Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01060000248660	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Glires	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01060000248660	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01060000248660	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01060000248660	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.b ##22	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00940000164947 #21	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00940000164947 #21	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00910000144269 #28	ENSGT00730000114722 #29	ENSGT00940000156471.a #30	ENSGT00390000005102 #31	ENSGT01030000234625.C #32	ENSGT00940000158395 #33	ENSGT00950000182938.b.b.b.a #34	ENSGT00940000159527 #35	ENSGT00390000015667 #36	ENSGT00940000159492 #37
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00940000164947 #21	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00910000144269 #28	ENSGT00730000114722 #29	ENSGT00940000156471.a #30	ENSGT00390000005102 #31	ENSGT01030000234625.C #32	ENSGT00940000158395 #33	ENSGT00950000182938.b.b.b.a #34	ENSGT00940000159527 #35	ENSGT00390000015667 #36	ENSGT00940000159492 #37
Mus	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285.l ##16	ENSGT00390000008285.k #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00940000164947 #21	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00910000144269 #28	ENSGT00730000114722 #29	ENSGT00940000156471.a #30	ENSGT00390000005102 #31	ENSGT01030000234625.C #32	ENSGT00940000158395 #33	ENSGT00950000182938.b.b.b.a #34	ENSGT00940000159527 #35	ENSGT00390000015667 #36	ENSGT00940000159492 #37
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285.l ##16	ENSGT00390000008285.k #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00940000164947 #21	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00910000144269 #28	ENSGT00730000114722 #29	ENSGT00940000156471.a #30	ENSGT00390000005102 #31	ENSGT01030000234625.C #32	ENSGT00940000158395 #33	ENSGT00950000182938.b.b.b.a #34	ENSGT00940000159527 #35	ENSGT00390000015667 #36	ENSGT00940000159492 #37
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285.l ##16	ENSGT00390000008285.k #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00940000164947 #21	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00910000144269 #28	ENSGT00730000114722 #29	ENSGT00940000156471.a #30	ENSGT00390000005102 #31	ENSGT01030000234625.C #32	ENSGT00940000158395 #33	ENSGT00950000182938.b.b.b.a #34	ENSGT00940000159527 #35	ENSGT00390000015667 #36	ENSGT00940000159492 #37
Mouse	MODERN SPECIES	14	Zfp644 (ENSMUSG00000049606) #7	Hfm1 (ENSMUSG00000043410) #8	Cdc7 (ENSMUSG00000029283) #9	Tgfbr3 (ENSMUSG00000029287) #10	Brdt (ENSMUSG00000029279) #11	Ephx4 (ENSMUSG00000033805) #12	Lpcat2b (ENSMUSG00000033794) #13	Btbd8 (ENSMUSG00000111375) #14	Gm42669 (ENSMUSG00000106631) #15	1700028K03Rik (ENSMUSG00000089798) #16	Glmn (ENSMUSG00000029276) #17	Rpap2 (ENSMUSG00000033773) #18	Gfi1 (ENSMUSG00000029275) #19	Evi5 (ENSMUSG00000011831) #20	Ube2d2b (ENSMUSG00000063447) #21	Rpl5 (ENSMUSG00000058558) #22	Dipk1a (ENSMUSG00000029270) #23	Mtf2 (ENSMUSG00000029267) #24	Tmed5 (ENSMUSG00000063406) #25	Ccdc18 (ENSMUSG00000056531) #26	Dr1 (ENSMUSG00000029265) #27	Pigg (ENSMUSG00000029263) #28	Gm42517 (ENSMUSG00000105867) #29	Pde6b (ENSMUSG00000029491) #30	Atp5k (ENSMUSG00000050856) #31	Mfsd7a (ENSMUSG00000029490) #32	Pcgf3 (ENSMUSG00000033623) #33	Cplx1 (ENSMUSG00000033615) #34	Gak (ENSMUSG00000062234) #35	Tmem175 (ENSMUSG00000013495) #36	Dgkq (ENSMUSG00000004815) #37
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285.l ##16	ENSGT00390000008285.k #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00940000164947 #21	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00910000144269 #28	ENSGT00730000114722 #29	ENSGT00940000156471.a #30	ENSGT00390000005102 #31	ENSGT01030000234625.C #32	ENSGT00940000158395 #33	ENSGT00950000182938.b.b.b.a #34	ENSGT00940000159527 #35	ENSGT00390000015667 #36	ENSGT00940000159492 #37
spretus	MODERN SPECIES	14	Hfm1 (MGP_SPRETEiJ_G0028495) #8	Cdc7 (MGP_SPRETEiJ_G0028496) #9	Tgfbr3 (MGP_SPRETEiJ_G0028497) #10	Brdt (MGP_SPRETEiJ_G0028498) #11	Ephx4 (MGP_SPRETEiJ_G0028499) #12	Lpcat2b (MGP_SPRETEiJ_G0028500) #13	MGP_SPRETEiJ_G0028501	MGP_SPRETEiJ_G0028502 #14	MGP_SPRETEiJ_G0028503 ##16	1700028K03Rik (MGP_SPRETEiJ_G0028504) #16	Glmn (MGP_SPRETEiJ_G0028505) #17	Rpap2 (MGP_SPRETEiJ_G0028506) #18	Gfi1 (MGP_SPRETEiJ_G0028507) #19	Evi5 (MGP_SPRETEiJ_G0028508) #20	Ube2d2b (MGP_SPRETEiJ_G0028509) #21	Rpl5 (MGP_SPRETEiJ_G0028510) #22	Dipk1a (MGP_SPRETEiJ_G0028511) #23	Mtf2 (MGP_SPRETEiJ_G0028512) #24	Tmed5 (MGP_SPRETEiJ_G0028513) #25	Ccdc18 (MGP_SPRETEiJ_G0028514) #26	Dr1 (MGP_SPRETEiJ_G0028515) #27	Pigg (MGP_SPRETEiJ_G0028516) #28	Pde6b (MGP_SPRETEiJ_G0028517) #30	Atp5k (MGP_SPRETEiJ_G0028518) #31	Mfsd7a (MGP_SPRETEiJ_G0028519) #32	Pcgf3 (MGP_SPRETEiJ_G0028520) #33	Cplx1 (MGP_SPRETEiJ_G0028521) #34	Gak (MGP_SPRETEiJ_G0028522) #35	Tmem175 (MGP_SPRETEiJ_G0028523) #36	Dgkq (MGP_SPRETEiJ_G0028524) #37	Idua (MGP_SPRETEiJ_G0028525)
Steppe mouse	DUPLICATION
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3278	Zfp644 (ENSMSIG00000018329) #7	Hfm1 (ENSMSIG00000018431) #8	Cdc7 (ENSMSIG00000018634) #9	Tgfbr3 (ENSMSIG00000018764) #10	Brdt (ENSMSIG00000018799) #11	Ephx4 (ENSMSIG00000018816) #12	Lpcat2b (ENSMSIG00000018846) #13	Btbd8 (ENSMSIG00000018850) #14	ENSMSIG00000019000	1700028K03Rik (ENSMSIG00000019009) #16	Glmn (ENSMSIG00000019032) #17	Rpap2 (ENSMSIG00000019128) #18	Gfi1 (ENSMSIG00000020015) #19	Evi5 (ENSMSIG00000020061) #20	Ube2d2b (ENSMSIG00000020104) #21	Rpl5 (ENSMSIG00000020111) #22	Dipk1a (ENSMSIG00000020148) #23	ENSMSIG00000020174	Mtf2 (ENSMSIG00000020200) #24	Tmed5 (ENSMSIG00000020304) #25	Ccdc18 (ENSMSIG00000020376) #26	ENSMSIG00000020415	Dr1 (ENSMSIG00000020419) #27	Pigg (ENSMSIG00000020443) #28	Gm42517 (ENSMSIG00000020614) #29	ENSMSIG00000020619	Pde6b (ENSMSIG00000020631) #30	ENSMSIG00000020698 #31	Mfsd7a (ENSMSIG00000020719) #32	Pcgf3 (ENSMSIG00000020743) #33	Cplx1 (ENSMSIG00000020759) #34
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3139											ENSMSIG00000003397	ENSMSIG00000003412	Ppp1r3a (ENSMSIG00000003429)	Foxp2 (ENSMSIG00000003458)	Mdfic (ENSMSIG00000003903)	ENSMSIG00000004005 #22
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	14	Hfm1 (MGP_CAROLIEiJ_G0027496) #8	Cdc7 (MGP_CAROLIEiJ_G0027497) #9	Tgfbr3 (MGP_CAROLIEiJ_G0027498) #10	Brdt (MGP_CAROLIEiJ_G0027499) #11	Ephx4 (MGP_CAROLIEiJ_G0027500) #12	Lpcat2b (MGP_CAROLIEiJ_G0027501) #13	MGP_CAROLIEiJ_G0027502	MGP_CAROLIEiJ_G0027503 #14	MGP_CAROLIEiJ_G0027504 ##16	1700028K03Rik (MGP_CAROLIEiJ_G0027505) #16	Glmn (MGP_CAROLIEiJ_G0027506) #17	Rpap2 (MGP_CAROLIEiJ_G0027507) #18	Gfi1 (MGP_CAROLIEiJ_G0027508) #19	Evi5 (MGP_CAROLIEiJ_G0027509) #20	Ube2d2b (MGP_CAROLIEiJ_G0027510) #21	Rpl5 (MGP_CAROLIEiJ_G0027511) #22	Dipk1a (MGP_CAROLIEiJ_G0027512) #23	MGP_CAROLIEiJ_G0027513 #24	Tmed5 (MGP_CAROLIEiJ_G0027514) #25	Ccdc18 (MGP_CAROLIEiJ_G0027515) #26	Dr1 (MGP_CAROLIEiJ_G0027516) #27	Pigg (MGP_CAROLIEiJ_G0027517) #28	Pde6b (MGP_CAROLIEiJ_G0027518) #30	Atp5k (MGP_CAROLIEiJ_G0027519) #31	Mfsd7a (MGP_CAROLIEiJ_G0027520) #32	Pcgf3 (MGP_CAROLIEiJ_G0027521) #33	Cplx1 (MGP_CAROLIEiJ_G0027522) #34	Gak (MGP_CAROLIEiJ_G0027523) #35	Tmem175 (MGP_CAROLIEiJ_G0027524) #36	Dgkq (MGP_CAROLIEiJ_G0027525) #37	Idua (MGP_CAROLIEiJ_G0027526)
Shrew mouse	MODERN SPECIES	4	Cdc7 (MGP_PahariEiJ_G0017269) #9	Tgfbr3 (MGP_PahariEiJ_G0017270) #10	Brdt (MGP_PahariEiJ_G0017271) #11	Ephx4 (MGP_PahariEiJ_G0017272) #12	Lpcat2b (MGP_PahariEiJ_G0017273) #13	MGP_PahariEiJ_G0017274	MGP_PahariEiJ_G0017275 #14	MGP_PahariEiJ_G0017276 ##16	1700028K03Rik (MGP_PahariEiJ_G0017277) #16	Glmn (MGP_PahariEiJ_G0017278) #17	Rpap2 (MGP_PahariEiJ_G0017279) #18	Gfi1 (MGP_PahariEiJ_G0017280) #19	MGP_PahariEiJ_G0017281	Evi5 (MGP_PahariEiJ_G0017282) #20	Ube2d2b (MGP_PahariEiJ_G0017283) #21	Rpl5 (MGP_PahariEiJ_G0017284) #22	Dipk1a (MGP_PahariEiJ_G0017285) #23	Mtf2 (MGP_PahariEiJ_G0017286) #24	Tmed5 (MGP_PahariEiJ_G0017287) #25	Ccdc18 (MGP_PahariEiJ_G0017288) #26	Dr1 (MGP_PahariEiJ_G0017289) #27	Pigg (MGP_PahariEiJ_G0017290) #28	Pde6b (MGP_PahariEiJ_G0017291) #30	Atp5k (MGP_PahariEiJ_G0017292) #31	Mfsd7a (MGP_PahariEiJ_G0017293) #32	Pcgf3 (MGP_PahariEiJ_G0017294) #33	Cplx1 (MGP_PahariEiJ_G0017295) #34	Gak (MGP_PahariEiJ_G0017296) #35	Tmem175 (MGP_PahariEiJ_G0017297) #36	Dgkq (MGP_PahariEiJ_G0017298) #37	Idua (MGP_PahariEiJ_G0017299)
Rat	DUPLICATION
Rat	MODERN SPECIES	2	Gpr15 (ENSRNOG00000039680)	Cpox (ENSRNOG00000001654)	Ftdc2 (ENSRNOG00000027997)	LOC108352322 (ENSRNOG00000039678)	St3gal6 (ENSRNOG00000001653)	Dcbld2 (ENSRNOG00000055281)	ENSRNOG00000067941	Col8a1 (ENSRNOG00000039668)	Cmss1 (ENSRNOG00000027888)	Filip1l (ENSRNOG00000001645)	Tmem30c (ENSRNOG00000001644)	Tbc1d23 (ENSRNOG00000001642)	Nit2 (ENSRNOG00000027797)	Tomm70 (ENSRNOG00000001640)	Tmem45a2 (ENSRNOG00000051418)	ENSRNOG00000068299 #22	Lnp1 (ENSRNOG00000039649)	ENSRNOG00000069996	Tmem45a (ENSRNOG00000042975)	AABR07033979.1 (ENSRNOG00000042474)	Adgrg7 (ENSRNOG00000001634)	Tfg (ENSRNOG00000001633)	Abi3bp (ENSRNOG00000001627)	Impg2 (ENSRNOG00000001622)	Senp7 (ENSRNOG00000001616)	Trmt10c (ENSRNOG00000039567)	Pcnp (ENSRNOG00000028411)	Zbtb11 (ENSRNOG00000001613)	Gng5-ps4 (ENSRNOG00000039562)	Rpl24 (ENSRNOG00000001611)	Cep97 (ENSRNOG00000001609)
Rat	MODERN SPECIES	46	Magea4 (ENSRNOG00000062420)	Ptges3l1 (ENSRNOG00000060486)	Sts (ENSRNOG00000032487)	Pnpla4 (ENSRNOG00000026157)	RGD1563378 (ENSRNOG00000067596)	Prrg1 (ENSRNOG00000026044)	ENSRNOG00000064865	Fam47a (ENSRNOG00000003836)	Cfap47 (ENSRNOG00000030048)	Mageb16 (ENSRNOG00000029408)	Da2-19 (ENSRNOG00000032739)	Tmem47 (ENSRNOG00000030418)	Srsf8 (ENSRNOG00000048925)	AABR07038464.1 (ENSRNOG00000061492)	AABR07038477.1 (ENSRNOG00000038369)	ENSRNOG00000070004 #22	Dmd (ENSRNOG00000046366)	LOC102549011 (ENSRNOG00000050178)	Fthl17e (ENSRNOG00000003783)	Tab3 (ENSRNOG00000003643)	Gk (ENSRNOG00000034116)	ENSRNOG00000038299	Tasl (ENSRNOG00000003748)	Samt3 (ENSRNOG00000029010)	Nr0b1 (ENSRNOG00000003765)	Mageb2 (ENSRNOG00000028179)	Rab1b (ENSRNOG00000050510)	Mageb3 (ENSRNOG00000038269)	AABR07038553.1 (ENSRNOG00000048202)	AABR07038554.1 (ENSRNOG00000038267)	Mageb7 (ENSRNOG00000042751)
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00940000164947 #21	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010.i.b #27	ENSGT00910000144269 #28	ENSGT00730000114722 #29	ENSGT00940000156471.a #30	ENSGT00390000005102 #31	ENSGT01030000234625.C #32	ENSGT00940000158395 #33	ENSGT00950000182938.b.b.b.a #34	ENSGT00940000159527 #35	ENSGT00390000015667 #36	ENSGT00940000159492 #37
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00940000164947 #21	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010.i.b #27	ENSGT00910000144269 #28	ENSGT00730000114722 #29	ENSGT00940000156471.a #30	ENSGT00390000005102 #31	ENSGT01030000234625.C #32	ENSGT00940000158395 #33	ENSGT00950000182938.b.b.b.a #34	ENSGT00940000159527 #35	ENSGT00390000015667 #36	ENSGT00940000159492 #37
Prairie vole	DUPLICATION
Prairie vole	MODERN SPECIES	13	Fat3 (ENSMOCG00000011364)	ENSMOCG00000016118	Chordc1 (ENSMOCG00000002318)	Naalad2 (ENSMOCG00000004722)	Zfp558 (ENSMOCG00000018648)	ENSMOCG00000006310	Or1m1 (ENSMOCG00000006062)	ENSMOCG00000004665	ENSMOCG00000012110	ENSMOCG00000019115	Or7d9 (ENSMOCG00000000337)	ENSMOCG00000005283	Zfp317 (ENSMOCG00000000804)	Uxt (ENSMOCG00000021659)	Or7e178 (ENSMOCG00000002045)	ENSMOCG00000004563 #22	Zfp560 (ENSMOCG00000007908)	Zfp26 (ENSMOCG00000015724)	ENSMOCG00000017928	Zfp426 (ENSMOCG00000019624)	Zfp266 (ENSMOCG00000010485)	Zfp846 (ENSMOCG00000015338)	Fbxl12 (ENSMOCG00000020422)	ENSMOCG00000005061	ENSMOCG00000019478	Pin1 (ENSMOCG00000004258)	Olfm2 (ENSMOCG00000007618)	Col5a3 (ENSMOCG00000004687)	Rdh8 (ENSMOCG00000004899)	Shfl (ENSMOCG00000012138)	Angptl6 (ENSMOCG00000012813)
Prairie vole	MODERN SPECIES	349	Zfp644 (ENSMOCG00000013871) #7	Hfm1 (ENSMOCG00000014812) #8	Cdc7 (ENSMOCG00000010463) #9	Tgfbr3 (ENSMOCG00000009350) #10	Brdt (ENSMOCG00000018633) #11	Ephx4 (ENSMOCG00000013407) #12	Lpcat2b (ENSMOCG00000015435) #13	ENSMOCG00000016302	ENSMOCG00000018136 #14	1700028K03Rik (ENSMOCG00000013743) #16	Glmn (ENSMOCG00000005897) #17	ENSMOCG00000012852 #18	ENSMOCG00000004478 #19	ENSMOCG00000008605 #20	ENSMOCG00000003175	ENSMOCG00000018015 #22	Dipk1a (ENSMOCG00000021898) #23	Mtf2 (ENSMOCG00000001192) #24	Tmed5 (ENSMOCG00000018586) #25	Ccdc18 (ENSMOCG00000014483) #26	Dr1 (ENSMOCG00000018088) #27	Pigg (ENSMOCG00000008921) #28	Pde6b (ENSMOCG00000021100) #30	ENSMOCG00000004631 #31	Mfsd7a (ENSMOCG00000021949) #32	Pcgf3 (ENSMOCG00000004681) #33	Cplx1 (ENSMOCG00000013426) #34	ENSMOCG00000020467 #35	Tmem175 (ENSMOCG00000021781) #36	Dgkq (ENSMOCG00000014713) #37	ENSMOCG00000007367
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	1	Cdc7 (ENSPEMG00000022245) #9	Tgfbr3 (ENSPEMG00000022511) #10	Brdt (ENSPEMG00000022451) #11	ENSPEMG00000029986	Ephx4 (ENSPEMG00000022572) #12	Lpcat2b (ENSPEMG00000015365) #13	ENSPEMG00000021654	Btbd8 (ENSPEMG00000014093) #14	1700028K03Rik (ENSPEMG00000021512) #16	Glmn (ENSPEMG00000023068) #17	Rpap2 (ENSPEMG00000022421) #18	Gfi1 (ENSPEMG00000024396) #19	Evi5 (ENSPEMG00000016471) #20	Ube2d2b (ENSPEMG00000028655) #21	ENSPEMG00000026172	Rpl5 (ENSPEMG00000023054) #22	Dipk1a (ENSPEMG00000000699) #23	Mtf2 (ENSPEMG00000021201) #24	Tmed5 (ENSPEMG00000021997) #25	Ccdc18 (ENSPEMG00000024210) #26	Dr1 (ENSPEMG00000030546) #27	Pigg (ENSPEMG00000022476) #28	Gm42517 (ENSPEMG00000024623) #29	Pde6b (ENSPEMG00000023203) #30	ENSPEMG00000021488 #31	Mfsd7a (ENSPEMG00000020866) #32	Pcgf3 (ENSPEMG00000020597) #33	Cplx1 (ENSPEMG00000030316) #34	Gak (ENSPEMG00000021274) #35	Tmem175 (ENSPEMG00000021088) #36	Dgkq (ENSPEMG00000003725) #37
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	50	ENSGT01060000248660	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00940000164947 #21	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010.i.b #27	ENSGT00910000144269 #28	ENSGT00940000156471.a #30	ENSGT00390000005102 #31	ENSGT01030000234625.C #32	ENSGT00940000158395 #33	ENSGT00950000182938.b.b.b.a #34	ENSGT00940000159527 #35	ENSGT00390000015667 #36	ENSGT00940000159492 #37	ENSGT00390000015494
Chinese hamster chok1gshd	DUPLICATION
Chinese hamster chok1gshd	DUPLICATION
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	229	Barhl2 (ENSCGRG00001015439)	Zfp644 (ENSCGRG00001019117) #7	Hfm1 (ENSCGRG00001016995) #8	Cdc7 (ENSCGRG00001010556) #9	Tgfbr3 (ENSCGRG00001014911) #10	Brdt (ENSCGRG00001024776) #11	Ephx4 (ENSCGRG00001001386) #12	Lpcat2b (ENSCGRG00001005519) #13	Btbd8 (ENSCGRG00001022491) #14	1700028K03Rik (ENSCGRG00001012792) #16	Glmn (ENSCGRG00001001035) #17	Rpap2 (ENSCGRG00001024341) #18	Gfi1 (ENSCGRG00001015432) #19	Evi5 (ENSCGRG00001022415) #20	Ube2d2b (ENSCGRG00001003528) #21	ENSCGRG00001025004 #22	Dipk1a (ENSCGRG00001004793) #23	ENSCGRG00001004002	Mtf2 (ENSCGRG00001009422) #24	Tmed5 (ENSCGRG00001024936) #25	Ccdc18 (ENSCGRG00001018990) #26	ENSCGRG00001017631	ENSCGRG00001014204 #27	Pigg (ENSCGRG00001017797) #28	Pde6b (ENSCGRG00001015377) #30	Atp5k (ENSCGRG00001009513) #31	Mfsd7a (ENSCGRG00001015734) #32	Pcgf3 (ENSCGRG00001011904) #33	Cplx1 (ENSCGRG00001018247) #34	Gak (ENSCGRG00001015406) #35	Tmem175 (ENSCGRG00001024209) #36
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	3	Fzd3 (ENSCGRG00001017329)	Fbxo16 (ENSCGRG00001016357)	Zfp395 (ENSCGRG00001018152)	Pnoc (ENSCGRG00001020999)	Elp3 (ENSCGRG00001002047)	Nuggc (ENSCGRG00001024841)	Scara5 (ENSCGRG00001004427)	Pbk (ENSCGRG00001007773)	Esco2 (ENSCGRG00001016894)	Ccdc25 (ENSCGRG00001014249)	Scara3 (ENSCGRG00001018699)	Clu (ENSCGRG00001021841)	Gulo (ENSCGRG00001019987)	Adam2 (ENSCGRG00001012300)	Ephx2 (ENSCGRG00001003555)	ENSCGRG00001003198 #22	Chrna2 (ENSCGRG00001025060)	Ptk2b (ENSCGRG00001013042)	Trim35 (ENSCGRG00001019610)	ENSCGRG00001009280	Stmn4 (ENSCGRG00001008937)	Adra1a (ENSCGRG00001023093)	Dpysl2 (ENSCGRG00001016379)	ENSCGRG00001010421	Pnma2 (ENSCGRG00001010753)	Bnip3l (ENSCGRG00001021504)	Ppp2r2a (ENSCGRG00001015307)	Ebf2 (ENSCGRG00001001432)	Cdca2 (ENSCGRG00001022349)	Kctd9 (ENSCGRG00001022797)	Gnrh1 (ENSCGRG00001000327)
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	92	Reep2 (ENSCGRG00001014287)	Egr1 (ENSCGRG00001016318)	Etf1 (ENSCGRG00001007046)	ENSCGRG00001002939	Hspa9 (ENSCGRG00001017325)	Ctnna1 (ENSCGRG00001023395)	Lrrtm2 (ENSCGRG00001007256)	Sil1 (ENSCGRG00001016820)	Matr3 (ENSCGRG00001020227)	Paip2 (ENSCGRG00001003673)	Slc23a1 (ENSCGRG00001014429)	Mzb1 (ENSCGRG00001003421)	Prob1 (ENSCGRG00001003909)	Spata24 (ENSCGRG00001013023)	Dnajc18 (ENSCGRG00001014703)	ENSCGRG00001009582 #22	Ecscr (ENSCGRG00001013873)	Smim33 (ENSCGRG00001019017)	Sting1 (ENSCGRG00001021519)	Ube2d2a (ENSCGRG00001017664)	Cxxc5 (ENSCGRG00001023419)	Psd2 (ENSCGRG00001015035)	Nrg2 (ENSCGRG00001024076)	Pura (ENSCGRG00001005040)	Igip (ENSCGRG00001005066)	Cystm1 (ENSCGRG00001020601)	Pfdn1 (ENSCGRG00001021593)	Hbegf (ENSCGRG00001016485)	Slc4a9 (ENSCGRG00001020810)	ENSCGRG00001007247	Ankhd1 (ENSCGRG00001015164)
Golden Hamster	DUPLICATION
Golden Hamster	MODERN SPECIES	689	Zfp644 (ENSMAUG00000019393) #7	Hfm1 (ENSMAUG00000018858) #8	Cdc7 (ENSMAUG00000018713) #9	Tgfbr3 (ENSMAUG00000017737) #10	Brdt (ENSMAUG00000013483) #11	Ephx4 (ENSMAUG00000009231) #12	Lpcat2b (ENSMAUG00000007842) #13	Btbd8 (ENSMAUG00000021368) #14	1700028K03Rik (ENSMAUG00000003755) #16	ENSMAUG00000006064 #17	ENSMAUG00000022098 #18	ENSMAUG00000021273 #19	Evi5 (ENSMAUG00000016967) #20	ENSMAUG00000008132	Ube2d2b (ENSMAUG00000008501) #21	Rpl5 (ENSMAUG00000011020) #22	Dipk1a (ENSMAUG00000003577) #23	Mtf2 (ENSMAUG00000016120) #24	Tmed5 (ENSMAUG00000013238) #25	Ccdc18 (ENSMAUG00000006968) #26	ENSMAUG00000010844 #27	Pigg (ENSMAUG00000012910) #28	Pde6b (ENSMAUG00000018594) #30	ENSMAUG00000019145 #31	Mfsd7a (ENSMAUG00000008667) #32	Pcgf3 (ENSMAUG00000018210) #33	Cplx1 (ENSMAUG00000013358) #34	ENSMAUG00000010451 #35	Tmem175 (ENSMAUG00000015592) #36	Dgkq (ENSMAUG00000008006) #37	Idua (ENSMAUG00000022060)
Golden Hamster	MODERN SPECIES	664	Ptpn1 (ENSMAUG00000010010)	Ripor3 (ENSMAUG00000010157)	Pard6b (ENSMAUG00000010497)	Adnp (ENSMAUG00000020819)	Dpm1 (ENSMAUG00000016233)	Mocs3 (ENSMAUG00000007351)	Kcng1 (ENSMAUG00000015676)	Nfatc2 (ENSMAUG00000011773)	Atp9a (ENSMAUG00000004916)	Sall4 (ENSMAUG00000015814)	Zfp64 (ENSMAUG00000015438)	ENSMAUG00000003995	ENSMAUG00000015308	Cyp24a1 (ENSMAUG00000013246)	Pfdn4 (ENSMAUG00000002277)	ENSMAUG00000001483 #22	Cbln4 (ENSMAUG00000013556)	Mc3r (ENSMAUG00000006998)	Fam210b (ENSMAUG00000020693)	ENSMAUG00000008679	Cstf1 (ENSMAUG00000021501)	Cass4 (ENSMAUG00000016962)	Rtf2 (ENSMAUG00000007866)	Gcnt7 (ENSMAUG00000001661)	Tfap2c (ENSMAUG00000019572)	Bmp7 (ENSMAUG00000015344)	Spo11 (ENSMAUG00000020198)	Rae1 (ENSMAUG00000015549)	Rbm38 (ENSMAUG00000021211)	ENSMAUG00000007706	Pck1 (ENSMAUG00000020497)
Upper Galilee mountains blind mole rat	DUPLICATION
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	526	Zfp644 (ENSNGAG00000017595) #7	Hfm1 (ENSNGAG00000011080) #8	ENSNGAG00000007826	Cdc7 (ENSNGAG00000014479) #9	Tgfbr3 (ENSNGAG00000019749) #10	Brdt (ENSNGAG00000016921) #11	Ephx4 (ENSNGAG00000003952) #12	Btbd8 (ENSNGAG00000022166) #14	ENSNGAG00000019904	1700028K03Rik (ENSNGAG00000022230) #16	ENSNGAG00000002782 #17	ENSNGAG00000015570 #18	ENSNGAG00000002549 #19	ENSNGAG00000006125 #20	Ube2d2b (ENSNGAG00000018182) #21	Rpl5 (ENSNGAG00000017991) #22	Dipk1a (ENSNGAG00000014701) #23	ENSNGAG00000002131	ENSNGAG00000016494 #24	Tmed5 (ENSNGAG00000014311) #25	Ccdc18 (ENSNGAG00000019567) #26
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1546	Smim23 (ENSNGAG00000001372)	Fbxw11 (ENSNGAG00000006880)	Stk10 (ENSNGAG00000019942)	Efcab9 (ENSNGAG00000019506)	Ubtd2 (ENSNGAG00000000104)	Sh3pxd2b (ENSNGAG00000000827)	Neurl1b (ENSNGAG00000018472)	Dusp1 (ENSNGAG00000019520)	Ergic1 (ENSNGAG00000020608)	ENSNGAG00000002828	ENSNGAG00000003294	ENSNGAG00000009349	Bnip1 (ENSNGAG00000019475)	Nkx2-5 (ENSNGAG00000016164)	Stc2 (ENSNGAG00000016574)	ENSNGAG00000003484 #22	Bod1 (ENSNGAG00000006127)	Cpeb4 (ENSNGAG00000010735)	4930524B15Rik (ENSNGAG00000012324)	Nsg2 (ENSNGAG00000013688)	Il9r (ENSNGAG00000020208)	Polr3k (ENSNGAG00000016438)	Snrnp25 (ENSNGAG00000016910)	Rhbdf1 (ENSNGAG00000017730)	Mpg (ENSNGAG00000020949)	Nprl3 (ENSNGAG00000003135)	Hba-x (ENSNGAG00000013746)	ENSNGAG00000014020	ENSNGAG00000015715	Luc7l (ENSNGAG00000000074)	Fam234a (ENSNGAG00000005036)
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	358	ENSDORG00000000376	Zfp326 (ENSDORG00000014049)	Barhl2 (ENSDORG00000011499)	Zfp644 (ENSDORG00000026900) #7	Hfm1 (ENSDORG00000014661) #8	Cdc7 (ENSDORG00000014664) #9	Tgfbr3 (ENSDORG00000009482) #10	Brdt (ENSDORG00000016543) #11	Ephx4 (ENSDORG00000006679) #12	ENSDORG00000005617	ENSDORG00000005618 #14	Glmn (ENSDORG00000012023) #17	ENSDORG00000012030 #18	ENSDORG00000023443 #19	Evi5 (ENSDORG00000004209) #20	Rpl5 (ENSDORG00000005674) #22	Dipk1a (ENSDORG00000005676) #23	Mtf2 (ENSDORG00000028633) #24	Tmed5 (ENSDORG00000029519) #25	Ccdc18 (ENSDORG00000004844) #26	Dr1 (ENSDORG00000029179) #27	Fnbp1l (ENSDORG00000006623)	Bcar3 (ENSDORG00000006624)	ENSDORG00000023662	Gclm (ENSDORG00000006111)	Abca4 (ENSDORG00000000345)	Arhgap29 (ENSDORG00000005953)	Abcd3 (ENSDORG00000003729)	F3 (ENSDORG00000023704)	Slc44a3 (ENSDORG00000009459)	Cnn3 (ENSDORG00000009463)
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468.l.b #25	ENSGT00940000155468.l.a #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336
Hystricomorpha	DUPLICATION
Hystricomorpha	DUPLICATION
Hystricomorpha	DUPLICATION
Hystricomorpha	DUPLICATION
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.w.a.a.a #22
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.w.a.a.a #22
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.w.a.a.a #22
Degu	MODERN SPECIES	269																ENSODEG00000000704 #22	RBM46 (ENSODEG00000000735)	ENSODEG00000000768	ENSODEG00000000871	ETFDH (ENSODEG00000001079)	ENSODEG00000001119	FNIP2 (ENSODEG00000001179)	C4orf45 (ENSODEG00000000481)	RAPGEF2 (ENSODEG00000000609)	ENSODEG00000001095
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	23	ENSHGLG00000034257	ENSHGLG00000042805	ENSHGLG00000043222	FER1L5 (ENSHGLG00000011343)	LMAN2L (ENSHGLG00000050358)	CNNM4 (ENSHGLG00000016031)	CNNM3 (ENSHGLG00000014277)	ENSHGLG00000014598	ENSHGLG00000015481	ENSHGLG00000039593	ACTR1B (ENSHGLG00000009168)	ZAP70 (ENSHGLG00000004616)	ENSHGLG00000041117	ENSHGLG00000006293	ENSHGLG00000008145	ENSHGLG00000039053 #22	ENSHGLG00000007703	CNGA3 (ENSHGLG00000005466)	ENSHGLG00000018672	COA5 (ENSHGLG00000004542)	INPP4A (ENSHGLG00000004735)	ENSHGLG00000040049	MGAT4A (ENSHGLG00000007486)	ENSHGLG00000037621	CRACDL (ENSHGLG00000012863)	TSGA10 (ENSHGLG00000016577)	ENSHGLG00000005087	LIPT1 (ENSHGLG00000034919)	LYG2 (ENSHGLG00000008170)	LYG1 (ENSHGLG00000009190)	TXNDC9 (ENSHGLG00000044145)
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.w.a.a.b #22
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.w.a.a.b #22
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.w.a.a.b #22
Degu	MODERN SPECIES	115	TGFBR3 (ENSODEG00000005656) #10	ENSODEG00000019153	ENSODEG00000005197	BRDT (ENSODEG00000006335) #11	EPHX4 (ENSODEG00000005661) #12	ENSODEG00000005277	ENSODEG00000007844	BTBD8 (ENSODEG00000006488) #14	ENSODEG00000019394	C1orf146 (ENSODEG00000005893) #16	GLMN (ENSODEG00000005188) #17	ENSODEG00000004891 #18	ENSODEG00000004664	ENSODEG00000006410 #19	ENSODEG00000006057 #20	ENSODEG00000005413 #22	DIPK1A (ENSODEG00000006544) #23	ENSODEG00000019282	MTF2 (ENSODEG00000005685) #24	TMED5 (ENSODEG00000005461) #25	ENSODEG00000004565	CCDC18 (ENSODEG00000005096) #26	ENSODEG00000019300	DR1 (ENSODEG00000006106) #27	ENSODEG00000019219	ENSODEG00000019152	FNBP1L (ENSODEG00000006211)	ENSODEG00000006845	ENSODEG00000006568	ENSODEG00000004740	ENSODEG00000004546
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.w.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468.l.b.a.a #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.w.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468.l.b.b #25	ENSGT00940000155468.l.b.a.a #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.w.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468.l.b.b #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	130	ZNF326 (ENSCLAG00000004446)	BARHL2 (ENSCLAG00000004382)	ZNF644 (ENSCLAG00000006797) #7	HFM1 (ENSCLAG00000005173) #8	CDC7 (ENSCLAG00000007469) #9	TGFBR3 (ENSCLAG00000007233) #10	BRDT (ENSCLAG00000006404) #11	EPHX4 (ENSCLAG00000006155) #12	ENSCLAG00000006057 #13	BTBD8 (ENSCLAG00000005766) #14	C1orf146 (ENSCLAG00000008485) #16	GLMN (ENSCLAG00000006922) #17	RPAP2 (ENSCLAG00000006291) #18	GFI1 (ENSCLAG00000005915) #19	EVI5 (ENSCLAG00000008558) #20	ENSCLAG00000008425 #22	DIPK1A (ENSCLAG00000008376) #23	ENSCLAG00000017681	ENSCLAG00000008285	MTF2 (ENSCLAG00000007846) #24	TMED5 (ENSCLAG00000007030) #25	CCDC18 (ENSCLAG00000004649) #26	DR1 (ENSCLAG00000009918) #27	FNBP1L (ENSCLAG00000008001)	BCAR3 (ENSCLAG00000007644)	DNTTIP2 (ENSCLAG00000006829)	GCLM (ENSCLAG00000005983)	ABCA4 (ENSCLAG00000005461)	ARHGAP29 (ENSCLAG00000004627)	ABCD3 (ENSCLAG00000007070)	F3 (ENSCLAG00000006707)
Guinea pig	MODERN SPECIES	2	ZNF326 (ENSCPOG00000007332)	BARHL2 (ENSCPOG00000019619)	ZNF644 (ENSCPOG00000035010) #7	HFM1 (ENSCPOG00000007421) #8	CDC7 (ENSCPOG00000012756) #9	TGFBR3 (ENSCPOG00000007217) #10	ENSCPOG00000003841 #11	EPHX4 (ENSCPOG00000001758) #12	ENSCPOG00000012159	BTBD8 (ENSCPOG00000008296) #14	C1orf146 (ENSCPOG00000007147) #16	GLMN (ENSCPOG00000007152) #17	RPAP2 (ENSCPOG00000007163) #18	GFI1 (ENSCPOG00000011727) #19	EVI5 (ENSCPOG00000006917) #20	ENSCPOG00000032453 #22	DIPK1A (ENSCPOG00000000700) #23	MTF2 (ENSCPOG00000012184) #24	ENSCPOG00000032129 #25	CCDC18 (ENSCPOG00000037069) #26	DR1 (ENSCPOG00000033199) #27	FNBP1L (ENSCPOG00000005155)	BCAR3 (ENSCPOG00000005604)	ENSCPOG00000031630	ENSCPOG00000037468	ABCA4 (ENSCPOG00000015461)	ARHGAP29 (ENSCPOG00000015466)	ABCD3 (ENSCPOG00000002087)	F3 (ENSCPOG00000002092)	SLC44A3 (ENSCPOG00000006860)	CNN3 (ENSCPOG00000006865)
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.w.b #22
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	21	PIAS4 (ENSHGLG00000006172)	ZBTB7A (ENSHGLG00000011811)	MAP2K2 (ENSHGLG00000009089)	CREB3L3 (ENSHGLG00000050546)	SIRT6 (ENSHGLG00000006696)	ANKRD24 (ENSHGLG00000010865)	ENSHGLG00000005526	YJU2 (ENSHGLG00000008096)	SHD (ENSHGLG00000007108)	TMIGD2 (ENSHGLG00000036449)	FSD1 (ENSHGLG00000006238)	STAP2 (ENSHGLG00000008727)	MPND (ENSHGLG00000006669)	SH3GL1 (ENSHGLG00000005623)	CHAF1A (ENSHGLG00000005439)	ENSHGLG00000035324 #22	UBXN6 (ENSHGLG00000011971)	HDGFL2 (ENSHGLG00000010821)	PLIN4 (ENSHGLG00000035695)	PLIN5 (ENSHGLG00000009083)	LRG1 (ENSHGLG00000008746)	SEMA6B (ENSHGLG00000008078)	TNFAIP8L1 (ENSHGLG00000040405)	MYDGF (ENSHGLG00000006727)	DPP9 (ENSHGLG00000006649)	FEM1A (ENSHGLG00000041190)	PLIN3 (ENSHGLG00000050405)	ARRDC5 (ENSHGLG00000014076)	UHRF1 (ENSHGLG00000015739)	KDM4B (ENSHGLG00000013802)	ENSHGLG00000037010
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.x #22
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.x #22
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.x #22
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	113	CRB1 (ENSCLAG00000013182)	ZBTB41 (ENSCLAG00000010852)	ASPM (ENSCLAG00000009548)	F13B (ENSCLAG00000014527)	ENSCLAG00000014293	KCNT2 (ENSCLAG00000010650)	B3GALT2 (ENSCLAG00000010521)	CDC73 (ENSCLAG00000011107)	GLRX2 (ENSCLAG00000010009)	RO60 (ENSCLAG00000016391)	ENSCLAG00000014784	RGS2 (ENSCLAG00000013377)	ENSCLAG00000011055	RGS13 (ENSCLAG00000010047)	RGS1 (ENSCLAG00000009691)	ENSCLAG00000009249 #22	RGS21 (ENSCLAG00000011554)	RGS18 (ENSCLAG00000010916)	BRINP3 (ENSCLAG00000009361)	PLA2G4A (ENSCLAG00000013091)	PTGS2 (ENSCLAG00000010309)	PDC (ENSCLAG00000009883)	ODR4 (ENSCLAG00000011867)	TPR (ENSCLAG00000014758)	ENSCLAG00000009204	HMCN1 (ENSCLAG00000012763)	IVNS1ABP (ENSCLAG00000010322)	SWT1 (ENSCLAG00000013959)	ENSCLAG00000010801	ENSCLAG00000015137	ENSCLAG00000015421
Naked mole-rat female	DUPLICATION
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	10	ENSHGLG00000046123	BRDT (ENSHGLG00000004317) #11	ENSHGLG00000010230 #12	ENSHGLG00000033060	ENSHGLG00000046149	BTBD8 (ENSHGLG00000008571) #14	ENSHGLG00000012851	ENSHGLG00000012510 #16	ENSHGLG00000011940 #17	RPAP2 (ENSHGLG00000009983) #18	ENSHGLG00000046873	GFI1 (ENSHGLG00000008020) #19	ENSHGLG00000047533	EVI5 (ENSHGLG00000005267) #20	ENSHGLG00000006656 ##22	ENSHGLG00000004717 #22	ENSHGLG00000004684 #23	ENSHGLG00000045561	ENSHGLG00000049269	ENSHGLG00000007932 #24	ENSHGLG00000006551 #25	ENSHGLG00000032551	CCDC18 (ENSHGLG00000004402) #26	ENSHGLG00000004219 #27	FNBP1L (ENSHGLG00000033036)	BCAR3 (ENSHGLG00000009405)	ENSHGLG00000016483	GCLM (ENSHGLG00000049623)	ABCA4 (ENSHGLG00000016293)	ENSHGLG00000037982	ARHGAP29 (ENSHGLG00000013186)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	17	PSMD1 (ENSHGLG00000003111)	C2orf72 (ENSHGLG00000002913)	SPATA3 (ENSHGLG00000002652)	GPR55 (ENSHGLG00000002371)	ITM2C (ENSHGLG00000003561)	CAB39 (ENSHGLG00000035528)	SP100 (ENSHGLG00000003347)	ENSHGLG00000032383	SLC16A14 (ENSHGLG00000002999)	FBXO36 (ENSHGLG00000002884)	TRIP12 (ENSHGLG00000008889)	ENSHGLG00000020453	ENSHGLG00000006168	PID1 (ENSHGLG00000040359)	ENSHGLG00000042790	ENSHGLG00000040313 #22	ENSHGLG00000004506	ENSHGLG00000003340	DAW1 (ENSHGLG00000002663)	CCL20 (ENSHGLG00000034678)	SLC19A3 (ENSHGLG00000001984)	ENSHGLG00000050104	AGFG1 (ENSHGLG00000003021)	TM4SF20 (ENSHGLG00000033179)	ENSHGLG00000002424	COL4A3 (ENSHGLG00000041167)	COL4A4 (ENSHGLG00000019184)	RHBDD1 (ENSHGLG00000018854)	IRS1 (ENSHGLG00000019521)	ENSHGLG00000050954	NYAP2 (ENSHGLG00000018926)
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468.l.a #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES		ZNF644 (ENSSVLG00005003587) #7	ENSSVLG00005003646	ENSSVLG00005003666 #8	ENSSVLG00005003691	CDC7 (ENSSVLG00005003704) #9	TGFBR3 (ENSSVLG00005003738) #10	BRDT (ENSSVLG00005003821) #11	EPHX4 (ENSSVLG00005003946) #12	BTBD8 (ENSSVLG00005003975) #14	C1orf146 (ENSSVLG00005004047) #16	GLMN (ENSSVLG00005004063) #17	RPAP2 (ENSSVLG00005004082) #18	ENSSVLG00005004104	GFI1 (ENSSVLG00005004132) #19	EVI5 (ENSSVLG00005004175) #20	ENSSVLG00005004298 #22	DIPK1A (ENSSVLG00005004374) #23	ENSSVLG00005000089	ENSSVLG00005000125	MTF2 (ENSSVLG00005000167) #24	ENSSVLG00005000190	TMED5 (ENSSVLG00005000211) #25	CCDC18 (ENSSVLG00005000256) #26	DR1 (ENSSVLG00005000282) #27	FNBP1L (ENSSVLG00005000352)	ENSSVLG00005000405	BCAR3 (ENSSVLG00005000445)	DNTTIP2 (ENSSVLG00005000490)	GCLM (ENSSVLG00005000523)	ABCA4 (ENSSVLG00005000757)	ARHGAP29 (ENSSVLG00005001033)
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	77	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00390000016988.a.a.a.a.a.a.b	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468.l.a #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b.h.a	ENSGT00950000183110.b.b.g	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668
Alpin marmot	DUPLICATION
Alpin marmot	MODERN SPECIES	6	MSH6 (ENSMMMG00000009374)	MSH2 (ENSMMMG00000009438)	EPCAM (ENSMMMG00000009917)	CALM2 (ENSMMMG00000009965)	STPG4 (ENSMMMG00000009975)	TTC7A (ENSMMMG00000010016)	ENSMMMG00000010047	SOCS5 (ENSMMMG00000010100)	CRIPT (ENSMMMG00000010107)	PIGF (ENSMMMG00000010120)	RHOQ (ENSMMMG00000010128)	ATP6V1E2 (ENSMMMG00000010180)	TMEM247 (ENSMMMG00000010182)	EPAS1 (ENSMMMG00000010195)	PRKCE (ENSMMMG00000010291)	ENSMMMG00000010335 #22	ENSMMMG00000010346	SRBD1 (ENSMMMG00000010355)	SIX2 (ENSMMMG00000010951)	CAMKMT (ENSMMMG00000011017)	PREPL (ENSMMMG00000011046)	SLC3A1 (ENSMMMG00000011092)	ENSMMMG00000011105	PPM1B (ENSMMMG00000011109)	LRPPRC (ENSMMMG00000011188)	ABCG8 (ENSMMMG00000016223)	ABCG5 (ENSMMMG00000016251)	DYNC2LI1 (ENSMMMG00000016271)	PLEKHH2 (ENSMMMG00000016277)	THADA (ENSMMMG00000016308)	HAAO (ENSMMMG00000016431)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	70	ZNF644 (ENSMMMG00000024044) #7	HFM1 (ENSMMMG00000024043) #8	CDC7 (ENSMMMG00000024042) #9	TGFBR3 (ENSMMMG00000024040) #10	ENSMMMG00000024037 #11	ENSMMMG00000024036	ENSMMMG00000024035 #11	EPHX4 (ENSMMMG00000024034) #12	ENSMMMG00000024033	BTBD8 (ENSMMMG00000024032) #14	C1orf146 (ENSMMMG00000024030) #16	GLMN (ENSMMMG00000024029) #17	RPAP2 (ENSMMMG00000024024) #18	GFI1 (ENSMMMG00000024023) #19	EVI5 (ENSMMMG00000024020) #20	ENSMMMG00000024016 #22	DIPK1A (ENSMMMG00000024014) #23	ENSMMMG00000024013	ENSMMMG00000024011 #24	TMED5 (ENSMMMG00000024010) #25	CCDC18 (ENSMMMG00000024006) #26	ENSMMMG00000024004	DR1 (ENSMMMG00000024003) #27	FNBP1L (ENSMMMG00000024001)	BCAR3 (ENSMMMG00000024000)	ENSMMMG00000023999	DNTTIP2 (ENSMMMG00000023998)	GCLM (ENSMMMG00000023997)	ENSMMMG00000023996	ENSMMMG00000023995	ENSMMMG00000023994
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	116	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00390000016988.a.a.a.a.a.a.b	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468.l.a #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b.h.a	ENSGT00950000183110.b.b.g	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	283			HFM1 (ENSUPAG00010007727) #8	CDC7 (ENSUPAG00010007656) #9	TGFBR3 (ENSUPAG00010007630) #10	ENSUPAG00010007622 #11	ENSUPAG00010007618	ENSUPAG00010007607 #11	EPHX4 (ENSUPAG00010007597) #12	BTBD8 (ENSUPAG00010007564) #14	C1orf146 (ENSUPAG00010007546) #16	GLMN (ENSUPAG00010007467) #17	RPAP2 (ENSUPAG00010007445) #18	GFI1 (ENSUPAG00010007431) #19	EVI5 (ENSUPAG00010007304) #20	ENSUPAG00010007265 #22	DIPK1A (ENSUPAG00010007249) #23	ENSUPAG00010007245	MTF2 (ENSUPAG00010007198) #24	TMED5 (ENSUPAG00010007183) #25	CCDC18 (ENSUPAG00010007139) #26	DR1 (ENSUPAG00010007132) #27	FNBP1L (ENSUPAG00010007070)	BCAR3 (ENSUPAG00010007024)	DNTTIP2 (ENSUPAG00010007018)	GCLM (ENSUPAG00010007006)	ENSUPAG00010006957
Squirrel	DUPLICATION
Squirrel	MODERN SPECIES	137	ZNF326 (ENSSTOG00000005176)	BARHL2 (ENSSTOG00000025888)	ZNF644 (ENSSTOG00000027631) #7	ENSSTOG00000008477 #8	CDC7 (ENSSTOG00000002130) #9	TGFBR3 (ENSSTOG00000011061) #10	ENSSTOG00000003060 #11	EPHX4 (ENSSTOG00000022582) #12	ENSSTOG00000012470	BTBD8 (ENSSTOG00000027118) #14	C1orf146 (ENSSTOG00000012506) #16	GLMN (ENSSTOG00000022944) #17	ENSSTOG00000030075 #18	GFI1 (ENSSTOG00000014583) #19	EVI5 (ENSSTOG00000015190) #20	ENSSTOG00000010256 #22	DIPK1A (ENSSTOG00000023846) #23	MTF2 (ENSSTOG00000000231) #24	TMED5 (ENSSTOG00000028196) #25	CCDC18 (ENSSTOG00000000234) #26	DR1 (ENSSTOG00000014720) #27	FNBP1L (ENSSTOG00000014723)	ENSSTOG00000014735	DNTTIP2 (ENSSTOG00000027499)	ENSSTOG00000030847	ABCA4 (ENSSTOG00000000294)	ENSSTOG00000034098	ENSSTOG00000033918	ENSSTOG00000000308	ABCD3 (ENSSTOG00000004520)	F3 (ENSSTOG00000004566)
Squirrel	MODERN SPECIES	322	EFS (ENSSTOG00000002556)	IL25 (ENSSTOG00000002561)	CMTM5 (ENSSTOG00000002567)	MYH7 (ENSSTOG00000002580)	NGDN (ENSSTOG00000002637)	ZFHX2 (ENSSTOG00000002657)	THTPA (ENSSTOG00000002232)	AP1G2 (ENSSTOG00000002671)	JPH4 (ENSSTOG00000027222)	ENSSTOG00000022507	ENSSTOG00000027560	ENSSTOG00000025076	CARMIL3 (ENSSTOG00000007478)	CPNE6 (ENSSTOG00000028109)	NRL (ENSSTOG00000021648)	ENSSTOG00000031715 #22	PCK2 (ENSSTOG00000007537)	DCAF11 (ENSSTOG00000007585)	FITM1 (ENSSTOG00000007610)	PSME1 (ENSSTOG00000022843)	EMC9 (ENSSTOG00000002254)	PSME2 (ENSSTOG00000002258)	RNF31 (ENSSTOG00000002265)	IRF9 (ENSSTOG00000023450)	REC8 (ENSSTOG00000002276)	IPO4 (ENSSTOG00000002288)	TM9SF1 (ENSSTOG00000002315)	TSSK4 (ENSSTOG00000002320)	CHMP4A (ENSSTOG00000029882)	MDP1 (ENSSTOG00000026251)	NEDD8 (ENSSTOG00000026408)
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000154043.B	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Rabbit	DUPLICATION
Rabbit	DUPLICATION
Rabbit	MODERN SPECIES	11	ENSOCUG00000007951	TMEM150A (ENSOCUG00000007956)	ENSOCUG00000010066	USP39 (ENSOCUG00000010070)	ENSOCUG00000020733	ATOH8 (ENSOCUG00000003528)	ST3GAL5 (ENSOCUG00000010126)	POLR1A (ENSOCUG00000010138)	ENSOCUG00000010161	IMMT (ENSOCUG00000010178)	ENSOCUG00000010188	MRPL35 (ENSOCUG00000010193)	REEP1 (ENSOCUG00000010196)	ENSOCUG00000034180	KDM3A (ENSOCUG00000010324)	ENSOCUG00000010342 #22	RNF103 (ENSOCUG00000029277)	RMND5A (ENSOCUG00000009371)	ENSOCUG00000029173	ENSOCUG00000009384	KRCC1 (ENSOCUG00000016946)	SMYD1 (ENSOCUG00000016949)	ENSOCUG00000016960	THNSL2 (ENSOCUG00000028091)	ENSOCUG00000024020	TEX37 (ENSOCUG00000012447)	EIF2AK3 (ENSOCUG00000012451)	ENSOCUG00000006530	ENSOCUG00000025374	ENSOCUG00000036440	ENSOCUG00000031913
Rabbit	MODERN SPECIES	9	ENSOCUG00000024476	ENSOCUG00000023411	ENSOCUG00000012472	POLR3A (ENSOCUG00000012450)	DLG5 (ENSOCUG00000002180)	KCNMA1 (ENSOCUG00000009543)	LRMDA (ENSOCUG00000008123)	ZNF503 (ENSOCUG00000000028)	COMTD1 (ENSOCUG00000009095)	VDAC2 (ENSOCUG00000009082)	SAMD8 (ENSOCUG00000009076)	ENSOCUG00000009072	DUSP29 (ENSOCUG00000026189)	KAT6B (ENSOCUG00000017344)	ADK (ENSOCUG00000009950)	ENSOCUG00000010613 #22	ENSOCUG00000023858	AP3M1 (ENSOCUG00000009946)	VCL (ENSOCUG00000003163)	PLAU (ENSOCUG00000003155)	ENSOCUG00000030476	CAMK2G (ENSOCUG00000012578)	NDST2 (ENSOCUG00000012569)	ZSWIM8 (ENSOCUG00000020924)	CHCHD1 (ENSOCUG00000037036)	FUT11 (ENSOCUG00000012565)	ENSOCUG00000023881	SYNPO2L (ENSOCUG00000025335)	MYOZ1 (ENSOCUG00000012560)	USP54 (ENSOCUG00000012547)	PPP3CB (ENSOCUG00000012543)
Rabbit	DUPLICATION
Rabbit	MODERN SPECIES		ENSOCUG00000032593	ENSOCUG00000037441	ENSOCUG00000035824	ENSOCUG00000025608	ENSOCUG00000032260	ENSOCUG00000034368	ENSOCUG00000025737	ENSOCUG00000026626	ENSOCUG00000025337	ENSOCUG00000024594	ENSOCUG00000034316	ENSOCUG00000035367	ENSOCUG00000020903	ENSOCUG00000002687	ZNF202 (ENSOCUG00000014264)	ENSOCUG00000010504 #22	SCN3B (ENSOCUG00000010502)	GRAMD1B (ENSOCUG00000010493)	ENSOCUG00000015533	ENSOCUG00000037082	BSX (ENSOCUG00000002684)	JHY (ENSOCUG00000015523)	CRTAM (ENSOCUG00000013086)	UBASH3B (ENSOCUG00000013072)	SORL1 (ENSOCUG00000011346)	SC5D (ENSOCUG00000011339)	ENSOCUG00000031744	TECTA (ENSOCUG00000001263)	TBCEL (ENSOCUG00000002876)	GRIK4 (ENSOCUG00000002692)	ARHGEF12 (ENSOCUG00000005196)
Rabbit	MODERN SPECIES	4	ENSOCUG00000005209 #7	ENSOCUG00000036391	HFM1 (ENSOCUG00000029252) #8	ENSOCUG00000024863	CDC7 (ENSOCUG00000026347) #9	TGFBR3 (ENSOCUG00000016083) #10	BRDT (ENSOCUG00000017466) #11	EPHX4 (ENSOCUG00000017476) #12	BTBD8 (ENSOCUG00000011062) #14	ENSOCUG00000021982	C1orf146 (ENSOCUG00000003953) #16	ENSOCUG00000001803 #17	RPAP2 (ENSOCUG00000001804) #18	GFI1 (ENSOCUG00000023553) #19	EVI5 (ENSOCUG00000001807) #20	ENSOCUG00000010089 #22	DIPK1A (ENSOCUG00000027778) #23	MTF2 (ENSOCUG00000013736) #24	TMED5 (ENSOCUG00000012427) #25	CCDC18 (ENSOCUG00000012434) #26	DR1 (ENSOCUG00000007398) #27	ENSOCUG00000038039	ENSOCUG00000028085	FNBP1L (ENSOCUG00000008277)	BCAR3 (ENSOCUG00000015440)	DNTTIP2 (ENSOCUG00000008212)	GCLM (ENSOCUG00000013796)	ABCA4 (ENSOCUG00000009797)	ARHGAP29 (ENSOCUG00000009819)	ENSOCUG00000007917	ABCD3 (ENSOCUG00000004820)
Tree shrew	DUPLICATION
Tree shrew	MODERN SPECIES	5420															EVI5 (ENSTBEG00000009391) #20	ENSTBEG00000010560 #22	DIPK1A (ENSTBEG00000010948) #23
Tree shrew	MODERN SPECIES	6543																ENSTBEG00000010069 #22