Eutheria	DUPLICATION
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Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01060000248660	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00740000117159	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01060000248660	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01060000248660	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Glires	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01060000248660	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01060000248660	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01060000248660	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.b ##22	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
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Mus	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285.l ##16	ENSGT00390000008285.k #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00940000164947 #21	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00910000144269 #28	ENSGT00730000114722 #29	ENSGT00940000156471.a #30	ENSGT00390000005102 #31	ENSGT01030000234625.C #32	ENSGT00940000158395 #33	ENSGT00950000182938.b.b.b.a #34	ENSGT00940000159527 #35	ENSGT00390000015667 #36	ENSGT00940000159492 #37
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285.l ##16	ENSGT00390000008285.k #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00940000164947 #21	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00910000144269 #28	ENSGT00730000114722 #29	ENSGT00940000156471.a #30	ENSGT00390000005102 #31	ENSGT01030000234625.C #32	ENSGT00940000158395 #33	ENSGT00950000182938.b.b.b.a #34	ENSGT00940000159527 #35	ENSGT00390000015667 #36	ENSGT00940000159492 #37
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285.l ##16	ENSGT00390000008285.k #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00940000164947 #21	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00910000144269 #28	ENSGT00730000114722 #29	ENSGT00940000156471.a #30	ENSGT00390000005102 #31	ENSGT01030000234625.C #32	ENSGT00940000158395 #33	ENSGT00950000182938.b.b.b.a #34	ENSGT00940000159527 #35	ENSGT00390000015667 #36	ENSGT00940000159492 #37
Mouse	MODERN SPECIES	14	Zfp644 (ENSMUSG00000049606) #7	Hfm1 (ENSMUSG00000043410) #8	Cdc7 (ENSMUSG00000029283) #9	Tgfbr3 (ENSMUSG00000029287) #10	Brdt (ENSMUSG00000029279) #11	Ephx4 (ENSMUSG00000033805) #12	Lpcat2b (ENSMUSG00000033794) #13	Btbd8 (ENSMUSG00000111375) #14	Gm42669 (ENSMUSG00000106631) #15	1700028K03Rik (ENSMUSG00000089798) #16	Glmn (ENSMUSG00000029276) #17	Rpap2 (ENSMUSG00000033773) #18	Gfi1 (ENSMUSG00000029275) #19	Evi5 (ENSMUSG00000011831) #20	Ube2d2b (ENSMUSG00000063447) #21	Rpl5 (ENSMUSG00000058558) #22	Dipk1a (ENSMUSG00000029270) #23	Mtf2 (ENSMUSG00000029267) #24	Tmed5 (ENSMUSG00000063406) #25	Ccdc18 (ENSMUSG00000056531) #26	Dr1 (ENSMUSG00000029265) #27	Pigg (ENSMUSG00000029263) #28	Gm42517 (ENSMUSG00000105867) #29	Pde6b (ENSMUSG00000029491) #30	Atp5k (ENSMUSG00000050856) #31	Mfsd7a (ENSMUSG00000029490) #32	Pcgf3 (ENSMUSG00000033623) #33	Cplx1 (ENSMUSG00000033615) #34	Gak (ENSMUSG00000062234) #35	Tmem175 (ENSMUSG00000013495) #36	Dgkq (ENSMUSG00000004815) #37
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285.l ##16	ENSGT00390000008285.k #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00940000164947 #21	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00910000144269 #28	ENSGT00730000114722 #29	ENSGT00940000156471.a #30	ENSGT00390000005102 #31	ENSGT01030000234625.C #32	ENSGT00940000158395 #33	ENSGT00950000182938.b.b.b.a #34	ENSGT00940000159527 #35	ENSGT00390000015667 #36	ENSGT00940000159492 #37
spretus	MODERN SPECIES	14	Hfm1 (MGP_SPRETEiJ_G0028495) #8	Cdc7 (MGP_SPRETEiJ_G0028496) #9	Tgfbr3 (MGP_SPRETEiJ_G0028497) #10	Brdt (MGP_SPRETEiJ_G0028498) #11	Ephx4 (MGP_SPRETEiJ_G0028499) #12	Lpcat2b (MGP_SPRETEiJ_G0028500) #13	MGP_SPRETEiJ_G0028501	MGP_SPRETEiJ_G0028502 #14	MGP_SPRETEiJ_G0028503 ##16	1700028K03Rik (MGP_SPRETEiJ_G0028504) #16	Glmn (MGP_SPRETEiJ_G0028505) #17	Rpap2 (MGP_SPRETEiJ_G0028506) #18	Gfi1 (MGP_SPRETEiJ_G0028507) #19	Evi5 (MGP_SPRETEiJ_G0028508) #20	Ube2d2b (MGP_SPRETEiJ_G0028509) #21	Rpl5 (MGP_SPRETEiJ_G0028510) #22	Dipk1a (MGP_SPRETEiJ_G0028511) #23	Mtf2 (MGP_SPRETEiJ_G0028512) #24	Tmed5 (MGP_SPRETEiJ_G0028513) #25	Ccdc18 (MGP_SPRETEiJ_G0028514) #26	Dr1 (MGP_SPRETEiJ_G0028515) #27	Pigg (MGP_SPRETEiJ_G0028516) #28	Pde6b (MGP_SPRETEiJ_G0028517) #30	Atp5k (MGP_SPRETEiJ_G0028518) #31	Mfsd7a (MGP_SPRETEiJ_G0028519) #32	Pcgf3 (MGP_SPRETEiJ_G0028520) #33	Cplx1 (MGP_SPRETEiJ_G0028521) #34	Gak (MGP_SPRETEiJ_G0028522) #35	Tmem175 (MGP_SPRETEiJ_G0028523) #36	Dgkq (MGP_SPRETEiJ_G0028524) #37	Idua (MGP_SPRETEiJ_G0028525)
Steppe mouse	DUPLICATION
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3278	Zfp644 (ENSMSIG00000018329) #7	Hfm1 (ENSMSIG00000018431) #8	Cdc7 (ENSMSIG00000018634) #9	Tgfbr3 (ENSMSIG00000018764) #10	Brdt (ENSMSIG00000018799) #11	Ephx4 (ENSMSIG00000018816) #12	Lpcat2b (ENSMSIG00000018846) #13	Btbd8 (ENSMSIG00000018850) #14	ENSMSIG00000019000	1700028K03Rik (ENSMSIG00000019009) #16	Glmn (ENSMSIG00000019032) #17	Rpap2 (ENSMSIG00000019128) #18	Gfi1 (ENSMSIG00000020015) #19	Evi5 (ENSMSIG00000020061) #20	Ube2d2b (ENSMSIG00000020104) #21	Rpl5 (ENSMSIG00000020111) #22	Dipk1a (ENSMSIG00000020148) #23	ENSMSIG00000020174	Mtf2 (ENSMSIG00000020200) #24	Tmed5 (ENSMSIG00000020304) #25	Ccdc18 (ENSMSIG00000020376) #26	ENSMSIG00000020415	Dr1 (ENSMSIG00000020419) #27	Pigg (ENSMSIG00000020443) #28	Gm42517 (ENSMSIG00000020614) #29	ENSMSIG00000020619	Pde6b (ENSMSIG00000020631) #30	ENSMSIG00000020698 #31	Mfsd7a (ENSMSIG00000020719) #32	Pcgf3 (ENSMSIG00000020743) #33	Cplx1 (ENSMSIG00000020759) #34
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Shrew mouse	MODERN SPECIES	4	Cdc7 (MGP_PahariEiJ_G0017269) #9	Tgfbr3 (MGP_PahariEiJ_G0017270) #10	Brdt (MGP_PahariEiJ_G0017271) #11	Ephx4 (MGP_PahariEiJ_G0017272) #12	Lpcat2b (MGP_PahariEiJ_G0017273) #13	MGP_PahariEiJ_G0017274	MGP_PahariEiJ_G0017275 #14	MGP_PahariEiJ_G0017276 ##16	1700028K03Rik (MGP_PahariEiJ_G0017277) #16	Glmn (MGP_PahariEiJ_G0017278) #17	Rpap2 (MGP_PahariEiJ_G0017279) #18	Gfi1 (MGP_PahariEiJ_G0017280) #19	MGP_PahariEiJ_G0017281	Evi5 (MGP_PahariEiJ_G0017282) #20	Ube2d2b (MGP_PahariEiJ_G0017283) #21	Rpl5 (MGP_PahariEiJ_G0017284) #22	Dipk1a (MGP_PahariEiJ_G0017285) #23	Mtf2 (MGP_PahariEiJ_G0017286) #24	Tmed5 (MGP_PahariEiJ_G0017287) #25	Ccdc18 (MGP_PahariEiJ_G0017288) #26	Dr1 (MGP_PahariEiJ_G0017289) #27	Pigg (MGP_PahariEiJ_G0017290) #28	Pde6b (MGP_PahariEiJ_G0017291) #30	Atp5k (MGP_PahariEiJ_G0017292) #31	Mfsd7a (MGP_PahariEiJ_G0017293) #32	Pcgf3 (MGP_PahariEiJ_G0017294) #33	Cplx1 (MGP_PahariEiJ_G0017295) #34	Gak (MGP_PahariEiJ_G0017296) #35	Tmem175 (MGP_PahariEiJ_G0017297) #36	Dgkq (MGP_PahariEiJ_G0017298) #37	Idua (MGP_PahariEiJ_G0017299)
Rat	DUPLICATION
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Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00940000164947 #21	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010.i.b #27	ENSGT00910000144269 #28	ENSGT00730000114722 #29	ENSGT00940000156471.a #30	ENSGT00390000005102 #31	ENSGT01030000234625.C #32	ENSGT00940000158395 #33	ENSGT00950000182938.b.b.b.a #34	ENSGT00940000159527 #35	ENSGT00390000015667 #36	ENSGT00940000159492 #37
Prairie vole	DUPLICATION
Prairie vole	MODERN SPECIES	13	Fat3 (ENSMOCG00000011364)	ENSMOCG00000016118	Chordc1 (ENSMOCG00000002318)	Naalad2 (ENSMOCG00000004722)	Zfp558 (ENSMOCG00000018648)	ENSMOCG00000006310	Or1m1 (ENSMOCG00000006062)	ENSMOCG00000004665	ENSMOCG00000012110	ENSMOCG00000019115	Or7d9 (ENSMOCG00000000337)	ENSMOCG00000005283	Zfp317 (ENSMOCG00000000804)	Uxt (ENSMOCG00000021659)	Or7e178 (ENSMOCG00000002045)	ENSMOCG00000004563 #22	Zfp560 (ENSMOCG00000007908)	Zfp26 (ENSMOCG00000015724)	ENSMOCG00000017928	Zfp426 (ENSMOCG00000019624)	Zfp266 (ENSMOCG00000010485)	Zfp846 (ENSMOCG00000015338)	Fbxl12 (ENSMOCG00000020422)	ENSMOCG00000005061	ENSMOCG00000019478	Pin1 (ENSMOCG00000004258)	Olfm2 (ENSMOCG00000007618)	Col5a3 (ENSMOCG00000004687)	Rdh8 (ENSMOCG00000004899)	Shfl (ENSMOCG00000012138)	Angptl6 (ENSMOCG00000012813)
Prairie vole	MODERN SPECIES	349	Zfp644 (ENSMOCG00000013871) #7	Hfm1 (ENSMOCG00000014812) #8	Cdc7 (ENSMOCG00000010463) #9	Tgfbr3 (ENSMOCG00000009350) #10	Brdt (ENSMOCG00000018633) #11	Ephx4 (ENSMOCG00000013407) #12	Lpcat2b (ENSMOCG00000015435) #13	ENSMOCG00000016302	ENSMOCG00000018136 #14	1700028K03Rik (ENSMOCG00000013743) #16	Glmn (ENSMOCG00000005897) #17	ENSMOCG00000012852 #18	ENSMOCG00000004478 #19	ENSMOCG00000008605 #20	ENSMOCG00000003175	ENSMOCG00000018015 #22	Dipk1a (ENSMOCG00000021898) #23	Mtf2 (ENSMOCG00000001192) #24	Tmed5 (ENSMOCG00000018586) #25	Ccdc18 (ENSMOCG00000014483) #26	Dr1 (ENSMOCG00000018088) #27	Pigg (ENSMOCG00000008921) #28	Pde6b (ENSMOCG00000021100) #30	ENSMOCG00000004631 #31	Mfsd7a (ENSMOCG00000021949) #32	Pcgf3 (ENSMOCG00000004681) #33	Cplx1 (ENSMOCG00000013426) #34	ENSMOCG00000020467 #35	Tmem175 (ENSMOCG00000021781) #36	Dgkq (ENSMOCG00000014713) #37	ENSMOCG00000007367
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	1	Cdc7 (ENSPEMG00000022245) #9	Tgfbr3 (ENSPEMG00000022511) #10	Brdt (ENSPEMG00000022451) #11	ENSPEMG00000029986	Ephx4 (ENSPEMG00000022572) #12	Lpcat2b (ENSPEMG00000015365) #13	ENSPEMG00000021654	Btbd8 (ENSPEMG00000014093) #14	1700028K03Rik (ENSPEMG00000021512) #16	Glmn (ENSPEMG00000023068) #17	Rpap2 (ENSPEMG00000022421) #18	Gfi1 (ENSPEMG00000024396) #19	Evi5 (ENSPEMG00000016471) #20	Ube2d2b (ENSPEMG00000028655) #21	ENSPEMG00000026172	Rpl5 (ENSPEMG00000023054) #22	Dipk1a (ENSPEMG00000000699) #23	Mtf2 (ENSPEMG00000021201) #24	Tmed5 (ENSPEMG00000021997) #25	Ccdc18 (ENSPEMG00000024210) #26	Dr1 (ENSPEMG00000030546) #27	Pigg (ENSPEMG00000022476) #28	Gm42517 (ENSPEMG00000024623) #29	Pde6b (ENSPEMG00000023203) #30	ENSPEMG00000021488 #31	Mfsd7a (ENSPEMG00000020866) #32	Pcgf3 (ENSPEMG00000020597) #33	Cplx1 (ENSPEMG00000030316) #34	Gak (ENSPEMG00000021274) #35	Tmem175 (ENSPEMG00000021088) #36	Dgkq (ENSPEMG00000003725) #37
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	50	ENSGT01060000248660	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00940000164947 #21	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010.i.b #27	ENSGT00910000144269 #28	ENSGT00940000156471.a #30	ENSGT00390000005102 #31	ENSGT01030000234625.C #32	ENSGT00940000158395 #33	ENSGT00950000182938.b.b.b.a #34	ENSGT00940000159527 #35	ENSGT00390000015667 #36	ENSGT00940000159492 #37	ENSGT00390000015494
Chinese hamster chok1gshd	DUPLICATION
Chinese hamster chok1gshd	DUPLICATION
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	229	Barhl2 (ENSCGRG00001015439)	Zfp644 (ENSCGRG00001019117) #7	Hfm1 (ENSCGRG00001016995) #8	Cdc7 (ENSCGRG00001010556) #9	Tgfbr3 (ENSCGRG00001014911) #10	Brdt (ENSCGRG00001024776) #11	Ephx4 (ENSCGRG00001001386) #12	Lpcat2b (ENSCGRG00001005519) #13	Btbd8 (ENSCGRG00001022491) #14	1700028K03Rik (ENSCGRG00001012792) #16	Glmn (ENSCGRG00001001035) #17	Rpap2 (ENSCGRG00001024341) #18	Gfi1 (ENSCGRG00001015432) #19	Evi5 (ENSCGRG00001022415) #20	Ube2d2b (ENSCGRG00001003528) #21	ENSCGRG00001025004 #22	Dipk1a (ENSCGRG00001004793) #23	ENSCGRG00001004002	Mtf2 (ENSCGRG00001009422) #24	Tmed5 (ENSCGRG00001024936) #25	Ccdc18 (ENSCGRG00001018990) #26	ENSCGRG00001017631	ENSCGRG00001014204 #27	Pigg (ENSCGRG00001017797) #28	Pde6b (ENSCGRG00001015377) #30	Atp5k (ENSCGRG00001009513) #31	Mfsd7a (ENSCGRG00001015734) #32	Pcgf3 (ENSCGRG00001011904) #33	Cplx1 (ENSCGRG00001018247) #34	Gak (ENSCGRG00001015406) #35	Tmem175 (ENSCGRG00001024209) #36
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	3	Fzd3 (ENSCGRG00001017329)	Fbxo16 (ENSCGRG00001016357)	Zfp395 (ENSCGRG00001018152)	Pnoc (ENSCGRG00001020999)	Elp3 (ENSCGRG00001002047)	Nuggc (ENSCGRG00001024841)	Scara5 (ENSCGRG00001004427)	Pbk (ENSCGRG00001007773)	Esco2 (ENSCGRG00001016894)	Ccdc25 (ENSCGRG00001014249)	Scara3 (ENSCGRG00001018699)	Clu (ENSCGRG00001021841)	Gulo (ENSCGRG00001019987)	Adam2 (ENSCGRG00001012300)	Ephx2 (ENSCGRG00001003555)	ENSCGRG00001003198 #22	Chrna2 (ENSCGRG00001025060)	Ptk2b (ENSCGRG00001013042)	Trim35 (ENSCGRG00001019610)	ENSCGRG00001009280	Stmn4 (ENSCGRG00001008937)	Adra1a (ENSCGRG00001023093)	Dpysl2 (ENSCGRG00001016379)	ENSCGRG00001010421	Pnma2 (ENSCGRG00001010753)	Bnip3l (ENSCGRG00001021504)	Ppp2r2a (ENSCGRG00001015307)	Ebf2 (ENSCGRG00001001432)	Cdca2 (ENSCGRG00001022349)	Kctd9 (ENSCGRG00001022797)	Gnrh1 (ENSCGRG00001000327)
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Golden Hamster	DUPLICATION
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Upper Galilee mountains blind mole rat	DUPLICATION
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Hystricomorpha	DUPLICATION
Hystricomorpha	DUPLICATION
Hystricomorpha	DUPLICATION
Hystricomorpha	DUPLICATION
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.w.a.a.a #22
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.w.a.a.a #22
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.w.a.a.a #22
Degu	MODERN SPECIES	269																ENSODEG00000000704 #22	RBM46 (ENSODEG00000000735)	ENSODEG00000000768	ENSODEG00000000871	ETFDH (ENSODEG00000001079)	ENSODEG00000001119	FNIP2 (ENSODEG00000001179)	C4orf45 (ENSODEG00000000481)	RAPGEF2 (ENSODEG00000000609)	ENSODEG00000001095
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Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.w.a.a.b #22
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.w.a.a.b #22
Degu	MODERN SPECIES	115	TGFBR3 (ENSODEG00000005656) #10	ENSODEG00000019153	ENSODEG00000005197	BRDT (ENSODEG00000006335) #11	EPHX4 (ENSODEG00000005661) #12	ENSODEG00000005277	ENSODEG00000007844	BTBD8 (ENSODEG00000006488) #14	ENSODEG00000019394	C1orf146 (ENSODEG00000005893) #16	GLMN (ENSODEG00000005188) #17	ENSODEG00000004891 #18	ENSODEG00000004664	ENSODEG00000006410 #19	ENSODEG00000006057 #20	ENSODEG00000005413 #22	DIPK1A (ENSODEG00000006544) #23	ENSODEG00000019282	MTF2 (ENSODEG00000005685) #24	TMED5 (ENSODEG00000005461) #25	ENSODEG00000004565	CCDC18 (ENSODEG00000005096) #26	ENSODEG00000019300	DR1 (ENSODEG00000006106) #27	ENSODEG00000019219	ENSODEG00000019152	FNBP1L (ENSODEG00000006211)	ENSODEG00000006845	ENSODEG00000006568	ENSODEG00000004740	ENSODEG00000004546
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.w.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468.l.b.a.a #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.w.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468.l.b.b #25	ENSGT00940000155468.l.b.a.a #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.w.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468.l.b.b #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	130	ZNF326 (ENSCLAG00000004446)	BARHL2 (ENSCLAG00000004382)	ZNF644 (ENSCLAG00000006797) #7	HFM1 (ENSCLAG00000005173) #8	CDC7 (ENSCLAG00000007469) #9	TGFBR3 (ENSCLAG00000007233) #10	BRDT (ENSCLAG00000006404) #11	EPHX4 (ENSCLAG00000006155) #12	ENSCLAG00000006057 #13	BTBD8 (ENSCLAG00000005766) #14	C1orf146 (ENSCLAG00000008485) #16	GLMN (ENSCLAG00000006922) #17	RPAP2 (ENSCLAG00000006291) #18	GFI1 (ENSCLAG00000005915) #19	EVI5 (ENSCLAG00000008558) #20	ENSCLAG00000008425 #22	DIPK1A (ENSCLAG00000008376) #23	ENSCLAG00000017681	ENSCLAG00000008285	MTF2 (ENSCLAG00000007846) #24	TMED5 (ENSCLAG00000007030) #25	CCDC18 (ENSCLAG00000004649) #26	DR1 (ENSCLAG00000009918) #27	FNBP1L (ENSCLAG00000008001)	BCAR3 (ENSCLAG00000007644)	DNTTIP2 (ENSCLAG00000006829)	GCLM (ENSCLAG00000005983)	ABCA4 (ENSCLAG00000005461)	ARHGAP29 (ENSCLAG00000004627)	ABCD3 (ENSCLAG00000007070)	F3 (ENSCLAG00000006707)
Guinea pig	MODERN SPECIES	2	ZNF326 (ENSCPOG00000007332)	BARHL2 (ENSCPOG00000019619)	ZNF644 (ENSCPOG00000035010) #7	HFM1 (ENSCPOG00000007421) #8	CDC7 (ENSCPOG00000012756) #9	TGFBR3 (ENSCPOG00000007217) #10	ENSCPOG00000003841 #11	EPHX4 (ENSCPOG00000001758) #12	ENSCPOG00000012159	BTBD8 (ENSCPOG00000008296) #14	C1orf146 (ENSCPOG00000007147) #16	GLMN (ENSCPOG00000007152) #17	RPAP2 (ENSCPOG00000007163) #18	GFI1 (ENSCPOG00000011727) #19	EVI5 (ENSCPOG00000006917) #20	ENSCPOG00000032453 #22	DIPK1A (ENSCPOG00000000700) #23	MTF2 (ENSCPOG00000012184) #24	ENSCPOG00000032129 #25	CCDC18 (ENSCPOG00000037069) #26	DR1 (ENSCPOG00000033199) #27	FNBP1L (ENSCPOG00000005155)	BCAR3 (ENSCPOG00000005604)	ENSCPOG00000031630	ENSCPOG00000037468	ABCA4 (ENSCPOG00000015461)	ARHGAP29 (ENSCPOG00000015466)	ABCD3 (ENSCPOG00000002087)	F3 (ENSCPOG00000002092)	SLC44A3 (ENSCPOG00000006860)	CNN3 (ENSCPOG00000006865)
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.w.b #22
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	21	PIAS4 (ENSHGLG00000006172)	ZBTB7A (ENSHGLG00000011811)	MAP2K2 (ENSHGLG00000009089)	CREB3L3 (ENSHGLG00000050546)	SIRT6 (ENSHGLG00000006696)	ANKRD24 (ENSHGLG00000010865)	ENSHGLG00000005526	YJU2 (ENSHGLG00000008096)	SHD (ENSHGLG00000007108)	TMIGD2 (ENSHGLG00000036449)	FSD1 (ENSHGLG00000006238)	STAP2 (ENSHGLG00000008727)	MPND (ENSHGLG00000006669)	SH3GL1 (ENSHGLG00000005623)	CHAF1A (ENSHGLG00000005439)	ENSHGLG00000035324 #22	UBXN6 (ENSHGLG00000011971)	HDGFL2 (ENSHGLG00000010821)	PLIN4 (ENSHGLG00000035695)	PLIN5 (ENSHGLG00000009083)	LRG1 (ENSHGLG00000008746)	SEMA6B (ENSHGLG00000008078)	TNFAIP8L1 (ENSHGLG00000040405)	MYDGF (ENSHGLG00000006727)	DPP9 (ENSHGLG00000006649)	FEM1A (ENSHGLG00000041190)	PLIN3 (ENSHGLG00000050405)	ARRDC5 (ENSHGLG00000014076)	UHRF1 (ENSHGLG00000015739)	KDM4B (ENSHGLG00000013802)	ENSHGLG00000037010
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.x #22
Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.x #22
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.x #22
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	113	CRB1 (ENSCLAG00000013182)	ZBTB41 (ENSCLAG00000010852)	ASPM (ENSCLAG00000009548)	F13B (ENSCLAG00000014527)	ENSCLAG00000014293	KCNT2 (ENSCLAG00000010650)	B3GALT2 (ENSCLAG00000010521)	CDC73 (ENSCLAG00000011107)	GLRX2 (ENSCLAG00000010009)	RO60 (ENSCLAG00000016391)	ENSCLAG00000014784	RGS2 (ENSCLAG00000013377)	ENSCLAG00000011055	RGS13 (ENSCLAG00000010047)	RGS1 (ENSCLAG00000009691)	ENSCLAG00000009249 #22	RGS21 (ENSCLAG00000011554)	RGS18 (ENSCLAG00000010916)	BRINP3 (ENSCLAG00000009361)	PLA2G4A (ENSCLAG00000013091)	PTGS2 (ENSCLAG00000010309)	PDC (ENSCLAG00000009883)	ODR4 (ENSCLAG00000011867)	TPR (ENSCLAG00000014758)	ENSCLAG00000009204	HMCN1 (ENSCLAG00000012763)	IVNS1ABP (ENSCLAG00000010322)	SWT1 (ENSCLAG00000013959)	ENSCLAG00000010801	ENSCLAG00000015137	ENSCLAG00000015421
Naked mole-rat female	DUPLICATION
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	10	ENSHGLG00000046123	BRDT (ENSHGLG00000004317) #11	ENSHGLG00000010230 #12	ENSHGLG00000033060	ENSHGLG00000046149	BTBD8 (ENSHGLG00000008571) #14	ENSHGLG00000012851	ENSHGLG00000012510 #16	ENSHGLG00000011940 #17	RPAP2 (ENSHGLG00000009983) #18	ENSHGLG00000046873	GFI1 (ENSHGLG00000008020) #19	ENSHGLG00000047533	EVI5 (ENSHGLG00000005267) #20	ENSHGLG00000006656 ##22	ENSHGLG00000004717 #22	ENSHGLG00000004684 #23	ENSHGLG00000045561	ENSHGLG00000049269	ENSHGLG00000007932 #24	ENSHGLG00000006551 #25	ENSHGLG00000032551	CCDC18 (ENSHGLG00000004402) #26	ENSHGLG00000004219 #27	FNBP1L (ENSHGLG00000033036)	BCAR3 (ENSHGLG00000009405)	ENSHGLG00000016483	GCLM (ENSHGLG00000049623)	ABCA4 (ENSHGLG00000016293)	ENSHGLG00000037982	ARHGAP29 (ENSHGLG00000013186)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	17	PSMD1 (ENSHGLG00000003111)	C2orf72 (ENSHGLG00000002913)	SPATA3 (ENSHGLG00000002652)	GPR55 (ENSHGLG00000002371)	ITM2C (ENSHGLG00000003561)	CAB39 (ENSHGLG00000035528)	SP100 (ENSHGLG00000003347)	ENSHGLG00000032383	SLC16A14 (ENSHGLG00000002999)	FBXO36 (ENSHGLG00000002884)	TRIP12 (ENSHGLG00000008889)	ENSHGLG00000020453	ENSHGLG00000006168	PID1 (ENSHGLG00000040359)	ENSHGLG00000042790	ENSHGLG00000040313 #22	ENSHGLG00000004506	ENSHGLG00000003340	DAW1 (ENSHGLG00000002663)	CCL20 (ENSHGLG00000034678)	SLC19A3 (ENSHGLG00000001984)	ENSHGLG00000050104	AGFG1 (ENSHGLG00000003021)	TM4SF20 (ENSHGLG00000033179)	ENSHGLG00000002424	COL4A3 (ENSHGLG00000041167)	COL4A4 (ENSHGLG00000019184)	RHBDD1 (ENSHGLG00000018854)	IRS1 (ENSHGLG00000019521)	ENSHGLG00000050954	NYAP2 (ENSHGLG00000018926)
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468.l.a #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES		ZNF644 (ENSSVLG00005003587) #7	ENSSVLG00005003646	ENSSVLG00005003666 #8	ENSSVLG00005003691	CDC7 (ENSSVLG00005003704) #9	TGFBR3 (ENSSVLG00005003738) #10	BRDT (ENSSVLG00005003821) #11	EPHX4 (ENSSVLG00005003946) #12	BTBD8 (ENSSVLG00005003975) #14	C1orf146 (ENSSVLG00005004047) #16	GLMN (ENSSVLG00005004063) #17	RPAP2 (ENSSVLG00005004082) #18	ENSSVLG00005004104	GFI1 (ENSSVLG00005004132) #19	EVI5 (ENSSVLG00005004175) #20	ENSSVLG00005004298 #22	DIPK1A (ENSSVLG00005004374) #23	ENSSVLG00005000089	ENSSVLG00005000125	MTF2 (ENSSVLG00005000167) #24	ENSSVLG00005000190	TMED5 (ENSSVLG00005000211) #25	CCDC18 (ENSSVLG00005000256) #26	DR1 (ENSSVLG00005000282) #27	FNBP1L (ENSSVLG00005000352)	ENSSVLG00005000405	BCAR3 (ENSSVLG00005000445)	DNTTIP2 (ENSSVLG00005000490)	GCLM (ENSSVLG00005000523)	ABCA4 (ENSSVLG00005000757)	ARHGAP29 (ENSSVLG00005001033)
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	77	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00390000016988.a.a.a.a.a.a.b	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468.l.a #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b.h.a	ENSGT00950000183110.b.b.g	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668
Alpin marmot	DUPLICATION
Alpin marmot	MODERN SPECIES	6	MSH6 (ENSMMMG00000009374)	MSH2 (ENSMMMG00000009438)	EPCAM (ENSMMMG00000009917)	CALM2 (ENSMMMG00000009965)	STPG4 (ENSMMMG00000009975)	TTC7A (ENSMMMG00000010016)	ENSMMMG00000010047	SOCS5 (ENSMMMG00000010100)	CRIPT (ENSMMMG00000010107)	PIGF (ENSMMMG00000010120)	RHOQ (ENSMMMG00000010128)	ATP6V1E2 (ENSMMMG00000010180)	TMEM247 (ENSMMMG00000010182)	EPAS1 (ENSMMMG00000010195)	PRKCE (ENSMMMG00000010291)	ENSMMMG00000010335 #22	ENSMMMG00000010346	SRBD1 (ENSMMMG00000010355)	SIX2 (ENSMMMG00000010951)	CAMKMT (ENSMMMG00000011017)	PREPL (ENSMMMG00000011046)	SLC3A1 (ENSMMMG00000011092)	ENSMMMG00000011105	PPM1B (ENSMMMG00000011109)	LRPPRC (ENSMMMG00000011188)	ABCG8 (ENSMMMG00000016223)	ABCG5 (ENSMMMG00000016251)	DYNC2LI1 (ENSMMMG00000016271)	PLEKHH2 (ENSMMMG00000016277)	THADA (ENSMMMG00000016308)	HAAO (ENSMMMG00000016431)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	70	ZNF644 (ENSMMMG00000024044) #7	HFM1 (ENSMMMG00000024043) #8	CDC7 (ENSMMMG00000024042) #9	TGFBR3 (ENSMMMG00000024040) #10	ENSMMMG00000024037 #11	ENSMMMG00000024036	ENSMMMG00000024035 #11	EPHX4 (ENSMMMG00000024034) #12	ENSMMMG00000024033	BTBD8 (ENSMMMG00000024032) #14	C1orf146 (ENSMMMG00000024030) #16	GLMN (ENSMMMG00000024029) #17	RPAP2 (ENSMMMG00000024024) #18	GFI1 (ENSMMMG00000024023) #19	EVI5 (ENSMMMG00000024020) #20	ENSMMMG00000024016 #22	DIPK1A (ENSMMMG00000024014) #23	ENSMMMG00000024013	ENSMMMG00000024011 #24	TMED5 (ENSMMMG00000024010) #25	CCDC18 (ENSMMMG00000024006) #26	ENSMMMG00000024004	DR1 (ENSMMMG00000024003) #27	FNBP1L (ENSMMMG00000024001)	BCAR3 (ENSMMMG00000024000)	ENSMMMG00000023999	DNTTIP2 (ENSMMMG00000023998)	GCLM (ENSMMMG00000023997)	ENSMMMG00000023996	ENSMMMG00000023995	ENSMMMG00000023994
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	116	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00390000016988.a.a.a.a.a.a.b	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468.l.a #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b.h.a	ENSGT00950000183110.b.b.g	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	283			HFM1 (ENSUPAG00010007727) #8	CDC7 (ENSUPAG00010007656) #9	TGFBR3 (ENSUPAG00010007630) #10	ENSUPAG00010007622 #11	ENSUPAG00010007618	ENSUPAG00010007607 #11	EPHX4 (ENSUPAG00010007597) #12	BTBD8 (ENSUPAG00010007564) #14	C1orf146 (ENSUPAG00010007546) #16	GLMN (ENSUPAG00010007467) #17	RPAP2 (ENSUPAG00010007445) #18	GFI1 (ENSUPAG00010007431) #19	EVI5 (ENSUPAG00010007304) #20	ENSUPAG00010007265 #22	DIPK1A (ENSUPAG00010007249) #23	ENSUPAG00010007245	MTF2 (ENSUPAG00010007198) #24	TMED5 (ENSUPAG00010007183) #25	CCDC18 (ENSUPAG00010007139) #26	DR1 (ENSUPAG00010007132) #27	FNBP1L (ENSUPAG00010007070)	BCAR3 (ENSUPAG00010007024)	DNTTIP2 (ENSUPAG00010007018)	GCLM (ENSUPAG00010007006)	ENSUPAG00010006957
Squirrel	DUPLICATION
Squirrel	MODERN SPECIES	137	ZNF326 (ENSSTOG00000005176)	BARHL2 (ENSSTOG00000025888)	ZNF644 (ENSSTOG00000027631) #7	ENSSTOG00000008477 #8	CDC7 (ENSSTOG00000002130) #9	TGFBR3 (ENSSTOG00000011061) #10	ENSSTOG00000003060 #11	EPHX4 (ENSSTOG00000022582) #12	ENSSTOG00000012470	BTBD8 (ENSSTOG00000027118) #14	C1orf146 (ENSSTOG00000012506) #16	GLMN (ENSSTOG00000022944) #17	ENSSTOG00000030075 #18	GFI1 (ENSSTOG00000014583) #19	EVI5 (ENSSTOG00000015190) #20	ENSSTOG00000010256 #22	DIPK1A (ENSSTOG00000023846) #23	MTF2 (ENSSTOG00000000231) #24	TMED5 (ENSSTOG00000028196) #25	CCDC18 (ENSSTOG00000000234) #26	DR1 (ENSSTOG00000014720) #27	FNBP1L (ENSSTOG00000014723)	ENSSTOG00000014735	DNTTIP2 (ENSSTOG00000027499)	ENSSTOG00000030847	ABCA4 (ENSSTOG00000000294)	ENSSTOG00000034098	ENSSTOG00000033918	ENSSTOG00000000308	ABCD3 (ENSSTOG00000004520)	F3 (ENSSTOG00000004566)
Squirrel	MODERN SPECIES	322	EFS (ENSSTOG00000002556)	IL25 (ENSSTOG00000002561)	CMTM5 (ENSSTOG00000002567)	MYH7 (ENSSTOG00000002580)	NGDN (ENSSTOG00000002637)	ZFHX2 (ENSSTOG00000002657)	THTPA (ENSSTOG00000002232)	AP1G2 (ENSSTOG00000002671)	JPH4 (ENSSTOG00000027222)	ENSSTOG00000022507	ENSSTOG00000027560	ENSSTOG00000025076	CARMIL3 (ENSSTOG00000007478)	CPNE6 (ENSSTOG00000028109)	NRL (ENSSTOG00000021648)	ENSSTOG00000031715 #22	PCK2 (ENSSTOG00000007537)	DCAF11 (ENSSTOG00000007585)	FITM1 (ENSSTOG00000007610)	PSME1 (ENSSTOG00000022843)	EMC9 (ENSSTOG00000002254)	PSME2 (ENSSTOG00000002258)	RNF31 (ENSSTOG00000002265)	IRF9 (ENSSTOG00000023450)	REC8 (ENSSTOG00000002276)	IPO4 (ENSSTOG00000002288)	TM9SF1 (ENSSTOG00000002315)	TSSK4 (ENSSTOG00000002320)	CHMP4A (ENSSTOG00000029882)	MDP1 (ENSSTOG00000026251)	NEDD8 (ENSSTOG00000026408)
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000154043.B	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Rabbit	DUPLICATION
Rabbit	DUPLICATION
Rabbit	MODERN SPECIES	11	ENSOCUG00000007951	TMEM150A (ENSOCUG00000007956)	ENSOCUG00000010066	USP39 (ENSOCUG00000010070)	ENSOCUG00000020733	ATOH8 (ENSOCUG00000003528)	ST3GAL5 (ENSOCUG00000010126)	POLR1A (ENSOCUG00000010138)	ENSOCUG00000010161	IMMT (ENSOCUG00000010178)	ENSOCUG00000010188	MRPL35 (ENSOCUG00000010193)	REEP1 (ENSOCUG00000010196)	ENSOCUG00000034180	KDM3A (ENSOCUG00000010324)	ENSOCUG00000010342 #22	RNF103 (ENSOCUG00000029277)	RMND5A (ENSOCUG00000009371)	ENSOCUG00000029173	ENSOCUG00000009384	KRCC1 (ENSOCUG00000016946)	SMYD1 (ENSOCUG00000016949)	ENSOCUG00000016960	THNSL2 (ENSOCUG00000028091)	ENSOCUG00000024020	TEX37 (ENSOCUG00000012447)	EIF2AK3 (ENSOCUG00000012451)	ENSOCUG00000006530	ENSOCUG00000025374	ENSOCUG00000036440	ENSOCUG00000031913
Rabbit	MODERN SPECIES	9	ENSOCUG00000024476	ENSOCUG00000023411	ENSOCUG00000012472	POLR3A (ENSOCUG00000012450)	DLG5 (ENSOCUG00000002180)	KCNMA1 (ENSOCUG00000009543)	LRMDA (ENSOCUG00000008123)	ZNF503 (ENSOCUG00000000028)	COMTD1 (ENSOCUG00000009095)	VDAC2 (ENSOCUG00000009082)	SAMD8 (ENSOCUG00000009076)	ENSOCUG00000009072	DUSP29 (ENSOCUG00000026189)	KAT6B (ENSOCUG00000017344)	ADK (ENSOCUG00000009950)	ENSOCUG00000010613 #22	ENSOCUG00000023858	AP3M1 (ENSOCUG00000009946)	VCL (ENSOCUG00000003163)	PLAU (ENSOCUG00000003155)	ENSOCUG00000030476	CAMK2G (ENSOCUG00000012578)	NDST2 (ENSOCUG00000012569)	ZSWIM8 (ENSOCUG00000020924)	CHCHD1 (ENSOCUG00000037036)	FUT11 (ENSOCUG00000012565)	ENSOCUG00000023881	SYNPO2L (ENSOCUG00000025335)	MYOZ1 (ENSOCUG00000012560)	USP54 (ENSOCUG00000012547)	PPP3CB (ENSOCUG00000012543)
Rabbit	DUPLICATION
Rabbit	MODERN SPECIES		ENSOCUG00000032593	ENSOCUG00000037441	ENSOCUG00000035824	ENSOCUG00000025608	ENSOCUG00000032260	ENSOCUG00000034368	ENSOCUG00000025737	ENSOCUG00000026626	ENSOCUG00000025337	ENSOCUG00000024594	ENSOCUG00000034316	ENSOCUG00000035367	ENSOCUG00000020903	ENSOCUG00000002687	ZNF202 (ENSOCUG00000014264)	ENSOCUG00000010504 #22	SCN3B (ENSOCUG00000010502)	GRAMD1B (ENSOCUG00000010493)	ENSOCUG00000015533	ENSOCUG00000037082	BSX (ENSOCUG00000002684)	JHY (ENSOCUG00000015523)	CRTAM (ENSOCUG00000013086)	UBASH3B (ENSOCUG00000013072)	SORL1 (ENSOCUG00000011346)	SC5D (ENSOCUG00000011339)	ENSOCUG00000031744	TECTA (ENSOCUG00000001263)	TBCEL (ENSOCUG00000002876)	GRIK4 (ENSOCUG00000002692)	ARHGEF12 (ENSOCUG00000005196)
Rabbit	MODERN SPECIES	4	ENSOCUG00000005209 #7	ENSOCUG00000036391	HFM1 (ENSOCUG00000029252) #8	ENSOCUG00000024863	CDC7 (ENSOCUG00000026347) #9	TGFBR3 (ENSOCUG00000016083) #10	BRDT (ENSOCUG00000017466) #11	EPHX4 (ENSOCUG00000017476) #12	BTBD8 (ENSOCUG00000011062) #14	ENSOCUG00000021982	C1orf146 (ENSOCUG00000003953) #16	ENSOCUG00000001803 #17	RPAP2 (ENSOCUG00000001804) #18	GFI1 (ENSOCUG00000023553) #19	EVI5 (ENSOCUG00000001807) #20	ENSOCUG00000010089 #22	DIPK1A (ENSOCUG00000027778) #23	MTF2 (ENSOCUG00000013736) #24	TMED5 (ENSOCUG00000012427) #25	CCDC18 (ENSOCUG00000012434) #26	DR1 (ENSOCUG00000007398) #27	ENSOCUG00000038039	ENSOCUG00000028085	FNBP1L (ENSOCUG00000008277)	BCAR3 (ENSOCUG00000015440)	DNTTIP2 (ENSOCUG00000008212)	GCLM (ENSOCUG00000013796)	ABCA4 (ENSOCUG00000009797)	ARHGAP29 (ENSOCUG00000009819)	ENSOCUG00000007917	ABCD3 (ENSOCUG00000004820)
Tree shrew	DUPLICATION
Tree shrew	MODERN SPECIES	5420															EVI5 (ENSTBEG00000009391) #20	ENSTBEG00000010560 #22	DIPK1A (ENSTBEG00000010948) #23
Tree shrew	MODERN SPECIES	6543																ENSTBEG00000010069 #22
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Bushbaby	DUPLICATION
Bushbaby	DUPLICATION
Bushbaby	MODERN SPECIES	138	PKIG (ENSOGAG00000030592)	ADA (ENSOGAG00000016280)	CCN5 (ENSOGAG00000012555)	KCNK15 (ENSOGAG00000012557)	RIMS4 (ENSOGAG00000011045)	ENSOGAG00000008909	PABPC1L (ENSOGAG00000032999)	TOMM34 (ENSOGAG00000008911)	STK4 (ENSOGAG00000006656)	KCNS1 (ENSOGAG00000025880)	WFDC5 (ENSOGAG00000006665)	PI3 (ENSOGAG00000006670)	ENSOGAG00000034580	ENSOGAG00000024067	SLPI (ENSOGAG00000005681)	ENSOGAG00000024142 #22	MATN4 (ENSOGAG00000007290)	RBPJL (ENSOGAG00000024900)	SDC4 (ENSOGAG00000007291)	SYS1 (ENSOGAG00000025081)	TP53TG5 (ENSOGAG00000010381)	DBNDD2 (ENSOGAG00000010386)	PIGT (ENSOGAG00000010389)	ENSOGAG00000010396	ENSOGAG00000028989	WFDC8 (ENSOGAG00000010398)	WFDC10B (ENSOGAG00000031773)	WFDC13 (ENSOGAG00000004981)	SPINT4 (ENSOGAG00000004983)	ENSOGAG00000011999	ENSOGAG00000004974
Bushbaby	MODERN SPECIES	120	MEOX2 (ENSOGAG00000014555)	ENSOGAG00000031760	CRPPA (ENSOGAG00000033583)	SOSTDC1 (ENSOGAG00000007592)	ENSOGAG00000007594	ANKMY2 (ENSOGAG00000007596)	BZW2 (ENSOGAG00000007600)	TSPAN13 (ENSOGAG00000007559)	AGR2 (ENSOGAG00000007561)	AGR3 (ENSOGAG00000007563)	IPO11 (ENSOGAG00000000533)	DIMT1 (ENSOGAG00000000531)	ENSOGAG00000000527	ENSOGAG00000024621	ZSWIM6 (ENSOGAG00000009961)	ENSOGAG00000028361 #22	SMIM15 (ENSOGAG00000010010)	NDUFAF2 (ENSOGAG00000010937)	ERCC8 (ENSOGAG00000013889)	ENSOGAG00000027326	ELOVL7 (ENSOGAG00000013885)	DEPDC1B (ENSOGAG00000013881)	ENSOGAG00000029733	PDE4D (ENSOGAG00000011831)	RAB3C (ENSOGAG00000014467)	GAPT (ENSOGAG00000014464)	PLK2 (ENSOGAG00000003248)	ACTBL2 (ENSOGAG00000004810)	GPBP1 (ENSOGAG00000013991)	MIER3 (ENSOGAG00000002702)	SETD9 (ENSOGAG00000002699)
Bushbaby	MODERN SPECIES	347														ENSOGAG00000027047	METTL22 (ENSOGAG00000001069)	ENSOGAG00000024625 #22	ENSOGAG00000016546	TMEM186 (ENSOGAG00000016556)	ENSOGAG00000016560	CARHSP1 (ENSOGAG00000014708)	USP7 (ENSOGAG00000014709)	ENSOGAG00000011180	HAPSTR1 (ENSOGAG00000003909)	ENSOGAG00000004330	ENSOGAG00000010602
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Mouse lemur	DUPLICATION
Mouse lemur	DUPLICATION
Mouse lemur	MODERN SPECIES	27	MTNR1B (ENSMICG00000043189)	ENSMICG00000031389	ENSMICG00000015646	NAALAD2 (ENSMICG00000015630)	ENSMICG00000013580	ENSMICG00000042150	NOX4 (ENSMICG00000014398)	TYR (ENSMICG00000037850)	GRM5 (ENSMICG00000002451)	CTSC (ENSMICG00000002445)	RAB38 (ENSMICG00000028169)	TMEM135 (ENSMICG00000013387)	FZD4 (ENSMICG00000012533)	PRSS23 (ENSMICG00000026361)	ME3 (ENSMICG00000000951)	ENSMICG00000037743 #22	CCDC81 (ENSMICG00000000948)	HIKESHI (ENSMICG00000000946)	ENSMICG00000010728	PICALM (ENSMICG00000017261)	CCDC83 (ENSMICG00000017254)	SYTL2 (ENSMICG00000005519)	CREBZF (ENSMICG00000033683)	TMEM126A (ENSMICG00000005510)	TMEM126B (ENSMICG00000029604)	ENSMICG00000009022	ENSMICG00000027485	ENSMICG00000043874	KCTD14 (ENSMICG00000044183)	NDUFC2 (ENSMICG00000041506)	ALG8 (ENSMICG00000015000)
Mouse lemur	MODERN SPECIES	1	OLFML2A (ENSMICG00000002915)	NR6A1 (ENSMICG00000002911)	NR5A1 (ENSMICG00000002907)	ADGRD2 (ENSMICG00000046284)	PSMB7 (ENSMICG00000043101)	NEK6 (ENSMICG00000009990)	LHX2 (ENSMICG00000009968)	DENND1A (ENSMICG00000000554)	CRB2 (ENSMICG00000000551)	STRBP (ENSMICG00000000832)	RABGAP1 (ENSMICG00000000821)	ZBTB26 (ENSMICG00000037770)	ZBTB6 (ENSMICG00000047456)	RC3H2 (ENSMICG00000003227)	PDCL (ENSMICG00000003224)	ENSMICG00000035760 #22	ENSMICG00000044928	ENSMICG00000043641	ENSMICG00000043496	ENSMICG00000045321	ENSMICG00000033883	PTGS1 (ENSMICG00000009196)	ENSMICG00000031629	MRRF (ENSMICG00000016168)	RBM18 (ENSMICG00000046793)	LHX6 (ENSMICG00000016150)	MORN5 (ENSMICG00000016144)	ENSMICG00000016140	TTLL11 (ENSMICG00000016130)	DAB2IP (ENSMICG00000016118)	ENSMICG00000016109
Mouse lemur	MODERN SPECIES	11	BARHL2 (ENSMICG00000037198)	ZNF644 (ENSMICG00000015207) #7	HFM1 (ENSMICG00000037935) #8	CDC7 (ENSMICG00000011588) #9	ENSMICG00000031496	TGFBR3 (ENSMICG00000044508) #10	BRDT (ENSMICG00000014306) #11	EPHX4 (ENSMICG00000030659) #12	ENSMICG00000031257	BTBD8 (ENSMICG00000033675) #14	C1orf146 (ENSMICG00000008888) #16	GLMN (ENSMICG00000008891) #17	ENSMICG00000044808 #18	GFI1 (ENSMICG00000047208) #19	EVI5 (ENSMICG00000011788) #20	ENSMICG00000011805 #22	DIPK1A (ENSMICG00000011814) #23	ENSMICG00000003126 #24	TMED5 (ENSMICG00000000964) #25	ENSMICG00000043917	ENSMICG00000014932 #26	ENSMICG00000032766	DR1 (ENSMICG00000028249) #27	FNBP1L (ENSMICG00000035486)	BCAR3 (ENSMICG00000010096)	ENSMICG00000013230	GCLM (ENSMICG00000035919)	ABCA4 (ENSMICG00000013270)	ARHGAP29 (ENSMICG00000016038)	ABCD3 (ENSMICG00000008904)	F3 (ENSMICG00000008919)
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00940000154043.B	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Coquerels sifaka	DUPLICATION
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	846	ZNF644 (ENSPCOG00000021784) #7	ENSPCOG00000026252 #8	CDC7 (ENSPCOG00000022992) #9	TGFBR3 (ENSPCOG00000020128) #10	BRDT (ENSPCOG00000009857) #11	EPHX4 (ENSPCOG00000015391) #12	ENSPCOG00000025445	ENSPCOG00000020190	BTBD8 (ENSPCOG00000012403) #14	C1orf146 (ENSPCOG00000014518) #16	GLMN (ENSPCOG00000026708) #17	RPAP2 (ENSPCOG00000021860) #18	GFI1 (ENSPCOG00000020540) #19	ENSPCOG00000023529	EVI5 (ENSPCOG00000013584) #20	ENSPCOG00000012924 #22	DIPK1A (ENSPCOG00000022059) #23	MTF2 (ENSPCOG00000021106) #24	TMED5 (ENSPCOG00000024672) #25	CCDC18 (ENSPCOG00000021464) #26	DR1 (ENSPCOG00000025924) #27	FNBP1L (ENSPCOG00000027233)	BCAR3 (ENSPCOG00000022810)	DNTTIP2 (ENSPCOG00000027395)	GCLM (ENSPCOG00000000314)	ABCA4 (ENSPCOG00000027304)	ARHGAP29 (ENSPCOG00000013337)	ABCD3 (ENSPCOG00000028862)	F3 (ENSPCOG00000024393)	SLC44A3 (ENSPCOG00000017385)	CNN3 (ENSPCOG00000020554)
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	592	LCOR (ENSPCOG00000017788)	PIK3AP1 (ENSPCOG00000016804)	TM9SF3 (ENSPCOG00000018190)	TLL2 (ENSPCOG00000025513)	OPALIN (ENSPCOG00000003690)	DNTT (ENSPCOG00000027142)	BLNK (ENSPCOG00000024376)	CCNJ (ENSPCOG00000020585)	ENSPCOG00000022671	ENSPCOG00000028681	ENSPCOG00000000546	ENTPD1 (ENSPCOG00000024914)	TCTN3 (ENSPCOG00000016392)	ALDH18A1 (ENSPCOG00000022427)	SORBS1 (ENSPCOG00000007870)	ENSPCOG00000014706 #22	PDLIM1 (ENSPCOG00000024320)
Greater bamboo lemur	DUPLICATION
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	114	ENSPSMG00000021223	ADD2 (ENSPSMG00000021207)	FIGLA (ENSPSMG00000021147)	CD207 (ENSPSMG00000021138)	VAX2 (ENSPSMG00000021124)	ATP6V1B1 (ENSPSMG00000021047)	ANKRD53 (ENSPSMG00000020949)	ENSPSMG00000020925	TEX261 (ENSPSMG00000020922)	NAGK (ENSPSMG00000020912)	PAIP2B (ENSPSMG00000020867)	ENSPSMG00000020863	ZNF638 (ENSPSMG00000020849)	DYSF (ENSPSMG00000020356)	CYP26B1 (ENSPSMG00000019340)	ENSPSMG00000019315 #22	EXOC6B (ENSPSMG00000019184)	ENSPSMG00000019101	SPR (ENSPSMG00000019095)	EMX1 (ENSPSMG00000019089)	SFXN5 (ENSPSMG00000019079)	RAB11FIP5 (ENSPSMG00000019034)	NOTO (ENSPSMG00000019003)	SMYD5 (ENSPSMG00000018998)	PRADC1 (ENSPSMG00000018980)	CCT7 (ENSPSMG00000018896)	ENSPSMG00000018797	FBXO41 (ENSPSMG00000018787)	EGR4 (ENSPSMG00000018764)	ENSPSMG00000018754	ENSPSMG00000018752
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	556		ENSPSMG00000015909	BARHL2 (ENSPSMG00000015901)	ZNF644 (ENSPSMG00000015882) #7	HFM1 (ENSPSMG00000015833) #8	CDC7 (ENSPSMG00000015799) #9	TGFBR3 (ENSPSMG00000015750) #10	BRDT (ENSPSMG00000015627) #11	EPHX4 (ENSPSMG00000015559) #12	BTBD8 (ENSPSMG00000015550) #14	C1orf146 (ENSPSMG00000015518) #16	GLMN (ENSPSMG00000015491) #17	RPAP2 (ENSPSMG00000015467) #18	GFI1 (ENSPSMG00000015439) #19	EVI5 (ENSPSMG00000015410) #20	ENSPSMG00000015298 #22	DIPK1A (ENSPSMG00000015215) #23	MTF2 (ENSPSMG00000015020) #24	TMED5 (ENSPSMG00000014878) #25	CCDC18 (ENSPSMG00000014808) #26	DR1 (ENSPSMG00000014696) #27	ENSPSMG00000014687	FNBP1L (ENSPSMG00000014651)	BCAR3 (ENSPSMG00000014546)	DNTTIP2 (ENSPSMG00000014510)	GCLM (ENSPSMG00000014490)	ABCA4 (ENSPSMG00000014392)	ARHGAP29 (ENSPSMG00000014189)	ABCD3 (ENSPSMG00000013980)	F3 (ENSPSMG00000013868)
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	221														PBX1 (ENSSBOG00000019425)	ENSSBOG00000023056	ENSSBOG00000022242 #22	NUF2 (ENSSBOG00000020393)	RGS5 (ENSSBOG00000019112)	RGS4 (ENSSBOG00000023788)	CCDC190 (ENSSBOG00000003369)	HSD17B7 (ENSSBOG00000003536)	DDR2 (ENSSBOG00000014912)	UAP1 (ENSSBOG00000018996)	UHMK1 (ENSSBOG00000028187)	ENSSBOG00000027882	SH2D1B (ENSSBOG00000023916)	SPATA46 (ENSSBOG00000003135)	ENSSBOG00000019874	ENSSBOG00000028748	OLFML2B (ENSSBOG00000021662)	ATF6 (ENSSBOG00000029816)
Capuchin	MODERN SPECIES	62	PRDX6 (ENSCCAG00000029030)	SLC9C2 (ENSCCAG00000034956)	TEX50 (ENSCCAG00000023777)	ANKRD45 (ENSCCAG00000030031)	ENSCCAG00000007951	KLHL20 (ENSCCAG00000035987)	CENPL (ENSCCAG00000032255)	DARS2 (ENSCCAG00000029862)	ZBTB37 (ENSCCAG00000030297)	SERPINC1 (ENSCCAG00000019906)	RC3H1 (ENSCCAG00000025652)	ENSCCAG00000036604	RABGAP1L (ENSCCAG00000031099)	ENSCCAG00000037602	MRPS14 (ENSCCAG00000023517)	ENSCCAG00000036403 #22	TNN (ENSCCAG00000035362)	TNR (ENSCCAG00000027440)	ENSCCAG00000016991	ENSCCAG00000009273	B4GALT5 (ENSCCAG00000033096)	SLC9A8 (ENSCCAG00000030260)	SPATA2 (ENSCCAG00000024428)	RNF114 (ENSCCAG00000004234)	SNAI1 (ENSCCAG00000029550)	ENSCCAG00000033814	PEDS1 (ENSCCAG00000024997)	CEBPB (ENSCCAG00000018941)	ENSCCAG00000027818
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22
Orangutan	DUPLICATION
Orangutan	MODERN SPECIES	17	TIGD2 (ENSPPYG00000014930)	GPRIN3 (ENSPPYG00000014931)	SNCA (ENSPPYG00000014932)	MMRN1 (ENSPPYG00000014933)	CCSER1 (ENSPPYG00000033690)	GRID2 (ENSPPYG00000014934)	ATOH1 (ENSPPYG00000015283)	SMARCAD1 (ENSPPYG00000014935)	HPGDS (ENSPPYG00000014936)	ENSPPYG00000014937	BMPR1B (ENSPPYG00000014938)	UNC5C (ENSPPYG00000014939)	PDHA2 (ENSPPYG00000014940)	ENSPPYG00000029937	STPG2 (ENSPPYG00000014941)	ENSPPYG00000032768 #22	RAP1GDS1 (ENSPPYG00000014942)	TSPAN5 (ENSPPYG00000014943)	EIF4E (ENSPPYG00000031353)	METAP1 (ENSPPYG00000014945)	ADH5 (ENSPPYG00000014946)	ADH4 (ENSPPYG00000014947)	ADH6 (ENSPPYG00000014948)	ADH1A (ENSPPYG00000014949)	ADH1C (ENSPPYG00000037917)	ADH7 (ENSPPYG00000014950)	C4orf17 (ENSPPYG00000014951)	TRMT10A (ENSPPYG00000014952)	MTTP (ENSPPYG00000014953)	DAPP1 (ENSPPYG00000014954)	LAMTOR3 (ENSPPYG00000041127)
Orangutan	MODERN SPECIES	6	MRPS11 (ENSPPYG00000006751)	MRPL46 (ENSPPYG00000006750)	NTRK3 (ENSPPYG00000006749)	AGBL1 (ENSPPYG00000006747)	ENSPPYG00000037873	KLHL25 (ENSPPYG00000006746)	AKAP13 (ENSPPYG00000006745)	ENSPPYG00000006873	ZSCAN2 (ENSPPYG00000006877)	ENSPPYG00000039060	WDR73 (ENSPPYG00000006879)	ENSPPYG00000036271	SEC11A (ENSPPYG00000006881)	ZNF592 (ENSPPYG00000035797)	ENSPPYG00000031798	ENSPPYG00000029615 #22	SLC28A1 (ENSPPYG00000006884)	PDE8A (ENSPPYG00000006885)	ENSPPYG00000030954	ENSPPYG00000006888	CPEB1 (ENSPPYG00000006889)	AP3B2 (ENSPPYG00000006890)	FSD2 (ENSPPYG00000006733)	HOMER2 (ENSPPYG00000006735)	RAMAC (ENSPPYG00000006736)	ENSPPYG00000006737	ENSPPYG00000018203	BTBD1 (ENSPPYG00000006738)	TM6SF1 (ENSPPYG00000041172)	HDGFL3 (ENSPPYG00000006739)	BNC1 (ENSPPYG00000040401)
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000162273	ENSGT00570000079168.b.b.b	ENSGT00950000183175.B.b	ENSGT01030000234633.C.b	ENSGT00940000153912.B	ENSGT00940000155192	ENSGT00940000160064.b	ENSGT00390000010721.a.a.a.a.c.b	ENSGT00910000144252	ENSGT00940000160278	ENSGT00940000155292	ENSGT00940000155919	ENSGT00950000182815.a.a.a.a.a	ENSGT00530000063174.a.j	ENSGT00390000001063	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00940000153168.C.a.b	ENSGT00940000161041	ENSGT00940000159219	ENSGT00940000157110	ENSGT00940000161360	ENSGT00390000014963	ENSGT00390000008346	ENSGT00390000011368	ENSGT00940000159958	ENSGT00950000183159.a	ENSGT00940000157306	ENSGT00390000000002.a.a.a	ENSGT00940000157352	ENSGT00390000018052.l.a	ENSGT00390000018145.cb.a.a.b.b
Olive baboon	DUPLICATION
Olive baboon	MODERN SPECIES	6	ENSPANG00000042731	ENSPANG00000002589	ENSPANG00000037622	PCDH20 (ENSPANG00000009662)	ENSPANG00000049074	TDRD3 (ENSPANG00000019138)	DIAPH3 (ENSPANG00000005861)	PCDH17 (ENSPANG00000004614)	ENSPANG00000043978	ENSPANG00000041871	ENSPANG00000047132	ENSPANG00000043724	ENSPANG00000047232	ENSPANG00000048590	OLFM4 (ENSPANG00000024154)	ENSPANG00000028839 #22	ENSPANG00000043462	PCDH8 (ENSPANG00000007570)	ENSPANG00000041440	CNMD (ENSPANG00000012752)	SUGT1 (ENSPANG00000025937)	ENSPANG00000044868	NEK3 (ENSPANG00000007571)	NEK5 (ENSPANG00000005102)	UTP14C (ENSPANG00000004998)	ALG11 (ENSPANG00000023959)	ATP7B (ENSPANG00000025938)	ENSPANG00000021861	CCDC70 (ENSPANG00000045858)	TMEM272 (ENSPANG00000029825)	DHRS12 (ENSPANG00000031113)
Olive baboon	MODERN SPECIES	13	ENSPANG00000051085	GRID2 (ENSPANG00000009186)	ENSPANG00000046446	ENSPANG00000051321	ENSPANG00000030511	ENSPANG00000045919	SMARCAD1 (ENSPANG00000019757)	HPGDS (ENSPANG00000017690)	ENSPANG00000037029	ENSPANG00000004585	ENSPANG00000044230	BMPR1B (ENSPANG00000008235)	UNC5C (ENSPANG00000000905)	PDHA2 (ENSPANG00000026247)	STPG2 (ENSPANG00000009976)	ENSPANG00000038256 #22	YIPF7 (ENSPANG00000016828)	KCTD8 (ENSPANG00000017025)	ENSPANG00000047071	ENSPANG00000034872	GRXCR1 (ENSPANG00000021591)	ENSPANG00000037932	ATP8A1 (ENSPANG00000011786)	SHISA3 (ENSPANG00000025579)	ENSPANG00000041009	ENSPANG00000048230	BEND4 (ENSPANG00000016087)	SLC30A9 (ENSPANG00000024558)	ENSPANG00000017113	DCAF4L1 (ENSPANG00000013516)	TMEM33 (ENSPANG00000031907)
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00740000117159	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00740000117159	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00740000117159	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Equus	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b.i #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00940000154802.fb	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336
Horse	MODERN SPECIES	26	ZNF644 (ENSECAG00000010304) #7	HFM1 (ENSECAG00000024039) #8	CDC7 (ENSECAG00000022964) #9	TGFBR3 (ENSECAG00000019700) #10	ENSECAG00000053770 #10	BRDT (ENSECAG00000015661) #11	ENSECAG00000052882	EPHX4 (ENSECAG00000015114) #12	ENSECAG00000015105 #13	BTBD8 (ENSECAG00000014416) #14	GLMN (ENSECAG00000010564) #17	RPAP2 (ENSECAG00000007411) #18	GFI1 (ENSECAG00000006647) #19	ENSECAG00000058307	EVI5 (ENSECAG00000023646) #20	RPL5 (ENSECAG00000021065) #22	DIPK1A (ENSECAG00000020711) #23	ENSECAG00000051377	MTF2 (ENSECAG00000017368) #24	TMED5 (ENSECAG00000016426) #25	ENSECAG00000057950	ENSECAG00000046837	CCDC18 (ENSECAG00000014091) #26	ENSECAG00000031491	DR1 (ENSECAG00000010209) #27	FNBP1L (ENSECAG00000004536)	BCAR3 (ENSECAG00000022721)	DNTTIP2 (ENSECAG00000022045)	GCLM (ENSECAG00000021993)	ABCA4 (ENSECAG00000013379)	ARHGAP29 (ENSECAG00000009393)
Donkey	MODERN SPECIES	7	ZNF644 (ENSEASG00005015423) #7	HFM1 (ENSEASG00005015424) #8	CDC7 (ENSEASG00005015434) #9	TGFBR3 (ENSEASG00005015486) #10	BRDT (ENSEASG00005026111) #11	EPHX4 (ENSEASG00005015495) #12	ENSEASG00005015497 #13	ENSEASG00005015501	ENSEASG00005037362 #14	ENSEASG00005032361 #14	C1orf146 (ENSEASG00005037463) #16	GLMN (ENSEASG00005015506) #17	RPAP2 (ENSEASG00005015507) #18	GFI1 (ENSEASG00005015509) #19	EVI5 (ENSEASG00005015514) #20	ENSEASG00005015515 #22	DIPK1A (ENSEASG00005030243) #23	MTF2 (ENSEASG00005015530) #24	TMED5 (ENSEASG00005034283) #25	CCDC18 (ENSEASG00005015570) #26	ENSEASG00005015583	DR1 (ENSEASG00005025520) #27	ENSEASG00005015589	FNBP1L (ENSEASG00005015587)	BCAR3 (ENSEASG00005015591)	DNTTIP2 (ENSEASG00005015594)	GCLM (ENSEASG00005015597)	ABCA4 (ENSEASG00005015609)	ARHGAP29 (ENSEASG00005015647)	ABCD3 (ENSEASG00005015685)	F3 (ENSEASG00005015695)
Chiroptera	DUPLICATION
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.a #22
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.a #22
Microbat	MODERN SPECIES	1047	ZNF644 (ENSMLUG00000010460) #7	HFM1 (ENSMLUG00000010200) #8	ENSMLUG00000023375	CDC7 (ENSMLUG00000015065) #9	TGFBR3 (ENSMLUG00000010405) #10	ENSMLUG00000006232 #11	EPHX4 (ENSMLUG00000028235) #12	ENSMLUG00000017219 #13	ENSMLUG00000002075	BTBD8 (ENSMLUG00000002081) #14	C1orf146 (ENSMLUG00000016984) #16	GLMN (ENSMLUG00000016988) #17	ENSMLUG00000001016 #18	GFI1 (ENSMLUG00000015191) #19	EVI5 (ENSMLUG00000015748) #20	ENSMLUG00000008956 #22	DIPK1A (ENSMLUG00000008976) #23	MTF2 (ENSMLUG00000005839) #24	TMED5 (ENSMLUG00000005855) #25	CCDC18 (ENSMLUG00000005862) #26	DR1 (ENSMLUG00000010684) #27	FNBP1L (ENSMLUG00000000113)	BCAR3 (ENSMLUG00000001713)
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668
Megabat	MODERN SPECIES	6509																ENSPVAG00000015117 #22	DIPK1A (ENSPVAG00000015116) #23
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000159377	ENSGT00530000063877.b
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	27	BARHL2 (ENSRFEG00010011903)	ZNF644 (ENSRFEG00010011971) #7	HFM1 (ENSRFEG00010012083) #8	CDC7 (ENSRFEG00010012591) #9	TGFBR3 (ENSRFEG00010012639) #10	BRDT (ENSRFEG00010012762) #11	EPHX4 (ENSRFEG00010013304) #12	ENSRFEG00010013353 #13	BTBD8 (ENSRFEG00010006736) #14	ENSRFEG00010006892	C1orf146 (ENSRFEG00010006926) #16	GLMN (ENSRFEG00010006990) #17	RPAP2 (ENSRFEG00010007051) #18	GFI1 (ENSRFEG00010007082) #19	EVI5 (ENSRFEG00010007148) #20	ENSRFEG00010007432 #22	DIPK1A (ENSRFEG00010007529) #23	MTF2 (ENSRFEG00010007651) #24	TMED5 (ENSRFEG00010007758) #25	CCDC18 (ENSRFEG00010007835) #26	DR1 (ENSRFEG00010008311) #27	FNBP1L (ENSRFEG00010008377)	BCAR3 (ENSRFEG00010009045)	DNTTIP2 (ENSRFEG00010009153)	GCLM (ENSRFEG00010009208)	ABCA4 (ENSRFEG00010009317)	ARHGAP29 (ENSRFEG00010009985)	ENSRFEG00010010026	ABCD3 (ENSRFEG00010010082)	F3 (ENSRFEG00010010181)	DCDC2 (ENSRFEG00010010206)
Microbat	DUPLICATION
Microbat	MODERN SPECIES	1051	ENSMLUG00000024773	FZD6 (ENSMLUG00000000258)	ENSMLUG00000000262	SLC25A32 (ENSMLUG00000007363)	DCAF13 (ENSMLUG00000007375)	RIMS2 (ENSMLUG00000007311)	DCSTAMP (ENSMLUG00000004396)	DPYS (ENSMLUG00000004400)	LRP12 (ENSMLUG00000016148)	ENSMLUG00000023196	ZFPM2 (ENSMLUG00000010148)	ENSMLUG00000024682	OXR1 (ENSMLUG00000015189)	ABRA (ENSMLUG00000015207)	ANGPT1 (ENSMLUG00000002589)	ENSMLUG00000022747 #22	RSPO2 (ENSMLUG00000006531)
Microbat	MODERN SPECIES	1011										ENSMLUG00000022766	ENSMLUG00000029892	ENSMLUG00000004822	PCDH17 (ENSMLUG00000005588)	ENSMLUG00000023454	DIAPH3 (ENSMLUG00000010018)	ENSMLUG00000025272 #22	TDRD3 (ENSMLUG00000000235)	ENSMLUG00000029864
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822.h #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00740000117159	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822.h #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822.h #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Tiger	MODERN SPECIES	19					CDC7 (ENSPTIG00000006650) #9	TGFBR3 (ENSPTIG00000007409) #10	BRDT (ENSPTIG00000013997) #11	EPHX4 (ENSPTIG00000020004) #12	ENSPTIG00000020187	BTBD8 (ENSPTIG00000020578) #14	C1orf146 (ENSPTIG00000021257) #16	GLMN (ENSPTIG00000021463) #17	RPAP2 (ENSPTIG00000021761) #18	ENSPTIG00000002680 #19	EVI5 (ENSPTIG00000005019) #20	ENSPTIG00000007991 #22	DIPK1A (ENSPTIG00000008277) #23	MTF2 (ENSPTIG00000010490) #24	TMED5 (ENSPTIG00000013456) #25	CCDC18 (ENSPTIG00000014221) #26	DR1 (ENSPTIG00000018611) #27	FNBP1L (ENSPTIG00000019290)	BCAR3 (ENSPTIG00000007755)	ENSPTIG00000014954	GCLM (ENSPTIG00000015360)	ABCA4 (ENSPTIG00000017238)	ARHGAP29 (ENSPTIG00000003366)	ABCD3 (ENSPTIG00000006742)	F3 (ENSPTIG00000009684)	ENSPTIG00000011044
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822.h #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
leopard	MODERN SPECIES	216											C1orf146 (ENSPPRG00000008133) #16	GLMN (ENSPPRG00000008045) #17	RPAP2 (ENSPPRG00000007827) #18	GFI1 (ENSPPRG00000007521) #19	EVI5 (ENSPPRG00000007427) #20	ENSPPRG00000006790 #22	DIPK1A (ENSPPRG00000006687) #23	MTF2 (ENSPPRG00000005457) #24	TMED5 (ENSPPRG00000003695) #25	CCDC18 (ENSPPRG00000003018) #26
lion	MODERN SPECIES	8	BARHL2 (ENSPLOG00000007731)	ZNF644 (ENSPLOG00000007684) #7	ENSPLOG00000007644	HFM1 (ENSPLOG00000007516) #8	CDC7 (ENSPLOG00000007437) #9	TGFBR3 (ENSPLOG00000007403) #10	BRDT (ENSPLOG00000007354) #11	EPHX4 (ENSPLOG00000007315) #12	BTBD8 (ENSPLOG00000007272) #14	C1orf146 (ENSPLOG00000007222) #16	GLMN (ENSPLOG00000007089) #17	RPAP2 (ENSPLOG00000007033) #18	GFI1 (ENSPLOG00000006985) #19	ENSPLOG00000006956	EVI5 (ENSPLOG00000006749) #20	ENSPLOG00000006609 #22	DIPK1A (ENSPLOG00000006533) #23	MTF2 (ENSPLOG00000006466) #24	TMED5 (ENSPLOG00000006419) #25	CCDC18 (ENSPLOG00000006235) #26	DR1 (ENSPLOG00000006150) #27	FNBP1L (ENSPLOG00000006102)	BCAR3 (ENSPLOG00000005986)	DNTTIP2 (ENSPLOG00000005915)	GCLM (ENSPLOG00000005862)	ABCA4 (ENSPLOG00000005665)	ARHGAP29 (ENSPLOG00000005595)	ABCD3 (ENSPLOG00000005397)	F3 (ENSPLOG00000005281)	SLC44A3 (ENSPLOG00000005217)	CNN3 (ENSPLOG00000005152)
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000154043.B	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822.h #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00740000117159	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000154043.B	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822.h #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00740000117159	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000186000	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00940000154043.B	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822.h #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000186000	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	119								ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000186000	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Polar bear	MODERN SPECIES	208								BRDT (ENSUMAG00000011290) #11	EPHX4 (ENSUMAG00000011286) #12	BTBD8 (ENSUMAG00000011276) #14	C1orf146 (ENSUMAG00000011273) #16	GLMN (ENSUMAG00000011266) #17	RPAP2 (ENSUMAG00000011257) #18	ENSUMAG00000011251 #19	EVI5 (ENSUMAG00000011159) #20	ENSUMAG00000011129 #22	DIPK1A (ENSUMAG00000011127) #23	MTF2 (ENSUMAG00000011102) #24	TMED5 (ENSUMAG00000011101) #25	CCDC18 (ENSUMAG00000011014) #26	FNBP1L (ENSUMAG00000010351)	BCAR3 (ENSUMAG00000010214)	DNTTIP2 (ENSUMAG00000010202)	GCLM (ENSUMAG00000010195)	ABCA4 (ENSUMAG00000010104)	ENSUMAG00000010069	ARHGAP29 (ENSUMAG00000009961)	ABCD3 (ENSUMAG00000009085)	F3 (ENSUMAG00000008977)	SLC44A3 (ENSUMAG00000008956)	CNN3 (ENSUMAG00000008950)
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	60	ENSGT00940000154043.B	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822.h #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00740000117159	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000186000	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668
Ferret	MODERN SPECIES	197	BARHL2 (ENSMPUG00000004626)	ENSMPUG00000004621	ZNF644 (ENSMPUG00000004615) #7	HFM1 (ENSMPUG00000004594) #8	CDC7 (ENSMPUG00000004504) #9	TGFBR3 (ENSMPUG00000004481) #10	BRDT (ENSMPUG00000004311) #11	EPHX4 (ENSMPUG00000004299) #12	BTBD8 (ENSMPUG00000004264) #14	C1orf146 (ENSMPUG00000004257) #16	GLMN (ENSMPUG00000004239) #17	RPAP2 (ENSMPUG00000004227) #18	GFI1 (ENSMPUG00000004178) #19	ENSMPUG00000004168 #20	ENSMPUG00000004157 #20	ENSMPUG00000004150 #22	ENSMPUG00000004102	DIPK1A (ENSMPUG00000004095) #23	ENSMPUG00000004091	MTF2 (ENSMPUG00000004081) #24	TMED5 (ENSMPUG00000004079) #25	CCDC18 (ENSMPUG00000004059) #26	ENSMPUG00000004035	DR1 (ENSMPUG00000004025) #27	FNBP1L (ENSMPUG00000004018)	BCAR3 (ENSMPUG00000004013)	ENSMPUG00000004007	DNTTIP2 (ENSMPUG00000004000)	GCLM (ENSMPUG00000003928)	ABCA4 (ENSMPUG00000003394)	ARHGAP29 (ENSMPUG00000003377)
American mink	MODERN SPECIES	52	ZNF326 (ENSNVIG00000017707)	BARHL2 (ENSNVIG00000017755)	ZNF644 (ENSNVIG00000017765) #7	HFM1 (ENSNVIG00000017830) #8	CDC7 (ENSNVIG00000017917) #9	TGFBR3 (ENSNVIG00000017998) #10	BRDT (ENSNVIG00000018157) #11	ENSNVIG00000018269	EPHX4 (ENSNVIG00000018293) #12	BTBD8 (ENSNVIG00000018305) #14	C1orf146 (ENSNVIG00000018342) #16	GLMN (ENSNVIG00000018361) #17	RPAP2 (ENSNVIG00000018390) #18	GFI1 (ENSNVIG00000018414) #19	EVI5 (ENSNVIG00000018444) #20	ENSNVIG00000018477 #22	DIPK1A (ENSNVIG00000018515) #23	MTF2 (ENSNVIG00000018537) #24	TMED5 (ENSNVIG00000018566) #25	CCDC18 (ENSNVIG00000018584) #26	DR1 (ENSNVIG00000018633) #27	ENSNVIG00000018642	FNBP1L (ENSNVIG00000018663)	BCAR3 (ENSNVIG00000018770)	DNTTIP2 (ENSNVIG00000018818)	GSH0 (ENSNVIG00000018834)	ABCA4 (ENSNVIG00000018869)	ENSNVIG00000018922	ARHGAP29 (ENSNVIG00000018927)	ABCD3 (ENSNVIG00000018976)	F3 (ENSNVIG00000019055)
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00950000186426	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822.h #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446.j #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Red fox	MODERN SPECIES	21	ENSVVUG00000020740	BARHL2 (ENSVVUG00000020741)	ZNF644 (ENSVVUG00000020745) #7	ENSVVUG00000020751	ENSVVUG00000020760 #8	CDC7 (ENSVVUG00000020767) #9	TGFBR3 (ENSVVUG00000020783) #10	BRDT (ENSVVUG00000020791) #11	EPHX4 (ENSVVUG00000020796) #12	KIAA1107 (ENSVVUG00000020801) #14	C1orf146 (ENSVVUG00000020806) #16	ENSVVUG00000020810 #17	RPAP2 (ENSVVUG00000020839) #18	ENSVVUG00000020858 #19	EVI5 (ENSVVUG00000020869) #20	ENSVVUG00000020882 #22	FAM69A (ENSVVUG00000020885) #23	MTF2 (ENSVVUG00000020888) #24	TMED5 (ENSVVUG00000021177) #25	CCDC18 (ENSVVUG00000021186) #26	DR1 (ENSVVUG00000021225) #27	FNBP1L (ENSVVUG00000021266)	BCAR3 (ENSVVUG00000021837)	DNTTIP2 (ENSVVUG00000021840)	GCLM (ENSVVUG00000021841)	ABCA4 (ENSVVUG00000021843)	ARHGAP29 (ENSVVUG00000021844)	ABCD3 (ENSVVUG00000021847)	F3 (ENSVVUG00000021851)	SLC44A3 (ENSVVUG00000021857)	CNN3 (ENSVVUG00000021861)
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00950000186426	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822.h #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446.j #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Dingo	MODERN SPECIES	172	ZNF326 (ENSCAFG00020013621)	ENSCAFG00020013616	BARHL2 (ENSCAFG00020013615)	ZNF644 (ENSCAFG00020013610) #7	ENSCAFG00020013595 #8	CDC7 (ENSCAFG00020013566) #9	TGFBR3 (ENSCAFG00020013556) #10	BRDT (ENSCAFG00020013520) #11	EPHX4 (ENSCAFG00020013502) #12	BTBD8 (ENSCAFG00020013485) #14	C1orf146 (ENSCAFG00020013473) #16	GLMN (ENSCAFG00020013400) #17	RPAP2 (ENSCAFG00020013392) #18	GFI1 (ENSCAFG00020013371) #19	EVI5 (ENSCAFG00020013278) #20	ENSCAFG00020013253 #22	DIPK1A (ENSCAFG00020013251) #23	MTF2 (ENSCAFG00020012737) #24	TMED5 (ENSCAFG00020012713) #25	CCDC18 (ENSCAFG00020012641) #26	DR1 (ENSCAFG00020012625) #27	FNBP1L (ENSCAFG00020011963)	BCAR3 (ENSCAFG00020011927)	ENSCAFG00020011923	GCLM (ENSCAFG00020011914)	ABCA4 (ENSCAFG00020011889)	ARHGAP29 (ENSCAFG00020011859)	ABCD3 (ENSCAFG00020011849)	F3 (ENSCAFG00020011846)	SLC44A3 (ENSCAFG00020011837)	CNN3 (ENSCAFG00020011835)
Dog	MODERN SPECIES	34	ZNF326 (ENSCAFG00845017298)	ENSCAFG00845017080	BARHL2 (ENSCAFG00845017033)	ZNF644 (ENSCAFG00845016789) #7	ENSCAFG00845016624 #8	CDC7 (ENSCAFG00845016428) #9	TGFBR3 (ENSCAFG00845016141) #10	BRDT (ENSCAFG00845015912) #11	EPHX4 (ENSCAFG00845015813) #12	KIAA1107 (ENSCAFG00845015712) #14	C6H1orf146 (ENSCAFG00845015644) #16	GLMN (ENSCAFG00845015585) #17	RPAP2 (ENSCAFG00845015489) #18	GFI1 (ENSCAFG00845015425) #19	EVI5 (ENSCAFG00845015142) #20	RPL5 (ENSCAFG00845014925) #22	DIPK1A (ENSCAFG00845014860) #23	MTF2 (ENSCAFG00845014796) #24	TMED5 (ENSCAFG00845014750) #25	CCDC18 (ENSCAFG00845014633) #26	DR1 (ENSCAFG00845014570) #27	FNBP1L (ENSCAFG00845014505)	BCAR3 (ENSCAFG00845015973)	DNTTIP2 (ENSCAFG00845015837)	GCLM (ENSCAFG00845015741)	ABCA4 (ENSCAFG00845015579)	ARHGAP29 (ENSCAFG00845015082)	ABCD3 (ENSCAFG00845014838)	F3 (ENSCAFG00845014757)	SLC44A3 (ENSCAFG00845014574)	CNN3 (ENSCAFG00845014488)
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Suina	DUPLICATION
Suina	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.c #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	216	ZNF326 (ENSCWAG00000013237)	BARHL2 (ENSCWAG00000013191)	ZNF644 (ENSCWAG00000013112) #7	HFM1 (ENSCWAG00000013030) #8	CDC7 (ENSCWAG00000012921) #9	TGFBR3 (ENSCWAG00000012734) #10	BRDT (ENSCWAG00000012178) #11	EPHX4 (ENSCWAG00000012061) #12	ENSCWAG00000012040 #13	BTBD8 (ENSCWAG00000011706) #14	C1orf146 (ENSCWAG00000011626) #16	GLMN (ENSCWAG00000011447) #17	RPAP2 (ENSCWAG00000011301) #18	GFI1 (ENSCWAG00000011229) #19	EVI5 (ENSCWAG00000010914) #20	ENSCWAG00000010805 #22	DIPK1A (ENSCWAG00000010717) #23	MTF2 (ENSCWAG00000010620) #24	TMED5 (ENSCWAG00000010568) #25	CCDC18 (ENSCWAG00000010526) #26	DR1 (ENSCWAG00000010484) #27	FNBP1L (ENSCWAG00000010376)	ENSCWAG00000010352	BCAR3 (ENSCWAG00000010282)	DNTTIP2 (ENSCWAG00000010220)	GCLM (ENSCWAG00000010130)	ABCA4 (ENSCWAG00000008954)	ARHGAP29 (ENSCWAG00000008826)	ABCD3 (ENSCWAG00000008698)	F3 (ENSCWAG00000008610)	SLC44A3 (ENSCWAG00000008028)
Pig	MODERN SPECIES	12	ZNF644 (ENSSSCG00000022534) #7	HFM1 (ENSSSCG00000006912) #8	CDC7 (ENSSSCG00000027251) #9	TGFBR3 (ENSSSCG00000006911) #10	ENSSSCG00000060249	BRDT (ENSSSCG00000023654) #11	EPHX4 (ENSSSCG00000032057) #12	ENSSSCG00000056240 #13	BTBD8 (ENSSSCG00000035196) #14	C1orf146 (ENSSSCG00000042806) #16	GLMN (ENSSSCG00000006904) #17	ENSSSCG00000057775	RPAP2 (ENSSSCG00000006903) #18	GFI1 (ENSSSCG00000006902) #19	EVI5 (ENSSSCG00000006901) #20	RPL5 (ENSSSCG00000006899) #22	DIPK1A (ENSSSCG00000006900) #23	MTF2 (ENSSSCG00000006898) #24	TMED5 (ENSSSCG00000040439) #25	CCDC18 (ENSSSCG00000006897) #26	DR1 (ENSSSCG00000028310) #27	FNBP1L (ENSSSCG00000006894)	BCAR3 (ENSSSCG00000006893)	DNTTIP2 (ENSSSCG00000006892)	GCLM (ENSSSCG00000037549)	ABCA4 (ENSSSCG00000006890)	ARHGAP29 (ENSSSCG00000006889)	ABCD3 (ENSSSCG00000028620)	F3 (ENSSSCG00000022447)	SLC44A3 (ENSSSCG00000006888)	CNN3 (ENSSSCG00000006887)
Suina	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.d #22
Pig	MODERN SPECIES		ENSSSCG00000041158	ENSSSCG00000061513	ENSSSCG00000045942	ENSSSCG00000049462	MYO5B (ENSSSCG00000004511)	ACAA2 (ENSSSCG00000004510)	LIPG (ENSSSCG00000004509)	ENSSSCG00000035007	C18orf32 (ENSSSCG00000034415)	DYM (ENSSSCG00000004508)	SMAD7 (ENSSSCG00000004507)	CTIF (ENSSSCG00000004506)	ZBTB7C (ENSSSCG00000028076)	SMAD2 (ENSSSCG00000004505)	SKOR2 (ENSSSCG00000005767)	ENSSSCG00000039669 #22	IER3IP1 (ENSSSCG00000060420)	HDHD2 (ENSSSCG00000005771)	KATNAL2 (ENSSSCG00000022643)	PIAS2 (ENSSSCG00000034730)	ST8SIA5 (ENSSSCG00000032053)	LOXHD1 (ENSSSCG00000004503)	RNF165 (ENSSSCG00000004502)	C18orf25 (ENSSSCG00000004500)	HAUS1 (ENSSSCG00000004498)	ATP5F1A (ENSSSCG00000004499)	PSTPIP2 (ENSSSCG00000060601)	EPG5 (ENSSSCG00000021072)	SIGLEC15 (ENSSSCG00000004493)	SLC14A1 (ENSSSCG00000004492)	ENSSSCG00000004491
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Arabian camel	MODERN SPECIES	35	ZNF326 (ENSCDRG00005003095)	BARHL2 (ENSCDRG00005003080)	ZNF644 (ENSCDRG00005003047) #7	ENSCDRG00005003021 #8	CDC7 (ENSCDRG00005003004) #9	TGFBR3 (ENSCDRG00005002972) #10	BRDT (ENSCDRG00005002936) #11	EPHX4 (ENSCDRG00005002901) #12	ENSCDRG00005002875 #13	BTBD8 (ENSCDRG00005002823) #14	C1orf146 (ENSCDRG00005002798) #16	GLMN (ENSCDRG00005002771) #17	RPAP2 (ENSCDRG00005002720) #18	GFI1 (ENSCDRG00005002667) #19	EVI5 (ENSCDRG00005002514) #20	ENSCDRG00005002404 #22	DIPK1A (ENSCDRG00005002361) #23	MTF2 (ENSCDRG00005002314) #24	ENSCDRG00005002283	TMED5 (ENSCDRG00005002264) #25	CCDC18 (ENSCDRG00005002211) #26	DR1 (ENSCDRG00005002183) #27	FNBP1L (ENSCDRG00005002139)	BCAR3 (ENSCDRG00005002103)	DNTTIP2 (ENSCDRG00005002089)	GCLM (ENSCDRG00005002067)	ABCA4 (ENSCDRG00005001970)	ENSCDRG00005001919	ENSCDRG00005001902	ABCD3 (ENSCDRG00005001791)	F3 (ENSCDRG00005001755)
Artiodactyla_b	DUPLICATION
Artiodactyla_b	DUPLICATION
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.e.a #22
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.e.a #22
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.e.a #22
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.e.a #22
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.e.a #22
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	15	CCDC178 (ENSOARG00020023866)	KLHL14 (ENSOARG00020024440)	GAREM1 (ENSOARG00020024468)	ENSOARG00020024526	RNF125 (ENSOARG00020024558)	TRAPPC8 (ENSOARG00020024583)	B4GALT6 (ENSOARG00020024733)	TTR (ENSOARG00020024865)	DSG2 (ENSOARG00020024912)	DSG4 (ENSOARG00020024957)	DSG1 (ENSOARG00020024979)	DSC1 (ENSOARG00020024999)	DSC2 (ENSOARG00020025065)	ENSOARG00020025211	CDH2 (ENSOARG00020025259)	ENSOARG00020025350 #22	CHST9 (ENSOARG00020025358)	AQP4 (ENSOARG00020025374)	KCTD1 (ENSOARG00020025395)	TAF4B (ENSOARG00020025408)	PSMA8 (ENSOARG00020025430)	SS18 (ENSOARG00020025456)	ZNF521 (ENSOARG00020025499)	HRH4 (ENSOARG00020025511)	ENSOARG00020025524	OSBPL1A (ENSOARG00020025534)	CABYR (ENSOARG00020025548)	TTC39C (ENSOARG00020025558)	LAMA3 (ENSOARG00020025616)	ANKRD29 (ENSOARG00020025754)	ENSOARG00020025767
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.e.a #22
Blue whale	MODERN SPECIES	10	TMEM170A (ENSBMSG00010019285)	ENSBMSG00010019324	ENSBMSG00010019356	GABARAPL2 (ENSBMSG00010019521)	ADAT1 (ENSBMSG00010019588)	ENSBMSG00010019637	TERF2IP (ENSBMSG00010019727)	ENSBMSG00010019772	ENSBMSG00010019785	ENSBMSG00010013399	CNTNAP4 (ENSBMSG00010013511)	ENSBMSG00010013645	MON1B (ENSBMSG00010013661)	SYCE1L (ENSBMSG00010013688)	ADAMTS18 (ENSBMSG00010013750)	ENSBMSG00010013805 #22	NUDT7 (ENSBMSG00010013822)	VAT1L (ENSBMSG00010013861)	CLEC3A (ENSBMSG00010013904)	WWOX (ENSBMSG00010013976)	MAF (ENSBMSG00010014160)	DYNLRB2 (ENSBMSG00010014210)	CDYL2 (ENSBMSG00010014282)	ENSBMSG00010014361	ENSBMSG00010014412	ATMIN (ENSBMSG00010014471)	C16orf46 (ENSBMSG00010014516)	ENSBMSG00010014571	BCO1 (ENSBMSG00010014729)	GAN (ENSBMSG00010014760)	ENSBMSG00010014813
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.e.b #22
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.e.b #22
Blue whale	MODERN SPECIES		ENSBMSG00010012272	BARHL2 (ENSBMSG00010000010)	ENSBMSG00010000017	HFM1 (ENSBMSG00010000076) #8	CDC7 (ENSBMSG00010000261) #9	TGFBR3 (ENSBMSG00010000292) #10	BRDT (ENSBMSG00010000373) #11	EPHX4 (ENSBMSG00010000481) #12	ENSBMSG00010000502	BTBD8 (ENSBMSG00010000521) #14	C1orf146 (ENSBMSG00010000562) #16	GLMN (ENSBMSG00010000586) #17	ENSBMSG00010000612 #18	GFI1 (ENSBMSG00010000632) #19	EVI5 (ENSBMSG00010000675) #20	ENSBMSG00010000785 #22	DIPK1A (ENSBMSG00010000829) #23	MTF2 (ENSBMSG00010000876) #24	TMED5 (ENSBMSG00010000894) #25	CCDC18 (ENSBMSG00010000915) #26	DR1 (ENSBMSG00010000938) #27	ENSBMSG00010000952	FNBP1L (ENSBMSG00010000979)	BCAR3 (ENSBMSG00010001032)	DNTTIP2 (ENSBMSG00010001101)	GCLM (ENSBMSG00010001139)	ABCA4 (ENSBMSG00010001205)	ARHGAP29 (ENSBMSG00010001329)	ABCD3 (ENSBMSG00010001367)	F3 (ENSBMSG00010001415)	ENSBMSG00010001479
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Percora_a	DUPLICATION
Percora_a	DUPLICATION
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Bovidae	DUPLICATION
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.a #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00940000157730.h	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.a #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Goat	DUPLICATION
Goat	MODERN SPECIES	22	ENSCHIG00000019689	ENSCHIG00000009537	ENSCHIG00000019124	CDC7 (ENSCHIG00000026844) #9	TGFBR3 (ENSCHIG00000015521) #10	BRDT (ENSCHIG00000020014) #11	EPHX4 (ENSCHIG00000017302) #12	ENSCHIG00000009487 #13	ENSCHIG00000022105	BTBD8 (ENSCHIG00000015692) #14	C1orf146 (ENSCHIG00000008745) #16	GLMN (ENSCHIG00000023340) #17	RPAP2 (ENSCHIG00000019522) #18	GFI1 (ENSCHIG00000016135) #19	EVI5 (ENSCHIG00000026426) #20	ENSCHIG00000015380 #22	DIPK1A (ENSCHIG00000020350) #23	MTF2 (ENSCHIG00000024099) #24	TMED5 (ENSCHIG00000016065) #25	CCDC18 (ENSCHIG00000008731) #26	DR1 (ENSCHIG00000020958) #27	FNBP1L (ENSCHIG00000014859)	BCAR3 (ENSCHIG00000002020)	DNTTIP2 (ENSCHIG00000009770)	GCLM (ENSCHIG00000025257)	ABCA4 (ENSCHIG00000021104)	ARHGAP29 (ENSCHIG00000011428)	ABCD3 (ENSCHIG00000023422)	F3 (ENSCHIG00000019946)	SLC44A3 (ENSCHIG00000025875)	CNN3 (ENSCHIG00000022213)
Goat	MODERN SPECIES	7	TGFB2 (ENSCHIG00000022660)	LYPLAL1 (ENSCHIG00000010399)	SLC30A10 (ENSCHIG00000022548)	ENSCHIG00000012201	EPRS1 (ENSCHIG00000021232)	BPNT1 (ENSCHIG00000011274)	IARS2 (ENSCHIG00000022986)	RAB3GAP2 (ENSCHIG00000012515)	MARK1 (ENSCHIG00000018612)	ENSCHIG00000025460	C1orf115 (ENSCHIG00000014941)	MTARC2 (ENSCHIG00000021377)	MTARC1 (ENSCHIG00000001173)	HLX (ENSCHIG00000014211)	DUSP10 (ENSCHIG00000020432)	ENSCHIG00000011464 #22	HHIPL2 (ENSCHIG00000014988)	TAF1A (ENSCHIG00000020462)	ENSCHIG00000011137	MIA3 (ENSCHIG00000020148)	AIDA (ENSCHIG00000007226)	BROX (ENSCHIG00000016719)	FAM177B (ENSCHIG00000024320)	DISP1 (ENSCHIG00000016498)	TLR5 (ENSCHIG00000006703)	SUSD4 (ENSCHIG00000013995)	CCDC185 (ENSCHIG00000010076)	CAPN8 (ENSCHIG00000012089)	CAPN2 (ENSCHIG00000018229)	TP53BP2 (ENSCHIG00000025253)	ENSCHIG00000014707
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00530000063777.b	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285.i #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.a #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b.t
Bos	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285.i #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT01100000263480.a.a.a.b.a.b.b.b	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.a #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.b.a.b.a	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00530000063408.B	ENSGT00940000157730	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285.i #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT01100000263480.a.a.a.b.a.b.b.b	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.a #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.b.a.b.a	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT01100000263480.a.b.b.a.b.b.b.b.b.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668
Domestic yak	MODERN SPECIES	22	ENSBGRG00000002204	ENSBGRG00000002183	HFM1 (ENSBGRG00000002085) #8	CDC7 (ENSBGRG00000002071) #9	TGFBR3 (ENSBGRG00000001978) #10	BRDT (ENSBGRG00000001903) #11	EPHX4 (ENSBGRG00000001865) #12	ENSBGRG00000001849 #13	BTBD8 (ENSBGRG00000001711) #14	C1orf146 (ENSBGRG00000001658) #16	GLMN (ENSBGRG00000001614) #17	RPAP2 (ENSBGRG00000001422) #18	GFI1 (ENSBGRG00000001385) #19	ENSBGRG00000001368	EVI5 (ENSBGRG00000001254) #20	ENSBGRG00000001137 #22	DIPK1A (ENSBGRG00000001056) #23	MTF2 (ENSBGRG00000000957) #24	TMED5 (ENSBGRG00000000898) #25	ENSBGRG00000000890	CCDC18 (ENSBGRG00000000861) #26	ENSBGRG00000000851	DR1 (ENSBGRG00000000843) #27	FNBP1L (ENSBGRG00000000657)	BCAR3 (ENSBGRG00000000591)	ENSBGRG00000000572	DNTTIP2 (ENSBGRG00000000534)	GCLM (ENSBGRG00000000503)	ABCA4 (ENSBGRG00000000369)	ARHGAP29 (ENSBGRG00000000321)	ENSBGRG00000000295
Wild yak	MODERN SPECIES	674				ENSBMUG00000014152	CDC7 (ENSBMUG00000014193) #9	TGFBR3 (ENSBMUG00000014269) #10	BRDT (ENSBMUG00000014377) #11	EPHX4 (ENSBMUG00000014425) #12	ENSBMUG00000014448 #13	BTBD8 (ENSBMUG00000014486) #14	C1orf146 (ENSBMUG00000014519) #16	GLMN (ENSBMUG00000014564) #17	RPAP2 (ENSBMUG00000014599) #18	ENSBMUG00000014615 #19	EVI5 (ENSBMUG00000014711) #20	ENSBMUG00000014768 #22	DIPK1A (ENSBMUG00000014855) #23	MTF2 (ENSBMUG00000014917) #24	TMED5 (ENSBMUG00000014940) #25	CCDC18 (ENSBMUG00000014997) #26	DR1 (ENSBMUG00000015044) #27	FNBP1L (ENSBMUG00000015086)	BCAR3 (ENSBMUG00000015164)	DNTTIP2 (ENSBMUG00000015209)	GCLM (ENSBMUG00000015219)	ENSBMUG00000015232	ABCA4 (ENSBMUG00000015263)
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00530000063408.B	ENSGT00940000157730	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285.i #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT01100000263480.a.a.a.b.a.b.b.b	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.a #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.b.a.b.a	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	22	HFM1 (ENSBIXG00005029863) #8	CDC7 (ENSBIXG00005029834) #9	TGFBR3 (ENSBIXG00005029750) #10	BRDT (ENSBIXG00005029609) #11	EPHX4 (ENSBIXG00005029573) #12	ENSBIXG00005029565 #13	ENSBIXG00005029558	ENSBIXG00005029549	BTBD8 (ENSBIXG00005029487) #14	ENSBIXG00005029439 #16	GLMN (ENSBIXG00005029411) #17	RPAP2 (ENSBIXG00005029317) #18	GFI1 (ENSBIXG00005000021) #19	ENSBIXG00005007878	EVI5 (ENSBIXG00005007958) #20	ENSBIXG00005008044 #22	DIPK1A (ENSBIXG00005008068) #23	MTF2 (ENSBIXG00005008140) #24	TMED5 (ENSBIXG00005008194) #25	CCDC18 (ENSBIXG00005008266) #26	ENSBIXG00005000148	ENSBIXG00005008323	DR1 (ENSBIXG00005008340) #27	FNBP1L (ENSBIXG00005008457)	BCAR3 (ENSBIXG00005008526)	DNTTIP2 (ENSBIXG00005008558)	GCLM (ENSBIXG00005008584)	ABCA4 (ENSBIXG00005008650)	ARHGAP29 (ENSBIXG00005008734)	ENSBIXG00005008777	ABCD3 (ENSBIXG00005005684)
American bison	MODERN SPECIES	3325	BARHL2 (ENSBBBG00000022453)	ZNF644 (ENSBBBG00000005923) #7	HFM1 (ENSBBBG00000022392) #8	ENSBBBG00000022354	CDC7 (ENSBBBG00000008125) #9	TGFBR3 (ENSBBBG00000022326) #10	BRDT (ENSBBBG00000007333) #11	EPHX4 (ENSBBBG00000005841) #12	ENSBBBG00000022114 #13	BTBD8 (ENSBBBG00000022104) #14	C1orf146 (ENSBBBG00000007682) #16	GLMN (ENSBBBG00000022033) #17	RPAP2 (ENSBBBG00000022008) #18	ENSBBBG00000021986 #19	EVI5 (ENSBBBG00000021976) #20	ENSBBBG00000021904 #22	DIPK1A (ENSBBBG00000005789) #23	MTF2 (ENSBBBG00000021850) #24	TMED5 (ENSBBBG00000021744) #25	CCDC18 (ENSBBBG00000021695) #26	DR1 (ENSBBBG00000005742) #27	FNBP1L (ENSBBBG00000021576)	BCAR3 (ENSBBBG00000021483)	DNTTIP2 (ENSBBBG00000021419)	GCLM (ENSBBBG00000021400)	ABCA4 (ENSBBBG00000021372)	ARHGAP29 (ENSBBBG00000005692)	ABCD3 (ENSBBBG00000021258)	F3 (ENSBBBG00000005677)	SLC44A3 (ENSBBBG00000008523)	ENSBBBG00000021099
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.b #22
Caprinae	DUPLICATION
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.b.a #22
Rambouillet Sheep	DUPLICATION
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	19	SNRPF (ENSOARG00020008550)	CCDC38 (ENSOARG00020008604)	AMDHD1 (ENSOARG00020008726)	HAL (ENSOARG00020008798)	LTA4H (ENSOARG00020009366)	ELK3 (ENSOARG00020009713)	CDK17 (ENSOARG00020009770)	NEDD1 (ENSOARG00020010921)	ENSOARG00020011279	SLC25A3 (ENSOARG00020011479)	IKBIP (ENSOARG00020011666)	ENSOARG00020011775	APAF1 (ENSOARG00020011843)	ENSOARG00020012977	ENSOARG00020013011	ENSOARG00020013132 #22	ENSOARG00020013188	ENSOARG00020013303	ENSOARG00020013344	ENSOARG00020013408	ENSOARG00020013498	BLTP3B (ENSOARG00020013541)	ENSOARG00020013878	ACTR6 (ENSOARG00020013903)	SCYL2 (ENSOARG00020014106)	ENSOARG00020014449	SLC17A8 (ENSOARG00020005092)	NR1H4 (ENSOARG00020005198)	ENSOARG00020005299	ANO4 (ENSOARG00020005350)	SLC5A8 (ENSOARG00020005486)
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	19	ORMDL2 (ENSOARG00020005553)	SARNP (ENSOARG00020005592)	GDF11 (ENSOARG00020005627)	CD63 (ENSOARG00020005646)	RDH5 (ENSOARG00020005677)	ENSOARG00020005711	ITGA7 (ENSOARG00020006660)	METTL7B (ENSOARG00020007162)	ENSOARG00020007194	ENSOARG00020007218	OR10P1 (ENSOARG00020007245)	ENSOARG00020007265	ENSOARG00020007282	ENSOARG00020007304	OR2AP1 (ENSOARG00020007319)	ENSOARG00020007344 #22	OR6C4 (ENSOARG00020007368)	ENSOARG00020007390	ENSOARG00020007410	ENSOARG00020007433	ENSOARG00020007454	ENSOARG00020007468	ENSOARG00020007483	ENSOARG00020007500	ENSOARG00020007515	ENSOARG00020007536	ENSOARG00020007551	ENSOARG00020007566	ENSOARG00020007576	ENSOARG00020007589	OR6C70 (ENSOARG00020007601)
Goat	MODERN SPECIES	16	RNF138 (ENSCHIG00000000469)	RNF125 (ENSCHIG00000010114)	TRAPPC8 (ENSCHIG00000010164)	ENSCHIG00000018964	B4GALT6 (ENSCHIG00000000421)	TTR (ENSCHIG00000009995)	DSG2 (ENSCHIG00000016271)	DSG3 (ENSCHIG00000021842)	DSG4 (ENSCHIG00000024819)	DSG1 (ENSCHIG00000019924)	DSC1 (ENSCHIG00000006661)	DSC2 (ENSCHIG00000020827)	DSC3 (ENSCHIG00000021926)	ENSCHIG00000007130	CDH2 (ENSCHIG00000018662)	ENSCHIG00000003085 #22	CHST9 (ENSCHIG00000021685)	AQP4 (ENSCHIG00000010124)	KCTD1 (ENSCHIG00000013103)	TAF4B (ENSCHIG00000022055)	PSMA8 (ENSCHIG00000018832)	ENSCHIG00000000490	SS18 (ENSCHIG00000000067)	ZNF521 (ENSCHIG00000000138)	HRH4 (ENSCHIG00000000251)	IMPACT (ENSCHIG00000000286)	OSBPL1A (ENSCHIG00000000386)	CABYR (ENSCHIG00000009351)	TTC39C (ENSCHIG00000009120)	LAMA3 (ENSCHIG00000013633)	ENSCHIG00000015951
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000011103.A	ENSGT00390000011433	ENSGT00390000007723	ENSGT00530000063603.B	ENSGT00390000003855.a	ENSGT00940000159080	ENSGT00940000154292.a.b	ENSGT00900000143213	ENSGT00940000163749	ENSGT00940000158952	ENSGT00940000157364.C	ENSGT00940000163055	ENSGT00940000158817	ENSGT00390000006820	ENSGT00940000159118	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.b.b #22	ENSGT00530000063425.a.b	ENSGT00550000075024	ENSGT00940000161424	ENSGT00550000074867	ENSGT00390000018245.c	ENSGT00950000182980.a.b.b.b	ENSGT00390000008095	ENSGT00940000158638	ENSGT00940000154141.B.s	ENSGT00940000159000	ENSGT00950000183100.C.i.a.b	ENSGT00390000016617	ENSGT00940000155970.q	ENSGT00390000002730.c.b	ENSGT00390000002879
Goat	MODERN SPECIES	2	CHAC2 (ENSCHIG00000016681)	ASB3 (ENSCHIG00000025413)	ENSCHIG00000027041	ENSCHIG00000016778	ENSCHIG00000023901	ENSCHIG00000013329	ENSCHIG00000023509	ENSCHIG00000021404	FSHR (ENSCHIG00000023353)	LHCGR (ENSCHIG00000005935)	GTF2A1L (ENSCHIG00000019307)	STON1 (ENSCHIG00000013272)	ENSCHIG00000022262	PPP1R21 (ENSCHIG00000018575)	FOXN2 (ENSCHIG00000025720)	ENSCHIG00000011530 #22	FBXO11 (ENSCHIG00000024805)	MSH6 (ENSCHIG00000014129)	KCNK12 (ENSCHIG00000009025)	MSH2 (ENSCHIG00000021960)	EPCAM (ENSCHIG00000022999)	CALM2 (ENSCHIG00000011230)	STPG4 (ENSCHIG00000010209)	TTC7A (ENSCHIG00000026586)	MCFD2 (ENSCHIG00000021334)	SOCS5 (ENSCHIG00000002578)	ENSCHIG00000024753	PIGF (ENSCHIG00000015763)	RHOQ (ENSCHIG00000002963)	ATP6V1E2 (ENSCHIG00000002972)	TMEM247 (ENSCHIG00000024767)
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	19	CHAC2 (ENSOARG00020001428)	ENSOARG00020001440	NRXN1 (ENSOARG00020001627)	ENSOARG00020003028	ENSOARG00020003042	ENSOARG00020003060	FSHR (ENSOARG00020003107)	ENSOARG00020003239	LHCGR (ENSOARG00020003269)	GTF2A1L (ENSOARG00020003448)	STON1 (ENSOARG00020003561)	PPP1R21 (ENSOARG00020003660)	ENSOARG00020004435	FOXN2 (ENSOARG00020004450)	ENSOARG00020004540	ENSOARG00020004545 #22	FBXO11 (ENSOARG00020004568)	MSH6 (ENSOARG00020004740)	KCNK12 (ENSOARG00020004920)	MSH2 (ENSOARG00020004936)	EPCAM (ENSOARG00020005022)	CALM2 (ENSOARG00020005091)	STPG4 (ENSOARG00020005136)	TTC7A (ENSOARG00020005170)	ENSOARG00020005365	SOCS5 (ENSOARG00020005421)	PIGF (ENSOARG00020005433)	ATP6V1E2 (ENSOARG00020005477)	TMEM247 (ENSOARG00020005490)	EPAS1 (ENSOARG00020005535)	PRKCE (ENSOARG00020005680)
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.b #22
Bos	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000158577	ENSGT00940000159488.f	ENSGT00950000183043.b.b.g.b	ENSGT01100000263557.A.b.a.b.a	ENSGT01100000263557.A.b.a.b.b	ENSGT00420000030504	ENSGT00530000063923.b	ENSGT00940000160904	ENSGT00390000016188	ENSGT00390000012082	ENSGT00940000160028	ENSGT00390000016210	ENSGT00390000002564.a	ENSGT00940000158864	ENSGT00390000001413	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.b #22	ENSGT00940000156436	ENSGT00390000000860.b	ENSGT00390000000945	ENSGT00940000161008	ENSGT00390000002416	ENSGT00940000154046.b	ENSGT00390000008092.a.k.a	ENSGT00940000158028	ENSGT00390000003453.a	ENSGT00940000158828	ENSGT00390000018619	ENSGT00940000157242	ENSGT00940000159054	ENSGT00940000156325	ENSGT00550000074817
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000159488.f	ENSGT00950000183043.b.b.g.b	ENSGT01100000263557.A.b.a.b.a	ENSGT01100000264399.b	ENSGT01100000263557.A.b.a.b.b	ENSGT00420000030504	ENSGT00530000063923.b	ENSGT00940000160904	ENSGT00390000016188	ENSGT00390000012082	ENSGT00940000160028	ENSGT00390000016210	ENSGT00390000002564.a	ENSGT00940000158864	ENSGT00390000001413	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.b #22	ENSGT00940000156436	ENSGT00390000000860.b	ENSGT00390000000945	ENSGT00940000161008	ENSGT00390000002416	ENSGT00940000154046.b	ENSGT00390000008092.a.k.a	ENSGT00940000158028	ENSGT00390000003453.a	ENSGT00940000158828	ENSGT00390000018619	ENSGT00940000157242	ENSGT00940000159054	ENSGT00940000156325	ENSGT00550000074817
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	27	ENSBIXG00005020440	ENSBIXG00005020475	ENSBIXG00005020527	CCL21 (ENSBIXG00005020551)	ENSBIXG00005020562	CCL19 (ENSBIXG00005003475)	ENSBIXG00005020606	CCL27 (ENSBIXG00005020638)	ENSBIXG00005020859	SIGMAR1 (ENSBIXG00005020927)	ARID3C (ENSBIXG00005020990)	DCTN3 (ENSBIXG00005003559)	RPP25L (ENSBIXG00005021101)	CNTFR (ENSBIXG00005021280)	ENHO (ENSBIXG00005021318)	ENSBIXG00005006459 #22	DNAI1 (ENSBIXG00005021393)	FAM219A (ENSBIXG00005021501)	ENSBIXG00005021536	NUDT2 (ENSBIXG00005007216)	KIF24 (ENSBIXG00005021827)	UBAP1 (ENSBIXG00005021944)	DCAF12 (ENSBIXG00005003717)	UBAP2 (ENSBIXG00005022184)	UBE2R2 (ENSBIXG00005022262)	NOL6 (ENSBIXG00005022356)	AQP3 (ENSBIXG00005022407)	ENSBIXG00005022448	NFX1 (ENSBIXG00005022478)	CHMP5 (ENSBIXG00005022511)	BAG1 (ENSBIXG00005022572)
Cow	MODERN SPECIES	27	RASEF (ENSBTAG00000021751)	ENSBTAG00000052680	ENSBTAG00000051205	CCL21 (ENSBTAG00000010161)	ENSBTAG00000053396	CCL19 (ENSBTAG00000012684)	ENSBTAG00000049217	CCL27 (ENSBTAG00000014908)	IL11RA (ENSBTAG00000014907)	GALT (ENSBTAG00000015807)	SIGMAR1 (ENSBTAG00000015804)	ARID3C (ENSBTAG00000025792)	DCTN3 (ENSBTAG00000018883)	RPP25L (ENSBTAG00000016295)	CNTFR (ENSBTAG00000015361)	ENSBTAG00000005495 #22	DNAI1 (ENSBTAG00000008538)	FAM219A (ENSBTAG00000008537)	SMRP1 (ENSBTAG00000008376)	NUDT2 (ENSBTAG00000031793)	KIF24 (ENSBTAG00000012921)	UBAP1 (ENSBTAG00000000320)	DCAF12 (ENSBTAG00000021573)	UBAP2 (ENSBTAG00000000695)	UBE2R2 (ENSBTAG00000054773)	NOL6 (ENSBTAG00000003323)	AQP3 (ENSBTAG00000008493)	AQP7 (ENSBTAG00000020105)	NFX1 (ENSBTAG00000012385)	CHMP5 (ENSBTAG00000012383)	BAG1 (ENSBTAG00000017845)
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000158577	ENSGT00940000159488.e	ENSGT00950000183043.b.b.g.b	ENSGT01100000263557.A.b.a.b.a	ENSGT01100000263557.A.b.a.b.b	ENSGT00420000030504	ENSGT00530000063923.b	ENSGT00940000160904	ENSGT00390000016188	ENSGT00390000012082	ENSGT00940000160028	ENSGT00390000016210	ENSGT00390000002564.a	ENSGT00940000158864	ENSGT00390000001413	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.b #22	ENSGT00940000156436	ENSGT00390000000860.b	ENSGT00390000000945	ENSGT00940000161008	ENSGT00390000002416	ENSGT00940000154046.b	ENSGT00390000008092.a.k.a	ENSGT00940000158028	ENSGT00390000003453.a	ENSGT00940000158828	ENSGT00390000018619	ENSGT00940000157242	ENSGT00940000159054	ENSGT00940000156325	ENSGT00550000074817
Wild yak	MODERN SPECIES	1486	ENSBMUG00000018347	RASEF (ENSBMUG00000018328)	ENSBMUG00000018305	CCL21 (ENSBMUG00000018298)	CCL19 (ENSBMUG00000018278)	ENSBMUG00000018252	CCL27 (ENSBMUG00000018214)	IL11RA (ENSBMUG00000018179)	GALT (ENSBMUG00000018148)	SIGMAR1 (ENSBMUG00000018090)	ARID3C (ENSBMUG00000018059)	DCTN3 (ENSBMUG00000018031)	RPP25L (ENSBMUG00000017956)	CNTFR (ENSBMUG00000017942)	ENHO (ENSBMUG00000017920)	ENSBMUG00000017912 #22	DNAI1 (ENSBMUG00000017891)	FAM219A (ENSBMUG00000017854)	ENSBMUG00000017788	MYORG (ENSBMUG00000017758)	NUDT2 (ENSBMUG00000017751)	KIF24 (ENSBMUG00000017725)	UBAP1 (ENSBMUG00000017691)	DCAF12 (ENSBMUG00000017641)	UBAP2 (ENSBMUG00000017593)	UBE2R2 (ENSBMUG00000017513)	NOL6 (ENSBMUG00000017498)	AQP3 (ENSBMUG00000017453)	ENSBMUG00000017436	NFX1 (ENSBMUG00000017416)	CHMP5 (ENSBMUG00000017388)
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	338									BTBD8 (ENSMMSG00000020783) #14	C1orf146 (ENSMMSG00000020758) #16	ENSMMSG00000020662 #17	RPAP2 (ENSMMSG00000020475) #18	GFI1 (ENSMMSG00000020411) #19	ENSMMSG00000020392	EVI5 (ENSMMSG00000019942) #20	ENSMMSG00000019811 #22	DIPK1A (ENSMMSG00000019720) #23	ENSMMSG00000019634 #24	TMED5 (ENSMMSG00000019579) #25	CCDC18 (ENSMMSG00000019556) #26	ENSMMSG00000019529 #27	FNBP1L (ENSMMSG00000019419)	BCAR3 (ENSMMSG00000019338)	DNTTIP2 (ENSMMSG00000019293)	GCLM (ENSMMSG00000019242)	ABCA4 (ENSMMSG00000018854)	ARHGAP29 (ENSMMSG00000018746)	ENSMMSG00000018668	ABCD3 (ENSMMSG00000018573)	ENSMMSG00000018539	SLC44A3 (ENSMMSG00000018325)
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.b #22
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.b #22
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.b #22
Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.b #22
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000159137.d	ENSGT00940000153362.a.cb.b.a.a	ENSGT00940000159727	ENSGT00940000162247	ENSGT00670000098098	ENSGT00390000010121	ENSGT00950000183139.A	ENSGT00940000162552	ENSGT00390000004987	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000154866.B.d	ENSGT00960000190537	ENSGT01030000234532.A.a.a.b	ENSGT00940000154327.b.e.b	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.b #22	ENSGT00940000153431.b	ENSGT00860000134050	ENSGT00390000006916.c	ENSGT00390000014861	ENSGT00390000009679	ENSGT00390000000549	ENSGT00940000162260.h.a.b	ENSGT00390000001146	ENSGT00940000159359	ENSGT00390000003349	ENSGT00940000154632.db	ENSGT00940000162003	ENSGT00940000158015	ENSGT00950000183000.c.a.b	ENSGT00390000016976
Domestic yak	MODERN SPECIES	3	ENSBGRG00000006824	ENSBGRG00000006808	NKX2-2 (ENSBGRG00000006790)	NKX2-4 (ENSBGRG00000006760)	XRN2 (ENSBGRG00000006633)	KIZ (ENSBGRG00000006486)	ENSBGRG00000006333	ENSBGRG00000006247	INSM1 (ENSBGRG00000006219)	CFAP61 (ENSBGRG00000006111)	CRNKL1 (ENSBGRG00000006006)	NAA20 (ENSBGRG00000005893)	ENSBGRG00000005870	ENSBGRG00000005832	SLC24A3 (ENSBGRG00000005785)	ENSBGRG00000005768 #22	DTD1 (ENSBGRG00000005731)	SMIM26 (ENSBGRG00000005700)	SEC23B (ENSBGRG00000005623)	RBBP9 (ENSBGRG00000005523)	POLR3F (ENSBGRG00000005416)	DZANK1 (ENSBGRG00000005266)	ZNF133 (ENSBGRG00000005240)	KAT14 (ENSBGRG00000005198)	ENSBGRG00000005155	MGME1 (ENSBGRG00000005078)	SNX5 (ENSBGRG00000005032)	BANF2 (ENSBGRG00000005004)	RRBP1 (ENSBGRG00000004547)	DSTN (ENSBGRG00000004466)	BFSP1 (ENSBGRG00000004415)
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000159137.d	ENSGT00940000153362.a.bb.b.a	ENSGT00940000159727	ENSGT00940000162247	ENSGT00670000098098	ENSGT00390000010121	ENSGT00950000183139.A	ENSGT00940000162552	ENSGT00390000004987	ENSGT00550000074931	ENSGT00550000075046	ENSGT00940000154866.B.d	ENSGT00390000001138.a.g.b	ENSGT01030000234532.A.a.a.b	ENSGT00940000154327.b.e.b	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.b #22	ENSGT00940000153431.b	ENSGT00860000134050	ENSGT00390000006916.c	ENSGT00390000014861	ENSGT00390000009679	ENSGT00390000000549	ENSGT00940000162260.h.a.b	ENSGT00940000162260.h.a.a	ENSGT00390000001146	ENSGT00520000059926	ENSGT00940000159359	ENSGT00390000003349	ENSGT00940000154632.db	ENSGT00940000162003	ENSGT00940000158015
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	4	PAX1 (ENSBIXG00005010606)	ENSBIXG00005000694	ENSBIXG00005000714	XRN2 (ENSBIXG00005006105)	ENSBIXG00005010385	RALGAPA2 (ENSBIXG00005010322)	INSM1 (ENSBIXG00005010299)	CFAP61 (ENSBIXG00005010280)	CRNKL1 (ENSBIXG00005010247)	NAA20 (ENSBIXG00005010224)	RIN2 (ENSBIXG00005010179)	ENSBIXG00005010143	SLC24A3 (ENSBIXG00005010121)	SCP2D1 (ENSBIXG00005000779)	DTD1 (ENSBIXG00005010081)	ENSBIXG00005010061 #22	SMIM26 (ENSBIXG00005000771)	SEC23B (ENSBIXG00005010022)	RBBP9 (ENSBIXG00005009978)	POLR3F (ENSBIXG00005009958)	DZANK1 (ENSBIXG00005009929)	ENSBIXG00005009868	ENSBIXG00005006413	KAT14 (ENSBIXG00005009829)	OVOL2 (ENSBIXG00005009797)	MGME1 (ENSBIXG00005000600)	ENSBIXG00005009769	BANF2 (ENSBIXG00005009729)	RRBP1 (ENSBIXG00005009648)	DSTN (ENSBIXG00005000426)	BFSP1 (ENSBIXG00005009213)
Cow	MODERN SPECIES	4	FOXA2 (ENSBTAG00000012407)	PAX1 (ENSBTAG00000006742)	ENSBTAG00000035643	NKX2-2 (ENSBTAG00000010277)	NKX2-4 (ENSBTAG00000011312)	XRN2 (ENSBTAG00000011304)	KIZ (ENSBTAG00000020988)	RALGAPA2 (ENSBTAG00000014178)	CFAP61 (ENSBTAG00000009291)	CRNKL1 (ENSBTAG00000008472)	NAA20 (ENSBTAG00000001144)	RIN2 (ENSBTAG00000020382)	ENSBTAG00000032893	SLC24A3 (ENSBTAG00000011882)	SCP2D1 (ENSBTAG00000005202)	ENSBTAG00000012276 #22	DTD1 (ENSBTAG00000008964)	SMIM26 (ENSBTAG00000051249)	SEC23B (ENSBTAG00000018295)	RBBP9 (ENSBTAG00000008826)	POLR3F (ENSBTAG00000008825)	ENSBTAG00000052347	DZANK1 (ENSBTAG00000004622)	ZNF133 (ENSBTAG00000004620)	KAT14 (ENSBTAG00000018978)	PET117 (ENSBTAG00000051618)	OVOL2 (ENSBTAG00000008410)	MGME1 (ENSBTAG00000003425)	SNX5 (ENSBTAG00000003422)	BANF2 (ENSBTAG00000004474)	RRBP1 (ENSBTAG00000015438)
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.b #22
Goat	MODERN SPECIES	24	MMP19 (ENSCHIG00000020526)	ENSCHIG00000010424	DNAJC14 (ENSCHIG00000024690)	ORMDL2 (ENSCHIG00000018442)	ENSCHIG00000013335	GDF11 (ENSCHIG00000000705)	ENSCHIG00000021207	RDH5 (ENSCHIG00000014412)	ENSCHIG00000026980	ITGA7 (ENSCHIG00000023587)	METTL7B (ENSCHIG00000027137)	OR10P1 (ENSCHIG00000003962)	ENSCHIG00000021329	ENSCHIG00000006012	OR2AP1 (ENSCHIG00000013176)	ENSCHIG00000014481 #22	OR6C4 (ENSCHIG00000013348)	ENSCHIG00000010904	ENSCHIG00000016098	ENSCHIG00000004976	ENSCHIG00000005335	ENSCHIG00000013315	ENSCHIG00000009797	ENSCHIG00000008170	ENSCHIG00000004713	ENSCHIG00000006788	ENSCHIG00000011029	ENSCHIG00000005744	ENSCHIG00000016635	ENSCHIG00000004292	OR6C76 (ENSCHIG00000003607)
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	147																ENSMMSG00000011738 #22
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.b #22
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.b #22
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.b #22
Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.b #22
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.b #22
Wild yak	MODERN SPECIES	1166																ENSBMUG00000000203 #22
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.b #22
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	2	PLCD3 (ENSOARG00020025632)	NMT1 (ENSOARG00020025637)	DCAKD (ENSOARG00020025640)	C1QL1 (ENSOARG00020025642)	KIF18B (ENSOARG00020025650)	GFAP (ENSOARG00020025675)	FAM187A (ENSOARG00020025687)	CCDC103 (ENSOARG00020025694)	EFTUD2 (ENSOARG00020025703)	HIGD1B (ENSOARG00020025722)	GJC1 (ENSOARG00020009974)	ADAM11 (ENSOARG00020010020)	ENSOARG00020010510	CCDC43 (ENSOARG00020010559)	MEIOC (ENSOARG00020010618)	ENSOARG00020010735 #22	FZD2 (ENSOARG00020010772)	GPATCH8 (ENSOARG00020010815)	GPATCH8 (ENSOARG00020010882)	FAM171A2 (ENSOARG00020011264)	GRN (ENSOARG00020011356)	SLC25A39 (ENSOARG00020011552)	RUNDC3A (ENSOARG00020011641)	SLC4A1 (ENSOARG00020011899)	ENSOARG00020015824	UBTF (ENSOARG00020015878)	ATXN7L3 (ENSOARG00020016057)	ENSOARG00020016217	TMUB2 (ENSOARG00020016242)	ASB16 (ENSOARG00020016404)	ENSOARG00020016477
Goat	DUPLICATION
Goat	MODERN SPECIES	10	NMT1 (ENSCHIG00000008386)	DCAKD (ENSCHIG00000026749)	C1QL1 (ENSCHIG00000013856)	KIF18B (ENSCHIG00000021036)	GFAP (ENSCHIG00000023753)	FAM187A (ENSCHIG00000011746)	CCDC103 (ENSCHIG00000015314)	HIGD1B (ENSCHIG00000024601)	EFTUD2 (ENSCHIG00000011603)	GJC1 (ENSCHIG00000008800)	ADAM11 (ENSCHIG00000026955)	ENSCHIG00000016101	CCDC43 (ENSCHIG00000023225)	MEIOC (ENSCHIG00000011237)	ENSCHIG00000003692	ENSCHIG00000026903 #22	GPATCH8 (ENSCHIG00000008962)	ITGA2B (ENSCHIG00000014389)	FAM171A2 (ENSCHIG00000018936)	GRN (ENSCHIG00000026100)	ENSCHIG00000014759	RUNDC3A (ENSCHIG00000023707)	SLC4A1 (ENSCHIG00000009610)	UBTF (ENSCHIG00000011621)	ATXN7L3 (ENSCHIG00000021414)	ENSCHIG00000011610	TMUB2 (ENSCHIG00000019662)	ENSCHIG00000025089	ASB16 (ENSCHIG00000013508)	HROB (ENSCHIG00000009151)	HDAC5 (ENSCHIG00000016811)
Goat	MODERN SPECIES	24	AMDHD1 (ENSCHIG00000023934)	HAL (ENSCHIG00000018871)	LTA4H (ENSCHIG00000017470)	ELK3 (ENSCHIG00000020731)	CDK17 (ENSCHIG00000016767)	CFAP54 (ENSCHIG00000025886)	NEDD1 (ENSCHIG00000024930)	ENSCHIG00000007303	ENSCHIG00000011297	SLC25A3 (ENSCHIG00000026853)	IKBIP (ENSCHIG00000018224)	ENSCHIG00000009665	APAF1 (ENSCHIG00000026050)	ENSCHIG00000026522	ENSCHIG00000021672	ENSCHIG00000011860 #22	ENSCHIG00000011894	ENSCHIG00000011002	GARIN6 (ENSCHIG00000026281)	ENSCHIG00000020715	ENSCHIG00000014307	BLTP3B (ENSCHIG00000002074)	ACTR6 (ENSCHIG00000026128)	SCYL2 (ENSCHIG00000022321)	SLC17A8 (ENSCHIG00000016996)	NR1H4 (ENSCHIG00000020981)	GAS2L3 (ENSCHIG00000015539)	ANO4 (ENSCHIG00000011611)	SLC5A8 (ENSCHIG00000012962)	UTP20 (ENSCHIG00000009221)	ARL1 (ENSCHIG00000024524)
Yarkand deer	DUPLICATION
Yarkand deer	MODERN SPECIES	12	ENSCHYG00000013541	ENSCHYG00000013515	HFM1 (ENSCHYG00000023707) #8	CDC7 (ENSCHYG00000023558) #9	TGFBR3 (ENSCHYG00000023491) #10	BRDT (ENSCHYG00000023233) #11	EPHX4 (ENSCHYG00000023191) #12	ENSCHYG00000023182 #13	BTBD8 (ENSCHYG00000023115) #14	C1orf146 (ENSCHYG00000023053) #16	GLMN (ENSCHYG00000023014) #17	RPAP2 (ENSCHYG00000022870) #18	ENSCHYG00000022847	GFI1 (ENSCHYG00000022804) #19	EVI5 (ENSCHYG00000022480) #20	ENSCHYG00000022335 #22	ENSCHYG00000022310	DIPK1A (ENSCHYG00000022129) #23	MTF2 (ENSCHYG00000021903) #24	TMED5 (ENSCHYG00000021812) #25	ENSCHYG00000021781	CCDC18 (ENSCHYG00000021482) #26	DR1 (ENSCHYG00000021416) #27	FNBP1L (ENSCHYG00000021185)	BCAR3 (ENSCHYG00000020643)	ENSCHYG00000020582	DNTTIP2 (ENSCHYG00000020405)	GCLM (ENSCHYG00000020259)	ABCA4 (ENSCHYG00000019784)	ARHGAP29 (ENSCHYG00000019119)	ENSCHYG00000019054
Yarkand deer	MODERN SPECIES	9	ENSCHYG00000014691	ENSCHYG00000014646	RUNDC3B (ENSCHYG00000014336)	ENSCHYG00000014088	DBF4 (ENSCHYG00000014001)	CCDC126 (ENSCHYG00000013962)	TRA2A (ENSCHYG00000013850)	IGF2BP3 (ENSCHYG00000013623)	MALSU1 (ENSCHYG00000013555)	ENSCHYG00000013534	GPNMB (ENSCHYG00000013494)	NUP42 (ENSCHYG00000012296)	ENSCHYG00000012189	ENSCHYG00000012174	ENSCHYG00000012166	ENSCHYG00000012138 #22	HYCC1 (ENSCHYG00000011929)	ENSCHYG00000011839	ENSCHYG00000011799	RAPGEF5 (ENSCHYG00000011187)	CDCA7L (ENSCHYG00000010925)	DNAH11 (ENSCHYG00000010690)	SP4 (ENSCHYG00000010584)	ENSCHYG00000010564	ENSCHYG00000010545	SP8 (ENSCHYG00000010508)	ABCB5 (ENSCHYG00000010073)	ITGB8 (ENSCHYG00000009946)	MACC1 (ENSCHYG00000009890)	ENSCHYG00000009866	TMEM196 (ENSCHYG00000009756)
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT00940000164497	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000155028.q.a.c.a.b.b	ENSGT00940000160336
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT00940000164497	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000155028.q.a.c.a.b.b	ENSGT00940000160336
Sperm whale	MODERN SPECIES	15	ENSPCTG00005003669	BARHL2 (ENSPCTG00005003661)	ZNF644 (ENSPCTG00005003632) #7	HFM1 (ENSPCTG00005003555) #8	CDC7 (ENSPCTG00005003524) #9	TGFBR3 (ENSPCTG00005003508) #10	BRDT (ENSPCTG00005003337) #11	EPHX4 (ENSPCTG00005003314) #12	ENSPCTG00005003303	BTBD8 (ENSPCTG00005003293) #14	C1orf146 (ENSPCTG00005003267) #16	GLMN (ENSPCTG00005003228) #17	RPAP2 (ENSPCTG00005003192) #18	GFI1 (ENSPCTG00005003172) #19	EVI5 (ENSPCTG00005003071) #20	ENSPCTG00005003033 #22	DIPK1A (ENSPCTG00005003008) #23	MTF2 (ENSPCTG00005002966) #24	TMED5 (ENSPCTG00005002942) #25	CCDC18 (ENSPCTG00005002918) #26	DR1 (ENSPCTG00005002905) #27	FNBP1L (ENSPCTG00005002834)	DNTTIP2 (ENSPCTG00005002811)	GCLM (ENSPCTG00005002786)	ENSPCTG00005002771	ABCA4 (ENSPCTG00005002692)	ARHGAP29 (ENSPCTG00005002478)	ABCD3 (ENSPCTG00005002427)	F3 (ENSPCTG00005002402)	ENSPCTG00005002390	ENSPCTG00005002380
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000003248.a.b.a.a	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT00940000164497	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000155028.q.a.c.a.b.b	ENSGT00940000160336
Dolphin	MODERN SPECIES	4720																ENSTTRG00000013097 #22	DIPK1A (ENSTTRG00000013095) #23
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000003248.a.b.a.a	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00950000182841.b.a.a.b.a.a.b.a.a.b	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00390000018316.b.b.g.a	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000155028.q.a.c.a.b.b
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00390000003248.a.b.a.a	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00950000182841.b.a.a.b.a.a.b.a.a.b	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00390000018316.b.b.g.a	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000155028.q.a.c.a.b.b
Beluga whale	MODERN SPECIES	51	CTNNBIP1 (ENSDLEG00000007031)	LZIC (ENSDLEG00000007023)	NMNAT1 (ENSDLEG00000007016)	RBP7 (ENSDLEG00000007007)	UBE4B (ENSDLEG00000006993)	ENSDLEG00000006986	ENSDLEG00000006887	ENSDLEG00000006840	PGD (ENSDLEG00000006796)	ENSDLEG00000006748	ENSDLEG00000006740	DFFA (ENSDLEG00000006723)	ENSDLEG00000006718	PEX14 (ENSDLEG00000006695)	CASZ1 (ENSDLEG00000006665)	ENSDLEG00000006611 #22	TARDBP (ENSDLEG00000006604)	MASP2 (ENSDLEG00000006587)	SRM (ENSDLEG00000006578)	EXOSC10 (ENSDLEG00000006541)	ANGPTL7 (ENSDLEG00000006514)	ENSDLEG00000005921	ENSDLEG00000005807	UBIAD1 (ENSDLEG00000005796)	DISP3 (ENSDLEG00000005772)	FBXO2 (ENSDLEG00000005735)	ENSDLEG00000005726	FBXO6 (ENSDLEG00000005722)	MAD2L2 (ENSDLEG00000005705)	DRAXIN (ENSDLEG00000005690)	ENSDLEG00000005680
Narwhal	DUPLICATION
Narwhal	MODERN SPECIES	304	ENSMMNG00015009291	BARHL2 (ENSMMNG00015009287)	ZNF644 (ENSMMNG00015009277) #7	HFM1 (ENSMMNG00015009250) #8	CDC7 (ENSMMNG00015009219) #9	TGFBR3 (ENSMMNG00015009196) #10	ENSMMNG00015009182	BRDT (ENSMMNG00015009098) #11	EPHX4 (ENSMMNG00015009069) #12	BTBD8 (ENSMMNG00015009056) #14	C1orf146 (ENSMMNG00015009036) #16	GLMN (ENSMMNG00015009009) #17	RPAP2 (ENSMMNG00015008968) #18	GFI1 (ENSMMNG00015008938) #19	EVI5 (ENSMMNG00015008827) #20	ENSMMNG00015008749 #22	DIPK1A (ENSMMNG00015008730) #23	MTF2 (ENSMMNG00015008697) #24	TMED5 (ENSMMNG00015008669) #25	CCDC18 (ENSMMNG00015008563) #26	DR1 (ENSMMNG00015008503) #27	FNBP1L (ENSMMNG00015008478)	BCAR3 (ENSMMNG00015008436)	DNTTIP2 (ENSMMNG00015008396)	GCLM (ENSMMNG00015008377)	ABCA4 (ENSMMNG00015008302)	ARHGAP29 (ENSMMNG00015008231)	ENSMMNG00015008219	ABCD3 (ENSMMNG00015008194)	F3 (ENSMMNG00015008161)	ENSMMNG00015008126
Narwhal	MODERN SPECIES	304	CLSTN1 (ENSMMNG00015008609)	CTNNBIP1 (ENSMMNG00015008591)	LZIC (ENSMMNG00015008577)	NMNAT1 (ENSMMNG00015008555)	RBP7 (ENSMMNG00015008538)	UBE4B (ENSMMNG00015008485)	ENSMMNG00015008447	KIF1B (ENSMMNG00015008175)	PGD (ENSMMNG00015008013)	CENPS (ENSMMNG00015007990)	CORT (ENSMMNG00015007975)	DFFA (ENSMMNG00015007945)	ENSMMNG00015007934	PEX14 (ENSMMNG00015007914)	CASZ1 (ENSMMNG00015007778)	ENSMMNG00015007701 #22	TARDBP (ENSMMNG00015007627)	MASP2 (ENSMMNG00015007577)	SRM (ENSMMNG00015007533)	EXOSC10 (ENSMMNG00015007454)	ANGPTL7 (ENSMMNG00015007382)	MTOR (ENSMMNG00015007245)	UBIAD1 (ENSMMNG00015007158)	DISP3 (ENSMMNG00015007117)	FBXO2 (ENSMMNG00015007088)	FBXO44 (ENSMMNG00015007072)	FBXO6 (ENSMMNG00015007052)	MAD2L2 (ENSMMNG00015007030)	DRAXIN (ENSMMNG00015007000)	AGTRAP (ENSMMNG00015006973)	MTHFR (ENSMMNG00015006922)
Vaquita	DUPLICATION
Vaquita	MODERN SPECIES		BARHL2 (ENSPSNG00000013638)	ZNF644 (ENSPSNG00000013726) #7	ENSPSNG00000013866	HFM1 (ENSPSNG00000013912) #8	CDC7 (ENSPSNG00000014009) #9	TGFBR3 (ENSPSNG00000014107) #10	ENSPSNG00000014214	BRDT (ENSPSNG00000014323) #11	EPHX4 (ENSPSNG00000015040) #12	BTBD8 (ENSPSNG00000015141) #14	C1orf146 (ENSPSNG00000015256) #16	GLMN (ENSPSNG00000015403) #17	RPAP2 (ENSPSNG00000015762) #18	GFI1 (ENSPSNG00000016161) #19	EVI5 (ENSPSNG00000016298) #20	ENSPSNG00000016777 #22	DIPK1A (ENSPSNG00000016854) #23	MTF2 (ENSPSNG00000017009) #24	TMED5 (ENSPSNG00000017114) #25	CCDC18 (ENSPSNG00000017224) #26	DR1 (ENSPSNG00000017453) #27	FNBP1L (ENSPSNG00000017530)	BCAR3 (ENSPSNG00000017672)	DNTTIP2 (ENSPSNG00000017832)	GCLM (ENSPSNG00000017882)	ENSPSNG00000018004	ENSPSNG00000018081	ARHGAP29 (ENSPSNG00000018131)	ENSPSNG00000018194	ABCD3 (ENSPSNG00000018282)	F3 (ENSPSNG00000018418)
Vaquita	MODERN SPECIES		CTNNBIP1 (ENSPSNG00000008705)	LZIC (ENSPSNG00000008728)	NMNAT1 (ENSPSNG00000008749)	RBP7 (ENSPSNG00000008769)	UBE4B (ENSPSNG00000008860)	KIF1B (ENSPSNG00000009050)	ENSPSNG00000009193	PGD (ENSPSNG00000009233)	CENPS (ENSPSNG00000009252)	CORT (ENSPSNG00000009275)	DFFA (ENSPSNG00000009345)	ENSPSNG00000009401	PEX14 (ENSPSNG00000009443)	ENSPSNG00000009499	ENSPSNG00000009544	ENSPSNG00000009576 #22	TARDBP (ENSPSNG00000009661)	MASP2 (ENSPSNG00000009778)	SRM (ENSPSNG00000009961)	EXOSC10 (ENSPSNG00000010040)	MTOR (ENSPSNG00000010195)	ANGPTL7 (ENSPSNG00000010398)	UBIAD1 (ENSPSNG00000010458)	ENSPSNG00000010496	FBXO2 (ENSPSNG00000010580)	FBXO44 (ENSPSNG00000010663)	FBXO6 (ENSPSNG00000010739)	MAD2L2 (ENSPSNG00000010767)	DRAXIN (ENSPSNG00000010831)	ENSPSNG00000010921	MTHFR (ENSPSNG00000011035)
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00740000117159	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	112	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	114	ENSGT00940000158611	ENSGT00940000158258 #7	ENSGT00550000074822 #8	ENSGT00550000075011 #9	ENSGT00530000063861.b.b #10	ENSGT00940000154549.a #11	ENSGT00940000156233 #12	ENSGT01030000234574.A.b.a.b #13	ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a	ENSGT00940000154382.a.b #14	ENSGT00390000008285 #16	ENSGT00390000018446 #17	ENSGT00390000017965 #18	ENSGT00940000156166.a #19	ENSGT00940000153846.a.a #20	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22	ENSGT00390000006452.b.b #23	ENSGT00950000183180.b #24	ENSGT00940000155468 #25	ENSGT00940000153190.A #26	ENSGT00550000075010 #27	ENSGT00950000183047.c.b	ENSGT00940000154130.a.a.b	ENSGT00510000048142	ENSGT00510000047658	ENSGT00940000155624.b	ENSGT00950000183110.b.b	ENSGT00950000182955.a.a.a	ENSGT00390000012668	ENSGT00940000160336	ENSGT00940000154539.b
Elephant	MODERN SPECIES	473	ENSLAFG00000026572	CDC7 (ENSLAFG00000010296) #9	ENSLAFG00000029473	ENSLAFG00000026439	ENSLAFG00000032517	TGFBR3 (ENSLAFG00000010015) #10	ENSLAFG00000013971 #11	EPHX4 (ENSLAFG00000008858) #12	ENSLAFG00000029279 #13	ENSLAFG00000008859	BTBD8 (ENSLAFG00000028932) #14	GLMN (ENSLAFG00000007781) #17	RPAP2 (ENSLAFG00000007789) #18	GFI1 (ENSLAFG00000018346) #19	EVI5 (ENSLAFG00000018348) #20	ENSLAFG00000011916 #22	DIPK1A (ENSLAFG00000001048) #23	MTF2 (ENSLAFG00000015037) #24	TMED5 (ENSLAFG00000009076) #25	CCDC18 (ENSLAFG00000009687) #26	DR1 (ENSLAFG00000017540) #27	FNBP1L (ENSLAFG00000016688)	BCAR3 (ENSLAFG00000005936)	DNTTIP2 (ENSLAFG00000004636)	GCLM (ENSLAFG00000013541)	ABCA4 (ENSLAFG00000007408)	ARHGAP29 (ENSLAFG00000008218)	ABCD3 (ENSLAFG00000003729)	F3 (ENSLAFG00000012412)	SLC44A3 (ENSLAFG00000003210)	CNN3 (ENSLAFG00000003212)
Hyrax	MODERN SPECIES	12180																ENSPCAG00000011865 #22	DIPK1A (ENSPCAG00000011828) #23
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Hedgehog	MODERN SPECIES	9669																ENSEEUG00000014615 ##22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00990000208225	ENSGT00940000160429	ENSGT00940000159433	ENSGT00950000183199.b	ENSGT00390000014501	ENSGT00940000161612	ENSGT00940000153665.a	ENSGT00950000182886.b.b	ENSGT00940000157811	ENSGT00940000156424	ENSGT00390000015121	ENSGT01030000234607.A.a.a.a	ENSGT00940000155822	ENSGT00940000158036	ENSGT01100000263477.E	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22	ENSGT00390000014771.a	ENSGT00550000074988	ENSGT00390000000183	ENSGT00940000155171.a.a	ENSGT00940000155171.a.b	ENSGT00390000012731.a.a	ENSGT00500000044852.a	ENSGT00940000154574.c	ENSGT00940000154952.a.b	ENSGT00940000155533.d	ENSGT00940000154766.a.a	ENSGT00940000166969.b	ENSGT00390000009802.a	ENSGT00390000009802.b	ENSGT01090000260321
Felidae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00990000208225	ENSGT00940000160429	ENSGT00940000159433	ENSGT00950000183199.b	ENSGT00390000014501	ENSGT00940000161612	ENSGT00940000153665.a	ENSGT00950000182886.b.b	ENSGT00940000157811	ENSGT00940000156424	ENSGT00390000015121	ENSGT01030000234607.A.a.a.a	ENSGT00940000155822	ENSGT00940000158036	ENSGT01100000263477.E	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22	ENSGT00390000014771.a	ENSGT00550000074988	ENSGT00390000000183	ENSGT00940000155171.a.a	ENSGT00940000155171.a.b	ENSGT00390000012731.a.a	ENSGT00500000044852.a	ENSGT00940000154574.c	ENSGT00940000154952.a.b	ENSGT00940000155533.d	ENSGT00940000154766.a.a.q	ENSGT00940000166969.b	ENSGT00940000154766.a.a.r	ENSGT00390000009802.a	ENSGT00390000009802.b
Cat	MODERN SPECIES		IRX1 (ENSFCAG00000036923)	ENSFCAG00000025379	ADAMTS16 (ENSFCAG00000003777)	ICE1 (ENSFCAG00000027435)	ENSFCAG00000037684	UBE2QL1 (ENSFCAG00000038630)	NSUN2 (ENSFCAG00000015602)	SRD5A1 (ENSFCAG00000015601)	TENT4A (ENSFCAG00000003474)	ADCY2 (ENSFCAG00000015101)	CFAP90 (ENSFCAG00000019341)	FASTKD3 (ENSFCAG00000015104)	MTRR (ENSFCAG00000015105)	SEMA5A (ENSFCAG00000012608)	TAS2R1 (ENSFCAG00000012611)	ENSFCAG00000048844 ##22	ATPSCKMT (ENSFCAG00000027158)	CCT5 (ENSFCAG00000003129)	CMBL (ENSFCAG00000028005)	MARCHF6 (ENSFCAG00000003132)	ROPN1L (ENSFCAG00000003135)	ANKRD33B (ENSFCAG00000009294)	ENSFCAG00000034118	CTNND2 (ENSFCAG00000002522)	DNAH5 (ENSFCAG00000015341)	ENSFCAG00000046989	ENSFCAG00000043724	ENSFCAG00000052934	OTULINL (ENSFCAG00000026260)	OTULIN (ENSFCAG00000006066)	ANKH (ENSFCAG00000012251)
Panthera	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00990000208225	ENSGT00940000160429	ENSGT00940000159433	ENSGT00950000183199.b	ENSGT00390000014501	ENSGT00940000161612	ENSGT00940000153665.a	ENSGT00950000182886.b.b	ENSGT00940000157811	ENSGT00940000156424	ENSGT00390000015121	ENSGT01030000234607.A.a.a.a	ENSGT00940000155822	ENSGT00940000158036	ENSGT01100000263477.E	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22	ENSGT00390000014771.a	ENSGT00550000074988	ENSGT00390000000183	ENSGT00940000155171.a.a	ENSGT00940000155171.a.b	ENSGT00390000012731.a.a	ENSGT00500000044852.a	ENSGT00940000154574.c	ENSGT00940000154952.a.b	ENSGT00940000155533.d	ENSGT00940000154766.a.a.q	ENSGT00940000166969.b	ENSGT00390000009802.a	ENSGT00390000009802.b	ENSGT00390000012189
Panthera_a	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00990000208225	ENSGT00940000160429	ENSGT00940000159433	ENSGT00950000183199.b	ENSGT00390000014501	ENSGT00940000161612	ENSGT00940000153665.a	ENSGT00950000182886.b.b	ENSGT00940000157811	ENSGT00940000156424	ENSGT00390000015121	ENSGT01030000234607.A.a.a.a	ENSGT00940000155822	ENSGT00940000158036	ENSGT01100000263477.E	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22	ENSGT00390000014771.a	ENSGT00550000074988	ENSGT00390000000183	ENSGT00940000155171.a.b	ENSGT00390000012731.a.a	ENSGT00500000044852.a	ENSGT00940000154574.c	ENSGT00940000154952.a.b	ENSGT00940000155533.d	ENSGT00940000154766.a.a.r	ENSGT00940000166969.b	ENSGT00940000154766.a.a.q	ENSGT00390000009802.a	ENSGT00390000009802.b	ENSGT00390000012189
leopard	MODERN SPECIES	39	ENSPPRG00000022581	ENSPPRG00000000128	PDYN (ENSPPRG00000000531)	STK35 (ENSPPRG00000000708)	TGM3 (ENSPPRG00000001636)	TGM6 (ENSPPRG00000002361)	SNRPB (ENSPPRG00000003233)	TMC2 (ENSPPRG00000004176)	NOP56 (ENSPPRG00000004623)	IDH3B (ENSPPRG00000007059)	CPXM1 (ENSPPRG00000010305)	C20orf141 (ENSPPRG00000011071)	TMEM239 (ENSPPRG00000011307)	PCED1A (ENSPPRG00000012583)	VPS16 (ENSPPRG00000015135)	ENSPPRG00000015867 ##22	PTPRA (ENSPPRG00000003430)	GNRH2 (ENSPPRG00000004195)	MRPS26 (ENSPPRG00000004446)	ENSPPRG00000004791	AVP (ENSPPRG00000004868)	UBOX5 (ENSPPRG00000005468)	LZTS3 (ENSPPRG00000007053)	DDRGK1 (ENSPPRG00000007150)	ITPA (ENSPPRG00000008461)	SLC4A11 (ENSPPRG00000013247)	DNAAF9 (ENSPPRG00000013636)	ATRN (ENSPPRG00000014515)	GFRA4 (ENSPPRG00000015246)	ADAM33 (ENSPPRG00000023007)	SIGLEC1 (ENSPPRG00000000911)
lion	MODERN SPECIES		ENSPLOG00000003986	IRX1 (ENSPLOG00000003994)	ADAMTS16 (ENSPLOG00000004010)	ICE1 (ENSPLOG00000004038)	MED10 (ENSPLOG00000004055)	UBE2QL1 (ENSPLOG00000004071)	NSUN2 (ENSPLOG00000004085)	SRD5A1 (ENSPLOG00000004092)	TENT4A (ENSPLOG00000004144)	ADCY2 (ENSPLOG00000004170)	CFAP90 (ENSPLOG00000004188)	FASTKD3 (ENSPLOG00000004196)	MTRR (ENSPLOG00000010289)	SEMA5A (ENSPLOG00000010322)	TAS2R1 (ENSPLOG00000010440)	ENSPLOG00000010455 ##22	ATPSCKMT (ENSPLOG00000010468)	CCT5 (ENSPLOG00000010569)	CMBL (ENSPLOG00000010689)	MARCHF6 (ENSPLOG00000010780)	ROPN1L (ENSPLOG00000011281)	ANKRD33B (ENSPLOG00000011323)	ENSPLOG00000011345	CTNND2 (ENSPLOG00000011401)	DNAH5 (ENSPLOG00000011942)	TRIO (ENSPLOG00000012691)	OTULINL (ENSPLOG00000013236)	OTULIN (ENSPLOG00000013270)	ANKH (ENSPLOG00000013310)	FBXL7 (ENSPLOG00000013347)	MARCHF11 (ENSPLOG00000013400)
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000161198	ENSGT00940000160429	ENSGT00940000159433	ENSGT00950000183199.b	ENSGT00390000014501	ENSGT00940000161612	ENSGT00940000153665.a	ENSGT00950000182886.b.b	ENSGT00940000157811	ENSGT00940000156424	ENSGT00390000015121	ENSGT01030000234607.A.a.a.a	ENSGT00940000155822	ENSGT00940000158036	ENSGT01100000263477.E	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22	ENSGT00390000014771.a	ENSGT00550000074988	ENSGT00390000000183	ENSGT00940000155171.a.b	ENSGT00390000012731.a.a	ENSGT00500000044852.a	ENSGT00940000154574.c	ENSGT00940000154952.a.b	ENSGT00940000155533.d	ENSGT00940000154766.a.a	ENSGT00940000166969.b	ENSGT00390000009802.a	ENSGT00390000009802.b	ENSGT01090000260321	ENSGT00390000012189
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000158596	ENSGT00940000161198	ENSGT00940000160429	ENSGT00940000159433	ENSGT00950000183199.b	ENSGT00390000014501	ENSGT00940000153665.a	ENSGT00950000182886.b.b	ENSGT00940000157811	ENSGT00940000156424	ENSGT00390000015121	ENSGT01030000234607.A.a.a.a	ENSGT00940000155822	ENSGT00940000158036	ENSGT01100000263477.E	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22	ENSGT00390000014771.a	ENSGT00550000074988	ENSGT00390000000183	ENSGT00940000155171.a.b	ENSGT00390000012731.a.a	ENSGT00500000044852.a	ENSGT00940000154574.c.d	ENSGT00940000154952.a.b	ENSGT00940000155533.d	ENSGT00940000154766.a.a	ENSGT00390000009802.a	ENSGT00390000009802.b	ENSGT01090000260321	ENSGT00390000012189	ENSGT00940000158009
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000161198	ENSGT00940000160429	ENSGT00940000159433	ENSGT00950000183199.b	ENSGT00940000166335	ENSGT00940000161612	ENSGT00940000153665.a	ENSGT00950000182886.b.b	ENSGT00940000157811	ENSGT00940000156424	ENSGT00390000015121	ENSGT01030000234607.A.a.a.a	ENSGT00940000155822	ENSGT00940000158036	ENSGT01100000263477.E	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22	ENSGT00390000014771.a	ENSGT00550000074988	ENSGT00390000000183	ENSGT00940000155171.a.b	ENSGT00390000012731.a.a	ENSGT00500000044852.a	ENSGT00940000154574.c.d	ENSGT00940000154952.a.b	ENSGT00940000155533.d	ENSGT00940000154766.a.a.p	ENSGT00390000009802.a	ENSGT00390000009802.b	ENSGT01090000260321	ENSGT00390000012189	ENSGT00940000158009
Ursus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
American black bear	MODERN SPECIES	3414																ENSUAMG00000001444 ##22	DIPK1A (ENSUAMG00000001463) #23
Giant Panda	DUPLICATION
Giant Panda	MODERN SPECIES	1416																ENSAMEG00000028881 ##22
Giant Panda	MODERN SPECIES	13	NDUFS6 (ENSAMEG00000010930)	IRX4 (ENSAMEG00000010933)	IRX2 (ENSAMEG00000030165)	IRX1 (ENSAMEG00000001629)	ENSAMEG00000005402	ICE1 (ENSAMEG00000005383)	NSUN2 (ENSAMEG00000002744)	SRD5A1 (ENSAMEG00000002796)	TENT4A (ENSAMEG00000002806)	ENSAMEG00000013734	ADCY2 (ENSAMEG00000028284)	FASTKD3 (ENSAMEG00000000793)	MTRR (ENSAMEG00000000762)	SEMA5A (ENSAMEG00000003884)	TAS2R1 (ENSAMEG00000003883)	ENSAMEG00000003878 ##22	ATPSCKMT (ENSAMEG00000003866)	CCT5 (ENSAMEG00000003838)	CMBL (ENSAMEG00000003820)	MARCHF6 (ENSAMEG00000003768)	ROPN1L (ENSAMEG00000003758)	ANKRD33B (ENSAMEG00000025303)	DAP (ENSAMEG00000028019)	CTNND2 (ENSAMEG00000013097)	DNAH5 (ENSAMEG00000009669)	ENSAMEG00000009695	OTULINL (ENSAMEG00000009720)	ENSAMEG00000025544	OTULIN (ENSAMEG00000009737)	ANKH (ENSAMEG00000009745)	FBXL7 (ENSAMEG00000009793)
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Sperm whale	MODERN SPECIES	20	BNC2 (ENSPCTG00005013082)	ENSPCTG00005012892	CCDC171 (ENSPCTG00005012856)	PSIP1 (ENSPCTG00005012760)	SNAPC3 (ENSPCTG00005012674)	TTC39B (ENSPCTG00005012122)	FREM1 (ENSPCTG00005011922)	CER1 (ENSPCTG00005011869)	ZDHHC21 (ENSPCTG00005011818)	NFIB (ENSPCTG00005011215)	MPDZ (ENSPCTG00005010169)	LURAP1L (ENSPCTG00005010045)	TYRP1 (ENSPCTG00005010004)	ENSPCTG00005009971	ENSPCTG00005009950	ENSPCTG00005009943 ##22	ENSPCTG00005009904 ##22	PTPRD (ENSPCTG00005007163)	DMAC1 (ENSPCTG00005006883)	KDM4C (ENSPCTG00005006836)	ENSPCTG00005006795 #21	ENSPCTG00005006778	GLDC (ENSPCTG00005006582)	UHRF2 (ENSPCTG00005006451)	TPD52L3 (ENSPCTG00005006421)	IL33 (ENSPCTG00005006356)	RANBP6 (ENSPCTG00005006329)	KIAA2026 (ENSPCTG00005006243)	MLANA (ENSPCTG00005006205)	ERMP1 (ENSPCTG00005006142)	RIC1 (ENSPCTG00005006024)
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000158077	ENSGT00940000160862	ENSGT00950000183152.A	ENSGT00970000193372.a.a	ENSGT01100000263512.b.b.a	ENSGT00910000144179.b.a	ENSGT00530000064238	ENSGT00390000007662	ENSGT00940000155463	ENSGT00940000154748.C	ENSGT00940000158080	ENSGT00540000073670	ENSGT00950000182963.b.a	ENSGT00940000164165	ENSGT00940000154164.d	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22	ENSGT00940000159407.m	ENSGT00950000183087.A.a.a.a.b.b.a.a.a.a.b.b	ENSGT00940000157355	ENSGT00940000161181	ENSGT00940000159830	ENSGT00950000183118.A.c.a	ENSGT00940000156341	ENSGT00530000063174.a.i	ENSGT00940000159562	ENSGT00940000155886	ENSGT00940000160729.b	ENSGT01010000222890.b	ENSGT00390000002034.j	ENSGT00950000183163.b	ENSGT00950000182941.b.b
Narwhal	MODERN SPECIES	309	ZRSR2 (ENSMMNG00015020077)	AP1S2 (ENSMMNG00015020114)	ENSMMNG00015020167	GRPR (ENSMMNG00015020179)	ENSMMNG00015020193	CTPS2 (ENSMMNG00015020210)	S100G (ENSMMNG00015020239)	SYAP1 (ENSMMNG00015020254)	TXLNG (ENSMMNG00015020285)	RBBP7 (ENSMMNG00015020317)	REPS2 (ENSMMNG00015010789)	ENSMMNG00015010820	NHS (ENSMMNG00015010825)	ENSMMNG00015010836	RAI2 (ENSMMNG00015010851)	ENSMMNG00015010865 ##22	ENSMMNG00015010874	ENSMMNG00015010891	ENSMMNG00015010922	CDKL5 (ENSMMNG00015010933)	RS1 (ENSMMNG00015010947)	PPEF1 (ENSMMNG00015010972)	PHKA2 (ENSMMNG00015011017)	ADGRG2 (ENSMMNG00015011189)	PDHA1 (ENSMMNG00015011306)	SH3KBP1 (ENSMMNG00015011427)	ENSMMNG00015011582	ENSMMNG00015011595	ENSMMNG00015011610	ENSMMNG00015011630	BCLAF3 (ENSMMNG00015011642)
Beluga whale	DUPLICATION
Beluga whale	MODERN SPECIES	41	ENSDLEG00000020486	AP1S2 (ENSDLEG00000020491)	ENSDLEG00000020497	GRPR (ENSDLEG00000020499)	CTPS2 (ENSDLEG00000020502)	S100G (ENSDLEG00000020514)	SYAP1 (ENSDLEG00000020521)	TXLNG (ENSDLEG00000020525)	RBBP7 (ENSDLEG00000020531)	REPS2 (ENSDLEG00000020540)	ENSDLEG00000020552	ENSDLEG00000020554	NHS (ENSDLEG00000020557)	SCML1 (ENSDLEG00000020562)	RAI2 (ENSDLEG00000020567)	ENSDLEG00000020569 ##22	ENSDLEG00000020574	ENSDLEG00000020579	ENSDLEG00000020586	CDKL5 (ENSDLEG00000020591)	RS1 (ENSDLEG00000020598)	PPEF1 (ENSDLEG00000020612)	PHKA2 (ENSDLEG00000020633)	ADGRG2 (ENSDLEG00000020709)	PDHA1 (ENSDLEG00000020859)	MAP3K15 (ENSDLEG00000020876)	SH3KBP1 (ENSDLEG00000020919)	ENSDLEG00000020966	ENSDLEG00000020970	ENSDLEG00000020972	BCLAF3 (ENSDLEG00000020974)
Beluga whale	MODERN SPECIES	74	BARHL2 (ENSDLEG00000017855)	ZNF644 (ENSDLEG00000017868) #7	ENSDLEG00000017907 #8	CDC7 (ENSDLEG00000017951) #9	TGFBR3 (ENSDLEG00000017988) #10	BRDT (ENSDLEG00000018018) #11	EPHX4 (ENSDLEG00000018093) #12	KIAA1107 (ENSDLEG00000018111) #14	ENSDLEG00000018141	C1orf146 (ENSDLEG00000018154) #16	GLMN (ENSDLEG00000018169) #17	RPAP2 (ENSDLEG00000018190) #18	ENSDLEG00000018217	GFI1 (ENSDLEG00000018240) #19	EVI5 (ENSDLEG00000018305) #20	ENSDLEG00000018375 ##22	FAM69A (ENSDLEG00000018413) #23	MTF2 (ENSDLEG00000018421) #24	TMED5 (ENSDLEG00000018438) #25	CCDC18 (ENSDLEG00000018447) #26	DR1 (ENSDLEG00000018468) #27	FNBP1L (ENSDLEG00000018478)	BCAR3 (ENSDLEG00000018515)	DNTTIP2 (ENSDLEG00000018555)	GCLM (ENSDLEG00000011520)	ABCA4 (ENSDLEG00000011575)	ARHGAP29 (ENSDLEG00000012019)	ENSDLEG00000012053	ABCD3 (ENSDLEG00000012078)	F3 (ENSDLEG00000012154)	ENSDLEG00000012228
Pecora	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	329	GRIN3A (ENSMMSG00000014965)	ENSMMSG00000014982	ENSMMSG00000015055	ENSMMSG00000004340	SMC2 (ENSMMSG00000004365)	ENSMMSG00000004434	ENSMMSG00000004460	OR13C4 (ENSMMSG00000004533)	ENSMMSG00000004554	ENSMMSG00000004589	OR13C3 (ENSMMSG00000004604)	ENSMMSG00000004621	NIPSNAP3A (ENSMMSG00000004648)	ABCA1 (ENSMMSG00000004720)	ENSMMSG00000004980	ENSMMSG00000004999 ##22	SLC44A1 (ENSMMSG00000005038)	FSD1L (ENSMMSG00000005180)	FKTN (ENSMMSG00000005306)	TMEM38B (ENSMMSG00000005394)	ZNF462 (ENSMMSG00000005459)	RAD23B (ENSMMSG00000005506)	ENSMMSG00000005545	ENSMMSG00000005574	ACTL7B (ENSMMSG00000005609)	ACTL7A (ENSMMSG00000005626)	ELP1 (ENSMMSG00000005654)	ABITRAM (ENSMMSG00000005799)	TMEM245 (ENSMMSG00000005877)	FRRS1L (ENSMMSG00000005975)	EPB41L4B (ENSMMSG00000006056)
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Bos	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Cow	MODERN SPECIES	22	HFM1 (ENSBTAG00000020856) #8	CDC7 (ENSBTAG00000016307) #9	TGFBR3 (ENSBTAG00000024269) #10	ENSBTAG00000047443 #11	ENSBTAG00000054884	BRDT (ENSBTAG00000003724) #11	EPHX4 (ENSBTAG00000005805) #12	ENSBTAG00000040248 #13	BTBD8 (ENSBTAG00000006167) #14	C3H1orf146 (ENSBTAG00000027936) #16	GLMN (ENSBTAG00000018737) #17	RPAP2 (ENSBTAG00000018739) #18	GFI1 (ENSBTAG00000016723) #19	ENSBTAG00000055274	EVI5 (ENSBTAG00000011363) #20	RPL5 (ENSBTAG00000002026) ##22	DIPK1A (ENSBTAG00000002028) #23	MTF2 (ENSBTAG00000001393) #24	TMED5 (ENSBTAG00000020180) #25	CCDC18 (ENSBTAG00000027321) #26	DR1 (ENSBTAG00000008737) #27	FNBP1L (ENSBTAG00000004383)	BCAR3 (ENSBTAG00000003245)	DNTTIP2 (ENSBTAG00000047679)	GCLM (ENSBTAG00000007842)	ABCA4 (ENSBTAG00000018010)	ARHGAP29 (ENSBTAG00000004190)	ABCD3 (ENSBTAG00000009698)	F3 (ENSBTAG00000007101)	SLC44A3 (ENSBTAG00000020344)	CNN3 (ENSBTAG00000020345)
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Glires	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Murinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Rat	MODERN SPECIES	5	Hfm1 (ENSRNOG00000023299) #8	LOC690138 (ENSRNOG00000064883)	Cdc7 (ENSRNOG00000002105) #9	Tgfbr3 (ENSRNOG00000002093) #10	Brdt (ENSRNOG00000002073) #11	Ephx4 (ENSRNOG00000023389) #12	Lpcat2b (ENSRNOG00000055849) #13	Btbd8 (ENSRNOG00000023446) #14	C14h1orf146 (ENSRNOG00000047876) #16	Glmn (ENSRNOG00000002054) #17	Rpap2 (ENSRNOG00000023484) #18	Gfi1 (ENSRNOG00000002042) #19	Ube2d2b (ENSRNOG00000063388) #21	LOC108352688 (ENSRNOG00000068623)	Evi5 (ENSRNOG00000002039) #20	Rpl5 (ENSRNOG00000023529) ##22	Dipk1a (ENSRNOG00000023533) #23	Mtf2 (ENSRNOG00000000075) #24	Tmed5 (ENSRNOG00000000073) #25	Ccdc18 (ENSRNOG00000024545) #26	Dr1 (ENSRNOG00000000070) #27	Pigg (ENSRNOG00000071170) #28	Pde6b (ENSRNOG00000000065) #30	Atp5me (ENSRNOG00000000064)	Slc49a3 (ENSRNOG00000023937) #32	Pcgf3 (ENSRNOG00000000062) #33	Gak (ENSRNOG00000000048) #35	Tmem175 (ENSRNOG00000000044) #36	Dgkq (ENSRNOG00000024112) #37	Slc26a1 (ENSRNOG00000000041)	Idua (ENSRNOG00000000043)
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Chinese hamster chok1gshd	DUPLICATION
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	382	Filip1l (ENSCGRG00001003026)	Cmss1 (ENSCGRG00001014305)	Tmem30c (ENSCGRG00001015445)	Tbc1d23 (ENSCGRG00001019647)	Nit2 (ENSCGRG00001001825)	Tomm70a (ENSCGRG00001000173)	Tmem45a2 (ENSCGRG00001024534)	Lnp1 (ENSCGRG00001009736)	Tmem45a (ENSCGRG00001021822)	Adgrg7 (ENSCGRG00001013638)	Tfg (ENSCGRG00001024888)	Abi3bp (ENSCGRG00001017174)	ENSCGRG00001014060	ENSCGRG00001003813	Impg2 (ENSCGRG00001007680)	ENSCGRG00001011976 ##22	Senp7 (ENSCGRG00001015956)	Trmt10c (ENSCGRG00001006603)	ENSCGRG00001000257	Zbtb11 (ENSCGRG00001022421)	ENSCGRG00001015975	Cep97 (ENSCGRG00001015516)	Nxpe3 (ENSCGRG00001022052)	Nfkbiz (ENSCGRG00001019170)	Zpld1 (ENSCGRG00001020815)	ENSCGRG00001017751	ENSCGRG00001007203	Alcam (ENSCGRG00001015144)	Cblb (ENSCGRG00001018230)	Ccdc54 (ENSCGRG00001004337)	ENSCGRG00001007688
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	175	ENSCGRG00001008958	ENSCGRG00001003715	Egfl6 (ENSCGRG00001017595)	Tceanc (ENSCGRG00001005594)	ENSCGRG00001010266	Rab9 (ENSCGRG00001010235)	Trappc2 (ENSCGRG00001017361)	ENSCGRG00001008304	Ofd1 (ENSCGRG00001010406)	Gpm6b (ENSCGRG00001018473)	Gemin8 (ENSCGRG00001012561)	ENSCGRG00001007561	Glra2 (ENSCGRG00001022991)	Fancb (ENSCGRG00001004555)	Mospd2 (ENSCGRG00001022211)	ENSCGRG00001017069 ##22	Asb9 (ENSCGRG00001009823)	Asb11 (ENSCGRG00001003893)	Piga (ENSCGRG00001018246)	Vegfd (ENSCGRG00001012900)	Pir (ENSCGRG00001022899)	Bmx (ENSCGRG00001015072)	Ace2 (ENSCGRG00001000072)	Cltrn (ENSCGRG00001020285)
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Prairie vole	MODERN SPECIES	352	Snrpd3 (ENSMOCG00000009361)	Gucd1 (ENSMOCG00000008085)	Upb1 (ENSMOCG00000004437)	ENSMOCG00000002560	Adora2a (ENSMOCG00000017735)	Specc1l (ENSMOCG00000005316)	Bcr (ENSMOCG00000020282)	Rab36 (ENSMOCG00000004529)	Gnaz (ENSMOCG00000001656)	Rsph14 (ENSMOCG00000022421)	Pcdh15 (ENSMOCG00000020866)	ENSMOCG00000014966	Zwint (ENSMOCG00000004585)	Ipmk (ENSMOCG00000022528)	Cisd1 (ENSMOCG00000020184)	ENSMOCG00000018182 ##22	Ube2d1 (ENSMOCG00000017517)	Tfam (ENSMOCG00000014572)	Bicc1 (ENSMOCG00000020143)	Phyhipl (ENSMOCG00000016827)	Fam13c (ENSMOCG00000013312)	Slc16a9 (ENSMOCG00000012040)	Ccdc6 (ENSMOCG00000003461)	ENSMOCG00000022981	Cdk1 (ENSMOCG00000021938)	ENSMOCG00000020164	ENSMOCG00000019496	Tmem26 (ENSMOCG00000017064)	Cabcoco1 (ENSMOCG00000022800)	Arid5b (ENSMOCG00000021546)	Rtkn2 (ENSMOCG00000017986)
Northern American deer mouse	DUPLICATION
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	14	ENSPEMG00000030202	Lratd1 (ENSPEMG00000027364)	Nbas (ENSPEMG00000000126)	Ddx1 (ENSPEMG00000016389)	ENSPEMG00000027724	Mycn (ENSPEMG00000014767)	Cyria (ENSPEMG00000025578)	ENSPEMG00000027568	Vsnl1 (ENSPEMG00000028838)	ENSPEMG00000024461	Gen1 (ENSPEMG00000001855)	Msgn1 (ENSPEMG00000007522)	ENSPEMG00000007987	Kcns3 (ENSPEMG00000011462)	ENSPEMG00000025389	ENSPEMG00000000184 ##22	Rdh14 (ENSPEMG00000018416)	Nt5c1b (ENSPEMG00000013187)	Osr1 (ENSPEMG00000008344)	Ttc32 (ENSPEMG00000027871)	Wdr35 (ENSPEMG00000004790)	Matn3 (ENSPEMG00000017106)	Laptm4a (ENSPEMG00000015789)	Sdc1 (ENSPEMG00000010998)	ENSPEMG00000024635	Pum2 (ENSPEMG00000008357)	Slc7a15 (ENSPEMG00000009942)	Rhob (ENSPEMG00000013485)	Hs1bp3 (ENSPEMG00000001400)	ENSPEMG00000019039	Apob (ENSPEMG00000018913)
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	12	Vps13b (ENSPEMG00000021894)	ENSPEMG00000023434	Rgs22 (ENSPEMG00000001987)	Fbxo43 (ENSPEMG00000009599)	ENSPEMG00000012015	Spag1 (ENSPEMG00000010823)	Rnf19a (ENSPEMG00000010959)	ENSPEMG00000026775	Ankrd46 (ENSPEMG00000028516)	Snx31 (ENSPEMG00000012435)	ENSPEMG00000014998	ENSPEMG00000021714	Zfp706 (ENSPEMG00000027958)	Grhl2 (ENSPEMG00000010802)	Ncald (ENSPEMG00000027351)	ENSPEMG00000014682 ##22	Rrm2b (ENSPEMG00000008451)	Ubr5 (ENSPEMG00000020823)	Odf1 (ENSPEMG00000023346)	ENSPEMG00000025191	Klf10 (ENSPEMG00000007722)	Azin1 (ENSPEMG00000021239)	Atp6v1c1 (ENSPEMG00000020452)	Fzd6 (ENSPEMG00000021530)	Cthrc1 (ENSPEMG00000016828)	Slc25a32 (ENSPEMG00000000366)	Dcaf13 (ENSPEMG00000011958)	Rims2 (ENSPEMG00000019463)	Dcstamp (ENSPEMG00000007166)	Dpys (ENSPEMG00000019656)	Lrp12 (ENSPEMG00000008441)
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT00940000158764	ENSGT00940000163226	ENSGT00940000156091.b	ENSGT00390000011581	ENSGT00940000153776.a.b	ENSGT00940000159708	ENSGT00940000155448	ENSGT00940000155326	ENSGT00940000158986	ENSGT01030000234633.B.b	ENSGT00940000160046	ENSGT00950000182893.a.a.b	ENSGT00940000158901	ENSGT00940000155006	ENSGT00940000160486	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22	ENSGT00940000156142	ENSGT00940000158405	ENSGT00940000154090.b	ENSGT00720000108866	ENSGT00490000043380	ENSGT00390000018723	ENSGT00700000104550.a	ENSGT00940000175704	ENSGT01100000263545.a.a.b	ENSGT01100000263545.a.a.a	ENSGT00940000161174	ENSGT01050000244866.B	ENSGT00950000183094.b.a	ENSGT00390000009748	ENSGT00940000159381
Squirrel	MODERN SPECIES	161									CHD6 (ENSSTOG00000013382)	EMILIN3 (ENSSTOG00000025638)	LPIN3 (ENSSTOG00000025742)	ZHX3 (ENSSTOG00000011674)	PLCG1 (ENSSTOG00000011653)	TOP1 (ENSSTOG00000006028)	MAFB (ENSSTOG00000029174)	ENSSTOG00000030049 ##22	DHX35 (ENSSTOG00000002005)	FAM83D (ENSSTOG00000001992)	PPP1R16B (ENSSTOG00000001981)	ACTR5 (ENSSTOG00000001969)	SLC32A1 (ENSSTOG00000026679)	ADIG (ENSSTOG00000029991)	RALGAPB (ENSSTOG00000012050)	LBP (ENSSTOG00000012025)	BPI (ENSSTOG00000012013)	KIAA1755 (ENSSTOG00000022602)	TGM2 (ENSSTOG00000011992)	RPRD1B (ENSSTOG00000012658)	TTI1 (ENSSTOG00000028456)	VSTM2L (ENSSTOG00000010010)	CTNNBL1 (ENSSTOG00000000179)
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	24	GTSF1L (ENSUPAG00010001233)	MYBL2 (ENSUPAG00010001240)	IFT52 (ENSUPAG00010001265)	SGK2 (ENSUPAG00010001287)	L3MBTL1 (ENSUPAG00010001356)	ENSUPAG00010001491	ENSUPAG00010001503	PTPRT (ENSUPAG00010001533)	CHD6 (ENSUPAG00010002013)	EMILIN3 (ENSUPAG00010002135)	LPIN3 (ENSUPAG00010002149)	ZHX3 (ENSUPAG00010002229)	PLCG1 (ENSUPAG00010002241)	TOP1 (ENSUPAG00010002274)	MAFB (ENSUPAG00010002307)	ENSUPAG00010002311 ##22	DHX35 (ENSUPAG00010002331)	FAM83D (ENSUPAG00010002418)	PPP1R16B (ENSUPAG00010002431)	ACTR5 (ENSUPAG00010002443)	SLC32A1 (ENSUPAG00010002461)	ADIG (ENSUPAG00010002464)	RALGAPB (ENSUPAG00010002469)	ENSUPAG00010002600	LBP (ENSUPAG00010002610)	BPI (ENSUPAG00010002630)	KIAA1755 (ENSUPAG00010002728)	TGM2 (ENSUPAG00010002771)	RPRD1B (ENSUPAG00010002782)	TTI1 (ENSUPAG00010002813)	ENSUPAG00010002822
Eurasian red squirrel	DUPLICATION
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES		LRRC42 (ENSSVLG00005002048)	IFT25 (ENSSVLG00005002029)	DIO1 (ENSSVLG00005001977)	YIPF1 (ENSSVLG00005001948)	NDC1 (ENSSVLG00005001920)	GLIS1 (ENSSVLG00005001890)	DMRTB1 (ENSSVLG00005001863)	ENSSVLG00005001849	LRP8 (ENSSVLG00005001262)	MAGOH (ENSSVLG00005000778)	CZIB (ENSSVLG00005000753)	CPT2 (ENSSVLG00005000722)	SLC1A7 (ENSSVLG00005000679)	PODN (ENSSVLG00005000648)	ENSSVLG00005000618	ENSSVLG00005000593 ##22	SCP2 (ENSSVLG00005000507)	ENSSVLG00005000425	ECHDC2 (ENSSVLG00005000395)	ZYG11A (ENSSVLG00005000332)	ENSSVLG00005000308	COA7 (ENSSVLG00005000295)	SHISAL2A (ENSSVLG00005000179)	ENSSVLG00005020075	GPX7 (ENSSVLG00005019992)	TUT4 (ENSSVLG00005019510)	PRPF38A (ENSSVLG00005019181)	ORC1 (ENSSVLG00005018995)	CC2D1B (ENSSVLG00005018179)	ZFYVE9 (ENSSVLG00005017916)	BTF3L4 (ENSSVLG00005017708)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	9	GDE1 (ENSSVLG00005023148)	ENSSVLG00005022319	TMC7 (ENSSVLG00005021921)	COQ7 (ENSSVLG00005021805)	ITPRIPL2 (ENSSVLG00005021781)	SYT17 (ENSSVLG00005021608)	CLEC19A (ENSSVLG00005021487)	ENSSVLG00005021466	SMG1 (ENSSVLG00005020788)	ENSSVLG00005020608	ENSSVLG00005020538	XYLT1 (ENSSVLG00005020426)	ENSSVLG00005020368	ABCC6 (ENSSVLG00005019797)	ABCC1 (ENSSVLG00005019485)	ENSSVLG00005019257 ##22	CEP20 (ENSSVLG00005019145)	MYH11 (ENSSVLG00005017413)	NDE1 (ENSSVLG00005017135)	MARF1 (ENSSVLG00005025534)	BMERB1 (ENSSVLG00005025517)	MPV17L (ENSSVLG00005025505)	PDXDC1 (ENSSVLG00005025473)	NTAN1 (ENSSVLG00005025426)	ENSSVLG00005025410	RRN3 (ENSSVLG00005025398)	PLA2G10 (ENSSVLG00005025385)	BFAR (ENSSVLG00005025363)	PARN (ENSSVLG00005025296)	ENSSVLG00005025251	MRTFB (ENSSVLG00005025237)
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Naked mole-rat female	DUPLICATION
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	25	CNOT7 (ENSHGLG00000006898)	VPS37A (ENSHGLG00000006804)	MTMR7 (ENSHGLG00000003694)	ENSHGLG00000048013	SLC7A2 (ENSHGLG00000003793)	ENSHGLG00000004691	ENSHGLG00000008140	ENSHGLG00000034996	ENSHGLG00000049554	ENSHGLG00000010360	ENSHGLG00000006285	ENSHGLG00000005601	ENSHGLG00000041638	ENSHGLG00000020286	ENSHGLG00000031886	ENSHGLG00000007210 ##22	ENSHGLG00000039811	ENSHGLG00000006140	ENSHGLG00000004099	ENSHGLG00000003669	ENSHGLG00000003591	ENSHGLG00000008969	ENSHGLG00000048857	ENSHGLG00000009226	ENSHGLG00000006831	ENSHGLG00000032253	ENSHGLG00000041964	F11 (ENSHGLG00000003322)	KLKB1 (ENSHGLG00000015600)	CYP4V2 (ENSHGLG00000046450)	FAM149A (ENSHGLG00000015518)
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	11	ENSHGLG00000046121	MYH7 (ENSHGLG00000002052)	MYH6 (ENSHGLG00000002518)	ENSHGLG00000038351	IL25 (ENSHGLG00000018982)	EFS (ENSHGLG00000006932)	SLC22A17 (ENSHGLG00000008654)	ENSHGLG00000002927	BCL2L2 (ENSHGLG00000003433)	HOMEZ (ENSHGLG00000004788)	PPP1R3E (ENSHGLG00000040376)	ENSHGLG00000001239	PAX9 (ENSHGLG00000002029)	NKX2-8 (ENSHGLG00000001507)	NKX2-1 (ENSHGLG00000035457)	ENSHGLG00000045119 ##22	ENSHGLG00000001972	ENSHGLG00000041160	ENSHGLG00000046807	ENSHGLG00000000299	ENSHGLG00000000511	RALGAPA1 (ENSHGLG00000001193)	INSM2 (ENSHGLG00000049957)	NFKBIA (ENSHGLG00000034266)	ENSHGLG00000000520	PRORP (ENSHGLG00000001372)	ENSHGLG00000002301	FAM177A1 (ENSHGLG00000045828)	SRP54 (ENSHGLG00000002850)	ENSHGLG00000000845	BAZ1A (ENSHGLG00000007236)
Primates	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	493												C12orf50 (ENSPCOG00000016306)	C12orf29 (ENSPCOG00000010284)	CEP290 (ENSPCOG00000020072)	TMTC3 (ENSPCOG00000018547)	ENSPCOG00000022957 ##22	KITLG (ENSPCOG00000023143)
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	3050								CCDC195 (ENSRROG00000037146)	CUL3 (ENSRROG00000020617)	FAM124B (ENSRROG00000032916)	SERPINE2 (ENSRROG00000040515)	MRPL44 (ENSRROG00000032230)	WDFY1 (ENSRROG00000037667)	ENSRROG00000028651	AP1S3 (ENSRROG00000031051)	ENSRROG00000029058 ##22
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Olive baboon	MODERN SPECIES		DENND1B (ENSPANG00000010604)	CRB1 (ENSPANG00000006812)	ENSPANG00000043489	ZBTB41 (ENSPANG00000012545)	ASPM (ENSPANG00000018539)	F13B (ENSPANG00000021908)	CFHR5 (ENSPANG00000012829)	CFH (ENSPANG00000012544)	KCNT2 (ENSPANG00000006548)	ENSPANG00000048972	ENSPANG00000039696	ENSPANG00000037027	ENSPANG00000004629	ENSPANG00000041853	ENSPANG00000039937	ENSPANG00000033273 ##22	ENSPANG00000044682	CDC73 (ENSPANG00000003571)	B3GALT2 (ENSPANG00000017876)	GLRX2 (ENSPANG00000033373)	RO60 (ENSPANG00000000341)	UCHL5 (ENSPANG00000021345)	RGS2 (ENSPANG00000020299)	RGS13 (ENSPANG00000038097)	RGS1 (ENSPANG00000047099)	RGS21 (ENSPANG00000044445)	RGS18 (ENSPANG00000044600)	ENSPANG00000040742	BRINP3 (ENSPANG00000016771)	ENSPANG00000005100	ENSPANG00000046277
Macaca	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	119	BTBD8 (ENSMNEG00000038289) #14	C1orf146 (ENSMNEG00000045551) #16	GLMN (ENSMNEG00000037105) #17	RPAP2 (ENSMNEG00000037979) #18	GFI1 (ENSMNEG00000036338) #19	EVI5 (ENSMNEG00000015327) #20	DIPK1A (ENSMNEG00000030760) #23	ENSMNEG00000044138 ##22	ENSMNEG00000030641	MTF2 (ENSMNEG00000007161) #24	TMED5 (ENSMNEG00000035141) #25	CCDC18 (ENSMNEG00000038359) #26	DR1 (ENSMNEG00000028696) #27	FNBP1L (ENSMNEG00000043720)	BCAR3 (ENSMNEG00000039069)	ENSMNEG00000015935 ##22	ENSMNEG00000041699	GCLM (ENSMNEG00000044117)	ABCA4 (ENSMNEG00000032250)	ARHGAP29 (ENSMNEG00000032154)	ABCD3 (ENSMNEG00000032671)	F3 (ENSMNEG00000032837)	ENSMNEG00000016707	SLC44A3 (ENSMNEG00000035323)	CNN3 (ENSMNEG00000038784)	ALG14 (ENSMNEG00000040144)	TLCD4 (ENSMNEG00000038599)	RWDD3 (ENSMNEG00000035030)	PTBP2 (ENSMNEG00000040081)	DPYD (ENSMNEG00000028972)	SNX7 (ENSMNEG00000030917)
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES		LHX9 (ENSMFAG00000037285)	C1orf53 (ENSMFAG00000058672)	ENSMFAG00000050075	DENND1B (ENSMFAG00000040708)	ENSMFAG00000059753	CRB1 (ENSMFAG00000037248)	ZBTB41 (ENSMFAG00000042390)	ASPM (ENSMFAG00000044554)	F13B (ENSMFAG00000038280)	CFHR5 (ENSMFAG00000033730)	ENSMFAG00000035708	CFH (ENSMFAG00000039896)	KCNT2 (ENSMFAG00000030817)	ENSMFAG00000039121	ENSMFAG00000031828	ENSMFAG00000030333 ##22	B3GALT2 (ENSMFAG00000030327)	CDC73 (ENSMFAG00000042168)	RO60 (ENSMFAG00000016020)	ENSMFAG00000058552	UCHL5 (ENSMFAG00000038349)	RGS2 (ENSMFAG00000033433)	RGS13 (ENSMFAG00000033037)	RGS1 (ENSMFAG00000036716)	RGS21 (ENSMFAG00000060899)	RGS18 (ENSMFAG00000059808)	SKP1 (ENSMFAG00000052365)	BRINP3 (ENSMFAG00000045708)	ENSMFAG00000060456	ENSMFAG00000048586	PLA2G4A (ENSMFAG00000043784)
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000002560	ENSGT00390000015127	ENSGT00550000074794	ENSGT00940000162785	ENSGT00520000059630	ENSGT00390000008829	ENSGT00940000155161	ENSGT00390000013877	ENSGT01030000234618.B	ENSGT00940000159554	ENSGT00940000157967	ENSGT00940000157143	ENSGT00940000154611	ENSGT00390000016470.c.a	ENSGT00390000015663	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22	ENSGT00940000160553	ENSGT00620000089392	ENSGT00940000157761	ENSGT00920000149161.f	ENSGT00940000158543	ENSGT00390000003140.A	ENSGT00940000160314	ENSGT00940000160138	ENSGT00940000162916	ENSGT00940000157702	ENSGT00390000009002	ENSGT00390000011962	ENSGT00940000155091	ENSGT00940000154079.a	ENSGT00950000182951.B
Mas night monkey	DUPLICATION
Mas night monkey	MODERN SPECIES	1256	TEX50 (ENSANAG00000031700)	ANKRD45 (ENSANAG00000019291)	KLHL20 (ENSANAG00000037697)	CENPL (ENSANAG00000036699)	DARS2 (ENSANAG00000021693)	ZBTB37 (ENSANAG00000023587)	SERPINC1 (ENSANAG00000036912)	RC3H1 (ENSANAG00000036716)	ENSANAG00000034491	ENSANAG00000036425	GPR52 (ENSANAG00000009555)	ENSANAG00000024185	ENSANAG00000028792	ENSANAG00000036621	MRPS14 (ENSANAG00000036400)	ENSANAG00000029880 ##22	TNN (ENSANAG00000036010)	TNR (ENSANAG00000024953)	COP1 (ENSANAG00000020761)	PAPPA2 (ENSANAG00000033913)	ASTN1 (ENSANAG00000027274)	BRINP2 (ENSANAG00000038503)	SEC16B (ENSANAG00000028432)	ENSANAG00000024902	ENSANAG00000008428	ENSANAG00000018433	RASAL2 (ENSANAG00000035643)	CLEC20A (ENSANAG00000020097)	TEX35 (ENSANAG00000019449)	ANGPTL1 (ENSANAG00000030589)	RALGPS2 (ENSANAG00000038525)
Mas night monkey	MODERN SPECIES	499																ENSANAG00000036152 ##22	ENSANAG00000024592	BCL2L11 (ENSANAG00000020842)	ENSANAG00000034790	ENSANAG00000031135	ANAPC1 (ENSANAG00000007726)	MERTK (ENSANAG00000035117)	ENSANAG00000027730	ENSANAG00000035964	ENSANAG00000035684	ENSANAG00000021186	ENSANAG00000026452
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000002560	ENSGT00390000015127	ENSGT00550000074794	ENSGT00940000162785	ENSGT00520000059630	ENSGT00390000008829	ENSGT00940000155161	ENSGT00390000013877	ENSGT01030000234618.B	ENSGT00940000159554	ENSGT00940000157967	ENSGT00940000157143	ENSGT00940000154611	ENSGT00390000016470.c.a	ENSGT00390000015663	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22	ENSGT00940000160553	ENSGT00620000089392	ENSGT00940000157761	ENSGT00920000149161.f	ENSGT00940000158543	ENSGT00390000003140.A	ENSGT00940000160314	ENSGT00940000160138	ENSGT00940000162916	ENSGT00940000157702	ENSGT00390000009002	ENSGT00390000011962	ENSGT00940000155091	ENSGT00940000154079.a	ENSGT00950000182951.B
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000002560	ENSGT00390000015127	ENSGT00550000074794	ENSGT00940000162785	ENSGT00520000059630	ENSGT00390000008829	ENSGT00940000155161	ENSGT00390000013877	ENSGT01030000234618.B	ENSGT00940000159554	ENSGT00940000157967	ENSGT00940000157143	ENSGT00940000154611	ENSGT00390000016470.c.a	ENSGT00390000015663	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22	ENSGT00940000160553	ENSGT00940000157761	ENSGT00920000149161.f.a	ENSGT00940000158543	ENSGT00390000003140.A	ENSGT00940000160314	ENSGT00940000160138	ENSGT00910000146979	ENSGT00940000157702	ENSGT00390000009002	ENSGT00390000011962	ENSGT00940000155091	ENSGT00940000154079.a	ENSGT00940000153375.kb.b	ENSGT00950000182951.B
Capuchin	MODERN SPECIES	222									ENSCCAG00000029668	ENSCCAG00000024265	MALL (ENSCCAG00000034204)	NPHP1 (ENSCCAG00000037228)	ENSCCAG00000034152	ENSCCAG00000025724	BUB1 (ENSCCAG00000033584)	ENSCCAG00000031334 ##22	BCL2L11 (ENSCCAG00000022650)	ENSCCAG00000016654	ANAPC1 (ENSCCAG00000024583)	MERTK (ENSCCAG00000026739)	TMEM87B (ENSCCAG00000031687)	FBLN7 (ENSCCAG00000031423)	ENSCCAG00000019771	ENSCCAG00000019984	ENSCCAG00000037584	TTL (ENSCCAG00000029632)	POLR1B (ENSCCAG00000035252)	CHCHD5 (ENSCCAG00000032057)	SLC20A1 (ENSCCAG00000030266)	CKAP2L (ENSCCAG00000002489)	IL1A (ENSCCAG00000035876)
Bolivian squirrel monkey	DUPLICATION
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	55	TNFSF4 (ENSSBOG00000026040)	ENSSBOG00000028872	SLC9C2 (ENSSBOG00000020366)	TEX50 (ENSSBOG00000009572)	ANKRD45 (ENSSBOG00000035742)	KLHL20 (ENSSBOG00000028329)	CENPL (ENSSBOG00000022675)	DARS2 (ENSSBOG00000023515)	ZBTB37 (ENSSBOG00000019613)	SERPINC1 (ENSSBOG00000023213)	RC3H1 (ENSSBOG00000010664)	ENSSBOG00000019207	RABGAP1L (ENSSBOG00000020228)	ENSSBOG00000020859	MRPS14 (ENSSBOG00000020487)	ENSSBOG00000024419 ##22	TNN (ENSSBOG00000024049)	TNR (ENSSBOG00000024041)	COP1 (ENSSBOG00000029509)	PAPPA2 (ENSSBOG00000021098)	ASTN1 (ENSSBOG00000034330)	BRINP2 (ENSSBOG00000033541)	SEC16B (ENSSBOG00000022359)	ENSSBOG00000034883	RASAL2 (ENSSBOG00000025004)	CLEC20A (ENSSBOG00000017566)	TEX35 (ENSSBOG00000028682)	ANGPTL1 (ENSSBOG00000023008)	RALGPS2 (ENSSBOG00000026664)	ENSSBOG00000036239	FAM20B (ENSSBOG00000028709)
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	61	ENSSBOG00000018440	CRIPT (ENSSBOG00000032153)	SOCS5 (ENSSBOG00000017209)	ENSSBOG00000020881	MCFD2 (ENSSBOG00000022762)	TTC7A (ENSSBOG00000029390)	STPG4 (ENSSBOG00000001933)	CALM2 (ENSSBOG00000020084)	ENSSBOG00000031605	MALL (ENSSBOG00000035422)	NPHP1 (ENSSBOG00000022290)	ENSSBOG00000028061	ENSSBOG00000029824	BUB1 (ENSSBOG00000034999)	ENSSBOG00000018392	ENSSBOG00000028828 ##22	ACOXL (ENSSBOG00000022933)	BCL2L11 (ENSSBOG00000027665)	ENSSBOG00000030512	ANAPC1 (ENSSBOG00000026095)
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Tenrec	MODERN SPECIES	14034																ENSETEG00000002106 ##22
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a ##22
Elephant	MODERN SPECIES	526	CDC20B (ENSLAFG00000008320)	GZMA (ENSLAFG00000002378)	ENSLAFG00000027700	GZMK (ENSLAFG00000002376)	ESM1 (ENSLAFG00000016539)	ENSLAFG00000027421	SNX18 (ENSLAFG00000009231)	HSPB3 (ENSLAFG00000031465)	ENSLAFG00000015151	FST (ENSLAFG00000010749)	MOCS2 (ENSLAFG00000022830)	ITGA2 (ENSLAFG00000018218)	ITGA1 (ENSLAFG00000015039)	PELO (ENSLAFG00000020551)	ISL1 (ENSLAFG00000017758)	ENSLAFG00000027040 ##22	PARP8 (ENSLAFG00000004352)	ENSLAFG00000016868	HCN1 (ENSLAFG00000001571)	MRPS30 (ENSLAFG00000005809)	FGF10 (ENSLAFG00000017113)	NNT (ENSLAFG00000010443)	PAIP1 (ENSLAFG00000012827)	C5orf34 (ENSLAFG00000006538)	CCL28 (ENSLAFG00000027693)	HMGCS1 (ENSLAFG00000017986)	NIM1K (ENSLAFG00000031346)	ZNF131 (ENSLAFG00000004927)	ENSLAFG00000000549	ENSLAFG00000028858	ENSLAFG00000020651