Euarchontoglires_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a #22 Glires ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a #22 Rodentia ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a #22 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a #22 Myomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a #22 Muroidea ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a #22 Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a #22 Murinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a #22 Rat MODERN SPECIES 5 Hfm1 (ENSRNOG00000023299) #7 LOC690138 (ENSRNOG00000064883) #8 Cdc7 (ENSRNOG00000002105) #9 Tgfbr3 (ENSRNOG00000002093) #10 Brdt (ENSRNOG00000002073) #11 Ephx4 (ENSRNOG00000023389) #12 Lpcat2b (ENSRNOG00000055849) #13 Btbd8 (ENSRNOG00000023446) #14 C14h1orf146 (ENSRNOG00000047876) #15 Glmn (ENSRNOG00000002054) #16 Rpap2 (ENSRNOG00000023484) #17 Gfi1 (ENSRNOG00000002042) #18 Ube2d2b (ENSRNOG00000063388) #19 LOC108352688 (ENSRNOG00000068623) #20 Evi5 (ENSRNOG00000002039) #21 Rpl5 (ENSRNOG00000023529) #22 Dipk1a (ENSRNOG00000023533) #23 Mtf2 (ENSRNOG00000000075) #24 Tmed5 (ENSRNOG00000000073) #25 Ccdc18 (ENSRNOG00000024545) #26 Dr1 (ENSRNOG00000000070) #27 Pigg (ENSRNOG00000071170) #28 Pde6b (ENSRNOG00000000065) #29 Atp5me (ENSRNOG00000000064) #30 Slc49a3 (ENSRNOG00000023937) #31 Pcgf3 (ENSRNOG00000000062) #32 Gak (ENSRNOG00000000048) #33 Tmem175 (ENSRNOG00000000044) #34 Dgkq (ENSRNOG00000024112) #35 Slc26a1 (ENSRNOG00000000041) #36 Idua (ENSRNOG00000000043) #37 Cricetidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a #22 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a #22 Chinese hamster chok1gshd DUPLICATION Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 382 Filip1l (ENSCGRG00001003026) Cmss1 (ENSCGRG00001014305) Tmem30c (ENSCGRG00001015445) Tbc1d23 (ENSCGRG00001019647) Nit2 (ENSCGRG00001001825) Tomm70a (ENSCGRG00001000173) Tmem45a2 (ENSCGRG00001024534) Lnp1 (ENSCGRG00001009736) Tmem45a (ENSCGRG00001021822) Adgrg7 (ENSCGRG00001013638) Tfg (ENSCGRG00001024888) Abi3bp (ENSCGRG00001017174) ENSCGRG00001014060 ENSCGRG00001003813 Impg2 (ENSCGRG00001007680) ENSCGRG00001011976 #22 Senp7 (ENSCGRG00001015956) Trmt10c (ENSCGRG00001006603) ENSCGRG00001000257 Zbtb11 (ENSCGRG00001022421) ENSCGRG00001015975 Cep97 (ENSCGRG00001015516) Nxpe3 (ENSCGRG00001022052) Nfkbiz (ENSCGRG00001019170) Zpld1 (ENSCGRG00001020815) ENSCGRG00001017751 ENSCGRG00001007203 Alcam (ENSCGRG00001015144) Cblb (ENSCGRG00001018230) Ccdc54 (ENSCGRG00001004337) ENSCGRG00001007688 Chinese hamster chok1gshd MODERN SPECIES 175 ENSCGRG00001008958 ENSCGRG00001003715 Egfl6 (ENSCGRG00001017595) Tceanc (ENSCGRG00001005594) ENSCGRG00001010266 Rab9 (ENSCGRG00001010235) Trappc2 (ENSCGRG00001017361) ENSCGRG00001008304 Ofd1 (ENSCGRG00001010406) Gpm6b (ENSCGRG00001018473) Gemin8 (ENSCGRG00001012561) ENSCGRG00001007561 Glra2 (ENSCGRG00001022991) Fancb (ENSCGRG00001004555) Mospd2 (ENSCGRG00001022211) ENSCGRG00001017069 #22 Asb9 (ENSCGRG00001009823) Asb11 (ENSCGRG00001003893) Piga (ENSCGRG00001018246) Vegfd (ENSCGRG00001012900) Pir (ENSCGRG00001022899) Bmx (ENSCGRG00001015072) Ace2 (ENSCGRG00001000072) Cltrn (ENSCGRG00001020285) Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a #22 Prairie vole MODERN SPECIES 352 Snrpd3 (ENSMOCG00000009361) Gucd1 (ENSMOCG00000008085) Upb1 (ENSMOCG00000004437) ENSMOCG00000002560 Adora2a (ENSMOCG00000017735) Specc1l (ENSMOCG00000005316) Bcr (ENSMOCG00000020282) Rab36 (ENSMOCG00000004529) Gnaz (ENSMOCG00000001656) Rsph14 (ENSMOCG00000022421) Pcdh15 (ENSMOCG00000020866) ENSMOCG00000014966 Zwint (ENSMOCG00000004585) Ipmk (ENSMOCG00000022528) Cisd1 (ENSMOCG00000020184) ENSMOCG00000018182 #22 Ube2d1 (ENSMOCG00000017517) Tfam (ENSMOCG00000014572) Bicc1 (ENSMOCG00000020143) Phyhipl (ENSMOCG00000016827) Fam13c (ENSMOCG00000013312) Slc16a9 (ENSMOCG00000012040) Ccdc6 (ENSMOCG00000003461) ENSMOCG00000022981 Cdk1 (ENSMOCG00000021938) ENSMOCG00000020164 ENSMOCG00000019496 Tmem26 (ENSMOCG00000017064) Cabcoco1 (ENSMOCG00000022800) Arid5b (ENSMOCG00000021546) Rtkn2 (ENSMOCG00000017986) Northern American deer mouse DUPLICATION Northern American deer mouse MODERN SPECIES 14 ENSPEMG00000030202 Lratd1 (ENSPEMG00000027364) Nbas (ENSPEMG00000000126) Ddx1 (ENSPEMG00000016389) ENSPEMG00000027724 Mycn (ENSPEMG00000014767) Cyria (ENSPEMG00000025578) ENSPEMG00000027568 Vsnl1 (ENSPEMG00000028838) ENSPEMG00000024461 Gen1 (ENSPEMG00000001855) Msgn1 (ENSPEMG00000007522) ENSPEMG00000007987 Kcns3 (ENSPEMG00000011462) ENSPEMG00000025389 ENSPEMG00000000184 #22 Rdh14 (ENSPEMG00000018416) Nt5c1b (ENSPEMG00000013187) Osr1 (ENSPEMG00000008344) Ttc32 (ENSPEMG00000027871) Wdr35 (ENSPEMG00000004790) Matn3 (ENSPEMG00000017106) Laptm4a (ENSPEMG00000015789) Sdc1 (ENSPEMG00000010998) ENSPEMG00000024635 Pum2 (ENSPEMG00000008357) Slc7a15 (ENSPEMG00000009942) Rhob (ENSPEMG00000013485) Hs1bp3 (ENSPEMG00000001400) ENSPEMG00000019039 Apob (ENSPEMG00000018913) Northern American deer mouse MODERN SPECIES 12 Vps13b (ENSPEMG00000021894) ENSPEMG00000023434 Rgs22 (ENSPEMG00000001987) Fbxo43 (ENSPEMG00000009599) ENSPEMG00000012015 Spag1 (ENSPEMG00000010823) Rnf19a (ENSPEMG00000010959) ENSPEMG00000026775 Ankrd46 (ENSPEMG00000028516) Snx31 (ENSPEMG00000012435) ENSPEMG00000014998 ENSPEMG00000021714 Zfp706 (ENSPEMG00000027958) Grhl2 (ENSPEMG00000010802) Ncald (ENSPEMG00000027351) ENSPEMG00000014682 #22 Rrm2b (ENSPEMG00000008451) Ubr5 (ENSPEMG00000020823) Odf1 (ENSPEMG00000023346) ENSPEMG00000025191 Klf10 (ENSPEMG00000007722) Azin1 (ENSPEMG00000021239) Atp6v1c1 (ENSPEMG00000020452) Fzd6 (ENSPEMG00000021530) Cthrc1 (ENSPEMG00000016828) Slc25a32 (ENSPEMG00000000366) Dcaf13 (ENSPEMG00000011958) Rims2 (ENSPEMG00000019463) Dcstamp (ENSPEMG00000007166) Dpys (ENSPEMG00000019656) Lrp12 (ENSPEMG00000008441) Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a #22 Sciuridae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a #22 Marmotini ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a #22 Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00940000158764 ENSGT00940000163226 ENSGT00940000156091.b ENSGT00390000011581 ENSGT00940000153776.a.b ENSGT00940000159708 ENSGT00940000155448 ENSGT00940000155326 ENSGT00940000158986 ENSGT01030000234633.B.b ENSGT00940000160046 ENSGT00950000182893.a.a.b ENSGT00940000158901 ENSGT00940000155006 ENSGT00940000160486 ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a #22 ENSGT00940000156142 ENSGT00940000158405 ENSGT00940000154090.b ENSGT00720000108866 ENSGT00490000043380 ENSGT00390000018723 ENSGT00700000104550.a ENSGT00940000175704 ENSGT01100000263545.a.a.b ENSGT01100000263545.a.a.a ENSGT00940000161174 ENSGT01050000244866.B ENSGT00950000183094.b.a ENSGT00390000009748 ENSGT00940000159381 Squirrel MODERN SPECIES 161 CHD6 (ENSSTOG00000013382) EMILIN3 (ENSSTOG00000025638) LPIN3 (ENSSTOG00000025742) ZHX3 (ENSSTOG00000011674) PLCG1 (ENSSTOG00000011653) TOP1 (ENSSTOG00000006028) MAFB (ENSSTOG00000029174) ENSSTOG00000030049 #22 DHX35 (ENSSTOG00000002005) FAM83D (ENSSTOG00000001992) PPP1R16B (ENSSTOG00000001981) ACTR5 (ENSSTOG00000001969) SLC32A1 (ENSSTOG00000026679) ADIG (ENSSTOG00000029991) RALGAPB (ENSSTOG00000012050) LBP (ENSSTOG00000012025) BPI (ENSSTOG00000012013) KIAA1755 (ENSSTOG00000022602) TGM2 (ENSSTOG00000011992) RPRD1B (ENSSTOG00000012658) TTI1 (ENSSTOG00000028456) VSTM2L (ENSSTOG00000010010) CTNNBL1 (ENSSTOG00000000179) Arctic ground squirrel MODERN SPECIES 24 GTSF1L (ENSUPAG00010001233) MYBL2 (ENSUPAG00010001240) IFT52 (ENSUPAG00010001265) SGK2 (ENSUPAG00010001287) L3MBTL1 (ENSUPAG00010001356) ENSUPAG00010001491 ENSUPAG00010001503 PTPRT (ENSUPAG00010001533) CHD6 (ENSUPAG00010002013) EMILIN3 (ENSUPAG00010002135) LPIN3 (ENSUPAG00010002149) ZHX3 (ENSUPAG00010002229) PLCG1 (ENSUPAG00010002241) TOP1 (ENSUPAG00010002274) MAFB (ENSUPAG00010002307) ENSUPAG00010002311 #22 DHX35 (ENSUPAG00010002331) FAM83D (ENSUPAG00010002418) PPP1R16B (ENSUPAG00010002431) ACTR5 (ENSUPAG00010002443) SLC32A1 (ENSUPAG00010002461) ADIG (ENSUPAG00010002464) RALGAPB (ENSUPAG00010002469) ENSUPAG00010002600 LBP (ENSUPAG00010002610) BPI (ENSUPAG00010002630) KIAA1755 (ENSUPAG00010002728) TGM2 (ENSUPAG00010002771) RPRD1B (ENSUPAG00010002782) TTI1 (ENSUPAG00010002813) ENSUPAG00010002822 Eurasian red squirrel DUPLICATION Eurasian red squirrel MODERN SPECIES LRRC42 (ENSSVLG00005002048) IFT25 (ENSSVLG00005002029) DIO1 (ENSSVLG00005001977) YIPF1 (ENSSVLG00005001948) NDC1 (ENSSVLG00005001920) GLIS1 (ENSSVLG00005001890) DMRTB1 (ENSSVLG00005001863) ENSSVLG00005001849 LRP8 (ENSSVLG00005001262) MAGOH (ENSSVLG00005000778) CZIB (ENSSVLG00005000753) CPT2 (ENSSVLG00005000722) SLC1A7 (ENSSVLG00005000679) PODN (ENSSVLG00005000648) ENSSVLG00005000618 ENSSVLG00005000593 #22 SCP2 (ENSSVLG00005000507) ENSSVLG00005000425 ECHDC2 (ENSSVLG00005000395) ZYG11A (ENSSVLG00005000332) ENSSVLG00005000308 COA7 (ENSSVLG00005000295) SHISAL2A (ENSSVLG00005000179) ENSSVLG00005020075 GPX7 (ENSSVLG00005019992) TUT4 (ENSSVLG00005019510) PRPF38A (ENSSVLG00005019181) ORC1 (ENSSVLG00005018995) CC2D1B (ENSSVLG00005018179) ZFYVE9 (ENSSVLG00005017916) BTF3L4 (ENSSVLG00005017708) Eurasian red squirrel MODERN SPECIES 9 GDE1 (ENSSVLG00005023148) ENSSVLG00005022319 TMC7 (ENSSVLG00005021921) COQ7 (ENSSVLG00005021805) ITPRIPL2 (ENSSVLG00005021781) SYT17 (ENSSVLG00005021608) CLEC19A (ENSSVLG00005021487) ENSSVLG00005021466 SMG1 (ENSSVLG00005020788) ENSSVLG00005020608 ENSSVLG00005020538 XYLT1 (ENSSVLG00005020426) ENSSVLG00005020368 ABCC6 (ENSSVLG00005019797) ABCC1 (ENSSVLG00005019485) ENSSVLG00005019257 #22 CEP20 (ENSSVLG00005019145) MYH11 (ENSSVLG00005017413) NDE1 (ENSSVLG00005017135) MARF1 (ENSSVLG00005025534) BMERB1 (ENSSVLG00005025517) MPV17L (ENSSVLG00005025505) PDXDC1 (ENSSVLG00005025473) NTAN1 (ENSSVLG00005025426) ENSSVLG00005025410 RRN3 (ENSSVLG00005025398) PLA2G10 (ENSSVLG00005025385) BFAR (ENSSVLG00005025363) PARN (ENSSVLG00005025296) ENSSVLG00005025251 MRTFB (ENSSVLG00005025237) Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183210.d.a.c.a.a.a #22 Naked mole-rat female DUPLICATION Naked mole-rat female MODERN SPECIES 25 CNOT7 (ENSHGLG00000006898) VPS37A (ENSHGLG00000006804) MTMR7 (ENSHGLG00000003694) ENSHGLG00000048013 SLC7A2 (ENSHGLG00000003793) ENSHGLG00000004691 ENSHGLG00000008140 ENSHGLG00000034996 ENSHGLG00000049554 ENSHGLG00000010360 ENSHGLG00000006285 ENSHGLG00000005601 ENSHGLG00000041638 ENSHGLG00000020286 ENSHGLG00000031886 ENSHGLG00000007210 #22 ENSHGLG00000039811 ENSHGLG00000006140 ENSHGLG00000004099 ENSHGLG00000003669 ENSHGLG00000003591 ENSHGLG00000008969 ENSHGLG00000048857 ENSHGLG00000009226 ENSHGLG00000006831 ENSHGLG00000032253 ENSHGLG00000041964 F11 (ENSHGLG00000003322) KLKB1 (ENSHGLG00000015600) CYP4V2 (ENSHGLG00000046450) FAM149A (ENSHGLG00000015518) Naked mole-rat female MODERN SPECIES 11 ENSHGLG00000046121 MYH7 (ENSHGLG00000002052) MYH6 (ENSHGLG00000002518) ENSHGLG00000038351 IL25 (ENSHGLG00000018982) EFS (ENSHGLG00000006932) SLC22A17 (ENSHGLG00000008654) ENSHGLG00000002927 BCL2L2 (ENSHGLG00000003433) HOMEZ (ENSHGLG00000004788) PPP1R3E (ENSHGLG00000040376) ENSHGLG00000001239 PAX9 (ENSHGLG00000002029) NKX2-8 (ENSHGLG00000001507) NKX2-1 (ENSHGLG00000035457) ENSHGLG00000045119 #22 ENSHGLG00000001972 ENSHGLG00000041160 ENSHGLG00000046807 ENSHGLG00000000299 ENSHGLG00000000511 RALGAPA1 (ENSHGLG00000001193) INSM2 (ENSHGLG00000049957) NFKBIA (ENSHGLG00000034266) ENSHGLG00000000520 PRORP (ENSHGLG00000001372) ENSHGLG00000002301 FAM177A1 (ENSHGLG00000045828) SRP54 (ENSHGLG00000002850) ENSHGLG00000000845 BAZ1A (ENSHGLG00000007236)