Gnathostomata	DUPLICATION
Gnathostomata	DUPLICATION
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	703															ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000153137.a.b #20
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	617															ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000153137.a.b #20
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00940000159725	ENSGT00940000162232	ENSGT00940000156683	ENSGT00940000163777.a	ENSGT00940000159910	ENSGT00940000160487	ENSGT00940000165542	ENSGT00940000160541	ENSGT00510000046732.B	ENSGT00940000158869	ENSGT00940000164810	ENSGT00940000155521	ENSGT00390000002137	ENSGT00940000160403	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000153137.a.b #20	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000178460	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000158537	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00390000006983	ENSGT00940000155506	ENSGT00940000157138	ENSGT00940000164078.a
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000159308	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00990000206303	ENSGT00390000017909	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153503.b ##19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000178460	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000158537	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00390000006983	ENSGT00940000155506	ENSGT00940000157138	ENSGT00940000164078.a	ENSGT00940000162069
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00550000074939	ENSGT00940000154735	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000162238	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153503.b ##19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000178460	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000159358	ENSGT00970000194357.a	ENSGT00940000158537	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00390000006983	ENSGT00940000155506	ENSGT00940000157138	ENSGT00940000162069
Theria	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000153203.A.a	ENSGT00550000074939	ENSGT00940000154735	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000162238	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.b ##19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000178460	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000159358	ENSGT00970000194357.a
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	6							ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000178460	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000163029	ENSGT00940000162292
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000161487	ENSGT00940000162330	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT01030000236091	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00950000186148	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000178333	ENSGT00940000178460	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00900000143807	ENSGT00420000029848.A
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000161487	ENSGT00940000162330	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT01030000236091	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00950000186148	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000178333	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00900000143807	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358
Primates	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00840000130327	ENSGT00940000161487	ENSGT00940000162330	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00950000186148	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00900000143807	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00970000194357.a
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	5						ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a.k #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00950000186148	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00900000143807	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000163029
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00940000159977	ENSGT00390000018596.A.b #8	ENSGT00940000160536 #9	ENSGT00390000013236 #10	ENSGT00940000155271 #11	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a.k #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00950000186148	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00900000143807	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00940000159977	ENSGT00390000018596.A.b #8	ENSGT00940000160536 #9	ENSGT00390000013236 #10	ENSGT00940000155271 #11	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a.k #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00950000186148	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00900000143807	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	376		CIDEA (ENSPSMG00000012085) #8	IMPA2 (ENSPSMG00000012070) #9	MPPE1 (ENSPSMG00000012056) #10	GNAL (ENSPSMG00000012017) #11	ZFP2 (ENSPSMG00000011924) #12	ZNF454 (ENSPSMG00000011918) #13	GRM6 (ENSPSMG00000011907) #14	ZNF879 (ENSPSMG00000011864) #15	ZNF354C (ENSPSMG00000011861) #16	ADAMTS2 (ENSPSMG00000011850) #17	RUFY1 (ENSPSMG00000011809) #18	HNRNPH1 (ENSPSMG00000011572) #19	CBY3 (ENSPSMG00000011344) #20	CANX (ENSPSMG00000011331) #21	MAML1 (ENSPSMG00000011314) #22	LTC4S (ENSPSMG00000011309) #23	MGAT4B (ENSPSMG00000011272) #24	SQSTM1 (ENSPSMG00000011174) #25	ENSPSMG00000011137 #26	TBC1D9B (ENSPSMG00000011075) #27	RNF130 (ENSPSMG00000010915) #28
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	816												RUFY1 (ENSPCOG00000002762) #18	HNRNPH1 (ENSPCOG00000016762) #19	CBY3 (ENSPCOG00000003073) #20	ENSPCOG00000015157 #21	MAML1 (ENSPCOG00000020980) #22	LTC4S (ENSPCOG00000019610) #23	MGAT4B (ENSPCOG00000014500) #24	SQSTM1 (ENSPCOG00000019361) #25	ENSPCOG00000013902	ENSPCOG00000018302 #26	TBC1D9B (ENSPCOG00000020338) #27
Mouse lemur	MODERN SPECIES	10	CIDEA (ENSMICG00000007492) #8	IMPA2 (ENSMICG00000004775) #9	ENSMICG00000001930 #10	GNAL (ENSMICG00000001922) #11	ZNF454 (ENSMICG00000032054) #13	GRM6 (ENSMICG00000000566) #14	ZNF879 (ENSMICG00000033568) #15	ZNF354C (ENSMICG00000034512) #16	ADAMTS2 (ENSMICG00000010523) #17	RUFY1 (ENSMICG00000012324) #18	ENSMICG00000033979 #19	ENSMICG00000027131	CBY3 (ENSMICG00000036379) #20	CANX (ENSMICG00000003149) #21	ENSMICG00000007943	MAML1 (ENSMICG00000034960) #22	LTC4S (ENSMICG00000044735) #23	MGAT4B (ENSMICG00000006533) #24	SQSTM1 (ENSMICG00000006544) #25	ENSMICG00000002549 #26	TBC1D9B (ENSMICG00000036875) #27	RNF130 (ENSMICG00000043962) #28	MAPK9 (ENSMICG00000015900)	GFPT2 (ENSMICG00000015921)	ENSMICG00000013018	SCGB3A1 (ENSMICG00000001211)	FLT4 (ENSMICG00000005770)	RBM47 (ENSMICG00000026417)	CHRNA9 (ENSMICG00000035894)	RHOH (ENSMICG00000027779)	ENSMICG00000038258
Bushbaby	MODERN SPECIES	261	AFAP1 (ENSOGAG00000009378)	ABLIM2 (ENSOGAG00000007881)	SH3TC1 (ENSOGAG00000007883)	HTRA3 (ENSOGAG00000025277)	ACOX3 (ENSOGAG00000002245)	TRMT44 (ENSOGAG00000002246)	CPZ (ENSOGAG00000002249)	HMX1 (ENSOGAG00000032103)	ADRA2C (ENSOGAG00000033833)	ZNF354C (ENSOGAG00000011077) #16	ADAMTS2 (ENSOGAG00000011081) #17	RUFY1 (ENSOGAG00000012620) #18	HNRNPH1 (ENSOGAG00000012631) #19	ENSOGAG00000029984 #20	CANX (ENSOGAG00000015727) #21	MAML1 (ENSOGAG00000024232) #22	LTC4S (ENSOGAG00000024180) #23	MGAT4B (ENSOGAG00000016831) #24	SQSTM1 (ENSOGAG00000002151) #25	MRNIP (ENSOGAG00000002152) #26	TBC1D9B (ENSOGAG00000009796) #27	RNF130 (ENSOGAG00000009805) #28	RASGEF1C (ENSOGAG00000016873)	MAPK9 (ENSOGAG00000016875)	GFPT2 (ENSOGAG00000016878)	CNOT6 (ENSOGAG00000032470)	SCGB3A1 (ENSOGAG00000001706)	FLT4 (ENSOGAG00000001707)	ENSOGAG00000028687	ENSOGAG00000025685	ZNF354B (ENSOGAG00000027501)
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00840000130327	ENSGT00940000161487	ENSGT00940000162330	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00900000143807	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00970000194357.a	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.a
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Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00910000147061	ENSGT00940000154944.e.b	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00950000183043.b.b	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00940000153299.c.b.a.b.a.a.b	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT01030000236180	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00940000174020	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00910000147177	ENSGT00940000158978	ENSGT00900000143807	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000156044.u.b	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00950000183043.b.b	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00940000153299.c.b.a.b.a.a.b	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT01030000236180	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00940000174020	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00910000147177	ENSGT00940000158978	ENSGT00900000143807	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000156044.u.b	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00950000183043.b.b.m.a	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00940000153299.c.b.a.b.a.a.b	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT01030000236180	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00900000143807	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.a	ENSGT00530000063632.B
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000156044.u.b	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00950000183043.b.b.m.a	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00940000153299.c.b.a.b.a.a.b	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT01030000236180	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.a	ENSGT00530000063632.B	ENSGT00940000162750
Gorilla	MODERN SPECIES	18	ENSGGOG00000043873	ENSGGOG00000044077	ZFP2 (ENSGGOG00000037928) #12	ZNF454 (ENSGGOG00000022508) #13	GRM6 (ENSGGOG00000011993) #14	ZNF879 (ENSGGOG00000023048) #15	ZNF354C (ENSGGOG00000014245) #16	ADAMTS2 (ENSGGOG00000000816) #17	ENSGGOG00000014985	ENSGGOG00000003557 #18	HNRNPH1 (ENSGGOG00000025844) #19	CBY3 (ENSGGOG00000012023) #20	CANX (ENSGGOG00000008450) #21	ENSGGOG00000026945	ENSGGOG00000040537	MAML1 (ENSGGOG00000028537) #22	LTC4S (ENSGGOG00000027355) #23	MGAT4B (ENSGGOG00000024066) #24	SQSTM1 (ENSGGOG00000026960) #25	MRNIP (ENSGGOG00000014962) #26	TBC1D9B (ENSGGOG00000003028) #27	ENSGGOG00000001137 #28	ENSGGOG00000028113	RASGEF1C (ENSGGOG00000003137)	MAPK9 (ENSGGOG00000016519)	GFPT2 (ENSGGOG00000010197)	CNOT6 (ENSGGOG00000003675)	SCGB3A1 (ENSGGOG00000009375)	FLT4 (ENSGGOG00000006749)	MGAT1 (ENSGGOG00000009610)	ZFP62 (ENSGGOG00000001217)
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Pan	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000154944.e.b	ENSGT00940000167867	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00950000183043.b.b.m.a	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00940000153299.c.b.a.b.a.a.b	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT01030000236180	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.a	ENSGT00530000063632.B	ENSGT00940000162750
Chimpanzee	MODERN SPECIES	18	ENSPTRG00000045160	ZFP2 (ENSPTRG00000023199) #12	ZNF454 (ENSPTRG00000017611) #13	GRM6 (ENSPTRG00000017612) #14	ZNF879 (ENSPTRG00000041282) #15	ZNF354C (ENSPTRG00000045846) #16	ADAMTS2 (ENSPTRG00000017614) #17	ENSPTRG00000028474	RUFY1 (ENSPTRG00000017616) #18	ENSPTRG00000051626 #19	ENSPTRG00000045474	CBY3 (ENSPTRG00000052485) #20	ENSPTRG00000051338	CANX (ENSPTRG00000017621) #21	ENSPTRG00000045963	MAML1 (ENSPTRG00000033932) #22	LTC4S (ENSPTRG00000017624) #23	MGAT4B (ENSPTRG00000017625) #24	SQSTM1 (ENSPTRG00000017626) #25	MRNIP (ENSPTRG00000017627) #26	TBC1D9B (ENSPTRG00000043585) #27	RNF130 (ENSPTRG00000017629) #28	RASGEF1C (ENSPTRG00000017631)	MAPK9 (ENSPTRG00000017633)	GFPT2 (ENSPTRG00000017635)	CNOT6 (ENSPTRG00000017636)	SCGB3A1 (ENSPTRG00000041205)	FLT4 (ENSPTRG00000017639)	OR2Y1 (ENSPTRG00000028465)	MGAT1 (ENSPTRG00000017642)	ZFP62 (ENSPTRG00000028464)
Bonobo	MODERN SPECIES	18	ZNF354B (ENSPPAG00000027268)	ENSPPAG00000031584	ZFP2 (ENSPPAG00000015238) #12	ZNF454 (ENSPPAG00000038343) #13	GRM6 (ENSPPAG00000036885) #14	ZNF879 (ENSPPAG00000030668) #15	ZNF354C (ENSPPAG00000041850) #16	ADAMTS2 (ENSPPAG00000026778) #17	ENSPPAG00000039363	RUFY1 (ENSPPAG00000029293) #18	ENSPPAG00000038325 #19	CBY3 (ENSPPAG00000043106) #20	ENSPPAG00000030033	CANX (ENSPPAG00000034073) #21	ENSPPAG00000034104	MAML1 (ENSPPAG00000005302) #22	ENSPPAG00000041541 #23	MGAT4B (ENSPPAG00000033457) #24	SQSTM1 (ENSPPAG00000034309) #25	MRNIP (ENSPPAG00000037015) #26	TBC1D9B (ENSPPAG00000039526) #27	RNF130 (ENSPPAG00000024806) #28	ENSPPAG00000041803	MAPK9 (ENSPPAG00000038007)	GFPT2 (ENSPPAG00000028004)	CNOT6 (ENSPPAG00000032253)	ENSPPAG00000034711	FLT4 (ENSPPAG00000042176)	OR2Y1 (ENSPPAG00000019437)	MGAT1 (ENSPPAG00000005759)	ZFP62 (ENSPPAG00000041640)
Human	MODERN SPECIES	17	COL23A1 (ENSG00000050767)	CLK4 (ENSG00000113240)	MSANTD5 (ENSG00000285891)	ZNF354A (ENSG00000169131)	ZNF354B (ENSG00000178338)	ZFP2 (ENSG00000198939) #12	ZNF454 (ENSG00000178187) #13	GRM6 (ENSG00000113262) #14	ZNF879 (ENSG00000234284) #15	ZNF354C (ENSG00000177932) #16	ADAMTS2 (ENSG00000087116) #17	RUFY1 (ENSG00000176783) #18	HNRNPH1 (ENSG00000169045) #19	CBY3 (ENSG00000204659) #20	CANX (ENSG00000127022) #21	MAML1 (ENSG00000161021) #22	LTC4S (ENSG00000213316) #23	MGAT4B (ENSG00000161013) #24	SQSTM1 (ENSG00000161011) #25	MRNIP (ENSG00000161010) #26	TBC1D9B (ENSG00000197226) #27	RNF130 (ENSG00000113269) #28	RASGEF1C (ENSG00000146090)	MAPK9 (ENSG00000050748)	GFPT2 (ENSG00000131459)	CNOT6 (ENSG00000113300)	SCGB3A1 (ENSG00000161055)	FLT4 (ENSG00000037280)	OR2Y1 (ENSG00000174339)	MGAT1 (ENSG00000131446)	ZFP62 (ENSG00000196670)
Orangutan	MODERN SPECIES	18	ENSPPYG00000016112	ZNF354B (ENSPPYG00000016113)	ZFP2 (ENSPPYG00000016115) #12	ZNF454 (ENSPPYG00000041561) #13	GRM6 (ENSPPYG00000016116) #14	ZNF879 (ENSPPYG00000029650) #15	ZNF354C (ENSPPYG00000016117) #16	ADAMTS2 (ENSPPYG00000016118) #17	ENSPPYG00000035848	RUFY1 (ENSPPYG00000016120) #18	ENSPPYG00000040835	ENSPPYG00000016121 #19	ENSPPYG00000031721	CANX (ENSPPYG00000016126) #21	CBY3 (ENSPPYG00000016124) #20	MAML1 (ENSPPYG00000016127) #22	LTC4S (ENSPPYG00000016128) #23	MGAT4B (ENSPPYG00000016129) #24	SQSTM1 (ENSPPYG00000016130) #25	MRNIP (ENSPPYG00000016131) #26	TBC1D9B (ENSPPYG00000016132) #27	RNF130 (ENSPPYG00000016133) #28	RASGEF1C (ENSPPYG00000016134)	MAPK9 (ENSPPYG00000016135)	GFPT2 (ENSPPYG00000016136)	CNOT6 (ENSPPYG00000016137)	ENSPPYG00000037258	ENSPPYG00000016138	FLT4 (ENSPPYG00000016139)	MGAT1 (ENSPPYG00000016140)	ZFP62 (ENSPPYG00000016141)
Gibbon	MODERN SPECIES	11	CLK4 (ENSNLEG00000015794)	ZNF354B (ENSNLEG00000001411)	ENSNLEG00000031458	ENSNLEG00000001427	ZFP2 (ENSNLEG00000001415) #12	ZNF454 (ENSNLEG00000001430) #13	GRM6 (ENSNLEG00000001434) #14	ZNF879 (ENSNLEG00000001439) #15	ZNF354C (ENSNLEG00000001445) #16	ENSNLEG00000001449 #17	RUFY1 (ENSNLEG00000001488) #18	ENSNLEG00000026658 #19	CBY3 (ENSNLEG00000001503) #20	ENSNLEG00000035116	CANX (ENSNLEG00000001508) #21	MAML1 (ENSNLEG00000001678) #22	ENSNLEG00000001697 #23	MGAT4B (ENSNLEG00000001699) #24	ENSNLEG00000033839	ENSNLEG00000001801 #25	MRNIP (ENSNLEG00000001806) #26	TBC1D9B (ENSNLEG00000001836) #27	ENSNLEG00000001941 #28	RASGEF1C (ENSNLEG00000001943)	MAPK9 (ENSNLEG00000001965)	GFPT2 (ENSNLEG00000002178)	ENSNLEG00000031368	CNOT6 (ENSNLEG00000002322)	ENSNLEG00000027996	SCGB3A1 (ENSNLEG00000002365)	FLT4 (ENSNLEG00000002370)
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000154944.e.b	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00950000183043.b.b	ENSGT00940000166214	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00940000153299.c.b.a.b.a.a.b	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT01030000236180	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00940000174020	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00910000147177	ENSGT00940000158978	ENSGT00900000143807	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00950000183043.b.a.g.a	ENSGT00950000183043.b.b	ENSGT00940000166214	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00940000153299.c.b.a.b.a.a.b	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT01030000236180	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00940000174020	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00910000147177	ENSGT00940000158978	ENSGT00900000143807	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	15	PHYKPL (ENSCSAG00000008619)	CLK4 (ENSCSAG00000008600)	ZNF354A (ENSCSAG00000008589)	ZNF354B (ENSCSAG00000008583)	ZFP2 (ENSCSAG00000008564) #12	ZNF454 (ENSCSAG00000008562) #13	GRM6 (ENSCSAG00000008547) #14	ZNF879 (ENSCSAG00000008491) #15	ZNF354C (ENSCSAG00000008484) #16	ADAMTS2 (ENSCSAG00000008473) #17	RUFY1 (ENSCSAG00000008458) #18	HNRNPH1 (ENSCSAG00000008415) #19	ENSCSAG00000008405	CBY3 (ENSCSAG00000008395) #20	CANX (ENSCSAG00000008385) #21	MAML1 (ENSCSAG00000008369) #22	LTC4S (ENSCSAG00000008363) #23	MGAT4B (ENSCSAG00000008346) #24	SQSTM1 (ENSCSAG00000008334) #25	MRNIP (ENSCSAG00000008324) #26	TBC1D9B (ENSCSAG00000008307) #27	RNF130 (ENSCSAG00000008295) #28	RASGEF1C (ENSCSAG00000008274)	MAPK9 (ENSCSAG00000008264)	GFPT2 (ENSCSAG00000008225)	CNOT6 (ENSCSAG00000008165)	SCGB3A1 (ENSCSAG00000008157)	FLT4 (ENSCSAG00000008130)	MGAT1 (ENSCSAG00000019727)	ZFP62 (ENSCSAG00000008052)	BTNL8 (ENSCSAG00000008045)
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00910000147061	ENSGT00940000154944.e.b	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000166214	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00940000153299.c.b.a.b.a.a.b	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT01030000236180	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00940000174020	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00910000147177	ENSGT00940000158978	ENSGT00900000143807	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000162570	ENSGT00910000147061	ENSGT00940000154944.e.b	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000166214	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00940000153299.c.b.a.b.a.a.b	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00940000174020	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00910000147177	ENSGT00940000158978	ENSGT00900000143807	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358
Olive baboon	MODERN SPECIES	15	COL23A1 (ENSPANG00000006848)	CLK4 (ENSPANG00000014774)	MSANTD5 (ENSPANG00000042990)	ZNF354A (ENSPANG00000032762)	ZNF354B (ENSPANG00000002751)	ZNF454 (ENSPANG00000009509) #13	GRM6 (ENSPANG00000006031) #14	ZNF879 (ENSPANG00000032345) #15	ADAMTS2 (ENSPANG00000005312) #17	ENSPANG00000049297	ENSPANG00000040974	RUFY1 (ENSPANG00000019170) #18	HNRNPH1 (ENSPANG00000013058) #19	CBY3 (ENSPANG00000012012) #20	CANX (ENSPANG00000013567) #21	MAML1 (ENSPANG00000009297) #22	ENSPANG00000044272 #23	MGAT4B (ENSPANG00000009339) #24	ENSPANG00000038696	SQSTM1 (ENSPANG00000012011) #25	MRNIP (ENSPANG00000002750) #26	TBC1D9B (ENSPANG00000003016) #27	RNF130 (ENSPANG00000030752) #28	RASGEF1C (ENSPANG00000003726)	MAPK9 (ENSPANG00000013251)	GFPT2 (ENSPANG00000016006)	CNOT6 (ENSPANG00000016191)	ENSPANG00000029867	SCGB3A1 (ENSPANG00000032680)	FLT4 (ENSPANG00000016325)	ENSPANG00000050685
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	115	ENSGT00940000162570	ENSGT00910000147061	ENSGT00940000154944.e.b	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000166214	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00940000153299.c.b.a.b.a.a.b	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00910000147177	ENSGT00940000158978	ENSGT00900000143807	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00970000194357.a
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	157	ENSCATG00000020646	ENSCATG00000025765	ZFP2 (ENSCATG00000029817) #12	ZNF454 (ENSCATG00000031926) #13	GRM6 (ENSCATG00000042346) #14	ZNF879 (ENSCATG00000029400) #15	ZNF354C (ENSCATG00000039049) #16	ADAMTS2 (ENSCATG00000024805) #17	RUFY1 (ENSCATG00000012248) #18	HNRNPH1 (ENSCATG00000034747) #19	ENSCATG00000037633	ENSCATG00000039249	CBY3 (ENSCATG00000038136) #20	ENSCATG00000030870	CANX (ENSCATG00000024926) #21	MAML1 (ENSCATG00000035850) #22	MGAT4B (ENSCATG00000021105) #24	LTC4S (ENSCATG00000029442) #23	SQSTM1 (ENSCATG00000034356) #25	MRNIP (ENSCATG00000038409) #26	TBC1D9B (ENSCATG00000037328) #27	RNF130 (ENSCATG00000039524) #28	RASGEF1C (ENSCATG00000010154)	ENSCATG00000000228	MAPK9 (ENSCATG00000033689)	GFPT2 (ENSCATG00000033682)	ENSCATG00000034666	CNOT6 (ENSCATG00000042014)	ENSCATG00000037590	SCGB3A1 (ENSCATG00000035525)	FLT4 (ENSCATG00000035362)
Drill	MODERN SPECIES	603	ZNF354A (ENSMLEG00000038806)	ENSMLEG00000043968	ZNF354B (ENSMLEG00000037960)	ENSMLEG00000003410	ZFP2 (ENSMLEG00000014884) #12	ZNF454 (ENSMLEG00000039955) #13	GRM6 (ENSMLEG00000031526) #14	ZNF879 (ENSMLEG00000044457) #15	ZNF354C (ENSMLEG00000029929) #16	ADAMTS2 (ENSMLEG00000037514) #17	RUFY1 (ENSMLEG00000042265) #18	ENSMLEG00000040142 #19	ENSMLEG00000027731	CBY3 (ENSMLEG00000028373) #20	CANX (ENSMLEG00000041092) #21	MAML1 (ENSMLEG00000033787) #22	LTC4S (ENSMLEG00000039124) #23	MGAT4B (ENSMLEG00000030238) #24	SQSTM1 (ENSMLEG00000037546) #25	MRNIP (ENSMLEG00000041022) #26	TBC1D9B (ENSMLEG00000029660) #27	RNF130 (ENSMLEG00000044175) #28	RASGEF1C (ENSMLEG00000034495)	MAPK9 (ENSMLEG00000027658)	GFPT2 (ENSMLEG00000040967)	ENSMLEG00000039942	CNOT6 (ENSMLEG00000010555)	FLT4 (ENSMLEG00000028787)	ENSMLEG00000029740	MGAT1 (ENSMLEG00000000882)	ZFP62 (ENSMLEG00000011033)
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000162570	ENSGT00910000147061	ENSGT00940000154944.e.b	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000166214	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT01030000236180	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00910000147177	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.a	ENSGT00530000063632.B
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	591	ENSMNEG00000041417	ZFP2 (ENSMNEG00000038326) #12	ZNF454 (ENSMNEG00000002699) #13	GRM6 (ENSMNEG00000044389) #14	ZNF879 (ENSMNEG00000030724) #15	ZNF354C (ENSMNEG00000034678) #16	ADAMTS2 (ENSMNEG00000032393) #17	RUFY1 (ENSMNEG00000036092) #18	HNRNPH1 (ENSMNEG00000032375) #19	ENSMNEG00000044166	CBY3 (ENSMNEG00000037134) #20	ENSMNEG00000004160	ENSMNEG00000033462	CANX (ENSMNEG00000038823) #21	ENSMNEG00000020821	MAML1 (ENSMNEG00000031843) #22	LTC4S (ENSMNEG00000042676) #23	MGAT4B (ENSMNEG00000042915) #24	SQSTM1 (ENSMNEG00000021850) #25	MRNIP (ENSMNEG00000032717) #26	TBC1D9B (ENSMNEG00000036227) #27	RNF130 (ENSMNEG00000030254) #28	RASGEF1C (ENSMNEG00000040323)	MAPK9 (ENSMNEG00000041405)	GFPT2 (ENSMNEG00000030936)	ENSMNEG00000002473	CNOT6 (ENSMNEG00000038565)	SCGB3A1 (ENSMNEG00000041974)	FLT4 (ENSMNEG00000030424)	OR2Y1 (ENSMNEG00000026132)	MGAT1 (ENSMNEG00000013091)
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00840000130327	ENSGT00940000161487	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000166214	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT01030000236180	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.a	ENSGT00530000063632.B	ENSGT00940000162750
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	16	CLK4 (ENSMFAG00000040140)	MSANTD5 (ENSMFAG00000055801)	ZNF354A (ENSMFAG00000013407)	ZNF354B (ENSMFAG00000029623)	ZFP2 (ENSMFAG00000014508) #12	ZNF454 (ENSMFAG00000043337) #13	GRM6 (ENSMFAG00000002639) #14	ENSMFAG00000050028	ZNF879 (ENSMFAG00000039136) #15	ADAMTS2 (ENSMFAG00000002799) #17	RUFY1 (ENSMFAG00000033376) #18	HNRNPH1 (ENSMFAG00000028267) #19	ENSMFAG00000033075	CANX (ENSMFAG00000031934) #21	CBY3 (ENSMFAG00000042944) #20	MAML1 (ENSMFAG00000044212) #22	ENSMFAG00000043066 #23	MGAT4B (ENSMFAG00000029205) #24	SQSTM1 (ENSMFAG00000032992) #25	MRNIP (ENSMFAG00000040511) #26	TBC1D9B (ENSMFAG00000000062) #27	RNF130 (ENSMFAG00000019863) #28	ENSMFAG00000061594	ENSMFAG00000065456	MAPK9 (ENSMFAG00000042461)	GFPT2 (ENSMFAG00000045396)	ENSMFAG00000054397	CNOT6 (ENSMFAG00000030867)	SCGB3A1 (ENSMFAG00000040059)	FLT4 (ENSMFAG00000033698)	OR2Y1 (ENSMFAG00000030133)
Rhesus	MODERN SPECIES	16	CLK4 (ENSMMUG00000004002)	MSANTD5 (ENSMMUG00000050539)	ZNF354A (ENSMMUG00000041519)	ZNF354B (ENSMMUG00000008976)	ZFP2 (ENSMMUG00000008978) #12	ZNF354C (ENSMMUG00000002485) #16	GRM6 (ENSMMUG00000017587) #14	ADAMTS2 (ENSMMUG00000002488) #17	RUFY1 (ENSMMUG00000018666) #18	HNRNPH1 (ENSMMUG00000010843) #19	ENSMMUG00000063082	CBY3 (ENSMMUG00000043680) #20	ENSMMUG00000058524	CANX (ENSMMUG00000012370) #21	ENSMMUG00000050372	MAML1 (ENSMMUG00000012371) #22	LTC4S (ENSMMUG00000012373) #23	MGAT4B (ENSMMUG00000012374) #24	SQSTM1 (ENSMMUG00000021055) #25	MRNIP (ENSMMUG00000021056) #26	TBC1D9B (ENSMMUG00000021057) #27	RNF130 (ENSMMUG00000013347) #28	RASGEF1C (ENSMMUG00000000635)	MAPK9 (ENSMMUG00000001728)	GFPT2 (ENSMMUG00000001731)	CNOT6 (ENSMMUG00000018690)	SCGB3A1 (ENSMMUG00000018692)	FLT4 (ENSMMUG00000018693)	OR2Y1 (ENSMMUG00000009136)	MGAT1 (ENSMMUG00000047880)	ZFP62 (ENSMMUG00000042832)
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	447													ENSGT00940000166214	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2239	ZNF354B (ENSRROG00000029239)	ENSRROG00000021202	ENSRROG00000045092	ZFP2 (ENSRROG00000038496) #12	ZNF454 (ENSRROG00000029318) #13	GRM6 (ENSRROG00000044108) #14	ZNF879 (ENSRROG00000030257) #15	ZNF354C (ENSRROG00000039027) #16	ADAMTS2 (ENSRROG00000041064) #17	RUFY1 (ENSRROG00000041055) #18	ENSRROG00000035613 #19	ENSRROG00000027548	ENSRROG00000036327	CBY3 (ENSRROG00000034035) #20	CANX (ENSRROG00000034381) #21	MAML1 (ENSRROG00000039755) #22	LTC4S (ENSRROG00000033957) #23	MGAT4B (ENSRROG00000038612) #24	SQSTM1 (ENSRROG00000036129) #25	MRNIP (ENSRROG00000030855) #26	TBC1D9B (ENSRROG00000043130) #27	RNF130 (ENSRROG00000017609) #28	ENSRROG00000038764	RASGEF1C (ENSRROG00000026189)	MAPK9 (ENSRROG00000027518)
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2515													ENSRBIG00000031883	CBY3 (ENSRBIG00000027813) #20	CANX (ENSRBIG00000020901) #21	MAML1 (ENSRBIG00000044794) #22	LTC4S (ENSRBIG00000043907) #23	MGAT4B (ENSRBIG00000044569) #24	SQSTM1 (ENSRBIG00000040424) #25	MRNIP (ENSRBIG00000010959) #26	TBC1D9B (ENSRBIG00000034540) #27	RNF130 (ENSRBIG00000042845) #28	RASGEF1C (ENSRBIG00000038870)
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000154173.A.a.b	ENSGT00940000159358	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00900000143807	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162330	ENSGT00940000161487	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000162238	ENSGT00940000159222
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	47	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000154173.A.a.b	ENSGT00940000159358	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00900000143807	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	113	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000154173.A.a.b	ENSGT00940000159358	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	237	ZFP2 (ENSSBOG00000020675) #12	ZNF454 (ENSSBOG00000028339) #13	GRM6 (ENSSBOG00000024819) #14	ZNF879 (ENSSBOG00000022474) #15	ZNF354C (ENSSBOG00000015814) #16	ADAMTS2 (ENSSBOG00000025193) #17	ENSSBOG00000025755	FLT4 (ENSSBOG00000031031)	SCGB3A1 (ENSSBOG00000027262)	ENSSBOG00000027641	CNOT6 (ENSSBOG00000030494)	RUFY1 (ENSSBOG00000031721) #18	HNRNPH1 (ENSSBOG00000022306) #19	CBY3 (ENSSBOG00000023009) #20	CANX (ENSSBOG00000034866) #21	MAML1 (ENSSBOG00000021790) #22	ENSSBOG00000028968 #23	ENSSBOG00000014015 #24	SQSTM1 (ENSSBOG00000024318) #25	MRNIP (ENSSBOG00000023818) #26	TBC1D9B (ENSSBOG00000027386) #27	ENSSBOG00000027608	RNF130 (ENSSBOG00000023510) #28	ENSSBOG00000021880	RASGEF1C (ENSSBOG00000030445)	MAPK9 (ENSSBOG00000019251)	GFPT2 (ENSSBOG00000019062)
Capuchin	MODERN SPECIES	623													ENSCCAG00000027696	CBY3 (ENSCCAG00000031282) #20	CANX (ENSCCAG00000029294) #21	MAML1 (ENSCCAG00000028130) #22	LTC4S (ENSCCAG00000026797) #23	MGAT4B (ENSCCAG00000035998) #24	SQSTM1 (ENSCCAG00000034206) #25	MRNIP (ENSCCAG00000028973) #26	TBC1D9B (ENSCCAG00000033711) #27	RNF130 (ENSCCAG00000034314) #28	ENSCCAG00000026775	ENSCCAG00000028190	RASGEF1C (ENSCCAG00000024499)	MAPK9 (ENSCCAG00000038038)	ENSCCAG00000036076	GFPT2 (ENSCCAG00000030175)
Marmoset	MODERN SPECIES	11	ZFP62 (ENSCJAG00000018839)	MGAT1 (ENSCJAG00000046208)	ZNF354B (ENSCJAG00000018848)	ZNF454 (ENSCJAG00000018857) #13	GRM6 (ENSCJAG00000018865) #14	ZNF879 (ENSCJAG00000018904) #15	ZNF354C (ENSCJAG00000086065) #16	ADAMTS2 (ENSCJAG00000018919) #17	FLT4 (ENSCJAG00000009696)	SCGB3A1 (ENSCJAG00000009787)	ENSCJAG00000043414	CNOT6 (ENSCJAG00000009795)	RUFY1 (ENSCJAG00000009844) #18	ENSCJAG00000009931 #19	CANX (ENSCJAG00000009989) #21	MAML1 (ENSCJAG00000048349) #22	LTC4S (ENSCJAG00000010116) #23	MGAT4B (ENSCJAG00000010124) #24	SQSTM1 (ENSCJAG00000010152) #25	MRNIP (ENSCJAG00000010163) #26	TBC1D9B (ENSCJAG00000010170) #27	RNF130 (ENSCJAG00000010215) #28	RASGEF1C (ENSCJAG00000010277)	ENSCJAG00000044504	MAPK9 (ENSCJAG00000010293)	GFPT2 (ENSCJAG00000010359)	SIMC1 (ENSCJAG00000012354)	KIAA1191 (ENSCJAG00000012337)	ARL10 (ENSCJAG00000012332)	NOP16 (ENSCJAG00000057017)	ENSCJAG00000084164
Mas night monkey	MODERN SPECIES	911	ZNF454 (ENSANAG00000037002) #13	GRM6 (ENSANAG00000032011) #14	ZNF354C (ENSANAG00000021816) #16	ADAMTS2 (ENSANAG00000032180) #17	ENSANAG00000027694	FLT4 (ENSANAG00000030669)	SCGB3A1 (ENSANAG00000025025)	CNOT6 (ENSANAG00000030436)	ENSANAG00000013483	ENSANAG00000028928	ENSANAG00000030413	RUFY1 (ENSANAG00000031581) #18	HNRNPH1 (ENSANAG00000035312) #19	CBY3 (ENSANAG00000024701) #20	CANX (ENSANAG00000025740) #21	MAML1 (ENSANAG00000037400) #22	LTC4S (ENSANAG00000024498) #23	MGAT4B (ENSANAG00000036256) #24	SQSTM1 (ENSANAG00000036320) #25	MRNIP (ENSANAG00000030629) #26	TBC1D9B (ENSANAG00000033570) #27	RNF130 (ENSANAG00000033140) #28	RASGEF1C (ENSANAG00000036683)	MAPK9 (ENSANAG00000024448)	GFPT2 (ENSANAG00000025129)	PROP1 (ENSANAG00000033421)	ZNF354A (ENSANAG00000022081)	CLK4 (ENSANAG00000022160)	COL23A1 (ENSANAG00000037234)	PHYKPL (ENSANAG00000035175)	ENSANAG00000026991
Tarsier	MODERN SPECIES	2078															CANX (ENSTSYG00000031071) #21	MAML1 (ENSTSYG00000027426) #22
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000164840	ENSGT00940000162330	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT01030000236091	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00950000186148	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000178333	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000163029
Tree shrew	MODERN SPECIES	1184																ENSTBEG00000008651 #22
Glires	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000164840	ENSGT00940000162330	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT01030000236091	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00950000186148	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000178333	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000163029
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000164840	ENSGT00940000162330	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT01030000236091	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00950000186148	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000178333	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000163029
Rodentia_A	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000161487	ENSGT00940000162330	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT01030000236091	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00950000186148	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000178333	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000163029
Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	33	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161487	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT01030000236091	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00950000186148	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000178333	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000163029
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	90		ENSGT00940000162327	ENSGT00940000163610	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00950000186148	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000163029	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.b.a.a.d.b.a
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	162		ENSGT00940000162327	ENSGT00940000163610	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000163029	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.b.a.a.d.b.a
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	533															CANX (ENSUPAG00010012868) #21	MAML1 (ENSUPAG00010012921) #22	LTC4S (ENSUPAG00010012940) #23	MGAT4B (ENSUPAG00010012951) #24	SQSTM1 (ENSUPAG00010012981) #25	MRNIP (ENSUPAG00010013026) #26	TBC1D9B (ENSUPAG00010013038) #27	RNF130 (ENSUPAG00010013174) #28	RASGEF1C (ENSUPAG00010013202)	MAPK9 (ENSUPAG00010013292)	GFPT2 (ENSUPAG00010013498)	ENSUPAG00010013530	CNOT6 (ENSUPAG00010013547)	SCGB3A1 (ENSUPAG00010013577)	FLT4 (ENSUPAG00010013592)	ENSUPAG00010013659	ENSUPAG00010013751
Squirrel	MODERN SPECIES	339		ENSSTOG00000001898	ENSSTOG00000027829	PROP1 (ENSSTOG00000013571)	ZNF354B (ENSSTOG00000008858)	ZFP2 (ENSSTOG00000034472) #12	ZNF454 (ENSSTOG00000029783) #13	GRM6 (ENSSTOG00000021282) #14	ZNF879 (ENSSTOG00000033666) #15	ZNF354C (ENSSTOG00000023695) #16	ADAMTS2 (ENSSTOG00000004811) #17	RUFY1 (ENSSTOG00000016368) #18	HNRNPH1 (ENSSTOG00000016376) #19	CBY3 (ENSSTOG00000013625) #20	CANX (ENSSTOG00000013636) #21	MAML1 (ENSSTOG00000013644) #22	LTC4S (ENSSTOG00000028546) #23	MGAT4B (ENSSTOG00000015692) #24	SQSTM1 (ENSSTOG00000013654) #25	ENSSTOG00000013660 #26	TBC1D9B (ENSSTOG00000013665) #27	RNF130 (ENSSTOG00000013681) #28	RASGEF1C (ENSSTOG00000002744)	MAPK9 (ENSSTOG00000002755)	GFPT2 (ENSSTOG00000002766)	ENSSTOG00000026322	CNOT6 (ENSSTOG00000002803)	SCGB3A1 (ENSSTOG00000029379)	FLT4 (ENSSTOG00000009900)	ENSSTOG00000024162	ENSSTOG00000023199
Alpin marmot	MODERN SPECIES	119		PGBD2 (ENSMMMG00000010992)	ENSMMMG00000010966	PROP1 (ENSMMMG00000010955)	ZNF354B (ENSMMMG00000010934)	ZFP2 (ENSMMMG00000010928) #12	ZNF454 (ENSMMMG00000010924) #13	GRM6 (ENSMMMG00000010868) #14	ZNF879 (ENSMMMG00000010856) #15	ZNF354C (ENSMMMG00000010838) #16	ADAMTS2 (ENSMMMG00000010786) #17	RUFY1 (ENSMMMG00000010729) #18	HNRNPH1 (ENSMMMG00000010637) #19	ENSMMMG00000010630 #20	CANX (ENSMMMG00000010583) #21	MAML1 (ENSMMMG00000010563) #22	LTC4S (ENSMMMG00000010544) #23	MGAT4B (ENSMMMG00000010531) #24	SQSTM1 (ENSMMMG00000010495) #25	ENSMMMG00000010488	ENSMMMG00000010477 #26	ENSMMMG00000010472	TBC1D9B (ENSMMMG00000010464) #27	RNF130 (ENSMMMG00000010453) #28	RASGEF1C (ENSMMMG00000010333)	MAPK9 (ENSMMMG00000009979)	GFPT2 (ENSMMMG00000009950)	ENSMMMG00000009922	ENSMMMG00000009920	CNOT6 (ENSMMMG00000009896)	SCGB3A1 (ENSMMMG00000009881)
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	15	ENSSVLG00005003942	ENSSVLG00005003957	PROP1 (ENSSVLG00005003982)	ZNF354B (ENSSVLG00005003997)	ZFP2 (ENSSVLG00005004011) #12	ZNF454 (ENSSVLG00005004024) #13	GRM6 (ENSSVLG00005004048) #14	ZNF879 (ENSSVLG00005004068) #15	ZNF354C (ENSSVLG00005004083) #16	ADAMTS2 (ENSSVLG00005004107) #17	RUFY1 (ENSSVLG00005004214) #18	HNRNPH1 (ENSSVLG00005004313) #19	CBY3 (ENSSVLG00005004437) #20	CANX (ENSSVLG00005004460) #21	ENSSVLG00005004484	MAML1 (ENSSVLG00005004507) #22	LTC4S (ENSSVLG00005004534) #23	MGAT4B (ENSSVLG00005004599) #24	SQSTM1 (ENSSVLG00005004679) #25	MRNIP (ENSSVLG00005004714) #26	TBC1D9B (ENSSVLG00005004773) #27	ENSSVLG00005004884	RNF130 (ENSSVLG00005004920) #28	RASGEF1C (ENSSVLG00005004985)	MAPK9 (ENSSVLG00005005069)	ENSSVLG00005005097	GFPT2 (ENSSVLG00005005125)	CNOT6 (ENSSVLG00005005179)	SCGB3A1 (ENSSVLG00005005231)	ENSSVLG00005005257	ENSSVLG00005005292
Hystricomorpha	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161487	ENSGT00940000162330	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000163029
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Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000162238	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161487	ENSGT00940000162330	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	115	CLK4 (ENSCLAG00000013604)	ZNF354A (ENSCLAG00000014648)	ENSCLAG00000010643	ENSCLAG00000017710	ZNF354B (ENSCLAG00000013514)	ZFP2 (ENSCLAG00000011174) #12	ENSCLAG00000010435 #13	ENSCLAG00000010195 #13	GRM6 (ENSCLAG00000015195) #14	ZNF879 (ENSCLAG00000013696) #15	ZNF354C (ENSCLAG00000012651) #16	ADAMTS2 (ENSCLAG00000012213) #17	RUFY1 (ENSCLAG00000012650) #18	HNRNPH1 (ENSCLAG00000013617) #19	CANX (ENSCLAG00000012635) #21	MAML1 (ENSCLAG00000012443) #22	MGAT4B (ENSCLAG00000013986) #24	SQSTM1 (ENSCLAG00000014864) #25	TBC1D9B (ENSCLAG00000010716) #27	RNF130 (ENSCLAG00000012509) #28	RASGEF1C (ENSCLAG00000010592)	MAPK9 (ENSCLAG00000011477)	GFPT2 (ENSCLAG00000011097)	CNOT6 (ENSCLAG00000010489)	SCGB3A1 (ENSCLAG00000017376)	FLT4 (ENSCLAG00000012174)
Degu	MODERN SPECIES	70	ENSODEG00000007622	CLK4 (ENSODEG00000006750)	ZNF354A (ENSODEG00000008278)	ENSODEG00000006751	ENSODEG00000007859	PROP1 (ENSODEG00000007660)	ZNF354B (ENSODEG00000007968)	ZNF454 (ENSODEG00000007335) #13	GRM6 (ENSODEG00000009985) #14	ZNF879 (ENSODEG00000007967) #15	ZNF354C (ENSODEG00000007509) #16	ADAMTS2 (ENSODEG00000010343) #17	RUFY1 (ENSODEG00000006045) #18	ENSODEG00000007058 #19	CANX (ENSODEG00000007247) #21	MAML1 (ENSODEG00000007120) #22	LTC4S (ENSODEG00000006956) #23	MGAT4B (ENSODEG00000006661) #24	SQSTM1 (ENSODEG00000007536) #25	TBC1D9B (ENSODEG00000007268) #27	RNF130 (ENSODEG00000006815) #28	ENSODEG00000006074	GFPT2 (ENSODEG00000007246)	ENSODEG00000006939	CNOT6 (ENSODEG00000007041)	SCGB3A1 (ENSODEG00000006628)	FLT4 (ENSODEG00000006420)
Guinea pig	MODERN SPECIES	176	ZNF354A (ENSCPOG00000034791)	ENSCPOG00000037406	ENSCPOG00000025194	PROP1 (ENSCPOG00000020734)	ZNF354B (ENSCPOG00000002227)	ZFP2 (ENSCPOG00000031347) #12	ENSCPOG00000033835 #13	ENSCPOG00000035563 #13	GRM6 (ENSCPOG00000001162) #14	ZNF879 (ENSCPOG00000040313) #15	ZNF354C (ENSCPOG00000038581) #16	ADAMTS2 (ENSCPOG00000001168) #17	RUFY1 (ENSCPOG00000012088) #18	ENSCPOG00000001485 #19	CANX (ENSCPOG00000003259) #21	MAML1 (ENSCPOG00000009382) #22	LTC4S (ENSCPOG00000021312) #23	MGAT4B (ENSCPOG00000005836) #24	SQSTM1 (ENSCPOG00000026534) #25	TBC1D9B (ENSCPOG00000011294) #27	ENSCPOG00000015076	RNF130 (ENSCPOG00000013821) #28
Naked mole-rat female	MODERN SPECIES	23	ENSHGLG00000045105	ENSHGLG00000032445	ENSHGLG00000009648	ENSHGLG00000034750	ENSHGLG00000033241	ENSHGLG00000047455	ZFP2 (ENSHGLG00000033138) #12	GRM6 (ENSHGLG00000013576) #14	ZNF879 (ENSHGLG00000013266) #15	ENSHGLG00000019454 #16	ADAMTS2 (ENSHGLG00000017531) #17	RUFY1 (ENSHGLG00000017638) #18	HNRNPH1 (ENSHGLG00000018565) #19	ENSHGLG00000014040 #20	ENSHGLG00000014507 #21	MAML1 (ENSHGLG00000007422) #22	LTC4S (ENSHGLG00000008079) #23	ENSHGLG00000010792 #24	SQSTM1 (ENSHGLG00000012249) #25	ENSHGLG00000034162 #26	TBC1D9B (ENSHGLG00000014248) #27	RNF130 (ENSHGLG00000019044) #28	ENSHGLG00000016658	RASGEF1C (ENSHGLG00000018254)	ENSHGLG00000039343	MAPK9 (ENSHGLG00000018063)	GFPT2 (ENSHGLG00000018020)	CNOT6 (ENSHGLG00000017756)	ENSHGLG00000015320	ENSHGLG00000017837	ENSHGLG00000019068
Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00840000130327	ENSGT00940000161487	ENSGT00940000162330	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000163029	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.b.b	ENSGT00530000063632.B
Myomorpha	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00840000130327	ENSGT00940000161487	ENSGT00940000162330	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000163029	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.a.f	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.b.a.a
Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000161487	ENSGT00940000164840	ENSGT00940000162330	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000163029	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.a.e.b.a	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.b.a.a
Muroidea_A	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000162330.i.a.b.a	ENSGT00940000162330.i.a.a	ENSGT00940000162330.j	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.b.b.a.a.a.a	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.b.b.a.a.a.b	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.b.a.b
Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000162330.i.a.b.a	ENSGT00940000162330.i.a.a	ENSGT00940000162330.j	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.b.b.a.a.a.a	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.b.b.a.a.a.b	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.b.a.b
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00840000130327	ENSGT00940000161487	ENSGT00940000162330.j	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.b.b.a.a.a.a	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.b.b.a.a.a.b	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.b.a.b
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	21	ENSPEMG00000025212	ENSPEMG00000026849	Or1ad6 (ENSPEMG00000029264)	Prop1 (ENSPEMG00000002087)	Zfp354b (ENSPEMG00000001281)	Zfp2 (ENSPEMG00000030164) #12	Zfp454 (ENSPEMG00000009308) #13	Grm6 (ENSPEMG00000012676) #14	Zfp879 (ENSPEMG00000010770) #15	Zfp354c (ENSPEMG00000014426) #16	Adamts2 (ENSPEMG00000018873) #17	Rufy1 (ENSPEMG00000009753) #18	Hnrnph1 (ENSPEMG00000018866) #19	ENSPEMG00000017877 #20	Canx (ENSPEMG00000005531) #21	Maml1 (ENSPEMG00000019224) #22	Ltc4s (ENSPEMG00000027708)	Mgat4b (ENSPEMG00000014635) #24	Sqstm1 (ENSPEMG00000019274) #25	Mrnip (ENSPEMG00000018478) #26	Tbc1d9b (ENSPEMG00000013746) #27	Rnf130 (ENSPEMG00000016730) #28	Rasgef1c (ENSPEMG00000018905)	Mapk9 (ENSPEMG00000016205)	Gfpt2 (ENSPEMG00000001870)	Cnot6 (ENSPEMG00000000627)	Scgb3a1 (ENSPEMG00000001932)	Flt4 (ENSPEMG00000013317)	ENSPEMG00000026395	ENSPEMG00000024369	ENSPEMG00000028647
Prairie vole	MODERN SPECIES	15	Clk4 (ENSMOCG00000022044)	ENSMOCG00000002350	Zfp354a (ENSMOCG00000003692)	Prop1 (ENSMOCG00000021712)	Zfp354b (ENSMOCG00000019941)	Zfp2 (ENSMOCG00000022747) #12	Zfp454 (ENSMOCG00000020470) #13	Grm6 (ENSMOCG00000018877) #14	Zfp879 (ENSMOCG00000020947) #15	Zfp354c (ENSMOCG00000022297) #16	Adamts2 (ENSMOCG00000022331) #17	Rufy1 (ENSMOCG00000003244) #18	Hnrnph1 (ENSMOCG00000020579) #19	ENSMOCG00000011359 #20	Canx (ENSMOCG00000011838) #21	Maml1 (ENSMOCG00000001181) #22	ENSMOCG00000021052 #23	Mgat4b (ENSMOCG00000010677) #24	ENSMOCG00000002756	ENSMOCG00000019043	Mrnip (ENSMOCG00000014732) #26	Tbc1d9b (ENSMOCG00000017854) #27	Rnf130 (ENSMOCG00000022727) #28	Rasgef1c (ENSMOCG00000017254)	Mapk9 (ENSMOCG00000020546)	Gfpt2 (ENSMOCG00000022580)	Cnot6 (ENSMOCG00000021662)	Scgb3a1 (ENSMOCG00000018902)	Flt4 (ENSMOCG00000016968)	ENSMOCG00000002436	ENSMOCG00000002339
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000162330.i.a.b.a	ENSGT00940000162330.i.a.a	ENSGT00940000162330.j	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.b.b.a.a.a.a	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.b.b.a.a.a.b	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.b.a.b
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	229	Or1ad1 (ENSCGRG00001005982)	Or1ad6 (ENSCGRG00001007584)	Prop1 (ENSCGRG00001004549)	Zfp2 (ENSCGRG00001006658) #12	Zfp354b (ENSCGRG00001006089)	Zfp454 (ENSCGRG00001013939) #13	Grm6 (ENSCGRG00001015589) #14	Zfp879 (ENSCGRG00001013407) #15	Zfp354c (ENSCGRG00001011620) #16	Adamts2 (ENSCGRG00001017939) #17	ENSCGRG00001015852	Rufy1 (ENSCGRG00001013990) #18	Hnrnph1 (ENSCGRG00001013538) #19	Cby3 (ENSCGRG00001009348) #20	Canx (ENSCGRG00001017710) #21	Maml1 (ENSCGRG00001016447) #22	ENSCGRG00001013494 #23	Mgat4b (ENSCGRG00001006474) #24	ENSCGRG00001010734	Sqstm1 (ENSCGRG00001009697) #25	Mrnip (ENSCGRG00001004426) #26	Tbc1d9b (ENSCGRG00001020092) #27	Rnf130 (ENSCGRG00001021248) #28	Rasgef1c (ENSCGRG00001012629)	Mapk9 (ENSCGRG00001007000)	Gfpt2 (ENSCGRG00001020958)	Cnot6 (ENSCGRG00001011452)	Scgb3a1 (ENSCGRG00001005289)	Flt4 (ENSCGRG00001019633)	ENSCGRG00001001933	ENSCGRG00001015595
Golden Hamster	MODERN SPECIES	647	ENSMAUG00000008965	Clk4 (ENSMAUG00000006824)	Zfp354a (ENSMAUG00000000735)	Prop1 (ENSMAUG00000013991)	Zfp354b (ENSMAUG00000000163)	Zfp2 (ENSMAUG00000006975) #12	Zfp454 (ENSMAUG00000013415) #13	Grm6 (ENSMAUG00000017668) #14	Zfp879 (ENSMAUG00000000179) #15	Zfp354c (ENSMAUG00000001171) #16	Adamts2 (ENSMAUG00000000258) #17	Rufy1 (ENSMAUG00000010229) #18	Hnrnph1 (ENSMAUG00000012959) #19	ENSMAUG00000005355 #20	Canx (ENSMAUG00000007570) #21	Maml1 (ENSMAUG00000011048) #22	ENSMAUG00000004203 #23	Mgat4b (ENSMAUG00000000092) #24	Sqstm1 (ENSMAUG00000014382) #25	Mrnip (ENSMAUG00000016042) #26	Tbc1d9b (ENSMAUG00000014065) #27	Rnf130 (ENSMAUG00000015405) #28	Rasgef1c (ENSMAUG00000017005)	Mapk9 (ENSMAUG00000017175)	Gfpt2 (ENSMAUG00000000755)	Cnot6 (ENSMAUG00000019798)	Scgb3a1 (ENSMAUG00000012240)	Flt4 (ENSMAUG00000014271)	ENSMAUG00000018285	ENSMAUG00000016974	Or2y16 (ENSMAUG00000016979)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000162330.i.a.b.a	ENSGT00940000162330.i.a.a	ENSGT00940000162330.j	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000163029	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.b.b.a.a.a.a.f	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.b.b.a.a.a.a.e
Mus	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000162330.i.b	ENSGT00940000162330.i.a.a	ENSGT00940000162330.j	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.b.b.a.a.a.a.f	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.b.b.a.a.a.a.e	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.b.b.a.a.a.b.a
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000162330.i.a.a	ENSGT00940000162330.j	ENSGT00940000162292	ENSGT00860000136315	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00900000143680	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.b.b.a.a.a.a.f	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.b.b.a.a.a.a.e	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.b.b.a.a.a.b.a
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000162330.i.a.a	ENSGT00940000162330.j	ENSGT00940000162292	ENSGT00860000136315	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00900000143680	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.b.b.a.a.a.a.f	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.b.b.a.a.a.a.e	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.b.b.a.a.a.b.a
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000162330.i.a.a	ENSGT00940000162330.j	ENSGT00940000162292	ENSGT00860000136315	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00900000143680	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.b.b.a.a.a.b.b	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.b.b.a.b	ENSGT01100000263486.a.b.a.a.a.a.a.b.a.b.a.a.b.f.a.e.b.b
spretus	MODERN SPECIES	2	Or1ad1 (MGP_SPRETEiJ_G0017147)	Or1ad6 (MGP_SPRETEiJ_G0017146)	Prop1 (MGP_SPRETEiJ_G0017145)	4933414I15Rik (MGP_SPRETEiJ_G0017144)	Zfp354b (MGP_SPRETEiJ_G0017143)	Zfp2 (MGP_SPRETEiJ_G0017142) #12	Zfp454 (MGP_SPRETEiJ_G0017141) #13	Grm6 (MGP_SPRETEiJ_G0017140) #14	Zfp879 (MGP_SPRETEiJ_G0017139) #15	Zfp354c (MGP_SPRETEiJ_G0017138) #16	Adamts2 (MGP_SPRETEiJ_G0017137) #17	Rufy1 (MGP_SPRETEiJ_G0017136) #18	MGP_SPRETEiJ_G0017135 #19	MGP_SPRETEiJ_G0017134 #20	Canx (MGP_SPRETEiJ_G0017133) #21	Maml1 (MGP_SPRETEiJ_G0017132) #22	Ltc4s (MGP_SPRETEiJ_G0017131)	Mgat4b (MGP_SPRETEiJ_G0017130) #24	Sqstm1 (MGP_SPRETEiJ_G0017129) #25	Mrnip (MGP_SPRETEiJ_G0017128) #26	Tbc1d9b (MGP_SPRETEiJ_G0017127) #27	Rnf130 (MGP_SPRETEiJ_G0017126) #28	Rasgef1c (MGP_SPRETEiJ_G0017125)	Mapk9 (MGP_SPRETEiJ_G0017124)	Gfpt2 (MGP_SPRETEiJ_G0017123)	Cnot6 (MGP_SPRETEiJ_G0017122)	Scgb3a1 (MGP_SPRETEiJ_G0017121)	Flt4 (MGP_SPRETEiJ_G0017120)	MGP_SPRETEiJ_G0017119	MGP_SPRETEiJ_G0017118	MGP_SPRETEiJ_G0017117
Steppe mouse	MODERN SPECIES	2758	Or1ad1 (ENSMSIG00000010102)	Or1ad6 (ENSMSIG00000010084)	Prop1 (ENSMSIG00000010077)	4933414I15Rik (ENSMSIG00000010069)	Zfp354b (ENSMSIG00000010046)	Zfp2 (ENSMSIG00000010031) #12	Zfp454 (ENSMSIG00000010013) #13	Grm6 (ENSMSIG00000009979) #14	Zfp879 (ENSMSIG00000009906) #15	Zfp354c (ENSMSIG00000009873) #16	Adamts2 (ENSMSIG00000009833) #17	Rufy1 (ENSMSIG00000009787) #18	Hnrnph1 (ENSMSIG00000009749) #19	ENSMSIG00000009741 #20	Canx (ENSMSIG00000009706) #21	Maml1 (ENSMSIG00000009693) #22	Ltc4s (ENSMSIG00000009669)	Mgat4b (ENSMSIG00000009625) #24	Sqstm1 (ENSMSIG00000009550) #25	Mrnip (ENSMSIG00000009547) #26
Mouse	MODERN SPECIES	2	Or1ad1 (ENSMUSG00000061952)	Or1ad6 (ENSMUSG00000050343)	Prop1 (ENSMUSG00000044542)	4933414I15Rik (ENSMUSG00000072983)	Zfp354b (ENSMUSG00000020335)	Zfp2 (ENSMUSG00000049321) #12	Zfp454 (ENSMUSG00000048728) #13	Grm6 (ENSMUSG00000000617) #14	Zfp879 (ENSMUSG00000044296) #15	Zfp354c (ENSMUSG00000044807) #16	Adamts2 (ENSMUSG00000036545) #17	Rufy1 (ENSMUSG00000020375) #18	Hnrnph1 (ENSMUSG00000007850) #19	Cby3 (ENSMUSG00000050087) #20	Canx (ENSMUSG00000020368) #21	Maml1 (ENSMUSG00000050567) #22	Ltc4s (ENSMUSG00000020377)	Mgat4b (ENSMUSG00000036620) #24	Sqstm1 (ENSMUSG00000015837) #25	Mrnip (ENSMUSG00000020381) #26	Tbc1d9b (ENSMUSG00000036644) #27	Rnf130 (ENSMUSG00000020376) #28	Rasgef1c (ENSMUSG00000020374)	Mapk9 (ENSMUSG00000020366)	Gfpt2 (ENSMUSG00000020363)	Cnot6 (ENSMUSG00000020362)	Scgb3a1 (ENSMUSG00000064057)	Flt4 (ENSMUSG00000020357)	Or2y10 (ENSMUSG00000107645)	Or2y11 (ENSMUSG00000095187)	Or2y12 (ENSMUSG00000063827)
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	2	Or1ad6 (MGP_CAROLIEiJ_G0016302)	Prop1 (MGP_CAROLIEiJ_G0016301)	4933414I15Rik (MGP_CAROLIEiJ_G0016300)	Zfp354b (MGP_CAROLIEiJ_G0016299)	Zfp2 (MGP_CAROLIEiJ_G0016298) #12	Zfp454 (MGP_CAROLIEiJ_G0016297) #13	Grm6 (MGP_CAROLIEiJ_G0016296) #14	Zfp879 (MGP_CAROLIEiJ_G0016295) #15	Zfp354c (MGP_CAROLIEiJ_G0016294) #16	Adamts2 (MGP_CAROLIEiJ_G0016293) #17	Rufy1 (MGP_CAROLIEiJ_G0016292) #18	MGP_CAROLIEiJ_G0016291 #19	MGP_CAROLIEiJ_G0016290 #20	MGP_CAROLIEiJ_G0016289	Canx (MGP_CAROLIEiJ_G0016288) #21	Maml1 (MGP_CAROLIEiJ_G0016287) #22	Ltc4s (MGP_CAROLIEiJ_G0016286)	Mgat4b (MGP_CAROLIEiJ_G0016285) #24	Sqstm1 (MGP_CAROLIEiJ_G0016284) #25	Mrnip (MGP_CAROLIEiJ_G0016283) #26	Tbc1d9b (MGP_CAROLIEiJ_G0016282) #27	Rnf130 (MGP_CAROLIEiJ_G0016281) #28	Rasgef1c (MGP_CAROLIEiJ_G0016280)	Mapk9 (MGP_CAROLIEiJ_G0016279)	Gfpt2 (MGP_CAROLIEiJ_G0016278)	Cnot6 (MGP_CAROLIEiJ_G0016277)	Scgb3a1 (MGP_CAROLIEiJ_G0016276)	Flt4 (MGP_CAROLIEiJ_G0016275)	MGP_CAROLIEiJ_G0016274	MGP_CAROLIEiJ_G0016273	MGP_CAROLIEiJ_G0016272
Shrew mouse	MODERN SPECIES	5	Or1ad8 (MGP_PahariEiJ_G0017439)	Or1ad1 (MGP_PahariEiJ_G0017438)	Or1ad6 (MGP_PahariEiJ_G0017437)	Prop1 (MGP_PahariEiJ_G0017436)	Zfp354b (MGP_PahariEiJ_G0017434)	Zfp2 (MGP_PahariEiJ_G0017433) #12	Zfp454 (MGP_PahariEiJ_G0017432) #13	Grm6 (MGP_PahariEiJ_G0017431) #14	Zfp879 (MGP_PahariEiJ_G0017430) #15	Zfp354c (MGP_PahariEiJ_G0017429) #16	Adamts2 (MGP_PahariEiJ_G0017428) #17	Rufy1 (MGP_PahariEiJ_G0017427) #18	Hnrnph1 (MGP_PahariEiJ_G0017426) #19	Cby3 (MGP_PahariEiJ_G0017425) #20	Canx (MGP_PahariEiJ_G0017424) #21	Maml1 (MGP_PahariEiJ_G0017423) #22	MGP_PahariEiJ_G0017422 #23	Mgat4b (MGP_PahariEiJ_G0017421) #24	Sqstm1 (MGP_PahariEiJ_G0017420) #25	Mrnip (MGP_PahariEiJ_G0017419) #26	Tbc1d9b (MGP_PahariEiJ_G0017418) #27	Rnf130 (MGP_PahariEiJ_G0017417) #28	Rasgef1c (MGP_PahariEiJ_G0017416)	Mapk9 (MGP_PahariEiJ_G0017415)	Gfpt2 (MGP_PahariEiJ_G0017414)	Cnot6 (MGP_PahariEiJ_G0017413)	Scgb3a1 (MGP_PahariEiJ_G0017412)	Flt4 (MGP_PahariEiJ_G0017411)	MGP_PahariEiJ_G0017410	MGP_PahariEiJ_G0017409	Or2y15 (MGP_PahariEiJ_G0017408)
Rat	MODERN SPECIES	1	Or1ad5 (ENSRNOG00000029930)	Or1ad1 (ENSRNOG00000063756)	Or1ad6 (ENSRNOG00000003668)	Prop1 (ENSRNOG00000003671)	ENSRNOG00000067059	Zfp2 (ENSRNOG00000030750) #12	Znf454 (ENSRNOG00000029678)	Grm6 (ENSRNOG00000000233) #14	Zfp879 (ENSRNOG00000030517) #15	Zfp354c (ENSRNOG00000029205) #16	Adamts2 (ENSRNOG00000061484) #17	Rufy1 (ENSRNOG00000003536) #18	Hnrnph1 (ENSRNOG00000003399) #19	Cby3 (ENSRNOG00000066223) #20	Canx (ENSRNOG00000003343) #21	Maml1 (ENSRNOG00000003268) #22	Ltc4s (ENSRNOG00000003244)	Mgat4b (ENSRNOG00000003235) #24	Sqstm1 (ENSRNOG00000003147) #25	Mrnip (ENSRNOG00000003068) #26	Tbc1d9b (ENSRNOG00000003050) #27	Rnf130 (ENSRNOG00000046330) #28	Rasgef1c (ENSRNOG00000003005)	Mapk9 (ENSRNOG00000002823)	Gfpt2 (ENSRNOG00000002810)	Cnot6 (ENSRNOG00000054891)	Scgb3a1 (ENSRNOG00000002718)	Flt4 (ENSRNOG00000002511)	LOC102555091 (ENSRNOG00000068579)	Or2y11 (ENSRNOG00000065754)	Or2y12 (ENSRNOG00000070927)
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1624					Prop1 (ENSNGAG00000016946)	Zfp2 (ENSNGAG00000015033) #12	Zfp454 (ENSNGAG00000001170) #13	Grm6 (ENSNGAG00000000051) #14	Zfp879 (ENSNGAG00000010850) #15	Zfp354c (ENSNGAG00000013055) #16	Adamts2 (ENSNGAG00000007774) #17	Rufy1 (ENSNGAG00000014023) #18	Hnrnph1 (ENSNGAG00000014666) #19	ENSNGAG00000019073 #20	Canx (ENSNGAG00000009718) #21	Maml1 (ENSNGAG00000007418) #22	ENSNGAG00000019905 #23	Mgat4b (ENSNGAG00000011567) #24	Sqstm1 (ENSNGAG00000000111) #25	Mrnip (ENSNGAG00000019013) #26	Tbc1d9b (ENSNGAG00000020655) #27	ENSNGAG00000013038	Rnf130 (ENSNGAG00000000237) #28	Rasgef1c (ENSNGAG00000020883)	Mapk9 (ENSNGAG00000019965)	Gfpt2 (ENSNGAG00000014610)	Cnot6 (ENSNGAG00000008269)	Scgb3a1 (ENSNGAG00000011521)	Flt4 (ENSNGAG00000013547)
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	133										Adamts2 (ENSJJAG00000001682) #17	ENSJJAG00000010190	Rufy1 (ENSJJAG00000013513) #18	Hnrnph1 (ENSJJAG00000016203) #19	ENSJJAG00000014052 #20	Canx (ENSJJAG00000022784) #21	Maml1 (ENSJJAG00000023847) #22	ENSJJAG00000019535 #23	Mgat4b (ENSJJAG00000021000) #24	ENSJJAG00000012040 #25	Mrnip (ENSJJAG00000010968) #26	Tbc1d9b (ENSJJAG00000013138) #27	ENSJJAG00000013685	Rnf130 (ENSJJAG00000014438) #28	Rasgef1c (ENSJJAG00000016338)	Mapk9 (ENSJJAG00000012308)	Gfpt2 (ENSJJAG00000014420)	Cnot6 (ENSJJAG00000012296)	Scgb3a1 (ENSJJAG00000011541)	Flt4 (ENSJJAG00000017737)	Sparc (ENSJJAG00000003597)	Fat2 (ENSJJAG00000019929)
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	454	Phykpl (ENSDORG00000011023)	Col23a1 (ENSDORG00000011025)	ENSDORG00000024543	Clk4 (ENSDORG00000009760)	Zfp354a (ENSDORG00000009396)	Prop1 (ENSDORG00000009397)	Zfp454 (ENSDORG00000029196) #13	Grm6 (ENSDORG00000029560) #14	Zfp2 (ENSDORG00000005936) #12	Zfp354c (ENSDORG00000015602) #16	Adamts2 (ENSDORG00000015603) #17	Rufy1 (ENSDORG00000005452) #18	Hnrnph1 (ENSDORG00000005453) #19	ENSDORG00000024643 #20	Canx (ENSDORG00000002108) #21	Maml1 (ENSDORG00000023567) #22	ENSDORG00000025410 #23	Mgat4b (ENSDORG00000007019) #24	Sqstm1 (ENSDORG00000014852) #25	Tbc1d9b (ENSDORG00000014854) #27	Rnf130 (ENSDORG00000012990) #28	Rasgef1c (ENSDORG00000003918)	Mapk9 (ENSDORG00000003921)	Gfpt2 (ENSDORG00000003922)	Cnot6 (ENSDORG00000001708)	Scgb3a1 (ENSDORG00000027422)	Flt4 (ENSDORG00000012877)	ENSDORG00000024367	ENSDORG00000024307	ENSDORG00000023565	ENSDORG00000028273
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	511															ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22
Rabbit	MODERN SPECIES	160																MAML1 (ENSOCUG00000015101) #22
Pika	MODERN SPECIES	9453															CANX (ENSOPRG00000007562) #21	MAML1 (ENSOPRG00000007592) #22
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000161487	ENSGT00940000162330	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT01030000236091	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00950000186148	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000178333	ENSGT00940000178460	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00900000143807	ENSGT00420000029848.A
Eulipotyphla	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22
Hedgehog	MODERN SPECIES	5339																MAML1 (ENSEEUG00000011873) #22
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000161487	ENSGT00940000162330	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT01030000236091	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00950000186148	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000178333	ENSGT00940000178460	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00900000143807	ENSGT00420000029848.A
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161487	ENSGT00940000162330	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000178460	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00900000143807	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000163029
Suina	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161487	ENSGT00940000162330	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000178460	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00900000143807	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000163029
Chacoan peccary	MODERN SPECIES	203	CLK4 (ENSCWAG00000000896)	ZNF354A (ENSCWAG00000000870)	ENSCWAG00000000855	PROP1 (ENSCWAG00000000841)	ZNF354B (ENSCWAG00000000786)	ZFP2 (ENSCWAG00000000774) #12	ZNF454 (ENSCWAG00000000753) #13	GRM6 (ENSCWAG00000000721) #14	ZNF879 (ENSCWAG00000000708) #15	ZNF354C (ENSCWAG00000000692) #16	ADAMTS2 (ENSCWAG00000000631) #17	RUFY1 (ENSCWAG00000000548) #18	HNRNPH1 (ENSCWAG00000000465) #19	ENSCWAG00000000440 #20	CANX (ENSCWAG00000000423) #21	MAML1 (ENSCWAG00000000338) #22	LTC4S (ENSCWAG00000000309) #23	MGAT4B (ENSCWAG00000000289) #24	SQSTM1 (ENSCWAG00000000263) #25	MRNIP (ENSCWAG00000000234) #26	TBC1D9B (ENSCWAG00000000150) #27	RNF130 (ENSCWAG00000000068) #28	RASGEF1C (ENSCWAG00000021970)	MAPK9 (ENSCWAG00000021969)	GFPT2 (ENSCWAG00000021968)	CNOT6 (ENSCWAG00000021966)	ENSCWAG00000021965	SCGB3A1 (ENSCWAG00000021964)	FLT4 (ENSCWAG00000021963)	ENSCWAG00000021962
Pig	MODERN SPECIES	10	PROP1 (ENSSSCG00000029569)	MSANTD5 (ENSSSCG00000042891)	ENSSSCG00000034785	ZNF354B (ENSSSCG00000028295)	ZFP2 (ENSSSCG00000029380) #12	ZNF454 (ENSSSCG00000027351) #13	GRM6 (ENSSSCG00000014027) #14	ZNF879 (ENSSSCG00000052203) #15	ZNF354C (ENSSSCG00000021640) #16	ADAMTS2 (ENSSSCG00000024043) #17	RUFY1 (ENSSSCG00000014023) #18	HNRNPH1 (ENSSSCG00000014022) #19	ENSSSCG00000063154	ENSSSCG00000014021 #20	CANX (ENSSSCG00000014020) #21	MAML1 (ENSSSCG00000014019) #22	LTC4S (ENSSSCG00000028488) #23	MGAT4B (ENSSSCG00000014017) #24	SQSTM1 (ENSSSCG00000014016) #25	ENSSSCG00000014015 #26	TBC1D9B (ENSSSCG00000014014) #27	ENSSSCG00000055787	RNF130 (ENSSSCG00000057993) #28	RASGEF1C (ENSSSCG00000014011)	MAPK9 (ENSSSCG00000014010)	GFPT2 (ENSSSCG00000014012)	ENSSSCG00000059175	CNOT6 (ENSSSCG00000014009)	ENSSSCG00000049258	SCGB3A1 (ENSSSCG00000014008)	FLT4 (ENSSSCG00000014007)
Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000159618	ENSGT00940000154494.a.b	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000163029	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162330
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	57	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161487	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162330	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000159358
Alpaca	MODERN SPECIES	1422																ENSVPAG00000012315 #22
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Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159618	ENSGT00940000154494.a.b	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00950000184876	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000163029	ENSGT00940000162292
Odontoceti	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159618	ENSGT00940000154494.a.b	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00950000184876	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000163029	ENSGT00940000162292
Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000159618	ENSGT00940000154494.a.b	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00950000184876	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000163029	ENSGT00940000162292
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000154494.a.b	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155143.mb.b.a	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT01050000244986.b.b.b.b.d.b.b.b.a.b.b.a	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00950000184876	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000163029	ENSGT00940000162292
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000154494.a.b	ENSGT00950000182843.b	ENSGT00940000159380	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000155143.mb.b.a	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT01050000244986.b.b.b.b.d.b.b.b.a.b.b.a	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00950000184876	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000163029	ENSGT00940000162292
Beluga whale	MODERN SPECIES	93	JMJD4 (ENSDLEG00000012232)	ZNF354B (ENSDLEG00000012249)	ZFP2 (ENSDLEG00000012263) #12	ZNF454 (ENSDLEG00000012270) #13	GRM6 (ENSDLEG00000012287) #14	ENSDLEG00000012347	ZNF879 (ENSDLEG00000012354) #15	ZNF354C (ENSDLEG00000012363) #16	ADAMTS2 (ENSDLEG00000012411) #17	ENSDLEG00000012767	ENSDLEG00000012788	RUFY1 (ENSDLEG00000012804) #18	ENSDLEG00000012869 #19	ENSDLEG00000012884 #20	CANX (ENSDLEG00000016884) #21	MAML1 (ENSDLEG00000016920) #22	LTC4S (ENSDLEG00000016932) #23	MGAT4B (ENSDLEG00000016952) #24	SQSTM1 (ENSDLEG00000016971) #25	MRNIP (ENSDLEG00000016990) #26	TBC1D9B (ENSDLEG00000017012) #27	RNF130 (ENSDLEG00000017108) #28	ENSDLEG00000017141	RASGEF1C (ENSDLEG00000017170)	MAPK9 (ENSDLEG00000017214)	GFPT2 (ENSDLEG00000017242)	CNOT6 (ENSDLEG00000017285)	FLT4 (ENSDLEG00000017328)
Narwhal	MODERN SPECIES	298	SNAP47 (ENSMMNG00015003455)	JMJD4 (ENSMMNG00015003436)	ZNF354B (ENSMMNG00015003424)	ZFP2 (ENSMMNG00015003397) #12	ZNF454 (ENSMMNG00015003376) #13	GRM6 (ENSMMNG00015003345) #14	ENSMMNG00015003325	ZNF879 (ENSMMNG00015003310) #15	ZNF354C (ENSMMNG00015003290) #16	ENSMMNG00015003278	ADAMTS2 (ENSMMNG00015003260) #17	RUFY1 (ENSMMNG00015003190) #18	ENSMMNG00015003071 #19	ENSMMNG00015003017 #20	CANX (ENSMMNG00015002989) #21	MAML1 (ENSMMNG00015002970) #22	ENSMMNG00015002960	LTC4S (ENSMMNG00015002934) #23	MGAT4B (ENSMMNG00015002877) #24	SQSTM1 (ENSMMNG00015002834) #25	MRNIP (ENSMMNG00015002797) #26	TBC1D9B (ENSMMNG00015002749) #27	ENSMMNG00015002734	RNF130 (ENSMMNG00015002719) #28	RASGEF1C (ENSMMNG00015002676)	MAPK9 (ENSMMNG00015002611)	GFPT2 (ENSMMNG00015002552)	CNOT6 (ENSMMNG00015002512)	FLT4 (ENSMMNG00015002382)	ENSMMNG00015002341	PROP1 (ENSMMNG00015002318)
Vaquita	MODERN SPECIES	14	WNT9A (ENSPSNG00000007743)	PRSS38 (ENSPSNG00000007771)	SNAP47 (ENSPSNG00000007830)	JMJD4 (ENSPSNG00000007858)	ZNF354B (ENSPSNG00000007886)	ZFP2 (ENSPSNG00000007917) #12	ZNF454 (ENSPSNG00000007949) #13	GRM6 (ENSPSNG00000007996) #14	ENSPSNG00000008070	ZNF879 (ENSPSNG00000008106) #15	ADAMTS2 (ENSPSNG00000008224) #17	RUFY1 (ENSPSNG00000008611) #18	ENSPSNG00000008738 #19	CBY3 (ENSPSNG00000008816) #20	CANX (ENSPSNG00000008859) #21	MAML1 (ENSPSNG00000008918) #22	ENSPSNG00000008956	LTC4S (ENSPSNG00000008981) #23	MGAT4B (ENSPSNG00000009081) #24	SQSTM1 (ENSPSNG00000009189) #25	MRNIP (ENSPSNG00000009411) #26	TBC1D9B (ENSPSNG00000009691) #27	RNF130 (ENSPSNG00000009870) #28	ENSPSNG00000009979	RASGEF1C (ENSPSNG00000010035)	MAPK9 (ENSPSNG00000010316)	GFPT2 (ENSPSNG00000010506)	CNOT6 (ENSPSNG00000010601)	FLT4 (ENSPSNG00000010686)	PROP1 (ENSPSNG00000011406)	ENSPSNG00000011445
Dolphin	MODERN SPECIES	2088													RUFY1 (ENSTTRG00000000468) #18	HNRNPH1 (ENSTTRG00000000470) #19	CANX (ENSTTRG00000000475) #21	MAML1 (ENSTTRG00000000477) #22
Sperm whale	MODERN SPECIES	11	SNAP47 (ENSPCTG00005001687)	JMJD4 (ENSPCTG00005001672)	ZNF354B (ENSPCTG00005001661)	ZFP2 (ENSPCTG00005001642) #12	ZNF454 (ENSPCTG00005001630) #13	GRM6 (ENSPCTG00005001608) #14	ENSPCTG00005001587	ZNF879 (ENSPCTG00005001578) #15	ZNF354C (ENSPCTG00005001563) #16	ADAMTS2 (ENSPCTG00005001538) #17	ENSPCTG00005001527	RUFY1 (ENSPCTG00005001444) #18	HNRNPH1 (ENSPCTG00005001402) #19	ENSPCTG00005001383 #20	CANX (ENSPCTG00005001359) #21	MAML1 (ENSPCTG00005001342) #22	LTC4S (ENSPCTG00005001322) #23	MGAT4B (ENSPCTG00005001282) #24	SQSTM1 (ENSPCTG00005001251) #25	MRNIP (ENSPCTG00005001159) #26	TBC1D9B (ENSPCTG00005001115) #27	ENSPCTG00005001087	RNF130 (ENSPCTG00005001071) #28	RASGEF1C (ENSPCTG00005001021)	MAPK9 (ENSPCTG00005000942)	GFPT2 (ENSPCTG00005000865)	CNOT6 (ENSPCTG00005000832)	ENSPCTG00005000813	FLT4 (ENSPCTG00005000690)	ENSPCTG00005000649	ENSPCTG00005000638
Blue whale	MODERN SPECIES	14	PRSS38 (ENSBMSG00010008714)	SNAP47 (ENSBMSG00010008703)	JMJD4 (ENSBMSG00010008694)	ZNF354B (ENSBMSG00010008689)	ZFP2 (ENSBMSG00010008682) #12	ZNF454 (ENSBMSG00010008671) #13	GRM6 (ENSBMSG00010008657) #14	ZNF879 (ENSBMSG00010008639) #15	ENSBMSG00010008598	ENSBMSG00010008587 #17	ENSBMSG00010008570	RUFY1 (ENSBMSG00010008550) #18	HNRNPH1 (ENSBMSG00010008502) #19	CBY3 (ENSBMSG00010008469) #20	CANX (ENSBMSG00010008443) #21	MAML1 (ENSBMSG00010008423) #22	LTC4S (ENSBMSG00010008396) #23	MGAT4B (ENSBMSG00010008352) #24	SQSTM1 (ENSBMSG00010008322) #25	MRNIP (ENSBMSG00010008305) #26	TBC1D9B (ENSBMSG00010008220) #27	ENSBMSG00010008160	RNF130 (ENSBMSG00010008132) #28	RASGEF1C (ENSBMSG00010008098)	ENSBMSG00010008086	GFPT2 (ENSBMSG00010008079)	ENSBMSG00010008071	CNOT6 (ENSBMSG00010008051)	ENSBMSG00010008030	FLT4 (ENSBMSG00010007965)	ENSBMSG00010007951
Pecora	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a	ENSGT00390000009510	ENSGT00390000008694.b.b.c.b.cb.b	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a	ENSGT00390000009510	ENSGT00390000008694.b.b.c.b.cb.b	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000159358
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a	ENSGT00390000009510	ENSGT00390000008694.b.b.c.b.cb.b	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000008903.g.b.b	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000159358
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a	ENSGT00390000009510	ENSGT00390000008694.b.b.c.b.cb.b	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334.a #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000008903.g.b.b	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000159358
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	21	H3-4 (ENSOARG00020016979)	H2AC25 (ENSOARG00020016951)	HIST3H2BB (ENSOARG00020016921)	RNF187 (ENSOARG00020016886)	ZFP2 (ENSOARG00020016872) #12	ZNF454 (ENSOARG00020016811) #13	GRM6 (ENSOARG00020016554) #14	ZNF354C (ENSOARG00020016338) #16	ENSOARG00020016295	ADAMTS2 (ENSOARG00020015867) #17	ENSOARG00020015796	ENSOARG00020015427 #18	HNRNPH1 (ENSOARG00020015212) #19	ENSOARG00020015166 #20	CANX (ENSOARG00020014950) #21	MAML1 (ENSOARG00020014863) #22	LTC4S (ENSOARG00020014721) #23	MGAT4B (ENSOARG00020014516) #24	ENSOARG00020014482	SQSTM1 (ENSOARG00020014013) #25	ENSOARG00020013856 #26	ENSOARG00020013782 #27	ENSOARG00020013747	ENSOARG00020013692	RNF130 (ENSOARG00020013456) #28	RASGEF1C (ENSOARG00020013195)	MAPK9 (ENSOARG00020011303)	GFPT2 (ENSOARG00020010818)	ENSOARG00020010644	ENSOARG00020010506	CNOT6 (ENSOARG00020010403)
Goat	MODERN SPECIES	26	H3-4 (ENSCHIG00000008243)	H2AC25 (ENSCHIG00000006649)	H2BC26 (ENSCHIG00000009284)	RNF187 (ENSCHIG00000012732)	ENSCHIG00000025835	ZFP2 (ENSCHIG00000010314) #12	ZNF454 (ENSCHIG00000013008) #13	GRM6 (ENSCHIG00000024892) #14	ZNF879 (ENSCHIG00000020873) #15	ZNF354C (ENSCHIG00000014371) #16	ADAMTS2 (ENSCHIG00000027055) #17	RUFY1 (ENSCHIG00000025380) #18	HNRNPH1 (ENSCHIG00000021285) #19	CBY3 (ENSCHIG00000015238) #20	CANX (ENSCHIG00000000679) #21	MAML1 (ENSCHIG00000024765) #22	LTC4S (ENSCHIG00000026999) #23	MGAT4B (ENSCHIG00000010088) #24	ENSCHIG00000000618	SQSTM1 (ENSCHIG00000022932) #25	MRNIP (ENSCHIG00000017185) #26	TBC1D9B (ENSCHIG00000009249) #27	RNF130 (ENSCHIG00000026077) #28	ENSCHIG00000011545	RASGEF1C (ENSCHIG00000021172)	MAPK9 (ENSCHIG00000013958)	ENSCHIG00000002362	GFPT2 (ENSCHIG00000025952)	ENSCHIG00000024902	CNOT6 (ENSCHIG00000019100)	FLT4 (ENSCHIG00000013670)
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a	ENSGT00390000009510	ENSGT00390000008694.b.b.c.b.cb.b	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000008903.g.b.b	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000159358
Bos	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a	ENSGT00390000009510	ENSGT00390000008694.b.b.c.b.cb.b	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000008903.g.b.b	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000159358
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	29	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a	ENSGT00390000009510	ENSGT00390000008694.b.b.c.b.cb.b	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000008903.g.b.b	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000159358	ENSGT01100000263496.C.c.b.c.b.h.a.b.b
Wild yak	MODERN SPECIES	562														ENSBMUG00000014775 #20	CANX (ENSBMUG00000014802) #21	MAML1 (ENSBMUG00000014817) #22	LTC4S (ENSBMUG00000014843) #23	MGAT4B (ENSBMUG00000014867) #24	SQSTM1 (ENSBMUG00000014880) #25	MRNIP (ENSBMUG00000014911) #26	ENSBMUG00000014921 #27	ENSBMUG00000014931 #27	RNF130 (ENSBMUG00000014992) #28
Domestic yak	MODERN SPECIES	27	ENSBGRG00000003415	H3-4 (ENSBGRG00000003421)	H2AC25 (ENSBGRG00000003429)	RNF187 (ENSBGRG00000003438)	ENSBGRG00000003452	ZNF454 (ENSBGRG00000003460) #13	GRM6 (ENSBGRG00000003481) #14	ZNF354C (ENSBGRG00000003526) #16	ADAMTS2 (ENSBGRG00000003554) #17	ENSBGRG00000003653	ENSBGRG00000003670	RUFY1 (ENSBGRG00000003711) #18	HNRNPH1 (ENSBGRG00000003913) #19	CBY3 (ENSBGRG00000004121) #20	CANX (ENSBGRG00000004174) #21	MAML1 (ENSBGRG00000004268) #22	LTC4S (ENSBGRG00000004319) #23	MGAT4B (ENSBGRG00000004400) #24	SQSTM1 (ENSBGRG00000004587) #25	ENSBGRG00000004761	MRNIP (ENSBGRG00000004791) #26	TBC1D9B (ENSBGRG00000004939) #27	RNF130 (ENSBGRG00000005434) #28	RASGEF1C (ENSBGRG00000005599)	MAPK9 (ENSBGRG00000005703)	GFPT2 (ENSBGRG00000005946)	CNOT6 (ENSBGRG00000006042)	FLT4 (ENSBGRG00000006109)	ENSBGRG00000006323	ENSBGRG00000004259	ENSBGRG00000004267
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00940000160371	ENSGT00940000162155	ENSGT01100000263514.A.e.b	ENSGT00940000153092.a.a.c.b	ENSGT01100000263474.a.b.b.e.b.a.a	ENSGT00390000009510	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000008903.g.b.b	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000159358	ENSGT01100000263496.C.c.b.c.b.h.a.b.b	ENSGT00940000154537.o.b.a.b	ENSGT00940000154537.o.b.a.a.b.b
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	26	TRIM11 (ENSBIXG00005029289)	TRIM17 (ENSBIXG00005029306)	H3-4 (ENSBIXG00005029320)	ENSBIXG00005029327	H2AC25 (ENSBIXG00005029330)	H2BC26 (ENSBIXG00005029334)	RNF187 (ENSBIXG00005029336)	ZNF454 (ENSBIXG00005029356) #13	GRM6 (ENSBIXG00005029370) #14	ZNF354C (ENSBIXG00005029390) #16	ADAMTS2 (ENSBIXG00005029444) #17	RUFY1 (ENSBIXG00005029537) #18	HNRNPH1 (ENSBIXG00005029588) #19	ENSBIXG00005029650 #20	CANX (ENSBIXG00005029662) #21	MAML1 (ENSBIXG00005029688) #22	LTC4S (ENSBIXG00005029703) #23	MGAT4B (ENSBIXG00005029717) #24	SQSTM1 (ENSBIXG00005029735) #25	TBC1D9B (ENSBIXG00005029826) #27	RNF130 (ENSBIXG00005029909) #28	RASGEF1C (ENSBIXG00005029974)	MAPK9 (ENSBIXG00005030066)	GFPT2 (ENSBIXG00005030150)	ENSBIXG00005030167	CNOT6 (ENSBIXG00005030187)	FLT4 (ENSBIXG00005030226)	ENSBIXG00005030277	ENSBIXG00005030287	ENSBIXG00005030304	ENSBIXG00005030312
Cow	MODERN SPECIES	26	H2BC26 (ENSBTAG00000053467)	RNF187 (ENSBTAG00000019667)	ENSBTAG00000052690	ZFP2 (ENSBTAG00000007122) #12	ZNF454 (ENSBTAG00000004262) #13	GRM6 (ENSBTAG00000016187) #14	ENSBTAG00000034973	ZNF879 (ENSBTAG00000038541) #15	ENSBTAG00000055301	ZNF354C (ENSBTAG00000002281) #16	ADAMTS2 (ENSBTAG00000014665) #17	RUFY1 (ENSBTAG00000019868) #18	HNRNPH1 (ENSBTAG00000009389) #19	CBY3 (ENSBTAG00000046663) #20	CANX (ENSBTAG00000048107) #21	MAML1 (ENSBTAG00000050347) #22	LTC4S (ENSBTAG00000009737) #23	MGAT4B (ENSBTAG00000009738) #24	ENSBTAG00000052483	SQSTM1 (ENSBTAG00000015591) #25	MRNIP (ENSBTAG00000015602) #26	TBC1D9B (ENSBTAG00000015611) #27	RNF130 (ENSBTAG00000004856) #28	RASGEF1C (ENSBTAG00000055156)	MAPK9 (ENSBTAG00000004709)	GFPT2 (ENSBTAG00000002215)	CNOT6 (ENSBTAG00000017362)	FLT4 (ENSBTAG00000001462)	ENSBTAG00000037602	OR5W39 (ENSBTAG00000040610)	ENSBTAG00000050327
American bison	MODERN SPECIES	3366	ENSBBBG00000012856	H2AC25 (ENSBBBG00000002529)	H2BC26 (ENSBBBG00000012861)	ENSBBBG00000012877	ENSBBBG00000012896	ZFP2 (ENSBBBG00000012903) #12	ZNF454 (ENSBBBG00000012911) #13	GRM6 (ENSBBBG00000002558) #14	ZNF879 (ENSBBBG00000012952) #15	ZNF354C (ENSBBBG00000012969) #16	ADAMTS2 (ENSBBBG00000013027) #17	RUFY1 (ENSBBBG00000013083) #18	HNRNPH1 (ENSBBBG00000002667) #19	CBY3 (ENSBBBG00000013250) #20	CANX (ENSBBBG00000001618) #21	MAML1 (ENSBBBG00000002705) #22	LTC4S (ENSBBBG00000013326) #23	MGAT4B (ENSBBBG00000001606) #24	ENSBBBG00000002719	SQSTM1 (ENSBBBG00000013370) #25	ENSBBBG00000013424 #26	ENSBBBG00000013442 #27	ENSBBBG00000013465 #27	RNF130 (ENSBBBG00000013530) #28	RASGEF1C (ENSBBBG00000002819)	MAPK9 (ENSBBBG00000002942)	GFPT2 (ENSBBBG00000013816)
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	37										ENSMMSG00000005088	RUFY1 (ENSMMSG00000015267) #18	ENSMMSG00000015206 #19	ENSMMSG00000015194	CBY3 (ENSMMSG00000015178) #20	CANX (ENSMMSG00000015133) #21	MAML1 (ENSMMSG00000015102) #22	LTC4S (ENSMMSG00000015079) #23	MGAT4B (ENSMMSG00000015039) #24	SQSTM1 (ENSMMSG00000014995) #25	MRNIP (ENSMMSG00000014972) #26	TBC1D9B (ENSMMSG00000014868) #27	RNF130 (ENSMMSG00000014811) #28	ENSMMSG00000014794	RASGEF1C (ENSMMSG00000014739)	ENSMMSG00000014721	MAPK9 (ENSMMSG00000014591)	GFPT2 (ENSMMSG00000014477)	CNOT6 (ENSMMSG00000014444)	ADAMTS2 (ENSMMSG00000014340) #17
Yarkand deer	MODERN SPECIES	32	ENSCHYG00000009333	ENSCHYG00000009280	ZFP2 (ENSCHYG00000009266) #12	ZNF454 (ENSCHYG00000009231) #13	GRM6 (ENSCHYG00000025499) #14	ZNF879 (ENSCHYG00000025473) #15	ZNF354C (ENSCHYG00000025442) #16	ENSCHYG00000025422	ADAMTS2 (ENSCHYG00000025226) #17	RUFY1 (ENSCHYG00000025163) #18	HNRNPH1 (ENSCHYG00000025070) #19	ENSCHYG00000025060	ENSCHYG00000025054	ENSCHYG00000025001 #20	CANX (ENSCHYG00000024917) #21	MAML1 (ENSCHYG00000024853) #22	LTC4S (ENSCHYG00000024793) #23	MGAT4B (ENSCHYG00000024710) #24	ENSCHYG00000024695	SQSTM1 (ENSCHYG00000024608) #25	MRNIP (ENSCHYG00000024479) #26	TBC1D9B (ENSCHYG00000024054) #27	ENSCHYG00000023803 #28	RASGEF1C (ENSCHYG00000023602)	MAPK9 (ENSCHYG00000023318)	ENSCHYG00000023280	GFPT2 (ENSCHYG00000023155)	CNOT6 (ENSCHYG00000023069)	SCGB3A1 (ENSCHYG00000023043)	FLT4 (ENSCHYG00000022355)	ENSCHYG00000022304
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000161487	ENSGT00940000162330	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT01030000236091	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00950000186148	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000178333	ENSGT00940000178460	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00900000143807	ENSGT00420000029848.A
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000164840	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162330	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT01030000236091	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00950000186148	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00900000143807	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000163029
Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000164840	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162330	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT01030000236091	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00950000186148	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00900000143807	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000163029
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000164840	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162330	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT01030000236091	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00950000186148	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00900000143807	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000163029
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000164840	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162330	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT01030000236091	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00950000186148	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00900000143807	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000163029
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	111	ENSGT00940000161487	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162330	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT01030000236091	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00950000186148	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00900000143807	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000163029
American black bear	MODERN SPECIES	1385											RUFY1 (ENSUAMG00000011441) #18	HNRNPH1 (ENSUAMG00000011445) #19	CBY3 (ENSUAMG00000011449) #20	CANX (ENSUAMG00000011464) #21	ENSUAMG00000012546	MAML1 (ENSUAMG00000012550) #22	MGAT4B (ENSUAMG00000012554) #24	ENSUAMG00000012575 #23
Polar bear	MODERN SPECIES	336	ENSUMAG00000023920	CLK4 (ENSUMAG00000023922)	ZNF354A (ENSUMAG00000023923)	PROP1 (ENSUMAG00000023925)	ENSUMAG00000023927	ZNF354B (ENSUMAG00000023928)	ZFP2 (ENSUMAG00000023929) #12	ZNF454 (ENSUMAG00000023930) #13	ZNF354C (ENSUMAG00000023932) #16	ZNF879 (ENSUMAG00000023935) #15	ADAMTS2 (ENSUMAG00000023952) #17	RUFY1 (ENSUMAG00000024119) #18	HNRNPH1 (ENSUMAG00000024131) #19	CANX (ENSUMAG00000024212) #21	ENSUMAG00000024214	MAML1 (ENSUMAG00000024215) #22	MGAT4B (ENSUMAG00000024217) #24	ENSUMAG00000024218 #25	ENSUMAG00000024219 #26	TBC1D9B (ENSUMAG00000024277) #27	RNF130 (ENSUMAG00000024538) #28	RASGEF1C (ENSUMAG00000024544)	MAPK9 (ENSUMAG00000024571)	GFPT2 (ENSUMAG00000024574)	CNOT6 (ENSUMAG00000024577)	ENSUMAG00000024578	ENSUMAG00000024580	FLT4 (ENSUMAG00000024583)	ENSUMAG00000024595	ENSUMAG00000024596	ENSUMAG00000024597
Giant Panda	MODERN SPECIES	13	COL23A1 (ENSAMEG00000006381)	CLK4 (ENSAMEG00000009109)	ZNF354A (ENSAMEG00000009107)	ENSAMEG00000020203	PROP1 (ENSAMEG00000030265)	ENSAMEG00000023808	ENSAMEG00000023862	ZNF354B (ENSAMEG00000009090)	ZNF454 (ENSAMEG00000030594) #13	GRM6 (ENSAMEG00000009029) #14	ZNF354C (ENSAMEG00000009025) #16	ENSAMEG00000008993 #17	HNRNPH1 (ENSAMEG00000008888) #19	CBY3 (ENSAMEG00000026250) #20	CANX (ENSAMEG00000008836) #21	MAML1 (ENSAMEG00000008832) #22	LTC4S (ENSAMEG00000008821) #23	MGAT4B (ENSAMEG00000008776) #24	SQSTM1 (ENSAMEG00000008746) #25	MRNIP (ENSAMEG00000008734) #26	TBC1D9B (ENSAMEG00000008647) #27	RNF130 (ENSAMEG00000008631) #28	RASGEF1C (ENSAMEG00000000806)	MAPK9 (ENSAMEG00000000853)	GFPT2 (ENSAMEG00000000889)	CNOT6 (ENSAMEG00000000949)	ENSAMEG00000026585	ENSAMEG00000000972	ENSAMEG00000000974	ENSAMEG00000027505	ENSAMEG00000019809
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	92	ENSGT00940000164840	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162330	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT01030000236091	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00900000143807	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000163029	ENSGT00950000183007.a.b.g.a.b.b.b.b
American mink	MODERN SPECIES	311	ENSNVIG00000009570	ZNF354B (ENSNVIG00000009575)	ZFP2 (ENSNVIG00000009587) #12	ZNF454 (ENSNVIG00000009594) #13	GRM6 (ENSNVIG00000009613) #14	ZNF879 (ENSNVIG00000009657) #15	ZNF354C (ENSNVIG00000009666) #16	ADAMTS2 (ENSNVIG00000009679) #17	ENSNVIG00000009731	RUFY1 (ENSNVIG00000009742) #18	HNRNPH1 (ENSNVIG00000009779) #19	ENSNVIG00000009885 #20	ENSNVIG00000009895	CANX (ENSNVIG00000009897) #21	ENSNVIG00000009926	MAML1 (ENSNVIG00000009929) #22	ENSNVIG00000009938 #23	MGAT4B (ENSNVIG00000009946) #24	SQSTM1 (ENSNVIG00000009967) #25	MRNIP (ENSNVIG00000009983) #26	TBC1D9B (ENSNVIG00000010040) #27	RNF130 (ENSNVIG00000010105) #28	RASGEF1C (ENSNVIG00000010169)	MAPK9 (ENSNVIG00000010230)	GFPT2 (ENSNVIG00000010374)	CNOT6 (ENSNVIG00000010410)	ENSNVIG00000010457	ENSNVIG00000010463	FLT4 (ENSNVIG00000010481)	ENSNVIG00000010621	ENSNVIG00000010627
Ferret	MODERN SPECIES	230	ENSMPUG00000018461	ENSMPUG00000000730	PROP1 (ENSMPUG00000000729)	ZNF354B (ENSMPUG00000000728)	ZFP2 (ENSMPUG00000018460) #12	ZNF454 (ENSMPUG00000000725) #13	GRM6 (ENSMPUG00000000702) #14	ZNF879 (ENSMPUG00000000701) #15	ZNF354C (ENSMPUG00000000700) #16	ADAMTS2 (ENSMPUG00000000699) #17	ENSMPUG00000000697	HNRNPH1 (ENSMPUG00000000693) #19	RUFY1 (ENSMPUG00000000690) #18	CBY3 (ENSMPUG00000018459) #20	CANX (ENSMPUG00000000686) #21	MAML1 (ENSMPUG00000000684) #22	LTC4S (ENSMPUG00000000668) #23	MGAT4B (ENSMPUG00000000665) #24	SQSTM1 (ENSMPUG00000000653) #25	MRNIP (ENSMPUG00000000636) #26	TBC1D9B (ENSMPUG00000000629) #27	RNF130 (ENSMPUG00000000598) #28	RASGEF1C (ENSMPUG00000000596)	MAPK9 (ENSMPUG00000000593)	GFPT2 (ENSMPUG00000000590)	CNOT6 (ENSMPUG00000000587)	SCGB3A1 (ENSMPUG00000000584)	FLT4 (ENSMPUG00000000579)	ENSMPUG00000000578	ENSMPUG00000000575	ENSMPUG00000000573
Canidae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000161487	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162330	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT01030000236091	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00950000183007.a.b.g.b.a.a.a	ENSGT00950000183007.a.b.g.a.b.b.a	ENSGT00950000183007.a.b.g.a.a
Canis_lupus	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000008029.d	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162330	ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT01030000236091	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00950000182802.A.bb	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000153253.b.a.h	ENSGT00950000183007.a.b.g.b.a.a.a	ENSGT00950000183007.a.b.g.a.b.b.a
Dingo	MODERN SPECIES	238	ENSCAFG00020003580	PROP1 (ENSCAFG00020003569)	ENSCAFG00020003565	ZNF354B (ENSCAFG00020003559)	ZFP2 (ENSCAFG00020003554) #12	ZNF454 (ENSCAFG00020003550) #13	GRM6 (ENSCAFG00020003534) #14	ZNF879 (ENSCAFG00020003529) #15	ZNF354C (ENSCAFG00020003521) #16	ADAMTS2 (ENSCAFG00020002876) #17	RUFY1 (ENSCAFG00020002806) #18	HNRNPH1 (ENSCAFG00020002712) #19	CBY3 (ENSCAFG00020002701) #20	CANX (ENSCAFG00020002678) #21	ENSCAFG00020002674	MAML1 (ENSCAFG00020002665) #22	LTC4S (ENSCAFG00020002654) #23	MGAT4B (ENSCAFG00020002640) #24	SQSTM1 (ENSCAFG00020002634) #25	MRNIP (ENSCAFG00020002630) #26	TBC1D9B (ENSCAFG00020002609) #27	RNF130 (ENSCAFG00020002599) #28	RASGEF1C (ENSCAFG00020002586)	MAPK9 (ENSCAFG00020002569)	GFPT2 (ENSCAFG00020002548)	ENSCAFG00020002544	ENSCAFG00020002541	CNOT6 (ENSCAFG00020002441)	FLT4 (ENSCAFG00020002415)	ENSCAFG00020002411	ENSCAFG00020002403
Dog	MODERN SPECIES	2	CLK4 (ENSCAFG00845009410)	ENSCAFG00845009369	ZNF354A (ENSCAFG00845009328)	PROP1 (ENSCAFG00845009295)	OR1AD1 (ENSCAFG00845009275)	ZNF354B (ENSCAFG00845009251)	ZFP2 (ENSCAFG00845009219) #12	ZNF454 (ENSCAFG00845009113) #13	GRM6 (ENSCAFG00845009049) #14	ZNF879 (ENSCAFG00845008945) #15	ADAMTS2 (ENSCAFG00845008674) #17	RUFY1 (ENSCAFG00845008457) #18	HNRNPH1 (ENSCAFG00845008269) #19	ENSCAFG00845008156 #20	CANX (ENSCAFG00845008030) #21	MAML1 (ENSCAFG00845007951) #22	LTC4S (ENSCAFG00845007863) #23	MGAT4B (ENSCAFG00845007711) #24	SQSTM1 (ENSCAFG00845007599) #25	ENSCAFG00845007488 #26	TBC1D9B (ENSCAFG00845007248) #27	RNF130 (ENSCAFG00845007023) #28	RASGEF1C (ENSCAFG00845006880)	MAPK9 (ENSCAFG00845006710)	GFPT2 (ENSCAFG00845006488)	ENSCAFG00845006420	CNOT6 (ENSCAFG00845006394)	ENSCAFG00845006015	ENSCAFG00845005841	ENSCAFG00845005821	ENSCAFG00845005800
Red fox	MODERN SPECIES	111	ZNF354A (ENSVVUG00000001168)	ENSVVUG00000001199	PROP1 (ENSVVUG00000001216)	ENSVVUG00000001223	ZNF354B (ENSVVUG00000001230)	ZFP2 (ENSVVUG00000001258) #12	ZNF454 (ENSVVUG00000001267) #13	GRM6 (ENSVVUG00000001275) #14	ZNF879 (ENSVVUG00000001298) #15	ZNF354C (ENSVVUG00000001301) #16	ADAMTS2 (ENSVVUG00000001350) #17	RUFY1 (ENSVVUG00000001379) #18	HNRNPH1 (ENSVVUG00000001397) #19	ENSVVUG00000001423 #20	CANX (ENSVVUG00000001443) #21	MAML1 (ENSVVUG00000001479) #22	LTC4S (ENSVVUG00000001534) #23	MGAT4B (ENSVVUG00000001609) #24	SQSTM1 (ENSVVUG00000001644) #25	MRNIP (ENSVVUG00000001675) #26	TBC1D9B (ENSVVUG00000001699) #27	RNF130 (ENSVVUG00000001731) #28
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Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	1				ENSGT00940000162570	ENSGT00940000162851	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000178333	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000163029	ENSGT00530000063632.B
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	3					ENSGT00940000162851	ENSGT00940000162743 #12	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000178333	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000163029	ENSGT00530000063632.B
Microbat	MODERN SPECIES	1353													RUFY1 (ENSMLUG00000016610) #18	ENSMLUG00000016625 #19	CANX (ENSMLUG00000013027) #21	MAML1 (ENSMLUG00000008087) #22	ENSMLUG00000030145 #23	MGAT4B (ENSMLUG00000006819) #24	SQSTM1 (ENSMLUG00000001250) #25	ENSMLUG00000001257 #26	RNF130 (ENSMLUG00000023943) #28	MAPK9 (ENSMLUG00000005924)	GFPT2 (ENSMLUG00000013606)	CNOT6 (ENSMLUG00000010257)
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	16	ENSRFEG00010020667	ZFP2 (ENSRFEG00010020696) #12	ZNF454 (ENSRFEG00010020708) #13	GRM6 (ENSRFEG00010020725) #14	ZNF879 (ENSRFEG00010020752) #15	ZNF354C (ENSRFEG00010020767) #16	ADAMTS2 (ENSRFEG00010020822) #17	ENSRFEG00010020942	ENSRFEG00010020957	RUFY1 (ENSRFEG00010020977) #18	HNRNPH1 (ENSRFEG00010021042) #19	ENSRFEG00010021085	ENSRFEG00010021101	ENSRFEG00010021107 #20	CANX (ENSRFEG00010021119) #21	MAML1 (ENSRFEG00010021142) #22	LTC4S (ENSRFEG00010021169) #23	MGAT4B (ENSRFEG00010021202) #24	SQSTM1 (ENSRFEG00010021248) #25	ENSRFEG00010021266 #26	TBC1D9B (ENSRFEG00010021286) #27	ENSRFEG00010021331	RNF130 (ENSRFEG00010021349) #28	RASGEF1C (ENSRFEG00010021365)	MAPK9 (ENSRFEG00010021397)	GFPT2 (ENSRFEG00010021436)	ENSRFEG00010021453	CNOT6 (ENSRFEG00010021460)	SCGB3A1 (ENSRFEG00010021477)	FLT4 (ENSRFEG00010021493)	ENSRFEG00010021535
Megabat	MODERN SPECIES	389															CANX (ENSPVAG00000015489) #21	MAML1 (ENSPVAG00000015490) #22	ENSPVAG00000015492	MGAT4B (ENSPVAG00000015497) #24	SQSTM1 (ENSPVAG00000015501) #25	MRNIP (ENSPVAG00000015503) #26	TBC1D9B (ENSPVAG00000015506) #27	RNF130 (ENSPVAG00000015510) #28
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES		ENSGT01090000260018.A.a.b	ENSGT01090000259995.b.a.a.b	ENSGT00940000160338	ENSGT00940000163611	ENSGT00940000162750	ENSGT00530000063632.B	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000163029	ENSGT00940000162292	ENSGT00940000162330
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	123	ENSGT01090000260018.D.d.a	ENSGT01090000260018.A.a.b	ENSGT01090000259995.b.a.a.b	ENSGT00940000160338	ENSGT00940000162750	ENSGT00530000063632.B	ENSGT00940000162181 #13	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	127	ENSGT01090000260018.D.d.b	ENSGT01090000260018.D.d.a	ENSGT01090000260018.A.a.b	ENSGT01090000259995.b.a.a.b	ENSGT00940000160338	ENSGT00940000162750	ENSGT00530000063632.B	ENSGT01030000234648.a.b.a.b #14	ENSGT00940000162816 #15	ENSGT00940000162715 #16	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.a.a.a #19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000159358
Elephant	MODERN SPECIES	2	ENSLAFG00000030931	ENSLAFG00000028643	ENSLAFG00000029553	ENSLAFG00000028767	BTNL9 (ENSLAFG00000010886)	ZFP62 (ENSLAFG00000010486)	MGAT1 (ENSLAFG00000009734)	GRM6 (ENSLAFG00000022818) #14	ZNF879 (ENSLAFG00000018662) #15	ZNF354C (ENSLAFG00000006476) #16	ADAMTS2 (ENSLAFG00000006120) #17	RUFY1 (ENSLAFG00000015754) #18	ENSLAFG00000015766 #19	ENSLAFG00000001132 #20	CANX (ENSLAFG00000000512) #21	MAML1 (ENSLAFG00000000515) #22	LTC4S (ENSLAFG00000020490) #23	ENSLAFG00000017123 #24	MGAT4B (ENSLAFG00000030911) #24	SQSTM1 (ENSLAFG00000028515) #25	MRNIP (ENSLAFG00000028457) #26	TBC1D9B (ENSLAFG00000018254) #27	RNF130 (ENSLAFG00000008735) #28	RASGEF1C (ENSLAFG00000002749)	MAPK9 (ENSLAFG00000014532)	GFPT2 (ENSLAFG00000007391)	CNOT6 (ENSLAFG00000016742)	ENSLAFG00000009953	FLT4 (ENSLAFG00000008776)	ENSLAFG00000031837	ENSLAFG00000031942
Hyrax	MODERN SPECIES	2005															CANX (ENSPCAG00000004473) #21	MAML1 (ENSPCAG00000004553) #22
Tenrec	MODERN SPECIES	16434															CANX (ENSETEG00000010509) #21	MAML1 (ENSETEG00000010506) #22
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	1090														ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24
Armadillo	MODERN SPECIES	2373														CBY3 (ENSDNOG00000032017) #20	CANX (ENSDNOG00000009892) #21	MAML1 (ENSDNOG00000009919) #22	LTC4S (ENSDNOG00000037622) #23	MGAT4B (ENSDNOG00000037025) #24
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000155266.x	ENSGT00940000154663	ENSGT00390000000546	ENSGT00390000001562	ENSGT00940000159472	ENSGT00950000183131.a	ENSGT00940000162922	ENSGT00390000013020	ENSGT00950000183176.a	ENSGT00950000182863.A.a.b	ENSGT00940000158764	ENSGT00940000155448	ENSGT00940000159708	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465.a #28	ENSGT00940000159358	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000162238	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000154735
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157601	ENSGT00940000154663	ENSGT00940000155266.x	ENSGT00390000000546	ENSGT00390000001562	ENSGT00940000159472	ENSGT00950000183131.a	ENSGT00940000162922	ENSGT00950000183176.a	ENSGT00950000182863.A.a.b	ENSGT00940000158764	ENSGT00940000155448	ENSGT00940000159708	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465.a #28	ENSGT00940000159358	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000162238	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000154735
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000001804	ENSGT00940000157601.x.a	ENSGT00940000155266.x	ENSGT00390000000546	ENSGT00390000001562	ENSGT00940000159472	ENSGT00950000183131.a	ENSGT00940000162922	ENSGT00950000183176.a	ENSGT00950000182863.A.a.b	ENSGT00940000158764	ENSGT00940000155448	ENSGT00940000159708	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465.a #28	ENSGT00940000159358	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000162238	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000154735
Wallaby	MODERN SPECIES	6536																MAML1 (ENSMEUG00000005948) #22	LTC4S (ENSMEUG00000005965) #23	MGAT4B (ENSMEUG00000005974) #24
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000157601.x.b	ENSGT00940000154663	ENSGT00940000155266.x	ENSGT00390000000546	ENSGT00390000001562	ENSGT00940000159472	ENSGT00950000183131.a	ENSGT00940000162922	ENSGT00950000183176.a	ENSGT00950000182863.A.a.b	ENSGT00940000158764	ENSGT00940000155448	ENSGT00940000159708	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465.a #28	ENSGT00940000159358	ENSGT00420000029848.A	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000162238	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000154735
Common wonbat	MODERN SPECIES	1023	EIF2S2 (ENSVURG00010019246)	ENSVURG00010019251	CHMP4B (ENSVURG00010019263)	ENSVURG00010019269	ZNF341 (ENSVURG00010019277)	PXMP4 (ENSVURG00010019297)	E2F1 (ENSVURG00010019304)	NECAB3 (ENSVURG00010019324)	ACTL10 (ENSVURG00010019341)	CBFA2T2 (ENSVURG00010019347)	SNTA1 (ENSVURG00010019377)	TOX2 (ENSVURG00010019590)	SRSF6 (ENSVURG00010019601)	L3MBTL1 (ENSVURG00010019617)	CANX (ENSVURG00010019632) #21	MAML1 (ENSVURG00010019659) #22	SQSTM1 (ENSVURG00010019670) #25	TBC1D9B (ENSVURG00010019683) #27	RNF130 (ENSVURG00010019705) #28	FLT4 (ENSVURG00010019743)	ENSVURG00010019769	MAPK9 (ENSVURG00010019784)	GFPT2 (ENSVURG00010019801)	CNOT6 (ENSVURG00010019814)	RASGEF1C (ENSVURG00010019833)	CLK4 (ENSVURG00010019863)	ENSVURG00010019893	PHYKPL (ENSVURG00010019924)	HNRNPAB (ENSVURG00010000096)	NHP2 (ENSVURG00010000133)	ENSVURG00010000153
koala	MODERN SPECIES	74	ENSPCIG00000011153	CHMP4B (ENSPCIG00000005848)	ENSPCIG00000005849	ZNF341 (ENSPCIG00000005844)	PXMP4 (ENSPCIG00000005843)	E2F1 (ENSPCIG00000005835)	NECAB3 (ENSPCIG00000005831)	ENSPCIG00000005833	ENSPCIG00000005830	SNTA1 (ENSPCIG00000005829)	TOX2 (ENSPCIG00000005825)	SRSF6 (ENSPCIG00000003820)	L3MBTL1 (ENSPCIG00000003824)	ENSPCIG00000033556 #20	CANX (ENSPCIG00000003888) #21	MAML1 (ENSPCIG00000003902) #22	ENSPCIG00000003908 #23	MGAT4B (ENSPCIG00000003915) #24	SQSTM1 (ENSPCIG00000003936) #25	TBC1D9B (ENSPCIG00000003952) #27	ENSPCIG00000003992 #28	FLT4 (ENSPCIG00000004027)	ENSPCIG00000004056	MAPK9 (ENSPCIG00000004062)	GFPT2 (ENSPCIG00000004080)	CNOT6 (ENSPCIG00000020319)	RASGEF1C (ENSPCIG00000018198)	CLK4 (ENSPCIG00000018201)	COL23A1 (ENSPCIG00000037047)	PHYKPL (ENSPCIG00000002747)	HNRNPAB (ENSPCIG00000002735)
Tasmanian devil	MODERN SPECIES	1	EIF2S2 (ENSSHAG00000029026)	ENSSHAG00000022710	ENSSHAG00000026098	ENSSHAG00000022664	ZNF341 (ENSSHAG00000022447)	PXMP4 (ENSSHAG00000029249)	ENSSHAG00000023415	E2F1 (ENSSHAG00000029215)	ENSSHAG00000023391	ENSSHAG00000024966	ENSSHAG00000015173	ENSSHAG00000013874	ENSSHAG00000012805	ENSSHAG00000028809	ENSSHAG00000011510 #21	MAML1 (ENSSHAG00000011151) #22	LTC4S (ENSSHAG00000025649) #23	MGAT4B (ENSSHAG00000010968) #24	SQSTM1 (ENSSHAG00000025384) #25	ENSSHAG00000009809 #27	ENSSHAG00000008447 #28	ENSSHAG00000007344	ENSSHAG00000006299	MAPK9 (ENSSHAG00000005542)	ENSSHAG00000004019	ENSSHAG00000017436	ENSSHAG00000016960	COL23A1 (ENSSHAG00000015949)	PHYKPL (ENSSHAG00000015838)	ENSSHAG00000015802	NHP2 (ENSSHAG00000015581)
Opossum	MODERN SPECIES		CHMP4B (ENSMODG00000002830)	ZNF341 (ENSMODG00000002856)	PXMP4 (ENSMODG00000002864)	E2F1 (ENSMODG00000002875)	ENSMODG00000002988	ENSMODG00000002993	NECAB3 (ENSMODG00000002977)	CBFA2T2 (ENSMODG00000003023)	SNTA1 (ENSMODG00000003050)	TOX2 (ENSMODG00000003070)	ENSMODG00000023076	SRSF6 (ENSMODG00000003107)	L3MBTL1 (ENSMODG00000003647)	ENSMODG00000003673 #20	ENSMODG00000003708 #21	MAML1 (ENSMODG00000003725) #22	LTC4S (ENSMODG00000003733) #23	MGAT4B (ENSMODG00000003778) #24	SQSTM1 (ENSMODG00000003806) #25	TBC1D9B (ENSMODG00000003882) #27	ENSMODG00000003904 #28	FLT4 (ENSMODG00000003918)	ENSMODG00000003922	MAPK9 (ENSMODG00000003946)	GFPT2 (ENSMODG00000003969)	CNOT6 (ENSMODG00000003979)	RASGEF1C (ENSMODG00000004052)	CLK4 (ENSMODG00000004119)	COL23A1 (ENSMODG00000004172)	HNRNPAB (ENSMODG00000004217)	NHP2 (ENSMODG00000004231)
Platypus	MODERN SPECIES	85	RMND5B (ENSOANG00000043497)	NHP2 (ENSOANG00000001204)	HNRNPAB (ENSOANG00000004998)	PHYKPL (ENSOANG00000004999)	COL23A1 (ENSOANG00000005000)	CLK4 (ENSOANG00000010230)	RASGEF1C (ENSOANG00000010229)	MAPK9 (ENSOANG00000010228)	GFPT2 (ENSOANG00000010227)	CNOT6 (ENSOANG00000010226)	ADAMTS2 (ENSOANG00000010225) #17	ENSOANG00000010223 #18	ENSOANG00000010222 ##19	ENSOANG00000010221 #20	CANX (ENSOANG00000013590) #21	MAML1 (ENSOANG00000013589) #22	LTC4S (ENSOANG00000045177) #23	MGAT4B (ENSOANG00000013588) #24	SQSTM1 (ENSOANG00000014851) #25	ENSOANG00000039463 #26	ENSOANG00000036131	ALAS1 (ENSOANG00000014853)	POC1A (ENSOANG00000014854)	DUSP7 (ENSOANG00000048154)	ACY1 (ENSOANG00000001327)	ABHD14A (ENSOANG00000037506)	ABHD14B (ENSOANG00000037228)	TEX264 (ENSOANG00000040502)	RAD54L2 (ENSOANG00000012793)	DCAF1 (ENSOANG00000012792)	ENSOANG00000001071
Sauria	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000159308	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00990000206303	ENSGT00390000017909	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.b ##19	ENSGT00940000164917	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00940000160738.g.b #23	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738.h #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000158537	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00390000006983	ENSGT00940000155506	ENSGT00940000157138	ENSGT00940000164078.a	ENSGT00940000160823	ENSGT00940000159769.a.b
Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000159308	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00990000206303	ENSGT00390000017909	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.b ##19	ENSGT00940000164917	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00940000160738.g.b #23	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738.g.a #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000158537	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00390000006983	ENSGT00940000155506	ENSGT00940000157138	ENSGT00940000164078.a	ENSGT00940000160823	ENSGT00940000155150.b.b
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00990000206303	ENSGT00390000017909	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.b ##19	ENSGT00940000164917	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00940000160738.g.b #23	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738.g.a #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000158537	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00390000006983	ENSGT00940000155506	ENSGT00940000157138	ENSGT00940000164078.a	ENSGT00940000160823	ENSGT00940000155150.b.b
Aves	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000159595	ENSGT00940000154735	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.b ##19	ENSGT00940000164917	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00940000160738.g.b #23	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738.g.a #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000158537	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00390000006983	ENSGT00940000155506	ENSGT00940000157138	ENSGT00940000164078.a	ENSGT00940000160823	ENSGT00940000155150.b.b
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000159595	ENSGT00940000154735	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00390000017909	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.b ##19	ENSGT00940000164917	ENSGT00940000160738.g.b #23	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738.g.a #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000158537	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00390000006983	ENSGT00940000155506	ENSGT00940000157138	ENSGT00940000164078.a	ENSGT00940000160823	ENSGT00940000155150.b.b
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Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT00940000157840	ENSGT00940000159595	ENSGT00940000154735	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.b ##19	ENSGT00940000164917	ENSGT00940000160738.g.b #23	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738.g.a #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000158537	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00390000006983	ENSGT00940000155506	ENSGT00940000157138	ENSGT00940000164078.a	ENSGT00940000160823	ENSGT00940000155150.b.b
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Kakapo	MODERN SPECIES	6	WNT8A (ENSSHBG00005008010)	NME5 (ENSSHBG00005008026)	HNRNPAB (ENSSHBG00005008039)	PHYKPL (ENSSHBG00005008050)	CLK4 (ENSSHBG00005008068)	RASGEF1C (ENSSHBG00005008091)	MAPK9 (ENSSHBG00005008107)	GFPT2 (ENSSHBG00005008139)	CNOT6 (ENSSHBG00005008176)	ADAMTS2 (ENSSHBG00005008223) #17	RUFY1 (ENSSHBG00005008332) #18	ENSSHBG00005008360 ##19	ENSSHBG00005008382	ENSSHBG00005008385 #23	CANX (ENSSHBG00005008393) #21	MAML1 (ENSSHBG00005008399) #22	ENSSHBG00005008408 #23	MGAT4B (ENSSHBG00005008420) #24	SQSTM1 (ENSSHBG00005008441) #25	ENSSHBG00005008459 #26	TBC1D9B (ENSSHBG00005008481) #27	RNF130 (ENSSHBG00005008494) #28	FLT4 (ENSSHBG00005008539)	ENSSHBG00005008652	ENSSHBG00005000759	ENSSHBG00005005364	HMGXB3 (ENSSHBG00005005462)	CSF1R (ENSSHBG00005005702)	ENSSHBG00005005995	ENSSHBG00005006031	ENSSHBG00005006039
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000159595	ENSGT00940000154735	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00390000017909	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.b ##19	ENSGT00940000164917	ENSGT00940000160738.g.b #23	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738.g.a #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000158537	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00390000006983	ENSGT00940000155506	ENSGT00940000157138	ENSGT00940000164078.a	ENSGT00940000160823	ENSGT00940000159769.a.b
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Flycatcher	MODERN SPECIES	4	NME5 (ENSFALG00000007651)	PHYKPL (ENSFALG00000007658)	ENSFALG00000007654	ENSFALG00000007671	ENSFALG00000007682	RASGEF1C (ENSFALG00000007687)	MAPK9 (ENSFALG00000007690)	GFPT2 (ENSFALG00000007695)	CNOT6 (ENSFALG00000029051)	ADAMTS2 (ENSFALG00000007706) #17	RUFY1 (ENSFALG00000007724) #18	ENSFALG00000007747 ##19	ENSFALG00000007761	ENSFALG00000007764 #23	CANX (ENSFALG00000007769) #21	MAML1 (ENSFALG00000025517) #22	ENSFALG00000007777 #23	MGAT4B (ENSFALG00000007786) #24	SQSTM1 (ENSFALG00000023497) #25	ENSFALG00000028425 #26	TBC1D9B (ENSFALG00000007812) #27	RNF130 (ENSFALG00000007816) #28	ENSFALG00000007835	ENSFALG00000007870	ENSFALG00000014366	HMGXB3 (ENSFALG00000007879)	CSF1R (ENSFALG00000007905)	PDGFRB (ENSFALG00000007939)	ENSFALG00000007944	SLC6A7 (ENSFALG00000007961)	ENSFALG00000007989
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000157840	ENSGT00940000159595	ENSGT00940000154735	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.b ##19	ENSGT00940000164917	ENSGT00940000160738.g.b #23	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738.g.a #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000158537	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00390000006983	ENSGT00940000155506	ENSGT00940000157138	ENSGT00940000164078.a	ENSGT00940000160823	ENSGT00940000155150.b.b
Medium ground finch	MODERN SPECIES	11	WNT8A (ENSGFOG00000003821)	NME5 (ENSGFOG00000003839)	HNRNPAB (ENSGFOG00000003855)	PHYKPL (ENSGFOG00000003891)	CLK4 (ENSGFOG00000003915)	RASGEF1C (ENSGFOG00000003937)	MAPK9 (ENSGFOG00000003958)	GFPT2 (ENSGFOG00000003990)	CNOT6 (ENSGFOG00000004035)	ADAMTS2 (ENSGFOG00000004096) #17	RUFY1 (ENSGFOG00000005270) #18	ENSGFOG00000005296 ##19	ENSGFOG00000005339	ENSGFOG00000005388 #23	CANX (ENSGFOG00000000010) #21	MAML1 (ENSGFOG00000000012) #22	ENSGFOG00000000013 #23	MGAT4B (ENSGFOG00000000014) #24	SQSTM1 (ENSGFOG00000000015) #25	ENSGFOG00000000016	TBC1D9B (ENSGFOG00000000023) #27	RNF130 (ENSGFOG00000000027) #28	FLT4 (ENSGFOG00000000045)	ENSGFOG00000000100	ENSGFOG00000000101	HMGXB3 (ENSGFOG00000000106)	CSF1R (ENSGFOG00000000114)	PDGFRB (ENSGFOG00000000122)	ENSGFOG00000000127	SLC6A7 (ENSGFOG00000000134)	ENSGFOG00000000162
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000157840	ENSGT00940000159595	ENSGT00940000154735	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.b ##19	ENSGT00940000164917	ENSGT00940000160738.g.b #23	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738.g.a #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000158537	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00390000006983	ENSGT00940000155506	ENSGT00940000157138	ENSGT00940000164078.a	ENSGT00940000160823	ENSGT00940000155150.b.b
Zebra finch	MODERN SPECIES	4	WNT8A (ENSTGUG00000001171)	NME5 (ENSTGUG00000001170)	HNRNPAB (ENSTGUG00000028392)	PHYKPL (ENSTGUG00000001162)	CLK4 (ENSTGUG00000001155)	RASGEF1C (ENSTGUG00000001150)	MAPK9 (ENSTGUG00000023050)	GFPT2 (ENSTGUG00000001128)	CNOT6 (ENSTGUG00000001119)	ADAMTS2 (ENSTGUG00000001108) #17	RUFY1 (ENSTGUG00000001097) #18	ENSTGUG00000001085 ##19	ENSTGUG00000001082	ENSTGUG00000001074 #23	CANX (ENSTGUG00000001054) #21	MAML1 (ENSTGUG00000001049) #22	ENSTGUG00000001044 #23	MGAT4B (ENSTGUG00000001033) #24	SQSTM1 (ENSTGUG00000001022) #25	ENSTGUG00000021129 #26	TBC1D9B (ENSTGUG00000001013) #27	RNF130 (ENSTGUG00000001009) #28	FLT4 (ENSTGUG00000000983)	ENSTGUG00000027380	ENSTGUG00000000982	HMGXB3 (ENSTGUG00000000975)	CSF1R (ENSTGUG00000000965)	PDGFRB (ENSTGUG00000000942)	ENSTGUG00000000941	SLC6A7 (ENSTGUG00000000917)	CAMK2A (ENSTGUG00000000887)
Common canary	MODERN SPECIES	16	WNT8A (ENSSCAG00000011117)	NME5 (ENSSCAG00000011123)	HNRNPAB (ENSSCAG00000011128)	PHYKPL (ENSSCAG00000011133)	CLK4 (ENSSCAG00000011140)	RASGEF1C (ENSSCAG00000011146)	MAPK9 (ENSSCAG00000011152)	GFPT2 (ENSSCAG00000011157)	CNOT6 (ENSSCAG00000011162)	ADAMTS2 (ENSSCAG00000011211) #17	RUFY1 (ENSSCAG00000011477) #18	ENSSCAG00000011489 ##19	ENSSCAG00000011506	ENSSCAG00000011513 #23	CANX (ENSSCAG00000011524) #21	MAML1 (ENSSCAG00000011526) #22	ENSSCAG00000011528 #23	MGAT4B (ENSSCAG00000011538) #24	SQSTM1 (ENSSCAG00000011545) #25	ENSSCAG00000011551 #26	TBC1D9B (ENSSCAG00000011597) #27	RNF130 (ENSSCAG00000011779) #28	FLT4 (ENSSCAG00000011785)	ENSSCAG00000011795	ENSSCAG00000011798	HMGXB3 (ENSSCAG00000011802)	CSF1R (ENSSCAG00000011805)	PDGFRB (ENSSCAG00000011809)	ENSSCAG00000011822	SLC6A7 (ENSSCAG00000011824)	ENSSCAG00000011830
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000154735	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000163514.C	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00390000017909	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.b ##19	ENSGT00940000164917	ENSGT00940000160738.g.b #23	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738.g.a #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000158537	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00390000006983	ENSGT00940000155506	ENSGT00940000157138	ENSGT00940000164078.a	ENSGT00940000160823	ENSGT00940000155150.b.b
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000154735	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000163514.C	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00390000017909	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.b ##19	ENSGT00940000164917	ENSGT00940000160738.g.b #23	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738.g.a #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000159358.c	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00390000006983	ENSGT00940000155506	ENSGT00940000157138	ENSGT00940000164078.a	ENSGT00940000160823	ENSGT00940000159769.a.b	ENSGT00940000157656.a
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	9	WNT8A (ENSABRG00000003621)	NME5 (ENSABRG00000003571)	HNRNPAB (ENSABRG00000003559)	PHYKPL (ENSABRG00000003395)	CLK4 (ENSABRG00000003361)	RASGEF1C (ENSABRG00000003330)	MAPK9 (ENSABRG00000003268)	GFPT2 (ENSABRG00000003156)	CNOT6 (ENSABRG00000002765)	ADAMTS2 (ENSABRG00000002027) #17	RUFY1 (ENSABRG00000001121) #18	ENSABRG00000000385 ##19	ENSABRG00000018456	ENSABRG00000018451 #23	CANX (ENSABRG00000018390) #21	MAML1 (ENSABRG00000018368) #22	ENSABRG00000018364 #23	MGAT4B (ENSABRG00000018285) #24	SQSTM1 (ENSABRG00000018209) #25	ENSABRG00000018206 #26	TBC1D9B (ENSABRG00000017814) #27	RNF130 (ENSABRG00000017775) #28	FLT4 (ENSABRG00000017535)	ENSABRG00000017496	HMGXB3 (ENSABRG00000017493)	CSF1R (ENSABRG00000017483)	PDGFRB (ENSABRG00000017474)	ENSABRG00000017472	SLC6A7 (ENSABRG00000017465)	ENSABRG00000017460	ARSI (ENSABRG00000017457)
Duck	MODERN SPECIES	5	NME5 (ENSAPLG00000013940)	PHYKPL (ENSAPLG00000014272)	HNRNPAB (ENSAPLG00000014040)	ENSAPLG00000014525	CLK4 (ENSAPLG00000014787)	RASGEF1C (ENSAPLG00000015248)	MAPK9 (ENSAPLG00000013460)	GFPT2 (ENSAPLG00000012941)	CNOT6 (ENSAPLG00000012715)	ENSAPLG00000001038	ADAMTS2 (ENSAPLG00000012527) #17	RUFY1 (ENSAPLG00000010790) #18	ENSAPLG00000010309 ##19	ENSAPLG00000029808	ENSAPLG00000018622 #23	MAML1 (ENSAPLG00000009517) #22	ENSAPLG00000009497 #23	MGAT4B (ENSAPLG00000008886) #24	CANX (ENSAPLG00000009588) #21	MRNIP (ENSAPLG00000008639) #26	ENSAPLG00000016862	TBC1D9B (ENSAPLG00000008106) #27	ENSAPLG00000007868	RNF130 (ENSAPLG00000007959) #28	FLT4 (ENSAPLG00000005955)	ENSAPLG00000011578	ENSAPLG00000018926	ENSAPLG00000021315	ENSAPLG00000005491	CSF1R (ENSAPLG00000013023)	PDGFRB (ENSAPLG00000013101)
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000159595	ENSGT00940000154735	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000163514.C.dc	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413.c	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.b ##19	ENSGT00940000164917	ENSGT00940000160738.g.b #23	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738.g.a #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000158537	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00390000006983	ENSGT00940000155506	ENSGT00940000157138	ENSGT00940000164078.a	ENSGT00940000160823	ENSGT00940000155150.b.b
Japanese quail	MODERN SPECIES	4	WNT8A (ENSCJPG00005005215)	NME5 (ENSCJPG00005005216)	HNRNPAB (ENSCJPG00005005218)	PHYKPL (ENSCJPG00005005220)	CLK4 (ENSCJPG00005005226)	RASGEF1C (ENSCJPG00005005236)	MAPK9 (ENSCJPG00005005246)	GFPT2 (ENSCJPG00005005253)	CNOT6 (ENSCJPG00005005257)	ADAMTS2 (ENSCJPG00005005259) #17	RUFY1 (ENSCJPG00005005260) #18	ENSCJPG00005005262 ##19	ENSCJPG00005005263	ENSCJPG00005005264 #23	CANX (ENSCJPG00005005265) #21	MAML1 (ENSCJPG00005005266) #22	ENSCJPG00005005267 #23	MGAT4B (ENSCJPG00005005272) #24	SQSTM1 (ENSCJPG00005005275) #25	ENSCJPG00005005466 #26	TBC1D9B (ENSCJPG00005005467) #27	RNF130 (ENSCJPG00005005476) #28	FLT4 (ENSCJPG00005005537)	ENSCJPG00005005646	ENSCJPG00005005647	HMGXB3 (ENSCJPG00005005648)	CSF1R (ENSCJPG00005005658)	PDGFRB (ENSCJPG00005005661)	ENSCJPG00005005664	SLC6A7 (ENSCJPG00005005672)	CAMK2A (ENSCJPG00005006530)
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000159595	ENSGT00940000154735	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000163514.C.dc	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413.c	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000164917	ENSGT00940000153503.b ##19	ENSGT00940000160738.g.b #23	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738.g.a #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000158537	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00390000006983	ENSGT00940000155506	ENSGT00940000157138	ENSGT00940000164078.a	ENSGT00940000160823	ENSGT00940000159769.a.b
Turkey	MODERN SPECIES	6	ENSMGAG00000020896	ENSMGAG00000006543	ENSMGAG00000006665	ENSMGAG00000006839	SLC6A7 (ENSMGAG00000006793)	ENSMGAG00000006864	ENSMGAG00000006856	ENSMGAG00000006974	ENSMGAG00000015454	ENSMGAG00000020278	ENSMGAG00000006995	ENSMGAG00000007091 #28	ENSMGAG00000007111 #27	SQSTM1 (ENSMGAG00000007163) #25	ENSMGAG00000019623	MAML1 (ENSMGAG00000015455) #22	ENSMGAG00000007235 #23	MGAT4B (ENSMGAG00000007181) #24	ENSMGAG00000007250 #21	ENSMGAG00000007364 #23	ENSMGAG00000007380	ENSMGAG00000007328 ##19	ENSMGAG00000016936 #18	ENSMGAG00000017243 #17	ENSMGAG00000007477 #17	ENSMGAG00000007499	ENSMGAG00000019477	ENSMGAG00000007504	ENSMGAG00000007540	ENSMGAG00000007606	ENSMGAG00000007555
Chicken	MODERN SPECIES	4	NME5 (ENSGALG00010015198)	PHYKPL (ENSGALG00010015182)	HNRNPAB (ENSGALG00010015142)	ENSGALG00010015122	CLK4 (ENSGALG00010012880)	RASGEF1C (ENSGALG00010015260)	MAPK9 (ENSGALG00010015175)	GFPT2 (ENSGALG00010015161)	CNOT6 (ENSGALG00010015156)	ADAMTS2 (ENSGALG00010015111) #17	RUFY1 (ENSGALG00010015066) #18	DCK2 (ENSGALG00010015049)	HNRNPH1 (ENSGALG00010014967) ##19	LTC4SL (ENSGALG00010016985) #23	CANX (ENSGALG00010016947) #21	MAML1 (ENSGALG00010016964) #22	LTC4S (ENSGALG00010016951) #23	MGAT4B (ENSGALG00010016927) #24	SQSTM1 (ENSGALG00010016907) #25	ENSGALG00010016902 #26	TBC1D9B (ENSGALG00010016893) #27	RNF130 (ENSGALG00010016879) #28	FLT4 (ENSGALG00010016867)	ENSGALG00010016848	NPY7R (ENSGALG00010016842)	HMGXB3 (ENSGALG00010016814)	CSF1R (ENSGALG00010016804)	PDGFRB (ENSGALG00010016785)	CDX1 (ENSGALG00010013660)	SLC6A7 (ENSGALG00010013654)	CAMK2A (ENSGALG00010013576)
African ostrich	MODERN SPECIES	151					RASGEF1C (ENSSCUG00000003111)	MAPK9 (ENSSCUG00000003101)	GFPT2 (ENSSCUG00000003064)	CNOT6 (ENSSCUG00000003037)	ADAMTS2 (ENSSCUG00000003011) #17	RUFY1 (ENSSCUG00000002990) #18	ENSSCUG00000002988 ##19	ENSSCUG00000002987	ENSSCUG00000002986 #20	ENSSCUG00000002985 #23	CANX (ENSSCUG00000002981) #21	MAML1 (ENSSCUG00000002977) #22	ENSSCUG00000002973 #23	MGAT4B (ENSSCUG00000002969) #24	SQSTM1 (ENSSCUG00000002963) #25	TBC1D9B (ENSSCUG00000002940) #27	RNF130 (ENSSCUG00000002936) #28	FLT4 (ENSSCUG00000002935)	ENSSCUG00000002934	ENSSCUG00000002932	HMGXB3 (ENSSCUG00000002931)	CSF1R (ENSSCUG00000002929)	PDGFRB (ENSSCUG00000002926)	CDX1 (ENSSCUG00000002924)	SLC6A7 (ENSSCUG00000002922)	ENSSCUG00000002920	ENSSCUG00000002919
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	34	ENSCPRG00005011444	CLK4 (ENSCPRG00005011465)	RASGEF1C (ENSCPRG00005011474)	MAPK9 (ENSCPRG00005011481)	ENSCPRG00005011483	GFPT2 (ENSCPRG00005011486)	CNOT6 (ENSCPRG00005011509)	ENSCPRG00005011522	ADAMTS2 (ENSCPRG00005011547) #17	RUFY1 (ENSCPRG00005011625) #18	ENSCPRG00005011626 ##19	ENSCPRG00005011644	CBY3 (ENSCPRG00005011659) #20	ENSCPRG00005011664 #23	CANX (ENSCPRG00005011671) #21	MAML1 (ENSCPRG00005011695) #22	ENSCPRG00005011702 #23	MGAT4B (ENSCPRG00005011711) #24	SQSTM1 (ENSCPRG00005011756) #25	TBC1D9B (ENSCPRG00005011777) #27	RNF130 (ENSCPRG00005012289) #28	FLT4 (ENSCPRG00005012318)	ENSCPRG00005012347	ENSCPRG00005012348	HMGXB3 (ENSCPRG00005012352)	CSF1R (ENSCPRG00005012357)	PDGFRB (ENSCPRG00005012378)	CDX1 (ENSCPRG00005012394)	SLC6A7 (ENSCPRG00005012401)	ENSCPRG00005012440	ARSI (ENSCPRG00005012545)
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000159595	ENSGT00940000154735	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00990000206303	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.b ##19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00940000160738.g.b #23	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738.h #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000158537	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00390000006983	ENSGT00940000155506	ENSGT00940000157138	ENSGT00940000164078.a	ENSGT00940000160823	ENSGT00940000159769.a.b
Testudinoidea	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000159595	ENSGT00940000154735	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00990000206303	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.b ##19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00940000160738.g.b #23	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738.h #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465.k #28	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000158537	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00390000006983	ENSGT00940000155506	ENSGT00940000157138	ENSGT00940000164078.a	ENSGT00940000160823	ENSGT00940000159769.a.b
Emydidae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000159595	ENSGT00940000154735	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00990000206303	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.b ##19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00940000160738.g.b #23	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738.h #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465.k #28	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000158537	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00390000006983	ENSGT00940000155506	ENSGT00940000157138	ENSGT00940000164078.a	ENSGT00940000160823	ENSGT00940000159769.a.b
Three-toed box turtle	MODERN SPECIES	306	PHYKPL (ENSTMTG00000021627)	CLK4 (ENSTMTG00000021774)	ENSTMTG00000021776	ENSTMTG00000021780	ENSTMTG00000021783	MAPK9 (ENSTMTG00000021786)	GFPT2 (ENSTMTG00000021791)	CNOT6 (ENSTMTG00000021799)	ENSTMTG00000021810	ADAMTS2 (ENSTMTG00000021825) #17	RUFY1 (ENSTMTG00000021859) #18	ENSTMTG00000021863 ##19	CBY3 (ENSTMTG00000021868) #20	ENSTMTG00000021871 #23	CANX (ENSTMTG00000021875) #21	MAML1 (ENSTMTG00000021882) #22	ENSTMTG00000021885 #23	MGAT4B (ENSTMTG00000021892) #24	SQSTM1 (ENSTMTG00000021899) #25	MRNIP (ENSTMTG00000021907) #26	ENSTMTG00000021915 #27	ENSTMTG00000021922 #28	ENSTMTG00000021926 #28	FLT4 (ENSTMTG00000021944)	ENSTMTG00000022061	ENSTMTG00000022065	HMGXB3 (ENSTMTG00000022068)	CSF1R (ENSTMTG00000022078)	PDGFRB (ENSTMTG00000022087)	ENSTMTG00000022099	SLC6A7 (ENSTMTG00000022103)
painted turtle	MODERN SPECIES	17	WNT8A (ENSCPBG00000008804)	NME5 (ENSCPBG00000008814)	HNRNPAB (ENSCPBG00000008819)	PHYKPL (ENSCPBG00000008828)	CLK4 (ENSCPBG00000008860)	RASGEF1C (ENSCPBG00000008876)	MAPK9 (ENSCPBG00000008892)	GFPT2 (ENSCPBG00000008900)	CNOT6 (ENSCPBG00000008908)	ADAMTS2 (ENSCPBG00000008971) #17	RUFY1 (ENSCPBG00000009504) #18	ENSCPBG00000009511 ##19	CBY3 (ENSCPBG00000009516) #20	CANX (ENSCPBG00000009538) #21	ENSCPBG00000009559 #23	MAML1 (ENSCPBG00000009562) #22	ENSCPBG00000009566 #23	MGAT4B (ENSCPBG00000009577) #24	SQSTM1 (ENSCPBG00000009588) #25	MRNIP (ENSCPBG00000009592) #26	TBC1D9B (ENSCPBG00000009598) #27	RNF130 (ENSCPBG00000009611) #28	FLT4 (ENSCPBG00000009620)	ENSCPBG00000009632	ENSCPBG00000009634	HMGXB3 (ENSCPBG00000009638)	CSF1R (ENSCPBG00000009658)	PDGFRB (ENSCPBG00000009762)	ENSCPBG00000010062	SLC6A7 (ENSCPBG00000010064)	ENSCPBG00000010071
Testudinidae	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000159595	ENSGT00940000154735	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00990000206303	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.b ##19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00940000160738.g.b #23	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738.h #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465.k #28	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000158537	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00390000006983	ENSGT00940000155506	ENSGT00940000157138	ENSGT00940000164078.a	ENSGT00940000160823	ENSGT00940000159769.a.b
Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	237											RUFY1 (ENSCABG00000013374) #18	ENSCABG00000013364 ##19	CBY3 (ENSCABG00000013355) #20	ENSCABG00000013352 #23	CANX (ENSCABG00000013349) #21	MAML1 (ENSCABG00000013344) #22	ENSCABG00000013340 #23	MGAT4B (ENSCABG00000013290) #24	SQSTM1 (ENSCABG00000013281) #25	ENSCABG00000013271 #26	TBC1D9B (ENSCABG00000013268) #27	RNF130 (ENSCABG00000013266) #28	FLT4 (ENSCABG00000013263)	ENSCABG00000013262	ENSCABG00000013261	HMGXB3 (ENSCABG00000013259)	CSF1R (ENSCABG00000013256)	PDGFRB (ENSCABG00000013252)	ENSCABG00000013250	SLC6A7 (ENSCABG00000013248)	ENSCABG00000013106
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	22	NME5 (ENSGEVG00005005872)	HNRNPAB (ENSGEVG00005005840)	PHYKPL (ENSGEVG00005005802)	CLK4 (ENSGEVG00005005769)	ENSGEVG00005005740	ENSGEVG00005005718	MAPK9 (ENSGEVG00005005690)	GFPT2 (ENSGEVG00005005244)	CNOT6 (ENSGEVG00005005127)	ADAMTS2 (ENSGEVG00005004876) #17	RUFY1 (ENSGEVG00005004747) #18	ENSGEVG00005004646 ##19	CBY3 (ENSGEVG00005004582) #20	ENSGEVG00005004559 #23	CANX (ENSGEVG00005004531) #21	MAML1 (ENSGEVG00005004480) #22	MGAT4B (ENSGEVG00005004436) #24	SQSTM1 (ENSGEVG00005004406) #25	ENSGEVG00005004379 #26	TBC1D9B (ENSGEVG00005004291) #27	RNF130 (ENSGEVG00005004213) #28	FLT4 (ENSGEVG00005004155)	ENSGEVG00005004116	ENSGEVG00005004104	HMGXB3 (ENSGEVG00005004074)	CSF1R (ENSGEVG00005004047)	PDGFRB (ENSGEVG00005004021)	ENSGEVG00005015618	SLC6A7 (ENSGEVG00005015551)	ENSGEVG00005015248	ARSI (ENSGEVG00005015155)
Chinese turtle	MODERN SPECIES	2223						MAPK9 (ENSPSIG00000015702)	GFPT2 (ENSPSIG00000017124)	CNOT6 (ENSPSIG00000017307)	ADAMTS2 (ENSPSIG00000017460) #17	ENSPSIG00000018080	RUFY1 (ENSPSIG00000018084) #18	ENSPSIG00000003206 ##19	CBY3 (ENSPSIG00000001279) #20	ENSPSIG00000003648 #23	ENSPSIG00000003895	MAML1 (ENSPSIG00000006251) #22	ENSPSIG00000006651 #23	MGAT4B (ENSPSIG00000006815) #24	SQSTM1 (ENSPSIG00000009647) #25	TBC1D9B (ENSPSIG00000010089) #27	RNF130 (ENSPSIG00000010310) #28	FLT4 (ENSPSIG00000010766)	ENSPSIG00000012124	ENSPSIG00000012211	HMGXB3 (ENSPSIG00000012325)	CSF1R (ENSPSIG00000013142)	PDGFRB (ENSPSIG00000013306)	ENSPSIG00000014400	ENSPSIG00000014421	SLC6A7 (ENSPSIG00000014435)	CAMK2A (ENSPSIG00000015140)
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000159595	ENSGT00940000154735	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.b ##19	ENSGT00940000164917	ENSGT00940000160738.g.b #23	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738.h #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000158537	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00390000006983	ENSGT00940000155506	ENSGT00940000157138	ENSGT00940000164078.a	ENSGT00940000160823	ENSGT00940000159769.a.b
tuatara	MODERN SPECIES	76											RUFY1 (ENSSPUG00000012668) #18	ENSSPUG00000012650	ENSSPUG00000012604 ##19	ENSSPUG00000012592 #23	CANX (ENSSPUG00000012543) #21	MAML1 (ENSSPUG00000012521) #22	ENSSPUG00000012505 #23	MGAT4B (ENSSPUG00000012489) #24	SQSTM1 (ENSSPUG00000012466) #25	TBC1D9B (ENSSPUG00000012435) #27	RNF130 (ENSSPUG00000012407) #28	FLT4 (ENSSPUG00000012355)	ENSSPUG00000012335	ENSSPUG00000012323	HMGXB3 (ENSSPUG00000012293)	ENSSPUG00000012177
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000157840	ENSGT00940000159595	ENSGT00940000154735	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.b ##19	ENSGT00940000164917	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738.h #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000158537.q	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00390000006983	ENSGT00940000155506	ENSGT00940000157138	ENSGT00940000164078.a	ENSGT00940000160823	ENSGT00940000159769.a.b
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000157840	ENSGT00940000159595	ENSGT00940000154735	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.b ##19	ENSGT00940000164917	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738.h #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000158537.q	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00390000006983	ENSGT00940000155506	ENSGT00940000157138	ENSGT00940000164078.a	ENSGT00940000160823	ENSGT00940000159769.a.b
Common wall lizard	MODERN SPECIES	10	ENSPMRG00000005186	CLK4 (ENSPMRG00000005199)	ENSPMRG00000005208	RASGEF1C (ENSPMRG00000005209)	ENSPMRG00000005233	MAPK9 (ENSPMRG00000005346)	GFPT2 (ENSPMRG00000005986)	CNOT6 (ENSPMRG00000006015)	ENSPMRG00000006040	ADAMTS2 (ENSPMRG00000006052) #17	RUFY1 (ENSPMRG00000006070) #18	ENSPMRG00000006085 ##19	ENSPMRG00000006105	ENSPMRG00000006119 #20	CANX (ENSPMRG00000006136) #21	MAML1 (ENSPMRG00000006146) #22	LTC4S (ENSPMRG00000006149) #23	MGAT4B (ENSPMRG00000006196) #24	ENSPMRG00000006337	SQSTM1 (ENSPMRG00000006341) #25	TBC1D9B (ENSPMRG00000006347) #27	RNF130 (ENSPMRG00000006358) #28	FLT4 (ENSPMRG00000006396)	ENSPMRG00000006576	ENSPMRG00000006587	HMGXB3 (ENSPMRG00000006592)	CSF1R (ENSPMRG00000006617)	PDGFRB (ENSPMRG00000006636)	ENSPMRG00000006678	ENSPMRG00000006684	SLC6A7 (ENSPMRG00000006718)
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	1	WNT8A (ENSSMRG00000017357)	NME5 (ENSSMRG00000017355)	HNRNPAB (ENSSMRG00000017354)	PHYKPL (ENSSMRG00000017351)	CLK4 (ENSSMRG00000017348)	RASGEF1C (ENSSMRG00000017347)	MAPK9 (ENSSMRG00000017326)	GFPT2 (ENSSMRG00000017323)	CNOT6 (ENSSMRG00000017317)	ADAMTS2 (ENSSMRG00000017315) #17	RUFY1 (ENSSMRG00000017302) #18	ENSSMRG00000017301 ##19	ENSSMRG00000017247	CBY3 (ENSSMRG00000017244) #20	CANX (ENSSMRG00000017242) #21	MAML1 (ENSSMRG00000017240) #22	LTC4S (ENSSMRG00000017239) #23	MGAT4B (ENSSMRG00000017235) #24	SQSTM1 (ENSSMRG00000017222) #25	MRNIP (ENSSMRG00000017221) #26	TBC1D9B (ENSSMRG00000017219) #27	RNF130 (ENSSMRG00000017217) #28	FLT4 (ENSSMRG00000017187)	ENSSMRG00000017184	ENSSMRG00000017161	HMGXB3 (ENSSMRG00000017160)	CSF1R (ENSSMRG00000017157)	PDGFRB (ENSSMRG00000017145)	ENSSMRG00000017111	SLC6A7 (ENSSMRG00000017102)	ENSSMRG00000017099
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000167593	ENSGT00940000157840	ENSGT00940000159595	ENSGT00940000154735	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.b ##19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738.h #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000158537.q	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00390000006983	ENSGT00940000155506	ENSGT00940000157138	ENSGT00940000164078.a	ENSGT00940000160823	ENSGT00940000159769.a.b	ENSGT00940000155150.b.b
Lizard	MODERN SPECIES	1	ENSACAG00000016845	ENSACAG00000035594	ENSACAG00000038736	ENSACAG00000037767	CLK4 (ENSACAG00000016756)	RASGEF1C (ENSACAG00000016734)	ENSACAG00000016677	CNOT6 (ENSACAG00000016548)	ENSACAG00000037960	ADAMTS2 (ENSACAG00000016472) #17	RUFY1 (ENSACAG00000016379) #18	ENSACAG00000016323	ENSACAG00000016304	CBY3 (ENSACAG00000025487) #20	CANX (ENSACAG00000016222) #21	MAML1 (ENSACAG00000016211) #22	LTC4S (ENSACAG00000029619) #23	MGAT4B (ENSACAG00000016121) #24	SQSTM1 (ENSACAG00000016080) #25	TBC1D9B (ENSACAG00000016000) #27	RNF130 (ENSACAG00000015967) #28	ENSACAG00000015792	ENSACAG00000015787	ENSACAG00000015780	HMGXB3 (ENSACAG00000015661)	CSF1R (ENSACAG00000015531)	PDGFRB (ENSACAG00000015352)	ENSACAG00000041665	SLC6A7 (ENSACAG00000015182)	ENSACAG00000038325	ENSACAG00000039708
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000167593	ENSGT00940000157840	ENSGT00940000159595	ENSGT00940000154735	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.b ##19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738.h #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000158537.q	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00390000006983	ENSGT00940000155506.a.b	ENSGT00940000155506.b	ENSGT00940000155506.a.a	ENSGT00940000157138	ENSGT00940000164078.a	ENSGT00940000160823
Indian cobra	MODERN SPECIES	1	NME5 (ENSNNAG00000002331)	PHYKPL (ENSNNAG00000002136)	HNRNPAB (ENSNNAG00000015921)	CLK4 (ENSNNAG00000015875)	RASGEF1C (ENSNNAG00000015846)	MAPK9 (ENSNNAG00000015812)	GFPT2 (ENSNNAG00000015784)	CNOT6 (ENSNNAG00000015766)	ADAMTS2 (ENSNNAG00000015503) #17	ENSNNAG00000015480	RUFY1 (ENSNNAG00000015452) #18	ENSNNAG00000015290 ##19	ENSNNAG00000015253 ##19	CBY3 (ENSNNAG00000015244) #20	CANX (ENSNNAG00000015226) #21	MAML1 (ENSNNAG00000015209) #22	LTC4S (ENSNNAG00000015194) #23	MGAT4B (ENSNNAG00000015135) #24	SQSTM1 (ENSNNAG00000015110) #25	TBC1D9B (ENSNNAG00000014947) #27	RNF130 (ENSNNAG00000014900) #28	FLT4 (ENSNNAG00000014249)	ENSNNAG00000014188	ENSNNAG00000014174	ENSNNAG00000014156	ENSNNAG00000014101	ENSNNAG00000014072	ENSNNAG00000014016	PDGFRB (ENSNNAG00000013967)	ENSNNAG00000013947	SLC6A7 (ENSNNAG00000013888)
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000157840	ENSGT00940000159595	ENSGT00940000154735	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327.a	ENSGT00940000158327.b	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.b ##19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738.h #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000158537.q	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00390000006983	ENSGT00940000155506.b	ENSGT00940000157138	ENSGT00940000164078.a	ENSGT00940000160823	ENSGT00940000159769.a.b	ENSGT00940000155150.b.b
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000167593	ENSGT00940000157840	ENSGT00940000159595	ENSGT00940000154735	ENSGT00940000159222	ENSGT00940000160245	ENSGT00940000161005	ENSGT00940000158327.b	ENSGT00940000156413	ENSGT00940000158978	ENSGT00940000156647 #17	ENSGT00940000158334 #18	ENSGT00940000153503.b ##19	ENSGT00940000153137.a.b.a #20	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738.h #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000158537.q	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00390000006983	ENSGT00940000155506.b	ENSGT00940000157138	ENSGT00940000164078.a	ENSGT00940000160823	ENSGT00940000159769.a.b	ENSGT00940000155150.b.b
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	4	ENSNSUG00000003027	WNT8A (ENSNSUG00000003023)	NME5 (ENSNSUG00000003018)	HNRNPAB (ENSNSUG00000003013)	PHYKPL (ENSNSUG00000003010)	ENSNSUG00000003008	ENSNSUG00000003006	RASGEF1C (ENSNSUG00000003000)	MAPK9 (ENSNSUG00000001062)	GFPT2 (ENSNSUG00000000642)	CNOT6 (ENSNSUG00000000401)	ADAMTS2 (ENSNSUG00000000282) #17	RUFY1 (ENSNSUG00000000250) #18	ENSNSUG00000000189 ##19	CANX (ENSNSUG00000000167) #21	MAML1 (ENSNSUG00000000157) #22	LTC4S (ENSNSUG00000000155) #23	MGAT4B (ENSNSUG00000000140) #24	SQSTM1 (ENSNSUG00000000120) #25	TBC1D9B (ENSNSUG00000000054) #27	RNF130 (ENSNSUG00000000017) #28	FLT4 (ENSNSUG00000017387)	ENSNSUG00000017386	ENSNSUG00000017385	HMGXB3 (ENSNSUG00000017381)	CSF1R (ENSNSUG00000017380)	PDGFRB (ENSNSUG00000017176)	ENSNSUG00000017175	SLC6A7 (ENSNSUG00000017174)	ENSNSUG00000017173	CAMK2A (ENSNSUG00000017172)
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	6	WNT8A (ENSPTXG00000013422)	NME5 (ENSPTXG00000013423)	HNRNPAB (ENSPTXG00000013424)	PHYKPL (ENSPTXG00000013425)	CLK4 (ENSPTXG00000013427)	ENSPTXG00000013432	ENSPTXG00000013438	MAPK9 (ENSPTXG00000013445)	GFPT2 (ENSPTXG00000013451)	CNOT6 (ENSPTXG00000013459)	ADAMTS2 (ENSPTXG00000013465) #17	RUFY1 (ENSPTXG00000013471) #18	ENSPTXG00000013472 ##19	CBY3 (ENSPTXG00000013477) #20	CANX (ENSPTXG00000013479) #21	MAML1 (ENSPTXG00000013482) #22	LTC4S (ENSPTXG00000013484) #23	MGAT4B (ENSPTXG00000013485) #24	SQSTM1 (ENSPTXG00000013486) #25	TBC1D9B (ENSPTXG00000013487) #27	RNF130 (ENSPTXG00000013488) #28	FLT4 (ENSPTXG00000013489)	ENSPTXG00000013500	ENSPTXG00000013505	HMGXB3 (ENSPTXG00000013506)	CSF1R (ENSPTXG00000013509)	PDGFRB (ENSPTXG00000013519)	ENSPTXG00000013573	SLC6A7 (ENSPTXG00000013578)	ENSPTXG00000013584	CAMK2A (ENSPTXG00000013592)
Blue-lipped sea krait	DUPLICATION
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	4904													ENSLLTG00000008347 ##19	CBY3 (ENSLLTG00000008463) #20	CANX (ENSLLTG00000008523) #21	ENSLLTG00000008559 #22
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	9093																ENSLLTG00000013494 #22	ENSLLTG00000013275 #23
Anura	ANCESTRAL SPECIES	275														ENSGT00940000160738.d.b #23	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738.d.a #23	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000159358
Frog	MODERN SPECIES	3	adra1b (ENSXETG00000043868)	ENSXETG00000032320	ENSXETG00000046538	ENSXETG00000038193	ENSXETG00000031824	ENSXETG00000049460	glra1 (ENSXETG00000001966)	ENSXETG00000043513	nmur2 (ENSXETG00000001947)	ENSXETG00000044367	gria1 (ENSXETG00000001922)	ENSXETG00000035756	fam114a2 (ENSXETG00000034241)	gtf3c3 (ENSXETG00000027469)	mfap3 (ENSXETG00000003680)	maml1 (ENSXETG00000011243) #22	ltc4s.1 (ENSXETG00000045810) #23	ENSXETG00000043107	mgat4b (ENSXETG00000011234) #24	cracr2a (ENSXETG00000040901)	ENSXETG00000048538	parp11 (ENSXETG00000011229)	tigar (ENSXETG00000005971)	fgf23.2 (ENSXETG00000026353)	fgf23.1 (ENSXETG00000043568)	fgf6 (ENSXETG00000049430)	ENSXETG00000005967	c12orf4 (ENSXETG00000005966)	rad51ap1 (ENSXETG00000011389)	caprin2 (ENSXETG00000007516)	ipo8 (ENSXETG00000007514)
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES	6	ENSLLEG00000017282	ENSLLEG00000017329	ENSLLEG00000017421	ENSLLEG00000017447	PCDH1 (ENSLLEG00000017533)	ENSLLEG00000018025	ENSLLEG00000018042	ENSLLEG00000018064	ENSLLEG00000018110	ENSLLEG00000018145	ENSLLEG00000018393	PCDH12 (ENSLLEG00000018488)	ENSLLEG00000018550 #23	CANX (ENSLLEG00000018685) #21	ENSLLEG00000018852	MAML1 (ENSLLEG00000018881) #22	ENSLLEG00000018955	LTC4S (ENSLLEG00000019025) #23	ENSLLEG00000019099	MGAT4B (ENSLLEG00000019143) #24	ENSLLEG00000019507	ENSLLEG00000019524	UBE2E1 (ENSLLEG00000019548)	ENSLLEG00000019670 #25	TBC1D9B (ENSLLEG00000020024) #27	RNF130 (ENSLLEG00000020465) #28	FLT4 (ENSLLEG00000021066)	ENSLLEG00000021342	ENSLLEG00000021380	ENSLLEG00000021510	ENSLLEG00000021532
Coelacanth	MODERN SPECIES	476			PCDH1 (ENSLACG00000015969)	ENSLACG00000013425	ARAP3 (ENSLACG00000012937)	ENSLACG00000012866	MGAT4B (ENSLACG00000012591) #24	SQSTM1 (ENSLACG00000012177) #25	ENSLACG00000012135 #26	ENSLACG00000012057	ENSLACG00000011951	ENSLACG00000011904 #20	PCDH12 (ENSLACG00000011665)	ENSLACG00000011565 #23	CANX (ENSLACG00000011213) #21	MAML1 (ENSLACG00000010918) #22	ENSLACG00000010673 #23	FCHSD1 (ENSLACG00000010262)	ENSLACG00000010113	hdac3 (ENSLACG00000009761)	DIAPH1 (ENSLACG00000008375)	ENSLACG00000007072	ENSLACG00000007011	ENSLACG00000006212	ENSLACG00000003645
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00510000048167.b.b	ENSGT00940000153322.B.d	ENSGT00940000158869	ENSGT00940000164810	ENSGT00530000063860.a	ENSGT00940000155437	ENSGT00390000015484.i	ENSGT01050000244840.A.b.a	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000178460	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000153137.a.b #20	ENSGT00940000160403	ENSGT00940000155521	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00390000002137	ENSGT00950000186323	ENSGT00940000158371	ENSGT01060000248588.a.c.a	ENSGT01030000235223	ENSGT00940000164983	ENSGT00940000164468	ENSGT01020000230605	ENSGT00940000165118	ENSGT00940000164725
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	53	ENSGT00950000182938.b.b.a	ENSGT00940000158129	ENSGT00510000048167.b.b	ENSGT00940000153322.B.d.b	ENSGT00940000158869	ENSGT00940000164810	ENSGT00530000063860.a	ENSGT00940000155437	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000178460	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000153137.a.b #20	ENSGT00940000160403	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00390000002137	ENSGT00940000161122	ENSGT00940000166070	ENSGT00950000186323	ENSGT00940000158371	ENSGT01060000248588.a.c.a	ENSGT00940000159910	ENSGT00940000163777.a	ENSGT00940000164983	ENSGT00940000164468.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000165118.a
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	163						ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00390000015484.i	ENSGT01050000244840.A.b.a	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000178460	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000153137.a.b #20	ENSGT00940000160403	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00390000002137	ENSGT00940000166070	ENSGT00950000186323	ENSGT00940000158371	ENSGT01060000248588.a.c.a	ENSGT01030000235223	ENSGT00940000159910	ENSGT00940000163777.a	ENSGT00940000164983.d	ENSGT00940000164468.a.a.b.a.a.a.a	ENSGT00940000165118.a.a.a.a.b.b
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	313					ENSGT00940000157645.f	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00390000015484.i	ENSGT01050000244840.A.b.a	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000178460	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000153137.a.b #20	ENSGT00940000160403	ENSGT00940000181346	ENSGT00690000103768
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	125												ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000160403	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b	ENSGT00940000159958.d	ENSGT00390000011368	ENSGT00940000155372	ENSGT00390000012346	ENSGT00940000155988.d	ENSGT00940000154372.a.b.b	ENSGT00940000154372.a.a.a	ENSGT00530000063586.b.c.b	ENSGT00390000010628.b	ENSGT00390000005639.a.a.m	ENSGT00390000000470.n
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00390000015511	ENSGT00940000154508.a.a.s.b	ENSGT00520000055589.d.a.a	ENSGT00940000163251.b.j	ENSGT00940000163251.b.i	ENSGT00390000006550	ENSGT00390000014635	ENSGT00390000006413	ENSGT00390000002313	ENSGT00390000016876	ENSGT00920000149138	ENSGT01030000237568	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000160403	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b	ENSGT00940000159958.d	ENSGT00390000011368	ENSGT00940000155372	ENSGT00390000012346	ENSGT00940000155988.d	ENSGT00940000154372.a.b.b	ENSGT00940000154372.a.a.a	ENSGT00530000063586.b.c.b	ENSGT00390000010628.b	ENSGT00390000000973.a.a	ENSGT00940000156333
Atlantic herring	MODERN SPECIES	12	ENSCHAG00000024027	F2RL3 (ENSCHAG00000024022)	lect2.1 (ENSCHAG00000024002)	ENSCHAG00000023989	ENSCHAG00000023908	hars (ENSCHAG00000023816)	tmco6 (ENSCHAG00000023793)	abhd18 (ENSCHAG00000023675)	rnf103 (ENSCHAG00000023654)	immt (ENSCHAG00000023348)	ptcd3 (ENSCHAG00000023293)	POLR1A (ENSCHAG00000021078)	ENSCHAG00000021000	sqstm1 (ENSCHAG00000020888) #25	mgat4b (ENSCHAG00000020498) #24	MAML1 (ENSCHAG00000020475) #22	ENSCHAG00000020469 #23	ENSCHAG00000020383	PCDH12 (ENSCHAG00000020375)	ENSCHAG00000020368	ENSCHAG00000020350	phox2bb (ENSCHAG00000020341)	tmem33 (ENSCHAG00000020332)	ccna2 (ENSCHAG00000020323)	bbs7 (ENSCHAG00000020200)	anxa5a (ENSCHAG00000020107)	ENSCHAG00000020097	fgfbp2a (ENSCHAG00000020069)	prom1a (ENSCHAG00000018555)	TAPT1 (ENSCHAG00000017540)	FAM193B (ENSCHAG00000017522)
Denticle herring	MODERN SPECIES	9	rmnd5b (ENSDCDG00000023430)	aldob (ENSDCDG00000023422)	acsl1b (ENSDCDG00000017140)	STOX2 (ENSDCDG00000017061)	ENSDCDG00000017056	ENSDCDG00000017048	trappc11 (ENSDCDG00000017017)	abhd18 (ENSDCDG00000016997)	rnf103 (ENSDCDG00000016994)	immt (ENSDCDG00000015430)	ptcd3 (ENSDCDG00000015393)	POLR1A (ENSDCDG00000015349)	sqstm1 (ENSDCDG00000015336) #25	mgat4b (ENSDCDG00000014646) #24	canx (ENSDCDG00000013790) #21	MAML1 (ENSDCDG00000013778) #22	LTC4S (ENSDCDG00000013776) #23	PCDH12 (ENSDCDG00000013775)	ENSDCDG00000013772	ENSDCDG00000013771	LIMCH1 (ENSDCDG00000010937)	phox2bb (ENSDCDG00000010823)	tmem33 (ENSDCDG00000010814)	ccna2 (ENSDCDG00000010811)	bbs7 (ENSDCDG00000010792)	anxa5a (ENSDCDG00000009802)	ENSDCDG00000009756	prom1a (ENSDCDG00000008950)	TAPT1 (ENSDCDG00000006039)	FAM193B (ENSDCDG00000005653)	DDX41 (ENSDCDG00000028280)
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000164374.B.c.a.c	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00950000182810.B.a	ENSGT00940000161050	ENSGT00390000006413	ENSGT00390000002313	ENSGT00390000016876	ENSGT00920000149138	ENSGT00940000153662.A	ENSGT00950000182881.a.b.a.b.z.b	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000160403	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b	ENSGT00940000159958.d	ENSGT00940000154495.b.a.a.b	ENSGT00940000157622.b	ENSGT00940000158505.n.a	ENSGT00940000153713.B.c	ENSGT00390000016928.d	ENSGT00940000159900	ENSGT00940000160999	ENSGT00740000115581.f	ENSGT00940000156736.c.a	ENSGT00390000010318
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000164374.B.c.a.c	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00950000182810.B.a.pb	ENSGT00940000161050	ENSGT00390000006413	ENSGT00390000002313	ENSGT00390000016876	ENSGT00920000149138	ENSGT00940000153662.A	ENSGT00950000182881.a.b.a.b.z.b	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000160403	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b.a	ENSGT00940000159958.d	ENSGT00940000154495.b.a.a.b	ENSGT00940000157622.b	ENSGT00940000158505.n.a	ENSGT00940000153713.B.c	ENSGT00390000016928.d	ENSGT00940000159900	ENSGT00940000160999	ENSGT00740000115581.f	ENSGT00940000156736.c.a	ENSGT00390000010318
Channel catfish	MODERN SPECIES	27	csnk1a1 (ENSIPUG00000013544)	st3gal5 (ENSIPUG00000013530)	atoh8 (ENSIPUG00000013510)	PRELID1 (ENSIPUG00000013482)	mxd3 (ENSIPUG00000013474)	Rnf103 (ENSIPUG00000013447)	Immt (ENSIPUG00000013371)	ptcd3 (ENSIPUG00000013271)	polr1a (ENSIPUG00000013174)	prpf19 (ENSIPUG00000013084)	tcirg1 (ENSIPUG00000013058)	c8h5orf45 (ENSIPUG00000012981)	sqstm1 (ENSIPUG00000013021) #25	mgat4b (ENSIPUG00000012887) #24	canx (ENSIPUG00000012736) #21	maml1 (ENSIPUG00000012722) #22	Ltc4s (ENSIPUG00000009679) #23	pcdh12 (ENSIPUG00000009669)	ENSIPUG00000009653	ENSIPUG00000009629	ENSIPUG00000009620	phox2bb (ENSIPUG00000009610)	smtnl1 (ENSIPUG00000009601)	slc43a3b (ENSIPUG00000009499)	ENSIPUG00000009577	ENSIPUG00000009473	rtn4rl2b (ENSIPUG00000009468)	JAKMIP1 (ENSIPUG00000009398)	Wfs1 (ENSIPUG00000009368)	spon2b (ENSIPUG00000009340)	si:ch211-255i20.3 (ENSIPUG00000009306)
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000164374.B.c.a.c	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00950000182810.B.a.pb	ENSGT00940000161050	ENSGT00390000006413	ENSGT00390000002313	ENSGT00390000016876	ENSGT00920000149138	ENSGT00940000153662.A	ENSGT00950000182881.a.b.a.b.z.b	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000160403	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b.a	ENSGT00940000159958.d	ENSGT00940000154495.b.a.a.b	ENSGT00940000157622.b	ENSGT00940000158505.n.a	ENSGT00940000153713.B.c	ENSGT00390000016928.d	ENSGT00940000159900	ENSGT00940000160999	ENSGT00740000115581.f	ENSGT00940000156736.c.a	ENSGT00390000010318
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	47	ENSGT00940000159358	ENSGT00940000164374.B.c.a.c	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00950000182810.B.a.pb	ENSGT00940000161050	ENSGT00390000006413	ENSGT00390000002313	ENSGT00390000016876	ENSGT00920000149138	ENSGT00940000153662.A	ENSGT00950000182881.a.b.a.b.z.b	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000160403	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00950000183159.a.v.b.a	ENSGT00940000159958.d	ENSGT00940000154495.b.a.a.b	ENSGT00940000157622.b	ENSGT00940000158505.n.a	ENSGT00940000153713.B.c	ENSGT00390000016928.d	ENSGT00940000159900	ENSGT00940000160999	ENSGT00740000115581.f	ENSGT00940000156736.c.a	ENSGT00390000010318
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	818														mgat4b (ENSPNAG00000003582) #24	canx (ENSPNAG00000019082) #21	MAML1 (ENSPNAG00000019059) #22	LTC4S (ENSPNAG00000006952) #23	ENSPNAG00000019035
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	16	rnf103 (ENSAMXG00000036300)	immt (ENSAMXG00000011592)	ENSAMXG00000040680	ptcd3 (ENSAMXG00000011570)	ENSAMXG00000011559	ENSAMXG00000011553	prpf19 (ENSAMXG00000011547)	tcirg1b (ENSAMXG00000011532)	mrnip (ENSAMXG00000035662) #26	sqstm1 (ENSAMXG00000011526) #25	mgat4b (ENSAMXG00000031451) #24	ENSAMXG00000042248	ENSAMXG00000030588	canx (ENSAMXG00000015162) #21	ENSAMXG00000042710	MAML1 (ENSAMXG00000031783) #22	LTC4S (ENSAMXG00000039412) #23	PCDH12 (ENSAMXG00000015011)	ENSAMXG00000029657	ENSAMXG00000037418	ENSAMXG00000036476	phox2bb (ENSAMXG00000043803)	smtnl1 (ENSAMXG00000032862)	slc43a3b (ENSAMXG00000007555)	ENSAMXG00000044034	ENSAMXG00000029059	rtn4rl2b (ENSAMXG00000036104)	JAKMIP1 (ENSAMXG00000007587)	ENSAMXG00000029800	WFS1 (ENSAMXG00000043676)	spon2b (ENSAMXG00000042894)
Electric eel	MODERN SPECIES	406						ENSEEEG00000020829	FBXO38 (ENSEEEG00000020834)	hspa9 (ENSEEEG00000021120)	st3gal5 (ENSEEEG00000023810)	prpf19 (ENSEEEG00000023811)	tcirg1b (ENSEEEG00000023812)	ENSEEEG00000023813	sqstm1 (ENSEEEG00000023814) #25	mgat4b (ENSEEEG00000023817) #24	canx (ENSEEEG00000023823) #21	MAML1 (ENSEEEG00000023829) #22	LTC4S (ENSEEEG00000023830) #23	PCDH12 (ENSEEEG00000023831)	ENSEEEG00000023832	ENSEEEG00000023833
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	74											ENSGT00950000182881.a.b.a.b.z.b	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000163443.m.b	ENSGT00940000160403	ENSGT00940000153662.A	ENSGT00920000149138	ENSGT00390000016876	ENSGT00390000002313	ENSGT00390000006413	ENSGT00940000161050	ENSGT00950000182810.B.a	ENSGT00940000155973.a	ENSGT00940000164374.B.c.a.c	ENSGT00940000159358	ENSGT00530000063113.C	ENSGT00940000159044
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	461												ENSGT01030000237568	ENSGT00390000002781.i #25	ENSGT00940000156526.a.l #24	ENSGT00950000182915.a.a.a.f #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a.c #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000160403.a	ENSGT00940000153662.A.c	ENSGT00920000149138.t	ENSGT00390000016876.d	ENSGT00390000002313.o	ENSGT00390000006413.a	ENSGT00940000161050.d	ENSGT00950000182810.B.a	ENSGT00940000155973.a.a.a	ENSGT00940000155973.a.b	ENSGT00940000164374.B.c.a.c.b	ENSGT00940000159358.k	ENSGT00530000063113.C.b	ENSGT00940000159044.g
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	554														ENSGT00940000156526.a.l #24	ENSGT00950000182915.a.a.a.f #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a.c #22	ENSGT00940000160738.l #23	ENSGT00940000163443.m.b.a	ENSGT00940000160403.b	ENSGT00940000153662.A.d	ENSGT00920000149138.s	ENSGT00390000016876.c	ENSGT00390000002313.p	ENSGT00390000006413.b	ENSGT00940000161050.c
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	410													ENSSGRG00000055531	mgat4b (ENSSGRG00000055532) #24	canx (ENSSGRG00000055533) #21	MAML1 (ENSSGRG00000055534) #22	LTC4S (ENSSGRG00000055535) #23	PCDH12 (ENSSGRG00000055536)	prpf19 (ENSSGRG00000055537)	POLR1A (ENSSGRG00000055538)	ptcd3 (ENSSGRG00000055539)	immt (ENSSGRG00000055540)	mxd3 (ENSSGRG00000055542)	prelid1a (ENSSGRG00000055543)	trim105 (ENSSGRG00000055544)	ENSSGRG00000055545	flt4 (ENSSGRG00000055546)	ergic1 (ENSSGRG00000055547)	neurl1b (ENSSGRG00000055548)	ENSSGRG00000055549	spink2.1 (ENSSGRG00000055550)
Common carp reference	MODERN SPECIES	35	fut11 (ENSCCRG00000001853)	znf185 (ENSCCRG00000001843)	nsdhl (ENSCCRG00000064398)	ENSCCRG00000060509	gcna (ENSCCRG00000001814)	ENSCCRG00000074983	ENSCCRG00000047247	ENSCCRG00000034557	ENSCCRG00000075512	tcirg1b (ENSCCRG00000010051)	ENSCCRG00000071448	sqstm1 (ENSCCRG00000032351) #25	mrnip (ENSCCRG00000073326) #26	mgat4b (ENSCCRG00000026864) #24	canx (ENSCCRG00000009938) #21	ENSCCRG00000026642 #22	LTC4S (ENSCCRG00000026637) #23	itln3 (ENSCCRG00000026551)	ENSCCRG00000068406	prpf19 (ENSCCRG00000025301)	POLR1A (ENSCCRG00000026214)	ptcd3 (ENSCCRG00000018950)	immt (ENSCCRG00000064861)	rnf103 (ENSCCRG00000061956)	mxd3 (ENSCCRG00000050399)	prelid1a (ENSCCRG00000050401)	npy7r (ENSCCRG00000078807)	trim105 (ENSCCRG00000018042)	flt4 (ENSCCRG00000044738)	ergic1 (ENSCCRG00000018050)	dusp1 (ENSCCRG00000018016)
Goldfish	MODERN SPECIES	5	fmr1 (ENSCARG00000022335)	AFF2 (ENSCARG00000023943)	fndc5b (ENSCARG00000023975)	ldlrap1a (ENSCARG00000024042)	maco1a (ENSCARG00000024071)	srfbp1 (ENSCARG00000024117)	e2f3 (ENSCARG00000024121)	ENSCARG00000024139	SOX4 (ENSCARG00000024144)	ENSCARG00000001947	ENSCARG00000002010	sqstm1 (ENSCARG00000002079) #25	mgat4b (ENSCARG00000002195) #24	ENSCARG00000002322	canx (ENSCARG00000002333) #21	MAML1 (ENSCARG00000002416) #22	LTC4S (ENSCARG00000002425) #23	itln3 (ENSCARG00000002439)	PCDH12 (ENSCARG00000002467)	prpf19 (ENSCARG00000002493)	POLR1A (ENSCARG00000002625)	ptcd3 (ENSCARG00000002761)	immt (ENSCARG00000003884)	rnf103 (ENSCARG00000003938)	mxd3 (ENSCARG00000003961)	prelid1a (ENSCARG00000004008)	npy7r (ENSCARG00000004030)	trim105 (ENSCARG00000004043)	flt4 (ENSCARG00000004287)	ergic1 (ENSCARG00000007315)	dusp1 (ENSCARG00000007325)
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	817									ENSGT00940000155085.o	ENSGT00940000175313.a	ENSGT00950000182881.a.b.a.b.z.b	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00390000002781.j #25	ENSGT00940000156526.a.k #24	ENSGT00950000182915.a.a.a.e #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a.d #22
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	163	ENSGT00940000167495.a	ENSGT00390000006915.c.d.a.b	ENSGT00940000160481.d.b	ENSGT00940000158983.b	ENSGT00530000063872.A.e.a.a	ENSGT00940000158229	ENSGT00940000157209.gb.b	ENSGT00440000040163.g	ENSGT00940000155085.o	ENSGT00940000175313.a	ENSGT00950000182881.a.b.a.b.z.b.e	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00390000002781.j #25	ENSGT00940000156526.a.k #24	ENSGT00950000182915.a.a.a.e #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a.d #22	ENSGT00940000160738.k #23	ENSGT00940000160403.a	ENSGT00940000153662.A.c	ENSGT00920000149138.t	ENSGT00390000016876.d	ENSGT00390000002313.o	ENSGT00390000006413.a	ENSGT00940000161050.d	ENSGT00950000182810.B.a	ENSGT00940000155973.a.a.a	ENSGT00940000155973.a.b	ENSGT00940000164374.B.c.a.c.b	ENSGT00940000159358.k	ENSGT00530000063113.C.b	ENSGT00940000159044.g
Golden-line barbel	DUPLICATION
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	3853																ENSSGRG00000007562 #22	LTC4S (ENSSGRG00000007561) #23
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	508	pcdh20 (ENSSGRG00000043026)	plp1a (ENSSGRG00000043028)	RAB9B (ENSSGRG00000043029)	fut11 (ENSSGRG00000043030)	znf185 (ENSSGRG00000043032)	nsdhl (ENSSGRG00000043036)	CETN1 (ENSSGRG00000043058)	gcna (ENSSGRG00000043088)	OGT (ENSSGRG00000043116)	ENSSGRG00000043328	tcirg1b (ENSSGRG00000043334)	ENSSGRG00000043400 #26	ENSSGRG00000043401 #25	mgat4b (ENSSGRG00000043409) #24	canx (ENSSGRG00000043608) #21	ENSSGRG00000043610 #22	itln3 (ENSSGRG00000043613)	PCDH12 (ENSSGRG00000043680)	prpf19 (ENSSGRG00000043684)
Common carp reference	MODERN SPECIES	20	plp1a (ENSCCRG00000020822)	ENSCCRG00000020827	fut11 (ENSCCRG00000077531)	znf185 (ENSCCRG00000056891)	nsdhl (ENSCCRG00000040771)	ENSCCRG00000020804	gcna (ENSCCRG00000040991)	ENSCCRG00000078359	ENSCCRG00000069100	ENSCCRG00000057286	ENSCCRG00000010165	tcirg1b (ENSCCRG00000064394)	sqstm1 (ENSCCRG00000010030) #25	mgat4b (ENSCCRG00000026672) #24	canx (ENSCCRG00000026659) #21	ENSCCRG00000059543 #22	LTC4S (ENSCCRG00000071139) #23	ENSCCRG00000026194	prpf19 (ENSCCRG00000043650)	ENSCCRG00000036478	POLR1A (ENSCCRG00000019390)	ptcd3 (ENSCCRG00000057359)	immt (ENSCCRG00000018425)	rnf103 (ENSCCRG00000018411)	mxd3 (ENSCCRG00000065117)	prelid1a (ENSCCRG00000045616)	npy7r (ENSCCRG00000018397)	trim105 (ENSCCRG00000063176)	flt4 (ENSCCRG00000018078)	ergic1 (ENSCCRG00000079580)	dusp1 (ENSCCRG00000072996)
Goldfish	MODERN SPECIES	5	fut11 (ENSCARG00000050803)	znf185 (ENSCARG00000050911)	OGT (ENSCARG00000050943)	nsdhl (ENSCARG00000051281)	ENSCARG00000051339	gcna (ENSCARG00000051388)	ENSCARG00000051413	ENSCARG00000051425	ENSCARG00000051436	tcirg1b (ENSCARG00000051475)	mrnip (ENSCARG00000051678) #26	sqstm1 (ENSCARG00000051762) #25	mgat4b (ENSCARG00000051850) #24	ENSCARG00000053270	canx (ENSCARG00000053318) #21	MAML1 (ENSCARG00000054236) #22	LTC4S (ENSCARG00000054244) #23	PCDH12 (ENSCARG00000054278)	prpf19 (ENSCARG00000054308)	immt (ENSCARG00000054780)	rnf103 (ENSCARG00000057439)	mxd3 (ENSCARG00000057468)	prelid1a (ENSCARG00000057485)	trim105 (ENSCARG00000057499)	flt4 (ENSCARG00000057551)	ergic1 (ENSCARG00000058036)	dusp1 (ENSCARG00000058118)	neurl1b (ENSCARG00000058153)	spink2.1 (ENSCARG00000058175)	uvssa (ENSCARG00000058197)	nkx1.2lb (ENSCARG00000058237)
Zebrafish	MODERN SPECIES	5	spon2b (ENSDARG00000002732)	WFS1 (ENSDARG00000074617)	JAKMIP1 (ENSDARG00000076090)	rtn4rl2b (ENSDARG00000037495)	slc43a3b (ENSDARG00000057949)	smtnl1 (ENSDARG00000041257)	phox2bb (ENSDARG00000091029)	dicp2.2 (ENSDARG00000099539)	dicp2.1 (ENSDARG00000035101)	ENSDARG00000103774	tcirg1b (ENSDARG00000105142)	sqstm1 (ENSDARG00000075014) #25	mrnip (ENSDARG00000074071) #26	mgat4b (ENSDARG00000004115) #24	canx (ENSDARG00000037488) #21	MAML1 (ENSDARG00000076466) #22	LTC4S (ENSDARG00000062598) #23	itln3 (ENSDARG00000003523)	PCDH12 (ENSDARG00000076594)	prpf19 (ENSDARG00000015239)	POLR1A (ENSDARG00000098375)	ptcd3 (ENSDARG00000103856)	immt (ENSDARG00000102874)	rnf103 (ENSDARG00000100850)	mxd3 (ENSDARG00000098350)	prelid1a (ENSDARG00000098671)	npy7r (ENSDARG00000103623)	trim105 (ENSDARG00000099885)	flt4 (ENSDARG00000104453)	ergic1 (ENSDARG00000100047)	dusp1 (ENSDARG00000100515)
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	263					ENSGT00940000157645.f	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00390000015484.i	ENSGT01050000244840.A.b.a	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000178460	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000153137.a.b #20	ENSGT00940000160403	ENSGT00940000181346	ENSGT00690000103768
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000155244.d	ENSGT00940000173271	ENSGT00940000155341	ENSGT00390000001695	ENSGT00950000183018.b	ENSGT00940000154658.b.i.a	ENSGT00940000157174.d	ENSGT00940000177365	ENSGT00940000159937	ENSGT00390000013344	ENSGT00940000153169.A.b.a	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000160403	ENSGT00940000181346	ENSGT00690000103768	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00390000015484.i	ENSGT01050000244840.A.b.a	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000178460	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000010318	ENSGT00390000011725.c	ENSGT00530000063506.A
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	66	ENSGT00940000153596.A	ENSGT00940000155244.d	ENSGT00940000155341	ENSGT00390000001695	ENSGT00950000183018.b	ENSGT00940000154658.b.i.a	ENSGT00940000157174.d	ENSGT00940000177365	ENSGT00940000159937	ENSGT00390000013344	ENSGT00940000153169.A.b.a	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000160403	ENSGT00940000181346	ENSGT00690000103768	ENSGT00970000197534	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00390000015484.i	ENSGT01050000244840.A.b.a	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000178460	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000010318	ENSGT00390000011725.c
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	78										ENSGT00950000182859.A.a.a.a	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000169511	ENSGT00940000153322.B.d.a	ENSGT00390000017284.b	ENSGT00940000167363	ENSGT01050000244840.A.b.a	ENSGT00940000158869	ENSGT00940000164810	ENSGT00530000063860.a	ENSGT00940000153596.A
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00950000183018.b	ENSGT00940000154658.b.i.a	ENSGT00940000157174.d	ENSGT00940000177365	ENSGT00940000159937	ENSGT00940000167363	ENSGT00390000017284.b	ENSGT00940000153322.B.d.a	ENSGT00940000169511	ENSGT00950000182859.A.a.a.a	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00940000160403	ENSGT00390000003288	ENSGT00510000048167.b.b	ENSGT00940000177647	ENSGT00940000158129	ENSGT00950000182938.b.b.a	ENSGT00940000159354	ENSGT00940000159047.d
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000154658.b.i.a	ENSGT00940000157174.d	ENSGT00940000177365	ENSGT00940000159937	ENSGT00940000167363	ENSGT00390000017284.b	ENSGT00940000153322.B.d.a	ENSGT00940000169511	ENSGT00950000182859.A.a.a.a	ENSGT00940000155109.b	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00940000160403	ENSGT00390000003288	ENSGT00510000048167.b.b	ENSGT00940000177647	ENSGT00940000158129	ENSGT00950000182938.b.b.a	ENSGT00940000159354	ENSGT00940000159047.d
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000154658.b.i.a	ENSGT00940000157174.d	ENSGT00940000159937	ENSGT00940000167363	ENSGT00390000017284.b	ENSGT00940000153322.B.d.a	ENSGT00940000169511	ENSGT00950000182859.A.a.a.a.a	ENSGT00940000155109.b	ENSGT00950000182859.A.a.a.a.b	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00940000160403	ENSGT00390000003288	ENSGT00510000048167.b.b	ENSGT00940000158129	ENSGT00950000182938.b.b.a	ENSGT00940000159354	ENSGT00940000159047.d	ENSGT00390000011365.a
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00950000183018.b	ENSGT00940000154658.b.i.a	ENSGT00940000157174.d	ENSGT00940000159937	ENSGT00940000167363	ENSGT00390000017284.b	ENSGT00940000153322.B.d.a	ENSGT00940000169511	ENSGT00950000182859.A.a.a.a.b	ENSGT00940000153169.A.b.b.f	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00940000160403	ENSGT00390000003288	ENSGT00510000048167.b.b	ENSGT00940000158129	ENSGT00950000182938.b.b.a	ENSGT00940000159354	ENSGT00940000159047.d	ENSGT00390000011365.a
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000158869	ENSGT00390000001695	ENSGT00950000183018.b	ENSGT00940000154658.b.i.a	ENSGT00940000157174.d	ENSGT00940000159937	ENSGT00940000167363	ENSGT00390000017284.b	ENSGT00940000153322.B.d.a	ENSGT00940000169511	ENSGT00950000182859.A.a.a.a.b	ENSGT00940000153169.A.b.b.f	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00940000160403	ENSGT00390000003288	ENSGT00510000048167.b.b	ENSGT00940000158129	ENSGT00940000159047.d	ENSGT00390000011365.a	ENSGT00510000046787.e.b	ENSGT00940000163780	ENSGT00940000156583
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	806													mgat4b (ENSKMAG00000021093) #24	ENSKMAG00000021082	canx (ENSKMAG00000021041) #21	MAML1 (ENSKMAG00000021012) #22	LTC4S (ENSKMAG00000020998) #23
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1610	NOA1 (ENSNFUG00015001762)	NIPSNAP3 (ENSNFUG00015001752)	ABCA1B (ENSNFUG00015001724)	SLC44A1 (ENSNFUG00015001707)	TBC1D2 (ENSNFUG00015001697)	ENSNFUG00015001686	NEUROG1 (ENSNFUG00015001682)	PAIP2 (ENSNFUG00015001676)	MATR3L1.1 (ENSNFUG00015001659)	ENSNFUG00015001638	ENSNFUG00015001519	ENSNFUG00015001455	NFKB1 (ENSNFUG00015000976)	mgat4b (ENSNFUG00015000853) #24	CANX (ENSNFUG00015000772) #21	ENSNFUG00015000745 #22	ENSNFUG00015000742	LTC4S (ENSNFUG00015000740) #23	CABZ01005777.1 (ENSNFUG00015000737)	ENSNFUG00015000735	EMX3 (ENSNFUG00015000734)	ENSNFUG00015000732	ENSNFUG00015000729	B4GALT7 (ENSNFUG00015000722)	TMED9 (ENSNFUG00015000701)	tmem216 (ENSNFUG00015000692)	ENSNFUG00015000686	ENSNFUG00015000678	ENSNFUG00015000674	ENSNFUG00015000670	ENSNFUG00015000666
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000010318	ENSGT00390000011725.c	ENSGT00530000063506.A	ENSGT00530000063555.A.a.a	ENSGT01030000234578.A.b.b	ENSGT00950000183132.C	ENSGT01030000234799	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000159322	ENSGT00940000156736.c.a	ENSGT00940000160999	ENSGT00940000159900	ENSGT00940000157061.a	ENSGT00940000153203.B	ENSGT00940000154808.a.b.l	ENSGT00940000167175	ENSGT00940000154808.a.b.k	ENSGT00940000157891	ENSGT00950000183033.a.b.b	ENSGT00390000000618	ENSGT00940000156665.a	ENSGT00940000154194.c.a
NAME_4	ANCESTRAL SPECIES	120	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000177214	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000010318	ENSGT00390000011725.c	ENSGT00530000063506.A	ENSGT00530000063555.A.a.a	ENSGT01030000234578.A.b.b	ENSGT00950000183132.C	ENSGT01030000234799	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000159322	ENSGT00940000156736.c.a	ENSGT00940000160999	ENSGT00940000159900	ENSGT00940000157061.a	ENSGT00940000153203.B	ENSGT00940000154808.a.b.l	ENSGT00940000154808.a.b.k	ENSGT00940000157891	ENSGT00950000183033.a.b.b	ENSGT00390000000618	ENSGT00940000156665.a
Mummichog	MODERN SPECIES	251													DGKQ (ENSFHEG00000007049)	mgat4b (ENSFHEG00000006957) #24	canx (ENSFHEG00000006895) #21	MAML1 (ENSFHEG00000006828) #22	LTC4S (ENSFHEG00000006817) #23	slit3 (ENSFHEG00000000178)	fgfrl1a (ENSFHEG00000006658)	ENSFHEG00000006620	spon2b (ENSFHEG00000006598)	ENSFHEG00000006591	ARAP3 (ENSFHEG00000006562)	noa1 (ENSFHEG00000006213)	nipsnap3a (ENSFHEG00000006185)	ENSFHEG00000006168	ENSFHEG00000000166	SLC44A1 (ENSFHEG00000006103)	TBC1D2 (ENSFHEG00000006085)	neurog1 (ENSFHEG00000006076)	ENSFHEG00000006062
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	196								ENSCVAG00000007612	polr2b (ENSCVAG00000007676)	ENSCVAG00000007685	ENSCVAG00000000209	NFKB1 (ENSCVAG00000007771)	DGKQ (ENSCVAG00000007796)	mgat4b (ENSCVAG00000007902) #24	canx (ENSCVAG00000007944) #21	MAML1 (ENSCVAG00000007997) #22	LTC4S (ENSCVAG00000008009) #23	ENSCVAG00000008016	slit3 (ENSCVAG00000000223)	fgfrl1a (ENSCVAG00000008166)	ENSCVAG00000008173	spon2b (ENSCVAG00000008186)	zgc:136929 (ENSCVAG00000008256)	maea (ENSCVAG00000008268)	ENSCVAG00000008324	KLHL3 (ENSCVAG00000008416)	fam13b (ENSCVAG00000008488)	cxcl14 (ENSCVAG00000008499)	LINGO2 (ENSCVAG00000000858)
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000010318	ENSGT00390000011725.c	ENSGT00530000063506.A	ENSGT00530000063555.A.a.a	ENSGT01030000234578.A.b.b	ENSGT00950000183132.C	ENSGT01030000234799	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000159322	ENSGT00940000156736.c.a	ENSGT00940000160999	ENSGT00940000159900	ENSGT00940000157061.a	ENSGT00940000153203.B	ENSGT00940000154808.a.b.l	ENSGT00940000167175	ENSGT00940000154808.a.b.k	ENSGT00940000157891	ENSGT00950000183033.a.b.b	ENSGT00390000000618	ENSGT00940000156665.a	ENSGT00940000154194.c.a
Platyfish	MODERN SPECIES	15	ENSXMAG00000027941	ENSXMAG00000025855	ENSXMAG00000023813 #27	ENSXMAG00000015180	rnf130 (ENSXMAG00000015265) #28	F2RL3 (ENSXMAG00000015278)	ENSXMAG00000015279	polr2b (ENSXMAG00000015282)	ENSXMAG00000025993	ENSXMAG00000015357	NFKB1 (ENSXMAG00000015369)	DGKQ (ENSXMAG00000015446)	mgat4b (ENSXMAG00000015489) #24	ENSXMAG00000028503	canx (ENSXMAG00000016067) #21	MAML1 (ENSXMAG00000024495) #22	LTC4S (ENSXMAG00000016063) #23	slit3 (ENSXMAG00000015981)	ENSXMAG00000021616	fgfrl1a (ENSXMAG00000027004)	ENSXMAG00000022117	ENSXMAG00000026825	ENSXMAG00000008748	spon2b (ENSXMAG00000008749)	ENSXMAG00000021984	zgc:136929 (ENSXMAG00000006454)	ENSXMAG00000021111	maea (ENSXMAG00000005520)	HNRNPA0 (ENSXMAG00000019804)	HNRNPA0 (ENSXMAG00000029150)	KLHL3 (ENSXMAG00000008532)
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00390000010318	ENSGT00390000011725.c	ENSGT00530000063506.A	ENSGT00530000063555.A.a.a	ENSGT01030000234578.A.b.b	ENSGT00950000183132.C	ENSGT01030000234799	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000159322	ENSGT00940000156736.c.a	ENSGT00940000160999	ENSGT00940000159900	ENSGT00940000157061.a	ENSGT00940000153203.B	ENSGT00940000154808.a.b.l	ENSGT00940000167175	ENSGT00940000154808.a.b.k	ENSGT00940000157891	ENSGT00950000183033.a.b.b	ENSGT00390000000618	ENSGT00940000156665.a	ENSGT00940000154194.c.a
NAME_6	ANCESTRAL SPECIES	480														ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000159322
Amazon molly	MODERN SPECIES	921														mgat4b (ENSPFOG00000003209) #24	canx (ENSPFOG00000002828) #21	ENSPFOG00000002715 #22	LTC4S (ENSPFOG00000002700) #23	slit3 (ENSPFOG00000001781)
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	17										ENSGT00950000182859.A.a.a.a.b	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00940000160403	ENSGT00390000003288	ENSGT00510000048167.b.b	ENSGT00940000158129	ENSGT00950000182938.b.b.a	ENSGT00940000159354	ENSGT00940000159047.d	ENSGT00390000011365.a	ENSGT00510000046787.e.b
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	47									ENSGT00950000182859.A.a.a.a.b	ENSGT00940000155109.b	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00940000160403	ENSGT00390000003288	ENSGT00510000048167.b.b	ENSGT00940000158129	ENSGT00950000182938.b.b.a	ENSGT00940000159354	ENSGT00940000159047.d	ENSGT00390000011365.a	ENSGT00510000046787.e.b
Indian medaka	MODERN SPECIES	37									ENSOMEG00000022594	ENSOMEG00000022560	ENSOMEG00000022533	NFKB1 (ENSOMEG00000022508)	DGKQ (ENSOMEG00000022467)	mgat4b (ENSOMEG00000022443) #24	canx (ENSOMEG00000022389) #21	ENSOMEG00000022312 #22	LTC4S (ENSOMEG00000022231) #23	ENSOMEG00000022223	ENSOMEG00000022205	ENSOMEG00000022187	b4galt7 (ENSOMEG00000022170)	tmed9 (ENSOMEG00000022161)	tmem216 (ENSOMEG00000022141)	ENSOMEG00000022135	PCDH1 (ENSOMEG00000022101)	ENSOMEG00000022057	PCDH12 (ENSOMEG00000022043)	gm2a (ENSOMEG00000022026)	ENSOMEG00000022005	thoc3 (ENSOMEG00000021977)	cplx2 (ENSOMEG00000021947)
Javanese ricefish	MODERN SPECIES	1				ENSOJAG00000022404	ENSOJAG00000022412	tmem216 (ENSOJAG00000022424)	tmed9 (ENSOJAG00000022428)	ENSOJAG00000022438	ENSOJAG00000022445	ENSOJAG00000022465	ENSOJAG00000022489	ENSOJAG00000022588	NFKB1 (ENSOJAG00000022598)	mgat4b (ENSOJAG00000022654) #24	ENSOJAG00000001577 #21	ENSOJAG00000001607 #22	LTC4S (ENSOJAG00000001666) #23	ENSOJAG00000001686	PCDH1 (ENSOJAG00000001705)	PCDH12 (ENSOJAG00000001726)	gm2a (ENSOJAG00000001748)	ENSOJAG00000001769	ENSOJAG00000001798	cplx2 (ENSOJAG00000001813)	ENSOJAG00000001821	slc25a48 (ENSOJAG00000001835)	glra1 (ENSOJAG00000001876)	g3bp1 (ENSOJAG00000002007)	sparc (ENSOJAG00000002111)	atox1 (ENSOJAG00000002296)	SLC36A1 (ENSOJAG00000002330)
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	65										ENSGT00950000182859.A.a.a.a.b	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00940000160403	ENSGT00390000003288	ENSGT00510000048167.b.b	ENSGT00940000158129	ENSGT00950000182938.b.b.a	ENSGT00940000159354	ENSGT00940000159047.d	ENSGT00390000011365.a	ENSGT00510000046787.e.b
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	1			ENSORLG00000028816	ENSORLG00000022088	ENSORLG00000027596	ENSORLG00000020414	ENSORLG00000028427	ENSORLG00000025092	ENSORLG00000026271	ENSORLG00000021832	NFKB1 (ENSORLG00000030524)	DGKQ (ENSORLG00000019496)	mgat4b (ENSORLG00000018573) #24	canx (ENSORLG00000018595) #21	ENSORLG00000027469	MAML1 (ENSORLG00000024588) #22	LTC4S (ENSORLG00000023609) #23	ENSORLG00000025235	ENSORLG00000023242	ENSORLG00000025070	b4galt7 (ENSORLG00000011570)	tmed9 (ENSORLG00000011600)	tmem216 (ENSORLG00000011578)	ENSORLG00000028242	ENSORLG00000029453	ENSORLG00000028614	ENSORLG00000026178	ENSORLG00000011559	ENSORLG00000027731	PCDH12 (ENSORLG00000011535)	gm2a (ENSORLG00000024392)
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000154658.b.i.a	ENSGT00940000157174.d	ENSGT00940000177365	ENSGT00940000159937	ENSGT00940000167363	ENSGT00390000017284.b	ENSGT00940000153322.B.d.a	ENSGT00940000169511	ENSGT00950000182859.A.a.a.a	ENSGT00940000155109.b	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00940000160403	ENSGT00390000003288	ENSGT00510000048167.b.b	ENSGT00980000198740	ENSGT00940000177647	ENSGT00940000158129	ENSGT00950000182938.b.b.a	ENSGT00940000159354
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00950000183018.b	ENSGT00940000154658.b.i.a	ENSGT00940000157174.d	ENSGT00940000177365	ENSGT00940000159937	ENSGT00940000167363	ENSGT00390000017284.b	ENSGT00940000153322.B.d.a	ENSGT00940000169511	ENSGT00950000182859.A.a.a.a	ENSGT00940000155109.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00940000160403	ENSGT00390000003288	ENSGT00510000048167.b.b	ENSGT00980000198740	ENSGT00940000177647	ENSGT00940000158129	ENSGT00950000182938.b.b.a	ENSGT00940000159354
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT00950000183018.b	ENSGT00940000154658.b.i.a	ENSGT00940000157174.d	ENSGT00940000177365	ENSGT00940000159937	ENSGT00940000167363	ENSGT00390000017284.b	ENSGT00940000153322.B.d.a	ENSGT00940000169511	ENSGT00950000182859.A.a.a.a	ENSGT00940000155109.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00940000160403	ENSGT00390000003288	ENSGT00510000048167.b.b	ENSGT00980000198740	ENSGT00940000177647	ENSGT00940000158129	ENSGT00950000182938.b.b.a	ENSGT00940000159354
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	31	ENSGT00950000183018.b	ENSGT00940000154658.b.i.a	ENSGT00940000157174.d	ENSGT00940000177365	ENSGT00940000159937	ENSGT00940000167363	ENSGT00390000017284.b	ENSGT00940000153322.B.d.a	ENSGT00940000169511	ENSGT00950000182859.A.a.a.a	ENSGT00940000155109.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00690000103768	ENSGT00940000181346	ENSGT00940000160403	ENSGT00390000003288	ENSGT00510000048167.b.b	ENSGT00980000198740	ENSGT00940000177647	ENSGT00940000158129
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	25	ENSGT00950000183018.b	ENSGT00940000154658.b.i.a	ENSGT00940000157174.d	ENSGT00940000177365	ENSGT00940000159937	ENSGT00940000167363	ENSGT00390000017284.b	ENSGT00940000153322.B.d.a	ENSGT00940000169511	ENSGT00950000182859.A.a.a.a	ENSGT00940000155109.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000179353	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00940000160403	ENSGT00390000003288	ENSGT00510000048167.b.b	ENSGT00980000198740	ENSGT00940000177647	ENSGT00940000158129	ENSGT00950000182938.b.b.a
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	28	ENSGT00950000183018.b	ENSGT00940000154658.b.i.a	ENSGT00940000157174.d	ENSGT00940000177365	ENSGT00940000159937	ENSGT00940000167363	ENSGT00390000017284.b	ENSGT00940000153322.B.d.a	ENSGT00940000169511	ENSGT00950000182859.A.a.a.a	ENSGT00940000155109.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000179353	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00940000160403	ENSGT00390000003288	ENSGT00510000048167.b.b	ENSGT00980000198740	ENSGT00940000177647	ENSGT00940000158129	ENSGT00950000182938.b.b.a
P. nyererei	MODERN SPECIES	374			ENSPNYG00000015756	ENSPNYG00000015766	neurog1 (ENSPNYG00000015779)	ENSPNYG00000015792	ENSPNYG00000015843	ENSPNYG00000015855	ENSPNYG00000015889	ENSPNYG00000015899	ENSPNYG00000015942	NFKB1 (ENSPNYG00000015980)	DGKQ (ENSPNYG00000016046)	mgat4b (ENSPNYG00000016071) #24	canx (ENSPNYG00000016110) #21	MAML1 (ENSPNYG00000016125) #22	LTC4S (ENSPNYG00000016155) #23	ENSPNYG00000016169	emx3 (ENSPNYG00000016181)	b4galt7 (ENSPNYG00000016193)	tmed9 (ENSPNYG00000016215)	tmem216 (ENSPNYG00000016231)	ENSPNYG00000016260	ENSPNYG00000016274	PCDH1 (ENSPNYG00000016296)	ENSPNYG00000016387	ENSPNYG00000016431	PCDH12 (ENSPNYG00000016456)	gm2a (ENSPNYG00000016547)	ENSPNYG00000016573	ENSPNYG00000016607
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	45	ENSGT00940000157174.d	ENSGT00940000177365.b.b.a	ENSGT00940000159937.f	ENSGT00940000177365.a	ENSGT00940000159937.e	ENSGT00940000167363	ENSGT00390000017284.b	ENSGT00940000153322.B.d.a	ENSGT00940000169511	ENSGT00950000182859.A.a.a.a	ENSGT00940000155109.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000179353	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00940000160403	ENSGT00390000003288	ENSGT00510000048167.b.b	ENSGT00980000198740	ENSGT00940000177647	ENSGT00940000158129	ENSGT00950000182938.b.b.a
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1102	ENSMZEG00005003572	ENSMZEG00005003579	ENSMZEG00005003619	ENSMZEG00005003635	neurog1 (ENSMZEG00005003639)	ENSMZEG00005003652	ENSMZEG00005003673	ENSMZEG00005003796	ENSMZEG00005003813	ENSMZEG00005003833	ENSMZEG00005003871	NFKB1 (ENSMZEG00005003891)	DGKQ (ENSMZEG00005003967)	mgat4b (ENSMZEG00005003994) #24	canx (ENSMZEG00005004048) #21	MAML1 (ENSMZEG00005004071) #22	LTC4S (ENSMZEG00005004105) #23	ENSMZEG00005004113	emx3 (ENSMZEG00005004124)	b4galt7 (ENSMZEG00005004139)	TMED9 (ENSMZEG00005004161)	tmem216 (ENSMZEG00005004180)	ENSMZEG00005004199	PCDH1 (ENSMZEG00005004220)	ENSMZEG00005004284	hspa9 (ENSMZEG00005004296)	pde6a (ENSMZEG00005004347)	SLC26A2 (ENSMZEG00005004404)	HTR4 (ENSMZEG00005004414)	lman2 (ENSMZEG00005004451)	sparc (ENSMZEG00005004476)
Eastern happy	MODERN SPECIES	11	ENSACLG00000015682	ENSACLG00000015708	ENSACLG00000015721	TBC1D2 (ENSACLG00000015741)	neurog1 (ENSACLG00000015850)	ENSACLG00000015874	ENSACLG00000015884	ENSACLG00000015903	ENSACLG00000016125	ENSACLG00000016208	ENSACLG00000016262	NFKB1 (ENSACLG00000016324)	DGKQ (ENSACLG00000016414)	mgat4b (ENSACLG00000016482) #24	canx (ENSACLG00000016610) #21	MAML1 (ENSACLG00000016672) #22	LTC4S (ENSACLG00000016707) #23	ENSACLG00000016715	emx3 (ENSACLG00000016742)	b4galt7 (ENSACLG00000016773)	tmed9 (ENSACLG00000016806)	tmem216 (ENSACLG00000016820)	ENSACLG00000016851	PCDH1 (ENSACLG00000016940)	ENSACLG00000016967	ENSACLG00000017059	PCDH12 (ENSACLG00000017113)	gm2a (ENSACLG00000017131)	ENSACLG00000017142	ENSACLG00000017193	thoc3 (ENSACLG00000017219)
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	486					ENSHBUG00000003972	neurog1 (ENSHBUG00000003982)	ENSHBUG00000003991	ENSHBUG00000000095	ENSHBUG00000004043	ENSHBUG00000004084	ENSHBUG00000004096	NFKB1 (ENSHBUG00000004157)	DGKQ (ENSHBUG00000004203)	mgat4b (ENSHBUG00000004245) #24	canx (ENSHBUG00000004272) #21	MAML1 (ENSHBUG00000004311) #22	LTC4S (ENSHBUG00000004326) #23	ENSHBUG00000004337	emx3 (ENSHBUG00000004351)	b4galt7 (ENSHBUG00000004386)	tmed9 (ENSHBUG00000004407)	tmem216 (ENSHBUG00000004417)
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	341			ENSNBRG00000013157	SLC44A1 (ENSNBRG00000013177)	TBC1D2 (ENSNBRG00000013288)	neurog1 (ENSNBRG00000013315)	ENSNBRG00000013323	ENSNBRG00000013335	ENSNBRG00000013399	ENSNBRG00000013414	ENSNBRG00000013447	NFKB1 (ENSNBRG00000013462)	DGKQ (ENSNBRG00000013510)	mgat4b (ENSNBRG00000013586) #24	canx (ENSNBRG00000013618) #21	MAML1 (ENSNBRG00000013633) #22	LTC4S (ENSNBRG00000013645) #23	ENSNBRG00000013670	ENSNBRG00000013698	b4galt7 (ENSNBRG00000013752)	tmed9 (ENSNBRG00000013768)	tmem216 (ENSNBRG00000013774)	ENSNBRG00000013792	PCDH1 (ENSNBRG00000013804)	ENSNBRG00000013827	ENSNBRG00000013836	PCDH12 (ENSNBRG00000013849)	gm2a (ENSNBRG00000013855)	ENSNBRG00000013871	ENSNBRG00000013910	thoc3 (ENSNBRG00000013917)
Nile tilapia	MODERN SPECIES	11	TBC1D2 (ENSONIG00000004425)	neurog1 (ENSONIG00000038395)	PAIP2 (ENSONIG00000039154)	ENSONIG00000004419	ENSONIG00000035796	ENSONIG00000004400	ENSONIG00000016539	ENSONIG00000004376	ENSONIG00000036649	UBE2D3 (ENSONIG00000004373)	NFKB1 (ENSONIG00000004349)	ENSONIG00000037579	DGKQ (ENSONIG00000004338)	mgat4b (ENSONIG00000004334) #24	canx (ENSONIG00000004319) #21	MAML1 (ENSONIG00000004317) #22	LTC4S (ENSONIG00000004315) #23	ENSONIG00000034776	ENSONIG00000004314	emx3 (ENSONIG00000029650)	b4galt7 (ENSONIG00000004308)	tmed9 (ENSONIG00000004305)	tmem216 (ENSONIG00000004303)	ENSONIG00000037929	ENSONIG00000042797	ENSONIG00000004301	ENSONIG00000042025	ENSONIG00000036491	PCDH1 (ENSONIG00000004300)	PCDH12 (ENSONIG00000004298)	gm2a (ENSONIG00000004295)
Midas cichlid	MODERN SPECIES	1123													frzb (ENSACIG00000019583)	mgat4b (ENSACIG00000019606) #24	canx (ENSACIG00000019635) #21	MAML1 (ENSACIG00000019683) #22	LTC4S (ENSACIG00000019721) #23
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	163						ENSGT00940000167363	ENSGT00390000017284.b	ENSGT00940000153322.B.d.a	ENSGT00940000169511	ENSGT00950000182859.A.a.a.a	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b	ENSGT00940000158625.h	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747.f	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000155521.a.a
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	668											ENSSPAG00000023451	NFKB1 (ENSSPAG00000023453)	DGKQ (ENSSPAG00000023456)	mgat4b (ENSSPAG00000023458) #24	canx (ENSSPAG00000023461) #21	MAML1 (ENSSPAG00000023463) #22	LTC4S (ENSSPAG00000023464) #23	ENSSPAG00000023465	ENSSPAG00000023466	gm2a (ENSSPAG00000023467)	PCDH12 (ENSSPAG00000023469)	ENSSPAG00000023470	ENSSPAG00000023471	ENSSPAG00000023472	uvssa (ENSSPAG00000023473)
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	182						ENSGT00940000167363	ENSGT00390000017284.b	ENSGT00940000153322.B.d.a	ENSGT00940000169511	ENSGT00950000182859.A.a.a.a	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b	ENSGT00940000158625.h	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747.f	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000155521.a.a
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	213					ENSGT00940000167363	ENSGT00390000017284.b	ENSGT00940000153322.B.d.a	ENSGT00940000169511.a	ENSGT00940000169511.b	ENSGT00950000182859.A.a.a.a	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b	ENSGT00940000158625.h	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747.f	ENSGT00940000153899.a.a
Orange clownfish	MODERN SPECIES	4	ENSAPEG00000003740	neurog1 (ENSAPEG00000003773)	ENSAPEG00000003779	ENSAPEG00000003791	ENSAPEG00000003827	ENSAPEG00000003849	ENSAPEG00000003875	ENSAPEG00000003941	NFKB1 (ENSAPEG00000004000)	ENSAPEG00000004032	ENSAPEG00000004063	ENSAPEG00000004095	mgat4b (ENSAPEG00000004111) #24	ENSAPEG00000004157	canx (ENSAPEG00000004186) #21	MAML1 (ENSAPEG00000004199) #22	LTC4S (ENSAPEG00000004210) #23	ENSAPEG00000004224	ENSAPEG00000004247	emx3 (ENSAPEG00000004282)	b4galt7 (ENSAPEG00000004311)	tmed9 (ENSAPEG00000004335)	tmem216 (ENSAPEG00000004355)	ENSAPEG00000004384	ENSAPEG00000004416	ENSAPEG00000004430	ENSAPEG00000004448	PCDH1 (ENSAPEG00000004539)	ENSAPEG00000004579	ENSAPEG00000004608	ENSAPEG00000004633
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	2069															canx (ENSAOCG00000019360) #21	MAML1 (ENSAOCG00000019338) #22	LTC4S (ENSAOCG00000002546) #23	ENSAOCG00000019294
Spiny chromis	MODERN SPECIES	1144														mgat4b (ENSAPOG00000006441) #24	canx (ENSAPOG00000006477) #21	MAML1 (ENSAPOG00000006514) #22	LTC4S (ENSAPOG00000006551) #23	ENSAPOG00000006565	DGKQ (ENSAPOG00000006579)	ENSAPOG00000006595
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00390000001695	ENSGT00950000183018.b	ENSGT00940000154658.b.i.a	ENSGT00940000157174.d	ENSGT00940000159937	ENSGT00940000167363	ENSGT00390000017284.b	ENSGT00940000153322.B.d.a	ENSGT00940000169511	ENSGT00950000182859.A.a.a.a	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00940000160403	ENSGT00390000003288	ENSGT00510000048167.b.b	ENSGT00940000158129	ENSGT00950000182938.b.b.a	ENSGT00940000159354	ENSGT00940000159047.d	ENSGT00390000011365.a
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000155244.d	ENSGT00940000153596.A	ENSGT00530000063860.a	ENSGT00940000164810	ENSGT00940000158869	ENSGT00940000167363	ENSGT00390000017284.b	ENSGT00940000153322.B.d.a	ENSGT00940000169511	ENSGT00950000182859.A.a.a.a	ENSGT00940000155109.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00940000160403	ENSGT00390000003288	ENSGT00510000048167.b.b	ENSGT00940000158129	ENSGT00950000182938.b.b.a	ENSGT00940000159354	ENSGT00940000159047.d	ENSGT00390000011365.a
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000153596.A	ENSGT00530000063860.a	ENSGT00940000164810	ENSGT00940000158869	ENSGT00940000167363	ENSGT00390000017284.b	ENSGT00940000153322.B.d.a	ENSGT00940000169511	ENSGT00950000182859.A.a.a.a	ENSGT00940000155109.b	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00940000160403	ENSGT00390000003288	ENSGT00510000048167.b.b	ENSGT00940000158129	ENSGT00950000182938.b.b.a	ENSGT00940000159354	ENSGT00940000159047.d	ENSGT00390000011365.a
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000153596.A	ENSGT00530000063860.a	ENSGT00940000164810	ENSGT00940000158869	ENSGT00940000167363	ENSGT00390000017284.b	ENSGT00940000153322.B.d.a	ENSGT00940000169511	ENSGT00950000182859.A.a.a.a	ENSGT00940000155109.b	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00940000160403	ENSGT00390000003288	ENSGT00510000048167.b.b	ENSGT00940000158129	ENSGT00950000182938.b.b.a	ENSGT00940000159354	ENSGT00940000159047.d	ENSGT00390000011365.a
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	13										ENSGT00950000182859.A.a.a.a	ENSGT00940000155109.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00940000160403	ENSGT00390000003288	ENSGT00510000048167.b.b	ENSGT00940000158129	ENSGT00950000182938.b.b.a	ENSGT00940000159354	ENSGT00940000159047.d	ENSGT00390000011365.a
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	83										ENSGT00950000182859.A.a.a.a	ENSGT00940000155109.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00940000160403	ENSGT00390000003288	ENSGT00510000048167.b.b	ENSGT00940000158129	ENSGT00950000182938.b.b.a
Lumpfish	MODERN SPECIES	1								ENSCLMG00005017769	ENSCLMG00005017760	NFKB1 (ENSCLMG00005017167)	DGKQ (ENSCLMG00005017153)	mgat4b (ENSCLMG00005017147) #24	ENSCLMG00005017145	ENSCLMG00005017143	canx (ENSCLMG00005016994) #21	MAML1 (ENSCLMG00005016991) #22	LTC4S (ENSCLMG00005016988) #23	ENSCLMG00005016986	ENSCLMG00005016984	emx3 (ENSCLMG00005016982)	ENSCLMG00005016981	b4galt7 (ENSCLMG00005016978)	tmed9 (ENSCLMG00005016976)	ENSCLMG00005016974	ENSCLMG00005016973	ENSCLMG00005016972	ENSCLMG00005016971	ENSCLMG00005016970	ENSCLMG00005016969	PCDH1 (ENSCLMG00005016968)	ENSCLMG00005016966
Stickleback	MODERN SPECIES	3	lman2 (ENSGACG00000016821)	FAT2 (ENSGACG00000016824)	mtnr1al (ENSGACG00000016828)	SLC36A1 (ENSGACG00000016829)	sparc (ENSGACG00000016847)	g3bp1 (ENSGACG00000016848)	glra1 (ENSGACG00000016854)	slc25a48 (ENSGACG00000016856)	ENSGACG00000016859	ENSGACG00000016862	ENSGACG00000016868	NFKB1 (ENSGACG00000016876)	DGKQ (ENSGACG00000016877)	mgat4b (ENSGACG00000016886) #24	canx (ENSGACG00000016892) #21	MAML1 (ENSGACG00000016896) #22	LTC4S (ENSGACG00000016900) #23	ENSGACG00000016901	ENSGACG00000016902	rom1b (ENSGACG00000016903)	ccdc88b (ENSGACG00000016915)	ENSGACG00000016919	macrod1 (ENSGACG00000016922)	FLRT1 (ENSGACG00000016923)	fermt3b (ENSGACG00000016924)	trpt1 (ENSGACG00000016927)	ENSGACG00000016930	ENSGACG00000016933	nxf1a (ENSGACG00000016934)	ATG2A (ENSGACG00000016958)	trmt112 (ENSGACG00000016967)
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	11										ENSGT00950000182859.A.a.a.a	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00940000160403	ENSGT00390000003288	ENSGT00510000048167.b.b	ENSGT00940000158129	ENSGT00950000182938.b.b.a	ENSGT00940000159354	ENSGT00940000159047.d	ENSGT00390000011365.a
Pike perch	MODERN SPECIES	32														mgat4b (ENSSLUG00000005558) #24	canx (ENSSLUG00000005532) #21	ENSSLUG00000005518 #22	LTC4S (ENSSLUG00000005507) #23	ENSSLUG00000005495	emx3 (ENSSLUG00000005484)	b4galt7 (ENSSLUG00000005474)	tmed9 (ENSSLUG00000005437)	tmem216 (ENSSLUG00000005421)	ENSSLUG00000005413	ENSSLUG00000005402	ENSSLUG00000005396	ENSSLUG00000005388	PCDH1 (ENSSLUG00000005379)	ENSSLUG00000005371	PCDH12 (ENSSLUG00000005352)	ENSSLUG00000005345	gm2a (ENSSLUG00000005337)
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000177214	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT01050000244840.A.b.a	ENSGT00940000167363	ENSGT00390000017284.b	ENSGT00940000153322.B.d.a	ENSGT00940000169511	ENSGT00950000182859.A.a.a.a	ENSGT00940000155109.b	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00940000160403	ENSGT00390000003288	ENSGT00510000048167.b.b	ENSGT00940000158129	ENSGT00950000182938.b.b.a	ENSGT00940000159354	ENSGT00940000159047.d	ENSGT00390000011365.a
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	9	ENSSAUG00010004882	tgfbi (ENSSAUG00010004895)	ENSSAUG00010004906	ENSSAUG00010004907	ENSSAUG00010004912	ENSSAUG00010004915	ENSSAUG00010004920	ENSSAUG00010004925	ENSSAUG00010004927	ENSSAUG00010004928	ENSSAUG00010004947	NFKB1 (ENSSAUG00010005489)	DGKQ (ENSSAUG00010005502)	mgat4b (ENSSAUG00010005508) #24	canx (ENSSAUG00010005713) #21	MAML1 (ENSSAUG00010005783) #22	ENSSAUG00010005784	LTC4S (ENSSAUG00010005787) #23	ENSSAUG00010005794	emx3 (ENSSAUG00010005796)	b4galt7 (ENSSAUG00010005797)	TMED9 (ENSSAUG00010005802)	tmem216 (ENSSAUG00010005806)	tmed9 (ENSSAUG00010005808)	ENSSAUG00010005812	ENSSAUG00010005814	PCDH1 (ENSSAUG00010005818)	ENSSAUG00010005820	PCDH12 (ENSSAUG00010005822)	gm2a (ENSSAUG00010005825)	ENSSAUG00010005828
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00940000177214	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT01050000244840.A.b.a	ENSGT00940000167363	ENSGT00390000017284.b	ENSGT00940000153322.B.d.a	ENSGT00940000169511	ENSGT00950000182859.A.a.a.a	ENSGT00940000155109.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00940000160403	ENSGT00390000003288	ENSGT00510000048167.b.b	ENSGT00940000158129	ENSGT00950000182938.b.b.a	ENSGT00940000159354	ENSGT00940000159047.d	ENSGT00390000011365.a
Large yellow croaker	MODERN SPECIES		ENSLCRG00005001005	ENSLCRG00005001000 #28	ENSLCRG00005000998 #28	F2RL3 (ENSLCRG00005000994)	neurog1 (ENSLCRG00005000993)	ENSLCRG00005000990	ENSLCRG00005000986	ENSLCRG00005000974	ENSLCRG00005000965	ENSLCRG00005000950	ENSLCRG00005000939	ENSLCRG00005000753	NFKB1 (ENSLCRG00005000662)	mgat4b (ENSLCRG00005000407) #24	canx (ENSLCRG00005000360) #21	MAML1 (ENSLCRG00005000350) #22	LTC4S (ENSLCRG00005000346) #23	ENSLCRG00005000343	emx3 (ENSLCRG00005000342)	b4galt7 (ENSLCRG00005000335)	tmed9 (ENSLCRG00005000329)	tmem216 (ENSLCRG00005000324)	ENSLCRG00005000320	ENSLCRG00005000316	ENSLCRG00005000314	ENSLCRG00005000310	ENSLCRG00005000305	ENSLCRG00005000303	PCDH1 (ENSLCRG00005000294)	ENSLCRG00005000287	ENSLCRG00005000283
European seabass	MODERN SPECIES	12	ENSDLAG00005032287	ENSDLAG00005003163	ENSDLAG00005026990	ENSDLAG00005032833	ENSDLAG00005033633	tgfbi (ENSDLAG00005030215)	ENSDLAG00005009993	ENSDLAG00005008472	ENSDLAG00005035059	ENSDLAG00005019614	ENSDLAG00005019558	ENSDLAG00005019478	ENSDLAG00005019443	mgat4b (ENSDLAG00005018580) #24	canx (ENSDLAG00005017668) #21	ENSDLAG00005018540 #22	ENSDLAG00005018530 #23	ENSDLAG00005028311	ENSDLAG00005032177	b4galt7 (ENSDLAG00005027918)	ENSDLAG00005030962	ENSDLAG00005031216	ENSDLAG00005029692	ENSDLAG00005017536	ENSDLAG00005017516	ENSDLAG00005017512	ENSDLAG00005031337	ENSDLAG00005002542	ENSDLAG00005027344	ENSDLAG00005017453	thoc3 (ENSDLAG00005017426)
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	113					neurog1 (ENSLBEG00000018191)	dnali1 (ENSLBEG00000018208)	ENSLBEG00000018227	ENSLBEG00000018267	ENSLBEG00000018361	ENSLBEG00000018409	ENSLBEG00000018466	NFKB1 (ENSLBEG00000018512)	DGKQ (ENSLBEG00000018579)	mgat4b (ENSLBEG00000018661) #24	canx (ENSLBEG00000018739) #21	MAML1 (ENSLBEG00000018807) #22	LTC4S (ENSLBEG00000018819) #23	ENSLBEG00000018827	ENSLBEG00000018842	ENSLBEG00000018858	emx3 (ENSLBEG00000018910)	b4galt7 (ENSLBEG00000018940)	tmed9 (ENSLBEG00000019077)	tmem216 (ENSLBEG00000019120)
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	191																ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a
Fugu	MODERN SPECIES	5	slc25a48 (ENSTRUG00000002430)	cplx2 (ENSTRUG00000028930)	thoc3 (ENSTRUG00000002925)	ENSTRUG00000003172	gm2a (ENSTRUG00000023982)	ELP1 (ENSTRUG00000001880)	ENSTRUG00000026768	ENSTRUG00000031678	CPXM1 (ENSTRUG00000003892)	SMU1 (ENSTRUG00000004467)	CPLX1 (ENSTRUG00000030904)	PCGF3 (ENSTRUG00000027521)	SLC49A3 (ENSTRUG00000004972)	NCBP1 (ENSTRUG00000005287)	TSTD2 (ENSTRUG00000005854)	MAML1 (ENSTRUG00000005986) #22	LTC4S (ENSTRUG00000006092) #23	ccdc69 (ENSTRUG00000031391)	emx3 (ENSTRUG00000030250)	b4galt7 (ENSTRUG00000008706)	tmed9 (ENSTRUG00000008653)	tmem216 (ENSTRUG00000008641)	PCDH12 (ENSTRUG00000008500)	ENSTRUG00000000394	PCDH1 (ENSTRUG00000026409)	ENSTRUG00000029633	SEC24B (ENSTRUG00000010184)	hopx (ENSTRUG00000022348)	arl9 (ENSTRUG00000021613)	ENSTRUG00000010116	srp72 (ENSTRUG00000009831)
Tetraodon	MODERN SPECIES	12	lman2 (ENSTNIG00000006317)	FAT2 (ENSTNIG00000006316)	mtnr1al (ENSTNIG00000012951)	SLC36A1 (ENSTNIG00000012952)	sparc (ENSTNIG00000012953)	g3bp1 (ENSTNIG00000012954)	glra1 (ENSTNIG00000012955)	slc25a48 (ENSTNIG00000012956)	ENSTNIG00000012957	thoc3 (ENSTNIG00000012958)	ENSTNIG00000012959	ENSTNIG00000012961	ENSTNIG00000012962	gm2a (ENSTNIG00000012960)	ENSTNIG00000001603	MAML1 (ENSTNIG00000012963) #22	LTC4S (ENSTNIG00000012964) #23	ENSTNIG00000000748	emx3 (ENSTNIG00000012965)	b4galt7 (ENSTNIG00000001663)	b4galt7 (ENSTNIG00000012966)	tmed9 (ENSTNIG00000012967)	PCDH12 (ENSTNIG00000012968)	PCDH1 (ENSTNIG00000012969)
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000001695	ENSGT00950000183018.b	ENSGT00940000154658.b.i.a	ENSGT00940000157174.d	ENSGT00940000159937	ENSGT00940000167363	ENSGT00390000017284.b	ENSGT00940000153322.B.d.a	ENSGT00940000169511	ENSGT00950000182859.A.a.a.a	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000175795	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00940000160403	ENSGT00390000003288	ENSGT00510000048167.b.b	ENSGT00940000158129	ENSGT00950000182938.b.b.a	ENSGT00940000159354	ENSGT00940000159047.d
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000001695	ENSGT00950000183018.b	ENSGT00940000154658.b.i.a.h	ENSGT00940000157174.d	ENSGT00940000159937	ENSGT00940000167363	ENSGT00390000017284.b	ENSGT00940000153322.B.d.a	ENSGT00940000169511	ENSGT00950000182859.A.a.a.a	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00940000160403	ENSGT00390000003288	ENSGT00510000048167.b.b	ENSGT00940000158129	ENSGT00950000182938.b.b.a	ENSGT00940000159354	ENSGT00940000159047.d	ENSGT00390000011365.a
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	116														ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000155521.a.a
Turbot	MODERN SPECIES	4	ENSSMAG00000007718	ENSSMAG00000007699	SRP72 (ENSSMAG00000007639)	ENSSMAG00000007631	arl9 (ENSSMAG00000026633)	ENSSMAG00000007620	hopx (ENSSMAG00000007609)	ENSSMAG00000007541	ENSSMAG00000007528	ENSSMAG00000007463	SLC49A3 (ENSSMAG00000007448)	ENSSMAG00000007416	CPLX1 (ENSSMAG00000007389)	ENSSMAG00000007338	canx (ENSSMAG00000007308) #21	ENSSMAG00000007301 #22	LTC4S (ENSSMAG00000007287) #23	ENSSMAG00000007271	ENSSMAG00000007213	b4galt7 (ENSSMAG00000007209)	ENSSMAG00000007171	ENSSMAG00000007195	ENSSMAG00000007161	ENSSMAG00000029533	ENSSMAG00000022996	ENSSMAG00000005557	ENSSMAG00000023620	ENSSMAG00000007111	ENSSMAG00000035076	ENSSMAG00000007094	ENSSMAG00000029890
Tongue sole	MODERN SPECIES	6	SMU1 (ENSCSEG00000012301)	CPLX1 (ENSCSEG00000012329)	PCGF3 (ENSCSEG00000012338)	SLC49A3 (ENSCSEG00000012355)	NCBP1 (ENSCSEG00000012377)	TSTD2 (ENSCSEG00000012433)	SEC24B (ENSCSEG00000012444)	ENSCSEG00000012461	lman2 (ENSCSEG00000012470)	atox1 (ENSCSEG00000012490)	SLC36A1 (ENSCSEG00000012497)	mtnr1al (ENSCSEG00000012507)	FAT2 (ENSCSEG00000012512)	mgat4b (ENSCSEG00000012532) #24	canx (ENSCSEG00000012554) #21	ENSCSEG00000012586 #22	LTC4S (ENSCSEG00000012592) #23	ENSCSEG00000012595	emx3 (ENSCSEG00000012600)	b4galt7 (ENSCSEG00000012610)	tmed9 (ENSCSEG00000012631)	ENSCSEG00000012640	tmem216 (ENSCSEG00000012643)	tbpl1 (ENSCSEG00000012646)	ENSCSEG00000012656	ENSCSEG00000012682	ENSCSEG00000012698	neurog1 (ENSCSEG00000012706)	ENSCSEG00000012714	NFKB1 (ENSCSEG00000012728)	DGKQ (ENSCSEG00000012752)
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00390000001695	ENSGT00950000183018.b	ENSGT00940000154658.b.i.a.h	ENSGT00940000157174.d	ENSGT00940000159937	ENSGT00940000167363	ENSGT00390000017284.b	ENSGT00940000153322.B.d.a	ENSGT00940000169511	ENSGT00950000182859.A.a.a.a	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000159492	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00940000160403	ENSGT00390000003288	ENSGT00510000048167.b.b	ENSGT00940000158129	ENSGT00950000182938.b.b.a	ENSGT00940000159354	ENSGT00940000159047.d	ENSGT00390000011365.a
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	31														ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000157174.d	ENSGT00390000003288	ENSGT00940000160403	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00980000198740	ENSGT00940000158129	ENSGT00950000182938.b.b.a	ENSGT00940000159354	ENSGT00940000159047.d
Greater amberjack	MODERN SPECIES	159														mgat4b (ENSSDUG00000014176) #24	canx (ENSSDUG00000014213) #21	MAML1 (ENSSDUG00000014232) #22	LTC4S (ENSSDUG00000014244) #23	ENSSDUG00000014266	emx3 (ENSSDUG00000014279)	ENSSDUG00000014286	b4galt7 (ENSSDUG00000014293)	TBC1D2 (ENSSDUG00000014307)	ENSSDUG00000014321	ENSSDUG00000014332	SLC44A1 (ENSSDUG00000014345)	gm2a (ENSSDUG00000014379)	PCDH12 (ENSSDUG00000014388)	PCDH1 (ENSSDUG00000014393)
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	3195	ENSSLDG00000015879	VAV1 (ENSSLDG00000015815)	UBL5 (ENSSLDG00000015781)	pin1 (ENSSLDG00000015758)	ENSSLDG00000015653	ENSSLDG00000014616	ENSSLDG00000014378	ENSSLDG00000014362	ENSSLDG00000014332	fbxl18 (ENSSLDG00000014309)	PTCD1 (ENSSLDG00000014261)	zgc:112980 (ENSSLDG00000014217)	smcr8b (ENSSLDG00000014199)	mgat4b (ENSSLDG00000014173) #24	canx (ENSSLDG00000014150) #21	MAML1 (ENSSLDG00000014125) #22	LTC4S (ENSSLDG00000014108) #23	emx3 (ENSSLDG00000014095)	b4galt7 (ENSSLDG00000014080)	ENSSLDG00000014068	ENSSLDG00000014054	ENSSLDG00000014045
Barramundi perch	MODERN SPECIES	463										ENSLCAG00010006588	ENSLCAG00010006633	NFKB1 (ENSLCAG00010006790)	DGKQ (ENSLCAG00010006811)	mgat4b (ENSLCAG00010006838) #24	canx (ENSLCAG00010006865) #21	MAML1 (ENSLCAG00010006910) #22	LTC4S (ENSLCAG00010006911) #23	ENSLCAG00010006914	emx3 (ENSLCAG00010006916)
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00390000001695	ENSGT00950000183018.b	ENSGT00940000154658.b.i.a	ENSGT00940000157174.d	ENSGT00940000159937	ENSGT00940000167363	ENSGT00390000017284.b	ENSGT00940000153322.B.d.a	ENSGT00940000169511	ENSGT00950000182859.A.a.a.a	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000168305	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000175795	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00940000160403	ENSGT00390000003288	ENSGT00510000048167.b.b	ENSGT00940000158129	ENSGT00950000182938.b.b.a	ENSGT00940000159354	ENSGT00940000159047.d
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000156583	ENSGT00940000163780	ENSGT00510000046787.e.b	ENSGT00390000011365.a	ENSGT00940000159047.d	ENSGT00940000159354	ENSGT00950000182938.b.b.a	ENSGT00940000158129	ENSGT00510000048167.b.b	ENSGT00390000003288	ENSGT00940000160403	ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00940000175795	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00950000183026.A.a.b	ENSGT00940000157425.A	ENSGT00940000157712	ENSGT00940000159747	ENSGT00940000153899.a.a	ENSGT00940000168305	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000153169.A.b.b.e.b	ENSGT00950000182859.A.a.a.a	ENSGT00940000169511	ENSGT00940000153322.B.d.a	ENSGT00390000017284.b	ENSGT00940000167363	ENSGT00940000159937
Climbing perch	MODERN SPECIES	22	mtnr1al (ENSATEG00000017184)	ENSATEG00000017558	atox1 (ENSATEG00000017575)	sparc (ENSATEG00000017589)	g3bp1 (ENSATEG00000017646)	glra1 (ENSATEG00000017876)	slc25a48 (ENSATEG00000017906)	ENSATEG00000026908	thoc3 (ENSATEG00000017937)	ENSATEG00000017955	ENSATEG00000029734	ENSATEG00000018020	ENSATEG00000018043	mgat4b (ENSATEG00000018078) #24	canx (ENSATEG00000018130) #21	ENSATEG00000018177 #22	LTC4S (ENSATEG00000018191) #23	ENSATEG00000029494	ENSATEG00000027104	b4galt7 (ENSATEG00000027061)	ENSATEG00000018306	ENSATEG00000018323	ENSATEG00000018340	ENSATEG00000018380	ENSATEG00000018427	ENSATEG00000018447	ENSATEG00000018501	ENSATEG00000018516	ENSATEG00000018534	ENSATEG00000018598	ENSATEG00000018604
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	1	g3bp1 (ENSBSLG00000018181)	glra1 (ENSBSLG00000018233)	ENSBSLG00000018404	slc25a48 (ENSBSLG00000018412)	cplx2 (ENSBSLG00000018425)	thoc3 (ENSBSLG00000018438)	gm2a (ENSBSLG00000018748)	ENSBSLG00000018772	PCDH12 (ENSBSLG00000018808)	ENSBSLG00000018840	PCDH1 (ENSBSLG00000018852)	ENSBSLG00000018865	mgat4b (ENSBSLG00000018940) #24	ENSBSLG00000002337	canx (ENSBSLG00000002477) #21	MAML1 (ENSBSLG00000002949) #22	LTC4S (ENSBSLG00000002956) #23	ENSBSLG00000002966	emx3 (ENSBSLG00000002975)	b4galt7 (ENSBSLG00000003670)	tmed9 (ENSBSLG00000003739)	tmem216 (ENSBSLG00000003780)	DGKQ (ENSBSLG00000003829)	NFKB1 (ENSBSLG00000003947)	ENSBSLG00000004095	ENSBSLG00000004170	ENSBSLG00000004753	ENSBSLG00000004827	ENSBSLG00000004900	neurog1 (ENSBSLG00000005027)	TBC1D2 (ENSBSLG00000005095)
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	1	ENSMAMG00000027354	ENSMAMG00000014007	ENSMAMG00000013911	ENSMAMG00000025355	neurog1 (ENSMAMG00000013881)	ENSMAMG00000013851	ENSMAMG00000013840	ENSMAMG00000013806	ENSMAMG00000013744	ENSMAMG00000013695	ENSMAMG00000013622	ENSMAMG00000013592	ENSMAMG00000013527	mgat4b (ENSMAMG00000013534) #24	canx (ENSMAMG00000013509) #21	ENSMAMG00000013493 #22	LTC4S (ENSMAMG00000028039) #23	ENSMAMG00000013449	ENSMAMG00000028293	b4galt7 (ENSMAMG00000013415)	ENSMAMG00000013395	ENSMAMG00000013380	ENSMAMG00000013373	ENSMAMG00000013358	ENSMAMG00000013336	ENSMAMG00000013316	ENSMAMG00000013307	ENSMAMG00000013268	thoc3 (ENSMAMG00000013229)	ENSMAMG00000013160	slc25a48 (ENSMAMG00000025670)
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	181	ENSHCOG00000002874	ENSHCOG00000002880	ENSHCOG00000002896	znf219 (ENSHCOG00000000082)	ENSHCOG00000002924	CLCN5 (ENSHCOG00000002932)	tnfsf10l (ENSHCOG00000002945)	ccnb3 (ENSHCOG00000002952)	htr2cl1 (ENSHCOG00000002965)	zgc:109889 (ENSHCOG00000003025)	ENSHCOG00000003061	NFKB1 (ENSHCOG00000003095)	DGKQ (ENSHCOG00000003297)	mgat4b (ENSHCOG00000003347) #24	canx (ENSHCOG00000003371) #21	MAML1 (ENSHCOG00000003375) #22	LTC4S (ENSHCOG00000003387) #23	ENSHCOG00000003416	emx3 (ENSHCOG00000000103)	b4galt7 (ENSHCOG00000003445)	tmed9 (ENSHCOG00000003452)	tmem216 (ENSHCOG00000003458)	sparc (ENSHCOG00000003466)	g3bp1 (ENSHCOG00000003474)	glra1 (ENSHCOG00000003488)	slc25a48 (ENSHCOG00000003494)	cplx2 (ENSHCOG00000003503)	thoc3 (ENSHCOG00000003522)	ENSHCOG00000003546	gm2a (ENSHCOG00000003555)	PCDH12 (ENSHCOG00000003567)
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	1	exosc3 (ENSMMDG00005024003)	b4galt1l (ENSMMDG00005023999)	rest (ENSMMDG00005023996)	noa1 (ENSMMDG00005023992)	nipsnap3a (ENSMMDG00005023991)	ABCA1 (ENSMMDG00005019834)	SLC44A1 (ENSMMDG00005019662)	TBC1D2 (ENSMMDG00005019658)	ELP1 (ENSMMDG00005018839)	EBF4 (ENSMMDG00005018746)	ENSMMDG00005018699	NFKB1 (ENSMMDG00005018695)	DGKQ (ENSMMDG00005018688)	mgat4b (ENSMMDG00005018678) #24	canx (ENSMMDG00005016543) #21	MAML1 (ENSMMDG00005016468) #22	LTC4S (ENSMMDG00005016463) #23	ENSMMDG00005016459	PCDH12 (ENSMMDG00005016456)	ENSMMDG00005016454	ENSMMDG00005016450	ENSMMDG00005016448	ENSMMDG00005016446	PCDH1 (ENSMMDG00005016445)	ENSMMDG00005016442	lect2.1 (ENSMMDG00005016398)	F2RL3 (ENSMMDG00005016394)	ENSMMDG00005016393	rnf130 (ENSMMDG00005016387) #28	TBC1D9B (ENSMMDG00005015134) #27	ENSMMDG00005015095 #26
Cod	MODERN SPECIES	1	ENSGMOG00000005058	exosc3 (ENSGMOG00000005045)	b4galt1l (ENSGMOG00000005031)	rest (ENSGMOG00000036828)	noa1 (ENSGMOG00000004944)	nipsnap3a (ENSGMOG00000004934)	ENSGMOG00000004829	SLC44A1 (ENSGMOG00000004798)	ENSGMOG00000012669	ENSGMOG00000006055	ENSGMOG00000007501	ENSGMOG00000007506	ENSGMOG00000018915	mgat4b (ENSGMOG00000033012) #24	canx (ENSGMOG00000001868) #21	ENSGMOG00000032705 #22	LTC4S (ENSGMOG00000001927) #23	ENSGMOG00000026404	ENSGMOG00000037088	ENSGMOG00000008209	ENSGMOG00000030878	ENSGMOG00000013452	ENSGMOG00000025399	lect2.1 (ENSGMOG00000000097)	ENSGMOG00000031285	rnf130 (ENSGMOG00000000091) #28	ENSGMOG00000000082 #27
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	58	ENSGT01050000244965.b	ENSGT00940000154518.a	ENSGT00940000167634	ENSGT00730000111223	ENSGT00940000164379.e.b	ENSGT00940000154194.c.a	ENSGT00940000156665.a	ENSGT00390000015484.i	ENSGT01050000244840.A.b.a	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738.n #23	ENSGT00940000153137.a.b #20	ENSGT00940000160738.m #23	ENSGT00940000160403	ENSGT00550000074940	ENSGT00940000157266.b	ENSGT00940000159024	ENSGT00940000167144	ENSGT00950000183135.B.a.b	ENSGT00940000166497	ENSGT00940000159651	ENSGT00940000167002.h	ENSGT00940000164405	ENSGT00940000165256	ENSGT00940000156842
Salmoninae	DUPLICATION
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Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000156627.a.f	ENSGT01050000244965.b.c.b	ENSGT00940000154518.a.h	ENSGT00730000111223.n	ENSGT00940000164379.e.b.m.a	ENSGT00940000154194.c.a	ENSGT00940000156665.a.d	ENSGT00940000156038.a.a.d.b.b.a.b	ENSGT00390000015484.i.n	ENSGT01050000244840.A.b.a.f	ENSGT00940000157465.o.a #28	ENSGT00940000158554.b #27	ENSGT00390000002781.l #25	ENSGT00940000156526.a.n #24	ENSGT00950000182915.a.a.a.i #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a.e #22	ENSGT00940000160738.m #23	ENSGT00940000160403.d	ENSGT00550000074940	ENSGT00940000157266.b.c	ENSGT00940000159024.c	ENSGT00940000167144.d	ENSGT00950000183135.B.a.b.i.a	ENSGT00940000166497.b	ENSGT00940000159651.e	ENSGT00940000167002.g	ENSGT00940000164405.i	ENSGT00940000165256.d	ENSGT00940000156842	ENSGT00990000207836.A	ENSGT01030000235110.b
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000158366.p	ENSGT01050000244965.b.c.b	ENSGT00940000154518.a.h	ENSGT00730000111223.n	ENSGT00940000164379.e.b.m.a	ENSGT00940000154194.c.a	ENSGT00940000156665.a.d	ENSGT00940000156038.a.a.d.b.b.a.b	ENSGT00390000015484.i.n	ENSGT01050000244840.A.b.a.f	ENSGT00940000157465.o.a #28	ENSGT00940000158554.b #27	ENSGT00390000002781.l #25	ENSGT00940000156526.a.n #24	ENSGT00950000182915.a.a.a.i #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a.e #22	ENSGT00940000160738.m #23	ENSGT00940000160403.d	ENSGT00550000074940	ENSGT00940000157266.b.c	ENSGT00940000159024.c	ENSGT00940000167144.d	ENSGT00950000183135.B.a.b.i.a	ENSGT00940000166497.b	ENSGT00940000159651.e	ENSGT00940000167002.g	ENSGT00940000164405.i	ENSGT00940000165256.d	ENSGT00940000156842	ENSGT00990000207836.A	ENSGT01030000235110.b
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	24	lrit3a (ENSSSAG00000098899)	elovl6 (ENSSSAG00000074658)	pitx2 (ENSSSAG00000102092)	ENSSSAG00000101189	adhx (ENSSSAG00000074737)	ENSSSAG00000082752	ENSSSAG00000075996	ENSSSAG00000118276	ENSSSAG00000076003	ENSSSAG00000076013	rnf130 (ENSSSAG00000076016) #28	TBC1D9B (ENSSSAG00000076038) #27	sqstm1 (ENSSSAG00000076115) #25	mgat4b (ENSSSAG00000076123) #24	canx (ENSSSAG00000076158) #21	ENSSSAG00000076182 #22	LTC4S (ENSSSAG00000089536) #23	ENSSSAG00000076189	guf1 (ENSSSAG00000076202)	ENSSSAG00000076466	ENSSSAG00000087846	gabra4 (ENSSSAG00000076474)	ap1ar (ENSSSAG00000076488)	nanos1 (ENSSSAG00000108324)	lbx2 (ENSSSAG00000116761)	pcgf1 (ENSSSAG00000076508)	fgf24 (ENSSSAG00000101433)	npm1b (ENSSSAG00000002978)	tlx2 (ENSSSAG00000118712)	adad1 (ENSSSAG00000003012)	ENSSSAG00000003029
River trout	MODERN SPECIES	22	pitx2 (ENSSTUG00000034307)	gar1 (ENSSTUG00000034345)	ENSSTUG00000034362	eif4ea (ENSSTUG00000034607)	ENSSTUG00000034624	LINGO2 (ENSSTUG00000034630)	ENSSTUG00000034641	ENSSTUG00000034653	F2RL3 (ENSSTUG00000034679)	rnf130 (ENSSTUG00000034687) #28	TBC1D9B (ENSSTUG00000034913) #27	ENSSTUG00000039125	sqstm1 (ENSSTUG00000039128) #25	mgat4b (ENSSTUG00000039183) #24	canx (ENSSTUG00000040523) #21	ENSSTUG00000040574 #22	LTC4S (ENSSTUG00000040592) #23	PCDH12 (ENSSTUG00000040613)	GUF1 (ENSSTUG00000040706)	GABRA2 (ENSSTUG00000042105)	gabra4 (ENSSTUG00000042200)	ap1ar (ENSSTUG00000042269)	nanos1 (ENSSTUG00000042291)	lbx2 (ENSSTUG00000042316)	pcgf1 (ENSSTUG00000042341)	fgf24 (ENSSTUG00000042397)	npm1b (ENSSTUG00000042438)	tlx2 (ENSSTUG00000042480)	adad1 (ENSSTUG00000042504)	ENSSTUG00000042528	ENSSTUG00000042553
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000156627.a.f	ENSGT01050000244965.b.c.b	ENSGT00940000154518.a.h	ENSGT00730000111223.n	ENSGT00940000164379.e.b.m.a	ENSGT00940000154194.c.a	ENSGT00940000156665.a.d	ENSGT00940000156038.a.a.d.b.b.a.b	ENSGT00390000015484.i.n	ENSGT01050000244840.A.b.a.f	ENSGT00940000157465.o.a #28	ENSGT00940000158554.b #27	ENSGT00390000002781.l #25	ENSGT00940000156526.a.n #24	ENSGT00950000182915.a.a.a.i #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a.e #22	ENSGT00940000176194	ENSGT00940000160403.d	ENSGT00550000074940	ENSGT00940000157266.b.c	ENSGT00940000159024.c	ENSGT00940000167144.d	ENSGT00950000183135.B.a.b.i.a	ENSGT01100000265271	ENSGT00940000166497.b	ENSGT00940000159651.e	ENSGT00940000167002.g	ENSGT00940000164405.i	ENSGT00940000165256.d	ENSGT00940000156842	ENSGT00990000207836.A
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000156627.a.f	ENSGT01050000244965.b.c.b	ENSGT00940000154518.a.h	ENSGT00730000111223.n	ENSGT00940000164379.e.b.m.a	ENSGT00940000154194.c.a	ENSGT00940000156665.a.d	ENSGT00940000156038.a.a.d.b.b.a.b	ENSGT00390000015484.i.n	ENSGT01050000244840.A.b.a.f	ENSGT00940000157465.o.a #28	ENSGT00940000158554.b #27	ENSGT00390000002781.l #25	ENSGT00940000156526.a.n #24	ENSGT00950000182915.a.a.a.i #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a.e #22	ENSGT00940000176194	ENSGT00940000160403.d	ENSGT00550000074940	ENSGT00940000157266.b.c	ENSGT00940000159024.c	ENSGT00940000167144.d	ENSGT00950000183135.B.a.b.i.a	ENSGT01100000265271	ENSGT00940000166497.b	ENSGT00940000159651.e	ENSGT00940000167002.g	ENSGT00940000164405.i	ENSGT00940000165256.d	ENSGT00940000156842	ENSGT00990000207836.A
Coho salmon	MODERN SPECIES	10	lrit3a (ENSOKIG00005006501)	ELOVL6 (ENSOKIG00005006494)	pitx2 (ENSOKIG00005006469)	gar1 (ENSOKIG00005006459)	ENSOKIG00005005956	eif4ea (ENSOKIG00005042234)	LINGO2 (ENSOKIG00005042223)	ENSOKIG00005042152	ENSOKIG00005042073	F2RL3 (ENSOKIG00005042060)	rnf130 (ENSOKIG00005041817) #28	TBC1D9B (ENSOKIG00005038477) #27	sqstm1 (ENSOKIG00005038304) #25	mgat4b (ENSOKIG00005036327) #24	canx (ENSOKIG00005036172) #21	MAML1 (ENSOKIG00005036142) #22	ENSOKIG00005036115	PCDH12 (ENSOKIG00005036097)	GUF1 (ENSOKIG00005035293)	GABRA2 (ENSOKIG00005034571)	gabra4 (ENSOKIG00005034531)	ap1ar (ENSOKIG00005034520)	nanos1 (ENSOKIG00005034503)	ENSOKIG00005034487	lbx2 (ENSOKIG00005034476)	pcgf1 (ENSOKIG00005034462)	npm1b (ENSOKIG00005034412)	tlx2 (ENSOKIG00005034385)	adad1 (ENSOKIG00005034341)	ENSOKIG00005034329	ENSOKIG00005034283
Chinook salmon	MODERN SPECIES	13	lrit3a (ENSOTSG00005045680)	elovl6 (ENSOTSG00005045678)	pitx2 (ENSOTSG00005045677)	gar1 (ENSOTSG00005045676)	ENSOTSG00005045657	eif4ea (ENSOTSG00005045652)	LINGO2 (ENSOTSG00005045651)	ENSOTSG00005045650	ENSOTSG00005045649	F2RL3 (ENSOTSG00005045648)	rnf130 (ENSOTSG00005045647) #28	TBC1D9B (ENSOTSG00005045553) #27	sqstm1 (ENSOTSG00005045547) #25	mgat4b (ENSOTSG00005045367) #24	canx (ENSOTSG00005045278) #21	MAML1 (ENSOTSG00005045272) #22	ENSOTSG00005045271	PCDH12 (ENSOTSG00005045270)	GUF1 (ENSOTSG00005045033)	GABRA2 (ENSOTSG00005044770)	gabra4 (ENSOTSG00005044768)	ap1ar (ENSOTSG00005044767)	ENSOTSG00005044765	nanos1 (ENSOTSG00005044764)	lbx2 (ENSOTSG00005044763)	pcgf1 (ENSOTSG00005044762)	fgf24 (ENSOTSG00005044761)	npm1b (ENSOTSG00005044760)	tlx2 (ENSOTSG00005044759)	adad1 (ENSOTSG00005044757)	ENSOTSG00005044756
Rainbow trout	MODERN SPECIES	5	pitx2 (ENSOMYG00000061049)	ENSOMYG00000065623	ENSOMYG00000066294	ENSOMYG00000011968	ENSOMYG00000011377	ENSOMYG00000011286	ENSOMYG00000011269	ENSOMYG00000011228	ENSOMYG00000011205	ENSOMYG00000011201	RNF130 (ENSOMYG00000010945) #28	TBC1D9B (ENSOMYG00000008326) #27	sqstm1 (ENSOMYG00000006893) #25	mgat4b (ENSOMYG00000006797) #24	canx (ENSOMYG00000006488) #21	ENSOMYG00000006057 #22	ENSOMYG00000006037	ENSOMYG00000006023	ENSOMYG00000005528	ENSOMYG00000004777	ENSOMYG00000049825	gabra4 (ENSOMYG00000004656)	ap1ar (ENSOMYG00000004627)	nanos1 (ENSOMYG00000004577)	ENSOMYG00000052017	lbx2 (ENSOMYG00000004564)	pcgf1 (ENSOMYG00000004531)	fgf24 (ENSOMYG00000004413)	npm1b (ENSOMYG00000044750)	tlx2 (ENSOMYG00000004195)	adad1 (ENSOMYG00000004151)
Huchen	MODERN SPECIES	513														mgat4b (ENSHHUG00000020073) #24	canx (ENSHHUG00000020209) #21	MAML1 (ENSHHUG00000020263) #22	ENSHHUG00000020265	PCDH12 (ENSHHUG00000020269)	GUF1 (ENSHHUG00000020273)	GABRA2 (ENSHHUG00000020283)	gabra4 (ENSHHUG00000020456)	ap1ar (ENSHHUG00000020462)	ENSHHUG00000020472	nanos1 (ENSHHUG00000020477)	lbx2 (ENSHHUG00000020487)	pcgf1 (ENSHHUG00000020490)	fgf24 (ENSHHUG00000020497)	npm1b (ENSHHUG00000020511)	tlx2 (ENSHHUG00000020525)
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT01050000244965.b.c.a	ENSGT00940000154518.a.g	ENSGT00940000167634	ENSGT00730000111223.m	ENSGT00940000164379.e.b.m.b	ENSGT00940000154194.c.a	ENSGT00940000156665.a.c	ENSGT00390000015484.i.m	ENSGT01050000244840.A.b.a.e	ENSGT00940000157465.o.b #28	ENSGT00940000158554.a #27	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00390000002781.k #25	ENSGT00940000156526.a.m #24	ENSGT00950000182915.a.a.a.j #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a.f #22	ENSGT00940000160738.n #23	ENSGT00940000153137.a.b #20	ENSGT00940000160403.c	ENSGT00940000157266.b.d	ENSGT00940000159024.d	ENSGT00940000167144.c	ENSGT00950000183135.B.a.b.i.b	ENSGT00940000166497.a	ENSGT00940000159651.f	ENSGT00940000167002.h	ENSGT00940000164405.j	ENSGT00940000165256.c	ENSGT00990000207836.B	ENSGT01030000235110.a	ENSGT00940000162309.c
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	40	ENSGT00940000158366	ENSGT01050000244965.b.c.a	ENSGT00940000154518.a.g	ENSGT00940000167634	ENSGT00730000111223.m	ENSGT00940000164379.e.b.m.b	ENSGT00940000156665.a.c	ENSGT00390000015484.i.m	ENSGT01050000244840.A.b.a.e	ENSGT00940000157465.o.b #28	ENSGT00940000158554.a #27	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00390000002781.k #25	ENSGT00940000156526.a.m #24	ENSGT00950000182915.a.a.a.j #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a.f #22	ENSGT00940000160738.n #23	ENSGT00940000153137.a.b #20	ENSGT00940000160403.c	ENSGT00940000157266.b.d	ENSGT00940000159024.d	ENSGT00940000167144.c	ENSGT00950000183135.B.a.b.i.b	ENSGT00940000166497.a	ENSGT00940000159651.f	ENSGT00940000167002.h	ENSGT00940000164405.j	ENSGT00940000165256.c	ENSGT00990000207836.B	ENSGT01030000235110.a	ENSGT00940000162309.c
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00940000158366	ENSGT01050000244965.b.c.a	ENSGT00940000154518.a.g	ENSGT00940000167634	ENSGT00730000111223.m	ENSGT00940000164379.e.b.m.b	ENSGT00940000156665.a.c	ENSGT00390000015484.i.m	ENSGT01050000244840.A.b.a.e	ENSGT00940000157465.o.b #28	ENSGT00940000158554.a #27	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00390000002781.k #25	ENSGT00940000156526.a.m #24	ENSGT00950000182915.a.a.a.j #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a.f #22	ENSGT00940000160738.n #23	ENSGT00940000153137.a.b #20	ENSGT00940000160403.c	ENSGT00940000157266.b.d	ENSGT00940000159024.d	ENSGT00940000167144.c	ENSGT00950000183135.B.a.b.j	ENSGT00940000166497.a	ENSGT00940000159651.f	ENSGT00940000167002.h	ENSGT00940000164405.j	ENSGT00940000165256.c	ENSGT00990000207836.B	ENSGT01030000235110.a	ENSGT00940000162309.c
Rainbow trout	MODERN SPECIES	23	zgc:77938 (ENSOMYG00000061228)	ENSOMYG00000050174	ENSOMYG00000055981	ENSOMYG00000035965	ENSOMYG00000076386	ENSOMYG00000045077	lect2 (ENSOMYG00000045057)	ENSOMYG00000053921	ENSOMYG00000052242	rnf130 (ENSOMYG00000045010) #28	TBC1D9B (ENSOMYG00000044940) #27	ENSOMYG00000048178 #26	sqstm1 (ENSOMYG00000044911) #25	mgat4b (ENSOMYG00000044895) #24	canx (ENSOMYG00000044873) #21	ENSOMYG00000071499 #22	LTC4S (ENSOMYG00000051938) #23	ENSOMYG00000044862 #20	ENSOMYG00000044858	ENSOMYG00000070618	ENSOMYG00000044811	gabra4 (ENSOMYG00000044782)	ap1ar (ENSOMYG00000044772)	nanos1 (ENSOMYG00000044766)	lbx2 (ENSOMYG00000044763)	pcgf1 (ENSOMYG00000044759)	npm1b (ENSOMYG00000072502)	tlx2 (ENSOMYG00000044744)	ENSOMYG00000044739	il2 (ENSOMYG00000044734)	IL21B (ENSOMYG00000044729)
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	40	ENSGT00940000158366	ENSGT01050000244965.b.c.a	ENSGT00940000162789	ENSGT01050000247341	ENSGT00730000111223.m	ENSGT00940000164379.e.b.m.b	ENSGT00940000156665.a.c	ENSGT00390000015484.i.m	ENSGT01050000244840.A.b.a.e	ENSGT00940000157465.o.b #28	ENSGT00940000158554.a #27	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00390000002781.k #25	ENSGT00940000156526.a.m #24	ENSGT00950000182915.a.a.a.j #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a.f #22	ENSGT00940000160738.n #23	ENSGT00940000153137.a.b #20	ENSGT00940000160403.c	ENSGT00940000157266.b.d	ENSGT00940000159024.d	ENSGT00940000167144.c	ENSGT00950000183135.B.a.b.j	ENSGT00940000166497.a	ENSGT00940000159651.f	ENSGT00940000167002.h	ENSGT00940000164405.j	ENSGT00940000165256.c	ENSGT00990000207836.B	ENSGT01030000235110.a	ENSGT00940000162309.c
Chinook salmon	MODERN SPECIES	32	elovl6 (ENSOTSG00005044595)	pitx2 (ENSOTSG00005044593)	ENSOTSG00005044592	gar1 (ENSOTSG00005044591)	ENSOTSG00005044590	LINGO2 (ENSOTSG00005044589)	ENSOTSG00005044588	lect2.1 (ENSOTSG00005044586)	F2RL3 (ENSOTSG00005044582)	rnf130 (ENSOTSG00005044448) #28	TBC1D9B (ENSOTSG00005044202) #27	mrnip (ENSOTSG00005044200) #26	sqstm1 (ENSOTSG00005044199) #25	mgat4b (ENSOTSG00005044114) #24	canx (ENSOTSG00005044108) #21	MAML1 (ENSOTSG00005044106) #22	LTC4S (ENSOTSG00005044104) #23	ENSOTSG00005044103 #20	PCDH12 (ENSOTSG00005044101)	GABRA2 (ENSOTSG00005043617)	gabra4 (ENSOTSG00005043614)	ap1ar (ENSOTSG00005043613)	nanos1 (ENSOTSG00005043611)	lbx2 (ENSOTSG00005043610)	pcgf1 (ENSOTSG00005043607)	fgf24 (ENSOTSG00005043602)	npm1b (ENSOTSG00005043601)	tlx2 (ENSOTSG00005043600)	ENSOTSG00005043599	ENSOTSG00005043598	ENSOTSG00005043567
Coho salmon	MODERN SPECIES	6	egf (ENSOKIG00005005902)	elovl6 (ENSOKIG00005005872)	PITX2 (ENSOKIG00005005849)	ENSOKIG00005005835	GAR1 (ENSOKIG00005005832)	ENSOKIG00005005772	LINGO2 (ENSOKIG00005005755)	ENSOKIG00005005714	ENSOKIG00005005707	F2RL3 (ENSOKIG00005005704)	rnf130 (ENSOKIG00005005604) #28	TBC1D9B (ENSOKIG00005005449) #27	mrnip (ENSOKIG00005005431) #26	sqstm1 (ENSOKIG00005005419) #25	mgat4b (ENSOKIG00005005139) #24	MAML1 (ENSOKIG00005004965) #22	ENSOKIG00005004900 #23	ENSOKIG00005004877 #20	PCDH12 (ENSOKIG00005004873)	GABRA2 (ENSOKIG00005004415)	gabra4 (ENSOKIG00005004238)	ENSOKIG00005030585	ap1ar (ENSOKIG00005030570)	nanos1 (ENSOKIG00005030552)	lbx2 (ENSOKIG00005030531)	pcgf1 (ENSOKIG00005030402)	fgf24 (ENSOKIG00005030326)	npm1b (ENSOKIG00005030275)	tlx2 (ENSOKIG00005030237)	ENSOKIG00005030216	ENSOKIG00005030174
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	43	ENSGT00940000158366.o	ENSGT01050000244965.b.c.a	ENSGT00940000154518.a.g	ENSGT00940000167634	ENSGT00730000111223.m	ENSGT00940000164379.e.b.m.b	ENSGT00940000156665.a.c	ENSGT00390000015484.i.m	ENSGT01050000244840.A.b.a.e	ENSGT00940000157465.o.b #28	ENSGT00940000158554.a #27	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00390000002781.k #25	ENSGT00940000156526.a.m #24	ENSGT00950000182915.a.a.a.j #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a.f #22	ENSGT00940000160738.n #23	ENSGT00940000153137.a.b #20	ENSGT00940000160403.c	ENSGT00940000157266.b.d	ENSGT00940000159024.d	ENSGT00940000167144.c	ENSGT00950000183135.B.a.b.i.b	ENSGT00940000166497.a	ENSGT00940000159651.f	ENSGT00940000167002.h	ENSGT00940000164405.j	ENSGT00940000165256.c	ENSGT00990000207836.B	ENSGT01030000235110.a	ENSGT00940000162309.c
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	28	elovl6 (ENSSSAG00000073055)	pitx2 (ENSSSAG00000073060)	zgc:77938 (ENSSSAG00000073069)	ENSSSAG00000073128	ENSSSAG00000073130	ENSSSAG00000083049	ENSSSAG00000073155	ENSSSAG00000073159	ENSSSAG00000115953	ENSSSAG00000104182	rnf130 (ENSSSAG00000073187) #28	sqstm1 (ENSSSAG00000073443) #25	TBC1D9B (ENSSSAG00000073271) #27	mgat4b (ENSSSAG00000118203) #24	canx (ENSSSAG00000073461) #21	ENSSSAG00000107190 #22	LTC4S (ENSSSAG00000100228) #23	ENSSSAG00000106678 #20	ENSSSAG00000073511	ENSSSAG00000073523	gabra4 (ENSSSAG00000107159)	ap1ar (ENSSSAG00000073576)	nanos1 (ENSSSAG00000073581)	lbx2 (ENSSSAG00000117592)	pcgf1 (ENSSSAG00000073584)	fgf24 (ENSSSAG00000073589)	npm1b (ENSSSAG00000087613)	tlx2 (ENSSSAG00000073594)	ENSSSAG00000118910	ENSSSAG00000073598	ENSSSAG00000073599
River trout	MODERN SPECIES	4	elovl6 (ENSSTUG00000026065)	pitx2 (ENSSTUG00000026093)	adh5l (ENSSTUG00000026137)	gar1 (ENSSTUG00000026245)	ENSSTUG00000026280	LINGO2 (ENSSTUG00000026423)	ENSSTUG00000026428	ENSSTUG00000026447	F2RL3 (ENSSTUG00000026525)	rnf130 (ENSSTUG00000026535) #28	TBC1D9B (ENSSTUG00000026593) #27	ENSSTUG00000027088 #26	sqstm1 (ENSSTUG00000027093) #25	mgat4b (ENSSTUG00000027122) #24	canx (ENSSTUG00000027494) #21	MAML1 (ENSSTUG00000027510) #22	LTC4S (ENSSTUG00000027520) #23	ENSSTUG00000027528 #20	PCDH12 (ENSSTUG00000027533)	GABRA2 (ENSSTUG00000027559)	gabra4 (ENSSTUG00000029107)	ap1ar (ENSSTUG00000029120)	nanos1 (ENSSTUG00000029148)	lbx2 (ENSSTUG00000029158)	pcgf1 (ENSSTUG00000029166)	fgf24 (ENSSTUG00000029181)	npm1b (ENSSTUG00000029216)	tlx2 (ENSSTUG00000029226)	ENSSTUG00000029240	il21 (ENSSTUG00000029260)	ENSSTUG00000029298
Huchen	MODERN SPECIES		pitx2 (ENSHHUG00000001426)	ENSHHUG00000001408	gar1 (ENSHHUG00000001391)	ENSHHUG00000001373	ENSHHUG00000001356	ENSHHUG00000001348	LINGO2 (ENSHHUG00000001340)	LECT2 (ENSHHUG00000001269)	F2RL3 (ENSHHUG00000001265)	rnf130 (ENSHHUG00000001258) #28	TBC1D9B (ENSHHUG00000000838) #27	ENSHHUG00000000831 #26	sqstm1 (ENSHHUG00000000816) #25	mgat4b (ENSHHUG00000000790) #24	canx (ENSHHUG00000000657) #21	MAML1 (ENSHHUG00000000656) #22	LTC4S (ENSHHUG00000000654) #23	ENSHHUG00000000648 #20	PCDH12 (ENSHHUG00000000644)	ENSHHUG00000000640	GABRA2 (ENSHHUG00000000583)	gabra4 (ENSHHUG00000000544)	ap1ar (ENSHHUG00000000527)	nanos1 (ENSHHUG00000000503)	lbx2 (ENSHHUG00000000497)	pcgf1 (ENSHHUG00000000471)	fgf24 (ENSHHUG00000000417)	npm1b (ENSHHUG00000000404)	tlx2 (ENSHHUG00000000354)	ENSHHUG00000000318	ENSHHUG00000000301
Northern pike	MODERN SPECIES	3	ELOVL6 (ENSELUG00000028127)	pitx2 (ENSELUG00000021088)	gar1 (ENSELUG00000021108)	ENSELUG00000021119	eif4ea (ENSELUG00000021129)	LINGO2 (ENSELUG00000021135)	ENSELUG00000021375	lect2 (ENSELUG00000030366)	F2RL3 (ENSELUG00000021415)	rnf130 (ENSELUG00000021452) #28	TBC1D9B (ENSELUG00000021561) #27	ENSELUG00000026382 #26	sqstm1 (ENSELUG00000021590) #25	mgat4b (ENSELUG00000021707) #24	canx (ENSELUG00000021763) #21	MAML1 (ENSELUG00000021776) #22	LTC4S (ENSELUG00000021842) #23	ENSELUG00000021868	PCDH12 (ENSELUG00000021877)	GUF1 (ENSELUG00000021933)	ENSELUG00000021951	gabra4 (ENSELUG00000021980)	ap1ar (ENSELUG00000022014)	nanos1 (ENSELUG00000022032)	lbx2 (ENSELUG00000022042)	pcgf1 (ENSELUG00000022082)	fgf24 (ENSELUG00000022094)	tlx2 (ENSELUG00000022140)	adad1 (ENSELUG00000022167)	ENSELUG00000001217	ENSELUG00000022187
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	55							ENSGT00940000155521.a.a	ENSGT00390000015484.i	ENSGT01050000244840.A.b.a	ENSGT00940000157465 #28	ENSGT00940000158554 #27	ENSGT00390000006124 #26	ENSGT00390000002781 #25	ENSGT00940000156526.a #24	ENSGT00950000182915.a.a.a #21	ENSGT00950000183201.b.b.b.a #22	ENSGT00940000160738 #23	ENSGT00940000153137.a.b #20	ENSGT00940000160403	ENSGT00940000155317.a.b	ENSGT00390000002137	ENSGT00940000166070	ENSGT00940000158371	ENSGT01060000248588.a.c.a	ENSGT01030000235223	ENSGT00940000159910	ENSGT00940000165759	ENSGT00940000164983.d.c.a	ENSGT00940000164468.a.b.b	ENSGT00940000164468.a.b.a.b	ENSGT00940000164468.a.a.b.b.a
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	4	ENSSFOG00015017823	ENSSFOG00015002535	ENSSFOG00015008105	ENSSFOG00015002638	rnasel3 (ENSSFOG00015002656)	PCDH1 (ENSSFOG00015002669)	ENSSFOG00015002714	lect2.1 (ENSSFOG00015002754)	F2RL3 (ENSSFOG00015002782)	rnf130 (ENSSFOG00015002791) #28	TBC1D9B (ENSSFOG00015002823) #27	ENSSFOG00015002861 #26	sqstm1 (ENSSFOG00015002854) #25	mgat4b (ENSSFOG00015002873) #24	canx (ENSSFOG00015002970) #21	MAML1 (ENSSFOG00015030618) #22	LTC4S (ENSSFOG00015031429) #23	PCDH12 (ENSSFOG00015003061)	ENSSFOG00015003066	bicc2 (ENSSFOG00015003080)	SPOCK1 (ENSSFOG00015003145)	TRPC7 (ENSSFOG00015005871)	ENSSFOG00015003255	DIAPH1 (ENSSFOG00015003268)	ENSSFOG00015003457	ENSSFOG00015029790	ENSSFOG00015030442	ENSSFOG00015032778	ENSSFOG00015030767	ENSSFOG00015028728	ENSSFOG00015003634
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	39								F2RL3 (ENSPKIG00000014856)	rnf130 (ENSPKIG00000014920) #28	TBC1D9B (ENSPKIG00000015082) #27	ENSPKIG00000015209 #26	sqstm1 (ENSPKIG00000015230) #25	ENSPKIG00000015251	mgat4b (ENSPKIG00000015283) #24	canx (ENSPKIG00000015357) #21	MAML1 (ENSPKIG00000015388) #22	LTC4S (ENSPKIG00000015412) #23	ENSPKIG00000015426 #20	PCDH12 (ENSPKIG00000015442)	ENSPKIG00000015463	ENSPKIG00000015505	bicc2 (ENSPKIG00000015555)	SPOCK1 (ENSPKIG00000015769)	trpc7a (ENSPKIG00000015843)	ENSPKIG00000015862	DIAPH1 (ENSPKIG00000015916)	ENSPKIG00000016033	ENSPKIG00000016109	ENSPKIG00000016154	ENSPKIG00000016230	ENSPKIG00000016245
Spotted gar	MODERN SPECIES	672	NEUROG1 (ENSLOCG00000011560)	ENSLOCG00000011550	ARAP3 (ENSLOCG00000011534)	ENSLOCG00000011527	tgfbi (ENSLOCG00000011520)	smad5 (ENSLOCG00000011514)	PCDH1 (ENSLOCG00000011506)	lect2.1 (ENSLOCG00000011500)	F2RL3 (ENSLOCG00000011493)	rnf130 (ENSLOCG00000011483) #28	TBC1D9B (ENSLOCG00000011473) #27	ENSLOCG00000011470 #26	sqstm1 (ENSLOCG00000011462) #25	mgat4b (ENSLOCG00000011450) #24	canx (ENSLOCG00000011437) #21	MAML1 (ENSLOCG00000011427) #22	LTC4S (ENSLOCG00000011416) #23	PCDH12 (ENSLOCG00000011407)	ENSLOCG00000011398	ENSLOCG00000011390	ENSLOCG00000011380	bicc2 (ENSLOCG00000011365)	SPOCK1 (ENSLOCG00000011355)	TRPC7 (ENSLOCG00000011343)	DIAPH1 (ENSLOCG00000011329)	pcdh1g32 (ENSLOCG00000011316)	ENSLOCG00000011309	ENSLOCG00000018309	ENSLOCG00000011299	ENSLOCG00000011292	ENSLOCG00000011280
Reedfish	MODERN SPECIES	2	spdl1 (ENSECRG00000009440)	hnrnpa0b (ENSECRG00000009472)	ENSECRG00000009479	KLHL3 (ENSECRG00000009502)	ENSECRG00000009567	FAM13B (ENSECRG00000009581)	cxcl14 (ENSECRG00000009596)	slit3 (ENSECRG00000009684)	ENSECRG00000009954	ENSECRG00000009962	ENSECRG00000009976	ENSECRG00000009988 #26	sqstm1 (ENSECRG00000009997) #25	mgat4b (ENSECRG00000010015) #24	canx (ENSECRG00000010037) #21	MAML1 (ENSECRG00000010061) #22	LTC4S (ENSECRG00000010071) #23	PCDH12 (ENSECRG00000010080)	ENSECRG00000010113	ENSECRG00000010216	SPOCK1 (ENSECRG00000010233)	trpc7a (ENSECRG00000010285)	ENSECRG00000010334	DIAPH1 (ENSECRG00000010465)	ENSECRG00000010953	ENSECRG00000010970	ENSECRG00000010983	ENSECRG00000010986	pcdh1g31 (ENSECRG00000010990)	ENSECRG00000011005	ENSECRG00000011019
Gnathostomata	DUPLICATION
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183201.b.b.b.b.a ##22
Elephant shark	MODERN SPECIES	1542			gab1 (ENSCMIG00000019463)	USP38 (ENSCMIG00000019468)	INPP4B (ENSCMIG00000019484)	ENSCMIG00000019498	ENSCMIG00000019500	znf330 (ENSCMIG00000019502)	rnf150a (ENSCMIG00000019503)	TBC1D9 (ENSCMIG00000019541)	ucp1 (ENSCMIG00000019678)	elmod2 (ENSCMIG00000019679)	ENSCMIG00000019683 ##24	clgn (ENSCMIG00000019687) ##21	SCOC (ENSCMIG00000019712)	ENSCMIG00000019716 ##22	ENSCMIG00000019717	ENSCMIG00000019719	mgst2 (ENSCMIG00000019720)	setd7 (ENSCMIG00000019722)	zgc:113425 (ENSCMIG00000019723)	ENSCMIG00000019724	rab33ba (ENSCMIG00000019725)	mlsl (ENSCMIG00000019728)	naa15b (ENSCMIG00000019736)	ENSCMIG00000000194	ENSCMIG00000000244	elf2b (ENSCMIG00000000255)	NOCT (ENSCMIG00000000263)	SLC7A11 (ENSCMIG00000000285)	pcdh18b (ENSCMIG00000000330)
Gnathostomata	DUPLICATION
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183201.b.b.b.b.b.a ##22
Elephant shark	MODERN SPECIES	1689	ENSCMIG00000006287	nipal4 (ENSCMIG00000006294)	cyfip2 (ENSCMIG00000006312)	itk (ENSCMIG00000006386)	hdac3 (ENSCMIG00000006492)	ENSCMIG00000006544	ENSCMIG00000006547	ENSCMIG00000006549	flt4 (ENSCMIG00000006584)	rnf130 (ENSCMIG00000006663) #28	TBC1D9B (ENSCMIG00000006719) #27	ENSCMIG00000006822 #26	sqstm1 (ENSCMIG00000006829) #25	mgat4b (ENSCMIG00000006831) #24	ENSCMIG00000006849	MAML1 (ENSCMIG00000006885) ##22	ENSCMIG00000006886 #23	ENSCMIG00000006888	ENSCMIG00000006891	ENSCMIG00000006896	ENSCMIG00000006905	cdx1b (ENSCMIG00000006912)	ENSCMIG00000006954	ARSI (ENSCMIG00000007115)	ENSCMIG00000007117	rps14 (ENSCMIG00000007120)	ndst1a (ENSCMIG00000007139)	ENSCMIG00000007168	MYOZ3 (ENSCMIG00000007170)	rbm22 (ENSCMIG00000007172)	dctn4 (ENSCMIG00000007178)
Gnathostomata	DUPLICATION
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183201.b.b.b.b.b.b.a ##22
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183201.b.b.b.b.b.b.a ##22
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183201.b.b.b.b.b.b.a ##22
Reedfish	MODERN SPECIES	12	ANKRD42 (ENSECRG00000009350)	pcf11 (ENSECRG00000009305)	rab30 (ENSECRG00000009291)	ENSECRG00000009278	prcp (ENSECRG00000009264)	ENSECRG00000009251	ENSECRG00000009239	ENSECRG00000009223	tenm4 (ENSECRG00000009196)	nars2 (ENSECRG00000009162)	GAB2 (ENSECRG00000009126)	USP35 (ENSECRG00000009091)	POLQ (ENSECRG00000008961)	ENSECRG00000008884 ##22	ENSECRG00000008877	ENSECRG00000008867 ##22	ENSECRG00000008828	birc2 (ENSECRG00000008754)	ENSECRG00000008725	ENSECRG00000008722	yap1 (ENSECRG00000008693)	cfap300 (ENSECRG00000008664)	ENSECRG00000008652	ANGPTL5 (ENSECRG00000008638)	trpc6a (ENSECRG00000008591)	pgr (ENSECRG00000008552)	arhgap42a (ENSECRG00000008529)	ENSECRG00000008511	cntn5 (ENSECRG00000008426)	ENSECRG00000008360	fbxo40.1 (ENSECRG00000008353)
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183201.b.b.b.b.b.b.a ##22
Spotted gar	MODERN SPECIES	669	alg8 (ENSLOCG00000005958)	KCTD21 (ENSLOCG00000018199)	ccdc90b (ENSLOCG00000005941)	ANKRD42 (ENSLOCG00000005924)	pcf11 (ENSLOCG00000005901)	rab30 (ENSLOCG00000005884)	ENSLOCG00000005869	prcp (ENSLOCG00000005836)	FAM181B (ENSLOCG00000018197)	cmah (ENSLOCG00000005814)	tenm4 (ENSLOCG00000005799)	nars2 (ENSLOCG00000005772)	GAB2 (ENSLOCG00000005755)	USP35 (ENSLOCG00000005724)	POLQ (ENSLOCG00000005709)	ENSLOCG00000005696 ##22	birc2 (ENSLOCG00000005681)	yap1 (ENSLOCG00000005660)	cfap300 (ENSLOCG00000005645)	ENSLOCG00000005619	ANGPTL5 (ENSLOCG00000005594)	trpc6a (ENSLOCG00000005553)	pgr (ENSLOCG00000005538)	arhgap42a (ENSLOCG00000005493)	cntn5 (ENSLOCG00000005476)	fbxo40.1 (ENSLOCG00000005461)	dlg2 (ENSLOCG00000005438)	ENSLOCG00000005399	tmem126a (ENSLOCG00000005364)	ENSLOCG00000005355	ENSLOCG00000005338
Elephant shark	MODERN SPECIES	1489	DIPK2B (ENSCMIG00000012038)	ccdc80 (ENSCMIG00000012040)	slc35a5 (ENSCMIG00000012043)	atg3 (ENSCMIG00000012052)	ENSCMIG00000012057	SLC19A2 (ENSCMIG00000012061)	gpr161b (ENSCMIG00000012062)	dcaf6 (ENSCMIG00000012105)	mpc2 (ENSCMIG00000012153)	trpc6a (ENSCMIG00000012160)	ENSCMIG00000012164	PGR (ENSCMIG00000012168)	arhgap42a (ENSCMIG00000012195)	khk (ENSCMIG00000012250)	ENSCMIG00000012268	ENSCMIG00000012274 ##22	ENSCMIG00000012277 ##22	MTMR2 (ENSCMIG00000012331)	CEP57 (ENSCMIG00000012446)	fam76b (ENSCMIG00000012450)	ENSCMIG00000012461	cwc15 (ENSCMIG00000012465)	AMOTL1 (ENSCMIG00000012476)	PIWIL4 (ENSCMIG00000012588)	FUT4 (ENSCMIG00000012765)	ankrd49 (ENSCMIG00000012766)	mre11a (ENSCMIG00000012782)	GPR83 (ENSCMIG00000012971)	panx1a (ENSCMIG00000012981)	HEPH (ENSCMIG00000013106)	ENSCMIG00000013435
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES	14														ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492	ENSGT00950000183201.b.b.b.b.b.b.b ##22	ENSGT00940000153669.a	ENSGT00530000063695.a	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.D	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000154336	ENSGT00940000153259.a.a.a	ENSGT00940000155516	ENSGT00940000160157	ENSGT00940000153972.A
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES	34						ENSGT00530000063929.b	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a	ENSGT00510000047559	ENSGT00390000013786	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183201.b.b.b.b.b.b.b ##22	ENSGT00940000153669.a	ENSGT00530000063695.a	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.D	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000153972.A	ENSGT01100000263551.b.a	ENSGT00390000011810	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	52							ENSGT00530000063929.b	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a	ENSGT00510000047559	ENSGT00390000013786	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.b	ENSGT00950000183201.b.b.b.b.b.b.b ##22	ENSGT00940000153669.a	ENSGT00530000063695.a	ENSGT00940000159074	ENSGT00950000183168.D	ENSGT00390000012084	ENSGT00940000160158	ENSGT00950000183200.A.a.a	ENSGT00940000162506	ENSGT00390000003919	ENSGT00390000017288	ENSGT00940000153972.A	ENSGT01100000263551.b.a.b	ENSGT00390000011810	ENSGT00940000153123.A	ENSGT00390000015987
Coelacanth	MODERN SPECIES	850																ENSLACG00000002975 ##22	MTMR2 (ENSLACG00000006349)	CEP57 (ENSLACG00000007776)	FAM76B (ENSLACG00000008459)	ENSLACG00000011414	CWC15 (ENSLACG00000012239)	AMOTL1 (ENSLACG00000013131)
Elephant shark	MODERN SPECIES	1489	ccdc80 (ENSCMIG00000012040)	slc35a5 (ENSCMIG00000012043)	atg3 (ENSCMIG00000012052)	ENSCMIG00000012057	SLC19A2 (ENSCMIG00000012061)	gpr161b (ENSCMIG00000012062)	dcaf6 (ENSCMIG00000012105)	mpc2 (ENSCMIG00000012153)	trpc6a (ENSCMIG00000012160)	ENSCMIG00000012164	PGR (ENSCMIG00000012168)	arhgap42a (ENSCMIG00000012195)	khk (ENSCMIG00000012250)	ENSCMIG00000012268	ENSCMIG00000012274 ##22	ENSCMIG00000012277 ##22	MTMR2 (ENSCMIG00000012331)	CEP57 (ENSCMIG00000012446)	fam76b (ENSCMIG00000012450)	ENSCMIG00000012461	cwc15 (ENSCMIG00000012465)	AMOTL1 (ENSCMIG00000012476)	PIWIL4 (ENSCMIG00000012588)	FUT4 (ENSCMIG00000012765)	ankrd49 (ENSCMIG00000012766)	mre11a (ENSCMIG00000012782)	GPR83 (ENSCMIG00000012971)	panx1a (ENSCMIG00000012981)	HEPH (ENSCMIG00000013106)	ENSCMIG00000013435	ENSCMIG00000013439
Gnathostomata	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22
Euteleostomi	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22
Actinopterygii	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000155453	ENSGT00940000154216.a	ENSGT00440000034259.b	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000166008	ENSGT00940000165087	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000158694	ENSGT00910000148102	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00530000063929.b	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a	ENSGT00510000047559	ENSGT00390000013786	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a	ENSGT00940000155156.b	ENSGT01030000234954	ENSGT00520000055616.a	ENSGT00390000016589
Reedfish	MODERN SPECIES	12	KCTD21 (ENSECRG00000009393)	ccdc90b (ENSECRG00000009384)	ANKRD42 (ENSECRG00000009350)	pcf11 (ENSECRG00000009305)	rab30 (ENSECRG00000009291)	ENSECRG00000009278	prcp (ENSECRG00000009264)	ENSECRG00000009251	ENSECRG00000009239	ENSECRG00000009223	tenm4 (ENSECRG00000009196)	nars2 (ENSECRG00000009162)	GAB2 (ENSECRG00000009126)	USP35 (ENSECRG00000009091)	POLQ (ENSECRG00000008961)	ENSECRG00000008884 ##22	ENSECRG00000008877	ENSECRG00000008867 ##22	ENSECRG00000008828	birc2 (ENSECRG00000008754)	ENSECRG00000008725	ENSECRG00000008722	yap1 (ENSECRG00000008693)	cfap300 (ENSECRG00000008664)	ENSECRG00000008652	ANGPTL5 (ENSECRG00000008638)	trpc6a (ENSECRG00000008591)	pgr (ENSECRG00000008552)	arhgap42a (ENSECRG00000008529)	ENSECRG00000008511	cntn5 (ENSECRG00000008426)
Neopterygii	ANCESTRAL SPECIES	54	ENSGT00940000155453	ENSGT00940000154216.a	ENSGT00440000034259.b	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000166008	ENSGT00940000165087	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00940000160942	ENSGT00940000158694	ENSGT00910000148102	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000154175	ENSGT00510000046760.a.bb	ENSGT00510000047559	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT00940000161966	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a	ENSGT00940000155156.b	ENSGT01030000234954	ENSGT00520000055616.a	ENSGT00390000016589
Osteoglossocephalai	ANCESTRAL SPECIES	110	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000153733.A	ENSGT00940000155453	ENSGT00940000154216.a	ENSGT00440000034259.b	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22
Osteoglossiformes	ANCESTRAL SPECIES	121							ENSGT00940000170083	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00980000198620	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00940000163088	ENSGT00940000157114.d	ENSGT00940000159682	ENSGT00530000063252.a.a.a	ENSGT00940000164481.b.b
Asian bonytongue	MODERN SPECIES	1	ENSSFOG00015033169	ENSSFOG00015025655	FNDC3A (ENSSFOG00015023430)	ENSSFOG00015023421	ENSSFOG00015032143	ENSSFOG00015029696	guca1c (ENSSFOG00015023410)	thrsp (ENSSFOG00015023402)	prcp (ENSSFOG00015023394)	ENSSFOG00015023388	FAM181B (ENSSFOG00015027083)	tenm4 (ENSSFOG00015023372)	ENSSFOG00015027381	GAB2 (ENSSFOG00015023361)	ENSSFOG00015023342	ENSSFOG00015023340 ##22	yap1 (ENSSFOG00015028354)	pgr (ENSSFOG00015023314)	ARHGAP42 (ENSSFOG00015023294)	cntn5 (ENSSFOG00015023269)	FBXO40 (ENSSFOG00015023259)	NECTIN1 (ENSSFOG00015023252)	TREH (ENSSFOG00015023224)	DDX6 (ENSSFOG00015025899)	bcl9l (ENSSFOG00015023200)	cdon (ENSSFOG00015023187)	prdm10 (ENSSFOG00015023130)	APLP2 (ENSSFOG00015023108)	ENSSFOG00015023099	dhx34 (ENSSFOG00015023082)	spred3 (ENSSFOG00015027124)
P. kingsleyae	MODERN SPECIES	84											ENSPKIG00000015021	ENSPKIG00000014998	ENSPKIG00000014987	tenm4 (ENSPKIG00000014548)	GAB2 (ENSPKIG00000014325)	ENSPKIG00000014288 ##22	yap1 (ENSPKIG00000014259)	pgr (ENSPKIG00000014228)	ENSPKIG00000014208	ENSPKIG00000014187	cntn5 (ENSPKIG00000013991)	FBXO40 (ENSPKIG00000013914)	NECTIN1 (ENSPKIG00000013887)	ENSPKIG00000013869	ENSPKIG00000013852	TREH (ENSPKIG00000013790)	DDX6 (ENSPKIG00000013728)	bcl9l (ENSPKIG00000013683)	cdon (ENSPKIG00000013654)	ENSPKIG00000013629	prdm10 (ENSPKIG00000013587)
Clupeocephala	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000170083	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT00990000210146	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22
Otomorpha	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00990000205057	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT00990000210146	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000162644	ENSGT00850000132319.a.a.a	ENSGT01060000248589.B	ENSGT01060000248589.A	ENSGT01060000248592.C	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00940000158551	ENSGT00940000156921	ENSGT00940000161467	ENSGT01030000234579.A.b.a	ENSGT00940000157909	ENSGT00390000012719.a.a.a	ENSGT00940000155414	ENSGT00390000006450
Clupeiformes	ANCESTRAL SPECIES	718															ENSGT00390000006762.c	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000162644
Denticle herring	MODERN SPECIES	4	ENSDCDG00000029794	ENSDCDG00000029793	nlk2 (ENSDCDG00000029571)	lyrm9 (ENSDCDG00000029528)	nos2a (ENSDCDG00000026754)	msi2b (ENSDCDG00000026268)	akap1b (ENSDCDG00000026068)	ENSDCDG00000026058	ENSDCDG00000026057	NF1 (ENSDCDG00000020328)	lgals9l3 (ENSDCDG00000019661)	KSR1 (ENSDCDG00000019631)	wsb1 (ENSDCDG00000019620)	cuedc1b (ENSDCDG00000019616)	ENSDCDG00000019612	ENSDCDG00000019605 ##22	MINDY4B (ENSDCDG00000019600)	clrn1 (ENSDCDG00000019596)	ENSDCDG00000019530	mfsd14a1 (ENSDCDG00000019306)	sass6 (ENSDCDG00000018471)	trmt13 (ENSDCDG00000018422)	lrrc39 (ENSDCDG00000018418)	dbt (ENSDCDG00000018335)	rtca (ENSDCDG00000018269)	cdc14ab (ENSDCDG00000018237)	GPR88 (ENSDCDG00000018225)	vcam1b (ENSDCDG00000018224)	slc30a7 (ENSDCDG00000018223)	dph5 (ENSDCDG00000018220)	s1pr1 (ENSDCDG00000018219)
Atlantic herring	MODERN SPECIES	25	ENSCHAG00000014069	ENSCHAG00000004555	SLITRK3 (ENSCHAG00000004141)	ENSCHAG00000004117	ENSCHAG00000004109	ENSCHAG00000004101	ENSCHAG00000004063	fam168a (ENSCHAG00000004019)	P2RY6 (ENSCHAG00000004003)	ARHGEF17 (ENSCHAG00000003565)	relt (ENSCHAG00000003472)	P2RY2 (ENSCHAG00000003451)	FCHSD2 (ENSCHAG00000001158)	ENSCHAG00000000302	cuedc1b (ENSCHAG00000027778)	ENSCHAG00000027777 ##22	MINDY4B (ENSCHAG00000027776)	LGALS4 (ENSCHAG00000027774)	ryr1b (ENSCHAG00000027560)	rasgrp4 (ENSCHAG00000027444)	opa3 (ENSCHAG00000027439)	ppp1r13l (ENSCHAG00000027438)	TMEM91 (ENSCHAG00000027435)	exosc5 (ENSCHAG00000027431)	bckdha (ENSCHAG00000027422)	ENSCHAG00000027417	cfap45 (ENSCHAG00000027404)	tbrg1 (ENSCHAG00000027392)	siae (ENSCHAG00000027385)	tada2a (ENSCHAG00000027311)	dusp14 (ENSCHAG00000027289)
Otophysi	ANCESTRAL SPECIES	69	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00990000205057	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT00990000210146	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000162644	ENSGT00850000132319.a.a.a	ENSGT01060000248589.B	ENSGT01060000248589.A	ENSGT01060000248592.C	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00940000158551	ENSGT00940000156921	ENSGT00940000161467	ENSGT01030000234579.A.b.a	ENSGT00940000157909	ENSGT00390000012719.a.a.a	ENSGT00940000155414	ENSGT00390000006450
Characiphysae	ANCESTRAL SPECIES	39	ENSGT00940000158925	ENSGT01100000263536.B.c.a.a	ENSGT00940000159319	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00990000205057	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000162644	ENSGT00850000132319.a.a.a	ENSGT01060000248589.B	ENSGT01060000248589.A	ENSGT01060000248592.C	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00940000158551	ENSGT00390000003014	ENSGT00940000163520.B	ENSGT00940000163520.A.b.c	ENSGT00940000162978.a.b	ENSGT00940000162775	ENSGT00940000154525.b.b	ENSGT00940000165141.a
Channel catfish	MODERN SPECIES	8	FNDC3A (ENSIPUG00000021075)	zgc:153184 (ENSIPUG00000021065)	ENSIPUG00000021056	guca1c (ENSIPUG00000021049)	thrsp (ENSIPUG00000021040)	ndufc2 (ENSIPUG00000021028)	Rab30 (ENSIPUG00000021010)	PRCP (ENSIPUG00000020979)	FAM181B (ENSIPUG00000020971)	ENSIPUG00000020962	ENSIPUG00000020955	tenm4 (ENSIPUG00000020918)	ENSIPUG00000020911	nars2 (ENSIPUG00000020892)	gab2 (ENSIPUG00000020867)	maml2 (ENSIPUG00000020854) ##22	MINDY4B (ENSIPUG00000020838)	clrn1 (ENSIPUG00000020827)	gpr171 (ENSIPUG00000020826)	ENSIPUG00000020824	P2RY14 (ENSIPUG00000020821)	ENSIPUG00000020816	rnf168 (ENSIPUG00000020806)	ano7 (ENSIPUG00000020790)	ENSIPUG00000020773	ENSIPUG00000020763	cbln20 (ENSIPUG00000020759)	ENSIPUG00000020753	nudt8 (ENSIPUG00000020748)	mfrp (ENSIPUG00000020742)	si:ch1073-280e3.1 (ENSIPUG00000020593)
Characiphysae_b	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00990000203619.B.a.a	ENSGT01100000263536.B.c.a.a	ENSGT00940000159319	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00990000205057	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000162644	ENSGT00850000132319.a.a.a	ENSGT01060000248589.B	ENSGT01060000248589.A	ENSGT01060000248592.C	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00940000158551	ENSGT00390000003014	ENSGT00940000163520.B	ENSGT00940000163520.A.b.c	ENSGT00940000162978.a.b	ENSGT00940000162775	ENSGT00940000154525.b.b	ENSGT00940000165141.a
Characoidei	ANCESTRAL SPECIES	53	ENSGT01040000240444.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158925	ENSGT00990000203619.B.a.a	ENSGT00940000159319	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00990000205057	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000162644	ENSGT00850000132319.a.a.a	ENSGT01060000248589.B	ENSGT01060000248589.A	ENSGT01060000248592.C	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00940000158551	ENSGT00390000003014	ENSGT00940000163520.B	ENSGT00940000163520.A.b.c	ENSGT00940000162978.a.b	ENSGT00940000162775	ENSGT00940000154525.b.b	ENSGT00940000165141.a
Red-bellied piranha	MODERN SPECIES	46	lpar6a (ENSPNAG00000010439)	RCBTB2 (ENSPNAG00000010481)	ENSPNAG00000010492	FNDC3A (ENSPNAG00000010642)	zgc:153184 (ENSPNAG00000010675)	ENSPNAG00000010688	guca1c (ENSPNAG00000010706)	thrsp (ENSPNAG00000010711)	ndufc2 (ENSPNAG00000010736)	rab30 (ENSPNAG00000010760)	prcp (ENSPNAG00000010794)	FAM181B (ENSPNAG00000010800)	tenm4 (ENSPNAG00000011147)	nars2 (ENSPNAG00000011197)	GAB2 (ENSPNAG00000001609)	ENSPNAG00000001618 ##22	MINDY4B (ENSPNAG00000001628)	clrn1 (ENSPNAG00000001634)	GPR171 (ENSPNAG00000011254)	ENSPNAG00000011264	P2RY14 (ENSPNAG00000011268)	ENSPNAG00000011284	rnf168 (ENSPNAG00000011291)	ANO7 (ENSPNAG00000011333)	ENSPNAG00000001687	ENSPNAG00000001692	cbln20 (ENSPNAG00000011358)	ENSPNAG00000011380	nudt8 (ENSPNAG00000011387)	MFRP (ENSPNAG00000011393)	ENSPNAG00000001744
Mexicana tetra	MODERN SPECIES	11	ENSAMXG00000031359	ENSAMXG00000030387	ENSAMXG00000005523	GAK (ENSAMXG00000032746)	gpr184 (ENSAMXG00000025892)	ENSAMXG00000025891	ENSAMXG00000040163	ENSAMXG00000037324	ENSAMXG00000033816	DSCAML1 (ENSAMXG00000007856)	ENSAMXG00000038396	ENSAMXG00000038852	tenm4 (ENSAMXG00000010000)	nars2 (ENSAMXG00000010086)	GAB2 (ENSAMXG00000010088)	ENSAMXG00000010093 ##22	MINDY4B (ENSAMXG00000010100)	clrn1 (ENSAMXG00000036898)	GPR171 (ENSAMXG00000025567)	ENSAMXG00000010118	P2RY14 (ENSAMXG00000025569)	ENSAMXG00000044031	rnf168 (ENSAMXG00000010126)	ANO7 (ENSAMXG00000010138)	ENSAMXG00000034829	ENSAMXG00000041838	cbln20 (ENSAMXG00000010161)	ENSAMXG00000041895	nudt8 (ENSAMXG00000035176)	psmd11b (ENSAMXG00000029910)	MFRP (ENSAMXG00000010190)
Electric eel	DUPLICATION
Electric eel	MODERN SPECIES	647												tenm4 (ENSEEEG00000020618)	nars2 (ENSEEEG00000020621)	GAB2 (ENSEEEG00000020625)	ENSEEEG00000020627 ##22	ENSEEEG00000020628 ##22	clrn1 (ENSEEEG00000020630)
Electric eel	MODERN SPECIES	647													tenm4 (ENSEEEG00000020618)	nars2 (ENSEEEG00000020621)	GAB2 (ENSEEEG00000020625)	ENSEEEG00000020627 ##22	ENSEEEG00000020628 ##22	clrn1 (ENSEEEG00000020630)
Cyprinoidei	ANCESTRAL SPECIES	141																ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000162644	ENSGT00850000132319.a.a.a	ENSGT01060000248589.B	ENSGT01060000248589.A.a.a	ENSGT01060000248589.A.a.b	ENSGT01060000248592.C	ENSGT01060000248589.A.b	ENSGT01030000234590.A.a.a	ENSGT00940000153680.a	ENSGT00940000158551	ENSGT00940000156921	ENSGT01030000234579.A.b.a	ENSGT00940000157909	ENSGT00390000012719.a.a.a	ENSGT00940000155414
Zebrafish	MODERN SPECIES	6	FNDC3A (ENSDARG00000105503)	SLITRK5 (ENSDARG00000103359)	RCBTB2 (ENSDARG00000090687)	ENSDARG00000074984	stoml3a (ENSDARG00000079914)	ENSDARG00000113542	slc25a15a (ENSDARG00000063539)	foxo1a (ENSDARG00000099555)	cog6 (ENSDARG00000103149)	ENSDARG00000115101	lpar6a (ENSDARG00000062552)	ENSDARG00000058869	RNF14 (ENSDARG00000078683)	RNF14 (ENSDARG00000104631)	ENSDARG00000091727	ENSDARG00000112977 ##22	MINDY4B (ENSDARG00000112337)	clrn1 (ENSDARG00000102890)	GPR171 (ENSDARG00000105008)	ENSDARG00000099495	ENSDARG00000104648	ENSDARG00000117109	P2RY14 (ENSDARG00000103305)	ENSDARG00000116123	ENSDARG00000100595	ENSDARG00000100378	rnf168 (ENSDARG00000112483)	ANO7 (ENSDARG00000104834)	ece2b (ENSDARG00000102142)	atp1b3b (ENSDARG00000042837)	tfdp2 (ENSDARG00000042835)
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	DUPLICATION
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	712												ENSGT00940000165761.a.a	ENSGT00940000158785.s	ENSGT00940000160457.b.a	ENSGT00940000159132.b.a	ENSGT00950000183201.b.b.a.c.a ##22	ENSGT00940000162644.d	ENSGT00850000132319.a.a.a.e	ENSGT01060000248589.B.f	ENSGT01030000234518.C.b.c	ENSGT01060000248589.A.a.b.a	ENSGT01060000248592.C.a	ENSGT01060000248589.A.b.b
Goldfish	MODERN SPECIES	6	or62c2 (ENSCARG00000003558)	ENSCARG00000003563	ENSCARG00000003566	ENSCARG00000003571	ENSCARG00000003577	ENSCARG00000003580	ENSCARG00000003590	ENSCARG00000003595	ENSCARG00000003599	ppp5c (ENSCARG00000003618)	tgfb1a (ENSCARG00000003682)	ENSCARG00000003697	ENSCARG00000003708	ENSCARG00000003738	ENSCARG00000003740	ENSCARG00000003753 ##22	MINDY4B (ENSCARG00000003763)	clrn1 (ENSCARG00000003772)	GPR171 (ENSCARG00000003774)	ENSCARG00000003776	ENSCARG00000003782	ENSCARG00000003786	ENSCARG00000003789	ENSCARG00000003797	P2RY14 (ENSCARG00000003804)	ENSCARG00000003811	cldna (ENSCARG00000003818)	ENSCARG00000003831	cldnf (ENSCARG00000003843)	cldne (ENSCARG00000003846)	cldnj (ENSCARG00000003850)
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	573											ENSGT00940000162700.e.a.a.a.a.a.b.a.b.b.a.a	ENSGT00940000165761.a.a	ENSGT00940000158785.s	ENSGT00940000160457.b.a	ENSGT00940000159132.b.a	ENSGT00950000183201.b.b.a.c.a ##22	ENSGT00940000162644.d	ENSGT00850000132319.a.a.a.e.a	ENSGT01060000248589.B.f	ENSGT01030000234518.C.b.c	ENSGT01060000248589.A.b.b
Common carp reference	MODERN SPECIES	26	porb (ENSCCRG00000004902)	taf15 (ENSCCRG00000061364)	ENSCCRG00000020886	cul3b (ENSCCRG00000039253)	ENSCCRG00000008434	ENSCCRG00000038529	ENSCCRG00000031560	cldnf (ENSCCRG00000058346)	ENSCCRG00000072783	ENSCCRG00000064346	ENSCCRG00000003268	ppp5c (ENSCCRG00000054686)	tgfb1a (ENSCCRG00000020880)	ENSCCRG00000020867	ENSCCRG00000076670	ENSCCRG00000039335 ##22	MINDY4B (ENSCCRG00000039328)	clrn1 (ENSCCRG00000057774)	GPR171 (ENSCCRG00000078036)	ENSCCRG00000029748	ENSCCRG00000053581	ENSCCRG00000063802	ENSCCRG00000059084	ENSCCRG00000074203	ENSCCRG00000055202	ENSCCRG00000032249	ENSCCRG00000066305	ENSCCRG00000077953	P2RY14 (ENSCCRG00000063096)	ENSCCRG00000054120	ENSCCRG00000072106
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	521																ENSSGRG00000032915 ##22	clrn1 (ENSSGRG00000032916)	GPR171 (ENSSGRG00000032917)	ENSSGRG00000032918	P2RY14 (ENSSGRG00000032919)	GRM7 (ENSSGRG00000032922) ##14
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES	357	ENSGT00940000165704.a.b.c.b	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.a	ENSGT01090000260029.a.b.b.b.a.a.a.a.b.a.b.a.b.a.b	ENSGT00940000165067.b	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.e	ENSGT00940000165704.a.b.c.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.b	ENSGT00940000165761.a.b	ENSGT00940000158785.t	ENSGT00940000160457.b.b	ENSGT00940000159132.b.b	ENSGT00950000183201.b.b.a.c.b ##22	ENSGT00940000162644.c	ENSGT00850000132319.a.a.a.f	ENSGT01060000248589.B.e	ENSGT01060000248589.A.a.a.a	ENSGT01060000248589.A.a.b.b	ENSGT01060000248592.C.b	ENSGT01060000248589.A.b.a	ENSGT01030000234590.A.a.a.e	ENSGT00940000153680.a.yb	ENSGT00940000158551.i	ENSGT00940000156921.c	ENSGT01030000234579.A.b.a.b	ENSGT00940000157909.m.b
Goldfish	MODERN SPECIES	34	ENSCARG00000043651	MMP28 (ENSCARG00000043631)	cul3b (ENSCARG00000043166)	cldnj (ENSCARG00000043119)	ENSCARG00000043110	cldnf (ENSCARG00000043101)	cldna (ENSCARG00000043090)	ENSCARG00000043071	ENSCARG00000043066	ENSCARG00000043056	ENSCARG00000043045	ppp5c (ENSCARG00000041458)	tgfb1a (ENSCARG00000041319)	ENSCARG00000041233	MINDY4B (ENSCARG00000041180)	ENSCARG00000041141 ##22	clrn1 (ENSCARG00000041113)	GPR171 (ENSCARG00000041104)	ENSCARG00000041097	P2RY14 (ENSCARG00000041092)	ENSCARG00000041083	ENSCARG00000041069	rnf168 (ENSCARG00000041005)	ENSCARG00000040240	ece2b (ENSCARG00000039574)	atp1b3b (ENSCARG00000039514)	tfdp2 (ENSCARG00000039439)
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES	411	ENSGT00940000155066.e.a.a.f	ENSGT00940000165430	ENSGT00390000007499.b	ENSGT00940000165067.a	ENSGT00940000154762.a.b.a.b.b.e	ENSGT00940000165704.a.b.c.a	ENSGT00940000164025.a.a	ENSGT00940000165704.b.f	ENSGT00940000154762.a.b.a.a.a.a.b	ENSGT00940000154762.a.a	ENSGT00940000163648.a.a.a.b.b	ENSGT00940000165761.a.b	ENSGT00940000158785.t	ENSGT00940000160457.b.b	ENSGT00940000159132.b.b	ENSGT00950000183201.b.b.a.c.b ##22	ENSGT00940000162644.c	ENSGT01060000248589.B.e	ENSGT01060000248589.A.a.a.a	ENSGT01060000248592.C.a
Common carp reference	MODERN SPECIES	39	ENSCCRG00000082554	ENSCCRG00000020888	ENSCCRG00000039138	ENSCCRG00000082407	ENSCCRG00000082669	cldnj (ENSCCRG00000068360)	ENSCCRG00000055547	cldnf (ENSCCRG00000081753)	ENSCCRG00000070830	ENSCCRG00000067817	ENSCCRG00000056310	ppp5c (ENSCCRG00000019852)	tgfb1a (ENSCCRG00000019802)	ENSCCRG00000019784	ENSCCRG00000076610	ENSCCRG00000082321 ##22	ENSCCRG00000078377	ENSCCRG00000018145	ENSCCRG00000077276	ENSCCRG00000035981	ENSCCRG00000056158	ENSCCRG00000056403	ENSCCRG00000070415	ENSCCRG00000051673	ENSCCRG00000033565	rnf168 (ENSCCRG00000069968)	ENSCCRG00000020069	ece2b (ENSCCRG00000027881)	atp1b3b (ENSCCRG00000026730)	tfdp2 (ENSCCRG00000026748)	rffl (ENSCCRG00000019759)
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	252	ENSSGRG00000031443	ENSSGRG00000031442	ENSSGRG00000031440	ENSSGRG00000031439	cldnf (ENSSGRG00000031438)	ENSSGRG00000031436	ENSSGRG00000031435	cldna (ENSSGRG00000031421)	ENSSGRG00000031420	ENSSGRG00000031418	ENSSGRG00000031415	ENSSGRG00000031414	ppp5c (ENSSGRG00000030954)	tgfb1a (ENSSGRG00000030951)	ENSSGRG00000030950	ENSSGRG00000030949 ##22	GPR171 (ENSSGRG00000030946)	ENSSGRG00000030945	phax (ENSSGRG00000030944)
Cyprininae	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183201.b.b.a.d ##22
Cyprininae_a	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183201.b.b.a.d ##22
Golden-line barbel	MODERN SPECIES	2274														ENSSGRG00000016023	ENSSGRG00000016022	ENSSGRG00000016021 ##22
Goldfish	MODERN SPECIES	1752																ENSCARG00000050878 ##22
Euteleosteomorpha	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT00990000210146	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00980000198620	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114
Protacanthopterygii	ANCESTRAL SPECIES	123	ENSGT01100000263536.B.c.a	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00390000006949.p	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000158740
Northern pike	MODERN SPECIES		FNDC3A (ENSELUG00000022876)	MLNR (ENSELUG00000022884)	ENSELUG00000022889	ENSELUG00000022893	guca1c (ENSELUG00000022908)	ENSELUG00000022914	ndufc2 (ENSELUG00000025514)	rab30 (ENSELUG00000022997)	prcp (ENSELUG00000023022)	FAM181B (ENSELUG00000023042)	ENSELUG00000023068	ENSELUG00000023082	tenm4 (ENSELUG00000023555)	nars2 (ENSELUG00000023629)	GAB2 (ENSELUG00000023635)	ENSELUG00000023656 ##22	yap1 (ENSELUG00000023678)	ENSELUG00000023684	trpc6a (ENSELUG00000023802)	pgr (ENSELUG00000023857)	ARHGAP42 (ENSELUG00000023917)	ENSELUG00000029326	ENSELUG00000025575	ENSELUG00000024067	ENSELUG00000024080	cntn5 (ENSELUG00000024055)	ENSELUG00000027726	CLC4E (ENSELUG00000026163)	ENSELUG00000027447	ENSELUG00000033299	ENSELUG00000024385
Salmoninae	ANCESTRAL SPECIES	236	ENSGT01100000263536.B.c.a	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b.h	ENSGT00940000158183.h	ENSGT00940000158183.g.b	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a.d
Huchen	MODERN SPECIES	9672																ENSHHUG00000007401 ##22
Salmoninae_a	ANCESTRAL SPECIES	112	ENSGT01100000263536.B.c.a	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab.c.b	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b.h	ENSGT00940000158183.g.b	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a.d	ENSGT00940000159256.p.b	ENSGT00940000159112.b.i.a
Salmo	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT01100000263536.B.c.a	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab.c.b	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b.h	ENSGT00940000158183.g.b	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a.d	ENSGT00940000159256.p.b	ENSGT00940000159112.b.i.a	ENSGT00940000158785.r
River trout	MODERN SPECIES	18	guca1c (ENSSTUG00000004680)	thrsp (ENSSTUG00000004690)	ndufc2 (ENSSTUG00000004692)	rab30 (ENSSTUG00000004695)	prcp (ENSSTUG00000004715)	ENSSTUG00000005096	FAM181B (ENSSTUG00000005116)	ENSSTUG00000005128	ENSSTUG00000005135	ENSSTUG00000005144	nars2 (ENSSTUG00000005181)	ENSSTUG00000005739	ENSSTUG00000005753	GAB2 (ENSSTUG00000005757)	ENSSTUG00000005762	ENSSTUG00000005766 ##22	yap1 (ENSSTUG00000005782)	ENSSTUG00000005803	trpc6a (ENSSTUG00000005815)	pgr (ENSSTUG00000005826)	ARHGAP42 (ENSSTUG00000005948)	cntn5 (ENSSTUG00000006041)	FBXO40 (ENSSTUG00000006373)	ttc36 (ENSSTUG00000006379)	ENSSTUG00000006387	ENSSTUG00000006397	ENSSTUG00000006409	EHD2 (ENSSTUG00000006414)	BICRA (ENSSTUG00000006421)	ppp5c (ENSSTUG00000006496)
Atlantic salmon	MODERN SPECIES	12	ENSSSAG00000082178	ENSSSAG00000099672	ENSSSAG00000087510	guca1c (ENSSSAG00000064617)	ndufc2 (ENSSSAG00000064607)	ENSSSAG00000085694	rab30 (ENSSSAG00000064598)	prcp (ENSSSAG00000106200)	ENSSSAG00000064595	FAM181B (ENSSSAG00000105440)	ENSSSAG00000064649	tenm4 (ENSSSAG00000101378)	ENSSSAG00000110158	nars2 (ENSSSAG00000064656)	GAB2 (ENSSSAG00000083340)	ENSSSAG00000092742 ##22	YAP1 (ENSSSAG00000089669)	ENSSSAG00000086586	ENSSSAG00000064695	TRPC6 (ENSSSAG00000064754)	pgr (ENSSSAG00000114879)	ARHGAP42 (ENSSSAG00000105303)	ENSSSAG00000112677	cntn5 (ENSSSAG00000092837)	ENSSSAG00000108514	ENSSSAG00000066366	ttc36 (ENSSSAG00000117120)	ENSSSAG00000112042	ENSSSAG00000066396	ENSSSAG00000066371	ENSSSAG00000047648
Oncorhynchus	ANCESTRAL SPECIES	89	ENSGT01100000263536.B.c.a	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab.c.b	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b.g.b	ENSGT00940000158183.g.a.a	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a.d	ENSGT00940000159256.p.b	ENSGT00940000159112.b.i.a
Rainbow trout	MODERN SPECIES	19	guca1c (ENSOMYG00000034779)	ENSOMYG00000067232	ndufc2 (ENSOMYG00000034751)	rab30 (ENSOMYG00000034765)	prcp (ENSOMYG00000064152)	ENSOMYG00000038937	FAM181B (ENSOMYG00000038947)	tenm4 (ENSOMYG00000076848)	ENSOMYG00000055893	ENSOMYG00000051006	ENSOMYG00000073551	ENSOMYG00000051457	nars2 (ENSOMYG00000068246)	GAB2 (ENSOMYG00000038548)	ENSOMYG00000069547	ENSOMYG00000034803 ##22	YAP1 (ENSOMYG00000062238)	ENSOMYG00000064921	ENSOMYG00000075290	ENSOMYG00000057292	ENSOMYG00000075289	ENSOMYG00000049443	ENSOMYG00000054699	TRPC6 (ENSOMYG00000037553)	pgr (ENSOMYG00000037566)	ARHGAP42 (ENSOMYG00000024700)	ENSOMYG00000067352	ENSOMYG00000064649	ENSOMYG00000072207	cntn5 (ENSOMYG00000059815)	ENSOMYG00000066026
Oncorhynchus_a	ANCESTRAL SPECIES	301															ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab.c.b	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713
Coho salmon	MODERN SPECIES	6						ENSOKIG00005029139	BICRA (ENSOKIG00005029117)	ENSOKIG00005029104	ENSOKIG00005029091	NECTIN1 (ENSOKIG00005029047)	ENSOKIG00005029039	ENSOKIG00005029025	FBXO40 (ENSOKIG00005029014)	cntn5 (ENSOKIG00005028053)	GAB2 (ENSOKIG00005027931)	ENSOKIG00005027895 ##22	YAP1 (ENSOKIG00005027876)	ENSOKIG00005027867	ENSOKIG00005027851	ENSOKIG00005027831	TRPC6 (ENSOKIG00005027812)	pgr (ENSOKIG00005027748)	ENSOKIG00005027692	ARHGAP42 (ENSOKIG00005027485)	nars2 (ENSOKIG00005027367)	tenm4 (ENSOKIG00005025840)	ENSOKIG00005025689	FAM181B (ENSOKIG00005025669)	ENSOKIG00005025643	prcp (ENSOKIG00005025180)	rab30 (ENSOKIG00005025120)
Chinook salmon	DUPLICATION
Chinook salmon	MODERN SPECIES	1138																ENSOTSG00005039194 ##22
Chinook salmon	DUPLICATION
Chinook salmon	MODERN SPECIES	143	ENSOTSG00005025347	cideb (ENSOTSG00005025348) ##8	ENSOTSG00005025349	dhrs4 (ENSOTSG00005025350)	efs (ENSOTSG00005025376)	ENSOTSG00005025378	ENSOTSG00005025377	ENSOTSG00005025383	ENSOTSG00005025384	mrpl52 (ENSOTSG00005025400)	mmp14a (ENSOTSG00005025401)	ENSOTSG00005026343	ENSOTSG00005026344	ENSOTSG00005026345	ENSOTSG00005026346 ##22	ENSOTSG00005026347 ##22
Chinook salmon	MODERN SPECIES	143															ENSOTSG00005026347 ##22	ENSOTSG00005026346 ##22	ENSOTSG00005026345	ENSOTSG00005026344	ENSOTSG00005026343	mmp14a (ENSOTSG00005025401)	mrpl52 (ENSOTSG00005025400)	ENSOTSG00005025384	ENSOTSG00005025383	ENSOTSG00005025377	ENSOTSG00005025378	efs (ENSOTSG00005025376)	dhrs4 (ENSOTSG00005025350)	ENSOTSG00005025349	cideb (ENSOTSG00005025348) ##8	ENSOTSG00005025347	ENSOTSG00005025219
Acanthomorphata	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00980000198620	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114
Cod	MODERN SPECIES	7	FNDC3A (ENSGMOG00000002435)	MLNR (ENSGMOG00000023579)	zgc:153184 (ENSGMOG00000028518)	ENSGMOG00000024878	guca1c (ENSGMOG00000036649)	ENSGMOG00000023619	ndufc2 (ENSGMOG00000028770)	rab30 (ENSGMOG00000028654)	prcp (ENSGMOG00000002562)	ENSGMOG00000002587	FAM181B (ENSGMOG00000028052)	tenm4 (ENSGMOG00000002593)	ENSGMOG00000025730	nars2 (ENSGMOG00000002677)	GAB2 (ENSGMOG00000002709)	ENSGMOG00000029730 ##22	ENSGMOG00000002826	ENSGMOG00000027823	TRPC6 (ENSGMOG00000002863)	pgr (ENSGMOG00000002886)	ARHGAP42 (ENSGMOG00000002950)	cntn5 (ENSGMOG00000010031)	ENSGMOG00000022367	ttc36 (ENSGMOG00000018669)	ENSGMOG00000036748	TREH (ENSGMOG00000009520)	ENSGMOG00000009542	bcl9l (ENSGMOG00000034413)	cdon (ENSGMOG00000009574)	prdm10 (ENSGMOG00000002789)	ENSGMOG00000013446
Euacanthomorphacea	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00980000198620	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114
Pinecone sodierfish	MODERN SPECIES	4	RCBTB2 (ENSMMDG00005011587)	FNDC3A (ENSMMDG00005011838)	MLNR (ENSMMDG00005015212)	ENSMMDG00005015214	guca1c (ENSMMDG00005015216)	thrsp (ENSMMDG00005015218)	ndufc2 (ENSMMDG00005015219)	rab30 (ENSMMDG00005015221)	prcp (ENSMMDG00005015227)	ENSMMDG00005015377	FAM181B (ENSMMDG00005015380)	tenm4 (ENSMMDG00005015382)	ENSMMDG00005015384	ENSMMDG00005015385	GAB2 (ENSMMDG00005015386)	ENSMMDG00005015387 ##22	yap1 (ENSMMDG00005015388)	ENSMMDG00005015402	trpc6a (ENSMMDG00005015416)	pgr (ENSMMDG00005015606)	ARHGAP42 (ENSMMDG00005015874)	cntn5 (ENSMMDG00005015927)	ENSMMDG00005004515	FBXO40 (ENSMMDG00005004526)	ttc36 (ENSMMDG00005004535)	NECTIN1 (ENSMMDG00005004540)	TREH (ENSMMDG00005004557)	DDX6 (ENSMMDG00005004577)	CXCR5 (ENSMMDG00005004634)	bcl9l (ENSMMDG00005004639)	cdon (ENSMMDG00005004659)
Percomorphaceae	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00980000198620	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114
Tiger tail seahorse	MODERN SPECIES	352	lpar6a (ENSHCOG00000010375)	RCBTB2 (ENSHCOG00000010412)	FNDC3A (ENSHCOG00000010463)	MLNR (ENSHCOG00000010487)	zgc:153184 (ENSHCOG00000010492)	ENSHCOG00000010495	guca1c (ENSHCOG00000010504)	ndufc2 (ENSHCOG00000010686)	ENSHCOG00000010707	prcp (ENSHCOG00000010709)	FAM181B (ENSHCOG00000010721)	ENSHCOG00000000337	tenm4 (ENSHCOG00000011017)	nars2 (ENSHCOG00000011107)	GAB2 (ENSHCOG00000011119)	ENSHCOG00000011129 ##22	yap1 (ENSHCOG00000011146)	ENSHCOG00000011156	trpc6a (ENSHCOG00000011804)	pgr (ENSHCOG00000012226)	ARHGAP42 (ENSHCOG00000012309)	cntn5 (ENSHCOG00000012362)	FBXO40 (ENSHCOG00000012382)	ttc36 (ENSHCOG00000012387)	NECTIN1 (ENSHCOG00000000353)	DDX6 (ENSHCOG00000012451)	bcl9l (ENSHCOG00000012473)	cdon (ENSHCOG00000012505)	ENSHCOG00000012525	prdm10 (ENSHCOG00000012676)	ENSHCOG00000012705
Percomorphaceae_B	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00980000198620	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114
Ovalentaria	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00980000198620	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114
Ovalentaria_B	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT01040000240444.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00980000198620	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114
Pomacentridae	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT01040000240444.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00980000198620	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114
Pomacentridae_A	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT01040000240444.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00980000198620	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114
Amphiprion	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000180355	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00980000198620	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114
Clown anemonefish	MODERN SPECIES	3541	RCBTB2 (ENSAOCG00000012785)	FNDC3A (ENSAOCG00000012723)	MLNR (ENSAOCG00000012669)	zgc:153184 (ENSAOCG00000012646)	ENSAOCG00000000775	ENSAOCG00000012621	guca1c (ENSAOCG00000012603)	thrsp (ENSAOCG00000012585)	ndufc2 (ENSAOCG00000002053)	rab30 (ENSAOCG00000012556)	prcp (ENSAOCG00000012520)	FAM181B (ENSAOCG00000012466)	TENM4 (ENSAOCG00000012424)	nars2 (ENSAOCG00000012259)	GAB2 (ENSAOCG00000012238)	ENSAOCG00000012208 ##22
Orange clownfish	MODERN SPECIES	23	RCBTB2 (ENSAPEG00000011682)	FNDC3A (ENSAPEG00000011747)	MLNR (ENSAPEG00000011910)	zgc:153184 (ENSAPEG00000011925)	ENSAPEG00000011937	ENSAPEG00000011958	guca1c (ENSAPEG00000012002)	ndufc2 (ENSAPEG00000011973)	thrsp (ENSAPEG00000012027)	rab30 (ENSAPEG00000012044)	prcp (ENSAPEG00000012050)	FAM181B (ENSAPEG00000012092)	tenm4 (ENSAPEG00000012129)	nars2 (ENSAPEG00000012242)	GAB2 (ENSAPEG00000012259)	ENSAPEG00000012322 ##22	yap1 (ENSAPEG00000012326)	ENSAPEG00000012333	trpc6a (ENSAPEG00000012343)	pgr (ENSAPEG00000012579)	ARHGAP42 (ENSAPEG00000012641)	cntn5 (ENSAPEG00000012796)	FBXO40 (ENSAPEG00000012882)	ttc36 (ENSAPEG00000012931)	NECTIN1 (ENSAPEG00000012944)	ENSAPEG00000012964	ENSAPEG00000012979	ENSAPEG00000013018	DDX6 (ENSAPEG00000013047)	CXCR5 (ENSAPEG00000013106)	bcl9l (ENSAPEG00000013117)
Spiny chromis	MODERN SPECIES	56	FNDC3A (ENSAPOG00000000640)	MLNR (ENSAPOG00000022503)	ENSAPOG00000022510	zgc:153184 (ENSAPOG00000022517)	ENSAPOG00000022529	ENSAPOG00000022547	guca1c (ENSAPOG00000022573)	thrsp (ENSAPOG00000022586)	ndufc2 (ENSAPOG00000022606)	rab30 (ENSAPOG00000022625)	prcp (ENSAPOG00000022636)	FAM181B (ENSAPOG00000022653)	tenm4 (ENSAPOG00000022857)	nars2 (ENSAPOG00000022947)	GAB2 (ENSAPOG00000023038)	ENSAPOG00000023052 ##22	yap1 (ENSAPOG00000023102)	ENSAPOG00000023125	trpc6a (ENSAPOG00000023207)	pgr (ENSAPOG00000023767)	ARHGAP42 (ENSAPOG00000023987)	cntn5 (ENSAPOG00000024066)	ENSAPOG00000024077	PCDH11Y (ENSAPOG00000024111)	TSC22D3 (ENSAPOG00000024149)	MID2 (ENSAPOG00000024234)
Bicolor damselfish	MODERN SPECIES	1087													tenm4 (ENSSPAG00000006544)	nars2 (ENSSPAG00000006472)	GAB2 (ENSSPAG00000006421)	ENSSPAG00000006397 ##22
Cichlidae	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT01040000240444.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00980000198620	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114
Pseudocrenilabrinae	ANCESTRAL SPECIES	19	ENSGT01040000240444.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00980000198620	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114
Pseudocrenilabrinae_A	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT01040000240444.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00980000198620	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114
Haplochromini	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT01040000240444.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00980000198620	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114
Burton s mouthbrooder	MODERN SPECIES	348	ENSHBUG00000001640	lpar6a (ENSHBUG00000001635)	RCBTB2 (ENSHBUG00000001634)	FNDC3A (ENSHBUG00000001607)	MLNR (ENSHBUG00000001572)	ENSHBUG00000001565	ENSHBUG00000001561	guca1c (ENSHBUG00000001558)	ndufc2 (ENSHBUG00000001550)	rab30 (ENSHBUG00000000993)	prcp (ENSHBUG00000001535)	FAM181B (ENSHBUG00000001528)	tenm4 (ENSHBUG00000001502)	nars2 (ENSHBUG00000001449)	GAB2 (ENSHBUG00000001442)	ENSHBUG00000001436 ##22	yap1 (ENSHBUG00000001431)	ENSHBUG00000001428	trpc6a (ENSHBUG00000001426)	pgr (ENSHBUG00000001421)	ARHGAP42 (ENSHBUG00000001415)	cntn5 (ENSHBUG00000001407)
Haplochromini_A	ANCESTRAL SPECIES	23	ENSGT01040000240444.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00980000198620	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114
P. nyererei	MODERN SPECIES	361	lpar6a (ENSPNYG00000009993)	RCBTB2 (ENSPNYG00000009963)	FNDC3A (ENSPNYG00000009890)	MLNR (ENSPNYG00000009856)	zgc:153184 (ENSPNYG00000009844)	ENSPNYG00000009823	guca1c (ENSPNYG00000009782)	thrsp (ENSPNYG00000009765)	ndufc2 (ENSPNYG00000009751)	rab30 (ENSPNYG00000009728)	prcp (ENSPNYG00000009703)	FAM181B (ENSPNYG00000009689)	tenm4 (ENSPNYG00000009550)	nars2 (ENSPNYG00000009495)	GAB2 (ENSPNYG00000009460)	ENSPNYG00000009440 ##22	yap1 (ENSPNYG00000009423)	ENSPNYG00000009405	trpc6a (ENSPNYG00000009367)	pgr (ENSPNYG00000008970)	ARHGAP42 (ENSPNYG00000008820)	cntn5 (ENSPNYG00000008753)	FBXO40 (ENSPNYG00000008689)	ttc36 (ENSPNYG00000008668)	ENSPNYG00000008632	NECTIN1 (ENSPNYG00000008613)	ENSPNYG00000008601	TREH (ENSPNYG00000008583)	DDX6 (ENSPNYG00000008538)	CXCR5 (ENSPNYG00000008514)	bcl9l (ENSPNYG00000008494)
Haplochromini_B	ANCESTRAL SPECIES	27	ENSGT01040000240444.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00980000198620	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114
Eastern happy	MODERN SPECIES	5	lpar6a (ENSACLG00000023889)	RCBTB2 (ENSACLG00000023852)	FNDC3A (ENSACLG00000023703)	MLNR (ENSACLG00000023691)	zgc:153184 (ENSACLG00000023625)	ENSACLG00000023603	guca1c (ENSACLG00000023584)	thrsp (ENSACLG00000023578)	ndufc2 (ENSACLG00000023564)	rab30 (ENSACLG00000023526)	prcp (ENSACLG00000023492)	FAM181B (ENSACLG00000023487)	tenm4 (ENSACLG00000023199)	nars2 (ENSACLG00000023017)	GAB2 (ENSACLG00000022946)	ENSACLG00000022929 ##22	yap1 (ENSACLG00000022912)	ENSACLG00000022885	trpc6a (ENSACLG00000022839)	pgr (ENSACLG00000022799)	ARHGAP42 (ENSACLG00000022629)	ENSACLG00000022582	cntn5 (ENSACLG00000022377)	FBXO40 (ENSACLG00000022351)	ttc36 (ENSACLG00000022343)	NECTIN1 (ENSACLG00000022327)	ENSACLG00000022291	TREH (ENSACLG00000022243)	DDX6 (ENSACLG00000022164)	CXCR5 (ENSACLG00000022147)	bcl9l (ENSACLG00000022129)
Zebra mbuna	MODERN SPECIES	1096	NEK3 (ENSMZEG00005024007)	lpar6a (ENSMZEG00005024009)	RCBTB2 (ENSMZEG00005024010)	FNDC3A (ENSMZEG00005024011)	MLNR (ENSMZEG00005024017)	zgc:153184 (ENSMZEG00005024020)	ENSMZEG00005024024	guca1c (ENSMZEG00005024028)	ndufc2 (ENSMZEG00005024030)	rab30 (ENSMZEG00005024032)	prcp (ENSMZEG00005024037)	FAM181B (ENSMZEG00005024042)	tenm4 (ENSMZEG00005024046)	nars2 (ENSMZEG00005024050)	GAB2 (ENSMZEG00005024053)	ENSMZEG00005024056 ##22	yap1 (ENSMZEG00005024057)	ENSMZEG00005024060	trpc6a (ENSMZEG00005024064)	pgr (ENSMZEG00005024067)	ARHGAP42 (ENSMZEG00005024073)	cntn5 (ENSMZEG00005024080)	FBXO40 (ENSMZEG00005024085)	ttc36 (ENSMZEG00005024087)	NECTIN1 (ENSMZEG00005024090)	ENSMZEG00005024091	TREH (ENSMZEG00005024093)	DDX6 (ENSMZEG00005024098)	CXCR5 (ENSMZEG00005024102)	bcl9l (ENSMZEG00005024105)	cdon (ENSMZEG00005024108)
Lyretail cichlid	MODERN SPECIES	335	lpar6a (ENSNBRG00000001776)	RCBTB2 (ENSNBRG00000001800)	FNDC3A (ENSNBRG00000001869)	MLNR (ENSNBRG00000001998)	ENSNBRG00000002024	ENSNBRG00000002035	guca1c (ENSNBRG00000002052)	ndufc2 (ENSNBRG00000002064)	rab30 (ENSNBRG00000002082)	prcp (ENSNBRG00000002097)	FAM181B (ENSNBRG00000002127)	tenm4 (ENSNBRG00000002145)	nars2 (ENSNBRG00000002261)	ENSNBRG00000002312	ENSNBRG00000002327	ENSNBRG00000002348 ##22	yap1 (ENSNBRG00000002371)	ENSNBRG00000002457	trpc6a (ENSNBRG00000002504)	pgr (ENSNBRG00000002569)	ARHGAP42 (ENSNBRG00000003195)	cntn5 (ENSNBRG00000003275)	FBXO40 (ENSNBRG00000003347)	ttc36 (ENSNBRG00000003375)	NECTIN1 (ENSNBRG00000003383)	ENSNBRG00000003396	TREH (ENSNBRG00000003416)	DDX6 (ENSNBRG00000003507)	DDX6 (ENSNBRG00000003540)	CXCR5 (ENSNBRG00000003562)	bcl9l (ENSNBRG00000003575)
Nile tilapia	MODERN SPECIES	5	NEK3 (ENSONIG00000034039)	lpar6a (ENSONIG00000021407)	RCBTB2 (ENSONIG00000005688)	FNDC3A (ENSONIG00000005695)	MLNR (ENSONIG00000005699)	zgc:153184 (ENSONIG00000029795)	ENSONIG00000037374	guca1c (ENSONIG00000005702)	thrsp (ENSONIG00000005704)	ndufc2 (ENSONIG00000036233)	rab30 (ENSONIG00000005708)	prcp (ENSONIG00000005709)	tenm4 (ENSONIG00000005714)	nars2 (ENSONIG00000005718)	GAB2 (ENSONIG00000005723)	ENSONIG00000005727 ##22	yap1 (ENSONIG00000005729)	ENSONIG00000035687	trpc6a (ENSONIG00000005731)	pgr (ENSONIG00000041442)	ARHGAP42 (ENSONIG00000005735)	cntn5 (ENSONIG00000005737)	FBXO40 (ENSONIG00000005748)	ttc36 (ENSONIG00000005749)	NECTIN1 (ENSONIG00000005751)	TREH (ENSONIG00000005752)	DDX6 (ENSONIG00000005756)	CXCR5 (ENSONIG00000021409)	bcl9l (ENSONIG00000005760)	cdon (ENSONIG00000005762)	ENSONIG00000030752
Midas cichlid	MODERN SPECIES	97	NEK3 (ENSACIG00000023857)	lpar6a (ENSACIG00000023863)	FNDC3A (ENSACIG00000023867)	MLNR (ENSACIG00000023879)	zgc:153184 (ENSACIG00000023882)	ENSACIG00000023885	guca1c (ENSACIG00000023886)	thrsp (ENSACIG00000023891)	ndufc2 (ENSACIG00000023894)	rab30 (ENSACIG00000023906)	prcp (ENSACIG00000023908)	FAM181B (ENSACIG00000023911)	tenm4 (ENSACIG00000023913)	nars2 (ENSACIG00000023918)	GAB2 (ENSACIG00000023921)	ENSACIG00000023924 ##22	yap1 (ENSACIG00000023927)	trpc6a (ENSACIG00000023929)	pgr (ENSACIG00000023940)	ARHGAP42 (ENSACIG00000023969)	cntn5 (ENSACIG00000023970)	ENSACIG00000023971	FBXO40 (ENSACIG00000023972)	ttc36 (ENSACIG00000023974)	NECTIN1 (ENSACIG00000023976)	ENSACIG00000023978	TREH (ENSACIG00000023980)	DDX6 (ENSACIG00000023989)	CXCR5 (ENSACIG00000023991)	bcl9l (ENSACIG00000023992)	cdon (ENSACIG00000023995)
Atherinomorphae	ANCESTRAL SPECIES	15	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00980000198620	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114
Oryzias	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000158740
Oryzias_b	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000158740
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Javanese ricefish	MODERN SPECIES	4	RCBTB2 (ENSOJAG00000021373)	FNDC3A (ENSOJAG00000021631)	zgc:153184 (ENSOJAG00000022247)	ENSOJAG00000022252	guca1c (ENSOJAG00000022257)	thrsp (ENSOJAG00000022264)	ndufc2 (ENSOJAG00000022267)	rab30 (ENSOJAG00000022270)	prcp (ENSOJAG00000022290)	ENSOJAG00000022352	FAM181B (ENSOJAG00000022367)	ENSOJAG00000022372	tenm4 (ENSOJAG00000022460)	nars2 (ENSOJAG00000022831)	GAB2 (ENSOJAG00000022852)	ENSOJAG00000022864 ##22	yap1 (ENSOJAG00000022872)	ENSOJAG00000022880	trpc6a (ENSOJAG00000022910)	pgr (ENSOJAG00000023076)	ARHGAP42 (ENSOJAG00000023214)	cntn5 (ENSOJAG00000001823)	FBXO40 (ENSOJAG00000002022)	ttc36 (ENSOJAG00000002029)	ENSOJAG00000002043	NECTIN1 (ENSOJAG00000002068)	TREH (ENSOJAG00000002092)	DDX6 (ENSOJAG00000002172)	CXCR5 (ENSOJAG00000002336)	bcl9l (ENSOJAG00000002342)	cdon (ENSOJAG00000002378)
Oryzias_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00940000181267	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00980000198620	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a
Japanese Medaka HdrR	MODERN SPECIES	4	FNDC3A (ENSORLG00000002976)	MLNR (ENSORLG00000002888)	zgc:153184 (ENSORLG00000024871)	ENSORLG00000023029	guca1c (ENSORLG00000002874)	thrsp (ENSORLG00000002868)	ndufc2 (ENSORLG00000002863)	rab30 (ENSORLG00000029812)	prcp (ENSORLG00000002842)	FAM181B (ENSORLG00000002825)	ENSORLG00000021895	ENSORLG00000022763	tenm4 (ENSORLG00000002811)	nars2 (ENSORLG00000002778)	GAB2 (ENSORLG00000002738)	ENSORLG00000022863 ##22	yap1 (ENSORLG00000002708)	TRPC6 (ENSORLG00000002690)	pgr (ENSORLG00000002651)	ARHGAP42 (ENSORLG00000002644)	cntn5 (ENSORLG00000002616)	ENSORLG00000023862	FBXO40 (ENSORLG00000002543)	ttc36 (ENSORLG00000002535)	NECTIN1 (ENSORLG00000002527)	ENSORLG00000024717	ENSORLG00000024498	ENSORLG00000022376	TREH (ENSORLG00000002521)	DDX6 (ENSORLG00000002506)	CXCR5 (ENSORLG00000002476)
Chinese medaka	MODERN SPECIES	1047	RCBTB2 (ENSOSIG00000023857)	FNDC3A (ENSOSIG00000023872)	MLNR (ENSOSIG00000023874)	zgc:153184 (ENSOSIG00000023875)	ENSOSIG00000023877	guca1c (ENSOSIG00000023878)	thrsp (ENSOSIG00000023881)	ndufc2 (ENSOSIG00000023882)	rab30 (ENSOSIG00000023883)	prcp (ENSOSIG00000023886)	ENSOSIG00000023888	FAM181B (ENSOSIG00000023891)	tenm4 (ENSOSIG00000023897)	nars2 (ENSOSIG00000023905)	GAB2 (ENSOSIG00000023907)	ENSOSIG00000023910 ##22	yap1 (ENSOSIG00000023911)	ENSOSIG00000023914	trpc6a (ENSOSIG00000023932)	pgr (ENSOSIG00000023944)	ARHGAP42 (ENSOSIG00000023953)
Cyprinodontiformes	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00980000198620	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114
Aplocheiloidei	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00980000198620	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114
Mangrove rivulus	MODERN SPECIES	36	ENSKMAG00000004780	lpar6a (ENSKMAG00000004769)	RCBTB2 (ENSKMAG00000004725)	FNDC3A (ENSKMAG00000004585)	ENSKMAG00000004543	zgc:153184 (ENSKMAG00000004530)	ENSKMAG00000004508	guca1c (ENSKMAG00000004474)	ndufc2 (ENSKMAG00000004455)	rab30 (ENSKMAG00000004439)	prcp (ENSKMAG00000004395)	FAM181B (ENSKMAG00000004379)	tenm4 (ENSKMAG00000004153)	nars2 (ENSKMAG00000004015)	GAB2 (ENSKMAG00000003983)	ENSKMAG00000003967 ##22	yap1 (ENSKMAG00000003932)	ENSKMAG00000003922	trpc6a (ENSKMAG00000003906)	pgr (ENSKMAG00000003875)	ARHGAP42 (ENSKMAG00000003786)	cntn5 (ENSKMAG00000003682)	FBXO40 (ENSKMAG00000003669)	ttc36 (ENSKMAG00000003655)	NECTIN1 (ENSKMAG00000003645)	ENSKMAG00000003629	TREH (ENSKMAG00000003595)	DDX6 (ENSKMAG00000003546)	CXCR5 (ENSKMAG00000003527)	bcl9l (ENSKMAG00000003508)
Turquoise killifish	MODERN SPECIES	1615	MLNR (ENSNFUG00015008087)	ENSNFUG00015008083	RCSD1 (ENSNFUG00015008079)	ENSNFUG00015008077	ENSNFUG00015008074	guca1c (ENSNFUG00015008069)	thrsp (ENSNFUG00015008063)	NDUFC2 (ENSNFUG00015008057)	RAB30 (ENSNFUG00015008048)	PRCP (ENSNFUG00015007997)	ENSNFUG00015007980	FAM181B (ENSNFUG00015007979)	tenm4 (ENSNFUG00015006866)	NARS2 (ENSNFUG00015006694)	GAB2 (ENSNFUG00015006678)	MAML2 (ENSNFUG00015006667) ##22	yap1 (ENSNFUG00015006651)	KIAA1377 (ENSNFUG00015006643)	trpc6a (ENSNFUG00015006639)	PGR (ENSNFUG00015006578)	ARHGAP42 (ENSNFUG00015005919)	ENSNFUG00015005380	CNTN5 (ENSNFUG00015005069)	FBXO40 (ENSNFUG00015004983)	TTC36 (ENSNFUG00015004974)	Nfu_g_1_000521 (ENSNFUG00015004949)	TREH (ENSNFUG00015004902)	DDX6 (ENSNFUG00015004735)	CXCR5 (ENSNFUG00015004694)	BCL9L (ENSNFUG00015004686)	CDON (ENSNFUG00015004649)
Cyprinodontoidei	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT01040000240444.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00980000199029	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00980000198620	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114
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Mummichog	MODERN SPECIES	2346	RCBTB2 (ENSFHEG00000013635)	FNDC3A (ENSFHEG00000013799)	MLNR (ENSFHEG00000013824)	zgc:153184 (ENSFHEG00000013834)	ENSFHEG00000013850	guca1c (ENSFHEG00000013872)	thrsp (ENSFHEG00000013886)	ndufc2 (ENSFHEG00000013895)	rab30 (ENSFHEG00000013918)	prcp (ENSFHEG00000013966)	FAM181B (ENSFHEG00000013980)	ENSFHEG00000013988	tenm4 (ENSFHEG00000014066)	nars2 (ENSFHEG00000014152)	GAB2 (ENSFHEG00000014217)	ENSFHEG00000014228 ##22	yap1 (ENSFHEG00000014255)	ENSFHEG00000014262	trpc6a (ENSFHEG00000014293)
Sheepshead minnow	MODERN SPECIES	538													tenm4 (ENSCVAG00000023418)	nars2 (ENSCVAG00000023419)	GAB2 (ENSCVAG00000023420)	ENSCVAG00000023421 ##22	yap1 (ENSCVAG00000023422)	ENSCVAG00000023423	trpc6a (ENSCVAG00000023424)	pgr (ENSCVAG00000023425)	ARHGAP42 (ENSCVAG00000023426)	ENSCVAG00000023427	cntn5 (ENSCVAG00000023428)
Poeciliinae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00980000199029	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000154394.b.a.a.a.a.a.b.d	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab.b	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00980000198620	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114
Platyfish	MODERN SPECIES	9	MLNR (ENSXMAG00000028025)	zgc:153184 (ENSXMAG00000029895)	ENSXMAG00000021352	guca1c (ENSXMAG00000007435)	thrsp (ENSXMAG00000020232)	ndufc2 (ENSXMAG00000023972)	ENSXMAG00000028264	ENSXMAG00000023047	rab30 (ENSXMAG00000025848)	prcp (ENSXMAG00000007481)	FAM181B (ENSXMAG00000020233)	tenm4 (ENSXMAG00000007490)	nars2 (ENSXMAG00000015442)	GAB2 (ENSXMAG00000015477)	ENSXMAG00000028255	ENSXMAG00000007534 ##22	yap1 (ENSXMAG00000007536)	ENSXMAG00000023671	trpc6a (ENSXMAG00000007545)	pgr (ENSXMAG00000007553)	ARHGAP42 (ENSXMAG00000007558)	cntn5 (ENSXMAG00000007575)	FBXO40 (ENSXMAG00000028606)	ttc36 (ENSXMAG00000007606)	NECTIN1 (ENSXMAG00000007608)	ENSXMAG00000025132	TREH (ENSXMAG00000007609)	DDX6 (ENSXMAG00000007620)	CXCR5 (ENSXMAG00000022083)	bcl9l (ENSXMAG00000007630)	cdon (ENSXMAG00000007635)
Poecilia	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00980000199029	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000154394.b.a.a.a.b.b	ENSGT00940000154394.b.a.a.a.a.a.b.d	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab.b	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00980000198620	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114
Guppy	MODERN SPECIES	443	MLNR (ENSPREG00000014556)	zgc:153184 (ENSPREG00000014569)	ENSPREG00000014578	guca1c (ENSPREG00000014583)	thrsp (ENSPREG00000014594)	ndufc2 (ENSPREG00000014603)	ENSPREG00000014611	ENSPREG00000014621	rab30 (ENSPREG00000014634)	prcp (ENSPREG00000014756)	FAM181B (ENSPREG00000014781)	ENSPREG00000014792	tenm4 (ENSPREG00000014816)	nars2 (ENSPREG00000014861)	GAB2 (ENSPREG00000014885)	ENSPREG00000014915 ##22	yap1 (ENSPREG00000014924)	ENSPREG00000014936	trpc6a (ENSPREG00000014952)	pgr (ENSPREG00000015071)	ARHGAP42 (ENSPREG00000015619)	cntn5 (ENSPREG00000015774)	ENSPREG00000015855	FBXO40 (ENSPREG00000015880)	ttc36 (ENSPREG00000015891)	NECTIN1 (ENSPREG00000015911)	ENSPREG00000015929	ENSPREG00000015944	TREH (ENSPREG00000015984)	DDX6 (ENSPREG00000016082)	CXCR5 (ENSPREG00000016128)
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Amazon molly	DUPLICATION
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Amazon molly	MODERN SPECIES	961																ENSPFOG00000023598 ##22	yap1 (ENSPFOG00000009360)	ENSPFOG00000009320 ##22
Sailfin molly	DUPLICATION
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Sailfin molly	MODERN SPECIES	4069																ENSPLAG00000004163 ##22
Percomorphaceae_C	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00980000198620	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114
Eupercaria	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT01040000240444.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000158740
Tetraodontidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT01040000240444.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00990000212493	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000158740
Fugu	MODERN SPECIES	2	lpar6a (ENSTRUG00000014206)	RCBTB2 (ENSTRUG00000014127)	FNDC3A (ENSTRUG00000013982)	MLNR (ENSTRUG00000013958)	zgc:153184 (ENSTRUG00000025197)	ENSTRUG00000025778	guca1c (ENSTRUG00000013910)	thrsp (ENSTRUG00000013902)	ndufc2 (ENSTRUG00000029464)	rab30 (ENSTRUG00000022559)	prcp (ENSTRUG00000013812)	FAM181B (ENSTRUG00000013809)	tenm4 (ENSTRUG00000013623)	nars2 (ENSTRUG00000013557)	GAB2 (ENSTRUG00000013479)	ENSTRUG00000019759 ##22	yap1 (ENSTRUG00000020886)	ENSTRUG00000032293	trpc6a (ENSTRUG00000013189)	pgr (ENSTRUG00000013128)	ARHGAP42 (ENSTRUG00000012664)	cntn5 (ENSTRUG00000012207)	FBXO40 (ENSTRUG00000012174)	ttc36 (ENSTRUG00000020104)	ENSTRUG00000027765	nectin1 (ENSTRUG00000031644)	DDX6 (ENSTRUG00000011848)	cxcr5 (ENSTRUG00000011814)	bcl9l (ENSTRUG00000011780)	cdon (ENSTRUG00000011633)	prdm10 (ENSTRUG00000011527)
Eupecaria_A	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT01040000240444.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000158740
Ballan wrasse	MODERN SPECIES	73	or71aq1 (ENSLBEG00000001377)	ENSLBEG00000001315	CHRNA10 (ENSLBEG00000001296)	PGAP2 (ENSLBEG00000001287)	ENSLBEG00000001260	ENSLBEG00000001235	guca1c (ENSLBEG00000001210)	thrsp (ENSLBEG00000001172)	ndufc2 (ENSLBEG00000001157)	rab30 (ENSLBEG00000001146)	prcp (ENSLBEG00000001081)	FAM181B (ENSLBEG00000001050)	tenm4 (ENSLBEG00000000924)	nars2 (ENSLBEG00000000890)	GAB2 (ENSLBEG00000000658)	ENSLBEG00000000631 ##22	yap1 (ENSLBEG00000000590)	ENSLBEG00000000559	trpc6a (ENSLBEG00000000469)	pgr (ENSLBEG00000000438)	ARHGAP42 (ENSLBEG00000000355)	cntn5 (ENSLBEG00000000274)	ttc36 (ENSLBEG00000028255)	FBXO40 (ENSLBEG00000028242)	NECTIN1 (ENSLBEG00000028227)	ENSLBEG00000028222
Eupecaria_B	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT01040000240444.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000158740
Perciformes	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT01040000240444.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000158740
Cottioidei	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT01040000240444.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000158740
Lumpfish	MODERN SPECIES	4	lpar6a (ENSCLMG00005017513)	RCBTB2 (ENSCLMG00005017515)	FNDC3A (ENSCLMG00005017565)	MLNR (ENSCLMG00005018418)	zgc:153184 (ENSCLMG00005018419)	ENSCLMG00005018421	guca1c (ENSCLMG00005018423)	thrsp (ENSCLMG00005018424)	ndufc2 (ENSCLMG00005018425)	rab30 (ENSCLMG00005018426)	prcp (ENSCLMG00005018428)	FAM181B (ENSCLMG00005018434)	tenm4 (ENSCLMG00005018435)	nars2 (ENSCLMG00005018436)	GAB2 (ENSCLMG00005018444)	ENSCLMG00005018445 ##22	yap1 (ENSCLMG00005018447)	ENSCLMG00005018448	TRPC6 (ENSCLMG00005018451)	pgr (ENSCLMG00005004334)	ARHGAP42 (ENSCLMG00005004734)	cntn5 (ENSCLMG00005005405)	FBXO40 (ENSCLMG00005005575)	ttc36 (ENSCLMG00005005576)	NECTIN1 (ENSCLMG00005005578)	TREH (ENSCLMG00005005579)	ENSCLMG00005005581	DDX6 (ENSCLMG00005005594)	CXCR5 (ENSCLMG00005005787)	bcl9l (ENSCLMG00005005788)	cdon (ENSCLMG00005005790)
Stickleback	MODERN SPECIES		ENSGACG00000011936	lpar6a (ENSGACG00000011947)	RCBTB2 (ENSGACG00000011950)	FNDC3A (ENSGACG00000011959)	ENSGACG00000011973	ENSGACG00000011976	ENSGACG00000011980	guca1c (ENSGACG00000011982)	thrsp (ENSGACG00000012003)	rab30 (ENSGACG00000012006)	prcp (ENSGACG00000012026)	FAM181B (ENSGACG00000012067)	tenm4 (ENSGACG00000012069)	nars2 (ENSGACG00000012085)	GAB2 (ENSGACG00000012121)	ENSGACG00000012128 ##22	yap1 (ENSGACG00000012139)	ENSGACG00000012148	ENSGACG00000012151	trpc6a (ENSGACG00000012155)	pgr (ENSGACG00000012162)	ARHGAP42 (ENSGACG00000012165)	cntn5 (ENSGACG00000012176)	FBXO40 (ENSGACG00000012227)	ttc36 (ENSGACG00000012229)	NECTIN1 (ENSGACG00000012236)	TREH (ENSGACG00000012248)	DDX6 (ENSGACG00000012258)	CXCR5 (ENSGACG00000012278)	bcl9l (ENSGACG00000012279)	cdon (ENSGACG00000012283)
Perciformes_a	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT01040000240444.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000158740
Pike perch	MODERN SPECIES	14	ENSSLUG00000000132	lpar6a (ENSSLUG00000000139)	RCBTB2 (ENSSLUG00000000151)	FNDC3A (ENSSLUG00000000326)	MLNR (ENSSLUG00000000740)	zgc:153184 (ENSSLUG00000000744)	ENSSLUG00000000747	guca1c (ENSSLUG00000000748)	thrsp (ENSSLUG00000000753)	ndufc2 (ENSSLUG00000000755)	rab30 (ENSSLUG00000000760)	prcp (ENSSLUG00000000781)	tenm4 (ENSSLUG00000000821)	nars2 (ENSSLUG00000000838)	GAB2 (ENSSLUG00000000859)	ENSSLUG00000000865 ##22	yap1 (ENSSLUG00000000871)	ENSSLUG00000000883	trpc6a (ENSSLUG00000000936)	pgr (ENSSLUG00000001042)	ARHGAP42 (ENSSLUG00000001065)	cntn5 (ENSSLUG00000001094)	FBXO40 (ENSSLUG00000001101)	ttc36 (ENSSLUG00000001107)	ENSSLUG00000001110	ENSSLUG00000001115	fat3a (ENSSLUG00000001164)	ENSSLUG00000001215	ENSSLUG00000001217	ENSSLUG00000001220	GAL3ST2 (ENSSLUG00000001225)
Channel bull blenny	MODERN SPECIES	4	lpar6a (ENSCGOG00000022022)	RCBTB2 (ENSCGOG00000022025)	FNDC3A (ENSCGOG00000022139)	MLNR (ENSCGOG00000022776)	zgc:153184 (ENSCGOG00000022777)	ENSCGOG00000022778	guca1c (ENSCGOG00000022779)	ndufc2 (ENSCGOG00000022782)	thrsp (ENSCGOG00000022784)	rab30 (ENSCGOG00000001600)	prcp (ENSCGOG00000001646)	FAM181B (ENSCGOG00000001771)	tenm4 (ENSCGOG00000001892)	nars2 (ENSCGOG00000004930)	GAB2 (ENSCGOG00000005045)	ENSCGOG00000005049 ##22	yap1 (ENSCGOG00000005063)	ENSCGOG00000005080	trpc6a (ENSCGOG00000005087)	pgr (ENSCGOG00000005236)	ARHGAP42 (ENSCGOG00000005456)	cntn5 (ENSCGOG00000006402)	FBXO40 (ENSCGOG00000008826)	ttc36 (ENSCGOG00000008838)	NECTIN1 (ENSCGOG00000008841)	cdon (ENSCGOG00000008853)	prdm10 (ENSCGOG00000009037)	aplp2 (ENSCGOG00000009680)	ENSCGOG00000011429	dhx34 (ENSCGOG00000011508)	spred3 (ENSCGOG00000011541)
Eupecaria_C	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000159738	ENSGT01040000240444.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000158740
Eupercaria_incertae_sedis	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000159738	ENSGT01040000240444.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000158740
European seabass	MODERN SPECIES	3	foxo1a (ENSDLAG00005024010)	ENSDLAG00005024181	ENSDLAG00005024184	LPAR6 (ENSDLAG00005024198)	RCBTB2 (ENSDLAG00005024207)	FNDC3A (ENSDLAG00005024336)	MLNR (ENSDLAG00005025176)	zgc:153184 (ENSDLAG00005027030)	ENSDLAG00005031427	rab30 (ENSDLAG00005034228)	ndufc2 (ENSDLAG00005028681)	prcp (ENSDLAG00005025207)	tenm4 (ENSDLAG00005025323)	nars2 (ENSDLAG00005025603)	GAB2 (ENSDLAG00005025608)	ENSDLAG00005025613 ##22	ENSDLAG00005025614	ENSDLAG00005025618	TRPC6 (ENSDLAG00005025640)	pgr (ENSDLAG00005025654)	ARHGAP42 (ENSDLAG00005025671)	cntn5 (ENSDLAG00005000320)	ENSDLAG00005000931	ttc36 (ENSDLAG00005000933)	ENSDLAG00005030868	TREH (ENSDLAG00005030211)	DDX6 (ENSDLAG00005000950)	CXCR5 (ENSDLAG00005001009)	bcl9l (ENSDLAG00005001012)	ENSDLAG00005001018	cdon (ENSDLAG00005001056)
Large yellow croaker	MODERN SPECIES	479	AXL (ENSLCRG00005006955)	ENSLCRG00005006954	LGALS4 (ENSLCRG00005006952)	ryr1b (ENSLCRG00005006706)	rasgrp4 (ENSLCRG00005006119)	HNRNPUL1 (ENSLCRG00005005308)	opa3 (ENSLCRG00005005306)	ppp1r13l (ENSLCRG00005005305)	TMEM91 (ENSLCRG00005005304)	exosc5 (ENSLCRG00005005303)	prcp (ENSLCRG00005005300)	tenm4 (ENSLCRG00005005285)	nars2 (ENSLCRG00005005276)	GAB2 (ENSLCRG00005005273)	ENSLCRG00005005272	ENSLCRG00005005271 ##22	yap1 (ENSLCRG00005005259)	ENSLCRG00005005257	trpc6a (ENSLCRG00005004594)	pgr (ENSLCRG00005004469)	ARHGAP42 (ENSLCRG00005004413)	cntn5 (ENSLCRG00005002465)	FBXO40 (ENSLCRG00005002348)	ttc36 (ENSLCRG00005002342)	NECTIN1 (ENSLCRG00005017686)	TREH (ENSLCRG00005017685)	DDX6 (ENSLCRG00005017659)	CXCR5 (ENSLCRG00005017656)	bcl9l (ENSLCRG00005017655)	cdon (ENSLCRG00005017653)	prdm10 (ENSLCRG00005017648)
Gilthead seabream	MODERN SPECIES	11	lhfpl6 (ENSSAUG00010005777)	NEK3 (ENSSAUG00010005775)	lpar6a (ENSSAUG00010005773)	RCBTB2 (ENSSAUG00010005698)	FNDC3A (ENSSAUG00010000525)	MLNR (ENSSAUG00010000210)	zgc:153184 (ENSSAUG00010000204)	ENSSAUG00010000198	guca1c (ENSSAUG00010000186)	NDUFC2 (ENSSAUG00010000182)	rab30 (ENSSAUG00010000172)	prcp (ENSSAUG00010000134)	tenm4 (ENSSAUG00010023225)	nars2 (ENSSAUG00010023198)	GAB2 (ENSSAUG00010023194)	ENSSAUG00010023193 ##22	yap1 (ENSSAUG00010023192)	ENSSAUG00010023191	trpc6a (ENSSAUG00010023157)	pgr (ENSSAUG00010023099)	ARHGAP42 (ENSSAUG00010023076)	cntn5 (ENSSAUG00010021956)	FBXO40 (ENSSAUG00010021932)	ttc36 (ENSSAUG00010021931)	NECTIN1 (ENSSAUG00010021930)	TREH (ENSSAUG00010021922)	DDX6 (ENSSAUG00010021892)	CXCR5 (ENSSAUG00010021885)	bcl9l (ENSSAUG00010021884)	cdon (ENSSAUG00010021883)	prdm10 (ENSSAUG00010021777)
Percomorphaceae_D	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00980000198620	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114
Anabantaria	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT01040000240444.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000158740
Zig-zag eel	MODERN SPECIES	4	LPAR6 (ENSMAMG00000011750)	RCBTB2 (ENSMAMG00000011758)	FNDC3A (ENSMAMG00000011791)	MLNR (ENSMAMG00000011877)	zgc:153184 (ENSMAMG00000011890)	ENSMAMG00000011916	guca1c (ENSMAMG00000011926)	ENSMAMG00000011963	ndufc2 (ENSMAMG00000027855)	rab30 (ENSMAMG00000011973)	prcp (ENSMAMG00000011981)	FAM181B (ENSMAMG00000012027)	tenm4 (ENSMAMG00000012064)	nars2 (ENSMAMG00000012198)	GAB2 (ENSMAMG00000012254)	ENSMAMG00000012301 ##22	ENSMAMG00000012307	ENSMAMG00000012316	TRPC6 (ENSMAMG00000012357)	pgr (ENSMAMG00000013413)	ARHGAP42 (ENSMAMG00000013457)	cntn5 (ENSMAMG00000013595)	ENSMAMG00000013665	ttc36 (ENSMAMG00000013671)	ENSMAMG00000013679	TREH (ENSMAMG00000013713)	DDX6 (ENSMAMG00000013732)	CXCR5 (ENSMAMG00000013853)	bcl9l (ENSMAMG00000013830)	cdon (ENSMAMG00000013859)	prdm10 (ENSMAMG00000013887)
Anabantoidei	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT01040000240444.A.a.a.a.a.a	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000158740
Climbing perch	MODERN SPECIES	4	FNDC3A (ENSATEG00000010572)	MLNR (ENSATEG00000010550)	zgc:153184 (ENSATEG00000010539)	ENSATEG00000025474	ENSATEG00000026336	guca1c (ENSATEG00000010507)	ENSATEG00000010494	ndufc2 (ENSATEG00000030159)	rab30 (ENSATEG00000026571)	prcp (ENSATEG00000010399)	FAM181B (ENSATEG00000010380)	ENSATEG00000010371	tenm4 (ENSATEG00000010290)	nars2 (ENSATEG00000010262)	GAB2 (ENSATEG00000010185)	ENSATEG00000010158 ##22	ENSATEG00000010139	ENSATEG00000030012	TRPC6 (ENSATEG00000010091)	pgr (ENSATEG00000010053)	ARHGAP42 (ENSATEG00000009985)	cntn5 (ENSATEG00000009905)	ENSATEG00000009818	ttc36 (ENSATEG00000025446)	ENSATEG00000009804	TREH (ENSATEG00000009760)	DDX6 (ENSATEG00000009693)	CXCR5 (ENSATEG00000009676)	bcl9l (ENSATEG00000009628)	cdon (ENSATEG00000009445)	prdm10 (ENSATEG00000009356)
Siamese fighting fish	MODERN SPECIES	4	RCBTB2 (ENSBSLG00000004239)	FNDC3A (ENSBSLG00000007658)	MLNR (ENSBSLG00000014936)	zgc:153184 (ENSBSLG00000014948)	ENSBSLG00000014971	guca1c (ENSBSLG00000014991)	thrsp (ENSBSLG00000015010)	ndufc2 (ENSBSLG00000015213)	rab30 (ENSBSLG00000015295)	prcp (ENSBSLG00000015543)	FAM181B (ENSBSLG00000015877)	ENSBSLG00000016663	tenm4 (ENSBSLG00000020051)	nars2 (ENSBSLG00000025913)	GAB2 (ENSBSLG00000025993)	ENSBSLG00000026069 ##22	yap1 (ENSBSLG00000026154)	ENSBSLG00000026197	trpc6a (ENSBSLG00000026572)	pgr (ENSBSLG00000026633)	ARHGAP42 (ENSBSLG00000026639)	cntn5 (ENSBSLG00000026646)	FBXO40 (ENSBSLG00000026653)	ttc36 (ENSBSLG00000026654)	NECTIN1 (ENSBSLG00000026655)	TREH (ENSBSLG00000026658)	DDX6 (ENSBSLG00000026659)	CXCR5 (ENSBSLG00000026660)	bcl9l (ENSBSLG00000026661)	cdon (ENSBSLG00000026662)	prdm10 (ENSBSLG00000026664)
Carangaria	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00980000198620	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114
Carangaria_A	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00980000198620	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT01050000244848.B.a.a	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114
Seriola	ANCESTRAL SPECIES	65	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22
Greater amberjack	MODERN SPECIES	59	lpar6a (ENSSDUG00000013056)	RCBTB2 (ENSSDUG00000013073)	FNDC3A (ENSSDUG00000013122)	MLNR (ENSSDUG00000013235)	zgc:153184 (ENSSDUG00000013250)	ENSSDUG00000013267	guca1c (ENSSDUG00000013299)	thrsp (ENSSDUG00000013306)	ndufc2 (ENSSDUG00000013314)	rab30 (ENSSDUG00000013325)	prcp (ENSSDUG00000013337)	FAM181B (ENSSDUG00000013352)	tenm4 (ENSSDUG00000013368)	nars2 (ENSSDUG00000013432)	GAB2 (ENSSDUG00000013499)	ENSSDUG00000013519 ##22
Yellowtail amberjack	MODERN SPECIES	2716	RCBTB2 (ENSSLDG00000022272)	FNDC3A (ENSSLDG00000022318)	MLNR (ENSSLDG00000022451)	zgc:153184 (ENSSLDG00000022463)	ENSSLDG00000022482	guca1c (ENSSLDG00000022501)	thrsp (ENSSLDG00000022512)	ndufc2 (ENSSLDG00000022527)	rab30 (ENSSLDG00000022533)	prcp (ENSSLDG00000022544)	ENSSLDG00000022557	FAM181B (ENSSLDG00000022570)	tenm4 (ENSSLDG00000022614)	nars2 (ENSSLDG00000022896)	GAB2 (ENSSLDG00000022946)	ENSSLDG00000022956 ##22
Barramundi perch	MODERN SPECIES	109	lpar6a (ENSLCAG00010003781)	RCBTB2 (ENSLCAG00010003813)	FNDC3A (ENSLCAG00010003950)	MLNR (ENSLCAG00010004032)	zgc:153184 (ENSLCAG00010004037)	ENSLCAG00010004043	guca1c (ENSLCAG00010004044)	thrsp (ENSLCAG00010004046)	ndufc2 (ENSLCAG00010004048)	rab30 (ENSLCAG00010004049)	prcp (ENSLCAG00010004065)	FAM181B (ENSLCAG00010004137)	tenm4 (ENSLCAG00010004261)	nars2 (ENSLCAG00010004833)	GAB2 (ENSLCAG00010004838)	ENSLCAG00010004841 ##22	yap1 (ENSLCAG00010004848)	ENSLCAG00010004857	trpc6a (ENSLCAG00010004864)	pgr (ENSLCAG00010004876)	ARHGAP42 (ENSLCAG00010004925)	cntn5 (ENSLCAG00010005027)	FBXO40 (ENSLCAG00010005299)	ttc36 (ENSLCAG00010005304)	NECTIN1 (ENSLCAG00010005309)	ENSLCAG00010005310	TREH (ENSLCAG00010005317)	DDX6 (ENSLCAG00010005356)	CXCR5 (ENSLCAG00010005388)	bcl9l (ENSLCAG00010005392)	cdon (ENSLCAG00010005399)
Pleuronectoidei	ANCESTRAL SPECIES	35	ENSGT00940000158925	ENSGT00940000159319	ENSGT01100000263484.C.a	ENSGT00940000153997.b.a.b.c.a	ENSGT00940000168248	ENSGT00940000164751.a	ENSGT00500000044890.a.b	ENSGT00390000010352	ENSGT00940000156875	ENSGT00940000158099	ENSGT00980000198746	ENSGT00940000154730.b	ENSGT01030000234566.e.b.b.a	ENSGT01030000234618.D	ENSGT00940000157792	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00510000046760.a.ab	ENSGT00390000013786	ENSGT01060000248588.a.d.a	ENSGT00940000159713	ENSGT00940000155492.a.b	ENSGT00940000158183.d	ENSGT00950000183204.a.b	ENSGT00390000007968	ENSGT00940000156933.d.a	ENSGT00390000006949	ENSGT00900000141067	ENSGT00730000110915.a	ENSGT00940000157114	ENSGT00940000158740	ENSGT00530000063252.a.a
Turbot	MODERN SPECIES	15	LPAR6 (ENSSMAG00000002872)	RCBTB2 (ENSSMAG00000002851)	FNDC3A (ENSSMAG00000002677)	MLNR (ENSSMAG00000002647)	zgc:153184 (ENSSMAG00000031718)	ENSSMAG00000034995	guca1c (ENSSMAG00000002616)	ENSSMAG00000002606	ndufc2 (ENSSMAG00000002527)	rab30 (ENSSMAG00000002500)	prcp (ENSSMAG00000002457)	FAM181B (ENSSMAG00000002451)	tenm4 (ENSSMAG00000002017)	nars2 (ENSSMAG00000001927)	GAB2 (ENSSMAG00000001853)	ENSSMAG00000001815 ##22	ENSSMAG00000001801	ENSSMAG00000001791	TRPC6 (ENSSMAG00000001741)	pgr (ENSSMAG00000001689)	ARHGAP42 (ENSSMAG00000001545)	cntn5 (ENSSMAG00000001411)	ENSSMAG00000001383	ttc36 (ENSSMAG00000001365)	ENSSMAG00000001332	TREH (ENSSMAG00000001301)	ENSSMAG00000001253	bcl9l (ENSSMAG00000001239)	cdon (ENSSMAG00000001222)	prdm10 (ENSSMAG00000001125)	ENSSMAG00000000927
Tongue sole	MODERN SPECIES	14	ENSCSEG00000005579	LGALS4 (ENSCSEG00000005573)	AXL (ENSCSEG00000005564)	ENSCSEG00000005561	cyp2y3 (ENSCSEG00000005555)	ENSCSEG00000005551	ENSCSEG00000005549	tgfb1a (ENSCSEG00000005544)	ppp5c (ENSCSEG00000005534)	prcp (ENSCSEG00000005520)	ENSCSEG00000005516	FAM181B (ENSCSEG00000005508)	tenm4 (ENSCSEG00000005488)	nars2 (ENSCSEG00000005464)	GAB2 (ENSCSEG00000005457)	ENSCSEG00000005449 ##22	yap1 (ENSCSEG00000005445)	SYPL2 (ENSCSEG00000005437)	pax3b (ENSCSEG00000005432)	ENSCSEG00000005430	SGPP2 (ENSCSEG00000005427)	ENSCSEG00000005424	farsb (ENSCSEG00000005415)	acsl3a (ENSCSEG00000005409)	kcne4 (ENSCSEG00000005406)	ENSCSEG00000005404	AP1S3 (ENSCSEG00000005403)	dhrs12la (ENSCSEG00000005401)	wdfy1 (ENSCSEG00000005391)	serpine2 (ENSCSEG00000005386)	prss16 (ENSCSEG00000005385)
Sarcopterygii	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000010494	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000182021	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.a.b ##22	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00390000008183	ENSGT00940000157090	ENSGT00390000002932	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT01030000235247	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284
Coelacanth	MODERN SPECIES	543													CLGN (ENSLACG00000002424) ##21	SCOC (ENSLACG00000004488)	ENSLACG00000007654 ##22	MAML3 (ENSLACG00000010639) ##22	MGST2 (ENSLACG00000012359)	SETD7 (ENSLACG00000012870)	zgc:113425 (ENSLACG00000013312)	RAB33B (ENSLACG00000013571)	mlsl (ENSLACG00000013696)	NAA15 (ENSLACG00000013953)	MGARP (ENSLACG00000014636)	ELF2 (ENSLACG00000015111)	NOCT (ENSLACG00000015874)
Tetrapoda	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.a.b ##22	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00390000008183	ENSGT00940000157090	ENSGT00390000002932	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT01030000235247	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000158277	ENSGT01030000234904
Anura	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000013722	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403.i	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288.b	ENSGT00940000160288.a	ENSGT00390000004827	ENSGT00390000008183	ENSGT00940000157090	ENSGT00390000002932	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249
Leishan spiny toad	MODERN SPECIES		ENSLLEG00000003136	ENSLLEG00000003142	INPP4B (ENSLLEG00000003157)	ENSLLEG00000003221	ENSLLEG00000003230	RNF150 (ENSLLEG00000003248)	TBC1D9 (ENSLLEG00000003273)	ENSLLEG00000003329	ENSLLEG00000003334	UCP1 (ENSLLEG00000003339)	ELMOD2 (ENSLLEG00000003353)	MGAT4D (ENSLLEG00000003366)	CLGN (ENSLLEG00000003455) ##21	SCOC (ENSLLEG00000003472)	ENSLLEG00000003481	MAML3 (ENSLLEG00000003498) ##22	ENSLLEG00000003514	ENSLLEG00000003522	SETD7 (ENSLLEG00000003543)	RAB33B (ENSLLEG00000003582)	ENSLLEG00000003588	ENSLLEG00000003597	ENSLLEG00000003629	ENSLLEG00000003659	ENSLLEG00000003666	ENSLLEG00000003672	ENSLLEG00000003679	ENSLLEG00000003685	ENSLLEG00000003690	ELF2 (ENSLLEG00000003697)	NOCT (ENSLLEG00000003717)
Frog	MODERN SPECIES		usp38 (ENSXETG00000017515)	ENSXETG00000048811	inpp4b (ENSXETG00000021313)	ENSXETG00000039862	ENSXETG00000037336	il15 (ENSXETG00000031411)	znf330 (ENSXETG00000014970)	rnf150 (ENSXETG00000040133)	tbc1d9 (ENSXETG00000014933)	ucp1 (ENSXETG00000014927)	elmod2 (ENSXETG00000014925)	mgat4d (ENSXETG00000014915)	clgn (ENSXETG00000014911) ##21	scoc (ENSXETG00000040787)	ENSXETG00000042487	maml3 (ENSXETG00000016965) ##22	mgst2 (ENSXETG00000036671)	ENSXETG00000030456	setd7 (ENSXETG00000016939)	XB5734924 [provisional] (ENSXETG00000024517)	rab33b (ENSXETG00000047550)	XB5866417 [provisional] (ENSXETG00000016901)	naa15 (ENSXETG00000016900)	NDUFC1 (ENSXETG00000031514)	noct (ENSXETG00000016899)	elf2 (ENSXETG00000016896)	mgarp (ENSXETG00000003337)	slc7a11 (ENSXETG00000003335)	ENSXETG00000042656	pcdh18 (ENSXETG00000011158)	ENSXETG00000041833
Amniota	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00950000186280	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.a.b ##22	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00390000008183	ENSGT00940000157090	ENSGT00390000002932	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT01030000235247	ENSGT00440000037338	ENSGT00990000203987	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000158277
Mammalia	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00950000186280	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.a.b ##22	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00390000002932	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00990000203987	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168
Platypus	MODERN SPECIES	3	ANAPC10 (ENSOANG00000013919)	HHIP (ENSOANG00000013920)	SMARCA5 (ENSOANG00000013921)	GAB1 (ENSOANG00000013925)	USP38 (ENSOANG00000013926)	INPP4B (ENSOANG00000013164)	ENSOANG00000047662	ZNF330 (ENSOANG00000013166)	RNF150 (ENSOANG00000050448)	TBC1D9 (ENSOANG00000013540)	UCP1 (ENSOANG00000015294)	ELMOD2 (ENSOANG00000015293)	ENSOANG00000015292	CLGN (ENSOANG00000015291) ##21	ENSOANG00000051041	ENSOANG00000015289 ##22	MGST2 (ENSOANG00000015288)	SETD7 (ENSOANG00000015287)	RAB33B (ENSOANG00000036558)	ENSOANG00000008971	NAA15 (ENSOANG00000008970)	NDUFC1 (ENSOANG00000039590)	ENSOANG00000043598	ELF2 (ENSOANG00000047361)	NOCT (ENSOANG00000013761)	ENSOANG00000013762	SMARCAD1 (ENSOANG00000013764)	GRID2 (ENSOANG00000013766)	ENSOANG00000047963	CCSER1 (ENSOANG00000014947)	MMRN1 (ENSOANG00000014945)
Theria	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00950000186280	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.a.b ##22	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00390000002932	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00990000203987	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168
Eutheria	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00950000186280	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.a.b ##22	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00990000203987	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247
Boreoeutheria	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00950000186280	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00910000148499	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00990000203987	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168
Laurasiatheria	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00950000186280	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00910000148499	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00990000203987	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168
Laurasiatheria_a	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00950000186280	ENSGT00960000189829	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00910000148499	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00990000203987	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168
Artiodactyla	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00960000189829	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00910000148499	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00990000203987	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168
Suina	ANCESTRAL SPECIES	22	ENSGT00390000013722	ENSGT00940000158660	ENSGT00550000075214	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00990000203987	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284.ub	ENSGT00730000111168
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Artiodactyla_a	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00960000189829	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00910000148499	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247
Artiodactyla_b	ANCESTRAL SPECIES	16	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00960000189829	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247
Cetacea	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000158660	ENSGT00990000212162	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00950000182864.a.b.b.a.b.a.a.b	ENSGT00390000016928	ENSGT00940000156660	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.b	ENSGT00390000001670	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000158926	ENSGT00390000008787.a	ENSGT00940000156306	ENSGT00910000147694	ENSGT00390000000153.l.b.c.b.a.b	ENSGT00390000012139	ENSGT00530000063652.a.a
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Odontoceti_a	ANCESTRAL SPECIES	26	ENSGT00390000015089	ENSGT00390000013722	ENSGT00940000158660	ENSGT00990000212162	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000156589	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00950000182864.a.b.b.a.b.a.a.b	ENSGT00390000016928	ENSGT00940000156660	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.b	ENSGT00390000001670	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000158926	ENSGT00390000008787.a	ENSGT00940000156306	ENSGT00910000147694	ENSGT00390000000153.l.b.c.b.a.b	ENSGT00390000012139	ENSGT00530000063652.a.a
Odontoceti_b	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000015089	ENSGT00390000013722	ENSGT00940000158660	ENSGT00990000212162	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000156589	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00950000182864.a.b.b.a.b.a.a.b	ENSGT00390000016928	ENSGT00940000156660	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.b	ENSGT00390000001670	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000158926	ENSGT00390000008787.a	ENSGT00940000156306	ENSGT00910000147694	ENSGT00390000000153.l.b.c.b.a.b	ENSGT00390000012139	ENSGT00530000063652.a.a
Monodontidae	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000015089	ENSGT00390000013722	ENSGT00940000158660	ENSGT00990000212162	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000156589	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00950000182864.a.b.b.a.b.a.a.b	ENSGT00390000016928	ENSGT00940000156660	ENSGT00940000153169.A.b.b.a.b	ENSGT00390000001670	ENSGT00940000158625	ENSGT00940000158926	ENSGT00390000008787.a	ENSGT00940000156306	ENSGT00910000147694	ENSGT00390000000153.l.b.c.b.a.b	ENSGT00390000012139	ENSGT00530000063652.a.a
Narwhal	MODERN SPECIES	307	ENSMMNG00015016565	HHIP (ENSMMNG00015016532)	ENSMMNG00015016476	SMARCA5 (ENSMMNG00015016399)	GAB1 (ENSMMNG00015016325)	USP38 (ENSMMNG00015016230)	INPP4B (ENSMMNG00015015936)	IL15 (ENSMMNG00015015698)	ZNF330 (ENSMMNG00015015654)	RNF150 (ENSMMNG00015015631)	ENSMMNG00015013116	TBC1D9 (ENSMMNG00015013089)	ELMOD2 (ENSMMNG00015013079)	CLGN (ENSMMNG00015013069) ##21	SCOC (ENSMMNG00015013055)	MAML3 (ENSMMNG00015013033) ##22	MGST2 (ENSMMNG00015013012)	SETD7 (ENSMMNG00015012957)	PPP2R2C (ENSMMNG00015012939)	WFS1 (ENSMMNG00015012919)	SLC9B1 (ENSMMNG00015012884)	CISD2 (ENSMMNG00015012855)	ENSMMNG00015012793	MANBA (ENSMMNG00015012754)	NFKB1 (ENSMMNG00015012707)	SLC39A8 (ENSMMNG00015012676)	BANK1 (ENSMMNG00015012635)	ENSMMNG00015012617	PPP3CA (ENSMMNG00015012547)	ENSMMNG00015012516	ENSMMNG00015012507
Beluga whale	MODERN SPECIES	13												TBC1D9 (ENSDLEG00000001998)	ELMOD2 (ENSDLEG00000001956)	CLGN (ENSDLEG00000001932) ##21	SCOC (ENSDLEG00000001918)	MAML3 (ENSDLEG00000001906) ##22	MGST2 (ENSDLEG00000001895)	SETD7 (ENSDLEG00000001880)	PPP2R2C (ENSDLEG00000001869)	WFS1 (ENSDLEG00000001861)	CISD2 (ENSDLEG00000001852)	ENSDLEG00000001738	MANBA (ENSDLEG00000001605)	NFKB1 (ENSDLEG00000001502)	SLC39A8 (ENSDLEG00000001477)	BANK1 (ENSDLEG00000001450)	ENSDLEG00000001444	PPP3CA (ENSDLEG00000001417)	ENSDLEG00000001406	EMCN (ENSDLEG00000001362)	DDIT4L (ENSDLEG00000001345)
Vaquita	MODERN SPECIES	16	ABCE1 (ENSPSNG00000014453)	ENSPSNG00000014531	HHIP (ENSPSNG00000014618)	ENSPSNG00000014681	SMARCA5 (ENSPSNG00000014782)	GAB1 (ENSPSNG00000014895)	USP38 (ENSPSNG00000015085)	INPP4B (ENSPSNG00000015200)	IL15 (ENSPSNG00000015292)	ZNF330 (ENSPSNG00000015475)	RNF150 (ENSPSNG00000015526)	TBC1D9 (ENSPSNG00000015613)	ELMOD2 (ENSPSNG00000015677)	CLGN (ENSPSNG00000015754) ##21	SCOC (ENSPSNG00000015865)	MAML3 (ENSPSNG00000016048) ##22	ENSPSNG00000016125	ENSPSNG00000016177	SETD7 (ENSPSNG00000016301)	PPP2R2C (ENSPSNG00000016392)	WFS1 (ENSPSNG00000016467)	CISD2 (ENSPSNG00000016497)	ENSPSNG00000016573	MANBA (ENSPSNG00000016760)	NFKB1 (ENSPSNG00000016882)	SLC39A8 (ENSPSNG00000017173)	BANK1 (ENSPSNG00000017240)	PPP3CA (ENSPSNG00000017541)	ENSPSNG00000017663	EMCN (ENSPSNG00000017732)	DDIT4L (ENSPSNG00000018061)
Dolphin	MODERN SPECIES	2967																MAML3 (ENSTTRG00000000674) ##22	MGST2 (ENSTTRG00000000673)
Sperm whale	MODERN SPECIES	18	HHIP (ENSPCTG00005001627)	ENSPCTG00005001593	SMARCA5 (ENSPCTG00005001535)	GAB1 (ENSPCTG00005001490)	USP38 (ENSPCTG00005001450)	INPP4B (ENSPCTG00005001389)	IL15 (ENSPCTG00005001318)	ZNF330 (ENSPCTG00005001281)	RNF150 (ENSPCTG00005001237)	TBC1D9 (ENSPCTG00005001153)	ENSPCTG00005001118	ELMOD2 (ENSPCTG00005001098)	CLGN (ENSPCTG00005001074) ##21	ENSPCTG00005001047	ENSPCTG00005001027	MAML3 (ENSPCTG00005001012) ##22	ENSPCTG00005000996	ENSPCTG00005000987	SETD7 (ENSPCTG00005000966)	PPP2R2C (ENSPCTG00005000935)	WFS1 (ENSPCTG00005000923)	CISD2 (ENSPCTG00005000912)	UBE2D3 (ENSPCTG00005000874)	MANBA (ENSPCTG00005000794)	NFKB1 (ENSPCTG00005000726)	SLC39A8 (ENSPCTG00005000697)	BANK1 (ENSPCTG00005000621)	ENSPCTG00005000582	PPP3CA (ENSPCTG00005000512)	ENSPCTG00005000476	EMCN (ENSPCTG00005000427)
Blue whale	MODERN SPECIES	16	SMARCA5 (ENSBMSG00010002485)	GAB1 (ENSBMSG00010002430)	USP38 (ENSBMSG00010002350)	ENSBMSG00010002305	INPP4B (ENSBMSG00010002249)	IL15 (ENSBMSG00010002198)	ENSBMSG00010002175	ZNF330 (ENSBMSG00010002166)	RNF150 (ENSBMSG00010002115)	TBC1D9 (ENSBMSG00010002068)	ELMOD2 (ENSBMSG00010002040)	MGAT4D (ENSBMSG00010001980)	CLGN (ENSBMSG00010001947) ##21	SCOC (ENSBMSG00010001913)	ENSBMSG00010001855	MAML3 (ENSBMSG00010001847) ##22	MGST2 (ENSBMSG00010001835)	SETD7 (ENSBMSG00010001824)	PPP2R2C (ENSBMSG00010001796)	WFS1 (ENSBMSG00010001770)	SLC9B1 (ENSBMSG00010001740)	CISD2 (ENSBMSG00010001715)	ENSBMSG00010001687	MANBA (ENSBMSG00010001654)	NFKB1 (ENSBMSG00010001621)	SLC39A8 (ENSBMSG00010001600)	ENSBMSG00010001588	BANK1 (ENSBMSG00010001543)	PPP3CA (ENSBMSG00010001488)	ENSBMSG00010001448	ENSBMSG00010001432
Pecora	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00960000189829	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT01030000234904	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168
Percora_a	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00950000186340	ENSGT00940000158403	ENSGT00960000189829	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00960000186868	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000173115	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT01030000234904	ENSGT00940000158277
Bovidae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00950000186340	ENSGT00940000158403	ENSGT00960000189829	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00960000186868	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000173115	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT01030000234904	ENSGT00940000158277
Caprinae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00950000186340	ENSGT00940000158403	ENSGT00960000189829	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565.t	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000173115	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT01030000234904	ENSGT00950000182802.A.ab.b.b.a
Goat	DUPLICATION
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Goat	MODERN SPECIES	8	ENSCHIG00000013730	GAB1 (ENSCHIG00000024669)	USP38 (ENSCHIG00000023190)	INPP4B (ENSCHIG00000019789)	IL15 (ENSCHIG00000024482)	ENSCHIG00000017067	ZNF330 (ENSCHIG00000009128)	RNF150 (ENSCHIG00000025485)	TBC1D9 (ENSCHIG00000012014)	UCP1 (ENSCHIG00000011037)	ELMOD2 (ENSCHIG00000010724)	MGAT4D (ENSCHIG00000015716)	CLGN (ENSCHIG00000015205) ##21	SCOC (ENSCHIG00000024222)	ENSCHIG00000024566 ##22	ENSCHIG00000010711 ##22	MGST2 (ENSCHIG00000013345)	SETD7 (ENSCHIG00000009525)	RAB33B (ENSCHIG00000020393)	NAA15 (ENSCHIG00000022044)	ENSCHIG00000016164	MGARP (ENSCHIG00000019441)	ELF2 (ENSCHIG00000018436)	NOCT (ENSCHIG00000023612)	SLC7A11 (ENSCHIG00000002069)	PCDH18 (ENSCHIG00000010752)	ENSCHIG00000012321	ENSCHIG00000009956	PABPC4L (ENSCHIG00000007231)	ENSCHIG00000023086	PCDH10 (ENSCHIG00000014618)
Rambouillet Sheep	MODERN SPECIES	8	ENSOARG00020010806	USP38 (ENSOARG00020010864)	ENSOARG00020011060	INPP4B (ENSOARG00020011132)	IL15 (ENSOARG00020011892)	ENSOARG00020012074	ZNF330 (ENSOARG00020012126)	RNF150 (ENSOARG00020012195)	TBC1D9 (ENSOARG00020012430)	UCP1 (ENSOARG00020012680)	ELMOD2 (ENSOARG00020012799)	ENSOARG00020012870	MGAT4D (ENSOARG00020012924)	CLGN (ENSOARG00020013338) ##21	SCOC (ENSOARG00020013497)	MAML3 (ENSOARG00020013668) ##22	MGST2 (ENSOARG00020013746)	SETD7 (ENSOARG00020013837)	RAB33B (ENSOARG00020013960)	NAA15 (ENSOARG00020014002)	ENSOARG00020014432	MGARP (ENSOARG00020014474)	ELF2 (ENSOARG00020014570)	NOCT (ENSOARG00020015245)	ENSOARG00020015305	SLC7A11 (ENSOARG00020015377)	PCDH18 (ENSOARG00020016062)	ENSOARG00020016275	ENSOARG00020016313	PABPC4L (ENSOARG00020016347)	PCDH10 (ENSOARG00020016452)
Bovinae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000156801	ENSGT00950000186340	ENSGT00940000158403	ENSGT00960000189829	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043.k	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828.g.a	ENSGT00390000008828.h	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00960000186868	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565.v	ENSGT00390000002565.u.a	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00390000007640.b.d.b	ENSGT00940000163344	ENSGT01030000234904
Bos	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00970000194377.a	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00950000186340	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587.e	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043.k	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828.g.b	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00960000186868	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565.v	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.b.a.b.a.a.b.b.a	ENSGT00390000002565.u.a	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00390000007640.b.d.b	ENSGT00940000163344
Bos_a	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00950000186340	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587.e	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043.k	ENSGT00390000017043.l.b	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828.g.a	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00960000186868	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565.v	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.b.a.b.a.a.b.b.a	ENSGT00390000002565.u.a	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00390000007640.b.d.b	ENSGT00940000163344
Domestic yak	MODERN SPECIES	7	USP38 (ENSBGRG00000020903)	INPP4B (ENSBGRG00000020985)	ENSBGRG00000021418	IL15 (ENSBGRG00000021437)	ENSBGRG00000021569	ENSBGRG00000021593	ENSBGRG00000021644	RNF150 (ENSBGRG00000021671)	TBC1D9 (ENSBGRG00000021876)	UCP1 (ENSBGRG00000021984)	ELMOD2 (ENSBGRG00000022015)	MGAT4D (ENSBGRG00000022069)	CLGN (ENSBGRG00000022178) ##21	ENSBGRG00000022257	ENSBGRG00000022403	MAML3 (ENSBGRG00000022425) ##22	ENSBGRG00000022464	MGST2 (ENSBGRG00000022483)	SETD7 (ENSBGRG00000022543)	ENSBGRG00000022639	NAA15 (ENSBGRG00000022725)	ENSBGRG00000003696	ENSBGRG00000003713	ENSBGRG00000003729	ELF2 (ENSBGRG00000003822)	NOCT (ENSBGRG00000004313)	SLC7A11 (ENSBGRG00000004375)	ENSBGRG00000004441	PCDH18 (ENSBGRG00000004464)	ENSBGRG00000004537	PABPC4L (ENSBGRG00000004569)
Wild yak	MODERN SPECIES	757											UCP1 (ENSBMUG00000011219)	ELMOD2 (ENSBMUG00000011241)	MGAT4D (ENSBMUG00000011313)	CLGN (ENSBMUG00000011334) ##21	ENSBMUG00000011372	MAML3 (ENSBMUG00000011393) ##22	MGST2 (ENSBMUG00000011404)	ENSBMUG00000011414	SETD7 (ENSBMUG00000011467)	RAB33B (ENSBMUG00000011485)	NAA15 (ENSBMUG00000011551)	ENSBMUG00000011575	ENSBMUG00000011603	ELF2 (ENSBMUG00000011706)	NOCT (ENSBMUG00000011792)	ENSBMUG00000011802	ENSBMUG00000011813	SLC7A11 (ENSBMUG00000011834)
Bos_b	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00970000194377.a	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00950000186340	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587.e	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043.k	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828.g.b	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00960000186868	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565.v	ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.b.a.b.a.a.b.b.a	ENSGT00390000002565.u.a	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00390000007640.b.d.b	ENSGT00940000163344
Hybrid Bos Indicus	MODERN SPECIES	8	ENSBIXG00005009006	USP38 (ENSBIXG00005000366)	ENSBIXG00005009053	ENSBIXG00005009069	INPP4B (ENSBIXG00005006091)	IL15 (ENSBIXG00005000406)	ENSBIXG00005000423	RNF150 (ENSBIXG00005009250)	TBC1D9 (ENSBIXG00005009304)	UCP1 (ENSBIXG00005009326)	ELMOD2 (ENSBIXG00005009346)	MGAT4D (ENSBIXG00005009367)	CLGN (ENSBIXG00005009427) ##21	ENSBIXG00005009516	ENSBIXG00005009545	MAML3 (ENSBIXG00005009559) ##22	ENSBIXG00005009592	MGST2 (ENSBIXG00005009641)	SETD7 (ENSBIXG00005009691)	RAB33B (ENSBIXG00005007415)	NAA15 (ENSBIXG00005009758)	ENSBIXG00005009777	ENSBIXG00005009802	ENSBIXG00005009817	ELF2 (ENSBIXG00005009855)	NOCT (ENSBIXG00005009863)	SLC7A11 (ENSBIXG00005009909)	PCDH18 (ENSBIXG00005009956)	ENSBIXG00005000726	ENSBIXG00005010001	PABPC4L (ENSBIXG00005010020)
Cow	MODERN SPECIES	8	GYPB (ENSBTAG00000047331)	SMARCA5 (ENSBTAG00000003399)	GAB1 (ENSBTAG00000002813)	ENSBTAG00000052695	USP38 (ENSBTAG00000001356)	INPP4B (ENSBTAG00000014111)	IL15 (ENSBTAG00000018200)	ZNF330 (ENSBTAG00000000297)	RNF150 (ENSBTAG00000049010)	TBC1D9 (ENSBTAG00000018951)	UCP1 (ENSBTAG00000004647)	ELMOD2 (ENSBTAG00000014007)	MGAT4D (ENSBTAG00000034281)	CLGN (ENSBTAG00000001580) ##21	SCOC (ENSBTAG00000022109)	MAML3 (ENSBTAG00000011373) ##22	MGST2 (ENSBTAG00000021779)	ENSBTAG00000049381	SETD7 (ENSBTAG00000003581)	RAB33B (ENSBTAG00000003208)	NAA15 (ENSBTAG00000004745)	NDUFC1 (ENSBTAG00000039582)	MGARP (ENSBTAG00000002599)	ENSBTAG00000015811	ELF2 (ENSBTAG00000020594)	NOCT (ENSBTAG00000005998)	ENSBTAG00000055067	SLC7A11 (ENSBTAG00000034075)	PCDH18 (ENSBTAG00000015549)	ENSBTAG00000023895	ENSBTAG00000033967
American bison	MODERN SPECIES	3364							IL15 (ENSBBBG00000002172)	ENSBBBG00000002177	RNF150 (ENSBBBG00000002181)	TBC1D9 (ENSBBBG00000011787)	UCP1 (ENSBBBG00000011805)	ELMOD2 (ENSBBBG00000011812)	MGAT4D (ENSBBBG00000006983)	CLGN (ENSBBBG00000011857) ##21	ENSBBBG00000002212	MAML3 (ENSBBBG00000011888) ##22	ENSBBBG00000011891	MGST2 (ENSBBBG00000011906)	ENSBBBG00000002220	RAB33B (ENSBBBG00000011910)	NAA15 (ENSBBBG00000011936)	ENSBBBG00000011947	MGARP (ENSBBBG00000011955)	ELF2 (ENSBBBG00000002239)	NOCT (ENSBBBG00000011983)	ENSBBBG00000011986	ENSBBBG00000011991	SLC7A11 (ENSBBBG00000002250)	PCDH18 (ENSBBBG00000012018)	ENSBBBG00000012025	ENSBBBG00000012028
Siberian musk deer	MODERN SPECIES	198	ENSMMSG00000002473	GAB1 (ENSMMSG00000002392)	ENSMMSG00000002368	USP38 (ENSMMSG00000002337)	INPP4B (ENSMMSG00000002208)	IL15 (ENSMMSG00000002153)	ZNF330 (ENSMMSG00000002124)	ENSMMSG00000002114	RNF150 (ENSMMSG00000002074)	TBC1D9 (ENSMMSG00000002010)	UCP1 (ENSMMSG00000001989)	ELMOD2 (ENSMMSG00000001964)	MGAT4D (ENSMMSG00000001904)	CLGN (ENSMMSG00000001862) ##21	SCOC (ENSMMSG00000001826)	MAML3 (ENSMMSG00000001791) ##22	ENSMMSG00000001780	MGST2 (ENSMMSG00000001761)	SETD7 (ENSMMSG00000001737)	RAB33B (ENSMMSG00000001721)	NAA15 (ENSMMSG00000001555)	ENSMMSG00000001503	MGARP (ENSMMSG00000001480)	ELF2 (ENSMMSG00000001389)	NOCT (ENSMMSG00000001359)	ENSMMSG00000001349	SLC7A11 (ENSMMSG00000001334)	PCDH18 (ENSMMSG00000001298)	ENSMMSG00000001278	ENSMMSG00000001260	ENSMMSG00000001248
Yarkand deer	MODERN SPECIES	28	ENSCHYG00000000861	USP38 (ENSCHYG00000000822)	ENSCHYG00000000800	INPP4B (ENSCHYG00000000675)	ENSCHYG00000000643	IL15 (ENSCHYG00000000606)	ZNF330 (ENSCHYG00000000564)	RNF150 (ENSCHYG00000000469)	TBC1D9 (ENSCHYG00000000347)	UCP1 (ENSCHYG00000000315)	ENSCHYG00000000307	ELMOD2 (ENSCHYG00000000281)	MGAT4D (ENSCHYG00000000222)	CLGN (ENSCHYG00000000178) ##21	ENSCHYG00000000146	MAML3 (ENSCHYG00000000075) ##22	MGST2 (ENSCHYG00000000058)	ENSCHYG00000004005	SETD7 (ENSCHYG00000003984)	RAB33B (ENSCHYG00000003973)	NAA15 (ENSCHYG00000003925)	ENSCHYG00000003904	ENSCHYG00000003891	ENSCHYG00000003881	ELF2 (ENSCHYG00000003820)	NOCT (ENSCHYG00000003790)	ENSCHYG00000003782	ENSCHYG00000003775	SLC7A11 (ENSCHYG00000003749)	ENSCHYG00000003723	PCDH18 (ENSCHYG00000003685)
Camelidae	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00950000185087	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00910000148499	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247
Arabian camel	MODERN SPECIES	11	ENSCDRG00005000246	GAB1 (ENSCDRG00005000265)	USP38 (ENSCDRG00005000298)	ENSCDRG00005000327	INPP4B (ENSCDRG00005000441)	IL15 (ENSCDRG00005000841)	ZNF330 (ENSCDRG00005000859)	RNF150 (ENSCDRG00005000887)	TBC1D9 (ENSCDRG00005000929)	ENSCDRG00005001035	UCP1 (ENSCDRG00005001056)	ELMOD2 (ENSCDRG00005001082)	MGAT4D (ENSCDRG00005001126)	CLGN (ENSCDRG00005001251) ##21	SCOC (ENSCDRG00005001274)	MAML3 (ENSCDRG00005001298) ##22	MGST2 (ENSCDRG00005001316)	SETD7 (ENSCDRG00005001339)	RAB33B (ENSCDRG00005001374)	NAA15 (ENSCDRG00005001394)	NDUFC1 (ENSCDRG00005001444)	MGARP (ENSCDRG00005001454)	ELF2 (ENSCDRG00005001499)	NOCT (ENSCDRG00005001577)	SLC7A11 (ENSCDRG00005001594)	ENSCDRG00005001616	PCDH18 (ENSCDRG00005001630)	PABPC4L (ENSCDRG00005001675)	PCDH10 (ENSCDRG00005001687)	ENSCDRG00005001708	SCLT1 (ENSCDRG00005001764)
Alpaca	MODERN SPECIES	3048																MAML3 (ENSVPAG00000005210) ##22	MGST2 (ENSVPAG00000005209)
Laurasiatheria_b	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00950000186280	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00990000203987	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168
Laurasiatheria_c	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00950000186280	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00990000203987	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168
Chiroptera	ANCESTRAL SPECIES	36	ENSGT00390000013722	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247
Microchiroptera	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00390000013722	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247
Greater horseshoe bat	MODERN SPECIES	9	ENSRFEG00010014311	SMARCA5 (ENSRFEG00010014236)	GAB1 (ENSRFEG00010014081)	ENSRFEG00010014017	USP38 (ENSRFEG00010013936)	INPP4B (ENSRFEG00010013805)	IL15 (ENSRFEG00010013629)	ZNF330 (ENSRFEG00010013528)	RNF150 (ENSRFEG00010013446)	TBC1D9 (ENSRFEG00010013080)	UCP1 (ENSRFEG00010013035)	ELMOD2 (ENSRFEG00010012962)	MGAT4D (ENSRFEG00010012579)	ENSRFEG00010012509	SCOC (ENSRFEG00010012423)	MAML3 (ENSRFEG00010012335) ##22	MGST2 (ENSRFEG00010012252)	SETD7 (ENSRFEG00010012204)	RAB33B (ENSRFEG00010012186)	NAA15 (ENSRFEG00010012093)	ENSRFEG00010012050	MGARP (ENSRFEG00010012025)	ELF2 (ENSRFEG00010011844)	NOCT (ENSRFEG00010011804)	SLC7A11 (ENSRFEG00010011764)	PCDH18 (ENSRFEG00010011541)	ENSRFEG00010011499	PABPC4L (ENSRFEG00010011483)	PCDH10 (ENSRFEG00010011383)	C4orf33 (ENSRFEG00010011306)	SCLT1 (ENSRFEG00010011176)
Microbat	MODERN SPECIES	938	GAB1 (ENSMLUG00000000457)	ENSMLUG00000029899	USP38 (ENSMLUG00000013423)	ENSMLUG00000027792	ENSMLUG00000017627	IL15 (ENSMLUG00000007618)	ZNF330 (ENSMLUG00000009684)	RNF150 (ENSMLUG00000009658)	ENSMLUG00000029642	TBC1D9 (ENSMLUG00000009598)	UCP1 (ENSMLUG00000009574)	ELMOD2 (ENSMLUG00000009559)	MGAT4D (ENSMLUG00000009542)	CLGN (ENSMLUG00000014092) ##21	SCOC (ENSMLUG00000014087)	MAML3 (ENSMLUG00000008845) ##22	MGST2 (ENSMLUG00000008833)	SETD7 (ENSMLUG00000008810)	RAB33B (ENSMLUG00000006803)	NAA15 (ENSMLUG00000009086)	NDUFC1 (ENSMLUG00000009082)	MGARP (ENSMLUG00000009067)	ELF2 (ENSMLUG00000009034)	NOCT (ENSMLUG00000009023)	ENSMLUG00000022677	SLC7A11 (ENSMLUG00000008864)	ENSMLUG00000027616	PCDH18 (ENSMLUG00000015992)	PABPC4L (ENSMLUG00000008254)	PCDH10 (ENSMLUG00000012385)	ENSMLUG00000012525
Megabat	MODERN SPECIES	3509																MAML3 (ENSPVAG00000008931) ##22	MGST2 (ENSPVAG00000008929)
Equus	ANCESTRAL SPECIES	24	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00950000186280	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288.d	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00990000203987	ENSGT01090000263219.E	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT01090000263420	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277
Donkey	MODERN SPECIES	22	ENSEASG00005027902	SMARCA5 (ENSEASG00005001866)	GAB1 (ENSEASG00005005314)	USP38 (ENSEASG00005005319)	INPP4B (ENSEASG00005007803)	ENSEASG00005007814	IL15 (ENSEASG00005036963)	ZNF330 (ENSEASG00005007822)	RNF150 (ENSEASG00005007830)	TBC1D9 (ENSEASG00005007836)	UCP1 (ENSEASG00005007842)	ELMOD2 (ENSEASG00005007845)	MGAT4D (ENSEASG00005007849)	CLGN (ENSEASG00005007852) ##21	ENSEASG00005033815	MAML3 (ENSEASG00005007858) ##22	ENSEASG00005007860	SETD7 (ENSEASG00005007862)	RAB33B (ENSEASG00005036241)	ENSEASG00005007866	NAA15 (ENSEASG00005007865)	MGARP (ENSEASG00005025467)	ELF2 (ENSEASG00005007869)	ENSEASG00005037750	NOCT (ENSEASG00005035151)	SLC7A11 (ENSEASG00005007875)	PCDH18 (ENSEASG00005007879)	ENSEASG00005007882	PABPC4L (ENSEASG00005007883)	ENSEASG00005027026	PCDH10 (ENSEASG00005007887)
Horse	MODERN SPECIES	11	ENSECAG00000059675	USP38 (ENSECAG00000009333)	ENSECAG00000054413	INPP4B (ENSECAG00000010327)	IL15 (ENSECAG00000014406)	ZNF330 (ENSECAG00000014441)	RNF150 (ENSECAG00000015385)	ENSECAG00000049272	TBC1D9 (ENSECAG00000015440)	UCP1 (ENSECAG00000026962)	ELMOD2 (ENSECAG00000017466)	MGAT4D (ENSECAG00000017651)	CLGN (ENSECAG00000017686) ##21	ENSECAG00000047277 ##21	ENSECAG00000030092	MAML3 (ENSECAG00000019137) ##22	MGST2 (ENSECAG00000019195)	SETD7 (ENSECAG00000019219)	RAB33B (ENSECAG00000019611)	NAA15 (ENSECAG00000019842)	NDUFC1 (ENSECAG00000021948)	MGARP (ENSECAG00000022062)	ENSECAG00000049285	ENSECAG00000045220	ELF2 (ENSECAG00000022077)	NOCT (ENSECAG00000022676)	SLC7A11 (ENSECAG00000022696)	PCDH18 (ENSECAG00000022715)	ENSECAG00000044629	PABPC4L (ENSECAG00000031416)	ENSECAG00000023024
Carnivora	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00550000075214	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00990000203987	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168
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Caniformia	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00550000075214	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00990000203987	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168
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Dingo	MODERN SPECIES	120	GAB1 (ENSCAFG00020021176)	USP38 (ENSCAFG00020021169)	ENSCAFG00020021166	INPP4B (ENSCAFG00020020999)	IL15 (ENSCAFG00020020943)	ENSCAFG00020020939	ZNF330 (ENSCAFG00020020936)	RNF150 (ENSCAFG00020020931)	TBC1D9 (ENSCAFG00020020922)	UCP1 (ENSCAFG00020020904)	ELMOD2 (ENSCAFG00020020899)	MGAT4D (ENSCAFG00020020893)	CLGN (ENSCAFG00020020884) ##21	ENSCAFG00020020881	ENSCAFG00020020879	ENSCAFG00020020876 ##22	MGST2 (ENSCAFG00020020869)	SETD7 (ENSCAFG00020020866)	RAB33B (ENSCAFG00020020861)	NAA15 (ENSCAFG00020020850)	ENSCAFG00020020841	MGARP (ENSCAFG00020020837)	ENSCAFG00020020830	ELF2 (ENSCAFG00020020827)	NOCT (ENSCAFG00020020824)	SLC7A11 (ENSCAFG00020020741)	ENSCAFG00020020736	PCDH18 (ENSCAFG00020020721)
Red fox	MODERN SPECIES	153					INPP4B (ENSVVUG00000020925)	IL15 (ENSVVUG00000021347)	ENSVVUG00000021352	ZNF330 (ENSVVUG00000021354)	RNF150 (ENSVVUG00000021359)	TBC1D9 (ENSVVUG00000021364)	UCP1 (ENSVVUG00000021376)	ELMOD2 (ENSVVUG00000021382)	MGAT4D (ENSVVUG00000021390)	CLGN (ENSVVUG00000021399) ##21	ENSVVUG00000021420	ENSVVUG00000021428 ##22	MGST2 (ENSVVUG00000021431)	SETD7 (ENSVVUG00000021437)	RAB33B (ENSVVUG00000021440)	NAA15 (ENSVVUG00000021442)	ENSVVUG00000021447	ELF2 (ENSVVUG00000021452)	NOCT (ENSVVUG00000021461)	ENSVVUG00000021476	ENSVVUG00000021478	ENSVVUG00000021484	SLC7A11 (ENSVVUG00000021487)	ENSVVUG00000021488	PCDH18 (ENSVVUG00000021489)
Caniformia_b	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00550000075214	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00990000203987	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168
Ursidae	ANCESTRAL SPECIES	17	ENSGT00550000075214	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00990000203987	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168
Giant Panda	MODERN SPECIES	15	ENSAMEG00000024386	FREM3 (ENSAMEG00000016565)	SMARCA5 (ENSAMEG00000009585)	GAB1 (ENSAMEG00000009676)	USP38 (ENSAMEG00000009698)	INPP4B (ENSAMEG00000008050)	IL15 (ENSAMEG00000008060)	ZNF330 (ENSAMEG00000002960)	RNF150 (ENSAMEG00000002953)	TBC1D9 (ENSAMEG00000002883)	UCP1 (ENSAMEG00000002869)	ELMOD2 (ENSAMEG00000002850)	MGAT4D (ENSAMEG00000029626)	CLGN (ENSAMEG00000010915) ##21	ENSAMEG00000010957	MAML3 (ENSAMEG00000010963) ##22	MGST2 (ENSAMEG00000010971)	SETD7 (ENSAMEG00000010974)	RAB33B (ENSAMEG00000025425)	NAA15 (ENSAMEG00000010988)	ENSAMEG00000031523	ENSAMEG00000024797	ELF2 (ENSAMEG00000011046)	NOCT (ENSAMEG00000011061)	SLC7A11 (ENSAMEG00000011069)	PCDH18 (ENSAMEG00000012184)	PABPC4L (ENSAMEG00000020099)	PCDH10 (ENSAMEG00000025868)	C4orf33 (ENSAMEG00000010572)	SCLT1 (ENSAMEG00000010566)	JADE1 (ENSAMEG00000010542)
Ursus	ANCESTRAL SPECIES	68	ENSGT00940000158660	ENSGT00550000075214	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00990000203987	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324
American black bear	MODERN SPECIES	1080																ENSUAMG00000022664 ##22	MGST2 (ENSUAMG00000022665)	SETD7 (ENSUAMG00000022666)	RAB33B (ENSUAMG00000022667)	ENSUAMG00000022668
Mustelinae	ANCESTRAL SPECIES	156						ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000168673
American mink	MODERN SPECIES	137								ZNF330 (ENSNVIG00000019588)	RNF150 (ENSNVIG00000019611)	TBC1D9 (ENSNVIG00000019647)	UCP1 (ENSNVIG00000019689)	ELMD2 (ENSNVIG00000019717)	MGAT4D (ENSNVIG00000019734)	CLGN (ENSNVIG00000019812) ##21	SCOC (ENSNVIG00000019861)	MAML3 (ENSNVIG00000019910) ##22	MGST2 (ENSNVIG00000019923)	SETD7 (ENSNVIG00000019944)	ENSNVIG00000019980	NAA15 (ENSNVIG00000020001)	NDUC1 (ENSNVIG00000020086)	MGARP (ENSNVIG00000020115)	ELF2 (ENSNVIG00000020145)	NOCT (ENSNVIG00000020230)	SLC7A11 (ENSNVIG00000020236)	PCDH18 (ENSNVIG00000020261)
Ferret	MODERN SPECIES	297						INPP4B (ENSMPUG00000016095)	IL15 (ENSMPUG00000016096)	ENSMPUG00000016097	ZNF330 (ENSMPUG00000016098)	RNF150 (ENSMPUG00000016100)	TBC1D9 (ENSMPUG00000016101)	UCP1 (ENSMPUG00000016103)	ELMOD2 (ENSMPUG00000016104)	CLGN (ENSMPUG00000016105) ##21	SCOC (ENSMPUG00000016119)	MAML3 (ENSMPUG00000016122) ##22	MGST2 (ENSMPUG00000016123)	SETD7 (ENSMPUG00000016124)	RAB33B (ENSMPUG00000016125)	NAA15 (ENSMPUG00000016126)	NDUFC1 (ENSMPUG00000016130)	MGARP (ENSMPUG00000016132)	ELF2 (ENSMPUG00000016135)	NOCT (ENSMPUG00000016137)	ENSMPUG00000016138	SLC7A11 (ENSMPUG00000016147)	PCDH18 (ENSMPUG00000016149)	ENSMPUG00000016152	ENSMPUG00000016155
Euarchontoglires	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00950000186280	ENSGT00960000189829	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00910000148499	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00990000203987	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168
Primates	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00910000148499	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247
Strepsirrhini	ANCESTRAL SPECIES	32	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00910000148499	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247
Bushbaby	MODERN SPECIES	156	FREM3 (ENSOGAG00000030589)	SMARCA5 (ENSOGAG00000009702)	GAB1 (ENSOGAG00000003737)	USP38 (ENSOGAG00000003985)	ENSOGAG00000031567	ENSOGAG00000011094	IL15 (ENSOGAG00000011090)	ZNF330 (ENSOGAG00000011993)	RNF150 (ENSOGAG00000006816)	ENSOGAG00000027660	TBC1D9 (ENSOGAG00000006809)	UCP1 (ENSOGAG00000006807)	ELMOD2 (ENSOGAG00000006803)	CLGN (ENSOGAG00000012402) ##21	SCOC (ENSOGAG00000026414)	MAML3 (ENSOGAG00000033459) ##22	MGST2 (ENSOGAG00000006051)	SETD7 (ENSOGAG00000012216)	RAB33B (ENSOGAG00000006778)	NAA15 (ENSOGAG00000010139)	NDUFC1 (ENSOGAG00000008402)	MGARP (ENSOGAG00000002013)
Lemuriformes	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00910000148499	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247
Mouse lemur	MODERN SPECIES	5	SMARCA5 (ENSMICG00000003971)	GAB1 (ENSMICG00000009956)	USP38 (ENSMICG00000035652)	INPP4B (ENSMICG00000006762)	IL15 (ENSMICG00000003154)	ZNF330 (ENSMICG00000027897)	ENSMICG00000044516	RNF150 (ENSMICG00000009057)	TBC1D9 (ENSMICG00000009012)	ENSMICG00000034102	UCP1 (ENSMICG00000008999)	ELMOD2 (ENSMICG00000030808)	MGAT4D (ENSMICG00000003973)	CLGN (ENSMICG00000007083) ##21	SCOC (ENSMICG00000007077)	MAML3 (ENSMICG00000033333) ##22	MGST2 (ENSMICG00000007060)	SETD7 (ENSMICG00000007056)	RAB33B (ENSMICG00000034809)	NAA15 (ENSMICG00000014119)	NDUFC1 (ENSMICG00000043951)	MGARP (ENSMICG00000030509)	ELF2 (ENSMICG00000005810)	NOCT (ENSMICG00000046478)	SLC7A11 (ENSMICG00000005805)	PCDH18 (ENSMICG00000027527)	PABPC4L (ENSMICG00000029683)	PCDH10 (ENSMICG00000008070)	ENSMICG00000047477	C4orf33 (ENSMICG00000042663)	SCLT1 (ENSMICG00000017457)
Lemuriformes_a	ANCESTRAL SPECIES	61	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00910000148499	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00390000017890.fb.b	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295
Coquerels sifaka	MODERN SPECIES	92								ENSPCOG00000024152	ENSPCOG00000018162	TBC1D9 (ENSPCOG00000022369)	UCP1 (ENSPCOG00000020219)	ELMOD2 (ENSPCOG00000019207)	MGAT4D (ENSPCOG00000017123)	CLGN (ENSPCOG00000013430) ##21	ENSPCOG00000009673	MAML3 (ENSPCOG00000020317) ##22	MGST2 (ENSPCOG00000026886)	SETD7 (ENSPCOG00000018357)	RAB33B (ENSPCOG00000014314)	NAA15 (ENSPCOG00000026962)	NDUFC1 (ENSPCOG00000002891)	MGARP (ENSPCOG00000020598)	ENSPCOG00000017597	ELF2 (ENSPCOG00000016141)	NOCT (ENSPCOG00000013805)	SLC7A11 (ENSPCOG00000026918)	PCDH18 (ENSPCOG00000027193)
Greater bamboo lemur	DUPLICATION
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	1295															ENSPSMG00000023815 ##22	ENSPSMG00000023818 ##22	MGST2 (ENSPSMG00000023823)	SETD7 (ENSPSMG00000023843)	RAB33B (ENSPSMG00000023852)	NAA15 (ENSPSMG00000023890)	NDUFC1 (ENSPSMG00000023905)	MGARP (ENSPSMG00000000683)	ELF2 (ENSPSMG00000000797)	ENSPSMG00000000915	NOCT (ENSPSMG00000000919)	ENSPSMG00000000927	SLC7A11 (ENSPSMG00000001000)	PCDH18 (ENSPSMG00000001093)
Greater bamboo lemur	MODERN SPECIES	1295																ENSPSMG00000023815 ##22	ENSPSMG00000023818 ##22	MGST2 (ENSPSMG00000023823)	SETD7 (ENSPSMG00000023843)	RAB33B (ENSPSMG00000023852)	NAA15 (ENSPSMG00000023890)	NDUFC1 (ENSPSMG00000023905)	MGARP (ENSPSMG00000000683)	ELF2 (ENSPSMG00000000797)	ENSPSMG00000000915	NOCT (ENSPSMG00000000919)	ENSPSMG00000000927	SLC7A11 (ENSPSMG00000001000)	PCDH18 (ENSPSMG00000001093)
Haplorrhini	ANCESTRAL SPECIES	20	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00910000148499	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247
Tarsier	MODERN SPECIES	4290																MAML3 (ENSTSYG00000000604) ##22	MGST2 (ENSTSYG00000034504)
Simiiformes	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00910000148499	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00910000146867	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00910000147956	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284
Catarrhini	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00910000148499	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00390000007888.c.b.g.b	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00910000146867	ENSGT00390000004827	ENSGT00910000147140	ENSGT00940000157090	ENSGT00910000147956	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277
Cercopithecidae	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00910000148499	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00390000007888.c.b.g.b	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00910000146867	ENSGT00390000004827	ENSGT00910000147140	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249.a	ENSGT00940000165807	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284
Cercopithecinae	ANCESTRAL SPECIES	14	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00910000148499	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00390000007888.c.b.g.b	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00910000146867	ENSGT00390000004827	ENSGT00910000147140	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249.a	ENSGT00940000165807	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284
Cercopithecinae_a	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00390000003582.f.c	ENSGT00940000157878	ENSGT00910000148499	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00390000007888.c.b.g.b	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00910000146867	ENSGT00390000004827	ENSGT00910000147140	ENSGT00940000157090	ENSGT00960000187632.b.b	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249.a	ENSGT00940000165807	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000158277
Macaca	ANCESTRAL SPECIES	18	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00390000003582.f.c	ENSGT00940000157878	ENSGT00910000148499	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00910000146867	ENSGT00390000004827	ENSGT00910000147140	ENSGT00940000157090	ENSGT00960000187632.b.b	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249.a	ENSGT00940000165807	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000158277
Pig-tailed macaque	MODERN SPECIES	201	SMARCA5 (ENSMNEG00000031916)	GAB1 (ENSMNEG00000032328)	USP38 (ENSMNEG00000034149)	INPP4B (ENSMNEG00000033774)	IL15 (ENSMNEG00000040041)	ZNF330 (ENSMNEG00000034157)	RNF150 (ENSMNEG00000042816)	ENSMNEG00000036378	TBC1D9 (ENSMNEG00000041392)	ENSMNEG00000037749	UCP1 (ENSMNEG00000034442)	ELMOD2 (ENSMNEG00000000643)	MGAT4D (ENSMNEG00000031956)	CLGN (ENSMNEG00000026848) ##21	SCOC (ENSMNEG00000045271)	MAML3 (ENSMNEG00000040179) ##22	MGST2 (ENSMNEG00000035368)	ENSMNEG00000040819	SETD7 (ENSMNEG00000043802)	RAB33B (ENSMNEG00000024756)	ENSMNEG00000017460	NAA15 (ENSMNEG00000040674)	NDUFC1 (ENSMNEG00000041905)	MGARP (ENSMNEG00000033215)	ELF2 (ENSMNEG00000040596)	ENSMNEG00000042407	ENSMNEG00000039485	SLC7A11 (ENSMNEG00000033891)	PCDH18 (ENSMNEG00000044945)
Macaca_a	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00390000003582.e.c.c.b	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00910000146867	ENSGT00390000004827	ENSGT00910000147140	ENSGT00940000157090	ENSGT00960000187632.b.b.a	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00940000163505.a.a.a.b.a.b.b.a.a.b.b.a.b.a.b.a.a	ENSGT00440000037338	ENSGT01100000263493.b.a.a.a.b.a.a	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249.a	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT01100000263543.a.g.b.b.b.a.b.a.a.b.b.b.b
Crab-eating macaque	MODERN SPECIES	15	USP38 (ENSMFAG00000031506)	ENSMFAG00000048249	INPP4B (ENSMFAG00000004754)	IL15 (ENSMFAG00000043515)	ZNF330 (ENSMFAG00000030809)	RNF150 (ENSMFAG00000041541)	ENSMFAG00000051743	TBC1D9 (ENSMFAG00000046063)	UCP1 (ENSMFAG00000043786)	ELMOD2 (ENSMFAG00000046408)	ENSMFAG00000052917	MGAT4D (ENSMFAG00000036899)	CLGN (ENSMFAG00000044499) ##21	ENSMFAG00000001579	ENSMFAG00000058013	MAML3 (ENSMFAG00000044421) ##22	MGST2 (ENSMFAG00000046340)	ENSMFAG00000045326	SETD7 (ENSMFAG00000002176)	ENSMFAG00000061141	ENSMFAG00000057880	RAB33B (ENSMFAG00000003290)	ENSMFAG00000052710	NAA15 (ENSMFAG00000041929)	ENSMFAG00000053715	MGARP (ENSMFAG00000044238)	ENSMFAG00000065417	ELF2 (ENSMFAG00000042627)	NOCT (ENSMFAG00000002713)	ENSMFAG00000049791	SLC7A11 (ENSMFAG00000037696)
Rhesus	MODERN SPECIES	15	SMARCA5 (ENSMMUG00000000829)	GAB1 (ENSMMUG00000000828)	USP38 (ENSMMUG00000000827)	INPP4B (ENSMMUG00000003697)	IL15 (ENSMMUG00000019092)	ZNF330 (ENSMMUG00000060157)	RNF150 (ENSMMUG00000010444)	ENSMMUG00000054844	TBC1D9 (ENSMMUG00000015246)	UCP1 (ENSMMUG00000015244)	ELMOD2 (ENSMMUG00000015242)	MGAT4D (ENSMMUG00000030139)	CLGN (ENSMMUG00000022355) ##21	ENSMMUG00000053045	ENSMMUG00000063075	MAML3 (ENSMMUG00000021998) ##22	MGST2 (ENSMMUG00000021999)	SETD7 (ENSMMUG00000001841)	RAB33B (ENSMMUG00000020692)	ENSMMUG00000056921	ENSMMUG00000057349	ENSMMUG00000062408	NAA15 (ENSMMUG00000018184)	ENSMMUG00000053146	MGARP (ENSMMUG00000004196)	ENSMMUG00000051902	ELF2 (ENSMMUG00000004984)	NOCT (ENSMMUG00000004983)	ENSMMUG00000051502	ENSMMUG00000051665	ENSMMUG00000058171
Cercopithecinae_b	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00390000003582.f.c	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00390000007888.c.b.g.b	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00910000146867	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00960000187632.b.b	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249.a	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168
Olive baboon	MODERN SPECIES	13	SMARCA5 (ENSPANG00000001175)	GAB1 (ENSPANG00000009676)	USP38 (ENSPANG00000008197)	INPP4B (ENSPANG00000009842)	IL15 (ENSPANG00000009677)	ZNF330 (ENSPANG00000039505)	RNF150 (ENSPANG00000009678)	ENSPANG00000030921	TBC1D9 (ENSPANG00000016781)	UCP1 (ENSPANG00000019036)	ELMOD2 (ENSPANG00000022482)	MGAT4D (ENSPANG00000021633)	CLGN (ENSPANG00000012438) ##21	SCOC (ENSPANG00000033516)	ENSPANG00000047009	MAML3 (ENSPANG00000023379) ##22	MGST2 (ENSPANG00000012875)	ENSPANG00000032140	SETD7 (ENSPANG00000012876)	RAB33B (ENSPANG00000014740)	ENSPANG00000043263	NAA15 (ENSPANG00000020525)	NDUFC1 (ENSPANG00000017811)	MGARP (ENSPANG00000006628)	ENSPANG00000043163	ELF2 (ENSPANG00000006144)	NOCT (ENSPANG00000038607)	ENSPANG00000045459	ENSPANG00000043069	ENSPANG00000038957	ENSPANG00000042292
Cercopithecinae_d	ANCESTRAL SPECIES	21	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00390000003582.f.c	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00390000007888.c.b.g.b	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00910000146867	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00910000148819	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249.a	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295
Drill	MODERN SPECIES	928										UCP1 (ENSMLEG00000030341)	ELMOD2 (ENSMLEG00000041855)	MGAT4D (ENSMLEG00000032769)	CLGN (ENSMLEG00000017930) ##21	SCOC (ENSMLEG00000036415)	ENSMLEG00000041147	MAML3 (ENSMLEG00000043712) ##22	MGST2 (ENSMLEG00000039730)	ENSMLEG00000039825	SETD7 (ENSMLEG00000032636)	RAB33B (ENSMLEG00000033393)	NAA15 (ENSMLEG00000027970)	ENSMLEG00000006279	NDUFC1 (ENSMLEG00000041831)	MGARP (ENSMLEG00000015920)	ELF2 (ENSMLEG00000030858)	ENSMLEG00000040699	SLC7A11 (ENSMLEG00000041464)	PCDH18 (ENSMLEG00000020718)
Sooty mangabey	MODERN SPECIES	575	SMARCA5 (ENSCATG00000044917)	GAB1 (ENSCATG00000018732)	USP38 (ENSCATG00000040394)	INPP4B (ENSCATG00000042835)	IL15 (ENSCATG00000042052)	ZNF330 (ENSCATG00000035879)	RNF150 (ENSCATG00000036670)	ENSCATG00000033922	TBC1D9 (ENSCATG00000027992)	UCP1 (ENSCATG00000039147)	ELMOD2 (ENSCATG00000028878)	MGAT4D (ENSCATG00000030864)	CLGN (ENSCATG00000034016) ##21	SCOC (ENSCATG00000045036)	ENSCATG00000035949	MAML3 (ENSCATG00000029477) ##22	MGST2 (ENSCATG00000044814)	ENSCATG00000014453	SETD7 (ENSCATG00000030383)	RAB33B (ENSCATG00000007092)	NAA15 (ENSCATG00000005537)	ENSCATG00000016532	NDUFC1 (ENSCATG00000042092)	MGARP (ENSCATG00000038439)	ELF2 (ENSCATG00000032126)	ENSCATG00000041737	SLC7A11 (ENSCATG00000029245)	PCDH18 (ENSCATG00000038954)	ENSCATG00000041744
Vervet Monkey	MODERN SPECIES	26	HHIP (ENSCSAG00000003439)	ENSCSAG00000003442	FREM3 (ENSCSAG00000003444)	SMARCA5 (ENSCSAG00000003448)	GAB1 (ENSCSAG00000003452)	USP38 (ENSCSAG00000003455)	INPP4B (ENSCSAG00000003489)	IL15 (ENSCSAG00000003496)	ZNF330 (ENSCSAG00000003500)	ENSCSAG00000000390	TBC1D9 (ENSCSAG00000003505)	UCP1 (ENSCSAG00000003508)	ELMOD2 (ENSCSAG00000003509)	MGAT4D (ENSCSAG00000003516)	CLGN (ENSCSAG00000003520) ##21	MAML3 (ENSCSAG00000003524) ##22	MGST2 (ENSCSAG00000003527)	SETD7 (ENSCSAG00000003529)	RAB33B (ENSCSAG00000003531)	NAA15 (ENSCSAG00000003534)	NDUFC1 (ENSCSAG00000003539)	MGARP (ENSCSAG00000003540)	ELF2 (ENSCSAG00000003542)	NOCT (ENSCSAG00000003545)	SLC7A11 (ENSCSAG00000003547)	PCDH18 (ENSCSAG00000003551)	PCDH10 (ENSCSAG00000003553)	ENSCSAG00000000391	C4orf33 (ENSCSAG00000003555)	SCLT1 (ENSCSAG00000003559)	JADE1 (ENSCSAG00000003562)
Rhinopithecus	ANCESTRAL SPECIES	223					ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00390000002615.p	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00390000007888.c.b.g.b	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00910000146867	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249.a	ENSGT00940000162527	ENSGT00940000165807	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295
Golden snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	2857												MGAT4D (ENSRROG00000042389)	CLGN (ENSRROG00000027041) ##21	SCOC (ENSRROG00000038575)	ENSRROG00000043258	MAML3 (ENSRROG00000039542) ##22	MGST2 (ENSRROG00000028330)	ENSRROG00000023844	SETD7 (ENSRROG00000042746)	RAB33B (ENSRROG00000033951)	NAA15 (ENSRROG00000000220)	NDUFC1 (ENSRROG00000024598)	MGARP (ENSRROG00000021795)	ELF2 (ENSRROG00000031259)	ENSRROG00000032107
Black snub-nosed monkey	MODERN SPECIES	458								TBC1D9 (ENSRBIG00000041207)	ENSRBIG00000035989	UCP1 (ENSRBIG00000042098)	ENSRBIG00000008819	MGAT4D (ENSRBIG00000044984)	CLGN (ENSRBIG00000036319) ##21	SCOC (ENSRBIG00000032344)	ENSRBIG00000029802	MAML3 (ENSRBIG00000031955) ##22	MGST2 (ENSRBIG00000030111)	ENSRBIG00000036487	ENSRBIG00000036345	SAMD4A (ENSRBIG00000043506)	GCH1 (ENSRBIG00000030302)	WDHD1 (ENSRBIG00000036687)	SOCS4 (ENSRBIG00000020372)	MAPK1IP1L (ENSRBIG00000024081)	ENSRBIG00000004712	ENSRBIG00000041453	DLGAP5 (ENSRBIG00000036589)	ENSRBIG00000013868	ENSRBIG00000032278	FBXO34 (ENSRBIG00000030413)	ATG14 (ENSRBIG00000034331)
Hominoidea	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00390000007888.c.b.g.b	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00910000146867	ENSGT00390000004827	ENSGT00910000147140.b	ENSGT00940000157090	ENSGT00910000147956	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277
Gibbon	MODERN SPECIES	22	FREM3 (ENSNLEG00000005425)	SMARCA5 (ENSNLEG00000005383)	GAB1 (ENSNLEG00000005366)	USP38 (ENSNLEG00000005343)	INPP4B (ENSNLEG00000005284)	IL15 (ENSNLEG00000005257)	ZNF330 (ENSNLEG00000033135)	RNF150 (ENSNLEG00000005230)	TBC1D9 (ENSNLEG00000005185)	UCP1 (ENSNLEG00000005170)	ELMOD2 (ENSNLEG00000005149)	CLGN (ENSNLEG00000005101) ##21	ENSNLEG00000033539	ENSNLEG00000028161	ENSNLEG00000034591	MAML3 (ENSNLEG00000005077) ##22	ENSNLEG00000029158	MGST2 (ENSNLEG00000005071)	ENSNLEG00000028291	ENSNLEG00000027961	SETD7 (ENSNLEG00000033550)	RAB33B (ENSNLEG00000032616)	ENSNLEG00000034955	RTCB (ENSNLEG00000004960)	BPIFC (ENSNLEG00000004931)	FBXO7 (ENSNLEG00000004862)	TIMP3 (ENSNLEG00000004812)	SYN3 (ENSNLEG00000004854)	ENSNLEG00000004807	RFPL2 (ENSNLEG00000004795)	ENSNLEG00000018922
Hominidae	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00390000007888.c.b.g.b	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00910000146867	ENSGT00390000004827	ENSGT00910000147140.b	ENSGT00940000157090	ENSGT00910000147956	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277
Orangutan	MODERN SPECIES	17	ENSPPYG00000015094	FREM3 (ENSPPYG00000015093)	SMARCA5 (ENSPPYG00000015091)	GAB1 (ENSPPYG00000015090)	USP38 (ENSPPYG00000015088)	INPP4B (ENSPPYG00000015086)	IL15 (ENSPPYG00000015085)	ZNF330 (ENSPPYG00000015084)	RNF150 (ENSPPYG00000015083)	TBC1D9 (ENSPPYG00000015082)	UCP1 (ENSPPYG00000015081)	ELMOD2 (ENSPPYG00000015080)	MGAT4D (ENSPPYG00000015079)	CLGN (ENSPPYG00000015078) ##21	ENSPPYG00000033334	MAML3 (ENSPPYG00000015075) ##22	MGST2 (ENSPPYG00000015074)	ENSPPYG00000038857	SETD7 (ENSPPYG00000015073)	RAB33B (ENSPPYG00000015072)	ENSPPYG00000035439	NAA15 (ENSPPYG00000015071)	NDUFC1 (ENSPPYG00000015070)	MGARP (ENSPPYG00000015069)	ELF2 (ENSPPYG00000015068)	NOCT (ENSPPYG00000033593)	ENSPPYG00000041202	SLC7A11 (ENSPPYG00000015066)	PCDH18 (ENSPPYG00000015065)	ENSPPYG00000033312	PABPC4L (ENSPPYG00000034327)
Homo/Pan/Gorilla group	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00390000007888.c.b.g.b	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00910000146867	ENSGT00390000004827	ENSGT00910000147140.b	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00550000074784.a.b	ENSGT00940000155268.f.a	ENSGT00940000163344
Homo/Pan group	ANCESTRAL SPECIES	10	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00390000007888.c.b.g.b	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00910000146867	ENSGT00390000004827	ENSGT00910000147140.b	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284
Pan	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00390000007888.c.b.g.b	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00910000146867	ENSGT00390000004827	ENSGT00910000147140.b	ENSGT00940000157090	ENSGT00910000147956	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT01020000234452	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00390000014100.d	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00550000074784.a.b
Chimpanzee	MODERN SPECIES	17	SMARCA5 (ENSPTRG00000016472)	ENSPTRG00000044130	GAB1 (ENSPTRG00000016471)	USP38 (ENSPTRG00000016470)	INPP4B (ENSPTRG00000016469)	IL15 (ENSPTRG00000016467)	ZNF330 (ENSPTRG00000016466)	RNF150 (ENSPTRG00000016465)	TBC1D9 (ENSPTRG00000016464)	UCP1 (ENSPTRG00000016463)	ELMOD2 (ENSPTRG00000016462)	MGAT4D (ENSPTRG00000031089)	CLGN (ENSPTRG00000049174) ##21	ENSPTRG00000045152	SCOC (ENSPTRG00000016460)	MAML3 (ENSPTRG00000016459) ##22	MGST2 (ENSPTRG00000016457)	ENSPTRG00000051753	ENSPTRG00000043112	SETD7 (ENSPTRG00000039601)	RAB33B (ENSPTRG00000016455)	ENSPTRG00000050062	ENSPTRG00000051600	NAA15 (ENSPTRG00000016453)	NDUFC1 (ENSPTRG00000046657)	MGARP (ENSPTRG00000049739)	ELF2 (ENSPTRG00000016449)	NOCT (ENSPTRG00000016448)	ENSPTRG00000044688	SLC7A11 (ENSPTRG00000016446)	PCDH18 (ENSPTRG00000024162)
Bonobo	MODERN SPECIES	17	ENSPPAG00000039385	GAB1 (ENSPPAG00000039393)	USP38 (ENSPPAG00000041444)	INPP4B (ENSPPAG00000042739)	ENSPPAG00000041816	IL15 (ENSPPAG00000043501)	ZNF330 (ENSPPAG00000040018)	RNF150 (ENSPPAG00000032316)	TBC1D9 (ENSPPAG00000029993)	UCP1 (ENSPPAG00000027664)	ELMOD2 (ENSPPAG00000042771)	MGAT4D (ENSPPAG00000036062)	CLGN (ENSPPAG00000040396) ##21	ENSPPAG00000033463	ENSPPAG00000042997	MAML3 (ENSPPAG00000002376) ##22	MGST2 (ENSPPAG00000034504)	ENSPPAG00000013101	ENSPPAG00000040472	SETD7 (ENSPPAG00000027000)	RAB33B (ENSPPAG00000043376)	ENSPPAG00000043084	ENSPPAG00000042826	NAA15 (ENSPPAG00000034447)	ENSPPAG00000037033	MGARP (ENSPPAG00000040248)	ENSPPAG00000037896	ELF2 (ENSPPAG00000016962)	NOCT (ENSPPAG00000042856)	ENSPPAG00000003317	ENSPPAG00000027209
Human	MODERN SPECIES	16	GYPE (ENSG00000197465)	FREM3 (ENSG00000183090)	SMARCA5 (ENSG00000153147)	GAB1 (ENSG00000109458)	USP38 (ENSG00000170185)	INPP4B (ENSG00000109452)	IL15 (ENSG00000164136)	ZNF330 (ENSG00000109445)	RNF150 (ENSG00000170153)	TBC1D9 (ENSG00000109436)	UCP1 (ENSG00000109424)	ELMOD2 (ENSG00000179387)	MGAT4D (ENSG00000205301)	CLGN (ENSG00000153132) ##21	SCOC (ENSG00000153130)	MAML3 (ENSG00000196782) ##22	MGST2 (ENSG00000085871)	SETD7 (ENSG00000145391)	RAB33B (ENSG00000172007)	NAA15 (ENSG00000164134)	NDUFC1 (ENSG00000109390)	MGARP (ENSG00000137463)	ELF2 (ENSG00000109381)	NOCT (ENSG00000151014)	SLC7A11 (ENSG00000151012)	PCDH18 (ENSG00000189184)	PABPC4L (ENSG00000254535)	PCDH10 (ENSG00000138650)	C4orf33 (ENSG00000151470)	SCLT1 (ENSG00000151466)	JADE1 (ENSG00000077684)
Gorilla	MODERN SPECIES	17	GYPA (ENSGGOG00000015552)	FREM3 (ENSGGOG00000008352)	SMARCA5 (ENSGGOG00000012595)	GAB1 (ENSGGOG00000000020)	USP38 (ENSGGOG00000002044)	INPP4B (ENSGGOG00000027193)	IL15 (ENSGGOG00000011285)	ZNF330 (ENSGGOG00000006078)	RNF150 (ENSGGOG00000023601)	TBC1D9 (ENSGGOG00000006878)	UCP1 (ENSGGOG00000023085)	ELMOD2 (ENSGGOG00000024299)	MGAT4D (ENSGGOG00000027687)	CLGN (ENSGGOG00000006153) ##21	ENSGGOG00000028186	ENSGGOG00000010453 ##22	MGST2 (ENSGGOG00000004989)	ENSGGOG00000040366	ENSGGOG00000044183	SETD7 (ENSGGOG00000011774)	ENSGGOG00000036447	RAB33B (ENSGGOG00000040896)	ENSGGOG00000039173	ENSGGOG00000039619	NAA15 (ENSGGOG00000008676)	NDUFC1 (ENSGGOG00000004832)	ELF2 (ENSGGOG00000015963)	NOCT (ENSGGOG00000028610)	ENSGGOG00000043067	ENSGGOG00000039359	SLC7A11 (ENSGGOG00000005762)
Platyrrhini	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00830000128422.b	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00910000146867	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00910000147956	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284
Mas night monkey	MODERN SPECIES	467								ZNF330 (ENSANAG00000033634)	RNF150 (ENSANAG00000028559)	TBC1D9 (ENSANAG00000024972)	UCP1 (ENSANAG00000029189)	ELMOD2 (ENSANAG00000022200)	ENSANAG00000037293	CLGN (ENSANAG00000032298) ##21	SCOC (ENSANAG00000032422)	MAML3 (ENSANAG00000036227) ##22	MGST2 (ENSANAG00000030191)	ENSANAG00000024657	SETD7 (ENSANAG00000025192)	RAB33B (ENSANAG00000027700)	ENSANAG00000027372	NAA15 (ENSANAG00000035444)	ENSANAG00000002172	NDUFC1 (ENSANAG00000026650)	ENSANAG00000024745	MGARP (ENSANAG00000027485)	ELF2 (ENSANAG00000028170)	NOCT (ENSANAG00000009701)	SLC7A11 (ENSANAG00000034963)	ENSANAG00000022395	PCDH18 (ENSANAG00000032148)
Cebidae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00830000128422.b	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00910000146867	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247
Marmoset	MODERN SPECIES	15	USP38 (ENSCJAG00000002831)	ENSCJAG00000071544	ENSCJAG00000080009	INPP4B (ENSCJAG00000002842)	ENSCJAG00000065977	IL15 (ENSCJAG00000002909)	ENSCJAG00000069761	ZNF330 (ENSCJAG00000002931)	RNF150 (ENSCJAG00000002960)	TBC1D9 (ENSCJAG00000002968)	UCP1 (ENSCJAG00000003017)	ELMOD2 (ENSCJAG00000003032)	ENSCJAG00000039765	CLGN (ENSCJAG00000003045) ##21	ENSCJAG00000039536	MAML3 (ENSCJAG00000003065) ##22	MGST2 (ENSCJAG00000003073)	ENSCJAG00000040564	ENSCJAG00000075463	SETD7 (ENSCJAG00000003081)	RAB33B (ENSCJAG00000067266)	ENSCJAG00000085317	ENSCJAG00000044687	ENSCJAG00000070849	NAA15 (ENSCJAG00000003095)	NDUFC1 (ENSCJAG00000041850)	MGARP (ENSCJAG00000079335)	ELF2 (ENSCJAG00000003174)	ENSCJAG00000077628	ENSCJAG00000074176	NOCT (ENSCJAG00000003158)
Cebidae_a	ANCESTRAL SPECIES	49	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00830000128422.b	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00910000146867	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295
Bolivian squirrel monkey	MODERN SPECIES	68	FREM3 (ENSSBOG00000024738)	SMARCA5 (ENSSBOG00000036257)	GAB1 (ENSSBOG00000036042)	USP38 (ENSSBOG00000029166)	ENSSBOG00000029349	INPP4B (ENSSBOG00000026274)	IL15 (ENSSBOG00000023289)	ZNF330 (ENSSBOG00000033260)	RNF150 (ENSSBOG00000021561)	TBC1D9 (ENSSBOG00000033747)	UCP1 (ENSSBOG00000026412)	ELMOD2 (ENSSBOG00000021628)	MGAT4D (ENSSBOG00000028510)	CLGN (ENSSBOG00000030802) ##21	SCOC (ENSSBOG00000029458)	MAML3 (ENSSBOG00000035958) ##22	MGST2 (ENSSBOG00000022825)	ENSSBOG00000028958	SETD7 (ENSSBOG00000001707)	RAB33B (ENSSBOG00000028836)	NAA15 (ENSSBOG00000028600)	NDUFC1 (ENSSBOG00000020283)	MGARP (ENSSBOG00000032681)
Capuchin	MODERN SPECIES	4	ENSCCAG00000017579	USP38 (ENSCCAG00000036444)	ENSCCAG00000031159	ENSCCAG00000017228	INPP4B (ENSCCAG00000036276)	IL15 (ENSCCAG00000034837)	ZNF330 (ENSCCAG00000028900)	RNF150 (ENSCCAG00000020786)	TBC1D9 (ENSCCAG00000032177)	UCP1 (ENSCCAG00000037986)	ELMOD2 (ENSCCAG00000028648)	MGAT4D (ENSCCAG00000030185)	CLGN (ENSCCAG00000019261) ##21	SCOC (ENSCCAG00000037302)	ENSCCAG00000020402	ENSCCAG00000031104 ##22	RBFOX1 (ENSCCAG00000023031)	TMEM114 (ENSCCAG00000026039)	METTL22 (ENSCCAG00000036160)	ABAT (ENSCCAG00000032977)	TMEM186 (ENSCCAG00000025271)	PMM2 (ENSCCAG00000022972)	CARHSP1 (ENSCCAG00000029624)	LITAFD (ENSCCAG00000023273)	USP7 (ENSCCAG00000036839)	C16orf72 (ENSCCAG00000037304)	ENSCCAG00000031093	GRIN2A (ENSCCAG00000022916)	ATF7IP2 (ENSCCAG00000030196)	EMP2 (ENSCCAG00000028003)	TEKT5 (ENSCCAG00000022416)
Euarchontoglires_A	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00950000186280	ENSGT00960000189829	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00910000148499	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00990000203987	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168
Tree shrew	MODERN SPECIES	5741																MAML3 (ENSTBEG00000003690) ##22	MGST2 (ENSTBEG00000003267)
Glires	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00950000186280	ENSGT00960000189829	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00910000148499	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00990000203987	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168
Lagomorpha	ANCESTRAL SPECIES	69	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324
Rabbit	MODERN SPECIES	6	USP38 (ENSOCUG00000011524)	ENSOCUG00000033027	INPP4B (ENSOCUG00000005896)	ENSOCUG00000036398	IL15 (ENSOCUG00000008827)	ENSOCUG00000038390	ZNF330 (ENSOCUG00000014580)	RNF150 (ENSOCUG00000013467)	TBC1D9 (ENSOCUG00000005559)	UCP1 (ENSOCUG00000002297)	ELMOD2 (ENSOCUG00000006810)	MGAT4D (ENSOCUG00000006809)	CLGN (ENSOCUG00000006597) ##21	ENSOCUG00000006591	ENSOCUG00000023227	MAML3 (ENSOCUG00000009376) ##22	ENSOCUG00000009370	SETD7 (ENSOCUG00000009367)	NAA15 (ENSOCUG00000017331)	NDUFC1 (ENSOCUG00000004419)	MGARP (ENSOCUG00000006499)	ELF2 (ENSOCUG00000003711)	NOCT (ENSOCUG00000005465)	SLC7A11 (ENSOCUG00000001662)	ENSOCUG00000002051	ENSOCUG00000009004	PCDH18 (ENSOCUG00000009057)	ENSOCUG00000032687	ENSOCUG00000026992	ENSOCUG00000030197	ENSOCUG00000035926
Pika	MODERN SPECIES	1939																ENSOPRG00000009412 ##22	ENSOPRG00000009398	ENSOPRG00000009378
Rodentia	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00950000186280	ENSGT00960000189829	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00910000148499	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00990000203987	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168
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Sciuridae	ANCESTRAL SPECIES	38	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00910000148499	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324.d	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247
Marmotini	ANCESTRAL SPECIES	45	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00910000148499	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324.d	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247
Marmotini_b	ANCESTRAL SPECIES	115	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00910000148499	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828.bb.a.b	ENSGT00390000008828.bb.a.a	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324.d	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277
Arctic ground squirrel	MODERN SPECIES	43					INPP4B (ENSUPAG00010011818)	IL15 (ENSUPAG00010012021)	ZNF330 (ENSUPAG00010012039)	RNF150 (ENSUPAG00010012043)	TBC1D9 (ENSUPAG00010012079)	ENSUPAG00010012123	UCP1 (ENSUPAG00010012125)	ELMOD2 (ENSUPAG00010012136)	MGAT4D (ENSUPAG00010012143)	CLGN (ENSUPAG00010012156) ##21	ENSUPAG00010012174	MAML3 (ENSUPAG00010012184) ##22	MGST2 (ENSUPAG00010012193)	SETD7 (ENSUPAG00010012201)	RAB33B (ENSUPAG00010012211)	NAA15 (ENSUPAG00010012214)	ENSUPAG00010012276	MGARP (ENSUPAG00010012289)	ELF2 (ENSUPAG00010012300)	NOCT (ENSUPAG00010012453)	SLC7A11 (ENSUPAG00010012469)	PCDH18 (ENSUPAG00010012505)	PABPC4L (ENSUPAG00010012516)	PCDH10 (ENSUPAG00010012531)
Squirrel	MODERN SPECIES	135	HHIP (ENSSTOG00000006708)	FREM3 (ENSSTOG00000026754)	SMARCA5 (ENSSTOG00000010683)	GAB1 (ENSSTOG00000027891)	USP38 (ENSSTOG00000025902)	INPP4B (ENSSTOG00000005582)	IL15 (ENSSTOG00000005776)	ZNF330 (ENSSTOG00000002498)	RNF150 (ENSSTOG00000029908)	TBC1D9 (ENSSTOG00000001453)	UCP1 (ENSSTOG00000003104)	ELMOD2 (ENSSTOG00000022401)	MGAT4D (ENSSTOG00000030895)	CLGN (ENSSTOG00000003055) ##21	ENSSTOG00000028529	MAML3 (ENSSTOG00000004454) ##22	MGST2 (ENSSTOG00000004437)	SETD7 (ENSSTOG00000004420)	RAB33B (ENSSTOG00000027511)	NAA15 (ENSSTOG00000015163)	NDUFC1 (ENSSTOG00000023590)	MGARP (ENSSTOG00000025833)	ELF2 (ENSSTOG00000025317)	NOCT (ENSSTOG00000014818)	SLC7A11 (ENSSTOG00000009749)
Alpin marmot	MODERN SPECIES	5	MAP3K2 (ENSMMMG00000020508)	ERCC3 (ENSMMMG00000020488)	CYP27C1 (ENSMMMG00000020475)	BIN1 (ENSMMMG00000020348)	ENSMMMG00000020311	ENSMMMG00000020302	ENSMMMG00000020240	ENSMMMG00000020207	TSN (ENSMMMG00000020190)	ENSMMMG00000020184	CLASP1 (ENSMMMG00000015185)	TFCP2L1 (ENSMMMG00000015130)	GLI2 (ENSMMMG00000015099)	ENSMMMG00000015084 ##21	SCOC (ENSMMMG00000015060)	MAML3 (ENSMMMG00000015052) ##22	MGST2 (ENSMMMG00000015033)	SETD7 (ENSMMMG00000015001)	RAB33B (ENSMMMG00000014993)	NAA15 (ENSMMMG00000014966)	NDUFC1 (ENSMMMG00000014960)	MGARP (ENSMMMG00000014954)	ELF2 (ENSMMMG00000014882)	NOCT (ENSMMMG00000014877)	SLC7A11 (ENSMMMG00000014855)	PCDH18 (ENSMMMG00000014826)	ENSMMMG00000014811	ENSMMMG00000014781	PABPC4L (ENSMMMG00000014776)	PCDH10 (ENSMMMG00000014721)	ENSMMMG00000014709
Eurasian red squirrel	MODERN SPECIES	18	ENSSVLG00005008869	FREM3 (ENSSVLG00005008764)	SMARCA5 (ENSSVLG00005008713)	GAB1 (ENSSVLG00005008645)	USP38 (ENSSVLG00005008534)	INPP4B (ENSSVLG00005008272)	IL15 (ENSSVLG00005008140)	ZNF330 (ENSSVLG00005008101)	RNF150 (ENSSVLG00005007968)	TBC1D9 (ENSSVLG00005007825)	UCP1 (ENSSVLG00005007755)	ELMOD2 (ENSSVLG00005007698)	MGAT4D (ENSSVLG00005007541)	CLGN (ENSSVLG00005007446) ##21	SCOC (ENSSVLG00005007378)	MAML3 (ENSSVLG00005007329) ##22	SETD7 (ENSSVLG00005007262)	RAB33B (ENSSVLG00005007228)	NAA15 (ENSSVLG00005007200)	NDUFC1 (ENSSVLG00005007177)	MGARP (ENSSVLG00005007132)	ENSSVLG00005007043	NOCT (ENSSVLG00005007008)	SLC7A11 (ENSSVLG00005006943)	ENSSVLG00005006915	PCDH18 (ENSSVLG00005006821)	PABPC4L (ENSSVLG00005006805)	PCDH10 (ENSSVLG00005006755)	ENSSVLG00005006725	ENSSVLG00005006687	C4orf33 (ENSSVLG00005006644)
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Hystricomorpha_a	ANCESTRAL SPECIES	34	ENSGT00390000009908	ENSGT00520000060562	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b.d	ENSGT00940000155201.n	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247	ENSGT00940000159744
Hystricomorpha_b	ANCESTRAL SPECIES	75	ENSGT00390000009908	ENSGT00520000060562	ENSGT00940000156063	ENSGT00940000154978	ENSGT00390000011932	ENSGT00940000160339	ENSGT00390000008611	ENSGT01100000263512.a.a.b.d	ENSGT00940000155201.n	ENSGT00940000158472	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247	ENSGT00940000159744
Long-tailed chinchilla	MODERN SPECIES	135	MMAA (ENSCLAG00000005007)	C4orf51 (ENSCLAG00000005155)	ZNF827 (ENSCLAG00000005326)	ENSCLAG00000005495	SLC10A7 (ENSCLAG00000005576)	POU4F2 (ENSCLAG00000004187)	TTC29 (ENSCLAG00000004530)	EDNRA (ENSCLAG00000005819)	TMEM184C (ENSCLAG00000006100)	PRMT9 (ENSCLAG00000006351)	UCP1 (ENSCLAG00000007517)	ELMOD2 (ENSCLAG00000008217)	MGAT4D (ENSCLAG00000006558)	CLGN (ENSCLAG00000007242) ##21	SCOC (ENSCLAG00000006150)	MAML3 (ENSCLAG00000004669) ##22	MGST2 (ENSCLAG00000005175)	SETD7 (ENSCLAG00000005370)	RAB33B (ENSCLAG00000003133)	NAA15 (ENSCLAG00000003865)	NDUFC1 (ENSCLAG00000004430)	ELF2 (ENSCLAG00000007485)	NOCT (ENSCLAG00000003384)	SLC7A11 (ENSCLAG00000004373)	PCDH18 (ENSCLAG00000005219)	PABPC4L (ENSCLAG00000017628)	PCDH10 (ENSCLAG00000005145)	ENSCLAG00000003063	C4orf33 (ENSCLAG00000003605)	SCLT1 (ENSCLAG00000003786)	JADE1 (ENSCLAG00000003659)
Degu	MODERN SPECIES	221							EDNRA (ENSODEG00000002616)	TMEM184C (ENSODEG00000002628)	PRMT9 (ENSODEG00000002652)	ENSODEG00000018807	UCP1 (ENSODEG00000002693)	ELMOD2 (ENSODEG00000002719)	MGAT4D (ENSODEG00000002754)	CLGN (ENSODEG00000002785) ##21	SCOC (ENSODEG00000002813)	MAML3 (ENSODEG00000002854) ##22	MGST2 (ENSODEG00000002892)	SETD7 (ENSODEG00000002938)	RAB33B (ENSODEG00000002979)	NAA15 (ENSODEG00000003007)	NDUFC1 (ENSODEG00000003018)	ENSODEG00000003035	NOCT (ENSODEG00000003057)	ENSODEG00000003088	ENSODEG00000004079	SLC7A11 (ENSODEG00000004109)	PCDH18 (ENSODEG00000004124)	ENSODEG00000019032
Guinea pig	MODERN SPECIES	7	SMAD1 (ENSCPOG00000009073)	MMAA (ENSCPOG00000004149)	ZNF827 (ENSCPOG00000009087)	LSM6 (ENSCPOG00000032655)	SLC10A7 (ENSCPOG00000015391)	POU4F2 (ENSCPOG00000013770)	TTC29 (ENSCPOG00000007443)	ENSCPOG00000040663	EDNRA (ENSCPOG00000004559)	TMEM184C (ENSCPOG00000009210)	PRMT9 (ENSCPOG00000009218)	UCP1 (ENSCPOG00000001969)	ELMOD2 (ENSCPOG00000036772)	CLGN (ENSCPOG00000006963) ##21	SCOC (ENSCPOG00000032760)	ENSCPOG00000001624 ##22	MGST2 (ENSCPOG00000027305)	SETD7 (ENSCPOG00000039921)	RAB33B (ENSCPOG00000030742)	NAA15 (ENSCPOG00000013184)	NDUFC1 (ENSCPOG00000040190)	ELF2 (ENSCPOG00000009449)	NOCT (ENSCPOG00000003827)	SLC7A11 (ENSCPOG00000013036)	PCDH18 (ENSCPOG00000003047)	PABPC4L (ENSCPOG00000033167)	PCDH10 (ENSCPOG00000031544)	C4orf33 (ENSCPOG00000034978)	SCLT1 (ENSCPOG00000002258)	JADE1 (ENSCPOG00000002256)	PGRMC2 (ENSCPOG00000027001)
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Rodentia_B	ANCESTRAL SPECIES	30	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00960000189829	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247
Kangaroo rat	MODERN SPECIES	438	ENSDORG00000016690	Hhip (ENSDORG00000016419)	Smarca5 (ENSDORG00000003466)	Gab1 (ENSDORG00000015902)	Usp38 (ENSDORG00000004940)	ENSDORG00000023817	Inpp4b (ENSDORG00000014154)	Il15 (ENSDORG00000014153)	Zfp330 (ENSDORG00000010322)	Rnf150 (ENSDORG00000012239)	Tbc1d9 (ENSDORG00000001961)	Ucp1 (ENSDORG00000001952)	Elmod2 (ENSDORG00000026741)	Clgn (ENSDORG00000000175) ##21	Scoc (ENSDORG00000028512)	ENSDORG00000009125 ##22	Mgst2 (ENSDORG00000009124)	Setd7 (ENSDORG00000004857)	Rab33b (ENSDORG00000023618)	Naa15 (ENSDORG00000005486)	Ndufc1 (ENSDORG00000005485)	ENSDORG00000024633	Noct (ENSDORG00000000869)	Slc7a11 (ENSDORG00000008559)	Pcdh18 (ENSDORG00000001570)
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Muroidea	ANCESTRAL SPECIES	56	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00960000189829	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247
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Cricetidae	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000006573	ENSGT00940000154391.a.b	ENSGT00940000153481.C	ENSGT00950000183130.B	ENSGT00390000013549.a.a	ENSGT00530000063860.b	ENSGT01060000248594.e.b	ENSGT00390000010391	ENSGT00940000155313	ENSGT01030000234614.B.a.a.b	ENSGT00730000111188	ENSGT00390000008657	ENSGT00990000203589.a.b.a.a	ENSGT00390000013518	ENSGT00940000161558	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247
Cricetinae	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000006573	ENSGT00940000154391.a.b	ENSGT00940000153481.C	ENSGT00950000183130.B	ENSGT00390000013549.a.a	ENSGT00530000063860.b	ENSGT01060000248594.e.b	ENSGT00390000010391	ENSGT00940000155313	ENSGT01030000234614.B.a.a.b	ENSGT00730000111188	ENSGT00390000008657	ENSGT00990000203589.a.b.a.a	ENSGT00390000013518	ENSGT00940000161558	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247
Chinese hamster chok1gshd	MODERN SPECIES	352	ENSCGRG00001022326	Exosc8 (ENSCGRG00001012262)	Supt20 (ENSCGRG00001018857)	Postn (ENSCGRG00001022267)	Trpc4 (ENSCGRG00001022303)	ENSCGRG00001016565	Ufm1 (ENSCGRG00001021178)	Frem2 (ENSCGRG00001021708)	Stoml3 (ENSCGRG00001010368)	Proser1 (ENSCGRG00001018627)	Nhlrc3 (ENSCGRG00001000190)	ENSCGRG00001012241	Lhfp (ENSCGRG00001014062)	Cog6 (ENSCGRG00001023122)	Foxo1 (ENSCGRG00001010126)	Maml3 (ENSCGRG00001013876) ##22	ENSCGRG00001015206	Mgst2 (ENSCGRG00001023658)	Setd7 (ENSCGRG00001021541)	Rab33b (ENSCGRG00001016897)	ENSCGRG00001016024	Ndufc1 (ENSCGRG00001021397)	Mgarp (ENSCGRG00001021913)	Elf2 (ENSCGRG00001017608)	Noct (ENSCGRG00001021050)	ENSCGRG00001021385	ENSCGRG00001017707	Slc7a11 (ENSCGRG00001013535)	Pcdh18 (ENSCGRG00001021760)	Pabpc4l (ENSCGRG00001002070)	Pcdh10 (ENSCGRG00001013755)
Golden Hamster	MODERN SPECIES	690	Rfxap (ENSMAUG00000003109)	Smad9 (ENSMAUG00000007977)	ENSMAUG00000013103	Exosc8 (ENSMAUG00000017812)	ENSMAUG00000014984	Postn (ENSMAUG00000019919)	Trpc4 (ENSMAUG00000001198)	Ufm1 (ENSMAUG00000018178)	ENSMAUG00000017869	Frem2 (ENSMAUG00000005257)	Stoml3 (ENSMAUG00000007821)	ENSMAUG00000004106	Nhlrc3 (ENSMAUG00000005924)	Cog6 (ENSMAUG00000000435)	Foxo1 (ENSMAUG00000000234)	Maml3 (ENSMAUG00000001409) ##22	Mgst2 (ENSMAUG00000009690)	Setd7 (ENSMAUG00000011555)	Rab33b (ENSMAUG00000014030)	ENSMAUG00000016687	Ndufc1 (ENSMAUG00000017283)	Mgarp (ENSMAUG00000017626)	ENSMAUG00000007960	ENSMAUG00000010499	Noct (ENSMAUG00000013688)	Slc7a11 (ENSMAUG00000015486)	Pcdh18 (ENSMAUG00000008607)	Pkp2 (ENSMAUG00000010450)	Yars2 (ENSMAUG00000012334)	Dnm1l (ENSMAUG00000010409)	Fgd4 (ENSMAUG00000009523)
Cricetidae_B	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000006573	ENSGT00940000154391.a.b	ENSGT00940000153481.C	ENSGT00950000183130.B	ENSGT00390000013549.a.a	ENSGT00530000063860.b	ENSGT01060000248594.e.b	ENSGT00390000010391	ENSGT00940000155313	ENSGT01030000234614.B.a.a.b	ENSGT00730000111188	ENSGT00390000008657	ENSGT00990000203589.a.b.a.a	ENSGT00390000013518	ENSGT00940000161558	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247
Prairie vole	MODERN SPECIES		Alg5 (ENSMOCG00000015400)	Exosc8 (ENSMOCG00000017293)	ENSMOCG00000021184	Supt20 (ENSMOCG00000020757)	Postn (ENSMOCG00000015092)	Trpc4 (ENSMOCG00000022081)	ENSMOCG00000008401	Ufm1 (ENSMOCG00000001316)	Frem2 (ENSMOCG00000014700)	Stoml3 (ENSMOCG00000009247)	Proser1 (ENSMOCG00000001872)	Nhlrc3 (ENSMOCG00000020191)	Lhfp (ENSMOCG00000003780)	Cog6 (ENSMOCG00000016621)	Foxo1 (ENSMOCG00000020911)	Maml3 (ENSMOCG00000019491) ##22	Mgst2 (ENSMOCG00000010904)	Setd7 (ENSMOCG00000005547)	Rab33b (ENSMOCG00000019866)	Naa15 (ENSMOCG00000017390)	Ndufc1 (ENSMOCG00000010546)	Mgarp (ENSMOCG00000019900)	ENSMOCG00000016521	Elf2 (ENSMOCG00000006447)	Noct (ENSMOCG00000013676)	Slc7a11 (ENSMOCG00000022163)	Pcdh18 (ENSMOCG00000010974)	ENSMOCG00000022370	ENSMOCG00000009837	Pabpc4l (ENSMOCG00000007551)	ENSMOCG00000007049
Northern American deer mouse	MODERN SPECIES	19	Alg5 (ENSPEMG00000010516)	Exosc8 (ENSPEMG00000010801)	ENSPEMG00000030633	Supt20 (ENSPEMG00000017347)	Postn (ENSPEMG00000013782)	Trpc4 (ENSPEMG00000009383)	Ufm1 (ENSPEMG00000012238)	ENSPEMG00000025612	Frem2 (ENSPEMG00000013398)	Stoml3 (ENSPEMG00000016865)	Proser1 (ENSPEMG00000017174)	Nhlrc3 (ENSPEMG00000018137)	Lhfp (ENSPEMG00000000258)	Cog6 (ENSPEMG00000002808)	ENSPEMG00000008190	Maml3 (ENSPEMG00000011661) ##22	Mgst2 (ENSPEMG00000013067)	Setd7 (ENSPEMG00000014852)	Rab33b (ENSPEMG00000029206)	Naa15 (ENSPEMG00000018617)	Ndufc1 (ENSPEMG00000014918)	Mgarp (ENSPEMG00000016128)	Elf2 (ENSPEMG00000027602)	Noct (ENSPEMG00000016096)	ENSPEMG00000000564	Slc7a11 (ENSPEMG00000004847)	Pcdh18 (ENSPEMG00000008783)	ENSPEMG00000014607	Ankrd50 (ENSPEMG00000000443)	ENSPEMG00000028306	Spry1 (ENSPEMG00000030492)
Murinae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000006573	ENSGT00940000154391.a.b	ENSGT00940000153481.C	ENSGT00950000183130.B	ENSGT00390000013549.a.a	ENSGT00530000063860.b	ENSGT01060000248594.e.b	ENSGT00390000010391	ENSGT00940000155313	ENSGT01030000234614.B.a.a.b	ENSGT00730000111188	ENSGT00390000008657	ENSGT00990000203589.a.b.a.a	ENSGT00390000013518	ENSGT00940000161558	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247
Mus	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00390000006573	ENSGT00940000154391.a.b	ENSGT00940000153481.C	ENSGT00950000183130.B	ENSGT00390000013549.a.a	ENSGT00530000063860.b	ENSGT01060000248594.e.b	ENSGT00390000010391	ENSGT00940000155313	ENSGT01030000234614.B.a.a.b	ENSGT00730000111188	ENSGT00390000008657	ENSGT00990000203589.a.b.a.a	ENSGT00390000013518	ENSGT00940000161558	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247
Mus_A	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000006573	ENSGT00940000154391.a.b	ENSGT00940000153481.C	ENSGT00950000183130.B	ENSGT00390000013549.a.a	ENSGT00530000063860.b	ENSGT01060000248594.e.b	ENSGT00390000010391	ENSGT00940000155313	ENSGT01030000234614.B.a.a.b	ENSGT00730000111188	ENSGT00390000008657	ENSGT00990000203589.a.b.a.a	ENSGT00390000013518	ENSGT00940000161558	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247
Mus_B	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00390000006573	ENSGT00940000154391.a.b	ENSGT00940000153481.C	ENSGT00950000183130.B	ENSGT00390000013549.a.a	ENSGT00530000063860.b	ENSGT01060000248594.e.b	ENSGT00390000010391	ENSGT00940000155313	ENSGT01030000234614.B.a.a.b	ENSGT00730000111188	ENSGT00390000008657	ENSGT00990000203589.a.b.a.a	ENSGT00390000013518	ENSGT00940000161558	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247
Mus_C	ANCESTRAL SPECIES	6	ENSGT00390000006573	ENSGT00940000154391.a.b	ENSGT00940000153481.C	ENSGT00950000183130.B	ENSGT00390000013549.a.a	ENSGT00530000063860.b	ENSGT01060000248594.e.b	ENSGT00390000010391	ENSGT00940000155313	ENSGT01030000234614.B.a.a.b	ENSGT00730000111188	ENSGT00390000008657	ENSGT00990000203589.a.b.a.a	ENSGT00390000013518	ENSGT00940000161558	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000163344	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247
spretus	MODERN SPECIES	12	Smad9 (MGP_SPRETEiJ_G0025929)	Alg5 (MGP_SPRETEiJ_G0025928)	Exosc8 (MGP_SPRETEiJ_G0025927)	MGP_SPRETEiJ_G0025926	Supt20 (MGP_SPRETEiJ_G0025925)	Postn (MGP_SPRETEiJ_G0025924)	Trpc4 (MGP_SPRETEiJ_G0025923)	MGP_SPRETEiJ_G0025922	Frem2 (MGP_SPRETEiJ_G0025921)	Stoml3 (MGP_SPRETEiJ_G0025920)	Proser1 (MGP_SPRETEiJ_G0025919)	Nhlrc3 (MGP_SPRETEiJ_G0025918)	Lhfp (MGP_SPRETEiJ_G0025917)	Cog6 (MGP_SPRETEiJ_G0025916)	Foxo1 (MGP_SPRETEiJ_G0025915)	Maml3 (MGP_SPRETEiJ_G0025914) ##22	MGP_SPRETEiJ_G0025913	Setd7 (MGP_SPRETEiJ_G0025912)	Rab33b (MGP_SPRETEiJ_G0025911)	Naa15 (MGP_SPRETEiJ_G0025910)	Ndufc1 (MGP_SPRETEiJ_G0025909)	Mgarp (MGP_SPRETEiJ_G0025908)	Elf2 (MGP_SPRETEiJ_G0025907)	Noct (MGP_SPRETEiJ_G0025906)	Slc7a11 (MGP_SPRETEiJ_G0025905)	Pcdh18 (MGP_SPRETEiJ_G0025904)	Pabpc4l (MGP_SPRETEiJ_G0025903)	Pcdh10 (MGP_SPRETEiJ_G0025902)	D3Ertd751e (MGP_SPRETEiJ_G0025901)	Sclt1 (MGP_SPRETEiJ_G0025900)	Jade1 (MGP_SPRETEiJ_G0025899)
Steppe mouse	MODERN SPECIES	3328	Supt20 (ENSMSIG00000011522)	ENSMSIG00000011604	Postn (ENSMSIG00000011621)	Trpc4 (ENSMSIG00000011761)	Ufm1 (ENSMSIG00000011781)	Gm10985 (ENSMSIG00000011807)	ENSMSIG00000011836	Frem2 (ENSMSIG00000011850)	Stoml3 (ENSMSIG00000011881)	Proser1 (ENSMSIG00000011889)	Nhlrc3 (ENSMSIG00000011909)	Lhfp (ENSMSIG00000011969)	Cog6 (ENSMSIG00000011986)	ENSMSIG00000012139	Foxo1 (ENSMSIG00000012146)	Maml3 (ENSMSIG00000012162) ##22	ENSMSIG00000012216	ENSMSIG00000012224	Setd7 (ENSMSIG00000012236)	Rab33b (ENSMSIG00000012280)	Naa15 (ENSMSIG00000012304)	ENSMSIG00000012393	Mgarp (ENSMSIG00000012425)	Elf2 (ENSMSIG00000012468)	Noct (ENSMSIG00000012523)
Mouse	MODERN SPECIES	12	Smad9 (ENSMUSG00000027796)	Alg5 (ENSMUSG00000036632)	Exosc8 (ENSMUSG00000027752)	Supt20 (ENSMUSG00000027751)	Postn (ENSMUSG00000027750)	Trpc4 (ENSMUSG00000027748)	Ufm1 (ENSMUSG00000027746)	Gm10985 (ENSMUSG00000078742)	Frem2 (ENSMUSG00000037016)	Stoml3 (ENSMUSG00000027744)	Proser1 (ENSMUSG00000049504)	Nhlrc3 (ENSMUSG00000042997)	Lhfp (ENSMUSG00000048332)	Cog6 (ENSMUSG00000027742)	Foxo1 (ENSMUSG00000044167)	Maml3 (ENSMUSG00000061143) ##22	Mgst2 (ENSMUSG00000074604)	Setd7 (ENSMUSG00000037111)	Rab33b (ENSMUSG00000027739)	Naa15 (ENSMUSG00000063273)	Ndufc1 (ENSMUSG00000037152)	Mgarp (ENSMUSG00000037161)	Elf2 (ENSMUSG00000037174)	Noct (ENSMUSG00000023087)	Slc7a11 (ENSMUSG00000027737)	Pcdh18 (ENSMUSG00000037892)	Pabpc4l (ENSMUSG00000090919)	Pcdh10 (ENSMUSG00000049100)	D3Ertd751e (ENSMUSG00000025766)	Sclt1 (ENSMUSG00000059834)	Jade1 (ENSMUSG00000025764)
Ryukyu mouse	MODERN SPECIES	12	Smad9 (MGP_CAROLIEiJ_G0024994)	Alg5 (MGP_CAROLIEiJ_G0024993)	Exosc8 (MGP_CAROLIEiJ_G0024992)	MGP_CAROLIEiJ_G0024991	Supt20 (MGP_CAROLIEiJ_G0024990)	Postn (MGP_CAROLIEiJ_G0024989)	Trpc4 (MGP_CAROLIEiJ_G0024988)	MGP_CAROLIEiJ_G0024987	Frem2 (MGP_CAROLIEiJ_G0024986)	Stoml3 (MGP_CAROLIEiJ_G0024985)	Proser1 (MGP_CAROLIEiJ_G0024984)	Nhlrc3 (MGP_CAROLIEiJ_G0024983)	Lhfp (MGP_CAROLIEiJ_G0024982)	Cog6 (MGP_CAROLIEiJ_G0024981)	Foxo1 (MGP_CAROLIEiJ_G0024980)	Maml3 (MGP_CAROLIEiJ_G0024979) ##22	Mgst2 (MGP_CAROLIEiJ_G0024978)	Setd7 (MGP_CAROLIEiJ_G0024977)	Rab33b (MGP_CAROLIEiJ_G0024976)	Naa15 (MGP_CAROLIEiJ_G0024975)	Ndufc1 (MGP_CAROLIEiJ_G0024974)	Mgarp (MGP_CAROLIEiJ_G0024973)	Elf2 (MGP_CAROLIEiJ_G0024972)	Noct (MGP_CAROLIEiJ_G0024971)	Slc7a11 (MGP_CAROLIEiJ_G0024970)	Pcdh18 (MGP_CAROLIEiJ_G0024969)	Pabpc4l (MGP_CAROLIEiJ_G0024968)	Pcdh10 (MGP_CAROLIEiJ_G0024967)	D3Ertd751e (MGP_CAROLIEiJ_G0024966)	Sclt1 (MGP_CAROLIEiJ_G0024965)	Jade1 (MGP_CAROLIEiJ_G0024964)
Shrew mouse	MODERN SPECIES	17	Smad9 (MGP_PahariEiJ_G0026435)	Alg5 (MGP_PahariEiJ_G0026434)	Exosc8 (MGP_PahariEiJ_G0026433)	MGP_PahariEiJ_G0026432	Supt20 (MGP_PahariEiJ_G0026431)	Postn (MGP_PahariEiJ_G0026430)	Trpc4 (MGP_PahariEiJ_G0026429)	Ufm1 (MGP_PahariEiJ_G0026428)	Frem2 (MGP_PahariEiJ_G0026427)	Stoml3 (MGP_PahariEiJ_G0026426)	Proser1 (MGP_PahariEiJ_G0026425)	Nhlrc3 (MGP_PahariEiJ_G0026424)	Lhfp (MGP_PahariEiJ_G0026423)	Cog6 (MGP_PahariEiJ_G0026422)	Foxo1 (MGP_PahariEiJ_G0026421)	Maml3 (MGP_PahariEiJ_G0026420) ##22	MGP_PahariEiJ_G0026419	Setd7 (MGP_PahariEiJ_G0026418)	Rab33b (MGP_PahariEiJ_G0026417)	Naa15 (MGP_PahariEiJ_G0026416)	Ndufc1 (MGP_PahariEiJ_G0026415)	Mgarp (MGP_PahariEiJ_G0026414)	Elf2 (MGP_PahariEiJ_G0026413)	Noct (MGP_PahariEiJ_G0026412)	Slc7a11 (MGP_PahariEiJ_G0026411)	Pcdh18 (MGP_PahariEiJ_G0026410)	Pabpc4l (MGP_PahariEiJ_G0026409)	Pcdh10 (MGP_PahariEiJ_G0026408)	D3Ertd751e (MGP_PahariEiJ_G0026407)	Sclt1 (MGP_PahariEiJ_G0026406)	Jade1 (MGP_PahariEiJ_G0026405)
Rat	MODERN SPECIES	11	Exosc8 (ENSRNOG00000051623)	Supt20h (ENSRNOG00000059480)	Rexo1l1-ps1 (ENSRNOG00000061707)	Dusp14l1 (ENSRNOG00000046368)	Postn (ENSRNOG00000012660)	Trpc4 (ENSRNOG00000011133)	Frem2 (ENSRNOG00000021670)	Stoml3 (ENSRNOG00000011006)	Proser1 (ENSRNOG00000010980)	Nhlrc3 (ENSRNOG00000010843)	Nhlrc3 (ENSRNOG00000070230)	Lhfpl6 (ENSRNOG00000014153)	Cog6 (ENSRNOG00000013660)	Foxo1 (ENSRNOG00000013397)	ENSRNOG00000068600	Maml3 (ENSRNOG00000067338) ##22	Mgst2 (ENSRNOG00000061857)	Setd7 (ENSRNOG00000013045)	Rab33b (ENSRNOG00000013035)	Naa15 (ENSRNOG00000012385)	Ndufc1 (ENSRNOG00000070835)	Mgarp (ENSRNOG00000011923)	Elf2 (ENSRNOG00000010815)	Noct (ENSRNOG00000010799)	Slc7a11 (ENSRNOG00000010210)	Pcdh18 (ENSRNOG00000009949)	LOC120100815 (ENSRNOG00000066067)	LOC120093152 (ENSRNOG00000038242)	LOC102550446 (ENSRNOG00000065262)	LOC365791 (ENSRNOG00000069904)	LOC120100814 (ENSRNOG00000069607)
Upper Galilee mountains blind mole rat	MODERN SPECIES	1233	Smarca5 (ENSNGAG00000000441)	Gab1 (ENSNGAG00000015926)	Usp38 (ENSNGAG00000020013)	ENSNGAG00000017839	Inpp4b (ENSNGAG00000004652)	ENSNGAG00000003516	Zfp330 (ENSNGAG00000004253)	ENSNGAG00000001858	Rnf150 (ENSNGAG00000018575)	Tbc1d9 (ENSNGAG00000007389)	Ucp1 (ENSNGAG00000003442)	Elmod2 (ENSNGAG00000001153)	Mgat4d (ENSNGAG00000019938)	Clgn (ENSNGAG00000013400) ##21	Scoc (ENSNGAG00000011163)	Maml3 (ENSNGAG00000020253) ##22	Mgst2 (ENSNGAG00000017878)	ENSNGAG00000016240	Rab33b (ENSNGAG00000015807)	Naa15 (ENSNGAG00000020578)	Ndufc1 (ENSNGAG00000019599)	ENSNGAG00000015210	Elf2 (ENSNGAG00000011982)	Noct (ENSNGAG00000010135)
Lesser Egyptian jerboa	MODERN SPECIES	57	ENSJJAG00000020665	Ttc29 (ENSJJAG00000021357)	Ednra (ENSJJAG00000019465)	ENSJJAG00000016555	Smarca5 (ENSJJAG00000014965)	Gab1 (ENSJJAG00000023862)	ENSJJAG00000017034	Inpp4b (ENSJJAG00000011391)	Il15 (ENSJJAG00000000182)	ENSJJAG00000023235	Rnf150 (ENSJJAG00000016691)	Tbc1d9 (ENSJJAG00000012857)	Ucp1 (ENSJJAG00000019452)	Elmod2 (ENSJJAG00000018795)	Mgat4d (ENSJJAG00000009209)	Maml3 (ENSJJAG00000021946) ##22	Mgst2 (ENSJJAG00000009542)	Setd7 (ENSJJAG00000006328)	Rab33b (ENSJJAG00000023756)	Elf2 (ENSJJAG00000001703)	Noct (ENSJJAG00000019776)	ENSJJAG00000009525	Slc7a11 (ENSJJAG00000011019)	Pcdh18 (ENSJJAG00000020379)	ENSJJAG00000018016	Pabpc4l (ENSJJAG00000004090)	ENSJJAG00000024153	Pcdh10 (ENSJJAG00000000168)	ENSJJAG00000011585	D3Ertd751e (ENSJJAG00000013337)	Sclt1 (ENSJJAG00000023270)
Atlantogenata	ANCESTRAL SPECIES	49	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.a.b ##22	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247	ENSGT00940000159744
Afrotheria	ANCESTRAL SPECIES	43										ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247	ENSGT00940000159744
Afrotheria_a	ANCESTRAL SPECIES	41										ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247	ENSGT00940000159744
Elephant	MODERN SPECIES	95									TBC1D9 (ENSLAFG00000001318)	UCP1 (ENSLAFG00000007077)	ELMOD2 (ENSLAFG00000007074)	MGAT4D (ENSLAFG00000004388)	CLGN (ENSLAFG00000018076) ##21	SCOC (ENSLAFG00000018075)	ENSLAFG00000025689	MAML3 (ENSLAFG00000027199) ##22	MGST2 (ENSLAFG00000005558)	SETD7 (ENSLAFG00000011095)	RAB33B (ENSLAFG00000022351)	NAA15 (ENSLAFG00000002574)	ENSLAFG00000010459	ENSLAFG00000013172	ELF2 (ENSLAFG00000017189)	NOCT (ENSLAFG00000017184)	SLC7A11 (ENSLAFG00000017422)	PCDH18 (ENSLAFG00000005319)	PCDH10 (ENSLAFG00000014244)	ENSLAFG00000026294	C4orf33 (ENSLAFG00000017212)	SCLT1 (ENSLAFG00000001020)	JADE1 (ENSLAFG00000001017)
Hyrax	MODERN SPECIES	7630																MAML3 (ENSPCAG00000015901) ##22	ENSPCAG00000015867
Tenrec	MODERN SPECIES	9129																MAML3 (ENSETEG00000001036) ##22	MGST2 (ENSETEG00000001033)
Xenarthra	ANCESTRAL SPECIES	87			ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.a.b ##22	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00990000203987	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295
Armadillo	MODERN SPECIES	2885	SMARCA5 (ENSDNOG00000009158)	GAB1 (ENSDNOG00000019599)	ENSDNOG00000045535	USP38 (ENSDNOG00000043607)	INPP4B (ENSDNOG00000046642)	IL15 (ENSDNOG00000034678)	ENSDNOG00000041774	ZNF330 (ENSDNOG00000048527)	RNF150 (ENSDNOG00000038812)	TBC1D9 (ENSDNOG00000005384)	ELMOD2 (ENSDNOG00000035842)	ENSDNOG00000038747	CLGN (ENSDNOG00000004054) ##21	SCOC (ENSDNOG00000030600)	ENSDNOG00000046815 ##22	MAML3 (ENSDNOG00000002937) ##22	MGST2 (ENSDNOG00000034606)	SETD7 (ENSDNOG00000037968)	RAB33B (ENSDNOG00000005253)	NAA15 (ENSDNOG00000037740)	ENSDNOG00000001984	MGARP (ENSDNOG00000033335)	ENSDNOG00000049203	ENSDNOG00000039348	ELF2 (ENSDNOG00000047868)	NOCT (ENSDNOG00000036912)	ENSDNOG00000044938	ENSDNOG00000032621	SLC7A11 (ENSDNOG00000011228)	PCDH18 (ENSDNOG00000044279)
Sloth	MODERN SPECIES	8097																MAML3 (ENSCHOG00000008097) ##22	MGST2 (ENSCHOG00000008082)
Marsupialia	ANCESTRAL SPECIES	7	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00950000186280	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00390000002932	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00990000203987	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168
Marsupialia_b	ANCESTRAL SPECIES	8	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00950000186280	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.d	ENSGT00940000156171.c	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00940000157090	ENSGT00390000002932	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00390000002565	ENSGT00440000037338	ENSGT00990000203987	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000168767	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284
Tasmanian devil	MODERN SPECIES	5	HHIP (ENSSHAG00000011890)	ENSSHAG00000007475	SMARCA5 (ENSSHAG00000008464)	GAB1 (ENSSHAG00000009133)	USP38 (ENSSHAG00000011121)	INPP4B (ENSSHAG00000015055)	IL15 (ENSSHAG00000023836)	ZNF330 (ENSSHAG00000032038)	RNF150 (ENSSHAG00000028359)	TBC1D9 (ENSSHAG00000024926)	UCP1 (ENSSHAG00000026436)	ELMOD2 (ENSSHAG00000018184)	ENSSHAG00000001841	CLGN (ENSSHAG00000001719) ##21	SCOC (ENSSHAG00000003474)	MAML3 (ENSSHAG00000030735) ##22	MGST2 (ENSSHAG00000026843)	SETD7 (ENSSHAG00000000798)	RAB33B (ENSSHAG00000023446)	ENSSHAG00000004271	NAA15 (ENSSHAG00000005053)	ENSSHAG00000006642	ENSSHAG00000021462	ELF2 (ENSSHAG00000002684)	NOCT (ENSSHAG00000021061)	SLC7A11 (ENSSHAG00000012376)	PCDH18 (ENSSHAG00000015323)	ENSSHAG00000017845	PCDH10 (ENSSHAG00000021962)	ENSSHAG00000026770	ENSSHAG00000028697
Diprotodontia	ANCESTRAL SPECIES	53	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00950000186280	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.d	ENSGT00940000156171.c	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288
Wallaby	MODERN SPECIES	9671																MAML3 (ENSMEUG00000013112) ##22
Diprotodontia_a	ANCESTRAL SPECIES	50	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00950000186280	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.d	ENSGT00940000156171.c	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000160382	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288
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koala	DUPLICATION
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Opossum	DUPLICATION
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Archelosauria	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00950000186280	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00390000008183	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT01030000235247	ENSGT00440000037338	ENSGT00990000203987	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000158277	ENSGT01030000234904	ENSGT00390000006284
Cryptodira	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000013722	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00390000008183	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT01030000235247	ENSGT00440000037338	ENSGT00990000203987	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168
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Abingdon island giant tortoise	MODERN SPECIES	2280																MAML3 (ENSCABG00000002989) ##22	MGST2 (ENSCABG00000002993)	SETD7 (ENSCABG00000002996)	RAB33B (ENSCABG00000003002)	NAA15 (ENSCABG00000003004)	ENSCABG00000003006	MGARP (ENSCABG00000003008)	ENSCABG00000003009	ELF2 (ENSCABG00000003013)	NOCT (ENSCABG00000003016)	SLC7A11 (ENSCABG00000003023)
Goode s thornscrub tortoise	MODERN SPECIES	19	ABCE1 (ENSGEVG00005017122)	ANAPC10 (ENSGEVG00005017200)	HHIP (ENSGEVG00005017239)	SMARCA5 (ENSGEVG00005017294)	GAB1 (ENSGEVG00005017331)	USP38 (ENSGEVG00005017374)	INPP4B (ENSGEVG00005017601)	IL15 (ENSGEVG00005009098)	ZNF330 (ENSGEVG00005009148)	RNF150 (ENSGEVG00005009199)	TBC1D9 (ENSGEVG00005009367)	ELMOD2 (ENSGEVG00005009880)	MGAT4D (ENSGEVG00005009968)	CLGN (ENSGEVG00005010013) ##21	SCOC (ENSGEVG00005010044)	MAML3 (ENSGEVG00005010075) ##22	MGST2 (ENSGEVG00005010172)	SETD7 (ENSGEVG00005010230)	RAB33B (ENSGEVG00005010260)	NAA15 (ENSGEVG00005010283)	ENSGEVG00005010322	MGARP (ENSGEVG00005010337)	ELF2 (ENSGEVG00005010370)	NOCT (ENSGEVG00005010413)	SLC7A11 (ENSGEVG00005010456)	PCDH18 (ENSGEVG00005010708)	PCDH10 (ENSGEVG00005010879)	ENSGEVG00005010945	C4orf33 (ENSGEVG00005011103)	SCLT1 (ENSGEVG00005011140)	JADE1 (ENSGEVG00005011237)
Chinese turtle	MODERN SPECIES	1165	ENSPSIG00000000404	DIPK2A (ENSPSIG00000016174)	ENSPSIG00000016225	ENSPSIG00000016413	CHST2 (ENSPSIG00000016466)	U2SURP (ENSPSIG00000016578)	PAQR9 (ENSPSIG00000000411)	PCOLCE2 (ENSPSIG00000017254)	TRPC1 (ENSPSIG00000017273)	PLS1 (ENSPSIG00000017601)	ATR (ENSPSIG00000017887)	XRN1 (ENSPSIG00000018050)	GK5 (ENSPSIG00000007285)	TFDP2 (ENSPSIG00000007519)	ATP1B3 (ENSPSIG00000007680)	MAML3 (ENSPSIG00000007856) ##22	MGST2 (ENSPSIG00000007863)	ENSPSIG00000007868	SETD7 (ENSPSIG00000007889)	ENSPSIG00000007894	ENSPSIG00000008015	ARPP21 (ENSPSIG00000009255)	STAC (ENSPSIG00000009698)	DCLK3 (ENSPSIG00000010108)	TRANK1 (ENSPSIG00000010217)	MLH1 (ENSPSIG00000010283)	LRRFIP2 (ENSPSIG00000011795)	GOLGA4 (ENSPSIG00000012046)	ITGA9 (ENSPSIG00000012373)	NEUROD6 (ENSPSIG00000000416)	ITPRID1 (ENSPSIG00000013853)
Archosauria	ANCESTRAL SPECIES	1	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00950000186280	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00390000008183	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT01030000235247	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000158277	ENSGT01030000234904	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168
Australian saltwater crocodile	MODERN SPECIES	33	FREM3 (ENSCPRG00005008470)	SMARCA5 (ENSCPRG00005008447)	GAB1 (ENSCPRG00005008432)	USP38 (ENSCPRG00005008402)	ENSCPRG00005008392	INPP4B (ENSCPRG00005008369)	IL15 (ENSCPRG00005008351)	ZNF330 (ENSCPRG00005008341)	RNF150 (ENSCPRG00005008334)	TBC1D9 (ENSCPRG00005008297)	ELMOD2 (ENSCPRG00005008282)	ENSCPRG00005008274	MGAT4D (ENSCPRG00005008225)	CLGN (ENSCPRG00005008203) ##21	SCOC (ENSCPRG00005008197)	MAML3 (ENSCPRG00005008174) ##22	MGST2 (ENSCPRG00005008169)	SETD7 (ENSCPRG00005008154)	RAB33B (ENSCPRG00005008151)	NAA15 (ENSCPRG00005008142)	ELF2 (ENSCPRG00005008123)	NOCT (ENSCPRG00005008118)	SLC7A11 (ENSCPRG00005007667)	PCDH18 (ENSCPRG00005007637)
Aves	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00950000186280	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00390000008183	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT01030000235247	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000158277	ENSGT01030000234904	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168
African ostrich	MODERN SPECIES	1080	ANAPC10 (ENSSCUG00000016484)	HHIP (ENSSCUG00000016498)	FREM3 (ENSSCUG00000016516)	SMARCA5 (ENSSCUG00000016528)	ENSSCUG00000016537	USP38 (ENSSCUG00000016550)	INPP4B (ENSSCUG00000016573)	IL15 (ENSSCUG00000016583)	ZNF330 (ENSSCUG00000016586)	RNF150 (ENSSCUG00000016590)	TBC1D9 (ENSSCUG00000016598)	ELMOD2 (ENSSCUG00000016613)	MGAT4D (ENSSCUG00000016615)	CLGN (ENSSCUG00000016617) ##21	SCOC (ENSSCUG00000016619)	MAML3 (ENSSCUG00000016623) ##22	MGST2 (ENSSCUG00000016624)	SETD7 (ENSSCUG00000016627)	ENSSCUG00000016628	RAB33B (ENSSCUG00000016629)	NAA15 (ENSSCUG00000016631)	ENSSCUG00000016635	ELF2 (ENSSCUG00000016638)	NOCT (ENSSCUG00000016641)	SLC7A11 (ENSSCUG00000016644)	PCDH18 (ENSSCUG00000014835)	ENSSCUG00000014866	ENSSCUG00000014868	C4orf33 (ENSSCUG00000014914)	SCLT1 (ENSSCUG00000014922)	JADE1 (ENSSCUG00000014942)
Neognathae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00950000186280	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00390000008183	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT01030000235247	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000158277	ENSGT01030000234904	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168
Galloanserae	ANCESTRAL SPECIES	5	ENSGT00390000013722	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00950000186280	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00390000008183	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000158277	ENSGT01030000234904	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247
Anatidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000013722	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00950000186280	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00390000008183	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000158277	ENSGT01030000234904	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247
Pink-footed goose	MODERN SPECIES	122		SMARCA5 (ENSABRG00000014923)	GAB1 (ENSABRG00000014918)	USP38 (ENSABRG00000014917)	ENSABRG00000014915	INPP4B (ENSABRG00000014770)	IL15 (ENSABRG00000014724)	ZNF330 (ENSABRG00000014702)	RNF150 (ENSABRG00000014668)	TBC1D9 (ENSABRG00000014115)	ENSABRG00000014042	ENSABRG00000014035	MGAT4D (ENSABRG00000014024)	CLGN (ENSABRG00000013894) ##21	SCOC (ENSABRG00000013854)	MAML3 (ENSABRG00000013850) ##22	MGST2 (ENSABRG00000013826)	SETD7 (ENSABRG00000013691)	RAB33B (ENSABRG00000013651)	NAA15 (ENSABRG00000012922)	ELF2 (ENSABRG00000012711)	NOCT (ENSABRG00000012689)	SLC7A11 (ENSABRG00000012645)	PCDH18 (ENSABRG00000012637)
Duck	MODERN SPECIES	22	ANAPC10 (ENSAPLG00000010264)	HHIP (ENSAPLG00000009975)	ENSAPLG00000029085	SMARCA5 (ENSAPLG00000009206)	GAB1 (ENSAPLG00000008645)	USP38 (ENSAPLG00000019928)	INPP4B (ENSAPLG00000008033)	IL15 (ENSAPLG00000004865)	ZNF330 (ENSAPLG00000009489)	RNF150 (ENSAPLG00000009408)	TBC1D9 (ENSAPLG00000008419)	ELMOD2 (ENSAPLG00000008211)	MGAT4D (ENSAPLG00000007550)	CLGN (ENSAPLG00000007372) ##21	SCOC (ENSAPLG00000023909)	MAML3 (ENSAPLG00000007272) ##22	MGST2 (ENSAPLG00000007262)	SETD7 (ENSAPLG00000007008)	ENSAPLG00000027541	RAB33B (ENSAPLG00000022797)	NAA15 (ENSAPLG00000006263)	MGARP (ENSAPLG00000025584)	ELF2 (ENSAPLG00000014003)	NOCT (ENSAPLG00000026879)	SLC7A11 (ENSAPLG00000014089)	PCDH18 (ENSAPLG00000014396)	ENSAPLG00000017392	PCDH10 (ENSAPLG00000020479)	ENSAPLG00000017453	C4orf33 (ENSAPLG00000014754)	SCLT1 (ENSAPLG00000014774)
Phasianidae	ANCESTRAL SPECIES	2	ENSGT00390000015089	ENSGT00390000013722	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00390000008183	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT01030000235247	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT01030000234904	ENSGT00940000158277	ENSGT00940000157620	ENSGT00940000155875	ENSGT00940000158460
Phasianidae_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000015089	ENSGT00390000013722	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00390000008183	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT01030000234904	ENSGT00940000158277	ENSGT00940000157620	ENSGT00940000155875	ENSGT00940000158460	ENSGT00940000153763.b
Chicken	MODERN SPECIES	33	ABCE1 (ENSGALG00010006353)	HHIP (ENSGALG00010006341)	ANAPC10 (ENSGALG00010006323)	SMARCA5 (ENSGALG00010009411)	GAB1 (ENSGALG00010007898)	USP38 (ENSGALG00010007885)	INPP4B (ENSGALG00010009381)	IL15 (ENSGALG00010009362)	ZNF330 (ENSGALG00010009337)	RNF150 (ENSGALG00010009323)	TBC1D9 (ENSGALG00010009306)	ELMOD2 (ENSGALG00010009279)	MGAT4D (ENSGALG00010009259)	CLGN (ENSGALG00010009166) ##21	SCOC (ENSGALG00010009127)	MAML3 (ENSGALG00010009141) ##22	MGST2 (ENSGALG00010010107)	SETD7 (ENSGALG00010009114)	ENSGALG00010009109	RAB33B (ENSGALG00010008534)	NAA15 (ENSGALG00010010037)	ENSGALG00010008509	ENSGALG00010008500	ELF2 (ENSGALG00010010009)	NOCT (ENSGALG00010008469)	SLC7A11 (ENSGALG00010008444)	ENSGALG00010008003	PCDH18 (ENSGALG00010009234)	ENSGALG00010009222	PCDH10 (ENSGALG00010009214)	ENSGALG00010009184
Turkey	MODERN SPECIES	24	ANAPC10 (ENSMGAG00000003629)	HHIP (ENSMGAG00000003569)	SMARCA5 (ENSMGAG00000003517)	GAB1 (ENSMGAG00000003485)	USP38 (ENSMGAG00000003451)	INPP4B (ENSMGAG00000003288)	IL15 (ENSMGAG00000003247)	ZNF330 (ENSMGAG00000003187)	RNF150 (ENSMGAG00000003272)	TBC1D9 (ENSMGAG00000003086)	ELMOD2 (ENSMGAG00000003053)	ENSMGAG00000019878	MGAT4D (ENSMGAG00000002979)	CLGN (ENSMGAG00000002949) ##21	SCOC (ENSMGAG00000002939)	MAML3 (ENSMGAG00000002925) ##22	MGST2 (ENSMGAG00000002920)	SETD7 (ENSMGAG00000002907)	ENSMGAG00000002901	RAB33B (ENSMGAG00000002900)	NAA15 (ENSMGAG00000002831)	ENSMGAG00000022293	ELF2 (ENSMGAG00000002791)	NOCT (ENSMGAG00000002778)	SLC7A11 (ENSMGAG00000002726)	PCDH18 (ENSMGAG00000002703)	ENSMGAG00000018383	CBR4 (ENSMGAG00000002684)	SH3RF1 (ENSMGAG00000002651)	NEK1 (ENSMGAG00000017234)	CLCN3 (ENSMGAG00000002509)
Japanese quail	MODERN SPECIES	22	ANAPC10 (ENSCJPG00005001761)	HHIP (ENSCJPG00005001754)	ENSCJPG00005001744	SMARCA5 (ENSCJPG00005001731)	GAB1 (ENSCJPG00005001717)	USP38 (ENSCJPG00005001552)	INPP4B (ENSCJPG00005001499)	IL15 (ENSCJPG00005001485)	ZNF330 (ENSCJPG00005001476)	RNF150 (ENSCJPG00005001471)	TBC1D9 (ENSCJPG00005001456)	ELMOD2 (ENSCJPG00005001450)	MGAT4D (ENSCJPG00005001445)	CLGN (ENSCJPG00005001437) ##21	SCOC (ENSCJPG00005001434)	MAML3 (ENSCJPG00005001430) ##22	MGST2 (ENSCJPG00005001427)	SETD7 (ENSCJPG00005001153)	ENSCJPG00005001141	RAB33B (ENSCJPG00005001138)	ENSCJPG00005001134	NAA15 (ENSCJPG00005001125)	ENSCJPG00005001114	ELF2 (ENSCJPG00005001105)	NOCT (ENSCJPG00005001095)	SLC7A11 (ENSCJPG00005001052)	PCDH18 (ENSCJPG00005001014)	ENSCJPG00005000866	PCDH10 (ENSCJPG00005000865)	CBR4 (ENSCJPG00005000833)	SH3RF1 (ENSCJPG00005000830)
Neognathae_b	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000013722	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00390000008183	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT01030000235247	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000158277	ENSGT01030000234904	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168
Neognathae_c	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000013722	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00390000008183	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT00440000037338	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000158277	ENSGT01030000234904	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247
Golden eagle	MODERN SPECIES		HHIP (ENSACCG00020004238)	FREM3 (ENSACCG00020004273)	SMARCA5 (ENSACCG00020004298)	GAB1 (ENSACCG00020004329)	USP38 (ENSACCG00020004349)	ENSACCG00020004358	INPP4B (ENSACCG00020004385)	IL15 (ENSACCG00020004400)	ZNF330 (ENSACCG00020004408)	RNF150 (ENSACCG00020004420)	TBC1D9 (ENSACCG00020004481)	ELMOD2 (ENSACCG00020004532)	MGAT4D (ENSACCG00020004548)	CLGN (ENSACCG00020004573) ##21	SCOC (ENSACCG00020004596)	MAML3 (ENSACCG00020004615) ##22	MGST2 (ENSACCG00020004630)	SETD7 (ENSACCG00020004635)	ENSACCG00020004643	RAB33B (ENSACCG00020004649)	NAA15 (ENSACCG00020004663)	MGARP (ENSACCG00020004679)	ELF2 (ENSACCG00020004688)	NOCT (ENSACCG00020004698)	SLC7A11 (ENSACCG00020004716)	PCDH18 (ENSACCG00020004729)	PCDH10 (ENSACCG00020004741)	ENSACCG00020004749	C4orf33 (ENSACCG00020004752)	SCLT1 (ENSACCG00020004760)	JADE1 (ENSACCG00020004769)
Kakapo	MODERN SPECIES	24	HHIP (ENSSHBG00005017242)	SMARCA5 (ENSSHBG00005017362)	GAB1 (ENSSHBG00005019461)	USP38 (ENSSHBG00005019470)	ENSSHBG00005019474	INPP4B (ENSSHBG00005019479)	IL15 (ENSSHBG00005019486)	ZNF330 (ENSSHBG00005019490)	RNF150 (ENSSHBG00005019495)	TBC1D9 (ENSSHBG00005019503)	ELMOD2 (ENSSHBG00005019507)	ENSSHBG00005019510	ENSSHBG00005019516	CLGN (ENSSHBG00005019521) ##21	SCOC (ENSSHBG00005019524)	MAML3 (ENSSHBG00005019526) ##22	MGST2 (ENSSHBG00005019528)	SETD7 (ENSSHBG00005019529)	ENSSHBG00005019531	RAB33B (ENSSHBG00005019533)	NAA15 (ENSSHBG00005019557)	ENSSHBG00005019674	ELF2 (ENSSHBG00005019685)	NOCT (ENSSHBG00005019690)	ENSSHBG00005019691	SLC7A11 (ENSSHBG00005019696)	PCDH18 (ENSSHBG00005019701)	PCDH10 (ENSSHBG00005019708)	ENSSHBG00005019714	C4orf33 (ENSSHBG00005019745)	SCLT1 (ENSSHBG00005019749)
Passeriformes	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000017405	ENSGT00940000160856	ENSGT00940000157583	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00390000004827	ENSGT00390000008183	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT01030000235247	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT01030000234904	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247	ENSGT00940000159744
Great tit	MODERN SPECIES	23	ENSPMJG00000008324	KLHL8 (ENSPMJG00000008322)	SMARCA5 (ENSPMJG00000008316)	GAB1 (ENSPMJG00000008314)	USP38 (ENSPMJG00000008289)	INPP4B (ENSPMJG00000008257)	IL15 (ENSPMJG00000008228)	ZNF330 (ENSPMJG00000008227)	ENSPMJG00000008225	RNF150 (ENSPMJG00000008224)	TBC1D9 (ENSPMJG00000008167)	ELMOD2 (ENSPMJG00000008165)	MGAT4D (ENSPMJG00000008164)	CLGN (ENSPMJG00000008161) ##21	SCOC (ENSPMJG00000008094)	MAML3 (ENSPMJG00000008093) ##22	SETD7 (ENSPMJG00000008010)	ENSPMJG00000008009	RAB33B (ENSPMJG00000008008)	NAA15 (ENSPMJG00000008006)	ENSPMJG00000007945	C4orf33 (ENSPMJG00000007931)	SCLT1 (ENSPMJG00000007930)	JADE1 (ENSPMJG00000007922)	PGRMC2 (ENSPMJG00000007919)	LARP1B (ENSPMJG00000007861)	ABHD18 (ENSPMJG00000007858)	MFSD8 (ENSPMJG00000007855)	PLK4 (ENSPMJG00000007852)	HSPA4L (ENSPMJG00000007851)	INTU (ENSPMJG00000007850)
Passeriformes_d	DUPLICATION
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183201.b.b.a.s ##22
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES																	ENSGT00950000183201.b.b.a.s ##22
Medium ground finch	MODERN SPECIES	156				SMARCA5 (ENSGFOG00000006931)	GAB1 (ENSGFOG00000006892)	USP38 (ENSGFOG00000006876)	IL15 (ENSGFOG00000006861)	INPP4B (ENSGFOG00000006820)	ZNF330 (ENSGFOG00000006807)	RNF150 (ENSGFOG00000006804)	TBC1D9 (ENSGFOG00000005171)	ELMOD2 (ENSGFOG00000005110)	MGAT4D (ENSGFOG00000004985)	CLGN (ENSGFOG00000004932) ##21	SCOC (ENSGFOG00000004919)	ENSGFOG00000004903 ##22	ENSGFOG00000004897 ##22	SETD7 (ENSGFOG00000004890)	ENSGFOG00000004883	RAB33B (ENSGFOG00000004877)	NAA15 (ENSGFOG00000004860)	ENSGFOG00000004827	ELF2 (ENSGFOG00000004812)	NOCT (ENSGFOG00000004806)
Passeriformes_d	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000017405	ENSGT00940000160856	ENSGT00940000157583	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587.i	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.b	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a.t ##22	ENSGT00390000004827	ENSGT00390000008183	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT01030000235247	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT01030000234904	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247	ENSGT00940000159744
Passeriformes_g	ANCESTRAL SPECIES	59				ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587.i	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.b	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a.t ##22	ENSGT00390000004827	ENSGT00390000008183	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT01030000235247	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249
Passeroidea	ANCESTRAL SPECIES	61				ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587.i	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171.b	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a.t ##22	ENSGT00390000004827	ENSGT00390000008183	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT01030000235247	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249
Common canary	MODERN SPECIES	48	SMARCA5 (ENSSCAG00000012608)	ENSSCAG00000012620	ENSSCAG00000012621	ENSSCAG00000012622	GAB1 (ENSSCAG00000012630)	USP38 (ENSSCAG00000012638)	INPP4B (ENSSCAG00000012655)	IL15 (ENSSCAG00000012668)	ZNF330 (ENSSCAG00000012672)	RNF150 (ENSSCAG00000012679)	TBC1D9 (ENSSCAG00000012722)	ELMOD2 (ENSSCAG00000012951)	MGAT4D (ENSSCAG00000012957)	CLGN (ENSSCAG00000012966) ##21	SCOC (ENSSCAG00000012976)	MAML3 (ENSSCAG00000012979) ##22	SETD7 (ENSSCAG00000012985)	ENSSCAG00000012990	RAB33B (ENSSCAG00000012996)	NAA15 (ENSSCAG00000012999)	ENSSCAG00000013012	ELF2 (ENSSCAG00000013024)	NOCT (ENSSCAG00000013027)	PCDH18 (ENSSCAG00000013030)
Zebra finch	MODERN SPECIES	25	NAA15 (ENSTGUG00000002442)	RAB33B (ENSTGUG00000022994)	SETD7 (ENSTGUG00000028538)	SMARCA5 (ENSTGUG00000002408)	GAB1 (ENSTGUG00000002400)	USP38 (ENSTGUG00000002389)	INPP4B (ENSTGUG00000021408)	ENSTGUG00000025612	ENSTGUG00000002368	ZNF330 (ENSTGUG00000002360)	RNF150 (ENSTGUG00000029099)	TBC1D9 (ENSTGUG00000002325)	ELMOD2 (ENSTGUG00000028132)	ENSTGUG00000002287	SCOC (ENSTGUG00000026865)	MAML3 (ENSTGUG00000002284) ##22	ENSTGUG00000002283	KLHL8 (ENSTGUG00000002275)	HSD17B11 (ENSTGUG00000002260)	NUDT9 (ENSTGUG00000002249)	SPARCL1 (ENSTGUG00000002242)	ENSTGUG00000022654	IBSP (ENSTGUG00000002236)	ENSTGUG00000023586	SPP1 (ENSTGUG00000002233)	PKD2 (ENSTGUG00000002213)	ABCG2 (ENSTGUG00000002200)	PLAC8 (ENSTGUG00000002199)	COQ2 (ENSTGUG00000002188)	HPSE (ENSTGUG00000002169)	HELQ (ENSTGUG00000002154)
Medium ground finch	MODERN SPECIES	156			SMARCA5 (ENSGFOG00000006931)	GAB1 (ENSGFOG00000006892)	USP38 (ENSGFOG00000006876)	IL15 (ENSGFOG00000006861)	INPP4B (ENSGFOG00000006820)	ZNF330 (ENSGFOG00000006807)	RNF150 (ENSGFOG00000006804)	TBC1D9 (ENSGFOG00000005171)	ELMOD2 (ENSGFOG00000005110)	MGAT4D (ENSGFOG00000004985)	CLGN (ENSGFOG00000004932) ##21	SCOC (ENSGFOG00000004919)	ENSGFOG00000004903 ##22	ENSGFOG00000004897 ##22	SETD7 (ENSGFOG00000004890)	ENSGFOG00000004883	RAB33B (ENSGFOG00000004877)	NAA15 (ENSGFOG00000004860)	ENSGFOG00000004827	ELF2 (ENSGFOG00000004812)	NOCT (ENSGFOG00000004806)
Flycatcher	MODERN SPECIES	22	HSD17B11 (ENSFALG00000005021)	KLHL8 (ENSFALG00000005003)	SMARCA5 (ENSFALG00000004987)	GAB1 (ENSFALG00000004978)	USP38 (ENSFALG00000004974)	INPP4B (ENSFALG00000004964)	IL15 (ENSFALG00000027447)	ZNF330 (ENSFALG00000022973)	ENSFALG00000027544	ENSFALG00000004942	TBC1D9 (ENSFALG00000004931)	ELMOD2 (ENSFALG00000004921)	MGAT4D (ENSFALG00000004911)	CLGN (ENSFALG00000004907) ##21	SCOC (ENSFALG00000027344)	MAML3 (ENSFALG00000004900) ##22	SETD7 (ENSFALG00000004893)	ENSFALG00000004889	RAB33B (ENSFALG00000023528)	NAA15 (ENSFALG00000004885)	ENSFALG00000026263	ELF2 (ENSFALG00000004881)	NOCT (ENSFALG00000004876)	SLC7A11 (ENSFALG00000004848)	PCDH18 (ENSFALG00000004833)	ENSFALG00000025531	PCDH10 (ENSFALG00000011099)	ENSFALG00000011096	C4orf33 (ENSFALG00000008077)	SCLT1 (ENSFALG00000008081)	JADE1 (ENSFALG00000008083)
Lepidosauria	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000013722	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000016264	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00940000160288	ENSGT00390000004827	ENSGT00390000008183	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT01030000235247	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247	ENSGT00940000159744
tuatara	MODERN SPECIES	22	SMARCA5 (ENSSPUG00000007604)	GAB1 (ENSSPUG00000007733)	USP38 (ENSSPUG00000007753)	ENSSPUG00000007768	ENSSPUG00000007773	INPP4B (ENSSPUG00000007792)	IL15 (ENSSPUG00000007841)	ZNF330 (ENSSPUG00000007853)	ENSSPUG00000007861	RNF150 (ENSSPUG00000007877)	TBC1D9 (ENSSPUG00000007929)	ELMOD2 (ENSSPUG00000007981)	MGAT4D (ENSSPUG00000007992)	CLGN (ENSSPUG00000008019) ##21	SCOC (ENSSPUG00000008058)	ENSSPUG00000008070 ##22	MGST2 (ENSSPUG00000008078)	SETD7 (ENSSPUG00000008084)	ENSSPUG00000008102	RAB33B (ENSSPUG00000008120)	NAA15 (ENSSPUG00000008128)	ELF2 (ENSSPUG00000008145)	NOCT (ENSSPUG00000008160)	SLC7A11 (ENSSPUG00000008169)	PCDH18 (ENSSPUG00000008196)
Episquamata	ANCESTRAL SPECIES	3	ENSGT00390000015089	ENSGT00390000013722	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00390000004827	ENSGT00390000008183	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT01030000235247	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247	ENSGT00940000159744	ENSGT00940000154718
Laterata	ANCESTRAL SPECIES	9	ENSGT00390000015089	ENSGT00390000013722	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00390000004827	ENSGT00390000008183	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT01030000235247	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247	ENSGT00940000159744	ENSGT00940000154718
Common wall lizard	MODERN SPECIES	17	ANAPC10 (ENSPMRG00000013371)	ENSPMRG00000013376	HHIP (ENSPMRG00000013378)	FREM3 (ENSPMRG00000013392)	SMARCA5 (ENSPMRG00000007816)	USP38 (ENSPMRG00000007836)	INPP4B (ENSPMRG00000007851)	ZNF330 (ENSPMRG00000007858)	RNF150 (ENSPMRG00000007860)	TBC1D9 (ENSPMRG00000007862)	ELMOD2 (ENSPMRG00000007868)	MGAT4D (ENSPMRG00000007884)	CLGN (ENSPMRG00000007907) ##21	SCOC (ENSPMRG00000007916)	ENSPMRG00000007920	MAML3 (ENSPMRG00000007924) ##22	SETD7 (ENSPMRG00000007929)	ENSPMRG00000007932	RAB33B (ENSPMRG00000007939)	NAA15 (ENSPMRG00000007950)	ENSPMRG00000007968	ELF2 (ENSPMRG00000007987)	NOCT (ENSPMRG00000007997)	SLC7A11 (ENSPMRG00000008006)	PCDH18 (ENSPMRG00000008014)	ENSPMRG00000008018	ENSPMRG00000008026	PCDH10 (ENSPMRG00000008036)	ENSPMRG00000008053	ENSPMRG00000008059	ENSPMRG00000008071
Argentine black and white tegu	DUPLICATION
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	26	HHIP (ENSSMRG00000019375)	FREM3 (ENSSMRG00000019373)	SMARCA5 (ENSSMRG00000019372)	GAB1 (ENSSMRG00000019371)	ENSSMRG00000019369	USP38 (ENSSMRG00000019368)	INPP4B (ENSSMRG00000019367)	ZNF330 (ENSSMRG00000019365)	RNF150 (ENSSMRG00000019363)	ENSSMRG00000019361	ENSSMRG00000019360	ELMOD2 (ENSSMRG00000019359)	MGAT4D (ENSSMRG00000019358)	CLGN (ENSSMRG00000019357) ##21	SCOC (ENSSMRG00000019356)	ENSSMRG00000019355 ##22
Argentine black and white tegu	MODERN SPECIES	11																ENSSMRG00000015626 ##22	SETD7 (ENSSMRG00000015624)	ENSSMRG00000015621	RAB33B (ENSSMRG00000015620)	NAA15 (ENSSMRG00000015616)	ELF2 (ENSSMRG00000015613)	NOCT (ENSSMRG00000015612)	SLC7A11 (ENSSMRG00000015609)	PCDH18 (ENSSMRG00000015604)	ENSSMRG00000015603	ENSSMRG00000015599	PCDH10 (ENSSMRG00000015597)	ENSSMRG00000015595	C4orf33 (ENSSMRG00000015594)	SCLT1 (ENSSMRG00000015593)	JADE1 (ENSSMRG00000015592)
Toxicofera	ANCESTRAL SPECIES	12	ENSGT00390000015089	ENSGT00390000013722	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00390000004827	ENSGT00390000008183	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT01030000235247	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000158277	ENSGT01030000234904	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247	ENSGT00940000159744
Lizard	MODERN SPECIES	4	GAB1 (ENSACAG00000002955)	ENSACAG00000042595	USP38 (ENSACAG00000002889)	INPP4B (ENSACAG00000002735)	ENSACAG00000034681	ENSACAG00000042416	ZNF330 (ENSACAG00000002683)	RNF150 (ENSACAG00000002648)	TBC1D9 (ENSACAG00000002504)	ELMOD2 (ENSACAG00000037737)	ENSACAG00000036219	ENSACAG00000043952	MGAT4D (ENSACAG00000002396)	CLGN (ENSACAG00000002293) ##21	SCOC (ENSACAG00000040074)	MAML3 (ENSACAG00000002268) ##22	ENSACAG00000043280	ENSACAG00000041429	SETD7 (ENSACAG00000002249)	ENSACAG00000028951	RAB33B (ENSACAG00000002227)	NAA15 (ENSACAG00000002092)	ENSACAG00000036630	ELF2 (ENSACAG00000001979)	NOCT (ENSACAG00000001961)	SLC7A11 (ENSACAG00000001704)	ENSACAG00000042372	ENSACAG00000036169	PCDH18 (ENSACAG00000013347)	ENSACAG00000045211	ENSACAG00000036682
Elapidae	ANCESTRAL SPECIES	11	ENSGT00390000015089	ENSGT00390000013722	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00390000004827	ENSGT00390000008183	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT01030000235247	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247	ENSGT00940000159744	ENSGT00940000154718
Elapidae_a	ANCESTRAL SPECIES	13	ENSGT00390000015089	ENSGT00390000013722	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00390000004827	ENSGT00390000008183	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT01030000235247	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247	ENSGT00940000159744	ENSGT00940000154718.a
Acanthophiinae	ANCESTRAL SPECIES	4	ENSGT00390000015089	ENSGT00390000013722	ENSGT00940000158660	ENSGT00940000162501	ENSGT00940000156733	ENSGT00940000156801	ENSGT00940000158403	ENSGT00940000157587	ENSGT00390000017043	ENSGT00940000156171	ENSGT00940000157878	ENSGT00940000156589	ENSGT00940000161998	ENSGT00950000182915.a.a.b ##21	ENSGT00390000008828	ENSGT00950000183201.b.b.a ##22	ENSGT00390000004827	ENSGT00390000008183	ENSGT00940000157090	ENSGT00950000183174.B.a	ENSGT01030000235247	ENSGT00940000154953	ENSGT00940000155249	ENSGT00940000160324	ENSGT00940000156295	ENSGT00940000158277	ENSGT00390000006284	ENSGT00730000111168	ENSGT00940000158247	ENSGT00940000159744	ENSGT00940000154718.a
Eastern brown snake	MODERN SPECIES	9	ANAPC10 (ENSPTXG00000010146)	HHIP (ENSPTXG00000010144)	ENSPTXG00000010141	ENSPTXG00000010138	SMARCA5 (ENSPTXG00000010134)	GAB1 (ENSPTXG00000010131)	USP38 (ENSPTXG00000010129)	INPP4B (ENSPTXG00000009897)	ZNF330 (ENSPTXG00000009891)	RNF150 (ENSPTXG00000009889)	TBC1D9 (ENSPTXG00000009886)	ELMOD2 (ENSPTXG00000009884)	MGAT4D (ENSPTXG00000009881)	CLGN (ENSPTXG00000009879) ##21	SCOC (ENSPTXG00000009878)	MAML3 (ENSPTXG00000009876) ##22	SETD7 (ENSPTXG00000009875)	ENSPTXG00000009874	RAB33B (ENSPTXG00000009873)	NAA15 (ENSPTXG00000009872)	ENSPTXG00000009870	ELF2 (ENSPTXG00000009869)	NOCT (ENSPTXG00000009867)	SLC7A11 (ENSPTXG00000009866)	PCDH18 (ENSPTXG00000009865)	ENSPTXG00000009863	PCDH10 (ENSPTXG00000009862)	ENSPTXG00000009861	C4orf33 (ENSPTXG00000009860)	SCLT1 (ENSPTXG00000009850)	JADE1 (ENSPTXG00000009847)
Mainland tiger snake	DUPLICATION
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	24	HHIP (ENSNSUG00000005097)	ENSNSUG00000005129	ENSNSUG00000005135	SMARCA5 (ENSNSUG00000005138)	GAB1 (ENSNSUG00000005191)	USP38 (ENSNSUG00000005347)	ENSNSUG00000005428	INPP4B (ENSNSUG00000005430)	ZNF330 (ENSNSUG00000005776)	RNF150 (ENSNSUG00000005778)	TBC1D9 (ENSNSUG00000005783)	ELMOD2 (ENSNSUG00000005870)	MGAT4D (ENSNSUG00000005895)	CLGN (ENSNSUG00000005899) ##21	SCOC (ENSNSUG00000005902)	ENSNSUG00000005903 ##22	SETD7 (ENSNSUG00000005904)	RAB33B (ENSNSUG00000005905)	NAA15 (ENSNSUG00000005907)	ENSNSUG00000005909	ELF2 (ENSNSUG00000005910)	NOCT (ENSNSUG00000005912)	SLC7A11 (ENSNSUG00000005914)	PCDH18 (ENSNSUG00000006091)	ENSNSUG00000006093	PCDH10 (ENSNSUG00000006097)	ENSNSUG00000006099
Mainland tiger snake	MODERN SPECIES	2039																ENSNSUG00000001664 ##22
Blue-lipped sea krait	DUPLICATION
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	527																ENSLLTG00000009517 ##22
Blue-lipped sea krait	MODERN SPECIES	1805																ENSLLTG00000011885 ##22
Indian cobra	DUPLICATION
Indian cobra	MODERN SPECIES	3	ANAPC10 (ENSNNAG00000011097)	HHIP (ENSNNAG00000011159)	FREM3 (ENSNNAG00000011252)	SMARCA5 (ENSNNAG00000011601)	GAB1 (ENSNNAG00000011879)	USP38 (ENSNNAG00000011989)	INPP4B (ENSNNAG00000012068)	ZNF330 (ENSNNAG00000012380)	RNF150 (ENSNNAG00000012408)	TBC1D9 (ENSNNAG00000012434)	ELMOD2 (ENSNNAG00000012545)	MGAT4D (ENSNNAG00000012606)	CLGN (ENSNNAG00000012667) ##21	SCOC (ENSNNAG00000012713)	ENSNNAG00000012770 ##22	ENSNNAG00000012782 ##22	SETD7 (ENSNNAG00000012814)	RAB33B (ENSNNAG00000012837)	NAA15 (ENSNNAG00000003008)	ENSNNAG00000003022	ELF2 (ENSNNAG00000003031)	NOCT (ENSNNAG00000003044)	SLC7A11 (ENSNNAG00000003051)	ENSNNAG00000003067	ENSNNAG00000003073	PCDH10 (ENSNNAG00000003086)	ENSNNAG00000003102	C4orf33 (ENSNNAG00000003112)	SCLT1 (ENSNNAG00000003127)	JADE1 (ENSNNAG00000003190)	LARP1B (ENSNNAG00000003244)
Indian cobra	MODERN SPECIES	3	ABCE1 (ENSNNAG00000010986)	ANAPC10 (ENSNNAG00000011097)	HHIP (ENSNNAG00000011159)	FREM3 (ENSNNAG00000011252)	SMARCA5 (ENSNNAG00000011601)	GAB1 (ENSNNAG00000011879)	USP38 (ENSNNAG00000011989)	INPP4B (ENSNNAG00000012068)	ZNF330 (ENSNNAG00000012380)	RNF150 (ENSNNAG00000012408)	TBC1D9 (ENSNNAG00000012434)	ELMOD2 (ENSNNAG00000012545)	MGAT4D (ENSNNAG00000012606)	CLGN (ENSNNAG00000012667) ##21	SCOC (ENSNNAG00000012713)	ENSNNAG00000012770 ##22	ENSNNAG00000012782 ##22	SETD7 (ENSNNAG00000012814)	RAB33B (ENSNNAG00000012837)	NAA15 (ENSNNAG00000003008)	ENSNNAG00000003022	ELF2 (ENSNNAG00000003031)	NOCT (ENSNNAG00000003044)	SLC7A11 (ENSNNAG00000003051)	ENSNNAG00000003067	ENSNNAG00000003073	PCDH10 (ENSNNAG00000003086)	ENSNNAG00000003102	C4orf33 (ENSNNAG00000003112)	SCLT1 (ENSNNAG00000003127)	JADE1 (ENSNNAG00000003190)