Boreoeutheria ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000165693 ENSGT00940000157674 ENSGT00940000165352 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.r ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082 ENSGT00900000141128 ENSGT00940000153348.A Laurasiatheria ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000165693 ENSGT00940000157674 ENSGT00940000165352 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.r ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082.b ENSGT00900000141128 ENSGT00940000153348.A Laurasiatheria_a ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000165693 ENSGT00940000157674 ENSGT00940000165352 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000169524 ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00940000163452 ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.r ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.a ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082.b ENSGT00940000166736 Artiodactyla ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000165693 ENSGT00940000157674 ENSGT00940000165352 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000169524 ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00940000163452 ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.a ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082.b ENSGT00940000166736 ENSGT00900000141128 Artiodactyla_a ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000165693 ENSGT00940000157674 ENSGT00940000154537 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000169524 ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00940000163452 ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.a ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082.b ENSGT00940000166736 ENSGT00900000141128 Artiodactyla_b ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000165693 ENSGT00940000157674 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000169524 ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00940000163452 ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.a ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082.b ENSGT00940000166736 ENSGT00900000141128 Pecora DUPLICATION Pecora DUPLICATION Pecora DUPLICATION Pecora DUPLICATION Pecora DUPLICATION Pecora DUPLICATION Pecora DUPLICATION Pecora DUPLICATION Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a #22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a #22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a #22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a #22 Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a.b.a.a.a #22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a.b.a.a.a #22 Domestic yak MODERN SPECIES 26 FRMPD1 (ENSBGRG00000001734) TOMM5 (ENSBGRG00000001778) FBXO10 (ENSBGRG00000001797) POLR1E (ENSBGRG00000001858) ZBTB5 (ENSBGRG00000001906) GRHPR (ENSBGRG00000001921) ZCCHC7 (ENSBGRG00000001955) PAX5 (ENSBGRG00000002053) MELK (ENSBGRG00000002583) ENSBGRG00000002964 GNE (ENSBGRG00000003060) CLTA (ENSBGRG00000003148) CCIN (ENSBGRG00000003242) GLIPR2 (ENSBGRG00000003251) RECK (ENSBGRG00000003292) ENSBGRG00000003395 #22 ENSBGRG00000003399 ENSBGRG00000003425 ENSBGRG00000003428 ENSBGRG00000003434 OR2S2 (ENSBGRG00000003440) HRCT1 (ENSBGRG00000003456) ENSBGRG00000003464 ENSBGRG00000003469 ENSBGRG00000003478 ENSBGRG00000003484 ENSBGRG00000003488 ENSBGRG00000003500 ENSBGRG00000003508 ENSBGRG00000003523 TMEM8B (ENSBGRG00000003535) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a.b.a.a.a #22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 2 ENSBIXG00005007030 ENSBIXG00005016402 ENSBIXG00005016421 MRPL19 (ENSBIXG00005016457) GCFC2 (ENSBIXG00005007325) SANBR (ENSBIXG00005016730) PEX13 (ENSBIXG00005016781) PUS10 (ENSBIXG00005016829) REL (ENSBIXG00005016889) PAPOLG (ENSBIXG00005016967) BCL11A (ENSBIXG00005017091) ENSBIXG00005017155 ENSBIXG00005017166 FANCL (ENSBIXG00005017270) VRK2 (ENSBIXG00005017329) ENSBIXG00005017352 #22 CCDC85A (ENSBIXG00005002841) EFEMP1 (ENSBIXG00005017663) PNPT1 (ENSBIXG00005017706) PPP4R3B (ENSBIXG00005017770) CFAP36 (ENSBIXG00005017832) CCDC88A (ENSBIXG00005017956) ENSBIXG00005017989 MTIF2 (ENSBIXG00005002925) ENSBIXG00005018073 CLHC1 (ENSBIXG00005018120) RTN4 (ENSBIXG00005018220) EML6 (ENSBIXG00005018364) SPTBN1 (ENSBIXG00005003004) C2orf73 (ENSBIXG00005018616) ENSBIXG00005018704 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a.b.a.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a.b.a.a.b ##22 Domestic yak DUPLICATION Domestic yak MODERN SPECIES 8 STOML1 (ENSBGRG00000005102) LOXL1 (ENSBGRG00000005233) ENSBGRG00000005247 ENSBGRG00000005257 ENSBGRG00000005275 ENSBGRG00000005304 ENSBGRG00000005318 ENSBGRG00000005341 ENSBGRG00000005384 ENSBGRG00000005401 ENSBGRG00000005455 ENSBGRG00000005616 STXBP6 (ENSBGRG00000005667) NOVA1 (ENSBGRG00000005746) ENSBGRG00000005891 ENSBGRG00000005905 ##22 FOXG1 (ENSBGRG00000005921) PRKD1 (ENSBGRG00000006007) G2E3 (ENSBGRG00000006521) SCFD1 (ENSBGRG00000006679) ENSBGRG00000006918 COCH (ENSBGRG00000006941) STRN3 (ENSBGRG00000007105) AP4S1 (ENSBGRG00000007586) HECTD1 (ENSBGRG00000007751) ENSBGRG00000007953 HEATR5A (ENSBGRG00000007992) DTD2 (ENSBGRG00000008143) NUBPL (ENSBGRG00000008223) ENSBGRG00000008307 ENSBGRG00000008358 Domestic yak MODERN SPECIES 7 ENSBGRG00000022639 NAA15 (ENSBGRG00000022725) ENSBGRG00000003696 ENSBGRG00000003713 ENSBGRG00000003729 ELF2 (ENSBGRG00000003822) NOCT (ENSBGRG00000004313) SLC7A11 (ENSBGRG00000004375) ENSBGRG00000004441 PCDH18 (ENSBGRG00000004464) ENSBGRG00000004537 PABPC4L (ENSBGRG00000004569) ENSBGRG00000004583 PCDH10 (ENSBGRG00000004606) ENSBGRG00000004659 ENSBGRG00000004691 ##22 ENSBGRG00000004713 C4orf33 (ENSBGRG00000004745) SCLT1 (ENSBGRG00000004845) JADE1 (ENSBGRG00000005261) PGRMC2 (ENSBGRG00000005359) ENSBGRG00000005426 LARP1B (ENSBGRG00000005499) ENSBGRG00000005950 ENSBGRG00000005966 ENSBGRG00000005975 ENSBGRG00000005991 ABHD18 (ENSBGRG00000006030) MFSD8 (ENSBGRG00000006233) PLK4 (ENSBGRG00000008016) HSPA4L (ENSBGRG00000009049) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a.b.a.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 1 SPATA7 (ENSBIXG00005018804) PTPN21 (ENSBIXG00005003055) ZC3H14 (ENSBIXG00005018720) EML5 (ENSBIXG00005018537) TTC8 (ENSBIXG00005005433) ENSBIXG00005018265 ENSBIXG00005018260 FOXN3 (ENSBIXG00005018246) ENSBIXG00005005853 ENSBIXG00005018194 ENSBIXG00005018158 TDP1 (ENSBIXG00005018123) KCNK13 (ENSBIXG00005018109) PSMC1 (ENSBIXG00005018095) NRDE2 (ENSBIXG00005018066) ENSBIXG00005018030 ##22 ENSBIXG00005018018 ENSBIXG00005017971 TTC7B (ENSBIXG00005017943) RPS6KA5 (ENSBIXG00005017868) GOLM2 (ENSBIXG00005002889) CTDSPL2 (ENSBIXG00005017749) EIF3J (ENSBIXG00005017675) SPG11 (ENSBIXG00005017623) PATL2 (ENSBIXG00005017588) B2M (ENSBIXG00005017478) ENSBIXG00005017408 TRIM69 (ENSBIXG00005017385) TERB2 (ENSBIXG00005017219) Bos ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000157199 ENSGT00940000159206 ENSGT00940000153288.a.b.a.a ENSGT00390000014940 ENSGT00940000157703 ENSGT00390000003837 ENSGT00940000154412.A ENSGT00520000057704 ENSGT00940000155742 ENSGT00950000183158.E ENSGT00940000159700 ENSGT00390000006753.B ENSGT00940000161018 ENSGT00530000063851.b ENSGT01050000244857.C.a.b ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000154451.l.b.b.a.a.a ENSGT00390000017923 ENSGT00940000158245.h ENSGT00940000158124 ENSGT00390000009391.b ENSGT00390000016270 ENSGT00940000162308 ENSGT00940000163393 ENSGT00390000013425 ENSGT00910000148765 ENSGT00390000005569.x.a.b.b.a.b.a.g ENSGT00940000157695 ENSGT00940000159536 ENSGT00940000154155.d ENSGT00940000154155.c Bos_a ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000157199 ENSGT00940000159206 ENSGT00940000153288.a.b.a.a ENSGT00390000014940 ENSGT00940000157703 ENSGT00390000003837 ENSGT00940000154412.A ENSGT00520000057704 ENSGT00940000155742 ENSGT00950000183158.E ENSGT00940000159700 ENSGT00390000006753.B ENSGT00940000161018 ENSGT00530000063851.b ENSGT01050000244857.C.a.b ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000154451.l.b.b.a.a.a ENSGT00390000017923 ENSGT00940000158245.h ENSGT00940000158245.g.a ENSGT00940000158124 ENSGT00390000009391.b ENSGT00390000016270 ENSGT00940000162308 ENSGT00940000163393 ENSGT00390000013425 ENSGT00910000148765 ENSGT00390000005569.x.a.b.b.a.b.a.g ENSGT00940000157695 ENSGT00940000159536 ENSGT00940000154155.d Domestic yak MODERN SPECIES 27 MARCHF3 (ENSBGRG00000008967) ENSBGRG00000008935 C5orf63 (ENSBGRG00000008873) ENSBGRG00000008837 MEGF10 (ENSBGRG00000008508) PRRC1 (ENSBGRG00000008391) CTXN3 (ENSBGRG00000008368) CCDC192 (ENSBGRG00000008261) SLC12A2 (ENSBGRG00000007726) FBN2 (ENSBGRG00000006565) SLC27A6 (ENSBGRG00000006456) ISOC1 (ENSBGRG00000006432) ADAMTS19 (ENSBGRG00000006107) MINAR2 (ENSBGRG00000006068) CHSY3 (ENSBGRG00000006040) ENSBGRG00000006031 ##22 ENSBGRG00000005988 LYRM7 (ENSBGRG00000005901) CDC42SE2 (ENSBGRG00000005840) RAPGEF6 (ENSBGRG00000004428) FNIP1 (ENSBGRG00000003867) MEIKIN (ENSBGRG00000003671) ENSBGRG00000003485 ENSBGRG00000003437 CSF2 (ENSBGRG00000003385) ENSBGRG00000003376 ENSBGRG00000003354 ENSBGRG00000003349 P4HA2 (ENSBGRG00000003333) PDLIM4 (ENSBGRG00000003303) SLC22A5 (ENSBGRG00000003191) Bos_b ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00940000157199 ENSGT00940000159206 ENSGT00940000153288.a.b.a.a ENSGT00390000014940 ENSGT00940000157703 ENSGT00390000003837 ENSGT00940000154412.A ENSGT00520000057704 ENSGT00940000155742 ENSGT00950000183158.E ENSGT00940000159700 ENSGT00390000006753.B ENSGT00940000161018 ENSGT00530000063851.b ENSGT01050000244857.C.a.b ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a.b.a.b ##22 ENSGT00940000154451.l.b.b.a.a.a ENSGT00390000017923 ENSGT00940000158245.h ENSGT00940000158124 ENSGT00390000009391.b ENSGT00390000016270 ENSGT00940000162308 ENSGT00940000163393 ENSGT00390000013425 ENSGT00910000148765 ENSGT00390000005569.x.a.b.b.a.b.a.g ENSGT00940000157695 ENSGT00940000159536 ENSGT00940000154155.d ENSGT00940000154155.c Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 26 MARCHF3 (ENSBIXG00005020248) ENSBIXG00005020236 ENSBIXG00005020233 ENSBIXG00005020217 MEGF10 (ENSBIXG00005007833) PRRC1 (ENSBIXG00005020137) CTXN3 (ENSBIXG00005020112) CCDC192 (ENSBIXG00005020096) SLC12A2 (ENSBIXG00005020051) FBN2 (ENSBIXG00005019939) SLC27A6 (ENSBIXG00005019829) ISOC1 (ENSBIXG00005019782) ADAMTS19 (ENSBIXG00005019701) MINAR2 (ENSBIXG00005019454) CHSY3 (ENSBIXG00005003163) ENSBIXG00005003159 ##22 ENSBIXG00005007666 LYRM7 (ENSBIXG00005019371) ENSBIXG00005019341 ENSBIXG00005000039 CDC42SE2 (ENSBIXG00005019311) RAPGEF6 (ENSBIXG00005019255) FNIP1 (ENSBIXG00005019115) MEIKIN (ENSBIXG00005019016) ACSL6 (ENSBIXG00005018873) ENSBIXG00005018475 CSF2 (ENSBIXG00005018445) ENSBIXG00005018432 P4HA2 (ENSBIXG00005018175) PDLIM4 (ENSBIXG00005006587) SLC22A5 (ENSBIXG00005002930) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a.b.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a.b.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 12 MBTPS1 (ENSBGRG00000016838) SLC38A8 (ENSBGRG00000017192) ENSBGRG00000017454 MLYCD (ENSBGRG00000018041) HSBP1 (ENSBGRG00000018120) CDH13 (ENSBGRG00000018217) MPHOSPH6 (ENSBGRG00000019000) HSD17B2 (ENSBGRG00000019120) SDR42E1 (ENSBGRG00000019208) PLCG2 (ENSBGRG00000019275) CMIP (ENSBGRG00000020212) ENSBGRG00000022460 GAN (ENSBGRG00000022506) BCO1 (ENSBGRG00000022755) ENSBGRG00000022947 ENSBGRG00000023167 ##22 ENSBGRG00000023174 ENSBGRG00000023192 C16orf46 (ENSBGRG00000023267) ATMIN (ENSBGRG00000023349) CENPN (ENSBGRG00000023413) CMC2 (ENSBGRG00000023563) CDYL2 (ENSBGRG00000023605) DYNLRB2 (ENSBGRG00000023709) MAF (ENSBGRG00000023768) WWOX (ENSBGRG00000023828) ENSBGRG00000024103 CLEC3A (ENSBGRG00000024115) VAT1L (ENSBGRG00000024156) ENSBGRG00000024244 ADAMTS18 (ENSBGRG00000024315) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 12 CENPK (ENSBIXG00005006223) PPWD1 (ENSBIXG00005014507) TRIM23 (ENSBIXG00005007536) SHLD3 (ENSBIXG00005014529) TRAPPC13 (ENSBIXG00005014577) ENSBIXG00005002033 SGTB (ENSBIXG00005014614) NLN (ENSBIXG00005014653) ERBIN (ENSBIXG00005014855) SREK1 (ENSBIXG00005014913) MAST4 (ENSBIXG00005002227) CD180 (ENSBIXG00005015201) ENSBIXG00005007018 PIK3R1 (ENSBIXG00005015321) ENSBIXG00005015356 ENSBIXG00005006232 ##22 SLC30A5 (ENSBIXG00005015407) ENSBIXG00005015430 CENPH (ENSBIXG00005015456) ENSBIXG00005007280 ENSBIXG00005002296 ENSBIXG00005007021 ##22 CDK7 (ENSBIXG00005015531) CCDC125 (ENSBIXG00005015605) TAF9 (ENSBIXG00005015644) AK6 (ENSBIXG00005015773) RAD17 (ENSBIXG00005002681) MARVELD2 (ENSBIXG00005016799) OCLN (ENSBIXG00005002723) ENSBIXG00005016916 NAIP (ENSBIXG00005002770) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 69 SLC25A43 (ENSBGRG00000021160) ENSBGRG00000021228 PGRMC1 (ENSBGRG00000021264) ENSBGRG00000021339 ENSBGRG00000021357 LONRF3 (ENSBGRG00000021393) ENSBGRG00000021533 IL13RA1 (ENSBGRG00000021560) DOCK11 (ENSBGRG00000017494) ENSBGRG00000022215 ##22 WDR44 (ENSBGRG00000022248) KLHL13 (ENSBGRG00000022733) ENSBGRG00000023301 CT83 (ENSBGRG00000023348) ENSBGRG00000023409 ENSBGRG00000023597 ##22 AGTR2 (ENSBGRG00000023604) KLHL4 (ENSBGRG00000023650) ENSBGRG00000023707 ENSBGRG00000023781 ENSBGRG00000023801 ENSBGRG00000023831 ENSBGRG00000023863 ENSBGRG00000023885 ZNF449 (ENSBGRG00000023903) ENSBGRG00000023923 MOSPD1 (ENSBGRG00000023960) PABIR2 (ENSBGRG00000024102) PLAC1 (ENSBGRG00000024277) ENSBGRG00000024406 PHF6 (ENSBGRG00000024510) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 27 WDR36 (ENSBGRG00000011017) ENSBGRG00000010963 ENSBGRG00000010836 SLC25A46 (ENSBGRG00000010751) ENSBGRG00000010714 TMEM232 (ENSBGRG00000010616) ENSBGRG00000010594 ENSBGRG00000010578 ##22 ENSBGRG00000010561 MAN2A1 (ENSBGRG00000021097) PJA2 (ENSBGRG00000020960) ENSBGRG00000020947 FER (ENSBGRG00000020545) FBXL17 (ENSBGRG00000020392) EFNA5 (ENSBGRG00000020213) ENSBGRG00000020177 ##22 NUDT12 (ENSBGRG00000020016) ENSBGRG00000019799 MACIR (ENSBGRG00000019769) ENSBGRG00000019734 PPIP5K2 (ENSBGRG00000019149) GIN1 (ENSBGRG00000019005) ENSBGRG00000018984 PAM (ENSBGRG00000018494) SLCO4C1 (ENSBGRG00000017759) ST8SIA4 (ENSBGRG00000017706) FAM174A (ENSBGRG00000017661) ENSBGRG00000017613 CHD1 (ENSBGRG00000017292) RGMB (ENSBGRG00000017176) RIOK2 (ENSBGRG00000016712) Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.a.a.b.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.a.a.b.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 23 HOXA2 (ENSBIXG00005015454) HOXA1 (ENSBIXG00005015513) ENSBIXG00005007546 SKAP2 (ENSBIXG00005002343) ENSBIXG00005015618 SNX10 (ENSBIXG00005015700) CBX3 (ENSBIXG00005015743) ENSBIXG00005015830 NFE2L3 (ENSBIXG00005015851) NPVF (ENSBIXG00005015893) C7orf31 (ENSBIXG00005015905) ENSBIXG00005015956 OSBPL3 (ENSBIXG00005016040) ENSBIXG00005016073 GSDME (ENSBIXG00005016114) ENSBIXG00005016118 ##22 PALS2 (ENSBIXG00005016242) NPY (ENSBIXG00005005722) STK31 (ENSBIXG00005016477) ENSBIXG00005016514 ADAM22 (ENSBIXG00005016837) SRI (ENSBIXG00005016923) ENSBIXG00005007515 STEAP4 (ENSBIXG00005016949) TEX47 (ENSBIXG00005017000) ZNF804B (ENSBIXG00005017015) ENSBIXG00005017077 STEAP2 (ENSBIXG00005006865) ENSBIXG00005007285 FAM237B (ENSBIXG00005017170) CFAP69 (ENSBIXG00005017368) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.a.a.b.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 26 CEP78 (ENSBGRG00000015625) GNAQ (ENSBGRG00000018521) GNA14 (ENSBGRG00000018676) ENSBGRG00000018726 VPS13A (ENSBGRG00000018767) FOXB2 (ENSBGRG00000019072) PRUNE2 (ENSBGRG00000019111) GCNT1 (ENSBGRG00000019923) RFK (ENSBGRG00000019943) PCSK5 (ENSBGRG00000020040) ENSBGRG00000020946 OSTF1 (ENSBGRG00000020958) NMRK1 (ENSBGRG00000021061) CARNMT1 (ENSBGRG00000021200) ENSBGRG00000021340 ENSBGRG00000021355 ##22 ENSBGRG00000021369 TRPM6 (ENSBGRG00000021396) ENSBGRG00000021723 RORB (ENSBGRG00000021739) ENSBGRG00000021937 ENSBGRG00000021968 ENSBGRG00000022028 ENSBGRG00000022195 TMC1 (ENSBGRG00000022319) ENSBGRG00000022352 ZFAND5 (ENSBGRG00000022368) ENSBGRG00000022416 ENSBGRG00000022438 GDA (ENSBGRG00000022461) ENSBGRG00000022780 ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.a.a.b.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.a.a.b.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 11 FRZB (ENSBGRG00000002408) ENSBGRG00000002393 DNAJC10 (ENSBGRG00000002186) ENSBGRG00000002156 PDE1A (ENSBGRG00000001740) PPP1R1C (ENSBGRG00000001643) ITPRID2 (ENSBGRG00000001467) NEUROD1 (ENSBGRG00000001450) CERKL (ENSBGRG00000001342) ITGA4 (ENSBGRG00000001314) UBE2E3 (ENSBGRG00000001286) ENSBGRG00000001267 CWC22 (ENSBGRG00000001221) ENSBGRG00000001208 ZNF385B (ENSBGRG00000001148) ENSBGRG00000001135 ##22 SESTD1 (ENSBGRG00000001115) CCDC141 (ENSBGRG00000001017) ENSBGRG00000000967 ENSBGRG00000000936 ENSBGRG00000000926 ENSBGRG00000000896 PLEKHA3 (ENSBGRG00000000848) FKBP7 (ENSBGRG00000000806) PJVK (ENSBGRG00000000796) PRKRA (ENSBGRG00000000775) OSBPL6 (ENSBGRG00000000437) ENSBGRG00000000374 RBM45 (ENSBGRG00000000341) ENSBGRG00000000328 ENSBGRG00000000319 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.a.a.b.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 15 DUSP22 (ENSBIXG00005024030) IRF4 (ENSBIXG00005024061) EXOC2 (ENSBIXG00005002582) FOXQ1 (ENSBIXG00005024190) FOXF2 (ENSBIXG00005024208) GMDS (ENSBIXG00005024373) MYLK4 (ENSBIXG00005024549) WRNIP1 (ENSBIXG00005006680) SERPINB1 (ENSBIXG00005024645) SERPINB9 (ENSBIXG00005024704) ENSBIXG00005024919 ENSBIXG00005024949 ##22 ENSBIXG00005025063 NQO2 (ENSBIXG00005025196) ENSBIXG00005025217 RIPK1 (ENSBIXG00005004294) BPHL (ENSBIXG00005025316) ENSBIXG00005025336 TUBB2A (ENSBIXG00005025393) PSMG4 (ENSBIXG00005025413) SLC22A23 (ENSBIXG00005004357) PXDC1 (ENSBIXG00005025631) PRPF4B (ENSBIXG00005025750) FAM217A (ENSBIXG00005025792) ENSBIXG00005025813 ECI2 (ENSBIXG00005025904) ENSBIXG00005025934 Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.a.b.a.a ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.a.b.a.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 14 DENND6A (ENSBGRG00000024720) SLMAP (ENSBGRG00000024830) FLNB (ENSBGRG00000025399) DNASE1L3 (ENSBGRG00000025974) ABHD6 (ENSBGRG00000026051) ENSBGRG00000026068 ENSBGRG00000026079 PXK (ENSBGRG00000026115) PDHB (ENSBGRG00000026264) KCTD6 (ENSBGRG00000026274) ACOX2 (ENSBGRG00000026285) ENSBGRG00000026305 FAM3D (ENSBGRG00000026326) CFAP20DC (ENSBGRG00000026346) FHIT (ENSBGRG00000026409) ENSBGRG00000026413 ##22 ENSBGRG00000026418 ENSBGRG00000026422 ENSBGRG00000026423 ENSBGRG00000026428 PTPRG (ENSBGRG00000026439) ENSBGRG00000026498 C3orf14 (ENSBGRG00000026503) FEZF2 (ENSBGRG00000026510) ENSBGRG00000026531 SYNPR (ENSBGRG00000026605) SNTN (ENSBGRG00000026611) ENSBGRG00000026614 C3orf49 (ENSBGRG00000026615) THOC7 (ENSBGRG00000026618) ATXN7 (ENSBGRG00000026626) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.a.b.a.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 16 HRH4 (ENSBIXG00005016024) IMPACT (ENSBIXG00005016003) ENSBIXG00005015918 ENSBIXG00005015877 ENSBIXG00005015863 TTC39C (ENSBIXG00005000166) LAMA3 (ENSBIXG00005015748) ENSBIXG00005015416 ##22 ANKRD29 (ENSBIXG00005015389) NPC1 (ENSBIXG00005006342) RMC1 (ENSBIXG00005002251) RIOK3 (ENSBIXG00005015293) TMEM241 (ENSBIXG00005002244) CABLES1 (ENSBIXG00005015196) RBBP8 (ENSBIXG00005002216) ENSBIXG00005002193 ##22 GATA6 (ENSBIXG00005002184) MIB1 (ENSBIXG00005014903) ABHD3 (ENSBIXG00005005410) ENSBIXG00005014854 ESCO1 (ENSBIXG00005002128) GREB1L (ENSBIXG00005014753) ENSBIXG00005005636 ROCK1 (ENSBIXG00005014500) ENSBIXG00005014411 USP14 (ENSBIXG00005014390) ENSBIXG00005014256 THOC1 (ENSBIXG00005014244) COLEC12 (ENSBIXG00005014170) ENSBIXG00005014136 CETN1 (ENSBIXG00005001842) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.a.b.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.a.b.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 22 WLS (ENSBGRG00000008504) DIRAS3 (ENSBGRG00000008874) ENSBGRG00000008894 ENSBGRG00000008913 ENSBGRG00000008938 GADD45A (ENSBGRG00000008972) SERBP1 (ENSBGRG00000009099) IL12RB2 (ENSBGRG00000009248) ENSBGRG00000009394 ENSBGRG00000009413 ENSBGRG00000009440 ENSBGRG00000009539 ENSBGRG00000009599 SLC35D1 (ENSBGRG00000009631) MIER1 (ENSBGRG00000009812) ENSBGRG00000010112 ##22 DNAI4 (ENSBGRG00000010128) INSL5 (ENSBGRG00000010455) DYNLT5 (ENSBGRG00000010507) SGIP1 (ENSBGRG00000010617) ENSBGRG00000011976 ENSBGRG00000012022 PDE4B (ENSBGRG00000012087) LEPR (ENSBGRG00000012855) LEPROT (ENSBGRG00000013090) DNAJC6 (ENSBGRG00000013298) ENSBGRG00000013984 ENSBGRG00000014003 ENSBGRG00000014022 ENSBGRG00000014156 JAK1 (ENSBGRG00000014206) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.a.b.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES RNF168 (ENSBIXG00005002067) ENSBIXG00005005099 SMCO1 (ENSBIXG00005002095) WDR53 (ENSBIXG00005002120) FBXO45 (ENSBIXG00005028962) NRROS (ENSBIXG00005005082) CEP19 (ENSBIXG00005002172) PIGX (ENSBIXG00005005074) ENSBIXG00005028898 PAK2 (ENSBIXG00005002269) SENP5 (ENSBIXG00005028817) NCBP2 (ENSBIXG00005004961) ENSBIXG00005002399 MELTF (ENSBIXG00005028632) DLG1 (ENSBIXG00005004898) ENSBIXG00005027979 ##22 ENSBIXG00005027967 ENSBIXG00005027926 BDH1 (ENSBIXG00005027899) APOD (ENSBIXG00005027860) ENSBIXG00005027819 ENSBIXG00005027794 ACAP2 (ENSBIXG00005027697) XXYLT1 (ENSBIXG00005027465) ENSBIXG00005027432 FAM43A (ENSBIXG00005007588) LSG1 (ENSBIXG00005027405) TMEM44 (ENSBIXG00005004715) ENSBIXG00005027317 ATP13A3 (ENSBIXG00005027247) GP5 (ENSBIXG00005004647) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.a.b.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 26 TMC1 (ENSBGRG00000022319) ENSBGRG00000022352 ZFAND5 (ENSBGRG00000022368) ENSBGRG00000022416 ENSBGRG00000022438 GDA (ENSBGRG00000022461) ENSBGRG00000022780 ##22 C9orf85 (ENSBGRG00000022827) ABHD17B (ENSBGRG00000022905) CEMIP2 (ENSBGRG00000022945) ENSBGRG00000023134 TRPM3 (ENSBGRG00000023218) ENSBGRG00000024088 KLF9 (ENSBGRG00000000307) ENSBGRG00000000389 ENSBGRG00000000522 ##22 ENSBGRG00000000527 MAMDC2 (ENSBGRG00000000561) CFAP95 (ENSBGRG00000000656) PTAR1 (ENSBGRG00000000713) APBA1 (ENSBGRG00000000786) ENTREP1 (ENSBGRG00000000954) TJP2 (ENSBGRG00000001216) ENSBGRG00000002457 PIP5K1B (ENSBGRG00000002519) TMEM252 (ENSBGRG00000002724) PGM5 (ENSBGRG00000002775) ENSBGRG00000002858 ENSBGRG00000002865 ENSBGRG00000002878 ENSBGRG00000002972 Bos ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000154091.a.b ENSGT00940000162054 ENSGT00940000154996.a.b ENSGT00910000147221 ENSGT00940000158464.l ENSGT00940000157591 ENSGT00940000154954 ENSGT00940000156932 ENSGT01010000222360.A ENSGT00390000011159 ENSGT00940000153731.a.b ENSGT00390000013422 ENSGT00940000156738 ENSGT00390000014815 ENSGT00390000013049 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155357 ENSGT00940000158708.b ENSGT00940000158487 ENSGT00940000159270 ENSGT00550000074827 ENSGT00390000011314 ENSGT00940000157796 ENSGT01060000250342 ENSGT00940000155046.ib.d.a ENSGT00940000159422 ENSGT00940000153533.a.j ENSGT00940000155707.bc ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A ENSGT00940000157327 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 10 ENSGT00940000154091.a.b ENSGT00940000162054 ENSGT00940000154996.a.b ENSGT00910000147221 ENSGT00940000158464.l ENSGT00940000157591 ENSGT00940000154954 ENSGT00940000156932 ENSGT01010000222360.A ENSGT00390000011159 ENSGT00940000153731.a.b ENSGT00390000013422 ENSGT00940000156738 ENSGT00390000014815 ENSGT00390000013049 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155357 ENSGT00940000158708.b ENSGT00940000158487 ENSGT00940000159270 ENSGT00550000074827 ENSGT00390000011314 ENSGT00940000157796 ENSGT01060000250342 ENSGT00940000155046.ib.d.a ENSGT00940000159422 ENSGT00940000153533.a.j ENSGT00940000155707.bc ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A ENSGT00940000157327 Domestic yak MODERN SPECIES 8 CSPG4 (ENSBGRG00000023330) ODF3L1 (ENSBGRG00000023282) LINGO1 (ENSBGRG00000023250) ENSBGRG00000023232 HMG20A (ENSBGRG00000023187) PEAK1 (ENSBGRG00000023160) ENSBGRG00000022898 PSTPIP1 (ENSBGRG00000022566) RCN2 (ENSBGRG00000022440) SCAPER (ENSBGRG00000021400) ISL2 (ENSBGRG00000021292) ETFA (ENSBGRG00000020641) TMEM266 (ENSBGRG00000020455) NRG4 (ENSBGRG00000020396) FBXO22 (ENSBGRG00000020278) ENSBGRG00000020258 ##22 UBE2Q2 (ENSBGRG00000019988) CHRNB4 (ENSBGRG00000019896) CHRNA3 (ENSBGRG00000019755) CHRNA5 (ENSBGRG00000019481) HYKK (ENSBGRG00000019355) IREB2 (ENSBGRG00000018886) ENSBGRG00000018836 CRABP1 (ENSBGRG00000018730) SKIC8 (ENSBGRG00000018558) DNAJA4 (ENSBGRG00000018447) ACSBG1 (ENSBGRG00000017924) IDH3A (ENSBGRG00000017674) CIB2 (ENSBGRG00000017178) SH2D7 (ENSBGRG00000017059) TBC1D2B (ENSBGRG00000016776) Bos_b ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00940000160162 ENSGT00940000154091.a.b ENSGT00940000162054 ENSGT00940000154996.a.b ENSGT00940000158464.l ENSGT00940000157591 ENSGT00940000154954 ENSGT00940000156932 ENSGT01010000222360.A ENSGT00390000011159 ENSGT00940000153731.a.b ENSGT00390000013422 ENSGT00940000156738 ENSGT00390000014815 ENSGT00390000013049 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000155357 ENSGT00940000158708.b ENSGT00940000158487 ENSGT00940000159270 ENSGT00550000074827 ENSGT00390000011314 ENSGT00940000157796 ENSGT00940000155046.ib.d.a ENSGT00940000159422 ENSGT00940000153533.a.j ENSGT00940000155707.bc ENSGT00940000160380 ENSGT00950000182989.A ENSGT00940000157327 ENSGT00940000160977 Cow MODERN SPECIES 13 ODF3L1 (ENSBTAG00000019506) ENSBTAG00000024311 LINGO1 (ENSBTAG00000023147) HMG20A (ENSBTAG00000020441) PEAK1 (ENSBTAG00000005145) TSPAN3 (ENSBTAG00000002415) PSTPIP1 (ENSBTAG00000021144) RCN2 (ENSBTAG00000015780) ENSBTAG00000052779 SCAPER (ENSBTAG00000007382) ISL2 (ENSBTAG00000016651) ETFA (ENSBTAG00000012490) TMEM266 (ENSBTAG00000012489) NRG4 (ENSBTAG00000048792) FBXO22 (ENSBTAG00000002833) ENSBTAG00000048528 ##22 UBE2Q2 (ENSBTAG00000004024) CHRNB4 (ENSBTAG00000003132) CHRNA3 (ENSBTAG00000003130) CHRNA5 (ENSBTAG00000013657) PSMA4 (ENSBTAG00000014440) HYKK (ENSBTAG00000001786) IREB2 (ENSBTAG00000002504) CRABP1 (ENSBTAG00000012909) SKIC8 (ENSBTAG00000015944) DNAJA4 (ENSBTAG00000015942) ACSBG1 (ENSBTAG00000006231) IDH3A (ENSBTAG00000006227) CIB2 (ENSBTAG00000010981) SH2D7 (ENSBTAG00000047166) TBC1D2B (ENSBTAG00000012022) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 11 LAPTM5 (ENSBIXG00005011398) SDC3 (ENSBIXG00005011445) ENSBIXG00005011490 PUM1 (ENSBIXG00005006792) ENSBIXG00005012110 NKAIN1 (ENSBIXG00005012157) SNRNP40 (ENSBIXG00005001257) ZCCHC17 (ENSBIXG00005001280) ENSBIXG00005012303 ENSBIXG00005001298 SERINC2 (ENSBIXG00005012372) ENSBIXG00005001320 TINAGL1 (ENSBIXG00005012419) HCRTR1 (ENSBIXG00005012446) PEF1 (ENSBIXG00005012479) ENSBIXG00005001345 ##22 COL16A1 (ENSBIXG00005007002) ADGRB2 (ENSBIXG00005012674) SPOCD1 (ENSBIXG00005001401) PTP4A2 (ENSBIXG00005012848) ENSBIXG00005001439 ENSBIXG00005012926 KHDRBS1 (ENSBIXG00005012974) TMEM39B (ENSBIXG00005013001) ENSBIXG00005013028 KPNA6 (ENSBIXG00005013051) TXLNA (ENSBIXG00005013085) CCDC28B (ENSBIXG00005013116) IQCC (ENSBIXG00005001503) DCDC2B (ENSBIXG00005013176) TMEM234 (ENSBIXG00005013190) Yarkand deer MODERN SPECIES 9 PPP1R17 (ENSCHYG00000022985) ITPRID1 (ENSCHYG00000023054) NEUROD6 (ENSCHYG00000023217) ADCYAP1R1 (ENSCHYG00000023246) GHRHR (ENSCHYG00000004865) AQP1 (ENSCHYG00000004892) MINDY4 (ENSCHYG00000004906) INMT (ENSCHYG00000004935) CRHR2 (ENSCHYG00000004986) GARS1 (ENSCHYG00000005340) GGCT (ENSCHYG00000005514) NOD1 (ENSCHYG00000005557) ENSCHYG00000005709 ENSCHYG00000005766 PLEKHA8 (ENSCHYG00000005823) ENSCHYG00000006007 #22 FKBP14 (ENSCHYG00000006015) SCRN1 (ENSCHYG00000006060) WIPF3 (ENSCHYG00000006126) CHN2 (ENSCHYG00000006232) CPVL (ENSCHYG00000006755) TRIL (ENSCHYG00000006856) CREB5 (ENSCHYG00000006881) JAZF1 (ENSCHYG00000007125) TAX1BP1 (ENSCHYG00000007239) ENSCHYG00000007648 ENSCHYG00000007675 EVX1 (ENSCHYG00000007735) HOXA13 (ENSCHYG00000007767) HOXA11 (ENSCHYG00000007789) ENSCHYG00000007809 Pecora DUPLICATION Pecora ANCESTRAL SPECIES 166 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.b.a ##22 ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.b.b.a.a.b.b.a.b Percora_a ANCESTRAL SPECIES 169 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.b.a ##22 ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.b.b.a.a.b.b.a.b Bovidae ANCESTRAL SPECIES 163 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.b.a ##22 ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.b.b.a.a.b.b.a.b Bovinae ANCESTRAL SPECIES 193 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.b.a ##22 ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.b.b.a.a.b.b.a.b Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES 212 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.b.a.a.a ##22 ENSGT01100000263481.n.a.a.a.b.a.a.a.a.b.a.b.b.b.b.b.a.b Bos_a ANCESTRAL SPECIES 267 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.b.a.a.a ##22 ENSGT01100000263481.n.a.a.a.b.a.a.a.a.b.a.b.b.b.b.b.a.b Domestic yak DUPLICATION Domestic yak MODERN SPECIES 24 PKP2 (ENSBGRG00000005829) SYT10 (ENSBGRG00000005925) ENSBGRG00000005977 ENSBGRG00000005993 USP18 (ENSBGRG00000006041) CARD10 (ENSBGRG00000006138) MFNG (ENSBGRG00000006203) ELFN2 (ENSBGRG00000006310) CYTH4 (ENSBGRG00000006329) RAC2 (ENSBGRG00000006441) SSTR3 (ENSBGRG00000006556) C1QTNF6 (ENSBGRG00000006563) ENSBGRG00000006576 TMPRSS6 (ENSBGRG00000007372) KCTD17 (ENSBGRG00000007480) ENSBGRG00000007665 ##22 ENSBGRG00000007676 TST (ENSBGRG00000007725) TEX33 (ENSBGRG00000007766) CSF2RB (ENSBGRG00000007848) NCF4 (ENSBGRG00000007944) PVALB (ENSBGRG00000008104) IFT27 (ENSBGRG00000008205) CACNG2 (ENSBGRG00000008341) EIF3D (ENSBGRG00000008377) FOXRED2 (ENSBGRG00000008533) ENSBGRG00000008620 MYH9 (ENSBGRG00000008691) ENSBGRG00000009289 ENSBGRG00000009316 ENSBGRG00000009360 Domestic yak MODERN SPECIES ENSBGRG00000000078 USP16 (ENSBGRG00000000077) RWDD2B (ENSBGRG00000000076) LTN1 (ENSBGRG00000000075) N6AMT1 (ENSBGRG00000000074) ADAMTS5 (ENSBGRG00000000069) ADAMTS1 (ENSBGRG00000000068) ENSBGRG00000000067 ENSBGRG00000000064 APP (ENSBGRG00000000062) GABPA (ENSBGRG00000000061) ENSBGRG00000000060 JAM2 (ENSBGRG00000000059) MRPL39 (ENSBGRG00000000058) ENSBGRG00000000055 ENSBGRG00000000053 ##22 ENSBGRG00000000052 ENSBGRG00000000051 ENSBGRG00000000050 ENSBGRG00000000048 NCAM2 (ENSBGRG00000000047) ENSBGRG00000000046 TMPRSS15 (ENSBGRG00000000044) CHODL (ENSBGRG00000000043) C21orf91 (ENSBGRG00000000042) ENSBGRG00000000041 ENSBGRG00000000039 BTG3 (ENSBGRG00000000038) CXADR (ENSBGRG00000000037) ENSBGRG00000000032 USP25 (ENSBGRG00000000031) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.b.a.a.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 17 TPST1 (ENSBIXG00005028601) RABGEF1 (ENSBIXG00005028710) TMEM248 (ENSBIXG00005028774) SBDS (ENSBIXG00005028791) ENSBIXG00005002287 CALN1 (ENSBIXG00005028913) GALNT17 (ENSBIXG00005002170) ENSBIXG00005002145 AUTS2 (ENSBIXG00005001950) ENSBIXG00005008556 ENSBIXG00005008573 RCC1L (ENSBIXG00005000231) ENSBIXG00005008649 NCF1 (ENSBIXG00005008664) GTF2I (ENSBIXG00005008700) ENSBIXG00005008743 ##22 GTF2IRD1 (ENSBIXG00005008846) CLIP2 (ENSBIXG00005000321) RFC2 (ENSBIXG00005008986) LAT2 (ENSBIXG00005009055) EIF4H (ENSBIXG00005005364) LIMK1 (ENSBIXG00005000407) ELN (ENSBIXG00005009230) TMEM270 (ENSBIXG00005009256) ENSBIXG00005009270 METTL27 (ENSBIXG00005009281) CLDN4 (ENSBIXG00005000455) CLDN3 (ENSBIXG00005006308) ABHD11 (ENSBIXG00005000489) ENSBIXG00005009465 BUD23 (ENSBIXG00005009530) Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.b.a.a.b.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.b.a.a.b.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 23 DOCK4 (ENSBIXG00005010646) ENSBIXG00005010691 LRRN3 (ENSBIXG00005010699) IMMP2L (ENSBIXG00005010758) ENSBIXG00005010797 ##22 ENSBIXG00005010817 DNAJB9 (ENSBIXG00005010838) THAP5 (ENSBIXG00005010872) GPR141 (ENSBIXG00005000602) ENSBIXG00005010903 ENSBIXG00005005812 ELMO1 (ENSBIXG00005010974) AOAH (ENSBIXG00005011153) ANLN (ENSBIXG00005011260) MATCAP2 (ENSBIXG00005011356) ENSBIXG00005011405 ##22 EEPD1 (ENSBIXG00005011451) SEPTIN7 (ENSBIXG00005011695) HERPUD2 (ENSBIXG00005011739) ENSBIXG00005011767 TBX20 (ENSBIXG00005011799) DPY19L2 (ENSBIXG00005012038) DPY19L1 (ENSBIXG00005012118) NPSR1 (ENSBIXG00005012201) ENSBIXG00005012223 BMPER (ENSBIXG00005012350) ENSBIXG00005000355 BBS9 (ENSBIXG00005012615) ENSBIXG00005007528 RP9 (ENSBIXG00005012715) ENSBIXG00005012723 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.b.a.a.b.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 69 SOWAHD (ENSBGRG00000020061) SEPTIN6 (ENSBGRG00000020141) ENSBGRG00000020705 NKRF (ENSBGRG00000020971) STEEP1 (ENSBGRG00000021033) SLC25A5 (ENSBGRG00000021101) SLC25A43 (ENSBGRG00000021160) ENSBGRG00000021228 PGRMC1 (ENSBGRG00000021264) ENSBGRG00000021339 ENSBGRG00000021357 LONRF3 (ENSBGRG00000021393) ENSBGRG00000021533 IL13RA1 (ENSBGRG00000021560) DOCK11 (ENSBGRG00000017494) ENSBGRG00000022215 ##22 WDR44 (ENSBGRG00000022248) KLHL13 (ENSBGRG00000022733) ENSBGRG00000023301 CT83 (ENSBGRG00000023348) ENSBGRG00000023409 ENSBGRG00000023597 ##22 AGTR2 (ENSBGRG00000023604) KLHL4 (ENSBGRG00000023650) ENSBGRG00000023707 ENSBGRG00000023781 ENSBGRG00000023801 ENSBGRG00000023831 ENSBGRG00000023863 ENSBGRG00000023885 ZNF449 (ENSBGRG00000023903) Bos ANCESTRAL SPECIES 211 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.b.a.a.b.b ##22 ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.b.b.a.a.b.b.a.b.b.a.b.a.a Bos_a ANCESTRAL SPECIES 266 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.b.a.a.b.b ##22 ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.b.b.a.a.b.b.a.b.b.a.b.a.a Domestic yak DUPLICATION Domestic yak MODERN SPECIES 12 RBL2 (ENSBGRG00000024969) CHD9 (ENSBGRG00000025060) ENSBGRG00000025379 ENSBGRG00000025389 ENSBGRG00000025395 ENSBGRG00000025407 SALL1 (ENSBGRG00000025421) CYLD (ENSBGRG00000005642) NOD2 (ENSBGRG00000006201) SNX20 (ENSBGRG00000006807) NKD1 (ENSBGRG00000007093) ENSBGRG00000007550 BRD7 (ENSBGRG00000007865) ADCY7 (ENSBGRG00000008786) TENT4B (ENSBGRG00000009967) ENSBGRG00000010894 ##22 ENSBGRG00000010983 HEATR3 (ENSBGRG00000011232) ENSBGRG00000011559 CNEP1R1 (ENSBGRG00000011705) ZNF423 (ENSBGRG00000012116) C16orf78 (ENSBGRG00000012467) CBLN1 (ENSBGRG00000012677) N4BP1 (ENSBGRG00000012870) ENSBGRG00000013045 LONP2 (ENSBGRG00000013373) ABCC11 (ENSBGRG00000014263) ENSBGRG00000014670 ABCC12 (ENSBGRG00000014865) PHKB (ENSBGRG00000015830) ITFG1 (ENSBGRG00000016573) Domestic yak MODERN SPECIES 22 HS2ST1 (ENSBGRG00000003851) ENSBGRG00000003784 ENSBGRG00000003742 PKN2 (ENSBGRG00000003620) ENSBGRG00000003582 KYAT3 (ENSBGRG00000003525) ENSBGRG00000003489 ENSBGRG00000003474 ENSBGRG00000003454 ENSBGRG00000003017 ENSBGRG00000002936 ENSBGRG00000002914 GBP2 (ENSBGRG00000002846) ENSBGRG00000002792 ENSBGRG00000002567 ENSBGRG00000002545 ##22 ENSBGRG00000002508 LRRC8B (ENSBGRG00000002487) LRRC8C (ENSBGRG00000002473) LRRC8D (ENSBGRG00000002454) ZNF326 (ENSBGRG00000002303) BARHL2 (ENSBGRG00000002268) ENSBGRG00000002204 ENSBGRG00000002183 HFM1 (ENSBGRG00000002085) CDC7 (ENSBGRG00000002071) TGFBR3 (ENSBGRG00000001978) BRDT (ENSBGRG00000001903) EPHX4 (ENSBGRG00000001865) ENSBGRG00000001849 BTBD8 (ENSBGRG00000001711) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.b.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.b.a.b ##22 Cow MODERN SPECIES 15 HMGN4 (ENSBTAG00000031747) ENSBTAG00000048345 ABT1 (ENSBTAG00000010784) OR2M14 (ENSBTAG00000048661) OR2M17 (ENSBTAG00000054898) ZNF322 (ENSBTAG00000031741) H2BC11 (ENSBTAG00000054812) H2AC11 (ENSBTAG00000048599) H4C9 (ENSBTAG00000046096) H2BC12 (ENSBTAG00000038173) H2AC12 (ENSBTAG00000054548) PRSS16 (ENSBTAG00000012461) POM121L2 (ENSBTAG00000024169) ZNF391 (ENSBTAG00000009152) ZNF184 (ENSBTAG00000011498) ENSBTAG00000055174 ##22 H2BC13 (ENSBTAG00000052713) H4C12 (ENSBTAG00000054176) H2AC15 (ENSBTAG00000053621) H4C11 (ENSBTAG00000053627) H2BC15 (ENSBTAG00000031886) H4C13 (ENSBTAG00000054340) H2AC14 (ENSBTAG00000051969) H2BC14 (ENSBTAG00000050532) OR2B2D (ENSBTAG00000039274) OR2W4 (ENSBTAG00000039145) OR2B6 (ENSBTAG00000039677) OR2W6 (ENSBTAG00000038597) OR2B2 (ENSBTAG00000005885) OR2W2 (ENSBTAG00000040307) OR2B7B (ENSBTAG00000050213) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 15 ENSBIXG00005006720 ENSBIXG00005012094 BTN1A1 (ENSBIXG00005012143) BTN2A2 (ENSBIXG00005012204) HMGN4 (ENSBIXG00005012219) ENSBIXG00005001271 ABT1 (ENSBIXG00005012255) ENSBIXG00005001281 ENSBIXG00005012275 ENSBIXG00005012309 H2BC11 (ENSBIXG00005012324) ENSBIXG00005012338 ENSBIXG00005001306 PRSS16 (ENSBIXG00005000361) ZNF391 (ENSBIXG00005012401) ENSBIXG00005012417 ##22 ZNF184 (ENSBIXG00005012440) ENSBIXG00005012474 ENSBIXG00005001344 H2AC14 (ENSBIXG00005001352) ENSBIXG00005001355 ENSBIXG00005012508 ENSBIXG00005001362 ENSBIXG00005012525 ENSBIXG00005012532 ENSBIXG00005001377 ENSBIXG00005012548 ENSBIXG00005012558 OR2B6 (ENSBIXG00005012569) ENSBIXG00005012587 ENSBIXG00005012591 Pecora ANCESTRAL SPECIES 165 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.b.b ##22 ENSGT01100000263481.n.a.a.a.b.b.b.a.b.b.b.a Percora_a ANCESTRAL SPECIES 168 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.b.b ##22 ENSGT01100000263481.n.a.a.a.b.b.b.a.b.b.b.a Bovidae ANCESTRAL SPECIES 162 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.b.b ##22 ENSGT01100000263481.n.a.a.a.b.b.b.a.b.b.b.a Bovinae ANCESTRAL SPECIES 192 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.b.b ##22 ENSGT01100000263481.n.a.a.a.b.b.b.a.b.b.b.a Bos ANCESTRAL SPECIES 210 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.b.b ##22 ENSGT01100000263481.n.a.a.a.b.b.b.a.b.b.b.a Bos_b DUPLICATION Bos_b ANCESTRAL SPECIES 24 ENSGT00740000116829 ENSGT00940000160412 ENSGT00950000182963.a.a ENSGT00500000044870.a ENSGT00940000158839 ENSGT00940000158749 ENSGT00470000042287 ENSGT00500000044928 ENSGT00940000157418 ENSGT00530000063624.A ENSGT01100000263512.b.a ENSGT01090000260098.A ENSGT00390000011342 ENSGT00940000155621 ENSGT00940000156512.b.b ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.b.b.a ##22 ENSGT00940000158696 ENSGT00390000000280 ENSGT00390000008481 ENSGT00440000035378.d ENSGT00940000157628 ENSGT00390000002789 ENSGT00940000161511 ENSGT00940000162004 ENSGT00390000013215 ENSGT01050000244948.c.b ENSGT00940000153467.a.a ENSGT00390000010101 ENSGT00950000183204.b.b.b ENSGT00730000111123 ENSGT01030000234595.A.b Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 28 NHSL1 (ENSBIXG00005004480) CCDC28A (ENSBIXG00005026189) ECT2L (ENSBIXG00005026125) REPS1 (ENSBIXG00005025875) ENSBIXG00005004385 HECA (ENSBIXG00005004381) TXLNB (ENSBIXG00005025660) CITED2 (ENSBIXG00005004364) ENSBIXG00005006494 NMBR (ENSBIXG00005006180) GJE1 (ENSBIXG00005025540) VTA1 (ENSBIXG00005025506) ENSBIXG00005025468 ADGRG6 (ENSBIXG00005025415) HIVEP2 (ENSBIXG00005025164) ENSBIXG00005025128 ##22 AIG1 (ENSBIXG00005025070) ADAT2 (ENSBIXG00005002571) FUCA2 (ENSBIXG00005024948) PEX3 (ENSBIXG00005024896) PHACTR2 (ENSBIXG00005024857) LTV1 (ENSBIXG00005024674) ZC2HC1B (ENSBIXG00005004210) PLAGL1 (ENSBIXG00005024583) SF3B5 (ENSBIXG00005024351) STX11 (ENSBIXG00005004154) UTRN (ENSBIXG00005024256) ENSBIXG00005005884 EPM2A (ENSBIXG00005023841) FBXO30 (ENSBIXG00005023706) SHPRH (ENSBIXG00005023608) Cow MODERN SPECIES 28 HEBP2 (ENSBTAG00000000243) NHSL1 (ENSBTAG00000000245) CCDC28A (ENSBTAG00000015516) ECT2L (ENSBTAG00000027312) REPS1 (ENSBTAG00000012299) ABRACL (ENSBTAG00000001446) HECA (ENSBTAG00000024595) TXLNB (ENSBTAG00000002964) CITED2 (ENSBTAG00000011224) ENSBTAG00000052963 NMBR (ENSBTAG00000043954) GJE1 (ENSBTAG00000049376) VTA1 (ENSBTAG00000005851) ADGRG6 (ENSBTAG00000020707) HIVEP2 (ENSBTAG00000001146) ENSBTAG00000051273 ##22 AIG1 (ENSBTAG00000003496) ADAT2 (ENSBTAG00000026519) PEX3 (ENSBTAG00000001747) FUCA2 (ENSBTAG00000001752) PHACTR2 (ENSBTAG00000016498) LTV1 (ENSBTAG00000032163) ZC2HC1B (ENSBTAG00000008159) PLAGL1 (ENSBTAG00000026523) SF3B5 (ENSBTAG00000009795) STX11 (ENSBTAG00000011236) UTRN (ENSBTAG00000009665) ENSBTAG00000053778 EPM2A (ENSBTAG00000015181) FBXO30 (ENSBTAG00000005376) SHPRH (ENSBTAG00000008112) Bos_b ANCESTRAL SPECIES 149 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.b.b.b ##22 ENSGT01100000263481.n.a.a.a.b.b.b.a.b.b.b.a Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 16 MOCOS (ENSBIXG00005020142) ELP2 (ENSBIXG00005020049) SLC39A6 (ENSBIXG00005003260) RPRD1A (ENSBIXG00005019871) C18orf21 (ENSBIXG00005019818) ENSBIXG00005019757 ENSBIXG00005019700 ENSBIXG00005019666 INO80C (ENSBIXG00005003210) ZNF24 (ENSBIXG00005019624) ENSBIXG00005006651 ZSCAN30 (ENSBIXG00005019492) ENSBIXG00005005522 MAPRE2 (ENSBIXG00005019431) DTNA (ENSBIXG00005019266) ENSBIXG00005018632 ##22 ENSBIXG00005018626 NOL4 (ENSBIXG00005018563) ASXL3 (ENSBIXG00005018458) CCDC178 (ENSBIXG00005018353) KLHL14 (ENSBIXG00005017797) GAREM1 (ENSBIXG00005017764) ENSBIXG00005017722 ENSBIXG00005017713 ##22 MEP1B (ENSBIXG00005017694) RNF138 (ENSBIXG00005017505) RNF125 (ENSBIXG00005017425) TRAPPC8 (ENSBIXG00005017378) B4GALT6 (ENSBIXG00005006868) TTR (ENSBIXG00005017301) DSG2 (ENSBIXG00005017262) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.a.b.b ##22 Domestic yak DUPLICATION Domestic yak MODERN SPECIES 3 ZNF217 (ENSBGRG00000005942) ENSBGRG00000006035 ENSBGRG00000006080 CYP24A1 (ENSBGRG00000006412) ENSBGRG00000006608 DOK5 (ENSBGRG00000006644) CBLN4 (ENSBGRG00000006755) ENSBGRG00000006815 ENSBGRG00000006879 OTOR (ENSBGRG00000006895) ENSBGRG00000006934 ENSBGRG00000007002 KIF16B (ENSBGRG00000007083) ENSBGRG00000008214 MACROD2 (ENSBGRG00000008288) ENSBGRG00000008527 ##22 ENSBGRG00000008551 ENSBGRG00000008562 FLRT3 (ENSBGRG00000008572) ENSBGRG00000008582 SEL1L2 (ENSBGRG00000008607) NDUFAF5 (ENSBGRG00000009078) ESF1 (ENSBGRG00000009325) ENSBGRG00000009410 TASP1 (ENSBGRG00000009435) ENSBGRG00000009597 ISM1 (ENSBGRG00000009625) SPTLC3 (ENSBGRG00000009715) ENSBGRG00000009811 ##22 BTBD3 (ENSBGRG00000009832) ENSBGRG00000009898 Domestic yak MODERN SPECIES 22 ENSBGRG00000020281 ENSBGRG00000020176 ENSBGRG00000020161 PRLH (ENSBGRG00000020092) MLPH (ENSBGRG00000019683) ENSBGRG00000019627 ENSBGRG00000017439 ENSBGRG00000017207 ACKR3 (ENSBGRG00000017157) IQCA1 (ENSBGRG00000016792) ASB18 (ENSBGRG00000016615) GBX2 (ENSBGRG00000016577) AGAP1 (ENSBGRG00000014952) SH3BP4 (ENSBGRG00000014833) ARL4C (ENSBGRG00000014785) ENSBGRG00000014768 ##22 SPP2 (ENSBGRG00000014551) TRPM8 (ENSBGRG00000014019) ENSBGRG00000013914 MROH2A (ENSBGRG00000013396) ENSBGRG00000013370 ENSBGRG00000013091 USP40 (ENSBGRG00000012788) DGKD (ENSBGRG00000011771) SAG (ENSBGRG00000011471) ATG16L1 (ENSBGRG00000010889) INPP5D (ENSBGRG00000010422) NEU2 (ENSBGRG00000010344) NGEF (ENSBGRG00000010052) SNORC (ENSBGRG00000010001) ENSBGRG00000009969 Yarkand deer MODERN SPECIES 2 USP34 (ENSCHYG00000005246) C2orf74 (ENSCHYG00000012074) LRRTM4 (ENSCHYG00000011968) ENSCHYG00000011927 ENSCHYG00000011811 ENSCHYG00000011728 LRRTM1 (ENSCHYG00000011698) CTNNA2 (ENSCHYG00000011228) ENSCHYG00000011081 SUCLG1 (ENSCHYG00000010947) DNAH6 (ENSCHYG00000010726) TMSB10 (ENSCHYG00000010662) KCMF1 (ENSCHYG00000010620) TCF7L1 (ENSCHYG00000010256) ENSCHYG00000010219 ENSCHYG00000010201 ##22 RETSAT (ENSCHYG00000010029) ELMOD3 (ENSCHYG00000009802) ENSCHYG00000009746 ENSCHYG00000009409 MAT2A (ENSCHYG00000009334) GGCX (ENSCHYG00000009020) VAMP8 (ENSCHYG00000008959) RNF181 (ENSCHYG00000008920) TMEM150A (ENSCHYG00000008687) C2orf68 (ENSCHYG00000008648) USP39 (ENSCHYG00000008478) SFTPB (ENSCHYG00000008422) ENSCHYG00000008369 ENSCHYG00000008347 ATOH8 (ENSCHYG00000008328) Pecora DUPLICATION Pecora ANCESTRAL SPECIES 164 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a ##22 ENSGT01100000263481.n.a.a.a.b.a.a.b Percora_a ANCESTRAL SPECIES 167 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a ##22 ENSGT01100000263481.n.a.a.a.b.a.a.b Bovidae ANCESTRAL SPECIES 161 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a ##22 ENSGT01100000263481.n.a.a.a.b.a.a.b Bovinae ANCESTRAL SPECIES 191 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a ##22 ENSGT01100000263481.n.a.a.a.b.a.a.b Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 7 ARFIP1 (ENSBGRG00000015983) FHDC1 (ENSBGRG00000016413) TRIM2 (ENSBGRG00000016560) MND1 (ENSBGRG00000016798) TMEM131L (ENSBGRG00000017247) TLR2 (ENSBGRG00000017549) RNF175 (ENSBGRG00000017628) SFRP2 (ENSBGRG00000017757) DCHS2 (ENSBGRG00000017841) PLRG1 (ENSBGRG00000018001) FGB (ENSBGRG00000018357) ENSBGRG00000018573 FGG (ENSBGRG00000018677) ENSBGRG00000018841 ENSBGRG00000018894 ENSBGRG00000018917 ##22 RBM46 (ENSBGRG00000018958) NPY2R (ENSBGRG00000019075) ENSBGRG00000019119 TLL1 (ENSBGRG00000019182) ENSBGRG00000019274 CPE (ENSBGRG00000019419) MSMO1 (ENSBGRG00000019539) KLHL2 (ENSBGRG00000019657) TMEM192 (ENSBGRG00000020095) ENSBGRG00000020228 ENSBGRG00000020247 SMARCA5 (ENSBGRG00000020282) GAB1 (ENSBGRG00000020583) ENSBGRG00000020881 USP38 (ENSBGRG00000020903) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 28 ENSBIXG00005013801 PACRG (ENSBIXG00005013833) PRKN (ENSBIXG00005007712) AGPAT4 (ENSBIXG00005014474) ENSBIXG00005006130 MAP3K4 (ENSBIXG00005002084) ENSBIXG00005007542 SLC22A3 (ENSBIXG00005014926) SLC22A2 (ENSBIXG00005006381) SLC22A1 (ENSBIXG00005015034) IGF2R (ENSBIXG00005015279) MAS1 (ENSBIXG00005015332) PNLDC1 (ENSBIXG00005015403) MRPL18 (ENSBIXG00005015451) TCP1 (ENSBIXG00005015526) ENSBIXG00005006136 ##22 ENSBIXG00005015570 WTAP (ENSBIXG00005015616) ENSBIXG00005005505 ENSBIXG00005006566 FNDC1 (ENSBIXG00005002485) TAGAP (ENSBIXG00005015864) RSPH3 (ENSBIXG00005002509) EZR (ENSBIXG00005002517) SYTL3 (ENSBIXG00005015982) DYNLT1 (ENSBIXG00005002539) TMEM181 (ENSBIXG00005016376) TULP4 (ENSBIXG00005016689) ENSBIXG00005016735 ENSBIXG00005016761 SERAC1 (ENSBIXG00005017174) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 2 TOGARAM2 (ENSBIXG00005029715) PCARE (ENSBIXG00005029701) CLIP4 (ENSBIXG00005029652) ALK (ENSBIXG00005029592) ENSBIXG00005029545 LBH (ENSBIXG00005029529) LCLAT1 (ENSBIXG00005029510) CAPN13 (ENSBIXG00005029485) GALNT14 (ENSBIXG00005029426) CAPN14 (ENSBIXG00005029406) EHD3 (ENSBIXG00005029401) ENSBIXG00005029371 PCYOX1 (ENSBIXG00005029340) TIA1 (ENSBIXG00005029311) C2orf42 (ENSBIXG00005029288) ENSBIXG00005029272 ##22 PCBP1 (ENSBIXG00005007854) ASPRV1 (ENSBIXG00005007861) MXD1 (ENSBIXG00005007875) ENSBIXG00005007894 ANXA4 (ENSBIXG00005007912) AAK1 (ENSBIXG00005008040) NFU1 (ENSBIXG00005000115) GFPT1 (ENSBIXG00005008141) ANTXR1 (ENSBIXG00005008192) GKN1 (ENSBIXG00005008210) GKN2 (ENSBIXG00005008219) ENSBIXG00005008228 BMP10 (ENSBIXG00005008241) ENSBIXG00005008244 ARHGAP25 (ENSBIXG00005008280) Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 27 XPO7 (ENSBIXG00005027512) NPM2 (ENSBIXG00005027463) FGF17 (ENSBIXG00005027428) DMTN (ENSBIXG00005027387) FHIP2B (ENSBIXG00005004662) NUDT18 (ENSBIXG00005027121) HR (ENSBIXG00005027087) REEP4 (ENSBIXG00005027035) LGI3 (ENSBIXG00005004632) SFTPC (ENSBIXG00005004620) BMP1 (ENSBIXG00005026935) PHYHIP (ENSBIXG00005026873) POLR3D (ENSBIXG00005026850) PIWIL2 (ENSBIXG00005026814) SLC39A14 (ENSBIXG00005026763) ENSBIXG00005026647 ##22 PPP3CC (ENSBIXG00005007253) ENSBIXG00005026595 SORBS3 (ENSBIXG00005007094) ENSBIXG00005026487 PDLIM2 (ENSBIXG00005026481) C8orf58 (ENSBIXG00005026447) CCAR2 (ENSBIXG00005026417) BIN3 (ENSBIXG00005026346) EGR3 (ENSBIXG00005026284) ENSBIXG00005026205 RHOBTB2 (ENSBIXG00005026098) ENSBIXG00005025709 ENSBIXG00005025600 CHMP7 (ENSBIXG00005025583) R3HCC1 (ENSBIXG00005025548) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 2 NEK6 (ENSBIXG00005018334) ENSBIXG00005018237 ADGRD2 (ENSBIXG00005018218) NR5A1 (ENSBIXG00005007287) NR6A1 (ENSBIXG00005018129) ENSBIXG00005017999 ##22 OLFML2A (ENSBIXG00005017994) WDR38 (ENSBIXG00005017964) ENSBIXG00005017947 ARPC5L (ENSBIXG00005017925) GOLGA1 (ENSBIXG00005017888) SCAI (ENSBIXG00005017823) PPP6C (ENSBIXG00005002881) RABEPK (ENSBIXG00005017715) HSPA5 (ENSBIXG00005017657) ENSBIXG00005017629 ##22 GAPVD1 (ENSBIXG00005002862) MAPKAP1 (ENSBIXG00005002821) PBX3 (ENSBIXG00005017186) MVB12B (ENSBIXG00005017101) ENSBIXG00005002755 ZBTB43 (ENSBIXG00005016956) ZBTB34 (ENSBIXG00005016939) RALGPS1 (ENSBIXG00005016915) ENSBIXG00005016879 ANGPTL2 (ENSBIXG00005002738) GARNL3 (ENSBIXG00005016797) SLC2A8 (ENSBIXG00005016556) ZNF79 (ENSBIXG00005016530) ENSBIXG00005016505 LRSAM1 (ENSBIXG00005016461) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 22 MIER1 (ENSBIXG00005003930) DNAI4 (ENSBIXG00005022849) ENSBIXG00005022763 INSL5 (ENSBIXG00005022735) DYNLT5 (ENSBIXG00005003891) SGIP1 (ENSBIXG00005022689) ENSBIXG00005022613 PDE4B (ENSBIXG00005022555) LEPR (ENSBIXG00005006516) ENSBIXG00005005878 DNAJC6 (ENSBIXG00005022150) ENSBIXG00005022063 ENSBIXG00005022017 JAK1 (ENSBIXG00005021985) RAVER2 (ENSBIXG00005003691) ENSBIXG00005006461 ##22 CACHD1 (ENSBIXG00005021823) UBE2U (ENSBIXG00005021577) ENSBIXG00005000011 ROR1 (ENSBIXG00005021527) ENSBIXG00005021452 PGM1 (ENSBIXG00005021422) EFCAB7 (ENSBIXG00005003600) ENSBIXG00005021312 ALG6 (ENSBIXG00005021259) ENSBIXG00005021222 ATG4C (ENSBIXG00005003580) DOCK7 (ENSBIXG00005020995) ANGPTL3 (ENSBIXG00005020614) USP1 (ENSBIXG00005020600) KANK4 (ENSBIXG00005020554) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.b.a.a.a.a.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 22 ANXA9 (ENSBGRG00000001440) CERS2 (ENSBGRG00000001419) SETDB1 (ENSBGRG00000001377) CTXND2 (ENSBGRG00000001358) ARNT (ENSBGRG00000001283) CTSK (ENSBGRG00000001240) ENSBGRG00000001228 ENSBGRG00000001219 HORMAD1 (ENSBGRG00000001109) ENSBGRG00000001073 ENSA (ENSBGRG00000001008) MCL1 (ENSBGRG00000000962) ADAMTSL4 (ENSBGRG00000000934) ECM1 (ENSBGRG00000000897) TARS2 (ENSBGRG00000000557) ENSBGRG00000000495 ##22 RPRD2 (ENSBGRG00000000422) ENSBGRG00000000401 PRPF3 (ENSBGRG00000000360) MRPS21 (ENSBGRG00000000322) CIART (ENSBGRG00000000285) C1orf54 (ENSBGRG00000000272) APH1A (ENSBGRG00000000249) CA14 (ENSBGRG00000000220) ENSBGRG00000017224 ENSBGRG00000017198 PLEKHO1 (ENSBGRG00000017135) VPS45 (ENSBGRG00000016926) OTUD7B (ENSBGRG00000016856) MTMR11 (ENSBGRG00000016764) ENSBGRG00000016698 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 16 ENSBIXG00005019820 ENSBIXG00005019832 ENSBIXG00005019857 SERPINB7 (ENSBIXG00005019930) ENSBIXG00005019954 ENSBIXG00005000026 ENSBIXG00005006455 ENSBIXG00005020160 SERPINB13 (ENSBIXG00005003355) SERPINB12 (ENSBIXG00005003363) SERPINB5 (ENSBIXG00005020257) VPS4B (ENSBIXG00005020282) KDSR (ENSBIXG00005007210) BCL2 (ENSBIXG00005020390) ENSBIXG00005003442 ##22 ENSBIXG00005020407 PHLPP1 (ENSBIXG00005020653) ZCCHC2 (ENSBIXG00005020737) TNFRSF11A (ENSBIXG00005020920) ENSBIXG00005003540 RELCH (ENSBIXG00005021091) ENSBIXG00005021132 PIGN (ENSBIXG00005021798) RNF152 (ENSBIXG00005007843) CDH20 (ENSBIXG00005021946) ENSBIXG00005021987 ENSBIXG00005021995 ENSBIXG00005022014 ENSBIXG00005022057 MC4R (ENSBIXG00005022078) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 23 ADCK2 (ENSBGRG00000000551) DENND2A (ENSBGRG00000000595) ENSBGRG00000000626 ENSBGRG00000000642 RAB19 (ENSBGRG00000000744) SLC37A3 (ENSBGRG00000000779) KDM7A (ENSBGRG00000000910) PARP12 (ENSBGRG00000000969) TBXAS1 (ENSBGRG00000001023) HIPK2 (ENSBGRG00000001427) CLEC2L (ENSBGRG00000001538) KLRG2 (ENSBGRG00000001554) LUC7L2 (ENSBGRG00000001577) FMC1 (ENSBGRG00000001622) UBN2 (ENSBGRG00000001662) ENSBGRG00000001790 ##22 TTC26 (ENSBGRG00000001859) ZC3HAV1 (ENSBGRG00000002613) ZC3HAV1L (ENSBGRG00000002656) KIAA1549 (ENSBGRG00000002709) TMEM213 (ENSBGRG00000002903) ATP6V0A4 (ENSBGRG00000002931) SVOPL (ENSBGRG00000002963) TRIM24 (ENSBGRG00000003059) AKR1D1 (ENSBGRG00000003117) CREB3L2 (ENSBGRG00000003147) ENSBGRG00000003235 DGKI (ENSBGRG00000003255) PTN (ENSBGRG00000003344) CHRM2 (ENSBGRG00000003358) ENSBGRG00000003379 Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES 209 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.b.a.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01100000263481.n.a.b.b.a.a.a.b.a Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.b.a.a.a.b.a.a ##22 Domestic yak DUPLICATION Domestic yak MODERN SPECIES 1 ENSBGRG00000026557 ENSBGRG00000026550 TCP1 (ENSBGRG00000026527) MRPL18 (ENSBGRG00000026525) PNLDC1 (ENSBGRG00000026494) MAS1 (ENSBGRG00000026489) ENSBGRG00000026486 IGF2R (ENSBGRG00000021970) SLC22A1 (ENSBGRG00000021387) SLC22A2 (ENSBGRG00000021163) SLC22A3 (ENSBGRG00000020975) ENSBGRG00000020646 ENSBGRG00000020575 MAP3K4 (ENSBGRG00000017036) AGPAT4 (ENSBGRG00000016794) ENSBGRG00000016774 ##22 PRKN (ENSBGRG00000015642) PACRG (ENSBGRG00000015551) ENSBGRG00000015527 QKI (ENSBGRG00000015040) C6orf118 (ENSBGRG00000014805) PDE10A (ENSBGRG00000014116) ENSBGRG00000014027 TBXT (ENSBGRG00000013963) ENSBGRG00000013792 MPC1 (ENSBGRG00000013665) RPS6KA2 (ENSBGRG00000013026) ENSBGRG00000012908 CEP43 (ENSBGRG00000012562) CCR6 (ENSBGRG00000012482) GPR31 (ENSBGRG00000012428) Domestic yak MODERN SPECIES 3 PITRM1 (ENSBGRG00000003730) PFKP (ENSBGRG00000004498) ENSBGRG00000004758 ADARB2 (ENSBGRG00000004784) WDR37 (ENSBGRG00000004924) IDI1 (ENSBGRG00000004993) GTPBP4 (ENSBGRG00000005018) LARP4B (ENSBGRG00000005135) ENSBGRG00000005365 DIP2C (ENSBGRG00000005407) ZMYND11 (ENSBGRG00000005847) PRNP (ENSBGRG00000006027) ENSBGRG00000006049 PRND (ENSBGRG00000006063) RASSF2 (ENSBGRG00000006081) ENSBGRG00000006100 ##22 SLC23A2 (ENSBGRG00000006116) ENSBGRG00000006155 PCNA (ENSBGRG00000006175) CDS2 (ENSBGRG00000006231) ENSBGRG00000006277 PROKR2 (ENSBGRG00000006295) GPCPD1 (ENSBGRG00000006350) SHLD1 (ENSBGRG00000006591) CHGB (ENSBGRG00000006604) TRMT6 (ENSBGRG00000006656) MCM8 (ENSBGRG00000006792) CRLS1 (ENSBGRG00000006980) LRRN4 (ENSBGRG00000007152) FERMT1 (ENSBGRG00000007227) BMP2 (ENSBGRG00000007486) Bos_b ANCESTRAL SPECIES 148 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.b.a.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01100000263481.n.a.b.b.a.a.a.b.a Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 28 HTR1B (ENSBIXG00005005419) MEI4 (ENSBIXG00005014504) ENSBIXG00005014467 ENSBIXG00005001941 ENSBIXG00005014458 IRAK1BP1 (ENSBIXG00005001929) PHIP (ENSBIXG00005014424) HMGN3 (ENSBIXG00005014355) ENSBIXG00005014277 LCA5 (ENSBIXG00005014266) SH3BGRL2 (ENSBIXG00005014226) ELOVL4 (ENSBIXG00005001850) TTK (ENSBIXG00005014151) BCKDHB (ENSBIXG00005014060) TENT5A (ENSBIXG00005013992) ENSBIXG00005013870 ##22 ENSBIXG00005013858 IBTK (ENSBIXG00005006921) ENSBIXG00005013564 TPBG (ENSBIXG00005013543) UBE3D (ENSBIXG00005013466) DOP1A (ENSBIXG00005006119) PGM3 (ENSBIXG00005007443) RWDD2A (ENSBIXG00005013182) ME1 (ENSBIXG00005005837) PRSS35 (ENSBIXG00005013106) SNAP91 (ENSBIXG00005012993) C6orf58 (ENSBIXG00005012644) SOGA3 (ENSBIXG00005012632) KIAA0408 (ENSBIXG00005000317) ECHDC1 (ENSBIXG00005001376) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 27 ENSBIXG00005004132 ADAMTSL1 (ENSBIXG00005024378) SAXO1 (ENSBIXG00005024469) ENSBIXG00005024481 HAUS6 (ENSBIXG00005024512) PLIN2 (ENSBIXG00005024552) DENND4C (ENSBIXG00005024659) RPS6 (ENSBIXG00005024714) ACER2 (ENSBIXG00005024735) ENSBIXG00005024768 SLC24A2 (ENSBIXG00005024850) MLLT3 (ENSBIXG00005024977) ENSBIXG00005025023 ENSBIXG00005025036 FOCAD (ENSBIXG00005025116) ENSBIXG00005025155 ##22 HACD4 (ENSBIXG00005025173) ENSBIXG00005025191 ENSBIXG00005025219 ENSBIXG00005025225 ENSBIXG00005025239 ENSBIXG00005025256 ENSBIXG00005005772 ENSBIXG00005025276 ENSBIXG00005025284 ENSBIXG00005025289 ENSBIXG00005025307 ENSBIXG00005025319 ENSBIXG00005025326 ENSBIXG00005025334 ENSBIXG00005025357 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.b.a.a.a.b.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.b.a.a.a.b.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 24 NUAK1 (ENSBIXG00005022428) CKAP4 (ENSBIXG00005003826) TCP11L2 (ENSBIXG00005007167) POLR3B (ENSBIXG00005005753) RFX4 (ENSBIXG00005003898) RIC8B (ENSBIXG00005022958) TMEM263 (ENSBIXG00005023054) MTERF2 (ENSBIXG00005023083) CRY1 (ENSBIXG00005003939) ENSBIXG00005023153 ABTB3 (ENSBIXG00005023497) PWP1 (ENSBIXG00005023573) PRDM4 (ENSBIXG00005023631) ASCL4 (ENSBIXG00005023647) RTCB (ENSBIXG00005023677) ENSBIXG00005023686 ##22 BPIFC (ENSBIXG00005023750) FBXO7 (ENSBIXG00005006478) TIMP3 (ENSBIXG00005004074) SYN3 (ENSBIXG00005023898) ENSBIXG00005023962 ENSBIXG00005023983 ENSBIXG00005023998 ENSBIXG00005024027 ENSBIXG00005024033 ENSBIXG00005024053 LARGE1 (ENSBIXG00005024249) ENSBIXG00005024305 ISX (ENSBIXG00005024435) HMGXB4 (ENSBIXG00005024480) TOM1 (ENSBIXG00005004200) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.b.a.a.a.b.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 2 DCP2 (ENSBGRG00000013921) ENSBGRG00000013905 REEP5 (ENSBGRG00000013810) SRP19 (ENSBGRG00000013394) ENSBGRG00000013363 ENSBGRG00000013311 EPB41L4A (ENSBGRG00000012470) ENSBGRG00000012347 NREP (ENSBGRG00000012240) YTHDC2 (ENSBGRG00000011689) ENSBGRG00000011641 ENSBGRG00000011606 KCNN2 (ENSBGRG00000011476) ENSBGRG00000011437 TRIM36 (ENSBGRG00000011092) ENSBGRG00000011046 ##22 PGGT1B (ENSBGRG00000010600) FEM1C (ENSBGRG00000013378) TICAM2 (ENSBGRG00000013358) TMED7 (ENSBGRG00000013314) CDO1 (ENSBGRG00000013272) ATG12 (ENSBGRG00000013211) ENSBGRG00000013178 ENSBGRG00000013141 ENSBGRG00000013036 ENSBGRG00000013012 ENSBGRG00000012981 LVRN (ENSBGRG00000012624) ENSBGRG00000012572 ENSBGRG00000012351 ENSBGRG00000012189 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES SERPINI2 (ENSBIXG00005007267) ZBBX (ENSBIXG00005005398) BCHE (ENSBIXG00005013670) SLITRK3 (ENSBIXG00005007447) SI (ENSBIXG00005001617) ENSBIXG00005013424 ENSBIXG00005013389 ENSBIXG00005013380 OTOL1 (ENSBIXG00005001589) ENSBIXG00005013343 SPTSSB (ENSBIXG00005013337) NMD3 (ENSBIXG00005013313) B3GALNT1 (ENSBIXG00005001527) ENSBIXG00005013234 PPM1L (ENSBIXG00005013210) ENSBIXG00005013172 ##22 ARL14 (ENSBIXG00005013146) KPNA4 (ENSBIXG00005013111) TRIM59 (ENSBIXG00005013047) SMC4 (ENSBIXG00005012996) IFT80 (ENSBIXG00005012817) ENSBIXG00005012765 C3orf80 (ENSBIXG00005012754) ENSBIXG00005012707 IL12A (ENSBIXG00005001392) ENSBIXG00005012541 ENSBIXG00005012400 ENSBIXG00005012384 MFSD1 (ENSBIXG00005001318) RARRES1 (ENSBIXG00005012340) GFM1 (ENSBIXG00005012325) Bos_a ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00390000017913 ENSGT00940000160751 ENSGT00390000018298 ENSGT00940000157023 ENSGT00940000158681 ENSGT00390000009693.d ENSGT00940000161633 ENSGT00390000011239.d ENSGT01030000234933 ENSGT00940000155435.A ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.a.b.a.b.a.b.a ENSGT00390000002766.b.a ENSGT00390000005104 ENSGT00940000162252 ENSGT00940000157030 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.b.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000162138 ENSGT01050000244891.C.c.a ENSGT00940000160146.C ENSGT00900000141094 ENSGT00440000033499 ENSGT00390000005823 ENSGT00650000094113 ENSGT00390000016906 ENSGT00390000011127 ENSGT01030000234621.C.b ENSGT00390000011700 ENSGT00530000063813.a ENSGT00550000074911 ENSGT00530000063813.b ENSGT00390000005023.b Domestic yak MODERN SPECIES ZBBX (ENSBGRG00000009753) BCHE (ENSBGRG00000009941) SLITRK3 (ENSBGRG00000010029) ENSBGRG00000010044 SI (ENSBGRG00000010109) ENSBGRG00000010603 ENSBGRG00000010634 KNSTRN (ENSBGRG00000010725) ENSBGRG00000010776 ENSBGRG00000010885 OTOL1 (ENSBGRG00000010899) NMD3 (ENSBGRG00000010950) SPTSSB (ENSBGRG00000011454) B3GALNT1 (ENSBGRG00000011481) PPM1L (ENSBGRG00000011599) ENSBGRG00000011832 ##22 ENSBGRG00000011851 ##22 ENSBGRG00000011861 ARL14 (ENSBGRG00000011919) KPNA4 (ENSBGRG00000011942) TRIM59 (ENSBGRG00000012188) SMC4 (ENSBGRG00000012219) IFT80 (ENSBGRG00000012959) C3orf80 (ENSBGRG00000013162) ENSBGRG00000013199 IL12A (ENSBGRG00000013416) ENSBGRG00000013519 ENSBGRG00000014031 ENSBGRG00000014047 MFSD1 (ENSBGRG00000014081) RARRES1 (ENSBGRG00000014425) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.b.a.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.b.a.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 18 CHP2 (ENSBGRG00000022244) ERN2 (ENSBGRG00000022298) PLK1 (ENSBGRG00000022391) DCTN5 (ENSBGRG00000022516) PALB2 (ENSBGRG00000022642) NDUFAB1 (ENSBGRG00000022687) UBFD1 (ENSBGRG00000022783) EARS2 (ENSBGRG00000022836) ENSBGRG00000022871 GGA2 (ENSBGRG00000022894) COG7 (ENSBGRG00000023114) SCNN1B (ENSBGRG00000023352) SCNN1G (ENSBGRG00000023480) USP31 (ENSBGRG00000023523) ENSBGRG00000023656 ENSBGRG00000023681 ##22 OTOA (ENSBGRG00000023698) METTL9 (ENSBGRG00000023759) IGSF6 (ENSBGRG00000023832) ENSBGRG00000023887 CDR2 (ENSBGRG00000023968) POLR3E (ENSBGRG00000024019) EEF2K (ENSBGRG00000024381) SDR42E2 (ENSBGRG00000024497) ENSBGRG00000024577 MOSMO (ENSBGRG00000024755) PDZD9 (ENSBGRG00000024782) UQCRC2 (ENSBGRG00000024821) ENSBGRG00000025038 ENSBGRG00000025186 CRYM (ENSBGRG00000025793) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.b.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.b.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 22 ENSBGRG00000002312 DNAJB4 (ENSBGRG00000002265) ENSBGRG00000002253 GIPC2 (ENSBGRG00000002233) ENSBGRG00000002223 PTGFR (ENSBGRG00000002210) IFI44L (ENSBGRG00000002173) ENSBGRG00000002150 ADGRL4 (ENSBGRG00000002075) ENSBGRG00000002057 ENSBGRG00000002049 ENSBGRG00000002036 ENSBGRG00000002001 ADGRL2 (ENSBGRG00000001750) ENSBGRG00000001675 ENSBGRG00000001672 ##22 TTLL7 (ENSBGRG00000001582) ENSBGRG00000001547 PRKACB (ENSBGRG00000001167) ENSBGRG00000001096 DNASE2B (ENSBGRG00000001063) ENSBGRG00000001021 RPF1 (ENSBGRG00000000983) ENSBGRG00000000963 SPATA1 (ENSBGRG00000000917) CTBS (ENSBGRG00000000887) SSX2IP (ENSBGRG00000000833) LPAR3 (ENSBGRG00000000803) ENSBGRG00000000797 MCOLN2 (ENSBGRG00000000755) MCOLN3 (ENSBGRG00000000709) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.b.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 2 ENSBIXG00005010995 ENSBIXG00005010928 ENSBIXG00005010871 LRRTM4 (ENSBIXG00005010829) ENSBIXG00005010786 C2orf74 (ENSBIXG00005010754) ENSBIXG00005010697 USP34 (ENSBIXG00005010569) ENSBIXG00005009625 XPO1 (ENSBIXG00005009599) ENSBIXG00005000538 ENSBIXG00005009556 ENSBIXG00005009538 ENSBIXG00005009523 FAM161A (ENSBIXG00005009510) ENSBIXG00005006710 ##22 CCT4 (ENSBIXG00005009489) COMMD1 (ENSBIXG00005009417) B3GNT2 (ENSBIXG00005005908) TMEM17 (ENSBIXG00005000490) EHBP1 (ENSBIXG00005000484) ENSBIXG00005005799 OTX1 (ENSBIXG00005009282) WDPCP (ENSBIXG00005009244) MRPS24 (ENSBIXG00005000425) MDH1 (ENSBIXG00005009206) UGP2 (ENSBIXG00005009159) VPS54 (ENSBIXG00005009062) PELI1 (ENSBIXG00005008978) ENSBIXG00005008944 AFTPH (ENSBIXG00005008912) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.b.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.b.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 1 F2R (ENSBIXG00005000862) S100Z (ENSBIXG00005010347) CRHBP (ENSBIXG00005000840) AGGF1 (ENSBIXG00005010286) ENSBIXG00005010267 ##22 PDE8B (ENSBIXG00005010189) ENSBIXG00005000677 WDR41 (ENSBIXG00005009893) OTP (ENSBIXG00005009799) TBCA (ENSBIXG00005000599) ENSBIXG00005009736 AP3B1 (ENSBIXG00005009658) ENSBIXG00005009460 SCAMP1 (ENSBIXG00005009438) ARSB (ENSBIXG00005009357) ENSBIXG00005009344 ##22 DMGDH (ENSBIXG00005009320) BHMT2 (ENSBIXG00005009277) BHMT (ENSBIXG00005009216) JMY (ENSBIXG00005009181) HOMER1 (ENSBIXG00005009070) TENT2 (ENSBIXG00005008948) CMYA5 (ENSBIXG00005000285) MTX3 (ENSBIXG00005008721) THBS4 (ENSBIXG00005008640) SERINC5 (ENSBIXG00005008601) GNPNAT1 (ENSBIXG00005008547) STYX (ENSBIXG00005005788) PSMC6 (ENSBIXG00005008491) ERO1A (ENSBIXG00005008466) GPR137C (ENSBIXG00005008431) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.a.b.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 2 F2R (ENSBGRG00000007892) F2RL1 (ENSBGRG00000007822) ENSBGRG00000007803 S100Z (ENSBGRG00000007761) ENSBGRG00000007739 ##22 AGGF1 (ENSBGRG00000007412) ZBED3 (ENSBGRG00000007380) PDE8B (ENSBGRG00000006555) WDR41 (ENSBGRG00000006363) OTP (ENSBGRG00000006298) TBCA (ENSBGRG00000006236) ENSBGRG00000006222 AP3B1 (ENSBGRG00000006021) SCAMP1 (ENSBGRG00000005900) LHFPL2 (ENSBGRG00000005875) ENSBGRG00000005848 ##22 ARSB (ENSBGRG00000005773) DMGDH (ENSBGRG00000005663) ENSBGRG00000005598 BHMT (ENSBGRG00000005578) JMY (ENSBGRG00000005553) HOMER1 (ENSBGRG00000005430) TENT2 (ENSBGRG00000005235) CMYA5 (ENSBGRG00000005128) MTX3 (ENSBGRG00000005019) THBS4 (ENSBGRG00000004748) SERINC5 (ENSBGRG00000004575) GNPNAT1 (ENSBGRG00000004543) STYX (ENSBGRG00000004422) ENSBGRG00000004401 PSMC6 (ENSBGRG00000004257) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 22 ENSBGRG00000004831 ENSBGRG00000004847 FPGT (ENSBGRG00000004858) LRRIQ3 (ENSBGRG00000004929) ENSBGRG00000005068 NEGR1 (ENSBGRG00000005094) ZRANB2 (ENSBGRG00000005234) PTGER3 (ENSBGRG00000005331) ENSBGRG00000005391 CTH (ENSBGRG00000005403) ANKRD13C (ENSBGRG00000005513) ENSBGRG00000007232 SRSF11 (ENSBGRG00000007267) LRRC40 (ENSBGRG00000007429) LRRC7 (ENSBGRG00000007643) ENSBGRG00000008029 ##22 DEPDC1 (ENSBGRG00000008047) ENSBGRG00000008289 RPE65 (ENSBGRG00000008339) WLS (ENSBGRG00000008504) DIRAS3 (ENSBGRG00000008874) ENSBGRG00000008894 ENSBGRG00000008913 ENSBGRG00000008938 GADD45A (ENSBGRG00000008972) SERBP1 (ENSBGRG00000009099) IL12RB2 (ENSBGRG00000009248) ENSBGRG00000009394 ENSBGRG00000009413 ENSBGRG00000009440 ENSBGRG00000009539 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES NRIP1 (ENSBIXG00005004002) USP25 (ENSBIXG00005023657) ENSBIXG00005023729 ENSBIXG00005023775 ENSBIXG00005023799 CXADR (ENSBIXG00005023945) BTG3 (ENSBIXG00005023982) C21orf91 (ENSBIXG00005004116) ENSBIXG00005024091 CHODL (ENSBIXG00005024240) TMPRSS15 (ENSBIXG00005024253) ENSBIXG00005024312 ENSBIXG00005006846 NCAM2 (ENSBIXG00005004172) ENSBIXG00005024478 ENSBIXG00005024498 ##22 MRPL39 (ENSBIXG00005024589) JAM2 (ENSBIXG00005024649) ENSBIXG00005024757 GABPA (ENSBIXG00005024802) ENSBIXG00005004236 APP (ENSBIXG00005005774) ENSBIXG00005004405 ADAMTS1 (ENSBIXG00005025850) ADAMTS5 (ENSBIXG00005025869) ENSBIXG00005025953 N6AMT1 (ENSBIXG00005026048) LTN1 (ENSBIXG00005026340) RWDD2B (ENSBIXG00005026387) USP16 (ENSBIXG00005026452) ENSBIXG00005005570 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 21 ENSBGRG00000021153 FAM181B (ENSBGRG00000021220) ENSBGRG00000021244 PRCP (ENSBGRG00000021268) DDIAS (ENSBGRG00000021411) ENSBGRG00000021452 RAB30 (ENSBGRG00000021476) ENSBGRG00000021553 ENSBGRG00000021646 PCF11 (ENSBGRG00000021669) ENSBGRG00000021705 ANKRD42 (ENSBGRG00000021750) CCDC90B (ENSBGRG00000022070) DLG2 (ENSBGRG00000022447) ENSBGRG00000023913 ENSBGRG00000023931 ##22 ENSBGRG00000023962 ENSBGRG00000023993 ##22 ENSBGRG00000024005 ENSBGRG00000024013 TMEM126B (ENSBGRG00000024037) ENSBGRG00000024097 CREBZF (ENSBGRG00000024210) CCDC89 (ENSBGRG00000024223) ENSBGRG00000024253 CCDC83 (ENSBGRG00000024540) PICALM (ENSBGRG00000024679) EED (ENSBGRG00000025126) HIKESHI (ENSBGRG00000025330) CCDC81 (ENSBGRG00000025357) ME3 (ENSBGRG00000025466) Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES 208 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.b.a ##22 ENSGT01100000263481.n.a.a.a.b.a.a.b.a Bos_b ANCESTRAL SPECIES 147 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.b.a ##22 ENSGT01100000263481.n.a.a.a.b.a.a.b.a Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 25 DTHD1 (ENSBIXG00005014282) ENSBIXG00005014188 NWD2 (ENSBIXG00005001843) C4orf19 (ENSBIXG00005014137) RELL1 (ENSBIXG00005014109) PGM2 (ENSBIXG00005014080) ENSBIXG00005001823 TBC1D1 (ENSBIXG00005006366) KLF3 (ENSBIXG00005013914) TLR10 (ENSBIXG00005013883) TLR1 (ENSBIXG00005013874) TLR6 (ENSBIXG00005013851) FAM114A1 (ENSBIXG00005013840) TMEM156 (ENSBIXG00005013809) KLHL5 (ENSBIXG00005001689) ENSBIXG00005001670 ##22 WDR19 (ENSBIXG00005013631) RFC1 (ENSBIXG00005001653) KLB (ENSBIXG00005001629) ENSBIXG00005013495 LIAS (ENSBIXG00005006804) UGDH (ENSBIXG00005007485) SMIM14 (ENSBIXG00005013329) ENSBIXG00005013289 PDS5A (ENSBIXG00005013229) N4BP2 (ENSBIXG00005012999) ENSBIXG00005001461 CHRNA9 (ENSBIXG00005012942) RBM47 (ENSBIXG00005001444) NSUN7 (ENSBIXG00005012787) APBB2 (ENSBIXG00005012724) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 23 ENSBIXG00005004345 TMEM60 (ENSBIXG00005025518) PHTF2 (ENSBIXG00005025460) MAGI2 (ENSBIXG00005025017) ENSBIXG00005024153 GNAI1 (ENSBIXG00005024057) ENSBIXG00005023851 ENSBIXG00005023840 GNAT3 (ENSBIXG00005023815) CD36 (ENSBIXG00005023737) SEMA3C (ENSBIXG00005023456) ENSBIXG00005023386 ENSBIXG00005023358 HGF (ENSBIXG00005007384) CACNA2D1 (ENSBIXG00005023176) ENSBIXG00005022862 ##22 ENSBIXG00005022835 PCLO (ENSBIXG00005022768) SEMA3E (ENSBIXG00005022548) SEMA3A (ENSBIXG00005022440) SEMA3D (ENSBIXG00005003818) GRM3 (ENSBIXG00005022303) ENSBIXG00005006832 ELAPOR2 (ENSBIXG00005022210) ENSBIXG00005021856 ENSBIXG00005021826 DMTF1 (ENSBIXG00005021807) TMEM243 (ENSBIXG00005021654) ENSBIXG00005021635 CROT (ENSBIXG00005021594) ABCB4 (ENSBIXG00005007678) Bos ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000153669.a ENSGT00530000063695.a ENSGT00940000159074 ENSGT00940000153117.B.c.b ENSGT00950000183168.A ENSGT01030000234592.B ENSGT00940000162152.k ENSGT00940000162152.l ENSGT00390000012084 ENSGT00940000160158 ENSGT00950000183200.A.a.a ENSGT00940000162506 ENSGT00520000058823 ENSGT00940000155627 ENSGT00940000157765 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000158563 ENSGT00940000159782 ENSGT01040000240879 ENSGT00390000015655.a.g ENSGT00940000159933 ENSGT00940000156648 ENSGT01030000234626.E ENSGT00390000012388 ENSGT00670000098061 ENSGT00510000048394 ENSGT00940000159028 ENSGT00390000011087 ENSGT00550000074980 ENSGT00390000012905 ENSGT00940000158397 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000153669.a ENSGT00530000063695.a ENSGT00940000159074 ENSGT00950000183168.A ENSGT01030000234592.B ENSGT00940000162152.k ENSGT00940000154517.gb.a.a.b.b ENSGT00940000162152.l ENSGT00390000012084 ENSGT00940000160158 ENSGT00950000183200.A.a.a ENSGT00940000162506 ENSGT00520000058823 ENSGT00940000155627 ENSGT00940000157765 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000158563 ENSGT00940000159782 ENSGT01040000240879 ENSGT00390000015655.a.g ENSGT00940000159933 ENSGT00940000156648 ENSGT01030000234626.E ENSGT00390000012388 ENSGT00670000098061 ENSGT00510000048394 ENSGT00940000159028 ENSGT00390000011087 ENSGT00550000074980 ENSGT00390000012905 ENSGT00940000158397 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 6 MTMR2 (ENSBIXG00005017635) CEP57 (ENSBIXG00005017776) FAM76B (ENSBIXG00005017806) SESN3 (ENSBIXG00005002907) ENDOD1 (ENSBIXG00005002914) ENSBIXG00005017939 ENSBIXG00005017950 ENSBIXG00005017962 CWC15 (ENSBIXG00005002919) AMOTL1 (ENSBIXG00005002944) PIWIL4 (ENSBIXG00005018252) FUT4 (ENSBIXG00005018272) C11orf97 (ENSBIXG00005018281) CWF19L2 (ENSBIXG00005018327) GUCY1A2 (ENSBIXG00005018531) ENSBIXG00005007655 ##22 ALKBH8 (ENSBIXG00005018650) ELMOD1 (ENSBIXG00005018713) ENSBIXG00005003044 ENSBIXG00005018780 RAB39A (ENSBIXG00005018809) CUL5 (ENSBIXG00005003066) ACAT1 (ENSBIXG00005018887) NPAT (ENSBIXG00005018906) ATM (ENSBIXG00005018945) ENSBIXG00005018983 C11orf65 (ENSBIXG00005019001) POGLUT3 (ENSBIXG00005002657) EXPH5 (ENSBIXG00005019057) DDX10 (ENSBIXG00005019167) ENSBIXG00005007819 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000153669.a ENSGT00530000063695.a ENSGT00940000159074 ENSGT00940000153117.B.c.b ENSGT00950000183168.A ENSGT01030000234592.B ENSGT00940000162152.k ENSGT00940000162152.l ENSGT00390000012084 ENSGT00940000160158 ENSGT00950000183200.A.a.a ENSGT00940000162506 ENSGT00520000058823 ENSGT00940000155627 ENSGT00940000157765 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00940000158563 ENSGT00940000159782 ENSGT01040000240879 ENSGT00390000015655.a.g ENSGT00940000159933 ENSGT00940000156648 ENSGT01030000234626.E ENSGT00390000012388 ENSGT00670000098061 ENSGT00510000048394 ENSGT00940000159028 ENSGT00390000011087 ENSGT00550000074980 ENSGT00390000012905 ENSGT00940000158397 Domestic yak MODERN SPECIES 4 MTMR2 (ENSBGRG00000013219) CEP57 (ENSBGRG00000012542) FAM76B (ENSBGRG00000012187) ENSBGRG00000012109 SESN3 (ENSBGRG00000011794) ENDOD1 (ENSBGRG00000011722) ENSBGRG00000011701 ENSBGRG00000011618 CWC15 (ENSBGRG00000011403) AMOTL1 (ENSBGRG00000010809) PIWIL4 (ENSBGRG00000010477) FUT4 (ENSBGRG00000010445) C11orf97 (ENSBGRG00000010391) CWF19L2 (ENSBGRG00000010092) GUCY1A2 (ENSBGRG00000009963) ENSBGRG00000016943 ##22 ALKBH8 (ENSBGRG00000016689) ELMOD1 (ENSBGRG00000016467) ENSBGRG00000016445 ENSBGRG00000016110 ENSBGRG00000016082 RAB39A (ENSBGRG00000016041) ENSBGRG00000016014 CUL5 (ENSBGRG00000015749) ACAT1 (ENSBGRG00000015383) ENSBGRG00000015349 NPAT (ENSBGRG00000014342) ATM (ENSBGRG00000014113) C11orf65 (ENSBGRG00000013973) POGLUT3 (ENSBGRG00000013901) EXPH5 (ENSBGRG00000013750) Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.b.a.a ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018559 ENSGT00950000183203.d.g ENSGT00940000161343 ENSGT00940000160488 ENSGT00510000047471 ENSGT00940000154503.a.f.b.b ENSGT00940000154503.b.e.a.a.b.a ENSGT00940000154503.b.e.a.a.b.b ENSGT00940000154503.a.f.b.a ENSGT00940000154503.b.e.a.a.a ENSGT00940000154503.a.f.a ENSGT00940000154503.b.e.a.b ENSGT00940000154503.b.e.b ENSGT00940000154503.a.e ENSGT00940000154503.b.f ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.b.a.a ##22 ENSGT00390000000378.d.a ENSGT00940000155585 ENSGT00940000155932 ENSGT00390000006762 ENSGT00390000009030 ENSGT00390000001376.gb.b.b ENSGT00390000014787 ENSGT00940000155420.a.b ENSGT00940000155420.b ENSGT00390000001360 ENSGT00940000156193 ENSGT01100000263506.a.e.a.a.a.b.b.a.b.a.a.a.a.a ENSGT00390000004832.b ENSGT00940000160741 ENSGT00940000158604 Domestic yak MODERN SPECIES 10 RNF43 (ENSBGRG00000012174) ENSBGRG00000012444 TSPOAP1 (ENSBGRG00000012592) MPO (ENSBGRG00000013472) LPO (ENSBGRG00000013631) MKS1 (ENSBGRG00000014068) ENSBGRG00000014782 ENSBGRG00000014828 ENSBGRG00000014838 ENSBGRG00000014852 ENSBGRG00000014872 ENSBGRG00000014889 ENSBGRG00000014909 ENSBGRG00000014926 OR4D1 (ENSBGRG00000014942) ENSBGRG00000015039 ##22 DYNLL2 (ENSBGRG00000015060) SRSF1 (ENSBGRG00000015169) VEZF1 (ENSBGRG00000015332) CUEDC1 (ENSBGRG00000015459) MRPS23 (ENSBGRG00000015820) ENSBGRG00000015925 CCDC182 (ENSBGRG00000015975) MSI2 (ENSBGRG00000016052) AKAP1 (ENSBGRG00000016742) SCPEP1 (ENSBGRG00000016895) COIL (ENSBGRG00000017148) TRIM25 (ENSBGRG00000017269) DGKE (ENSBGRG00000017443) C17orf67 (ENSBGRG00000017749) NOG (ENSBGRG00000017789) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.b.a.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 10 ENSBIXG00005006017 MTMR4 (ENSBIXG00005026294) HSF5 (ENSBIXG00005004485) RNF43 (ENSBIXG00005004505) ENSBIXG00005004516 TSPOAP1 (ENSBIXG00005026473) MPO (ENSBIXG00005026491) LPO (ENSBIXG00005026607) MKS1 (ENSBIXG00005026841) ENSBIXG00005026892 ENSBIXG00005026902 ENSBIXG00005026918 ENSBIXG00005026923 ENSBIXG00005026929 ENSBIXG00005004609 ENSBIXG00005026973 ##22 DYNLL2 (ENSBIXG00005026989) SRSF1 (ENSBIXG00005004643) VEZF1 (ENSBIXG00005027120) CUEDC1 (ENSBIXG00005027186) MRPS23 (ENSBIXG00005027199) ENSBIXG00005027205 CCDC182 (ENSBIXG00005027212) MSI2 (ENSBIXG00005027324) AKAP1 (ENSBIXG00005027386) SCPEP1 (ENSBIXG00005004720) COIL (ENSBIXG00005006947) TRIM25 (ENSBIXG00005027525) DGKE (ENSBIXG00005027582) C17orf67 (ENSBIXG00005004744) NOG (ENSBIXG00005027624) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.b.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.b.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 1 PNMA1 (ENSBIXG00005026657) ACOT6 (ENSBIXG00005026754) ACOT4 (ENSBIXG00005026831) RIOX1 (ENSBIXG00005026859) HEATR4 (ENSBIXG00005004597) NUMB (ENSBIXG00005027025) PAPLN (ENSBIXG00005027160) PSEN1 (ENSBIXG00005027250) RBM25 (ENSBIXG00005004710) ZFYVE1 (ENSBIXG00005027414) ENSBIXG00005027433 ENSBIXG00005027627 ENSBIXG00005027663 DPF3 (ENSBIXG00005027707) RGS6 (ENSBIXG00005028221) ENSBIXG00005028293 ##22 SIPA1L1 (ENSBIXG00005028352) PCNX1 (ENSBIXG00005002329) MAP3K9 (ENSBIXG00005005038) TTC9 (ENSBIXG00005028903) ENSBIXG00005028916 MED6 (ENSBIXG00005005085) ADAM21 (ENSBIXG00005028972) ENSBIXG00005028980 ENSBIXG00005002066 COX16 (ENSBIXG00005005118) SYNJ2BP (ENSBIXG00005029040) SLC8A3 (ENSBIXG00005029096) SMOC1 (ENSBIXG00005001873) SLC10A1 (ENSBIXG00005005187) SRSF5 (ENSBIXG00005001782) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.b.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.a.b.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 28 MAP3K5 (ENSBIXG00005026792) MAP7 (ENSBIXG00005004633) BCLAF1 (ENSBIXG00005027187) MTFR2 (ENSBIXG00005027208) ENSBIXG00005007583 PDE7B (ENSBIXG00005005610) ENSBIXG00005027379 AHI1 (ENSBIXG00005027513) MYB (ENSBIXG00005004779) HBS1L (ENSBIXG00005028064) ALDH8A1 (ENSBIXG00005028188) ENSBIXG00005028211 SGK1 (ENSBIXG00005028436) SLC2A12 (ENSBIXG00005004915) TBPL1 (ENSBIXG00005004933) ENSBIXG00005002400 ##22 EYA4 (ENSBIXG00005002280) ENSBIXG00005028931 ENSBIXG00005028939 SLC18B1 (ENSBIXG00005002123) VNN2 (ENSBIXG00005029015) ENSBIXG00005005117 VNN1 (ENSBIXG00005001988) TAAR1 (ENSBIXG00005029070) TAAR2 (ENSBIXG00005029078) ENSBIXG00005001968 ENSBIXG00005001954 TAAR5 (ENSBIXG00005001948) ENSBIXG00005029097 ENSBIXG00005029113 ENSBIXG00005001837 Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.b.a ##22 Bos_b DUPLICATION Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.b.a.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 15 TFAP2A (ENSBIXG00005004723) GCNT2 (ENSBIXG00005027509) ENSBIXG00005004737 PAK1IP1 (ENSBIXG00005027581) TMEM14C (ENSBIXG00005027596) MAK (ENSBIXG00005027680) GCM2 (ENSBIXG00005027710) SYCP2L (ENSBIXG00005027785) ELOVL2 (ENSBIXG00005004785) SMIM13 (ENSBIXG00005027850) ENSBIXG00005027864 NEDD9 (ENSBIXG00005028030) TMEM170B (ENSBIXG00005028075) ADTRP (ENSBIXG00005028095) HIVEP1 (ENSBIXG00005028135) ENSBIXG00005028153 ##22 EDN1 (ENSBIXG00005028170) PHACTR1 (ENSBIXG00005028225) TBC1D7 (ENSBIXG00005004866) GFOD1 (ENSBIXG00005006981) SIRT5 (ENSBIXG00005028385) NOL7 (ENSBIXG00005028411) RANBP9 (ENSBIXG00005007792) MCUR1 (ENSBIXG00005004903) RNF182 (ENSBIXG00005004907) CD83 (ENSBIXG00005004916) ENSBIXG00005028603 JARID2 (ENSBIXG00005005348) DTNBP1 (ENSBIXG00005028868) ENSBIXG00005028902 MYLIP (ENSBIXG00005005057) Cow MODERN SPECIES 3 ENSBTAG00000025428 SHISA2 (ENSBTAG00000018214) ATP8A2 (ENSBTAG00000019529) NUP58 (ENSBTAG00000015225) MTMR6 (ENSBTAG00000003116) AMER2 (ENSBTAG00000048360) SPATA13 (ENSBTAG00000019545) C1QTNF9 (ENSBTAG00000053310) ENSBTAG00000051537 MIPEP (ENSBTAG00000008888) TNFRSF19 (ENSBTAG00000018300) SACS (ENSBTAG00000001867) SGCG (ENSBTAG00000001865) FGF9 (ENSBTAG00000048237) MICU2 (ENSBTAG00000015943) ENSBTAG00000052696 ##22 ZDHHC20 (ENSBTAG00000006177) MRPL57 (ENSBTAG00000003315) SKA3 (ENSBTAG00000003314) SAP18 (ENSBTAG00000018631) ENSBTAG00000049776 ##22 LATS2 (ENSBTAG00000014406) XPO4 (ENSBTAG00000003710) ENSBTAG00000052435 IL17D (ENSBTAG00000025402) IFT88 (ENSBTAG00000014286) CRYL1 (ENSBTAG00000011726) GJB6 (ENSBTAG00000038662) ENSBTAG00000051110 ENSBTAG00000052099 GJB2 (ENSBTAG00000017425) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.b.a.b ##22 Cow MODERN SPECIES CXADR (ENSBTAG00000004869) USP25 (ENSBTAG00000019314) NRIP1 (ENSBTAG00000047293) SAMSN1 (ENSBTAG00000002623) HSPA13 (ENSBTAG00000012908) ABCC13 (ENSBTAG00000054574) RBM11 (ENSBTAG00000034347) LIPI (ENSBTAG00000038512) ENSBTAG00000048954 ENSBTAG00000046755 ROBO2 (ENSBTAG00000010462) ROBO1 (ENSBTAG00000009851) ENSBTAG00000051036 ENSBTAG00000008359 GBE1 (ENSBTAG00000036262) ENSBTAG00000054327 ##22 ENSBTAG00000045974 CADM2 (ENSBTAG00000009219) VGLL3 (ENSBTAG00000026156) CHMP2B (ENSBTAG00000007939) POU1F1 (ENSBTAG00000009128) HTR1F (ENSBTAG00000039151) CGGBP1 (ENSBTAG00000046959) ZNF654 (ENSBTAG00000023675) C1H3orf38 (ENSBTAG00000007970) CSNKA2IP (ENSBTAG00000045590) EPHA3 (ENSBTAG00000006811) PROS1 (ENSBTAG00000023652) ARL13B (ENSBTAG00000005155) STX19 (ENSBTAG00000005162) NSUN3 (ENSBTAG00000015728) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.b.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES ENSBGRG00000000959 BOC (ENSBGRG00000000972) CFAP44 (ENSBGRG00000001051) SPICE1 (ENSBGRG00000001108) SIDT1 (ENSBGRG00000001237) USF3 (ENSBGRG00000001394) ENSBGRG00000001410 ATP6V1A (ENSBGRG00000001479) GRAMD1C (ENSBGRG00000001529) ZDHHC23 (ENSBGRG00000001676) CCDC191 (ENSBGRG00000001705) QTRT2 (ENSBGRG00000001757) DRD3 (ENSBGRG00000001826) TIGIT (ENSBGRG00000001881) ZBTB20 (ENSBGRG00000001895) ENSBGRG00000001918 ##22 GAP43 (ENSBGRG00000001923) LSAMP (ENSBGRG00000001944) ENSBGRG00000002000 ENSBGRG00000002008 IGSF11 (ENSBGRG00000002060) ENSBGRG00000002097 UPK1B (ENSBGRG00000002125) B4GALT4 (ENSBGRG00000002166) ARHGAP31 (ENSBGRG00000002180) TMEM39A (ENSBGRG00000002229) POGLUT1 (ENSBGRG00000002270) TIMMDC1 (ENSBGRG00000002286) CD80 (ENSBGRG00000002311) ADPRH (ENSBGRG00000002318) PLA1A (ENSBGRG00000002335) Bos ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00910000144115.a.y ENSGT00940000158835 ENSGT00390000009359.a ENSGT01100000263564.b ENSGT00940000161053 ENSGT00940000160313.u.a ENSGT00670000098076 ENSGT00390000001799.i.b ENSGT00800000124303.w ENSGT00940000162534 ENSGT00940000161190 ENSGT00940000158731 ENSGT00390000017736.a ENSGT00390000014577.a ENSGT00940000163018 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000156612 ENSGT00390000002109 ENSGT00940000156296 ENSGT00940000154904.b ENSGT00940000163609 ENSGT00940000163775 ENSGT00940000158779 ENSGT00940000154685.b.i ENSGT00940000163004.k.a ENSGT00940000154685.b.j ENSGT00940000154685.a ENSGT00940000163004.l ENSGT00940000163123 ENSGT00940000161987 ENSGT00940000160320.a.a.b Bos_b ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00910000144115.a.y ENSGT00940000158835 ENSGT00390000009359.a ENSGT01100000263564.b ENSGT00940000161053 ENSGT00940000160313.u.a ENSGT00670000098076 ENSGT00390000001799.i.b ENSGT00800000124303.w ENSGT00940000162534.a ENSGT00940000161190 ENSGT00940000158731 ENSGT00390000017736.a ENSGT00390000014577.a ENSGT00940000163018 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000156612 ENSGT00390000002109 ENSGT00940000156296 ENSGT00940000154904.b ENSGT00940000163609 ENSGT00940000163775 ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.b.a.a.b.b.a.a.a.b.b.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000158779 ENSGT00940000154685.b.i ENSGT00940000163004.k.a ENSGT00940000154685.a ENSGT00940000163004.l ENSGT00940000163123 ENSGT00940000161987 ENSGT00940000160320.a.a.b Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 24 CLEC4A (ENSBIXG00005013931) NECAP1 (ENSBIXG00005013901) C3AR1 (ENSBIXG00005013827) FOXJ2 (ENSBIXG00005013812) ENSBIXG00005013791 ENSBIXG00005013767 ENSBIXG00005001688 ENSBIXG00005013723 ENSBIXG00005013707 ENSBIXG00005013702 APOBEC1 (ENSBIXG00005013681) AICDA (ENSBIXG00005013648) MFAP5 (ENSBIXG00005013612) RIMKLB (ENSBIXG00005013453) A2ML1 (ENSBIXG00005013391) ENSBIXG00005013214 ##22 PHC1 (ENSBIXG00005007442) M6PR (ENSBIXG00005013098) KLRG1 (ENSBIXG00005013073) A2M (ENSBIXG00005012990) ENSBIXG00005012823 ENSBIXG00005012792 KLRB1 (ENSBIXG00005012621) ENSBIXG00005001389 ENSBIXG00005012578 ENSBIXG00005012563 ENSBIXG00005012542 ENSBIXG00005012528 CD69 (ENSBIXG00005000327) ENSBIXG00005006427 KLRF1 (ENSBIXG00005012477) Bos_a ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000162938 ENSGT00940000158835 ENSGT00390000009359.a ENSGT01100000263564.b ENSGT00940000161053 ENSGT00940000160313.u.a ENSGT00670000098076.r ENSGT00390000001799.i.b ENSGT00800000124303.w ENSGT00940000162534 ENSGT00940000161190 ENSGT00940000158731 ENSGT00390000017736.a ENSGT00390000014577.a ENSGT00940000163018 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000156612 ENSGT00390000002109 ENSGT00940000156296 ENSGT00940000154904.b ENSGT00940000163775 ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.a.b.a.a.b.b.a.a.a.b.b.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000158779 ENSGT00940000154685.b.j ENSGT00940000154685.a ENSGT00940000163004.l ENSGT00940000163123 ENSGT00940000161987 ENSGT00940000160320.a.a.b ENSGT00940000163227 ENSGT00940000163004.k.b.a.a.c Domestic yak MODERN SPECIES 24 ENSBGRG00000008989 CLEC4A (ENSBGRG00000009013) NECAP1 (ENSBGRG00000009058) C3AR1 (ENSBGRG00000009274) FOXJ2 (ENSBGRG00000009305) ENSBGRG00000009442 ENSBGRG00000009658 ENSBGRG00000009696 ENSBGRG00000009703 GDF3 (ENSBGRG00000009725) APOBEC1 (ENSBGRG00000009737) AICDA (ENSBGRG00000009800) MFAP5 (ENSBGRG00000009855) RIMKLB (ENSBGRG00000010296) A2ML1 (ENSBGRG00000010450) ENSBGRG00000011201 ##22 PHC1 (ENSBGRG00000011231) M6PR (ENSBGRG00000011531) KLRG1 (ENSBGRG00000011666) A2M (ENSBGRG00000011872) ENSBGRG00000012659 ENSBGRG00000017787 ENSBGRG00000017807 ENSBGRG00000017855 ENSBGRG00000018195 ENSBGRG00000018272 ENSBGRG00000018323 ENSBGRG00000018372 CD69 (ENSBGRG00000018408) ENSBGRG00000018437 KLRF1 (ENSBGRG00000018456) Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.b ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.b ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.b ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.b ##22 Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.b.a.a.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.b.a.a.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 3 TGDS (ENSBIXG00005001934) GPR180 (ENSBIXG00005002008) SOX21 (ENSBIXG00005029041) ENSBIXG00005029027 ENSBIXG00005002147 ENSBIXG00005028850 ENSBIXG00005028769 ENSBIXG00005005345 ENSBIXG00005006976 ENSBIXG00005027922 ENSBIXG00005027795 ENSBIXG00005027727 ENSBIXG00005027701 CLDN10 (ENSBIXG00005027612) DZIP1 (ENSBIXG00005027565) ENSBIXG00005027477 ##22 DNAJC3 (ENSBIXG00005027447) UGGT2 (ENSBIXG00005007775) ENSBIXG00005027342 OXGR1 (ENSBIXG00005027322) MBNL2 (ENSBIXG00005007773) RAP2A (ENSBIXG00005027161) IPO5 (ENSBIXG00005027124) FARP1 (ENSBIXG00005004593) ENSBIXG00005026830 STK24 (ENSBIXG00005026809) SLC15A1 (ENSBIXG00005026779) DOCK9 (ENSBIXG00005004562) UBAC2 (ENSBIXG00005026358) GPR18 (ENSBIXG00005026309) GPR183 (ENSBIXG00005026291) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.b.a.a.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 26 ENSBGRG00000001787 FSD1L (ENSBGRG00000001636) ENSBGRG00000001591 ENSBGRG00000001583 ##22 SLC44A1 (ENSBGRG00000001497) ABCA1 (ENSBGRG00000001141) NIPSNAP3A (ENSBGRG00000001092) ENSBGRG00000001083 OR13C8 (ENSBGRG00000001076) OR13C3 (ENSBGRG00000001066) OR13C4 (ENSBGRG00000001044) ENSBGRG00000001033 ENSBGRG00000001027 SMC2 (ENSBGRG00000000950) ENSBGRG00000000912 ENSBGRG00000000901 ##22 GRIN3A (ENSBGRG00000000837) RNF20 (ENSBGRG00000000693) ENSBGRG00000000643 ##22 ENSBGRG00000000599 ZNF189 (ENSBGRG00000000584) MRPL50 (ENSBGRG00000000573) ENSBGRG00000000554 ENSBGRG00000000536 PLPPR1 (ENSBGRG00000000500) CAVIN4 (ENSBGRG00000000485) TMEFF1 (ENSBGRG00000000379) ENSBGRG00000020356 ENSBGRG00000019270 ENSBGRG00000019209 ENSBGRG00000019166 Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.b.a.a.b.a.a ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.b.a.a.b.a.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 27 ENSBGRG00000026014 ENSBGRG00000026022 TUBB4A (ENSBGRG00000026030) ENSBGRG00000000364 DENND1C (ENSBGRG00000000393) CRB3 (ENSBGRG00000000409) SLC25A23 (ENSBGRG00000000430) SLC25A41 (ENSBGRG00000000480) KHSRP (ENSBGRG00000000517) GTF2F1 (ENSBGRG00000000661) PSPN (ENSBGRG00000000694) ALKBH7 (ENSBGRG00000000719) CLPP (ENSBGRG00000000753) ACER1 (ENSBGRG00000000765) MLLT1 (ENSBGRG00000000789) ENSBGRG00000000819 ##22 ACSBG2 (ENSBGRG00000000844) RFX2 (ENSBGRG00000000923) ENSBGRG00000000938 RANBP3 (ENSBGRG00000000978) CAPS (ENSBGRG00000001193) VMAC (ENSBGRG00000001217) NDUFA11 (ENSBGRG00000001226) ENSBGRG00000001243 ENSBGRG00000001255 NRTN (ENSBGRG00000001261) DUS3L (ENSBGRG00000001278) PRR22 (ENSBGRG00000001352) CATSPERD (ENSBGRG00000001388) LONP1 (ENSBGRG00000001424) HSD11B1L (ENSBGRG00000001504) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.b.a.a.b.a.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES ENSBIXG00005023486 ENSBIXG00005023526 BRWD1 (ENSBIXG00005023566) PSMG1 (ENSBIXG00005004043) ENSBIXG00005023658 ENSBIXG00005023680 ATP2C1 (ENSBIXG00005023827) ASTE1 (ENSBIXG00005023909) NEK11 (ENSBIXG00005024096) NUDT16 (ENSBIXG00005024166) ENSBIXG00005007236 MRPL3 (ENSBIXG00005024272) ENSBIXG00005004151 CPNE4 (ENSBIXG00005006175) ACP3 (ENSBIXG00005024909) ENSBIXG00005004251 ##22 ENSBIXG00005024930 DNAJC13 (ENSBIXG00005024967) ACKR4 (ENSBIXG00005024999) ACAD11 (ENSBIXG00005025046) UBA5 (ENSBIXG00005004275) NPHP3 (ENSBIXG00005025187) ENSBIXG00005025253 TMEM108 (ENSBIXG00005025315) BFSP2 (ENSBIXG00005025361) CDV3 (ENSBIXG00005025384) TOPBP1 (ENSBIXG00005025503) ENSBIXG00005025612 RAB6B (ENSBIXG00005025704) ENSBIXG00005004415 SLCO2A1 (ENSBIXG00005005781) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.b.a.a.b.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.b.a.a.b.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 28 PRSS35 (ENSBIXG00005013106) SNAP91 (ENSBIXG00005012993) C6orf58 (ENSBIXG00005012644) SOGA3 (ENSBIXG00005012632) KIAA0408 (ENSBIXG00005000317) ECHDC1 (ENSBIXG00005001376) RNF146 (ENSBIXG00005012486) ENSBIXG00005012445 RSPO3 (ENSBIXG00005000344) ENSBIXG00005012423 CENPW (ENSBIXG00005012376) TRMT11 (ENSBIXG00005012320) ENSBIXG00005007261 HINT3 (ENSBIXG00005012194) NCOA7 (ENSBIXG00005001254) ENSBIXG00005012079 ##22 HEY2 (ENSBIXG00005012072) HDDC2 (ENSBIXG00005001234) TPD52L1 (ENSBIXG00005000415) RNF217 (ENSBIXG00005011850) NKAIN2 (ENSBIXG00005001158) ENSBIXG00005011667 ENSBIXG00005001145 ENSBIXG00005001132 ENSBIXG00005011574 TRDN (ENSBIXG00005001117) CLVS2 (ENSBIXG00005011460) SMPDL3A (ENSBIXG00005011419) ENSBIXG00005011381 ENSBIXG00005011377 ENSBIXG00005005380 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.b.a.a.b.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 1 RWDD2A (ENSBGRG00000015306) ME1 (ENSBGRG00000015027) PRSS35 (ENSBGRG00000014972) SNAP91 (ENSBGRG00000014629) C6orf58 (ENSBGRG00000014560) SOGA3 (ENSBGRG00000014525) KIAA0408 (ENSBGRG00000014479) ECHDC1 (ENSBGRG00000014297) RNF146 (ENSBGRG00000014259) RSPO3 (ENSBGRG00000014181) ENSBGRG00000014138 ENSBGRG00000014112 ENSBGRG00000014029 TRMT11 (ENSBGRG00000013274) ENSBGRG00000013142 ENSBGRG00000013105 ##22 NCOA7 (ENSBGRG00000012960) ENSBGRG00000012929 HEY2 (ENSBGRG00000012881) HDDC2 (ENSBGRG00000012727) TPD52L1 (ENSBGRG00000012133) RNF217 (ENSBGRG00000011871) ENSBGRG00000011806 NKAIN2 (ENSBGRG00000011644) TRDN (ENSBGRG00000010492) ENSBGRG00000010411 CLVS2 (ENSBGRG00000010349) SMPDL3A (ENSBGRG00000010267) FABP7 (ENSBGRG00000010179) ENSBGRG00000010155 ENSBGRG00000010069 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.b.a.a.b.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.b.a.a.b.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 20 NKIRAS1 (ENSBGRG00000009616) ENSBGRG00000009680 NR1D2 (ENSBGRG00000009728) ENSBGRG00000009841 THRB (ENSBGRG00000009917) ENSBGRG00000010254 ENSBGRG00000010297 RARB (ENSBGRG00000010314) TOP2B (ENSBGRG00000010489) NGLY1 (ENSBGRG00000012555) OXSM (ENSBGRG00000012775) ENSBGRG00000012829 LRRC3B (ENSBGRG00000012847) ENSBGRG00000012874 PSD3 (ENSBGRG00000012956) ENSBGRG00000013421 ##22 SH2D4A (ENSBGRG00000013457) CSGALNACT1 (ENSBGRG00000013600) ENSBGRG00000013807 INTS10 (ENSBGRG00000013819) HGSNAT (ENSBGRG00000014114) ENSBGRG00000014480 ENSBGRG00000014526 HOOK3 (ENSBGRG00000014655) ENSBGRG00000015025 RNF170 (ENSBGRG00000015130) THAP1 (ENSBGRG00000015491) CHRNA6 (ENSBGRG00000015518) CHRNB3 (ENSBGRG00000015713) ENSBGRG00000015834 SLC20A2 (ENSBGRG00000015933) Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.b.a.b.a.a.a ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.b.a.b.a.a.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 1 HIVEP2 (ENSBGRG00000022707) AIG1 (ENSBGRG00000022610) ADAT2 (ENSBGRG00000022525) ENSBGRG00000022509 PEX3 (ENSBGRG00000022454) FUCA2 (ENSBGRG00000022385) PHACTR2 (ENSBGRG00000021869) LTV1 (ENSBGRG00000021729) ZC2HC1B (ENSBGRG00000021661) PLAGL1 (ENSBGRG00000021634) SF3B5 (ENSBGRG00000021621) STX11 (ENSBGRG00000021613) ENSBGRG00000021598 UTRN (ENSBGRG00000020833) EPM2A (ENSBGRG00000020657) ENSBGRG00000020634 ##22 SHPRH (ENSBGRG00000019842) GRM1 (ENSBGRG00000019742) ENSBGRG00000019696 ENSBGRG00000019680 ENSBGRG00000019670 ADGB (ENSBGRG00000019267) STXBP5 (ENSBGRG00000018731) SAMD5 (ENSBGRG00000018627) ENSBGRG00000018594 ENSBGRG00000018580 SASH1 (ENSBGRG00000018460) UST (ENSBGRG00000018178) TAB2 (ENSBGRG00000018099) ZC3H12D (ENSBGRG00000018018) PPIL4 (ENSBGRG00000017896) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.b.a.b.a.a.a ##22 Cow MODERN SPECIES 28 AIG1 (ENSBTAG00000003496) ADAT2 (ENSBTAG00000026519) PEX3 (ENSBTAG00000001747) FUCA2 (ENSBTAG00000001752) PHACTR2 (ENSBTAG00000016498) LTV1 (ENSBTAG00000032163) ZC2HC1B (ENSBTAG00000008159) PLAGL1 (ENSBTAG00000026523) SF3B5 (ENSBTAG00000009795) STX11 (ENSBTAG00000011236) UTRN (ENSBTAG00000009665) ENSBTAG00000053778 EPM2A (ENSBTAG00000015181) FBXO30 (ENSBTAG00000005376) SHPRH (ENSBTAG00000008112) ENSBTAG00000054706 ##22 GRM1 (ENSBTAG00000044181) RAB32 (ENSBTAG00000009784) ENSBTAG00000037531 ADGB (ENSBTAG00000016844) ENSBTAG00000052243 STXBP5 (ENSBTAG00000021107) ENSBTAG00000038112 ENSBTAG00000052123 SAMD5 (ENSBTAG00000036287) SASH1 (ENSBTAG00000001826) UST (ENSBTAG00000051913) TAB2 (ENSBTAG00000013454) ZC3H12D (ENSBTAG00000007388) PPIL4 (ENSBTAG00000016980) GINM1 (ENSBTAG00000000880) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.b.a.b.a.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.b.a.b.a.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 2 FOXN3 (ENSBGRG00000005874) ENSBGRG00000005951 TDP1 (ENSBGRG00000006079) KCNK13 (ENSBGRG00000006172) PSMC1 (ENSBGRG00000006191) NRDE2 (ENSBGRG00000006341) ENSBGRG00000006481 TTC7B (ENSBGRG00000006629) RPS6KA5 (ENSBGRG00000007305) ENSBGRG00000007722 ENSBGRG00000007749 GOLM2 (ENSBGRG00000007804) CTDSPL2 (ENSBGRG00000007983) EIF3J (ENSBGRG00000008225) SPG11 (ENSBGRG00000008668) ENSBGRG00000009513 ##22 PATL2 (ENSBGRG00000009537) ENSBGRG00000009835 ENSBGRG00000009951 TRIM69 (ENSBGRG00000009992) TERB2 (ENSBGRG00000010298) ENSBGRG00000010378 ENSBGRG00000010426 ENSBGRG00000010453 ENSBGRG00000010493 ENSBGRG00000010515 ENSBGRG00000010548 ENSBGRG00000010584 ENSBGRG00000010607 ENSBGRG00000010626 ENSBGRG00000010643 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.b.a.b.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.b.a.b.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 18 VKORC1L1 (ENSBGRG00000024495) ENSBGRG00000024374 ENSBGRG00000024290 ASL (ENSBGRG00000023875) CRCP (ENSBGRG00000023686) ENSBGRG00000023659 TPST1 (ENSBGRG00000023623) RABGEF1 (ENSBGRG00000023227) TMEM248 (ENSBGRG00000023157) ENSBGRG00000023113 ENSBGRG00000023101 ENSBGRG00000022606 CALN1 (ENSBGRG00000022420) GALNT17 (ENSBGRG00000022266) AUTS2 (ENSBGRG00000022202) ENSBGRG00000022128 ##22 ENSBGRG00000022117 CASTOR2 (ENSBGRG00000021809) RCC1L (ENSBGRG00000021587) ENSBGRG00000021552 NCF1 (ENSBGRG00000021502) GTF2I (ENSBGRG00000021271) GTF2IRD1 (ENSBGRG00000020750) CLIP2 (ENSBGRG00000020435) RFC2 (ENSBGRG00000020073) LAT2 (ENSBGRG00000019878) ENSBGRG00000019729 LIMK1 (ENSBGRG00000019391) ELN (ENSBGRG00000013383) TMEM270 (ENSBGRG00000013209) ENSBGRG00000013166 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.b.a.b.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.b.a.b.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 10 RFFL (ENSBIXG00005020511) LIG3 (ENSBIXG00005020425) ZNF830 (ENSBIXG00005000019) CCT6B (ENSBIXG00005020356) TMEM132E (ENSBIXG00005003295) ENSBIXG00005003275 ENSBIXG00005019984 CCL11 (ENSBIXG00005003267) CCL2 (ENSBIXG00005006654) ASIC2 (ENSBIXG00005006881) ENSBIXG00005019792 TMEM98 (ENSBIXG00005019737) MYO1D (ENSBIXG00005019665) CDK5R1 (ENSBIXG00005019571) PSMD11 (ENSBIXG00005019559) ENSBIXG00005019526 ##22 ZNF207 (ENSBIXG00005019493) C17orf75 (ENSBIXG00005006030) RHOT1 (ENSBIXG00005019289) RNF135 (ENSBIXG00005019124) ADAP2 (ENSBIXG00005006808) TEFM (ENSBIXG00005019077) ATAD5 (ENSBIXG00005002643) CRLF3 (ENSBIXG00005003096) SUZ12 (ENSBIXG00005000054) UTP6 (ENSBIXG00005018868) COPRS (ENSBIXG00005018823) RAB11FIP4 (ENSBIXG00005018731) NF1 (ENSBIXG00005018607) EVI2A (ENSBIXG00005018153) EVI2B (ENSBIXG00005018145) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.b.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.a.b.b.b ##22 Domestic yak DUPLICATION Domestic yak MODERN SPECIES 26 ENSBGRG00000003133 ENSBGRG00000003141 ENSBGRG00000003146 FRMD3 (ENSBGRG00000003176) IDNK (ENSBGRG00000003390) UBQLN1 (ENSBGRG00000003409) ENSBGRG00000003458 GKAP1 (ENSBGRG00000003477) KIF27 (ENSBGRG00000003572) C9orf64 (ENSBGRG00000004002) HNRNPK (ENSBGRG00000004043) RMI1 (ENSBGRG00000004133) SLC28A3 (ENSBGRG00000004152) NTRK2 (ENSBGRG00000004372) AGTPBP1 (ENSBGRG00000004819) ENSBGRG00000005264 ##22 NAA35 (ENSBGRG00000005283) GOLM1 (ENSBGRG00000005320) ENSBGRG00000005419 ENSBGRG00000005436 ISCA1 (ENSBGRG00000005511) ENSBGRG00000005567 GAS1 (ENSBGRG00000005843) ENSBGRG00000005866 ENSBGRG00000005877 DAPK1 (ENSBGRG00000005913) FBP2 (ENSBGRG00000006288) CTSL (ENSBGRG00000006446) ENSBGRG00000006482 AOPEP (ENSBGRG00000008818) FANCC (ENSBGRG00000009148) Domestic yak MODERN SPECIES 69 HDX (ENSBGRG00000025367) ENSBGRG00000025313 ENSBGRG00000025291 APOOL (ENSBGRG00000025225) ZNF711 (ENSBGRG00000025171) POF1B (ENSBGRG00000025068) CHM (ENSBGRG00000024881) DACH2 (ENSBGRG00000024724) PLS3 (ENSBGRG00000024473) ENSBGRG00000024443 LRCH2 (ENSBGRG00000024233) IL13RA2 (ENSBGRG00000024134) HTR2C (ENSBGRG00000024094) AMOT (ENSBGRG00000023864) LHFPL1 (ENSBGRG00000023789) ENSBGRG00000023774 ##22 TRPC5OS (ENSBGRG00000023756) TRPC5 (ENSBGRG00000023665) ALG13 (ENSBGRG00000023625) ENSBGRG00000023530 SERTM2 (ENSBGRG00000023522) DCX (ENSBGRG00000023448) CAPN6 (ENSBGRG00000023382) PAK3 (ENSBGRG00000022996) ENSBGRG00000022953 CHRDL1 (ENSBGRG00000022668) RTL9 (ENSBGRG00000022623) AMMECR1 (ENSBGRG00000022551) TMEM164 (ENSBGRG00000022401) ENSBGRG00000022376 ACSL4 (ENSBGRG00000022250) Yarkand deer MODERN SPECIES 12 PARS2 (ENSCHYG00000018610) TTC22 (ENSCHYG00000018546) LEXM (ENSCHYG00000018430) DHCR24 (ENSCHYG00000018306) ENSCHYG00000018203 BSND (ENSCHYG00000018177) USP24 (ENSCHYG00000017557) ENSCHYG00000017413 ENSCHYG00000017384 PLPP3 (ENSCHYG00000017297) PRKAA2 (ENSCHYG00000017206) FYB2 (ENSCHYG00000017082) C8A (ENSCHYG00000017037) C8B (ENSCHYG00000016927) DAB1 (ENSCHYG00000016340) ENSCHYG00000016291 ##22 OMA1 (ENSCHYG00000016058) TACSTD2 (ENSCHYG00000015924) MYSM1 (ENSCHYG00000015752) JUN (ENSCHYG00000015724) FGGY (ENSCHYG00000014481) HOOK1 (ENSCHYG00000014199) ENSCHYG00000013601 C1orf87 (ENSCHYG00000013337) ENSCHYG00000013294 NFIA (ENSCHYG00000013049) TM2D1 (ENSCHYG00000012921) PATJ (ENSCHYG00000011502) ENSCHYG00000011365 ENSCHYG00000011355 ENSCHYG00000011320 Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.b ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.b ##22 Bovidae DUPLICATION Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.b.a ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.b.a ##22 Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.b.a.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.b.a.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 8 NOC4L (ENSBIXG00005015575) DDX51 (ENSBIXG00005005981) ENSBIXG00005002451 EP400 (ENSBIXG00005015993) PUS1 (ENSBIXG00005016019) ULK1 (ENSBIXG00005006510) MMP17 (ENSBIXG00005016111) SFSWAP (ENSBIXG00005016190) ADGRD1 (ENSBIXG00005016329) ENSBIXG00005016370 STX2 (ENSBIXG00005016420) ENSBIXG00005016432 RIMBP2 (ENSBIXG00005002663) PIWIL1 (ENSBIXG00005016568) FZD10 (ENSBIXG00005016588) ENSBIXG00005016601 ##22 TMEM132D (ENSBIXG00005016628) GLT1D1 (ENSBIXG00005016747) SLC15A4 (ENSBIXG00005005508) ENSBIXG00005016848 TMEM132C (ENSBIXG00005007554) ENSBIXG00005016880 ENSBIXG00005005590 TMEM132B (ENSBIXG00005002749) AACS (ENSBIXG00005017021) BRI3BP (ENSBIXG00005017054) DHX37 (ENSBIXG00005017114) ENSBIXG00005006021 SCARB1 (ENSBIXG00005017215) ENSBIXG00005017246 NCOR2 (ENSBIXG00005017313) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.b.a.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 22 ENSBGRG00000024031 HOOK1 (ENSBGRG00000024297) FGGY (ENSBGRG00000024465) ENSBGRG00000024541 JUN (ENSBGRG00000024565) MYSM1 (ENSBGRG00000024641) TACSTD2 (ENSBGRG00000024919) ENSBGRG00000000232 OMA1 (ENSBGRG00000000253) DAB1 (ENSBGRG00000000294) C8B (ENSBGRG00000000424) C8A (ENSBGRG00000000553) ENSBGRG00000000568 ENSBGRG00000000576 PRKAA2 (ENSBGRG00000000593) ENSBGRG00000000637 ##22 PLPP3 (ENSBGRG00000000652) ENSBGRG00000000675 ENSBGRG00000000687 USP24 (ENSBGRG00000000727) BSND (ENSBGRG00000000864) TMEM61 (ENSBGRG00000000869) DHCR24 (ENSBGRG00000000886) LEXM (ENSBGRG00000000956) TTC22 (ENSBGRG00000000987) PARS2 (ENSBGRG00000001012) TTC4 (ENSBGRG00000001022) MROH7 (ENSBGRG00000001087) ENSBGRG00000001202 ACOT11 (ENSBGRG00000001259) ENSBGRG00000001295 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.b.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.b.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 14 IL5RA (ENSBGRG00000023363) CNTN4 (ENSBGRG00000023008) ENSBGRG00000022956 ENSBGRG00000022946 CNTN6 (ENSBGRG00000022913) CHL1 (ENSBGRG00000022502) ENSBGRG00000022415 CNTN3 (ENSBGRG00000022216) ENSBGRG00000022179 ENSBGRG00000022160 PDZRN3 (ENSBGRG00000022106) PPP4R2 (ENSBGRG00000022002) ENSBGRG00000021987 GXYLT2 (ENSBGRG00000021905) SHQ1 (ENSBGRG00000021832) ENSBGRG00000021818 ##22 ENSBGRG00000021805 RYBP (ENSBGRG00000021759) ENSBGRG00000021736 PROK2 (ENSBGRG00000021693) GPR27 (ENSBGRG00000021670) EIF4E3 (ENSBGRG00000021497) ENSBGRG00000021458 FOXP1 (ENSBGRG00000019865) MDFIC2 (ENSBGRG00000019713) ENSBGRG00000019667 MITF (ENSBGRG00000018873) FRMD4B (ENSBGRG00000017724) ENSBGRG00000017643 LMOD3 (ENSBGRG00000017594) ARL6IP5 (ENSBGRG00000017445) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.b.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 3 ENSBIXG00005006058 VWA8 (ENSBIXG00005023867) ENSBIXG00005006905 DGKH (ENSBIXG00005023801) AKAP11 (ENSBIXG00005023417) TNFSF11 (ENSBIXG00005004003) FAM216B (ENSBIXG00005023313) EPSTI1 (ENSBIXG00005003975) DNAJC15 (ENSBIXG00005023206) ENSBIXG00005023187 ENOX1 (ENSBIXG00005023147) ENSBIXG00005023104 CCDC122 (ENSBIXG00005003936) LACC1 (ENSBIXG00005023079) SMIM2 (ENSBIXG00005003927) ENSBIXG00005023019 ##22 ENSBIXG00005022931 TSC22D1 (ENSBIXG00005022881) NUFIP1 (ENSBIXG00005022767) ENSBIXG00005022737 ENSBIXG00005022705 GTF2F2 (ENSBIXG00005003886) KCTD4 (ENSBIXG00005003883) ENSBIXG00005007690 COG3 (ENSBIXG00005022513) ENSBIXG00005022372 CBY2 (ENSBIXG00005022348) SIAH3 (ENSBIXG00005003804) ZC3H13 (ENSBIXG00005022307) CPB2 (ENSBIXG00005022273) LCP1 (ENSBIXG00005022212) Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.b.a ##22 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 7 ENSOARG00020008765 PDE4D (ENSOARG00020007357) DEPDC1B (ENSOARG00020007191) ELOVL7 (ENSOARG00020007062) ERCC8 (ENSOARG00020006955) NDUFAF2 (ENSOARG00020006873) SMIM15 (ENSOARG00020006847) ZSWIM6 (ENSOARG00020006753) ENSOARG00020006726 KIF2A (ENSOARG00020006411) DIMT1 (ENSOARG00020006337) ENSOARG00020006295 IPO11 (ENSOARG00020006013) ENSOARG00020005975 HTR1A (ENSOARG00020005957) ENSOARG00020005936 ##22 ENSOARG00020005919 RNF180 (ENSOARG00020005870) RGS7BP (ENSOARG00020005836) SHISAL2B (ENSOARG00020005809) SREK1IP1 (ENSOARG00020005791) ENSOARG00020005769 CWC27 (ENSOARG00020005744) ADAMTS6 (ENSOARG00020005687) CENPK (ENSOARG00020005638) PPWD1 (ENSOARG00020005575) TRIM23 (ENSOARG00020005534) TRAPPC13 (ENSOARG00020005467) SGTB (ENSOARG00020005415) NLN (ENSOARG00020005037) ERBIN (ENSOARG00020004686) Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.b.b ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.b.b ##22 Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.b.b.a.a ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.b.b.a.a ##22 Domestic yak DUPLICATION Domestic yak MODERN SPECIES 9 OXR1 (ENSBGRG00000005822) ENSBGRG00000006224 ZFPM2 (ENSBGRG00000006238) LRP12 (ENSBGRG00000006367) DPYS (ENSBGRG00000006417) DCSTAMP (ENSBGRG00000006525) RIMS2 (ENSBGRG00000006606) DCAF13 (ENSBGRG00000007213) SLC25A32 (ENSBGRG00000007419) ENSBGRG00000007570 ENSBGRG00000007590 ENSBGRG00000007639 FZD6 (ENSBGRG00000007688) BAALC (ENSBGRG00000007758) ATP6V1C1 (ENSBGRG00000007817) ENSBGRG00000007948 ##22 ENSBGRG00000007976 ENSBGRG00000007984 ##22 AZIN1 (ENSBGRG00000008010) KLF10 (ENSBGRG00000008094) ENSBGRG00000008125 ODF1 (ENSBGRG00000008140) UBR5 (ENSBGRG00000008227) RRM2B (ENSBGRG00000009124) NCALD (ENSBGRG00000009429) GRHL2 (ENSBGRG00000009497) ZNF706 (ENSBGRG00000009675) YWHAZ (ENSBGRG00000009704) PABPC1 (ENSBGRG00000009759) SNX31 (ENSBGRG00000009869) ENSBGRG00000009947 Domestic yak MODERN SPECIES 3 ENSBGRG00000008214 MACROD2 (ENSBGRG00000008288) ENSBGRG00000008527 ##22 ENSBGRG00000008551 ENSBGRG00000008562 FLRT3 (ENSBGRG00000008572) ENSBGRG00000008582 SEL1L2 (ENSBGRG00000008607) NDUFAF5 (ENSBGRG00000009078) ESF1 (ENSBGRG00000009325) ENSBGRG00000009410 TASP1 (ENSBGRG00000009435) ENSBGRG00000009597 ISM1 (ENSBGRG00000009625) SPTLC3 (ENSBGRG00000009715) ENSBGRG00000009811 ##22 BTBD3 (ENSBGRG00000009832) ENSBGRG00000009898 JAG1 (ENSBGRG00000009959) ENSBGRG00000010216 ENSBGRG00000010280 ENSBGRG00000010510 ##22 ENSBGRG00000010527 MKKS (ENSBGRG00000010545) SNAP25 (ENSBGRG00000010735) ANKEF1 (ENSBGRG00000010960) ENSBGRG00000011235 PAK5 (ENSBGRG00000011285) ENSBGRG00000011509 LAMP5 (ENSBGRG00000011548) PLCB4 (ENSBGRG00000011732) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.b.b.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.b.b.a.b ##22 Cow MODERN SPECIES 3 ZMYM5 (ENSBTAG00000007167) ENSBTAG00000025383 ENSBTAG00000052451 ZMYM2 (ENSBTAG00000020403) GJA3 (ENSBTAG00000020400) GJB2 (ENSBTAG00000017425) ENSBTAG00000052099 ENSBTAG00000051110 GJB6 (ENSBTAG00000038662) CRYL1 (ENSBTAG00000011726) IFT88 (ENSBTAG00000014286) IL17D (ENSBTAG00000025402) ENSBTAG00000052435 XPO4 (ENSBTAG00000003710) LATS2 (ENSBTAG00000014406) ENSBTAG00000049776 ##22 SAP18 (ENSBTAG00000018631) SKA3 (ENSBTAG00000003314) MRPL57 (ENSBTAG00000003315) ZDHHC20 (ENSBTAG00000006177) ENSBTAG00000052696 ##22 MICU2 (ENSBTAG00000015943) FGF9 (ENSBTAG00000048237) SGCG (ENSBTAG00000001865) SACS (ENSBTAG00000001867) TNFRSF19 (ENSBTAG00000018300) MIPEP (ENSBTAG00000008888) ENSBTAG00000051537 C1QTNF9 (ENSBTAG00000053310) SPATA13 (ENSBTAG00000019545) AMER2 (ENSBTAG00000048360) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.b.b.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 1 AIG1 (ENSBGRG00000022610) HIVEP2 (ENSBGRG00000022707) ADGRG6 (ENSBGRG00000022795) VTA1 (ENSBGRG00000023336) GJE1 (ENSBGRG00000023504) NMBR (ENSBGRG00000023544) ENSBGRG00000023613 ENSBGRG00000023630 CITED2 (ENSBGRG00000023646) TXLNB (ENSBGRG00000010570) HECA (ENSBGRG00000010712) ABRACL (ENSBGRG00000010859) REPS1 (ENSBGRG00000011029) ECT2L (ENSBGRG00000012768) CCDC28A (ENSBGRG00000012984) ENSBGRG00000013139 ##22 NHSL1 (ENSBGRG00000013172) HEBP2 (ENSBGRG00000013355) SMIM28 (ENSBGRG00000013484) ARFGEF3 (ENSBGRG00000013577) ENSBGRG00000014011 ENSBGRG00000014065 TNFAIP3 (ENSBGRG00000014104) OLIG3 (ENSBGRG00000014179) ENSBGRG00000014200 IFNGR1 (ENSBGRG00000014225) IL22RA2 (ENSBGRG00000014306) IL20RA (ENSBGRG00000014447) SLC35D3 (ENSBGRG00000014577) PEX7 (ENSBGRG00000014624) MAP3K5 (ENSBGRG00000014827) Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.b.b.b.a.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.b.b.b.a.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 1 SPATA7 (ENSBIXG00005018804) KCNK10 (ENSBIXG00005018871) GPR65 (ENSBIXG00005018894) GALC (ENSBIXG00005019113) DRD1 (ENSBIXG00005019166) ENSBIXG00005019173 SFXN1 (ENSBIXG00005019233) HRH2 (ENSBIXG00005019267) CPLX2 (ENSBIXG00005019325) THOC3 (ENSBIXG00005019374) ENSBIXG00005019382 SIMC1 (ENSBIXG00005019420) ENSBIXG00005019496 ENSBIXG00005019517 ENSBIXG00005019533 ENSBIXG00005019537 ##22 LVRN (ENSBIXG00005003207) ENSBIXG00005019685 ENSBIXG00005019729 ENSBIXG00005006653 CDO1 (ENSBIXG00005019797) TMED7 (ENSBIXG00005019842) ENSBIXG00005019856 FEM1C (ENSBIXG00005019872) ENSBIXG00005003263 ENSBIXG00005019956 CCDC112 (ENSBIXG00005019987) PGGT1B (ENSBIXG00005020032) TRIM36 (ENSBIXG00005020110) ENSBIXG00005003309 ENSBIXG00005020161 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.b.b.b.a.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 8 ENSBGRG00000011907 PSMA6 (ENSBGRG00000011146) PRORP (ENSBGRG00000010633) PPP2R3C (ENSBGRG00000010465) ENSBGRG00000010370 FAM177A1 (ENSBGRG00000010282) SRP54 (ENSBGRG00000009974) ENSBGRG00000009920 BAZ1A (ENSBGRG00000009766) ENSBGRG00000009716 SNX6 (ENSBGRG00000009511) CFL2 (ENSBGRG00000009349) EAPP (ENSBGRG00000009269) SPTSSA (ENSBGRG00000009176) EGLN3 (ENSBGRG00000009029) ENSBGRG00000009008 ##22 NPAS3 (ENSBGRG00000008650) AKAP6 (ENSBGRG00000008525) ARHGAP5 (ENSBGRG00000008406) ENSBGRG00000008358 ENSBGRG00000008307 NUBPL (ENSBGRG00000008223) DTD2 (ENSBGRG00000008143) HEATR5A (ENSBGRG00000007992) ENSBGRG00000007953 HECTD1 (ENSBGRG00000007751) AP4S1 (ENSBGRG00000007586) STRN3 (ENSBGRG00000007105) COCH (ENSBGRG00000006941) ENSBGRG00000006918 SCFD1 (ENSBGRG00000006679) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.b.b.b.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.b.b.b.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 17 NTAN1 (ENSBIXG00005001664) RRN3 (ENSBIXG00005013600) ENSBIXG00005006213 ENSBIXG00005013557 PLA2G10 (ENSBIXG00005013544) BFAR (ENSBIXG00005013519) ENSBIXG00005013471 PARN (ENSBIXG00005013396) MRTFB (ENSBIXG00005013180) ERCC4 (ENSBIXG00005013083) ENSBIXG00005013065 ENSBIXG00005001484 CPPED1 (ENSBIXG00005012997) SNX29 (ENSBIXG00005012946) ENSBIXG00005001447 ENSBIXG00005012925 ##22 ENSBIXG00005001442 TNFRSF17 (ENSBIXG00005012908) ENSBIXG00005012893 ENSBIXG00005012884 GSPT1 (ENSBIXG00005012871) RSL1D1 (ENSBIXG00005001424) ENSBIXG00005001422 ZC3H7A (ENSBIXG00005012778) TXNDC11 (ENSBIXG00005012749) SNN (ENSBIXG00005012719) LITAF (ENSBIXG00005005921) ENSBIXG00005000330 RMI2 (ENSBIXG00005001361) ENSBIXG00005012497 TNP2 (ENSBIXG00005012484) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.b.b.b.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 9 RIMS2 (ENSBGRG00000006606) DCSTAMP (ENSBGRG00000006525) DPYS (ENSBGRG00000006417) LRP12 (ENSBGRG00000006367) ZFPM2 (ENSBGRG00000006238) ENSBGRG00000006224 OXR1 (ENSBGRG00000005822) ABRA (ENSBGRG00000005757) ENSBGRG00000005749 ENSBGRG00000005741 ANGPT1 (ENSBGRG00000005544) ENSBGRG00000005522 RSPO2 (ENSBGRG00000005327) EIF3E (ENSBGRG00000005170) EMC2 (ENSBGRG00000005080) ENSBGRG00000005060 ##22 TMEM74 (ENSBGRG00000005049) TRHR (ENSBGRG00000005037) ENSBGRG00000005028 ##22 NUDCD1 (ENSBGRG00000004945) ENY2 (ENSBGRG00000004894) PKHD1L1 (ENSBGRG00000004809) EBAG9 (ENSBGRG00000004729) SYBU (ENSBGRG00000004707) ENSBGRG00000004673 KCNV1 (ENSBGRG00000004644) CSMD3 (ENSBGRG00000004553) ENSBGRG00000004508 ENSBGRG00000004496 TRPS1 (ENSBGRG00000004435) ENSBGRG00000004421 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.b.b.b.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.b.b.b.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 23 ATP6V0E2 (ENSBGRG00000017911) ZNF862 (ENSBGRG00000017837) ENSBGRG00000015237 ENSBGRG00000015050 KRBA1 (ENSBGRG00000014965) ENSBGRG00000014874 ZNF777 (ENSBGRG00000014774) ZNF783 (ENSBGRG00000014594) ZNF212 (ENSBGRG00000014546) ENSBGRG00000014516 ZNF398 (ENSBGRG00000014268) ZNF786 (ENSBGRG00000014221) PDIA4 (ENSBGRG00000013991) EZH2 (ENSBGRG00000013158) ENSBGRG00000012528 ENSBGRG00000012486 ##22 ENSBGRG00000012405 NUSAP1 (ENSBGRG00000012356) ENSBGRG00000012317 ENSBGRG00000012304 NOBOX (ENSBGRG00000011930) ENSBGRG00000011825 ENSBGRG00000011642 ENSBGRG00000011585 ENSBGRG00000011473 OR2A2 (ENSBGRG00000011455) OR2A14 (ENSBGRG00000011426) ENSBGRG00000011357 OR2A12 (ENSBGRG00000011332) OR2A25 (ENSBGRG00000011310) ENSBGRG00000011278 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.a.b.b.b.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 4 APCDD1L (ENSBIXG00005006835) STX16 (ENSBIXG00005007169) NPEPL1 (ENSBIXG00005022589) ENSBIXG00005022467 ENSBIXG00005022358 ENSBIXG00005022205 ENSBIXG00005022164 CTSZ (ENSBIXG00005022102) TUBB1 (ENSBIXG00005003743) ENSBIXG00005003739 PRELID3B (ENSBIXG00005022046) ZNF831 (ENSBIXG00005007218) EDN3 (ENSBIXG00005021971) ENSBIXG00005021908 SYCP2 (ENSBIXG00005021751) ENSBIXG00005000007 ##22 PPP1R3D (ENSBIXG00005000015) ENSBIXG00005021566 CDH26 (ENSBIXG00005003632) CDH4 (ENSBIXG00005021467) TAF4 (ENSBIXG00005021394) OSBPL2 (ENSBIXG00005021374) LSM14B (ENSBIXG00005021304) ENSBIXG00005021267 SS18L1 (ENSBIXG00005021240) MTG2 (ENSBIXG00005021227) HRH3 (ENSBIXG00005007067) ADRM1 (ENSBIXG00005003573) RPS21 (ENSBIXG00005003553) CABLES2 (ENSBIXG00005006264) RBBP8NL (ENSBIXG00005020989) Yarkand deer MODERN SPECIES 3 EPB41L4A (ENSCHYG00000026940) ENSCHYG00000026966 NREP (ENSCHYG00000026969) YTHDC2 (ENSCHYG00000026975) ENSCHYG00000026995 KCNN2 (ENSCHYG00000004639) TRIM36 (ENSCHYG00000004669) PGGT1B (ENSCHYG00000004714) CCDC112 (ENSCHYG00000004740) ENSCHYG00000004769 FEM1C (ENSCHYG00000004778) TICAM2 (ENSCHYG00000004786) TMED7 (ENSCHYG00000004797) CDO1 (ENSCHYG00000004807) ATG12 (ENSCHYG00000004813) ENSCHYG00000004822 ##22 ENSCHYG00000004836 ENSCHYG00000004856 ENSCHYG00000004863 LVRN (ENSCHYG00000004890) ENSCHYG00000005015 ENSCHYG00000005024 SIMC1 (ENSCHYG00000005071) THOC3 (ENSCHYG00000005114) CPLX2 (ENSCHYG00000005163) HRH2 (ENSCHYG00000005212) SFXN1 (ENSCHYG00000005262) DRD1 (ENSCHYG00000005319) GCNT4 (ENSCHYG00000005367) ANKRD31 (ENSCHYG00000005425) HMGCR (ENSCHYG00000005715) Pecora DUPLICATION Pecora ANCESTRAL SPECIES 163 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a ##22 ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.b.b.a.b.a.b.b.b.a Percora_a ANCESTRAL SPECIES 166 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a ##22 ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.b.b.a.b.a.b.b.b.a Bovidae ANCESTRAL SPECIES 160 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a ##22 ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.b.b.a.b.a.b.b.b.a Bovinae ANCESTRAL SPECIES 190 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a ##22 ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.b.b.a.b.a.b.b.b.a Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.a.a.a.a.a ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.a.a.a.a.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 3 ENSBGRG00000008582 SEL1L2 (ENSBGRG00000008607) NDUFAF5 (ENSBGRG00000009078) ESF1 (ENSBGRG00000009325) ENSBGRG00000009410 TASP1 (ENSBGRG00000009435) ENSBGRG00000009597 ISM1 (ENSBGRG00000009625) SPTLC3 (ENSBGRG00000009715) ENSBGRG00000009811 ##22 BTBD3 (ENSBGRG00000009832) ENSBGRG00000009898 JAG1 (ENSBGRG00000009959) ENSBGRG00000010216 ENSBGRG00000010280 ENSBGRG00000010510 ##22 ENSBGRG00000010527 MKKS (ENSBGRG00000010545) SNAP25 (ENSBGRG00000010735) ANKEF1 (ENSBGRG00000010960) ENSBGRG00000011235 PAK5 (ENSBGRG00000011285) ENSBGRG00000011509 LAMP5 (ENSBGRG00000011548) PLCB4 (ENSBGRG00000011732) PLCB1 (ENSBGRG00000012346) TMX4 (ENSBGRG00000013738) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.a.a.a.a.a ##22 Cow MODERN SPECIES 21 PYGM (ENSBTAG00000001032) SF1 (ENSBTAG00000001035) MAP4K2 (ENSBTAG00000001037) MEN1 (ENSBTAG00000002095) CDC42BPG (ENSBTAG00000009736) EHD1 (ENSBTAG00000050712) ATG2A (ENSBTAG00000007058) PPP2R5B (ENSBTAG00000007061) GPHA2 (ENSBTAG00000007063) MAJIN (ENSBTAG00000032178) BATF2 (ENSBTAG00000011467) ARL2 (ENSBTAG00000002238) SNX15 (ENSBTAG00000002243) SAC3D1 (ENSBTAG00000002248) NAALADL1 (ENSBTAG00000002249) ENSBTAG00000054862 ##22 CDCA5 (ENSBTAG00000026971) ZFPL1 (ENSBTAG00000015479) TMEM262 (ENSBTAG00000054077) VPS51 (ENSBTAG00000015499) TM7SF2 (ENSBTAG00000005069) ZNHIT2 (ENSBTAG00000005073) FAU (ENSBTAG00000020807) MRPL49 (ENSBTAG00000005075) SYVN1 (ENSBTAG00000005076) SPDYC (ENSBTAG00000005772) CAPN1 (ENSBTAG00000010230) ENSBTAG00000010233 POLA2 (ENSBTAG00000011455) CDC42EP2 (ENSBTAG00000032089) DPF2 (ENSBTAG00000003077) Bos ANCESTRAL SPECIES 207 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01100000263481.n.a.a.a.b.b.b.a.b.b.a.a Bos_a ANCESTRAL SPECIES 265 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01100000263481.n.a.a.a.b.b.b.a.b.b.a.a Domestic yak MODERN SPECIES 10 NAGS (ENSBGRG00000004616) ENSBGRG00000004666 PYY (ENSBGRG00000004708) PPY (ENSBGRG00000004755) MPP2 (ENSBGRG00000004796) ENSBGRG00000004888 ENSBGRG00000004900 MPP3 (ENSBGRG00000004948) CFAP97D1 (ENSBGRG00000005072) ENSBGRG00000005117 SOST (ENSBGRG00000005142) ENSBGRG00000005166 ETV4 (ENSBGRG00000005239) DHX8 (ENSBGRG00000005463) ARL4D (ENSBGRG00000005486) ENSBGRG00000005516 ##22 ENSBGRG00000005586 TMEM106A (ENSBGRG00000005603) NBR1 (ENSBGRG00000005690) BRCA1 (ENSBGRG00000005881) RND2 (ENSBGRG00000006057) VAT1 (ENSBGRG00000006099) IFI35 (ENSBGRG00000006163) RPL27 (ENSBGRG00000006198) RUNDC1 (ENSBGRG00000006232) PTGES3L (ENSBGRG00000006269) AARSD1 (ENSBGRG00000006300) G6PC1 (ENSBGRG00000006392) ENSBGRG00000006444 AOC2 (ENSBGRG00000006465) ENSBGRG00000006548 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.a.a.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.a.a.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 26 TRIM17 (ENSBIXG00005029306) TRIM11 (ENSBIXG00005029289) ENSBIXG00005029278 OBSCN (ENSBIXG00005010529) ENSBIXG00005010951 IBA57 (ENSBIXG00005010975) GUK1 (ENSBIXG00005011045) MRPL55 (ENSBIXG00005011160) C1orf35 (ENSBIXG00005001035) ARF1 (ENSBIXG00005011212) WNT3A (ENSBIXG00005011222) WNT9A (ENSBIXG00005006783) PRSS38 (ENSBIXG00005011238) ENSBIXG00005011249 ENSBIXG00005001061 ENSBIXG00005011259 ##22 SNAP47 (ENSBIXG00005011285) JMJD4 (ENSBIXG00005005916) ENSBIXG00005000504 ZNF354B (ENSBIXG00005011307) ENSBIXG00005011324 ATP13A1 (ENSBIXG00005011383) GMIP (ENSBIXG00005011455) LPAR2 (ENSBIXG00005011498) PBX4 (ENSBIXG00005011533) CILP2 (ENSBIXG00005011569) GATAD2A (ENSBIXG00005011721) MAU2 (ENSBIXG00005011825) SUGP1 (ENSBIXG00005011882) TM6SF2 (ENSBIXG00005011902) HAPLN4 (ENSBIXG00005006424) Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.a.a.b.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT01050000244866.A.a.b.a ENSGT00390000007395 ENSGT00940000156480 ENSGT00940000154514 ENSGT00390000005033 ENSGT00940000158712 ENSGT00940000158586 ENSGT00390000012377 ENSGT01000000214694.A.a.b ENSGT00530000063085.A.b.h ENSGT00940000158296 ENSGT00390000017718 ENSGT00950000182767.b.b.d ENSGT00730000111160 ENSGT00390000012948.b ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.a.a.b.a ##22 ENSGT00390000013814 ENSGT00940000155989.o ENSGT00390000006916.d ENSGT00930000151088 ENSGT00940000161442 ENSGT00940000161150 ENSGT00940000162043 ENSGT00390000017800 ENSGT01100000263481.n.a.a.a.b.a.a.a.a.b.a.b.b.b.a.b.b.b ENSGT00730000111119 ENSGT00940000159896 ENSGT00940000161610.b ENSGT00940000161107 ENSGT00510000047831 ENSGT00940000158921.f.b Cow MODERN SPECIES 13 FANCM (ENSBTAG00000002612) FKBP3 (ENSBTAG00000002610) PRPF39 (ENSBTAG00000002603) TOGARAM1 (ENSBTAG00000039117) KLHL28 (ENSBTAG00000020042) C21H14orf28 (ENSBTAG00000016062) ENSBTAG00000052854 FSCB (ENSBTAG00000031934) ENSBTAG00000051424 ENSBTAG00000006363 LRFN5 (ENSBTAG00000003684) FBXO33 (ENSBTAG00000006836) ENSBTAG00000006819 PNN (ENSBTAG00000026995) TRAPPC6B (ENSBTAG00000015023) ENSBTAG00000054660 ##22 GEMIN2 (ENSBTAG00000020930) ENSBTAG00000051859 SEC23A (ENSBTAG00000003708) CLEC14A (ENSBTAG00000006130) SSTR1 (ENSBTAG00000006582) TTC6 (ENSBTAG00000015095) FOXA1 (ENSBTAG00000013888) MIPOL1 (ENSBTAG00000000655) ENSBTAG00000054035 SLC25A21 (ENSBTAG00000019350) PAX9 (ENSBTAG00000009186) NKX2-8 (ENSBTAG00000013352) NKX2-1 (ENSBTAG00000000541) MBIP (ENSBTAG00000009941) BRMS1L (ENSBTAG00000018400) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 13 PRPF39 (ENSBIXG00005003875) TOGARAM1 (ENSBIXG00005006670) KLHL28 (ENSBIXG00005022884) C14orf28 (ENSBIXG00005003913) ENSBIXG00005006165 ENSBIXG00005003918 ENSBIXG00005022986 ENSBIXG00005023034 ENSBIXG00005023071 LRFN5 (ENSBIXG00005003938) ENSBIXG00005023136 FBXO33 (ENSBIXG00005023171) ENSBIXG00005025338 PNN (ENSBIXG00005025501) TRAPPC6B (ENSBIXG00005004347) ENSBIXG00005025542 ##22 GEMIN2 (ENSBIXG00005004365) SEC23A (ENSBIXG00005025684) CLEC14A (ENSBIXG00005005777) TTC6 (ENSBIXG00005025812) FOXA1 (ENSBIXG00005007740) ENSBIXG00005005896 MIPOL1 (ENSBIXG00005025965) SLC25A21 (ENSBIXG00005026075) PAX9 (ENSBIXG00005006187) NKX2-8 (ENSBIXG00005007637) NKX2-1 (ENSBIXG00005026186) MBIP (ENSBIXG00005026348) ENSBIXG00005026403 RALGAPA1 (ENSBIXG00005026523) INSM2 (ENSBIXG00005026558) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.a.a.b.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 26 ENSBGRG00000008319 ENSBGRG00000008285 ENSBGRG00000008266 PTPRD (ENSBGRG00000007730) DMAC1 (ENSBGRG00000007629) KDM4C (ENSBGRG00000007351) GLDC (ENSBGRG00000006945) UHRF2 (ENSBGRG00000006794) ENSBGRG00000006758 ENSBGRG00000006737 ENSBGRG00000006647 ENSBGRG00000006611 KIAA2026 (ENSBGRG00000006569) MLANA (ENSBGRG00000006530) ERMP1 (ENSBGRG00000006502) ENSBGRG00000006488 ##22 RIC1 (ENSBGRG00000006377) PDCD1LG2 (ENSBGRG00000006267) CD274 (ENSBGRG00000006097) PLGRKT (ENSBGRG00000006032) INSL6 (ENSBGRG00000006012) JAK2 (ENSBGRG00000005982) ENSBGRG00000005967 RCL1 (ENSBGRG00000005812) AK3 (ENSBGRG00000005727) CDC37L1 (ENSBGRG00000005637) ENSBGRG00000005568 PLPP6 (ENSBGRG00000005557) SPATA6L (ENSBGRG00000005420) SLC1A1 (ENSBGRG00000005214) GLIS3 (ENSBGRG00000005123) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.a.a.b.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.a.a.b.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 2 RORA (ENSBGRG00000007990) ENSBGRG00000008135 ENSBGRG00000008149 ICE2 (ENSBGRG00000008178) ANXA2 (ENSBGRG00000008299) FOXB1 (ENSBGRG00000008353) BNIP2 (ENSBGRG00000008392) ENSBGRG00000008564 GCNT3 (ENSBGRG00000008683) ENSBGRG00000008693 FAM81A (ENSBGRG00000008720) MYO1E (ENSBGRG00000008828) ENSBGRG00000009430 ENSBGRG00000009460 RNF111 (ENSBGRG00000009659) ENSBGRG00000009750 ##22 ENSBGRG00000009765 ENSBGRG00000009782 SLTM (ENSBGRG00000009817) MINDY2 (ENSBGRG00000010110) ENSBGRG00000010264 ADAM10 (ENSBGRG00000010308) LIPC (ENSBGRG00000010472) AQP9 (ENSBGRG00000011032) ALDH1A2 (ENSBGRG00000011324) POLR2M (ENSBGRG00000011811) MYZAP (ENSBGRG00000011974) CGNL1 (ENSBGRG00000012540) TCF12 (ENSBGRG00000012739) ZNF280D (ENSBGRG00000013385) ENSBGRG00000013754 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.a.a.b.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 24 HMGA2 (ENSBIXG00005009212) ENSBIXG00005000443 LEMD3 (ENSBIXG00005005365) WIF1 (ENSBIXG00005006309) ENSBIXG00005009335 ENSBIXG00005009340 TBC1D30 (ENSBIXG00005000493) GNS (ENSBIXG00005009700) RASSF3 (ENSBIXG00005000572) TBK1 (ENSBIXG00005009791) ENSBIXG00005000612 C12orf56 (ENSBIXG00005009823) XPOT (ENSBIXG00005009939) KICS2 (ENSBIXG00005000724) ENSBIXG00005000730 ENSBIXG00005000741 ##22 ENSBIXG00005009993 SRGAP1 (ENSBIXG00005010054) RXYLT1 (ENSBIXG00005010094) AVPR1A (ENSBIXG00005010131) PPM1H (ENSBIXG00005010177) MON2 (ENSBIXG00005010482) ENSBIXG00005000706 USP15 (ENSBIXG00005010678) TAFA2 (ENSBIXG00005010745) ENSBIXG00005010807 SLC16A7 (ENSBIXG00005006201) ENSBIXG00005010869 ENSBIXG00005010884 LRIG3 (ENSBIXG00005010909) ATP23 (ENSBIXG00005000591) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 15 ENSBIXG00005004737 GCNT2 (ENSBIXG00005027509) TFAP2A (ENSBIXG00005004723) ENSBIXG00005027359 SLC35B3 (ENSBIXG00005027304) ENSBIXG00005027169 BMP6 (ENSBIXG00005026960) ENSBIXG00005026917 SNRNP48 (ENSBIXG00005026900) ENSBIXG00005026887 DSP (ENSBIXG00005026847) RIOK1 (ENSBIXG00005004541) CAGE1 (ENSBIXG00005026546) ENSBIXG00005026495 RREB1 (ENSBIXG00005026423) ENSBIXG00005026402 ##22 ENSBIXG00005004500 F13A1 (ENSBIXG00005026279) NRN1 (ENSBIXG00005026237) FARS2 (ENSBIXG00005004470) ENSBIXG00005026126 LYRM4 (ENSBIXG00005026120) ENSBIXG00005006186 PPP1R3G (ENSBIXG00005026071) ENSBIXG00005026061 RPP40 (ENSBIXG00005026040) CDYL (ENSBIXG00005004428) ENSBIXG00005007197 ENSBIXG00005025934 ECI2 (ENSBIXG00005025904) ENSBIXG00005025813 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 12 ENSBIXG00005010313 NIM1K (ENSBIXG00005010305) ZNF131 (ENSBIXG00005000830) ENSBIXG00005000812 ENSBIXG00005010200 CCDC152 (ENSBIXG00005010167) GHR (ENSBIXG00005000790) ENSBIXG00005000772 FBXO4 (ENSBIXG00005010018) OXCT1 (ENSBIXG00005009957) ENSBIXG00005000669 PLCXD3 (ENSBIXG00005009870) C6 (ENSBIXG00005009838) MROH2B (ENSBIXG00005005801) C7 (ENSBIXG00005009426) ENSBIXG00005009368 ##22 CARD6 (ENSBIXG00005009362) ENSBIXG00005009352 RPL37 (ENSBIXG00005009336) PRKAA1 (ENSBIXG00005009308) TTC33 (ENSBIXG00005009287) PTGER4 (ENSBIXG00005009279) DAB2 (ENSBIXG00005009202) C9 (ENSBIXG00005009100) FYB1 (ENSBIXG00005009080) RICTOR (ENSBIXG00005009018) ENSBIXG00005008919 OSMR (ENSBIXG00005008909) LIFR (ENSBIXG00005008844) EGFLAM (ENSBIXG00005008798) GDNF (ENSBIXG00005008679) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 5 OXR1 (ENSBIXG00005002092) ENSBIXG00005014386 ZFPM2 (ENSBIXG00005014352) LRP12 (ENSBIXG00005014251) DPYS (ENSBIXG00005014222) ENSBIXG00005001856 DCSTAMP (ENSBIXG00005001851) RIMS2 (ENSBIXG00005014041) DCAF13 (ENSBIXG00005013107) SLC25A32 (ENSBIXG00005013054) ENSBIXG00005001481 CTHRC1 (ENSBIXG00005013017) FZD6 (ENSBIXG00005012995) ENSBIXG00005001470 ATP6V1C1 (ENSBIXG00005012954) ENSBIXG00005012917 ##22 AZIN1 (ENSBIXG00005012889) KLF10 (ENSBIXG00005012828) ODF1 (ENSBIXG00005012795) UBR5 (ENSBIXG00005001403) RRM2B (ENSBIXG00005012510) ENSBIXG00005012396 NCALD (ENSBIXG00005012381) ENSBIXG00005001314 GRHL2 (ENSBIXG00005012342) ENSBIXG00005012298 ENSBIXG00005001276 PABPC1 (ENSBIXG00005005823) SNX31 (ENSBIXG00005012055) ENSBIXG00005012042 ANKRD46 (ENSBIXG00005001241) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.a.b ##22 Domestic yak DUPLICATION Domestic yak MODERN SPECIES 70 PIR (ENSBGRG00000011108) VEGFD (ENSBGRG00000010905) ENSBGRG00000010354 ASB9 (ENSBGRG00000010217) MOSPD2 (ENSBGRG00000010151) FANCB (ENSBGRG00000010115) GLRA2 (ENSBGRG00000009906) GEMIN8 (ENSBGRG00000009823) GPM6B (ENSBGRG00000009564) ENSBGRG00000008898 ENSBGRG00000008778 RAB9A (ENSBGRG00000008766) ENSBGRG00000008725 ENSBGRG00000008712 EGFL6 (ENSBGRG00000008638) ENSBGRG00000008615 ##22 ENSBGRG00000008580 MID1 (ENSBGRG00000008397) CLCN4 (ENSBGRG00000008267) WWC3 (ENSBGRG00000008199) PLCXD1 (ENSBGRG00000008103) GTPBP6 (ENSBGRG00000007868) ENSBGRG00000007677 SHOX (ENSBGRG00000007528) CRLF2 (ENSBGRG00000007417) ENSBGRG00000007359 ENSBGRG00000007304 ENSBGRG00000007226 SLC25A6 (ENSBGRG00000007164) ASMTL (ENSBGRG00000007075) P2RY8 (ENSBGRG00000019508) Domestic yak MODERN SPECIES 28 TACR1 (ENSBGRG00000006090) FHL2 (ENSBGRG00000006023) C2orf49 (ENSBGRG00000005902) TGFBRAP1 (ENSBGRG00000005800) GPR45 (ENSBGRG00000005783) MRPS9 (ENSBGRG00000005733) ENSBGRG00000005713 TMEM182 (ENSBGRG00000005547) MFSD9 (ENSBGRG00000005489) SLC9A2 (ENSBGRG00000005356) SLC9A4 (ENSBGRG00000005286) IL18RAP (ENSBGRG00000005200) IL18R1 (ENSBGRG00000005129) IL1RL1 (ENSBGRG00000005024) IL1RL2 (ENSBGRG00000004988) ENSBGRG00000004971 ##22 IL1R1 (ENSBGRG00000004895) IL1R2 (ENSBGRG00000004837) MAP4K4 (ENSBGRG00000004440) RFX8 (ENSBGRG00000004305) CREG2 (ENSBGRG00000004222) RNF149 (ENSBGRG00000004146) CNOT11 (ENSBGRG00000004100) TBC1D8 (ENSBGRG00000004001) ENSBGRG00000003902 ENSBGRG00000003883 NPAS2 (ENSBGRG00000003623) PDCL3 (ENSBGRG00000026849) NMS (ENSBGRG00000026847) ENSBGRG00000026846 ENSBGRG00000026843 Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.a.a ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.a.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 26 CENPP (ENSBGRG00000013099) NOL8 (ENSBGRG00000012947) IARS1 (ENSBGRG00000012252) ZNF484 (ENSBGRG00000012197) ENSBGRG00000012121 FAM240B (ENSBGRG00000012064) CTSV (ENSBGRG00000012003) ZNF782 (ENSBGRG00000011910) ENSBGRG00000011890 PRXL2C (ENSBGRG00000011780) ENSBGRG00000011754 ENSBGRG00000011305 HABP4 (ENSBGRG00000010967) ZNF367 (ENSBGRG00000010925) SLC35D2 (ENSBGRG00000010244) ENSBGRG00000010208 ##22 ERCC6L2 (ENSBGRG00000009781) PTCH1 (ENSBGRG00000009313) ENSBGRG00000009288 FANCC (ENSBGRG00000009148) AOPEP (ENSBGRG00000008818) ENSBGRG00000006482 CTSL (ENSBGRG00000006446) FBP2 (ENSBGRG00000006288) DAPK1 (ENSBGRG00000005913) ENSBGRG00000005877 ENSBGRG00000005866 GAS1 (ENSBGRG00000005843) ENSBGRG00000005567 ISCA1 (ENSBGRG00000005511) ENSBGRG00000005436 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.a.a ##22 Cow MODERN SPECIES 9 ADAMTS18 (ENSBTAG00000001010) NUDT7 (ENSBTAG00000007184) VAT1L (ENSBTAG00000018146) CLEC3A (ENSBTAG00000046772) WWOX (ENSBTAG00000015894) ENSBTAG00000050959 MAF (ENSBTAG00000044192) DYNLRB2 (ENSBTAG00000017752) CDYL2 (ENSBTAG00000017112) CMC2 (ENSBTAG00000017009) CENPN (ENSBTAG00000011635) ATMIN (ENSBTAG00000008213) C18H16orf46 (ENSBTAG00000023765) GCSH (ENSBTAG00000006795) PKD1L2 (ENSBTAG00000012693) ENSBTAG00000051615 ##22 BCO1 (ENSBTAG00000001026) GAN (ENSBTAG00000009428) ENSBTAG00000050732 CMIP (ENSBTAG00000013524) PLCG2 (ENSBTAG00000002103) SDR42E1 (ENSBTAG00000018394) HSD17B2 (ENSBTAG00000003234) MPHOSPH6 (ENSBTAG00000009746) ENSBTAG00000054821 CDH13 (ENSBTAG00000034373) HSBP1 (ENSBTAG00000053436) MLYCD (ENSBTAG00000004248) OSGIN1 (ENSBTAG00000012508) SLC38A8 (ENSBTAG00000040086) MBTPS1 (ENSBTAG00000010170) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 1 ENSBIXG00005006841 ENSBIXG00005007390 ENSBIXG00005023919 DAD1 (ENSBIXG00005006908) ABHD4 (ENSBIXG00005004108) ENSBIXG00005024022 ENSBIXG00005024036 ENSBIXG00005024043 ENSBIXG00005024069 ENSBIXG00005024078 ENSBIXG00005024084 ENSBIXG00005007079 ENSBIXG00005004126 ENSBIXG00005024155 OXA1L (ENSBIXG00005024237) ENSBIXG00005006520 ##22 SLC7A7 (ENSBIXG00005024321) MRPL52 (ENSBIXG00005024443) MMP14 (ENSBIXG00005024467) LRP10 (ENSBIXG00005024520) REM2 (ENSBIXG00005024566) RBM23 (ENSBIXG00005024618) PRMT5 (ENSBIXG00005024744) HAUS4 (ENSBIXG00005024881) AJUBA (ENSBIXG00005024958) C14orf93 (ENSBIXG00005025024) PSMB5 (ENSBIXG00005025051) CDH24 (ENSBIXG00005025077) PSMB11 (ENSBIXG00005025093) ACIN1 (ENSBIXG00005025385) ENSBIXG00005025429 Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.a.b.a.a.a.a ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.a.b.a.a.a.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 11 SGPP2 (ENSBGRG00000017332) FARSB (ENSBGRG00000017053) ENSBGRG00000017031 MOGAT1 (ENSBGRG00000016878) ACSL3 (ENSBGRG00000016568) SCG2 (ENSBGRG00000016513) AP1S3 (ENSBGRG00000016365) WDFY1 (ENSBGRG00000016123) MRPL44 (ENSBGRG00000015993) SERPINE2 (ENSBGRG00000015709) FAM124B (ENSBGRG00000015631) CUL3 (ENSBGRG00000015353) CCDC195 (ENSBGRG00000015275) DOCK10 (ENSBGRG00000013576) NYAP2 (ENSBGRG00000013259) ENSBGRG00000013229 ##22 ENSBGRG00000013207 IRS1 (ENSBGRG00000013185) RHBDD1 (ENSBGRG00000013021) COL4A4 (ENSBGRG00000012460) COL4A3 (ENSBGRG00000011854) MFF (ENSBGRG00000010966) TM4SF20 (ENSBGRG00000010883) AGFG1 (ENSBGRG00000010371) ENSBGRG00000010339 SCYGR4 (ENSBGRG00000010291) ENSBGRG00000010243 ENSBGRG00000010183 ENSBGRG00000010167 ENSBGRG00000010142 SCYGR6 (ENSBGRG00000010126) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.a.b.a.a.a.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 12 EMB (ENSBIXG00005010846) PARP8 (ENSBIXG00005011029) ISL1 (ENSBIXG00005011139) PELO (ENSBIXG00005011156) ITGA1 (ENSBIXG00005011176) ITGA2 (ENSBIXG00005011223) MOCS2 (ENSBIXG00005001065) FST (ENSBIXG00005001078) NDUFS4 (ENSBIXG00005001086) ENSBIXG00005011365 ENSBIXG00005011371 ARL15 (ENSBIXG00005001098) HSPB3 (ENSBIXG00005011429) SNX18 (ENSBIXG00005001110) ENSBIXG00005011482 ENSBIXG00005011507 ##22 ENSBIXG00005011543 ESM1 (ENSBIXG00005011585) GZMK (ENSBIXG00005011605) ENSBIXG00005011627 GZMA (ENSBIXG00005011634) GPX8 (ENSBIXG00005011672) CDC20B (ENSBIXG00005011710) MCIDAS (ENSBIXG00005011738) CCNO (ENSBIXG00005011751) ENSBIXG00005011769 DHX29 (ENSBIXG00005001183) MTREX (ENSBIXG00005011914) PLPP1 (ENSBIXG00005011965) ENSBIXG00005011978 SLC38A9 (ENSBIXG00005012214) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.a.b.a.a.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.a.b.a.a.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 21 RAB30 (ENSBIXG00005019596) ENSBIXG00005003198 DDIAS (ENSBIXG00005019646) PRCP (ENSBIXG00005019669) ENSBIXG00005007292 FAM181B (ENSBIXG00005019693) ENSBIXG00005019766 TENM4 (ENSBIXG00005020046) ENSBIXG00005006656 NARS2 (ENSBIXG00005020184) GAB2 (ENSBIXG00005003362) ENSBIXG00005020247 USP35 (ENSBIXG00005020250) ENSBIXG00005003394 KCTD21 (ENSBIXG00005007835) ENSBIXG00005007674 ##22 ALG8 (ENSBIXG00005020344) THRSP (ENSBIXG00005020366) ENSBIXG00005020379 KCTD14 (ENSBIXG00005020393) INTS4 (ENSBIXG00005020611) AAMDC (ENSBIXG00005020691) ENSBIXG00005007728 ENSBIXG00005020733 RSF1 (ENSBIXG00005003521) CLNS1A (ENSBIXG00005020933) AQP11 (ENSBIXG00005020997) ENSBIXG00005021010 PAK1 (ENSBIXG00005021064) ENSBIXG00005021277 ENSBIXG00005021308 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.a.b.a.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.a.b.a.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 27 ENSBGRG00000018984 GIN1 (ENSBGRG00000019005) PPIP5K2 (ENSBGRG00000019149) ENSBGRG00000019734 MACIR (ENSBGRG00000019769) ENSBGRG00000019799 NUDT12 (ENSBGRG00000020016) ENSBGRG00000020177 ##22 EFNA5 (ENSBGRG00000020213) FBXL17 (ENSBGRG00000020392) FER (ENSBGRG00000020545) ENSBGRG00000020947 PJA2 (ENSBGRG00000020960) MAN2A1 (ENSBGRG00000021097) ENSBGRG00000010561 ENSBGRG00000010578 ##22 ENSBGRG00000010594 TMEM232 (ENSBGRG00000010616) ENSBGRG00000010714 SLC25A46 (ENSBGRG00000010751) ENSBGRG00000010836 ENSBGRG00000010963 WDR36 (ENSBGRG00000011017) CAMK4 (ENSBGRG00000011434) ENSBGRG00000011542 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.a.b.a.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 2 ZBTB26 (ENSBIXG00005018935) RABGAP1 (ENSBIXG00005005857) GPR21 (ENSBIXG00005018797) ENSBIXG00005018783 STRBP (ENSBIXG00005003042) CRB2 (ENSBIXG00005007721) DENND1A (ENSBIXG00005018546) ENSBIXG00005018414 ENSBIXG00005018399 LHX2 (ENSBIXG00005018376) NEK6 (ENSBIXG00005018334) ENSBIXG00005018237 ADGRD2 (ENSBIXG00005018218) NR5A1 (ENSBIXG00005007287) NR6A1 (ENSBIXG00005018129) ENSBIXG00005017999 ##22 OLFML2A (ENSBIXG00005017994) WDR38 (ENSBIXG00005017964) ENSBIXG00005017947 ARPC5L (ENSBIXG00005017925) GOLGA1 (ENSBIXG00005017888) SCAI (ENSBIXG00005017823) PPP6C (ENSBIXG00005002881) RABEPK (ENSBIXG00005017715) HSPA5 (ENSBIXG00005017657) ENSBIXG00005017629 ##22 GAPVD1 (ENSBIXG00005002862) MAPKAP1 (ENSBIXG00005002821) PBX3 (ENSBIXG00005017186) MVB12B (ENSBIXG00005017101) ENSBIXG00005002755 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.a.b.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.a.b.a.b ##22 Domestic yak DUPLICATION Domestic yak DUPLICATION Domestic yak MODERN SPECIES 26 ADAMTSL1 (ENSBGRG00000001481) SAXO1 (ENSBGRG00000001788) ENSBGRG00000001802 HAUS6 (ENSBGRG00000001813) ENSBGRG00000001843 PLIN2 (ENSBGRG00000001854) DENND4C (ENSBGRG00000001896) RPS6 (ENSBGRG00000001942) ENSBGRG00000001975 ACER2 (ENSBGRG00000001992) SLC24A2 (ENSBGRG00000002022) MLLT3 (ENSBGRG00000002074) ENSBGRG00000002123 FOCAD (ENSBGRG00000002147) HACD4 (ENSBGRG00000002177) ENSBGRG00000002201 ##22 ENSBGRG00000002209 ENSBGRG00000002218 ENSBGRG00000002231 ENSBGRG00000002239 ENSBGRG00000002248 ENSBGRG00000002255 ENSBGRG00000002261 ENSBGRG00000002271 ENSBGRG00000002279 ENSBGRG00000002295 ENSBGRG00000002301 ENSBGRG00000002307 ENSBGRG00000002330 ENSBGRG00000002336 ENSBGRG00000002343 Domestic yak MODERN SPECIES BCHE (ENSBGRG00000009941) SLITRK3 (ENSBGRG00000010029) ENSBGRG00000010044 SI (ENSBGRG00000010109) ENSBGRG00000010603 ENSBGRG00000010634 KNSTRN (ENSBGRG00000010725) ENSBGRG00000010776 ENSBGRG00000010885 OTOL1 (ENSBGRG00000010899) NMD3 (ENSBGRG00000010950) SPTSSB (ENSBGRG00000011454) B3GALNT1 (ENSBGRG00000011481) PPM1L (ENSBGRG00000011599) ENSBGRG00000011832 ##22 ENSBGRG00000011851 ##22 ENSBGRG00000011861 ARL14 (ENSBGRG00000011919) KPNA4 (ENSBGRG00000011942) TRIM59 (ENSBGRG00000012188) SMC4 (ENSBGRG00000012219) IFT80 (ENSBGRG00000012959) C3orf80 (ENSBGRG00000013162) ENSBGRG00000013199 IL12A (ENSBGRG00000013416) ENSBGRG00000013519 ENSBGRG00000014031 ENSBGRG00000014047 MFSD1 (ENSBGRG00000014081) RARRES1 (ENSBGRG00000014425) GFM1 (ENSBGRG00000014469) Domestic yak MODERN SPECIES 19 SIRT1 (ENSBGRG00000007475) HERC4 (ENSBGRG00000007633) MYPN (ENSBGRG00000008236) ATOH7 (ENSBGRG00000008682) PBLD (ENSBGRG00000008695) HNRNPH3 (ENSBGRG00000008863) RUFY2 (ENSBGRG00000009040) DNA2 (ENSBGRG00000009571) SLC25A16 (ENSBGRG00000009844) TET1 (ENSBGRG00000009961) CCAR1 (ENSBGRG00000010118) STOX1 (ENSBGRG00000010395) DDX50 (ENSBGRG00000010519) DDX21 (ENSBGRG00000010744) KIFBP (ENSBGRG00000011050) ENSBGRG00000011142 ##22 SRGN (ENSBGRG00000011187) ENSBGRG00000011297 VPS26A (ENSBGRG00000011318) SUPV3L1 (ENSBGRG00000011577) HK1 (ENSBGRG00000011917) TACR2 (ENSBGRG00000013194) TSPAN15 (ENSBGRG00000013254) NEUROG3 (ENSBGRG00000013502) FAM241B (ENSBGRG00000013521) COL13A1 (ENSBGRG00000013873) MACROH2A2 (ENSBGRG00000021658) AIFM2 (ENSBGRG00000021724) TYSND1 (ENSBGRG00000021766) ENSBGRG00000021791 PPA1 (ENSBGRG00000021913) Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.a.b.b.a ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.a.b.b.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 26 ENSBGRG00000021355 ##22 ENSBGRG00000021369 TRPM6 (ENSBGRG00000021396) ENSBGRG00000021723 RORB (ENSBGRG00000021739) ENSBGRG00000021937 ENSBGRG00000021968 ENSBGRG00000022028 ENSBGRG00000022195 TMC1 (ENSBGRG00000022319) ENSBGRG00000022352 ZFAND5 (ENSBGRG00000022368) ENSBGRG00000022416 ENSBGRG00000022438 GDA (ENSBGRG00000022461) ENSBGRG00000022780 ##22 C9orf85 (ENSBGRG00000022827) ABHD17B (ENSBGRG00000022905) CEMIP2 (ENSBGRG00000022945) ENSBGRG00000023134 TRPM3 (ENSBGRG00000023218) ENSBGRG00000024088 KLF9 (ENSBGRG00000000307) ENSBGRG00000000389 ENSBGRG00000000522 ##22 ENSBGRG00000000527 MAMDC2 (ENSBGRG00000000561) CFAP95 (ENSBGRG00000000656) PTAR1 (ENSBGRG00000000713) APBA1 (ENSBGRG00000000786) ENTREP1 (ENSBGRG00000000954) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.a.b.b.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 27 PCSK5 (ENSBIXG00005012986) OSTF1 (ENSBIXG00005013151) NMRK1 (ENSBIXG00005013188) CARNMT1 (ENSBIXG00005013231) TRPM6 (ENSBIXG00005014056) ENSBIXG00005014163 RORB (ENSBIXG00005006505) ENSBIXG00005014214 ENSBIXG00005014241 ALDH1A1 (ENSBIXG00005001914) TMC1 (ENSBIXG00005005407) ENSBIXG00005001926 ENSBIXG00005014453 ENSBIXG00005014461 ZFAND5 (ENSBIXG00005014532) ENSBIXG00005014554 ##22 GDA (ENSBIXG00005014619) ENSBIXG00005014654 ABHD17B (ENSBIXG00005014706) ENSBIXG00005014713 ENSBIXG00005014723 CEMIP2 (ENSBIXG00005002091) TRPM3 (ENSBIXG00005015290) KLF9 (ENSBIXG00005015399) ENSBIXG00005015415 ENSBIXG00005002258 ENSBIXG00005015611 ENSBIXG00005015663 MAMDC2 (ENSBIXG00005015686) CFAP95 (ENSBIXG00005015744) PTAR1 (ENSBIXG00005015792) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.a.b.b.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.a.b.b.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 26 DCDC2C (ENSBGRG00000013082) STOM (ENSBGRG00000013017) GSN (ENSBGRG00000012611) RAB14 (ENSBGRG00000012507) ENSBGRG00000012493 CNTRL (ENSBGRG00000012248) C5 (ENSBGRG00000011687) TRAF1 (ENSBGRG00000011526) PHF19 (ENSBGRG00000011373) PSMD5 (ENSBGRG00000011189) B3GALT9 (ENSBGRG00000011101) FBXW2 (ENSBGRG00000011027) MEGF9 (ENSBGRG00000010851) CDK5RAP2 (ENSBGRG00000010366) BRINP1 (ENSBGRG00000010303) ENSBGRG00000010274 ##22 TLR4 (ENSBGRG00000010229) ENSBGRG00000010209 TRIM32 (ENSBGRG00000010197) ASTN2 (ENSBGRG00000009368) PAPPA (ENSBGRG00000009044) TNC (ENSBGRG00000008389) TNFSF8 (ENSBGRG00000008294) TNFSF15 (ENSBGRG00000008260) TMEM268 (ENSBGRG00000008213) ATP6V1G1 (ENSBGRG00000008186) WHRN (ENSBGRG00000007881) AKNA (ENSBGRG00000007501) ENSBGRG00000007405 ENSBGRG00000007363 ENSBGRG00000007299 Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.b.a.a.a.a.a.a.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.b.a.a.a.a.a.a.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 27 ENSBIXG00005030919 GALNT7 (ENSBIXG00005030901) ENSBIXG00005030886 GALNTL6 (ENSBIXG00005030879) ENSBIXG00005030838 ENSBIXG00005030820 MFAP3L (ENSBIXG00005030798) ENSBIXG00005030781 ENSBIXG00005030777 ENSBIXG00005030766 CLCN3 (ENSBIXG00005030745) NEK1 (ENSBIXG00005030686) SH3RF1 (ENSBIXG00005030634) CBR4 (ENSBIXG00005030601) ENSBIXG00005030581 ENSBIXG00005030576 ##22 PALLD (ENSBIXG00005030509) ANXA10 (ENSBIXG00005030434) ENSBIXG00005030423 MFSD14B (ENSBIXG00005030414) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.b.a.a.a.a.a.a.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 26 SAP30 (ENSBGRG00000012097) HMGB2 (ENSBGRG00000012160) GALNT7 (ENSBGRG00000012232) GALNTL6 (ENSBGRG00000012548) ENSBGRG00000012750 ZNF770 (ENSBGRG00000012811) ENSBGRG00000012868 ENSBGRG00000013531 MFAP3L (ENSBGRG00000014155) ENSBGRG00000014201 CLCN3 (ENSBGRG00000014279) NEK1 (ENSBGRG00000014664) SH3RF1 (ENSBGRG00000015017) CBR4 (ENSBGRG00000015246) ENSBGRG00000015322 ENSBGRG00000015401 ##22 ENSBGRG00000015419 ANXA10 (ENSBGRG00000015476) MFSD14B (ENSBGRG00000015700) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.b.a.a.a.a.a.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 19 PSD3 (ENSBIXG00005004804) ENSBIXG00005027609 LRRC3B (ENSBIXG00005027556) OXSM (ENSBIXG00005027522) NGLY1 (ENSBIXG00005006948) TOP2B (ENSBIXG00005027352) RARB (ENSBIXG00005004579) ENSBIXG00005026758 THRB (ENSBIXG00005026717) ENSBIXG00005026584 ENSBIXG00005026572 NR1D2 (ENSBIXG00005026549) RPL15 (ENSBIXG00005007092) NKIRAS1 (ENSBIXG00005026446) UBE2E1 (ENSBIXG00005026371) ENSBIXG00005026337 ##22 UBE2E2 (ENSBIXG00005026317) ZNF385D (ENSBIXG00005006703) Bos ANCESTRAL SPECIES 206 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.b.a.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01100000263481.n.a.a.b.b.a.b.b.a.b Bos_b ANCESTRAL SPECIES 146 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.b.a.a.a.a.a.b ##22 ENSGT01100000263481.n.a.a.b.b.a.b.b.a.b Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 4 PRPF18 (ENSBIXG00005024561) ENSBIXG00005024493 SEPHS1 (ENSBIXG00005024439) ENSBIXG00005024364 ENSBIXG00005024330 UCMA (ENSBIXG00005024295) MCM10 (ENSBIXG00005007178) OPTN (ENSBIXG00005024077) ENSBIXG00005023947 FZD8 (ENSBIXG00005005561) GAD2 (ENSBIXG00005004092) MYO3A (ENSBIXG00005023826) GPR158 (ENSBIXG00005023699) THNSL1 (ENSBIXG00005023665) ENKUR (ENSBIXG00005023626) ENSBIXG00005006004 ##22 ENSBIXG00005007388 ARHGAP21 (ENSBIXG00005023435) KIAA1217 (ENSBIXG00005006893) ENSBIXG00005022670 OTUD1 (ENSBIXG00005003874) ENSBIXG00005022633 PTF1A (ENSBIXG00005022569) MSRB2 (ENSBIXG00005022544) ARMC3 (ENSBIXG00005022496) PIP4K2A (ENSBIXG00005022377) ENSBIXG00005022342 SPAG6 (ENSBIXG00005022314) BMI1 (ENSBIXG00005007224) DNAJC1 (ENSBIXG00005022133) MLLT10 (ENSBIXG00005022071) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.b.a.a.a.a.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 6 ENSBGRG00000012853 SLC25A15 (ENSBGRG00000012735) MRPS31 (ENSBGRG00000012666) FOXO1 (ENSBGRG00000012579) COG6 (ENSBGRG00000012104) ENSBGRG00000011997 NHLRC3 (ENSBGRG00000011766) PROSER1 (ENSBGRG00000011547) STOML3 (ENSBGRG00000011207) ENSBGRG00000011171 FREM2 (ENSBGRG00000010780) ENSBGRG00000010709 UFM1 (ENSBGRG00000024957) TRPC4 (ENSBGRG00000024862) POSTN (ENSBGRG00000021859) ENSBGRG00000021667 ##22 SUPT20H (ENSBGRG00000021294) EXOSC8 (ENSBGRG00000021155) ALG5 (ENSBGRG00000020943) ENSBGRG00000020902 RFXAP (ENSBGRG00000020840) CCNA1 (ENSBGRG00000020675) SPART (ENSBGRG00000020610) ENSBGRG00000020579 ENSBGRG00000020527 SOHLH2 (ENSBGRG00000020090) ENSBGRG00000020054 DCLK1 (ENSBGRG00000019462) ENSBGRG00000019383 MAB21L1 (ENSBGRG00000019318) NBEA (ENSBGRG00000016974) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.b.a.a.a.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.b.a.a.a.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 9 ENSBIXG00005022539 ENSBIXG00005022364 ENSBIXG00005022340 ENSBIXG00005022321 ENSBIXG00005003777 ENSBIXG00005022124 NCR1 (ENSBIXG00005022058) ENSBIXG00005003724 ENSBIXG00005021860 ENSBIXG00005021745 ENSBIXG00005021736 NLRP2B (ENSBIXG00005021729) NLRP2 (ENSBIXG00005006460) ENSBIXG00005021694 RDH13 (ENSBIXG00005021637) ENSBIXG00005021610 ##22 EPS8L1 (ENSBIXG00005003642) PPP1R12C (ENSBIXG00005021572) TNNT1 (ENSBIXG00005021490) TNNI3 (ENSBIXG00005007761) SYT5 (ENSBIXG00005021234) ENSBIXG00005021162 TMEM86B (ENSBIXG00005003571) PPP6R1 (ENSBIXG00005021116) HSPBP1 (ENSBIXG00005021036) BRSK1 (ENSBIXG00005020988) TMEM150B (ENSBIXG00005020850) KMT5C (ENSBIXG00005020838) COX6B2 (ENSBIXG00005020816) ENSBIXG00005020757 ENSBIXG00005020747 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.b.a.a.a.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 12 ENSBGRG00000017653 ENSBGRG00000017516 ENSBGRG00000017313 ENSBGRG00000017267 ENSBGRG00000017092 ENSBGRG00000017049 ENSBGRG00000016803 NCR1 (ENSBGRG00000016456) ENSBGRG00000016339 ENSBGRG00000016215 ENSBGRG00000016175 ENSBGRG00000015998 NLRP2B (ENSBGRG00000015964) ENSBGRG00000015896 ENSBGRG00000015637 ENSBGRG00000015616 ##22 RDH13 (ENSBGRG00000015481) ENSBGRG00000015460 EPS8L1 (ENSBGRG00000015368) TNNI3 (ENSBGRG00000014260) SYT5 (ENSBGRG00000014046) ENSBGRG00000014020 ENSBGRG00000013851 TMEM86B (ENSBGRG00000013800) PPP6R1 (ENSBGRG00000013315) HSPBP1 (ENSBGRG00000013275) BRSK1 (ENSBGRG00000012882) TMEM150B (ENSBGRG00000012760) KMT5C (ENSBGRG00000012706) ENSBGRG00000012640 ENSBGRG00000023584 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.b.a.a.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.b.a.a.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 22 BCAR3 (ENSBIXG00005008526) DNTTIP2 (ENSBIXG00005008558) GCLM (ENSBIXG00005008584) ABCA4 (ENSBIXG00005008650) ARHGAP29 (ENSBIXG00005008734) ENSBIXG00005008777 ABCD3 (ENSBIXG00005005684) F3 (ENSBIXG00005008830) ENSBIXG00005008845 SLC44A3 (ENSBIXG00005000318) ENSBIXG00005005360 ALG14 (ENSBIXG00005005794) TLCD4 (ENSBIXG00005006088) RWDD3 (ENSBIXG00005009019) PTBP2 (ENSBIXG00005009137) ENSBIXG00005009182 ##22 ENSBIXG00005009189 DPYD (ENSBIXG00005000477) ENSBIXG00005000495 SNX7 (ENSBIXG00005009472) PLPPR5 (ENSBIXG00005009535) PLPPR4 (ENSBIXG00005009651) PALMD (ENSBIXG00005009738) ENSBIXG00005009748 FRRS1 (ENSBIXG00005009815) AGL (ENSBIXG00005010000) ENSBIXG00005010059 SLC35A3 (ENSBIXG00005010178) MFSD14A (ENSBIXG00005010229) SASS6 (ENSBIXG00005010265) TRMT13 (ENSBIXG00005010307) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 11 ENSBIXG00005010380 MED18 (ENSBIXG00005010361) SESN2 (ENSBIXG00005000853) ATP5IF1 (ENSBIXG00005000831) DNAJC8 (ENSBIXG00005010254) ENSBIXG00005010236 PTAFR (ENSBIXG00005000806) EYA3 (ENSBIXG00005000796) XKR8 (ENSBIXG00005005690) SMPDL3B (ENSBIXG00005009947) ENSBIXG00005009925 THEMIS2 (ENSBIXG00005009901) PPP1R8 (ENSBIXG00005000665) STX12 (ENSBIXG00005009866) FAM76A (ENSBIXG00005009850) ENSBIXG00005000618 ##22 IFI6 (ENSBIXG00005009818) FGR (ENSBIXG00005009794) AHDC1 (ENSBIXG00005009747) WASF2 (ENSBIXG00005009713) GPR3 (ENSBIXG00005009673) CD164L2 (ENSBIXG00005009652) MAP3K6 (ENSBIXG00005006314) SYTL1 (ENSBIXG00005009106) WDTC1 (ENSBIXG00005000370) ENSBIXG00005008936 ##22 SLC9A1 (ENSBIXG00005008927) TENT5B (ENSBIXG00005008901) TRNP1 (ENSBIXG00005008892) NUDC (ENSBIXG00005008880) KDF1 (ENSBIXG00005000292) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 10 ENSBIXG00005021849 ENSBIXG00005021887 ENSBIXG00005022003 ENSBIXG00005022035 HEATR6 (ENSBIXG00005003757) HNF1B (ENSBIXG00005022168) DDX52 (ENSBIXG00005005546) SYNRG (ENSBIXG00005022316) DUSP14 (ENSBIXG00005022366) TADA2A (ENSBIXG00005022404) ENSBIXG00005022420 ACACA (ENSBIXG00005023249) AATF (ENSBIXG00005023328) LHX1 (ENSBIXG00005005556) ENSBIXG00005023390 ENSBIXG00005023421 ##22 MRM1 (ENSBIXG00005023451) DHRS11 (ENSBIXG00005023487) GGNBP2 (ENSBIXG00005023535) PIGW (ENSBIXG00005023567) MYO19 (ENSBIXG00005023637) ZNHIT3 (ENSBIXG00005023671) CA4 (ENSBIXG00005023689) ENSBIXG00005023698 ENSBIXG00005004086 CHCT1 (ENSBIXG00005023889) ENSBIXG00005023939 ENSBIXG00005023969 PPM1D (ENSBIXG00005024013) BCAS3 (ENSBIXG00005024252) TBX2 (ENSBIXG00005024325) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.b.a.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.b.a.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 18 ENSBIXG00005024693 NKX6-2 (ENSBIXG00005024654) INPP5A (ENSBIXG00005024629) ENSBIXG00005024612 PWWP2B (ENSBIXG00005024592) LRRC27 (ENSBIXG00005024580) STK32C (ENSBIXG00005024546) DPYSL4 (ENSBIXG00005006849) JAKMIP3 (ENSBIXG00005004174) BNIP3 (ENSBIXG00005024320) TCERG1L (ENSBIXG00005024254) GLRX3 (ENSBIXG00005024234) C10orf143 (ENSBIXG00005004129) EBF3 (ENSBIXG00005006678) ENSBIXG00005024056 ENSBIXG00005024025 ##22 ENSBIXG00005023966 PTPRE (ENSBIXG00005023896) CLRN3 (ENSBIXG00005004054) FOXI2 (ENSBIXG00005023664) NPS (ENSBIXG00005004046) DOCK1 (ENSBIXG00005006170) INSYN2A (ENSBIXG00005023556) C10orf90 (ENSBIXG00005023511) ADAM12 (ENSBIXG00005023445) FANK1 (ENSBIXG00005023337) DHX32 (ENSBIXG00005023271) BCCIP (ENSBIXG00005023242) UROS (ENSBIXG00005003948) EDRF1 (ENSBIXG00005023100) TEX36 (ENSBIXG00005023048) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.b.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.b.a.b ##22 Cow MODERN SPECIES 4 CSTF1 (ENSBTAG00000006639) CASS4 (ENSBTAG00000014555) GCNT7 (ENSBTAG00000006243) RTF2 (ENSBTAG00000027390) FAM209A (ENSBTAG00000031462) ENSBTAG00000024608 TFAP2C (ENSBTAG00000002065) BMP7 (ENSBTAG00000015362) SPO11 (ENSBTAG00000044210) RAE1 (ENSBTAG00000010934) RBM38 (ENSBTAG00000008105) CTCFL (ENSBTAG00000013079) PCK1 (ENSBTAG00000001936) ZBP1 (ENSBTAG00000012406) PMEPA1 (ENSBTAG00000054628) ENSBTAG00000054668 ##22 C13H20orf85 (ENSBTAG00000016926) ENSBTAG00000052305 RAB22A (ENSBTAG00000018053) VAPB (ENSBTAG00000017424) APCDD1L (ENSBTAG00000020397) STX16 (ENSBTAG00000003872) NPEPL1 (ENSBTAG00000016724) ENSBTAG00000017475 GNAS (ENSBTAG00000047223) GNAS (ENSBTAG00000052413) NELFCD (ENSBTAG00000018783) CTSZ (ENSBTAG00000018784) TUBB1 (ENSBTAG00000018785) ATP5F1E (ENSBTAG00000039208) PRELID3B (ENSBTAG00000004402) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.b.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.b.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 15 NADK2 (ENSBGRG00000017418) RANBP3L (ENSBGRG00000018471) SLC1A3 (ENSBGRG00000018553) NIPBL (ENSBGRG00000018858) ENSBGRG00000020280 CPLANE1 (ENSBGRG00000020312) NUP155 (ENSBGRG00000020642) WDR70 (ENSBGRG00000021511) GDNF (ENSBGRG00000021590) EGFLAM (ENSBGRG00000021685) ENSBGRG00000022731 LIFR (ENSBGRG00000022759) ENSBGRG00000022886 OSMR (ENSBGRG00000022920) RICTOR (ENSBGRG00000023459) ENSBGRG00000023878 ##22 FYB1 (ENSBGRG00000023892) C9 (ENSBGRG00000023994) DAB2 (ENSBGRG00000024066) PTGER4 (ENSBGRG00000024291) TTC33 (ENSBGRG00000024337) PRKAA1 (ENSBGRG00000024391) RPL37 (ENSBGRG00000024490) ENSBGRG00000024600 ENSBGRG00000024609 C7 (ENSBGRG00000024642) MROH2B (ENSBGRG00000024835) C6 (ENSBGRG00000024962) PLCXD3 (ENSBGRG00000025032) OXCT1 (ENSBGRG00000025043) RIMOC1 (ENSBGRG00000025094) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.a.b.b.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 25 ENSBIXG00005020447 ADH6 (ENSBIXG00005020520) METAP1 (ENSBIXG00005020582) ENSBIXG00005003522 ADH7 (ENSBIXG00005005993) C4orf17 (ENSBIXG00005021093) TRMT10A (ENSBIXG00005021122) MTTP (ENSBIXG00005021189) C4orf54 (ENSBIXG00005005747) DAPP1 (ENSBIXG00005021282) LAMTOR3 (ENSBIXG00005021344) DNAJB14 (ENSBIXG00005003609) H2AZ1 (ENSBIXG00005021399) ENSBIXG00005021419 DDIT4L (ENSBIXG00005021448) ENSBIXG00005003617 ##22 ENSBIXG00005003624 ##22 ENSBIXG00005021581 PPP3CA (ENSBIXG00005021728) BANK1 (ENSBIXG00005021843) SLC39A8 (ENSBIXG00005021930) NFKB1 (ENSBIXG00005003737) MANBA (ENSBIXG00005007221) ENSBIXG00005003816 CISD2 (ENSBIXG00005022417) SLC9B1 (ENSBIXG00005022449) ENSBIXG00005022459 SLC9B2 (ENSBIXG00005022532) BDH2 (ENSBIXG00005003847) CENPE (ENSBIXG00005023145) TACR3 (ENSBIXG00005003965) Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.a.a.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 27 ENSGT00510000048612 ENSGT00390000017394 ENSGT00730000111482 ENSGT00390000017213.B ENSGT00940000155229 ENSGT00940000161602 ENSGT00940000160408 ENSGT00940000161888 ENSGT00510000046843.a.b ENSGT00940000153668.A ENSGT00940000161264 ENSGT00940000158981 ENSGT00940000158631 ENSGT00530000063882.a ENSGT00940000162344 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.a.a.a ##22 Cow MODERN SPECIES 7 ICMT (ENSBTAG00000048308) ENSBTAG00000048433 HES3 (ENSBTAG00000024525) GPR153 (ENSBTAG00000013071) ACOT7 (ENSBTAG00000021202) HES2 (ENSBTAG00000021210) ESPN (ENSBTAG00000006515) TNFRSF25 (ENSBTAG00000006519) PLEKHG5 (ENSBTAG00000016728) NOL9 (ENSBTAG00000016733) TAS1R1 (ENSBTAG00000016734) ZBTB48 (ENSBTAG00000016735) KLHL21 (ENSBTAG00000008350) PHF13 (ENSBTAG00000015384) THAP3 (ENSBTAG00000011214) ENSBTAG00000049238 ##22 DNAJC11 (ENSBTAG00000011217) ENSBTAG00000054938 CAMTA1 (ENSBTAG00000014602) ENSBTAG00000051176 UTS2 (ENSBTAG00000048839) TNFRSF9 (ENSBTAG00000003313) PARK7 (ENSBTAG00000020518) ERRFI1 (ENSBTAG00000006609) ENSBTAG00000053468 SLC45A1 (ENSBTAG00000001401) RERE (ENSBTAG00000018272) ENO1 (ENSBTAG00000013411) CA6 (ENSBTAG00000009515) ENSBTAG00000034323 GPR157 (ENSBTAG00000012605) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 7 RNF207 (ENSBIXG00005016986) ICMT (ENSBIXG00005017057) HES3 (ENSBIXG00005017083) GPR153 (ENSBIXG00005017130) ACOT7 (ENSBIXG00005017217) HES2 (ENSBIXG00005007798) ESPN (ENSBIXG00005017322) ENSBIXG00005017358 PLEKHG5 (ENSBIXG00005017585) NOL9 (ENSBIXG00005007333) TAS1R1 (ENSBIXG00005017734) ZBTB48 (ENSBIXG00005002879) KLHL21 (ENSBIXG00005017789) PHF13 (ENSBIXG00005017804) THAP3 (ENSBIXG00005017825) ENSBIXG00005017831 ##22 DNAJC11 (ENSBIXG00005017870) ENSBIXG00005017898 CAMTA1 (ENSBIXG00005018055) ENSBIXG00005018121 ENSBIXG00005018143 ENSBIXG00005007336 UTS2 (ENSBIXG00005018203) TNFRSF9 (ENSBIXG00005002954) PARK7 (ENSBIXG00005018280) ERRFI1 (ENSBIXG00005018303) ENSBIXG00005018328 SLC45A1 (ENSBIXG00005018365) ENSBIXG00005018380 RERE (ENSBIXG00005018509) ENSBIXG00005018545 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.a.a.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES ENSBGRG00000001590 RFC4 (ENSBGRG00000001625) ENSBGRG00000001653 KNG1 (ENSBGRG00000001736) HRG (ENSBGRG00000001812) ENSBGRG00000001834 FETUB (ENSBGRG00000001846) AHSG (ENSBGRG00000001870) DNAJB11 (ENSBGRG00000001887) TBCCD1 (ENSBGRG00000001905) CRYGS (ENSBGRG00000001924) ENSBGRG00000001938 DGKG (ENSBGRG00000001984) ETV5 (ENSBGRG00000002337) ENSBGRG00000002409 ENSBGRG00000002436 ##22 TRA2B (ENSBGRG00000002443) IGF2BP2 (ENSBGRG00000002494) ENSBGRG00000002670 SENP2 (ENSBGRG00000002680) LIPH (ENSBGRG00000002721) ENSBGRG00000002766 MAP3K13 (ENSBGRG00000002802) EHHADH (ENSBGRG00000002913) C3orf70 (ENSBGRG00000002933) VPS8 (ENSBGRG00000002973) EPHB3 (ENSBGRG00000003058) ENSBGRG00000003108 CHRD (ENSBGRG00000003140) THPO (ENSBGRG00000003222) POLR2H (ENSBGRG00000003267) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.a.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.a.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 17 SYT17 (ENSBIXG00005005714) ITPRIPL2 (ENSBIXG00005015490) COQ7 (ENSBIXG00005015524) ENSBIXG00005015542 TMC7 (ENSBIXG00005015559) TMC5 (ENSBIXG00005016307) ENSBIXG00005002607 GDE1 (ENSBIXG00005016379) CCP110 (ENSBIXG00005016423) ENSBIXG00005016688 KNOP1 (ENSBIXG00005002707) IQCK (ENSBIXG00005002717) GPRC5B (ENSBIXG00005002727) GPR139 (ENSBIXG00005002736) GP2 (ENSBIXG00005016929) ENSBIXG00005016938 ##22 UMOD (ENSBIXG00005016970) PDILT (ENSBIXG00005016987) ACSM5 (ENSBIXG00005006862) ENSBIXG00005002773 ACSM1 (ENSBIXG00005017133) ENSBIXG00005017152 ACSM4 (ENSBIXG00005017189) THUMPD1 (ENSBIXG00005017213) ACSM3 (ENSBIXG00005017232) ERI2 (ENSBIXG00005007796) ENSBIXG00005017275 REXO5 (ENSBIXG00005017308) DCUN1D3 (ENSBIXG00005002813) LYRM1 (ENSBIXG00005002827) ENSBIXG00005017423 Cow MODERN SPECIES 17 SYT17 (ENSBTAG00000014229) ITPRIPL2 (ENSBTAG00000032503) COQ7 (ENSBTAG00000021242) TMC7 (ENSBTAG00000016505) TMC5 (ENSBTAG00000002097) GDE1 (ENSBTAG00000002101) ENSBTAG00000052686 CCP110 (ENSBTAG00000003960) VPS35L (ENSBTAG00000019412) KNOP1 (ENSBTAG00000019593) IQCK (ENSBTAG00000044092) GPRC5B (ENSBTAG00000019596) GPR139 (ENSBTAG00000022535) GP2 (ENSBTAG00000006263) UMOD (ENSBTAG00000006264) ENSBTAG00000049432 ##22 PDILT (ENSBTAG00000016434) ACSM5 (ENSBTAG00000037449) ACSM2B (ENSBTAG00000019423) ACSM1 (ENSBTAG00000001417) ENSBTAG00000053961 ACSM4 (ENSBTAG00000046098) THUMPD1 (ENSBTAG00000047673) ACSM3 (ENSBTAG00000006447) ERI2 (ENSBTAG00000006448) REXO5 (ENSBTAG00000006449) ENSBTAG00000048962 DCUN1D3 (ENSBTAG00000032260) ENSBTAG00000049593 LYRM1 (ENSBTAG00000018559) DNAH3 (ENSBTAG00000018560) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.a.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 2 ENSBGRG00000003611 FLRT2 (ENSBGRG00000019205) ENSBGRG00000019185 ENSBGRG00000019098 ENSBGRG00000019054 SEL1L (ENSBGRG00000017898) ENSBGRG00000017752 ENSBGRG00000017701 GTF2A1 (ENSBGRG00000017520) TSHR (ENSBGRG00000017272) ENSBGRG00000017234 CEP128 (ENSBGRG00000016490) ENSBGRG00000016425 DIO2 (ENSBGRG00000016315) NRXN3 (ENSBGRG00000015214) ENSBGRG00000015072 ##22 ADCK1 (ENSBGRG00000014732) SNW1 (ENSBGRG00000014379) SLIRP (ENSBGRG00000014098) ALKBH1 (ENSBGRG00000014007) ENSBGRG00000013956 SPTLC2 (ENSBGRG00000013685) AHSA1 (ENSBGRG00000013505) VIPAS39 (ENSBGRG00000012973) NOXRED1 (ENSBGRG00000012797) ENSBGRG00000012748 TMED8 (ENSBGRG00000012701) GSTZ1 (ENSBGRG00000012412) POMT2 (ENSBGRG00000012079) NGB (ENSBGRG00000011958) TMEM63C (ENSBGRG00000011856) Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.a.b.a ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.a.b.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 28 ACTR2 (ENSBGRG00000012280) RAB1A (ENSBGRG00000012081) CEP68 (ENSBGRG00000011823) SLC1A4 (ENSBGRG00000011713) SERTAD2 (ENSBGRG00000011678) AFTPH (ENSBGRG00000011500) ENSBGRG00000011374 PELI1 (ENSBGRG00000011236) VPS54 (ENSBGRG00000010687) UGP2 (ENSBGRG00000010367) ENSBGRG00000010353 MDH1 (ENSBGRG00000010198) MRPS24 (ENSBGRG00000010129) WDPCP (ENSBGRG00000009982) OTX1 (ENSBGRG00000009943) ENSBGRG00000009929 ##22 TMEM17 (ENSBGRG00000009894) EHBP1 (ENSBGRG00000009676) B3GNT2 (ENSBGRG00000009630) COMMD1 (ENSBGRG00000009496) CCT4 (ENSBGRG00000009171) FAM161A (ENSBGRG00000008971) ENSBGRG00000008927 XPO1 (ENSBGRG00000008764) USP34 (ENSBGRG00000007924) ENSBGRG00000007859 C2orf74 (ENSBGRG00000007770) ENSBGRG00000007723 LRRTM4 (ENSBGRG00000007615) ENSBGRG00000007589 ENSBGRG00000007421 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.a.b.a ##22 Cow MODERN SPECIES 5 CSPP1 (ENSBTAG00000014689) ARFGEF1 (ENSBTAG00000014691) CPA6 (ENSBTAG00000044080) PREX2 (ENSBTAG00000022169) C14H8orf34 (ENSBTAG00000022588) SULF1 (ENSBTAG00000004720) SLCO5A1 (ENSBTAG00000032881) PRDM14 (ENSBTAG00000000060) NCOA2 (ENSBTAG00000020312) ENSBTAG00000050625 TRAM1 (ENSBTAG00000007562) LACTB2 (ENSBTAG00000001808) XKR9 (ENSBTAG00000048138) EYA1 (ENSBTAG00000011298) MSC (ENSBTAG00000005404) ENSBTAG00000048963 ##22 TRPA1 (ENSBTAG00000002062) ENSBTAG00000053459 KCNB2 (ENSBTAG00000040496) TERF1 (ENSBTAG00000032982) SBSPON (ENSBTAG00000017249) ENSBTAG00000048369 C14H8orf89 (ENSBTAG00000049035) RPL7 (ENSBTAG00000020139) RDH10 (ENSBTAG00000020143) STAU2 (ENSBTAG00000002076) UBE2W (ENSBTAG00000048843) ELOC (ENSBTAG00000050514) TMEM70 (ENSBTAG00000012920) LY96 (ENSBTAG00000008864) ENSBTAG00000048533 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 14 ENSBIXG00005030817 PTPRG (ENSBIXG00005030859) ENSBIXG00005030920 ENSBIXG00005030923 C3orf14 (ENSBIXG00005030927) FEZF2 (ENSBIXG00005030934) ENSBIXG00005030940 ##22 ENSBIXG00005030983 SYNPR (ENSBIXG00005031052) SNTN (ENSBIXG00005031067) THOC7 (ENSBIXG00005031087) ATXN7 (ENSBIXG00005031097) ENSBIXG00005031105 PRICKLE2 (ENSBIXG00005031115) ADAMTS9 (ENSBIXG00005031151) ENSBIXG00005031164 ##22 ENSBIXG00005031172 MAGI1 (ENSBIXG00005031190) ENSBIXG00005031202 SLC25A26 (ENSBIXG00005031207) LRIG1 (ENSBIXG00005031216) KBTBD8 (ENSBIXG00005031227) SUCLG2 (ENSBIXG00005031233) ENSBIXG00005031245 TAFA1 (ENSBIXG00005031253) TAFA4 (ENSBIXG00005031260) EOGT (ENSBIXG00005031262) TMF1 (ENSBIXG00005031267) UBA3 (ENSBIXG00005031275) ENSBIXG00005031278 ARL6IP5 (ENSBIXG00005031280) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.a.b.b ##22 Bos_b DUPLICATION Bos_b ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00950000182943.kb.b.b.b ENSGT00950000182943.jb ENSGT00390000003316.d.g.a.a.a ENSGT00390000013353 ENSGT00530000063691.a ENSGT00390000014879.c.a ENSGT00390000007919 ENSGT00950000183132.B ENSGT00940000161907 ENSGT00940000157728.b ENSGT00390000000145 ENSGT00940000157868.d ENSGT00940000158714 ENSGT00690000101915 ENSGT00940000160996 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.a.b.b.a ##22 ENSGT00940000160912 ENSGT00940000157101.d.l ENSGT00950000183078.a ENSGT00940000153518.d.b.b ENSGT00940000154389.a ENSGT00910000148474 ENSGT00390000000217 ENSGT00940000153259.a.b ENSGT00940000160405 ENSGT00940000155238 ENSGT00940000154096.b.b.b.a ENSGT00940000153112.D.d ENSGT00390000009415 ENSGT00390000008673.m ENSGT00390000000455.b Cow MODERN SPECIES 2 IL1B (ENSBTAG00000001321) ENSBTAG00000047637 IL1A (ENSBTAG00000010349) CKAP2L (ENSBTAG00000002298) SLC20A1 (ENSBTAG00000007895) CHCHD5 (ENSBTAG00000052525) POLR1B (ENSBTAG00000014166) TTL (ENSBTAG00000014159) NCK2 (ENSBTAG00000015205) ENSBTAG00000034555 ECRG4 (ENSBTAG00000012637) UXS1 (ENSBTAG00000005614) ST6GAL2 (ENSBTAG00000000703) SLC5A7 (ENSBTAG00000004352) SULT1C3 (ENSBTAG00000002803) ENSBTAG00000054883 ##22 SULT1C2 (ENSBTAG00000038369) SULT1C4 (ENSBTAG00000032051) ENSBTAG00000054241 GCC2 (ENSBTAG00000016038) LIMS1 (ENSBTAG00000010971) ENSBTAG00000054181 RANBP2 (ENSBTAG00000000152) CCDC138 (ENSBTAG00000000157) EDAR (ENSBTAG00000019628) SH3RF3 (ENSBTAG00000038011) SEPTIN10 (ENSBTAG00000022461) MRPL19 (ENSBTAG00000002557) ENSBTAG00000053292 GCFC2 (ENSBTAG00000008048) SANBR (ENSBTAG00000054531) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 2 ENSBIXG00005013983 IL1A (ENSBIXG00005014003) CKAP2L (ENSBIXG00005001762) SLC20A1 (ENSBIXG00005014094) ENSBIXG00005006368 CHCHD5 (ENSBIXG00005001841) POLR1B (ENSBIXG00005005417) TTL (ENSBIXG00005007270) NCK2 (ENSBIXG00005001920) ENSBIXG00005014403 ENSBIXG00005014427 ENSBIXG00005014477 ST6GAL2 (ENSBIXG00005014556) SLC5A7 (ENSBIXG00005014585) SULT1C3 (ENSBIXG00005014602) ENSBIXG00005014605 ##22 SULT1C2 (ENSBIXG00005014659) SULT1C4 (ENSBIXG00005002082) GCC2 (ENSBIXG00005014800) ENSBIXG00005014900 ENSBIXG00005005499 RANBP2 (ENSBIXG00005015929) CCDC138 (ENSBIXG00005016061) EDAR (ENSBIXG00005002560) SH3RF3 (ENSBIXG00005016145) SEPTIN10 (ENSBIXG00005016334) ENSBIXG00005007030 ENSBIXG00005016402 ENSBIXG00005016421 MRPL19 (ENSBIXG00005016457) GCFC2 (ENSBIXG00005007325) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.a.b.b.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 16 ENSBIXG00005002677 AQP4 (ENSBIXG00005016607) ENSBIXG00005016522 KCTD1 (ENSBIXG00005006350) TAF4B (ENSBIXG00005016451) PSMA8 (ENSBIXG00005016367) SS18 (ENSBIXG00005016267) ZNF521 (ENSBIXG00005016101) HRH4 (ENSBIXG00005016024) IMPACT (ENSBIXG00005016003) ENSBIXG00005015918 ENSBIXG00005015877 ENSBIXG00005015863 TTC39C (ENSBIXG00005000166) LAMA3 (ENSBIXG00005015748) ENSBIXG00005015416 ##22 ANKRD29 (ENSBIXG00005015389) NPC1 (ENSBIXG00005006342) RMC1 (ENSBIXG00005002251) RIOK3 (ENSBIXG00005015293) TMEM241 (ENSBIXG00005002244) CABLES1 (ENSBIXG00005015196) RBBP8 (ENSBIXG00005002216) ENSBIXG00005002193 ##22 GATA6 (ENSBIXG00005002184) MIB1 (ENSBIXG00005014903) ABHD3 (ENSBIXG00005005410) ENSBIXG00005014854 ESCO1 (ENSBIXG00005002128) GREB1L (ENSBIXG00005014753) ENSBIXG00005005636 Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.a.a.a.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.a.a.a.a ##22 Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 25 ADH6 (ENSBIXG00005020520) METAP1 (ENSBIXG00005020582) ENSBIXG00005003522 ADH7 (ENSBIXG00005005993) C4orf17 (ENSBIXG00005021093) TRMT10A (ENSBIXG00005021122) MTTP (ENSBIXG00005021189) C4orf54 (ENSBIXG00005005747) DAPP1 (ENSBIXG00005021282) LAMTOR3 (ENSBIXG00005021344) DNAJB14 (ENSBIXG00005003609) H2AZ1 (ENSBIXG00005021399) ENSBIXG00005021419 DDIT4L (ENSBIXG00005021448) ENSBIXG00005003617 ##22 ENSBIXG00005003624 ##22 ENSBIXG00005021581 PPP3CA (ENSBIXG00005021728) BANK1 (ENSBIXG00005021843) SLC39A8 (ENSBIXG00005021930) NFKB1 (ENSBIXG00005003737) MANBA (ENSBIXG00005007221) ENSBIXG00005003816 CISD2 (ENSBIXG00005022417) SLC9B1 (ENSBIXG00005022449) ENSBIXG00005022459 SLC9B2 (ENSBIXG00005022532) BDH2 (ENSBIXG00005003847) CENPE (ENSBIXG00005023145) TACR3 (ENSBIXG00005003965) CXXC4 (ENSBIXG00005006473) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 25 MTHFD2L (ENSBIXG00005025607) ENSBIXG00005025636 ENSBIXG00005025724 ENSBIXG00005005893 CXCL6 (ENSBIXG00005025825) ENSBIXG00005025852 CXCL8 (ENSBIXG00005025908) ENSBIXG00005025961 ##22 RASSF6 (ENSBIXG00005026005) ENSBIXG00005026121 AFM (ENSBIXG00005026159) AFP (ENSBIXG00005026193) ALB (ENSBIXG00005007638) ANKRD17 (ENSBIXG00005026650) COX18 (ENSBIXG00005026731) ENSBIXG00005026753 ##22 ADAMTS3 (ENSBIXG00005007741) NPFFR2 (ENSBIXG00005002502) ENSBIXG00005026909 GC (ENSBIXG00005027051) SLC4A4 (ENSBIXG00005007776) DCK (ENSBIXG00005027518) MOB1B (ENSBIXG00005027572) ENSBIXG00005027592 ENSBIXG00005027615 RUFY3 (ENSBIXG00005027666) UTP3 (ENSBIXG00005027703) JCHAIN (ENSBIXG00005007593) ENAM (ENSBIXG00005027746) AMBN (ENSBIXG00005027847) AMTN (ENSBIXG00005027898) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.a.a.a.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 12 TERF2IP (ENSBGRG00000025031) KARS1 (ENSBGRG00000025047) ADAT1 (ENSBGRG00000025133) GABARAPL2 (ENSBGRG00000025206) TMEM231 (ENSBGRG00000012554) ENSBGRG00000012642 TMEM170A (ENSBGRG00000012656) CFDP1 (ENSBGRG00000012860) ##22 BCAR1 (ENSBGRG00000013119) ENSBGRG00000013202 ENSBGRG00000013497 ENSBGRG00000013581 ZFP1 (ENSBGRG00000013658) LDHD (ENSBGRG00000013722) ENSBGRG00000014041 ENSBGRG00000014175 ##22 WDR59 (ENSBGRG00000014214) ENSBGRG00000014830 FA2H (ENSBGRG00000014884) MLKL (ENSBGRG00000014976) RFWD3 (ENSBGRG00000015135) GLG1 (ENSBGRG00000015414) ENSBGRG00000016521 PDPR (ENSBGRG00000016566) ENSBGRG00000016784 AARS1 (ENSBGRG00000017391) DDX19B (ENSBGRG00000017512) ENSBGRG00000017971 DDX19A (ENSBGRG00000018020) ENSBGRG00000018136 ST3GAL2 (ENSBGRG00000018188) Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.a.a.a.b.a.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.a.a.a.b.a.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 11 ENSBIXG00005011809 ENSBIXG00005011845 ENSBIXG00005001185 TSN (ENSBIXG00005011894) ENSBIXG00005001195 ##22 NIFK (ENSBIXG00005011934) ENSBIXG00005011943 CLASP1 (ENSBIXG00005012045) TFCP2L1 (ENSBIXG00005012144) GLI2 (ENSBIXG00005012202) ENSBIXG00005012261 INHBB (ENSBIXG00005012280) ENSBIXG00005012282 ENSBIXG00005000394 TMEM185B (ENSBIXG00005006918) ENSBIXG00005001294 ##22 EPB41L5 (ENSBIXG00005001310) PTPN4 (ENSBIXG00005012430) TMEM177 (ENSBIXG00005000338) CFAP221 (ENSBIXG00005012511) SCTR (ENSBIXG00005001379) TMEM37 (ENSBIXG00005012560) DBI (ENSBIXG00005012635) ENSBIXG00005012649 C2orf76 (ENSBIXG00005012681) ENSBIXG00005012698 STEAP3 (ENSBIXG00005012793) ENSBIXG00005012819 C1QL2 (ENSBIXG00005012834) ENSBIXG00005001431 EN1 (ENSBIXG00005012883) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.a.a.a.b.a.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES NME9 (ENSBGRG00000001966) ARMC8 (ENSBGRG00000002029) DBR1 (ENSBGRG00000002171) A4GNT (ENSBGRG00000002225) DZIP1L (ENSBGRG00000002249) CLDN18 (ENSBGRG00000002324) SOX14 (ENSBGRG00000002377) NCK1 (ENSBGRG00000002412) SLC35G2 (ENSBGRG00000002474) ENSBGRG00000002475 ENSBGRG00000002481 STAG1 (ENSBGRG00000002516) PCCB (ENSBGRG00000002883) MSL2 (ENSBGRG00000003049) PPP2R3A (ENSBGRG00000003074) ENSBGRG00000003134 ##22 ENSBGRG00000003143 ENSBGRG00000003150 ENSBGRG00000003160 KY (ENSBGRG00000003194) CEP63 (ENSBGRG00000003279) ANAPC13 (ENSBGRG00000003311) AMOTL2 (ENSBGRG00000003321) ENSBGRG00000003328 ENSBGRG00000003336 RYK (ENSBGRG00000003356) ENSBGRG00000003472 SLCO2A1 (ENSBGRG00000003496) RAB6B (ENSBGRG00000003547) SRPRB (ENSBGRG00000003560) TF (ENSBGRG00000003633) Bos ANCESTRAL SPECIES 205 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.a.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.b.b.a.b.a.b.b.b.a.a.a.a.a Bos_b ANCESTRAL SPECIES 145 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.a.a.a.b.a.b ##22 ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.b.b.a.b.a.b.b.b.a.a.a.a.a Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 24 DUSP6 (ENSBIXG00005010324) POC1B (ENSBIXG00005010375) ATP2B1 (ENSBIXG00005000696) CCER1 (ENSBIXG00005010660) EPYC (ENSBIXG00005000920) KERA (ENSBIXG00005010696) LUM (ENSBIXG00005000930) DCN (ENSBIXG00005010822) ENSBIXG00005000962 ENSBIXG00005010925 PLEKHG7 (ENSBIXG00005000562) EEA1 (ENSBIXG00005001022) ENSBIXG00005011181 ENSBIXG00005011197 ##22 ENSBIXG00005011205 ENSBIXG00005011210 ##22 ENSBIXG00005011214 ENSBIXG00005001049 ENSBIXG00005011234 UBE2N (ENSBIXG00005001062) MRPL42 (ENSBIXG00005001077) SOCS2 (ENSBIXG00005011463) ENSBIXG00005011494 CRADD (ENSBIXG00005011535) PLXNC1 (ENSBIXG00005012135) CEP83 (ENSBIXG00005012266) ENSBIXG00005012279 TMCC3 (ENSBIXG00005012300) ENSBIXG00005012322 NR2C1 (ENSBIXG00005012362) FGD6 (ENSBIXG00005012389) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.a.a.a.b.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.a.a.a.b.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 22 LHX8 (ENSBIXG00005004323) ENSBIXG00005025392 TYW3 (ENSBIXG00005025374) CRYZ (ENSBIXG00005005564) ERICH3 (ENSBIXG00005025175) TNNI3K (ENSBIXG00005004265) ENSBIXG00005024887 ENSBIXG00005004246 LRRIQ3 (ENSBIXG00005024856) ENSBIXG00005024686 NEGR1 (ENSBIXG00005024619) ENSBIXG00005004195 ZRANB2 (ENSBIXG00005024548) ENSBIXG00005024494 CTH (ENSBIXG00005024430) ENSBIXG00005006847 ##22 ANKRD13C (ENSBIXG00005004155) ENSBIXG00005006287 SRSF11 (ENSBIXG00005007179) LRRC40 (ENSBIXG00005024169) LRRC7 (ENSBIXG00005024014) ENSBIXG00005006675 DEPDC1 (ENSBIXG00005023771) ENSBIXG00005023720 RPE65 (ENSBIXG00005023709) WLS (ENSBIXG00005023640) DIRAS3 (ENSBIXG00005023520) GADD45A (ENSBIXG00005023475) SERBP1 (ENSBIXG00005023375) IL12RB2 (ENSBIXG00005023295) ENSBIXG00005023212 Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.a.a.b.a ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.a.a.b.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 15 NEURL1B (ENSBGRG00000015084) SH3PXD2B (ENSBGRG00000015198) ENSBGRG00000015339 STK10 (ENSBGRG00000015407) ENSBGRG00000016111 EFCAB9 (ENSBGRG00000016153) FBXW11 (ENSBGRG00000016280) ENSBGRG00000016831 FGF18 (ENSBGRG00000016855) ENSBGRG00000016969 ENSBGRG00000017519 TLX3 (ENSBGRG00000017540) RANBP17 (ENSBGRG00000017600) GABRP (ENSBGRG00000017839) KCNIP1 (ENSBGRG00000018093) ENSBGRG00000018539 ##22 KCNMB1 (ENSBGRG00000018578) ENSBGRG00000018640 LCP2 (ENSBGRG00000018695) C5orf58 (ENSBGRG00000019244) FOXI1 (ENSBGRG00000019315) DOCK2 (ENSBGRG00000019387) ENSBGRG00000019598 INSYN2B (ENSBGRG00000019612) SPDL1 (ENSBGRG00000019644) ENSBGRG00000019763 SLIT3 (ENSBGRG00000019787) ENSBGRG00000019919 PANK3 (ENSBGRG00000019960) SPZ1 (ENSBGRG00000020037) LRRC14B (ENSBGRG00000020055) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.a.a.b.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 16 ENSBIXG00005016522 AQP4 (ENSBIXG00005016607) ENSBIXG00005002677 CHST9 (ENSBIXG00005016684) ENSBIXG00005016729 CDH2 (ENSBIXG00005016836) DSC2 (ENSBIXG00005017035) DSG1 (ENSBIXG00005017148) DSG2 (ENSBIXG00005017262) TTR (ENSBIXG00005017301) B4GALT6 (ENSBIXG00005006868) TRAPPC8 (ENSBIXG00005017378) RNF125 (ENSBIXG00005017425) RNF138 (ENSBIXG00005017505) MEP1B (ENSBIXG00005017694) ENSBIXG00005017713 ##22 ENSBIXG00005017722 GAREM1 (ENSBIXG00005017764) KLHL14 (ENSBIXG00005017797) CCDC178 (ENSBIXG00005018353) ASXL3 (ENSBIXG00005018458) NOL4 (ENSBIXG00005018563) ENSBIXG00005018626 ENSBIXG00005018632 ##22 DTNA (ENSBIXG00005019266) MAPRE2 (ENSBIXG00005019431) ENSBIXG00005005522 ZSCAN30 (ENSBIXG00005019492) ENSBIXG00005006651 ZNF24 (ENSBIXG00005019624) INO80C (ENSBIXG00005003210) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.a.a.b.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.a.a.b.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 3 PCDH20 (ENSBIXG00005025299) ENSBIXG00005025279 ENSBIXG00005004291 TDRD3 (ENSBIXG00005025165) ENSBIXG00005024798 ENSBIXG00005024782 ##22 ENSBIXG00005024758 DIAPH3 (ENSBIXG00005024684) ENSBIXG00005024539 PCDH17 (ENSBIXG00005024501) ENSBIXG00005024454 ENSBIXG00005004173 ENSBIXG00005024414 OLFM4 (ENSBIXG00005024360) PCDH8 (ENSBIXG00005024326) CNMD (ENSBIXG00005024281) SUGT1 (ENSBIXG00005007180) ELF1 (ENSBIXG00005006286) WBP4 (ENSBIXG00005006910) KBTBD6 (ENSBIXG00005006842) KBTBD7 (ENSBIXG00005024104) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.a.a.b.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 6 PCDH20 (ENSBGRG00000006810) ENSBGRG00000006799 ENSBGRG00000006779 ENSBGRG00000006762 ENSBGRG00000006750 ENSBGRG00000006743 ##22 TDRD3 (ENSBGRG00000006592) DIAPH3 (ENSBGRG00000006554) ENSBGRG00000006529 ENSBGRG00000006511 ##22 ENSBGRG00000006501 PCDH17 (ENSBGRG00000006468) ENSBGRG00000006447 ENSBGRG00000006431 ENSBGRG00000006404 OLFM4 (ENSBGRG00000006393) PCDH8 (ENSBGRG00000006338) CNMD (ENSBGRG00000006282) SUGT1 (ENSBGRG00000006244) ELF1 (ENSBGRG00000006174) WBP4 (ENSBGRG00000006089) Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.a.b.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 35 ENSGT00960000191014 ENSGT00940000156888 ENSGT00390000003458 ENSGT00940000161813 ENSGT00940000161410 ENSGT00940000162281 ENSGT00940000162466 ENSGT00940000161961 ENSGT00940000162784 ENSGT00940000161015 ENSGT01100000263480.a.b.b.a.b.b.b.b.a.b.b.b.a ENSGT00940000156239 ENSGT00730000111181 ENSGT00940000160760.b ENSGT00940000158064 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.a.b.a ##22 ENSGT00940000156991 ENSGT00940000155860 ENSGT00950000183167.a.b.b.a ENSGT00940000155355 ENSGT00940000159772 ENSGT00940000156808 ENSGT00940000158936 ENSGT00730000111133 ENSGT00940000155477.m ENSGT00390000010474 ENSGT00940000159932 ENSGT00940000158663 ENSGT00950000183082.b.a ENSGT00940000159649 ENSGT00390000002288 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 19 SFRP1 (ENSBIXG00005008069) ZMAT4 (ENSBIXG00005008092) ENSBIXG00005008127 IDO2 (ENSBIXG00005008139) IDO1 (ENSBIXG00005008156) ADAM18 (ENSBIXG00005008268) ENSBIXG00005008334 ADAM2 (ENSBIXG00005008443) ENSBIXG00005000215 ADAM32 (ENSBIXG00005008580) ENSBIXG00005008591 ADAM9 (ENSBIXG00005008621) TM2D2 (ENSBIXG00005008632) HTRA4 (ENSBIXG00005008659) PLEKHA2 (ENSBIXG00005008709) ENSBIXG00005008728 ##22 TACC1 (ENSBIXG00005005790) FGFR1 (ENSBIXG00005009047) LETM2 (ENSBIXG00005009166) NSD3 (ENSBIXG00005000470) PLPP5 (ENSBIXG00005009350) DDHD2 (ENSBIXG00005000492) BAG4 (ENSBIXG00005000497) LSM1 (ENSBIXG00005009477) ENSBIXG00005000511 ASH2L (ENSBIXG00005009534) EIF4EBP1 (ENSBIXG00005009563) ADRB3 (ENSBIXG00005009584) GOT1L1 (ENSBIXG00005009605) RAB11FIP1 (ENSBIXG00005009676) BRF2 (ENSBIXG00005000552) Cow MODERN SPECIES 19 ENSBTAG00000051188 ZMAT4 (ENSBTAG00000017420) TCIM (ENSBTAG00000033304) IDO2 (ENSBTAG00000005725) IDO1 (ENSBTAG00000020602) ADAM18 (ENSBTAG00000004830) ADAM3A (ENSBTAG00000033312) ADAM2 (ENSBTAG00000009408) ENSBTAG00000040445 ADAM32 (ENSBTAG00000023146) ENSBTAG00000048547 ADAM9 (ENSBTAG00000017455) TM2D2 (ENSBTAG00000003516) HTRA4 (ENSBTAG00000019532) PLEKHA2 (ENSBTAG00000003509) ENSBTAG00000050567 ##22 TACC1 (ENSBTAG00000004238) FGFR1 (ENSBTAG00000015457) LETM2 (ENSBTAG00000015444) NSD3 (ENSBTAG00000001529) PLPP5 (ENSBTAG00000027635) DDHD2 (ENSBTAG00000013145) BAG4 (ENSBTAG00000013143) LSM1 (ENSBTAG00000001612) STAR (ENSBTAG00000033345) ASH2L (ENSBTAG00000000978) EIF4EBP1 (ENSBTAG00000027654) ADRB3 (ENSBTAG00000017981) GOT1L1 (ENSBTAG00000016446) RAB11FIP1 (ENSBTAG00000011684) BRF2 (ENSBTAG00000027665) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.a.b.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 24 TSPAN31 (ENSBGRG00000008745) ENSBGRG00000008884 MARCHF9 (ENSBGRG00000008950) CYP27B1 (ENSBGRG00000008987) METTL1 (ENSBGRG00000009094) EEF1AKMT3 (ENSBGRG00000009154) TSFM (ENSBGRG00000009209) AVIL (ENSBGRG00000009300) CTDSP2 (ENSBGRG00000009472) ATP23 (ENSBGRG00000009594) ENSBGRG00000009665 LRIG3 (ENSBGRG00000009679) SLC16A7 (ENSBGRG00000009741) ENSBGRG00000009771 ENSBGRG00000009803 ENSBGRG00000009816 ##22 TAFA2 (ENSBGRG00000009833) USP15 (ENSBGRG00000009962) ENSBGRG00000010369 MON2 (ENSBGRG00000010558) PPM1H (ENSBGRG00000015365) AVPR1A (ENSBGRG00000015589) RXYLT1 (ENSBGRG00000015661) SRGAP1 (ENSBGRG00000015742) ENSBGRG00000016076 KICS2 (ENSBGRG00000016102) XPOT (ENSBGRG00000016168) C12orf56 (ENSBGRG00000016255) TBK1 (ENSBGRG00000016670) RASSF3 (ENSBGRG00000016976) GNS (ENSBGRG00000017029) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.a.b.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.a.b.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 11 DHDDS (ENSBIXG00005008276) ENSBIXG00005000153 RPS6KA1 (ENSBIXG00005008415) ARID1A (ENSBIXG00005008637) PIGV (ENSBIXG00005008695) ZDHHC18 (ENSBIXG00005008730) SFN (ENSBIXG00005008749) GPN2 (ENSBIXG00005008762) GPATCH3 (ENSBIXG00005008799) NR0B2 (ENSBIXG00005005573) KDF1 (ENSBIXG00005000292) NUDC (ENSBIXG00005008880) TRNP1 (ENSBIXG00005008892) TENT5B (ENSBIXG00005008901) SLC9A1 (ENSBIXG00005008927) ENSBIXG00005008936 ##22 WDTC1 (ENSBIXG00005000370) SYTL1 (ENSBIXG00005009106) MAP3K6 (ENSBIXG00005006314) CD164L2 (ENSBIXG00005009652) GPR3 (ENSBIXG00005009673) WASF2 (ENSBIXG00005009713) AHDC1 (ENSBIXG00005009747) FGR (ENSBIXG00005009794) IFI6 (ENSBIXG00005009818) ENSBIXG00005000618 ##22 FAM76A (ENSBIXG00005009850) STX12 (ENSBIXG00005009866) PPP1R8 (ENSBIXG00005000665) THEMIS2 (ENSBIXG00005009901) ENSBIXG00005009925 Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.b.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00390000016559 ENSGT00520000055626.a ENSGT00940000154110.a ENSGT00390000012071 ENSGT00940000153340.B.c ENSGT00940000159296 ENSGT00390000017774 ENSGT00940000159133 ENSGT00390000014107.a.a ENSGT00940000161662 ENSGT00940000156855 ENSGT00940000154284.b ENSGT00940000161655 ENSGT00390000017082 ENSGT00940000153998.b ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.b.a ##22 ENSGT00940000157987 ENSGT00960000191006 ENSGT00390000011578 ENSGT00940000161186.A ENSGT00730000111291 ENSGT00530000063370.b ENSGT00390000002626 ENSGT00950000182923.C.g.b ENSGT00940000165472 ENSGT00940000162471 ENSGT00940000162077 ENSGT00390000004019 ENSGT00940000160650 ENSGT00940000159671 ENSGT00390000013684 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 8 DEPDC5 (ENSBIXG00005009463) PRR14L (ENSBIXG00005009283) SFI1 (ENSBIXG00005009221) EIF4ENIF1 (ENSBIXG00005000405) DRG1 (ENSBIXG00005009099) PATZ1 (ENSBIXG00005009061) PIK3IP1 (ENSBIXG00005008992) LIMK2 (ENSBIXG00005005793) RNF185 (ENSBIXG00005008922) PLA2G3 (ENSBIXG00005008890) INPP5J (ENSBIXG00005008864) SELENOM (ENSBIXG00005006764) SMTN (ENSBIXG00005000257) ENSBIXG00005008628 MORC2 (ENSBIXG00005000221) ENSBIXG00005008531 ##22 OSBP2 (ENSBIXG00005008523) C5orf52 (ENSBIXG00005008513) TCN2 (ENSBIXG00005000201) PES1 (ENSBIXG00005008471) ENSBIXG00005008455 ENSBIXG00005008437 SEC14L4 (ENSBIXG00005000189) MTFP1 (ENSBIXG00005000176) SEC14L2 (ENSBIXG00005008352) RNF215 (ENSBIXG00005008305) CCDC157 (ENSBIXG00005008274) SF3A1 (ENSBIXG00005008248) TBC1D10A (ENSBIXG00005008232) CASTOR1 (ENSBIXG00005008217) OSM (ENSBIXG00005008197) Cow MODERN SPECIES 8 DEPDC5 (ENSBTAG00000001295) PRR14L (ENSBTAG00000009006) SFI1 (ENSBTAG00000008996) EIF4ENIF1 (ENSBTAG00000008991) DRG1 (ENSBTAG00000008990) PATZ1 (ENSBTAG00000005478) PIK3IP1 (ENSBTAG00000010667) LIMK2 (ENSBTAG00000010662) RNF185 (ENSBTAG00000002828) PLA2G3 (ENSBTAG00000011962) INPP5J (ENSBTAG00000017023) SELENOM (ENSBTAG00000031279) ENSBTAG00000055010 SMTN (ENSBTAG00000003100) MORC2 (ENSBTAG00000009963) ENSBTAG00000049259 ##22 OSBP2 (ENSBTAG00000019146) ENSBTAG00000050682 C17H5orf52 (ENSBTAG00000017438) DUSP18 (ENSBTAG00000017459) SLC35E4 (ENSBTAG00000002385) TCN2 (ENSBTAG00000002770) PES1 (ENSBTAG00000007728) GAL3ST1 (ENSBTAG00000014232) SEC14L6 (ENSBTAG00000049253) SEC14L4 (ENSBTAG00000031351) SEC14L3 (ENSBTAG00000014464) MTFP1 (ENSBTAG00000018116) SEC14L2 (ENSBTAG00000017404) RNF215 (ENSBTAG00000003394) CCDC157 (ENSBTAG00000003393) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.b.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 26 ENSBGRG00000006758 UHRF2 (ENSBGRG00000006794) GLDC (ENSBGRG00000006945) KDM4C (ENSBGRG00000007351) DMAC1 (ENSBGRG00000007629) PTPRD (ENSBGRG00000007730) ENSBGRG00000008266 ENSBGRG00000008285 ENSBGRG00000008319 ENSBGRG00000008400 TYRP1 (ENSBGRG00000008419) LURAP1L (ENSBGRG00000008550) MPDZ (ENSBGRG00000008603) ENSBGRG00000009027 ENSBGRG00000009063 ENSBGRG00000000367 ##22 NFIB (ENSBGRG00000000469) ZDHHC21 (ENSBGRG00000000701) CER1 (ENSBGRG00000000761) FREM1 (ENSBGRG00000000792) ENSBGRG00000000840 TTC39B (ENSBGRG00000000855) SNAPC3 (ENSBGRG00000000894) PSIP1 (ENSBGRG00000000925) CCDC171 (ENSBGRG00000001014) ENSBGRG00000001114 ##22 BNC2 (ENSBGRG00000001132) ENSBGRG00000001156 ENSBGRG00000001168 ENSBGRG00000001180 CNTLN (ENSBGRG00000001209) Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.b.b.a ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.b.b.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 26 S1PR3 (ENSBGRG00000019092) ENSBGRG00000019106 NXNL2 (ENSBGRG00000019130) ENSBGRG00000019166 ENSBGRG00000019209 ENSBGRG00000019270 ENSBGRG00000020356 TMEFF1 (ENSBGRG00000000379) CAVIN4 (ENSBGRG00000000485) PLPPR1 (ENSBGRG00000000500) ENSBGRG00000000536 ENSBGRG00000000554 MRPL50 (ENSBGRG00000000573) ZNF189 (ENSBGRG00000000584) ENSBGRG00000000599 ENSBGRG00000000643 ##22 RNF20 (ENSBGRG00000000693) GRIN3A (ENSBGRG00000000837) ENSBGRG00000000901 ##22 ENSBGRG00000000912 SMC2 (ENSBGRG00000000950) ENSBGRG00000001027 ENSBGRG00000001033 OR13C4 (ENSBGRG00000001044) OR13C3 (ENSBGRG00000001066) OR13C8 (ENSBGRG00000001076) ENSBGRG00000001083 NIPSNAP3A (ENSBGRG00000001092) ABCA1 (ENSBGRG00000001141) SLC44A1 (ENSBGRG00000001497) ENSBGRG00000001583 ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.b.b.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 14 KBTBD8 (ENSBIXG00005031227) LRIG1 (ENSBIXG00005031216) SLC25A26 (ENSBIXG00005031207) ENSBIXG00005031202 MAGI1 (ENSBIXG00005031190) ENSBIXG00005031172 ENSBIXG00005031164 ##22 ADAMTS9 (ENSBIXG00005031151) PRICKLE2 (ENSBIXG00005031115) ENSBIXG00005031105 ATXN7 (ENSBIXG00005031097) THOC7 (ENSBIXG00005031087) SNTN (ENSBIXG00005031067) SYNPR (ENSBIXG00005031052) ENSBIXG00005030983 ENSBIXG00005030940 ##22 FEZF2 (ENSBIXG00005030934) C3orf14 (ENSBIXG00005030927) ENSBIXG00005030923 ENSBIXG00005030920 PTPRG (ENSBIXG00005030859) ENSBIXG00005030817 ENSBIXG00005030814 FHIT (ENSBIXG00005030806) CFAP20DC (ENSBIXG00005030757) FAM3D (ENSBIXG00005030732) FAM107A (ENSBIXG00005030714) ACOX2 (ENSBIXG00005030705) KCTD6 (ENSBIXG00005030695) ENSBIXG00005030689 PDHB (ENSBIXG00005030678) Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.b.b.b.a.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00960000186612.B.a.b.a.b.a.b ENSGT01100000263534.b.k.a.b.b.a.a.c ENSGT01100000263511.b.a.b.a.b.a.b.b.a.b.a.b.a.b.b.b.a.a.b.b ENSGT00900000141068.e.b.a.d ENSGT00960000190996.c ENSGT01100000263534.b.k.a.b.a.g.a.b.b ENSGT01030000234846.b.b.a ENSGT01100000263534.b.k.a.b.a.g.a.a.a.b.b.a ENSGT01030000234846.a.b.a.d.b.a ENSGT00900000141068.e.b.a.c.a.b ENSGT01100000263534.b.k.a.b.a.g.a.a.b.b ENSGT01030000234576.D.a.b.a.a ENSGT01030000234576.D.a.b.a.b.b ENSGT01100000263534.b.k.a.b.a.g.b.a.b ENSGT01100000263534.b.k.a.b.a.g.a.a.b.a.b.a.a.a ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.b.b.b.a.a ##22 ENSGT00940000154712 ENSGT01100000263534.b.k.a.b.b.a.b.a.b.a.a ENSGT01100000263534.b.k.a.b.b.a.b.a.b.a.b.a ENSGT01100000263534.b.k.a.b.b.a.b.a.b.a.b.b ENSGT00940000154411.`b.i.f ENSGT00940000160770.B.b.a.a ENSGT00940000165608 ENSGT00940000160770.D ENSGT00940000160770.B.b.a.b ENSGT00390000003718.d.sb.b ENSGT00940000163677.a.b.b ENSGT00940000161267.a.a ENSGT00940000161142.a.a.b ENSGT00940000161142.a.b.a.a.a.a.a.a.a ENSGT00940000160873 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 9 ENSBIXG00005005850 ENSBIXG00005017660 ENSBIXG00005017680 ENSBIXG00005017707 ENSBIXG00005017730 ENSBIXG00005017792 ENSBIXG00005017822 ENSBIXG00005017836 ENSBIXG00005017856 ENSBIXG00005017846 ENSBIXG00005017873 ENSBIXG00005017886 ENSBIXG00005017949 ENSBIXG00005017968 ENSBIXG00005017974 ENSBIXG00005007051 ##22 ENSBIXG00005017988 ENSBIXG00005017996 ENSBIXG00005018001 ENSBIXG00005005431 ENSBIXG00005018025 ENSBIXG00005018044 ENSBIXG00005018064 ENSBIXG00005018076 ENSBIXG00005018084 ENSBIXG00005018098 ENSBIXG00005018108 ENSBIXG00005018116 ENSBIXG00005018138 ENSBIXG00005018146 ENSBIXG00005018151 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.b.b.b.a.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 12 ENSBGRG00000016145 ENSBGRG00000016055 ENSBGRG00000016016 ENSBGRG00000015930 ENSBGRG00000015904 ENSBGRG00000015874 ENSBGRG00000015848 ENSBGRG00000015760 ENSBGRG00000015745 ENSBGRG00000015716 ENSBGRG00000015704 ENSBGRG00000015660 ENSBGRG00000015632 ENSBGRG00000015607 ENSBGRG00000015488 ENSBGRG00000015454 ##22 ENSBGRG00000015378 ENSBGRG00000015178 ENSBGRG00000015081 ENSBGRG00000015048 ENSBGRG00000015020 ENSBGRG00000014993 ENSBGRG00000014922 ENSBGRG00000014885 ENSBGRG00000014772 ENSBGRG00000014724 ENSBGRG00000014705 ENSBGRG00000014667 ENSBGRG00000014634 ENSBGRG00000014568 ENSBGRG00000014508 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.b.b.b.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.b.b.b.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 13 BRF1 (ENSBIXG00005005825) ENSBIXG00005012270 JAG2 (ENSBIXG00005012390) GPR132 (ENSBIXG00005012429) CDCA4 (ENSBIXG00005012433) CLBA1 (ENSBIXG00005012448) ENSBIXG00005006920 PLD4 (ENSBIXG00005012482) CEP170B (ENSBIXG00005001360) ZBTB42 (ENSBIXG00005001375) AKT1 (ENSBIXG00005012629) SIVA1 (ENSBIXG00005012675) ADSS1 (ENSBIXG00005000295) INF2 (ENSBIXG00005001421) TMEM179 (ENSBIXG00005012856) ENSBIXG00005012885 ##22 KIF26A (ENSBIXG00005012948) ASPG (ENSBIXG00005013016) RD3L (ENSBIXG00005013046) TDRD9 (ENSBIXG00005013101) ENSBIXG00005013147 PPP1R13B (ENSBIXG00005013207) ZFYVE21 (ENSBIXG00005013238) ENSBIXG00005005839 KLC1 (ENSBIXG00005013345) BAG5 (ENSBIXG00005013374) COA8 (ENSBIXG00005013417) TRMT61A (ENSBIXG00005013436) ENSBIXG00005013451 CKB (ENSBIXG00005013465) MARK3 (ENSBIXG00005013647) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.b.b.b.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00390000017162 ENSGT00940000160296 ENSGT00940000161674 ENSGT00940000161687 ENSGT00390000002931 ENSGT00950000182936.a.b.b ENSGT00950000182850.a.b.b ENSGT00940000161965 ENSGT00940000161418 ENSGT00940000153139.B.a ENSGT00940000159868 ENSGT00940000156168.B ENSGT00940000154078.a.b ENSGT00940000155068.b ENSGT00940000159352 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.a.b.b.b.b ##22 ENSGT00940000157178 ENSGT00950000183043.a.b.b.a.a.b ENSGT00940000160228 ENSGT00390000005569.x.a.a.b.c.a ENSGT00950000182992.a.a.u.b ENSGT00940000157345.a.b ENSGT00940000157345.a.a ENSGT00950000182992.a.a.u.a ENSGT00940000157688 ENSGT00930000151031 ENSGT01000000214440.A.b ENSGT00950000183038.a.b.b.a ENSGT00900000141068.e.b.b ENSGT00390000009630.i.b ENSGT00390000003561.m.d Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 27 FHIP2B (ENSBIXG00005004662) DMTN (ENSBIXG00005027387) FGF17 (ENSBIXG00005027428) NPM2 (ENSBIXG00005027463) XPO7 (ENSBIXG00005027512) DOK2 (ENSBIXG00005004736) GFRA2 (ENSBIXG00005027647) ENSBIXG00005004760 ENSBIXG00005027723 ENSBIXG00005027749 ENSBIXG00005027763 ENSBIXG00005027774 ##22 LZTS1 (ENSBIXG00005027830) ATP6V1B2 (ENSBIXG00005027918) SLC18A1 (ENSBIXG00005027964) ENSBIXG00005027982 ##22 LPL (ENSBIXG00005028031) ENSBIXG00005004822 ENSBIXG00005028069 ENSBIXG00005028091 ENSBIXG00005028169 ENSBIXG00005004847 ENSBIXG00005004856 ENSBIXG00005007787 TEX10 (ENSBIXG00005028410) INVS (ENSBIXG00005028558) ERP44 (ENSBIXG00005028610) STX17 (ENSBIXG00005002405) NR4A3 (ENSBIXG00005028694) ENSBIXG00005028699 ENSBIXG00005028732 Cow MODERN SPECIES 27 SFTPC (ENSBTAG00000012560) LGI3 (ENSBTAG00000004578) REEP4 (ENSBTAG00000009504) HR (ENSBTAG00000012036) NUDT18 (ENSBTAG00000003483) FHIP2B (ENSBTAG00000014361) DMTN (ENSBTAG00000045887) FGF17 (ENSBTAG00000046951) NPM2 (ENSBTAG00000046918) XPO7 (ENSBTAG00000047628) DOK2 (ENSBTAG00000003341) GFRA2 (ENSBTAG00000020665) LZTS1 (ENSBTAG00000000841) ATP6V1B2 (ENSBTAG00000018646) SLC18A1 (ENSBTAG00000020788) ENSBTAG00000050508 ##22 LPL (ENSBTAG00000012855) ENSBTAG00000055232 CNTNAP3 (ENSBTAG00000006446) ENSBTAG00000047647 ENSBTAG00000050097 ENSBTAG00000035709 ENSBTAG00000035708 TEX10 (ENSBTAG00000044003) INVS (ENSBTAG00000009806) ERP44 (ENSBTAG00000009804) STX17 (ENSBTAG00000008016) NR4A3 (ENSBTAG00000001864) ENSBTAG00000054293 ENSBTAG00000019143 SEC61B (ENSBTAG00000002457) Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT01030000235049 ENSGT00940000156056.A ENSGT00950000182910.a.a.a ENSGT00940000155812 ENSGT00940000155752 ENSGT01100000263480.a.b.a.b.a.a.b.a.a.a.a.a ENSGT01050000244905.D ENSGT01050000244905.E ENSGT00390000010463.a.b ENSGT01040000240615 ENSGT00510000049102 ENSGT00940000160532.i ENSGT00970000198317 ENSGT00950000183087.A.a.a.a.a.b ENSGT00940000153568.B ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.b.a.a.a.a ##22 ENSGT00390000011515 ENSGT01040000241150 ENSGT00940000154817.b.b.b ENSGT00940000159158 ENSGT00940000159213.g ENSGT00910000148632 ENSGT00940000154631.f.c.a ENSGT00940000159213.h ENSGT00940000159862 ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.b.b.a.a.a.a.b.a.b.a.a.a.a ENSGT00940000155984 ENSGT00940000163000 ENSGT00940000156332 ENSGT00940000157211 ENSGT00390000010354 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000160335 ENSGT00390000012078.b.v ENSGT00940000156056.A ENSGT00950000182910.a.a.a ENSGT00940000155812 ENSGT00940000155752 ENSGT01100000263480.a.b.a.b.a.a.b.a.a.a.a.a ENSGT01050000244905.D ENSGT01050000244905.E ENSGT00390000010463.a.b ENSGT01040000240615 ENSGT00510000049102 ENSGT00940000160532.i ENSGT00950000183087.A.a.a.a.a.b ENSGT00940000153568.B ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.b.a.a.a.a ##22 ENSGT00390000011515 ENSGT00940000154817.b.b.b ENSGT00940000159158 ENSGT00940000159213.g ENSGT00910000148632 ENSGT00940000154631.f.c.a ENSGT00940000159862 ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.b.b.a.a.a.a.b.a.b.a.a.a.a ENSGT00940000155984 ENSGT00940000163000 ENSGT00940000156332 ENSGT00940000157211 ENSGT00390000010354 ENSGT00390000006925 ENSGT00940000160618 Domestic yak MODERN SPECIES 11 ENSBGRG00000001477 TMEFF2 (ENSBGRG00000001495) CAVIN2 (ENSBGRG00000001540) NABP1 (ENSBGRG00000001561) MYO1B (ENSBGRG00000001627) ENSBGRG00000001748 STAT4 (ENSBGRG00000001762) STAT1 (ENSBGRG00000001789) GLS (ENSBGRG00000001930) ENSBGRG00000002094 ENSBGRG00000002155 ENSBGRG00000002176 CNTNAP5 (ENSBGRG00000002205) ENSBGRG00000002296 TSN (ENSBGRG00000002313) ENSBGRG00000002344 ##22 NIFK (ENSBGRG00000002355) CLASP1 (ENSBGRG00000002404) ENSBGRG00000002469 TFCP2L1 (ENSBGRG00000002489) GLI2 (ENSBGRG00000002594) ENSBGRG00000002619 ENSBGRG00000002630 INHBB (ENSBGRG00000002649) ENSBGRG00000002654 RALB (ENSBGRG00000002659) TMEM185B (ENSBGRG00000002677) EPB41L5 (ENSBGRG00000002704) PTPN4 (ENSBGRG00000002760) TMEM177 (ENSBGRG00000002782) CFAP221 (ENSBGRG00000002795) Bos_b ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000156056.A ENSGT00950000182910.a.a.a ENSGT00940000155812 ENSGT00940000155752 ENSGT01100000263480.a.b.a.b.a.a.b.a.a.a.a.a ENSGT01050000244905.D ENSGT01050000244905.E ENSGT00390000010463.a.b ENSGT01040000240615 ENSGT00510000049102 ENSGT00390000014038.d ENSGT00940000160532.i ENSGT01000000221473 ENSGT00950000183087.A.a.a.a.a.b ENSGT00940000153568.B ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.b.a.a.a.a ##22 ENSGT00390000011515 ENSGT01040000241150 ENSGT00940000154817.b.b.b ENSGT00940000159158 ENSGT00940000159213.g ENSGT00940000154631.f.c.a ENSGT00940000159213.h ENSGT00940000159862 ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.b.b.a.a.a.a.b.a.b.a.a.a.a ENSGT00940000155984 ENSGT00940000163000 ENSGT00940000156332 ENSGT00940000157211 ENSGT00390000010354 ENSGT00390000006925 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 11 ENSBIXG00005010536 MYO1B (ENSBIXG00005010764) ENSBIXG00005010825 STAT4 (ENSBIXG00005010855) STAT1 (ENSBIXG00005011100) GLS (ENSBIXG00005011326) ENSBIXG00005011436 ENSBIXG00005006423 ENSBIXG00005011594 ENSBIXG00005011625 CNTNAP5 (ENSBIXG00005001154) ENSBIXG00005011809 ENSBIXG00005011845 ENSBIXG00005001185 TSN (ENSBIXG00005011894) ENSBIXG00005001195 ##22 NIFK (ENSBIXG00005011934) ENSBIXG00005011943 CLASP1 (ENSBIXG00005012045) TFCP2L1 (ENSBIXG00005012144) GLI2 (ENSBIXG00005012202) ENSBIXG00005012261 INHBB (ENSBIXG00005012280) ENSBIXG00005012282 ENSBIXG00005000394 TMEM185B (ENSBIXG00005006918) ENSBIXG00005001294 ##22 EPB41L5 (ENSBIXG00005001310) PTPN4 (ENSBIXG00005012430) TMEM177 (ENSBIXG00005000338) CFAP221 (ENSBIXG00005012511) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.b.a.a.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.b.a.a.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 9 LRP12 (ENSBGRG00000006367) ZFPM2 (ENSBGRG00000006238) ENSBGRG00000006224 OXR1 (ENSBGRG00000005822) ABRA (ENSBGRG00000005757) ENSBGRG00000005749 ENSBGRG00000005741 ANGPT1 (ENSBGRG00000005544) ENSBGRG00000005522 RSPO2 (ENSBGRG00000005327) EIF3E (ENSBGRG00000005170) EMC2 (ENSBGRG00000005080) ENSBGRG00000005060 ##22 TMEM74 (ENSBGRG00000005049) TRHR (ENSBGRG00000005037) ENSBGRG00000005028 ##22 NUDCD1 (ENSBGRG00000004945) ENY2 (ENSBGRG00000004894) PKHD1L1 (ENSBGRG00000004809) EBAG9 (ENSBGRG00000004729) SYBU (ENSBGRG00000004707) ENSBGRG00000004673 KCNV1 (ENSBGRG00000004644) CSMD3 (ENSBGRG00000004553) ENSBGRG00000004508 ENSBGRG00000004496 TRPS1 (ENSBGRG00000004435) ENSBGRG00000004421 EIF3H (ENSBGRG00000004195) UTP23 (ENSBGRG00000004032) RAD21 (ENSBGRG00000003952) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 6 ITM2B (ENSBGRG00000020531) ENSBGRG00000020504 LPAR6 (ENSBGRG00000020489) RB1 (ENSBGRG00000020100) RCBTB2 (ENSBGRG00000019788) ENSBGRG00000019770 ENSBGRG00000019739 ENSBGRG00000019677 FNDC3A (ENSBGRG00000019368) MLNR (ENSBGRG00000019319) CDADC1 (ENSBGRG00000019174) CAB39L (ENSBGRG00000019026) SETDB2 (ENSBGRG00000018734) ENSBGRG00000018688 ENSBGRG00000018317 ENSBGRG00000018298 ##22 RCBTB1 (ENSBGRG00000018215) ARL11 (ENSBGRG00000018165) EBPL (ENSBGRG00000018006) KPNA3 (ENSBGRG00000017654) SPRYD7 (ENSBGRG00000017543) TRIM13 (ENSBGRG00000017523) KCNRG (ENSBGRG00000017474) RNASEH2B (ENSBGRG00000016654) ENSBGRG00000016362 C13orf42 (ENSBGRG00000016284) FAM124A (ENSBGRG00000016177) SERPINE3 (ENSBGRG00000016113) INTS6 (ENSBGRG00000015711) WDFY2 (ENSBGRG00000015369) DHRS12 (ENSBGRG00000015161) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.b.a.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 10 MYADML2 (ENSBIXG00005002325) NOTUM (ENSBIXG00005015579) ASPSCR1 (ENSBIXG00005000232) ENSBIXG00005015625 LRRC45 (ENSBIXG00005015698) RAC3 (ENSBIXG00005015712) DCXR (ENSBIXG00005015724) ENSBIXG00005015749 RFNG (ENSBIXG00005015767) GPS1 (ENSBIXG00005000150) DUS1L (ENSBIXG00005015890) FASN (ENSBIXG00005016057) CCDC57 (ENSBIXG00005006752) SLC16A3 (ENSBIXG00005002588) CSNK1D (ENSBIXG00005016357) ENSBIXG00005016381 ##22 ENSBIXG00005016400 ENSBIXG00005016412 ENSBIXG00005016431 ENSBIXG00005006575 ENSBIXG00005006351 ENSBIXG00005016623 ENSBIXG00005016635 ENSBIXG00005016644 UTS2R (ENSBIXG00005016660) OGFOD3 (ENSBIXG00005016675) HEXD (ENSBIXG00005016706) CYBC1 (ENSBIXG00005016823) NARF (ENSBIXG00005016919) ENSBIXG00005016942 FOXK2 (ENSBIXG00005016965) Bos ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000161563 ENSGT00390000013770 ENSGT00390000003161 ENSGT00390000011521 ENSGT00940000160141 ENSGT01030000234531.B.h ENSGT00940000160387 ENSGT00940000154019.b ENSGT00940000155265.a ENSGT00940000154090.a ENSGT00940000159537 ENSGT00940000154022.a.b ENSGT00390000018258 ENSGT00940000160188 ENSGT00390000007486 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000160042 ENSGT00950000183151.b ENSGT00940000159821 ENSGT00390000003774.b ENSGT00390000009358 ENSGT00510000050177 ENSGT00940000154491.c ENSGT00950000183081.b ENSGT00940000158421 ENSGT00940000161897 ENSGT00390000018422 ENSGT00940000156930 ENSGT00940000163790 ENSGT00390000016546 ENSGT00940000164199 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 43 ENSGT00940000153244.B.z.c.a ENSGT00940000161563 ENSGT00390000013770 ENSGT00390000003161 ENSGT00390000011521 ENSGT00940000160141 ENSGT01030000234531.B.h ENSGT00940000154019.b ENSGT00940000155265.a ENSGT00940000154090.a ENSGT00940000159537 ENSGT00940000154022.a.b ENSGT00390000018258 ENSGT00940000160188 ENSGT00390000007486 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000160042 ENSGT00950000183151.b ENSGT00940000159821 ENSGT00390000003774.b ENSGT00390000009358 ENSGT00510000050177 ENSGT00940000154491.c ENSGT00950000183081.b ENSGT00940000158421 ENSGT00390000018422 ENSGT00940000161897 ENSGT00940000156930 ENSGT00940000163790 ENSGT00390000016546 ENSGT00940000164199 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 5 C8orf33 (ENSBIXG00005000885) ENSBIXG00005000881 RPL8 (ENSBIXG00005000874) ZNF7 (ENSBIXG00005010384) COMMD5 (ENSBIXG00005010374) ARHGAP39 (ENSBIXG00005000858) C8orf82 (ENSBIXG00005010342) LRRC24 (ENSBIXG00005000843) LRRC14 (ENSBIXG00005010312) MFSD3 (ENSBIXG00005000826) FOXH1 (ENSBIXG00005010210) KIFC2 (ENSBIXG00005010190) ZFTRAF1 (ENSBIXG00005010166) TONSL (ENSBIXG00005010130) VPS28 (ENSBIXG00005010110) ENSBIXG00005000775 ##22 SLC39A4 (ENSBIXG00005010055) CPSF1 (ENSBIXG00005000754) ADCK5 (ENSBIXG00005009964) ENSBIXG00005009931 FBXL6 (ENSBIXG00005009856) TMEM249 (ENSBIXG00005009849) SCRT1 (ENSBIXG00005009836) DGAT1 (ENSBIXG00005009822) HSF1 (ENSBIXG00005009792) BOP1 (ENSBIXG00005009761) SCX (ENSBIXG00005009735) MROH1 (ENSBIXG00005009718) HGH1 (ENSBIXG00005009638) ENSBIXG00005005943 ENSBIXG00005000520 Cow MODERN SPECIES 5 RPL8 (ENSBTAG00000026327) ZNF7 (ENSBTAG00000018456) COMMD5 (ENSBTAG00000018455) ARHGAP39 (ENSBTAG00000007186) C14H8orf82 (ENSBTAG00000046031) LRRC24 (ENSBTAG00000004970) LRRC14 (ENSBTAG00000004969) MFSD3 (ENSBTAG00000007838) GPT (ENSBTAG00000007835) PPP1R16A (ENSBTAG00000007834) FOXH1 (ENSBTAG00000004761) KIFC2 (ENSBTAG00000007753) CYHR1 (ENSBTAG00000035254) TONSL (ENSBTAG00000007749) VPS28 (ENSBTAG00000026320) ENSBTAG00000053637 ##22 SLC39A4 (ENSBTAG00000046026) CPSF1 (ENSBTAG00000008355) ADCK5 (ENSBTAG00000011064) SLC52A2 (ENSBTAG00000000857) FBXL6 (ENSBTAG00000000856) TMEM249 (ENSBTAG00000035158) SCRT1 (ENSBTAG00000050112) DGAT1 (ENSBTAG00000026356) HSF1 (ENSBTAG00000020751) BOP1 (ENSBTAG00000009811) SCX (ENSBTAG00000009816) MROH1 (ENSBTAG00000014458) TSSK5 (ENSBTAG00000039978) HGH1 (ENSBTAG00000039705) WDR97 (ENSBTAG00000000658) Bos_a ANCESTRAL SPECIES 43 ENSGT00390000013770 ENSGT00390000003161 ENSGT00390000011521 ENSGT00940000160141 ENSGT01030000234531.B.h ENSGT00940000160387 ENSGT00940000154019.b ENSGT00940000155265.a ENSGT00940000155265.b ENSGT00940000154090.a ENSGT00940000159537 ENSGT00940000154022.a.b ENSGT00390000018258 ENSGT00940000160188 ENSGT00390000007486 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.b.a.b ##22 ENSGT00940000160042 ENSGT00950000183151.b ENSGT00940000159821 ENSGT00390000003774.b ENSGT00390000009358 ENSGT00510000050177 ENSGT00940000154491.c ENSGT00950000183081.b ENSGT00940000158421 ENSGT00940000161897 ENSGT00390000018422 ENSGT00940000156930 ENSGT00940000163790 ENSGT00390000016546 ENSGT00860000135895 Domestic yak MODERN SPECIES 9 ENSBGRG00000020059 ENSBGRG00000019998 ENSBGRG00000019939 ARHGAP39 (ENSBGRG00000019822) C8orf82 (ENSBGRG00000019736) LRRC24 (ENSBGRG00000019546) LRRC14 (ENSBGRG00000019510) MFSD3 (ENSBGRG00000018888) GPT (ENSBGRG00000018828) PPP1R16A (ENSBGRG00000018709) FOXH1 (ENSBGRG00000018657) KIFC2 (ENSBGRG00000018411) ZFTRAF1 (ENSBGRG00000018267) TONSL (ENSBGRG00000017771) VPS28 (ENSBGRG00000017684) ENSBGRG00000017658 ##22 SLC39A4 (ENSBGRG00000017464) ADCK5 (ENSBGRG00000013771) ENSBGRG00000013657 FBXL6 (ENSBGRG00000013507) TMEM249 (ENSBGRG00000013404) SCRT1 (ENSBGRG00000013353) DGAT1 (ENSBGRG00000013200) HSF1 (ENSBGRG00000012841) SCX (ENSBGRG00000012753) BOP1 (ENSBGRG00000012661) ENSBGRG00000012578 ENSBGRG00000012517 ENSBGRG00000012461 HGH1 (ENSBGRG00000012410) ENSBGRG00000012393 Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.b.b.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.b.b.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 7 ENSBIXG00005018388 ENSBIXG00005018446 ##22 TNNT2 (ENSBIXG00005018552) ENSBIXG00005018579 TNNI1 (ENSBIXG00005018737) PHLDA3 (ENSBIXG00005018761) CSRP1 (ENSBIXG00005018838) ENSBIXG00005018849 NAV1 (ENSBIXG00005019125) IPO9 (ENSBIXG00005019192) SHISA4 (ENSBIXG00005003129) LMOD1 (ENSBIXG00005019224) TIMM17A (ENSBIXG00005019240) RNPEP (ENSBIXG00005019254) ELF3 (ENSBIXG00005019288) GPR37L1 (ENSBIXG00005003138) ARL8A (ENSBIXG00005019330) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.b.b.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 25 ENSBGRG00000006249 QRFPR (ENSBGRG00000006193) TNIP3 (ENSBGRG00000005802) NDNF (ENSBGRG00000005750) PRDM5 (ENSBGRG00000005459) ENSBGRG00000005429 PDE5A (ENSBGRG00000005023) ENSBGRG00000004956 ENSBGRG00000004933 USP53 (ENSBGRG00000004871) MYOZ2 (ENSBGRG00000004836) SYNPO2 (ENSBGRG00000004790) SEC24D (ENSBGRG00000004688) METTL14 (ENSBGRG00000004579) PRSS12 (ENSBGRG00000004493) ENSBGRG00000004478 ##22 NDST3 (ENSBGRG00000004409) ENSBGRG00000004394 ENSBGRG00000004380 ENSBGRG00000004298 NDST4 (ENSBGRG00000004218) UGT8 (ENSBGRG00000004157) ENSBGRG00000004116 ARSJ (ENSBGRG00000004095) CAMK2D (ENSBGRG00000003179) ENSBGRG00000003089 ENSBGRG00000002655 LARP7 (ENSBGRG00000002553) ZGRF1 (ENSBGRG00000002512) ENSBGRG00000002492 ALPK1 (ENSBGRG00000002371) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.b.b.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.b.b.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 23 NUP205 (ENSBIXG00005004733) CNOT4 (ENSBIXG00005004693) ENSBIXG00005027149 ENSBIXG00005027036 ENSBIXG00005027032 ENSBIXG00005027024 ENSBIXG00005027012 ENSBIXG00005026996 STRA8 (ENSBIXG00005026986) WDR91 (ENSBIXG00005026934) CYREN (ENSBIXG00005026852) TMEM140 (ENSBIXG00005026827) AGBL3 (ENSBIXG00005026807) CALD1 (ENSBIXG00005007412) ENSBIXG00005026696 ENSBIXG00005004556 ##22 ENSBIXG00005007644 ENSBIXG00005026632 ENSBIXG00005026612 ENSBIXG00005026604 SLC35B4 (ENSBIXG00005026563) LRGUK (ENSBIXG00005026545) EXOC4 (ENSBIXG00005026482) ENSBIXG00005026405 CHCHD3 (ENSBIXG00005004506) ENSBIXG00005026343 PLXNA4 (ENSBIXG00005026315) ENSBIXG00005026238 ENSBIXG00005026220 ENSBIXG00005026196 MKLN1 (ENSBIXG00005026160) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.a.b.b.b.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 23 TTC26 (ENSBGRG00000001859) ZC3HAV1 (ENSBGRG00000002613) ZC3HAV1L (ENSBGRG00000002656) KIAA1549 (ENSBGRG00000002709) TMEM213 (ENSBGRG00000002903) ATP6V0A4 (ENSBGRG00000002931) SVOPL (ENSBGRG00000002963) TRIM24 (ENSBGRG00000003059) AKR1D1 (ENSBGRG00000003117) CREB3L2 (ENSBGRG00000003147) ENSBGRG00000003235 DGKI (ENSBGRG00000003255) PTN (ENSBGRG00000003344) CHRM2 (ENSBGRG00000003358) ENSBGRG00000003379 ENSBGRG00000003392 ##22 ENSBGRG00000003398 FAM180A (ENSBGRG00000003419) SLC13A4 (ENSBGRG00000003431) STMP1 (ENSBGRG00000003444) NUP205 (ENSBGRG00000003467) CNOT4 (ENSBGRG00000003574) ENSBGRG00000003642 STRA8 (ENSBGRG00000003725) WDR91 (ENSBGRG00000003807) CYREN (ENSBGRG00000003897) TMEM140 (ENSBGRG00000003927) ENSBGRG00000003945 ENSBGRG00000004004 ENSBGRG00000004141 ENSBGRG00000004162 Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.a.a.a.a.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.a.a.a.a.a ##22 Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 6 TOMT (ENSBIXG00005025609) ENSBIXG00005004369 ENSBIXG00005004401 INPPL1 (ENSBIXG00005025854) PHOX2A (ENSBIXG00005004416) CLPB (ENSBIXG00005026019) PDE2A (ENSBIXG00005026297) ARAP1 (ENSBIXG00005026681) STARD10 (ENSBIXG00005007647) ATG16L2 (ENSBIXG00005026829) FCHSD2 (ENSBIXG00005026990) P2RY2 (ENSBIXG00005004642) P2RY6 (ENSBIXG00005027067) ARHGEF17 (ENSBIXG00005027217) RELT (ENSBIXG00005004708) ENSBIXG00005005616 ##22 FAM168A (ENSBIXG00005027419) PLEKHB1 (ENSBIXG00005027551) ENSBIXG00005027577 RAB6A (ENSBIXG00005027661) ENSBIXG00005006952 MRPL48 (ENSBIXG00005027732) COA4 (ENSBIXG00005027766) PAAF1 (ENSBIXG00005006956) DNAJB13 (ENSBIXG00005027901) UCP2 (ENSBIXG00005027927) UCP3 (ENSBIXG00005027973) ENSBIXG00005028004 ENSBIXG00005028014 C2CD3 (ENSBIXG00005028267) PPME1 (ENSBIXG00005028331) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 24 ENSBIXG00005025072 ENSBIXG00005006063 ATP6V1E1 (ENSBIXG00005024941) CECR2 (ENSBIXG00005024867) ENSBIXG00005024829 ADA2 (ENSBIXG00005007396) TMEM121B (ENSBIXG00005024700) IL17RA (ENSBIXG00005024680) CACNA1C (ENSBIXG00005024628) ENSBIXG00005024535 DCP1B (ENSBIXG00005024521) CACNA2D4 (ENSBIXG00005024482) LRTM2 (ENSBIXG00005024352) ENSBIXG00005024319 ADIPOR2 (ENSBIXG00005024199) ENSBIXG00005024187 ##22 WNT5B (ENSBIXG00005007578) FBXL14 (ENSBIXG00005024113) ERC1 (ENSBIXG00005024018) RAD52 (ENSBIXG00005004045) WNK1 (ENSBIXG00005023577) ENSBIXG00005023356 ENSBIXG00005023336 B4GALNT3 (ENSBIXG00005023310) CCDC77 (ENSBIXG00005023238) KDM5A (ENSBIXG00005007075) ENSBIXG00005023047 SLC6A12 (ENSBIXG00005022979) IQSEC3 (ENSBIXG00005022803) ENSBIXG00005003892 ENSBIXG00005022719 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 24 ENSBIXG00005009302 MLC1 (ENSBIXG00005006195) ENSBIXG00005009321 ENSBIXG00005000483 MOV10L1 (ENSBIXG00005009370) PANX2 (ENSBIXG00005009391) TRABD (ENSBIXG00005009416) SELENOO (ENSBIXG00005009462) TUBGCP6 (ENSBIXG00005009520) HDAC10 (ENSBIXG00005009606) MAPK12 (ENSBIXG00005009635) MAPK11 (ENSBIXG00005009677) PLXNB2 (ENSBIXG00005000556) DENND6B (ENSBIXG00005009775) PPP6R2 (ENSBIXG00005006198) ENSBIXG00005006770 ##22 SBF1 (ENSBIXG00005005580) ADM2 (ENSBIXG00005009961) MIOX (ENSBIXG00005009982) LMF2 (ENSBIXG00005000757) NCAPH2 (ENSBIXG00005007423) ENSBIXG00005010136 ENSBIXG00005010154 CPT1B (ENSBIXG00005000825) CHKB (ENSBIXG00005010302) MAPK8IP2 (ENSBIXG00005010330) ARSA (ENSBIXG00005000857) SHANK3 (ENSBIXG00005010413) ENSBIXG00005010433 ENSBIXG00005000736 ENSBIXG00005010516 Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.a.a.a.a.b.a.a.a ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.a.a.a.a.b.a.a.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 26 ENSBGRG00000001975 RPS6 (ENSBGRG00000001942) DENND4C (ENSBGRG00000001896) PLIN2 (ENSBGRG00000001854) ENSBGRG00000001843 HAUS6 (ENSBGRG00000001813) ENSBGRG00000001802 SAXO1 (ENSBGRG00000001788) ADAMTSL1 (ENSBGRG00000001481) SH3GL2 (ENSBGRG00000001359) CNTLN (ENSBGRG00000001209) ENSBGRG00000001180 ENSBGRG00000001168 ENSBGRG00000001156 BNC2 (ENSBGRG00000001132) ENSBGRG00000001114 ##22 CCDC171 (ENSBGRG00000001014) PSIP1 (ENSBGRG00000000925) SNAPC3 (ENSBGRG00000000894) TTC39B (ENSBGRG00000000855) ENSBGRG00000000840 FREM1 (ENSBGRG00000000792) CER1 (ENSBGRG00000000761) ZDHHC21 (ENSBGRG00000000701) NFIB (ENSBGRG00000000469) ENSBGRG00000000367 ##22 ENSBGRG00000009063 ENSBGRG00000009027 MPDZ (ENSBGRG00000008603) LURAP1L (ENSBGRG00000008550) TYRP1 (ENSBGRG00000008419) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.a.a.a.a.b.a.a.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 5 SLC30A8 (ENSBIXG00005005646) AARD (ENSBIXG00005016474) RAD21 (ENSBIXG00005016455) UTP23 (ENSBIXG00005016393) EIF3H (ENSBIXG00005016338) ENSBIXG00005007509 ENSBIXG00005016230 TRPS1 (ENSBIXG00005016207) ENSBIXG00005016148 CSMD3 (ENSBIXG00005000145) KCNV1 (ENSBIXG00005015543) ENSBIXG00005002307 SYBU (ENSBIXG00005002301) EBAG9 (ENSBIXG00005015432) PKHD1L1 (ENSBIXG00005015375) ENSBIXG00005015352 ##22 ENY2 (ENSBIXG00005015347) NUDCD1 (ENSBIXG00005015298) TRHR (ENSBIXG00005015179) TMEM74 (ENSBIXG00005006556) EMC2 (ENSBIXG00005005978) ENSBIXG00005002217 EIF3E (ENSBIXG00005015072) RSPO2 (ENSBIXG00005015022) ENSBIXG00005014968 ANGPT1 (ENSBIXG00005014927) ABRA (ENSBIXG00005014885) OXR1 (ENSBIXG00005002092) ENSBIXG00005014386 ZFPM2 (ENSBIXG00005014352) LRP12 (ENSBIXG00005014251) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.a.a.a.a.b.a.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.a.a.a.a.b.a.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 21 ENSBGRG00000021244 PRCP (ENSBGRG00000021268) DDIAS (ENSBGRG00000021411) ENSBGRG00000021452 RAB30 (ENSBGRG00000021476) ENSBGRG00000021553 ENSBGRG00000021646 PCF11 (ENSBGRG00000021669) ENSBGRG00000021705 ANKRD42 (ENSBGRG00000021750) CCDC90B (ENSBGRG00000022070) DLG2 (ENSBGRG00000022447) ENSBGRG00000023913 ENSBGRG00000023931 ##22 ENSBGRG00000023962 ENSBGRG00000023993 ##22 ENSBGRG00000024005 ENSBGRG00000024013 TMEM126B (ENSBGRG00000024037) ENSBGRG00000024097 CREBZF (ENSBGRG00000024210) CCDC89 (ENSBGRG00000024223) ENSBGRG00000024253 CCDC83 (ENSBGRG00000024540) PICALM (ENSBGRG00000024679) EED (ENSBGRG00000025126) HIKESHI (ENSBGRG00000025330) CCDC81 (ENSBGRG00000025357) ME3 (ENSBGRG00000025466) ENSBGRG00000025555 ENSBGRG00000025562 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.a.a.a.a.b.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.a.a.a.a.b.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 1 JMY (ENSBIXG00005009181) BHMT (ENSBIXG00005009216) BHMT2 (ENSBIXG00005009277) DMGDH (ENSBIXG00005009320) ENSBIXG00005009344 ##22 ARSB (ENSBIXG00005009357) SCAMP1 (ENSBIXG00005009438) ENSBIXG00005009460 AP3B1 (ENSBIXG00005009658) ENSBIXG00005009736 TBCA (ENSBIXG00005000599) OTP (ENSBIXG00005009799) WDR41 (ENSBIXG00005009893) ENSBIXG00005000677 PDE8B (ENSBIXG00005010189) ENSBIXG00005010267 ##22 AGGF1 (ENSBIXG00005010286) CRHBP (ENSBIXG00005000840) S100Z (ENSBIXG00005010347) F2R (ENSBIXG00005000862) F2RL2 (ENSBIXG00005010387) IQGAP2 (ENSBIXG00005010623) ENSBIXG00005007521 SV2C (ENSBIXG00005010694) POC5 (ENSBIXG00005010780) POLK (ENSBIXG00005011147) CERT1 (ENSBIXG00005011247) HMGCR (ENSBIXG00005011318) ANKRD31 (ENSBIXG00005011423) GCNT4 (ENSBIXG00005011458) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.a.a.a.a.b.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 2 BHMT (ENSBGRG00000005578) ENSBGRG00000005598 DMGDH (ENSBGRG00000005663) ARSB (ENSBGRG00000005773) ENSBGRG00000005848 ##22 LHFPL2 (ENSBGRG00000005875) SCAMP1 (ENSBGRG00000005900) AP3B1 (ENSBGRG00000006021) ENSBGRG00000006222 TBCA (ENSBGRG00000006236) OTP (ENSBGRG00000006298) WDR41 (ENSBGRG00000006363) PDE8B (ENSBGRG00000006555) ZBED3 (ENSBGRG00000007380) AGGF1 (ENSBGRG00000007412) ENSBGRG00000007739 ##22 S100Z (ENSBGRG00000007761) ENSBGRG00000007803 F2RL1 (ENSBGRG00000007822) F2R (ENSBGRG00000007892) IQGAP2 (ENSBGRG00000007931) F2RL2 (ENSBGRG00000008567) ENSBGRG00000008593 SV2C (ENSBGRG00000008621) POC5 (ENSBGRG00000008737) POLK (ENSBGRG00000009306) CERT1 (ENSBGRG00000009779) HMGCR (ENSBGRG00000010597) ANKRD31 (ENSBGRG00000010828) ENSBGRG00000011228 GCNT4 (ENSBGRG00000011247) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.a.a.a.a.b.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.a.a.a.a.b.b ##22 Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 7 ENSBIXG00005000864 ENSBIXG00005010103 ENSBIXG00005006987 ENSBIXG00005009912 ENSBIXG00005007254 ENSBIXG00005009342 ENSBIXG00005008982 CFAP107 (ENSBIXG00005008930) AADACL3 (ENSBIXG00005008924) ENSBIXG00005008899 ANKRD45 (ENSBIXG00005008801) TEX50 (ENSBIXG00005008775) KLHL20 (ENSBIXG00005008757) ENSBIXG00005008720 CENPL (ENSBIXG00005008715) ENSBIXG00005008696 ##22 DARS2 (ENSBIXG00005008677) ZBTB37 (ENSBIXG00005008598) SERPINC1 (ENSBIXG00005008583) RC3H1 (ENSBIXG00005008560) RABGAP1L (ENSBIXG00005000199) ENSBIXG00005008402 ENSBIXG00005008391 CACYBP (ENSBIXG00005008338) ENSBIXG00005005899 TNN (ENSBIXG00005008259) KIAA0040 (ENSBIXG00005000118) ENSBIXG00005008100 TNR (ENSBIXG00005008077) COP1 (ENSBIXG00005007999) ENSBIXG00005007891 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 315 ENSBIXG00005018926 ENSBIXG00005018937 TMEM47 (ENSBIXG00005018952) ENSBIXG00005018989 ENSBIXG00005019027 ENSBIXG00005019042 ENSBIXG00005002651 ENSBIXG00005019048 ENSBIXG00005019085 ENSBIXG00005019107 ENSBIXG00005003127 ENSBIXG00005019179 ENSBIXG00005019196 ENSBIXG00005006877 DMD (ENSBIXG00005003469) ENSBIXG00005007351 ##22 TAB3 (ENSBIXG00005021056) ENSBIXG00005005994 TASL (ENSBIXG00005003597) NR0B1 (ENSBIXG00005021373) ENSBIXG00005021391 ENSBIXG00005021432 ENSBIXG00005021458 ENSBIXG00005021472 ENSBIXG00005007731 ENSBIXG00005021500 ENSBIXG00005021506 ENSBIXG00005021534 ENSBIXG00005021542 ENSBIXG00005005544 ENSBIXG00005021564 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.a.a.a.a.b.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 24 C12orf29 (ENSBGRG00000002910) C12orf50 (ENSBGRG00000002942) ENSBGRG00000003004 MGAT4C (ENSBGRG00000003047) NTS (ENSBGRG00000003064) RASSF9 (ENSBGRG00000003076) ALX1 (ENSBGRG00000003084) LRRIQ1 (ENSBGRG00000003099) TSPAN19 (ENSBGRG00000003112) SLC6A15 (ENSBGRG00000003135) ENSBGRG00000003156 ENSBGRG00000003173 TMTC2 (ENSBGRG00000003210) ENSBGRG00000003272 METTL25 (ENSBGRG00000003283) ENSBGRG00000003305 ##22 CCDC59 (ENSBGRG00000003316) PPFIA2 (ENSBGRG00000003359) ENSBGRG00000003592 ENSBGRG00000003602 ACSS3 (ENSBGRG00000003619) ENSBGRG00000003689 LIN7A (ENSBGRG00000003708) ENSBGRG00000003736 MYF5 (ENSBGRG00000003759) MYF6 (ENSBGRG00000003786) PTPRQ (ENSBGRG00000003831) ENSBGRG00000005290 OTOGL (ENSBGRG00000005461) PPP1R12A (ENSBGRG00000006560) ENSBGRG00000007448 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.a.a.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.a.a.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 23 MAGI2 (ENSBIXG00005025017) PHTF2 (ENSBIXG00005025460) TMEM60 (ENSBIXG00005025518) ENSBIXG00005004345 RSBN1L (ENSBIXG00005025565) ENSBIXG00005025590 PTPN12 (ENSBIXG00005025692) ENSBIXG00005006182 GSAP (ENSBIXG00005025990) FGL2 (ENSBIXG00005006497) CCDC146 (ENSBIXG00005026055) FAM185A (ENSBIXG00005026127) LRRC17 (ENSBIXG00005026151) FBXL13 (ENSBIXG00005026772) ARMC10 (ENSBIXG00005026888) ENSBIXG00005026895 ##22 NAPEPLD (ENSBIXG00005026931) PMPCB (ENSBIXG00005004619) ENSBIXG00005004629 PSMC2 (ENSBIXG00005004648) SLC26A5 (ENSBIXG00005027148) RELN (ENSBIXG00005027287) ORC5 (ENSBIXG00005027399) LHFPL3 (ENSBIXG00005027431) KMT2E (ENSBIXG00005004729) ENSBIXG00005027552 ENSBIXG00005027570 SRPK2 (ENSBIXG00005006954) PUS7 (ENSBIXG00005027888) RINT1 (ENSBIXG00005027909) EFCAB10 (ENSBIXG00005027994) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES ENSBIXG00005000461 SNX4 (ENSBIXG00005009284) OSBPL11 (ENSBIXG00005000438) ENSBIXG00005009236 ENSBIXG00005009227 LMLN (ENSBIXG00005009194) IQCG (ENSBIXG00005009058) LRCH3 (ENSBIXG00005008984) FYTTD1 (ENSBIXG00005008813) RUBCN (ENSBIXG00005000262) ENSBIXG00005008716 ENSBIXG00005001552 TNK2 (ENSBIXG00005005258) ENSBIXG00005001750 TFRC (ENSBIXG00005001801) ENSBIXG00005005170 ##22 SLC51A (ENSBIXG00005029116) PCYT1A (ENSBIXG00005029100) ENSBIXG00005001961 ENSBIXG00005029076 TM4SF19 (ENSBIXG00005001994) UBXN7 (ENSBIXG00005002013) RNF168 (ENSBIXG00005002067) ENSBIXG00005005099 SMCO1 (ENSBIXG00005002095) WDR53 (ENSBIXG00005002120) FBXO45 (ENSBIXG00005028962) NRROS (ENSBIXG00005005082) CEP19 (ENSBIXG00005002172) PIGX (ENSBIXG00005005074) ENSBIXG00005028898 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 12 MAP1B (ENSBIXG00005002826) CARTPT (ENSBIXG00005017384) MCCC2 (ENSBIXG00005017367) ENSBIXG00005007756 ENSBIXG00005017284 ENSBIXG00005017244 NAIP (ENSBIXG00005002770) ENSBIXG00005016916 OCLN (ENSBIXG00005002723) MARVELD2 (ENSBIXG00005016799) RAD17 (ENSBIXG00005002681) AK6 (ENSBIXG00005015773) TAF9 (ENSBIXG00005015644) CCDC125 (ENSBIXG00005015605) CDK7 (ENSBIXG00005015531) ENSBIXG00005007021 ##22 ENSBIXG00005002296 ENSBIXG00005007280 CENPH (ENSBIXG00005015456) ENSBIXG00005015430 SLC30A5 (ENSBIXG00005015407) ENSBIXG00005006232 ##22 ENSBIXG00005015356 PIK3R1 (ENSBIXG00005015321) ENSBIXG00005007018 CD180 (ENSBIXG00005015201) MAST4 (ENSBIXG00005002227) SREK1 (ENSBIXG00005014913) ERBIN (ENSBIXG00005014855) NLN (ENSBIXG00005014653) SGTB (ENSBIXG00005014614) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 17 METTL22 (ENSBIXG00005005382) ABAT (ENSBIXG00005011764) TMEM186 (ENSBIXG00005011798) ENSBIXG00005007433 ENSBIXG00005001180 CARHSP1 (ENSBIXG00005011930) LITAFD (ENSBIXG00005001210) USP7 (ENSBIXG00005012015) HAPSTR1 (ENSBIXG00005012043) GRIN2A (ENSBIXG00005012130) ATF7IP2 (ENSBIXG00005012186) ENSBIXG00005012213 TEKT5 (ENSBIXG00005012244) NUBP1 (ENSBIXG00005005826) TVP23A (ENSBIXG00005012307) ENSBIXG00005000385 ##22 CIITA (ENSBIXG00005001323) ENSBIXG00005001331 CLEC16A (ENSBIXG00005012444) SOCS1 (ENSBIXG00005012476) TNP2 (ENSBIXG00005012484) ENSBIXG00005012497 RMI2 (ENSBIXG00005001361) ENSBIXG00005000330 LITAF (ENSBIXG00005005921) SNN (ENSBIXG00005012719) TXNDC11 (ENSBIXG00005012749) ZC3H7A (ENSBIXG00005012778) ENSBIXG00005001422 RSL1D1 (ENSBIXG00005001424) GSPT1 (ENSBIXG00005012871) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.a.a.a.b ##22 Domestic yak DUPLICATION Domestic yak DUPLICATION Domestic yak DUPLICATION Domestic yak MODERN SPECIES 19 CHCHD1 (ENSBGRG00000012311) FUT11 (ENSBGRG00000012236) ENSBGRG00000012166 MYOZ1 (ENSBGRG00000011696) ENSBGRG00000011663 USP54 (ENSBGRG00000011549) PPP3CB (ENSBGRG00000025441) MSS51 (ENSBGRG00000025410) ANXA7 (ENSBGRG00000025380) CFAP70 (ENSBGRG00000025248) MRPS16 (ENSBGRG00000025215) ENSBGRG00000025183 FAM149B1 (ENSBGRG00000025161) ECD (ENSBGRG00000025119) NUDT13 (ENSBGRG00000025037) ENSBGRG00000025024 ##22 P4HA1 (ENSBGRG00000024718) PLA2G12B (ENSBGRG00000024668) ENSBGRG00000024659 OIT3 (ENSBGRG00000024570) MCU (ENSBGRG00000024480) ENSBGRG00000024467 MICU1 (ENSBGRG00000024401) DNAJB12 (ENSBGRG00000024232) DDIT4 (ENSBGRG00000024200) ANAPC16 (ENSBGRG00000024176) ENSBGRG00000024162 ASCC1 (ENSBGRG00000024052) SPOCK2 (ENSBGRG00000024001) ENSBGRG00000023984 ENSBGRG00000023970 Domestic yak MODERN SPECIES 17 CALHM3 (ENSBGRG00000009815) NEURL1 (ENSBGRG00000009848) SH3PXD2A (ENSBGRG00000009950) STN1 (ENSBGRG00000010099) SLK (ENSBGRG00000010186) COL17A1 (ENSBGRG00000010903) SFR1 (ENSBGRG00000012483) ENSBGRG00000012536 ENSBGRG00000012602 GSTO1 (ENSBGRG00000012710) ENSBGRG00000012997 GSTO2 (ENSBGRG00000013033) ITPRIP (ENSBGRG00000013250) CFAP58 (ENSBGRG00000013270) SORCS3 (ENSBGRG00000013420) ENSBGRG00000013977 ##22 ENSBGRG00000013999 SORCS1 (ENSBGRG00000014101) ENSBGRG00000015687 XPNPEP1 (ENSBGRG00000015759) ADD3 (ENSBGRG00000016471) MXI1 (ENSBGRG00000016936) SMNDC1 (ENSBGRG00000017071) DUSP5 (ENSBGRG00000017142) SMC3 (ENSBGRG00000017257) RBM20 (ENSBGRG00000017710) PDCD4 (ENSBGRG00000017884) BBIP1 (ENSBGRG00000018031) SHOC2 (ENSBGRG00000018098) ADRA2A (ENSBGRG00000018331) ENSBGRG00000018344 Domestic yak DUPLICATION Domestic yak MODERN SPECIES 1 BACH2 (ENSBGRG00000026244) MAP3K7 (ENSBGRG00000026265) ENSBGRG00000026330 ENSBGRG00000026331 EPHA7 (ENSBGRG00000026337) ENSBGRG00000026363 ENSBGRG00000026378 MANEA (ENSBGRG00000026383) ENSBGRG00000026392 UFL1 (ENSBGRG00000026399) FHL5 (ENSBGRG00000026411) GPR63 (ENSBGRG00000026414) NDUFAF4 (ENSBGRG00000026419) KLHL32 (ENSBGRG00000026432) MMS22L (ENSBGRG00000026462) ENSBGRG00000026495 ##22 POU3F2 (ENSBGRG00000026502) FBXL4 (ENSBGRG00000026508) FAXC (ENSBGRG00000026514) COQ3 (ENSBGRG00000026518) PNISR (ENSBGRG00000026524) USP45 (ENSBGRG00000026528) TSTD3 (ENSBGRG00000026535) ENSBGRG00000026554 ENSBGRG00000026578 PRDM13 (ENSBGRG00000026581) ENSBGRG00000003580 ENSBGRG00000003594 ENSBGRG00000003604 ENSBGRG00000003627 SIM1 (ENSBGRG00000003658) Domestic yak MODERN SPECIES CCDC54 (ENSBGRG00000005046) BBX (ENSBGRG00000005097) ENSBGRG00000005417 ENSBGRG00000005428 ##22 CD47 (ENSBGRG00000005454) ENSBGRG00000005662 IFT57 (ENSBGRG00000005675) HHLA2 (ENSBGRG00000005737) ENSBGRG00000005778 CIP2A (ENSBGRG00000005873) DZIP3 (ENSBGRG00000006159) ENSBGRG00000006301 ENSBGRG00000006345 ENSBGRG00000006452 MORC1 (ENSBGRG00000006492) ENSBGRG00000006811 ##22 C3orf85 (ENSBGRG00000006827) ENSBGRG00000006859 DPPA2 (ENSBGRG00000006867) ENSBGRG00000006977 ENSBGRG00000000156 NECTIN3 (ENSBGRG00000000168) CD96 (ENSBGRG00000000198) ZBED2 (ENSBGRG00000000207) ENSBGRG00000000214 PHLDB2 (ENSBGRG00000000255) ABHD10 (ENSBGRG00000000391) TAGLN3 (ENSBGRG00000000410) TMPRSS7 (ENSBGRG00000000450) C3orf52 (ENSBGRG00000000506) GCSAM (ENSBGRG00000000533) Domestic yak MODERN SPECIES 25 ENSBGRG00000021290 HOPX (ENSBGRG00000021582) THEGL (ENSBGRG00000021615) ARL9 (ENSBGRG00000021704) SRP72 (ENSBGRG00000021740) ENSBGRG00000022078 ENSBGRG00000022130 PPAT (ENSBGRG00000022170) ENSBGRG00000022299 AASDH (ENSBGRG00000022332) ENSBGRG00000022431 CEP135 (ENSBGRG00000022568) EXOC1 (ENSBGRG00000023083) ENSBGRG00000023272 EXOC1L (ENSBGRG00000023320) ENSBGRG00000023358 ##22 NMU (ENSBGRG00000023379) PDCL2 (ENSBGRG00000023560) ENSBGRG00000023580 CLOCK (ENSBGRG00000023603) ENSBGRG00000023674 TMEM165 (ENSBGRG00000023695) SRD5A3 (ENSBGRG00000023773) KDR (ENSBGRG00000023842) KIT (ENSBGRG00000023915) ENSBGRG00000024188 PDGFRA (ENSBGRG00000024258) GSX2 (ENSBGRG00000024694) CHIC2 (ENSBGRG00000024725) LNX1 (ENSBGRG00000024797) ENSBGRG00000024926 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.a.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.a.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 5 TMEM9 (ENSBGRG00000025018) ASCL5 (ENSBGRG00000025013) CACNA1S (ENSBGRG00000024684) KIF21B (ENSBGRG00000022375) INAVA (ENSBGRG00000022093) CAMSAP2 (ENSBGRG00000019601) DDX59 (ENSBGRG00000019271) KIF14 (ENSBGRG00000018354) ZNF281 (ENSBGRG00000018299) NR5A2 (ENSBGRG00000017904) PTPRC (ENSBGRG00000016494) ENSBGRG00000016404 ENSBGRG00000016375 ENSBGRG00000016311 ENSBGRG00000016238 ENSBGRG00000016214 ##22 NEK7 (ENSBGRG00000016159) LHX9 (ENSBGRG00000015877) C1orf53 (ENSBGRG00000015832) DENND1B (ENSBGRG00000014882) ENSBGRG00000014587 ZBTB41 (ENSBGRG00000014539) ENSBGRG00000014514 ENSBGRG00000012633 CFHR5 (ENSBGRG00000012431) F13B (ENSBGRG00000012111) ENSBGRG00000012007 ENSBGRG00000011906 ENSBGRG00000011770 ENSBGRG00000011554 ENSBGRG00000011389 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.a.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 27 CD274 (ENSBIXG00005003188) PDCD1LG2 (ENSBIXG00005019595) ENSBIXG00005019603 RIC1 (ENSBIXG00005019710) ERMP1 (ENSBIXG00005000033) ENSBIXG00005019813 ENSBIXG00005003243 MLANA (ENSBIXG00005006149) ENSBIXG00005019895 KIAA2026 (ENSBIXG00005002637) ENSBIXG00005019971 ENSBIXG00005020011 ENSBIXG00005020039 ENSBIXG00005003293 UHRF2 (ENSBIXG00005020141) ENSBIXG00005006821 ##22 GLDC (ENSBIXG00005003384) ENSBIXG00005020277 ENSBIXG00005020300 KDM4C (ENSBIXG00005020365) DMAC1 (ENSBIXG00005020420) ENSBIXG00005020457 PTPRD (ENSBIXG00005007348) ENSBIXG00005020897 ENSBIXG00005020918 ENSBIXG00005021026 TYRP1 (ENSBIXG00005021057) LURAP1L (ENSBIXG00005021080) ENSBIXG00005021107 MPDZ (ENSBIXG00005021591) ENSBIXG00005021690 Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.a.b.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.a.b.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 3 ENSBIXG00005019894 FAM124A (ENSBIXG00005019877) SERPINE3 (ENSBIXG00005003247) ENSBIXG00005019826 INTS6 (ENSBIXG00005019800) ENSBIXG00005003216 WDFY2 (ENSBIXG00005019675) ENSBIXG00005019649 ENSBIXG00005019639 CCDC70 (ENSBIXG00005019538) ATP7B (ENSBIXG00005006033) ALG11 (ENSBIXG00005019511) NEK5 (ENSBIXG00005019481) NEK3 (ENSBIXG00005019469) CKAP2 (ENSBIXG00005019413) ENSBIXG00005005860 ##22 VPS36 (ENSBIXG00005003148) THSD1 (ENSBIXG00005019305) ENSBIXG00005019256 SLC25A15 (ENSBIXG00005019242) ENSBIXG00005005441 MRPS31 (ENSBIXG00005019208) FOXO1 (ENSBIXG00005019199) ENSBIXG00005019146 COG6 (ENSBIXG00005019136) ENSBIXG00005019111 LHFPL6 (ENSBIXG00005019097) NHLRC3 (ENSBIXG00005002652) PROSER1 (ENSBIXG00005018975) STOML3 (ENSBIXG00005018930) ENSBIXG00005003074 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.a.b.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 6 TRIM13 (ENSBGRG00000017523) KCNRG (ENSBGRG00000017474) RNASEH2B (ENSBGRG00000016654) ENSBGRG00000016362 C13orf42 (ENSBGRG00000016284) FAM124A (ENSBGRG00000016177) SERPINE3 (ENSBGRG00000016113) INTS6 (ENSBGRG00000015711) WDFY2 (ENSBGRG00000015369) DHRS12 (ENSBGRG00000015161) CCDC70 (ENSBGRG00000014991) ATP7B (ENSBGRG00000014876) ALG11 (ENSBGRG00000014818) NEK5 (ENSBGRG00000014734) NEK3 (ENSBGRG00000014432) ENSBGRG00000014405 ##22 CKAP2 (ENSBGRG00000014141) VPS36 (ENSBGRG00000013742) THSD1 (ENSBGRG00000013680) ENSBGRG00000012853 SLC25A15 (ENSBGRG00000012735) MRPS31 (ENSBGRG00000012666) FOXO1 (ENSBGRG00000012579) COG6 (ENSBGRG00000012104) ENSBGRG00000011997 NHLRC3 (ENSBGRG00000011766) PROSER1 (ENSBGRG00000011547) STOML3 (ENSBGRG00000011207) ENSBGRG00000011171 FREM2 (ENSBGRG00000010780) ENSBGRG00000010709 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.a.b.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000154623.k.a.b ENSGT00940000158960 ENSGT01030000234574.A.b.a.a ENSGT00940000158511 ENSGT00940000159909 ENSGT00940000159483 ENSGT00940000161299 ENSGT00390000017730 ENSGT00520000055620.B ENSGT00390000010125 ENSGT00950000183202.a.b ENSGT00940000155706 ENSGT00980000198839 ENSGT00910000148543 ENSGT00940000158043 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.a.b.b ##22 ENSGT00940000155938 ENSGT00390000018123.a.a ENSGT00940000160934 ENSGT00530000063759.a ENSGT00440000033589.c ENSGT00950000183170.a ENSGT00940000159096 ENSGT00940000158301 ENSGT00390000012529 ENSGT00390000008576 ENSGT00940000158492 ENSGT00390000014556 ENSGT00940000159811 ENSGT00940000158682 ENSGT00940000154837.f.a.a Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 9 ENSBIXG00005015326 LPCAT2 (ENSBIXG00005015276) MMP2 (ENSBIXG00005005977) IRX6 (ENSBIXG00005002212) ENSBIXG00005015047 IRX5 (ENSBIXG00005015036) IRX3 (ENSBIXG00005002200) FTO (ENSBIXG00005002186) RPGRIP1L (ENSBIXG00005014864) AKTIP (ENSBIXG00005014732) RBL2 (ENSBIXG00005014700) CHD9 (ENSBIXG00005014635) CHD9NB (ENSBIXG00005014531) ENSBIXG00005014525 TOX3 (ENSBIXG00005014497) ENSBIXG00005014430 ##22 SALL1 (ENSBIXG00005006737) CYLD (ENSBIXG00005014346) NOD2 (ENSBIXG00005014215) SNX20 (ENSBIXG00005005704) NKD1 (ENSBIXG00005005932) BRD7 (ENSBIXG00005014141) ADCY7 (ENSBIXG00005014084) TENT4B (ENSBIXG00005007491) HEATR3 (ENSBIXG00005013925) ENSBIXG00005005400 ##22 CNEP1R1 (ENSBIXG00005001738) ZNF423 (ENSBIXG00005005395) C16orf78 (ENSBIXG00005013700) CBLN1 (ENSBIXG00005001667) N4BP1 (ENSBIXG00005013624) Cow MODERN SPECIES 9 ENSBTAG00000001851 CES1 (ENSBTAG00000011021) SLC6A2 (ENSBTAG00000003353) LPCAT2 (ENSBTAG00000019272) MMP2 (ENSBTAG00000019267) IRX6 (ENSBTAG00000016407) IRX5 (ENSBTAG00000004838) IRX3 (ENSBTAG00000012083) FTO (ENSBTAG00000012501) RPGRIP1L (ENSBTAG00000012499) AKTIP (ENSBTAG00000016250) RBL2 (ENSBTAG00000016243) CHD9 (ENSBTAG00000002287) ENSBTAG00000049705 TOX3 (ENSBTAG00000000418) ENSBTAG00000051871 ##22 SALL1 (ENSBTAG00000008544) CYLD (ENSBTAG00000006291) NOD2 (ENSBTAG00000020936) SNX20 (ENSBTAG00000003961) NKD1 (ENSBTAG00000012295) BRD7 (ENSBTAG00000021575) ADCY7 (ENSBTAG00000006208) TENT4B (ENSBTAG00000007942) HEATR3 (ENSBTAG00000016640) CNEP1R1 (ENSBTAG00000033078) ENSBTAG00000052469 ENSBTAG00000051062 ZNF423 (ENSBTAG00000017397) C18H16orf78 (ENSBTAG00000008720) CBLN1 (ENSBTAG00000015194) Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.b.a.a.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.b.a.a.a ##22 Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 28 RPS6KA2 (ENSBIXG00005013242) RNASET2 (ENSBIXG00005013120) CEP43 (ENSBIXG00005013080) CCR6 (ENSBIXG00005007110) GPR31 (ENSBIXG00005012976) ENSBIXG00005012953 TTLL2 (ENSBIXG00005001456) UNC93A (ENSBIXG00005012929) AFDN (ENSBIXG00005012820) ENSBIXG00005001388 ENSBIXG00005001381 ENSBIXG00005012456 SMOC2 (ENSBIXG00005012408) THBS2 (ENSBIXG00005006211) WDR27 (ENSBIXG00005012263) ENSBIXG00005012226 ##22 ENSBIXG00005012212 PHF10 (ENSBIXG00005001259) DYNLT2 (ENSBIXG00005012132) ERMARD (ENSBIXG00005012059) DLL1 (ENSBIXG00005011768) FAM120B (ENSBIXG00005005954) PSMB1 (ENSBIXG00005011656) ENSBIXG00005011645 PDCD2 (ENSBIXG00005001137) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 27 ERP44 (ENSBIXG00005028610) INVS (ENSBIXG00005028558) TEX10 (ENSBIXG00005028410) ENSBIXG00005007787 ENSBIXG00005004856 ENSBIXG00005004847 ENSBIXG00005028169 ENSBIXG00005028091 ENSBIXG00005028069 ENSBIXG00005004822 LPL (ENSBIXG00005028031) ENSBIXG00005027982 ##22 SLC18A1 (ENSBIXG00005027964) ATP6V1B2 (ENSBIXG00005027918) LZTS1 (ENSBIXG00005027830) ENSBIXG00005027774 ##22 ENSBIXG00005027763 ENSBIXG00005027749 ENSBIXG00005027723 ENSBIXG00005004760 GFRA2 (ENSBIXG00005027647) DOK2 (ENSBIXG00005004736) XPO7 (ENSBIXG00005027512) NPM2 (ENSBIXG00005027463) FGF17 (ENSBIXG00005027428) DMTN (ENSBIXG00005027387) FHIP2B (ENSBIXG00005004662) NUDT18 (ENSBIXG00005027121) HR (ENSBIXG00005027087) REEP4 (ENSBIXG00005027035) LGI3 (ENSBIXG00005004632) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 7 ENSBIXG00005025653 PROX1 (ENSBIXG00005004362) RPS6KC1 (ENSBIXG00005025469) ANGEL2 (ENSBIXG00005025180) VASH2 (ENSBIXG00005025071) FLVCR1 (ENSBIXG00005004258) SPATA45 (ENSBIXG00005024959) TATDN3 (ENSBIXG00005024928) NSL1 (ENSBIXG00005007082) BATF3 (ENSBIXG00005024775) GARIN4 (ENSBIXG00005024742) ATF3 (ENSBIXG00005024730) PPP2R5A (ENSBIXG00005024585) NENF (ENSBIXG00005024408) PACC1 (ENSBIXG00005004164) ENSBIXG00005024328 ##22 DTL (ENSBIXG00005024306) INTS7 (ENSBIXG00005004136) ENSBIXG00005024110 LPGAT1 (ENSBIXG00005024095) NEK2 (ENSBIXG00005004109) ENSBIXG00005023951 SLC30A1 (ENSBIXG00005023934) RD3 (ENSBIXG00005006907) TRAF5 (ENSBIXG00005023876) RCOR3 (ENSBIXG00005023789) KCNH1 (ENSBIXG00005023628) HHAT (ENSBIXG00005004016) SERTAD4 (ENSBIXG00005023354) SYT14 (ENSBIXG00005006053) UTP25 (ENSBIXG00005023119) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.b.a.a.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 26 ABITRAM (ENSBGRG00000002250) ELP1 (ENSBGRG00000002162) ACTL7A (ENSBGRG00000002145) ACTL7B (ENSBGRG00000002132) ENSBGRG00000002114 KLF4 (ENSBGRG00000002035) RAD23B (ENSBGRG00000001998) ZNF462 (ENSBGRG00000001958) ENSBGRG00000001952 TMEM38B (ENSBGRG00000001913) ENSBGRG00000001899 FKTN (ENSBGRG00000001805) ENSBGRG00000001787 FSD1L (ENSBGRG00000001636) ENSBGRG00000001591 ENSBGRG00000001583 ##22 SLC44A1 (ENSBGRG00000001497) ABCA1 (ENSBGRG00000001141) NIPSNAP3A (ENSBGRG00000001092) ENSBGRG00000001083 OR13C8 (ENSBGRG00000001076) OR13C3 (ENSBGRG00000001066) OR13C4 (ENSBGRG00000001044) ENSBGRG00000001033 ENSBGRG00000001027 SMC2 (ENSBGRG00000000950) ENSBGRG00000000912 ENSBGRG00000000901 ##22 GRIN3A (ENSBGRG00000000837) RNF20 (ENSBGRG00000000693) ENSBGRG00000000643 ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.b.a.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.b.a.a.b ##22 Domestic yak DUPLICATION Domestic yak MODERN SPECIES 11 ACVR1C (ENSBGRG00000009051) ACVR1 (ENSBGRG00000009529) UPP2 (ENSBGRG00000009647) CCDC148 (ENSBGRG00000009770) PKP4 (ENSBGRG00000010064) ENSBGRG00000010385 TANC1 (ENSBGRG00000010534) WDSUB1 (ENSBGRG00000010639) BAZ2B (ENSBGRG00000010962) ENSBGRG00000011593 MARCHF7 (ENSBGRG00000011679) CD302 (ENSBGRG00000012068) LY75 (ENSBGRG00000012245) PLA2R1 (ENSBGRG00000012680) ITGB6 (ENSBGRG00000014060) ENSBGRG00000014823 ##22 RBMS1 (ENSBGRG00000014860) ENSBGRG00000015433 ENSBGRG00000015467 TANK (ENSBGRG00000015484) ENSBGRG00000015601 PSMD14 (ENSBGRG00000015635) TBR1 (ENSBGRG00000015789) SLC4A10 (ENSBGRG00000015954) DPP4 (ENSBGRG00000016318) GCG (ENSBGRG00000016767) FAP (ENSBGRG00000016859) IFIH1 (ENSBGRG00000017350) GCA (ENSBGRG00000017546) KCNH7 (ENSBGRG00000017704) ENSBGRG00000018305 Domestic yak MODERN SPECIES 11 WDR12 (ENSBGRG00000016744) ENSBGRG00000016729 CARF (ENSBGRG00000016286) ENSBGRG00000016261 ##22 NBEAL1 (ENSBGRG00000016043) CYP20A1 (ENSBGRG00000015562) ABI2 (ENSBGRG00000014834) ENSBGRG00000012733 CD28 (ENSBGRG00000012545) CTLA4 (ENSBGRG00000012384) ENSBGRG00000012357 ICOS (ENSBGRG00000012246) ENSBGRG00000012209 PARD3B (ENSBGRG00000011721) NRP2 (ENSBGRG00000010098) ENSBGRG00000010010 ##22 INO80D (ENSBGRG00000009960) NDUFS1 (ENSBGRG00000009516) ENSBGRG00000009445 CMKLR2 (ENSBGRG00000009401) ZDBF2 (ENSBGRG00000009322) ENSBGRG00000009270 ADAM23 (ENSBGRG00000008490) FAM237A (ENSBGRG00000008425) MDH1B (ENSBGRG00000008141) FASTKD2 (ENSBGRG00000008051) CPO (ENSBGRG00000007969) ENSBGRG00000007943 KLF7 (ENSBGRG00000007842) CREB1 (ENSBGRG00000007627) METTL21A (ENSBGRG00000007457) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.b.a.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 23 ST7 (ENSBIXG00005009830) CAPZA2 (ENSBIXG00005009887) MET (ENSBIXG00005009936) CAV1 (ENSBIXG00005009977) CAV2 (ENSBIXG00005009987) ENSBIXG00005000753 TES (ENSBIXG00005010013) TFEC (ENSBIXG00005010074) MDFIC (ENSBIXG00005006771) FOXP2 (ENSBIXG00005010281) PPP1R3A (ENSBIXG00005010352) SMIM30 (ENSBIXG00005010364) GPR85 (ENSBIXG00005000762) BMT2 (ENSBIXG00005010418) TMEM168 (ENSBIXG00005005951) ENSBIXG00005000889 ##22 LSMEM1 (ENSBIXG00005000893) IFRD1 (ENSBIXG00005000897) ENSBIXG00005010570 ZNF277 (ENSBIXG00005010603) DOCK4 (ENSBIXG00005010646) ENSBIXG00005010691 LRRN3 (ENSBIXG00005010699) IMMP2L (ENSBIXG00005010758) ENSBIXG00005010797 ##22 ENSBIXG00005010817 DNAJB9 (ENSBIXG00005010838) THAP5 (ENSBIXG00005010872) GPR141 (ENSBIXG00005000602) ENSBIXG00005010903 ENSBIXG00005005812 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.b.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.b.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 4 ENSBGRG00000018697 FBXO3 (ENSBGRG00000018736) LMO2 (ENSBGRG00000019008) CAPRIN1 (ENSBGRG00000019088) NAT10 (ENSBGRG00000019234) ABTB2 (ENSBGRG00000019531) CAT (ENSBGRG00000019772) ELF5 (ENSBGRG00000019841) ENSBGRG00000020151 EHF (ENSBGRG00000020179) ENSBGRG00000020318 APIP (ENSBGRG00000020331) PDHX (ENSBGRG00000020368) CD44 (ENSBGRG00000020517) SLC1A2 (ENSBGRG00000021839) ENSBGRG00000022651 ##22 PAMR1 (ENSBGRG00000022671) FJX1 (ENSBGRG00000022999) TRIM44 (ENSBGRG00000023024) LDLRAD3 (ENSBGRG00000023131) ENSBGRG00000023199 COMMD9 (ENSBGRG00000023221) PRR5L (ENSBGRG00000023331) ENSBGRG00000023402 RAG1 (ENSBGRG00000023505) RAG2 (ENSBGRG00000023532) IFTAP (ENSBGRG00000023557) LRRC4C (ENSBGRG00000023742) ENSBGRG00000023797 API5 (ENSBGRG00000023877) TTC17 (ENSBGRG00000024330) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.b.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 23 ENSBIXG00005011767 HERPUD2 (ENSBIXG00005011739) SEPTIN7 (ENSBIXG00005011695) EEPD1 (ENSBIXG00005011451) ENSBIXG00005011405 ##22 MATCAP2 (ENSBIXG00005011356) ANLN (ENSBIXG00005011260) AOAH (ENSBIXG00005011153) ELMO1 (ENSBIXG00005010974) ENSBIXG00005005812 ENSBIXG00005010903 GPR141 (ENSBIXG00005000602) THAP5 (ENSBIXG00005010872) DNAJB9 (ENSBIXG00005010838) ENSBIXG00005010817 ENSBIXG00005010797 ##22 IMMP2L (ENSBIXG00005010758) LRRN3 (ENSBIXG00005010699) ENSBIXG00005010691 DOCK4 (ENSBIXG00005010646) ZNF277 (ENSBIXG00005010603) ENSBIXG00005010570 IFRD1 (ENSBIXG00005000897) LSMEM1 (ENSBIXG00005000893) ENSBIXG00005000889 ##22 TMEM168 (ENSBIXG00005005951) BMT2 (ENSBIXG00005010418) GPR85 (ENSBIXG00005000762) SMIM30 (ENSBIXG00005010364) PPP1R3A (ENSBIXG00005010352) FOXP2 (ENSBIXG00005010281) Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00940000157875 ENSGT00940000157542 ENSGT00940000160441 ENSGT00940000157091 ENSGT00940000157722 ENSGT00950000182838.C ENSGT00390000003488.a.a ENSGT00840000129915.j ENSGT00940000158020 ENSGT00390000000096.b.a ENSGT00390000000378.d.b.gb.c.a ENSGT00390000005488 ENSGT00940000160054 ENSGT00940000160631 ENSGT00940000158280 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.b.b.a ##22 ENSGT00550000074952 ENSGT00940000154351 ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.a.b.a ENSGT01000000214413.a ENSGT00940000157971.m.a ENSGT00940000155347.a.b ENSGT00940000154555.a.b.b.b ENSGT00940000157573 ENSGT00950000183103.c ENSGT00940000160298 ENSGT00940000155174 ENSGT00950000183105.B.b ENSGT00940000156218.a ENSGT00940000156218.b ENSGT00760000120436 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000157875 ENSGT00940000157542 ENSGT00940000160441 ENSGT00940000157091 ENSGT00940000157722 ENSGT00950000182838.C ENSGT00390000003488.a.a ENSGT00840000129915.j ENSGT00940000158020 ENSGT00390000000096.b.a ENSGT00390000000378.d.b.gb.c.a ENSGT00390000005488 ENSGT00940000160054 ENSGT00940000160631 ENSGT00940000158280 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.b.b.a ##22 ENSGT00550000074952 ENSGT00940000154351 ENSGT00940000164610 ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.a.b.a ENSGT01000000214413.a ENSGT00940000157971.m.a ENSGT00940000155347.a.b ENSGT00940000154555.a.b.b.b ENSGT00940000157573 ENSGT00950000183103.c ENSGT00940000160298 ENSGT00940000155174 ENSGT00950000183105.B.b ENSGT00940000156218.a ENSGT00950000183090.A Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 1 USP8 (ENSBIXG00005015842) USP50 (ENSBIXG00005002497) ENSBIXG00005015898 TRPM7 (ENSBIXG00005000101) SPPL2A (ENSBIXG00005002553) ENSBIXG00005002557 AP4E1 (ENSBIXG00005016092) TNFAIP8L3 (ENSBIXG00005007460) CYP19A1 (ENSBIXG00005002570) GLDN (ENSBIXG00005002586) DMXL2 (ENSBIXG00005016290) SCG3 (ENSBIXG00005016339) LYSMD2 (ENSBIXG00005016362) TMOD2 (ENSBIXG00005016409) TMOD3 (ENSBIXG00005016450) ENSBIXG00005016464 ##22 LEO1 (ENSBIXG00005016513) MAPK6 (ENSBIXG00005016559) ENSBIXG00005016586 GNB5 (ENSBIXG00005002690) MYO5C (ENSBIXG00005016698) MYO5A (ENSBIXG00005016849) ENSBIXG00005016958 ATOSA (ENSBIXG00005017066) ONECUT1 (ENSBIXG00005002781) WDR72 (ENSBIXG00005017181) UNC13C (ENSBIXG00005017235) RSL24D1 (ENSBIXG00005017326) PIGBOS1 (ENSBIXG00005017348) PIGB (ENSBIXG00005006358) CCPG1 (ENSBIXG00005017475) Cow MODERN SPECIES 1 USP50 (ENSBTAG00000011929) ENSBTAG00000052971 USP8 (ENSBTAG00000011916) TRPM7 (ENSBTAG00000031165) SPPL2A (ENSBTAG00000011831) AP4E1 (ENSBTAG00000013616) TNFAIP8L3 (ENSBTAG00000010472) CYP19A1 (ENSBTAG00000014890) GLDN (ENSBTAG00000002576) DMXL2 (ENSBTAG00000000737) ENSBTAG00000050593 SCG3 (ENSBTAG00000017677) LYSMD2 (ENSBTAG00000017683) TMOD2 (ENSBTAG00000014011) TMOD3 (ENSBTAG00000048622) ENSBTAG00000051260 ##22 LEO1 (ENSBTAG00000013830) MAPK6 (ENSBTAG00000005865) ENSBTAG00000005429 GNB5 (ENSBTAG00000003762) MYO5C (ENSBTAG00000003763) MYO5A (ENSBTAG00000006489) ARPP19 (ENSBTAG00000011022) ATOSA (ENSBTAG00000024958) ONECUT1 (ENSBTAG00000046470) WDR72 (ENSBTAG00000021876) UNC13C (ENSBTAG00000025522) RSL24D1 (ENSBTAG00000001342) RAB27A (ENSBTAG00000012408) PIGB (ENSBTAG00000012740) CCPG1 (ENSBTAG00000012741) Bos_a ANCESTRAL SPECIES 1 ENSGT00940000157875 ENSGT00940000157542 ENSGT00940000160441 ENSGT00940000157091 ENSGT00940000157722 ENSGT00950000182838.C ENSGT00390000003488.a.a ENSGT00840000129915.j ENSGT00940000158020 ENSGT00390000000096.b.a ENSGT00390000000378.d.b.gb.c.a ENSGT00390000005488 ENSGT00940000160054 ENSGT00940000160631 ENSGT00940000158280 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.b.b.a ##22 ENSGT00550000074952 ENSGT00940000154351 ENSGT01090000260003.a.b.b.a.a.a.b.a ENSGT01000000214413.a ENSGT00940000157971.n ENSGT00940000157971.m.a ENSGT00940000155347.a.b ENSGT00940000154555.a.b.b.b ENSGT00940000157573 ENSGT00950000183103.c ENSGT00940000160298 ENSGT00940000155174.fb ENSGT00950000183105.B.b ENSGT00940000156218.a ENSGT00940000156218.b Domestic yak MODERN SPECIES 2 USP8 (ENSBGRG00000011116) USP50 (ENSBGRG00000010940) ENSBGRG00000010845 TRPM7 (ENSBGRG00000010039) SPPL2A (ENSBGRG00000009830) AP4E1 (ENSBGRG00000009637) TNFAIP8L3 (ENSBGRG00000009620) ENSBGRG00000009541 GLDN (ENSBGRG00000009477) DMXL2 (ENSBGRG00000009228) SCG3 (ENSBGRG00000008958) ENSBGRG00000008931 LYSMD2 (ENSBGRG00000008885) TMOD2 (ENSBGRG00000008774) TMOD3 (ENSBGRG00000008702) ENSBGRG00000008688 ##22 LEO1 (ENSBGRG00000008280) ENSBGRG00000008218 MAPK6 (ENSBGRG00000008158) ENSBGRG00000021154 ENSBGRG00000020778 MYO5C (ENSBGRG00000020503) ENSBGRG00000020468 MYO5A (ENSBGRG00000017940) ENSBGRG00000017680 ATOSA (ENSBGRG00000017394) ONECUT1 (ENSBGRG00000017359) WDR72 (ENSBGRG00000017213) UNC13C (ENSBGRG00000016886) ENSBGRG00000016834 RSL24D1 (ENSBGRG00000016747) Bos ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00950000182824.a.a.a ENSGT00390000009583 ENSGT00390000018424 ENSGT00390000007890 ENSGT00950000182937.B.b ENSGT00940000157502 ENSGT00940000158420 ENSGT00940000154837.f.a.b ENSGT00940000159226 ENSGT00940000160401 ENSGT00940000157643 ENSGT00940000155240.A ENSGT00940000163109 ENSGT00390000012979.x ENSGT01050000244940.b ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.b.b.b ##22 ENSGT00940000161222 ENSGT00390000006913 ENSGT00940000158692 ENSGT00390000017740.a.a ENSGT00940000158113 ENSGT00390000007831 ENSGT00950000183124.B ENSGT00940000153095.g.b.b.d.a ENSGT00510000048550 ENSGT00390000004106 ENSGT00940000154429.v ENSGT00390000012080 ENSGT00730000111164 ENSGT00530000063539.b ENSGT00940000158580 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00950000182824.a.a.a ENSGT00390000009583 ENSGT00390000018424 ENSGT00390000007890 ENSGT00950000182937.B.b ENSGT00940000157502 ENSGT00940000158420 ENSGT00940000154837.f.a.b ENSGT00940000159226 ENSGT00940000160401 ENSGT00940000157643 ENSGT00940000155240.A ENSGT00940000163109 ENSGT00390000012979.w ENSGT01050000244940.b ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.b.b.b ##22 ENSGT00940000161222 ENSGT00390000006913 ENSGT00940000158692 ENSGT00390000017740.a.a ENSGT00940000158113 ENSGT00390000007831 ENSGT00950000183124.B ENSGT00940000153095.g.b.b.d.a ENSGT00510000048550 ENSGT00390000004106 ENSGT00940000154429.v ENSGT00390000012080 ENSGT00730000111164 ENSGT00530000063539.b.mb ENSGT00940000158580 Cow MODERN SPECIES 24 SRGAP1 (ENSBTAG00000011892) KICS2 (ENSBTAG00000013486) C5H12orf56 (ENSBTAG00000018861) XPOT (ENSBTAG00000026962) TBK1 (ENSBTAG00000017401) RASSF3 (ENSBTAG00000051013) GNS (ENSBTAG00000017465) ENSBTAG00000000237 TBC1D30 (ENSBTAG00000011352) WIF1 (ENSBTAG00000014758) LEMD3 (ENSBTAG00000039435) MSRB3 (ENSBTAG00000044017) HMGA2 (ENSBTAG00000044118) LLPH (ENSBTAG00000002004) TMBIM4 (ENSBTAG00000026993) ENSBTAG00000052954 ##22 IRAK3 (ENSBTAG00000007636) ENSBTAG00000053419 HELB (ENSBTAG00000020806) GRIP1 (ENSBTAG00000033726) CAND1 (ENSBTAG00000009939) DYRK2 (ENSBTAG00000007256) IFNG (ENSBTAG00000012529) IL26 (ENSBTAG00000052655) ENSBTAG00000015395 IL22 (ENSBTAG00000015407) MDM1 (ENSBTAG00000019738) RAP1B (ENSBTAG00000008967) NUP107 (ENSBTAG00000006911) SLC35E3 (ENSBTAG00000031919) ENSBTAG00000051975 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 24 C12orf56 (ENSBIXG00005009823) ENSBIXG00005000612 TBK1 (ENSBIXG00005009791) RASSF3 (ENSBIXG00005000572) GNS (ENSBIXG00005009700) TBC1D30 (ENSBIXG00005000493) ENSBIXG00005009340 ENSBIXG00005009335 WIF1 (ENSBIXG00005006309) LEMD3 (ENSBIXG00005005365) ENSBIXG00005000443 HMGA2 (ENSBIXG00005009212) LLPH (ENSBIXG00005009186) TMBIM4 (ENSBIXG00005000408) ENSBIXG00005009112 ENSBIXG00005009091 ##22 IRAK3 (ENSBIXG00005000380) ENSBIXG00005009040 HELB (ENSBIXG00005009036) GRIP1 (ENSBIXG00005008977) ENSBIXG00005008879 CAND1 (ENSBIXG00005008828) DYRK2 (ENSBIXG00005008767) IFNG (ENSBIXG00005000256) IL26 (ENSBIXG00005008719) ENSBIXG00005008703 IL22 (ENSBIXG00005008694) MDM1 (ENSBIXG00005005356) ENSBIXG00005008561 NUP107 (ENSBIXG00005008410) MDM2 (ENSBIXG00005000171) Bos_a ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00950000182824.a.a.a ENSGT00390000009583 ENSGT00390000018424 ENSGT00390000007890 ENSGT00950000182937.B.b ENSGT00940000157502 ENSGT00940000158420 ENSGT00940000154837.f.a.b ENSGT00940000159226 ENSGT00940000160401 ENSGT00940000157643 ENSGT00940000155240.A ENSGT00940000163109 ENSGT00390000012979.x ENSGT01050000244940.b ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.a.b.b.b.b.b ##22 ENSGT00940000161222 ENSGT00390000006913 ENSGT00950000185293 ENSGT00940000158692 ENSGT00390000017740.a.a ENSGT00940000158113 ENSGT00390000007831 ENSGT00950000183124.B ENSGT00510000048550 ENSGT00390000004106 ENSGT00940000154429.v ENSGT00390000012080 ENSGT00730000111164 ENSGT00530000063539.b ENSGT00940000158580 Domestic yak MODERN SPECIES 24 XPOT (ENSBGRG00000016168) C12orf56 (ENSBGRG00000016255) TBK1 (ENSBGRG00000016670) RASSF3 (ENSBGRG00000016976) GNS (ENSBGRG00000017029) TBC1D30 (ENSBGRG00000017676) ENSBGRG00000017916 WIF1 (ENSBGRG00000017933) LEMD3 (ENSBGRG00000018023) ENSBGRG00000018174 ENSBGRG00000018295 ENSBGRG00000018311 HMGA2 (ENSBGRG00000018376) LLPH (ENSBGRG00000018482) TMBIM4 (ENSBGRG00000018533) ENSBGRG00000018872 ##22 IRAK3 (ENSBGRG00000018895) ENSBGRG00000019078 HELB (ENSBGRG00000019099) ENSBGRG00000019195 GRIP1 (ENSBGRG00000019259) ENSBGRG00000020011 ENSBGRG00000020063 CAND1 (ENSBGRG00000020115) DYRK2 (ENSBGRG00000020516) ENSBGRG00000020554 ENSBGRG00000020561 IFNG (ENSBGRG00000020571) IL26 (ENSBGRG00000020605) IL22 (ENSBGRG00000020656) MDM1 (ENSBGRG00000020724) Pecora ANCESTRAL SPECIES 18 ENSGT00510000048902.b ENSGT00390000015368.a.b ENSGT00940000156682 ENSGT00940000159268 ENSGT00530000063847.a ENSGT00940000157771 ENSGT00940000156205 ENSGT00940000160583 ENSGT00940000158773 ENSGT01030000234515.a.b.a.b ENSGT00390000001790 ENSGT00940000158068 ENSGT00900000143686 ENSGT00940000158815 ENSGT00940000160363 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.b ##22 ENSGT01100000263481.n.a.b.b ENSGT01050000244857.C.a.a ENSGT00390000015688 ENSGT00940000155607 ENSGT00940000156234.f ENSGT00940000154713.A ENSGT00940000157895 ENSGT00940000155050 ENSGT00940000164524 ENSGT00940000158222 ENSGT00390000009320 ENSGT00940000163084 ENSGT00940000163006 ENSGT00950000183077.a.a.a.b Percora_a ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00510000048902.b ENSGT00390000015368.a.b ENSGT00940000156682 ENSGT00940000159268 ENSGT00530000063847.a ENSGT00940000157771 ENSGT00940000156205 ENSGT00940000160583 ENSGT00940000158773 ENSGT01030000234515.a.b.a.b ENSGT00390000001790 ENSGT00940000158068 ENSGT00900000143686 ENSGT00940000158815 ENSGT00940000160363 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.b ##22 ENSGT01100000263481.n.a.b.b ENSGT01050000244857.C.a.a ENSGT00390000015688 ENSGT00940000155607 ENSGT00940000156234.f ENSGT00940000154713.A ENSGT00940000157895 ENSGT00940000155050 ENSGT00940000164524 ENSGT00940000158222 ENSGT00390000009320 ENSGT00940000163084 ENSGT00940000163006 ENSGT00950000183077.a.a.a.b Bovidae ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00510000048902.b ENSGT00390000015368.a.b ENSGT00940000156682 ENSGT00940000159268 ENSGT00530000063847.a ENSGT00940000157771 ENSGT00940000156205 ENSGT00940000160583 ENSGT00940000158773 ENSGT01030000234515.a.b.a.b ENSGT00390000001790 ENSGT00940000158068 ENSGT00900000143686 ENSGT00940000158815 ENSGT00940000160363 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.b ##22 ENSGT01100000263481.n.a.b.b ENSGT01050000244857.C.a.a ENSGT00390000015688 ENSGT00940000155607 ENSGT00940000156234.f ENSGT00940000154713.A ENSGT00940000157895 ENSGT00940000155050 ENSGT00940000164524 ENSGT00940000158222 ENSGT00390000009320.y ENSGT00940000163084 ENSGT00940000163006 ENSGT00950000183077.a.a.a.b Bovinae ANCESTRAL SPECIES 13 ENSGT00390000002172.B ENSGT00390000013370 ENSGT00390000004147 ENSGT00530000063474.B.e.a ENSGT00940000154575.a ENSGT00940000158903 ENSGT00390000007848.b ENSGT00940000159285 ENSGT00390000015354.d ENSGT00940000154717 ENSGT00390000012719.b ENSGT00390000018674 ENSGT00940000161828 ENSGT01020000230351.D.b ENSGT01020000230351.D.a.a.b.l ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.b ##22 ENSGT01100000263481.n.a.b.b ENSGT01020000230351.D.a.a.b.k.b ENSGT00390000000999 ENSGT00940000159986 ENSGT00920000150750 ENSGT00950000182950.D ENSGT00390000018018.ab ENSGT00950000183172.A.m ENSGT00940000154512.b ENSGT00390000012669 ENSGT00390000005767.b ENSGT00390000011937 ENSGT00570000079101.a.b ENSGT00940000159403 ENSGT00940000153472.a.a.i.a Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.b.a.a.a ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.b.a.a.a ##22 Domestic yak DUPLICATION Domestic yak MODERN SPECIES 27 ENSBGRG00000005770 FGF22 (ENSBGRG00000005736) POLRMT (ENSBGRG00000005610) HCN2 (ENSBGRG00000005550) ENSBGRG00000005465 GZMM (ENSBGRG00000005422) CDC34 (ENSBGRG00000005366) TPGS1 (ENSBGRG00000005338) ENSBGRG00000005307 ODF3L2 (ENSBGRG00000005262) ENSBGRG00000005168 C2CD4C (ENSBGRG00000005154) THEG (ENSBGRG00000005106) MIER2 (ENSBGRG00000004964) PLPP2 (ENSBGRG00000004872) ENSBGRG00000004849 ##22 ENSBGRG00000004835 ENSBGRG00000004822 PGBD2 (ENSBGRG00000004785) ENSBGRG00000004763 ZNF692 (ENSBGRG00000004523) ENSBGRG00000004486 SH3BP5L (ENSBGRG00000004447) LYPD8 (ENSBGRG00000004410) ENSBGRG00000004389 ENSBGRG00000004353 ENSBGRG00000004338 ENSBGRG00000004320 ENSBGRG00000004291 ENSBGRG00000004269 ENSBGRG00000004256 Domestic yak MODERN SPECIES 9 ZFPM2 (ENSBGRG00000006238) LRP12 (ENSBGRG00000006367) DPYS (ENSBGRG00000006417) DCSTAMP (ENSBGRG00000006525) RIMS2 (ENSBGRG00000006606) DCAF13 (ENSBGRG00000007213) SLC25A32 (ENSBGRG00000007419) ENSBGRG00000007570 ENSBGRG00000007590 ENSBGRG00000007639 FZD6 (ENSBGRG00000007688) BAALC (ENSBGRG00000007758) ATP6V1C1 (ENSBGRG00000007817) ENSBGRG00000007948 ##22 ENSBGRG00000007976 ENSBGRG00000007984 ##22 AZIN1 (ENSBGRG00000008010) KLF10 (ENSBGRG00000008094) ENSBGRG00000008125 ODF1 (ENSBGRG00000008140) UBR5 (ENSBGRG00000008227) RRM2B (ENSBGRG00000009124) NCALD (ENSBGRG00000009429) GRHL2 (ENSBGRG00000009497) ZNF706 (ENSBGRG00000009675) YWHAZ (ENSBGRG00000009704) PABPC1 (ENSBGRG00000009759) SNX31 (ENSBGRG00000009869) ENSBGRG00000009947 ANKRD46 (ENSBGRG00000009988) RNF19A (ENSBGRG00000010272) Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.b.a.a.b.a.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.b.a.a.b.a.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 16 SLC14A1 (ENSBIXG00005001781) SIGLEC15 (ENSBIXG00005029135) EPG5 (ENSBIXG00005005178) PSTPIP2 (ENSBIXG00005029098) ATP5F1A (ENSBIXG00005002010) ENSBIXG00005005126 C18orf25 (ENSBIXG00005002109) RNF165 (ENSBIXG00005002180) ENSBIXG00005005062 LOXHD1 (ENSBIXG00005028849) ST8SIA5 (ENSBIXG00005028065) PIAS2 (ENSBIXG00005027955) ENSBIXG00005006537 KATNAL2 (ENSBIXG00005004778) HDHD2 (ENSBIXG00005027742) ENSBIXG00005027700 ##22 IER3IP1 (ENSBIXG00005027693) SKOR2 (ENSBIXG00005004756) SMAD2 (ENSBIXG00005027591) ZBTB7C (ENSBIXG00005027504) CTIF (ENSBIXG00005007777) SMAD7 (ENSBIXG00005004711) DYM (ENSBIXG00005027220) ENSBIXG00005027155 ENSBIXG00005007771 LIPG (ENSBIXG00005004622) ACAA2 (ENSBIXG00005026872) MYO5B (ENSBIXG00005026770) ENSBIXG00005026615 CXXC1 (ENSBIXG00005026115) SKA1 (ENSBIXG00005004443) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.b.a.a.b.a.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 3 RNF114 (ENSBGRG00000003790) SNAI1 (ENSBGRG00000003859) ENSBGRG00000003892 PEDS1 (ENSBGRG00000003997) CEBPB (ENSBGRG00000004091) PTPN1 (ENSBGRG00000004126) RIPOR3 (ENSBGRG00000004295) ENSBGRG00000004869 ADNP (ENSBGRG00000005009) MOCS3 (ENSBGRG00000005144) KCNG1 (ENSBGRG00000005160) NFATC2 (ENSBGRG00000005184) ATP9A (ENSBGRG00000005270) ENSBGRG00000005594 ZFP64 (ENSBGRG00000005650) ENSBGRG00000005794 ##22 ENSBGRG00000005846 TSHZ2 (ENSBGRG00000005855) ENSBGRG00000005903 ZNF217 (ENSBGRG00000005942) ENSBGRG00000006035 ENSBGRG00000006080 CYP24A1 (ENSBGRG00000006412) ENSBGRG00000006608 DOK5 (ENSBGRG00000006644) CBLN4 (ENSBGRG00000006755) ENSBGRG00000006815 ENSBGRG00000006879 OTOR (ENSBGRG00000006895) ENSBGRG00000006934 ENSBGRG00000007002 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.b.a.a.b.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.b.a.a.b.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 3 VPS16 (ENSBGRG00000013110) PTPRA (ENSBGRG00000012527) ENSBGRG00000012443 GNRH2 (ENSBGRG00000012403) MRPS26 (ENSBGRG00000012344) ENSBGRG00000012319 ENSBGRG00000012264 AVP (ENSBGRG00000012208) FASTKD5 (ENSBGRG00000012156) UBOX5 (ENSBGRG00000012095) LZTS3 (ENSBGRG00000011995) DDRGK1 (ENSBGRG00000011866) ENSBGRG00000011840 ITPA (ENSBGRG00000011660) SLC4A11 (ENSBGRG00000011226) ENSBGRG00000011204 ##22 DNAAF9 (ENSBGRG00000010669) ATRN (ENSBGRG00000010156) GFRA4 (ENSBGRG00000010068) ADAM33 (ENSBGRG00000009336) SIGLEC1 (ENSBGRG00000009107) HSPA12B (ENSBGRG00000009010) ADISSP (ENSBGRG00000008861) SPEF1 (ENSBGRG00000008783) CDC25B (ENSBGRG00000008281) AP5S1 (ENSBGRG00000008179) MAVS (ENSBGRG00000008139) PANK2 (ENSBGRG00000008049) RNF24 (ENSBGRG00000008019) SMOX (ENSBGRG00000007857) ADRA1D (ENSBGRG00000007807) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.b.a.a.b.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.b.a.a.b.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 23 COL28A1 (ENSBGRG00000007346) RPA3 (ENSBGRG00000007219) MIOS (ENSBGRG00000007029) GLCCI1 (ENSBGRG00000006968) ICA1 (ENSBGRG00000006607) ENSBGRG00000004021 NXPH1 (ENSBGRG00000003991) ENSBGRG00000003982 ENSBGRG00000003955 ENSBGRG00000003919 ENSBGRG00000003880 PHF14 (ENSBGRG00000003530) THSD7A (ENSBGRG00000003304) ENSBGRG00000003275 TMEM106B (ENSBGRG00000003262) ENSBGRG00000003254 ##22 ENSBGRG00000003252 ENSBGRG00000003239 SCIN (ENSBGRG00000003224) ENSBGRG00000003207 ARL4A (ENSBGRG00000003203) ETV1 (ENSBGRG00000003054) DGKB (ENSBGRG00000002870) AGMO (ENSBGRG00000002772) ENSBGRG00000002738 ENSBGRG00000002730 ENSBGRG00000002723 CRPPA (ENSBGRG00000002586) SOSTDC1 (ENSBGRG00000002543) LRRC72 (ENSBGRG00000002501) ANKMY2 (ENSBGRG00000002430) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.b.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.b.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 9 ENSBGRG00000017814 IL7 (ENSBGRG00000017442) ZC2HC1A (ENSBGRG00000017225) PKIA (ENSBGRG00000017144) ENSBGRG00000017091 ENSBGRG00000017073 ENSBGRG00000017028 ENSBGRG00000016950 PEX2 (ENSBGRG00000016881) ENSBGRG00000016845 ENSBGRG00000016816 ZFHX4 (ENSBGRG00000016680) HNF4G (ENSBGRG00000016548) ENSBGRG00000016483 CRISPLD1 (ENSBGRG00000016187) ENSBGRG00000016157 ##22 PI15 (ENSBGRG00000015926) GDAP1 (ENSBGRG00000015785) JPH1 (ENSBGRG00000015605) FADS2 (ENSBGRG00000015525) LY96 (ENSBGRG00000015389) ENSBGRG00000015282 ELOC (ENSBGRG00000015189) ENSBGRG00000015172 UBE2W (ENSBGRG00000015045) STAU2 (ENSBGRG00000014445) RDH10 (ENSBGRG00000014304) ENSBGRG00000014160 C8orf89 (ENSBGRG00000014079) SBSPON (ENSBGRG00000014028) TERF1 (ENSBGRG00000013857) Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES 204 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.b.b.a.a ##22 ENSGT01100000263481.n.a.b.b.a.b.b.a.a.b.b Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.b.b.a.a ##22 Domestic yak DUPLICATION Domestic yak MODERN SPECIES 10 RFFL (ENSBGRG00000021399) LIG3 (ENSBGRG00000021180) ZNF830 (ENSBGRG00000021136) CCT6B (ENSBGRG00000020692) TMEM132E (ENSBGRG00000020451) ENSBGRG00000020420 ENSBGRG00000020373 CCL11 (ENSBGRG00000020299) ENSBGRG00000020251 ASIC2 (ENSBGRG00000019964) ENSBGRG00000019895 TMEM98 (ENSBGRG00000019780) MYO1D (ENSBGRG00000019568) CDK5R1 (ENSBGRG00000019524) PSMD11 (ENSBGRG00000019390) ENSBGRG00000019374 ##22 ZNF207 (ENSBGRG00000018994) C17orf75 (ENSBGRG00000018880) RHBDL3 (ENSBGRG00000018758) RHOT1 (ENSBGRG00000018417) RNF135 (ENSBGRG00000018378) ADAP2 (ENSBGRG00000018321) TEFM (ENSBGRG00000018181) ATAD5 (ENSBGRG00000017486) ENSBGRG00000017421 CRLF3 (ENSBGRG00000017273) SUZ12 (ENSBGRG00000016989) UTP6 (ENSBGRG00000016004) RAB11FIP4 (ENSBGRG00000015654) EVI2A (ENSBGRG00000015599) EVI2B (ENSBGRG00000015582) Domestic yak MODERN SPECIES 10 MRC2 (ENSBGRG00000017414) TLK2 (ENSBGRG00000017966) ENSBGRG00000018199 EFCAB3 (ENSBGRG00000018332) ENSBGRG00000018461 ITGB3 (ENSBGRG00000019226) ENSBGRG00000019520 MYL4 (ENSBGRG00000019590) CDC27 (ENSBGRG00000019716) ENSBGRG00000019810 KANSL1 (ENSBGRG00000019843) MAPT (ENSBGRG00000020032) ENSBGRG00000020679 SPPL2C (ENSBGRG00000020723) CRHR1 (ENSBGRG00000020822) ENSBGRG00000021197 ##22 ENSBGRG00000021211 NSF (ENSBGRG00000021286) WNT3 (ENSBGRG00000021554) WNT9B (ENSBGRG00000021638) ENSBGRG00000021695 ENSBGRG00000021967 ENSBGRG00000021989 RDM1 (ENSBGRG00000022032) ENSBGRG00000022711 ENSBGRG00000022765 PLEKHM1 (ENSBGRG00000022981) ARHGAP27 (ENSBGRG00000023143) MAP3K14 (ENSBGRG00000023427) ENSBGRG00000023545 ENSBGRG00000023561 Bos_b DUPLICATION Bos_b ANCESTRAL SPECIES 144 ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.b.b.a.a.c ##22 ENSGT01100000263481.n.a.b.b.a.b.b.a.a.b.b Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 24 KITLG (ENSBIXG00005010279) ENSBIXG00005010310 DUSP6 (ENSBIXG00005010324) POC1B (ENSBIXG00005010375) ATP2B1 (ENSBIXG00005000696) CCER1 (ENSBIXG00005010660) EPYC (ENSBIXG00005000920) KERA (ENSBIXG00005010696) LUM (ENSBIXG00005000930) DCN (ENSBIXG00005010822) ENSBIXG00005000962 ENSBIXG00005010925 PLEKHG7 (ENSBIXG00005000562) EEA1 (ENSBIXG00005001022) ENSBIXG00005011181 ENSBIXG00005011197 ##22 ENSBIXG00005011205 ENSBIXG00005011210 ##22 ENSBIXG00005011214 ENSBIXG00005001049 ENSBIXG00005011234 UBE2N (ENSBIXG00005001062) MRPL42 (ENSBIXG00005001077) SOCS2 (ENSBIXG00005011463) ENSBIXG00005011494 CRADD (ENSBIXG00005011535) PLXNC1 (ENSBIXG00005012135) CEP83 (ENSBIXG00005012266) ENSBIXG00005012279 TMCC3 (ENSBIXG00005012300) ENSBIXG00005012322 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 4 MKX (ENSBIXG00005008894) ODAD2 (ENSBIXG00005008849) ENSBIXG00005008827 MPP7 (ENSBIXG00005005276) WAC (ENSBIXG00005001631) BAMBI (ENSBIXG00005005229) ENSBIXG00005001753 ENSBIXG00005001784 MAP3K8 (ENSBIXG00005001797) MTPAP (ENSBIXG00005029152) JCAD (ENSBIXG00005029133) SVIL (ENSBIXG00005001956) ENSBIXG00005002318 ZNF438 (ENSBIXG00005028822) ENSBIXG00005028798 ENSBIXG00005028781 ##22 ZEB1 (ENSBIXG00005004971) ARHGAP12 (ENSBIXG00005028591) KIF5B (ENSBIXG00005028451) EPC1 (ENSBIXG00005028386) ENSBIXG00005028328 NSUN6 (ENSBIXG00005028312) CACNB2 (ENSBIXG00005005335) ENSBIXG00005026875 ENSBIXG00005004587 SLC39A12 (ENSBIXG00005026797) MRC1 (ENSBIXG00005026627) STAM (ENSBIXG00005004538) HACD1 (ENSBIXG00005004526) ST8SIA6 (ENSBIXG00005004520) VIM (ENSBIXG00005026430) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.b.b.a.a.d ##22 Cow MODERN SPECIES 24 NUDT4 (ENSBTAG00000007447) UBE2N (ENSBTAG00000021767) MRPL42 (ENSBTAG00000002708) SOCS2 (ENSBTAG00000012007) CRADD (ENSBTAG00000051267) ENSBTAG00000053589 PLXNC1 (ENSBTAG00000011245) ENSBTAG00000052916 CEP83 (ENSBTAG00000004484) TMCC3 (ENSBTAG00000014375) NDUFA12 (ENSBTAG00000014669) NR2C1 (ENSBTAG00000017729) FGD6 (ENSBTAG00000014030) VEZT (ENSBTAG00000014044) ENSBTAG00000053941 ENSBTAG00000052805 ##22 ENSBTAG00000049200 METAP2 (ENSBTAG00000019944) USP44 (ENSBTAG00000019946) ENSBTAG00000010711 MUCL1 (ENSBTAG00000051641) ENSBTAG00000023670 GLYCAM1 (ENSBTAG00000013417) PPP1R1A (ENSBTAG00000010907) PDE1B (ENSBTAG00000004337) NCKAP1L (ENSBTAG00000019686) GTSF1 (ENSBTAG00000018085) ITGA5 (ENSBTAG00000013745) ZNF385A (ENSBTAG00000015604) GPR84 (ENSBTAG00000015592) COPZ1 (ENSBTAG00000005384) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 5 ENSBIXG00005016148 TRPS1 (ENSBIXG00005016207) ENSBIXG00005016230 ENSBIXG00005007509 EIF3H (ENSBIXG00005016338) UTP23 (ENSBIXG00005016393) RAD21 (ENSBIXG00005016455) AARD (ENSBIXG00005016474) SLC30A8 (ENSBIXG00005005646) MED30 (ENSBIXG00005007032) EXT1 (ENSBIXG00005016564) SAMD12 (ENSBIXG00005002679) TNFRSF11B (ENSBIXG00005002697) COLEC10 (ENSBIXG00005016710) MAL2 (ENSBIXG00005016758) ENSBIXG00005007553 ##22 CCN3 (ENSBIXG00005005725) FABP12 (ENSBIXG00005005844) FABP4 (ENSBIXG00005016838) PMP2 (ENSBIXG00005002728) FABP5 (ENSBIXG00005005727) PAG1 (ENSBIXG00005016895) ENSBIXG00005016921 ZBTB10 (ENSBIXG00005017084) TPD52 (ENSBIXG00005017399) MRPS28 (ENSBIXG00005017444) HEY1 (ENSBIXG00005017496) STMN2 (ENSBIXG00005017543) IL7 (ENSBIXG00005017701) ZC2HC1A (ENSBIXG00005017733) PKIA (ENSBIXG00005017754) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.b.b.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.b.b.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 25 MOB1B (ENSBIXG00005027572) DCK (ENSBIXG00005027518) SLC4A4 (ENSBIXG00005007776) GC (ENSBIXG00005027051) ENSBIXG00005026909 NPFFR2 (ENSBIXG00005002502) ADAMTS3 (ENSBIXG00005007741) ENSBIXG00005026753 ##22 COX18 (ENSBIXG00005026731) ANKRD17 (ENSBIXG00005026650) ALB (ENSBIXG00005007638) AFP (ENSBIXG00005026193) AFM (ENSBIXG00005026159) ENSBIXG00005026121 RASSF6 (ENSBIXG00005026005) ENSBIXG00005025961 ##22 CXCL8 (ENSBIXG00005025908) ENSBIXG00005025852 CXCL6 (ENSBIXG00005025825) ENSBIXG00005005893 ENSBIXG00005025724 ENSBIXG00005025636 MTHFD2L (ENSBIXG00005025607) EPGN (ENSBIXG00005025481) EREG (ENSBIXG00005025352) AREG (ENSBIXG00005025328) BTC (ENSBIXG00005004302) PARM1 (ENSBIXG00005025268) RCHY1 (ENSBIXG00005025176) THAP6 (ENSBIXG00005024993) ODAPH (ENSBIXG00005024923) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.b.b.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 70 ENSBGRG00000007706 ENSBGRG00000007680 ENSBGRG00000007594 ENSBGRG00000007571 ENSBGRG00000007554 ENSBGRG00000007529 ENSBGRG00000007442 ENSBGRG00000007358 ENSBGRG00000007332 ENSBGRG00000007312 ENSBGRG00000007290 ENSBGRG00000007266 ENSBGRG00000007194 ENSBGRG00000007143 ENSBGRG00000007078 ENSBGRG00000007055 ##22 TMSB4X (ENSBGRG00000019310) TLR7 (ENSBGRG00000019181) ENSBGRG00000018926 ENSBGRG00000018871 FRMPD4 (ENSBGRG00000018169) MSL3 (ENSBGRG00000017670) ENSBGRG00000017555 ENSBGRG00000017175 ARHGAP6 (ENSBGRG00000016957) HCCS (ENSBGRG00000016871) ADGRG2 (ENSBGRG00000016226) PHKA2 (ENSBGRG00000015880) PPEF1 (ENSBGRG00000015703) RS1 (ENSBGRG00000015597) CDKL5 (ENSBGRG00000014796) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.b.b.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.b.b.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES ENSBGRG00000001692 MCCC1 (ENSBGRG00000001725) DCUN1D1 (ENSBGRG00000001763) ATP11B (ENSBGRG00000001781) DNAJC19 (ENSBGRG00000001844) FXR1 (ENSBGRG00000001900) CCDC39 (ENSBGRG00000002146) TTC14 (ENSBGRG00000002327) ENSBGRG00000002451 USP13 (ENSBGRG00000002861) NDUFB5 (ENSBGRG00000003013) MRPL47 (ENSBGRG00000003051) ACTL6A (ENSBGRG00000003086) GNB4 (ENSBGRG00000003113) MFN1 (ENSBGRG00000003142) ENSBGRG00000003185 ##22 ENSBGRG00000003193 ENSBGRG00000003201 PIK3CA (ENSBGRG00000003231) ZMAT3 (ENSBGRG00000003264) KCNMB2 (ENSBGRG00000003278) ENSBGRG00000003290 TBL1XR1 (ENSBGRG00000003307) NAALADL2 (ENSBGRG00000003389) ENSBGRG00000003433 ENSBGRG00000003453 NLGN1 (ENSBGRG00000003457) ENSBGRG00000003486 ENSBGRG00000003487 SPATA16 (ENSBGRG00000003501) ENSBGRG00000003513 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.b.b.b.b.b ##22 Cow MODERN SPECIES LAMP3 (ENSBTAG00000006552) MCCC1 (ENSBTAG00000006548) DCUN1D1 (ENSBTAG00000012797) ATP11B (ENSBTAG00000000290) DNAJC19 (ENSBTAG00000023513) FXR1 (ENSBTAG00000016457) CCDC39 (ENSBTAG00000001969) TTC14 (ENSBTAG00000001968) PEX5L (ENSBTAG00000013219) USP13 (ENSBTAG00000005946) NDUFB5 (ENSBTAG00000002463) MRPL47 (ENSBTAG00000002462) ACTL6A (ENSBTAG00000002460) GNB4 (ENSBTAG00000002767) MFN1 (ENSBTAG00000010485) ENSBTAG00000050978 ##22 ZNF639 (ENSBTAG00000037393) KCNMB3 (ENSBTAG00000009235) PIK3CA (ENSBTAG00000009232) ENSBTAG00000054655 ZMAT3 (ENSBTAG00000012463) KCNMB2 (ENSBTAG00000011377) ENSBTAG00000050181 PLCXD1 (ENSBTAG00000035144) GTPBP6 (ENSBTAG00000054315) ENSBTAG00000052803 ENSBTAG00000048417 TBL1XR1 (ENSBTAG00000021910) ENSBTAG00000054926 NAALADL2 (ENSBTAG00000048493) ENSBTAG00000054712 Yarkand deer MODERN SPECIES 9 ENSCHYG00000021894 WEE2 (ENSCHYG00000021766) ENSCHYG00000021735 DENND11 (ENSCHYG00000021628) AGK (ENSCHYG00000021039) ENSCHYG00000020854 TMEM178B (ENSCHYG00000020754) ENSCHYG00000020681 BRAF (ENSCHYG00000020466) NDUFB2 (ENSCHYG00000020392) ADCK2 (ENSCHYG00000020204) DENND2A (ENSCHYG00000020046) ENSCHYG00000019857 RAB19 (ENSCHYG00000019781) SLC37A3 (ENSCHYG00000019327) ENSCHYG00000019273 ##22 KDM7A (ENSCHYG00000018853) TBXAS1 (ENSCHYG00000018526) ENSCHYG00000018450 HIPK2 (ENSCHYG00000018349) CLEC2L (ENSCHYG00000018280) KLRG2 (ENSCHYG00000018230) LUC7L2 (ENSCHYG00000017618) ENSCHYG00000017474 ENSCHYG00000017427 UBN2 (ENSCHYG00000017017) TTC26 (ENSCHYG00000016684) ENSCHYG00000016640 ZC3HAV1 (ENSCHYG00000016484) ZC3HAV1L (ENSCHYG00000016410) KIAA1549 (ENSCHYG00000016250) Pecora ANCESTRAL SPECIES 167 ENSGT00390000018141.i.a.b.a ##22 ENSGT01100000263481.n.a.a.a.b.b.b.a.b.b.b.b Percora_a ANCESTRAL SPECIES 170 ENSGT00390000018141.i.a.b.a ##22 ENSGT01100000263481.n.a.a.a.b.b.b.a.b.b.b.b Bovidae DUPLICATION Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.a.a ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.a.a ##22 Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.a.a.a.a ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.a.a.a.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 6 PCDH20 (ENSBGRG00000006810) ENSBGRG00000006799 ENSBGRG00000006779 ENSBGRG00000006762 ENSBGRG00000006750 ENSBGRG00000006743 ##22 TDRD3 (ENSBGRG00000006592) DIAPH3 (ENSBGRG00000006554) ENSBGRG00000006529 ENSBGRG00000006511 ##22 ENSBGRG00000006501 PCDH17 (ENSBGRG00000006468) ENSBGRG00000006447 ENSBGRG00000006431 ENSBGRG00000006404 OLFM4 (ENSBGRG00000006393) PCDH8 (ENSBGRG00000006338) CNMD (ENSBGRG00000006282) SUGT1 (ENSBGRG00000006244) ELF1 (ENSBGRG00000006174) WBP4 (ENSBGRG00000006089) KBTBD6 (ENSBGRG00000006050) KBTBD7 (ENSBGRG00000006036) MTRF1 (ENSBGRG00000006009) NAA16 (ENSBGRG00000005856) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.a.a.a.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 315 GPR34 (ENSBIXG00005016346) GPR82 (ENSBIXG00005000078) ENSBIXG00005002595 ENSBIXG00005016263 MAOB (ENSBIXG00005016178) ENSBIXG00005016094 NDP (ENSBIXG00005016079) EFHC2 (ENSBIXG00005016054) ENSBIXG00005016036 ENSBIXG00005016029 ENSBIXG00005015999 DUSP21 (ENSBIXG00005015991) KDM6A (ENSBIXG00005015947) DIPK2B (ENSBIXG00005015839) ENSBIXG00005015780 ENSBIXG00005015758 ##22 ENSBIXG00005002459 ENSBIXG00005015747 ENSBIXG00005002454 ENSBIXG00005015722 ENSBIXG00005015718 ENSBIXG00005002449 ENSBIXG00005015691 ENSBIXG00005002431 ENSBIXG00005007282 SPIN4 (ENSBIXG00005015622) ENSBIXG00005002338 AMER1 (ENSBIXG00005015255) MTMR8 (ENSBIXG00005015202) ENSBIXG00005015131 ENSBIXG00005005421 Cow MODERN SPECIES 10 ABCA10 (ENSBTAG00000006937) ABCA6 (ENSBTAG00000006921) ABCA9 (ENSBTAG00000006896) MGC134105 (ENSBTAG00000024899) FAM20A (ENSBTAG00000001085) PRKAR1A (ENSBTAG00000008621) WIPI1 (ENSBTAG00000039556) ARSG (ENSBTAG00000010637) SLC16A6 (ENSBTAG00000003074) AMZ2 (ENSBTAG00000009345) ENSBTAG00000054453 GNA13 (ENSBTAG00000046174) RGS9 (ENSBTAG00000017751) AXIN2 (ENSBTAG00000030162) ENSBTAG00000050389 ENSBTAG00000051482 ##22 CEP112 (ENSBTAG00000033680) APOH (ENSBTAG00000001915) PRKCA (ENSBTAG00000001061) CACNG5 (ENSBTAG00000012311) CACNG4 (ENSBTAG00000054931) CACNG1 (ENSBTAG00000007547) HELZ (ENSBTAG00000004746) Bos ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT01100000263480.a.a.a.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a.a ENSGT00390000009048.a.b ENSGT00940000160670.c ENSGT00390000002517.a.b.a.g.b ENSGT00940000156369 ENSGT01080000257410.D.d ENSGT01080000257410.D.c ENSGT01030000234535.F.b ENSGT00730000111385 ENSGT00940000156579 ENSGT00950000183112.b.a.b ENSGT00390000003255 ENSGT00390000005869.b ENSGT00510000046406.g ENSGT00940000157902 ENSGT00390000018141.i.a.b.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162653 ENSGT00940000159086 ENSGT00390000002993 ENSGT00940000157385 ENSGT00390000016493.j ENSGT00940000154828 ENSGT00900000141068.e.a.f ENSGT00850000132411 ENSGT00390000014160 ENSGT00390000018225.B ENSGT01050000244841.B.b ENSGT00940000158982 ENSGT00390000016407 ENSGT00390000004985.a ENSGT00940000156031 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT01100000263480.a.a.a.a.b.a.a.a.a.a.a.a.a.a ENSGT00390000009048.a.b ENSGT00940000160670.c ENSGT00390000002517.a.b.a.g.b ENSGT00940000156369 ENSGT01080000257410.D.d ENSGT01080000257410.D.c ENSGT01030000234535.F.b ENSGT00730000111385 ENSGT00940000156579 ENSGT00950000183112.b.a.b ENSGT00390000003255 ENSGT00390000005869.b ENSGT00510000046406.g ENSGT00940000157902 ENSGT00390000018141.i.a.b.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162653 ENSGT00940000159086 ENSGT00390000002993 ENSGT00940000157385 ENSGT00940000154828 ENSGT00900000141068.e.a.f ENSGT00850000132411 ENSGT00390000014160 ENSGT00390000018225.B ENSGT01050000244841.B.b ENSGT00940000158982 ENSGT00390000016407 ENSGT00390000004985.a ENSGT00940000156031 ENSGT00940000158953 Domestic yak MODERN SPECIES 27 ENSBGRG00000019734 PPIP5K2 (ENSBGRG00000019149) GIN1 (ENSBGRG00000019005) ENSBGRG00000018984 PAM (ENSBGRG00000018494) SLCO4C1 (ENSBGRG00000017759) ST8SIA4 (ENSBGRG00000017706) FAM174A (ENSBGRG00000017661) ENSBGRG00000017613 CHD1 (ENSBGRG00000017292) RGMB (ENSBGRG00000017176) RIOK2 (ENSBGRG00000016712) LIX1 (ENSBGRG00000016673) ENSBGRG00000016602 LNPEP (ENSBGRG00000015462) ENSBGRG00000015420 ##22 ERAP2 (ENSBGRG00000015110) ERAP1 (ENSBGRG00000014665) CAST (ENSBGRG00000012119) ENSBGRG00000011984 PCSK1 (ENSBGRG00000011702) ENSBGRG00000011667 ELL2 (ENSBGRG00000011427) ENSBGRG00000011382 ENSBGRG00000011345 ENSBGRG00000011291 SPATA9 (ENSBGRG00000011165) RHOBTB3 (ENSBGRG00000010973) GPR150 (ENSBGRG00000010931) ARSK (ENSBGRG00000010850) SKIC3 (ENSBGRG00000010228) Bos_b ANCESTRAL SPECIES 2 ENSGT00390000009048.a.b ENSGT00940000160670.c ENSGT00390000002517.a.b.a.g.b ENSGT00940000156369 ENSGT01080000257410.D.d ENSGT01080000257410.D.c ENSGT01030000234535.F.b ENSGT00730000111385 ENSGT00940000156579 ENSGT00950000183112.b.a.b ENSGT00390000003255 ENSGT00390000005869.b ENSGT00510000046406.g ENSGT00940000154517.gb.b ENSGT00940000157902 ENSGT00390000018141.i.a.b.a.a.a.b ##22 ENSGT00940000162653 ENSGT00940000159086 ENSGT00390000002993 ENSGT00940000157385 ENSGT00390000016493.j ENSGT00940000154828 ENSGT00900000141068.e.a.f ENSGT00850000132411 ENSGT00390000014160 ENSGT00390000018225.B ENSGT01050000244841.B.b ENSGT00940000158982 ENSGT00390000016407 ENSGT00390000004985.a ENSGT00940000156031 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 26 PAM (ENSBIXG00005030508) ENSBIXG00005030584 ENSBIXG00005030596 ENSBIXG00005030609 SLCO4C1 (ENSBIXG00005030638) ST8SIA4 (ENSBIXG00005030660) FAM174A (ENSBIXG00005030677) CHD1 (ENSBIXG00005030719) RGMB (ENSBIXG00005030764) RIOK2 (ENSBIXG00005030795) LIX1 (ENSBIXG00005030803) ENSBIXG00005030808 ENSBIXG00005030819 LNPEP (ENSBIXG00005030834) ERAP2 (ENSBIXG00005030872) ENSBIXG00005030885 ##22 ERAP1 (ENSBIXG00005030891) CAST (ENSBIXG00005030960) PCSK1 (ENSBIXG00005031012) ENSBIXG00005031023 ELL2 (ENSBIXG00005031032) ENSBIXG00005031040 ENSBIXG00005031045 RHOBTB3 (ENSBIXG00005031103) ENSBIXG00005031110 SPATA9 (ENSBIXG00005031112) RFESD (ENSBIXG00005031114) GPR150 (ENSBIXG00005031119) ARSK (ENSBIXG00005031124) SKIC3 (ENSBIXG00005031143) FAM81B (ENSBIXG00005031156) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.a.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.a.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 4 ENSBIXG00005018027 ENSBIXG00005018036 OCSTAMP (ENSBIXG00005018042) SLC13A3 (ENSBIXG00005018082) TP53RK (ENSBIXG00005018099) SLC2A10 (ENSBIXG00005018111) EYA2 (ENSBIXG00005018162) ZMYND8 (ENSBIXG00005018707) ENSBIXG00005018769 NCOA3 (ENSBIXG00005018803) SULF2 (ENSBIXG00005018904) ENSBIXG00005003084 PREX1 (ENSBIXG00005019004) ARFGEF2 (ENSBIXG00005019137) CSE1L (ENSBIXG00005006810) ENSBIXG00005019225 ##22 STAU1 (ENSBIXG00005019320) DDX27 (ENSBIXG00005019451) ZNFX1 (ENSBIXG00005019475) KCNB1 (ENSBIXG00005019551) PTGIS (ENSBIXG00005019610) ENSBIXG00005019642 ENSBIXG00005019648 B4GALT5 (ENSBIXG00005019674) SLC9A8 (ENSBIXG00005019931) SPATA2 (ENSBIXG00005019973) RNF114 (ENSBIXG00005019999) SNAI1 (ENSBIXG00005020012) UBE2V1 (ENSBIXG00005003288) PEDS1 (ENSBIXG00005020099) CEBPB (ENSBIXG00005003302) Cow MODERN SPECIES 4 SLC35C2 (ENSBTAG00000003635) ELMO2 (ENSBTAG00000003639) ENSBTAG00000047336 OCSTAMP (ENSBTAG00000027327) SLC13A3 (ENSBTAG00000000873) TP53RK (ENSBTAG00000027326) SLC2A10 (ENSBTAG00000002942) EYA2 (ENSBTAG00000013336) ZMYND8 (ENSBTAG00000013114) NCOA3 (ENSBTAG00000007489) SULF2 (ENSBTAG00000007490) PREX1 (ENSBTAG00000015609) ARFGEF2 (ENSBTAG00000007120) CSE1L (ENSBTAG00000005957) STAU1 (ENSBTAG00000000241) ENSBTAG00000051252 ##22 DDX27 (ENSBTAG00000006671) ZNFX1 (ENSBTAG00000020166) KCNB1 (ENSBTAG00000027320) PTGIS (ENSBTAG00000017537) RUM1 (ENSBTAG00000053443) B4GALT5 (ENSBTAG00000012626) SLC9A8 (ENSBTAG00000008969) SPATA2 (ENSBTAG00000018063) RNF114 (ENSBTAG00000027317) SNAI1 (ENSBTAG00000014554) UBE2V1 (ENSBTAG00000027316) PEDS1 (ENSBTAG00000010135) ENSBTAG00000049867 CEBPB (ENSBTAG00000051972) PTPN1 (ENSBTAG00000006616) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.a.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 23 CRHR2 (ENSBGRG00000003550) ENSBGRG00000003646 MINDY4 (ENSBGRG00000003692) AQP1 (ENSBGRG00000003951) GHRHR (ENSBGRG00000004049) ADCYAP1R1 (ENSBGRG00000004275) NEUROD6 (ENSBGRG00000004504) ITPRID1 (ENSBGRG00000004516) PPP1R17 (ENSBGRG00000004567) PDE1C (ENSBGRG00000004660) ENSBGRG00000005013 AVL9 (ENSBGRG00000005054) KBTBD2 (ENSBGRG00000005174) FKBP9 (ENSBGRG00000005217) ENSBGRG00000005279 ENSBGRG00000005406 ##22 ENSBGRG00000005413 ENSBGRG00000005437 RP9 (ENSBGRG00000005487) BBS9 (ENSBGRG00000005562) BMPER (ENSBGRG00000006433) NPSR1 (ENSBGRG00000007319) DPY19L1 (ENSBGRG00000007646) DPY19L2 (ENSBGRG00000007950) TBX20 (ENSBGRG00000008674) ENSBGRG00000008714 HERPUD2 (ENSBGRG00000000276) ENSBGRG00000000320 ENSBGRG00000000338 ENSBGRG00000000345 EEPD1 (ENSBGRG00000000351) Bovidae ANCESTRAL SPECIES 164 ENSGT00390000018141.i.a.b.a.b ##22 ENSGT01100000263481.n.a.a.a.b.b.b.a.b.b.b.b Bovinae ANCESTRAL SPECIES 194 ENSGT00390000018141.i.a.b.a.b ##22 ENSGT01100000263481.n.a.a.a.b.b.b.a.b.b.b.b Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.a.b.a ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.a.b.a ##22 Domestic yak DUPLICATION Domestic yak DUPLICATION Domestic yak DUPLICATION Domestic yak MODERN SPECIES 28 VWA3B (ENSBGRG00000026810) TMEM131 (ENSBGRG00000026809) ZAP70 (ENSBGRG00000026808) ENSBGRG00000026807 ACTR1B (ENSBGRG00000026806) ENSBGRG00000026805 ENSBGRG00000026804 SEMA4C (ENSBGRG00000026803) ENSBGRG00000026800 CNNM4 (ENSBGRG00000026799) LMAN2L (ENSBGRG00000026798) FER1L5 (ENSBGRG00000026797) KANSL3 (ENSBGRG00000026796) ARID5A (ENSBGRG00000026795) NEURL3 (ENSBGRG00000026794) ENSBGRG00000026793 ##22 NCAPH (ENSBGRG00000026792) ITPRIPL1 (ENSBGRG00000026791) ENSBGRG00000026790 ENSBGRG00000026789 SNRNP200 (ENSBGRG00000026788) CIAO1 (ENSBGRG00000026786) TMEM127 (ENSBGRG00000026785) STARD7 (ENSBGRG00000026784) DUSP2 (ENSBGRG00000026783) ASTL (ENSBGRG00000026782) ADRA2B (ENSBGRG00000026781) GPAT2 (ENSBGRG00000026780) FAHD2A (ENSBGRG00000026779) KCNIP3 (ENSBGRG00000026778) PROM2 (ENSBGRG00000026777) Domestic yak MODERN SPECIES 17 ENSBGRG00000019091 PCGF5 (ENSBGRG00000018971) ANKRD1 (ENSBGRG00000018779) RPP30 (ENSBGRG00000018614) HTR7 (ENSBGRG00000018513) ENSBGRG00000018495 ENSBGRG00000018400 PANK1 (ENSBGRG00000018127) ENSBGRG00000018089 SLC16A12 (ENSBGRG00000017960) IFIT5 (ENSBGRG00000017931) IFIT1 (ENSBGRG00000017867) IFIT3 (ENSBGRG00000017794) IFIT2 (ENSBGRG00000017758) LIPA (ENSBGRG00000017545) ENSBGRG00000017517 ##22 CH25H (ENSBGRG00000017491) FAS (ENSBGRG00000017283) ACTA2 (ENSBGRG00000017216) STAMBPL1 (ENSBGRG00000016961) ANKRD22 (ENSBGRG00000016894) LIPM (ENSBGRG00000016688) LIPN (ENSBGRG00000016587) LIPK (ENSBGRG00000016522) LIPF (ENSBGRG00000016129) LIPJ (ENSBGRG00000015956) RNLS (ENSBGRG00000020012) ENSBGRG00000019927 ATAD1 (ENSBGRG00000019725) PAPSS2 (ENSBGRG00000019556) MINPP1 (ENSBGRG00000019420) Domestic yak MODERN SPECIES 11 ENSBGRG00000009445 NDUFS1 (ENSBGRG00000009516) INO80D (ENSBGRG00000009960) ENSBGRG00000010010 ##22 NRP2 (ENSBGRG00000010098) PARD3B (ENSBGRG00000011721) ENSBGRG00000012209 ICOS (ENSBGRG00000012246) ENSBGRG00000012357 CTLA4 (ENSBGRG00000012384) CD28 (ENSBGRG00000012545) ENSBGRG00000012733 ABI2 (ENSBGRG00000014834) CYP20A1 (ENSBGRG00000015562) NBEAL1 (ENSBGRG00000016043) ENSBGRG00000016261 ##22 CARF (ENSBGRG00000016286) ENSBGRG00000016729 WDR12 (ENSBGRG00000016744) ICA1L (ENSBGRG00000016892) FAM117B (ENSBGRG00000017110) ENSBGRG00000017311 BMPR2 (ENSBGRG00000017354) NOP58 (ENSBGRG00000017588) ENSBGRG00000017875 KIAA2012 (ENSBGRG00000018013) FZD7 (ENSBGRG00000018191) CDK15 (ENSBGRG00000018223) ALS2 (ENSBGRG00000018345) MPP4 (ENSBGRG00000018555) TMEM237 (ENSBGRG00000021384) Domestic yak MODERN SPECIES PCNP (ENSBGRG00000003722) ZBTB11 (ENSBGRG00000003762) RPL24 (ENSBGRG00000003803) CEP97 (ENSBGRG00000003937) NXPE3 (ENSBGRG00000004124) ENSBGRG00000004168 NFKBIZ (ENSBGRG00000004210) ZPLD1 (ENSBGRG00000004383) ENSBGRG00000004445 ALCAM (ENSBGRG00000004469) ENSBGRG00000004588 CBLB (ENSBGRG00000004626) CCDC54 (ENSBGRG00000005046) BBX (ENSBGRG00000005097) ENSBGRG00000005417 ENSBGRG00000005428 ##22 CD47 (ENSBGRG00000005454) ENSBGRG00000005662 IFT57 (ENSBGRG00000005675) HHLA2 (ENSBGRG00000005737) ENSBGRG00000005778 CIP2A (ENSBGRG00000005873) DZIP3 (ENSBGRG00000006159) ENSBGRG00000006301 ENSBGRG00000006345 ENSBGRG00000006452 MORC1 (ENSBGRG00000006492) ENSBGRG00000006811 ##22 C3orf85 (ENSBGRG00000006827) ENSBGRG00000006859 DPPA2 (ENSBGRG00000006867) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.a.b.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 14 CNBP (ENSBIXG00005028946) COPG1 (ENSBIXG00005028959) HMCES (ENSBIXG00005028993) H1-10 (ENSBIXG00005005106) RAB7A (ENSBIXG00005029044) ENSBIXG00005005134 RPN1 (ENSBIXG00005001966) GATA2 (ENSBIXG00005010558) DNAJB8 (ENSBIXG00005010579) ENSBIXG00005000713 EEFSEC (ENSBIXG00005010586) RUVBL1 (ENSBIXG00005010629) SEC61A1 (ENSBIXG00005000921) KBTBD12 (ENSBIXG00005010709) MGLL (ENSBIXG00005010790) ENSBIXG00005010805 ##22 PODXL2 (ENSBIXG00005010863) MCM2 (ENSBIXG00005010892) ENSBIXG00005000580 PLXNA1 (ENSBIXG00005001001) ENSBIXG00005011053 TXNRD3 (ENSBIXG00005011121) ENSBIXG00005001025 CHST13 (ENSBIXG00005011148) UROC1 (ENSBIXG00005001051) ZXDC (ENSBIXG00005011270) SLC41A3 (ENSBIXG00005007101) ALDH1L1 (ENSBIXG00005001102) KLF15 (ENSBIXG00005000465) CFAP100 (ENSBIXG00005011454) ENSBIXG00005011495 Bos ANCESTRAL SPECIES 213 ENSGT00390000018141.i.a.b.a.b.b ##22 ENSGT01100000263481.n.a.a.a.b.b.b.a.b.b.b.b.b Bos_b ANCESTRAL SPECIES 15 ENSGT00940000156584 ENSGT00390000014943 ENSGT00940000158326 ENSGT00390000014660 ENSGT00530000063937.a ENSGT00390000017385 ENSGT00940000154464.a ENSGT00940000156830 ENSGT00390000011216 ENSGT00640000091565 ENSGT00940000158217 ENSGT00390000004836 ENSGT00940000159664 ENSGT01100000263480.a.a.b.b.b.a.a.a.a.b.b.a.a.b.a.b.b.b ENSGT00940000161624 ENSGT00390000018141.i.a.b.a.b.b ##22 ENSGT00390000007792.k ENSGT00950000183213.a.b ENSGT00390000007792.l.a ENSGT00940000160624 ENSGT00940000154208.c.b ENSGT00940000171652 ENSGT00940000153496.a.b ENSGT00940000162213 ENSGT00940000161569 ENSGT00940000153840.a.a ENSGT00440000033919 ENSGT01030000234586.A.a.b ENSGT00940000160875 ENSGT00390000014840.a ENSGT00390000006617 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 10 COL1A1 (ENSBIXG00005008769) ENSBIXG00005008911 XYLT2 (ENSBIXG00005000349) MRPL27 (ENSBIXG00005008979) EME1 (ENSBIXG00005009016) LRRC59 (ENSBIXG00005000367) CHAD (ENSBIXG00005009042) ACSF2 (ENSBIXG00005009154) RSAD1 (ENSBIXG00005009215) MYCBPAP (ENSBIXG00005009257) EPN3 (ENSBIXG00005009285) SPATA20 (ENSBIXG00005009303) CACNA1G (ENSBIXG00005010472) ENSBIXG00005010655 ABCC3 (ENSBIXG00005010704) ENSBIXG00005010721 ##22 ANKRD40 (ENSBIXG00005010739) LUC7L3 (ENSBIXG00005000966) ENSBIXG00005006203 WFIKKN2 (ENSBIXG00005010983) TOB1 (ENSBIXG00005011003) ENSBIXG00005011012 SPAG9 (ENSBIXG00005005379) NME2 (ENSBIXG00005005816) MBTD1 (ENSBIXG00005000449) ENSBIXG00005011537 UTP18 (ENSBIXG00005001133) ENSBIXG00005011632 MAP2K3 (ENSBIXG00005011654) NATD1 (ENSBIXG00005011670) TMEM11 (ENSBIXG00005011680) Cow MODERN SPECIES 10 COL1A1 (ENSBTAG00000013103) TMEM92 (ENSBTAG00000054481) XYLT2 (ENSBTAG00000009298) MRPL27 (ENSBTAG00000021720) EME1 (ENSBTAG00000021723) LRRC59 (ENSBTAG00000006072) CHAD (ENSBTAG00000021302) ACSF2 (ENSBTAG00000021301) RSAD1 (ENSBTAG00000021303) MYCBPAP (ENSBTAG00000014355) EPN3 (ENSBTAG00000015893) SPATA20 (ENSBTAG00000004155) CACNA1G (ENSBTAG00000009835) ENSBTAG00000054449 ABCC3 (ENSBTAG00000020070) ENSBTAG00000053257 ##22 ANKRD40 (ENSBTAG00000002267) LUC7L3 (ENSBTAG00000002279) ANKRD40CL (ENSBTAG00000025183) WFIKKN2 (ENSBTAG00000000731) TOB1 (ENSBTAG00000000546) ENSBTAG00000049579 SPAG9 (ENSBTAG00000012293) NME1 (ENSBTAG00000004651) NME2 (ENSBTAG00000047186) MBTD1 (ENSBTAG00000009407) UTP18 (ENSBTAG00000020629) KCNJ12 (ENSBTAG00000020061) MAP2K3 (ENSBTAG00000010576) TMEM11 (ENSBTAG00000010566) ENSBTAG00000054307 Bos_a ANCESTRAL SPECIES 268 ENSGT00390000018141.i.a.b.a.b.b ##22 ENSGT01100000263481.n.a.a.a.b.b.b.a.b.b.b.b.b Domestic yak MODERN SPECIES 69 ENSBGRG00000014621 CDK16 (ENSBGRG00000013811) UBA1 (ENSBGRG00000013460) RBM10 (ENSBGRG00000011021) NDUFB11 (ENSBGRG00000010871) RGN (ENSBGRG00000010764) JADE3 (ENSBGRG00000010592) RP2 (ENSBGRG00000010488) ENSBGRG00000010392 ENSBGRG00000010361 SLC9A7 (ENSBGRG00000010277) CHST7 (ENSBGRG00000010248) ENSBGRG00000010164 EDA2R (ENSBGRG00000010071) AR (ENSBGRG00000010012) ENSBGRG00000009995 ##22 ENSBGRG00000009984 OPHN1 (ENSBGRG00000009900) YIPF6 (ENSBGRG00000009673) STARD8 (ENSBGRG00000009592) EFNB1 (ENSBGRG00000009492) PJA1 (ENSBGRG00000009436) NALF2 (ENSBGRG00000009407) EDA (ENSBGRG00000009159) AWAT2 (ENSBGRG00000009086) OTUD6A (ENSBGRG00000009074) DGAT2L6 (ENSBGRG00000008939) AWAT1 (ENSBGRG00000008836) P2RY4 (ENSBGRG00000008823) ARR3 (ENSBGRG00000008581) ENSBGRG00000008523 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.b.a.b ##22 Goat MODERN SPECIES 26 SLCO4C1 (ENSCHIG00000022821) SLCO6A1 (ENSCHIG00000010171) ENSCHIG00000007820 PAM (ENSCHIG00000022277) GIN1 (ENSCHIG00000014216) PPIP5K2 (ENSCHIG00000025932) MACIR (ENSCHIG00000006328) ENSCHIG00000018058 ENSCHIG00000010732 NUDT12 (ENSCHIG00000023629) ENSCHIG00000024166 EFNA5 (ENSCHIG00000012820) FBXL17 (ENSCHIG00000022659) FER (ENSCHIG00000016417) PJA2 (ENSCHIG00000009544) ENSCHIG00000007093 ##22 MAN2A1 (ENSCHIG00000011270) TMEM232 (ENSCHIG00000026976) SLC25A46 (ENSCHIG00000008235) ENSCHIG00000021399 ENSCHIG00000010264 WDR36 (ENSCHIG00000026685) CAMK4 (ENSCHIG00000011930) STARD4 (ENSCHIG00000026428) Pecora ANCESTRAL SPECIES 168 ENSGT00390000018141.i.a.a ##22 ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.a Percora_a ANCESTRAL SPECIES 171 ENSGT00390000018141.i.a.a ##22 ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.a.a Bovidae ANCESTRAL SPECIES 165 ENSGT00390000018141.i.a.a ##22 ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.a.a Bovinae ANCESTRAL SPECIES 195 ENSGT00390000018141.i.a.a ##22 ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.a.a Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 22 C1orf162 (ENSBIXG00005016331) ENSBIXG00005016292 OVGP1 (ENSBIXG00005016174) ENSBIXG00005016051 ENSBIXG00005016026 ENSBIXG00005002542 ENSBIXG00005015938 CHIA (ENSBIXG00005002493) CHI3L2 (ENSBIXG00005002472) ENSBIXG00005015738 DENND2D (ENSBIXG00005015719) CEPT1 (ENSBIXG00005002434) ENSBIXG00005015623 LRIF1 (ENSBIXG00005006749) CD53 (ENSBIXG00005015567) ENSBIXG00005015551 ##22 KCNA3 (ENSBIXG00005007547) KCNA10 (ENSBIXG00005015503) ENSBIXG00005015422 PROK1 (ENSBIXG00005015015) LAMTOR5 (ENSBIXG00005014997) SLC16A4 (ENSBIXG00005002188) RBM15 (ENSBIXG00005014920) KCNC4 (ENSBIXG00005014882) SLC6A17 (ENSBIXG00005002125) UBL4B (ENSBIXG00005014793) ALX3 (ENSBIXG00005007753) STRIP1 (ENSBIXG00005014763) AHCYL1 (ENSBIXG00005014680) CSF1 (ENSBIXG00005014594) EPS8L3 (ENSBIXG00005001977) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.a.a.a.a.a.a.a.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 25 CCDC158 (ENSBGRG00000014187) SHROOM3 (ENSBGRG00000014140) ENSBGRG00000014119 SOWAHB (ENSBGRG00000014093) SEPTIN11 (ENSBGRG00000013500) CCNI (ENSBGRG00000013344) CCNG2 (ENSBGRG00000013081) ENSBGRG00000012992 CNOT6L (ENSBGRG00000012752) ENSBGRG00000012614 ENSBGRG00000012600 FRAS1 (ENSBGRG00000011868) ANXA3 (ENSBGRG00000011623) BMP2K (ENSBGRG00000011372) PAQR3 (ENSBGRG00000011120) ENSBGRG00000011067 ##22 NAA11 (ENSBGRG00000011033) GK2 (ENSBGRG00000011003) ANTXR2 (ENSBGRG00000010544) PRDM8 (ENSBGRG00000010467) FGF5 (ENSBGRG00000010381) CFAP299 (ENSBGRG00000024488) BMP3 (ENSBGRG00000024470) PRKG2 (ENSBGRG00000024304) RASGEF1B (ENSBGRG00000023927) ENSBGRG00000023638 ENOPH1 (ENSBGRG00000023470) TMEM150C (ENSBGRG00000023370) SCD5 (ENSBGRG00000023293) SEC31A (ENSBGRG00000022409) THAP9 (ENSBGRG00000022302) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 5 LAX1 (ENSBGRG00000008055) ZBED6 (ENSBGRG00000008085) ENSBGRG00000008107 ENSBGRG00000008286 ENSBGRG00000008312 SOX13 (ENSBGRG00000008403) ETNK2 (ENSBGRG00000008541) REN (ENSBGRG00000008588) ENSBGRG00000008741 ENSBGRG00000008782 PLEKHA6 (ENSBGRG00000008896) PPP1R15B (ENSBGRG00000009635) PIK3C2B (ENSBGRG00000009666) MDM4 (ENSBGRG00000009887) LRRN2 (ENSBGRG00000010207) ENSBGRG00000010225 ##22 ENSBGRG00000010247 ENSBGRG00000010278 ENSBGRG00000010358 CNTN2 (ENSBGRG00000010415) TMEM81 (ENSBGRG00000010496) ENSBGRG00000010537 DSTYK (ENSBGRG00000011026) TMCC2 (ENSBGRG00000011445) NUAK2 (ENSBGRG00000011743) KLHDC8A (ENSBGRG00000011807) LEMD1 (ENSBGRG00000011894) ENSBGRG00000011939 CDK18 (ENSBGRG00000011978) ENSBGRG00000012445 MFSD4A (ENSBGRG00000012501) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.a.a.a.a.a.a.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 11 CRYGA (ENSBGRG00000006786) C2orf80 (ENSBGRG00000006683) IDH1 (ENSBGRG00000006637) PIKFYVE (ENSBGRG00000006248) PTH2R (ENSBGRG00000006150) ENSBGRG00000006119 MAP2 (ENSBGRG00000005995) UNC80 (ENSBGRG00000005202) ENSBGRG00000005051 KANSL1L (ENSBGRG00000004930) ACADL (ENSBGRG00000004885) MYL1 (ENSBGRG00000004749) LANCL1 (ENSBGRG00000004687) CPS1 (ENSBGRG00000004265) ERBB4 (ENSBGRG00000003801) ENSBGRG00000003764 ##22 IKZF2 (ENSBGRG00000003601) SPAG16 (ENSBGRG00000003519) VWC2L (ENSBGRG00000003498) BARD1 (ENSBGRG00000003261) ABCA12 (ENSBGRG00000003073) ATIC (ENSBGRG00000002957) FN1 (ENSBGRG00000002811) PECR (ENSBGRG00000002736) TMEM169 (ENSBGRG00000002710) XRCC5 (ENSBGRG00000002486) MARCHF4 (ENSBGRG00000002448) SMARCAL1 (ENSBGRG00000002323) RPL37A (ENSBGRG00000002272) IGFBP2 (ENSBGRG00000002242) IGFBP5 (ENSBGRG00000002228) Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.a.a.a.a.a.b.a ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.a.a.a.a.a.b.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 27 ARL10 (ENSBGRG00000014324) COMMD10 (ENSBGRG00000014169) SEMA6A (ENSBGRG00000013772) ENSBGRG00000013716 ENSBGRG00000013695 DTWD2 (ENSBGRG00000013486) DMXL1 (ENSBGRG00000013273) TNFAIP8 (ENSBGRG00000013223) HSD17B4 (ENSBGRG00000012313) FAM170A (ENSBGRG00000012225) ENSBGRG00000012163 ENSBGRG00000012145 PRR16 (ENSBGRG00000012092) ENSBGRG00000012048 ENSBGRG00000012034 ENSBGRG00000012021 ##22 ENSBGRG00000012000 ENSBGRG00000011975 FTMT (ENSBGRG00000011952) SRFBP1 (ENSBGRG00000011801) LOX (ENSBGRG00000011693) ENSBGRG00000011614 ENSBGRG00000011514 ENSBGRG00000011485 SNCAIP (ENSBGRG00000010838) ENSBGRG00000010785 SNX2 (ENSBGRG00000010320) SNX24 (ENSBGRG00000010168) PPIC (ENSBGRG00000010077) PRDM6 (ENSBGRG00000009981) ENSBGRG00000009972 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.a.a.a.a.a.b.a ##22 Cow MODERN SPECIES 10 ENSBTAG00000046372 KSR1 (ENSBTAG00000006601) WSB1 (ENSBTAG00000005008) NF1 (ENSBTAG00000011829) OMG (ENSBTAG00000025213) EVI2B (ENSBTAG00000009353) EVI2A (ENSBTAG00000009354) ENSBTAG00000050242 RAB11FIP4 (ENSBTAG00000016972) COPRS (ENSBTAG00000049483) UTP6 (ENSBTAG00000015612) SUZ12 (ENSBTAG00000018752) ENSBTAG00000025202 CRLF3 (ENSBTAG00000018381) ATAD5 (ENSBTAG00000018383) ENSBTAG00000051813 ##22 TEFM (ENSBTAG00000018386) ADAP2 (ENSBTAG00000003334) RNF135 (ENSBTAG00000017225) RHOT1 (ENSBTAG00000010001) RHBDL3 (ENSBTAG00000020992) C19H17orf75 (ENSBTAG00000020994) ZNF207 (ENSBTAG00000008883) PSMD11 (ENSBTAG00000018897) CDK5R1 (ENSBTAG00000004475) MYO1D (ENSBTAG00000015527) TMEM98 (ENSBTAG00000008913) SPACA3 (ENSBTAG00000000344) ASIC2 (ENSBTAG00000025200) CCL2 (ENSBTAG00000037811) CCL11 (ENSBTAG00000004129) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 9 RBL2 (ENSBIXG00005014700) CHD9 (ENSBIXG00005014635) CHD9NB (ENSBIXG00005014531) ENSBIXG00005014525 TOX3 (ENSBIXG00005014497) ENSBIXG00005014430 ##22 SALL1 (ENSBIXG00005006737) CYLD (ENSBIXG00005014346) NOD2 (ENSBIXG00005014215) SNX20 (ENSBIXG00005005704) NKD1 (ENSBIXG00005005932) BRD7 (ENSBIXG00005014141) ADCY7 (ENSBIXG00005014084) TENT4B (ENSBIXG00005007491) HEATR3 (ENSBIXG00005013925) ENSBIXG00005005400 ##22 CNEP1R1 (ENSBIXG00005001738) ZNF423 (ENSBIXG00005005395) C16orf78 (ENSBIXG00005013700) CBLN1 (ENSBIXG00005001667) N4BP1 (ENSBIXG00005013624) ENSBIXG00005013587 LONP2 (ENSBIXG00005013538) ABCC11 (ENSBIXG00005013461) ENSBIXG00005013363 ABCC12 (ENSBIXG00005007115) ENSBIXG00005005390 ENSBIXG00005013270 PHKB (ENSBIXG00005001511) ENSBIXG00005013037 ITFG1 (ENSBIXG00005013019) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.a.a.a.a.a.b.b ##22 Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.a.a.a.a.a.b.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES RASA2 (ENSBGRG00000001166) RNF7 (ENSBGRG00000001134) GRK7 (ENSBGRG00000001107) ATP1B3 (ENSBGRG00000001064) ENSBGRG00000001057 TFDP2 (ENSBGRG00000001010) GK5 (ENSBGRG00000000970) XRN1 (ENSBGRG00000000705) ATR (ENSBGRG00000000428) PLS1 (ENSBGRG00000000350) TRPC1 (ENSBGRG00000000286) PCOLCE2 (ENSBGRG00000000254) PAQR9 (ENSBGRG00000000229) U2SURP (ENSBGRG00000000223) CHST2 (ENSBGRG00000000218) ENSBGRG00000000212 ##22 ENSBGRG00000000206 SLC9A9 (ENSBGRG00000000195) DIPK2A (ENSBGRG00000000180) ENSBGRG00000000169 PLOD2 (ENSBGRG00000020444) ENSBGRG00000020343 ENSBGRG00000020292 ENSBGRG00000020218 ENSBGRG00000020190 ENSBGRG00000020009 ENSBGRG00000019984 PLSCR5 (ENSBGRG00000019884) ENSBGRG00000019852 ZIC4 (ENSBGRG00000019768) ENSBGRG00000019710 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.a.a.a.a.b ##22 Bos_b DUPLICATION Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.a.a.a.a.b.a ##22 Cow MODERN SPECIES 17 BCL7C (ENSBTAG00000008412) ZNF629 (ENSBTAG00000026307) ENSBTAG00000049596 RNF40 (ENSBTAG00000003421) CFAP119 (ENSBTAG00000031765) PHKG2 (ENSBTAG00000003417) TMEM265 (ENSBTAG00000050825) ENSBTAG00000013917 FBRS (ENSBTAG00000031789) PRR14 (ENSBTAG00000009099) ZNF689 (ENSBTAG00000018094) ZNF688 (ENSBTAG00000019357) ENSBTAG00000051451 ENSBTAG00000043974 ENSBTAG00000052789 ENSBTAG00000048731 ##22 ITGAL (ENSBTAG00000007103) DCTPP1 (ENSBTAG00000039962) ZNF771 (ENSBTAG00000021222) ZNF48 (ENSBTAG00000031806) SEPTIN1 (ENSBTAG00000021219) MYL11 (ENSBTAG00000021218) TBC1D10B (ENSBTAG00000031852) CD2BP2 (ENSBTAG00000015486) SPN (ENSBTAG00000026326) QPRT (ENSBTAG00000018082) C25H16orf54 (ENSBTAG00000047448) KIF22 (ENSBTAG00000013669) MAZ (ENSBTAG00000052323) PRRT2 (ENSBTAG00000046752) PAGR1 (ENSBTAG00000010904) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 17 CTF1 (ENSBIXG00005026559) BCL7C (ENSBIXG00005026533) ZNF629 (ENSBIXG00005007093) RNF40 (ENSBIXG00005004521) CFAP119 (ENSBIXG00005007201) PHKG2 (ENSBIXG00005026339) ENSBIXG00005004484 SRCAP (ENSBIXG00005026275) FBRS (ENSBIXG00005004472) PRR14 (ENSBIXG00005026131) ZNF689 (ENSBIXG00005026090) ZNF688 (ENSBIXG00005026067) ENSBIXG00005026032 ENSBIXG00005004441 ITGAL (ENSBIXG00005026002) ENSBIXG00005025703 ##22 ENSBIXG00005006528 SEPHS2 (ENSBIXG00005025691) DCTPP1 (ENSBIXG00005006075) ZNF771 (ENSBIXG00005025669) ZNF48 (ENSBIXG00005025656) SEPTIN1 (ENSBIXG00005025640) MYL11 (ENSBIXG00005025627) TBC1D10B (ENSBIXG00005025594) ENSBIXG00005025515 CD2BP2 (ENSBIXG00005006859) ENSBIXG00005025475 QPRT (ENSBIXG00005025472) C16orf54 (ENSBIXG00005025449) ZG16 (ENSBIXG00005025441) KIF22 (ENSBIXG00005025420) Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.a.a.a.a.b.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES ENSBIXG00005013496 ENSBIXG00005013542 ZNF596 (ENSBIXG00005013604) ENSBIXG00005013619 SGO1 (ENSBIXG00005013664) KAT2B (ENSBIXG00005013873) PP2D1 (ENSBIXG00005013941) RAB5A (ENSBIXG00005001761) EFHB (ENSBIXG00005001828) KCNH8 (ENSBIXG00005001852) SATB1 (ENSBIXG00005014252) TBC1D5 (ENSBIXG00005005933) ENSBIXG00005001921 ##22 PLCL2 (ENSBIXG00005014406) ENSBIXG00005014489 RFTN1 (ENSBIXG00005001982) OXNAD1 (ENSBIXG00005002032) DPH3 (ENSBIXG00005002043) ENSBIXG00005014630 GALNT15 (ENSBIXG00005014657) ANKRD28 (ENSBIXG00005014993) BTD (ENSBIXG00005015145) HACL1 (ENSBIXG00005015316) COLQ (ENSBIXG00005006233) EAF1 (ENSBIXG00005002299) METTL6 (ENSBIXG00005015538) SH3BP5 (ENSBIXG00005015583) CAPN7 (ENSBIXG00005015610) Bos DUPLICATION Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES 214 ENSGT00390000018141.i.a.a.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a.a.b.a Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.a.a.a.b.a.a ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 6 SPRY2 (ENSBGRG00000019613) NDFIP2 (ENSBGRG00000019693) RBM26 (ENSBGRG00000019863) OBI1 (ENSBGRG00000020123) ENSBGRG00000020223 POU4F1 (ENSBGRG00000020242) EDNRB (ENSBGRG00000020314) SLAIN1 (ENSBGRG00000020350) SCEL (ENSBGRG00000020490) ENSBGRG00000021495 ENSBGRG00000021531 FBXL3 (ENSBGRG00000021547) CLN5 (ENSBGRG00000021575) ACOD1 (ENSBGRG00000003776) KCTD12 (ENSBGRG00000003834) ENSBGRG00000003855 ##22 ENSBGRG00000003875 LMO7 (ENSBGRG00000003974) UCHL3 (ENSBGRG00000004876) ENSBGRG00000004958 TBC1D4 (ENSBGRG00000005066) ENSBGRG00000005728 KLF12 (ENSBGRG00000005748) ENSBGRG00000005784 KLF5 (ENSBGRG00000005831) PIBF1 (ENSBGRG00000005889) DIS3 (ENSBGRG00000005953) BORA (ENSBGRG00000006206) ENSBGRG00000006352 DACH1 (ENSBGRG00000006424) KLHL1 (ENSBGRG00000006796) Bos_b ANCESTRAL SPECIES 33 ENSGT00950000183183.b.b.n ENSGT00950000183055.a.a ENSGT00390000012721.b ENSGT00510000046929.a ENSGT00390000013512 ENSGT00940000162154 ENSGT01100000263512.a.a.a.b ENSGT00390000017860.a.b ENSGT00530000063872.B ENSGT00940000155756 ENSGT00940000159395 ENSGT00390000010065 ENSGT00390000015700.a ENSGT00390000003420.a.b.v.a ENSGT00940000161074.a ENSGT00390000018141.i.a.a.a.a.b.a.a ##22 ENSGT01100000263481.n.a.b.a.a.a.a.a.b.a.a.a.b.a ENSGT00950000183159.b ENSGT00940000154925.j ENSGT00390000018369 ENSGT00940000158486 ENSGT00910000146935 ENSGT00940000158108 ENSGT00940000156711 ENSGT00390000015293 ENSGT00530000063106.C ENSGT00390000013790 ENSGT00390000005954 ENSGT00390000001134.a.a ENSGT00940000160425 ENSGT00390000000703.h.wb.a.b Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 3 ENSBIXG00005030943 SPRY2 (ENSBIXG00005030925) NDFIP2 (ENSBIXG00005030900) RBM26 (ENSBIXG00005030874) OBI1 (ENSBIXG00005030850) POU4F1 (ENSBIXG00005030848) EDNRB (ENSBIXG00005030835) SLAIN1 (ENSBIXG00005030824) SCEL (ENSBIXG00005030770) MYCBP2 (ENSBIXG00005030675) FBXL3 (ENSBIXG00005030647) CLN5 (ENSBIXG00005030640) ACOD1 (ENSBIXG00005030632) ENSBIXG00005030621 KCTD12 (ENSBIXG00005030613) ENSBIXG00005030605 ##22 ENSBIXG00005030583 LMO7 (ENSBIXG00005030418) TBC1D4 (ENSBIXG00005030279) ENSBIXG00005030220 KLF12 (ENSBIXG00005030178) KLF5 (ENSBIXG00005030143) ENSBIXG00005030127 PIBF1 (ENSBIXG00005030100) DIS3 (ENSBIXG00005030074) BORA (ENSBIXG00005030032) MZT1 (ENSBIXG00005030006) DACH1 (ENSBIXG00005029880) KLHL1 (ENSBIXG00005029819) ENSBIXG00005029774 ENSBIXG00005029762 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.a.a.a.b.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.a.a.a.b.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 315 GPR119 (ENSBIXG00005021128) ENSBIXG00005021425 ENSBIXG00005021498 ENSBIXG00005021549 ENOX2 (ENSBIXG00005021891) ENSBIXG00005006664 ENSBIXG00005022284 IGSF1 (ENSBIXG00005022762) ENSBIXG00005022816 ENSBIXG00005022820 ENSBIXG00005022847 STK26 (ENSBIXG00005023036) FRMD7 (ENSBIXG00005023132) RAP2C (ENSBIXG00005005453) MBNL3 (ENSBIXG00005023254) ENSBIXG00005023290 ##22 ENSBIXG00005023297 HS6ST2 (ENSBIXG00005023376) ENSBIXG00005023432 ENSBIXG00005023472 GPC4 (ENSBIXG00005004018) ENSBIXG00005004032 ENSBIXG00005023613 GPC3 (ENSBIXG00005023687) PHF6 (ENSBIXG00005023899) ENSBIXG00005023941 PABIR2 (ENSBIXG00005007177) MOSPD1 (ENSBIXG00005024236) ENSBIXG00005024246 ENSBIXG00005006288 ENSBIXG00005024346 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.a.a.a.b.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.a.a.a.b.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 5 SNTB1 (ENSBIXG00005004656) MTBP (ENSBIXG00005027176) MRPL13 (ENSBIXG00005027190) COL14A1 (ENSBIXG00005027368) ENSBIXG00005007587 DEPTOR (ENSBIXG00005027437) DSCC1 (ENSBIXG00005027461) ENSBIXG00005027472 TAF2 (ENSBIXG00005027563) ENPP2 (ENSBIXG00005004755) ENSBIXG00005027788 CHMP4C (ENSBIXG00005027823) SNX16 (ENSBIXG00005027908) ENSBIXG00005027949 ENSBIXG00005027960 ##22 ENSBIXG00005028034 ENSBIXG00005028045 RALYL (ENSBIXG00005028291) ENSBIXG00005028340 ENSBIXG00005028360 ENSBIXG00005028366 ENSBIXG00005004884 ENSBIXG00005028458 ENSBIXG00005028494 CA13 (ENSBIXG00005028535) ENSBIXG00005028627 ENSBIXG00005028676 ENSBIXG00005002362 ENSBIXG00005028745 ENSBIXG00005028760 Bos DUPLICATION Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.a.a.b.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.a.a.b.a ##22 Hybrid Bos Indicus DUPLICATION Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 10 HELZ (ENSBIXG00005003467) CACNG1 (ENSBIXG00005020550) CACNG4 (ENSBIXG00005020570) ENSBIXG00005020603 ENSBIXG00005020619 ##22 PRKCA (ENSBIXG00005020656) APOH (ENSBIXG00005020694) CEP112 (ENSBIXG00005006599) AXIN2 (ENSBIXG00005021209) RGS9 (ENSBIXG00005021286) ENSBIXG00005021326 GNA13 (ENSBIXG00005021343) ENSBIXG00005021358 AMZ2 (ENSBIXG00005021537) SLC16A6 (ENSBIXG00005021576) ARSG (ENSBIXG00005021680) WIPI1 (ENSBIXG00005021779) PRKAR1A (ENSBIXG00005021841) FAM20A (ENSBIXG00005003687) ENSBIXG00005021895 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 6 PTPRJ (ENSBIXG00005020754) ENSBIXG00005020766 ENSBIXG00005020780 ENSBIXG00005020789 ENSBIXG00005007157 OR4X1 (ENSBIXG00005020818) OR4S1 (ENSBIXG00005020821) ENSBIXG00005020828 ENSBIXG00005020846 ENSBIXG00005020852 ENSBIXG00005020861 ENSBIXG00005005744 ENSBIXG00005020960 ENSBIXG00005020971 ENSBIXG00005020983 ENSBIXG00005020991 ##22 ENSBIXG00005020999 ENSBIXG00005021014 ENSBIXG00005003552 ENSBIXG00005003558 ENSBIXG00005021063 ENSBIXG00005021123 ENSBIXG00005021237 ENSBIXG00005021268 ENSBIXG00005021305 ENSBIXG00005003598 ENSBIXG00005021371 ENSBIXG00005021381 ENSBIXG00005021405 ENSBIXG00005021423 OR5I1 (ENSBIXG00005021430) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.a.a.b.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES 25 ENSGT00940000158932 ENSGT00940000156272 ENSGT00390000005809 ENSGT00950000183156.a.b.b.b.b.a ENSGT00940000162935 ENSGT00390000011759 ENSGT00390000011137 ENSGT00390000013961 ENSGT00950000182986.a.b.b ENSGT00940000159198 ENSGT00940000160886.d ENSGT00940000166198 ENSGT00940000155285.b.b ENSGT00940000154509.z ENSGT00950000183140.a.a.m.a.a.b ENSGT00390000018141.i.a.a.a.b.b ##22 ENSGT00390000015159.b ENSGT00940000158547 ENSGT00940000158742 ENSGT00940000153052.c.b.a.b.l.c.a.a.b ENSGT00390000002143.a ENSGT00940000159042.a ENSGT00530000064699 ENSGT00940000159760 ENSGT00940000158506 ENSGT00390000011144 ENSGT00940000156215.f ENSGT00940000159104 ENSGT00940000159300 ENSGT00940000158587 ENSGT00950000182872.f.a.b Cow MODERN SPECIES 5 RNF139 (ENSBTAG00000020399) TATDN1 (ENSBTAG00000033446) NDUFB9 (ENSBTAG00000020405) MTSS1 (ENSBTAG00000020407) ZNF572 (ENSBTAG00000009072) SQLE (ENSBTAG00000005498) WASHC5 (ENSBTAG00000010275) NSMCE2 (ENSBTAG00000009394) TRIB1 (ENSBTAG00000023179) LRATD2 (ENSBTAG00000026172) ENSBTAG00000050469 ENSBTAG00000052622 MYC (ENSBTAG00000008409) ENSBTAG00000050216 GSDMC (ENSBTAG00000017478) ENSBTAG00000052291 ##22 CYRIB (ENSBTAG00000020801) ASAP1 (ENSBTAG00000003185) ADCY8 (ENSBTAG00000014600) ENSBTAG00000003838 EFR3A (ENSBTAG00000047834) OC90 (ENSBTAG00000007736) HHLA1 (ENSBTAG00000034196) KCNQ3 (ENSBTAG00000020667) DNAAF11 (ENSBTAG00000010548) TMEM71 (ENSBTAG00000017138) PHF20L1 (ENSBTAG00000006869) SLA (ENSBTAG00000007828) TG (ENSBTAG00000007823) CCN4 (ENSBTAG00000000707) NDRG1 (ENSBTAG00000000711) Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 5 MTSS1 (ENSBIXG00005004825) ZNF572 (ENSBIXG00005028142) SQLE (ENSBIXG00005028246) WASHC5 (ENSBIXG00005028371) NSMCE2 (ENSBIXG00005028462) TRIB1 (ENSBIXG00005028498) LRATD2 (ENSBIXG00005028575) ENSBIXG00005006639 ENSBIXG00005028619 ENSBIXG00005002377 ENSBIXG00005004951 ENSBIXG00005004952 MYC (ENSBIXG00005028785) ENSBIXG00005005029 GSDMC (ENSBIXG00005028921) ENSBIXG00005005063 ##22 CYRIB (ENSBIXG00005002096) ENSBIXG00005029009 ASAP1 (ENSBIXG00005005233) ADCY8 (ENSBIXG00005031309) ENSBIXG00005031307 EFR3A (ENSBIXG00005031297) ENSBIXG00005031289 HHLA1 (ENSBIXG00005031286) KCNQ3 (ENSBIXG00005031272) DNAAF11 (ENSBIXG00005031261) TMEM71 (ENSBIXG00005031248) PHF20L1 (ENSBIXG00005031232) SLA (ENSBIXG00005031229) ENSBIXG00005031228 TG (ENSBIXG00005031209) Bos_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.a.a.b.b ##22 Domestic yak MODERN SPECIES 9 NTAQ1 (ENSBGRG00000016244) ATAD2 (ENSBGRG00000016382) ZHX1 (ENSBGRG00000016684) C8orf76 (ENSBGRG00000016695) FAM83A (ENSBGRG00000016752) DERL1 (ENSBGRG00000016813) TBC1D31 (ENSBGRG00000017139) ZHX2 (ENSBGRG00000018256) ENSBGRG00000018273 ENSBGRG00000018302 ENSBGRG00000018322 MYC (ENSBGRG00000018699) ENSBGRG00000018788 GSDMC (ENSBGRG00000018833) CYRIB (ENSBGRG00000019014) ENSBGRG00000019206 ##22 ASAP1 (ENSBGRG00000019235) ADCY8 (ENSBGRG00000019689) EFR3A (ENSBGRG00000020172) HHLA1 (ENSBGRG00000020876) KCNQ3 (ENSBGRG00000021011) ENSBGRG00000021423 DNAAF11 (ENSBGRG00000021441) TMEM71 (ENSBGRG00000021600) PHF20L1 (ENSBGRG00000021817) TG (ENSBGRG00000022063) SLA (ENSBGRG00000022497) CCN4 (ENSBGRG00000022540) NDRG1 (ENSBGRG00000022630) ST3GAL1 (ENSBGRG00000022921) ZFAT (ENSBGRG00000022983) Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.a.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.a.a.b ##22 Hybrid Bos Indicus MODERN SPECIES 4 DCLRE1C (ENSBIXG00005025769) MEIG1 (ENSBIXG00005004408) OLAH (ENSBIXG00005025877) ACBD7 (ENSBIXG00005025917) RPP38 (ENSBIXG00005006695) NMT2 (ENSBIXG00005025974) FAM171A1 (ENSBIXG00005007634) ITGA8 (ENSBIXG00005026053) MINDY3 (ENSBIXG00005004454) ENSBIXG00005026124 ENSBIXG00005026133 PTER (ENSBIXG00005026166) C1QL3 (ENSBIXG00005026191) RSU1 (ENSBIXG00005026245) CUBN (ENSBIXG00005026292) ENSBIXG00005004488 ##22 TRDMT1 (ENSBIXG00005026377) VIM (ENSBIXG00005026430) ST8SIA6 (ENSBIXG00005004520) HACD1 (ENSBIXG00005004526) STAM (ENSBIXG00005004538) MRC1 (ENSBIXG00005026627) SLC39A12 (ENSBIXG00005026797) ENSBIXG00005004587 ENSBIXG00005026875 CACNB2 (ENSBIXG00005005335) NSUN6 (ENSBIXG00005028312) ENSBIXG00005028328 EPC1 (ENSBIXG00005028386) KIF5B (ENSBIXG00005028451) ARHGAP12 (ENSBIXG00005028591) Pecora DUPLICATION Pecora ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.b.a ##22 Percora_a ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.b.a ##22 Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.b.a ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.b.a ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.b.a ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000165693 ENSGT00940000157674 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141.i.b.b.b ##22 ENSGT00390000018141.i.b.a ##22 ENSGT00390000018141.j ##22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.a ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082.b ENSGT00900000141128 Cow MODERN SPECIES 9 VAT1L (ENSBTAG00000018146) NUDT7 (ENSBTAG00000007184) ADAMTS18 (ENSBTAG00000001010) MON1B (ENSBTAG00000052957) ENSBTAG00000012131 CNTNAP4 (ENSBTAG00000026004) TERF2IP (ENSBTAG00000015686) KARS1 (ENSBTAG00000015677) ENSBTAG00000034185 ADAT1 (ENSBTAG00000015669) GABARAPL2 (ENSBTAG00000006550) TMEM231 (ENSBTAG00000015432) CHST6 (ENSBTAG00000040000) TMEM170A (ENSBTAG00000015428) BCNT2 (ENSBTAG00000030600) ##22 CFDP2 (ENSBTAG00000009805) ##22 CFDP1 (ENSBTAG00000015427) ##22 BCAR1 (ENSBTAG00000012002) ENSBTAG00000039914 ENSBTAG00000011995 CTRB2 (ENSBTAG00000008500) ZFP1 (ENSBTAG00000000868) LDHD (ENSBTAG00000006779) ZNRF1 (ENSBTAG00000034689) WDR59 (ENSBTAG00000016878) ENSBTAG00000053121 FA2H (ENSBTAG00000012222) MLKL (ENSBTAG00000012216) RFWD3 (ENSBTAG00000004460) GLG1 (ENSBTAG00000002303) ENSBTAG00000049998 Caprinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.b.a ##22 Goat MODERN SPECIES 9 VAT1L (ENSCHIG00000025649) NUDT7 (ENSCHIG00000014899) ADAMTS18 (ENSCHIG00000011081) MON1B (ENSCHIG00000020925) CNTNAP4 (ENSCHIG00000014556) ENSCHIG00000011889 ENSCHIG00000021323 ENSCHIG00000014108 ADAT1 (ENSCHIG00000022974) GABARAPL2 (ENSCHIG00000015518) TMEM231 (ENSCHIG00000024577) ENSCHIG00000016461 ENSCHIG00000010376 TMEM170A (ENSCHIG00000026355) ENSCHIG00000025111 P97BCNT (ENSCHIG00000018018) ##22 BCNT (ENSCHIG00000016114) ##22 BCAR1 (ENSCHIG00000026368) ENSCHIG00000004404 ENSCHIG00000014007 ENSCHIG00000019649 ENSCHIG00000003189 ZFP1 (ENSCHIG00000015281) LDHD (ENSCHIG00000012303) ZNRF1 (ENSCHIG00000010049) WDR59 (ENSCHIG00000010052) 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Bovidae DUPLICATION Bovidae DUPLICATION Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.b.b.a.a ##22 Caprinae ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00530000063410.a.i ENSGT00390000016551 ENSGT00940000161234 ENSGT00940000157597 ENSGT00940000153899.b.b ENSGT00940000155345 ENSGT00390000012029 ENSGT00550000074956.w ENSGT00940000157824 ENSGT00960000190232 ENSGT00940000153408.B ENSGT00940000158659 ENSGT00940000157344 ENSGT00390000004911 ENSGT00940000154909 ENSGT00390000018141.i.b.b.a.a ##22 ENSGT00940000154447.j.a ENSGT00940000154447.j.b ENSGT00940000161705 ENSGT00940000156351 ENSGT00940000154761 ENSGT00940000163007 ENSGT00510000047171 ENSGT00940000157038 ENSGT00530000064712 ENSGT00390000017613 ENSGT00390000009488 ENSGT00940000159305 ENSGT00940000162822 ENSGT00950000183185.c.a.a ENSGT00390000014909 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 19 TMEM17 (ENSOARG00020001441) B3GNT2 (ENSOARG00020001451) COMMD1 (ENSOARG00020001461) ENSOARG00020001479 FAM161A (ENSOARG00020001502) ENSOARG00020001550 ENSOARG00020001558 XPO1 (ENSOARG00020001587) USP34 (ENSOARG00020001682) ENSOARG00020002186 C2orf74 (ENSOARG00020002212) ENSOARG00020002228 ENSOARG00020002231 LRRTM4 (ENSOARG00020002254) ENSOARG00020002275 ENSOARG00020002288 ##22 ENSOARG00020002295 ENSOARG00020002303 ENSOARG00020002315 ENSOARG00020002346 ENSOARG00020002369 CTNNA2 (ENSOARG00020002405) LRRTM1 (ENSOARG00020002530) ENSOARG00020002555 ENSOARG00020002597 SUCLG1 (ENSOARG00020002604) DNAH6 (ENSOARG00020002647) TMSB10 (ENSOARG00020002756) KCMF1 (ENSOARG00020002774) TCF7L1 (ENSOARG00020002813) ENSOARG00020002845 Goat MODERN SPECIES 2 EHBP1 (ENSCHIG00000013762) TMEM17 (ENSCHIG00000012499) B3GNT2 (ENSCHIG00000009561) COMMD1 (ENSCHIG00000017790) ENSCHIG00000014125 FAM161A (ENSCHIG00000013966) ENSCHIG00000024725 XPO1 (ENSCHIG00000018132) USP34 (ENSCHIG00000015071) ENSCHIG00000022308 C2orf74 (ENSCHIG00000015008) ENSCHIG00000025266 ENSCHIG00000008786 ENSCHIG00000025227 LRRTM4 (ENSCHIG00000016508) ENSCHIG00000025075 ##22 ENSCHIG00000014658 ENSCHIG00000023171 ENSCHIG00000025452 ENSCHIG00000003525 ENSCHIG00000013598 ENSCHIG00000022670 ENSCHIG00000011788 ENSCHIG00000018484 ENSCHIG00000017719 ENSCHIG00000026793 ENSCHIG00000025698 LRRTM1 (ENSCHIG00000008402) ENSCHIG00000023681 ENSCHIG00000014730 ENSCHIG00000009879 Bovidae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000165693 ENSGT00940000157674 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000169524 ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141.i.b.b.a.b ##22 ENSGT00960000192531 ENSGT00390000018141.j ##22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.a ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082.b Caprinae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000154593.b ENSGT00950000183186.B.a ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000165693 ENSGT00940000157674 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141.i.b.b.a.b ##22 ENSGT00960000192531 ENSGT00390000018141.j ##22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.a ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00990000206477 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 Rambouillet Sheep MODERN SPECIES 5 ENSOARG00020022554 VAT1L (ENSOARG00020022400) NUDT7 (ENSOARG00020022376) ADAMTS18 (ENSOARG00020022075) MON1B (ENSOARG00020021839) ENSOARG00020021758 CNTNAP4 (ENSOARG00020020643) TERF2IP (ENSOARG00020020501) KARS1 (ENSOARG00020020380) ADAT1 (ENSOARG00020020340) GABARAPL2 (ENSOARG00020020261) TMEM231 (ENSOARG00020020161) ENSOARG00020020145 ENSOARG00020020133 TMEM170A (ENSOARG00020020052) ENSOARG00020019987 ##22 ENSOARG00020019963 CFDP1 (ENSOARG00020019894) ##22 BCAR1 (ENSOARG00020019538) ENSOARG00020019304 ENSOARG00020019217 ENSOARG00020019141 ZFP1 (ENSOARG00020019072) LDHD (ENSOARG00020018914) ZNRF1 (ENSOARG00020018873) WDR59 (ENSOARG00020018528) ENSOARG00020018463 FA2H (ENSOARG00020018407) MLKL (ENSOARG00020018332) RFWD3 (ENSOARG00020018287) ENSOARG00020018207 Bovinae ANCESTRAL SPECIES 3 ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000165693 ENSGT00940000157674 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000169524 ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141.i.b.b.a.b ##22 ENSGT00960000192531 ENSGT00390000018141.j ##22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.a ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082.b American bison MODERN SPECIES 3209 CLEC3A (ENSBBBG00000019590) VAT1L (ENSBBBG00000019613) NUDT7 (ENSBBBG00000019632) ADAMTS18 (ENSBBBG00000005184) ENSBBBG00000019668 MON1B (ENSBBBG00000019685) ENSBBBG00000005336 CNTNAP4 (ENSBBBG00000019886) ENSBBBG00000019908 ENSBBBG00000019911 KARS1 (ENSBBBG00000019923) ADAT1 (ENSBBBG00000019933) ENSBBBG00000019940 TMEM231 (ENSBBBG00000005124) ENSBBBG00000019984 ENSBBBG00000005110 ##22 ENSBBBG00000019997 CFDP1 (ENSBBBG00000020005) ##22 BCAR1 (ENSBBBG00000020065) ENSBBBG00000020084 ENSBBBG00000020094 ENSBBBG00000007468 ZFP1 (ENSBBBG00000020103) LDHD (ENSBBBG00000020110) ZNRF1 (ENSBBBG00000020128) WDR59 (ENSBBBG00000020161) FA2H (ENSBBBG00000020178) MLKL (ENSBBBG00000020199) RFWD3 (ENSBBBG00000005452) ENSBBBG00000020210 GLG1 (ENSBBBG00000009077) Bovidae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.b.b.b ##22 Bovinae ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.b.b.b ##22 Bos ANCESTRAL SPECIES ENSGT00390000018141.i.b.b.b ##22 Bos_b ANCESTRAL SPECIES ENSGT00950000183186.B.a ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000165693 ENSGT00940000157674 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141.i.b.b.b ##22 ENSGT00390000018141.i.b.a ##22 ENSGT00390000018141.j ##22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.a ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082.b Cow MODERN SPECIES 9 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(ENSCHYG00000015694) ENSCHYG00000015502 TERF2IP (ENSCHYG00000015398) KARS1 (ENSCHYG00000015160) ADAT1 (ENSCHYG00000014799) ENSCHYG00000014649 TMEM231 (ENSCHYG00000014326) ENSCHYG00000014284 TMEM170A (ENSCHYG00000014154) ENSCHYG00000014114 ENSCHYG00000014060 ##22 ENSCHYG00000014043 ENSCHYG00000013929 ##22 ENSCHYG00000013849 ENSCHYG00000013782 ##22 BCAR1 (ENSCHYG00000013252) ENSCHYG00000013182 ENSCHYG00000013063 ENSCHYG00000012893 ZFP1 (ENSCHYG00000012804) LDHD (ENSCHYG00000012479) ZNRF1 (ENSCHYG00000012407) ENSCHYG00000012397 WDR59 (ENSCHYG00000012118) ENSCHYG00000012080 FA2H (ENSCHYG00000012036) Pecora ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000165693 ENSGT00940000157674 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000169524 ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141.j ##22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.a ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082.b ENSGT00900000141128 ENSGT00940000153348.A Yarkand deer DUPLICATION Yarkand deer MODERN SPECIES 27 ENSCHYG00000016659 CNTNAP4 (ENSCHYG00000015694) ENSCHYG00000015502 TERF2IP (ENSCHYG00000015398) KARS1 (ENSCHYG00000015160) ADAT1 (ENSCHYG00000014799) ENSCHYG00000014649 TMEM231 (ENSCHYG00000014326) ENSCHYG00000014284 TMEM170A (ENSCHYG00000014154) ENSCHYG00000014114 ENSCHYG00000014060 ##22 ENSCHYG00000014043 ENSCHYG00000013929 ##22 ENSCHYG00000013849 ENSCHYG00000013782 ##22 BCAR1 (ENSCHYG00000013252) ENSCHYG00000013182 ENSCHYG00000013063 ENSCHYG00000012893 ZFP1 (ENSCHYG00000012804) LDHD (ENSCHYG00000012479) ZNRF1 (ENSCHYG00000012407) ENSCHYG00000012397 WDR59 (ENSCHYG00000012118) ENSCHYG00000012080 FA2H (ENSCHYG00000012036) MLKL (ENSCHYG00000011909) RFWD3 (ENSCHYG00000011840) GLG1 (ENSCHYG00000011379) ENSCHYG00000011287 Yarkand deer MODERN SPECIES 7 FBP2 (ENSCHYG00000017797) CTSL (ENSCHYG00000017720) DAPK1 (ENSCHYG00000017064) ENSCHYG00000016995 GAS1 (ENSCHYG00000016949) ENSCHYG00000016910 TUT7 (ENSCHYG00000016346) ENSCHYG00000016237 ENSCHYG00000016108 GOLM1 (ENSCHYG00000015988) NAA35 (ENSCHYG00000015776) AGTPBP1 (ENSCHYG00000014224) NTRK2 (ENSCHYG00000013465) ENSCHYG00000013387 ENSCHYG00000013335 ENSCHYG00000013297 ##22 SLC28A3 (ENSCHYG00000012981) RMI1 (ENSCHYG00000012958) HNRNPK (ENSCHYG00000012829) ENSCHYG00000012796 C9orf64 (ENSCHYG00000012739) KIF27 (ENSCHYG00000012141) GKAP1 (ENSCHYG00000011923) UBQLN1 (ENSCHYG00000011721) IDNK (ENSCHYG00000011670) ENSCHYG00000011624 FRMD3 (ENSCHYG00000010995) ENSCHYG00000010902 RASEF (ENSCHYG00000010540) ENSCHYG00000010505 CCL21 (ENSCHYG00000010467) Percora_a ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000165693 ENSGT00940000157674 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000169524 ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141.j ##22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.a ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082.b ENSGT00900000141128 ENSGT00940000153348.A Bovidae ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000165693 ENSGT00940000157674 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000169524 ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141.i.b.b.a.b ##22 ENSGT00960000192531 ENSGT00390000018141.j ##22 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ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141.i.b.b.b ##22 ENSGT00390000018141.i.b.a ##22 ENSGT00390000018141.j ##22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.a ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082.b ENSGT00900000141128 ENSGT00940000153348.A Cow MODERN SPECIES 9 NUDT7 (ENSBTAG00000007184) ADAMTS18 (ENSBTAG00000001010) MON1B (ENSBTAG00000052957) ENSBTAG00000012131 CNTNAP4 (ENSBTAG00000026004) TERF2IP (ENSBTAG00000015686) KARS1 (ENSBTAG00000015677) ENSBTAG00000034185 ADAT1 (ENSBTAG00000015669) GABARAPL2 (ENSBTAG00000006550) TMEM231 (ENSBTAG00000015432) CHST6 (ENSBTAG00000040000) TMEM170A (ENSBTAG00000015428) BCNT2 (ENSBTAG00000030600) ##22 CFDP2 (ENSBTAG00000009805) ##22 CFDP1 (ENSBTAG00000015427) ##22 BCAR1 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ENSGT00390000011262 ENSGT00390000006051.a.a.a.a ENSGT00940000159082.b ENSGT00900000141128 Domestic yak MODERN SPECIES 12 VAT1L (ENSBGRG00000024156) ENSBGRG00000024244 ADAMTS18 (ENSBGRG00000024315) SYCE1L (ENSBGRG00000024519) MON1B (ENSBGRG00000024539) ENSBGRG00000024592 CNTNAP4 (ENSBGRG00000024655) ENSBGRG00000025029 TERF2IP (ENSBGRG00000025031) KARS1 (ENSBGRG00000025047) ADAT1 (ENSBGRG00000025133) GABARAPL2 (ENSBGRG00000025206) TMEM231 (ENSBGRG00000012554) ENSBGRG00000012642 TMEM170A (ENSBGRG00000012656) CFDP1 (ENSBGRG00000012860) ##22 BCAR1 (ENSBGRG00000013119) ENSBGRG00000013202 ENSBGRG00000013497 ENSBGRG00000013581 ZFP1 (ENSBGRG00000013658) LDHD (ENSBGRG00000013722) ENSBGRG00000014041 ENSBGRG00000014175 ##22 WDR59 (ENSBGRG00000014214) ENSBGRG00000014830 FA2H (ENSBGRG00000014884) MLKL (ENSBGRG00000014976) RFWD3 (ENSBGRG00000015135) GLG1 (ENSBGRG00000015414) ENSBGRG00000016521 Wild yak MODERN SPECIES 638 CNTNAP4 (ENSBMUG00000021796) TERF2IP (ENSBMUG00000021861) KARS1 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MODERN SPECIES 10 ADAMTS18 (ENSBMSG00010013750) SYCE1L (ENSBMSG00010013688) MON1B (ENSBMSG00010013661) ENSBMSG00010013645 CNTNAP4 (ENSBMSG00010013511) ENSBMSG00010013399 ENSBMSG00010019785 ENSBMSG00010019772 TERF2IP (ENSBMSG00010019727) ENSBMSG00010019637 ADAT1 (ENSBMSG00010019588) GABARAPL2 (ENSBMSG00010019521) ENSBMSG00010019356 ENSBMSG00010019324 TMEM170A (ENSBMSG00010019285) CFDP1 (ENSBMSG00010019248) #22 BCAR1 (ENSBMSG00010019177) ENSBMSG00010019045 ENSBMSG00010018982 ENSBMSG00010018927 ZFP1 (ENSBMSG00010018861) LDHD (ENSBMSG00010018785) ZNRF1 (ENSBMSG00010018717) WDR59 (ENSBMSG00010018647) FA2H (ENSBMSG00010018601) RFWD3 (ENSBMSG00010018490) GLG1 (ENSBMSG00010018426) PDPR (ENSBMSG00010018372) ENSBMSG00010018292 EXOSC6 (ENSBMSG00010018270) AARS1 (ENSBMSG00010018248) Odontoceti ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000157674 ENSGT00390000000854.c.b.k.b.b ENSGT00390000005351.e 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ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000165693 ENSGT00940000157674 ENSGT00940000154537 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.a ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082.b ENSGT00900000141128 ENSGT00940000153348.A Alpaca MODERN SPECIES 1203 CNTNAP4 (ENSVPAG00000003719) ENSVPAG00000003718 TERF2IP (ENSVPAG00000003717) KARS1 (ENSVPAG00000003716) ADAT1 (ENSVPAG00000003715) GABARAPL2 (ENSVPAG00000003714) TMEM231 (ENSVPAG00000003713) TMEM170A (ENSVPAG00000003709) CFDP1 (ENSVPAG00000003708) #22 Arabian camel MODERN SPECIES 35 CLEC3A (ENSCDRG00005015888) VAT1L (ENSCDRG00005015834) NUDT7 (ENSCDRG00005015789) ADAMTS18 (ENSCDRG00005015619) ENSCDRG00005015563 MON1B (ENSCDRG00005015477) ENSCDRG00005015417 CNTNAP4 (ENSCDRG00005015194) TERF2IP (ENSCDRG00005015151) KARS1 (ENSCDRG00005014983) ADAT1 (ENSCDRG00005014919) GABARAPL2 (ENSCDRG00005014847) TMEM231 (ENSCDRG00005014769) ENSCDRG00005014751 TMEM170A (ENSCDRG00005014576) CFDP1 (ENSCDRG00005014471) #22 BCAR1 (ENSCDRG00005014264) ENSCDRG00005014091 ENSCDRG00005014042 ENSCDRG00005013972 ENSCDRG00005013942 ZFP1 (ENSCDRG00005013902) LDHD (ENSCDRG00005013842) ZNRF1 (ENSCDRG00005013780) WDR59 (ENSCDRG00005013472) FA2H (ENSCDRG00005013362) MLKL (ENSCDRG00005013278) RFWD3 (ENSCDRG00005013151) ENSCDRG00005013138 GLG1 (ENSCDRG00005012462) ENSCDRG00005012399 Suina ANCESTRAL SPECIES 36 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000165693 ENSGT00940000157674 ENSGT00940000165352 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00940000163452 ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.a ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082.b ENSGT00900000141128 ENSGT00940000153348.A Pig MODERN SPECIES 14 ENSSSCG00000034356 ENSSSCG00000002700 MON1B (ENSSSCG00000002701) ENSSSCG00000039747 ENSSSCG00000042144 CNTNAP4 (ENSSSCG00000023125) TERF2IP (ENSSSCG00000002703) ENSSSCG00000055534 KARS1 (ENSSSCG00000002704) ADAT1 (ENSSSCG00000002706) GABARAPL2 (ENSSSCG00000002707) TMEM231 (ENSSSCG00000002708) ENSSSCG00000002709 TMEM170A (ENSSSCG00000028464) ENSSSCG00000047099 CFDP1 (ENSSSCG00000033842) #22 BCAR1 (ENSSSCG00000028878) ENSSSCG00000023012 ENSSSCG00000030698 ENSSSCG00000023127 ZFP1 (ENSSSCG00000022668) LDHD (ENSSSCG00000002712) ZNRF1 (ENSSSCG00000031462) WDR59 (ENSSSCG00000002714) FA2H (ENSSSCG00000002718) MLKL (ENSSSCG00000002716) RFWD3 (ENSSSCG00000002715) GLG1 (ENSSSCG00000030420) PDPR (ENSSSCG00000002724) ENSSSCG00000002720 EXOSC6 (ENSSSCG00000002719) Chacoan peccary MODERN SPECIES 10 CLEC3A (ENSCWAG00000003144) VAT1L (ENSCWAG00000003111) NUDT7 (ENSCWAG00000003085) ADAMTS18 (ENSCWAG00000003043) MON1B (ENSCWAG00000003007) ENSCWAG00000002981 CNTNAP4 (ENSCWAG00000002643) DUXB (ENSCWAG00000002591) TERF2IP (ENSCWAG00000002579) KARS1 (ENSCWAG00000002515) ADAT1 (ENSCWAG00000002491) GABARAPL2 (ENSCWAG00000002468) TMEM231 (ENSCWAG00000002440) ENSCWAG00000002426 TMEM170A (ENSCWAG00000002411) CFDP1 (ENSCWAG00000002396) #22 BCAR1 (ENSCWAG00000002343) ENSCWAG00000002230 ENSCWAG00000002174 ENSCWAG00000002158 ZFP1 (ENSCWAG00000002148) ENSCWAG00000002133 LDHD (ENSCWAG00000002099) ZNRF1 (ENSCWAG00000002082) WDR59 (ENSCWAG00000002059) FA2H (ENSCWAG00000002031) MLKL (ENSCWAG00000002018) RFWD3 (ENSCWAG00000001988) GLG1 (ENSCWAG00000001891) PDPR (ENSCWAG00000001860) ENSCWAG00000001830 Laurasiatheria_b ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000165693 ENSGT00940000157674 ENSGT00940000165352 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000169524 ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00940000163452 ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.r ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082.b ENSGT00940000166736 ENSGT00940000159082.a.b Laurasiatheria_c ANCESTRAL SPECIES 4 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000165693 ENSGT00940000157674 ENSGT00940000165352 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00940000163452 ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.a ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082.b ENSGT00900000141128 ENSGT00940000153348.A ENSGT00940000157335 Equus ANCESTRAL SPECIES 20 ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000165693 ENSGT00940000157674 ENSGT00940000165352 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.a ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00740000117161.e.a.b ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082.b ENSGT00900000141128 ENSGT00940000153348.A Donkey MODERN SPECIES 20 NUDT7 (ENSEASG00005013555) ADAMTS18 (ENSEASG00005013537) SYCE1L (ENSEASG00005032860) MON1B (ENSEASG00005013527) ENSEASG00005030506 ENSEASG00005024465 CNTNAP4 (ENSEASG00005013505) DUXB (ENSEASG00005035927) TERF2IP (ENSEASG00005013503) KARS1 (ENSEASG00005013497) ADAT1 (ENSEASG00005013492) ENSEASG00005013490 TMEM231 (ENSEASG00005013486) ENSEASG00005013483 TMEM170A (ENSEASG00005030587) CFDP1 (ENSEASG00005013478) #22 BCAR1 (ENSEASG00005013475) ENSEASG00005013473 ENSEASG00005013464 ZFP1 (ENSEASG00005034789) LDHD (ENSEASG00005013448) ZNRF1 (ENSEASG00005013444) WDR59 (ENSEASG00005013439) FA2H (ENSEASG00005013435) MLKL (ENSEASG00005013434) RFWD3 (ENSEASG00005013430) ENSEASG00005024084 ENSEASG00005013419 ENSEASG00005013415 ENSEASG00005013412 ENSEASG00005027260 Horse MODERN SPECIES 22 ENSECAG00000030127 ENSECAG00000032946 ENSECAG00000059274 CNTNAP4 (ENSECAG00000011893) ENSECAG00000052496 ENSECAG00000027915 ENSECAG00000042280 TERF2IP (ENSECAG00000010776) KARS1 (ENSECAG00000013424) ADAT1 (ENSECAG00000009128) GABARAPL2 (ENSECAG00000000474) TMEM231 (ENSECAG00000023433) ENSECAG00000023425 TMEM170A (ENSECAG00000059165) ENSECAG00000037430 CFDP1 (ENSECAG00000018926) #22 BCAR1 (ENSECAG00000014666) ENSECAG00000021596 ENSECAG00000016086 ZFP1 (ENSECAG00000014727) LDHD (ENSECAG00000010322) ZNRF1 (ENSECAG00000030990) WDR59 (ENSECAG00000022834) FA2H (ENSECAG00000020245) MLKL (ENSECAG00000017558) RFWD3 (ENSECAG00000014965) ENSECAG00000035993 GLG1 (ENSECAG00000016433) PDPR (ENSECAG00000023598) ENSECAG00000012835 EXOSC6 (ENSECAG00000039860) Chiroptera ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00950000183186.B.a ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000165693 ENSGT00940000157674 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.r ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082.b ENSGT00900000141128 ENSGT00940000153348.A ENSGT00940000157335 Megabat MODERN SPECIES 1455 TMEM170A (ENSPVAG00000008151) CFDP1 (ENSPVAG00000008150) #22 Microchiroptera ANCESTRAL SPECIES 12 ENSGT00950000183186.B.a ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000165693 ENSGT00940000157674 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.r ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082.b ENSGT00900000141128 ENSGT00940000153348.A ENSGT00940000157335 Microbat MODERN SPECIES 972 VAT1L (ENSMLUG00000009345) NUDT7 (ENSMLUG00000009335) ADAMTS18 (ENSMLUG00000009268) ENSMLUG00000026103 MON1B (ENSMLUG00000003775) ENSMLUG00000022726 CNTNAP4 (ENSMLUG00000012921) TERF2IP (ENSMLUG00000015124) KARS1 (ENSMLUG00000015119) ENSMLUG00000015114 GABARAPL2 (ENSMLUG00000015112) TMEM231 (ENSMLUG00000013430) ENSMLUG00000028211 ENSMLUG00000013434 TMEM170A (ENSMLUG00000013438) CFDP1 (ENSMLUG00000000890) #22 ENSMLUG00000024251 BCAR1 (ENSMLUG00000027539) ENSMLUG00000002045 ZFP1 (ENSMLUG00000002042) Greater horseshoe bat MODERN SPECIES 6 CLEC3A (ENSRFEG00010008108) VAT1L (ENSRFEG00010008062) NUDT7 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shrew MODERN SPECIES 2119 ADAT1 (ENSTBEG00000015813) TMEM170A (ENSTBEG00000015600) CFDP1 (ENSTBEG00000015362) #22 Glires ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000165693 ENSGT00940000157674 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162986.q.a ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.r ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000166736 ENSGT00940000159082 ENSGT00900000141128 ENSGT00940000153348.A ENSGT00940000157335 Lagomorpha ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000165693 ENSGT00940000157674 ENSGT00940000165352 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.b.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.b.a ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082 ENSGT00900000141128 ENSGT00940000157335 ENSGT00940000154417.a.b Rabbit MODERN SPECIES 16 VAT1L (ENSOCUG00000001863) NUDT7 (ENSOCUG00000001859) ADAMTS18 (ENSOCUG00000014350) MON1B (ENSOCUG00000024409) ENSOCUG00000029408 CNTNAP4 (ENSOCUG00000002907) ENSOCUG00000026220 ENSOCUG00000030510 ENSOCUG00000027437 TERF2IP (ENSOCUG00000015563) KARS1 (ENSOCUG00000015553) ADAT1 (ENSOCUG00000015540) GABARAPL2 (ENSOCUG00000016600) TMEM231 (ENSOCUG00000008718) TMEM170A (ENSOCUG00000009283) CFDP1 (ENSOCUG00000006689) #22 BCAR1 (ENSOCUG00000015992) ENSOCUG00000011106 ENSOCUG00000024901 ENSOCUG00000012429 ZFP1 (ENSOCUG00000001924) LDHD (ENSOCUG00000001913) ZNRF1 (ENSOCUG00000023442) WDR59 (ENSOCUG00000011087) FA2H (ENSOCUG00000030940) RFWD3 (ENSOCUG00000009152) GLG1 (ENSOCUG00000003425) PDPR (ENSOCUG00000005470) ENSOCUG00000001761 AARS1 (ENSOCUG00000008872) ENSOCUG00000030085 Pika MODERN SPECIES 4008 CFDP1 (ENSOPRG00000006168) #22 BCAR1 (ENSOPRG00000006145) ENSOPRG00000006131 ENSOPRG00000006127 ZFP1 (ENSOPRG00000006123) Rodentia ANCESTRAL SPECIES 8 ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000165693 ENSGT00940000157674 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162986.q.a ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.r ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000166736 ENSGT00940000159082 ENSGT00900000141128 ENSGT00940000153348.A ENSGT00940000157335 Rodentia_A ANCESTRAL SPECIES 6 ENSGT00950000183186.B.a ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000165693 ENSGT00940000157674 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.r ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000166736 ENSGT00940000159082 ENSGT00900000141128 ENSGT00940000153348.A ENSGT00940000157335 Hystricomorpha ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00950000183186.B.a ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b 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ENSGT00900000141128 ENSGT00940000153348.A ENSGT00940000157335 Alpin marmot MODERN SPECIES 43 WWOX (ENSMMMG00000012447) CLEC3A (ENSMMMG00000012467) VAT1L (ENSMMMG00000012469) NUDT7 (ENSMMMG00000012478) ADAMTS18 (ENSMMMG00000012500) MON1B (ENSMMMG00000012559) ENSMMMG00000012568 CNTNAP4 (ENSMMMG00000012584) TERF2IP (ENSMMMG00000012629) KARS1 (ENSMMMG00000012632) ADAT1 (ENSMMMG00000012661) GABARAPL2 (ENSMMMG00000012698) TMEM231 (ENSMMMG00000012707) ENSMMMG00000012719 ENSMMMG00000012722 CFDP1 (ENSMMMG00000012727) #22 BCAR1 (ENSMMMG00000012730) ENSMMMG00000012747 ENSMMMG00000012754 ZFP1 (ENSMMMG00000012774) LDHD (ENSMMMG00000012779) ZNRF1 (ENSMMMG00000012822) WDR59 (ENSMMMG00000012840) FA2H (ENSMMMG00000012925) MLKL (ENSMMMG00000012932) RFWD3 (ENSMMMG00000012944) GLG1 (ENSMMMG00000013000) ENSMMMG00000013049 PDPR (ENSMMMG00000013052) ENSMMMG00000013087 AARS1 (ENSMMMG00000013100) Marmotini_b ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000157389 ENSGT00950000183186.B.a ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000157674 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.r ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082 ENSGT00900000141128 ENSGT00940000153348.A ENSGT00940000157335 ENSGT01100000264521 Squirrel MODERN SPECIES 75 DYNLRB2 (ENSSTOG00000023418) WWOX (ENSSTOG00000028005) CLEC3A (ENSSTOG00000005493) VAT1L (ENSSTOG00000005476) NUDT7 (ENSSTOG00000028240) ADAMTS18 (ENSSTOG00000012392) ENSSTOG00000026850 MON1B (ENSSTOG00000027070) CNTNAP4 (ENSSTOG00000000938) TERF2IP (ENSSTOG00000023669) KARS1 (ENSSTOG00000004205) ADAT1 (ENSSTOG00000022627) GABARAPL2 (ENSSTOG00000020123) TMEM231 (ENSSTOG00000013791) TMEM170A 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NUDT7 (ENSSVLG00005015783) ADAMTS18 (ENSSVLG00005015898) ENSSVLG00005016092 SYCE1L (ENSSVLG00005016146) MON1B (ENSSVLG00005016284) CNTNAP4 (ENSSVLG00005016453) ENSSVLG00005017621 DUXB (ENSSVLG00005017671) TERF2IP (ENSSVLG00005017752) KARS1 (ENSSVLG00005017790) ADAT1 (ENSSVLG00005017872) GABARAPL2 (ENSSVLG00005017970) TMEM231 (ENSSVLG00005018059) ENSSVLG00005018139 TMEM170A (ENSSVLG00005018166) CFDP1 (ENSSVLG00005018315) #22 BCAR1 (ENSSVLG00005018450) ENSSVLG00005018505 ZFP1 (ENSSVLG00005018583) LDHD (ENSSVLG00005018665) ZNRF1 (ENSSVLG00005018778) WDR59 (ENSSVLG00005018837) FA2H (ENSSVLG00005018910) MLKL (ENSSVLG00005018999) RFWD3 (ENSSVLG00005019092) GLG1 (ENSSVLG00005019575) PDPR (ENSSVLG00005020293) ENSSVLG00005020455 EXOSC6 (ENSSVLG00005020664) AARS1 (ENSSVLG00005020683) ENSSVLG00005020737 Rodentia_B ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00950000183186.B.a ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000157674 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162986.q.a ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.r ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082 ENSGT00900000141128 ENSGT00940000153348.A ENSGT00940000157335 ENSGT00940000154417.a.b Kangaroo rat MODERN SPECIES 337 Maf (ENSDORG00000028766) Wwox (ENSDORG00000014966) Clec3a (ENSDORG00000014965) Vat1l (ENSDORG00000005299) Nudt7 (ENSDORG00000011038) Adamts18 (ENSDORG00000003587) Mon1b (ENSDORG00000003584) Cntnap4 (ENSDORG00000010466) Terf2ip (ENSDORG00000004783) Kars (ENSDORG00000004780) Adat1 (ENSDORG00000004779) Gabarapl2 (ENSDORG00000029545) Tmem231 (ENSDORG00000012411) ENSDORG00000026949 Tmem170 (ENSDORG00000023426) Cfdp1 (ENSDORG00000006329) #22 Bcar1 (ENSDORG00000006327) Ctrb1 (ENSDORG00000006317) Zfp1 (ENSDORG00000011934) Ldhd (ENSDORG00000011933) Znrf1 (ENSDORG00000011928) Wdr59 (ENSDORG00000004163) Fa2h (ENSDORG00000023167) Rfwd3 (ENSDORG00000007727) Glg1 (ENSDORG00000007724) Pdpr (ENSDORG00000004105) Clec18a (ENSDORG00000004108) Aars (ENSDORG00000004110) Ddx19b (ENSDORG00000004421) Ddx19a (ENSDORG00000002078) St3gal2 (ENSDORG00000025194) Myomorpha ANCESTRAL SPECIES 22 ENSGT00940000154593.b ENSGT00950000183186.B.a ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000157674 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162986.q.a ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.r ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082 ENSGT00900000141128 ENSGT00940000153348.A ENSGT00940000157335 ENSGT00940000154417.a.b Muroidea ANCESTRAL SPECIES 19 ENSGT00940000157389 ENSGT00950000183186.B.a ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000157674 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162986.q.a ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.r ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082 ENSGT00900000141128 ENSGT00940000153348.A ENSGT00940000157335 ENSGT00940000154417.a.b Muroidea_A ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000157389 ENSGT00950000183186.B.a ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000157674 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162986.q.a ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.r ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082 ENSGT00900000141128 ENSGT00940000153348.A ENSGT00940000157335 ENSGT00940000154417.a.b Cricetidae ANCESTRAL SPECIES 7 ENSGT00940000157389 ENSGT00950000183186.B.a ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000157674 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162986.q.a ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.r ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082 ENSGT00900000141128 ENSGT00940000153348.A ENSGT00940000157335 ENSGT01080000257453 Cricetinae ANCESTRAL SPECIES 16 ENSGT00940000157389 ENSGT00950000183186.B.a ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000157674 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162986.q.a ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.r ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082 ENSGT00900000141128 ENSGT00940000153348.A ENSGT00940000157335 ENSGT00940000154417.a.b Golden Hamster DUPLICATION Golden Hamster MODERN SPECIES 680 Mapk4 (ENSMAUG00000017116) Ska1 (ENSMAUG00000003566) Cxxc1 (ENSMAUG00000015537) ENSMAUG00000021798 ENSMAUG00000010397 Myo5b (ENSMAUG00000000930) Acaa2 (ENSMAUG00000018671) Lipg (ENSMAUG00000000351) Rpl17 (ENSMAUG00000015927) BC031181 (ENSMAUG00000019483) Dym (ENSMAUG00000017721) ENSMAUG00000020878 #22 Smad7 (ENSMAUG00000020326) Ctif (ENSMAUG00000000656) Zbtb7c (ENSMAUG00000000374) Smad2 (ENSMAUG00000006737) Skor2 (ENSMAUG00000016006) ENSMAUG00000012040 Hdhd2 (ENSMAUG00000019526) Katnal2 (ENSMAUG00000019836) Pias2 (ENSMAUG00000014565) St8sia5 (ENSMAUG00000011966) Loxhd1 (ENSMAUG00000010353) Rnf165 (ENSMAUG00000017550) 8030462N17Rik (ENSMAUG00000006561) Haus1 (ENSMAUG00000009723) Atp5f1a (ENSMAUG00000019838) Golden Hamster MODERN SPECIES 654 Cdyl2 (ENSMAUG00000015698) Dynlrb2 (ENSMAUG00000010167) Maf (ENSMAUG00000021039) Wwox (ENSMAUG00000007520) Clec3a (ENSMAUG00000014441) Vat1l (ENSMAUG00000016275) ENSMAUG00000003225 ENSMAUG00000010341 Adamts18 (ENSMAUG00000022273) Mon1b (ENSMAUG00000000766) Cntnap4 (ENSMAUG00000011098) Adat1 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Ctrb1 (ENSCGRG00001009962) Dph3 (ENSCGRG00001009461) Zfp1 (ENSCGRG00001010967) Ldhd (ENSCGRG00001019430) Znrf1 (ENSCGRG00001022179) Wdr59 (ENSCGRG00001016673) Fa2h (ENSCGRG00001000708) Mlkl (ENSCGRG00001014734) Rfwd3 (ENSCGRG00001023818) Glg1 (ENSCGRG00001018933) Pdpr (ENSCGRG00001021291) Clec18a (ENSCGRG00001018618) Exosc6 (ENSCGRG00001000899) AARS (ENSCGRG00001014390) Cricetidae_B ANCESTRAL SPECIES 5 ENSGT00940000157389 ENSGT00950000183186.B.a ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000157674 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162986.q.a ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.r ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082 ENSGT00900000141128 ENSGT00940000153348.A ENSGT00940000157335 ENSGT00940000154417.a.b Prairie vole MODERN SPECIES 12 Ogfod1 (ENSMOCG00000022366) Nudt21 (ENSMOCG00000018234) Amfr (ENSMOCG00000006403) ENSMOCG00000002356 Ces5a (ENSMOCG00000018804) ENSMOCG00000009344 ENSMOCG00000022115 Ces1g (ENSMOCG00000011151) ENSMOCG00000021229 Terf2ip (ENSMOCG00000013512) ENSMOCG00000011829 Adat1 (ENSMOCG00000018424) ENSMOCG00000006618 Tmem231 (ENSMOCG00000015639) Tmem170 (ENSMOCG00000019466) Cfdp1 (ENSMOCG00000022266) #22 Bcar1 (ENSMOCG00000009928) Ctrb1 (ENSMOCG00000001435) Zfp1 (ENSMOCG00000002761) Ldhd (ENSMOCG00000022757) Znrf1 (ENSMOCG00000013325) Wdr59 (ENSMOCG00000002685) Fa2h (ENSMOCG00000000805) ENSMOCG00000007184 Mlkl (ENSMOCG00000011266) Rfwd3 (ENSMOCG00000022178) Glg1 (ENSMOCG00000016266) Pdpr (ENSMOCG00000022134) Clec18a (ENSMOCG00000018614) Exosc6 (ENSMOCG00000003020) Aars (ENSMOCG00000005336) Northern American deer mouse DUPLICATION Northern American deer mouse DUPLICATION Northern American deer mouse MODERN SPECIES 18 Wwox (ENSPEMG00000016944) Clec3a (ENSPEMG00000031227) Vat1l (ENSPEMG00000015665) Nudt7 (ENSPEMG00000015550) Adamts18 (ENSPEMG00000017721) Syce1l (ENSPEMG00000007573) Mon1b (ENSPEMG00000010449) Cntnap4 (ENSPEMG00000012271) Terf2ip (ENSPEMG00000004753) Kars (ENSPEMG00000012277) Adat1 (ENSPEMG00000013185) ENSPEMG00000029312 Tmem231 (ENSPEMG00000015338) Chst5 (ENSPEMG00000001162) Tmem170 (ENSPEMG00000027661) ENSPEMG00000009406 #22 Bcar1 (ENSPEMG00000001868) Ctrb1 (ENSPEMG00000012391) Zfp1 (ENSPEMG00000027686) Ldhd (ENSPEMG00000011279) Znrf1 (ENSPEMG00000016826) Wdr59 (ENSPEMG00000017222) Fa2h (ENSPEMG00000014966) Mlkl (ENSPEMG00000015662) Rfwd3 (ENSPEMG00000017293) Glg1 (ENSPEMG00000007698) Pdpr (ENSPEMG00000009714) Clec18a (ENSPEMG00000013615) ENSPEMG00000015563 Aars (ENSPEMG00000010864) ENSPEMG00000028725 Northern American deer mouse MODERN SPECIES 8 ENSPEMG00000030181 Aadat (ENSPEMG00000018250) ENSPEMG00000021022 Mfap3l (ENSPEMG00000025834) Hpf1 (ENSPEMG00000016055) 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(ENSNGAG00000014589) Znrf1 (ENSNGAG00000017540) Wdr59 (ENSNGAG00000012451) Fa2h (ENSNGAG00000017992) Mlkl (ENSNGAG00000018636) Rfwd3 (ENSNGAG00000000472) Glg1 (ENSNGAG00000019316) Pdpr (ENSNGAG00000012025) Clec18a (ENSNGAG00000006371) Aars (ENSNGAG00000003676) Ddx19b (ENSNGAG00000018025) Ddx19a (ENSNGAG00000019362) Lesser Egyptian jerboa MODERN SPECIES 71 ENSJJAG00000020220 Nudt7 (ENSJJAG00000022849) Adamts18 (ENSJJAG00000023870) Mon1b (ENSJJAG00000020620) Cntnap4 (ENSJJAG00000018976) ENSJJAG00000020983 ENSJJAG00000011183 ENSJJAG00000010574 Terf2ip (ENSJJAG00000021994) Kars (ENSJJAG00000020406) ENSJJAG00000015819 Gabarapl2 (ENSJJAG00000015443) Tmem231 (ENSJJAG00000017433) ENSJJAG00000020308 ENSJJAG00000022826 Cfdp1 (ENSJJAG00000018539) #22 Bcar1 (ENSJJAG00000024316) Zfp1 (ENSJJAG00000019878) Ldhd (ENSJJAG00000015365) Znrf1 (ENSJJAG00000000892) Wdr59 (ENSJJAG00000018356) Primates ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000165693 ENSGT00940000157674 ENSGT00940000165352 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082 ENSGT00900000141128 ENSGT00940000153348.A ENSGT00940000157335 ENSGT00970000193437 Strepsirrhini ANCESTRAL SPECIES 17 ENSGT00950000183186.B.a ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000157674 ENSGT00940000165352 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082 ENSGT00900000141128 ENSGT00940000153348.A ENSGT00940000157335 ENSGT00970000193437 Bushbaby MODERN SPECIES 162 CLEC3A (ENSOGAG00000005654) VAT1L (ENSOGAG00000005649) NUDT7 (ENSOGAG00000005648) ADAMTS18 (ENSOGAG00000011951) SYCE1L (ENSOGAG00000027541) MON1B (ENSOGAG00000000955) ENSOGAG00000024762 CNTNAP4 (ENSOGAG00000014485) ENSOGAG00000005909 KARS1 (ENSOGAG00000005903) ADAT1 (ENSOGAG00000005899) GABARAPL2 (ENSOGAG00000001871) ENSOGAG00000001872 TMEM231 (ENSOGAG00000001873) TMEM170A (ENSOGAG00000000791) CFDP1 (ENSOGAG00000000234) #22 BCAR1 (ENSOGAG00000033394) ENSOGAG00000002020 ENSOGAG00000002023 ZFP1 (ENSOGAG00000001902) LDHD (ENSOGAG00000027100) ZNRF1 (ENSOGAG00000032150) WDR59 (ENSOGAG00000003864) FA2H (ENSOGAG00000003861) MLKL (ENSOGAG00000003859) RFWD3 (ENSOGAG00000013944) GLG1 (ENSOGAG00000013942) PDPR (ENSOGAG00000010226) ENSOGAG00000003395 EXOSC6 (ENSOGAG00000034381) AARS1 (ENSOGAG00000011601) Lemuriformes ANCESTRAL SPECIES 31 ENSGT00950000183186.B.a ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000157674 ENSGT00940000165352 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082 ENSGT00900000141128 ENSGT00940000153348.A ENSGT00940000157335 ENSGT00970000193437 Lemuriformes_a ANCESTRAL SPECIES 29 ENSGT00950000183186.B.a ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000157674 ENSGT00940000165352 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162788 ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082 ENSGT00900000141128 ENSGT00940000153348.A ENSGT00940000157335 ENSGT00940000164150 Coquerels sifaka MODERN SPECIES 229 VAT1L (ENSPCOG00000013931) NUDT7 (ENSPCOG00000022389) ADAMTS18 (ENSPCOG00000025646) SYCE1L (ENSPCOG00000026125) MON1B (ENSPCOG00000018223) CNTNAP4 (ENSPCOG00000023152) DUXB (ENSPCOG00000021982) TERF2IP (ENSPCOG00000026318) KARS1 (ENSPCOG00000003166) ADAT1 (ENSPCOG00000017311) ENSPCOG00000005072 ENSPCOG00000026256 ENSPCOG00000020995 ENSPCOG00000019603 TMEM170A (ENSPCOG00000024358) CFDP1 (ENSPCOG00000022202) #22 BCAR1 (ENSPCOG00000002318) ENSPCOG00000003933 ZFP1 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ENSGT00940000157335 ENSGT00970000193437 Tarsier MODERN SPECIES 6146 TERF2IP (ENSTSYG00000004386) KARS (ENSTSYG00000001643) ADAT1 (ENSTSYG00000000811) GABARAPL2 (ENSTSYG00000033785) TMEM231 (ENSTSYG00000013644) ENSTSYG00000008906 ENSTSYG00000034760 ENSTSYG00000035666 TMEM170A (ENSTSYG00000037559) CFDP1 (ENSTSYG00000012644) #22 Simiiformes ANCESTRAL SPECIES 21 ENSGT00940000159184 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000165693 ENSGT00940000157674 ENSGT00940000165352 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162788.a ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082 ENSGT00900000141128 ENSGT00940000153348.A ENSGT00940000157335 ENSGT00970000193437.b Catarrhini ANCESTRAL SPECIES 11 ENSGT00940000159631 ENSGT00940000157553 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000157674 ENSGT00390000012976.c.b.a ENSGT00520000058758.g ENSGT00940000165352 ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 ENSGT00390000015366 ENSGT00940000162788.a ENSGT00940000159189 ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00940000159082 ENSGT00900000141128 ENSGT00940000153348.A ENSGT00940000157335 ENSGT00970000193437.a.b Hominoidea ANCESTRAL SPECIES 9 ENSGT00390000017352.d ENSGT00390000006665.b ENSGT00940000157674 ENSGT00390000012976.c.b.a ENSGT00520000058758.g ENSGT00940000165352 ENSGT00520000058758.h ENSGT00390000005351 ENSGT01030000234618.A ENSGT00940000157942 ENSGT00940000155010 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ENSGT00390000018141 #22 ENSGT00950000183008.a.b ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.c ENSGT00940000153216.a.a.c.b.q.a.d ENSGT00940000161694 ENSGT00940000158705 ENSGT00940000159278 ENSGT00940000157600 ENSGT00390000002142 ENSGT00390000016453 ENSGT00390000008931 ENSGT00390000011262 ENSGT00950000183073.b.o.b ENSGT00950000183099.u.a.e.i.b.a.a.b.g ENSGT00560000078622 ENSGT00940000156149.B Bonobo MODERN SPECIES 7 NUDT7 (ENSPPAG00000039743) ADAMTS18 (ENSPPAG00000003071) SYCE1L (ENSPPAG00000040039) MON1B (ENSPPAG00000030166) CNTNAP4 (ENSPPAG00000005772) ENSPPAG00000037627 DUXB (ENSPPAG00000028561) TERF2IP (ENSPPAG00000043242) KARS1 (ENSPPAG00000036192) ADAT1 (ENSPPAG00000035006) GABARAPL2 (ENSPPAG00000033266) ENSPPAG00000039581 CHST5 (ENSPPAG00000012986) CHST6 (ENSPPAG00000002713) TMEM170A (ENSPPAG00000036751) CFDP1 (ENSPPAG00000035342) #22 BCAR1 (ENSPPAG00000033143) CTRB1 (ENSPPAG00000033758) CTRB2 (ENSPPAG00000036928) ZFP1 (ENSPPAG00000033168) LDHD (ENSPPAG00000000820) ZNRF1 (ENSPPAG00000036635) 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snub-nosed monkey MODERN SPECIES 255 NUDT7 (ENSRBIG00000030419) ADAMTS18 (ENSRBIG00000042780) SYCE1L (ENSRBIG00000040130) MON1B (ENSRBIG00000040530) CNTNAP4 (ENSRBIG00000037916) ENSRBIG00000004803 CPHXL (ENSRBIG00000009404) ENSRBIG00000032539 TERF2IP (ENSRBIG00000032872) KARS1 (ENSRBIG00000030118) ADAT1 (ENSRBIG00000035278) GABARAPL2 (ENSRBIG00000039577) TMEM231 (ENSRBIG00000033662) CHST6 (ENSRBIG00000013592) TMEM170A (ENSRBIG00000044660) CFDP1 (ENSRBIG00000027809) #22 BCAR1 (ENSRBIG00000030766) ENSRBIG00000028741 ENSRBIG00000043238 ZFP1 (ENSRBIG00000039257) LDHD (ENSRBIG00000042158) ZNRF1 (ENSRBIG00000038940) WDR59 (ENSRBIG00000030730) FA2H (ENSRBIG00000018133) MLKL (ENSRBIG00000019557) RFWD3 (ENSRBIG00000037321) GLG1 (ENSRBIG00000037408) PDPR (ENSRBIG00000042901) ENSRBIG00000044682 AARS1 (ENSRBIG00000032650) EXOSC6 (ENSRBIG00000003409) Golden snub-nosed monkey MODERN SPECIES 2390 ENSRROG00000014511 ENSRROG00000026814 CPHXL (ENSRROG00000038738) ENSRROG00000043338 ENSRROG00000037680 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