid5b (ENSMOCG00000021546) Rtkn2 (ENSMOCG00000017986) Northern American deer mouse DUPLICATION Northern American deer mouse MODERN SPECIES 14 ENSPEMG00000030202 Lratd1 (ENSPEMG00000027364) Nbas (ENSPEMG00000000126) Ddx1 (ENSPEMG00000016389) ENSPEMG00000027724 Mycn (ENSPEMG00000014767) Cyria (ENSPEMG00000025578) ENSPEMG00000027568 Vsnl1 (ENSPEMG00000028838) ENSPEMG00000024461 Gen1 (ENSPEMG00000001855) Msgn1 (ENSPEMG00000007522) ENSPEMG00000007987 Kcns3 (ENSPEMG00000011462) ENSPEMG00000025389 ENSPEMG00000000184 ##22 Rdh14 (ENSPEMG00000018416) Nt5c1b (ENSPEMG00000013187) Osr1 (ENSPEMG00000008344) Ttc32 (ENSPEMG00000027871) Wdr35 (ENSPEMG00000004790) Matn3 (ENSPEMG00000017106) Laptm4a (ENSPEMG00000015789) Sdc1 (ENSPEMG00000010998) ENSPEMG00000024635 Pum2 (ENSPEMG00000008357) Slc7a15 (ENSPEMG00000009942) Rhob (ENSPEMG00000013485) Hs1bp3 (ENSPEMG00000001400) ENSPEMG00000019039 Apob (ENSPEMG00000018913) Northern American deer mouse MODERN SPECIES 12 Vps13b (ENSPEMG00000021894) ENSPEMG00000023434 Rgs22 (ENSPEMG00000001987) Fbxo43 (ENSPEMG00000009599) ENSPEMG00000012015 Spag1 (ENSPEMG00000010823) Rnf19a (ENSPEMG00000010959) ENSPEMG00000026775 Ankrd46 (ENSPEMG00000028516) Snx31 (ENSPEMG00000012435) ENSPEMG00000014998 ENSPEMG00000021714 Zfp706 (ENSPEMG00000027958) Grhl2 (ENSPEMG00000010802) Ncald (ENSPEMG00000027351) ENSPEMG00000014682 ##22 Rrm2b (ENSPEMG00000008451) Ubr5 (ENSPEMG00000020823) Odf1 (ENSPEMG00000023346) ENSPEMG00000025191 Klf10 (ENSPEMG00000007722) Azin1 (ENSPEMG00000021239) Atp6v1c1 (ENSPEMG00000020452) Fzd6 (ENSPEMG00000021530) Cthrc1 (ENSPEMG00000016828) Slc25a32 (ENSPEMG00000000366) Dcaf13 (ENSPEMG00000011958) Rims2 (ENSPEMG00000019463) Dcstamp (ENSPEMG00000007166) Dpys (ENSPEMG00000019656) Lrp12 (ENSPEMG00000008441) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000156091.b ENSGT00390000011581 ENSGT00940000153776.a.b ENSGT00940000159708 ENSGT00940000155448 ENSGT00940000155326 ENSGT00940000158986 ENSGT01030000234633.B.b ENSGT00940000160046 ENSGT00950000182893.a.a.b ENSGT00940000158901 ENSGT00940000155006 ENSGT00940000160486 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 ENSGT00940000156142 ENSGT00940000158405 ENSGT00940000154090.b ENSGT00720000108866 ENSGT00490000043380 ENSGT00390000018723 ENSGT00700000104550.a ENSGT00940000175704 ENSGT01100000263545.a.a.b ENSGT01100000263545.a.a.a ENSGT00940000161174 ENSGT01050000244866.B ENSGT00950000183094.b.a ENSGT00390000009748 ENSGT00940000159381 Squirrel MODERN SPECIES 161 CHD6 (ENSSTOG00000013382) EMILIN3 (ENSSTOG00000025638) LPIN3 (ENSSTOG00000025742) ZHX3 (ENSSTOG00000011674) PLCG1 (ENSSTOG00000011653) TOP1 (ENSSTOG00000006028) MAFB (ENSSTOG00000029174) ENSSTOG00000030049 ##22 DHX35 (ENSSTOG00000002005) FAM83D (ENSSTOG00000001992) PPP1R16B (ENSSTOG00000001981) ACTR5 (ENSSTOG00000001969) SLC32A1 (ENSSTOG00000026679) ADIG (ENSSTOG00000029991) RALGAPB (ENSSTOG00000012050) LBP (ENSSTOG00000012025) BPI (ENSSTOG00000012013) KIAA1755 (ENSSTOG00000022602) TGM2 (ENSSTOG00000011992) RPRD1B (ENSSTOG00000012658) TTI1 (ENSSTOG00000028456) VSTM2L (ENSSTOG00000010010) CTNNBL1 (ENSSTOG00000000179) Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 24 GTSF1L (ENSUPAG00010001233) MYBL2 (ENSUPAG00010001240) IFT52 (ENSUPAG00010001265) SGK2 (ENSUPAG00010001287) L3MBTL1 (ENSUPAG00010001356) ENSUPAG00010001491 ENSUPAG00010001503 PTPRT (ENSUPAG00010001533) CHD6 (ENSUPAG00010002013) EMILIN3 (ENSUPAG00010002135) LPIN3 (ENSUPAG00010002149) ZHX3 (ENSUPAG00010002229) PLCG1 (ENSUPAG00010002241) TOP1 (ENSUPAG00010002274) MAFB (ENSUPAG00010002307) ENSUPAG00010002311 ##22 DHX35 (ENSUPAG00010002331) FAM83D (ENSUPAG00010002418) PPP1R16B (ENSUPAG00010002431) ACTR5 (ENSUPAG00010002443) SLC32A1 (ENSUPAG00010002461) ADIG (ENSUPAG00010002464) RALGAPB (ENSUPAG00010002469) ENSUPAG00010002600 LBP (ENSUPAG00010002610) BPI (ENSUPAG00010002630) KIAA1755 (ENSUPAG00010002728) TGM2 (ENSUPAG00010002771) RPRD1B (ENSUPAG00010002782) TTI1 (ENSUPAG00010002813) ENSUPAG00010002822 Eurasian red squirrel DUPLICATION Eurasian red squirrel MODERN SPECIES LRRC42 (ENSSVLG00005002048) IFT25 (ENSSVLG00005002029) DIO1 (ENSSVLG00005001977) YIPF1 (ENSSVLG00005001948) NDC1 (ENSSVLG00005001920) GLIS1 (ENSSVLG00005001890) DMRTB1 (ENSSVLG00005001863) ENSSVLG00005001849 LRP8 (ENSSVLG00005001262) MAGOH (ENSSVLG00005000778) CZIB (ENSSVLG00005000753) CPT2 (ENSSVLG00005000722) SLC1A7 (ENSSVLG00005000679) PODN (ENSSVLG00005000648) ENSSVLG00005000618 ENSSVLG00005000593 ##22 SCP2 (ENSSVLG00005000507) ENSSVLG00005000425 ECHDC2 (ENSSVLG00005000395) ZYG11A (ENSSVLG00005000332) ENSSVLG00005000308 COA7 (ENSSVLG00005000295) SHISAL2A (ENSSVLG00005000179) ENSSVLG00005020075 GPX7 (ENSSVLG00005019992) TUT4 (ENSSVLG00005019510) PRPF38A (ENSSVLG00005019181) ORC1 (ENSSVLG00005018995) CC2D1B (ENSSVLG00005018179) ZFYVE9 (ENSSVLG00005017916) BTF3L4 (ENSSVLG00005017708) Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 9 GDE1 (ENSSVLG00005023148) ENSSVLG00005022319 TMC7 (ENSSVLG00005021921) COQ7 (ENSSVLG00005021805) ITPRIPL2 (ENSSVLG00005021781) SYT17 (ENSSVLG00005021608) CLEC19A (ENSSVLG00005021487) ENSSVLG00005021466 SMG1 (ENSSVLG00005020788) ENSSVLG00005020608 ENSSVLG00005020538 XYLT1 (ENSSVLG00005020426) ENSSVLG00005020368 ABCC6 (ENSSVLG00005019797) ABCC1 (ENSSVLG00005019485) ENSSVLG00005019257 ##22 CEP20 (ENSSVLG00005019145) MYH11 (ENSSVLG00005017413) NDE1 (ENSSVLG00005017135) MARF1 (ENSSVLG00005025534) BMERB1 (ENSSVLG00005025517) MPV17L (ENSSVLG00005025505) PDXDC1 (ENSSVLG00005025473) NTAN1 (ENSSVLG00005025426) ENSSVLG00005025410 RRN3 (ENSSVLG00005025398) PLA2G10 (ENSSVLG00005025385) BFAR (ENSSVLG00005025363) PARN (ENSSVLG00005025296) ENSSVLG00005025251 MRTFB (ENSSVLG00005025237) Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female MODERN SPECIES 25 CNOT7 (ENSHGLG00000006898) VPS37A (ENSHGLG00000006804) MTMR7 (ENSHGLG00000003694) ENSHGLG00000048013 SLC7A2 (ENSHGLG00000003793) ENSHGLG00000004691 ENSHGLG00000008140 ENSHGLG00000034996 ENSHGLG00000049554 ENSHGLG00000010360 ENSHGLG00000006285 ENSHGLG00000005601 ENSHGLG00000041638 ENSHGLG00000020286 ENSHGLG00000031886 ENSHGLG00000007210 ##22 ENSHGLG00000039811 ENSHGLG00000006140 ENSHGLG00000004099 ENSHGLG00000003669 ENSHGLG00000003591 ENSHGLG00000008969 ENSHGLG00000048857 ENSHGLG00000009226 ENSHGLG00000006831 ENSHGLG00000032253 ENSHGLG00000041964 F11 (ENSHGLG00000003322) KLKB1 (ENSHGLG00000015600) CYP4V2 (ENSHGLG00000046450) FAM149A (ENSHGLG00000015518) Naked mole-rat female MODERN SPECIES 11 ENSHGLG00000046121 MYH7 (ENSHGLG00000002052) MYH6 (ENSHGLG00000002518) ENSHGLG00000038351 IL25 (ENSHGLG00000018982) EFS (ENSHGLG00000006932) SLC22A17 (ENSHGLG00000008654) ENSHGLG00000002927 BCL2L2 (ENSHGLG00000003433) HOMEZ (ENSHGLG00000004788) PPP1R3E (ENSHGLG00000040376) ENSHGLG00000001239 PAX9 (ENSHGLG00000002029) NKX2-8 (ENSHGLG00000001507) NKX2-1 (ENSHGLG00000035457) ENSHGLG00000045119 ##22 ENSHGLG00000001972 ENSHGLG00000041160 ENSHGLG00000046807 ENSHGLG00000000299 ENSHGLG00000000511 RALGAPA1 (ENSHGLG00000001193) INSM2 (ENSHGLG00000049957) NFKBIA (ENSHGLG00000034266) ENSHGLG00000000520 PRORP (ENSHGLG00000001372) ENSHGLG00000002301 FAM177A1 (ENSHGLG00000045828) SRP54 (ENSHGLG00000002850) ENSHGLG00000000845 BAZ1A (ENSHGLG00000007236) Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 493 C12orf50 (ENSPCOG00000016306) C12orf29 (ENSPCOG00000010284) CEP290 (ENSPCOG00000020072) TMTC3 (ENSPCOG00000018547) ENSPCOG00000022957 ##22 KITLG (ENSPCOG00000023143) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Rhinopithecus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 3050 CCDC195 (ENSRROG00000037146) CUL3 (ENSRROG00000020617) FAM124B (ENSRROG00000032916) SERPINE2 (ENSRROG00000040515) MRPL44 (ENSRROG00000032230) WDFY1 (ENSRROG00000037667) ENSRROG00000028651 AP1S3 (ENSRROG00000031051) ENSRROG00000029058 ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Olive baboon MODERN SPECIES DENND1B (ENSPANG00000010604) CRB1 (ENSPANG00000006812) ENSPANG00000043489 ZBTB41 (ENSPANG00000012545) ASPM (ENSPANG00000018539) F13B (ENSPANG00000021908) CFHR5 (ENSPANG00000012829) CFH (ENSPANG00000012544) KCNT2 (ENSPANG00000006548) ENSPANG00000048972 ENSPANG00000039696 ENSPANG00000037027 ENSPANG00000004629 ENSPANG00000041853 ENSPANG00000039937 ENSPANG00000033273 ##22 ENSPANG00000044682 CDC73 (ENSPANG00000003571) B3GALT2 (ENSPANG00000017876) GLRX2 (ENSPANG00000033373) RO60 (ENSPANG00000000341) UCHL5 (ENSPANG00000021345) RGS2 (ENSPANG00000020299) RGS13 (ENSPANG00000038097) RGS1 (ENSPANG00000047099) RGS21 (ENSPANG00000044445) RGS18 (ENSPANG00000044600) ENSPANG00000040742 BRINP3 (ENSPANG00000016771) ENSPANG00000005100 ENSPANG00000046277 Macaca ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Pig-tailed macaque MODERN SPECIES 119 BTBD8 (ENSMNEG00000038289) #15 C1orf146 (ENSMNEG00000045551) #16 GLMN (ENSMNEG00000037105) #17 RPAP2 (ENSMNEG00000037979) #18 GFI1 (ENSMNEG00000036338) #19 EVI5 (ENSMNEG00000015327) #20 DIPK1A (ENSMNEG00000030760) #23 ENSMNEG00000044138 ##22 ENSMNEG00000030641 MTF2 (ENSMNEG00000007161) #26 TMED5 (ENSMNEG00000035141) #27 CCDC18 (ENSMNEG00000038359) #28 DR1 (ENSMNEG00000028696) #29 FNBP1L (ENSMNEG00000043720) #30 BCAR3 (ENSMNEG00000039069) #31 ENSMNEG00000015935 ##22 ENSMNEG00000041699 #32 GCLM (ENSMNEG00000044117) #34 ABCA4 (ENSMNEG00000032250) #35 ARHGAP29 (ENSMNEG00000032154) #36 ABCD3 (ENSMNEG00000032671) F3 (ENSMNEG00000032837) ENSMNEG00000016707 SLC44A3 (ENSMNEG00000035323) CNN3 (ENSMNEG00000038784) ALG14 (ENSMNEG00000040144) TLCD4 (ENSMNEG00000038599) RWDD3 (ENSMNEG00000035030) PTBP2 (ENSMNEG00000040081) DPYD (ENSMNEG00000028972) SNX7 (ENSMNEG00000030917) Macaca_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 Crab-eating macaque MODERN SPECIES LHX9 (ENSMFAG00000037285) C1orf53 (ENSMFAG00000058672) ENSMFAG00000050075 DENND1B (ENSMFAG00000040708) ENSMFAG00000059753 CRB1 (ENSMFAG00000037248) ZBTB41 (ENSMFAG00000042390) ASPM (ENSMFAG00000044554) F13B (ENSMFAG00000038280) CFHR5 (ENSMFAG00000033730) ENSMFAG00000035708 CFH (ENSMFAG00000039896) KCNT2 (ENSMFAG00000030817) ENSMFAG00000039121 ENSMFAG00000031828 ENSMFAG00000030333 ##22 B3GALT2 (ENSMFAG00000030327) CDC73 (ENSMFAG00000042168) RO60 (ENSMFAG00000016020) ENSMFAG00000058552 UCHL5 (ENSMFAG00000038349) RGS2 (ENSMFAG00000033433) RGS13 (ENSMFAG00000033037) RGS1 (ENSMFAG00000036716) RGS21 (ENSMFAG00000060899) RGS18 (ENSMFAG00000059808) SKP1 (ENSMFAG00000052365) BRINP3 (ENSMFAG00000045708) ENSMFAG00000060456 ENSMFAG00000048586 PLA2G4A (ENSMFAG00000043784) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000002560 ENSGT00390000015127 ENSGT00550000074794 ENSGT00940000162785 ENSGT00520000059630 ENSGT00390000008829 ENSGT00940000155161 ENSGT00390000013877 ENSGT01030000234618.B ENSGT00940000159554 ENSGT00940000157967 ENSGT00940000157143 ENSGT00940000154611 ENSGT00390000016470.c.a ENSGT00390000015663 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 ENSGT00940000160553 ENSGT00620000089392 ENSGT00940000157761 ENSGT00920000149161.f ENSGT00940000158543 ENSGT00390000003140.A ENSGT00940000160314 ENSGT00940000160138 ENSGT00940000162916 ENSGT00940000157702 ENSGT00390000009002 ENSGT00390000011962 ENSGT00940000155091 ENSGT00940000154079.a ENSGT00950000182951.B Mas night monkey DUPLICATION Mas night monkey MODERN SPECIES 1256 TEX50 (ENSANAG00000031700) ANKRD45 (ENSANAG00000019291) KLHL20 (ENSANAG00000037697) CENPL (ENSANAG00000036699) DARS2 (ENSANAG00000021693) ZBTB37 (ENSANAG00000023587) SERPINC1 (ENSANAG00000036912) RC3H1 (ENSANAG00000036716) ENSANAG00000034491 ENSANAG00000036425 GPR52 (ENSANAG00000009555) ENSANAG00000024185 ENSANAG00000028792 ENSANAG00000036621 MRPS14 (ENSANAG00000036400) ENSANAG00000029880 ##22 TNN (ENSANAG00000036010) TNR (ENSANAG00000024953) COP1 (ENSANAG00000020761) PAPPA2 (ENSANAG00000033913) ASTN1 (ENSANAG00000027274) BRINP2 (ENSANAG00000038503) SEC16B (ENSANAG00000028432) ENSANAG00000024902 ENSANAG00000008428 ENSANAG00000018433 RASAL2 (ENSANAG00000035643) CLEC20A (ENSANAG00000020097) TEX35 (ENSANAG00000019449) ANGPTL1 (ENSANAG00000030589) RALGPS2 (ENSANAG00000038525) Mas night monkey MODERN SPECIES 499 ENSANAG00000036152 ##22 ENSANAG00000024592 BCL2L11 (ENSANAG00000020842) ENSANAG00000034790 ENSANAG00000031135 ANAPC1 (ENSANAG00000007726) MERTK (ENSANAG00000035117) ENSANAG00000027730 ENSANAG00000035964 ENSANAG00000035684 ENSANAG00000021186 ENSANAG00000026452 Cebidae ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00390000002560 ENSGT00390000015127 ENSGT00550000074794 ENSGT00940000162785 ENSGT00520000059630 ENSGT00390000008829 ENSGT00940000155161 ENSGT00390000013877 ENSGT01030000234618.B ENSGT00940000159554 ENSGT00940000157967 ENSGT00940000157143 ENSGT00940000154611 ENSGT00390000016470.c.a ENSGT00390000015663 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 ENSGT00940000160553 ENSGT00620000089392 ENSGT00940000157761 ENSGT00920000149161.f ENSGT00940000158543 ENSGT00390000003140.A ENSGT00940000160314 ENSGT00940000160138 ENSGT00940000162916 ENSGT00940000157702 ENSGT00390000009002 ENSGT00390000011962 ENSGT00940000155091 ENSGT00940000154079.a ENSGT00950000182951.B Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000002560 ENSGT00390000015127 ENSGT00550000074794 ENSGT00940000162785 ENSGT00520000059630 ENSGT00390000008829 ENSGT00940000155161 ENSGT00390000013877 ENSGT01030000234618.B ENSGT00940000159554 ENSGT00940000157967 ENSGT00940000157143 ENSGT00940000154611 ENSGT00390000016470.c.a ENSGT00390000015663 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22 ENSGT00940000160553 ENSGT00940000157761 ENSGT00920000149161.f.a ENSGT00940000158543 ENSGT00390000003140.A ENSGT00940000160314 ENSGT00940000160138 ENSGT00910000146979 ENSGT00940000157702 ENSGT00390000009002 ENSGT00390000011962 ENSGT00940000155091 ENSGT00940000154079.a ENSGT00940000153375.kb.b ENSGT00950000182951.B Capuchin MODERN SPECIES 222 ENSCCAG00000029668 ENSCCAG00000024265 MALL (ENSCCAG00000034204) NPHP1 (ENSCCAG00000037228) ENSCCAG00000034152 ENSCCAG00000025724 BUB1 (ENSCCAG00000033584) ENSCCAG00000031334 ##22 BCL2L11 (ENSCCAG00000022650) ENSCCAG00000016654 ANAPC1 (ENSCCAG00000024583) MERTK (ENSCCAG00000026739) TMEM87B (ENSCCAG00000031687) FBLN7 (ENSCCAG00000031423) 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ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00740000117159 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 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ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00940000154802.fb ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 Horse MODERN SPECIES 26 ZNF644 (ENSECAG00000010304) HFM1 (ENSECAG00000024039) CDC7 (ENSECAG00000022964) TGFBR3 (ENSECAG00000019700) ENSECAG00000053770 BRDT (ENSECAG00000015661) #7 ENSECAG00000052882 EPHX4 (ENSECAG00000015114) #9 ENSECAG00000015105 BTBD8 (ENSECAG00000014416) #15 GLMN (ENSECAG00000010564) #17 RPAP2 (ENSECAG00000007411) #18 GFI1 (ENSECAG00000006647) #19 ENSECAG00000058307 EVI5 (ENSECAG00000023646) #20 RPL5 (ENSECAG00000021065) ##22 DIPK1A (ENSECAG00000020711) #23 ENSECAG00000051377 MTF2 (ENSECAG00000017368) #26 TMED5 (ENSECAG00000016426) #27 ENSECAG00000057950 ENSECAG00000046837 CCDC18 (ENSECAG00000014091) #28 ENSECAG00000031491 DR1 (ENSECAG00000010209) #29 FNBP1L (ENSECAG00000004536) #30 BCAR3 (ENSECAG00000022721) #31 DNTTIP2 (ENSECAG00000022045) #32 GCLM (ENSECAG00000021993) #34 ABCA4 (ENSECAG00000013379) #35 ARHGAP29 (ENSECAG00000009393) #36 Donkey MODERN SPECIES 7 ZNF644 (ENSEASG00005015423) HFM1 (ENSEASG00005015424) CDC7 (ENSEASG00005015434) TGFBR3 (ENSEASG00005015486) BRDT (ENSEASG00005026111) #7 EPHX4 (ENSEASG00005015495) #9 ENSEASG00005015497 ENSEASG00005015501 #12 ENSEASG00005037362 #15 ENSEASG00005032361 #15 C1orf146 (ENSEASG00005037463) #16 GLMN (ENSEASG00005015506) #17 RPAP2 (ENSEASG00005015507) #18 GFI1 (ENSEASG00005015509) #19 EVI5 (ENSEASG00005015514) #20 ENSEASG00005015515 ##22 DIPK1A (ENSEASG00005030243) #23 MTF2 (ENSEASG00005015530) #26 TMED5 (ENSEASG00005034283) #27 CCDC18 (ENSEASG00005015570) #28 ENSEASG00005015583 DR1 (ENSEASG00005025520) #29 ENSEASG00005015589 FNBP1L (ENSEASG00005015587) #30 BCAR3 (ENSEASG00005015591) #31 DNTTIP2 (ENSEASG00005015594) #32 GCLM (ENSEASG00005015597) #34 ABCA4 (ENSEASG00005015609) #35 ARHGAP29 (ENSEASG00005015647) #36 ABCD3 (ENSEASG00005015685) F3 (ENSEASG00005015695) Chiroptera DUPLICATION Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.a ##22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.a ##22 Microbat MODERN SPECIES 1047 ZNF644 (ENSMLUG00000010460) HFM1 (ENSMLUG00000010200) ENSMLUG00000023375 CDC7 (ENSMLUG00000015065) TGFBR3 (ENSMLUG00000010405) ENSMLUG00000006232 #7 EPHX4 (ENSMLUG00000028235) #9 ENSMLUG00000017219 ENSMLUG00000002075 BTBD8 (ENSMLUG00000002081) #15 C1orf146 (ENSMLUG00000016984) #16 GLMN (ENSMLUG00000016988) #17 ENSMLUG00000001016 #18 GFI1 (ENSMLUG00000015191) #19 EVI5 (ENSMLUG00000015748) #20 ENSMLUG00000008956 ##22 DIPK1A (ENSMLUG00000008976) #23 MTF2 (ENSMLUG00000005839) #26 TMED5 (ENSMLUG00000005855) #27 CCDC18 (ENSMLUG00000005862) #28 DR1 (ENSMLUG00000010684) #29 FNBP1L (ENSMLUG00000000113) #30 BCAR3 (ENSMLUG00000001713) #31 Chiroptera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 Megabat MODERN SPECIES 6509 ENSPVAG00000015117 ##22 DIPK1A (ENSPVAG00000015116) #23 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000159377 ENSGT00530000063877.b Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 27 BARHL2 (ENSRFEG00010011903) ZNF644 (ENSRFEG00010011971) HFM1 (ENSRFEG00010012083) CDC7 (ENSRFEG00010012591) TGFBR3 (ENSRFEG00010012639) BRDT (ENSRFEG00010012762) #7 EPHX4 (ENSRFEG00010013304) #9 ENSRFEG00010013353 BTBD8 (ENSRFEG00010006736) #15 ENSRFEG00010006892 C1orf146 (ENSRFEG00010006926) #16 GLMN (ENSRFEG00010006990) #17 RPAP2 (ENSRFEG00010007051) #18 GFI1 (ENSRFEG00010007082) #19 EVI5 (ENSRFEG00010007148) #20 ENSRFEG00010007432 ##22 DIPK1A (ENSRFEG00010007529) #23 MTF2 (ENSRFEG00010007651) #26 TMED5 (ENSRFEG00010007758) #27 CCDC18 (ENSRFEG00010007835) #28 DR1 (ENSRFEG00010008311) #29 FNBP1L (ENSRFEG00010008377) #30 BCAR3 (ENSRFEG00010009045) #31 DNTTIP2 (ENSRFEG00010009153) #32 GCLM (ENSRFEG00010009208) #34 ABCA4 (ENSRFEG00010009317) #35 ARHGAP29 (ENSRFEG00010009985) #36 ENSRFEG00010010026 ABCD3 (ENSRFEG00010010082) F3 (ENSRFEG00010010181) DCDC2 (ENSRFEG00010010206) Microbat DUPLICATION Microbat MODERN SPECIES 1051 ENSMLUG00000024773 FZD6 (ENSMLUG00000000258) ENSMLUG00000000262 SLC25A32 (ENSMLUG00000007363) DCAF13 (ENSMLUG00000007375) RIMS2 (ENSMLUG00000007311) DCSTAMP (ENSMLUG00000004396) DPYS (ENSMLUG00000004400) LRP12 (ENSMLUG00000016148) ENSMLUG00000023196 ZFPM2 (ENSMLUG00000010148) ENSMLUG00000024682 OXR1 (ENSMLUG00000015189) ABRA (ENSMLUG00000015207) ANGPT1 (ENSMLUG00000002589) ENSMLUG00000022747 ##22 RSPO2 (ENSMLUG00000006531) Microbat MODERN SPECIES 1011 ENSMLUG00000022766 ENSMLUG00000029892 ENSMLUG00000004822 PCDH17 (ENSMLUG00000005588) ENSMLUG00000023454 DIAPH3 (ENSMLUG00000010018) ENSMLUG00000025272 ##22 TDRD3 (ENSMLUG00000000235) ENSMLUG00000029864 Carnivora ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822.h ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00740000117159 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 Felidae ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822.h ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b Panthera ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822.h ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b Tiger MODERN SPECIES 19 CDC7 (ENSPTIG00000006650) TGFBR3 (ENSPTIG00000007409) BRDT (ENSPTIG00000013997) #7 EPHX4 (ENSPTIG00000020004) #9 ENSPTIG00000020187 #12 BTBD8 (ENSPTIG00000020578) #15 C1orf146 (ENSPTIG00000021257) #16 GLMN (ENSPTIG00000021463) #17 RPAP2 (ENSPTIG00000021761) #18 ENSPTIG00000002680 #19 EVI5 (ENSPTIG00000005019) #20 ENSPTIG00000007991 ##22 DIPK1A (ENSPTIG00000008277) #23 MTF2 (ENSPTIG00000010490) #26 TMED5 (ENSPTIG00000013456) #27 CCDC18 (ENSPTIG00000014221) #28 DR1 (ENSPTIG00000018611) #29 FNBP1L (ENSPTIG00000019290) #30 BCAR3 (ENSPTIG00000007755) #31 ENSPTIG00000014954 #32 GCLM (ENSPTIG00000015360) #34 ABCA4 (ENSPTIG00000017238) #35 ARHGAP29 (ENSPTIG00000003366) #36 ABCD3 (ENSPTIG00000006742) F3 (ENSPTIG00000009684) ENSPTIG00000011044 Panthera_a ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822.h ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 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(ENSPLOG00000007222) #16 GLMN (ENSPLOG00000007089) #17 RPAP2 (ENSPLOG00000007033) #18 GFI1 (ENSPLOG00000006985) #19 ENSPLOG00000006956 EVI5 (ENSPLOG00000006749) #20 ENSPLOG00000006609 ##22 DIPK1A (ENSPLOG00000006533) #23 MTF2 (ENSPLOG00000006466) #26 TMED5 (ENSPLOG00000006419) #27 CCDC18 (ENSPLOG00000006235) #28 DR1 (ENSPLOG00000006150) #29 FNBP1L (ENSPLOG00000006102) #30 BCAR3 (ENSPLOG00000005986) #31 DNTTIP2 (ENSPLOG00000005915) #32 GCLM (ENSPLOG00000005862) #34 ABCA4 (ENSPLOG00000005665) #35 ARHGAP29 (ENSPLOG00000005595) #36 ABCD3 (ENSPLOG00000005397) F3 (ENSPLOG00000005281) SLC44A3 (ENSPLOG00000005217) CNN3 (ENSPLOG00000005152) Caniformia ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822.h ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 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ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00740000117159 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000186000 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 Ursidae ANCESTRAL SPECIES 32 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822.h ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000186000 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 Ursus ANCESTRAL SPECIES 119 ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000186000 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b Polar bear MODERN SPECIES 208 BRDT (ENSUMAG00000011290) #7 EPHX4 (ENSUMAG00000011286) #9 BTBD8 (ENSUMAG00000011276) #15 C1orf146 (ENSUMAG00000011273) #16 GLMN (ENSUMAG00000011266) #17 RPAP2 (ENSUMAG00000011257) #18 ENSUMAG00000011251 #19 EVI5 (ENSUMAG00000011159) #20 ENSUMAG00000011129 ##22 DIPK1A (ENSUMAG00000011127) #23 MTF2 (ENSUMAG00000011102) #26 TMED5 (ENSUMAG00000011101) #27 CCDC18 (ENSUMAG00000011014) #28 FNBP1L (ENSUMAG00000010351) #30 BCAR3 (ENSUMAG00000010214) #31 DNTTIP2 (ENSUMAG00000010202) #32 GCLM (ENSUMAG00000010195) #34 ABCA4 (ENSUMAG00000010104) #35 ENSUMAG00000010069 ARHGAP29 (ENSUMAG00000009961) #36 ABCD3 (ENSUMAG00000009085) F3 (ENSUMAG00000008977) SLC44A3 (ENSUMAG00000008956) CNN3 (ENSUMAG00000008950) Mustelinae ANCESTRAL SPECIES 60 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822.h ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00740000117159 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000186000 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 Ferret MODERN SPECIES 197 BARHL2 (ENSMPUG00000004626) ENSMPUG00000004621 ZNF644 (ENSMPUG00000004615) HFM1 (ENSMPUG00000004594) CDC7 (ENSMPUG00000004504) TGFBR3 (ENSMPUG00000004481) BRDT (ENSMPUG00000004311) #7 EPHX4 (ENSMPUG00000004299) #9 BTBD8 (ENSMPUG00000004264) #15 C1orf146 (ENSMPUG00000004257) #16 GLMN (ENSMPUG00000004239) #17 RPAP2 (ENSMPUG00000004227) #18 GFI1 (ENSMPUG00000004178) #19 ENSMPUG00000004168 #20 ENSMPUG00000004157 #20 ENSMPUG00000004150 ##22 ENSMPUG00000004102 DIPK1A (ENSMPUG00000004095) #23 ENSMPUG00000004091 MTF2 (ENSMPUG00000004081) #26 TMED5 (ENSMPUG00000004079) #27 CCDC18 (ENSMPUG00000004059) #28 ENSMPUG00000004035 DR1 (ENSMPUG00000004025) #29 FNBP1L (ENSMPUG00000004018) #30 BCAR3 (ENSMPUG00000004013) #31 ENSMPUG00000004007 DNTTIP2 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(ENSNVIG00000018976) F3 (ENSNVIG00000019055) Canidae ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00530000063777.b ENSGT00950000186426 ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822.h ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446.j #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b Red fox MODERN SPECIES 21 ENSVVUG00000020740 BARHL2 (ENSVVUG00000020741) ZNF644 (ENSVVUG00000020745) ENSVVUG00000020751 ENSVVUG00000020760 CDC7 (ENSVVUG00000020767) TGFBR3 (ENSVVUG00000020783) BRDT (ENSVVUG00000020791) #7 EPHX4 (ENSVVUG00000020796) #9 KIAA1107 (ENSVVUG00000020801) #15 C1orf146 (ENSVVUG00000020806) #16 ENSVVUG00000020810 #17 RPAP2 (ENSVVUG00000020839) #18 ENSVVUG00000020858 #19 EVI5 (ENSVVUG00000020869) #20 ENSVVUG00000020882 ##22 FAM69A (ENSVVUG00000020885) #23 MTF2 (ENSVVUG00000020888) #26 TMED5 (ENSVVUG00000021177) #27 CCDC18 (ENSVVUG00000021186) #28 DR1 (ENSVVUG00000021225) #29 FNBP1L (ENSVVUG00000021266) #30 BCAR3 (ENSVVUG00000021837) #31 DNTTIP2 (ENSVVUG00000021840) #32 GCLM (ENSVVUG00000021841) #34 ABCA4 (ENSVVUG00000021843) #35 ARHGAP29 (ENSVVUG00000021844) #36 ABCD3 (ENSVVUG00000021847) F3 (ENSVVUG00000021851) SLC44A3 (ENSVVUG00000021857) CNN3 (ENSVVUG00000021861) Canis_lupus ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00530000063777.b ENSGT00950000186426 ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822.h ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446.j #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b Dingo MODERN SPECIES 172 ZNF326 (ENSCAFG00020013621) ENSCAFG00020013616 BARHL2 (ENSCAFG00020013615) ZNF644 (ENSCAFG00020013610) ENSCAFG00020013595 CDC7 (ENSCAFG00020013566) TGFBR3 (ENSCAFG00020013556) BRDT (ENSCAFG00020013520) #7 EPHX4 (ENSCAFG00020013502) #9 BTBD8 (ENSCAFG00020013485) #15 C1orf146 (ENSCAFG00020013473) #16 GLMN (ENSCAFG00020013400) #17 RPAP2 (ENSCAFG00020013392) #18 GFI1 (ENSCAFG00020013371) #19 EVI5 (ENSCAFG00020013278) #20 ENSCAFG00020013253 ##22 DIPK1A (ENSCAFG00020013251) #23 MTF2 (ENSCAFG00020012737) #26 TMED5 (ENSCAFG00020012713) #27 CCDC18 (ENSCAFG00020012641) #28 DR1 (ENSCAFG00020012625) #29 FNBP1L (ENSCAFG00020011963) #30 BCAR3 (ENSCAFG00020011927) #31 ENSCAFG00020011923 #32 GCLM (ENSCAFG00020011914) #34 ABCA4 (ENSCAFG00020011889) #35 ARHGAP29 (ENSCAFG00020011859) #36 ABCD3 (ENSCAFG00020011849) F3 (ENSCAFG00020011846) SLC44A3 (ENSCAFG00020011837) CNN3 (ENSCAFG00020011835) Dog MODERN SPECIES 34 ZNF326 (ENSCAFG00845017298) ENSCAFG00845017080 BARHL2 (ENSCAFG00845017033) ZNF644 (ENSCAFG00845016789) ENSCAFG00845016624 CDC7 (ENSCAFG00845016428) TGFBR3 (ENSCAFG00845016141) BRDT (ENSCAFG00845015912) #7 EPHX4 (ENSCAFG00845015813) #9 KIAA1107 (ENSCAFG00845015712) #15 C6H1orf146 (ENSCAFG00845015644) #16 GLMN (ENSCAFG00845015585) #17 RPAP2 (ENSCAFG00845015489) #18 GFI1 (ENSCAFG00845015425) #19 EVI5 (ENSCAFG00845015142) #20 RPL5 (ENSCAFG00845014925) ##22 DIPK1A (ENSCAFG00845014860) #23 MTF2 (ENSCAFG00845014796) #26 TMED5 (ENSCAFG00845014750) #27 CCDC18 (ENSCAFG00845014633) #28 DR1 (ENSCAFG00845014570) #29 FNBP1L (ENSCAFG00845014505) #30 BCAR3 (ENSCAFG00845015973) #31 DNTTIP2 (ENSCAFG00845015837) #32 GCLM (ENSCAFG00845015741) #34 ABCA4 (ENSCAFG00845015579) #35 ARHGAP29 (ENSCAFG00845015082) #36 ABCD3 (ENSCAFG00845014838) F3 (ENSCAFG00845014757) SLC44A3 (ENSCAFG00845014574) CNN3 (ENSCAFG00845014488) Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b Suina DUPLICATION Suina ANCESTRAL SPECIES 32 ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.c ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b Chacoan peccary MODERN SPECIES 216 ZNF326 (ENSCWAG00000013237) BARHL2 (ENSCWAG00000013191) ZNF644 (ENSCWAG00000013112) HFM1 (ENSCWAG00000013030) CDC7 (ENSCWAG00000012921) TGFBR3 (ENSCWAG00000012734) BRDT (ENSCWAG00000012178) #7 EPHX4 (ENSCWAG00000012061) #9 ENSCWAG00000012040 BTBD8 (ENSCWAG00000011706) #15 C1orf146 (ENSCWAG00000011626) #16 GLMN (ENSCWAG00000011447) #17 RPAP2 (ENSCWAG00000011301) #18 GFI1 (ENSCWAG00000011229) #19 EVI5 (ENSCWAG00000010914) #20 ENSCWAG00000010805 ##22 DIPK1A (ENSCWAG00000010717) #23 MTF2 (ENSCWAG00000010620) #26 TMED5 (ENSCWAG00000010568) #27 CCDC18 (ENSCWAG00000010526) #28 DR1 (ENSCWAG00000010484) #29 FNBP1L (ENSCWAG00000010376) #30 ENSCWAG00000010352 BCAR3 (ENSCWAG00000010282) #31 DNTTIP2 (ENSCWAG00000010220) #32 GCLM (ENSCWAG00000010130) #34 ABCA4 (ENSCWAG00000008954) #35 ARHGAP29 (ENSCWAG00000008826) #36 ABCD3 (ENSCWAG00000008698) F3 (ENSCWAG00000008610) SLC44A3 (ENSCWAG00000008028) Pig MODERN SPECIES 12 ZNF644 (ENSSSCG00000022534) HFM1 (ENSSSCG00000006912) CDC7 (ENSSSCG00000027251) TGFBR3 (ENSSSCG00000006911) ENSSSCG00000060249 BRDT (ENSSSCG00000023654) #7 EPHX4 (ENSSSCG00000032057) #9 ENSSSCG00000056240 BTBD8 (ENSSSCG00000035196) #15 C1orf146 (ENSSSCG00000042806) #16 GLMN (ENSSSCG00000006904) #17 ENSSSCG00000057775 RPAP2 (ENSSSCG00000006903) #18 GFI1 (ENSSSCG00000006902) #19 EVI5 (ENSSSCG00000006901) #20 RPL5 (ENSSSCG00000006899) ##22 DIPK1A (ENSSSCG00000006900) #23 MTF2 (ENSSSCG00000006898) #26 TMED5 (ENSSSCG00000040439) #27 CCDC18 (ENSSSCG00000006897) #28 DR1 (ENSSSCG00000028310) #29 FNBP1L (ENSSSCG00000006894) #30 BCAR3 (ENSSSCG00000006893) #31 DNTTIP2 (ENSSSCG00000006892) #32 GCLM (ENSSSCG00000037549) #34 ABCA4 (ENSSSCG00000006890) #35 ARHGAP29 (ENSSSCG00000006889) #36 ABCD3 (ENSSSCG00000028620) F3 (ENSSSCG00000022447) SLC44A3 (ENSSSCG00000006888) CNN3 (ENSSSCG00000006887) Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.d ##22 Pig MODERN SPECIES ENSSSCG00000041158 ENSSSCG00000061513 ENSSSCG00000045942 ENSSSCG00000049462 MYO5B (ENSSSCG00000004511) ACAA2 (ENSSSCG00000004510) LIPG (ENSSSCG00000004509) ENSSSCG00000035007 C18orf32 (ENSSSCG00000034415) DYM (ENSSSCG00000004508) SMAD7 (ENSSSCG00000004507) CTIF (ENSSSCG00000004506) ZBTB7C (ENSSSCG00000028076) SMAD2 (ENSSSCG00000004505) SKOR2 (ENSSSCG00000005767) ENSSSCG00000039669 ##22 IER3IP1 (ENSSSCG00000060420) HDHD2 (ENSSSCG00000005771) KATNAL2 (ENSSSCG00000022643) PIAS2 (ENSSSCG00000034730) ST8SIA5 (ENSSSCG00000032053) LOXHD1 (ENSSSCG00000004503) RNF165 (ENSSSCG00000004502) C18orf25 (ENSSSCG00000004500) HAUS1 (ENSSSCG00000004498) ATP5F1A (ENSSSCG00000004499) PSTPIP2 (ENSSSCG00000060601) EPG5 (ENSSSCG00000021072) SIGLEC15 (ENSSSCG00000004493) SLC14A1 (ENSSSCG00000004492) ENSSSCG00000004491 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b Camelidae ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b Arabian camel MODERN SPECIES 35 ZNF326 (ENSCDRG00005003095) BARHL2 (ENSCDRG00005003080) ZNF644 (ENSCDRG00005003047) ENSCDRG00005003021 CDC7 (ENSCDRG00005003004) TGFBR3 (ENSCDRG00005002972) BRDT (ENSCDRG00005002936) #7 EPHX4 (ENSCDRG00005002901) #9 ENSCDRG00005002875 BTBD8 (ENSCDRG00005002823) #15 C1orf146 (ENSCDRG00005002798) #16 GLMN (ENSCDRG00005002771) #17 RPAP2 (ENSCDRG00005002720) #18 GFI1 (ENSCDRG00005002667) #19 EVI5 (ENSCDRG00005002514) #20 ENSCDRG00005002404 ##22 DIPK1A (ENSCDRG00005002361) #23 MTF2 (ENSCDRG00005002314) #26 ENSCDRG00005002283 TMED5 (ENSCDRG00005002264) #27 CCDC18 (ENSCDRG00005002211) #28 DR1 (ENSCDRG00005002183) #29 FNBP1L (ENSCDRG00005002139) #30 BCAR3 (ENSCDRG00005002103) #31 DNTTIP2 (ENSCDRG00005002089) #32 GCLM (ENSCDRG00005002067) #34 ABCA4 (ENSCDRG00005001970) #35 ENSCDRG00005001919 #36 ENSCDRG00005001902 #36 ABCD3 (ENSCDRG00005001791) F3 (ENSCDRG00005001755) Artiodactyla_b DUPLICATION Artiodactyla_b DUPLICATION Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.e.a ##22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.e.a ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.e.a ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.e.a ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.e.a ##22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 15 CCDC178 (ENSOARG00020023866) KLHL14 (ENSOARG00020024440) GAREM1 (ENSOARG00020024468) ENSOARG00020024526 RNF125 (ENSOARG00020024558) TRAPPC8 (ENSOARG00020024583) B4GALT6 (ENSOARG00020024733) TTR (ENSOARG00020024865) DSG2 (ENSOARG00020024912) DSG4 (ENSOARG00020024957) DSG1 (ENSOARG00020024979) DSC1 (ENSOARG00020024999) DSC2 (ENSOARG00020025065) ENSOARG00020025211 CDH2 (ENSOARG00020025259) ENSOARG00020025350 ##22 CHST9 (ENSOARG00020025358) AQP4 (ENSOARG00020025374) KCTD1 (ENSOARG00020025395) TAF4B (ENSOARG00020025408) PSMA8 (ENSOARG00020025430) SS18 (ENSOARG00020025456) ZNF521 (ENSOARG00020025499) HRH4 (ENSOARG00020025511) ENSOARG00020025524 OSBPL1A (ENSOARG00020025534) CABYR (ENSOARG00020025548) TTC39C (ENSOARG00020025558) LAMA3 (ENSOARG00020025616) ANKRD29 (ENSOARG00020025754) ENSOARG00020025767 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.e.a ##22 Blue whale MODERN SPECIES 10 TMEM170A (ENSBMSG00010019285) ENSBMSG00010019324 ENSBMSG00010019356 GABARAPL2 (ENSBMSG00010019521) ADAT1 (ENSBMSG00010019588) ENSBMSG00010019637 TERF2IP (ENSBMSG00010019727) ENSBMSG00010019772 ENSBMSG00010019785 ENSBMSG00010013399 CNTNAP4 (ENSBMSG00010013511) ENSBMSG00010013645 MON1B (ENSBMSG00010013661) SYCE1L (ENSBMSG00010013688) ADAMTS18 (ENSBMSG00010013750) ENSBMSG00010013805 ##22 NUDT7 (ENSBMSG00010013822) VAT1L (ENSBMSG00010013861) CLEC3A (ENSBMSG00010013904) WWOX (ENSBMSG00010013976) MAF (ENSBMSG00010014160) DYNLRB2 (ENSBMSG00010014210) CDYL2 (ENSBMSG00010014282) ENSBMSG00010014361 ENSBMSG00010014412 ATMIN (ENSBMSG00010014471) C16orf46 (ENSBMSG00010014516) ENSBMSG00010014571 BCO1 (ENSBMSG00010014729) GAN (ENSBMSG00010014760) ENSBMSG00010014813 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.e.b ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.e.b ##22 Blue whale MODERN SPECIES ENSBMSG00010012272 BARHL2 (ENSBMSG00010000010) ENSBMSG00010000017 HFM1 (ENSBMSG00010000076) CDC7 (ENSBMSG00010000261) TGFBR3 (ENSBMSG00010000292) BRDT (ENSBMSG00010000373) #7 EPHX4 (ENSBMSG00010000481) #9 ENSBMSG00010000502 #12 BTBD8 (ENSBMSG00010000521) #15 C1orf146 (ENSBMSG00010000562) #16 GLMN (ENSBMSG00010000586) #17 ENSBMSG00010000612 #18 GFI1 (ENSBMSG00010000632) #19 EVI5 (ENSBMSG00010000675) #20 ENSBMSG00010000785 ##22 DIPK1A (ENSBMSG00010000829) #23 MTF2 (ENSBMSG00010000876) #26 TMED5 (ENSBMSG00010000894) #27 CCDC18 (ENSBMSG00010000915) #28 DR1 (ENSBMSG00010000938) #29 ENSBMSG00010000952 FNBP1L (ENSBMSG00010000979) #30 BCAR3 (ENSBMSG00010001032) #31 DNTTIP2 (ENSBMSG00010001101) #32 GCLM (ENSBMSG00010001139) #34 ABCA4 (ENSBMSG00010001205) #35 ARHGAP29 (ENSBMSG00010001329) #36 ABCD3 (ENSBMSG00010001367) F3 (ENSBMSG00010001415) ENSBMSG00010001479 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b Pecora ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b Percora_a DUPLICATION Percora_a DUPLICATION Percora_a ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b Bovidae DUPLICATION Bovidae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.a ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b Caprinae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00940000157730.h ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.a ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b Goat DUPLICATION Goat MODERN SPECIES 22 ENSCHIG00000019689 ENSCHIG00000009537 ENSCHIG00000019124 CDC7 (ENSCHIG00000026844) TGFBR3 (ENSCHIG00000015521) BRDT (ENSCHIG00000020014) #7 EPHX4 (ENSCHIG00000017302) #9 ENSCHIG00000009487 ENSCHIG00000022105 #12 BTBD8 (ENSCHIG00000015692) #15 C1orf146 (ENSCHIG00000008745) #16 GLMN (ENSCHIG00000023340) #17 RPAP2 (ENSCHIG00000019522) #18 GFI1 (ENSCHIG00000016135) #19 EVI5 (ENSCHIG00000026426) #20 ENSCHIG00000015380 ##22 DIPK1A (ENSCHIG00000020350) #23 MTF2 (ENSCHIG00000024099) #26 TMED5 (ENSCHIG00000016065) #27 CCDC18 (ENSCHIG00000008731) #28 DR1 (ENSCHIG00000020958) #29 FNBP1L (ENSCHIG00000014859) #30 BCAR3 (ENSCHIG00000002020) #31 DNTTIP2 (ENSCHIG00000009770) #32 GCLM (ENSCHIG00000025257) #34 ABCA4 (ENSCHIG00000021104) #35 ARHGAP29 (ENSCHIG00000011428) #36 ABCD3 (ENSCHIG00000023422) F3 (ENSCHIG00000019946) SLC44A3 (ENSCHIG00000025875) CNN3 (ENSCHIG00000022213) Goat MODERN SPECIES 7 TGFB2 (ENSCHIG00000022660) LYPLAL1 (ENSCHIG00000010399) SLC30A10 (ENSCHIG00000022548) ENSCHIG00000012201 EPRS1 (ENSCHIG00000021232) BPNT1 (ENSCHIG00000011274) IARS2 (ENSCHIG00000022986) RAB3GAP2 (ENSCHIG00000012515) MARK1 (ENSCHIG00000018612) ENSCHIG00000025460 C1orf115 (ENSCHIG00000014941) MTARC2 (ENSCHIG00000021377) MTARC1 (ENSCHIG00000001173) HLX (ENSCHIG00000014211) DUSP10 (ENSCHIG00000020432) ENSCHIG00000011464 ##22 HHIPL2 (ENSCHIG00000014988) TAF1A (ENSCHIG00000020462) ENSCHIG00000011137 MIA3 (ENSCHIG00000020148) AIDA (ENSCHIG00000007226) BROX (ENSCHIG00000016719) FAM177B (ENSCHIG00000024320) DISP1 (ENSCHIG00000016498) TLR5 (ENSCHIG00000006703) SUSD4 (ENSCHIG00000013995) CCDC185 (ENSCHIG00000010076) CAPN8 (ENSCHIG00000012089) CAPN2 (ENSCHIG00000018229) TP53BP2 (ENSCHIG00000025253) ENSCHIG00000014707 Bovinae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285.i #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.a ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b.t Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285.i #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT01100000263480.a.a.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.a ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.b.a.b.a ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b Bos_a ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000157730 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285.i #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT01100000263480.a.a.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.a ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.b.a.b.a ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT01100000263480.a.b.b.a.b.b.b.b.b.b.b ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 Domestic yak MODERN SPECIES 22 ENSBGRG00000002204 ENSBGRG00000002183 HFM1 (ENSBGRG00000002085) CDC7 (ENSBGRG00000002071) TGFBR3 (ENSBGRG00000001978) BRDT (ENSBGRG00000001903) #7 EPHX4 (ENSBGRG00000001865) #9 ENSBGRG00000001849 BTBD8 (ENSBGRG00000001711) #15 C1orf146 (ENSBGRG00000001658) #16 GLMN (ENSBGRG00000001614) #17 RPAP2 (ENSBGRG00000001422) #18 GFI1 (ENSBGRG00000001385) #19 ENSBGRG00000001368 EVI5 (ENSBGRG00000001254) #20 ENSBGRG00000001137 ##22 DIPK1A (ENSBGRG00000001056) #23 MTF2 (ENSBGRG00000000957) #26 TMED5 (ENSBGRG00000000898) #27 ENSBGRG00000000890 CCDC18 (ENSBGRG00000000861) #28 ENSBGRG00000000851 DR1 (ENSBGRG00000000843) #29 FNBP1L (ENSBGRG00000000657) #30 BCAR3 (ENSBGRG00000000591) #31 ENSBGRG00000000572 DNTTIP2 (ENSBGRG00000000534) #32 GCLM (ENSBGRG00000000503) #34 ABCA4 (ENSBGRG00000000369) #35 ARHGAP29 (ENSBGRG00000000321) #36 ENSBGRG00000000295 Wild yak MODERN SPECIES 674 ENSBMUG00000014152 CDC7 (ENSBMUG00000014193) TGFBR3 (ENSBMUG00000014269) BRDT (ENSBMUG00000014377) #7 EPHX4 (ENSBMUG00000014425) #9 ENSBMUG00000014448 BTBD8 (ENSBMUG00000014486) #15 C1orf146 (ENSBMUG00000014519) #16 GLMN (ENSBMUG00000014564) #17 RPAP2 (ENSBMUG00000014599) #18 ENSBMUG00000014615 #19 EVI5 (ENSBMUG00000014711) #20 ENSBMUG00000014768 ##22 DIPK1A (ENSBMUG00000014855) #23 MTF2 (ENSBMUG00000014917) #26 TMED5 (ENSBMUG00000014940) #27 CCDC18 (ENSBMUG00000014997) #28 DR1 (ENSBMUG00000015044) #29 FNBP1L (ENSBMUG00000015086) #30 BCAR3 (ENSBMUG00000015164) #31 DNTTIP2 (ENSBMUG00000015209) #32 GCLM (ENSBMUG00000015219) #34 ENSBMUG00000015232 ABCA4 (ENSBMUG00000015263) #35 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000157730 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285.i #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT01100000263480.a.a.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.a ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.b.a.b.a ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 22 HFM1 (ENSBIXG00005029863) CDC7 (ENSBIXG00005029834) TGFBR3 (ENSBIXG00005029750) BRDT (ENSBIXG00005029609) #7 EPHX4 (ENSBIXG00005029573) #9 ENSBIXG00005029565 ENSBIXG00005029558 ENSBIXG00005029549 BTBD8 (ENSBIXG00005029487) #15 ENSBIXG00005029439 #16 GLMN (ENSBIXG00005029411) #17 RPAP2 (ENSBIXG00005029317) #18 GFI1 (ENSBIXG00005000021) #19 ENSBIXG00005007878 EVI5 (ENSBIXG00005007958) #20 ENSBIXG00005008044 ##22 DIPK1A (ENSBIXG00005008068) #23 MTF2 (ENSBIXG00005008140) #26 TMED5 (ENSBIXG00005008194) #27 CCDC18 (ENSBIXG00005008266) #28 ENSBIXG00005000148 ENSBIXG00005008323 DR1 (ENSBIXG00005008340) #29 FNBP1L (ENSBIXG00005008457) #30 BCAR3 (ENSBIXG00005008526) #31 DNTTIP2 (ENSBIXG00005008558) #32 GCLM (ENSBIXG00005008584) #34 ABCA4 (ENSBIXG00005008650) #35 ARHGAP29 (ENSBIXG00005008734) #36 ENSBIXG00005008777 ABCD3 (ENSBIXG00005005684) American bison MODERN SPECIES 3325 BARHL2 (ENSBBBG00000022453) ZNF644 (ENSBBBG00000005923) HFM1 (ENSBBBG00000022392) ENSBBBG00000022354 CDC7 (ENSBBBG00000008125) TGFBR3 (ENSBBBG00000022326) BRDT (ENSBBBG00000007333) #7 EPHX4 (ENSBBBG00000005841) #9 ENSBBBG00000022114 BTBD8 (ENSBBBG00000022104) #15 C1orf146 (ENSBBBG00000007682) #16 GLMN (ENSBBBG00000022033) #17 RPAP2 (ENSBBBG00000022008) #18 ENSBBBG00000021986 #19 EVI5 (ENSBBBG00000021976) #20 ENSBBBG00000021904 ##22 DIPK1A (ENSBBBG00000005789) #23 MTF2 (ENSBBBG00000021850) #26 TMED5 (ENSBBBG00000021744) #27 CCDC18 (ENSBBBG00000021695) #28 DR1 (ENSBBBG00000005742) #29 FNBP1L (ENSBBBG00000021576) #30 BCAR3 (ENSBBBG00000021483) #31 DNTTIP2 (ENSBBBG00000021419) #32 GCLM (ENSBBBG00000021400) #34 ABCA4 (ENSBBBG00000021372) #35 ARHGAP29 (ENSBBBG00000005692) #36 ABCD3 (ENSBBBG00000021258) F3 (ENSBBBG00000005677) SLC44A3 (ENSBBBG00000008523) ENSBBBG00000021099 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.b ##22 Caprinae DUPLICATION Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.b.a ##22 Rambouillet Sheep DUPLICATION Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 19 SNRPF (ENSOARG00020008550) CCDC38 (ENSOARG00020008604) AMDHD1 (ENSOARG00020008726) HAL (ENSOARG00020008798) LTA4H (ENSOARG00020009366) ELK3 (ENSOARG00020009713) CDK17 (ENSOARG00020009770) NEDD1 (ENSOARG00020010921) ENSOARG00020011279 SLC25A3 (ENSOARG00020011479) IKBIP (ENSOARG00020011666) ENSOARG00020011775 APAF1 (ENSOARG00020011843) ENSOARG00020012977 ENSOARG00020013011 ENSOARG00020013132 ##22 ENSOARG00020013188 ENSOARG00020013303 ENSOARG00020013344 ENSOARG00020013408 ENSOARG00020013498 BLTP3B (ENSOARG00020013541) ENSOARG00020013878 ACTR6 (ENSOARG00020013903) SCYL2 (ENSOARG00020014106) ENSOARG00020014449 SLC17A8 (ENSOARG00020005092) NR1H4 (ENSOARG00020005198) ENSOARG00020005299 ANO4 (ENSOARG00020005350) SLC5A8 (ENSOARG00020005486) Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 19 ORMDL2 (ENSOARG00020005553) SARNP (ENSOARG00020005592) GDF11 (ENSOARG00020005627) CD63 (ENSOARG00020005646) RDH5 (ENSOARG00020005677) ENSOARG00020005711 ITGA7 (ENSOARG00020006660) METTL7B (ENSOARG00020007162) ENSOARG00020007194 ENSOARG00020007218 OR10P1 (ENSOARG00020007245) ENSOARG00020007265 ENSOARG00020007282 ENSOARG00020007304 OR2AP1 (ENSOARG00020007319) ENSOARG00020007344 ##22 OR6C4 (ENSOARG00020007368) ENSOARG00020007390 ENSOARG00020007410 ENSOARG00020007433 ENSOARG00020007454 ENSOARG00020007468 ENSOARG00020007483 ENSOARG00020007500 ENSOARG00020007515 ENSOARG00020007536 ENSOARG00020007551 ENSOARG00020007566 ENSOARG00020007576 ENSOARG00020007589 OR6C70 (ENSOARG00020007601) Goat MODERN SPECIES 16 RNF138 (ENSCHIG00000000469) RNF125 (ENSCHIG00000010114) TRAPPC8 (ENSCHIG00000010164) ENSCHIG00000018964 B4GALT6 (ENSCHIG00000000421) TTR (ENSCHIG00000009995) DSG2 (ENSCHIG00000016271) DSG3 (ENSCHIG00000021842) DSG4 (ENSCHIG00000024819) DSG1 (ENSCHIG00000019924) DSC1 (ENSCHIG00000006661) DSC2 (ENSCHIG00000020827) DSC3 (ENSCHIG00000021926) ENSCHIG00000007130 CDH2 (ENSCHIG00000018662) ENSCHIG00000003085 ##22 CHST9 (ENSCHIG00000021685) AQP4 (ENSCHIG00000010124) KCTD1 (ENSCHIG00000013103) TAF4B (ENSCHIG00000022055) PSMA8 (ENSCHIG00000018832) ENSCHIG00000000490 SS18 (ENSCHIG00000000067) ZNF521 (ENSCHIG00000000138) HRH4 (ENSCHIG00000000251) IMPACT (ENSCHIG00000000286) OSBPL1A (ENSCHIG00000000386) CABYR (ENSCHIG00000009351) TTC39C (ENSCHIG00000009120) LAMA3 (ENSCHIG00000013633) ENSCHIG00000015951 Caprinae ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000011103.A ENSGT00390000011433 ENSGT00390000007723 ENSGT00530000063603.B ENSGT00390000003855.a ENSGT00940000159080 ENSGT00940000154292.a.b ENSGT00900000143213 ENSGT00940000163749 ENSGT00940000158952 ENSGT00940000157364.C ENSGT00940000163055 ENSGT00940000158817 ENSGT00390000006820 ENSGT00940000159118 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.b.b ##22 ENSGT00530000063425.a.b ENSGT00550000075024 ENSGT00940000161424 ENSGT00550000074867 ENSGT00390000018245.c ENSGT00950000182980.a.b.b.b ENSGT00390000008095 ENSGT00940000158638 ENSGT00940000154141.B.s ENSGT00940000159000 ENSGT00950000183100.C.i.a.b ENSGT00390000016617 ENSGT00940000155970.q ENSGT00390000002730.c.b ENSGT00390000002879 Goat MODERN SPECIES 2 CHAC2 (ENSCHIG00000016681) ASB3 (ENSCHIG00000025413) ENSCHIG00000027041 ENSCHIG00000016778 ENSCHIG00000023901 ENSCHIG00000013329 ENSCHIG00000023509 ENSCHIG00000021404 FSHR (ENSCHIG00000023353) LHCGR (ENSCHIG00000005935) GTF2A1L (ENSCHIG00000019307) STON1 (ENSCHIG00000013272) ENSCHIG00000022262 PPP1R21 (ENSCHIG00000018575) FOXN2 (ENSCHIG00000025720) ENSCHIG00000011530 ##22 FBXO11 (ENSCHIG00000024805) MSH6 (ENSCHIG00000014129) KCNK12 (ENSCHIG00000009025) MSH2 (ENSCHIG00000021960) EPCAM (ENSCHIG00000022999) CALM2 (ENSCHIG00000011230) STPG4 (ENSCHIG00000010209) TTC7A (ENSCHIG00000026586) MCFD2 (ENSCHIG00000021334) SOCS5 (ENSCHIG00000002578) ENSCHIG00000024753 PIGF (ENSCHIG00000015763) RHOQ (ENSCHIG00000002963) ATP6V1E2 (ENSCHIG00000002972) TMEM247 (ENSCHIG00000024767) Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 19 CHAC2 (ENSOARG00020001428) ENSOARG00020001440 NRXN1 (ENSOARG00020001627) ENSOARG00020003028 ENSOARG00020003042 ENSOARG00020003060 FSHR (ENSOARG00020003107) ENSOARG00020003239 LHCGR (ENSOARG00020003269) GTF2A1L (ENSOARG00020003448) STON1 (ENSOARG00020003561) PPP1R21 (ENSOARG00020003660) ENSOARG00020004435 FOXN2 (ENSOARG00020004450) ENSOARG00020004540 ENSOARG00020004545 ##22 FBXO11 (ENSOARG00020004568) MSH6 (ENSOARG00020004740) KCNK12 (ENSOARG00020004920) MSH2 (ENSOARG00020004936) EPCAM (ENSOARG00020005022) CALM2 (ENSOARG00020005091) STPG4 (ENSOARG00020005136) TTC7A (ENSOARG00020005170) ENSOARG00020005365 SOCS5 (ENSOARG00020005421) PIGF (ENSOARG00020005433) ATP6V1E2 (ENSOARG00020005477) TMEM247 (ENSOARG00020005490) EPAS1 (ENSOARG00020005535) PRKCE (ENSOARG00020005680) Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.b ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000158577 ENSGT00940000159488.f ENSGT00950000183043.b.b.g.b ENSGT01100000263557.A.b.a.b.a ENSGT01100000263557.A.b.a.b.b ENSGT00420000030504 ENSGT00530000063923.b ENSGT00940000160904 ENSGT00390000016188 ENSGT00390000012082 ENSGT00940000160028 ENSGT00390000016210 ENSGT00390000002564.a ENSGT00940000158864 ENSGT00390000001413 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.b ##22 ENSGT00940000156436 ENSGT00390000000860.b ENSGT00390000000945 ENSGT00940000161008 ENSGT00390000002416 ENSGT00940000154046.b ENSGT00390000008092.a.k.a ENSGT00940000158028 ENSGT00390000003453.a ENSGT00940000158828 ENSGT00390000018619 ENSGT00940000157242 ENSGT00940000159054 ENSGT00940000156325 ENSGT00550000074817 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000159488.f ENSGT00950000183043.b.b.g.b ENSGT01100000263557.A.b.a.b.a ENSGT01100000264399.b ENSGT01100000263557.A.b.a.b.b ENSGT00420000030504 ENSGT00530000063923.b ENSGT00940000160904 ENSGT00390000016188 ENSGT00390000012082 ENSGT00940000160028 ENSGT00390000016210 ENSGT00390000002564.a ENSGT00940000158864 ENSGT00390000001413 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.b ##22 ENSGT00940000156436 ENSGT00390000000860.b ENSGT00390000000945 ENSGT00940000161008 ENSGT00390000002416 ENSGT00940000154046.b ENSGT00390000008092.a.k.a ENSGT00940000158028 ENSGT00390000003453.a ENSGT00940000158828 ENSGT00390000018619 ENSGT00940000157242 ENSGT00940000159054 ENSGT00940000156325 ENSGT00550000074817 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 27 ENSBIXG00005020440 ENSBIXG00005020475 ENSBIXG00005020527 CCL21 (ENSBIXG00005020551) ENSBIXG00005020562 CCL19 (ENSBIXG00005003475) ENSBIXG00005020606 CCL27 (ENSBIXG00005020638) ENSBIXG00005020859 SIGMAR1 (ENSBIXG00005020927) ARID3C (ENSBIXG00005020990) DCTN3 (ENSBIXG00005003559) RPP25L (ENSBIXG00005021101) CNTFR (ENSBIXG00005021280) ENHO (ENSBIXG00005021318) ENSBIXG00005006459 ##22 DNAI1 (ENSBIXG00005021393) FAM219A (ENSBIXG00005021501) ENSBIXG00005021536 NUDT2 (ENSBIXG00005007216) KIF24 (ENSBIXG00005021827) UBAP1 (ENSBIXG00005021944) DCAF12 (ENSBIXG00005003717) UBAP2 (ENSBIXG00005022184) UBE2R2 (ENSBIXG00005022262) NOL6 (ENSBIXG00005022356) AQP3 (ENSBIXG00005022407) ENSBIXG00005022448 NFX1 (ENSBIXG00005022478) CHMP5 (ENSBIXG00005022511) BAG1 (ENSBIXG00005022572) Cow MODERN SPECIES 27 RASEF (ENSBTAG00000021751) ENSBTAG00000052680 ENSBTAG00000051205 CCL21 (ENSBTAG00000010161) ENSBTAG00000053396 CCL19 (ENSBTAG00000012684) ENSBTAG00000049217 CCL27 (ENSBTAG00000014908) IL11RA (ENSBTAG00000014907) GALT (ENSBTAG00000015807) SIGMAR1 (ENSBTAG00000015804) ARID3C (ENSBTAG00000025792) DCTN3 (ENSBTAG00000018883) RPP25L (ENSBTAG00000016295) CNTFR (ENSBTAG00000015361) ENSBTAG00000005495 ##22 DNAI1 (ENSBTAG00000008538) FAM219A (ENSBTAG00000008537) SMRP1 (ENSBTAG00000008376) NUDT2 (ENSBTAG00000031793) KIF24 (ENSBTAG00000012921) UBAP1 (ENSBTAG00000000320) DCAF12 (ENSBTAG00000021573) UBAP2 (ENSBTAG00000000695) UBE2R2 (ENSBTAG00000054773) NOL6 (ENSBTAG00000003323) AQP3 (ENSBTAG00000008493) AQP7 (ENSBTAG00000020105) NFX1 (ENSBTAG00000012385) CHMP5 (ENSBTAG00000012383) BAG1 (ENSBTAG00000017845) Bos_a ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000158577 ENSGT00940000159488.e ENSGT00950000183043.b.b.g.b ENSGT01100000263557.A.b.a.b.a ENSGT01100000263557.A.b.a.b.b ENSGT00420000030504 ENSGT00530000063923.b ENSGT00940000160904 ENSGT00390000016188 ENSGT00390000012082 ENSGT00940000160028 ENSGT00390000016210 ENSGT00390000002564.a ENSGT00940000158864 ENSGT00390000001413 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.b ##22 ENSGT00940000156436 ENSGT00390000000860.b ENSGT00390000000945 ENSGT00940000161008 ENSGT00390000002416 ENSGT00940000154046.b ENSGT00390000008092.a.k.a ENSGT00940000158028 ENSGT00390000003453.a ENSGT00940000158828 ENSGT00390000018619 ENSGT00940000157242 ENSGT00940000159054 ENSGT00940000156325 ENSGT00550000074817 Wild yak MODERN SPECIES 1486 ENSBMUG00000018347 RASEF (ENSBMUG00000018328) ENSBMUG00000018305 CCL21 (ENSBMUG00000018298) CCL19 (ENSBMUG00000018278) ENSBMUG00000018252 CCL27 (ENSBMUG00000018214) IL11RA (ENSBMUG00000018179) GALT (ENSBMUG00000018148) SIGMAR1 (ENSBMUG00000018090) ARID3C (ENSBMUG00000018059) DCTN3 (ENSBMUG00000018031) RPP25L (ENSBMUG00000017956) CNTFR (ENSBMUG00000017942) ENHO (ENSBMUG00000017920) ENSBMUG00000017912 ##22 DNAI1 (ENSBMUG00000017891) FAM219A (ENSBMUG00000017854) ENSBMUG00000017788 MYORG (ENSBMUG00000017758) NUDT2 (ENSBMUG00000017751) KIF24 (ENSBMUG00000017725) UBAP1 (ENSBMUG00000017691) DCAF12 (ENSBMUG00000017641) UBAP2 (ENSBMUG00000017593) UBE2R2 (ENSBMUG00000017513) NOL6 (ENSBMUG00000017498) AQP3 (ENSBMUG00000017453) ENSBMUG00000017436 NFX1 (ENSBMUG00000017416) CHMP5 (ENSBMUG00000017388) Siberian musk deer MODERN SPECIES 338 BTBD8 (ENSMMSG00000020783) #15 C1orf146 (ENSMMSG00000020758) #16 ENSMMSG00000020662 #17 RPAP2 (ENSMMSG00000020475) #18 GFI1 (ENSMMSG00000020411) #19 ENSMMSG00000020392 EVI5 (ENSMMSG00000019942) #20 ENSMMSG00000019811 ##22 DIPK1A (ENSMMSG00000019720) #23 ENSMMSG00000019634 #26 TMED5 (ENSMMSG00000019579) #27 CCDC18 (ENSMMSG00000019556) #28 ENSMMSG00000019529 #29 FNBP1L (ENSMMSG00000019419) #30 BCAR3 (ENSMMSG00000019338) #31 DNTTIP2 (ENSMMSG00000019293) #32 GCLM (ENSMMSG00000019242) #34 ABCA4 (ENSMMSG00000018854) #35 ARHGAP29 (ENSMMSG00000018746) #36 ENSMMSG00000018668 ABCD3 (ENSMMSG00000018573) ENSMMSG00000018539 SLC44A3 (ENSMMSG00000018325) Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.b ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.b ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000159137.d ENSGT00940000153362.a.cb.b.a.a ENSGT00940000159727 ENSGT00940000162247 ENSGT00670000098098 ENSGT00390000010121 ENSGT00950000183139.A ENSGT00940000162552 ENSGT00390000004987 ENSGT00550000074931 ENSGT00550000075046 ENSGT00940000154866.B.d ENSGT00960000190537 ENSGT01030000234532.A.a.a.b ENSGT00940000154327.b.e.b ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.b ##22 ENSGT00940000153431.b ENSGT00860000134050 ENSGT00390000006916.c ENSGT00390000014861 ENSGT00390000009679 ENSGT00390000000549 ENSGT00940000162260.h.a.b ENSGT00390000001146 ENSGT00940000159359 ENSGT00390000003349 ENSGT00940000154632.db ENSGT00940000162003 ENSGT00940000158015 ENSGT00950000183000.c.a.b ENSGT00390000016976 Domestic yak MODERN SPECIES 3 ENSBGRG00000006824 ENSBGRG00000006808 NKX2-2 (ENSBGRG00000006790) NKX2-4 (ENSBGRG00000006760) XRN2 (ENSBGRG00000006633) KIZ (ENSBGRG00000006486) ENSBGRG00000006333 ENSBGRG00000006247 INSM1 (ENSBGRG00000006219) CFAP61 (ENSBGRG00000006111) CRNKL1 (ENSBGRG00000006006) NAA20 (ENSBGRG00000005893) ENSBGRG00000005870 ENSBGRG00000005832 SLC24A3 (ENSBGRG00000005785) ENSBGRG00000005768 ##22 DTD1 (ENSBGRG00000005731) SMIM26 (ENSBGRG00000005700) SEC23B (ENSBGRG00000005623) RBBP9 (ENSBGRG00000005523) POLR3F (ENSBGRG00000005416) DZANK1 (ENSBGRG00000005266) ZNF133 (ENSBGRG00000005240) KAT14 (ENSBGRG00000005198) ENSBGRG00000005155 MGME1 (ENSBGRG00000005078) SNX5 (ENSBGRG00000005032) BANF2 (ENSBGRG00000005004) RRBP1 (ENSBGRG00000004547) DSTN (ENSBGRG00000004466) BFSP1 (ENSBGRG00000004415) Bos_b ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000159137.d ENSGT00940000153362.a.bb.b.a ENSGT00940000159727 ENSGT00940000162247 ENSGT00670000098098 ENSGT00390000010121 ENSGT00950000183139.A ENSGT00940000162552 ENSGT00390000004987 ENSGT00550000074931 ENSGT00550000075046 ENSGT00940000154866.B.d ENSGT00390000001138.a.g.b ENSGT01030000234532.A.a.a.b ENSGT00940000154327.b.e.b ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.b ##22 ENSGT00940000153431.b ENSGT00860000134050 ENSGT00390000006916.c ENSGT00390000014861 ENSGT00390000009679 ENSGT00390000000549 ENSGT00940000162260.h.a.b ENSGT00940000162260.h.a.a ENSGT00390000001146 ENSGT00520000059926 ENSGT00940000159359 ENSGT00390000003349 ENSGT00940000154632.db ENSGT00940000162003 ENSGT00940000158015 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 4 PAX1 (ENSBIXG00005010606) ENSBIXG00005000694 ENSBIXG00005000714 XRN2 (ENSBIXG00005006105) ENSBIXG00005010385 RALGAPA2 (ENSBIXG00005010322) INSM1 (ENSBIXG00005010299) CFAP61 (ENSBIXG00005010280) CRNKL1 (ENSBIXG00005010247) NAA20 (ENSBIXG00005010224) RIN2 (ENSBIXG00005010179) ENSBIXG00005010143 SLC24A3 (ENSBIXG00005010121) SCP2D1 (ENSBIXG00005000779) DTD1 (ENSBIXG00005010081) ENSBIXG00005010061 ##22 SMIM26 (ENSBIXG00005000771) SEC23B (ENSBIXG00005010022) RBBP9 (ENSBIXG00005009978) POLR3F (ENSBIXG00005009958) DZANK1 (ENSBIXG00005009929) ENSBIXG00005009868 ENSBIXG00005006413 KAT14 (ENSBIXG00005009829) OVOL2 (ENSBIXG00005009797) MGME1 (ENSBIXG00005000600) ENSBIXG00005009769 BANF2 (ENSBIXG00005009729) RRBP1 (ENSBIXG00005009648) DSTN (ENSBIXG00005000426) BFSP1 (ENSBIXG00005009213) Cow MODERN SPECIES 4 FOXA2 (ENSBTAG00000012407) PAX1 (ENSBTAG00000006742) ENSBTAG00000035643 NKX2-2 (ENSBTAG00000010277) NKX2-4 (ENSBTAG00000011312) XRN2 (ENSBTAG00000011304) KIZ (ENSBTAG00000020988) RALGAPA2 (ENSBTAG00000014178) CFAP61 (ENSBTAG00000009291) CRNKL1 (ENSBTAG00000008472) NAA20 (ENSBTAG00000001144) RIN2 (ENSBTAG00000020382) ENSBTAG00000032893 SLC24A3 (ENSBTAG00000011882) SCP2D1 (ENSBTAG00000005202) ENSBTAG00000012276 ##22 DTD1 (ENSBTAG00000008964) SMIM26 (ENSBTAG00000051249) SEC23B (ENSBTAG00000018295) RBBP9 (ENSBTAG00000008826) POLR3F (ENSBTAG00000008825) ENSBTAG00000052347 DZANK1 (ENSBTAG00000004622) ZNF133 (ENSBTAG00000004620) KAT14 (ENSBTAG00000018978) PET117 (ENSBTAG00000051618) OVOL2 (ENSBTAG00000008410) MGME1 (ENSBTAG00000003425) SNX5 (ENSBTAG00000003422) BANF2 (ENSBTAG00000004474) RRBP1 (ENSBTAG00000015438) Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.b ##22 Goat MODERN SPECIES 24 MMP19 (ENSCHIG00000020526) ENSCHIG00000010424 DNAJC14 (ENSCHIG00000024690) ORMDL2 (ENSCHIG00000018442) ENSCHIG00000013335 GDF11 (ENSCHIG00000000705) ENSCHIG00000021207 RDH5 (ENSCHIG00000014412) ENSCHIG00000026980 ITGA7 (ENSCHIG00000023587) METTL7B (ENSCHIG00000027137) OR10P1 (ENSCHIG00000003962) ENSCHIG00000021329 ENSCHIG00000006012 OR2AP1 (ENSCHIG00000013176) ENSCHIG00000014481 ##22 OR6C4 (ENSCHIG00000013348) ENSCHIG00000010904 ENSCHIG00000016098 ENSCHIG00000004976 ENSCHIG00000005335 ENSCHIG00000013315 ENSCHIG00000009797 ENSCHIG00000008170 ENSCHIG00000004713 ENSCHIG00000006788 ENSCHIG00000011029 ENSCHIG00000005744 ENSCHIG00000016635 ENSCHIG00000004292 OR6C76 (ENSCHIG00000003607) Siberian musk deer MODERN SPECIES 147 ENSMMSG00000011738 ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.b ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.b ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.b ##22 Wild yak MODERN SPECIES 1166 ENSBMUG00000000203 ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.b ##22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 2 PLCD3 (ENSOARG00020025632) NMT1 (ENSOARG00020025637) DCAKD (ENSOARG00020025640) C1QL1 (ENSOARG00020025642) KIF18B (ENSOARG00020025650) GFAP (ENSOARG00020025675) FAM187A (ENSOARG00020025687) CCDC103 (ENSOARG00020025694) EFTUD2 (ENSOARG00020025703) HIGD1B (ENSOARG00020025722) GJC1 (ENSOARG00020009974) ADAM11 (ENSOARG00020010020) ENSOARG00020010510 CCDC43 (ENSOARG00020010559) MEIOC (ENSOARG00020010618) ENSOARG00020010735 ##22 FZD2 (ENSOARG00020010772) GPATCH8 (ENSOARG00020010815) GPATCH8 (ENSOARG00020010882) FAM171A2 (ENSOARG00020011264) GRN (ENSOARG00020011356) SLC25A39 (ENSOARG00020011552) RUNDC3A (ENSOARG00020011641) SLC4A1 (ENSOARG00020011899) ENSOARG00020015824 UBTF (ENSOARG00020015878) ATXN7L3 (ENSOARG00020016057) ENSOARG00020016217 TMUB2 (ENSOARG00020016242) ASB16 (ENSOARG00020016404) ENSOARG00020016477 Goat DUPLICATION Goat MODERN SPECIES 10 NMT1 (ENSCHIG00000008386) DCAKD (ENSCHIG00000026749) C1QL1 (ENSCHIG00000013856) KIF18B (ENSCHIG00000021036) GFAP (ENSCHIG00000023753) FAM187A (ENSCHIG00000011746) CCDC103 (ENSCHIG00000015314) HIGD1B (ENSCHIG00000024601) EFTUD2 (ENSCHIG00000011603) GJC1 (ENSCHIG00000008800) ADAM11 (ENSCHIG00000026955) ENSCHIG00000016101 CCDC43 (ENSCHIG00000023225) MEIOC (ENSCHIG00000011237) ENSCHIG00000003692 ENSCHIG00000026903 ##22 GPATCH8 (ENSCHIG00000008962) ITGA2B (ENSCHIG00000014389) FAM171A2 (ENSCHIG00000018936) GRN (ENSCHIG00000026100) ENSCHIG00000014759 RUNDC3A (ENSCHIG00000023707) SLC4A1 (ENSCHIG00000009610) UBTF (ENSCHIG00000011621) ATXN7L3 (ENSCHIG00000021414) ENSCHIG00000011610 TMUB2 (ENSCHIG00000019662) ENSCHIG00000025089 ASB16 (ENSCHIG00000013508) HROB (ENSCHIG00000009151) HDAC5 (ENSCHIG00000016811) Goat MODERN SPECIES 24 AMDHD1 (ENSCHIG00000023934) HAL (ENSCHIG00000018871) LTA4H (ENSCHIG00000017470) ELK3 (ENSCHIG00000020731) CDK17 (ENSCHIG00000016767) CFAP54 (ENSCHIG00000025886) NEDD1 (ENSCHIG00000024930) ENSCHIG00000007303 ENSCHIG00000011297 SLC25A3 (ENSCHIG00000026853) IKBIP (ENSCHIG00000018224) ENSCHIG00000009665 APAF1 (ENSCHIG00000026050) ENSCHIG00000026522 ENSCHIG00000021672 ENSCHIG00000011860 ##22 ENSCHIG00000011894 ENSCHIG00000011002 GARIN6 (ENSCHIG00000026281) ENSCHIG00000020715 ENSCHIG00000014307 BLTP3B (ENSCHIG00000002074) ACTR6 (ENSCHIG00000026128) SCYL2 (ENSCHIG00000022321) SLC17A8 (ENSCHIG00000016996) NR1H4 (ENSCHIG00000020981) GAS2L3 (ENSCHIG00000015539) ANO4 (ENSCHIG00000011611) SLC5A8 (ENSCHIG00000012962) UTP20 (ENSCHIG00000009221) ARL1 (ENSCHIG00000024524) Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 12 ENSCHYG00000013541 ENSCHYG00000013515 HFM1 (ENSCHYG00000023707) CDC7 (ENSCHYG00000023558) TGFBR3 (ENSCHYG00000023491) BRDT (ENSCHYG00000023233) #7 EPHX4 (ENSCHYG00000023191) #9 ENSCHYG00000023182 BTBD8 (ENSCHYG00000023115) #15 C1orf146 (ENSCHYG00000023053) #16 GLMN (ENSCHYG00000023014) #17 RPAP2 (ENSCHYG00000022870) #18 ENSCHYG00000022847 GFI1 (ENSCHYG00000022804) #19 EVI5 (ENSCHYG00000022480) #20 ENSCHYG00000022335 ##22 ENSCHYG00000022310 DIPK1A (ENSCHYG00000022129) #23 MTF2 (ENSCHYG00000021903) #26 TMED5 (ENSCHYG00000021812) #27 ENSCHYG00000021781 CCDC18 (ENSCHYG00000021482) #28 DR1 (ENSCHYG00000021416) #29 FNBP1L (ENSCHYG00000021185) #30 BCAR3 (ENSCHYG00000020643) #31 ENSCHYG00000020582 DNTTIP2 (ENSCHYG00000020405) #32 GCLM (ENSCHYG00000020259) #34 ABCA4 (ENSCHYG00000019784) #35 ARHGAP29 (ENSCHYG00000019119) #36 ENSCHYG00000019054 Yarkand deer MODERN SPECIES 9 ENSCHYG00000014691 ENSCHYG00000014646 RUNDC3B (ENSCHYG00000014336) ENSCHYG00000014088 DBF4 (ENSCHYG00000014001) CCDC126 (ENSCHYG00000013962) TRA2A (ENSCHYG00000013850) IGF2BP3 (ENSCHYG00000013623) MALSU1 (ENSCHYG00000013555) ENSCHYG00000013534 GPNMB (ENSCHYG00000013494) NUP42 (ENSCHYG00000012296) ENSCHYG00000012189 ENSCHYG00000012174 ENSCHYG00000012166 ENSCHYG00000012138 ##22 HYCC1 (ENSCHYG00000011929) ENSCHYG00000011839 ENSCHYG00000011799 RAPGEF5 (ENSCHYG00000011187) CDCA7L (ENSCHYG00000010925) DNAH11 (ENSCHYG00000010690) SP4 (ENSCHYG00000010584) ENSCHYG00000010564 ENSCHYG00000010545 SP8 (ENSCHYG00000010508) ABCB5 (ENSCHYG00000010073) ITGB8 (ENSCHYG00000009946) MACC1 (ENSCHYG00000009890) ENSCHYG00000009866 TMEM196 (ENSCHYG00000009756) Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT00940000164497 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 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ENSGT00390000012668 ENSGT00940000155028.q.a.c.a.b.b ENSGT00940000160336 Sperm whale MODERN SPECIES 15 ENSPCTG00005003669 BARHL2 (ENSPCTG00005003661) ZNF644 (ENSPCTG00005003632) HFM1 (ENSPCTG00005003555) CDC7 (ENSPCTG00005003524) TGFBR3 (ENSPCTG00005003508) BRDT (ENSPCTG00005003337) #7 EPHX4 (ENSPCTG00005003314) #9 ENSPCTG00005003303 #12 BTBD8 (ENSPCTG00005003293) #15 C1orf146 (ENSPCTG00005003267) #16 GLMN (ENSPCTG00005003228) #17 RPAP2 (ENSPCTG00005003192) #18 GFI1 (ENSPCTG00005003172) #19 EVI5 (ENSPCTG00005003071) #20 ENSPCTG00005003033 ##22 DIPK1A (ENSPCTG00005003008) #23 MTF2 (ENSPCTG00005002966) #26 TMED5 (ENSPCTG00005002942) #27 CCDC18 (ENSPCTG00005002918) #28 DR1 (ENSPCTG00005002905) #29 FNBP1L (ENSPCTG00005002834) #30 DNTTIP2 (ENSPCTG00005002811) #32 GCLM (ENSPCTG00005002786) #34 ENSPCTG00005002771 ABCA4 (ENSPCTG00005002692) #35 ARHGAP29 (ENSPCTG00005002478) #36 ABCD3 (ENSPCTG00005002427) F3 (ENSPCTG00005002402) ENSPCTG00005002390 ENSPCTG00005002380 Odontoceti_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000003248.a.b.a.a ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT00940000164497 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000155028.q.a.c.a.b.b ENSGT00940000160336 Dolphin MODERN SPECIES 4720 ENSTTRG00000013097 ##22 DIPK1A (ENSTTRG00000013095) #23 Odontoceti_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000003248.a.b.a.a ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00950000182841.b.a.a.b.a.a.b.a.a.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00390000018316.b.b.g.a ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000155028.q.a.c.a.b.b Monodontidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000003248.a.b.a.a ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00950000182841.b.a.a.b.a.a.b.a.a.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT00940000154382.a.b #15 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FNBP1L (ENSMMNG00015008478) #30 BCAR3 (ENSMMNG00015008436) #31 DNTTIP2 (ENSMMNG00015008396) #32 GCLM (ENSMMNG00015008377) #34 ABCA4 (ENSMMNG00015008302) #35 ARHGAP29 (ENSMMNG00015008231) #36 ENSMMNG00015008219 ABCD3 (ENSMMNG00015008194) F3 (ENSMMNG00015008161) ENSMMNG00015008126 Narwhal MODERN SPECIES 304 CLSTN1 (ENSMMNG00015008609) CTNNBIP1 (ENSMMNG00015008591) LZIC (ENSMMNG00015008577) NMNAT1 (ENSMMNG00015008555) RBP7 (ENSMMNG00015008538) UBE4B (ENSMMNG00015008485) ENSMMNG00015008447 KIF1B (ENSMMNG00015008175) PGD (ENSMMNG00015008013) CENPS (ENSMMNG00015007990) CORT (ENSMMNG00015007975) DFFA (ENSMMNG00015007945) ENSMMNG00015007934 PEX14 (ENSMMNG00015007914) CASZ1 (ENSMMNG00015007778) ENSMMNG00015007701 ##22 TARDBP (ENSMMNG00015007627) MASP2 (ENSMMNG00015007577) SRM (ENSMMNG00015007533) EXOSC10 (ENSMMNG00015007454) ANGPTL7 (ENSMMNG00015007382) MTOR (ENSMMNG00015007245) UBIAD1 (ENSMMNG00015007158) DISP3 (ENSMMNG00015007117) FBXO2 (ENSMMNG00015007088) FBXO44 (ENSMMNG00015007072) FBXO6 (ENSMMNG00015007052) MAD2L2 (ENSMMNG00015007030) DRAXIN (ENSMMNG00015007000) AGTRAP (ENSMMNG00015006973) MTHFR (ENSMMNG00015006922) Vaquita DUPLICATION Vaquita MODERN SPECIES BARHL2 (ENSPSNG00000013638) ZNF644 (ENSPSNG00000013726) ENSPSNG00000013866 HFM1 (ENSPSNG00000013912) CDC7 (ENSPSNG00000014009) TGFBR3 (ENSPSNG00000014107) ENSPSNG00000014214 BRDT (ENSPSNG00000014323) #7 EPHX4 (ENSPSNG00000015040) #9 BTBD8 (ENSPSNG00000015141) #15 C1orf146 (ENSPSNG00000015256) #16 GLMN (ENSPSNG00000015403) #17 RPAP2 (ENSPSNG00000015762) #18 GFI1 (ENSPSNG00000016161) #19 EVI5 (ENSPSNG00000016298) #20 ENSPSNG00000016777 ##22 DIPK1A (ENSPSNG00000016854) #23 MTF2 (ENSPSNG00000017009) #26 TMED5 (ENSPSNG00000017114) #27 CCDC18 (ENSPSNG00000017224) #28 DR1 (ENSPSNG00000017453) #29 FNBP1L (ENSPSNG00000017530) #30 BCAR3 (ENSPSNG00000017672) #31 DNTTIP2 (ENSPSNG00000017832) #32 GCLM (ENSPSNG00000017882) #34 ENSPSNG00000018004 #35 ENSPSNG00000018081 #35 ARHGAP29 (ENSPSNG00000018131) #36 ENSPSNG00000018194 ABCD3 (ENSPSNG00000018282) F3 (ENSPSNG00000018418) Vaquita MODERN SPECIES CTNNBIP1 (ENSPSNG00000008705) LZIC (ENSPSNG00000008728) NMNAT1 (ENSPSNG00000008749) RBP7 (ENSPSNG00000008769) UBE4B (ENSPSNG00000008860) KIF1B (ENSPSNG00000009050) ENSPSNG00000009193 PGD (ENSPSNG00000009233) CENPS (ENSPSNG00000009252) CORT (ENSPSNG00000009275) DFFA (ENSPSNG00000009345) ENSPSNG00000009401 PEX14 (ENSPSNG00000009443) ENSPSNG00000009499 ENSPSNG00000009544 ENSPSNG00000009576 ##22 TARDBP (ENSPSNG00000009661) MASP2 (ENSPSNG00000009778) SRM (ENSPSNG00000009961) EXOSC10 (ENSPSNG00000010040) MTOR (ENSPSNG00000010195) ANGPTL7 (ENSPSNG00000010398) UBIAD1 (ENSPSNG00000010458) ENSPSNG00000010496 FBXO2 (ENSPSNG00000010580) FBXO44 (ENSPSNG00000010663) FBXO6 (ENSPSNG00000010739) MAD2L2 (ENSPSNG00000010767) DRAXIN (ENSPSNG00000010831) ENSPSNG00000010921 MTHFR (ENSPSNG00000011035) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01060000248660 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 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#16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b Tree shrew DUPLICATION Tree shrew MODERN SPECIES 5420 EVI5 (ENSTBEG00000009391) #20 ENSTBEG00000010560 ##22 DIPK1A (ENSTBEG00000010948) #23 Tree shrew MODERN SPECIES 6543 ENSTBEG00000010069 ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT01060000248660 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b Rabbit DUPLICATION Rabbit DUPLICATION Rabbit MODERN SPECIES 11 ENSOCUG00000007951 TMEM150A (ENSOCUG00000007956) ENSOCUG00000010066 USP39 (ENSOCUG00000010070) ENSOCUG00000020733 ATOH8 (ENSOCUG00000003528) ST3GAL5 (ENSOCUG00000010126) POLR1A (ENSOCUG00000010138) ENSOCUG00000010161 IMMT (ENSOCUG00000010178) ENSOCUG00000010188 MRPL35 (ENSOCUG00000010193) REEP1 (ENSOCUG00000010196) ENSOCUG00000034180 KDM3A (ENSOCUG00000010324) ENSOCUG00000010342 ##22 RNF103 (ENSOCUG00000029277) RMND5A (ENSOCUG00000009371) ENSOCUG00000029173 ENSOCUG00000009384 KRCC1 (ENSOCUG00000016946) SMYD1 (ENSOCUG00000016949) ENSOCUG00000016960 THNSL2 (ENSOCUG00000028091) ENSOCUG00000024020 TEX37 (ENSOCUG00000012447) EIF2AK3 (ENSOCUG00000012451) ENSOCUG00000006530 ENSOCUG00000025374 ENSOCUG00000036440 ENSOCUG00000031913 Rabbit MODERN SPECIES 9 ENSOCUG00000024476 ENSOCUG00000023411 ENSOCUG00000012472 POLR3A (ENSOCUG00000012450) DLG5 (ENSOCUG00000002180) KCNMA1 (ENSOCUG00000009543) LRMDA (ENSOCUG00000008123) ZNF503 (ENSOCUG00000000028) COMTD1 (ENSOCUG00000009095) VDAC2 (ENSOCUG00000009082) SAMD8 (ENSOCUG00000009076) ENSOCUG00000009072 DUSP29 (ENSOCUG00000026189) KAT6B (ENSOCUG00000017344) ADK (ENSOCUG00000009950) ENSOCUG00000010613 ##22 ENSOCUG00000023858 AP3M1 (ENSOCUG00000009946) VCL (ENSOCUG00000003163) PLAU (ENSOCUG00000003155) ENSOCUG00000030476 CAMK2G (ENSOCUG00000012578) NDST2 (ENSOCUG00000012569) ZSWIM8 (ENSOCUG00000020924) CHCHD1 (ENSOCUG00000037036) FUT11 (ENSOCUG00000012565) ENSOCUG00000023881 SYNPO2L (ENSOCUG00000025335) MYOZ1 (ENSOCUG00000012560) USP54 (ENSOCUG00000012547) PPP3CB (ENSOCUG00000012543) Rabbit DUPLICATION Rabbit MODERN SPECIES ENSOCUG00000032593 ENSOCUG00000037441 ENSOCUG00000035824 ENSOCUG00000025608 ENSOCUG00000032260 ENSOCUG00000034368 ENSOCUG00000025737 ENSOCUG00000026626 ENSOCUG00000025337 ENSOCUG00000024594 ENSOCUG00000034316 ENSOCUG00000035367 ENSOCUG00000020903 ENSOCUG00000002687 ZNF202 (ENSOCUG00000014264) ENSOCUG00000010504 ##22 SCN3B (ENSOCUG00000010502) GRAMD1B (ENSOCUG00000010493) ENSOCUG00000015533 ENSOCUG00000037082 BSX (ENSOCUG00000002684) JHY (ENSOCUG00000015523) CRTAM (ENSOCUG00000013086) UBASH3B (ENSOCUG00000013072) SORL1 (ENSOCUG00000011346) SC5D (ENSOCUG00000011339) ENSOCUG00000031744 TECTA (ENSOCUG00000001263) TBCEL (ENSOCUG00000002876) GRIK4 (ENSOCUG00000002692) ARHGEF12 (ENSOCUG00000005196) Rabbit MODERN SPECIES 4 ENSOCUG00000005209 ENSOCUG00000036391 HFM1 (ENSOCUG00000029252) ENSOCUG00000024863 CDC7 (ENSOCUG00000026347) TGFBR3 (ENSOCUG00000016083) BRDT (ENSOCUG00000017466) #7 EPHX4 (ENSOCUG00000017476) #9 BTBD8 (ENSOCUG00000011062) #15 ENSOCUG00000021982 C1orf146 (ENSOCUG00000003953) #16 ENSOCUG00000001803 #17 RPAP2 (ENSOCUG00000001804) #18 GFI1 (ENSOCUG00000023553) #19 EVI5 (ENSOCUG00000001807) #20 ENSOCUG00000010089 ##22 DIPK1A (ENSOCUG00000027778) #23 MTF2 (ENSOCUG00000013736) #26 TMED5 (ENSOCUG00000012427) #27 CCDC18 (ENSOCUG00000012434) #28 DR1 (ENSOCUG00000007398) #29 ENSOCUG00000038039 ENSOCUG00000028085 FNBP1L (ENSOCUG00000008277) #30 BCAR3 (ENSOCUG00000015440) #31 DNTTIP2 (ENSOCUG00000008212) #32 GCLM (ENSOCUG00000013796) #34 ABCA4 (ENSOCUG00000009797) #35 ARHGAP29 (ENSOCUG00000009819) #36 ENSOCUG00000007917 ABCD3 (ENSOCUG00000004820) Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT01060000248660 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 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ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b Kangaroo rat MODERN SPECIES 358 ENSDORG00000000376 Zfp326 (ENSDORG00000014049) Barhl2 (ENSDORG00000011499) Zfp644 (ENSDORG00000026900) Hfm1 (ENSDORG00000014661) Cdc7 (ENSDORG00000014664) Tgfbr3 (ENSDORG00000009482) Brdt (ENSDORG00000016543) #7 Ephx4 (ENSDORG00000006679) #9 ENSDORG00000005617 #12 ENSDORG00000005618 #15 Glmn (ENSDORG00000012023) #17 ENSDORG00000012030 #18 ENSDORG00000023443 #19 Evi5 (ENSDORG00000004209) #20 Rpl5 (ENSDORG00000005674) ##22 Dipk1a (ENSDORG00000005676) #23 Mtf2 (ENSDORG00000028633) #26 Tmed5 (ENSDORG00000029519) #27 Ccdc18 (ENSDORG00000004844) #28 Dr1 (ENSDORG00000029179) #29 Fnbp1l (ENSDORG00000006623) #30 Bcar3 (ENSDORG00000006624) #31 ENSDORG00000023662 #32 Gclm (ENSDORG00000006111) #34 Abca4 (ENSDORG00000000345) #35 Arhgap29 (ENSDORG00000005953) #36 Abcd3 (ENSDORG00000003729) F3 (ENSDORG00000023704) Slc44a3 (ENSDORG00000009459) Cnn3 (ENSDORG00000009463) Myomorpha ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.b ##22 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b Muroidea ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00940000164947 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00940000164947 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00910000144269 ENSGT00730000114722 ENSGT00940000156471.a ENSGT00390000005102 ENSGT01030000234625.C ENSGT00940000158395 ENSGT00950000182938.b.b.b.a ENSGT00940000159527 ENSGT00390000015667 ENSGT00940000159492 Murinae ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00940000164947 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00910000144269 ENSGT00730000114722 ENSGT00940000156471.a ENSGT00390000005102 ENSGT01030000234625.C ENSGT00940000158395 ENSGT00950000182938.b.b.b.a ENSGT00940000159527 ENSGT00390000015667 ENSGT00940000159492 Rat DUPLICATION Rat MODERN SPECIES 2 Gpr15 (ENSRNOG00000039680) Cpox (ENSRNOG00000001654) Ftdc2 (ENSRNOG00000027997) LOC108352322 (ENSRNOG00000039678) St3gal6 (ENSRNOG00000001653) Dcbld2 (ENSRNOG00000055281) ENSRNOG00000067941 Col8a1 (ENSRNOG00000039668) Cmss1 (ENSRNOG00000027888) Filip1l (ENSRNOG00000001645) Tmem30c (ENSRNOG00000001644) Tbc1d23 (ENSRNOG00000001642) Nit2 (ENSRNOG00000027797) Tomm70 (ENSRNOG00000001640) Tmem45a2 (ENSRNOG00000051418) ENSRNOG00000068299 ##22 Lnp1 (ENSRNOG00000039649) ENSRNOG00000069996 Tmem45a (ENSRNOG00000042975) AABR07033979.1 (ENSRNOG00000042474) Adgrg7 (ENSRNOG00000001634) Tfg (ENSRNOG00000001633) Abi3bp (ENSRNOG00000001627) Impg2 (ENSRNOG00000001622) Senp7 (ENSRNOG00000001616) Trmt10c (ENSRNOG00000039567) Pcnp (ENSRNOG00000028411) Zbtb11 (ENSRNOG00000001613) Gng5-ps4 (ENSRNOG00000039562) Rpl24 (ENSRNOG00000001611) Cep97 (ENSRNOG00000001609) Rat MODERN SPECIES 46 Magea4 (ENSRNOG00000062420) Ptges3l1 (ENSRNOG00000060486) Sts (ENSRNOG00000032487) Pnpla4 (ENSRNOG00000026157) RGD1563378 (ENSRNOG00000067596) Prrg1 (ENSRNOG00000026044) ENSRNOG00000064865 Fam47a (ENSRNOG00000003836) Cfap47 (ENSRNOG00000030048) Mageb16 (ENSRNOG00000029408) Da2-19 (ENSRNOG00000032739) Tmem47 (ENSRNOG00000030418) Srsf8 (ENSRNOG00000048925) AABR07038464.1 (ENSRNOG00000061492) AABR07038477.1 (ENSRNOG00000038369) ENSRNOG00000070004 ##22 Dmd (ENSRNOG00000046366) LOC102549011 (ENSRNOG00000050178) Fthl17e (ENSRNOG00000003783) Tab3 (ENSRNOG00000003643) Gk (ENSRNOG00000034116) ENSRNOG00000038299 Tasl (ENSRNOG00000003748) Samt3 (ENSRNOG00000029010) Nr0b1 (ENSRNOG00000003765) Mageb2 (ENSRNOG00000028179) Rab1b (ENSRNOG00000050510) Mageb3 (ENSRNOG00000038269) AABR07038553.1 (ENSRNOG00000048202) AABR07038554.1 (ENSRNOG00000038267) Mageb7 (ENSRNOG00000042751) Mus ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285.l #16 ENSGT00390000008285.k #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00940000164947 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00910000144269 ENSGT00730000114722 ENSGT00940000156471.a ENSGT00390000005102 ENSGT01030000234625.C ENSGT00940000158395 ENSGT00950000182938.b.b.b.a ENSGT00940000159527 ENSGT00390000015667 ENSGT00940000159492 Shrew mouse MODERN SPECIES 4 Cdc7 (MGP_PahariEiJ_G0017269) Tgfbr3 (MGP_PahariEiJ_G0017270) Brdt (MGP_PahariEiJ_G0017271) #7 Ephx4 (MGP_PahariEiJ_G0017272) #9 Lpcat2b (MGP_PahariEiJ_G0017273) MGP_PahariEiJ_G0017274 #12 MGP_PahariEiJ_G0017275 #15 MGP_PahariEiJ_G0017276 #16 1700028K03Rik (MGP_PahariEiJ_G0017277) #16 Glmn (MGP_PahariEiJ_G0017278) #17 Rpap2 (MGP_PahariEiJ_G0017279) #18 Gfi1 (MGP_PahariEiJ_G0017280) #19 MGP_PahariEiJ_G0017281 Evi5 (MGP_PahariEiJ_G0017282) #20 Ube2d2b (MGP_PahariEiJ_G0017283) Rpl5 (MGP_PahariEiJ_G0017284) ##22 Dipk1a (MGP_PahariEiJ_G0017285) #23 Mtf2 (MGP_PahariEiJ_G0017286) #26 Tmed5 (MGP_PahariEiJ_G0017287) #27 Ccdc18 (MGP_PahariEiJ_G0017288) #28 Dr1 (MGP_PahariEiJ_G0017289) #29 Pigg (MGP_PahariEiJ_G0017290) Pde6b (MGP_PahariEiJ_G0017291) Atp5k (MGP_PahariEiJ_G0017292) Mfsd7a (MGP_PahariEiJ_G0017293) Pcgf3 (MGP_PahariEiJ_G0017294) Cplx1 (MGP_PahariEiJ_G0017295) Gak (MGP_PahariEiJ_G0017296) Tmem175 (MGP_PahariEiJ_G0017297) Dgkq (MGP_PahariEiJ_G0017298) Idua (MGP_PahariEiJ_G0017299) Mus_A ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285.l #16 ENSGT00390000008285.k #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00940000164947 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00910000144269 ENSGT00730000114722 ENSGT00940000156471.a ENSGT00390000005102 ENSGT01030000234625.C ENSGT00940000158395 ENSGT00950000182938.b.b.b.a ENSGT00940000159527 ENSGT00390000015667 ENSGT00940000159492 Ryukyu mouse MODERN SPECIES 14 Hfm1 (MGP_CAROLIEiJ_G0027496) Cdc7 (MGP_CAROLIEiJ_G0027497) Tgfbr3 (MGP_CAROLIEiJ_G0027498) Brdt (MGP_CAROLIEiJ_G0027499) #7 Ephx4 (MGP_CAROLIEiJ_G0027500) #9 Lpcat2b (MGP_CAROLIEiJ_G0027501) MGP_CAROLIEiJ_G0027502 #12 MGP_CAROLIEiJ_G0027503 #15 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#16 ENSGT00390000008285.k #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00940000164947 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00910000144269 ENSGT00730000114722 ENSGT00940000156471.a ENSGT00390000005102 ENSGT01030000234625.C ENSGT00940000158395 ENSGT00950000182938.b.b.b.a ENSGT00940000159527 ENSGT00390000015667 ENSGT00940000159492 Mouse MODERN SPECIES 14 Zfp644 (ENSMUSG00000049606) Hfm1 (ENSMUSG00000043410) Cdc7 (ENSMUSG00000029283) Tgfbr3 (ENSMUSG00000029287) Brdt (ENSMUSG00000029279) #7 Ephx4 (ENSMUSG00000033805) #9 Lpcat2b (ENSMUSG00000033794) Btbd8 (ENSMUSG00000111375) #15 Gm42669 (ENSMUSG00000106631) 1700028K03Rik (ENSMUSG00000089798) #16 Glmn (ENSMUSG00000029276) #17 Rpap2 (ENSMUSG00000033773) #18 Gfi1 (ENSMUSG00000029275) #19 Evi5 (ENSMUSG00000011831) #20 Ube2d2b (ENSMUSG00000063447) 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ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00910000144269 ENSGT00730000114722 ENSGT00940000156471.a ENSGT00390000005102 ENSGT01030000234625.C ENSGT00940000158395 ENSGT00950000182938.b.b.b.a ENSGT00940000159527 ENSGT00390000015667 ENSGT00940000159492 spretus MODERN SPECIES 14 Hfm1 (MGP_SPRETEiJ_G0028495) Cdc7 (MGP_SPRETEiJ_G0028496) Tgfbr3 (MGP_SPRETEiJ_G0028497) Brdt (MGP_SPRETEiJ_G0028498) #7 Ephx4 (MGP_SPRETEiJ_G0028499) #9 Lpcat2b (MGP_SPRETEiJ_G0028500) MGP_SPRETEiJ_G0028501 #12 MGP_SPRETEiJ_G0028502 #15 MGP_SPRETEiJ_G0028503 #16 1700028K03Rik (MGP_SPRETEiJ_G0028504) #16 Glmn (MGP_SPRETEiJ_G0028505) #17 Rpap2 (MGP_SPRETEiJ_G0028506) #18 Gfi1 (MGP_SPRETEiJ_G0028507) #19 Evi5 (MGP_SPRETEiJ_G0028508) #20 Ube2d2b (MGP_SPRETEiJ_G0028509) Rpl5 (MGP_SPRETEiJ_G0028510) ##22 Dipk1a (MGP_SPRETEiJ_G0028511) #23 Mtf2 (MGP_SPRETEiJ_G0028512) #26 Tmed5 (MGP_SPRETEiJ_G0028513) #27 Ccdc18 (MGP_SPRETEiJ_G0028514) #28 Dr1 (MGP_SPRETEiJ_G0028515) #29 Pigg (MGP_SPRETEiJ_G0028516) Pde6b (MGP_SPRETEiJ_G0028517) Atp5k (MGP_SPRETEiJ_G0028518) Mfsd7a (MGP_SPRETEiJ_G0028519) Pcgf3 (MGP_SPRETEiJ_G0028520) Cplx1 (MGP_SPRETEiJ_G0028521) Gak (MGP_SPRETEiJ_G0028522) Tmem175 (MGP_SPRETEiJ_G0028523) Dgkq (MGP_SPRETEiJ_G0028524) Idua (MGP_SPRETEiJ_G0028525) Steppe mouse DUPLICATION Steppe mouse MODERN SPECIES 3278 Zfp644 (ENSMSIG00000018329) Hfm1 (ENSMSIG00000018431) Cdc7 (ENSMSIG00000018634) Tgfbr3 (ENSMSIG00000018764) Brdt (ENSMSIG00000018799) #7 Ephx4 (ENSMSIG00000018816) #9 Lpcat2b (ENSMSIG00000018846) Btbd8 (ENSMSIG00000018850) #15 ENSMSIG00000019000 1700028K03Rik (ENSMSIG00000019009) #16 Glmn (ENSMSIG00000019032) #17 Rpap2 (ENSMSIG00000019128) #18 Gfi1 (ENSMSIG00000020015) #19 Evi5 (ENSMSIG00000020061) #20 Ube2d2b (ENSMSIG00000020104) Rpl5 (ENSMSIG00000020111) ##22 Dipk1a (ENSMSIG00000020148) #23 ENSMSIG00000020174 Mtf2 (ENSMSIG00000020200) #26 Tmed5 (ENSMSIG00000020304) #27 Ccdc18 (ENSMSIG00000020376) #28 ENSMSIG00000020415 Dr1 (ENSMSIG00000020419) #29 Pigg (ENSMSIG00000020443) Gm42517 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C1orf146 (ENSODEG00000005893) #16 GLMN (ENSODEG00000005188) #17 ENSODEG00000004891 #18 ENSODEG00000004664 ENSODEG00000006410 #19 ENSODEG00000006057 #20 ENSODEG00000005413 ##22 DIPK1A (ENSODEG00000006544) #23 ENSODEG00000019282 MTF2 (ENSODEG00000005685) #26 TMED5 (ENSODEG00000005461) #27 ENSODEG00000004565 CCDC18 (ENSODEG00000005096) #28 ENSODEG00000019300 DR1 (ENSODEG00000006106) #29 ENSODEG00000019219 ENSODEG00000019152 FNBP1L (ENSODEG00000006211) #30 ENSODEG00000006845 #31 ENSODEG00000006568 #31 ENSODEG00000004740 ENSODEG00000004546 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.w.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468.l.b.a.a #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES 14 ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.w.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468.l.b.b #27 ENSGT00940000155468.l.b.a.a #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.w.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468.l.b.b #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 130 ZNF326 (ENSCLAG00000004446) BARHL2 (ENSCLAG00000004382) ZNF644 (ENSCLAG00000006797) HFM1 (ENSCLAG00000005173) CDC7 (ENSCLAG00000007469) TGFBR3 (ENSCLAG00000007233) BRDT (ENSCLAG00000006404) #7 EPHX4 (ENSCLAG00000006155) #9 ENSCLAG00000006057 BTBD8 (ENSCLAG00000005766) #15 C1orf146 (ENSCLAG00000008485) #16 GLMN (ENSCLAG00000006922) #17 RPAP2 (ENSCLAG00000006291) #18 GFI1 (ENSCLAG00000005915) #19 EVI5 (ENSCLAG00000008558) #20 ENSCLAG00000008425 ##22 DIPK1A (ENSCLAG00000008376) #23 ENSCLAG00000017681 ENSCLAG00000008285 MTF2 (ENSCLAG00000007846) #26 TMED5 (ENSCLAG00000007030) #27 CCDC18 (ENSCLAG00000004649) #28 DR1 (ENSCLAG00000009918) #29 FNBP1L (ENSCLAG00000008001) #30 BCAR3 (ENSCLAG00000007644) #31 DNTTIP2 (ENSCLAG00000006829) #32 GCLM (ENSCLAG00000005983) #34 ABCA4 (ENSCLAG00000005461) #35 ARHGAP29 (ENSCLAG00000004627) #36 ABCD3 (ENSCLAG00000007070) F3 (ENSCLAG00000006707) Guinea pig MODERN SPECIES 2 ZNF326 (ENSCPOG00000007332) BARHL2 (ENSCPOG00000019619) ZNF644 (ENSCPOG00000035010) HFM1 (ENSCPOG00000007421) CDC7 (ENSCPOG00000012756) TGFBR3 (ENSCPOG00000007217) ENSCPOG00000003841 #7 EPHX4 (ENSCPOG00000001758) #9 ENSCPOG00000012159 #12 BTBD8 (ENSCPOG00000008296) #15 C1orf146 (ENSCPOG00000007147) #16 GLMN (ENSCPOG00000007152) #17 RPAP2 (ENSCPOG00000007163) #18 GFI1 (ENSCPOG00000011727) #19 EVI5 (ENSCPOG00000006917) #20 ENSCPOG00000032453 ##22 DIPK1A (ENSCPOG00000000700) #23 MTF2 (ENSCPOG00000012184) #26 ENSCPOG00000032129 #27 CCDC18 (ENSCPOG00000037069) #28 DR1 (ENSCPOG00000033199) #29 FNBP1L (ENSCPOG00000005155) #30 BCAR3 (ENSCPOG00000005604) #31 ENSCPOG00000031630 #32 ENSCPOG00000037468 #34 ABCA4 (ENSCPOG00000015461) #35 ARHGAP29 (ENSCPOG00000015466) #36 ABCD3 (ENSCPOG00000002087) F3 (ENSCPOG00000002092) SLC44A3 (ENSCPOG00000006860) CNN3 (ENSCPOG00000006865) Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.w.b ##22 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 21 PIAS4 (ENSHGLG00000006172) ZBTB7A (ENSHGLG00000011811) MAP2K2 (ENSHGLG00000009089) CREB3L3 (ENSHGLG00000050546) SIRT6 (ENSHGLG00000006696) ANKRD24 (ENSHGLG00000010865) ENSHGLG00000005526 YJU2 (ENSHGLG00000008096) SHD (ENSHGLG00000007108) TMIGD2 (ENSHGLG00000036449) FSD1 (ENSHGLG00000006238) STAP2 (ENSHGLG00000008727) MPND (ENSHGLG00000006669) SH3GL1 (ENSHGLG00000005623) CHAF1A (ENSHGLG00000005439) ENSHGLG00000035324 ##22 UBXN6 (ENSHGLG00000011971) HDGFL2 (ENSHGLG00000010821) PLIN4 (ENSHGLG00000035695) PLIN5 (ENSHGLG00000009083) LRG1 (ENSHGLG00000008746) SEMA6B (ENSHGLG00000008078) TNFAIP8L1 (ENSHGLG00000040405) MYDGF (ENSHGLG00000006727) DPP9 (ENSHGLG00000006649) FEM1A (ENSHGLG00000041190) PLIN3 (ENSHGLG00000050405) ARRDC5 (ENSHGLG00000014076) UHRF1 (ENSHGLG00000015739) KDM4B (ENSHGLG00000013802) ENSHGLG00000037010 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.x ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.x ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.x ##22 Long-tailed chinchilla MODERN SPECIES 113 CRB1 (ENSCLAG00000013182) ZBTB41 (ENSCLAG00000010852) ASPM (ENSCLAG00000009548) F13B (ENSCLAG00000014527) ENSCLAG00000014293 KCNT2 (ENSCLAG00000010650) B3GALT2 (ENSCLAG00000010521) CDC73 (ENSCLAG00000011107) GLRX2 (ENSCLAG00000010009) RO60 (ENSCLAG00000016391) ENSCLAG00000014784 RGS2 (ENSCLAG00000013377) ENSCLAG00000011055 RGS13 (ENSCLAG00000010047) RGS1 (ENSCLAG00000009691) ENSCLAG00000009249 ##22 RGS21 (ENSCLAG00000011554) RGS18 (ENSCLAG00000010916) BRINP3 (ENSCLAG00000009361) PLA2G4A (ENSCLAG00000013091) PTGS2 (ENSCLAG00000010309) PDC (ENSCLAG00000009883) ODR4 (ENSCLAG00000011867) TPR (ENSCLAG00000014758) ENSCLAG00000009204 HMCN1 (ENSCLAG00000012763) IVNS1ABP (ENSCLAG00000010322) SWT1 (ENSCLAG00000013959) ENSCLAG00000010801 ENSCLAG00000015137 ENSCLAG00000015421 Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female MODERN SPECIES 10 ENSHGLG00000046123 BRDT (ENSHGLG00000004317) #7 ENSHGLG00000010230 #9 ENSHGLG00000033060 ENSHGLG00000046149 BTBD8 (ENSHGLG00000008571) #15 ENSHGLG00000012851 ENSHGLG00000012510 #16 ENSHGLG00000011940 #17 RPAP2 (ENSHGLG00000009983) #18 ENSHGLG00000046873 GFI1 (ENSHGLG00000008020) #19 ENSHGLG00000047533 EVI5 (ENSHGLG00000005267) #20 ENSHGLG00000006656 ##22 ENSHGLG00000004717 ##22 ENSHGLG00000004684 #23 ENSHGLG00000045561 ENSHGLG00000049269 ENSHGLG00000007932 #26 ENSHGLG00000006551 #27 ENSHGLG00000032551 CCDC18 (ENSHGLG00000004402) #28 ENSHGLG00000004219 #29 FNBP1L (ENSHGLG00000033036) #30 BCAR3 (ENSHGLG00000009405) #31 ENSHGLG00000016483 #32 GCLM (ENSHGLG00000049623) #34 ABCA4 (ENSHGLG00000016293) #35 ENSHGLG00000037982 ARHGAP29 (ENSHGLG00000013186) #36 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 17 PSMD1 (ENSHGLG00000003111) C2orf72 (ENSHGLG00000002913) SPATA3 (ENSHGLG00000002652) GPR55 (ENSHGLG00000002371) ITM2C (ENSHGLG00000003561) CAB39 (ENSHGLG00000035528) SP100 (ENSHGLG00000003347) ENSHGLG00000032383 SLC16A14 (ENSHGLG00000002999) FBXO36 (ENSHGLG00000002884) TRIP12 (ENSHGLG00000008889) ENSHGLG00000020453 ENSHGLG00000006168 PID1 (ENSHGLG00000040359) ENSHGLG00000042790 ENSHGLG00000040313 ##22 ENSHGLG00000004506 ENSHGLG00000003340 DAW1 (ENSHGLG00000002663) CCL20 (ENSHGLG00000034678) SLC19A3 (ENSHGLG00000001984) ENSHGLG00000050104 AGFG1 (ENSHGLG00000003021) TM4SF20 (ENSHGLG00000033179) ENSHGLG00000002424 COL4A3 (ENSHGLG00000041167) COL4A4 (ENSHGLG00000019184) RHBDD1 (ENSHGLG00000018854) IRS1 (ENSHGLG00000019521) ENSHGLG00000050954 NYAP2 (ENSHGLG00000018926) Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468.l.a #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b Eurasian red squirrel MODERN SPECIES ZNF644 (ENSSVLG00005003587) ENSSVLG00005003646 ENSSVLG00005003666 ENSSVLG00005003691 CDC7 (ENSSVLG00005003704) TGFBR3 (ENSSVLG00005003738) BRDT (ENSSVLG00005003821) #7 EPHX4 (ENSSVLG00005003946) #9 BTBD8 (ENSSVLG00005003975) #15 C1orf146 (ENSSVLG00005004047) #16 GLMN (ENSSVLG00005004063) #17 RPAP2 (ENSSVLG00005004082) #18 ENSSVLG00005004104 GFI1 (ENSSVLG00005004132) #19 EVI5 (ENSSVLG00005004175) #20 ENSSVLG00005004298 ##22 DIPK1A (ENSSVLG00005004374) #23 ENSSVLG00005000089 ENSSVLG00005000125 MTF2 (ENSSVLG00005000167) #26 ENSSVLG00005000190 TMED5 (ENSSVLG00005000211) #27 CCDC18 (ENSSVLG00005000256) #28 DR1 (ENSSVLG00005000282) #29 FNBP1L (ENSSVLG00005000352) #30 ENSSVLG00005000405 BCAR3 (ENSSVLG00005000445) #31 DNTTIP2 (ENSSVLG00005000490) #32 GCLM (ENSSVLG00005000523) #34 ABCA4 (ENSSVLG00005000757) #35 ARHGAP29 (ENSSVLG00005001033) #36 Marmotini ANCESTRAL SPECIES 77 ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00390000016988.a.a.a.a.a.a.b ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468.l.a #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b.h.a #36 ENSGT00950000183110.b.b.g #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 Alpin marmot DUPLICATION Alpin marmot MODERN SPECIES 6 MSH6 (ENSMMMG00000009374) MSH2 (ENSMMMG00000009438) EPCAM (ENSMMMG00000009917) CALM2 (ENSMMMG00000009965) STPG4 (ENSMMMG00000009975) TTC7A (ENSMMMG00000010016) ENSMMMG00000010047 SOCS5 (ENSMMMG00000010100) CRIPT (ENSMMMG00000010107) PIGF (ENSMMMG00000010120) RHOQ (ENSMMMG00000010128) ATP6V1E2 (ENSMMMG00000010180) TMEM247 (ENSMMMG00000010182) EPAS1 (ENSMMMG00000010195) PRKCE (ENSMMMG00000010291) ENSMMMG00000010335 ##22 ENSMMMG00000010346 SRBD1 (ENSMMMG00000010355) SIX2 (ENSMMMG00000010951) CAMKMT (ENSMMMG00000011017) PREPL (ENSMMMG00000011046) SLC3A1 (ENSMMMG00000011092) ENSMMMG00000011105 PPM1B (ENSMMMG00000011109) LRPPRC (ENSMMMG00000011188) ABCG8 (ENSMMMG00000016223) ABCG5 (ENSMMMG00000016251) DYNC2LI1 (ENSMMMG00000016271) PLEKHH2 (ENSMMMG00000016277) THADA (ENSMMMG00000016308) HAAO (ENSMMMG00000016431) Alpin marmot MODERN SPECIES 70 ZNF644 (ENSMMMG00000024044) HFM1 (ENSMMMG00000024043) CDC7 (ENSMMMG00000024042) TGFBR3 (ENSMMMG00000024040) ENSMMMG00000024037 #7 ENSMMMG00000024036 ENSMMMG00000024035 #7 EPHX4 (ENSMMMG00000024034) #9 ENSMMMG00000024033 #12 BTBD8 (ENSMMMG00000024032) #15 C1orf146 (ENSMMMG00000024030) #16 GLMN (ENSMMMG00000024029) #17 RPAP2 (ENSMMMG00000024024) #18 GFI1 (ENSMMMG00000024023) #19 EVI5 (ENSMMMG00000024020) #20 ENSMMMG00000024016 ##22 DIPK1A (ENSMMMG00000024014) #23 ENSMMMG00000024013 ENSMMMG00000024011 #26 TMED5 (ENSMMMG00000024010) #27 CCDC18 (ENSMMMG00000024006) #28 ENSMMMG00000024004 DR1 (ENSMMMG00000024003) #29 FNBP1L (ENSMMMG00000024001) #30 BCAR3 (ENSMMMG00000024000) #31 ENSMMMG00000023999 DNTTIP2 (ENSMMMG00000023998) #32 GCLM (ENSMMMG00000023997) #34 ENSMMMG00000023996 #35 ENSMMMG00000023995 #35 ENSMMMG00000023994 #36 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 116 ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00390000016988.a.a.a.a.a.a.b ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468.l.a #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b.h.a #36 ENSGT00950000183110.b.b.g #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 283 HFM1 (ENSUPAG00010007727) CDC7 (ENSUPAG00010007656) TGFBR3 (ENSUPAG00010007630) ENSUPAG00010007622 #7 ENSUPAG00010007618 ENSUPAG00010007607 #7 EPHX4 (ENSUPAG00010007597) #9 BTBD8 (ENSUPAG00010007564) #15 C1orf146 (ENSUPAG00010007546) #16 GLMN (ENSUPAG00010007467) #17 RPAP2 (ENSUPAG00010007445) #18 GFI1 (ENSUPAG00010007431) #19 EVI5 (ENSUPAG00010007304) #20 ENSUPAG00010007265 ##22 DIPK1A (ENSUPAG00010007249) #23 ENSUPAG00010007245 MTF2 (ENSUPAG00010007198) #26 TMED5 (ENSUPAG00010007183) #27 CCDC18 (ENSUPAG00010007139) #28 DR1 (ENSUPAG00010007132) #29 FNBP1L (ENSUPAG00010007070) #30 BCAR3 (ENSUPAG00010007024) #31 DNTTIP2 (ENSUPAG00010007018) #32 GCLM (ENSUPAG00010007006) #34 ENSUPAG00010006957 #35 Squirrel DUPLICATION Squirrel MODERN SPECIES 137 ZNF326 (ENSSTOG00000005176) BARHL2 (ENSSTOG00000025888) ZNF644 (ENSSTOG00000027631) ENSSTOG00000008477 CDC7 (ENSSTOG00000002130) TGFBR3 (ENSSTOG00000011061) ENSSTOG00000003060 #7 EPHX4 (ENSSTOG00000022582) #9 ENSSTOG00000012470 #12 BTBD8 (ENSSTOG00000027118) #15 C1orf146 (ENSSTOG00000012506) #16 GLMN (ENSSTOG00000022944) #17 ENSSTOG00000030075 #18 GFI1 (ENSSTOG00000014583) #19 EVI5 (ENSSTOG00000015190) #20 ENSSTOG00000010256 ##22 DIPK1A (ENSSTOG00000023846) #23 MTF2 (ENSSTOG00000000231) #26 TMED5 (ENSSTOG00000028196) #27 CCDC18 (ENSSTOG00000000234) #28 DR1 (ENSSTOG00000014720) #29 FNBP1L (ENSSTOG00000014723) #30 ENSSTOG00000014735 #31 DNTTIP2 (ENSSTOG00000027499) #32 ENSSTOG00000030847 #34 ABCA4 (ENSSTOG00000000294) #35 ENSSTOG00000034098 #36 ENSSTOG00000033918 #35 ENSSTOG00000000308 #36 ABCD3 (ENSSTOG00000004520) F3 (ENSSTOG00000004566) Squirrel MODERN SPECIES 322 EFS (ENSSTOG00000002556) IL25 (ENSSTOG00000002561) CMTM5 (ENSSTOG00000002567) MYH7 (ENSSTOG00000002580) NGDN (ENSSTOG00000002637) ZFHX2 (ENSSTOG00000002657) THTPA (ENSSTOG00000002232) AP1G2 (ENSSTOG00000002671) JPH4 (ENSSTOG00000027222) ENSSTOG00000022507 ENSSTOG00000027560 ENSSTOG00000025076 CARMIL3 (ENSSTOG00000007478) CPNE6 (ENSSTOG00000028109) NRL (ENSSTOG00000021648) ENSSTOG00000031715 ##22 PCK2 (ENSSTOG00000007537) DCAF11 (ENSSTOG00000007585) FITM1 (ENSSTOG00000007610) PSME1 (ENSSTOG00000022843) EMC9 (ENSSTOG00000002254) PSME2 (ENSSTOG00000002258) RNF31 (ENSSTOG00000002265) IRF9 (ENSSTOG00000023450) REC8 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ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b Bushbaby DUPLICATION Bushbaby DUPLICATION Bushbaby MODERN SPECIES 138 PKIG (ENSOGAG00000030592) ADA (ENSOGAG00000016280) CCN5 (ENSOGAG00000012555) KCNK15 (ENSOGAG00000012557) RIMS4 (ENSOGAG00000011045) ENSOGAG00000008909 PABPC1L (ENSOGAG00000032999) TOMM34 (ENSOGAG00000008911) STK4 (ENSOGAG00000006656) KCNS1 (ENSOGAG00000025880) WFDC5 (ENSOGAG00000006665) PI3 (ENSOGAG00000006670) ENSOGAG00000034580 ENSOGAG00000024067 SLPI (ENSOGAG00000005681) ENSOGAG00000024142 ##22 MATN4 (ENSOGAG00000007290) RBPJL (ENSOGAG00000024900) SDC4 (ENSOGAG00000007291) SYS1 (ENSOGAG00000025081) TP53TG5 (ENSOGAG00000010381) DBNDD2 (ENSOGAG00000010386) PIGT (ENSOGAG00000010389) ENSOGAG00000010396 ENSOGAG00000028989 WFDC8 (ENSOGAG00000010398) WFDC10B (ENSOGAG00000031773) WFDC13 (ENSOGAG00000004981) SPINT4 (ENSOGAG00000004983) ENSOGAG00000011999 ENSOGAG00000004974 Bushbaby MODERN SPECIES 120 MEOX2 (ENSOGAG00000014555) ENSOGAG00000031760 CRPPA (ENSOGAG00000033583) SOSTDC1 (ENSOGAG00000007592) ENSOGAG00000007594 ANKMY2 (ENSOGAG00000007596) BZW2 (ENSOGAG00000007600) TSPAN13 (ENSOGAG00000007559) AGR2 (ENSOGAG00000007561) AGR3 (ENSOGAG00000007563) IPO11 (ENSOGAG00000000533) DIMT1 (ENSOGAG00000000531) ENSOGAG00000000527 ENSOGAG00000024621 ZSWIM6 (ENSOGAG00000009961) ENSOGAG00000028361 ##22 SMIM15 (ENSOGAG00000010010) NDUFAF2 (ENSOGAG00000010937) ERCC8 (ENSOGAG00000013889) ENSOGAG00000027326 ELOVL7 (ENSOGAG00000013885) DEPDC1B (ENSOGAG00000013881) ENSOGAG00000029733 PDE4D (ENSOGAG00000011831) RAB3C (ENSOGAG00000014467) GAPT (ENSOGAG00000014464) PLK2 (ENSOGAG00000003248) ACTBL2 (ENSOGAG00000004810) GPBP1 (ENSOGAG00000013991) MIER3 (ENSOGAG00000002702) SETD9 (ENSOGAG00000002699) Bushbaby MODERN SPECIES 347 ENSOGAG00000027047 METTL22 (ENSOGAG00000001069) ENSOGAG00000024625 ##22 ENSOGAG00000016546 TMEM186 (ENSOGAG00000016556) ENSOGAG00000016560 CARHSP1 (ENSOGAG00000014708) USP7 (ENSOGAG00000014709) ENSOGAG00000011180 HAPSTR1 (ENSOGAG00000003909) ENSOGAG00000004330 ENSOGAG00000010602 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b Mouse lemur DUPLICATION Mouse lemur DUPLICATION Mouse lemur MODERN SPECIES 27 MTNR1B (ENSMICG00000043189) ENSMICG00000031389 ENSMICG00000015646 #11 NAALAD2 (ENSMICG00000015630) ENSMICG00000013580 ENSMICG00000042150 NOX4 (ENSMICG00000014398) TYR (ENSMICG00000037850) GRM5 (ENSMICG00000002451) CTSC (ENSMICG00000002445) RAB38 (ENSMICG00000028169) TMEM135 (ENSMICG00000013387) FZD4 (ENSMICG00000012533) PRSS23 (ENSMICG00000026361) ME3 (ENSMICG00000000951) ENSMICG00000037743 ##22 CCDC81 (ENSMICG00000000948) HIKESHI (ENSMICG00000000946) ENSMICG00000010728 PICALM (ENSMICG00000017261) CCDC83 (ENSMICG00000017254) SYTL2 (ENSMICG00000005519) CREBZF (ENSMICG00000033683) TMEM126A (ENSMICG00000005510) TMEM126B (ENSMICG00000029604) ENSMICG00000009022 ENSMICG00000027485 ENSMICG00000043874 KCTD14 (ENSMICG00000044183) NDUFC2 (ENSMICG00000041506) ALG8 (ENSMICG00000015000) Mouse lemur MODERN SPECIES 1 OLFML2A (ENSMICG00000002915) NR6A1 (ENSMICG00000002911) NR5A1 (ENSMICG00000002907) ADGRD2 (ENSMICG00000046284) PSMB7 (ENSMICG00000043101) NEK6 (ENSMICG00000009990) LHX2 (ENSMICG00000009968) DENND1A (ENSMICG00000000554) CRB2 (ENSMICG00000000551) STRBP (ENSMICG00000000832) RABGAP1 (ENSMICG00000000821) ZBTB26 (ENSMICG00000037770) ZBTB6 (ENSMICG00000047456) RC3H2 (ENSMICG00000003227) PDCL (ENSMICG00000003224) ENSMICG00000035760 ##22 ENSMICG00000044928 ENSMICG00000043641 ENSMICG00000043496 ENSMICG00000045321 ENSMICG00000033883 PTGS1 (ENSMICG00000009196) ENSMICG00000031629 MRRF (ENSMICG00000016168) RBM18 (ENSMICG00000046793) LHX6 (ENSMICG00000016150) MORN5 (ENSMICG00000016144) ENSMICG00000016140 TTLL11 (ENSMICG00000016130) DAB2IP (ENSMICG00000016118) ENSMICG00000016109 Mouse lemur MODERN SPECIES 11 BARHL2 (ENSMICG00000037198) ZNF644 (ENSMICG00000015207) HFM1 (ENSMICG00000037935) CDC7 (ENSMICG00000011588) ENSMICG00000031496 TGFBR3 (ENSMICG00000044508) BRDT (ENSMICG00000014306) #7 EPHX4 (ENSMICG00000030659) #9 ENSMICG00000031257 #12 BTBD8 (ENSMICG00000033675) #15 C1orf146 (ENSMICG00000008888) #16 GLMN (ENSMICG00000008891) #17 ENSMICG00000044808 #18 GFI1 (ENSMICG00000047208) #19 EVI5 (ENSMICG00000011788) #20 ENSMICG00000011805 ##22 DIPK1A (ENSMICG00000011814) #23 ENSMICG00000003126 #26 TMED5 (ENSMICG00000000964) #27 ENSMICG00000043917 ENSMICG00000014932 #28 ENSMICG00000032766 DR1 (ENSMICG00000028249) #29 FNBP1L (ENSMICG00000035486) #30 BCAR3 (ENSMICG00000010096) #31 ENSMICG00000013230 #32 GCLM (ENSMICG00000035919) #34 ABCA4 (ENSMICG00000013270) #35 ARHGAP29 (ENSMICG00000016038) #36 ABCD3 (ENSMICG00000008904) F3 (ENSMICG00000008919) Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 39 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b Coquerels sifaka DUPLICATION Coquerels sifaka MODERN SPECIES 846 ZNF644 (ENSPCOG00000021784) ENSPCOG00000026252 CDC7 (ENSPCOG00000022992) TGFBR3 (ENSPCOG00000020128) BRDT (ENSPCOG00000009857) #7 EPHX4 (ENSPCOG00000015391) #9 ENSPCOG00000025445 ENSPCOG00000020190 #12 BTBD8 (ENSPCOG00000012403) #15 C1orf146 (ENSPCOG00000014518) #16 GLMN (ENSPCOG00000026708) #17 RPAP2 (ENSPCOG00000021860) #18 GFI1 (ENSPCOG00000020540) #19 ENSPCOG00000023529 EVI5 (ENSPCOG00000013584) #20 ENSPCOG00000012924 ##22 DIPK1A (ENSPCOG00000022059) #23 MTF2 (ENSPCOG00000021106) #26 TMED5 (ENSPCOG00000024672) #27 CCDC18 (ENSPCOG00000021464) #28 DR1 (ENSPCOG00000025924) #29 FNBP1L (ENSPCOG00000027233) #30 BCAR3 (ENSPCOG00000022810) #31 DNTTIP2 (ENSPCOG00000027395) #32 GCLM (ENSPCOG00000000314) #34 ABCA4 (ENSPCOG00000027304) #35 ARHGAP29 (ENSPCOG00000013337) #36 ABCD3 (ENSPCOG00000028862) F3 (ENSPCOG00000024393) SLC44A3 (ENSPCOG00000017385) CNN3 (ENSPCOG00000020554) Coquerels sifaka MODERN SPECIES 592 LCOR (ENSPCOG00000017788) PIK3AP1 (ENSPCOG00000016804) TM9SF3 (ENSPCOG00000018190) TLL2 (ENSPCOG00000025513) OPALIN (ENSPCOG00000003690) DNTT (ENSPCOG00000027142) BLNK (ENSPCOG00000024376) CCNJ (ENSPCOG00000020585) ENSPCOG00000022671 ENSPCOG00000028681 ENSPCOG00000000546 ENTPD1 (ENSPCOG00000024914) TCTN3 (ENSPCOG00000016392) ALDH18A1 (ENSPCOG00000022427) SORBS1 (ENSPCOG00000007870) ENSPCOG00000014706 ##22 PDLIM1 (ENSPCOG00000024320) Greater bamboo lemur DUPLICATION Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 114 ENSPSMG00000021223 ADD2 (ENSPSMG00000021207) FIGLA (ENSPSMG00000021147) CD207 (ENSPSMG00000021138) VAX2 (ENSPSMG00000021124) ATP6V1B1 (ENSPSMG00000021047) ANKRD53 (ENSPSMG00000020949) ENSPSMG00000020925 TEX261 (ENSPSMG00000020922) NAGK (ENSPSMG00000020912) 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(ENSPSMG00000015215) #23 MTF2 (ENSPSMG00000015020) #26 TMED5 (ENSPSMG00000014878) #27 CCDC18 (ENSPSMG00000014808) #28 DR1 (ENSPSMG00000014696) #29 ENSPSMG00000014687 FNBP1L (ENSPSMG00000014651) #30 BCAR3 (ENSPSMG00000014546) #31 DNTTIP2 (ENSPSMG00000014510) #32 GCLM (ENSPSMG00000014490) #34 ABCA4 (ENSPSMG00000014392) #35 ARHGAP29 (ENSPSMG00000014189) #36 ABCD3 (ENSPSMG00000013980) F3 (ENSPSMG00000013868) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 221 PBX1 (ENSSBOG00000019425) ENSSBOG00000023056 ENSSBOG00000022242 ##22 NUF2 (ENSSBOG00000020393) RGS5 (ENSSBOG00000019112) RGS4 (ENSSBOG00000023788) CCDC190 (ENSSBOG00000003369) HSD17B7 (ENSSBOG00000003536) DDR2 (ENSSBOG00000014912) UAP1 (ENSSBOG00000018996) UHMK1 (ENSSBOG00000028187) ENSSBOG00000027882 SH2D1B (ENSSBOG00000023916) SPATA46 (ENSSBOG00000003135) ENSSBOG00000019874 ENSSBOG00000028748 OLFML2B (ENSSBOG00000021662) ATF6 (ENSSBOG00000029816) Capuchin MODERN SPECIES 62 PRDX6 (ENSCCAG00000029030) SLC9C2 (ENSCCAG00000034956) TEX50 (ENSCCAG00000023777) ANKRD45 (ENSCCAG00000030031) ENSCCAG00000007951 KLHL20 (ENSCCAG00000035987) CENPL (ENSCCAG00000032255) DARS2 (ENSCCAG00000029862) ZBTB37 (ENSCCAG00000030297) SERPINC1 (ENSCCAG00000019906) RC3H1 (ENSCCAG00000025652) ENSCCAG00000036604 RABGAP1L (ENSCCAG00000031099) ENSCCAG00000037602 MRPS14 (ENSCCAG00000023517) ENSCCAG00000036403 ##22 TNN (ENSCCAG00000035362) TNR (ENSCCAG00000027440) ENSCCAG00000016991 ENSCCAG00000009273 B4GALT5 (ENSCCAG00000033096) SLC9A8 (ENSCCAG00000030260) SPATA2 (ENSCCAG00000024428) RNF114 (ENSCCAG00000004234) SNAI1 (ENSCCAG00000029550) ENSCCAG00000033814 PEDS1 (ENSCCAG00000024997) CEBPB (ENSCCAG00000018941) ENSCCAG00000027818 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 Orangutan DUPLICATION Orangutan MODERN SPECIES 17 TIGD2 (ENSPPYG00000014930) GPRIN3 (ENSPPYG00000014931) SNCA (ENSPPYG00000014932) MMRN1 (ENSPPYG00000014933) CCSER1 (ENSPPYG00000033690) GRID2 (ENSPPYG00000014934) ATOH1 (ENSPPYG00000015283) SMARCAD1 (ENSPPYG00000014935) HPGDS (ENSPPYG00000014936) ENSPPYG00000014937 BMPR1B (ENSPPYG00000014938) UNC5C (ENSPPYG00000014939) PDHA2 (ENSPPYG00000014940) ENSPPYG00000029937 STPG2 (ENSPPYG00000014941) ENSPPYG00000032768 ##22 RAP1GDS1 (ENSPPYG00000014942) TSPAN5 (ENSPPYG00000014943) EIF4E (ENSPPYG00000031353) METAP1 (ENSPPYG00000014945) ADH5 (ENSPPYG00000014946) ADH4 (ENSPPYG00000014947) ADH6 (ENSPPYG00000014948) ADH1A (ENSPPYG00000014949) ADH1C (ENSPPYG00000037917) ADH7 (ENSPPYG00000014950) C4orf17 (ENSPPYG00000014951) TRMT10A (ENSPPYG00000014952) MTTP (ENSPPYG00000014953) DAPP1 (ENSPPYG00000014954) LAMTOR3 (ENSPPYG00000041127) Orangutan MODERN SPECIES 6 MRPS11 (ENSPPYG00000006751) MRPL46 (ENSPPYG00000006750) NTRK3 (ENSPPYG00000006749) AGBL1 (ENSPPYG00000006747) ENSPPYG00000037873 KLHL25 (ENSPPYG00000006746) AKAP13 (ENSPPYG00000006745) ENSPPYG00000006873 ZSCAN2 (ENSPPYG00000006877) ENSPPYG00000039060 WDR73 (ENSPPYG00000006879) ENSPPYG00000036271 SEC11A (ENSPPYG00000006881) ZNF592 (ENSPPYG00000035797) ENSPPYG00000031798 ENSPPYG00000029615 ##22 SLC28A1 (ENSPPYG00000006884) PDE8A (ENSPPYG00000006885) ENSPPYG00000030954 ENSPPYG00000006888 CPEB1 (ENSPPYG00000006889) AP3B2 (ENSPPYG00000006890) FSD2 (ENSPPYG00000006733) HOMER2 (ENSPPYG00000006735) RAMAC (ENSPPYG00000006736) ENSPPYG00000006737 ENSPPYG00000018203 BTBD1 (ENSPPYG00000006738) TM6SF1 (ENSPPYG00000041172) HDGFL3 (ENSPPYG00000006739) BNC1 (ENSPPYG00000040401) Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 Cercopithecinae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 Cercopithecinae_b ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000162273 ENSGT00570000079168.b.b.b ENSGT00950000183175.B.b ENSGT01030000234633.C.b ENSGT00940000153912.B ENSGT00940000155192 ENSGT00940000160064.b ENSGT00390000010721.a.a.a.a.c.b ENSGT00910000144252 ENSGT00940000160278 ENSGT00940000155292 ENSGT00940000155919 ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a ENSGT00530000063174.a.j ENSGT00390000001063 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00940000153168.C.a.b ENSGT00940000161041 ENSGT00940000159219 ENSGT00940000157110 ENSGT00940000161360 ENSGT00390000014963 ENSGT00390000008346 ENSGT00390000011368 ENSGT00940000159958 ENSGT00950000183159.a ENSGT00940000157306 ENSGT00390000000002.a.a.a ENSGT00940000157352 ENSGT00390000018052.l.a ENSGT00390000018145.cb.a.a.b.b Olive baboon DUPLICATION Olive baboon MODERN SPECIES 6 ENSPANG00000042731 ENSPANG00000002589 ENSPANG00000037622 PCDH20 (ENSPANG00000009662) ENSPANG00000049074 TDRD3 (ENSPANG00000019138) DIAPH3 (ENSPANG00000005861) PCDH17 (ENSPANG00000004614) ENSPANG00000043978 ENSPANG00000041871 ENSPANG00000047132 ENSPANG00000043724 ENSPANG00000047232 ENSPANG00000048590 OLFM4 (ENSPANG00000024154) ENSPANG00000028839 ##22 ENSPANG00000043462 PCDH8 (ENSPANG00000007570) ENSPANG00000041440 CNMD (ENSPANG00000012752) SUGT1 (ENSPANG00000025937) ENSPANG00000044868 NEK3 (ENSPANG00000007571) NEK5 (ENSPANG00000005102) UTP14C (ENSPANG00000004998) ALG11 (ENSPANG00000023959) ATP7B (ENSPANG00000025938) ENSPANG00000021861 CCDC70 (ENSPANG00000045858) TMEM272 (ENSPANG00000029825) DHRS12 (ENSPANG00000031113) Olive baboon MODERN SPECIES 13 ENSPANG00000051085 GRID2 (ENSPANG00000009186) ENSPANG00000046446 ENSPANG00000051321 ENSPANG00000030511 ENSPANG00000045919 SMARCAD1 (ENSPANG00000019757) HPGDS (ENSPANG00000017690) ENSPANG00000037029 ENSPANG00000004585 ENSPANG00000044230 BMPR1B (ENSPANG00000008235) UNC5C (ENSPANG00000000905) PDHA2 (ENSPANG00000026247) STPG2 (ENSPANG00000009976) ENSPANG00000038256 ##22 YIPF7 (ENSPANG00000016828) KCTD8 (ENSPANG00000017025) ENSPANG00000047071 ENSPANG00000034872 GRXCR1 (ENSPANG00000021591) ENSPANG00000037932 ATP8A1 (ENSPANG00000011786) SHISA3 (ENSPANG00000025579) ENSPANG00000041009 ENSPANG00000048230 BEND4 (ENSPANG00000016087) SLC30A9 (ENSPANG00000024558) ENSPANG00000017113 DCAF4L1 (ENSPANG00000013516) TMEM33 (ENSPANG00000031907) Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES 26 ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00740000117159 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES 112 ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b Afrotheria_a ANCESTRAL SPECIES 114 ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 ENSGT00940000154539.b Elephant MODERN SPECIES 473 ENSLAFG00000026572 CDC7 (ENSLAFG00000010296) ENSLAFG00000029473 ENSLAFG00000026439 ENSLAFG00000032517 TGFBR3 (ENSLAFG00000010015) ENSLAFG00000013971 #7 EPHX4 (ENSLAFG00000008858) #9 ENSLAFG00000029279 ENSLAFG00000008859 #12 BTBD8 (ENSLAFG00000028932) #15 GLMN (ENSLAFG00000007781) #17 RPAP2 (ENSLAFG00000007789) #18 GFI1 (ENSLAFG00000018346) #19 EVI5 (ENSLAFG00000018348) #20 ENSLAFG00000011916 ##22 DIPK1A (ENSLAFG00000001048) #23 MTF2 (ENSLAFG00000015037) #26 TMED5 (ENSLAFG00000009076) #27 CCDC18 (ENSLAFG00000009687) #28 DR1 (ENSLAFG00000017540) #29 FNBP1L (ENSLAFG00000016688) #30 BCAR3 (ENSLAFG00000005936) #31 DNTTIP2 (ENSLAFG00000004636) #32 GCLM (ENSLAFG00000013541) #34 ABCA4 (ENSLAFG00000007408) #35 ARHGAP29 (ENSLAFG00000008218) #36 ABCD3 (ENSLAFG00000003729) F3 (ENSLAFG00000012412) SLC44A3 (ENSLAFG00000003210) CNN3 (ENSLAFG00000003212) Hyrax MODERN SPECIES 12180 ENSPCAG00000011865 ##22 DIPK1A (ENSPCAG00000011828) #23 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Capuchin MODERN SPECIES 572 ENSCCAG00000031710 ##22 ZIC3 (ENSCCAG00000025983) Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Bushbaby MODERN SPECIES 210 TTC27 (ENSOGAG00000005977) LTBP1 (ENSOGAG00000002741) RASGRP3 (ENSOGAG00000002747) FAM98A (ENSOGAG00000002751) ENSOGAG00000031060 ENSOGAG00000028705 ##22 CRIM1 (ENSOGAG00000008694) FEZ2 (ENSOGAG00000008701) VIT (ENSOGAG00000008706) STRN (ENSOGAG00000008717) HEATR5B (ENSOGAG00000001384) GPATCH11 (ENSOGAG00000001387) EIF2AK2 (ENSOGAG00000002562) SULT6B1 (ENSOGAG00000002563) CEBPZ (ENSOGAG00000002565) NDUFAF7 (ENSOGAG00000002568) PRKD3 (ENSOGAG00000002569) QPCT (ENSOGAG00000002573) CDC42EP3 (ENSOGAG00000014807) ENSOGAG00000011589 RMDN2 (ENSOGAG00000030823) Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 511 ENSPCOG00000017159 ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Prairie vole MODERN SPECIES 7 Or5h17 (ENSMOCG00000016914) ENSMOCG00000009456 ENSMOCG00000012577 Cldnd1 (ENSMOCG00000014045) Gpr15 (ENSMOCG00000009679) Cpox (ENSMOCG00000017490) ENSMOCG00000020849 ENSMOCG00000001290 Dcbld2 (ENSMOCG00000003711) ENSMOCG00000007463 Col8a1 (ENSMOCG00000012701) Cmss1 (ENSMOCG00000021937) Filip1l (ENSMOCG00000007107) ENSMOCG00000013599 Tmem30c (ENSMOCG00000015756) ENSMOCG00000001124 ##22 Tbc1d23 (ENSMOCG00000016619) Nit2 (ENSMOCG00000018553) Tomm70a (ENSMOCG00000021240) ENSMOCG00000021737 Lnp1 (ENSMOCG00000013183) ENSMOCG00000009243 Tmem45a (ENSMOCG00000010510) Adgrg7 (ENSMOCG00000021146) ENSMOCG00000013742 ENSMOCG00000022104 Fbxo40 (ENSMOCG00000008639) Polq (ENSMOCG00000016969) Stxbp5l (ENSMOCG00000000855) ENSMOCG00000020694 Rabl3 (ENSMOCG00000015237) Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Golden Hamster MODERN SPECIES 624 Sgcz (ENSMAUG00000019739) Dlc1 (ENSMAUG00000017179) Trmt9b (ENSMAUG00000017514) Lonrf1 (ENSMAUG00000019267) Prag1 (ENSMAUG00000011341) Cldn23 (ENSMAUG00000008935) Gm19410 (ENSMAUG00000012977) Eri1 (ENSMAUG00000006186) Ppp1r3b (ENSMAUG00000008079) Tnks (ENSMAUG00000007100) Dusp4 (ENSMAUG00000018224) Saraf (ENSMAUG00000007950) Leprotl1 (ENSMAUG00000011224) Mboat4 (ENSMAUG00000015561) Dctn6 (ENSMAUG00000008454) ENSMAUG00000019334 ##22 Rbpms (ENSMAUG00000018892) Smim18 (ENSMAUG00000012861) Gtf2e2 (ENSMAUG00000003938) Gsr (ENSMAUG00000013110) Ubxn8 (ENSMAUG00000013271) ENSMAUG00000018928 Tex15 (ENSMAUG00000013992) Purg (ENSMAUG00000010214) Wrn (ENSMAUG00000016235) Nrg1 (ENSMAUG00000022160) Fut10 (ENSMAUG00000021420) Mak16 (ENSMAUG00000008496) Tti2 (ENSMAUG00000016364) Rnf122 (ENSMAUG00000009969) Dusp26 (ENSMAUG00000016795) Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 53 Tenm1 (ENSJJAG00000014199) Sh2d1a (ENSJJAG00000000227) ENSJJAG00000012879 Stag2 (ENSJJAG00000020364) ENSJJAG00000023301 Xiap (ENSJJAG00000006601) Thoc2 (ENSJJAG00000017282) Gria3 (ENSJJAG00000011967) ENSJJAG00000008089 ENSJJAG00000021787 Mcts1 (ENSJJAG00000000514) Cul4b (ENSJJAG00000012005) Lamp2 (ENSJJAG00000004795) Tex13c3 (ENSJJAG00000021107) Atp1b4 (ENSJJAG00000012799) ENSJJAG00000024118 ##22 Tmem255a (ENSJJAG00000011698) Zbtb33 (ENSJJAG00000005119) ENSJJAG00000019780 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 17 NDUFS1 (ENSHGLG00000015179) INO80D (ENSHGLG00000018537) ENSHGLG00000049876 NRP2 (ENSHGLG00000010562) PARD3B (ENSHGLG00000004982) ENSHGLG00000048100 ENSHGLG00000016877 ENSHGLG00000043313 ICOS (ENSHGLG00000008777) CTLA4 (ENSHGLG00000009115) CD28 (ENSHGLG00000037192) ENSHGLG00000005031 ABI2 (ENSHGLG00000007481) CYP20A1 (ENSHGLG00000050312) NBEAL1 (ENSHGLG00000004471) ENSHGLG00000037622 ##22 CARF (ENSHGLG00000007326) ENSHGLG00000020889 ENSHGLG00000004722 WDR12 (ENSHGLG00000004891) ICA1L (ENSHGLG00000007772) ENSHGLG00000032915 ENSHGLG00000042809 FAM117B (ENSHGLG00000010337) BMPR2 (ENSHGLG00000004325) ENSHGLG00000034448 ENSHGLG00000037661 ENSHGLG00000011278 SUMO1 (ENSHGLG00000016423) KIAA2012 (ENSHGLG00000016559) FZD7 (ENSHGLG00000033977) Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Mustelinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Ferret MODERN SPECIES 220 CACNB2 (ENSMPUG00000011897) SLC39A12 (ENSMPUG00000011888) MRC1 (ENSMPUG00000011716) ENSMPUG00000011706 ENSMPUG00000011701 STAM (ENSMPUG00000011635) HACD1 (ENSMPUG00000011613) ST8SIA6 (ENSMPUG00000011607) VIM (ENSMPUG00000011602) TRDMT1 (ENSMPUG00000011532) CUBN (ENSMPUG00000011521) RSU1 (ENSMPUG00000011518) C1QL3 (ENSMPUG00000011515) PTER (ENSMPUG00000011511) MINDY3 (ENSMPUG00000011496) ENSMPUG00000011484 ##22 ITGA8 (ENSMPUG00000011474) Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Blue whale MODERN SPECIES CNKSR1 (ENSBMSG00010006179) CATSPER4 (ENSBMSG00010006207) CEP85 (ENSBMSG00010006227) SH3BGRL3 (ENSBMSG00010006248) UBXN11 (ENSBMSG00010006285) ENSBMSG00010006397 CRYBG2 (ENSBMSG00010006433) ZNF683 (ENSBMSG00010006527) ENSBMSG00010006545 DHDDS (ENSBMSG00010006583) ENSBMSG00010006614 ENSBMSG00010006627 RPS6KA1 (ENSBMSG00010006719) ARID1A (ENSBMSG00010006900) PIGV (ENSBMSG00010006940) ENSBMSG00010006951 ##22 ZDHHC18 (ENSBMSG00010006969) SFN (ENSBMSG00010006986) GPN2 (ENSBMSG00010006997) GPATCH3 (ENSBMSG00010007019) NR0B2 (ENSBMSG00010007031) NUDC (ENSBMSG00010007048) KDF1 (ENSBMSG00010007059) ENSBMSG00010007072 TRNP1 (ENSBMSG00010007081) TENT5B (ENSBMSG00010007093) SLC9A1 (ENSBMSG00010007105) WDTC1 (ENSBMSG00010007126) TMEM222 (ENSBMSG00010007152) SYTL1 (ENSBMSG00010007172) MAP3K6 (ENSBMSG00010007232) Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.b ##22 Wild yak MODERN SPECIES 194 ENSBMUG00000003102 FOXA2 (ENSBMUG00000003127) PAX1 (ENSBMUG00000003140) ENSBMUG00000003171 NKX2-2 (ENSBMUG00000003181) XRN2 (ENSBMUG00000003295) KIZ (ENSBMUG00000003411) RALGAPA2 (ENSBMUG00000003599) CFAP61 (ENSBMUG00000003762) CRNKL1 (ENSBMUG00000003809) NAA20 (ENSBMUG00000003835) RIN2 (ENSBMUG00000003883) ENSBMUG00000003910 SLC24A3 (ENSBMUG00000003930) SCP2D1 (ENSBMUG00000003945) ENSBMUG00000003967 ##22 DTD1 (ENSBMUG00000004000) SMIM26 (ENSBMUG00000004015) SEC23B (ENSBMUG00000004165) RBBP9 (ENSBMUG00000004226) POLR3F (ENSBMUG00000004240) DZANK1 (ENSBMUG00000004305) ENSBMUG00000004403 Yarkand deer MODERN SPECIES 17 ENSCHYG00000014271 ENSCHYG00000014393 ENSCHYG00000014542 ENSCHYG00000014603 ENSCHYG00000014662 ENSCHYG00000014846 ENSCHYG00000014962 ENSCHYG00000015102 ENSCHYG00000015181 ENSCHYG00000015636 ENSCHYG00000016939 ENSCHYG00000016989 ENSCHYG00000017216 OCLN (ENSCHYG00000018020) ENSCHYG00000018120 ENSCHYG00000018540 ##22 MARVELD2 (ENSCHYG00000018621) RAD17 (ENSCHYG00000018850) CCDC125 (ENSCHYG00000019380) ENSCHYG00000019682 ENSCHYG00000019737 ENSCHYG00000020199 CENPH (ENSCHYG00000020280) ENSCHYG00000020416 SLC30A5 (ENSCHYG00000020535) PIK3R1 (ENSCHYG00000020787) ENSCHYG00000021145 ENSCHYG00000021279 ENSCHYG00000022220 ENSCHYG00000022256 ENSCHYG00000022367 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Atlantogenata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Afrotheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Tenrec MODERN SPECIES 2151 ENSETEG00000009889 ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Odontoceti ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Sperm whale MODERN SPECIES 8 ENSPCTG00005007076 RPS9 (ENSPCTG00005006998) TSEN34 (ENSPCTG00005006932) MBOAT7 (ENSPCTG00005006901) TMC4 (ENSPCTG00005006772) LENG1 (ENSPCTG00005006747) CNOT3 (ENSPCTG00005006695) PRPF31 (ENSPCTG00005006633) TFPT (ENSPCTG00005006601) NDUFA3 (ENSPCTG00005006542) OSCAR (ENSPCTG00005006497) ENSPCTG00005006483 ENSPCTG00005006457 PRKCG (ENSPCTG00005006422) CACNG7 (ENSPCTG00005006375) ENSPCTG00005006352 ##22 ENSPCTG00005006307 ZNF331 (ENSPCTG00005006285) ENSPCTG00005006262 ENSPCTG00005006252 ENSPCTG00005006226 ENSPCTG00005006208 ENSPCTG00005006192 ENSPCTG00005006176 ENSPCTG00005006163 ENSPCTG00005006148 ENSPCTG00005006116 ENSPCTG00005006105 ENSPCTG00005006089 ENSPCTG00005006074 ENSPCTG00005006066 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Goat MODERN SPECIES 23 ENSCHIG00000013950 C1GALT1 (ENSCHIG00000025282) COL28A1 (ENSCHIG00000015742) MIOS (ENSCHIG00000011181) ENSCHIG00000023481 UMAD1 (ENSCHIG00000017252) GLCCI1 (ENSCHIG00000022941) ICA1 (ENSCHIG00000025576) ENSCHIG00000014633 NXPH1 (ENSCHIG00000010196) ENSCHIG00000008770 ENSCHIG00000013651 ENSCHIG00000014929 PHF14 (ENSCHIG00000027088) THSD7A (ENSCHIG00000009207) ENSCHIG00000022399 ##22 TMEM106B (ENSCHIG00000020985) ENSCHIG00000023500 ENSCHIG00000014812 ENSCHIG00000012097 SCIN (ENSCHIG00000014472) ARL4A (ENSCHIG00000011984) ETV1 (ENSCHIG00000012179) DGKB (ENSCHIG00000020976) ENSCHIG00000013216 AGMO (ENSCHIG00000014570) MEOX2 (ENSCHIG00000014002) CRPPA (ENSCHIG00000025120) SOSTDC1 (ENSCHIG00000012330) LRRC72 (ENSCHIG00000014559) ANKMY2 (ENSCHIG00000001875) Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Felidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Cat MODERN SPECIES 239 ENSFCAG00000029654 BARHL2 (ENSFCAG00000029532) ZNF644 (ENSFCAG00000003115) HFM1 (ENSFCAG00000029116) CDC7 (ENSFCAG00000029587) TGFBR3 (ENSFCAG00000012148) BRDT (ENSFCAG00000024034) #7 EPHX4 (ENSFCAG00000001592) #9 BTBD8 (ENSFCAG00000027961) #15 CC1H1orf146 (ENSFCAG00000000151) #16 GLMN (ENSFCAG00000027386) #17 RPAP2 (ENSFCAG00000027703) #18 GFI1 (ENSFCAG00000005914) #19 EVI5 (ENSFCAG00000005915) #20 TCEB2 (ENSFCAG00000026327) ENSFCAG00000037590 ##22 DIPK1A (ENSFCAG00000024680) #23 MTF2 (ENSFCAG00000015025) #26 TMED5 (ENSFCAG00000031097) #27 CCDC18 (ENSFCAG00000015028) #28 DR1 (ENSFCAG00000012458) #29 FNBP1L (ENSFCAG00000031485) #30 BCAR3 (ENSFCAG00000005535) #31 DNTTIP2 (ENSFCAG00000031703) #32 GCLM (ENSFCAG00000032882) #34 ABCA4 (ENSFCAG00000015512) #35 ARHGAP29 (ENSFCAG00000031621) #36 ABCD3 (ENSFCAG00000012766) F3 (ENSFCAG00000012767) SLC44A3 (ENSFCAG00000015094) ENSFCAG00000052327 Caniformia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Caniformia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Ursidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Giant Panda DUPLICATION Giant Panda DUPLICATION Giant Panda DUPLICATION Giant Panda MODERN SPECIES 1342 ENSAMEG00000025940 ##22 Giant Panda MODERN SPECIES 1894 ENSAMEG00000024471 ##22 Giant Panda MODERN SPECIES 1825 ENSAMEG00000024915 ##22 Giant Panda MODERN SPECIES 718 ENSAMEG00000026328 ##22 Giant Panda MODERN SPECIES 11 ZNF326 (ENSAMEG00000000495) BARHL2 (ENSAMEG00000029067) ZNF644 (ENSAMEG00000008669) HFM1 (ENSAMEG00000000432) CDC7 (ENSAMEG00000000492) TGFBR3 (ENSAMEG00000000512) BRDT (ENSAMEG00000000536) #7 ENSAMEG00000004215 ENSAMEG00000000576 #9 ENSAMEG00000030276 ENSAMEG00000013910 #16 ENSAMEG00000013877 #17 RPAP2 (ENSAMEG00000013862) #18 GFI1 (ENSAMEG00000031156) #19 EVI5 (ENSAMEG00000009896) #20 RPL5 (ENSAMEG00000009878) ##22 DIPK1A (ENSAMEG00000009868) #23 MTF2 (ENSAMEG00000009820) #26 TMED5 (ENSAMEG00000009807) #27 CCDC18 (ENSAMEG00000009774) #28 DR1 (ENSAMEG00000009760) #29 FNBP1L (ENSAMEG00000009719) #30 BCAR3 (ENSAMEG00000009691) #31 DNTTIP2 (ENSAMEG00000009682) #32 GCLM (ENSAMEG00000009664) #34 ABCA4 (ENSAMEG00000009466) #35 ENSAMEG00000009510 ARHGAP29 (ENSAMEG00000009423) #36 ABCD3 (ENSAMEG00000009364) F3 (ENSAMEG00000009345) SLC44A3 (ENSAMEG00000009325) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 15 MYOT (ENSSVLG00005009704) ENSSVLG00005009891 MCC (ENSSVLG00005010115) YTHDC2 (ENSSVLG00005010386) ENSSVLG00005010432 KCNN2 (ENSSVLG00005010478) TRIM36 (ENSSVLG00005010757) ENSSVLG00005011064 PGGT1B (ENSSVLG00005011153) CCDC112 (ENSSVLG00005011212) FEM1C (ENSSVLG00005011351) TICAM2 (ENSSVLG00005011394) TMED7 (ENSSVLG00005011408) CDO1 (ENSSVLG00005011463) ATG12 (ENSSVLG00005011551) ENSSVLG00005011595 ##22 ENSSVLG00005011641 LVRN (ENSSVLG00005011828) ARL14EPL (ENSSVLG00005012343) COMMD10 (ENSSVLG00005012399) ENSSVLG00005012468 SEMA6A (ENSSVLG00005012549) DTWD2 (ENSSVLG00005012756) ENSSVLG00005012914 DMXL1 (ENSSVLG00005013390) TNFAIP8 (ENSSVLG00005013590) HSD17B4 (ENSSVLG00005014102) ENSSVLG00005015334 FAM170A (ENSSVLG00005015371) ENSSVLG00005015426 ENSSVLG00005015460 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Naked mole-rat female MODERN SPECIES 10 ENSHGLG00000037982 ABCA4 (ENSHGLG00000016293) #35 GCLM (ENSHGLG00000049623) #34 ENSHGLG00000016483 #32 BCAR3 (ENSHGLG00000009405) #31 FNBP1L (ENSHGLG00000033036) #30 ENSHGLG00000004219 #29 CCDC18 (ENSHGLG00000004402) #28 ENSHGLG00000032551 ENSHGLG00000006551 #27 ENSHGLG00000007932 #26 ENSHGLG00000049269 ENSHGLG00000045561 ENSHGLG00000004684 #23 ENSHGLG00000004717 ##22 ENSHGLG00000006656 ##22 EVI5 (ENSHGLG00000005267) #20 ENSHGLG00000047533 GFI1 (ENSHGLG00000008020) #19 ENSHGLG00000046873 RPAP2 (ENSHGLG00000009983) #18 ENSHGLG00000011940 #17 ENSHGLG00000012510 #16 ENSHGLG00000012851 BTBD8 (ENSHGLG00000008571) #15 ENSHGLG00000046149 ENSHGLG00000033060 ENSHGLG00000010230 #9 BRDT (ENSHGLG00000004317) #7 ENSHGLG00000046123 ENSHGLG00000004997 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Gibbon MODERN SPECIES 23 RC3H2 (ENSNLEG00000017204) ZBTB6 (ENSNLEG00000035883) ZBTB26 (ENSNLEG00000017215) RABGAP1 (ENSNLEG00000017216) ENSNLEG00000030097 STRBP (ENSNLEG00000017223) ENSNLEG00000017244 DENND1A (ENSNLEG00000017247) ENSNLEG00000034780 LHX2 (ENSNLEG00000028123) NEK6 (ENSNLEG00000017263) PSMB7 (ENSNLEG00000036020) ENSNLEG00000033335 NR5A1 (ENSNLEG00000017282) NR6A1 (ENSNLEG00000017287) ENSNLEG00000035190 ##22 ENSNLEG00000033577 OLFML2A (ENSNLEG00000017289) WDR38 (ENSNLEG00000017294) ENSNLEG00000031655 ARPC5L (ENSNLEG00000017306) GOLGA1 (ENSNLEG00000017311) SCAI (ENSNLEG00000017321) ENSNLEG00000030118 PPP6C (ENSNLEG00000017324) ENSNLEG00000035575 RABEPK (ENSNLEG00000017333) HSPA5 (ENSNLEG00000017348) GAPVD1 (ENSNLEG00000017358) MAPKAP1 (ENSNLEG00000017378) ENSNLEG00000035312 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00390000017352.c ENSGT00940000161594 ENSGT00940000162139 ENSGT00730000111694 ENSGT00500000044923 ENSGT00940000158274 ENSGT00940000157609 ENSGT00390000001197 ENSGT00390000012626 ENSGT00390000000483.a.b ENSGT00390000011381 ENSGT00940000156697 ENSGT00940000158585 ENSGT00940000163757 ENSGT00390000011408 ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 ENSGT00940000160175.b ENSGT00570000079216 ENSGT00940000161547 ENSGT00390000015226.d ENSGT00410000028211 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000007203 ENSGT00910000146909 ENSGT00940000160573 ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00940000153713.E ENSGT00390000013415.a.a ENSGT00950000182864.a.a ENSGT00940000160593 ENSGT00550000075030.m Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00390000017352.c ENSGT00940000161594 ENSGT00940000162139 ENSGT00730000111694 ENSGT00500000044923 ENSGT00940000158274 ENSGT00940000157609 ENSGT00390000001197 ENSGT00390000012626 ENSGT00390000000483.a.b ENSGT00390000011381 ENSGT00940000156697 ENSGT00940000158585 ENSGT00940000163757 ENSGT00390000011408 ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 ENSGT00940000160175.b ENSGT00570000079216 ENSGT00940000161547 ENSGT00390000015226.d ENSGT00410000028211 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000007203 ENSGT00910000146909 ENSGT00940000160573 ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00940000153713.E ENSGT00390000013415.a.a ENSGT00950000182864.a.a ENSGT00940000160593 ENSGT00550000075030.m Pan ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00390000017352.c ENSGT00940000161594 ENSGT00940000162139 ENSGT00500000044923 ENSGT00940000158274 ENSGT00940000157609 ENSGT00390000001197 ENSGT00390000012626 ENSGT00390000000483.a.b ENSGT00390000011381 ENSGT00940000156697 ENSGT00940000158585 ENSGT00940000163757 ENSGT00940000163231 ENSGT00390000011408 ENSGT00950000183210.d.a.d ##22 ENSGT00940000160175.b ENSGT00570000079216 ENSGT00940000161547 ENSGT00390000015226.d ENSGT00410000028211 ENSGT00940000160735 ENSGT00390000007203 ENSGT00910000146909 ENSGT00940000160573 ENSGT01030000234527.A.a.b.a.b ENSGT00940000153713.E ENSGT00390000013415.a.a ENSGT00950000182864.a.a ENSGT00940000160593 ENSGT00550000075030.m Chimpanzee MODERN SPECIES 1 CYP2E1 (ENSPTRG00000003099) ENSPTRG00000003097 SPRN (ENSPTRG00000032553) ENSPTRG00000003096 PAOX (ENSPTRG00000003095) ECHS1 (ENSPTRG00000003094) FUOM (ENSPTRG00000003093) ENSPTRG00000003090 CALY (ENSPTRG00000003091) ZNF511 (ENSPTRG00000049864) TUBGCP2 (ENSPTRG00000003089) ADAM8 (ENSPTRG00000043649) VENTX (ENSPTRG00000003087) UTF1 (ENSPTRG00000052316) KNDC1 (ENSPTRG00000003085) ENSPTRG00000050894 ##22 ADGRA1 (ENSPTRG00000003084) CFAP46 (ENSPTRG00000043088) NKX6-2 (ENSPTRG00000003080) INPP5A (ENSPTRG00000003079) ENSPTRG00000029651 PWWP2B (ENSPTRG00000029653) LRRC27 (ENSPTRG00000003075) ENSPTRG00000045473 STK32C (ENSPTRG00000003074) DPYSL4 (ENSPTRG00000003073) JAKMIP3 (ENSPTRG00000003069) BNIP3 (ENSPTRG00000003067) PPP2R2D (ENSPTRG00000003065) TCERG1L (ENSPTRG00000003063) GLRX3 (ENSPTRG00000003060) Bonobo MODERN SPECIES 1 SYCE1 (ENSPPAG00000027583) CYP2E1 (ENSPPAG00000035698) ENSPPAG00000034791 MTG1 (ENSPPAG00000031365) PAOX (ENSPPAG00000031960) ECHS1 (ENSPPAG00000035641) FUOM (ENSPPAG00000029430) PRAP1 (ENSPPAG00000041958) CALY (ENSPPAG00000043079) ZNF511 (ENSPPAG00000021412) TUBGCP2 (ENSPPAG00000039241) ADAM8 (ENSPPAG00000043382) VENTX (ENSPPAG00000039051) KNDC1 (ENSPPAG00000038779) ENSPPAG00000034741 ##22 ENSPPAG00000034075 CFAP46 (ENSPPAG00000033392) ENSPPAG00000029487 INPP5A (ENSPPAG00000042036) ENSPPAG00000043287 PWWP2B (ENSPPAG00000030691) LRRC27 (ENSPPAG00000037277) ENSPPAG00000038412 STK32C (ENSPPAG00000041312) DPYSL4 (ENSPPAG00000035043) JAKMIP3 (ENSPPAG00000040235) ENSPPAG00000042885 ENSPPAG00000021368 ENSPPAG00000017086 ENSPPAG00000038899 Gorilla MODERN SPECIES 1 CYP2E1 (ENSGGOG00000002962) SCART1 (ENSGGOG00000004739) MTG1 (ENSGGOG00000004729) PAOX (ENSGGOG00000004725) ECHS1 (ENSGGOG00000004721) FUOM (ENSGGOG00000004716) 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ENSGT00940000157693 ENSGT00940000161225 ENSGT00950000183104.A.a.a ENSGT01050000244838.H.d ENSGT00390000011838 ENSGT00390000018402 ENSGT00940000155060.C.b Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES 50 ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.a #22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00940000155124 ENSGT00940000161104 ENSGT00390000006224 ENSGT00390000014984 ENSGT00620000088018.e ENSGT00390000003015 ENSGT00510000048988 ENSGT00940000157693 ENSGT00940000161225 ENSGT00950000183104.A.a.a ENSGT01050000244838.H.d ENSGT00390000011838 ENSGT00390000018402 ENSGT00940000155060.C.b Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a.a #22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00940000155124 ENSGT00940000161104 ENSGT00390000006224 ENSGT00390000014984 ENSGT00620000088018.e ENSGT00390000003015 ENSGT00510000048988 ENSGT00940000157693 ENSGT00940000161225 ENSGT00950000183104.A.a.a ENSGT01050000244838.H.d ENSGT00390000011838 ENSGT00390000018402 ENSGT00940000155060.C.b Common wonbat MODERN SPECIES 1060 ENSVURG00010001498 BARHL2 (ENSVURG00010001472) ZNF644 (ENSVURG00010001441) ENSVURG00010001419 CDC7 (ENSVURG00010001369) TGFBR3 (ENSVURG00010001277) ENSVURG00010001242 #7 EPHX4 (ENSVURG00010001217) #9 ENSVURG00010001198 BTBD8 (ENSVURG00010001173) #15 ENSVURG00010001147 #16 GLMN (ENSVURG00010001118) #17 RPAP2 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(ENSMODG00000011324) ENSMODG00000011310 SZT2 (ENSMODG00000011289) KDM4A (ENSMODG00000003080) Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.b #22 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.b #22 Tasmanian devil MODERN SPECIES 4 IRF5 (ENSSHAG00000006683) KCP (ENSSHAG00000005683) ATP6V1FNB (ENSSHAG00000005474) ATP6V1F (ENSSHAG00000021210) ENSSHAG00000003962 FLNC (ENSSHAG00000004623) OPN1SW (ENSSHAG00000021418) CALU (ENSSHAG00000002536) GARIN1B (ENSSHAG00000021537) ENSSHAG00000022514 IMPDH1 (ENSSHAG00000024079) PRRT4 (ENSSHAG00000029521) RBM28 (ENSSHAG00000017017) LEP (ENSSHAG00000024371) LRRC4 (ENSSHAG00000020655) ENSSHAG00000031981 #22 SND1 (ENSSHAG00000015359) ENSSHAG00000015143 FSCN3 (ENSSHAG00000015072) ARF5 (ENSSHAG00000022657) GCC1 (ENSSHAG00000015034) ZNF800 (ENSSHAG00000014391) ENSSHAG00000022164 GRM8 (ENSSHAG00000008019) POT1 (ENSSHAG00000015868) GPR37 (ENSSHAG00000028962) TMEM229A (ENSSHAG00000020692) ENSSHAG00000011812 HYAL4 (ENSSHAG00000008511) ENSSHAG00000011027 WASL (ENSSHAG00000030619) Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.b #22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.b #22 Common wonbat MODERN SPECIES 1066 ENSVURG00010006835 ENSVURG00010006802 ENSVURG00010006786 ENSVURG00010006769 MTAP (ENSVURG00010006757) ENSVURG00010006754 ENSVURG00010006749 CDKN2B (ENSVURG00010006741) DMRTA1 (ENSVURG00010006734) ELAVL2 (ENSVURG00010006699) ENSVURG00010006681 ENSVURG00010006661 ENSVURG00010006647 ENSVURG00010006632 ENSVURG00010006621 ENSVURG00010006602 #22 CAAP1 (ENSVURG00010006584) PLAA (ENSVURG00010006575) LRRC19 (ENSVURG00010006571) IFT74 (ENSVURG00010006558) TEK (ENSVURG00010006447) ENSVURG00010006427 MOB3B (ENSVURG00010006420) C9orf72 (ENSVURG00010006400) ENSVURG00010006387 LINGO2 (ENSVURG00010006377) ENSVURG00010006349 ENSVURG00010006340 ##22 ACO1 (ENSVURG00010006312) RIGI (ENSVURG00010006292) TOPORS (ENSVURG00010006285) Platypus MODERN SPECIES 15 LRRC8C (ENSOANG00000010843) LRRC8D (ENSOANG00000015885) ZNF326 (ENSOANG00000009225) BARHL2 (ENSOANG00000009226) ZNF644 (ENSOANG00000007039) HFM1 (ENSOANG00000004679) CDC7 (ENSOANG00000014786) TGFBR3 (ENSOANG00000046247) BRDT (ENSOANG00000000445) #7 ENSOANG00000012481 #9 BTBD8 (ENSOANG00000013372) #15 GLMN (ENSOANG00000013370) #17 RPAP2 (ENSOANG00000004403) #18 ENSOANG00000038097 #19 EVI5 (ENSOANG00000001021) #20 RPL5 (ENSOANG00000004669) #22 DIPK1A (ENSOANG00000037155) #23 MTF2 (ENSOANG00000008849) #26 TMED5 (ENSOANG00000039591) #27 CCDC18 (ENSOANG00000001148) #28 DR1 (ENSOANG00000043185) #29 FNBP1L (ENSOANG00000001948) #30 BCAR3 (ENSOANG00000032140) #31 ENSOANG00000036621 #32 GCLM (ENSOANG00000005984) #34 ENSOANG00000008840 ABCA4 (ENSOANG00000046377) #35 ENSOANG00000003532 #36 ABCD3 (ENSOANG00000011392) ENSOANG00000022074 SLC44A3 (ENSOANG00000011157) Sauria ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000177865.c ENSGT01100000263475.d.a ENSGT00980000198488.n ENSGT00940000160381 ENSGT00940000161157 ENSGT00940000153385.b.a.b 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ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a #22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00940000155412.a.b ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00950000182886.a.a.a ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 Archosauria ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000177865.c ENSGT00940000156233 #9 ENSGT00940000164497 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a #22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00940000155412.a.b ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00950000182886.a.a.a ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 Australian saltwater crocodile MODERN SPECIES 28 ZNF326 (ENSCPRG00005016840) BARHL2 (ENSCPRG00005016827) ZNF644 (ENSCPRG00005016821) HFM1 (ENSCPRG00005016804) CDC7 (ENSCPRG00005016740) TGFBR3 (ENSCPRG00005016613) ENSCPRG00005016584 #7 EPHX4 (ENSCPRG00005016579) #9 ENSCPRG00005016574 #15 ENSCPRG00005016571 #15 C1orf146 (ENSCPRG00005016568) #16 GLMN (ENSCPRG00005016565) #17 RPAP2 (ENSCPRG00005016561) #18 GFI1 (ENSCPRG00005016556) #19 EVI5 (ENSCPRG00005016539) #20 RPL5 (ENSCPRG00005016521) #22 DIPK1A (ENSCPRG00005016519) #23 ENSCPRG00005016517 #26 ENSCPRG00005016514 #26 TMED5 (ENSCPRG00005016513) #27 CCDC18 (ENSCPRG00005016502) #28 ENSCPRG00005016493 FNBP1L (ENSCPRG00005016484) #30 BCAR3 (ENSCPRG00005016478) #31 DNTTIP2 (ENSCPRG00005016464) #32 ENSCPRG00005016455 ABCA4 (ENSCPRG00005015301) #35 ARHGAP29 (ENSCPRG00005014916) #36 ABCD3 (ENSCPRG00005014903) F3 (ENSCPRG00005014884) SLC44A3 (ENSCPRG00005014876) Aves ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000177865.c ENSGT00940000156233 #9 ENSGT00940000164497 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a #22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00940000155412.a.b ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00950000182886.a.a.a ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 African ostrich MODERN SPECIES 875 LRRC8D 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ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00950000182886.a.a.a ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 Chinese turtle MODERN SPECIES 377 BTBD8 (ENSPSIG00000008836) #15 C1orf146 (ENSPSIG00000008815) #16 ENSPSIG00000008811 #17 ENSPSIG00000008802 #17 RPAP2 (ENSPSIG00000008792) #18 GFI1 (ENSPSIG00000008734) #19 ENSPSIG00000001599 EVI5 (ENSPSIG00000008714) #20 RPL5 (ENSPSIG00000008642) #22 DIPK1A (ENSPSIG00000008617) #23 MTF2 (ENSPSIG00000008513) #26 TMED5 (ENSPSIG00000008508) #27 CCDC18 (ENSPSIG00000008498) #28 ENSPSIG00000008453 DR1 (ENSPSIG00000008429) #29 FNBP1L (ENSPSIG00000008423) #30 BCAR3 (ENSPSIG00000008285) #31 DNTTIP2 (ENSPSIG00000008273) #32 GCLM (ENSPSIG00000008171) #34 ENSPSIG00000008120 ABCA4 (ENSPSIG00000007886) #35 ARHGAP29 (ENSPSIG00000007870) #36 ABCD3 (ENSPSIG00000007500) F3 (ENSPSIG00000007463) Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b 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ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a #22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00940000155412.a.b ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00950000182886.a.a.a ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 Three-toed box turtle DUPLICATION Three-toed box turtle MODERN SPECIES 97 ENSTMTG00000008869 ENSTMTG00000008850 ENSTMTG00000008841 ENSTMTG00000008804 ENSTMTG00000008772 ENSTMTG00000008741 ENSTMTG00000008724 #7 ENSTMTG00000008671 #9 ENSTMTG00000008629 #15 ENSTMTG00000008622 #15 ENSTMTG00000008611 #16 ENSTMTG00000008511 #17 ENSTMTG00000008424 #18 ENSTMTG00000008338 #19 ENSTMTG00000008201 #20 ENSTMTG00000008160 #22 ENSTMTG00000008106 #23 ENSTMTG00000008069 #26 ENSTMTG00000008061 #27 ENSTMTG00000007934 #28 ENSTMTG00000007904 ENSTMTG00000007895 #29 ENSTMTG00000007458 #30 ENSTMTG00000007395 #31 ENSTMTG00000007376 #32 ENSTMTG00000007336 ENSTMTG00000007309 #35 ENSTMTG00000007231 #35 ENSTMTG00000007208 #36 ENSTMTG00000004643 ENSTMTG00000004336 Three-toed box turtle MODERN SPECIES 98 ENSTMTG00000005656 ENSTMTG00000005637 ENSTMTG00000005614 ENSTMTG00000005601 ENSTMTG00000005569 ENSTMTG00000005541 ENSTMTG00000005519 #7 ENSTMTG00000005486 #9 ENSTMTG00000005453 #15 ENSTMTG00000005443 #15 ENSTMTG00000005376 #16 ENSTMTG00000005329 #17 ENSTMTG00000005285 #18 ENSTMTG00000005265 #19 ENSTMTG00000005152 #20 ENSTMTG00000005121 #22 ENSTMTG00000005115 #23 ENSTMTG00000005073 #26 ENSTMTG00000005054 #27 ENSTMTG00000004907 #28 ENSTMTG00000004864 ENSTMTG00000004854 #29 ENSTMTG00000004815 #30 ENSTMTG00000004764 #31 ENSTMTG00000004742 #32 ENSTMTG00000004667 ENSTMTG00000004629 #35 ENSTMTG00000004556 #35 ENSTMTG00000004483 #36 ENSTMTG00000004191 ENSTMTG00000004134 painted turtle MODERN SPECIES 714 LRRC8D (ENSCPBG00000015680) ZNF326 (ENSCPBG00000015682) BARHL2 (ENSCPBG00000015683) ZNF644 (ENSCPBG00000015686) CDC7 (ENSCPBG00000015690) TGFBR3 (ENSCPBG00000015692) BRDT (ENSCPBG00000015696) #7 EPHX4 (ENSCPBG00000015728) #9 BTBD8 (ENSCPBG00000015731) #15 GLMN (ENSCPBG00000015735) #17 C1orf146 (ENSCPBG00000015738) #16 RPAP2 (ENSCPBG00000015739) #18 ENSCPBG00000015742 #19 ENSCPBG00000015744 #19 EVI5 (ENSCPBG00000015746) #20 RPL5 (ENSCPBG00000015749) #22 DIPK1A (ENSCPBG00000015751) #23 ENSCPBG00000015756 DOC2B (ENSCPBG00000015758) ENSCPBG00000015760 ENSCPBG00000015762 RFLNB (ENSCPBG00000015764) VPS53 (ENSCPBG00000015765) TLCD3A (ENSCPBG00000015766) GEMIN4 (ENSCPBG00000015769) ENSCPBG00000015787 GLOD4 (ENSCPBG00000015792) ENSCPBG00000015794 NXN (ENSCPBG00000015796) ENSCPBG00000015799 ENSCPBG00000015800 Testudinidae ANCESTRAL SPECIES 23 ENSGT00940000154043.B ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b 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ABCD3 (ENSSPUG00000002055) Episquamata ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000158611 ENSGT01060000248660 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000177865.c ENSGT01010000226765 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a.f #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.a #22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00390000012596 ENSGT00940000157704 ENSGT00940000157718 ENSGT00940000156181.B ENSGT00940000158610 ENSGT00940000155315 ENSGT00500000044896 ENSGT01050000244924.a.b ENSGT00390000000954 ENSGT00390000004175 ENSGT01010000222313.A.b.a.d ENSGT00390000002579 ENSGT00940000154539.b ENSGT00940000160336 Laterata ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000177865.c ENSGT00940000156233.m.b #9 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(ENSNNAG00000000841) #20 RPL5 (ENSNNAG00000000963) #22 DIPK1A (ENSNNAG00000000987) #23 AGL (ENSNNAG00000001104) FRRS1 (ENSNNAG00000001296) PALMD (ENSNNAG00000001340) PLPPR4 (ENSNNAG00000001390) PLPPR5 (ENSNNAG00000001414) SNX7 (ENSNNAG00000001433) ENSNNAG00000001460 DPYD (ENSNNAG00000001862) ENSNNAG00000002156 ENSNNAG00000002177 RWDD3 (ENSNNAG00000002199) HCCS (ENSNNAG00000002214) TLCD4 (ENSNNAG00000002222) ALG14 (ENSNNAG00000002228) Lizard DUPLICATION Lizard MODERN SPECIES 3 ENSACAG00000044551 ZNF644 (ENSACAG00000001608) HFM1 (ENSACAG00000021072) CDC7 (ENSACAG00000001503) TGFBR3 (ENSACAG00000001384) ENSACAG00000039264 BRDT (ENSACAG00000004674) #7 EPHX4 (ENSACAG00000029591) #9 BTBD8 (ENSACAG00000004659) #15 C1orf146 (ENSACAG00000004656) #16 GLMN (ENSACAG00000004573) #17 ENSACAG00000037817 RPAP2 (ENSACAG00000004529) #18 GFI1 (ENSACAG00000002822) #19 EVI5 (ENSACAG00000004351) #20 ENSACAG00000004265 #22 DIPK1A (ENSACAG00000035812) #23 AGL (ENSACAG00000003990) ENSACAG00000003989 FRRS1 (ENSACAG00000003958) PALMD (ENSACAG00000003937) PLPPR4 (ENSACAG00000003883) ENSACAG00000029583 PLPPR5 (ENSACAG00000029291) SNX7 (ENSACAG00000000581) ENSACAG00000038791 ENSACAG00000044204 ENSACAG00000041496 ENSACAG00000039514 ENSACAG00000035101 DPYD (ENSACAG00000005513) Lizard MODERN SPECIES 532 ENSACAG00000001019 #22 Amniota ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Sauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Archelosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Cryptodira ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Testudinoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Emydidae ANCESTRAL SPECIES 41 ENSGT00390000007046.b.a.a ENSGT00950000182767.b.a.b.b.a ENSGT00940000156965 ENSGT00390000016976 ENSGT00940000154544 ENSGT00390000010591 ENSGT00390000012248 ENSGT00940000157885 ENSGT00390000004284 ENSGT00940000156530.c ENSGT00390000018052 ENSGT00950000183091.A.b ENSGT00390000015405 ENSGT00390000009597 ENSGT00940000156327 ENSGT00950000183210.d.b ##22 ENSGT00940000156841 ENSGT00940000154556 ENSGT00940000154958 ENSGT00810000125473.A ENSGT00940000157081 ENSGT00530000063867.b ENSGT00390000001858 ENSGT00940000154186.a ENSGT00940000155337 ENSGT00950000183050.b.b.a ENSGT00390000000583 ENSGT00940000153464.B ENSGT00530000063410.a ENSGT00390000016551 ENSGT00940000161234 Three-toed box turtle MODERN SPECIES 62 PCSK2 (ENSTMTG00000012469) BFSP1 (ENSTMTG00000012375) ENSTMTG00000012352 ENSTMTG00000012328 FBXO48 (ENSTMTG00000012318) PLEK (ENSTMTG00000012307) CNRIP1 (ENSTMTG00000012284) PPP3R1 (ENSTMTG00000012270) PNO1 (ENSTMTG00000012253) DNAAF10 (ENSTMTG00000012232) C1D (ENSTMTG00000012215) ENSTMTG00000012204 ENSTMTG00000012186 ENSTMTG00000012173 MEIS1 (ENSTMTG00000012126) ENSTMTG00000012102 ##22 SPRED2 (ENSTMTG00000012084) ACTR2 (ENSTMTG00000012053) RAB1A (ENSTMTG00000012038) CEP68 (ENSTMTG00000012027) ENSTMTG00000012010 SERTAD2 (ENSTMTG00000012002) ENSTMTG00000011985 AFTPH (ENSTMTG00000011932) LGALSL (ENSTMTG00000011905) PELI1 (ENSTMTG00000011887) VPS54 (ENSTMTG00000011848) UGP2 (ENSTMTG00000011829) MDH1 (ENSTMTG00000011807) ENSTMTG00000011798 ENSTMTG00000011785 painted turtle MODERN SPECIES 798 MEIS1 (ENSCPBG00000013258) ENSCPBG00000013254 ##22 SPRED2 (ENSCPBG00000013250) ACTR2 (ENSCPBG00000013248) RAB1A (ENSCPBG00000013243) CEP68 (ENSCPBG00000013240) SLC1A4 (ENSCPBG00000013236) SERTAD2 (ENSCPBG00000013231) ENSCPBG00000013228 AFTPH (ENSCPBG00000013222) LGALSL (ENSCPBG00000013218) PELI1 (ENSCPBG00000013208) ENSCPBG00000013207 VPS54 (ENSCPBG00000013204) UGP2 (ENSCPBG00000013202) MDH1 (ENSCPBG00000013198) WDPCP (ENSCPBG00000013191) Lepidosauria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Episquamata ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Toxicofera ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Elapidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Indian cobra MODERN SPECIES ENSNNAG00000013812 TAF15 (ENSNNAG00000013821) ENSNNAG00000013856 ENSNNAG00000013864 RASL10B (ENSNNAG00000013950) AP2B1 (ENSNNAG00000013966) PEX12 (ENSNNAG00000014026) UNC45B (ENSNNAG00000014048) RAD51D (ENSNNAG00000014103) LIG3 (ENSNNAG00000014171) RFFL (ENSNNAG00000014281) TMEM132E (ENSNNAG00000014391) RABGEF1 (ENSNNAG00000014443) KCTD7 (ENSNNAG00000014462) TPST1 (ENSNNAG00000014478) ENSNNAG00000014509 ##22 CRCP (ENSNNAG00000014523) ASL (ENSNNAG00000014561) GUSB (ENSNNAG00000014591) VKORC1L1 (ENSNNAG00000014647) ENSNNAG00000014661 CHCHD2 (ENSNNAG00000014673) PHKG1 (ENSNNAG00000014696) ENSNNAG00000014745 CCT6B (ENSNNAG00000014784) PSPH (ENSNNAG00000000321) NIPSNAP2 (ENSNNAG00000000333) MRPS17 (ENSNNAG00000000348) ENSNNAG00000000370 SBDS (ENSNNAG00000000410) ENSNNAG00000000437 Mammalia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Theria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Eutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Carnivora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Felidae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000160910 ENSGT00940000153112.C ENSGT00950000183175.B.b.d ENSGT00440000037341.a.u ENSGT00940000158843 ENSGT00940000155823.B ENSGT00500000044929 ENSGT00940000156126 ENSGT00940000153168.B ENSGT00940000161744 ENSGT00940000159934 ENSGT00940000156258 ENSGT01050000245125 ENSGT00390000008808 ENSGT00390000006408 ENSGT00950000183210.d.b ##22 ENSGT00950000182886.b.a ENSGT00950000183114.a.a.c.a ENSGT00940000159274 ENSGT00940000160421 ENSGT00940000158182 ENSGT00940000160921 ENSGT00950000182836.a ENSGT00390000009189 ENSGT00940000154800 ENSGT00940000159280 ENSGT00940000157706 ENSGT00390000002768 ENSGT00940000156217 ENSGT00390000004254 ENSGT00940000154239.b Cat MODERN SPECIES 2 FEZ2 (ENSFCAG00000035225) CRIM1 (ENSFCAG00000010482) ENSFCAG00000052416 ENSFCAG00000031083 FAM98A (ENSFCAG00000024944) RASGRP3 (ENSFCAG00000009647) LTBP1 (ENSFCAG00000027573) TTC27 (ENSFCAG00000001265) BIRC6 (ENSFCAG00000005996) YIPF4 (ENSFCAG00000022484) NLRC4 (ENSFCAG00000005995) SLC30A6 (ENSFCAG00000023251) SPAST (ENSFCAG00000029940) DPY30 (ENSFCAG00000026246) MEMO1 (ENSFCAG00000001385) ENSFCAG00000027932 ##22 SRD5A2 (ENSFCAG00000043462) XDH (ENSFCAG00000004557) ENSFCAG00000044720 EHD3 (ENSFCAG00000029627) CAPN14 (ENSFCAG00000018879) GALNT14 (ENSFCAG00000004556) CAPN13 (ENSFCAG00000005056) LCLAT1 (ENSFCAG00000029571) LBH (ENSFCAG00000009227) YPEL5 (ENSFCAG00000022679) ALK (ENSFCAG00000042185) CLIP4 (ENSFCAG00000001791) PCARE (ENSFCAG00000029551) TOGARAM2 (ENSFCAG00000001789) WDR43 (ENSFCAG00000018872) Panthera ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000160910 ENSGT00940000153112.C ENSGT00950000183175.B.b.d ENSGT00440000037341.a.u ENSGT00940000158843 ENSGT00940000155823.B ENSGT00500000044929 ENSGT00940000156126 ENSGT00940000153168.B ENSGT00940000161744 ENSGT00940000159934 ENSGT00940000156258 ENSGT01050000245125 ENSGT00390000008808 ENSGT00390000006408 ENSGT00950000183210.d.b ##22 ENSGT00950000182886.b.a ENSGT00950000183114.a.a.c.a ENSGT00940000159274 ENSGT00940000160421 ENSGT00940000158182 ENSGT00940000160921 ENSGT00950000182836.a ENSGT00390000009189 ENSGT00940000154800 ENSGT00940000159280 ENSGT00940000157706 ENSGT00390000002768 ENSGT00940000156217 ENSGT00390000004254 ENSGT00940000154239.b Tiger MODERN SPECIES 170 ENSPTIG00000003052 FEZ2 (ENSPTIG00000005220) CRIM1 (ENSPTIG00000006036) FAM98A (ENSPTIG00000008201) RASGRP3 (ENSPTIG00000009846) LTBP1 (ENSPTIG00000012756) TTC27 (ENSPTIG00000017269) BIRC6 (ENSPTIG00000019466) YIPF4 (ENSPTIG00000009954) NLRC4 (ENSPTIG00000010809) SLC30A6 (ENSPTIG00000012461) SPAST (ENSPTIG00000016477) DPY30 (ENSPTIG00000004822) MEMO1 (ENSPTIG00000006412) ENSPTIG00000011897 ENSPTIG00000012330 ##22 SRD5A2 (ENSPTIG00000012603) Panthera_a ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000160910 ENSGT00940000153112.C ENSGT00950000183175.B.b.d ENSGT00440000037341.a.u ENSGT00940000158843 ENSGT00940000155823.B ENSGT00500000044929 ENSGT00940000156126 ENSGT00940000153168.B ENSGT00940000161744 ENSGT00940000159934 ENSGT00940000156258 ENSGT01050000245125 ENSGT00390000008808 ENSGT00390000006408 ENSGT00950000183210.d.b ##22 ENSGT00950000182886.b.a ENSGT00950000183114.a.a.c.a ENSGT00940000159274 ENSGT00940000160421 ENSGT00940000158182 ENSGT00940000160921 ENSGT00950000182836.a ENSGT00390000009189 ENSGT00940000154800 ENSGT00940000159280 ENSGT00940000157706 ENSGT00390000002768 ENSGT00940000156217 ENSGT00390000004254 ENSGT00940000154239.b leopard MODERN SPECIES CRIM1 (ENSPPRG00000002888) ENSPPRG00000002865 ENSPPRG00000002858 FAM98A (ENSPPRG00000002838) RASGRP3 (ENSPPRG00000002814) LTBP1 (ENSPPRG00000002748) TTC27 (ENSPPRG00000002567) BIRC6 (ENSPPRG00000002531) YIPF4 (ENSPPRG00000002493) NLRC4 (ENSPPRG00000002475) SLC30A6 (ENSPPRG00000002439) SPAST (ENSPPRG00000002386) ENSPPRG00000020173 DPY30 (ENSPPRG00000002374) MEMO1 (ENSPPRG00000002351) ENSPPRG00000002283 ##22 SRD5A2 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NSFL1C (ENSPCTG00005004856) ENSPCTG00005004812 SNPH (ENSPCTG00005004784) FKBP1A (ENSPCTG00005004776) RAD21L1 (ENSPCTG00005004743) C20orf202 (ENSPCTG00005004730) TMEM74B (ENSPCTG00005004715) PSMF1 (ENSPCTG00005004686) RSPO4 (ENSPCTG00005004643) ANGPT4 (ENSPCTG00005004604) FAM110A (ENSPCTG00005004586) SLC52A3 (ENSPCTG00005004567) Sperm whale DUPLICATION Sperm whale MODERN SPECIES 5 FLOT2 (ENSPCTG00005009525) ERAL1 (ENSPCTG00005009863) FAM222B (ENSPCTG00005009934) SDF2 (ENSPCTG00005009994) ENSPCTG00005010025 ENSPCTG00005010044 FOXN1 (ENSPCTG00005010061) UNC119 (ENSPCTG00005010164) PIGS (ENSPCTG00005010321) ENSPCTG00005010383 TMEM199 (ENSPCTG00005010422) ENSPCTG00005010528 ENSPCTG00005010570 ENSPCTG00005010620 NLK (ENSPCTG00005010641) ENSPCTG00005010754 ##22 NF1 (ENSPCTG00005010872) OMG (ENSPCTG00005011629) EVI2B (ENSPCTG00005011656) EVI2A (ENSPCTG00005011675) COPRS (ENSPCTG00005011708) UTP6 (ENSPCTG00005011804) SUZ12 (ENSPCTG00005011878) ENSPCTG00005011995 ENSPCTG00005012096 ATAD5 (ENSPCTG00005012141) TEFM (ENSPCTG00005012188) RHOT1 (ENSPCTG00005008991) RHBDL3 (ENSPCTG00005011112) C14H17orf75 (ENSPCTG00005011314) ZNF207 (ENSPCTG00005011440) Sperm whale MODERN SPECIES 1 DYNLT1 (ENSPCTG00005003532) SYTL3 (ENSPCTG00005003470) EZR (ENSPCTG00005003418) RSPH3 (ENSPCTG00005003392) ENSPCTG00005003361 FNDC1 (ENSPCTG00005003312) SOD2 (ENSPCTG00005003274) WTAP (ENSPCTG00005003235) MAS1 (ENSPCTG00005003224) IGF2R (ENSPCTG00005003188) SLC22A1 (ENSPCTG00005003152) SLC22A2 (ENSPCTG00005003126) ENSPCTG00005003105 SLC22A3 (ENSPCTG00005003082) ENSPCTG00005003046 ENSPCTG00005002991 ##22 MAP3K4 (ENSPCTG00005002630) ENSPCTG00005002531 ENSPCTG00005002514 ENSPCTG00005002486 PACRG (ENSPCTG00005002460) QKI (ENSPCTG00005002421) PDE10A (ENSPCTG00005002171) TBXT (ENSPCTG00005002094) SFT2D1 (ENSPCTG00005002060) MPC1 (ENSPCTG00005002036) RPS6KA2 (ENSPCTG00005001904) RNASET2 (ENSPCTG00005001817) FGFR1OP (ENSPCTG00005001773) CCR6 (ENSPCTG00005001752) GPR31 (ENSPCTG00005001742) Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 2 GEN1 (ENSCHYG00000007066) SMC6 (ENSCHYG00000007159) VSNL1 (ENSCHYG00000007343) RAD51AP2 (ENSCHYG00000007371) CYRIA (ENSCHYG00000007408) ENSCHYG00000007479 DDX1 (ENSCHYG00000007524) NBAS (ENSCHYG00000007960) LRATD1 (ENSCHYG00000008068) TRIB2 (ENSCHYG00000008145) LPIN1 (ENSCHYG00000008194) NTSR2 (ENSCHYG00000008520) GREB1 (ENSCHYG00000008543) ENSCHYG00000008703 ROCK2 (ENSCHYG00000008822) ENSCHYG00000009170 ##22 SLC66A3 (ENSCHYG00000009293) C2orf50 (ENSCHYG00000009330) KCNF1 (ENSCHYG00000009374) PDIA6 (ENSCHYG00000009406) ATP6V1C2 (ENSCHYG00000009711) NOL10 (ENSCHYG00000010137) ENSCHYG00000011027 HPCAL1 (ENSCHYG00000011179) ENSCHYG00000011216 ENSCHYG00000011258 KLF11 (ENSCHYG00000011297) GRHL1 (ENSCHYG00000011321) TAF1B (ENSCHYG00000011467) ENSCHYG00000011680 YWHAQ (ENSCHYG00000011701) Yarkand deer MODERN SPECIES 6 NEURL1 (ENSCHYG00000005486) SH3PXD2A (ENSCHYG00000005529) STN1 (ENSCHYG00000005613) SLK (ENSCHYG00000005694) COL17A1 (ENSCHYG00000005902) SFR1 (ENSCHYG00000006389) CFAP43 (ENSCHYG00000006430) GSTO1 (ENSCHYG00000006501) GSTO2 (ENSCHYG00000006622) ENSCHYG00000006740 ITPRIP (ENSCHYG00000006759) CFAP58 (ENSCHYG00000006776) SORCS3 (ENSCHYG00000006900) ENSCHYG00000007117 SORCS1 (ENSCHYG00000007158) ENSCHYG00000007351 ##22 XPNPEP1 (ENSCHYG00000007391) ENSCHYG00000007600 ADD3 (ENSCHYG00000007644) ENSCHYG00000007749 MXI1 (ENSCHYG00000007775) SMNDC1 (ENSCHYG00000007887) DUSP5 (ENSCHYG00000007919) SMC3 (ENSCHYG00000007938) RBM20 (ENSCHYG00000008047) PDCD4 (ENSCHYG00000008245) BBIP1 (ENSCHYG00000008317) SHOC2 (ENSCHYG00000008352) ENSCHYG00000008418 ENSCHYG00000008433 GPAM (ENSCHYG00000008450) Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 American bison MODERN SPECIES 3064 ENSBBBG00000012257 CCL21 (ENSBBBG00000012251) ENSBBBG00000012245 CCL19 (ENSBBBG00000012242) ENSBBBG00000012240 CCL27 (ENSBBBG00000008282) IL11RA (ENSBBBG00000012226) GALT (ENSBBBG00000002293) SIGMAR1 (ENSBBBG00000012195) ARID3C (ENSBBBG00000012183) DCTN3 (ENSBBBG00000012176) RPP25L (ENSBBBG00000012140) CNTFR (ENSBBBG00000002282) ENHO (ENSBBBG00000012114) DNAI1 (ENSBBBG00000002274) ENSBBBG00000012074 ##22 FAM219A (ENSBBBG00000012067) C9orf24 (ENSBBBG00000012029) MYORG (ENSBBBG00000012024) NUDT2 (ENSBBBG00000002258) KIF24 (ENSBBBG00000012010) UBAP1 (ENSBBBG00000002245) DCAF12 (ENSBBBG00000011975) ENSBBBG00000002237 UBAP2 (ENSBBBG00000011946) UBE2R2 (ENSBBBG00000011640) NOL6 (ENSBBBG00000002142) AQP3 (ENSBBBG00000011604) ENSBBBG00000011580 NFX1 (ENSBBBG00000011527) CHMP5 (ENSBBBG00000011485) Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Goat MODERN SPECIES 24 ASCL1 (ENSCHIG00000013292) PAH (ENSCHIG00000018129) IGF1 (ENSCHIG00000018863) ENSCHIG00000010135 PMCH (ENSCHIG00000015954) PARPBP (ENSCHIG00000023012) ENSCHIG00000024987 NUP37 (ENSCHIG00000014565) WASHC3 (ENSCHIG00000025652) DRAM1 (ENSCHIG00000019601) GNPTAB (ENSCHIG00000024196) SYCP3 (ENSCHIG00000026071) CHPT1 (ENSCHIG00000009936) MYBPC1 (ENSCHIG00000026869) ENSCHIG00000026862 ENSCHIG00000007713 ##22 ARL1 (ENSCHIG00000024524) UTP20 (ENSCHIG00000009221) SLC5A8 (ENSCHIG00000012962) ANO4 (ENSCHIG00000011611) GAS2L3 (ENSCHIG00000015539) NR1H4 (ENSCHIG00000020981) SLC17A8 (ENSCHIG00000016996) SCYL2 (ENSCHIG00000022321) ACTR6 (ENSCHIG00000026128) BLTP3B (ENSCHIG00000002074) ENSCHIG00000014307 ENSCHIG00000020715 GARIN6 (ENSCHIG00000026281) ENSCHIG00000011002 ENSCHIG00000011894 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 5 ENSOARG00020010085 FOXL1 (ENSOARG00020010056) FOXC2 (ENSOARG00020010027) ENSOARG00020009849 FOXF1 (ENSOARG00020009818) IRF8 (ENSOARG00020009703) COX4I1 (ENSOARG00020009649) EMC8 (ENSOARG00020009578) C16orf74 (ENSOARG00020009512) GINS2 (ENSOARG00020009486) GSE1 (ENSOARG00020008756) CIBAR2 (ENSOARG00020008666) KIAA0513 (ENSOARG00020008594) ZDHHC7 (ENSOARG00020008568) CRISPLD2 (ENSOARG00020008254) ENSOARG00020008204 ##22 USP10 (ENSOARG00020007922) KLHL36 (ENSOARG00020007848) COTL1 (ENSOARG00020007806) MEAK7 (ENSOARG00020007766) ATP2C2 (ENSOARG00020007591) WFDC1 (ENSOARG00020007552) ENSOARG00020007537 ADAD2 (ENSOARG00020007465) TAF1C (ENSOARG00020007383) DNAAF1 (ENSOARG00020007051) HSDL1 (ENSOARG00020006986) MBTPS1 (ENSOARG00020006764) SLC38A8 (ENSOARG00020006633) NECAB2 (ENSOARG00020006332) OSGIN1 (ENSOARG00020006281) Euarchontoglires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Primates ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Greater bamboo lemur MODERN SPECIES 1032 CDX4 (ENSPSMG00000017859) CHIC1 (ENSPSMG00000017888) ENSPSMG00000017910 ##22 Coquerels sifaka DUPLICATION Coquerels sifaka MODERN SPECIES 272 ENSPCOG00000009562 FYN (ENSPCOG00000015533) TRAF3IP2 (ENSPCOG00000016584) REV3L (ENSPCOG00000018879) MFSD4B (ENSPCOG00000021185) SLC16A10 (ENSPCOG00000021442) ENSPCOG00000020437 ##22 RPF2 (ENSPCOG00000012785) GTF3C6 (ENSPCOG00000027279) Coquerels sifaka MODERN SPECIES 445 NUS1 (ENSPCOG00000020589) ENSPCOG00000019234 GOPC (ENSPCOG00000028025) DCBLD1 (ENSPCOG00000023692) ROS1 (ENSPCOG00000018293) VGLL2 (ENSPCOG00000017437) RFX6 (ENSPCOG00000024904) ENSPCOG00000024330 ##22 GPRC6A (ENSPCOG00000013226) KPNA5 (ENSPCOG00000016943) ZUP1 (ENSPCOG00000021558) RSPH4A (ENSPCOG00000006824) CALHM4 (ENSPCOG00000027369) TRAPPC3L (ENSPCOG00000018449) CALHM5 (ENSPCOG00000020027) CALHM6 (ENSPCOG00000015099) DSE (ENSPCOG00000017942) TSPYL1 (ENSPCOG00000020616) NT5DC1 (ENSPCOG00000019513) ENSPCOG00000017572 FRK (ENSPCOG00000016754) Haplorrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Catarrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Hominoidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Hominidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Homo/Pan/Gorilla group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Homo/Pan group ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Pan ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Chimpanzee MODERN SPECIES 13 NAGA (ENSPTRG00000014446) PHETA2 (ENSPTRG00000049204) SMDT1 (ENSPTRG00000014448) NDUFA6 (ENSPTRG00000014449) ENSPTRG00000048207 CYP2D6 (ENSPTRG00000042031) ENSPTRG00000051591 TCF20 (ENSPTRG00000014452) NFAM1 (ENSPTRG00000043593) ENSPTRG00000047863 ENSPTRG00000033935 ENSPTRG00000014456 POLDIP3 (ENSPTRG00000014460) CYB5R3 (ENSPTRG00000014461) A4GALT (ENSPTRG00000029414) ENSPTRG00000045246 ##22 ARFGAP3 (ENSPTRG00000051085) PACSIN2 (ENSPTRG00000014465) TTLL1 (ENSPTRG00000014466) BIK (ENSPTRG00000014467) MCAT (ENSPTRG00000014468) TSPO (ENSPTRG00000014469) TTLL12 (ENSPTRG00000014470) SCUBE1 (ENSPTRG00000044714) ENSPTRG00000048449 ENSPTRG00000051050 EFCAB6 (ENSPTRG00000014475) SULT4A1 (ENSPTRG00000014477) PNPLA5 (ENSPTRG00000014478) PNPLA3 (ENSPTRG00000014481) SAMM50 (ENSPTRG00000014483) Gorilla MODERN SPECIES ALG14 (ENSGGOG00000004834) CNN3 (ENSGGOG00000013870) SLC44A3 (ENSGGOG00000013852) F3 (ENSGGOG00000014683) ABCD3 (ENSGGOG00000009815) ARHGAP29 (ENSGGOG00000002269) #36 ABCA4 (ENSGGOG00000008804) #35 GCLM (ENSGGOG00000016426) #34 DNTTIP2 (ENSGGOG00000000575) #32 BCAR3 (ENSGGOG00000001635) #31 FNBP1L (ENSGGOG00000015943) #30 DR1 (ENSGGOG00000028511) #29 CCDC18 (ENSGGOG00000016744) #28 TMED5 (ENSGGOG00000016111) #27 MTF2 (ENSGGOG00000001308) #26 ENSGGOG00000043223 ##22 DIPK1A (ENSGGOG00000000881) #23 RPL5 (ENSGGOG00000002699) #22 EVI5 (ENSGGOG00000024347) #20 GFI1 (ENSGGOG00000005320) #19 RPAP2 (ENSGGOG00000006674) #18 GLMN (ENSGGOG00000006658) #17 C1orf146 (ENSGGOG00000006653) #16 ENSGGOG00000000596 #15 ENSGGOG00000013288 #12 EPHX4 (ENSGGOG00000000116) #9 BRDT (ENSGGOG00000022996) #7 TGFBR3 (ENSGGOG00000000922) ENSGGOG00000003216 ENSGGOG00000041760 CDC7 (ENSGGOG00000007545) Orangutan MODERN SPECIES GBP1 (ENSPPYG00000001174) ENSPPYG00000001173 GBP2 (ENSPPYG00000001172) GBP7 (ENSPPYG00000001170) GBP4 (ENSPPYG00000001171) GBP5 (ENSPPYG00000029531) GBP6 (ENSPPYG00000029526) ENSPPYG00000001169 ENSPPYG00000032402 ENSPPYG00000041504 LRRC8C (ENSPPYG00000001168) LRRC8D (ENSPPYG00000001167) ZNF326 (ENSPPYG00000001166) BARHL2 (ENSPPYG00000001165) ZNF644 (ENSPPYG00000001164) ENSPPYG00000034790 ##22 HFM1 (ENSPPYG00000001163) CDC7 (ENSPPYG00000001162) ENSPPYG00000039807 ENSPPYG00000001161 TGFBR3 (ENSPPYG00000001160) BRDT (ENSPPYG00000001159) #7 EPHX4 (ENSPPYG00000001158) #9 BTBD8 (ENSPPYG00000029907) #15 C1orf146 (ENSPPYG00000001156) #16 GLMN (ENSPPYG00000001155) #17 RPAP2 (ENSPPYG00000001154) #18 GFI1 (ENSPPYG00000029385) #19 EVI5 (ENSPPYG00000001153) #20 RPL5 (ENSPPYG00000001152) #22 DIPK1A (ENSPPYG00000001151) #23 Cercopithecidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Cercopithecinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 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ENSGT00940000153362.b.h ENSGT00440000039564.a.b ENSGT00940000160333 ENSGT00530000067982 ENSGT00940000162677 ENSGT00620000089395 ENSGT00950000183210.d.b ##22 ENSGT00940000161001 ENSGT00940000160588 ENSGT00390000011846 ENSGT00940000158805.a ENSGT00390000003287 ENSGT00390000000843 ENSGT00940000163041 ENSGT00950000182885.C.a ENSGT00390000015440 ENSGT00940000167688 ENSGT00940000160745 ENSGT00390000007739 ENSGT00940000158477 ENSGT00940000153901.a.b ENSGT00390000016727 Cercopithecinae_d ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00390000017913.d ENSGT00960000186932 ENSGT00390000000417.a.b ENSGT00390000010152 ENSGT00990000205266 ENSGT00940000154251.A.b.a.b.b ENSGT01030000234639.A.b.a.b.a.a.a.b ENSGT01030000234639.A.b.a.b.a.a.a.a ENSGT00940000159535 ENSGT00390000006347.a ENSGT00940000153362.b.h ENSGT00940000160333 ENSGT00530000067982 ENSGT00940000162677 ENSGT00620000089395 ENSGT00950000183210.d.b ##22 ENSGT00940000161001 ENSGT00940000160588 ENSGT00390000011846 ENSGT00940000158805.a ENSGT00390000003287 ENSGT00390000000843 ENSGT00940000163041 ENSGT00950000182885.C.a ENSGT00390000015440 ENSGT00390000016804 ENSGT00940000160745 ENSGT00390000007739 ENSGT00940000158477 ENSGT00940000153901.a.b ENSGT01030000234588.b.b.b.b.a Sooty mangabey MODERN SPECIES 518 CTTN (ENSCATG00000038054) ENSCATG00000041207 SHANK2 (ENSCATG00000038261) DHCR7 (ENSCATG00000031848) NADSYN1 (ENSCATG00000030630) KRTAP5-7 (ENSCATG00000042729) ENSCATG00000042575 ZNF195 (ENSCATG00000031492) OSBPL5 (ENSCATG00000014690) CARS1 (ENSCATG00000035979) NAP1L4 (ENSCATG00000035520) SLC22A18 (ENSCATG00000006581) ENSCATG00000041796 CDKN1C (ENSCATG00000030398) ENSCATG00000042752 ENSCATG00000032596 ##22 KCNQ1 (ENSCATG00000037006) TRPM5 (ENSCATG00000031262) ENSCATG00000038899 CD81 (ENSCATG00000039786) TSPAN32 (ENSCATG00000033086) C11orf21 (ENSCATG00000031829) ASCL2 (ENSCATG00000002872) TH (ENSCATG00000033664) INS (ENSCATG00000044493) ENSCATG00000039732 ENSCATG00000018745 IGF2 (ENSCATG00000042810) ENSCATG00000037780 TNNT3 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(ENSMFAG00000037524) ENSMFAG00000037563 ENSMFAG00000000298 ##22 KCNQ1 (ENSMFAG00000044043) TRPM5 (ENSMFAG00000042635) TSSC4 (ENSMFAG00000038372) CD81 (ENSMFAG00000007233) ENSMFAG00000031437 C11orf21 (ENSMFAG00000033732) TH (ENSMFAG00000042448) INS (ENSMFAG00000000997) IGF2 (ENSMFAG00000044613) ENSMFAG00000052630 ENSMFAG00000034529 TNNT3 (ENSMFAG00000038686) LSP1 (ENSMFAG00000037652) TNNI2 (ENSMFAG00000039833) SYT8 (ENSMFAG00000003669) Platyrrhini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Cebidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Cebidae_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Bolivian squirrel monkey MODERN SPECIES 49 ANKRD6 (ENSSBOG00000030673) ENSSBOG00000027255 RRAGD (ENSSBOG00000035818) UBE2J1 (ENSSBOG00000016402) GABRR2 (ENSSBOG00000034315) GABRR1 (ENSSBOG00000031849) PM20D2 (ENSSBOG00000006602) ENSSBOG00000034857 SRSF12 (ENSSBOG00000032399) PNRC1 (ENSSBOG00000033487) RNGTT (ENSSBOG00000021985) ENSSBOG00000032226 SPACA1 (ENSSBOG00000031936) AKIRIN2 (ENSSBOG00000020946) ORC3 (ENSSBOG00000025705) ENSSBOG00000036022 ##22 RARS2 (ENSSBOG00000006101) SLC35A1 (ENSSBOG00000034765) ENSSBOG00000032943 C6orf163 (ENSSBOG00000000095) SMIM8 (ENSSBOG00000031234) ZNF292 (ENSSBOG00000032717) ENSSBOG00000030795 CGA (ENSSBOG00000020930) HTR1E (ENSSBOG00000019342) ENSSBOG00000024891 ENSSBOG00000030755 SYNCRIP (ENSSBOG00000022984) SNX14 (ENSSBOG00000025784) NT5E (ENSSBOG00000028109) TBX18 (ENSSBOG00000030588) Capuchin DUPLICATION Capuchin MODERN SPECIES 232 TENM1 (ENSCCAG00000035988) SH2D1A (ENSCCAG00000024336) ENSCCAG00000022375 ENSCCAG00000027691 ##22 ENSCCAG00000020008 ENSCCAG00000035450 STAG2 (ENSCCAG00000012376) XIAP (ENSCCAG00000018624) THOC2 (ENSCCAG00000021906) GRIA3 (ENSCCAG00000026752) Capuchin MODERN SPECIES 9 FGF7 (ENSCCAG00000037731) FAM227B (ENSCCAG00000030829) DTWD1 (ENSCCAG00000034288) ATP8B4 (ENSCCAG00000020420) SLC27A2 (ENSCCAG00000026466) HDC (ENSCCAG00000029275) GABPB1 (ENSCCAG00000020344) CPA6 (ENSCCAG00000024560) PREX2 (ENSCCAG00000026088) C8orf34 (ENSCCAG00000037308) SULF1 (ENSCCAG00000025158) SLCO5A1 (ENSCCAG00000038101) PRDM14 (ENSCCAG00000026032) ENSCCAG00000026839 NCOA2 (ENSCCAG00000010036) ENSCCAG00000034778 ##22 TRAM1 (ENSCCAG00000019006) LACTB2 (ENSCCAG00000002927) XKR9 (ENSCCAG00000037032) EYA1 (ENSCCAG00000030553) MSC (ENSCCAG00000035736) TRPA1 (ENSCCAG00000031884) ENSCCAG00000021871 ENSCCAG00000035428 ENSCCAG00000028956 KCNB2 (ENSCCAG00000030827) ENSCCAG00000033817 ENSCCAG00000022630 SBSPON (ENSCCAG00000026655) C8orf89 (ENSCCAG00000026027) RDH10 (ENSCCAG00000035882) Capuchin MODERN SPECIES 289 ENSCCAG00000032290 ENSCCAG00000033150 ##22 ENSCCAG00000018779 DIPK2B (ENSCCAG00000020871) KDM6A (ENSCCAG00000026602) FUNDC1 (ENSCCAG00000024908) EFHC2 (ENSCCAG00000034739) ENSCCAG00000035313 NDP (ENSCCAG00000021760) MAOB (ENSCCAG00000024453) MAOA (ENSCCAG00000037216) ENSCCAG00000014291 Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Rabbit MODERN SPECIES 449 ENSOCUG00000013679 SFTPD (ENSOCUG00000027260) ENSOCUG00000016669 DYDC1 (ENSOCUG00000029549) DYDC2 (ENSOCUG00000003922) PRXL2A (ENSOCUG00000012307) TSPAN14 (ENSOCUG00000015686) SH2D4B (ENSOCUG00000015703) ENSOCUG00000034449 ENSOCUG00000036791 ##22 ENSOCUG00000022755 ENSOCUG00000015023 ENSOCUG00000035841 ENSOCUG00000006093 GPR15LG (ENSOCUG00000030734) CDHR1 (ENSOCUG00000006105) LRIT2 (ENSOCUG00000024098) LRIT1 (ENSOCUG00000006115) RGR (ENSOCUG00000006120) CCSER2 (ENSOCUG00000023493) Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Kangaroo rat DUPLICATION Kangaroo rat MODERN SPECIES 347 ENSDORG00000028809 Arrdc3 (ENSDORG00000027054) Adgrv1 (ENSDORG00000006226) Lysmd3 (ENSDORG00000002417) ENSDORG00000002414 Mblac2 (ENSDORG00000002413) Cetn3 (ENSDORG00000007233) Mef2c (ENSDORG00000026015) Tmem161b (ENSDORG00000012482) Ccnh (ENSDORG00000001438) Rasa1 (ENSDORG00000001435) ENSDORG00000004968 Edil3 (ENSDORG00000000456) ENSDORG00000026224 ##22 Hapln1 (ENSDORG00000015896) ENSDORG00000023517 Xrcc4 (ENSDORG00000015883) Tmem167 (ENSDORG00000026989) Atp6ap1l (ENSDORG00000025510) Rps23 (ENSDORG00000001813) Atg10 (ENSDORG00000009893) ENSDORG00000024485 Ssbp2 (ENSDORG00000001305) Acot12 (ENSDORG00000001303) Zcchc9 (ENSDORG00000001300) Ckmt2 (ENSDORG00000015691) Rasgrf2 (ENSDORG00000001359) Msh3 (ENSDORG00000005509) Dhfr (ENSDORG00000024821) Kangaroo rat MODERN SPECIES 343 Stam (ENSDORG00000008502) Tmem236 (ENSDORG00000029460) Mrc1 (ENSDORG00000014526) Slc39a12 (ENSDORG00000014530) Cacnb2 (ENSDORG00000001954) Nsun6 (ENSDORG00000001962) Arl5b (ENSDORG00000027820) Malrd1 (ENSDORG00000027882) Plxdc2 (ENSDORG00000005916) ENSDORG00000025971 ENSDORG00000014081 ENSDORG00000001203 ENSDORG00000006912 Skida1 (ENSDORG00000026721) Mllt10 (ENSDORG00000005045) ENSDORG00000029663 ##22 Dnajc1 (ENSDORG00000005047) Commd3 (ENSDORG00000027082) Bmi1 (ENSDORG00000027813) ENSDORG00000005587 Pip4k2a (ENSDORG00000002100) Armc3 (ENSDORG00000000892) Msrb2 (ENSDORG00000007658) Ptf1a (ENSDORG00000026200) Otud1 (ENSDORG00000025924) Etl4 (ENSDORG00000011137) Arhgap21 (ENSDORG00000006139) ENSDORG00000000872 Enkur (ENSDORG00000015534) Thnsl1 (ENSDORG00000028470) ENSDORG00000024997 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT01060000248660 ENSGT00940000158258 ENSGT00550000074822 ENSGT00550000075011 ENSGT00530000063861.b.b ENSGT00940000154549.a #7 ENSGT00940000156233 #9 ENSGT01030000234574.A.b.a.b ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a #12 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #18 ENSGT00940000156166.a #19 ENSGT00940000153846.a.a #20 ENSGT00950000183210.d.b ##22 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b ##22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #26 ENSGT00940000155468 #27 ENSGT00940000153190.A #28 ENSGT00550000075010 #29 ENSGT00950000183047.c.b #30 ENSGT00940000154130.a.a.b #31 ENSGT00510000048142 #32 ENSGT00510000047658 #34 ENSGT00940000155624.b #35 ENSGT00950000183110.b.b #36 ENSGT00950000182955.a.a.a ENSGT00390000012668 ENSGT00940000160336 Lesser Egyptian jerboa DUPLICATION Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 52 ENSJJAG00000000694 Barhl2 (ENSJJAG00000011319) Zfp644 (ENSJJAG00000016137) Hfm1 (ENSJJAG00000017198) Cdc7 (ENSJJAG00000015046) Tgfbr3 (ENSJJAG00000017313) Brdt (ENSJJAG00000016191) #7 Ephx4 (ENSJJAG00000021224) #9 ENSJJAG00000024014 Btbd8 (ENSJJAG00000023838) #15 1700028K03Rik (ENSJJAG00000006929) #16 Glmn (ENSJJAG00000015862) #17 ENSJJAG00000012247 #18 ENSJJAG00000022622 #19 ENSJJAG00000000431 #20 ENSJJAG00000019168 ##22 Dipk1a (ENSJJAG00000020255) #23 Mtf2 (ENSJJAG00000002393) #26 ENSJJAG00000017003 #27 Ccdc18 (ENSJJAG00000005309) #28 ENSJJAG00000004897 #29 Fnbp1l (ENSJJAG00000022895) #30 Bcar3 (ENSJJAG00000023051) #31 Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 58 Rnf212 (ENSJJAG00000023907) ENSJJAG00000022256 Fgfrl1 (ENSJJAG00000012607) Idua (ENSJJAG00000010185) Slc26a1 (ENSJJAG00000024417) Dgkq (ENSJJAG00000000943) Tmem175 (ENSJJAG00000019864) ENSJJAG00000011664 Cplx1 (ENSJJAG00000017665) Pcgf3 (ENSJJAG00000014201) Mfsd7a (ENSJJAG00000022347) Atp5k (ENSJJAG00000012024) Pde6b (ENSJJAG00000008660) Pigg (ENSJJAG00000009749) ENSJJAG00000013791 ENSJJAG00000010251 ##22 Rab28 (ENSJJAG00000016647) Nkx3-2 (ENSJJAG00000009928) ENSJJAG00000014794 ENSJJAG00000022446 Bod1l (ENSJJAG00000012901) ENSJJAG00000018843 ENSJJAG00000012742 ENSJJAG00000016939 ENSJJAG00000018431 ENSJJAG00000013747 C1qtnf7 (ENSJJAG00000009907) Cc2d2a (ENSJJAG00000013328) Fbxl5 (ENSJJAG00000003494) Bst1 (ENSJJAG00000016828) Cd38 (ENSJJAG00000011604) Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 2 Lamc2 (ENSCGRG00001010180) Lamc1 (ENSCGRG00001012726) Shcbp1l (ENSCGRG00001009556) Dhx9 (ENSCGRG00001015796) Npl (ENSCGRG00001015118) Rgs8 (ENSCGRG00001006871) Rgs16 (ENSCGRG00001024446) Rnasel (ENSCGRG00001008939) Teddm2 (ENSCGRG00001004431) Teddm1b (ENSCGRG00001005029) Teddm1a (ENSCGRG00001003819) ENSCGRG00001012857 ENSCGRG00001002588 Zfp648 (ENSCGRG00001007417) Cacna1e (ENSCGRG00001022687) ENSCGRG00001022284 ##22 ENSCGRG00001020862 Ier5 (ENSCGRG00001009187) ENSCGRG00001017091 Stx6 (ENSCGRG00001015321) BC034090 (ENSCGRG00001024186) Xpr1 (ENSCGRG00001021543) ENSCGRG00001015137 Acbd6 (ENSCGRG00001016575) Lhx4 (ENSCGRG00001015645) Qsox1 (ENSCGRG00001008229) Cep350 (ENSCGRG00001002387) Tor1aip1 (ENSCGRG00001020180) ENSCGRG00001000965 Tor1aip2 (ENSCGRG00001009854) Fam163a (ENSCGRG00001012745) Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Prairie vole MODERN SPECIES 353 Gadd45a (ENSMOCG00000014496) Serbp1 (ENSMOCG00000015573) Il12rb2 (ENSMOCG00000022701) Il23r (ENSMOCG00000010821) Tacstd2 (ENSMOCG00000008197) Kcns3 (ENSMOCG00000007505) Rdh14 (ENSMOCG00000005865) Nt5c1b (ENSMOCG00000020580) ENSMOCG00000013225 Osr1 (ENSMOCG00000012793) ENSMOCG00000007598 ##24 Ttc32 (ENSMOCG00000021911) Wdr35 (ENSMOCG00000001393) Matn3 (ENSMOCG00000013872) Laptm4a (ENSMOCG00000013181) ENSMOCG00000012688 ##22 Sdc1 (ENSMOCG00000019532) Pum2 (ENSMOCG00000013663) Slc7a15 (ENSMOCG00000003687) Rhob (ENSMOCG00000007966) Hs1bp3 (ENSMOCG00000022226) ENSMOCG00000021323 Gdf7 (ENSMOCG00000010905) Apob (ENSMOCG00000021753) ENSMOCG00000002216 ENSMOCG00000013271 ENSMOCG00000012724 Klhl29 (ENSMOCG00000007430) Atad2b (ENSMOCG00000000408) Ubxn2a (ENSMOCG00000020669) Mfsd2b (ENSMOCG00000012318) Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Mus ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Mus_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Mus_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Mus_C ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Steppe mouse DUPLICATION Steppe mouse MODERN SPECIES 2974 Vmn1r188 (ENSMSIG00000001498) Vmn1r193 (ENSMSIG00000001521) Vmn1r194 (ENSMSIG00000001539) ENSMSIG00000001589 Vmn1r197 (ENSMSIG00000001615) Vmn1r198 (ENSMSIG00000001628) Vmn1r200 (ENSMSIG00000001656) ENSMSIG00000001672 Vmn1r201 (ENSMSIG00000001688) Vmn1r202 (ENSMSIG00000001700) Vmn1r203 (ENSMSIG00000001720) Vmn1r204 (ENSMSIG00000001736) Vmn1r206 (ENSMSIG00000001745) ENSMSIG00000001761 Vmn1r207 (ENSMSIG00000001779) ENSMSIG00000001800 ##22 Vmn1r210 (ENSMSIG00000001820) Vmn1r211 (ENSMSIG00000001837) ENSMSIG00000001850 Vmn1r213 (ENSMSIG00000001872) ENSMSIG00000001896 ENSMSIG00000001911 Vmn1r215 (ENSMSIG00000001920) Vmn1r216 (ENSMSIG00000001928) Vmn1r217 (ENSMSIG00000001939) Vmn1r218 (ENSMSIG00000001945) Vmn1r219 (ENSMSIG00000001961) ENSMSIG00000001982 Vmn1r189 (ENSMSIG00000002000) Vmn1r222 (ENSMSIG00000002019) Vmn1r223 (ENSMSIG00000002029) Steppe mouse MODERN SPECIES 3351 Rab11fip4 (ENSMSIG00000008628) Nf1 (ENSMSIG00000008704) Evi2a (ENSMSIG00000009262) Evi2b (ENSMSIG00000009267) Omg (ENSMSIG00000009281) ENSMSIG00000009302 Wsb1 (ENSMSIG00000009309) Ksr1 (ENSMSIG00000009362) ENSMSIG00000009585 Nos2 (ENSMSIG00000009679) ENSMSIG00000009763 Lyrm9 (ENSMSIG00000009770) Ccnq (ENSMSIG00000009802) ENSMSIG00000009812 Nlk (ENSMSIG00000009822) ENSMSIG00000009862 ##22 Tmem97 (ENSMSIG00000009869) Ift20 (ENSMSIG00000009875) ENSMSIG00000009901 Poldip2 (ENSMSIG00000009929) Tmem199 (ENSMSIG00000009997) Sebox (ENSMSIG00000010026) Vtn (ENSMSIG00000010032) Sarm1 (ENSMSIG00000010074) Slc46a1 (ENSMSIG00000010118) Slc13a2 (ENSMSIG00000010129) Foxn1 (ENSMSIG00000010171) Unc119 (ENSMSIG00000010200) Pigs (ENSMSIG00000010264) Aldoc (ENSMSIG00000010314) Spag5 (ENSMSIG00000010343) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Squirrel MODERN SPECIES 171 ENSSTOG00000016460 FPGT (ENSSTOG00000019867) TNNI3K (ENSSTOG00000008323) ENSSTOG00000031204 ERICH3 (ENSSTOG00000027579) CRYZ (ENSSTOG00000005199) TYW3 (ENSSTOG00000028816) LHX8 (ENSSTOG00000023898) SLC44A5 (ENSSTOG00000006287) ENSSTOG00000020981 ##22 ENSSTOG00000006336 ENSSTOG00000021824 MSH4 (ENSSTOG00000016243) ASB17 (ENSSTOG00000016248) ST6GALNAC3 (ENSSTOG00000015683) ST6GALNAC5 (ENSSTOG00000015222) PIGK (ENSSTOG00000015226) AK5 (ENSSTOG00000016450) ZZZ3 (ENSSTOG00000016454) USP33 (ENSSTOG00000014241) MIGA1 (ENSSTOG00000004076) NEXN (ENSSTOG00000014300) FUBP1 (ENSSTOG00000014312) DNAJB4 (ENSSTOG00000014327) GIPC2 (ENSSTOG00000014338) Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Hystricomorpha_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Hystricomorpha_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 55 ENSODEG00000007263 LYPD1 (ENSODEG00000006977) ENSODEG00000006743 GPR39 (ENSODEG00000007476) ENSODEG00000007110 ENSODEG00000008310 ENSODEG00000008133 ENSODEG00000006746 ENSODEG00000019411 DPP10 (ENSODEG00000007040) ENSODEG00000007261 ENSODEG00000009186 DDX18 (ENSODEG00000007330) CCDC93 (ENSODEG00000006407) ENSODEG00000008015 ENSODEG00000007637 ##22 EN1 (ENSODEG00000007479) MARCO (ENSODEG00000009185) C1QL2 (ENSODEG00000007608) STEAP3 (ENSODEG00000007304) C2orf76 (ENSODEG00000006814) DBI (ENSODEG00000006339) TMEM37 (ENSODEG00000009992) SCTR (ENSODEG00000006551) ENSODEG00000006994 ENSODEG00000019281 ENSODEG00000019384 ENSODEG00000007074 PTPN4 (ENSODEG00000007828) ENSODEG00000007483 ENSODEG00000007129 Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 286 ENSODEG00000002335 ZMPSTE24 (ENSODEG00000002325) COL9A2 (ENSODEG00000002270) SMAP2 (ENSODEG00000002229) ENSODEG00000002213 ##22 ZFP69 (ENSODEG00000002197) EXO5 (ENSODEG00000018788) RIMS3 (ENSODEG00000002136) NFYC (ENSODEG00000002120) KCNQ4 (ENSODEG00000002096) CITED4 (ENSODEG00000018822) ENSODEG00000002074 SLFNL1 (ENSODEG00000002060) SCMH1 (ENSODEG00000002007) ENSODEG00000001970 FOXO6 (ENSODEG00000001967) EDN2 (ENSODEG00000001944) HIVEP3 (ENSODEG00000001881) ENSODEG00000018717 GUCA2B (ENSODEG00000001838) Degu MODERN SPECIES 66 STAT4 (ENSODEG00000010388) MYO1B (ENSODEG00000011414) ENSODEG00000010254 NABP1 (ENSODEG00000009583) CAVIN2 (ENSODEG00000008708) TMEFF2 (ENSODEG00000010187) ENSODEG00000009947 ENSODEG00000009266 ENSODEG00000010152 STK17B (ENSODEG00000009479) ENSODEG00000009135 CCDC150 (ENSODEG00000009669) ENSODEG00000009843 PGAP1 (ENSODEG00000009932) ENSODEG00000009525 ENSODEG00000008698 ##22 ENSODEG00000008898 ENSODEG00000019820 ENSODEG00000011153 COQ10B (ENSODEG00000008396) ENSODEG00000009026 ENSODEG00000011397 ENSODEG00000019874 MOB4 (ENSODEG00000009609) RFTN2 (ENSODEG00000008704) BOLL (ENSODEG00000008471) PLCL1 (ENSODEG00000008918) SATB2 (ENSODEG00000008383) C2orf69 (ENSODEG00000008700) TYW5 (ENSODEG00000009836) MAIP1 (ENSODEG00000008914) Degu DUPLICATION Degu MODERN SPECIES 285 ENSODEG00000001199 PRDM13 (ENSODEG00000001217) ENSODEG00000001246 CCNC (ENSODEG00000001277) ENSODEG00000001320 ENSODEG00000001333 ENSODEG00000001346 ##22 ENSODEG00000001358 ENSODEG00000001374 COQ3 (ENSODEG00000001392) ENSODEG00000001245 FAXC (ENSODEG00000001260) FBXL4 (ENSODEG00000001276) POU3F2 (ENSODEG00000001291) ENSODEG00000001307 Degu MODERN SPECIES 332 ANOS1 (ENSODEG00000000765) ENSODEG00000000037 ##22 Marsupialia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Marsupialia_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Diprotodontia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Diprotodontia_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.b ##22 Common wonbat MODERN SPECIES 1066 ENSVURG00010006647 ENSVURG00010006632 ENSVURG00010006621 ENSVURG00010006602 #22 CAAP1 (ENSVURG00010006584) PLAA (ENSVURG00010006575) LRRC19 (ENSVURG00010006571) IFT74 (ENSVURG00010006558) TEK (ENSVURG00010006447) ENSVURG00010006427 MOB3B (ENSVURG00010006420) C9orf72 (ENSVURG00010006400) ENSVURG00010006387 LINGO2 (ENSVURG00010006377) ENSVURG00010006349 ENSVURG00010006340 ##22 ACO1 (ENSVURG00010006312) RIGI (ENSVURG00010006292) TOPORS (ENSVURG00010006285) NDUFB6 (ENSVURG00010006272) TMEM215 (ENSVURG00010006242) PTGR1 (ENSVURG00010006233) ENSVURG00010006205 ENSVURG00010006199 ENSVURG00010006195 ENSVURG00010006186 ENSVURG00010006178 ENSVURG00010006174 ENSVURG00010006165 ENSVURG00010006161 ENSVURG00010006150