Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 #7 ENSGT00550000074822 #8 ENSGT00550000075011 #9 ENSGT00530000063861.b.b #10 ENSGT00940000154549.a #12 ENSGT00940000156233 #13 ENSGT01030000234574.A.b.a.b #14 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #19 ENSGT00940000156166.a #20 ENSGT00940000153846.a.a #21 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #24 ENSGT00940000155468 #25 ENSGT00940000153190.A #26 ENSGT00550000075010 #27 ENSGT00950000183047.c.b #28 ENSGT00940000154130.a.a.b #29 ENSGT00510000048142 #30 ENSGT00510000047658 #31 ENSGT00940000155624.b #32 ENSGT00950000183110.b.b #33 ENSGT00950000182955.a.a.a #34 ENSGT00390000012668 #35 ENSGT00940000160336 #36 ENSGT00940000154539.b #37 Suina DUPLICATION Suina ANCESTRAL SPECIES 32 ENSGT00530000063777.b ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 #7 ENSGT00550000074822 #8 ENSGT00550000075011 #9 ENSGT00530000063861.b.b #10 ENSGT00940000154549.a #12 ENSGT00940000156233 #13 ENSGT01030000234574.A.b.a.b #14 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #19 ENSGT00940000156166.a #20 ENSGT00940000153846.a.a #21 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.c #22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #24 ENSGT00940000155468 #25 ENSGT00940000153190.A #26 ENSGT00550000075010 #27 ENSGT00950000183047.c.b #28 ENSGT00940000154130.a.a.b #29 ENSGT00510000048142 #30 ENSGT00510000047658 #31 ENSGT00940000155624.b #32 ENSGT00950000183110.b.b #33 ENSGT00950000182955.a.a.a #34 ENSGT00390000012668 #35 ENSGT00940000160336 #36 ENSGT00940000154539.b #37 Pig MODERN SPECIES 12 ZNF644 (ENSSSCG00000022534) #7 HFM1 (ENSSSCG00000006912) #8 CDC7 (ENSSSCG00000027251) #9 TGFBR3 (ENSSSCG00000006911) #10 ENSSSCG00000060249 #11 BRDT (ENSSSCG00000023654) #12 EPHX4 (ENSSSCG00000032057) #13 ENSSSCG00000056240 #14 BTBD8 (ENSSSCG00000035196) #15 C1orf146 (ENSSSCG00000042806) #16 GLMN (ENSSSCG00000006904) #17 ENSSSCG00000057775 #18 RPAP2 (ENSSSCG00000006903) #19 GFI1 (ENSSSCG00000006902) #20 EVI5 (ENSSSCG00000006901) #21 RPL5 (ENSSSCG00000006899) #22 DIPK1A (ENSSSCG00000006900) #23 MTF2 (ENSSSCG00000006898) #24 TMED5 (ENSSSCG00000040439) #25 CCDC18 (ENSSSCG00000006897) #26 DR1 (ENSSSCG00000028310) #27 FNBP1L (ENSSSCG00000006894) #28 BCAR3 (ENSSSCG00000006893) #29 DNTTIP2 (ENSSSCG00000006892) #30 GCLM (ENSSSCG00000037549) #31 ABCA4 (ENSSSCG00000006890) #32 ARHGAP29 (ENSSSCG00000006889) #33 ABCD3 (ENSSSCG00000028620) #34 F3 (ENSSSCG00000022447) #35 SLC44A3 (ENSSSCG00000006888) #36 CNN3 (ENSSSCG00000006887) #37 Chacoan peccary MODERN SPECIES 216 ZNF326 (ENSCWAG00000013237) BARHL2 (ENSCWAG00000013191) ZNF644 (ENSCWAG00000013112) #7 HFM1 (ENSCWAG00000013030) #8 CDC7 (ENSCWAG00000012921) #9 TGFBR3 (ENSCWAG00000012734) #10 BRDT (ENSCWAG00000012178) #12 EPHX4 (ENSCWAG00000012061) #13 ENSCWAG00000012040 #14 BTBD8 (ENSCWAG00000011706) #15 C1orf146 (ENSCWAG00000011626) #16 GLMN (ENSCWAG00000011447) #17 RPAP2 (ENSCWAG00000011301) #19 GFI1 (ENSCWAG00000011229) #20 EVI5 (ENSCWAG00000010914) #21 ENSCWAG00000010805 #22 DIPK1A (ENSCWAG00000010717) #23 MTF2 (ENSCWAG00000010620) #24 TMED5 (ENSCWAG00000010568) #25 CCDC18 (ENSCWAG00000010526) #26 DR1 (ENSCWAG00000010484) #27 FNBP1L (ENSCWAG00000010376) #28 ENSCWAG00000010352 BCAR3 (ENSCWAG00000010282) #29 DNTTIP2 (ENSCWAG00000010220) #30 GCLM (ENSCWAG00000010130) #31 ABCA4 (ENSCWAG00000008954) #32 ARHGAP29 (ENSCWAG00000008826) #33 ABCD3 (ENSCWAG00000008698) #34 F3 (ENSCWAG00000008610) #35 SLC44A3 (ENSCWAG00000008028) #36 Suina ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.d ##22 Pig MODERN SPECIES ENSSSCG00000041158 ENSSSCG00000061513 ENSSSCG00000045942 ENSSSCG00000049462 MYO5B (ENSSSCG00000004511) ACAA2 (ENSSSCG00000004510) LIPG (ENSSSCG00000004509) ENSSSCG00000035007 C18orf32 (ENSSSCG00000034415) DYM (ENSSSCG00000004508) SMAD7 (ENSSSCG00000004507) CTIF (ENSSSCG00000004506) ZBTB7C (ENSSSCG00000028076) SMAD2 (ENSSSCG00000004505) SKOR2 (ENSSSCG00000005767) ENSSSCG00000039669 ##22 IER3IP1 (ENSSSCG00000060420) HDHD2 (ENSSSCG00000005771) KATNAL2 (ENSSSCG00000022643) PIAS2 (ENSSSCG00000034730) ST8SIA5 (ENSSSCG00000032053) LOXHD1 (ENSSSCG00000004503) RNF165 (ENSSSCG00000004502) C18orf25 (ENSSSCG00000004500) HAUS1 (ENSSSCG00000004498) ATP5F1A (ENSSSCG00000004499) PSTPIP2 (ENSSSCG00000060601) EPG5 (ENSSSCG00000021072) SIGLEC15 (ENSSSCG00000004493) SLC14A1 (ENSSSCG00000004492) ENSSSCG00000004491 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 #7 ENSGT00550000074822 #8 ENSGT00550000075011 #9 ENSGT00530000063861.b.b #10 ENSGT00940000154549.a #12 ENSGT00940000156233 #13 ENSGT01030000234574.A.b.a.b #14 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #19 ENSGT00940000156166.a #20 ENSGT00940000153846.a.a #21 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #24 ENSGT00940000155468 #25 ENSGT00940000153190.A #26 ENSGT00550000075010 #27 ENSGT00950000183047.c.b #28 ENSGT00940000154130.a.a.b #29 ENSGT00510000048142 #30 ENSGT00510000047658 #31 ENSGT00940000155624.b #32 ENSGT00950000183110.b.b #33 ENSGT00950000182955.a.a.a #34 ENSGT00390000012668 #35 ENSGT00940000160336 #36 ENSGT00940000154539.b #37 Camelidae ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 #7 ENSGT00550000074822 #8 ENSGT00550000075011 #9 ENSGT00530000063861.b.b #10 ENSGT00940000154549.a #12 ENSGT00940000156233 #13 ENSGT01030000234574.A.b.a.b #14 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #19 ENSGT00940000156166.a #20 ENSGT00940000153846.a.a #21 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b #22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #24 ENSGT00940000155468 #25 ENSGT00940000153190.A #26 ENSGT00550000075010 #27 ENSGT00950000183047.c.b #28 ENSGT00940000154130.a.a.b #29 ENSGT00510000048142 #30 ENSGT00510000047658 #31 ENSGT00940000155624.b #32 ENSGT00950000183110.b.b #33 ENSGT00950000182955.a.a.a #34 ENSGT00390000012668 #35 ENSGT00940000160336 #36 ENSGT00940000154539.b #37 Arabian camel MODERN SPECIES 35 ZNF326 (ENSCDRG00005003095) BARHL2 (ENSCDRG00005003080) ZNF644 (ENSCDRG00005003047) #7 ENSCDRG00005003021 #8 CDC7 (ENSCDRG00005003004) #9 TGFBR3 (ENSCDRG00005002972) #10 BRDT (ENSCDRG00005002936) #12 EPHX4 (ENSCDRG00005002901) #13 ENSCDRG00005002875 #14 BTBD8 (ENSCDRG00005002823) #15 C1orf146 (ENSCDRG00005002798) #16 GLMN (ENSCDRG00005002771) #17 RPAP2 (ENSCDRG00005002720) #19 GFI1 (ENSCDRG00005002667) #20 EVI5 (ENSCDRG00005002514) #21 ENSCDRG00005002404 #22 DIPK1A (ENSCDRG00005002361) #23 MTF2 (ENSCDRG00005002314) #24 ENSCDRG00005002283 TMED5 (ENSCDRG00005002264) #25 CCDC18 (ENSCDRG00005002211) #26 DR1 (ENSCDRG00005002183) #27 FNBP1L (ENSCDRG00005002139) #28 BCAR3 (ENSCDRG00005002103) #29 DNTTIP2 (ENSCDRG00005002089) #30 GCLM (ENSCDRG00005002067) #31 ABCA4 (ENSCDRG00005001970) #32 ENSCDRG00005001919 #33 ENSCDRG00005001902 #33 ABCD3 (ENSCDRG00005001791) #34 F3 (ENSCDRG00005001755) #35 Artiodactyla_b DUPLICATION Artiodactyla_b DUPLICATION Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.e.a #22 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.e.a #22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.e.a #22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.e.a #22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.e.a #22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 15 CCDC178 (ENSOARG00020023866) KLHL14 (ENSOARG00020024440) GAREM1 (ENSOARG00020024468) ENSOARG00020024526 RNF125 (ENSOARG00020024558) TRAPPC8 (ENSOARG00020024583) B4GALT6 (ENSOARG00020024733) TTR (ENSOARG00020024865) DSG2 (ENSOARG00020024912) DSG4 (ENSOARG00020024957) DSG1 (ENSOARG00020024979) DSC1 (ENSOARG00020024999) DSC2 (ENSOARG00020025065) ENSOARG00020025211 CDH2 (ENSOARG00020025259) ENSOARG00020025350 #22 CHST9 (ENSOARG00020025358) AQP4 (ENSOARG00020025374) KCTD1 (ENSOARG00020025395) TAF4B (ENSOARG00020025408) PSMA8 (ENSOARG00020025430) SS18 (ENSOARG00020025456) ZNF521 (ENSOARG00020025499) HRH4 (ENSOARG00020025511) ENSOARG00020025524 OSBPL1A (ENSOARG00020025534) CABYR (ENSOARG00020025548) TTC39C (ENSOARG00020025558) LAMA3 (ENSOARG00020025616) ANKRD29 (ENSOARG00020025754) ENSOARG00020025767 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.e.a #22 Blue whale MODERN SPECIES 10 TMEM170A (ENSBMSG00010019285) ENSBMSG00010019324 ENSBMSG00010019356 GABARAPL2 (ENSBMSG00010019521) ADAT1 (ENSBMSG00010019588) ENSBMSG00010019637 TERF2IP (ENSBMSG00010019727) ENSBMSG00010019772 ENSBMSG00010019785 ENSBMSG00010013399 CNTNAP4 (ENSBMSG00010013511) ENSBMSG00010013645 MON1B (ENSBMSG00010013661) SYCE1L (ENSBMSG00010013688) ADAMTS18 (ENSBMSG00010013750) ENSBMSG00010013805 #22 NUDT7 (ENSBMSG00010013822) VAT1L (ENSBMSG00010013861) CLEC3A (ENSBMSG00010013904) WWOX (ENSBMSG00010013976) MAF (ENSBMSG00010014160) DYNLRB2 (ENSBMSG00010014210) CDYL2 (ENSBMSG00010014282) ENSBMSG00010014361 ENSBMSG00010014412 ATMIN (ENSBMSG00010014471) C16orf46 (ENSBMSG00010014516) ENSBMSG00010014571 BCO1 (ENSBMSG00010014729) GAN (ENSBMSG00010014760) ENSBMSG00010014813 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.e.b #22 Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.e.b #22 Blue whale MODERN SPECIES ENSBMSG00010012272 BARHL2 (ENSBMSG00010000010) ENSBMSG00010000017 HFM1 (ENSBMSG00010000076) #8 CDC7 (ENSBMSG00010000261) #9 TGFBR3 (ENSBMSG00010000292) #10 BRDT (ENSBMSG00010000373) #12 EPHX4 (ENSBMSG00010000481) #13 ENSBMSG00010000502 BTBD8 (ENSBMSG00010000521) #15 C1orf146 (ENSBMSG00010000562) #16 GLMN (ENSBMSG00010000586) #17 ENSBMSG00010000612 #19 GFI1 (ENSBMSG00010000632) #20 EVI5 (ENSBMSG00010000675) #21 ENSBMSG00010000785 #22 DIPK1A (ENSBMSG00010000829) #23 MTF2 (ENSBMSG00010000876) #24 TMED5 (ENSBMSG00010000894) #25 CCDC18 (ENSBMSG00010000915) #26 DR1 (ENSBMSG00010000938) #27 ENSBMSG00010000952 FNBP1L (ENSBMSG00010000979) #28 BCAR3 (ENSBMSG00010001032) #29 DNTTIP2 (ENSBMSG00010001101) #30 GCLM (ENSBMSG00010001139) #31 ABCA4 (ENSBMSG00010001205) #32 ARHGAP29 (ENSBMSG00010001329) #33 ABCD3 (ENSBMSG00010001367) #34 F3 (ENSBMSG00010001415) #35 ENSBMSG00010001479 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 #7 ENSGT00550000074822 #8 ENSGT00550000075011 #9 ENSGT00530000063861.b.b #10 ENSGT00940000154549.a #12 ENSGT00940000156233 #13 ENSGT01030000234574.A.b.a.b #14 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #19 ENSGT00940000156166.a #20 ENSGT00940000153846.a.a #21 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f #22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #24 ENSGT00940000155468 #25 ENSGT00940000153190.A #26 ENSGT00550000075010 #27 ENSGT00950000183047.c.b #28 ENSGT00940000154130.a.a.b #29 ENSGT00510000048142 #30 ENSGT00510000047658 #31 ENSGT00940000155624.b #32 ENSGT00950000183110.b.b #33 ENSGT00950000182955.a.a.a #34 ENSGT00390000012668 #35 ENSGT00940000160336 #36 ENSGT00940000154539.b #37 Pecora ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 #7 ENSGT00550000074822 #8 ENSGT00550000075011 #9 ENSGT00530000063861.b.b #10 ENSGT00940000154549.a #12 ENSGT00940000156233 #13 ENSGT01030000234574.A.b.a.b #14 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #19 ENSGT00940000156166.a #20 ENSGT00940000153846.a.a #21 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f #22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #24 ENSGT00940000155468 #25 ENSGT00940000153190.A #26 ENSGT00550000075010 #27 ENSGT00950000183047.c.b #28 ENSGT00940000154130.a.a.b #29 ENSGT00510000048142 #30 ENSGT00510000047658 #31 ENSGT00940000155624.b #32 ENSGT00950000183110.b.b #33 ENSGT00950000182955.a.a.a #34 ENSGT00390000012668 #35 ENSGT00940000160336 #36 ENSGT00940000154539.b #37 Percora_a DUPLICATION Percora_a DUPLICATION Percora_a ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 #7 ENSGT00550000074822 #8 ENSGT00550000075011 #9 ENSGT00530000063861.b.b #10 ENSGT00940000154549.a #12 ENSGT00940000156233 #13 ENSGT01030000234574.A.b.a.b #14 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #19 ENSGT00940000156166.a #20 ENSGT00940000153846.a.a #21 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a #22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #24 ENSGT00940000155468 #25 ENSGT00940000153190.A #26 ENSGT00550000075010 #27 ENSGT00950000183047.c.b #28 ENSGT00940000154130.a.a.b #29 ENSGT00510000048142 #30 ENSGT00510000047658 #31 ENSGT00940000155624.b #32 ENSGT00950000183110.b.b #33 ENSGT00950000182955.a.a.a #34 ENSGT00390000012668 #35 ENSGT00940000160336 #36 ENSGT00940000154539.b #37 Bovidae DUPLICATION Bovidae ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 #7 ENSGT00550000074822 #8 ENSGT00550000075011 #9 ENSGT00530000063861.b.b #10 ENSGT00940000154549.a #12 ENSGT00940000156233 #13 ENSGT01030000234574.A.b.a.b #14 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #19 ENSGT00940000156166.a #20 ENSGT00940000153846.a.a #21 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.a #22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #24 ENSGT00940000155468 #25 ENSGT00940000153190.A #26 ENSGT00550000075010 #27 ENSGT00950000183047.c.b #28 ENSGT00940000154130.a.a.b #29 ENSGT00510000048142 #30 ENSGT00510000047658 #31 ENSGT00940000155624.b #32 ENSGT00950000183110.b.b #33 ENSGT00950000182955.a.a.a #34 ENSGT00390000012668 #35 ENSGT00940000160336 #36 ENSGT00940000154539.b #37 Caprinae ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000158258 #7 ENSGT00550000074822 #8 ENSGT00940000157730.h ENSGT00550000075011 #9 ENSGT00530000063861.b.b #10 ENSGT00940000154549.a #12 ENSGT00940000156233 #13 ENSGT01030000234574.A.b.a.b #14 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #19 ENSGT00940000156166.a #20 ENSGT00940000153846.a.a #21 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.a #22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #24 ENSGT00940000155468 #25 ENSGT00940000153190.A #26 ENSGT00550000075010 #27 ENSGT00950000183047.c.b #28 ENSGT00940000154130.a.a.b #29 ENSGT00510000048142 #30 ENSGT00510000047658 #31 ENSGT00940000155624.b #32 ENSGT00950000183110.b.b #33 ENSGT00950000182955.a.a.a #34 ENSGT00390000012668 #35 ENSGT00940000160336 #36 ENSGT00940000154539.b #37 Goat DUPLICATION Goat MODERN SPECIES 22 ENSCHIG00000019689 ENSCHIG00000009537 ENSCHIG00000019124 CDC7 (ENSCHIG00000026844) #9 TGFBR3 (ENSCHIG00000015521) #10 BRDT (ENSCHIG00000020014) #12 EPHX4 (ENSCHIG00000017302) #13 ENSCHIG00000009487 #14 ENSCHIG00000022105 BTBD8 (ENSCHIG00000015692) #15 C1orf146 (ENSCHIG00000008745) #16 GLMN (ENSCHIG00000023340) #17 RPAP2 (ENSCHIG00000019522) #19 GFI1 (ENSCHIG00000016135) #20 EVI5 (ENSCHIG00000026426) #21 ENSCHIG00000015380 #22 DIPK1A (ENSCHIG00000020350) #23 MTF2 (ENSCHIG00000024099) #24 TMED5 (ENSCHIG00000016065) #25 CCDC18 (ENSCHIG00000008731) #26 DR1 (ENSCHIG00000020958) #27 FNBP1L (ENSCHIG00000014859) #28 BCAR3 (ENSCHIG00000002020) #29 DNTTIP2 (ENSCHIG00000009770) #30 GCLM (ENSCHIG00000025257) #31 ABCA4 (ENSCHIG00000021104) #32 ARHGAP29 (ENSCHIG00000011428) #33 ABCD3 (ENSCHIG00000023422) #34 F3 (ENSCHIG00000019946) #35 SLC44A3 (ENSCHIG00000025875) #36 CNN3 (ENSCHIG00000022213) #37 Goat MODERN SPECIES 7 TGFB2 (ENSCHIG00000022660) LYPLAL1 (ENSCHIG00000010399) SLC30A10 (ENSCHIG00000022548) ENSCHIG00000012201 EPRS1 (ENSCHIG00000021232) BPNT1 (ENSCHIG00000011274) IARS2 (ENSCHIG00000022986) RAB3GAP2 (ENSCHIG00000012515) MARK1 (ENSCHIG00000018612) ENSCHIG00000025460 C1orf115 (ENSCHIG00000014941) MTARC2 (ENSCHIG00000021377) MTARC1 (ENSCHIG00000001173) HLX (ENSCHIG00000014211) DUSP10 (ENSCHIG00000020432) 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ENSGT00950000183047.c.b #28 ENSGT00940000154130.a.a.b #29 ENSGT00510000048142 #30 ENSGT00510000047658 #31 ENSGT00940000155624.b #32 ENSGT00950000183110.b.b #33 ENSGT00950000182955.a.a.a #34 ENSGT00390000012668 #35 ENSGT00940000160336 #36 ENSGT00940000154539.b.t #37 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 #7 ENSGT00550000074822 #8 ENSGT00550000075011 #9 ENSGT00530000063861.b.b #10 ENSGT00940000154549.a #12 ENSGT00940000156233 #13 ENSGT01030000234574.A.b.a.b #14 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285.i #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #19 ENSGT00940000156166.a #20 ENSGT01100000263480.a.a.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000153846.a.a #21 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.a #22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #24 ENSGT00940000155468 #25 ENSGT00940000153190.A #26 ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.b.a.b.a ENSGT00550000075010 #27 ENSGT00950000183047.c.b #28 ENSGT00940000154130.a.a.b #29 ENSGT00510000048142 #30 ENSGT00510000047658 #31 ENSGT00940000155624.b #32 ENSGT00950000183110.b.b #33 ENSGT00950000182955.a.a.a #34 ENSGT00390000012668 #35 ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b Bos_a ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000157730 ENSGT00550000074822 #8 ENSGT00550000075011 #9 ENSGT00530000063861.b.b #10 ENSGT00940000154549.a #12 ENSGT00940000156233 #13 ENSGT01030000234574.A.b.a.b #14 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285.i #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #19 ENSGT00940000156166.a #20 ENSGT01100000263480.a.a.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000153846.a.a #21 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.a #22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #24 ENSGT00940000155468 #25 ENSGT00940000153190.A #26 ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.b.a.b.a ENSGT00550000075010 #27 ENSGT00950000183047.c.b #28 ENSGT00940000154130.a.a.b #29 ENSGT00510000048142 #30 ENSGT00510000047658 #31 ENSGT00940000155624.b #32 ENSGT00950000183110.b.b #33 ENSGT01100000263480.a.b.b.a.b.b.b.b.b.b.b ENSGT00950000182955.a.a.a #34 ENSGT00390000012668 #35 Domestic yak MODERN SPECIES 22 ENSBGRG00000002204 ENSBGRG00000002183 HFM1 (ENSBGRG00000002085) #8 CDC7 (ENSBGRG00000002071) #9 TGFBR3 (ENSBGRG00000001978) #10 BRDT (ENSBGRG00000001903) #12 EPHX4 (ENSBGRG00000001865) #13 ENSBGRG00000001849 #14 BTBD8 (ENSBGRG00000001711) #15 C1orf146 (ENSBGRG00000001658) #16 GLMN (ENSBGRG00000001614) #17 RPAP2 (ENSBGRG00000001422) #19 GFI1 (ENSBGRG00000001385) #20 ENSBGRG00000001368 EVI5 (ENSBGRG00000001254) #21 ENSBGRG00000001137 #22 DIPK1A (ENSBGRG00000001056) #23 MTF2 (ENSBGRG00000000957) #24 TMED5 (ENSBGRG00000000898) #25 ENSBGRG00000000890 CCDC18 (ENSBGRG00000000861) #26 ENSBGRG00000000851 DR1 (ENSBGRG00000000843) #27 FNBP1L (ENSBGRG00000000657) #28 BCAR3 (ENSBGRG00000000591) #29 ENSBGRG00000000572 DNTTIP2 (ENSBGRG00000000534) #30 GCLM (ENSBGRG00000000503) #31 ABCA4 (ENSBGRG00000000369) #32 ARHGAP29 (ENSBGRG00000000321) #33 ENSBGRG00000000295 Wild yak MODERN SPECIES 674 ENSBMUG00000014152 CDC7 (ENSBMUG00000014193) #9 TGFBR3 (ENSBMUG00000014269) #10 BRDT (ENSBMUG00000014377) #12 EPHX4 (ENSBMUG00000014425) #13 ENSBMUG00000014448 #14 BTBD8 (ENSBMUG00000014486) #15 C1orf146 (ENSBMUG00000014519) #16 GLMN (ENSBMUG00000014564) #17 RPAP2 (ENSBMUG00000014599) #19 ENSBMUG00000014615 #20 EVI5 (ENSBMUG00000014711) #21 ENSBMUG00000014768 #22 DIPK1A (ENSBMUG00000014855) #23 MTF2 (ENSBMUG00000014917) #24 TMED5 (ENSBMUG00000014940) #25 CCDC18 (ENSBMUG00000014997) #26 DR1 (ENSBMUG00000015044) #27 FNBP1L (ENSBMUG00000015086) #28 BCAR3 (ENSBMUG00000015164) #29 DNTTIP2 (ENSBMUG00000015209) #30 GCLM (ENSBMUG00000015219) #31 ENSBMUG00000015232 ABCA4 (ENSBMUG00000015263) #32 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00530000063408.B ENSGT00940000157730 ENSGT00550000074822 #8 ENSGT00550000075011 #9 ENSGT00530000063861.b.b #10 ENSGT00940000154549.a #12 ENSGT00940000156233 #13 ENSGT01030000234574.A.b.a.b #14 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285.i #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #19 ENSGT00940000156166.a #20 ENSGT01100000263480.a.a.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000153846.a.a #21 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.a #22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #24 ENSGT00940000155468 #25 ENSGT00940000153190.A #26 ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.a.b.a.b.a ENSGT00550000075010 #27 ENSGT00950000183047.c.b #28 ENSGT00940000154130.a.a.b #29 ENSGT00510000048142 #30 ENSGT00510000047658 #31 ENSGT00940000155624.b #32 ENSGT00950000183110.b.b #33 ENSGT00950000182955.a.a.a #34 ENSGT00390000012668 #35 ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 22 HFM1 (ENSBIXG00005029863) #8 CDC7 (ENSBIXG00005029834) #9 TGFBR3 (ENSBIXG00005029750) #10 BRDT (ENSBIXG00005029609) #12 EPHX4 (ENSBIXG00005029573) #13 ENSBIXG00005029565 #14 ENSBIXG00005029558 ENSBIXG00005029549 BTBD8 (ENSBIXG00005029487) #15 ENSBIXG00005029439 #16 GLMN (ENSBIXG00005029411) #17 RPAP2 (ENSBIXG00005029317) #19 GFI1 (ENSBIXG00005000021) #20 ENSBIXG00005007878 EVI5 (ENSBIXG00005007958) #21 ENSBIXG00005008044 #22 DIPK1A (ENSBIXG00005008068) #23 MTF2 (ENSBIXG00005008140) #24 TMED5 (ENSBIXG00005008194) #25 CCDC18 (ENSBIXG00005008266) #26 ENSBIXG00005000148 ENSBIXG00005008323 DR1 (ENSBIXG00005008340) #27 FNBP1L (ENSBIXG00005008457) #28 BCAR3 (ENSBIXG00005008526) #29 DNTTIP2 (ENSBIXG00005008558) #30 GCLM (ENSBIXG00005008584) #31 ABCA4 (ENSBIXG00005008650) #32 ARHGAP29 (ENSBIXG00005008734) #33 ENSBIXG00005008777 ABCD3 (ENSBIXG00005005684) #34 American bison MODERN SPECIES 3325 BARHL2 (ENSBBBG00000022453) ZNF644 (ENSBBBG00000005923) #7 HFM1 (ENSBBBG00000022392) #8 ENSBBBG00000022354 CDC7 (ENSBBBG00000008125) #9 TGFBR3 (ENSBBBG00000022326) #10 BRDT (ENSBBBG00000007333) #12 EPHX4 (ENSBBBG00000005841) #13 ENSBBBG00000022114 #14 BTBD8 (ENSBBBG00000022104) #15 C1orf146 (ENSBBBG00000007682) #16 GLMN (ENSBBBG00000022033) #17 RPAP2 (ENSBBBG00000022008) #19 ENSBBBG00000021986 #20 EVI5 (ENSBBBG00000021976) #21 ENSBBBG00000021904 #22 DIPK1A (ENSBBBG00000005789) #23 MTF2 (ENSBBBG00000021850) #24 TMED5 (ENSBBBG00000021744) #25 CCDC18 (ENSBBBG00000021695) #26 DR1 (ENSBBBG00000005742) #27 FNBP1L (ENSBBBG00000021576) #28 BCAR3 (ENSBBBG00000021483) #29 DNTTIP2 (ENSBBBG00000021419) #30 GCLM (ENSBBBG00000021400) #31 ABCA4 (ENSBBBG00000021372) #32 ARHGAP29 (ENSBBBG00000005692) #33 ABCD3 (ENSBBBG00000021258) #34 F3 (ENSBBBG00000005677) #35 SLC44A3 (ENSBBBG00000008523) #36 ENSBBBG00000021099 #37 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.b #22 Caprinae DUPLICATION Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.b.a #22 Rambouillet Sheep DUPLICATION Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 19 SNRPF (ENSOARG00020008550) CCDC38 (ENSOARG00020008604) AMDHD1 (ENSOARG00020008726) HAL (ENSOARG00020008798) LTA4H (ENSOARG00020009366) ELK3 (ENSOARG00020009713) CDK17 (ENSOARG00020009770) NEDD1 (ENSOARG00020010921) ENSOARG00020011279 SLC25A3 (ENSOARG00020011479) IKBIP (ENSOARG00020011666) ENSOARG00020011775 APAF1 (ENSOARG00020011843) ENSOARG00020012977 ENSOARG00020013011 ENSOARG00020013132 #22 ENSOARG00020013188 ENSOARG00020013303 ENSOARG00020013344 ENSOARG00020013408 ENSOARG00020013498 BLTP3B (ENSOARG00020013541) ENSOARG00020013878 ACTR6 (ENSOARG00020013903) SCYL2 (ENSOARG00020014106) ENSOARG00020014449 SLC17A8 (ENSOARG00020005092) NR1H4 (ENSOARG00020005198) ENSOARG00020005299 ANO4 (ENSOARG00020005350) SLC5A8 (ENSOARG00020005486) Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 19 ORMDL2 (ENSOARG00020005553) SARNP (ENSOARG00020005592) GDF11 (ENSOARG00020005627) CD63 (ENSOARG00020005646) RDH5 (ENSOARG00020005677) ENSOARG00020005711 ITGA7 (ENSOARG00020006660) METTL7B (ENSOARG00020007162) ENSOARG00020007194 ENSOARG00020007218 OR10P1 (ENSOARG00020007245) ENSOARG00020007265 ENSOARG00020007282 ENSOARG00020007304 OR2AP1 (ENSOARG00020007319) ENSOARG00020007344 #22 OR6C4 (ENSOARG00020007368) ENSOARG00020007390 ENSOARG00020007410 ENSOARG00020007433 ENSOARG00020007454 ENSOARG00020007468 ENSOARG00020007483 ENSOARG00020007500 ENSOARG00020007515 ENSOARG00020007536 ENSOARG00020007551 ENSOARG00020007566 ENSOARG00020007576 ENSOARG00020007589 OR6C70 (ENSOARG00020007601) Goat MODERN SPECIES 16 RNF138 (ENSCHIG00000000469) RNF125 (ENSCHIG00000010114) TRAPPC8 (ENSCHIG00000010164) ENSCHIG00000018964 B4GALT6 (ENSCHIG00000000421) TTR (ENSCHIG00000009995) DSG2 (ENSCHIG00000016271) DSG3 (ENSCHIG00000021842) DSG4 (ENSCHIG00000024819) DSG1 (ENSCHIG00000019924) DSC1 (ENSCHIG00000006661) DSC2 (ENSCHIG00000020827) DSC3 (ENSCHIG00000021926) ENSCHIG00000007130 CDH2 (ENSCHIG00000018662) ENSCHIG00000003085 #22 CHST9 (ENSCHIG00000021685) AQP4 (ENSCHIG00000010124) KCTD1 (ENSCHIG00000013103) TAF4B (ENSCHIG00000022055) PSMA8 (ENSCHIG00000018832) ENSCHIG00000000490 SS18 (ENSCHIG00000000067) ZNF521 (ENSCHIG00000000138) HRH4 (ENSCHIG00000000251) IMPACT (ENSCHIG00000000286) OSBPL1A (ENSCHIG00000000386) CABYR (ENSCHIG00000009351) TTC39C (ENSCHIG00000009120) LAMA3 (ENSCHIG00000013633) ENSCHIG00000015951 Caprinae ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000011103.A ENSGT00390000011433 ENSGT00390000007723 ENSGT00530000063603.B ENSGT00390000003855.a ENSGT00940000159080 ENSGT00940000154292.a.b ENSGT00900000143213 ENSGT00940000163749 ENSGT00940000158952 ENSGT00940000157364.C ENSGT00940000163055 ENSGT00940000158817 ENSGT00390000006820 ENSGT00940000159118 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.b.b #22 ENSGT00530000063425.a.b ENSGT00550000075024 ENSGT00940000161424 ENSGT00550000074867 ENSGT00390000018245.c ENSGT00950000182980.a.b.b.b ENSGT00390000008095 ENSGT00940000158638 ENSGT00940000154141.B.s ENSGT00940000159000 ENSGT00950000183100.C.i.a.b ENSGT00390000016617 ENSGT00940000155970.q ENSGT00390000002730.c.b ENSGT00390000002879 Goat MODERN SPECIES 2 CHAC2 (ENSCHIG00000016681) ASB3 (ENSCHIG00000025413) ENSCHIG00000027041 ENSCHIG00000016778 ENSCHIG00000023901 ENSCHIG00000013329 ENSCHIG00000023509 ENSCHIG00000021404 FSHR (ENSCHIG00000023353) LHCGR (ENSCHIG00000005935) GTF2A1L (ENSCHIG00000019307) STON1 (ENSCHIG00000013272) ENSCHIG00000022262 PPP1R21 (ENSCHIG00000018575) FOXN2 (ENSCHIG00000025720) ENSCHIG00000011530 #22 FBXO11 (ENSCHIG00000024805) MSH6 (ENSCHIG00000014129) KCNK12 (ENSCHIG00000009025) MSH2 (ENSCHIG00000021960) EPCAM (ENSCHIG00000022999) CALM2 (ENSCHIG00000011230) STPG4 (ENSCHIG00000010209) TTC7A (ENSCHIG00000026586) MCFD2 (ENSCHIG00000021334) SOCS5 (ENSCHIG00000002578) ENSCHIG00000024753 PIGF (ENSCHIG00000015763) RHOQ (ENSCHIG00000002963) ATP6V1E2 (ENSCHIG00000002972) TMEM247 (ENSCHIG00000024767) Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 19 CHAC2 (ENSOARG00020001428) ENSOARG00020001440 NRXN1 (ENSOARG00020001627) ENSOARG00020003028 ENSOARG00020003042 ENSOARG00020003060 FSHR (ENSOARG00020003107) ENSOARG00020003239 LHCGR (ENSOARG00020003269) GTF2A1L (ENSOARG00020003448) STON1 (ENSOARG00020003561) PPP1R21 (ENSOARG00020003660) ENSOARG00020004435 FOXN2 (ENSOARG00020004450) ENSOARG00020004540 ENSOARG00020004545 #22 FBXO11 (ENSOARG00020004568) MSH6 (ENSOARG00020004740) KCNK12 (ENSOARG00020004920) MSH2 (ENSOARG00020004936) EPCAM (ENSOARG00020005022) CALM2 (ENSOARG00020005091) STPG4 (ENSOARG00020005136) TTC7A (ENSOARG00020005170) ENSOARG00020005365 SOCS5 (ENSOARG00020005421) PIGF (ENSOARG00020005433) ATP6V1E2 (ENSOARG00020005477) TMEM247 (ENSOARG00020005490) EPAS1 (ENSOARG00020005535) PRKCE (ENSOARG00020005680) Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.b #22 Bos ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000158577 ENSGT00940000159488.f ENSGT00950000183043.b.b.g.b ENSGT01100000263557.A.b.a.b.a ENSGT01100000263557.A.b.a.b.b ENSGT00420000030504 ENSGT00530000063923.b ENSGT00940000160904 ENSGT00390000016188 ENSGT00390000012082 ENSGT00940000160028 ENSGT00390000016210 ENSGT00390000002564.a ENSGT00940000158864 ENSGT00390000001413 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.b #22 ENSGT00940000156436 ENSGT00390000000860.b ENSGT00390000000945 ENSGT00940000161008 ENSGT00390000002416 ENSGT00940000154046.b ENSGT00390000008092.a.k.a ENSGT00940000158028 ENSGT00390000003453.a ENSGT00940000158828 ENSGT00390000018619 ENSGT00940000157242 ENSGT00940000159054 ENSGT00940000156325 ENSGT00550000074817 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000159488.f ENSGT00950000183043.b.b.g.b ENSGT01100000263557.A.b.a.b.a ENSGT01100000264399.b ENSGT01100000263557.A.b.a.b.b ENSGT00420000030504 ENSGT00530000063923.b ENSGT00940000160904 ENSGT00390000016188 ENSGT00390000012082 ENSGT00940000160028 ENSGT00390000016210 ENSGT00390000002564.a ENSGT00940000158864 ENSGT00390000001413 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.b #22 ENSGT00940000156436 ENSGT00390000000860.b ENSGT00390000000945 ENSGT00940000161008 ENSGT00390000002416 ENSGT00940000154046.b ENSGT00390000008092.a.k.a ENSGT00940000158028 ENSGT00390000003453.a ENSGT00940000158828 ENSGT00390000018619 ENSGT00940000157242 ENSGT00940000159054 ENSGT00940000156325 ENSGT00550000074817 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 27 ENSBIXG00005020440 ENSBIXG00005020475 ENSBIXG00005020527 CCL21 (ENSBIXG00005020551) ENSBIXG00005020562 CCL19 (ENSBIXG00005003475) ENSBIXG00005020606 CCL27 (ENSBIXG00005020638) ENSBIXG00005020859 SIGMAR1 (ENSBIXG00005020927) ARID3C (ENSBIXG00005020990) DCTN3 (ENSBIXG00005003559) RPP25L (ENSBIXG00005021101) CNTFR (ENSBIXG00005021280) ENHO (ENSBIXG00005021318) ENSBIXG00005006459 #22 DNAI1 (ENSBIXG00005021393) FAM219A (ENSBIXG00005021501) ENSBIXG00005021536 NUDT2 (ENSBIXG00005007216) KIF24 (ENSBIXG00005021827) UBAP1 (ENSBIXG00005021944) DCAF12 (ENSBIXG00005003717) UBAP2 (ENSBIXG00005022184) UBE2R2 (ENSBIXG00005022262) NOL6 (ENSBIXG00005022356) AQP3 (ENSBIXG00005022407) ENSBIXG00005022448 NFX1 (ENSBIXG00005022478) CHMP5 (ENSBIXG00005022511) BAG1 (ENSBIXG00005022572) Cow MODERN SPECIES 27 RASEF (ENSBTAG00000021751) ENSBTAG00000052680 ENSBTAG00000051205 CCL21 (ENSBTAG00000010161) ENSBTAG00000053396 CCL19 (ENSBTAG00000012684) ENSBTAG00000049217 CCL27 (ENSBTAG00000014908) IL11RA (ENSBTAG00000014907) GALT (ENSBTAG00000015807) SIGMAR1 (ENSBTAG00000015804) ARID3C (ENSBTAG00000025792) DCTN3 (ENSBTAG00000018883) RPP25L (ENSBTAG00000016295) CNTFR (ENSBTAG00000015361) ENSBTAG00000005495 #22 DNAI1 (ENSBTAG00000008538) FAM219A (ENSBTAG00000008537) SMRP1 (ENSBTAG00000008376) NUDT2 (ENSBTAG00000031793) KIF24 (ENSBTAG00000012921) UBAP1 (ENSBTAG00000000320) DCAF12 (ENSBTAG00000021573) UBAP2 (ENSBTAG00000000695) UBE2R2 (ENSBTAG00000054773) NOL6 (ENSBTAG00000003323) AQP3 (ENSBTAG00000008493) AQP7 (ENSBTAG00000020105) NFX1 (ENSBTAG00000012385) CHMP5 (ENSBTAG00000012383) BAG1 (ENSBTAG00000017845) Bos_a ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000158577 ENSGT00940000159488.e ENSGT00950000183043.b.b.g.b ENSGT01100000263557.A.b.a.b.a ENSGT01100000263557.A.b.a.b.b ENSGT00420000030504 ENSGT00530000063923.b ENSGT00940000160904 ENSGT00390000016188 ENSGT00390000012082 ENSGT00940000160028 ENSGT00390000016210 ENSGT00390000002564.a ENSGT00940000158864 ENSGT00390000001413 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.a.b #22 ENSGT00940000156436 ENSGT00390000000860.b ENSGT00390000000945 ENSGT00940000161008 ENSGT00390000002416 ENSGT00940000154046.b ENSGT00390000008092.a.k.a ENSGT00940000158028 ENSGT00390000003453.a ENSGT00940000158828 ENSGT00390000018619 ENSGT00940000157242 ENSGT00940000159054 ENSGT00940000156325 ENSGT00550000074817 Wild yak MODERN SPECIES 1486 ENSBMUG00000018347 RASEF (ENSBMUG00000018328) ENSBMUG00000018305 CCL21 (ENSBMUG00000018298) CCL19 (ENSBMUG00000018278) ENSBMUG00000018252 CCL27 (ENSBMUG00000018214) IL11RA (ENSBMUG00000018179) GALT (ENSBMUG00000018148) SIGMAR1 (ENSBMUG00000018090) ARID3C (ENSBMUG00000018059) DCTN3 (ENSBMUG00000018031) RPP25L (ENSBMUG00000017956) CNTFR (ENSBMUG00000017942) ENHO (ENSBMUG00000017920) ENSBMUG00000017912 #22 DNAI1 (ENSBMUG00000017891) FAM219A (ENSBMUG00000017854) ENSBMUG00000017788 MYORG (ENSBMUG00000017758) NUDT2 (ENSBMUG00000017751) KIF24 (ENSBMUG00000017725) UBAP1 (ENSBMUG00000017691) DCAF12 (ENSBMUG00000017641) UBAP2 (ENSBMUG00000017593) UBE2R2 (ENSBMUG00000017513) NOL6 (ENSBMUG00000017498) AQP3 (ENSBMUG00000017453) ENSBMUG00000017436 NFX1 (ENSBMUG00000017416) CHMP5 (ENSBMUG00000017388) Siberian musk deer MODERN SPECIES 338 BTBD8 (ENSMMSG00000020783) #15 C1orf146 (ENSMMSG00000020758) #16 ENSMMSG00000020662 #17 RPAP2 (ENSMMSG00000020475) #19 GFI1 (ENSMMSG00000020411) #20 ENSMMSG00000020392 EVI5 (ENSMMSG00000019942) #21 ENSMMSG00000019811 #22 DIPK1A (ENSMMSG00000019720) #23 ENSMMSG00000019634 #24 TMED5 (ENSMMSG00000019579) #25 CCDC18 (ENSMMSG00000019556) #26 ENSMMSG00000019529 #27 FNBP1L (ENSMMSG00000019419) #28 BCAR3 (ENSMMSG00000019338) #29 DNTTIP2 (ENSMMSG00000019293) #30 GCLM (ENSMMSG00000019242) #31 ABCA4 (ENSMMSG00000018854) #32 ARHGAP29 (ENSMMSG00000018746) #33 ENSMMSG00000018668 ABCD3 (ENSMMSG00000018573) #34 ENSMMSG00000018539 #35 SLC44A3 (ENSMMSG00000018325) #36 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.b #22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.b #22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.b #22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.b #22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000159137.d ENSGT00940000153362.a.cb.b.a.a ENSGT00940000159727 ENSGT00940000162247 ENSGT00670000098098 ENSGT00390000010121 ENSGT00950000183139.A ENSGT00940000162552 ENSGT00390000004987 ENSGT00550000074931 ENSGT00550000075046 ENSGT00940000154866.B.d ENSGT00960000190537 ENSGT01030000234532.A.a.a.b ENSGT00940000154327.b.e.b ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.b #22 ENSGT00940000153431.b ENSGT00860000134050 ENSGT00390000006916.c ENSGT00390000014861 ENSGT00390000009679 ENSGT00390000000549 ENSGT00940000162260.h.a.b ENSGT00390000001146 ENSGT00940000159359 ENSGT00390000003349 ENSGT00940000154632.db ENSGT00940000162003 ENSGT00940000158015 ENSGT00950000183000.c.a.b ENSGT00390000016976 Domestic yak MODERN SPECIES 3 ENSBGRG00000006824 ENSBGRG00000006808 NKX2-2 (ENSBGRG00000006790) NKX2-4 (ENSBGRG00000006760) XRN2 (ENSBGRG00000006633) KIZ (ENSBGRG00000006486) ENSBGRG00000006333 ENSBGRG00000006247 INSM1 (ENSBGRG00000006219) CFAP61 (ENSBGRG00000006111) CRNKL1 (ENSBGRG00000006006) NAA20 (ENSBGRG00000005893) ENSBGRG00000005870 ENSBGRG00000005832 SLC24A3 (ENSBGRG00000005785) ENSBGRG00000005768 #22 DTD1 (ENSBGRG00000005731) SMIM26 (ENSBGRG00000005700) SEC23B (ENSBGRG00000005623) RBBP9 (ENSBGRG00000005523) POLR3F (ENSBGRG00000005416) DZANK1 (ENSBGRG00000005266) ZNF133 (ENSBGRG00000005240) KAT14 (ENSBGRG00000005198) ENSBGRG00000005155 MGME1 (ENSBGRG00000005078) SNX5 (ENSBGRG00000005032) BANF2 (ENSBGRG00000005004) RRBP1 (ENSBGRG00000004547) DSTN (ENSBGRG00000004466) BFSP1 (ENSBGRG00000004415) Bos_b ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000159137.d ENSGT00940000153362.a.bb.b.a ENSGT00940000159727 ENSGT00940000162247 ENSGT00670000098098 ENSGT00390000010121 ENSGT00950000183139.A ENSGT00940000162552 ENSGT00390000004987 ENSGT00550000074931 ENSGT00550000075046 ENSGT00940000154866.B.d ENSGT00390000001138.a.g.b ENSGT01030000234532.A.a.a.b ENSGT00940000154327.b.e.b ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.b #22 ENSGT00940000153431.b ENSGT00860000134050 ENSGT00390000006916.c ENSGT00390000014861 ENSGT00390000009679 ENSGT00390000000549 ENSGT00940000162260.h.a.b ENSGT00940000162260.h.a.a ENSGT00390000001146 ENSGT00520000059926 ENSGT00940000159359 ENSGT00390000003349 ENSGT00940000154632.db ENSGT00940000162003 ENSGT00940000158015 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 4 PAX1 (ENSBIXG00005010606) ENSBIXG00005000694 ENSBIXG00005000714 XRN2 (ENSBIXG00005006105) ENSBIXG00005010385 RALGAPA2 (ENSBIXG00005010322) INSM1 (ENSBIXG00005010299) CFAP61 (ENSBIXG00005010280) CRNKL1 (ENSBIXG00005010247) NAA20 (ENSBIXG00005010224) RIN2 (ENSBIXG00005010179) ENSBIXG00005010143 SLC24A3 (ENSBIXG00005010121) SCP2D1 (ENSBIXG00005000779) DTD1 (ENSBIXG00005010081) ENSBIXG00005010061 #22 SMIM26 (ENSBIXG00005000771) SEC23B (ENSBIXG00005010022) RBBP9 (ENSBIXG00005009978) POLR3F (ENSBIXG00005009958) DZANK1 (ENSBIXG00005009929) ENSBIXG00005009868 ENSBIXG00005006413 KAT14 (ENSBIXG00005009829) OVOL2 (ENSBIXG00005009797) MGME1 (ENSBIXG00005000600) ENSBIXG00005009769 BANF2 (ENSBIXG00005009729) RRBP1 (ENSBIXG00005009648) DSTN (ENSBIXG00005000426) BFSP1 (ENSBIXG00005009213) Cow MODERN SPECIES 4 FOXA2 (ENSBTAG00000012407) PAX1 (ENSBTAG00000006742) ENSBTAG00000035643 NKX2-2 (ENSBTAG00000010277) NKX2-4 (ENSBTAG00000011312) XRN2 (ENSBTAG00000011304) KIZ (ENSBTAG00000020988) RALGAPA2 (ENSBTAG00000014178) CFAP61 (ENSBTAG00000009291) CRNKL1 (ENSBTAG00000008472) NAA20 (ENSBTAG00000001144) RIN2 (ENSBTAG00000020382) ENSBTAG00000032893 SLC24A3 (ENSBTAG00000011882) SCP2D1 (ENSBTAG00000005202) ENSBTAG00000012276 #22 DTD1 (ENSBTAG00000008964) SMIM26 (ENSBTAG00000051249) SEC23B (ENSBTAG00000018295) RBBP9 (ENSBTAG00000008826) POLR3F (ENSBTAG00000008825) ENSBTAG00000052347 DZANK1 (ENSBTAG00000004622) ZNF133 (ENSBTAG00000004620) KAT14 (ENSBTAG00000018978) PET117 (ENSBTAG00000051618) OVOL2 (ENSBTAG00000008410) MGME1 (ENSBTAG00000003425) SNX5 (ENSBTAG00000003422) BANF2 (ENSBTAG00000004474) RRBP1 (ENSBTAG00000015438) Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.a.b #22 Goat MODERN SPECIES 24 MMP19 (ENSCHIG00000020526) ENSCHIG00000010424 DNAJC14 (ENSCHIG00000024690) ORMDL2 (ENSCHIG00000018442) ENSCHIG00000013335 GDF11 (ENSCHIG00000000705) ENSCHIG00000021207 RDH5 (ENSCHIG00000014412) ENSCHIG00000026980 ITGA7 (ENSCHIG00000023587) METTL7B (ENSCHIG00000027137) OR10P1 (ENSCHIG00000003962) ENSCHIG00000021329 ENSCHIG00000006012 OR2AP1 (ENSCHIG00000013176) ENSCHIG00000014481 #22 OR6C4 (ENSCHIG00000013348) ENSCHIG00000010904 ENSCHIG00000016098 ENSCHIG00000004976 ENSCHIG00000005335 ENSCHIG00000013315 ENSCHIG00000009797 ENSCHIG00000008170 ENSCHIG00000004713 ENSCHIG00000006788 ENSCHIG00000011029 ENSCHIG00000005744 ENSCHIG00000016635 ENSCHIG00000004292 OR6C76 (ENSCHIG00000003607) Siberian musk deer MODERN SPECIES 147 ENSMMSG00000011738 #22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.b #22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.b #22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.b #22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.b #22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.b #22 Wild yak MODERN SPECIES 1166 ENSBMUG00000000203 #22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f.b #22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 2 PLCD3 (ENSOARG00020025632) NMT1 (ENSOARG00020025637) DCAKD (ENSOARG00020025640) C1QL1 (ENSOARG00020025642) KIF18B (ENSOARG00020025650) GFAP (ENSOARG00020025675) FAM187A (ENSOARG00020025687) CCDC103 (ENSOARG00020025694) EFTUD2 (ENSOARG00020025703) HIGD1B (ENSOARG00020025722) GJC1 (ENSOARG00020009974) ADAM11 (ENSOARG00020010020) ENSOARG00020010510 CCDC43 (ENSOARG00020010559) MEIOC (ENSOARG00020010618) ENSOARG00020010735 #22 FZD2 (ENSOARG00020010772) GPATCH8 (ENSOARG00020010815) GPATCH8 (ENSOARG00020010882) FAM171A2 (ENSOARG00020011264) GRN (ENSOARG00020011356) SLC25A39 (ENSOARG00020011552) RUNDC3A (ENSOARG00020011641) SLC4A1 (ENSOARG00020011899) ENSOARG00020015824 UBTF (ENSOARG00020015878) ATXN7L3 (ENSOARG00020016057) ENSOARG00020016217 TMUB2 (ENSOARG00020016242) ASB16 (ENSOARG00020016404) ENSOARG00020016477 Goat DUPLICATION Goat MODERN SPECIES 10 NMT1 (ENSCHIG00000008386) DCAKD (ENSCHIG00000026749) C1QL1 (ENSCHIG00000013856) KIF18B (ENSCHIG00000021036) GFAP (ENSCHIG00000023753) FAM187A (ENSCHIG00000011746) CCDC103 (ENSCHIG00000015314) HIGD1B (ENSCHIG00000024601) EFTUD2 (ENSCHIG00000011603) GJC1 (ENSCHIG00000008800) ADAM11 (ENSCHIG00000026955) ENSCHIG00000016101 CCDC43 (ENSCHIG00000023225) MEIOC (ENSCHIG00000011237) ENSCHIG00000003692 ENSCHIG00000026903 #22 GPATCH8 (ENSCHIG00000008962) ITGA2B (ENSCHIG00000014389) FAM171A2 (ENSCHIG00000018936) GRN (ENSCHIG00000026100) ENSCHIG00000014759 RUNDC3A (ENSCHIG00000023707) SLC4A1 (ENSCHIG00000009610) UBTF (ENSCHIG00000011621) ATXN7L3 (ENSCHIG00000021414) ENSCHIG00000011610 TMUB2 (ENSCHIG00000019662) ENSCHIG00000025089 ASB16 (ENSCHIG00000013508) HROB (ENSCHIG00000009151) HDAC5 (ENSCHIG00000016811) Goat MODERN SPECIES 24 AMDHD1 (ENSCHIG00000023934) HAL (ENSCHIG00000018871) LTA4H (ENSCHIG00000017470) ELK3 (ENSCHIG00000020731) CDK17 (ENSCHIG00000016767) CFAP54 (ENSCHIG00000025886) NEDD1 (ENSCHIG00000024930) ENSCHIG00000007303 ENSCHIG00000011297 SLC25A3 (ENSCHIG00000026853) IKBIP (ENSCHIG00000018224) ENSCHIG00000009665 APAF1 (ENSCHIG00000026050) ENSCHIG00000026522 ENSCHIG00000021672 ENSCHIG00000011860 #22 ENSCHIG00000011894 ENSCHIG00000011002 GARIN6 (ENSCHIG00000026281) ENSCHIG00000020715 ENSCHIG00000014307 BLTP3B (ENSCHIG00000002074) ACTR6 (ENSCHIG00000026128) SCYL2 (ENSCHIG00000022321) SLC17A8 (ENSCHIG00000016996) NR1H4 (ENSCHIG00000020981) GAS2L3 (ENSCHIG00000015539) ANO4 (ENSCHIG00000011611) SLC5A8 (ENSCHIG00000012962) UTP20 (ENSCHIG00000009221) ARL1 (ENSCHIG00000024524) Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 12 ENSCHYG00000013541 ENSCHYG00000013515 HFM1 (ENSCHYG00000023707) #8 CDC7 (ENSCHYG00000023558) #9 TGFBR3 (ENSCHYG00000023491) #10 BRDT (ENSCHYG00000023233) #12 EPHX4 (ENSCHYG00000023191) #13 ENSCHYG00000023182 #14 BTBD8 (ENSCHYG00000023115) #15 C1orf146 (ENSCHYG00000023053) #16 GLMN (ENSCHYG00000023014) #17 RPAP2 (ENSCHYG00000022870) #19 ENSCHYG00000022847 GFI1 (ENSCHYG00000022804) #20 EVI5 (ENSCHYG00000022480) #21 ENSCHYG00000022335 #22 ENSCHYG00000022310 DIPK1A (ENSCHYG00000022129) #23 MTF2 (ENSCHYG00000021903) #24 TMED5 (ENSCHYG00000021812) #25 ENSCHYG00000021781 CCDC18 (ENSCHYG00000021482) #26 DR1 (ENSCHYG00000021416) #27 FNBP1L (ENSCHYG00000021185) #28 BCAR3 (ENSCHYG00000020643) #29 ENSCHYG00000020582 DNTTIP2 (ENSCHYG00000020405) #30 GCLM (ENSCHYG00000020259) #31 ABCA4 (ENSCHYG00000019784) #32 ARHGAP29 (ENSCHYG00000019119) #33 ENSCHYG00000019054 Yarkand deer MODERN SPECIES 9 ENSCHYG00000014691 ENSCHYG00000014646 RUNDC3B (ENSCHYG00000014336) ENSCHYG00000014088 DBF4 (ENSCHYG00000014001) CCDC126 (ENSCHYG00000013962) TRA2A (ENSCHYG00000013850) IGF2BP3 (ENSCHYG00000013623) MALSU1 (ENSCHYG00000013555) ENSCHYG00000013534 GPNMB (ENSCHYG00000013494) NUP42 (ENSCHYG00000012296) ENSCHYG00000012189 ENSCHYG00000012174 ENSCHYG00000012166 ENSCHYG00000012138 #22 HYCC1 (ENSCHYG00000011929) ENSCHYG00000011839 ENSCHYG00000011799 RAPGEF5 (ENSCHYG00000011187) CDCA7L (ENSCHYG00000010925) DNAH11 (ENSCHYG00000010690) SP4 (ENSCHYG00000010584) ENSCHYG00000010564 ENSCHYG00000010545 SP8 (ENSCHYG00000010508) ABCB5 (ENSCHYG00000010073) ITGB8 (ENSCHYG00000009946) MACC1 (ENSCHYG00000009890) ENSCHYG00000009866 TMEM196 (ENSCHYG00000009756) Cetacea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000158611 ENSGT00940000158258 #7 ENSGT00550000074822 #8 ENSGT00550000075011 #9 ENSGT00530000063861.b.b #10 ENSGT00940000154549.a #12 ENSGT00940000156233 #13 ENSGT00940000164497 ENSGT00950000182892.a.b.a.b.a ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #19 ENSGT00940000156166.a #20 ENSGT00940000153846.a.a #21 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f #22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #24 ENSGT00940000155468 #25 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ENSGT00940000155624.b #32 ENSGT00950000183110.b.b #33 ENSGT00950000182955.a.a.a #34 ENSGT00390000012668 #35 ENSGT00940000155028.q.a.c.a.b.b ENSGT00940000160336 #36 Sperm whale MODERN SPECIES 15 ENSPCTG00005003669 BARHL2 (ENSPCTG00005003661) ZNF644 (ENSPCTG00005003632) #7 HFM1 (ENSPCTG00005003555) #8 CDC7 (ENSPCTG00005003524) #9 TGFBR3 (ENSPCTG00005003508) #10 BRDT (ENSPCTG00005003337) #12 EPHX4 (ENSPCTG00005003314) #13 ENSPCTG00005003303 BTBD8 (ENSPCTG00005003293) #15 C1orf146 (ENSPCTG00005003267) #16 GLMN (ENSPCTG00005003228) #17 RPAP2 (ENSPCTG00005003192) #19 GFI1 (ENSPCTG00005003172) #20 EVI5 (ENSPCTG00005003071) #21 ENSPCTG00005003033 #22 DIPK1A (ENSPCTG00005003008) #23 MTF2 (ENSPCTG00005002966) #24 TMED5 (ENSPCTG00005002942) #25 CCDC18 (ENSPCTG00005002918) #26 DR1 (ENSPCTG00005002905) #27 FNBP1L (ENSPCTG00005002834) #28 DNTTIP2 (ENSPCTG00005002811) #30 GCLM (ENSPCTG00005002786) #31 ENSPCTG00005002771 ABCA4 (ENSPCTG00005002692) #32 ARHGAP29 (ENSPCTG00005002478) #33 ABCD3 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ENSGT00550000074822 #8 ENSGT00550000075011 #9 ENSGT00530000063861.b.b #10 ENSGT00950000182841.b.a.a.b.a.a.b.a.a.b ENSGT00940000154549.a #12 ENSGT00940000156233 #13 ENSGT00940000154382.a.b #15 ENSGT00390000008285 #16 ENSGT00390000018446 #17 ENSGT00390000017965 #19 ENSGT00940000156166.a #20 ENSGT00940000153846.a.a #21 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.b.f #22 ENSGT00390000006452.b.b #23 ENSGT00950000183180.b #24 ENSGT00940000155468 #25 ENSGT00940000153190.A #26 ENSGT00550000075010 #27 ENSGT00950000183047.c.b #28 ENSGT00940000154130.a.a.b #29 ENSGT00510000048142 #30 ENSGT00510000047658 #31 ENSGT00940000155624.b #32 ENSGT00950000183110.b.b #33 ENSGT00390000018316.b.b.g.a ENSGT00950000182955.a.a.a #34 ENSGT00390000012668 #35 ENSGT00940000155028.q.a.c.a.b.b Beluga whale MODERN SPECIES 51 CTNNBIP1 (ENSDLEG00000007031) LZIC (ENSDLEG00000007023) NMNAT1 (ENSDLEG00000007016) RBP7 (ENSDLEG00000007007) UBE4B (ENSDLEG00000006993) ENSDLEG00000006986 ENSDLEG00000006887 ENSDLEG00000006840 PGD 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